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Reference ( gi|5 )            :  ATTGGTTGCTATGATTACAAATGGTTGCTATA--GCAGTTAGTGAT--AATAAC----------AAA-AGAA--TAACAATTCCTTTT--CAAATTGACATTGACAAAATCCA
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gi|4                          :      GTTGCTATGGTTACAAATGGTTGCTATA--GCAATAAGTGCT--TATAAC----------AAA-AACA---AACAATTCCTTTT--CAAACTGACATTGATAAAATCCAt
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Reference ( family-492 )      :     ATCGGTTGCTATGATTACAAATGGTTGCTATA--GCAGTTAGTGATAATAAC----------A--AAAAAA--AAACAATTCCTTTT--CAAACTGACATTGACAAAATCCA
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gi|12                         :     ATCGGTTGCTATGATTACAAATGGTTGGTATA--GCAGTAAGTGATAAT--T----------A--AAAAAA---------TCCTTTT--CAAATTGACATTGACAAAATCCA
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gi|18                         :           TGCTATGATTACAAATGGTTGCTATA--GCAGTTAGTGATAATAAC----------A--AAAAAAACAAACAGTTCCTTTTGCTAAAATGATA
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Reference ( family-492 )      :     ATCGGTTGCTATGATTACAAATGGTTGCTATA--GCAGTTAGTGATAATAAC----------A--AAAAAA--AAACAATTCCTTTT--CAAACTGACATTGACAAAATCCA
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blockSeqs                     :                                     .                  CA                 A                . 
blockSeqs                     :                                     .                  CA                 A                . 
blockSeqs                     :                                     .                  CA                 A                . 
blockSeqs                     :                                     .                  TA                 C                . 
blockSeqs                     :                                     .                  C                  A                . 
blockSeqs                     :                                     .                  A                  A                . 
blockSeqs                     :                                     .                  C                  C                . 
blockSeqs                     :                                     .                  C                  C                . 
blockSeqs                     :                                     .                  T                  C                . 
blockSeqs                     :                                     .                  .                  .                . 
blockSeqs                     :                                                                                            . 


blockSeqCons                  :                                                        CA************
originalCons                  :     ATCGGTTGCTATGATTACAAATGGTTGCTATA--GCAGTTAGTGATAATAAC----------A--AAAAAA--AAACAATTCCTTTT--CAAACTGACATTGACAAAATCCA
finalCons                     :     ATCGGTTGCTATGATTACAAATGGTTGCTATA--GCAGTTAGTGATAATAACA------------AAAAAA--AAACAATTCCTTTT--CAAACTGACATTGACAAAATCCA





Alignments
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lowQualScore                  :                                     22                 77777777777777     444              22                       
lowQualScore                  :                                     ..                 ..............     ...              ..                       
lowQualScore                  :                                     99                 99999999999999     000              88                       
consensus                     :     ATCGGTTGCTATGATTACAAATGGTTGCTATA--GCAGTTAGTGATAATAAC----------A--AAAAAA--AAACAATTCCTTTT--CAAACTGACATTGACAAAATCCA
Reference ( family-492 )      :     ATCGGTTGCTATGATTACAAATGGTTGCTATA--GCAGTTAGTGATAATAAC----------A--AAAAAA--AAACAATTCCTTTT--CAAACTGACATTGACAAAATCCA
gi|1                          :               ATGATTACAAATGGTTGCTATA--GCAGTTAGGGGTAATAACCAAAAAAAACA--AAAAAA--AAACAATTCCTTTT--CAAATTGACATTGACCAAATCCA
gi|10                         :  tacATCGGTTGCTATGACTATAAATGGTTTCTATA--GCAGTTAGTGATTATAAC----------A--AAAAAC--AAAAAATTCCTTTC--CAAACTGACt
gi|11                         :           TGCTATGATTACATGTGTTTGCTATA--GCAGTTAGTGATACAAAT----------A--AAAAAC--GAACAATTCCTTTT--CAAACTGACATTGACAAAATCCAgaaagccatg
gi|12                         :     ATCGGTTGCTATGATTACAAATGGTTGGTATA--GCAGTAAGTGATAAT--T----------A--AAAAAA---------TCCTTTT--CAAATTGACATTGACAAAATCCA
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gi|17                         :      TCGGTTGCTATGATAACAAATAGTTGCTATA--GCATTTAATG----TTAT----------A--AAAA-----------TCCTTTT--CAAACTGATATTGACTAAATCCAt
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gi|2                          :      TCGTTTGCCATGATTACAAATGGTTGCTATA--GCAGTTAGTGATAATAACAA--------A--AAAAAA--AAACAATTCCGTTT--TAAATTGACATTAACAAAATCCA
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