lowQualScore : 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 11111111111111111111
lowQualScore : 1 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 22222222222 1111 111111111111 1111 1111111111 11111111 222222222 44444444444444444444 33 66666666666666666666 1 11 6666
lowQualScore : 5 6 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 3 888888 3 00000000000 33 2 4444 3 22 2 9 444 000000000000 8888 2 5555 1111111111 66666 88888888 4 5 444444444 88888888888888888888 44 6 6 77777777777777777777 7 22 3333 6
lowQualScore : . . .................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... . ...... . ........... .. . .... . .. . . ... ............ .... . .... .......... ..... ........ . . ......... .................... .. . . .................... . .. .... .
lowQualScore : 0 7 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 3 999999 1 88888888888 99 9 5555 2 77 7 9 777 111111111111 6666 7 7777 7777777777 77777 33333333 0 1 222222222 00000000000000000000 00 0 0 00000000000000000000 0 00 0000 0
consensus : GAATTTTTNAT-------TT--ACA--AA---TAGTGAA-ATAGAATTTAT------TCAANT-GTT-TTTTCCGTTACTGA--A---AA-------N-T--------A-A--------TTAT-TCGCGAATGGG-G----TGTCAC-----AAATGACGTCAGT-ATGTCA--CGGGGCACT-CTTTCC---ATT----CCCGAATA-N--T--AGG-AACTT---AATT---TTT-CAGTAA-CG---GAAAAC---A--A---C--AGTTGAA-TAA---A---C------TA---TTTA-TT----ACATTT--CGTAN-A-TT---AAAACTGACAT--TTAATTTTT-ATCG-A---ATTAC-CA-CT-T-TCCAACGCTCAAATA--------T--ACA-C----ATAA----T--CA-TT---CTN-CN-CAAT-TCATA-CT--TGT------CTATATAATGACGT--C-A------GTNT--T--A-----T-G-AC---AT-TA---A--CGANAT--------------CGGTAT-GCTCGGGCGC-GGATCCAG-------GANA-TATACAG------TG-A----AT----------TAA-A-CTC---G------TACCA--GT-AGTT---AAA-A----------TATTT--CGT-AAAAGTC-GGTGAATT-CTTTATTCAA---GA---T--------AT---CT-AG----GT----------AATTC-----ATCG-T-T-A--G-AATGTAATTAATGGT-ATTACATGTAATACGCAGTGTNGAGNNATAGTTTCCAATTAGTTCAAGTAATACTATAATTAATATTACTGATCATATCACGTTATAATAAAACAA
Reference ( gi|1 ) : GACTTTTTCAT-----AGTT--ACA--AA---TAGTGAA-ATAGAATTTAG------GCAAAA-GTCTTTTTCCGTTACTGA--A---AA-------C-T--------A-A--------TTAT-TCGTGAATGGG-G----TTTCAC-----AAATGACGTCGGTGATGTCA--TAGGGCACT-CTTTCC---ATT----CCTGAATA-C--T--AGT-AACTTG--AATT---TTT-CAGTAA-TG---AAAAGC---A--A---C--TGTTGAA-TAA---A---C------TA---TTTA-TT----ACATTT--TATAT-A-TT---AAAACTGACAT--TTAATTTTT-ATCA-A---ATTAC-CA-TT-T-TCCAATGCTCAAATA-TG-----T--ACA-C----ATAA----T--CA-TT---CCC-CT-TAGT-TCACA-CT--TGT------CTATATAATGACAT--C-A------ATAT--C--A-----T-G-AC---AT-CA---A--CAAAAT--------------CAGTGT-GCTCAGGTGT-GAATCCAG-------GATA-TATACAGT-----TGTA----AT----------TTA-A-CTCTGTG------TACCG--GT-AGTT---AAA-A----------CATTT--TGT-AAAAGTC-GATGAACT-CTTAATTCAA---GA---T--------AT---AT-AG----GT----------AATTC-----ATCA-C-T-A--G-AGTGTAATTAATGGT-ATTACATGTAATATACAATGTAGAACTATAGTGACCAAAAAGTTTAAATTGT----TAA--AATGT---TGATCATTTCATATTTT--TAAAACGA
gi|2 : GAATCTTTCATGTTTTAGTTTAACATTAA---TA-TGTATACAGCATATAT------TCAAAT-GTTGCTTCCTGATACTGATTAT--AA-------T-TGGCA----A-G--------TTGT-TCACGACTGGGTG----TT--AG-----AAGTGATGTCAGT-----CA--CAGGGGATG-ATGAAC---ATTGAATCCTGAATA-G--TGGGGT-AGTC-----ATT---T------TAA-TG---GGAAAC---A--A---T--ATTTTAA-TAC---A---C------TA---TTTA-TA----ACATT-----TAT-T-GT---AAAACTGGCAT--TTGATTTTT-ACCA-A---AATAC-CA-CT-T-TCCAACACTTAAGT---------T--A--------ATAA----T-----TT---TCA-CTATAAT-TCATA-TTA-TTT------CTGTATAATGTCAT--C-A------GT-T--T--A-----T-ATAT---ATGTA---A--TGACGC--------------CGGTAT-GCTCA--TTT-G----CAC-------AAC--TAGACAGT-----TA-A----ATGGCAGAAAAATTA-A-CTC------------CAA--GT-AGTTATAAAA-A----------TACTT--TAT-AAAAATT-G-TAAATT-CTTTATTCAA---GA---C--------AG---CT-GG----AT----------AATTC-----AT
gi|10 : TTTTGAT-------TT--ACA--AAATGTAAT-AA-ATAG--TTTAT------TCAAAT-GT---TTTCCATTACTCA--T---G--------T-T--------A-A--------TT-----GGGAATTGG-A----AGTCACTGGTGAAAT-ACGTCATT--TGTGA--CA---CACT-ATTGGC---A----------AATAAC--T--ACG-AATTT-----TT---TTT-TCGTAA-CG---CAATAC---A--A---C--TGTTGAT-TAA---A---T------TA---GTTA-Ttgttaac
gi|14 : TTTTAAT-------TT--ACA--AA---CTGTAAT-ATACAGTTTATTATACTGCAG-------TTTTCTGTTACTGA--A---AA-------A-T--------A-ATTCCATCCTTGT-TTGTGGATGGG-AAGACTCTCTC-------TTGAC-----TGATGTCA--T--GACACctgactctttccaacgctcaaa
gi|8 : aaaaataactagctaatgtgAG-ATAGAATTTAT------TCAATTTGT-TTTTTCCAGTACTGA-----------------T--------ACA--------TTAT-TTGTAAATAG------------C-----AAAGGA-ATAAGT-AT-TCA------GTAATGCTTT-----ATT----ATT---TA-T--T--A---AACTAC--AATTA--TTT-C--TAA-TT-------GTTTTA--A---C--AGTTGAA-ACA---A---C------TA---TTTA-TT----GCATTTCGTATCT-A-TT---AAAATTGACAT--TTGCTTATT-GTTG-A---ATTAT-CA-CT-T-TCCAACGTTCAccaacactgaaataccatttttaatgctaaaat
gi|10 : AATTTAA------TCAACA-GTTGTATTGCGTTAC-GA--A---AAAAAAATTCGT--------A-G--------TTAT-TTGCCAATAGT-G----TGTCAC-----AAATGACGT-----ATTTCAC-CAGTG-AC----TTCCA--ATT----CCC-AAT----------T-AACATG--------------AGTAA-TG---GAAAAC---A---------T-TTGAA-TAA---A---C------TA---TTTA-TT----ACATTT--TGTAA-A-TC---AAAACTGAC
gi|21 : ataactTTTTTCCGTTACTGA--A---AA-------A-T--------A-A--------TTCTGTCGTtctttccaacgctcaaa
gi|31 : attccagaataTTTTCCGTTACTGA--A---AA-------A-T--------A-A--------acacagttcaatcaaatctatttttcatatattgaaattgacacttaatttttatctaattacaaattatccaacgttccaata
gi|13 : TTTCCGTTACTAA--AAGTAA-------T-T--------A-AG-------TTAT-TCAGAAATGGcatttattatattaacacaaattaaaaccgattctgaaataccacttttcaacactaaaataatac
gi|11 : ttttttTTACGGTGCTGA--A---AA-------C-TGATTTACGA-A--------TTAT-TCACGAATGGA-G----T--------------GACATCAG--ATA-CA--AATGGT--T-CATTCC---ATT----CGCAAATA-A--C--GAT-A---TGATAATG---T----AGTCA-CG---GAAATC---A--A---C--AGTTAAA-------------------A---TGTC-TT----ACA------A-------T---GAAACGGACAT--TTATTTTTTAATCG-A---TTTAC-CG-CT-T-GCCAACGTCCAAAtccacatttgaattaactgtttattacataccggtatatttatcgaattataccttccctggagcttaaccattctgcaccattcattcttgtctatataacaacatctatttatatccatgataaca
gi|14 : tgA--A---AA-------A-T--------A-A--------CTA----GCTAATGTG-G----TGTCA---------TGACATCAGTCA----A--GAGAG-AGT-CTTCCC---ATC----CACAAACA-------AGG-A--TGG--AATTATTTTT-CAGTAA-CA---GAAAAC---T--G---C--AGTATAA-TAA---A---C------TG---TATA-TT----ACAGTT--TGTAA-A-TT---AAAACCAACAC--T------------G-A---AATAC-CA-TT-T-T-TAATGCTAAAAT
gi|4 : --------A-G--------TTAT-TCGTGAATGAG-G----TGTCAC-----AA--GA-------GA----------GACACT--TCCTC---ATT----CCTGAAT-----------------------------------AA-TG---ACAGAC---A--A--------TTGAA-GAT---A---T------TA---TACA-TTTTGCATATAT--TTTAT-A-TT---AAAACTGACAT--TTAATTTTT-ATAG-A---ATTG-----------CCAACGCACAAATA--------C--AGA-C----TTGA----C--TA-TT---CTC-AA-CAAT-TTAAA-TG--TGT------CGATAAAATGACAT--T-AGTCTACATAC--TAAA-----T-G-ACTTTGT-TG---ATGCATAATGATGCTGTTGACATCGGTAT-GCTTGGGCAT-GGACCCAG-------AAAA-TAC-TAG------TGAA----AT----------TAA-A-C------------TACAA--GT-ATTT---AAA-ATACATGACAGTATTT--CAT-AAAAGT--GAT---TT-TTTTATTTAA---GA---T--------AT---CTAAG----GT----------AATTC-----A
gi|23 : ttgtgTAT-TTGTGAATGGA---------CAC-----TGG-GAC-----TGAAGTTAACTGTGACACC-CT-------ATT----CGTGAATAAC--T--------CCTG--AATTAT-TTTACAGCAACTG---AAAA-C---A--A---C--AGTTGAA-TAA---T---C------------TTAGTT----ACATatgttag
gi|5 : acttatacGTCA--TGGGTAACT-TTCTC--------------AAATA-A--TG-AGG-GATTT----ATT---TCT-CTGTAA-CA---GAAAAC---A--A---C--ATCTGAA-TAA---G---T------TA---TTT-------------------------------AA-----AT--TAAATTGTT--TCA-A---AT-AC-CA-CAAT-TACAGGATTTAACCACTT-----T--TCA-C----A-AA----T--TA-TT---CC------AGT-----A-TG--TGT-------TCTATAAAGACAT--C-T------GTA---C--AGATGCT-G-AT---AC-TGGTGA--CAAGG---------------AAG----GCTCAGGTGC-AGATCCAG-------GAGG-TAGATA----------A----ATG---------CCA-A-------G------TA--G--GT-A------AAA-A----------TATTT--TGT-AAAAGT-----GAATT-CTTTATTAAA---GA---C--------AT---CT-AG----GT----------AATCC-----ATCA---T-AAGG-AATGTAAT
gi|17 : atcaACT-CTTCTC---AT-----CCTGAATA-A--T--GAG-AATT-----ATT---TTT-CAAGAA-TGGAAAAAAAA---A--A---C--TGCTGAA-TAATTCA---C------TG---TTCA-TT----ACATTT--CTTTT-A-TT---AAAACTAAC-T------TTTTC-AT--------TTAC-CA-TT-T-TCCAAAGC
gi|3 : atgtagtcaacaaaatcaatcgtgagcgCT-CATTCCCTCATT----CCCGAACAGC--G--AGGGAACT-----ATT---TTT-CAACAA-CA---GAAAAC---A--A---TAGTATT--A-TAA---A---C------TT---TTCA-TT----TCATTT--CGTAT-A-TA---AAAACTCACAT--TT--TTT----CCG-A---ATTAG-CA-CT-T-TCCA--GCT--------------T--TCAGC----ATCA----T--CA--------A-CT-AAGT-TCATA-CG--TGT------CTAAATAATGGCGTAAG-A------ATTT--T--A-----T-A-A--------A---A--CGA-----------------CATTG--ACTCGGGTGCGGGATCCA--------------ATAC--------------------------------------------------CG--GTCAAAT---AAA-A----------C---T--CGC-AAAAG-----TGAATT-CCTTATTCAATTTGAAGTT--------GT---CT-TT----GT----------AATTT-----ATTT-T-T-A-------GTAAT-----GT-AATACATTAAATAT---ATGTTAAAAAAT-GTTTCCAATTAGTTCAAGTAATACTATAATTAATATTACTGATCATATCACGTTATAATAAAACA
gi|13 : cgtT-TTTTCC---ATT----TCTGAATA------------ACTT---AATTAC-TTT-TAGTAA-CG---GAAATC---C--A---C--ATTTGAA-TTA---A---C------TG---TTTA-TT----ACAT--------------------ACCGGTA----TA---TTT-ATCG-A---ATTA--TA-CC-T-TCC----CTGGA----------------G-C----TTAA----C--CA-TT---CTG-CA-CCAT-TCATT-CT--TGT------CTATATAACAACAT--CTATTT---ATATC-C--A-----T-G-AT---AA-CA---a
gi|21 : t---ATT----CCAGAATAACGAC--AG--AATT-----ATT---TTT-CAGTAA-CGGA-AAAAAC---A------C--AGTTCAA-TCA---A-----------A---TCTA-TT-------TTT--CATAT-A-TT---GAAATTGACAC--TTAATTTTT-ATCT-A---ATTACAAA-TT-A-TCCAACGTTCCAATA-
gi|27 : T---TTT-CAATCA-CG---GAAAAC---A--A---C--ATTTGAA-TAA---A---CATCTAATA---TTTA-GT----ACATTT--AGCAA-A-TT---TAAACTGACAC--TGAA------A--A-A---A-----CA-CT-T-TTCAACGCTGAA
gi|46 : cT---TTT-CAGTAA-TGG--AAAAAC---C--A---C--AGTTGAA-TTC---A---C------TT---TTTA-TT----ATA
gi|18 : ttctcaaataacgactcaattaAGTAA-TA---AAAGAC---A--A---C--AGTTGAA-TAA---A---C-------A---T----TC----ACA------AGAT-A------AAA--TGGCAT--TTAAATTTT-ATCG-A---AATGT-CA-CC-T-TTTAATACCCCAATA--------C--ATA-C----TTAA----C--CA-TT---TTC-C--GAATATCATT-TT--TGT------CTATACAATGGTGT--C-A------GTCT-----A-----T-GCAC---AT-
gi|12 : TAA-TG---GAAAAC---A--ATAGC--TACTGAAACAA---AGTAC------TAAAATTCA-TT----ACAATT--TATAT-A-TC---AAAACTAAAAT--TT-ATTTTT-ATAG-A---ATAAC-CA-CT-T-TCCAACATTCAAAAA--------C--ACA-G----ATAA----TTCCGTTT---CTC-CA-CAAT-TCACA-TG--TGT------CTATAAAATAACGT--C-A------GTaa
gi|45 : actatccaAA-GG---AAGAAC---ATGA---C--CACTGAA-TAA---A---T------TA---TGTA-TA----ACATTT--TATATAA-TT---TAAACTGACAT--TTAAttata
gi|7 : gtgatg---AAAAAC---A--A---C--AGTTGAG-AAA---A---C------TA---TTTA-TT----ATA-TT--TA-GT-A-TT---AAA-----------TAATTTTT-GTGG-A---AATAC-CA-CT-T-TCTGATGCTCATATA-CA-----T--GCT-C------CA----C--CA-GT---CTG-CA-CAAT-CCATA-CT--CAT------CCATTTAATGACAT--C-A------GTCTGCT--A-----T-G-AT---GT-TT---G--TAGTAT--------------TGGCAT-GTCCAGGCGT-GGATTACG-------GAGATTATAAAATATTGGTG-A----AT----------TAA-A-CTC
gi|35 : acaAAC---A--A---C--AGTTTAA-TGA---A---C------TG---TTTA-TT----ATATTC--TGTAA-A-TT---TAAACATACAT--
gi|25 : C---A--A---C--AGTTGAA-TAA---C---C------TAAA-TTTA-TT----ACATTT--TAGGT-AATT---AAAAGAAACAT--TTAATCCTT-ATCA-AAGTATTA--CA-TTAT-TTAAATGCTCAAATA-TA-----T--ACggaaataacacttttcaacgctaaa
gi|42 : aC---A--A---C--ACTTAAA-TGA---A---C------TG---TTTA-TT----ATATTC--TGTAA-A-TT---AAAACTGACAC--TGAA
gi|37 : C---A--A---C--AGTTAAACTGA---A---C------TG---TTTA-TT----ATATTC--CGTAA-A-TT---AAAACTGACAC--TGAAGTTT---------------C-CA-CT-T-TTTAACGCTAAAatacaaagatttcaacgctaag
gi|41 : C---A--A---C--AGTTAAACTGA---A---C------TG---TTTA-TT----ATATTC--CGTAA-A-TT---AAAACTGACA---------------CAGA---AGTGC-CA-CT-T-TTTAACGCTAAA
gi|44 : C---A--A---C--AATTAAA-TTA---A---T------TA---TCTA-TT----ATATTT--CATAA-A-CT---AAATCTGACAT--TGAA
gi|43 : aC---A--A---C--AGTTAAA-TGA---C---C------TG---TTTA-TT----ATATTC--AGTAA-G-TT---AAAACTGACAC--T------------G-A---AATAC-CATTT-T-TTTAATGCTatacaacttttcagtgtcc
gi|39 : aTTGAA-TAA---A---C------TA---TTTA-TT----ACATTT--CGTAA-A-TTAAAAAAACTGACAC--T------------G-A---AATAT-CT-TT-T-TTCAATGCTt
gi|22 : cagcatTTA-TT----ACATTT--CGTTT-A-TT---GAAACTGATAT--TTAACTTTT-ATCA-A---A-TAC-TA-CT-T-TCCTACGCTCAAACA-CA-----A--AAA-CTGAAATAA----T---A-T------C-TC-TAAT-TTATA-CT--GGTCAGGAGCTATATAaa
gi|6 : ----ACAATT--CATA--A-GT---AA---TGAGATAGTTATTTTTC-AGTA-A---ATTGA-AA-CT-TATATAACACTGAAATA-TCACTTTTCAACA-C----ATAAACCCT--CA-CTGAACCTGCT-TC-T-CCACATCTGATGT------CTATATGGCGACAT--C-A------GT-T--T--A-----TAG-AC---AT-----------GTAT----------------GTATTGTTGACGT-T-GA-------------GACA-TTTACGGA-----GGTAGTTCAT----------TAA-A-CTCC-----------CCA--GT-AATT---AAA-A----------TTATT--TAT-TAACGTT-GGTGA----CTTTATTTAA---GA---T--------AT---CT-GG----GT----------TATTC-----ATCA-T-T-AG-G-AATGTAATTAAC-----TTATATGTTATtaa
gi|9 : AGGTGT-GGATCAAGTAACGTCGATA-TATACCG-------GCA----A---------------------GT-------TGCTA--AT-AATA---ATA-A----------TACTT--TAC-TTAAGTC-GGCTAACT-CTTTATTTAA---AA---T--------AT---CT-AG----GT----------AATTC-----ATCGTT-T-G--G-AATGTTATAACTGGT-GTTACA
gi|20 : ATCTAG-------GAGG-TA----GT------GAA----AT----------TAA-A-CTC------------CCAA-GT-AGTT---AAA-AA---------TATTT--TGT-AAAAGTT-AGTTAATTATTTAA-TCAA---GA---A--------ATCTAGT-AG----GC----------AATTC-----ATTG-T-TAA--G-AATTTAAATAATcaacgtcgaacatttcggtaaatatcaataatataactaaccacaaagactgttaaacat
gi|19 : tttatgatgttgtcgatgtcATA-TGTG-AGA-----TGAA----AT----------TAA-A-CT-TGGG----------A--GT-AGTA---ACA-A----------TATTT--AAT-AAAAGTT-AGTTAATT-CTTTATTCAA---GA---T--------AT---CT-AT----GC----------AATTC-----ATTA-T-T-A--G-Aaagtta
gi|28 : atgttgtaatgatgttgatgatatctgtatgcTG-TATACAGG-----TG-A----AT----------TTATA-CT------------ACGA--GT-AGTT---AAA-A----------TATTTACTG----AAGTC-G----ACT--TTAATTC-----TT---T--------CT---TT-AG----GT----------AATCC-----ATCG-T-T-AG-G-AATGTAATaatgaaataaaaattgat
gi|16 : -----TGTA----GT----------TAA-AACTCGGTGAATTAATACCCACGT-AATT---AAA-C----------CATTT--TAT-GAAAGTC-GGTGAGTT-GTTTA-TCAA---TA---T--------GT---CT-AG----GTAAATGTTATCAATTCTATGTACCA-CAC-A--G-AGAG-GATTAATATTCATTCCATGTACCACGCAG-ATAGAGTTATAagc
gi|30 : TG------TA--G--GT-A------AAA-A----------TATTT--TGT-AAAATTT-GGTGATTT-CTTTATTTAA---GA---TACATTTGAAT---GT-GG----GT----------AATTC-----TTCA-T-T-A--GAAATATAAT
gi|32 : a-AGTC---AAACA----------TGTTT--TGTGAAAAGTCAGATAATCT-TTTA-TTCAA---GG---T--------AG---CT-CG----GT----------AATTC-----GTa
gi|15 : gtgaaattaaactccaaac---AAA-A----------AAATT--CAT-AGAAGTC-ATTGAACT-CTTCATTCAA---AA---C--------AT---CC-AGAAGTGT----------AATTC-----ag
gi|47 : aatgacgttagtttatatatatacatatttacactgatgatgtcggtatgccatggagttacgttagataccagtgaaaatttaaacttttgagtcatttaaaaaTTT--AGT-AAAAGTC-AGTGAATT-CTCAATTCGT---GA---T--------AT---CT-AG----GT----------AATTC-----AT
gi|29 : AAAGTC-AATAAATT-CTTTATTCGC---GA---T--------AT---CC-AA----AT----------AATTC-----ATCA-T-T-A--G-tgtaa
7 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|24 ): TCTGAGTTACAATTCCCAAATAATGAAGGAGTTATTTTACAGTAAAGGAAAACAGCAGTGAATGAAATATTTATAATAGTTTGTTAATAATACTTTTTAATGCTCAAGTACAT
Unaligned ( gi|26 ): CAGGAGATAGTTATATACCAGTGTTGTTAAAAATACTTCATGACAGTGTTAGTTCTTTGTTCAGTTTATCCAGGTGAATCATTGTTAGAAATGTAATAC
Unaligned ( gi|33 ): ACAACAGTTATATGAACTGTTTATTATATTTGTGTGAATTAAAAGTCACTATACTAAAATACTACTTTTTCAACACTAAA
Unaligned ( gi|34 ): ACTACAGTTAAACTAACTGTGTATTATAATCCGTATATTAAAACTGCCACTGAAATACAATTTTTTCAGCGCTCAA
Unaligned ( gi|36 ): ACAACAGTTAAACTGAACTGTGTATTATAGTCCGTAAATTAAAACTGACACTGAAGTAACACTTGTTTAACGTTAA
Unaligned ( gi|38 ): CAACAGTTAAACTGATCTGTTTAATATATTCCGTAAATTAAAACTGACACTGAAGTTTCCACTTTTTAATGCTAAA
Unaligned ( gi|40 ): ACAACAGTTAAACTGAACTGTTAAGTTTATATTCCGTAAATTAAAACTGACACTGAAGTACAACTTTTTTAACGC
Alignments
lowQualScore : 1 2222222222 2 1 111 444444444444444444444444 11111111 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 55555555555555 22222222222222 11111 111111 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 111111 222222222222 1111 2222222222222 1111 222222222 2222 11 222 11
lowQualScore : 5 1 9999999999 0 5 4 1 000 8 9999 6 3 333333333333333333333333 5 88888888 1 0 2 8 66 2 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 333 1 1 22 222 22222 5 1 222 222 333333 333 33 333333 0 7777 7777 333 11111111111111 8 11 1 4 11 1 1 22222222222222 7777777 88888 3 00000 000000 0 55 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 33 111111 2 111111111111 4 2 99999 0 444 999999999999 444 2 5555 0 2 2 8888 7777 0000000000000 5 8888 444444444 1 222 7 77 88 4 4444 88 111 4 4 88
lowQualScore : . . .......... . . . . ... . .... . . ........................ . ........ . . . . .. . .......................................................................... ... . . .. ... ..... . . ... ... ...... ... .. ...... . .... .... ... .............. . .. . . .. . . .............. ....... ..... . ..... ...... . .. ..................................................................................................................................................... .. ...... . ............ . . ..... . ... ............ ... . .... . . . .... .... ............. . .... ......... . ... . .. .. . .... .. ... . . ..
lowQualScore : 0 0 0000000000 0 0 7 0 444 0 3333 7 3 999999999999999999999999 0 11111111 4 1 5 2 88 5 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 555 9 2 99 111 99999 9 7 111 111 444444 777 11 333333 2 2222 3333 777 33333333333333 6 88 3 0 88 3 3 44444444444444 8888888 99999 6 33333 555555 2 55 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 44 666666 5 444444444444 9 4 99999 7 111 222222222222 111 4 0000 8 7 9 9999 1111 0000000000000 4 2222 777777777 0 777 3 00 00 0 0000 55 000 0 0 55
consensus : GACTTTTTCGTAGTTAACATTAATATGTGANATAGAATTTATTCAANT-GT-T-TT-TTCC-GNTACTGA--A-AAN--------T--------A-ATT--------ATTCGCGAATGGGGTGTCACAAATGACGTCAGT-AT-TCACGGGGNACT--CTTT-CC---ATT----CCCGAATAA---T--A--G--GA---ACT-T-AATT--TTTCAGTAACGG---AA-AA-CA--ACA---GTTG----AA-TGA---A---C------TG---TTTA--TT------ACATTT-C--GTA-A--ATT---AAAACTGACATTTAATTTTT-AT-GAANT--ACCA-C-T--T-TTCAACGCTCAAAT-A--CACACNT---AAC--CA-T-TCTCCNCAAT-TCATACT--TGT------CTATATAATGACGTCAG--TC----T------TA--T-G-------AC-------AT---TGATGAT---------ATCGGTAT-GCTCGGGCGCGG-ATCCAG-------G-----ANA-TATA-C------A------G-TG-AA---TTAA-ACTC----TGCCA-GTA--GTT------AAA-A----------T-ATTTCGT-AAAAGTCGG--TGAATTCTTTATTCAA---GA---T--------ATC---T-AG----GTAATTCATCG-TT-A--G-A----ATGTA-------------ATTAATGGT-ATTACATGTAATACGCAGTGTAGAANTATAGTNNCCAANNAGTTCAAGTNGTACTATAATTAATGTTACTGATCATNTCACGTTNTAATAAAACGA
Reference ( family-465 ) : GAATTTTTNAT--TTA-CA--AATA-GTGAAATAGAATTTATTCAANT-GT-T-TT-TTCC-GTTACTGA--A-AAN--------T--------A-ATT--------ATTCGCGAATGGGGTGTCACAAATGACGTCAGT-ATGTCACGGGGCACT--CTTT-CC---ATT----CCCGAATAN---T--A--G--GA---ACT-T-AATT--TTTCAGTAACGG---AA-AA-CA--ACA---GTTG----AA-TAA---A---C------TA---TTTA--TT------ACATTT-C--GTA-N--ATT---AAAACTGACATTTAATTTTT-ATCGAATT--ACCA-C-T--T-TCCAACGCTCAAAT-A--TACACAT---AAT--CA-T-TCTNCNCAAT-TCATACT--TGT------CTATATAATGACGTCAG--TN----T------TA--T-G-------AC-------AT---TAACGAN---------ATCGGTAT-GCTCGGGCGCGG-ATCCAG-------G-----ANA-TATA-C------A------G-TG-AA---TTAA-ACTC---GTACCA-GTA--GTT------AAA-A----------T-ATTTCGT-AAAAGTCGG--TGAATTCTTTATTCAA---GA---T--------ATC---T-AG----GTAATTCATCG-TT-A--G-A----ATGTA-------------ATTAATGGT-ATTACATGTAATACGCAGTGTNGAGNNATAGTTTCCAATTAGTTCAAGTAATACTATAATTAATATTACTGATCATATCACGTTATAATAAAACAA
gi|1 : GACTTTTTCATAGTTA-CA--AATA-GTGAAATAGAATTTAGGCAAAA-GTCT-TT-TTCC-GTTACTGA--A-AAC--------T--------A-ATT--------ATTCGTGAATGGGGTTTCACAAATGACGTCGGTGATGTCATAGGGCACT--CTTT-CC---ATT----CCTGAATAC---T--A--G--TA---ACT-TGAATT--TTTCAGTAATGA---AA-AG-CA--ACT---GTTG----AA-TAA---A---C------TA---TTTA--TT------ACATTT-T--ATA-T--ATT---AAAACTGACATTTAATTTTT-ATCAAATT--ACCA-T-T--T-TCCAATGCTCAAAT-ATGTACACAT---AAT--CA-T-TCCCCTTAGT-TCACACT--TGT------CTATATAATGACATCAA--TA----T------CA--T-G-------AC-------AT---CAACAAA---------ATCAGTGT-GCTCAGGTGTGA-ATCCAG-------G-----ATA-TATA-C------A------GTTGTAA---TTTA-ACTCTGTGTACCG-GTA--GTT------AAA-A----------C-ATTTTGT-AAAAGTCGA--TGAACTCTTAATTCAA---GA---T--------ATA---T-AG----GTAATTCATCA-CT-A--G-A----GTGTA-------------ATTAATGGT-ATTACATGTAATATACAATGTAGAACTATAGTGACCAAAAAGTTTAAATTGT----TAA--AATGT---TGATCATTTCATATTTT--TAAAACGA
gi|10 : AATTTAATCAACA-GT-T-GTATTGC-GTTAC-GA--A-AAAAAAATTCGT--------A-GTT--------ATTTGCCAATAGTGTGTCACAAATGACGT-----ATTTCAC----CAGTGACTTC-CA---ATT----CCCAATTAA---C--A--T--GA--------------------GTAATGG---AA-AA-CA--------TTTG----AA-TAA---A---C------TA---TTTA--TT------ACATTT-T--GTA-A--ATC---AAAACTGAC-T-------------------------C-T--T-TCCAACGCTCAAA
gi|11 : ataact-TTAC-GGTGCTGA--A-AAC--------TGATTTACGA-ATT--------ATTCACGAATGGAGTG---------ACATCAG--ATA-CAAATGGT--T--CATT-CC---ATT----CGCAAATAACGAT--A--T--GA-------T-AATG--T---AGTCACGG---AA-AT-CA--ACA---GTTA----AA---------------------------------------ATGT-C--TTA-C--AAT---GAAACGGACATTTATTTTTTAATCGATTT--ACCG-C-T--T-GCCAACGTCCAAA
gi|12 : tgTAATGG---AA-AA-CA--ATA---GCTACTGAAA-CAA---AGTAC------TAAAATTCA--TT------ACAATT-T--ATA-T--ATC---AAAACTAAAATTTA-TTTTT-ATAGAATA--ACCA-C-T--T-TCCAACATTCAAAA-A--CACAGAT---AATTCCGTT-TCTCCACAAT-TCACATG--TGT------CTATAAAATAACGTCAG--T-----T------TA--T-
gi|13 : actatccaT--TTTT-CC---ATT----TCTGAATA------------------ACT-T-AATTACTTTTAGTAACGG---AA-AT-CC--ACA---TTTG----AA-TTA---A---C------TG---TTTA--TT------ACAT----------------------ACCGGTA--TA---TTT-ATCGAATT--A-TA-C-C--T-TCC----CTGGA---------GCTT---AAC--CA-T-TCTGCACCAT-TCATTCT--TGT------CTATATAACAACATCa
gi|14 : tA--A-AAA--------T--------A-ACT--------A---GCTAATGTGGTGTCA----TGACATCAGT-----CAAGAGAGAGT--CTTC-CC---ATC----CACAAACA-------A--G--GATGGAAT-T-A-TT--TTTCAGTAACAG---AA-AA-CT--GCA---GTAT----AA-TAA---A---C------TG---TATA--TT------ACAGTT-T--GTA-A--ATT---AAAACCAACACT------------GAAAT--ACCA---T--T-TTTAATGCTAAAAT-tatttatatccatgataaca
gi|15 : AATGACGTTAG--TT----TATATA-TA--T-ACATATTTAC-------AC---TGATGAT---------GTCGGTAT-GC-----CATGG-AGTTAC-------G-----TTA-GATACC------A------G-TG-AAAATTTAA-ACTT---TTG--A-GTC--ATTTAAAAAAAA-A----------A-AATTCAT-AGAAGTCAT--TGAACTCTTCATTCAA---AA---C--------ATC---C-AGAAGTGTAATTC
gi|16 : -C------G------G-TG-AA---TTAATACCC-----AC---GTA--ATT------AAA-C----------C-ATTTTAT-GAAAGTCGG--TGAGTTGTTTA-TCAA---TA---T--------GTC---T-AG----GTAA---AT-G-TT-ATCA-ATTCTATGTACCACACAGAGAGGATTAATATTCATTCCATGTACCACGCAG-ATAGAGTTATA
gi|17 : tgtagttaaaactACT--CTTC-TC---AT-----CCTGAATAA---T--G--A--GA---ATT----ATT--TTTCAAGAATGG---AA-AA-AA--AAAACTGCTG----AA-TAATTCA---C------TG---TTCA--TT------ACATTT-C--TTT-T--ATT---AAAACTAAC-T----TTTTC-AT----TT--ACCA-T-T--T-TCCAAAGC
gi|18 : atgtagtcaacaaaatcaatcgtgagcgAGTAATAA---AA-GA-CA--ACA---GTTG----AA-TAA---A---C-------A---T-----TC------ACA---------A-G--A-T---AAAA-TGGCATTTAAATTTT-ATCGAAAT--GTCA-C-C--T-TTTAATACCCCAAT-A--CATACTT---AAC--CA-T-TTTCCG-AATATCATTTT--TGT------CTATACAATGGTGTCAG--TC-----------TA--T-GC------AC-------AT---
gi|19 : A--T-G-------AT-------GT---TGATGAT---------ATCTGTAT-GC------------------------------ATA-TGTG-A------G------A-TG-AAA--TTAA-ACTT---GGG--A-GTA--GTA------ACA-A----------T-ATTTAAT-AAAAGTTAG--TTAATTCTTTATTCAA---GA---T--------ATC---T-AT----GCAATTCATTA-TT-A--GAA----ATGAA-------------ATAAAaa
gi|2 : atgttgtaTTTTAGT--TTAACATTAATATGT-ATACAGCATATATTCAAAT-GT-T-GC-TTCCTGATACTGATTATAAT--------TGGCA----A-GTT--------GTTCACGACTGGG-TGTTAGAAGTGATGTCAGT-----CACAGGGGATG--ATGA-AC---ATTGAATCCTGAATAG---T--G--G--GG-------T-AGTCA-TTT---TAATGG---GA-AA-CA--ATA---TTTT----AA-TAC---A---C------TA---TTTA--TA------ACATTT-----------ATTGT-AAAACTGGCATTTGATTTTT-ACCAAAAT--ACCA-C-T--T-TCCAACACTTAAGT----TA---AT---AAT--T--T-TCACTATAAT-TCATATTA-TTT------CTGTATAATGTCATCAG--TT----TA-----TA--T---------AT-------ATG--TAATGAC---------GCCGGTAT-GCTCATTTGCAC-AACTAG-------ACAGTTAAA-TG-G-C------A------G-AA-AA---ATTA-ACTC------CAA-GTA--GTTATA---AAA-A----------T-ACTTTAT-AAAAATT-G--TAAATTCTTTATTCAA---GA---C--------AGC---T-GG----ATAATTCATTG-TT-A--aattgat
gi|20 : gaatctttcatg-ATCTAG-------G-----AGG-TA-----------------G-TG-AAA--TTAA-ACTC------CCAAGTA--GTT------AAA-AA---------T-ATTTTGT-AAAAGTTAG--TTAATTATTTAATCAA---GA---A--------ATCTAGT-AG----GCAATTCATTG-TTAA--G-A----ATTTA-------------AATAATac
gi|21 : tttatgatgttgtcgatgtc---ATT----CCAGAATAA---C--G--ACAGA---ATT----ATT--TTTCAGTAACGG---AA-AA-AAC-ACA---GTTC----AA-TCA---A-----------A---TCTA--TT---------TTT-C--ATA-T--ATT---GAAATTGACACTTAATTTTT-ATCTAATT--ACAA-A-T--TATCCAACGTTCCAAT-A--aagtta
gi|22 : TTA--TT------ACATTT-C--GTT-T--ATT---GAAACTGATATTTAACTTTT-ATCAAA-T--ACTA-C-T--T-TCCTACGCTCAAAC-A--CAAAAACTGAAAT--AA-TATCT--CTAAT-TTATACT--GGTCAGGAGCTATATA
gi|23 : TTATTCAACT-GT-TGTT-TTCA-GTTGCTGT--A-AAA--------T--------A-ATTCAGGAGTTATTCACGAATAGGGTGTCACAGTTAACTTCAGT-----CCCAGTG---------T-CC---ATT----CACAAATAtaa
gi|24 : acttatacatgtaactaaga---ATT----CCCAAATAA---TGAA--G--GA---GTT----ATT--TTACAGTAAAGG---AA-AA-CA--GCA---G-TG----AA-TGA---A---A------TA---TTTA--TA------ATAGTT-T--GT--T--AAT---AATACTT---TTTAAT
gi|25 : tctgagttacaA-CA--ACA---GTTG----AA-TAA---C---C------TAAA-TTTA--TT------ACATTT-TAGGTA----ATT---AAAAGAAACATTTAATCCTT-ATCAAAGT--ATTA-CATTAT-TTAAATGCTCAAAT-A--TATACgctcaagtacat
gi|26 : TACCA-GTGTTGTT------AAA-AA---------T-ACTTCAT-GACAGT--G--TTAGTTCTTTGTTCAG---TT---T--------ATC---C-AG----GTGAATCATTG-TT-A--GAA----ATGTA-------------AT
gi|27 : caggagatagttataT--TTTCAATCACGG---AA-AA-CA--ACA---TTTG----AA-TAA---A---CATCTAATA---TTTA--GT------ACATTT-A--GCA-A--ATT---TAAACTGACACTGAA----------AA----AACA-C-T--T-TTCAACGCTGAAac
gi|28 : c-TATA-C------A------GGTG-AA---TTTATACT------ACGA-GTA--GTT------AAA-A----------T-ATTTACT--GAAGTCGACTTTAATTCTTTCTT--------------------------T-AG----GTAATCCATCG-TT-AG-G-A----ATGTA-------------AT
gi|29 : tgA-TATATC------C------G-TG-AAA--TTAA-ACT------------------T------AAA-C----------TTATTCCAT-AAA-GTCAA--TAAATTCTTTATTCGC---GA---T--------ATC---C-AA----ATAATTCATCA-TT-AG-G-A----ATGagc
gi|3 : tatttCT--CATT-CCCTCATT----CCCGAACAG---C--GAGG--GA---ACT----ATT--TTTCAACAACAG---AA-AA-CA--ATA---GTAT----TA-TAA---A---C------TT---TTCA--TT------TCATTT-C--GTA-T--ATA---AAAACTCACATTT----TTT--CCGAATT--AGCA-C-T--T-TCCAGCTTTCAG----------CAT---CAT--CA------ACTAAGT-TCATACG--TGT------CTAAATAATGGCGTAAGAATT----T------TA--T-A-------A--------------AACGAC---------ATTGA-----CTCGGGTGCGGGATCCA-------------------ATA-C------C------G-----G---TCAA-A--------------------T------AAA-A----------C----TCGC-AAAAGT------GAATTCCTTATTCAATTTGAAGTT--------GTC---T-TT----GTAATTTATTT-TT-A--GTA----ATGTA-------------AT-----AC-ATTAAATATA--------TGTTAAAAAAT-GTTTCCAATTAGTTCAAGTAATACTATAATTAATATTACTGATCATATCACGTTATAATAAAACAA
gi|30 : cgt-GTA--GGT------AAA-AA---------T-ATTTTGT-AAAATTTGG--TGATTTCTTTATTTAA---GA---TACATTTGAATG---T-GG----GTAATTCTTCA-TT-A--GAA----ATATA-------------ATa
gi|31 : atATT--TTTCAGTAACGG---AA-AA-CA-----------------------------------------TTTA--TT------ATATTAAC--ACA-A--ATT---AAAACCGA--------TTCT----GAAAT--ACCA-C-T--T-TTCAACACTAAAATAA--TACa
gi|32 : tt------G-TG-AAA--TTAA-ACTC------CAA-ACA--GTC------AAACA----------T-GTTTTGTGAAAAGTCAG--ATAATCTTTTATTCAA---GG---T--------AGC---T-CG----GTAATTCGT
gi|33 : A-CA--ACA---GTTA----TA-TGA---A---C------TG---TTTA--TT------ATATTTGT--GTG-A--ATT---AAAAGTCAC---TA-----T-ACTAAAAT--ACTA-CTT--T-TTCAACACTAAAag
gi|34 : A-CT--ACA---GTTA----AA-CTA---A---C------TG---TGTA--TT------ATAATC-C--GTA-T--ATT---AAAACTGCCACTGAA------ATACAATT---------T--T-TTCAGCGCTCAA
gi|35 : -AA-CA--ACA---GTTT----AA-TGA---A---C------TG---TTTA--TT------ATATTC-T--GTA-A--ATT---TAAACATACATG------------GAAAT--AACA-C-T--T-TTCAACGCTAAA
gi|36 : A-CA--ACA---GTTA----AACTGA---A---C------TG---TGTA--TT------ATAGTC-C--GTA-A--ATT---AAAACTGACACTGAA
gi|37 : -CA--ACA---GTTA----AACTGA---A---C------TG---TTTA--TT------ATATTC-C--GTA-A--ATT---AAAACTGACACTGAAGTTT-------------CCA-C-T--T-TTTAACGCTAAAgtaacacttgtttaacgttaa
gi|38 : -CA--ACA---GTTA----AACTGA---T---C------TG---TTTA--AT------ATATTC-C--GTA-A--ATT---AAAACTGACACTGAAGTTT-------------CCA-C-T--T-TTTAATGCTAAA
gi|39 : -CA--GCA---TTTG----AA-TAA---A---C------TA---TTTA--TT------ACATTT-C--GTA-A--ATTAAAAAAACTGACACT------------GAAAT--ATCT-T-T--T-TTCAATGCT
gi|4 : --------A-GTT--------ATTCGTGAATGAGGTGTCACAA--GA---------------GAGACACT--TCCT-C----ATT----CCTGAATAA---T--------GA------------------CAG-------------------ACA---ATTG----AA-GAT---A---T------TA---TACA--TTTTGCATATATTT-----TA-T--ATT---AAAACTGACATTTAATTTTT-ATAGAATT--GCCA------------ACGCACAAAT-A--CAGACTT---GAC--TA-T-TCTCAACAAT-TTAAATG--TGT------CGATAAAATGACATTAG--TC----TACATACTAAAT-G-------ACTTTGTTGATGCATAATGATGCTGTTGACATCGGTAT-GCTTGGGCATGG-ACCCAG-------A-----AAA-TAC--T------A------G-TGAAA---TTAA-AC------TACAA-GTA--TTT------AAA-ATACATGACAGT-ATTTCAT-AAAA----G--TGATTTTTTTATTTAA---GA---T--------ATC---TAAG----GTAATTCAATG-TT-A--G-aa
gi|40 : ttgtgA-CA--ACA---GTTA----AACTGA---A---C------TG---TTAAGTTT------ATATTC-C--GTA-A--ATT---AAAACTGACACT------------GAAGT--ACAA-CTT--T-TTTAACGC
gi|41 : -CA--ACA---GTTA----AACTGA---A---C------TG---TTTA--TT------ATATTC-C--GTA-A--ATT---AAAACTGACA--CA----------GAAGT--GCCA-C-T--T-TTTAACGCTAAA
gi|42 : -CA--ACA---CTTA----AA-TGA---A---C------TG---TTTA--TT------ATATTC-T--GTA-A--ATT---AAAACTGACACTGAA
gi|43 : A-CA--ACA---GTTA----AA-TGA---C---C------TG---TTTA--TT------ATATTC-A--GTA-A--GTT---AAAACTGACACT------------GAAAT--ACCATT-T--T-TTTAATGCTatacaaagatttcaacgctaag
gi|44 : A-CA--ACA---ATTA----AA-TTA---A---T------TA---TCTA--TT------ATATTT-C--ATA-A--ACT---AAATCTGACATT------------GAAAT--ACAA-C-T--T-TTCAt
gi|45 : GG---AAGAA-CATGACC---ACTG----AA-TAA---A---T------TA---TGTA--TA------ACATTT-T--ATATA--ATT---TAAACTGACATTTAAgtgtcc
gi|46 : gtgatgaaTT----CTCAAATAA---C--G----------ACT-C-AATTATTTTCAGTAATGG---AA-AAACC--ACA---GTTG----AA-TTC---A---C------TT---TTTA--TT------ATA
gi|47 : TTTAGT-AAAAGTCAG--TGAATTCTCAATTCGT---GA---T--------ATC---T-AG----GTAATTCATTG-T
gi|5 : GTCATGGGTAACT-------------TT----CTCAAATAA---TG-A--G--GG---ATT-T-A-TT--TCTCTGTAACAG---AA-AA-CA--ACA---TCTG----AA-TAA---G---T------TA---TTTAAATT------AAATT-----GT------TT---CAAA-TACCAC--AATT----ACAGGATTTAACCA-C-T--T-TTCA------------------CA----AAT--TA-T-TC----CAGT---ATG----TGT-------TCTATAAAGACATCTG--TACAGAT------GC--T-G-------AT-------AC---TGGTGAC---------A-AGGAAG-GCTCAGGTGCAG-ATCCAG-------G-----AGG-TA--------------------G-A-----TAA-A-------TGCCAAGTA--GGT------AAA-AA---------T-ATTTTGT-AAAAGT------GAATTCTTTATTAAA---GA---C--------ATC---T-AG----GTAATCCATCA-TA-AG-G-A----ATGTA-------------ATaa
gi|6 : atca----AA-TGA---G---A------TA---GTTA--TT---------TTT-CA-GTA-A--ATT---GAAACTTATAT--AAC-----ACTGAAAT--ATCA-C-T--T-TTCAACACATAAAC-C--CTCACTG---AAC--C--T-GCTTCTCCA---CAT-CTGATGT------CTATATGGCGACATCAG--T-----T------TA--TAG-------AC-------AT--------GT---------AT--GTATTGTT--GACGTTG-A------------G-----ACA-TTTA-CGGAGGTA------G-TT-CA---TTAA-ACTC---C--CCA-GTA--ATT------AAA-A----------TTATTT-AT-TAACGTTGG--TGA---CTTTATTTAA---GA---T--------ATC---T-GG----GTTATTCATCA-TT-AG-G-A----ATGTA-------------ATTAAC-----TTATATGTTAT
gi|7 : acaattcataagtACAA---AA-AA-CA--ACA---GTTG----AG-AAA---A---C------TA---TTTA--TT------ATATTT-A--GTA-----TT---AAA---------TAATTTTT-GTGGAAAT--ACCA-C-T--T-TCTGATGCTCATAT-A--CATGCTC---CAC--CA-G-TCTGCACAAT-CCATACT--CAT------CCATTTAATGACATCAG--TC----TGC----TA--T-G-------AT-------GT---TTGTAGT---------ATTGGCAT-GTCCAGGCGTGG-ATTACG-------G-----AGATTATA-A------AATATTGG-TG-AA---TTAA-ACTC---
gi|8 : AGATAGAATTTATTCAATTTGT-T-TT-TTCC-AGTACTGA---------------T--------ACATT--------ATTTGTAAATAG-------CAAAGGA-ATAAGT-AT-TCA----GTAATG-CTTTATT---ATT----------TAT---T--A------A---ACTAC-AATTA-TTTC--TAATTGTTT------TA--ACA---GTTG----AA-ACA---A---C------TA---TTTA--TT------GCATTT-C--GTA-TCTATT---AAAATTGACATTTGCTTATT-GTTGAATT--ATCA-C-T--T-TCCAACGTTCA
gi|9 : GGTGTGG-ATCAAGTAACGTCG-----ATA-TATA-C------C------G-GC-AA---GT-----------TGCTA-ATA--ATA------ATA-A----------T-ACTTTAC-TTAAGTCGG--CTAACTCTTTATTTAA---AA---T--------ATC---T-AG----GTAATTCATCGTTT-G--G-A----ATGTT-------------ATAACTGGT-GTTACA
Alignments
lowQualScore : 11 1 1 1 111 444444444444444444444444 11111111 44444444444444444444444444444 66666666666666666666666666 666666666666666 11111 111111 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 111111 111111111111 1111 2222222222222 1111 222222222 2222 11 222 11
lowQualScore : 2 88 5 7 3 7 2 44 0 1 000 8 9999 6 1 333333333333333333333333 5 88888888 1 0 2 8 33 1 66666666666666666666666666666 5555 11111111111111111111111111 333 1 1 22 222 1 5 2 333 444444444444444 4444 11 333333 0 7777 555 333 555555555555555 1 1 2 3 33 2 1 55555 2 3 55 55 55 55 33 99999 3 3 0 55 000000 0 55 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 33 444444 2 888888888888 4 2 99999 0 444 999999999999 444 2 5555 0 2 2 8888 7777 0000000000000 5 8888 444444444 1 7 22 22 1 4444 88 111 1 1 88
lowQualScore : . .. . . . . . .. . . ... . .... . . ........................ . ........ . . . . .. . ............................. .... .......................... ... . . .. ... . . . ... ............... .... .. ...... . .... ... ... ............... . . . . .. . . ..... . . .. .. .. .. .. ..... . . . .. ...... . .. ........................................................................................................................................................ .. ...... . ............ . . ..... . ... ............ ... . .... . . . .... .... ............. . .... ......... . . .. .. . .... .. ... . . ..
lowQualScore : 5 00 5 3 3 3 0 22 8 0 444 0 3333 7 0 999999999999999999999999 0 11111111 4 1 5 2 66 1 33333333333333333333333333333 7777 00000000000000000000000000 555 9 2 99 111 4 9 0 222 999999999999999 4444 66 333333 2 2222 000 777 444444444444444 3 9 6 9 11 6 8 44444 3 6 00 00 00 00 55 11111 6 6 2 55 555555 2 00 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 44 111111 5 999999999999 9 4 99999 7 111 222222222222 111 4 0000 8 7 9 9999 1111 0000000000000 4 2222 777777777 0 3 00 00 0 0000 55 000 0 0 55
consensus : GACTTTTTCGTAGTTAACATTA-ATATGTGANATAGAATTTATTCAANT-GT-T-TT-TTCC-GNTACTGA--A-AAN--------T--------A-ATT--------ATTCGCGAATGGGGTGTCACAAATGACGTCAGT--T-TCACGGGGGACT-CTTT-C-C---ATT----CCCGAATAA---C--G--G--GAACT-T-AATT--TTTCAGTAACGG---AA-AA-CA--ACA---GTTGAA-TGA---A--------C------TG---TTTA--TT------ACATTT-C--GTA--AATT---AAAACTGACATTTAATTTTTA--T-G-AAATACCA-C-T--T-TTCAACGCTCAAATAC--AN-ACTT-AA--CC--A-TTCT--CCACAA-----T-TCA-TACT-TGT------CTATATAATGACGTCAG--T-C---T------TA--T-G-----------ACAT-TG----------ATGAT---------ATCGGT-ATGCTCGGGCGCGG-ATCCA-G-------G-----ANA-TATA-CA------G-T-G-AA---TTAA-AC-TCTG----CC-A-GTA--GTT------AAA-A----------T-ATTTCGT-AAAAGTCGG--TGAATTCTTTATTCAA---GA---T--------ATC---T-AG----GTAATTCATCG-TT-A--G-A----ATGTA-------------ATTAATGGT-ATTACATGTAATACGCAGTGTAGAANTATAGTNNCCAANNAGTTCAAGTNGTACTATAATTAATGTTACTGATCATNTCACGTTNTAATAAAACGA
Reference ( family-465 ) : GACTTTTTCGTAGTTAACATTA-ATATGTGANATAGAATTTATTCAANT-GT-T-TT-TTCC-GNTACTGA--A-AAN--------T--------A-ATT--------ATTCGCGAATGGGGTGTCACAAATGACGTCAGT-AT-TCACGGGGNACT-CTTT-C-C---ATT----CCCGAATAA---T--A--G--GAACT-T-AATT--TTTCAGTAACGG---AA-AA-CA--ACA---GTTGAA-TGA---A--------C------TG---TTTA--TT------ACATTT-C--GTA--AATT---AAAACTGACATTTAATTTTTA--T-G-AANTACCA-C-T--T-TTCAACGCTCAAATAC--AC-ACNT-AA--CC--A-TTCT--CCNCAA-----T-TCA-TACT-TGT------CTATATAATGACGTCAG--T-C---T------TA--T-G-----------ACAT-TG----------ATGAT---------ATCGGT-ATGCTCGGGCGCGG-ATCCA-G-------G-----ANA-TATA-CA------G-T-G-AA---TTAA-AC-TCTG----CC-A-GTA--GTT------AAA-A----------T-ATTTCGT-AAAAGTCGG--TGAATTCTTTATTCAA---GA---T--------ATC---T-AG----GTAATTCATCG-TT-A--G-A----ATGTA-------------ATTAATGGT-ATTACATGTAATACGCAGTGTAGAANTATAGTNNCCAANNAGTTCAAGTNGTACTATAATTAATGTTACTGATCATNTCACGTTNTAATAAAACGA
gi|1 : GACTTTTTCATAGTTA-CA--A-ATA-GTGAAATAGAATTTAGGCAAAA-GTCT-TT-TTCC-GTTACTGA--A-AAC--------T--------A-ATT--------ATTCGTGAATGGGGTTTCACAAATGACGTCGGTGATGTCATAGGGCACT-CTTT-C-C---ATT----CCTGAATAC---T--A--G--TAACT-TGAATT--TTTCAGTAATGA---AA-AG-CA--ACT---GTTGAA-TAA---A--------C------TA---TTTA--TT------ACATTT-T--ATA--TATT---AAAACTGACATTTAATTTTTA--TCA-AATTACCA-T-T--T-TCCAATGCTCAAATATGTAC-ACAT-AA--TC--A-TTCC--CCTTAG-----T-TCA-CACT-TGT------CTATATAATGACATCAA--T-A---T------CA--T-G-----------ACAT-CA----------ACAAA---------ATCAGT-GTGCTCAGGTGTGA-ATCCA-G-------G-----ATA-TATA-CA------G-TTGTAA---TTTA-AC-TCTGTGTACC-G-GTA--GTT------AAA-A----------C-ATTTTGT-AAAAGTCGA--TGAACTCTTAATTCAA---GA---T--------ATA---T-AG----GTAATTCATCA-CT-A--G-A----GTGTA-------------ATTAATGGT-ATTACATGTAATATACAATGTAGAACTATAGTGACCAAAAAGTTTAAATTGT----TAA--AATGT---TGATCATTTCATATTTT--TAAAACGA
gi|10 : AATTTAATCAACA-GT-T-GTATTGC-GTTAC-GA--A-AAAAAAATTCGT--------A-GTT--------ATTTGCCAATAGTGTGTCACAAATGACGT--AT--T-TCACCAGTGAC----TT-C-CA--ATT----CCCAATTAA---C--A--T--G-----------------AGTAATGG---AA-----A--ACA---TTTGAA-TAA---A--------C------TA---TTTA--TT------ACATTT-T--GTA--AATC---AAAACTGAC
gi|11 : ataact-TTAC-GGTGCTGA--A-AAC--------TGATTTACGA-ATT--------ATTCACGAATGGAGTG---------ACATCAG--AT-ACAAATGGT--T-CATT-C-C---ATT----CGCAAATAACGAT--A--T--GA----T-AATG--T---AGTCACGG---AA-AT-CA--ACA---GTTAAA---A-------------------TG---TC----TT------ACA---------A-----T---GAAACGGACATTTATTTTTTAATC-G-ATTTACCG-C-T--T-GCCAACGTCCAAAtctttccaacgctcaaa
gi|12 : tgTAATGG---AA-AA-CA--ATA---GCT-AC-TGA---AACAAAGTAC------TAAAATTCA--TT------ACAATT-T--ATA--TATC---AAAACTAAAATTTA-TTTTTA--TAG-AATAACCA-C-T--T-TCCAACATTCAAAAAC--AC-AGAT-AATTCC--GTTTCT--CCACAA-----T-TCA-CATG-TGT------CTATAAAATAACGTCAG--T-----T------TA--T-
gi|13 : actatccaT-TTTT-C-C---ATT----TCTGAATAA---------------CT-T-AATTACTTTTAGTAACGG---AA-AT-CC--ACA---TTTGAA-TTA---A--------C------TG---TTTA--TT------ACAT---------------------ACCGGTA--TA---TTTA--TCG-AATTA-TA-C-C--T-TCC----CTGGA---------GCTT-AA--CC--A-TTCT--GCACCA-----T-TCA-TTCT-TGT------CTATATAACAACATCTA--T-----T------TA--T---------------AT-CC----------ATGAT---------Aa
gi|14 : tA--A-AAA--------T--------A-ACT--------A---GCTAATGTGGTGTCA----TGACATCAGT-----CAAGAGAGAGT-CTTC-C-C---ATC----CACAAACAA---G--GATG--GAATT----ATT--TTTCAGTAACAG---AA-AA-CT--GCA---GTATAA-TAA---A--------C------TG---TATA--TT------ACAGTT-T--GTA--AATT---AAAACCAACAC------------T-G-AAATACCA---T--T-TTTAATGCTAAAATaca
gi|15 : AATGACGTTAG--T-T---TA-----TA--T-ATATACATATTTACAC-TG----------ATGAT---------GTCGGT-ATGC-----CATGG-AGTTA-C-------G-----TTA-GATACCA------G-T-G-AAAATTTAA-ACTTTTG-------A-GTC--ATTTAAAAAAAA-A----------A-AATTCAT-AGAAGTCAT--TGAACTCTTCATTCAA---AA---C--------ATC---C-AGAAGTGTAATTC
gi|16 : -CG------G-T-G-AA---TTAATAC---------CC-ACGTA--ATT------AAA-C----------C-ATTTTAT-GAAAGTCGG--TGAGTTGTTTA-TCAA---TA---T--------GTC---T-AG----GTAA---AT-G-TT-ATCA-ATTCTATGTACCACACAGAGAGGATTAATATTCATTCCATGTACCACGCAG-ATAGAGTTATA
gi|17 : tgtagttaaaact-TCGTGAGCGACT-CTTC-T-C---AT-----CCTGAATAA---T--G--A--GAATT----ATT--TTTCAAGAATGG---AA-AA-AA--AAAACTGCTGAA-TAATTCA--------C------TG---TTCA--TT------ACATTT-C--TTT--TATT---AAAACTAAC-T----TTTTCA--T-----TTACCA-T-T--T-TCCAAAGC
gi|18 : atgtagtcaacaaaatcaaAGTAATAA---AA-GA-CA--ACA---GTTGAA-TAA---A--------C---------------------------ATT--C--ACA--AGAT---AAAA-TGGCATTTAAATTTTA--TCG-AAATGTCA-C-C--T-TTTAATACCCCAATAC--AT-ACTT-AA--CC--A-TTTT--CCG-AA-----TATCA-TTTT-TGT------CTATACAATGGTGTCAG--T-C----------TA--T-GC----------ACAT-
gi|19 : A--T-G-----------ATGT-TG----------ATGAT---------ATCTGT-ATGC-------------------------------ATA-TGTG-AG------A-T-G-AAA--TTAA-AC-T-TG----GG-A-GTA--GTA------ACA-A----------T-ATTTAAT-AAAAGTTAG--TTAATTCTTTATTCAA---GA---T--------ATC---T-AT----GCAATTCATTA-TT-A--GAA----ATGAA-------------ATAAAaa
gi|2 : atgttgtaTTTTAGT--TTAACATTA-ATATGT-ATACAGCATATATTCAAAT-GT-T-GC-TTCCTGATACTGATTATAAT--------TGGCA----A-GTT--------GTTCACGACTGGG-TGTTAGAAGTGATGTCAGT-----CACAGGGGATG-ATGA-A-C---ATTGAATCCTGAATAG---T--G--G--GG----T-AGTCA-TTT---TAATGG---GA-AA-CA--ATA---TTTTAA-TAC---A--------C------TA---TTTA--TA------ACATTT----------ATTGT-AAAACTGGCATTTGATTTTTAC-C-A-AAATACCA-C-T--T-TCCAACACTTAAGT----------T-AA--TA--A-TTTTCACTATAA-----T-TCA-TATTATTT------CTGTATAATGTCATCAG--T-----T------TA--T-AT----------ATATGTA----------ATGAC---------GCCGGT-ATGCTCATTTGCAC-AACTA-G-------ACAGTTAAA-TG-G-CA------G-A-A-AA---ATTA-AC-TC------CA-A-GTA--GTTATA---AAA-A----------T-ACTTTAT-AAAAATT-G--TAAATTCTTTATTCAA---GA---C--------AGC---T-GG----ATAATTCATTG-TT-A--aattgat
gi|20 : gaatctttcatg-ATCTA-G-------G-----AGG-TA-----------G-T-G-AAA--TTAA-AC-TC------CCAA-GTA--GTTA-----AAA-A----------T-ATTTTGT-AAAAGTTAG--TTAATTATTTAATCAA---GA---A--------ATCTAGT-AG----GCAATTCATTG-TTAA--G-A----ATTTA-------------AATAATac
gi|21 : tttatgatgttgtcgatgtc---ATT----CCAGAATAA---C--G--ACAGAATT----ATT--TTTCAGTAACGG---AA-AA-AAC-ACA---GTTCAA-TCA---A----------------A---TCTA--TT---------TTT-C--ATA--TATT---GAAATTGACACTTAATTTTTA--TCT-AATTACAA-A-T--TATCCAACGTTCCAATAaagtta
gi|22 : TTA--TT------ACATTT-C--GTT--TATT---GAAACTGATATTTAACTTTTA--T-C-AAATACTA-C-T--T-TCCTACGCTCAAACACAAAA-ACTG-AA--AT--A-ATAT--CTCTAA-----T-TTA-TACT-GGTCAGGAGCTATATA
gi|23 : TTATACATGTAAC-TAAGATT-ATTCAACT-GT-TGTT-TTCA-GTTGCTGT--A-AAA--------T--------A-ATTCAGGAGTTATTCACGAATAGGGTGTCACAGTTAACTTCAG-----TCCCAGTG--------T-C-C---ATT----CACAAATAtaa
gi|24 : ac---ATT----CCCAAATAA---TGAA--G--GAGTT----ATT--TTACAGTAAAGG---AA-AA-CA--GCA---G-TGAA-TGA---A--------A------TA---TTTA--TA------ATAGTT-T--GTT--AA-T---AATACTT---TTTAAT
gi|25 : tctgagttacaA-CA--ACA---GTTGAA-TAA---C--------C------TAAA-TTTA--TT------ACATTT-TAGGTA--A-TT---AAAAGAAACATTTAATCCTTA--TCA-AAGTATTA-CATTAT-TTAAATGCTCAAATAT--AT-ACgctcaagtacat
gi|26 : TA----CC-A-GTGTTGTT------AAA-AA---------T-ACTTCAT-GACAGT--G--TTAGTTCTTTGTTCAG---TT---T--------ATC---C-AG----GTGAATCATTG-TT-A--GAA----ATGTA-------------AT
gi|27 : caggagatagttataT--TTTCAATCACGG---AA-AA-CA--ACA---TTTGAA-TAA---A--------CATCTAATA---TTTA--GT------ACATTT-A--GCA--AATT---TAAACTGACAC------------T-G-AAAAAACA-C-T--T-TTCAACGCTGAAac
gi|28 : c-TATA-CA------GGT-G-AA---TTTATAC-TACG-------A-GTA--GTT------AAA-A----------T-ATTTACT-GAA-GTCGACTTTAATTCTTTCTT--------------------------T-AG----GTAATCCATCG-TT-AG-G-A----ATGTA-------------AT
gi|29 : tgA-TATATCC------G-T-G-AAA--TTAA-AC-T-------------------T------AAA-C----------TTATTCCAT-AAA-GTCAA--TAAATTCTTTATTCGC---GA---T--------ATC---C-AA----ATAATTCATCA-TT-AG-G-A----ATGagc
gi|3 : tatttCT-CATT-C-CCTCATT----CCCGAACAG---C--GAGG--GAACT----ATT--TTTCAACAACAG---AA-AA-CA--ATA---GTATTA-TAA---A--------C------TT---TTCA--TT------TCATTT-C--GTA--TATA---AAAACTCACATTT----TTTC--C-G-AATTAGCA-C-T--T-TCCAGCTTTCAG---C--AT--CATCAA--CT--A-----------AG-----T-TCA-TACG-TGT------CTAAATAATGGCGTAAGAAT-T---T------TA--T-A-----------A-----A----------ACGAC---------ATTGA-----CTCGGGTGCGGGATCCA--------------------ATA-CC------G------G---TCAA-A----------------------T------AAA-A----------C----TCGC-AAAAGT------GAATTCCTTATTCAATTTGAAGTT--------GTC---T-TT----GTAATTTATTT-TT-A--GTA----ATGTA-------------AT-----AC-ATTAAATATA--------TGTTAAAAAAT-GTTTCCAATTAGTTCAAGTAATACTATAATTAATATTACTGATCATATCACGTTATAATAAAACAA
gi|30 : cgt-GTA--GGT------AAA-AA---------T-ATTTTGT-AAAATTTGG--TGATTTCTTTATTTAA---GA---TACATTTGAATG---T-GG----GTAATTCTTCA-TT-A--GAA----ATATA-------------ATa
gi|31 : atATT--TTTCAGTAACGG---AA-AA-CA------------------------------------------TTTA--TT------ATATTAAC--ACA--AATT---AAAACCGA----------TTC--T-G-AAATACCA-C-T--T-TTCAACACTAAAATAa
gi|32 : tt------G-T-G-AAA--TTAA-AC-TC------CA-A-ACA--GTC------AAACA----------T-GTTTTGTGAAAAGTCAG--ATAATCTTTTATTCAA---GG---T--------AGC---T-CG----GTAATTCGTatac
gi|33 : A-CA--ACA---GTTATA-TGA---A--------C------TG---TTTA--TT------ATATTTGT--GTG--AATT---AAAAGTCAC---TA-----TAC-T-A-AAATACTA-CTT--T-TTCAACACTAAAag
gi|34 : A-CT--ACA---GTTAAA-CTA---A--------C------TG---TGTA--TT------ATAATC-C--GTA--TATT---AAAACTGCCAC------------T-G-AAATACAATT-T--T-TTCAGCGCTCAA
gi|35 : -AA-CA--ACA---GTTTAA-TGA---A--------C------TG---TTTA--TT------ATATTC-T--GTA--AATT---TAAACATACAT------------G-G-AAATAACA-C-T--T-TTCAACGCTAAA
gi|36 : A-CA--ACA---GTTAAACTGA---A--------C------TG---TGTA--TT------ATAGTC-C--GTA--AATT---AAAACTGACAC------------T-G-AAGTAACA-C-T--TGTTTAACGTT
gi|37 : -CA--ACA---GTTAAACTGA---A--------C------TG---TTTA--TT------ATATTC-C--GTA--AATT---AAAACTGACACTGAAGTTT-------------CCA-C-T--T-TTTAACGCTAAAaa
gi|38 : -CA--ACA---GTTAAACTGA---T--------C------TG---TTTA--AT------ATATTC-C--GTA--AATT---AAAACTGACACTGAAGTTT-------------CCA-C-T--T-TTTAATGCTAAA
gi|39 : -CA--GCA---TTTGAA-TAA---A--------C------TA---TTTA--TT------ACATTT-C--GTA--AATTAAAAAAACTGACAC------------T-G-AAATATCT-T-T--T-TTCAATGCT
gi|4 : --------A-GTT--------ATTCGTGAATGAGGTGTCACAA-------------------GAGAGACA-CTTC-CTC---ATT----CCTGAATAA---T--------GA---------------CAG-------------------ACA---ATTGAA--GAT--A--------T------TA---TACA--TTTTGCATATATTT-----TA--TATT---AAAACTGACATTTAATTTTTA--TAG-AATTGCCA------------ACGCACAAATAC--AG-ACTT-GA--CT--A-TTCT--CAACAA-----T-TTA-AATG-TGT------CGATAAAATGACATTAG--T-C---TACATACTAAAT-G-----------ACTT-TGTTGATGCATAATGATGCTGTTGACATCGGT-ATGCTTGGGCATGG-ACCCA-G-------A-----AAA-TAC--TA------G-T-GAAA---TTAA-A---CTA----CA-A-GTA--TTT------AAA-ATACATGACAGT-ATTTCAT-AAAA----G--TGATTTTTTTATTTAA---GA---T--------ATC---TAAG----GTAATTCAATG-TT-A--G-aa
gi|40 : ttgtgA-CA--ACA---GTTAAACTGA---A--------C------TG---TTAAGTTT------ATATTC-C--GTA--AATT---AAAACTGACAC------------T-G-AAGTACAA-CTT--T-TTTAACGC
gi|41 : -CA--ACA---GTTAAACTGA---A--------C------TG---TTTA--TT------ATATTC-C--GTA--AATT---AAAACTGACA--CA-----------G-AAGTGCCA-C-T--T-TTTAACGCTAAA
gi|42 : -CA--ACA---CTTAAA-TGA---A--------C------TG---TTTA--TT------ATATTC-T--GTA--AATT---AAAACTGACAC------------T-G-AAATACAA-A-GA-T-TTCAACGCT
gi|43 : A-CA--ACA---GTTAAA-TGA---C--------C------TG---TTTA--TT------ATATTC-A--GTA--AGTT---AAAACTGACAC------------T-G-AAATACCATT-T--T-TTTAATGCTaag
gi|44 : A-CA--ACA---ATTAAA-TTA---A--------T------TA---TCTA--TT------ATATTT-C--ATA--AACT---AAATCTGACAT------------T-G-AAATACAA-C-T--T-TTCAt
gi|45 : GG---AAGAA-CATGACC---ACTGAA-TAA---A--------T------TA---TGTA--TA------ACATTT-T--ATAT-AATT---TAAACTGACATTTAAgtgtcc
gi|46 : gtgatgaaTT----CTCAAATAA---C--G-------ACT-C-AATTATTTTCAGTAATGG---AA-AAACC--ACA---GTTGAA-TTC---A--------C------TT---TTTA--TT------ATA
gi|47 : TTTAGT-AAAAGTCAG--TGAATTCTCAATTCGT---GA---T--------ATC---T-AG----GTAATTCATTG-T
gi|5 : TCAGT-----CATGGGTAACT-------------TT----CTCAAATAA---TG-A--G--GGATT-T-A-TT--TCTCTGTAACAG---AA-AA-CA--ACA---TCTGAA-TAA---G---------------------TTA--TT-----------------TA--AATT---AAA------------TTGTT---T-C-AAATACCA-C----------------AATTAC--AGGATTT-AA--CC--A-CTTT--TCACAAATTATT-CCAGTATG-TGT-------TCTATAAAGACATCTG--TACAGAT------GC--T-G-----------ATAC-TG----------GTGAC---------A-AGGA-AGGCTCAGGTGCAG-ATCCA-G-------G-----AGG-TA---------------G-A-----TAA-A----TG----CC-AAGTA--GGT------AAA-AA---------T-ATTTTGT-AAAAGT------GAATTCTTTATTAAA---GA---C--------ATC---T-AG----GTAATCCATCA-TA-AG-G-A----ATGTA-------------ATaa
gi|6 : aAA-TGA---G--------A------TA---GTTA--TT---------TTT-CA-GTA--AATT---GAAACTTATAT--AAC----AC-T-G-AAATATCA-C-T--T-TTCAACACATAAACCC--TC-ACTG-AA--CCTGC-TTCT--CCACAT-----C-TGA-T-----GT------CTATATGGCGACATCAG--T-----T------TA--TAG-----------ACAT-GT----------ATG-T---------ATTGTTGACGTTGAGAC-----ATTTACG-------G-----AGG-TA-----------G-T-T-CA---TTAA-AC-TCC-----CC-A-GTA--ATT------AAA-A----------TTATTT-AT-TAACGTTGG--TGA---CTTTATTTAA---GA---T--------ATC---T-GG----GTTATTCATCA-TT-AG-G-A----ATGTA-------------ATTAAC-----TTATATGTTAT
gi|7 : acaattcataagtACAA---AA-AA-CA--ACA---GTTGAG-AAA---A--------C------TA---TTTA--TT------ATATTT-A--GTA----TT---AAA---------TAATTTTTG--T-GGAAATACCA-C-T--T-TCTGATGCTCATATAC--AT-GCTC-CA--CC--A-GTCT--GCACAA-----T-CCA-TACT-CAT------CCATTTAATGACATCAG--T-C---TGC----TA--T-G-----------ATGT-TT----------GTAGT---------ATTGGC-ATGTCCAGGCGTGG-ATTAC-G-------G-----AGATTATA-AAATATTGG-T-G-AA---TTAA-AC-TC
gi|8 : AGATAGAATTTATTCAATTTGT-T-TT-TTCC-AGTACTGA---------------T--------ACATT--------ATTTGTAAATAG-------CAAAGGA-ATAAGT-AT-TCA----GTAATGCTTTAT-T---ATT----------TAT---T--A------AACTAC-AATTA-TTTC--TAATTGTTT------TA--ACA---GTTGAA-ACA---A--------C------TA---TTTA--TT------GCATTT-C--GTATCTATT---AAAATTGACATTTGCTTATTGT-T-G-AATTATCA-C-T--T-TCCAACGTTCA
gi|9 : GGTGTGG-ATCAA-GTAACGTCG-----ATA-TATA-CC------G-G-C-AA---GT--------TG----CT-A-ATA--ATA------ATA-A----------T-ACTTTAC-TTAAGTCGG--CTAACTCTTTATTTAA---AA---T--------ATC---T-AG----GTAATTCATCGTTT-G--G-A----ATGTT-------------ATAACTGGT-GTTACA
Alignments
lowQualScore : 11 1 1 1 111 55555555555555555555555555555555555 333333333333 5555555555555555 11 6666666666666 111111 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 111111 111111111111 1111 2222222222222 1111 222222222 2222 11 222 11
lowQualScore : 2 88 5 7 3 7 2 44 0 1 000 8 9999 6 1 44444444444444444444444444444444444 1 0 2 8 33 1 888888888888 666666 555 2 5555 0 3333333333333333 11 6666 1 22 222 2 5 2 222 444444444444444 4444 11 0 7777 555 333 0000000000000 3 1 1 1 1 2 3 33 2 1 888 55 55 66666 1 99999 3 3 0 55 000000 0 55 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 33 444444 2 888888888888 4 2 99999 0 444 999999999999 444 2 5555 0 2 2 8888 7777 0000000000000 5 8888 444444444 1 7 22 22 1 4444 88 111 1 1 88
lowQualScore : . .. . . . . . .. . . ... . .... . . ................................... . . . . .. . ............ ...... ... . .... . ................ .. .... . .. ... . . . ... ............... .... .. . .... ... ... ............. . . . . . . . .. . . ... .. .. ..... . ..... . . . .. ...... . .. ........................................................................................................................................................ .. ...... . ............ . . ..... . ... ............ ... . .... . . . .... .... ............. . .... ......... . . .. .. . .... .. ... . . ..
lowQualScore : 5 00 5 3 3 3 0 22 8 0 444 0 3333 7 0 66666666666666666666666666666666666 4 1 5 2 66 1 000000000000 111111 000 7 7777 4 3333333333333333 99 2222 9 99 111 9 9 5 111 999999999999999 7777 66 2 2222 000 777 8888888888888 9 3 3 3 3 6 9 11 6 8 666 22 00 77777 2 11111 6 6 2 55 555555 2 00 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 44 111111 5 999999999999 9 4 99999 7 111 222222222222 111 4 0000 8 7 9 9999 1111 0000000000000 4 2222 777777777 0 3 00 00 0 0000 55 000 0 0 55
consensus : GACTTTTTCGTAGTTAACATTA-ATATGTGANATAGAATTTATTCAA-NTGT-T-TT-TTCC-GNTACTGA--A-AAN--------T--------A-A--------TTATTCGCGAATGGGGTGTCACAAATGACGTCAGT--T-TCACGAGNGACTCTTTC-C---A-TT----CCCGAATAACG--G---GA-ACT-T-AATT--TTTCAGTAACGG----AA-AACA--ACA---GTTGAA-TGA---A--------C------TG---TTTA--TTACATTT-C--GTA--AATT---AAAACTGACATTTAATTTTTA--T-G-AAA-T-A-CCA-C-T--T-TTCAACGCTCAAATAC--AT-ACTTAA--CC--A-TTCTCCACAA-----T-TCA-TACT-TGT------CTATATAATGACGTCAG--T-C---T------TA--T-G-----------ACAT-TG----------ATGAT---------ATCGGT-ATGCTCGGGCGCGG-ATCCA-G-------G-----ANA-TATA-CA------G-T-G-AA---TTAA-AC-TCTG----CC-A-GTA--GTT------AAA-A----------T-ATTTCGT-AAAAGTCGG--TGAATTCTTTATTCAA---GA---T--------ATC---T-AG----GTAATTCATCG-TT-A--G-A----ATGTA-------------ATTAATGGT-ATTACATGTAATACGCAGTGTAGAANTATAGTNNCCAANNAGTTCAAGTNGTACTATAATTAATGTTACTGATCATNTCACGTTNTAATAAAACGA
Reference ( family-465 ) : GACTTTTTCGTAGTTAACATTA-ATATGTGANATAGAATTTATTCAA-NTGT-T-TT-TTCC-GNTACTGA--A-AAN--------T--------A-A--------TTATTCGCGAATGGGGTGTCACAAATGACGTCAGT--T-TCACGGGGGACTCTTTC-C---A-TT----CCCGAATAACG--G---GA-ACT-T-AATT--TTTCAGTAACGG----AA-AACA--ACA---GTTGAA-TGA---A--------C------TG---TTTA--TTACATTT-C--GTA--AATT---AAAACTGACATTTAATTTTTA--T-G-AAA-T-A-CCA-C-T--T-TTCAACGCTCAAATAC--AN-ACTTAA--CC--A-TTCTCCACAA-----T-TCA-TACT-TGT------CTATATAATGACGTCAG--T-C---T------TA--T-G-----------ACAT-TG----------ATGAT---------ATCGGT-ATGCTCGGGCGCGG-ATCCA-G-------G-----ANA-TATA-CA------G-T-G-AA---TTAA-AC-TCTG----CC-A-GTA--GTT------AAA-A----------T-ATTTCGT-AAAAGTCGG--TGAATTCTTTATTCAA---GA---T--------ATC---T-AG----GTAATTCATCG-TT-A--G-A----ATGTA-------------ATTAATGGT-ATTACATGTAATACGCAGTGTAGAANTATAGTNNCCAANNAGTTCAAGTNGTACTATAATTAATGTTACTGATCATNTCACGTTNTAATAAAACGA
gi|1 : GACTTTTTCATAGTTA-CA--A-ATA-GTGAAATAGAATTTAGGCAA-AAGTCT-TT-TTCC-GTTACTGA--A-AAC--------T--------A-A--------TTATTCGTGAATGGGGTTTCACAAATGACGTCGGTGATGTCATAGGGCACTCTTTC-C---A-TT----CCTGAATACTA--G---TA-ACT-TGAATT--TTTCAGTAATGA----AA-AGCA--ACT---GTTGAA-TAA---A--------C------TA---TTTA--TTACATTT-T--ATA--TATT---AAAACTGACATTTAATTTTTA--T-C-AAA-TTA-CCA-T-T--T-TCCAATGCTCAAATATGTAC-ACATAA--TC--A-TTCCCCTTAG-----T-TCA-CACT-TGT------CTATATAATGACATCAA--T-A---T------CA--T-G-----------ACAT-CA----------ACAAA---------ATCAGT-GTGCTCAGGTGTGA-ATCCA-G-------G-----ATA-TATA-CA------G-TTGTAA---TTTA-AC-TCTGTGTACC-G-GTA--GTT------AAA-A----------C-ATTTTGT-AAAAGTCGA--TGAACTCTTAATTCAA---GA---T--------ATA---T-AG----GTAATTCATCA-CT-A--G-A----GTGTA-------------ATTAATGGT-ATTACATGTAATATACAATGTAGAACTATAGTGACCAAAAAGTTTAAATTGT----TAA--AATGT---TGATCATTTCATATTTT--TAAAACGA
gi|10 : AATTTAATCAA-CAGT-T-GTATTGC-GTTAC-GA--A-AAAAAAATTCGT--------A-G--------TTATTTGCCAATAGTGTGTCACAAATGACGT--AT--T-TCACCAGTGACT---TC-C---AATT----CCCAATTAACA--T---GA------------------GTAATGG----AA-AACA--------TTTGAA-TAA---A--------C------TA---TTTA--TTACATTT-T--GTA--AATC---AAAACTGAC
gi|11 : ataact-TTAC-GGTGCTGA--A-AAC--------TGATTTACGA-A--------TTATTCACGAATGGAGTG---------ACATCAGA--T---ACAAATGGTTCATTC-C---A-TT----CGCAAATAACG--ATATGA-----T-AATG--T---AGTCACGG----AA-ATCA--ACA---GTTAAA---A-------------------TG---TC----TTACA---------A-----T---GAAACGGACATTTATTTTTTAATC-G-ATT-T-A-CCG-C-T--T-GCCAACGTCCAAAtctttccaacgctcaaa
gi|12 : tgTAATGG----AA-AACA--ATA---GCT-AC-TGA---AACAAAGTAC------TAAAATTCA--TTACAATT-T--ATA--TATC---AAAACTAAAATTTA-TTTTTA--T-A-GAA-T-AACCA-C-T--T-TCCAACATTCAAAAAC--AC-AGATAATTCC--GTTTCTCCACAA-----T-TCA-CATG-TGT------CTATAAAATAACGTCAG--T-----T------TA--T-
gi|13 : actatccaTTTTTC-C---A-TT----TCTGAATAAC------------T-T-AATTACTTTTAGTAACGG----AA-ATCC--ACA---TTTGAA-TTA---A--------C------TG---TTTA--TTACAT---------------------ACCGGTA--TA---TTTA--TCG-AAT-T-A--TA-C-C--T-TCC----CTGGA---------GCTTAA--CC--A-TTCTGCACCA-----T-TCA-TTCT-TGT------CTATATAACAACATCTA--T-----T------TA--T---------------AT-CC----------ATGAT---------Aa
gi|14 : tA--A-AAA--------T--------A-A--------CTA---GCTAATGTGGTGTCA----TGACATCAGT-----CAAGAGAGAGTCTTCC-C---A-TC----CACAAACAAGGATG---GA-ATT----ATT--TTTCAGTAACAG----AA-AACT--GCA---GTATAA-TAA---A--------C------TG---TATA--TTACAGTT-T--GTA--AATT---AAAACCAACAC------------T-G-AAA-T-A-CCA---T--T-TTTAATGCTAAAATaca
gi|15 : AATGACGTTAG--T-T---TA-----TA--T-ATATACATATTTACAC-TG----------ATGAT---------GTCGGT-ATGC-----CATGG-AGTTA-C-------G-----TTA-GATACCA------G-T-G-AAAATTTAA-ACTTTTG-------A-GTC--ATTTAAAAAAAA-A----------A-AATTCAT-AGAAGTCAT--TGAACTCTTCATTCAA---AA---C--------ATC---C-AGAAGTGTAATTC
gi|16 : -CG------G-T-G-AA---TTAATAC---------CC-ACGTA--ATT------AAA-C----------C-ATTTTAT-GAAAGTCGG--TGAGTTGTTTA-TCAA---TA---T--------GTC---T-AG----GTAA---AT-G-TT-ATCA-ATTCTATGTACCACACAGAGAGGATTAATATTCATTCCATGTACCACGCAG-ATAGAGTTATA
gi|17 : tgtagttaaaact-TCGTGAGCGACTCTTCT-C---A-T-----CCTGAATAATG--A---GA-ATT----ATT--TTTCAAGAATGG----AA-AAAA--AAAACTGCTGAA-TAATTCA--------C------TG---TTCA--TTACATTT-C--TTT--TATT---AAAACTAAC-T----TTTTCA--T-T-----T-A-CCA-T-T--T-TCCAAAGC
gi|18 : atgtagtcaacaaaatcaaAGTAATAA----AA-GACA--ACA---GTTGAA-TAA---A--------C---------------------ATT--C--ACA--AGAT---AAAA-TGGCATTTAAATTTTA--TCG-AAA-T-G-TCA-C-C--T-TTTAATACCCCAATAC--AT-ACTTAA--CC--A-TTTTCCG-AA-----TATCA-TTTT-TGT------CTATACAATGGTGTCAG--T-C----------TA--T-GC----------ACAT-
gi|19 : A--T-G-----------ATGT-TG----------ATGAT---------ATCTGT-ATGC-------------------------------ATA-TGTG-AG------A-T-G-AAA--TTAA-AC-T-TG----GG-A-GTA--GTA------ACA-A----------T-ATTTAAT-AAAAGTTAG--TTAATTCTTTATTCAA---GA---T--------ATC---T-AT----GCAATTCATTA-TT-A--GAA----ATGAA-------------ATAAAaa
gi|2 : atgttgtaTTTTAGT--TTAACATTA-ATATGT-ATACAGCATATATTCAA-ATGT-T-GC-TTCCTGATACTGATTATAAT--------TGGCA----A-G--------TTGTTCACGACTGGG-TGTTAGAAGTGATGTCAGT-----CACAGGGGATGATGAA-C---A-TTGAATCCTGAATAGTG--G---GG-----T-AGTCA-TTT---TAATGG----GA-AACA--ATA---TTTTAA-TAC---A--------C------TA---TTTA--TAACATTT----------ATTGT-AAAACTGGCATTTGATTTTTAC-C-A-AAA-T-A-CCA-C-T--T-TCCAACACTTAAGTTA--AT-AATT----------TTCACTATAA-----T-TCA-TATTATTT------CTGTATAATGTCATCAG--T-----T------TA--T-AT----------ATATGTA----------ATGAC---------GCCGGT-ATGCTCATTTGCAC-AACTA-G-------ACAGTTAAA-TG-G-CA------G-A-A-AA---ATTA-AC-TC------CA-A-GTA--GTTATA---AAA-A----------T-ACTTTAT-AAAAATT-G--TAAATTCTTTATTCAA---GA---C--------AGC---T-GG----ATAATTCATTG-TT-A--aattgat
gi|20 : gaatctttcatg-ATCTA-G-------G-----AGG-TA-----------G-T-G-AAA--TTAA-AC-TC------CCAA-GTA--GTTA-----AAA-A----------T-ATTTTGT-AAAAGTTAG--TTAATTATTTAATCAA---GA---A--------ATCTAGT-AG----GCAATTCATTG-TTAA--G-A----ATTTA-------------AATAATac
gi|21 : tttatgatgttgtcgatgtc---A-TT----CCAGAATAACG--ACA-GA-ATT----ATT--TTTCAGTAACGG----AA-AAAAC-ACA---GTTCAA-TCA---A----------------A---TCTA--TT---TTT-C--ATA--TATT---GAAATTGACACTTAATTTTTA--TCT-AAT-T-A-CAA-A-T--TATCCAACGTTCCAATAaagtta
gi|22 : TTA--TTACATTT-C--GTT--TATT---GAAACTGATATTTAACTTTTA--T-C-AAA-T-A-CTA-C-T--T-TCCTACGCTCAAACACAAAA-ACTGAA--AT--A-ATATCTCTAA-----T-TTA-TACT-GGTCAGGAGCTATATA
gi|23 : TTATACATGTAAC-TAAGATT-ATTCAA-CTGT-TGTT-TTCA-GTTGCTGT--A-AAA--------T--------A-ATTCAGGAGTTATTCACGAATAGGGTGTCACAGTTAACTTCAGT--C-CCA-GTG--------TC-C---A-TT----CACAAATAtaa
gi|24 : ac---A-TT----CCCAAATAATGAAG---GA-GTT----ATT--TTACAGTAAAGG----AA-AACA--GCA---G-TGAA-TGA---A--------A------TA---TTTA--TAATAGTT-T--GTT--AA-T---AATACTT---TTTAAT
gi|25 : tctgagttacaACA--ACA---GTTGAA-TAA---C--------C------TAAA-TTTA--TTACATTT-TAGGTA--A-TT---AAAAGAAACATTTAATCCTTA--T-C-AAAGT-A-TTA-CATTAT-TTAAATGCTCAAATAT--AT-ACgctcaagtacat
gi|26 : TA----CC-A-GTGTTGTT------AAA-AA---------T-ACTTCAT-GACAGT--G--TTAGTTCTTTGTTCAG---TT---T--------ATC---C-AG----GTGAATCATTG-TT-A--GAA----ATGTA-------------AT
gi|27 : caggagatagttataT--TTTCAATCACGG----AA-AACA--ACA---TTTGAA-TAA---A--------CATCTAATA---TTTA--GTACATTT-A--GCA--AATT---TAAACTGACAC------------T-G-AAA-A-A-ACA-C-T--T-TTCAACGCTGAAac
gi|28 : c-TATA-CA------GGT-G-AA---TTTATAC-TACG-------A-GTA--GTT------AAA-A----------T-ATTTACT-GAA-GTCGACTTTAATTCTTTCTT--------------------------T-AG----GTAATCCATCG-TT-AG-G-A----ATGTA-------------AT
gi|29 : tgA-TATATCC------G-T-G-AAA--TTAA-AC-T-------------------T------AAA-C----------TTATTCCAT-AAA-GTCAA--TAAATTCTTTATTCGC---GA---T--------ATC---C-AA----ATAATTCATCA-TT-AG-G-A----ATGagc
gi|3 : tatttCTCATTC-CCTCA-TT----CCCGAACAGCGAGG---GA-ACT----ATT--TTTCAACAACAG----AA-AACA--ATA---GTATTA-TAA---A--------C------TT---TTCA--TTTCATTT-C--GTA--TATA---AAAACTCACATTT----TTTC--C-G-AAT-T-A-GCA-C-T--T-TCCAGCTTTCAG---C--AT-CATCAA--CT--A---------AG-----T-TCA-TACG-TGT------CTAAATAATGGCGTAAGAAT-T---T------TA--T-A-----------A-----A----------ACGAC---------ATTGA-----CTCGGGTGCGGGATCCA--------------------ATA-CC------G------G---TCAA-A----------------------T------AAA-A----------C----TCGC-AAAAGT------GAATTCCTTATTCAATTTGAAGTT--------GTC---T-TT----GTAATTTATTT-TT-A--GTA----ATGTA-------------AT-----AC-ATTAAATATA--------TGTTAAAAAAT-GTTTCCAATTAGTTCAAGTAATACTATAATTAATATTACTGATCATATCACGTTATAATAAAACAA
gi|30 : cgt-GTA--GGT------AAA-AA---------T-ATTTTGT-AAAATTTGG--TGATTTCTTTATTTAA---GA---TACATTTGAATG---T-GG----GTAATTCTTCA-TT-A--GAA----ATATA-------------ATa
gi|31 : atATT--TTTCAGTAACGG----AA-AACA------------------------------------------TTTA--TTATATTAAC--ACA--AATT---AAAACCGA----------TTC--T-G-AAA-T-A-CCA-C-T--T-TTCAACACTAAAATA---AT-ACa
gi|32 : tt------G-T-G-AAA--TTAA-AC-TC------CA-A-ACA--GTC------AAACA----------T-GTTTTGTGAAAAGTCAG--ATAATCTTTTATTCAA---GG---T--------AGC---T-CG----GTAATTCGT
gi|33 : ACA--ACA---GTTATA-TGA---A--------C------TG---TTTA--TTATATTTGT--GTG--AATT---AAAAGTCAC---TA-----TAC-T-A-AAA-T-A-CTA-CTT--T-TTCAACACTAAAag
gi|34 : ACT--ACA---GTTAAA-CTA---A--------C------TG---TGTA--TTATAATC-C--GTA--TATT---AAAACTGCCAC------------T-G-AAA-T-A-CAATT-T--T-TTCAGCGCTCAA
gi|35 : -AACA--ACA---GTTTAA-TGA---A--------C------TG---TTTA--TTATATTC-T--GTA--AATT---TAAACATACAT------------G-G-AAA-T-A-ACA-C-T--T-TTCAACGCTAAA
gi|36 : ACA--ACA---GTTAAACTGA---A--------C------TG---TGTA--TTATAGTC-C--GTA--AATT---AAAACTGACAC------------T-G-AAG-T-A-ACA-C-T--TGTTTAACGTT
gi|37 : CA--ACA---GTTAAACTGA---A--------C------TG---TTTA--TTATATTC-C--GTA--AATT---AAAACTGACACTGAAGTTT----------------CCA-C-T--T-TTTAACGCTAAAaa
gi|38 : CA--ACA---GTTAAACTGA---T--------C------TG---TTTA--ATATATTC-C--GTA--AATT---AAAACTGACACTGAAGTTT----------------CCA-C-T--T-TTTAATGCTAAA
gi|39 : CA--GCA---TTTGAA-TAA---A--------C------TA---TTTA--TTACATTT-C--GTA--AATTAAAAAAACTGACAC------------T-G-AAA-T-A-TCT-T-T--T-TTCAATGCT
gi|4 : --------A-G--------TTATTCGTGAATGAGGTGTCACAA-------------------GAGAGACACTTCCTC---A-TT----CCTGAATAATG--A---CAGAC----AATT-------------G----AA-GATA---------TT--A-TAC---A--------T------TT---TGCA--T-ATATTT-----TA--TATT---AAAACTGACATTTAATTTTTA--T-A-GAA-T------------T-GCCAACGCACAAATAC--AG-ACTTGA--CT--A-TTCTCAACAA-----T-TTA-AATG-TGT------CGATAAAATGACATTAG--T-C---TACATACTAAAT-G-----------ACTT-TGTTGATGCATAATGATGCTGTTGACATCGGT-ATGCTTGGGCATGG-ACCCA-G-------A-----AAA-TAC--TA------G-T-GAAA---TTAA-A---CTA----CA-A-GTA--TTT------AAA-ATACATGACAGT-ATTTCAT-AAAA----G--TGATTTTTTTATTTAA---GA---T--------ATC---TAAG----GTAATTCAATG-TT-A--G-aa
gi|40 : ttgtgACA--ACA---GTTAAACTGA---A--------C------TG---TTAAGTTTATATTC-C--GTA--AATT---AAAACTGACAC------------T-G-AAG-T-A-CAA-CTT--T-TTTAACGC
gi|41 : CA--ACA---GTTAAACTGA---A--------C------TG---TTTA--TTATATTC-C--GTA--AATT---AAAACTGACA--CA-----------G-AAG-T-G-CCA-C-T--T-TTTAACGCTAAA
gi|42 : CA--ACA---CTTAAA-TGA---A--------C------TG---TTTA--TTATATTC-T--GTA--AATT---AAAACTGACAC------------T-G-AAA-T-A-CAA-A-GA-T-TTCAACGCT
gi|43 : ACA--ACA---GTTAAA-TGA---C--------C------TG---TTTA--TTATATTC-A--GTA--AGTT---AAAACTGACAC------------T-G-AAA-T-A-CCATT-T--T-TTTAATGCTaag
gi|44 : ACA--ACA---ATTAAA-TTA---A--------T------TA---TCTA--TTATATTT-C--ATA--AACT---AAATCTGACAT------------T-G-AAA-T-A-CAA-C-T--T-TTCAt
gi|45 : GG----AAGAACATGACC---ACTGAA-TAA---A--------T------TA---TGTA--TAACATTT-T--ATAT-AATT---TAAACTGACATTTAAgtgtcc
gi|46 : gtgatgaa-TT----CTCAAATAACG---------ACT-C-AATTATTTTCAGTAATGGA---AA-AACC--ACA---GTTGAA-TTC---A--------C------TT---TTTA--TTATA
gi|47 : TTTAGT-AAAAGTCAG--TGAATTCTCAATTCGT---GA---T--------ATC---T-AG----GTAATTCATTG-T
gi|5 : TCAGT-----CATGGGTAACT------------TT----CTCAAATAATGA-G---GG-ATT-T-A-TT--TCTCTGTAACAG----AA-AACA--ACA---TCTGAA-TAA---G---------------------TTA--TT-----------TA--AATT---AAA------------TTGTT---T-C-AAA-T-A-CCA-C----------------AATTAC--AGGATTTAA--CC--A-CTTTTCACAAATTATT-CCAGTATG-TGT-------TCTATAAAGACATCTG--TACAGAT------GC--T-G-----------ATAC-TG----------GTGAC---------A-AGGA-AGGCTCAGGTGCAG-ATCCA-G-------G-----AGG-TA---------------G-A-----TAA-A----TG----CC-AAGTA--GGT------AAA-AA---------T-ATTTTGT-AAAAGT------GAATTCTTTATTAAA---GA---C--------ATC---T-AG----GTAATCCATCA-TA-AG-G-A----ATGTA-------------ATaa
gi|6 : aAA-TGA---G--------A------TA---GTTA--TT---TTT-CA-GTA--AATT---GAAACTTATAT--AAC----AC-T-G-AAA-T-A-TCA-C-T--T-TTCAACACATAAACCC--TC-ACTGAA--CCTGC-TTCTCCACAT-----C-TGA-T-----GT------CTATATGGCGACATCAG--T-----T------TA--TAG-----------ACAT-GT----------ATG-T---------ATTGTTGACGTTGAGAC-----ATTTACG-------G-----AGG-TA-----------G-T-T-CA---TTAA-AC-TCC-----CC-A-GTA--ATT------AAA-A----------TTATTT-AT-TAACGTTGG--TGA---CTTTATTTAA---GA---T--------ATC---T-GG----GTTATTCATCA-TT-AG-G-A----ATGTA-------------ATTAAC-----TTATATGTTAT
gi|7 : acaattcataagtACAA----AA-AACA--ACA---GTTGAG-AAA---A--------C------TA---TTTA--TTATATTT-A--GTA----TT---AAA---------TAATTTTTG--T-GGAAA-T-A-CCA-C-T--T-TCTGATGCTCATATAC--AT-GCTCCA--CC--A-GTCTGCACAA-----T-CCA-TACT-CAT------CCATTTAATGACATCAG--T-C---TGC----TA--T-G-----------ATGT-TT----------GTAGT---------ATTGGC-ATGTCCAGGCGTGG-ATTAC-G-------G-----AGATTATA-AAATATTGG-T-G-AA---TTAA-AC-TC
gi|8 : AGATAGAATTTATTCAATTTGT-T-TT-TTCC-AGTACTGA---------------T--------ACA--------TTATTTGTAAATAG-------CAAAGGA-ATAAGTA-T-TCA---GTAATGCTTT------A-TT----ATTTATTA----------A-ACTAC-AATTA-TTTC--TAATTGTTTTA--------ACA---GTTGAA-ACA---A--------C------TA---TTTA--TTGCATTT-C--GTATCTATT---AAAATTGACATTTGCTTATTGT-T-G-AAT-T-A-TCA-C-T--T-TCCAACGTTCA
gi|9 : GGTGTGG-ATCAA-GTAACGTCG-----ATA-TATA-CC------G-G-C-AA---GT--------TG----CT-A-ATA--ATA------ATA-A----------T-ACTTTAC-TTAAGTCGG--CTAACTCTTTATTTAA---AA---T--------ATC---T-AG----GTAATTCATCGTTT-G--G-A----ATGTT-------------ATAACTGGT-GTTACA
Alignments
lowQualScore : 11 1 1 1 111 55555555555555555555555555555555555 333333333 55555555555555555555 11 66666666666666666 111111 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 111111 222222222222 1111 2222222222222 1111 222222222 2222 11 222 11
lowQualScore : 2 88 5 7 3 7 2 44 0 1 000 8 9999 6 1 44444444444444444444444444444444444 1 0 2 8 33 1 777777777 1 666666 555 2 5555 44444444444444444444 11 555 1 22 222 2 5 2 222 444444444444444 4444 11 0 7777 555 333 44444444444444444 1 1 1 2 3 33 2 1 33 33 55 55 66666 1 99999 3 3 0 55 000000 0 55 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 33 444444 2 111111111111 4 2 88 33 0 444 999999999999 444 2 5555 0 2 2 8888 7777 0000000000000 5 8888 444444444 1 7 22 22 1 4444 88 111 1 1 88
lowQualScore : . .. . . . . . .. . . ... . .... . . ................................... . . . . .. . ......... . ...... ... . .... .................... .. ... . .. ... . . . ... ............... .... .. . .... ... ... ................. . . . . . .. . . .. .. .. .. ..... . ..... . . . .. ...... . .. ........................................................................................................................................................ .. ...... . ............ . . .. .. . ... ............ ... . .... . . . .... .... ............. . .... ......... . . .. .. . .... .. ... . . ..
lowQualScore : 5 00 5 3 3 3 0 22 8 0 444 0 3333 7 0 66666666666666666666666666666666666 4 1 5 2 66 1 666666666 0 111111 000 7 7777 99999999999999999999 99 555 9 99 111 9 9 5 111 999999999999999 7777 66 2 2222 777 777 88888888888888888 2 2 2 5 8 00 5 3 99 00 00 00 77777 2 11111 6 6 2 55 555555 2 00 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 44 111111 5 000000000000 9 4 00 22 7 111 222222222222 111 4 0000 8 7 9 9999 1111 0000000000000 4 2222 777777777 0 3 00 00 0 0000 55 000 0 0 55
consensus : GACTTTTTCGTAGTTAACATTA-ATATGTGANATAGAATTTATTCAANT-GT-T-TT-TTCC-GNTACTGA--A-AAN--------T--------A-A--------TTATTCGCGAATGGGGTGTCACAAATGACGTCAGT--T-TCACGAGNGACTCTTTC-C---A-TT----CCCGAATAAC--G--G---GA-ACT-T-AATT--TTTCAGTAACGG---AA-AACA--ACA---GTTGAA-TGA---A--------C------TG---TTTA--TTACATTT-C--GTA--AATT---AAAACTGACACTTAATTTTTA--T-G-AAA-T-A-CCA-C-T--T-TTCAACGCTCAAATAC--AT-ACT--TAA--CC--A-TTCTCCACAA-----T-TCA-TACT-TGT------CTATATAATGACGTCAG--T-C---T------TA--T-G-----------ACAT-TG----------ATGAT---------ATCGGT-ATGCTCGGGCGC-GGATCCA-G-------G-----ANA-TATA-CA------G-T-G-AA---TTAA-AC-TCTG----CC-A-GTA--GTT------AAA-A----------T-ATTTCGT-AAAAGTCGG--TGAATTCTTTATTCAA---GA---T--------ATC---T-AG----GTAATTCATCG-TT-A--G-A----ATGTA-------------ATTAATGGT-ATTACATGTAATACGCAGTGTAGAANTATAGTNNCCAANNAGTTCAAGTNGTACTATAATTAATGTTACTGATCATNTCACGTTNTAATAAAACGA
Reference ( family-465 ) : GACTTTTTCGTAGTTAACATTA-ATATGTGANATAGAATTTATTCAANT-GT-T-TT-TTCC-GNTACTGA--A-AAN--------T--------A-A--------TTATTCGCGAATGGGGTGTCACAAATGACGTCAGT--T-TCACGAGNGACTCTTTC-C---A-TT----CCCGAATAAC--G--G---GA-ACT-T-AATT--TTTCAGTAACGG---AA-AACA--ACA---GTTGAA-TGA---A--------C------TG---TTTA--TTACATTT-C--GTA--AATT---AAAACTGACATTTAATTTTTA--T-G-AAA-T-A-CCA-C-T--T-TTCAACGCTCAAATAC--AT-ACT--TAA--CC--A-TTCTCCACAA-----T-TCA-TACT-TGT------CTATATAATGACGTCAG--T-C---T------TA--T-G-----------ACAT-TG----------ATGAT---------ATCGGT-ATGCTCGGGCGC-GGATCCA-G-------G-----ANA-TATA-CA------G-T-G-AA---TTAA-AC-TCTG----CC-A-GTA--GTT------AAA-A----------T-ATTTCGT-AAAAGTCGG--TGAATTCTTTATTCAA---GA---T--------ATC---T-AG----GTAATTCATCG-TT-A--G-A----ATGTA-------------ATTAATGGT-ATTACATGTAATACGCAGTGTAGAANTATAGTNNCCAANNAGTTCAAGTNGTACTATAATTAATGTTACTGATCATNTCACGTTNTAATAAAACGA
gi|1 : GACTTTTTCATAGTTA-CA--A-ATA-GTGAAATAGAATTTAGGCAAAA-GTCT-TT-TTCC-GTTACTGA--A-AAC--------T--------A-A--------TTATTCGTGAATGGGGTTTCACAAATGACGTCGGTGATGTCATAGGGCACTCTTTC-C---A-TT----CCTGAATACT--A--G---TA-ACT-TGAATT--TTTCAGTAATGA---AA-AGCA--ACT---GTTGAA-TAA---A--------C------TA---TTTA--TTACATTT-T--ATA--TATT---AAAACTGACATTTAATTTTTA--T-C-AAA-TTA-CCA-T-T--T-TCCAATGCTCAAATAT--GT-ACACATAA--TC--A-TTCCCCTTAG-----T-TCA-CACT-TGT------CTATATAATGACATCAA--T-A---T------CA--T-G-----------ACAT-CA----------ACAAA---------ATCAGT-GTGCTCAGGTGT-GAATCCA-G-------G-----ATA-TATA-CA------G-TTGTAA---TTTA-AC-TCTGTGTACC-G-GTA--GTT------AAA-A----------C-ATTTTGT-AAAAGTCGA--TGAACTCTTAATTCAA---GA---T--------ATA---T-AG----GTAATTCATCA-CT-A--G-A----GTGTA-------------ATTAATGGT-ATTACATGTAATATACAATGTAGAACTATAGTGACCAAAAAGTTTAAATTGT----TAA--AATGT---TGATCATTTCATATTTT--TAAAACGA
gi|10 : AATTTAATCAACA-GT-T-GTATTGC-GTTAC-GA--A-AAAAAAATTCGT--------A-G--------TTATTTGCCAATAGTGTGTCACAAATGACGT--AT--T-TCACCAGTGACT---TC-C---AATT----CCCAATTAAC--A--T---GA------------------GTAATGG---AA-AACA--------TTTGAA-TAA---A--------C------TA---TTTA--TTACATTT-T--GTA--AATC---AAAACTGAC
gi|11 : ataact-TTAC-GGTGCTGA--A-AAC--------TGATTTACGA-A--------TTATTCACGAATGGAG---------TGACATCAGA--T---ACAAATGGTTCATTC-C---A-TT----CGCAAATAAC--G--ATATGA-----T-AATG--T---AGTCACGG---AA-ATCA--ACA---GTTAAA---A-------------------TG---TC----TTACA---------A-----T---GAAACGGACATTTATTTTTTAATC-G-ATT-T-A-CCG-C-T--T-GCCAACGTCCAAAtctttccaacgctcaaa
gi|12 : tgTAATGG---AA-AACA--ATA---GCT-AC-TGA---AACAAAGTAC------TAAAATTCA--TTACAATT-T--ATA--TATC---AAAACTAAAATTTA-TTTTTA--T-A-GAA-T-AACCA-C-T--T-TCCAACATTCAAAAAC--AC-AGA--TAATTCC--GTTTCTCCACAA-----T-TCA-CATG-TGT------CTATAAAATAACGTCAG--T-----T------TA--T-
gi|13 : actatccaTTTTTC-C---A-TT----TCTGAATAAC--------------T-T-AATTACTTTTAGTAACGG---AA-ATCC--ACA---TTTGAA-TTA---A--------C------TG---TTTA--TTACAT---------------------ACCGGTA--TA---TTTA--TCG-AAT-T-A--TA-C-C--T-TCC----CTGGA---------GCT--TAA--CC--A-TTCTGCACCA-----T-TCA-TTCT-TGT------CTATATAACAACATCTA--T-----T------TA--T---------------AT-CC----------ATGAT---------Aa
gi|14 : tA--A-AAA--------T--------A-A--------CTA---GCTAATGTGGTGTCA----TGACATCAGT-----CAAGAGAGAGTCTTCC-C---A-TC----CACAAACAAG--GATG---GA-ATT----ATT--TTTCAGTAACAG---AA-AACT--GCA---GTATAA-TAA---A--------C------TG---TATA--TTACAGTT-T--GTA--AATT---AAAACCAACAC------------T-G-AAA-T-A-CCA---T--T-TTTAATGCTAAAATaca
gi|15 : AATGACGTTAG--T-T---TA-----TA--T-ATATACATATTTACAC-TG----------ATGAT---------GTCGGT-ATGC-----CAT-GGAGTTA-C-------G-----TTA-GATACCA------G-T-G-AAAATTTAA-ACTTTTG-------A-GTC--ATTTAAAAAAAA-A----------A-AATTCAT-AGAAGTCAT--TGAACTCTTCATTCAA---AA---C--------ATC---C-AGAAGTGTAATTC
gi|16 : -CG------G-T-G-AA---TTAATAC---------CC-ACGTA--ATT------AAA-C----------C-ATTTTAT-GAAAGTCGG--TGAGTTGTTTA-TCAA---TA---T--------GTC---T-AG----GTAA---AT-G-TT-ATCA-ATTCTATGTACCACACAGAGAGGATTAATATTCATTCCATGTACCACGCAG-ATAGAGTTATA
gi|17 : tgtagttaaaact-TCGTGAGCGACTCTTCT-C---A-T-----CCTGAATAAT--G--A---GA-ATT----ATT--TTTCAAGAATGG---AA-AAAA--AAAACTGCTGAA-TAATTCA--------C------TG---TTCA--TTACATTT-C--TTT--TATT---AAAACTAAC-T----TTTTCA--T-T-----T-A-CCA-T-T--T-TCCAAAGC
gi|18 : atgtagtcaacaaaatcaaAGTAATAA---AA-GACA--ACA---GTTGAA-TAA---A--------C---------------------ATT--C--ACA--AGAT---AAAA-TGGCATTTAAATTTTA--TCG-AAA-T-G-TCA-C-C--T-TTTAATACCCCAATAC--AT-ACT--TAA--CC--A-TTTTCCG-AA-----TATCA-TTTT-TGT------CTATACAATGGTGTCAG--T-C----------TA--T-GC----------ACAT-
gi|19 : A--T-G-----------ATGT-TG----------ATGAT---------ATCTGT-ATGC-------------------------------ATA-TGTG-AG------A-T-G-AAA--TTAA-AC-T-TG----GG-A-GTA--GTA------ACA-A----------T-ATTTAAT-AAAAGTTAG--TTAATTCTTTATTCAA---GA---T--------ATC---T-AT----GCAATTCATTA-TT-A--GAA----ATGAA-------------ATAAAaa
gi|2 : atgttgtaTTTTAGT--TTAACATTA-ATATGT-ATACAGCATATATTCAAAT-GT-T-GC-TTCCTGATACTGATTATAAT--------TGGCA----A-G--------TTGTTCACGACTGGG-TGTTAGAAGTGATGTCAGT-----CACAGGGGATGATGAA-C---A-TTGAATCCTGAATAGT--G--G---GG-----T-AGTCA-TTT---TAATGG---GA-AACA--ATA---TTTTAA-TAC---A--------C------TA---TTTA--TAACATTT----------ATTGT-AAAACTGGCATTTGATTTTTAC-C-A-AAA-T-A-CCA-C-T--T-TCCAACACTTAAGTTA--AT-AAT--T----------TTCACTATAA-----T-TCA-TATTATTT------CTGTATAATGTCATCAG--T-----T------TA--T-AT----------ATATGTA----------ATGAC---------GCCGGT-ATGCTCATTTGC-ACAACTA-G-------ACAGTTAAA-TG-G-CA------G-A-A-AA---ATTA-AC-TC------CA-A-GTA--GTTATA---AAA-A----------T-ACTTTAT-AAAAATT-G--TAAATTCTTTATTCAA---GA---C--------AGC---T-GG----ATAATTCATTG-TT-A--aattgat
gi|20 : gaatctttcatgATCTA-G-------G-----AGG-TA-----------G-T-G-AAA--TTAA-AC-TC------CCAA-GTA--GTTA-----AAA-A----------T-ATTTTGT-AAAAGTTAG--TTAATTATTTAATCAA---GA---A--------ATCTAGT-AG----GCAATTCATTG-TTAA--G-A----ATTTA-------------AATAATac
gi|21 : tttatgatgttgtcgatgtc---A-TT----CCAGAATAAC--G--ACA-GA-ATT----ATT--TTTCAGTAACGG---AA-AAAAC-ACA---GTTCAA-TCA---A----------------A---TCTA--TT---TTT-C--ATA--TATT---GAAATTGACACTTAATTTTTA--TCT-AAT-T-A-CAA-A-T--TATCCAACGTTCCAATAaagtta
gi|22 : TTA--TTACATTT-C--GTT--TATT---GAAACTGATATTTAACTTTTA--T-C-AAA-T-A-CTA-C-T--T-TCCTACGCTCAAACACAAAA-ACT--GAA--AT--A-ATATCTCTAA-----T-TTA-TACT-GGTCAGGAGCTATATA
gi|23 : TTATACATGTAAC-TAAGATT-ATTCAACT-GT-TGTT-TTCA-GTTGCTGT--A-AAA--------T--------A-ATTCAGGAGTTATTCACGAATAGGGTGTCACAGTTAACTTCAGT--C-CC---AGTG------TC-C---A-TT----CACAAATAtaa
gi|24 : ac---A-TT----CCCAAATAAT--GAAG---GA-GTT----ATT--TTACAGTAAAGG---AA-AACA--GCA---G-TGAA-TGA---A--------A------TA---TTTA--TAATAGTT-T--G------TT---AA----------TAAT---------------------A-C-T--T-TTTAATGCTCAAGTAC--AT-
gi|25 : tctgagttacaACA--ACA---GTTGAA-TAA---C--------C------TAAA-TTTA--TTACATTT-TAGGTA--A-TT---AAAAGAAACATTTAATCCTTA--T-C-AAAGT-A-TTA-CATTAT-TTAAATGCTCAAATAT--AT-AC
gi|26 : TA----CC-A-GTGTTGTT------AAA-AA---------T-ACTTCAT-GACAGT--G--TTAGTTCTTTGTTCAG---TT---T--------ATC---C-AG----GTGAATCATTG-TT-A--GAA----ATGTA-------------AT
gi|27 : caggagatagttataT--TTTCAATCACGG---AA-AACA--ACA---TTTGAA-TAA---A--------CATCTAATA---TTTA--GTACATTT-A--GCA--AATT---TAAACTGACAC------------T-G-AAA-A-A-ACA-C-T--T-TTCAACGCTGAAac
gi|28 : c-TATA-CA------GGT-G-AA---TTTATAC-TACG-------A-GTA--GTT------AAA-A----------T-ATTTACT-GAA-GTCGACTTTAATTCTTTCTT--------------------------T-AG----GTAATCCATCG-TT-AG-G-A----ATGTA-------------AT
gi|29 : tgA-TATATCC------G-T-G-AAA--TTAA-AC-T-------------------T------AAA-C----------TTATTCCAT-AAA-GTCAA--TAAATTCTTTATTCGC---GA---T--------ATC---C-AA----ATAATTCATCA-TT-AG-G-A----ATGagc
gi|3 : tatttCTCATTC-CCTCA-TT----CCCGAACAGCGAG--G---GA-ACT----ATT--TTTCAACAACAG---AA-AACA--ATA---GTATTA-TAA---A--------C------TT---TTCA--TTTCATTT-C--GTA--TATA---AAAACTCACAT----TTTTTC--C-G-AAT-T-A-GCA-C-T--T-TCCAGCTTTCA---GC--AT-CAT--CAA--CT--A---------AG-----T-TCA-TACG-TGT------CTAAATAATGGCGTAAGAAT-T---T------TA--T-A-----------A-----A----------ACGAC---------ATTG-----ACTCGGGTGCGGGATCCA--------------------ATA-CC------G------G---TCAA-A----------------------T------AAA-A--------------CTCGC-AAAA----G--TGAATTCCTTATTCAATTTGAAGTT--------GTC---T-TT----GTAATTTATTT-TT-A--GTA----ATGTA-------------AT-----AC-ATTAAATATA--------TGTTAAAAAAT-GTTTCCAATTAGTTCAAGTAATACTATAATTAATATTACTGATCATATCACGTTATAATAAAACAA
gi|30 : cgt-GTA--GGT------AAA-AA---------T-ATTTTGT-AAAATTTGG--TGATTTCTTTATTTAA---GA---TACATTTGAATG---T-GG----GTAATTCTTCA-TT-A--GAA----ATATA-------------ATa
gi|31 : atATT--TTTCAGTAACGG---AA-AACA------------------------------------------TTTA--TTATATTAAC--ACA--AATT---AAAACCGA----------TTC--T-G-AAA-T-A-CCA-C-T--T-TTCAACACTAAAATA---AT-ACa
gi|32 : tt------G-T-G-AAA--TTAA-AC-TC------CA-A-ACA--GTC------AAACA----------T-GTTTTGTGAAAAGTCAG--ATAATCTTTTATTCAA---GG---T--------AGC---T-CG----GTAATTCGT
gi|33 : ACA--ACA---GTTATA-TGA---A--------C------TG---TTTA--TTATATTTGT--GTG--AATT---AAAAGTCAC---TA-----TAC-T-A-AAA-T-A-CTA-CTT--T-TTCAACACTAAAag
gi|34 : ACT--ACA---GTTAAA-CTA---A--------C------TG---TGTA--TTATAATC-C--GTA--TATT---AAAACTGCCAC------------T-G-AAA-T-A-CAATT-T--T-TTCAGCGCTCAA
gi|35 : -AACA--ACA---GTTTAA-TGA---A--------C------TG---TTTA--TTATATTC-T--GTA--AATT---TAAACATACAT------------G-G-AAA-T-A-ACA-C-T--T-TTCAACGCTAAA
gi|36 : ACA--ACA---GTTAAACTGA---A--------C------TG---TGTA--TTATAGTC-C--GTA--AATT---AAAACTGACAC------------T-G-AAG-T-A-ACA-C-T--TGTTTAACGTT
gi|37 : CA--ACA---GTTAAACTGA---A--------C------TG---TTTA--TTATATTC-C--GTA--AATT---AAAACTGACACTGAAGTTT----------------CCA-C-T--T-TTTAACGCTAAAaa
gi|38 : CA--ACA---GTTAAACTGA---T--------C------TG---TTTA--ATATATTC-C--GTA--AATT---AAAACTGACACTGAAGTTT----------------CCA-C-T--T-TTTAATGCTAAA
gi|39 : CA--GCA---TTTGAA-TAA---A--------C------TA---TTTA--TTACATTT-C--GTA--AATTAAAAAAACTGACAC------------T-G-AAA-T-A-TCT-T-T--T-TTCAATGCT
gi|4 : --------A-G--------TTATTCGTGAATGAGGTGTCACAA-------------------GAGAGACACTTCCTC---A-TT----CCTGAATAAT--G--A---CAGAC----AATT-------------G---AA-GATA---------TT--A-TAC---A--------T------TT---TGCA--T-ATATTT-----TA--TATT---AAAACTGACATTTAATTTTTA--T-A-GAA-T------------T-GCCAACGCACAAATAC--AG-ACT--TGA--CT--A-TTCTCAACAA-----T-TTA-AATG-TGT------CGATAAAATGACATTAG--T-C---TACATACTAAAT-G-----------ACTT-TGTTGATGCATAATGATGCTGTTGACATCGGT-ATGCTTGGGCAT-GGACCCA-G-------A-----AAA-TAC--TA------G-T-GAAA---TTAA-A---CTA----CA-A-GTA--TTT------AAA-ATACATGACAGT-ATTTCAT-AAAA----G--TGATTTTTTTATTTAA---GA---T--------ATC---TAAG----GTAATTCAATG-TT-A--G-aa
gi|40 : ttgtgACA--ACA---GTTAAACTGA---A--------C------TG---TTAAGTTTATATTC-C--GTA--AATT---AAAACTGACAC------------T-G-AAG-T-A-CAA-CTT--T-TTTAACGC
gi|41 : CA--ACA---GTTAAACTGA---A--------C------TG---TTTA--TTATATTC-C--GTA--AATT---AAAACTGACA--CA-----------G-AAG-T-G-CCA-C-T--T-TTTAACGCTAAA
gi|42 : CA--ACA---CTTAAA-TGA---A--------C------TG---TTTA--TTATATTC-T--GTA--AATT---AAAACTGACAC------------T-G-AAA-T-A-CAA-A-GA-T-TTCAACGCT
gi|43 : ACA--ACA---GTTAAA-TGA---C--------C------TG---TTTA--TTATATTC-A--GTA--AGTT---AAAACTGACAC------------T-G-AAA-T-A-CCATT-T--T-TTTAATGCTaag
gi|44 : ACA--ACA---ATTAAA-TTA---A--------T------TA---TCTA--TTATATTT-C--ATA--AACT---AAATCTGACAT------------T-G-AAA-T-A-CAA-C-T--T-TTCAt
gi|45 : GG---AAGAACATGACC---ACTGAA-TAA---A--------T------TA---TGTA--TAACATTT-T--ATAT-AATT---TAAACTGACATTTAAgtgtcc
gi|46 : gtgatgaa-TT----CTCAAATAAC--G---------ACT-C-AATTATTTTCAGTAATGGA--AA-AACC--ACA---GTTGAA-TTC---A--------C------TT---TTTA--TTATA
gi|47 : TTTAGT-AAAAGTCAG--TGAATTCTCAATTCGT---GA---T--------ATC---T-AG----GTAATTCATTG-T
gi|5 : TCAGT-----CATGGGTAACT------------TT----CTCAAATAAT--GA-G---GG-ATT-T-A-TT--TCTCTGTAACAG---AA-AACA--ACA---TCTGAA-TAA---G---------------------TTA--TT-----------TA--AATT---AAA------------TTGTT---T-C-AAA-T-A-CCA-C----------------AATTAC--AGGATT--TAA--CC--A-CTTTTCACAAATTATT-CCAGTATG-TGT-------TCTATAAAGACATCTG--TACAGAT------GC--T-G-----------ATAC-TG----------GTGAC---------A-AGGA-AGGCTCAGGTGC-AGATCCA-G-------G-----AGG-TA---------------G-A-----TAA-A----TG----CC-AAGTA--GGT------AAA-AA---------T-ATTTTGT-AAAAGT------GAATTCTTTATTAAA---GA---C--------ATC---T-AG----GTAATCCATCA-TA-AG-G-A----ATGTA-------------ATaa
gi|6 : aAA-TGA---G--------A------TA---GTTA--TT---TTT-CA-GTA--AATT---GAAACTTATAT--AAC----AC-T-G-AAA-T-A-TCA-C-T--T-TTCAACACATAAACCC--TC-ACT--GAA--CCTGC-TTCTCCACAT-----C-TGA-T-----GT------CTATATGGCGACATCAG--T-----T------TA--TAG-----------ACAT-GT----------ATG-T---------ATTGTTGACGTTGAGAC-----ATTTACG-------G-----AGG-TA-----------G-T-T-CA---TTAA-AC-TCC-----CC-A-GTA--ATT------AAA-A----------TTATTT-AT-TAACGTTGG--TGA---CTTTATTTAA---GA---T--------ATC---T-GG----GTTATTCATCA-TT-AG-G-A----ATGTA-------------ATTAAC-----TTATATGTTAT
gi|7 : acaattcataagtACAA---AA-AACA--ACA---GTTGAG-AAA---A--------C------TA---TTTA--TTATATTT-A--GTA----TT---AAA---------TAATTTTTG--T-GGAAA-T-A-CCA-C-T--T-TCTGATGCTCATATAC--AT-GCT--CCA--CC--A-GTCTGCACAA-----T-CCA-TACT-CAT------CCATTTAATGACATCAG--T-C---TGC----TA--T-G-----------ATGT-TT----------GTAGT---------ATTGGC-ATGTCCAGGCGT-GGATTAC-G-------G-----AGATTATA-AAATATTGG-T-G-AA---TTAA-AC-TC
gi|8 : AGATAGAATTTATTCAATTTGT-T-TT-TTCC-AGTACTGA---------------T--------ACA--------TTATTTGTAAATAG-------CAAAGGA-ATAAGTA-T-TCA---GTAATGCTTT------A-TT----ATTTATTAA-------------ACTAC-AATTA-TTTC--TAATTGTTT-----TA--ACA---GTTGAA-ACA---A--------C------TA---TTTA--TTGCATTT-C--GTATCTATT---AAAATTGACATTTGCTTATTGT-T-G-AAT-T-A-TCA-C-T--T-TCCAACGTTCA
gi|9 : GGTGT-GGATCAA-GTAACGTCG-----ATA-TATA-CC------G-G-C-AA---GT--------TG----CT-A-ATA--ATA------ATA-A----------T-ACTTTAC-TTAAGTCGG--CTAACTCTTTATTTAA---AA---T--------ATC---T-AG----GTAATTCATCGTTT-G--G-A----ATGTT-------------ATAACTGGT-GTTACA
Alignments
lowQualScore : 11 1 1 1 111 55555555555555555555555555555555555 333333333 55555555555555555555 11 66666666666666666 111111 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 111111 222222222222 1111 2222222222222 1111 222222222 2222 11 222 11
lowQualScore : 2 88 5 7 3 7 2 44 0 1 000 8 9999 6 1 44444444444444444444444444444444444 1 0 2 8 33 1 777777777 1 666666 555 2 5555 44444444444444444444 11 555 1 22 222 2 5 2 222 444444444444444 4444 11 0 7777 555 333 22222222222222222 1 1 1 2 44 2 2 1 33 33 55 55 55 1 3 1 99999 3 3 0 55 000000 0 55 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 33 444444 2 111111111111 4 2 88 33 0 444 999999999999 444 2 5555 0 2 2 8888 7777 0000000000000 5 8888 444444444 1 7 22 22 1 4444 88 111 1 1 88
lowQualScore : . .. . . . . . .. . . ... . .... . . ................................... . . . . .. . ......... . ...... ... . .... .................... .. ... . .. ... . . . ... ............... .... .. . .... ... ... ................. . . . . .. . . . .. .. .. .. .. . . . ..... . . . .. ...... . .. ........................................................................................................................................................ .. ...... . ............ . . .. .. . ... ............ ... . .... . . . .... .... ............. . .... ......... . . .. .. . .... .. ... . . ..
lowQualScore : 5 00 5 3 3 3 0 22 8 0 444 0 3333 7 0 66666666666666666666666666666666666 4 1 5 2 66 1 666666666 0 111111 000 7 7777 99999999999999999999 99 555 9 99 111 9 9 5 111 999999999999999 7777 66 2 2222 777 777 00000000000000000 2 2 2 5 22 5 5 3 99 00 00 00 00 4 6 2 11111 6 6 2 55 555555 2 00 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 44 111111 5 000000000000 9 4 00 22 7 111 222222222222 111 4 0000 8 7 9 9999 1111 0000000000000 4 2222 777777777 0 3 00 00 0 0000 55 000 0 0 55
consensus : GACTTTTTCGTAGTTAACATTA-ATATGTGANATAGAATTTATTCAANT-GT-T-TT-TTCC-GNTACTGA--A-AAN--------T--------A-A--------TTATTCGCGAATGGGGTGTCACAAATGACGTCAGT--T-TCACGAGNGACTCTTTC-C---A-TT----CCCGAATAAC--G--G---GA-ACT-T-AATT--TTTCAGTAACGG---AA-AACA--ACA---GTTGAA-TGA---A--------C------TG---TTTA--TTACATTT-C--GTA--AATT---AAAACTGACACTTAATTTTTA--T-G-AAA-T-A-CCA-C--T-T-TTCAACGCTCAAATAC--AT-ACT--TAA--CC--ATT-CTCCACAA-----T-TCA-TACT-TGT------CTATATAATGACGTCAG--T-C---T------TA--T-G-----------ACAT-TG----------ATGAT---------ATCGGT-ATGCTCGGGCGC-GGATCCA-G-------G-----ANA-TATA-CA------G-T-G-AA---TTAA-AC-TCTG----CC-A-GTA--GTT------AAA-A----------T-ATTTCGT-AAAAGTCGG--TGAATTCTTTATTCAA---GA---T--------ATC---T-AG----GTAATTCATCG-TT-A--G-A----ATGTA-------------ATTAATGGT-ATTACATGTAATACGCAGTGTAGAANTATAGTNNCCAANNAGTTCAAGTNGTACTATAATTAATGTTACTGATCATNTCACGTTNTAATAAAACGA
Reference ( family-465 ) : GACTTTTTCGTAGTTAACATTA-ATATGTGANATAGAATTTATTCAANT-GT-T-TT-TTCC-GNTACTGA--A-AAN--------T--------A-A--------TTATTCGCGAATGGGGTGTCACAAATGACGTCAGT--T-TCACGAGNGACTCTTTC-C---A-TT----CCCGAATAAC--G--G---GA-ACT-T-AATT--TTTCAGTAACGG---AA-AACA--ACA---GTTGAA-TGA---A--------C------TG---TTTA--TTACATTT-C--GTA--AATT---AAAACTGACACTTAATTTTTA--T-G-AAA-T-A-CCA-C--T-T-TTCAACGCTCAAATAC--AT-ACT--TAA--CC--ATT-CTCCACAA-----T-TCA-TACT-TGT------CTATATAATGACGTCAG--T-C---T------TA--T-G-----------ACAT-TG----------ATGAT---------ATCGGT-ATGCTCGGGCGC-GGATCCA-G-------G-----ANA-TATA-CA------G-T-G-AA---TTAA-AC-TCTG----CC-A-GTA--GTT------AAA-A----------T-ATTTCGT-AAAAGTCGG--TGAATTCTTTATTCAA---GA---T--------ATC---T-AG----GTAATTCATCG-TT-A--G-A----ATGTA-------------ATTAATGGT-ATTACATGTAATACGCAGTGTAGAANTATAGTNNCCAANNAGTTCAAGTNGTACTATAATTAATGTTACTGATCATNTCACGTTNTAATAAAACGA
gi|1 : GACTTTTTCATAGTTA-CA--A-ATA-GTGAAATAGAATTTAGGCAAAA-GTCT-TT-TTCC-GTTACTGA--A-AAC--------T--------A-A--------TTATTCGTGAATGGGGTTTCACAAATGACGTCGGTGATGTCATAGGGCACTCTTTC-C---A-TT----CCTGAATACT--A--G---TA-ACT-TGAATT--TTTCAGTAATGA---AA-AGCA--ACT---GTTGAA-TAA---A--------C------TA---TTTA--TTACATTT-T--ATA--TATT---AAAACTGACATTTAATTTTTA--T-C-AAA-TTA-CCA-T--T-T-TCCAATGCTCAAATAT--GT-ACACATAA--TC--ATT-CCCCTTAG-----T-TCA-CACT-TGT------CTATATAATGACATCAA--T-A---T------CA--T-G-----------ACAT-CA----------ACAAA---------ATCAGT-GTGCTCAGGTGT-GAATCCA-G-------G-----ATA-TATA-CA------G-TTGTAA---TTTA-AC-TCTGTGTACC-G-GTA--GTT------AAA-A----------C-ATTTTGT-AAAAGTCGA--TGAACTCTTAATTCAA---GA---T--------ATA---T-AG----GTAATTCATCA-CT-A--G-A----GTGTA-------------ATTAATGGT-ATTACATGTAATATACAATGTAGAACTATAGTGACCAAAAAGTTTAAATTGT----TAA--AATGT---TGATCATTTCATATTTT--TAAAACGA
gi|10 : AATTTAATCAACA-GT-T-GTATTGC-GTTAC-GA--A-AAAAAAATTCGT--------A-G--------TTATTTGCCAATAGTGTGTCACAAATGACGT--AT--T-TCACCAGTGACT---TC-C---AATT----CCCAATTAAC--A--T---GA------------------GTAATGG---AA-AACA--------TTTGAA-TAA---A--------C------TA---TTTA--TTACATTT-T--GTA--AATC---AAAACTGACTCTT
gi|11 : ataact-TTAC-GGTGCTGA--A-AAC--------TGATTTACGA-A--------TTATTCACGAATGGAG---------TGACATCAGA--T---ACAAATGGTTCATTC-C---A-TT----CGCAAATAAC--G--ATATGA-----T-AATG--T---AGTCACGG---AA-ATCA--ACA---GTTAAA---A-------------------TG---TC----TTACA---------A-----T---GAAACGGACATTTATTTTTTAATC-G-ATT-T-A-CCG-C--T-T-GCCAACGTCCAAAtccaacgctcaaa
gi|12 : tgTAATGG---AA-AACA--ATA---GCT-AC-TGA---AACAAAGTAC------TAAAATTCA--TTACAATT-T--ATA--TATC---AAAACTAAAATTTA-TTTTTA--T-A-GAA-T-AACCA-C--T-T-TCCAACATTCAAAAAC--AC-AGA--TAATTCC--GTTTCTCCACAA-----T-TCA-CATG-TGT------CTATAAAATAACGTCAG--T-----T------TA--T-
gi|13 : actatccaTTTTTC-C---A-TT----TCTGAATAAC--------------T-T-AATTACTTTTAGTAACGG---AA-ATCC--ACA---TTTGAA-TTA---A--------C------TG---TTTA--TTACAT---------------------ACCGGTA--TA---TTTA--TCG-AAT-T-A--TA-C--C-T-TCC----CTGGA---------GCT--TAA--CC--ATT-CTGCACCA-----T-TCA-TTCT-TGT------CTATATAACAACATCTA--T-----T------TA--T---------------AT-CC----------ATGAT---------Aa
gi|14 : tA--A-AAA--------T--------A-A--------CTA---GCTAATGTGGTGTCA----TGACATCAGT-----CAAGAGAGAGTCTTCC-C---A-TC----CACAAACAAG--GATG---GA-ATT----ATT--TTTCAGTAACAG---AA-AACT--GCA---GTATAA-TAA---A--------C------TG---TATA--TTACAGTT-T--GTA--AATT---AAAACCAACACT-------------G-AAA-T-A-CCA----T-T-TTTAATGCTAAAATaca
gi|15 : AATGACGTTAG--T-T---TA-----TA--T-ATATACATATTTACAC-TG----------ATGAT---------GTCGGT-ATGC-----CAT-GGAGTTA-C-------G-----TTA-GATACCA------G-T-G-AAAATTTAA-ACTTTTG-------A-GTC--ATTTAAAAAAAA-A----------A-AATTCAT-AGAAGTCAT--TGAACTCTTCATTCAA---AA---C--------ATC---C-AGAAGTGTAATTC
gi|16 : -CG------G-T-G-AA---TTAATAC---------CC-ACGTA--ATT------AAA-C----------C-ATTTTAT-GAAAGTCGG--TGAGTTGTTTA-TCAA---TA---T--------GTC---T-AG----GTAA---AT-G-TT-ATCA-ATTCTATGTACCACACAGAGAGGATTAATATTCATTCCATGTACCACGCAG-ATAGAGTTATA
gi|17 : tgtagttaaaact-TCGTGAGCGACTCTTCT-C---A-T-----CCTGAATAAT--G--A---GA-ATT----ATT--TTTCAAGAATGG---AA-AAAA--AAAACTGCTGAA-TAATTCA--------C------TG---TTCA--TTACATTT-C--TTT--TATT---AAAACTA--ACT---TTTTCA--T-T-----T-A-CCA-T--T-T-TCCAAAGC
gi|18 : atgtagtcaacaaaatcaaAGTAATAA---AA-GACA--ACA---GTTGAA-TAA---A--------C---------------------ATT--C--ACA--AGAT---AAAA-TGGCATTTAAATTTTA--TCG-AAA-T-G-TCA-C--C-T-TTTAATACCCCAATAC--AT-ACT--TAA--CC--ATT-TTCCG-AA-----TATCA-TTTT-TGT------CTATACAATGGTGTCAG--T-C----------TA--T-GC----------ACAT-
gi|19 : A--T-G-----------ATGT-TG----------ATGAT---------ATCTGT-ATGC-------------------------------ATA-TGTG-AG------A-T-G-AAA--TTAA-AC-T-TG----GG-A-GTA--GTA------ACA-A----------T-ATTTAAT-AAAAGTTAG--TTAATTCTTTATTCAA---GA---T--------ATC---T-AT----GCAATTCATTA-TT-A--GAA----ATGAA-------------ATAAAaa
gi|2 : atgttgtaTTTTAGT--TTAACATTA-ATATGT-ATACAGCATATATTCAAAT-GT-T-GC-TTCCTGATACTGATTATAAT--------TGGCA----A-G--------TTGTTCACGACTGGG-TGTTAGAAGTGATGTCAGT-----CACAGGGGATGATGAA-C---A-TTGAATCCTGAATAGT--G--G---GG-----T-AGTCA-TTT---TAATGG---GA-AACA--ATA---TTTTAA-TAC---A--------C------TA---TTTA--TAACATTT----------ATTGT-AAAACTGGCATTTGATTTTTA--CCA-AAA-T-A-CCA-C--T-T-TCCAACACTTAAGTTA--AT-AAT--T---------TT-CACTATAA-----T-TCA-TATTATTT------CTGTATAATGTCATCAG--T-----T------TA--T-AT----------ATATGTA----------ATGAC---------GCCGGT-ATGCTCATTTGC-ACAACTA-G-------ACAGTTAAA-TG-G-CA------G-A-A-AA---ATTA-AC-TC------CA-A-GTA--GTTATA---AAA-A----------T-ACTTTAT-AAAAATT-G--TAAATTCTTTATTCAA---GA---C--------AGC---T-GG----ATAATTCATTG-TT-A--aattgat
gi|20 : gaatctttcatgATCTA-G-------G-----AGG-TA-----------G-T-G-AAA--TTAA-AC-TC------CCAA-GTA--GTTA-----AAA-A----------T-ATTTTGT-AAAAGTTAG--TTAATTATTTAATCAA---GA---A--------ATCTAGT-AG----GCAATTCATTG-TTAA--G-A----ATTTA-------------AATAATac
gi|21 : tttatgatgttgtcgatgtc---A-TT----CCAGAATAAC--G--ACA-GA-ATT----ATT--TTTCAGTAACGG---AA-AAAAC-ACA---GTTCAA-TCA---A----------------A---TCTA--TT---TTT-C--ATA--TATT---GAAATTGACACTTAATTTTTA--TCT-AAT-T-A-CAA-A--T-TATCCAACGTTCCAATAaagtta
gi|22 : TTA--TTACATTT-C--GTT--TATT---GAAACTGATATTTAACTTTTA--T-C-AAA-T-A-CTA-C--T-T-TCCTACGCTCAAACACAAAA-ACT--GAA--AT--AAT-ATCTCTAA-----T-TTA-TACT-GGTCAGGAGCTATATA
gi|23 : TTATACATGTAAC-TAAGATT-ATTCAACT-GT-TGTT-TTCA-GTTGCTGT--A-AAA--------T--------A-ATTCAGGAGTTATTCACGAATAGGGTGTCACAGTTAACTTCAGT--C-CC---AGTG------TC-C---A-TT----CACAAATAtaa
gi|24 : ac---A-TT----CCCAAATAAT--GAAG---GA-GTT----ATT--TTACAGTAAAGG---AA-AACA--GCA---G-TGAA-TGA---A--------A------TA---TTTA--TAATAGTT-T--G------TT---AA----------TAAT---------------------A-C--T-T-TTTAATGCTCAAGTAC--AT-
gi|25 : tctgagttacaACA--ACA---GTTGAA-TAA---C--------C------TAAA-TTTA--TTACATTT-TAGGTA--A-TT---AAAAGAAACATTTAATCCTTA--T-C-AAAGT-A-TTA-CATTAT-TTAAATGCTCAAATAT--AT-AC
gi|26 : TA----CC-A-GTGTTGTT------AAA-AA---------T-ACTTCAT-GACAGT--G--TTAGTTCTTTGTTCAG---TT---T--------ATC---C-AG----GTGAATCATTG-TT-A--GAA----ATGTA-------------AT
gi|27 : caggagatagttataT--TTTCAATCACGG---AA-AACA--ACA---TTTGAA-TAA---A--------CATCTAATA---TTTA--GTACATTT-A--GCA--AATT---TAAACTGACAC------------T-G-AAA-A-A-ACA-C--T-T-TTCAACGCTGAAac
gi|28 : c-TATA-CA------GGT-G-AA---TTTATAC-TACG-------A-GTA--GTT------AAA-A----------T-ATTTACT-GAA-GTCGACTTTAATTCTTTCTT--------------------------T-AG----GTAATCCATCG-TT-AG-G-A----ATGTA-------------AT
gi|29 : tgA-TATATCC------G-T-G-AAA--TTAA-AC-T-------------------T------AAA-C----------TTATTCCAT-AAA-GTCAA--TAAATTCTTTATTCGC---GA---T--------ATC---C-AA----ATAATTCATCA-TT-AG-G-A----ATGagc
gi|3 : tatttCTCATTC-CCTCA-TT----CCCGAACAGCGAG--G---GA-ACT----ATT--TTTCAACAACAG---AA-AACA--ATA---GTATTA-TAA---A--------C------TT---TTCA--TTTCATTT-C--GTA--TATA---AAAACTCACAT----TTTTTC--C-G-AAT-T-A-GCA-C--T-T-TCCAGCTTTCA---GC--AT-CAT--CAA--CT--A---------AG-----T-TCA-TACG-TGT------CTAAATAATGGCGTAAGAAT-T---T------TA--T-A-----------A-----A----------ACGAC---------ATTG-----ACTCGGGTGCGGGATCCA--------------------ATA-CC------G------G---TCAA-A----------------------T------AAA-A--------------CTCGC-AAAA----G--TGAATTCCTTATTCAATTTGAAGTT--------GTC---T-TT----GTAATTTATTT-TT-A--GTA----ATGTA-------------AT-----AC-ATTAAATATA--------TGTTAAAAAAT-GTTTCCAATTAGTTCAAGTAATACTATAATTAATATTACTGATCATATCACGTTATAATAAAACAA
gi|30 : cgt-GTA--GGT------AAA-AA---------T-ATTTTGT-AAAATTTGG--TGATTTCTTTATTTAA---GA---TACATTTGAATG---T-GG----GTAATTCTTCA-TT-A--GAA----ATATA-------------ATa
gi|31 : atATT--TTTCAGTAACGG---AA-AACA------------------------------------------TTTA--TTATATTAAC--ACA--AATT---AAAACCGA----------TTC--T-G-AAA-T-A-CCA-C--T-T-TTCAACACTAAAATA---AT-ACa
gi|32 : tt------G-T-G-AAA--TTAA-AC-TC------CA-A-ACA--GTC------AAACA----------T-GTTTTGTGAAAAGTCAG--ATAATCTTTTATTCAA---GG---T--------AGC---T-CG----GTAATTCGT
gi|33 : ACA--ACA---GTTATA-TGA---A--------C------TG---TTTA--TTATATTTGT--GTG--AATT---AAAAGT--CAC-TA-----TAC-T-A-AAA-T-A-CTA-CT-T-T-TTCAACACTAAAag
gi|34 : ACT--ACA---GTTAAA-CTA---A--------C------TG---TGTA--TTATAATC-C--GTA--TATT---AAAACTGCCAC------------T-G-AAA-T-A-CAATT--T-T-TTCAGCGCTCAA
gi|35 : -AACA--ACA---GTTTAA-TGA---A--------C------TG---TTTA--TTATATTC-T--GTA--AATT---TAAAC--ATAC---------A--TGG-AAA-T-A-ACA-C--T-T-TTCAACGCTAAA
gi|36 : ACA--ACA---GTTAAACTGA---A--------C------TG---TGTA--TTATAGTC-C--GTA--AATT---AAAACTGACAC------------T-G-AAG-T-A-ACA-C--T-TGTTTAACGTT
gi|37 : CA--ACA---GTTAAACTGA---A--------C------TG---TTTA--TTATATTC-C--GTA--AATT---AAAACTGACACTGAAGTTT----------------CCA-C--T-T-TTTAACGCTAAAaa
gi|38 : CA--ACA---GTTAAACTGA---T--------C------TG---TTTA--ATATATTC-C--GTA--AATT---AAAACTGACACTGAAGTTT----------------CCA-C--T-T-TTTAATGCTAAA
gi|39 : CA--GCA---TTTGAA-TAA---A--------C------TA---TTTA--TTACATTT-C--GTA--AATTAAAAAAACTGACAC------------T-G-AAA-T-A-TCT-T--T-T-TTCAATGCT
gi|4 : --------A-G--------TTATTCGTGAATGAGGTGTCACAA-------------------GAGAGACACTTCCTC---A-TT----CCTGAATAAT--G--A---CAGAC----AATT-------------G---AA-GATA---------TT--A-TAC---A--------T------TT---TGCA--T-ATATTT-----TA--TATT---AAAACTGACATTTAATTTTTA--T-A-GAA-T------------T-GCCAACGCACAAATAC--AG-ACT--TGA--CT--ATT-CTCAACAA-----T-TTA-AATG-TGT------CGATAAAATGACATTAG--T-C---TACATACTAAAT-G-----------ACTT-TGTTGATGCATAATGATGCTGTTGACATCGGT-ATGCTTGGGCAT-GGACCCA-G-------A-----AAA-TAC--TA------G-T-GAAA---TTAA-A---CTA----CA-A-GTA--TTT------AAA-ATACATGACAGT-ATTTCAT-AAAA----G--TGATTTTTTTATTTAA---GA---T--------ATC---TAAG----GTAATTCAATG-TT-A--G-aa
gi|40 : ttgtgACA--ACA---GTTAAACTGA---A--------C------TG---TTAAGTTTATATTC-C--GTA--AATT---AAAACTGACAC------------T-G-AAG-T-A-CAA-CT-T-T-TTTAACGC
gi|41 : CA--ACA---GTTAAACTGA---A--------C------TG---TTTA--TTATATTC-C--GTA--AATT---AAAACTGACAC--A-----------G-AAG-T-G-CCA-C--T-T-TTTAACGCTAAA
gi|42 : CA--ACA---CTTAAA-TGA---A--------C------TG---TTTA--TTATATTC-T--GTA--AATT---AAAACTGACAC------------T-G-AAA-T-A-CAA-A--GAT-TTCAACGCT
gi|43 : ACA--ACA---GTTAAA-TGA---C--------C------TG---TTTA--TTATATTC-A--GTA--AGTT---AAAACTGACAC------------T-G-AAA-T-A-CCATT--T-T-TTTAATGCTaag
gi|44 : ACA--ACA---ATTAAA-TTA---A--------T------TA---TCTA--TTATATTT-C--ATA--AACT---AAATCTGACATT-------------G-AAA-T-A-CAA-C--T-T-TTCAt
gi|45 : GG---AAGAACATGACC---ACTGAA-TAA---A--------T------TA---TGTA--TAACATTT-T--ATAT-AATT---TAAACTGACATTTAAgtgtcc
gi|46 : gtgatgaa-TT----CTCAAATAAC--G---------ACT-C-AATTATTTTCAGTAATGGA--AA-AACC--ACA---GTTGAA-TTC---A--------C------TT---TTTA--TTATA
gi|47 : TTTAGT-AAAAGTCAG--TGAATTCTCAATTCGT---GA---T--------ATC---T-AG----GTAATTCATTG-T
gi|5 : TCAGT-----CATGGGTAACT------------TT----CTCAAATAAT--GA-G---GG-ATT-T-A-TT--TCTCTGTAACAG---AA-AACA--ACA---TCTGAA-TAA---G---------------------TTA--TT-----------TA--AATT---AAA------------TTGTT---T-C-AAA-T-A-CCA-C----------------AATTAC--AGGATT--TAA--CC--ACT-TTTCACAAATTATT-CCAGTATG-TGT-------TCTATAAAGACATCTG--TACAGAT------GC--T-G-----------ATAC-TG----------GTGAC---------A-AGGA-AGGCTCAGGTGC-AGATCCA-G-------G-----AGG-TA---------------G-A-----TAA-A----TG----CC-AAGTA--GGT------AAA-AA---------T-ATTTTGT-AAAAGT------GAATTCTTTATTAAA---GA---C--------ATC---T-AG----GTAATCCATCA-TA-AG-G-A----ATGTA-------------ATaa
gi|6 : aAA-TGA---G--------A------TA---GTTA--TT---TTT-CA-GTA--AATT---GAAACTTATA--TAAC----AC-T-G-AAA-T-A-TCA-C--T-T-TTCAACACATAAACCC--TC-ACT--GAA--CCTGCTT-CTCCACAT-----C-TGA-T-----GT------CTATATGGCGACATCAG--T-----T------TA--TAG-----------ACAT-GT----------ATG-T---------ATTGTTGACGTTGAGAC-----ATTTACG-------G-----AGG-TA-----------G-T-T-CA---TTAA-AC-TCC-----CC-A-GTA--ATT------AAA-A----------TTATTT-AT-TAACGTTGG--TGA---CTTTATTTAA---GA---T--------ATC---T-GG----GTTATTCATCA-TT-AG-G-A----ATGTA-------------ATTAAC-----TTATATGTTAT
gi|7 : acaattcataagtACAA---AA-AACA--ACA---GTTGAG-AAA---A--------C------TA---TTTA--TTATATTT-A--GTA----TT---AAA---------TAATTTTTG--T-GGAAA-T-A-CCA-C--T-T-TCTGATGCTCATATAC--AT-GCT--CCA--CC--AGT-CTGCACAA-----T-CCA-TACT-CAT------CCATTTAATGACATCAG--T-C---TGC----TA--T-G-----------ATGT-TT----------GTAGT---------ATTGGC-ATGTCCAGGCGT-GGATTAC-G-------G-----AGATTATA-AAATATTGG-T-G-AA---TTAA-AC-TC
gi|8 : AGATAGAATTTATTCAATTTGT-T-TT-TTCC-AGTACTGA---------------T--------ACA--------TTATTTGTAAATAG-------CAAAGGA-ATAAGTA-T-TCA---GTAATGCTTT------A-TT----ATTTATTAA-------------ACTAC-AATTA-TTTC--TAATTGTTT-----TA--ACA---GTTGAA-ACA---A--------C------TA---TTTA--TTGCATTT-C--GTATCTATT---AAAATTGACATTTGCTTATTGT-T-G-AAT-T-A-TCA-C--T-T-TCCAACGTTCA
gi|9 : GGTGT-GGATCAA-GTAACGTCG-----ATA-TATA-CC------G-G-C-AA---GT--------TG----CT-A-ATA--ATA------ATA-A----------T-ACTTTAC-TTAAGTCGG--CTAACTCTTTATTTAA---AA---T--------ATC---T-AG----GTAATTCATCGTTT-G--G-A----ATGTT-------------ATAACTGGT-GTTACA
Alignments
lowQualScore : 11 1 1 1 111 55555555555555555555555555555555555 333333333 55555555555555555555 11 66666666666666666 111111 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 111111 222222222222 1111 2222222222222 1111 222222222 2222 11 222 11
lowQualScore : 2 88 5 7 3 7 2 44 0 1 000 8 9999 6 1 44444444444444444444444444444444444 1 0 2 8 33 1 777777777 1 666666 555 2 5555 44444444444444444444 11 555 1 22 222 2 5 2 222 444444444444444 4444 11 0 7777 555 333 22222222222222222 1 1 1 2 44 2 2 1 33 33 55 55 55 1 3 1 99999 3 3 0 55 000000 0 55 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 33 444444 2 111111111111 4 2 88 33 0 444 999999999999 444 2 5555 0 2 2 8888 7777 0000000000000 5 8888 444444444 1 7 22 22 1 4444 88 111 1 1 88
lowQualScore : . .. . . . . . .. . . ... . .... . . ................................... . . . . .. . ......... . ...... ... . .... .................... .. ... . .. ... . . . ... ............... .... .. . .... ... ... ................. . . . . .. . . . .. .. .. .. .. . . . ..... . . . .. ...... . .. ........................................................................................................................................................ .. ...... . ............ . . .. .. . ... ............ ... . .... . . . .... .... ............. . .... ......... . . .. .. . .... .. ... . . ..
lowQualScore : 5 00 5 3 3 3 0 22 8 0 444 0 3333 7 0 66666666666666666666666666666666666 4 1 5 2 66 1 666666666 0 111111 000 7 7777 99999999999999999999 99 555 9 99 111 9 9 5 111 999999999999999 7777 66 2 2222 777 777 00000000000000000 2 2 2 5 22 5 5 3 99 00 00 00 00 4 6 2 11111 6 6 2 55 555555 2 00 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 44 111111 5 000000000000 9 4 00 22 7 111 222222222222 111 4 0000 8 7 9 9999 1111 0000000000000 4 2222 777777777 0 3 00 00 0 0000 55 000 0 0 55
consensus : GACTTTTTCGTAGTTAACATTA-ATATGTGANATAGAATTTATTCAANT-GT-T-TT-TTCC-GNTACTGA--A-AAN--------T--------A-A--------TTATTCGCGAATGGGGTGTCACAAATGACGTCAGT--T-TCACGAGNGACTCTTTC-C---A-TT----CCCGAATAAC--G--G---GA-ACT-T-AATT--TTTCAGTAACGG---AA-AACA--ACA---GTTGAA-TGA---A--------C------TG---TTTA--TTACATTT-C--GTA--AATT---AAAACTGACACTTAATTTTTA--T-G-AAA-T-A-CCA-C--T-T-TTCAACGCTCAAATAC--AT-ACT--TAA--CC--ATT-CTCCACAA-----T-TCA-TACT-TGT------CTATATAATGACGTCAG--T-C---T------TA--T-G-----------ACAT-TG----------ATGAT---------ATCGGT-ATGCTCGGGCGC-GGATCCA-G-------G-----ANA-TATA-CA------G-T-G-AA---TTAA-AC-TCTG----CC-A-GTA--GTT------AAA-A----------T-ATTTCGT-AAAAGTCGG--TGAATTCTTTATTCAA---GA---T--------ATC---T-AG----GTAATTCATCG-TT-A--G-A----ATGTA-------------ATTAATGGT-ATTACATGTAATACGCAGTGTAGAANTATAGTNNCCAANNAGTTCAAGTNGTACTATAATTAATGTTACTGATCATNTCACGTTNTAATAAAACGA
Reference ( family-465 ) : GACTTTTTCGTAGTTAACATTA-ATATGTGANATAGAATTTATTCAANT-GT-T-TT-TTCC-GNTACTGA--A-AAN--------T--------A-A--------TTATTCGCGAATGGGGTGTCACAAATGACGTCAGT--T-TCACGAGNGACTCTTTC-C---A-TT----CCCGAATAAC--G--G---GA-ACT-T-AATT--TTTCAGTAACGG---AA-AACA--ACA---GTTGAA-TGA---A--------C------TG---TTTA--TTACATTT-C--GTA--AATT---AAAACTGACACTTAATTTTTA--T-G-AAA-T-A-CCA-C--T-T-TTCAACGCTCAAATAC--AT-ACT--TAA--CC--ATT-CTCCACAA-----T-TCA-TACT-TGT------CTATATAATGACGTCAG--T-C---T------TA--T-G-----------ACAT-TG----------ATGAT---------ATCGGT-ATGCTCGGGCGC-GGATCCA-G-------G-----ANA-TATA-CA------G-T-G-AA---TTAA-AC-TCTG----CC-A-GTA--GTT------AAA-A----------T-ATTTCGT-AAAAGTCGG--TGAATTCTTTATTCAA---GA---T--------ATC---T-AG----GTAATTCATCG-TT-A--G-A----ATGTA-------------ATTAATGGT-ATTACATGTAATACGCAGTGTAGAANTATAGTNNCCAANNAGTTCAAGTNGTACTATAATTAATGTTACTGATCATNTCACGTTNTAATAAAACGA
gi|1 : GACTTTTTCATAGTTA-CA--A-ATA-GTGAAATAGAATTTAGGCAAAA-GTCT-TT-TTCC-GTTACTGA--A-AAC--------T--------A-A--------TTATTCGTGAATGGGGTTTCACAAATGACGTCGGTGATGTCATAGGGCACTCTTTC-C---A-TT----CCTGAATACT--A--G---TA-ACT-TGAATT--TTTCAGTAATGA---AA-AGCA--ACT---GTTGAA-TAA---A--------C------TA---TTTA--TTACATTT-T--ATA--TATT---AAAACTGACATTTAATTTTTA--T-C-AAA-TTA-CCA-T--T-T-TCCAATGCTCAAATAT--GT-ACACATAA--TC--ATT-CCCCTTAG-----T-TCA-CACT-TGT------CTATATAATGACATCAA--T-A---T------CA--T-G-----------ACAT-CA----------ACAAA---------ATCAGT-GTGCTCAGGTGT-GAATCCA-G-------G-----ATA-TATA-CA------G-TTGTAA---TTTA-AC-TCTGTGTACC-G-GTA--GTT------AAA-A----------C-ATTTTGT-AAAAGTCGA--TGAACTCTTAATTCAA---GA---T--------ATA---T-AG----GTAATTCATCA-CT-A--G-A----GTGTA-------------ATTAATGGT-ATTACATGTAATATACAATGTAGAACTATAGTGACCAAAAAGTTTAAATTGT----TAA--AATGT---TGATCATTTCATATTTT--TAAAACGA
gi|10 : AATTTAATCAACA-GT-T-GTATTGC-GTTAC-GA--A-AAAAAAATTCGT--------A-G--------TTATTTGCCAATAGTGTGTCACAAATGACGT--AT--T-TCACCAGTGACT---TC-C---AATT----CCCAATTAAC--A--T---GA------------------GTAATGG---AA-AACA--------TTTGAA-TAA---A--------C------TA---TTTA--TTACATTT-T--GTA--AATC---AAAACTGACTCTT
gi|11 : ataact-TTAC-GGTGCTGA--A-AAC--------TGATTTACGA-A--------TTATTCACGAATGGAG---------TGACATCAGA--T---ACAAATGGTTCATTC-C---A-TT----CGCAAATAAC--G--ATATGA-----T-AATG--T---AGTCACGG---AA-ATCA--ACA---GTTAAA---A-------------------TG---TC----TTACA---------A-----T---GAAACGGACATTTATTTTTTAATC-G-ATT-T-A-CCG-C--T-T-GCCAACGTCCAAAtccaacgctcaaa
gi|12 : tgTAATGG---AA-AACA--ATA---GCT-AC-TGA---AACAAAGTAC------TAAAATTCA--TTACAATT-T--ATA--TATC---AAAACTAAAATTTA-TTTTTA--T-A-GAA-T-AACCA-C--T-T-TCCAACATTCAAAAAC--AC-AGA--TAATTCC--GTTTCTCCACAA-----T-TCA-CATG-TGT------CTATAAAATAACGTCAG--T-----T------TA--T-
gi|13 : actatccaTTTTTC-C---A-TT----TCTGAATAAC--------------T-T-AATTACTTTTAGTAACGG---AA-ATCC--ACA---TTTGAA-TTA---A--------C------TG---TTTA--TTACAT---------------------ACCGGTA--TA---TTTA--TCG-AAT-T-A--TA-C--C-T-TCC----CTGGA---------GCT--TAA--CC--ATT-CTGCACCA-----T-TCA-TTCT-TGT------CTATATAACAACATCTA--T-----T------TA--T---------------AT-CC----------ATGAT---------Aa
gi|14 : tA--A-AAA--------T--------A-A--------CTA---GCTAATGTGGTGTCA----TGACATCAGT-----CAAGAGAGAGTCTTCC-C---A-TC----CACAAACAAG--GATG---GA-ATT----ATT--TTTCAGTAACAG---AA-AACT--GCA---GTATAA-TAA---A--------C------TG---TATA--TTACAGTT-T--GTA--AATT---AAAACCAACACT-------------G-AAA-T-A-CCA----T-T-TTTAATGCTAAAATaca
gi|15 : AATGACGTTAG--T-T---TA-----TA--T-ATATACATATTTACAC-TG----------ATGAT---------GTCGGT-ATGC-----CAT-GGAGTTA-C-------G-----TTA-GATACCA------G-T-G-AAAATTTAA-ACTTTTG-------A-GTC--ATTTAAAAAAAA-A----------A-AATTCAT-AGAAGTCAT--TGAACTCTTCATTCAA---AA---C--------ATC---C-AGAAGTGTAATTC
gi|16 : -CG------G-T-G-AA---TTAATAC---------CC-ACGTA--ATT------AAA-C----------C-ATTTTAT-GAAAGTCGG--TGAGTTGTTTA-TCAA---TA---T--------GTC---T-AG----GTAA---AT-G-TT-ATCA-ATTCTATGTACCACACAGAGAGGATTAATATTCATTCCATGTACCACGCAG-ATAGAGTTATA
gi|17 : tgtagttaaaact-TCGTGAGCGACTCTTCT-C---A-T-----CCTGAATAAT--G--A---GA-ATT----ATT--TTTCAAGAATGG---AA-AAAA--AAAACTGCTGAA-TAATTCA--------C------TG---TTCA--TTACATTT-C--TTT--TATT---AAAACTA--ACT---TTTTCA--T-T-----T-A-CCA-T--T-T-TCCAAAGC
gi|18 : atgtagtcaacaaaatcaaAGTAATAA---AA-GACA--ACA---GTTGAA-TAA---A--------C---------------------ATT--C--ACA--AGAT---AAAA-TGGCATTTAAATTTTA--TCG-AAA-T-G-TCA-C--C-T-TTTAATACCCCAATAC--AT-ACT--TAA--CC--ATT-TTCCG-AA-----TATCA-TTTT-TGT------CTATACAATGGTGTCAG--T-C----------TA--T-GC----------ACAT-
gi|19 : A--T-G-----------ATGT-TG----------ATGAT---------ATCTGT-ATGC-------------------------------ATA-TGTG-AG------A-T-G-AAA--TTAA-AC-T-TG----GG-A-GTA--GTA------ACA-A----------T-ATTTAAT-AAAAGTTAG--TTAATTCTTTATTCAA---GA---T--------ATC---T-AT----GCAATTCATTA-TT-A--GAA----ATGAA-------------ATAAAaa
gi|2 : atgttgtaTTTTAGT--TTAACATTA-ATATGT-ATACAGCATATATTCAAAT-GT-T-GC-TTCCTGATACTGATTATAAT--------TGGCA----A-G--------TTGTTCACGACTGGG-TGTTAGAAGTGATGTCAGT-----CACAGGGGATGATGAA-C---A-TTGAATCCTGAATAGT--G--G---GG-----T-AGTCA-TTT---TAATGG---GA-AACA--ATA---TTTTAA-TAC---A--------C------TA---TTTA--TAACATTT----------ATTGT-AAAACTGGCATTTGATTTTTA--CCA-AAA-T-A-CCA-C--T-T-TCCAACACTTAAGTTA--AT-AAT--T---------TT-CACTATAA-----T-TCA-TATTATTT------CTGTATAATGTCATCAG--T-----T------TA--T-AT----------ATATGTA----------ATGAC---------GCCGGT-ATGCTCATTTGC-ACAACTA-G-------ACAGTTAAA-TG-G-CA------G-A-A-AA---ATTA-AC-TC------CA-A-GTA--GTTATA---AAA-A----------T-ACTTTAT-AAAAATT-G--TAAATTCTTTATTCAA---GA---C--------AGC---T-GG----ATAATTCATTG-TT-A--aattgat
gi|20 : gaatctttcatgATCTA-G-------G-----AGG-TA-----------G-T-G-AAA--TTAA-AC-TC------CCAA-GTA--GTTA-----AAA-A----------T-ATTTTGT-AAAAGTTAG--TTAATTATTTAATCAA---GA---A--------ATCTAGT-AG----GCAATTCATTG-TTAA--G-A----ATTTA-------------AATAATac
gi|21 : tttatgatgttgtcgatgtc---A-TT----CCAGAATAAC--G--ACA-GA-ATT----ATT--TTTCAGTAACGG---AA-AAAAC-ACA---GTTCAA-TCA---A----------------A---TCTA--TT---TTT-C--ATA--TATT---GAAATTGACACTTAATTTTTA--TCT-AAT-T-A-CAA-A--T-TATCCAACGTTCCAATAaagtta
gi|22 : TTA--TTACATTT-C--GTT--TATT---GAAACTGATATTTAACTTTTA--T-C-AAA-T-A-CTA-C--T-T-TCCTACGCTCAAACACAAAA-ACT--GAA--AT--AAT-ATCTCTAA-----T-TTA-TACT-GGTCAGGAGCTATATA
gi|23 : TTATACATGTAAC-TAAGATT-ATTCAACT-GT-TGTT-TTCA-GTTGCTGT--A-AAA--------T--------A-ATTCAGGAGTTATTCACGAATAGGGTGTCACAGTTAACTTCAGT--C-CC---AGTG------TC-C---A-TT----CACAAATAtaa
gi|24 : ac---A-TT----CCCAAATAAT--GAAG---GA-GTT----ATT--TTACAGTAAAGG---AA-AACA--GCA---G-TGAA-TGA---A--------A------TA---TTTA--TAATAGTT-T--G------TT---AA----------TAAT---------------------A-C--T-T-TTTAATGCTCAAGTAC--AT-
gi|25 : tctgagttacaACA--ACA---GTTGAA-TAA---C--------C------TAAA-TTTA--TTACATTT-TAGGTA--A-TT---AAAAGAAACATTTAATCCTTA--T-C-AAAGT-A-TTA-CATTAT-TTAAATGCTCAAATAT--AT-AC
gi|26 : TA----CC-A-GTGTTGTT------AAA-AA---------T-ACTTCAT-GACAGT--G--TTAGTTCTTTGTTCAG---TT---T--------ATC---C-AG----GTGAATCATTG-TT-A--GAA----ATGTA-------------AT
gi|27 : caggagatagttataT--TTTCAATCACGG---AA-AACA--ACA---TTTGAA-TAA---A--------CATCTAATA---TTTA--GTACATTT-A--GCA--AATT---TAAACTGACAC------------T-G-AAA-A-A-ACA-C--T-T-TTCAACGCTGAAac
gi|28 : c-TATA-CA------GGT-G-AA---TTTATAC-TACG-------A-GTA--GTT------AAA-A----------T-ATTTACT-GAA-GTCGACTTTAATTCTTTCTT--------------------------T-AG----GTAATCCATCG-TT-AG-G-A----ATGTA-------------AT
gi|29 : tgA-TATATCC------G-T-G-AAA--TTAA-AC-T-------------------T------AAA-C----------TTATTCCAT-AAA-GTCAA--TAAATTCTTTATTCGC---GA---T--------ATC---C-AA----ATAATTCATCA-TT-AG-G-A----ATGagc
gi|3 : tatttCTCATTC-CCTCA-TT----CCCGAACAGCGAG--G---GA-ACT----ATT--TTTCAACAACAG---AA-AACA--ATA---GTATTA-TAA---A--------C------TT---TTCA--TTTCATTT-C--GTA--TATA---AAAACTCACAT----TTTTTC--C-G-AAT-T-A-GCA-C--T-T-TCCAGCTTTCA---GC--AT-CAT--CAA--CT--A---------AG-----T-TCA-TACG-TGT------CTAAATAATGGCGTAAGAAT-T---T------TA--T-A-----------A-----A----------ACGAC---------ATTG-----ACTCGGGTGCGGGATCCA--------------------ATA-CC------G------G---TCAA-A----------------------T------AAA-A--------------CTCGC-AAAA----G--TGAATTCCTTATTCAATTTGAAGTT--------GTC---T-TT----GTAATTTATTT-TT-A--GTA----ATGTA-------------AT-----AC-ATTAAATATA--------TGTTAAAAAAT-GTTTCCAATTAGTTCAAGTAATACTATAATTAATATTACTGATCATATCACGTTATAATAAAACAA
gi|30 : cgt-GTA--GGT------AAA-AA---------T-ATTTTGT-AAAATTTGG--TGATTTCTTTATTTAA---GA---TACATTTGAATG---T-GG----GTAATTCTTCA-TT-A--GAA----ATATA-------------ATa
gi|31 : atATT--TTTCAGTAACGG---AA-AACA------------------------------------------TTTA--TTATATTAAC--ACA--AATT---AAAACCGA----------TTC--T-G-AAA-T-A-CCA-C--T-T-TTCAACACTAAAATA---AT-ACa
gi|32 : tt------G-T-G-AAA--TTAA-AC-TC------CA-A-ACA--GTC------AAACA----------T-GTTTTGTGAAAAGTCAG--ATAATCTTTTATTCAA---GG---T--------AGC---T-CG----GTAATTCGT
gi|33 : ACA--ACA---GTTATA-TGA---A--------C------TG---TTTA--TTATATTTGT--GTG--AATT---AAAAGT--CAC-TA-----TAC-T-A-AAA-T-A-CTA-CT-T-T-TTCAACACTAAAag
gi|34 : ACT--ACA---GTTAAA-CTA---A--------C------TG---TGTA--TTATAATC-C--GTA--TATT---AAAACTGCCAC------------T-G-AAA-T-A-CAATT--T-T-TTCAGCGCTCAA
gi|35 : -AACA--ACA---GTTTAA-TGA---A--------C------TG---TTTA--TTATATTC-T--GTA--AATT---TAAAC--ATAC---------A--TGG-AAA-T-A-ACA-C--T-T-TTCAACGCTAAA
gi|36 : ACA--ACA---GTTAAACTGA---A--------C------TG---TGTA--TTATAGTC-C--GTA--AATT---AAAACTGACAC------------T-G-AAG-T-A-ACA-C--T-TGTTTAACGTT
gi|37 : CA--ACA---GTTAAACTGA---A--------C------TG---TTTA--TTATATTC-C--GTA--AATT---AAAACTGACACTGAAGTTT----------------CCA-C--T-T-TTTAACGCTAAAaa
gi|38 : CA--ACA---GTTAAACTGA---T--------C------TG---TTTA--ATATATTC-C--GTA--AATT---AAAACTGACACTGAAGTTT----------------CCA-C--T-T-TTTAATGCTAAA
gi|39 : CA--GCA---TTTGAA-TAA---A--------C------TA---TTTA--TTACATTT-C--GTA--AATTAAAAAAACTGACAC------------T-G-AAA-T-A-TCT-T--T-T-TTCAATGCT
gi|4 : --------A-G--------TTATTCGTGAATGAGGTGTCACAA-------------------GAGAGACACTTCCTC---A-TT----CCTGAATAAT--G--A---CAGAC----AATT-------------G---AA-GATA---------TT--A-TAC---A--------T------TT---TGCA--T-ATATTT-----TA--TATT---AAAACTGACATTTAATTTTTA--T-A-GAA-T------------T-GCCAACGCACAAATAC--AG-ACT--TGA--CT--ATT-CTCAACAA-----T-TTA-AATG-TGT------CGATAAAATGACATTAG--T-C---TACATACTAAAT-G-----------ACTT-TGTTGATGCATAATGATGCTGTTGACATCGGT-ATGCTTGGGCAT-GGACCCA-G-------A-----AAA-TAC--TA------G-T-GAAA---TTAA-A---CTA----CA-A-GTA--TTT------AAA-ATACATGACAGT-ATTTCAT-AAAA----G--TGATTTTTTTATTTAA---GA---T--------ATC---TAAG----GTAATTCAATG-TT-A--G-aa
gi|40 : ttgtgACA--ACA---GTTAAACTGA---A--------C------TG---TTAAGTTTATATTC-C--GTA--AATT---AAAACTGACAC------------T-G-AAG-T-A-CAA-CT-T-T-TTTAACGC
gi|41 : CA--ACA---GTTAAACTGA---A--------C------TG---TTTA--TTATATTC-C--GTA--AATT---AAAACTGACAC--A-----------G-AAG-T-G-CCA-C--T-T-TTTAACGCTAAA
gi|42 : CA--ACA---CTTAAA-TGA---A--------C------TG---TTTA--TTATATTC-T--GTA--AATT---AAAACTGACAC------------T-G-AAA-T-A-CAA-A--GAT-TTCAACGCT
gi|43 : ACA--ACA---GTTAAA-TGA---C--------C------TG---TTTA--TTATATTC-A--GTA--AGTT---AAAACTGACAC------------T-G-AAA-T-A-CCATT--T-T-TTTAATGCTaag
gi|44 : ACA--ACA---ATTAAA-TTA---A--------T------TA---TCTA--TTATATTT-C--ATA--AACT---AAATCTGACATT-------------G-AAA-T-A-CAA-C--T-T-TTCAt
gi|45 : GG---AAGAACATGACC---ACTGAA-TAA---A--------T------TA---TGTA--TAACATTT-T--ATAT-AATT---TAAACTGACATTTAAgtgtcc
gi|46 : gtgatgaa-TT----CTCAAATAAC--G---------ACT-C-AATTATTTTCAGTAATGGA--AA-AACC--ACA---GTTGAA-TTC---A--------C------TT---TTTA--TTATA
gi|47 : TTTAGT-AAAAGTCAG--TGAATTCTCAATTCGT---GA---T--------ATC---T-AG----GTAATTCATTG-T
gi|5 : TCAGT-----CATGGGTAACT------------TT----CTCAAATAAT--GA-G---GG-ATT-T-A-TT--TCTCTGTAACAG---AA-AACA--ACA---TCTGAA-TAA---G---------------------TTA--TT-----------TA--AATT---AAA------------TTGTT---T-C-AAA-T-A-CCA-C----------------AATTAC--AGGATT--TAA--CC--ACT-TTTCACAAATTATT-CCAGTATG-TGT-------TCTATAAAGACATCTG--TACAGAT------GC--T-G-----------ATAC-TG----------GTGAC---------A-AGGA-AGGCTCAGGTGC-AGATCCA-G-------G-----AGG-TA---------------G-A-----TAA-A----TG----CC-AAGTA--GGT------AAA-AA---------T-ATTTTGT-AAAAGT------GAATTCTTTATTAAA---GA---C--------ATC---T-AG----GTAATCCATCA-TA-AG-G-A----ATGTA-------------ATaa
gi|6 : aAA-TGA---G--------A------TA---GTTA--TT---TTT-CA-GTA--AATT---GAAACTTATA--TAAC----AC-T-G-AAA-T-A-TCA-C--T-T-TTCAACACATAAACCC--TC-ACT--GAA--CCTGCTT-CTCCACAT-----C-TGA-T-----GT------CTATATGGCGACATCAG--T-----T------TA--TAG-----------ACAT-GT----------ATG-T---------ATTGTTGACGTTGAGAC-----ATTTACG-------G-----AGG-TA-----------G-T-T-CA---TTAA-AC-TCC-----CC-A-GTA--ATT------AAA-A----------TTATTT-AT-TAACGTTGG--TGA---CTTTATTTAA---GA---T--------ATC---T-GG----GTTATTCATCA-TT-AG-G-A----ATGTA-------------ATTAAC-----TTATATGTTAT
gi|7 : acaattcataagtACAA---AA-AACA--ACA---GTTGAG-AAA---A--------C------TA---TTTA--TTATATTT-A--GTA----TT---AAA---------TAATTTTTG--T-GGAAA-T-A-CCA-C--T-T-TCTGATGCTCATATAC--AT-GCT--CCA--CC--AGT-CTGCACAA-----T-CCA-TACT-CAT------CCATTTAATGACATCAG--T-C---TGC----TA--T-G-----------ATGT-TT----------GTAGT---------ATTGGC-ATGTCCAGGCGT-GGATTAC-G-------G-----AGATTATA-AAATATTGG-T-G-AA---TTAA-AC-TC
gi|8 : AGATAGAATTTATTCAATTTGT-T-TT-TTCC-AGTACTGA---------------T--------ACA--------TTATTTGTAAATAG-------CAAAGGA-ATAAGTA-T-TCA---GTAATGCTTT------A-TT----ATTTATTAA-------------ACTAC-AATTA-TTTC--TAATTGTTT-----TA--ACA---GTTGAA-ACA---A--------C------TA---TTTA--TTGCATTT-C--GTATCTATT---AAAATTGACATTTGCTTATTGT-T-G-AAT-T-A-TCA-C--T-T-TCCAACGTTCA
gi|9 : GGTGT-GGATCAA-GTAACGTCG-----ATA-TATA-CC------G-G-C-AA---GT--------TG----CT-A-ATA--ATA------ATA-A----------T-ACTTTAC-TTAAGTCGG--CTAACTCTTTATTTAA---AA---T--------ATC---T-AG----GTAATTCATCGTTT-G--G-A----ATGTT-------------ATAACTGGT-GTTACA
blockSeqs : A . A T T T A TA A TTT . GTA T T AAAAAAAATTCGTAG T C A CG C TTCACC T CTTCCT CTC A GAAT TGAGGGATTTA AC TTT G TG ACT G C A TTC ACAAAGTAC AAAA GT TAG TCT AAA TTTATTTTTTAATCG G . A T AT A A C AA GG . TT TG T T C ATTAT A G TA CAGGAG AA CTACATACTAAATGACTTTGTTGATGCATAATGATGCTGTTGACATCGGTATGCTTGGGCATGGACCCAGAAAATACTAGTGAAATTAAACTACAA TT TAAAAA C TACATGACAGT C G CA CT TTT TACATTTGA TAG A AAGT T A TCA TTCT CCACACAGAGAGG T ATTC CCACGCAG T A TT TT A ACTA TT TAC A A AA
blockSeqs : T . T . GA T CA . GTT . G AAACTGATTTACGAA A G G CA C ATTCA T CATTC . . . CGATATGATA AT A . C . A C G . CATCTAA AAA . AC TA GT TTTAAATTTTATCG . . . T T A G C . C . . . T . C . . . G . . TTATATATATACATATTTACACTGATGATGTCGGTATGCCATGGAGTTACGTTAGATACCAGTGAAAATTTAAACTTTTGA . ATA . AT T . CG . . AGTT . . . . . GA . . A GGT T A .
blockSeqs : C T AT . GC . A AAAATAATTCAGGAG G C T CA C TACA A TTTTC . . . GGATGGAATT A . . . . G C T . C A . GT A . TTTGATTTTTACCA . . . . T . . G . T . . . T . T . . . T . . TTATATATATGTAATGACGCCGGTATGCTCATTTGCACAACTAGACAGTTAAATGGCAGAAAAATTAACTCCAA . A . TT A . TA . . C . . . . . GA . . T AC
blockSeqs : T CT . TT . T TTATAATTGGCAAG G C A TG C CAAG C CTTCC . . . CGACAGAATT A . . . . T C A . C G . CA T . CTTAATTTTTATCT . . . . . . . A . T . . . T . T . . . T . . ACAGATGCTGATACTGGTGACAAGGAAGGCTCAGGTGCAGATCCAGGAGGTAGATAAATGCCAA . . . AT T . TA . . T . . . . . GG . . T .
blockSeqs : . G AAAATAA G C . CT C CACA G CTTCT . . . TGAAGGAGTT . . . . . G C A . C G . T A . TTTGCTTATTGTTG . . . . . . . C . A . . . A . C . . . T . . TTATAGACATGTATGTATTGTTGACGTTGAGACATTTACGGAGGTAGTTCATTAAACTCCCCA . . . AT T . CG . . T . . . . . GG . . A
blockSeqs : TACA G . . A A CATG T ATGAA . . . CGAGGGAACT . . . . . G . A . C G . T T . TTTAACTTTTATC . . . . . . . T . T . . . T . C . . . G . . TTTATAAAACGACATTGACTCGGGTGCGGGATCCAATACCGGTCAAA . . . TT C . CA . . C . . . . . GT . . .
blockSeqs : . . . . . CCC A CATTC . . . TGACAGACA . . . . . T . A . C G . T A . TTTAATCCTTATC . . . . . . . C . T . . . C . C . . . G . . . . . A A . TG . . A . . . . . GA . .
blockSeqs : . G T CTTT . . . TGAGAATT . . . . . C . C . C A . C T . TTTAATTTTTATA . . . . . . . C . T . . . T . C . . . G . . . . . C C . CA . . T . . . . . GG . .
blockSeqs : T TC . . . TGGGGTA . . . . . G . G . A A . C T . TTTATTTTTATA . . . . . . . C . T . . . G . . . . . T . . . . . T C . CA . . T . . . . . GG . .
blockSeqs : TC . . . CGACTCA . . . . . G . A . C A . C A . TAATTTTTGTGG . . . . . . . C . G . . . . . . . . . . . . . . . T T . TG . . T . . . . . G . .
blockSeqs : . . . . ACTACA . . . . . G . A . C A . C A . CTTTTTCATT . . . . . . . G . C . . . T T . CG . . T . . . . . G .
blockSeqs : . . . CATGA . . . . . T . A . C T . T T . TATTTATCG . . . . . . . C . T . . . T C . T . . T . . . . . G
blockSeqs : . . . CTTA . . . . . A . G . C G . A A . TTTTTTCCG . . . . . . . A . . . . . T A . . . . C . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . A . T . C G . C A . CTGAAGTTT . . . . . . . A . . . T T . . . . T . . . .
blockSeqs : . . . . . T . G . C G . C T . CTGAAGTTT . . . . . . . C . . . . T . . . . T . . .
blockSeqs : . . . . A . G . C G . T A . CTATACTA . . . . . . . A . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . A . G . C G . C A . TAACACTG . . . . . . . A
blockSeqs : . . . . A . G . C G . C A . TTGTTTC . . . . . . . A
blockSeqs : . . . . G . A . T A . C A . TTCTG . . . . . . . C
blockSeqs : . . . A . A . C T . C A . CATGG . . . . . . . A
blockSeqs : . . A . G . C G . C T . TAAT . . . . . . . T
blockSeqs : . . A . G . C G . C A . CTG . . . . . . . C
blockSeqs : . . A . G . C G . T A . CTG . . . . . . . C
blockSeqs : . . A . G . T G . A A . CTG . . . . . . . .
blockSeqs : . . G . T . T A . C A . CTG . . . . . . .
blockSeqs : . . G . A . C A . T A . CTG . . . . . . .
blockSeqs : . . G . T . A T . A A . CTG . . . . . . .
blockSeqs : . . G . A . C A . C A . CAG . . . . . . .
blockSeqs : . . G . G . C A . . . . CTG . . . . . . .
blockSeqs : . . . . A . . A . . . . CTG . . . . . . .
blockSeqs : . . . . C . . . . . . . TTG . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . .
blockSeqs : .
blockSeqCons : AAAATAATTCAGGAG******************** CACG***** CGACGGAATT********** CTTTTATG********* ** GG** GC**
originalCons : GACTTTTTCGTAGTTAACATTA-ATATGTGANATAGAATTTATTCAANT-GT-T-TT-TTCC-GNTACTGA--A-AAN--------T--------A-A--------TTATTCGCGAATGGGGTGTCACAAATGACGTCAGT--T-TCACGAGNGACTCTTTC-C---A-TT----CCCGAATAAC--G--G---GA-ACT-T-AATT--TTTCAGTAACGG---AA-AACA--ACA---GTTGAA-TGA---A--------C------TG---TTTA--TTACATTT-C--GTA--AATT---AAAACTGACACTTAATTTTTA--T-G-AAA-T-A-CCA-C--T-T-TTCAACGCTCAAATAC--AT-ACT--TAA--CC--ATT-CTCCACAA-----T-TCA-TACT-TGT------CTATATAATGACGTCAG--T-C---T------TA--T-G-----------ACAT-TG----------ATGAT---------ATCGGT-ATGCTCGGGCGC-GGATCCA-G-------G-----ANA-TATA-CA------G-T-G-AA---TTAA-AC-TCTG----CC-A-GTA--GTT------AAA-A----------T-ATTTCGT-AAAAGTCGG--TGAATTCTTTATTCAA---GA---T--------ATC---T-AG----GTAATTCATCG-TT-A--G-A----ATGTA-------------ATTAATGGT-ATTACATGTAATACGCAGTGTAGAANTATAGTNNCCAANNAGTTCAAGTNGTACTATAATTAATGTTACTGATCATNTCACGTTNTAATAAAACGA
finalCons : GACTTTTTCGTAGTTAACATTA-ATATGTGANATAGAATTTATTCAANT-GT-T-TT-TTCC-GNTACTGAAAAATAATTCAGGAG--------------------TTATTCGCGAATGGGGTGTCACAAATGACGTCAGTCACG-----AGNGACTCTTTC-C---A-TT----CCCGAATAACGACGGAATT----------ATT--TTTCAGTAACGG---AA-AACA--ACA---GTTGAA-TGA---A--------C------TG---TTTA--TTACATTT-C--GTA--AATT---AAAACTGACACTTTTATG---------AAA-T-A-CCA-C--T-T-TTCAACGCTCAAATAC--AT-ACT--TAA--CC--ATT-CTCCACAA-----T-TCA-TACT-TGT------CTATATAATGACGTCAG--T-C---T------TA--T-G-----------ACAT-TG----------ATGAT---------ATCGGT-ATGCTCGGGCGC-GGATCCA-G-------G-----ANA-TATA-CA------G-T-G-AA---TTAA-AC-TCTG----CC-A-GTA--GTT------AAA-A----------T-ATTTCGT-AAAAGTCGG--TGAATTCTTTATTCAA---GA---T--------ATC---T-AG----GTAATTCATCG-TT-AGG--A----ATGTA-------------ATTAATGC--ATTACATGTAATACGCAGTGTAGAANTATAGTNNCCAANNAGTTCAAGTNGTACTATAATTAATGTTACTGATCATNTCACGTTNTAATAAAACGA
Alignments
lowQualScore : 11 1 1 1 111 1 333333 1111111 111 666666666666666666666666666 111111 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 111111 222222222222 2222222222222 333333 222222222 2222 11 222 11
lowQualScore : 2 88 5 7 3 7 2 44 0 1 000 8 9999 6 1 3 1 111111 1 0 55 88 55 3333333 1 666666 333 777 5555 0 33 666 0 444 44 1 1 22 222 2 5 2 222 444444444444444 4444 11 0 7777 555 333 22222 2222 111111111111111111111111111 1 3 1 1 2 44 2 2 0 33 33 55 55 55 1 3 1 99999 3 3 0 55 000000 0 55 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 33 444444 2 111111111111 4 2 88 33 0 444 999999999999 444 2 5555 0 88888 555 0000000000000 222222 444444444 1 7 22 22 1 4444 88 111 1 1 88
lowQualScore : . .. . . . . . .. . . ... . .... . . . . ...... . . .. .. .. ....... . ...... ... ... .... . .. ... . ... .. . . .. ... . . . ... ............... .... .. . .... ... ... ..... .... ........................... . . . . . .. . . . .. .. .. .. .. . . . ..... . . . .. ...... . .. ........................................................................................................................................................ .. ...... . ............ . . .. .. . ... ............ ... . .... . ..... ... ............. ...... ......... . . .. .. . .... .. ... . . ..
lowQualScore : 5 00 5 3 3 3 0 22 8 0 444 0 3333 7 0 5 2 777777 4 1 66 11 66 0000000 0 666666 555 999 7777 5 77 111 2 777 22 9 2 99 111 9 9 5 111 999999999999999 7777 66 2 2222 000 777 99999 5555 222222222222222222222222222 2 6 2 2 4 11 4 4 8 99 00 00 00 00 4 6 2 11111 6 6 2 55 555555 2 00 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 44 111111 5 000000000000 9 4 00 22 7 111 222222222222 111 4 0000 8 33333 888 0000000000000 999999 777777777 0 3 00 00 0 0000 55 000 0 0 55
consensus : GACTTTTTCGTAGTTAACATTA-ATATGTGANATAGAATTTATTCAANT-GT-T-TT-TTCC-GNTACTGAAAA-TAATTCAGG--AGTTATTCGCGAATGGGGTGTCA-CAAATGACGTCAGTCACG----AGNG-ACTCTTT-C-C---ATT----CCCGAAT--AACGACGGAATT---ATTTTTCAGTAACGGAA-AA-CA--ACA---GTTGAA-TGA---A--------C------TG---TTTA--TTACATTT-C--GTA--AATT---AAAACT-----GA----CA-----C-----TT-----TTA----T-G-AAA-T-A-CCA-C--T-T-TTCAACGCTCAAATAC--AT-ACT--TAA--CC--ATT-CTCCACAA-----T-TCA-TACT-TGT------CTATATAATGACGTCAG--T-C---T------TA--T-G-----------ACAT-TG----------ATGAT---------ATCGGT-ATGCTCGGGCGC-GGATCCA-G-------G-----ANA-TATA-CA------G-T-G-AA---TTAA-AC-TCTG----CC-A-GTA--GTT------AAA-A----------T-ATTTCGT-AAAAGTCGG--TGAATTCTTTATTCAA---GA---T--------ATC---T-AG----GTAATTCATCGTTAGGA-----ATG---TA-------------ATTAAT-G--CATTACATGTAATACGCAGTGTAGAANTATAGTNNCCAANNAGTTCAAGTNGTACTATAATTAATGTTACTGATCATNTCACGTTNTAATAAAACGA
Reference ( family-465 ) : GACTTTTTCGTAGTTAACATTA-ATATGTGANATAGAATTTATTCAANT-GT-T-TT-TTCC-GNTACTGAAAAATAATTCAGG--AGTTATTCGCGAATGGGGTGTCA-CAAATGACGTCAGTCACG----AGNG-ACTCTTT-C-C---ATT----CCCGAAT--AACGACGGAATT---ATTTTTCAGTAACGGAA-AA-CA--ACA---GTTGAA-TGA---A--------C------TG---TTTA--TTACATTT-C--GTA--AATT---AAAACT-----GA----CA-----C-----TT-----TTA----T-G-AAA-T-A-CCA-C--T-T-TTCAACGCTCAAATAC--AT-ACT--TAA--CC--ATT-CTCCACAA-----T-TCA-TACT-TGT------CTATATAATGACGTCAG--T-C---T------TA--T-G-----------ACAT-TG----------ATGAT---------ATCGGT-ATGCTCGGGCGC-GGATCCA-G-------G-----ANA-TATA-CA------G-T-G-AA---TTAA-AC-TCTG----CC-A-GTA--GTT------AAA-A----------T-ATTTCGT-AAAAGTCGG--TGAATTCTTTATTCAA---GA---T--------ATC---T-AG----GTAATTCATCGTTAGGA-----ATG---TA-------------ATTAAT-G--CATTACATGTAATACGCAGTGTAGAANTATAGTNNCCAANNAGTTCAAGTNGTACTATAATTAATGTTACTGATCATNTCACGTTNTAATAAAACGA
gi|1 : GACTTTTTCATAGTTA-CA--A-ATA-GTGAAATAGAATTTAGGCAAAA-GTCT-TT-TTCC-GTTACTGAAAACTAATT----------ATTCGTGAATGGGGTTTCA-CAAATGACGTCGGTGATGTCATAGGGCACTCTTT-C-C---ATT----CCTGAAT--A-CTA-GTAACTTGAATTTTTCAGTAATGAAA-AG-CA--ACT---GTTGAA-TAA---A--------C------TA---TTTA--TTACATTT-T--ATA--TATT---AAAACT-----GA----CA-----T-----TTAATTTTTA----T-C-AAA-TTA-CCA-T--T-T-TCCAATGCTCAAATAT--GT-ACACATAA--TC--ATT-CCCCTTAG-----T-TCA-CACT-TGT------CTATATAATGACATCAA--T-A---T------CA--T-G-----------ACAT-CA----------ACAAA---------ATCAGT-GTGCTCAGGTGT-GAATCCA-G-------G-----ATA-TATA-CA------G-TTGTAA---TTTA-AC-TCTGTGTACC-G-GTA--GTT------AAA-A----------C-ATTTTGT-AAAAGTCGA--TGAACTCTTAATTCAA---GA---T--------ATA---T-AG----GTAATTCATCACTA-GA-----GTG---TA-------------ATTAATGG--TATTACATGTAATATACAATGTAGAACTATAGTGACCAAAAAGTTTAAATTGT----TAA--AATGT---TGATCATTTCATATTTT--TAAAACGA
gi|10 : AATTTAATCAACA-GT-T-GTATTGC-GTTACGAAAAAAAAATTC-GT--AGTTATTTGCCAATAGTGTGTCA-CAAATGACGTATTTCACC----AGTG-AC---TT-C-CA--ATT----CCCAATT--AAC-ATG---------------AGTAATGGAA-----A--ACA---TTTGAA-TAA---A--------C------TA---TTTA--TTACATTT-T--GTA--AATC---AAAACT-----G------A-----C-----T-----------------------------C--T-T-TCCAACGCTCAAA
gi|11 : ataact-TTAC-GGTGCTGAAAACTGATTTACG--AATTATTCACGAATGGAG----------TGACATCAGATACA----AATG-GTTCATT-C-C---ATT----CGCAAAT--AACGATATGATA---ATGT---AGTCACGGAA-AT-CA--ACA---GTTAAA---A-------------------TG---TC----TTACA---------A-----T---GAAACG-----GA----CATTTATT-----TT-----TTAAT--C-G-ATT-T-A-CCG-C--T-T-GCCAACGTCCAAA
gi|12 : tgTAATGGAA-AA-CA--ATA---GCT-AC-TGA---AACAAAGTAC------TAAAATTCA--TTACAATT-T--ATA--TATC---AAAACT-----AAAATTTA-----T-----TT-----TTA----T-A-GAA-T-AACCA-C--T-T-TCCAACATTCAAAAAC--AC-AGA--TAATTCC--GTTTCTCCACAA-----T-TCA-CATG-TGT------CTATAAAATAACGTCAG--T-----T------TA--T-
gi|13 : actatccaTTTTT-C-C---ATT----TCTGAAT--AACT---TAATT---ACTTTT-AGTAACGGAA-AT-CC--ACA---TTTGAA-TTA---A--------C------TG---TTTA--TTACAT---------------------ACC-----GG----TA-----T-----AT-----TTA----TCG-AAT-T-A--TA-C--C-T-TCC----CTGGA---------GCT--TAA--CC--ATT-CTGCACCA-----T-TCA-TTCT-TGT------CTATATAACAACATCTA--T-----T------TA--T---------------AT-CC----------ATGAT---------Aa
gi|14 : tGCTAATGTGGTGTCA-----TGACATCAGTCAAG----AGAG-AGTCTTC-C-C---ATC----CACAAAC--AAGGATGGAATT---ATTTTTCAGTAACAGAA-AA-CT--GCA---GTATAA-TAA---A--------C------TG---TATA--TTACAGTT-T--GTA--AATT---AAAACC-----AA----CA-----C-------------------T-G-AAA-T-A-CCA----T-T-TTTAATGCTAAAATaca
gi|15 : aaaaataactaAATGACGTTAG--T-T---TA-----TA--T-ATATACATATTTACAC-TG----------ATGAT---------GTCGGT-ATGC-----CAT-GGAGTTA-C-------G-----TTA-GATACCA------G-T-G-AAAATTTAA-ACTTTTG-------A-GTC--ATTTAAAAAAAA-A----------A-AATTCAT-AGAAGTCAT--TGAACTCTTCATTCAA---AA---C--------ATC---C-AGAAGTGTAATTC
gi|16 : -CG------G-T-G-AA---TTAATAC---------CC-ACGTA--ATT------AAA-C----------C-ATTTTAT-GAAAGTCGG--TGAGTTGTTTA-TCAA---TA---T--------GTC---T-AG----GTAA---AT-GTTATCAATTCTATG---TACCACACAGAGAGGATTAAT-ATTCATTCCATGTACCACGCAG-ATAGAGTTATA
gi|17 : tgtagttaaaactGTCAACAAA----ATCAATCGTG----AGCG-ACTCTTC-T-C---AT-----CCTGAAT--AATGA--GAATT---ATTTTTCAAGAATGGAA-AA-AA--AAAACTGCTGAA-TAATTCA--------C------TG---TTCA--TTACATTT-C--TTT--TATT---AAAACT-----AA----CT-----T-----TT-----TCA----T-T-----T-A-CCA-T--T-T-TCCAAAGC
gi|18 : atgtaAGTAATAAAA-GA-CA--ACA---GTTGAA-TAA---A--------C---------------------ATT--C--ACA--AGAT---AAAA-T-----GG----CA-----T-----TTAAATTTTA----TCG-AAA-T-G-TCA-C--C-T-TTTAATACCCCAATAC--AT-ACT--TAA--CC--ATT-TTCCG-AA-----TATCA-TTTT-TGT------CTATACAATGGTGTCAG--T-C----------TA--T-GC----------ACAT-
gi|19 : A--T-G-----------ATGT-TG----------ATGAT---------ATCTGT-ATGC-------------------------------ATA-TGTG-AG------A-T-G-AAA--TTAA-AC-T-TG----GG-A-GTA--GTA------ACA-A----------T-ATTTAAT-AAAAGTTAG--TTAATTCTTTATTCAA---GA---T--------ATC---T-AT----GCAATTCATTATTAGAA-----ATG---AA-------------ATAAAaa
gi|2 : atgttgtaTTTTAGT--TTAACATTA-ATATGT-ATACAGCATATATTCAAAT-GT-T-GC-TTCCTGATACTGATTA-TAATT--GGCAAGTTGTTCACGACTGGG-TGTTA-GAAGTGATGTCAGTCACA----GGGG-ATGATGA-A-C---ATTGAATCCTGAAT--AGTGGGGTAGTC---ATTTT-----AATGGGA-AA-CA--ATA---TTTTAA-TAC---A--------C------TA---TTTA--TAACATTT----------ATTGT-AAAACT-----GG----CA-----T-----TTGATTTTTA----CCA-AAA-T-A-CCA-C--T-T-TCCAACACTTAAGTTA--AT-AAT--T---------TT-CACTATAA-----T-TCA-TATTATTT------CTGTATAATGTCATCAG--T-----T------TA--T-AT----------ATATGTA----------ATGAC---------GCCGGT-ATGCTCATTTGC-ACAACTA-G-------ACAGTTAAA-TG-G-CA------G-A-A-AA---ATTA-AC-TC------CA-A-GTA--GTTATA---AAA-A----------T-ACTTTAT-AAAAATT-G--TAAATTCTTTATTCAA---GA---C--------AGC---T-GG----ATAATTCATTGTTAaattgat
gi|20 : gaatctttcatgATCTA-G-------G-----AGG-TA-----------G-T-G-AAA--TTAA-AC-TC------CCAA-GTA--GTTA-----AAA-A----------T-ATTTTGT-AAAAGTTAG--TTAATTATTTAATCAA---GA---A--------ATCTAGT-AG----GCAATTCATTGTTAAGA-----ATT---TA-------------AATAAT-ac
gi|21 : tttatgatgttgtcgatgtc---ATT----CCAGAAT--AACGACAGAATT---ATTTTTCAGTAACGGAA-AA-AAC-ACA---GTTCAA-TCA---A----------------A---TCTA--TT---TTT-C--ATA--TATT---GAAATT-----GA----CA-----CTTAATTT-----TTA----TCT-AAT-T-A-CAA-A--T-TATCCAACGTTCCAATAaagtta
gi|22 : TTA--TTACATTT-C--GTT--TATT---GAAACT-----GA----TATTTAAC-----TT-----TTA----T-C-AAA-T-A-CTA-C--T-T-TCCTACGCTCAAACACAAAA-ACT--GAA--AT--AAT-ATCTCTAA-----T-TTA-TACT-GGTCAGGAGCTATATA
gi|23 : TTATACATGTAAC-TAAGATT-ATTCAACT-GT-TGTT-TTCA-GTTGCTGTAAAATAATTCAGG--AGTTATTCACGAATAGGGTGTCA-CAGTTAACTTCAGTC-CC----AGTG-------T-C-C---ATT----CACAAAT--Ataa
gi|24 : ac---ATT----CCCAAAT--AATGAAGGAGTT---ATTTTACAGTAAAGGAA-AA-CA--GCA---G-TGAA-TGA---A--------A------TA---TTTA--TAATAGTT-T--GTT--AAT-----------------------------------------------------AA-T-----A-C--T-T-TTTAATGCTCAAGTAC--AT-
gi|25 : tctgagttacaA-CA--ACA---GTTGAA-TAA---C--------C------TAAA-TTTA--TTACATTT-TAGGTA--A-TT---AAAAGA-----AA----CA-----T-----TTAATCCTTA----T-C-AAAGT-A-TTA-CATTAT-TTAAATGCTCAAATAT--AT-AC
gi|26 : TA----CC-A-GTGTTGTT------AAA-AA---------T-ACTTCAT-GACAGT--G--TTAGTTCTTTGTTCAG---TT---T--------ATC---C-AG----GTGAATCATTGTTAGAA-----ATG---TA-------------AT
gi|27 : caggagatagttataTTTTCAATCACGGAA-AA-CA--ACA---TTTGAA-TAA---A--------CATCTAATA---TTTA--GTACATTT-A--GCA--AATT---TAAACT-----GA----CA-----C-------------------T-G-AAA-A-A-ACA-C--T-T-TTCAACGCTGAAac
gi|28 : c-TATA-CA------GGT-G-AA---TTTATAC-TACG-------A-GTA--GTT------AAA-A----------T-ATTTACT-GAA-GTCGACTTTAATTCTTTCTT--------------------------T-AG----GTAATCCATCGTTAGGA-----ATG---TA-------------AT
gi|29 : tgA-TATATCC------G-T-G-AAA--TTAA-AC-T-------------------T------AAA-C----------TTATTCCAT-AAA-GTCAA--TAAATTCTTTATTCGC---GA---T--------ATC---C-AA----ATAATTCATCATTAGGA-----ATG---agc
gi|3 : tatttCTCATT-C-CCTCATT----CCCGAAC--AGCGAGGGAACT---ATTTTTCAACAACAGAA-AA-CA--ATA---GTATTA-TAA---A--------C------TT---TTCA--TTTCATTT-C--GTA--TATA---AAAACT-----CA----CAT----T-----TT-----TTC----C-G-AAT-T-A-GCA-C--T-T-TCCAGCTTTCA---GC--AT-CAT--CAA--CT--A---------AG-----T-TCA-TACG-TGT------CTAAATAATGGCGTAAGAAT-T---T------TA--T-A-----------A-----A----------ACGAC---------ATTG-----ACTCGGGTGCGGGATCCA--------------------ATA-CC------G------G---TCAA-A----------------------T------AAA-A--------------CTCGC-AAAA----G--TGAATTCCTTATTCAATTTGAAGTT--------GTC---T-TT----GTAATTTATTTTTAGTA-----ATG--------------------TAAT-A--CATTAAATATA--------TGTTAAAAAAT-GTTTCCAATTAGTTCAAGTAATACTATAATTAATATTACTGATCATATCACGTTATAATAAAACAA
gi|30 : cgt-GTA--GGT------AAA-AA---------T-ATTTTGT-AAAATTTGG--TGATTTCTTTATTTAA---GA---TACATTTGAATG---T-GG----GTAATTCTTCATTAGAA-----ATA---TA-------------ATa
gi|31 : atTT---ATTTTTCAGTAACGGAA-AA-CA------------------------------------------TTTA--TTATATTAAC--ACA--AATT---AAAACC-----GA------------------------TTC----T-G-AAA-T-A-CCA-C--T-T-TTCAACACTAAAATA---AT-ACa
gi|32 : ------G-T-G-AAA--TTAA-AC-TC------CA-A-ACA--GTC------AAACA----------T-GTTTTGTGAAAAGTCAG--ATAATCTTTTATTCAA---GG---T--------AGC---T-CG----GTAATTCGT
gi|33 : A-CA--ACA---GTTATA-TGA---A--------C------TG---TTTA--TTATATTTGT--GTG--AATT---AAAAGT-----------CA-----C-----TA-----TAC----T-A-AAA-T-A-CTA-CT-T-T-TTCAACACTAAAag
gi|34 : A-CT--ACA---GTTAAA-CTA---A--------C------TG---TGTA--TTATAATC-C--GTA--TATT---AAAACT-----GC----CA-----C-------------------T-G-AAA-T-A-CAATT--T-T-TTCAGCGCTCAA
gi|35 : -AA-CA--ACA---GTTTAA-TGA---A--------C------TG---TTTA--TTATATTC-T--GTA--AATT---TAAAC-------A----TA-----C--------------A----TGG-AAA-T-A-ACA-C--T-T-TTCAACGCTAAA
gi|36 : A-CA--ACA---GTTAAACTGA---A--------C------TG---TGTA--TTATAGTC-C--GTA--AATT---AAAACT-----GA----CA-----C-------------------T-G-AAG-T-A-ACA-C--T-TGTTTAACGTT
gi|37 : -CA--ACA---GTTAAACTGA---A--------C------TG---TTTA--TTATATTC-C--GTA--AATT---AAAACT-----GA----CA-----C-------------------T-G-AAGTT-T-CCA-C--T-T-TTTAACGCTAAAaa
gi|38 : -CA--ACA---GTTAAACTGA---T--------C------TG---TTTA--ATATATTC-C--GTA--AATT---AAAACT-----GA----CA-----C-------------------T-G-AAGTT-T-CCA-C--T-T-TTTAATGCTAAA
gi|39 : -CA--GCA---TTTGAA-TAA---A--------C------TA---TTTA--TTACATTT-C--GTA--AATTAAAAAAACT-----GA----CA-----C-------------------T-G-AAA-T-A-TCT-T--T-T-TTCAATGCT
gi|4 : G--AGTTATTCGTGAATGAGGTGTCA-CAA--------------G----AGAG-ACACTTC-CTC---ATT----CCTGAAT--AATGACAGA---------------CAATTGAA-GA-TA---------TT--A-TAC---A--------T------TT---TGCA--T-ATATTT-----TA--TATT---AAAACT-----GA----CA-----T-----TTAATTTTTA----T-A-GAA-T------------T-GCCAACGCACAAATAC--AG-ACT--TGA--CT--ATT-CTCAACAA-----T-TTA-AATG-TGT------CGATAAAATGACATTAG--T-C---TACATACTAAAT-G-----------ACTT-TGTTGATGCATAATGATGCTGTTGACATCGGT-ATGCTTGGGCAT-GGACCCA-G-------A-----AAA-TAC--TA------G-T-GAAA---TTAA-A---CTA----CA-A-GTA--TTT------AAA-ATACATGACAGT-ATTTCAT-AAAA----G--TGATTTTTTTATTTAA---GA---T--------ATC---TAAG----GTAATTCAATGTTAGaa
gi|40 : ttgtA-CA--ACA---GTTAAACTGA---A--------C------TG---TTAAGTTTATATTC-C--GTA--AATT---AAAACT-----GA----CA-----C-------------------T-G-AAG-T-A-CAA-CT-T-T-TTTAACGC
gi|41 : -CA--ACA---GTTAAACTGA---A--------C------TG---TTTA--TTATATTC-C--GTA--AATT---AAAACT-----GA----CA-----C--------------A------G-AAG-T-G-CCA-C--T-T-TTTAACGCTAAA
gi|42 : -CA--ACA---CTTAAA-TGA---A--------C------TG---TTTA--TTATATTC-T--GTA--AATT---AAAACT-----GA----CA-----C-------------------T-G-AAA-T-A-CAA-A--GAT-TTCAACGCT
gi|43 : A-CA--ACA---GTTAAA-TGA---C--------C------TG---TTTA--TTATATTC-A--GTA--AGTT---AAAACT-----GA----CA-----C-------------------T-G-AAA-T-A-CCATT--T-T-TTTAATGCTaag
gi|44 : A-CA--ACA---ATTAAA-TTA---A--------T------TA---TCTA--TTATATTT-C--ATA--AACT---AAATCT-----GA----CA-----T-----T---------------G-AAA-T-A-CAA-C--T-T-TTCAt
gi|45 : GGAAGAA-CATGACC---ACTGAA-TAA---A--------T------TA---TGTA--TAACATTT-T--ATAT-AATT---TAAACT-----GA----CA-----T-----TT-----gtgtcc
gi|46 : gtgatgaaTT----CTCAAAT--AACGACTCAATT---ATTTT-CAGTAATGGAA-AAACC--ACA---GTTGAA-TTC---A--------C------TT---TTTA--TTATAaa
gi|47 : TTTAGT-AAAAGTCAG--TGAATTCTCAATTCGT---GA---T--------ATC---T-AG----GTAATTCATTGT
gi|5 : TCAGTCATG----GGTA-ACT------------TT----CTCAAAT--AATGAGGGATTT---ATTTCTCTGTAACAGAA-AA-CA--ACA---TCTGAA-TAA---G---------------------TTA--TT-----------TA--AATT---AAA-TT-----G------------------TT-----TCA---------AA-T-A-CCA-C----------------AATTAC--AGGATT--TAA--CC--ACT-TTTCACAAATTATT-CCAGTATG-TGT-------TCTATAAAGACATCTG--TACAGAT------GC--T-G-----------ATAC-TG----------GTGAC---------A-AGGA-AGGCTCAGGTGC-AGATCCA-G-------G-----AGG-TA---------------G-A-----TAA-A----TG----CC-AAGTA--GGT------AAA-AA---------T-ATTTTGT-AAAAGT------GAATTCTTTATTAAA---GA---C--------ATC---T-AG----GTAATCCATCATAAGGA-----ATG---TA-------------ATaa
gi|6 : aAA-TGA---G--------A------TA---GTTA--TT---TTT-CA-GTA--AATT---GAAACTTATATAA----CA-----C-----T---------------G-AAA-T-A-TCA-C--T-T-TTCAACACATAAACCC--TC-ACT--GAA--CCTGCTT-CTCCACAT-----C-TGA-T-----GT------CTATATGGCGACATCAG--T-----T------TA--TAG-----------ACAT-GT----------ATG-T---------ATTGTTGACGTTGAGAC-----ATTTACG-------G-----AGG-TA-----------G-T-T-CA---TTAA-AC-TCC-----CC-A-GTA--ATT------AAA-A----------TTATTT-AT-TAACGTTGG--TGA---CTTTATTTAA---GA---T--------ATC---T-GG----GTTATTCATCATTAGGA-----ATG---TA-------------ATTAAC------TTATATGTTAT
gi|7 : acaattcataagtACAAAA-AA-CA--ACA---GTTGAG-AAA---A--------C------TA---TTTA--TTATATTT-A--GTA----TT---AAA--T-----AA----T------------TT-----TTG----T-GGAAA-T-A-CCA-C--T-T-TCTGATGCTCATATAC--AT-GCT--CCA--CC--AGT-CTGCACAA-----T-CCA-TACT-CAT------CCATTTAATGACATCAG--T-C---TGC----TA--T-G-----------ATGT-TT----------GTAGT---------ATTGGC-ATGTCCAGGCGT-GGATTAC-G-------G-----AGATTATA-AAATATTGG-T-G-AA---TTAA-AC-TC
gi|8 : AGATAGAATTTATTCAATTTGT-T-TT-TTCC-AGTACTGA----TA---CA------TTATTTGTAAATAG--------CAAAGGA-ATAAGTATTC----AGTA-ATGCTTTAT-T---ATT----T----ATTAAACTAC--AATT---ATTTCTAATTGTTT-------TA--ACA---GTTGAA-ACA---A--------C------TA---TTTA--TTGCATTT-C--GTATCTATT---AAAATT-----GA----CA-----T-----TTGC---TTATTGTT-G-AAT-T-A-TCA-C--T-T-TCCAACGTTCA
gi|9 : GGTGT-GGATCAA-GTAACGTCG-----ATA-TATA-CC------G-G-C-AA---GT--------TG----CT-A-ATA--ATA------ATA-A----------T-ACTTTAC-TTAAGTCGG--CTAACTCTTTATTTAA---AA---T--------ATC---T-AG----GTAATTCATCGTTTGGA-----ATGTTATA-------------ACTGGT-G----TTACA