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Reference ( gi|1 )            :                                                                                                                                                                                                               AACTTT-TAACAATCTCCATTAAGAT---AAA------T-----TCACAGTA----TAACGCAACAT-TTTGA-CA--A-GA--TG---TGGAGGAGG----TT-AA---CACAC-TCT-CATA----TCACT-CTTGTAACAAT---TGTTTGCAATTCAGTTGAAAAAAAATAT-TATAATGATGTATATATGACTAA---GGTAGCT--ATAGTATCCACATAACTCTAATCGATATATATTT-AG--AGTGATTCTTCCATTTTGAATTTTGCAA--AT----TACATACGTACAGTGCTCCAGATAAC-GTTT---TTGATAAGAGGGTATTTTATCC-CCAAA--ATTGAA-AAGAT---------TG-GG---GTA----------TTCATATCTA--AGCCTTTCCGAGGTGAGGGTAT-GAAA-CATTCA--GTCGTAAGATACATTAA-AA----A--TCA-TTA-AAAA-TGTATTTTAAACAA-CGTT-TTTCA--TA-----TTTAAG---TTCAGAAAATATGTATTG-G-AGGAGTAACTTTAC-GCCAAACTGTTAAAAGTA---AGGG--------G-TAAATTTACCTCCATTTTTTGAAAATTAAGGGGTA-TTTAGCTAAAGCATATGAGAGTAAAATA--------CCATCAAAATGACCTTATCAGGGCCAC
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gi|4                          :                                                                                                                                                       gtgcgnnnnnnnnnnatgatacaatatatgacaaacagtgcaatatataggtgacaAACTTC-TAACACTATGCGAAAAGAT---AAA------T-----TCACTGTA----TAACACAAAGA-TTCGA-CA--G-CAT-TT---TAGAGAAGG----TA-AAT--CACAG-ACT--A-A----TTATT-CTTATAACAAT---TGTTTGTAATCCATTAGAAAACA---AT-TATAAAGCTTTTTGT-------A---GATAGTTTAATAATGTATACGTTA----AATCGATGTTTACTC-AACTAGTGATttatgccatgcaacttaatgatatacgatatgttcccatgtaaaaagaaacaaaatattcactatggtaaaacattgcgattcacacacatg
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gi|3                          :                                        aagtgacaagtgttttaaggaagccgtgatccattgttgtgcaagacggagttcaataacataaaatattagtttgatagttttagtcagcacattcaaaaacggtttaaaaaatccgcgaggacaagctacataatatacttatatggcagacagtgcattatacaAACTTA-TAACAATATTCATAAAG-------------------------GTA----CAACACAACAT-TTTAA-CC--T-----TT---TGGAAACGG----TT-AA----ACACATCT---TA----TTACT-CT------------------------AG----AAGAAACTAT-TATAATGCCCTATATG-GAC--A---ATTAATT--AAAATA-----AT-ATTTTAATCTATGTCTGTTT-AA--AGTCATTCTTTCTTTTTCCATATTACAA--ATTCAGTACAT--GTATGATAATCTACATAGT-ATTT---agcttgtttaaaaactttacaaaaatggtagatctttcttaaatagataataattgtttact
gi|6                          :                                                                                                                                                 atgcttttaagctcatgataacaagttacatgctgcacttacagtgcaataaatatgtgacaAACTTTCTAACAATATTGATAAGGAA---AAAATCAAGT-----TTATATTAACATTAACACAGCAT-TTTAT-CATCA--A--TT---TTGATAATG----AT-AAATTTACGC-T----ATA----TCACT----GTATCAAAACATGTTTGTAACCTAGT---AGAAAACCAT-TATAATACTCAATAT-TGAC----------ATT--TTAGTAATGA-ATGCTTTTAATCGATGTTTATAT-AA--AATGATATTCTCATTTTAAAGAGTACAC--AT----TACATAatctgttttatagcctgaaaactttgaacgtccaactattatttaccaaaacataaaaagaaaagaaagcagccggtatttacatattcatactcatagatatatatcatatacaaaacagggtgtgcttaaactg
gi|17                         :                                                                                                                         ttagttaaggtattatgaaacaaattccaaaaggctgaggacacgcttttcatacacttgtatgataaacagtgcaatatgcaaatgatTTC-TAACAATGTTCATTGAGATAA-AAA------TG----TCACAATA----TAA--CAACAT-TTTGA-CA--T-GA--CGTTTTGG-GAATG----TTAAA---CACAC-ACT--ATA----GTA---CTTAAAACAAT---TGTTTGTAGT--AGAC-AAGAAAAATGT-TATAtatgataatttgagtatcaaatatcaatattataactctcaaccttgatattctaactataacttacaaa
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                       AACA-TATTTATTAAGGT---ACA------T-----TTACAGTA----TGATATAACGT-TTTGA-CA--G-GAT-TT---TGGAACCGGGTACTT-AA----ATGC-TATGCATAACTGTTATT-TTTGTAATAAttat
gi|13                         :                                                                                                                                    agtccgataattgatagttttattcatcaaattccaaaaggctttaaagtccattgggacaagctacataatacaatatatgacaCAGTATTCATTAAGAT---AAA------T-----TCACTGTA----CGACAAAAAAA-ATTGA-AA--A-GAT-TT---TGGAGAATG----TT-AA----ACAC-ACA-TATA----CTACTACATGTAataactttaatcggtgtttacttaaagtgattctttcattttgaatattacaaattacatgtatgataaaaataggtatcaattagtataactagcaacctttgaacttcttactattatcaaaaaaaaacaactgaaaacaagctacattgacatatttgaagatatat
gi|23                         :                                                                                                        tatgatagtttgatagtcctattcaacaaactgcagaagcttttaaaaagcatatgaggacaagctccatactacatttctatggcagacagtgcaatattcatccaatatacttgtgtcgcacttctt---AGA------T-----TCACTGTA----TAACAC--CAT-TTTGA-CA--C-GAT-TT---TGGAGAAGG----TTAAA---CACAC-AC--CATA----TTACT-Ctatatcattaacaaaagaa
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                 TA----TAATACAGCATGTTTGAACA--A-CAATTG----GGAGATGG----TTGAA---CACAT-ACT--ATA----TTACT-CTTATAGCAAT---TGTTTGAAATCTAGTAGAAAAAAAAAATCTATAATG-CCCA---ACCATCGA---GAT---T--TTAGTAACGA-ATGACTTTAAACCATGTCTATTTCAG--A-TGGTTCGTTCATTTTGAATATT
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       tttagtgtagttatttgcttaacattctctacaaggcttatgacaagctacatgatacacttgtatgacagataaagcaatatgcattgccaaattttaaacatagatttaatgtatgcATAACTTTAATCGGTGTTTACTT-AA--AGTGATTCTTTCATTTTGAATATTACAA--AT----TACATatcaatgtgatgtttgattagccactatcaagaatctgtattataacctacaacgtttgaaattctaactattaattacaaaaaagcacacacaaaatatttacatataaacagattaaacacacataaaaaggatgctcgataaacc
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             agtccgataattgatagttttattcatcaaattccaaaaggctttaaagtccattgggacaagctacataatacaatatatgacaaacatatttattaaggtacatttacagtatgatataacgttttgacaggattttggaaccgggtacttaaatgctatgcataactgttatttttgtaataaACAGAGCCCCAGATAAC-TTTTGTTTTGATTAGAGAGTTGTTGAGCA-CCAAA--TTTGAA-AAgtatgataaaaataggtatcaattagtataactagcaacctttgaacttcttactattatcaaaaaaaaacaactgaaaacaagctacattgacatatttgaagatatat
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             CCCCAGATAAC-TTTT---TTGATAAGAGCGTAATTTACCC-CCAAA--AT--AATAAAAC---------TGAGA---GTA----------TTCAACTCCC--AGATTTTCAGAGATATGGGCAA-GAAAGCATAAA--GTT-TACGATATTTTCATAT----ATTTCAGTTA-AAAACTGTACTTTAAtgaggaagaagtgtttgctcccaaacagacat
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 AGTTAGC-TTTT---TTGATAAGAAGGTATTTTA--C-ACAAAACATTGAA-AAGAT---------GG-GG---GTA----------TTTAcatacataatatgatttaggtttaataatttacaagggtctacaagatataagtaatacattctaaacaaggtttttcatattttggtataaaaattttgtttgagaggagtaacttttccccctatttttaaagcaaaggggttaaattaacctccaatttagctaaaccatgagggtaaaatacccccaaaatcacctaatcagggcta
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gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   cagagccgaT---TTAGTAAGAGAGTGATATACCC-CCACA--ATGGAA-AAGGTGGAGGTGAGTG-GGTGGGTG----------T--ATAACTACCAGATTTTTAGATATGCAGGTAAAGAAG-CA--CAACGTC-TAAGATACATTGC-AATCCTAC-TTA-TTGCAAAA-TAT-TTTCATATAAATATTATTTCA---G-----TTAAAAACTTTNNNNNNNNNNNNNNNN-N-NNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNTTTGACTG-TAAGTTTACTCCCATTTT--GAAAATAAAGGGATATTTTAGCTAAA-CATTT--GGGTAAAATA--------CCCCCAAAACCACCTT-T--GGGCCt
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gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             AA-TACATTCTAAACAA-GGTT-TTTCA--TA-----TTTTGG---TATAAAAATTTTGT-TTGAG-AGGAGTAACTTTTC-CCCCTATTTTTAAAGCAA---AGGG--------GTTAAATTAACCTCCA--------------------A-TTTAGCTAAACC--ATGAGGGTAAAATA--------CCCCCAAAATCACCTAATCAGGGCTtgggc
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       ccccagataacttttttgataagagcgtaatttacccccaaaataataaaactgagagtattcaactcccagattttcagagatatgggcaagaaagcataaagtttacgatattttcatatatttcagttaaaaactgtactttaacatacataatatgatttaggtttaataatttacaagggtctacaagatataagtAAAAAACGT-TTG-GTAAGA-CAACTTTATTGCCCAACTTCTAAGGGTA---GGGA--------G-TAAATTTACCTCCA-ATTTTGAAAA-TAAGGGATA-TTTAGCT-AAGTG-ATGAGGGTAAATTACTGGTACCCCA-CAAAATCATCTCTTCTGGACAAC
6 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
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Reference ( family-518 )      :                                                                                                                                                                                                               AACTT-CTAACAATATTCATT-----------AAGAT-AAA------T-----TCACNGTA----T-----AACACAACAT-TTTGA-CANGA--TTTTGGAGAAGG----TTAAACAC-ACAC-T-A--TATTACT-CTTGTAACAAT---TGTTTGTAATCTAG-T--AAGAAAAATAT-TATAATGCCCTA-TAT-CGAC--AGAT-----AATTNTAGTAACGA-ATGACTTT-AATCGATGTTTATTTAA--AGTGATTCTTTCATTTTNAATATTACAAATT--ACATATGTACGATANCCCAGATAAC-TTTT---TTGATAAGAGAGTAATTTACCC-CCAAAATTGAAA---AGGTNGGGGTG----------TTNATAACTACCAGATTTTTAGATATGCGGGTAAAGAAGCA--CAACGTC-TAAGAT---ACATTGCA---ATCCTACT--TATTGCAA-AA-T----ATA-TTTCANATAAATATTATTTCA--TA-----TTTNGGTNTAAAAANNNCGT-TTG-G-AGGAGCAACTTTNC-GCCCNACTTCTAAGGNNA----A---GG-NG-TAAGTTTACCCCCA--TTTTGAAAATAAAGGGATATTTTAGCTAAA-CGTNTGAGGGTAAA------ATACCCC-CAAAACCACCT--T-TC-GGGCNAC
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gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               AATTTACCC-CCTAAGTAGTAA---AAATGGGGGTA----------TTCAT--CTCCCAGAT--------ATG--GGTAAGGAAGCA--TAAAGTT-TAAGATAAGATATTA-------CTTACCTGTATTGTAAGAA-TGAGAAT--TTTCATATAt
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                  TT-CTAACAATGTTCATT-----------GAGAT-AAAAA----TG----TCACAATA----T-----AACA--ACAT-TTTGA-CATGACGTTTTGG-GAATG----TTAAACAC-ACAC-T-A--TAGTA---CTTAAAACAAT---TGTTTGTAG--TAGAC--AAGAAAAATGT-TATAtttcagttaaagactgtact
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                CCCAGATAAC-TTTTGTTTTGATTAGAGAGTTGTTGAGCA-CCAAATTTGAAAATGAGGAAGAAGTG----------TTttat
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                acagagcAGCAATATGCATTGCCAAATTTTAAACAT-AGA------T-----TTAATGTA----TGCTATAATACAGCATGTTTGAACAACA--ATTGGGAGATGG----TTGAACAC-ATAC-T-A--TATTACT-CTTATAGCAAT---TGTTTGAAATCTAG-TAGAAAAAAAAAATCTATAATGCCCAACCAT-CGA------------GATTTTAGTAACGA-ATGACTTT-AAACCATGTCTATTTCA--GATGGTTCGTTCATTTTGAATATTATCAATtgctcccaaacagacat
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        tttagtgtagttatttgcttaacattctctacaaggcttatgacaagctacatgatacacttgtatgacagataaAGTTAGC-TTTT---TTGATAAGAAGGTATTTTACAC-AAAACATTGAAA---AGATGGGGGTA----------TT--TAACTCCCAgtgatgtttgattagccactatcaagaatctgtattataacctacaacgtttgaaattctaactattaattacaaaaaagcacacacaaaatatttacatataaacagattaaacacacataaaaaggatgctcgataaacc
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   aGGTAAGGGTGTGATTTATCC-CCAAATATAAAA---AGCTGGGAATA----------TT--TTACTCTCATATTTTCAAA
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                                   g-AGA------T-----TCACTGTA----T-----AACAC--CAT-TTTGA-CACGA--TTTTGGAGAAGG----TTAAACAC-ACAC-C-A--TATTACT-Cgac
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   AGATAAC-TTTT---T-GATAATAAGGTAATTTACCCTCCAAAATT
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                      cagagccgaAACTT-ATAACAATATTCATA-----------AAG-----------------------GTA----C-----AACACAACAT-TTTAA-CC-----TTTTGGAAACGG----TTAAACAC-AT-C-T----TATTACT-CT------------------------AG----AAGAAAC-TAT-TATAATGCCCTA-TAT-GGAC--AATT-----AATTAAAATAAT------ATTTT-AATCTATGTCTGTTTAA--AGTCATTCTTTCTTTTTCCATATTACAAATTCAGTACATGTATGATAATCTACATAt
gi|4                          :                                                                                                                                                 atgcttttaagctcatgataacaagttacatgctgcacttacagtgcaataaatatgtgacaAACTT-CTAACACTATGCGAA-----------AAGAT-AAA------T-----TCACTGTA----T-----AACACAAAGA-TTCGA-CAGCA--TTTTAGAGAAGG----TAAATCAC-AGAC-T-A---ATTATT-CTTATAACAAT---TGTTTGTAATCCAT-T---AGAAAACAAT-TATAAAGCTTTT-TGT-------AGAT-----AGTT-TAATAATGT-AT-ACGTTAAATCGATGTTTACTCAACTAGTGATgtatttatctgttttatagcctgaaaactttgaacgtccaactattatttaccaaaacataaaaagaaaagaaagcagccggtatttacatattcatactcatagatatatatcatatacaaaacagggtgtgcttaaactg
gi|5                          : gatcatggcggtgattttttaagacttatctttggaaaatagaactatatagtgaacaacatgtataatattcaaatttgtaaacctttattaagtgatggtagtttgatagttatattcaacaaattcccaaaagttttcaagcttatgaggacaagctacatgctacacttatcatacagaaagtgcaaaatatacatgtgacaAACTT-CTAACAATGTTCATT-----------GAGAT-AAAAAA---TG----TCACGGTA----T-----AACA--ACAT-TTTGA-CATGACGTTTTGG-GAAGG----TTAAACAC-ACAT-T-A--TAGTACT---TAAAACAAC---TACTTGTAATCGA--C--AAGAAAAATGT-TATA-----TTA-TAT-TGTT--TAATTTGGCAATT-TAGTAATTA-A--GC----AATCGATGTTAATTTGA--AAGGATCTTTTCATTTTTAATATTAACCATT----ATATGTATGATAAACTATGTATCAGTTT---TTAATAgc
gi|6                          :                                                                                                                                                       gtgcgnnnnnnnnnnatgatacaatatatgacaaacagtgcaatatataggtgacaAACTTTCTAACAATATTGATA-----------AGGAA-AAAATCAAGT-----TTATATTAACATT-----AACACAGCAT-TTTAT-CATCA--ATTTTGATAATG----ATAAATTT-ACGC-T-A--TATCACT----GTATCAAAACATGTTTGTAACCTAG-T--A-GAAAACCAT-TATAATACTCAA-TAT-TGAC--A----------TTTTAGTAATGA-ATGCTTTT-AATCGATGTTTATATAA--AATGATATTCTCATTTTAAAGAGTACACATT--ACATA--TATGATAttatgccatgcaacttaatgatatacgatatgttcccatgtaaaaagaaacaaaatattcactatggtaaaacattgcgattcacacacatg
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       ttagttaaggtattatgaaacaaattccaaaaggctgaggacacgcttttcatacacttgtatgataaacagtgcaatatgcaaatgatCCCAGATAAC-TTTT---TTGATAAGAGCGTAATTTACCC-CCAAAATAATAA---AACTGAGAGTA----------TTC--AACTCCCAGATTTTCAGAGATATGGGCAAGAAAGCA--TAAAGTT-TACGAT---AT-TTTCATATATTTCAGT--TA----AA-AACT----GTACTTTAACATACATAATAT------GA-----TTTAGGTTTAATAAatttgagtatcaaatatcaatattataactctcaaccttgatattctaactataacttacaaa
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     c-AA-T----ACA-TTCTAAACAAG-GTT-TTTCA--TA-----TTTTGGTATAAAAATTTTGT-TTGAG-AGGAGTAACTTTTC-CCCCTATTTTTAAAGCAA----A---GG-GGTTAAATTAACCTCCA-------A--------------TTTAGCTAAA-C-CATGAGGGTAAA------ATACCCC-CAAAATCACCTAAT-CA-GGGCTtttacaagggtctacaagatataagtaatacattctaaacaaggtttttcatattttggtataaaaattttgtttgagaggagtaacttttccccctatttttaaagcaaaggggttaaattaacctccaatttagctaaaccatgagggtaaaatacccccaaaatcacctaatcagggcta
gi|8                          :              ccccagataacttttttgataagagcgtaatttacccccaaaataataaaactgagagtattcaactcccagattttcagagatatgggcaagaaagcataaagtttacgatattttcatatatttcagttaaaaactgtactttaacatacataatatgatttaggtttaataatttacaagggtctacaagatataagtAACA-TATTTATT-----------AAGGT-ACA------T-----TTACAGTA----T-----GATATAACGT-TTTGA-CAGGA--TTTTGGAACCGGGTACTTAAATGCTATGCAT-AACTGTTATT-TTTGTAATAAA---TAACTTTAATC
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 agtccgataattgatagttttattcatcaaattccaaaaggctttaaagtccattgggacaagctacataatacaatatatgacaATTTTTGTAATAA-ATAACTTT-AATCGGTGTTTACTTAA--AGTGATTCTTTCATTTTGAATATTACAAATT--AC--ATGTATGATAggtgtttacttaaagtgattctttcattttgaatattacaaattacatgtatgataaaaataggtatcaattagtataactagcaacctttgaacttcttactattatcaaaaaaaaacaactgaaaacaagctacattgacatatttgaagatatat
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 agtccgataattgatagttttattcatcaaattccaaaaggctttaaagtccattgggacaagctacataatacaatatatgacaaacatatttattaaggtacatttacagtatgatataacgttttgacaggattttggaaccgggtacttaaatgctatgcataactgttT---TTAGTAAGAGAGTGATATACCC-CCACAATGGAAA---AGGTGGAGGTGAGTGGGTGGGTGTATAACTACCAGATTTTTAGATATGCAGGTAAAGAAGCA--CAACGTC-TAAGAT---ACATTGCA---ATCCTACT--TATTGCAA-AA-T----AT--TTTCATATAAATATTATTTCAGTTAAAAACTTTNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNN-N-NNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNN----NTTTGACTG-TAAGTTTACTCCCA--TTTTGAAAATAAAGGGATATTTTAGCTAAA-CATTT--GGGTAAA------ATACCCC-CAAAACCACCT--T-T--GGGCCaaaataggtatcaattagtataactagcaacctttgaacttcttactattatcaaaaaaaaacaactgaaaacaagctacattgacatatttgaagatatat
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): GTTAGCACAATATGTTTTGGAATGGATCACCATACATCAGACTGCTTTTTTATAGCACTATATGAAAATATAGTTTGACAGTTTGATAGTTGTTGTTCAACACATTCCAAAAGGCTTTAAAGCCCATTAGGACTAGCTAGCTACATA
Unaligned ( gi|18 ): CATGTTATTATATATCAAACACCTATACTGTGTTAATAGATACAAATAGCGTTATCTATATTGTTTAATGTGGCGATTAATTTAATTGCAATCCATGTTGATTTG
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Reference ( family-518 )      :                                                                                                                                                                                                               AACTT-CTAACAATATTCATT-----------AAGAT-AAA------T-----TCACNGTA----T-----AACACAACAT-TTTGA-CANGA--TTTTGGAGAAGG----TTAAACAC-ACAC-T-A--TATTACT-CTTGTAACAA---TTGTTTGTAATCTAG-T--AAGAAAAATAT-TATA--ATGCTCTA-TA--T-TGAC---AGT-AATTTTAGTAATGA-ATGACTTT-AATCGATGTTTATTTAA--AGTGATTCTTTCATTTTGAATATTACAAATT--ACAT-ATGTATGATAACCCAGATAAC-TTTT---TTGATAAGAGGGTAATTTACCC-CCAAA-ATNGAAA---AGGTGGGGGTA----------TTCATAACTCCCAGATTTTCAGANATGCGGGTAAGGAAGCACAANGTC-TAAGAT---ACATTGCA---ATCCTACT--TATTGCAA-AA-T----ATA-TTTCANATA---AATATTATTTCAGTTAAAAACTTTA----GGTTTAAAAAATACGT-TTG-G-AGGAGTAACTTTAC-GCCCAACTTTTAAAGGTA----A---GG-NG-TAAATTTACCTCC-A--TTTTGAAAATAAAGGGGTATTTTAGCTAAA-CGTATGAGGGTAAA------ATACCCC-CAAAATCACCT--T-TC-GGGCCAC
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gi|12                         :                                          aagtgacaagtgttttaaggaagccgtgatccattgttgtgcaagacggagttcaataacataaaatattagtttgatagttttagtcagcacattcaaaaacggtttaaaaaatccgcgaggacaagctacataatatacttatatggcagacagtgcattatacaCTT-CTAACAATACTAATC-----------AAGCT-AAA------T-----TCAagcttgtttaaaaactttacaaaaatggtagatctttcttaaatagataataattgtttact
gi|13                         :  attatggcttaagtcattttttttaaatatctcttaagagatacatgtattatggatgcacattacattgacgtgtgcaaacttggtcatgatagcttggttactaagttttttttcaacagattccaaaatgttttaaagtccatgaggccaaactacataatacacttatacgacagacagtgcagtacatatgtgacaaacttACTT-CTT-CAGTATTCATT-----------AAGAT-AAA------T-----TCACTGTA----C-----GACAAAAAAA-ATTGA-AAAGA--TTTTGGAGAATG----TTAAACAC-ACA--T-A--TACTACTACATGTAatacact
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       tatgatagtttgatagtcctattcaacaaactgcagaagcttttaaaaagcatatgaggacaagctccatactacatttctatggcagacagtgcaatattcatccaatatacttgtgtcgcAAAAAA-ACGT-TTG-GTAAGA-CAACTTTATTGCCCAACTTCTAAGGGTA----G---GG-AG-TAAATTTACCTCCAA--TTTTGAAAAT-AAGGGATA-TTTAGCTAAG-TG-ATGAGGGTAAATTACTGGTACCCCACAAAATCATCTC-T-TC-TGGACAtatatcattaacaaaagaa
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                AATTTACCC-CCTAA-GTAGTAA---AAATGGGGGTA----------TTCAT--CTCCCAGAT--------AT--GGGTAAGGAAGCATAAAGTT-TAAGATAAGATATTA-------CTTACCTGTATTGTAAGAA-TGAGAAT--TTTCATA----------TATTTCAGTTAAAGACTGTA----act
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                  TT-CTAACAATGTTCATT-----------GAGAT-AAAAA----TG----TCACAATA----T-----AACA--ACAT-TTTGA-CATGACGTTTTGG-GAATG----TTAAACAC-ACAC-T-A--TAGTA---CTTAAAACAA---TTGTTTGTAG--TAGAC--AAGAAAAATGT-TATA--ct
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 CCCAGATAAC-TTTTGTTTTGATTAGAGAGTTGTTGAGCA-CCAAA-TTTGAAAATGAGGAAGAAGTG----------TTT---GCTCCCAAA----CAGACATttat
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                acagagcAGCAATATGCATTGCCAAATTTTAAACAT-AGA------T-----TTAATGTA----TGCTATAATACAGCATGTTTGAACAACA--ATTGGGAGATGG----TTGAACAC-ATAC-T-A--TATTACT-CTTATAGCAA---TTGTTTGAAATCTAG-TAGAAAAAAAAAATCTATA--ATGCCCAACCA--T-CGA--------GATTTTAGTAACGA-ATGACTTT-AAACCATGTCTATTTCA--GATGGTTCGTTCATTTTGAATATTATCAAT-----GTGATGTTTGATTAGCCA
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         tttagtgtagttatttgcttaacattctctacaaggcttatgacaagctacatgatacacttgtatgacagataaAGTTAGC-TTTT---TTGATAAGAAGGTATTTTACAC-AAAAC-ATTGAAA---AGATGGGGGTA----------TT--TAACTCCCActatcaagaatctgtattataacctacaacgtttgaaattctaactattaattacaaaaaagcacacacaaaatatttacatataaacagattaaacacacataaaaaggatgctcgataaacc
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    aGGTAAGGGTGTGATTTATCC-CCAAATATA-AAA---AGCTGGGAATA----------TT--TTACTCTCATATTTTCAAAGA
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                                   g-AGA------T-----TCACTGTA----T-----AACAC--CAT-TTTGA-CACGA--TTTTGGAGAAGG----TTAAACAC-ACAC-C-A--TATTACT-Cc
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    AGATAAC-TTTT---T-GATAATAAGGTAATTTACCCTCCAAA-AT
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                      cagagccgaAACTT-ATAACAATATTCATA-----------AAG-----------------------GTA----C-----AACACAACAT-TTTAA-CC-----TTTTGGAAACGG----TTAAACAC-AT-C-T----TATTACT-CT------------------------AG----AAGAAAC-TAT-TATA--ATGCCCTA-TA--T-GGAC---AATTAATTAAAATAAT------ATTTT-AATCTATGTCTGTTTAA--AGTCATTCTTTCTTTTTCCATATTACAAATTCAGTAC-ATGTATGATAATCTACATAtt
gi|4                          :                                                                                                                                                 atgcttttaagctcatgataacaagttacatgctgcacttacagtgcaataaatatgtgacaAACTT-CTAACACTATGCGAA-----------AAGAT-AAA------T-----TCACTGTA----T-----AACACAAAGA-TTCGA-CAGCA--TTTTAGAGAAGG----TAAATCAC-AGAC-T-A---ATTATT-CTTATAACAA---TTGTTTGTAATCCAT-T---AGAAAACAAT-TATA--AAGCTTTT-TG--T-AGAT---AG-----TTTAATAATGT-AT-ACGTTAAATCGATGTTTACTCAACTAGTGATgtatttatctgttttatagcctgaaaactttgaacgtccaactattatttaccaaaacataaaaagaaaagaaagcagccggtatttacatattcatactcatagatatatatcatatacaaaacagggtgtgcttaaactg
gi|5                          : gatcatggcggtgattttttaagacttatctttggaaaatagaactatatagtgaacaacatgtataatattcaaatttgtaaacctttattaagtgatggtagtttgatagttatattcaacaaattcccaaaagttttcaagcttatgaggacaagctacatgctacacttatcatacagaaagtgcaaaatatacatgtgacaAACTT-CTAACAATGTTCATT-----------GAGAT-AAAAAA---TG----TCACGGTA----T-----AACA--ACAT-TTTGA-CATGACGTTTTGG-GAAGG----TTAAACAC-ACAT-T-A--TAGTACT---TAAAACAA---CTACTTGTAATCGA--C--AAGAAAAATGT-TATATTATATTGTT-TAATT-TGGC---AAT-----TTAGTAATTA-A--GC----AATCGATGTTAATTTGA--AAGGATCTTTTCATTTTTAATATTAACCATT----AT-ATGTATGATAAACTATGTATCAGTTT---TTAATAgc
gi|6                          :                                                                                                                                                       gtgcgnnnnnnnnnnatgatacaatatatgacaaacagtgcaatatataggtgacaAACTTTCTAACAATATTGATA-----------AGGAA-AAAATCAAGT-----TTATATTAACATT-----AACACAGCAT-TTTAT-CATCA--ATTTTGATAATG----ATAAATTT-ACGC-T-A--TATCAC----TGTATCAAAACATGTTTGTAACCTAG-T---AGAAAACCAT-TATA--ATACTCAA-TA--T-TGAC--------ATTTTAGTAATGA-ATGCTTTT-AATCGATGTTTATATAA--AATGATATTCTCATTTTAAAGAGTACACATT--ACAT-A--TATGATAAttatgccatgcaacttaatgatatacgatatgttcccatgtaaaaagaaacaaaatattcactatggtaaaacattgcgattcacacacatg
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        ttagttaaggtattatgaaacaaattccaaaaggctgaggacacgcttttcatacacttgtatgataaacagtgcaatatgcaaatgatCCCAGATAAC-TTTT---TTGATAAGAGCGTAATTTACCC-CCAAA-ATAATAA---AACTGAGAGTA----------TTC--AACTCCCAGATTTTCAGAGATATGGGCAAGAAAGCATAAAGTT-TACGAT---AT-TTTCATATATTTCAGT--TA----AA-AACT----GTACTTTAACATACATAATATGATTTAGGTTTAATAATTTACAAGGGTCTACAAGATAtttgagtatcaaatatcaatattataactctcaaccttgatattctaactataacttacaaa
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     c-AA-T----ACA-TTCTAAACA---AG-GTT-TTTCA--TA-----TTTT----GGTATAAAAATTTTGT-TTGAG-AGGAGTAACTTTTC-CCCCTATTTTTAAAGCAA----A---GG-GGTTAAATTAACCTCC-A-------A--------------TTTAGCTAAA-C-CATGAGGGTAAA------ATACCCC-CAAAATCACCTAAT-CA-GGGCTAtaagtaatacattctaaacaaggtttttcatattttggtataaaaattttgtttgagaggagtaacttttccccctatttttaaagcaaaggggttaaattaacctccaatttagctaaaccatgagggtaaaatacccccaaaatcacctaatcagggcta
gi|8                          :              ccccagataacttttttgataagagcgtaatttacccccaaaataataaaactgagagtattcaactcccagattttcagagatatgggcaagaaagcataaagtttacgatattttcatatatttcagttaaaaactgtactttaacatacataatatgatttaggtttaataatttacaagggtctacaagatataagtAACA-TATTTATT-----------AAGGT-ACA------T-----TTACAGTA----T-----GATATAACGT-TTTGA-CAGGA--TTTTGGAACCGGGTACTTAAATGCTATGCAT-AACTGTTATT-TTTGTAATAA---ATAACTTTAATC
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                              agtccgataattgatagttttattcatcaaattccaaaaggctttaaagtccattgggacaagctacataatacaatatatgacaT-TA-A--ATGCTATG-CA--T--AAC---TGT-TATTTTTGTAATAA-ATAACTTT-AATCGGTGTTTACTTAA--AGTGATTCTTTCATTTTGAATATTACAAATT--AC---ATGTATGATAAggtgtttacttaaagtgattctttcattttgaatattacaaattacatgtatgataaaaataggtatcaattagtataactagcaacctttgaacttcttactattatcaaaaaaaaacaactgaaaacaagctacattgacatatttgaagatatat
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3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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gi|1                          :                                                                                                                                                                                                               AACTT-TTAACAATCTCCATT-----------AAGAT-AAA------T-----TCACAGTA----T-----AACGCAACAT-TTTGA-CAAGA--TGT-GGAGGAGG----TTAA-CAC-ACTC-TCA--TATCACT-CTTGTAACAAT---TGTTTGCAATTCAG-TTGAAAAAAAATAT-TATA--ATGATGTA-TA--TATGACTAAGGT-AGC--TATAGTATCCACATAACTCT-AATCGATATATATTTAG--AGTGATTCTTCCATTTTGAATTTTGCAAATT--ACAT-ACGTACAGTGCTCCAGATAAC-GTTT---TTGATAAGAGGGTATTTTATCC-CCAAA-ATTGAAA---AGATTGGGGTA----------TTCATA--TCTAAGCCTTTCCGAGGTGAGGGT-ATGAAACATTCAGTCGTAAGAT---ACATTA-A---A----AAT--CATTA-AA-AA-T----GTA-TTTTAAAC----AACGTT-TTTCA----T-A-----TTTA----AGTTCAGAAAATATGTATTG-G-AGGAGTAACTTTAC-GCCAAACTGTTAAAAGTA----A---GG-GG-TAAATTTACCTCC-ATTTTTTGAAAATTAAGGGGTA-TTTAGCTAAAGCATATGAGAGTAAA------ATACCAT-CAAAATGACCT--TATCAGGGCCAC
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 T---TTAGTAAGAGAGTGATATACCC-CCACA-ATGGAAA---CGGTGGAGGTGAGAGGGTGGGTGAATAACTACCAGATTTTTAGATATGCAGGTAAAGAAGCACAACGTG-TAAGAT---ACATTGCA---ATCCTACT--TATTGCAA-AA-T----AT--TTTCATATA---AATATTATTTCAG--TTAAAA-ACTTTN----NNNNNNNNNNNNNNNN-NNN-N-NNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTA---AC-TG-TAAGTTTACTCCC-A--TTTTGAAAATAAAGGGGTATTTTAGCTAAA-CATTT--GGGTAAA------ATACCCC-AAAAACCACCT--T-T--GGGC
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                               AACTT-CTAACAATGTTCATT-----------AAGATGAGA------TAAACGTTACAGTA----T-----AACACA-----TTTGA-CAATT--TTTTGGAGAAAG----TTAAACAC-A
gi|12                         :                                          aagtgacaagtgttttaaggaagccgtgatccattgttgtgcaagacggagttcaataacataaaatattagtttgatagttttagtcagcacattcaaaaacggtttaaaaaatccgcgaggacaagctacataatatacttatatggcagacagtgcattatacaCTT-CTAACAATACTAATC-----------AAGCT-AAA------T-----TCAagcttgtttaaaaactttacaaaaatggtagatctttcttaaatagataataattgtttact
gi|13                         :  attatggcttaagtcattttttttaaatatctcttaagagatacatgtattatggatgcacattacattgacgtgtgcaaacttggtcatgatagcttggttactaagttttttttcaacagattccaaaatgttttaaagtccatgaggccaaactacataatacacttatacgacagacagtgcagtacatatgtgacaaacttACTT-CTT-CAGTATTCATT-----------AAGAT-AAA------T-----TCACTGTA----C-----GACAAAAAAA-ATTGA-AAAGA--TTTTGGAGAATG----TTAAACAC-ACA--T-A--TACTACTACATGTAatacact
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            tatgatagtttgatagtcctattcaacaaactgcagaagcttttaaaaagcatatgaggacaagctccatactacatttctatggcagacagtgcaatattcatccaatatacttgtgtcgcAAAAAA-ACGT-TTG-GTAAGA-CAACTTTATTGCCCAACTTCTAAGGGTA----G---GG-AG-TAAATTTACCTCCAA--TTTTGAAAAT-AAGGGATA-TTTAGCTAAG-TG-ATGAGGGTAAATTACTGGTACCCCACAAAATCATCTC-T-TC-TGGACAtatatcattaacaaaagaa
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  AATTTACCC-CCTAA-GTAGTAA---AAATGGGGGTA----------TTCAT--CTCCCAGAT--------ATG--GGTAAGGAAGCATAAAGTT-TAAGATAAGATATTA-------CTTACCTGTATTGTAAGAA-TGAGAAT--TTTCATA----------TATTTCAG--TT-AAAGACTGTA----act
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                  TT-CTAACAATGTTCATT-----------GAGAT-AAAAA----TG----TCACAATA----T-----AACA--ACAT-TTTGA-CATGACGTTTTGG-GAATG----TTAAACAC-ACAC-T-A--TAGTA---CTTAAAACAAT---TGTTTGTAG--TAGAC--AAGAAAAATGT-TATA--ct
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    CCAGATAAC-TTTTGTTTTGATTAGAGAGTTGTTGAGCA-CCAAA-TTTGAAAATGAGGAAGAAGTG----------TTT---GCTCCCAAA----CAGACATttat
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                               acagagccAGCAATATGCATTGCCAAATTTTAAACAT-AGA------T-----TTAATGTA----TGCTATAATACAGCATGTTTGAACAACA--ATTGGGAGATGG----TTGAACAC-ATAC-T-A--TATTACT-CTTATAGCAAT---TGTTTGAAATCTAG-TAGAAAAAAAAAATCTATA--ATGCCCAACCA--TC-G-----AG--ATT--T-TAGTAACGA-ATGACTTT-AAACCATGTCTATTTCA--GATGGTTCGTTCATTTTGAATATTATCAAT-----GTGATGTTTGATTAGCCA
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           tttagtgtagttatttgcttaacattctctacaaggcttatgacaagctacatgatacacttgtatgacagataaAGTTAGC-TTTT---TTGATAAGAAGGTATTTTACAC-AAAAC-ATTGAAA---AGATGGGGGTA----------TT--TAACTCCCActatcaagaatctgtattataacctacaacgtttgaaattctaactattaattacaaaaaagcacacacaaaatatttacatataaacagattaaacacacataaaaaggatgctcgataaacc
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      aGGTAAGGGTGTGATTTATCC-CCAAATATA-AAA---AGCTGGGAATA----------TT--TTACTCTCATATTTTCAAAGA
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                                   g-AGA------T-----TCACTGTA----T-----AACAC--CAT-TTTGA-CACGA--TTTTGGAGAAGG----TTAAACAC-ACAC-C-A--TATTACT-Cc
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      AGATAAC-TTTT---T-GATAATAAGGTAATTTACCCTCCAAA-AT
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                      cagagccgaAACTT-ATAACAATATTCATA-----------AAG-----------------------GTA----C-----AACACAACAT-TTTAA-CC-----TTTTGGAAACGG----TTAAACAC-AT-C-T----TATTACT-CT------------------------AG----AAGAAAC-TAT-TATA--ATGCCCTA-TA--TG-GAC---A---ATTAAT-TAA-AAT-A-AT-ATTTT-AATCTATGTCTGTTTAA--AGTCATTCTTTCTTTTTCCATATTACAAATTCAGTAC-ATGTATGATAATCTACATAtt
gi|4                          :                                                                                                                                                 atgcttttaagctcatgataacaagttacatgctgcacttacagtgcaataaatatgtgacaAACTT-CTAACACTATGCGAA-----------AAGAT-AAA------T-----TCACTGTA----T-----AACACAAAGA-TTCGA-CAGCA--TTTTAGAGAAGG----TAAATCAC-AGAC-T-A---ATTATT-CTTATAACAAT---TGTTTGTAATCCAT-T---AGAAAACAAT-TATA--AAGCTTTT-TG--TA-GAT---AG----T--T-TAATAATGT-AT-ACGTTAAATCGATGTTTACTCAACTAGTGATgtatttatctgttttatagcctgaaaactttgaacgtccaactattatttaccaaaacataaaaagaaaagaaagcagccggtatttacatattcatactcatagatatatatcatatacaaaacagggtgtgcttaaactg
gi|5                          : gatcatggcggtgattttttaagacttatctttggaaaatagaactatatagtgaacaacatgtataatattcaaatttgtaaacctttattaagtgatggtagtttgatagttatattcaacaaattcccaaaagttttcaagcttatgaggacaagctacatgctacacttatcatacagaaagtgcaaaatatacatgtgacaAACTT-CTAACAATGTTCATT-----------GAGAT-AAAAAA---TG----TCACGGTA----T-----AACA--ACAT-TTTGA-CATGACGTTTTGG-GAAGG----TTAAACAC-ACAT-T-A--TAGTACT---TAAAACAAC---TACTTGTAATCGA--C--AAGAAAAATGT-TATATTATATTGTT-TAATTT-GGC---AAT------T-TAGTAATTA-A--GC----AATCGATGTTAATTTGA--AAGGATCTTTTCATTTTTAATATTAACCATT----AT-ATGTATGATAAACTATGTATCAGTTT---TTAATAgc
gi|6                          :                                                                                                                                                       gtgcgnnnnnnnnnnatgatacaatatatgacaaacagtgcaatatataggtgacaAACTTTCTAACAATATTGATA-----------AGGAA-AAAATCAAGT-----TTATATTAACATT-----AACACAGCAT-TTTAT-CATCA--ATTTTGATAATG----ATAAATTT-ACGC-T-A--TATCACT----GTATCAAAACATGTTTGTAACCTAG-T--A-GAAAACCAT-TATA--ATACTCAA-TA--TT-GAC---A----TT--T-TAGTAATGA-ATGCTTTT-AATCGATGTTTATATAA--AATGATATTCTCATTTTAAAGAGTACACATT--ACAT-A--TATGATAAttatgccatgcaacttaatgatatacgatatgttcccatgtaaaaagaaacaaaatattcactatggtaaaacattgcgattcacacacatg
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Reference ( family-518 )      :                                                                                                                                                                                                               AACTT-CTAACAATATTCATT-----------AAGAT-AAA------T-----TCACNGTA----T-----AACACAACAT-TTTGA-CANGA--TTTTGGAGAAGG----TTAAACAC-ACAC-T-A--TATTACT-CTTGTAACAAT---TGTTTGTAATCTAG-T--AAGAAAAATAT-TATA--ATGCTNTA-TA--TN-GAC---AGT-ATT--T-TAGTAATGA-ATGACTTT-AATCGATGTTTATTTAA--AGTGATTCTTTCATTTTGAATATTACAAATT--ACAT-ATGTATGATAANCCAGATAAC-TTTT---TTGATAAGAGGGTAATTTACCC-CCAAA-ATNGAAA---AGGTGGGGGTA----------TTCATAACTCCCAGATTTTCAGANATGCGGGTAAGGAAGCATAAAGTC-TAAGAT---ACATTGCA---ATCCTACT--TATTGCAA-AA-T----ATA-TTTCANATA---AATATTATTTCAG--TT-AAA-ACTTTA----GGTNTAAAAAATACGT-TTG-G-AGGAGTAACTTTAC-GCCCAACTTTTAAAGGTA----A---GG-NG-TAAATTTACCTCC-A--TTTTGAAAATAAAGGGGTATTTTAGCTAAA-CGTATGAGGGTAAA------ATACCCC-CAAAATCACCT--T-TC-GGGCCAC
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                               AACTT-TTAACAATCTCCATT-----------AAGAT-AAA------T-----TCACAGTA----T-----AACGCAACAT-TTTGA-CAAGA--TGT-GGAGGAGG----TTAA-CAC-ACTC-TCA--TATCACT-CTTGTAACAAT---TGTTTGCAATTCAG-TTGAAAAAAAATAT-TATA--ATGATGTA-TA--TATGACTAAGGT-AGC--TATAGTATCCACATAACTCT-AATCGATATATATTTAG--AGTGATTCTTCCATTTTGAATTTTGCAAATT--ACAT-ACGTACAGTGCTCCAGATAAC-GTTT---TTGATAAGAGGGTATTTTATCC-CCAAA-ATTGAAA---AGATTGGGGTA----------TTCATA--TCTAAGCCTTTCCGAGGTGAGGGT-ATGAAACATTCAGTCGTAAGAT---ACATTA-A---A----AAT--CATTA-AA-AA-T----GTA-TTTTAAAC----AACGTT-TTTCA----T-A-----TTTA----AGTTCAGAAAATATGTATTG-G-AGGAGTAACTTTAC-GCCAAACTGTTAAAAGTA----A---GG-GG-TAAATTTACCTCC-ATTTTTTGAAAATTAAGGGGTA-TTTAGCTAAAGCATATGAGAGTAAA------ATACCAT-CAAAATGACCT--TATCAGGGCCAC
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 T---TTAGTAAGAGAGTGATATACCC-CCACA-ATGGAAA---CGGTGGAGGTGAGAGGGTGGGTGAATAACTACCAGATTTTTAGATATGCAGGTAAAGAAGCACAACGTG-TAAGAT---ACATTGCA---ATCCTACT--TATTGCAA-AA-T----AT--TTTCATATA---AATATTATTTCAG--TTAAAA-ACTTTN----NNNNNNNNNNNNNNNN-NNN-N-NNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTA---AC-TG-TAAGTTTACTCCC-A--TTTTGAAAATAAAGGGGTATTTTAGCTAAA-CATTT--GGGTAAA------ATACCCC-AAAAACCACCT--T-T--GGGC
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                               AACTT-CTAACAATGTTCATT-----------AAGATGAGA------TAAACGTTACAGTA----T-----AACACA-----TTTGA-CAATT--TTTTGGAGAAAG----TTAAACAC-A
gi|12                         :                                          aagtgacaagtgttttaaggaagccgtgatccattgttgtgcaagacggagttcaataacataaaatattagtttgatagttttagtcagcacattcaaaaacggtttaaaaaatccgcgaggacaagctacataatatacttatatggcagacagtgcattatacaCTT-CTAACAATACTAATC-----------AAGCT-AAA------T-----TCAagcttgtttaaaaactttacaaaaatggtagatctttcttaaatagataataattgtttact
gi|13                         :  attatggcttaagtcattttttttaaatatctcttaagagatacatgtattatggatgcacattacattgacgtgtgcaaacttggtcatgatagcttggttactaagttttttttcaacagattccaaaatgttttaaagtccatgaggccaaactacataatacacttatacgacagacagtgcagtacatatgtgacaaacttACTT-CTT-CAGTATTCATT-----------AAGAT-AAA------T-----TCACTGTA----C-----GACAAAAAAA-ATTGA-AAAGA--TTTTGGAGAATG----TTAAACAC-ACA--T-A--TACTACTACATGTAatacact
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            tatgatagtttgatagtcctattcaacaaactgcagaagcttttaaaaagcatatgaggacaagctccatactacatttctatggcagacagtgcaatattcatccaatatacttgtgtcgcAAAAAA-ACGT-TTG-GTAAGA-CAACTTTATTGCCCAACTTCTAAGGGTA----G---GG-AG-TAAATTTACCTCCAA--TTTTGAAAAT-AAGGGATA-TTTAGCTAAG-TG-ATGAGGGTAAATTACTGGTACCCCACAAAATCATCTC-T-TC-TGGACAtatatcattaacaaaagaa
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  AATTTACCC-CCTAA-GTAGTAA---AAATGGGGGTA----------TTCAT--CTCCCAGAT--------ATG--GGTAAGGAAGCATAAAGTT-TAAGATAAGATATTA-------CTTACCTGTATTGTAAGAA-TGAGAAT--TTTCATA----------TATTTCAG--TT-AAAGACTGTA----act
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                  TT-CTAACAATGTTCATT-----------GAGAT-AAAAA----TG----TCACAATA----T-----AACA--ACAT-TTTGA-CATGACGTTTTGG-GAATG----TTAAACAC-ACAC-T-A--TAGTA---CTTAAAACAAT---TGTTTGTAG--TAGAC--AAGAAAAATGT-TATA--ct
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    CCAGATAAC-TTTTGTTTTGATTAGAGAGTTGTTGAGCA-CCAAA-TTTGAAAATGAGGAAGAAGTG----------TTT---GCTCCCAAA----CAGACATttat
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                               acagagccAGCAATATGCATTGCCAAATTTTAAACAT-AGA------T-----TTAATGTA----TGCTATAATACAGCATGTTTGAACAACA--ATTGGGAGATGG----TTGAACAC-ATAC-T-A--TATTACT-CTTATAGCAAT---TGTTTGAAATCTAG-TAGAAAAAAAAAATCTATA--ATGCCCAACCA--TC-G-----AG--ATT--T-TAGTAACGA-ATGACTTT-AAACCATGTCTATTTCA--GATGGTTCGTTCATTTTGAATATTATCAAT-----GTGATGTTTGATTAGCCA
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           tttagtgtagttatttgcttaacattctctacaaggcttatgacaagctacatgatacacttgtatgacagataaAGTTAGC-TTTT---TTGATAAGAAGGTATTTTACAC-AAAAC-ATTGAAA---AGATGGGGGTA----------TT--TAACTCCCActatcaagaatctgtattataacctacaacgtttgaaattctaactattaattacaaaaaagcacacacaaaatatttacatataaacagattaaacacacataaaaaggatgctcgataaacc
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      aGGTAAGGGTGTGATTTATCC-CCAAATATA-AAA---AGCTGGGAATA----------TT--TTACTCTCATATTTTCAAAGA
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                                   g-AGA------T-----TCACTGTA----T-----AACAC--CAT-TTTGA-CACGA--TTTTGGAGAAGG----TTAAACAC-ACAC-C-A--TATTACT-Cc
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      AGATAAC-TTTT---T-GATAATAAGGTAATTTACCCTCCAAA-AT
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                      cagagccgaAACTT-ATAACAATATTCATA-----------AAG-----------------------GTA----C-----AACACAACAT-TTTAA-CC-----TTTTGGAAACGG----TTAAACAC-AT-C-T----TATTACT-CT------------------------AG----AAGAAAC-TAT-TATA--ATGCCCTA-TA--TG-GAC---A---ATTAAT-TAA-AAT-A-AT-ATTTT-AATCTATGTCTGTTTAA--AGTCATTCTTTCTTTTTCCATATTACAAATTCAGTAC-ATGTATGATAATCTACATAtt
gi|4                          :                                                                                                                                                 atgcttttaagctcatgataacaagttacatgctgcacttacagtgcaataaatatgtgacaAACTT-CTAACACTATGCGAA-----------AAGAT-AAA------T-----TCACTGTA----T-----AACACAAAGA-TTCGA-CAGCA--TTTTAGAGAAGG----TAAATCAC-AGAC-T-A---ATTATT-CTTATAACAAT---TGTTTGTAATCCAT-T---AGAAAACAAT-TATA--AAGCTTTT-TG--TA-GAT---AG----T--T-TAATAATGT-AT-ACGTTAAATCGATGTTTACTCAACTAGTGATgtatttatctgttttatagcctgaaaactttgaacgtccaactattatttaccaaaacataaaaagaaaagaaagcagccggtatttacatattcatactcatagatatatatcatatacaaaacagggtgtgcttaaactg
gi|5                          : gatcatggcggtgattttttaagacttatctttggaaaatagaactatatagtgaacaacatgtataatattcaaatttgtaaacctttattaagtgatggtagtttgatagttatattcaacaaattcccaaaagttttcaagcttatgaggacaagctacatgctacacttatcatacagaaagtgcaaaatatacatgtgacaAACTT-CTAACAATGTTCATT-----------GAGAT-AAAAAA---TG----TCACGGTA----T-----AACA--ACAT-TTTGA-CATGACGTTTTGG-GAAGG----TTAAACAC-ACAT-T-A--TAGTACT---TAAAACAAC---TACTTGTAATCGA--C--AAGAAAAATGT-TATATTATATTGTT-TAATTT-GGC---AAT------T-TAGTAATTA-A--GC----AATCGATGTTAATTTGA--AAGGATCTTTTCATTTTTAATATTAACCATT----AT-ATGTATGATAAACTATGTATCAGTTT---TTAATAgc
gi|6                          :                                                                                                                                                       gtgcgnnnnnnnnnnatgatacaatatatgacaaacagtgcaatatataggtgacaAACTTTCTAACAATATTGATA-----------AGGAA-AAAATCAAGT-----TTATATTAACATT-----AACACAGCAT-TTTAT-CATCA--ATTTTGATAATG----ATAAATTT-ACGC-T-A--TATCACT----GTATCAAAACATGTTTGTAACCTAG-T--A-GAAAACCAT-TATA--ATACTCAA-TA--TT-GAC---A----TT--T-TAGTAATGA-ATGCTTTT-AATCGATGTTTATATAA--AATGATATTCTCATTTTAAAGAGTACACATT--ACAT-A--TATGATAAttatgccatgcaacttaatgatatacgatatgttcccatgtaaaaagaaacaaaatattcactatggtaaaacattgcgattcacacacatg
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           ttagttaaggtattatgaaacaaattccaaaaggctgaggacacgcttttcatacacttgtatgataaacagtgcaatatgcaaatgatCCAGATAAC-TTTT---TTGATAAGAGCGTAATTTACCC-CCAAA-ATAATAA---AACTGAGAGTA----------TTC--AACTCCCAGATTTTCAGAGATATGGGCAAGAAAGCATAAAGTT-TACGAT---AT-TTTCATATATTTCAGT--TA----AA-AACT----GTACTTTAACATACATAATATGATTT-AGGTTT-AAT-AATTTACAAGGGTCTACAAGATAtttgagtatcaaatatcaatattataactctcaaccttgatattctaactataacttacaaa
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      cc-AA-T----ACA-TTCTAAACA---AG-GTT-TTTCA----T-A-----TTTT----GGTATAAAAATTTTGT-TTGAG-AGGAGTAACTTTTC-CCCCTATTTTTAAAGCAA----A---GG-GGTTAAATTAACCTCC-A-------A--------------TTTAGCTAAA-C-CATGAGGGTAAA------ATACCCC-CAAAATCACCTAAT-CA-GGGCTAtaagtaatacattctaaacaaggtttttcatattttggtataaaaattttgtttgagaggagtaacttttccccctatttttaaagcaaaggggttaaattaacctccaatttagctaaaccatgagggtaaaatacccccaaaatcacctaatcagggcta
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Reference ( family-518 )      :                                                                                                                                                                                                                             AACTT-CTAACAATATTCATT-----------AAGAT-AAA------T-----TCACNGTA----T-----AACACAACAT-TTTGA-CANGA--TTTTGGAGAAGG----TTAAACAC-ACAC-T-A--TATTACT-CTTGTAACAAT---TGTTTGTAATCTAG-C--A--AGAAAAATAT-TATA--ATGCTNTAT-A--TN-GAC-------ATTTTAGTAATGA-ATG--ACTTT-AATCGATGTTTATTTAA--AGTGATTCTTTCATTTTGAATATTACAAAT----TACAT--GTATGATAANCCAGATAAC-TTTT---TTGATAAGAGGGTAATTTACCC-CCAAA-ATNGAAA---AGGTGG------------GGGT--------------ATTCAACTCCCAGATTTTCAGANATGCGGGTAAGGAAGCATAAAGTT-TAAGAT---ACATTNCA---ATCCTACT--TATTGCAA-AA-TG---ACTTTCANATA---AATATTATTTCAGTTAAAAACTTTA----GGTNTAAAAAATACGT-TTGGNAGGAGTAACTTTAC-GCCCAACTTTTAAAG-G----T-A--GG-A--GT-AAATTTACCTCC-A--TTTTGAAAATAAAGGGGTATTTTAGCTAA---AC-ATGAGGGTAAA------ATACCCC-CAAAATCACCT--TC-GGGCCAC
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gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 T---TTAGTAAGAGAGTGATATACCC-CCACA-ATGGAAA---CGGTGG------------AGGTGAGAGGGTGGGTGAAT--AACTACCAGATTTTTAGATATGCAGGTAAAGAAGCACAACGTG-TAAGAT---ACATTGCA---ATCCTACT--TATTGCAA-AA-T----ATTTTCATATA---AATATTATTTCAGTTAAAAACTTTN----NNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNN-NNNTTT-A--AC-T--GT-AAGTTTACTCCC-A--TTTTGAAAATAAAGGGGTATTTTAGCTAA---AC-ATTTGGGTAAA------ATACCCC-AAAAACCACCT--TT-GGGC
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gi|12                         :                                                        aagtgacaagtgttttaaggaagccgtgatccattgttgtgcaagacggagttcaataacataaaatattagtttgatagttttagtcagcacattcaaaaacggtttaaaaaatccgcgaggacaagctacataatatacttatatggcagacagtgcattatacaCTT-CTAACAATACTAATC-----------AAGCT-AAA------T-----TCAagcttgtttaaaaactttacaaaaatggtagatctttcttaaatagataataattgtttact
gi|13                         :                attatggcttaagtcattttttttaaatatctcttaagagatacatgtattatggatgcacattacattgacgtgtgcaaacttggtcatgatagcttggttactaagttttttttcaacagattccaaaatgttttaaagtccatgaggccaaactacataatacacttatacgacagacagtgcagtacatatgtgacaaacttACTT-CTT-CAGTATTCATT-----------AAGAT-AAA------T-----TCACTGTA----C-----GACAAAAAAA-ATTGA-AAAGA--TTTTGGAGAATG----TTAAACAC-ACA--T-A--TACTACTACATGTAatacact
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     tatgatagtttgatagtcctattcaacaaactgcagaagcttttaaaaagcatatgaggacaagctccatactacatttctatggcagacagtgcaatattcatccaatatacttgtgtcgcAAAAAA-ACGT-TTGGTAAGA-CAACTTTATTGCCCAACTTCTAAGG-G----T-A--GGGA--GT-AAATTTACCTCCAA--TTTTGAAAAT-AAGGGATA-TTTAGCTAA---GTGATGAGGGTAAATTACTGGTACCCCACAAAATCATCT--tatatcattaacaaaagaa
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  AATTTACCC-CCTAA-GTAGTAA---AAATGG------------GGGT--------------ATTCATCTCCCAGAT--------AT--GGGTAAGGAAGCATAAAGTT-TAAGATAAGATATTA-------CTTACCTGTATTGTAAGAA-TGAGAATTTTCATA----------TATTTCAGTTAAAGACTGTA----cttctggacaact
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gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    CCAGATAAC-TTTTGTTTTGATTAGAGAGTTGTTGAGCA-CCAAA-TTTGAAAATGAGGAAG------------AAGT--------------GTTT-GCTCCCAAA----CAGACATttat
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                             acagagccAGCAATATGCATTGCCAAATTTTAAACAT-AGA------T-----TTAATGTA----TGCTATAATACAGCATGTTTGAACAACA--ATTGGGAGATGG----TTGAACAC-ATAC-T-A--TATTACT-CTTATAGCAAT---TGTTTGAAATCTAG-T--AGAAAAAAAAAATCTATA--ATGCCCAACCA--TC-GAG-------ATTTTAGTAACGA-ATG--ACTTT-AAACCATGTCTATTTCA--GATGGTTCGTTCATTTTGAATATTATCAAT----GTGAT--GTTTGATTAGCCA
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           tttagtgtagttatttgcttaacattctctacaaggcttatgacaagctacatgatacacttgtatgacagataaAGTTAGC-TTTT---TTGATAAGAAGGTATTTTACAC-AAAAC-ATTGAAA---AGATGG------------GGGT--------------ATTTAACTCCCActatcaagaatctgtattataacctacaacgtttgaaattctaactattaattacaaaaaagcacacacaaaatatttacatataaacagattaaacacacataaaaaggatgctcgataaacc
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      aGGTAAGGGTGTGATTTATCC-CCAAATATA-AAA---AGCTGG------------GAAT--------------ATTTTACTCTCATATTTTCAAAGA
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                                                 g-AGA------T-----TCACTGTA----T-----AACAC--CAT-TTTGA-CACGA--TTTTGGAGAAGG----TTAAACAC-ACAC-C-A--TATTACT-Cc
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      AGATAAC-TTTT---T-GATAATAAGGTAATTTACCCTCCAAA-AT
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                    cagagccgaAACTT-ATAACAATATTCATA-----------AAG-----------------------GTA----C-----AACACAACAT-TTTAA-CC-----TTTTGGAAACGG----TTAAACAC-AT-C-T----TATTACT-CT------------------------AG----A--AGAAAC-TAT-TATA--ATGCCCTAT-A--TG-GAC-------AATTAATTAA--A-ATAATATTTT-AATCTATGTCTGTTTAA--AGTCATTCTTTCTTTTTCCATATTACAAATTCAGTACAT--GTATGATAATCTACATAtt
gi|4                          :                                                                                                                                                               atgcttttaagctcatgataacaagttacatgctgcacttacagtgcaataaatatgtgacaAACTT-CTAACACTATGCGAA-----------AAGAT-AAA------T-----TCACTGTA----T-----AACACAAAGA-TTCGA-CAGCA--TTTTAGAGAAGG----TAAATCAC-AGAC-T-A---ATTATT-CTTATAACAAT---TGTTTGTAATCCAT-T-----AGAAAACAAT-TATA--AAGCTTTTT-G--TA-GAT-------AGTTTAATAATGT-AT---ACGTTAAATCGATGTTTACTCAACTAGTGATgtatttatctgttttatagcctgaaaactttgaacgtccaactattatttaccaaaacataaaaagaaaagaaagcagccggtatttacatattcatactcatagatatatatcatatacaaaacagggtgtgcttaaactg
gi|5                          :               gatcatggcggtgattttttaagacttatctttggaaaatagaactatatagtgaacaacatgtataatattcaaatttgtaaacctttattaagtgatggtagtttgatagttatattcaacaaattcccaaaagttttcaagcttatgaggacaagctacatgctacacttatcatacagaaagtgcaaaatatacatgtgacaAACTT-CTAACAATGTTCATT-----------GAGAT-AAAAAA---TG----TCACGGTA----T-----AACA--ACAT-TTTGA-CATGACGTTTTGG-GAAGG----TTAAACAC-ACAT-T-A--TAGTACT---TAAAACAAC---TACTTGTAATCGA--C--A--AGAAAAATGT-TATATTATATTGTTT-AATTT-GGC-------AATTTAGTAATTA-A----GC----AATCGATGTTAATTTGA--AAGGATCTTTTCATTTTTAATATTAACCAT----TATAT--GTATGATAAACTATGTATCAGTTT---TTAATAgc
gi|6                          :                                                                                                                                                                     gtgcgnnnnnnnnnnatgatacaatatatgacaaacagtgcaatatataggtgacaAACTTTCTAACAATATTGATA-----------AGGAA-AAAATCAAGT-----TTATATTAACATT-----AACACAGCAT-TTTAT-CATCA--ATTTTGATAATG----ATAAATTT-ACGC-T-A--TATCACT----GTATCAAAACATGTTTGTAACCTAG-T--A---GAAAACCAT-TATA--ATACTCAAT-A--TT-GAC-------ATTTTAGTAATGA-ATG--CTTTT-AATCGATGTTTATATAA--AATGATATTCTCATTTTAAAGAGTACACAT----TACAT--ATATGATAAttatgccatgcaacttaatgatatacgatatgttcccatgtaaaaagaaacaaaatattcactatggtaaaacattgcgattcacacacatg
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           ttagttaaggtattatgaaacaaattccaaaaggctgaggacacgcttttcatacacttgtatgataaacagtgcaatatgcaaatgatCCAGATAAC-TTTT---TTGATAAGAGCGTAATTTACCC-CCAAA-ATAATAA---AACTGA------------GAGT--------------ATTCAACTCCCAGATTTTCAGAGATATGGGCAAGAAAGCATAAAGTT-TACGAT---AT-TTTCATATATTTCAGT--TA----AA-AACTGT--ACTTTAACATACATAATATGATTTAGGTTTAATAATTTACAAGGGTCTACAAGATAtttgagtatcaaatatcaatattataactctcaaccttgatattctaactataacttacaaa
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                ccTTTT----GGTATAAAAATTTTGT-TTGAGAGGAGTAACTTTTC-CCCCTATTTTTAAAGCA----A-A--GG-G--GTTAAATTAACCTCC-A--------------------ATTT-AGCTAA---ACCATGAGGGTAAA------ATACCCC-CAAAATCACCTAATCAGGGCTAtaagtaatacattctaaacaaggtttttcatattttggtataaaaattttgtttgagaggagtaacttttccccctatttttaaagcaaaggggttaaattaacctccaatttagctaaaccatgagggtaaaatacccccaaaatcacctaatcagggcta
gi|8                          : ccccagataacttttttgataagagcgtaatttacccccaaaataataaaactgagagtattcaactcccagattttcagagatatgggcaagaaagcataaagtttacgatattttcatatatttcagttaaaaactgtactttaacatacataatatgatttaggtttaataatttacaagggtctacaagatataagtaatacattctaaacaaggtttttcataAACA-TATTTATT-----------AAGGT-ACA------T-----TTACAGTA----T-----GATATAACGT-TTTGA-CAGGA--TTTTGGAACCGGGTACTTAAATGCTATGCAT-AACTGTTATT-TTTGTAATAAA---TAACTTTAATC
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              agtccgataattgatagttttattcatcaaattccaaaaggctttaaagtccattgggacaagctacataatacaatatatgacaT-TA-A--ATGCTATGC-A--TA--ACTGTT---ATTTTTGTAATAA-ATA--ACTTT-AATCGGTGTTTACTTAA--AGTGATTCTTTCATTTTGAATATTACAAAT----TACAT--GTATGATAAggtgtttacttaaagtgattctttcattttgaatattacaaattacatgtatgataaaaataggtatcaattagtataactagcaacctttgaacttcttactattatcaaaaaaaaacaactgaaaacaagctacattgacatatttgaagatatat
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          agtccgataattgatagttttattcatcaaattccaaaaggctttaaagtccattgggacaagctacataatacaatatatgacaaacatatttattaaggtacatttacagtatgatataacgttttgacaggattttggaaccgggtacT---TTAGTAAGAGAGTGATATACCC-CCACA-ATGGAAA---AGGTGGAGGTGAGTGGGTGGGT--------------GTATAACTACCAGATTTTTAGATATGCAGGTAAAGAAGCACAACGTC-TAAGAT---ACATTGCA---ATCCTACT--TATTGCAA-AA-T----ATTTTCATATA---AATATTATTTCAGTTAAAAACTTTN----NNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNN-N----N-NTTTG-ACTGT-AAGTTTACTCCC-A--TTTTGAAAATAAAGGGATATTTTAGCTAA---AC-ATTTGGGTAAA------ATACCCC-CAAAACCACCT--TT-GGGCCAaaataggtatcaattagtataactagcaacctttgaacttcttactattatcaaaaaaaaacaactgaaaacaagctacattgacatatttgaagatatat
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): GTTAGCACAATATGTTTTGGAATGGATCACCATACATCAGACTGCTTTTTTATAGCACTATATGAAAATATAGTTTGACAGTTTGATAGTTGTTGTTCAACACATTCCAAAAGGCTTTAAAGCCCATTAGGACTAGCTAGCTACATA
Unaligned ( gi|18 ): CATGTTATTATATATCAAACACCTATACTGTGTTAATAGATACAAATAGCGTTATCTATATTGTTTAATGTGGCGATTAATTTAATTGCAATCCATGTTGATTTG
Unaligned ( gi|20 ): AATTTTAACGATTTAATGATTTGATAGTATTTGATTAATACAACATATTTGAATAACAATTGGAAAATGGTTAGAGCGCA