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Reference ( family-5705 ) : TGGAAGTGCGTT--AATTCCATCATCCAAAATATAT---CTTTTATTATCGAAACACGACAAACTAACTTTATTTATTTCATAACTTTTTACCTGA---TGCTTANCTGATTTTATTGTTTTTATCGCGTG-TATTTTCACACC-TTCATTA---ATTAAAGTATC------TTTGTAATCCTCGTGNNTTATATTTTTCTTAACAACACCTT----TNNTNATACCCTTACA-TTT-TTTTATATCTTT---ACCACCCATTTTATACGAATAC-ATCTTACTTCTCAAACCAATAAATTCAGTAATCGGAATNCCNGCNGCCTCATC-CTTCATCTTNCCAATAAC--GTTTTTATTATCAT-CAAAAAAGAATGGACTGTCTCTNGGGT---AATCACTATTATCAA--ACAGNTTTTT-ATCCTCATAC-AAATCTTCATAAACATCTTTTGTTTCTATTTCATAACATAGNGNGTCCGTATCTGTAAATA----A----TAATTTNACTCTAT--TTCT-TCGTACATT-TTN---ANAATGNAATT-GTAATGAAAATC-ATA-CATTAAATATTTACTTAATTCTAAGATGGTCATTCCAACATAANAAGGNCGGTTNAGAACCAACTCCTCTTTTATTTTATTNATTCCAAACAAATTATCGTTAAACGTTTGTGC-AGATATAAAGGTT-GCTCTGGC-GGCATGCTTTTCTAATA--CCCTTTCATC--ATAGGTTAATTTTAAATTTATTCTTTTTCTTAAGTTTTCCATCGTCTTT-CCGAAAACAGAATTATTCATT-A-TTT--AAAAAA-ANCTTTTTCAAA-A-GCGTTCTTN-GCTA-ATGTTCTCTTTT-GNGTGTTAAAATCAATATATTCNNCTAACCAAGGNCTTTCATCAAACTGTAATACTCTNTGAACCTTACCCAACTTCATTCCAAGACCAAGA--TAAA-GTTTAAGATTTTTCCTATGAATAACATATTTTTCCTTATTAAATAAATTAGGAACCAACTTTGTTGTTCTATCACTACTTATATCATATTTTTNTTTTATTTTAACACAGAAATCAGATAACATTTCATCTTTTAC-T------ATTAATTTCT--CTGGTGCTAAAGGGTAATCAGAATGCAAATCATGTATTTCTTTTGGATAAATNAGATCACACTCAATAAAGAAGTTATTANTTTCTACATCGTCCAATNCCTCNGGNTCAACCCATTTGAAATTNCCAAAAGGCAAANNCTGNNNCATTCCCCAACCGTAAANGTTGTTNGCGTCTAAGTANGTAATATGTTTGCTCTCCTTCT--TNGGATTGTNATCATCTAAGTATTTGTTATTCGCTTTAGAATATCTATTNGCGATGTAACTAATNCCACCCCGCAANCCCCTTTCAACCATTAGATGCATGTCAATATCTGTGATNAAATCTAACTTAATTTTTGTCGTTTTT-AACAT-NGCATCCCAAGCTAAACCGG--GACTTGA---AAAGTAATGACAGGGATCTAGTTTGTAATATTCCAAACATGTCCCGCGAAAGTTTTCAAANACATCNGCTAACAAAAGAACATCNGTCTTNAGATAAAGATCATGATAATCTCCCA-TTGTTTTGCAACCAAATG--ACTTCCACAC-ACCCTACGCATGTTCATAATCATCATCTGATACATNCTCATCTGTTAACTTGGAATAAAAT--TA-GTTCTTT-GA-TGGTAAACGCTTA---TCATTAAAC-TTATCNCAACTA-TCCATGTAGTCATACGGATAAACCCCCTTTCTTCTTACTAANTCCAACTTAT-CTCTAAAACGTTCC---TC----TAGCGAAACAAAACGNCTCTTCTGGTAAGTTATTAACCAAATTAGCTAAAGATTGATTA-----AGAAATTGTAAACTATCTA-TAAAC-ACTAAGTTGTCTATCA---TGAAAGCCATATATTTTTCCATATTATTAGGNATTACA-----------TTAATTTCTTTTTCAAACTTTCCAATTTCTTGCATTATGAAATGA---CCATCATA-AC-CTTTTAAATTATGAAATACAACNGGAAT---TTT-T--TTA-TTAATCTANA--NAATC--TATTACATTTGTTAT----GNGCACTTCCTCGATATTTT--CCCGTAATATGACAATGATCTTTNACAGGATAGTTCCATTTTAAATCATCTTCCGTATATT---CCTTTTCACAAATATGACAAGANNTNT-TTTTTTTAAATTCTTTCTCCTCCTTTTCTGT---TATTATCA-TTTCTTTATTAAAATGNTTTTTCACCACTTCTTTACAA------TACTCCTGCTCGNCCAGCAT--CTTTTCAATAAAACGATAAATCGAACCCTTT---CCTCGGTAAACNTCTACCGGTTTAC--TAAATNTATTATCATATGTGCA-TACTAAC----TTATATCCAAATCCACAAGCAACATG---GTTCTGGTAAGCCTCAGTTGAGTTACCA-AACTTT
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Reference ( family-5705 ) : TGGAAGTGTGTT--AATTCCATCATCCAAAATATAT---CTTTTATTATCGAAACACGACAAACTAACTTTATTTATTTCATAACTTTTTACCTGA---TGCTTAACTGATTTTATTGTTTTTATTGCGTG-TATTTTCACACC-TTCGTTA---ATTAAAGTATC------TTTGTAATCCTCGTGNATT--ATATTTTTCTTAACAACACCTT----TNNTTATACCCTTACA-TTT-TTTTATATCTTT---ACCACCCATTTTATACGAATAC-ATCTTACTTCTCAAACCGATAAATTCAGTAATCGGAATNCCNGCTGCCTCATC-CTTCATCTTACCAATAAC--GTTTTTATTATCAT-CAAAAAAGAATGGACTGTCTCTAGGGT---AATCACTATTATCAA--ACAANTCTTT-ATCCTCATAC-AAATCCTCATAAACATCTTTTGTTTCNATTTCATAACATAGNGAGTCNGTATCTGTGAATA----A----TAATTTTACTTTATTTCTATCATACATT-TTN-----ANAATGNAATT-GTAATGAAAATCATA-CATTAAATATTTACTTAATTCTAAGATGGTCATTCCAACATAANAAGGACGGTTNAGAACCAACTCCTCTTTTATTTTATTNATTCCANACAAATTATCGTTAAACGTTTGCGC-AGANATAAAGGTC-GCTTTGGC-GGCATGCTTTTCTAATA--CCCTTTCATC--ATAGGTTAATTTTAAATTTATTCTTTTTCTTAAGTTTTCCATCGTTTTT-CCGAAAACAGAATTATTCATT-A-TTT--AAAAAA-ANCTTTTTCAAA-A-GCGTTCTTA-GCTATACGTTCTCTTTT-GTGTGTTAAAATCAATATATTCAGCCAACCAAGGNCTTTCATCAAACTGTAATACTCTATAAACCTTACCCAACTTCATTCCAAGATCAAGA--TAAA-GTTTAAGGTTTTTCCTATGAATAACATATTTTTTCTTATTAAATAAATTAGGAACCAACTTTGTTGTTCTATCACTACTTATATCATATTTTTCTTTTATTTTAACACAGAAATCAGATAACATTTCATCTTTTAC-T------ATTAATTTCT--CTGGTGCTAAAGGGTAATCAGAATGTAAATCGTGTATTTCTTTTGGATAAATGAGATCACACTCAATAAAAAAGTTATTATTTTCNGCNNCGTCCAATTCCTCTGGATTAACCCATTTAAAATTACCANAAGGTAAAGGTTGACTCATTCCCCAACCGTAAAGGTTGTTAGCGTCTAAGTATGTAATATATTTGCTTTCCTTCT--TAGGATTGTAATCATCTAAGTATTTGTTATTCGCTTTAGAATATCTGTTNGCGATATAACTAATACCACCTCGTAATCCTTTTTCAACCATTAGATGCATGTCAATATCTGTGATAAAATCCAACTTAATTTTTGTCGTCTTT-AACAT-NGCATCCCAAGCTAAACCGG--GACTTGA---AAAGTAATGACAAGGATCNAGTTTGTAATATTCCAAACATGTCCCGCGAAAGTTTTCAAANACATCNGNTAGCAAAAGGACATCAGTCTTNAGATANAGATCATGATAATCTCCCA-TTGTTTTGCAACCAAATG--ACTTCCACACACCCTGCGTATGTTCGTAATCATCATCTGATACATCCTCATCTGTTAACTTGGAATAAAA-T-A----GTTCTTT-GA-TGGTAAACGTTTA---TCTTTAAACTT-ATCNCAACTA-TCCATGTAGTCATACGGATAANCCCNCTTTCTTCTTACTAANTCCAACTTAT-CTCTAAAACGTTCT---TC----TAGCGAAACAAAACGCCTCTTCTGGTAAGTTATTAACCAAATTAGCTAAAGATTGATTA-----AGAAATTGTAAACTATCNATAAAC-ACTAAGTTGTCTATCA---TGAAAGCCATATATTTTTCCACATTATTAGGNATTACA-----------TTAATTTCTCTTTCAAACTTNCCAANTTCCTGCATTATGAAATGA---CCATCATA-AC-CTTTTAAATTATGAAATACAACNGGAAT---TTT-T--TTG-TTAATCTA-AA--TAATC-TATTACATTTGTTAT----GNGCA-CTTCCNCGATATTTT--CCCGTAACATGACAATGGTCTCTCACAGGATAGTTCCATTTTAAATTATCTTCCGTATATT---CCTTTTCACAAATATGACAAGACTTNT-TTTTTTTAAATTCTTTCTCCTCCTTTTCCGT---TATTATCA-TTTCTTTATTAAAATGNTTTTTCACCACTTCTTTACAA------TACTCCTGCTCGACCAACAT--CTTTTCAATAAAACGATAAATCGAACCCTTT---CCTCGGTAAATCTCTACTGGTTTAC--TAAATNTATTATCATATGTGCA-TACTAAC----TTATATCCAAATCCACAAGCAACATG---ATTCTGGTAAGCCTCAGTTGAGTTACCA-AACTTT
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gi|9 : TTACCAATAACAAGTTTTT-ATCCTCATAC-AAATCCTCATAAACATCTTTTGTTTTCATTTTATTACATAAGGAATCAGTATCTGTGAATA----A----TAATTTGACTTTATTTCTATCATAC-TT-TTA-----AAGAAGAAATTTGTAATGAAAATCATA-AATTAAATATTTATTTAATTCTAAGATGGTCATTCCAACA-----AGGACGATTAAGAATAAACTCCTCTTTTATTT-----ATTCCATACAAATTACTGTTAAACATTTGTGC-AGAAATAAAGGTT-GCTTTGGC-GGCATGCTTTTCCAATA--CTCTTTCATC--ATGGGTTAATTTTAAATTTATTCTTTTTCTTAAGTTTTCAATTGTATTT-CCAAACACAGAATTATTCATC-A-ACTGAAAAAAA-ACCTTTTTTAAA-A-GCATTCTTA-GCTA-ATGTTCTCTTTT-GTGTGTTAAAATCAATATATTCAGCCAACCAAGCCCTTTCATCAAACTGTAATACCATATAAACCTTACCCAACTTTATTCAAAGATCAAGA--TAAA-GTTTAAGGTTTTTCCTATGAAAAACATATTTTTCCTTATTAAATAAATTAGGAACAGACTTTGTTGTTCTATCACTACTTATAGCATATTTTTCTTTTATTTTAACACAGAAATCAGATAATATTTCATCTTTTAC-TTTAACTATTAATTTCT--CTGGCGCTAAAGTGTAATCAGAATGTAAATCGTGTATTTCTTTTGGATAAATGAGATCACACTCAATGAAAAAGTTAATATTTTC----------AATTTCTCTGGTTTGATCCATTTAAAATTACCAACAGGTAAAGGCTGACTCATTCCTCAACCATAAAGGTTGTCACCGTCTAAGTATGTAATATATTTGCTTTC--TCTAATAGGATTGTTATCGTCTAAGTATTTGTTATTCGCCTTATAATATATTTTGGCGATGTAACTAATACCACCTCGTAATCCTTGTTCAACCATTAGATGCATGTCAATTTCTGTGATAAGGTCCAACTTAATTTATGTCATCTTT-AATAT-TGCACCCCAAGCTAAACCGT--TACTTGA---AAAGTAATGCCAAGGATTAAGTTTGTAATATTCTAAACATGTCCCGCGAAAGTTTTCAAATATATCAGATAGCAAAAGGACATCAGTCTTTAAAAAGAGATCATGAGTATCTCCCA-TTGTTTTGCAGCCAAATG--ACTTCCACACACCCTATGTATGTCTGTAATCATCATCTGATACATGCTCATTTGTAAACTTGGACTAAAA-TAA----GTTCTTT-GA-TGGTAAATGTTTA---TCACTAAACTT-Atcctcataaacatcttttgttttcattttattacataaggaatcagtatctgtgaataataatttgactttatttctatcatacttttaaagaagaaatttgtaatgaaaatcataaattaaatatttatttaattctaagatggtcattccaacaaggacgattaagaataaactcctcttttatttattccatacaaattactgttaaacatttgtgcagaaataaaggttgctttggcggcatgcttttccaatactctttcatcatgggttaattttaaatttattctttttcttaagttttcaattgtatttccaaacacagaattattcatcaactgaaaaaaaaccttttttaaaagcattcttagctaatgttctcttttgtgtgttaaaatcaatatattcagccaaccaagccctttcatcaaactgtaataccatataaaccttacccaactttattcaaagatcaagataaagtttaaggtttttcctatgaaaaacatatttttccttattaaataaattaggaacagactttgttgttctatcactacttatagcatatttttcttttattttaacacagaaatcagataatatttcatcttttactttaactattaatttctctggcgctaaagtgtaatcagaatgtaaatcgtgtatttcttttggataaatgagatcacactcaatgaaaaagttaatattttcaatttctctggtttgatccatttaaaattaccaacaggtaaaggctgactcattcctcaaccataaaggttgtcaccgtctaagtatgtaatatatttgctttctctaataggattgttatcgtctaagtatttgttattcgccttataatatattttggcgatgtaactaataccacctcgtaatccttgttcaaccattagatgcatgtcaatttctgtgataaggtccaacttaatttatgtcatctttaatattgcaccccaagctaaaccgttacttgaaaagtaatgccaaggattaagtttgtaatattctaaacatgtcccgcgaaagttttcaaatatatcagatagcaaaaggacatcagtctttaaaaagagatcatgagtatctcccattgttttgcagccaaatgacttccacacaccctatgtatgtctgtaatcatcatctgatacatgctcatttgtaaacttggactaaaataagttctttgatggtaaatgtttatcactaaactta
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Unaligned ( gi|11 ): TTAATGGTCGCTATTTTATAATTGTTACACAATGTTCCTTCACTTCTTATATTGTCCAACCAGATCCCAGAGAAACCCATTCGCTGATTCTGTTTGATAATTCATTATTTATATCATTTAACTCTTTTTTTTTATTTAGCTGATTTAACAATGCTTTTGCTTTTGATTAAAAAACACACTTTGAGTAGTTCCTATATCTTTAACCCCATCCTCCCCCAAAACAACATTTGACTTAACAAACAAAACCTCAAGTGTTATATTTATTTCAACATTTATCTCCTGTAAAGCTAGAAGACCTACTAGTGACTTAACACTTTTTTTAATTGTATCATCGGGTCTTTTTTGTTCACTATACTTATTTGATAGTGTTGATATGTGTTATTTTTAGATATTTTAATAGGTGGGAATATCATTCTAAATATTCTTAGGTTTAGAAAATGATTTCAATTTAGTTTAAATAACTCATTTCTTATAGCTAAATTTGAATGATTTTCCATACTTTTTAGAATATCCAATTTTAACCATGTTTGTACCATCACAACACAATTTTATTAACCCAGCAATTTACTCCTTATTCCTTTTGAGCAGCATACACATTTTGAAATCCATCTTTACGACCGCCTGGTCGCCAACCACCTCCTTTTCAACAGCAATAACCGCTTTTGATTTTCTTCTTTCCTTATTAGCGTCATCGCTCCCGATTCCCATTATTGTTTCTATTTTCTTTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATTTCTTTTCTATATTTTTACTAAGAA
Unaligned ( gi|13 ): TTATCCATATATGCTTATAGATTATTTTTTGATTATTTTTTAATTATAAATTTAATAATCCGATCAAAAAATATTTTATAATCATATCTGTTTTTCCTTTATATATCATTGTTAATTACTAATACTTTATTTTCATACTTCTTGGGAAATTGTTCTTGTTTTTTTTGTCTAAACTAGTAAGGTATTCTCTCGAAATCTCACTCTCACCAGGTCTTGATCTTACCCTTATTCTTTCAAGACATTTATCAAAAGACGTTTTCAAATAAATGTAACATTCTGGTTTATTTTGATTTATACTATTAATAACATAATTGTAGACAACCCTTCTAAAGGAGAGAAGACATGCGATGAGGCAAACATATCTTTATTAGAATCCCAACACCATTTAAGATAACCAACACATGCAAAGTCCTCGGCTGTTTCCAGCATCCTAAAATGAGACTGTATACTTAATATTTGAAATGTAGATGCATTCTTTTCTGTATTTTCATAAAGTTCTTTGAGTGGATTCATCCCATCCAAATAATTTCATTCTTCAATTGGCTCAGTTATAATTTTTATATTAGGTGCATATTCATTAAAATATCTCAAAAATGCACTTTTTTCCAGCTCCAATATTACCTTCTCATTATGTGTACA
Unaligned ( gi|15 ): GTTGATATTTTTATTATGTATATCCGTTTATTTTATATTCTTTCATGTACATTTCTAGAGGTTGTACAAAGTCATCACTTTTCTGCATTTCCATGATTTTATTGAATACATCTGCAACTACTTGGAGGTCGTCCTTCTGTTTAACTGTTTGGTAATAAGATAAAAGCTGCTTAAACTTTCTATAATGCATTTTTAATGTTGTCTTTTTCTCCTTCATTTTCAAAACATTGGTTAACAACAAGAAGCACCGCTGGAGCAGCCCCCTACTACTGCAGCAA
Unaligned ( gi|20 ): TTAGTTTTAAATAACCACATATTTAAATCTGTAACGTTTCCCGTTTTTTTTTTAGAATTTCCACTTTTCACCTTATTAGTCCCATCACAACACATTTTAATTAATCCA