lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 111111111                                                                                                                                                                                                                             111111111111111111111111111111111111                                             
lowQualScore                  :                                                                                                                                                       22222           1  1111     11       1       1         1              1   66666666                 11        1                 55555555555555   1111              11111111111                  88888888888888888888888         1                            2222222     1111            2          11                                  11  3333333333333     11    222222       333333333   11          111                          2222222              999999999999999999999999      1           222               2222222           33      11    11       1111           555555555555555555      3333       11  33                   222222222                         2    111111           44444             1111        1               1                  111         11                999999999999999999999999999999999999999999999999         222                   222222222222222222222222222222222222       333333333333                     22   
lowQualScore                  :                                                                                                                                                       22222           0  3333  8  11       0    0  4         1    1         1   66666666          5      00 6      1            5    99999999999999 0 2222         5    88888888888 3 6              22222222222222222222222         1       8             6    4 2222222     3333      22    5  9 0  0  99  3      9              3         22  5555555555555     88    333333       333333333   11          444         5 5          5   0000000    6         222222222222222222222222      0      0    333       2    3  1111111       3   22      22    88       4444 3   3 3   888888888888888888      4444       11  33              3    888888888     6   2 1   0   3 1   8    999999           77777  0          6666      4 3  77  2        1         6        111         55    2      2    555555555555555555555555555555555555555555555555       3 555    6  1      3    777777777777777777777777777777777777       333333333333              0      11   
lowQualScore                  :                                                                                                                                                       .....           .  ....  .  ..       .    .  .         .    .         .   ........          .      .. .      .            .    .............. . ....         .    ........... . .              .......................         .       .             .    . .......     ....      ..    .  . .  .  ..  .      .              .         ..  .............     ..    ......       .........   ..          ...         . .          .   .......    .         ........................      .      .    ...       .    .  .......       .   ..      ..    ..       .... .   . .   ..................      ....       ..  ..              .    .........     .   . .   .   . .   .    ......           .....  .          ....      . .  ..  .        .         .        ...         ..    .      .    ................................................       . ...    .  .      .    ....................................       ............              .      ..   
lowQualScore                  :                                                                                                                                                       00000           2  0000  2  00       5    6  2         0    7         4   11111111          7      55 0      3            0    66666666666666 3 1111         0    66666666666 9 0              33333333333333333333333         0       3             7    8 6666666     4444      99    3  3 9  3  22  2      8              5         22  8888888888888     22    000000       666666666   00          666         0 0          0   0000000    7         555555555555555555555555      0      7    333       5    7  7777777       7   55      00    88       2222 2   2 2   555555555555555555      3333       00  00              0    333333333     7   2 0   3   7 0   0    222222           22222  8          0000      0 3  33  5        0         0        777         88    5      5    888888888888888888888888888888888888888888888888       3 888    7  0      2    222222222222222222222222222222222222       777777777777              7      00   
consensus                     :                                                                                                                                               GATGTCGT---ATAATGTAGATCTCATACAATGTTG--ATCTCCTACAATTTTNTTTCTCATACATATTTGTCTCCCTCATGTAA-AATATGTAGCTGAT-ATTTCATACCGACTCCGCTACCCAGGTCANTTTTCATTT-AAACTTCCAAA----TTATTAAGCCGGAG---CG------TCTTAAATAGCCTGAAAA----ATAAGA---AACAATTT--ATTAGCTTGCTGATAATTAAAGATAGTATCAGAAAATA-TAACATAAAATACGNAATAAANGTGTAAAAATGGGACATGGTTCCTCATATTGTAATAGACGCANGAGCCGAAAC-AAAACGTTCAACTTAATACATGCTCT------ATAACAC--TA-----ATT--AAGTCAGACCAGCGAGTTTTATGTGTTTTGTTCTTCAAAAGTTATNAAAT-AATTACAGG--AATATAATA-ATTGATTTGATACGATCACTTACGAAAGTA---GAGTTGCNCAACNAT-------GTTTAAANGAGTATAACTTNAGATACTAGCGTTT----CAAAAATATTG-T---ACCT--A--CA--TTTCAT----TAATAAC--CACAGTCACTTCTCTGTTNCATT---------TATAT-AATNAGATGATGANTGTAA-TGTT------CTTACTTTTTTT-T-TATTATAAGCTGTTGAT-GTCATANT-TT-TCCCTGGACTGTGACGAAAATTGTCAATCTG---AAAAAATAC--GAAANAATGTTGTAGTG-------AAA----A---GTTAAAAG----TAGT--TTATCA-GTGTGGCAGTGAC-ATTTTC-ATCAGACTTTGGAAGC--TGCT--------------T-------------AATAGCA-----AGA----AAACTTTATTTTTATACATTTCCCTA
Reference ( gi|1 )            :                                                                                                                                               GATGTTGT---AAAATGTAGATCTAATACATTGGTG--GTCTCCTTTAATTTTATTTCTCATAAATATTTGTCTCCCTGATGGAA-AATCTGTAGCTGAT-ATTTCAAGCTGACTCCTCTATCCAGGTCAATTTTCATTTCAAACTTCAAAA----TTATTAAGCAGGAG---TG------TTTCAAATAGCCTGAAAA----A-AAAA---AA-----T--ATTAGCTTGATGATAATAAAAGATAATATCACAAAACA-CAAT-TAAAATGCTAAATAAATGTGTATAATTAGGACAAAGTTCCTCATATTGTAATAGATGCATGAGCCAAAAT-AAACTGTTCAACATGATACATTCTCT------ATAACAC--TA-----ATT--AAGTCAGACCAGTGAGTTTTATATATTTTGTTCTTTAAAAGTTATTAAAT-AATTACAGG--AACA-AACA-ATTGATTTGAT-TGATCAGTTACAAGAGTA---GAGTTGCCCAACAAT-------GTTTAAAGGAGAATAACTTCAGATACAAGTGTTT----CAAAAATATTA-T---ACTT--A--CA--TTTCAT----TAATAAC--CA--GTCACTTCTCTGTTTCATTAAAAAAAATTATAT-AATAAGATGATGAATATAAATGTT------CTTACTTTTTTT-T-TATTATAAGCTGTTGAT-GTCATATT-TT-CCCCTGGACTGTTACGAAAATTATCAATCTG---AAAAAATAT--GAAACAATGTTGTAGTA-------AAA----A---GTTGAAAG----AAGT--TTA-CACGTGGGGCAGTGGC-A-TTTC-ATTAGACTTTGGAAAC--TGCT--------------T-------------AATAGCA-----AGA----AAACTTTATTTTTACACATTTTGCTA
gi|2                          :                                                                                                                                               GACGTTGT---ATAATGTAGATCAAATA--TTGGTG--GTCTCCTATAATTTTATTTCTCATAAAAATCTGTCTCCCTGATGTAATAAT-TGAAGCTGAT-ATTTCAATTCGGTTCCTCTATCCAGGTCAATTTTCATTTCAAACTTCAAAA----TTATTAAGCAGAAGAAGTG------TTTTAAATAGCCTGAAAA----A-AAGA---AACAAGTT--ATTAGCTTGATGAAAATAAAAGATAATATCACAAATCA-CAAT-TAAGATGCTAAATAAATGTGTACAATTAGGACATAGTTCCTCATATTGTAATAGATGCTTAAGCCAAAAT-AAAATGTTCAACTTGATTCA-TCTCT------ATAATACTTTAAAAATATT--AAGTCAGACAAGTGAGTTATATATATTTTGTTCTTTAAAAGTTATAAATT-AATTACAGG--CATATAATGTATTTATTTAAT-TAATCAGTTACAAGAGTA---GAGTTGCCCAATAAT-------GTATAAAGGAGTATAACTTCAGATACTAATGTTT----TAAAAATATTA-T----CCG--A--CA--TTTCAT----T
gi|10                         :                  ttaagatctcatacaatgttgttgttgtatgatgtagatctcatacaatnnnnnnnnnnaagatctcatacaatgttgttgttgtatgatgtagatctcatacaatgttggtttcatacaatgttGATGCCAT---ATAATGTAGATCTCAT---TTAATGCTATCTCCTATGCTTTTTTTTCTCGTGTATATTTGTCTCCCTCATGTAA---TATGTAGCTGAT-ATTTAAAGCCGACTCCACCATTCAGGTCAATTTTCATTT-AAACTTCCACA----TTATTTAGCAGGAG---TA------TCTTACAAAGCCTGA
gi|20                         : tgttgtttaacatagatctcatataatgcagatcagatctcatactatgttgatctcccataatgttgatgttgtataatgttgatatcatatgatgttgttgtaaatcagatgtcatacaatgttgatctcatataatgtaGATGTTGT---ATAATGTAGATCTCATACAATGTTG--ATGTC
gi|16                         :                                                                                                                            gttggttccatacaatgttGATGTCAT---ATAATGTAGCTCTCATACAATGTTG--ATCTCataaaatgcagatgtcgtataatgtagatctcatagtattacaatgttggtgtcatatgatttag
gi|6                          :                                          acaaagttctaaaattgtaatgtttagattaacagcctttaaatgatttaacagtgttttttttctcttatattttctgtctaattaagtctcatataatgttTGTTGTCTTATAATGACGATCTCATACAATGTTG--GTCTCATACAATGCCGTTTCTCAAACATATTTATCTCCCTCA----------TGCAGCTGAT-ATTATATGCCAACTATGCTATCCAAGTCAACTTTCACTT-ATACTTTCATATGTCTTACAAAGCTGGAG---TG------TCTTAAATAGTCTGAAAA----A-ATAAGACAA-----TGCATTAGCTTGCTGATAATTAATGATAATAT-------------------------AATAAATGGGTAAAAATAGTACATGGTTCTTCATTTTGTAATAGATGCAAGAGCCAAAAC-AA-------------ATACAGGCTTT------ATAACAC--TA-----ATTAAAAGTCAGATC----AGTTTTATGTGTTTTGTTCT----------TCAAAT-AATTACAGG--Aataaaa
gi|13                         :                                atctcatacaatgttgttgtcttataatgaagatctcatacatgtttgtgatttataatgaagatctcatacaatgttggtctcatacatgctgttgtcttattatgaagatctcatacaatgttgttgtcttataatgaagatctcatacatgtTTCAATGTTTTTTCTCATATATAT--GTCTCCCTCGTGTTA---TATATAGCTGAT-ATTTCATACCGACTCTGATACCCAGA-CACTTTT--------AC----AAA----TTATTAAGCCAAAA---CA------TCTTAAATAACCTGAAAA----ATAAGA---AACAATTT--ATTAACTTGCTGATAATTAAAGATAGTATCAGAAAATA-TAACATAAAATATGTAATAAAATTGTAAAATTGGG
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                 TTT-TTTCTCATACATATTTGTCTCCCTCATGT---AATATATAGCTGAT-ATTTCATACCAACTCTGATACTAAGAT-ACTTTT--------AC----AAA----TTATTAAGTCAGAG---TG------CCTTAAATAACCTGAAAA----ACAAGG---AACAATTT--ATTAACTTGCTGATAATTAAAGATAGCATCAGAAAATA-TAACATAAAATATGTAATAAAATTGTA-AAATGGGGCAt
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                 ATTTGTCTCTGTCATGTAA---TATATAGCTGAT-ATTTCATACCAACTCCGCTACACTGATC-CTTTT--------AC----AAA----TTATAAAGCCAGAG---TG------TCTTGAATAACCTGAAAA----ATAAAA---AACAATTT--ATTAACTTGCTGATAACTAAAGATAGTATCAGAAAATA-TAACATAAAATATGTAATAAAATTGTA-AAATGGGGCA
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                     GTCTCCCTCATGTAATAAT-TGTAGCTGATCATTTTA
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                      atgtacGATCATTTTACATTTAAAA-TTCCTGA----TTATTAAGCAGGAG---CAGGAGCATCTTAAATGGCCTGAAAATATAA-GAAAC--AA-----TTTATTAGCTTGCTGATAATAAAAGATAATATCACAAAATAATAAT--AAAGTGCTAAATAGATGTGTA------GGTCATGGTTCCTCATATTGTAATAGACACAGGAGCCAAAAC-AAAACATTCAACTTAATACATGCTCT------ATAGCAC--TG-----ATT--AAGTCAGGTCATTGAGTTTTATGTGTTTTATTCTTCAAAAGTTA-TAAATCAATTACAGG--AGCA-TATA-A-----CTGAT-TGATCACTTACAAGAGTA---GAGTTGCCCAACAAT-------GTTTAAAAGAGTATGATTTT-------AGTGTTT----CAAAAATATTG-------TTGGA--CA--TTTTAT----TAATAACCACA--GTCAATTTTCTGTTTCAT---------TTATAT-AATGAGATGATGATTAT-AATGTT------CTTACGTTTTcatttaaaattcctgattattaagcaggagcaggagcatcttaaatggcctgaaaatataagaaacaatttattagcttgctgataataaaagataatatcacaaaataataataaagtgctaaatagatgtgtaggtcatggttcctcatattgtaatagacacaggagccaaaacaaaacattcaacttaatacatgctctatagcactgattaagtcaggtcattgagttttatgtgttttattcttcaaaagttataaatcaattacaggagcatataactgattgatcacttacaagagtagagttgcccaacaatgtttaaaagagtatgattttagtgtttcaaaaatattgttggacattttattaataaccacagtcaattttctgtttcatttatataatgagatgatgattataatgttcttacgtttt
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        atgtacgtctccctcatgtaataattgtagct-TAAAATACTAAATAAATGTGTAAAAATAGGACATGGT-CCTCAT---GTAATAGATGCATGAGATGAAACCAAAGT-TTCAAC-TAACACATGCTCTTATATAATAACAC--CA-----ATT--ACGTCAGACCAG--------------------CTTCAAAACGTATGAAAT-AATTACAGGCAAATATAATA-ATTGATTTGAC-CGATCACTTACAAAATTA---GAGTTGCCCAACAATAATCACAGTTTAAAA-AGTTTAACTTTAGATA----TTTTTATAACAAAAAT--TA-T---AACT--A--AAGGTTGTGTGTC-TAACACT--AA--GTTACTTCTCTGTTGCATT---------TATAT-AATTAGACAATGAATGTAA-TGTT------CTTACTTGTTTT-T-TAT---AAGCT--------TCATCTT-TT-TCCCTGGACTGTGATGAAAAATGTCAACCTG---AAAAAATAT--AAAACAATGTT-TAGCGAAAATCTAAA----A---GTTGAAAG----TAGT--TAATCA-GTTTGGTAGTGAC-ATTTTC-ATCAGATTTTGGAAGCTATGTT--------------T-------------AAT
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 actactaaT------ATAAAAC---------ATC--AAGTTAGTCTTGCGAGTTTTATGTGTTTTGTTCTTCAAAAGTTATAGAAT-AATTATAG---------------T-ATT--ATATGATCACTTACGAAAGTATAAGAATTGAACAACTAT-------ATTTAAATGAGT-TCATTTAGGATACTAACATTT----CCAAAATATTG-TTAGACTT----------TTCATAATATAATTAC--CACAGTCACTTCTCTCGTGCACT---------TATAC-AATAAGATAGTGATTGCAA-TTTT------CTTACTTCTTG-----ATTATAAACTGTT-ATAGTCATAAT-ATATTCCTGGACTGTGACGAGAATTGTCAATCTGAAAAAAAAATACAAAAAAAAATGTTGTACTG-------AAA----A---GTTAAAAG-----------TA-T------GGTAGTGAC-ATTTTC-ATCAAACTtcaacttaaataacagccatggaggaaacttt
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  tAGTTTTATGTGTTTTGTTCTTCAAA------------AGTT---GG---------------GATT--ATACGATCACTTATGAAAGTATAAGAGTTGAGCAACTAT-------ATTTAAATGAGT-TAATTTAGGATACTAGCATTT----CAAAA-TATTG-T------T--AGACA--TTTCATAATATAATAAC--CACAGTCACTTCTCTGGTGCACT---------TATAC-AACAAGATAGTGACTGTAA-TTTT------CTTACTTCTTT-----ATTATAAACTGTTGTA-GTCATAATATG-TTCCTGGACTGTGATGAGAATTGTCAATCTG---AAAAAATACA-AAAAAAATGTTGTACTG-------ATA----A---GTT---AG----AAGT--AT---------GGTGGTGAT-A-TTTTAATCAGACTgttcaatttaatttaacttgtataacaaccatgcagcttcaagtttagagaaaatattatatattttatttcattacattggtttgtatattacaactaccatactgaggtatgacaaattataatctgtaagaatttttgaaagacttatggacctgatttatacaaaaattggaagcattcggtacttcctcatgtaagtcaacagtacctaagaacctttgtg
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     AAAGTA---CAGTTGCACAACCAT-------GTTTAAAGGAT-ATAGCTTAAGATACTAGTGTTT----C-------TTATT---AC----A--CA--TTTTAT----GAATAAgttcaattaattttaacttatataacaaccatgctgcttcaagtttggagaaaaaattatatttttatatcattacactggtttgtatattacaactacaatactgaagtatgacaaattataatctgtaagaatctttgaaagacttatggacctgatttatagaaaaattggaaggattctgtacttcctcatttaagtcaacagtacagaagaacctttgtgacatagtaattaggctttcagtctgtatttcttcatgtaaggcaac
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           AT----AAATAAC--CACAGTCACTTCTCTGTTTCATT---------TATAT-AATTAAATGATGTATATAATTGTT------CTTACTTTTTT-----AGTATAAGCTGTTGAT-GTCATAAT-TT-TCCCTGGACTGTTACGAAGATTGTCAATCTG----AAAAATAT--GAAAGAATGTTGTAGTG-------AAA----A---TCTAAAAGTTGAAAGTTGTTATCA-GTGTGGCAGTGACAA-TTTC-ATTAGACTTTGGAAGC--TGCTTAATTCAACTTGAAT-------------AATGGCA-----AGA----AAACTTTATTTTTACATATTTCCCTAatgttgaatgtaatgttgaaactcctaccttttctatgtattacaagctgttgtagcatgttattcttggattgtgatgaaaactgtcaatctgaaaaaatatgaaacaatgttctagtaaaaatctaaaaattgaaagtagtttatcaatatatcagttacattttcatcagactttgatagctgcctctaattcaacttgaataacagccatagagttgaaacattatttttatacatctccctacagatatttgtattttacagctgccatacaggggtaatggggtatgacaaattaaatctgcaaaagtcctttgaaggagttgtggtggtcctgttttattggaacagtggaagaattctatatttcctcatataagtcaatactggtatcaatcaagtagataagaac
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        TGTTTC-TTATTACACATTTTATGAATAA-ATGTTGAATGTAA-TGTTGAAACTCCTACCTTTTCTATGTATTACAAGCTGTTG-T-AGCATGTTATT-CT--TGGATTGTGATGAAAACTGTCAATCTG---AAAAAATAT--GAAACAATGTTCTAGTAAAAATCTAAA----A---ATTGAAAG----TAGT--TTATCA-ATATATCAGTTAC-ATTTTC-ATCAGACTTTGATAGC--TGCC--------------TCTAATTCAACTTGAATAACAGCCATAGAGTTGAAACATTATTTTTATACATCTCCCTAcatctacaatgtatttgtttattacag
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                aaagtacagttgcacaaccatgtttaaaggatatagcttaagatactagATAAGCCGCTGAT-ATCATATT-TT-CCC-TGGACTGTGACAGAAATTGTCAATCTG---ATAAAATAT--GAAACACTGTTGTAGTG-------AAATTTTAAATGTTAAAAC----TAGT--TTATCA-GTGTGGCAGCTGC----TTA-ATTCAACTT--GAA----------------------C-------------AATAGCA-----AGA----ATAATTTATTTTTATACATTTCCCTAcagatatttgtattttacagctgccatacaggggtaatggggtatgacaaattaaatctgcaaaagtcctttgaaggagttgtggtggtcctgttttattggaacagtggaagaattctatatttcctcatataagtcaatactggtatcaatcaagtagataagaac
7 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|12 ): ATGTAAGCCAACAGTTACATCAGAACCTTTCTGACATAGTAATTAGGCTTTCAATCTGTACTTCCTCATGTAAGTCAACAGTACATAAGAACCTTTGTAACATAGTAATTAGGCTTTCAATCTGTACTTCCTCATGTAAGTCAACAGTACATAAGAACCTTTGCGACATAGTAATTAGACTTTCAGTATGTACTACCTCATGTAAGTCAACATTATATAAGGACCTTTGCGACATAGTATTAAGGCTTTCAGTATGTACTTC
Unaligned ( gi|17 ): TATCCTGATGTTTTTAGAAATGAATGAACCAGAAGATCTTATAACCTGGAAGAGAAAACAATAGCTTAACTTGCAGATAATTGAAGAAAATATCATAAAATCTTACAAAGTCTTAAATAATTAAATATGCATAAAGTAGGGTA
Unaligned ( gi|18 ): TCTCATACAATGTCAGTCCCATATAATGACAATATAATATCTCATAATATCATGACAGTTCCGTATAATGACAATATTGTGTCGTATAATTATGATATATGGAAGTCTTATAATAATGACAGTCTCATATAA
Unaligned ( gi|19 ): ACAGCTTCCATACAGGGATAATGGGATATGAAAAATTACAATCTGCAAAACTCCTTTGAAAGAGTTGTGGTGGTCCTGTTTCATTGAATCTATATTTCTTCATATAAGTCAAAACTGTTATAAAGT
Unaligned ( gi|21 ): CTGCAAACATTCATTTGAAAGAGTTGTGTTGGTCCTGTTTTATTGAAACATAAAAGTCAACACTGGTATCAAGAGGATA
Unaligned ( gi|22 ): TCTGCAAAAATCCTTTGAAAGAGTTGTGGCAGTATTGCTTGATATAAGTCAACACTGTTATAAGGCAG
Unaligned ( gi|23 ): TGGCCCTACAGACTGGAATAGATCTGAAGGTCTAAAAAACAATGTTTCAATTTTACAATATGCACT






Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                            2222222222222222                                   333333333333333333             1    11                  333333                                                   111111111                1111111    1111                                                                             2222222       111                                                                111                    111111       222222222                                                                4444444444444444444444444                1111111               1111111                                  1111            4444444444444      3333                             222222222                                    1      1111                         1                                 111        111                 3333333   11111111         1111111111111111111                                  11    8888888888888888888888888888       22222   2222                          
lowQualScore                  :                                                                                                                                                 44444    555555        333 4444444444444444 555555   55555  9    6666666  55  666666666666666666  66666      0    11 33               333333        55        33            11       2    22   333333333   9999         5555555    1111               4    5 8  22      0                  0             5      5   1111111       444      11   888  4 1         0      6          2   1     2     0 000      66       5    999999       555555555   99          6666                             1 5  1          6666666666666666666666666          0     1111111       1    1  8888888       1    8      6         2    2222 1   1    0 1111111111111      0000       3 4               1   222222222         3         6 0 5   66       0 1    9999             9999     88 1 1                               000        555    1      0     7777777   33333333         6666666666666666666           1 77            0    3 11    5555555555555555555555555555       55555   1111                          
lowQualScore                  :                                                                                                                                                 .....    ......        ... ................ ......   .....  .    .......  ..  ..................  .....      .    .. ..               ......        ..        ..            ..       .    ..   .........   ....         .......    ....               .    . .  ..      .                  .             .      .   .......       ...      ..   ...  . .         .      .          .   .     .     . ...      ..       .    ......       .........   ..          ....                             . .  .          .........................          .     .......       .    .  .......       .    .      .         .    .... .   .    . .............      ....       . .               .   .........         .         . . .   ..       . .    ....             ....     .. . .                               ...        ...    .      .     .......   ........         ...................           . ..            .    . ..    ............................       .....   ....                          
lowQualScore                  :                                                                                                                                                 88888    555555        333 0000000000000000 888888   00000  1    2222222  88  666666666666666666  22222      7    00 77               666666        55        99            44       8    88   888888888   4444         7777777    2222               4    0 1  22      2                  8             6      0   7777777       444      11   333  0 7         8      0          8   0     8     8 222      66       0    222222       000000000   22          5555                             4 0  9          0000000000000000000000000          7     0000000       0    0  6666666       0    7      6         7    1111 4   7    4 9999999999999      0000       0 3               0   999999999         0         6 4 7   44       6 3    5555             7777     00 4 9                               000        000    0      7     1111111   11111111         3333333333333333333           7 99            8    2 00    0000000000000000000000000000       00000   2222                          
consensus                     :                                                                                                                              GATGTCGTATAATGTAGAT-----CTCA------TACAATGT---T----------------G------ATC-----TCATACA-------AT-NTTGTT---------------TC-----TCATAC-ATGT--T--TGTCTCCCTCATGTAA-AATATGTAGCTG--ATATTTCATGCCGACTCCGCTACCCAGGTCAATTTTCATTT-AAACTTCCAAA----TTATTAAGC-----C-GGAG---CGTCTTAAATAGCCTG-AAAA-ATAAGAAACAATTTATTAGCTTGCTGATAATTAAAGATAATATCANAAAATA-TAACA-----TAAAATACTNAATAAATGTGTA-AAANTAGGACATGGTTCCTCATATTGTAATAGATGCATGAGCCAAAACAAAACGTTCAACTTAATACATGCTCT------ATAACACT------A-ATT--AAGTCAGACCAGCGAGTTTTATGTGTTTTGTTCTTCAAAAGTTATAAAATAATTACAGG--AATATAATA-ATTGATTTGAT-CGATCACTTACGAGAGT---A---GAGTTGCCCAACAAT-------GTTTAAAGGAGTATAACTTNAGATACTAGCGTTT----CAAAAATATTGTAC-T--A--CA--TTTCAT----TAATAACCACAGTCACTTCTCTGTTGCAT---------TTATATAATNAGATGATGANTGT-AAT-GTTCTTACTTTTTCT-T-TATTATAAGCTGTTGAT-GTCATANT-TTTCCCTGGACTGTGACGAAAATTGTCAATCTG---AAAAAATAC--GAAACAATGTTGTAGTG-------AAA----A---GTTGAAAGT----AGT--TTATCA-GTGTGGCAGTGACATT--TTCATCAGACTTTGGAAGC--TGCT--------------T-------------AATAGCA-----AGA----AAACTTTATTTTTACACATTTCCCTA
Reference ( family-5429 )     :                                                                                                                              GATGTCGTATAATGTAGAT-----CTCA------TACAATGT---T----------------G------ATC-----TCCTACA-------AT-TTTNTT---------------TC-----TCATAC-ATAT--T--TGTCTCCCTCATGTAA-AATATGTAGCTG--ATATTTCATACCGACTCCGCTACCCAGGTCANTTTTCATTT-AAACTTCCAAA----TTATTAAGC-----C-GGAG---CGTCTTAAATAGCCTG-AAAA-ATAAGAAACAATTTATTAGCTTGCTGATAATTAAAGATAGTATCAGAAAATA-TAACA-----TAAAATACGNAATAAANGTGTA-AAAATGGGACATGGTTCCTCATATTGTAATAGACGCANGAGCCGAAACAAAACGTTCAACTTAATACATGCTCT------ATAACACT------A-ATT--AAGTCAGACCAGCGAGTTTTATGTGTTTTGTTCTTCAAAAGTTATNAAATAATTACAGG--AATATAATA-ATTGATTTGATACGATCACTTACGAAAGT---A---GAGTTGCNCAACNAT-------GTTTAAANGAGTATAACTTNAGATACTAGCGTTT----CAAAAATATTGTACCT--A--CA--TTTCAT----TAATAACCACAGTCACTTCTCTGTTNCAT---------TTATATAATNAGATGATGANTGT-AAT-GTTCTTACTTTTTTT-T-TATTATAAGCTGTTGAT-GTCATANT-TTTCCCTGGACTGTGACGAAAATTGTCAATCTG---AAAAAATAC--GAAANAATGTTGTAGTG-------AAA----A---GTTAAAAGT----AGT--TTATCA-GTGTGGCAGTGACATT--TTCATCAGACTTTGGAAGC--TGCT--------------T-------------AATAGCA-----AGA----AAACTTTATTTTTATACATTTCCCTA
gi|1                          :                                                                                                                              GATGTTGTAAAATGTAGAT-----CTAA------TACATTGG---T----------------G------GTC-----TCCTTTA-------AT-TTTATT---------------TC-----TCATAA-ATAT--T--TGTCTCCCTGATGGAA-AATCTGTAGCTG--ATATTTCAAGCTGACTCCTCTATCCAGGTCAATTTTCATTTCAAACTTCAAAA----TTATTAAGC-----A-GGAG---TGTTTCAAATAGCCTG-AAAA-A-AAAAAA-----TATTAGCTTGATGATAATAAAAGATAATATCACAAAACA-CAAT------TAAAATGCTAAATAAATGTGTA-TAATTAGGACAAAGTTCCTCATATTGTAATAGATGCATGAGCCAAAATAAACTGTTCAACATGATACATTCTCT------ATAACACT------A-ATT--AAGTCAGACCAGTGAGTTTTATATATTTTGTTCTTTAAAAGTTATTAAATAATTACAGG--AACA-AACA-ATTGATTTGAT-TGATCAGTTACAAGAGT---A---GAGTTGCCCAACAAT-------GTTTAAAGGAGAATAACTTCAGATACAAGTGTTT----CAAAAATATTATACTT--A--CA--TTTCAT----TAATAAC--CAGTCACTTCTCTGTTTCATTAAAAAAAATTATATAATAAGATGATGAATATAAAT-GTTCTTACTTTTTTT-T-TATTATAAGCTGTTGAT-GTCATATT-TTCCCCTGGACTGTTACGAAAATTATCAATCTG---AAAAAATAT--GAAACAATGTTGTAGTA-------AAA----A---GTTGAAAGA----AGT--TTA-CACGTGGGGCAGTGGCA-T--TTCATTAGACTTTGGAAAC--TGCT--------------T-------------AATAGCA-----AGA----AAACTTTATTTTTACACATTTTGCTA
gi|10                         :                                                                                                                                TGTTGTTTAACATAGAT-----CTCA------TATAATGCAGATCA--------------G------ATC-----TCATACT-------ATGTTGATC---------------TC-----CCATA--ATGT--TGATGT--------TGTAT-AAT-----GTTG--ATA--TCATA
gi|10                         :                                                                                                                              GATCTCATATAATGCAGATCAGATCTCA------TACTATGT---T----------------G------ATC-----TCCCATA-------AT-GTTtgatgttgttgtaaatcagatgtcatacaatgttgatctcatataatgtagatgccatataatgtagatctcatttaatgctatctcctatgcttttttttctcgtgtatatttgtctccctcatgtaatatgtagctgatatttaaagccgactccaccattcaggtcaattttcatttaaacttccacattatttagcaggagtatcttacaaagcctga
gi|10                         :                                                                                                                tgttgtttaacataGATCTCCCATAATGTTGAT-----GTTG------TATAATGT---T----------------G------ATA-----TCATATG-------AT-GTTGTTGTAAA----------TCAGATGTCATACAATGT--T--GAT----CTCATATA-----ATGTAGATGCCATATgatgttgtataatgttgatatcatatgatgttgttgtaaatcagatgtcatacaatgttgatctcatataatgtagatgccatataatgtagatctcatttaatgctatctcctatgcttttttttctcgtgtatatttgtctccctcatgtaatatgtagctgatatttaaagccgactccaccattcaggtcaattttcatttaaacttccacattatttagcaggagtatcttacaaagcctga
gi|10                         :                                                                           tgttgtttaacatagatctcatataatgcagatcagatctcatactatgttGATGTTGTATAATGTTGAT-----ATCA------TATGATGT---T----------------GTTGTAAATCAGATGTCATACA-------AT-GTTG-A---------------TC-----TCATAT-Aaatgtagatctcatttaatgctatctcctatgcttttttttctcgtgtatatttgtctccctcatgtaatatgtagctgatatttaaagccgactccaccattcaggtcaattttcatttaaacttccacattatttagcaggagtatcttacaaagcctga
gi|10                         :                                                             tgttgtttaacatagatctcatataatgcagatcagatctcatactatgttgatctcccataatgttTGTTGTA-AAT-CAGAT-----GTCA------TACAATGT---T----------------G------ATC-----TCATATA-------AT-atgtagatgccatataatgtagatctcatttaatgctatctcctatgcttttttttctcgtgtatatttgtctccctcatgtaatatgtagctgatatttaaagccgactccaccattcaggtcaattttcatttaaacttccacattatttagcaggagtatcttacaaagcctga
gi|10                         :                            tgttgtttaacatagatctcatataatgcagatcagatctcatactatgttgatctcccataatgttgatgttgtataatgttgatatcatatgatgtGATGTCATACAATGTTGAT-----CTCA------TATAATGT---gtagatgccatataatgtagatctcatttaatgctatctcctatgcttttttttctcgtgtatatttgtctccctcatgtaatatgtagctgatatttaaagccgactccaccattcaggtcaattttcatttaaacttccacattatttagcaggagtatcttacaaagcctga
gi|10                         :                tgttgtttaacatagatctcatataatgcagatcagatctcatactatgttgatctcccataatgttgatgttgtataatgttgatatcatatgatgttgttgtaaatcaGATGCCATATAATGTAGAT-----CTCA------TTTAATGC---T-----------------------ATC-----TCCTATG-------CT-TTTTTT---------------TC-----TCGTGT-ATAT--T--TGTCTCCCTCATGTAA---TATGTAGCTG--ATATTTAAAGCCGACTCCACCATTCAGGTCAATTTTCATTT-AAACTTCCACA----TTATTTAGC-----A-GGAG---TATCTTACAAAGCCTG-Aagatgccatataatgtagatctcatttaatgctatctcctatgcttttttttctcgtgtatatttgtctccctcatgtaatatgtagctgatatttaaagccgactccaccattcaggtcaattttcatttaaacttccacattatttagcaggagtatcttacaaagcctga
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              tgttgtttaacatagatctcatataatgcagatcagatctcatactatgttgatctcccataatgttgatgttgtataatgttgatatcatatgatgttgttgtaaatcagatgtcatacaatgttgatctcatataatgtaAT----AAATAACCACAGTCACTTCTCTGTTTCAT---------TTATATAATTAAATGATGTATAT-AATTGTTCTTACTTTTTT-----AGTATAAGCTGTTGAT-GTCATAAT-TTTCCCTGGACTGTTACGAAGATTGTCAATCTG----AAAAATAT--GAAAGAATGTTGTAGTG-------AAA----A---TCTAAAAGTTGAAAGTTGTTATCA-GTGTGGCAGTGACAAT--TTCATTAGACTTTGGAAGC--TGCTTAATTCAACTTGAAT-------------AATGGCA-----AGA----AAACTTTATTTTTACATATTTCCCTA
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                CA-------AT-GTTTTT---------------TC-----TCATAT-ATAT------GTCTCCCTCGTGTTA---TATATAGCTG--ATATTTCATACCGACTCTGATACCCAGA-CACTTTT--------AC----AAA----TTATTAAGC-----C-AAAA---CATCTTAAATAACCTG-AAAA-ATAAGAAACAATTTATTAACTTGCTGATAATTAAAGATAGTATCAGAAAATA-TAACA-----TAAAATATGTAATAAAATTGTA-AAATTGGGcatctacaatgtatttgtttattacag
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                           ttTTTTT---------------TC-----TCATAC-ATAT--T--TGTCTCCCTCATGTAA---TATATAGCTG--ATATTTCATACCAACTCTGATACTAAGAT-ACTTTT--------AC----AAA----TTATTAAGT-----C-AGAG---TGCCTTAAATAACCTG-AAAA-ACAAGGAACAATTTATTAACTTGCTGATAATTAAAGATAGCATCAGAAAATA-TAACA-----TAAAATATGTAATAAAATTGT--AAAATGGGGCAt
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                 AT--T--TGTCTCTGTCATGTAA---TATATAGCTG--ATATTTCATACCAACTCCGCTACACTGATC------CTTTT-A------CAAA----TTATAAAGC-----C-AGAG---TGTCTTGAATAACCTG-AAAA-ATAAAAAACAATTTATTAACTTGCTGATAACTAAAGATAGTATCAGAAAATA-TAACA-----TAAAATATGTAATAAAATTGT--AAAATGGGGCA
gi|16                         :                                                                                                                                    GTCTAAT-TAAGT-----CTCA------TATAATGT---T----------------G------ATG-----TCATATA-------A--TGTAGC---------------TC-----TCATACAATGT--T--GATCTC
gi|16                         :                                                    acaaagttctaaaattgtaatgtttagattaacagcctttaaatgatttaacagtgttttttttctcttatattttctTCATATAATGTTGAT-----GTCA------TATAATGT---A----------------G------CTC-----TCATACA-------AT-GTTG-A---------------TC-----TCATAataaaa
gi|16                         :                                   acaaagttctaaaattgtaatgtttagattaacagcctttaaatgatttaacagtgttttttttctcttatattttctgtctaattaagtcGATGTCATATAATGTAGCT-----CTCA------TACAATGT---T----------------G------ATC-----TCATAAA-------Aaaa
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                  acaaagttctaaaattgtaatgtttagattaacagcctttaaatgatttaacagtgttttttttctcttatattttctgtctaattaagtctcatataatgttAAA----TGAATGAAC-----C-AGAA---GATCTTA--TAACCTG-GAAG-AGAA--AACAATAGCTTAACTTGCAGATAATTGAAGAAAATATCATAAAATC-TTACAAAGTCTTAAATA---ATTAAATATGCATAAAGTAGG
gi|2                          :                                                                                                               tatcctgatgtttttagTGTTGTATGATGTAGAT-----CTCA------TACAATNN---NNNNNNNNAA-------G------ATC-----TCATACA-------AT-GTTGTTGTTGTATGATGTAGATC-----TCATACAATGT--T--GGTTTCgta
gi|2                          :                                                                                                          ttaagatctcatacaatgttgtTGTTGTATGATGTAGAT-----CTCA------TACAATGT---T----------------G------GTT-----TCATACA-------AT-GTTatacaatgttgacgttgtataatgtagatcaaatattggtggtctcctataattttatttctcataaaaatctgtctccctgatgtaataattgaagctgatatttcaattcggttcctctatccaggtcaattttcatttcaaacttcaaaattattaagcagaagaagtgttttaaatagcctgaaaaaaagaaacaagttattagcttgatgaaaataaaagataatatcacaaatcacaattaagatgctaaataaatgtgtacaattaggacatagttcctcatattgtaatagatgcttaagccaaaataaaatgttcaacttgattcatctctataatactttaaaaatattaagtcagacaagtgagttatatatattttgttctttaaaagttataaattaattacaggcatataatgtatttatttaattaatcagttacaagagtagagttgcccaataatgtataaaggagtataacttcagatactaatgttttaaaaatattatccgacatttcatt
gi|2                          :                                               ttaagatctcatacaatgttgttgttgtatgatgtagatctcatacaatnnnnnnnnnnaagatctcatacaatgttgtGACGTTGTATAATGTAGAT-----CAAA------TAT--TGG---T----------------G------GTC-----TCCTATA-------AT-TTTATT---------------TC-----TCATAA-AAAT--C--TGTCTCCCTGATGTAATAAT-TGAAGCTG--ATATTTCAATTCGGTTCCTCTATCCAGGTCAATTTTCATTTCAAACTTCAAAA----TTATTAAGC-----A-GAAGAAGTGTTTTAAATAGCCTG-AAAA-A-AAGAAACAAGTTATTAGCTTGATGAAAATAAAAGATAATATCACAAATCA-CAAT------TAAGATGCTAAATAAATGTGTA-CAATTAGGACATAGTTCCTCATATTGTAATAGATGCTTAAGCCAAAATAAAATGTTCAACTTGATTCAT-CTCT------ATAATACTTTAAAAATATT--AAGTCAGACAAGTGAGTTATATATATTTTGTTCTTTAAAAGTTATAAATTAATTACAGG--CATATAATGTATTTATTTAAT-TAATCAGTTACAAGAGT---A---GAGTTGCCCAATAAT-------GTATAAAGGAGTATAACTTCAGATACTAATGTTT----TAAAAATATTAT-CCG--A--CA--TTTCAT----Tgacgttgtataatgtagatcaaatattggtggtctcctataattttatttctcataaaaatctgtctccctgatgtaataattgaagctgatatttcaattcggttcctctatccaggtcaattttcatttcaaacttcaaaattattaagcagaagaagtgttttaaatagcctgaaaaaaagaaacaagttattagcttgatgaaaataaaagataatatcacaaatcacaattaagatgctaaataaatgtgtacaattaggacatagttcctcatattgtaatagatgcttaagccaaaataaaatgttcaacttgattcatctctataatactttaaaaatattaagtcagacaagtgagttatatatattttgttctttaaaagttataaattaattacaggcatataatgtatttatttaattaatcagttacaagagtagagttgcccaataatgtataaaggagtataacttcagatactaatgttttaaaaatattatccgacatttcatt
gi|20                         : ttaagatctcatacaatgttgttgttgtatgatgtagatctcatacaatnnnnnnnnnnaagatctcatacaatgttgttgttgtatgatgtagatctcatacaatgttggtttcatacaatgttGATGTTGTATAATGTAGAT-----CTCA------TACAATGT---T----------------G------ATG-----TCATAAA-------AT-
gi|20                         :                                                                                                           gttggttccatacaatgttGATGTCGTATAATGTAGAT-----CTCATAGTATTACAATGT---T----------------G------GTG-----TCATATG-------AT-TTgcagatgtcgtataatgtagatctcatagtattacaatgttggtgtcatatgatttag
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   gttggttccatacaatgttgatgttgtataatgtagatctcatacaatgttgatgtcataaaatgcaAGTTTTATGTGTTTTGTTCTTCAAAAGTT--------------GG---------------GATT--ATACGATCACTTATGAAAGT---ATAAGAGTTGAGCAACTAT-------ATTTAAATGAGT-TAATTTAGGATACTAGCATTT----CAAAA-TATTGT---T--AGACA--TTTCATAATATAATAACCACAGTCACTTCTCTGGTGCAC---------TTATACAACAAGATAGTGACTGT-AAT-TTTCTTAC---TTCT-T-TATTATAAACTGTTGTA-GTCATAATATGTTCCTGGACTGTGATGAGAATTGTCAATCTG---AAAAAATACA-AAAAAAATGTTGTACTG-------ATA----A---GTTAGAAGT----A--------------TGGTGGTGATATT--TTAATCAGACTag
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            T------ATAAAAC---------ATC--AAGTTAGTCTTGCGAGTTTTATGTGTTTTGTTCTTCAAAAGTTATAGAATAATTATAG-----TAT--T-----------ATATGATCACTTACGAAAGTATAA---GAATTGAACAACTAT-------ATTTAAATGAGT-TCATTTAGGATACTAACATTT----CCAAAATATTGT---T--A--GACTTTTCATAATATAATTACCACAGTCACTTCTCTCGTGCAC---------TTATACAATAAGATAGTGATTGC-AAT-TTTCTTAC---TTCT-T-GATTATAAACTGTT-ATAGTCATAATATATTCCTGGACTGTGACGAGAATTGTCAATCTGAAAAAAAAATACAAAAAAAAATGTTGTACTG-------AAA----A---GTTAAAAGT----A--------------TGGTAGTGACATT--TTCATCAAACTgttcaattaattttaacttatataacaaccatgctgcttcaagtttggagaaaaaattatatttttatatcattacactggtttgtatattacaactacaatactgaagtatgacaaattataatctgtaagaatctttgaaagacttatggacctgatttatagaaaaattggaaggattctgtacttcctcatttaagtcaacagtacagaagaacctttgtgacatagtaattaggctttcagtctgtatttcttcatgtaaggcaac
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     tA-----TAAAATACTAAATAAATGTGTA-AAAATAGGACATGGT-CCTCAT---GTAATAGATGCATGAGATGAAACCAAAGTTTCAACT-AACACATGCTCTTATATAATAACACC------A-ATT--ACGTCAGACCAGC--------------------TTCAAAACGTATGAAATAATTACAGGCAAATATAATA-ATTGATTTGAC-CGATCACTTACAAAATT---A---GAGTTGCCCAACAATAATCACAGTTTAAAA-AGTTTAACTTTAGATATT----TTTATAACAAAAAT--TATAACT--A--AAGGTTGTGTGTC-TAACA-CTA-AGTTACTTCTCTGTTGCAT---------TTATATAATTAGACAATGAATGT-AAT-GTTCTTACTTGTTTT-----TTATAAGCT--------TCATCTT-TTTCCCTGGACTGTGATGAAAAATGTCAACCTG---AAAAAATAT--AAAACAATGTT-TAGCGAAAATCTAAA----A---GTTGAAAGT----AGT--TAATCA-GTTTGGTAGTGACATT--TTCATCAGATTTTGGAAGCTATGTT--------------T-------------AATgttcaatttaatttaacttgtataacaaccatgcagcttcaagtttagagaaaatattatatattttatttcattacattggtttgtatattacaactaccatactgaggtatgacaaattataatctgtaagaatttttgaaagacttatggacctgatttatacaaaaattggaagcattcggtacttcctcatgtaagtcaacagtacctaagaacctttgtg
gi|6                          :                                                                                                                                        actactaAT-----CTCA------TACAATGT---T----------------G------TTG-----TCTTATA-------A--TGAAGA---------------TC-----TCATAC-ATGT--T--TGTtcaacttaaataacagccatggaggaaacttt
gi|6                          :                                                                                                                                TGTCTTATAATGAAGAT-----CTCA------TAC-ATGT---TTGTGATTTATAATGAAG------ATC-----TCATACA-------AT-GTTG-G---------------TC-----TCATAC-ATGCTGT--TGTCTgatttataatgaagatctcatacaatgttggtctcatacatgctgttgtcttattatgaagatctcatacaatgttgttgtcttataatgaagatctcatacatgttgttgtcttataatgacgatctcatacaatgttggtctcatacaatgccgtttctcaaacatatttatctccctcatgcagctgatattatatgccaactatgctatccaagtcaactttcacttatactttcatatgtcttacaaagctggagtgtcttaaatagtctgaaaaaataagacaatgcattagcttgctgataattaatgataatataataaatgggtaaaaatagtacatggttcttcattttgtaatagatgcaagagccaaaacaaatacaggctttataacactaattaaaagtcagatcagttttatgtgttttgttcttcaaataattacagga
gi|6                          :                                                                                                                    atctcatacaatgttgtTATAATGAAGAT-----CTCA------TACAATGT---T----------------G------GTC-----TCATACATGCTGTTGT-CTTATTATGAAGA--------TC-----TCATACAATGTTGT--TGTCTtattatgaagatctcatacaatgttgttgtcttataatgaagatctcatacatgttgttgtcttataatgacgatctcatacaatgttggtctcatacaatgccgtttctcaaacatatttatctccctcatgcagctgatattatatgccaactatgctatccaagtcaactttcacttatactttcatatgtcttacaaagctggagtgtcttaaatagtctgaaaaaataagacaatgcattagcttgctgataattaatgataatataataaatgggtaaaaatagtacatggttcttcattttgtaatagatgcaagagccaaaacaaatacaggctttataacactaattaaaagtcagatcagttttatgtgttttgttcttcaaataattacagga
gi|6                          :                                                                           atctcatacaatgttgttgtcttataatgaagatctcatacatgtttgtgattTGTCTTATTATGAAGAT-----CTCA------TACAATGT---T----------------G------TTG-----TCTTATA-------A--TGAAGA---------------TC-----TCATAC-ATGTTGT--TGTCTtataatgaagatctcatacatgttgttgtcttataatgacgatctcatacaatgttggtctcatacaatgccgtttctcaaacatatttatctccctcatgcagctgatattatatgccaactatgctatccaagtcaactttcacttatactttcatatgtcttacaaagctggagtgtcttaaatagtctgaaaaaataagacaatgcattagcttgctgataattaatgataatataataaatgggtaaaaatagtacatggttcttcattttgtaatagatgcaagagccaaaacaaatacaggctttataacactaattaaaagtcagatcagttttatgtgttttgttcttcaaataattacagga
gi|6                          :                                 atctcatacaatgttgttgtcttataatgaagatctcatacatgtttgtgatttataatgaagatctcatacaatgttggtctcatacatgctgtTGTCTTATAATGACGAT-----CTCA------TACAATGT---T----------------G------GTC-----TCATACA-------AT-GCCGTT---------------TC-----TCAAAC-ATAT--T--TATCTCCCTC----------ATGCAGCTG--ATATTATATGCCAACTATGCTATCCAAGTCAACTTTCACTT-ATACTTTCATATGTCTTACAAAGC-----T-GGAG---TGTCTTAAATAGTCTGAAAAA-ATAAG--ACAATGCATTAGCTTGCTGATAATTAATGATAATAT------------------------------AATAAATGGGTA-AAAATAGTACATGGTTCTTCATTTTGTAATAGATGCAAGAGCCAAAACA-------------AATACAGGCTTT------ATAACACT------A-ATTAAAAGTCAGATC----AGTTTTATGTGTTTTGTTCTTC----------AAATAATTACAGG--Atataatgacgatctcatacaatgttggtctcatacaatgccgtttctcaaacatatttatctccctcatgcagctgatattatatgccaactatgctatccaagtcaactttcacttatactttcatatgtcttacaaagctggagtgtcttaaatagtctgaaaaaataagacaatgcattagcttgctgataattaatgataatataataaatgggtaaaaatagtacatggttcttcattttgtaatagatgcaagagccaaaacaaatacaggctttataacactaattaaaagtcagatcagttttatgtgttttgttcttcaaataattacagga
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         atctcatacaatgttgttgtcttataatgaagatctcatacatgtttgtgatttataatgaagatctcatacaatgttggtctcatacatgctgttgtcttattatgaagatctcatacaatgttgttgtcttataatgaagatctcatacatgttgtAAAGT---A---CAGTTGCACAACCAT-------GTTTAAAGGA-TATAGCTTAAGATACTAGTGTTT----C----TTAT--TAC----A--CA--TTTTAT----GAATAA--A------------TGTTGAAT---------GTA---------ATGTTGA-----AA---CTCCTACCTTTTCTATGTATTACAAGCTGTTG-T-AGCAT-GT-TATTCTTGGATTGTGATGAAAACTGTCAATCTG---AAAAAATAT--GAAACAATGTTCTAGTAAAAATCTAAA----A---ATTGAAAGT----AGT--TTATCA-ATATATCAGTTACATT--TTCATCAGACTTTGATAGC--TGCC--------------TCTAATTCAACTTGAATAACAGCCATAGAGTTGAAACATTATTTTTATACATCTCCCTA
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                         GTCTCCCTCATGTAATAAT-TGTA------------------------GCT-----GATCATTTTACATTT-AAAATTCCTGA----TTATTAAGCAGGAGCAGGAG---CATCTTAAATGGCCTG-AAAATATAAGAAACAATTTATTAGCTTGCTGATAATAAAAGATAATATCACAAAATAATAA-------TAAAGTGCTAAATAGATGTGTA-------GGTCATGGTTCCTCATATTGTAATAGACACAGGAGCCAAAACAAAACATTCAACTTAATACATGCTCT------ATAGCACT------G-ATT--AAGTCAGGTCATTGAGTTTTATGTGTTTTATTCTTCAAAAGTTATAAATCAATTACAGG--AGCAT-ATA-ACTGATT------GATCACTTACAAGAGT---A---GAGTTGCCCAACAAT-------GTTTAAAAGAGTATGATTT-------TAGTGTTT----CAAAAATATTGT---TGGA--CA--TTTTAT----TAATAACCACAGTCAATTTTCTGTTTCAT---------TTATATAATGAGATGATGATTAT-AAT-GTTCTTACGTTTTcagatatttgtattttacagctgccatacaggggtaatggggtatgacaaattaaatctgcaaaagtcctttgaaggagttgtggtggtcctgttttattggaacagtggaagaattctatatttcctcatataagtcaatactggtatcaatcaagtagataagaac
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    atgtacATAAGCCGCTGAT-ATCATA-T-TTTCCCTGGACTGTGACAGAAATTGTCAATCTG---ATAAAATAT--GAAACACTGTTGTAGTG-------AAATTTTAAATGTTAAAACT----AGT--TTATCA-GTGTGGCAGCTGC-TTAATTCA----ACTT--GAA----------------------C-------------AATAGCA-----AGA----ATAATTTATTTTTATACATTTCCCTA
6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|12 ): ATGTAAGCCAACAGTTACATCAGAACCTTTCTGACATAGTAATTAGGCTTTCAATCTGTACTTCCTCATGTAAGTCAACAGTACATAAGAACCTTTGTAACATAGTAATTAGGCTTTCAATCTGTACTTCCTCATGTAAGTCAACAGTACATAAGAACCTTTGCGACATAGTAATTAGACTTTCAGTATGTACTACCTCATGTAAGTCAACATTATATAAGGACCTTTGCGACATAGTATTAAGGCTTTCAGTATGTACTTC
Unaligned ( gi|18 ): TCTCATACAATGTCAGTCCCATATAATGACAATATAATATCTCATAATATCATGACAGTTCCGTATAATGACAATATTGTGTCGTATAATTATGATATATGGAAGTCTTATAATAATGACAGTCTCATATAA
Unaligned ( gi|19 ): ACAGCTTCCATACAGGGATAATGGGATATGAAAAATTACAATCTGCAAAACTCCTTTGAAAGAGTTGTGGTGGTCCTGTTTCATTGAATCTATATTTCTTCATATAAGTCAAAACTGTTATAAAGT
Unaligned ( gi|21 ): CTGCAAACATTCATTTGAAAGAGTTGTGTTGGTCCTGTTTTATTGAAACATAAAAGTCAACACTGGTATCAAGAGGATA
Unaligned ( gi|22 ): TCTGCAAAAATCCTTTGAAAGAGTTGTGGCAGTATTGCTTGATATAAGTCAACACTGTTATAAGGCAG
Unaligned ( gi|23 ): TGGCCCTACAGACTGGAATAGATCTGAAGGTCTAAAAAACAATGTTTCAATTTTACAATATGCACT






Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                 2222222222222222                              66666666666666666666             1                          444444444444                                                 11111                    1111111    1111                                                                             11            11111              1                                               111                    111111       222222222                                                                           3333333333333                1111111               1111111                                  1111            22222222           3333                             222222222                                    1      111                          1                                 111        111                 5555555   11111111          111111111111                                  11    8888888888888888888888888888       22222   2222                          
lowQualScore                  :                                                                                                                       0            44444      444444  22    222 9999999999999999       444444    5555555  1   88888888888888888888  55555      6    88 22      3          444444444444                 3        1   11    99999  0  0  99999  1    9999         5555555    1111               4    5 8  22      0                  0             2      5   66      6666  11111     0    66  1           0      6              1           0 000      66       5    999999       555555555   99          6666                              55  1          77 1   3   2222222222222          0     1111111       0    1  8888888       1    8      6         2    2222 1   1    0 88888888   77      0000       3 4               0   222222222         3         6 0 5   66       0 1  3 666              9999     88 1 1                               000        555    0      0     5555555   33333333          222222222222           1 77            0    3 11    5555555555555555555555555555       55555   1111                          
lowQualScore                  :                                                                                                                       .            .....      ......  ..    ... ................       ......    .......  .   ....................  .....      .    .. ..      .          ............                 .        .   ..    .....  .  .  .....  .    ....         .......    ....               .    . .  ..      .                  .             .      .   ..      ....  .....     .    ..  .           .      .              .           . ...      ..       .    ......       .........   ..          ....                              ..  .          .. .   .   .............          .     .......       .    .  .......       .    .      .         .    .... .   .    . ........   ..      ....       . .               .   .........         .         . . .   ..       . .  . ...              ....     .. . .                               ...        ...    .      .     .......   ........          ............           . ..            .    . ..    ............................       .....   ....                          
lowQualScore                  :                                                                                                                       4            22222      888888  33    999 2222222222222222       888888    2222222  0   99999999999999999999  66666      8    22 88      3          111111111111                 7        4   44    55555  2  9  00000  4    4444         7777777    2222               4    0 1  22      2                  8             8      0   00      4444  11111     1    44  2           8      0              0           8 222      66       0    222222       000000000   22          5555                              11  9          99 8   5   8888888888888          7     0000000       7    9  6666666       7    7      6         7    1111 4   7    4 77777777   99      0000       0 3               7   999999999         0         6 4 7   44       6 3  7 555              7777     00 4 9                               000        000    7      7     7777777   11111111          333333333333           7 99            8    2 00    0000000000000000000000000000       00000   2222                          
consensus                     :                                                                                                                 GATGTCGTATAATGTAGAT-----CTCATA------CA--ATGT---T----------------GATCTCA------TACA-------ATGTTG-T--T---------------TC-----TCATACAATGT--T--TGTCTC-CCTCATGTAA-A----AT---ATGTAGCTGATATTTCATGCCGACTCCGCTACCCAGGTCAATTTTCATTT-AAACTTCCAAA----TTATTAAGC-----C-GGAG---CGTCTTAAATAGCCTG-AAAA-ATAAGAAACAATTTATTAGCTTGCTGATAATTAAAGATAATATCANAAAATA-TAACATAAAATGCTNAA-----TAAATGTGTA-AAA-TAGGACATGGTTCCTCATATTGTAATAGATGCATGAGCCAAAACAAAACGTTCAACTTAATACATGCTCT------ATAACACT------A-ATT--AAGTCAGACCAGCGAGTTTTATGTGTTTTGTTCTTCAAAAGTTATAAAATAATTACAGG--AATATAATA-ATTGATTTGATCGATCACTTACGAGAGT---A---GAGTTGCCCAACAAT-------GTTTAAAGGAGTATAACTTNAGATACTAGCGTTT----CAAAAATATTGT---A-C-NACA--TTTCAT----TAATAACCACAGTCACTTCTCTGTTGCAT---------TTATATAATNAGATGATGANTGT-AAT-GTTCTTACTTTTTCT-T-TATTATAAGCTGTTGAT-GTCATANT-TTTCCCTGGACTGTGACGAAAATTGTCAATCTG---AAAAAATAC--GAAACAATGTTGTAGTGAAAATCTAAA----A---GTTGAAAGTAGTTTATCA-GTGTGGCAGTGACATT--TTCATCAGACTTTGGAAGC--TGCT--------------T-------------AATAGCA-----AGA----AAACTTTATTTTTACACATTTCCCTA
Reference ( family-5429 )     :                                                                                                                 GATGTCGTATAATGTAGAT-----CTCATA------CA--ATGT---T----------------GATCTCA------TACA-------ATNTTG-T--T---------------TC-----TCATAC-ATGT--T--TGTCTC-CCTCATGTAA-A----AT---ATGTAGCTGATATTTCATGCCGACTCCGCTACCCAGGTCAATTTTCATTT-AAACTTCCAAA----TTATTAAGC-----C-GGAG---CGTCTTAAATAGCCTG-AAAA-ATAAGAAACAATTTATTAGCTTGCTGATAATTAAAGATAATATCANAAAATA-TAACATAAAATACTNAA-----TAAATGTGTA-AAANTAGGACATGGTTCCTCATATTGTAATAGATGCATGAGCCAAAACAAAACGTTCAACTTAATACATGCTCT------ATAACACT------A-ATT--AAGTCAGACCAGCGAGTTTTATGTGTTTTGTTCTTCAAAAGTTATAAAATAATTACAGG--AATATAATA-ATTGATTTGATCGATCACTTACGAGAGT---A---GAGTTGCCCAACAAT-------GTTTAAAGGAGTATAACTTNAGATACTAGCGTTT----CAAAAATATTGT---A-C-TACA--TTTCAT----TAATAACCACAGTCACTTCTCTGTTGCAT---------TTATATAATNAGATGATGANTGT-AAT-GTTCTTACTTTTTCT-T-TATTATAAGCTGTTGAT-GTCATANT-TTTCCCTGGACTGTGACGAAAATTGTCAATCTG---AAAAAATAC--GAAACAATGTTGTAGTG-------AAA----A---GTTGAAAGTAGTTTATCA-GTGTGGCAGTGACATT--TTCATCAGACTTTGGAAGC--TGCT--------------T-------------AATAGCA-----AGA----AAACTTTATTTTTACACATTTCCCTA
gi|1                          :                                                                                                                 GATGTTGTAAAATGTAGAT-----CTAATA------CA--TTGG---T----------------GGTCTCC------TTTA-------ATTTTA-T--T---------------TC-----TCATAA-ATAT--T--TGTCTC-CCTGATGGAA-A----AT---CTGTAGCTGATATTTCAAGCTGACTCCTCTATCCAGGTCAATTTTCATTTCAAACTTCAAAA----TTATTAAGC-----A-GGAG---TGTTTCAAATAGCCTG-AAAA-A-AAAAAA-----TATTAGCTTGATGATAATAAAAGATAATATCACAAAACA-CAAT-TAAAATGCTAAA-----TAAATGTGTA-TAATTAGGACAAAGTTCCTCATATTGTAATAGATGCATGAGCCAAAATAAACTGTTCAACATGATACATTCTCT------ATAACACT------A-ATT--AAGTCAGACCAGTGAGTTTTATATATTTTGTTCTTTAAAAGTTATTAAATAATTACAGG--AACA-AACA-ATTGATTTGATTGATCAGTTACAAGAGT---A---GAGTTGCCCAACAAT-------GTTTAAAGGAGAATAACTTCAGATACAAGTGTTT----CAAAAATATTAT---A-CTTACA--TTTCAT----TAATAAC--CAGTCACTTCTCTGTTTCATTAAAAAAAATTATATAATAAGATGATGAATATAAAT-GTTCTTACTTTTTTT-T-TATTATAAGCTGTTGAT-GTCATATT-TTCCCCTGGACTGTTACGAAAATTATCAATCTG---AAAAAATAT--GAAACAATGTTGTAGTA-------AAA----A---GTTGAAAGAAGTTTA-CACGTGGGGCAGTGGCA-T--TTCATTAGACTTTGGAAAC--TGCT--------------T-------------AATAGCA-----AGA----AAACTTTATTTTTACACATTTTGCTA
gi|10                         :                                                                                                                   TGTTGTTTAACATAGAT-----CTCATA------TA--ATGCAGATCA--------------GATCTCA------TACT-------ATGTTGAT--C---------------TC-----CCATA--ATGT--T--
gi|10                         :                                                                                                                 GATCTCATATAATGCAGATCAGATCTCATA------CT--ATGT---T----------------GATCTCC------CATA-------ATGTTG-gatgttgtataatgttgatatcatatgatgttgttgtaaatcagatgtcatacaatgttgatctcatataatgtagatgccatataatgtagatctcatttaatgctatctcctatgcttttttttctcgtgtatatttgtctccctcatgtaatatgtagctgatatttaaagccgactccaccattcaggtcaattttcatttaaacttccacattatttagcaggagtatcttacaaagcctga
gi|10                         :                                                                                                   tgttgtttaacataGATCTCATACTATGTTGAT-----CTCCCA------TA--ATGT---T----------------GATGTTG------TATA-------ATGTTG----A---------------TA-----TCATATGATGT--T--atgttgtataatgttgatatcatatgatgttgttgtaaatcagatgtcatacaatgttgatctcatataatgtagatgccatataatgtagatctcatttaatgctatctcctatgcttttttttctcgtgtatatttgtctccctcatgtaatatgtagctgatatttaaagccgactccaccattcaggtcaattttcatttaaacttccacattatttagcaggagtatcttacaaagcctga
gi|10                         :                                                                              tgttgtttaacatagatctcatataatgcagatcaGATCTCCCATAATGTTGAT-----GTTGTA------TA--ATGT---T----------------GATATCA------TATG-------ATGTTG-T--TGTAAA----------TCAGATGTCATACAATGT--T--GATCTCATATAATGTAG-ATGCCATATAATGTAGATCTCATTTAATGCTATCTCCgttgtaaatcagatgtcatacaatgttgatctcatataatgtagatgccatataatgtagatctcatttaatgctatctcctatgcttttttttctcgtgtatatttgtctccctcatgtaatatgtagctgatatttaaagccgactccaccattcaggtcaattttcatttaaacttccacattatttagcaggagtatcttacaaagcctga
gi|10                         :                                                                tgttgtttaacatagatctcatataatgcagatcagatctcatactatgttTGTTGTA-AAT-CAGAT-----GTCATA------CA--ATGT---T----------------GATCTCA------TATA-------ATGTtatgcttttttttctcgtgtatatttgtctccctcatgtaatatgtagctgatatttaaagccgactccaccattcaggtcaattttcatttaaacttccacattatttagcaggagtatcttacaaagcctga
gi|10                         :               tgttgtttaacatagatctcatataatgcagatcagatctcatactatgttgatctcccataatgttgatgttgtataatgttgatatcatatgatgtGATGCCATATAATGTAGAT-----CTCATT------TA--ATGC---T-----------------ATCTCC------TATG-------CTTTTT-T--T---------------TC-----TCGTGT-ATAT--T--TGTCTC-CCTCATGTAA-------T---ATGTAGCTGATATTTAAAGCCGACTCCACCATTCAGGTCAATTTTCATTT-AAACTTCCACA----TTATTTAGC-----A-GGAG---TATCTTACAAAGCCTG-Aagatgccatataatgtagatctcatttaatgctatctcctatgcttttttttctcgtgtatatttgtctccctcatgtaatatgtagctgatatttaaagccgactccaccattcaggtcaattttcatttaaacttccacattatttagcaggagtatcttacaaagcctga
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     tgttgtttaacatagatctcatataatgcagatcagatctcatactatgttgatctcccataatgttgatgttgtataatgttgatatcatatgatgttgttgtaaatcagatgtcatacaatgttgatctcatataatgtaAT----AAATAACCACAGTCACTTCTCTGTTTCAT---------TTATATAATTAAATGATGTATAT-AATTGTTCTTACTTTTT-----TAGTATAAGCTGTTGAT-GTCATAAT-TTTCCCTGGACTGTTACGAAGATTGTCAATCTG----AAAAATAT--GAAAGAATGTTGTAGTGAAAATCTAAA----A---GTTGAAAGTTG-TTATCA-GTGTGGCAGTGACAAT--TTCATTAGACTTTGGAAGC--TGCTTAATTCAACTTGAAT-------------AATGGCA-----AGA----AAACTTTATTTTTACATATTTCCCTA
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                CA-------ATGTTT-T--T---------------TC-----TCATAT-ATAT------GTCTC-CCTCGTGTTA-------T---ATATAGCTGATATTTCATACCGACTCTGATACCCAGA--------CACTT-----TTACAAA----TTATTAAGC-----C-AAAA---CATCTTAAATAACCTG-AAAA-ATAAGAAACAATTTATTAACTTGCTGATAATTAAAGATAGTATCAGAAAATA-TAACATAAAATATGTAA-----TAAAATTGTA-AAATTGGGcatctacaatgtatttgtttattacag
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                          ttTTT-T--T---------------TC-----TCATAC-ATAT--T--TGTCTC-CCTCATGTAA-------T---ATATAGCTGATATTTCATACCAACTCTGATACTAAGAT--ACTTTTA-----------CAAA----TTATTAAGT-----C-AGAG---TGCCTTAAATAACCTG-AAAA-ACAAGGAACAATTTATTAACTTGCTGATAATTAAAGATAGCATCAGAAAATA-TAACATAAAATATGTAA-----TAAAATTGTA-AAA-TGGGGCAt
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                    T--T--TGTCTC-TGTCATGTAA-------T---ATATAGCTGATATTTCATACCAACTCCGCTACACTGATC------CTTTT-A------CAAA----TTATAAAGC-----C-AGAG---TGTCTTGAATAACCTG-AAAA-ATAAAAAACAATTTATTAACTTGCTGATAACTAAAGATAGTATCAGAAAATA-TAACATAAAATATGTAA-----TAAAATTGTA-AAA-TGGGGCA
gi|16                         :                                                                                                                      aGTCTAAT-TAAGT-----CTCATA------TA--ATGT---T----------------GATGTCA------TATA-------ATGTAG----C---------------TC-----TCATACAATGT--T--GATCTC-
gi|16                         :                                   acaaagttctaaaattgtaatgtttagattaacagcctttaaatgatttaacagtgttttttttctcttatattttctGATGTCATATAATGTAGCT-----CTCATA------CA--ATGT---T----------------GATCTCA------TAAA-------Aataaaa
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                          acaaagttctaaaattgtaatgtttagattaacagcctttaaatgatttaacagtgttttttttctcttatattttctgtctaattaagtctcatataatgttAAA----TGAATGAAC-----C-AGAA---GATCTTA--TAACCTG-GAAG-AGAA--AACAATAGCTTAACTTGCAGATAATTGAAGAAAATATCATAAAATC-TTAC--AAAGT-CTTAAATAATTAAATATGCATAAAGTAGG
gi|2                          :                                                                                                tatcctgatgtttttagGATCTCATACAATGTTGTT-----GTTGTA------TG--ATGT---A----------------GATCTCA------TACA-------ATNNNN-N--NNNNNAAGA-------TC-----TCATACAATGT--T--gta
gi|2                          :                                                                                                               ttaaTGTTGTATGATGTAGAT-----CTCATA------CA--ATNN---NNNNNNNNAA-------GATCTCA------TACA-------ATGTTG-T--TGTTGTATGATGTAGATC-----TCATACAATGT--T--GGTTTC-gttgttgtatgatgtagatctcatacaatgttggtttcatacaatgttgacgttgtataatgtagatcaaatattggtggtctcctataattttatttctcataaaaatctgtctccctgatgtaataattgaagctgatatttcaattcggttcctctatccaggtcaattttcatttcaaacttcaaaattattaagcagaagaagtgttttaaatagcctgaaaaaaagaaacaagttattagcttgatgaaaataaaagataatatcacaaatcacaattaagatgctaaataaatgtgtacaattaggacatagttcctcatattgtaatagatgcttaagccaaaataaaatgttcaacttgattcatctctataatactttaaaaatattaagtcagacaagtgagttatatatattttgttctttaaaagttataaattaattacaggcatataatgtatttatttaattaatcagttacaagagtagagttgcccaataatgtataaaggagtataacttcagatactaatgttttaaaaatattatccgacatttcatt
gi|2                          :                                                                                             ttaagatctcatacaatgttgtTGTTGTATGATGTAGAT-----CTCATA------CA--ATGT---T----------------GGTTTCA------TACA-------ATGTTG-atacaatgttgacgttgtataatgtagatcaaatattggtggtctcctataattttatttctcataaaaatctgtctccctgatgtaataattgaagctgatatttcaattcggttcctctatccaggtcaattttcatttcaaacttcaaaattattaagcagaagaagtgttttaaatagcctgaaaaaaagaaacaagttattagcttgatgaaaataaaagataatatcacaaatcacaattaagatgctaaataaatgtgtacaattaggacatagttcctcatattgtaatagatgcttaagccaaaataaaatgttcaacttgattcatctctataatactttaaaaatattaagtcagacaagtgagttatatatattttgttctttaaaagttataaattaattacaggcatataatgtatttatttaattaatcagttacaagagtagagttgcccaataatgtataaaggagtataacttcagatactaatgttttaaaaatattatccgacatttcatt
gi|2                          :                                  ttaagatctcatacaatgttgttgttgtatgatgtagatctcatacaatnnnnnnnnnnaagatctcatacaatgttgtGACGTTGTATAATGTAGAT-----CAAATA------T----TGG---T----------------GGTCTCC------TATA-------ATTTTA-T--T---------------TC-----TCATAA-AAAT--C--TGTCTC-CCTGATGTAATA----AT----TGAAGCTGATATTTCAATTCGGTTCCTCTATCCAGGTCAATTTTCATTTCAAACTTCAAAA----TTATTAAGC-----A-GAAGAAGTGTTTTAAATAGCCTG-AAAA-A-AAGAAACAAGTTATTAGCTTGATGAAAATAAAAGATAATATCACAAATCA-CAAT-TAAGATGCTAAA-----TAAATGTGTA-CAATTAGGACATAGTTCCTCATATTGTAATAGATGCTTAAGCCAAAATAAAATGTTCAACTTGATTCAT-CTCT------ATAATACTTTAAAAATATT--AAGTCAGACAAGTGAGTTATATATATTTTGTTCTTTAAAAGTTATAAATTAATTACAGG--CATATAATGTATTTATTTAATTAATCAGTTACAAGAGT---A---GAGTTGCCCAATAAT-------GTATAAAGGAGTATAACTTCAGATACTAATGTTT----TAAAAATATTAT---C-C-GACA--TTTCAT----Tacgttgtataatgtagatcaaatattggtggtctcctataattttatttctcataaaaatctgtctccctgatgtaataattgaagctgatatttcaattcggttcctctatccaggtcaattttcatttcaaacttcaaaattattaagcagaagaagtgttttaaatagcctgaaaaaaagaaacaagttattagcttgatgaaaataaaagataatatcacaaatcacaattaagatgctaaataaatgtgtacaattaggacatagttcctcatattgtaatagatgcttaagccaaaataaaatgttcaacttgattcatctctataatactttaaaaatattaagtcagacaagtgagttatatatattttgttctttaaaagttataaattaattacaggcatataatgtatttatttaattaatcagttacaagagtagagttgcccaataatgtataaaggagtataacttcagatactaatgttttaaaaatattatccgacatttcatt
gi|20                         : ttaagatctcatacaatgttgttgttgtatgatgtagatctcatacaatnnnnnnnnnnaagatctcatacaatgttgttgttgtatgatgtagatctcatacaatgttggtttcatacaatgttGTTGGT-----TCCATA------CA--ATGT---T----------------GATGTTG------TATA-------ATGTAG----A---------------TC-----TCATACAATGT--TGATGTC
gi|20                         :                                                                                                                      CATACAATGTTGAT-----GTTGTA------TA--ATGT---A----------------GATCTCA------TACA-------ATGTTG-ataaaatgcagatgtcgtataatgtagatctcatagtattacaatgttggtgtcatatgatttag
gi|20                         :                                                                                                         gttggttcGATGTTGTATAATGTAGAT-----CTCATA------CA--ATGT---T----------------GATGTCA------TAAA-------ATatgtcataaaatgcagatgtcgtataatgtagatctcatagtattacaatgttggtgtcatatgatttag
gi|20                         :                                                                                              gttggttccatacaatgttGATGTCATAAAATGCAGAT-----GTCGTA------TA--ATGT---A----------------GATCTCATAGTATTACA-------ATGTTG-gcagatgtcgtataatgtagatctcatagtattacaatgttggtgtcatatgatttag
gi|20                         :                                                              gttggttccatacaatgttgatgttgtataatgtagatctcatacaatgttGATGTCGTATAATGTAGAT-----CTCATAGTATTACA--ATGT---T----------------GGTGTCA------TATG-------ATTTgtgtcatatgatttag
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           gttggttccatacaatgttgatgttgtataatgtagatctcatacaatgttgatgtcataaaatgcaAGTTTTATGTGTTTTGTTCTTCAAAAGTTG-------------GG--ATTATA---------------CGATCACTTATGAAAGT---ATAAGAGTTGAGCAACTAT-------ATTTAAATGAGT-TAATTTAGGATACTAGCATTT----CAAAA-TATTGT---T-A-GACA--TTTCATAATATAATAACCACAGTCACTTCTCTGGTGCAC---------TTATACAACAAGATAGTGACTGT-AAT-TTTCTTAC---TTCT-T-TATTATAAACTGTTGTA-GTCATAATATGTTCCTGGACTGTGATGAGAATTGTCAATCTG---AAAAAATACA-AAAAAAATGTTGTACTG-------ATA----A---GTTAGAAGTA------------TGGTGGTGATATT--TTAATCAGACTag
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    T------ATAAAAC---------ATC--AAGTTAGTCTTGCGAGTTTTATGTGTTTTGTTCTTCAAAAGTTATAGAATAATTATAG-----TATTATA------------TGATCACTTACGAAAGTATAA---GAATTGAACAACTAT-------ATTTAAATGAGT-TCATTTAGGATACTAACATTT----CCAAAATATTGTTAGA-C-T-----TTTCATAATATAATTACCACAGTCACTTCTCTCGTGCAC---------TTATACAATAAGATAGTGATTGC-AAT-TTTCTTAC---TTCT-T-GATTATAAACTGTT-ATAGTCATAATATATTCCTGGACTGTGACGAGAATTGTCAATCTGAAAAAAAAATACAAAAAAAAATGTTGTACTG-------AAA----A---GTTAAAAGTA------------TGGTAGTGACATT--TTCATCAAACTgttcaattaattttaacttatataacaaccatgctgcttcaagtttggagaaaaaattatatttttatatcattacactggtttgtatattacaactacaatactgaagtatgacaaattataatctgtaagaatctttgaaagacttatggacctgatttatagaaaaattggaaggattctgtacttcctcatttaagtcaacagtacagaagaacctttgtgacatagtaattaggctttcagtctgtatttcttcatgtaaggcaac
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             tATAAAATACTAAA-----TAAATGTGTA-AAAATAGGACATGGT-CCTCAT---GTAATAGATGCATGAGATGAAACCAAAGTTTCAACT-AACACATGCTCTTATATAATAACACC------A-ATT--ACGTCAGACCAGC--------------------TTCAAAACGTATGAAATAATTACAGGCAAATATAATA-ATTGATTTGACCGATCACTTACAAAATT---A---GAGTTGCCCAACAATAATCACAGTTTAAAA-AGTTTAACTTTAGATATT----TTTATAACAAAAAT--TAT---AAC-TAAAGGTTGTGTGTC-TAACA-CTA-AGTTACTTCTCTGTTGCAT---------TTATATAATTAGACAATGAATGT-AAT-GTTCTTACTTGTTTT-----TTATAAGCT--------TCATCTT-TTTCCCTGGACTGTGATGAAAAATGTCAACCTG---AAAAAATAT--AAAACAATGTT-TAGCGAAAATCTAAA----A---GTTGAAAGTAGTTAATCA-GTTTGGTAGTGACATT--TTCATCAGATTTTGGAAGCTATGTT--------------T-------------AATgttcaatttaatttaacttgtataacaaccatgcagcttcaagtttagagaaaatattatatattttatttcattacattggtttgtatattacaactaccatactgaggtatgacaaattataatctgtaagaatttttgaaagacttatggacctgatttatacaaaaattggaagcattcggtacttcctcatgtaagtcaacagtacctaagaacctttgtg
gi|6                          :                                                                                                                           actactaAT-----CTCATA------CA--ATGT---T----------------GTTGTCT------TATA-------ATGAAG----A---------------TC-----TCATAC-ATGT--T--TGTtcaacttaaataacagccatggaggaaacttt
gi|6                          :                                                                                                                  ATCTCATACAATGTTGTT-----GTCTTA------TA--ATGA---A----------------GATCTCA------TACA-------TGTTTG-TGATTTATAATGAAGA---TC-----TCATACAATGT--T--GGTCTC-gatttataatgaagatctcatacaatgttggtctcatacatgctgttgtcttattatgaagatctcatacaatgttgttgtcttataatgaagatctcatacatgttgttgtcttataatgacgatctcatacaatgttggtctcatacaatgccgtttctcaaacatatttatctccctcatgcagctgatattatatgccaactatgctatccaagtcaactttcacttatactttcatatgtcttacaaagctggagtgtcttaaatagtctgaaaaaataagacaatgcattagcttgctgataattaatgataatataataaatgggtaaaaatagtacatggttcttcattttgtaatagatgcaagagccaaaacaaatacaggctttataacactaattaaaagtcagatcagttttatgtgttttgttcttcaaataattacagga
gi|6                          :                                                                                                                   TGTCTTATAATGAAGAT-----CTCATA------C---ATGT---TTGTGATTTATAATGAAGATCTCA------TACA-------ATGTTG----G---------------TC-----TCATAC-ATGCTGT--TGTCTatacatgctgttgtcttattatgaagatctcatacaatgttgttgtcttataatgaagatctcatacatgttgttgtcttataatgacgatctcatacaatgttggtctcatacaatgccgtttctcaaacatatttatctccctcatgcagctgatattatatgccaactatgctatccaagtcaactttcacttatactttcatatgtcttacaaagctggagtgtcttaaatagtctgaaaaaataagacaatgcattagcttgctgataattaatgataatataataaatgggtaaaaatagtacatggttcttcattttgtaatagatgcaagagccaaaacaaatacaggctttataacactaattaaaagtcagatcagttttatgtgttttgttcttcaaataattacagga
gi|6                          :                                                                                                       atctcatacaatgttgtTATAATGAAGAT-----CTCATA------CA--ATGT---T----------------GGTCTCA------TACATGCTGTTGTCTTA-T--TATGAAGA--------TC-----TCATACAATGTTGT--TGTCTtattatgaagatctcatacaatgttgttgtcttataatgaagatctcatacatgttgttgtcttataatgacgatctcatacaatgttggtctcatacaatgccgtttctcaaacatatttatctccctcatgcagctgatattatatgccaactatgctatccaagtcaactttcacttatactttcatatgtcttacaaagctggagtgtcttaaatagtctgaaaaaataagacaatgcattagcttgctgataattaatgataatataataaatgggtaaaaatagtacatggttcttcattttgtaatagatgcaagagccaaaacaaatacaggctttataacactaattaaaagtcagatcagttttatgtgttttgttcttcaaataattacagga
gi|6                          :                                                            atctcatacaatgttgttgtcttataatgaagatctcatacatgtttgtgattGATCTCATACAATGTTGGT-----CTCATA------CATGCTGT---TGTCTTATTATGAA---GATCTCA------TACA-------ATGTTG-T--TGTCTTATAATGAAGATC-----TCATAC-ATGTTGT--TGTCTtataatgaagatctcatacatgttgttgtcttataatgacgatctcatacaatgttggtctcatacaatgccgtttctcaaacatatttatctccctcatgcagctgatattatatgccaactatgctatccaagtcaactttcacttatactttcatatgtcttacaaagctggagtgtcttaaatagtctgaaaaaataagacaatgcattagcttgctgataattaatgataatataataaatgggtaaaaatagtacatggttcttcattttgtaatagatgcaagagccaaaacaaatacaggctttataacactaattaaaagtcagatcagttttatgtgttttgttcttcaaataattacagga
gi|6                          :                                                     atctcatacaatgttgttgtcttataatgaagatctcatacatgtttgtgatttataatgaaTGTCTTATAATGACGAT-----CTCATA------CA--ATGT---T----------------GGTCTCA------TACA-------ATGCCG-T--T---------------TC-----TCAAAC-ATAT--T--TATCTC-CCTC-----------------ATGCAGCTGATATTATATGCCAACTATGCTATCCAAGTCAACTTTCACTT-ATACTTTCATATGTCTTACAAAGC-----T-GGAG---TGTCTTAAATAGTCTGAAAAA-ATAAG--ACAATGCATTAGCTTGCTGATAATTAATGATAATAT-------------------------AA-----TAAATGGGTA-AAAATAGTACATGGTTCTTCATTTTGTAATAGATGCAAGAGCCAAAACA-------------AATACAGGCTTT------ATAACACT------A-ATTAAAAGTCAGATC----AGTTTTATGTGTTTTGTTCTTC----------AAATAATTACAGG--Atataatgacgatctcatacaatgttggtctcatacaatgccgtttctcaaacatatttatctccctcatgcagctgatattatatgccaactatgctatccaagtcaactttcacttatactttcatatgtcttacaaagctggagtgtcttaaatagtctgaaaaaataagacaatgcattagcttgctgataattaatgataatataataaatgggtaaaaatagtacatggttcttcattttgtaatagatgcaagagccaaaacaaatacaggctttataacactaattaaaagtcagatcagttttatgtgttttgttcttcaaataattacagga
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                atctcatacaatgttgttgtcttataatgaagatctcatacatgtttgtgatttataatgaagatctcatacaatgttggtctcatacatgctgttgtcttattatgaagatctcatacaatgttgttgtcttataatgaagatctcatacatgttgtAAAGT---A---CAGTTGCACAACCAT-------GTTTAAAGGA-TATAGCTTAAGATACTAGTGTTT----C----TTAT--T---A-C--ACA--TTTTAT----GAATAA--A------------TGTTGAAT---------GTA---------ATGTTGA-----AA---CTCCTACCTTTTCTATGTATTACAAGCTGTTG-T-AGCAT-GT-TATTCTTGGATTGTGATGAAAACTGTCAATCTG---AAAAAATAT--GAAACAATGTTCTAGTAAAAATCTAAA----A---ATTGAAAGTAGTTTATCA-ATATATCAGTTACATT--TTCATCAGACTTTGATAGC--TGCC--------------TCTAATTCAACTTGAATAACAGCCATAGAGTTGAAACATTATTTTTATACATCTCCCTA
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                -ATGT--A--CGTCTC-CCTCATGTAATA----AT----TGTAGCTGA----TCAT-----------------------TTTACATTT-AAAATTCCTGA----TTATTAAGCAGGAGCAGGAG---CATCTTAAATGGCCTG-AAAATATAAGAAACAATTTATTAGCTTGCTGATAATAAAAGATAATATCACAAAATAATAA--TAAAGTGCTAAA-----TAGATGTGTA-------GGTCATGGTTCCTCATATTGTAATAGACACAGGAGCCAAAACAAAACATTCAACTTAATACATGCTCT------ATAGCACT------G-ATT--AAGTCAGGTCATTGAGTTTTATGTGTTTTATTCTTCAAAAGTTATAAATCAATTACAGG--AGCAT-ATA-ACTGATT-----GATCACTTACAAGAGT---A---GAGTTGCCCAACAAT-------GTTTAAAAGAGTATGATTT-------TAGTGTTT----CAAAAATATTGT---T-G-GACA--TTTTAT----TAATAACCACAGTCAATTTTCTGTTTCAT---------TTATATAATGAGATGATGATTAT-AAT-GTTCTTACGTTTTcagatatttgtattttacagctgccatacaggggtaatggggtatgacaaattaaatctgcaaaagtcctttgaaggagttgtggtggtcctgttttattggaacagtggaagaattctatatttcctcatataagtcaatactggtatcaatcaagtagataagaac
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 ATAAGCCGCTGAT-ATCATA-T-TTTCCCTGGACTGTGACAGAAATTGTCAATCTG---ATAAAATAT--GAAACACTGTTGTAGTG-------AAATTTTAAATGTTAAAACTAGTTTATCA-GTGTGGCAGCTGC-TTAATTCA----ACTT--GAA----------------------C-------------AATAGCA-----AGA----ATAATTTATTTTTATACATTTCCCTA
6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|12 ): ATGTAAGCCAACAGTTACATCAGAACCTTTCTGACATAGTAATTAGGCTTTCAATCTGTACTTCCTCATGTAAGTCAACAGTACATAAGAACCTTTGTAACATAGTAATTAGGCTTTCAATCTGTACTTCCTCATGTAAGTCAACAGTACATAAGAACCTTTGCGACATAGTAATTAGACTTTCAGTATGTACTACCTCATGTAAGTCAACATTATATAAGGACCTTTGCGACATAGTATTAAGGCTTTCAGTATGTACTTC
Unaligned ( gi|18 ): TCTCATACAATGTCAGTCCCATATAATGACAATATAATATCTCATAATATCATGACAGTTCCGTATAATGACAATATTGTGTCGTATAATTATGATATATGGAAGTCTTATAATAATGACAGTCTCATATAA
Unaligned ( gi|19 ): ACAGCTTCCATACAGGGATAATGGGATATGAAAAATTACAATCTGCAAAACTCCTTTGAAAGAGTTGTGGTGGTCCTGTTTCATTGAATCTATATTTCTTCATATAAGTCAAAACTGTTATAAAGT
Unaligned ( gi|21 ): CTGCAAACATTCATTTGAAAGAGTTGTGTTGGTCCTGTTTTATTGAAACATAAAAGTCAACACTGGTATCAAGAGGATA
Unaligned ( gi|22 ): TCTGCAAAAATCCTTTGAAAGAGTTGTGGCAGTATTGCTTGATATAAGTCAACACTGTTATAAGGCAG
Unaligned ( gi|23 ): TGGCCCTACAGACTGGAATAGATCTGAAGGTCTAAAAAACAATGTTTCAATTTTACAATATGCACT






Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                         3333333333333333                           555555555555555555                                        444444444444                                                 11111                    1111111    1111                                                                             11               111111                                                            111                    111111       222222222                                                                           3333333333333                1111111               1111111                                  1111            22222           3333                             222222222                                    1                                   1                                 111        111                 2222222              111111111111                                  11    8888888888888888888888888888       22222   2222                          
lowQualScore                  :                                                                                                                       1            44444            333 2222222222222222       555555         3333 555555555555555555  44444     0     55 22      3          444444444444                 3        1   11    99999  0  0  99999  1    9999         5555555    1111               4    5 8  22      0                  0             2      5   66      6666     222222      4 2  4 8          0      6              1           0 000      66       5    999999       555555555   99          6666                              55  1          77 1   3   2222222222222          0     1111111       0    1  8888888       1    8      6         2    2222 1   1    0 44444   77      0000       3 4               0   222222222         3         6 0 5   66       0 1  3 888              9999     88 1 1                               000        555    0      0     1111111              222222222222           1 77            0    3 11    5555555555555555555555555555       55555   1111                          
lowQualScore                  :                                                                                                                       .            .....            ... ................       ......         .... ..................  .....     .     .. ..      .          ............                 .        .   ..    .....  .  .  .....  .    ....         .......    ....               .    . .  ..      .                  .             .      .   ..      ....     ......      . .  . .          .      .              .           . ...      ..       .    ......       .........   ..          ....                              ..  .          .. .   .   .............          .     .......       .    .  .......       .    .      .         .    .... .   .    . .....   ..      ....       . .               .   .........         .         . . .   ..       . .  . ...              ....     .. . .                               ...        ...    .      .     .......              ............           . ..            .    . ..    ............................       .....   ....                          
lowQualScore                  :                                                                                                                       2            33333            000 4444444444444444       000000         7777 666666666666666666  88888     1     00 88      3          111111111111                 7        4   44    55555  2  9  00000  4    4444         7777777    2222               4    0 1  22      2                  8             8      0   00      8888     888888      4 0  4 9          8      0              0           8 222      66       0    222222       000000000   22          5555                              11  9          99 8   5   8888888888888          7     0000000       7    9  6666666       7    7      6         7    1111 4   7    4 33333   99      0000       0 3               7   999999999         0         6 4 7   44       6 3  7 333              7777     00 4 9                               000        000    7      7     9999999              333333333333           7 99            8    2 00    0000000000000000000000000000       00000   2222                          
consensus                     :                                                                                                                 GATGTCGTATAATGTAGAT-----CTCATACAATGT---T----------------GATCTCA------TACAATGTT----G-TT---------------TC-----TCATACAATGT--T--TGTCTC-CCTCATGTAA-A----AT---ATGTAGCTGATATTTCATGCCGACTCCGCTACCCAGGTCAATTTTCATTT-AAACTTCCAAA----TTATTAAGC-----C-GGAG---CGTCTTAAATAGCCTG-AAAA-ATAAGAAACAATTTATTAGCTTGCTGATAATTAAAGATAATATCANAAAATA-TAACATAAAATGCTAAATAA------ATGTGT-AAAA-T-AGGACATGGTTCCTCATATTGTAATAGATGCATGAGCCAAAACAAAACGTTCAACTTAATACATGCTCT------ATAACACT------A-ATT--AAGTCAGACCAGCGAGTTTTATGTGTTTTGTTCTTCAAAAGTTATAAAATAATTACAGG--AATATAATA-ATTGATTTGATCGATCACTTACGAGAGT---A---GAGTTGCCCAACAAT-------GTTTAAAGGAGTATAACTTNAGATACTAGCGTTT----CAAAAATATTGTN-C-GACA--TTTCAT----TAATAACCACAGTCACTTCTCTGTTGCAT---------TTATATAATNAGATGATGANTGT-AAT-GTTCTTACTTTTTCT-T-TATTATAAGCTGTTGAT-GTCATANT-TTTCCCTGGACTGTGACGAAAATTGTCAATCTG---AAAAAATAC--GAAACAATGTTGTAGTGAAAATCTAAAAGTTGAAAGTAGTTTATCA-GTGTGGCAGTGACATT--TTCATCAGACTTTGGAAGC--TGCT--------------T-------------AATAGCA-----AGA----AAACTTTATTTTTACACATTTCCCTA
Reference ( family-5429 )     :                                                                                                                 GATGTCGTATAATGTAGAT-----CTCATACAATGT---T----------------GATCTCA------TACAATGTT----G-TT---------------TC-----TCATACAATGT--T--TGTCTC-CCTCATGTAA-A----AT---ATGTAGCTGATATTTCATGCCGACTCCGCTACCCAGGTCAATTTTCATTT-AAACTTCCAAA----TTATTAAGC-----C-GGAG---CGTCTTAAATAGCCTG-AAAA-ATAAGAAACAATTTATTAGCTTGCTGATAATTAAAGATAATATCANAAAATA-TAACATAAAATGCTNAATAA------ATGTGT-AAAA-T-AGGACATGGTTCCTCATATTGTAATAGATGCATGAGCCAAAACAAAACGTTCAACTTAATACATGCTCT------ATAACACT------A-ATT--AAGTCAGACCAGCGAGTTTTATGTGTTTTGTTCTTCAAAAGTTATAAAATAATTACAGG--AATATAATA-ATTGATTTGATCGATCACTTACGAGAGT---A---GAGTTGCCCAACAAT-------GTTTAAAGGAGTATAACTTNAGATACTAGCGTTT----CAAAAATATTGTA-C-NACA--TTTCAT----TAATAACCACAGTCACTTCTCTGTTGCAT---------TTATATAATNAGATGATGANTGT-AAT-GTTCTTACTTTTTCT-T-TATTATAAGCTGTTGAT-GTCATANT-TTTCCCTGGACTGTGACGAAAATTGTCAATCTG---AAAAAATAC--GAAACAATGTTGTAGTGAAAATCTAAAAGTTGAAAGTAGTTTATCA-GTGTGGCAGTGACATT--TTCATCAGACTTTGGAAGC--TGCT--------------T-------------AATAGCA-----AGA----AAACTTTATTTTTACACATTTCCCTA
gi|1                          :                                                                                                                 GATGTTGTAAAATGTAGAT-----CTAATACATTGG---T----------------GGTCTCC------TTTAATTTT----A-TT---------------TC-----TCATA-AATAT--T--TGTCTC-CCTGATGGAA-A----AT---CTGTAGCTGATATTTCAAGCTGACTCCTCTATCCAGGTCAATTTTCATTTCAAACTTCAAAA----TTATTAAGC-----A-GGAG---TGTTTCAAATAGCCTG-AAAA-A-AAAAAA-----TATTAGCTTGATGATAATAAAAGATAATATCACAAAACA-CAAT-TAAAATGCTAAATAA------ATGTGT-ATAA-TTAGGACAAAGTTCCTCATATTGTAATAGATGCATGAGCCAAAATAAACTGTTCAACATGATACATTCTCT------ATAACACT------A-ATT--AAGTCAGACCAGTGAGTTTTATATATTTTGTTCTTTAAAAGTTATTAAATAATTACAGG--AACA-AACA-ATTGATTTGATTGATCAGTTACAAGAGT---A---GAGTTGCCCAACAAT-------GTTTAAAGGAGAATAACTTCAGATACAAGTGTTT----CAAAAATATTATA-CTTACA--TTTCAT----TAATAAC--CAGTCACTTCTCTGTTTCATTAAAAAAAATTATATAATAAGATGATGAATATAAAT-GTTCTTACTTTTTTT-T-TATTATAAGCTGTTGAT-GTCATATT-TTCCCCTGGACTGTTACGAAAATTATCAATCTG---AAAAAATAT--GAAACAATGTTGTAGTA-------AAAAGTTGAAAGAAGTTTA-CACGTGGGGCAGTGGCA-T--TTCATTAGACTTTGGAAAC--TGCT--------------T-------------AATAGCA-----AGA----AAACTTTATTTTTACACATTTTGCTA
gi|10                         :                                                                                                                   TGTTGTTTAACATAGAT-----CTCATATAATGCAGATCA--------------GATCTCA------TACTATGTT----GATC---------------TC-----CCAT--AATGT--T--
gi|10                         :                                                                                                                 GATCTCATATAATGCAGATCAGATCTCATACTATGT---T----------------GATCTCC------CATAATGTT----G--A---------------TG-----TTGTATAATGT--T--gatgttgtataatgttgatatcatatgatgttgttgtaaatcagatgtcatacaatgttgatctcatataatgtagatgccatataatgtagatctcatttaatgctatctcctatgcttttttttctcgtgtatatttgtctccctcatgtaatatgtagctgatatttaaagccgactccaccattcaggtcaattttcatttaaacttccacattatttagcaggagtatcttacaaagcctga
gi|10                         :                                                                                                   tgttgtttaacataGATCTCATACTATGTTGAT-----CTCCCATAATGT---T----------------GATGTTG------TATAATGTT----G--A---------------TA-----TCATATGATGT--T--gatatcatatgatgttgttgtaaatcagatgtcatacaatgttgatctcatataatgtagatgccatataatgtagatctcatttaatgctatctcctatgcttttttttctcgtgtatatttgtctccctcatgtaatatgtagctgatatttaaagccgactccaccattcaggtcaattttcatttaaacttccacattatttagcaggagtatcttacaaagcctga
gi|10                         :                                                                              tgttgtttaacatagatctcatataatgcagatcaGATCTCCCATAATGTTGAT-----GTTGTATAATGT---T----------------GATATCA------TATGATGTT----G-TTGTAAA----------TCAGATGTCATACAATGT--T--GATCTCATATAATGTAG-ATGCCATATAATGTAGATCTCATTTAATGCTATCTCCgttgtaaatcagatgtcatacaatgttgatctcatataatgtagatgccatataatgtagatctcatttaatgctatctcctatgcttttttttctcgtgtatatttgtctccctcatgtaatatgtagctgatatttaaagccgactccaccattcaggtcaattttcatttaaacttccacattatttagcaggagtatcttacaaagcctga
gi|10                         :                                                                tgttgtttaacatagatctcatataatgcagatcagatctcatactatgttTGTTGTA-AAT-CAGAT-----GTCATACAATGT---T----------------GATCTCA------TATAATGTA----G-AT---------------GC------CATATAATGT--tatgcttttttttctcgtgtatatttgtctccctcatgtaatatgtagctgatatttaaagccgactccaccattcaggtcaattttcatttaaacttccacattatttagcaggagtatcttacaaagcctga
gi|10                         :               tgttgtttaacatagatctcatataatgcagatcagatctcatactatgttgatctcccataatgttgatgttgtataatgttgatatcatatgatgtGATGCCATATAATGTAGAT-----CTCATTTAATGC---T-----------------ATCTCC------TATGCTTTT----T-TT---------------TC-----TCGTGTA-TAT--T--TGTCTC-CCTCATGTAA-------T---ATGTAGCTGATATTTAAAGCCGACTCCACCATTCAGGTCAATTTTCATTT-AAACTTCCACA----TTATTTAGC-----A-GGAG---TATCTTACAAAGCCTG-Aagatctcatttaatgctatctcctatgcttttttttctcgtgtatatttgtctccctcatgtaatatgtagctgatatttaaagccgactccaccattcaggtcaattttcatttaaacttccacattatttagcaggagtatcttacaaagcctga
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       tgttgtttaacatagatctcatataatgcagatcagatctcatactatgttgatctcccataatgttgatgttgtataatgttgatatcatatgatgttgttgtaaatcagatgtcatacaatgttgatctcatataatgtaAT----AAATAACCACAGTCACTTCTCTGTTTCAT---------TTATATAATTAAATGATGTATAT-AATTGTTCTTACTTTTT-----TAGTATAAGCTGTTGAT-GTCATAAT-TTTCCCTGGACTGTTACGAAGATTGTCAATCTG----AAAAATAT--GAAAGAATGTTGTAGTGAAAATCTAAAAGTTGAAAGTTG-TTATCA-GTGTGGCAGTGACAAT--TTCATTAGACTTTGGAAGC--TGCTTAATTCAACTTGAAT-------------AATGGCA-----AGA----AAACTTTATTTTTACATATTTCCCTA
gi|13                         :                                                                                                                                                                                        CAATGTT----T-TT---------------TC-----TCATATA---T--A--TGTCTC-CCTCGTGTTA-------T---ATATAGCTGATATTTCATACCGACTCTGATACCCAGA--------CACTT-----TTACAAA----TTATTAAGC-----C-AAAA---CATCTTAAATAACCTG-AAAA-ATAAGAAACAATTTATTAACTTGCTGATAATTAAAGATAGTATCAGAAAATA-TAACATAAAATATGTAATAA------AATTGT-AAAA-T-TGGcatctacaatgtatttgtttattacag
gi|14                         :                                                                                                                                                                                           ttTT----T-TT---------------TC-----TCATACA-TAT--T--TGTCTC-CCTCATGTAA-------T---ATATAGCTGATATTTCATACCAACTCTGATACTAAGAT--ACTTTTA-----------CAAA----TTATTAAGT-----C-AGAG---TGCCTTAAATAACCTG-AAAA-ACAAGGAACAATTTATTAACTTGCTGATAATTAAAGATAGCATCAGAAAATA-TAACATAAAATATGTAATAA------AATTGT-AAAA-T-GGGGCAgt
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                       T--T--TGTCTC-TGTCATGTAA-------T---ATATAGCTGATATTTCATACCAACTCCGCTACACTGATC------CTTTT-A------CAAA----TTATAAAGC-----C-AGAG---TGTCTTGAATAACCTG-AAAA-ATAAAAAACAATTTATTAACTTGCTGATAACTAAAGATAGTATCAGAAAATA-TAACATAAAATATGTAATAA------AATTGT-AAAA-T-GGGGCA
gi|16                         :                                                                                                                      aGTCTAAT-TAAGT-----CTCATATAATGT---T----------------GATGTCA------TATAATGTA----G--C---------------TC-----TCATACAATGT--T--GATCTC-
gi|16                         :                                   acaaagttctaaaattgtaatgtttagattaacagcctttaaatgatttaacagtgttttttttctcttatattttctGATGTCATATAATGTAGCT-----CTCATACAATGT---T----------------GATCTCA------TAAAAataaaa
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                             acaaagttctaaaattgtaatgtttagattaacagcctttaaatgatttaacagtgttttttttctcttatattttctgtctaattaagtctcatataatgttAAA----TGAATGAAC-----C-AGAA---GATCTTA--TAACCTG-GAAG-AGAA--AACAATAGCTTAACTTGCAGATAATTGAAGAAAATATCATAAAATC-TTAC--AAAGTCTTAAATAATTAAATATGCAT-AAAG-T-AGG
gi|18                         :                                                                                                                  tatcctgatgtttttagT-----CTCATACAATGT---C----------------AGTCCCA------TATAATGgta
gi|2                          :                                                                                                                 GATCTCATACAATGTTGTT-----GTTGTATGATGT---A----------------GATCTCA------TACAATNNN----N-NNNNNNAAGA-------TC-----TCATACAATGT--T--acaatataatatctcataatatcatgacagttccgtataatgacaatattgtgtcgtataattatgatatatggaagtcttataataatgacagtctcatataa
gi|2                          :                                                                                                               ttaaTGTTGTATGATGTAGAT-----CTCATACAATNN---NNNNNNNNAA-------GATCTCA------TACAATGTT----G-TTGTTGTATGATGTAGATC-----TCATACAATGT--T--GGTTTC-gttgttgtatgatgtagatctcatacaatgttggtttcatacaatgttgacgttgtataatgtagatcaaatattggtggtctcctataattttatttctcataaaaatctgtctccctgatgtaataattgaagctgatatttcaattcggttcctctatccaggtcaattttcatttcaaacttcaaaattattaagcagaagaagtgttttaaatagcctgaaaaaaagaaacaagttattagcttgatgaaaataaaagataatatcacaaatcacaattaagatgctaaataaatgtgtacaattaggacatagttcctcatattgtaatagatgcttaagccaaaataaaatgttcaacttgattcatctctataatactttaaaaatattaagtcagacaagtgagttatatatattttgttctttaaaagttataaattaattacaggcatataatgtatttatttaattaatcagttacaagagtagagttgcccaataatgtataaaggagtataacttcagatactaatgttttaaaaatattatccgacatttcatt
gi|2                          :                                                                                             ttaagatctcatacaatgttgtTGTTGTATGATGTAGAT-----CTCATACAATGT---T----------------GGTTTCA------TACAATGTT----G-atacaatgttgacgttgtataatgtagatcaaatattggtggtctcctataattttatttctcataaaaatctgtctccctgatgtaataattgaagctgatatttcaattcggttcctctatccaggtcaattttcatttcaaacttcaaaattattaagcagaagaagtgttttaaatagcctgaaaaaaagaaacaagttattagcttgatgaaaataaaagataatatcacaaatcacaattaagatgctaaataaatgtgtacaattaggacatagttcctcatattgtaatagatgcttaagccaaaataaaatgttcaacttgattcatctctataatactttaaaaatattaagtcagacaagtgagttatatatattttgttctttaaaagttataaattaattacaggcatataatgtatttatttaattaatcagttacaagagtagagttgcccaataatgtataaaggagtataacttcagatactaatgttttaaaaatattatccgacatttcatt
gi|2                          :                                  ttaagatctcatacaatgttgttgttgtatgatgtagatctcatacaatnnnnnnnnnnaagatctcatacaatgttgtGACGTTGTATAATGTAGAT-----CAAATAT--TGG---T----------------GGTCTCC------TATAATTTT----A-TT---------------TC-----TCATAAAA-AT--C--TGTCTC-CCTGATGTAATA----AT----TGAAGCTGATATTTCAATTCGGTTCCTCTATCCAGGTCAATTTTCATTTCAAACTTCAAAA----TTATTAAGC-----A-GAAGAAGTGTTTTAAATAGCCTG-AAAA-A-AAGAAACAAGTTATTAGCTTGATGAAAATAAAAGATAATATCACAAATCA-CAAT-TAAGATGCTAAATAA------ATGTGT-ACAA-TTAGGACATAGTTCCTCATATTGTAATAGATGCTTAAGCCAAAATAAAATGTTCAACTTGATTCAT-CTCT------ATAATACTTTAAAAATATT--AAGTCAGACAAGTGAGTTATATATATTTTGTTCTTTAAAAGTTATAAATTAATTACAGG--CATATAATGTATTTATTTAATTAATCAGTTACAAGAGT---A---GAGTTGCCCAATAAT-------GTATAAAGGAGTATAACTTCAGATACTAATGTTT----TAAAAATATTATC-C-GACA--TTTCAT----Tacgttgtataatgtagatcaaatattggtggtctcctataattttatttctcataaaaatctgtctccctgatgtaataattgaagctgatatttcaattcggttcctctatccaggtcaattttcatttcaaacttcaaaattattaagcagaagaagtgttttaaatagcctgaaaaaaagaaacaagttattagcttgatgaaaataaaagataatatcacaaatcacaattaagatgctaaataaatgtgtacaattaggacatagttcctcatattgtaatagatgcttaagccaaaataaaatgttcaacttgattcatctctataatactttaaaaatattaagtcagacaagtgagttatatatattttgttctttaaaagttataaattaattacaggcatataatgtatttatttaattaatcagttacaagagtagagttgcccaataatgtataaaggagtataacttcagatactaatgttttaaaaatattatccgacatttcatt
gi|20                         : ttaagatctcatacaatgttgttgttgtatgatgtagatctcatacaatnnnnnnnnnnaagatctcatacaatgttgttgttgtatgatgtagatctcatacaatgttggtttcatacaatgttGTTGGT-----TCCATACAATGT---T----------------GATGTTG------TATAATGTA----G--A---------------TC-----TCATACAATGT--TGATGTC
gi|20                         :                                                                                                                 GATGTTGTATAATGTAGAT-----CTCATACAATGT---T----------------GATGTCA------TAAAATGCA----G--A---------------TG-----TCGTATAATGT--ataaaatgcagatgtcgtataatgtagatctcatagtattacaatgttggtgtcatatgatttag
gi|20                         :                                                                                              gttggttccatacaatgttGATGTCATAAAATGCAGAT-----GTCGTATAATGT---A----------------GATCTCATAGTATTACAATGTT----G--G---------------TG-----TCATATGATagatctcatagtattacaatgttggtgtcatatgatttag
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                gttggttccatacaatgttgatgttgtataatgtagatctcatacaatgttAGTTTTATGTGTTTTGTTCTTCAAAAGTTG-------------GG--ATTATA---------------CGATCACTTATGAAAGT---ATAAGAGTTGAGCAACTAT-------ATTTAAATGAGT-TAATTTAGGATACTAGCATTT----CAAAA-TATTGTT-A-GACA--TTTCATAATATAATAACCACAGTCACTTCTCTGGTGCAC---------TTATACAACAAGATAGTGACTGT-AAT-TTTCTTAC---TTCT-T-TATTATAAACTGTTGTA-GTCATAATATGTTCCTGGACTGTGATGAGAATTGTCAATCTG---AAAAAATACA-AAAAAAATGTTGTACTG---AT----AAGTTAGAAGTA------------TGGTGGTGATATT--TTAATCAGACTttag
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         T------ATAAAAC---------ATC--AAGTTAGTCTTGCGAGTTTTATGTGTTTTGTTCTTCAAAAGTTATAGAATAATTATAG-----TATTATA------------TGATCACTTACGAAAGTATAA---GAATTGAACAACTAT-------ATTTAAATGAGT-TCATTTAGGATACTAACATTT----CCAAAATATTGTT-A-GACT--TTTCATAATATAATTACCACAGTCACTTCTCTCGTGCAC---------TTATACAATAAGATAGTGATTGC-AAT-TTTCTTAC---TTCT-T-GATTATAAACTGTT-ATAGTCATAATATATTCCTGGACTGTGACGAGAATTGTCAATCTGAAAAAAAAATACAAAAAAAAATGTTGTACTG-------AAAAGTTAAAAGTA------------TGGTAGTGACATT--TTCATCAAACTgttcaattaattttaacttatataacaaccatgctgcttcaagtttggagaaaaaattatatttttatatcattacactggtttgtatattacaactacaatactgaagtatgacaaattataatctgtaagaatctttgaaagacttatggacctgatttatagaaaaattggaaggattctgtacttcctcatttaagtcaacagtacagaagaacctttgtgacatagtaattaggctttcagtctgtatttcttcatgtaaggcaac
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                tATAAAATACTAAATAA------ATGTGT-AAAAAT-AGGACATGGT-CCTCAT---GTAATAGATGCATGAGATGAAACCAAAGTTTCAACT-AACACATGCTCTTATATAATAACACC------A-ATT--ACGTCAGACCAGC--------------------TTCAAAACGTATGAAATAATTACAGGCAAATATAATA-ATTGATTTGACCGATCACTTACAAAATT---A---GAGTTGCCCAACAATAATCACAGTTTAAAA-AGTTTAACTTTAGATATT----TTTATAACAAAAAT--TATAAC-TAAAGGTTGTGTGTC-TAACA-CTA-AGTTACTTCTCTGTTGCAT---------TTATATAATTAGACAATGAATGT-AAT-GTTCTTACTTGTTTT-T-TAT---AAGCT--------TCATCTT-TTTCCCTGGACTGTGATGAAAAATGTCAACCTG---AAAAAATAT--AAAACAATGTT-TAGCGAAAATCTAAAAGTTGAAAGTAGTTAATCA-GTTTGGTAGTGACATT--TTCATCAGATTTTGGAAGCTATGTT--------------T-------------AATgttcaatttaatttaacttgtataacaaccatgcagcttcaagtttagagaaaatattatatattttatttcattacattggtttgtatattacaactaccatactgaggtatgacaaattataatctgtaagaatttttgaaagacttatggacctgatttatacaaaaattggaagcattcggtacttcctcatgtaagtcaacagtacctaagaacctttgtg
gi|6                          :                                                                                                                           actactaAT-----CTCATACAATGT---T----------------GTTGTCT------TATAATGAA----G--A---------------TC-----TCATAC-ATGT--T--TGTtcaacttaaataacagccatggaggaaacttt
gi|6                          :                                                                                                                  ATCTCATACAATGTTGTT-----GTCTTATAATGA---A----------------GATCTCA------TAC-ATGTTTGTGA-TTTATAATGAAGA----TC-----TCATACAATGT--T--GGTCTC-gatttataatgaagatctcatacaatgttggtctcatacatgctgttgtcttattatgaagatctcatacaatgttgttgtcttataatgaagatctcatacatgttgttgtcttataatgacgatctcatacaatgttggtctcatacaatgccgtttctcaaacatatttatctccctcatgcagctgatattatatgccaactatgctatccaagtcaactttcacttatactttcatatgtcttacaaagctggagtgtcttaaatagtctgaaaaaataagacaatgcattagcttgctgataattaatgataatataataaatgggtaaaaatagtacatggttcttcattttgtaatagatgcaagagccaaaacaaatacaggctttataacactaattaaaagtcagatcagttttatgtgttttgttcttcaaataattacagga
gi|6                          :                                                                                                                   TGTCTTATAATGAAGAT-----CTCATAC-ATGT---TTGTGATTTATAATGAAGATCTCA------TACAATGTT----G--G---------------TC-----TCATAC-ATGCTGT--TGTCTatacatgctgttgtcttattatgaagatctcatacaatgttgttgtcttataatgaagatctcatacatgttgttgtcttataatgacgatctcatacaatgttggtctcatacaatgccgtttctcaaacatatttatctccctcatgcagctgatattatatgccaactatgctatccaagtcaactttcacttatactttcatatgtcttacaaagctggagtgtcttaaatagtctgaaaaaataagacaatgcattagcttgctgataattaatgataatataataaatgggtaaaaatagtacatggttcttcattttgtaatagatgcaagagccaaaacaaatacaggctttataacactaattaaaagtcagatcagttttatgtgttttgttcttcaaataattacagga
gi|6                          :                                                                                                       atctcatacaatgttgtTATAATGAAGAT-----CTCATACAATGT---T----------------GGTCTCA------TAC-ATGCT----G-TTGTCTTATTATGAAGATC-----TCATACAATGTTGT--TGTCTtattatgaagatctcatacaatgttgttgtcttataatgaagatctcatacatgttgttgtcttataatgacgatctcatacaatgttggtctcatacaatgccgtttctcaaacatatttatctccctcatgcagctgatattatatgccaactatgctatccaagtcaactttcacttatactttcatatgtcttacaaagctggagtgtcttaaatagtctgaaaaaataagacaatgcattagcttgctgataattaatgataatataataaatgggtaaaaatagtacatggttcttcattttgtaatagatgcaagagccaaaacaaatacaggctttataacactaattaaaagtcagatcagttttatgtgttttgttcttcaaataattacagga
gi|6                          :                                                              atctcatacaatgttgttgtcttataatgaagatctcatacatgtttgtgattTGTCTTATTATGAAGAT-----CTCATACAATGT---TGTTGTCTTATAATGAAGATCTCA------TAC-ATGTT----G-TT---------------tataatgaagatctcatacatgttgttgtcttataatgacgatctcatacaatgttggtctcatacaatgccgtttctcaaacatatttatctccctcatgcagctgatattatatgccaactatgctatccaagtcaactttcacttatactttcatatgtcttacaaagctggagtgtcttaaatagtctgaaaaaataagacaatgcattagcttgctgataattaatgataatataataaatgggtaaaaatagtacatggttcttcattttgtaatagatgcaagagccaaaacaaatacaggctttataacactaattaaaagtcagatcagttttatgtgttttgttcttcaaataattacagga
gi|6                          :                    atctcatacaatgttgttgtcttataatgaagatctcatacatgtttgtgatttataatgaagatctcatacaatgttggtctcatacatgctgtTGTCTTATAATGACGAT-----CTCATACAATGT---T----------------GGTCTCA------TACAATGCC----G-TT---------------TC-----TCAAAC-ATAT--T--TATCTC-CCTC-----------------ATGCAGCTGATATTATATGCCAACTATGCTATCCAAGTCAACTTTCACTT-ATACTTTCATATGTCTTACAAAGC-----T-GGAG---TGTCTTAAATAGTCTGAAAAA-ATAAG--ACAATGCATTAGCTTGCTGATAATTAATGATAATAT-------------------------AATAA------ATGGGTAAAAA-T-AGTACATGGTTCTTCATTTTGTAATAGATGCAAGAGCCAAAACA-------------AATACAGGCTTT------ATAACACT------A-ATTAAAAGTCAGATC----AGTTTTATGTGTTTTGTTCTTC----------AAATAATTACAGG--Agtcttataatgacgatctcatacaatgttggtctcatacaatgccgtttctcaaacatatttatctccctcatgcagctgatattatatgccaactatgctatccaagtcaactttcacttatactttcatatgtcttacaaagctggagtgtcttaaatagtctgaaaaaataagacaatgcattagcttgctgataattaatgataatataataaatgggtaaaaatagtacatggttcttcattttgtaatagatgcaagagccaaaacaaatacaggctttataacactaattaaaagtcagatcagttttatgtgttttgttcttcaaataattacagga
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     atctcatacaatgttgttgtcttataatgaagatctcatacatgtttgtgatttataatgaagatctcatacaatgttggtctcatacatgctgttgtcttattatgaagatctcatacaatgttgttgtcttataatgaagatctcatacatgttgtAAAGT---A---CAGTTGCACAACCAT-------GTTTAAAGGA-TATAGCTTAAGATACTAGTGTTT----C----TTAT--TA-C--ACA--TTTTAT----GAATAA--A------------TGTTGAAT---------GTA---------ATGTTGA-----AA---CTCCTACCTTTTCTATGTATTACAAGCTGTTG-T-AGCAT-GT-TATTCTTGGATTGTGATGAAAACTGTCAATCTG---AAAAAATAT--GAAACAATGTTCTAGTAAAAATCTAAAAATTGAAAGTAGTTTATCA-ATATATCAGTTACATT--TTCATCAGACTTTGATAGC--TGCC--------------TCTAATTCAACTTGAATAACAGCCATAGAGTTGAAACATTATTTTTATACATCTCCCTA
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                    ATGT--A--CGTCTC-CCTCATGTAATA----AT----TGTAGCTGA----TCAT-----------------------TTTACATTT-AAAATTCCTGA----TTATTAAGCAGGAGCAGGAG---CATCTTAAATGGCCTG-AAAATATAAGAAACAATTTATTAGCTTGCTGATAATAAAAGATAATATCACAAAATAATAA--TAAAGTGCTAAATAG------ATGTGT-A-------GGTCATGGTTCCTCATATTGTAATAGACACAGGAGCCAAAACAAAACATTCAACTTAATACATGCTCT------ATAGCACT------G-ATT--AAGTCAGGTCATTGAGTTTTATGTGTTTTATTCTTCAAAAGTTATAAATCAATTACAGG--AGCAT-ATA-ACTGATT-----GATCACTTACAAGAGT---A---GAGTTGCCCAACAAT-------GTTTAAAAGAGTATGATTT-------TAGTGTTT----CAAAAATATTGTT-G-GACA--TTTTAT----TAATAACCACAGTCAATTTTCTGTTTCAT---------TTATATAATGAGATGATGATTAT-AAT-GTTCTTACGTTTTcagatatttgtattttacagctgccatacaggggtaatggggtatgacaaattaaatctgcaaaagtcctttgaaggagttgtggtggtcctgttttattggaacagtggaagaattctatatttcctcatataagtcaatactggtatcaatcaagtagataagaac
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   ATAAGCCGCTGAT-ATCATA-T-TTTCCCTGGACTGTGACAGAAATTGTCAATCTG---ATAAAATAT--GAAACACTGTTGTAGTGAAATTTTAAATGTTAAAACTAGTTTATCA-GTGTGGCAGCTGC-TTAATTCA----ACTT--GAA----------------------C-------------AATAGCA-----AGA----ATAATTTATTTTTATACATTTCCCTA
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|12 ): ATGTAAGCCAACAGTTACATCAGAACCTTTCTGACATAGTAATTAGGCTTTCAATCTGTACTTCCTCATGTAAGTCAACAGTACATAAGAACCTTTGTAACATAGTAATTAGGCTTTCAATCTGTACTTCCTCATGTAAGTCAACAGTACATAAGAACCTTTGCGACATAGTAATTAGACTTTCAGTATGTACTACCTCATGTAAGTCAACATTATATAAGGACCTTTGCGACATAGTATTAAGGCTTTCAGTATGTACTTC
Unaligned ( gi|19 ): ACAGCTTCCATACAGGGATAATGGGATATGAAAAATTACAATCTGCAAAACTCCTTTGAAAGAGTTGTGGTGGTCCTGTTTCATTGAATCTATATTTCTTCATATAAGTCAAAACTGTTATAAAGT
Unaligned ( gi|21 ): CTGCAAACATTCATTTGAAAGAGTTGTGTTGGTCCTGTTTTATTGAAACATAAAAGTCAACACTGGTATCAAGAGGATA
Unaligned ( gi|22 ): TCTGCAAAAATCCTTTGAAAGAGTTGTGGCAGTATTGCTTGATATAAGTCAACACTGTTATAAGGCAG
Unaligned ( gi|23 ): TGGCCCTACAGACTGGAATAGATCTGAAGGTCTAAAAAACAATGTTTCAATTTTACAATATGCACT






Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                         3333333333333333                           555555555555555555                                        444444444444                                                 11111                    1111111    1111                                                                             11               111111                                                            111                    111111       222222222                                                                           3333333333333                1111111               1111111                                  1111       22222222222     111          2222                             222222222                                    1                                   1                                 111        111                 2222222              111111111111                                  11    8888888888888888888888888888       22222   2222                          
lowQualScore                  :                                                                                                                       1            44444            333 2222222222222222       555555         3333 555555555555555555  44444     0     55 22      3          444444444444                 3        1   11    99999  0  0  99999  1    9999         5555555    1111               4    5 8  22      0                  0             2      5   66      6666     222222      4 2  4 8          0      6              1           0 000      66       5    999999       555555555   99          6666                              55  1          77 1   3   2222222222222          0     1111111       0    1  8888888       1    8      6         2    2222 1   1 77777777777     333          1111       3 4               0   222222222         3         6 0 5   66       0 1  3 888              9999     88 1 1                               000        555    0      0     1111111              222222222222           1 77            0    3 11    5555555555555555555555555555       55555   1111                          
lowQualScore                  :                                                                                                                       .            .....            ... ................       ......         .... ..................  .....     .     .. ..      .          ............                 .        .   ..    .....  .  .  .....  .    ....         .......    ....               .    . .  ..      .                  .             .      .   ..      ....     ......      . .  . .          .      .              .           . ...      ..       .    ......       .........   ..          ....                              ..  .          .. .   .   .............          .     .......       .    .  .......       .    .      .         .    .... .   . ...........     ...          ....       . .               .   .........         .         . . .   ..       . .  . ...              ....     .. . .                               ...        ...    .      .     .......              ............           . ..            .    . ..    ............................       .....   ....                          
lowQualScore                  :                                                                                                                       2            33333            000 4444444444444444       000000         7777 666666666666666666  88888     1     00 88      3          111111111111                 7        4   44    55555  2  9  00000  4    4444         7777777    2222               4    0 1  22      2                  8             8      0   00      6666     888888      4 0  4 9          8      0              0           8 222      66       0    222222       000000000   22          5555                              11  9          99 8   5   8888888888888          7     0000000       7    9  6666666       7    7      6         7    1111 4   4 11111111111     333          2222       0 3               7   999999999         0         6 4 7   44       6 3  7 333              7777     00 4 9                               000        000    7      7     9999999              333333333333           7 99            8    2 00    0000000000000000000000000000       00000   2222                          
consensus                     :                                                                                                                 GATGTCGTATAATGTAGAT-----CTCATACAATGT---T----------------GATCTCA------TACAATGTT----G-TT---------------TC-----TCATACAATGT--T--TGTCTC-CCTCATGTAA-A----AT---ATGTAGCTGATATTTCATGCCGACTCCGCTACCCAGGTCAATTTTCATTT-AAACTTCCAAA----TTATTAAGC-----C-GGAG---CGTCTTAAATAGCCTG-AAAA-ATAAGAAACAATTTATTAGCTTGCTGATAATTAAAGATAATATCANAAAATA-TAACATAAAATGCTAAATAA------ATGTGT-AAAA-T-AGGACATGGTTCCTCATATTGTAATAGATGCATGAGCCAAAACAAAACGTTCAACTTAATACATGCTCT------ATAACACT------A-ATT--AAGTCAGACCAGCGAGTTTTATGTGTTTTGTTCTTCAAAAGTTATAAAATAATTACAGG--AATATAATA-ATTGATTTGATCGATCACTTACGAGAGT---A---GAGTTGCCCAACAAT-------GTTTAAAGGAGTATAACTTNAGATACTAGCGTTT----CAAAAAT-----------ATTGTTN-GACATTTCAT----TAATAACCACAGTCACTTCTCTGTTGCAT---------TTATATAATNAGATGATGANTGT-AAT-GTTCTTACTTTTTCT-T-TATTATAAGCTGTTGAT-GTCATANT-TTTCCCTGGACTGTGACGAAAATTGTCAATCTG---AAAAAATAC--GAAACAATGTTGTAGTGAAAATCTAAAAGTTGAAAGTAGTTTATCA-GTGTGGCAGTGACATT--TTCATCAGACTTTGGAAGC--TGCT--------------T-------------AATAGCA-----AGA----AAACTTTATTTTTACACATTTCCCTA
Reference ( family-5429 )     :                                                                                                                 GATGTCGTATAATGTAGAT-----CTCATACAATGT---T----------------GATCTCA------TACAATGTT----G-TT---------------TC-----TCATACAATGT--T--TGTCTC-CCTCATGTAA-A----AT---ATGTAGCTGATATTTCATGCCGACTCCGCTACCCAGGTCAATTTTCATTT-AAACTTCCAAA----TTATTAAGC-----C-GGAG---CGTCTTAAATAGCCTG-AAAA-ATAAGAAACAATTTATTAGCTTGCTGATAATTAAAGATAATATCANAAAATA-TAACATAAAATGCTAAATAA------ATGTGT-AAAA-T-AGGACATGGTTCCTCATATTGTAATAGATGCATGAGCCAAAACAAAACGTTCAACTTAATACATGCTCT------ATAACACT------A-ATT--AAGTCAGACCAGCGAGTTTTATGTGTTTTGTTCTTCAAAAGTTATAAAATAATTACAGG--AATATAATA-ATTGATTTGATCGATCACTTACGAGAGT---A---GAGTTGCCCAACAAT-------GTTTAAAGGAGTATAACTTNAGATACTAGCGTTT----CAAAAAT-----------ATTGTNC-GACATTTCAT----TAATAACCACAGTCACTTCTCTGTTGCAT---------TTATATAATNAGATGATGANTGT-AAT-GTTCTTACTTTTTCT-T-TATTATAAGCTGTTGAT-GTCATANT-TTTCCCTGGACTGTGACGAAAATTGTCAATCTG---AAAAAATAC--GAAACAATGTTGTAGTGAAAATCTAAAAGTTGAAAGTAGTTTATCA-GTGTGGCAGTGACATT--TTCATCAGACTTTGGAAGC--TGCT--------------T-------------AATAGCA-----AGA----AAACTTTATTTTTACACATTTCCCTA
gi|1                          :                                                                                                                 GATGTTGTAAAATGTAGAT-----CTAATACATTGG---T----------------GGTCTCC------TTTAATTTT----A-TT---------------TC-----TCATA-AATAT--T--TGTCTC-CCTGATGGAA-A----AT---CTGTAGCTGATATTTCAAGCTGACTCCTCTATCCAGGTCAATTTTCATTTCAAACTTCAAAA----TTATTAAGC-----A-GGAG---TGTTTCAAATAGCCTG-AAAA-A-AAAAAA-----TATTAGCTTGATGATAATAAAAGATAATATCACAAAACA-CAAT-TAAAATGCTAAATAA------ATGTGT-ATAA-TTAGGACAAAGTTCCTCATATTGTAATAGATGCATGAGCCAAAATAAACTGTTCAACATGATACATTCTCT------ATAACACT------A-ATT--AAGTCAGACCAGTGAGTTTTATATATTTTGTTCTTTAAAAGTTATTAAATAATTACAGG--AACA-AACA-ATTGATTTGATTGATCAGTTACAAGAGT---A---GAGTTGCCCAACAAT-------GTTTAAAGGAGAATAACTTCAGATACAAGTGTTT----CAAAAAT-----------ATTATACTTACATTTCAT----TAATAAC--CAGTCACTTCTCTGTTTCATTAAAAAAAATTATATAATAAGATGATGAATATAAAT-GTTCTTACTTTTTTT-T-TATTATAAGCTGTTGAT-GTCATATT-TTCCCCTGGACTGTTACGAAAATTATCAATCTG---AAAAAATAT--GAAACAATGTTGTAGTA-------AAAAGTTGAAAGAAGTTTA-CACGTGGGGCAGTGGCA-T--TTCATTAGACTTTGGAAAC--TGCT--------------T-------------AATAGCA-----AGA----AAACTTTATTTTTACACATTTTGCTA
gi|10                         :                                                                                                                   TGTTGTTTAACATAGAT-----CTCATATAATGCAGATCA--------------GATCTCA------TACTATGTT----GATC---------------TC-----CCAT--AATGT--T--
gi|10                         :                                                                                                                 GATCTCATATAATGCAGATCAGATCTCATACTATGT---T----------------GATCTCC------CATAATGTT----G--A---------------TG-----TTGTATAATGT--T--gatgttgtataatgttgatatcatatgatgttgttgtaaatcagatgtcatacaatgttgatctcatataatgtagatgccatataatgtagatctcatttaatgctatctcctatgcttttttttctcgtgtatatttgtctccctcatgtaatatgtagctgatatttaaagccgactccaccattcaggtcaattttcatttaaacttccacattatttagcaggagtatcttacaaagcctga
gi|10                         :                                                                                                   tgttgtttaacataGATCTCATACTATGTTGAT-----CTCCCATAATGT---T----------------GATGTTG------TATAATGTT----G--A---------------TA-----TCATATGATGT--T--gatatcatatgatgttgttgtaaatcagatgtcatacaatgttgatctcatataatgtagatgccatataatgtagatctcatttaatgctatctcctatgcttttttttctcgtgtatatttgtctccctcatgtaatatgtagctgatatttaaagccgactccaccattcaggtcaattttcatttaaacttccacattatttagcaggagtatcttacaaagcctga
gi|10                         :                                                                              tgttgtttaacatagatctcatataatgcagatcaGATCTCCCATAATGTTGAT-----GTTGTATAATGT---T----------------GATATCA------TATGATGTT----G-TTGTAAA----------TCAGATGTCATACAATGT--T--GATCTCATATAATGTAG-ATGCCATATAATGTAGATCTCATTTAATGCTATCTCCgttgtaaatcagatgtcatacaatgttgatctcatataatgtagatgccatataatgtagatctcatttaatgctatctcctatgcttttttttctcgtgtatatttgtctccctcatgtaatatgtagctgatatttaaagccgactccaccattcaggtcaattttcatttaaacttccacattatttagcaggagtatcttacaaagcctga
gi|10                         :                                                                tgttgtttaacatagatctcatataatgcagatcagatctcatactatgttTGTTGTA-AAT-CAGAT-----GTCATACAATGT---T----------------GATCTCA------TATAATGTA----G-AT---------------GC------CATATAATGT--tatgcttttttttctcgtgtatatttgtctccctcatgtaatatgtagctgatatttaaagccgactccaccattcaggtcaattttcatttaaacttccacattatttagcaggagtatcttacaaagcctga
gi|10                         :               tgttgtttaacatagatctcatataatgcagatcagatctcatactatgttgatctcccataatgttgatgttgtataatgttgatatcatatgatgtGATGCCATATAATGTAGAT-----CTCATTTAATGC---T-----------------ATCTCC------TATGCTTTT----T-TT---------------TC-----TCGTGTA-TAT--T--TGTCTC-CCTCATGTAA-------T---ATGTAGCTGATATTTAAAGCCGACTCCACCATTCAGGTCAATTTTCATTT-AAACTTCCACA----TTATTTAGC-----A-GGAG---TATCTTACAAAGCCTG-Aagatctcatttaatgctatctcctatgcttttttttctcgtgtatatttgtctccctcatgtaatatgtagctgatatttaaagccgactccaccattcaggtcaattttcatttaaacttccacattatttagcaggagtatcttacaaagcctga
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               tgttgtttaacatagatctcatataatgcagatcagatctcatactatgttgatctcccataatgttgatgttgtataatgttgatatcatatgatgttgttgtaaatcagatgtcatacaatgttgatctcatataatgtaAT----AAATAACCACAGTCACTTCTCTGTTTCAT---------TTATATAATTAAATGATGTATAT-AATTGTTCTTACTTTTT-----TAGTATAAGCTGTTGAT-GTCATAAT-TTTCCCTGGACTGTTACGAAGATTGTCAATCTG----AAAAATAT--GAAAGAATGTTGTAGTGAAAATCTAAAAGTTGAAAGTTG-TTATCA-GTGTGGCAGTGACAAT--TTCATTAGACTTTGGAAGC--TGCTTAATTCAACTTGAAT-------------AATGGCA-----AGA----AAACTTTATTTTTACATATTTCCCTA
gi|13                         :                                                                                                                                                                                        CAATGTT----T-TT---------------TC-----TCATATA---T--A--TGTCTC-CCTCGTGTTA-------T---ATATAGCTGATATTTCATACCGACTCTGATACCCAGA--------CACTT-----TTACAAA----TTATTAAGC-----C-AAAA---CATCTTAAATAACCTG-AAAA-ATAAGAAACAATTTATTAACTTGCTGATAATTAAAGATAGTATCAGAAAATA-TAACATAAAATATGTAATAA------AATTGT-AAAA-T-TGGcatctacaatgtatttgtttattacag
gi|14                         :                                                                                                                                                                                           ttTT----T-TT---------------TC-----TCATACA-TAT--T--TGTCTC-CCTCATGTAA-------T---ATATAGCTGATATTTCATACCAACTCTGATACTAAGAT--ACTTTTA-----------CAAA----TTATTAAGT-----C-AGAG---TGCCTTAAATAACCTG-AAAA-ACAAGGAACAATTTATTAACTTGCTGATAATTAAAGATAGCATCAGAAAATA-TAACATAAAATATGTAATAA------AATTGT-AAAA-T-GGGGCAgt
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                       T--T--TGTCTC-TGTCATGTAA-------T---ATATAGCTGATATTTCATACCAACTCCGCTACACTGATC------CTTTT-A------CAAA----TTATAAAGC-----C-AGAG---TGTCTTGAATAACCTG-AAAA-ATAAAAAACAATTTATTAACTTGCTGATAACTAAAGATAGTATCAGAAAATA-TAACATAAAATATGTAATAA------AATTGT-AAAA-T-GGGGCA
gi|16                         :                                                                                                                      aGTCTAAT-TAAGT-----CTCATATAATGT---T----------------GATGTCA------TATAATGTA----G--C---------------TC-----TCATACAATGT--T--GATCTC-
gi|16                         :                                   acaaagttctaaaattgtaatgtttagattaacagcctttaaatgatttaacagtgttttttttctcttatattttctGATGTCATATAATGTAGCT-----CTCATACAATGT---T----------------GATCTCA------TAAAAataaaa
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                             acaaagttctaaaattgtaatgtttagattaacagcctttaaatgatttaacagtgttttttttctcttatattttctgtctaattaagtctcatataatgttAAA----TGAATGAAC-----C-AGAA---GATCTTA--TAACCTG-GAAG-AGAA--AACAATAGCTTAACTTGCAGATAATTGAAGAAAATATCATAAAATC-TTAC--AAAGTCTTAAATAATTAAATATGCAT-AAAG-T-AGG
gi|18                         :                                                                                                                  tatcctgatgtttttagT-----CTCATACAATGT---C----------------AGTCCCA------TATAATGgta
gi|2                          :                                                                                                                 GATCTCATACAATGTTGTT-----GTTGTATGATGT---A----------------GATCTCA------TACAATNNN----N-NNNNNNAAGA-------TC-----TCATACAATGT--T--acaatataatatctcataatatcatgacagttccgtataatgacaatattgtgtcgtataattatgatatatggaagtcttataataatgacagtctcatataa
gi|2                          :                                                                                                               ttaaTGTTGTATGATGTAGAT-----CTCATACAATNN---NNNNNNNNAA-------GATCTCA------TACAATGTT----G-TTGTTGTATGATGTAGATC-----TCATACAATGT--T--GGTTTC-gttgttgtatgatgtagatctcatacaatgttggtttcatacaatgttgacgttgtataatgtagatcaaatattggtggtctcctataattttatttctcataaaaatctgtctccctgatgtaataattgaagctgatatttcaattcggttcctctatccaggtcaattttcatttcaaacttcaaaattattaagcagaagaagtgttttaaatagcctgaaaaaaagaaacaagttattagcttgatgaaaataaaagataatatcacaaatcacaattaagatgctaaataaatgtgtacaattaggacatagttcctcatattgtaatagatgcttaagccaaaataaaatgttcaacttgattcatctctataatactttaaaaatattaagtcagacaagtgagttatatatattttgttctttaaaagttataaattaattacaggcatataatgtatttatttaattaatcagttacaagagtagagttgcccaataatgtataaaggagtataacttcagatactaatgttttaaaaatattatccgacatttcatt
gi|2                          :                                                                                             ttaagatctcatacaatgttgtTGTTGTATGATGTAGAT-----CTCATACAATGT---T----------------GGTTTCA------TACAATGTT----G-atacaatgttgacgttgtataatgtagatcaaatattggtggtctcctataattttatttctcataaaaatctgtctccctgatgtaataattgaagctgatatttcaattcggttcctctatccaggtcaattttcatttcaaacttcaaaattattaagcagaagaagtgttttaaatagcctgaaaaaaagaaacaagttattagcttgatgaaaataaaagataatatcacaaatcacaattaagatgctaaataaatgtgtacaattaggacatagttcctcatattgtaatagatgcttaagccaaaataaaatgttcaacttgattcatctctataatactttaaaaatattaagtcagacaagtgagttatatatattttgttctttaaaagttataaattaattacaggcatataatgtatttatttaattaatcagttacaagagtagagttgcccaataatgtataaaggagtataacttcagatactaatgttttaaaaatattatccgacatttcatt
gi|2                          :                                  ttaagatctcatacaatgttgttgttgtatgatgtagatctcatacaatnnnnnnnnnnaagatctcatacaatgttgtGACGTTGTATAATGTAGAT-----CAAATAT--TGG---T----------------GGTCTCC------TATAATTTT----A-TT---------------TC-----TCATAAAA-AT--C--TGTCTC-CCTGATGTAATA----AT----TGAAGCTGATATTTCAATTCGGTTCCTCTATCCAGGTCAATTTTCATTTCAAACTTCAAAA----TTATTAAGC-----A-GAAGAAGTGTTTTAAATAGCCTG-AAAA-A-AAGAAACAAGTTATTAGCTTGATGAAAATAAAAGATAATATCACAAATCA-CAAT-TAAGATGCTAAATAA------ATGTGT-ACAA-TTAGGACATAGTTCCTCATATTGTAATAGATGCTTAAGCCAAAATAAAATGTTCAACTTGATTCAT-CTCT------ATAATACTTTAAAAATATT--AAGTCAGACAAGTGAGTTATATATATTTTGTTCTTTAAAAGTTATAAATTAATTACAGG--CATATAATGTATTTATTTAATTAATCAGTTACAAGAGT---A---GAGTTGCCCAATAAT-------GTATAAAGGAGTATAACTTCAGATACTAATGTTT----TAAAAAT-----------ATTATCC-GACATTTCAT----Tacgttgtataatgtagatcaaatattggtggtctcctataattttatttctcataaaaatctgtctccctgatgtaataattgaagctgatatttcaattcggttcctctatccaggtcaattttcatttcaaacttcaaaattattaagcagaagaagtgttttaaatagcctgaaaaaaagaaacaagttattagcttgatgaaaataaaagataatatcacaaatcacaattaagatgctaaataaatgtgtacaattaggacatagttcctcatattgtaatagatgcttaagccaaaataaaatgttcaacttgattcatctctataatactttaaaaatattaagtcagacaagtgagttatatatattttgttctttaaaagttataaattaattacaggcatataatgtatttatttaattaatcagttacaagagtagagttgcccaataatgtataaaggagtataacttcagatactaatgttttaaaaatattatccgacatttcatt
gi|20                         : ttaagatctcatacaatgttgttgttgtatgatgtagatctcatacaatnnnnnnnnnnaagatctcatacaatgttgttgttgtatgatgtagatctcatacaatgttggtttcatacaatgttGTTGGT-----TCCATACAATGT---T----------------GATGTTG------TATAATGTA----G--A---------------TC-----TCATACAATGT--TGATGTC
gi|20                         :                                                                                                                 GATGTTGTATAATGTAGAT-----CTCATACAATGT---T----------------GATGTCA------TAAAATGCA----G--A---------------TG-----TCGTATAATGT--ataaaatgcagatgtcgtataatgtagatctcatagtattacaatgttggtgtcatatgatttag
gi|20                         :                                                                                              gttggttccatacaatgttGATGTCATAAAATGCAGAT-----GTCGTATAATGT---A----------------GATCTCATAGTATTACAATGTT----G--G---------------TG-----TCATATGATagatctcatagtattacaatgttggtgtcatatgatttag
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                gttggttccatacaatgttgatgttgtataatgtagatctcatacaatgttAGTTTTATGTGTTTTGTTCTTCAAAAGTTG-------------GG--ATTATA---------------CGATCACTTATGAAAGT---ATAAGAGTTGAGCAACTAT-------ATTTAAATGAGT-TAATTTAGGATACTAGCATTT----CAAAA-T-----------ATTGTTA-GACATTTCATAATATAATAACCACAGTCACTTCTCTGGTGCAC---------TTATACAACAAGATAGTGACTGT-AAT-TTTCTTAC---TTCT-T-TATTATAAACTGTTGTA-GTCATAATATGTTCCTGGACTGTGATGAGAATTGTCAATCTG---AAAAAATACA-AAAAAAATGTTGTACTG---AT----AAGTTAGAAGTA------------TGGTGGTGATATT--TTAATCAGACTttag
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         T------ATAAAAC---------ATC--AAGTTAGTCTTGCGAGTTTTATGTGTTTTGTTCTTCAAAAGTTATAGAATAATTATAG-----TATTATA------------TGATCACTTACGAAAGTATAA---GAATTGAACAACTAT-------ATTTAAATGAGT-TCATTTAGGATACTAACATTT----CCAAAAT-----------ATTGTTA-GACTTTTCATAATATAATTACCACAGTCACTTCTCTCGTGCAC---------TTATACAATAAGATAGTGATTGC-AAT-TTTCTTAC---TTCT-T-GATTATAAACTGTT-ATAGTCATAATATATTCCTGGACTGTGACGAGAATTGTCAATCTGAAAAAAAAATACAAAAAAAAATGTTGTACTG-------AAAAGTTAAAAGTA------------TGGTAGTGACATT--TTCATCAAACTgttcaattaattttaacttatataacaaccatgctgcttcaagtttggagaaaaaattatatttttatatcattacactggtttgtatattacaactacaatactgaagtatgacaaattataatctgtaagaatctttgaaagacttatggacctgatttatagaaaaattggaaggattctgtacttcctcatttaagtcaacagtacagaagaacctttgtgacatagtaattaggctttcagtctgtatttcttcatgtaaggcaac
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                tATAAAATACTAAATAA------ATGTGT-AAAAAT-AGGACATGGT-CCTCAT---GTAATAGATGCATGAGATGAAACCAAAGTTTCAACT-AACACATGCTCTTATATAATAACACC------A-ATT--ACGTCAGACCAGC--------------------TTCAAAACGTATGAAATAATTACAGGCAAATATAATA-ATTGATTTGACCGATCACTTACAAAATT---A---GAGTTGCCCAACAATAATCACAGTTTAAAA-AGTTTAACTTTAGATATT----TTTATAACAAAAATTATAACTAAAGGTTGTGT-G-----TC------TAACA-CTA-AGTTACTTCTCTGTTGCAT---------TTATATAATTAGACAATGAATGT-AAT-GTTCTTACTTGTTTT-T-TAT---AAGCT--------TCATCTT-TTTCCCTGGACTGTGATGAAAAATGTCAACCTG---AAAAAATAT--AAAACAATGTT-TAGCGAAAATCTAAAAGTTGAAAGTAGTTAATCA-GTTTGGTAGTGACATT--TTCATCAGATTTTGGAAGCTATGTT--------------T-------------AATgttcaatttaatttaacttgtataacaaccatgcagcttcaagtttagagaaaatattatatattttatttcattacattggtttgtatattacaactaccatactgaggtatgacaaattataatctgtaagaatttttgaaagacttatggacctgatttatacaaaaattggaagcattcggtacttcctcatgtaagtcaacagtacctaagaacctttgtg
gi|6                          :                                                                                                                           actactaAT-----CTCATACAATGT---T----------------GTTGTCT------TATAATGAA----G--A---------------TC-----TCATAC-ATGT--T--TGTtcaacttaaataacagccatggaggaaacttt
gi|6                          :                                                                                                                  ATCTCATACAATGTTGTT-----GTCTTATAATGA---A----------------GATCTCA------TAC-ATGTTTGTGA-TTTATAATGAAGA----TC-----TCATACAATGT--T--GGTCTC-gatttataatgaagatctcatacaatgttggtctcatacatgctgttgtcttattatgaagatctcatacaatgttgttgtcttataatgaagatctcatacatgttgttgtcttataatgacgatctcatacaatgttggtctcatacaatgccgtttctcaaacatatttatctccctcatgcagctgatattatatgccaactatgctatccaagtcaactttcacttatactttcatatgtcttacaaagctggagtgtcttaaatagtctgaaaaaataagacaatgcattagcttgctgataattaatgataatataataaatgggtaaaaatagtacatggttcttcattttgtaatagatgcaagagccaaaacaaatacaggctttataacactaattaaaagtcagatcagttttatgtgttttgttcttcaaataattacagga
gi|6                          :                                                                                                                   TGTCTTATAATGAAGAT-----CTCATAC-ATGT---TTGTGATTTATAATGAAGATCTCA------TACAATGTT----G--G---------------TC-----TCATAC-ATGCTGT--TGTCTatacatgctgttgtcttattatgaagatctcatacaatgttgttgtcttataatgaagatctcatacatgttgttgtcttataatgacgatctcatacaatgttggtctcatacaatgccgtttctcaaacatatttatctccctcatgcagctgatattatatgccaactatgctatccaagtcaactttcacttatactttcatatgtcttacaaagctggagtgtcttaaatagtctgaaaaaataagacaatgcattagcttgctgataattaatgataatataataaatgggtaaaaatagtacatggttcttcattttgtaatagatgcaagagccaaaacaaatacaggctttataacactaattaaaagtcagatcagttttatgtgttttgttcttcaaataattacagga
gi|6                          :                                                                                                       atctcatacaatgttgtTATAATGAAGAT-----CTCATACAATGT---T----------------GGTCTCA------TAC-ATGCT----G-TTGTCTTATTATGAAGATC-----TCATACAATGTTGT--TGTCTtattatgaagatctcatacaatgttgttgtcttataatgaagatctcatacatgttgttgtcttataatgacgatctcatacaatgttggtctcatacaatgccgtttctcaaacatatttatctccctcatgcagctgatattatatgccaactatgctatccaagtcaactttcacttatactttcatatgtcttacaaagctggagtgtcttaaatagtctgaaaaaataagacaatgcattagcttgctgataattaatgataatataataaatgggtaaaaatagtacatggttcttcattttgtaatagatgcaagagccaaaacaaatacaggctttataacactaattaaaagtcagatcagttttatgtgttttgttcttcaaataattacagga
gi|6                          :                                                              atctcatacaatgttgttgtcttataatgaagatctcatacatgtttgtgattTGTCTTATTATGAAGAT-----CTCATACAATGT---TGTTGTCTTATAATGAAGATCTCA------TAC-ATGTT----G-TT---------------tataatgaagatctcatacatgttgttgtcttataatgacgatctcatacaatgttggtctcatacaatgccgtttctcaaacatatttatctccctcatgcagctgatattatatgccaactatgctatccaagtcaactttcacttatactttcatatgtcttacaaagctggagtgtcttaaatagtctgaaaaaataagacaatgcattagcttgctgataattaatgataatataataaatgggtaaaaatagtacatggttcttcattttgtaatagatgcaagagccaaaacaaatacaggctttataacactaattaaaagtcagatcagttttatgtgttttgttcttcaaataattacagga
gi|6                          :                    atctcatacaatgttgttgtcttataatgaagatctcatacatgtttgtgatttataatgaagatctcatacaatgttggtctcatacatgctgtTGTCTTATAATGACGAT-----CTCATACAATGT---T----------------GGTCTCA------TACAATGCC----G-TT---------------TC-----TCAAAC-ATAT--T--TATCTC-CCTC-----------------ATGCAGCTGATATTATATGCCAACTATGCTATCCAAGTCAACTTTCACTT-ATACTTTCATATGTCTTACAAAGC-----T-GGAG---TGTCTTAAATAGTCTGAAAAA-ATAAG--ACAATGCATTAGCTTGCTGATAATTAATGATAATAT-------------------------AATAA------ATGGGTAAAAA-T-AGTACATGGTTCTTCATTTTGTAATAGATGCAAGAGCCAAAACA-------------AATACAGGCTTT------ATAACACT------A-ATTAAAAGTCAGATC----AGTTTTATGTGTTTTGTTCTTC----------AAATAATTACAGG--Agtcttataatgacgatctcatacaatgttggtctcatacaatgccgtttctcaaacatatttatctccctcatgcagctgatattatatgccaactatgctatccaagtcaactttcacttatactttcatatgtcttacaaagctggagtgtcttaaatagtctgaaaaaataagacaatgcattagcttgctgataattaatgataatataataaatgggtaaaaatagtacatggttcttcattttgtaatagatgcaagagccaaaacaaatacaggctttataacactaattaaaagtcagatcagttttatgtgttttgttcttcaaataattacagga
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     atctcatacaatgttgttgtcttataatgaagatctcatacatgtttgtgatttataatgaagatctcatacaatgttggtctcatacatgctgttgtcttattatgaagatctcatacaatgttgttgtcttataatgaagatctcatacatgttgtAAAGT---A---CAGTTGCACAACCAT-------GTTTAAAGGA-TATAGCTTAAGATACTAGTGTTT----C------------------TTATTA-CACATTTTAT----GAATAA--A------------TGTTGAAT---------GTA---------ATGTTGA-----AA---CTCCTACCTTTTCTATGTATTACAAGCTGTTG-T-AGCAT-GT-TATTCTTGGATTGTGATGAAAACTGTCAATCTG---AAAAAATAT--GAAACAATGTTCTAGTAAAAATCTAAAAATTGAAAGTAGTTTATCA-ATATATCAGTTACATT--TTCATCAGACTTTGATAGC--TGCC--------------TCTAATTCAACTTGAATAACAGCCATAGAGTTGAAACATTATTTTTATACATCTCCCTA
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                    ATGT--A--CGTCTC-CCTCATGTAATA----AT----TGTAGCTGA----TCAT-----------------------TTTACATTT-AAAATTCCTGA----TTATTAAGCAGGAGCAGGAG---CATCTTAAATGGCCTG-AAAATATAAGAAACAATTTATTAGCTTGCTGATAATAAAAGATAATATCACAAAATAATAA--TAAAGTGCTAAATAG------ATGTGT-A-------GGTCATGGTTCCTCATATTGTAATAGACACAGGAGCCAAAACAAAACATTCAACTTAATACATGCTCT------ATAGCACT------G-ATT--AAGTCAGGTCATTGAGTTTTATGTGTTTTATTCTTCAAAAGTTATAAATCAATTACAGG--AGCAT-ATA-ACTGATT-----GATCACTTACAAGAGT---A---GAGTTGCCCAACAAT-------GTTTAAAAGAGTATGATTT-------TAGTGTTT----CAAAAAT-----------ATTGTTG-GACATTTTAT----TAATAACCACAGTCAATTTTCTGTTTCAT---------TTATATAATGAGATGATGATTAT-AAT-GTTCTTACGTTTTcagatatttgtattttacagctgccatacaggggtaatggggtatgacaaattaaatctgcaaaagtcctttgaaggagttgtggtggtcctgttttattggaacagtggaagaattctatatttcctcatataagtcaatactggtatcaatcaagtagataagaac
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           ATAAGCCGCTGAT-ATCATA-T-TTTCCCTGGACTGTGACAGAAATTGTCAATCTG---ATAAAATAT--GAAACACTGTTGTAGTGAAATTTTAAATGTTAAAACTAGTTTATCA-GTGTGGCAGCTGC-TTAATTCA----ACTT--GAA----------------------C-------------AATAGCA-----AGA----ATAATTTATTTTTATACATTTCCCTA
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|12 ): ATGTAAGCCAACAGTTACATCAGAACCTTTCTGACATAGTAATTAGGCTTTCAATCTGTACTTCCTCATGTAAGTCAACAGTACATAAGAACCTTTGTAACATAGTAATTAGGCTTTCAATCTGTACTTCCTCATGTAAGTCAACAGTACATAAGAACCTTTGCGACATAGTAATTAGACTTTCAGTATGTACTACCTCATGTAAGTCAACATTATATAAGGACCTTTGCGACATAGTATTAAGGCTTTCAGTATGTACTTC
Unaligned ( gi|19 ): ACAGCTTCCATACAGGGATAATGGGATATGAAAAATTACAATCTGCAAAACTCCTTTGAAAGAGTTGTGGTGGTCCTGTTTCATTGAATCTATATTTCTTCATATAAGTCAAAACTGTTATAAAGT
Unaligned ( gi|21 ): CTGCAAACATTCATTTGAAAGAGTTGTGTTGGTCCTGTTTTATTGAAACATAAAAGTCAACACTGGTATCAAGAGGATA
Unaligned ( gi|22 ): TCTGCAAAAATCCTTTGAAAGAGTTGTGGCAGTATTGCTTGATATAAGTCAACACTGTTATAAGGCAG
Unaligned ( gi|23 ): TGGCCCTACAGACTGGAATAGATCTGAAGGTCTAAAAAACAATGTTTCAATTTTACAATATGCACT






Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                         3333333333333333                           555555555555555555                                        444444444444                                                 11111                    1111111    1111                                                                             11               111111                                                            111                    111111       222222222                                                                           3333333333333                1111111               1111111                                  1111                          3333                             222222222                                    1                                   1                                 111        111                 2222222              111111111111                                  11    8888888888888888888888888888       22222   2222                          
lowQualScore                  :                                                                                                                       1            44444            333 2222222222222222       555555         3333 555555555555555555  44444     0     55 22      3          444444444444                 3        1   11    99999  0  0  99999  1    9999         5555555    1111               4    5 8  22      0                  0             2      5   66      6666     222222      4 2  4 8          0      6              1           0 000      66       5    999999       555555555   99          6666                              55  1          77 1   3   2222222222222          0     1111111       0    1  8888888       1    8      6         2    2222 1   1 5     5 1          0000       3 4               0   222222222         3         6 0 5   66       0 1  3 888              9999     88 1 1                               000        555    0      0     1111111              222222222222           1 77            0    3 11    5555555555555555555555555555       55555   1111                          
lowQualScore                  :                                                                                                                       .            .....            ... ................       ......         .... ..................  .....     .     .. ..      .          ............                 .        .   ..    .....  .  .  .....  .    ....         .......    ....               .    . .  ..      .                  .             .      .   ..      ....     ......      . .  . .          .      .              .           . ...      ..       .    ......       .........   ..          ....                              ..  .          .. .   .   .............          .     .......       .    .  .......       .    .      .         .    .... .   . .     . .          ....       . .               .   .........         .         . . .   ..       . .  . ...              ....     .. . .                               ...        ...    .      .     .......              ............           . ..            .    . ..    ............................       .....   ....                          
lowQualScore                  :                                                                                                                       2            33333            000 4444444444444444       000000         7777 666666666666666666  88888     1     00 88      3          111111111111                 7        4   44    55555  2  9  00000  4    4444         7777777    2222               4    0 1  22      2                  8             8      0   00      6666     888888      4 0  4 9          8      0              0           8 222      66       0    222222       000000000   22          5555                              11  9          99 8   5   8888888888888          7     0000000       7    9  6666666       7    7      6         7    1111 4   4 7     7 0          0000       0 3               7   999999999         0         6 4 7   44       6 3  7 333              7777     00 4 9                               000        000    7      7     9999999              333333333333           7 99            8    2 00    0000000000000000000000000000       00000   2222                          
consensus                     :                                                                                                                 GATGTCGTATAATGTAGAT-----CTCATACAATGT---T----------------GATCTCA------TACAATGTT----G-TT---------------TC-----TCATACAATGT--T--TGTCTC-CCTCATGTAA-A----AT---ATGTAGCTGATATTTCATGCCGACTCCGCTACCCAGGTCAATTTTCATTT-AAACTTCCAAA----TTATTAAGC-----C-GGAG---CGTCTTAAATAGCCTG-AAAA-ATAAGAAACAATTTATTAGCTTGCTGATAATTAAAGATAATATCANAAAATA-TAACATAAAATGCTAAATAA------ATGTGT-AAAA-T-AGGACATGGTTCCTCATATTGTAATAGATGCATGAGCCAAAACAAAACGTTCAACTTAATACATGCTCT------ATAACACT------A-ATT--AAGTCAGACCAGCGAGTTTTATGTGTTTTGTTCTTCAAAAGTTATAAAATAATTACAGG--AATATAATA-ATTGATTTGATCGATCACTTACGAGAGT---A---GAGTTGCCCAACAAT-------GTTTAAAGGAGTATAACTTNAGATACTAGCGTTT----CAAAAAT-ATTGT-TAGACATTTCAT----TAATAACCACAGTCACTTCTCTGTTGCAT---------TTATATAATNAGATGATGANTGT-AAT-GTTCTTACTTTTTCT-T-TATTATAAGCTGTTGAT-GTCATANT-TTTCCCTGGACTGTGACGAAAATTGTCAATCTG---AAAAAATAC--GAAACAATGTTGTAGTGAAAATCTAAAAGTTGAAAGTAGTTTATCA-GTGTGGCAGTGACATT--TTCATCAGACTTTGGAAGC--TGCT--------------T-------------AATAGCA-----AGA----AAACTTTATTTTTACACATTTCCCTA
Reference ( family-5429 )     :                                                                                                                 GATGTCGTATAATGTAGAT-----CTCATACAATGT---T----------------GATCTCA------TACAATGTT----G-TT---------------TC-----TCATACAATGT--T--TGTCTC-CCTCATGTAA-A----AT---ATGTAGCTGATATTTCATGCCGACTCCGCTACCCAGGTCAATTTTCATTT-AAACTTCCAAA----TTATTAAGC-----C-GGAG---CGTCTTAAATAGCCTG-AAAA-ATAAGAAACAATTTATTAGCTTGCTGATAATTAAAGATAATATCANAAAATA-TAACATAAAATGCTAAATAA------ATGTGT-AAAA-T-AGGACATGGTTCCTCATATTGTAATAGATGCATGAGCCAAAACAAAACGTTCAACTTAATACATGCTCT------ATAACACT------A-ATT--AAGTCAGACCAGCGAGTTTTATGTGTTTTGTTCTTCAAAAGTTATAAAATAATTACAGG--AATATAATA-ATTGATTTGATCGATCACTTACGAGAGT---A---GAGTTGCCCAACAAT-------GTTTAAAGGAGTATAACTTNAGATACTAGCGTTT----CAAAAAT-ATTGT-TNGACATTTCAT----TAATAACCACAGTCACTTCTCTGTTGCAT---------TTATATAATNAGATGATGANTGT-AAT-GTTCTTACTTTTTCT-T-TATTATAAGCTGTTGAT-GTCATANT-TTTCCCTGGACTGTGACGAAAATTGTCAATCTG---AAAAAATAC--GAAACAATGTTGTAGTGAAAATCTAAAAGTTGAAAGTAGTTTATCA-GTGTGGCAGTGACATT--TTCATCAGACTTTGGAAGC--TGCT--------------T-------------AATAGCA-----AGA----AAACTTTATTTTTACACATTTCCCTA
gi|1                          :                                                                                                                 GATGTTGTAAAATGTAGAT-----CTAATACATTGG---T----------------GGTCTCC------TTTAATTTT----A-TT---------------TC-----TCATA-AATAT--T--TGTCTC-CCTGATGGAA-A----AT---CTGTAGCTGATATTTCAAGCTGACTCCTCTATCCAGGTCAATTTTCATTTCAAACTTCAAAA----TTATTAAGC-----A-GGAG---TGTTTCAAATAGCCTG-AAAA-A-AAAAAA-----TATTAGCTTGATGATAATAAAAGATAATATCACAAAACA-CAAT-TAAAATGCTAAATAA------ATGTGT-ATAA-TTAGGACAAAGTTCCTCATATTGTAATAGATGCATGAGCCAAAATAAACTGTTCAACATGATACATTCTCT------ATAACACT------A-ATT--AAGTCAGACCAGTGAGTTTTATATATTTTGTTCTTTAAAAGTTATTAAATAATTACAGG--AACA-AACA-ATTGATTTGATTGATCAGTTACAAGAGT---A---GAGTTGCCCAACAAT-------GTTTAAAGGAGAATAACTTCAGATACAAGTGTTT----CAAAAAT-ATTATACTTACATTTCAT----TAATAAC--CAGTCACTTCTCTGTTTCATTAAAAAAAATTATATAATAAGATGATGAATATAAAT-GTTCTTACTTTTTTT-T-TATTATAAGCTGTTGAT-GTCATATT-TTCCCCTGGACTGTTACGAAAATTATCAATCTG---AAAAAATAT--GAAACAATGTTGTAGTA-------AAAAGTTGAAAGAAGTTTA-CACGTGGGGCAGTGGCA-T--TTCATTAGACTTTGGAAAC--TGCT--------------T-------------AATAGCA-----AGA----AAACTTTATTTTTACACATTTTGCTA
gi|10                         :                                                                                                                   TGTTGTTTAACATAGAT-----CTCATATAATGCAGATCA--------------GATCTCA------TACTATGTT----GATC---------------TC-----CCAT--AATGT--T--
gi|10                         :                                                                                                                 GATCTCATATAATGCAGATCAGATCTCATACTATGT---T----------------GATCTCC------CATAATGTT----G--A---------------TG-----TTGTATAATGT--T--gatgttgtataatgttgatatcatatgatgttgttgtaaatcagatgtcatacaatgttgatctcatataatgtagatgccatataatgtagatctcatttaatgctatctcctatgcttttttttctcgtgtatatttgtctccctcatgtaatatgtagctgatatttaaagccgactccaccattcaggtcaattttcatttaaacttccacattatttagcaggagtatcttacaaagcctga
gi|10                         :                                                                                                   tgttgtttaacataGATCTCATACTATGTTGAT-----CTCCCATAATGT---T----------------GATGTTG------TATAATGTT----G--A---------------TA-----TCATATGATGT--T--gatatcatatgatgttgttgtaaatcagatgtcatacaatgttgatctcatataatgtagatgccatataatgtagatctcatttaatgctatctcctatgcttttttttctcgtgtatatttgtctccctcatgtaatatgtagctgatatttaaagccgactccaccattcaggtcaattttcatttaaacttccacattatttagcaggagtatcttacaaagcctga
gi|10                         :                                                                              tgttgtttaacatagatctcatataatgcagatcaGATCTCCCATAATGTTGAT-----GTTGTATAATGT---T----------------GATATCA------TATGATGTT----G-TTGTAAA----------TCAGATGTCATACAATGT--T--GATCTCATATAATGTAG-ATGCCATATAATGTAGATCTCATTTAATGCTATCTCCgttgtaaatcagatgtcatacaatgttgatctcatataatgtagatgccatataatgtagatctcatttaatgctatctcctatgcttttttttctcgtgtatatttgtctccctcatgtaatatgtagctgatatttaaagccgactccaccattcaggtcaattttcatttaaacttccacattatttagcaggagtatcttacaaagcctga
gi|10                         :                                                                tgttgtttaacatagatctcatataatgcagatcagatctcatactatgttTGTTGTA-AAT-CAGAT-----GTCATACAATGT---T----------------GATCTCA------TATAATGTA----G-AT---------------GC------CATATAATGT--tatgcttttttttctcgtgtatatttgtctccctcatgtaatatgtagctgatatttaaagccgactccaccattcaggtcaattttcatttaaacttccacattatttagcaggagtatcttacaaagcctga
gi|10                         :               tgttgtttaacatagatctcatataatgcagatcagatctcatactatgttgatctcccataatgttgatgttgtataatgttgatatcatatgatgtGATGCCATATAATGTAGAT-----CTCATTTAATGC---T-----------------ATCTCC------TATGCTTTT----T-TT---------------TC-----TCGTGTA-TAT--T--TGTCTC-CCTCATGTAA-------T---ATGTAGCTGATATTTAAAGCCGACTCCACCATTCAGGTCAATTTTCATTT-AAACTTCCACA----TTATTTAGC-----A-GGAG---TATCTTACAAAGCCTG-Aagatctcatttaatgctatctcctatgcttttttttctcgtgtatatttgtctccctcatgtaatatgtagctgatatttaaagccgactccaccattcaggtcaattttcatttaaacttccacattatttagcaggagtatcttacaaagcctga
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     tgttgtttaacatagatctcatataatgcagatcagatctcatactatgttgatctcccataatgttgatgttgtataatgttgatatcatatgatgttgttgtaaatcagatgtcatacaatgttgatctcatataatgtaAT----AAATAACCACAGTCACTTCTCTGTTTCAT---------TTATATAATTAAATGATGTATAT-AATTGTTCTTACTTTTT-----TAGTATAAGCTGTTGAT-GTCATAAT-TTTCCCTGGACTGTTACGAAGATTGTCAATCTG----AAAAATAT--GAAAGAATGTTGTAGTGAAAATCTAAAAGTTGAAAGTTG-TTATCA-GTGTGGCAGTGACAAT--TTCATTAGACTTTGGAAGC--TGCTTAATTCAACTTGAAT-------------AATGGCA-----AGA----AAACTTTATTTTTACATATTTCCCTA
gi|13                         :                                                                                                                                                                                        CAATGTT----T-TT---------------TC-----TCATATA---T--A--TGTCTC-CCTCGTGTTA-------T---ATATAGCTGATATTTCATACCGACTCTGATACCCAGA--------CACTT-----TTACAAA----TTATTAAGC-----C-AAAA---CATCTTAAATAACCTG-AAAA-ATAAGAAACAATTTATTAACTTGCTGATAATTAAAGATAGTATCAGAAAATA-TAACATAAAATATGTAATAA------AATTGT-AAAA-T-TGGcatctacaatgtatttgtttattacag
gi|14                         :                                                                                                                                                                                           ttTT----T-TT---------------TC-----TCATACA-TAT--T--TGTCTC-CCTCATGTAA-------T---ATATAGCTGATATTTCATACCAACTCTGATACTAAGAT--ACTTTTA-----------CAAA----TTATTAAGT-----C-AGAG---TGCCTTAAATAACCTG-AAAA-ACAAGGAACAATTTATTAACTTGCTGATAATTAAAGATAGCATCAGAAAATA-TAACATAAAATATGTAATAA------AATTGT-AAAA-T-GGGGCAgt
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                       T--T--TGTCTC-TGTCATGTAA-------T---ATATAGCTGATATTTCATACCAACTCCGCTACACTGATC------CTTTT-A------CAAA----TTATAAAGC-----C-AGAG---TGTCTTGAATAACCTG-AAAA-ATAAAAAACAATTTATTAACTTGCTGATAACTAAAGATAGTATCAGAAAATA-TAACATAAAATATGTAATAA------AATTGT-AAAA-T-GGGGCA
gi|16                         :                                                                                                                      aGTCTAAT-TAAGT-----CTCATATAATGT---T----------------GATGTCA------TATAATGTA----G--C---------------TC-----TCATACAATGT--T--GATCTC-
gi|16                         :                                   acaaagttctaaaattgtaatgtttagattaacagcctttaaatgatttaacagtgttttttttctcttatattttctGATGTCATATAATGTAGCT-----CTCATACAATGT---T----------------GATCTCA------TAAAAataaaa
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                             acaaagttctaaaattgtaatgtttagattaacagcctttaaatgatttaacagtgttttttttctcttatattttctgtctaattaagtctcatataatgttAAA----TGAATGAAC-----C-AGAA---GATCTTA--TAACCTG-GAAG-AGAA--AACAATAGCTTAACTTGCAGATAATTGAAGAAAATATCATAAAATC-TTAC--AAAGTCTTAAATAATTAAATATGCAT-AAAG-T-AGG
gi|18                         :                                                                                                                  tatcctgatgtttttagT-----CTCATACAATGT---C----------------AGTCCCA------TATAATGgta
gi|2                          :                                                                                                                 GATCTCATACAATGTTGTT-----GTTGTATGATGT---A----------------GATCTCA------TACAATNNN----N-NNNNNNAAGA-------TC-----TCATACAATGT--T--acaatataatatctcataatatcatgacagttccgtataatgacaatattgtgtcgtataattatgatatatggaagtcttataataatgacagtctcatataa
gi|2                          :                                                                                                               ttaaTGTTGTATGATGTAGAT-----CTCATACAATNN---NNNNNNNNAA-------GATCTCA------TACAATGTT----G-TTGTTGTATGATGTAGATC-----TCATACAATGT--T--GGTTTC-gttgttgtatgatgtagatctcatacaatgttggtttcatacaatgttgacgttgtataatgtagatcaaatattggtggtctcctataattttatttctcataaaaatctgtctccctgatgtaataattgaagctgatatttcaattcggttcctctatccaggtcaattttcatttcaaacttcaaaattattaagcagaagaagtgttttaaatagcctgaaaaaaagaaacaagttattagcttgatgaaaataaaagataatatcacaaatcacaattaagatgctaaataaatgtgtacaattaggacatagttcctcatattgtaatagatgcttaagccaaaataaaatgttcaacttgattcatctctataatactttaaaaatattaagtcagacaagtgagttatatatattttgttctttaaaagttataaattaattacaggcatataatgtatttatttaattaatcagttacaagagtagagttgcccaataatgtataaaggagtataacttcagatactaatgttttaaaaatattatccgacatttcatt
gi|2                          :                                                                                             ttaagatctcatacaatgttgtTGTTGTATGATGTAGAT-----CTCATACAATGT---T----------------GGTTTCA------TACAATGTT----G-atacaatgttgacgttgtataatgtagatcaaatattggtggtctcctataattttatttctcataaaaatctgtctccctgatgtaataattgaagctgatatttcaattcggttcctctatccaggtcaattttcatttcaaacttcaaaattattaagcagaagaagtgttttaaatagcctgaaaaaaagaaacaagttattagcttgatgaaaataaaagataatatcacaaatcacaattaagatgctaaataaatgtgtacaattaggacatagttcctcatattgtaatagatgcttaagccaaaataaaatgttcaacttgattcatctctataatactttaaaaatattaagtcagacaagtgagttatatatattttgttctttaaaagttataaattaattacaggcatataatgtatttatttaattaatcagttacaagagtagagttgcccaataatgtataaaggagtataacttcagatactaatgttttaaaaatattatccgacatttcatt
gi|2                          :                                  ttaagatctcatacaatgttgttgttgtatgatgtagatctcatacaatnnnnnnnnnnaagatctcatacaatgttgtGACGTTGTATAATGTAGAT-----CAAATAT--TGG---T----------------GGTCTCC------TATAATTTT----A-TT---------------TC-----TCATAAAA-AT--C--TGTCTC-CCTGATGTAATA----AT----TGAAGCTGATATTTCAATTCGGTTCCTCTATCCAGGTCAATTTTCATTTCAAACTTCAAAA----TTATTAAGC-----A-GAAGAAGTGTTTTAAATAGCCTG-AAAA-A-AAGAAACAAGTTATTAGCTTGATGAAAATAAAAGATAATATCACAAATCA-CAAT-TAAGATGCTAAATAA------ATGTGT-ACAA-TTAGGACATAGTTCCTCATATTGTAATAGATGCTTAAGCCAAAATAAAATGTTCAACTTGATTCAT-CTCT------ATAATACTTTAAAAATATT--AAGTCAGACAAGTGAGTTATATATATTTTGTTCTTTAAAAGTTATAAATTAATTACAGG--CATATAATGTATTTATTTAATTAATCAGTTACAAGAGT---A---GAGTTGCCCAATAAT-------GTATAAAGGAGTATAACTTCAGATACTAATGTTT----TAAAAAT-ATTAT-CCGACATTTCAT----Tacgttgtataatgtagatcaaatattggtggtctcctataattttatttctcataaaaatctgtctccctgatgtaataattgaagctgatatttcaattcggttcctctatccaggtcaattttcatttcaaacttcaaaattattaagcagaagaagtgttttaaatagcctgaaaaaaagaaacaagttattagcttgatgaaaataaaagataatatcacaaatcacaattaagatgctaaataaatgtgtacaattaggacatagttcctcatattgtaatagatgcttaagccaaaataaaatgttcaacttgattcatctctataatactttaaaaatattaagtcagacaagtgagttatatatattttgttctttaaaagttataaattaattacaggcatataatgtatttatttaattaatcagttacaagagtagagttgcccaataatgtataaaggagtataacttcagatactaatgttttaaaaatattatccgacatttcatt
gi|20                         : ttaagatctcatacaatgttgttgttgtatgatgtagatctcatacaatnnnnnnnnnnaagatctcatacaatgttgttgttgtatgatgtagatctcatacaatgttggtttcatacaatgttGTTGGT-----TCCATACAATGT---T----------------GATGTTG------TATAATGTA----G--A---------------TC-----TCATACAATGT--TGATGTC
gi|20                         :                                                                                                                 GATGTTGTATAATGTAGAT-----CTCATACAATGT---T----------------GATGTCA------TAAAATGCA----G--A---------------TG-----TCGTATAATGT--ataaaatgcagatgtcgtataatgtagatctcatagtattacaatgttggtgtcatatgatttag
gi|20                         :                                                                                              gttggttccatacaatgttGATGTCATAAAATGCAGAT-----GTCGTATAATGT---A----------------GATCTCATAGTATTACAATGTT----G--G---------------TG-----TCATATGATagatctcatagtattacaatgttggtgtcatatgatttag
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                gttggttccatacaatgttgatgttgtataatgtagatctcatacaatgttAGTTTTATGTGTTTTGTTCTTCAAAAGTTG-------------GG--ATTATA---------------CGATCACTTATGAAAGT---ATAAGAGTTGAGCAACTAT-------ATTTAAATGAGT-TAATTTAGGATACTAGCATTT----CAAAA-T-ATTGT-TAGACATTTCATAATATAATAACCACAGTCACTTCTCTGGTGCAC---------TTATACAACAAGATAGTGACTGT-AAT-TTTCTTAC---TTCT-T-TATTATAAACTGTTGTA-GTCATAATATGTTCCTGGACTGTGATGAGAATTGTCAATCTG---AAAAAATACA-AAAAAAATGTTGTACTG---AT----AAGTTAGAAGTA------------TGGTGGTGATATT--TTAATCAGACTttag
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         T------ATAAAAC---------ATC--AAGTTAGTCTTGCGAGTTTTATGTGTTTTGTTCTTCAAAAGTTATAGAATAATTATAG-----TATTATA------------TGATCACTTACGAAAGTATAA---GAATTGAACAACTAT-------ATTTAAATGAGT-TCATTTAGGATACTAACATTT----CCAAAAT-ATTGT-TAGACTTTTCATAATATAATTACCACAGTCACTTCTCTCGTGCAC---------TTATACAATAAGATAGTGATTGC-AAT-TTTCTTAC---TTCT-T-GATTATAAACTGTT-ATAGTCATAATATATTCCTGGACTGTGACGAGAATTGTCAATCTGAAAAAAAAATACAAAAAAAAATGTTGTACTG-------AAAAGTTAAAAGTA------------TGGTAGTGACATT--TTCATCAAACTgttcaattaattttaacttatataacaaccatgctgcttcaagtttggagaaaaaattatatttttatatcattacactggtttgtatattacaactacaatactgaagtatgacaaattataatctgtaagaatctttgaaagacttatggacctgatttatagaaaaattggaaggattctgtacttcctcatttaagtcaacagtacagaagaacctttgtgacatagtaattaggctttcagtctgtatttcttcatgtaaggcaac
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                tATAAAATACTAAATAA------ATGTGT-AAAAAT-AGGACATGGT-CCTCAT---GTAATAGATGCATGAGATGAAACCAAAGTTTCAACT-AACACATGCTCTTATATAATAACACC------A-ATT--ACGTCAGACCAGC--------------------TTCAAAACGTATGAAATAATTACAGGCAAATATAATA-ATTGATTTGACCGATCACTTACAAAATT---A---GAGTTGCCCAACAATAATCACAGTTTAAAA-AGTTTAACTTTAGATATT----TTTATAACAAAAATTATAAC-TAAAGGTTGTGTGTC-TAACA-CTA-AGTTACTTCTCTGTTGCAT---------TTATATAATTAGACAATGAATGT-AAT-GTTCTTACTTGTTTT-T-TAT---AAGCT--------TCATCTT-TTTCCCTGGACTGTGATGAAAAATGTCAACCTG---AAAAAATAT--AAAACAATGTT-TAGCGAAAATCTAAAAGTTGAAAGTAGTTAATCA-GTTTGGTAGTGACATT--TTCATCAGATTTTGGAAGCTATGTT--------------T-------------AATgttcaatttaatttaacttgtataacaaccatgcagcttcaagtttagagaaaatattatatattttatttcattacattggtttgtatattacaactaccatactgaggtatgacaaattataatctgtaagaatttttgaaagacttatggacctgatttatacaaaaattggaagcattcggtacttcctcatgtaagtcaacagtacctaagaacctttgtg
gi|6                          :                                                                                                                           actactaAT-----CTCATACAATGT---T----------------GTTGTCT------TATAATGAA----G--A---------------TC-----TCATAC-ATGT--T--TGTtcaacttaaataacagccatggaggaaacttt
gi|6                          :                                                                                                                  ATCTCATACAATGTTGTT-----GTCTTATAATGA---A----------------GATCTCA------TAC-ATGTTTGTGA-TTTATAATGAAGA----TC-----TCATACAATGT--T--GGTCTC-gatttataatgaagatctcatacaatgttggtctcatacatgctgttgtcttattatgaagatctcatacaatgttgttgtcttataatgaagatctcatacatgttgttgtcttataatgacgatctcatacaatgttggtctcatacaatgccgtttctcaaacatatttatctccctcatgcagctgatattatatgccaactatgctatccaagtcaactttcacttatactttcatatgtcttacaaagctggagtgtcttaaatagtctgaaaaaataagacaatgcattagcttgctgataattaatgataatataataaatgggtaaaaatagtacatggttcttcattttgtaatagatgcaagagccaaaacaaatacaggctttataacactaattaaaagtcagatcagttttatgtgttttgttcttcaaataattacagga
gi|6                          :                                                                                                                   TGTCTTATAATGAAGAT-----CTCATAC-ATGT---TTGTGATTTATAATGAAGATCTCA------TACAATGTT----G--G---------------TC-----TCATAC-ATGCTGT--TGTCTatacatgctgttgtcttattatgaagatctcatacaatgttgttgtcttataatgaagatctcatacatgttgttgtcttataatgacgatctcatacaatgttggtctcatacaatgccgtttctcaaacatatttatctccctcatgcagctgatattatatgccaactatgctatccaagtcaactttcacttatactttcatatgtcttacaaagctggagtgtcttaaatagtctgaaaaaataagacaatgcattagcttgctgataattaatgataatataataaatgggtaaaaatagtacatggttcttcattttgtaatagatgcaagagccaaaacaaatacaggctttataacactaattaaaagtcagatcagttttatgtgttttgttcttcaaataattacagga
gi|6                          :                                                                                                       atctcatacaatgttgtTATAATGAAGAT-----CTCATACAATGT---T----------------GGTCTCA------TAC-ATGCT----G-TTGTCTTATTATGAAGATC-----TCATACAATGTTGT--TGTCTtattatgaagatctcatacaatgttgttgtcttataatgaagatctcatacatgttgttgtcttataatgacgatctcatacaatgttggtctcatacaatgccgtttctcaaacatatttatctccctcatgcagctgatattatatgccaactatgctatccaagtcaactttcacttatactttcatatgtcttacaaagctggagtgtcttaaatagtctgaaaaaataagacaatgcattagcttgctgataattaatgataatataataaatgggtaaaaatagtacatggttcttcattttgtaatagatgcaagagccaaaacaaatacaggctttataacactaattaaaagtcagatcagttttatgtgttttgttcttcaaataattacagga
gi|6                          :                                                              atctcatacaatgttgttgtcttataatgaagatctcatacatgtttgtgattTGTCTTATTATGAAGAT-----CTCATACAATGT---TGTTGTCTTATAATGAAGATCTCA------TAC-ATGTT----G-TT---------------tataatgaagatctcatacatgttgttgtcttataatgacgatctcatacaatgttggtctcatacaatgccgtttctcaaacatatttatctccctcatgcagctgatattatatgccaactatgctatccaagtcaactttcacttatactttcatatgtcttacaaagctggagtgtcttaaatagtctgaaaaaataagacaatgcattagcttgctgataattaatgataatataataaatgggtaaaaatagtacatggttcttcattttgtaatagatgcaagagccaaaacaaatacaggctttataacactaattaaaagtcagatcagttttatgtgttttgttcttcaaataattacagga
gi|6                          :                    atctcatacaatgttgttgtcttataatgaagatctcatacatgtttgtgatttataatgaagatctcatacaatgttggtctcatacatgctgtTGTCTTATAATGACGAT-----CTCATACAATGT---T----------------GGTCTCA------TACAATGCC----G-TT---------------TC-----TCAAAC-ATAT--T--TATCTC-CCTC-----------------ATGCAGCTGATATTATATGCCAACTATGCTATCCAAGTCAACTTTCACTT-ATACTTTCATATGTCTTACAAAGC-----T-GGAG---TGTCTTAAATAGTCTGAAAAA-ATAAG--ACAATGCATTAGCTTGCTGATAATTAATGATAATAT-------------------------AATAA------ATGGGTAAAAA-T-AGTACATGGTTCTTCATTTTGTAATAGATGCAAGAGCCAAAACA-------------AATACAGGCTTT------ATAACACT------A-ATTAAAAGTCAGATC----AGTTTTATGTGTTTTGTTCTTC----------AAATAATTACAGG--Agtcttataatgacgatctcatacaatgttggtctcatacaatgccgtttctcaaacatatttatctccctcatgcagctgatattatatgccaactatgctatccaagtcaactttcacttatactttcatatgtcttacaaagctggagtgtcttaaatagtctgaaaaaataagacaatgcattagcttgctgataattaatgataatataataaatgggtaaaaatagtacatggttcttcattttgtaatagatgcaagagccaaaacaaatacaggctttataacactaattaaaagtcagatcagttttatgtgttttgttcttcaaataattacagga
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     atctcatacaatgttgttgtcttataatgaagatctcatacatgtttgtgatttataatgaagatctcatacaatgttggtctcatacatgctgttgtcttattatgaagatctcatacaatgttgttgtcttataatgaagatctcatacatgttgtAAAGT---A---CAGTTGCACAACCAT-------GTTTAAAGGA-TATAGCTTAAGATACTAGTGTTT----C--------TTAT-TACACATTTTAT----GAATAA--A------------TGTTGAAT---------GTA---------ATGTTGA-----AA---CTCCTACCTTTTCTATGTATTACAAGCTGTTG-T-AGCAT-GT-TATTCTTGGATTGTGATGAAAACTGTCAATCTG---AAAAAATAT--GAAACAATGTTCTAGTAAAAATCTAAAAATTGAAAGTAGTTTATCA-ATATATCAGTTACATT--TTCATCAGACTTTGATAGC--TGCC--------------TCTAATTCAACTTGAATAACAGCCATAGAGTTGAAACATTATTTTTATACATCTCCCTA
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                    ATGT--A--CGTCTC-CCTCATGTAATA----AT----TGTAGCTGA----TCAT-----------------------TTTACATTT-AAAATTCCTGA----TTATTAAGCAGGAGCAGGAG---CATCTTAAATGGCCTG-AAAATATAAGAAACAATTTATTAGCTTGCTGATAATAAAAGATAATATCACAAAATAATAA--TAAAGTGCTAAATAG------ATGTGT-A-------GGTCATGGTTCCTCATATTGTAATAGACACAGGAGCCAAAACAAAACATTCAACTTAATACATGCTCT------ATAGCACT------G-ATT--AAGTCAGGTCATTGAGTTTTATGTGTTTTATTCTTCAAAAGTTATAAATCAATTACAGG--AGCAT-ATA-ACTGATT-----GATCACTTACAAGAGT---A---GAGTTGCCCAACAAT-------GTTTAAAAGAGTATGATTT-------TAGTGTTT----CAAAAAT-ATTGT-TGGACATTTTAT----TAATAACCACAGTCAATTTTCTGTTTCAT---------TTATATAATGAGATGATGATTAT-AAT-GTTCTTACGTTTTcagatatttgtattttacagctgccatacaggggtaatggggtatgacaaattaaatctgcaaaagtcctttgaaggagttgtggtggtcctgttttattggaacagtggaagaattctatatttcctcatataagtcaatactggtatcaatcaagtagataagaac
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 ATAAGCCGCTGAT-ATCATA-T-TTTCCCTGGACTGTGACAGAAATTGTCAATCTG---ATAAAATAT--GAAACACTGTTGTAGTGAAATTTTAAATGTTAAAACTAGTTTATCA-GTGTGGCAGCTGC-TTAATTCA----ACTT--GAA----------------------C-------------AATAGCA-----AGA----ATAATTTATTTTTATACATTTCCCTA
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|12 ): ATGTAAGCCAACAGTTACATCAGAACCTTTCTGACATAGTAATTAGGCTTTCAATCTGTACTTCCTCATGTAAGTCAACAGTACATAAGAACCTTTGTAACATAGTAATTAGGCTTTCAATCTGTACTTCCTCATGTAAGTCAACAGTACATAAGAACCTTTGCGACATAGTAATTAGACTTTCAGTATGTACTACCTCATGTAAGTCAACATTATATAAGGACCTTTGCGACATAGTATTAAGGCTTTCAGTATGTACTTC
Unaligned ( gi|19 ): ACAGCTTCCATACAGGGATAATGGGATATGAAAAATTACAATCTGCAAAACTCCTTTGAAAGAGTTGTGGTGGTCCTGTTTCATTGAATCTATATTTCTTCATATAAGTCAAAACTGTTATAAAGT
Unaligned ( gi|21 ): CTGCAAACATTCATTTGAAAGAGTTGTGTTGGTCCTGTTTTATTGAAACATAAAAGTCAACACTGGTATCAAGAGGATA
Unaligned ( gi|22 ): TCTGCAAAAATCCTTTGAAAGAGTTGTGGCAGTATTGCTTGATATAAGTCAACACTGTTATAAGGCAG
Unaligned ( gi|23 ): TGGCCCTACAGACTGGAATAGATCTGAAGGTCTAAAAAACAATGTTTCAATTTTACAATATGCACT






Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                         3333333333333333                           555555555555555555                                        444444444444                                                 11111                    1111111    1111                                                                             11               111111                                                            111                    111111       222222222                                                                           3333333333333                1111111               1111111                                  1111            111             3333                             222222222                                    1                                   1                                 111        111                 2222222              111111111111                                  11    8888888888888888888888888888       22222   2222                          
lowQualScore                  :                                                                                                                       1            44444            333 2222222222222222       555555         3333 555555555555555555  44444     0     55 22      3          444444444444                 3        1   11    99999  0  0  99999  1    9999         5555555    1111               4    5 8  22      0                  0             2      5   66      6666     222222      4 2  4 8          0      6              1           0 000      66       5    999999       555555555   99          6666                              55  1          77 1   3   2222222222222          0     1111111       0    1  8888888       1    8      6         2    2222 1   1 5    000  3          0000       3 4               0   222222222         3         6 0 5   66       0 1  3 888              9999     88 1 1                               000        555    0      0     1111111              222222222222           1 77            0    3 11    5555555555555555555555555555       55555   1111                          
lowQualScore                  :                                                                                                                       .            .....            ... ................       ......         .... ..................  .....     .     .. ..      .          ............                 .        .   ..    .....  .  .  .....  .    ....         .......    ....               .    . .  ..      .                  .             .      .   ..      ....     ......      . .  . .          .      .              .           . ...      ..       .    ......       .........   ..          ....                              ..  .          .. .   .   .............          .     .......       .    .  .......       .    .      .         .    .... .   . .    ...  .          ....       . .               .   .........         .         . . .   ..       . .  . ...              ....     .. . .                               ...        ...    .      .     .......              ............           . ..            .    . ..    ............................       .....   ....                          
lowQualScore                  :                                                                                                                       2            33333            000 4444444444444444       000000         7777 666666666666666666  88888     1     00 88      3          111111111111                 7        4   44    55555  2  9  00000  4    4444         7777777    2222               4    0 1  22      2                  8             8      0   00      6666     888888      4 0  4 9          8      0              0           8 222      66       0    222222       000000000   22          5555                              11  9          99 8   5   8888888888888          7     0000000       7    9  6666666       7    7      6         7    1111 4   4 7    000  6          0000       0 3               7   999999999         0         6 4 7   44       6 3  7 333              7777     00 4 9                               000        000    7      7     9999999              333333333333           7 99            8    2 00    0000000000000000000000000000       00000   2222                          
consensus                     :                                                                                                                 GATGTCGTATAATGTAGAT-----CTCATACAATGT---T----------------GATCTCA------TACAATGTT----G-TT---------------TC-----TCATACAATGT--T--TGTCTC-CCTCATGTAA-A----AT---ATGTAGCTGATATTTCATGCCGACTCCGCTACCCAGGTCAATTTTCATTT-AAACTTCCAAA----TTATTAAGC-----C-GGAG---CGTCTTAAATAGCCTG-AAAA-ATAAGAAACAATTTATTAGCTTGCTGATAATTAAAGATAATATCANAAAATA-TAACATAAAATGCTAAATAA------ATGTGT-AAAA-T-AGGACATGGTTCCTCATATTGTAATAGATGCATGAGCCAAAACAAAACGTTCAACTTAATACATGCTCT------ATAACACT------A-ATT--AAGTCAGACCAGCGAGTTTTATGTGTTTTGTTCTTCAAAAGTTATAAAATAATTACAGG--AATATAATA-ATTGATTTGATCGATCACTTACGAGAGT---A---GAGTTGCCCAACAAT-------GTTTAAAGGAGTATAACTTNAGATACTAGCGTTT----CAAAAAT-ATTG---TTAGACATTTCAT----TAATAACCACAGTCACTTCTCTGTTGCAT---------TTATATAATNAGATGATGANTGT-AAT-GTTCTTACTTTTTCT-T-TATTATAAGCTGTTGAT-GTCATANT-TTTCCCTGGACTGTGACGAAAATTGTCAATCTG---AAAAAATAC--GAAACAATGTTGTAGTGAAAATCTAAAAGTTGAAAGTAGTTTATCA-GTGTGGCAGTGACATT--TTCATCAGACTTTGGAAGC--TGCT--------------T-------------AATAGCA-----AGA----AAACTTTATTTTTACACATTTCCCTA
Reference ( family-5429 )     :                                                                                                                 GATGTCGTATAATGTAGAT-----CTCATACAATGT---T----------------GATCTCA------TACAATGTT----G-TT---------------TC-----TCATACAATGT--T--TGTCTC-CCTCATGTAA-A----AT---ATGTAGCTGATATTTCATGCCGACTCCGCTACCCAGGTCAATTTTCATTT-AAACTTCCAAA----TTATTAAGC-----C-GGAG---CGTCTTAAATAGCCTG-AAAA-ATAAGAAACAATTTATTAGCTTGCTGATAATTAAAGATAATATCANAAAATA-TAACATAAAATGCTAAATAA------ATGTGT-AAAA-T-AGGACATGGTTCCTCATATTGTAATAGATGCATGAGCCAAAACAAAACGTTCAACTTAATACATGCTCT------ATAACACT------A-ATT--AAGTCAGACCAGCGAGTTTTATGTGTTTTGTTCTTCAAAAGTTATAAAATAATTACAGG--AATATAATA-ATTGATTTGATCGATCACTTACGAGAGT---A---GAGTTGCCCAACAAT-------GTTTAAAGGAGTATAACTTNAGATACTAGCGTTT----CAAAAAT-ATTG---TTAGACATTTCAT----TAATAACCACAGTCACTTCTCTGTTGCAT---------TTATATAATNAGATGATGANTGT-AAT-GTTCTTACTTTTTCT-T-TATTATAAGCTGTTGAT-GTCATANT-TTTCCCTGGACTGTGACGAAAATTGTCAATCTG---AAAAAATAC--GAAACAATGTTGTAGTGAAAATCTAAAAGTTGAAAGTAGTTTATCA-GTGTGGCAGTGACATT--TTCATCAGACTTTGGAAGC--TGCT--------------T-------------AATAGCA-----AGA----AAACTTTATTTTTACACATTTCCCTA
gi|1                          :                                                                                                                 GATGTTGTAAAATGTAGAT-----CTAATACATTGG---T----------------GGTCTCC------TTTAATTTT----A-TT---------------TC-----TCATA-AATAT--T--TGTCTC-CCTGATGGAA-A----AT---CTGTAGCTGATATTTCAAGCTGACTCCTCTATCCAGGTCAATTTTCATTTCAAACTTCAAAA----TTATTAAGC-----A-GGAG---TGTTTCAAATAGCCTG-AAAA-A-AAAAAA-----TATTAGCTTGATGATAATAAAAGATAATATCACAAAACA-CAAT-TAAAATGCTAAATAA------ATGTGT-ATAA-TTAGGACAAAGTTCCTCATATTGTAATAGATGCATGAGCCAAAATAAACTGTTCAACATGATACATTCTCT------ATAACACT------A-ATT--AAGTCAGACCAGTGAGTTTTATATATTTTGTTCTTTAAAAGTTATTAAATAATTACAGG--AACA-AACA-ATTGATTTGATTGATCAGTTACAAGAGT---A---GAGTTGCCCAACAAT-------GTTTAAAGGAGAATAACTTCAGATACAAGTGTTT----CAAAAAT-ATTATACTT--ACATTTCAT----TAATAAC--CAGTCACTTCTCTGTTTCATTAAAAAAAATTATATAATAAGATGATGAATATAAAT-GTTCTTACTTTTTTT-T-TATTATAAGCTGTTGAT-GTCATATT-TTCCCCTGGACTGTTACGAAAATTATCAATCTG---AAAAAATAT--GAAACAATGTTGTAGTA-------AAAAGTTGAAAGAAGTTTA-CACGTGGGGCAGTGGCA-T--TTCATTAGACTTTGGAAAC--TGCT--------------T-------------AATAGCA-----AGA----AAACTTTATTTTTACACATTTTGCTA
gi|10                         :                                                                                                                   TGTTGTTTAACATAGAT-----CTCATATAATGCAGATCA--------------GATCTCA------TACTATGTT----GATC---------------TC-----CCAT--AATGT--T--
gi|10                         :                                                                                                                 GATCTCATATAATGCAGATCAGATCTCATACTATGT---T----------------GATCTCC------CATAATGTT----G--A---------------TG-----TTGTATAATGT--T--gatgttgtataatgttgatatcatatgatgttgttgtaaatcagatgtcatacaatgttgatctcatataatgtagatgccatataatgtagatctcatttaatgctatctcctatgcttttttttctcgtgtatatttgtctccctcatgtaatatgtagctgatatttaaagccgactccaccattcaggtcaattttcatttaaacttccacattatttagcaggagtatcttacaaagcctga
gi|10                         :                                                                                                   tgttgtttaacataGATCTCATACTATGTTGAT-----CTCCCATAATGT---T----------------GATGTTG------TATAATGTT----G--A---------------TA-----TCATATGATGT--T--gatatcatatgatgttgttgtaaatcagatgtcatacaatgttgatctcatataatgtagatgccatataatgtagatctcatttaatgctatctcctatgcttttttttctcgtgtatatttgtctccctcatgtaatatgtagctgatatttaaagccgactccaccattcaggtcaattttcatttaaacttccacattatttagcaggagtatcttacaaagcctga
gi|10                         :                                                                              tgttgtttaacatagatctcatataatgcagatcaGATCTCCCATAATGTTGAT-----GTTGTATAATGT---T----------------GATATCA------TATGATGTT----G-TTGTAAA----------TCAGATGTCATACAATGT--T--GATCTCATATAATGTAG-ATGCCATATAATGTAGATCTCATTTAATGCTATCTCCgttgtaaatcagatgtcatacaatgttgatctcatataatgtagatgccatataatgtagatctcatttaatgctatctcctatgcttttttttctcgtgtatatttgtctccctcatgtaatatgtagctgatatttaaagccgactccaccattcaggtcaattttcatttaaacttccacattatttagcaggagtatcttacaaagcctga
gi|10                         :                                                                tgttgtttaacatagatctcatataatgcagatcagatctcatactatgttTGTTGTA-AAT-CAGAT-----GTCATACAATGT---T----------------GATCTCA------TATAATGTA----G-AT---------------GC------CATATAATGT--tatgcttttttttctcgtgtatatttgtctccctcatgtaatatgtagctgatatttaaagccgactccaccattcaggtcaattttcatttaaacttccacattatttagcaggagtatcttacaaagcctga
gi|10                         :               tgttgtttaacatagatctcatataatgcagatcagatctcatactatgttgatctcccataatgttgatgttgtataatgttgatatcatatgatgtGATGCCATATAATGTAGAT-----CTCATTTAATGC---T-----------------ATCTCC------TATGCTTTT----T-TT---------------TC-----TCGTGTA-TAT--T--TGTCTC-CCTCATGTAA-------T---ATGTAGCTGATATTTAAAGCCGACTCCACCATTCAGGTCAATTTTCATTT-AAACTTCCACA----TTATTTAGC-----A-GGAG---TATCTTACAAAGCCTG-Aagatctcatttaatgctatctcctatgcttttttttctcgtgtatatttgtctccctcatgtaatatgtagctgatatttaaagccgactccaccattcaggtcaattttcatttaaacttccacattatttagcaggagtatcttacaaagcctga
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       tgttgtttaacatagatctcatataatgcagatcagatctcatactatgttgatctcccataatgttgatgttgtataatgttgatatcatatgatgttgttgtaaatcagatgtcatacaatgttgatctcatataatgtaAT----AAATAACCACAGTCACTTCTCTGTTTCAT---------TTATATAATTAAATGATGTATAT-AATTGTTCTTACTTTTT-----TAGTATAAGCTGTTGAT-GTCATAAT-TTTCCCTGGACTGTTACGAAGATTGTCAATCTG----AAAAATAT--GAAAGAATGTTGTAGTGAAAATCTAAAAGTTGAAAGTTG-TTATCA-GTGTGGCAGTGACAAT--TTCATTAGACTTTGGAAGC--TGCTTAATTCAACTTGAAT-------------AATGGCA-----AGA----AAACTTTATTTTTACATATTTCCCTA
gi|13                         :                                                                                                                                                                                        CAATGTT----T-TT---------------TC-----TCATATA---T--A--TGTCTC-CCTCGTGTTA-------T---ATATAGCTGATATTTCATACCGACTCTGATACCCAGA--------CACTT-----TTACAAA----TTATTAAGC-----C-AAAA---CATCTTAAATAACCTG-AAAA-ATAAGAAACAATTTATTAACTTGCTGATAATTAAAGATAGTATCAGAAAATA-TAACATAAAATATGTAATAA------AATTGT-AAAA-T-TGGcatctacaatgtatttgtttattacag
gi|14                         :                                                                                                                                                                                           ttTT----T-TT---------------TC-----TCATACA-TAT--T--TGTCTC-CCTCATGTAA-------T---ATATAGCTGATATTTCATACCAACTCTGATACTAAGAT--ACTTTTA-----------CAAA----TTATTAAGT-----C-AGAG---TGCCTTAAATAACCTG-AAAA-ACAAGGAACAATTTATTAACTTGCTGATAATTAAAGATAGCATCAGAAAATA-TAACATAAAATATGTAATAA------AATTGT-AAAA-T-GGGGCAgt
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                       T--T--TGTCTC-TGTCATGTAA-------T---ATATAGCTGATATTTCATACCAACTCCGCTACACTGATC------CTTTT-A------CAAA----TTATAAAGC-----C-AGAG---TGTCTTGAATAACCTG-AAAA-ATAAAAAACAATTTATTAACTTGCTGATAACTAAAGATAGTATCAGAAAATA-TAACATAAAATATGTAATAA------AATTGT-AAAA-T-GGGGCA
gi|16                         :                                                                                                                      aGTCTAAT-TAAGT-----CTCATATAATGT---T----------------GATGTCA------TATAATGTA----G--C---------------TC-----TCATACAATGT--T--GATCTC-
gi|16                         :                                   acaaagttctaaaattgtaatgtttagattaacagcctttaaatgatttaacagtgttttttttctcttatattttctGATGTCATATAATGTAGCT-----CTCATACAATGT---T----------------GATCTCA------TAAAAataaaa
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                             acaaagttctaaaattgtaatgtttagattaacagcctttaaatgatttaacagtgttttttttctcttatattttctgtctaattaagtctcatataatgttAAA----TGAATGAAC-----C-AGAA---GATCTTA--TAACCTG-GAAG-AGAA--AACAATAGCTTAACTTGCAGATAATTGAAGAAAATATCATAAAATC-TTAC--AAAGTCTTAAATAATTAAATATGCAT-AAAG-T-AGG
gi|18                         :                                                                                                                  tatcctgatgtttttagT-----CTCATACAATGT---C----------------AGTCCCA------TATAATGgta
gi|2                          :                                                                                                                 GATCTCATACAATGTTGTT-----GTTGTATGATGT---A----------------GATCTCA------TACAATNNN----N-NNNNNNAAGA-------TC-----TCATACAATGT--T--acaatataatatctcataatatcatgacagttccgtataatgacaatattgtgtcgtataattatgatatatggaagtcttataataatgacagtctcatataa
gi|2                          :                                                                                                               ttaaTGTTGTATGATGTAGAT-----CTCATACAATNN---NNNNNNNNAA-------GATCTCA------TACAATGTT----G-TTGTTGTATGATGTAGATC-----TCATACAATGT--T--GGTTTC-gttgttgtatgatgtagatctcatacaatgttggtttcatacaatgttgacgttgtataatgtagatcaaatattggtggtctcctataattttatttctcataaaaatctgtctccctgatgtaataattgaagctgatatttcaattcggttcctctatccaggtcaattttcatttcaaacttcaaaattattaagcagaagaagtgttttaaatagcctgaaaaaaagaaacaagttattagcttgatgaaaataaaagataatatcacaaatcacaattaagatgctaaataaatgtgtacaattaggacatagttcctcatattgtaatagatgcttaagccaaaataaaatgttcaacttgattcatctctataatactttaaaaatattaagtcagacaagtgagttatatatattttgttctttaaaagttataaattaattacaggcatataatgtatttatttaattaatcagttacaagagtagagttgcccaataatgtataaaggagtataacttcagatactaatgttttaaaaatattatccgacatttcatt
gi|2                          :                                                                                             ttaagatctcatacaatgttgtTGTTGTATGATGTAGAT-----CTCATACAATGT---T----------------GGTTTCA------TACAATGTT----G-atacaatgttgacgttgtataatgtagatcaaatattggtggtctcctataattttatttctcataaaaatctgtctccctgatgtaataattgaagctgatatttcaattcggttcctctatccaggtcaattttcatttcaaacttcaaaattattaagcagaagaagtgttttaaatagcctgaaaaaaagaaacaagttattagcttgatgaaaataaaagataatatcacaaatcacaattaagatgctaaataaatgtgtacaattaggacatagttcctcatattgtaatagatgcttaagccaaaataaaatgttcaacttgattcatctctataatactttaaaaatattaagtcagacaagtgagttatatatattttgttctttaaaagttataaattaattacaggcatataatgtatttatttaattaatcagttacaagagtagagttgcccaataatgtataaaggagtataacttcagatactaatgttttaaaaatattatccgacatttcatt
gi|2                          :                                  ttaagatctcatacaatgttgttgttgtatgatgtagatctcatacaatnnnnnnnnnnaagatctcatacaatgttgtGACGTTGTATAATGTAGAT-----CAAATAT--TGG---T----------------GGTCTCC------TATAATTTT----A-TT---------------TC-----TCATAAAA-AT--C--TGTCTC-CCTGATGTAATA----AT----TGAAGCTGATATTTCAATTCGGTTCCTCTATCCAGGTCAATTTTCATTTCAAACTTCAAAA----TTATTAAGC-----A-GAAGAAGTGTTTTAAATAGCCTG-AAAA-A-AAGAAACAAGTTATTAGCTTGATGAAAATAAAAGATAATATCACAAATCA-CAAT-TAAGATGCTAAATAA------ATGTGT-ACAA-TTAGGACATAGTTCCTCATATTGTAATAGATGCTTAAGCCAAAATAAAATGTTCAACTTGATTCAT-CTCT------ATAATACTTTAAAAATATT--AAGTCAGACAAGTGAGTTATATATATTTTGTTCTTTAAAAGTTATAAATTAATTACAGG--CATATAATGTATTTATTTAATTAATCAGTTACAAGAGT---A---GAGTTGCCCAATAAT-------GTATAAAGGAGTATAACTTCAGATACTAATGTTT----TAAAAAT-ATTA---TCCGACATTTCAT----Tacgttgtataatgtagatcaaatattggtggtctcctataattttatttctcataaaaatctgtctccctgatgtaataattgaagctgatatttcaattcggttcctctatccaggtcaattttcatttcaaacttcaaaattattaagcagaagaagtgttttaaatagcctgaaaaaaagaaacaagttattagcttgatgaaaataaaagataatatcacaaatcacaattaagatgctaaataaatgtgtacaattaggacatagttcctcatattgtaatagatgcttaagccaaaataaaatgttcaacttgattcatctctataatactttaaaaatattaagtcagacaagtgagttatatatattttgttctttaaaagttataaattaattacaggcatataatgtatttatttaattaatcagttacaagagtagagttgcccaataatgtataaaggagtataacttcagatactaatgttttaaaaatattatccgacatttcatt
gi|20                         : ttaagatctcatacaatgttgttgttgtatgatgtagatctcatacaatnnnnnnnnnnaagatctcatacaatgttgttgttgtatgatgtagatctcatacaatgttggtttcatacaatgttGTTGGT-----TCCATACAATGT---T----------------GATGTTG------TATAATGTA----G--A---------------TC-----TCATACAATGT--TGATGTC
gi|20                         :                                                                                                                 GATGTTGTATAATGTAGAT-----CTCATACAATGT---T----------------GATGTCA------TAAAATGCA----G--A---------------TG-----TCGTATAATGT--ataaaatgcagatgtcgtataatgtagatctcatagtattacaatgttggtgtcatatgatttag
gi|20                         :                                                                                              gttggttccatacaatgttGATGTCATAAAATGCAGAT-----GTCGTATAATGT---A----------------GATCTCATAGTATTACAATGTT----G--G---------------TG-----TCATATGATagatctcatagtattacaatgttggtgtcatatgatttag
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                gttggttccatacaatgttgatgttgtataatgtagatctcatacaatgttAGTTTTATGTGTTTTGTTCTTCAAAAGTTG-------------GG--ATTATA---------------CGATCACTTATGAAAGT---ATAAGAGTTGAGCAACTAT-------ATTTAAATGAGT-TAATTTAGGATACTAGCATTT----CAAAA-T-ATTG---TTAGACATTTCATAATATAATAACCACAGTCACTTCTCTGGTGCAC---------TTATACAACAAGATAGTGACTGT-AAT-TTTCTTAC---TTCT-T-TATTATAAACTGTTGTA-GTCATAATATGTTCCTGGACTGTGATGAGAATTGTCAATCTG---AAAAAATACA-AAAAAAATGTTGTACTG---AT----AAGTTAGAAGTA------------TGGTGGTGATATT--TTAATCAGACTttag
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         T------ATAAAAC---------ATC--AAGTTAGTCTTGCGAGTTTTATGTGTTTTGTTCTTCAAAAGTTATAGAATAATTATAG-----TATTATA------------TGATCACTTACGAAAGTATAA---GAATTGAACAACTAT-------ATTTAAATGAGT-TCATTTAGGATACTAACATTT----CCAAAAT-ATTG---TTAGACTTTTCATAATATAATTACCACAGTCACTTCTCTCGTGCAC---------TTATACAATAAGATAGTGATTGC-AAT-TTTCTTAC---TTCT-T-GATTATAAACTGTT-ATAGTCATAATATATTCCTGGACTGTGACGAGAATTGTCAATCTGAAAAAAAAATACAAAAAAAAATGTTGTACTG-------AAAAGTTAAAAGTA------------TGGTAGTGACATT--TTCATCAAACTgttcaattaattttaacttatataacaaccatgctgcttcaagtttggagaaaaaattatatttttatatcattacactggtttgtatattacaactacaatactgaagtatgacaaattataatctgtaagaatctttgaaagacttatggacctgatttatagaaaaattggaaggattctgtacttcctcatttaagtcaacagtacagaagaacctttgtgacatagtaattaggctttcagtctgtatttcttcatgtaaggcaac
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                tATAAAATACTAAATAA------ATGTGT-AAAAAT-AGGACATGGT-CCTCAT---GTAATAGATGCATGAGATGAAACCAAAGTTTCAACT-AACACATGCTCTTATATAATAACACC------A-ATT--ACGTCAGACCAGC--------------------TTCAAAACGTATGAAATAATTACAGGCAAATATAATA-ATTGATTTGACCGATCACTTACAAAATT---A---GAGTTGCCCAACAATAATCACAGTTTAAAA-AGTTTAACTTTAGATATT----TTTATAACAAAAATTATAA---CTAAAGGTTGTGTGTC-TAACA-CTA-AGTTACTTCTCTGTTGCAT---------TTATATAATTAGACAATGAATGT-AAT-GTTCTTACTTGTTTT-T-TAT---AAGCT--------TCATCTT-TTTCCCTGGACTGTGATGAAAAATGTCAACCTG---AAAAAATAT--AAAACAATGTT-TAGCGAAAATCTAAAAGTTGAAAGTAGTTAATCA-GTTTGGTAGTGACATT--TTCATCAGATTTTGGAAGCTATGTT--------------T-------------AATgttcaatttaatttaacttgtataacaaccatgcagcttcaagtttagagaaaatattatatattttatttcattacattggtttgtatattacaactaccatactgaggtatgacaaattataatctgtaagaatttttgaaagacttatggacctgatttatacaaaaattggaagcattcggtacttcctcatgtaagtcaacagtacctaagaacctttgtg
gi|6                          :                                                                                                                           actactaAT-----CTCATACAATGT---T----------------GTTGTCT------TATAATGAA----G--A---------------TC-----TCATAC-ATGT--T--TGTtcaacttaaataacagccatggaggaaacttt
gi|6                          :                                                                                                                  ATCTCATACAATGTTGTT-----GTCTTATAATGA---A----------------GATCTCA------TAC-ATGTTTGTGA-TTTATAATGAAGA----TC-----TCATACAATGT--T--GGTCTC-gatttataatgaagatctcatacaatgttggtctcatacatgctgttgtcttattatgaagatctcatacaatgttgttgtcttataatgaagatctcatacatgttgttgtcttataatgacgatctcatacaatgttggtctcatacaatgccgtttctcaaacatatttatctccctcatgcagctgatattatatgccaactatgctatccaagtcaactttcacttatactttcatatgtcttacaaagctggagtgtcttaaatagtctgaaaaaataagacaatgcattagcttgctgataattaatgataatataataaatgggtaaaaatagtacatggttcttcattttgtaatagatgcaagagccaaaacaaatacaggctttataacactaattaaaagtcagatcagttttatgtgttttgttcttcaaataattacagga
gi|6                          :                                                                                                                   TGTCTTATAATGAAGAT-----CTCATAC-ATGT---TTGTGATTTATAATGAAGATCTCA------TACAATGTT----G--G---------------TC-----TCATAC-ATGCTGT--TGTCTatacatgctgttgtcttattatgaagatctcatacaatgttgttgtcttataatgaagatctcatacatgttgttgtcttataatgacgatctcatacaatgttggtctcatacaatgccgtttctcaaacatatttatctccctcatgcagctgatattatatgccaactatgctatccaagtcaactttcacttatactttcatatgtcttacaaagctggagtgtcttaaatagtctgaaaaaataagacaatgcattagcttgctgataattaatgataatataataaatgggtaaaaatagtacatggttcttcattttgtaatagatgcaagagccaaaacaaatacaggctttataacactaattaaaagtcagatcagttttatgtgttttgttcttcaaataattacagga
gi|6                          :                                                                                                       atctcatacaatgttgtTATAATGAAGAT-----CTCATACAATGT---T----------------GGTCTCA------TAC-ATGCT----G-TTGTCTTATTATGAAGATC-----TCATACAATGTTGT--TGTCTtattatgaagatctcatacaatgttgttgtcttataatgaagatctcatacatgttgttgtcttataatgacgatctcatacaatgttggtctcatacaatgccgtttctcaaacatatttatctccctcatgcagctgatattatatgccaactatgctatccaagtcaactttcacttatactttcatatgtcttacaaagctggagtgtcttaaatagtctgaaaaaataagacaatgcattagcttgctgataattaatgataatataataaatgggtaaaaatagtacatggttcttcattttgtaatagatgcaagagccaaaacaaatacaggctttataacactaattaaaagtcagatcagttttatgtgttttgttcttcaaataattacagga
gi|6                          :                                                              atctcatacaatgttgttgtcttataatgaagatctcatacatgtttgtgattTGTCTTATTATGAAGAT-----CTCATACAATGT---TGTTGTCTTATAATGAAGATCTCA------TAC-ATGTT----G-TT---------------tataatgaagatctcatacatgttgttgtcttataatgacgatctcatacaatgttggtctcatacaatgccgtttctcaaacatatttatctccctcatgcagctgatattatatgccaactatgctatccaagtcaactttcacttatactttcatatgtcttacaaagctggagtgtcttaaatagtctgaaaaaataagacaatgcattagcttgctgataattaatgataatataataaatgggtaaaaatagtacatggttcttcattttgtaatagatgcaagagccaaaacaaatacaggctttataacactaattaaaagtcagatcagttttatgtgttttgttcttcaaataattacagga
gi|6                          :                    atctcatacaatgttgttgtcttataatgaagatctcatacatgtttgtgatttataatgaagatctcatacaatgttggtctcatacatgctgtTGTCTTATAATGACGAT-----CTCATACAATGT---T----------------GGTCTCA------TACAATGCC----G-TT---------------TC-----TCAAAC-ATAT--T--TATCTC-CCTC-----------------ATGCAGCTGATATTATATGCCAACTATGCTATCCAAGTCAACTTTCACTT-ATACTTTCATATGTCTTACAAAGC-----T-GGAG---TGTCTTAAATAGTCTGAAAAA-ATAAG--ACAATGCATTAGCTTGCTGATAATTAATGATAATAT-------------------------AATAA------ATGGGTAAAAA-T-AGTACATGGTTCTTCATTTTGTAATAGATGCAAGAGCCAAAACA-------------AATACAGGCTTT------ATAACACT------A-ATTAAAAGTCAGATC----AGTTTTATGTGTTTTGTTCTTC----------AAATAATTACAGG--Agtcttataatgacgatctcatacaatgttggtctcatacaatgccgtttctcaaacatatttatctccctcatgcagctgatattatatgccaactatgctatccaagtcaactttcacttatactttcatatgtcttacaaagctggagtgtcttaaatagtctgaaaaaataagacaatgcattagcttgctgataattaatgataatataataaatgggtaaaaatagtacatggttcttcattttgtaatagatgcaagagccaaaacaaatacaggctttataacactaattaaaagtcagatcagttttatgtgttttgttcttcaaataattacagga
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     atctcatacaatgttgttgtcttataatgaagatctcatacatgtttgtgatttataatgaagatctcatacaatgttggtctcatacatgctgttgtcttattatgaagatctcatacaatgttgttgtcttataatgaagatctcatacatgttgtAAAGT---A---CAGTTGCACAACCAT-------GTTTAAAGGA-TATAGCTTAAGATACTAGTGTTT----C--------TTA---TTACACATTTTAT----GAATAA--A------------TGTTGAAT---------GTA---------ATGTTGA-----AA---CTCCTACCTTTTCTATGTATTACAAGCTGTTG-T-AGCAT-GT-TATTCTTGGATTGTGATGAAAACTGTCAATCTG---AAAAAATAT--GAAACAATGTTCTAGTAAAAATCTAAAAATTGAAAGTAGTTTATCA-ATATATCAGTTACATT--TTCATCAGACTTTGATAGC--TGCC--------------TCTAATTCAACTTGAATAACAGCCATAGAGTTGAAACATTATTTTTATACATCTCCCTA
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                    ATGT--A--CGTCTC-CCTCATGTAATA----AT----TGTAGCTGA----TCAT-----------------------TTTACATTT-AAAATTCCTGA----TTATTAAGCAGGAGCAGGAG---CATCTTAAATGGCCTG-AAAATATAAGAAACAATTTATTAGCTTGCTGATAATAAAAGATAATATCACAAAATAATAA--TAAAGTGCTAAATAG------ATGTGT-A-------GGTCATGGTTCCTCATATTGTAATAGACACAGGAGCCAAAACAAAACATTCAACTTAATACATGCTCT------ATAGCACT------G-ATT--AAGTCAGGTCATTGAGTTTTATGTGTTTTATTCTTCAAAAGTTATAAATCAATTACAGG--AGCAT-ATA-ACTGATT-----GATCACTTACAAGAGT---A---GAGTTGCCCAACAAT-------GTTTAAAAGAGTATGATTT-------TAGTGTTT----CAAAAAT-ATTG---TTGGACATTTTAT----TAATAACCACAGTCAATTTTCTGTTTCAT---------TTATATAATGAGATGATGATTAT-AAT-GTTCTTACGTTTTcagatatttgtattttacagctgccatacaggggtaatggggtatgacaaattaaatctgcaaaagtcctttgaaggagttgtggtggtcctgttttattggaacagtggaagaattctatatttcctcatataagtcaatactggtatcaatcaagtagataagaac
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   ATAAGCCGCTGAT-ATCATA-T-TTTCCCTGGACTGTGACAGAAATTGTCAATCTG---ATAAAATAT--GAAACACTGTTGTAGTGAAATTTTAAATGTTAAAACTAGTTTATCA-GTGTGGCAGCTGC-TTAATTCA----ACTT--GAA----------------------C-------------AATAGCA-----AGA----ATAATTTATTTTTATACATTTCCCTA
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|12 ): ATGTAAGCCAACAGTTACATCAGAACCTTTCTGACATAGTAATTAGGCTTTCAATCTGTACTTCCTCATGTAAGTCAACAGTACATAAGAACCTTTGTAACATAGTAATTAGGCTTTCAATCTGTACTTCCTCATGTAAGTCAACAGTACATAAGAACCTTTGCGACATAGTAATTAGACTTTCAGTATGTACTACCTCATGTAAGTCAACATTATATAAGGACCTTTGCGACATAGTATTAAGGCTTTCAGTATGTACTTC
Unaligned ( gi|19 ): ACAGCTTCCATACAGGGATAATGGGATATGAAAAATTACAATCTGCAAAACTCCTTTGAAAGAGTTGTGGTGGTCCTGTTTCATTGAATCTATATTTCTTCATATAAGTCAAAACTGTTATAAAGT
Unaligned ( gi|21 ): CTGCAAACATTCATTTGAAAGAGTTGTGTTGGTCCTGTTTTATTGAAACATAAAAGTCAACACTGGTATCAAGAGGATA
Unaligned ( gi|22 ): TCTGCAAAAATCCTTTGAAAGAGTTGTGGCAGTATTGCTTGATATAAGTCAACACTGTTATAAGGCAG
Unaligned ( gi|23 ): TGGCCCTACAGACTGGAATAGATCTGAAGGTCTAAAAAACAATGTTTCAATTTTACAATATGCACT






Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                         3333333333333333                           555555555555555555                                        444444444444                                                 11111                    1111111    1111                                                                             11               111111                                                            111                    111111       222222222                                                                           3333333333333                1111111               1111111                                  1111            111             3333                             222222222                                    1                                   1                                 111        111                 2222222              111111111111                                  11    8888888888888888888888888888       22222   2222                          
lowQualScore                  :                                                                                                                       1            44444            333 2222222222222222       555555         3333 555555555555555555  44444     0     55 22      3          444444444444                 3        1   11    99999  0  0  99999  1    9999         5555555    1111               4    5 8  22      0                  0             2      5   66      6666     222222      4 2  4 8          0      6              1           0 000      66       5    999999       555555555   99          6666                              55  1          77 1   3   2222222222222          0     1111111       0    1  8888888       1    8      6         2    2222 1   1 5    000  3          0000       3 4               0   222222222         3         6 0 5   66       0 1  3 888              9999     88 1 1                               000        555    0      0     1111111              222222222222           1 77            0    3 11    5555555555555555555555555555       55555   1111                          
lowQualScore                  :                                                                                                                       .            .....            ... ................       ......         .... ..................  .....     .     .. ..      .          ............                 .        .   ..    .....  .  .  .....  .    ....         .......    ....               .    . .  ..      .                  .             .      .   ..      ....     ......      . .  . .          .      .              .           . ...      ..       .    ......       .........   ..          ....                              ..  .          .. .   .   .............          .     .......       .    .  .......       .    .      .         .    .... .   . .    ...  .          ....       . .               .   .........         .         . . .   ..       . .  . ...              ....     .. . .                               ...        ...    .      .     .......              ............           . ..            .    . ..    ............................       .....   ....                          
lowQualScore                  :                                                                                                                       2            33333            000 4444444444444444       000000         7777 666666666666666666  88888     1     00 88      3          111111111111                 7        4   44    55555  2  9  00000  4    4444         7777777    2222               4    0 1  22      2                  8             8      0   00      6666     888888      4 0  4 9          8      0              0           8 222      66       0    222222       000000000   22          5555                              11  9          99 8   5   8888888888888          7     0000000       7    9  6666666       7    7      6         7    1111 4   4 7    000  6          0000       0 3               7   999999999         0         6 4 7   44       6 3  7 333              7777     00 4 9                               000        000    7      7     9999999              333333333333           7 99            8    2 00    0000000000000000000000000000       00000   2222                          
consensus                     :                                                                                                                 GATGTCGTATAATGTAGAT-----CTCATACAATGT---T----------------GATCTCA------TACAATGTT----G-TT---------------TC-----TCATACAATGT--T--TGTCTC-CCTCATGTAA-A----AT---ATGTAGCTGATATTTCATGCCGACTCCGCTACCCAGGTCAATTTTCATTT-AAACTTCCAAA----TTATTAAGC-----C-GGAG---CGTCTTAAATAGCCTG-AAAA-ATAAGAAACAATTTATTAGCTTGCTGATAATTAAAGATAATATCANAAAATA-TAACATAAAATGCTAAATAA------ATGTGT-AAAA-T-AGGACATGGTTCCTCATATTGTAATAGATGCATGAGCCAAAACAAAACGTTCAACTTAATACATGCTCT------ATAACACT------A-ATT--AAGTCAGACCAGCGAGTTTTATGTGTTTTGTTCTTCAAAAGTTATAAAATAATTACAGG--AATATAATA-ATTGATTTGATCGATCACTTACGAGAGT---A---GAGTTGCCCAACAAT-------GTTTAAAGGAGTATAACTTNAGATACTAGCGTTT----CAAAAAT-ATTG---TTAGACATTTCAT----TAATAACCACAGTCACTTCTCTGTTGCAT---------TTATATAATNAGATGATGANTGT-AAT-GTTCTTACTTTTTCT-T-TATTATAAGCTGTTGAT-GTCATANT-TTTCCCTGGACTGTGACGAAAATTGTCAATCTG---AAAAAATAC--GAAACAATGTTGTAGTGAAAATCTAAAAGTTGAAAGTAGTTTATCA-GTGTGGCAGTGACATT--TTCATCAGACTTTGGAAGC--TGCT--------------T-------------AATAGCA-----AGA----AAACTTTATTTTTACACATTTCCCTA
Reference ( family-5429 )     :                                                                                                                 GATGTCGTATAATGTAGAT-----CTCATACAATGT---T----------------GATCTCA------TACAATGTT----G-TT---------------TC-----TCATACAATGT--T--TGTCTC-CCTCATGTAA-A----AT---ATGTAGCTGATATTTCATGCCGACTCCGCTACCCAGGTCAATTTTCATTT-AAACTTCCAAA----TTATTAAGC-----C-GGAG---CGTCTTAAATAGCCTG-AAAA-ATAAGAAACAATTTATTAGCTTGCTGATAATTAAAGATAATATCANAAAATA-TAACATAAAATGCTAAATAA------ATGTGT-AAAA-T-AGGACATGGTTCCTCATATTGTAATAGATGCATGAGCCAAAACAAAACGTTCAACTTAATACATGCTCT------ATAACACT------A-ATT--AAGTCAGACCAGCGAGTTTTATGTGTTTTGTTCTTCAAAAGTTATAAAATAATTACAGG--AATATAATA-ATTGATTTGATCGATCACTTACGAGAGT---A---GAGTTGCCCAACAAT-------GTTTAAAGGAGTATAACTTNAGATACTAGCGTTT----CAAAAAT-ATTG---TTAGACATTTCAT----TAATAACCACAGTCACTTCTCTGTTGCAT---------TTATATAATNAGATGATGANTGT-AAT-GTTCTTACTTTTTCT-T-TATTATAAGCTGTTGAT-GTCATANT-TTTCCCTGGACTGTGACGAAAATTGTCAATCTG---AAAAAATAC--GAAACAATGTTGTAGTGAAAATCTAAAAGTTGAAAGTAGTTTATCA-GTGTGGCAGTGACATT--TTCATCAGACTTTGGAAGC--TGCT--------------T-------------AATAGCA-----AGA----AAACTTTATTTTTACACATTTCCCTA
gi|1                          :                                                                                                                 GATGTTGTAAAATGTAGAT-----CTAATACATTGG---T----------------GGTCTCC------TTTAATTTT----A-TT---------------TC-----TCATA-AATAT--T--TGTCTC-CCTGATGGAA-A----AT---CTGTAGCTGATATTTCAAGCTGACTCCTCTATCCAGGTCAATTTTCATTTCAAACTTCAAAA----TTATTAAGC-----A-GGAG---TGTTTCAAATAGCCTG-AAAA-A-AAAAAA-----TATTAGCTTGATGATAATAAAAGATAATATCACAAAACA-CAAT-TAAAATGCTAAATAA------ATGTGT-ATAA-TTAGGACAAAGTTCCTCATATTGTAATAGATGCATGAGCCAAAATAAACTGTTCAACATGATACATTCTCT------ATAACACT------A-ATT--AAGTCAGACCAGTGAGTTTTATATATTTTGTTCTTTAAAAGTTATTAAATAATTACAGG--AACA-AACA-ATTGATTTGATTGATCAGTTACAAGAGT---A---GAGTTGCCCAACAAT-------GTTTAAAGGAGAATAACTTCAGATACAAGTGTTT----CAAAAAT-ATTATACTT--ACATTTCAT----TAATAAC--CAGTCACTTCTCTGTTTCATTAAAAAAAATTATATAATAAGATGATGAATATAAAT-GTTCTTACTTTTTTT-T-TATTATAAGCTGTTGAT-GTCATATT-TTCCCCTGGACTGTTACGAAAATTATCAATCTG---AAAAAATAT--GAAACAATGTTGTAGTA-------AAAAGTTGAAAGAAGTTTA-CACGTGGGGCAGTGGCA-T--TTCATTAGACTTTGGAAAC--TGCT--------------T-------------AATAGCA-----AGA----AAACTTTATTTTTACACATTTTGCTA
gi|10                         :                                                                                                                   TGTTGTTTAACATAGAT-----CTCATATAATGCAGATCA--------------GATCTCA------TACTATGTT----GATC---------------TC-----CCAT--AATGT--T--
gi|10                         :                                                                                                                 GATCTCATATAATGCAGATCAGATCTCATACTATGT---T----------------GATCTCC------CATAATGTT----G--A---------------TG-----TTGTATAATGT--T--gatgttgtataatgttgatatcatatgatgttgttgtaaatcagatgtcatacaatgttgatctcatataatgtagatgccatataatgtagatctcatttaatgctatctcctatgcttttttttctcgtgtatatttgtctccctcatgtaatatgtagctgatatttaaagccgactccaccattcaggtcaattttcatttaaacttccacattatttagcaggagtatcttacaaagcctga
gi|10                         :                                                                                                   tgttgtttaacataGATCTCATACTATGTTGAT-----CTCCCATAATGT---T----------------GATGTTG------TATAATGTT----G--A---------------TA-----TCATATGATGT--T--gatatcatatgatgttgttgtaaatcagatgtcatacaatgttgatctcatataatgtagatgccatataatgtagatctcatttaatgctatctcctatgcttttttttctcgtgtatatttgtctccctcatgtaatatgtagctgatatttaaagccgactccaccattcaggtcaattttcatttaaacttccacattatttagcaggagtatcttacaaagcctga
gi|10                         :                                                                              tgttgtttaacatagatctcatataatgcagatcaGATCTCCCATAATGTTGAT-----GTTGTATAATGT---T----------------GATATCA------TATGATGTT----G-TTGTAAA----------TCAGATGTCATACAATGT--T--GATCTCATATAATGTAG-ATGCCATATAATGTAGATCTCATTTAATGCTATCTCCgttgtaaatcagatgtcatacaatgttgatctcatataatgtagatgccatataatgtagatctcatttaatgctatctcctatgcttttttttctcgtgtatatttgtctccctcatgtaatatgtagctgatatttaaagccgactccaccattcaggtcaattttcatttaaacttccacattatttagcaggagtatcttacaaagcctga
gi|10                         :                                                                tgttgtttaacatagatctcatataatgcagatcagatctcatactatgttTGTTGTA-AAT-CAGAT-----GTCATACAATGT---T----------------GATCTCA------TATAATGTA----G-AT---------------GC------CATATAATGT--tatgcttttttttctcgtgtatatttgtctccctcatgtaatatgtagctgatatttaaagccgactccaccattcaggtcaattttcatttaaacttccacattatttagcaggagtatcttacaaagcctga
gi|10                         :               tgttgtttaacatagatctcatataatgcagatcagatctcatactatgttgatctcccataatgttgatgttgtataatgttgatatcatatgatgtGATGCCATATAATGTAGAT-----CTCATTTAATGC---T-----------------ATCTCC------TATGCTTTT----T-TT---------------TC-----TCGTGTA-TAT--T--TGTCTC-CCTCATGTAA-------T---ATGTAGCTGATATTTAAAGCCGACTCCACCATTCAGGTCAATTTTCATTT-AAACTTCCACA----TTATTTAGC-----A-GGAG---TATCTTACAAAGCCTG-Aagatctcatttaatgctatctcctatgcttttttttctcgtgtatatttgtctccctcatgtaatatgtagctgatatttaaagccgactccaccattcaggtcaattttcatttaaacttccacattatttagcaggagtatcttacaaagcctga
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       tgttgtttaacatagatctcatataatgcagatcagatctcatactatgttgatctcccataatgttgatgttgtataatgttgatatcatatgatgttgttgtaaatcagatgtcatacaatgttgatctcatataatgtaAT----AAATAACCACAGTCACTTCTCTGTTTCAT---------TTATATAATTAAATGATGTATAT-AATTGTTCTTACTTTTT-----TAGTATAAGCTGTTGAT-GTCATAAT-TTTCCCTGGACTGTTACGAAGATTGTCAATCTG----AAAAATAT--GAAAGAATGTTGTAGTGAAAATCTAAAAGTTGAAAGTTG-TTATCA-GTGTGGCAGTGACAAT--TTCATTAGACTTTGGAAGC--TGCTTAATTCAACTTGAAT-------------AATGGCA-----AGA----AAACTTTATTTTTACATATTTCCCTA
gi|13                         :                                                                                                                                                                                        CAATGTT----T-TT---------------TC-----TCATATA---T--A--TGTCTC-CCTCGTGTTA-------T---ATATAGCTGATATTTCATACCGACTCTGATACCCAGA--------CACTT-----TTACAAA----TTATTAAGC-----C-AAAA---CATCTTAAATAACCTG-AAAA-ATAAGAAACAATTTATTAACTTGCTGATAATTAAAGATAGTATCAGAAAATA-TAACATAAAATATGTAATAA------AATTGT-AAAA-T-TGGcatctacaatgtatttgtttattacag
gi|14                         :                                                                                                                                                                                           ttTT----T-TT---------------TC-----TCATACA-TAT--T--TGTCTC-CCTCATGTAA-------T---ATATAGCTGATATTTCATACCAACTCTGATACTAAGAT--ACTTTTA-----------CAAA----TTATTAAGT-----C-AGAG---TGCCTTAAATAACCTG-AAAA-ACAAGGAACAATTTATTAACTTGCTGATAATTAAAGATAGCATCAGAAAATA-TAACATAAAATATGTAATAA------AATTGT-AAAA-T-GGGGCAgt
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                       T--T--TGTCTC-TGTCATGTAA-------T---ATATAGCTGATATTTCATACCAACTCCGCTACACTGATC------CTTTT-A------CAAA----TTATAAAGC-----C-AGAG---TGTCTTGAATAACCTG-AAAA-ATAAAAAACAATTTATTAACTTGCTGATAACTAAAGATAGTATCAGAAAATA-TAACATAAAATATGTAATAA------AATTGT-AAAA-T-GGGGCA
gi|16                         :                                                                                                                      aGTCTAAT-TAAGT-----CTCATATAATGT---T----------------GATGTCA------TATAATGTA----G--C---------------TC-----TCATACAATGT--T--GATCTC-
gi|16                         :                                   acaaagttctaaaattgtaatgtttagattaacagcctttaaatgatttaacagtgttttttttctcttatattttctGATGTCATATAATGTAGCT-----CTCATACAATGT---T----------------GATCTCA------TAAAAataaaa
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                             acaaagttctaaaattgtaatgtttagattaacagcctttaaatgatttaacagtgttttttttctcttatattttctgtctaattaagtctcatataatgttAAA----TGAATGAAC-----C-AGAA---GATCTTA--TAACCTG-GAAG-AGAA--AACAATAGCTTAACTTGCAGATAATTGAAGAAAATATCATAAAATC-TTAC--AAAGTCTTAAATAATTAAATATGCAT-AAAG-T-AGG
gi|18                         :                                                                                                                  tatcctgatgtttttagT-----CTCATACAATGT---C----------------AGTCCCA------TATAATGgta
gi|2                          :                                                                                                                 GATCTCATACAATGTTGTT-----GTTGTATGATGT---A----------------GATCTCA------TACAATNNN----N-NNNNNNAAGA-------TC-----TCATACAATGT--T--acaatataatatctcataatatcatgacagttccgtataatgacaatattgtgtcgtataattatgatatatggaagtcttataataatgacagtctcatataa
gi|2                          :                                                                                                               ttaaTGTTGTATGATGTAGAT-----CTCATACAATNN---NNNNNNNNAA-------GATCTCA------TACAATGTT----G-TTGTTGTATGATGTAGATC-----TCATACAATGT--T--GGTTTC-gttgttgtatgatgtagatctcatacaatgttggtttcatacaatgttgacgttgtataatgtagatcaaatattggtggtctcctataattttatttctcataaaaatctgtctccctgatgtaataattgaagctgatatttcaattcggttcctctatccaggtcaattttcatttcaaacttcaaaattattaagcagaagaagtgttttaaatagcctgaaaaaaagaaacaagttattagcttgatgaaaataaaagataatatcacaaatcacaattaagatgctaaataaatgtgtacaattaggacatagttcctcatattgtaatagatgcttaagccaaaataaaatgttcaacttgattcatctctataatactttaaaaatattaagtcagacaagtgagttatatatattttgttctttaaaagttataaattaattacaggcatataatgtatttatttaattaatcagttacaagagtagagttgcccaataatgtataaaggagtataacttcagatactaatgttttaaaaatattatccgacatttcatt
gi|2                          :                                                                                             ttaagatctcatacaatgttgtTGTTGTATGATGTAGAT-----CTCATACAATGT---T----------------GGTTTCA------TACAATGTT----G-atacaatgttgacgttgtataatgtagatcaaatattggtggtctcctataattttatttctcataaaaatctgtctccctgatgtaataattgaagctgatatttcaattcggttcctctatccaggtcaattttcatttcaaacttcaaaattattaagcagaagaagtgttttaaatagcctgaaaaaaagaaacaagttattagcttgatgaaaataaaagataatatcacaaatcacaattaagatgctaaataaatgtgtacaattaggacatagttcctcatattgtaatagatgcttaagccaaaataaaatgttcaacttgattcatctctataatactttaaaaatattaagtcagacaagtgagttatatatattttgttctttaaaagttataaattaattacaggcatataatgtatttatttaattaatcagttacaagagtagagttgcccaataatgtataaaggagtataacttcagatactaatgttttaaaaatattatccgacatttcatt
gi|2                          :                                  ttaagatctcatacaatgttgttgttgtatgatgtagatctcatacaatnnnnnnnnnnaagatctcatacaatgttgtGACGTTGTATAATGTAGAT-----CAAATAT--TGG---T----------------GGTCTCC------TATAATTTT----A-TT---------------TC-----TCATAAAA-AT--C--TGTCTC-CCTGATGTAATA----AT----TGAAGCTGATATTTCAATTCGGTTCCTCTATCCAGGTCAATTTTCATTTCAAACTTCAAAA----TTATTAAGC-----A-GAAGAAGTGTTTTAAATAGCCTG-AAAA-A-AAGAAACAAGTTATTAGCTTGATGAAAATAAAAGATAATATCACAAATCA-CAAT-TAAGATGCTAAATAA------ATGTGT-ACAA-TTAGGACATAGTTCCTCATATTGTAATAGATGCTTAAGCCAAAATAAAATGTTCAACTTGATTCAT-CTCT------ATAATACTTTAAAAATATT--AAGTCAGACAAGTGAGTTATATATATTTTGTTCTTTAAAAGTTATAAATTAATTACAGG--CATATAATGTATTTATTTAATTAATCAGTTACAAGAGT---A---GAGTTGCCCAATAAT-------GTATAAAGGAGTATAACTTCAGATACTAATGTTT----TAAAAAT-ATTA---TCCGACATTTCAT----Tacgttgtataatgtagatcaaatattggtggtctcctataattttatttctcataaaaatctgtctccctgatgtaataattgaagctgatatttcaattcggttcctctatccaggtcaattttcatttcaaacttcaaaattattaagcagaagaagtgttttaaatagcctgaaaaaaagaaacaagttattagcttgatgaaaataaaagataatatcacaaatcacaattaagatgctaaataaatgtgtacaattaggacatagttcctcatattgtaatagatgcttaagccaaaataaaatgttcaacttgattcatctctataatactttaaaaatattaagtcagacaagtgagttatatatattttgttctttaaaagttataaattaattacaggcatataatgtatttatttaattaatcagttacaagagtagagttgcccaataatgtataaaggagtataacttcagatactaatgttttaaaaatattatccgacatttcatt
gi|20                         : ttaagatctcatacaatgttgttgttgtatgatgtagatctcatacaatnnnnnnnnnnaagatctcatacaatgttgttgttgtatgatgtagatctcatacaatgttggtttcatacaatgttGTTGGT-----TCCATACAATGT---T----------------GATGTTG------TATAATGTA----G--A---------------TC-----TCATACAATGT--TGATGTC
gi|20                         :                                                                                                                 GATGTTGTATAATGTAGAT-----CTCATACAATGT---T----------------GATGTCA------TAAAATGCA----G--A---------------TG-----TCGTATAATGT--ataaaatgcagatgtcgtataatgtagatctcatagtattacaatgttggtgtcatatgatttag
gi|20                         :                                                                                              gttggttccatacaatgttGATGTCATAAAATGCAGAT-----GTCGTATAATGT---A----------------GATCTCATAGTATTACAATGTT----G--G---------------TG-----TCATATGATagatctcatagtattacaatgttggtgtcatatgatttag
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                gttggttccatacaatgttgatgttgtataatgtagatctcatacaatgttAGTTTTATGTGTTTTGTTCTTCAAAAGTTG-------------GG--ATTATA---------------CGATCACTTATGAAAGT---ATAAGAGTTGAGCAACTAT-------ATTTAAATGAGT-TAATTTAGGATACTAGCATTT----CAAAA-T-ATTG---TTAGACATTTCATAATATAATAACCACAGTCACTTCTCTGGTGCAC---------TTATACAACAAGATAGTGACTGT-AAT-TTTCTTAC---TTCT-T-TATTATAAACTGTTGTA-GTCATAATATGTTCCTGGACTGTGATGAGAATTGTCAATCTG---AAAAAATACA-AAAAAAATGTTGTACTG---AT----AAGTTAGAAGTA------------TGGTGGTGATATT--TTAATCAGACTttag
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         T------ATAAAAC---------ATC--AAGTTAGTCTTGCGAGTTTTATGTGTTTTGTTCTTCAAAAGTTATAGAATAATTATAG-----TATTATA------------TGATCACTTACGAAAGTATAA---GAATTGAACAACTAT-------ATTTAAATGAGT-TCATTTAGGATACTAACATTT----CCAAAAT-ATTG---TTAGACTTTTCATAATATAATTACCACAGTCACTTCTCTCGTGCAC---------TTATACAATAAGATAGTGATTGC-AAT-TTTCTTAC---TTCT-T-GATTATAAACTGTT-ATAGTCATAATATATTCCTGGACTGTGACGAGAATTGTCAATCTGAAAAAAAAATACAAAAAAAAATGTTGTACTG-------AAAAGTTAAAAGTA------------TGGTAGTGACATT--TTCATCAAACTgttcaattaattttaacttatataacaaccatgctgcttcaagtttggagaaaaaattatatttttatatcattacactggtttgtatattacaactacaatactgaagtatgacaaattataatctgtaagaatctttgaaagacttatggacctgatttatagaaaaattggaaggattctgtacttcctcatttaagtcaacagtacagaagaacctttgtgacatagtaattaggctttcagtctgtatttcttcatgtaaggcaac
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                tATAAAATACTAAATAA------ATGTGT-AAAAAT-AGGACATGGT-CCTCAT---GTAATAGATGCATGAGATGAAACCAAAGTTTCAACT-AACACATGCTCTTATATAATAACACC------A-ATT--ACGTCAGACCAGC--------------------TTCAAAACGTATGAAATAATTACAGGCAAATATAATA-ATTGATTTGACCGATCACTTACAAAATT---A---GAGTTGCCCAACAATAATCACAGTTTAAAA-AGTTTAACTTTAGATATT----TTTATAACAAAAATTATAA---CTAAAGGTTGTGTGTC-TAACA-CTA-AGTTACTTCTCTGTTGCAT---------TTATATAATTAGACAATGAATGT-AAT-GTTCTTACTTGTTTT-T-TAT---AAGCT--------TCATCTT-TTTCCCTGGACTGTGATGAAAAATGTCAACCTG---AAAAAATAT--AAAACAATGTT-TAGCGAAAATCTAAAAGTTGAAAGTAGTTAATCA-GTTTGGTAGTGACATT--TTCATCAGATTTTGGAAGCTATGTT--------------T-------------AATgttcaatttaatttaacttgtataacaaccatgcagcttcaagtttagagaaaatattatatattttatttcattacattggtttgtatattacaactaccatactgaggtatgacaaattataatctgtaagaatttttgaaagacttatggacctgatttatacaaaaattggaagcattcggtacttcctcatgtaagtcaacagtacctaagaacctttgtg
gi|6                          :                                                                                                                           actactaAT-----CTCATACAATGT---T----------------GTTGTCT------TATAATGAA----G--A---------------TC-----TCATAC-ATGT--T--TGTtcaacttaaataacagccatggaggaaacttt
gi|6                          :                                                                                                                  ATCTCATACAATGTTGTT-----GTCTTATAATGA---A----------------GATCTCA------TAC-ATGTTTGTGA-TTTATAATGAAGA----TC-----TCATACAATGT--T--GGTCTC-gatttataatgaagatctcatacaatgttggtctcatacatgctgttgtcttattatgaagatctcatacaatgttgttgtcttataatgaagatctcatacatgttgttgtcttataatgacgatctcatacaatgttggtctcatacaatgccgtttctcaaacatatttatctccctcatgcagctgatattatatgccaactatgctatccaagtcaactttcacttatactttcatatgtcttacaaagctggagtgtcttaaatagtctgaaaaaataagacaatgcattagcttgctgataattaatgataatataataaatgggtaaaaatagtacatggttcttcattttgtaatagatgcaagagccaaaacaaatacaggctttataacactaattaaaagtcagatcagttttatgtgttttgttcttcaaataattacagga
gi|6                          :                                                                                                                   TGTCTTATAATGAAGAT-----CTCATAC-ATGT---TTGTGATTTATAATGAAGATCTCA------TACAATGTT----G--G---------------TC-----TCATAC-ATGCTGT--TGTCTatacatgctgttgtcttattatgaagatctcatacaatgttgttgtcttataatgaagatctcatacatgttgttgtcttataatgacgatctcatacaatgttggtctcatacaatgccgtttctcaaacatatttatctccctcatgcagctgatattatatgccaactatgctatccaagtcaactttcacttatactttcatatgtcttacaaagctggagtgtcttaaatagtctgaaaaaataagacaatgcattagcttgctgataattaatgataatataataaatgggtaaaaatagtacatggttcttcattttgtaatagatgcaagagccaaaacaaatacaggctttataacactaattaaaagtcagatcagttttatgtgttttgttcttcaaataattacagga
gi|6                          :                                                                                                       atctcatacaatgttgtTATAATGAAGAT-----CTCATACAATGT---T----------------GGTCTCA------TAC-ATGCT----G-TTGTCTTATTATGAAGATC-----TCATACAATGTTGT--TGTCTtattatgaagatctcatacaatgttgttgtcttataatgaagatctcatacatgttgttgtcttataatgacgatctcatacaatgttggtctcatacaatgccgtttctcaaacatatttatctccctcatgcagctgatattatatgccaactatgctatccaagtcaactttcacttatactttcatatgtcttacaaagctggagtgtcttaaatagtctgaaaaaataagacaatgcattagcttgctgataattaatgataatataataaatgggtaaaaatagtacatggttcttcattttgtaatagatgcaagagccaaaacaaatacaggctttataacactaattaaaagtcagatcagttttatgtgttttgttcttcaaataattacagga
gi|6                          :                                                              atctcatacaatgttgttgtcttataatgaagatctcatacatgtttgtgattTGTCTTATTATGAAGAT-----CTCATACAATGT---TGTTGTCTTATAATGAAGATCTCA------TAC-ATGTT----G-TT---------------tataatgaagatctcatacatgttgttgtcttataatgacgatctcatacaatgttggtctcatacaatgccgtttctcaaacatatttatctccctcatgcagctgatattatatgccaactatgctatccaagtcaactttcacttatactttcatatgtcttacaaagctggagtgtcttaaatagtctgaaaaaataagacaatgcattagcttgctgataattaatgataatataataaatgggtaaaaatagtacatggttcttcattttgtaatagatgcaagagccaaaacaaatacaggctttataacactaattaaaagtcagatcagttttatgtgttttgttcttcaaataattacagga
gi|6                          :                    atctcatacaatgttgttgtcttataatgaagatctcatacatgtttgtgatttataatgaagatctcatacaatgttggtctcatacatgctgtTGTCTTATAATGACGAT-----CTCATACAATGT---T----------------GGTCTCA------TACAATGCC----G-TT---------------TC-----TCAAAC-ATAT--T--TATCTC-CCTC-----------------ATGCAGCTGATATTATATGCCAACTATGCTATCCAAGTCAACTTTCACTT-ATACTTTCATATGTCTTACAAAGC-----T-GGAG---TGTCTTAAATAGTCTGAAAAA-ATAAG--ACAATGCATTAGCTTGCTGATAATTAATGATAATAT-------------------------AATAA------ATGGGTAAAAA-T-AGTACATGGTTCTTCATTTTGTAATAGATGCAAGAGCCAAAACA-------------AATACAGGCTTT------ATAACACT------A-ATTAAAAGTCAGATC----AGTTTTATGTGTTTTGTTCTTC----------AAATAATTACAGG--Agtcttataatgacgatctcatacaatgttggtctcatacaatgccgtttctcaaacatatttatctccctcatgcagctgatattatatgccaactatgctatccaagtcaactttcacttatactttcatatgtcttacaaagctggagtgtcttaaatagtctgaaaaaataagacaatgcattagcttgctgataattaatgataatataataaatgggtaaaaatagtacatggttcttcattttgtaatagatgcaagagccaaaacaaatacaggctttataacactaattaaaagtcagatcagttttatgtgttttgttcttcaaataattacagga
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     atctcatacaatgttgttgtcttataatgaagatctcatacatgtttgtgatttataatgaagatctcatacaatgttggtctcatacatgctgttgtcttattatgaagatctcatacaatgttgttgtcttataatgaagatctcatacatgttgtAAAGT---A---CAGTTGCACAACCAT-------GTTTAAAGGA-TATAGCTTAAGATACTAGTGTTT----C--------TTA---TTACACATTTTAT----GAATAA--A------------TGTTGAAT---------GTA---------ATGTTGA-----AA---CTCCTACCTTTTCTATGTATTACAAGCTGTTG-T-AGCAT-GT-TATTCTTGGATTGTGATGAAAACTGTCAATCTG---AAAAAATAT--GAAACAATGTTCTAGTAAAAATCTAAAAATTGAAAGTAGTTTATCA-ATATATCAGTTACATT--TTCATCAGACTTTGATAGC--TGCC--------------TCTAATTCAACTTGAATAACAGCCATAGAGTTGAAACATTATTTTTATACATCTCCCTA
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                    ATGT--A--CGTCTC-CCTCATGTAATA----AT----TGTAGCTGA----TCAT-----------------------TTTACATTT-AAAATTCCTGA----TTATTAAGCAGGAGCAGGAG---CATCTTAAATGGCCTG-AAAATATAAGAAACAATTTATTAGCTTGCTGATAATAAAAGATAATATCACAAAATAATAA--TAAAGTGCTAAATAG------ATGTGT-A-------GGTCATGGTTCCTCATATTGTAATAGACACAGGAGCCAAAACAAAACATTCAACTTAATACATGCTCT------ATAGCACT------G-ATT--AAGTCAGGTCATTGAGTTTTATGTGTTTTATTCTTCAAAAGTTATAAATCAATTACAGG--AGCAT-ATA-ACTGATT-----GATCACTTACAAGAGT---A---GAGTTGCCCAACAAT-------GTTTAAAAGAGTATGATTT-------TAGTGTTT----CAAAAAT-ATTG---TTGGACATTTTAT----TAATAACCACAGTCAATTTTCTGTTTCAT---------TTATATAATGAGATGATGATTAT-AAT-GTTCTTACGTTTTcagatatttgtattttacagctgccatacaggggtaatggggtatgacaaattaaatctgcaaaagtcctttgaaggagttgtggtggtcctgttttattggaacagtggaagaattctatatttcctcatataagtcaatactggtatcaatcaagtagataagaac
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   ATAAGCCGCTGAT-ATCATA-T-TTTCCCTGGACTGTGACAGAAATTGTCAATCTG---ATAAAATAT--GAAACACTGTTGTAGTGAAATTTTAAATGTTAAAACTAGTTTATCA-GTGTGGCAGCTGC-TTAATTCA----ACTT--GAA----------------------C-------------AATAGCA-----AGA----ATAATTTATTTTTATACATTTCCCTA


blockSeqs                     :                                                                                                                       G            CAGAT            AGA TGTGATTTATAATGAA       TAGTAT         TGTG TTGTTGTATGATGTAGA   AGATG           TG GA      A          ATGCCATATAA                  G        A   TT    TCAAT        CAAAC  C    TGTC         AGGAGCA    AAGT               A    T T  GA                                       G      A   CA      ATGT     TTAAAT      A A  A T                 A              T             ATG      TT       G    TATATA       TTTAAAAAT   AA          AGTG                              TA  T          CA A   A   TATTTATTTAATT                ATAA               A  AATCACA       G    A      C         T    ATAA A   A T    .    C          AATA       C C                   .                 T         A   .   TG       T T  C ATG              GAT      AA A T                               AAA        CAA                 AAAATCT              GTTAATCAGTT            A AA                 G TA    TAATTCAACTTGAAT                    GCCAT   GTTG
blockSeqs                     :                                                                                                                       A            .                .   GTTGTCTTATAATGAA       .              .    TTGTCTTATTATGAAGA   .               TG .       .          TAAT                         G        G   CC    TCAAT        AAAC   A    .            A          T                  .    . C  GG                                       G      .   CA      ATGT     .           . A  . .                 T              T             AGT      TT       G    .            CA          .           TGCG                              TA  A          .  T   A   ATTGATTTGACC                 ATAA               T  .             T    T      A         C    .    A   A .    .    A          AATA       C C                   .                 A         C   .   T        T G  C T                GTA      AA A G                               .          CA                  AAAATCT              GTTTATCAATA            T .                  G .     TCTAATTCAACTTG                     .       .   
blockSeqs                     :                                                                                                                       A            .                .   NNNNNNNAA              .              .    TTTATAATGAAGA       .               .  .       .          TAAT                         A        G   CT    TCAAC        ATAC   C    .            C          C                  .    . T  AA                                       G      .   CA      ATGT     .           . A  . .                 A              A             ACA      T        G    .            TA          .           ATTG                              TG  A          .  A   T   ACTGATT                      A                  T  .             T    A      A         C    .    C   A .    .    A          GTC        C C                   .                 A         T   .   T        C T  T T                ATA      AA . A                               .          T                   AAAATCT              GTTTATCAGTG            T .                  G .     T                                  .       .   
blockSeqs                     :                                                                                                                       C            .                .   CA                     .              .    NNNNNNAAGA          .               .  .       .          TA                           A        G   CA    TAC          AAAA   T    .            C          T                  .    . G  GA                                       T      .   C       CTTA     .           . A  . .                 .              G             .        .        .    .            TG          .           AGC                               TA  A          .  G   A   C                            A                  A  .             A    A      T         T    .    A   A .    .    A          .          T C                   .                 T         A   .   G        G T  C T                GAT      CT . T                               .          T                   AAATTTT              GTTATCAGTG             T .                  . .     C                                              
blockSeqs                     :                                                                                                                       G            .                .   .                      .              .    TTGTAAA             .               .  .       .          TA                           A        T   TC    TC           A      C    .            C          T                  .    . T  GA                                       C      .   T       GCTA     .           . C  . .                                                                     .            .           .           .                                 .   T          .  .   .   T                            A                  C  .             G    .      A         T    .    A   . .    .    A          .          C .                   .                 G         T   .   G        . .  . .                GT       G  . A                               .          T                   AT                   .                      T .                                                                         
blockSeqs                     :                                                                                                                       A            .                .   .                      .              .    ATC                 .               .  .       .          TA                           T        G   TC    T            .      .    .            C          G                  .    . T  G                                        C      .   .       ACTA     .           . A  . .                                                                                                                                            .   .          .                                       A                  A  .             A    .      .         .    .    .   . .    .    G          .          . .                   .                 .         .   .   .        . .                     .        A  . T                               .          T                   .                    .                      T .                                                                         
blockSeqs                     :                                                                                                                       G            .                .   .                      .              .    AT                  .               .  .       .          TA                           G        .   .     .            .      .    .            A          T                  .    . .  .                                        .      .   .       GCTA     .           . A  . .                                                                                                                                                                                                                                                                                                  .                                                                                                                                                                                                                                                                                                          
blockSeqs                     :                                                                                                                       A            .                .   .                      .              .    TT                  .               .  .       .          A                            .                                           .            T          C                  .                                                                     .        .           . .  . .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             
blockSeqs                     :                                                                                                                       A            .                .   .                      .              .    TT                  .               .  .       .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              
blockSeqs                     :                                                                                                                       G            .                .   .                      .              .    TT                  .               .  .       .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              
blockSeqs                     :                                                                                                                       G            .                .   .                      .              .    TT                  .               .  .       .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              
blockSeqs                     :                                                                                                                       G            .                .   .                      .              .    TT                  .               .  .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      
blockSeqs                     :                                                                                                                       G            .                .   .                      .              .    TT                  .               .  .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      
blockSeqs                     :                                                                                                                       A            .                .   .                      .              .    A                   .               .  .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      
blockSeqs                     :                                                                                                                       A            .                .   .                      .              .    A                   .               .  .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      
blockSeqs                     :                                                                                                                       T            .                .   .                      .              .    C                   .               .  .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      
blockSeqs                     :                                                                                                                       T            .                .   .                      .              .    A                   .               .  .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      
blockSeqs                     :                                                                                                                       T            .                .   .                      .              .    A                   .               .  .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      
blockSeqs                     :                                                                                                                                    .                .   .                      .              .    G                   .               .  .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      
blockSeqs                     :                                                                                                                                    .                .   .                      .              .    A                   .               .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         
blockSeqs                     :                                                                                                                                    .                .   .                      .              .    G                                   .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         
blockSeqs                     :                                                                                                                                    .                .   .                      .              .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  


blockSeqCons                  :                                                                                                                                                                                                    TN****************                                        TA**********                                                 AA***                                                                                                                C*                                                                                                                                                                                                         ACTATTT******                                                                                               ***                                              *********                                                                                                                                         AAAATCT
originalCons                  :                                                                                                                 GATGTCGTATAATGTAGAT-----CTCATACAATGT---T----------------GATCTCA------TACAATGTT----G-TT---------------TC-----TCATACAATGT--T--TGTCTC-CCTCATGTAA-A----AT---ATGTAGCTGATATTTCATGCCGACTCCGCTACCCAGGTCAATTTTCATTT-AAACTTCCAAA----TTATTAAGC-----C-GGAG---CGTCTTAAATAGCCTG-AAAA-ATAAGAAACAATTTATTAGCTTGCTGATAATTAAAGATAATATCANAAAATA-TAACATAAAATGCTAAATAA------ATGTGT-AAAA-T-AGGACATGGTTCCTCATATTGTAATAGATGCATGAGCCAAAACAAAACGTTCAACTTAATACATGCTCT------ATAACACT------A-ATT--AAGTCAGACCAGCGAGTTTTATGTGTTTTGTTCTTCAAAAGTTATAAAATAATTACAGG--AATATAATA-ATTGATTTGATCGATCACTTACGAGAGT---A---GAGTTGCCCAACAAT-------GTTTAAAGGAGTATAACTTNAGATACTAGCGTTT----CAAAAAT-ATTG---TTAGACATTTCAT----TAATAACCACAGTCACTTCTCTGTTGCAT---------TTATATAATNAGATGATGANTGT-AAT-GTTCTTACTTTTTCT-T-TATTATAAGCTGTTGAT-GTCATANT-TTTCCCTGGACTGTGACGAAAATTGTCAATCTG---AAAAAATAC--GAAACAATGTTGTAGTGAAAATCTAAAAGTTGAAAGTAGTTTATCA-GTGTGGCAGTGACATT--TTCATCAGACTTTGGAAGC--TGCT--------------T-------------AATAGCA-----AGA----AAACTTTATTTTTACACATTTCCCTA
finalCons                     :                                                                                                                 GATGTCGTATAATGTAGAT-----CTCATACAATGT---T----------------GATCTCA------TACAATGTT----GTN----------------TC-----TCATACAATGT--T--TGTCTC-CCTCATGTAATA----------TGTAGCTGATATTTCATGCCGACTCCGCTACCCAGGTCAATTTTCATTTAA---TTCCAAA----TTATTAAGC-----C-GGAG---CGTCTTAAATAGCCTG-AAAA-ATAAGAAACAATTTATTAGCTTGCTGATAATTAAAGATAATATCANAAAATA-TAAC-TAAAATGCTAAATAA------ATGTGT-AAAA-T-AGGACATGGTTCCTCATATTGTAATAGATGCATGAGCCAAAACAAAACGTTCAACTTAATACATGCTCT------ATAACACT------A-ATT--AAGTCAGACCAGCGAGTTTTATGTGTTTTGTTCTTCAAAAGTTATAAAATAATTACAGG--AATATAATAACTATTT------GATCACTTACGAGAGT---A---GAGTTGCCCAACAAT-------GTTTAAAGGAGTATAACTTNAGATACTAGCGTTT----CAAAAAT-ATTG---TTAGACATTTCAT----TAATAACCACAGTCACTTCTCTGTTGCAT---------TTATATAATNAGATGATGANTGT-AAT-GTTCTTACTTTTTCT-T-TATTATAAGCTGTTGAT-GTCATANT-TTTCCCTGGACTGTGACGAAAATTGTCAATCTG---AAAAAATAC--GAAACAATGTTGTAGTGAAAATCTAAAAGTTGAAAGTAGTTTATCA-GTGTGGCAGTGACATT--TTCATCAGACTTTGGAAGC--TGCT--------------T-------------AATAGCA-----AGA----AAACTTTATTTTTACACATTTCCCTA
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|12 ): ATGTAAGCCAACAGTTACATCAGAACCTTTCTGACATAGTAATTAGGCTTTCAATCTGTACTTCCTCATGTAAGTCAACAGTACATAAGAACCTTTGTAACATAGTAATTAGGCTTTCAATCTGTACTTCCTCATGTAAGTCAACAGTACATAAGAACCTTTGCGACATAGTAATTAGACTTTCAGTATGTACTACCTCATGTAAGTCAACATTATATAAGGACCTTTGCGACATAGTATTAAGGCTTTCAGTATGTACTTC
Unaligned ( gi|19 ): ACAGCTTCCATACAGGGATAATGGGATATGAAAAATTACAATCTGCAAAACTCCTTTGAAAGAGTTGTGGTGGTCCTGTTTCATTGAATCTATATTTCTTCATATAAGTCAAAACTGTTATAAAGT
Unaligned ( gi|21 ): CTGCAAACATTCATTTGAAAGAGTTGTGTTGGTCCTGTTTTATTGAAACATAAAAGTCAACACTGGTATCAAGAGGATA
Unaligned ( gi|22 ): TCTGCAAAAATCCTTTGAAAGAGTTGTGGCAGTATTGCTTGATATAAGTCAACACTGTTATAAGGCAG
Unaligned ( gi|23 ): TGGCCCTACAGACTGGAATAGATCTGAAGGTCTAAAAAACAATGTTTCAATTTTACAATATGCACT






Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                         222222222222222222222222222222222                               44444444444444444                              11111             11                                                   5555555                    1111111    1111                                                                             22               111111                                                            111                    111111       222222222                                                                       4444444444444444    111111111              222               1111111                                  1111            111             3333                             222222222                                                                                                                 111                                            111111111111                                  11    8888888888888888888888888888       22222   2222                          
lowQualScore                  :                                                                                                                       0            44444            333 555555555555555555555555555555555      444444 444444   22   1   99999999999999999  44444           55 22       00000         55  55        55        66        1   11    99999  0  0  0000000  1    9999         5555555    1111               4    5 8  22      0                  0             2      4   00      6666     222222      4 2  4 8          0      6              1           0 000      66       5    999999       555555555   99          6666                              55  1          77 1   9999999999999999    999999999       0      000       0    1  8888888       1    8      6         2    2222 1   1 5    000  3          0000       3 4               0   222222222         3         6 0 5   66       3 4  3 888              9999     88 5  5                                     000  77    0  77    0     5   999              222222222222           1 77            0    3 11    5555555555555555555555555555       55555   1111                          
lowQualScore                  :                                                                                                                       .            .....            ... .................................      ...... ......   ..   .   .................  .....           .. ..       .....         ..  ..        ..        ..        .   ..    .....  .  .  .......  .    ....         .......    ....               .    . .  ..      .                  .             .      .   ..      ....     ......      . .  . .          .      .              .           . ...      ..       .    ......       .........   ..          ....                              ..  .          .. .   ................    .........       .      ...       .    .  .......       .    .      .         .    .... .   . .    ...  .          ....       . .               .   .........         .         . . .   ..       . .  . ...              ....     .. .  .                                     ...  ..    .  ..    .     .   ...              ............           . ..            .    . ..    ............................       .....   ....                          
lowQualScore                  :                                                                                                                       9            33333            000 333333333333333333333333333333333      888888 888888   22   6   44444444444444444  33333           00 88       00000         55  00        55        11        4   44    55555  2  9  8888888  4    4444         7777777    2222               4    0 1  22      2                  8             8      4   88      6666     888888      4 0  4 9          8      0              0           8 222      66       0    222222       000000000   22          5555                              11  9          99 8   5555555555555555    333333333       7      000       7    9  6666666       7    7      6         7    1111 4   4 7    000  6          0000       0 3               7   999999999         0         6 4 7   44       6 9  7 333              7777     00 7  7                                     000  11    7  99    7     0   333              333333333333           7 99            8    2 00    0000000000000000000000000000       00000   2222                          
consensus                     :                                                                                                                 GATGTCGTATAATGTAGAT-----CTCATACAATGT---T----------------G----------------ATCTCA------T------ACA--ATG-TTGT---------------ATC-----TCATACAATGT--T--TGTCTCC-----CTCATGTAA--TA--TGTAGCTG--ATATTTCATGCCGACTCCGCTACCCAGGTCAATTTTCATTT--A-AC-TTCCAAA----TTATTAAGC-----C-GGAG---CGTCTTAAATAGCCTG-AAAA-ATAAGAAACAATTTATTAGCTTGCTGATAATTAAAGATAATATCANAAAATA-TAAC-TAAAATGCTAAATAA------ATGTGT-AAAA-T-AGGACATGGTTCCTCATATTGTAATAGATGCATGAGCCAAAACAAAACGTTCAACTTAATACATGCTCT------ATAACACT------A-ATT--AAGTCAGACCAGCGAGTTTTATGTGTTTTGTTCTTCAAAAGTTATAAAATAATTACAGG--AATATAAT--AATT-AT----TTGA----T----CACTTACGAGAGTA---GAGTTGCCCAACAAT-------GTTTAAAGGAGTATAACTTNAGATACTAGCGTTT----CAAAAAT-ATTG---TTAGACATTTCAT----TAATAACCACAGTCACTTCTCTGTTGCAT---------TTATATAATNAGATGATGANTGT-AAT-GTTCTTACTTTTTCT-T-TATTATAAGCTGTTGAT-GTCATANT-TT-TCCCTGGACTGTGACGAAAATTGTCAATCTGAAAAAA---TAC-GAAACAA--TGTTGTAGTGAAAATCTAAAAGTTGAAAGTAGTTTATCA-GTGTGGCAGTGACATT--TTCATCAGACTTTGGAAGC--TGCT--------------T-------------AATAGCA-----AGA----AAACTTTATTTTTACACATTTCCCTA
Reference ( family-5429 )     :                                                                                                                 GATGTCGTATAATGTAGAT-----CTCATACAATGT---T----------------G----------------ATCTCA------T------ACA--ATG-TTGT---------------NTC-----TCATACAATGT--T--TGTCTCC-----CTCATGTAA--TA--TGTAGCTG--ATATTTCATGCCGACTCCGCTACCCAGGTCAATTTTCATTT--A-A--TTCCAAA----TTATTAAGC-----C-GGAG---CGTCTTAAATAGCCTG-AAAA-ATAAGAAACAATTTATTAGCTTGCTGATAATTAAAGATAATATCANAAAATA-TAAC-TAAAATGCTAAATAA------ATGTGT-AAAA-T-AGGACATGGTTCCTCATATTGTAATAGATGCATGAGCCAAAACAAAACGTTCAACTTAATACATGCTCT------ATAACACT------A-ATT--AAGTCAGACCAGCGAGTTTTATGTGTTTTGTTCTTCAAAAGTTATAAAATAATTACAGG--AATATAAT--AACT-AT----TTGA----T----CACTTACGAGAGTA---GAGTTGCCCAACAAT-------GTTTAAAGGAGTATAACTTNAGATACTAGCGTTT----CAAAAAT-ATTG---TTAGACATTTCAT----TAATAACCACAGTCACTTCTCTGTTGCAT---------TTATATAATNAGATGATGANTGT-AAT-GTTCTTACTTTTTCT-T-TATTATAAGCTGTTGAT-GTCATANT-TT-TCCCTGGACTGTGACGAAAATTGTCAATCTGAAAAAA---TAC-GAAACAA--TGTTGTAGTGAAAATCTAAAAGTTGAAAGTAGTTTATCA-GTGTGGCAGTGACATT--TTCATCAGACTTTGGAAGC--TGCT--------------T-------------AATAGCA-----AGA----AAACTTTATTTTTACACATTTCCCTA
gi|1                          :                                                                                                                 GATGTTGTAAAATGTAGAT-----CTAATACATTGG---T----------------G----------------GTCTCC------T------TTA--ATT-TTAT---------------TTC-----TCATA-AATAT--T--TGTCTCC-----CTGATGGAAAATC--TGTAGCTG--ATATTTCAAGCTGACTCCTCTATCCAGGTCAATTTTCATTTCAA-AC-TTCAAAA----TTATTAAGC-----A-GGAG---TGTTTCAAATAGCCTG-AAAA-A-AAAAAA-----TATTAGCTTGATGATAATAAAAGATAATATCACAAAACA-CAAT-TAAAATGCTAAATAA------ATGTGT-ATAA-TTAGGACAAAGTTCCTCATATTGTAATAGATGCATGAGCCAAAATAAACTGTTCAACATGATACATTCTCT------ATAACACT------A-ATT--AAGTCAGACCAGTGAGTTTTATATATTTTGTTCTTTAAAAGTTATTAAATAATTACAGG--AACA-AAC--AATTGATTTGATTGA----T----CAGTTACAAGAGTA---GAGTTGCCCAACAAT-------GTTTAAAGGAGAATAACTTCAGATACAAGTGTTT----CAAAAAT-ATTATACTT--ACATTTCAT----TAATAAC--CAGTCACTTCTCTGTTTCATTAAAAAAAATTATATAATAAGATGATGAATATAAAT-GTTCTTACTTTTTTT-T-TATTATAAGCTGTTGAT-GTCATATT-TT-CCCCTGGACTGTTACGAAAATTATCAATCTGAAAAAA---TAT-GAAACAA--TGTTGTAGTA-------AAAAGTTGAAAGAAGTTTA-CACGTGGGGCAGTGGCA-T--TTCATTAGACTTTGGAAAC--TGCT--------------T-------------AATAGCA-----AGA----AAACTTTATTTTTACACATTTTGCTA
gi|10                         :                                                                                                                   TGTTGTTTAACATAGAT-----CTCATATAATGCAGATCA--------------G----------------ATCTCA------T------ACT--ATG-TTG----------------ATC-----TCCCATAATGT--T--
gi|10                         :                                                                                                                 GATCTCATATAATGCAGATCAGATCTCATACTATGT---T----------------G----------------ATCTCC------C------ATA--ATG-TTG----------------ATG-----TTGTATAATGT--T--gatgttgtataatgttgatatcatatgatgttgttgtaaatcagatgtcatacaatgttgatctcatataatgtagatgccatataatgtagatctcatttaatgctatctcctatgcttttttttctcgtgtatatttgtctccctcatgtaatatgtagctgatatttaaagccgactccaccattcaggtcaattttcatttaaacttccacattatttagcaggagtatcttacaaagcctga
gi|10                         :                                                                                                   tgttgtttaacataGATCTCATACTATGTTGAT-----CTCCCATAATGT---T----------------G----------------ATGTTG------T------ATA--ATG-TTG----------------ATA-----TCATATGATGT--T--gatatcatatgatgttgttgtaaatcagatgtcatacaatgttgatctcatataatgtagatgccatataatgtagatctcatttaatgctatctcctatgcttttttttctcgtgtatatttgtctccctcatgtaatatgtagctgatatttaaagccgactccaccattcaggtcaattttcatttaaacttccacattatttagcaggagtatcttacaaagcctga
gi|10                         :                                                                              tgttgtttaacatagatctcatataatgcagatcaGATCTCCCATAATGTTGAT-----GTTGTATAATGT---T----------------G----------------ATATCA------T------ATG--ATG-TTGTTGTAA----------ATCAGATGTCATACAATGT--T--GAT---------CTCATATA----A--TGTAGATGCCATATgttgtaaatcagatgtcatacaatgttgatctcatataatgtagatgccatataatgtagatctcatttaatgctatctcctatgcttttttttctcgtgtatatttgtctccctcatgtaatatgtagctgatatttaaagccgactccaccattcaggtcaattttcatttaaacttccacattatttagcaggagtatcttacaaagcctga
gi|10                         :                                                                tgttgtttaacatagatctcatataatgcagatcagatctcatactatgttTGTTGTA-AAT-CAGAT-----GTCATACAATGT---T----------------G----------------ATCTCA------T------ATA--ATG-Taatgtagatctcatttaatgctatctcctatgcttttttttctcgtgtatatttgtctccctcatgtaatatgtagctgatatttaaagccgactccaccattcaggtcaattttcatttaaacttccacattatttagcaggagtatcttacaaagcctga
gi|10                         :               tgttgtttaacatagatctcatataatgcagatcagatctcatactatgttgatctcccataatgttgatgttgtataatgttgatatcatatgatgtGATGCCATATAATGTAGAT-----CTCATTTAATGC---T---------------------------------ATCTCC------T------ATG--CTT-TTTT---------------TTC-----TCGTGTA-TAT--T--TGTCTCC-----CTCATGTAA--TA--TGTAGCTG--ATATTTAAAGCCGACTCCACCATTCAGGTCAATTTTCATTT--A-AACTTCCACA----TTATTTAGC-----A-GGAG---TATCTTACAAAGCCTG-Aagatgccatataatgtagatctcatttaatgctatctcctatgcttttttttctcgtgtatatttgtctccctcatgtaatatgtagctgatatttaaagccgactccaccattcaggtcaattttcatttaaacttccacattatttagcaggagtatcttacaaagcctga
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   tgttgtttaacatagatctcatataatgcagatcagatctcatactatgttgatctcccataatgttgatgttgtataatgttgatatcatatgatgttgttgtaaatcagatgtcatacaatgttgatctcatataatgtaAT----AAATAACCACAGTCACTTCTCTGTTTCAT---------TTATATAATTAAATGATGTATAT-AATTGTTCTTACTTTTT-----TAGTATAAGCTGTTGAT-GTCATAAT-TT-TCCCTGGACTGTTACGAAGATTGTCAATCTG-AAAAA---TAT-GAAAGAA--TGTTGTAGTGAAAATCTAAAAGTTGAAAGTTG-TTATCA-GTGTGGCAGTGACAAT--TTCATTAGACTTTGGAAGC--TGCTTAATTCAACTTGAAT-------------AATGGCA-----AGA----AAACTTTATTTTTACATATTTCCCTA
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                              CA--ATG-TTTT---------------TTC-----TCATATA---T--A--TGTCTCC-----CTCGTGTTA--TA--TATAGCTG--ATATTTCATACCGACTCTGATACCCAGA--------CACTT-------TTACAAA----TTATTAAGC-----C-AAAA---CATCTTAAATAACCTG-AAAA-ATAAGAAACAATTTATTAACTTGCTGATAATTAAAGATAGTATCAGAAAATA-TAACATAAAATATGTAATAA------AATTGT-AAAA-T-TGGcatctacaatgtatttgtttattacag
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                   tt-TTTT---------------TTC-----TCATACA-TAT--T--TGTCTCC-----CTCATGTAA--TA--TATAGCTG--ATATTTCATACCAACTCTGATACTAAGAT--ACTTTTA-------------CAAA----TTATTAAGT-----C-AGAG---TGCCTTAAATAACCTG-AAAA-ACAAGGAACAATTTATTAACTTGCTGATAATTAAAGATAGCATCAGAAAATA-TAACATAAAATATGTAATAA------AATTGT-AAAA-T-GGGGCAgt
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                           T--T--TGTCTCT-----GTCATGTAA--TA--TATAGCTG--ATATTTCATACCAACTCCGCTACACTGATC------CTTTT--A-------CAAA----TTATAAAGC-----C-AGAG---TGTCTTGAATAACCTG-AAAA-ATAAAAAACAATTTATTAACTTGCTGATAACTAAAGATAGTATCAGAAAATA-TAACATAAAATATGTAATAA------AATTGT-AAAA-T-GGGGCA
gi|16                         :                                                                                                                      aGTCTAAT-TAAGT-----CTCATATAATGT---T----------------G----------------ATGTCA------T------ATA--ATG-TAG----------------CTC-----TCATACAATGT--T--GATCTC
gi|16                         :                                   acaaagttctaaaattgtaatgtttagattaacagcctttaaatgatttaacagtgttttttttctcttatattttctGATGTCATATAATGTAGCT-----CTCATACAATGT---T----------------G----------------ATCTCA------T------AAA--Aataaaa
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                   acaaagttctaaaattgtaatgtttagattaacagcctttaaatgatttaacagtgttttttttctcttatattttctgtctaattaagtctcatataatgttAAA----TGAATGAAC-----C-AGAA---GATCTTA--TAACCTG-GAAG-AGAA--AACAATAGCTTAACTTGCAGATAATTGAAGAAAATATCATAAAATC-TTAC--AAAGTCTTAAATAATTAAATATGCAT-AAAG-T-AGG
gi|18                         :                                                                                                                                                                          tatcctgatgtttttagTCTCA------T------ACA--ATG-TCA----------------GTC-----CCATATAATGgta
gi|18                         :                                                                                                                                   T-----CTCATACAATGT---C----------------A----------------GTCCCA------TATAATGACA--ATA-TAAT---------------ATC-----TCATAacaatataatatctcataatatcatgacagttccgtataatgacaatattgtgtcgtataattatgatatatggaagtcttataataatgacagtctcatataa
gi|2                          :                                                                                                                                AGAT-----CTCATACAATGT---T----------------G----------------TTGTTG------T------ATG--ATG-TAG----------------ATC-----TCATACAATNN--N--NNNNNNNAAGATCTCATACAA--TGT-TGTTGTTG---TATatatcatgacagttccgtataatgacaatattgtgtcgtataattatgatatatggaagtcttataataatgacagtctcatataa
gi|2                          :                                                                                                                ttaTGTTGTATGATGTAGAT-----CTCATACAATNN---NNNNNNNNAA-------G----------------ATCTCA------T------ACA--ATG-TTGTTGTTGTATGATGTAGATC-----TCATACAATGT--T--GGTTTCgatgtagatctcatacaatgttggtttcatacaatgttgacgttgtataatgtagatcaaatattggtggtctcctataattttatttctcataaaaatctgtctccctgatgtaataattgaagctgatatttcaattcggttcctctatccaggtcaattttcatttcaaacttcaaaattattaagcagaagaagtgttttaaatagcctgaaaaaaagaaacaagttattagcttgatgaaaataaaagataatatcacaaatcacaattaagatgctaaataaatgtgtacaattaggacatagttcctcatattgtaatagatgcttaagccaaaataaaatgttcaacttgattcatctctataatactttaaaaatattaagtcagacaagtgagttatatatattttgttctttaaaagttataaattaattacaggcatataatgtatttatttaattaatcagttacaagagtagagttgcccaataatgtataaaggagtataacttcagatactaatgttttaaaaatattatccgacatttcatt
gi|2                          :                                                                                             ttaagatctcatacaatgttgtTGTTGTATGATGTAGAT-----CTCATACAATGT---T----------------G----------------GTTTCA------T------ACA--ATG-TTG----------------ACG-----TTGTATAATGT--atacaatgttgacgttgtataatgtagatcaaatattggtggtctcctataattttatttctcataaaaatctgtctccctgatgtaataattgaagctgatatttcaattcggttcctctatccaggtcaattttcatttcaaacttcaaaattattaagcagaagaagtgttttaaatagcctgaaaaaaagaaacaagttattagcttgatgaaaataaaagataatatcacaaatcacaattaagatgctaaataaatgtgtacaattaggacatagttcctcatattgtaatagatgcttaagccaaaataaaatgttcaacttgattcatctctataatactttaaaaatattaagtcagacaagtgagttatatatattttgttctttaaaagttataaattaattacaggcatataatgtatttatttaattaatcagttacaagagtagagttgcccaataatgtataaaggagtataacttcagatactaatgttttaaaaatattatccgacatttcatt
gi|2                          :                                  ttaagatctcatacaatgttgttgttgtatgatgtagatctcatacaatnnnnnnnnnnaagatctcatacaatgttgtGACGTTGTATAATGTAGAT-----CAAATAT--TGG---T----------------G----------------GTCTCC------T------ATA--ATT-TTAT---------------TTC-----TCATAAAA-AT--C--TGTCTCC-----CTGATGTAA--TAATTGAAGCTG--ATATTTCAATTCGGTTCCTCTATCCAGGTCAATTTTCATTTCAA-AC-TTCAAAA----TTATTAAGC-----A-GAAGAAGTGTTTTAAATAGCCTG-AAAA-A-AAGAAACAAGTTATTAGCTTGATGAAAATAAAAGATAATATCACAAATCA-CAAT-TAAGATGCTAAATAA------ATGTGT-ACAA-TTAGGACATAGTTCCTCATATTGTAATAGATGCTTAAGCCAAAATAAAATGTTCAACTTGATTCAT-CTCT------ATAATACTTTAAAAATATT--AAGTCAGACAAGTGAGTTATATATATTTTGTTCTTTAAAAGTTATAAATTAATTACAGG--CATATAATGTATTT-AT----TTAA----TTAATCAGTTACAAGAGTA---GAGTTGCCCAATAAT-------GTATAAAGGAGTATAACTTCAGATACTAATGTTT----TAAAAAT-ATTA---TCCGACATTTCAT----Tagatcaaatattggtggtctcctataattttatttctcataaaaatctgtctccctgatgtaataattgaagctgatatttcaattcggttcctctatccaggtcaattttcatttcaaacttcaaaattattaagcagaagaagtgttttaaatagcctgaaaaaaagaaacaagttattagcttgatgaaaataaaagataatatcacaaatcacaattaagatgctaaataaatgtgtacaattaggacatagttcctcatattgtaatagatgcttaagccaaaataaaatgttcaacttgattcatctctataatactttaaaaatattaagtcagacaagtgagttatatatattttgttctttaaaagttataaattaattacaggcatataatgtatttatttaattaatcagttacaagagtagagttgcccaataatgtataaaggagtataacttcagatactaatgttttaaaaatattatccgacatttcatt
gi|20                         : ttaagatctcatacaatgttgttgttgtatgatgtagatctcatacaatnnnnnnnnnnaagatctcatacaatgttgttgttgtatgatgtagatctcatacaatgttggtttcatacaatgttGTTGGT-----TCCATACAATGT---T----------------G----------------ATGTTG------T------ATA--ATG-TAG----------------ATC-----TCATACAATGT--TGATGTC
gi|20                         :                                                                                                                 GATGTTGTATAATGTAGAT-----CTCATACAATGT---T----------------G----------------ATGTCA------T------AAA--ATG-CAG----------------ATG-----TCGTATAATGT--ataaaatgcagatgtcgtataatgtagatctcatagtattacaatgttggtgtcatatgatttag
gi|20                         :                                                                                              gttggttccatacaatgttGATGTCATAAAATGCAGAT-----GTCGTATAATGT---A----------------G----------------ATCTCATAGTATT------ACA--ATG-TTG----------------GTG-----TCATATGATagatctcatagtattacaatgttggtgtcatatgatttag
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      gttggttccatacaatgttgatgttgtataatgtagatctcatacaatgttAGTTTTATGTGTTTTGTTCTTCAAAAGTTG-------------GG--ATTATA----------------CGA----T----CACTTATGAAAGTATAAGAGTTGAGCAACTAT-------ATTTAAATGAGT-TAATTTAGGATACTAGCATTT----CAAAA-T-ATTG---TTAGACATTTCATAATATAATAACCACAGTCACTTCTCTGGTGCAC---------TTATACAACAAGATAGTGACTGT-AAT-TTTCTTAC---TTCT-T-TATTATAAACTGTTGTA-GTCATAATATG-TTCCTGGACTGTGATGAGAATTGTCAATCTGAAAAAA---TACAAAAAAAA--TGTTGTACTG---AT----AAGTTAGAAGTA------------TGGTGGTGATATT--TTAATCAGACTttag
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               T------ATAAAAC---------ATC--AAGTTAGTCTTGCGAGTTTTATGTGTTTTGTTCTTCAAAAGTTATAGAATAATTATAG-----TATTAT--A-----------TGA----T----CACTTACGAAAGTATAAGAATTGAACAACTAT-------ATTTAAATGAGT-TCATTTAGGATACTAACATTT----CCAAAAT-ATTG---TTAGACTTTTCATAATATAATTACCACAGTCACTTCTCTCGTGCAC---------TTATACAATAAGATAGTGATTGC-AAT-TTTCTTACTT---CT-T-GATTATAAACTGTT-ATAGTCATAAT-ATATTCCTGGACTGTGACGAGAATTGTCAATCTGAAAAAAAAATAC-AAAAAAAAATGTTGTACTGAAAA-------GTTAAAAGTA------------TGGTAGTGACATT--TTCATCAAACTgttcaattaattttaacttatataacaaccatgctgcttcaagtttggagaaaaaattatatttttatatcattacactggtttgtatattacaactacaatactgaagtatgacaaattataatctgtaagaatctttgaaagacttatggacctgatttatagaaaaattggaaggattctgtacttcctcatttaagtcaacagtacagaagaacctttgtgacatagtaattaggctttcagtctgtatttcttcatgtaaggcaac
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 t-TAA--TAAAATACTAAATAA------ATGTGT-AAAAAT-AGGACATGGT-CCTCAT---GTAATAGATGCATGAGATGAAACCAAAGTTTCAACT-AACACATGCTCTTATATAATAACACC------A-ATT--ACGTCAGACCAGC--------------------TTCAAAACGTATGAAATAATTACAGGCAAATATAAT--AATTGAT----TTGACCGAT----CACTTACAAAATTA---GAGTTGCCCAACAATAATCACAGTTTAAAA-AGTTTAACTTTAGATATT----TTTATAACAAAAATTATAA---CTAAAGGTTGTGTGTC-TAACA-CTA-AGTTACTTCTCTGTTGCAT---------TTATATAATTAGACAATGAATGT-AAT-GTTCTTACTTGTTTT-T-TAT---AAGCT--------TCATCTT-TT-TCCCTGGACTGTGATGAAAAATGTCAACCTGAAAAAA---TAT-AAAACAA--TGTT-TAGCGAAAATCTAAAAGTTGAAAGTAGTTAATCA-GTTTGGTAGTGACATT--TTCATCAGATTTTGGAAGCTATGTT--------------T-------------AATgttcaatttaatttaacttgtataacaaccatgcagcttcaagtttagagaaaatattatatattttatttcattacattggtttgtatattacaactaccatactgaggtatgacaaattataatctgtaagaatttttgaaagacttatggacctgatttatacaaaaattggaagcattcggtacttcctcatgtaagtcaacagtacctaagaacctttgtg
gi|6                          :                                                                                                                             actacAT-----CTCATACAATGT---T----------------G----------------TTGTCT------T------ATA--ATG-AAG----------------ATC-----TCATAC-ATGT--T--TGTtcaacttaaataacagccatggaggaaacttt
gi|6                          :                                                                                                                  ATCTCATACAATGTTGTT-----GTCTTATAATGA---A----------------G----------------ATCTCA------T------AC---ATGTTTGTGATTTATAATGAAG-ATC-----TCATACAATGT--T--GGTCTCgatttataatgaagatctcatacaatgttggtctcatacatgctgttgtcttattatgaagatctcatacaatgttgttgtcttataatgaagatctcatacatgttgttgtcttataatgacgatctcatacaatgttggtctcatacaatgccgtttctcaaacatatttatctccctcatgcagctgatattatatgccaactatgctatccaagtcaactttcacttatactttcatatgtcttacaaagctggagtgtcttaaatagtctgaaaaaataagacaatgcattagcttgctgataattaatgataatataataaatgggtaaaaatagtacatggttcttcattttgtaatagatgcaagagccaaaacaaatacaggctttataacactaattaaaagtcagatcagttttatgtgttttgttcttcaaataattacagga
gi|6                          :                                                                                                                   TGTCTTATAATGAAGAT-----CTCATAC-ATGT---TTGTGATTTATAATGAAG----------------ATCTCA------T------ACA--ATG-TTG----------------GTC-----TCATAC-ATGCTGT--TGTCTatacatgctgttgtcttattatgaagatctcatacaatgttgttgtcttataatgaagatctcatacatgttgttgtcttataatgacgatctcatacaatgttggtctcatacaatgccgtttctcaaacatatttatctccctcatgcagctgatattatatgccaactatgctatccaagtcaactttcacttatactttcatatgtcttacaaagctggagtgtcttaaatagtctgaaaaaataagacaatgcattagcttgctgataattaatgataatataataaatgggtaaaaatagtacatggttcttcattttgtaatagatgcaagagccaaaacaaatacaggctttataacactaattaaaagtcagatcagttttatgtgttttgttcttcaaataattacagga
gi|6                          :                                                                                                       atctcatacaatgttgtTATAATGAAGAT-----CTCATACAATGT---T----------------G----------------GTCTCA------T------ACATGCTG-TTGTCTTATTATGAAG---ATC-----TCATACAATGTTGT--TGTCTtattatgaagatctcatacaatgttgttgtcttataatgaagatctcatacatgttgttgtcttataatgacgatctcatacaatgttggtctcatacaatgccgtttctcaaacatatttatctccctcatgcagctgatattatatgccaactatgctatccaagtcaactttcacttatactttcatatgtcttacaaagctggagtgtcttaaatagtctgaaaaaataagacaatgcattagcttgctgataattaatgataatataataaatgggtaaaaatagtacatggttcttcattttgtaatagatgcaagagccaaaacaaatacaggctttataacactaattaaaagtcagatcagttttatgtgttttgttcttcaaataattacagga
gi|6                          :                                                              atctcatacaatgttgttgtcttataatgaagatctcatacatgtttgtgattTGTCTTATTATGAAGAT-----CTCATACAATGT---T----------------GTTGTCTTATAATGAAGATCTCA------T------AC---ATG-TTGT---------------tataatgaagatctcatacatgttgttgtcttataatgacgatctcatacaatgttggtctcatacaatgccgtttctcaaacatatttatctccctcatgcagctgatattatatgccaactatgctatccaagtcaactttcacttatactttcatatgtcttacaaagctggagtgtcttaaatagtctgaaaaaataagacaatgcattagcttgctgataattaatgataatataataaatgggtaaaaatagtacatggttcttcattttgtaatagatgcaagagccaaaacaaatacaggctttataacactaattaaaagtcagatcagttttatgtgttttgttcttcaaataattacagga
gi|6                          :                    atctcatacaatgttgttgtcttataatgaagatctcatacatgtttgtgatttataatgaagatctcatacaatgttggtctcatacatgctgtTGTCTTATAATGACGAT-----CTCATACAATGT---T----------------G----------------GTCTCA------T------ACA--ATG-CCGT---------------TTC-----TCAAAC-ATAT--T--TATCTCC-----CTC---------A--TGCAGCTG--ATATTATATGCCAACTATGCTATCCAAGTCAACTTTCACTT--ATAC-TTTCATATGTCTTACAAAGC-----T-GGAG---TGTCTTAAATAGTCTGAAAAA-ATAAG--ACAATGCATTAGCTTGCTGATAATTAATGATAATAT-------------------------AATAA------ATGGGTAAAAA-T-AGTACATGGTTCTTCATTTTGTAATAGATGCAAGAGCCAAAACA-------------AATACAGGCTTT------ATAACACT------A-ATTAAAAGTCAGATC----AGTTTTATGTGTTTTGTTCTTC----------AAATAATTACAGG--Atgtcttataatgacgatctcatacaatgttggtctcatacaatgccgtttctcaaacatatttatctccctcatgcagctgatattatatgccaactatgctatccaagtcaactttcacttatactttcatatgtcttacaaagctggagtgtcttaaatagtctgaaaaaataagacaatgcattagcttgctgataattaatgataatataataaatgggtaaaaatagtacatggttcttcattttgtaatagatgcaagagccaaaacaaatacaggctttataacactaattaaaagtcagatcagttttatgtgttttgttcttcaaataattacagga
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    atctcatacaatgttgttgtcttataatgaagatctcatacatgtttgtgatttataatgaagatctcatacaatgttggtctcatacatgctgttgtcttattatgaagatctcatacaatgttgttgtcttataatgaagatctcatacatgttgtAAAGTA---CAGTTGCACAACCAT-------GTTTAAAGGA-TATAGCTTAAGATACTAGTGTTT----C--------TTA---TTACACATTTTAT----GAATAA--A------------TGTTGAAT---------GTA---------ATGTTGA-----AA---CTCCTACCTTTTCTATGTATTACAAGCTGTTG-T-AGCAT-GT-TA-TTCTTGGATTGTGATGAAAACTGTCAATCTGAAAAAA---TAT-GAAACAA--TGTTCTAGTAAAAATCTAAAAATTGAAAGTAGTTTATCA-ATATATCAGTTACATT--TTCATCAGACTTTGATAGC--TGCC--------------TCTAATTCAACTTGAATAACAGCCATAGAGTTGAAACATTATTTTTATACATCTCCCTA
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                        ATGT--A--CGTCTCC-----CTCATGTAA--TAATTGTAGCTG--A----TCAT-----------------------TTTACATTT--A-AAATTCCTGA----TTATTAAGCAGGAGCAGGAG---CATCTTAAATGGCCTG-AAAATATAAGAAACAATTTATTAGCTTGCTGATAATAAAAGATAATATCACAAAATAATAA--TAAAGTGCTAAATAG------ATGTGT-A-------GGTCATGGTTCCTCATATTGTAATAGACACAGGAGCCAAAACAAAACATTCAACTTAATACATGCTCT------ATAGCACT------G-ATT--AAGTCAGGTCATTGAGTTTTATGTGTTTTATTCTTCAAAAGTTATAAATCAATTACAGG--AGCAT-AT--AACT-GA----TTGA----T----CACTTACAAGAGTA---GAGTTGCCCAACAAT-------GTTTAAAAGAGTATGATTT-------TAGTGTTT----CAAAAAT-ATTG---TTGGACATTTTAT----TAATAACCACAGTCAATTTTCTGTTTCAT---------TTATATAATGAGATGATGATTAT-AAT-GTTCTTACGTTTTcagatatttgtattttacagctgccatacaggggtaatggggtatgacaaattaaatctgcaaaagtcctttgaaggagttgtggtggtcctgttttattggaacagtggaagaattctatatttcctcatataagtcaatactggtatcaatcaagtagataagaac
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               ATAAGCCGCTGAT-ATCATA-T-TT-TCCCTGGACTGTGACAGAAATTGTCAATCTGATAAAA---TAT-GAAACAC--TGTTGTAGTGAAATTTTAAATGTTAAAACTAGTTTATCA-GTGTGGCAGCTGC-TTAATTCA----ACTT--GAA----------------------C-------------AATAGCA-----AGA----ATAATTTATTTTTATACATTTCCCTA
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|12 ): ATGTAAGCCAACAGTTACATCAGAACCTTTCTGACATAGTAATTAGGCTTTCAATCTGTACTTCCTCATGTAAGTCAACAGTACATAAGAACCTTTGTAACATAGTAATTAGGCTTTCAATCTGTACTTCCTCATGTAAGTCAACAGTACATAAGAACCTTTGCGACATAGTAATTAGACTTTCAGTATGTACTACCTCATGTAAGTCAACATTATATAAGGACCTTTGCGACATAGTATTAAGGCTTTCAGTATGTACTTC
Unaligned ( gi|19 ): ACAGCTTCCATACAGGGATAATGGGATATGAAAAATTACAATCTGCAAAACTCCTTTGAAAGAGTTGTGGTGGTCCTGTTTCATTGAATCTATATTTCTTCATATAAGTCAAAACTGTTATAAAGT
Unaligned ( gi|21 ): CTGCAAACATTCATTTGAAAGAGTTGTGTTGGTCCTGTTTTATTGAAACATAAAAGTCAACACTGGTATCAAGAGGATA
Unaligned ( gi|22 ): TCTGCAAAAATCCTTTGAAAGAGTTGTGGCAGTATTGCTTGATATAAGTCAACACTGTTATAAGGCAG
Unaligned ( gi|23 ): TGGCCCTACAGACTGGAATAGATCTGAAGGTCTAAAAAACAATGTTTCAATTTTACAATATGCACT