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consensus                     :       AGGGGTGTTCGAAATGTAT------TGTGTATTTG----CCCTCTAACCATTAATAACTAACTAAATCGCTAATGT
Reference ( gi|6 )            :       AAGAGTGTTCGAAATGTAC------TGTGTATTTG----CCATCTAACCATTAATAACTAACTAAATCGCTAATGT
gi|8                          :       AGGGGTGTTCGAAATGTAT------TGTGCATTTA----CCTTCGAATCATTAATAACTAACTAATTCGC
gi|5                          :     cgAGGGATATTCGAAATGTAT------TGTGTATTTA----CT-CCTTACCAATTATAACTAAATAAATCGCTAAT
gi|2                          :    acgAGGGGTGTTCGAAATGTA-------TGTGAATTTG----CTTTCTCGCCATTAATACATAACTTAATCTCTTATGT
gi|9                          :      gAGGGATGATCGAAATGTAT------TGTGTATTTG----CC-CCTTACC---AATA---AACTAAATCGattca
gi|15                         :    acgAAGGATGTTCGAAATGTAT------TGTGTATTTG----CCCTC
gi|14                         :  atacgAGGGGTGTCCGAAATGTAT------TGTGTATTTG----CTATC
gi|16                         : tatacgAGGGGTGTCAGAAATGTAT------TGTGTATTTG----C
gi|17                         :  atacgAGGGATGTTCGAAATGTAT------TGTGTATTTtctt
gi|1                          :  atatacgGGGTGTTCGAAATGCAC------TGTGTATTTATTTACCCTCTAACCATTAATAATTAACTAAATCGCTAATGT
gi|3                          :          tGTGTTCAAAATATACATGTATTGTGTATTTG----CCCTCTAACCATTAA----TAACTAAATCGCTAATGTcttc
gi|7                          :           GTGTTCGAAAAGTAT------TGTGTATAAG----CCCTCTAACCATAAATAATCAACTTAATCGCTATTGTgttc
gi|4                          :            TGTTCGAAATGTAA------TGTATATATG----TCCTCTAACCATTAACAACTAACTGAATCGTCAGTGTct
gi|10                         :      cgaggtTGTTCAAAATGTAT------TGTTTATTTG----CCCTCTTACTGTTAc
gi|13                         : aataccatggaTGTCCAAAATGCAT------TGTGTATTTG----C
gi|12                         :        atacgagggtAAA-GTAT------TGTGTATTTA----CCTTCTAACTATTAATAACTAACTTAATtctcga
gi|11                         :                                    TATTTG----CCCTCTAACTAATAATAACTCACTAAATCGCGTATGT
gi|18                         :                                                    AATCATTAATATCTAACTAAATCGCTAATGTcttca





Alignments
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lowQualScore                  :                      ......              ....                 .                   
lowQualScore                  :                      222222              3333                 2                   
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Reference ( family-4853 )     :       AGGGGTGTTCGAAAT------GTATTGTGTATTTG----CCCTCTAACCATTAATAACTAACTAAATCGCTAATGT
gi|1                          :         GGGTGTTCGAAAT------GCACTGTGTATTTATTTACCCTCTAACCATTAATAATTAACTAAATCGCTAATGT
gi|10                         :        tGGATGTTCAAAAT------GTATTGTTTATTTG----CCCTCTTACTGTTActtc
gi|11                         :                            aataccatTATTTG----CCCTCTAACTAATAATAACTCACTAAATCGCGTATGT
gi|12                         :                  AAA-------GTATTGTGTATTTA----CCTTCTAACTATTAATAACTAACTTAATcttca
gi|13                         :       AGGGTTGTCCAAAAT------GCATTGTGTATTTG----CTCTC
gi|14                         :  atacgAGGGGTGTCCGAAAT------GTATTGTGTATTTG----Cga
gi|15                         : tatacgAAGGATGTTCGAAAT------GTATTGTGTATTTG----CCCTCtatc
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gi|18                         :                                             atatacgAATCATTAATATCTAACTAAATCGCTAATGT
gi|2                          :       AGGGGTGTTCGAAAT------GTAT-GTGAATTTG----CTTTCTCGCCATTAATACATAACTTAATCTCTTATGTct
gi|3                          :          gGTGTTCAAAATATACATGTATTGTGTATTTG----CCCTCTAACCATTAA----TAACTAAATCGCTAATGTattca
gi|4                          :         GGTTGTTCGAAAT------GTAATGTATATATG----TCCTCTAACCATTAACAACTAACTGAATCGTCAGTGTgttc
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gi|7                          :           GTGTTCGAAAA------GTATTGTGTATAAG----CCCTCTAACCATAAATAATCAACTTAATCGCTATTGT
gi|8                          :       AGGGGTGTTCGAAAT------GTATTGTGCATTTA----CCTTCGAATCATTAATAACTAACTAATTCGCct
gi|9                          :     cgAGGGATGATCGAAAT------GTATTGTGTATTTG----CCC-CTTACC---AATA---AACTAAATCG





Alignments
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lowQualScore                  :                      222222              3333                 2                   
consensus                     :       AGGGGTGTTCGAAAT------GTATTGTGTATTTG----CCCTCTAACCATTAATAACTAACTAAATCGCTAATGT
Reference ( family-4853 )     :       AGGGGTGTTCGAAAT------GTATTGTGTATTTG----CCCTCTAACCATTAATAACTAACTAAATCGCTAATGT
gi|1                          :         GGGTGTTCGAAAT------GCACTGTGTATTTATTTACCCTCTAACCATTAATAATTAACTAAATCGCTAATGT
gi|10                         :        tGGATGTTCAAAAT------GTATTGTTTATTTG----CCCTCTTACTGTTActtc
gi|11                         :                            aataccatTATTTG----CCCTCTAACTAATAATAACTCACTAAATCGCGTATGT
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gi|13                         :       AGGGTTGTCCAAAAT------GCATTGTGTATTTG----CTCTC
gi|14                         :  atacgAGGGGTGTCCGAAAT------GTATTGTGTATTTG----Cga
gi|15                         : tatacgAAGGATGTTCGAAAT------GTATTGTGTATTTG----CCCTCtatc
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gi|17                         :  atacgAGGGATGTTCGAAAT------GTATTGTGTATTTt
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gi|4                          :         GGTTGTTCGAAAT------GTAATGTATATATG----TCCTCTAACCATTAACAACTAACTGAATCGTCAGTGTgttc
gi|5                          :    cgaAGGGATATTCGAAAT------GTATTGTGTATTTA----CTC-CTTACCAATTATAACTAAATAAATCGCTAATc
gi|6                          :    acgAAGAGTGTTCGAAAT------GTACTGTGTATTTG----CCATCTAACCATTAATAACTAACTAAATCGCTAATGT
gi|7                          :           GTGTTCGAAAA------GTATTGTGTATAAG----CCCTCTAACCATAAATAATCAACTTAATCGCTATTGT
gi|8                          :       AGGGGTGTTCGAAAT------GTATTGTGCATTTA----CCTTCGAATCATTAATAACTAACTAATTCGCct
gi|9                          :     cgAGGGATGATCGAAAT------GTATTGTGTATTTG----CCC-CTTACC---AATA---AACTAAATCG


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originalCons                  :       AGGGGTGTTCGAAAT------GTATTGTGTATTTG----CCCTCTAACCATTAATAACTAACTAAATCGCTAATGT
finalCons                     :       AGGGGTGTTCGAAAT------GTATTGTGTATTTG----CCCTCTAACCATTAATAACTAACTAAATCGCTAATGT





Alignments
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consensus                     :       AGGGGTGTTCGAAAT------GTATTGTGTATTTG----CCCTCTAACCATTAATAACTAACTAAATCGCTAATGT
Reference ( family-4853 )     :       AGGGGTGTTCGAAAT------GTATTGTGTATTTG----CCCTCTAACCATTAATAACTAACTAAATCGCTAATGT
gi|1                          :         GGGTGTTCGAAAT------GCACTGTGTATTTATTTACCCTCTAACCATTAATAATTAACTAAATCGCTAATGT
gi|10                         :        tGGATGTTCAAAAT------GTATTGTTTATTTG----CCCTCTTACTGTTActtc
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gi|14                         :  atacgAGGGGTGTCCGAAAT------GTATTGTGTATTTG----Cga
gi|15                         : tatacgAAGGATGTTCGAAAT------GTATTGTGTATTTG----CCCTCtatc
gi|16                         :  atacgAGGGGTGTCAGAAAT------GTATTGTGTATTTG----CTCT
gi|17                         :  atacgAGGGATGTTCGAAAT------GTATTGTGTATTTt
gi|18                         :                                             atatacgAATCATTAATATCTAACTAAATCGCTAATGT
gi|2                          :       AGGGGTGTTCGAAAT------GTAT-GTGAATTTG----CTTTCTCGCCATTAATACATAACTTAATCTCTTATGTct
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gi|5                          :    cgaAGGGATATTCGAAAT------GTATTGTGTATTTA----CTC-CTTACCAATTATAACTAAATAAATCGCTAATc
gi|6                          :    acgAAGAGTGTTCGAAAT------GTACTGTGTATTTG----CCATCTAACCATTAATAACTAACTAAATCGCTAATGT
gi|7                          :           GTGTTCGAAAA------GTATTGTGTATAAG----CCCTCTAACCATAAATAATCAACTTAATCGCTATTGT
gi|8                          :       AGGGGTGTTCGAAAT------GTATTGTGCATTTA----CCTTCGAATCATTAATAACTAACTAATTCGCct
gi|9                          :     cgAGGGATGATCGAAAT------GTATTGTGTATTTG----CCC-CTTACC---AATA---AACTAAATCG