lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 111111111 33333333333 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 666666666666666666666666666666666666666666666666666666 11111111111 5555555555555555555555 3333333333333333333333 1111111111111111111 44444444444444444444444444444444444444444444 111111111111111111111111111111 1111111111111111111 2222222222222222222222222222222222 11111111 11111111111111111111111111111111111111111111111111 33333333 11111 11111 11111111111111 55555555555555555555555555555555555555555555 111111111111 2222222222222222 1111111111111111 111111 1111111
lowQualScore : 0 8 1 1 3 222222222 00000000000 333 777777 222 222 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 44 4 444 1 222222222222222222222222222222222222222222222222222222 222 00000000000 55555555555 7777777 444 2222 222222 11 111 111 555555555555 111 6666666666666666666666 1 777777777777 666 44444 2 5 1 333 66666 2222222222222222222222 22 66666666666 0000000000000000000 1 11 3 22222222222222222222222222222222222222222222 55555 1 11 666666666666666666666666666666 222 1 11 11 222 2222222222222222222 11 555555555 1 444444 9999999999999999999999999999999999 555 22222222 333 77777777777777777777777777777777777777777777777777 444 00000000 2 00000 7777 2 22222 2 99999999999999 22 3 3333 11111111111111111111111111111111111111111111 1 99999 1 1 88 222222222222 22 1111111111111111 9999999999999999 3 3 44 000000 0 2222222
lowQualScore : . . . . . ......... ........... ... ...... ... ... .......................................................................... .. . ... . ...................................................... ... ........... ........... ....... ... .... ...... .. ... ... ............ ... ...................... . ............ ... ..... . . . ... ..... ...................... .. ........... ................... . .. . ............................................ ..... . .. .............................. ... . .. .. ... ................... .. ......... . ...... .................................. ... ........ ... .................................................. ... ........ . ..... .... . ..... . .............. .. . .... ............................................ . ..... . . .. ............ .. ................ ................ . . .. ...... . .......
lowQualScore : 5 2 7 1 6 999999999 88888888888 333 444444 888 777 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 00 1 111 2 333333333333333333333333333333333333333333333333333333 111 33333333333 00000000000 7777777 666 2222 444444 22 888 888 777777777777 999 2222222222222222222222 8 000000000000 444 22222 8 2 9 333 77777 9999999999999999999999 00 88888888888 6666666666666666666 3 88 9 55555555555555555555555555555555555555555555 55555 3 88 888888888888888888888888888888 333 3 88 88 333 8888888888888888888 88 777777777 5 333333 6666666666666666666666666666666666 888 88888888 333 11111111111111111111111111111111111111111111111111 444 66666666 5 99999 1111 4 44444 4 22222222222222 44 5 7777 77777777777777777777777777777777777777777777 0 55555 9 9 77 777777777777 66 1111111111111111 6666666666666666 1 1 22 555555 6 6666666
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGTGTGAGCTGTTAGTG-TGA-----ATGGTGAT--GCT--TG--CTG---CTGC------TGA---TG---ATGAT---AA-T------GT-----G-TGA----G-------TGNTAGT-G----T--A---TGGTGATGTT--TAC--TGCTGCTGC-TGNTGA---T-G----T--A--TG----TGA--CGTTAATG--A-GAATGAT--GATN-N------T---G----C------TGCTG-C---------TG---C---TG---AT----G---A--TG-A---T---GA------------TGA---TG---A-N--GAT-GA----GTG-T-G-----A--T--GTTAGT-G-TG-----AATNG-T---G----ATG----------TT------TA-CT--G-----------CTGC------------T----GAT-GATG--AT-G-T-------A-----G-TG--T-G-----TG-----A--TG-TTAGT-G---TG-A--ACG------------G---------------TGAT---G-TT--G--CTG---CTG------A------------T--GATGAT---------GA-T------GT---G--TG----T-----GA----CG----T--TA--GTGN-G-----A---ATGGTGATG-----TTG-NGNNGGTGNTNNTGCTGNTGNTGA----T------------GATGA---TGN--TGA-GT-GTGA--T-GTTAGT---GTGA-----ATGGTGAT-G-----TT--TG-CT--GCTGCTGATGATGAT----G------T-A-----G-TGT--------------G--T---GA--TGTTAGTG----TG-A-ATGGTGA-----TGT----T--GCTGCTGCTGA---------------TGAT---------GTGTGTGAC-GTTAGTG-TGA--ATG------GTGA----TGCTGCTG
Reference ( gi|1 ) : TATTTTACCATGTGTGTGTGTGTGTGTGGTATTAATG-TGA-----ATGTTGAT--GTT--TA--CTG---CTGC------TGA---TG---ATGAT---AA-T------GT-----G-TGA----G-C-----TGTTAAT-G----T--A---TGGTGATGTT--TAC--TGCTGCTGC-TGCTGA---T-G----T--A--TG----TGA--CATTAATG--A-GACTGAT--CATT-T------T---G----C------TGCTG-C---------TG---C---TG---AT----G---A--TA-A---T---GA------------TGA---TG---A-G--GAG-GA----GTT-T-G-----A--T--ATTAGT-A-TG-----AATTG-T---G----GTG----------TT------TA-CT--G-----------CTGC------------T----AAT-GATG--AT-G-T-------A-----G-TG--T-T-----TG-----A--TG-TCAGT-A---TG-A--ACA------------G---------------TGAT---G-TT--G--CTG---CTG------A------------T--GATGAT---------GA-T------GT---A--TG----T-----GA----CA----T--TA--ATGA-G-----A---ATGGTGATG-----TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA----T------------GATGA---TGA--GGA-GT-GTGA--T-ATTAGT---ATAA-----ATGGTGGT-G-----TT--TA-CT--GCTGCTAATGATGAT----G------T-A-----G-TGT--------------T--T---GA--TGTTAGTA----TG-A-ACAGTGA-----CGT----T--GCTGCTGCTGC---------------TGAT---------GTGTGTCAT-GTTAGTG-TGA--ATG------GTGA----TAATGCTG
gi|17 : TGTGTGTGACGTTAGTG-TGA-----ATGGGGAT--G--------CTG---TTGT------AAG---TG---GTG-T---AATT------GTGGAAAG-TGATTTTG-CTGCAATGTTAGT-G----TAAA---TAGTGATATTGCTGC--TGCTGATGA-TGATGA---T-G----T--G--TG----TGA--TGTAAGTG--T-GAATGGT--TATG-T------T---G----T------T
gi|18 : ctgctgatgatgatgatgctaatgtgtgagctgtgagtgtaaatagtgatattgctgctgatgaTGTGTGAGCTGTTAGTG-TAA-----ATAGTGAT--------A--GTG---CTGC------TGA---TG---ATGAT--------------------G-TGA------------CGTTAGT-G----T--AAA-TGGGGATG--------------CTGT-TGTAGA---T-G----T-----TG----TAA----TTGTGG--A-AAGTGAT-------T------T---------------TGCTG-C---------TG---C---TG---CT----G---T--TG-C---T---GA------------TGA---TG---A-T--GAT-GA----GTG-T-G-----A--T--ATAAGT-G-TG-----AGTGG-T---G----ATG----------TT------TA-CT--G-----------CTGC------------TATTAAAT-GATG--AT-G-
gi|22 : tgctgctgatgatgatgctaaTGTGTGAGCTGTTAGTG-TAA-----ATAGTGAT--ATT---G--CTG---CTGC------TGA---TG---ATG--------T------GT-----G-TGA------------CGTTAGT-G----T--GAATTGG----------AA--TGCTGTTGT-AGGTGG---T-G----T--AATTG----TG
gi|23 : tgctgctgatgatgatgctaaTGTGTGAGCTGTAAGTG-TAA-----ATAGTGAT--ATT---G--CTG---CTGC------TGA---TG---ATG--------T------GT-----G-TGA------------CGTTAGT-G----TGAA---TGGGGA-----------TGCTGCTGT-AGGTGG---T-G----T--A--gaaagtgattt
gi|21 : ctactgctgatgattatgctaaGTGTTATTG-TGG-----AAAGTGGT---TT--TG--CTG---TTTT------TGA---TG---ATGAT---GA-T------GA-----A-TGA------------TAATAGT-G----TGAA---TGGTGGTGTT--TA----ACTGTTGT-TAATGA---T-G-------A--TG----T-------TAGTG--T-GAATGGT--TATG-T------T---G----C------TGCTA-A---------TG---A---TG---AT----G---attttggaaagtgat
gi|20 : gtgatgctgttgtagggaTATGAGTA-TGA-----TTAT-GAT--GCTGCTG--CTG---CTGCTAA---TGA---TG---ATGAT---AA-T------G
gi|3 : atATTGATG-AGA--------TTGAAAAGTG--TA--GTG---ATGG------TGA---TA---ATAAC---GA-T------G------G-TGA------------TGATAAT-G-------A---TGATGATG-----A---TGTGATTGT-TGTTGAAAAT------T--A--TG----T----------TG--A-AAATGAT---ATTGT------T---G----TCGAAAATGTTT-CAGACAAATATG---A---TA---AT----G---A--TA-T---T---GA------------TGAATGTG---A-T--GAT-GA----GTT-T-G-----A--T--AATAATGA-TG-----A-----T---G----GTA----------TT------TA-CTTAG-----------ATGA------------T----GTC-GATA--AT-G-T-------T-----GTTG--T-T-----TT-----A--GG-TGA-T-A---TG-A--aattccaagatgcgtcaacaatctttacaaattatatgcaccctgtaacgcaattttgtcgctaccaaaaattcggccactaccaacttcccaccaatttgcagcataacaattcattattaccatcac
gi|24 : aatgtacggggtgatgataaaaaagatgtagttaatgatgttgataatgattatgtgtcagccaaaaaagaaaattataatagtaatgatggttatgttgatgatgatgtaattgttttttatgaaaattatacatgcaataaagattatgatgatgagatagcacacactcagTAATG---------ATGCTGAC--GTT---G--TTG---CTGC------TGA---TG---ATGAT---GA-T------G------A-CGATGCTG-C-----TGCTGAT-G----ttaattctgataaacttactgatctagtta
gi|33 : ctgctgctgctgctgatgataataatgatgaggaTAATGATGA------TGATGAC--GCTGCTG--CTG---CTGC------TGA---TG---ACGAT---AA-----------------TGA------------TGTTAAT-G-------A---TGGTattatcatcattactatgaatatta
gi|29 : tgatggttatgataatgaaagTAATG-TGATGATAATGGTTAT--GCTGTTG--CTT---CTGC------CGA---TG---AAGAT---AC-------------------A----G-A-----TGATAAT-GGTGTT--A---TGGTGATG------C--TGCCGATGA-TGTTAA---T-
gi|30 : ttatggTG-TGG------TGATGAT--GCTACTA--CTG---CTGC------TGT---TG---CTGGT---GG-T------G------G-TGGTGGTG-G-----TGGTAAT-G-------A---TGGTGATGTt
gi|7 : ctaatggtgataacgatgatggtA-----ATGGCGAT---TA--TA--CTG---ATGCCAGTAGTGA---CG---ATGAT---GA-T------G---------GA----A-A-----TTATAAT-A-------A---TGATGAT-TT--TAT--TTCTGATGAATGGTGG---T------T--A--TAA---CGA--CCTTCATG--A-AAATTAT--GATG-A------T---G----G------TTATG-A---------TG---A---TG---AT----G---A--TG-A---T---GA------------TCA---TA---G-T--GAT-GA----ATT-T-G-----A--TGAATTAG--A-TG-----
gi|25 : cgataatgatgaaggtggagataatgaacacgat-----ATGTTAAT--GGT--TATTCTGATACTGC------TGA---TG---ACGAT---TT-T------G------G-TG-----G-C-----TG-TAATGG----TA-A---TGATGGTGTT--T-T--TTTTGGTAA-TGCTGA---T-tcgacaaaacattttcaaaccattcccttccacggccttatcaaatcatacgcaccctttgtcgccatcaaaattcgattaaatgttgttactcacaacaattgctctgctacaaattggcggcgtaa
gi|32 : gatggttattatggtaatgccgacatgTGCTGAT--GCT---G--CTG---CTGC------TGA---TG---ATGAT---GA-T------Gaag
gi|23 : gattatgattacgatgctgatgc--TA--CTG---CTGA------TGA---TT---ATGCT---AA-T------GT-----G-TGA----G-C-----TGTAAGT-G----TAAA---TAGTGA------TAT--TGCTGCTGC-TGATGA---T-G----T--G--TG----TGA--CGTTAGTG--T-GAATGGG--GA----------T---G----C------TGCTG-T---------AG---G---TG---GT----G------TA-A---T---aagatgctgaacaaattgagacgcaatcaaca
gi|24 : c--TG--CTG---CTGC------TGA---TG---ATAAT---AA-T------G------A-TGA----G--------GATAAT-G-------A---TGCTGACGTT-----------GTTGC-TGCTGA---T-G-------A--TG--------------ATG--ATGAC-GAT-------------------------------GCTG-C---------TG---C---TG---AT----G---A--TT-A---T---CA------------TCA---Ttttggaaagtgat
gi|37 : ctgc--TG--CTG---CTGC------TGA---TG---ATGAT---GA-TGATGACGT-----G-TGT----G-A-----CGTTAGT-G----T--tactatgaatatta
gi|17 : --CTG---CTGA------TGA---TG---ATGATGCTAA-T------GT-----G-TGA----G-C-----TGTGAGT-G----T--AAA-TAGTGATATT-----------GCTGC-TGATGA---T-G----T--G--TG----TGA--CGTTAGTG--T-GAATGGG--GAT-------------G----C------TGTTG-T---------AA---G---TG---GT----G------TA-A---T-----------------TG----TG---G-A--AAGTGA----TTT-T-GCTGCAA--T--GTTAGT-G-TA-----AATAG-T---G----ATA----------TT-------G-CT--G-----------CTGC------------T----GAT-GATG--AT-G-A-------T-----G-TG--T-G-----TG-----A--TG-TAAGT-G---TG-A--ATG------------G---------------TTAT---G-TT--G--TTgaat
gi|9 : TG---CTGC------TGA---CG---ATGATGCTAA-T------GT-----G-TGA----G-C-----TGATAGT-G----TAAA---TAGTGA------TAT--TGCTGCTGA-TGATGA---T-G----T--G--TG----TGA--CGTTAGTG--T-GAATGGG--GATG-C------T---G----T------TGTAG-G---------TG---T---TGTA-ATTGTGG---A--AA-G---T---GATTTTGCTGCTGCTGA---TG---A-T--GAT-GA----ATG-T-G-----AT-T--ATTAGT-G-TG-----AGTGG-T---G----ATG----------TT------TA-TT--G-----------CTGC------------T----AAT-GATG--AT-G-A-------A-----A-TG--T-G-----TG-----A--CG-TAAGT-G---TG-A--ATG------------G---------------TTAT---G-TT--G--CTG---CTG------C------------T--GATAAT---------GA---------T---N--NN----N-----NN----NN----N--NA--ATGA-
gi|22 : TG---CTGC------TGA---TG---ATGATGCTAA-T------GT-----G-TGA----G-C-----TGTTAGT-G----TAAA---TAGTGA------TAT--TGCTGCTGC-TGATGA---T-G----T--G--TG----TGA--CGTTAGTG-------TGA----ATT-GGAA---T---G----C------TGTTG-T---------AG---G---TG---GT----G------TA-A---T---ta
gi|2 : TG---CTGC------CAACACTG---ATGAT---AA-T----------------------------------AATAG----T--A-----GTGATGTT---A---TGCTGCTG---GCAGT---T-G----TT-A--TGA---TGA--CAATGATG--A----TGAT--AGTT-G------T---GAGGTCA-----TGCTG-C---------CAACAC---TG---AT----G---A--TA-A---T---TA------------T----------A-G--TAG-----------T-G-----A--T--ATTA-T-ACTGCTGGCAGTTG-T---G----ATG-------------------A--T--G-----------ATGG------------T----GAT-GATA--CTAG-T-------A-----G-TG----A-----TG-----A--TG-TTAGT-ACTTTGTA--GTA------------G---------------TGAC---G-TT--ATTCTT---CTGAGAGTTA------------T--TATGAT---------GA-T------GT---GATTA----T-----GATTTCTA----TAATA--ATGATGTAAATA---ATGGTGATG-----tgtggaaagtgattt
gi|15 : tgtgatgtaatgcttctgacagttgttatgatgatgatgatgatgattataattgtgatgtaatgcttctgacagttgatatgatgacgatgatgatgatagttatgaggtcaGC------CGA---TA---CTGAT---AA-T------G------G-TGA---------------TA-----------A---TGGTGA------TAC--TGGTGATGC-TGTTGA---T-G-----------------GA--AATT-ATG--A-TAATGAT--CATaaggtaatggtattgaacgtctggaacatgttttattattcacaaactat
gi|30 : tataataaagatgaagttgtagatagaaatgaC------TAA---TG---GTGAT---AA-C------G------A-TGA------------TGGT--T-G----T--GG--TGATGATGCTACTAC--TGCTGCTGT-TGCTGG---T-G----gataatgatggagatgatctttatgttgaagttcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctggagatggtaattatgataatgatcatgataatg
gi|33 : ------TGA---TGGTTATGAT---AA-T------GA-----A---A----G----------TAAT-G-------A---TGATGATGAC---GC--TGCTGCTGC-TGCTGA---T-G-------A--CGATAATGA--TGTTAATG--A-gtggtggtggtggtggtaatgatggtgatgt
gi|8 : ------TGA---TG---ATAGT---AA-T------G------A-TGA----AAC-----TG--------------A---TGGTGATGAC--AAA--TG-TGATGA-TGCTTA---T------T--A--TA-----AA--CAT-GATG--A-A--TGAT--TATTAT------T---G----CGACCT-TGATG-A---------CG---A---TG---AT----GTTGA--TA-A---T---GA------------TGA---TG---tggt
gi|29 : ga---ATGGT---AA-T------GT-----GATGA---------------TA-----------A---TGGTTATG------C--TGTTGCTTC-TGCCGA---T-G----A--A---------GA--TACAGATG--A-TAATGGT---GTT-A------T---G----G------TGATG-C---------TG---C---CG---AT----G---A--Ttcgacaaaaaaacaaactaaaatgcattccattacaaaatccttaacaaatcatattatgcacttttgcaacgcattttatagcttccaaaattggtctgatattgatagtcactagcgaattgtgatgctaccatgttgtggcgtaacatatctcactgattttaa
gi|5 : ttA-T------GT-----G-TGA------------TGTTAGT-GG---T--AG--TGGGGATGT----A----GCTATTGA-TGATGAAGTT-G----T--A--TG----TGA--TATTAGTGGTA-G-------------T------T---G-----------TGATA-T---------AG---C---TG---TT----G---A--TA-A---T---GA------------TGT---T-------------GT----GTG-T-G-----A--T--GTTAGT-G-TG-----AACGG-T---G----ATGAAGCATGTGATG------TA-----G-----------CTGT------------T----GAT-GATG--AT-G-T-------T-----G-TG--T-G-----TG-----A--TG-TTGGT-G---TG-A--ACA------------GTGATGGAGCATGTGATGAT---G-TT--A--CTG---CTG------ATGTAGATAGTGCT--GATGGT---------GT-T------GT---G--TG----T-----GA----TG----T--TA--GTGT-G-----A---ACGGTAGTG-----T------------TGATGCTGCTCCTGA----T------------GATGA---TGT--TAT-GT-GTGA--T-GTTAGT---GTGA-----GCGGTGAT-GAAGCATG--TG-AT--GATGTTACTACTGAT----G------T-T-----GATAT--------------TGAT---GA--TG-GGGTA----T-------GTGA-----GGC----T--GGTGCCGCTgttaatt
gi|20 : t-G----T--A---TGATTATGAT---GC--TGCTGCTGC-TGCTAA---T-G-------A--TGA---TGA-----TAATG--A-cattat
gi|32 : attatga--A---TGCTGATGCTGCTGA--TGCTGCTGC-TGCTGA---T-G-------A--TGA---TGA--attccaagatgcgtcaacaatctttacaaattatatgcaccctgtaacgcaattttgtcgctaccaaaaattcggccactaccaacttcccaccaatttgcagcataacaattcattattaccatcac
gi|13 : gattatgattacg---TGATGATGTT--TA-------------TGACGA---C-C----T--T--TG----TGA--CGGTTATG--A----TAAT--GATT-G------T---G----A------TAGTG-T---------TA---A---TG---AT----G---A--TA-A---T---GA------------TGA---TG---tgaagatgctgaacaaattgagacgcaatcaaca
gi|32 : ATGAT--TACGATGCTGATGC-TGCTGA---T-G-----------------------------------CTG---------C------T---G----C------TGCTG-A---------TG---A---TG---AT----G---A--TG-A---A---GA------------TGC---TG---A-tcgacaaaaataccaaaatgcgtttaattccgcgatccttaacaaatcgtatgcacccttgcaaagctacgcattttgtcgttaccaattcgaccgaatttcggcagtcactactaaattgctttgctaccattttgtgacttaac
gi|24 : gatt--TGC--TGCTGCTGC-TGATGA---TAA----TA-A--TGA---TGA--GGATAATG--A-TGCTGA---CGTTGT------T---G----C------TGCTG-A---------TG---A---TG---AT----G---A--TG-A---C---GA------------TGC---TG---CTGCTGAT-GA----TTA-T-C-----A--TC-ATTACT-A-TG-----AATacaaattgagacgcaatcaaca
gi|36 : c--TGC--TGCTGCTGC-TGCTGA---A-G----T--A--GA----TGA-----TAATG--A-Gatta
gi|24 : ctgcC--TGCTGCTGC-TGCTGA---T-G-----------A----TAA--TAATGATG--A-GGATAAT--GATG-C------TGACG----T------TGTTG-C---------TG---C---TG---AT----G---A--TG-A---T---GA------------TGA---CG---A-tataagctgattaaactcggaa
gi|9 : --TGCTGCTGA-CGATGA---T-G----CTAA--TG----TG---------TG--A-G-CTGAT--AGTG-TAAATAGT---G----A------TATTG-C---------TG---C---TG---AT----G---A--TG-A---T---G-------------TG----TG----------------------T-G-----A--C--GTTAGT-G-TG-----AATGG-G---G----ATG---------------------CT--G-----------TTG-------------T----A---GGTG--TT-G-T-------A-----A-T----------------------------T-G---TG-G--AAA------------G---------------TGAT---T-TT--G--CTG---CTG------C------------T--GATGAT---------GA-T------GA---A--TG----T-----GAT---TA----T--TA--GTGT-G-----A---GTGGTGATG-----T--------------TTATTGCTGCTAA----T------------GATGA---TGA--AAT-GT-GTGA--C-GTAAGT---GTGA-----ATGGTTAT-G------T--TG-CT--GCTGCTGATAATGAT----tgctgctgctgatgattatcatcattactatgaatatta
gi|18 : --TGCTGCTGA-TGATGA---T-GCTAAT--G--TG----TGAGCTGTTAGTG--T-AAATAGT--GATA-G------T---G----C------TGCTG-A---------TG---A---TG---AT----G------TG-A---C---GT------------TAG---TGTAAA-T--GGG-GATGCTGTTGTAG-----A--T--GTT-GT----------AATTG-T---GGAAAGTGAT--------TT------TG-CT--G-----------CTGCTGCTGTTGCTGAT----GAT-GATG--AT-G---------A-----G-TG----------TG-----A--TA-TAAGT-G---TG-A--GTG------------G---------------TGAT---GTTT--A--CTG---CTGCT----A------------TTAAATGAT---------GA-T------Gnnnnnnnnnnaatgata
gi|22 : --TGCTGCTGA-TGATGA---T-GCTAAT--G--TG----TGAGCTGTTAGTG--T-AAATAGT--GATA-T------T---G----C------TGCTG-C---------TG---A---TG---AT----G-------------T---G-------------TG----------------------------T-G-----A--C--GTTAGT-G-TG-----AATTG-G---A----ATG---------------------CT--G-----------TTG-------------T----A---GGTG--GT-G-T-------A-----A-T
gi|15 : GCCGATAC-TGATAA---T-G-----------G----TGA--TAATGGTG--A-TACTGGT--GAT-------------G----C------TGTTG-A---------TG---GAAATT---AT----G---A--TA-A---T---GA------------TCA---TG---A-tgtggaaagtgattt
gi|17 : tataataaagatgaagttgtagatagaaatgaC-TGCTGA---T-G-------A--TGA---TGA--TGCTAATG--T-G--TGA-------------------G----C------TGTGA-G---------TG---TAAATA---GT----G---A--TA-T---T---GC------------TGC---TG---A-T--GAT-GT----GTG-T-G-----A--C--GTTAGT-G-TG-----AATGG-G---G----ATG---------------------CT--G-----------TTGT------------A----AGT-GGTGTAATTG-TGGAA---A-----G-TGATT-T-----TGCTGCAA--TG-TTAGT-G---TA-A--ATA------------G---------------TGATATTG-CT--G--CTG---CTG------A------------T--GATGAT---------GA-T------GT---G--TG----T-----GA----TG----T--AA--GTGT-G-----A---ATGGTTATG-----Ttaatgatggagatgatctttatgttgaagttcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctggagatggtaattatgataatgatcatgataatg
gi|33 : TGA---T-GGT--T--A--TGATAATGA--AAGTAATG--ATGA-TGAT--GACG-C------T---G----C------TGCTG-C---------TG---C---TG---AT----G---A--CG-A---T---AA------------TGA---TG---tgtt
gi|32 : ATTA-CG--A-TGCTGAT--GCTG-C------T---G----A------TGCTG-C---------TG---C---TG---CT----G---A--TG-A---T---GA------------TGA---TG---A-A--GAttaatgatggt
gi|20 : gattatgATTA-TG--A-GTATGAT--TATG-A------T---G----C------TGCTG-C---------TG---C---TGCTAAT----G---A--TG-A---T---GA------------TAA---TG---A-tgctgaacaaattgagacgcaatcaaca
gi|3 : ATTGATG--A-GATTGAA--AAGT-G------T---A----G------TGATG-G---------TG---A---TA---AT----A---A--CG-A---T---GG------------TGA---TG---A-T--AAT-GA--------T-G-----A--T--GATGAT-G-TG-----A-TTG-T---------TG----------TTGAAAATTA--T--G-----------TTGA------------A----AAT-GATA--TT-G-TTGTCGAAA-----A-TG--T-T-----TC-----A--GA-CAAAT-A---TG-A---TA------------A---------------TGAT---A-TT--G--ATG-----A------A------------T--G-TGAT---------GA-T------GA---G--TT----T-----GA----TA----A--TA--ATGA-T-----G---ATGGTattccaagatgcgtcaacaatctttacaaattatatgcaccctgtaacgcaattttgtcgctaccaaaaattcggccactaccaacttcccaccaatttgcagcataacaattcattattaccatcac
gi|35 : aatgtacggggtgatgataaaaaagatgtagttaatgatgttgataatgattatgtgtcagccaaaaaagaaaattataatagtaatgatggttatgttgatgatgatgtaattgttttttatgaaaattatacatgcaataaagattatgatgatgagatagcacacactcagTAATG--A-AGCTGATGCCATT------------G----G------TGCTA-A---------TG---A---TG---AT----G---C--TA-GAATT---GA------------TGA---TG---A-atttacttagatgatgtcgataatgttgttgttttaggtgatatgattaattctgataaacttactgatctagtta
gi|24 : ------T---G----C------TGCTG-C---------TG---C---TG---AT----G---A--TA-A---T---AA------------TGA---TG---A-G--GA----------------------------TA---A-TG-----A--TGCT---G----ACG----------TT-------G-TT--G-----------CTGC------------T----GAT-GATG--AT-G------------------------------------------------A---TG-A---------------------------------CGAT---G-CT--G--CTG---CTG------A------------T--GATTAT---------CA-T------cgctgctgct
gi|2 : c------T---G----C------TTCTGAC---------AG---T---TGTT-AT----G---A--TG-A---T---GA------------TGA---TG---A------------------T-G-----A--T-------T-A-T------AATTG-T---G----ATG----------T--------A-AT--G-----------CTTC------------T----GACAGTTG--AT-A-T-------G-----A-TG--A-CGATGATG-----A--TG-ATAGTTA---TG-A--G--------------G---------------TCAT---G-CT--G--CCAACACTG------A------------T--GATAATAATAGTAGTGA-T------GTT--A--TGCTGCT-----GG----CAGTTGT--TATGATGA-C-----A---ATGATGATG------ATAGTTGTGAGGTCATGCTGCCAACAC----T------------GATGA---TAATTATA-GTAGTGA--T-ATTA-T---AC--------TGCTGGCAG-----TTG-TG-AT--GATGATGGTGATGATACTAG------T-A-----G-TGA--------------T------GA--TGTTAGTACTT-TGTA-GTAGTGA-----CGT----T--ATT-CTTCTGA----------------GA----------GT-TATTAT-GATGATG-TGATTATGATTTCTATAA----TAATGATGcattactatgaatatta
gi|32 : tgtgatgtaa------T---G----C------TGCTG-C---------TG---C---TG---AT----G---A--TG-A---T---GA------------TGA---AG---A-taaataatggtgatgaaggtaatggtattgaacgtctggaacatgttttattattcacaaactat
gi|36 : gattatgattacgatgctgatgctgctga------T---G----C------TGCTG-C---------TG---C---TG---CT----G---AAGTAGA---T---GA------------TAA---TG---A-G--tgctgaacaaattgagacgcaatcaaca
gi|30 : ctgc------T---G----C------TGCTG-T---------TG---C---TG---GT----G---G--TG-G---T---GG------------TGG---TG---tataagctgattaaactcggaa
gi|37 : ctaatggtgataacgatgatggttgtggtgatgatgctactac------TGCTG-C---------TG---C---TG---AT----G---A--TG-A---T---GA------------TGA---T---------GAC-GT----GTG-T-G-----A--C--GTTAGT-G-TG-----AATgtggtaatgatggtgatgt
gi|23 : CTA-C---------TG---C---TG---AT----G---A--TT-A---T---GC------------TAA---TG---T-GT-GAG---------C-T-G--------T--A--AGT-G-TA-----AATAG-T---G----ATA-----------T------TG-CT--G-----------CTGC-------------------T-GATG--AT-G-T-------------G-TG----------TG-----A--CG-TTAGT-G---TG-A--ATG------------G---------------GGAT---G-CT--G--CTG---TAG------G------------T--GGTG
gi|22 : TG-C---------TG---C---TG---AT----G---A--TG-A---T---GC------------TAA---T-------------------GTG-T-G-----AGCT--GTTAGT-G-TA-----AATAG-T---G----ATA-----------T------TG-CT--G-----------CTGC-------------------T-GATG--AT-G-T-------------G-TG----------TG-----A--CG-TTAGT-G---TG-A--ATT------------G---------------GAAT---G-CT--G--TTG---TAG------G------------T--GGTGtaattttggaaagtgat
gi|21 : TG-C---------TG---T---TT---TT----G---A--TG-A---T---GA------------TGA---TG---A-A----------------T-G-----A--T--AATAGT-G-TG-----AATGG-T---G----GTG----------TT------TAACT--G-----------TTGT------------T----AAT-GATG--AT-G-T-----------------------------------------TAGT-G---TG-A--ATG------------G---------------TTAT---G-TT--G--CTG---CTA------A------------T--GATGAT---------Gtaattgtggaaagtgattt
gi|17 : gtgatgctgttgtagggagtgttattgtggaaagtggttt-C---------TG---C---TG---AT----G---A--TG-A---T---GA------------TGC---TA---A-T--GTGTGA----GCTGT-G--------------AGT-G-TA-----AATAG-T---G----A--------------------TA-TT--G-----------CTGC-------------------T-GATG--AT-G-T-------------G-TG----------TG-----A--CG-TTAGT-G---TG-A--ATG------------G---------------GGAT---G-CT--G--TTG---TAA------G------------T--GGTG-T---------AATT------GTGGAA--AG----T-----GA----TT----T--TG--CTG--C-----A---ATGTTAGTG-----T---AAATAGTGATATTGCTGCTGCTGA----T------------GATGA---TGA--TGT-GT-GTGA--T-GTAAGT---GTGA-----ATGGTTAT-G-----TT--
gi|26 : -C---------TG---A---TG---GT----G---A--TA-A---T---GA------------TGA---TG---A-T--GAgtt
gi|12 : agaca---AT----C---A--TA-A---TTTTAA------------TGA---TG---A-C--GAG-GA----TTA-T-G-----A--C--GTTGAT-G-TG-----GGTTG-TGAAG----GTG----------TT------TA-TT--GTAATGATCATACTGC------------T----GGT-AATG--ATAA-T-------A-----A-TG--A-TAC---TG-----A--TGATGAGC-A---TT----ACG------------A---------------TGAT---C-AT--G--ATG---GTA------C------------T--GATGAT---------GA-T------TT---T--TG----C-----AG----TG----C--TG--ATGA-G-----AGTTACGGTTATG-----caatgatgatgatggcaacgatgatgttcatcatggtgttttgggttatatgagagaaatcaacttgataggct
gi|5 : gcaattgtaatgatgatcttc--TA-T---T---GA------------TGA---TG---A-A--GTT-GT----ATG-T-G-----A--T--ATTAGT-G-GT-----AGTTG-T---G----ATA------------------TA-----G-----------CTGT------------T----GAT-AATG--AT-G-T-------T-----G-TG--T-G-----TG-----A--TG-TTAGT-G---TG-A--ACGGTGATGAAGCATG---------------TGAT---G-TA--G--CTG---TTG------A------------T--GATGAT---------GT-T------GT---G--TG----T-----GA----TG----T--TG--GTGT-G-----A---ACAGTGATGGAGCATGTGATGATGTTACTGCTGATGTAGATAGTGCT------------GATGG---TGT--TGT-GT-GTGA--T-GTTAGT---GTGA-----ACGGTAGT-G-----TTGATG-CT--GCTCCTGATGATGAT----G------T-T-----A-TGT--------------G--T---GA--TGTTAGTG----TG-A-GCGGTGATGAAGCATGTGAT--GATGTTACTAC---------------TGAT---------GT-TG--AT-ATTGATG------ATG------Ggtggtaataataaatgatacaatacaaaaacagaacca
gi|21 : tatgtgtgatgttagtggtagtggggatgtagc--T--GTTATT-G-TG-----GAAAG-T---G----GT-----------TT------TG-CT--G-----------TTTT------------T----GAT-GATG--AT-G---------------A-TG--A-A-----TG-----A--TA-ATAGT-G---TG-A--ATG------------G---------------TGGT---G-TTTAA--CTG---TTG------T------------T--AATGAT---------GA-T------G-------------------------------T--TA--GTGT-G-----A---ATGGTTATG-----Tggtatgtgaggctggtgccgctcattat
gi|20 : gtgatgctgttgtagggag--T--ATGAGT-A-TG-----A-TTA-T---G----ATG----------CTGC----TG-CT--G-----------CTGC------------T----AAT-GATG--AT-GAT-------A-----A-TG--tgctgctaatgatgatg
gi|37 : at------TG-CT--G-----------CTGC------------T----GAT-GATG--AT-GAT-------GATGACG-TG--T-G-----TG-----A--CG-TTAGT-G---TG-A--Aaattccaagatgcgtcaacaatctttacaaattatatgcaccctgtaacgcaattttgtcgctaccaaaaattcggccactaccaacttcccaccaatttgcagcataacaattcattattaccatcac
gi|30 : ------TA-AT--G-----------GTGA------------T----AAC-GATG--AT-GGT-------T-----G-TG--G-TGA---TG-----A--TG-CTACT-AC--TG-----C-----------------------------TGCT---G-TT--G--CTG---GTG------G------------T--GGTGGT---------GG-T------G--------G----T-----GG-------------TA--ATG------------ATGGTGATG-----Tt
gi|17 : c-CT--G-----------CTGA------------T----GAT-GATG--AT-GCT-------A-----A-TG--T-G-----TG-----AGCTG-TGAGT-G---TA-A--ATA------------G---------------TGAT---A-TT--G--CTG---CTG------A------------T--GATG----------------------T---G--TG----T-----GA----CG----T--TA--GTGT-G-----A---ATGGGGATG-----CTGTTGTAAGTGGTGTAATTGTGGAAAG----T------------GATTT---TGC-------T-GCAA--T-GTTAGT---GTAA-----ATAGTGAT-A-----TT---G-CT--GCTGCTGATGATGAT----G------A-T-----G-TGT--------------G--T---GA--TGTAAGTG----TG-A-ATGGTTA-----TGT----T--GTT
gi|23 : -CT--A-----------CTGC------------T----GAT-GATT--AT-GCT-------A-----A-TG--T-G-----TG-----AGCTG-TAAGT-G---TA-A--ATA------------G---------------TGAT---A-TT--G--CTG---C---------------------T--GCTGAT---------GA-T------GT---G--TG----T-----GA----CG----T--TA--GTGT-G-----A---ATGGGGATG-----
gi|9 : T--G-----------CTGC------------T----GAC-GATG--AT-GCT-------A-----A-TG--T-G-----TG-----AGCTG-ATAGT-G---TA-A--ATA------------G---------------TGAT---A-TT--G--CTG---CTG------A------------T--GATGAT---------G----------T---G--TG----T-----GA----CG----T--TA--GTGT-G-----A---ATGGGGATGCTG--TTGTAGGTGTTGTAATTGTGGAAAGTGA----TTTTGCTGCTGCTGATGA---TGA--TGA-AT-GTGA--TTATTAGT---GTGA-----GTGGTGAT-G-----TT--TA-TT--GCTGCTAATGATGAT----G------A-A-----A-TGT--------------G--T---GA--CGTAAGTG----TG-A-ATGGTTA-----TGT----T--GCTGCTGCTGA---------------TAAT---------Gctgctgtaggtggtgtaattttggaaagtgat
gi|18 : T--G-----------CTGC------------T----GAT-GATG--AT-GCT-------A-----A-TG--T-G-----TG-----AGCTG-TTAGT-G---TA-A--ATA------------G---------------TGAT---A-GT--G--CTG---CTG------A------------T--GATGAT---------G-----------------------T-----GA----CG----T--TA--GTGT-A-----A---ATGGGGATG-----CTGTTGTAGATGTTG-----------------T------------AAT-----TGT--GGA-AA-GTGA--T--TT----------------TGCTGCT-G-----CT---G-CT--GTTGCTGATGATGAT----GA-----TGA-----G-TG------------------T---GA--TATAAGTG----TG-A-GTGGTGA-----TGT----T----TACTGCTGC---------------Tatnnnnnnnnnnaatgata
gi|22 : T--G-----------CTGC------------T----GAT-GATG--AT-GCT-------A-----A-TG--T-G-----TG-----AGCTG-TTAGT-G---TA-A--ATA------------G---------------TGAT---A-TT--G--CTG---C---------------------T--GCTGAT---------GA-T------GT---G--TG----T-----GA----CG----T--TA--GTGT-G-----A---ATTGGAATG-----attaaatgatgatg
gi|27 : TGA------------T----AAT-GATG--AT---T-------A-------TA--TAT-----TG-----C--TGATCGTT-A---T--A--ACT------------G---------------TGAT------T--A--ATG---ATG------A------------C--GATGAT---------GA-T------GT---ctgttgtaggtggtgtaattgtggaaagtgattt
gi|21 : atgttgatgacaatattggtgatgatataggcg------------T----GAT-GCTG--TT-G-T-------A-----G-GG-----------A-----G--TG-TTATT-G---TG-G--AAA------------G---------------TGGT---T-TT--G--CTG---TTT------T------------T--GATGAT---------GA-T------G----A--TGAA--T-----GA----TA----A--TA--GTGT-G-----A---ATGGTGGTG-----T-------------TTAACTGTTGTTAA----T------------GATGA---TG-------------------TTAGT---GTGA-----ATGGTTAT-G-----T-------T--GCTGCTAATGATGAT----G------tg
gi|3 : gT-G-T-------A-----G-TG--A-T------G-----G--TG-ATAAT-A---------ACG------------A---------------TGGT---G-AT--G--ATA---ATG------A------------T--GATGAT---------GA-T------GT---GATTG----TTGTTGAA----AA----T--TATGTTGA-A-----A---ATGATATTG-----TTGTCGAAAATGTTTCAGACAAATATGA----T------------AATGATATTGA--TGA-AT-GTGA--TGATGAGTTTGATAATAATGATGATGGT-A-----TT--TA-CTTAGATGATGTCGATAAT----G------T-T-----GTTGT--------------T--T---TA--GGTGA-TA----TG-A-
gi|20 : aatgtacggggtgatgataaaaaagatgtagttaatgatgttgataatgattatgtgtcagccaaaaaagaaaattataatagtaatgatggttatgttgatgatgatgtaattgttttttatgaaaattatacatgcaataaagattatgatgatgagatagcacacactcagattgatgagattgaaaagAGT-A---TG-A--TTA----------------------------TGAT---G-CT--G--CTG---CTG------C------------T--GCTAAT---------GA-T------G--------A----T-----GA-------------TA--ATGA-ttaattctgataaacttactgatctagtta
gi|28 : attatgT-A---TG-ATGACA------------G---------------TGGT---G-AT--G--GTA---CTG------A------------T--GATGAG---------GA-T------G--------A----T-----GA----TA----A--TG--ATGA-T-----A---ATGTGGATG-----attccaagatgcgtcaacaatctttacaaattatatgcaccctgtaacgcaattttgtcgctaccaaaaattcggccactaccaacttcccaccaatttgcagcataacaattcattattaccatcac
gi|24 : tgcaatgat---------------TGCT---G-CT--G--CTG---CTG------A------------T--GATAAT---------AA-T------G--------------------------------------ATGA-G-----G---ATAATGATG-----CTGACGTTGTTGCTGCTGATGATGATGA----T------------GACGA---TGataaacacatacaaaaatcttaaaacc
gi|32 : c---------------TGAT---G-CT--G--CTG---CTG------C------------T--GATGAT---------GA-T------G----A--TG----ctgctgctgatgattatcatcattactatgaatatta
gi|37 : gattatgattacgatgctgatgctgcT---G-CT--G--CTG---CTG------A------------T--GATGAT---------GA-TGATGACGT---G--TG----T-----GA----CG----T--TA--GTGT-G-----A---ATaagatgctgaacaaattgagacgcaatcaaca
gi|18 : A----T------------GATGA---TGC--TAATGT-GTGAGCT-GTTAGT---GTAA-----ATAGTGA------------TA-GT--GCTGCTGATGATGAT----GTGACGTT-A-----G-TGTAAATGGGGATGCTGT--TGTAGA--TGTT-GTAATTGTG-G-AAAGTGA-----TTT----T--GCTGCTGCTGCTGTTGCTGATGATGATGAT---------GAGTGTGAT-ATAAGTG-TGA--GTG------GTGATGTTTACTGCTG
gi|22 : tgctgctgA----T------------GATGA---TGC--TAATGT-GTGAGCT-GTTAGT---GTAA-----ATAGTGAT-A------T--TG-CT--GCTGC---TGATGAT----G------T-------G-TG------------------T---GA--CGTTAGTG----TG-A-ATTGGAA-----------------TGCTGTTGT---------------AGGT---------G-GTGTAAT------TG-TGG--AAA------GTGA----Tctattaaatgatgatg
gi|23 : tgctgctgA----T------------GATTA---TGC--TAATGT-GTGAGCT-GTAAGT---GTAA-----ATAGTGAT-A-----TT---G-CT--GCTGC---TGATGAT----G------T-------G-TG------------------T---GA--CGTTAGTG----TG-A-ATGGGGA------------T--GCTGCTGTAGG---------------TGGT---------GTtt
gi|21 : ctactgctgA----T------------GATGA---TGA--TGA-AT-G--A--T-AATAGT---GTGA-----ATGGTGGT-G-----TT--TAACT--GTTGTTAATGATGAT----G------T----------------------------------------TAGTG----TG-A-ATGGTTA-----TGT----T--GCTGCTAATGA---------------TGAT---------Gaattttggaaagtgat
gi|24 : gtgatgctgttgtagggagtgttattgtggaaagtggttttgctgtttttg----T------------GATGA---TAA--TAA-----TGA--T-G--AGG---ATAATG---ATGCTGAC-G-----TT---G-TT--GCTGCTGATGATGAT----G----------------------------------------------------------------ATGA-----CGA----T--GCTGCTGCTGA---------------TGAT------------TATCATCATTACTA-TGA--AT
gi|21 : ctgctgctgctgc--GGA-GT-GT----T-ATT-GT---GGAA-----A--GTGGT-------TT--TG-CT--GTTTTTGATGATGAT----G--------------A-TGA--------------A--T---GA--TAATAGTG----TG-A-ATGGTGG-----TGT----TTAACTGTTGTTAA---------------TGAT---------G------AT-GTTAGTG-TGA--ATG------GTTA----TGTTGCTGatta
gi|20 : gtgatgctgttgtag--T-ATGAGT---ATGATT---ATGATGCT-G-----CT---G-CT--GCTGCTAATGATGAT----GA-----T-A-----A-TGctaatgatgatg
gi|24 : at--TG-CT--GCTGCTGATGATAA------------T-A-----A-TG---------------A--T---GA--GGATA--A----TG-ATGC--TGA-----CGT----T--GTTGCTGCTGA---------------TGAT---------Gaattccaagatgcgtcaacaatctttacaaattatatgcaccctgtaacgcaattttgtcgctaccaaaaattcggccactaccaacttcccaccaatttgcagcataacaattcattattaccatcac
gi|37 : ctgc--TG-CT--GCTGCTGATGATGAT----GA-----T-GATGACG-TGT--------------G--T---GA--CGTTAGTG----TG-A-Aatgatgacgatgctgctgctgatgattatcatcattactatgaatatta
gi|17 : -CT--GCTGATGATGATGAT----GC-----T-A-----A-TGT--------------G--T---GAGCTGTGAGTG----TA-A-ATAGTGA-----TAT----T--GCTG---CTGA---------------TGAT---------GTGTGTGAC-GTTAGTG-TGA--ATG------GGGA----TGCTGTTGt
gi|23 : -CT--ACTGCTGATGATTAT----GC-----T-A-----A-TGT--------------G--T---GAGCTGTAAGTG----TA-A-ATAGTGA-----TAT----T--GCTGCTGCTGA---------------TGAT---------GTGTGTGAC-GTTAGTG-TGA--ATG------GGGA----TGCTGCTGtaagtggtgtaattgtggaaagtgattttgctgcaatgttagtgtaaatagtgatattgctgctgctgatgatgatgatgtgtgtgatgtaagtgtgaatggttatgttgtt
gi|9 : T--GCTGCTGACGATGAT----GC-----T-A-----A-TGT--------------G--T---GAGCTGATAGTG----TA-A-ATAGTGA-----TAT----T--GCTGCTGATGA---------------TGAT---------GTGTGTGAC-GTTAGTG-TGA--ATG------GGGA----TGCTGTTGtaggtggtgtaattttggaaagtgat
gi|18 : T--GCTGCTGATGATGAT----GC-----T-A-----A-TGT--------------G--T---GAGCTGTTAGTG----TA-A-ATAGTGA-----TAG----T--GCTGCTGATGA---------------TGAT---------GTG----AC-GTTAGTG-TAA--ATG------GGGA----TGCTGTTGtaggtgttgtaattgtggaaagtgattttgctgctgctgatgatgatgaatgtgattattagtgtgagtggtgatgtttattgctgctaatgatgatgaaatgtgtgacgtaagtgtgaatggttatgttgctgctgctgataatgatnnnnnnnnnnaatgata
gi|22 : T--GCTGCTGATGATGAT----GC-----T-A-----A-TGT--------------G--T---GAGCTGTTAGTG----TA-A-ATAGTGA-----TAT----T--GCTGCTGCTGA---------------TGAT---------GTGTGTGAC-GTTAGTG-TGA--AT--------TGG-----AATGCTGtagatgttgtaattgtggaaagtgattttgctgctgctgctgttgctgatgatgatgatgagtgtgatataagtgtgagtggtgatgtttactgctgctattaaatgatgatg
gi|20 : AGTA----TG-A-TTA-TGA-----TGC----T--GCTGCTGCTGC---------------TAAT---------Gttgtaggtggtgtaattgtggaaagtgattt
gi|37 : attatgGC----T--GCTGCTGATGA---------------TGATGATGATGACGTGTGTGAC-GTTAGTG-TGA--ATatgatgataatgaattccaagatgcgtcaacaatctttacaaattatatgcaccctgtaacgcaattttgtcgctaccaaaaattcggccactaccaacttcccaccaatttgcagcataacaattcattattaccatcac
gi|24 : t----T--GCTGCTGCTGC---------------TGAT---------G------AT-AATAATGATGA--G-G------ATAA----TGATGCTG
10 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|4 ): AATGTAGGTTTGATGTCTATCAATGATGTAGTTAATGATGTTGATAATGATTATGTGTCAGCTAAAAAAGAAAACTATAATGATGATGATGGTTATGATGATGAAGATGTAATTGTTTTTTATGATAATTATACATGCAATAAAGATTATGATGATGAGATAGCACACACTCAGATTGATGAGATTGAAAAGTGTAGTGATGGTGATGATAACGATGGTGATGATAATGAGGATGATGATGTGATTGTTGTTGAAAATTATGTTGAAAATGATATTGTTGTTGAAAATGTGTCAGACAAAGATGATAATGATATTGATGAATGTGATGATGATGCGTTTGATAATAATGTTGATGATATTTATGTCGATAATGTTGTTGTTTTAGGTGATATGATTTATTCTGATAAACTTACTGATTTAGT
Unaligned ( gi|6 ): TAATTGAGATTACAATGATGGTGACCTGAAAATGATAGTCGCTATGATGATTATCATGATGTTGGTGATCAGTGTGATAATGATGATACAAGAAATGAAAATGTTGATGATGATGGGGATGATGATTGTGATGATAAGTGTGATGAATATGTCAATACTGGCATTAATTGAGATTATAAACCTGATAACCTGAAGGTGATAAATGCTAGTTGTGATGATGATGATGCTGACAGTAGTGATAATGACACAATGACAACAGTGGCAATAAATATTAATATGGTGAACATACCGTCAGTGGTGGTCAGTAATGAACGTAGAGATGATACTGGTGTTAACAGTGAAGTTGATGATGACGGTGATGCTCCTTACTGGTGAAG
Unaligned ( gi|10 ): GATTATCATGCTGTGATGAAGATTATGGATAATGACACAAGTACTGATTTTCTTGTTGATGGTGATAATGTGGATGATGAAATTGATGATAATATGGGACGATGATAAATATGCATGTAAAACATCAAATATTGCTTGATGATAATGATCATCAAAGTGATGATAAAAGATGAGAATACTTATAATGACGATTTGATGATGACAATGTTGATGATGATAATAATTAGTGATGATAAAGATAATAAAACTTACC
Unaligned ( gi|11 ): ATAATAATGATAATGATGCTAACACTTTAGATAAAAATAATGATTATAGCAATTATAATAGTAATCATATTACCAATAATAATAATAATAATAACAATAATGATAATGCTTAGACTTATCATAAAAGTAATGACAATAATAATGAAAATAATAATAAATAACAACAACAGCAACAACAATAACAATAATAATGATAATGATGCTAACACTTTAGATAATAATAATAATAACACTAATAATAATATTAG
Unaligned ( gi|14 ): AAAAAAGATGATGATGATGATTGCATAGACCTTGATGACGACGATGATGGTGATAATGTTATGATGATTTCGAAAAAAATACCAAAAAATCATTCCATTCCGCCATACTTAAAAAATAATTTGCAACCTAGCAACCTAGCATCGCATTTTGTCGCTCCCAAGTCGAATATTAGTAGTAGAATTGTGTTGCTACCATTTCGCAGCATAACATAGCCTAATT
Unaligned ( gi|16 ): TGAACATGAAATGAAGACATATATGAAAGTGATGGTGATGCTAATTATTGTTATGGTAGTATTTTTGGATCAGTGGTGTGATATTGATTATGATGTTGATGATAATTGTGATGGTGGTAATGATGATGAATGTTGTAATGACGGCATTAATGATGATGATGATAAGGAGAATCTAGGTAATATTGATGGTTATGATGATGTTTGATGGTAGT
Unaligned ( gi|19 ): GTGATGTTGAATTGAGAATAAATTCATCACAATAATGTGATGATAATGATGCGGGAAATAACAATGATGATGGCGATAATGATGATGATTTTGATTGTGATGACGCCAAGTTGCCAACGACATTGATGGTGACGGCGATGATTATGGTATTATCGTAATCAACGTTACGATTGATAAATTTAACGCAATTA
Unaligned ( gi|31 ): TACAATGGCAACAACAACGATGATGATGATGGTGGTGATGATGACGATGATTATGCTTGTTGCAAATGAAGTTGATCATAAGGTCCTTGT
Unaligned ( gi|34 ): TATTGTTGCTACTACCACCACCGATGACATTAATAATGCTGATAGGGATAATTATGTTGATGCTGATGCTG
Unaligned ( gi|38 ): AAACTGATGGTGATAGCGATGACCATAACAATGATAATGATACCGATG
Alignments
lowQualScore : 333 111 111 11 11 2222 2222 111 2222222222222 111 111111 1111 22222222222 11111 333333333333333 11 22222222222222222 111111 1111 1111111 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 1111111 1111 111 11111 11111111 11 2222
lowQualScore : 444 4 3 8 0 8 555 8 444 99 999 55 1 33 1 4 3333 6 2 2 1111 0 4 000 1 7777777777777 000 1 444444 2 33 4 555 1 0 33 6666 33 777 77 66666666 777 2 0 5 88888888888 11111 66 555555555555555 66 4 3 8 88888888888888888 3 333333 0 3333 0000000 2 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 4 5555555 1 2222 3 3 3 222 3 99999 888888 6666 3 22222222 00 4 666 4 1 2 1111 2 3
lowQualScore : ... . . . . . ... . ... .. ... .. . .. . . .... . . . .... . . ... . ............. ... . ...... . .. . ... . . .. .... .. ... .. ........ ... . . . ........... ..... .. ............... .. . . . ................. . ...... . .... ....... . ....................................................................... . ....... . .... . . . ... . ..... ...... .... . ........ .. . ... . . . .... . .
lowQualScore : 000 0 2 8 2 2 222 0 000 22 333 77 0 00 0 6 0000 7 2 5 5555 7 3 999 0 1111111111111 888 3 222222 7 66 2 000 2 5 00 3333 99 888 55 88888888 000 4 9 4 99999999999 11111 11 000000000000000 77 4 9 9 77777777777777777 0 888888 9 1111 0000000 4 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 5 0000000 0 9999 3 3 1 555 3 22222 888888 5555 3 55555555 00 3 444 0 1 5 2222 5 0
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGTGTGNGGCGTNAGTGTGAATGGTGATGCT-TGCTG-CTGC---TG--ATGATGAT--GATG-TGTGAA-TGATAAT-G-TA-TGATGATGTTTA-TGCTGNTG-C-TGNTGATG--T--ATGA---TGACGNTAATGA-----NAAT-GATGACGATGNTGC--TGCTGCTGATGATGATGATGATGACGATGAGT-GTGA--TG--TTAG-TGTG--AATNGTGA---TGTTTACTG-----------CTG-----CTGATGA--TGAT-G-TAGTG----TG-TGA--T-GTTAGT-GTGAAC--G------------GTGATGNTGCTG---C--TGATGATGATGATGTGTGTGACGTTG--GTGNGAAT------------GGTGA------TGT----T-G-T---GNTG-GT-GGTNN------------TG---C-TGNTG------NTGATGATGATGNTG--AGTG-TGAT-GTTAGTG---TG-AATGGTGATGTT--TG-CTGCTG------CT----GATGATGA-TG-TAGTG--TGTGA--TGTTAGTGTGAATGGTG---ATGTTGC-TGCTGCTGATGATGTGTG----TGACGTTAGTGTGAATGGNGATGCTGCTG
Reference ( family-501 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGTGTGAGCTGTTAGTGTGAATGGTGATGCT-TGCTG-CTGC---TG--ATGATGAT--AATG-TGTGAG-TGNTAGT-G-TA-TGGTGATGTTTACTGCTGCTG-C-TGNTGATG--T--ATG----TGACGTTAATGA-----GAAT-GATGATNNTGCTGC--TGCTGCTGATGATGATGATGATGANGATGAGT-GTGA--TG--TTAG-TGTG--AATNGTGA---TGTTTACTG-----------CTG-----CTGATGA--TGAT-G-TAGTG----TG-TGA--T-GTTAGT-GTGAAC--G------------GTGATGTTGCTG---C--TGATGATGATGATGTGTGTGACGTTA--GTGNGAAT------------GGTGA------TGT----T-G-N---GNNG-GT-GNTNN------------TG---C-TGNTG------NTGATGATGATGNTG--AGTG-TGAT-GTTAGTG---TG-AATGGTGATGTT--TG-CTGCTG------CT----GATGATGA-TG-TAGTG--TGTGA--TGTTAGTGTGAATGGTG---ATGTTGC-TGCTGCTGATGATGTGTG----TGACGTTAGTGTGAATGGTGATGCTGCTG
gi|1 : TGTGTGTGGTATTAATGTGAATGTTGATGTT-TACTG-CTGC---TG--ATGATGAT--AATG-TGTGAGCTGTTAAT-G-TA-TGGTGATGTTTACTGCTGCTG-C-TGCTGATG--T--ATG----TGACATTAATGA-----GACT-GATCATTTTGCTGC--TGCTGCTGATGATAATGATGATGAGGAGGAGT-TTGA--TA--TTAG-TATG--AATTGTGG---TGTTTACTG-----------CTG-----CTAATGA--TGAT-G-TAGTG----TT-TGA--T-GTCAGT-ATGAAC--A------------GTGATGTTGCTG---C--TGATGATGATGATGTATGTGACATTA--ATGAGAAT------------GGTGA------TGTN---N-N-N---NNNN-NN-NNNNN------------NN---N-NNNNN------NNNATGATGATGAGG--AGTG-TGAT-ATTAGTA---TA-AATGGTGGTGTT--TA-CTGCTG------CT----AATGATGA-TG-TAGTG--TTTGA--TGTTAGTATGAACAGTG---ACGTTGC-TGCTGCTGCTGATGTGTG----TCATGTTAGTGTGAATGGTGATAATGCTG
gi|12 : tattttaccatgtgtgtgtgTAATGATGACGAGGATT-ATGA--CG--TTGA-TGTG--GGTTGTGAAGGTGTTTATTGTAATGATCATACTG-----CTGGTAA--TGATAA-TAATGATACTGATGA--T-G--AGC-ATT-AC--G------------ATGATCATGATG---G--TACTGATGATGATTTTTGCAGTGCTG--ATGAGAGT------------TACG--------GT----T-A-T---GGTG-GT-AATAA------------T
gi|13 : gcaattgtaatgatgatcttcatcataattt-TGATGATGTTTA------------TGACGACC--T--TTG----TGACGGTTATGA-----TAAT-GATTGTGATAGTGT--TAATGATGATAATGATGATGaaatgatacaatacaaaaacagaacca
gi|15 : G---C--CGATACTGATAATG---GTGATAATG--GTGATACT------------GGTGA------TGC----T-GTT---GATG-GA-AATTA------------TG---A-TAATG------ATCATGATAATGATG--GAGA-TGAT-CTTTATGT--TG-AAtcgacaaaaataccaaaatgcgtttaattccgcgatccttaacaaatcgtatgcacccttgcaaagctacgcattttgtcgttaccaattcgaccgaatttcggcagtcactactaaattgctttgctaccattttgtgacttaac
gi|17 : tataataaagatgaagttgtagatagaaatgaCTG-----------CTG-----ATGATGA--TGAT-GCTAATG----TG-TGAGCT-GTGAGT-GTAAAT--A------------GTGATATTGCTG---C--TGATGATG------TGTGTGACGTTA--GTGTGAAT------------GGGGA------TGC----T-G-TT--GTAA-GT-GGTGT------------AA---T-TG-TG--------GAAAGTGATTTTG--C-TG-CAAT-GTTAGTG---TA-AATAGTGATATT---G-CTGCTG------CT----GATGATGA-TG-ATGTG--TGTGA--TGTAAGTGTGAATGGTT---ATGTTGT-Tgttcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctggagatggtaattatgataatgatcatgataatg
gi|18 : --TGCTGCTGATGATGATGCTAATG--------T-GTGAGCTG--TTAG-TGTA--AATAGTGA---T----AGTG-----------CTG-----CTGATGA--TGAT-G-T------------GA--C-GTTAGT-GTAAAT--G------------GGGATGCTGTTG---T----------A-GATGT-TGTAA--TT---GTGGAAA--------------GTGA------TTT----T-G-C---------T-GCTGC------------TG---C-TGTTG------CTGATGATGATGATG--AGTG-TGAT-ATAAGTG---TG-AGTGGTGATGTT--TA-CTGCTG------CTATTAAATGATGA-TG-
gi|2 : TGTGA-TG-TAATGCT-T-CTGACAGT---TGTTATGATGAT--GATG--ATGA--TGAT--T-A-TAATTGTGATGT--AATGCTTCTGAC-AGTTGAT------ATGA---TGACG---ATGA-----TGAT-GATAGTTATGAGGTCATGCTGCCAACACTGATGATAATAAT----AGTAGTGA--TG--TTA-------------TGC---TGCTGGCAG-----------TTG-----TT-ATGA--TGAC----AATG-----A-TGA--T-GATAGTTGTGA----G------------GTCATGCTGCCAACAC--TGATGATAATTAT--------------------AGT------------AGTGA------TAT----T-A-TACTGCTG-GC-AGTTG------------TG---A-TGATG------ATGGTGATGATACTAGTAGTGATGAT-GTTAGTACTTTGTAGTAGTGACGTTA-TT-CTTCTGAGAGTTAT----TATGATGA-TG-TGAT---TATGA--TTTC--TAT-AATAATG---ATGTAAA-TAATGGTGATGA
gi|20 : ATGA-----GTAT-GATTATGATGCTGC--TGCTGCTGCTAATGATGATGATAATGAaggtaatggtattgaacgtctggaacatgttttattattcacaaactat
gi|21 : attGTGATGCTGTTGTAGGGA--------------GTGT------TAT----T-G-T---GGAAAGT-GGTTT------------TG---C-TGTTT------TTGATGATGATGATG--AATG---AT-AATAGTG---TG-AATGGTGGTGTT--TAACTGTTG------TT----AATGATGA-T-----------------GTTAGTGTGAATGGTT---ATGTTGC-TGCTAATGATGATGattccaagatgcgtcaacaatctttacaaattatatgcaccctgtaacgcaattttgtcgctaccaaaaattcggccactaccaacttcccaccaatttgcagcataacaattcattattaccatcac
gi|22 : TGCTG------CT----GATGATGA-TGCTAATG--TGTGAGCTGTTAGTGTAAATAGTG---ATATTGC-TGCTGCTGATGATGTGTG----TGACGTTAGTGTGAATTGGAATGCTGTTG
gi|23 : -CTACTG------CT----GATGATTA-TGCTAATG--TGTGAGCTGTAAGTGTAAATAGTG---ATATTGC-TGCTGCTGATGATGTGTG----TGACGTTAGTGTGAATGGGGATGCTGCTGtaggtggtgtaattgtggaaagtgattt
gi|24 : TGCT--GCTG-CTGC---TG--ATGATAAT--AATG--ATGAG--GATAAT-G--A-TGCTGACGT----TGTTGCTG-C-TGATGATG-----ATG-----------------------AT-GACGA------TGC--TGCTGCTGATGATTATCATCATTACTATGAAT-ATtaggtggtgtaattttggaaagtgat
gi|25 : c-TGGTT------ATTATGGTAATGCCG--A-CA-TGAT-GTTA----------ATGGTTAT-TC--TG-ATACTG------CT----GATGACGATTT-TGGTGGCTGTAA--TGGTAATG---ATGGTGTTTTTTTTGG-TAATGCTGATAAta
gi|26 : gaGACACTGATGG--TGATAATGATGATGATGACAATGATGATGATG-GCAA--CG--ATGA-TGTT--CATCATGG---TGTTTg
gi|26 : aC--TGATGGTGATAATGATGATGATGACAATGA----TGA--TG--ATGG-C-----AACGATGA---TGTTCAtgggttatatgagagaaatcaacttgataggct
gi|28 : agacaAATGA-----TTAT-GATGACAGTGGTGA--TGGTACTGATGATGAGGATGATGATAATGA----TGA-------TAA-TGTG--GATGATAA---tcatggtgttttgggttatatgagagaaatcaacttgataggct
gi|29 : tgcATGGTA--A-TG-TGAT-GATA----------ATGGTTATGCTGTTG-CTTCTG------CC----GATGAAGA-TA-CAG-----ATGA--TAATGGTGTTA-TGGTG---A-------TGCTGCCGATGATGTacacatacaaaaatcttaaaacc
gi|30 : tt---C-TAATG------GTGATAACGATGATG--GTTG-TGGT-G-------------ATGATGCTACTACTG-CTGCTG------TT----GCTGGTGG-TGGTGGTG---GTGG--TGGTAATG---ATGGTG---ATGTtaatt
gi|31 : AATGG-----CAAC-AACAACGATGATGA--TGATGGTGGTGATGATGACGATGATTATG
gi|31 : tacAAC-GATGATGATGATGG--TGGTGATGATGACGATGATTATGcttgttgcaaatgaagttgatcataaggtccttgt
gi|32 : tacaatggcaacaacAT-GATTACGATGCTGA--TGCTGCTGATGCTGCTGCTGCTGATGATGA----TGA--TG--cttgttgcaaatgaagttgatcataaggtccttgt
gi|32 : gattT-GATGCTGCTGATGC--TGCTGCTGCTGATGATGATGATGAAGATGaagatgctgaacaaattgagacgcaatcaaca
gi|33 : gattatgattacgatgcTGATGGTT--ATGATAATGAAAGTAATGA-----TGAT-GATGACGCTGCTGC--TGCTGCTGATGACGATAATGATGTTAATGActgaacaaattgagacgcaatcaaca
gi|35 : GCTGATG-C-CATTGGTG--CTAATGA---TGATGCTA---------GAATTGATGATGACGCTGC--TGCTtggt
gi|36 : taatgaaTGCTGCTGCTGC--TGCTGCTGAAGTAGATGATAATGAGTATAAGC--TGA--T
gi|37 : cTGC--TGCTGCTGATGATGATGATGATGACG-T--GT-GTGA--CG--TTAG-TGTG--AATtaaactcggaa
gi|5 : TA--T--GTG----TGATGTTAGTGG-----TAGT-GGGGATGTAGCT---------------AT--TGATGATGAAGTTGTAT-GTGA--TA--TTAG-TGGT--AGTTGTGA---TA--TA--G-----------CTG-----TTGATAA--TGAT-G-TTGTG----TG-TGA--T-GTTAGT-GTGAAC--GGTGATGAAGCATGTGATGTAGCTG---T--TGATGATGATGTTGTGTGTGATGTTG--GTGTGAAC------------AGTGA------TGGAGCAT-G-T---GATG-AT-GTTAC------------TG---C-TGATGTAGATAGTGCTGATGGTGTTG--TGTG-TGAT-GTTAGTG---TG-AACGGTAGTGTTGATG-CTGCTC------CT----GATGATGA-TG-TTATG--TGTGA--TGTTAGTGTGAGCGGTG---ATGAAGCATG----TGATGATGT-TACTACTGATGTTGATAT---TGATGATG
gi|6 : --ATGATGGT--GACC-TGAAAA-TGATAGTCGCTA-TGATGATTATCA----TGATG-T-TGGTGATC--A--GTG----TGATAATGATGATACAAGAA---ATGAAAATGTTGA--TGATGATGGGGATGATGATTGTGATGATAAGT-GTGA--TG----AA-TATGTCAATACTGG---CATTAATTGAGA--------TTATAAACCTGATAACCTGA-----AG-G----TGATAAA-T-GCTAGTTGTGA-T--G------------ATGATGATGCTGA--CAGTAGTGATAATGACACA-ATGACAACA--GTGGCAATAAATATTAATATGGTGAACATACCGT----CAG-T---GGTG-GTCAGTAA------------TGAA-CGTAGAG------ATGATACTGGTGTTA--ACAG-TGAA-GTTGATGA--TG-A-CGGTGATGCT--CC-TTACTG------GT----GAgggtatgtgaggctggtgccgctcattat
gi|7 : taattgagattacaAATGGCGAT--TATACTG-ATGCCAGTA--GTGACGAT--GATGATGGAAA-TTATAAT-A--A-TGATGAT-TTTATTTCTGATG-AATGGTGGT---T--ATAA---CGACCTTCATGA-----AAAT-TATGATGATGGTTA--TGATGATGATGATGATGATCATAGTGATGAAT-TTGA--TGAATTAGATGTag
gi|8 : cgataatgatgaaggtggagataatgaacacgatTGATGATAGTAATGATGAAACTGATG-GTGA--TG--ACAAATGTG--A----TGA---TGCTTATTA--------------------TAAACA--TGAT-G-AA----------TGA--TTATTATT-GCGACCTTG------------ATGACGATGATG---T--TGATAATGATGATGTcgacaaaacattttcaaaccattcccttccacggccttatcaaatcatacgcaccctttgtcgccatcaaaattcgattaaatgttgttactcacaacaattgctctgctacaaattggcggcgtaa
gi|9 : gaTG-----------CTG-----CTGACGA--TGAT-GCTAATG----TG-TGAGCT-GATAGT-GTAAAT--A------------GTGATATTGCTG---C--TGATGATGATG---TGTGTGACGTTA--GTGTGAAT------------GGGGA------TGC----T-G-TT--GTAG-GT-GTTGTAATTGTGGAAAGTGATTT-TGCTG------CTGCTGATGATGATG--AATG-TGATTATTAGTG---TG-AGTGGTGATGTT--TA-TTGCTG------CT----AATGATGA-TG-AAATG--TGTGA--CGTAAGTGTGAATGGTT---ATGTTGC-TGCTGCTGATAATGcgacaaaaaaacaaactaaaatgcattccattacaaaatccttaacaaatcatattatgcacttttgcaacgcattttatagcttccaaaattggtctgatattgatagtcactagcgaattgtgatgctaccatgttgtggcgtaacatatctcactgattttaa
gi|9 : TGTGTGA--CGTAAGTGTGAATGGTTATG-T-TGCTG-CTGC---TG--ATAATGATNNNNNN-NNNNAA-TGATAatnnnnnnnnnnaatgata
10 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|3 ): AATGTACGGGGTGATGATAAAAAAGATGTAGTTAATGATGTTGATAATGATTATGTGTCAGCCAAAAAAGAAAATTATAATAGTAATGATGGTTATGTTGATGATGATGTAATTGTTTTTTATGAAAATTATACATGCAATAAAGATTATGATGATGAGATAGCACACACTCAGATTGATGAGATTGAAAAGTGTAGTGATGGTGATAATAACGATGGTGATGATAATGATGATGATGATGTGATTGTTGTTGAAAATTATGTTGAAAATGATATTGTTGTCGAAAATGTTTCAGACAAATATGATAATGATATTGATGAATGTGATGATGAGTTTGATAATAATGATGATGGTATTTACTTAGATGATGTCGATAATGTTGTTGTTTTAGGTGATATGATTAATTCTGATAAACTTACTGATCTAGTTA
Unaligned ( gi|4 ): AATGTAGGTTTGATGTCTATCAATGATGTAGTTAATGATGTTGATAATGATTATGTGTCAGCTAAAAAAGAAAACTATAATGATGATGATGGTTATGATGATGAAGATGTAATTGTTTTTTATGATAATTATACATGCAATAAAGATTATGATGATGAGATAGCACACACTCAGATTGATGAGATTGAAAAGTGTAGTGATGGTGATGATAACGATGGTGATGATAATGAGGATGATGATGTGATTGTTGTTGAAAATTATGTTGAAAATGATATTGTTGTTGAAAATGTGTCAGACAAAGATGATAATGATATTGATGAATGTGATGATGATGCGTTTGATAATAATGTTGATGATATTTATGTCGATAATGTTGTTGTTTTAGGTGATATGATTTATTCTGATAAACTTACTGATTTAGT
Unaligned ( gi|10 ): GATTATCATGCTGTGATGAAGATTATGGATAATGACACAAGTACTGATTTTCTTGTTGATGGTGATAATGTGGATGATGAAATTGATGATAATATGGGACGATGATAAATATGCATGTAAAACATCAAATATTGCTTGATGATAATGATCATCAAAGTGATGATAAAAGATGAGAATACTTATAATGACGATTTGATGATGACAATGTTGATGATGATAATAATTAGTGATGATAAAGATAATAAAACTTACC
Unaligned ( gi|11 ): ATAATAATGATAATGATGCTAACACTTTAGATAAAAATAATGATTATAGCAATTATAATAGTAATCATATTACCAATAATAATAATAATAATAACAATAATGATAATGCTTAGACTTATCATAAAAGTAATGACAATAATAATGAAAATAATAATAAATAACAACAACAGCAACAACAATAACAATAATAATGATAATGATGCTAACACTTTAGATAATAATAATAATAACACTAATAATAATATTAG
Unaligned ( gi|14 ): AAAAAAGATGATGATGATGATTGCATAGACCTTGATGACGACGATGATGGTGATAATGTTATGATGATTTCGAAAAAAATACCAAAAAATCATTCCATTCCGCCATACTTAAAAAATAATTTGCAACCTAGCAACCTAGCATCGCATTTTGTCGCTCCCAAGTCGAATATTAGTAGTAGAATTGTGTTGCTACCATTTCGCAGCATAACATAGCCTAATT
Unaligned ( gi|16 ): TGAACATGAAATGAAGACATATATGAAAGTGATGGTGATGCTAATTATTGTTATGGTAGTATTTTTGGATCAGTGGTGTGATATTGATTATGATGTTGATGATAATTGTGATGGTGGTAATGATGATGAATGTTGTAATGACGGCATTAATGATGATGATGATAAGGAGAATCTAGGTAATATTGATGGTTATGATGATGTTTGATGGTAGT
Unaligned ( gi|19 ): GTGATGTTGAATTGAGAATAAATTCATCACAATAATGTGATGATAATGATGCGGGAAATAACAATGATGATGGCGATAATGATGATGATTTTGATTGTGATGACGCCAAGTTGCCAACGACATTGATGGTGACGGCGATGATTATGGTATTATCGTAATCAACGTTACGATTGATAAATTTAACGCAATTA
Unaligned ( gi|27 ): ATGTTGATGACAATATTGGTGATGATATAGGCGTGATAATGATGATTATATATTGCTGATCGTTATAACTGTGATTAATGATGACGATGATGATGTTG
Unaligned ( gi|34 ): TATTGTTGCTACTACCACCACCGATGACATTAATAATGCTGATAGGGATAATTATGTTGATGCTGATGCTG
Unaligned ( gi|38 ): AAACTGATGGTGATAGCGATGACCATAACAATGATAATGATACCGATG
Alignments
lowQualScore : 2222222222222222 333333333333333333333 22222222 111 11111111111111 11111 22222222222 1111111111111111111 1111111111111 111111 333333333333333 11 1111 11111111111111 111111 11111 111111111 22222222222222 44444444444444444444444444444444444444444444444 1111111 1111111111111 111111111111111 1111 11 2222
lowQualScore : 1 11 1 5 3333333333333333 3 555 33 333 333 33 999999999999999999999 333 333 55555555 333 333 888888 2 000 22222222222222 00000 1 22 22222222222 1 1 1 1 22 33333 55555 4444 666 1 1 6666666 22 444 222 5 222 999999999 33 6666666666666666666 5555555555555 000000 55 000000000000000 55 4 2 8 0000 77777777777777 333333 55555 1 222222222 1 44444444444444 99999999999999999999999999999999999999999999999 33 55 3 4 5555555 6666666666666 3 3 555555555555555 1 999999999 7777 7777 1111 8888 55 1 11 2 4 7777 4 0 2 1111 2 1
lowQualScore : . .. . . ................ . ... .. ... ... .. ..................... ... ... ........ ... ... ...... . ... .............. ..... . .. ........... . . . . .. ..... ..... .... ... . . ....... .. ... ... . ... ......... .. ................... ............. ...... .. ............... .. . . . .... .............. ...... ..... . ......... . .............. ............................................... .. .. . . ....... ............. . . ............... . ......... .... .... .... .... .. . .. . . .... . . . .... . .
lowQualScore : 0 33 0 1 8888888888888888 6 000 77 999 999 11 222222222222222222222 555 555 77777777 555 555 999999 0 000 99999999999999 00000 0 33 77777777777 6 6 6 5 00 99999 33333 9999 666 4 4 7777777 00 555 888 2 999 999999999 44 8888888888888888888 8888888888888 777777 55 444444444444444 00 0 6 0 6666 66666666666666 333333 77777 4 666666666 0 44444444444444 33333333333333333333333333333333333333333333333 44 55 6 5 0000000 9999999999999 6 6 111111111111111 6 666666666 1111 1111 4444 0000 55 6 00 3 4 9999 4 7 5 2222 5 0
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGTGTGTGACGTTAGTGTGAATGGTGAT---GCT--TGC-----TG-CTGC---TG--ATG---ATGA---T--GATG--TG-----TG-A--A-----TGAT---A---AT-G-T----AT---GAT---GATGNT---TA-TG-N-TG--N-----------TG---C-TGNTGA--T--G-----T--A-TGATGACGNTAA--TG--ATAATGATGAC----GATG---NTGC--TG-CT-G-C-----TGATG--ATGAT---GATGA---TGATGA---TGAGT----G-TGA--TG--TTAG-TGTG--AATN-GTGATGTTTACT--G---CTG-----CTGATGA--TGA----TG-TAGTGTG-TGA--T-GTTAGT-GTGAAC--GGTGATG----NT--------GCTG---C--TGATGATGATGATGTGT-GTGACGTT-----G--GTGNGAAT------------GGTGA-------TGT----T-G-T-------GGTG------------GT-GGTNNTG--C-TGGTG------NTGATGATGATGNTG------AGT-G-TGAT-GTTAGTG-T-----GA------ACGGTGATGT--T--TG-CTG----CTGCT----GATGATGA----TG-TAGTG--TGTGA--TGTTAGTG-TGAATGGTG---ATGTTGC-TGCTGCTGATGATGTGTG----TGACGTTAGTGTGAATGGNGATGCTGCTG
Reference ( family-501 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGTGTGNGGCGTNAGTGTGAATGGTGAT---GCT--TGC-----TG-CTGC---TG--ATG---ATGA---T--GATG--TG-----TG-A--A-----TGAT---A---AT-G-T----AT---GAT---GATGTT---TA-TG-C-TG--N-----------TG---C-TGNTGA--T--G-----T--A-TGATGACGNTAA--TG--ANAATGATGAC----GATG---NTGC--TG-CT-G-C-----TGATG--ATGAT---GATGA---TGACGA---TGAGT----G-TGA--TG--TTAG-TGTG--AATN-GTGATGTTTACT--G---CTG-----CTGATGA--TGA----TG-TAGTGTG-TGA--T-GTTAGT-GTGAAC--GGTGATG----NT--------GCTG---C--TGATGATGATGATGTGT-GTGACGTT-----G--GTGNGAAT------------GGTGA-------TGT----T-G-T-------GNTG------------GT-GGTNNTG--C-TGNTG------NTGATGATGATGNTG------AGT-G-TGAT-GTTAGTG-T-----GA------ATGGTGATGT--T--TG-CTG----CTGCT----GATGATGA----TG-TAGTG--TGTGA--TGTTAGTG-TGAATGGTG---ATGTTGC-TGCTGCTGATGATGTGTG----TGACGTTAGTGTGAATGGNGATGCTGCTG
gi|1 : TGTGTGTGGTATTAATGTGAATGTTGAT---GTT--TAC-----TG-CTGC---TG--ATG---ATGA---T--AATG--TG-----TG-A--GC----TGTT---A---AT-G-T----AT---GGT---GATGTT---TACTG-C-TG--C-----------TG---C-TGCTGA--T--G-----T--A-TG-TGACATTAA--TG--AGACTGATCAT----TTTG---CTGC--TG-CT-G-C-----TGATG--ATAAT---GATGA---TGAGGA---GGAGT----T-TGA--TA--TTAG-TATG--AATT-GTGGTGTTTACT--G---CTG-----CTAATGA--TGA----TG-TAGTGTT-TGA--T-GTCAGT-ATGAAC--AGTGATG----TT--------GCTG---C--TGATGATGATGATGTAT-GTGACATT-----A--ATGAGAAT------------GGTGA-------TGTN---N-N-N-------NNNN------------NN-NNNNNNN--N-NNNNN------NNNATGATGATGAGG------AGT-G-TGAT-ATTAGTA-T-----AA------ATGGTGGTGT--T--TA-CTG----CTGCT----AATGATGA----TG-TAGTG--TTTGA--TGTTAGTA-TGAACAGTG---ACGTTGC-TGCTGCTGCTGATGTGTG----TCATGTTAGTGTGAATGGTGATAATGCTG
gi|10 : tattttaccatgtgtgtgtgTGT---TG--ATG---GTGA---T--AATG--TGGATGATG-A--AATTGATGAT---A---AT-A-T----GG---GAC---GATGATAAATA-TG-CATG--TAAAACATCAAATA---T-TGCT----T--G--------A-TGATAATGATCA--TC--AAAGTGATGATAAAAGATG---AGAA--TA-CT-T-A-----TAATG--ACGATTT-GATGA---TGACAA---TG-TT----GATGA--TG--ATAA-T-----AATTAGTGATG
gi|12 : gattatcatgctgtgatgaagattatggataatgacacaagtactgattttctTA---ATGA---T--GATC--T------TC-ATCA-----TAATTTTA---AT-G------AT---GAC---GAGGAT---TA-TG-A-CG--T-----------TG---A-TGTGGG--T--------T--G-TGAAGGTGTTTA--TT--GTAATGAT--C-----ATA---CTGC--TG-GT-A-A-----TGATA--ATAAT---GATAC---TGATGA---TGAGC----A-TTA--CG--------ATG--A-TC-ATGATG--------G----TA-----CTGATGA--TGATTTTTG-CAGTGC--TGA--T-G--AGA-GTT-AC--GGTTATG----GT--------GGTA---A--TAATAA--ATGATataaagataataaaacttacc
gi|12 : gcaattg--TGATGACGAGGAT---T-ATGACGTT-----G--ATGTGGGT------------TGTGAAGGTGTTTAT----T-G-T-------AATG------------AT-CATACTG--C-TGGTA------ATGATAATAATGAT-------ACT-GATGAT-G--AGCA-T-----T-------ACGATGAT-C--A--TG-ATG----GTACT----GATGATGATTTTTG-CAGTG--C-TGA--TGacaatacaaaaacagaacca
gi|13 : gcaattgtaatgatgatcttcatcataattttaaT---GAT---GATGTT---TA-TG----------------------------ACGA--C--C-----T--T-TG-TGACGGTTA--TG--ATAATGATTGT----GATA---GTGT--TA-AT-G-A-----TGATA--ATGAT---GATGT---CGACAA---agagttacggttatggtggtaataataaatgatacaatacaaaaacagaacca
gi|14 : GATGA--T--G--------A-TGATGATTGCAT--AG--ACCTTGATGAC----GACG---ATGA--TG-GT-G-A-----TAATGTTATGAT---GATaaataccaaaatgcgtttaattccgcgatccttaacaaatcgtatgcacccttgcaaagctacgcattttgtcgttaccaattcgaccgaatttcggcagtcactactaaattgctttgctaccattttgtgacttaac
gi|15 : aaaaaaG---C--CGATACTGATAATG----GTGATAAT-----G--GTGATACT------------GGTGA-------TGC----T-GTT-------GATG------------GA-AATTATG--A-TAATG------ATCATGATAATGATG------GAG-A-TGAT-CTTTATGTT-----GA------Attcgaaaaaaataccaaaaaatcattccattccgccatacttaaaaaataatttgcaacctagcaacctagcatcgcattttgtcgctcccaagtcgaatattagtagtagaattgtgttgctaccatttcgcagcataacatagcctaatt
gi|15 : tataataaagatgaagttgtagatagaaatga-----TGAT---A---AT-G------GT---GAT---AATGGT---GA-TA-C-TG--G-----------TGATGC-TGTTGA--T--GGAAATT--A-TGATAATGATCA--TG--ATAATGATGGA----GATG---ATgttcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctggagatggtaattatgataatgatcatgataatg
gi|15 : tataataaagatgaagttgtagatagaaatgagccgatacAATGGTGAT---ACTGGTGA-----TG-CTGT---TG--ATGGAAATTA---T--GATA---A-----TG-ATCA-----TGAT---A---AT-G------ATGGAGAT---GATCTT---TA-TG-T-TGAAG-----------TT---C-NNNNNN--N--N-----N--N-NNNNNNNNNNNN--NN--NNNNNNNNNNN----NNNN---NNNC--TG-GA-G-A-----TGGTA--ATTAT---GATAA---TGATCA---TGActttatgttgaagttcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctggagatggtaattatgataatgatcatgataatg
gi|16 : tataataaagatgaagttgtagatagaaatgagccgatactgataatggtgatGTGA-TGGTGAT---GCT--AAT-----TA-TTGT---T---ATG---GTAG---T---ATT--TT-----TG-G--A-----T--C---A---GTGG-T----GT---GAT---ATTGAT---TA-TG-A-TG--T-----------TG---A-TGATAA--T--------T--G-TGATGGTGGTAA--TG-----ATGATGA------ATG---TTGTAATGACG-G-CAT---TAATG--ATGAT---GATGA---TAAGGA----GAATCTAGG-TAA--TA--TTGA-TGGT--TATG-ATGATGTTTtaatg
gi|16 : tgaacatgaaatgaagacatatatgaaaTG---ATTA---T--GATG--T------TG-A--------TGAT---A---AT---T----GT---GAT---GGTGGT---AA-TG-A-TG--A-----------TG------AATGT--T--G-----T--AATGACGGCATTAA--TG--ATGATGATGAT----AAGG---AGAA--T--CTAG-G-----TAATA--TTGAT---GGTTA---TGATGA---T--GT----T-TGA--TG--GTAG-Tgatggtagt
gi|17 : tgaacatgaaatgaagacatatatgaaagtgatggtgatgctaattattgttatggtagtatttttggatcagtggtgtgatatCT--G---CTG-----ATGATGA--TGA----TGCTAATGTG-TGAGCT-GTGAGT-GTAAAT--AGTGATA----TT--------GCTG---C--TGATGATG------TGT-GTGACGTT-----A--GTGTGAAT------------GGGGA-------TGC----T-G-T-------TGTAA-----------GT-GGTGTAA--T-TG-TG--------GAAAGTGATTTTG------C-T-G-CAAT-GTTAGTG-T-----AA------ATAGTGATAT--T---G-CTG----CTGCT----GATGATGA----TG-ATGTG--TGTGA--TGTAAGTG-TGAATGGTT---ATGTTGT-T
gi|18 : --TG-CT-G-C-----TGATG--ATGAT---GCTAA---TG-----------T----G-TGAGCTG--TTAG-TGTA--AATA-GTGAT----AGT--G---CTG-----CTGATGA--TGA----TG-T--------GA--C-GTTAGT-GTAAAT--GGGGATG----CT--------GTTG---T----------A-GATGT-T-GTAA--TT-----G---TGGAAA--------------GTGA-------TTT----T-GCT-------GCTG-------------------CTG--C-TGTTG------CTGATGATGATGATG------AGT-G-TGAT-ATAAGTG-T-----GA------GTGGTGATGT--T--TA-CTG----CTGCTATTAAATGATGA----TG-
gi|19 : ---TG--ATG---ATAA---T--GATG--CG-----GGAA--A-----TAAC---A---AT-G------AT---GAT---GGCGAT---AA-TG-A-TG--A-----------TG---A-TTTTGA--T--------T--G-TGATGACGCCAAGTTG--CCAACGACATT----GATG---GTG----A-CG-G-C------GATG--ATTAT---GGT
gi|2 : gtgatgttgaattgagaataaattcatcacaataatgTGTGA-TG-TAAT---GCT--T-C-----TGACAGT---TGTTATG---ATGA---T--GATG---------------A-----TGAT---G---AT---T----AT---AATTGTGATGTA----A-TG-C-TT--C-----------TGA--C-AGTTGA--T-----------A-TGATGACGATGA--TG--ATGATAGTTAT----GA-G---GTCA--TG-CT-G-C-----CAACA--CTGAT---GATAA---TAAT-------AGTA---G-TGA--TG--TTA--------------TGCTGCTGGCA--G---TTG-----TT-ATGA--TGA----C---AATG-A-TGA--T-GATAGTTGTGA----GGTCATG----CT--------GCCAACAC--TGATGATAATTATA-GTAGTGATATTATACTG--CTGGCAGT------------TGTGA-------TG-------A-T-------GATG------------GT-GATGATA--C-TAGTA------GTGATGATGTTAGTACTTTGTAGTAG-TGAC-GTTATTC-TTCTGAGAGTTATTATGATGATGTGAT--TA--TGATTTCTA-T----AATAATGA----TG-TAA-----ATAA--TG---GTGATGAA-GGTA---ATGGTAT-TGattatcgtaatcaacgttacgattgataaatttaacgcaatta
gi|20 : A--TG--AGTATGATTAT----GATG---CTGC--TG-CT-G-C-----TGCTA--ATGAT---GATGA---TAATGA---aacgtctggaacatgttttattattcacaaactat
gi|21 : att-GTGATGCT-----GTTGTAGGGA--------------GTGT-------TAT----T-G-T-------GGAAA-----------GT-GGTTTTG--C-TGTTT------TTGATGATGATGATG------AAT-G---AT-AATAGTG-T-----GA------ATGGTGGTGT--T--TAACTG----TTGTT----AATGATGA----T-----------------GTTAGTG-TGAATGGTT---ATGTTGC-TGCTAATGATGATGattccaagatgcgtcaacaatctttacaaattatatgcaccctgtaacgcaattttgtcgctaccaaaaattcggccactaccaacttcccaccaatttgcagcataacaattcattattaccatcac
gi|22 : TG----CTGCT----GATGATGA----TGCTAATG--TGTGAGCTGTTAGTG-TAAATAGTG---ATATTGC-TGCTGCTGATGATGTGTG----TGACGTTAGTGTGAATTGGAATGCTGTTG
gi|23 : -CTA----CTGCT----GATGATTA----TGCTAATG--TGTGAGCTGTAAGTG-TAAATAGTG---ATATTGC-TGCTGCTGATGATGTGTG----TGACGTTAGTGTGAATGGGGATGCTGCTGtaggtggtgtaattgtggaaagtgattt
gi|24 : --TGC-----TG-CTGC---TG--CTG---ATGA---T--AAT-------------A--A-----TGAT---G---AG-G------AT---AAT---GATGCT---GA-CG-T-TG--T-----------TG---C-TGCTGA--T--G---------------------A--TG--A---TGATGAC----GATG------C--TG-CT-G-C-----TGATG--ATTAT---CATCA---TTACTA---TGAAT----A-Ttaggtggtgtaattttggaaagtgat
gi|25 : c-TGGTT------ATTATGGTAATGCCG------A-C-A-TGAT-GTTA------------------ATGGTTAT-T--C--TG-ATA----CTGCT----GATGACGAT---TT-TGGTGGCTGTAA--TGGTAATG----ATGGTGTTTTTTTTGG-TAATGCTGATAAta
gi|25 : gaTGTTAATGGTTAT---TCT---GA-----TA-CTGC---TG--ATG---ACGATTTT--GGTGGCTG-----T--A--A-----TGGT---A---AT-G------AT---GGT---GTTTTT---TT-TG-G-TA--A-----------TG---C-TGATAA--g
gi|26 : gatggttattatggtaatgccgacatgaC-----TG-ATGG---TG--ATA---ATGA---T--GATGA-TG-----AC-A--A-----TGAT---G---AT-GATGGCAAC---GAT---GATGTT---CA-TC-A-TG--G-----------TG---T-T-TTGGGTT--A-----T--A-TGAg
gi|26 : agaca-TGATGGTGATAA--TG--ATGATGATGAC----AATG---ATGA--TG-AT-G-G-----CAACG--ATGAT---GTTCA---TCATGG---TGgagaaatcaacttgataggct
gi|27 : agacacTGT---TG--ATG---ACAA---T--ATTG---G-----TG-A--------TGAT---ATAGGC-G-TG---AT---AAT---GATGAT---TA-TA---TA--T-----------TG---C-TGAT-------------C--G-TTATAACTGTGA--T----TAATGATGAC----GATG---ATGA--TG-TT-G-ttttgggttatatgagagaaatcaacttgataggct
gi|28 : aAA--TG--ATTATGATGAC----AGTG---GTGA--TG-GT-A-C-----TGATG--ATGAG---GATGA---TGATAA---TGA--------TGA-------TAA-TGTG--GATG-ATAA
gi|29 : tgc--A-----TGGT---A---AT-G-TG---AT---GAT---AATGGT---TA-TG-C-TG--T-----------TG---C-TTCTGC--C--G--------A-TGAAGATACAGA--TG--ATAATGGTG-T----TATG---GTGA--TG-CT-G-C-----CGATG--ATGTT---AATacacatacaaaaatcttaaaacc
gi|3 : tt-----TG-ATGG---TG--ATA---ATAA---C--GATG---G-----TG-A--------TGAT---A---AT-G------AT---GAT---GATG------A-TG-T-GA--T-----------TG---T-TGTTGA--A--A--------A-TTATGTTGAAAA--TG--ATATTGTTGTC----GAAA---ATGT--TT-CA-GACAAATATGATA--ATGATATTGATGAATGTGATGA---TGAGT----T-TGA--TA--ATAA-TG-----ATG-ATGGTATTTACTTAG---ATG-----ATGTCGA--TAA----TG-T----TG-TTG--T-TTTAG--GTGAt
gi|30 : aatgtacggggtgatgataaaaaagatgtagttaatgatgttgataatgattatgtgtcagccaaaaaagaaaattataatagtaatgatggttatgttgatgatgatgtaattgttttttatgaaaattatacatgcaataaagattatgatgatgagatagcacacactcagattgatgagattgaaaagtgtag-TGATAACGATGA--TG--GTTGTGGTGAT----GATG---CTAC--TA-CT-G-C-----TGCTG--TTGCT---GGTGG---TGGTGG---TG-------G-TGG--TG--GTAA-TG-----ATG-GTGATGTtatgattaattctgataaacttactgatctagtta
gi|31 : ctaatggAA--TG--GCAACAACAAC----GATG---ATGA--TG-AT-G-G-----TGGTG--ATGAT---GACGA---TGATTA---TG
gi|31 : tac--A-TGATGATGATGG--TG--GTGATGATGAC----GATGATTATGCT-TG-TT-G-C-----AAATG--AAGTT---GATCA---TAActtgttgcaaatgaagttgatcataaggtccttgt
gi|32 : tacaatggcaacaacaacgGATTATGATTA--CG--ATGCTGATGCT----GCTG---ATGC--TG-CT-G-C-----TGCTG--ATGAT---GATGA---TGAAGA---TGggtccttgt
gi|33 : -----------TG---A-TGGTTA--T--G--------A-TAATGAAAGTAA--TG--ATGATGATGAC----GCTG---CTGC--TG-CT-G-C-----TGATG--ACGAT---AATGA---TGTTAA---TGActgaacaaattgagacgcaatcaaca
gi|35 : G-C-TG--A-----------TG---C-CATTGG--T--G-----CTAA-TGATGATGCTA--------GAAT--TGAT----GATG---ACGC--TG-CT-G-C-----Ttggt
gi|36 : taatgaaTG---CTGC--TG-CT-G-C-----TGCTG--CTGAA---GTAGA---TGATAA---TGAGT----A-TAA--
gi|37 : cTGC--TG-CT-G-C-----TGATG--ATGAT---GATGA---TGACG----T--GT----G-TGA--CG--TTAG-TGTG--AATgctgattaaactcggaa
gi|4 : TG---ATGA---T--GATG--CGTT---TG----A-----TAAT---A---AT-G-T-----T---GAT---GATATT---TA-TG-T-CG--A-----------TA---A-TGTTGT--T--G-----T--
gi|5 : aatgtaggtttgatgtctatcaatgatgtagttaatgatgttgataatgattatgtgtcagctaaaaaagaaaactataatgatgatgatggttatgatgatgaagatgtaattgttttttatgataattatacatgcaataaagattatgatgatgagatagcacacactcagattgatgagattgaaaagtgtagtgatggtgatgataacgatggtgatgataatgaggatgatgatgtgattgttgttgaaaattatgttgaaaatgatattgttgttgaaaatgtgtcagacaaagatgataatgatattgatgaatgA--T--G-----T--G-TGATG---TTAG--TG--GTAGTGG-G------GATG---TAGC--T--------------------AT--T---GATGA---TGAAGT---TGTAT----G-TGA--TA--TTAG-TGGT--AGTT-GTGATA--TA----G---CTG-----TTGATAA--TGA----TG-TTGTGTG-TGA--T-GTTAGT-GTGAAC--GGTGATGAAGCATGTGATGTAGCTG---T--TGATGATGATGTTGTGT-GTGATGTT-----G--GTGTGAAC------------AGTGA-------TGGAGCAT-G-T-------GATG------------AT-GTTACTG--C-TGATGTAGATAGTGCTGATGGTGTTG------TGT-G-TGAT-GTTAGTG-T-----GA------ACGGTAGTGT--TGATG-CTG----CTCCT----GATGATGA----TG-TTATG--TGTGA--TGTTAGTG-TGAGCGGTG---ATGAAGCATG----TGATGATGT-TACTACTGATGTTGATAT---TGATGATGtttaggtgatatgatttattctgataaacttactgatttagt
gi|5 : tTATGTGTGATGTTAGTGTGAGCGGTGATGAAGCA--TGTGATGATG-TTAC---TA--CTG---ATGT---T--GATA--T------TG----A-----TGAT---G---GG-G-T----AT---G-T---GA-G---------G-C-TG--G-----------TG---C-CGCTCA--T--------T--A-Tgggtatgtgaggctggtgccgctcattat
gi|6 : tatgtgtgatgttagtggtagtggggatgtagctattgatgatgaagttgtatgtgatattagtggtagttgtgatatagctgttgataatgatgttgtgtgtgatgttagtgtgaacggtgatgaagcatgtgatgtagctgttgatgatgatgttgtgtgtgatgttggtgtgaacagtgatggagcatgtgatgatgttactgctgatgtagatagtgctgatggtgttgtgtgtgatgttagtgtgaacggtagtgttgatgctgctcctgatgatgatgt--ATG---ATGG---T--GACC--TG-----AA-A--A-----TGAT---A---GTCGCT----AT---GAT---GAT------TA-TC-A-TG--A-----------TG---T-TGGTGA--TCAG-----T--G-TGATAATGATGA--TACAAGAA--ATGAA----AATG---TTGA--TG-AT-G-A-----TGGGG--ATGAT---GATTG---TGATGA---TAAGT----G-TGA--TG----AA-TATGTCAATA-CTGGCATTAATT--GAGATTATAAACCTGATAACCTGA--------AG-GTGATAAA-T-GCTAGTTGTGA-T--GATGATG----AT--------GCTGA--CAGTAGTGATAATGACACA--ATGACAAC-----A--GTGGCAATAAATATTAATATGGTGAACATAC-CGT----CAG-T-------GGTG------------GTCAGTAATGAACGTAGAG------ATGATACTGGTGTTA------ACA-G-TGAA-GTTGATGAT-----GA-------CGGTGATGC--T--CC-TTA----CTGGT----GA
gi|7 : taattgagattacaAATGGCGAT-----TA-TAC-----TG-ATGCCAGTA--GTG---ACGA---T--GATGA-TG-----GA-A--A-----TTAT---A---AT-A------AT---GAT---GAT-TT---TA-TTTC-TG--A-----------TG---AATGGTGG--T--------T--A-TAACGACCTTCA--TG--AAAATTATGAT----GATG---GTTA--TG-AT-G-A-----TGATG--ATGAT---GATCA---TAGTGA---TGAAT----T-TGA--TGAATTAGATGTag
gi|8 : cgataatgatgaaggtggagataatgaacacgatGATG--ATGAT---AGTAA---TGATGAAACTGATG----G-TGA--TG--ACAAATGTG--A-----TGATGCTTATT--A------------TAAACA--TGA----TG-AA------TGA--TTATTATT-GCGACCTTGATGACG----AT--------GATG---T--TGATAATGATGATGTcgacaaaacattttcaaaccattcccttccacggccttatcaaatcatacgcaccctttgtcgccatcaaaattcgattaaatgttgttactcacaacaattgctctgctacaaattggcggcgtaa
gi|9 : T--G---CTG-----CTGACGA--TGA----TGCTAATGTG-TGAGCT-GATAGT-GTAAAT--AGTGATA----TT--------GCTG---C--TGATGATGATG---TGT-GTGACGTT-----A--GTGTGAAT------------GGGGA-------TGC----T-G-TTGTAGGTGTTGTAATTGTGGAAAGT-GATTTTG--C-TGCTG------CTGATGATGATG---------AAT-G-TGATTATTAGTG-T-----GA------GTGGTGATGT--T--TA-TTG----CTGCT----AATGATGA----TG-AAATG--TGTGA--CGTAAGTG-TGAATGGTT---ATGTTGC-TGCTGCTGATAATGcgacaaaaaaacaaactaaaatgcattccattacaaaatccttaacaaatcatattatgcacttttgcaacgcattttatagcttccaaaattggtctgatattgatagtcactagcgaattgtgatgctaccatgttgtggcgtaacatatctcactgattttaa
gi|9 : TGTGTGACGTAAGTGTGAATGGTTAT---G-T--TGC-----TG-CTGC---TG--ATA---ATGA---TNNNNNN--NN-----NN-A--A-----TGAT---A---atnnnnnnnnnnaatgata
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): ATAATAATGATAATGATGCTAACACTTTAGATAAAAATAATGATTATAGCAATTATAATAGTAATCATATTACCAATAATAATAATAATAATAACAATAATGATAATGCTTAGACTTATCATAAAAGTAATGACAATAATAATGAAAATAATAATAAATAACAACAACAGCAACAACAATAACAATAATAATGATAATGATGCTAACACTTTAGATAATAATAATAATAACACTAATAATAATATTAG
Unaligned ( gi|34 ): TATTGTTGCTACTACCACCACCGATGACATTAATAATGCTGATAGGGATAATTATGTTGATGCTGATGCTG
Unaligned ( gi|38 ): AAACTGATGGTGATAGCGATGACCATAACAATGATAATGATACCGATG
Alignments
lowQualScore : 2222222 1111111 22222222222222 22222 22222222222 111111111 1111111111111111111111111111111111111 22222222222222222 111 1111111111111 222222222222222 22222222222222222 11 222222222222 1111 1111 111 22222222222222 66666666666666666666666666666666666666666666 1111111 1111111 111 11111 111111 1111 11 333333333333333 2222 11
lowQualScore : 1 3 0000000 3 88888 4444444 444 33 99999999999999 2 333 666666 2 00000 22 1 77777 1 4 1 88 1 00000000000 22 222 77777 0 444 11 11 555555555 11 000000000 5555555555555555555555555555555555555 1 66666 333333 222 555555555 444444 3333 222 44444444444444444 333 4 6666666666666 555555555555555 2 77777 77 44 77777777777777777 22 3 2 3 3 9999 000000000000 4 777 2222 1111 1 111 2 88888888888888 44444444444444444444444444444444444444444444 4 0 66 7777 3 8888888 0000000 8 4 222 4 22 55555 000000 7777 8888 1111 2 22 2 0 111111111111111 0 2 1111 3 11
lowQualScore : . . ....... . ..... ....... ... .. .............. . ... ...... . ..... .. . ..... . . . .. . ........... .. ... ..... . ... .. .. ......... .. ......... ..................................... . ..... ...... ... ......... ...... .... ... ................. ... . ............. ............... . ..... .. .. ................. .. . . . . .... ............ . ... .... .... . ... . .............. ............................................ . . .. .... . ....... ....... . . ... . .. ..... ...... .... .... .... . .. . . ............... . . .... . ..
lowQualScore : 0 2 3333333 6 99999 7777777 444 44 88888888888888 2 999 444444 2 66666 88 0 55555 0 0 0 44 0 77777777777 00 555 22222 2 000 88 88 444444444 88 333333333 8888888888888888888888888888888888888 3 44444 666666 222 222222222 000000 1111 777 77777777777777777 333 7 2222222222222 222222222222222 9 11111 33 22 88888888888888888 55 3 5 6 6 2222 000000000000 0 000 2222 2222 9 666 6 22222222222222 77777777777777777777777777777777777777777777 4 3 33 3333 1 1111111 9999999 9 4 222 4 11 33333 555555 7777 5555 9999 9 22 6 2 222222222222222 7 5 2222 2 00
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGTGTGTGACGTTAGTGTGAATGGTGATGCT-----TGC-TG----CTGC------TGATGATGA---T--GATG--TG--TG-A--A-T-GA---T------A-AT-G-T-ATGATG--ATGNT--TA-TGNT-GNTG-NTGNTGATG-----T--A-T--GAT---GA--CGNTAA---TGA--TAATGA--T---GA---CG--ATG------N--TGC---------------TG----------C--------T-G-C---TG------ATGA---TGATGA---------TG------ATGAT----GA---TGAG----TG----------TGATG--NTAG-TG-TG--A--A-TNGTGATGTT--TAC--TG---CT-G-----CTGATG--A--TGA----T-G--TAGTGTG-TGA--T-GTTAG-T-GTGAAC--GGTGATGN-----------T-GC---TG-C--TGATGATGATGATGTGTGTGACGTTG--GTGNGAAT------------GGTGA-------TGT----T-G---T----GGTG---------------GT-GGTNCTG--C-TGNTGN------TGATGATGATGNTG--AGTG-TGAT-GTTAGTG---TG-AACGGTGATGTT--TG-CTGCTG------CT----GATGATGA----TG-TAATGTGTGA--TGTNAGTGTGAATGGTGAT---------------GTTGCTGCTGCTGATGATGTGTGTGACGTTAG----TGTGAATGG-NGATGCTGCTG
Reference ( family-501 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGTGTGTGACGTTAGTGTGAATGGTGATGCT-----TGC-TG----CTGC------TGATGATGA---T--GATG--TG--TG-A--A-T-GA---T------A-AT-G-T-ATGATG--ATGNT--TA-TGNT-GNTG-CTGNTGATG-----T--A-T--GAT---GA--CGNTAA---TGA--TAATGA--T---GA---CG--ATG------N--TGC---------------TG----------C--------T-G-C---TG------ATGA---TGATGA---------TG------ATGAT----GA---TGAG----TG----------TGATG--TTAG-TG-TG--A--A-TNGTGATGTT--TAC--TG---CT-G-----CTGATG--A--TGA----T-G--TAGTGTG-TGA--T-GTTAG-T-GTGAAC--GGTGATGN-----------T-GC---TG-C--TGATGATGATGATGTGTGTGACGTTG--GTGNGAAT------------GGTGA-------TGT----T-G---T----GGTG---------------GT-GGTNNTG--C-TGGTGN------TGATGATGATGNTG--AGTG-TGAT-GTTAGTG---TG-AACGGTGATGTT--TG-CTGCTG------CT----GATGATGA----TG-TAGTGTGTGA--TGTTAGTGTGAATGGTGAT---------------GTTGCTGCTGCTGATGATGTGTGTGACGTTAG----TGTGAATGG-NGATGCTGCTG
gi|1 : TGTGTGTGGTATTAATGTGAATGTTGATGTT-----TAC-TG----CTGC------TGATGATGA---T--AATG--TG--TG-A--GCT-GT---T------A-AT-G-T-ATGGTG--ATGTT--TACTGCT-GCTG-CTGCTGATG-----T--A-T--G-T---GA--CATTAA---TGA--GACTGA--T---CA---TT--TTG------C--TGC---------------TG----------C--------T-G-C---TG------ATGA---TAATGA---------TG------ATGAG----GA---GGAG----TT----------TGATA--TTAG-TA-TG--A--A-TTGTGGTGTT--TAC--TG---CT-G-----CTAATG--A--TGA----T-G--TAGTGTT-TGA--T-GTCAG-T-ATGAAC--AGTGATGT-----------T-GC---TG-C--TGATGATGATGATGTATGTGACATTA--ATGAGAAT------------GGTGA-------TGTN---N-N---N----NNNN---------------NN-NNNNNNN--N-NNNNNN------NNATGATGATGAGG--AGTG-TGAT-ATTAGTA---TA-AATGGTGGTGTT--TA-CTGCTG------CT----AATGATGA----TG-TAGTGTTTGA--TGTTAGTATGAACAGTGAC---------------GTTGCTGCTGCTGCTGATGTGTGTCATGTTAG----TGTGAATGG-TGATAATGCTG
gi|10 : tattttaccatgtgtgtgtg-TG----CTG-------TGATGAAGA---T--TATG--GA--T--A--A-T-GA---C------ACAA-G-T-AC--TG--ATTTT--CT-TGTT-GATG-GTGATAATG-----TGGA-T--GAT---GA--AATTGA---TGA--TAAT-A--TGG-GA---CG--ATGATAAATA--TGCATGTAAAACATCAAATA----------T--------T-G-CT--TG------ATGA---TAATGATCATCAAAGTG------ATGATAAAAGA---TGAG----AA----------TACTT--ATAA-TG-AC--G--A-TT-TGATGAT--GACAATG---TT-G-----ATGATG--A--TAA----T-AATTAGTG-A-TGA--T-
gi|12 : gattatcaTAATGA---T--GATC--T---TC-ATCA-T-AATTTT------A-AT-G---ATGACG--AGGAT--TA-TGAC-GTTG-ATGTGGGT------T--G-T--GAA---GG--TGTTTA---TTG--TAATGA--T--------C---ATA------C--TGC---------------TG----------G--------T-A-A---TG------ATAA---TAATGA---------TA------CTGAT----GA---TGAG----CA----------TTACG-----A-TG--------A-TCATGATG----------G----T-A-----CTGATG--A--TGATTTTT-G--CAGTGC--TGA--T-G--AG-A-GTT-AC--GGTTATGG-----------T-GG---TA-A--TAATAA--ATGATaaagataataaaacttacc
gi|12 : gcaattg--TGATGACGAGGAT---TATGACGTTG--ATGTGGGT------------TGTGAAGGTGTTTAT----T-G---T----AATG---------------AT-CATACTG--C-TGGTAA------TGATAATAATGAT---ACTGATGAT-G--AGCA---TT--ACGATGAT-CA--TG-ATGGTA------CT----GATGATGATTTTTG-CAGTGC-TGA--TGacaatacaaaaacagaacca
gi|13 : gcaattgtaatgatgatcttcatcataattttaaTGATG--ATGTT--TA-TGAC-GAC--CT-TTG------------------T---GA--CGGTTA---TGA--TAATGA--T---TG---TG--ATA------G--TGT---------------TA----------A--------T-G-A---TG------ATAA---TGATGA---------TG------agagttacggttatggtggtaataataaatgatacaatacaaaaacagaacca
gi|14 : ATGATGATGAT-----TGCATAGACCTTGA------TGACGACGA---T--GATG------------G-T-GA---T------A-AT-GTT-ATGATG--ATtcgacaaaaataccaaaatgcgtttaattccgcgatccttaacaaatcgtatgcacccttgcaaagctacgcattttgtcgttaccaattcgaccgaatttcggcagtcactactaaattgctttgctaccattttgtgacttaac
gi|15 : aaaaaagatgAT---GAGCCGATAC---TGA--TAATGG--T---GA---TA--ATG------G--TGA---------------TA----------C--------T-G-G---TG------ATGC---TGTTGA---------TGGAAATTATGAT----AA---TGA-----------------TCATG--ATAA-TGATG--G--A--GATGATCTT--TA---TG---TT-G-----ttcgaaaaaaataccaaaaaatcattccattccgccatacttaaaaaataatttgcaacctagcaacctagcatcgcattttgtcgctcccaagtcgaatattagtagtagaattgtgttgctaccatttcgcagcataacatagcctaatt
gi|15 : tataataaagatgaagttgtagatagaa-T-GA---T------A-AT-G---GTGATA--ATGGTGATACTGGT-GATG-CTGTTGATGGAAATT--A-T--GAT---AA--TGATCA---TGA--TAATGA--T---GG---AG--ATG------A--Taagttcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctggagatggtaattatgataatgatcatgataatg
gi|15 : tataataaagatgaagttgtagatagaaatgagccgatac-T--GAT---AA--TGGTGA---TAA--TGGTGA--T---AC---TG--GTG------A--TGC---------------TG----------T--------T-G-A---TGGAAATTATGA---TAATGA---------TC------ATGAT----AA---TGA-----TGGAGA------TGATC--TTTA-TGTTG--A--AGTTCNNNNNNN--NNN--NN---NN-N-----NNNNNN--N--NNN----N-N--NNNNNNN-NNN--N-NNNNC-T-GGAGAT--GGTAATTA-----------T-GA---TA-A--TGATCATGATAATGctttatgttgaagttcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctggagatggtaattatgataatgatcatgataatg
gi|16 : tataataaagatgaagttgtagatagaaatgagccgatacGTGA-TGGTGATGCT-----AAT-TA----TTGT------T-ATGGTAG---T---ATT--TT--TG-G--A-T------C------A-GTGG-T-GTGATA--TTGAT--TA-TGAT-GTTG-ATGATAAT------T--G-T--GAT---GG--TGGTAA---TGA--TGATGA---------------ATG------T--TG-------------------------------------T-A-A---TG------ACGGCATTAATGA---------TG------ATGAT----GA---TAAG-----G----------AGAAT--CTAG--G-T---A--A-TATTGATGGT--TA---------T-G-----ATGATGT-T--TGA----TGG--TAGT
gi|16 : tgaacatgaaatgaagacatatatgaaaTGATTA---T--GATG--T---TG-A----T-GA---T------A-AT---T-GTGATG--GTGGT--AA-TGAT-GATG---AATGTTG-----T--AAT--GAC---GG--CATTAA---TGA--TGATGA--T---GA---TA--AGG------A--GAA---------------T-----------C--------TAG-G---TA------ATAT---TGATGG---------TT------ATGAT----GA---T--G----TT----------TGATG--GTAG-T
gi|17 : tgaacatgaaatgaagacatatatgaaagtgatggtgatgctaattattgttatggtagtatttttggatcagtggtgtgatatC--TG---CT-G-----ATGATG--A--TGA----T-GC-TAATGTG-TGAGCT-GTGAG-T-GTAAAT--AGTGATAT-----------T-GC---TG-C--TGATGATG------TGTGTGACGTTA--GTGTGAAT------------GGGGA-------TGC----T-G---T----TGTAA--------------GT-GGTG-TA--A-TTGTG--------GAAAGTGATTTTG--C-TG-CAAT-GTTAGTG---TA-AATAGTGATATT---G-CTGCTG------CT----GATGATGA----TG-ATGTGTGTGA--TGTAAGTGTGAATGGTTAT---------------GTTGTT
gi|18 : ---------------TG----------C--------T-G-C---TG------ATGA---TGATGC---------TA------ATG-T----G----TGAG----C--------------TG--TTAG-TG-TA--A--A-TAGTGA------TAG--TG---CT-G-----CTGATG--A--TGA--------------TG-TGA--C-GTTAG-T-GTAAAT--GGGGATGC-----------T-GT---TG----TA--------GATGT-TGTAA--TT---GTGGAAA--------------GTGA-------TTT----T-G---C------------------------T-GCTGCTG--C-TGTTGC------TGATGATGATGATG--AGTG-TGAT-ATAAGTG---TG-AGTGGTGATGTT--TA-CTGCTG------CTATTAAATGATGA----TG-
gi|19 : ---T--GATG--T---TG-A--A-TTGA---G------A-AT-A-A-AT-------TCAT--CA-CAAT-AATG--TGATGATA--------A-T--GAT---GC--GGGAAA---TAA--CAATGA--T---GA---TG---------------GC---------------------------------------------G------ATAA---TGATGA---------TG------ATTTT----GA---T-------TG----------TGATG--
gi|19 : g------TGATGATAA---T--GATG--CG--GGAA--A-T-AA---C------A-AT-G---ATGATG--GCGAT--AA-TGAT-GATG-ATTTTGAT------T--G-T--GAT---GA--CGCCAAGT-TGC--CAACGA--C---AT---TG--ATG------G--TG-----------------A----------C--------G-G-C----G------ATGA---TTATGG---------Tacgccaagttgccaacgacattgatggtgacggcgatgattatggtattatcgtaatcaacgttacgattgataaatttaacgcaatta
gi|2 : gtgatgttgaattgagaataaattcatcacaataatg-T-GTGATGTAATGCT--TC-TGACAGTTG-TT-ATGATG--------A-T--GAT---GA--TGATGA---TTA--TAATTG--T---GA---TGTAATG------C--TTC---------------TGA---------CAGTTGATAT-G-A---TG------ACGA---TGATGA---------TG------ATAGT----TA---TGAGGTCATGCTGCCAACACTGATG--ATAA-TA-AT--A--G-TAGTGATGTTA-TGC--TG---CTGG-----CAGTTGTTA--TGA----T-GA-CAATG-A-TGA--T-GATAGTT-GTGA----GGTCATGC-----------T-GCCAACA-C--TGATGATAATTAT--------------------AGT------------AGTGA-------TAT----T-ATACT----GCTG---------------GC-AGTTGTG--A-TGATGA------TGGTGATGATACTAGTAGTGATGAT-GTTAGTACTTTGTAGTAGTGACGTTA-TT-CTTCTGAGAGTTAT----TATGATGA----TG-TGAT-TATGA--TTTC--TAT-AATAATGAT---------------GTAAATAATGGTGATGAattatcgtaatcaacgttacgattgataaatttaacgcaatta
gi|20 : A---TGA--GTATGA--T---TA---TG--ATG------C--TGC---------------TG----------C--------T-G-C---TG------CTAA---TGATGA---------TG------ATAAT----GA---aggtaatggtattgaacgtctggaacatgttttattattcacaaactat
gi|21 : attGTGATGCTGTTGTAGGGA--------------GTGT-------TAT----T-G---T----GGAAA--------------GT-GGTTTTG--C-TGTTTT------TGATGATGATGATG--AATG---AT-AATAGTG---TG-AATGGTGGTGTT--TAACTGTTG------TT----AATGATGA----T---------------GTTAGTGTGAATGGTTAT---------------GTTGCTGCTAATGATGATGattccaagatgcgtcaacaatctttacaaattatatgcaccctgtaacgcaattttgtcgctaccaaaaattcggccactaccaacttcccaccaatttgcagcataacaattcattattaccatcac
gi|22 : TGCTG------CT----GATGATGA----TGCTAATGTGTGAGCTGTTAGTGTAAATAGTGAT---------------ATTGCTGCTGCTGATGATGTGTGTGACGTTAG----TGTGAATTG-GAATGCTGTTG
gi|23 : -CTACTG------CT----GATGATTA----TGCTAATGTGTGAGCTGTAAGTGTAAATAGTGAT---------------ATTGCTGCTGCTGATGATGTGTGTGACGTTAG----TGTGAATGG-GGATGCTGCTGtaggtggtgtaattgtggaaagtgattt
gi|23 : TGTGTGTGACGTTAGTGTGAATGGGGATGC------TGC-TG----TAGG------TGGTGtaggtggtgtaattttggaaagtgat
gi|24 : ctactgctgatgattatgctaatgtgtgagctgtaagtgtaaatagtgatattgctgctgctgatga-----TGC-TG----CTGC------TGCTGATGA---T--AAT----------A--A-T-GA---T------G-AG-G---ATAATG--ATGCT--GA-CGTT-GTTG-CTGCTGATG----------------------------------A--TGATGA--T---GA---CG--ATG-----------C---------------TG----------C--------T-G-C---TG------ATGA---TTATCA---------TC------ATTAC----TA---TGAA----TA----------Ttaattttggaaagtgat
gi|25 : cGACATGA-TGTTAATGGTTATTCT------GA-TA----CTGC------TGATGACGATTTT--GGTGGCTG--T--A--A-T-GG---T------A-AT-G---ATGGTG--TTTTT--TT-TGGT-AATG-CTGATAAta
gi|26 : gatggttattatggtaatgcc-T--GAT---GG--TGATAA---TGA--TGATGA--T---GA---CA--ATG------A--TGA---------------TG----------A--------T-G-G---CA------ACGA---TGATGT---------TC------ATCAT----GG---TGg
gi|27 : agacac--ATGTT--GA-TGAC-AATA-TTGGTGATGA----T--A-T--A-----GG--CG-------TGA--TAATGA--T---GA---TT--ATA------TATTGC---------------TGATCGTTATAAC--------T-G-TGATTA------ATGA---TGACGA---------TG------ATGAT----GT---TGttttgggttatatgagagaaatcaacttgataggct
gi|28 : AA---TGA--TTATGA--T---GA---CA--GTG------G--TGA---------------TG----------G--------T-A-C---TG------ATGA---TGAGGA---------TG------ATGAT----AA---TGA-----------------TGA-----TAA-TG-TG--G--A-TGATAA
gi|29 : tgc--A-T-GG---T------A-AT-G-TGATGATA--ATGGT--TA-TGCT-GTTG-CTTCTGCCG--------A-T--GAA---GA--TACAGA---TGA--TAATGG--T---G----TT--ATG------G--TGA---------------TG----------C--------T-G-C---CG------ATGA---TGTTAA---------Tacacatacaaaaatcttaaaacc
gi|3 : tt-TG----ATGG------TGATAATAA---C--GATG---G--TG-A----T-GA---T------A-AT-G---ATGATG--ATGAT---G-TGATTGTTG-TTGAAAAT------T--A-T--GTT---GA--A---AA---TGA--TATTGT--T---GT---CG--AAA------A--TGT---------------TT----------C--------A-GAC---AA------AT-A---TGATAA---------TG------ATATT----GA---TGAA----TG----------TGATGA-TGAG-TT-TG--ATAA-TAATGATGATGGTAT--T-----T-A-----CTTA-G--A--TGA----T-G--TCG---A-TAA--T-GTTGT-T-GTt
gi|30 : aatgtacggggtgatgataaaaaagatgtagttaatgatgttgataatgattatgtgtcagccaaaaaagaaaattataatagtaatgatggttatgttgatgatgatgtaattgttttttatgaaaattatacatgcaataaagattatgatgatgagatagcacacactcagattgatgagattgaaaagtgtag-T--GAT---AA--CGATGA---TGG--TTGTGG--T---GA---TG--ATG------C--TAC---------------TA----------C--------T-G-C---TG------CTGT---TGCTGG---------TG------GTGGT----GG---TG-------G----------TGGTG--GTAA-TG--------A-TGGTGATGTtttaggtgatatgattaattctgataaacttactgatctagtta
gi|31 : ctaatggAA---TGG--CAACAA--C---AA---CG--ATG------A--TGA---------------TG----------A--------T-G-G---TG------GTGA---TGATGA---------CG------ATGAT----TA---TG
gi|31 : tac--A-T--GAT---GA--TGATGG---TGG--TGATGA--T---GA---CG--ATGATT---A--TGCT--------------TG----------T--------T-G-C---AA------ATGA---AGTTGA---------TC------ATAActtgttgcaaatgaagttgatcataaggtccttgt
gi|32 : tacaatggcaacaacaacgGAT------T--A-T--GAT---TA--CG---A---TGC--TGATGC--T---GC---TG--ATG------C--TGC---------------TG----------C--------T-G-C---TG------ATGA---TGATGA---------TG------AAGAT----GC---TGAggtccttgt
gi|33 : TG-ATGGTTATG--------A-T--AAT---GA--AAGTAA---TGA--TGATGA--T---GA---CG--CTG------C--TGC---------------TG----------C--------T-G-C---TG------ATGA---CGATAA---------TG------ATGTT----AA---TGAacaaattgagacgcaatcaaca
gi|34 : --GAT---GA--CATTAA---TAA--TGCTGA--TAGGGA---TA--ATT------A--TGT---------------TG----------A--------T-G-C---TG------ATGC---TGtggt
gi|35 : tattgttgctactaccaccaccGCT-GATG-CCATTGGTG-----CTAA-T--GAT---GA--TGCTA-----GAATTGATGA--T---GA---CG--CTG------C--TGC---------------T
gi|36 : taatgaaTG------C--TGC---------------TG----------C--------T-G-C---TG------CTGC---TGAAGT---------AG------ATGAT----AA---TGAG----TA----------TAA
gi|37 : c---------------TG----------C--------T-G-C---TG------CTGA---TGATGA---------TG------ATGAT----GA---CGTG----TG----------TGACG--TTAG-TG-TG--A--A-Tgctgattaaactcggaa
gi|38 : -CTGATGGTGA----T--AGC--GAT---GA--CCATAACAATGA--TAATGA--T---AC---CG--ATG------
gi|4 : aaaTAGTG---ATGGTGATGATAACGATGG-TG----ATGA------TAATGAGGA---T--GATGA-TG--TG-A--T-T-GT---TGTTGAAA-AT---T-ATGTTG--AAAAT--GA-TATT-GTTG-TTGAAAATG-----T--G-TCAGACAAAGA--TGATAA---TGA--TATTGA--T---GAATGTG--ATG------A--TGA---------------TG----------C--------G-T-T---TG------ATAA---TAATGT---------TG------ATGAT----
gi|4 : aatgtaggtttgatgtctatcaatgatgtagttaatgatgttgataatgattatgtgtcagctaaaaaagaaaactataatgatgatgatggttatgatgatgaagatgtaattgttttttatgataattatacatgcaataaagattatgatgatgagatagcacacactcagattgatgagattgaaaagtgTGATGA---T--GATG--CGTTTG----A-T-AA---T------A-AT-G-T--TGATG--ATATT--TA-TGTC-GATA-ATGTTGTTG-----T--atttatgtcgataatgttgttgttttaggtgatatgatttattctgataaacttactgatttagt
gi|5 : aatgtaggtttgatgtctatcaatgatgtagttaatgatgttgataatgattatgtgtcagctaaaaaagaaaactataatgatgatgatggttatgatgatgaagatgtaattgttttttatgataattatacatgcaataaagattatgatgatgagatagcacacactcagattgatgagattgaaaagtgtagtgatggtgatgataacgatggtgatgataatgaggatgatgatgtgattgttgttgaaaattatgttgaaaatgatattgttgttgaaaatgtgtcagacaaagatgataatgatattgatgaatgATG-----T--G-T--GAT---G-----TTAG---TGG--TAGTGG------G-----G--ATG------T--AGC---------------T---------------------------------------A---T--TGA---------TG------ATGAA----GT---TGTA----TG----------TGATA--TTAG-TG-GT--A--G-TTGTGATAT----A----G---CT-G-----TTGATA--A--TGA----T-G--TTGTGTG-TGA--T-GTTAG-T-GTGAAC--GGTGATGAAGCATGTGATGTAGC---TG-T--TGATGATGATGTTGTGTGTGATGTTG--GTGTGAAC------------AGTGA-------TGGAGCAT-G---T----GATG---------------AT-GTTACTG--C-TGATGTAGATAGTGCTGATGGTGTTG--TGTG-TGAT-GTTAGTG---TG-AACGGTAGTGTTGATG-CTGCTC------CT----GATGATGA----TG-TTATGTGTGA--TGTTAGTGTGAGCGGTGATGAAGCATGTGATGATGTTACTACTGATGTTGATAT---TGATGATGGGGTATGTGA--GGCTGGTGCCGCTtttaggtgatatgatttattctgataaacttactgatttagt
gi|6 : tATGATGG---T--GACC--TG--AA-A--A-T-GA---T------A-GTCGCT-ATGATG--ATTAT--CA-TGAT-GTTG-GTGATCA-G-----T--G-T--GAT---AA--TGATGA---T-A--CAA-GAAAT---GA---AA--ATG------T--TGA---------------TG----------A--------T-G-A---TG------GGGA---TGATGA---------TT------GTGAT----GA---TAAG----TG----------TGATG----AA-TA-TGTCA--A-TACTGGCATT--AAT--TGAGATT-ATAAACCTGATA--ACCTGA----------AG-GTGATAAA-T-GCTAG-TTGTGA-T--GATGATGA-----------T-GC---TGACAGTAGTGATAATGACACA-ATGACAACA--GTGGCAATAAATATTAATATGGTGAACATAC-CGT----CAG---T----GGTG---------------GTCAGTAATGAACGTAGAGA------TGATACTGGTGTTA--ACAG-TGAA-GTTGATGA--TG-A-CGGTGATGCT--CC-TTACTG------GT----GAcattat
gi|7 : taattgagattacaAATGGCGAT--TA----TAC-TG----ATGCCAGTAGTGACGATGA---T--GATG---G---A-A--A-T-TA---T------A-AT-A---ATGATG--AT-TT--TATTTCT-GATGAATGGTGGT------T--A-T--AAC---GA--CCTTCA---TGA--AAATTA--T---GA---TG--ATG------G--TTA---------------TG----------A--------T-G-A---TG------ATGA---TGATGA---------TC------ATAGT----GA---TGAA----TT----------TGATGAATTAGATG-Tag
gi|8 : cgataatgatgaaggtggagataatgaacacgatG------ATGA---TGATAG---------TA------ATGAT----GAAACTGAT----GG----------TGATG--ACAAATG-TG--A-------TGATGCT--TAT--TA-------------TAAAC--A--TGA----T-G--AA------TGA--TTATTAT-T-GCGACCTTGATGACGA-----------T-GA---TG-T--TGATAATGATGATGTcgacaaaacattttcaaaccattcccttccacggccttatcaaatcatacgcaccctttgtcgccatcaaaattcgattaaatgttgttactcacaacaattgctctgctacaaattggcggcgtaa
gi|9 : --TG---CT-G-----CTGACG--A--TGA----T-GC-TAATGTG-TGAGCT-GATAG-T-GTAAAT--AGTGATAT-----------T-GC---TG-C--TGATGATGATG---TGTGTGACGTTA--GTGTGAAT------------GGGGA-------TGC----T-G---TTGTAGGTGTTGTAATTGTGGAAAGT-GATTTTG--C-TGCTGC------TGATGATGATG-----AATG-TGATTATTAGTG---TG-AGTGGTGATGTT--TA-TTGCTG------CT----AATGATGA----TG-AAATGTGTGA--CGTAAGTGTGAATGGTTAT---------------GTTGCTGCTGCTGATAATGcgacaaaaaaacaaactaaaatgcattccattacaaaatccttaacaaatcatattatgcacttttgcaacgcattttatagcttccaaaattggtctgatattgatagtcactagcgaattgtgatgctaccatgttgtggcgtaacatatctcactgattttaa
gi|9 : TGTGTGACGTAAGTGTGAATGGTTATG-T-----TGC-TG----CTGC------TGATAATGA---TNNNNNN--NN--NN-A--A-T-GA---T------A-atnnnnnnnnnnaatgata
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): ATAATAATGATAATGATGCTAACACTTTAGATAAAAATAATGATTATAGCAATTATAATAGTAATCATATTACCAATAATAATAATAATAATAACAATAATGATAATGCTTAGACTTATCATAAAAGTAATGACAATAATAATGAAAATAATAATAAATAACAACAACAGCAACAACAATAACAATAATAATGATAATGATGCTAACACTTTAGATAATAATAATAATAACACTAATAATAATATTAG
Alignments
lowQualScore : 111 11111111111 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 22222222 111111111111 1111111111111111 111 22222222222222222222222 3333333333333333333333333 11 1111111 11111111111111 2222222222222 111111 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 1 11111 111 11 2222
lowQualScore : 333 3 1 99999999999 44 7777 444 444 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1 2 33 1 22 1 22 33333333 1 222 444444444444 11 222 222 11 444 11 9999999 1 6666666666666666 11 333 222 555555555 888888888888888 555555555 444444 3333 222 666 33 44 2 999 2 66 11111111111111111111111 2 33 5555555555555555555555555 00 2 66666666 0 3 0000000 444 44444444444444 0 9999 555 3 0 4 44 66 22 6666666666666 222222 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 0 6 66 5 0 22 66666 8888 000 55 1 0 5 2 1111 2 1
lowQualScore : ... . . ........... .. .... ... ... ................................................................ . . .. . .. . .. ........ . ... ............ .. ... ... .. ... .. ....... . ................ .. ... ... ......... ............... ......... ...... .... ... ... .. .. . ... . .. ....................... . .. ......................... .. . ........ . . ....... ... .............. . .... ... . . . .. .. .. ............. ...... ................................................................................ . . .. . . .. ..... .... ... .. . . . . .... . .
lowQualScore : 000 2 4 66666666666 66 7777 444 444 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 0 2 88 0 99 0 44 33333333 5 777 444444444444 88 333 333 88 222 11 0000000 4 4444444444444444 88 777 333 444444444 666666666666666 555555555 333333 3333 777 222 11 99 2 333 2 33 22222222222222222222222 7 77 8888888888888888888888888 77 9 11111111 2 1 8888888 888 55555555555555 8 2222 444 6 2 4 66 11 77 3333333333333 888888 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 8 5 11 0 2 99 77777 5555 000 77 0 7 7 5 2222 5 0
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGTGTGTGACGTNAGTGTGAATGGTGATGCT-T------GCTGCT--GC---TGATGATGA---T--GATG--------TG--T-------------G-A--A-TGA---TA---AT-G--------------T-ATGATGATGNTTA-TGN-TGNTGA-TGNTG--AT-GT-----AT-GATG---A---------CGNTAA--TGA---TG---ATGA--T---GACGATG------NT-GC---------------T--G---CT---G------C--TGATGA---------------TGATGA---------TG------ATGAT----GA---TGAGTGTGATGA-TAG-T-G-TGAA-TGGTGATGTTTA-C--TG---CTG-----CTGATG-A--TGA----T-G--T----AGTG----TG-TGA--T-G---TT---AGT-GTG------AAC--GGTGATG----NT--------GCTG-C--TGATGA---TGATGATG-TGTG-TGACGTTG--GTGNGAAT------------GGTGA------TG----T----T--------GT----GGTG---------------GT-GG-----TNCTG--C-TGN---T---G------NTGATGATGATGNTGAGTGTGAT-GTTAGTG-TGAATGGTGATGTT--TA-CTGCTGCT----GATGATGATG-TAATGTGTGA--TGTNAGTGTGAACGGTGATGTTGC-TGCTGCTGATGATGTGTG----TGACGTTAGTGTGAATGGNGATGCTGCTG
Reference ( family-501 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGTGTGTGACGTTAGTGTGAATGGTGATGCT-T------GCTGCT--GC---TGATGATGA---T--GATG--------TG--T-------------G-A--A-TGA---TA---AT-G--------------T-ATGATGATGNTTA-TGN-TGNTGN-TGNTG--AT-GT-----AT-GATG---A---------CGNTAA--TGA---TA---ATGA--T---GACGATG------NT-GC---------------T--G---CT---G------C--TGATGA---------------TGATGA---------TG------ATGAT----GA---TGAGTGTGATGN-TAG-T-G-TGAA-TNGTGATGTTTA-C--TG---CTG-----CTGATG-A--TGA----T-G--T----AGTG----TG-TGA--T-G---TT---AGT-GTG------AAC--GGTGATG----NT--------GCTG-C--TGATGA---TGATGATG-TGTG-TGACGTTG--GTGNGAAT------------GGTGA------TG----T----T--------GT----GGTG---------------GT-GG-----TNCTG--C-TGN---T---G------NTGATGATGATGNTGAGTGTGAT-GTTAGTG-TGAACGGTGATGTT--TG-CTGCTGCT----GATGATGATG-TAATGTGTGA--TGTNAGTGTGAATGGTGATGTTGC-TGCTGCTGATGATGTGTG----TGACGTTAGTGTGAATGGNGATGCTGCTG
gi|1 : TGTGTGTGGTATTAATGTGAATGTTGATGTT-T------ACTGCT--GC---TGATGATGA---T--AATG--------TG--T-------------G-A--GCTGT---TA---AT-G--------------T-ATGGTGATGTTTACTGC-TGCTGC-TGCTG--AT-GT-----AT-G-TG---A---------CATTAA--TGA---GA---CTGA--T---CATTTTG------CT-GC---------------T--G---CT---G------C--TGATGA---------------TAATGA---------TG------ATGAG----GA---GGAGTTTGATAT-TAG-T-A-TGAA-TTGTGGTGTTTA-C--TG---CTG-----CTAATG-A--TGA----T-G--T----AGTG----TT-TGA--T-G---TC---AGT-ATG------AAC--AGTGATG----TT--------GCTG-C--TGATGA---TGATGATG-TATG-TGACATTA--ATGAGAAT------------GGTGA------TG----TN---N--------NN----NNNN---------------NN-NN-----NNNNN--N-NNN---N---N------NNNATGATGATGAGGAGTGTGAT-ATTAGTA-TAAATGGTGGTGTT--TA-CTGCTGCT----AATGATGATG-TAGTGTTTGA--TGTTAGTATGAACAGTGACGTTGC-TGCTGCTGCTGATGTGTG----TCATGTTAGTGTGAATGGTGATAATGCTG
gi|10 : tattttaccatgtgtgtgtgTGCT--G----TGATGAAGA---T--TATG--------GA--T---------------A--A-TGA---CAC--AA-G--------------T-AC--TGATTTTCT-TGT-TGATGG-TGATA--AT-GTGG---AT-GATG---A---------AATTGA--TGA---TA---AT-A--TGG-GACGATGATAAATAT-GCATGTAAAACATCAAAT--A---TT---G------CT-TGATGA---------------TAATGATCATCAAAGTG------ATGATAAAAGA---TGAGAATACTTA-TAA-T-G-ACGA-TT-TGATGATGA-CAATG---TTG-----ATGATG-A--TAA----T-AATT----AGTG-----A-TGA--T-
gi|12 : gattatcaTAATGA---T--GATC--------T---T-------------C-ATCA-TAATTTTA---AT-G----------------ATGACGAGGATTA-TGA-CGTTGA-TGTGG--GT--T-----GT-GAAG---G---------TGTTTA--TTG---TA---ATGA--T-----C-ATA------CT-GC---------------T--G---GT---A------A--TGATAA---------------TAATGA---------TA------CTGAT----GA---TGAGCATTACGA-T---------GA-TCATGATG---------G----TA-----CTGATG-A--TGATTTTT-G--C----AGTG----C--TGA--T-G--------AGA-GTT-------AC--GGTTATG----GT--------GGTA-A--TAATAA-----ATGATaaagataataaaacttacc
gi|13 : gcaattgTGA---T--GATG--------TT--T------------------A-TGA---CG---AC-C--------------T-TTG-TGACGGTTA-TGA-TAATGA-TTGTG--ATAGT-----GTTAATG---A---------TGATAA--TGA---TG---ATGT--C---GACAAacaatacaaaaacagaacca
gi|14 : AA--AGA---TG---ATGA--T---GATGAT--------T-GCA--------------T--AGACCT-------------TGATGA---------------CGACGA---------TG------ATGGT----GA---T-AATGTTATGA-Taaataccaaaatgcgtttaattccgcgatccttaacaaatcgtatgcacccttgcaaagctacgcattttgtcgttaccaattcgaccgaatttcggcagtcactactaaattgctttgctaccattttgtgacttaac
gi|15 : aaaGA-TGAAGT-TGTAG--AT-AG-----A--AATG---AGC-------CGATAC--TGA---TA---ATGG--T---GATAATG------GT-GA---------------T--A---CT---G------G--TGATGC---------------TGTTGA---------TGGAAATTATGAT----AA---TGA---TCATGA-TAA-T-GATGGA--GATGATCTTTA----TG---TTG-----gatttcgaaaaaaataccaaaaaatcattccattccgccatacttaaaaaataatttgcaacctagcaacctagcatcgcattttgtcgctcccaagtcgaatattagtagtagaattgtgttgctaccatttcgcagcataacatagcctaatt
gi|15 : tataataaa--GC---CGATACTGA---T--AATG-------------------------------G-TGA---TA---AT-G----------------GTGATACTGGTGA-TGC-TGTTGA-TGGAA--AT--T-----AT-GATA---A---------TGATCA--TGA---TA---ATGA--T---GGAGATG------AT-aagttcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctggagatggtaattatgataatgatcatgataatg
gi|15 : tataataaagatgaagttgtagatagaaatga-----AT-AATG---G---------TGATAA--TGG---TG---ATAC--T---GGTGATG------CT-GT---------------T--G---AT---GGAAATTA--TGATAA---------------TGATCA---------TG------ATAAT----GA---TGGAGATGATCT-TTA-T-GTTGAAGTTCNNNNNNNNN-N--NN---NNN-----NNNNNN-N--NNN----N-N--N----NNNN----NN-NNN--N-N---NN---NCT-GGA------GAT--GGTAATT----AT--------GATA-A--TGATCA---TGATAATG-ctttatgttgaagttcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctggagatggtaattatgataatgatcatgataatg
gi|16 : tataataaagatgaagttgtagatagaaatgagccgatactgGTGA-TGGTGATGCT-A------ATTATT--GT---T-ATGGTAG---T---ATT--------TT--T-------------G-G--A-T-----CA---GT-GG-------------T-GTGATATTGATTA-TGA-TGTTGA-TGATA--AT--T-----GT-GATG---G---------TGGTAA--TGA---TG---ATGA----------ATG------TT-GTAA-------------T--GA--CG---G------CATTAATGA---------------TGATGA---------TG------ATAAG----GA----GAAT------C-TAG---G-T-AA-TATTGATGGTTA----------TG-----ATGATGTT--TGA----TGG--T----AGT
gi|17 : tgaacatgaaatgaagacatatatgaaa-C--TG---CTG-----ATGATG-A--TGA----T-GC-T----AATG----TG-TGAGCT-G---TG---AGT-GTA------AAT--AGTGATA----TT--------GCTG-C--TGATGA---TG-------TGTG-TGACGTTA--GTGTGAAT------------GGGGA------TG----C----T--------GT----TGTAA--------------GT-GG-----T---G--T-AAT---T---G------TGGAAAGTGATTTTGC-TGCAAT-GTTAGTG-TAAATAGTGATATT---G-CTGCTGCT----GATGATGATG-ATGTGTGTGA--TGTAAGTGTGAATGGTTATGTTGT-T
gi|18 : ---------------T--G---CT---G------C--TGATGA---------------TGATGC---------TA------ATG-T----G----TGAGC----TGT-TAG-T-G-TAAA-TAGTGAT----A-G--TG---CTG-----CTGATG-A--TGA----T-G--T----------------GA--C-G---TT---AGT-GTA------AAT--GGGGATG----CT--------GTTG-T-------------A-GATG-T-TG-TAA--TTG---TGGAAA--------------GTGA------TT----T----T--------GC------------------------T-GC-----TGCTG--C-TGT---T---G------CTGATGATGATGATGAGTGTGAT-ATAAGTG-TGAGTGGTGATGTT--TA-CTGCTGCTATTAAATGATGATG-
gi|19 : ---TGATGATAA---T--GATG--------CG--G-------------GAA--A-TAA---CA---AT-G----------------ATGATGGCGATAA-TGA-TGATGA-TTTTG--AT--T-----GT-GATG---A---------CGCCAAGTTGC---CA---ACGA--C---ATTGATG------GT-G-------------------A---CG---G------C---GATGA---------------TTATGG---------T
gi|2 : gtgatgttgaattgagaataaattcatcacaataatgTGTGA-TG-TAATGCT-TCTGACAGTTGTTATGA---TGATGATGA---T--GATGATTATAATTG--T-------------G-A----TG----TA---AT-GCTTCTGACAGTTGAT-ATGATGACGATGA-TGA-TGATAG-TTATG--AG-GTC----AT-GCTGCCAA---------CACTGA--TGA---TA---ATAA--T---AGTAGTG------AT-GT---------------TATG---CT---G------C--TGGCAG---------------TTGTTA---------TG------ATGAC----AA---TGA---TGATGA-TAG-TTG-TGA---GGTCATG-----C--TG---CCAACA--CTGATG-A--TAA----TTA--T----AGTA-----G-TGA--T-A---TT---A----T--------AC----TGCTG--------------GCAG-T--TG-TGA---TGATGATG--GTGATGATACTA--GT---AGT------------GATGA------TG----T----TAGTACTTTGT----AGTA---------------GT-GACGTTATTCTT--C-TGAGAGT---T------ATTATGATGATG-TGATTATGAT-TTC--TA-T-AATAATGATG-T--AA-ATAATGGT----GATGA--AGG-TAATGattatcgtaatcaacgttacgattgataaatttaacgcaatta
gi|20 : A--TGA---GT---ATGA--T---TATGATG------CT-GC---------------T--G---CT---G------C--TGCTAA---------------TGATGA---------TG------ATAAT----GA---gtattgaacgtctggaacatgttttattattcacaaactat
gi|21 : attG-TGATGCTGTTGTAGGGA--------------GTGT------TA----T----T--------GT----GGAAA--------------GT-GG-----TTTTG--C-TGT---T---T------TTGATGATGATGATGAATG--AT-AATAGTG-TGAATGGTGGTGTT--TAACTGTTGTT----AATGATGATG-T--------------TAGTGTGAATGGTTATGTTGC-TGCTAATGATGATGattccaagatgcgtcaacaatctttacaaattatatgcaccctgtaacgcaattttgtcgctaccaaaaattcggccactaccaacttcccaccaatttgcagcataacaattcattattaccatcac
gi|21 : TGA---------TG------ATGAT----GA---TGAATG--ATAA-TAG-T-G-TGAA-TGGTGGTGTTTAAC--TG---TTG-----TTAATG-A--TGA----T---------------------------G---TT---AGT-GTG------AAT--GGTTATG----TT--------GCTG-C--TAATGA---TGATG
gi|22 : gtgatgctgttgtagggagtgttattgtggaaagtggttttgctgttttTGCTGCT----GATGATGATGCTAATGTGTGAGCTGTTAGTGTAAATAGTGATATTGC-TGCTGCTGATGATGTGTG----TGACGTTAGTGTGAATTGGAATGCTGTTG
gi|23 : -CTACTGCT----GATGATTATGCTAATGTGTGAGCTGTAAGTGTAAATAGTGATATTGC-TGCTGCTGATGATGTGTG----TGACGTTAGTGTGAATGGGGATGCTGCTGtaggtggtgtaattgtggaaagtgattt
gi|23 : TGTGTGTGACGTTAGTGTGAATGGGGATGC--T------GCTGTA--GG---TGGTGtaggtggtgtaattttggaaagtgat
gi|24 : ctactgctgatgattatgctaatgtgtgagctgtaagtgtaaatagtgatattgctgctgctgatga-T------GCTGCT--GC---TGCTGATGA---T--AAT-----------------------------A--A-TGA---TG---AG-G----------------ATAATGATGCTGA-CGT-TGTTGC-TGCTG--AT-G------------------------------------A---TG---ATGA--T---GACGATG----------C---------------T--G---CT---G------C--TGATGA---------------TTATCA---------TC------ATTAC----TA---TGAATATtaattttggaaagtgat
gi|25 : cGACATGA-TGTTAATGGTTATTCT--------GATACT--GC---TGATGACGATTTT--GGTGGC------TG--T---------------A--A-TGG---TA-----------------------ATGATGGTGTTTT-TTT-TGGTAA-TGCTG--AT-ta
gi|26 : gatggttattatggtaatgccT-GATG---G---------TGATAA--TGA---TG---ATGA--T---GACAATG------AT-GA---------------T--G---AT---G------G--CAACGA---------------TGATGT---------TC------ATCAT----GG---TGaag
gi|27 : agacacT--GT---TGATGACAA---T--ATTG---------G--T-------------G-A----TGA---TATAGGC-G--------------TGATAATGATGATTA-T-----ATAT-TGCTG--AT--C-----GT-TATA---A---------CTGTGA--T-----TA---ATGA--T---GACGATG------AT-GA---------------T--G---TT---G------ttttgggttatatgagagaaatcaacttgataggct
gi|28 : aAA--TGA---TT---ATGA--T---GACAGTG------GT-GA---------------T--G---GT---A------C--TGATGA---------------TGAGGA---------TG------ATGAT----AA---------TGATGA-TAA-T-G-TGGA-TGATAA
gi|29 : tgc--A-TGG---TA---AT-G--------------TGATGATAATGGTTA-TGC-TGTTGC-TTCTG--CC-G------AT-GAAG---A---------TACAGA--TGA---TA---ATGG--T---G-TTATG------GT-GA---------------T--G---CT---G------C--CGATGA---------------TGTTAA---------Tacacatacaaaaatcttaaaacc
gi|30 : ttT-GATA---A---------CG---A--TGA---TGGTTGTGG--T---GATGATG------CT-AC---------------T--A---CT---G------C--TGCTGT---------------TGCTGG---------TG------GTGGT----GG---TG---GTGGTGG-TAA-T-G----A-TGGTGATGTt
gi|31 : ctaatggAA--TGG---CA---ACAA--C---AACGATG------AT-GA---------------T--G---AT---G------G--TGGTGA---------------TGATGA---------CG------ATGAT----TA---TG
gi|31 : tac-----AT-GATG---A---------TGATGG--TGG---TG---ATGA--T---GACGATGATT---AT-GCT--------------T--G---TT---G------C--AAATGA---------------AGTTGA---------TC------ATAActtgttgcaaatgaagttgatcataaggtccttgt
gi|32 : tacaatggcaacaacaacgG--AT--T-----AT-GATT---A---------CG---A--TGC---TG---ATGC--T---GCTGATG------CT-GC---------------T--G---CT---G------C--TGATGA---------------TGATGA---------TG------AAGAT----GC---TGAggtccttgt
gi|33 : TGA-TGGTT--AT-G------AT-AATG---A---------AAGTAA--TGA---TG---ATGA--T---GACGCTG------CT-GC---------------T--G---CT---G------C--TGATGA---------------CGATAA---------TG------ATGTT----AA---TGAacaaattgagacgcaatcaaca
gi|34 : -GATG---A---------CATTAA--TAA---TG---CTGA--TAGGGATAATT------AT-GT---------------T--G---AT---G------C--TGATGC---------------TGtggt
gi|35 : tattgttgctactaccaccaccTAATGAAGCTGA-TGC-CATTGG-TGCTA--AT-G----------ATG---A---------TGCTAG---------A---AT----T---GATGATG------AC-GC---------------T--G---CT---G------C--T
gi|36 : TG------CT-GC---------------T--G---CT---G------C--TGCTGC---------------TGAAGT---------AG------ATGAT----AA---TGAGTATAA
gi|37 : c---------------T--G---CT---G------C--TGCTGA---------------TGATGA---------TG------ATGAT----GA---CGTGTGTGACGT-TAG-T-G-TGAA-Tgctgattaaactcggaa
gi|38 : -TGA-TGGTGA-TAGCG--AT-G------AC-CATA---A---------C---AA--TGA---TA---ATGA--T---ACCGATG------
gi|4 : aaacGTTTGATGTC--TATCAATGATG-TAGT-T------AATGAT--GT---TGATAATGA---T--TATG--------TG--TCAGCTAAAAAAGAA-A--A-CTA---TA---AT-G----------------ATGATGATGGTTA-TGA-TGATGA-AGATGTAATTGTTTTTTAT-GATA---ATTATACATGCAATAA--AGA---TT---ATGA--T---GATGA-G------ATAGCACA------------C--A---CTCAGA------T--TGATGAGATTGAAAAGTGTAGTGATGG---------TG------ATGAT----AA---CGATGGTGATGA-TAA-T-G-AGGA-TGATGATG-TGA-T--TG---TTG-----TTGAAA-A--TTA----T-G--TTGAAAATGATATTG-T----T-G---TTGAAAAT-GTGTCAGACAAA--GATGATA----AT--------GATA-T--TGATGAATGTGATGATGATGCG-T----TTG--ATAATAAT------------GTTGA------TGATATT----T--------AT----GTCG---------------AT-AA-----TGTTG--T-TGT---TTTAG------GTGAT-ATGAT
gi|4 : aatgtagTGATGA---T--GATG--------CGTTT-------------G----A-TAA---TA---AT-G--------------T--TGATGATATTTA-TGT-CGATAA-TGTTG--TT-GT-----ttattctgataaacttactgatttagt
gi|5 : aatgtaggtttgatgtctatcaatgatgtagttaatgatgttgataatgattatgtgtcagctaaaaaagaaaactataatgatgatgatggttatgatgatgaagatgtaattgttttttatgataattatacatgcaataaagattatgatgatgagatagcacacactcagattgatgagattgaaaagtgtagtgatggtgatgataacgatggtgatgataatgaggatgatgatgtgattgttgttgaaaattatgttgaaaatgatattgttgttgaaaatgtgtcagacaaagatgataatgatattgatgaatg--AT-GT-----GT-GATG---------------TTAG--TGG---TA---GTGG------G--GATG------TA-GC---------------T--------------------------A---------------T--TGA---------TG------ATGAA----GT---TGTATGTGATAT-TAG-T-G-GTAG-TTGTGATA--TA-----G---CTG-----TTGATA-A--TGA----T-G--T----TGTG----TG-TGA--T-G---TT---AGT-GTG------AAC--GGTGATGAAGCATGTGATGTAGCTG-T--TGATGA---TGATGTTG-TGTG-TGATGTTG--GTGTGAAC------------AGTGA------TG----GAGCAT--------GT----GATG---------------AT-GT-----TACTG--C-TGA---T---GTAGATAGTGCTGATGGTGTTGTGTGTGAT-GTTAGTG-TGAACGGTAGTGTTGATG-CTGCTCCT----GATGATGATG-TTATGTGTGA--TGTTAGTGTGAGCGGTGATGAAGCATG----TGATGATGT-TACTACTGATGTTGATAT---TGATGATGtttaggtgatatgatttattctgataaacttactgatttagt
gi|6 : tATGATGG---T--GACC--------TG--A-------------A-A--A-TGA---TA---GTCGC-------------T-ATGATGATTATCA-TGA-TGTTGG-TGATC--A--GT-----GT-GATA---A---------TGATGA--T-A---CA---A-GAAAT---GAAAATG------TT-GA---------------T--G---AT---G------A--TGGGGA---------------TGATGA---------TT------GTGAT----GA---TAAGTGTGATGAATA--T-G-TCAA-TACTGGCATTAA-T--TGAGATTATAAACCTGATA-ACCTGA--------------AG-G----TGATAAA-T-G---CT---AGTTGTG------A-T--GATGATG----AT--------GCTGACAGTAGTGA---TAATGACA-CA-A-TGACAACA--GTGGCAATAAATATTAATATGGTGAACATACCG----T----CA-------GT----GGTG---------------GTCAG-----TAATGAACGTAG---A---G------ATGATACTGGTGTTAACAGTGAA-GTTGATGATGA-CGGTGATGCT--CC-TTACTGGT----GAgggtatgtgaggctggtgccgctcattat
gi|7 : taattgagattacaGA-TAATG--AT-GA-----A--GGTG---G---------AGATAA--TGAACACG---ATAA--T---GGCGATT------AT-AC---------------T--G---AT---G------C--CAGTAG---------------TGACGA---------TG------ATGAT----G-----GA----AATTA-TAA-T-----AA-TGATGAT-TTTA-T--TT---CTG-----ATGA---A--TG-------G--T----GGT-----TA-TAA--C-GACCTT---CAT-GAA------AAT--TATGATG----AT--------GGTT-A--TGATGA---TGATGATG-ag
gi|7 : cAATGGCGAT--TAT------ACTGAT--GCCAGTAGTGACGA---T--GATGA-------TG--G-------------A-A--A-TTA---TA---AT-A----------------ATGATGAT-TTTA-TTTCTGATGAATGGTG--GT--T-----AT-AACG---A---------CCTTCA--TGA---AA---ATTA--T---GATGATG------GT----------------------------------------T-ATGA---------------TGATGA---------TG------ATGAT----GA---TCATAGTGATGA-ATT-T-GATGAA-TTA-GATGTatgatcatagtgatgaatttgatgaattagatgtcgacaaaacattttcaaaccattcccttccacggccttatcaaatcatacgcaccctttgtcgccatcaaaattcgattaaatgttgttactcacaacaattgctctgctacaaattggcggcgtaa
gi|8 : cgataatgatgaaggtggagataatgaacacgatGATGA---------------TGATAG---------TA------ATGAT----GAAACTGATGGTGATGA-CAAAT-G-TGA-----TGATGCTTA-T--TA------------TAAAC-A--TGA----T-G--A----A----------TGA--TTA---TT---ATT-GCG------ACCTTGATGACG----AT--------GATG-T--TGATAA---TGATGATG-Tcgacaaaacattttcaaaccattcccttccacggccttatcaaatcatacgcaccctttgtcgccatcaaaattcgattaaatgttgttactcacaacaattgctctgctacaaattggcggcgtaa
gi|9 : --TG---CTG-----CTGACG-A--TGA----T-GC-T----AATG----TG-TGAGCT-G---AT---AGT-GTA------AAT--AGTGATA----TT--------GCTG-C--TGATGA---TGATG----TGTG-TGACGTTA--GTGTGAAT------------GGGGA------TG----C----T--------GTTGTAGGTGTTGTAATTGTGGAAAGT-GA-----TTTTG--C-TGC---T---G------CTGATGATGATG---AATGTGATTATTAGTG-TGAGTGGTGATGTT--TA-TTGCTGCT----AATGATGATG-AAATGTGTGA--CGTAAGTGTGAATGGTTATGTTGC-TGCTGCTGATAATGcgacaaaaaaacaaactaaaatgcattccattacaaaatccttaacaaatcatattatgcacttttgcaacgcattttatagcttccaaaattggtctgatattgatagtcactagcgaattgtgatgctaccatgttgtggcgtaacatatctcactgattttaa
gi|9 : TGTGTGACGTAAGTGTGAATGGTTATG-T-T------GCTGCT--GC---TGATAATGA---TNNNNNN--------NN--N-------------N-A--A-TGA---TA---atnnnnnnnnnnaatgata
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|3 ): AATGTACGGGGTGATGATAAAAAAGATGTAGTTAATGATGTTGATAATGATTATGTGTCAGCCAAAAAAGAAAATTATAATAGTAATGATGGTTATGTTGATGATGATGTAATTGTTTTTTATGAAAATTATACATGCAATAAAGATTATGATGATGAGATAGCACACACTCAGATTGATGAGATTGAAAAGTGTAGTGATGGTGATAATAACGATGGTGATGATAATGATGATGATGATGTGATTGTTGTTGAAAATTATGTTGAAAATGATATTGTTGTCGAAAATGTTTCAGACAAATATGATAATGATATTGATGAATGTGATGATGAGTTTGATAATAATGATGATGGTATTTACTTAGATGATGTCGATAATGTTGTTGTTTTAGGTGATATGATTAATTCTGATAAACTTACTGATCTAGTTA
Unaligned ( gi|11 ): ATAATAATGATAATGATGCTAACACTTTAGATAAAAATAATGATTATAGCAATTATAATAGTAATCATATTACCAATAATAATAATAATAATAACAATAATGATAATGCTTAGACTTATCATAAAAGTAATGACAATAATAATGAAAATAATAATAAATAACAACAACAGCAACAACAATAACAATAATAATGATAATGATGCTAACACTTTAGATAATAATAATAATAACACTAATAATAATATTAG
Alignments
lowQualScore : 111 111111 4444444444444444444444444444444 11111 2222222222222 1111111111111 11111111111111111111111111111 111 111111111111 111111111111111 2222222222222222222222 1111111 111111111111 11111 2222222222222222 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 1111111111111111111 1111111111 111 11111111111111 111 11 222222222222222 1111 111
lowQualScore : 000 666666 0 8888 444 444 444 4444444444444444444444444444444 2 55555 2 5555 1 44 6666666 22 444 555 2222 2222222222222 33 1 0000000000000 77777777777777 444 222 1 333333 5555 11 0 11 4444 555555 88888888888888888888888888888 333 444 222 1 888888888888888 11 222 999 2 22 55 555555555555 1 555 6 444444444444444 1 55 3 4444444444444444444444 3 666 666 333 3 0000000 666 888888888888 3 44 7777 555 0 0 55555 55 55 11 1111111111111111 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 66 55 3 8888888888888888888 4 6666666666 8 4 555 4 555 9 66 4 88888888888888 8888 000 1 11 1 5 1 555555555555555 2 888 3 7777 3 99 444
lowQualScore : ... ...... . .... ... ... ... ............................... . ..... . .... . .. ....... .. ... ... .... ............. .. . ............. .............. ... ... . ...... .... .. . .. .... ...... ............................. ... ... ... . ............... .. ... ... . .. .. ............ . ... . ............... . .. . ...................... . ... ... ... . ....... ... ............ . .. .... ... . . ..... .. .. .. ................ ......................................................................... .. .. . ................... . .......... . . ... . ... . .. . .............. .... ... . .. . . . ............... . ... . .... . .. ...
lowQualScore : 000 666666 1 5555 777 777 333 2222222222222222222222222222222 4 55555 9 3333 9 88 2222222 44 888 111 8888 4444444444444 77 5 9999999999999 88888888888888 777 333 3 888888 2222 88 3 88 3333 222222 22222222222222222222222222222 888 333 333 3 333333333333333 88 888 555 0 99 00 111111111111 2 333 4 999999999999999 5 00 6 5555555555555555555555 6 444 444 999 6 8888888 000 333333333333 6 22 8888 444 5 5 00000 00 00 55 8888888888888888 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 77 00 6 3333333333333333333 9 8888888888 0 0 000 0 999 0 11 0 11111111111111 5555 333 6 00 0 7 2 000000000000000 5 888 2 0000 8 00 000
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGTGTGTGACGTNAGTGTGAATGGTGATGCT--TGCTGCTGC---TGATG---ATGA---T--GATG--TG-----T-------------GAA-----TGATA-AT-G-T-ATGATGATGNT---NA-TGN-TGN------T--GA---TG--NTG-A--T-G-----T-----A--T-GATGA---------CGATAA--------------TGA---T---GA-TG------AT----G--ACG--ATG---NT------GC---------------TG----------CT---GC---T---GAT-GA---------------T--GATGATGATGATGA---TGAGTGT-GA--TGA--TAG-TG-TGA--A-TGGTGATGTTTACTG---C---TG-----CTGATGA--TGAT-G-T----AGTG----TG-TGA--T-G---TT---A-G-T-GTG------AAC--GGTGATGA-----------T-G-CTG-C--TGATGA---TGATGAT-G-TGTGTGACGT--TG--GTGNGAA---T------------GGTGA-------T-G----T----T-G-T----GGTG---------------GT-G-----G----------------TNCTG--C-TG------NT---GN------TGATGATGATGATG--------AGTG-TGAT-GTTAGTG---TG-A--ATGGTGATGTT--TA-CTGCTGCT----G---------ATGATGA----TG-TAATGTGTGA--TGTNAGTGTGAACGGTGATG---------------TTGCTGCTGNTGATGA---TGTGTGTGACGTTAG----TGTGAATGG-TGAT---GCTGCTG
Reference ( family-501 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGTGTGTGACGTNAGTGTGAATGGTGATGCT--TGCTGCTGC---TGATG---ATGA---T--GATG--TG-----T-------------GAA-----TGATA-AT-G-T-ATGATGATGNT---TA-TGN-TGN------T--GA---TG--NTG-A--T-G-----T-----A--T-GATGA---------CGNTAA--------------TGA---T---GA-TG------AT----G--ACG--ATG---NT------GC---------------TG----------CT---GC---T---GAT-GA---------------T--GATGATGATGATGA---TGAGTGT-GA--TGA--TAG-TG-TGA--A-TGGTGATGTTTACTG---C---TG-----CTGATGA--TGAT-G-T----AGTG----TG-TGA--T-G---TT---A-G-T-GTG------AAC--GGTGATGN-----------T-G-CTG-C--TGATGA---TGATGAT-G-TGTGTGACGT--TG--GTGNGAA---T------------GGTGA-------T-G----T----T-G-T----GGTG---------------GT-G-----G----------------TNCTG--C-TG------NT---GN------TGATGATGATGNTG--------AGTG-TGAT-GTTAGTG---TG-A--ATGGTGATGTT--TA-CTGCTGCT----G---------ATGATGA----TG-TAATGTGTGA--TGTNAGTGTGAACGGTGATG---------------TTGCTGCTGCTGATGA---TGTGTGTGACGTTAG----TGTGAATGG-NGAT---GCTGCTG
gi|1 : TGTGTGTGGTATTAATGTGAATGTTGATGTT--TACTGCTGC---TGATG---ATGA---T--AATG--TG-----T-------------GAGC----TGTTA-AT-G-T-ATGGTGATGTT---TACTGC-TGC------T--GC---TG--CTG-A--T-G-----T-----A--T-G-TGA---------CATTAA--------------TGA-------GACTG------AT----C--ATT--TTG---CT------GC---------------TG----------CT---GC---T---GAT-GA---------------T--AATGATGATGAGGA---GGAGTTT-GA--TAT--TAG-TA-TGA--A-TTGTGGTGTTTACTG---C---TG-----CTAATGA--TGAT-G-T----AGTG----TT-TGA--T-G---TC---A-G-T-ATG------AAC--AGTGATGT-----------T-G-CTG-C--TGATGA---TGATGAT-G-TATGTGACAT--TA--ATGAGAA---T------------GGTGA-------T-G----TN---N-N-N----NNNN---------------NN-N-----N----------------NNNNN--N-NN------NN---NN------NNATGATGATGAGG--------AGTG-TGAT-ATTAGTA---TA-A--ATGGTGGTGTT--TA-CTGCTGCT----A---------ATGATGA----TG-TAGTGTTTGA--TGTTAGTATGAACAGTGACG---------------TTGCTGCTGCTGCTGA---TGTGTGTCATGTTAG----TGTGAATGG-TGAT---AATGCTG
gi|10 : tattttaccatgtgtgtgtgTGCTG----TGATG---AAGA---T--TATG--GA-----T--------------AA-----TGACACAA-G-T-AC--TGATTTT---CT-TGT-TGA------T--GG---TG--ATA-A--T-G-----TGG---A--T-GATGA---------AATTGA--------------TGA---T---AA-T-------AT----GGGACG--ATG---ATAAATATGCATGTAAAACATCAAATA----------TT---GC---T------------------------T--GATGATAATGATCA---TCAAAGT-GA--TGA--TA-------A--A-AGATGA-GAATACT--------TA------TAATGA--CGAT-T-T----GATG---------A--T-G---AC---A-A-T-GTT------GAT--GATGATAA-----------T-AATTA-G--TGATGA---TAAAGAT-
gi|10 : gattatcaTGT---TGATG---GTGA---T--AATG--TGGATGAT-------------GAAATTGATGATA-AT-A-T-GGGACGATGATAAATA-TGCATGTAAAACATCAAA---TA--TTG-C--T-T-----G-----A--T-GATAA---------TGATCA--------------TCAAAGT---GA-TG------ATAAAAG--ATG--AGA---AT------AC---------------TT----------AT---AA---T---GAC-GA---------------TTTGATGATGACAATGT---TGA---T-GA--TGA--TAA-T----A--ATTAGTGATGaataaaacttacc
gi|12 : gattatcatgctgtgatgaagattatggataatgacacaagtactgattttct--TGATGA---CGAGGAT-----TATGACGT--TG--ATGTGGG---T------------TGTGAAGGTGTTT-A----T----T-G-T----AATG---------------AT-C-----A----------------TACTG--C-TG------GT---AA------TGATAATAATGAT---------ACTGATGAT-G--AGCA---TT-ACGATGATCATG-----A--TGGTACT----G---------ATGATGATTTTTG-CAGTGC-TGA--TGAGAGT-T--ACGGTTATG---------------GTGataaagataataaaacttacc
gi|13 : gcaattgtaatgatgatcttcatcataattttaaTGA---T--GATG--TT-----T---------------A-----TGACG-AC-C-T-TTG-TGACGGT---TA-TGA-TAA------T--GA---TT--GTG-A--TAG-----T-----G--TTAATGA---------TGATAA--------------TGA---T---GA-TG------TC----G--ACA--Agtaataataaatgatacaatacaaaaacagaacca
gi|14 : AA--------------AGA---T---GA-TG------AT----G--ATG--AT-----T------GCA--------------TAGAC-------CT--------T---GAT-GA---------------C--GACGATGATGGTGA---T-AATGT-TA--TGA--Taaataccaaaatgcgtttaattccgcgatccttaacaaatcgtatgcacccttgcaaagctacgcattttgtcgttaccaattcgaccgaatttcggcagtcactactaaattgctttgctaccattttgtgacttaac
gi|15 : aaa-T-ATAATAAAGAT---GA-AGT-TGT------A--GA---TA--GAA-A--T-G-----------AGCC-GATAC---------TGATAA--------------TGG---T---GA-TA------AT----G--GTG--ATA---CT------GG---------------TG----------AT---GC---T---GTT-GA---------------T--GGAAATTATGATAA---TGA---T-CA--TGA--TAA-TGATGG--A--GATGATCTTTA-TG---T---TG-----gatttcgaaaaaaataccaaaaaatcattccattccgccatacttaaaaaataatttgcaacctagcaacctagcatcgcattttgtcgctcccaagtcgaatattagtagtagaattgtgttgctaccatttcgcagcataacatagcctaatt
gi|15 : G-C--CGATAC---TGATAAT-G----GTGATAA--TG--GTGATAC---T------------GGTGA-------T-G----C----T-GTT----GATG---------------GA-A-----A----------------TTATG--A-TA------AT---GA------TCATGATAATGATG--------GAGA-TGAT-CTTTATGT--TG-A--Aaagttcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctggagatggtaattatgataatgatcatgataatg
gi|15 : tataataaagatgaagttgtagatagaaatgaAATGGTGATACTGGTGATGCTGT---TGATGGAAATTA---T--GAT-------------------------AA-----TGATC-AT-G---ATAATGATGGA---GA-TGA-TCT------T--TA---TG--TTG-A--A-G-----TTCNNNN--N-NNNNN---------NNNNNN--------------NNN---N---NN-NN------NN----N--NNN--NNN---NN------NN---------------NN----------NN---NC---T---GGA-GA---------------T--GGTAATTATGATAA---TGA---T-CA--TGA--TAA-TG-gttcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctggagatggtaattatgataatgatcatgataatg
gi|16 : tataataaagatgaagttgtagatagaaatgagccgatactgataatggtgatGTGA-TGGTGATGCT--AATTATTGT---T-ATG---GTAG---T---ATT--TT-----T-------------GGA-----T--CA-GTGG-T-GTGATATTGAT---TA-TGA-TGT------T--GA---TG--ATA-A--T-------T-----G--T-GATGG---------TGGTAA--------------TGA---T---GA-TG------A-------------ATG---TT------GTAA-------------TGA---------CG---GCAT-T---AAT-GA---------------T--GATGATGATAAGGA----GAATCTAGG--TAA--TAT-TGATGGTTA-TGATGATGTTT
gi|16 : tgaacatgaaatgaagacatatatgaaaTG---ATTA---T--GATG--T------T-------------GA------TGATA-AT---T-GTGATGGTGGT---AA-TGA-TGA------T--GA-------ATG-T--T-G-----T-----AA-T-GACGG---------CATTAA--------------TGA---T---GA-TG------AT----G--ATA--AGG---AG------AA---------------T-----------CTA--GG---T---AAT-AT---------------T--GATGGTTATGATGA---T--GTTT-GA--TGG--TAG-Tgatggtagt
gi|17 : tgaacatgaaatgaagacatatatgaaagtgatggtgatgctaattattgttatggtagtatttttggatcagtggtgtgatatCTG---C---TG-----ATGATGA--TGAT-GCT----AATG----TG-TGAGCT-G---TG---A-G-T-GTA------AAT--AGTGATAT-----------T-G-CTG-C--TGATGA---TG--------TGTGTGACGT--TA--GTGTGAA---T------------GGGGA-------T-G----C----T-G-T----TGTAA--------------GT-G-----G----------------T---G--T-AA------TT---GT------GGAAAGTGATTTTG--------C-TG-CAAT-GTTAGTG---TA-A--ATAGTGATA-T--TG-CTGCTGCT----G---------ATGATGA----TG-ATGTGTGTGA--TGTAAGTGTGAATGGTTATG---------------TTGTT
gi|18 : TG---C---TG-----CTGATGA--TGAT-GCT----AATG----TG-TGAGCT-G---TT---A-G-T-GTA------AAT--AGTGATAG-----------T-G-CTG-C--TGATGA---TGA---------TGTGACGT--TA--GTGTAAA---T------------GGGGA-------T-G----C----T-G-TTGTAGATGTTGTAATT-------GT-G-----GAAAGTGATTTTGCTGCTGCTG--C-TG------TT---GC------TGATGATGATGATG--------AGTG-TGAT-ATAAGTG---TG-A--GTGGTGATGTT--TA-CTGCTGCTATTAA---------ATGATGA----TG-
gi|19 : ---TGATG---ATAA---T--GATG--CG-----G-------------GAAA----TAACA-AT-G---ATGATGGCGAT---AA-TGA-TGA------T--GA---TT--TTG-A--T-------T-----G--T-GATGA---------CGCCAAGTTGCCAACGACATTGA---T---GG-TG------AC----G--GCG--ATG---AT------
gi|2 : gtgatgttgaattgagaataaattcatcacaataatgTGATG-T---AA-TGC-TTC------T--GA---CA--GT-----T-G-----TT----A--T-GATGA---------TGATGA--------------TGA---T---GA-TT------AT----A--ATT--GTG---AT------GTAA-------------TG----------CT---TC---T---GACAGT---------------T--GAT-ATGATGACGA---TGA---T-GA--TGA--TAGTTA-TGA-----GGTCATG----CTG---CCAACA-----CTGATGA--TAATAA-T----AGTA-----G-TGA--T-G---TT---ATGCT-GCT------GGC--AGTTGTTA-----------T-G-ATG-A--CAATGA---TGATGATAG-T-TGTGAGGTCATG--CTGCCAACACT------------GATGA-------TAA----T----T-A-T----AGTA---------------GT-GATATTA----------------TACTG--C-TGGCAGTTGT---GA------TGATGATGGTGATGATACTAGTAGTGATGAT-GTTAGTACTTTGTA--GTAGTGACG-T--TA-TT-CTTCT----GAGAGTTATTATGATGA----TG-TGAT-TATGA--TTTC--TAT-AATAATGATG---------------TAAATAATGGTGATGA---tatggtattatcgtaatcaacgttacgattgataaatttaacgcaatta
gi|20 : tgA--------------TGA---G---TA-TG------AT----T--ATG--ATG---CT------GC---------------TG----------CT---GC---T---GCT-AA---------------T--GATGATGATAATGA---aggtaatggtattgaacgtctggaacatgttttattattcacaaactat
gi|21 : attGTGATGC--TGTTGTAGGGA-----------------GTGT-------T-A----T----T-G-T----GGAAA--------------GT-G-----G----------------TTTTG--C-TG------TT---TT------TGATGATGATGATG--------AATG---AT-AATAGTG---TG-A--ATGGTGGTGTT--TAACTGTTGTT----A---------ATGATGA----TG-T--------------TAGTGTGAATGGTTATG---------------TTGCTGCTAATGATGA---TGattccaagatgcgtcaacaatctttacaaattatatgcaccctgtaacgcaattttgtcgctaccaaaaattcggccactaccaacttcccaccaatttgcagcataacaattcattattaccatcac
gi|22 : TGCTGCT----G---------ATGATGA----TGCTAATGTGTGAGCTGTTAGTGTAAATAGTGATA---------------TTGCTGCTGCTGATGA---TGTGTGTGACGTTAG----TGTGAATTG-GAAT---GCTGTTG
gi|23 : -CTACTGCT----G---------ATGATTA----TGCTAATGTGTGAGCTGTAAGTGTAAATAGTGATA---------------TTGCTGCTGCTGATGA---TGTGTGTGACGTTAG----TGTGAATGG-GGAT---GCTGCTGtaggtggtgtaattgtggaaagtgattt
gi|23 : TGTGTGTGACGTTAGTGTGAATGGGGATGC---TGCTGTAGG---TGGTG---taggtggtgtaattttggaaagtgat
gi|24 : ctactgctgatgattatgctaatgtgtgagctgtaagtgtaaatagtgatattgctgctgctgatgaTGCT---GCTGCTGC---TGATG---ATAA---T--AATG-------------------------A-----TGA------G-G-ATAATGATGCT---GA-CGT-TGT------T--GC---TG--CTG------------------------------------------A--------------TGA---T---GA-TG------AT----G--ACG--A------T------GC---------------TG----------CT---GC---T---GAT-GA---------------T--TATCATCATTACTA---TGAATAT-taattttggaaagtgat
gi|25 : cGATGGTTAT---TA-TGG-TAA------T--GC---CGACATG-A--T-G-----TTA---A--T-GGTTA---------TTCTGA--------------TAC---T---GC-TG------AT----G--ACG--ATT---TT------GG---------------TG---------------GC---T---G-T-AA---------------T--GGTAATGATGGTGta
gi|25 : GACATGA-TGTTAATGGTTATTCT---GATACTGC---TGATG---ACGATTTT--GGTGGCTG-----T--------------AA-----TGGTA--------ATGATGGTGTT---TT-TTT-TGG------T--AA---TG--CTG-A--T-ttttttttggtaatgctgataag
gi|26 : gatggttattatggtaatgcc--T-GATGG---------TGATAA--------------TGA---T---GA-TG------AT----G--ACA--ATG---AT------GA---------------TG----------AT---GG---C---AAC-GA---------------T--GATGTTCATCATGG---TGaag
gi|27 : agacac-ATGTTGATGAC---AA-TAT-TGG------T--GA---TG------A--T-A-----T-----A----GGCG----------TGATAA--------------TGA---T---GA-TT------AT------------ATA---TT------GC---------------TGATCGTTATAACT---GTGATT---AAT-GA---------------T--GACGATGATGATGT---TGttttgggttatatgagagaaatcaacttgataggct
gi|28 : AA--------------TGA---T---TA-TG------AT----G--ACA--GTG---GT------GA---------------TG----------GT---AC---T---GAT-GA---------------T--GAGGATGATGATAA---------T-GA--TGA--TAA-TG-TGG--A-TGATAA
gi|29 : tgcA-----TGGTA-AT-G-TGATGATAATGGT---TA-TGC-TGT------T--GC---TT--CTG-C--C-G-----------------ATGA---------AGATAC--------------AGA---T---GA-TA------AT----G--GTGTTATG---GT------GA---------------TG----------CT---GC---C---GAT-GA---------------T--GTTAATacacatacaaaaatcttaaaacc
gi|3 : ttA-----TGATA-AT-GAT-AT--TGATGAA---TG-TGA-TGA------T--GAGTTTG--ATA-A--T-A-----------A--T-GATGA---------TGGTAT--------------TTA---CTTAGA-TG------AT----G--TCG--ATA---AT------GT---------------TG----------TT---GT---TTTAGGT-GA---------------T---ATGATt
gi|30 : aatgtacggggtgatgataaaaaagatgtagttaatgatgttgataatgattatgtgtcagccaaaaaagaaaattataatagtaatgatggttatgttgatgatgatgtaattgttttttatgaaaattatacatgcaataaagattatgatgatgagatagcacacactcagattgatgagattgaaaagtgtagtgatggtgataataacgatggtgatgataatgatgatgatgatgtgattgttgttgaaaattatgttgaaaatgatattgttgtcgaaaatgtttcagacaaat--T-GATAA---------CGATGA--------------TGG---T---TG-TG------GT----G--ATG--ATG---CT------AC---------------TA----------CT---GC---T---GCT-GT---------------T--GCTGGTGGTGGTGG---TG---GT-GG--TGG--TAA-TG------A-TGGTGATGTtaattctgataaacttactgatctagtta
gi|31 : ctaatgg-----T-----A--C-AATGG---------CAACAA--------------CAA---C---GA-TG------AT----G--ATG--ATG---GT------G-----------------G--------------------T---GAT-GA---------------T--GACGATGATTATG
gi|31 : -----A--T-GATGA---------TGATGG--------------TGG---T---GA-TG------AT----G--ACG--ATGATTAT------GCT--------------TG----------TT---GC---A---AAT-GA---------------A--GTTGATCATAActtgttgcaaatgaagttgatcataaggtccttgt
gi|32 : tacaatggcaacaacaacgG-A--T-------T-----A--T-GATTA---------CG---A--------------TGC---T---GA-TG------CT----G--CTG--ATG---CT------GC---------------TG----------CT---GC---T---GAT-GA---------------T--GATGATGAAGATGC---TGAggtccttgt
gi|33 : ------T--GA---TG--GTT-A--T-G-----------A--T-AATGA---------AAGTAA--------------TGA---T---GA-TG------AT----G--ACG--CTG---CT------GC---------------TG----------CT---GC---T---GAT-GA---------------C--GATAATGATGTTAA---TGAacaaattgagacgcaatcaaca
gi|34 : -GATGA---------CATTAA--------------TAA---T---GC-TG------ATAGG-G--ATA--ATT---AT------GT---------------TG----------AT---GC---T---GAT-GC---------------T--Gtggt
gi|35 : tattgttgctactaccaccaccTAATGAAGCT---GA-TGC-CAT------T--GG---TG--CTA-A--T-G-----------A--T-GATG----------CTAGAA--------------T-----T---GA-TG------AT----G--ACG--CTG---CT------GC---------------T
gi|36 : TG---CT------GC---------------TG----------CT---GC---T---GCT-GC---------------T--GAAGTAGATGATAA---TGAGTAT-AAGCTGA--T
gi|37 : c---------------TG----------CT---GC---T---GCT-GA---------------T--GATGATGATGATGA---CGTGTGT-GA--CGT--TAG-TG-TGA--A-Ttaaactcggaa
gi|4 : GTTTGATGTC--TATCAATGATG-TAGT--TAATGATGT---TGATA---ATGA---T--TATG--TG-----TCAGCTAAAAAAGAAAA-----CTATA-AT-G---ATGATGATGGT---TA-TGA-TGA------T--GA---AG--ATGTAATT-GTTTTTT-----A--T-GATAATTATACATGCAATAA--------------AGA---T---TA-TG------AT----G--ATG--A-G---ATA-----GCACA------------CA----------CTCAGAT---T---GAT-GAGATTGAAAAGTGTAGT--GATGGTGATGATAA---CGATGGT-GA--TGA--TAA-TG-AGG--A-TGATGATG-TGATTG---T---TG-----TTGAAAA--TTAT-G-TTGAAAATGATATTG-T----T-G---TTGAAA-A-T-GTGTCAGACAAA--GATGATAA-----------T-G-ATA-T--TGATGAATGTGATGAT-GATGCGT----T--TG--ATAATAA---T------------GTTGA-------T-GATATT----T-A-T----GTCG---------------AT-A-----A----------------TGTTG--T-TG------TTTTAGG------TGAT-ATGAT
gi|4 : aatgtagTG---ATGA---T--GATG--CGTT---T-------------G-A-----TAATA-AT-G-T--TGATGATATT---TA-TGT-CGA------T--AA---TG--TTG-T--T-G-----T-----ttattctgataaacttactgatttagt
gi|5 : aatgtaggtttgatgtctatcaatgatgtagttaatgatgttgataatgattatgtgtcagctaaaaaagaaaactataatgatgatgatggttatgatgatgaagatgtaattgttttttatgataattatacatgcaataaagattatgatgatgagatagcacacactcagattgatgagattgaaaagtgtagtgatggtgatgataacgatggtgatgataatgaggatgatgatgtgattgttgttgaaaattatgttgaaaatgatattgttgttgaaaatgtgtcagacaaagatgataatgatattgatgaatgATGTGTGA--TGTTAGTGGTAGTGGGGATG---------------TAGCTATTGATGATGAAGTTGTATGTGATATTAG----TGGTAGTTG-TGATATAGCTGTTGtttaggtgatatgatttattctgataaacttactgatttagt
gi|5 : tTGATGATGAAGT---TGTATGT-GA--TAT--TAG-TG-GTA--G-TTGTGATAT--A--G---C---TG-----TTGATAA--TGAT-G-T----TGTG----TG-TGA--T-G---TT---A-G-T-GTG------AAC--GGTGATGAAGCATGTGATGTAG-CTG-T--TGATGA---TGATGTT-G-TGTGTGATGT--TG--GTGTGAA---C------------AGTGA-------T-G----GAGCAT-G-T----GATG---------------AT-G-----T----------------TACTG--C-TG------AT---GTAGATAGTGCTGATGGTGTTG--------TGTG-TGAT-GTTAGTG---TG-A--ACGGTAGTGTTGATG-CTGCTCCT----G---------ATGATGA----TG-TTATGTGTGA--TGTTAGTGTGAGCGGTGATGAAGCATGTGATGATGTTACTACTGATGTTGA---TAT---TGATGATGGGGTATGTGA--GGCTGGT---GCCGCTataatgatgttgtgtgtgatgttagtgtgaacggtgatgaagcatgtgatgtagctgttgatgatgatgttgtgtgtgatgttggtgtgaacagtgatggagcatgtgatgatgttactgctgatgtagatagtgctgatggtgttgtgtgtgatgttagtgtgaacggtagtgttgatgctgctcctgatgatgatgttatgtgtgatgttagtgtgagcggtgatgaagcatgtgatgatgttactactgatgttgatattgatgatggggtatgtgaggctggtgccgctcattat
gi|6 : tatgtgtgatgttagtggtagtggggatgtagctatATG---ATGG---T--GACC--TG-----A-------------AAA-----TGATA-GTCGCT-ATGATGATTAT---CA-TGA-TGT------T--GG---TG--ATC-A----G-----T-----G--T-GAT---------------AA--------------TGA---T---GA-TACAAGAAAT----G--AAA--ATG---TT------GA---------------TG----------AT---GA---T---GGG-GA---------------T--GATGATTGTGATGA---TAAGTGT-GA--TGAA-TA--TG-TCA--A-TACTGGCATTAATTGAGAT---TATAAACCTGATAACCTGA---------AG-G----TGATAAA-T-G---CT---A-G-TTGTG------A-T--GATGATGA-----------T-G-CTGACAGTAGTGA---TAATGAC-A-CA-ATGACAA--CA--GTGGCAA---TAAATATTAATATGGTGAACATAC-C-G----T----CAG-T----GGTG---------------GTCA-----G----------------TAATGAACGTA------GA---GA------TGATACTGGTGTTA--------ACAG-TGAA-GTTGATGA--TG-A---CGGTGATGCT--CC-TTACTGGT----G---------Acattat
gi|7 : taattgagattaca--GA---TA--ATG-A--T-G-----A-----A----GGTGG---------AGATAA--------------TGAACAC---GA-TA------AT----G--GCG--ATT---AT------AC---------------TG----------AT---GC---C---AGT-AG---------------T--GACGATGATGATG-----GA-----AA--TTA--TAA-T----A--A-TGATGAT-TTTATTT---C---TG-----ATGA--A--TG---G-T----GGT-----TA-TAA--C-GACCTT---C-A-T-GAA------AAT--TATGATGA-----------T-G-GTT-A--TGATGA---TGATGAT-G-ag
gi|7 : cAATGGCGAT--TA-TACTGATGCCAGTAGTG---ACGA---T--GATGA-TG-----G-------------AAA-----TTATA-AT-A---ATGATGAT-TT---TA-TTTCTGA------T--GAA--TG--GTG-G--T-------T-----A--T-AACGA---------CCTTCA--------------TGA---A---AA-TT------AT----G--ATG--ATG---GT------TA---------------TG----------AT---GA---T---GAT-GA---------------T--GATGATCATAGTGA---TGAATTT-GA--TGAATTAGATG-Tatgatcatagtgatgaatttgatgaattagatgtcgacaaaacattttcaaaccattcccttccacggccttatcaaatcatacgcaccctttgtcgccatcaaaattcgattaaatgttgttactcacaacaattgctctgctacaaattggcggcgtaa
gi|8 : cgataatgatgaaggtggagataatgaacacgat---GAT-GA---------------T--GATAGTAATGATGAAACTGATGGT-GA--TGA--CAAATG-TGA-------TGATGCTTATTA---------------TAAACA--TGAT-G-A----A----------TGA--TTA---TT---A-T-T-GCG------ACCTTGATGACGA-----------T-G-ATG-T--TGATAA---TGATGAT-G-Tcgacaaaacattttcaaaccattcccttccacggccttatcaaatcatacgcaccctttgtcgccatcaaaattcgattaaatgttgttactcacaacaattgctctgctacaaattggcggcgtaa
gi|9 : TG---C---TG-----CTGACGA--TGAT-GCT----AATG----TG-TGAGCT-G---AT---A-G-T-GTA------AAT--AGTGATAT-----------T-G-CTG-C--TGATGA---TGATG-----TGTGTGACGT--TA--GTGTGAA---T------------GGGGA-------T-G----C----T-G-TTGTAGGTGTTGTAATTGTGGAAAGT-G-----A----------------TTTTG--C-TG------CT---GC------TGATGATGATG-----------AATG-TGATTATTAGTG---TG-A--GTGGTGATGTT--TA-TTGCTGCT----A---------ATGATGA----TG-AAATGTGTGA--CGTAAGTGTGAATGGTTATG---------------TTGCTGCTGCTGATAA---TGcgacaaaaaaacaaactaaaatgcattccattacaaaatccttaacaaatcatattatgcacttttgcaacgcattttatagcttccaaaattggtctgatattgatagtcactagcgaattgtgatgctaccatgttgtggcgtaacatatctcactgattttaa
gi|9 : TGTGTGACGTAAGTGTGAATGGTTATG-T--TGCTGCTGC---TGATA---ATGA---TNNNNNN--NN-----N-------------NAA-----TGATA-atnnnnnnnnnnaatgata
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): ATAATAATGATAATGATGCTAACACTTTAGATAAAAATAATGATTATAGCAATTATAATAGTAATCATATTACCAATAATAATAATAATAATAACAATAATGATAATGCTTAGACTTATCATAAAAGTAATGACAATAATAATGAAAATAATAATAAATAACAACAACAGCAACAACAATAACAATAATAATGATAATGATGCTAACACTTTAGATAATAATAATAATAACACTAATAATAATATTAG
Unaligned ( gi|38 ): AAACTGATGGTGATAGCGATGACCATAACAATGATAATGATACCGATG
Alignments
lowQualScore : 2222222222222222222222 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 222222222222222 11111111111111111111111111111111 222222222222222222222222222222 11111111111111111111111 2222222222222222222222 4444444444444444 1111111111111 11111111111111 11111111111111 1111111 7777777777777777777777777777777777777777777 11111111111 111 11 2222
lowQualScore : 555 2 8888888888888888888888 33 5555 444 444 333 33 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 0 1 1 1 1 1 33 6666666 22 1 222222222222222 33 5555555555 222 333333 444444444 222 1 222 4444 7777777777 11 7777777 444444 77777777777777777777777777777777 333 333 999999999999999 666666666666 222 222 333333333333333333333333333333 1 555 22 5555 55555555555555555555555 7777777777777777777777 0 6666 2 0000000000000000 0000000000000 33333333333333 666 99999999999999 1 5 3 555 1 4 4 6666666 66 22 88 3333333333333333333333333333333333333333333 888 77 1 77777777777 0 777 0 99 99 77 5 9999 000 0 33 22 5 6 1 5 3 2 1111 2 3
lowQualScore : ... . ...................... .. .... ... ... ... .. ............................................................. . . . . . . .. ....... .. . ............... .. .......... ... ...... ......... ... . ... .... .......... .. ....... ...... ................................ ... ... ............... ............ ... ... .............................. . ... .. .... ....................... ...................... . .... . ................ ............. .............. ... .............. . . . ... . . . ....... .. .. .. ........................................... ... .. . ........... . ... . .. .. .. . .... ... . .. .. . . . . . . .... . .
lowQualScore : 333 3 4444444444444444444444 99 6666 111 111 999 11 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 5 0 0 6 0 0 55 9999999 00 5 555555555555555 11 7777777777 111 444444 777777777 111 2 111 6666 7777777777 77 7777777 888888 00000000000000000000000000000000 333 888 444444444444444 222222222222 333 333 111111111111111111111111111111 7 444 55 7777 44444444444444444444444 3333333333333333333333 4 1111 9 1111111111111111 0000000000000 00000000000000 222 66666666666666 8 0 3 888 3 0 4 4444444 11 77 00 7777777777777777777777777777777777777777777 222 44 0 33333333333 1 888 1 99 22 99 0 4444 000 1 88 99 0 2 4 0 3 5 2222 5 0
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGTGTGTGACGTNAGTGTGAATGGTGAT---GCT--T------GC-----TGCT--GC---TGATG---A---TGA---T--GATG--------TG--T-------------GAA---TGATA-AT-G--------------T-A-TGATGATGNTGA-TGNTGNTGA--TGN------TG--A-T-G--T-----A--T-G--ATGA---------CGAT---A------ATG---------A---TGA-TGA---T----GA---C------G--ATG------NT------GC---------------T--G----------C-T---GC---TGATGA---------------TG------------ATGATGA---TGA---TGA----------------------TGAG--TGT-GA---TGA--T----AG-T-G-TG-----A--ATGA---TGATG---TTTACT--GCTG---C--TGATGATGA----T-G-T----AGTG----TGTGA--T-G---TT---AGTG----TG------A-AC--GGTGATGA-----------T-GCTGNTGAT-GA---TGATGATG-TGTG-TGA------CGTTG--GTGNGAAT-GGTGATG----T----T--------GT----GGTG---------------GTG--GTNCTGCTGTT---GN------TGATGA---TGATGATGAGTGTGAT-GTTAGTGTGAATGGTGGTGTT--TA-CTGCTGCT----GATGATGATG-TAATGTGTGA--TGTNAGTG-TGAACGGTGATGTTGC-TGCTGCTGATGATGTGTG----TGACGTTAGTGTGAATGGNGATGCTGCTG
Reference ( family-501 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGTGTGTGACGTNAGTGTGAATGGTGAT---GCT--T------GC-----TGCT--GC---TGATG---A---TGA---T--GATG--------TG--T-------------GAA---TGATA-AT-G--------------T-A-TGATGATGNTNA-TGNTGNTGA--TGN------TG--A-T-G--T-----A--T-G--ATGA---------CGAT---A------ATG---------A---TGA-TGA---T----GA---C------G--ATG------NT------GC---------------T--G----------C-T---GC---TGATGA---------------TG------------ATGATGA---TGA---TGA----------------------TGAG--TGT-GA---TGA--T----AG-T-G-TG-----A--ATGG---TGATG---TTTACT--GCTG---C--TGATGATGA----T-G-T----AGTG----TGTGA--T-G---TT---AGTG----TG------A-AC--GGTGATGA-----------T-GCTGCTGAT-GA---TGATGATG-TGTG-TGA------CGTTG--GTGNGAAT-GGTGATG----T----T--------GT----GGTG---------------GTG--GTNCTGCTGNT---GN------TGATGA---TGATGATGAGTGTGAT-GTTAGTGTGAATGGTGATGTT--TA-CTGCTGCT----GATGATGATG-TAATGTGTGA--TGTNAGTG-TGAACGGTGATGTTGC-TGCTGNTGATGATGTGTG----TGACGTTAGTGTGAATGGTGATGCTGCTG
gi|1 : TGTGTGTGGTATTAATGTGAATGTTGAT---GTT--T------AC-----TGCT--GC---TGATG---A---TGA---T--AATG--------TG--T-------------GAGC--TGTTA-AT-G--------------T-A-TGGTGATGTTTACTGCTGCTGC--TGC------TG--A-T-G--T-----A--T-G---TGA---------CATT---A------ATG---------A----GACTGA---T----CA---T------T--TTG------CT------GC---------------T--G----------C-T---GC---TGATGA---------------TA------------ATGATGA---TGA---GGA----------------------GGAG--TTT-GA---TAT--T----AG-T-A-TG-----A--ATTG---TGGTG---TTTACT--GCTG---C--TAATGATGA----T-G-T----AGTG----TTTGA--T-G---TC---AGTA----TG------A-AC--AGTGATGT-----------T-GCTGCTGAT-GA---TGATGATG-TATG-TGA------CATTA--ATGAGAAT-GGTGATG----TN---N--------NN----NNNN---------------NNN--NNNNNNNNNNN---NN------NNATGA---TGATGAGGAGTGTGAT-ATTAGTATAAATGGTGGTGTT--TA-CTGCTGCT----AATGATGATG-TAGTGTTTGA--TGTTAGTA-TGAACAGTGACGTTGC-TGCTGCTGCTGATGTGTG----TCATGTTAGTGTGAATGGTGATAATGCTG
gi|10 : tattttaccatgtgtgtgtg-----TGCT--G----TGATG---A---AGA---T--TATG--------GA--T--------------AA---TGACACAA-G--------------T-A-C--TGATTTTCT-TGTTGATGG--TGA------TA--A-T-G--T-----G----G--ATGA---------TGAA---A------TTG---------A---TGA-TAA---TATGGGA---C------G--ATG------ATAAATATGCATGTAAAACATCAAAT--A----------T-T---GC---T--------------------TG------------ATGATAA---TGA---TCA----------------------TCAA--AGT-GA---TGA--T----A-------------A--AAGA---TGA-G------AAT--ACTT---A--TAATGACGA----T-T-T----G--------ATGA--T-G---AC---AATG----TT------G-AT--GATGATAA-----------TAATTAGTGAT-GA---TAAAGAT
gi|12 : gattatcaTA---A---TGA---T--GATC--------TT--C---------------A---TCATA-AT-T--------------T---TAATGATGACGA-GGATTATGA--CGT------TG--A-T-G--T-----G--G-GTTGTGA---------AGGT---G------TTT---------A---TTG-TAA---T----GA---T------C--ATA------CT------GC---------------T--G----------G-T---AA---TGATAA---------------TA------------ATGATAC---TGA---TGA----------------------TGAG--CAT-TA---CGA--T------------------G--ATCA---TGATG-----------G-TA---C--TGATGATGATTTTT-G-C----AGTG----C-TGA--T-G--------AGAG----TT--------AC--GGTTATGG-----------T-GGTAATAAT-AA-----ATGATaataaaacttacc
gi|13 : gcaattg---TGA---T--GATG--------TT--T---------------A---TGACG-AC-C--------------T-T-TG-TGACGGTTA-TGATAATGA--TTG------TG--A-TAG--T-----G--TTA--ATGA---------TGAT---A------ATG---------A---TGA-TGT---C----GA---C------A--Aacaatacaaaaacagaacca
gi|14 : ---A------AAG---------A---TGA-TGA---T----GA---T------G--AT--------T------GCA--------------T--AGAC-------C-T--------TGATGA---------------CG------------ACGATGA---TGG---TGA----------------------T-AA--TGT-TA---TGA--T----aaataccaaaatgcgtttaattccgcgatccttaacaaatcgtatgcacccttgcaaagctacgcattttgtcgttaccaattcgaccgaatttcggcagtcactactaaattgctttgctaccattttgtgacttaac
gi|15 : aaa--------------T-A-TAATAAAGATGA-AGTTGTAGA--TAG------AA--A-T-G--------AGCC-G--ATAC---------TGAT---A------ATG---------G---TGA-TAA---T----GG---T------G--ATA------CT------GG---------------T--G----------A-T---GC---TGTTGA---------------TG------------GAAATTA---TGA---TAA----------------------TGA-----T-CA---TGA--T----AA-T-GATG-----G--A-GA---TGATC---TTTA-T--GTTG---gatttcgaaaaaaataccaaaaaatcattccattccgccatacttaaaaaataatttgcaacctagcaacctagcatcgcattttgtcgctcccaagtcgaatattagtagtagaattgtgttgctaccatttcgcagcataacatagcctaatt
gi|15 : --GC---CGATA---C---TGA---T--AATG----------------------------G---TGATA-AT-G----------------G-TGATACTGGTGA-TGCTGTTGA--TGGAAATTATG--A-T-A--------A--T-G--ATCA---------TGAT---A------ATG---------A---TGG-AGA---T----GA---aagttcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctggagatggtaattatgataatgatcatgataatg
gi|15 : tataataaagatgaagttgtagatagaaatgaAATGGTGAT---ACTGGT------GA-----TGCT--GT---TGATGGAAA---TTA---T--GAT----------------------------AA---TGATC-AT-G----------------A-TAATGATGGAGA-TGATCTTTA--TGT------TG--A-A-G--TTCNNNN--N-N--NNNN---------NNNN---N------NNN---------N---NNN-NNN---N----NN---N------N--NNN------NN------NN---------------N--N----------N-N---NC---TGGAGA---------------TG------------GTAATTA---TGA---TAA----------------------TGA-----T-CA---TGA--T----AA-T-G-tctttatgttgaagttcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctggagatggtaattatgataatgatcatgataatg
gi|16 : tataataaagatgaagttgtagatagaaatgagccgatactgataatggtgatGTGA-TGGTGAT---GCT--A------AT-----TATT--GT---T-ATG---G---TAG---T---ATT--------TT--T-------------GGA---T--CA-GTGG--------------T-G-TGATATTGATTA-TGATGTTGA--TGA------TA--A-T----T-----G--T-G--ATGG---------TGGT---A------ATG---------A---TGA-TGA-----------------------ATG------TT------GTAA-------------T--GA---------C-G---GCAT-TAATGA---------------TG------------ATGATGA---TAA---GGA-----------------------GAA--TCTAGG---TAA--T----AT-T-GATG-----GTTATGA---TGATG---TTT
gi|16 : tgaacatgaaatgaagacatatatgaaaTG---A---TTA---T--GATG--------T---T-------------GA----TGATA-AT----------------T-G-TGATGGTGGTAA-TGATGATGA----A------TG--T-T-G--T-----AA-T-G--ACGG---------CATT---A------ATG---------A---TGA-TGA---T----GA---T------A--AGG------AG------AA---------------T-------------C-TA--GG---TAATAT---------------TG------------ATGGTTA---TGA---TGA----------------------T--G--TTT-GA---TGG--T----AG-T-gatggtagt
gi|17 : tgaacatgaaatgaagacatatatgaaagtgatggtgatgctaattattgttatggtagtatttttggatcagtggtgtgatatCT--GCTG---A--TGATGATGA----T-GCT----AATG----TGTGAGCT-G---TG---AGTG----TA------A-AT--AGTGATAT-----------T-GCTGCTGAT-GA---TG-------TGTG-TGA------CGTTA--GTGTGAAT-GGGGATG----C----T--------GT----TGTAA--------------GTG--GT---GTAATT---GT------GGAAAG---TGATTTTGC-TGCAAT-GTTAGTGTAAATAGTGATA-T--TG-CTGCTGCT----GATGATGATG-ATGTGTGTGA--TGTAAGTG-TGAATGGTTATGTTGT-T
gi|18 : ---------------T--G----------C-T---GC---TGATGA---------------TG------------ATGCTAA---TG----TG-----------------------TGAGC-TGT-----------T----AG-T-G-TA-----A--ATAG---TGAT-------AGT--GCTG---C--TGATGATGA----T-G-T---------------GA--C-G---TT---AGTG----TA------A-AT--GG-G--GA-----------T-GCTGTTG--------TA--GATG-T-TG-TAA--------TTG---TGGAAA---GTGATT----T----T--------GC------------------------TG--CTGCTGCTGTT---GC------TGATGA---TGATGATGAGTGTGAT-ATAAGTGTGAGTGGTGATGTT--TA-CTGCTGCTATTAAATGATGATG-
gi|19 : -TGATGTTGAATTGA------GA--A-T-A--A-----A--T-TC-ATCA---------CAAT---A------ATG-------------TGA-TGA---T----AA---T------G--ATGCGGGAAAT------AA---------------C--A----------A-T---GA---TGATGG---------------CG------------ATAATGA---TGA---TGATTT-------------------TGAT--TGT-GA---TGA--CGCCAAGTT-G-CC-----A--ACGACATTGATG---GTGACG--GC---------GATGATTA----T-G-
gi|19 : gATA-AT-G--------------T----GATGATAATGA-TGCGGGAAA--TAA------CA--A-T-G--------A--T-G--ATGG---------CGAT---A------ATG---------A---TGA-TGATTTT----GATTGT------G--ATG------AC------GC---------------CAAG----------T-T---GC---CAACGACAT------------TG------------ATGGTGA---CGG---CGA----------------------TGAT--TAT-GG---Tgtattatcgtaatcaacgttacgattgataaatttaacgcaatta
gi|2 : gtgatgttgaattgagaataaattcatcacaTGTGA-TG-TAAT---GCT--TCTGACAGT-----TGTTATGA---TGATG---A---TGA---T--GATGATTATAATTG--T-------------GA----TG-TA-AT-GCTTCTGACAGTTGAT-A-TGATGACGATGA-TGATGATAG--TTA------TG--A-G-G--TC----A--T-G--CTGC---------CAAC---A------CTG---------A---TGA-TAA---T----AA---TAGTAGTG--ATG------TT------A----------------T--G----------C-T---GC---TGGCAG---------------TT------------GTTATGA---TGA---CAA----------------------TGA-----T-GA---TGA--T----AG-TTG-TG-----A----GG---TCATG-------CT--GCCAACAC--TGATGATAA----TTA-T----AGTA-----GTGA--T-A---TT---A-------T---------AC----TGCTG--------------GCAGTTG-T-GA---TGATGATG--GTGATGA------TACTA--GT---AGT-GATGATG----T----TAGTACTTTGT----AGTA---------------GTGACGTTATTCTTCT---GA------GAGTTA---TTATGATGA-TGTGAT---TA----------TGATTTC--TA--------T----AATAATGATG-TAA---ATAA--TG---GTGATGAA-GGTAATGGTAT-TGattatcgtaatcaacgttacgattgataaatttaacgcaatta
gi|20 : AT---T------ATG---------A---GTA-TGA---T----TA---T------G--ATG------CT------GC---------------T--G----------C-T---GC---TGCTAA---------------TG------------ATGATGA---TAA---TGA----------------------aacgtctggaacatgttttattattcacaaactat
gi|21 : G-TGA------TGCTGTTGTAGGGA---GTGTTA----T----T--------GT----GGAAA--------------GTG--GTTTTGCTGTT---TT------TGATGA---TGATGATGAATG--AT-AATAGTGTGAATGGTGGTGTT--TAACTGTTGTT----AATGATGATG-T--------------TAGTG-TGAATGGTTATGTTGC-TGCTAATGATGATGattccaagatgcgtcaacaatctttacaaattatatgcaccctgtaacgcaattttgtcgctaccaaaaattcggccactaccaacttcccaccaatttgcagcataacaattcattattaccatcac
gi|22 : TGCTGCT----GATGATGATGCTAATGTGTGAGCTGTTAGTG-TAAATAGTGATATTGC-TGCTGCTGATGATGTGTG----TGACGTTAGTGTGAATTGGAATGCTGTTG
gi|23 : -CTACTGCT----GATGATTATGCTAATGTGTGAGCTGTAAGTG-TAAATAGTGATATTGC-TGCTGCTGATGATGTGTG----TGACGTTAGTGTGAATGGGGATGCTGCTGtaggtggtgtaattgtggaaagtgattt
gi|23 : TGTGTGTGACGTTAGTGTGAATGGGGAT---GC---T------GC-----TGTA--GG---TGGTG---taggtggtgtaattttggaaagtgat
gi|24 : ctactgctgatgattatgctaatgtgtgagctgtaagtgtaaatagtgatattgctgctgctgatga--T------GC-----TGCT--GC---TGCTG---A---TGA---T--AAT----------------------------AA---TGATG-A--G--------------G-A-TAATGATGCTGA-CGTTGTTGC--TGC------TG--------------------------------------------------ATG---------A---TGA-TGA---T----GA---C------G--A---------T------GC---------------T--G----------C-T---GC---TGATGA---------------TT------------ATCATCA---TTA---CTA----------------------TGAA--TAT-taattttggaaagtgat
gi|25 : cGACATGA-TGTTAATGGTTAT---TCT---------GA-----TACT--GC---TGATG---A---CGATTTT--GGTGGC------TG--T--------------AA---TGGTA---------------------A-TGATGGTGTTTT-TTTTGGTAA--TGC------TG--A-T-ta
gi|26 : gatggttattatggtaatgcc--T-G--ATGG---------TGAT---A------ATG---------A---TGA-TGA---T----GA---C------A--ATG------AT------GA---------------T--G----------A-T---GG---CAACGA---------------TG------------ATGTTCA---TCA---TGG----------------------TGaag
gi|27 : agacac-A-TGTTGATGACAA-TATTGGTGA--TG-----------A-T-A--T-----A----G--GCG----------TGAT---A------ATG---------A---TGA-TTA---T-------------------ATA------TT------GC---------------T--GATCGTTATAAC-T---GTGATTAATGA---------------TG------------ACGATGA---TGA---TGT----------------------TGttttgggttatatgagagaaatcaacttgataggct
gi|28 : ---A------ATG---------A---TTA-TGA---T----GA---C------A--GTG------GT------GA---------------T--G----------G-T---AC---TGATGA---------------TG------------AGGATGA---TGA---TAA------------------------------T-GA---TGA--T----AA-T-G-TG-----G--ATGA---TAA
gi|29 : tgcA---TGGTA-AT-G--------------TGA-TGATAATGGTTA-TGCTGTTGC--TTC------TG--C-C-G----------------ATGA---------AGAT---A------CAG---------A---TGA-TAA---T----GG---T------GTTATG------GT------GA---------------T--G----------C-T---GC---CGATGA---------------TG------------TTAATacacatacaaaaatcttaaaacc
gi|3 : tt---T--GATG--------AGATT-------------GAAAAGTG-TA-GT-G----------------A-TGGTGATAATAA-CGATGGTGA--TGA------TA--A-T-G--------A--T-G--ATGA---------TGATGTGA------TTGTTGTTGAAAA---TTA-TGT---T----GA---A------A--ATG------AT------AT---------------T--G----------T-T---GT---CGAAAA---------------TGTTTCAGACAAATATGATAA---TGATATTGA----------------------TGAA--TGT-GA---TGA--TG---AG-T-T-TGATAATA--ATGA---TGATGGTATTTACTTAGATG---A--TGTCGATAA----T-G-T------------TGTTG--T-T---TT---AG-G----TG------A-t
gi|30 : aatgtacggggtgatgataaaaaagatgtagttaatgatgttgataatgattatgtgtcagccaaaaaagaaaattataatagtaatgatggttatgttgatgatgatgtaattgttttttatgaaaattatacatgcaataaagattatgatgatgagatagcacacactcagat--T-G--ATAA---------CGAT---G------ATG---------G---TTG-TGG---T----GA---T------G--ATG------CT------AC---------------T--A----------C-T---GC---TGCTGT---------------TG------------CTGGTGG---TGG---TGG----------------------TG-----GT-GG---TGG--T----AA-T-G-----------ATGG---TGATG---Ttatgattaattctgataaacttactgatctagtta
gi|31 : ctaatgg--T-----A--C-A--ATGG---------CAAC---A------ACA---------A---CGA-TGA---T----GA---T------G--ATG------GT------G-------------------G---------------------TGATGA---------------TG------------ACGATGA---TTA---TG
gi|31 : -----A--T-G--ATGA---------TGAT---G------GTG---------G---TGA-TGA---T----GA---C------G--ATGATT---AT------GCT--------------T--G----------T-T---GC---AAATGA---------------AG------------TTGATCA---TAA---cttgttgcaaatgaagttgatcataaggtccttgt
gi|32 : tacaatggcaacaacaacgG--A-T----T-----A--T-G--ATTA---------CGAT------------G---------C---TGA-TGC---T----GC---T------G--ATG------CT------GC---------------T--G----------C-T---GC---TGATGA---------------TG------------ATGATGA---AGA---TGC----------------------TGAggtccttgt
gi|33 : TGA--TGG------TT--A-T-G--------A--T-A--ATGA---------AAGT---A------ATG---------A---TGA-TGA---T----GA---C------G--CTG------CT------GC---------------T--G----------C-T---GC---TGATGA---------------CG------------ATAATGA---TGT---TAA----------------------TGAacaaattgagacgcaatcaaca
gi|34 : TGTT---GCTACT------AC-----CACC--AC---CGATG---ACATTAA---T--AATGC-------TG--A-------------TAG---GGATA-AT----------------T-A-TGTTGATGCTGA-TGCTGtggt
gi|34 : tat-G--ATGA---------CATT---A------ATA---------A---TGC-TGA---TAGG-GA---T------A--ATT------AT------GT---------------T--G----------A-T---GC---TGATGC---------------TG------------
gi|35 : tattgttgctactaccaccacc-TAATGAAGCTGA-TGCCATTGG--TGC------TA--A-T-G--------A--T-G--ATG----------CTAG---A------AT--------------TGA-TGA---T----GA---C------G--CTG------CT------GC---------------T--
gi|36 : TG------CT------GC---------------T--G----------C-T---GC---TGCTGC---------------TG------------AAGTAGA---TGA---TAA----------------------TGAG--TAT-AAGC-TGA--T----
gi|37 : c---------------T--G----------C-T---GC---TGCTGA---------------TG------------ATGATGA---TGA---TGA----------------------CGTG--TGT-GA---CGT--T----AG-T-G-TG-----A--ATtaaactcggaa
gi|38 : -TGATGGTGA--TAG------CG--A-T-GACC-----A--T-A--ACAA---------TGAT---A------ATG---------A---TAC-CGA---T----G
gi|4 : aaacGTTTGATGTC--TATCAATGATG-T---AGT--T------AA-----TGAT--GT---TGATA---A---TGA---T--TATG--------TG--TCAGCTAAAAAAGAAAA---CTATA-AT-G----------------A-TGATGATGGTTA-TGATGATGA--AGA------TGTAA-TTG--TTTTTTA--T-G--ATAATTATACATGCAAT---A------AAG---------A---TTA-TGA---T----GA---T------G--A-G------ATA-----GCACA------------C--A----------C-TCAGAT---TGATGAGATTGAAAAGTGTAGTG------------ATGGTGA---TGA---TAA----------------------CGAT--GGT-GA---TGA--T----AA-T-G-AG-----G--ATGA---TGATG----TGATT--GTTG---T--TGAAAATTA----T-G-TTGAAAATGATATTGT----T-G---TTGAAAATG----TGTCAGACA-AA--GATGATAA-----------T-GATATTGAT-GAATGTGATGATGATGCG-T----------TTG--ATAATAAT-GTTGATGATATT----T--------AT----GTCG---------------ATA--ATGTTGTTGTTTTAGG------TGAT-A---TGAT
gi|5 : aatgtagATG--------TG--T-------------G-A---TGTTA-GTGG--------------T-AGTGGGGATGTAGC-TATTGATGA--TGA------AG--T-T-G--T-----A--T-G---TGA---------TATT---A------GTG---------G---TAG-T-----T----G---------------TG------AT------AT---------------A--G----------C-T---GT---TGATAA---------------TG------------ATGttattctgataaacttactgatttagt
gi|5 : tTGATGA---TGA---AGT----------------------TGTA--TGT-GA---TAT--T----AG-T-G-GT-----A--GTTG---TGATA---T--A----GCTG---T--TGATAATGA----T-G-T----TGTG----TGTGA--T-G---TT---AGTG----TG------A-AC--GGTGATGAAGCATGTGATGTAGCTGTTGAT-GA---TGATGTTG-TGTG-TGA------TGTTG--GTGTGAAC-AGTGATG----GAGCAT--------GT----GATG---------------ATG--TTACTGCTGAT---GTAGATAGTGCTGA---TGGTGTTGTGTGTGAT-GTTAGTGTGAACGGTAGTGTTGATG-CTGCTCCT----GATGATGATG-TTATGTGTGA--TGTTAGTG-TGAGCGGTGATGAAGCATG----TGATGATGT-TACTACTGATGTTGATAT---TGATGATGttgtgtgtgatgttagtgtgaacggtgatgaagcatgtgatgtagctgttgatgatgatgttgtgtgtgatgttggtgtgaacagtgatggagcatgtgatgatgttactgctgatgtagatagtgctgatggtgttgtgtgtgatgttagtgtgaacggtagtgttgatgctgctcctgatgatgatgttatgtgtgatgttagtgtgagcggtgatgaagcatgtgatgatgttactactgatgttgatattgatgatggggtatgtgaggctggtgccgctcattat
gi|5 : tatgtgtgatgttagtggtagtggggatgtagctatTATGTGTGATGTTAGTGTGAGCGGTGATGAAGCA--T------GTGATGATGTT--AC---TACTG---A---TGT---T--GATA--------T---T-------------G-A---TGATG-GG-G--------------T-A-TG-TGAGGCTGG-TGCCGCTCA--Tgggtatgtgaggctggtgccgctcattat
gi|6 : tatgtgtgatgttagtggtagtggggatgtagctattgatgatgaagttgtatgtgatattagtggtagttgtgatatagctgttgataatgatgttgtgtgtgatgttagtgtgaacggtgatgaagcatgtgatgtagctgttgatgatgatgttgtgtgtgatgttggtgtgaacagtgatggagcatgtgatgatgttactgctgatgtagatagtgctgatggtgttgtgtgtgatgttagtgtgaacggtagtgttgatgctgctcctgatgatgatgtATG---A---TGG---T--GACC--------TG--A-------------AAA---TGATA-GTCGC-------------T-A-TGATGATTATCA-TGATGTTGG--TGA------TC--AGT-G--TG----A--T-A--ATGA---------TGAT---ACAAGAAATG---------A---AAA-TGT---T----GA---T------G--ATG------AT------GG---------------G--G----------A-T---GA---TGATTG---------------TG------------ATGATAAGTGTGA---TGAATATGTCAATACTGGCATTAATTGAGATTAT-AAACCTGA--T----AA-C-C-TG-----A--A-GG---TGATA---AATGCTA-GTTG---TGATGATGATGA----T-G-C--------------TGA--C-A---GT---AGTGATAATG------ACAC--AATGACAA-----------C-AGTGGCAATAAA---TATTAATA-TG-G-TGAACATACCGTCA--GTGGTGGTCAGTAATGA---A----C--------GT----AGAG---------------ATG--ATACTGGTGTT---AA------CAGTGAAGTTGATGATGACGGTGAT-GCTtat
gi|6 : taattgagattacaGATGA--TAC------TG--G-T-G--T--------------TAA---------CAGT---G------AAG---------T---TGA-TGA---T----GA---C------G--GTG------AT------GC---------------T--C----------CTT---AC---TGGTGA---------------ccttactggtgaag
gi|7 : taattgagattacaatgatggtgacctgaaaatgatagtcgctatgatgattatcatgatgttggtgatcagtgtgataatgatgatacaagaaatgaaaatgttgatgatgatggggatgatgattgtgatgataagtgtgatgaatatgtcaatactggcattaattgagattataaacctgataacctgaaggtgataaatgctagttgtgatgatgatgatgctgacagtagtgataatgacacaatgacaacagtggcaataaatattaatatggtgaacataccgtcagtggtggtcagtaatgaacgtagaGA--TAA------TG--A-T-G--A-----A----G--GTGG---------AGAT---A------ATG---------AACACGA-TAA---T----GG---C------G--ATT------AT------AC---------------T--G----------A-T---GC---CAGTAG---------------TG------------ACGATGA---TGA---TG------------------------GA-------AA---TTA--T----AA-T----------A--ATGA---TGAT----TTTATT--TCTG---A--TGA--ATG-------G-T----GGT-----TATAA--C-GACCTT---CATG----AA------A-AT--TATGATGA-----------T-GGTTATGAT-GA---TGATGATG-ag
gi|7 : cAATGGCGAT-----TA-T------AC-----TGAT--GCCAGTAGTG---A---CGA---T--GATGA-------TG--G-------------AAA---TTATA-AT-A----------------A-TGATGATTTTAT-TTCTGATGAA-TGG------TG--G-T----T-----A--T-A--ACGA---------CCTT---C------ATG---------A---AAA-TTA---T----GA---T------G--ATG------GT------TA---------------T--G----------A-T---GA---TGATGA---------------TG------------ATGATCA---TAG---TGA----------------------TGAA--TTT-GA---TGAATT----AGAT-G-Tatgatcatagtgatgaatttgatgaattagatgtcgacaaaacattttcaaaccattcccttccacggccttatcaaatcatacgcaccctttgtcgccatcaaaattcgattaaatgttgttactcacaacaattgctctgctacaaattggcggcgtaa
gi|8 : cgataatgatgaaggtggagataatgaacacgatGATGA---------------TG------------ATAGTAA---TGA---TGAAAC-------------------TGAT--GGT-GA---TGA--C----AAAT-G-TG-----A---------TGATG---CTTATT--A---------TAAACATGA----T-G-A----A---------TGA--TTA---TT---ATTG----CG------A-CCTTGATGACGA-----------T-GATGTTGAT-AA---TGATGATG-Tcgacaaaacattttcaaaccattcccttccacggccttatcaaatcatacgcaccctttgtcgccatcaaaattcgattaaatgttgttactcacaacaattgctctgctacaaattggcggcgtaa
gi|9 : T--GCTG---C--TGACGATGA----T-GCT----AATG----TGTGAGCT-G---AT---AGTG----TA------A-AT--AGTGATAT-----------T-GCTGCTGAT-GA---TGATG----TGTG-TGA------CGTTA--GTGTGAAT-GGGGATG----C----T--------GTTGTAGGTGTTGTAATTGTGGAAAGTG--ATTTTGCTGCT---GC------TGATGA---TGATGA---ATGTGATTATTAGTGTGAGTGGTGATGTT--TA-TTGCTGCT----AATGATGATG-AAATGTGTGA--CGTAAGTG-TGAATGGTTATGTTGC-TGCTGCTGATAATGcgacaaaaaaacaaactaaaatgcattccattacaaaatccttaacaaatcatattatgcacttttgcaacgcattttatagcttccaaaattggtctgatattgatagtcactagcgaattgtgatgctaccatgttgtggcgtaacatatctcactgattttaa
gi|9 : TGTGTGACGTAAGTGTGAATGGTTAT---G-T--T------GC-----TGCT--GC---TGATA---A---TGA---TNNNNNN--------NN--N-------------NAA---TGATA-atnnnnnnnnnnaatgata
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): ATAATAATGATAATGATGCTAACACTTTAGATAAAAATAATGATTATAGCAATTATAATAGTAATCATATTACCAATAATAATAATAATAATAACAATAATGATAATGCTTAGACTTATCATAAAAGTAATGACAATAATAATGAAAATAATAATAAATAACAACAACAGCAACAACAATAACAATAATAATGATAATGATGCTAACACTTTAGATAATAATAATAATAACACTAATAATAATATTAG
Alignments
lowQualScore : 111 222222222 5555555555555555555555555555555555555555555555555 3333333333333333333333333333333333333333333333333333 111111111111 111111111111 222222 3333333333333333333333 4444444444444444444444444 111111111111111111111111111111 11111111111111 1111 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 1111 1111111 111 111111 111 11111 11 333333333333333 111 1111 111
lowQualScore : 000 3 1 555555555 0 44 4 333 333 333 333 3333333333333333333333333333333333333333333333333 2 333 2 1 1 1 333 1 1 5555555555555555555555555555555555555555555555555555 2222 1 666666 1 4444444 11 7777777 11 55555 2 777777777777 000000000000 1 444 555555555 11 222 8888 33 22 1 5 000000 3333333333333333333333 33 0000000000000000000000000 2 77 5 444444 55 777777777777777777777777777777 6 0 9999 1 0 99999999999999 4 0 999 2 1111 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 2222 1111111 000 666 3 1 3 000000 999 8 777777 1 7777 222 3 00000 11 1 2 111111111111111 0 000 3 7777 3 99 444
lowQualScore : ... . . ......... . .. . ... ... ... ... ................................................. . ... . . . . ... . . .................................................... .... . ...... . ....... .. ....... .. ..... . ............ ............ . ... ......... .. ... .... .. .. . . ...... ...................... .. ......................... . .. . ...... .. .............................. . . .... . . .............. . . ... . .... ........................................................... .... ....... ... ... . . . ...... ... . ...... . .... ... . ..... .. . . ............... . ... . .... . .. ...
lowQualScore : 000 2 4 999999999 7 22 5 999 999 999 333 7777777777777777777777777777777777777777777777777 0 333 9 8 8 0 000 0 0 4444444444444444444444444444444444444444444444444444 9999 4 444444 4 5555555 88 9999999 99 88888 8 444444444444 333333333333 3 000 000000000 77 444 6666 66 33 7 2 555555 8888888888888888888888 99 7777777777777777777777777 7 33 3 666666 88 222222222222222222222222222222 2 2 4444 4 5 22222222222222 1 6 111 3 6666 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 7777 5555555 000 444 6 5 5 555555 777 2 000000 0 1111 222 6 00000 00 0 0 222222222222222 7 000 2 0000 8 00 000
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGTGTGTGACGTNAGTGTGAATGGTGATGCT--T------GCTGCT--GCTGATG---A---TGA---T--GATG--------TGT-------G-AA-TGATA-AT-G--------------T-A-TGATGAT---GNTGA-T-GNT---GNTGATGNTGA---------T-G--T-----A--T-G------A---TGA------------CGATAAT----G-ATG------A-TGA-------T--GAC------G--ATG---N-T-GC-----------TG----------C-T-GC---TG---------ATGATGATG--ATGATGATGA---TGAG-TGT-GA--TG-ATAGTG-TGA--ATGATGATGTTTA-TG---C---TG-----CTGATGA--TGA----TG----TAGTG-T---G----T-GA--T-G--TT--AG-TGTGAAC--G-----GTGATGA-----------T-GCTG---NTGATGATGATGATGTGTG---------TGACGTTG--GTGNGAATGGTGATG--------T----TGT----GG-----T---G---------------GTG-----ATNNTGCT----GTTGN------TGA---TGA---TGA-TGATGAGTG------TGAT-A-TTAGTGTGAATGGTGATGTT--TA-CTGCTGCT----GATGATGATG-TAATG-T-----GTGA--TGTTAGTGTGAATGGTGATG---------------TTGCTGCTGCTGATGA---TGTGTGTGACGTTAG----TGTGAATGG-TGAT---GCTGCTG
Reference ( family-501 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGTGTGTGACGTNAGTGTGAATGGTGATGCT--T------GCTGCT--GCTGATG---A---TGA---T--GATG--------TGT-------G-AA-TGATA-AT-G--------------T-A-TGATGAT---GNTGA-T-GNT---GNTGATGNTGA---------T-G--T-----A--T-G------A---TGA------------CGATAAT----G-ATG------A-TGA-------T--GAC------G--ATG---N-T-GC-----------TG----------C-T-GC---TG---------ATGATGATG--ATGATGATGA---TGAG-TGT-GA--TG-ATAGTG-TGA--ATGATGATGTTTACTG---C---TG-----CTGATGA--TGA----TG----TAGTG-T---G----T-GA--T-G--TT--AG-TGTGAAC--G-----GTGATGA-----------T-GCTG---NTGATGATGATGATGTGTG---------TGACGTTG--GTGNGAATGGTGATG--------T----TGT----GG-----T---G---------------GTG-----GTNCTGCT----GTTGN------TGA---TGA---TGA-TGATGAGTG------TGAT-G-TTAGTGTGAATGGTGGTGTT--TA-CTGCTGCT----GATGATGATG-TAATG-T-----GTGA--TGTNAGTGTGAACGGTGATG---------------TTGCTGCTGCTGATGA---TGTGTGTGACGTTAG----TGTGAATGG-NGAT---GCTGCTG
gi|1 : TGTGTGTGGTATTAATGTGAATGTTGATGTT--T------ACTGCT--GCTGATG---A---TGA---T--AATG--------TGT-------G-AGCTGTTA-AT-G--------------T-A-TGGTGAT---GTTTACT-GCT---GCTGCTGCTGA---------T-G--T-----A--T-G----------TGA------------CATTAAT----G-A-G------ACTGA-------T--CAT------T--TTG---C-T-GC-----------TG----------C-T-GC---TG---------ATGATAATG--ATGATGAGGA---GGAG-TTT-GA--TA-TTAGTA-TGA--ATTGTGGTGTTTACTG---C---TG-----CTAATGA--TGA----TG----TAGTG-T---T----T-GA--T-G--TC--AG-TATGAAC--A-----GTGATGT-----------T-GCTG---CTGATGATGATGATGTATG---------TGACATTA--ATGAGAATGGTGATG--------TN---NNN----NN-----N---N---------------NNN-----NNNNNNNN----NNNNN------NNA---TGA---TGA-TGAGGAGTG------TGAT-A-TTAGTATAAATGGTGGTGTT--TA-CTGCTGCT----AATGATGATG-TAGTG-T-----TTGA--TGTTAGTATGAACAGTGACG---------------TTGCTGCTGCTGCTGA---TGTGTGTCATGTTAG----TGTGAATGG-TGAT---AATGCTG
gi|10 : tattttaccatgtgtgtgtgTGCT--G-TGATG---A---AGA---T--TATG--------GAT---------AA-TGACACAA-G--------------T-ACTGATTTTCTTGTTGA-T-GGT---GATAATGTGGA---------T-G--------A--T-G------AAATTGA------------TGATAATATGGG-ACG------A-TGA-------T--AAA------T--ATG---CAT-GTAAAACATCAAATA----------T-T-GC---T--------------TGATG--ATAATGATCA---TCAA-AGT-GA--TG-ATA------A--AAGATGA-G---AATA---C---TT-----ATAATGA--CGA----TT----TG--------A----T-GA--T-G--AC--AA-TGTTGAT--G-----ATGATAA-----------TAATTA---GTGATGATAAAGAT
gi|12 : gattatcaTA---A---TGA---T--GATC--------TTC----------A-TCATA-AT-T--------------T---TAATGAT---GACGA-G-GAT---TATGACGTTGA---------T-G--T-----G--G-GTT----G---TGA------------AGGTGTT----T-ATT------G-TAA-------T--GAT------C--ATA---C-T-GC-----------TG----------G-T-AA---TG---------ATAATAATG--ATACTGATGA---TGAG-CAT-TA--CG-AT-------G--ATCATGATG------G-------TA-----CTGATGA--TGATTTTTG----CAGTG-C--------T-GA--T-G------AG-AGTT-AC--G-----GTTATGG-----------T-GGTA---ATAATAA--ATGATaataaaacttacc
gi|13 : gcaattg---TGA---T--GATG--------TTT----------A-TGACG-AC-C--------------T-T-TG-TGAC---GGTTA-T-GAT---AATGATTGTGA---------TAG--T-----G--TTA------A---TGA------------TGATAAT----G-ATG------A-TGT-------C--GAC------A--Aacaatacaaaaacagaacca
gi|14 : AAA----G-ATG------A-TGA-------T--GAT------G--AT------T-GCA----------TAGAC-------C-T------TG---------ATGACGACG--ATGATGGTGA---T-AA-TGT-TA--TG-ATaaataccaaaatgcgtttaattccgcgatccttaacaaatcgtatgcacccttgcaaagctacgcattttgtcgttaccaattcgaccgaatttcggcagtcactactaaattgctttgctaccattttgtgacttaac
gi|15 : aaa--------------T-A-TAATAAA---GATGA-A-GTT---GTAGATAGAAA---------T-G--------AGCC-G------A---TAC------------TGATAAT----G-GTG------A-TAA-------T--GGT------G--ATA---C-T-GG-----------TG----------A-T-GC---TG---------TTGATGGAA--ATTATGATAA---TGA----T-CA--TG-ATAATGATGG--A-GATGATCTTTA-TG---T---TG-----gatttcgaaaaaaataccaaaaaatcattccattccgccatacttaaaaaataatttgcaacctagcaacctagcatcgcattttgtcgctcccaagtcgaatattagtagtagaattgtgttgctaccatttcgcagcataacatagcctaatt
gi|15 : AATGGTGATACTGGT------GATGCT--GTTGATGGAAA---TTA---T--GAT---------------------AA-TGATC-AT-G----------------A-TAATGAT---GGAGA-T-GAT---CTTTATGTTGA---------A-G--TTCNNNN--N-N------N---NNN------------NNNNNNN----N-NNN------N-NNN-------N--NNN------N--NNN---N-N-NN-----------NN----------N-N-NC---TG---------GAGATGGTA--ATTATGATAA---TGA----T-CA--TG-ATAATG-aagttcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctggagatggtaattatgataatgatcatgataatg
gi|16 : tataataaagatgaagttgtagatagaaatgagccgatactgataatggtgatGTGA-TGGTGATGCT--A------ATTATT--GTT-ATG---G---TAG---T---ATT--------TTT-------G-GA-T--CA-GTGG--------------T-G-TGATATT---GATTA-T-GAT---GTTGATGATAA---------T----T-----G--T-G------A---TGG------------TGGTAAT----G-ATG------A-TGA----------------------ATG---T-T-GTAA---------TGA---------C-G-GCAT-TA---------ATGATGATG--ATGATAAGGA----GAA-TCTAGG--TA-ATATTGATGGTTATGATGATGTTT
gi|16 : tgaacatgaaatgaagacatatatgaaaTG---A---TTA---T--GATG--------T-T-------G-A--TGATA-AT----------------T-G-TGATGGT---GGTAA-T-GAT---GATGA--ATGT---------T-G--T-----AA-T-G------A---CGG------------CATTAAT----G-ATG------A-TGA-------T--GAT------A--AGG---A-G-AA-----------T-----------C-TAGG---TA---------ATATTGATG--GTTATGATGA---T--G-TTT-GA--TG-GTAGTgatggtagt
gi|17 : tgaacatgaaatgaagacatatatgaaagtgatggtgatgctaattattgttatggtagtatttttggatcagtggtgtgatatCTG---C---TG-----ATGATGA--TGA----TGC---TAATG-T---G----T-GAGCT-G--TG--AG-TGTAAAT--A-----GTGATAT-----------T-GCTG---CTGATGATG------TGTG---------TGACGTTA--GTGTGAATGGGGATG--------C----TGT----TG-----T---AA--------------GTG-----GT---GTA----ATTGT------GGA---AAG---TGA-TTTTGC-TG------CAAT-G-TTAGTGTAAATAGTGATATT---G-CTGCTGCT----GATGATGATG-ATGTG-T-----GTGA--TGTAAGTGTGAATGGTTATG---------------TTGTT
gi|18 : -----------TG----------C-T-GC---TG---------ATGATGATG--CTAATG-TG----TGAGCTGT---------TAGTG-TAA--ATAGTGA----TAGTG---C---TG-----CTGATGA--TGA----------------T---G----T-GA--C-G--TT--AG-TGTAAAT--G-----G-G--GA-----------T-GCTG---TTG-TA-----GATGT-TG---------TAA--TT---GTGGAAA--GTGATT--------T----TGC--------------------------------TG-----CTGCTGCT----GTTGC------TGA---TGA---TGA-TGATGAGTG------TGAT-A-TAAGTGTGAGTGGTGATGTT--TA-CTGCTGCTATTAAATGATGATG-
gi|19 : ---G----T-GA--T-G--TTGAAT-TGAGAAT--AAATTCATCACAA-----------T-AATG----TGATGATAATGATGCGGGAAATAACAATGATGATG--GCGATAATGATGATGA-------T----TTT----GA-----T---T---------------GTG-----ATGACGCCAA--GTTGC------CAA---CGACATTGA-TGGTGACGG------CGAT-GATTA
gi|19 : TGATG---A---TAA---T--GATG--------CGG-------GAAA-TAACA-AT-G----------------A-TGATGGC---GATAA-T-GAT---GATGATTTTGA---------T----T-----G--T-G------A---TGA------------CGCCAA-----G-TTG------C-CAA-------C--GAC------A--TTG---A-T-GG-----------TG----------A-C-GG---CG---------ATGATTATGGTATTATCGTAA---TCAA-CGT-TA--CG-ATtggtattatcgtaatcaacgttacgattgataaatttaacgcaatta
gi|2 : gtgatgttgaattgagaataaattcatcacaataatgTGTGA-TG-TAATGCT--TCTGACAGTTGTTATGATGATG---A---TGA---T--GATGATTATAATTGT-------G-A--TG-TA-AT-GCTTCTGACAGTTGAT-A-TGATGAC---GATGA-T-GAT---GATAGTTATGA---------G-G--TC----A--T-G------C---TGC------------CAACACT----G-ATG------A-TAA-------T--AATAGTAGTG--ATG---T-T-A------------TG----------C-T-GC---TGGCAGTTGTTATGATGACA--ATGATGATGA---T-AG-T--------------TG-TGA----GGTCATG----CTG---CCAACA-----CTGATGA--TAAT---TA----TAGTA-----G----T-GA--T-A--TT--A--T----AC---------TGCTG--------------GCAG---TTG-TGATGATGATG-GTGA--------TGATACTA--GT---AGTGATGATGTTAGTACTT----TGT----AG-----T---A---------------GTGACGTTATTCTTCTGAGAGTTAT------T-A---TGA---TGA-TG-TGATTA------TGAT-T-TC--TAT-AATAATGATG-T--AA-ATAATGGT----GATGA--AGG-TAATG-tgataaatttaacgcaatta
gi|20 : ATTAT----G-AGT------A-TGA-------T--TAT------G--ATG---C-T-GC-----------TG----------C-T-GC---TG---------CTAATGATG--ATGATAATGA---gtattgaacgtctggaacatgttttattattcacaaactat
gi|21 : G---------TGATGCTGTTGTAGGGA--GTGTTA--------T----TGT----GG-----A---AA--------------GTG-----GTTTTGCT----GTTTT------TGA---TGA---TGA-TGATGAATG--------AT-A-ATAGTGTGAATGGTGGTGTT--TAACTGTTGTT----AATGATGATG-T--------------------TAGTGTGAATGGTTATG---------------TTGCTGCTAATGATGA---TGattccaagatgcgtcaacaatctttacaaattatatgcaccctgtaacgcaattttgtcgctaccaaaaattcggccactaccaacttcccaccaatttgcagcataacaattcattattaccatcac
gi|22 : TGCTGCT----GATGATGATGCTAATG-T-----GTGAGCTGTTAGTGTAAATAGTGATA---------------TTGCTGCTGCTGATGA---TGTGTGTGACGTTAG----TGTGAATTG-GAAT---GCTGTTG
gi|23 : -CTACTGCT----GATGATTATGCTAATG-T-----GTGAGCTGTAAGTGTAAATAGTGATA---------------TTGCTGCTGCTGATGA---TGTGTGTGACGTTAG----TGTGAATGG-GGAT---GCTGCTGtaggtggtgtaattgtggaaagtgattt
gi|23 : TGTGTGTGACGTTAGTGTGAATGGGGATGC---T------GCTGTA--GGTGGTG---taggtggtgtaattttggaaagtgat
gi|24 : ctactgctgatgattatgctaatgtgtgagctgtaagtgtaaatagtgatattgctgctgctgatgaTGCT---------GCTGCT--GCTGATG---A---TAA---T--AATG---------------------A-TGA------G--------------G-A-TAATGAT---GCTGA-C-GTT---GTTGCTGCTG---------------------------------------------------------AT----G-ATG------A-TGA-------T--GAC------G--A-------T-GC-----------TG----------C-T-GC---TG---------ATGATTATC--ATCATTACTA---TGAA-TAT-taattttggaaagtgat
gi|25 : cGACATGA-TGTTAATGGTTATTCT---------GATACT--GCTGATG---A---CGATTTT--GGTGGC------TGT---------AA-TGGTA---------------------A-TGATGGT---GTTTT-T-TTT---GGTAATGCTGA---------T-ta
gi|26 : gatggttattatggtaatgcc--GAC------A--CTG---A-T-GG-----------TG----------A-T-AA---TG---------ATGATGATG--ACAATGATGA---TGAT-GGC-AA--CG-ATGATG-TTC--ATCATGGTGTTTaag
gi|26 : aC---TG---------ATGGTGATA--ATGATGATGA---TGAC-AAT-GA--TG-ATGATG-GCA--ACGATGATGTTCAtgggttatatgagagaaatcaacttgataggct
gi|27 : agacaATGTT---GATGA-C-AAT---ATTGGTGATGA---------T-A--T-----A----G------G---CG-------------TGATAAT----G-ATG------A-TTA-------T--------------ATA---T-T-GC-----------TGATCGTTATAAC-T-GTGATTA---------ATGATGACG--ATGATGATGT---TGtcatggtgttttgggttatatgagagaaatcaacttgataggct
gi|28 : AAT----G-ATT------A-TGA-------T--GAC------A--GTG---G-T-GA-----------TG----------G-T-AC---TG---------ATGATGAGG--ATGATGATAA----------T-GA--TG-ATAATG-TGG--ATGATAA
gi|29 : tgcA-TGGTA-AT-G--------------TGA-TGATAAT---GGTTA-T-GCT---GTTGCTTCTGC---------C-G--------------------A---TGA------------AGATACA----G-ATG------A-TAA-------T--GGT------GTTATG---G-T-GA-----------TG----------C-T-GC---CG---------ATGATGTTA--ATacacatacaaaaatcttaaaacc
gi|3 : ttTGAT--GTTGATA---A---TGA---T--TATG--------TGTCAGCCAAA-AA-AGAAA-AT----------------T-A-TAATAGT---AATGA-T-GGTTATGTTGATGATGA---------T-G--T-----AATT-GTTTTTTA---TGAAAATTATACATGCAATAAA----G-ATT------A-TGA-------T--GAT------G--A-G---A-TAGCACA--------CA----------C-T--C---AG---------AT--TGATG--A-GAT--TGA---AAAG-TGT-AG--TG-ATGGTG-ATA--ATAACGATGGTGA-TG---A---TA-----ATGATGA--TGA----TG--------A-T---G----T-GA--TTG--TT---G-T-TGAA-----------AATTA-----------T-GTTG---AAAATGAT-AT--TGT-TG---------T------------CGAA----AATG--------T----TTC----AGACAAAT---A----------------TG-----ATAATGAT----ATTGA------TGAA--TG----TGA-TGATGAGTT------TGAT-A-ATAATG---ATGATGGTATT--TA-CT--TA------GATGATGTCGATAATGTT-----GTTG--TTTTAG-GTGAt
gi|30 : aatgtacggggtgatgataaaaaagatgtagttaa-----A--T-G------G---TGA------------TAACGAT----G-ATGGTT---G-TGG-------T--GAT------G--ATG---C-T-AC-----------TA----------C-T-GC---TG---------CTGTTGCTG--GTGGTGGTGG---TG----GT-GG--TG-GTAATG------ATGGTGATGTtatgattaattctgataaacttactgatctagtta
gi|31 : cta--T-----A--C-A------A---TGG------------CAACAAC----A-ACG------A-TGA-------T--GAT------G--ATG---G-T-G-------------G-------------------TG---------ATGATGACG--ATGATTATG
gi|31 : -----A--T-G------A---TGA------------TGATGGT----G-GTG------A-TGA-------T--GAC------G--ATGATTA-T-GCT----------TG----------T-T-GC---AA---------ATGAAGTTG--ATCATAActtgttgcaaatgaagttgatcataaggtccttgt
gi|32 : tacaatggcaacaacaacgGA---------T----T-----A--T-G------A---TTA------------CGAT-------G-CTG------A-TGC-------T--GCT------G--ATG---C-T-GC-----------TG----------C-T-GC---TG---------ATGATGATG--ATGAAGATGC---TGAggtccttgt
gi|33 : TGATGGTTA---------T-G--------A--T-A------A---TGA------------AAGTAAT----G-ATG------A-TGA-------T--GAC------G--CTG---C-T-GC-----------TG----------C-T-GC---TG---------ATGACGATA--ATGATGTTAA---TGAacaaattgagacgcaatcaaca
gi|34 : TGTTGCTACT------ACCACC--ACCGATG---ACATTAA---T--AATGC-------TGA-------T-AG-GGATA-AT----------------T-A-TGTTGAT---GCTGA-T-GCT---Gtggt
gi|35 : tat-TAATGAA---GCTGA-T-GCC---ATTGGTGCTAA---------T-G--------A--T-G------A---TG-------------CTAGAAT-------TG------A-TGA-------T--GAC------G--CTG---C-T-GC-----------T
gi|36 : TG---C-T-GC-----------TG----------C-T-GC---TG---------CTGCTGAAG--TAGATGATAA---TGAG-TAT-AAGCTG-AT
gi|37 : c-----------TG----------C-T-GC---TG---------CTGATGATG--ATGATGATGA---CGTG-TGT-GA--CG-TTAGTG-TGA--ATtaaactcggaa
gi|38 : -T-GAT---GGTGATAGCGA---------T-GACC-----A--T-A------A---CAA------------TGATAAT----G-ATA------C-CGA-------T--G
gi|4 : aaacGTTTGATGTC--TATCAATGATG-TAGT--T------AATGAT--GTTGATA---A---TGA---T--TATG--------TGTCAGCTAAA-AA-AGAAA-AC----------------T-A-TAATGAT---GATGA-T-GGT---TATGATGATGAAGATGTAATT-G--TTTTTTA--T-G------A---TAATTATACATG---CAATAAA----G-ATT------A-TGA-------T--GAT------G--A-G---A-TAGCACA--------CA----------C-T--C---AG---------AT--TGATG--A-GAT--TGA---AAAG-TGT-AG--TG-ATGGTG------ATGATAACG---A----------TG-----GTGATGA--TAA----TG-----AGGA-T---GA---T-GA--T-G--TG--AT-TGT---T--G-----TTGAAAA-----------T-TATG---TTGAAAATGAT-AT-----------------TGTTG--TTGAAAATG----TG--------T----CA-----GA-----CAAAG---------------ATG-----ATAATGAT----ATTGA------TGAATGTGA---TGA-TGATGCGTT------TGAT-A-ATAATGT---TGATGATATT--TA-----TGTC----GATAATGTTG-T--TG-TTTTAGGTGA--TATGA
gi|4 : aatgtagTGAT--GGTGATG---A---TAA---C--GATG---------GT-------G-A--TGATA-AT-GAG------------G-A-TGATGAT---G-TGA-TTGTT---GTTGAAAATTA---------T-G--T--------T-G------A---AAA------------TGATATT----G-TTG------T-TGAAAATGTGTCAGACAAA---G--ATG---A-T-AA-----------TG----------A-T-AT---TG---------ATGA--ATG---TGATGATGA---TGCG-TTT-GA--TA-ATAATG-T-----TGATGATATTTA----------TG-----TCGATAA--TGT----TG----TTGTT-TTAGG----T-GA--T-A--Ttttattctgataaacttactgatttagt
gi|5 : aatgtaggtttgatgtctatcaatgatgtagttaatgatgttgataatgattatgtgtcagctaaaaaagaaaactataatgatgatgatggttatgatgatgaagatgtaattgttttttatgataattatacatgcaataaagattatgatgatgagatagcacacactcagattgatgagattgaaaagtgtagATG-T-----GTGA--TGTTAGTGGTAGTGGGGATG---------------TAGCTATTGATGATGAAGTTGTATGTGATATTAG----TGGTAGTTG-TGATATAGCTGTTGgatttattctgataaacttactgatttagt
gi|5 : tTG--ATGATGAAGT---TGTA-TGT-GA--TA-TTAGTG-GTA--GTTGTGATAT--A--G---C---TG-----TTGATAA--TGA----TG----TTGTG-T---G----T-GA--T-G--TT--AG-TGTGAAC--G-----GTGATGAAGCATGTGATGTAGCTG---TTGATGATGATGTTGTGTG---------TGATGTTG--GTGTGAACAGTGATG--------GAGCATGT----GA-----T---G---------------ATG-----TTACTGCT----GATGTAGATAGTGC---TGA---TGG-TGTTGTGTG------TGAT-G-TTAGTGTGAACGGTAGTGTTGATG-CTGCTCCT----GATGATGATG-TTATG-T-----GTGA--TGTTAGTGTGAGCGGTGATGAAGCATGTGATGATGTTACTACTGATGTTGA---TAT---TGATGATGGGGTATGTGA--GGCTGGT---GCCGCTataatgatgttgtgtgtgatgttagtgtgaacggtgatgaagcatgtgatgtagctgttgatgatgatgttgtgtgtgatgttggtgtgaacagtgatggagcatgtgatgatgttactgctgatgtagatagtgctgatggtgttgtgtgtgatgttagtgtgaacggtagtgttgatgctgctcctgatgatgatgttatgtgtgatgttagtgtgagcggtgatgaagcatgtgatgatgttactactgatgttgatattgatgatggggtatgtgaggctggtgccgctcattat
gi|6 : tatgtgtgatgttagtggtagtggggatgtagctatATG---A---TGG---T--GACC--------TGA-------A-AA-TGATA-GTCGC-------------T-A-TGATGAT---TATCA-T-GAT---GTTGGTGATCA-----------G--T-----G--T-G------A---TAA------------TGATGAT----ACAAG------A--AA-------T--GAA------A--ATG---T-T-GA-----------TG----------A-T-GA---TG---------GGGATGATG--ATTGTGATGA---TAAG-TGT-GA--TGAATA-TG-TCA--ATACTGGCATTAATTGAGAT---TATAAACCTGATAACCTGA-----------AG-G-T---GA---TAAA--T-G--CT--AGTTGTG-AT--G-----ATGATGA-----------T-GCTGACAGTAGTGATAATGACACA-A---------TGACAACA--GTGGCAATA--AATA--------T----TAA----TA-----T---G---------------GTG-----AACATACC----GTCAG------TGG---TGG---TCAGTAATGAACGTAGAGATGAT-A-CTGGTGTTAACAGTGAAGT-------TGATGAT----GACGGTGATG-cattat
gi|6 : taattgagattaca---GATGATACTGG---------T-G--T---------------------TAA------------CAGTGAA----G-TTG------A-TGA-------T--GAC------G--GTG---A-T-GC-----------TC----------CTT-AC---TG---------GTGActccttactggtgaag
gi|7 : taattgagattacaatgatggtgacctgaaaatgatagtcgctatgatgattatcatgatgttggtgatcagtgtgataatgatgatacaagaaatgaaaatgttgatgatgatggggatgatgattgtgatgataagtgtgatgaatatgtcaatactggcattaattgagattataaacctgataacctgaaggtgataaatgctagttgtgatgatgatgatgctgacagtagtgataatgacacaatgacaacagtggcaataaatattaatatggtgaacataccgtcagtggtggtcagtaatgaacgtagaGATA---A---TGA---T--GAAG---------GT-------G-GA--GATA-AT-GAA------------C-A-CGATAAT---GGCGA-T-TAT---ACTGATGCCA------------G--T-----A-----------G---TGA------------CGATGAT----G-ATGGAAATTA-TAA-------T--AAT------G--ATG---A-T-TT-----------TA----------T-T-TC---TG---------ATGA--ATG--GTGGTTATAA---CGAC-CTT-CA--TG-AAAAT--T----ATGATGATGGTTA-TG---A---TG-----ATGATGA--TGA----TGATCATAGTGAT---GAATTT-GA--T-GAATT--AGATGTag
gi|8 : cG---------ATGATGATA--GTAATGATGAAACTGAT-GGT-GA--TG-ACAA-A-TG----TGATGATGCTTATTA---------------TAAACA--TGA----TG----AA-------------T-GA--TTA--TT--AT-TGCGACCTTG-----ATGACGA-----------T-GATG---TTGATAATGATGATGTcgacaaaacattttcaaaccattcccttccacggccttatcaaatcatacgcaccctttgtcgccatcaaaattcgattaaatgttgttactcacaacaattgctctgctacaaattggcggcgtaa
gi|9 : TG---C---TG-----CTGACGA--TGA----TGC---TAATG-T---G----T-GAGCT-G--AT--AG-TGTAAAT--A-----GTGATAT-----------T-GCTG---CTGATGATGATG---TGTG---------TGACGTTA--GTGTGAATGGGGATG--------C----TGTTGTAGG-----T---GTTGTAATTGTGGAAAGTG-----ATTTTGCT----GCTGC------TGA---TGA---TGA-TGA---ATG------TGATTA-TTAGTGTGAGTGGTGATGTT--TA-TTGCTGCT----AATGATGATG-AAATG-T-----GTGA--CGTAAGTGTGAATGGTTATG---------------TTGCTGCTGCTGATAA---TGcgacaaaaaaacaaactaaaatgcattccattacaaaatccttaacaaatcatattatgcacttttgcaacgcattttatagcttccaaaattggtctgatattgatagtcactagcgaattgtgatgctaccatgttgtggcgtaacatatctcactgattttaa
gi|9 : TGTGTGACGTAAGTGTGAATGGTTATG-T--T------GCTGCT--GCTGATA---A---TGA---TNNNNNN--------NNN-------N-AA-TGATA-atnnnnnnnnnnaatgata
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): ATAATAATGATAATGATGCTAACACTTTAGATAAAAATAATGATTATAGCAATTATAATAGTAATCATATTACCAATAATAATAATAATAATAACAATAATGATAATGCTTAGACTTATCATAAAAGTAATGACAATAATAATGAAAATAATAATAAATAACAACAACAGCAACAACAATAACAATAATAATGATAATGATGCTAACACTTTAGATAATAATAATAATAACACTAATAATAATATTAG
Alignments
lowQualScore : 111 444444444444444 22222 33333333333333333333333333333333333333333333333333 1111 111111 1111111 11111111 1111 44444444444444444444444444 1111 111111 1111 11111111111 11111 1111 4444444444444444444444444 11111111111 1111111 11111 111111 11111111111111 111 11 222222222222222 1111 111
lowQualScore : 000 3 1 1 66666 4 0 44 555 555 444 555555555555555 2 22222 1 555 2 1 333 1 22 555 1 55555555555555555555555555555555555555555555555555 33333 555555 222 0 8888888 2 0000 99999999 11 11 5555 222222 33 22 22 3333 77 8888888 777 33333333 2 999999 4 555 2 0000 88888888888888888888888888 4444 1 3 3 222222 2222 33333333333 2 4 6666 44 0 77777 3 66666 999 55 2222 0000000000000000000000000 2 33 88888888888 1111111 00000 3 111111 4 0 8 55 3 1 55555555555555 333 3 99999 00 0 0 4 777777777777777 2 888 3 7777 3 88 444
lowQualScore : ... . . . ..... . . .. ... ... ... ............... . ..... . ... . . ... . .. ... . .................................................. ..... ...... ... . ....... . .... ........ .. .. .... ...... .. .. .. .... .. ....... ... ........ . ...... . ... . .... .......................... .... . . . ...... .... ........... . . .... .. . ..... . ..... ... .. .... ......................... . .. ........... ....... ..... . ...... . . . .. . . .............. ... . ..... .. . . . ............... . ... . .... . .. ...
lowQualScore : 000 2 4 4 44444 0 5 66 000 000 111 666666666666666 7 88888 9 444 4 0 999 0 66 222 0 77777777777777777777777777777777777777777777777777 55555 333333 444 7 3333333 8 5555 44444444 88 88 9999 555555 55 44 11 7777 99 7777777 888 99999999 4 111111 8 000 9 0000 44444444444444444444444444 8888 9 1 1 888888 3333 66666666666 9 8 0000 33 7 11111 1 44444 000 22 9999 8888888888888888888888888 3 33 99999999999 5555555 44444 6 555555 0 3 2 55 6 8 88888888888888 666 6 11111 00 3 7 0 888888888888888 5 888 2 0000 8 66 000
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGTGTGTGACGTNAGTGTGAATGGTGATGCT--TGCTG-CTGCTG--ATG---ATGA---T--GATG--TGT-------G-AA-TGATAAT-G-T-ATGATGATGATG--A-TGNT---GNTGA--T---GNTGA---------T-G--T-----A--T-G------ATGA------------C-GATAATG-A---TGA------TGAT---GACGATG------NT-GC---TG------C-TGC--TGATGATGATG--ATGATGATGA---TGAG-T-G-T-GA--TGA-T----AG-TG-T-GA--ATGA---TGAT-GT--TT-A-T---GC-TGCTGA---TGA-TGA----TG----TAGTG--------------TG-TGA--T-GTTA-G-T-G----TGAAC--GGTGATGA-----------T-GCTG---NTGATGATGATGATGTGT-GTGACG--TTG--GTGNGAATGGTGATGT----TGT----GG-----T---G--GTGATNATG----------CTGTTGN------TG-A---TGATGA-TGATGAGTG------TGAT-ATTAGTGTGAATGGTGATGTT--TA-CTGCTGCT----G---------ATGATGATG-TAATG-T-----GTGA--TGTTAGTGTGA-ATGGTGAT---------------GTTGCTGCTGNTGATGA---TGTGTGTGACGTTAG----TGTGAATGG-TGAT---GCTGCTG
Reference ( family-501 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGTGTGTGACGTNAGTGTGAATGGTGATGCT--TGCTG-CTGCTG--ATG---ATGA---T--GATG--TGT-------G-AA-TGATAAT-G-T-ATGATGATGNTG--A-TGNT---GNTGA--T---GNTGA---------T-G--T-----A--T-G------ATGA------------C-GATAATG-A---TGA------TGAT---GACGATG------NT-GC---TG------C-TGC--TGATGATGATG--ATGATGATGA---TGAG-T-G-T-GA--TGA-T----AG-TG-T-GA--ATGA---TGAT-GT--TT-A-T---GC-TGCTGA---TGA-TGA----TG----TAGTG--------------TG-TGA--T-GTTA-G-T-G----TGAAC--GGTGATGA-----------T-GCTG---NTGATGATGATGATGTGT-GTGACG--TTG--GTGNGAATGGTGATGT----TGT----GG-----T---G--GTGATNNTG----------CTGTTGN------TG-A---TGATGA-TGATGAGTG------TGAT-ATTAGTGTGAATGGTGATGTT--TA-CTGCTGCT----G---------ATGATGATG-TAATG-T-----GTGA--TGTTAGTGTGA-ATGGTGAT---------------GTTGCTGCTGCTGATGA---TGTGTGTGACGTTAG----TGTGAATGG-TGAT---GCTGCTG
gi|1 : TGTGTGTGGTATTAATGTGAATGTTGATGTT--TACTG-CTGCTG--ATG---ATGA---T--AATG--TGT-------G-AGCTGTTAAT-G-T-ATGGTGATGTTT--ACTGCT---GCTGC--T---GCTGA---------T-G--T-----A--T-G-------TGA------------C-ATTAATG-A----GAC-----TGAT---CATTTTG------CT-GC---TG------C-TGC--TGATGATAATG--ATGATGAGGA---GGAG-T-T-T-GA--TAT-T----AG-TA-T-GA--ATTG---TGGT-GT--TT-ACT---GC-TGCTAA---TGA-TGA----TG----TAGTG--------------TT-TGA--T-GTCA-G-T-A----TGAAC--AGTGATGT-----------T-GCTG---CTGATGATGATGATGTAT-GTGACA--TTA--ATGAGAATGGTGATGT----NNN----NN-----N---N--NNNNNNNNN----------NNNNNNN------NNNA---TGATGA-TGAGGAGTG------TGAT-ATTAGTATAAATGGTGGTGTT--TA-CTGCTGCT----A---------ATGATGATG-TAGTG-T-----TTGA--TGTTAGTATGA-ACAGTGAC---------------GTTGCTGCTGCTGCTGA---TGTGTGTCATGTTAG----TGTGAATGG-TGAT---AATGCTG
gi|10 : tattttaccatgtgtgtgtgGA--T---TATCA---------T-GC-T-----G--T-G------ATGA------------A-GATTATG------GA------TAAT---GACACAA------GT-AC---TGATTTTCT-TGT--TGATGGTGATA--ATGTGGATGA---TGAA-A-T-T-GA--TGA-T----AA-TA-TGGG--ACGA---TGAT-AA--AT-A-T---GCATGTAAA---ACA-TCA----AA----TATTG--------------CT-TGA--T-GATA-A-T-GATCATCAA---AGTGATGA-----------T-A--A---AAGATGAGAAT-ACTTATAATGACGATTTG--ATG---ATGACAATGT------T----GA-----T---G--ATGATAATA------------ATTAG------TG-A---TGATAA-AGATAA
gi|12 : TA---ATGA---T--GATC--TTC----------A-TCATAAT-T-T--TAATGATGACG--A-GGAT---TATGA--C---GTTGA---------T-G--T-----G--G-GTT----GTGA------------A-GGTGTTT-A---TTG------TAAT---GATCATA------CT-GC---TG------G-TAA--TGATAATAATG--ATACTGATGA---TGAG-C-A-T-TA--CG-------------------ATGA---TCAT-G------A-T---GG-TACTGA---TGA-TGATTTTTG----CAGTG--------------C--TGA--T-G--A-G-A-G----TT-AC--GGTTATGG-----------T-GGTA---ATAATAA--ATGATtaaaacttacc
gi|13 : gcaattgTGA---T--GATG--TTT----------A-TGACGAC-C-T-TTG-TGACGGTT--A-TGAT---AATGA--T---TGTGA---------TAG--T-----G--TTA------ATGA------------T-GATAATG-A---TGA------TGTC---GACAAacaatacaaaaacagaacca
gi|14 : AAAG-A---TGA------TGAT---GATGAT--------T-GCA--TAGAC---C-T----TGATGACGACG--ATGATGGTGA---T-AA-T-G-T-TA--TGA-T----aaataccaaaatgcgtttaattccgcgatccttaacaaatcgtatgcacccttgcaaagctacgcattttgtcgttaccaattcgaccgaatttcggcagtcactactaaattgctttgctaccattttgtgacttaac
gi|15 : aaa-T-ATAATAAAGATG--A-AGTT---GTAGA--T---AGAAA---------T-G--------AGCC-G------ATAC------------T-GATAATG-G---TGA------TAAT---GGTGATA------CT-GG---TG------A-TGC--TGTTGATGGAA--ATTATGATAA---TGA------T-CA--TGA-T----AA-TGAT-GG--A-GA---TGAT-CT--TT-A-T---GT-TGgatttcgaaaaaaataccaaaaaatcattccattccgccatacttaaaaaataatttgcaacctagcaacctagcatcgcattttgtcgctcccaagtcgaatattagtagtagaattgtgttgctaccatttcgcagcataacatagcctaatt
gi|15 : AATGGTGATACTGGTGATG-CTGTTG--ATGGAAATTA---T--GAT---------------AA-TGATCAT-G---ATAATGATGGAG--A-TGAT---CTTTA--T---GTTGA---------A-G--TTCNNNN--N-N------NNNN------------N-NNNNNNN-N---NNN------NNNN---NNNNNNN------NN-NN---NN------N-NNC--TGGAGATGGTA--ATTATGATAA---TGA------T-CA--TGA-T----AA-TG-aagttcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctggagatggtaattatgataatgatcatgataatg
gi|16 : tataataaagatgaagttgtagatagaaatgagccgatactgataatggtgatGTGA-TGGTGATGCT--AATTA-TTGTT---ATG---GTAG---T---ATT--TTT-------G-GA-T--CAGTGG-T-GTGATATTGATT--A-TGAT---GTTGA--T---GATAA---------T----T-----G--T-G------ATGG------------T-GGTAATG-A---TGA------TGA--------ATG------TT-GTAA-TGA-----C-GGCATTAATGATGATG--ATGATAAGGA----GAA-T-C-TAGG--TAA-T----AT-TGAT-GGTTATGA---TGAT-GT--TTGA-T---G
gi|17 : tgaacatgaaatgaagacatatatgaaa-T---GC-TGATGA---TGA-TGA----TGC---TAATG--------------TG-TGAGCT-GTGA-G-T-G----TAAAT--AGTGATAT-----------T-GCTG---CTGATGATG------TGT-GTGACG--TTA--GTGTGAATGGGGATGC----TGT----TG-----T---AA-GTG---GTG----------TAATTGT------GG-A---AAGTGA-TTTTGC-TG------CAAT-GTTAGTGTAAATAGTGATATT---G-CTGCTGCT----G---------ATGATGATG-ATGTG-T-----GTGA--TGTAAGTGTGA-ATGGTTAT---------------GTTGTTgtagt
gi|18 : c---TG------C-TGC--TGATGATGATG--CTAATG-TG----TGAGCT-G-T---------T----AG-TG-T-AA--ATAG---TGAT-A------G-T---GC-TGCTGA---TGA-TGA----TG----T----------------------GA--C-GTTA-G-T-G----TAAAT--GG-G--GA-----------T-GCTG---TTG----TA--GATGT-T-GTAA----TTG---TGGAAA--GTGATTT----TGC-------------------TGCTGCTG----------CTGTTGC------TG-A---TGATGA-TGATGAGTG------TGAT-ATAAGTGTGAGTGGTGATGTT--TA-CTGCTGCTATTAA---------ATGATGATG-
gi|19 : -TGAT---GTTGAATT---GAGAA---------T-A--A-----A--T-TC-----ATCA------------C-AATAATG-----TGA------TGAT---AATGATGCGGGAAAT-AA---CA------A-TGA--TGATGGCGATA--ATGATGATGATTTTGAT-T-G-T-GA--TGA-CGCCAAGTTG-C-CA--ACGACATTGAT-GG--TG-A-C---G---GC-GA---TGA-TTA----TG----
gi|19 : gTG--ATG---ATAA---T--GATG--CGG-------GAAA-TAACAAT-G---ATGATGGCGATA--A-TGAT---GATGA--T---TTTGA---------T----T-----G--T-G------ATGA------------C-GCCAA-G-T---TGC------CAAC---GACATTG------AT-GG---TG------A-CGG--CGATGATTATGGTATTATCGTAA---TCAA-C-G-T-TA--CGA-T----gtattatcgtaatcaacgttacgattgataaatttaacgcaatta
gi|2 : gtgatgttgaattgagaataaattcatcacaataatgTGTGA-TG-TAATGCT--T-CTGACAGTTGTTATG---ATGA---T--GATG---------------A-TGATGAT---T-ATAATTGTGATGTAA-TGCT---TCTGA--CA--GTTGA---------T----------A--T-G------ATGA------------C-GATGATG-A---TGA------TAGT---TATGA-G------GT-CA---TG------C-TGC--CAACACTGATG--ATAATAAT-------AG-TAG-T-GA--TGT-T----A--TG-C------TGC---TGGCAGTTGTT-A-T---GA-TGACAA---TGA-TGA----TGA---TAGT---------------TG-TGA--G-GTCATGCT-G----CCAAC--ACTGATGA---------------TA---ATTATAGTAGTGATAT-T-AT-AC----TG--CTGGCAGTTGTGATG------AT----GA-----T---G--GTGATGATA----------CTAGTAG------TG-A---TGATG-----TTAGTA------C-----TT--TGT-AGTAGTGACG-T--TA-TT-CTTCT----GAGAGTTATTATGATGATG-TGAT--T-----ATGA--TTTC--TAT-A-ATAATGAT---------------GTAAATAATGGTGATGA---tgataaatttaacgcaatta
gi|20 : ATTATG-A---GTA------TGAT---TATGATG------CT-GC---TG------C-TGC--TGCTAATGATG--ATGATAATGA---aggtaatggtattgaacgtctggaacatgttttattattcacaaactat
gi|21 : -GTGATG--CTGTTGTAGGGA--GTGTTAT----TGT----GG-----A---AA-GTGGTTTTG----------CTGTTTT------TG-A---TGATGA-TGATGAATG--------AT-AATAGTGTGAATGGTGGTGTT--TAACTGTTGTT----A---------ATGATGAT---------------------GTTAGTGTGA-ATGGTTAT---------------GTTGCTGCTAATGATGA---TGattccaagatgcgtcaacaatctttacaaattatatgcaccctgtaacgcaattttgtcgctaccaaaaattcggccactaccaacttcccaccaatttgcagcataacaattcattattaccatcac
gi|22 : TGCTGCT----G---------ATGATGATGCTAATG-T-----GTGAGCTGTTAGTGTAA-ATAGTGAT---------------ATTGCTGCTGCTGATGA---TGTGTGTGACGTTAG----TGTGAATTG-GAAT---GCTGTTG
gi|23 : -CTACTGCT----G---------ATGATTATGCTAATG-T-----GTGAGCTGTAAGTGTAA-ATAGTGAT---------------ATTGCTGCTGCTGATGA---TGTGTGTGACGTTAG----TGTGAATGG-GGAT---GCTGCTGtaggtggtgtaattgtggaaagtgattt
gi|23 : TGTGTGTGACGTTAGTGTGAATGGGGATGC---TGCTG-TAGGTG--GTG---taggtggtgtaattttggaaagtgat
gi|24 : ctactgctgatgattatgctaatgtgtgagctgtaagtgtaaatagtgatattgctgctgctgatga--TGCTG-CTGCTG--CTG---ATGA---T--AAT---------------AA-TGATGAG-G---ATAATGATGCTG--A-CGTT---GTTGC--T---GCTGA---------T-G----------------------------------------------A---TGA------TGAT---GACGA---------T-GC---TG------C-TGC--TGATGATTATC--ATCATTACTA---TGAA-T-A-T-taattttggaaagtgat
gi|25 : cGACATGA-TGTTAATGGTTATTCT---GATA-CTGCTG--ATG---ACGATTTT--GGTGGCTGT---------AA-TGGTA-------ATGATGGTGTTT--T-TTTT---GGTAA--T---GCTGA---------T-ta
gi|26 : gatggttattatggtaatgccC--TGATGGTGATA--ATGATGATGA---TGAC-A-A-T-GA--TGA-T----GA-TG-G-CA--ACGA---TGAT-GT--TC-A-T---aag
gi|26 : agacaTGATGA-----------T-GATG---ACAATGATGATGATG----GCAACG--ATG--ATGTTCATCATGGTGT----TTT----GG-----catggtgttttgggttatatgagagaaatcaacttgataggct
gi|27 : agacactgatggtgataaTG---GTGA---T--GATA--TAG-------G-CG-TGATAAT-G---ATGATTAT------A-TATT---GCTGA--T---CGTTA---------T-AACT-----G--T-G------AT------------------TAATG-A---TGA------CGAT---GATGATG------TT-Ggttatatgagagaaatcaacttgataggct
gi|28 : atgttgatgacaatatAATG-A---TTA------TGAT---GACAGTG------GT-GA---TG------G-TAC--TGATGATGAGG--ATGATGATAA------------T-GA--TGA-T----AA-TG-T-GG--ATGA---TAA
gi|29 : tgcA-TGGTAAT-G-TGATGATAATGGTT--A-TGCT---GTTGC--TTCTGCCGA---------T-G--------A--A-G------AT-A------------CAGATGATA-A---TGG------TGTT-------ATG------GT-GA---TG------C-TGC--CGATGATGTTA--ATacacatacaaaaatcttaaaacc
gi|3 : ttTG-ATGTTG--ATA---ATGA---T--TATG--TGTCAGCCAAA-AA-AGAAAAT---T-ATAATAGTAATG--A-TGGTTATGTTGA--T---GATGA---------T-G--T-----AATT-GTTTTTTATGAAAATTATACATGC-AATAAAG-A---TTA------TGAT---GATGA-G------ATAGCACACA------C-T-C--AGAT--TGATG--A-GAT--TGA---AAAG-T-G-T-AG--TGA-T----GG-TG-A-TA--ATAA---CGAT-GG--TG-A-T---GA-TAATGA---TGA-TGA----TG--------A--------------TG-TGAT-T-GTT--G-T------TGAA------AATTA-----------T-GTTG---AAAATGAT-AT--TGT-T-GT--------------CGAA----AATGT----TTC----AGACAAAT------ATGATAATG----------ATATTGA------TGAA---TG-TGA-TGATGAGTT------TGAT-AATAATG---ATGATGGTATT--TA-CT--TA------G---------ATGATGTCGATAATGTT-----GTTG--TTTTAG-GTGATATGATt
gi|30 : aatgtacggggtgatgataaaaaagatgtagttaa--T-A------ATGG------------T-GATAACG-A---TGATGGTTGTGGT---GATGATG------CT-AC---TA------C-TGC--TGCTGTTGCTG--GTGGTGGTGG---TG-----G-T-GG--TGG-T----AA-TG-------ATGG---TGAT-GT--taattctgataaacttactgatctagtta
gi|31 : c--T-----A--C-A------ATGG------------C-AACAACA-A---CGA------TGAT---GATGATG------GT-G-----G-------------TGATGATGACG--ATGATTATG
gi|31 : ACAATG-G---CAA------CAAC---AACGATG------AT-G---------------------ATGATGGTG--GTGATGATGA---CGA--T-GAT-TA--TGC-T----TGTTG-C-AA--ATGAAGTTGAT-cttgttgcaaatgaagttgatcataaggtccttgt
gi|31 : t-----A--T-G------ATGA------------T-GATGGTG-G---TGA------TGAT---GACGATGATT---AT-GCT--TG------T-TGC--AAATGAAGTTG--ATCATAAcataaggtccttgt
gi|32 : tacaatggcaacaacaacgGA---------T----T-----A--T-G------ATTA------------C-GAT---G-C---TGA------TGCT---GCTGATG------CT-GC---TG------C-TGC--TGATGATGATG--ATGAAGATGC---TGAggtccttgt
gi|33 : TGA--T---GGTTA---------T-G--------A--T-A------ATGA------------A-AGTAATG-A---TGA------TGAT---GACGCTG------CT-GC---TG------C-TGC--TGATGACGATA--ATGATGTTAA---TGAacaaattgagacgcaatcaaca
gi|34 : -G------ATGA------------C-ATTAATA-A---TGC------TGATAGGGATAATT------AT-GT---TG------A-TGC--TGATGCTGtggt
gi|35 : tattgttgctactaccaccaccTAATGAAGCTG--A-TGCC---ATTGG--T---GCTAA---------T-G--------A--T-G------ATG-------------C-TAGAAT------TGA------TGAT---GACG---------CT-GC---TG------C-T
gi|36 : TG------CT-GC---TG------C-TGC--TGCTGCTGAAG--TAGATGATAA---TGAG-T-A-T-AAGCTGA-T----
gi|37 : c---TG------C-TGC--TGCTGATGATG--ATGATGATGA---CGTG-T-G-T-GA--CGT-T----AG-TG-T-GA--ATtaaactcggaa
gi|4 : GTTTGATGTC--TATCAATGATG-TAGT--TAATG-ATGTTG--ATA---ATGA---T--TATG--TGTCAGCTAAA-AA-AGAAAAC---T-ATAATGATGATG--A-TGGT---TATGA--T---GATGAAGATGTAATT-G--TTTTTTA--T-G------ATAATTATACATG---C-AATAAAG-A---TTA------TGAT---GATGA-G------ATAGCACACA------C-T-C--AGAT--TGATG--A-GAT--TGA---AAAG-T-G-T-AG--TGA-T----GG-TGAT-GA---TAA---CGAT-GG--TG-A-T---GA-TAATGA---GGA-TGA----TG--------A--------------TG-TGA--TTGTT--G-T------TGAA------AATTA-----------T-GTTG---AAAATGAT----AT---------TG--TTG--TTGAAAATG----TGT----CA-----GA-----CAAAG--ATGATAATG----------ATATTGA------TG-AATGTGATGA-TGATGCGTT------TGAT-AATAATGT---TGATGATATT--TA-----TGTC----G---------ATAATGTTG-T--TG-TTTTAGGTGA--TAT
gi|5 : aatgtagATG-T-----GTGA--TGTTAGTGGTA-GTGGGGAT---------------GTAGCTATTGATGATGAAGTTGTATGTGATATTAG----TGGTAGTTG-TGATATAGCTGTTGgatttattctgataaacttactgatttagt
gi|5 : tTG--ATGATGAAGT---TGTA-T-G-T-GA--TAT-T----AG-TG-G-TA--GTTG---TGAT-AT-----A-----GC-TGTTGA---TAA-TGA----TG----TTGTG--------------TG-TGA--T-GTTA-G-T-G----TGAAC--GGTGATGAAGCATGTGATGTAGCTG---TTGATGATGATGTTGTGT-GTGATG--TTG--GTGTGAACAGTGATGGAGCATGT----GA-----T---G--ATGTTACTG----------CTGATGTAGATAGTG-C---TGATGG-TGTTGTGTG------TGAT-GTTAGTGTGAACGGTAGTGTTGATG-CTGCTCCT----G---------ATGATGATG-TTATG-T-----GTGA--TGTTAGTGTGA-GCGGTGATGAAGCATGTGATGATGTTACTACTGATGTTGA---TAT---TGATGATGGGGTATGTGA--GGCTGGT---GCCGCTataatgatgttgtgtgtgatgttagtgtgaacggtgatgaagcatgtgatgtagctgttgatgatgatgttgtgtgtgatgttggtgtgaacagtgatggagcatgtgatgatgttactgctgatgtagatagtgctgatggtgttgtgtgtgatgttagtgtgaacggtagtgttgatgctgctcctgatgatgatgttatgtgtgatgttagtgtgagcggtgatgaagcatgtgatgatgttactactgatgttgatattgatgatggggtatgtgaggctggtgccgctcattat
gi|6 : tatgtgtgatgttagtggtagtggggatgtagctat--ATG---ATGG---T--GACC--TGA-------A-AA-TGATAGTCGCT-ATGATGATTATC--A-TGAT---GTTGG--T---GATCA-----------G--T-----G--T-G------ATAA------------T-GATGATACA---AGA-------AAT---GAAAATG------TT-GA---TG------A-TGA--TGGGGATGATG--ATTGTGATGA---TAAG-T-G-T-GA--TGAAT----A--TG-T-CA--ATAC---TGGC-AT--TA-A-TTGAGA-TTATAAACCTGA-TAACC--TG----AAG-G--------------TGATAAA-T-GCTA-G-TTG----TGA-T--GATGATGA-----------T-GCTGACAGTAGTGATAATGACACA--ATGACA--ACA--GTGGCAATA--AATAT----TAA----TA-----T---G--GTGAACATA----------CCGTCAG------TG-G---TGGTCAGTAATGAACGTAGAGATGAT-ACTGGTGTTAACAGTGAAGT-------TGATGAT----G---------ACGGTGATG-cattat
gi|6 : taattgagattaca---GATGA--T---ACTGG---------T-G--T------------------TAA------------C-AGTGAAG-T---TGA------TGAT---GACGGTG------AT-GC---TC------CTTAC--TGGTGActccttactggtgaag
gi|7 : taattgagattacaatgatggtgacctgaaaatgatagtcgctatgatgattatcatgatgttggtgatcagtgtgataatgatgatacaagaaatgaaaatgttgatgatgatggggatgatgattgtgatgataagtgtgatgaatatgtcaatactggcattaattgagattataaacctgataacctgaaggtgataaatgctagttgtgatgatgatgatgctgacagtagtgataatgacacaatgacaacagtggcaataaatattaatatggtgaacataccgtcagtggtggtcagtaatgaacgtagaGA--T---AATGA---------T-G--A-----A----G------GTGG------------A-GATAATG-AACACGA------TAAT---GGCGATT------AT-AC---TG------A-TGC--CAGTAGTGACG--ATGATGATG-----GAA--------A--TTA-T----AA-T-----A--ATGA---TGAT--T--TT-A-T------TTCTGA---TGAATGG----TGGTTATAACGACCTTCATGAAAATTA-TGA--T-GATG-G-TTA----TGA-T--GATGATGA-----------T-GATG---ATCATAGTGATGAag
gi|8 : cGATGATGATA--GTAATGATGAAACTGAT-G-G-T-GA--TGA-C----AA--A-T-G----TGA---TGAT-GC--TT-A-T------TA-TAA---ACA-TGA----TG----AA--------------------TGA--TTATTA-T-T-G----CGACCTTGATGACGA-----------T-GATG---TTGATAATGATGATGTatttgatgaattagatgtcgacaaaacattttcaaaccattcccttccacggccttatcaaatcatacgcaccctttgtcgccatcaaaattcgattaaatgttgttactcacaacaattgctctgctacaaattggcggcgtaa
gi|9 : -T---GC-TGCTGA---CGA-TGA----TGC---TAATG--------------TG-TGAGCT-GATA-G-T-G----TAAAT--AGTGATAT-----------T-GCTG---CTGATGATGATG---TGT-GTGACG--TTA--GTGTGAATGGGGATGC----TGTTGTAGG-----T---GTTGTAATTGTGGAAAGTGATTTTGCTGC------TG-C---TGATGA-TGATGAATG------TGATTATTAGTGTGAGTGGTGATGTT--TA-TTGCTGCT----A---------ATGATGATG-AAATG-T-----GTGA--CGTAAGTGTGA-ATGGTTAT---------------GTTGCTGCTGCTGATAA---TGcgacaaaaaaacaaactaaaatgcattccattacaaaatccttaacaaatcatattatgcacttttgcaacgcattttatagcttccaaaattggtctgatattgatagtcactagcgaattgtgatgctaccatgttgtggcgtaacatatctcactgattttaa
gi|9 : TGTGTGACGTAAGTGTGAATGGTTATG-T--TGCTG-CTGCTG--ATA---ATGA---TNNNNNN--NNN-------N-AA-TGATAatnnnnnnnnnnaatgata
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): ATAATAATGATAATGATGCTAACACTTTAGATAAAAATAATGATTATAGCAATTATAATAGTAATCATATTACCAATAATAATAATAATAATAACAATAATGATAATGCTTAGACTTATCATAAAAGTAATGACAATAATAATGAAAATAATAATAAATAACAACAACAGCAACAACAATAACAATAATAATGATAATGATGCTAACACTTTAGATAATAATAATAATAACACTAATAATAATATTAG
Unaligned ( gi|38 ): AAACTGATGGTGATAGCGATGACCATAACAATGATAATGATACCGATG
Alignments
lowQualScore : 22222222 44444444444444 1111 22222222222222222222222222222222222222222222222 1111 111 2222222 1111111 2222222222222 11 1111 11111111111 222222222 1111111 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 11111 111111 11 22222222 11 1111 1111 111
lowQualScore : 11 33333333 99999 1 555 444 33 11111111111111 2 4 0 33 7777 2 1 2 333 2 1 0 99999999999999999999999999999999999999999999999 1 222 222 1 3333 5555 2 1111 888888888888 1 11 1 11 222 333 1 22 1 3333 55 0000000 1 333 77 2 777777 1111111 444 2 33 2 3333333333333 3 88 3 555 33 6 66666 0 5555 1 44444444444 3 4 6666 0 333333333 66666 444 4 5555555 3 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 00000 3 4 111111 4 1 5 11 3 1 3 7777 00000000 3 99999 00 4 4 1 2 888 5 4444 0 6666 111
lowQualScore : .. ........ ..... . ... ... .. .............. . . . .. .... . . . ... . . . ............................................... . ... ... . .... .... . .... ............ . .. . .. ... ... . .. . .... .. ....... . ... .. . ...... ....... ... . .. . ............. . .. . ... .. . ..... . .... . ........... . . .... . ......... ..... ... . ....... . .............................................................................. ..... . . ...... . . . .. . . . .... ........ . ..... .. . . . . ... . .... . .... ...
lowQualScore : 88 44444444 11111 2 444 777 44 44444444444444 4 7 5 44 4444 1 8 8 000 7 0 2 55555555555555555555555555555555555555555555555 3 333 333 3 5555 7777 8 7777 333333333333 3 88 3 88 555 555 6 44 7 7777 11 1111111 0 999 11 2 666666 5555555 777 7 77 7 6666666666666 1 88 1 444 55 2 77777 7 1111 4 66666666666 1 0 4444 2 666666666 88888 888 2 1111111 3 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 44444 6 8 555555 0 8 7 00 6 8 1 1111 55555555 6 11111 00 0 4 4 8 888 2 2222 7 8888 777
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGTGTGTGACGTTAGTGTGAATGGTGAT---GCT--TGC-----TGCTGC---TGATG---ATGAT--GATGT-T-------G-AA-T-GATAA--T-G-TATG-ATGATGATGA-TGNT---GNTGATGNTGA---------TG--T-----A--TG------ATGA------------CGATAATG-A---TG---A-TGATGACG--ATG---NT-GC---TG----------C-T-GC--TGAT-GATGATG--ATGATGATGA---TGAGTGT-GA--TG-AT----AG-TG-T-GA--ATGA---TGATGTTT-A-T---GC-TGC------TGA---TG-ATGA--T-G-TAGTG----TG-T-GA--T-G---TTA-G-TG----TGAAC--GGTGATGA-----------T-GCTG---NTGATGATGATGAT-GTGT-GTGACG--T--TG--GTGNGAA---TGGCGAT-GT----TGT----GG-----T---G---------------GTG--ATNATG----------CTGTTG------N------TG-A---TGATGA-TGATGAGTG------TGAT-ANTAGTGTGAATGGTGATGTT--TA-CTGCTGCT----GATGATGATG-TAA----TG-T-----GTGA--TGTTAGTGTGA-ATGGTGATGTTGC-TGCTGCTGATGA---TGTGTG----TGACGTTAGTGTG---AATGGTGAT---GCTGCTG
Reference ( family-501 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGTGTGTGACGTNAGTGTGAATGGTGAT---GCT--TGC-----TGCTGC---TGATG---ATGAT--GATGTGT-------G-AA-T-GATAA--T-G-TATG-ATGATGATGA-TGNT---GNTGATGNTGA---------TG--T-----A--TG------ATGA------------CGATAATG-A---TG---A-TGATGACG--ATG---NT-GC---TG----------C-T-GC--TGAT-GATGATG--ATGATGATGA---TGAGTGT-GA--TG-AT----AG-TG-T-GA--ATGA---TGATGTTT-A-T---GC-TGC------TGA---TG-ATGA--T-G-TAGTG----TG-T-GA--T-G---TTA-G-TG----TGAAC--GGTGATGA-----------T-GCTG---NTGATGATGATGAT-GTGT-GTGACG--T--TG--GTGNGAA---TGGTGAT-GT----TGT----GG-----T---G---------------GTG--ATNATG----------CTGTTG------N------TG-A---TGATGA-TGATGAGTG------TGAT-ATTAGTGTGAATGGTGATGTT--TA-CTGCTGCT----GATGATGATG-TAA----TG-T-----GTGA--TGTTAGTGTGA-ATGGTGATGTTGC-TGCTGNTGATGA---TGTGTG----TGACGTTAGTGTG---AATGGTGAT---GCTGCTG
gi|1 : TGTGTGTGGTATTAATGTGAATGTTGAT---GTT--TAC-----TGCTGC---TGATG---ATGAT--AATGTGT-------G-AGCT-GTTAA--T-G-TATG-GTGATGTTTACTGCT---GCTGCTGCTGA---------TG--T-----A--TG-------TGA------------CATTAATG-A----G---ACTGATCATT--TTG---CT-GC---TG----------C-T-GC--TGAT-GATAATG--ATGATGAGGA---GGAGTTT-GA--TA-TT----AG-TA-T-GA--ATTG---TGGTGTTT-ACT---GC-TGC------TAA---TG-ATGA--T-G-TAGTG----TT-T-GA--T-G---TCA-G-TA----TGAAC--AGTGATGT-----------T-GCTG---CTGATGATGATGAT-GTAT-GTGACA--T--TA--ATGAGAA---TGGTGAT-GT----NNN----NN-----N---N---------------NNN--NNNNNN----------NNNNNN------N------NNNA---TGATGA-TGAGGAGTG------TGAT-ATTAGTATAAATGGTGGTGTT--TA-CTGCTGCT----AATGATGATG-TAG----TG-T-----TTGA--TGTTAGTATGA-ACAGTGACGTTGC-TGCTGCTGCTGA---TGTGTG----TCATGTTAGTGTG---AATGGTGAT---AATGCTG
gi|10 : tattttaccatgtgtgtgtgGATTATCA-TGCT---G-TGATGAAGA---------T---T-----A--TG-----------------------GATAATG-A---C----A-CAAGTAC----TG---AT-TT---TC----------T-T-GT--TGAT-GGTGATA--ATGTGGATGA---TGAAATT-GA--TG-AT----AA-TA-TGGG--ACGA---TGATAAAT-A-T---GCATGT------AAA---AC-ATCA--A-A-TATTG----CT-T-GA--T-G---ATA-A-TGATCATCAA---AGTGATGA-----------T-A--A---AAGATGAGAAT-AC-TTATAATGACGATT--TG--ATG---A---TGACAAT-GT------T----GA-----T---G---------------ATG--ATAATA------------ATTA------G------TG-A---TGATAA-AGATAA
gi|12 : TAATG-A---TG---A-TCTTCATC--ATA---AT-TT---TA----------A-T-GA--TGAC-GAGGATT--ATGACGTTGA---TGTGGGT-TG--TG-AA----GG-TG-T-TT--ATTG---TAATGATC-A-T---AC-TGC------TGG---TA-ATGA--TAA-TAATGATACTGAT-GA--T-G-----A-G-CA----TT-AC--GATGATCA-----------T-GATG---GTACTGATGATGAT-TTTT-GCAGTG--C--TG--ATGAGAG---TTACG---GT----TAT----GG-----T---G---------------GTA--ATAATtaaaacttacc
gi|13 : gcaattgTGAT--GATGTTT----------A-T-GACGACCT-T-TGTG-ACGGTTATGA-TAAT---GATTGTGATAG---------TG--T--------TA------ATGA------------TGATAATG-A---TG---A-TGTCGACA--Aaaatgatacaatacaaaaacagaacca
gi|14 : ---TGATG---ATGAT--GAT---T-------G-CA-TAGACCT--T-G--ATG-ACGACGATGA-TGGT---GATAATGTT-A---------TG--------A--TG------ATaaataccaaaatgcgtttaattccgcgatccttaacaaatcgtatgcacccttgcaaagctacgcattttgtcgttaccaattcgaccgaatttcggcagtcactactaaattgctttgctaccattttgtgacttaac
gi|15 : aaaaaaga-TATA-ATAAAGATGA-AGTT---GTAGATAGAAA---------TG--------AGCCG------ATAC------------TGATAATG-G---TG---A-TAATGGTG--ATA---CT-GG---TG----------A-T-GC--TGTT-GATGGAA--ATTATGATAA---TGA---T-CA--TG-AT----AA-TGAT-GG--A-GA---TGATCTTT-A-T---GT-TGttcgaaaaaaataccaaaaaatcattccattccgccatacttaaaaaataatttgcaacctagcaacctagcatcgcattttgtcgctcccaagtcgaatattagtagtagaattgtgttgctaccatttcgcagcataacatagcctaatt
gi|15 : AATGGTGAT---ACTGGTGA-----TGCTGT---TGATGGAAATTAT--GAT-------------AA-T-GATCA--T-G--ATA-ATGATGGAGA-TGAT---CTTTATGTTGA---------AG--TTCNNNN--NN------NNNN------------NNNNNNNN-N---NN---N-NNNNNNNN--NNN---NN-NN---NN----------N-N-NC--TGGA-GATGGTA--ATTATGATAA---TGA---T-CA--TG-AT----AA-TG-aagttcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctggagatggtaattatgataatgatcatgataatg
gi|16 : tataataaagatgaagttgtagatagaaatgagccgatactgataatggtgatGTGA-TGGTGAT---GCT--AAT-----TATTGT---T-ATG---GTAGT---ATTTTT-------G-GA-T---CAG--TGG-TGTG-ATATTGATTA-TGAT---GTTGATGATAA---------T---T-----G--TG------ATGG------------TGGTAATG-A---TG---A-TGA-------ATG---TT-GTAA-TGA---------C-G-GCATTAAT-GATGATG--ATGATAAGGA----GAATCTAGG--TA-AT----AT-TGAT-GGTTATGA---TGATGTTTGA-T---G
gi|16 : tgaacatgaaatgaagacatatatgaaaTG---ATTAT--GATGT-T-------G-A--T-GATAA--T---TGTG-ATGGTGGTAA-TGAT---GATGA--ATGT---------TG--T-----AA-TG------ACGG------------CATTAATG-A---TG---A-TGATGATA--AGG---AG-AA---T-----------C-TAGG--TAAT-ATTGATG--GTTATGATGA---T--GTTT-GA--TG-GT----AG-Tgtagt
gi|17 : tgaacatgaaatgaagacatatatgaaagtgatggtgatgctaattattgttatggtagtatttttggatcagtggtgtgatat-T---GC-TGA------TGA---TG-ATGA--T-GCTAATG----TG-T-GAGCT-G---TGA-G-TG----TAAAT--AGTGATAT-----------T-GCTG---CTGATGATG-------TGT-GTGACG--T--TA--GTGTGAA---TGGGGAT-GC----TGTTGTAAG-----T---G---------------GTG---TAAT---------------TG------T------GG-A---AAGTGA-TTTTGC-TG------CAAT-GTTAGTGTAAATAGTGATATT---G-CTGCTGCT----GATGATGATG-ATG----TG-T-----GTGA--TGTAAGTGTGA-ATGGTTATGTTGT-T
gi|18 : c-T---GC-TGC------TGA---TG-ATGA--T-GCTAATG----TG-T-GAGCT-G---TTA-G-TG----TAAAT--AGTGATAG-----------T-GCTG---CTGATGATGA--------T-GTGACG--T--TA--GTGTAAA---TGGGGAT-GC----TGTTGTAGA-----T---GTTGTAATTGTGGAAAGTG--ATTTTGCTGCTGCTG-CTGTTG------C------TG-A---TGATGA-TGATGAGTG------TGAT-ATAAGTGTGAGTGGTGATGTT--TA-CTGCTGCTATTAAATGATGATG-
gi|19 : T--GATGT-T-------G-AA-TTGAGAA--T-A-AATTCATCACAATAA-TG-T---GATGATAATGA---------TG--C-----G--GG------A----------------AATAACA-A---TG---A-TGATGGCG--ATA----------------------------------------ATG--ATGATGATTT---TGATTGT-GA--TG-ACGCCAAGTTG-C-CA--ACGACATTGATGGTG-A-C---G---GC-------GA---TG-ATTA--T-G-
gi|19 : g---TGATG---ATAAT--GATGCGG-------GAAA-T-AACAA--T-G--ATG-ATGGCGATAA-TGAT---GATGATTTTGA---------T---T-----G--TG------ATGA------------CGCCAA-G-T---TG---C-CAACGACA--TTG---AT-GG---TG----------A-C-GG--CGAT-GATTATGGTATTATCGTAA---TCAACGT-TA--CG-AT----gtattatcgtaatcaacgttacgattgataaatttaacgcaatta
gi|2 : gtgatgttgaattgagaataaattcatcacaataatgTGATG-TAA-TGCT---TCTGACAGT-----------TG--TT----A--TG------ATGA------------TGATGATG-A---TG---A-TTATAATT--GTG---AT-GTAA-TG----------C-T-TC--TGACAGTTGAT---ATGATGACGA---TGA---T-GA--TG-AT----AG-T---------T-A---TGAGGTC--A-T---GC-TGCCAACACTGA---TG-ATAA--T-AATAGTA-----G-T-GA--T-G---TTATGCTG----CTGGC--AGTTGTTA-----------T-GATG---ACAATGATGATGATAGT-T-GTGAGG--TCATG--CTGCCAACACTGATGATAAT----TAT----AG-----T---A---------------GTGATATTATA----------CTGCTGGCAGTTG------TG-A---TGATGA-TGGTGA---------TGAT-ACTAGT---AGTGATGATGTTAGTA-CT-TTG-T----AGTAGTGACG-TTATTCTTC-T-----GAGA---GTTATT-----ATGATGATG--------TGATTATGA---TTTCTA----TAATAATGATGTAAATAATGGTGAT---tgataaatttaacgcaatta
gi|20 : tgATTATG-A---GT---A-TGATTATG--ATG---CT-GC---TG----------C-T-GC--TGCT-AATGATG--ATGATAATGA---aaggtaatggtattgaacgtctggaacatgttttattattcacaaactat
gi|21 : -GTGATG--C--TGTTGTAGGGA-----GTGTT-AT----TGT----GG-----A---AA--------------GTG--GTTTTG----------CTGTTT------T------TG-A---TGATGA-TGATGAATG--------AT-AATAGTGTGAATGGTGGTGTT--TAACTGTTGTT----AATGATGAT-------------------------GTTAGTGTGA-ATGGTTATGTTGC-TGCTAATGATGA---TGattccaagatgcgtcaacaatctttacaaattatatgcaccctgtaacgcaattttgtcgctaccaaaaattcggccactaccaacttcccaccaatttgcagcataacaattcattattaccatcac
gi|22 : TGCTGCT----GATGATGATGCTAA----TG-T-----GTGAGCTGTTAGTGTAA-ATAGTGATATTGC-TGCTGCTGATGA---TGTGTG----TGACGTTAGTGTG---AATTGGAAT---GCTGTTG
gi|23 : -CTACTGCT----GATGATTATGCTAA----TG-T-----GTGAGCTGTAAGTGTAA-ATAGTGATATTGC-TGCTGCTGATGA---TGTGTG----TGACGTTAGTGTG---AATGGGGAT---GCTGCTGtaggtggtgtaattgtggaaagtgattt
gi|23 : TGTGTGTGACGTTAGTGTGAATGGGGAT---GC---TGC-----TGTAGG---TGGTG---taggtggtgtaattttggaaagtgat
gi|24 : ctactgctgatgattatgctaatgtgtgagctgtaagtgtaaatagtgatattgctgctgctgatgaC-----TGCTGC---TGCTG---CTGAT--G----------------A-T-AATAA--T-G--ATG-AGGATAATGA-TGCT---GACGTTGTTGC---------TG--C-----------------------------------TGATG-A---TG---A-TGATGACG--A------T-GC---TG----------C-T-GC--TGAT-GATTATC--ATCATTACTA---TGAATAT-taattttggaaagtgat
gi|25 : GATGGTTA---------T---T-----A--TGGTA---ATGC------------CGACA-TG-A---TG---T-TAATGGTT--ATT---CT-GA---TA----------C-T-GC--TGAT-GACGAT----T--T--TGG---TGGCTGT-AA--TG-GT----A-----------ATGA---TGGTGTTT-T-T---TT-TGG------TAA---TG-CTGA--T-ta
gi|26 : C--TGAT-GGTGATA--ATGATGATGA---TGACAAT-GA--TG-AT----GA-TG-G-CA--ACGA---TGATGTTC-A-T---aag
gi|27 : agaca-ATGTTGATGA-CAAT---ATTGGTGATGA---------TA--T-----A---G------GCG-------------TGATAATG-A---TG---A-TTAT------ATA---TT-GC---TGATCGTTATAAC-T-G---TGAT---TAATG--ATGACGATGA---TGA-TGT-catggtgttttgggttatatgagagaaatcaacttgataggct
gi|28 : AATG-A---TT---A-TGATGACA--GTG---GT-GA---TG----------G-T-AC--TGAT-GATGAGG--ATGATGATAA---------T-GA--TG-AT----AA-TG-T-GG--ATGA---TAAtg
gi|29 : tgcA-T-GGTAA--T-G-T--G-ATGATAATGG-TTAT---GCTGTTGCTTC---------TG--C--------CG------ATGA------------AGATACAG-A---TG---A-TAATGGTGTTATG---GT-GA---TG----------C-T-GC--CGAT-GATGTTA--ATacacatacaaaaatcttaaaacc
gi|3 : tt-----TGATGT---TGATA---ATGAT--TATGTGTCAGCCAAA-AA-A-GAAAA--T---TATA-ATAGTAATGA-TGGTTATGTTGATGATGA---------TG--T-----AATTGTTTTTTATGAAAATTATACATGCAATAAAG-A---TT---A-TGATGATG--A-G---ATAGCACACA----------C-T--C--AGAT---TGATG--A-GAT--TGA---AAAGTGT-AG--TG-AT----GG-TG-A-TA--ATAA---CGATGGTG-A-T---GA-TAA------TGA---TG-ATGA--T-G-----A----TG-T-GAT-T-G---TT--G-T-----TGAA------AATTA-----------T-GTTG---AAAATGAT-AT--T-GT-T-GT----------------CGAA-------AAT-GT----TTC----AGACAAAT-------------------ATG--ATAATG----------ATATTG------A------TGAA---TG-TGA-TGATGAGTT------TGAT-AATAATG---ATGATGGTATT--TA-CT--TA------GATGATGTCGATAA----TGTT-----GTTG--TTTTAG-GTGATATGATt
gi|30 : aatgtacggggtgatgataaaaaagatgtagttaa-----A--TG------GTGA------------TAACGATG-A---TGGTTG-TGGTGATG--ATG---CT-AC---TA----------C-T-GC--TGCT-GTTGCTG--GTGGTGGTGG---TG---GT-GG--TG-GT----AA-TG-------ATGG---TGATGTtaattctgataaacttactgatctagtta
gi|31 : cta--T-----A--CA------ATGG------------CAACAACA-A---CG---A-TGATGATG--ATG---GT-G-----G------------------TGAT-GATGACG--ATGATTATG
gi|31 : -----A--TG------ATGA------------TGATGGTG-G---TG---A-TGATGACG--ATGATTAT-GCT--TG----------T-T-GC--AAAT-GAAGTTG--ATCATAActtgttgcaaatgaagttgatcataaggtccttgt
gi|32 : tacaatggcaacaacaacgGA---------T---T-----A--TG------ATTA------------CGAT---G-C---TG---A-TGCTGCTG--ATG---CT-GC---TG----------C-T-GC--TGAT-GATGATG--ATGAAGATGC---TGAggtccttgt
gi|33 : TGATGGTTA---------TG--------A--TA------ATGA------------AAGTAATG-A---TG---A-TGATGACG--CTG---CT-GC---TG----------C-T-GC--TGAT-GACGATA--ATGATGTTAA---TGAacaaattgagacgcaatcaaca
gi|34 : T--TGC-----TACTAC---CACCA---CCGAT--GACAT--------------T-AATAA--T-G-C-TG-ATAGGGATAA-TTAT---GTTGATGCTGA---------TG--tggt
gi|35 : tattgTA-ATGAAGCTGA-TGCC---ATTGGTGCTAA---------TG--------A--TG------ATG-------------CTAGAAT------TG---A-TGATGACG------------C---TG----------C-T-GC--Tctg
gi|36 : TG---CT-GC---TG----------C-T-GC--TGCT-GCTGAAG--TAGATGATAA---TGAGTAT-AAGCTG-AT----
gi|37 : c---TG----------C-T-GC--TGCT-GATGATG--ATGATGATGA---CGTGTGT-GA--CG-TT----AG-TG-T-GA--ATtaaactcggaa
gi|38 : -TGAT---GGTGATAGCGA---------TGACC-----A--TA------ACAA------------TGATAATG-A---TA---C-CGATG
gi|4 : aaacGTTTGATGTC--TATCAATGATG-T---AGT--TAA-----TGATGT---TGATA---ATGAT--TATGTGTCAGCTAAA-AA-A-GAAAA--C---TATA-ATGATGATGA-TGGT---TATGATGATGAAGATGTAATTG--TTTTTTA--TG------ATAATTATACATG---CAATAAAG-A---TT---A-TGATGATG--A-G---ATAGCACACA----------C-T--C--AGAT---TGATG--A-GAT--TGA---AAAGTGT-AG--TG-AT----GG-TGAT-GA---TAA---CGATGGTG-A-T---GA-TAA------TGA---GG-ATGA--T-G-----A----TG-T-GAT-T-G---TT--G-T-----TGAA------AATTA-----------T-GTTG---AAAATGAT-AT-------------TG--T--TG--TTGAAAA---TG----T-GT----CA-----GA-----CAAAG---------------ATG--ATAATG----------ATATTG------A------TG-AATGTGATGA-TGATGCGTT------TGAT-AATAATGT---TGATGATATT--TA-----TGTC----GATAATGTTG-T------TG-TTTTAGGTGA--TAT
gi|5 : aatgtagA----TG-T-----GTGA--TGTTAGTGGTA-GTGGGGATGTAGC-TATTGATGATGAAGTTGTATG----TGATATTAGTGGT---AGTTGTGATATAGCTGTTGgatttattctgataaacttactgatttagt
gi|5 : tTG--ATGATGAAGT---TGTATGT-GA--TA-TT----AG-TG-G-TA--GTTG---TGATAT---A-----GC-TGT------TGA---TA-ATGA--T-G-TTGTG----TG-T-GA--T-G---TTA-G-TG----TGAAC--GGTGATGAAGCATGTGATGTAGCTG---TTGATGATGATGTT-GTGT-GTGATG--T--TG--GTGTGAA---CAGTGAT-GGAGCATGT----GA-----T---G---------------ATG--TTACTG----------CTGATG------TAGATAGTG-C---TGATGG-TGTTGTGTG------TGAT-GTTAGTGTGAACGGTAGTGTTGATG-CTGCTCCT----GATGATGATG-TTA----TG-T-----GTGA--TGTTAGTGTGA-GCGGTGATGAAGCATG----TGATGA---TGT-TACTACTGATGTTGATAT------TGATGAT---ataatgatgttgtgtgtgatgttagtgtgaacggtgatgaagcatgtgatgtagctgttgatgatgatgttgtgtgtgatgttggtgtgaacagtgatggagcatgtgatgatgttactgctgatgtagatagtgctgatggtgttgtgtgtgatgttagtgtgaacggtagtgttgatgctgctcctgatgatgatgttatgtgtgatgttagtgtgagcggtgatgaagcatgtgatgatgttactactgatgttgatattgatgatggggtatgtgaggctggtgccgctcattat
gi|5 : tatgtgtgatgttagtggtagtggggatgtagctatTATGTGTGATGTTAGTGTGAGCGGTGATGAAGCA--TGTGATGATGTTAC---TACTG---ATGTT--GATAT-T-------G--A-T-GATGG--G-G-TATG--TGAGGCTGG-TGCC---GCTCATgggtatgtgaggctggtgccgctcattat
gi|6 : tatgtgtgatgttagtggtagtggggatgtagctattgatgatgaagttgtatgtgatattagtggtagttgtgatatagctgttgataatgatgttgtgtgtgatgttagtgtgaacggtgatgaagcatgtgatgtagctgttgatgatgatgttgtgtgtgatgttggtgtgaacagtgatggagcatgtgatgatgttactgctgatgtagatagtgctgatggtgttgtgtgtgatgttagtgtgaacggtagtgttgatgctgctcctgatgatgatgtATG---ATGGT--GACCTGA-------A-AA-T-GATAG--TCGCTATG-ATGATTATCA-TGAT---GTTGGTGATCA----------G--T-----G--TG------ATAA------------TGATGATACA---AG---A--AATGAAA--ATG---TT-GA---TG----------A-T-GA--TGGG-GATGATG--ATTGTGATGA---TAAGTGT-GA--TGAAT----A--TG-T-CA--ATAC---TGGCATTA-A-TTGAGA-TTA------TAAACCTG-ATAACCT-G-AAG-G----TGATAAA--T-G---CTA-GTTG----TG-AT--GATGATGA-----------T-GCTGACAGTAGTGATAATGAC-ACA--ATGACA--A--CA--GTGGCAA---TA--AAT-AT----TAA----TA-----T---G---------------GTG--AACATA----------CCGTCA------G------TG-G---TGGTCAGTAATGAACGTAGAGATGAT-ACTGGTGTTAACAGTGAAGT-------TGATGAT----GACGGTGATG-tat
gi|6 : taattgagattaca---GATGATACTGG---------TG--T-----------------TAA------------CAGTGAAG-T---TG---A-TGATGACG--GTG---AT-GC---TC----------CTT-AC--TGGT-GActccttactggtgaag
gi|7 : taattgagattacaatgatggtgacctgaaaatgatagtcgctatgatgattatcatgatgttggtgatcagtgtgataatgatgatacaagaaatgaaaatgttgatgatgatggggatgatgattgtgatgataagtgtgatgaatatgtcaatactggcattaattgagattataaacctgataacctgaaggtgataaatgctagttgtgatgatgatgatgctgacagtagtgataatgacacaatgacaacagtggcaataaatattaatatggtgaacataccgtcagtggtggtcagtaatgaacgtagaGATAATGA---------TG--A-----A---G------GTGG------------AGATAATG-AACACG---A-TAATGGCG--ATT---AT-AC---TG----------A-T-GC--CAGT-AGTGACG--ATGATGATG-----GA-----AA--TT-AT----AA-T-----A--ATGA---TGAT-TTT-A-T------TTC------TGA---TGAATG-----G-TGGT-----TA-T-AA--C-GACCTTC-A-TG----AAAAT--TATGATGA-----------T-GGTT---ATGATGATGATGAT-Gag
gi|7 : cAATGGCGAT-----TA-TAC-----TGATGCCAGTAGTG---ACGAT--GATG-------------A-T-GGAAA--T---TATA-ATAATGATGA-TTTT---ATT--T-CTGA---------TG--A-----A--TG------GTGG------------TTATAACG-A---CC---T-TCATGAAA--ATT---AT-GA---TG----------A-T-GG--TTAT-GATGATG--ATGATGATGA---TCATAGT-GA--TG-AA----TT-TGAT-GA--ATTA----GATGTatgatcatagtgatgaatttgatgaattagatgtcgacaaaacattttcaaaccattcccttccacggccttatcaaatcatacgcaccctttgtcgccatcaaaattcgattaaatgttgttactcacaacaattgctctgctacaaattggcggcgtaa
gi|8 : cgataatgatgaaggtggagataatgaacacgatGAT-GATGATA--GTAATGATGAAACTGATGGT-GA--TG-AC----AA--A-T-G----TGA---TGATGCTT-A-T------TA-------TAA---AC-ATGA--T-G-AA----------T-GA--TTA---TTA-T-TG----CGACCTTGATGACGA-----------T-GATG---TTGATAATGATGAT-GTcgacaaaacattttcaaaccattcccttccacggccttatcaaatcatacgcaccctttgtcgccatcaaaattcgattaaatgttgttactcacaacaattgctctgctacaaattggcggcgtaa
gi|9 : -T---GC-TGC------TGA---CG-ATGA--T-GCTAATG----TG-T-GAGCT-G---ATA-G-TG----TAAAT--AGTGATAT-----------T-GCTG---CTGATGATGATG----TGT-GTGACG--T--TA--GTGTGAA---TGGGGAT-GC----TGTTGTAGG-----T---GTT-------------GTA--ATTGTGGAAAGTGATTTTGCTG------C------TG-C---TGATGA-TGATGAATG------TGATTATTAGTGTGAGTGGTGATGTT--TA-TTGCTGCT----AATGATGATG-AAA----TG-T-----GTGA--CGTAAGTGTGA-ATGGTTATGTTGC-TGCTGCTGATAA---TGcgacaaaaaaacaaactaaaatgcattccattacaaaatccttaacaaatcatattatgcacttttgcaacgcattttatagcttccaaaattggtctgatattgatagtcactagcgaattgtgatgctaccatgttgtggcgtaacatatctcactgattttaa
gi|9 : TGTGTGACGTAAGTGTGAATGGTTAT---G-T--TGC-----TGCTGC---TGATA---ATGATNNNNNNNNN-------N-AA-T-GATAatnnnnnnnnnnaatgata
blockSeqs : TA GAAGCA GATGA C CAG GAA NN GTGTCAGCCAAAA . A CC CGCT C . C TAT A A AGATGTAATTGTTTTTTATGATAATTATACATGC C ACA GTT . TGTT ATTA A CACA ATCGTTATAAC A AT A GT AAC AAT A GC A GCCA GT ATGGTT G CAT TG . TGAGA CCAACAC ACC A CC A TAATGATACTGA A GC T ACC AT C GATCA CTTG G AGCATGTGATG A A ACAG ACTTATA ATT TTG A CACTGAT A TGTTGTAGATGTTGTAATTGTGGAAAGTGATTTTGCTGCTGCTGCTGTTGC AATG G G TAGAGA T T A AG A G C ATTA TTATTCT T TTTAG GC T A C A AGT C CTAC AAAT ATA
blockSeqs : TA ACTGG . T . . . GTGTCAGCTAAAA . T . GGT . . A . A A TGTAATTGTTTTTTATGAAAATTATACATGC . . . . TC A A CACA AC . . . . . GGG . . . . A TGGG T . T . GCA T . . . . CTAATGTG . GC . . A T A CG C . . C A GATTTTT TCA A T TGAC . TGTTGTAGGTGTTGTAATTGTGGAAAGTGATTTTGCTGC AA . A . . T G GA . G C . CTAA . . GC . . C A . G . G .
blockSeqs : AA GCT . T . . . GCGGGAA . . . TT . . G . T T AGTTCNNNNNNNNNNN . . . . CA A . TAA CT . . . . . ATC . . . . G ATGG G . C . AC C . . . . CTAATGTG . GC . . A . G TA A . . C G GATAGTT C A T TTAC . AGCATGTGATGATGTTACTGCTGATGTAGATAG A . G . . C G . . G T . CTAA . . . . . C C . G . G .
blockSeqs : C AGT . C . . . TTTTGG . . . AA . . T . T G TTATGGTAATGCC . . . . TG C . TAA T . . . . . GTT . . . . A ATGA G . T . GT A . . . . CTAATGTG . T . . A . G TA A . . A C GTTGTGT T G C TGGG . TATAGTAGTGATATTATACTGCTGGCAGTTG A . G . . A G . . G C . ATAA . . . . . T C . A . T .
blockSeqs : GC . A . . . CTGAAA . . . GT . . A . T T TGACCATAACAAT . . . . NN N . CT A . . . . . TTG . . . . A ATGA G . G . GC C . . . . TATTGCT . T . . A . G CA T . . T C GACACA T G G TGGG . TTCAGACAAATATGATAATGATATTGA A . G . . A T . . A C . ATG . . . . . C A . . . . .
blockSeqs : TA . C . . . NNNNNA . . . GC . . A . A A TGAGCCGATACT . . . . TA T . T A . . . . . ACG . . . . T TTT G . T . GC C . . . . ATAGTAG . . . . A . G CG T . . T A TGTT C C C CAGT . CAGACAAAGATGATAATGATATTGA A . A . . A G . . G T . TTA . . . . . . C .
blockSeqs : GT . A . . . GTTGA . . . GT . . A . A A TGTAATGACGGC . . . . CG A . T N . . . . . ATA . . . . G CCA G . C . GC G . . . . TTGTGTG . . . . A . G TG T . . C A GTGT T T A TGGG . TGTGGAAAGTGGTTTTGCTGTTTT A . A . . T . . . G C . AAA . . . . . . . .
blockSeqs : . T . . . GTTGA . . . G . . A . A A TGTTATGATGAT . . . . CA A . G C . . . . . CTG . . . . G GCA G . G . TT A . . . . AAGGTGA . . . . C . G TT G . . C A TGT T G T GT . TAATATGGTGAACATACCGTCAG C . . . . C . . . G A . T . . . . .
blockSeqs : . A . . . GTTT . . . G . . C . C T TGAATGGTGGT . . . . TT A . N A . . . . . CAA . . . . A TGG A . G . GA A . . . . TGGTTA . . . . A . G TA G . . G T T A G G TG . TGTTGTAAGTGGTGTAATTGT G . . . . T . . . . C . . . . . .
blockSeqs : . C . . . ATTG . . . T . . C . A G TGTTAATGAT . . . . TG C . A C . . . . . GTG . . . . A ATA G . A . GA T . . . . ATG . . . . A . G A G . . A A . T G T TA . TGATGATGATAATAATTAG C . . . . . . . .
blockSeqs : . . . TGC . . . G . . A . T T TTGTGATGGT . . . . CG C . G C . . . . . GTA . . . . G TGA A . T . GC A . . . . ATG . . . . . . . . G . . C T . . . . . . . .
blockSeqs : . . . AT . . . G . . A . C G TTGTGATGAC . . . . TT T . C C . . . . . GTG . . . . A GTA T . T . GC C . . . . AA . . . . . . . . A . . . C
blockSeqs : . . A . . . T . . G . T A TGCCGATGAA . . . . CA G . C C . . . . . GTG . . . . G TCA A . . . G C . . . .
blockSeqs : . . G . . . T . . A . T C TTATGATTAC . . . . TG G . A G . . . . . ATG . . . . G TG G . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . T . . C . T A TGATAATGAA . . . . TG A . C C . . . . . GTG . . . . G A T . . .
blockSeqs : . . . . A . G G GTGTGATAAT . . . . TG C . A C . . . . . TAG . . . . A . G . .
blockSeqs : . . G . A C TGAAGGTGGA . . . . CG G . A C . . . . . TGG . . . . T . . . .
blockSeqs : . . C . C C TATAGGCGT . . . . TG C . C T . . . . . TG . . . . A .
blockSeqs : . A . T G TGATGATGC . . . . CG C . C C . . . . . G . . . . .
blockSeqs : . T . A A TGCGGGA . . . . CG C . C C . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . T A TGTTAAC . . . . TG A . C C . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . C TTATG . . . . AA T . C C . . . . . . . . . .
blockSeqs : A TGC . . . . CG A . A C . . . . . . .
blockSeqs : C . . . . CG A . C C . . . . . . .
blockSeqs : . . . . AA A . C A . . . . .
blockSeqs : . . . . C . . A A . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . A . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqCons : GCT***** N*** A****
originalCons : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGTGTGTGACGTTAGTGTGAATGGTGAT---GCT--TGC-----TGCTGC---TGATG---ATGAT--GATGT-T-------G-AA-T-GATAA--T-G-TATG-ATGATGATGA-TGNT---GNTGATGNTGA---------TG--T-----A--TG------ATGA------------CGATAATG-A---TG---A-TGATGACG--ATG---NT-GC---TG----------C-T-GC--TGAT-GATGATG--ATGATGATGA---TGAGTGT-GA--TG-AT----AG-TG-T-GA--ATGA---TGATGTTT-A-T---GC-TGC------TGA---TG-ATGA--T-G-TAGTG----TG-T-GA--T-G---TTA-G-TG----TGAAC--GGTGATGA-----------T-GCTG---NTGATGATGATGAT-GTGT-GTGACG--T--TG--GTGNGAA---TGGCGAT-GT----TGT----GG-----T---G---------------GTG--ATNATG----------CTGTTG------N------TG-A---TGATGA-TGATGAGTG------TGAT-ANTAGTGTGAATGGTGATGTT--TA-CTGCTGCT----GATGATGATG-TAA----TG-T-----GTGA--TGTTAGTGTGA-ATGGTGATGTTGC-TGCTGCTGATGA---TGTGTG----TGACGTTAGTGTG---AATGGTGAT---GCTGCTG
finalCons : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGTGTGTGACGTTAGTGTGAATGGTGATGCT-----TGC-----TGCTGC---TGATG---ATGAT--GATGT-T-------G-AA-T-GATAA--TN---ATG-ATGATGATGA-TGNT---GNTGATGNTGA---------TG--T-----A--TG------ATGA------------CGATAATG-A---TG---A-TGATGACG--ATG---NT-GC---TG----------C-T-GC--TGAT-GATGATG--ATGATGATGA---TGAGTGT-GA--TG-AT----AG-TG-T-GA--ATGA---TGATGTTT-A-T---GC-TGC------TGA---TG-ATGA--T-G-TAGTG----TG-T-GA--T-G---TTA-G-TG----TGAAC--GGTGATGA-----------T-GCTG---NTGATGATGATGAT-GTGT-GTGACG--T--TG--GTGNGAA---TGGCGAT-GT----TGT----GG-----T---G---------------GTG--ATNATG----------CTGTTG------N------TGA----TGATGA-TGATGAGTG------TGAT-ANTAGTGTGAATGGTGATGTT--TA-CTGCTGCT----GATGATGATG-TAA----TG-T-----GTGA--TGTTAGTGTGA-ATGGTGATGTTGC-TGCTGCTGATGA---TGTGTG----TGACGTTAGTGTG---AATGGTGAT---GCTGCTG
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): ATAATAATGATAATGATGCTAACACTTTAGATAAAAATAATGATTATAGCAATTATAATAGTAATCATATTACCAATAATAATAATAATAATAACAATAATGATAATGCTTAGACTTATCATAAAAGTAATGACAATAATAATGAAAATAATAATAAATAACAACAACAGCAACAACAATAACAATAATAATGATAATGATGCTAACACTTTAGATAATAATAATAATAACACTAATAATAATATTAG
Alignments
lowQualScore : 2222222 3333333333333333333333333333333 3333333333333333333333333333333333333 11111111111111111111 11111 1111111 1111 1111 333333333333333333333333 11 11111111111111 111111111111 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 22222222222 11111111 11111 111111 11111111111111 111 11 222222222222222 1111 111
lowQualScore : 3 3 1111111 1 444 333 333 9999999999999999999999999999999 2 333 99999 5555 2 222 2 5555555 555555555 1111111111111111111111111111111111111 1 1 4444444 444444 222 4444 11 777777777 4 44444444444444444444 11 222 11 222 0 66666 22 22 22 22 8888888 444 2222 2 444 44 4 1111 44 888888888888888888888888 77 777 00000000000000 555555555555 3 7777 6666 7 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 1 11 11111111111 11111111 55555 3 3 111111 4 2 66 66 4 2 88888888888888 444 3 99999 00 0 0 4 777777777777777 2 888 3 7777 3 88 444
lowQualScore : . . ....... . ... ... ... ............................... . ... ..... .... . ... . ....... ......... ..................................... . . ....... ...... ... .... .. ......... . .................... .. ... .. ... . ..... .. .. .. .. ....... ... .... . ... .. . .... .. ........................ .. ... .............. ............ . .... .... . ............................................................... . .. ........... ........ ..... . . ...... . . .. .. . . .............. ... . ..... .. . . . ............... . ... . .... . .. ...
lowQualScore : 8 2 0000000 1 111 999 999 9999999999999999999999999999999 0 777 66666 4444 7 999 7 4444444 999999999 1111111111111111111111111111111111111 2 2 3333333 888888 222 7777 88 111111111 0 44444444444444444444 77 222 88 333 3 55555 55 55 77 66 4444444 111 5555 5 444 77 0 9999 22 666666666666666666666666 77 333 99999999999999 888888888888 1 5555 4444 2 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 3 55 44444444444 88888888 33333 3 3 555555 0 4 33 11 0 8 11111111111111 555 6 11111 00 3 7 0 888888888888888 5 888 2 0000 8 66 000
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGTGTGTGACGTTAGTGTGAATGGTGATG-T--TGCTGCTGCTGATG---A---TGAT---GAT-G-T------T-------G---A--A--T--GA-TAA---TG---ATGATGATGATGA----TGNT---GNTGATGN------TGA---------TGT-----A--TG------A--TGA------------CGAT-AATG-ATG------A------TGA---TGA---CG--ATG---N-----T-GC---T--G----------C-TGC--TGATGA---TG--ATGATG---ATGATGATGAG-TG-T-GA--TGA-TAG-TG-T-GA--ATGA---TGATGTTT-A-T---GC-TGNTGA----TG--ATGA----TG----T--AGTG-TG----TGA--TG--TTAG-T-G----TGAACGGTGATGA-----------T-GC---TGN---TGATGATGATGATGTGT-GTGACG--TTG--GTGNGAATGGCGATGT----TGT----GA-----T---G--GTGATNATG----------NTGTTGN------TG-A---TGATGA-TGATG-AGTGT------GAT-ANTAGTGTG-AATGGTGGTGTT--TA-CTGCTGCT----G---------ATGATGATG-TAATG-T-----GTGA--TGTTAGTGTGA-ATGGTGAT---------------GTTGCTGCTGNTGATGA---TGTGTGTGACGTTAG----TGTGAATGG-TGAT---GCTGCTG
Reference ( family-501 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGTGTGTGACGTTAGTGTGAATGGTGATGCT--TGCTGCTGCTGATG---A---TGAT---GAT-G-T------T-------G---A--A--T--GA-TAA---TN---ATGATGATGATGA----TGNT---GNTGATGN------TGA---------TGT-----A--TG------A--TGA------------CGAT-AATG-ATG------A------TGA---TGA---CG--ATG---N-----T-GC---T--G----------C-TGC--TGATGA---TG--ATGATG---ATGATGATGAG-TG-T-GA--TGA-TAG-TG-T-GA--ATGA---TGATGTTT-A-T---GC-TGCTGA----TG--ATGA----TG----T--AGTG-TG----TGA--TG--TTAG-T-G----TGAACGGTGATGA-----------T-GC---TGN---TGATGATGATGATGTGT-GTGACG--TTG--GTGNGAATGGCGATGT----TGT----GG-----T---G--GTGATNATG----------CTGTTGN------TG-A---TGATGA-TGATG-AGTGT------GAT-ANTAGTGTG-AATGGTGATGTT--TA-CTGCTGCT----G---------ATGATGATG-TAATG-T-----GTGA--TGTTAGTGTGA-ATGGTGAT---------------GTTGCTGCTGCTGATGA---TGTGTGTGACGTTAG----TGTGAATGG-TGAT---GCTGCTG
gi|1 : TGTGTGTGGTATTAATGTGAATGTTGATGTT--TACTGCTGCTGATG---A---TGAT---AAT-G-TG-----T-------G---A--GC-T--GT-TAA---TGT--ATGGTGATGTTTAC---TGCT---GCTGCTGC------TGA---------TGT-----A--TG---------TGA------------CATT-AATG-A-G------AC-----TGA---TCA---TT--TTG---C-----T-GC---T--G----------C-TGC--TGATGA---TA--ATGATG---ATGAGGAGGAG-TT-T-GA--TAT-TAG-TA-T-GA--ATTG---TGGTGTTT-ACT---GC-TGCTAA----TG--ATGA----TG----T--AGTG-TT----TGA--TG--TCAG-T-A----TGAACAGTGATGT-----------T-GC---TGC---TGATGATGATGATGTAT-GTGACA--TTA--ATGAGAATGGTGATGT----NNN----NN-----N---N--NNNNNNNNN----------NNNNNNN------NNNA---TGATGA-TGAGG-AGTGT------GAT-ATTAGTATA-AATGGTGGTGTT--TA-CTGCTGCT----A---------ATGATGATG-TAGTG-T-----TTGA--TGTTAGTATGA-ACAGTGAC---------------GTTGCTGCTGCTGCTGA---TGTGTGTCATGTTAG----TGTGAATGG-TGAT---AATGCTG
gi|10 : tattttaccatgtgtgtgtgGATTATCA----TGCT---G-TGATGA------AGA---------T-T-----A--TG-------------------------GAT-AATG-AC-------A------CAA---GTA---C----TG---A-----T-TT---T--C----------T-TGT--TGATGG---TG--ATAATG---TGGATGATGAA-AT-T-GA--TGA-TAA-TA-TGGG--ACGA---TGATAAAT-A-T---GCATGTAAA----AC--ATCA----AA----T--ATTG-CT----TGA--TG--ATAA-T-GATCATCAA-AGTGATGA-----------T-A-----AA---AGATGAGAAT-ACTTATAATGACGATTTG--ATG---ATGACAATGT------T----GA-----T---G--ATGATAATA------------ATTAG------TG-A---TGATAA-AGATA-A
gi|12 : TA---A---TGAT---GAT-C-T------T-------C---A-----T--CA-TAA---TT---TTAATGATGACGA----GGAT---TATGACGT------TGA---------TGT-----G--GGTT----G--TGA------------AGGT-GTTT-ATT------G------TAA---TGA---TC--ATA---C-----T-GC---T--G----------G-TAA--TGATAA---TA--ATGATA---CTGATGATGAG-CA-T-TA--CG---------------ATGA---TCATG----A-T---GG-TACTGA----TG--ATGATTTTTG----C--AGTG-C-----TGA--TG----AG-A-G----TT-ACGGTTATGG-----------T-GG---TAA---TAATAA--ATGATtaaaacttacc
gi|13 : gcaattg---TGAT---GAT-G-T------T-------T---A-----T--GA-CGACCTTT---GTGACGGTTATGA----TAAT---GATTGTGA------TAG---------TGT--------TA------A--TGA------------TGAT-AATG-ATG------A------TGT---CGA---CA--Aacaatacaaaaacagaacca
gi|14 : GATG---A---TGAT---GAT-GAT------T-------G---C--A--TA-GA-CCT---TG---ATGACGACGATGA----TGGT---GATAATGT------T-A---------TG------A--TG------A--Taaataccaaaatgcgtttaattccgcgatccttaacaaatcgtatgcacccttgcaaagctacgcattttgtcgttaccaattcgaccgaatttcggcagtcactactaaattgctttgctaccattttgtgacttaac
gi|15 : aaaaaa---ATAATAAAGATGA----AGTT---GTAGATAG------AAA---------TG------AGCCG------A--TAC------------TGAT-AATG-GTG------A------TAA---TGG---TG--ATA---C-----T-GG---T--G----------A-TGC--TGTTGA---TG--GAAATT---ATGATAATGA-----T-CA--TGA-TAA-TGAT-GG--A-GA---TGATCTTT-A-T---GT-TGttcgaaaaaaataccaaaaaatcattccattccgccatacttaaaaaataatttgcaacctagcaacctagcatcgcattttgtcgctcccaagtcgaatattagtagtagaattgtgttgctaccatttcgcagcataacatagcctaatt
gi|15 : tGCCGATA---C---TGAT---AAT-G-----------------------G--T--GA-TAA---TG---GTGATACTGGTGA----TGCT---GTTGATGGAAATTATGA---------TA------A--TG------A--TCA------------TGAT-AATG-ATG------G------AGA---TGA---aagttcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctggagatggtaattatgataatgatcatgataatg
gi|15 : tataataaagatgaagttgtagatagaaatgaGTGATAATGGTGATACTGGTGA---------TGCTGTTGATGGAAA---TTAT---GAT----------------------A--A--T--GA-TCA---TG---ATAATGATGGAGA----TGAT---CTTTATGT------TGA---------AGTTCNNNN--NN------N--NNN------------NNNN-NNNN-NNN------N------NNN---NNN---NN--NNN---N-----N-NN---N--N----------N-NNC--TGGAGA---TG--GTAATT---ATGATAATGA-----T-CA--TGA-TAA-TG-tctttatgttgaagttcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctggagatggtaattatgataatgatcatgataatg
gi|16 : tataataaagatgaagttgtagatagaaatgagccgatactgataatgGTGA-TGGTGATGCT--AATTATTGTT-ATG---G---TAGT---ATT-T-T------T-------G---G--A--T--CAGTGG---TG----TGATATTGATTA----TGAT---GTTGATGA------TAA---------T-T-----G--TG------A--TGG------------TGGT-AATG-ATG------A------TGA-------------ATG---T-----T-GTAA-T--GA---------C-GGCATTAATGA---TG--ATGATG---ATAAGGA-GAA-TC-TAGG--TAA-TAT-TGAT-GGTTATGA---TGATGTTTGA-T---G
gi|16 : tgaacatgaaatgaagacatatatgaaaTG---A---TTAT---GAT-G-T------T-------G---A-----T--GA-TAA---TT---GTGATGGTGGTAA----TGAT---GATGA--A------TGT---------TGT-----AA-TG------A--CGG------------CATT-AATG-ATG------A------TGA---TGA---TA--AGG---AGAATCTAGG---T--A----------A-TAT--TGATGG---TT--ATGATG---AT--------G-TT-T-GA--TGG-TAG-Tgtagt
gi|17 : tgaacatgaaatgaagacatatatgaaagtgatggtgatgctaattattgttatggtagtatttttggatcagtggtgtgatat-T---GC-TGATGA----TG--ATGA----TGC---T--AATG-TG----TGAGCTG--TGAG-T-G----TAAATAGTGATAT-----------T-GC---TGC---TGATGATG------TGT-GTGACG--TTA--GTGTGAATGGGGATGC----TGTTGTAAG-----T---G--GTG-TAAT------------TGTGGA------AA-G---TGATTT-TGCTGCAATGT------------TAGTGTA-AATAGTGATATT---G-CTGCTGCT----G---------ATGATGATG-ATGTG-T-----GTGA--TGTAAGTGTGA-ATGGTTAT---------------GTTGTT
gi|18 : c---T--G----------C-TGC--TGATGA---TG--ATGCTA---ATG-TG-TGAGCTG-T---------TAG-TG-T-AA--ATAG---TGATA----G-T---GC-TGCTGA----TG--ATGA------------------TG----TGA--CG--TTAG-T-G----TAAATGG-G--GA-----------T-GC---TGT---TG-TA-----GATGT-T-GTAA----TT---GTGGAAA--GTGATTT----TGC-------------------TGCTGCTG----------CTGTTGC------TG-A---TGATGA-TGATG-AGTGT------GAT-ATAAGTGTG-AGTGGTGATGTT--TA-CTGCTGCTATTAA---------ATGATGATG-
gi|19 : ------TGA---------TGT--------TG------AATTGA------------GAAT-AA---AT--------------TCA---TCA---CA--ATA---A-----T-G-------------------------TGATGA---TA--ATGATG---CGGGAAATAAC-AA-T-GA--TGA-TGG-CG-A-TA--ATGA---TGATGATT-T-T---GA-T--TG-----TG--ATGA----CG----CCAAGT-------------TG--CCAA-C-G-------ACATTGATGG-----------T-GA---CGG---CGATGATTATGGTAT
gi|19 : gA-TAA---TG----TGATGATAATGA----TGCG---GGAAATAA------CAA---------TG------A--TG------A--TGG------------CGAT-AATG-ATG------A------TGATTTTGATTGTG--ATG---A-----C-GC---CAAG----------T-TGC--CAACGACATTG--ATGGTG---ACGGCGATGAT-TA-T-GG--Ttatcgtaatcaacgttacgattgataaatttaacgcaatta
gi|2 : gtgatgttgaattgagaataaattcatcacaA---TG---ATGATGATGATGA----TGAT---TATAATTG------TGA---------TGTA----A--TGCTT---C--TGA------------CAGT---TG-AT-------A------TGA---TGA---CG--ATG---A-----T-GA---T--G----------A-TAG--TTATGA---GGTCATGCTGCCAACACTGATGA-----T-AA--TAA-TAG-T-----A--GTGA---TG----TT-A-T---GC-TGCTGGCAGTTGTTATGA----TGA---C--AATG--A----TGA--TG--ATAGTT-G----TGA--GGTCATGC-----------T-GCCAACAC---TGATGATAATTATA-GTAGTGATA--TT---ATACTGCTGGCA--GT----TGT----GA-----T---G--ATGATGGTG----------ATGATAC------TA-G---TAGTGA-TGAT---GT----------T-AGTACTTTGTAGTAGTGACG-T--TA-TT-CTTCT----GAGAGTTATTATGATGATG-TGAT--T-----ATGA--TTTC--TAT-A-ATAATGAT---------------GTAAATAATGGTGATGA---attatcgtaatcaacgttacgattgataaatttaacgcaatta
gi|20 : tgtgatgtaatgcttctgacagttgttAT-TATG-AGT------A------TGA---TTA---TG--ATG---C-----T-GC---T--G----------C-TGC--TGCTAA---TG--ATGATG---ATAATGAaggtaatggtattgaacgtctggaacatgttttattattcacaaactat
gi|21 : -GTGATG--CTGTTGTAGGGA--GTGTTAT----TGT----GG-----A---AA-GTGGTTTTG----------CTGTTTT------TG-A---TGATGA-TGATG-AATG--------AT-AATAGTGTG-AATGGTGGTGTT--TAACTGTTGTT----A---------ATGATGAT---------------------GTTAGTGTGA-ATGGTTAT---------------GTTGCTGCTAATGATGA---TGattccaagatgcgtcaacaatctttacaaattatatgcaccctgtaacgcaattttgtcgctaccaaaaattcggccactaccaacttcccaccaatttgcagcataacaattcattattaccatcac
gi|22 : TGCTGCT----G---------ATGATGATGCTAATG-T-----GTGAGCTGTTAGTGTAA-ATAGTGAT---------------ATTGCTGCTGCTGATGA---TGTGTGTGACGTTAG----TGTGAATTG-GAAT---GCTGTTG
gi|23 : -CTACTGCT----G---------ATGATTATGCTAATG-T-----GTGAGCTGTAAGTGTAA-ATAGTGAT---------------ATTGCTGCTGCTGATGA---TGTGTGTGACGTTAG----TGTGAATGG-GGAT---GCTGCTGtaggtggtgtaattgtggaaagtgattt
gi|23 : TGTGTGTGACGTTAGTGTGAATGGGGA------TGCTGCTGTAGGTG---G---TG-T---AAT-T-T------T-------GGAAA--G--T--GA-Ttaggtggtgtaattttggaaagtgat
gi|24 : ctactgctgatgattatgctaatgtgtgagctgtaagtgtaaatagtgatattgctgctgctgatga--TGCTGCTGCTGCTG---A---TGAT---AAT----------------------A--A--T--GA-TGA---GG---ATAATGATGCTGA----CGTT---GTTGCTGC------TGA---------TG---------------------------------------------ATG------A------TGA---TGA---CG--A-----------T-GC---T--G----------C-TGC--TGATGA---TT--ATCATC---ATTACTATGAA-TA-T-
gi|25 : cATT---A---TGGT---AAT-G-C------C-------G---AC-A--T--GA-TGT---TA---ATGGTTATTCTGA----TACT---GCTGATGA------CGA---------TTT--------TG------G--TGG------------CTGT-AATG-GTA------A------TGA---T------G--GTG---T-----T-TT---T--T----------T-TGG--TAATGC---TG--ATAAta
gi|26 : gatggttC--TGATGG---TG--ATAATG---ATGATGATGAC-AA-T-GA--TGA-TGA-TG-G-CA--ACGA---TGATGTTC-A-T---g
gi|26 : agacaTGA-----------T-GG---TGA---TAATGATGATGA-------TGACA--ATG--ATGATGATGGCAACG------AT----GA-----T---G--TTCATCATG----------GTGTT-T------TG------GGTTA-T-ATG-AGcatggtgttttgggttatatgagagaaatcaacttgataggct
gi|27 : agacacATGTTGATGA----CAAT---ATTGGTGA------TGA---------TAT-----A---G------G--CG-------------TGAT-AATG-ATG------A------TTA---T---------ATA---T-----T-GC---T--GATCGTTATAAC-TG---TGAT-----TA--ATGATG---ACGATGATGA--TG-T-agaaatcaacttgataggct
gi|28 : -AATG-ATT------A------TGA---TGA---CA--GTG---G-----T-GA---T--G----------G-TAC--TGATGA---TG--AGGATG---ATGATAA--------T-GA--TGA-TAA-TG-T-GG--ATGA---TAAtg
gi|29 : tgc--A--T--GG-TAA---TG----TGATGATAATGG----TTAT---GCTGTTGC------TTC---------TGC--------CG------A--TGA------------AGAT-ACAG-ATG------A------TAA---TGG---TGTTATG---G-----T-GA---T--G----------C-TGC--CGATGA---TG--TTAATacacatacaaaaatcttaaaacc
gi|3 : ttTGATGTTGATA---A---TGAT---TAT-G-TG-----TCAGCCAAA---A--A--A--GA-AAA---TT---ATAATAGTAATGA----TGGTTATGTTGATGA------TGA---------TGT-----AATTGTTTTTTA--TGAAAATTATACATGCAAT-AAAG-ATT------A------TGA---TGA---TG--A-G---A-----TAGCACAC--A----------C-T-C--AGAT-----TG--ATGA-G---AT--TGAAAAG-TG-T-AG--TGA-TGG-TG-A-TA--ATAA---CGATGGTG-A-T---GA-TAATGA----TG--ATGA----TG----------A-TG----TGAT-TG--TT-G-T------TGAA----AATTA-----------T-GT---TGA---AAATGAT-AT--TGT-T-GT--------------CGAA----AATGT----TTC----AGACAAAT------ATGATAATG----------ATATTGA------TGAA---TG-TGA-TGATG-AGTTT------GAT-AATAATG----ATGATGGTATT--TA-CT--TA------G---------ATGATGTCGATAATGTT-----GTTG--TTTTAG-GTGATATGATt
gi|30 : aatgtacggggtgatgataaaaaagatgtagttaa--TA------A--TGG------------TGAT-AACG-ATG------ATGGTTGTGG---TGA---TG--ATG---C-----T-AC---T--A----------C-TGC--TGCTGT---TG--CTGGTG---GTGGTGGTG----G-T-GG--TGG-TAA-TG-------ATGG---TGATGTtaattctgataaacttactgatctagtta
gi|31 : cT-----A--CA------A--TGG------------CAAC-AACA-ACG------A------TGA---TGA---TG--ATG---G-----T-G-------G-----------------TGATGA---TG--ACGATG---ATTATG
gi|31 : AC-AATG-GCA------A------CAA---CAA---CG--ATG---A-----T-G---------------------------ATGA---TG--GTGGTG---ATGATGACGA--TGAT-TA--TGC-TTGTTG-C-AA--ATGAAGTTGATcttgttgcaaatgaagttgatcataaggtccttgt
gi|31 : t-----A--TG------A--TGA------------TGAT-GGTG-GTG------A------TGA---TGA---CG--ATGATTA-----T-GCT--T--G----------T-TGC--AAATGA---AG--TTGATC---ATAAcataaggtccttgt
gi|32 : tacaatggcaacaacaacgGA---------T-T-----A--TG------A--TTA------------CGAT----G-CTG------A------TGC---TGC---TG--ATG---C-----T-GC---T--G----------C-TGC--TGATGA---TG--ATGATG---AAGATGCTGAggtccttgt
gi|33 : TGATGG------TTA---------TG------A--TA------A--TGA------------AAGT-AATG-ATG------A------TGA---TGA---CG--CTG---C-----T-GC---T--G----------C-TGC--TGATGA---CG--ATAATG---ATGTTAATGAacaaattgagacgcaatcaaca
gi|34 : TGTTGCTACTACCACCACCGATG---ACATTAAT---AAT-G-C------T-------G---ATAG--G--GA-TAA---TT---ATGTTGATGCTGA----TGCT---Gtggt
gi|35 : tatTAATGAAGCTGA----TGCC---ATTGGTGC------TAA---------TG------A--TG------A--TG-------------CTAG-AAT---TG------A------TGA---TGA---CG--CTG---C-----T-GC---T--
gi|36 : TG---C-----T-GC---T--G----------C-TGC--TGCTGC---TG--AAGTAG---ATGATAATGAG-TA-T-AAGCTGA-T
gi|37 : c---T--G----------C-TGC--TGCTGA---TG--ATGATG---ATGATGACGTG-TG-T-GA--CGT-TAG-TG-T-GA--ATtaaactcggaa
gi|38 : TGATGG------TGA---------TA------G--CG------A--TGA------------CCAT-AACA-ATG------A------TAA---TGATACCG--ATG---
gi|4 : aaacGTTTGATGTC--TATCAATGATG-TAGT--TAATGATGTTGATA---A---TGAT---TAT-G-TGTCAGCT-------A---A--A--AAAGA-AAA---CT---ATAATGATGATGA----TGGT---TATGATGA------TGAAGATGTAATTGTTTTTTA--TG------A--TAATTATACATG---CAAT-AAAG-ATT------A------TGA---TGA---TG--A-G---A-----TAGCACAC--A----------C-T-C--AGAT-----TG--ATGA-G---AT--TGAAAAG-TG-T-AG--TGA-TGG-TGAT-GA---TAA---CGATGGTG-A-T---GA-TAATGA----GG--ATGA----TG----------A-TG----TGAT-TG--TT-G-T------TGAA----AATTA-----------T-GT---TGA---AAATGAT-AT------------TG--TTG--TTGAAAATG----TGT----CA-----GA-----CAAAG--ATGATAATG----------ATATTGA------TG-AATGTGATGA-TGATG-CGTTT------GAT-AATAATGT----TGATGATATT--TA-----TGTC----G---------ATAATGTTG-T--TG-TTTTAGGTGA--TAT
gi|5 : aatgtagATG-T-----GTGA--TGTTAGTGGTA-GTGGGGAT---------------GTAGCTATTGATGATGAAGTTGTATGTGATATTAG----TGGTAGTTG-TGATATAGCTGTTGgatttattctgataaacttactgatttagt
gi|5 : tTGATG---ATGAAGTTGTA-TG-T-GA--TAT-TAG-TG-G-TA--GTTG---TGATAT---A-----GC-TGTTGA----TA--ATGA----TG----T--TGTG-TG----TGA--TG--TTAG-T-G----TGAACGGTGATGAAGCATGTGATGTAGC---TGT---TGATGATGATGTTGTGT-GTGATG--TTG--GTGTGAACAGTGATGGAGCATGT----GA-----T---G--ATGTTACTG----------CTGATGTAGATAGTG-C---TGATGG-TGTTG-TGTGT------GAT-GTTAGTGTG-AACGGTAGTGTTGATG-CTGCTCCT----G---------ATGATGATG-TTATG-T-----GTGA--TGTTAGTGTGA-GCGGTGATGAAGCATGTGATGATGTTACTACTGATGTTGA---TAT---TGATGATGGGGTATGTGA--GGCTGGT---GCCGCTataatgatgttgtgtgtgatgttagtgtgaacggtgatgaagcatgtgatgtagctgttgatgatgatgttgtgtgtgatgttggtgtgaacagtgatggagcatgtgatgatgttactgctgatgtagatagtgctgatggtgttgtgtgtgatgttagtgtgaacggtagtgttgatgctgctcctgatgatgatgttatgtgtgatgttagtgtgagcggtgatgaagcatgtgatgatgttactactgatgttgatattgatgatggggtatgtgaggctggtgccgctcattat
gi|6 : tatgtgtgatgttagtggtagtggggatgtagctatATG---A---TGGT---GAC---C------T-------G---A--AAAT--GA-TAG---TCGCTATGATGATTATCA----TGAT---GTTGGTGA------TCA----------GT-----G--TG------A--TAA------------TGAT-GATACAAG------A-------AA---TGA---AA--ATG---T-----T-GA---T--G----------A-TGA--TGGGGA---TG--ATGATT---GTGATGATAAG-TG-T-GA--TGAATA--TG-T-CA--ATAC---TGGCATTA-A-TTGAGA-TTATAAACC-TG--ATAACC--TG----A--AG-G-TGA---TAAA-TG--CTAG-TTG----TGA-TGATGATGA-----------T-GC---TGACAGTAGTGATAATGACACA--ATGACA--ACA--GTGGCAATAA--ATAT----TAA----TA-----T---G--GTGAACATA----------CCGTCAG------TG-G---TGGTCAGTAATG-AACGTAGAGATGAT-ACTGGTGTcattat
gi|6 : taattgagattaca---GATGATAC------TGG---------TGT-------------------TAA------------CAGT-GAAG-TTG------A------TGA---TGA---CG--GTG---A-----T-GC---T--C----------CTTAC--TGGTGA---taacagtgaagttgatgatgacggtgatgctccttactggtgaag
gi|7 : taattgagattacaatgatggtgacctgaaaatgatagtcgctatgatgattatcatgatgttggtgatcagtgtgataatgatgatacaagaaatgaaaatgttgatgatgatggggatgatgattgtgatgataagtgtgatgaatatgtcaatactggcattaattgagattataaacctgataacctgaaggtgataaatgctagttgtgatgatgatgatgctgacagtagtgataatgacacaatgacaacagtggcaataaatattaatatggtgaacataccgtcagtggtggtcagtaatgaacgtagaGATA---A---TGAT---GAA-G-G------T-------G---G--A-----GA-TAA---TG---A--AC-ACGATAA----TGGC---GATTATAC------TGA---------TGCCA---G--TA------G--TGA------------CGAT-GATG-ATGGAAATTA------TAA---TAA---TG--ATG---A-----T-TT---T--A----------T-TTC--TGATGA-------ATGGTG---GTTATAACGAC-CT-T-CA--TGA-AAA-T--T-----ATGA---TGATGGTT-A-T---GA-TGATGA----TG--ATGA----TGATCAT--AGTGATGAATTTGA--TGAATTAGAT-G----Tag
gi|8 : cG---A---TGAT---GATAG-T------------------A--A--T--GA-TGA---AA---CTGATGGTGATGACAAATG-T---GATGATGC------TTA---------T-T-----A--TA------A--ACA------------TGATGAATG-ATT------A------TTA---TTG---CG--ACC---T-----T-GA---T--G----------A-CGA--TGATGT---TG--ATAATG---ATGATGcgacaaaacattttcaaaccattcccttccacggccttatcaaatcatacgcaccctttgtcgccatcaaaattcgattaaatgttgttactcacaacaattgctctgctacaaattggcggcgtaa
gi|9 : -T---GC-TGCTGA----CG--ATGA----TGC---T--AATG-TG----TGAGCTG--ATAG-T-G----TAAATAGTGATAT-----------T-GC---TGC---TGATGATGATG---TGT-GTGACG--TTA--GTGTGAATGGGGATGC----TGTTGTAGG-----T---GTTGTAATTGTGGAAAGTGATTTTGCTGC------TG-C---TGATGA-TGATG-AATGT------GATTATTAGTGTG-AGTGGTGATGTT--TA-TTGCTGCT----A---------ATGATGATG-AAATG-T-----GTGA--CGTAAGTGTGA-ATGGTTAT---------------GTTGCTGCTGCTGATAA---TGtcgacaaaaaaacaaactaaaatgcattccattacaaaatccttaacaaatcatattatgcacttttgcaacgcattttatagcttccaaaattggtctgatattgatagtcactagcgaattgtgatgctaccatgttgtggcgtaacatatctcactgattttaa
gi|9 : TGTGTGACGTAAGTGTGAATGGTTATG-T--TGCTGCTGCTGATA---A---TGATNNNNNN-N-N------N-------N---A--A--T--GA-TAatnnnnnnnnnnaatgata
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): ATAATAATGATAATGATGCTAACACTTTAGATAAAAATAATGATTATAGCAATTATAATAGTAATCATATTACCAATAATAATAATAATAATAACAATAATGATAATGCTTAGACTTATCATAAAAGTAATGACAATAATAATGAAAATAATAATAAATAACAACAACAGCAACAACAATAACAATAATAATGATAATGATGCTAACACTTTAGATAATAATAATAATAACACTAATAATAATATTAG