lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111 11111111 22222222 222222 1111111 333333333333333 1111111 33333 11 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1111111111111 1111 3333333333 22222222 11 11 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 44444444444444444 111 1111111 1 444444444444444444444 111 1 111111111 22 22 1 3333333333333333 2222 1111111 2222222222222222222222222 111111 111111
lowQualScore : 6 5 2 9999999999999999999999999999999 44444444 77777777 777 44 55 4 55 000000 3333333 888888888888888 3 6666666 22222 3 00 2 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 9999 777 5 66 4 6666666666666 4444 1111111111 3 00000000 6666 00 66 0 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 00000000000000000 7777 555 4 44 3 999 0000000 6 0 3 444444444444444444444 000 3 3 9 666666666 888888888 22 3 66 3 5 2 2 66666 44 2 44 1 66666 4 2 2 66 8888888888888888 0 1111 2 88 8888 3333333 33 2 8888888888888888888888888 333333 44 333333
lowQualScore : . . . ............................... ........ ........ ... .. .. . .. ...... ....... ............... . ....... ..... . .. . ........................................................... .... ... . .. . ............. .... .......... . ........ .... .. .. . ........................................................... ................. .... ... . .. . ... ....... . . . ..................... ... . . . ......... ......... .. . .. . . . . ..... .. . .. . ..... . . . .. ................ . .... . .. .... ....... .. . ......................... ...... .. ......
lowQualScore : 6 7 7 1111111111111111111111111111111 55555555 00000000 888 33 55 0 55 555555 0000000 555555555555555 6 5555555 77777 1 00 9 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 4444 888 9 11 4 6666666666666 0000 6666666666 3 77777777 1111 00 99 5 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 44444444444444444 1111 888 3 66 3 222 8888888 4 8 3 777777777777777777777 444 1 8 2 777777777 444444444 44 1 00 3 0 1 7 11111 66 8 77 6 11111 6 9 9 88 7777777777777777 5 6666 9 66 5555 7777777 99 9 6666666666666666666666666 222222 66 888888
consensus : ATTT-GTAACACATAAA--------GTAG--------CA--------TC--------TGTA--------GT---T-TAT--A-TTT--CA-N----AAAG-------AGGTCGGAC----TT----ATT-TN--T---AAATGAATTTC---GTA-AACAATT--TACATAT-NT------ATACT--TATCACG--TAAA---GTAGCATCT--------G--------TA----GT---TNATA--TTTC-A-AAAAG-------AGGTTGG-AC----TT----ATT-TT-T-----AAATGAA----TTTCGTAAACAATT--TACATA-T-NT------A----TATT--TA-----T-CGCA-----TAAA---GT---A-----GCATCT--------G--------TA----GT---TNATA--TTTC-A-AAAAG-------AGGTTGGA-C----TT----AT-T-T---N-TA---AATGA-ATTTCGTAAA-CAATTTNCTT-----TTAAAT---ANA---TATCTAAAATTCCA-TANATCATCCATGATAGATA-ATA----TATATAT-GTAC----ACTCATATTC-A-CACACA--CAAGGCCT---------C-C-N-AAACAAT-GCTTTGTT-AAAAGATT--TCTAAAA--A--C-CT--ATATA-CTTGACA-------------------------TACGTAG-----ATTAAATGC--TGT-----GTATATGTATTT
Reference ( gi|4 ) : ATAT-GTAACATATAAA--------GTAG--------CA--------TC--------TGTA--------GT---T-TAT--A-TTT--CA-T----AAAG-------AGGTAGGAC----TT----ATT-TT--T---AAATGAATTAA---GTA-AACAATT--TACATAT-GT------ATGTT--TATCGGG--TAAA---GTAGCATCT--------G--------TA----GT---TTATA--TTTC-A-TAAAG-------AGGTAGG-AC----TT----ATT-TT-T-----AAATGAA----TTTAGTAAACAATT--TACATA-T-GT------A----TGTT--TA-----T-CGGG-----TAAA---GT---A-----GCATCT--------G--------TA----GT---TTATA--TTTC-A-TAAAG-------AGGTAGGA-C----TT----AT-T-T---T-TA---AATGA-ATTTAGTAAA-CAATTTACAT-----TTAAAT---ATA---TATCTACGATTCCA-TTCATCATCTATGTTAGATA-ATA----TATATAT-GTAC----ACTCATATTC-A-CACACA--CAAGGCCA---------T-T-A-AAACAAT-TCTTTGTT-AAAAGATT--TCTAAAA--A--C-CT--ATATA-CTTGACA-------------------------TACGTAA-----ATTAAATGC--TGT-----ATATATGTATTT
gi|12 : ATTT-GTAACACATAAG--------GTAG--------CA--------TC--------TGTACATCTTTAAT---T-AAT--A-TTT--CA-T----AAAG-------AGGTTGGACTTTATT----ATT-TG--T---AAATGAATTTC---GTA-AACAATT--TAC
gi|3 : atcctgtacatgctttcttatgctaagaaacaccaagttatacctacattaaaaatatttatttattacgcgacacattttcagaaacaatgagaaaatctttttagatATTT-GTAAAACATAAA--------GTAT--------CA--------TC--------TGTAC-------AT---C-TGT--A-GTTAGCA-TTTAAAAAA-------AAGTTGGAC----TT----GT----------GAATGAATTTC---GTA-AACAATT--TACttttaaataaatatctaaaattccataaatcatccatgatagataatatatatgtacactcatattcacacgctcaatgcatcccaaacaatgttttggttaaaaaaaattctacaaacctatttactttacatacgta
gi|14 : ATATTGTAACACATAAGTTGCATCTGTA---------CA--------TC--------TGTA--------GT---T-TAT--A-ATT--CA-A----AAAG-------AGGT-TTACTTTATT----ATT-TA--T---AAATAAATTTC---GTA-AACAATT--AACttttaaataaatatctaaaaatccctaaatcaccaatgatagataataatattatatatgtacactcatattcacacacacaaggcctcccaaactatgatttctaaaaactatatacttgacatagtacgtagattttctacgtagattacgtagattaaatgctgtgaatgtgtatattctcactttaaaagttctgtaatttgcttagattttatcaattaaatgaattaacatattataaggttttatatataatttgcgagtattattgtacagcggacagatgtgaataaaatgatactcgttttccaaatcgtgtgtattacataaagtgcaatatcttcggttaaat
gi|18 : aattcaatatttctttattagtaacttaaacatataaatttcatacatatattatacatgcattcaatatatgtatttatcacgtgatacattttatgaaacaattcgtaaatatttttaaATTT-GTTATATATAAA--------GTAG--------CA--------TC--------TGCA--------ttttaaataaatatctaacattccataaatcatcaatgacagataatatat
gi|15 : attattaactccatgtagttttgctagcatacgtgtaaacatgtaatatttatcattatatacatgcattatcaactatatgcagcacgtccgatgtatttatcacataacacctttttaaccatatcttttatatatttagatAT-GTAACACATAAA--------GTTG--------CA--------TCTGTACATCTGTA--------GT---T-AAT--A-TTT--CA-A----ATAT-------AGGTTGGACT---TT----ATTATT--TACAAAATGAGCTTC---GTA-AACAATT--TAcatatgca
gi|11 : ctatgaaacaagttgtaaatactttttaataT-GTAATACATAAA--------GTAGCATCTATACA--------TC--------TGTA--------GT---T-AAT--ACTTC--CA-A----AAAG-------AGGTTGGAC----TTGATCATT-TA--T---AAATGAGTTTC---GTA-AACAATT--Tgttttcaattaatatctaaaattctctaaatcatccatgatagataatatatatgtacattcatattcagacgcacaaggcctcccaaagaatgctttgttacgagatttctaaatacctatatactagatatacgt
gi|1 : cattacatacatatattatacatacatccaatatatttttttatcacgtgaaacattttatgaaacaattcgtaaatatttttagataatT-ATAACATA--AC--------GTAG--------CATCTGCATATC--------TGTA--------GT---T-CATAGA-TTT--CA-A----CAAG-------AGGTTGAACTTTGTT----ATT-TCG-T---AAATGAATTTC---GTA-AAtcttttaaataattgtctaaaatttcaatgaatcatccatgatatataatatatatgtacactcatattcaaacacatcgcctccaaaacaatgatttgttaaaagatttctaaagacctatatgcttgacatacgtagataaaatgctgtatacttgtattttc
gi|6 : ttcaagattccttaatttataacttaaacattaaatgcttgttacatatagtataacatacaaagaatgcatccaatataatcatccgtgacacagtttatgaaacaactcgtatatattatatactcgAACACATAA-------------------------------TC--------TGTA--------ATAAAT-TAT--A-TTT--CA-A----ATAG-------AGGTCGTAC----TTTATTATT-TT--T---AAATGAATTTC---GTA-AACAgcgttttttttttctgttaaatatatgtctaaaattccatctatcatccatgataattaatttatacttttctttcataaccgaccacacaccgacacgagaacgctcgaaacaagattcgtctagcaatcctatatacttgacatacgtatattaaatgttgtgtatatgtatttccccagttttaaaagtcctgtgaattgctttgatttcatcaaatcaacatcaatccaatacactattaaacacttggtctatcataataaggaggttttatatataatttccgaagtcattatacaacggataaataagaataaaattctgctcgttttccaaatcatgtgtattacataaagtgcaatctctttaaat
gi|10 : atttatcacgtgacctattttatgaaacaattcgtaaatatttaatatttattcgtaACACATAAA--------GTAG--------CA--------TC--------TGTACATA----GT---T-TTT--A-TTT--CAAT----AAAGCAATAAGAGGAATGAC----TTTTT-GTT-TA--T---AAATGAATTTG---GTA-ATCAATT--TACtctaaacctccataaatcatccatgagagataatatatatgtacactcatattcacacgcacaagaccacccaaacaatgctttgctaaaagatttctaaaaacctaaacccttgacatatgtatattaaatgctgtgtttatgtattttcccaattttaaaagttctgtaacttgcttagatttcatcaattcaataaatgtataaacgcttggcctcttccaatagtaaggttttctgtacaatttgtaagtatcgttgtacaac
gi|8 : tatgaaacaattcgtaaatattttttttaatatttgccG--------CT--------TC--------AGTA--------TT---TCTTT--A-TTT--TA-T----AA------------TA---------T----ATT-TTCTT---ACATAAATACA---GTATAAC--TT--T---TA--AT------ATTTT--TATCAGG--TGA------------------------------------------CACA--TTTT-A-T---G-------AGACAATTAT----TT----TTT-TT-T-----AAAT--A----TTTA--AAACA-------CATAGT-GT------AACAATGTT---A-----T-T--------T------GT---A------CATCT--------T--------TA----GT---TTATA--TTTC-A-ATAAG-------AGGTTGAA-CA---TT----AT-CAT---T-TATC-AATAACGTTTGGTAAG-CAATTTGCTT-----TAAAATTCCATA---TA-----------A-TGTATTATCCAGGATAGATA-ATA----CATATAT--T-C----ACTCAT-TAC-AACACACA--CAAGACC----------T-T-ACAAACAAT-GCTTTGTT-AAATGATT--TC-AAAA--A--T-GT--ATATA-CTTGACA-------------------------AACGAAACGTTGATTAAATGC--TGT-----CTGTATGTATtttcaaatacatatctaaaattccacatatcaaccatgatagttacatgtaatatatactttaactcataaccagtcacacaaggccttacaaacaatgctttgttaaaatattgacatacgtagatttaatgctgtgttgatgtatatgccaagttttaaaattctgtaatttgcttttatttcatcaattcaataaacttataaacgctgcgcctattgtatcaata
gi|14 : -TAC--A-TTT--TA-TG---AAAC-------AATTCGTAA----AT----ATT-TT--T---AAAT--ATT-----GTA-A--------CACATAA-GT-------TGC----ATC-----T------GTA-CATCT--------G--------TA----GT---TTATA--ATTC-A-AAAAG-------AGGT-TT-ACTTTATT----ATT-TA-T-----AAATAAA----TTTCGTAAACAATT--AAC
gi|6 : aattcaatatttctttattagtaacttaaacatataaatttcatacatatattatacatgcattcaatatatgtatttatcacgtgaGAC----CT----ATT-TT--------ATGAAACAATTCGTA-AATA-TT--TA-ATAT-TT------AT-------TCG----TAAACACATA--ATCT--------G--------TA----ATAAATTATA--TTTC-A-AATAG-------AGGTCGT-AC----TTTATTATT-TT-T-----AAATGAA----TTTCGTAAACAttttaaataaatatctaacattccataaatcatcaatgacagataatatat
gi|10 : atttatcacgtA-AACAATTCGTAAATAT-TTTTTTTAATATT--TGCCACACATAAA---GTAGCATCT--------G--------TACATAGT---TTTTA--TTTC-AATAAAGCAATAAGAGGAATG-AC----TTTTT-GTT-TA-T-----AAATGAA----TTTGGTAATCAATT--TACtctaaacctccataaatcatccatgagagataatatatatgtacactcatattcacacgcacaagaccacccaaacaatgctttgctaaaagatttctaaaaacctaaacccttgacatatgtatattaaatgctgtgtttatgtattttcccaattttaaaagttctgtaacttgcttagatttcatcaattcaataaatgtataaacgcttggcctcttccaatagtaaggttttctgtacaatttgtaagtatcgttgtacaac
gi|1 : tatgA-AACAACTCGTATATATTAT------ATACTCGTATAACA--TAAC---GTAGCATCT--------GCATATCTGTA----GT---TCATAGATTTC-A-ACAAG-------AGGTTGA-AC----TTTGTTATT-TCGT-----AAATGAA----TTTCGTAAAtttcaaatacatatctaaaattccacatatcaaccatgatagttacatgtaatatatactttaactcataaccagtcacacaaggccttacaaacaatgctttgttaaaatattgacatacgtagatttaatgctgtgttgatgtatatgccaagttttaaaattctgtaatttgcttttatttcatcaattcaataaacttataaacgctgcgcctattgtatcaata
gi|11 : ttcaagattccttaatttataacttaaacattaaatgcttgttacatatagtataacatacaaagaatgcatccaatataatcatccgtgacacagtttatg--TAAA---GTAGCATCTATACATCTG--------TA----GT---TAATA--CTTCCA-AAAAG-------AGGTTGG-AC----TTGATCATT-TA-T-----AAATGAG----TTTCGTAAACAATT--Tgcgttttttttttctgttaaatatatgtctaaaattccatctatcatccatgataattaatttatacttttctttcataaccgaccacacaccgacacgagaacgctcgaaacaagattcgtctagcaatcctatatacttgacatacgtatattaaatgttgtgtatatgtatttccccagttttaaaagtcctgtgaattgctttgatttcatcaaatcaacatcaatccaatacactattaaacacttggtctatcataataaggaggttttatatataatttccgaagtcattatacaacggataaataagaataaaattctgctcgttttccaaatcatgtgtattacataaagtgcaatctctttaaat
gi|12 : cattacatacatatattatacatacatccaatatatttttttatcacgtgaaacattttatgaaacaattcgtaaatatttttagataattgtaataca--TAAG---GTAGCATCT--------GTACATCTTTA----AT---TAATA--TTTC-A-TAAAG-------AGGTTGG-ACTTTATT----ATT-TG-T-----AAATGAA----TTTCGTAAACAATT--TACtcttttaaataattgtctaaaatttcaatgaatcatccatgatatataatatatatgtacactcatattcaaacacatcgcctccaaaacaatgatttgttaaaagatttctaaagacctatatgcttgacatacgtagataaaatgctgtatacttgtattttc
gi|15 : atcctgtacatgctttcttatgctaagaaacaccaagttatacctacattaaaaatatttatttattacgcgacacattttcagaaacaatgagaaaatctttttagatatttgtaacaca---GTA-CATCT--------G--------TA----GT---TAATA--TTTC-A-AATAT-------AGGTTGG-ACT---TT----ATTATT-TACA--AAATGAG----CTTCGTAAACAATT--TAttttaaataaatatctaaaattccataaatcatccatgatagataatatatatgtacactcatattcacacgctcaatgcatcccaaacaatgttttggttaaaaaaaattctacaaacctatttactttacatacgta
gi|3 : ctatgaaacaagttgtaaatactttttaataatgtaacacataaagttgcatct---GTA-CATCT--------G--------TA----GT---TAGCA--TTTA-A--AAAA-------AAGTTGG-AC----TT----GT-----------GAATGAA----TTTCGTAAACAATT--TACgttttcaattaatatctaaaattctctaaatcatccatgatagataatatatatgtacattcatattcagacgcacaaggcctcccaaagaatgctttgttacgagatttctaaatacctatatactagatatacgt
gi|6 : atttgtaaaacataaagtatcatctG-AC----CT----ATT-TT---------ATGAA------------ACAATTCGTAAATA-T-TT------AA---TATT--TA-----TTCG-------TAAACACAT---A-------ATCT--------G--------TA----ATAAATTATA--TTTC-A-AATAG-------AGGTCGTA-C----TTTATTAT-T-T---T-TA---AATGA-ATTTCGTAAA-CA-------T-----CTAAAC------------------CTCCA-TAAATCATCCATGAGAGATA-ATA----T--ATAT-GTAC----ACTCATATTC-A-CACGCA--CAAGACCA---------C-C-C-AAACAAT-GCTTTGCT-AAAAGATT--TCTAAAA--A--C-CT--AAACC-CTTGACA-------------------------TATGTAT-----ATTAAATGC--TGT-----GTTTATGTATTTttttaaataaatatctaaaaatccctaaatcaccaatgatagataataatattatatatgtacactcatattcacacacacaaggcctcccaaactatgatttctaaaaactatatacttgacatagtacgtagattttctacgtagattacgtagattaaatgctgtgaatgtgtatattctcactttaaaagttctgtaatttgcttagattttatcaattaaatgaattaacatattataaggttttatatataatttgcgagtattattgtacagcggacagatgtgaataaaatgatactcgttttccaaatcgtgtgtattacataaagtgcaatatcttcggttaaat
gi|11 : atttatcacgtT----ATT-TT-TTTATCACGTGAAACATTTTATGAAACAATT----CGTA-A-AT------A----TTTT--TAGATAAT-TGTAATACATAAA---GT---A-----GCATCTATACATCTG--------TA----GT---TAATA--CTTCCA-AAAAG-------AGGTTGGA-C----TTGATCAT-T-T---A-TA---AATGA-GTTTCGTAAA-CAATTTTCTT-----TTAAAT---AAT---TGTCTAAAATTTCAATGAATCATCCATGATATATA-ATA----TATAT---GTAC----ACTCATATTC-A-AACACAT-C---GCCT---------C-C-A-AAACAAT-GATTTGTT-AAAAGATT--TCTAAAG--A--C-CT--ATATG-CTTGACA-------------------------TACGTAG-----ATAAAATGC--TGT-----ATACTTGTATTTtcccaattttaaaagttctgtaacttgcttagatttcatcaattcaataaatgtataaacgcttggcctcttccaatagtaaggttttctgtacaatttgtaagtatcgttgtacaac
gi|7 : cattacatacatatattatacatacatccaata----ATT-TTAT-----AAAACAA----TTT-GTATACATTT--TAAA-------------A----TACT--TA-----G-CACA-----TAAA---ATTCCATCTGCACATCT--------G--------TA----GT---TCATA--TTTC-A-ATAAT-------ATGTTGAA-CATTACT----AT-T-T---CGTA---CATGT-ATTTCGTAAA-GTATTTTTCT-----TAAGAT---ATACGGTATCTAAAATTCCA-TATAACATCTATGGT-------TA----TTTTTTC-GCAC----AC---------A-CACACA--GAAGGACAAAATACCTTT-T-A-AAATAGC-GTATTATT-AAA-GATT--G--AAAA--A--CACT--ACATA-CTTGATA-------------------------TACGTAA-----ATTAAATGCTGTGT-----GTATATGTATtc
gi|1 : tttttatttgaaacttaaacacttaatgattttcattcgatccatacattatacataaatacagtacatcaaatatagtagatacAG----TTTATGAAACAACTCGTATATA-TTAT------A----TACTCGTA-----T-AACA-----TAAC---GT---A-----GCATCT--------GCATATCTGTA----GT---TCATAGATTTC-A-ACAAG-------AGGTTGAA-C----TTTGTTAT-T-T---CGTA---AATGA-ATTTCGTAAAGCGTTTTTTTTTTCTGTTAAAT---ATA---TGTCTAAAATTCCA-TCTATCATCCATGATAATTA-ATT----TATAC-T-TTTC----TTTCATAACCGA-C-CACA--CACCGACA---------C-G-A-GAACG-----CTCGAA-ACAAGATTCGTCTAGCA--AT-C-CT--ATATA-CTTGACA-------------------------TACGTAT-----ATTAAATGT--TGT-----GTATATGTATTTgttcccatttttaaaa
gi|14 : ttcaagattccttaatttataacttaaacattaaatgcttgttacatatagtataacatacaaagaatgcatccaatataatcatccgtgacac----TTTATGAAACAATTCGTAAATA-T-TTTTAA--A----TATTG-TA-----A-CACA-----TAA----GT---T-----GCATCTGTACATCTG--------TA----GT---TTATA--ATTC-A-AAAAG-------AGGT-TTA-CTTTATT----AT-T-T---A-TA---AATAA-ATTTCGTAAA-CAATTAACTT-----TTAAAT---AAA---TATCTAACATTCCA-TAAATCATCAATGACAGATA-ATA----TATccccagttttaaaagtcctgtgaattgctttgatttcatcaaatcaacatcaatccaatacactattaaacacttggtctatcataataaggaggttttatatataatttccgaagtcattatacaacggataaataagaataaaattctgctcgttttccaaatcatgtgtattacataaagtgcaatctctttaaat
gi|10 : aattcaatatttctttattagtaacttaaacatataaatttcatacatatattatacatgcattcaatatatgtatttatcacgtgatacatAAACAATTCGTAAATA-T-TTTTTTTAA----TATT--TG-----C-CACACA---TAAA---GT---A-----GCATCT--------G--------TACATAGT---TTTTA--TTTC-AATAAAGCAATAAGAGGAATGA-C----TTTTT-GT-T-T---A-TA---AATGA-ATTTGGTAAT-CAATTTACTT-----TCAAAT---ACA---TATCTAAAATTCCA-CATATCAACCATGATAGTTACATG----TA-ATAT-ATACTTTAACTCATAACC-A-GTCACA--CAAGGCC----------T-T-ACAAACAAT-GCTTTGTT-AAAA--------TA---------------------TTGACA-------------------------TACGTAG-----ATTTAATGC--TGT-----GTTGATGTAT
gi|12 : tatg-----TAAG---GT---A-----GCATCT--------GTACATCTTTA----AT---TAATA--TTTC-A-TAAAG-------AGGTTGGA-CTTTATT----AT-T-T---G-TA---AATGA-ATTTCGTAAA-CAATTTACTT-----TTAAAT---AAA---TATCTAAAATTCCA-TAAATCATCCATGATAGATA---A----TATATAT-GTAC----ACTCATATTC-A-CACGCT--CAATG-CA---------TCC-C-AAACAATGTTTTGGTTAAAAAAAAT--TCTACAA--A--C-CT--ATTTA-CTTTACA-------------------------TACGTAatgccaagttttaaaattctgtaatttgcttttatttcatcaattcaataaacttataaacgctgcgcctattgtatcaata
gi|15 : atcctgtacatgctttcttatgctaagaaacaccaagttatacctacattaaaaatatttatttattacgcgacacattttcagaaacaatgagaaaatctttttagatatttgtaacaca---GT---A------CATCT--------G--------TA----GT---TAATA--TTTC-A-AATAT-------AGGTTGGA-C----TTT---AT-TAT---T-TACAAAATGA-GCTTCGTAAA-CAATTTAGTT-----TTCAAT---TAA---TATCTAAAATTCTC-TAAATCATCCATGATAGATA-ATA----T--ATAT-GTAC----ATTCATATTC-A-GACGCA--CAAGGCCT---------C-C-C-AAAGAAT-GCTTTGTT-ACGAGATT--TCTAAAT--A--C-CT--ATATA-CTAGATA-------------------------TACGT
gi|3 : ctatgaaacaagttgtaaatactttttaataatgtaacacataaagttgcatct---GT---A------CATCT--------G--------TA----GT---TAGCA--TTTA-A--AAAA-------AAGTTGGA-C----TT----GT----------G---AATGA-ATTTCGTAAA-CAATTTACTT-----TTAAAT---AAA---TATCTAAAAATCCC-TAAATCACCAATGATAGATA-ATAATATTATATAT-GTAC----ACTCATATTC-A-CACACA--CAAGGCCT---------C-C-C-AAACTAT--------------GATT--TCTAAAA--A----CT--ATATA-CTTGACATAGTACGTAGATTTTCTACGTAGATTACGTAG-----ATTAAATGC--TGT-----GAATGTGTAT
gi|9 : atttgtaaaacataaagtatcatctATTT--------G--------TA----GT---TACTA--TTTA-A-ATAAG-------AGGTTGAAAT----TT----ATGT-TATAT-TA---AATGA-AATTCGTAAAGCGATGTTCTT-----TTAGAT---ATA---TATCTAAAACACCA-TATATCATCCACGATAGCTT-TT-----TGTGGTT-TTCC----TTTCTCACTC-A-TACACA--CATGATCT---------T-TTA-AAAAAGT-AAATTGTT-AAA-GATT---CTTAAA--C--C-CT--ATATA-CTTGACA-------------------------TACGTAG-----ATTAAATGT--TGT-----GTATATGTATTTattctcactttaaaagttctgtaatttgcttagattttatcaattaaatgaattaacatattataaggttttatatataatttgcgagtattattgtacagcggacagatgtgaataaaatgatactcgttttccaaatcgtgtgtattacataaagtgcaatatcttcggttaaat
gi|2 : tcagcatATAT--------G--------TA----GT---TTATA--TTT---------------------GAA-T----TT----AT-T--------A---AATAA-AAATTGTAAAGCGATTTTCTT-----TTTGAT---ATA---TATTTATACCTCCA-TATATCATCTATGAAAGTTT-TTT----TGT-TGTTGTTT----TTTCACAATC-A-CACACA--TTTGACCT---------T-T-T-AAACAGC-GAATTGTC-AAA----T--ATTAAAACTA--CTCT--ATATA-CTTAACA-------------------------TATGTAG-----AGTAAACGC--TGTGTATAGTATATGTATTTgcccagttttaaaagttctgtaaattggtttgattccatcaattcgatgaacctatatacggcttgttttatttcaattatatggatttataaacagtttgcgaatgccacagtacaataca
gi|13 : caagattcaagatttatttatttgtcacttaaacatatgatatttctcactaaatatatacactataacatacataaaggacatatgatatcatagttattaaattcgtacataattttaaatatttgaaacacacaaaaaagcatctgcaaTGA-ATTTCGCAAG-CAATTAACGG-----TTTGAT---AAA---TATCTAAAATTCTA-TATATCATCTATGAAAGTTT-ATA----TATATAT-GTAT------TCATAGCC-A-CACACAAATAATGCCT---------C-C-T-ATGTAGT-GAGTTGTT-AAAATAAT--T---AAA--A--C-CTCTGTATA-CTTGACA-------------------------TACGTAA-----ATTAAATGC--TGT-----GTATATGTAGTTgccctgttttaaatgttctgtgaattgctttgatttataaatactattaacgtttatacgctgggtgtattatattaaaacggttgtatctatagtttgagaatgtcaatgtactacggacaaataaga
gi|21 : gtagcatatatcaaggacttgcatatatcatcaattttctttaaatatttgtttttctttgtccacattaatttaaattttttataagtgtaaacatttataaatagattgatactATCACCTATGTTATGTA-ATA----T--ATAT-GTAC----ACTCATATTA-A-CACACA--TAAAGCCT---------T-C-G-AAACAAT-GCTTAGTT-AAAATATT--T-TAAA---------------------------------------------------------------TTAAATGC--TGT-----GTATATGTAtcccagttttaaaagttttct
gi|17 : GATA-ATT----CACACAT---------AATCACA--C-A-CACACA--CAAGGCC----------T-C-A----CACT-TTTTT---------ATT--TTTAAAAC-ATCC-CT--AT-TATCTCCACA-------------------------TATGCAG-----ATTAAATGC--TGT-----GTGTATGTATTT
5 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|5 ): AAAATTTTGACATTTCATTATTTGTAACTTGAACATATAATGTTTCTCATTACATAATTATATTATAACACACATGAGAATATCCAATAAGTTACCATATGGCTGACACACATTTGAGACAATTCATATAATAATTTATTTATCTGCATATCTGTGGTTTATATTTCAATAAGAGTAGTTGTTTTGCAAATGAATTGTTTAAAGCGATATAATATTATATATATCACCCATGATAGTTTCTTTAAATTTTTCGCTTACAAACACACATATAAGGACAAAATACCTCTTTAAACAGAGAATTGTTACAGATTGAACAACTCTTTGTACTTGACGTAAGTACATTTAATGTTTTGTATAGATATTAGCACGGTTTTAGAATTAGTTTAGTAAATTGTTTTG
Unaligned ( gi|16 ): GTAATGTTAGGAAACAATTCGTATATATTTCAAAATATATGTAACACGTGAAGTAGCATCTGCCATAATCTGCGCAGCTATTGTATATATTTGATTGGACTTATTTTCGTACATTTCATATAGTAAAGCGATATTCTTTTAAATATACAGCTAAATGTTCATACAGCTAATTTATATTCTTCACTTACAAACGCACGCATAAGAAAATACCTCTCAAAACATTGAATTGTTGAAATTAAAAAAATATATATACT
Unaligned ( gi|19 ): AAGACAGTCCAAATCAATACAGTATTAAGAATTAAAACACTAAATGTCTTGAAGATGCAAATAAAATGCTGCATATATGATATTTTTCCAATTTTAGAAATTCTGTACAAAATTTTGATTGTAAACTTGTAAACGCTGGGAATTAAATAATAAGTTTTAATCTATGATTTTGTGGATA
Unaligned ( gi|20 ): AAGATTCAATATTTGTAATTTAAACATAATAAATTGTCTCGTTACATACATACGTTATAACATACATAAAGTACATACAATAAAGTTATCATATCACATTTATACGGAACAATTCGTATATATTATGAAATGTTTGTAACAGTTATATAAGCATCTACACATCTGTAG
Unaligned ( gi|22 ): GATTCAAAATTACTTTATGTACAACTTAAACATAATTATGTTTCTCATTACATGCATATATTATACATACATACATTCAATGTATTTATTTATCACAT
Alignments
lowQualScore : 1 33 333 2 111 33333333 22 11 222 11 11111 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 111111111 444444444 1 222222222 11111 11111111 2222222222222222222222
lowQualScore : 4 4 6 1 5 1 22 4 555 1 0 666 44444444 33 88 4 4 2 222 1 8 11 99999 0 99999 3 7777 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 444 1 33 44 444444444 33 3 2 8888 222222222 2 44 444 2 2 66666 0 2 66666 2 444 2 777777 3 2 55555 444 7 2 7 5555 66 4 33 2 333333333 6666 333 2 66 2 2 55 0 11111 44444444 2 2 55555 444 0 3333333333333333333333 33 66666 2
lowQualScore : . . . . . . .. . ... . . ... ........ .. .. . . . ... . . .. ..... . ..... . .... ............................................................................................................. ... . .. .. ......... .. . . .... ......... . .. ... . . ..... . . ..... . ... . ...... . . ..... ... . . . .... .. . .. . ......... .... ... . .. . . .. . ..... ........ . . ..... ... . ...................... .. ..... .
lowQualScore : 0 0 0 0 0 0 00 0 000 0 0 000 55555555 55 55 0 0 5 000 2 0 88 88888 4 99999 3 1111 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 777 0 77 33 111111111 77 7 7 3333 999999999 7 66 777 5 5 22222 0 8 22222 8 444 5 222222 1 2 22222 555 1 7 1 0000 33 7 22 4 888888888 2222 999 2 66 2 2 33 6 11111 88888888 2 2 99999 111 3 7777777777777777777777 77 77777 7
consensus : ATNTGTNACATATAAAGTAGCATCTGCAGTTTATATTTCATAAAGAGGTAGGACTTATTTTTAAATGAATTAAGTAAACGATTTNCATTCGATNCATGCATTATCGCGTAAAGTAGCATCTGCAGTTTACATTTCANANANAGGTNGGACTTATTT-T-TAAATGA---ATTT-GT-AAACA-AT----TCGTANATATN-T------A---TATT--T--AN--C-ACA--TAAA--------GT---A--------GCATCT--------G----------------TA--------GT---TTATA--TTTC-AA-------A-AAGAG--GTTGGA-C----TTT-T-A----T-TTN-TA---AA-TGA-ATTTC-----GTAAA-CGATTTNCTTTT-----AAATANA---TATCTAAAATTCCA-TA-----NATCATCCATGATAGATA-ATA----TAT-ATATGTAC----ACTCATANTC-ACACAC--A-CAAGG---------CCTC-CN-AAAC---AA-TGCNTT-GTT-AAAAGATT--TCTAAAA--A--C--CTAT-ATA-CTTGAC-----A---TACGTAGA----------------------TTAAATGC--TGT-----GTATATG-TATTT
Reference ( family-484 ) : ATTTGTAACACATAAAGTAGCATCTGTAGTTTATATTTCANAAAGAGGTCGGACTTATTTNTAAATGAATTTCGTAAACAATTTACAT---ATNTATAC-TTATCACGTAAAGTAGCATCTGTAGTTNATATTTCAAAAAGAGGTTGGACTTATTT-T-TAAATGA---ATTTCGT-AAACA-AT----T--TACATATN-T------A---TATT--T--AT--C-GCA--TAAA--------GT---A--------GCATCT--------G----------------TA--------GT---TNATA--TTTC-AA-------A-AAGAG--GTTGGA-C----TT----A----T-TTN-TA---AA-TGA-ATTTC-----GTAAA-CAATTTNCTTTT-----AAATANA---TATCTAAAATTCCA-TA-----NATCATCCATGATAGATA-ATA----TAT-ATATGTAC----ACTCATATTC-ACACAC--A-CAAGG---------CCTC-CN-AAAC---AA-TGCTTT-GTT-AAAAGATT--TCTAAAA--A--C--CTAT-ATA-CTTGAC-----A---TACGTAGA----------------------TTAAATGC--TGT-----GTATATG-TATTT
gi|1 : -AAACA-AC----TCGTATATATTAT------A---TACTCGT--AT--A-ACA--TAAC--------GT---A--------GCATCT--------GCATATCTG--------TA--------GT---TCATAGATTTC-AA-------C-AAGAG--GTTGAA-C----TTTGTTA----T-TTCGTA---AA-TGA-ATTTC-----GTAAAGCGTTTTTTTTTTCTGTTAAATATA---TGTCTAAAATTCCA-TC-----TATCATCCATGATAATTA-ATT----TAT-AC-TTTTC----TTTCATAACCGAC-CAC--A-CA---------------C-CG-ACACGAGAA-CGC-TC-GAA-ACAAGATTCGTCTAGCA--AT-C--CTAT-ATA-CTTGAC-----A---TACGTATA----------------------TTAAATGT--TGT-----GTATATG-TATTT
gi|10 : ttcaagattccttaatttataacttaaacattaaatgcttgttacatatagtataacatacaaagaatgcatccaatataatcatccgtgacacagtttatg-AAACA-AT----TCGTAAATATT-TTTTTTAA---TATT--T--GC--C-ACACATAAA--------GT---A--------GCATCT--------G----------------TACATA----GT---TTTTA--TTTC-AATAAAGCAATAAGAG--GAATGA-C----TTTTT-G----T-TTA-TA---AA-TGA-ATTTG-----GTAAT-CAATTTACTTTC-----AAATACA---TATCTAAAATTCCA-CA-----TATCAACCATGATAGTTACATG----TA--ATATATACTTTAACTCATAACC-AGTCAC--A-CAAGG---------CCTT-AC-AAAC---AA-TGCTTT-GTT-AAAA--------TA---------------------TTGAC-----A---TACGTAGA----------------------TTTAATGC--TGT-----GTTGATG-TATccccagttttaaaagtcctgtgaattgctttgatttcatcaaatcaacatcaatccaatacactattaaacacttggtctatcataataaggaggttttatatataatttccgaagtcattatacaacggataaataagaataaaattctgctcgttttccaaatcatgtgtattacataaagtgcaatctctttaaat
gi|11 : tatg---ATTTTATGAAACA-AT----TCGTAAATATT-TTTAG--A---TAAT--T--GTAAT-ACA--TAAA--------GT---A--------GCATCTATACATCTG----------------TA--------GT---TAATA--CTTCCAA-------A-AAGAG--GTTGGA-C----TTGATCA----T-TTA-TA---AA-TGA-GTTTC-----GTAAA-CAATTTTCTTTT-----AAATAAT---TGTCTAAAATTTCAATG-----AATCATCCATGATATATA-ATA----TAT-AT--GTAC----ACTCATATTC-AAACAC--ATC---G---------CCTC-CA-AAAC---AA-TGATTT-GTT-AAAAGATT--TCTAAAG--A--C--CTAT-ATG-CTTGAC-----A---TACGTAGA----------------------TAAAATGC--TGT-----ATACTTG-TATTTatgccaagttttaaaattctgtaatttgcttttatttcatcaattcaataaacttataaacgctgcgcctattgtatcaata
gi|12 : cattacatacatatattatacatacatccaatatatttttttatcacgtgaaac------A---TATT--T--GTAAC-ACA--TAAG--------GT---A--------GCATCT--------G----------------TACATCTTTAAT---TAATA--TTTC-AT-------A-AAGAG--GTTGGA-C----TTTATTA----T-TTG-TA---AA-TGA-ATTTC-----GTAAA-CAATTTACTTTT-----AAATAAA---TATCTAAAATTCCA-TA-----AATCATCCATGATAGATA---A----TAT-ATATGTAC----ACTCATATTC-ACACGC--T-CAATG---------CATC-CC-AAAC---AA-TGTTTTGGTTAAAAAAAAT--TCTACAA--A--C--CTAT-TTA-CTTTAC-----A---TACGTAtc
gi|13 : atcctgtacatgctttcttatgctaagaaacaccaagttatacctacattaaaaatatttatttattacgcgacacattttcagaaacaatgagaaaatctttttag-TGA-ATTTC-----GCAAG-CAATTAACGGTT-----TGATAAA---TATCTAAAATTCTA-TA-----TATCATCTATGAAAGTTT-ATA----TAT-ATATGT------ATTCATAGCC-ACACACAAA-TAATG---------CCTC-CT-ATGT---AG-TGAGTT-GTT-AAAATAAT--T---AAA--A--CCTCTGT-ATA-CTTGAC-----A---TACGTAAA----------------------TTAAATGC--TGT-----GTATATG-TAGTT
gi|14 : gtagcatatatcaaggacttgcatatatcatcaattttctttaaatatttgtttttctttgtccacattaatttaaattttttataagtgtaaacatttataaatagattgatactTATTTAT-CACGTGATACATTTTATGAAACA-AT----TCGTAAATATT-TTTAA--A---TATTG-T--AA--C-ACA--TAAGTTGCATCTGT---A---------CATCT--------G----------------TA--------GT---TTATA--ATTC-AA-------A-AAGAG--GTTT-A-C----TTTATTA----T-TTA-TA---AA-TAA-ATTTC-----GTAAA-CAATTAACTTTT-----AAATAAA---TATCTAACATTCCA-TA-----AATCATCAATGACAGATA-ATA----TAT-tcccagttttaaaagttttct
gi|15 : aattcaatatttctttattagtaacttaaacatataaatttcatacatatattatacatgcattcaatatatgAAACAA---GTT--GT-AAATA-CT----T--TTTA---A-T------A----ATG--T--AA--C-ACA--TAAA--------GT---T--------GCATCT--------G----------------TACATCTGTAGT---TAATA--TTTC-AA-------A-TATAG--GTTGGA-C----TTTATTA----T-TTA-CA---AAATGA-GCTTC-----GTAAA-CAATTTAGTTTT-----CAATTAA---TATCTAAAATTCTC-TA-----AATCATCCATGATAGATA-ATA----T---ATATGTAC----ATTCATATTC-AGACGC--A-CAAGG---------CCTC-CC-AAAG---AA-TGCTTT-GTT-ACGAGATT--TCTAAAT--A--C--CTAT-ATA-CTAGAT-----A---TACGT
gi|16 : ctatg-AAACA-AT----TCGTATATATT-TCAAAATA---TATG--T--AA--C-ACG--TGAA--------GT---A--------GCATCT--------GCCATAATCTGCGCAGCTATT------GT---ATATA--TTT-----------------G--ATTGGA-C----TT----A----T-TTT-CG------TAC-ATTTCATATAGTAAAGCGATATTCTTTT-----AAATATA---CAGCTAAATGTTCA-TA-----CAGC------------TA-ATT----TAT-AT-TCTTC----ACTTACAAAC-GCACGC--A-TAAGAAAATA----CCTCTCA-AAAC---AT-TGAATT-GTT-GAAA---T--TAAAAAA--A--T--ATAT-ATA-CT
gi|17 : gtaatgttaggGATA-ATT----CAC-ACAT--------AATCACA--C-ACACAC--A-CAAGG---------CCTC------AC---A----CTTT-TTT-A-----TT--TTTAAAAC-ATCC--CTATTAT--CTCCAC-----A---TATGCAGA----------------------TTAAATGC--TGT-----GTGTATG-TATTT
gi|18 : tagaaaatagcttATTTGTTATATATAAAGTAGCATCTGCAtcaagctttaaaagttctgtaaattgttaggtaatacactcttcatgtagtataataataagggtttatatctaaattgtacaactgaca
gi|19 : attattaactccatgtagttttgctagcatacgtgtaaacatgtaatatttatcattatatacatgcattatcaactatatgcagcacgtccgatgtatttatcacataacacctttttaaccatatcttttatatatttagatTC-CA-AATC---AA-TACAGT-ATT-AAGA-ATT------AAA--A--CA-CTAA-ATGTCTTGA------A---GATGCAAA----------------------TAAAATGC--TGC-----ATATATGATATTTcatatgca
gi|2 : aagacagATTA---AATTCGT-ACATA-AT----T--T-----TA-A------A---TATT--TGAAA--C-ACA--CAAA--------AA---A--------GCATCT--------GCAAATATG--------TA--------GT---TTATA--TTT-----------------------GAA-T----TT----A----T-T----A---AA-TAA-AAATT-----GTAAAGCGATTTTCTTTT-----TGATATA---TATTTATACCTCCA-TA-----TATCATCTATGAAAGTTT-TTT----TGTTGT-TGTTT----TTTCACAATC-ACACAC--A-TTTGA---------CCTT-TT-AAAC---AG-CGAATT-GTC-AAA----T--ATTAAAACTA--CT-CTAT-ATA-CTTAAC-----A---TATGTAGA----------------------GTAAACGC--TGTGTATAGTATATG-TATTTttccaattttagaaattctgtacaaaattttgattgtaaacttgtaaacgctgggaattaaataataagttttaatctatgattttgtggata
gi|21 : caagattcaagatttatttatttgtcacttaaacatatgatatttctcactaaatatatacactataacatacataaaggacatatgatatcatagttATCACCTATGTTATGTA-ATA----T---ATATGTAC----ACTCATATTA-ACACAC--A-TAAAG---------CCTT-CG-AAAC---AA-TGCTTA-GTT-AAAATATT--T------------------------------------------TAAA----------------------TTAAATGC--TGT-----GTATATG-TAgccctgttttaaatgttctgtgaattgctttgatttataaatactattaacgtttatacgctgggtgtattatattaaaacggttgtatctatagtttgagaatgtcaatgtactacggacaaataaga
gi|3 : CA--TAAA--------GT---ATCATCTGTACATCT--------G----------------TA--------GT---TAGCA--TTT--AA-------A-AAAAA--GTTGGA-C----TT-------------G-TG---AA-TGA-ATTTC-----GTAAA-CAATTTACTTTT-----AAATAAA---TATCTAAAAATCCC-TA-----AATCACCAATGATAGATA-ATAATATTAT-ATATGTAC----ACTCATATTC-ACACAC--A-CAAGG---------CCTC-CC-AAAC---TA-T--------------GATT--TCTAAAA--A-----CTAT-ATA-CTTGAC-----ATAGTACGTAGATTTTCTACGTAGATTACGTAGATTAAATGC--TGT-----GAATGTG-TAT
gi|4 : atttgtaaaaATATGTAACATATAAAGTAGCATCTGTAGTTTATATTTCATAAAGAGGTAGGACTTATTTTTAAATGAATTAAGTAAACAATTTACAT---ATGTATGT-TTATCGGGTAAAGTAGCATCTGTAGTTTATATTTCATAAAGAGGTAGGACTTATTT-T-TAAATGA---ATTTAGT-AAACA-AT----T--TACATATG-T------A---TGTT--T--AT--C-GGG--TAAA--------GT---A--------GCATCT--------G----------------TA--------GT---TTATA--TTTC-AT-------A-AAGAG--GTAGGA-C----TT----A----T-TTT-TA---AA-TGA-ATTTA-----GTAAA-CAATTTACATTT-----AAATATA---TATCTACGATTCCA-TT-----CATCATCTATGTTAGATA-ATA----TAT-ATATGTAC----ACTCATATTC-ACACAC--A-CAAGG---------CCAT-TA-AAAC---AA-TTCTTT-GTT-AAAAGATT--TCTAAAA--A--C--CTAT-ATA-CTTGAC-----A---TACGTAAA----------------------TTAAATGC--TGT-----ATATATG-TATTTattctcactttaaaagttctgtaatttgcttagattttatcaattaaatgaattaacatattataaggttttatatataatttgcgagtattattgtacagcggacagatgtgaataaaatgatactcgttttccaaatcgtgtgtattacataaagtgcaatatcttcggttaaat
gi|5 : -AGACA-AT----T--CATATA-A-T------AATTTATT--T--AT--CTGCA--TA---------------------------TCT--------G----------------TG--------GT---TTATA--TTTC-AA-------T-AAGAGTAGTTG---------T---------T-TTG-CA---AA-TGA-ATT-------GT--------------TT-----AAAGCGA---TAT--AATATTATA-TA-----TATCACCCATGATAGTTT-CTT----TAA-ATTTTT-C----GCTTACAAAC-ACACAT--A-TAAGGACAAAATA-CCTC-TTTAAAC---AG-AGAATT-GTT-ACA-GATT--G--AACA--A--CT-CTTT-GTA-CTTGAC-----G---TAAGTACA----------------------TTTAATGT--TTT-----GTATAGA-TATT
gi|6 : aaaattttgacatttcattatttgtaacttgaacatataatgtttctcattacataattatattataacacacatgagaatatccaataagttaccatatggctgacacacatttgGACCTATTT-T----ATGA---A---------ACA-AT----TCGTAAATATT-T------AA--TATT--T--AT--T--CG--TAAACAC-----AT---A----------ATCT--------G----------------TA--------ATAAATTATA--TTTC-AA-------A-TAGAG--GTCGTA-C----TTTATTA----T-TTT-TA---AA-TGA-ATTTC-----GTAAA-CA---------------------------TCTAAACCTCCA-TA-----AATCATCCATGAGAGATA-ATA----T---ATATGTAC----ACTCATATTC-ACACGC--A-CAAGA---------CCAC-CC-AAAC---AA-TGCTTT-GCT-AAAAGATT--TCTAAAA--A--C--CTAA-ACC-CTTGAC-----A---TATGTATA----------------------TTAAATGC--TGT-----GTTTATG-TATTTagcacggttttagaattagtttagtaaattgttttg
gi|7 : atttatcacgtAATGATTTTCATTCGATCCATACATTAT-ACATAAA--------TACAGT--ACAT--CAAATATAG--TAGATACATTT-TATAAAACA---ATTT-GT-ATACA-TT----T--TAAA------------A---TACT--T--AG--C-ACA--TAAA--------ATTCCATCTGC---ACATCT--------G----------------TA--------GT---TCATA--TTTC-AA-------T-AATAT--GTTGAA-CA---TT----ACTATT-TCG-TA---CA-TGT-ATTTC-----GTAAA-GTATTTTTCTTA-----AGATATACGGTATCTAAAATTCCA-TA-----TAACATCTATGGT-------TA----TTT-TTTCGCAC----A--------C-ACACAC--A-GAAGGACAAAATACCTTT-TA-AAAT---AG-CGTATT-ATT--AAAGATT----GAAAA--A--CA-CTAC-ATA-CTTGAT-----A---TACGTAAA----------------------TTAAATGCTGTGT-----GTATATG-TATtcccaattttaaaagttctgtaacttgcttagatttcatcaattcaataaatgtataaacgcttggcctcttccaatagtaaggttttctgtacaatttgtaagtatcgttgtacaac
gi|8 : tttttatttgaaacttaaacacttATTTTTTT-T-TAAAT-----ATTTA---AAACACATAGTGT--AACA-ATG-T----------TATT--T-------------------------GT---A---------CATCT--------T----------------TA--------GT---TTATA--TTTC-AA-------T-AAGAG--GTTGAA-CATTATC----A----T-TTA-TC---AA-TAACGTTTG-----GTAAG-CAATTTGCTT---------------------TAAAATTCCA-TATAATGTATTATCCAGGATAGATA-ATA----CAT-ATAT-T-C----ACTCAT-TACAACACAC--A-CAAGA---------CCTT-AC-AAAC---AA-TGCTTT-GTT-AAATGATT--TC-AAAA--A--T--GTAT-ATA-CTTGACAAACGA---AACGTTGA----------------------TTAAATGC--TGT-----CTGTATG-TATgttcccatttttaaaa
gi|9 : gcttcagtatttctttattttataatatattttcttacataaatacagtataacttttaatatttttatcaggtgacacattttatgagacaattATTT--------G----------------TA--------GT---TACTA--TTTA-AA-------T-AAGAG--GTTGAAAT----TT----A----TGTTA-TATTAAA-TGA-AATTC-----GTAAAGCGATGTTCTTTT-----AGATATA---TATCTAAAACACCA-TA-----TATCATCCACGATAGCT--TTT----TGT-GGTTTTCC----TTTCTCACTC-ATACAC--A-CATGA---------TCTT-TT-AAAA---AAGTAAATT-GTT--AAAGA-T--TCTTAAA--C--C--CTAT-ATA-CTTGAC-----A---TACGTAGA----------------------TTAAATGT--TGT-----GTATATG-TATTT
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): AAGATTCAATATTTGTAATTTAAACATAATAAATTGTCTCGTTACATACATACGTTATAACATACATAAAGTACATACAATAAAGTTATCATATCACATTTATACGGAACAATTCGTATATATTATGAAATGTTTGTAACAGTTATATAAGCATCTACACATCTGTAG
Unaligned ( gi|22 ): GATTCAAAATTACTTTATGTACAACTTAAACATAATTATGTTTCTCATTACATGCATATATTATACATACATACATTCAATGTATTTATTTATCACAT
Alignments
lowQualScore : 22 333 222 1 111 33333333 11 11 3333 333333333333333333333333333333 444444444444444444444 22222222222222222222222 5555555555555555555555555555555555 111111111 3333333 1 222222222222222222222 11111 11111111 2222222222222222222222
lowQualScore : 1 1 88 77 555 1 000 1 5 555 44444444 88 7 44 1 1 1111 6 999999999999999999999999999999 3 44 4 1 3 777777777777777777777 6 99 77 2 2 33 77777777777777777777777 0000000000000000000000000000000000 444 1 33 2 555555555 33 4 2 3333333 2 99 2 2 66666 0 3 2 66666 2 444 2 777777 3 2 5555 444 6 0 8 5555 1 2 33 2 000000000000000000000 6666 333 2 55 2 2 88 0 11111 44444444 2 2 55555 444 0 3333333333333333333333 33 66666 2
lowQualScore : . . .. .. ... . ... . . ... ........ .. . .. . . .... . .............................. . .. . . . ..................... . .. .. . . .. ....................... .................................. ... . .. . ......... .. . . ....... . .. . . ..... . . . ..... . ... . ...... . . .... ... . . . .... . . .. . ..................... .... ... . .. . . .. . ..... ........ . . ..... ... . ...................... .. ..... .
lowQualScore : 0 0 00 55 000 0 555 0 5 555 55555555 55 3 33 0 0 7777 7 111111111111111111111111111111 1 22 7 0 1 999999999999999999999 2 66 99 0 9 99 00000000000000000000000 0000000000000000000000000000000000 777 7 77 7 777777777 77 3 7 1111111 7 99 5 5 22222 0 7 8 22222 8 444 5 222222 8 4 0000 999 7 4 0 0000 8 4 22 4 222222222222222222222 2222 999 2 44 2 2 11 6 11111 88888888 2 2 99999 111 3 7777777777777777777777 77 77777 7
consensus : ATNTGTNACATATAAAGTAGCATCTGCAGTTTATATTTCATAAAGAGGTAGGACTTATTTTTANNTGAAACTTAAGCACTTAACGATTTNCATTCGATNCATGCATTATCGCGTAAAGTAGCATCTGCAGTTTACATTTCAT-ANANAG-T-GGATTTATTT-T-T-----AAATGA---A----TTT---GT-AAACA-AT--TCGTAAA-TA--T------T-TTT----A--TA-TT--T--ANC-ACA--TAAA--------GT---A--------GCATCT--------G--------TA---------------GT---TTATA--TTTC-AA-------A-AAGAG--GTTGGAC-TT--TAT--T-ATTTN-TAAA-TGA-ATTTC-----GTAAA-CGATTTNCTTTT-----AAATANA---TATCTAAAATTCCA-TA-----NATCATCCATGATAGNTA-ATA----TAT-ATATGTAC----ACTCATANTC-ACACAC--A-CA----AG-----G---------CCTC-CN-AAAC---AA-TGCNTT-GTT-AAAAGATT--TCTAAAA--A--C--CTAT-ATA-CTTGAC-----A---TACGTAGA----------------------TTAAATGC--TGT-----GTATATG-TATTT
Reference ( family-484 ) : ATNTGTNACATATAAAGTAGCATCTGCAGTTTATATTTCATAAAGAGGTAGGACTTATTTTTAAATGAA--TTAAGTA---AACGATTTNCATTCGATNCATGCATTATCGCGTAAAGTAGCATCTGCAGTTTACATTTCAN-ANANAGGTNGGACTTATTT-T-T-----AAATGA---A----TTT---GT-AAACA-AT--TCGTANA-TA--T------N-T------A--TA-TT--T--ANC-ACA--TAAA--------GT---A--------GCATCT--------G--------TA---------------GT---TTATA--TTTC-AA-------A-AAGAG--GTTGGAC-TT--T----T-ATTTN-TAAA-TGA-ATTTC-----GTAAA-CGATTTNCTTTT-----AAATANA---TATCTAAAATTCCA-TA-----NATCATCCATGATAGATA-ATA----TAT-ATATGTAC----ACTCATANTC-ACACAC--A-CA----AG-----G---------CCTC-CN-AAAC---AA-TGCNTT-GTT-AAAAGATT--TCTAAAA--A--C--CTAT-ATA-CTTGAC-----A---TACGTAGA----------------------TTAAATGC--TGT-----GTATATG-TATTT
gi|1 : A---G----TTT---ATGAAACA-AC--TCGTATA-TA--T------TAT------A--TA-CTCGT--ATA-ACA--TAAC--------GT---A--------GCATCT--------GCATATCTGTA---------------GT---TCATAGATTTC-AA-------C-AAGAG--GTTGAAC-TT--TGT--T-ATTTCGTAAA-TGA-ATTTC-----GTAAAGCGTTTTTTTTTTCTGTTAAATATA---TGTCTAAAATTCCA-TC-----TATCATCCATGATAATTA-ATT----TAT-ACTTTT-C----TTTCATAACCGAC-CAC--A-CA------------------------C-CG-ACACGAGAA-CGC-TC-GAA-ACAAGATTCGTCTAGCA--AT-C--CTAT-ATA-CTTGAC-----A---TACGTATA----------------------TTAAATGT--TGT-----GTATATG-TATTT
gi|10 : ttcaagattccttaatttataacttaaacattaaatgcttgttacatatagtataacatacaaagaatgcatccaatataatcatccgtgacac-AAACA-AT--TCGTAAA-TA--T------T-TTTTTTAA--TA-TT--T--GCC-ACACATAAA--------GT---A--------GCATCT--------G--------TACATA-----------GT---TTTTA--TTTC-AATAAAGCAATAAGAG--GAATGAC-TT--T----TTGTTTA-TAAA-TGA-ATTTG-----GTAAT-CAATTTACTTTC-----AAATACA---TATCTAAAATTCCA-CA-----TATCAACCATGATAGTTACATG----TA--ATATATACTTTAACTCATAACC-AGTCAC--A-CA----AG-----G---------CCTT-AC-AAAC---AA-TGCTTT-GTT-AAAA--------TA---------------------TTGAC-----A---TACGTAGA----------------------TTTAATGC--TGT-----GTTGATG-TATccccagttttaaaagtcctgtgaattgctttgatttcatcaaatcaacatcaatccaatacactattaaacacttggtctatcataataaggaggttttatatataatttccgaagtcattatacaacggataaataagaataaaattctgctcgttttccaaatcatgtgtattacataaagtgcaatctctttaaat
gi|11 : tatgTATTT-T-TTTATCACGTGA---AACATTTT---ATGAAACA-AT--TCGTAAA-TA--T------T-TTTAG--A--TAATTG-T--AAT-ACA--TAAA--------GT---A--------GCATCTATACATCTG--------TA---------------GT---TAATA--CTTCCAA-------A-AAGAG--GTTGGAC-TTGAT----C-ATTTA-TAAA-TGA-GTTTC-----GTAAA-CAATTTTCTTTT-----AAATAAT---TGTCTAAAATTTCAATG-----AATCATCCATGATATATA-ATA----TAT-AT--GTAC----ACTCATATTC-AAACAC--ATC------------G---------CCTC-CA-AAAC---AA-TGATTT-GTT-AAAAGATT--TCTAAAG--A--C--CTAT-ATG-CTTGAC-----A---TACGTAGA----------------------TAAAATGC--TGT-----ATACTTG-TATTTatgccaagttttaaaattctgtaatttgcttttatttcatcaattcaataaacttataaacgctgcgcctattgtatcaata
gi|12 : cattacatacatatattatacatacatccaataATTTATTTAT-T-----ACGCGACACA----TTTTCAG--AAACA-AT--GAGAAAA-TC--T------T-TTTAG--A--TA-TT--TGTAAC-ACA--TAAG--------GT---A--------GCATCT--------G--------TACATCTTTA-------AT---TAATA--TTTC-AT-------A-AAGAG--GTTGGAC-TT--TAT--T-ATTTG-TAAA-TGA-ATTTC-----GTAAA-CAATTTACTTTT-----AAATAAA---TATCTAAAATTCCA-TA-----AATCATCCATGATAGATA---A----TAT-ATATGTAC----ACTCATATTC-ACACGC--T-CA----AT-----G---------CATC-CC-AAAC---AA-TGTTTTGGTTAAAAAAAAT--TCTACAA--A--C--CTAT-TTA-CTTTAC-----A---TACGTAtc
gi|13 : atcctgtacatgctttcttatgctaagaaacaccaagttatacctacattaaaaat-TGA-ATTTC-----GCAAG-CAATTAACGGTT-----TGATAAA---TATCTAAAATTCTA-TA-----TATCATCTATGAAAGTTT-ATA----TAT-ATATGT------ATTCATAGCC-ACACACAAA-TA----AT-----G---------CCTC-CT-ATGT---AG-TGAGTT-GTT-AAAATAAT--T---AAA--A--CCTCTGT-ATA-CTTGAC-----A---TACGTAAA----------------------TTAAATGC--TGT-----GTATATG-TAGTT
gi|14 : gtagcatatatcaaggacttgcatatatcatcaattttctttaaatatttgtttttctttgtccacattaatttaaattttttataagtgtaaacatttataaatagattgatact----TTT---ATGAAACA-AT--TCGTAAA-TA--T------T-TTTAA--A--TA-TTG-T--AAC-ACA--TAAGTTGCATCTGT---A---------CATCT--------G--------TA---------------GT---TTATA--ATTC-AA-------A-AAGAG--GTTT-AC-TT--TAT--T-ATTTA-TAAA-TAA-ATTTC-----GTAAA-CAATTAACTTTT-----AAATAAA---TATCTAACATTCCA-TA-----AATCATCAATGACAGATA-ATA----TAT-tcccagttttaaaagttttct
gi|15 : aattcaatatttctttattagtaacttaaacatataaatttcatacatatattatacatgcattcaatatatgtatttatcacgtgatacat-AAACA-AG--TTGTAAA-TA--C------T-TTTTA--A--TAATG--T--AAC-ACA--TAAA--------GT---T--------GCATCT--------G--------TACATCTGTA-------GT---TAATA--TTTC-AA-------A-TATAG--GTTGGAC-TT--TAT--T-ATTTA-CAAAATGA-GCTTC-----GTAAA-CAATTTAGTTTT-----CAATTAA---TATCTAAAATTCTC-TA-----AATCATCCATGATAGATA-ATA----T---ATATGTAC----ATTCATATTC-AGACGC--A-CA----AG-----G---------CCTC-CC-AAAG---AA-TGCTTT-GTT-ACGAGATT--TCTAAAT--A--C--CTAT-ATA-CTAGAT-----A---TACGT
gi|16 : ctatgAATG---------TTA---GG-AAACA-AT--TCGTATA-TA--TTTCAAAA-T------A--TA-TG--T--AAC-ACG--TGAA--------GT---A--------GCATCT--------GCCA-----TAATCTGCGCAGCTATTGT---ATATA--TTT-----------------G--ATTGGAC-----T----T-ATTTT-C--G-TAC-ATTTCATATAGTAAAGCGATATTCTTTT-----AAATATA---CAGCTAAATGTTCA-TA-----C------------AGCTA-ATT----TAT-AT-TCTTC----ACTTACAAAC-GCACGC--A-TA----AGAAAATA---------CCTCTCA-AAAC---AT-TGAATT-GTT-GAAA---T--TAAAAAA--A--T--ATAT-ATA-CT
gi|17 : gtC----ACACATAATC-ACACAC--A-CACACAAG-----G---------CCTC------AC---A----CTTT-TTT-A-----TT--TTTAAAAC-ATCC--CTATTAT--CTCCAC-----A---TATGCAGA----------------------TTAAATGC--TGT-----GTGTATG-TATTT
gi|18 : tagaaaatagcttgataattATTTGTTATATATAAAGTAGCATCTGCAtcaagctttaaaagttctgtaaattgttaggtaatacactcttcatgtagtataataataagggtttatatctaaattgtacaactgaca
gi|19 : attattaactccatgtagttttgctagcatacgtgtaaacatgtaatatttatcattatatacatgcattatcaactatatgcagcacgtccgatgtatttatcacataacacctttttaaccatatcttttatatatttagatTC-CA-AATC---AA-TACAGT-ATT-AAGA-ATT------AAA--A--CA-CTAA-ATGTCTTGA------A---GATGCAAA----------------------TAAAATGC--TGC-----ATATATGATATTTcatatgca
gi|2 : aagacagA-AT--TCGTACA-TAATT------T-T------AAATA-TT--TGAAAC-ACA--CAAA--------AA---A--------GCATCT--------GCAAATATGTA---------------GT---TTATA--TTTG-AA-------------------------T--T----T-ATT----AAA-TAA-AAATT-----GTAAAGCGATTTTCTTTT-----TGATATA---TATTTATACCTCCA-TA-----TATCATCTATGAAAGTTT-TTT----TGTTGT-TGTTT----TTTCACAATC-ACACAC--A-TT----TG-----A---------CCTT-TT-AAAC---AG-CGAATT-GTC-AAA----T--ATTAAAACTA--CT-CTAT-ATA-CTTAAC-----A---TATGTAGA----------------------GTAAACGC--TGTGTATAGTATATG-TATTTttccaattttagaaattctgtacaaaattttgattgtaaacttgtaaacgctgggaattaaataataagttttaatctatgattttgtggata
gi|21 : caagattcaagatttatttatttgtcacttaaacatatgatatttctcactaaatatatacactataacatacataaaggacatatgatatcatagttattaATCACCTATGTTATGTA-ATA----T---ATATGTAC----ACTCATATTA-ACACAC--A-TA----AA-----G---------CCTT-CG-AAAC---AA-TGCTTA-GTT-AAAATATT--T------------------------------------------TAAA----------------------TTAAATGC--TGT-----GTATATG-TAgccctgttttaaatgttctgtgaattgctttgatttataaatactattaacgtttatacgctgggtgtattatattaaaacggttgtatctatagtttgagaatgtcaatgtactacggacaaataaga
gi|3 : --T--AAA-ACA--TAAA--------GT---ATCATCTGTACATCT--------G--------TA---------------GT---TAGCA--TTT--AA-------A-AAAAA--GTTGGAC-TT-------------G-TGAA-TGA-ATTTC-----GTAAA-CAATTTACTTTT-----AAATAAA---TATCTAAAAATCCC-TA-----AATCACCAATGATAGATA-ATAATATTAT-ATATGTAC----ACTCATATTC-ACACAC--A-CA----AG-----G---------CCTC-CC-AAAC---TA-T--------------GATT--TCTAAAA--A-----CTAT-ATA-CTTGAC-----ATAGTACGTAGATTTTCTACGTAGATTACGTAGATTAAATGC--TGT-----GAATGTG-TAT
gi|4 : atttgATATGTAACATATAAAGTAGCATCTGTAGTTTATATTTCATAAAGAGGTAGGACTTATTTTTAAATGAA--TTAAGTA---AACAATTTACAT---ATGTATGT-TTATCGGGTAAAGTAGCATCTGTAGTTTATATTTCAT-AAAGAGGTAGGACTTATTT-T-T-----AAATGA---A----TTTA--GT-AAACA-AT--T--TACA-TA--T------G-T------A--TG-TT--T--ATC-GGG--TAAA--------GT---A--------GCATCT--------G--------TA---------------GT---TTATA--TTTC-AT-------A-AAGAG--GTAGGAC-TT---------ATTTT-TAAA-TGA-ATTTA-----GTAAA-CAATTTACATTT-----AAATATA---TATCTACGATTCCA-TT-----CATCATCTATGTTAGATA-ATA----TAT-ATATGTAC----ACTCATATTC-ACACAC--A-CA----AG-----G---------CCAT-TA-AAAC---AA-TTCTTT-GTT-AAAAGATT--TCTAAAA--A--C--CTAT-ATA-CTTGAC-----A---TACGTAAA----------------------TTAAATGC--TGT-----ATATATG-TATTTattctcactttaaaagttctgtaatttgcttagattttatcaattaaatgaattaacatattataaggttttatatataatttgcgagtattattgtacagcggacagatgtgaataaaatgatactcgttttccaaatcgtgtgtattacataaagtgcaatatcttcggttaaat
gi|5 : ---A----TTT---G--AGACA-AT--TCATATAATA--A------T-T---------TA-TT--T--ATCTGCA--TA---------------------------TCT--------G--------TG---------------GT---TTATA--TTTC-AA-------T-AAGAGTAGTTG-------------T--TTTG-CAAA-TGA-ATT--------------G-------TTT-----AAAGCGA---TAT--AATATTATA-TA-----TATCACCCATGATAGTTT-CTT----TAA-ATTTTT-C----GCTTACAAAC-ACACAT--A-TA----AG-----GACAAAATA-CCTC-TTTAAAC---AG-AGAATT-GTT-ACA-GATT--G--AACA--A--CT-CTTT-GTA-CTTGAC-----G---TAAGTACA----------------------TTTAATGT--TTT-----GTATAGA-TATT
gi|6 : aaaattttgacatttcattatttgtaacttgaacatataatgtttctcattacataattatattataacacacatgagaatatccaataagttaccatatggctgacacacGACCTATTT-T---------ATGA---A---------------ACA-AT--TCGTAAA-TA--T------T-T------AA-TA-TT--T--ATT--CG--TAAACAC-----AT---A----------ATCT--------G--------TA---------------ATAAATTATA--TTTC-AA-------A-TAGAG--GTCGTAC-TT--TAT--T-ATTTT-TAAA-TGA-ATTTC-----GTAAA-C---------------------------ATCTAAACCTCCA-TA-----AATCATCCATGAGAGATA-ATA----T---ATATGTAC----ACTCATATTC-ACACGC--A-CA----AG-----A---------CCAC-CC-AAAC---AA-TGCTTT-GCT-AAAAGATT--TCTAAAA--A--C--CTAA-ACC-CTTGAC-----A---TATGTATA----------------------TTAAATGC--TGT-----GTTTATG-TATTTagcacggttttagaattagtttagtaaattgttttg
gi|7 : atttatcacgtTTTTTATTTGAAACTTAAACACTTAATGATTTTCATTCGATCCATACATTAT-ACATAAA--------TACAGT--ACAT--CAA-ATATAG--TAGATACATTT-TAT-----AAAACA---A----TTT---GT-ATACA-TT--T--TAAA---------------------A--TA-CT--T--AGC-ACA--TAAA--------ATTCCATCTGC---ACATCT--------G--------TA---------------GT---TCATA--TTTC-AA-------T-AATAT--GTTGAAC-AT--TAC--T-ATTTCGTACA-TGT-ATTTC-----GTAAA-GTATTTTTCTTA-----AGATATACGGTATCTAAAATTCCA-TA-----TAACATCTATGGT-------TA----TTT-TTTCGCAC----AC---------ACACAC--A-GA----AG-----GACAAAATACCTTT-TA-AAAT---AG-CGTATT-ATT-AAA-GATT--G--AAAA--A--CA-CTAC-ATA-CTTGAT-----A---TACGTAAA----------------------TTAAATGCTGTGT-----GTATATG-TATtcccaattttaaaagttctgtaacttgcttagatttcatcaattcaataaatgtataaacgcttggcctcttccaatagtaaggttttctgtacaatttgtaagtatcgttgtacaac
gi|8 : ACATTTTATGAGACAATT---ATTTTTTT-T-T-----AAAT-----A----TTT---A--AAACACATAGT-GTAAC-AA--T------G-T---------TA-TT--T-----------------------GT---A---------CATCT--------T--------TA---------------GT---TTATA--TTTC-AA-------T-AAGAG--GTTGAACATTA-T----C-ATTTA-TCAA-TAACGTTTG-----GTAAG-CAATTTGCTT---------------------TAAAATTCCA-TATAATGTATTATCCAGGATAGATA-ATA----CAT-ATAT-T-C----ACTCATTACA-ACACAC--A-CA----AG-----A---------CCTT-AC-AAAC---AA-TGCTTT-GTT-AAATGATT--TC-AAAA--A--T--GTAT-ATA-CTTGACAAACGA---AACGTTGA----------------------TTAAATGC--TGT-----CTGTATG-TATgttcccatttttaaaa
gi|9 : gcttcagtatttctttattttataatatattttcttacataaatacagtataacttttaatatttttatcaggtgacATTT--------G--------TA---------------GT---TACTA--TTTA-AA-------T-AAGAG--GTTGAAA-TT--TATGTT-ATAT--TAAA-TGA-AATTC-----GTAAAGCGATGTTCTTTT-----AGATATA---TATCTAAAACACCA-TA-----TATCATCCACGATAGCT--TTT----TGT-GGTTTTCC----TTTCTCACTC-ATACAC--A-CA----TG-----A---------TCTT-TT-AAAA---AAGTAAATT-GTT--AAAGA-T--TCTTAAA--C--C--CTAT-ATA-CTTGAC-----A---TACGTAGA----------------------TTAAATGT--TGT-----GTATATG-TATTT
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): AAGATTCAATATTTGTAATTTAAACATAATAAATTGTCTCGTTACATACATACGTTATAACATACATAAAGTACATACAATAAAGTTATCATATCACATTTATACGGAACAATTCGTATATATTATGAAATGTTTGTAACAGTTATATAAGCATCTACACATCTGTAG
Unaligned ( gi|22 ): GATTCAAAATTACTTTATGTACAACTTAAACATAATTATGTTTCTCATTACATGCATATATTATACATACATACATTCAATGTATTTATTTATCACAT
Alignments
lowQualScore : 11 11 11 2222222 6666666666666666666666666666666666666666666666666 111111111111111111 333333 3333333333333 22222222222222222222222 55555555555555555555555555555555555 111111111 1 222222222 11111 11111111 2222222222222222222222
lowQualScore : 1 1 88 22 7 0 99 55 5555555 1 9 1111111111111111111111111111111111111111111111111 333333333333333333 000000 3 44 4 6666 8888888888888 6 99 77 2 2 33 77777777777777777777777 00000000000000000000000000000000000 444 1 33 44 444444444 2 33 0 88 2 2 66666 0 3 2 66666 2 444 2 1 55555 1 2 5555 444 6 0 8 5555 1 2 33 2 5555 333333333 6666 333 2 55 2 2 55 0 11111 44444444 2 2 55555 444 0 3333333333333333333333 33 66666 2
lowQualScore : . . .. .. . . .. .. ....... . . ................................................. .................. ...... . .. . .... ............. . .. .. . . .. ....................... ................................... ... . .. .. ......... . .. . .. . . ..... . . . ..... . ... . . ..... . . .... ... . . . .... . . .. . .... ......... .... ... . .. . . .. . ..... ........ . . ..... ... . ...................... .. ..... .
lowQualScore : 0 0 33 00 3 7 77 77 9999999 0 8 8888888888888888888888888888888888888888888888888 555555555555555555 444444 1 22 7 0000 4444444444444 2 66 99 0 9 99 00000000000000000000000 00000000000000000000000000000000000 777 7 77 33 111111111 4 77 1 99 5 5 22222 0 7 8 22222 8 444 5 0 99999 8 4 0000 999 7 4 0 0000 8 4 22 4 0000 888888888 2222 999 2 44 2 2 33 6 11111 88888888 2 2 99999 111 3 7777777777777777777777 77 77777 7
consensus : ATNTGTNACATATAAAGTAGCATCTGCAGTTTATATTTCATAAAGAGGTAGGACTTATTT--TTATTTGAAACTTAAACAC-TAACGATTTNCATCC-ATACATGCATTATCACGTAAAG-AGCATCTGCAGTT-TACAT-TTCAT-ANAN--AG-T-G-ATTTATTT-T-TAAATGA---A----TTT---GT-AAACA-AT--TCGTA-A--ATATTTT----T----A--TA-TT--T--ANC-ACA--TAAA--------GT---A--------GCATCT--------G----------------TA--------GT---TTATA--TTTC-AA-------A-AAGAGGTTGGACTTTAT--TATTTN-TAAA-TGA-ATTTC-----GTAAA-CGATTTNCTTTT-----AAATANA---TATCTAAAATTCCA-TANA-----TCATCCATGATAGNTA-ATA----TAT-ATATGTAC----ACTCATANTC-ACACAC--A-CA----AGG---------CCTC-CN-AAAC---AA-TGCNTT-GTT-AAAAGATT--TCTAAAA--A--C--CTAT-ATA-CTTGAC-----A---TACGTAGA----------------------TTAAATGC--TGT-----GTATATG-TATTT
Reference ( family-484 ) : ATNTGTNACATATAAAGTAGCATCTGCAGTTTATATTTCATAAAGAGGTAGGACTTATTT--TTANNTGAAACTTAAGCACTTAACGATTTNCATTCGATNCATGCATTATCGCGTAAAGTAGCATCTGCAGTT-TACAT-TTCAT-ANAN--AG-T-GGATTTATTT-T-TAAATGA---A----TTT---GT-AAACA-AT--TCGTA-A--ATATTTT----T----A--TA-TT--T--ANC-ACA--TAAA--------GT---A--------GCATCT--------G----------------TA--------GT---TTATA--TTTC-AA-------A-AAGAGGTTGGACTTTAT--TATTTN-TAAA-TGA-ATTTC-----GTAAA-CGATTTNCTTTT-----AAATANA---TATCTAAAATTCCA-TANA-----TCATCCATGATAGNTA-ATA----TAT-ATATGTAC----ACTCATANTC-ACACAC--A-CA----AGG---------CCTC-CN-AAAC---AA-TGCNTT-GTT-AAAAGATT--TCTAAAA--A--C--CTAT-ATA-CTTGAC-----A---TACGTAGA----------------------TTAAATGC--TGT-----GTATATG-TATTT
gi|1 : A---G----TTT---ATGAAACA-AC--TCGTA-T--ATATTAT---------A--TA-CTCGT--ATA-ACA--TAAC--------GT---A--------GCATCT--------GCATATCTG--------TA--------GT---TCATAGATTTC-AA-------C-AAGAGGTTGAACTTTGT--TATTTCGTAAA-TGA-ATTTC-----GTAAAGCGTTTTTTTTTTCTGTTAAATATA---TGTCTAAAATTCCA-TCTA-----TCATCCATGATAATTA-ATT----TAT-ACTTTT-C----TTTCATAACCGAC-CAC--A-CA-------------------C-CG-ACACGAGAA-CGC-TC-GAA-ACAAGATTCGTCTAGCA--AT-C--CTAT-ATA-CTTGAC-----A---TACGTATA----------------------TTAAATGT--TGT-----GTATATG-TATTT
gi|10 : ttcaagattccttaatttataacttaaacattaaatgcttgttacatatagtataacatacaaagaatgcatccaatataatcatccgtgacac-AAACA-AT--TCGTA-A--ATATTTT----TTTTAA--TA-TT--T--GCC-ACACATAAA--------GT---A--------GCATCT--------G----------------TACATA----GT---TTTTA--TTTC-AATAAAGCAATAAGAGGAATGACTTT-T--TGTTTA-TAAA-TGA-ATTTG-----GTAAT-CAATTTACTTTC-----AAATACA---TATCTAAAATTCCA-CATA-----TCAACCATGATAGTTACATG----TA--ATATATACTTTAACTCATAACC-AGTCAC--A-CA----AGG---------CCTT-AC-AAAC---AA-TGCTTT-GTT-AAAA--------TA---------------------TTGAC-----A---TACGTAGA----------------------TTTAATGC--TGT-----GTTGATG-TATccccagttttaaaagtcctgtgaattgctttgatttcatcaaatcaacatcaatccaatacactattaaacacttggtctatcataataaggaggttttatatataatttccgaagtcattatacaacggataaataagaataaaattctgctcgttttccaaatcatgtgtattacataaagtgcaatctctttaaat
gi|11 : tatgCAT-ACATCCAA-T-ATATTTTTTTAT-CACGTGA---AACATTTT---ATGAAACA-AT--TCGTA-A--ATATTTT----T----AGATAATTG-T--AAT-ACA--TAAA--------GT---A--------GCATCTATACATCTG----------------TA--------GT---TAATA--CTTCCAA-------A-AAGAGGTTGGACTTGAT--CATTTA-TAAA-TGA-GTTTC-----GTAAA-CAATTTTCTTTT-----AAATAAT---TGTCTAAAATTTCAATGAA-----TCATCCATGATATATA-ATA----TAT-AT--GTAC----ACTCATATTC-AAACAC--ATC-------G---------CCTC-CA-AAAC---AA-TGATTT-GTT-AAAAGATT--TCTAAAG--A--C--CTAT-ATG-CTTGAC-----A---TACGTAGA----------------------TAAAATGC--TGT-----ATACTTG-TATTTatgccaagttttaaaattctgtaatttgcttttatttcatcaattcaataaacttataaacgctgcgcctattgtatcaata
gi|12 : cattacatacatatattataATCCTGTACATGCTTTCTTATGCTAAGAAACACC--AAGTTATAC-C-TACAT-TAAA--AA-T---ATTTATTTAT-TACGCGACACA----TTTTCAG--AAACA-AT--GAGAA-A--ATCTTTT----T----AGATA-TT--TGTAAC-ACA--TAAG--------GT---A--------GCATCT--------G----------------TACATCTTTAAT---TAATA--TTTC-AT-------A-AAGAGGTTGGACTTTAT--TATTTG-TAAA-TGA-ATTTC-----GTAAA-CAATTTACTTTT-----AAATAAA---TATCTAAAATTCCA-TAAA-----TCATCCATGATAGATA---A----TAT-ATATGTAC----ACTCATATTC-ACACGC--T-CA----ATG---------CATC-CC-AAAC---AA-TGTTTTGGTTAAAAAAAAT--TCTACAA--A--C--CTAT-TTA-CTTTAC-----A---TACGTAtc
gi|13 : -TGA-ATTTC-----GCAAG-CAATTAACGGTT-----TGATAAA---TATCTAAAATTCTA-TATA-----TCATCTATGAAAGTTT-ATA----TAT-ATATGT------ATTCATAGCC-ACACACAAA-TA----ATG---------CCTC-CT-ATGT---AG-TGAGTT-GTT-AAAATAAT--T---AAA--A--CCTCTGT-ATA-CTTGAC-----A---TACGTAAA----------------------TTAAATGC--TGT-----GTATATG-TAGTT
gi|14 : gtagcatatatcaaggacttgcatatatcatcaattttctttaaatatttgtttttctttgtccacattaatttaaattttttataagtgtaaacatttataaatagattgatactTATTTCTTTATTAGTAACTTAAACATATAA--ATTTC------ATACATATATTAT-ACAT------GCATT--CAATA-TATGTATTTAT--CAC---G-T-G-ATACATTT-T----ATGA---A---------------ACA-AT--TCGTA-A--ATATTTT----T----AAATA-TTG-T--AAC-ACA--TAAGTTGCATCTGT---A---------CATCT--------G----------------TA--------GT---TTATA--ATTC-AA-------A-AAGAGGTTT-ACTTTAT--TATTTA-TAAA-TAA-ATTTC-----GTAAA-CAATTAACTTTT-----AAATAAA---TATCTAACATTCCA-TAAA-----TCATCAATGACAGATA-ATA----TAT-tcccagttttaaaagttttct
gi|15 : aattcaa-AAACA-AG--TTGTA-A--ATACTTT----TTA--A--TAATG--T--AAC-ACA--TAAA--------GT---T--------GCATCT--------G----------------TACATCTGTAGT---TAATA--TTTC-AA-------A-TATAGGTTGGACTTTAT--TATTTA-CAAAATGA-GCTTC-----GTAAA-CAATTTAGTTTT-----CAATTAA---TATCTAAAATTCTC-TAAA-----TCATCCATGATAGATA-ATA----T---ATATGTAC----ATTCATATTC-AGACGC--A-CA----AGG---------CCTC-CC-AAAG---AA-TGCTTT-GTT-ACGAGATT--TCTAAAT--A--C--CTAT-ATA-CTAGAT-----A---TACGT
gi|16 : ctatgAATG---------TTA---GG-AAACA-AT--TCGTA-T--ATATTTCAAAAT----A--TA-TG--T--AAC-ACG--TGAA--------GT---A--------GCATCT--------GCCATAATCTGCGCAGCTATT------GT---ATATA--TTT-----------------GATTGGACTT-AT--T-TTCG-TACA-T-----TTCATATAGTAAAGCGATATTCTTTT-----AAATATA---CAGCTAAATGTTCA-TACA-----------------GCTA-ATT----TAT-AT-TCTTC----ACTTACAAAC-GCACGC--A-TA----AGAAAATA----CCTCTCA-AAAC---AT-TGAATT-GTT-GAAA---T--TAAAAAA--A--T--ATAT-ATA-CT
gi|17 : gtC----ACACATAATC-ACACAC--A-CACACAAGG---------CCTC------AC---A----CTTT-TTT-A-----TT--TTTAAAAC-ATCC--CTATTAT--CTCCAC-----A---TATGCAGA----------------------TTAAATGC--TGT-----GTGTATG-TATTT
gi|18 : tagaaaatagcttgataattATTTGTTATATATAAAGTAGCATCTGCAtcaagctttaaaagttctgtaaattgttaggtaatacactcttcatgtagtataataataagggtttatatctaaattgtacaactgaca
gi|19 : attattaactccatgtagttttgctagcatacgtgtaaacatgtaatatttatcattatatacatgcattatcaactatatgcagcacgtccgatgtatttatcacataacacctttttaaccatatcttttatatatttagatTC-CA-AATC---AA-TACAGT-ATT-AAGA-ATT------AAA--A--CA-CTAA-ATGTCTTGA------A---GATGCAAA----------------------TAAAATGC--TGC-----ATATATGATATTTcatatgca
gi|2 : aagacagA-AT--TCGTA-C--ATAATTT----T----AAATA-TT--TGAAAC-ACA--CAAA--------AA---A--------GCATCT--------GCAAATATG--------TA--------GT---TTATA--TTT----------------------GAATTTAT--TAA--A-TAAA---A-ATT-------GTAAAGCGATTTTCTTTT-----TGATATA---TATTTATACCTCCA-TATA-----TCATCTATGAAAGTTT-TTT----TGTTGT-TGTTT----TTTCACAATC-ACACAC--A-TT----TGA---------CCTT-TT-AAAC---AG-CGAATT-GTC-AAA----T--ATTAAAACTA--CT-CTAT-ATA-CTTAAC-----A---TATGTAGA----------------------GTAAACGC--TGTGTATAGTATATG-TATTTttccaattttagaaattctgtacaaaattttgattgtaaacttgtaaacgctgggaattaaataataagttttaatctatgattttgtggata
gi|21 : caagattcaagatttatttatttgtcacttaaacatatgatatttctcactaaatatatacactataacatacataaaggacatatgatatcatagttattaA-----TCACCTATGTTATGTA-ATA----T---ATATGTAC----ACTCATATTA-ACACAC--A-TA----AAG---------CCTT-CG-AAAC---AA-TGCTTA-GTT-AAAATATT--T------------------------------------------TAAA----------------------TTAAATGC--TGT-----GTATATG-TAgccctgttttaaatgttctgtgaattgctttgatttataaatactattaacgtttatacgctgggtgtattatattaaaacggttgtatctatagtttgagaatgtcaatgtactacggacaaataaga
gi|3 : --T--AAA-ACA--TAAA--------GT---ATCATCTGTACATCT--------G----------------TA--------GT---TAGCA--TTT--AA-------A-AAAAAGTTGGACTT----------G-TGAA-TGA-ATTTC-----GTAAA-CAATTTACTTTT-----AAATAAA---TATCTAAAAATCCC-TAAA-----TCACCAATGATAGATA-ATAATATTAT-ATATGTAC----ACTCATATTC-ACACAC--A-CA----AGG---------CCTC-CC-AAAC---TA-T--------------GATT--TCTAAAA--A-----CTAT-ATA-CTTGAC-----ATAGTACGTAGATTTTCTACGTAGATTACGTAGATTAAATGC--TGT-----GAATGTG-TAT
gi|4 : atttgATATGTAACATATAAAGTAGCATCTGTAGTTTATATTTCATAAAGAGGTAGGACTTATTT--TTAAATGAA--TTAAGTA---AACAATTTACAT---ATGTATGT-TTATCGGGTAAAGTAGCATCTGTAGTT-TATAT-TTCAT-AAAG--AGGTAGGACTTATTT-T-TAAATGA---A----TTTA--GT-AAACA-AT--T--TA-C--ATATGT----------A--TG-TT--T--ATC-GGG--TAAA--------GT---A--------GCATCT--------G----------------TA--------GT---TTATA--TTTC-AT-------A-AAGAGGTAGGACTT------ATTTT-TAAA-TGA-ATTTA-----GTAAA-CAATTTACATTT-----AAATATA---TATCTACGATTCCA-TTCA-----TCATCTATGTTAGATA-ATA----TAT-ATATGTAC----ACTCATATTC-ACACAC--A-CA----AGG---------CCAT-TA-AAAC---AA-TTCTTT-GTT-AAAAGATT--TCTAAAA--A--C--CTAT-ATA-CTTGAC-----A---TACGTAAA----------------------TTAAATGC--TGT-----ATATATG-TATTTattctcactttaaaagttctgtaatttgcttagattttatcaattaaatgaattaacatattataaggttttatatataatttgcgagtattattgtacagcggacagatgtgaataaaatgatactcgttttccaaatcgtgtgtattacataaagtgcaatatcttcggttaaat
gi|5 : ---A----TTT---G--AGACA-AT--TCATATA--ATAATTT-------------A-TT--T--ATCTGCA--TA---------------------------TCT--------G----------------TG--------GT---TTATA--TTTC-AA-------T-AAGAG--TAG---TTGT--T--TTG-CAAA-TGA-ATT--------------G-------TTT-----AAAGCGA---TAT--AATATTATA-TATA-----TCACCCATGATAGTTT-CTT----TAA-ATTTTT-C----GCTTACAAAC-ACACAT--A-TA----AGGACAAAATA-CCTC-TTTAAAC---AG-AGAATT-GTT-ACA-GATT--G--AACA--A--CT-CTTT-GTA-CTTGAC-----G---TAAGTACA----------------------TTTAATGT--TTT-----GTATAGA-TATT
gi|6 : aaaattttgacatttcattatttgtaacttgaacatataatgtttctcattacataattatattataacacacatgagaatatccaataagttaccatatggctgacacac----TTT---ATGAAACA-AT--TCGTA-A--ATATTTA---------A--TA-TT--T--ATT--CG--TAAACAC-----AT---A----------ATCT--------G----------------TA--------ATAAATTATA--TTTC-AA-------A-TAGAGGTCGTACTTTAT--TATTTT-TAAA-TGA-ATTTC-----GTAAA-C---------------------------ATCTAAACCTCCA-TAAA-----TCATCCATGAGAGATA-ATA----T---ATATGTAC----ACTCATATTC-ACACGC--A-CA----AGA---------CCAC-CC-AAAC---AA-TGCTTT-GCT-AAAAGATT--TCTAAAA--A--C--CTAA-ACC-CTTGAC-----A---TATGTATA----------------------TTAAATGC--TGT-----GTTTATG-TATTTagcacggttttagaattagtttagtaaattgttttg
gi|7 : atttatcacgtgacctatTTT--TTATTTGAAACTTAAACACTTAATGATTTTCATTCGATCCATACATTAT-ACATAAA--------TACAGT---ACAT---CAA-ATAT--AG-T-AGATACATTT-TATAAAACA---A----TTT---GT-ATACA-TT--T--TA-A--A---------------A--TA-CT--T--AGC-ACA--TAAA--------ATTCCATCTGC---ACATCT--------G----------------TA--------GT---TCATA--TTTC-AA-------T-AATATGTTGAACATTAC--TATTTCGTACA-TGT-ATTTC-----GTAAA-GTATTTTTCTTA-----AGATATACGGTATCTAAAATTCCA-TATA-----ACATCTATGGT-------TA----TTT-TTTCGCAC----A--------C-ACACAC--A-GA----AGGACAAAATACCTTT-TA-AAAT---AG-CGTATT-ATT--AAAGATT----GAAAA--A--CA-CTAC-ATA-CTTGAT-----A---TACGTAAA----------------------TTAAATGCTGTGT-----GTATATG-TATtcccaattttaaaagttctgtaacttgcttagatttcatcaattcaataaatgtataaacgcttggcctcttccaatagtaaggttttctgtacaatttgtaagtatcgttgtacaac
gi|8 : ACAT-TTTATGAGAC--AA-T-T-ATTTTTTT-T-TAAAT-----A----TTT---A--AAACACATAGT-GTA-ACAATGTT---------------A-TT--T-----------------------GT---A---------CATCT--------T----------------TA--------GT---TTATA--TTTC-AA-------T-AAGAGGTTGAACATTAT--CATTTA-TCAA-TAACGTTTG-----GTAAG-CAATTTGCTTT---------------------AAAATTCCA-TATAATGTATTATCCAGGATAGATA-ATA----CAT-ATAT-T-C----ACTCATTACA-ACACAC--A-CA----AGA---------CCTT-AC-AAAC---AA-TGCTTT-GTT-AAATGATT--TC-AAAA--A--T--GTAT-ATA-CTTGACAAACGA---AACGTTGA----------------------TTAAATGC--TGT-----CTGTATG-TATgttcccatttttaaaa
gi|9 : gcttcagtatttctttattttataatatattttcttacataaatacagtataacttttaatatttttatcaggtgacATTT--------G----------------TA--------GT---TACTA--TTTA-AA-------T-AAGAGGTTGAAATTTATGTTATAT--TAAA-TGA-AATTC-----GTAAAGCGATGTTCTTTT-----AGATATA---TATCTAAAACACCA-TATA-----TCATCCACGATAGCT--TTT----TGT-GGTTTTCC----TTTCTCACTC-ATACAC--A-CA----TGA---------TCTT-TT-AAAA---AAGTAAATT-GTT--AAAGA-T--TCTTAAA--C--C--CTAT-ATA-CTTGAC-----A---TACGTAGA----------------------TTAAATGT--TGT-----GTATATG-TATTT
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): AAGATTCAATATTTGTAATTTAAACATAATAAATTGTCTCGTTACATACATACGTTATAACATACATAAAGTACATACAATAAAGTTATCATATCACATTTATACGGAACAATTCGTATATATTATGAAATGTTTGTAACAGTTATATAAGCATCTACACATCTGTAG
Unaligned ( gi|22 ): GATTCAAAATTACTTTATGTACAACTTAAACATAATTATGTTTCTCATTACATGCATATATTATACATACATACATTCAATGTATTTATTTATCACAT
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 5555555555555555555555 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 4444444444444 22222222222222222222222 55555555555555555555555555555555555 111111111 1 222222222 11111 11111111 2222222222222222222222
lowQualScore : 1 1 55 88 8 7777777777777777777777 222 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1 3 44 5 3 44 1111111111111 6 99 33 2 2 33 77777777777777777777777 00000000000000000000000000000000000 444 1 33 44 444444444 2 33 0 888 2 2 66666 0 3 2 66666 2 444 2 1 55555 1 2 5555 444 6 0 8 5555 1 2 33 2 5555 333333333 6666 333 2 55 2 2 55 0 11111 44444444 2 2 55555 444 0 3333333333333333333333 33 66666 2
lowQualScore : . . .. .. . ...................... ... .......................................................................................... . . .. . . .. ............. . .. .. . . .. ....................... ................................... ... . .. .. ......... . .. . ... . . ..... . . . ..... . ... . . ..... . . .... ... . . . .... . . .. . .... ......... .... ... . .. . . .. . ..... ........ . . ..... ... . ...................... .. ..... .
lowQualScore : 0 0 00 33 3 6666666666666666666666 444 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 5 1 22 9 1 22 6666666666666 2 66 99 0 9 99 00000000000000000000000 00000000000000000000000000000000000 777 7 77 33 111111111 4 77 1 999 5 5 22222 0 7 8 22222 8 444 5 0 99999 8 4 0000 999 7 4 0 0000 8 4 22 4 0000 888888888 2222 999 2 44 2 2 33 6 11111 88888888 2 2 99999 111 3 7777777777777777777777 77 77777 7
consensus : ATNTGTNACATATAAAGTAGCATCTGCAGTTTATATTTCATAAAGANNCAGGACTTATTT--TTATTTGTAACTTAAACAT-TAACGAT-TTTCGTC-C---ATACATATATTAT-----ACA-TA--AA-G-A--GCATCT-CAGT---N-TACAT-TTCAT-ANA-AG-T--GACNCATTT-T-TA-ATGA---ATTT---G-AAACA-AT--TCGTA-A--ATATTTT----T----A--TA-TT--T--ANC-ACA--TAAA--------GT---A--------GCATCT--------G----------------TA--------GT---TTATA--TTTC-AA-------A-AAGAGGTTGGACTTTAT--TATTT-G-TAAA-TGA-ATTTC-----GTAAA-CGATTTNCTTTT-----AAATANA---TATCTAAAATTCCA-TANA-----TCATCCATGATAGNTA-ATA----TAT-ATATGTAC----ACTCATANTC-ACACAC--A-CA----AGG---------CCTC-CN-AAAC---AA-TGCNTT-GTT-AAAAGATT--TCTAAAA--A--C--CTAT-ATA-CTTGAC-----A---TACGTAGA----------------------TTAAATGC--TGT-----GTATATG-TATTT
Reference ( family-484 ) : ATNTGTNACATATAAAGTAGCATCTGCAGTTTATATTTCATAAAGAGGTAGGACTTATTT--TTATTTGAAACTTAAACAC-TAACGAT-TTNCATC-C---ATACATGCATTAT----CACG-TA--AA-G-A--GCATCTGCAGT---T-TACAT-TTCAT-ANANAG-T--GATTTATTT-T-TAAATGA---ATTT---GTAAACA-AT--TCGTA-A--ATATTTT----T----A--TA-TT--T--ANC-ACA--TAAA--------GT---A--------GCATCT--------G----------------TA--------GT---TTATA--TTTC-AA-------A-AAGAGGTTGGACTTTAT--TATTT-N-TAAA-TGA-ATTTC-----GTAAA-CGATTTNCTTTT-----AAATANA---TATCTAAAATTCCA-TANA-----TCATCCATGATAGNTA-ATA----TAT-ATATGTAC----ACTCATANTC-ACACAC--A-CA----AGG---------CCTC-CN-AAAC---AA-TGCNTT-GTT-AAAAGATT--TCTAAAA--A--C--CTAT-ATA-CTTGAC-----A---TACGTAGA----------------------TTAAATGC--TGT-----GTATATG-TATTT
gi|1 : T--TAATTTATAACTTAAACAT-TAA--AT-GCTTGT-------TACATATAGTAT----AACA-TACAAA-G-AATGCATC--CAAT---A-TA-AT---CAT-CC---G-T--GACACAGTT-T----ATGA---A----------ACA-AC--TCGTA-T--ATATTAT---------A--TA-CTCGT--ATA-ACA--TAAC--------GT---A--------GCATCT--------GCATATCTG--------TA--------GT---TCATAGATTTC-AA-------C-AAGAGGTTGAACTTTGT--TATTT-CGTAAA-TGA-ATTTC-----GTAAAGCGTTTTTTTTTTCTGTTAAATATA---TGTCTAAAATTCCA-TCTA-----TCATCCATGATAATTA-ATT----TAT-ACTTTT-C----TTTCATAACCGAC-CAC--A-CA-------------------C-CG-ACACGAGAA-CGC-TC-GAA-ACAAGATTCGTCTAGCA--AT-C--CTAT-ATA-CTTGAC-----A---TACGTATA----------------------TTAAATGT--TGT-----GTATATG-TATTT
gi|10 : ttcaagattccAAACA-AT--TCGTA-A--ATATTTT----TTTTAA--TA-TT--T--GCC-ACACATAAA--------GT---A--------GCATCT--------G----------------TACATA----GT---TTTTA--TTTC-AATAAAGCAATAAGAGGAATGACTTT-T--TGTTT-A-TAAA-TGA-ATTTG-----GTAAT-CAATTTACTTTC-----AAATACA---TATCTAAAATTCCA-CATA-----TCAACCATGATAGTTACATG----TA--ATATATACTTTAACTCATAACC-AGTCAC--A-CA----AGG---------CCTT-AC-AAAC---AA-TGCTTT-GTT-AAAA--------TA---------------------TTGAC-----A---TACGTAGA----------------------TTTAATGC--TGT-----GTTGATG-TATccccagttttaaaagtcctgtgaattgctttgatttcatcaaatcaacatcaatccaatacactattaaacacttggtctatcataataaggaggttttatatataatttccgaagtcattatacaacggataaataagaataaaattctgctcgttttccaaatcatgtgtattacataaagtgcaatctctttaaat
gi|11 : tatg-C---ATACATATATTAT-----ACA-TA-----------CATC--CAAT---A-TATTT-TTT-T-ATCACG-T--GAAACATTT-T----ATGA---A----------ACA-AT--TCGTA-A--ATATTTT----T----AGATAATTG-T--AAT-ACA--TAAA--------GT---A--------GCATCTATACATCTG----------------TA--------GT---TAATA--CTTCCAA-------A-AAGAGGTTGGACTTGAT--CATTT-A-TAAA-TGA-GTTTC-----GTAAA-CAATTTTCTTTT-----AAATAAT---TGTCTAAAATTTCAATGAA-----TCATCCATGATATATA-ATA----TAT-AT--GTAC----ACTCATATTC-AAACAC--ATC-------G---------CCTC-CA-AAAC---AA-TGATTT-GTT-AAAAGATT--TCTAAAG--A--C--CTAT-ATG-CTTGAC-----A---TACGTAGA----------------------TAAAATGC--TGT-----ATACTTG-TATTTatgccaagttttaaaattctgtaatttgcttttatttcatcaattcaataaacttataaacgctgcgcctattgtatcaata
gi|12 : cattaATC-CT--GTACATGCTTTCT----TATGCTA--AG-A-A--ACACC--AAGT---TATAC-C-TACAT-TAAAAA-T---ATTTATTTAT-TACGCGACACATTTTCAG-AAACA-AT--GAGAA-A--ATCTTTT----T----AGATA-TT--TGTAAC-ACA--TAAG--------GT---A--------GCATCT--------G----------------TACATCTTTAAT---TAATA--TTTC-AT-------A-AAGAGGTTGGACTTTAT--TATTT-G-TAAA-TGA-ATTTC-----GTAAA-CAATTTACTTTT-----AAATAAA---TATCTAAAATTCCA-TAAA-----TCATCCATGATAGATA---A----TAT-ATATGTAC----ACTCATATTC-ACACGC--T-CA----ATG---------CATC-CC-AAAC---AA-TGTTTTGGTTAAAAAAAAT--TCTACAA--A--C--CTAT-TTA-CTTTAC-----A---TACGTAtc
gi|13 : -TGA-ATTTC-----GCAAG-CAATTAACGGTT-----TGATAAA---TATCTAAAATTCTA-TATA-----TCATCTATGAAAGTTT-ATA----TAT-ATATGT------ATTCATAGCC-ACACACAAA-TA----ATG---------CCTC-CT-ATGT---AG-TGAGTT-GTT-AAAATAAT--T---AAA--A--CCTCTGT-ATA-CTTGAC-----A---TACGTAAA----------------------TTAAATGC--TGT-----GTATATG-TAGTT
gi|14 : gtagcatatatcaaggacttgcatatatcatcaattttctttaaatatttgtttttctttgtccacattaatttaaattttttataagtgtaaacatttataaatagattgatactTATTTCTTTATTAGTAACTTAAACATATAA--AT-TT------C---ATACATATATTAT-----ACA-T-----------GCATT--CAAT---A-TATGTATTTAT--CAC-G-T--GATACATTT-T----ATG-------------AAACA-AT--TCGTA-A--ATATTTT----TAA--A--TA-TTG-T--AAC-ACA--TAAGTTGCATCTGT---A---------CATCT--------G----------------TA--------GT---TTATA--ATTC-AA-------A-AAGAGGTT-TACTTTAT--TATTT-A-TAAA-TAA-ATTTC-----GTAAA-CAATTAACTTTT-----AAATAAA---TATCTAACATTCCA-TAAA-----TCATCAATGACAGATA-ATA----TAT-tcccagttttaaaagttttct
gi|15 : aattcaaAAACA-AG--TTGTA-A--ATACTTT----TTA--A--TAATG--T--AAC-ACA--TAAA--------GT---T--------GCATCT--------G----------------TACATCTGTAGT---TAATA--TTTC-AA-------A-TATAGGTTGGACTTTAT--TATTT-A-CAAAATGA-GCTTC-----GTAAA-CAATTTAGTTTT-----CAATTAA---TATCTAAAATTCTC-TAAA-----TCATCCATGATAGATA-ATA----T---ATATGTAC----ATTCATATTC-AGACGC--A-CA----AGG---------CCTC-CC-AAAG---AA-TGCTTT-GTT-ACGAGATT--TCTAAAT--A--C--CTAT-ATA-CTAGAT-----A---TACGT
gi|16 : ctatgAATG-----TTA---GGAAACA-AT--TCGTA-T--ATATTTCAAAAT----A--TA-TG--T--AAC-ACG--TGAA--------GT---A--------GCATCT--------GCCATAATCTGCGCAGCTATT------GT---ATATA--TTT-----------------GATTGGACTT-AT--T-TTC-G-TACA-T-----TTCATATAGTAAAGCGATATTCTTTT-----AAATATA---CAGCTAAATGTTCA-TACA-----------------GCTA-ATT----TAT-AT-TCTTC----ACTTACAAAC-GCACGC--A-TA----AGAAAATA----CCTCTCA-AAAC---AT-TGAATT-GTT-GAAA---T--TAAAAAA--A--T--ATAT-ATA-CT
gi|17 : gtC----ACACATAATC-ACACAC--A-CACACAAGG---------CCTC------AC---A----CTTT-TTT-A-----TT--TTTAAAAC-ATCC--CTATTAT--CTCCAC-----A---TATGCAGA----------------------TTAAATGC--TGT-----GTGTATG-TATTT
gi|18 : tagaaaatagcttgataattATTTGTTATATATAAAGTAGCATCTGCAtcaagctttaaaagttctgtaaattgttaggtaatacactcttcatgtagtataataataagggtttatatctaaattgtacaactgaca
gi|19 : attattaactccatgtagttttgctagcatacgtgtaaacatgtaatatttatcattatatacatgcattatcaactatatgcagcacgtccgatgtatttatcacataacacctttttaaccatatcttttatatatttagatTC-CA-AATC---AA-TACAGT-ATT-AAGA-ATT------AAA--A--CA-CTAA-ATGTCTTGA------A---GATGCAAA----------------------TAAAATGC--TGC-----ATATATGATATTTcatatgca
gi|2 : aagacagAAGATTCAAGATTTATTT----ATTTGTCACTTAAACAT---ATGATATTTC-TCACTAAATATATACACTATAACATACA-TA--AA-G-G--ACATATG------------AT-ATCAT-AG-----------TTATT---------AA---ATTC---GTACATA-AT--TT-TA-A--ATATTTG-------------A--------AAC-ACA--CAAA--------AA---A--------GCATCT--------GCAAATATG--------TA--------GT---TTATA--TTT----------------------GAATTTAT--TAA---A-TAAA---A-ATT-------GTAAAGCGATTTTCTTTT-----TGATATA---TATTTATACCTCCA-TATA-----TCATCTATGAAAGTTT-TTT----TGTTGT-TGTTT----TTTCACAATC-ACACAC--A-TT----TGA---------CCTT-TT-AAAC---AG-CGAATT-GTC-AAA----T--ATTAAAACTA--CT-CTAT-ATA-CTTAAC-----A---TATGTAGA----------------------GTAAACGC--TGTGTATAGTATATG-TATTTttccaattttagaaattctgtacaaaattttgattgtaaacttgtaaacgctgggaattaaataataagttttaatctatgattttgtggata
gi|21 : cA-----TCACCTATGTTATGTA-ATA----T---ATATGTAC----ACTCATATTA-ACACAC--A-TA----AAG---------CCTT-CG-AAAC---AA-TGCTTA-GTT-AAAATATT--T------------------------------------------TAAA----------------------TTAAATGC--TGT-----GTATATG-TAgccctgttttaaatgttctgtgaattgctttgatttataaatactattaacgtttatacgctgggtgtattatattaaaacggttgtatctatagtttgagaatgtcaatgtactacggacaaataaga
gi|3 : --T--AAA-ACA--TAAA--------GT---ATCATCTGTACATCT--------G----------------TA--------GT---TAGCA--TTT--AA-------A-AAAAAGTTGGACTT-----------G-TGAA-TGA-ATTTC-----GTAAA-CAATTTACTTTT-----AAATAAA---TATCTAAAAATCCC-TAAA-----TCACCAATGATAGATA-ATAATATTAT-ATATGTAC----ACTCATATTC-ACACAC--A-CA----AGG---------CCTC-CC-AAAC---TA-T--------------GATT--TCTAAAA--A-----CTAT-ATA-CTTGAC-----ATAGTACGTAGATTTTCTACGTAGATTACGTAGATTAAATGC--TGT-----GAATGTG-TAT
gi|4 : atttgATATGTAACATATAAAGTAGCATCTGTAGTTTATATTTCATAAAGAGGTAGGACTTATTT--TTAAATGAA--TTAAGTA---AACAAT-TTACAT------ATGTATGT-TTAT----CGGG-TA--AA-GTA--GCATCTGTAGT---T-TATAT-TTCAT-AAAGAGGTAGGACTTATTT-T-TAAATGA---ATTTA--GTAAACA-AT--T--TA-C--ATATGT----------A--TG-TT--T--ATC-GGG--TAAA--------GT---A--------GCATCT--------G----------------TA--------GT---TTATA--TTTC-AT-------A-AAGAGGTAGGACTT------ATTT-T-TAAA-TGA-ATTTA-----GTAAA-CAATTTACATTT-----AAATATA---TATCTACGATTCCA-TTCA-----TCATCTATGTTAGATA-ATA----TAT-ATATGTAC----ACTCATATTC-ACACAC--A-CA----AGG---------CCAT-TA-AAAC---AA-TTCTTT-GTT-AAAAGATT--TCTAAAA--A--C--CTAT-ATA-CTTGAC-----A---TACGTAAA----------------------TTAAATGC--TGT-----ATATATG-TATTTattctcactttaaaagttctgtaatttgcttagattttatcaattaaatgaattaacatattataaggttttatatataatttgcgagtattattgtacagcggacagatgtgaataaaatgatactcgttttccaaatcgtgtgtattacataaagtgcaatatcttcggttaaat
gi|5 : ATTTCATTATTTGTAACTTGAACATATAATGTT-TCTCATTAC---ATAATTATATTAT----AACA-CA--CATG-A--GAATATCCAATAAGT-TAC-----CAT-A------T--GGCTGAC--------ACAC---ATTT---G-AGACA-AT--TCATATA--ATAATTT-------------A-TT--T--ATCTGCA--TA---------------------------TCT--------G----------------TG--------GT---TTATA--TTTC-AA-------T-AAGAG--TAG---TTGT--T--TT-G-CAAA-TGA-ATT--------------G-------TTT-----AAAGCGA---TAT--AATATTATA-TATA-----TCACCCATGATAGTTT-CTT----TAA-ATTTTT-C----GCTTACAAAC-ACACAT--A-TA----AGGACAAAATA-CCTC-TTTAAAC---AG-AGAATT-GTT-ACA-GATT--G--AACA--A--CT-CTTT-GTA-CTTGAC-----G---TAAGTACA----------------------TTTAATGT--TTT-----GTATAGA-TATT
gi|6 : aaaattttgacG-T--GACCTATTT-T----ATGA---A----------ACA-AT--TCGTA-A--ATATTTA---------A--TA-TT--T--ATT--CG--TAAACAC-----AT---A----------ATCT--------G----------------TA--------ATAAATTATA--TTTC-AA-------A-TAGAGGTCGTACTTTAT--TATTT-T-TAAA-TGA-ATTTC-----GTAAA-C---------------------------ATCTAAACCTCCA-TAAA-----TCATCCATGAGAGATA-ATA----T---ATATGTAC----ACTCATATTC-ACACGC--A-CA----AGA---------CCAC-CC-AAAC---AA-TGCTTT-GCT-AAAAGATT--TCTAAAA--A--C--CTAA-ACC-CTTGAC-----A---TATGTATA----------------------TTAAATGC--TGT-----GTTTATG-TATTTagcacggttttagaattagtttagtaaattgttttg
gi|7 : atttatcacTTT--TTATTTGAAACTTAAACACTTAATGAT-TTTCATT-CG--ATCCATACATTAT-----ACA-TA--AA-----------TACAG------TACA---TCAA-ATATAG-TA-GATACATTT-TATAAAACA---ATTT---GTATACA-TT--T--TA-A--A---------------A--TA-CT--T--AGC-ACA--TAAA--------ATTCCATCTGC---ACATCT--------G----------------TA--------GT---TCATA--TTTC-AA-------T-AATATGTTGAACATTAC--TATTTCG-TACA-TGT-ATTTC-----GTAAA-GTATTTTTCTTA-----AGATATACGGTATCTAAAATTCCA-TATA-----ACATCTATGGT-------TA----TTT-TTTCGCAC----A--------C-ACACAC--A-GA----AGGACAAAATACCTTT-TA-AAAT---AG-CGTATT-ATT--AAAGATT----GAAAA--A--CA-CTAC-ATA-CTTGAT-----A---TACGTAAA----------------------TTAAATGCTGTGT-----GTATATG-TATtcccaattttaaaagttctgtaacttgcttagatttcatcaattcaataaatgtataaacgcttggcctcttccaatagtaaggttttctgtacaatttgtaagtatcgttgtacaac
gi|8 : ACAT-TTTATGAGACAA-T--TATTTTTTT-T-TAAAT-----ATTT---A-AAACACATAGT-GTA-ACAATGTT---------------A-TT--T-----------------------GT---A---------CATCT--------T----------------TA--------GT---TTATA--TTTC-AA-------T-AAGAGGTTGAACATTAT--CATTT-A-TCAA-TAACGTTTG-----GTAAG-CAATTTGCTTT---------------------AAAATTCCA-TATAATGTATTATCCAGGATAGATA-ATA----CAT-ATAT-T-C----ACTCATTACA-ACACAC--A-CA----AGA---------CCTT-AC-AAAC---AA-TGCTTT-GTT-AAATGATT--TC-AAAA--A--T--GTAT-ATA-CTTGACAAACGA---AACGTTGA----------------------TTAAATGC--TGT-----CTGTATG-TATgttcccatttttaaaa
gi|9 : gcttcagtatttctttattttataatatattttcttacataaatacagtataacttttaatatttttatcaggtgacATTT--------G----------------TA--------GT---TACTA--TTTA-AA-------T-AAGAGGTTGAAATTTATGTTATAT---TAAA-TGA-AATTC-----GTAAAGCGATGTTCTTTT-----AGATATA---TATCTAAAACACCA-TATA-----TCATCCACGATAGCT--TTT----TGT-GGTTTTCC----TTTCTCACTC-ATACAC--A-CA----TGA---------TCTT-TT-AAAA---AAGTAAATT-GTT--AAAGA-T--TCTTAAA--C--C--CTAT-ATA-CTTGAC-----A---TACGTAGA----------------------TTAAATGT--TGT-----GTATATG-TATTT
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): AAGATTCAATATTTGTAATTTAAACATAATAAATTGTCTCGTTACATACATACGTTATAACATACATAAAGTACATACAATAAAGTTATCATATCACATTTATACGGAACAATTCGTATATATTATGAAATGTTTGTAACAGTTATATAAGCATCTACACATCTGTAG
Unaligned ( gi|22 ): GATTCAAAATTACTTTATGTACAACTTAAACATAATTATGTTTCTCATTACATGCATATATTATACATACATACATTCAATGTATTTATTTATCACAT
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 1111 777777777777777777777777777777 11111 111 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 111111111 1 222222222 11111 11111111 2222222222222222222222
lowQualScore : 1 1 22 0 2 7777 2 222222222222222222222222222222 4 4 00000 777 111 777 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 33 1 66 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 444 1 33 44 444444444 2 33 88 2 2 66666 0 5 2 66666 2 444 2 1 55555 1 2 5555 444 8 0 6 5555 444 22 2 5555 33 2 333333333 666 333 2 55 2 66 4 0 11111 44444444 4 55555 444 0 3333333333333333333333 33 66666 2
lowQualScore : . . .. . . .... . .............................. . . ..... ... ... ... ............................................................................. .. . .. ..................................................................................................................... ... . .. .. ......... . .. .. . . ..... . . . ..... . ... . . ..... . . .... ... . . . .... ... .. . .... .. . ......... ... ... . .. . .. . . ..... ........ . ..... ... . ...................... .. ..... .
lowQualScore : 0 0 00 7 0 1111 2 222222222222222222222222222222 0 0 00000 000 000 000 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 99 2 44 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 777 7 77 33 111111111 4 77 44 5 5 22222 0 2 8 22222 8 444 5 0 99999 8 4 0000 999 1 4 6 0000 111 88 4 0000 22 4 888888888 222 999 2 44 2 33 8 6 11111 88888888 4 99999 111 3 7777777777777777777777 77 77777 7
consensus : ATNTGTNACATATAAAGTAGCATCTGCAGTTTATATTTCATAAAGATTCAAGACTTATTT--TTATTTGTAACTTAAACA-TA-TA--ATGAT--TCTCGTTA-------C-ATACA-TATATT-----AT---A---C---ATA--AAG-A--GCATC---T-CAGTATA-CGT-T-TC-ATAC-------A-G--GT--GACACATTTT-------AT--G--AAACAATTCGTA-NATATTTT----T----A--TA-TT--T--AA--C-A--CA--TA-AA--------GT---A--------GCA--------------TCT--------G----------------TA--------GT---TTATA--TTTC-AA-------A-AAGAGGTTGGACTTTAT--TATTT-GTAAA-TGA-ATTTC-----GTAAA-CGATTTNCTTTT-----AAATANA---TATCTAAAATTCCA-TANA-----TCATCCATGATAGNTA-ATA----TAT-ATATGTAC----ACTCAT---ANTC-ACA----CAC--A-CAAGG---------CCTC-CNAAAC---AA-TGCNTT-GTT-AAAAGATT--TCTAAAA--A--C--CTATATA-CTTGAC-----A---TACGTAGA----------------------TTAAATGC--TGT-----GTATATG-TATTT
Reference ( family-484 ) : ATNTGTNACATATAAAGTAGCATCTGCAGTTTATATTTCATAAAGANNCAGGACTTATTT--TTATTTGTAACTTAAACA-T--TA--ACGAT--TTTCGTC--------C-ATACA-TATATT-----AT---A---C---ATA--AAG-A--GCATC---T-CAGTNTA-CAT-T-TC-ATAN-------A-A--GT--GACNCATTTTTAA-TGAATTTG--AAACAATTCGTA-AATATTTT----T----A--TA-TT--T--AN--C-A--CA--TA-AA--------GT---A--------GCA--------------TCT--------G----------------TA--------GT---TTATA--TTTC-AA-------A-AAGAGGTTGGACTTTAT--TATTT-GTAAA-TGA-ATTTC-----GTAAA-CGATTTNCTTTT-----AAATANA---TATCTAAAATTCCA-TANA-----TCATCCATGATAGNTA-ATA----TAT-ATATGTAC----ACTCAT---ANTC-ACA----CAC--A-CAAGG---------CCTC-CNAAAC---AA-TGCNTT-GTT-AAAAGATT--TCTAAAA--A--C--CTATATA-CTTGAC-----A---TACGTAGA----------------------TTAAATGC--TGT-----GTATATG-TATTT
gi|1 : T--TAATTTATAACTTAAACA-T--TA--A--AT--GCTTGT------------TACA-TATAGT-----AT---AA--C---ATACAAAG-AATGCATC-----CAATATA--AT----C-ATCC------------GT--GACACAGTTT-------AT--G--AAACAACTCGTA-TATATTAT---------A--TA-CTCGT--AT--A-A--CA--TA-AC--------GT---A--------GCA--------------TCT--------GCATATCTG--------TA--------GT---TCATAGATTTC-AA-------C-AAGAGGTTGAACTTTGT--TATTTCGTAAA-TGA-ATTTC-----GTAAAGCGTTTTTTTTTTCTGTTAAATATA---TGTCTAAAATTCCA-TCTA-----TCATCCATGATAATTA-ATT----TAT-ACTTTT-C----TTTCAT---AACCGAC-----CAC--A-CA---------------C-CGACACGAGAA-CGC-TC-GAA-ACAAGATTCGTCTAGCA--AT-C--CTATATA-CTTGAC-----A---TACGTATA----------------------TTAAATGT--TGT-----GTATATG-TATTT
gi|10 : ttcaagattccTG--AAACAATTCGTA-AATATTTT----TTTTAA--TA-TT--T--GC--C-A--CACATA-AA--------GT---A--------GCA--------------TCT--------G----------------TACATA----GT---TTTTA--TTTC-AATAAAGCAATAAGAGGAATGACTTT-T--TGTTT-ATAAA-TGA-ATTTG-----GTAAT-CAATTTACTTTC-----AAATACA---TATCTAAAATTCCA-CATA-----TCAACCATGATAGTTACATG----TA--ATATATACTTTAACTCAT---AACC-AGT----CAC--A-CAAGG---------CCTT-ACAAAC---AA-TGCTTT-GTT-AAAA--------TA--------------------TTGAC-----A---TACGTAGA----------------------TTTAATGC--TGT-----GTTGATG-TATccccagttttaaaagtcctgtgaattgctttgatttcatcaaatcaacatcaatccaatacactattaaacacttggtctatcataataaggaggttttatatataatttccgaagtcattatacaacggataaataagaataaaattctgctcgttttccaaatcatgtgtattacataaagtgcaatctctttaaat
gi|11 : ta--------C-ATACA-TATATT-----AT---A---C---ATA----------CATC-----CAATATA-TTT-T-TTTAT-C-------A-C--GT--GAAACATTTT-------AT--G--AAACAATTCGTA-AATATTTT----T----AGATAATTG-T--AA--T-A--CA--TA-AA--------GT---A--------GCA--------------TCTATACATCTG----------------TA--------GT---TAATA--CTTCCAA-------A-AAGAGGTTGGACTTGAT--CATTT-ATAAA-TGA-GTTTC-----GTAAA-CAATTTTCTTTT-----AAATAAT---TGTCTAAAATTTCAATGAA-----TCATCCATGATATATA-ATA----TAT-AT--GTAC----ACTCAT---ATTC-AAA----CAC--ATC---G---------CCTC-CAAAAC---AA-TGATTT-GTT-AAAAGATT--TCTAAAG--A--C--CTATATG-CTTGAC-----A---TACGTAGA----------------------TAAAATGC--TGT-----ATACTTG-TATTTatgccaagttttaaaattctgtaatttgcttttatttcatcaattcaataaacttataaacgctgcgcctattgtatcaata
gi|12 : catta--GC--GACACATTTTCA---------G--AAACAATGAGAA-AATCTTTT----T----AGATA-TT--TGTAA--C-A--CA--TA-AG--------GT---A--------GCA--------------TCT--------G----------------TACATCTTTAAT---TAATA--TTTC-AT-------A-AAGAGGTTGGACTTTAT--TATTT-GTAAA-TGA-ATTTC-----GTAAA-CAATTTACTTTT-----AAATAAA---TATCTAAAATTCCA-TAAA-----TCATCCATGATAGATA---A----TAT-ATATGTAC----ACTCAT---ATTC-ACA----CGC--T-CAATG---------CATC-CCAAAC---AA-TGTTTTGGTTAAAAAAAAT--TCTACAA--A--C--CTATTTA-CTTTAC-----A---TACGTAtc
gi|13 : atcctgtacatgctttcttatgctaagaaacaccaagttatacctacattaaaaatatttatttattac-TGA-ATTTC-----GCAAG-CAATTAACGGTT-----TGATAAA---TATCTAAAATTCTA-TATA-----TCATCTATGAAAGTTT-ATA----TAT-ATATGT------ATTCAT---AGCC-ACA----CACAAA-TAATG---------CCTC-CTATGT---AG-TGAGTT-GTT-AAAATAAT--T---AAA--A--CCTCTGTATA-CTTGAC-----A---TACGTAAA----------------------TTAAATGC--TGT-----GTATATG-TAGTT
gi|14 : gtagcatatatcaaggacttgcatatatcatcaattttctttaaatatttgtttttctttgtccacattaatttaaattttttataagtgtaaacatttataaatagattgatactTATTTCTTTATTAGTAACTTAAACA-TA-TA--A--AT--TT-------------C-ATACA-TATATT-----AT---A---C---AT----------GCAT----T-CAATATA-TGTAT-TT-AT-C-------A-C--GT--GATACATTTT-------AT--G--AAACAATTCGTA-AATATTTT----T----AAATA-TTG-T--AA--C-A--CA--TA-AGTTGCATCTGT---A---------CA--------------TCT--------G----------------TA--------GT---TTATA--ATTC-AA-------A-AAGAGGTTT-ACTTTAT--TATTT-ATAAA-TAA-ATTTC-----GTAAA-CAATTAACTTTT-----AAATAAA---TATCTAACATTCCA-TAAA-----TCATCAATGACAGATA-ATA----TAT-tcccagttttaaaagttttct
gi|15 : aattcaaTG--AAACAAGTTGTA-AATACTTT----TTA--A--TAATG--T--AA--C-A--CA--TA-AA--------GT---T--------GCA--------------TCT--------G----------------TACATCTGTAGT---TAATA--TTTC-AA-------A-TATAGGTTGGACTTTAT--TATTT-ACAAAATGA-GCTTC-----GTAAA-CAATTTAGTTTT-----CAATTAA---TATCTAAAATTCTC-TAAA-----TCATCCATGATAGATA-ATA----T---ATATGTAC----ATTCAT---ATTC-AGA----CGC--A-CAAGG---------CCTC-CCAAAG---AA-TGCTTT-GTT-ACGAGATT--TCTAAAT--A--C--CTATATA-CTAGAT-----A---TACGT
gi|16 : ctaG--AAACAATTCGTA-TATATTTCAAAAT----A--TA-TG--T--AA--C-A--CG--TG-AA--------GT---A--------GCA--------------TCT--------GCCATAATCTGCGCAGCTATT------GT---ATATA--TTT-----------------GATTGGACTT-AT--T-TTC-GTACA-T-----TTCATATAGTAAAGCGATATTCTTTT-----AAATATA---CAGCTAAATGTTCA-TACA-----------------GCTA-ATT----TAT-AT-TCTTC----ACTTAC---AAAC-GCA----CGC--A-TAAGAAAATA----CCTCTCAAAAC---AT-TGAATT-GTT-GAAA---T--TAAAAAA--A--T--ATATATA-CT
gi|17 : gtaatgttagC----ACACAT---AATC-ACACACACAC--A-CAAGG---------CCTC-----AC---A----CTTT-TTT------ATT--TTTAAAAC-ATCC--CTAT-TATCTCCAC-----A---TATGCAGA----------------------TTAAATGC--TGT-----GTGTATG-TATTT
gi|18 : tagaaaatagcttgataattATTTGTTATATATAAAGTAGCATCTGCAtcaagctttaaaagttctgtaaattgttaggtaatacactcttcatgtagtataataataagggtttatatctaaattgtacaactgaca
gi|19 : attattaactccatgtagttttgctagcatacgtgtaaacatgtaatatttatcattatatacatgcattatcaactatatgcagcacgtccgatgtatttatcacataacacctttttaaccatatcttttatatatttagatTC-CAAATC---AA-TACAGT-ATT-AAGA-ATT------AAA--A--CA-CTAAATGTCTTGA------A---GATGCAAA----------------------TAAAATGC--TGC-----ATATATGATATTTcatatgca
gi|2 : aagacagAAGATTCAAGATTTATTT----ATTTGTCACTTAAACA-T------ATGATA-TTTC-TCACTAAATAT-ATACACTATAAC-----AT---A---C---ATA--AAG-G--ACA----------TATG--AT-A-TC-ATAG----------------------TTATTAA----------------ATTCGTA-CATAATTT----T----AAATA-TT--TGAAA--C-A--CA--CA-AA--------AA---A--------GCA--------------TCT--------GCAAATATG--------TA--------GT---TTATA--TTT----------------------GAATTTAT--TAA---ATAAA---A-ATT-------GTAAAGCGATTTTCTTTT-----TGATATA---TATTTATACCTCCA-TATA-----TCATCTATGAAAGTTT-TTT----TGTTGT-TGTTT----TTTCAC---AATC-ACA----CAC--A-TTTGA---------CCTT-TTAAAC---AG-CGAATT-GTC-AAA----T--ATTAAAACTA--CT-CTATATA-CTTAAC-----A---TATGTAGA----------------------GTAAACGC--TGTGTATAGTATATG-TATTTttccaattttagaaattctgtacaaaattttgattgtaaacttgtaaacgctgggaattaaataataagttttaatctatgattttgtggata
gi|20 : cTATTTGTAATTTAAACA-TAATA--A--ATTGTCTCGTTA-------C-ATACA-TACGTTATAACAT---A---C---ATA--AAG-T--ACATA-----CAATA-A-AGT-TATC-ATAT------------------CACATTT--------ATACG--GAACAATTCGTA-TATATTAT----GAA--A--TG-TTTGT--AA--C-AGTTA--TATAA--------GC---ATCTAC---ACA--------------TCT--------G----------------TA--------Ggccctgttttaaatgttctgtgaattgctttgatttataaatactattaacgtttatacgctgggtgtattatattaaaacggttgtatctatagtttgagaatgtcaatgtactacggacaaataaga
gi|21 : aagattcaaA-----TCACCTATGTTATGTA-ATA----T---ATATGTAC----ACTCAT---ATTA-ACA----CAC--A-TAAAG---------CCTT-CGAAAC---AA-TGCTTA-GTT-AAAATATT--T-----------------------------------------TAAA----------------------TTAAATGC--TGT-----GTATATG-TA
gi|22 : GATTCAAAA-TTACTT--T-ATGTACAACTTAAACA-T--AATTATGTT--TCTCATTA-------C-ATGCA-TATATT-----AT---A---C---ATA--CAT-A---CAT----T-CAATGTA-
gi|3 : --T--AA--A-A--CA--TA-AA--------GT---ATCATCTGTACA--------------TCT--------G----------------TA--------GT---TAGCA--TTT--AA-------A-AAAAAGTTGGACTT-----------GTGAA-TGA-ATTTC-----GTAAA-CAATTTACTTTT-----AAATAAA---TATCTAAAAATCCC-TAAA-----TCACCAATGATAGATA-ATAATATTAT-ATATGTAC----ACTCAT---ATTC-ACA----CAC--A-CAAGG---------CCTC-CCAAAC---TA-T--------------GATT--TCTAAAA--A-----CTATATA-CTTGAC-----ATAGTACGTAGATTTTCTACGTAGATTACGTAGATTAAATGC--TGT-----GAATGTG-TATtttatttatcacat
gi|4 : atttgATATGTAACATATAAAGTAGCATCTGTAGTTTATATTTCATAAAGAGGTAGGACTTATTT--TTAAATG-AA-TTAAGTA-----A--ACAAT--TT----A--------C-ATATG-TATGTT------T---A---TCGGGTA--AAGTA--GCATC---TGTAGTTTA-TAT-T-TC-ATAA-------A-GAGGTAGGACTTATTTTTAAATGAATTTAGTAAACAATT--TA-CATATGT----------A--TG-TT--T--AT--C-G--GG--TA-AA--------GT---A--------GCA--------------TCT--------G----------------TA--------GT---TTATA--TTTC-AT-------A-AAGAGGTAGGACTT------ATTT-TTAAA-TGA-ATTTA-----GTAAA-CAATTTACATTT-----AAATATA---TATCTACGATTCCA-TTCA-----TCATCTATGTTAGATA-ATA----TAT-ATATGTAC----ACTCAT---ATTC-ACA----CAC--A-CAAGG---------CCAT-TAAAAC---AA-TTCTTT-GTT-AAAAGATT--TCTAAAA--A--C--CTATATA-CTTGAC-----A---TACGTAAA----------------------TTAAATGC--TGT-----ATATATG-TATTTattctcactttaaaagttctgtaatttgcttagattttatcaattaaatgaattaacatattataaggttttatatataatttgcgagtattattgtacagcggacagatgtgaataaaatgatactcgttttccaaatcgtgtgtattacataaagtgcaatatcttcggttaaat
gi|5 : ATTTCATTATTTGTAACTTGAACA-TA-TA--ATGTT--TCTCATTA-------C-ATAAT-TATATT-----AT---AACAC---ACAT-GAG-A--ATATCCAAT-AAGT-TA-C------C-ATAT-------G-G--CT--GACACAC----------ATTTG--AGACAATTCATATAATAATTT-------------A-TT--T--AT--CTG--CA--TA------------------------------------------TCT--------G----------------TG--------GT---TTATA--TTTC-AA-------T-AAGAG--TAG---TTGT----TTT-GCAAA-TGA-ATT-------G--------------TTT-----AAAGCGA---TA--TAATATTATA-TATA-----TCACCCATGATAGTTT-CTT----TAA-AT-TTTTC----GCTTAC---AAAC-ACA----CAT--A-TAAGGACAAAATA-CCTCTTTAAAC---AG-AGAATT-GTT--ACAGATT----GAACA--A--CT-CTTTGTA-CTTGAC-----G---TAAGTACA----------------------TTTAATGT--TTT-----GTATAGA-TATT
gi|6 : aaaattttgac--GT--GACCTATTTT-------AT--G--AAACAATTCGTA-AATATTTA---------A--TA-TT--T--AT--T----CG--TA-AACAC-----AT---A----------A--------------TCT--------G----------------TA--------ATAAATTATA--TTTC-AA-------A-TAGAGGTCGTACTTTAT--TATTT-TTAAA-TGA-ATTTC-----GTAAA-C---------------------------ATCTAAACCTCCA-TAAA-----TCATCCATGAGAGATA-ATA----T---ATATGTAC----ACTCAT---ATTC-ACA----CGC--A-CAAGA---------CCAC-CCAAAC---AA-TGCTTT-GCT-AAAAGATT--TCTAAAA--A--C--CTAAACC-CTTGAC-----A---TATGTATA----------------------TTAAATGC--TGT-----GTTTATG-TATTTagcacggttttagaattagtttagtaaattgttttg
gi|7 : atttatcacTTT--TTATTTGAAACTTAAACACT--TA--ATGAT--TTTCATT--------CGATCCA-TACATT-----AT---A---C---ATA--AAT-A------------CAGT--A-CAT----C-AAAT-------ATA--GTA-GATACATTTT-------AT--A--AAACAATTTGTA-TACATTTT----A----AAATA-CT--T--AG--C-A--CA--TA-AA--------ATTCCATCTGC---ACA--------------TCT--------G----------------TA--------GT---TCATA--TTTC-AA-------T-AATATGTTGAACATTAC--TATTTCGTACA-TGT-ATTTC-----GTAAA-GTATTTTTCTTA-----AGATATACGGTATCTAAAATTCCA-TATA-----ACATCTATGGT-------TA----TTT-TTTCGCAC----A-----------C-ACA----CAC--A-GAAGGACAAAATACCTTT-TAAAAT---AG-CGTATT-ATT--AAAGATT----GAAAA--A--CA-CTACATA-CTTGAT-----A---TACGTAAA----------------------TTAAATGCTGTGT-----GTATATG-TATtcccaattttaaaagttctgtaacttgcttagatttcatcaattcaataaatgtataaacgcttggcctcttccaatagtaaggttttctgtacaatttgtaagtatcgttgtacaac
gi|8 : -ATA-A-TATATT-----TTCTTA---C---ATA--AAT-A------------CAGTATAACTT-T-TA-ATATTTTTATCA-G--GT--GACACATTTT-------AT--G--AGACAATT------ATTTTTT----TTTAAA--TA-TT--T--AAAAC-A--CA--TA-GT--------GT---A--------ACAATGTTATTTGTACATCT--------T----------------TA--------GT---TTATA--TTTC-AA-------T-AAGAGGTTGAACATTAT--CATTT-ATCAA-TAACGTTTG-----GTAAG-CAATTTGCTTT---------------------AAAATTCCA-TATAATGTATTATCCAGGATAGATA-ATA----CAT-ATAT-T-C----ACTCATTACAA-C-ACA----C----A-CAAGA---------CCTT-ACAAAC---AA-TGCTTT-GTT-AAATGATT--TC-AAAA--A--T--GTATATA-CTTGACAAACGA---AACGTTGA----------------------TTAAATGC--TGT-----CTGTATG-TATgttcccatttttaaaa
gi|9 : gcttcagtatttctttattttA--------------TTT--------G----------------TA--------GT---TACTA--TTTA-AA-------T-AAGAGGTTGAAATTTATGTTATAT--TAAA-TGA-AATTC-----GTAAAGCGATGTTCTTTT-----AGATATA---TATCTAAAACACCA-TATA-----TCATCCACGATAGCT--TTT----TGT-GGTTTTCC----TTTCTC---ACTC-ATA----CAC--A-CATGA---------TCTT-TTAAAA---AAGTAAATT-GTT--AAAGA-T--TCTTAAA--C--C--CTATATA-CTTGAC-----A---TACGTAGA----------------------TTAAATGT--TGT-----GTATATG-TATTT
Alignments
lowQualScore : 1111111111111 222222 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 4444444444444 2222222222222 333333333333333333333333333333 44444444444444444444444444 111111111 1 222222222 11111 11111111 2222222222222222222222
lowQualScore : 1 1 6 5555555555555 2 8 333333 7 3 99999 88 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 2 444 99999999 444 33 0000000000000 5 1111111111111 2 33 2 777777777777777777777777777777 88888888 11111111111111111111111111 444 1 33 44 444444444 2 33 88 2 2 66666 0 5 2 66666 2 444 2 777777 1 2 5555 444 9 0 5 5555 1 2 33 2 5555 333333333 666 333 2 55 2 33 4 0 11111 44444444 2 2 55555 444 0 3333333333333333333333 33 66666 2
lowQualScore : . . . ............. . . ...... . . ..... .. .......................................................... . ... ........ ... .. ............. . ............. . .. . .............................. ........ .......................... ... . .. .. ......... . .. .. . . ..... . . . ..... . ... . ...... . . .... ... . . . .... . . .. . .... ......... ... ... . .. . .. . . ..... ........ . . ..... ... . ...................... .. ..... .
lowQualScore : 0 0 0 6666666666666 2 0 888888 8 6 11111 66 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 7 777 77777777 777 77 9999999999999 3 1111111111111 5 44 5 888888888888888888888888888888 55555555 77777777777777777777777777 777 7 77 33 111111111 4 77 44 5 5 22222 0 2 8 22222 8 444 5 222222 8 4 0000 999 6 4 1 0000 8 4 22 4 0000 888888888 222 999 2 44 2 66 8 6 11111 88888888 2 2 99999 111 3 7777777777777777777777 77 77777 7
consensus : ATATGTAACATATAAAGTAGCATCTGTAGTTTATATTTCATAAAGATTCAAGATTTATTT--TTATTTGTAACTTAAACATA-TAA--TG-NTTCTCATTACATACA-TACATT-----AT--A-----C---ATA---AAG-A--GCATCT-CAATATANGT-T-TC--ATACAC--GT--GACACATTT-T---ATGAA--------ACAAT---TCGTA-NATATTTT----T----A--TA-TT--T--A-------AC-A--CATA-AA--------GT---A--------------GCATCT--------G----------------TA--------GT---TTATA--TTTC-AA-------A-AAGAGGTTGGACTTTAT--TATTT-GTAAA-TGA-ATTTC-----GTAAA-CGATTTNCTTTT-----AAATANA---TATCTAAAATTCCA-TA-----NATCATCCATGATAGNTA-ATA----TAT-ATATGTAC----ACTCATANTC-ACACAC--A-CA----AGG---------CCTC-CNAAAC---AA-TGCNTT-GTT-AAAAGATT--TCTAAAA--A--C--CTAT-ATA-CTTGAC-----A---TACGTAGA----------------------TTAAATGC--TGT-----GTATATG-TATTT
Reference ( family-484 ) : ATNTGTNACATATAAAGTAGCATCTGCAGTTTATATTTCATAAAGATTCAAGACTTATTT--TTATTTGTAACTTAAACATA-TAA--TG-ATTCTCGTTACATACA-TATATT-----AT--A-----C---ATA---AAG-A--GCATCT-CAGTATACGT-T-TC--ATACAG--GT--GACACATTT-T---ATGAA--------ACAAT---TCGTA-NATATTTT----T----A--TA-TT--T--A-------AC-A--CATA-AA--------GT---A--------------GCATCT--------G----------------TA--------GT---TTATA--TTTC-AA-------A-AAGAGGTTGGACTTTAT--TATTT-GTAAA-TGA-ATTTC-----GTAAA-CGATTTNCTTTT-----AAATANA---TATCTAAAATTCCA-TA-----NATCATCCATGATAGNTA-ATA----TAT-ATATGTAC----ACTCATANTC-ACACAC--A-CA----AGG---------CCTC-CNAAAC---AA-TGCNTT-GTT-AAAAGATT--TCTAAAA--A--C--CTAT-ATA-CTTGAC-----A---TACGTAGA----------------------TTAAATGC--TGT-----GTATATG-TATTT
gi|1 : TTCAAGATTC--CT--TAATTTATAACTTAAACAT--TAA-----ATGCTTGTTACATATAGTATAAC-----AT--A-----C---A-----AAG-AATGCATC--CAATATAA-----TC--ATCC----GT--GACACAGTT-T---ATGAA--------ACAAC---TCGTA-TATATTAT---------A--TA-CTCGT--A-------TA-A--CATA-AC--------GT---A--------------GCATCT--------GCATATCTG--------TA--------GT---TCATAGATTTC-AA-------C-AAGAGGTTGAACTTTGT--TATTTCGTAAA-TGA-ATTTC-----GTAAAGCGTTTTTTTTTTCTGTTAAATATA---TGTCTAAAATTCCA-TC-----TATCATCCATGATAATTA-ATT----TAT-AC-TTTTC----TTTCATAACCGAC-CAC--A-CA-------------------C-CGACACGAGAA-CGC-TC-GAA-ACAAGATTCGTCTAGCA--AT-C--CTAT-ATA-CTTGAC-----A---TACGTATA----------------------TTAAATGT--TGT-----GTATATG-TATTT
gi|10 : -T---ATGAA--------ACAAT---TCGTA-AATATTTT----TTTTAA--TA-TT--T--GCC-----AC-A--CATA-AA--------GT---A--------------GCATCT--------G----------------TACATA----GT---TTTTA--TTTC-AATAAAGCAATAAGAGGAATGACTTT-T--TGTTT-ATAAA-TGA-ATTTG-----GTAAT-CAATTTACTTTC-----AAATACA---TATCTAAAATTCCA-CA-----TATCAACCATGATAGTTACATG----TA--ATATATACTTTAACTCATAACC-AGTCAC--A-CA----AGG---------CCTT-ACAAAC---AA-TGCTTT-GTT-AAAA--------TA---------------------TTGAC-----A---TACGTAGA----------------------TTTAATGC--TGT-----GTTGATG-TATccccagttttaaaagtcctgtgaattgctttgatttcatcaaatcaacatcaatccaatacactattaaacacttggtctatcataataaggaggttttatatataatttccgaagtcattatacaacggataaataagaataaaattctgctcgttttccaaatcatgtgtattacataaagtgcaatctctttaaat
gi|11 : CATTACATACA-TATATT-----AT--A-----C---ATA-----------CATC--CAATATATTT-T-TTT-AT-CAC--GT--GAAACATTT-T---ATGAA--------ACAAT---TCGTA-AATATTTT----T----AGATAATTG-T--A-------AT-A--CATA-AA--------GT---A--------------GCATCTATACATCTG----------------TA--------GT---TAATA--CTTCCAA-------A-AAGAGGTTGGACTTGAT--CATTT-ATAAA-TGA-GTTTC-----GTAAA-CAATTTTCTTTT-----AAATAAT---TGTCTAAAATTTCAATG-----AATCATCCATGATATATA-ATA----TAT-AT--GTAC----ACTCATATTC-AAACAC--ATC-------G---------CCTC-CAAAAC---AA-TGATTT-GTT-AAAAGATT--TCTAAAG--A--C--CTAT-ATG-CTTGAC-----A---TACGTAGA----------------------TAAAATGC--TGT-----ATACTTG-TATTTatgccaagttttaaaattctgtaatttgcttttatttcatcaattcaataaacttataaacgctgcgcctattgtatcaata
gi|12 : --GC--GACACATTT-T---CAGAA--------ACAAT---GAGAA-AATCTTTT----T----AGATA-TT--TGTA-------AC-A--CATA-AG--------GT---A--------------GCATCT--------G----------------TACATCTTTAAT---TAATA--TTTC-AT-------A-AAGAGGTTGGACTTTAT--TATTT-GTAAA-TGA-ATTTC-----GTAAA-CAATTTACTTTT-----AAATAAA---TATCTAAAATTCCA-TA-----AATCATCCATGATAGATA---A----TAT-ATATGTAC----ACTCATATTC-ACACGC--T-CA----ATG---------CATC-CCAAAC---AA-TGTTTTGGTTAAAAAAAAT--TCTACAA--A--C--CTAT-TTA-CTTTAC-----A---TACGTAtc
gi|13 : atcctgtacatgctttcttatgctaagaaacaccaagttatacctacattaaaaatatttatttattac-TGA-ATTTC-----GCAAG-CAATTAACGGTT-----TGATAAA---TATCTAAAATTCTA-TA-----TATCATCTATGAAAGTTT-ATA----TAT-ATATGT------ATTCATAGCC-ACACACAAA-TA----ATG---------CCTC-CTATGT---AG-TGAGTT-GTT-AAAATAAT--T---AAA--A--CCTCTGT-ATA-CTTGAC-----A---TACGTAAA----------------------TTAAATGC--TGT-----GTATATG-TAGTT
gi|14 : gtagcatatatcaaggacttgcatatatcatcaattttctttaaatatttgtttttctttgtccacattaatttaaattttttataagtgtaaacatttataaatagattgatactATTCAATATTT--CT--TTATTAGTAACTTAAACATA-TAA-----ATTT------CATACA-TATATT-----AT--A-----C---AT-----------GCAT-T-CAATATATGTAT-TT--AT-CAC--GT--GATACATTT-T---ATGAA--------ACAAT---TCGTA-AATATTTT----T----AAATA-TTG-T--A-------AC-A--CATA-AGTTGCATCTGT---A---------------CATCT--------G----------------TA--------GT---TTATA--ATTC-AA-------A-AAGAGGTTT-ACTTTAT--TATTT-ATAAA-TAA-ATTTC-----GTAAA-CAATTAACTTTT-----AAATAAA---TATCTAACATTCCA-TA-----AATCATCAATGACAGATA-ATA----TAT-tcccagttttaaaagttttct
gi|15 : a-T---ATGAA--------ACAAG---TTGTA-AATACTTT----TTA--A--TAATG--T--A-------AC-A--CATA-AA--------GT---T--------------GCATCT--------G----------------TACATCTGTAGT---TAATA--TTTC-AA-------A-TATAGGTTGGACTTTAT--TATTT-ACAAAATGA-GCTTC-----GTAAA-CAATTTAGTTTT-----CAATTAA---TATCTAAAATTCTC-TA-----AATCATCCATGATAGATA-ATA----T---ATATGTAC----ATTCATATTC-AGACGC--A-CA----AGG---------CCTC-CCAAAG---AA-TGCTTT-GTT-ACGAGATT--TCTAAAT--A--C--CTAT-ATA-CTAGAT-----A---TACGT
gi|16 : cATGT-T---AGGAA--------ACAAT---TCGTA-TATATTTCAAAAT----A--TA-TG--T--A-------AC-A--CGTG-AA--------GT---A--------------GCATCT--------GCCATAATCTGCGCAGCTATT------GT---ATATA--TTT-----------------GATTGGACTT-AT--T-TTC-GTACA-T-----TTCATATAGTAAAGCGATATTCTTTT-----AAATATA---CAGCTAAATGTTCA-TA-----CA------------GCTA-ATT----TAT-AT-TCTTC----ACTTACAAAC-GCACGC--A-TA----AGAAAATA----CCTCTCAAAAC---AT-TGAATT-GTT-GAAA---T--TAAAAAA--A--T--ATAT-ATA-CT
gi|17 : gtaC----ACACATAATC-ACACAC--A-CACACAAGG---------CCTC-----AC---A----CTTT-TTT-A-----TT--TTTAAAAC-ATCC--CTATTAT--CTCCAC-----A---TATGCAGA----------------------TTAAATGC--TGT-----GTGTATG-TATTT
gi|18 : tagaaaatagcttgataattTAAACATG-TAA--TA-TTTATCATTATATACA-TGCATT-----ATCAA-----CT--ATA---TGC-A--GCACGT-CCG-ATGTAT-T-T---AT-CAC--AT--AACACCTTT-T----T--A--------ACCATATCTTTTA-TATATTTA----G----A--TA-TT--T--GTT-----AT-A--TATA-AA--------GT---A--------------GCATCT--------G----------------CA--------tcaagctttaaaagttctgtaaattgttaggtaatacactcttcatgtagtataataataagggtttatatctaaattgtacaactgaca
gi|19 : attattaactccatgtagttttgctagcatacgtgTC-CAAATC---AA-TACAGT-ATT-AAGA-ATT------AAA--A--CA-CTAA-ATGTCTTGA------A---GATGCAAA----------------------TAAAATGC--TGC-----ATATATGATATTTcatatgca
gi|2 : aagacagAAGATTCAAGATTTATTT----ATTTGTCACTTAAACATA-TGA--TA-TTTCTCACTAAATATA-TACACT-----AT--AACATAC---ATA---AAG-G--ACATAT---G-ATA------TC--ATA---------G-------T-T---ATTAA--------A---T---TCGTA-CATAATTT----T----AAATA-TT--TGAA-------AC-A--CACA-AA--------AA---A--------------GCATCT--------GCAAATATG--------TA--------GT---TTATA--TTT----------------------GAATTTAT--TAA---ATAAA---A-ATT-------GTAAAGCGATTTTCTTTT-----TGATATA---TATTTATACCTCCA-TA-----TATCATCTATGAAAGTTT-TTT----TGTTGT-TGTTT----TTTCACAATC-ACACAC--A-TT----TGA---------CCTT-TTAAAC---AG-CGAATT-GTC-AAA----T--ATTAAAACTA--CT-CTAT-ATA-CTTAAC-----A---TATGTAGA----------------------GTAAACGC--TGTGTATAGTATATG-TATTTttccaattttagaaattctgtacaaaattttgattgtaaacttgtaaacgctgggaattaaataataagttttaatctatgattttgtggata
gi|20 : cAAGATTCAA------------TATTTGTAATTTAAACATAATAAATTG---TCTCGTTACATACA-TACGTTATAACAT--A-----C---ATA---AAG-T--ACATA--CAATA-AAGT-TATC--ATAT----------CACATTTAT---ACGGA--------ACAAT---TCGTA-TATATTAT----GAA--A--TG-TTTGT--A-------AC-AGTTATATAA--------GC---ATCTAC---------ACATCT--------G----------------TA--------Ggccctgttttaaatgttctgtgaattgctttgatttataaatactattaacgtttatacgctgggtgtattatattaaaacggttgtatctatagtttgagaatgtcaatgtactacggacaaataaga
gi|21 : ATCACCTATGTTATGTA-ATA----T---ATATGTAC----ACTCATATTA-ACACAC--A-TA----AAG---------CCTT-CGAAAC---AA-TGCTTA-GTT-AAAATATT--T------------------------------------------TAAA----------------------TTAAATGC--TGT-----GTATATG-TA
gi|22 : GATTCAAAA-TTACTT--T-ATGTACAACTTAAACATAATTA--TG-TTTCTCATTACATGCA-TATATT-----AT--A-----C---ATA---CAT-A---CAT-T-CAATGTA
gi|3 : --T--A-------AA-A--CATA-AA--------GT---ATCATCTGT------ACATCT--------G----------------TA--------GT---TAGCA--TTT--AA-------A-AAAAAGTTGGACTT-----------GTGAA-TGA-ATTTC-----GTAAA-CAATTTACTTTT-----AAATAAA---TATCTAAAAATCCC-TA-----AATCACCAATGATAGATA-ATAATATTAT-ATATGTAC----ACTCATATTC-ACACAC--A-CA----AGG---------CCTC-CCAAAC---TA-T--------------GATT--TCTAAAA--A-----CTAT-ATA-CTTGAC-----ATAGTACGTAGATTTTCTACGTAGATTACGTAGATTAAATGC--TGT-----GAATGTG-TATtttatttatcacat
gi|4 : atttgATATGTAACATATAAAGTAGCATCTGTAGTTTATATTTCATAAAGAGGTAGGACTTATTT--TTAAATG-AA-TTAAGTAAA-CAA--T---------TTACATATG-TATGTT------T--A-----TCGGGTA---AAGTA--GCATCTGTAGTTTATAT-T-TC--ATAAAGAGGTAGGACTTATTT-TTAAATGAATTTAGTAAACAAT---T--TA-CATATGT----------A--TG-TT--T--A-------TC-G--GGTA-AA--------GT---A--------------GCATCT--------G----------------TA--------GT---TTATA--TTTC-AT-------A-AAGAGGTAGGACTT------ATTT-TTAAA-TGA-ATTTA-----GTAAA-CAATTTACATTT-----AAATATA---TATCTACGATTCCA-TT-----CATCATCTATGTTAGATA-ATA----TAT-ATATGTAC----ACTCATATTC-ACACAC--A-CA----AGG---------CCAT-TAAAAC---AA-TTCTTT-GTT-AAAAGATT--TCTAAAA--A--C--CTAT-ATA-CTTGAC-----A---TACGTAAA----------------------TTAAATGC--TGT-----ATATATG-TATTTattctcactttaaaagttctgtaatttgcttagattttatcaattaaatgaattaacatattataaggttttatatataatttgcgagtattattgtacagcggacagatgtgaataaaatgatactcgttttccaaatcgtgtgtattacataaagtgcaatatcttcggttaaat
gi|5 : ATTTCATTATTTGTAACTTGAACATA-TAA--TG-TTTCTCATTACATAAT-TATATT-----ATA-A-----C---ACACATGAG-A--ATATC--CA--ATAAGT-TACC--ATATGG--CT--GACACACAT-T----TGAG--------ACAAT---TCATATAATAATT-------------TA-TT--T--A-------TCTG--CAT----------------------------------ATCT--------G----------------TG--------GT---TTATA--TTTC-AA-------T-AAGAG--TAG---TTGT----TTT-GCAAA-TGA-ATT-------G--------------TTT-----AAAGCGA---TA--TAATATTATA-TA-----TATCACCCATGATAGTTT-CTT----TAA-AT-TTTTC----GCTTACAAAC-ACACAT--A-TA----AGGACAAAATA-CCTCTTTAAAC---AG-AGAATT-GTT--ACAGATT----GAACA--A--CT-CTTT-GTA-CTTGAC-----G---TAAGTACA----------------------TTTAATGT--TTT-----GTATAGA-TATT
gi|6 : aaaattttgac-T-TT--AT-CAC--GT--GACCTATTT-T---ATGAA--------ACAAT---TCGTA-AATATTTA---------A--TA-TT--T--ATTCGTAAAC-A--CATA-A--------------------------------TCT--------G----------------TA--------ATAAATTATA--TTTC-AA-------A-TAGAGGTCGTACTTTAT--TATTT-TTAAA-TGA-ATTTC-----GTAAA-C---------------------------ATCTAAACCTCCA-TA-----AATCATCCATGAGAGATA-ATA----T---ATATGTAC----ACTCATATTC-ACACGC--A-CA----AGA---------CCAC-CCAAAC---AA-TGCTTT-GCT-AAAAGATT--TCTAAAA--A--C--CTAA-ACC-CTTGAC-----A---TATGTATA----------------------TTAAATGC--TGT-----GTTTATG-TATTTagcacggttttagaattagtttagtaaattgttttg
gi|7 : aTTT--TTATTTGAAACTTAAACACT-TAA--TG-ATTTTCATTCGATCCA-TACATT-----AT--A-----C---ATA---AAT-A---------CAGTACA------TCAAATATAG--TA--GATACATTT-T---ATAAA--------ACAAT---TTGTA-TACATTTTAA--A----A--TA-CT--T--A-------GC-A--CATA-AA--------ATTCCATCTGC---------ACATCT--------G----------------TA--------GT---TCATA--TTTC-AA-------T-AATATGTTGAACATTAC--TATTTCGTACA-TGT-ATTTC-----GTAAA-GTATTTTTCTTA-----AGATATACGGTATCTAAAATTCCA-TA-----TAACATCTATGGT-------TA----TTT-TTTCGCAC----A--------C-ACACAC--A-GA----AGGACAAAATACCTTT-TAAAAT---AG-CGTATT-ATT--AAAGATT----GAAAA--A--CA-CTAC-ATA-CTTGAT-----A---TACGTAAA----------------------TTAAATGCTGTGT-----GTATATG-TATtcccaattttaaaagttctgtaacttgcttagatttcatcaattcaataaatgtataaacgcttggcctcttccaatagtaaggttttctgtacaatttgtaagtatcgttgtacaac
gi|8 : TA-TAA--TATATTTTC-TTACATAAA-TACAGT-----AT--A----------------------AC-TTT-TAATAT---T-T-TT--AT-CAG--GT--GACACATTT-T---ATGAG--------ACAAT------TA-TTTTTTTT----TAA--A--TA-TT--TAAA-------AC-A--CATA-GT--------GT---AACAATGTTATTTGTACATCT--------T----------------TA--------GT---TTATA--TTTC-AA-------T-AAGAGGTTGAACATTAT--CATTT-ATCAA-TAACGTTTG-----GTAAG-CAATTTGCTT---------------------TAAAATTCCA-TATAATGTATTATCCAGGATAGATA-ATA----CAT-ATAT-T-C----ACTCATTACA-ACACAC--A-CA----AGA---------CCTT-ACAAAC---AA-TGCTTT-GTT-AAATGATT--TC-AAAA--A--T--GTAT-ATA-CTTGACAAACGA---AACGTTGA----------------------TTAAATGC--TGT-----CTGTATG-TATgttcccatttttaaaa
gi|9 : gcttcagtatttctttatttATTT--------G----------------TA--------GT---TACTA--TTTA-AA-------T-AAGAGGTTGAAATTTATGTTATAT--TAAA-TGA-AATTC-----GTAAAGCGATGTTCTTTT-----AGATATA---TATCTAAAACACCA-TA-----TATCATCCACGATAGCT--TTT----TGT-GGTTTTCC----TTTCTCACTC-ATACAC--A-CA----TGA---------TCTT-TTAAAA---AAGTAAATT-GTT--AAAGA-T--TCTTAAA--C--C--CTAT-ATA-CTTGAC-----A---TACGTAGA----------------------TTAAATGT--TGT-----GTATATG-TATTT
Alignments
lowQualScore : 2222222 11111 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 4444444444444 2222222222222 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 111111111 1 222222222 11111 11111111 2222222222222222222222
lowQualScore : 6 8888888 7777 1 0 8 66666 5 0 3 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 77 2 444 99999999 444 33 0000000000000 5 1111111111111 2 33 2 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 444 1 33 44 444444444 2 33 88 2 2 66666 0 5 2 66666 2 444 2 777777 1 2 5555 2 99 0 5 5555 1 2 33 2 5555 333333333 666 333 2 55 2 33 4 0 11111 44444444 2 2 55555 444 0 3333333333333333333333 33 66666 2
lowQualScore : . ....... .... . . . ..... . . . ........................................................... .. . ... ........ ... .. ............. . ............. . .. . .............................................................................. ... . .. .. ......... . .. .. . . ..... . . . ..... . ... . ...... . . .... . .. . . .... . . .. . .... ......... ... ... . .. . .. . . ..... ........ . . ..... ... . ...................... .. ..... .
lowQualScore : 5 3333333 2222 0 1 0 11111 7 4 6 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 33 7 777 77777777 777 77 9999999999999 3 1111111111111 5 44 5 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 777 7 77 33 111111111 4 77 44 5 5 22222 0 2 8 22222 8 444 5 222222 8 4 0000 9 99 4 1 0000 8 4 22 4 0000 888888888 222 999 2 44 2 66 8 6 11111 88888888 2 2 99999 111 3 7777777777777777777777 77 77777 7
consensus : ATATGTAACATATAAAGTAGCATCTGTAGTTTATATTTCATAAAGATTCAAGATTT----ATTT--TTATTTGTAACTTAAACATA-TAA--TGTTTCTCATTACATACA-TACATT-----AT--AC---ATAAA-G-A--GCA--TCT-CAATATAT-T-T-TC--ATACAC--GT--GACACATTT-T---ATGAA--------ACAAT---TCGTA-NATATTTT----T----A--TA-TT--T--A-------AC-A--CATA-AA--------GT---A--------------GCATC--------T--------G----------------TA--------GT---TTATA--TTTC-AA-------A-AAGAGGTTGGACTTTAT--TATTT-GTAAA-TGA-ATTTC-----GTAAA-CGATTTNCTTTT-----AAATANA---TATCTAAAATTCCA-TA-----NATCATCCATGATAGNTA-ATA----TATATA-TGTAC----ACTCATANTC-ACACAC--A-CA----AGG---------CCTC-CNAAAC---AA-TGCNTT-GTT-AAAAGATT--TCTAAAA--A--C--CTAT-ATA-CTTGAC-----A---TACGTAGA----------------------TTAAATGC--TGT-----GTATATG-TATTT
Reference ( family-484 ) : ATATGTAACATATAAAGTAGCATCTGTAGTTTATATTTCATAAAGATTCAAGATTT----ATTT--TTATTTGTAACTTAAACATA-TAA--TGNTTCTCATTACATACA-TACATT-----AT--AC---ATAAA-G-A--GCA--TCT-CAATATANGT-T-TC--ATACAC--GT--GACACATTT-T---ATGAA--------ACAAT---TCGTA-NATATTTT----T----A--TA-TT--T--A-------AC-A--CATA-AA--------GT---A--------------GCATC--------T--------G----------------TA--------GT---TTATA--TTTC-AA-------A-AAGAGGTTGGACTTTAT--TATTT-GTAAA-TGA-ATTTC-----GTAAA-CGATTTNCTTTT-----AAATANA---TATCTAAAATTCCA-TA-----NATCATCCATGATAGNTA-ATA----TATATA-TGTAC----ACTCATANTC-ACACAC--A-CA----AGG---------CCTC-CNAAAC---AA-TGCNTT-GTT-AAAAGATT--TCTAAAA--A--C--CTAT-ATA-CTTGAC-----A---TACGTAGA----------------------TTAAATGC--TGT-----GTATATG-TATTT
gi|1 : TTCAAGATTC------CT--TAATTTATAACTTAAACATT-AAA--TGCTT---GTTACATATAGTATAAC-----AT--AC---A--AA-G-AATGCA--TC--CAATATAA-----TC--AT-C-C--GT--GACACAGTT-T---ATGAA--------ACAAC---TCGTA-TATATTAT---------A--TA-CTCGT--A-------TA-A--CATA-AC--------GT---A--------------GCATC--------T--------GCATATCTG--------TA--------GT---TCATAGATTTC-AA-------C-AAGAGGTTGAACTTTGT--TATTTCGTAAA-TGA-ATTTC-----GTAAAGCGTTTTTTTTTTCTGTTAAATATA---TGTCTAAAATTCCA-TC-----TATCATCCATGATAATTA-ATT----TATAC--TTTTC----TTTCATAACCGAC-CAC--A-CA-------------------C-CGACACGAGAA-CGC-TC-GAA-ACAAGATTCGTCTAGCA--AT-C--CTAT-ATA-CTTGAC-----A---TACGTATA----------------------TTAAATGT--TGT-----GTATATG-TATTT
gi|10 : -T---ATGAA--------ACAAT---TCGTA-AATATTTT----TTTTAA--TA-TT--T--GCC-----AC-A--CATA-AA--------GT---A--------------GCATC--------T--------G----------------TACATA----GT---TTTTA--TTTC-AATAAAGCAATAAGAGGAATGACTTT-T--TGTTT-ATAAA-TGA-ATTTG-----GTAAT-CAATTTACTTTC-----AAATACA---TATCTAAAATTCCA-CA-----TATCAACCATGATAGTTACATG----TA-ATA-TATACTTTAACTCATAACC-AGTCAC--A-CA----AGG---------CCTT-ACAAAC---AA-TGCTTT-GTT-AAAA--------TA---------------------TTGAC-----A---TACGTAGA----------------------TTTAATGC--TGT-----GTTGATG-TATccccagttttaaaagtcctgtgaattgctttgatttcatcaaatcaacatcaatccaatacactattaaacacttggtctatcataataaggaggttttatatataatttccgaagtcattatacaacggataaataagaataaaattctgctcgttttccaaatcatgtgtattacataaagtgcaatctctttaaat
gi|11 : CATTACATACA-TATATT-----AT--AC---ATA---------CA--TC--CAATATATTT-T-TTT-AT-CAC--GT--GAAACATTT-T---ATGAA--------ACAAT---TCGTA-AATATTTT----T----AGATAATTG-T--A-------AT-A--CATA-AA--------GT---A--------------GCATC--------TATACATCTG----------------TA--------GT---TAATA--CTTCCAA-------A-AAGAGGTTGGACTTGAT--CATTT-ATAAA-TGA-GTTTC-----GTAAA-CAATTTTCTTTT-----AAATAAT---TGTCTAAAATTTCAATG-----AATCATCCATGATATATA-ATA----TATAT---GTAC----ACTCATATTC-AAACAC--ATC-------G---------CCTC-CAAAAC---AA-TGATTT-GTT-AAAAGATT--TCTAAAG--A--C--CTAT-ATG-CTTGAC-----A---TACGTAGA----------------------TAAAATGC--TGT-----ATACTTG-TATTTatgccaagttttaaaattctgtaatttgcttttatttcatcaattcaataaacttataaacgctgcgcctattgtatcaata
gi|12 : AATATTTAT-T-T---AT-TAC--GC--GACACATTT-T---CAGAA--------ACAAT---GAGAA-AATCTTTT----T----AGATA-TT--TGTA-------AC-A--CATA-AG--------GT---A--------------GCATC--------T--------G----------------TACATCTTTAAT---TAATA--TTTC-AT-------A-AAGAGGTTGGACTTTAT--TATTT-GTAAA-TGA-ATTTC-----GTAAA-CAATTTACTTTT-----AAATAAA---TATCTAAAATTCCA-TA-----AATCATCCATGATAGATA---A----TATATA-TGTAC----ACTCATATTC-ACACGC--T-CA----ATG---------CATC-CCAAAC---AA-TGTTTTGGTTAAAAAAAAT--TCTACAA--A--C--CTAT-TTA-CTTTAC-----A---TACGTAtc
gi|13 : atcctgtacatgctttcttatgctaagaaacaccaagttatacctacattaaa-TGA-ATTTC-----GCAAG-CAATTAACGGTT-----TGATAAA---TATCTAAAATTCTA-TA-----TATCATCTATGAAAGTTT-ATA----TATATA-TGT------ATTCATAGCC-ACACACAAA-TA----ATG---------CCTC-CTATGT---AG-TGAGTT-GTT-AAAATAAT--T---AAA--A--CCTCTGT-ATA-CTTGAC-----A---TACGTAAA----------------------TTAAATGC--TGT-----GTATATG-TAGTT
gi|14 : gtagcatatatcaaggacttgcatatatcatcaattttctttaaatatttgtttttctttgtccacattaatttaaattttttataagtgtaaacatttataaatagattgatactATTCAATATTT------CT--TTATTAGTAACTTAAACATA-TAA----------ATTTCATACA-TATATT-----AT--AC---AT---------GCA--T-T-CAATATATGTAT-TT--AT-CAC--GT--GATACATTT-T---ATGAA--------ACAAT---TCGTA-AATATTTT----T----AAATA-TTG-T--A-------AC-A--CATA-AGTTGCATCTGT---A---------------CATC--------T--------G----------------TA--------GT---TTATA--ATTC-AA-------A-AAGAGGTTT-ACTTTAT--TATTT-ATAAA-TAA-ATTTC-----GTAAA-CAATTAACTTTT-----AAATAAA---TATCTAACATTCCA-TA-----AATCATCAATGACAGATA-ATA----TATtcccagttttaaaagttttct
gi|15 : a-T---ATGAA--------ACAAG---TTGTA-AATACTTT----TTA--A--TAATG--T--A-------AC-A--CATA-AA--------GT---T--------------GCATC--------T--------G----------------TACATCTGTAGT---TAATA--TTTC-AA-------A-TATAGGTTGGACTTTAT--TATTT-ACAAAATGA-GCTTC-----GTAAA-CAATTTAGTTTT-----CAATTAA---TATCTAAAATTCTC-TA-----AATCATCCATGATAGATA-ATA----T--ATA-TGTAC----ATTCATATTC-AGACGC--A-CA----AGG---------CCTC-CCAAAG---AA-TGCTTT-GTT-ACGAGATT--TCTAAAT--A--C--CTAT-ATA-CTAGAT-----A---TACGT
gi|16 : cATGT-T---AGGAA--------ACAAT---TCGTA-TATATTTCAAAAT----A--TA-TG--T--A-------AC-A--CGTG-AA--------GT---A--------------GCATC--------T--------GCCATAATCTGCGCAGCTATT------GT---ATATA--TTT-----------------GATTGGACTT-AT--T-TTC-GTACA-T-----TTCATATAGTAAAGCGATATTCTTTT-----AAATATA---CAGCTAAATGTTCA-TA-----CA------------GCTA-ATT----TATAT--TCTTC----ACTTACAAAC-GCACGC--A-TA----AGAAAATA----CCTCTCAAAAC---AT-TGAATT-GTT-GAAA---T--TAAAAAA--A--T--ATAT-ATA-CT
gi|17 : gtaC----ACACATAATC-ACACAC--A-CACACAAGG---------CCTC-----AC---A----CTTT-TTT-A-----TT--TTTAAAAC-ATCC--CTATTAT--CTCCAC-----A---TATGCAGA----------------------TTAAATGC--TGT-----GTGTATG-TATTT
gi|18 : tagaaaatagcttgataattTAAACATG-TAA--TATTTATCATTATATACA-TGCATT-----ATCAACT--ATATG-C-A--GCACGTC--CGATGTA----T-TT--AT-CAC--AT--AACACCTTT-T----T--A--------ACCATATCTTTTA-TATATTTA----G----A--TA-TT--T--GTT-----AT-A--TATA-AA--------GT---A--------------GCATC--------T--------G----------------CA--------tcaagctttaaaagttctgtaaattgttaggtaatacactcttcatgtagtataataataagggtttatatctaaattgtacaactgaca
gi|19 : attattaactccatgtagttttgctagcatacgtgTC-CAAATC---AA-TACAGT-ATT-AAGA-ATT------AAA--A--CA-CTAA-ATGTCTTGA------A---GATGCAAA----------------------TAAAATGC--TGC-----ATATATGATATTTcatatgca
gi|2 : aagacagAAGATTCAAGATTT----ATTT----ATTTGTCACTTAAACATA-TGA--TATTTCTCACTAAATATA-TACACTATAACAT--AC---ATAAA-G-G--ACA--TAT--GATA--------TC--ATA-----GT--TA------T-T---A--------------AAT---TCGTA-CATAATTT----TAA--A--TA-TT--TGAA-------AC-A--CACA-AA--------AA---A--------------GCATCTGCAAATAT--------G----------------TA--------GT---TTATA--TTT----------------------GAATTTAT--TA--A-ATAAA---A-ATT-------GTAAAGCGATTTTCTTTT-----TGATATA---TATTTATACCTCCA-TA-----TATCATCTATGAAAGTTT-TTT----TGT-TGTTGTTT----TTTCACAATC-ACACAC--A-TT----TGA---------CCTT-TTAAAC---AG-CGAATT-GTC-AAA----T--ATTAAAACTA--CT-CTAT-ATA-CTTAAC-----A---TATGTAGA----------------------GTAAACGC--TGTGTATAGTATATG-TATTTttccaattttagaaattctgtacaaaattttgattgtaaacttgtaaacgctgggaattaaataataagttttaatctatgattttgtggata
gi|20 : cAAGATTCAA----------------TATTTGTAATTTAAACATAATAAATTG--TCTCGTTACATACA-TACGTTATAACAT--AC---ATAAA-G-T--ACA--TA--CAATA-AAGT-TATC--ATAT----------CACATTTAT---ACGGA--------ACAAT---TCGTA-TATATTAT----GAA--A--TG-TTTGT--A-------AC-AGTTATATAA--------GC---ATCTAC---------ACATC--------T--------G----------------TA--------Ggccctgttttaaatgttctgtgaattgctttgatttataaatactattaacgtttatacgctgggtgtattatattaaaacggttgtatctatagtttgagaatgtcaatgtactacggacaaataaga
gi|21 : ATCACCTATGTTATGTA-ATA----T--ATA-TGTAC----ACTCATATTA-ACACAC--A-TA----AAG---------CCTT-CGAAAC---AA-TGCTTA-GTT-AAAATATT--T------------------------------------------TAAA----------------------TTAAATGC--TGT-----GTATATG-TA
gi|22 : GATTCAAAATT-----ACTT--T-ATGTACAACTTAAACATAATTA--TGTTTCTCATTACATGCA-TATATT-----AT--AC---ATACA-T-A---CA--T-T-CAATGTATTTAT-TT--AT-CAC--AT--
gi|3 : --T--A-------AA-A--CATA-AA--------GT---ATCATCTGT------ACATC--------T--------G----------------TA--------GT---TAGCA--TTT--AA-------A-AAAAAGTTGGACTT-----------GTGAA-TGA-ATTTC-----GTAAA-CAATTTACTTTT-----AAATAAA---TATCTAAAAATCCC-TA-----AATCACCAATGATAGATA-ATAATATTATATA-TGTAC----ACTCATATTC-ACACAC--A-CA----AGG---------CCTC-CCAAAC---TA-T--------------GATT--TCTAAAA--A-----CTAT-ATA-CTTGAC-----ATAGTACGTAGATTTTCTACGTAGATTACGTAGATTAAATGC--TGT-----GAATGTG-TAT
gi|4 : atttgATATGTAACATATAAAGTAGCATCTGTAGTTTATATTTCATAAAGAGGTAGGACTT----ATTT--TTAAATG-AA-TTAAGTAAA-CAA--T--------TTACATATG-TATGTT------T--ATCGGGTAAA-GTA--GCA--TCTGTAGTTTATAT-T-TC--ATAAAGAGGTAGGACTTATTT-TTAAATGAATTTAGTAAACAAT---T--TA-CATATGT----------A--TG-TT--T--A-------TC-G--GGTA-AA--------GT---A--------------GCATC--------T--------G----------------TA--------GT---TTATA--TTTC-AT-------A-AAGAGGTAGGACTT------ATTT-TTAAA-TGA-ATTTA-----GTAAA-CAATTTACATTT-----AAATATA---TATCTACGATTCCA-TT-----CATCATCTATGTTAGATA-ATA----TATATA-TGTAC----ACTCATATTC-ACACAC--A-CA----AGG---------CCAT-TAAAAC---AA-TTCTTT-GTT-AAAAGATT--TCTAAAA--A--C--CTAT-ATA-CTTGAC-----A---TACGTAAA----------------------TTAAATGC--TGT-----ATATATG-TATTTattctcactttaaaagttctgtaatttgcttagattttatcaattaaatgaattaacatattataaggttttatatataatttgcgagtattattgtacagcggacagatgtgaataaaatgatactcgttttccaaatcgtgtgtattacataaagtgcaatatcttcggttaaat
gi|5 : AAAATTTTGACATTTCATTATTTGTAACTTGAACATA-TAA--TGTTTCTCATTACATAAT-TATATT-----ATA-AC---ACACATG-A--GAA--TAT-CCA-ATAAGT-TACC--ATATGG--CT--GACACACAT-T----TGAG--------ACAAT---TCATATAATAATT-------------TA-TT--T--A-------TCTG--CAT----------------------------------ATC--------T--------G----------------TG--------GT---TTATA--TTTC-AA-------T-AAGAG--TAG---TTGT----TTT-GCAAA-TGA-ATT-------G--------------TTT-----AAAGCGA---TA--TAATATTATA-TA-----TATCACCCATGATAGTTT-CTT----TAAAT--TTTTC----GCTTACAAAC-ACACAT--A-TA----AGGACAAAATA-CCTCTTTAAAC---AG-AGAATT-GTT--ACAGATT----GAACA--A--CT-CTTT-GTA-CTTGAC-----G---TAAGTACA----------------------TTTAATGT--TTT-----GTATAGA-TATT
gi|6 : -T-TT--AT-CAC--GT--GACCTATTT-T---ATGAA--------ACAAT---TCGTA-AATATTTA---------A--TA-TT--T--ATTCGTAAAC-A--CATA-A--------------------------------TC--------T--------G----------------TA--------ATAAATTATA--TTTC-AA-------A-TAGAGGTCGTACTTTAT--TATTT-TTAAA-TGA-ATTTC-----GTAAA-C---------------------------ATCTAAACCTCCA-TA-----AATCATCCATGAGAGATA-ATA----T--ATA-TGTAC----ACTCATATTC-ACACGC--A-CA----AGA---------CCAC-CCAAAC---AA-TGCTTT-GCT-AAAAGATT--TCTAAAA--A--C--CTAA-ACC-CTTGAC-----A---TATGTATA----------------------TTAAATGC--TGT-----GTTTATG-TATTTagcacggttttagaattagtttagtaaattgttttg
gi|7 : aTTT--TTATTTGAAACTTAAACACT-TAA--TGATTTTCATTCGATCCA-TACATT-----AT--AC---ATAAA-T-A-----------CAGTACA------TCAAATATA---GTA-GATACATTT-T---ATAAA--------ACAAT---TTGTA-TACATTTTAA--A----A--TA-CT--T--A-------GC-A--CATA-AA--------ATTCCATCTGC---------ACATC--------T--------G----------------TA--------GT---TCATA--TTTC-AA-------T-AATATGTTGAACATTAC--TATTTCGTACA-TGT-ATTTC-----GTAAA-GTATTTTTCTTA-----AGATATACGGTATCTAAAATTCCA-TA-----TAACATCTATGGT-------TA----TTTTTT-CGCAC----A--------C-ACACAC--A-GA----AGGACAAAATACCTTT-TAAAAT---AG-CGTATT-ATT--AAAGATT----GAAAA--A--CA-CTAC-ATA-CTTGAT-----A---TACGTAAA----------------------TTAAATGCTGTGT-----GTATATG-TATtcccaattttaaaagttctgtaacttgcttagatttcatcaattcaataaatgtataaacgcttggcctcttccaatagtaaggttttctgtacaatttgtaagtatcgttgtacaac
gi|8 : TTCAGTATTT------CT--TTATTT-TA---TAA---TA-TA------TTTTC-TTACATAAA-TACAGT-----AT--A---------------AC---TTT-TAATAT---T-T-TT--AT-CAG--GT--GACACATTT-T---ATGAG--------ACAAT------TA-TTTTTTTT----TAA--A--TA-TT--TAAA-------AC-A--CATA-GT--------GT---AACAATGTTATTTGTACATC--------T--------T----------------TA--------GT---TTATA--TTTC-AA-------T-AAGAGGTTGAACATTAT--CATTT-ATCAA-TAACGTTTG-----GTAAG-CAATTTGCTT---------------------TAAAATTCCA-TATAATGTATTATCCAGGATAGATA-ATA----CATATA-T-T-C----ACTCATTACA-ACACAC--A-CA----AGA---------CCTT-ACAAAC---AA-TGCTTT-GTT-AAATGATT--TC-AAAA--A--T--GTAT-ATA-CTTGACAAACGA---AACGTTGA----------------------TTAAATGC--TGT-----CTGTATG-TATgttcccatttttaaaa
gi|9 : gcATT--------T--------G----------------TA--------GT---TACTA--TTTA-AA-------T-AAGAGGTTGAAATTTATGTTATAT--TAAA-TGA-AATTC-----GTAAAGCGATGTTCTTTT-----AGATATA---TATCTAAAACACCA-TA-----TATCATCCACGATAGCT--TTT----TGTGGT-TTTCC----TTTCTCACTC-ATACAC--A-CA----TGA---------TCTT-TTAAAA---AAGTAAATT-GTT--AAAGA-T--TCTTAAA--C--C--CTAT-ATA-CTTGAC-----A---TACGTAGA----------------------TTAAATGT--TGT-----GTATATG-TATTT
Alignments
lowQualScore : 2222222222222 1111 11111 6666666666666666666666666666666666666666666666666666 4444444444444 1111111111111111 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 111111111 1 222222222222222 11111 11111111 2222222222222222222222
lowQualScore : 5 8888888888888 2 8 2222 0 0 3 66666 77 2222222222222222222222222222222222222222222222222222 77 2 444 99999999 444 1 33 0000000000000 5 7777777777777777 2 33 2 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 444 1 33 44 444444444 33 88 2 2 66666 0 5 2 66666 2 444 2 1 55555 1 2 5555 2 88 0 6 5555 1 2 5555 33 2 000000000000000 666 333 2 55 2 66 4 0 11111 44444444 4 55555 444 0 3333333333333333333333 33 66666 2
lowQualScore : . ............. . . .... . . . ..... .. .................................................... .. . ... ........ ... . .. ............. . ................ . .. . ..................................................................................... ... . .. .. ......... .. .. . . ..... . . . ..... . ... . . ..... . . .... . .. . . .... . . .... .. . ............... ... ... . .. . .. . . ..... ........ . ..... ... . ...................... .. ..... .
lowQualScore : 3 1111111111111 2 0 7777 7 4 6 77777 99 5555555555555555555555555555555555555555555555555555 99 7 777 77777777 777 5 77 9999999999999 3 9999999999999999 5 44 5 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 777 7 77 33 111111111 77 44 5 5 22222 0 2 8 22222 8 444 5 0 99999 8 4 0000 9 55 4 6 0000 8 4 0000 22 4 000000000000000 222 999 2 44 2 33 8 6 11111 88888888 4 99999 111 3 7777777777777777777777 77 77777 7
consensus : ATATGTAACATATAAAGTAGCATCTGTAGTTTATATTTCATAAAGATTCAAGATTT----ATTT--TTATTTGTAACTTAAACATA-TAATGT-TTCTCATTACATACA-TACATT-----AT--AC---ATA---AAG-A--GCA--TCT-CAATATAT-T-T--TC--ATA-CAC--GT--GACACATTT-T---ATGAA--------ACAAT---TCGTA-NATATTTT----T----A--TA-TT--T--A-------A--C-A--CATA-AA--------GT---A--------GCA--------------TC--------T--------G--------TA---------------GT---TTATA--TTTC-AA-------A-AAGAGGTTGGACTTTAT--TATTT-GTAAA-TGA-ATTTC-----GTAAA-CGATTTNCTTTT-----AAATANA---TATCTAAAATTCCA-TANA-----TCATCCATGATAGNTA-ATA----TATATA-TGTAC----ACTCATANTC-ACA----CAC--A-CAAG-----G---------CCTC-CNAAAC---AA-TGCNTT-GTT-AAAAGATT--TCTAAAA--A--C--CTATATA-CTTGAC-----A---TACGTAGA----------------------TTAAATGC--TGT-----GTATATG-TATTT
Reference ( family-484 ) : ATATGTAACATATAAAGTAGCATCTGTAGTTTATATTTCATAAAGATTCAAGATTT----ATTT--TTATTTGTAACTTAAACATA-TAATGT-TTCTCATTACATACA-TACATT-----AT--AC---ATA---AAG-A--GCA--TCT-CAATATAT-T-T--TC--ATA-CAC--GT--GACACATTT-T---ATGAA--------ACAAT---TCGTA-NATATTTT----T----A--TA-TT--T--A-------A--C-A--CATA-AA--------GT---A--------GCA--------------TC--------T--------G--------TA---------------GT---TTATA--TTTC-AA-------A-AAGAGGTTGGACTTTAT--TATTT-GTAAA-TGA-ATTTC-----GTAAA-CGATTTNCTTTT-----AAATANA---TATCTAAAATTCCA-TANA-----TCATCCATGATAGNTA-ATA----TATATA-TGTAC----ACTCATANTC-ACA----CAC--A-CAAG-----G---------CCTC-CNAAAC---AA-TGCNTT-GTT-AAAAGATT--TCTAAAA--A--C--CTATATA-CTTGAC-----A---TACGTAGA----------------------TTAAATGC--TGT-----GTATATG-TATTT
gi|1 : TTCAAGATTC------CT--TAATTTATAACTTAAACATT-AAATG----CTTGTTACATATAGTATAAC-----AT--AC---A-----AAG-AATGCA--TC--CAATATAA-T-----C--AT--C-C--GT--GACACAGTT-T---ATGAA--------ACAAC---TCGTA-TATATTAT---------A--TA-CTCGT--A-------T--A-A--CATA-AC--------GT---A--------GCA--------------TC--------T--------GCATATCTGTA---------------GT---TCATAGATTTC-AA-------C-AAGAGGTTGAACTTTGT--TATTTCGTAAA-TGA-ATTTC-----GTAAAGCGTTTTTTTTTTCTGTTAAATATA---TGTCTAAAATTCCA-TCTA-----TCATCCATGATAATTA-ATT----TATACT-TTT-C----TTTCATAACCGAC-----CAC--A-CA--------------------C-CGACACGAGAA-CGC-TC-GAA-ACAAGATTCGTCTAGCA--AT-C--CTATATA-CTTGAC-----A---TACGTATA----------------------TTAAATGT--TGT-----GTATATG-TATTT
gi|10 : -T---ATGAA--------ACAAT---TCGTA-AATATTTT----TTTTAA--TA-TT--T--GCC-----A--C-A--CATA-AA--------GT---A--------GCA--------------TC--------T--------G--------TACATA-----------GT---TTTTA--TTTC-AATAAAGCAATAAGAGGAATGACTTT-T--TGTTT-ATAAA-TGA-ATTTG-----GTAAT-CAATTTACTTTC-----AAATACA---TATCTAAAATTCCA-CATA-----TCAACCATGATAGTTACATG----TA-ATA-TATACTTTAACTCATAACC-AGT----CAC--A-CAAG-----G---------CCTT-ACAAAC---AA-TGCTTT-GTT-AAAA--------TA--------------------TTGAC-----A---TACGTAGA----------------------TTTAATGC--TGT-----GTTGATG-TATccccagttttaaaagtcctgtgaattgctttgatttcatcaaatcaacatcaatccaatacactattaaacacttggtctatcataataaggaggttttatatataatttccgaagtcattatacaacggataaataagaataaaattctgctcgttttccaaatcatgtgtattacataaagtgcaatctctttaaat
gi|11 : CATTACATACA-TATATT-----AT--AC---ATA-----------CA--TC--CAATATAT-T-T--TT--TTATCAC--GT--GAAACATTT-T---ATGAA--------ACAAT---TCGTA-AATATTTT----T----AGATAATTG-T--A-------A--T-A--CATA-AA--------GT---A--------GCA--------------TC--------TATACATCTG--------TA---------------GT---TAATA--CTTCCAA-------A-AAGAGGTTGGACTTGAT--CATTT-ATAAA-TGA-GTTTC-----GTAAA-CAATTTTCTTTT-----AAATAAT---TGTCTAAAATTTCAATGAA-----TCATCCATGATATATA-ATA----TATAT---GTAC----ACTCATATTC-AAA----CAC--ATC--------G---------CCTC-CAAAAC---AA-TGATTT-GTT-AAAAGATT--TCTAAAG--A--C--CTATATG-CTTGAC-----A---TACGTAGA----------------------TAAAATGC--TGT-----ATACTTG-TATTTatgccaagttttaaaattctgtaatttgcttttatttcatcaattcaataaacttataaacgctgcgcctattgtatcaata
gi|12 : TT-----AT--AC---CTA-----------CA--T-T-AAAAATAT-T-TATTT--AT--TAC--GC--GACACATTT-T---CAGAA--------ACAAT---GAGAA-AATCTTTT----T----AGATA-TT--TGTA-------A--C-A--CATA-AG--------GT---A--------GCA--------------TC--------T--------G--------TACATCTTTA-------AT---TAATA--TTTC-AT-------A-AAGAGGTTGGACTTTAT--TATTT-GTAAA-TGA-ATTTC-----GTAAA-CAATTTACTTTT-----AAATAAA---TATCTAAAATTCCA-TAAA-----TCATCCATGATAGATA---A----TATATA-TGTAC----ACTCATATTC-ACA----CGC--T-CAAT-----G---------CATC-CCAAAC---AA-TGTTTTGGTTAAAAAAAAT--TCTACAA--A--C--CTATTTA-CTTTAC-----A---TACGTAtc
gi|13 : atcctgtacatgctttcttatgctaagaaacaccaag-TGA-ATTTC-----GCAAG-CAATTAACGGTT-----TGATAAA---TATCTAAAATTCTA-TATA-----TCATCTATGAAAGTTT-ATA----TATATA-TGT------ATTCATAGCC-ACA----CACAAA-TAAT-----G---------CCTC-CTATGT---AG-TGAGTT-GTT-AAAATAAT--T---AAA--A--CCTCTGTATA-CTTGAC-----A---TACGTAAA----------------------TTAAATGC--TGT-----GTATATG-TAGTT
gi|14 : gtagcatatatcaaggacttgcatatatcatcaattttctttaaatatttgtttttctttgtccacattaatttaaattttttataagtgtaaacatttataaatagattgatactATTCAATATTT------CT--TTATTAGTAACTTAAACATA-TAA---------ATTTCATACA-TATATT-----AT--AC---AT-----------GCA--T-T-CAATATATGTAT--TT--AT--CAC--GT--GATACATTT-T---ATGAA--------ACAAT---TCGTA-AATATTTT----T----AAATA-TTG-T--A-------A--C-A--CATA-AGTTGCATCTGT---A---------CA--------------TC--------T--------G--------TA---------------GT---TTATA--ATTC-AA-------A-AAGAGGTTT-ACTTTAT--TATTT-ATAAA-TAA-ATTTC-----GTAAA-CAATTAACTTTT-----AAATAAA---TATCTAACATTCCA-TAAA-----TCATCAATGACAGATA-ATA----TATtcccagttttaaaagttttct
gi|15 : a-T---ATGAA--------ACAAG---TTGTA-AATACTTT----TTA--A--TAATG--T--A-------A--C-A--CATA-AA--------GT---T--------GCA--------------TC--------T--------G--------TACATCTGTA-------GT---TAATA--TTTC-AA-------A-TATAGGTTGGACTTTAT--TATTT-ACAAAATGA-GCTTC-----GTAAA-CAATTTAGTTTT-----CAATTAA---TATCTAAAATTCTC-TAAA-----TCATCCATGATAGATA-ATA----T--ATA-TGTAC----ATTCATATTC-AGA----CGC--A-CAAG-----G---------CCTC-CCAAAG---AA-TGCTTT-GTT-ACGAGATT--TCTAAAT--A--C--CTATATA-CTAGAT-----A---TACGT
gi|16 : cATGT-T---AGGAA--------ACAAT---TCGTA-TATATTTCAAAAT----A--TA-TG--T--A-------A--C-A--CGTG-AA--------GT---A--------GCA--------------TC--------T--------GCCA-----TAATCTGCGCAGCTATTGT---ATATA--TTT-----------------GATTGGAC-TTAT--T-TTC-GTA-----C-ATTTCATATAGTAAAGCGATATTCTTTT-----AAATATA---CAGCTAAATGTTCA-TAC-----------------AGCTA-ATT----TATAT--TCTTC----ACTTACAAAC-GCA----CGC--A-TAAGAAAATA---------CCTCTCAAAAC---AT-TGAATT-GTT-GAAA---T--TAAAAAA--A--T--ATATATA-CT
gi|17 : gtaC----ACACATAATC-ACACACACAC--A-CAAG-----G---------CCTC-----AC---A----CTTT-TTT------ATT--TTTAAAAC-ATCC--CTAT-TATCTCCAC-----A---TATGCAGA----------------------TTAAATGC--TGT-----GTGTATG-TATTT
gi|18 : tagaaaatagcttgataattTAAACATG-TAATAT-TTATCATTATATACA-TGCATT-----ATCAACT--ATA---TGC-A--GCACGTC--CGATGTAT-T-T------AT--CAC--AT--AACACCTTT-T----T--A--------ACCATATCTTTTA-TATATTTA----G----A--TA-TT--T--GTT-----A--T-A--TATA-AA--------GT---A--------GCA--------------TC--------T--------G--------CA---------------tcaagctttaaaagttctgtaaattgttaggtaatacactcttcatgtagtataataataagggtttatatctaaattgtacaactgaca
gi|19 : attattaactccatgtagttttgctagcatacgtgTC-CAAATC---AA-TACAGT-ATT-AAGA-ATT------AAA--A--CA-CTAAATGTCTTGA------A---GATGCAAA----------------------TAAAATGC--TGC-----ATATATGATATTTcatatgca
gi|2 : aagacagAAGATTCAAGATTT----ATTT----ATTTGTCACTTAAACATA-TGATAT-TTCTCACTAAATATA-TACACTATAACAT--AC---ATA---AAG-G--ACA--TAT--GATA---------TC--ATA------GT--TA------T-T---A--------------AAT---TCGTA-CATAATTT----TAA--A--TA-TT--TGAA-------A--C-A--CACA-AA--------AA---A--------GCA--------------TCTGCAAATAT--------G--------TA---------------GT---TTATA--TTT----------------------GAATTTAT--TA--A-ATAAA---A-ATT-------GTAAAGCGATTTTCTTTT-----TGATATA---TATTTATACCTCCA-TATA-----TCATCTATGAAAGTTT-TTT----TGT-TGTTGTTT----TTTCACAATC-ACA----CAC--A-TTTG-----A---------CCTT-TTAAAC---AG-CGAATT-GTC-AAA----T--ATTAAAACTA--CT-CTATATA-CTTAAC-----A---TATGTAGA----------------------GTAAACGC--TGTGTATAGTATATG-TATTTttccaattttagaaattctgtacaaaattttgattgtaaacttgtaaacgctgggaattaaataataagttttaatctatgattttgtggata
gi|20 : cAAGATTCAA----------------TATTTGTAATTTAAACATAATAAATT-GTCTCGTTACATACA-TACGTTATAACAT--AC---ATA---AAG-T--ACA--TA--CAATAAAG-T-TA-TC--ATA-T----------CACATTTAT---ACGGA--------ACAAT---TCGTA-TATATTAT----GAA--A--TG-TTTGT--A-------A--C-AGTTATATAA--------GC---ATCTAC---ACA--------------TC--------T--------G--------TA---------------Ggccctgttttaaatgttctgtgaattgctttgatttataaatactattaacgtttatacgctgggtgtattatattaaaacggttgtatctatagtttgagaatgtcaatgtactacggacaaataaga
gi|21 : A-----TCACCTATGTTATGTA-ATA----T--ATA-TGTAC----ACTCATATTA-ACA----CAC--A-TAAA-----G---------CCTT-CGAAAC---AA-TGCTTA-GTT-AAAATATT--T-----------------------------------------TAAA----------------------TTAAATGC--TGT-----GTATATG-TA
gi|22 : GATTCAAAATT-----ACTT--T-ATGTACAACTTAAACATAATTATGT-TTCTCATTACATGCA-TATATT-----AT--AC---ATA---CAT-A---CA--T-T-CAATGTAT-T-T--
gi|3 : --T--A-------A--A-A--CATA-AA--------GT---ATCATCTGTACA--------------TC--------T--------G--------TA---------------GT---TAGCA--TTT--AA-------A-AAAAAGTTGGACTT-----------GTGAA-TGA-ATTTC-----GTAAA-CAATTTACTTTT-----AAATAAA---TATCTAAAAATCCC-TAAA-----TCACCAATGATAGATA-ATAATATTATATA-TGTAC----ACTCATATTC-ACA----CAC--A-CAAG-----G---------CCTC-CCAAAC---TA-T--------------GATT--TCTAAAA--A-----CTATATA-CTTGAC-----ATAGTACGTAGATTTTCTACGTAGATTACGTAGATTAAATGC--TGT-----GAATGTG-TATatttatcacat
gi|4 : atttgATATGTAACATATAAAGTAGCATCTGTAGTTTATATTTCATAAAGAGGTAGGACTT----ATTT--TTAAATG-AA-TTAAGTAAA-CAAT---------TTACATATG-TATGTT------T--ATCGGGTA---AAGTA--GCA--TCTGTAGTTTATAT-T--TC--ATA-AAGAGGTAGGACTTATTT-TTAAATGAATTTAGTAAACAAT---T--TA-CATATGT----------A--TG-TT--T--A-------T--C-G--GGTA-AA--------GT---A--------GCA--------------TC--------T--------G--------TA---------------GT---TTATA--TTTC-AT-------A-AAGAGGTAGGACTT------ATTT-TTAAA-TGA-ATTTA-----GTAAA-CAATTTACATTT-----AAATATA---TATCTACGATTCCA-TTCA-----TCATCTATGTTAGATA-ATA----TATATA-TGTAC----ACTCATATTC-ACA----CAC--A-CAAG-----G---------CCAT-TAAAAC---AA-TTCTTT-GTT-AAAAGATT--TCTAAAA--A--C--CTATATA-CTTGAC-----A---TACGTAAA----------------------TTAAATGC--TGT-----ATATATG-TATTTattctcactttaaaagttctgtaatttgcttagattttatcaattaaatgaattaacatattataaggttttatatataatttgcgagtattattgtacagcggacagatgtgaataaaatgatactcgttttccaaatcgtgtgtattacataaagtgcaatatcttcggttaaat
gi|5 : AAAATTTTGACATTTCATTATTTGTAACTTGAACATA-TAATGT-TTCTCATTACATAAT-TATATT-----ATA-AC---ACACATGAG-A--ATA--TC--CAATAAGT-T-A--CC--ATA-TGG--CT--GACACACAT-T----TGAG--------ACAAT---TCATATAATAATT-------------TA-TT--T--A-------T--CTG--CAT----------------------------A--------------TC--------T--------G--------TG---------------GT---TTATA--TTTC-AA-------T-AAGAG--TAG---TTGT----TTT-GCAAA-TGA-ATT-------G--------------TTT-----AAAGCGA---TA--TAATATTATA-TATA-----TCACCCATGATAGTTT-CTT----TAAAT--TTTTC----GCTTACAAAC-ACA----CAT--A-TAAG-----GACAAAATA-CCTCTTTAAAC---AG-AGAATT-GTT--ACAGATT----GAACA--A--CT-CTTTGTA-CTTGAC-----G---TAAGTACA----------------------TTTAATGT--TTT-----GTATAGA-TATT
gi|6 : -T--TT--AT--CAC--GT--GACCTATTT-T---ATGAA--------ACAAT---TCGTA-AATATTTA---------A--TA-TT--T--ATTCGTAAA--C-A--CATA-A----------------------------------------TC--------T--------G--------TA---------------ATAAATTATA--TTTC-AA-------A-TAGAGGTCGTACTTTAT--TATTT-TTAAA-TGA-ATTTC-----GTAAA-C---------------------------ATCTAAACCTCCA-TAAA-----TCATCCATGAGAGATA-ATA----T--ATA-TGTAC----ACTCATATTC-ACA----CGC--A-CAAG-----A---------CCAC-CCAAAC---AA-TGCTTT-GCT-AAAAGATT--TCTAAAA--A--C--CTAAACC-CTTGAC-----A---TATGTATA----------------------TTAAATGC--TGT-----GTTTATG-TATTTagcacggttttagaattagtttagtaaattgttttg
gi|7 : aTTT--TTATTTGAAACTTAAACACT-TAATGA-TTTTCATTCGATCCA-TACATT-----AT--AC---ATA---AAT-A-----------CAGTACA-------TCAAATA-TA---GTA-GATACATTT-T---ATAAA--------ACAAT---TTGTA-TACATTTTAA--A----A--TA-CT--T--A-------G--C-A--CATA-AA--------ATTCCATCTGC---ACA--------------TC--------T--------G--------TA---------------GT---TCATA--TTTC-AA-------T-AATATGTTGAACATTAC--TATTTCGTACA-TGT-ATTTC-----GTAAA-GTATTTTTCTTA-----AGATATACGGTATCTAAAATTCCA-TATA-----ACATCTATGGT-------TA----TTTTTT-CGCAC----A--------C-ACA----CAC--A-GAAG-----GACAAAATACCTTT-TAAAAT---AG-CGTATT-ATT--AAAGATT----GAAAA--A--CA-CTACATA-CTTGAT-----A---TACGTAAA----------------------TTAAATGCTGTGT-----GTATATG-TATtcccaattttaaaagttctgtaacttgcttagatttcatcaattcaataaatgtataaacgcttggcctcttccaatagtaaggttttctgtacaatttgtaagtatcgttgtacaac
gi|8 : TA-TAATATATTTTC-TTACATAAA-TACAGT-----AT--A-----------------AC---TTT-TAATAT---T-T--TT--AT--CAG--GT--GACACATTT-T---ATGAG--------ACAAT---T---A-TTTTTTTT----T----AAATA-TT--T--A-------AAAC-A--CATA-GT--------GT---A--------ACAATGTTATTTGTACATC--------T--------T--------TA---------------GT---TTATA--TTTC-AA-------T-AAGAGGTTGAACATTAT--CATTT-ATCAA-TAACGTTTG-----GTAAG-CAATTTGCTTT---------------------AAAATTCCA-TATAATGTATTATCCAGGATAGATA-ATA----CATATA-T-T-C----ACTCATTACA-ACA----CAC--A-CAAG-----A---------CCTT-ACAAAC---AA-TGCTTT-GTT-AAATGATT--TC-AAAA--A--T--GTATATA-CTTGACAAACGA---AACGTTGA----------------------TTAAATGC--TGT-----CTGTATG-TATgttcccatttttaaaa
gi|9 : gcttcagtatttctttatttA--------------TT--------T--------G--------TA---------------GT---TACTA--TTTA-AA-------T-AAGAGGTTGAAATTTATGTTATAT--TAAA-TGA-AATTC-----GTAAAGCGATGTTCTTTT-----AGATATA---TATCTAAAACACCA-TATA-----TCATCCACGATAGCT--TTT----TGTGGT-TTTCC----TTTCTCACTC-ATA----CAC--A-CATG-----A---------TCTT-TTAAAA---AAGTAAATT-GTT--AAAGA-T--TCTTAAA--C--C--CTATATA-CTTGAC-----A---TACGTAGA----------------------TTAAATGT--TGT-----GTATATG-TATTT
Alignments
lowQualScore : 2222222222222 1111 11111 6666666666666666666666666666666666666666666666666666 4444444444444 1111111111111111 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 111111111 1 222222222222222 11111 11111111 2222222222222222222222
lowQualScore : 5 8888888888888 2 8 2222 0 0 3 66666 77 2222222222222222222222222222222222222222222222222222 77 2 444 99999999 444 1 33 0000000000000 5 7777777777777777 2 33 2 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 444 1 33 44 444444444 33 88 2 2 66666 0 5 2 66666 2 444 2 1 55555 1 2 5555 2 88 0 6 5555 1 2 5555 33 2 000000000000000 666 333 2 55 2 66 4 0 11111 44444444 4 55555 444 0 3333333333333333333333 33 66666 2
lowQualScore : . ............. . . .... . . . ..... .. .................................................... .. . ... ........ ... . .. ............. . ................ . .. . ..................................................................................... ... . .. .. ......... .. .. . . ..... . . . ..... . ... . . ..... . . .... . .. . . .... . . .... .. . ............... ... ... . .. . .. . . ..... ........ . ..... ... . ...................... .. ..... .
lowQualScore : 3 1111111111111 2 0 7777 7 4 6 77777 99 5555555555555555555555555555555555555555555555555555 99 7 777 77777777 777 5 77 9999999999999 3 9999999999999999 5 44 5 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 777 7 77 33 111111111 77 44 5 5 22222 0 2 8 22222 8 444 5 0 99999 8 4 0000 9 55 4 6 0000 8 4 0000 22 4 000000000000000 222 999 2 44 2 33 8 6 11111 88888888 4 99999 111 3 7777777777777777777777 77 77777 7
consensus : ATATGTAACATATAAAGTAGCATCTGTAGTTTATATTTCATAAAGATTCAAGATTT----ATTT--TTATTTGTAACTTAAACATA-TAATGT-TTCTCATTACATACA-TACATT-----AT--AC---ATA---AAG-A--GCA--TCT-CAATATAT-T-T--TC--ATA-CAC--GT--GACACATTT-T---ATGAA--------ACAAT---TCGTA-NATATTTT----T----A--TA-TT--T--A-------A--C-A--CATA-AA--------GT---A--------GCA--------------TC--------T--------G--------TA---------------GT---TTATA--TTTC-AA-------A-AAGAGGTTGGACTTTAT--TATTT-GTAAA-TGA-ATTTC-----GTAAA-CGATTTNCTTTT-----AAATANA---TATCTAAAATTCCA-TANA-----TCATCCATGATAGNTA-ATA----TATATA-TGTAC----ACTCATANTC-ACA----CAC--A-CAAG-----G---------CCTC-CNAAAC---AA-TGCNTT-GTT-AAAAGATT--TCTAAAA--A--C--CTATATA-CTTGAC-----A---TACGTAGA----------------------TTAAATGC--TGT-----GTATATG-TATTT
Reference ( family-484 ) : ATATGTAACATATAAAGTAGCATCTGTAGTTTATATTTCATAAAGATTCAAGATTT----ATTT--TTATTTGTAACTTAAACATA-TAATGT-TTCTCATTACATACA-TACATT-----AT--AC---ATA---AAG-A--GCA--TCT-CAATATAT-T-T--TC--ATA-CAC--GT--GACACATTT-T---ATGAA--------ACAAT---TCGTA-NATATTTT----T----A--TA-TT--T--A-------A--C-A--CATA-AA--------GT---A--------GCA--------------TC--------T--------G--------TA---------------GT---TTATA--TTTC-AA-------A-AAGAGGTTGGACTTTAT--TATTT-GTAAA-TGA-ATTTC-----GTAAA-CGATTTNCTTTT-----AAATANA---TATCTAAAATTCCA-TANA-----TCATCCATGATAGNTA-ATA----TATATA-TGTAC----ACTCATANTC-ACA----CAC--A-CAAG-----G---------CCTC-CNAAAC---AA-TGCNTT-GTT-AAAAGATT--TCTAAAA--A--C--CTATATA-CTTGAC-----A---TACGTAGA----------------------TTAAATGC--TGT-----GTATATG-TATTT
gi|1 : TTCAAGATTC------CT--TAATTTATAACTTAAACATT-AAATG----CTTGTTACATATAGTATAAC-----AT--AC---A-----AAG-AATGCA--TC--CAATATAA-T-----C--AT--C-C--GT--GACACAGTT-T---ATGAA--------ACAAC---TCGTA-TATATTAT---------A--TA-CTCGT--A-------T--A-A--CATA-AC--------GT---A--------GCA--------------TC--------T--------GCATATCTGTA---------------GT---TCATAGATTTC-AA-------C-AAGAGGTTGAACTTTGT--TATTTCGTAAA-TGA-ATTTC-----GTAAAGCGTTTTTTTTTTCTGTTAAATATA---TGTCTAAAATTCCA-TCTA-----TCATCCATGATAATTA-ATT----TATACT-TTT-C----TTTCATAACCGAC-----CAC--A-CA--------------------C-CGACACGAGAA-CGC-TC-GAA-ACAAGATTCGTCTAGCA--AT-C--CTATATA-CTTGAC-----A---TACGTATA----------------------TTAAATGT--TGT-----GTATATG-TATTT
gi|10 : -T---ATGAA--------ACAAT---TCGTA-AATATTTT----TTTTAA--TA-TT--T--GCC-----A--C-A--CATA-AA--------GT---A--------GCA--------------TC--------T--------G--------TACATA-----------GT---TTTTA--TTTC-AATAAAGCAATAAGAGGAATGACTTT-T--TGTTT-ATAAA-TGA-ATTTG-----GTAAT-CAATTTACTTTC-----AAATACA---TATCTAAAATTCCA-CATA-----TCAACCATGATAGTTACATG----TA-ATA-TATACTTTAACTCATAACC-AGT----CAC--A-CAAG-----G---------CCTT-ACAAAC---AA-TGCTTT-GTT-AAAA--------TA--------------------TTGAC-----A---TACGTAGA----------------------TTTAATGC--TGT-----GTTGATG-TATccccagttttaaaagtcctgtgaattgctttgatttcatcaaatcaacatcaatccaatacactattaaacacttggtctatcataataaggaggttttatatataatttccgaagtcattatacaacggataaataagaataaaattctgctcgttttccaaatcatgtgtattacataaagtgcaatctctttaaat
gi|11 : CATTACATACA-TATATT-----AT--AC---ATA-----------CA--TC--CAATATAT-T-T--TT--TTATCAC--GT--GAAACATTT-T---ATGAA--------ACAAT---TCGTA-AATATTTT----T----AGATAATTG-T--A-------A--T-A--CATA-AA--------GT---A--------GCA--------------TC--------TATACATCTG--------TA---------------GT---TAATA--CTTCCAA-------A-AAGAGGTTGGACTTGAT--CATTT-ATAAA-TGA-GTTTC-----GTAAA-CAATTTTCTTTT-----AAATAAT---TGTCTAAAATTTCAATGAA-----TCATCCATGATATATA-ATA----TATAT---GTAC----ACTCATATTC-AAA----CAC--ATC--------G---------CCTC-CAAAAC---AA-TGATTT-GTT-AAAAGATT--TCTAAAG--A--C--CTATATG-CTTGAC-----A---TACGTAGA----------------------TAAAATGC--TGT-----ATACTTG-TATTTatgccaagttttaaaattctgtaatttgcttttatttcatcaattcaataaacttataaacgctgcgcctattgtatcaata
gi|12 : TT-----AT--AC---CTA-----------CA--T-T-AAAAATAT-T-TATTT--AT--TAC--GC--GACACATTT-T---CAGAA--------ACAAT---GAGAA-AATCTTTT----T----AGATA-TT--TGTA-------A--C-A--CATA-AG--------GT---A--------GCA--------------TC--------T--------G--------TACATCTTTA-------AT---TAATA--TTTC-AT-------A-AAGAGGTTGGACTTTAT--TATTT-GTAAA-TGA-ATTTC-----GTAAA-CAATTTACTTTT-----AAATAAA---TATCTAAAATTCCA-TAAA-----TCATCCATGATAGATA---A----TATATA-TGTAC----ACTCATATTC-ACA----CGC--T-CAAT-----G---------CATC-CCAAAC---AA-TGTTTTGGTTAAAAAAAAT--TCTACAA--A--C--CTATTTA-CTTTAC-----A---TACGTAtc
gi|13 : atcctgtacatgctttcttatgctaagaaacaccaag-TGA-ATTTC-----GCAAG-CAATTAACGGTT-----TGATAAA---TATCTAAAATTCTA-TATA-----TCATCTATGAAAGTTT-ATA----TATATA-TGT------ATTCATAGCC-ACA----CACAAA-TAAT-----G---------CCTC-CTATGT---AG-TGAGTT-GTT-AAAATAAT--T---AAA--A--CCTCTGTATA-CTTGAC-----A---TACGTAAA----------------------TTAAATGC--TGT-----GTATATG-TAGTT
gi|14 : gtagcatatatcaaggacttgcatatatcatcaattttctttaaatatttgtttttctttgtccacattaatttaaattttttataagtgtaaacatttataaatagattgatactATTCAATATTT------CT--TTATTAGTAACTTAAACATA-TAA---------ATTTCATACA-TATATT-----AT--AC---AT-----------GCA--T-T-CAATATATGTAT--TT--AT--CAC--GT--GATACATTT-T---ATGAA--------ACAAT---TCGTA-AATATTTT----T----AAATA-TTG-T--A-------A--C-A--CATA-AGTTGCATCTGT---A---------CA--------------TC--------T--------G--------TA---------------GT---TTATA--ATTC-AA-------A-AAGAGGTTT-ACTTTAT--TATTT-ATAAA-TAA-ATTTC-----GTAAA-CAATTAACTTTT-----AAATAAA---TATCTAACATTCCA-TAAA-----TCATCAATGACAGATA-ATA----TATtcccagttttaaaagttttct
gi|15 : a-T---ATGAA--------ACAAG---TTGTA-AATACTTT----TTA--A--TAATG--T--A-------A--C-A--CATA-AA--------GT---T--------GCA--------------TC--------T--------G--------TACATCTGTA-------GT---TAATA--TTTC-AA-------A-TATAGGTTGGACTTTAT--TATTT-ACAAAATGA-GCTTC-----GTAAA-CAATTTAGTTTT-----CAATTAA---TATCTAAAATTCTC-TAAA-----TCATCCATGATAGATA-ATA----T--ATA-TGTAC----ATTCATATTC-AGA----CGC--A-CAAG-----G---------CCTC-CCAAAG---AA-TGCTTT-GTT-ACGAGATT--TCTAAAT--A--C--CTATATA-CTAGAT-----A---TACGT
gi|16 : cATGT-T---AGGAA--------ACAAT---TCGTA-TATATTTCAAAAT----A--TA-TG--T--A-------A--C-A--CGTG-AA--------GT---A--------GCA--------------TC--------T--------GCCA-----TAATCTGCGCAGCTATTGT---ATATA--TTT-----------------GATTGGAC-TTAT--T-TTC-GTA-----C-ATTTCATATAGTAAAGCGATATTCTTTT-----AAATATA---CAGCTAAATGTTCA-TAC-----------------AGCTA-ATT----TATAT--TCTTC----ACTTACAAAC-GCA----CGC--A-TAAGAAAATA---------CCTCTCAAAAC---AT-TGAATT-GTT-GAAA---T--TAAAAAA--A--T--ATATATA-CT
gi|17 : gtaC----ACACATAATC-ACACACACAC--A-CAAG-----G---------CCTC-----AC---A----CTTT-TTT------ATT--TTTAAAAC-ATCC--CTAT-TATCTCCAC-----A---TATGCAGA----------------------TTAAATGC--TGT-----GTGTATG-TATTT
gi|18 : tagaaaatagcttgataattTAAACATG-TAATAT-TTATCATTATATACA-TGCATT-----ATCAACT--ATA---TGC-A--GCACGTC--CGATGTAT-T-T------AT--CAC--AT--AACACCTTT-T----T--A--------ACCATATCTTTTA-TATATTTA----G----A--TA-TT--T--GTT-----A--T-A--TATA-AA--------GT---A--------GCA--------------TC--------T--------G--------CA---------------tcaagctttaaaagttctgtaaattgttaggtaatacactcttcatgtagtataataataagggtttatatctaaattgtacaactgaca
gi|19 : attattaactccatgtagttttgctagcatacgtgTC-CAAATC---AA-TACAGT-ATT-AAGA-ATT------AAA--A--CA-CTAAATGTCTTGA------A---GATGCAAA----------------------TAAAATGC--TGC-----ATATATGATATTTcatatgca
gi|2 : aagacagAAGATTCAAGATTT----ATTT----ATTTGTCACTTAAACATA-TGATAT-TTCTCACTAAATATA-TACACTATAACAT--AC---ATA---AAG-G--ACA--TAT--GATA---------TC--ATA------GT--TA------T-T---A--------------AAT---TCGTA-CATAATTT----TAA--A--TA-TT--TGAA-------A--C-A--CACA-AA--------AA---A--------GCA--------------TCTGCAAATAT--------G--------TA---------------GT---TTATA--TTT----------------------GAATTTAT--TA--A-ATAAA---A-ATT-------GTAAAGCGATTTTCTTTT-----TGATATA---TATTTATACCTCCA-TATA-----TCATCTATGAAAGTTT-TTT----TGT-TGTTGTTT----TTTCACAATC-ACA----CAC--A-TTTG-----A---------CCTT-TTAAAC---AG-CGAATT-GTC-AAA----T--ATTAAAACTA--CT-CTATATA-CTTAAC-----A---TATGTAGA----------------------GTAAACGC--TGTGTATAGTATATG-TATTTttccaattttagaaattctgtacaaaattttgattgtaaacttgtaaacgctgggaattaaataataagttttaatctatgattttgtggata
gi|20 : cAAGATTCAA----------------TATTTGTAATTTAAACATAATAAATT-GTCTCGTTACATACA-TACGTTATAACAT--AC---ATA---AAG-T--ACA--TA--CAATAAAG-T-TA-TC--ATA-T----------CACATTTAT---ACGGA--------ACAAT---TCGTA-TATATTAT----GAA--A--TG-TTTGT--A-------A--C-AGTTATATAA--------GC---ATCTAC---ACA--------------TC--------T--------G--------TA---------------Ggccctgttttaaatgttctgtgaattgctttgatttataaatactattaacgtttatacgctgggtgtattatattaaaacggttgtatctatagtttgagaatgtcaatgtactacggacaaataaga
gi|21 : A-----TCACCTATGTTATGTA-ATA----T--ATA-TGTAC----ACTCATATTA-ACA----CAC--A-TAAA-----G---------CCTT-CGAAAC---AA-TGCTTA-GTT-AAAATATT--T-----------------------------------------TAAA----------------------TTAAATGC--TGT-----GTATATG-TA
gi|22 : GATTCAAAATT-----ACTT--T-ATGTACAACTTAAACATAATTATGT-TTCTCATTACATGCA-TATATT-----AT--AC---ATA---CAT-A---CA--T-T-CAATGTAT-T-T--
gi|3 : --T--A-------A--A-A--CATA-AA--------GT---ATCATCTGTACA--------------TC--------T--------G--------TA---------------GT---TAGCA--TTT--AA-------A-AAAAAGTTGGACTT-----------GTGAA-TGA-ATTTC-----GTAAA-CAATTTACTTTT-----AAATAAA---TATCTAAAAATCCC-TAAA-----TCACCAATGATAGATA-ATAATATTATATA-TGTAC----ACTCATATTC-ACA----CAC--A-CAAG-----G---------CCTC-CCAAAC---TA-T--------------GATT--TCTAAAA--A-----CTATATA-CTTGAC-----ATAGTACGTAGATTTTCTACGTAGATTACGTAGATTAAATGC--TGT-----GAATGTG-TATatttatcacat
gi|4 : atttgATATGTAACATATAAAGTAGCATCTGTAGTTTATATTTCATAAAGAGGTAGGACTT----ATTT--TTAAATG-AA-TTAAGTAAA-CAAT---------TTACATATG-TATGTT------T--ATCGGGTA---AAGTA--GCA--TCTGTAGTTTATAT-T--TC--ATA-AAGAGGTAGGACTTATTT-TTAAATGAATTTAGTAAACAAT---T--TA-CATATGT----------A--TG-TT--T--A-------T--C-G--GGTA-AA--------GT---A--------GCA--------------TC--------T--------G--------TA---------------GT---TTATA--TTTC-AT-------A-AAGAGGTAGGACTT------ATTT-TTAAA-TGA-ATTTA-----GTAAA-CAATTTACATTT-----AAATATA---TATCTACGATTCCA-TTCA-----TCATCTATGTTAGATA-ATA----TATATA-TGTAC----ACTCATATTC-ACA----CAC--A-CAAG-----G---------CCAT-TAAAAC---AA-TTCTTT-GTT-AAAAGATT--TCTAAAA--A--C--CTATATA-CTTGAC-----A---TACGTAAA----------------------TTAAATGC--TGT-----ATATATG-TATTTattctcactttaaaagttctgtaatttgcttagattttatcaattaaatgaattaacatattataaggttttatatataatttgcgagtattattgtacagcggacagatgtgaataaaatgatactcgttttccaaatcgtgtgtattacataaagtgcaatatcttcggttaaat
gi|5 : AAAATTTTGACATTTCATTATTTGTAACTTGAACATA-TAATGT-TTCTCATTACATAAT-TATATT-----ATA-AC---ACACATGAG-A--ATA--TC--CAATAAGT-T-A--CC--ATA-TGG--CT--GACACACAT-T----TGAG--------ACAAT---TCATATAATAATT-------------TA-TT--T--A-------T--CTG--CAT----------------------------A--------------TC--------T--------G--------TG---------------GT---TTATA--TTTC-AA-------T-AAGAG--TAG---TTGT----TTT-GCAAA-TGA-ATT-------G--------------TTT-----AAAGCGA---TA--TAATATTATA-TATA-----TCACCCATGATAGTTT-CTT----TAAAT--TTTTC----GCTTACAAAC-ACA----CAT--A-TAAG-----GACAAAATA-CCTCTTTAAAC---AG-AGAATT-GTT--ACAGATT----GAACA--A--CT-CTTTGTA-CTTGAC-----G---TAAGTACA----------------------TTTAATGT--TTT-----GTATAGA-TATT
gi|6 : -T--TT--AT--CAC--GT--GACCTATTT-T---ATGAA--------ACAAT---TCGTA-AATATTTA---------A--TA-TT--T--ATTCGTAAA--C-A--CATA-A----------------------------------------TC--------T--------G--------TA---------------ATAAATTATA--TTTC-AA-------A-TAGAGGTCGTACTTTAT--TATTT-TTAAA-TGA-ATTTC-----GTAAA-C---------------------------ATCTAAACCTCCA-TAAA-----TCATCCATGAGAGATA-ATA----T--ATA-TGTAC----ACTCATATTC-ACA----CGC--A-CAAG-----A---------CCAC-CCAAAC---AA-TGCTTT-GCT-AAAAGATT--TCTAAAA--A--C--CTAAACC-CTTGAC-----A---TATGTATA----------------------TTAAATGC--TGT-----GTTTATG-TATTTagcacggttttagaattagtttagtaaattgttttg
gi|7 : aTTT--TTATTTGAAACTTAAACACT-TAATGA-TTTTCATTCGATCCA-TACATT-----AT--AC---ATA---AAT-A-----------CAGTACA-------TCAAATA-TA---GTA-GATACATTT-T---ATAAA--------ACAAT---TTGTA-TACATTTTAA--A----A--TA-CT--T--A-------G--C-A--CATA-AA--------ATTCCATCTGC---ACA--------------TC--------T--------G--------TA---------------GT---TCATA--TTTC-AA-------T-AATATGTTGAACATTAC--TATTTCGTACA-TGT-ATTTC-----GTAAA-GTATTTTTCTTA-----AGATATACGGTATCTAAAATTCCA-TATA-----ACATCTATGGT-------TA----TTTTTT-CGCAC----A--------C-ACA----CAC--A-GAAG-----GACAAAATACCTTT-TAAAAT---AG-CGTATT-ATT--AAAGATT----GAAAA--A--CA-CTACATA-CTTGAT-----A---TACGTAAA----------------------TTAAATGCTGTGT-----GTATATG-TATtcccaattttaaaagttctgtaacttgcttagatttcatcaattcaataaatgtataaacgcttggcctcttccaatagtaaggttttctgtacaatttgtaagtatcgttgtacaac
gi|8 : TA-TAATATATTTTC-TTACATAAA-TACAGT-----AT--A-----------------AC---TTT-TAATAT---T-T--TT--AT--CAG--GT--GACACATTT-T---ATGAG--------ACAAT---T---A-TTTTTTTT----T----AAATA-TT--T--A-------AAAC-A--CATA-GT--------GT---A--------ACAATGTTATTTGTACATC--------T--------T--------TA---------------GT---TTATA--TTTC-AA-------T-AAGAGGTTGAACATTAT--CATTT-ATCAA-TAACGTTTG-----GTAAG-CAATTTGCTTT---------------------AAAATTCCA-TATAATGTATTATCCAGGATAGATA-ATA----CATATA-T-T-C----ACTCATTACA-ACA----CAC--A-CAAG-----A---------CCTT-ACAAAC---AA-TGCTTT-GTT-AAATGATT--TC-AAAA--A--T--GTATATA-CTTGACAAACGA---AACGTTGA----------------------TTAAATGC--TGT-----CTGTATG-TATgttcccatttttaaaa
gi|9 : gcttcagtatttctttatttA--------------TT--------T--------G--------TA---------------GT---TACTA--TTTA-AA-------T-AAGAGGTTGAAATTTATGTTATAT--TAAA-TGA-AATTC-----GTAAAGCGATGTTCTTTT-----AGATATA---TATCTAAAACACCA-TATA-----TCATCCACGATAGCT--TTT----TGTGGT-TTTCC----TTTCTCACTC-ATA----CAC--A-CATG-----A---------TCTT-TTAAAA---AAGTAAATT-GTT--AAAGA-T--TCTTAAA--C--C--CTATATA-CTTGAC-----A---TACGTAGA----------------------TTAAATGT--TGT-----GTATATG-TATTT
blockSeqs : T TTGACATTTCATT T A ATAT . ATAAC CA CGGGTAAAGTAGCATCTGTAGTTTATATTTCATAAAGAG AG A TAA TTTAGTAA ATC C TA TTTTTAA A TATTCGTAAA T GT T AGTAGCATCTGCCATAATCTGCGCAGCTATT AAA T . CC TAAAGCAAT GT CG A C ATATA G A A . C CGG A T ATGTA T C ATAT A GT A TTTA A . CACA AA T GACAAAATAC TCA . G CT G AA G TCT CATCC T AAACG TAG TTTTCTACGTAGATTACGTAGA TG GTATA A
blockSeqs : G TATTTTT T A ATT . ATAAC A ACACATGAGAATATCCAATAAGTTACCATATGG A . . . . C A CAAAATA A TGCCA . . . TGTAACAATGTTATTTGTACATCTTTA . A . C A . A . . . G A T . A . . A . A . . A A A . T . . . . GACAAAATA TTT . . AT . A A TCT CTACT T . . . . . .
blockSeqs : A TCTTT T . ATT . . . TATATGCAGCACGTCCGATGTATTTATCAC . . . . . A A TTAGA . TGTAA . . . AGTAGCATCTATACATCTGTA . A . C A . A . . . G A A . A . . A . A . . A A A . T . . . . AAAATA AC . . TT . A T TCT ACCT . . . . . . .
blockSeqs : G TATTT C . TTG . . . ATAAAGTACATACAATAAAGTTATCATAT . . . . . C A TTAGA . TGTTA . . . GGTAGCATCTGTACATCTTTA . T . C A . G . . . . A A . A . . T . T . . A A A . G . . . . G CA . . AG . A G TAA ACA . . . . . . .
blockSeqs : A ACTTT T . GTT . . . ATACATCCAATATATTTTTTTATCAC . . . . . T A TTAAA . TGAAA . . . AGTTGCATCTGTACATCTGTA . A . C A . A . . . . A A . A . . A . A . . A A T . T . . . . G CC . . CT . A T TTT ACT . . . . . . .
blockSeqs : . T A . GTT . . . CTACATTAAAAATATTTATTTATTAC . . . . . C A TTTAA . TGTAA . . . AAAAGCATCTGCAAATATGTA . T . C A . A . . . . A A . A . . A . A . . A A T . A . . . . G CT . . AA . G G ATT ACA . . . . . . .
blockSeqs : . . GAT . . . ATGCATTCAATATATGTATTTATCAC . . . . . T T TTAAA . TAAAA . . . AGTATCATCTGTACATCTGTA . T . C A . G . . . . G T . T . . C . C . . G A A . A . . . . G CC . . CT . A G TCT AC . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . ATAAATACAGTACATCAAATATA . . . . . C T TGAAA . GTAA . . . AATTCCATCTGCACATCTGTA . A . C T . A . . . . G T . T . . T . T . . A A A . A . . . . G CA . . CA . A G TCT AC . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . ATAAAGGACATATGATATCATA . . . . . C C TAAAA . GTAA . . . GTTGCATCTGTACATCTGTA . T . C A . G . . . . A A . A . . A . G . . A A A . T . . . . G TT . . AA . A G TCT AC . . . . . . .
blockSeqs : . . . ACTTTTAATATTTTTATCAG . . . . . C T TTAAA . TAA . . . AGCATCTACACATCTGTA . T . C T . T . . . . A A . T . . C . A . . A T T . T . . . . A CG . . CT . A G TCT AT . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . C C AGA . TAA . . . AGTAGCATCTGTACATA . T . A T . G . . . . T T . G . . T . A . . T A A . T . . . . G CC . . CT . A G TC AC . . . . . . .
blockSeqs : . . . . T A AA . TAA . . . AGTAGCATCTGCA . C . . T . T . . . . A G . T . . A . T . . A T A . A . . . . G TA . . AA . A G T AC . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . T A . TAT . . . AGTAGCATCTGTA . T . . . . A . . . . G T . T . . T . A . . G . C . T . . . . G CC . . CT . . . T AT . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . T . . TAT . . . ATCTGTG . A . . . . . . . . . . . . . . . T . A . . . . . . A . . . . A TA . . TA . . . T CC . . . . . . .
blockSeqs : TAG . . . TCTGTA . . . . . . . . . . T . C . . . . . . C . . . . A AC . . CT . . . G A . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . A TT . . AA . . . G . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . .
blockSeqCons : GTT* TTAAA******** TGTAA*********** ** A* ***** G************** *** CN TCT** AC******
originalCons : ATATGTAACATATAAAGTAGCATCTGTAGTTTATATTTCATAAAGATTCAAGATTT----ATTT--TTATTTGTAACTTAAACATA-TAATGT-TTCTCATTACATACA-TACATT-----AT--AC---ATA---AAG-A--GCA--TCT-CAATATAT-T-T--TC--ATA-CAC--GT--GACACATTT-T---ATGAA--------ACAAT---TCGTA-NATATTTT----T----A--TA-TT--T--A-------A--C-A--CATA-AA--------GT---A--------GCA--------------TC--------T--------G--------TA---------------GT---TTATA--TTTC-AA-------A-AAGAGGTTGGACTTTAT--TATTT-GTAAA-TGA-ATTTC-----GTAAA-CGATTTNCTTTT-----AAATANA---TATCTAAAATTCCA-TANA-----TCATCCATGATAGNTA-ATA----TATATA-TGTAC----ACTCATANTC-ACA----CAC--A-CAAG-----G---------CCTC-CNAAAC---AA-TGCNTT-GTT-AAAAGATT--TCTAAAA--A--C--CTATATA-CTTGAC-----A---TACGTAGA----------------------TTAAATGC--TGT-----GTATATG-TATTT
finalCons : ATATGTAACATATAAAGTAGCATCTGTAGTTTATATTTCATAAAGATTCAAGATTT----ATTT--TTATTTGTAACTTAAACATA-TAATGTT-TCTCATTACATACA-TACATT-----AT--AC---ATA---AAG-A--GCA--TCT-CAATATAT-T-T--TC--ATA-CAC--GT--GACACATTT-T---ATGAA--------ACAAT---TCGTA-NATATTTTTAAA--------TA-TTTGTAA-----------C-A--CATA-AA--------GT---A--------GCA--------------TC--------T--------G--------TA---------------GT---TTATA--TTTC-AA-------A-AAGAGGTTGGACTTTAT--TATTTA-TAAA-TGA-ATTTC-----GTAAA-CGATTTNCTTTT-----AAATANA---TATCTAAAATTCCA-TANA-----TCATCCATGATAGNTA-ATA----TATATA-TGTAC----ACTCATANTC-ACA----CAC--A-CAAGG--------------CCTC-CNAAAC---AA-TGCNTT-GTT-AAAAGATTTCT--AAAAAC------CTATATA-CTTGAC-----A---TACGTAGA----------------------TTAAATGC--TGT-----GTATATG-TATTT
Alignments
lowQualScore : 2222222222222 1111 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 333333333333333333333333333333 44444444444444444444444444 111111111 1 222222222 11111 11111111 2222222222222222222222
lowQualScore : 5 8888888888888 2 8 2222 0 0 3 77 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 2 444 99999999 2 1 2 5555 1 66666 33 2 777777777777777777777777777777 88888888 11111111111111111111111111 444 1 33 44 444444444 2 33 77 2 2 66666 0 5 2 66666 2 444 2 777777 1 2 5555 2 99 0 5 5555 1 2 5555 33 2 333333333 666 333 2 55 2 66 4 0 11111 44444444 4 55555 444 0 3333333333333333333333 33 66666 2
lowQualScore : . ............. . . .... . . . .. .............................................................. . ... ........ . . . .... . ..... .. . .............................. ........ .......................... ... . .. .. ......... . .. .. . . ..... . . . ..... . ... . ...... . . .... . .. . . .... . . .... .. . ......... ... ... . .. . .. . . ..... ........ . ..... ... . ...................... .. ..... .
lowQualScore : 3 1111111111111 2 0 7777 7 4 6 99 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 7 777 77777777 7 0 7 5555 1 22222 44 5 888888888888888888888888888888 55555555 77777777777777777777777777 777 7 77 33 111111111 4 77 99 5 5 22222 0 2 8 22222 8 444 5 222222 8 4 0000 9 99 4 1 0000 8 4 0000 22 4 888888888 222 999 2 44 2 33 8 6 11111 88888888 4 99999 111 3 7777777777777777777777 77 77777 7
consensus : ATATGTAACATATAAAGTAGCATCTGTAGTTTATATTTCATAAAGATTCAAGATTT----ATTT--TTATTTGTAACTTAAACATA-TAATGT-TTCTCATTACATACA-TACATTAT--A-----C---ATA---AAG-A--GCA--TCT-CAATATAT-T-T--TC--ATA-CAC--GT--GACACATTT-T---ATGAA--------ACAAT-TCGTANATAT-TTTTA--AATATTTGT-----AACA--CATA-AA--------GT---A--------------GCATCT--------G----------------TA--------GT---TTATA--TTTC-AA-------A-AAGAGGTTGGACTTTAT--TATTT-GTAAA-TGA-ATTTC-----GTAAA-CGATTTNCTTTT-----AAATANA---TATCTAAAATTCCA-TA-----NATCATCCATGATAGNTA-ATA----TATATA-TGTAC----ACTCATANTC-ACA----CAC--A-CAAGG---------CCTC-CNAAAC---AA-TGCNTT-GTT-AAAAGATT--TCTAAAA--A--C--CTATATA-CTTGAC-----A---TACGTAGA----------------------TTAAATGC--TGT-----GTATATG-TATTT
Reference ( family-484 ) : ATATGTAACATATAAAGTAGCATCTGTAGTTTATATTTCATAAAGATTCAAGATTT----ATTT--TTATTTGTAACTTAAACATA-TAATGT-TTCTCATTACATACA-TACATTAT--A-----C---ATA---AAG-A--GCA--TCT-CAATATAT-T-T--TC--ATA-CAC--GT--GACACATTT-T---ATGAA--------ACAAT-TCGTANATAT-TTTTA--AATATTTGT-----AACA--CATA-AA--------GT---A--------------GCATCT--------G----------------TA--------GT---TTATA--TTTC-AA-------A-AAGAGGTTGGACTTTAT--TATTT-ATAAA-TGA-ATTTC-----GTAAA-CGATTTNCTTTT-----AAATANA---TATCTAAAATTCCA-TA-----NATCATCCATGATAGNTA-ATA----TATATA-TGTAC----ACTCATANTC-ACA----CAC--A-CAAGG---------CCTC-CNAAAC---AA-TGCNTT-GTT-AAAAGATT--TCTAAAA--A--C--CTATATA-CTTGAC-----A---TACGTAGA----------------------TTAAATGC--TGT-----GTATATG-TATTT
gi|1 : TTCAAGATTC------CT--TAATTTATAACTTAAACATT-AAATG----CTTGTTACATATAGTATAACAT--A-----C---A-----AAG-AATGCA--TC--CAATATAA-T-----C--AT--C-C--GT--GACACAGTT-T---ATGAA--------ACAAC-TCGTATATAT-TAT-----ATACTCGT-----ATAA--CATA-AC--------GT---A--------------GCATCT--------GCATATCTG--------TA--------GT---TCATAGATTTC-AA-------C-AAGAGGTTGAACTTTGT--TATTTCGTAAA-TGA-ATTTC-----GTAAAGCGTTTTTTTTTTCTGTTAAATATA---TGTCTAAAATTCCA-TC-----TATCATCCATGATAATTA-ATT----TATAC--TTTTC----TTTCATAACCGAC-----CAC--A-CA---------------C-CGACACGAGAA-CGC-TC-GAA-ACAAGATTCGTCTAGCA--AT-C--CTATATA-CTTGAC-----A---TACGTATA----------------------TTAAATGT--TGT-----GTATATG-TATTT
gi|10 : -T---ATGAA--------ACAAT-TCGTAAATAT-TTTTTTTAATATTTGC-----CACA--CATA-AA--------GT---A--------------GCATCT--------G----------------TACATA----GT---TTTTA--TTTC-AATAAAGCAATAAGAGGAATGACTTT-T--TGTTT-ATAAA-TGA-ATTTG-----GTAAT-CAATTTACTTTC-----AAATACA---TATCTAAAATTCCA-CA-----TATCAACCATGATAGTTACATG----TA-ATA-TATACTTTAACTCATAACC-AGT----CAC--A-CAAGG---------CCTT-ACAAAC---AA-TGCTTT-GTT-AAAA--------TA--------------------TTGAC-----A---TACGTAGA----------------------TTTAATGC--TGT-----GTTGATG-TATccccagttttaaaagtcctgtgaattgctttgatttcatcaaatcaacatcaatccaatacactattaaacacttggtctatcataataaggaggttttatatataatttccgaagtcattatacaacggataaataagaataaaattctgctcgttttccaaatcatgtgtattacataaagtgcaatctctttaaat
gi|11 : CATTACATACA-TATATTAT--A-----C---ATA-----------CA--TC--CAATATAT-T-T--TT--TTATCAC--GT--GAAACATTT-T---ATGAA--------ACAAT-TCGTAAATAT-TTTTA--GATAATTGT-----AATA--CATA-AA--------GT---A--------------GCATCTATACATCTG----------------TA--------GT---TAATA--CTTCCAA-------A-AAGAGGTTGGACTTGAT--CATTT-ATAAA-TGA-GTTTC-----GTAAA-CAATTTTCTTTT-----AAATAAT---TGTCTAAAATTTCAATG-----AATCATCCATGATATATA-ATA----TATAT---GTAC----ACTCATATTC-AAA----CAC--ATC---G---------CCTC-CAAAAC---AA-TGATTT-GTT-AAAAGATT--TCTAAAG--A--C--CTATATG-CTTGAC-----A---TACGTAGA----------------------TAAAATGC--TGT-----ATACTTG-TATTTatgccaagttttaaaattctgtaatttgcttttatttcatcaattcaataaacttataaacgctgcgcctattgtatcaata
gi|12 : TTAT--A-----C---CTA-----------CA--T-T-AAAAATAT-T-TATTT--AT--TAC--GC--GACACATTT-T---CAGAA--------ACAAT-GAGAAAATCT-TTTTA--GATATTTGT-----AACA--CATA-AG--------GT---A--------------GCATCT--------G----------------TACATCTTTAAT---TAATA--TTTC-AT-------A-AAGAGGTTGGACTTTAT--TATTT-GTAAA-TGA-ATTTC-----GTAAA-CAATTTACTTTT-----AAATAAA---TATCTAAAATTCCA-TA-----AATCATCCATGATAGATA---A----TATATA-TGTAC----ACTCATATTC-ACA----CGC--T-CAATG---------CATC-CCAAAC---AA-TGTTTTGGTTAAAAAAAAT--TCTACAA--A--C--CTATTTA-CTTTAC-----A---TACGTAtc
gi|13 : atcctgtacatgctttcttatgctaagaaacaccaagATTG-ATACT-TGA-ATTTC-----GCAAG-CAATTAACGGTT-----TGATAAA---TATCTAAAATTCTA-TA-----TATCATCTATGAAAGTTT-ATA----TATATA-TGT------ATTCATAGCC-ACA----CACAAA-TAATG---------CCTC-CTATGT---AG-TGAGTT-GTT-AAAATAAT--T---AAA--A--CCTCTGTATA-CTTGAC-----A---TACGTAAA----------------------TTAAATGC--TGT-----GTATATG-TAGTT
gi|14 : gtagcatatatcaaggacttgcatatatcatcaattttctttaaatatttgtttttctttgtccacattaatttaaattttttataagtgtaaacatttataaatagATTCAATATTT------CT--TTATTAGTAACTTAAACATA-TAA---------ATTTCATACA-TATATTAT--A-----C---AT-----------GCA--T-T-CAATATATGTAT--TT--AT--CAC--GT--GATACATTT-T---ATGAA--------ACAAT-TCGTAAATAT-TTTTA--AATATT-GT-----AACA--CATA-AGTTGCATCTGT---A---------------CATCT--------G----------------TA--------GT---TTATA--ATTC-AA-------A-AAGAGGTTT-ACTTTAT--TATTT-ATAAA-TAA-ATTTC-----GTAAA-CAATTAACTTTT-----AAATAAA---TATCTAACATTCCA-TA-----AATCATCAATGACAGATA-ATA----TATtcccagttttaaaagttttct
gi|15 : a-T---ATGAA--------ACAAG-TTGTAAATAC-TTTTT--AATAAT-GT-----AACA--CATA-AA--------GT---T--------------GCATCT--------G----------------TACATCTGTAGT---TAATA--TTTC-AA-------A-TATAGGTTGGACTTTAT--TATTT-ACAAAATGA-GCTTC-----GTAAA-CAATTTAGTTTT-----CAATTAA---TATCTAAAATTCTC-TA-----AATCATCCATGATAGATA-ATA----T--ATA-TGTAC----ATTCATATTC-AGA----CGC--A-CAAGG---------CCTC-CCAAAG---AA-TGCTTT-GTT-ACGAGATT--TCTAAAT--A--C--CTATATA-CTAGAT-----A---TACGT
gi|16 : cATGT-T---AGGAA--------ACAAT-TCGTATATAT-TTCAA--AATATATGT-----AACA--CGTG-AA--------GT---A--------------GCATCT--------GCCATAATCTGCGCAGCTATT------GT---ATATA--TTT-----------------GATTGGACTT-AT--T-TTC-GTACA-T-----TTCATATAGTAAAGCGATATTCTTTT-----AAATATA---CAGCTAAATGTTCA-TA-----CA------------GCTA-ATT----TATAT--TCTTC----ACTTACAAAC-GCA----CGC--A-TAAGAAAATA----CCTCTCAAAAC---AT-TGAATT-GTT-GAAA---T--TAAAAAA--A--T--ATATATA-CT
gi|17 : gtaC----ACACATAATC-ACACACACAC--A-CAAGG---------CCTC-----AC---A----CTTT-TTT------ATT--TTTAAAAC-ATCC--CTAT-TATCTCCAC-----A---TATGCAGA----------------------TTAAATGC--TGT-----GTGTATG-TATTT
gi|18 : tagaaaatagcttgataattTAAACATG-TAATAT-TTATCATTATATACA-TGCATTATCAA-----CT--ATA---TGC-A--GCACGTC--CGATGTAT-T-T------AT--CAC--AT--AACACCTTT-T----T--A--------ACCATATCTTTTATAT-ATTTA--GATATTTGT-----TATA--TATA-AA--------GT---A--------------GCATCT--------G----------------CA--------tcaagctttaaaagttctgtaaattgttaggtaatacactcttcatgtagtataataataagggtttatatctaaattgtacaactgaca
gi|19 : attattaactccatgtagttttgctagcatacgtgTC-CAAATC---AA-TACAGT-ATT-AAGA-ATT------AAA--A--CA-CTAAATGTCTTGA------A---GATGCAAA----------------------TAAAATGC--TGC-----ATATATGATATTTcatatgca
gi|2 : aagacagAAGATTCAAGATTT----ATTT----ATTTGTCACTTAAACATA-TGATAT-TTCTCACTAAATATA-TACACTAT--AACATAC---ATA---AAG-G--ACA--TAT--GATAT---------C--ATA----------G-------T-T---ATTAA--------A---T-TCGTACATAA-TTTTA--AATATTTGA-----AACA--CACA-AA--------AA---A--------------GCATCT--------GCAAATATG--------TA--------GT---TTATA--TTT----------------------GAATTTAT--TAA---ATAAA---A-ATT-------GTAAAGCGATTTTCTTTT-----TGATATA---TATTTATACCTCCA-TA-----TATCATCTATGAAAGTTT-TTT----TGT-TGTTGTTT----TTTCACAATC-ACA----CAC--A-TTTGA---------CCTT-TTAAAC---AG-CGAATT-GTC-AAA----T--ATTAAAACTA--CT-CTATATA-CTTAAC-----A---TATGTAGA----------------------GTAAACGC--TGTGTATAGTATATG-TATTTttccaattttagaaattctgtacaaaattttgattgtaaacttgtaaacgctgggaattaaataataagttttaatctatgattttgtggata
gi|20 : cAAGATTCAA----------------TATTTGTAATTTAAACATAATAAATT-GTCTCGTTACATACA-TACGTTAT--AACATAC---ATA---AAG-T--ACA--TA--CAATAAAG-T-TA-TC--ATA-T----------CACATTTAT---ACGGA--------ACAAT-TCGTATATAT-TATGA--AATGTTTGT-----AACAGTTATATAA--------GC---ATCTAC---------ACATCT--------G----------------TA--------Ggccctgttttaaatgttctgtgaattgctttgatttataaatactattaacgtttatacgctgggtgtattatattaaaacggttgtatctatagtttgagaatgtcaatgtactacggacaaataaga
gi|21 : ATCACCTATGTTATGTA-ATA----T--ATA-TGTAC----ACTCATATTA-ACA----CAC--A-TAAAG---------CCTT-CGAAAC---AA-TGCTTA-GTT-AAAATATT--T-----------------------------------------TAAA----------------------TTAAATGC--TGT-----GTATATG-TA
gi|22 : GATTCAAAATT-----ACTT--T-ATGTACAACTTAAACATAATTATGT-TTCTCATTACATGCA-TATATTAT--A-----C---ATA---CAT-A---CA--T-T-CAATGTAT-T-T--
gi|3 : ATTTGT-----AAAA--CATA-AA--------GT---ATCATCTGT------ACATCT--------G----------------TA--------GT---TAGCA--TTT--AA-------A-AAAAAGTTGGACTT-----------GTGAA-TGA-ATTTC-----GTAAA-CAATTTACTTTT-----AAATAAA---TATCTAAAAATCCC-TA-----AATCACCAATGATAGATA-ATAATATTATATA-TGTAC----ACTCATATTC-ACA----CAC--A-CAAGG---------CCTC-CCAAAC---TA-T--------------GATT--TCTAAAA--A-----CTATATA-CTTGAC-----ATAGTACGTAGATTTTCTACGTAGATTACGTAGATTAAATGC--TGT-----GAATGTG-TATatttatcacat
gi|4 : ATATGTAACATATAAAGTAGCATCTGTAGTTTATATTTCATAAAGAGGTAGGACTT----ATTT--TTAAATG-AA-TTAAGTAAA-CAAT---------TTACATATG-TATGTT-T--A-----TCGGGTA---AAGTA--GCA--TCTGTAGTTTATAT-T--TC--ATA-AAGAGGTAGGACTTATTT-TTAAATGAATTTAGTAAACAAT-T--TACATAT-GT------ATGTTTAT-------CG--GGTA-AA--------GT---A--------------GCATCT--------G----------------TA--------GT---TTATA--TTTC-AT-------A-AAGAGGTAGGACTT------ATTT-TTAAA-TGA-ATTTA-----GTAAA-CAATTTACATTT-----AAATATA---TATCTACGATTCCA-TT-----CATCATCTATGTTAGATA-ATA----TATATA-TGTAC----ACTCATATTC-ACA----CAC--A-CAAGG---------CCAT-TAAAAC---AA-TTCTTT-GTT-AAAAGATT--TCTAAAA--A--C--CTATATA-CTTGAC-----A---TACGTAAA----------------------TTAAATGC--TGT-----ATATATG-TATTTattctcactttaaaagttctgtaatttgcttagattttatcaattaaatgaattaacatattataaggttttatatataatttgcgagtattattgtacagcggacagatgtgaataaaatgatactcgttttccaaatcgtgtgtattacataaagtgcaatatcttcggttaaat
gi|5 : AAAATTTTGACATTTCATTATTTGTAACTTGAACATA-TAATGT-TTCTCATTACATAAT-TATATTATA-A-----C---ACACATGAG-A--ATA--TC--CAATAAGT-T-A--CC--ATA-TGG--CT--GACACACAT-T----TGAG--------ACAAT-TCATATA-ATAATTTA--TTTATCTG------------CAT----------------------------------ATCT--------G----------------TG--------GT---TTATA--TTTC-AA-------T-AAGAG--TAG---TTGT----TTT-GCAAA-TGA-ATT-------G--------------TTT-----AAAGCGA---TA--TAATATTATA-TA-----TATCACCCATGATAGTTT-CTT----TAAAT--TTTTC----GCTTACAAAC-ACA----CAT--A-TAAGGACAAAATA-CCTCTTTAAAC---AG-AGAATT-GTT--ACAGATT----GAACA--A--CT-CTTTGTA-CTTGAC-----G---TAAGTACA----------------------TTTAATGT--TTT-----GTATAGA-TATT
gi|6 : -T--TT--AT--CAC--GT--GACCTATTT-T---ATGAA--------ACAAT-TCGTAAATAT-TT-----AATATTTATTCGTAAACA--CATA-A--------------------------------TCT--------G----------------TA--------ATAAATTATA--TTTC-AA-------A-TAGAGGTCGTACTTTAT--TATTT-TTAAA-TGA-ATTTC-----GTAAA-C---------------------------ATCTAAACCTCCA-TA-----AATCATCCATGAGAGATA-ATA----T--ATA-TGTAC----ACTCATATTC-ACA----CGC--A-CAAGA---------CCAC-CCAAAC---AA-TGCTTT-GCT-AAAAGATT--TCTAAAA--A--C--CTAAACC-CTTGAC-----A---TATGTATA----------------------TTAAATGC--TGT-----GTTTATG-TATTTagcacggttttagaattagtttagtaaattgttttg
gi|7 : aTTT--TTATTTGAAACTTAAACACT-TAATGA-TTTTCATTCGATCCA-TACATTAT--A-----C---ATA---AAT-A-----------CAGTACA-------TCAAATA-TA---GTA-GATACATTT-T---ATAAA--------ACAAT-TTGTATACAT-TTTAA--AATACT--T-----AGCA--CATA-AA--------ATTCCATCTGC---------ACATCT--------G----------------TA--------GT---TCATA--TTTC-AA-------T-AATATGTTGAACATTAC--TATTTCGTACA-TGT-ATTTC-----GTAAA-GTATTTTTCTTA-----AGATATACGGTATCTAAAATTCCA-TA-----TAACATCTATGGT-------TA----TTTTTT-CGCAC----A--------C-ACA----CAC--A-GAAGGACAAAATACCTTT-TAAAAT---AG-CGTATT-ATT--AAAGATT----GAAAA--A--CA-CTACATA-CTTGAT-----A---TACGTAAA----------------------TTAAATGCTGTGT-----GTATATG-TATtcccaattttaaaagttctgtaacttgcttagatttcatcaattcaataaatgtataaacgcttggcctcttccaatagtaaggttttctgtacaatttgtaagtatcgttgtacaac
gi|8 : TA-TAATATATTTTC-TTACATAAA-TACAGTAT--A----------------------AC---TTT-TAATAT---T-T--TT--AT--CAG--GT--GACACATTT-T---ATGAG--------ACAAT----TATTTTT-TTTTA--AATATTTAA-----AACA--CATA-GT--------GT---AACAATGTTATTTGTACATCT--------T----------------TA--------GT---TTATA--TTTC-AA-------T-AAGAGGTTGAACATTAT--CATTT-ATCAA-TAACGTTTG-----GTAAG-CAATTTGCTT---------------------TAAAATTCCA-TATAATGTATTATCCAGGATAGATA-ATA----CATATA-T-T-C----ACTCATTACA-ACA----CAC--A-CAAGA---------CCTT-ACAAAC---AA-TGCTTT-GTT-AAATGATT--TC-AAAA--A--T--GTATATA-CTTGACAAACGA---AACGTTGA----------------------TTAAATGC--TGT-----CTGTATG-TATgttcccatttttaaaa
gi|9 : gcttcagtatttctttatttATTT--------G----------------TA--------GT---TACTA--TTTA-AA-------T-AAGAGGTTGAAATTTATGTTATAT--TAAA-TGA-AATTC-----GTAAAGCGATGTTCTTTT-----AGATATA---TATCTAAAACACCA-TA-----TATCATCCACGATAGCT--TTT----TGTGGT-TTTCC----TTTCTCACTC-ATA----CAC--A-CATGA---------TCTT-TTAAAA---AAGTAAATT-GTT--AAAGA-T--TCTTAAA--C--C--CTATATA-CTTGAC-----A---TACGTAGA----------------------TTAAATGT--TGT-----GTATATG-TATTT