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gi|11                         :                      tagcataatgataata--T---T---TGAGATTACAC-TTTTAACTGTAAGTTCAATT---------------TC-------TAAG-----------------TTA-TCACTATTATAAATTCAATTCCTGAAGTAACCACAAGTTTATTTTCTAAgttac
gi|11                         :                                                                                                                                             taccaaaagcacccttc-CTGTAAGTTCAATTTCTAA-GTTATCACTATTATAAATT-C---AA----TT------CC-----TG---------AAGTAACCACAAGTT--TATTTTCTAACTTATATGTTCACGA--------------------CGACTTA--------------------GTCT--AATTTAGTTTTG-TCAAAG--TAACGAGACCTAA--AA-GTATATCGAAATCCAAGTCcttatatgttcacgacgacttagtctaatttagttttgtcaaagtaacgagacctaaaagtatatcgaaatccaagtctg
gi|5                          :                                                                                                                                                    taccaaaagcacccttctttgagattacacttttaaCACCACTACAAATT-CCTAAATTTGTT------TC-----AG--TTC-TTAAAGTAATCACAAGTT-TTATTTCTTAACTTAAATGTTCACGA--------------------CA-GGCA--------------------GTTT-TAATTCAGTTCCG-TCAAAACT-GACGTGACCTAA--AA-GTGTCTCGAAAACCGACATCTGG----TGTTA----------------------ATATC-GTTAGCCTTACACTGCTGTCAA-GTTGTTCTCGCAATAA--A--ACAACTGTTATTAATTGCTAATTGCTTGTTAAT-TGCTGGTTGTGCC----TAC-ATC-----GTAC-ATCT-TT----TTAAGC--TGAAT--GT-------ATAGC-GCGTCCGTAT-----GTCC---ACCA----TT-AGTTGTGACAGATT-CTT--TGTTTAGTTAA-TTGCTATGGCGG-AGCAATGTGTG--CGGATATGCCTGTCCGTAGCTAATGAGGCG-CTTGATAAAT-GG--ATCGAGTG-AGCGGCTGTACAAATTGCCGTATATTTTGCA--T---T-TTTTTATGCAAGC-TTTTATTTTTCATTTCATTCTTATA--AATCC--GTATTGCTACAGAAATAC-AAATTATTCtg
gi|10                         :                                                                                                                                                                                 gcgtaatgaggtttgaaatacaagttaacaaatcagttgagattacaagtgcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTTC-TAATTTAGTTCCG-TCAACGT--GACGAGGCCTAA--AG-GTGTATCGAAAACCAACCCTCTGTACAGGCGAGGA----TG-GG--TCCATTATTAACC-ATTGGTTTCACACGGCTGTCAA-GTTATTTT---GATCATTA--ACAATTTTTATTAATTGCTAATTGTTAG---ATGTGCT-TCCGCATT-----ATCATCAAGAACGAC-ATCCATT-----TTAGC--T----------------TC-----GTCCAT-T-----ATTC---ACCA----TTTAGCTATGACAATCT-CTC--CGCTCA-TTAA-TTGCCATAACGG-TGCAGTATGTA--CGGGCTCGC-------TAGCTAATGAGACA-TTTGACGAATTTGTCAT-A--TG-GGCGGTGGTATAA-TTGCCCCGTATTCTGTATTT---T----TTATGCAAGA-TTTTATTTTTCATTTa
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              TAGTCCCG-TCAACTTTTGACGGGGTCTAA--AA-GTATCTCGAAACCCGACTCCTGG----AGTTAGTA-AAT-GTGG--TCGTTTATATACC-GTTAGCCTCGCACGGCTGTCAA-ATTATTTTCGCAATAA--A--ACAACCTTTATTAATTGCGAATTGCTTGTTAAT-TGCCAGCCGTACC----CAT-ATC-----CTAC-GTGTATT----GTTAGC--TAACT--GT-------ATCAC-GCGTCCGCAT-----GCCC---ACCA----TT-AGCTGTGACAGGTT-CTT--GTTTTAGTTAATTTGCTATGGCGG-AGCGATATATG--CAAATACGCCTGTCCGTGACAAATGAGTTG-TTTGCTAAATAGG--AT-AAGTG-GGCGACGGTACAAATTATTGTGTACTCTGCA------T-TTTTTATGCAAGCTTTTTAATTTTCATTTCTTTCTTATA--AATCT--GCCTTGTTACAGAAAT-CAAACCTATTCTTACTACAGAAATCCAA-AT--GACTCTTATA--A-AT-TCATGTTGGATTCCTGACTTT
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    -AATT-TGG--TCGTTTATATACC-GTTAGCCTCGCACGGCTGTCAA-GTTGTTTTCGCAATAA--A--ACAACGCTTATTAATTGCTAATTGCTTGTTAAT-TGCTGGCCGTGCC----TAC-ATT-----CTAC-GTATATT----TTTAGC--TAAGT--GT-------ATCAC-GCGTCCGCAT-----GTCC---ACTA----TT-AGCTGTGACAGATT-CTT--GTTTTAGTAAA-TTACTATGGCGG-AGCGATATATG--CGGATACGCCTGTCCGTGACTAGTGAGTTG-TTTGATAAATAGA--AT-AAGTG-GGCGACGGTACAAATTGTTGTGTACTCTGCA--T---T-TTTTTATGCAAGCTTTTTATTTTTCATTTCTTCCTTATA--AATCC--GCATTGTTACAGAAATCC-AAACTATGCTTGCTACAGAAATCCAA-
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   agcgtaatgagggtttaaacataagttcacaatttgagattataaatgtttattacaagttcaatctaaatttattacaagtctaaatcaagttaccacaagcaaaattcctaaagttactataagaatttctaaagttatcaccattacaattcctaaagttgcttcagttccataagtagtcacaagttattatttcttaactt-AAGTG-AGCGGCGGTACAAATTGCCGTATATTCTGCATTT---T---TTTATGCAAGC-TTTTATTTTTCATTTCATTCATATA--AATTC--GTATTGCTACAGAAATCC-AAATTATTCTTGCTACAGAAATCCAA-AT--TATTCTTATA--A-AT-CCATGTTGGATTCC
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              TACTCTGCATTT---T----TTATGCAAGCTTTTTATTTTTCATTTCTTCCTTATA--AATCT--GCATTGTTACAGAAAT-CAAACCTATTCTTGCTACAGAAATCCAA-AT--GATTCTTATA--A-AT-TCATGTTGGATTCCTGACTTT
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           TTATTATAGAAATCCAA-TC--TACTCTTATA--A-AT-CTACATTGGATTCCGAACTTTgtt
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                        tagggtaatgagcataaaacaacagtccacaagttaactgagattactgatgtttaatataaattcaatcaaagtcatcacaatctaattcaaagttattgcaagttaagtttccaaagttattacaataactaaagttatttcaaattcaatttctaaagtcgtcacaatttctaaagttatcactagttcaatttctaacttcattgatcacagcgacgtaatctaattaagtttcattggtaaaaacgggttccttatatacagatttccccatgcggctatcaatgttgttttgatcatttacaacttttattaattgctaattgctagatgctcccatgttttactagtgaggttgacatcaactttgttttagcaattactacgcgcatcgttagccctttaccagtcattagcggtgacaatttgtttgttttattaatcgcctaacggtcgctatatgtgcaagttcgcctacctagggttaatgggacgttttaataaatgggtccggtgaagcggtatactgtgttccatgtttgggtttgttatgcgagttttaattcgtgtaagaattagtTACAGAAATCCAA-TT--AACTACTACAGAA-ATCTAATATTGGATTCCGGACTTT
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  AGGAATCCAACAT--GAAT-TTATA--AGAG-TCAT-TTGGATTTCTGgtt
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 tagtcccgtcaacttttgacggggtctaaaagtatctcgaaacccgactcctggagttagtaaatgtggtcgtttatataccgttagcctcgcacggctgtcaaattattttcgcaataaaacaacctttattaattgcgaattgcttgttaattgccagccgtacccatatcctacgtgtattgttagctaactgtatcacgcgtccgcatgcccaccattagctgtgacaggttcttgttttagttaatttgctatggcggagcgatatatgcaaatacgcctgtccgtgacaaatgagttgtttgctaaataggataagtgggcgacggtacaaattattgtgtactctgcattttttatgcaagctttttaattttcatttctttcttataaatctgccttgttacagaaatcaaacctattcttactaAGGAATCCAACAT--GAAT-TTATA--AGAA-TCAT-TTGGATTTCTGgacttt
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): ACACCTCCTTCACCCAAATTCGGAATTAAATTCGATTTAAATCCGATATGTTAATCCATCGGATAAATTGTATTCGGGAAACCCCCGATACCGTACGTGCGATTTGGACAACCTAATGTTGTGCAAGTGTAA






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Reference ( family-4808 )     :                                                                                                                                                     GTAATGAGGGTTTAA--ACACAA-GTTCAC-AA--T---T---TGAGATTATAAATGTTTATTAC-----------AAGTT-----C-----------------A------A-TCTAAA----TCA-AAGTTACCACAAGTACAATTTCTAAAGTTACTGTAAGTTCAATTTCTAAAGTTATCACCATTACAA-TTCCTAAAGTTGTT------TCAG-------TTC-T-A-AAGTAATCACAAG-TT-T-TATTTCTTAACTTAAATGTTCACGG--------------------CG--------------------CGCAGTTT-TAATTTAGTTCCG-TCAACGCTTGACGNGGCCTAA--AA-GTATCTCGAAAACCGACTCCCCGN----GTTAGTA-AATTGCGG--TCGTTTATATACCGTTAGCCTCGCACGGCTGTCAA-GTTGTTTTCGCGATAA--A--ACAACCTTTATTAATTGCTAATTGCTTGTTA-AT-TGCCGGCC-GTACC----CAT-ATC-----CTAC-------GTNT--A--------TTGTT--AGCTAANTGTATCACGCGT-CCGCATGCCC---ACCA----TT-AGCTGTGACAGNTT-CTT--GTTTTAGTTAA-TTGCTATGGCGG-AGCGATATATG--CGGATACGCCTGTCCGTGACTAATGAGNCG-TTTGATAAATAGG--AT-AAGTGG-GCGGCGGTACAAATTG--CCGTGTACTCTGCATTT---TTTTTTATGCAAGCTTTTTATTTTTCATTTCNTTCTTATA--AATCCGCATTGTTACAGAAATCCAANCTATTCTTGCTACAGAAATCCAAATGACTCTTAT--AAATCC-ATGTTGGATTCCCGACTTT
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gi|13                         :                                                                                                                                                     GTAATGA---TTGAAGAAAACAATATTCAC-AAA-TAAGT---TGAGAATGTAAATGTTTATTGT-----------AATTT-----C-----------------A------A-TCTGAAGTTATTACAAGT-ACAACAAGTCCAATTTCTAAAGTTACTGTAAGTTCAATTTCTAAAGTTATCACTATTATAA-TT
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                agcTACTCTGCATTT---T---TTATGCAAGCTTTTTATTTTTCATTTCTTCCTTATA--AATCTGCATTGTTACAGAAATCAAACCTATTCTTGCTACAGAAATCCAAATGATTCTTAT--AAATTC-ATGTTGGATTCCTGACTTT
gi|16                         :                                                                                                                                                     GTAATGAGGGTTTAA--ACACAA-GTTCAC-AA--T---T---TGAGATTATAAATGTTAATTAC-----------AAGTT-----C------------------------G-TCTAAA----TCA-AAGTTACTACAAGTACAGTTTCTAAgtt
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               cTACAGAAATCCAATTAACTACTACAGAAATCTAATATTGGATTCCGGACTTT
gi|2                          :                                                                                                                                                                  AA--ATACAA-GCTCAC-AAATTAG-T---TGAGATTACAAATGTTTATTAT-----------AAGTT-----CAATCTTAAGTTATTACAA------G-TCTTAT----TCA-AAGTTACCACAAGTACAATTTCTAAAGTTACTGTAAGTTCAATTTCTAAAGTTATCACCATTACAATTTCCTAACGTTGTT------TCAG-------TTT-A-A-AAGTAATCACAAGTTT-T-TATTTCTTAACTTAAATGTTCAAAT--------------------CG--------------------CGCAGTTT-TAATTTAGTTCCA-TCAAAAC-TGACGTAGCCTAA--AA-GTATCTCGAAAACCGATTCCTCGT----GTTAGTA-AATT-TGG--ACGTTTATATATCGTTAGCCTTACACGGCTGTCAA-GTTGTTTTCGCAATAA--A--ACAACCCTTATAAATTGCTAATTGTTTGTTA-AT-TGCTGGTC-TTGCC----TAC-ATC-----CTAT-------GTCT--A--------TTTTT--AGCTAAATGTATCACGCGT-CCTTATGTCC---ACCA----TT-AGCTGTGACAGATT-CCTTAGTTTTAGTTAA-TTGCTATGGCGG-AGCGATGTATG--CGGATACGCCTGTCCGTGACTAATGAGTTG-TT--ATAAATAGG--TC-AAGTGA-GCGGCGGTACAAATTG--CCGTATATTCTGCA--T---TTTTTTATGCAAG-TTTTCATTTTTCATTTTATTCTTATA--AATCCGTATTGCTACAGAAATCCAAATTATTCTTGCTACAGAAATCCAAATTATTCTTAT--AAATCC-ATGTTgtt
gi|3                          :                                                                                                                                               ggttggGTAATGAGGGTTTAT--ACACAA-GTTCAC-AA--T---T---TGAGATTATAAATGTTTATTAC-----------AAGTT-----C-----------------G--------TCTAAA----TCA-AAGTTACTACAAGTACAGTTTCTAAAGT-ACTATAAGTTTAGTTTCCAAAGATGTCACCATTACAA-TTCCTAAAGTTATT------TCAG-------TTC-T-ATAAGTAATCACAAA-TT-CCTATTTCTTAACATAAAAGTTCACGGAGCACCGTTTTAATTTAGTGCG--------------------CGTAGTTT-TAATTTAGTTCCG-TCAAATTTTGACGGGGTCCAA--AA-GTATCTCGAAAACCGACTCCTGGA----GTTAGTA-AAT-GTGG--TCGTTTATATACCGTTAGCCTCGCACGGCTGTCAA-GTTATTTTCGCAATAA--A--ACAACCTTTATTAATTGCTAATTGCTTGTTA-AT-TGCCAGCC-GTACC----CAT---C-----CTAC-------GTGT--A--------TTGTT--AGCTAACTGTATCACGCGT-CCGCCTGCCC---ACCA----TT-AGCTGTGACAGGTT-CTT--GTTTTAGTTAA-TTGCTATGGCGG-AGCGATATATG--CGAATACGCCTGTCCGTGACAAATGAGTTG-TTTGCTAAATAGG--AT-AAGTTG-GCGACGGTACAAATTA--TTGTGTACTCTGCA-TT---TTTTTTATGCAAGCTTTTTAATTTTCATTTCTTTCTTATA--AATCTGCATTGTTACAGAAATCAAATCTATTCTTACTACAGAAATCCAAATGAC
gi|4                          :                                                                                                                                                                gcAA--ACACAA-TTTCAT-AAG-T---TAACTGAGATTATAA--GTTTAATCT-----------AAAAT-----C-----------------ATCACAAG-TCTAAT----TCA-AAGTAATTTCAAGTACAGTTTCTAGAGTTACTTTAAGTTCAGTTTCCAAAGTTAT------TACGA-TTTCTGAAGCTATTACAAATTCAA-------TTCCT-A-AAGTTATCACAAG-TT-T-AACTTCT-AACGTAATTGATCGCGG--------------------CGA-------------------CGT-GATC-TAGTTTAGTTTCA-TCAACGCC--ACGAGGCCTAA--ACTGTAT-TCGGAAACCGATTCCCCGC----ATAGGTATAAAAACGG--TCTCTTATATACGATTTTCTTTACACGGCTGTCAAAGTTGTTTT---GATCATTA--ACAACTTTTATTAATTGCTAATTGCCAGGTG-CT---CCCACTAGTAATGAGGCAT-CTA-----CTTT-------GTTTTAA--------CAATT--A-CTAGGTTTATCACCCGC-CCGT-TATCA---GCCA----TT-AGCGGTGACAGTTTGTTT--CTTTTA-TTAA-TTGCTACGACTG--TCGCTGTATGTTCAAAT-CGTCTACCT--------TGAGACG-TTTGATAAATGGG--TC-AGGTGAAGCTGCGTT-----CTGTCCCGTGT--TTGGTATTT---TT----ATGCGAGTTTTTAATTT
gi|5                          :                                                                                                                                     tagcataatgataataGTAATGAGGTTTGAA--ATACAA-GTTAACAAA--TCAGT---TGAGATTACAAGTGgtgtaggttttagtttattatagaaatccaatcttctcttataaatctatattgaattcccaactttgttac
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         gcCACCACTACAAATTCCTAAATTTGTT------TCAG-------TTC-TTA-AAGTAATCACAAG-TT-T-TATTTCTTAACTTAAATGTTCACGA--------------------CA--------------------GGCAGTTT-TAATTCAGTTCCG-TCAAAACT-GACGTGACCTAA--AA-GTGTCTCGAAAACCGACATCTGGT----GTTA----------------------ATATCGTTAGCCTTACACTGCTGTCAA-GTTGTTCTCGCAATAA--A--ACAACTGTTATTAATTGCTAATTGCTTGTTA-AT-TGCTGGTT-GTGCC----TAC-ATC-----GTAC-------ATCT-----------TTTTA--AGCTGAATGTATAGCGCGT-CCGTATGTCC---ACCA----TT-AGTTGTGACAGATT-CTT--TGTTTAGTTAA-TTGCTATGGCGG-AGCAATGTGTG--CGGATATGCCTGTCCGTAGCTAATGAGGCG-CTTGATAAAT-GG--ATCGAGTGA-GCGGCTGTACAAATTG--CCGTATATTTTGCA--T---TTTTTTATGCAAGC-TTTTATTTTTCATTTCATTCTTATA--AATCCGTATTGCTACAGAAATACAAATTATTCcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncaccactacaaattcctaaatttgtttcagttcttaaagtaatcacaagttttatttcttaacttaaatgttcacgacaggcagttttaattcagttccgtcaaaactgacgtgacctaaaagtgtctcgaaaaccgacatctggtgttaatatcgttagccttacactgctgtcaagttgttctcgcaataaaacaactgttattaattgctaattgcttgttaattgctggttgtgcctacatcgtacatctttttaagctgaatgtatagcgcgtccgtatgtccaccattagttgtgacagattctttgtttagttaattgctatggcggagcaatgtgtgcggatatgcctgtccgtagctaatgaggcgcttgataaatggatcgagtgagcggctgtacaaattgccgtatattttgcatttttttatgcaagcttttatttttcatttcattcttataaatccgtattgctacagaaatacaaattattca
gi|6                          : gcgtaatgaggtttgaaatacaagttaacaaatcagttgagattacaagtgcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGTAATGAGGGTTTAA--ACACAA-GTTCAC-AA--T---T---TGAGATTATAAATGTTTATTAC-----------AAGTT-----CAATCTAAATTCATTACAA------G-TCTAAA----TCA-AAGTTACCACAAGCACAATTCCTAAAGTTACTATAAGCTTAATTTCTAAAGTTATCACCATTACAA-TTCCTAAAGTTGTT------TCCG-------TTC-T-ATAAGTAAGCACAAG-TTCT-TATTTCTTAACTTAAATGTTCACGG--------------------CGCGCATTTTTGATTTAGTGCGCGCAGTTT-TAATTTAGTTCCG-TCAACTTTTGACGGGGTCTAA--AA-GTATCTCGAAAACCGACTCCCCGG----GTTAGTA-AATT-TGG--TCGTTTATATACCGTTAGCCTCGCACGGCTGTCAA-GTTATTTTCGCAATAA--A--ACAACCTTTATTAATTGCTAATTGCTTGTTA-AT-TGCCAGCC-GTACC----CAT-ATC-----CTAC-------GTCT--A--------TTGTT--AGCTAACTGTATCACGCGT-CCGCATGCCC---ACCA----TT-AGCTGTGACAGGTT-CTT--GTTTTAGTTAA-TTGCTATGGCGG-AGCGATATATG--CGAATACGCCTATCCGTGACAAATGAGTTG-TTTGCTAAATAGG--AT-AAGTGG-GCGACGGTACAAATTA--TTGTGTACTCTGCA------TTTTTTATGCAAGCTTTTTATTTTTCATTa
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Reference ( family-4808 )     :                                                                                                                                                     GTAATGAGGGTTTAA--ACACAA-GTTCAC-AA--T---T---TGAGATTATAAATGTTTATTACAAGTTC-----------------A-----------------GTCTAAA----TCA-AAGTTACCACAAGTACAGTTTCTAAAGTTACTGTAAGTTCAATTTCTAAAGTTATCACCATTACAA-TT-CCTAAAGTTGT------TTCAG-------TT-CTATAAGTAATCACAAGTT-T-T-ATTTCTTAACTTAAATGTTCACGG--------------------CG--------------------CGCAGTTT-TAATTTAGTTCCG-TCAACGCTTGACGGGGCCTAA--AA-GTATC-TCG---AAAACCGACTCCC------GGNGTTAGTA-AATTGTGGTCGTTTATATACCGTTAGCCTCGCACGGCTGTC-AA-GTTGTTTTCGCGATAA--A--ACAACCTTTATTAATTGCTAATTGCTTGTTA-AT-TGCCGGCC-GTACC----CAT-ATC-----CTAC-------GTNT--A--------TTGTT--AGCTAANTGTATCACGCGT-CCGCATGCCC---ACCA----TTAGCTGTGACAGGTT-CTT--GTTTTAGTTAA-TTGCTATGGCGG-AGCGATATATG--CGAATACGCCTGTCCGTGACNAATGAGTCGTTT-GATAAATAGG--AT-AAGTG-GGCGGCGGTACAAATTG--CCGTGTACTCTGCATTT---TTTTTTATGCAAGCTTTTTATTTTTCATTTCNTTCTTATAA--ATCCGCATTGTTACAGAAATCCAANCTATTCTTGCTACAGAAATCCAAATGACTCTTAT--AAATCC-ATGTTGGATTCCTGACTTT
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Reference ( family-4808 )     :                                                                                                                                                     GTAATGAGGGTTTAA--ACACAA-GTTCAC-AA--T---T---TGAGATTATAAATGTTTATTACAAGTTC-----------------A-----------------GTCTAAA----TCA-AAGTTACCACAAGTACAGTTTCTAAAGTTACTGTAAGTTCAATTTCTAAAGTTATCACCATTACAA-TT-CCTAAAGTTGTT------TCAG-------TTC-TATAAGTAATCACAAGTT-T-T-ATTTCTTAACTTAAATGTTCACGG--------------------CG--------------------CGCAGTTT-TAATTTAGTTCCG-TCAACGCTTGACGGGGCCTAA--AA-GTATC-TCG---AAAACCGACTCCC------GGNGTTAGTA-AATTGTGGTCGTTTATATACCGTTAGCCTCGCACGGCTGTCAA-GTTGTTTTCGCGATAA--A--ACAACCTTTATTAATTGCTAATTGCTTGTTA-AT-TGCCGGCC-GTACC----CAT-ATC-----CTAC-------GTNT--A--------TTGTT--AGCTAANTGTATCACGCGT-CCGCATGCCC---ACCA----TTAGCTGTGACAGGTT-CTT--GTTTTAGTTAA-TTGCTATGGCGG-AGCGATATATG--CGAATACGCCTGTCCGTGACNAATGAGTCGTTT-GATAAATAGG--AT-AAGTGG-GCGGCGGTACAAATTG--CCGTGTACTCTGCA-TTT---TTT-TTATGCAAGCTTTTTATTTTTCATTTCNTTCTTATAA--ATCCGCATTGTTACAGAAATCCAANCTATTCTTGCTACAGAAATCCAAATGACTCTTAT--AAATCC-ATGTTGGATTCCCGACTTT
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gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              taccaaaagcacccttctttgagattacactttta-AAGTGA-GCGGCGGTACAAATTG--CCGTATATTCTGCA-TTT---TTT-T-ATGCAAGCTTTT-ATTTTTCATTTCATTCATATAA--ATTCGTATTGCTACAGAAATCCAAATTATTCTTGCTACAGAAATCCAAATTATTCTTAT--AAATCC-ATGTTGGATTCCtg
gi|13                         :                                                                                                                                                     GTAATGA---TTGAAGAAAACAATATTCAC-AAA-TAAGT---TGAGAATGTAAATGTTTATTGTAATTTC-----------------A-----------------ATCTGAAGTTATTACAAGT-ACAACAAGTCCAATTTCTAAAGTTACTGTAAGTTCAATTTCTAAAGTTATCACTATTATAA-TT-
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             agcTACTCTGCA-TTT---T---TTATGCAAGCTTTTTATTTTTCATTTCTTCCTTATAA--ATCTGCATTGTTACAGAAATCAAACCTATTCTTGCTACAGAAATCCAAATGATTCTTAT--AAATTC-ATGTTGGATTCCTGACTTT
gi|16                         :                                                                                                                                                     GTAATGAGGGTTTAA--ACACAA-GTTCAC-AA--T---T---TGAGATTATAAATGTTAATTACAAGTTC-----------------------------------GTCTAAA----TCA-AAGTTACTACAAGTACAGTTTCTAAgtt
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             cTACAGAAATCCAATTAACTACTACAGAAATCTAATATTGGATTCCGGACTTT
gi|2                          :                                                                                                                                                                  AA--ATACAA-GCTCAC-AAATTAG-T---TGAGATTACAAATGTTTATTATAAGTTC-----------------AATCTTAAGTTATTACAAGTCTTAT----TCA-AAGTTACCACAAGTACAATTTCTAAAGTTACTGTAAGTTCAATTTCTAAAGTTATCACCATTACAA-TTTCCTAACGTTGTT------TCAG-------TT--TAAAAGTAATCACAAGTT-T-TTATTTCTTAACTTAAATGTTCAAAT--------------------CG--------------------CGCAGTTT-TAATTTAGTTCCA-TCAAAACT-GACGTAGCCTAA--AA-GTATC-TCG---AAAACCGATTCCT------CGTGTTAGTA-AATT-TGGACGTTTATATATCGTTAGCCTTACACGGCTGTCAA-GTTGTTTTCGCAATAA--A--ACAACCCTTATAAATTGCTAATTGTTTGTTA-AT-TGCTGGTC-TTGCC----TAC-ATC-----CTAT-------GTCT--A--------TTTTT--AGCTAAATGTATCACGCGT-CCTTATGTCC---ACCA----TTAGCTGTGACAGATT-CCTTAGTTTTAGTTAA-TTGCTATGGCGG-AGCGATGTATG--CGGATACGCCTGTCCGTGACTAATGAGTTGTT---ATAAATAGG--TC-AAGTGA-GCGGCGGTACAAATTG--CCGTATATTCTGCA--TT---TTT-TTATGCAAG-TTTTCATTTTTCATTTTATTCTTATAA--ATCCGTATTGCTACAGAAATCCAAATTATTCTTGCTACAGAAATCCAAATTATTCTTAT--AAATCC-ATGTTgtt
gi|3                          :                                                                                                                                               ggttggGTAATGAGGGTTTAT--ACACAA-GTTCAC-AA--T---T---TGAGATTATAAATGTTTATTACAAGTTC-----------------------------------GTCTAAA----TCA-AAGTTACTACAAGTACAGTTTCTAAAGT-ACTATAAGTTTAGTTTCCAAAGATGTCACCATTACAA-TT-CCTAAAGTTATT------TCAG-------TTC-TATAAGTAATCACAAATT-CCT-ATTTCTTAACATAAAAGTTCACGGAGCACCGTTTTAATTTAGTGCG--------------------CGTAGTTT-TAATTTAGTTCCG-TCAAATTTTGACGGGGTCCAA--AA-GTATC-TCG---AAAACCGACTCCT------GGAGTTAGTA-AAT-GTGGTCGTTTATATACCGTTAGCCTCGCACGGCTGTCAA-GTTATTTTCGCAATAA--A--ACAACCTTTATTAATTGCTAATTGCTTGTTA-AT-TGCCAGCC-GTACC----CAT---C-----CTAC-------GTGT--A--------TTGTT--AGCTAACTGTATCACGCGT-CCGCCTGCCC---ACCA----TTAGCTGTGACAGGTT-CTT--GTTTTAGTTAA-TTGCTATGGCGG-AGCGATATATG--CGAATACGCCTGTCCGTGACAAATGAGTTGTTT-GCTAAATAGG--AT-AAGTTG-GCGACGGTACAAATTA--TTGTGTACTCTGCA-TTT---TTT-TTATGCAAGCTTTTTAATTTTCATTTCTTTCTTATAA--ATCTGCATTGTTACAGAAATCAAATCTATTCTTACTACAGAAATCCAAATGAC
gi|4                          :                                                                                                                                                                gcAA--ACACAA-TTTCAT-AAG-T---TAACTGAGATTATAA--GTTTAATCTAAAATC-----------------ATCACAA-----------GTCTAAT----TCA-AAGTAATTTCAAGTACAGTTTCTAGAGTTACTTTAAGTTCAGTTTCCAAAGTTAT------TACGA-TT-TCTGAAGCTATTACAAATTCAA-------TTCCTA-AAGTTATCACAAGTT-T-A-ACTTCT-AACGTAATTGATCGCGG--------------------CGA-------------------CGT-GATC-TAGTTTAGTTTCA-TCAACGCC--ACGAGGCCTAA--ACTGTAT--TCG---GAAACCGATTCCC------CGCATAGGTATAAAAACGGTCTCTTATATACGATTTTCTTTACACGGCTGTCAAAGTTGTTTT---GATCATTA--ACAACTTTTATTAATTGCTAATTGCCAGGTG-CT---CCCACTAGTAATGAGGCAT-CTA-----CTTT-------GTTTTAA--------CAATT--A-CTAGGTTTATCACCCGC-CCGT-TATCA---GCCA----TTAGCGGTGACAGTTTGTTT--CTTTTA-TTAA-TTGCTACGACTG--TCGCTGTATGTTCAAAT-CGTCTACCT--------TGAGACGTTT-GATAAATGGG--TC-AGGTGAAGCTGCGTT-----CTGTCCCGTGT--TTGGTA-TTT---TT----ATGCGAGTTTTTAATTT
gi|5                          :                                                                                                                                     tagcataatgataataGTAATGAGGTTTGAA--ATACAA-GTTAACAAA--TCAGT---TGAGATTACAAGTGgtgtaggttttagtttattatagaaatccaatcttctcttataaatctatattgaattcccaactttgttac
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   gcCACCACTACAAATT-CCTAAATTTGTT------TCAG-------TTC-TTAAAGTAATCACAAGTT-T-T-ATTTCTTAACTTAAATGTTCACGA--------------------CA--------------------GGCAGTTT-TAATTCAGTTCCG-TCAAAACT-GACGTGACCTAA--AA-GTGTC-TCG---AAAACCGACATCT------GGTGTTA--------------------ATATCGTTAGCCTTACACTGCTGTCAA-GTTGTTCTCGCAATAA--A--ACAACTGTTATTAATTGCTAATTGCTTGTTA-AT-TGCTGGTT-GTGCC----TAC-ATC-----GTAC-------ATCT-----------TTTTA--AGCTGAATGTATAGCGCGT-CCGTATGTCC---ACCA----TTAGTTGTGACAGATT-CTT--TGTTTAGTTAA-TTGCTATGGCGG-AGCAATGTGTG--CGGATATGCCTGTCCGTAGCTAATGAGGCGCTT-GATAAAT-GG--ATCGAGTGA-GCGGCTGTACAAATTG--CCGTATATTTTGCA--TT---TTT-TTATGCAAGC-TTTTATTTTTCATTTCATTCTTATAA--ATCCGTATTGCTACAGAAATACAAATTATTCcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncaccactacaaattcctaaatttgtttcagttcttaaagtaatcacaagttttatttcttaacttaaatgttcacgacaggcagttttaattcagttccgtcaaaactgacgtgacctaaaagtgtctcgaaaaccgacatctggtgttaatatcgttagccttacactgctgtcaagttgttctcgcaataaaacaactgttattaattgctaattgcttgttaattgctggttgtgcctacatcgtacatctttttaagctgaatgtatagcgcgtccgtatgtccaccattagttgtgacagattctttgtttagttaattgctatggcggagcaatgtgtgcggatatgcctgtccgtagctaatgaggcgcttgataaatggatcgagtgagcggctgtacaaattgccgtatattttgcatttttttatgcaagcttttatttttcatttcattcttataaatccgtattgctacagaaatacaaattattca
gi|6                          : gcgtaatgaggtttgaaatacaagttaacaaatcagttgagattacaagtgcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGTAATGAGGGTTTAA--ACACAA-GTTCAC-AA--T---T---TGAGATTATAAATGTTTATTACAAGTTC-----------------AATCTAAATTCATTACAAGTCTAAA----TCA-AAGTTACCACAAGCACAATTCCTAAAGTTACTATAAGCTTAATTTCTAAAGTTATCACCATTACAA-TT-CCTAAAGTTGTT------TCCG-------TTC-TATAAGTAAGCACAAGTTCT-T-ATTTCTTAACTTAAATGTTCACGG--------------------CGCGCATTTTTGATTTAGTGCGCGCAGTTT-TAATTTAGTTCCG-TCAACTTTTGACGGGGTCTAA--AA-GTATC-TCG---AAAACCGACTCCC------CGGGTTAGTA-AATT-TGGTCGTTTATATACCGTTAGCCTCGCACGGCTGTCAA-GTTATTTTCGCAATAA--A--ACAACCTTTATTAATTGCTAATTGCTTGTTA-AT-TGCCAGCC-GTACC----CAT-ATC-----CTAC-------GTCT--A--------TTGTT--AGCTAACTGTATCACGCGT-CCGCATGCCC---ACCA----TTAGCTGTGACAGGTT-CTT--GTTTTAGTTAA-TTGCTATGGCGG-AGCGATATATG--CGAATACGCCTATCCGTGACAAATGAGTTGTTT-GCTAAATAGG--AT-AAGTGG-GCGACGGTACAAATTA--TTGTGTACTCTGCA---T---TTT-TTATGCAAGCTTTTTATTTTTCATTa
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Reference ( family-4808 )     :                                                                                                                                                     GTAATGAGGGTTTAA--ACACAA-GTTCAC-AA--T---T---TGAGATTATAAATGTTTATTACAAGTTC-----------------A-----------------GTCTAAA----TCA-AAGTTACCACAAGTACAGTTTCTAAAGTTACTGTAAGTTCAATTTCTAAAGTTATCACCATTACAA-TT-CCTAAAGTTGTT------TCAG-------TTC-TATAAGTAATCACAAGTT-T-T-ATTTCTTAACTTAAATGTTCACGG--------------------CG--------------------CGCAGTTT-TAATTTAGTTCCG-TCAACGCTTGACGGGGCCTAA--AA-GTATC-TCG---AAAACCGACTCCC------GGNGTTAGTA-AATTGTGGTCGTTTATATACCGTTAGCCTCGCACGGCTGTCAA-GTTGTTTTCGCGATAA--A--ACAACCTTTATTAATTGCTAATTGCTTGTTA-AT-TGCCGGCC-GTACC----CAT-ATC-----CTAC-------GTNT--A--------TTGTT--AGCTAANTGTATCACGCGT-CCGCATGCCC---ACCA----TTAGCTGTGACAGGTT-CTT--GTTTTAGTTAA-TTGCTATGGCGG-AGCGATATATG--CGAATACGCCTGTCCGTGACNAATGAGTCGTTT-GATAAATAGG--AT-AAGTGG-GCGGCGGTACAAATTG--CCGTGTACTCTGCA-TTT---TTT-TTATGCAAGCTTTTTATTTTTCATTTCNTTCTTATAA--ATCCGCATTGTTACAGAAATCCAANCTATTCTTGCTACAGAAATCCAAATGACTCTTAT--AAATCC-ATGTTGGATTCCTGACTTT
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gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             cTACAGAAATCCAATTAACTACTACAGAAATCTAATATTGGATTCCGGACTTT
gi|2                          :                                                                                                                                                                  AA--ATACAA-GCTCAC-AAATTAG-T---TGAGATTACAAATGTTTATTATAAGTTC-----------------AATCTTAAGTTATTACAAGTCTTAT----TCA-AAGTTACCACAAGTACAATTTCTAAAGTTACTGTAAGTTCAATTTCTAAAGTTATCACCATTACAA-TTTCCTAACGTTGTT------TCAG-------TT--TAAAAGTAATCACAAGTT-T-TTATTTCTTAACTTAAATGTTCAAAT--------------------CG--------------------CGCAGTTT-TAATTTAGTTCCA-TCAAAACT-GACGTAGCCTAA--AA-GTATC-TCG---AAAACCGATTCCT------CGTGTTAGTA-AATT-TGGACGTTTATATATCGTTAGCCTTACACGGCTGTCAA-GTTGTTTTCGCAATAA--A--ACAACCCTTATAAATTGCTAATTGTTTGTTA-AT-TGCTGGTC-TTGCC----TAC-ATC-----CTAT-------GTCT--A--------TTTTT--AGCTAAATGTATCACGCGT-CCTTATGTCC---ACCA----TTAGCTGTGACAGATT-CCTTAGTTTTAGTTAA-TTGCTATGGCGG-AGCGATGTATG--CGGATACGCCTGTCCGTGACTAATGAGTTGTT---ATAAATAGG--TC-AAGTGA-GCGGCGGTACAAATTG--CCGTATATTCTGCA--TT---TTT-TTATGCAAG-TTTTCATTTTTCATTTTATTCTTATAA--ATCCGTATTGCTACAGAAATCCAAATTATTCTTGCTACAGAAATCCAAATTATTCTTAT--AAATCC-ATGTTgtt
gi|3                          :                                                                                                                                               ggttggGTAATGAGGGTTTAT--ACACAA-GTTCAC-AA--T---T---TGAGATTATAAATGTTTATTACAAGTTC-----------------------------------GTCTAAA----TCA-AAGTTACTACAAGTACAGTTTCTAAAGT-ACTATAAGTTTAGTTTCCAAAGATGTCACCATTACAA-TT-CCTAAAGTTATT------TCAG-------TTC-TATAAGTAATCACAAATT-CCT-ATTTCTTAACATAAAAGTTCACGGAGCACCGTTTTAATTTAGTGCG--------------------CGTAGTTT-TAATTTAGTTCCG-TCAAATTTTGACGGGGTCCAA--AA-GTATC-TCG---AAAACCGACTCCT------GGAGTTAGTA-AAT-GTGGTCGTTTATATACCGTTAGCCTCGCACGGCTGTCAA-GTTATTTTCGCAATAA--A--ACAACCTTTATTAATTGCTAATTGCTTGTTA-AT-TGCCAGCC-GTACC----CAT---C-----CTAC-------GTGT--A--------TTGTT--AGCTAACTGTATCACGCGT-CCGCCTGCCC---ACCA----TTAGCTGTGACAGGTT-CTT--GTTTTAGTTAA-TTGCTATGGCGG-AGCGATATATG--CGAATACGCCTGTCCGTGACAAATGAGTTGTTT-GCTAAATAGG--AT-AAGTTG-GCGACGGTACAAATTA--TTGTGTACTCTGCA-TTT---TTT-TTATGCAAGCTTTTTAATTTTCATTTCTTTCTTATAA--ATCTGCATTGTTACAGAAATCAAATCTATTCTTACTACAGAAATCCAAATGAC
gi|4                          :                                                                                                                                                                gcAA--ACACAA-TTTCAT-AAG-T---TAACTGAGATTATAA--GTTTAATCTAAAATC-----------------ATCACAA-----------GTCTAAT----TCA-AAGTAATTTCAAGTACAGTTTCTAGAGTTACTTTAAGTTCAGTTTCCAAAGTTAT------TACGA-TT-TCTGAAGCTATTACAAATTCAA-------TTCCTA-AAGTTATCACAAGTT-T-A-ACTTCT-AACGTAATTGATCGCGG--------------------CGA-------------------CGT-GATC-TAGTTTAGTTTCA-TCAACGCC--ACGAGGCCTAA--ACTGTAT--TCG---GAAACCGATTCCC------CGCATAGGTATAAAAACGGTCTCTTATATACGATTTTCTTTACACGGCTGTCAAAGTTGTTTT---GATCATTA--ACAACTTTTATTAATTGCTAATTGCCAGGTG-CT---CCCACTAGTAATGAGGCAT-CTA-----CTTT-------GTTTTAA--------CAATT--A-CTAGGTTTATCACCCGC-CCGT-TATCA---GCCA----TTAGCGGTGACAGTTTGTTT--CTTTTA-TTAA-TTGCTACGACTG--TCGCTGTATGTTCAAAT-CGTCTACCT--------TGAGACGTTT-GATAAATGGG--TC-AGGTGAAGCTGCGTT-----CTGTCCCGTGT--TTGGTA-TTT---TT----ATGCGAGTTTTTAATTT
gi|5                          :                                                                                                                                     tagcataatgataataGTAATGAGGTTTGAA--ATACAA-GTTAACAAA--TCAGT---TGAGATTACAAGTGgtgtaggttttagtttattatagaaatccaatcttctcttataaatctatattgaattcccaactttgttac
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   gcCACCACTACAAATT-CCTAAATTTGTT------TCAG-------TTC-TTAAAGTAATCACAAGTT-T-T-ATTTCTTAACTTAAATGTTCACGA--------------------CA--------------------GGCAGTTT-TAATTCAGTTCCG-TCAAAACT-GACGTGACCTAA--AA-GTGTC-TCG---AAAACCGACATCT------GGTGTTA--------------------ATATCGTTAGCCTTACACTGCTGTCAA-GTTGTTCTCGCAATAA--A--ACAACTGTTATTAATTGCTAATTGCTTGTTA-AT-TGCTGGTT-GTGCC----TAC-ATC-----GTAC-------ATCT-----------TTTTA--AGCTGAATGTATAGCGCGT-CCGTATGTCC---ACCA----TTAGTTGTGACAGATT-CTT--TGTTTAGTTAA-TTGCTATGGCGG-AGCAATGTGTG--CGGATATGCCTGTCCGTAGCTAATGAGGCGCTT-GATAAAT-GG--ATCGAGTGA-GCGGCTGTACAAATTG--CCGTATATTTTGCA--TT---TTT-TTATGCAAGC-TTTTATTTTTCATTTCATTCTTATAA--ATCCGTATTGCTACAGAAATACAAATTATTCcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncaccactacaaattcctaaatttgtttcagttcttaaagtaatcacaagttttatttcttaacttaaatgttcacgacaggcagttttaattcagttccgtcaaaactgacgtgacctaaaagtgtctcgaaaaccgacatctggtgttaatatcgttagccttacactgctgtcaagttgttctcgcaataaaacaactgttattaattgctaattgcttgttaattgctggttgtgcctacatcgtacatctttttaagctgaatgtatagcgcgtccgtatgtccaccattagttgtgacagattctttgtttagttaattgctatggcggagcaatgtgtgcggatatgcctgtccgtagctaatgaggcgcttgataaatggatcgagtgagcggctgtacaaattgccgtatattttgcatttttttatgcaagcttttatttttcatttcattcttataaatccgtattgctacagaaatacaaattattca
gi|6                          : gcgtaatgaggtttgaaatacaagttaacaaatcagttgagattacaagtgcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGTAATGAGGGTTTAA--ACACAA-GTTCAC-AA--T---T---TGAGATTATAAATGTTTATTACAAGTTC-----------------AATCTAAATTCATTACAAGTCTAAA----TCA-AAGTTACCACAAGCACAATTCCTAAAGTTACTATAAGCTTAATTTCTAAAGTTATCACCATTACAA-TT-CCTAAAGTTGTT------TCCG-------TTC-TATAAGTAAGCACAAGTTCT-T-ATTTCTTAACTTAAATGTTCACGG--------------------CGCGCATTTTTGATTTAGTGCGCGCAGTTT-TAATTTAGTTCCG-TCAACTTTTGACGGGGTCTAA--AA-GTATC-TCG---AAAACCGACTCCC------CGGGTTAGTA-AATT-TGGTCGTTTATATACCGTTAGCCTCGCACGGCTGTCAA-GTTATTTTCGCAATAA--A--ACAACCTTTATTAATTGCTAATTGCTTGTTA-AT-TGCCAGCC-GTACC----CAT-ATC-----CTAC-------GTCT--A--------TTGTT--AGCTAACTGTATCACGCGT-CCGCATGCCC---ACCA----TTAGCTGTGACAGGTT-CTT--GTTTTAGTTAA-TTGCTATGGCGG-AGCGATATATG--CGAATACGCCTATCCGTGACAAATGAGTTGTTT-GCTAAATAGG--AT-AAGTGG-GCGACGGTACAAATTA--TTGTGTACTCTGCA---T---TTT-TTATGCAAGCTTTTTATTTTTCATTa
gi|7                          :                                                                                                                                                  agcGTAATGAGCATA-AA--ACAACA-GTCCAC-AAG-T---TAACTGAGATTACTGATGTTTAATATAAATTC-----------------A-----------------------A----TCA-AAGTCATCACAA-TCTAATTC--AAAGTTATTGCAAGTTAAGTTTCCAAAGTTAT------TACAA-TA-ACTAAAGTTATT------TCAAATTCAATTTC-TA-AAGTCGTCACAA---------TTTCTAAAGTTA-----TCACTA---------------------G--------------------TTCAATTTCTAACTTCATT--GATCACAGC--GACGTAATCTAATTAA-GTTTCATTGGTAAAAACGGGTTCC------------------------------TTATATACAGATTTCCCCATGCGGCTATCAATGTTGTTTT---GATCA--TTTACAACTTTTATTAATTGCTAATTGCT----A-GA-TGCT--------CC----CAT-GTT-----TTACTAGTGAGGTTG--ACATCAACTTTGTTTTAGC--AAT-TACTACGCGCATCGTTAGCCCTTTACCAGTCATTAGCGGTGACAATTTGTTT--GTTTTA-TTAA-TCGCC-TAACGGTCGCTATATGTG--CAAGTTCGCCTACCTAGGGTTAATGGGACGTTTTAATAAATGGG--TC-CGGTGA-A--GCGGTATA-------CTGTGT--TCCATG-TTTGGGTTTGTTATGCGAG--TTTTA-----------ATTCGTGTAAGAATTAGT-TTATTATAGAAATCCAATCT------------------------ACTCTTAT--AAATCT-ACATTGGATTCCGAACTTT
gi|8                          :                                                                                                                                                 taggGTAATGAGGGTTTAA--ACATAA-GTTCAC-AA--T---T---TGAGATTATAAATGTTTATTACAAGTTCAATCTAAATTTATTACAA-----------------GTCTAAA----TCA-A-GTTACCACAAGCAAAATTCCTAAAGTTACTATAAG---AATTTCTAAAGTTATCACCATTACAA-TT-CCTAAAGTTGCT------TCAG-------TTC-CATAAGTAGTCACAAGTTAT-T-ATTTCTTAACTTAA
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     agc-AATT-TGGTCGTTTATATACCGTTAGCCTCGCACGGCTGTCAA-GTTGTTTTCGCAATAA--A--ACAACGCTTATTAATTGCTAATTGCTTGTTA-AT-TGCTGGCC-GTGCC----TAC-ATT-----CTAC-------GTAT--A--------TTTTT--AGCTAAGTGTATCACGCGT-CCGCATGTCC---ACTA----TTAGCTGTGACAGATT-CTT--GTTTTAGTAAA-TTACTATGGCGG-AGCGATATATG--CGGATACGCCTGTCCGTGACTAGTGAGTTGTTT-GATAAATAGA--AT-AAGTGG-GCGACGGTACAAATTG--TTGTGTACTCTGCA--TT---TTT-TTATGCAAGCTTTTTATTTTTCATTTCTTCCTTATAA--ATCCGCATTGTTACAGAAATCCAAACTATGCTTGCTACAGAAATCCAAtttggtcgtttatataccgttagcctcgcacggctgtcaagttgttttcgcaataaaacaacgcttattaattgctaattgcttgttaattgctggccgtgcctacattctacgtatatttttagctaagtgtatcacgcgtccgcatgtccactattagctgtgacagattcttgttttagtaaattactatggcggagcgatatatgcggatacgcctgtccgtgactagtgagttgtttgataaatagaataagtgggcgacggtacaaattgttgtgtactctgcatttttttatgcaagctttttatttttcatttcttccttataaatccgcattgttacagaaatccaaactatgcttgctacagaaatccaa
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                              agcgtaatgagggtttaaacataagttcacaatttgagattataaatgtttattacaagttcaatctaaatttattacaagtctaaatcaagttaccacaagcaaaattcctaaagttactataagaatttctaaagttatcaccattacaattcctaaagttgcttcagttccataagtagtcacaagttattatttcttaacttTAGTCCCG-TCAACTTTTGACGGGGTCTAA--AA-GTATC-TCG---AAACCCGACTCCT------GGAGTTAGTA-AAT-GTGGTCGTTTATATACCGTTAGCCTCGCACGGCTGTCAA-ATTATTTTCGCAATAA--A--ACAACCTTTATTAATTGCGAATTGCTTGTTA-AT-TGCCAGCC-GTACC----CAT-ATC-----CTAC-------GTGT--A--------TTGTT--AGCTAACTGTATCACGCGT-CCGCATGCCC---ACCA----TTAGCTGTGACAGGTT-CTT--GTTTTAGTTAATTTGCTATGGCGG-AGCGATATATG--CAAATACGCCTGTCCGTGACAAATGAGTTGTTT-GCTAAATAGG--AT-AAGTGG-GCGACGGTACAAATTA--TTGTGTACTCTGCA---T---TTT-TTATGCAAGCTTTTTAATTTTCATTTCTTTCTTATAA--ATCTGCCTTGTTACAGAAATCAAACCTATTCTTACTACAGAAATCCAAATGACTCTTAT--AAATTC-ATGTTGGATTCCTGACTTT


blockSeqs                     :                                                                                                                                                                 G  GA      T      A  ATAAGT                                AATCTTAAGTTATTACAAG                       GTTA   C    T                                                             A  T            ACAAAT    ATTCAAT   C  G               TTT                          AGCACCGTTTTAATTTAGTGCG                            C             A    ATTTT    A       TT  T     A   GTA            CTGTACAG C       TAAAAAC                                     A        C  G    TT TT                               G  G    G   A     GAGG   C   AAGAA    TAGTGAG  C ACATCAACT    T  TT      A G          A    A     TTT    GTCA             T  G   TA      G    T            TC          TT     T              T      A     T       T  TC  C      A                TC              T   GGG   G         CT     T          A         GA                        A                         T        AG      A
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                 T  .       .      .  ATTAGT                                AATCTAAATTCATTACAAG                       .      .    T                                                             .  .            .         .         .  A               CCT                          CGCGCATTTTTGATTTAGTGCG                            .             .    CTTTT    A       .   .     .   .              TC       T       AATTT                                       T        C  A    TT .                                .  .    A   .     .      .   .        .        C TAA          G  .       C G          .    C     .      T                A  G   .       G    .            T           .      A              T      T     .       A  .   .      .                .               T   .     .         CT     T          T         .                         C                         G        .       .
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1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): ACACCTCCTTCACCCAAATTCGGAATTAAATTCGATTTAAATCCGATATGTTAATCCATCGGATAAATTGTATTCGGGAAACCCCCGATACCGTACGTGCGATTTGGACAACCTAATGTTGTGCAAGTGTAA






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Reference ( family-4808 )     :                                                                                                                                                     GTAATGAGGGTTTAA--ACACAA-GTTCAC-AA-TTA-GTTGAGATTATAAATGTTTATTACAAGTTCAAT-----------AC--AAGTCTAAATCA-AAGTTACCACAAGTACAGTTTCTAAAGTTACTGTAAGTTCAATTTCTAAAGTTATCACCATTACAA-TT-CCTAAAGTTGT------TTCAG-------TT-CTATAAGTAATCACAAGTT-T-T-ATTTCTTAACTTAAATGTTCACGG--------------------CG--------------------CGCAGTTT-TAATTTAGTTCCG-TCAACGCTTGACGGGGCCTAA--AA-GTATC-TCG---AAAACCGACTCCC------GGNGTTAG---TAAATT-TGGTCGTTTATATACCGTTAGCCTCGCACGGCTGTC-AA-GTTGTTTTCGCGATAA--A--ACAACCTTTATTAATTGCTAATTGCTTGTTA-AT-TGCCGGCC-GTACC----CAT-ATC-----CTAC-------GTNT--A--------TTGTT--AGCTAANTGTATCACGCGT-CCGCATGCCC---ACCA----TTAGCTGTGACAGGTT-CTT--GTTTTAGTTAA-TTGCTATGGCGG-AGCGATATATG--CGAATACGCCTGTCCGTGACNAATGAGTCG-TTTGATAAATAGG--AT-AAGTG-GGCGGCGGTACAAATTG--CCGTGTACTCTGCA--T---TTTTTTATGCAAGCTTTTTATTTTTCATTTCNTTCTTATA--AATCCGCATTGTTACAGAAATCCAANCTATTCTTGCTACAGAAATCCAAATGACTCTTAT--AAATCC-ATGTTGGATTCCTGACTTT
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gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          agcTACTCTGCA--T---TTT-TTATGCAAGCTTTTTATTTTTCATTTCTTCCTTATA--AATCTGCATTGTTACAGAAATCAAACCTATTCTTGCTACAGAAATCCAAATGATTCTTAT--AAATTC-ATGTTGGATTCCTGACTTT
gi|16                         :                                                                                                                                                     GTAATGAGGGTTTAA--ACACAA-GTTCAC-AA-TT----TGAGATTATAAATGTTAATTACAAGTTC--------------------GTCTAAATCA-AAGTTACTACAAGTACAGTTTCTAAgtt
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         cTACAGAAATCCAATTAACTACTACAGAAATCTAATATTGGATTCCGGACTTT
gi|2                          :                                                                                                                                                                  AA--ATACAA-GCTCAC-AAATTA-GTTGAGATTACAAATGTTTATTATAAGTTCAATCTTAAGTTATTAC--AAGTCTTATTCA-AAGTTACCACAAGTACAATTTCTAAAGTTACTGTAAGTTCAATTTCTAAAGTTATCACCATTACAA-TTTCCTAACGTTGT------TTCAG-------TT--TAAAAGTAATCACAAGTT-T-TTATTTCTTAACTTAAATGTTCAAAT--------------------CG--------------------CGCAGTTT-TAATTTAGTTCCA-TCAAAACT-GACGTAGCCTAA--AA-GTATC-TCG---AAAACCGATTCCT------CGTGTTAG---TAAATT-TGGACGTTTATATATCGTTAGCCTTACACGGCTGTC-AA-GTTGTTTTCGCAATAA--A--ACAACCCTTATAAATTGCTAATTGTTTGTTA-AT-TGCTGGTC-TTGCC----TAC-ATC-----CTAT-------GTCT--A--------TTTTT--AGCTAAATGTATCACGCGT-CCTTATGTCC---ACCA----TTAGCTGTGACAGATT-CCTTAGTTTTAGTTAA-TTGCTATGGCGG-AGCGATGTATG--CGGATACGCCTGTCCGTGACTAATGAGTTG-TT--ATAAATAGG--TC-AAGTG-AGCGGCGGTACAAATTG--CCGTATATTCTGCA--T---TTTTTTATGCAAG-TTTTCATTTTTCATTTTATTCTTATA--AATCCGTATTGCTACAGAAATCCAAATTATTCTTGCTACAGAAATCCAAATTATTCTTAT--AAATCC-ATGTTgtt
gi|3                          :                                                                                                                                               ggttggGTAATGAGGGTTTAT--ACACAA-GTTCAC-AA-TT----TGAGATTATAAATGTTTATTACAAGTTC--------------------GTCTAAATCA-AAGTTACTACAAGTACAGTTTCTAAAGT-ACTATAAGTTTAGTTTCCAAAGATGTCACCATTACAA-TT-CCTAAAGTTAT------TTCAG-------TT-CTATAAGTAATCACAAATT-CCT-ATTTCTTAACATAAAAGTTCACGGAGCACCGTTTTAATTTAGTGCG--------------------CGTAGTTT-TAATTTAGTTCCG-TCAAATTTTGACGGGGTCCAA--AA-GTATC-TCG---AAAACCGACTCCT------GGAGTTAG---TAAATG-TGGTCGTTTATATACCGTTAGCCTCGCACGGCTGTC-AA-GTTATTTTCGCAATAA--A--ACAACCTTTATTAATTGCTAATTGCTTGTTA-AT-TGCCAGCC-GTACC----CAT---C-----CTAC-------GTGT--A--------TTGTT--AGCTAACTGTATCACGCGT-CCGCCTGCCC---ACCA----TTAGCTGTGACAGGTT-CTT--GTTTTAGTTAA-TTGCTATGGCGG-AGCGATATATG--CGAATACGCCTGTCCGTGACAAATGAGTTG-TTTGCTAAATAGG--AT-AAGTT-GGCGACGGTACAAATTA--TTGTGTACTCTGCAT-T---TTTTTTATGCAAGCTTTTTAATTTTCATTTCTTTCTTATA--AATCTGCATTGTTACAGAAATCAAATCTATTCTTACTACAGAAATCCAAATGAC
gi|4                          :                                                                                                                                                                gcAA--ACACAA-TTTCAT-AAGTTA-ACTGAGATTATAA--GTTTAATCTAAAATCATC-----------AC--AAGTCTAATTCA-AAGTAATTTCAAGTACAGTTTCTAGAGTTACTTTAAGTTCAGTTTCCAAAGTT------ATTACGA-TT-TCTGAAGCTATTACAAATTCAA-------TTCCTA-AAGTTATCACAAGTT-T-A-ACTTC-TAACGTAATTGATCGCGG--------------------CGA-------------------CGT-GATC-TAGTTTAGTTTCA-TCAACGCC--ACGAGGCCTAA--ACTGTAT--TCG---GAAACCGATTCCC------CGCA-TAGGTATAAAAA-CGGTCTCTTATATACGATTTTCTTTACACGGCTGTCAAA-GTTGTTTT---GATCATTA--ACAACTTTTATTAATTGCTAATTGCCAGGTG-CT---CCCACTAGTAATGAGGCAT-CTA-----CTTT-------GTTTTAA--------CAATT--A-CTAGGTTTATCACCCGC-CCGT-TATCA---GCCA----TTAGCGGTGACAGTTTGTTT--CTTTTA-TTAA-TTGCTACGACTG--TCGCTGTATGTTCAAAT-CGTCTACCT--------TGAGACG-TTTGATAAATGGG--TC-AGGTGAAGCTGCGTT-----CTGTCCCGTGT--TTGGTA-------TTTTTATGCGAGTTTTTAATTT---GTGTAGGTTTTA---------GT-TTATTATAGAAATCCAA-----TCTT-------------------CTCTTAT--AAATCT-ATATTGAATTCCCAACTTT
gi|5                          :                                                                                                                                     tagcataatgataataGTAATGAGGTTTGAA--ATACAA-GTTAACAAA-TCA-GTTGAGATTACAAGTGgttac
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                             gcCACCACTACAAATT-CCTAAATTTGT------TTCAG-------TT-CTTAAAGTAATCACAAGTT-T-T-ATTTCTTAACTTAAATGTTCACGA--------------------CA--------------------GGCAGTTT-TAATTCAGTTCCG-TCAAAACT-GACGTGACCTAA--AA-GTGTC-TCG---AAAACCGACATCT------GGTGTTA----------------------ATATCGTTAGCCTTACACTGCTGTC-AA-GTTGTTCTCGCAATAA--A--ACAACTGTTATTAATTGCTAATTGCTTGTTA-AT-TGCTGGTT-GTGCC----TAC-ATC-----GTAC-------ATCT-----------TTTTA--AGCTGAATGTATAGCGCGT-CCGTATGTCC---ACCA----TTAGTTGTGACAGATT-CTT--TGTTTAGTTAA-TTGCTATGGCGG-AGCAATGTGTG--CGGATATGCCTGTCCGTAGCTAATGAGGCG-CTTGATAAAT-GG--ATCGAGTG-AGCGGCTGTACAAATTG--CCGTATATTTTGCA--T---TTTTTTATGCAAGC-TTTTATTTTTCATTTCATTCTTATA--AATCCGTATTGCTACAGAAATACAAATTATTCcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncaccactacaaattcctaaatttgtttcagttcttaaagtaatcacaagttttatttcttaacttaaatgttcacgacaggcagttttaattcagttccgtcaaaactgacgtgacctaaaagtgtctcgaaaaccgacatctggtgttaatatcgttagccttacactgctgtcaagttgttctcgcaataaaacaactgttattaattgctaattgcttgttaattgctggttgtgcctacatcgtacatctttttaagctgaatgtatagcgcgtccgtatgtccaccattagttgtgacagattctttgtttagttaattgctatggcggagcaatgtgtgcggatatgcctgtccgtagctaatgaggcgcttgataaatggatcgagtgagcggctgtacaaattgccgtatattttgcatttttttatgcaagcttttatttttcatttcattcttataaatccgtattgctacagaaatacaaattattca
gi|6                          : gcgtaatgaggtttgaaatacaagttaacaaatcagttgagattacaagtgcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGTAATGAGGGTTTAA--ACACAA-GTTCAC-AA-TT----TGAGATTATAAATGTTTATTACAAGTTCAATCTAAATTCATTAC--AAGTCTAAATCA-AAGTTACCACAAGCACAATTCCTAAAGTTACTATAAGCTTAATTTCTAAAGTTATCACCATTACAA-TT-CCTAAAGTTGT------TTCCG-------TT-CTATAAGTAAGCACAAGTTCT-T-ATTTCTTAACTTAAATGTTCACGG--------------------CGCGCATTTTTGATTTAGTGCGCGCAGTTT-TAATTTAGTTCCG-TCAACTTTTGACGGGGTCTAA--AA-GTATC-TCG---AAAACCGACTCCC------CGGGTTAG---TAAATT-TGGTCGTTTATATACCGTTAGCCTCGCACGGCTGTC-AA-GTTATTTTCGCAATAA--A--ACAACCTTTATTAATTGCTAATTGCTTGTTA-AT-TGCCAGCC-GTACC----CAT-ATC-----CTAC-------GTCT--A--------TTGTT--AGCTAACTGTATCACGCGT-CCGCATGCCC---ACCA----TTAGCTGTGACAGGTT-CTT--GTTTTAGTTAA-TTGCTATGGCGG-AGCGATATATG--CGAATACGCCTATCCGTGACAAATGAGTTG-TTTGCTAAATAGG--AT-AAGTG-GGCGACGGTACAAATTA--TTGTGTACTCTGCA------TTTTTTATGCAAGCTTTTTATTTTTCATTa
gi|7                          :                                                                                                                                                  agcGTAATGAGCATA-AA--ACAACA-GTCCAC-AAGTTA-ACTGAGATTACTGATGTTTAATATAAATTCAAT-------------------------CA-AAGTCATCACAA-TCTAATTC--AAAGTTATTGCAAGTTAAGTTTCCAAAGTTAT------TACAA-TA-ACTAAAGTTAT------TTCAAATTCAATTT-CTA-AAGTCGTCACAA---------TTTCTAAAGTTA-----TCACTA---------------------G--------------------TTCAATTTCTAACTTCATT--GATCACAGC--GACGTAATCTAATTAA-GTTTCATTGGTAAAAACGGGTTCC--------------------------------TTATATACAGATTTCCCCATGCGGCTATC-AATGTTGTTTT---GATCA--TTTACAACTTTTATTAATTGCTAATTGCT----A-GA-TGCT--------CC----CAT-GTT-----TTACTAGTGAGGTTG--ACATCAACTTTGTTTTAGC--AAT-TACTACGCGCATCGTTAGCCCTTTACCAGTCATTAGCGGTGACAATTTGTTT--GTTTTA-TTAA-TCGCC-TAACGGTCGCTATATGTG--CAAGTTCGCCTACCTAGGGTTAATGGGACGTTTTAATAAATGGG--TC-CGGTG-A--AGCGGTA-----TA--CTGTGTTCCATGTT--TGGGTTTGTTATGCGAG--TTTTA-----------ATTCGTGTAAGAATTAGT-TTATTATAGAAATCCAATCT------------------------ACTCTTAT--AAATCT-ACATTGGATTCCGAACTTT
gi|8                          :                                                                                                                                                 taggGTAATGAGGGTTTAA--ACATAA-GTTCAC-AA-TT----TGAGATTATAAATGTTTATTACAAGTTCAATCTAAATTTATTAC--AAGTCTAAATCA-A-GTTACCACAAGCAAAATTCCTAAAGTTACTATAAG---AATTTCTAAAGTTATCACCATTACAA-TT-CCTAAAGTTGC------TTCAG-------TT-CCATAAGTAGTCACAAGTTAT-T-ATTTCTTAACTTAA
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Unaligned ( gi|15 ): ACACCTCCTTCACCCAAATTCGGAATTAAATTCGATTTAAATCCGATATGTTAATCCATCGGATAAATTGTATTCGGGAAACCCCCGATACCGTACGTGCGATTTGGACAACCTAATGTTGTGCAAGTGTAA