lowQualScore : 111111111111111
lowQualScore : 1 11 22222222222 1111111111 222222222222222 111 111 1111
lowQualScore : 7 5 66 0 2 6 0 77 66666666666 3 5555555555 3 8888 4 5 5 000000000000000 0 5 7777 1 3 555 3 44 3 2 1 6666 99 2 3 3 1 555 3 33 2 2 88888888 2 666 33 9 5555 5555 555 333 33 33 33 33 444 1 2 7777 44 3
lowQualScore : . . .. . . . . .. ........... . .......... . .... . . . ............... . . .... . . ... . .. . . . .... .. . . . . ... . .. . . ........ . ... .. . .... .... ... ... .. .. .. .. ... . . .... .. .
lowQualScore : 3 0 44 8 5 7 7 99 00000000000 5 1111111111 6 5555 4 3 6 111111111111111 6 3 1111 0 3 888 3 66 3 5 0 5555 44 9 3 1 8 888 1 22 4 4 55555555 4 999 22 8 0000 0000 555 999 11 44 11 22 111 1 4 8888 44 2
consensus : TTATAACGATGTTTTGTAAAACAATCAAACATATGGTTGCTTAACTGGCTAACTTGCATTTCGTTTC-GGTAAGATAGCTNTAT--GT-------TAAGAAAATGAAAAAGACAACA--A---C---T-TGTTTAATATA----TACTTATGGTTTAAATGTATTGCTGATTGATA------TT-ATAAAAATATAACGATTT----AGTCGTTTCCT-TTG---T-A--TAC-GTNTGTAATCAATGT----CGTCATGA-GT-TCA-TGTGTTT---CGTTTATAC-TT--T-GT-A--------AT-ATTG--AAATT--ATNTGT----A----TATGCTTAT--ACTG---T--TCATTA-TTT--GTG--AAATTA---AGCATTTAAT-AAATA---AAAG-TTNGAAAGT
Reference ( gi|6 ) : TTATAACGATGTTTTGTAAAACAATCAAACAGATGGTTGCTTAACAAGCTAACTTGCATTTCGTTTC-GGTAAGATAGCTTTAT--CT-------TAAGAAAATGAAAAAGACAACA--A---C---T-TGTTTAATATA----TACTCATGATTTGAATGTATTGCTGATTGATAAAAATATTGATAAAAATATAACAATTT----AGTCGTTTCCT-TTG---T-A--TAC-GTGTATAATCAATGT----CGTCATGA-GT-TCA-TGTGTTT---CGTTTATAC-TT--T-GT-A--------AT-ATTT--AAATT--ATATGT----A----TATGCTTAA--ACTG---T--TCATTA-TTT--GTG--AAATTA---AGCATTTAAT-AAATA---AAAG-TTTGAAAGT
gi|7 : TTATAACGATGTTT-GTAAAACAATCAAACATATGGTTGCTTAACT-GTTAACTTGAATTTCGTTTC-GGTAAGATAGTTTTAT--GT-------TAAGAAAATGAGAAAGACAACA--A---C---T-TGTTTAAAATA----TAAATTTGATTTAAATGTATTGCTGATTGA----------AACAAAAA-ATAACGATGT----AGTCTTTTCCT-TTG---T-A--TAC-GTGTATACTCAATGT----CGTCGTGA-GT-TCA-TGTGTTT---CGTTTATAC-TT--T-GT-A--------AT-ATTG--AAATT--ATATTT----A----TATGCTTAT--ACTG---T--TCATTA-TTT--ATG--AAACTA---AGCATTTAAT-AAAT----AAAG-TTTGAA
gi|8 : tatctgTAACGATGTTTTGTGAAACAATCAAACATATGGTTGCTTAACTAGTTAACTTGCATTTCGTTTC-GGTAAGATAGCTTTAT--GT-------TAAGAAAATGAAAAAGACAACA--A---C---T-TGTTTAATATAATTATACTTATGATTTAAATGTATTGCTGATTGAAAAAAACA--------AACA-AATTATTT----AGTCGTTTCCT-TTG---T-A--TAC-GTGTATAATTAATGT----CGTCATGA-GT-TCA-TGTGTTT---CGTTTATAC-TT--T-GT-A--------AT-ATAG--AAATT--ATATGT----A----TATGCTTAT--ACTG---T--TCATTA-TTT--GTG--AAACTA---AGCATTTAAT-AAAT----AAAG-TTTGA
gi|14 : TTTGTAAAACAATCATACACATGGTTGCTTAACAAGCTAACTTGCATATCGTTTC-GGTAAGATAGCTATAT--GT-------TAT-----TGAAAAAGACAA-A--A---C---T-TGTTGAATATA----TACTTATCGTTTAAATGTATTGCTGATTG------------ATAAAAATATAACGATTT----GGTCGTTTCCT-TTG---T-A--TAC-GTGTGTAATCAATGT----CGTCATGA-TT-TCA-TG
gi|19 : tgCAATGAAACATAGTGTTGCTTAACTGGCT--------TTTCGTTTC-GGTAAGATAGATGAAT--GT-------TTAACAGCTCAATAAGACAACA--G---CACAT-TGTT
gi|5 : gATAGTTGCTTAACGGGCTAACTTGAATTTCGTTTC-GGTAAGATA------T--GT-------TAAGAAATTGAAAAAGACAACA--ATAAC---T-TGTTTCATATA----TAATTATGATTTAAATGTATTGCTGATT---------ATT---AAAACTACAACGACTT----AGTCGTTTCGA-TTG---T-A--TAC-GTGTATAATCAATGT----CTTCATGA-TT-TCA-CGTGTTT---TGTTTATACTTT--T-AT-A--------AT-ATTG--TAAGT--ATTTGT----G----TATGCTTAT--CCTG---T--TCATTA-TTT--GTG--CAATTA---ATCATTTAAT-AAATAAACAAAG-TTTGAAA
gi|9 : atagaagagacgaaaataaaaacatgtacatgtcaaccaaacatcattgctcggtgatACTTACTTTTCGTTTTTGGTAACATATCTCAATGACTCCATGCATAAGAAAACGAATTAAACAACATGG---CA--T-TGTTTAATC--------CTCAC-------ATCCATTGT--AT-GATACAGTTGTT-------ACACG-CAATGT----GGTCGCTACCT-TTG---C-A--GAC-ATTTGTAATCA-TGT----CGCCATGGCGT-T-A-TGTGTAT---CGTCTATAC-TT--TTGT-ATTATGAAGAT-ATTTGTACAGT--GTATAT----A----TGTGCTTGA--GTCT---T--TAATTC-TTT--GTG--AAATTA---CGCGTTCAATAAAATA---AA---TTTGGAAa
gi|4 : GATAGCAATAT--GT-------TAAGAAATTGAAAAAGACAACA--A---C---T-TGTTTAATATT----TACTTAAGGTTTGAATGTTTTGTTGGATGATAA-----TT-------ATATAAAGATTT----AGACATTTT-T-TTA---T-G--CAC-GTTTGTAATCAATGT----CGGCATGA-TT-TCA-TGTATTT---CGTTTTTAT-TC--T-A--A--------ATCATTG--AAATT--GTTTGT----A----TTTGCTTAT--ACTG---T--TCATAA-TTT--G-------TTA---A--ATTTAAT-AAATA---
gi|10 : gtcattgttgtttgaaaagtatttaaaatgtcatttaaaatacataatttattatacagactggtattttcgtggattgtttttatcattttTAT--GT-------TAAGAAAATGAAAAGGACAACA--A---C---T-TGTTTAATATA----TACTTATGATTTAAATGTATTGCTGATTGATA------------AAAATATAACGATTT----ACTCGTTTCCT-TTT---TTA--TAC-GTGTATGTTCAATGT----CGTCATGA-TT-TAA-TGTGTTT---CGTTTATAC-TT--T-GT-A--------AT-ATTG--AAATT--ATATGT----A----TATACTAAT--AATG---T--TCATTA-TTT--ATA--AAATGA---ATCAATTAAT-AAAT----AAAG-TTTGAAtgtataagcatgaagttgaattacagccg
gi|11 : gcaAGACAACA--A---CAC-TATGTTTAATTTA----TACCTATGGTTTA-----ATTGC--ATT---------ATTGAT-AAAATATAACTAGTA----AGTCATGTCCT-TTC---T-A--TAC-GTTTGT-ATCAATGTCTGCCATCATG--GTGTTA-TTTGTAT---CATTTATAC-TT--T-GT-T--------AT-ATTG--ATAGT--ATATGT----ACTTGTATACTTAT--ACTG---T--TCATTATTTT--GT---AAATTA---AGCATTTAAT-AAAT----AAAG-TTGGAAgt
gi|12 : aattGACAACATCA---C---C-T-TTTAATTTA----TACTTGTGGTTTAAATGCATT----ATTG-------T-TTGATAACAATATAACGATTT----AGTCGTTTCTTCCTA---T-AACTAC-GTTTGTAAACAATTT----CGTCATGA-----TG-TGTGTAT---AGTTTATTT-GT--T-GT-A--------GT-ATTG--AAATT--ATTTCT----A----TATGCTTAAATACTGCACT--TCATTA-TTT--GTG--AAATTATTGAGCATTTAAT-TAAT----AAAG-TT
gi|13 : ACAACA--A---C---T-TGATTAATAGA----TACTTTTAATTTAAATGTAT----GATTGCTGA-----TTGATAAAAATATAACGATTT------------------G---A-A--TAC-GTGTGTATTCAATGT----CGTTATGA-TT-TCA-TGTGTTTTTACGTGTGTAT-TCAAT-GTCG--------AT-AT-----GATTTCATGTGTTTTTA----CGTGTTTAATCAATG---TCGTCATTA-TTT--GTG--AAATTA---AGTATTAAAT-AAATA---AAAGTTTTGAAggg
gi|15 : ACAATCTGTTAAGTGTTTTTCT-TTAAAAT-A--TACCGTTTGTTATCAATGG----CGCCGTGA-AG-CTA-TGAGTAC---CGTTTATAC-TT--T-GA-A--------AT-TTTG--AAAAT--ATCAGC----A----TGAATTTAT--ACTC---T--TCATT--TTT--GT
gi|21 : gaaacaaagcgaagTTT----AGGTTTTTCCT-TTG---T-A--TAC-GGTTGAAATCAATGT----CGTCATAA-GT-T
gi|17 : ATCTATGT----CGTCATGATGT-T-A-TGTGTAT---TGTTTATAC-TT--T-AT-A--------AT-ATTG--AAATT--ATTTGT----A----TATGCTTAA--ACTG---T--TCACTA-TTT--GTG--AAATTA---AGCATTTAAT-AAAT----ATAG-TTGGAAA
gi|16 : A-GG-TCACTG-GTTT---AGTTTATAC-TT--T-GC-A--------AT-ATTA--AAACT--ATTTAT----A----TATGGTTTT--ACTT---T--TCA-CA-TTT--GTG--AAATAA---AGTATTTTAT-AAAT----AAAG-TTGGAAAGTtttggttt
gi|20 : acatgtggatTATAC-TT--T-GT-A--------AC-ATTG--AAAAT--ATATGT----T----TACGTTTAT--ACTG---T--GAATTC-TTT--GTAACAAAT-----AGCGTCT-AT-AAATG---AAttaaacttaaaac
gi|2 : T--T-GT-A--------AT-GTTG--AAAT---ATTTGT----A----TATGATTAT--GCTG---T--TTGTCG-ATT--GTA--AAATTA---AGCATTAAAT-AAATA---AAAG-TT
gi|3 : T--T-GT-A--------AT-ATTG--AAATA--AT-TGT----T----TA-ACATTA--TCTG---T--TTGTCG-ATT--GTG--AAATTA---AGCATTAAAT-AAATA---AAGG--TAGAAAGTcaacgctaatgatgaagaagcaccgagtgaatttcagaaccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacaataaaacaaaaataaaacacaatctgactgtaagcactttatttaaagtgattacaagtcacaaagagaatgaaaacaggaaatcgccacacatgaacttatgttgtcatatcagtgtgatgtctttcggatctgaaaagataaacaagcgaatactagtttttaattaaactatacacactaaaattgaataaggtacatctga
gi|1 : --T-GC-A--------AT-ATTG--AAATA--AT-TGT----A----TATGATGAT--ACTG---T--TTGTTG-ATT--GTG--AAATTA---AGCATTAAAT-AAATA---AAGG--TGGAAAGTagggtcaacgcttatgatgaagaagcgccgagagaatttcagaaccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacaataaaacaaaagtaaaacataatctgactacaagtacttaatttaaagtgattacaattaaaagaaagtcatcgccacacataaacttctgttgtcaaatcagtgagatgtctttcggatctgaaaaaaaa
gi|18 : --T-GT-A--------AT-ATTG--AAAT---ATTTGT----A----TATGATTAT--GCTG---T--TTGTCG-ATT--GTG--AAATTA---AGCATTAAAT-TAATA---AAGG--TGGAAAGTagggtcaacgctaatgataaagaagcgctgagagaatttcagaaccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacaataaaacaaaaataaaacataatctgactacaagcactttatttaaagtgattacaagttacaaagataatgaaaacaggaaatcgccacacatgaacttctgttgtcaaatcagtgtgatgtctttcggatttgaaaaaaacacacaagcaaatactattatttaattaaactatacacaataaaattgaattaggtacatctga
gi|22 : --ACTG---T--TTATTT-TTTTTGTA--AAATTA---AGCATTAAAT-AAagggtcaacgctaatgatgaagaagcactgagataatttcagaacc
Alignments
lowQualScore : 11111111 111 66666666666666 11 1111111 1111
lowQualScore : 3 3 0 5 88888888 2 4 2 99 555 333 3 7777 1 666 3 3 66666666666666 3 3 555 3 44 3 1 6666 00 4 2 1 555 2 33 2 2 2 0 5 4444 4444 2 2 33 33 333 0000000 4444 55 444 7777 33 1
lowQualScore : . . . . ........ . . . .. ... ... . .... . ... . . .............. . . ... . .. . . .... .. . . . ... . .. . . . . . .... .... . . .. .. ... ....... .... .. ... .... .. .
lowQualScore : 2 7 7 7 11111111 8 4 3 22 888 888 3 7777 0 444 6 5 44444444444444 6 1 444 1 22 1 0 1111 77 8 9 0 444 9 11 2 2 2 2 3 7777 7777 2 2 11 11 999 3333333 7777 66 111 7777 55 0
consensus : TTATAACGATGTTTTGTAAAACAATCAAACATATGGTTGCTTAACNGGCTAACTTGCATTTCGTTTC-GGTAAGATA--------GCTNTATGT-TAAGAAANTGAAAAAGACAACA--A---C---T-TGTTTAATATA----TACTTATGATTTAAATGTAT---TGC-TGATTGATA---------ATAA-AAATATA-ACGATTTAGTCGTTTCCT-TTG---T-A--TAC-GTGTGTAATCAATGTC----GTCATGA-GTTCA-TGTGTTT---CGTTTATAC-TT--T-GT-AAT-ATTGAAATTATNTGT----A----TA-TGC-TT--A--TACTG---T-------TC----ATTATTTGTG--AAATTA---AGCATTTAATAAATA---AAAG-TTNGAAAGT
Reference ( family-503 ) : TTATAACGATGTTTTGTAAAACAATCAAACATATGGTTGCTTAACTGGCTAACTTGCATTTCGTTTC-GGTAAGATA--------GCTNTATGT-TAAGAAAATGAAAAAGACAACA--A---C---T-TGTTTAATATA----TACTTATGGTTTAAATGTAT---TGC-TGATTGATA------TT-ATAA-AAATATA-ACGATTTAGTCGTTTCCT-TTG---T-A--TAC-GTNTGTAATCAATGTC----GTCATGA-GTTCA-TGTGTTT---CGTTTATAC-TT--T-GT-AAT-ATTGAAATTATNTGT----A----TA-TGC-TT--A--TACTG---T-------TC----ATTATTTGTG--AAATTA---AGCATTTAATAAATA---AAAG-TTNGAAAGT
gi|1 : --T-GC-AAT-ATTGAAATAAT-TGT----A----TA-TGA-TG--A--TACTG---T-------TT----GTTGATTGTG--AAATTA---AGCATTAAATAAATA---AAGG--TGGAAAGT
gi|10 : TATGT-TAAGAAAATGAAAAGGACAACA--A---C---T-TGTTTAATATA----TACTTATGATTTAAATGTAT---TGC-TGATTGATA------------A-AAATATA-ACGATTTACTCGTTTCCT-TTT---TTA--TAC-GTGTATGTTCAATGTC----GTCATGA-TTTAA-TGTGTTT---CGTTTATAC-TT--T-GT-AAT-ATTGAAATTATATGT----A----TA-TAC-TA--A--TAATG---T-------TC----ATTATTTATA--AAATGA---ATCAATTAATAAAT----AAAG-TTTGAAagggtcaacgctaatgataaagaagcgctgagagaatttcagaaccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacaataaaacaaaaataaaacataatctgactacaagcactttatttaaagtgattacaagttacaaagataatgaaaacaggaaatcgccacacatgaacttctgttgtcaaatcagtgtgatgtctttcggatttgaaaaaaacacacaagcaaatactattatttaattaaactatacacaataaaattgaattaggtacatctga
gi|11 : gcaAGACAACA--A---CAC-TATGTTTAATTTA----TACCTATGGTTTAATTGCAT---T-----ATTGATA--------------AAATATA-ACTAGTAAGTCATGTCCT-TTC---T-A--TAC-GTTTGTA-TCAATGTCTGCCATCATGGTGTT-A-TTTGTAT---CATTTATAC-TT--T-GT-TAT-ATTGATAGTATATGT----ACTTGTA-TAC-TT--A--TACTG---T-------TC----ATTATTT-TGT-AAATTA---AGCATTTAATAAAT----AAAG-TTGGAAgt
gi|12 : aattGACAACATCA---C---C-T-TTTAATTTA----TACTTGTGGTTTAAATGCAT---TAT-TGTTTGATA------------A-CAATATA-ACGATTTAGTCGTTTCTTCCTA---T-AACTAC-GTTTGTAAACAATTTC----GTCATGA----TG-TGTGTAT---AGTTTATTT-GT--T-GT-AGT-ATTGAAATTATTTCT----A----TA-TGC-TTAAA--TACTGCACT-------TC----ATTATTTGTG--AAATTATTGAGCATTTAATTAAT----AAAG-TTG
gi|13 : ACAACA--A---C---T-TGATTAATAGA----TACTTTTAATTTAAATGTATGATTGC-TGATTGATA------------A-AAATATA-ACGATTT--------------G---A-A--TAC-GTGTGTATTCAATGTC----GTTATGA-TTTCA-TGTGTTTTTACGTGTGTAT-TCAAT-GTCGAT-AT-GATTTCATGTGTTTTTA----CG-TGT-TT--AATCAATG---TCG-----TC----ATTATTTGTG--AAATTA---AGTATTAAATAAATA---AAAGTTTTGAAg
gi|14 : TTTGTAAAACAATCATACACATGGTTGCTTAACAAGCTAACTTGCATATCGTTTC-GGTAAGATA--------GCTATATGT-T-----ATTGAAAAAGACAA-A--A---C---T-TGTTGAATATA----TACTTATCGTTTAAATGTAT---TGC-TGATTG------------ATAA-AAATATA-ACGATTTGGTCGTTTCCT-TTG---T-A--TAC-GTGTGTAATCAATGTC----GTCATGA-TTTCA-TG
gi|15 : tgTTTTCT-TTAAAAT-A--TACCGTTTGTTATCAATGGC----GCCGTGA-AGCTA-TGAGTAC---CGTTTATAC-TT--T-GA-AAT-TTTGAAAATATCAGC----A----TG-AAT-TT--A--TACTC---T-------TC----ATT-TTTGT
gi|16 : gaaacaaagcgaagacaatctgttaagtgtA-GGTCACTG-GTTT---AGTTTATAC-TT--T-GC-AAT-ATTAAAACTATTTAT----A----TA-TGG-TT--T--TACTT---T-------TC----A-CATTTGTG--AAATAA---AGTATTTTATAAAT----AAAG-TTGGAAAGT
gi|17 : acatgtggatATCTATGTC----GTCATGATGTT-A-TGTGTAT---TGTTTATAC-TT--T-AT-AAT-ATTGAAATTATTTGT----A----TA-TGC-TT--A--AACTG---T-------TC----ACTATTTGTG--AAATTA---AGCATTTAATAAAT----ATAG-TTGGAAAttaaacttaaaac
gi|18 : --T-GT-AAT-ATTGAAAT-ATTTGT----A----TA-TGA-TT--A--TGCTG---T-------TT----GTCGATTGTG--AAATTA---AGCATTAAATTAATA---AAGG--TGGAAAGTtttggttt
gi|19 : CAATGAAACATAGTGTTGCTTAACTGGCT--------TTTCGTTTC-GGTAAGATA--------GATGAATGT-TTAACAGCTCAATAAGACAACA--G---CACAT-TGTTagggtcaacgctaatgatgaagaagcactgagataatttcagaacc
gi|2 : gT--T-GT-AAT-GTTGAAAT-ATTTGT----A----TA-TGA-TT--A--TGCTG---T-------TT----GTCGATTGTA--AAATTA---AGCATTAAATAAATA---AAAG-TTCAA
gi|20 : TATAC-TT--T-GT-AAC-ATTGAAAATATATGT----T----TA-CGT-TT--A--TACTG---T-------GA----ATTCTTTGTAACAAAT-----AGCGTCT-ATAAATG---AAcgctaatgatgaagaagcaccgagtgaatttcagaaccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacaataaaacaaaaataaaacacaatctgactgtaagcactttatttaaagtgattacaagtcacaaagagaatgaaaacaggaaatcgccacacatgaacttatgttgtcatatcagtgtgatgtctttcggatctgaaaagataaacaagcgaatactagtttttaattaaactatacacactaaaattgaataaggtacatctga
gi|21 : TTTAGGTTTTTCCT-TTG---T-A--TAC-GGTTGAAATCAATGTC----GTCATAA-GTT
gi|3 : T--T-GT-AAT-ATTGAAATAAT-TGT----T----TA--ACATT--A--T-CTG---T-------TT----GTCGATTGTG--AAATTA---AGCATTAAATAAATA---AAGG--TAGAAAGT
gi|4 : GATA--------GCAATATGT-TAAGAAATTGAAAAAGACAACA--A---C---T-TGTTTAATATT----TACTTAAGGTTTGAATGTTT---TGT-TGGATGATAA-----TT-ATA-------TA-AAGATTTAGACATTTT-T-TTA---T-G--CAC-GTTTGTAATCAATGTC----GGCATGA-TTTCA-TGTATTT---CGTTTTTAT-TC--T-A--AATCATTGAAATTGTTTGT----A----TT-TGC-TT--A--TACTG---T-------TC----ATAATTTG-------TTA---A--ATTTAATAAATA---agggtcaacgcttatgatgaagaagcgccgagagaatttcagaaccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacaataaaacaaaagtaaaacataatctgactacaagtacttaatttaaagtgattacaattaaaagaaagtcatcgccacacataaacttctgttgtcaaatcagtgagatgtctttcggatctgaaaaaaaa
gi|5 : gtcattgttgtttgaaaagtatttaaaatgtcatttaaaatacataatttattatacagactggtattttcgtggattgtttttatcattttATATAGTTGCTTAACGGGCTAACTTGAATTTCGTTTC-GGTAAGATA--------------TGT-TAAGAAATTGAAAAAGACAACA--ATAAC---T-TGTTTCATATA----TAATTATGATTTAAATGTAT---TGC-TGATT---A------TT-A--A-AACTACA-ACGACTTAGTCGTTTCGA-TTG---T-A--TAC-GTGTATAATCAATGTC----TTCATGA-TTTCA-CGTGTTT---TGTTTATACTTT--T-AT-AAT-ATTGTAAGTATTTGT----G----TA-TGC-TT--A--TCCTG---T-------TC----ATTATTTGTG--CAATTA---ATCATTTAATAAATAAACAAAG-TTTGAAAtgtataagcatgaagttgaattacagccg
gi|6 : atagaagagacgaaaataaaaacatgtacatgtcaaccaaacatcattgctcggtgTTATAACGATGTTTTGTAAAACAATCAAACAGATGGTTGCTTAACAAGCTAACTTGCATTTCGTTTC-GGTAAGATA--------GCTTTATCT-TAAGAAAATGAAAAAGACAACA--A---C---T-TGTTTAATATA----TACTCATGATTTGAATGTAT---TGC-TGATTGATAAAAATATTGATAA-AAATATA-ACAATTTAGTCGTTTCCT-TTG---T-A--TAC-GTGTATAATCAATGTC----GTCATGA-GTTCA-TGTGTTT---CGTTTATAC-TT--T-GT-AAT-ATTTAAATTATATGT----A----TA-TGC-TT--A--AACTG---T-------TC----ATTATTTGTG--AAATTA---AGCATTTAATAAATA---AAAG-TTTGAAAGTa
gi|7 : TTATAACGATGTTT-GTAAAACAATCAAACATATGGTTGCTTAACTG-TTAACTTGAATTTCGTTTC-GGTAAGATA--------GTTTTATGT-TAAGAAAATGAGAAAGACAACA--A---C---T-TGTTTAAAATA----TAAATTTGATTTAAATGTAT---TGC-TGATTGA-A---------ACAA-AAA-ATA-ACGATGTAGTCTTTTCCT-TTG---T-A--TAC-GTGTATACTCAATGTC----GTCGTGA-GTTCA-TGTGTTT---CGTTTATAC-TT--T-GT-AAT-ATTGAAATTATATTT----A----TA-TGC-TT--A--TACTG---T-------TC----ATTATTTATG--AAACTA---AGCATTTAATAAAT----AAAG-TTTGAA
gi|8 : tatctgTAACGATGTTTTGTGAAACAATCAAACATATGGTTGCTTAACTAGTTAACTTGCATTTCGTTTC-GGTAAGATA--------GCTTTATGT-TAAGAAAATGAAAAAGACAACA--A---C---T-TGTTTAATATAATTATACTTATGATTTAAATGTAT---TGC-TGATTGAAA---------AAAACAAACA-A-ATTATTTAGTCGTTTCCT-TTG---T-A--TAC-GTGTATAATTAATGTC----GTCATGA-GTTCA-TGTGTTT---CGTTTATAC-TT--T-GT-AAT-ATAGAAATTATATGT----A----TA-TGC-TT--A--TACTG---T-------TC----ATTATTTGTG--AAACTA---AGCATTTAATAAAT----AAAG-TTTGA
gi|9 : ACTTACTTTTCGTTTTTGGTAACATATCTCAATGACTCCATGCATAAGAAAACGAATTAAACAACATGG---CA--T-TGTTTAATC--------CTCAC-------ATCCAT---TGTATGAT--ACAG-----TT-GT------TACACGCAATGTGGTCGCTACCT-TTG---C-A--GAC-ATTTGTAATCA-TGTC----GCCATGGCGTT-A-TGTGTAT---CGTCTATAC-TT--TTGT-ATT-AT-GAAGATATTTGT----A----CAGTGT-AT--A--TA-TG---TGCTTGAGTCTTTAATTCTTTGTG--AAATTA---CGCGTTCAATAAAAT---AAAT-TTGGAA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|22 ): ACTGTTTATTTTTTTTGTAAAATTAAGCATTAAATAA
Alignments
lowQualScore : 11111111 111 22222222222222 11 1111111 1111
lowQualScore : 3 1 0 5 88888888 2 4 1 99 555 333 3 7777 666 99999999999999 3 3 55 3 555 3 44 3 1 6666 00 4 2 1 555 2 33 2 2 2 0 5 4444 4444 2 2 33 33 333 0000000 4444 55 444 7777 33 1
lowQualScore : . . . . ........ . . . .. ... ... . .... ... .............. . . .. . ... . .. . . .... .. . . . ... . .. . . . . . .... .... . . .. .. ... ....... .... .. ... .... .. .
lowQualScore : 2 0 7 7 11111111 8 4 0 22 888 888 3 7777 444 44444444444444 6 6 00 1 444 1 22 1 5 1111 77 8 9 0 444 9 11 2 2 2 2 3 7777 7777 2 2 11 11 999 3333333 7777 66 111 7777 55 0
consensus : TTATAACGATGTTTTGTAAAACAATCAAACATATGGTTGCTTAACNGGCTAACTTGCATTTCGTTTC-GGTAAGATA--------GCTNTATGT-TAAGAAANTGAAAAAGACAACA--A---C---T-TGTTTAATATA----TACTTATGATTTAAATGTAT---TGCTGATTGATAA---------TAA-AAATAT-A-ACG--ATTTAGTCGTTTCCTT-TG---T-A--TAC-GTGTGTAATCAATGTC----GTCATGA-GTTCA-TGTGTTT---CGTTTATAC-TT--T-GT-AAT-ATTGAAATTATNTG----TA----TA-TGC-TT--A--TACTG---T-------TC----ATTATTTGTG--AAATTA---AGCATTTAATAAATA---AAAG-TTNGAAAGT
Reference ( family-503 ) : TTATAACGATGTTTTGTAAAACAATCAAACATATGGTTGCTTAACNGGCTAACTTGCATTTCGTTTC-GGTAAGATA--------GCTNTATGT-TAAGAAANTGAAAAAGACAACA--A---C---T-TGTTTAATATA----TACTTATGATTTAAATGTAT---TGCTGATTGATAA---------TAA-AAATAT-A-ACG--ATTTAGTCGTTTCCTT-TG---T-A--TAC-GTGTGTAATCAATGTC----GTCATGA-GTTCA-TGTGTTT---CGTTTATAC-TT--T-GT-AAT-ATTGAAATTATNTG----TA----TA-TGC-TT--A--TACTG---T-------TC----ATTATTTGTG--AAATTA---AGCATTTAATAAATA---AAAG-TTNGAAAGT
gi|1 : --T-GC-AAT-ATTGAAATAAT-TG----TA----TA-TGA-TG--A--TACTG---T-------TT----GTTGATTGTG--AAATTA---AGCATTAAATAAATA---AAGG--TGGAAAGT
gi|10 : TATGT-TAAGAAAATGAAAAGGACAACA--A---C---T-TGTTTAATATA----TACTTATGATTTAAATGTAT---TGCTGATTGATAA-------------AAATAT-A-ACG--ATTTACTCGTTTCCTT-TT---TTA--TAC-GTGTATGTTCAATGTC----GTCATGA-TTTAA-TGTGTTT---CGTTTATAC-TT--T-GT-AAT-ATTGAAATTATATG----TA----TA-TAC-TA--A--TAATG---T-------TC----ATTATTTATA--AAATGA---ATCAATTAATAAAT----AAAG-TTTGAAagggtcaacgctaatgataaagaagcgctgagagaatttcagaaccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacaataaaacaaaaataaaacataatctgactacaagcactttatttaaagtgattacaagttacaaagataatgaaaacaggaaatcgccacacatgaacttctgttgtcaaatcagtgtgatgtctttcggatttgaaaaaaacacacaagcaaatactattatttaattaaactatacacaataaaattgaattaggtacatctga
gi|11 : gcaAGACAACA--A---CAC-TATGTTTAATTTA----TACCTATGGTTTAATTGCAT---T----ATTGATAA--------------AATAT-A-ACT--AGTAAGTCATGTCCTT-TC---T-A--TAC-GTTTGTA-TCAATGTCTGCCATCATGGTGTT-A-TTTGTAT---CATTTATAC-TT--T-GT-TAT-ATTGATAGTATATG----TACTTGTA-TAC-TT--A--TACTG---T-------TC----ATTATTT-TGT-AAATTA---AGCATTTAATAAAT----AAAG-TTGGAAgt
gi|12 : aattGACAACATCA---C---C-T-TTTAATTTA----TACTTGTGGTTTAAATGCAT---TATTGTTTGATAA---------CAA----TAT-A-ACG--ATTTAGTCGTTTCTTCCTA---T-AACTAC-GTTTGTAAACAATTTC----GTCATGA----TG-TGTGTAT---AGTTTATTT-GT--T-GT-AGT-ATTGAAATTATTTC----TA----TA-TGC-TTAAA--TACTGCACT-------TC----ATTATTTGTG--AAATTATTGAGCATTTAATTAAT----AAAG-TTG
gi|13 : ACAACA--A---C---T-TGATTAATAGA----TACTTTTAATTTAAATGTATGATTGCTGATTGATAA-------------AAATAT-A-ACG--ATTT--------------G---A-A--TAC-GTGTGTATTCAATGTC----GTTATGA-TTTCA-TGTGTTTTTACGTGTGTAT-TCAAT-GTCGAT-A-TGATTTCATGTGTTTTTA----CG-TGT-TT--AATCAATG---TCG-----TC----ATTATTTGTG--AAATTA---AGTATTAAATAAATA---AAAGTTTTGAAg
gi|14 : TTTGTAAAACAATCATACACATGGTTGCTTAACAAGCTAACTTGCATATCGTTTC-GGTAAGATA--------GCTATATGT-T-----ATTGAAAAAGACAA-A--A---C---T-TGTTGAATATA----TACTTATCGTTTAAATGTAT---TGCTGATTG---A---------TAA-AAATAT-A-ACG--ATTTGGTCGTTTCCTT-TG---T-A--TAC-GTGTGTAATCAATGTC----GTCATGA-TTTCA-TG
gi|15 : tgTTTTCTT-TAAAAT-A--TACCGTTTGTTATCAATGGC----GCCGTGA-AGCTA-TGAGTAC---CGTTTATAC-TT--T-GA-AAT-TTTGAAAATATCAG----CA----TG-AAT-TT--A--TACTC---T-------TC----ATT-TTTGT
gi|16 : gaaacaaagcgaagacaatctgttaagtgtA-GGTCACTG-GTTT---AGTTTATAC-TT--T-GC-AAT-ATTAAAACTATTTA----TA----TA-TGG-TT--T--TACTT---T-------TC----A-CATTTGTG--AAATAA---AGTATTTTATAAAT----AAAG-TTGGAAAGT
gi|17 : acatgtggatATCTATGTC----GTCATGATGTT-A-TGTGTAT---TGTTTATAC-TT--T-AT-AAT-ATTGAAATTATTTG----TA----TA-TGC-TT--A--AACTG---T-------TC----ACTATTTGTG--AAATTA---AGCATTTAATAAAT----ATAG-TTGGAAAttaaacttaaaac
gi|18 : --T-GT-AAT-ATTGAAAT-ATTTG----TA----TA-TGA-TT--A--TGCTG---T-------TT----GTCGATTGTG--AAATTA---AGCATTAAATTAATA---AAGG--TGGAAAGTtttggttt
gi|19 : CAATGAAACATAGTGTTGCTTAACTGGCT--------TTTCGTTTC-GGTAAGATA--------GATGAATGT-TTAACAGCTCAATAAGACAACA--G---CACAT-TGTTagggtcaacgctaatgatgaagaagcactgagataatttcagaacc
gi|2 : gT--T-GT-AAT-GTTGAAAT-ATTTG----TA----TA-TGA-TT--A--TGCTG---T-------TT----GTCGATTGTA--AAATTA---AGCATTAAATAAATA---AAAG-TTCAA
gi|20 : TATAC-TT--T-GT-AAC-ATTGAAAATATATG----TT----TA-CGT-TT--A--TACTG---T-------GA----ATTCTTTGTAACAAAT-----AGCGTCT-ATAAATG---AAcgctaatgatgaagaagcaccgagtgaatttcagaaccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacaataaaacaaaaataaaacacaatctgactgtaagcactttatttaaagtgattacaagtcacaaagagaatgaaaacaggaaatcgccacacatgaacttatgttgtcatatcagtgtgatgtctttcggatctgaaaagataaacaagcgaatactagtttttaattaaactatacacactaaaattgaataaggtacatctga
gi|21 : TTTAGGTTTTTCCTT-TG---T-A--TAC-GGTTGAAATCAATGTC----GTCATAA-GTT
gi|3 : T--T-GT-AAT-ATTGAAATAAT-TG----TT----TA--ACATT--A--T-CTG---T-------TT----GTCGATTGTG--AAATTA---AGCATTAAATAAATA---AAGG--TAGAAAGT
gi|4 : GATA--------GCAATATGT-TAAGAAATTGAAAAAGACAACA--A---C---T-TGTTTAATATT----TACTTAAGGTTTGAATGTTT---TGTTGGATGATAA---------TTA----TAT-A-AAG--ATTTAGACATTTT-TT-TA---T-G--CAC-GTTTGTAATCAATGTC----GGCATGA-TTTCA-TGTATTT---CGTTTTTAT-TC--T-A--AATCATTGAAATTGTTTG----TA----TT-TGC-TT--A--TACTG---T-------TC----ATAATTTG-------TTA---A--ATTTAATAAATA---agggtcaacgcttatgatgaagaagcgccgagagaatttcagaaccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacaataaaacaaaagtaaaacataatctgactacaagtacttaatttaaagtgattacaattaaaagaaagtcatcgccacacataaacttctgttgtcaaatcagtgagatgtctttcggatctgaaaaaaaa
gi|5 : gtcattgttgtttgaaaagtatttaaaatgtcatttaaaatacataatttattatacagactggtattttcgtggattgtttttatcattttATATAGTTGCTTAACGGGCTAACTTGAATTTCGTTTC-GGTAAGATA--------------TGT-TAAGAAATTGAAAAAGACAACA--ATAAC---T-TGTTTCATATA----TAATTATGATTTAAATGTAT---TGCTGATT-AT-----------TAA-AACTAC-A-ACG--ACTTAGTCGTTTCGAT-TG---T-A--TAC-GTGTATAATCAATGTC----TTCATGA-TTTCA-CGTGTTT---TGTTTATACTTT--T-AT-AAT-ATTGTAAGTATTTG----TG----TA-TGC-TT--A--TCCTG---T-------TC----ATTATTTGTG--CAATTA---ATCATTTAATAAATAAACAAAG-TTTGAAAtgtataagcatgaagttgaattacagccg
gi|6 : atagaagagacgaaaataaaaacatgtacatgtcaaccaaacatcattgctcggtgTTATAACGATGTTTTGTAAAACAATCAAACAGATGGTTGCTTAACAAGCTAACTTGCATTTCGTTTC-GGTAAGATA--------GCTTTATCT-TAAGAAAATGAAAAAGACAACA--A---C---T-TGTTTAATATA----TACTCATGATTTGAATGTAT---TGCTGATTGATAAAAATATTGATAA-AAATAT-A-ACA--ATTTAGTCGTTTCCTT-TG---T-A--TAC-GTGTATAATCAATGTC----GTCATGA-GTTCA-TGTGTTT---CGTTTATAC-TT--T-GT-AAT-ATTTAAATTATATG----TA----TA-TGC-TT--A--AACTG---T-------TC----ATTATTTGTG--AAATTA---AGCATTTAATAAATA---AAAG-TTTGAAAGTa
gi|7 : TTATAACGATGTTT-GTAAAACAATCAAACATATGGTTGCTTAACTG-TTAACTTGAATTTCGTTTC-GGTAAGATA--------GTTTTATGT-TAAGAAAATGAGAAAGACAACA--A---C---T-TGTTTAAAATA----TAAATTTGATTTAAATGTAT---TGCTGATTGA-AA---------CAA-AAA-AT-A-ACG--ATGTAGTCTTTTCCTT-TG---T-A--TAC-GTGTATACTCAATGTC----GTCGTGA-GTTCA-TGTGTTT---CGTTTATAC-TT--T-GT-AAT-ATTGAAATTATATT----TA----TA-TGC-TT--A--TACTG---T-------TC----ATTATTTATG--AAACTA---AGCATTTAATAAAT----AAAG-TTTGAA
gi|8 : tatctgTAACGATGTTTTGTGAAACAATCAAACATATGGTTGCTTAACTAGTTAACTTGCATTTCGTTTC-GGTAAGATA--------GCTTTATGT-TAAGAAAATGAAAAAGACAACA--A---C---T-TGTTTAATATAATTATACTTATGATTTAAATGTAT---TGCTGATTGAAAA---------AAACAAACA--A-ATT--ATTTAGTCGTTTCCTT-TG---T-A--TAC-GTGTATAATTAATGTC----GTCATGA-GTTCA-TGTGTTT---CGTTTATAC-TT--T-GT-AAT-ATAGAAATTATATG----TA----TA-TGC-TT--A--TACTG---T-------TC----ATTATTTGTG--AAACTA---AGCATTTAATAAAT----AAAG-TTTGA
gi|9 : ACTTACTTTTCGTTTTTGGTAACATATCTCAATGACTCCATGCATAAGAAAACGAATTAAACAACATGG---CA--T-TGTTTAATC--------CTCAC-------ATCCAT---TGT------ATGA---------TAC-AGTTGTTACACGCAATGTGGTCGCTACCTT-TG---C-A--GAC-ATTTGTAATCA-TGTC----GCCATGGCGTT-A-TGTGTAT---CGTCTATAC-TT--TTGT-ATT-AT-GAAGATATTTG----TA----CAGTGT-AT--A--TA-TG---TGCTTGAGTCTTTAATTCTTTGTG--AAATTA---CGCGTTCAATAAAAT---AAAT-TTGGAA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|22 ): ACTGTTTATTTTTTTTGTAAAATTAAGCATTAAATAA
Alignments
lowQualScore : 11111111 111 22222222222222 11 1111111 1111
lowQualScore : 3 1 0 5 88888888 2 4 1 99 555 333 3 7777 666 99999999999999 3 3 55 3 555 3 44 3 1 6666 00 4 2 1 555 2 33 2 2 2 0 5 4444 4444 2 2 33 33 333 0000000 4444 55 444 7777 33 1
lowQualScore : . . . . ........ . . . .. ... ... . .... ... .............. . . .. . ... . .. . . .... .. . . . ... . .. . . . . . .... .... . . .. .. ... ....... .... .. ... .... .. .
lowQualScore : 2 0 7 7 11111111 8 4 0 22 888 888 3 7777 444 44444444444444 6 6 00 1 444 1 22 1 5 1111 77 8 9 0 444 9 11 2 2 2 2 3 7777 7777 2 2 11 11 999 3333333 7777 66 111 7777 55 0
consensus : TTATAACGATGTTTTGTAAAACAATCAAACATATGGTTGCTTAACNGGCTAACTTGCATTTCGTTTC-GGTAAGATA--------GCTNTATGT-TAAGAAANTGAAAAAGACAACA--A---C---T-TGTTTAATATA----TACTTATGATTTAAATGTAT---TGCTGATTGATAA---------TAA-AAATAT-A-ACG--ATTTAGTCGTTTCCTT-TG---T-A--TAC-GTGTGTAATCAATGTC----GTCATGA-GTTCA-TGTGTTT---CGTTTATAC-TT--T-GT-AAT-ATTGAAATTATNTG----TA----TA-TGC-TT--A--TACTG---T-------TC----ATTATTTGTG--AAATTA---AGCATTTAATAAATA---AAAG-TTNGAAAGT
Reference ( family-503 ) : TTATAACGATGTTTTGTAAAACAATCAAACATATGGTTGCTTAACNGGCTAACTTGCATTTCGTTTC-GGTAAGATA--------GCTNTATGT-TAAGAAANTGAAAAAGACAACA--A---C---T-TGTTTAATATA----TACTTATGATTTAAATGTAT---TGCTGATTGATAA---------TAA-AAATAT-A-ACG--ATTTAGTCGTTTCCTT-TG---T-A--TAC-GTGTGTAATCAATGTC----GTCATGA-GTTCA-TGTGTTT---CGTTTATAC-TT--T-GT-AAT-ATTGAAATTATNTG----TA----TA-TGC-TT--A--TACTG---T-------TC----ATTATTTGTG--AAATTA---AGCATTTAATAAATA---AAAG-TTNGAAAGT
gi|1 : --T-GC-AAT-ATTGAAATAAT-TG----TA----TA-TGA-TG--A--TACTG---T-------TT----GTTGATTGTG--AAATTA---AGCATTAAATAAATA---AAGG--TGGAAAGT
gi|10 : TATGT-TAAGAAAATGAAAAGGACAACA--A---C---T-TGTTTAATATA----TACTTATGATTTAAATGTAT---TGCTGATTGATAA-------------AAATAT-A-ACG--ATTTACTCGTTTCCTT-TT---TTA--TAC-GTGTATGTTCAATGTC----GTCATGA-TTTAA-TGTGTTT---CGTTTATAC-TT--T-GT-AAT-ATTGAAATTATATG----TA----TA-TAC-TA--A--TAATG---T-------TC----ATTATTTATA--AAATGA---ATCAATTAATAAAT----AAAG-TTTGAAagggtcaacgctaatgataaagaagcgctgagagaatttcagaaccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacaataaaacaaaaataaaacataatctgactacaagcactttatttaaagtgattacaagttacaaagataatgaaaacaggaaatcgccacacatgaacttctgttgtcaaatcagtgtgatgtctttcggatttgaaaaaaacacacaagcaaatactattatttaattaaactatacacaataaaattgaattaggtacatctga
gi|11 : gcaAGACAACA--A---CAC-TATGTTTAATTTA----TACCTATGGTTTAATTGCAT---T----ATTGATAA--------------AATAT-A-ACT--AGTAAGTCATGTCCTT-TC---T-A--TAC-GTTTGTA-TCAATGTCTGCCATCATGGTGTT-A-TTTGTAT---CATTTATAC-TT--T-GT-TAT-ATTGATAGTATATG----TACTTGTA-TAC-TT--A--TACTG---T-------TC----ATTATTT-TGT-AAATTA---AGCATTTAATAAAT----AAAG-TTGGAAgt
gi|12 : aattGACAACATCA---C---C-T-TTTAATTTA----TACTTGTGGTTTAAATGCAT---TATTGTTTGATAA---------CAA----TAT-A-ACG--ATTTAGTCGTTTCTTCCTA---T-AACTAC-GTTTGTAAACAATTTC----GTCATGA----TG-TGTGTAT---AGTTTATTT-GT--T-GT-AGT-ATTGAAATTATTTC----TA----TA-TGC-TTAAA--TACTGCACT-------TC----ATTATTTGTG--AAATTATTGAGCATTTAATTAAT----AAAG-TTG
gi|13 : ACAACA--A---C---T-TGATTAATAGA----TACTTTTAATTTAAATGTATGATTGCTGATTGATAA-------------AAATAT-A-ACG--ATTT--------------G---A-A--TAC-GTGTGTATTCAATGTC----GTTATGA-TTTCA-TGTGTTTTTACGTGTGTAT-TCAAT-GTCGAT-A-TGATTTCATGTGTTTTTA----CG-TGT-TT--AATCAATG---TCG-----TC----ATTATTTGTG--AAATTA---AGTATTAAATAAATA---AAAGTTTTGAAg
gi|14 : TTTGTAAAACAATCATACACATGGTTGCTTAACAAGCTAACTTGCATATCGTTTC-GGTAAGATA--------GCTATATGT-T-----ATTGAAAAAGACAA-A--A---C---T-TGTTGAATATA----TACTTATCGTTTAAATGTAT---TGCTGATTG---A---------TAA-AAATAT-A-ACG--ATTTGGTCGTTTCCTT-TG---T-A--TAC-GTGTGTAATCAATGTC----GTCATGA-TTTCA-TG
gi|15 : tgTTTTCTT-TAAAAT-A--TACCGTTTGTTATCAATGGC----GCCGTGA-AGCTA-TGAGTAC---CGTTTATAC-TT--T-GA-AAT-TTTGAAAATATCAG----CA----TG-AAT-TT--A--TACTC---T-------TC----ATT-TTTGT
gi|16 : gaaacaaagcgaagacaatctgttaagtgtA-GGTCACTG-GTTT---AGTTTATAC-TT--T-GC-AAT-ATTAAAACTATTTA----TA----TA-TGG-TT--T--TACTT---T-------TC----A-CATTTGTG--AAATAA---AGTATTTTATAAAT----AAAG-TTGGAAAGT
gi|17 : acatgtggatATCTATGTC----GTCATGATGTT-A-TGTGTAT---TGTTTATAC-TT--T-AT-AAT-ATTGAAATTATTTG----TA----TA-TGC-TT--A--AACTG---T-------TC----ACTATTTGTG--AAATTA---AGCATTTAATAAAT----ATAG-TTGGAAAttaaacttaaaac
gi|18 : --T-GT-AAT-ATTGAAAT-ATTTG----TA----TA-TGA-TT--A--TGCTG---T-------TT----GTCGATTGTG--AAATTA---AGCATTAAATTAATA---AAGG--TGGAAAGTtttggttt
gi|19 : CAATGAAACATAGTGTTGCTTAACTGGCT--------TTTCGTTTC-GGTAAGATA--------GATGAATGT-TTAACAGCTCAATAAGACAACA--G---CACAT-TGTTagggtcaacgctaatgatgaagaagcactgagataatttcagaacc
gi|2 : gT--T-GT-AAT-GTTGAAAT-ATTTG----TA----TA-TGA-TT--A--TGCTG---T-------TT----GTCGATTGTA--AAATTA---AGCATTAAATAAATA---AAAG-TTCAA
gi|20 : TATAC-TT--T-GT-AAC-ATTGAAAATATATG----TT----TA-CGT-TT--A--TACTG---T-------GA----ATTCTTTGTAACAAAT-----AGCGTCT-ATAAATG---AAcgctaatgatgaagaagcaccgagtgaatttcagaaccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacaataaaacaaaaataaaacacaatctgactgtaagcactttatttaaagtgattacaagtcacaaagagaatgaaaacaggaaatcgccacacatgaacttatgttgtcatatcagtgtgatgtctttcggatctgaaaagataaacaagcgaatactagtttttaattaaactatacacactaaaattgaataaggtacatctga
gi|21 : TTTAGGTTTTTCCTT-TG---T-A--TAC-GGTTGAAATCAATGTC----GTCATAA-GTT
gi|3 : T--T-GT-AAT-ATTGAAATAAT-TG----TT----TA--ACATT--A--T-CTG---T-------TT----GTCGATTGTG--AAATTA---AGCATTAAATAAATA---AAGG--TAGAAAGT
gi|4 : GATA--------GCAATATGT-TAAGAAATTGAAAAAGACAACA--A---C---T-TGTTTAATATT----TACTTAAGGTTTGAATGTTT---TGTTGGATGATAA---------TTA----TAT-A-AAG--ATTTAGACATTTT-TT-TA---T-G--CAC-GTTTGTAATCAATGTC----GGCATGA-TTTCA-TGTATTT---CGTTTTTAT-TC--T-A--AATCATTGAAATTGTTTG----TA----TT-TGC-TT--A--TACTG---T-------TC----ATAATTTG-------TTA---A--ATTTAATAAATA---agggtcaacgcttatgatgaagaagcgccgagagaatttcagaaccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacaataaaacaaaagtaaaacataatctgactacaagtacttaatttaaagtgattacaattaaaagaaagtcatcgccacacataaacttctgttgtcaaatcagtgagatgtctttcggatctgaaaaaaaa
gi|5 : gtcattgttgtttgaaaagtatttaaaatgtcatttaaaatacataatttattatacagactggtattttcgtggattgtttttatcattttATATAGTTGCTTAACGGGCTAACTTGAATTTCGTTTC-GGTAAGATA--------------TGT-TAAGAAATTGAAAAAGACAACA--ATAAC---T-TGTTTCATATA----TAATTATGATTTAAATGTAT---TGCTGATT-AT-----------TAA-AACTAC-A-ACG--ACTTAGTCGTTTCGAT-TG---T-A--TAC-GTGTATAATCAATGTC----TTCATGA-TTTCA-CGTGTTT---TGTTTATACTTT--T-AT-AAT-ATTGTAAGTATTTG----TG----TA-TGC-TT--A--TCCTG---T-------TC----ATTATTTGTG--CAATTA---ATCATTTAATAAATAAACAAAG-TTTGAAAtgtataagcatgaagttgaattacagccg
gi|6 : atagaagagacgaaaataaaaacatgtacatgtcaaccaaacatcattgctcggtgTTATAACGATGTTTTGTAAAACAATCAAACAGATGGTTGCTTAACAAGCTAACTTGCATTTCGTTTC-GGTAAGATA--------GCTTTATCT-TAAGAAAATGAAAAAGACAACA--A---C---T-TGTTTAATATA----TACTCATGATTTGAATGTAT---TGCTGATTGATAAAAATATTGATAA-AAATAT-A-ACA--ATTTAGTCGTTTCCTT-TG---T-A--TAC-GTGTATAATCAATGTC----GTCATGA-GTTCA-TGTGTTT---CGTTTATAC-TT--T-GT-AAT-ATTTAAATTATATG----TA----TA-TGC-TT--A--AACTG---T-------TC----ATTATTTGTG--AAATTA---AGCATTTAATAAATA---AAAG-TTTGAAAGTa
gi|7 : TTATAACGATGTTT-GTAAAACAATCAAACATATGGTTGCTTAACTG-TTAACTTGAATTTCGTTTC-GGTAAGATA--------GTTTTATGT-TAAGAAAATGAGAAAGACAACA--A---C---T-TGTTTAAAATA----TAAATTTGATTTAAATGTAT---TGCTGATTGA-AA---------CAA-AAA-AT-A-ACG--ATGTAGTCTTTTCCTT-TG---T-A--TAC-GTGTATACTCAATGTC----GTCGTGA-GTTCA-TGTGTTT---CGTTTATAC-TT--T-GT-AAT-ATTGAAATTATATT----TA----TA-TGC-TT--A--TACTG---T-------TC----ATTATTTATG--AAACTA---AGCATTTAATAAAT----AAAG-TTTGAA
gi|8 : tatctgTAACGATGTTTTGTGAAACAATCAAACATATGGTTGCTTAACTAGTTAACTTGCATTTCGTTTC-GGTAAGATA--------GCTTTATGT-TAAGAAAATGAAAAAGACAACA--A---C---T-TGTTTAATATAATTATACTTATGATTTAAATGTAT---TGCTGATTGAAAA---------AAACAAACA--A-ATT--ATTTAGTCGTTTCCTT-TG---T-A--TAC-GTGTATAATTAATGTC----GTCATGA-GTTCA-TGTGTTT---CGTTTATAC-TT--T-GT-AAT-ATAGAAATTATATG----TA----TA-TGC-TT--A--TACTG---T-------TC----ATTATTTGTG--AAACTA---AGCATTTAATAAAT----AAAG-TTTGA
gi|9 : ACTTACTTTTCGTTTTTGGTAACATATCTCAATGACTCCATGCATAAGAAAACGAATTAAACAACATGG---CA--T-TGTTTAATC--------CTCAC-------ATCCAT---TGT------ATGA---------TAC-AGTTGTTACACGCAATGTGGTCGCTACCTT-TG---C-A--GAC-ATTTGTAATCA-TGTC----GCCATGGCGTT-A-TGTGTAT---CGTCTATAC-TT--TTGT-ATT-AT-GAAGATATTTG----TA----CAGTGT-AT--A--TA-TG---TGCTTGAGTCTTTAATTCTTTGTG--AAATTA---CGCGTTCAATAAAAT---AAAT-TTGGAA
blockSeqs : T T T TCTCAATG G A T TC TAA ACA A ATTA GAT AAATATTGATAAA T C CA C AAA . AC C T TGCC TG T C A TTA T AA T C C A TTTT CTTG G A AA AT CAC GCTTGAG TTTA AC TTG AAAC TT T
blockSeqs : T G . . A . C TG . AC . . . AAACA . . . . . . . . T . TG C . A . . . . . . A . . . . . . . CG . T . A T G
blockSeqs : . A . . T . T . . A . . . TAAA . . . . . . . . G . CG C . T . . . . . . T . . . . . . . . . . . A T G
blockSeqs : T . . T . T . . . . . . TAAA . . . . . . . . G . T T . A . . . . . . G . . . . . . . . . . . A T T
blockSeqs : T . . T . A . . . . . . CAAA . . . . . . . . T . T C . T . . . . . . C . . . . . . . . . . . G T G
blockSeqs : . . C . A . . . . . . TACA . . . . . . . . T . A C . A . . . . . . T . . . . . . . . . . . A T G
blockSeqs : . . . A . . . . . . CAA . . . . . . . . T . G C . T . . . . . . T . . . . . . . . . . . A T G
blockSeqs : . A . . . . . . TTA . . . . . . . . G . G C . T . . . . . . T . . . . . . . . . . . A T C
blockSeqs : . . . . . . A . . . . . . . . G . T C . T . . . . . . T . . . . . . . . . . . T T A
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . G . T C . T . . . . . . A . . . . . . . . . . . . T T
blockSeqs : . . . . . . . . . G . G . . T . . . . . . T . . . . . . . . . . . . T T
blockSeqs : . . . . . T . G . . A . . . . . . T . . . . . . . . . . . . T T
blockSeqs : . G . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . T
blockSeqs : . . . . . A . . . . . . . . . . . . . G
blockSeqs : . . . . A . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . T . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqCons : TAAA********** T*
originalCons : TTATAACGATGTTTTGTAAAACAATCAAACATATGGTTGCTTAACNGGCTAACTTGCATTTCGTTTC-GGTAAGATA--------GCTNTATGT-TAAGAAANTGAAAAAGACAACA--A---C---T-TGTTTAATATA----TACTTATGATTTAAATGTAT---TGCTGATTGATAA---------TAA-AAATAT-A-ACG--ATTTAGTCGTTTCCTT-TG---T-A--TAC-GTGTGTAATCAATGTC----GTCATGA-GTTCA-TGTGTTT---CGTTTATAC-TT--T-GT-AAT-ATTGAAATTATNTG----TA----TA-TGC-TT--A--TACTG---T-------TC----ATTATTTGTG--AAATTA---AGCATTTAATAAATA---AAAG-TTNGAAAGT
finalCons : TTATAACGATGTTTTGTAAAACAATCAAACATATGGTTGCTTAACNGGCTAACTTGCATTTCGTTTC-GGTAAGATA--------GCTNTATGT-TAAGAAANTGAAAAAGACAACA--A---C---T-TGTTTAATATA----TACTTATGATTTAAATGTAT---TGCTGATTGATAATAAA----------AATAT-A-ACG--ATTTAGTCGTTTCCTT-TG---T-A--TAC-GTGTGTAATCAATGTC----GTCATGA-GTTCA-TGTGTTT---CGTTTATAC-TT--T-GT-AAT-ATTGAAATTATNTG----TA----TA-TGC-TT--A--TACTG---T-------TC----ATTATTTGTG--AAATTA---AGCATTTAATAAATA---AAAGT-TNGAAAGT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|22 ): ACTGTTTATTTTTTTTGTAAAATTAAGCATTAAATAA
Alignments
lowQualScore : 11111111 111 22222222222222 11 1111111 1111
lowQualScore : 3 1 0 5 88888888 2 4 1 99 555 333 3 7777 666 99999999999999 3 3 55 3 555 3 44 3 1 6666 00 4 2 1 555 2 33 2 2 2 0 5 4444 4444 2 2 33 33 333 0000000 4444 55 444 7777 33 1
lowQualScore : . . . . ........ . . . .. ... ... . .... ... .............. . . .. . ... . .. . . .... .. . . . ... . .. . . . . . .... .... . . .. .. ... ....... .... .. ... .... .. .
lowQualScore : 2 0 7 7 11111111 8 4 0 22 888 888 3 7777 444 44444444444444 6 6 00 1 444 1 22 1 5 1111 77 8 9 0 444 9 11 2 2 2 2 3 7777 7777 2 2 11 11 999 3333333 7777 66 111 7777 55 0
consensus : TTATAACGATGTTTTGTAAAACAATCAAACATATGGTTGCTTAACNGGCTAACTTGCATTTCGTTTC-GGTAAGATA--------GCTNTATGT-TAAGAAANTGAAAAAGACAACA--A---C---T-TGTTTAATATA----TACTTATGATTTAAATGTAT---TGCTGATTGATAA---------TAA-AAATAT-A-ACG--ATTTAGTCGTTTCCTT-TG---T-A--TAC-GTGTGTAATCAATGTC----GTCATGA-GTTCA-TGTGTTT---CGTTTATAC-TT--T-GT-AAT-ATTGAAATTATNTG----TA----TA-TGC-TT--A--TACTG---T-------TC----ATTATTTGTG--AAATTA---AGCATTTAATAAATA---AAAG-TTNGAAAGT
Reference ( family-503 ) : TTATAACGATGTTTTGTAAAACAATCAAACATATGGTTGCTTAACNGGCTAACTTGCATTTCGTTTC-GGTAAGATA--------GCTNTATGT-TAAGAAANTGAAAAAGACAACA--A---C---T-TGTTTAATATA----TACTTATGATTTAAATGTAT---TGCTGATTGATAA---------TAA-AAATAT-A-ACG--ATTTAGTCGTTTCCTT-TG---T-A--TAC-GTGTGTAATCAATGTC----GTCATGA-GTTCA-TGTGTTT---CGTTTATAC-TT--T-GT-AAT-ATTGAAATTATNTG----TA----TA-TGC-TT--A--TACTG---T-------TC----ATTATTTGTG--AAATTA---AGCATTTAATAAATA---AAAG-TTNGAAAGT
gi|1 : --T-GC-AAT-ATTGAAATAAT-TG----TA----TA-TGA-TG--A--TACTG---T-------TT----GTTGATTGTG--AAATTA---AGCATTAAATAAATA---AAGG--TGGAAAGT
gi|10 : TATGT-TAAGAAAATGAAAAGGACAACA--A---C---T-TGTTTAATATA----TACTTATGATTTAAATGTAT---TGCTGATTGATAA-------------AAATAT-A-ACG--ATTTACTCGTTTCCTT-TT---TTA--TAC-GTGTATGTTCAATGTC----GTCATGA-TTTAA-TGTGTTT---CGTTTATAC-TT--T-GT-AAT-ATTGAAATTATATG----TA----TA-TAC-TA--A--TAATG---T-------TC----ATTATTTATA--AAATGA---ATCAATTAATAAAT----AAAG-TTTGAAagggtcaacgctaatgataaagaagcgctgagagaatttcagaaccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacaataaaacaaaaataaaacataatctgactacaagcactttatttaaagtgattacaagttacaaagataatgaaaacaggaaatcgccacacatgaacttctgttgtcaaatcagtgtgatgtctttcggatttgaaaaaaacacacaagcaaatactattatttaattaaactatacacaataaaattgaattaggtacatctga
gi|11 : gcaAGACAACA--A---CAC-TATGTTTAATTTA----TACCTATGGTTTAATTGCAT---T----ATTGATAA--------------AATAT-A-ACT--AGTAAGTCATGTCCTT-TC---T-A--TAC-GTTTGTA-TCAATGTCTGCCATCATGGTGTT-A-TTTGTAT---CATTTATAC-TT--T-GT-TAT-ATTGATAGTATATG----TACTTGTA-TAC-TT--A--TACTG---T-------TC----ATTATTT-TGT-AAATTA---AGCATTTAATAAAT----AAAG-TTGGAAgt
gi|12 : aattGACAACATCA---C---C-T-TTTAATTTA----TACTTGTGGTTTAAATGCAT---TATTGTTTGATAA---------CAA----TAT-A-ACG--ATTTAGTCGTTTCTTCCTA---T-AACTAC-GTTTGTAAACAATTTC----GTCATGA----TG-TGTGTAT---AGTTTATTT-GT--T-GT-AGT-ATTGAAATTATTTC----TA----TA-TGC-TTAAA--TACTGCACT-------TC----ATTATTTGTG--AAATTATTGAGCATTTAATTAAT----AAAG-TTG
gi|13 : ACAACA--A---C---T-TGATTAATAGA----TACTTTTAATTTAAATGTATGATTGCTGATTGATAA-------------AAATAT-A-ACG--ATTT--------------G---A-A--TAC-GTGTGTATTCAATGTC----GTTATGA-TTTCA-TGTGTTTTTACGTGTGTAT-TCAAT-GTCGAT-A-TGATTTCATGTGTTTTTA----CG-TGT-TT--AATCAATG---TCG-----TC----ATTATTTGTG--AAATTA---AGTATTAAATAAATA---AAAGTTTTGAAg
gi|14 : TTTGTAAAACAATCATACACATGGTTGCTTAACAAGCTAACTTGCATATCGTTTC-GGTAAGATA--------GCTATATGT-T-----ATTGAAAAAGACAA-A--A---C---T-TGTTGAATATA----TACTTATCGTTTAAATGTAT---TGCTGATTG---A---------TAA-AAATAT-A-ACG--ATTTGGTCGTTTCCTT-TG---T-A--TAC-GTGTGTAATCAATGTC----GTCATGA-TTTCA-TG
gi|15 : tgTTTTCTT-TAAAAT-A--TACCGTTTGTTATCAATGGC----GCCGTGA-AGCTA-TGAGTAC---CGTTTATAC-TT--T-GA-AAT-TTTGAAAATATCAG----CA----TG-AAT-TT--A--TACTC---T-------TC----ATT-TTTGT
gi|16 : gaaacaaagcgaagacaatctgttaagtgtA-GGTCACTG-GTTT---AGTTTATAC-TT--T-GC-AAT-ATTAAAACTATTTA----TA----TA-TGG-TT--T--TACTT---T-------TC----A-CATTTGTG--AAATAA---AGTATTTTATAAAT----AAAG-TTGGAAAGT
gi|17 : acatgtggatATCTATGTC----GTCATGATGTT-A-TGTGTAT---TGTTTATAC-TT--T-AT-AAT-ATTGAAATTATTTG----TA----TA-TGC-TT--A--AACTG---T-------TC----ACTATTTGTG--AAATTA---AGCATTTAATAAAT----ATAG-TTGGAAAttaaacttaaaac
gi|18 : --T-GT-AAT-ATTGAAAT-ATTTG----TA----TA-TGA-TT--A--TGCTG---T-------TT----GTCGATTGTG--AAATTA---AGCATTAAATTAATA---AAGG--TGGAAAGTtttggttt
gi|19 : CAATGAAACATAGTGTTGCTTAACTGGCT--------TTTCGTTTC-GGTAAGATA--------GATGAATGT-TTAACAGCTCAATAAGACAACA--G---CACAT-TGTTagggtcaacgctaatgatgaagaagcactgagataatttcagaacc
gi|2 : gT--T-GT-AAT-GTTGAAAT-ATTTG----TA----TA-TGA-TT--A--TGCTG---T-------TT----GTCGATTGTA--AAATTA---AGCATTAAATAAATA---AAAG-TTCAA
gi|20 : TATAC-TT--T-GT-AAC-ATTGAAAATATATG----TT----TA-CGT-TT--A--TACTG---T-------GA----ATTCTTTGTAACAAAT-----AGCGTCT-ATAAATG---AAcgctaatgatgaagaagcaccgagtgaatttcagaaccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacaataaaacaaaaataaaacacaatctgactgtaagcactttatttaaagtgattacaagtcacaaagagaatgaaaacaggaaatcgccacacatgaacttatgttgtcatatcagtgtgatgtctttcggatctgaaaagataaacaagcgaatactagtttttaattaaactatacacactaaaattgaataaggtacatctga
gi|21 : TTTAGGTTTTTCCTT-TG---T-A--TAC-GGTTGAAATCAATGTC----GTCATAA-GTT
gi|3 : T--T-GT-AAT-ATTGAAATAAT-TG----TT----TA--ACATT--A--T-CTG---T-------TT----GTCGATTGTG--AAATTA---AGCATTAAATAAATA---AAGG--TAGAAAGT
gi|4 : GATA--------GCAATATGT-TAAGAAATTGAAAAAGACAACA--A---C---T-TGTTTAATATT----TACTTAAGGTTTGAATGTTT---TGTTGGATGATAA---------TTA----TAT-A-AAG--ATTTAGACATTTT-TT-TA---T-G--CAC-GTTTGTAATCAATGTC----GGCATGA-TTTCA-TGTATTT---CGTTTTTAT-TC--T-A--AATCATTGAAATTGTTTG----TA----TT-TGC-TT--A--TACTG---T-------TC----ATAATTTG-------TTA---A--ATTTAATAAATA---agggtcaacgcttatgatgaagaagcgccgagagaatttcagaaccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacaataaaacaaaagtaaaacataatctgactacaagtacttaatttaaagtgattacaattaaaagaaagtcatcgccacacataaacttctgttgtcaaatcagtgagatgtctttcggatctgaaaaaaaa
gi|5 : gtcattgttgtttgaaaagtatttaaaatgtcatttaaaatacataatttattatacagactggtattttcgtggattgtttttatcattttATATAGTTGCTTAACGGGCTAACTTGAATTTCGTTTC-GGTAAGATA--------------TGT-TAAGAAATTGAAAAAGACAACA--ATAAC---T-TGTTTCATATA----TAATTATGATTTAAATGTAT---TGCTGATT-AT-----------TAA-AACTAC-A-ACG--ACTTAGTCGTTTCGAT-TG---T-A--TAC-GTGTATAATCAATGTC----TTCATGA-TTTCA-CGTGTTT---TGTTTATACTTT--T-AT-AAT-ATTGTAAGTATTTG----TG----TA-TGC-TT--A--TCCTG---T-------TC----ATTATTTGTG--CAATTA---ATCATTTAATAAATAAACAAAG-TTTGAAAtgtataagcatgaagttgaattacagccg
gi|6 : atagaagagacgaaaataaaaacatgtacatgtcaaccaaacatcattgctcggtgTTATAACGATGTTTTGTAAAACAATCAAACAGATGGTTGCTTAACAAGCTAACTTGCATTTCGTTTC-GGTAAGATA--------GCTTTATCT-TAAGAAAATGAAAAAGACAACA--A---C---T-TGTTTAATATA----TACTCATGATTTGAATGTAT---TGCTGATTGATAAAAATATTGATAA-AAATAT-A-ACA--ATTTAGTCGTTTCCTT-TG---T-A--TAC-GTGTATAATCAATGTC----GTCATGA-GTTCA-TGTGTTT---CGTTTATAC-TT--T-GT-AAT-ATTTAAATTATATG----TA----TA-TGC-TT--A--AACTG---T-------TC----ATTATTTGTG--AAATTA---AGCATTTAATAAATA---AAAG-TTTGAAAGTa
gi|7 : TTATAACGATGTTT-GTAAAACAATCAAACATATGGTTGCTTAACTG-TTAACTTGAATTTCGTTTC-GGTAAGATA--------GTTTTATGT-TAAGAAAATGAGAAAGACAACA--A---C---T-TGTTTAAAATA----TAAATTTGATTTAAATGTAT---TGCTGATTGA-AA---------CAA-AAA-AT-A-ACG--ATGTAGTCTTTTCCTT-TG---T-A--TAC-GTGTATACTCAATGTC----GTCGTGA-GTTCA-TGTGTTT---CGTTTATAC-TT--T-GT-AAT-ATTGAAATTATATT----TA----TA-TGC-TT--A--TACTG---T-------TC----ATTATTTATG--AAACTA---AGCATTTAATAAAT----AAAG-TTTGAA
gi|8 : tatctgTAACGATGTTTTGTGAAACAATCAAACATATGGTTGCTTAACTAGTTAACTTGCATTTCGTTTC-GGTAAGATA--------GCTTTATGT-TAAGAAAATGAAAAAGACAACA--A---C---T-TGTTTAATATAATTATACTTATGATTTAAATGTAT---TGCTGATTGAAAA---------AAACAAACA--A-ATT--ATTTAGTCGTTTCCTT-TG---T-A--TAC-GTGTATAATTAATGTC----GTCATGA-GTTCA-TGTGTTT---CGTTTATAC-TT--T-GT-AAT-ATAGAAATTATATG----TA----TA-TGC-TT--A--TACTG---T-------TC----ATTATTTGTG--AAACTA---AGCATTTAATAAAT----AAAG-TTTGA
gi|9 : ACTTACTTTTCGTTTTTGGTAACATATCTCAATGACTCCATGCATAAGAAAACGAATTAAACAACATGG---CA--T-TGTTTAATC--------CTCAC-------ATCCAT---TGT------ATGA---------TAC-AGTTGTTACACGCAATGTGGTCGCTACCTT-TG---C-A--GAC-ATTTGTAATCA-TGTC----GCCATGGCGTT-A-TGTGTAT---CGTCTATAC-TT--TTGT-ATT-AT-GAAGATATTTG----TA----CAGTGT-AT--A--TA-TG---TGCTTGAGTCTTTAATTCTTTGTG--AAATTA---CGCGTTCAATAAAAT---AAAT-TTGGAA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|22 ): ACTGTTTATTTTTTTTGTAAAATTAAGCATTAAATAA