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Reference ( family-5631 ) : TTCCAGGGAATTCGAGACCCAGTGGAATTTATACAAAGTGC--TTATTCCGAATATCT-GATT--TNAG-TACAGTCTACGTGTATTTANTTGTGCCTTCATTTTACTGTCAATGTNCGAAGTGAGT-ATTA----TTNATAATG----TTT-TTTAA-TGGATCTGT--AAGATA-CATATGCGTGTTTACATGTGTATTCATGTAAAATATGTATGTATGTA-TA------TGTACATGTTAATA-TGTACACATATTT--TA-GCAA-TGAAT----------------TCCATCCCCA-CCAGTGCCATTACTCCAATGTTT-----A-----AAGCACGA--TCGCAATAAAGACTA--AAACC-----TTT-------TCT--TTCTGTTATC--AAATAGAATTATGTAC-AA--A---TATTTG----------AAATTATAATTTTCAT-ATCGT--TTGAT-----GTTAAAA--T---ANAATATTACTTACCAAAATATCTAACATTATAC-T-AA--GT-----AACATACTATGCTGTAATTGAGAGNAAAATGTGAAG--AAA-----TACT---AGAATATAC---ACTA-TATGCTAAGTGCTGGTCGTTCGAAGTCTCGCGATGATTACATACGCGGATCAAATA-AC-TAT------CGT--TGTTTCAAATA-----CATATA-TAATC-----TATA---TATAGATCTA--CA-AAAAAGATATGATCACTGATTCAGGTGT-TC-TTTTTTAAAAA------A--------TCTAAAT-GTGT--ATGTATGTATAATTC--TA--AATCTTAATG--CG-A--AGCGAGCCTTCGACC--------AACCAATACAAACT-NAAC--TTTACTA-----TATGTTGTAA-T-ATTGC--ATANTGTTA-TAT-ATTTTTTTCTTTTACAATGTA-TTTTTTGTATAAACCGATATAAACATTATAT-TGTTATTCTGTAA----TATGGTAA-TTTTGAAATAAAAAA
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Reference ( family-5631 ) : TTCCAGGGAATTCGAGACCCAGTGGAATTTATACAAAGTGC--TTATTCCGAATATCT-GATT--TAAGCTACAGTCTACGCGTATTTATTTGTGCCTTCATTTTACTGTCAATGTCCGAAGTGAGT-ATTA----TTNATAATG----TTT-TTTAA-TGGATCTGT--AAGATA-CATATGCGTGTNTACATGTGTATTCATATAAAATATGTATGTATGTA-TA------TGTACATGTTAATA-TGTACACATATTT--TA-GCAA-TGAAT----------------TCCATCCCCA-CCAGTGCCATTACTCCAATGTTT-----A-----AAGCACGA--TCGCAATAAAGACTA--AAACC-----TTT-------TCT--TTCTGTTATC--AAATAGAATTATGTAC-AA--A---TATTTGAAATTATAATTTTCATATCGT--TTGATATTAAAAT---ACAATATTACTTACCAAAATATCTAACATTATAC-T-AAGTAACATACTATGTTGTAATTGAGAGNAAAATGTGAAG--AAA-----TACT---AGAATATAC---ACTA-TATGCTAAGTACTGGTCGTTCGAAGTCTCGCGATGATTACATATACGGATCAAATA-AC-TAT------CGT--TGTTTCAAATA-----CATAT-ATAATC-----TATA---TATAGATCTA--CA-AAAAAGATATGATCACTGATTCAGGTGT-TC-TTTTTTAAAAA------A--------TCTAAAT-GTGT--ATGTATGTATAATTC--TA--AATCTTAATG--CG-A--AGCGAGCCTTCGACC--------AACCAATACAAACT-NAAC--TTTACTA-----TATGTTGTAA-T-ATTGC--ATAATGTTA-TAT-ATTTTTTTCTTTTACAATGTA-TTTTTTGTATAAACCGATATAAACATTATAT-TGTTATTCTGTAA----TATGGTAA-TTTTGAAATAAAAAA
gi|1 : TTCCAGGGAATTCGAGACCCGGTGGAATTTATAAAAAGTGC--TTATTCCGAATATCT-GATT--TAAACTACAATCTACGTGTATTTATTTGTACCTTCATTTTACTATCAATGTCAAAAGTGAAT-ATTA----TTTATAATG----TTT-TTTAAATGGATCTGT--AAGATA-TATATGCGTGTGTACATGTGTATTCATATAAA-TGTGTATGTATGTA-TT------TGTACATGTTAATA-TGTACACATAGTT--TA-GTAA-TGGAT----------------TCAATCCTCA-CCAGTGCTATTACTCCATTGTTT-----A-----AAGCACGA--CCACAATAAAGACTA--AAACC-----TTT-------TCT--TTCTGTTATT--AAATAGAATTATGTAC-AA--A---TATTTAAAATTATAATTTTCATATCGT--TTGATATTAAAAT---AAAATATTATTTACCAAAATATCTAACATTATAC-T-AAGTAACATACTATGTTGTAATTGAGAGAAAAATGTGAAG--AAA-----TACT---AGAATATAC---ACTA-TATATTAAGTACTGGTCGTTCGAAGACTCGCAATGATTACATATATGGATCAAATA-AC-TAT------CGT--TATTTCAAATA-----CATAA-ATAATC-----TATA---TATAGATCTG--CA-AAAACGATATGATCACTGGTTCAGGTGT-TC-TTTTTTAAAAA------A--------TCTAAAT-GTGT--ATGTATATATAATTC--TA--AATCTTAATG--CA-A--ATGGAGCCTTCGACC--------AACCAATACAAACT-CAAC--TTTACTA-----TATGTTGTAA-T-ATTGC--ATATTGTTA-TAT-ATTTTTTTCTTTTAAAATGTA-ATTTTTTTATAAAACAATATAAACGTTATAT-TGTTATTCTGTAA----TATGGTAA-TTTTGAAATAAAAAA
gi|10 : TGTAACA------TGTACATGTATATA-TGCAAACATAGTT--TA--CAA-GGAATGTACGTACACACGTACTCCATTCTCAACCAGTGGCATTGCTCCAATGTTT-----A-----AAGCAAGG--TCGCAGTAAAAACTA--AAACC-------------------------TTACC--AAA-A----TATCTAA-AATCA---TACTTAAGAACATACT----ATGCTGTAATTGAGAGTAAAATGTGAGAAAAAAACCTACTAGAAT-TATACCAGTATGC-T-AAGT
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gi|4 : agtaaacataagtaagtaagtaatgtaacagtagaaatataatacaaaatatcatattcataaaataatttcaattctatagaatttgagaatcaatggcgattctacaaagtgcttattacttatttgtgagttatttcattgtgccttcattttactgtcagtgtcccaaggggtaattatttatagtgcttattttatgtgtttgttgaatatattatgtgtgtgtatacacctgtattcgtgtaaatatttgtatacatatacatgtatactgtacagatatttagtacacaagtaaattacatctccatcagtgccattaatccaaggttaaaaaaaAAAA---ATGATTATTCAATCAG-TGT-T---TTTTTATAAACTT---A--------TCTTAATTGTGT--TTTTATTTATAA----------------ATGAACG-ATCAGCG----TTCGCCT--------AATTGATACGAATG-GAAC--TTTATTA-----AAGTTTGAAA-TTATTAC--ATAAGGTTACTATGAGTTTTT------ACAATGCA-TTTCTTGTATCAATCGATTTGAACATTGCGT-TGCTATTCTGTAA----TATGTTTT-TTTTTAAATAAAAgtgttaaaaatgattattcaatcagtgtttttttataaacttatcttaattgtgtttttatttataaatgaacgatcagcgttcgcctaattgatacgaatggaactttattaaagtttgaaattattacataaggttactatgagtttttacaatgcatttcttgtatcaatcgatttgaacattgcgttgctattctgtaatatgtttttttttaaataaaacaaataa
gi|5 : agtaaacataagtaagtaagtaatgtaacagtagaaatataatacaaaatatcatattcataaaataatttcaattctatagaatttgagaatcaatggcgattctacaaagtgcttattacttatttgtgagttatttcattgtgccttcattttactgtcagtgtcccaaggggtaattatttatagtgcttattttatgtgtttgttgaatatattatgtgtgtgtatacacctgtattcgtgtaaatatttgtatacatatacatgtatactgtacagatatttagtacacaagtaaattacatctccatcagtgccattaatccaaggttaaaaaaacattttacattaaaaaacaataaaccaaaagtttaagaaaatacaatgctgtgatcgaaagtaaaatgtgtaaaaactgtatttgaatatctttgctacgtgctggtcgttcgacgtctcacggttattaccttcgcagatcaagtaacgtgttCATGTTAATA-TGTACAGATATTT--TA-GCAA--GAAT----------------TCCATCCCCA-TCAGTGCCATAACTTTAATGTTT-----AATTTAAAGCACGA--TCGCAATAAAGACTA--AAACC-----TTT-------TCT--TTCTGTTATT--AAATAGAATAATGTAC-AA--A---TATTTGTAATTGTAATTTTCATATCAA--TTGATATAAAAAT---ACAATATTACTTACCACAATATCTAACAGTATAC-T-TAATAACATTCTATGTTGTAATTGAGAGAGAAATGTAAAG--AAC-----TACT---AGAATATAC---ACTA-TATATTAAGTACTGGTCGTTCGAAGTCTCGCGATGATTACATATATGGATCAAATA-AC-TAT------CGT--TGTTTCAAATA-----AATAT-ATAATC-----TATA---TATGGATCTA--CACAAAAAGATATGATCACTGATTCAGGTGT-TCTTTTTTTAAAAAAAGACTA--------TCTAAAT-GTGT--ATGTATATATAATGC--TA--AATCTTAAGG--CG-A--AGTGAGCCTTCGATC--------AACCAATACAAACT-CAAC--TTTACTA-----TATGTTcaaataa
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Reference ( family-5631 ) : TTCCAGGGAATTCGAGACCCAGTGGAATTTATACAAAGTGC--TTATTCCGAATATCT-GATT--TAAGCTACAGTCTACGCGTATTTATTTGTGCCTTCATTTTACTGTCAATGTCCGAAGTGAGT-ATTA----TTNATAATG----TTT-TTTAA-TGGATCTGT--AAGATA-CATATGCGTGTNTACATGTGTATTCATATAAAATATGTATGTATGTA-TA------TGTACATGTTAATA-TGTACACATATTT--TA-GCAA-TGAAT----------------TCCATCCCCA-CCAGTGCCATTACTCCAATGTTT-----A-----AAGCACGA--TCGCAATAAAGACTA--AAACC-----TTT-------TCT--TTCTGTTATC--AAATAGAATTATGTAC-AA--A---TATTTGAAATTATAATTTTCATATCGT--TTGATATTAAAAT---ACAATATTACTTACCAAAATATCTAACATTATAC-T-AAGTAACATACTATGTTGTAATTGAGAGNAAAATGTGAAG--AAA-----TACT---AGAATATAC---ACTA-TATGCTAAGTACTGGTCGTTCGAAGTCTCGCGATGATTACATATACGGATCAAATA-AC-TAT------CGT--TGTTTCAAATA-----CATAT-ATAATC-----TATA---TATAGATCTA--CA-AAAAAGATATGATCACTGATTCAGGTGT-TC-TTTTTTAAAAA------A--------TCTAAAT-GTGT--ATGTATGTATAATTC--TA--AATCTTAATG--CG-A--AGCGAGCCTTCGACC--------AACCAATACAAACT-NAAC--TTTACTA-----TATGTTGTAA-T-ATTGC--ATAATGTTA-TAT-ATTTTTTTCTTTTACAATGTA-TTTTTTGTATAAACCGATATAAACATTATAT-TGTTATTCTGTAA----TATGGTAA-TTTTGAAATAAAAAA
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gi|10 : TGTAACA------TGTACATGTATATA-TGCAAACATAGTT--TA--CAA-GGAATGTACGTACACACGTACTCCATTCTCAACCAGTGGCATTGCTCCAATGTTT-----A-----AAGCAAGG--TCGCAGTAAAAACTA--AAACC-------------------------TTACC--AAA-A----TATCTAA-AATCA---TACTTAAGAACATACT----ATGCTGTAATTGAGAGTAAAATGTGAGAAAAAAACCTACTAGAAT-TATACCAGTATGC-T-AAGT
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gi|22 : ttgagaatggtaacaTTCTAGAGAATTCGGGACCCAGTGGAATATATACAAAGTGCCATTGCTCCAA
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gi|4 : ttccaggaaatttgagacccagtggaatttatacaaagtgcttattccgaatatcTTCTATAGAATTTGAGAATCAATGGCGATTCTACAAAGTGC--TTATT------A-CT-TATT--TGTG----AGT-------TATTTCATTGTGCCTTCATTTTACTGTCAGTGTCCCAAG-GGGTAATTA----TTTATAGTG----CTTATTTTA-TGTGTTTGTTGAATATATTATGTGTGTGTATACACCTGTATTCGTGTAAA-----TATTTGTATA-CA------TATACATGT--ATACTGTACAGATATTTAGTACACAAGTAAAT----------------TACATCTCCA-TCAGTGCCATTAATCCAAGGTTA-----A-----AAAAAC-ATTTTACATTAAAAAACAATAAACCAAAAGTTTAAGAAAATACAATGCTGTGATCGAAAGTAAAA-TGTGTAA-AA--ACTGTATTTGAA
gi|4 : agtaaacataagtaagtaagtaatgtaacagtagaaatataatacaaaatatcatattcataaaataatttcaaCAT--TTTACATTAAAAA---ACAATA--A---ACCAAAA--------GTT-----T-AAG-AAAATACAATGCTGTGATCGAAAGTAAAATGTGTAA--AAACTG--TATT---TGAATAT------CT--T-TGCTACGTGCTGGTCGTTCGACGTCTCACGGTTATTACCTTCGCAGATCAAGTA-AC-tatctttgctacgtgctggtcgttcgacgtctcacggttattaccttcgcagatcaagtaacgtgttaaaaatgattattcaatcagtgtttttttataaacttatcttaattgtgtttttatttataaatgaacgatcagcgttcgcctaattgatacgaatggaactttattaaagtttgaaattattacataaggttactatgagtttttacaatgcatttcttgtatcaatcgatttgaacattgcgttgctattctgtaatatgtttttttttaaataaaacaaataa
gi|4 : agtaaacataagtaagtaagtaatgtaacagtagaaatataatacaaaatatcatattcataaaataatttcaattctatagaatttgagaatcaatggcgattctacaaagtgcttattacttatttgtgagttatttcattgtgccttcattttactgtcagtgtcccaaggggtaattatttatagtgcttattttatgtgtttgttgaatatattatgtgtgtgtatacacctgtattcgtgtaaatatttgtatacatatacatgtatactgtacagatatttagtacacaagtaaattacatctccatcagtgccattaatccaaggttaaaaaaaAAAA---ATGATTATTCAATCAG-TGT-T---TTTTTATAAACTT---A--------TCTTAATTGTGT--TTTTATTTATAA----------------ATGAACG-ATCAGCG----TTCGCCT--------AATTGATACGAATG-GAAC--TTTATTA-----AAGTTTGAAA-TTATTAC--ATAAGGTTACTATGAGTTTTT------ACAATGCA-TTTCTTGTATCAATCGATTTGAACATTGCGT-TGCTATTCTGTAA----TATGTTTT-TTTTTAAATAAAAgtgttaaaaatgattattcaatcagtgtttttttataaacttatcttaattgtgtttttatttataaatgaacgatcagcgttcgcctaattgatacgaatggaactttattaaagtttgaaattattacataaggttactatgagtttttacaatgcatttcttgtatcaatcgatttgaacattgcgttgctattctgtaatatgtttttttttaaataaaacaaataa
gi|5 : agtaaacataagtaagtaagtaatgtaacagtagaaatataatacaaaatatcatattcataaaataatttcaattctatagaatttgagaatcaatggcgattctacaaagtgcttattacttatttgtgagttatttcattgtgccttcattttactgtcagtgtcccaaggggtaattatttatagtgcttattttatgtgtttgttgaatatattatgtgtgtgtatacacctgtattcgtgtaaatatttgtatacatatacatgtatactgtacagatatttagtacacaagtaaattacatctccatcagtgccattaatccaaggttaaaaaaacattttacattaaaaaacaataaaccaaaagtttaagaaaatacaatgctgtgatcgaaagtaaaatgtgtaaaaactgtatttgaatatctttgctacgtgctggtcgttcgacgtctcacggttattaccttcgcagatcaagtaacgtgttCATGTTAATA-TGTACAGATATTT--TA-GCAA--GAAT----------------TCCATCCCCA-TCAGTGCCATAACTTTAATGTTT-----AATTTAAAGCACGA--TCGCAATAAAGACTA--AAACC-----TTT-------TCT--TTCTGTTATT--AAATAGAATAATGTAC-AA--A---TATTTGTAATTGTAATTTTCATATCAA--TTGATATAAAAAT---ACAATATTACTTACCACAATATCTAACAGTATAC-T-TAATAACATTCTATGTTGTAATTGAGAGAGAAATGTAAAG--AAC-----TACT---AGAATATAC---ACTA-TATATTAAGTACTGGTCGTTCGAAGTCTCGCGATGATTACATATATGGATCAAATA-AC-TAT------CGT--TGTTTCAAATA-----AATAT-ATAATC-----TATA---TATGGATCTA--CACAAAAAGATATGATCACTGATTCAGGTGT-TCTTTTTTTAAAAAAAGACTA--------TCTAAAT-GTGT--ATGTATATATAATGC--TA--AATCTTAAGG--CG-A--AGTGAGCCTTCGATC--------AACCAATACAAACT-CAAC--TTTACTA-----TATGTTcaaataa
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Alignments
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lowQualScore : .. . . ..................... .. . . . . . . .... . .... . . . .. . . . . ...... .. . .. . .. ................ . ........... .. .. ..... ....... .. .. . .. ...... . .. ... .. . . . . .. ..... ... ... . . . . ...... .. ...... . ..... ... . .. . . . . .. . ................ . .. . . .. .. . . . .. . .. . ........ .... .. ..... . . ... .. . . ... . . .... . .
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gi|1 : TTCCAGGGAATTCGAGACCCGGTGGAATTTATAAAAAGTGC--TTATTCCGAATATCT-GATT--T--AAACTACAATCTACGTGTATTTATTTGTACCTTCATTTTACTATCAATGTCAAAAGTGAAT-ATTA----TTTATAATG----TTT-TTTAAATGGATCTGT--AAGATA-TATATGCGTGTGTACATGTGTATTCATATAAA-TGTGTATGTATGTA-TT------TGTACATGTTAATA-TGTACACATAGTT--TA-GTAA-TGGAT----------------TCAATCCTCA-CCAGTGCTATTACTCCATTGTTT-----A-----AAGCACGA--CCACAATAAAGACTA--AAACC-----TTT-------TCT--TTCTGTTATT--AAATAGAATTATGTAC-AA--A---TATTTAAAATTATAATTTTCATATCGT--TTGATATTAAAAT---AAAATATTATTTACCAAAATATCTAACATTATAC-T-AAGTAACATACTATGTTGTAATTGAGAGAAAAATGTGAAG--AAA-----TACT---AGAATATAC---ACTA-TATATTAAGTACTGGTCGTTCGAAGACTCGCAATGATTACATATATGGATCAAATA-AC-TAT------CGT--TATTTCAAATA-----CATAA-ATAATC-----TATA---TATAGATCTG--CA-AAAACGATATGATCACTGGTTCAGGTGT-TC-TTTTTTAAAAA------A--------TCTAAAT-GTGT--ATGTATATATAATTC--TA--AATCTTAATG--CA-A--ATGGAGCCTTCGACC--------AACCAATACAAACT-CAAC--TTTACTA-----TATGTTGTAA-T-ATTGC--ATATTGTTA-TAT-ATTTTTTTCTTTTAAAATGTA-ATTTTTTTATAAAACAATATAAACGTTATAT-TGTTATTCTGTAA----TATGGTAA-TTTTGAAATAAAAAA
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gi|4 : agtaaacataagtaagtaagtaatgtaacagtagaaatataatacaaaatatcatattcataaaataatttcaattctatagaatttgagaatcaatggcgattctacaaagtgcttattacttatttgtgagttatttcattgtgccttcattttactgtcagtgtcccaaggggtaattatttatagtgcttattttatgtgtttgttgaatatattatgtgtgtgtatacacctgtattcgtgtaaatatttgtatacatatacatgtatactgtacagatatttagtacacaagtaaattacatctccatcagtgccattaatccaaggttaaaaaaaAAAA---ATGATTATTCAATCAG-TGT-T---TTTTTATAAACTT---A--------TCTTAATTGTGT--TTTTATTTATAA----------------ATGAACG-ATCAGCG----TTCGCCT--------AATTGATACGAATG-GAAC--TTTATTA-----AAGTTTGAAA-TTATTAC--ATAAGGTTACTATGAGTTTTT------ACAATGCA-TTTCTTGTATCAATCGATTTGAACATTGCGT-TGCTATTCTGTAA----TATGTTTT-TTTTTAAATAAAAgtgttaaaaatgattattcaatcagtgtttttttataaacttatcttaattgtgtttttatttataaatgaacgatcagcgttcgcctaattgatacgaatggaactttattaaagtttgaaattattacataaggttactatgagtttttacaatgcatttcttgtatcaatcgatttgaacattgcgttgctattctgtaatatgtttttttttaaataaaacaaataa
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