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lowQualScore                  :                          . .   ..  ...  .         .            .        ..       .      . .          ...            ......       .    .................     .       .      .   . .. ...  .                      ..   ...       .  .    .    . .      .               .               .        . ....   .   ....          .    .                 .      .  .       .    . .    .................      ....     ..     ..................................................   .       ......    .    ..     .  .   
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Reference ( gi|1 )            : AACATGATTTTTTAATTGTAAAGTAGTTGATTGAT-TGATCGATTGATTGATTGAATATTTAGTGTCATTTT-TATGCCATTGAGGGC-TAACAGACGATCGGTTAACCTAACCAC------TGTTTCC-TGGG-------T---------TTAACCAGTACTCAAGCACACCCC-A--T---CTTCGCAAGTAACTGATAACTTTCC--CAC---TTGAATC-AG-TGGTGAGAGGCGAATGATAATGAGACACAATGTCATATATCAATCATCACGGAGACTGTTGCCCAGGCGGGG----GATTCGAACTCACGACCCCTGGATTGATAGTCAAACGCGTGACTGACTGAGATAATAGAGCCCA--------G-------CATAAAG--TAGTTG--AATACCGACCTATGTTTAATTTATGTAAAAAAGTCGTGTTGTAAATTTAACTACCTATATTTATTT---CAGTACTGTGTG--GAAAATGAAAAA
gi|2                          :                   TAAAGTAAT-GCTCAAT-T-ATAAAT-GTTTGTTTGAATATTTACCATCATCTT-TATGCCACCACGGAC-TAACTGACACCCAGTTAACCTAACCAC------TATTTCC-TGGGA------TCTTGGGAGGTTAAACAGTATTTGAGTA-AACCC-A--T---CTCCACAAATAGTTGATAACTTTCC--
gi|8                          :                           TTGATAAATATTATTGATTGATTGATTAATTTTCTAACGTCATTTT-TATGTCATCGAGGGC-TAACAGACGATCA--------AACAAC------TGTTTCC-TGGGATCC---TGAAAGG---TTAACCGGTACTCGAACACATTCC-A--T---CTCCGCAAATAACTGACAAATTTTC--CAA---TTAAATC-AG-CGGTGAGAGACGAATGATAATGAGACACGATATCGTATATCAGTCATCACGGAGACTGTTG-CCAGGCGttcaatgttgtatatcagtcatcacagagaatgtggcttggccgggattccaactcatgacccaggattggaagtcagacgcattggtgaccgagctaactgggctcggcttcaaccataaatgagttgcaaatacatataattaaatacttattgtttatgtagtatgtttatttacatactactctgtggtgaaaacgagaaa
gi|3                          :                          tTTGATTTAT-TAATTGATTGATTACTTGAATATTTAACGTCATTTTGTATGCCATCGAGAAC-ATATAGACGATCAATTAAATTAACCAC------GGTTTCC-TAGGATCATGTTAGG------TTAACCAGTACTCTATTACTACCC-A--TATACTCCGCAAAAAACTAATAACTTTCC--CAT---TTTAATC-AA-CGGTGAAAGACG-----------------ATGTTGTATTTCAGTCATCACTGAGACTGTTG-CCAGGC-GGG----GATTCGAACTCACGACCCGTGGATTGATAGTCAGACGCTCTACAGACT----T-ATCGGGCCCGGCCCTTTTG-------CATAAAGCCCAGCTG--AAtg
gi|7                          :                    gtgcttttggcatatttgattgaATTGATTGATTGAATATTTAGCATCATTTT-TATGCCATCGAGGGC-TAACAGACAATC----AACCTAACTAC------TGTTTCC-TGGGGTCC---TGAAAGG---TTAACCAGTACTTGAGCACTACCC-A--T---CTCCACAAGTAACTAATAACTTCCC--CAC---TTGAATC-AG-TGGTGAGAGACGAATAATAATGAGCCACAATGTCGCATCCTACTCATCACAGAGACTGTTG-CCGGGCGGGG----TTTTCGAACTCACGACaatgcat
gi|4                          :                                            TTGATTGATTGAATATTTAGCGTCATTTT-TATGCAATCGAGGGC-TTACAGACGATCAGTTAACCTTACCACAGTGACTGTTTCC-TGGG-------A---------TTAACCAATACTCAAGCACACCCC-A--T---CTCCACAAGTAACTGATAATTTTCC--CAC---TTGAATC-AG-TGGTGAGAGACTAATGATAATGAGACACAATGTCGTATATCAATCATCACGGAGACTGTTG-CTGGGCGGGG----GATTTGAACT------CCCTGGATTGATAGTCAGACGTGTAACCGACTGAGCTATTCGGGCCCG--------G-------
gi|15                         :                                            TTGTTTATTTGAATATTTAGCATAA--TT-TATGCAATCAAGAGCATTGCAGACttcgttgttgtgaaaataggatgataatgccttgatttaagaatgaatgttttagaataa
gi|6                          :                                               ATTGATTGAATATTTAGTGTCATTTA-TATGCCATCAAGAGC-TAGCAAACTATCCTTTAACCTAAGCAC------TGTTTCC-TGGGATCC---TGAAACG---TTAACAAATACTCGAGCACACCCCCA--T---CTCTGCAAGTAACTGATAACTTTCC--CAC---TTGAATA-AG-TGGTTAGAGACAAATGATAATGAGACACAATGTCAT-TATTAATCACCACGGAGACTGTTG--CGGGACAGG----GATTCAAACTCAAGAACCCTGGAATGATAGTCAGACGTGAAACTGACTGAGCTAATAAGGCCCG--------G-------
gi|5                          :                                                 TGATTGAATATTGAGCGTCATTTT-TATGCCATTGAGGGC-TAACAGACGATCAGTTAACCTAACCAC------TGTTTCC-TGGG-------A---------TTAACAAATACTCGAGCACACCCC-T--A---CTCCACAAGTAACTGATAACTTTCC--CAC---TTGAATC-AG-TGGTGAAAGACAAATGATAATAAGAGTGAATGTTGTATATCAATCATCATGGAGACTGTTGCTT-GGCAGGG----GATTCGAACT-GCGACCCCTGGATTGATAGTCAGACGGGTAACCAACTGAGCTAATCGGGCC
gi|13                         :                                                         TATTAAGAGTCATTTT--ATGCCATTGAAGGC-TTACAGACAATTGA-TAATTTAAaacctacattgggaaaatagaagtgcgtaccttga
gi|9                          :                                                           TTAAGCGTTATTT---ATGCCGTCGAGGAC-TAACTGACGACCAGGTCACATAACCAC------TCTTTCCTTGGA-------TCCTGGAAGATTAACCAGTATTCAAGCACA-CCT-A--T---CGCCACAAGTAACTGATTACTTTCC--CAC---TTGAA
gi|18                         :                                                                TGTCATTTT--ATGCCATTGACGGC-T-ATAAACAATCAGTTAAagagagtaatcccaatatttgacaaatgat
gi|10                         :                                                                                                             ttgagcac------TGTGTCT-TGGG-------T---------TTCAC----ACC--AGTACACGCT-AATT---ATATGCATGGAACTGATTACTTTCCCTCACGGGTTAAATCTAGTTGGT---AGGCCAATGAC--TGAGATACAATTTC
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                               CAATGTTGTATATCAGTCATCACAGAGAATGTGGCTTGGCC--GG----GATTCCAACTCATGACCCA-GGATTGGAAGTCAGACGCATTGGTGACCGAGCTAACTGGGCTCG--------GCTTCAACCATAAAT--GAGTTGCAAATAC------ATA--TAAT-----TAAATA---CTTATTGTTTATGTAG-----TATGTTTATTTACATACTACTCTGTGGTGAAAACGAGAAAg
gi|11                         :                                                                                            taaagtaatgctcaattataaatgtttgtttgaatatttaccatcatctttatgccaccacggactaactgacacccagttaacctaaccactatttcctgggatcttgggaggttaaacagtatttgagtaaacccatctccacaaatagttgataactttccttTGTTGCATATCAACCATCACTGAGACAGT------AGCTGGACATTGATTTGAAATCGCGA
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          CACAAACCCTGGATTGAAAGTAAGATGCGTTACTGACTGAGCAAGCAGAGtagtcagacagac
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   TGGATTGATAGTCAGATGCCTAACCGACTAAGCTAAT
5 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|12 ): TTGTTTAGCATCATTATTAGGCCATCAAGCACTAACAAACAATCGATTAACCGAA
Unaligned ( gi|14 ): CAACTGATGGTCAGGTAATGTATTGTGACCACTCTTTCCTGGGATCCTGGAA
Unaligned ( gi|17 ): TGAAATCTTGAAACATTACCCAGTACTAGAGCACTACCAGTCTCTACAA
Unaligned ( gi|20 ): TGGAAGATTAACAAGTACTTGAGCATACCTATCTCTACAAG
Unaligned ( gi|21 ): AAACACTATTTTCTTACCTTGCGTTGTTGTGA






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Reference ( family-4680 )     :                                                                                                                                                NNNNNNNNNNNNNNNNNNTAAAGTAATTGATNAAT--T-A-TTGATTGATTGATTGAATATTTAGCGTCATTTT-TATGCCATCGAGGGC-TAACAGACGATCAGTTAACCTA-----ACCAC------TGTTTCCTGGGAT-C-T---G--A--G--GTTAACCAGTACTCGAGCACACCCC-A--T---CTCCGCAAGTAACTGATAACTTTCC--CAC---TTGAATC-AG-CGGTGAGAGACGAATGATAATGAGACACAATGTCGTATATCAGTCATCACGGAGACTGTTG-CCGGGCGGGGGATTCGAACTCGCGACCCCTGGATTGATAGTCAGACGCGTNACCGACTGAGCTAATCGGGCCCG--------GC-------ATAAANCCNAGCTGCAAATAC------ATA--TAAT-----TAAATA---CTTATTGTTTATGTAG-----TATGTTTATTTACATACTACTCTGTGGTGAAAACGAGAAA
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gi|13                         :                                                                                                                                                                                      tgtgtcttgggtttcacaccTATTAAGAGTCATTTT--ATGCCATTGAAGGC-TTACAGACAATT-GATAATTTA-----A
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                            AACTGATGGTCAGGTAATGTATTGTGACCAC------TCTTTCCTGGGAT-C-
gi|15                         :                                                                                                                                                                                            cTTGTTTATTTGAATATTTAGCATAA--TT-TATGCAATCAAGAGCATTGCAGACctggaa
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             CACAAACCCTGGATTGAAAGTAAGATGCGTTACTGACTGAGC
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gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             ttgagcactTGGATTGATAGTCAGATGCCTAACCGACTAAGCTAATCGGG
gi|2                          :                                                                                                                                                                  TAAAGTAAT-GCTCAAT--T-A-TAAAT-GTTTGTTTGAATATTTACCATCATCTT-TATGCCACCACGGAC-TAACTGACACCCAGTTAACCTA-----ACCAC------TATTTCCTGGGAT-C-TTGGG--A--G--GTTAAACAGTATTTGAGTA-AACCC-A--T---CTCCACAAATAGTTGATAACTTTCC--
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      CAATGTTGTATATCAGTCATCACAGAGAATGTGG-CTTGGCCGGG-ATTCCAACTCATGACCCA-GGATTGGAAGTCAGACGCATTGGTGACCGAGCTAACTGGGCTCG--------GCTTCAACCATAAAT--GAGTTGCAAATAC------ATA--TAAT-----TAAATA---CTTATTGTTTATGTAG-----TATGTTTATTTACATACTACTCTGTGGTGAAAACGAGAAAttcaatgttgtatatcagtcatcacagagaatgtggcttggccgggattccaactcatgacccaggattggaagtcagacgcattggtgaccgagctaactgggctcggcttcaaccataaatgagttgcaaatacatataattaaatacttattgtttatgtagtatgtttatttacatactactctgtggtgaaaacgagaaa
gi|3                          : taaagtaatgctcaattataaatgtttgtttgaatatttaccatcatctttatgccaccacggactaactgacacccagttaacctaaccactatttcctgggatcttgggaggttaaacagtatttgagtaaacccatctccacaaatagttgataactttccttTGATTGATTTAT--T-AATTGATTGATTACTTGAATATTTAACGTCATTTTGTATGCCATCGAGAAC-ATATAGACGATCAATTAAATTA-----ACCAC------GGTTTCCTAGGAT-CAT---GTTA--G--GTTAACCAGTACTCTATTACTACCC-A--TATACTCCGCAAAAAACTAATAACTTTCC--CAT---TTTAATC-AA-CGGTGAAAGACG-----------------ATGTTGTATTTCAGTCATCACTGAGACTGTTG-CCAGGC-GGGGATTCGAACTCACGACCCGTGGATTGATAGTCAGACGCTCTACAGACT----T-ATCGGGCCCGGCCCTTTTGC-------ATAAAGCCCAGCTGAAAATGC------AT
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gi|13                         :                                                                                                                                                                                       tgtgtcttgggtttcacaccTATTAAGAGTCATTTT--ATGCCATTGAAGGC-TTACAGACAATT-GATAATTTA-----A
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                             AACTGATGGTCAGGTAATGTATTGTGACCAC------TCTTTCCTGGGAT-C-
gi|15                         :                                                                                                                                                                                         cTTGTTTATTT----GAATATTTAGCATAA--TT-TATGCAATCAAGAGCATTGCAGACctggaa
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gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 ttgagcactTGGATTGATAGTCAGATGCCTAACCGACTAAGCTAATCGGG
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gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          CAATGTTGTATATCAGTCATCACAGAGAATGTGG-CTTGGCCGGG-ATTCCAACTCATGACCCA-GGATTGGAAGTCAGACGCATTGGTGACCGAGCTAACTGGGCTCG--------GCTTCAACCATAAAT--GAGTTGCAAATAC------ATAT--AATT-----AAATA---CTTATTGTTTATGTAG-----TATGTTTATTTACATACTACTCTGTGGTGAAAACGAGAAAtggcttggccgggattccaactcatgacccaggattggaagtcagacgcattggtgaccgagctaactgggctcggcttcaaccataaatgagttgcaaatacatataattaaatacttattgtttatgtagtatgtttatttacatactactctgtggtgaaaacgagaaa
gi|3                          : taaagtaatgctcaattataaatgtttgtttgaatatttaccatcatctttatgccaccacggactaactgacacccagttaacctaaccactatttcctgggatcttgggaggttaaacagtatttgagtaaacccatctccacaaatagttgataactttccttTGATTGATTGATTTATTAATTGATTGATTACTTGAATATTTAACGTCATTTTGTATGCCATCGAGAAC-ATATAGACGATCAATTAAATTA-----ACCAC------GGTTTCCTAGGAT-CAT---GTTA--G--GTTAACCAGTACTCTATTACTACCC-A--TATACTCCGCAAAAAACTAATAACTTTCC--CAT----TTT-A-ATC-AA-CGGTGAAAGACG-----------------ATGTTGTATTTCAGTCATCACTGAGACTGTTG-CCAGGC-GGGGATTCGAACTCACGACCCGTGGATTGATAGTCAGACGCTCTACAGACT----T-ATCGGGCCCGGCCCTTTTGC-------ATAAAGCCCAGCTGAAAATGC------AT
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5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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consensus                     :                                                                                                                                                NNNNNNNNNNNNNNNNNNTAAAGTAATTGATCGATT-ATCGATTGATTGATT----GAATATTTAGCGTCATTTT-TATGCCATCGAGGGC-TAACAGACGATCAGTTAACCTA-----ACCAC------TGTTTCCTGGGAT-C-T---G--A--G--GTTAACCAGTACTCGAGCACACCCC-A--T---CTCCGCAAGTAACTGATAACTTTCC--CAC----TTG-A-ATC-AG-TGGTGAGAGACGAATGATAATGAGACACAATGTCGTATATCAGTCATCACGGAGACTGTTG-CCGGGCGGGGGATTCGAACTCACGACCCCTGGATTGATAGTCAGACGCGTNACCGACTGAGCTAATCGGGCCCG--------GC-------ATAAAG--NAGTTG-AAATAC------ATGTTTAATTTATGTAAANAAGTCNTGTTGTNNATNTAGCTACCTATGTTTATTTACACANTACTNTGTGGTGAAAACGAGAAA
Reference ( family-4680 )     :                                                                                                                                                NNNNNNNNNNNNNNNNNNTAAAGTAATTGATCGATT-ATCGATTGATTGATT----GAATATTTAGCGTCATTTT-TATGCCATCGAGGGC-TAACAGACGATCAGTTAACCTA-----ACCAC------TGTTTCCTGGGAT-C-T---G--A--G--GTTAACCAGTACTCGAGCACACCCC-A--T---CTCCGCAAGTAACTGATAACTTTCC--CAC----TTG-A-ATC-AG-TGGTGAGAGACGAATGATAATGAGACACAATGTCGTATATCAGTCATCACGGAGACTGTTG-CCGGGCGGGGGATTCGAACTCACGACCCCTGGATTGATAGTCAGACGCGTNACCGACTGAGCTAATCGGGCCCG--------GC-------ATAAAG--NAGTTG-AAATAC------ATGTTTAATTTATGTAAANAAGTCNTGTTGTNNATNTAGCTACCTATGTTTATTTACACANTACTNTGTGGTGAAAACGAGAAA
gi|1                          :                                                                                                                                                                  TAAAGTAGTTGATTGATTGATCGATTGATTGATT----GAATATTTAGTGTCATTTT-TATGCCATTGAGGGC-TAACAGACGATCGGTTAACCTA-----ACCAC------TGTTTCCTGGG-----T-------------TTAACCAGTACTCAAGCACACCCC-A--T---CTTCGCAAGTAACTGATAACTTTCC--CAC----TTG-A-ATC-AG-TGGTGAGAGGCGAATGATAATGAGACACAATGTCATATATCAATCATCACGGAGACTGTTGCCCAGGCGGGGGATTCGAACTCACGACCCCTGGATTGATAGTCAAACGCGTGACTGACTGAGATAATAGAGCCCA--------GC-------ATAAAG--TAGTTG--AATACCGACCTATGTTTAATTTATGTAAAAAAGTCGTGTTGTAAATTTAACTACCTATATTTATTT---CAGTACTGTGTG--GAAAATGAAAAA
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                            aacatgattttttaattgAGTACACGCT-AATT---ATATGCATGGAACTGATTACTTTCCCTCACGGG-TTA-A-ATCTAGTTGGT---AGGCCAATGAC--TGAGATACAATTTCG
gi|13                         :                                                                                                                                                                                       tgtgtcttgggtttcacaccTATTAAGAGTCATTTT--ATGCCATTGAAGGC-TTACAGACAATT-GATAATTTA-----A
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                             AACTGATGGTCAGGTAATGTATTGTGACCAC------TCTTTCCTGGGAT-C-
gi|15                         :                                                                                                                                                                                         cTTGTTTATTT----GAATATTTAGCATAA--TT-TATGCAATCAAGAGCATTGCAGACctggaa
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 CACAAACCCTGGATTGAAAGTAAGATGCGTTACTGACTGAGC
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                   GTCATTTT--ATGCCATTGACGGC-T-ATAAACAATCAGTTAAaagcagag
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 ttgagcactTGGATTGATAGTCAGATGCCTAACCGACTAAGCTAATCGGG
gi|2                          :                                                                                                                                                                  TAAAGTAAT-GCTCAATT-ATAAAT-GTTTGTTT----GAATATTTACCATCATCTT-TATGCCACCACGGAC-TAACTGACACCCAGTTAACCTA-----ACCAC------TATTTCCTGGGAT-C-TTGGG--A--G--GTTAAACAGTATTTGAGTA-AACCC-A--T---CTCCACAAATAGTTGATAACTTTCC--TTCAATGTTGTATATC-AG-TCATCACAGA-GAATG
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          CAATGTTGTATATCAGTCATCACAGAGAATGTGG-CTTGGCCGGG-ATTCCAACTCATGACCCA-GGATTGGAAGTCAGACGCATTGGTGACCGAGCTAACTGGGCTCG--------GCTTCAACCATAAAT--GAGTTGCAAATAC------ATAT--AATT-----AAATA---CTTATTGTTTATGTAG-----TATGTTTATTTACATACTACTCTGTGGTGAAAACGAGAAAtggcttggccgggattccaactcatgacccaggattggaagtcagacgcattggtgaccgagctaactgggctcggcttcaaccataaatgagttgcaaatacatataattaaatacttattgtttatgtagtatgtttatttacatactactctgtggtgaaaacgagaaa
gi|3                          : taaagtaatgctcaattataaatgtttgtttgaatatttaccatcatctttatgccaccacggactaactgacacccagttaacctaaccactatttcctgggatcttgggaggttaaacagtatttgagtaaacccatctccacaaatagttgataactttccttTGATTGATTGATTTATTAATTGATTGATTACTTGAATATTTAACGTCATTTTGTATGCCATCGAGAAC-ATATAGACGATCAATTAAATTA-----ACCAC------GGTTTCCTAGGAT-CAT---GTTA--G--GTTAACCAGTACTCTATTACTACCC-A--TATACTCCGCAAAAAACTAATAACTTTCC--CAT----TTT-A-ATC-AA-CGGTGAAAGACG-----------------ATGTTGTATTTCAGTCATCACTGAGACTGTTG-CCAGGC-GGGGATTCGAACTCACGACCCGTGGATTGATAGTCAGACGCTCTACAGACT----T-ATCGGGCCCGGCCCTTTTGC-------ATAAAGCCCAGCTGAAAATGC------AT
gi|4                          :                                                                                                                                                                          gtgcttttggcatattTTGATTGATT----GAATATTTAGCGTCATTTT-TATGCAATCGAGGGC-TTACAGACGATCAGTTAACCTT-----ACCACAGTGACTGTTTCCTGGGAT------------------TAACCAATACTCAAGCACACCCC-A--T---CTCCACAAGTAACTGATAATTTTCC--CAC----TTG-A-ATC-AG-TGGTGAGAGACTAATGATAATGAGACACAATGTCGTATATCAATCATCACGGAGACTGTTG-CTGGGCGGGGGATTTGAACT------CCCTGGATTGATAGTCAGACGTGTAACCGACTGAGCTATTCGGGCCCG--------G
gi|5                          :                                                                                                                                                                                               TGATT----GAATATTGAGCGTCATTTT-TATGCCATTGAGGGC-TAACAGACGATCAGTTAACCTA-----ACCAC------TGTTTCCTGGGAT------------------TAACAAATACTCGAGCACACCCC-T--A---CTCCACAAGTAACTGATAACTTTCC--CAC----TTG-A-ATC-AG-TGGTGAAAGACAAATGATAATAAGAGTGAATGTTGTATATCAATCATCATGGAGACTGTTG-CTTGGCAGGGGATTCGAACT-GCGACCCCTGGATTGATAGTCAGACGGGTAACCAACTGAGCTAATCGGGCCttcgttgttgtgaaaataggatgataatgccttgatttaagaatgaatgttttagaataa
gi|6                          :                                                                                                                                                                                             ATTGATT----GAATATTTAGTGTCATTTA-TATGCCATCAAGAGC-TAGCAAACTATCCTTTAACCTA-----AGCAC------TGTTTCCTGGGAT-CCT---G--A--AACGTTAACAAATACTCGAGCACACCCCCA--T---CTCTGCAAGTAACTGATAACTTTCC--CAC----TTG-A-ATA-AG-TGGTTAGAGACAAATGATAATGAGACACAATGTCAT-TATTAATCACCACGGAGACTGTTG-CGGGAC-AGGGATTCAAACTCAAGAACCCTGGAATGATAGTCAGACGTGAAACTGACTGAGCTAATAAGGCCCG--------Gaacctacattgggaaaatagaagtgcgtaccttga
gi|7                          :                                                                                                                                                                                         ATTGATTGATT----GAATATTTAGCATCATTTT-TATGCCATCGAGGGC-TAACAGACAATCA----ACCTA-----ACTAC------TGTTTCCTGGGGT-CCT---G--AAAG--GTTAACCAGTACTTGAGCACTACCC-A--T---CTCCACAAGTAACTAATAACTTCCC--CAC----TTG-A-ATC-AG-TGGTGAGAGACGAATAATAATGAGCCACAATGTCGCATCCTACTCATCACAGAGACTGTTG-CCGGGCGGGGTTTTCGAACTCACGAC
gi|8                          :                                                                                                                                                                                 ATT-ATTGATTGATTGATT----AATTTTCTAACGTCATTTT-TATGTCATCGAGGGC-TAACAGACGATCA--------A-----ACAAC------TGTTTCCTGGGAT-CCT---G--AAAG--GTTAACCGGTACTCGAACACATTCC-A--T---CTCCGCAAATAACTGACAAATTTTC--CAA----TTA-A-ATC-AG-CGGTGAGAGACGAATGATAATGAGACACGATATCGTATATCAGTCATCACGGAGACTGTTG-CCAGGCG
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                   tttgataaatTTAAGCGTTATTT---ATGCCGTCGAGGAC-TAACTGACGACCAGGTCACATA-----ACCAC------TCTTTCCTTGGATCC-T---GGAA--G--ATTAACCAGTATTCAAGCACA-CCT-A--T---CGCCACAAGTAACTGATTACTTTCC--CAC----TTG-A-Atg


blockSeqs                     :                                                                                                                                                                           T        T  A            ACTT                   GT              A T           GA       TTGTG     AGTGAC             CTTGGGAGG                            C   C AT ATA                         CT   AATG   T T   T  T    C                                     G                  .  T   C             C                             T  T                    GCCCTTTTGC             CCC     CA     .         .     .       T .   T      TT  G   .               ACA  C    C    GT
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                           .        .  T            .                      T               . A           GG       .         .                  CATGTTAGG                            A   . .  .                           .    GGG    . .   .  .    G                                     G                  .  A   G             C                             A  C                    GCTTCAACC              G       AA     .                                                                             
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                    .  T            .                      T               . T           GT       .         .                  CCTGAAACG                            A   . .  .                           .    .      . .   .  .    G                                     A                  .  G   A             C                             T  T                                                                                                                                        
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blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                    .                      T               . T           AT       .         .                  CCTGAAAGG                            C   . .  .                           .    .      . .   .  .    T                                     A                  .  G   G             C                             A  C                                                                                                                                        
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5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Reference ( family-4680 )     :                                                                                                                                                NNNNNNNNNNNNNNNNNNTAAAGTAATTGATCGATT-ATCGATTGATTGATT----GAATATTTAGCGTCATTTT-TATGCCATCGAGGGC-TAACAGACGATCAGTTAACCTA-----ACCAC------TGTTTCCTGGGATCCTGAAAGGTTAACCAGTACTCGAGCACA-CCCCA--T---CTCCGCAAGTAACTGATAACTTTCC--CAC----TTG-A-ATC-AG-TGGTGAGAGACGAATGATAATGAGACACAATGTCGTATATCAGTCATCACGGAGACTGTTG-CCGGGCGGGGGATTCGAACTCACGACCCCTGGATTGATAGTCAGACGCGTNACCGACTGAGCTAATCGGGCCCG--------GC-------ATAAAG--NAGTTG-AAATAC------ATGTTTAATTTATGTAAANAAGTCNTGTTGTNNATNTAGCTACCTATGTTTATTTACACANTACTNTGTGGTGAAAACGAGAAA
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gi|13                         :                                                                                                                                                                                       tgtgtcttgggtttcacaccTATTAAGAGTCATTTT--ATGCCATTGAAGGC-TTACAGACAATT-GATAATTTA-----A
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                             AACTGATGGTCAGGTAATGTATTGTGACCAC------TCTTTCCTGGGATCCTGGAA
gi|15                         :                                                                                                                                                                                         cTTGTTTATTT----GAATATTTAGCATAA--TT-TATGCAATCAAGAGCATTGCAGAC
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         CACAAACCCTGGATTGAAAGTAAGATGCGTTACTGACTGAGC
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                         TGAAATCTTGAAACATTACCCAGTACTAGAGCACT-ACCAG--T---CTCTACAAaagcagag
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                   GTCATTTT--ATGCCATTGACGGC-T-ATAAACAATCAGTTAA
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         ttgagcactTGGATTGATAGTCAGATGCCTAACCGACTAAGCTAATCGGG
gi|2                          :                                                                                                                                                                  TAAAGTAAT-GCTCAATT-ATAAAT-GTTTGTTT----GAATATTTACCATCATCTT-TATGCCACCACGGAC-TAACTGACACCCAGTTAACCTA-----ACCAC------TATTTCCTGGGATCTTGGGAGGTTAAACAGTATTTGAGTA-A-ACCCA--T---CTCCACAAATAGTTGATAACTTTCC--TTCAATGTTGTATATC-AG-TCATCACAGA-GAATG
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  CAATGTTGTATATCAGTCATCACAGAGAATGTGG-CTTGGCCGGG-ATTCCAACTCATGACCCA-GGATTGGAAGTCAGACGCATTGGTGACCGAGCTAACTGGGCTCG--------GCTTCAACCATAAAT--GAGTTGCAAATAC------ATAT--AATT-----AAATA---CTTATTGTTTATGTAG-----TATGTTTATTTACATACTACTCTGTGGTGAAAACGAGAAAtggcttggccgggattccaactcatgacccaggattggaagtcagacgcattggtgaccgagctaactgggctcggcttcaaccataaatgagttgcaaatacatataattaaatacttattgtttatgtagtatgtttatttacatactactctgtggtgaaaacgagaaa
gi|3                          : taaagtaatgctcaattataaatgtttgtttgaatatttaccatcatctttatgccaccacggactaactgacacccagttaacctaaccactatttcctgggatcttgggaggttaaacagtatttgagtaaacccatctccacaaatagttgataactttccttTGATTGATTGATTTATTAATTGATTGATTACTTGAATATTTAACGTCATTTTGTATGCCATCGAGAAC-ATATAGACGATCAATTAAATTA-----ACCAC------GGTTTCCTAGGATCATGTTAGGTTAACCAGTACTCTATTACT-ACCCA--TATACTCCGCAAAAAACTAATAACTTTCC--CAT----TTT-A-ATC-AA-CGGTGAAAGACG-----------------ATGTTGTATTTCAGTCATCACTGAGACTGTTG-CCAGGC-GGGGATTCGAACTCACGACCCGTGGATTGATAGTCAGACGCTCTACAGACT----T-ATCGGGCCCGGCCCTTTTGC-------ATAAAGCCCAGCTGAAAATGC------AT
gi|4                          :                                                                                                                                                                          gtgcttttggcatattTTGATTGATT----GAATATTTAGCGTCATTTT-TATGCAATCGAGGGC-TTACAGACGATCAGTTAACCTT-----ACCACAGTGACTGTTTCCTGGGAT----------TAACCAATACTCAAGCACA-CCCCA--T---CTCCACAAGTAACTGATAATTTTCC--CAC----TTG-A-ATC-AG-TGGTGAGAGACTAATGATAATGAGACACAATGTCGTATATCAATCATCACGGAGACTGTTG-CTGGGCGGGGGATTTGAACT------CCCTGGATTGATAGTCAGACGTGTAACCGACTGAGCTATTCGGGCCCG--------G
gi|5                          :                                                                                                                                                                                               TGATT----GAATATTGAGCGTCATTTT-TATGCCATTGAGGGC-TAACAGACGATCAGTTAACCTA-----ACCAC------TGTTTCCTGGGAT----------TAACAAATACTCGAGCACA-CCCCT--A---CTCCACAAGTAACTGATAACTTTCC--CAC----TTG-A-ATC-AG-TGGTGAAAGACAAATGATAATAAGAGTGAATGTTGTATATCAATCATCATGGAGACTGTTG-CTTGGCAGGGGATTCGAACT-GCGACCCCTGGATTGATAGTCAGACGGGTAACCAACTGAGCTAATCGGGCCttcgttgttgtgaaaataggatgataatgccttgatttaagaatgaatgttttagaataa
gi|6                          :                                                                                                                                                                                             ATTGATT----GAATATTTAGTGTCATTTA-TATGCCATCAAGAGC-TAGCAAACTATCCTTTAACCTA-----AGCAC------TGTTTCCTGGGATCCTGAAACGTTAACAAATACTCGAGCACACCCCCA--T---CTCTGCAAGTAACTGATAACTTTCC--CAC----TTG-A-ATA-AG-TGGTTAGAGACAAATGATAATGAGACACAATGTCAT-TATTAATCACCACGGAGACTGTTG-CGGGAC-AGGGATTCAAACTCAAGAACCCTGGAATGATAGTCAGACGTGAAACTGACTGAGCTAATAAGGCCCG--------Gaacctacattgggaaaatagaagtgcgtaccttga
gi|7                          :                                                                                                                                                                                         ATTGATTGATT----GAATATTTAGCATCATTTT-TATGCCATCGAGGGC-TAACAGACAATC----AACCTA-----ACTAC------TGTTTCCTGGGGTCCTGAAAGGTTAACCAGTACTTGAGCACT-ACCCA--T---CTCCACAAGTAACTAATAACTTCCC--CAC----TTG-A-ATC-AG-TGGTGAGAGACGAATAATAATGAGCCACAATGTCGCATCCTACTCATCACAGAGACTGTTG-CCGGGCGGGGTTTTCGAACTCACGAC
gi|8                          :                                                                                                                                                                                 ATT-ATTGATTGATTGATT----AATTTTCTAACGTCATTTT-TATGTCATCGAGGGC-TAACAGACGATCA--------A-----ACAAC------TGTTTCCTGGGATCCTGAAAGGTTAACCGGTACTCGAACACA-TTCCA--T---CTCCGCAAATAACTGACAAATTTTC--CAA----TTA-A-ATC-AG-CGGTGAGAGACGAATGATAATGAGACACGATATCGTATATCAGTCATCACGGAGACTGTTG-CCAGGCG
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                   tttgataaatTTAAGCGTTATTT---ATGCCGTCGAGGAC-TAACTGACGACCAGGTCACATA-----ACCAC------TCTTTCCTTGGATCCTGGAAGATTAACCAGTATTCAAGCACA--CCTA--T---CGCCACAAGTAACTGATTACTTTCC--CAC----TTG-A-Atg
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): TGTTGCATATCAACCATCACTGAGACAGTAGCTGGACATTGATTTGAAATCGCGATAGTCAGACAGAC
Unaligned ( gi|12 ): TTGTTTAGCATCATTATTAGGCCATCAAGCACTAACAAACAATCGATTAACCGAA
Unaligned ( gi|20 ): TGGAAGATTAACAAGTACTTGAGCATACCTATCTCTACAAG
Unaligned ( gi|21 ): AAACACTATTTTCTTACCTTGCGTTGTTGTGA