lowQualScore : 22222222 4444444444444444444444444444444444 11111111 11111 5555555555555555555555555555555 1 5555555555555555 1 1 11111 11 1 1 22 11 11 111111111 1
lowQualScore : 66 777 33333333 4444444444444444444444444444444444 66 66666666 0 11111 6666666666666666666666666666666 2 2 0 1 4444444444444444 2 3 2 99999 1 44 0 2 77777 33 77777 888888 9 3 5 7 2 2 55 55 2 5555 66 2 000000000 33 2 0 33 1 33 99 0
lowQualScore : .. ... ........ .................................. .. ........ . ..... ............................... . . . . ................ . . . ..... . .. . . ..... .. ..... ...... . . . . . . .. .. . .... .. . ......... .. . . .. . .. .. .
lowQualScore : 55 888 11111111 1111111111111111111111111111111111 11 22222222 1 11111 6666666666666666666666666666666 7 7 1 7 5555555555555555 2 6 9 22222 7 88 5 8 11111 99 77777 888888 5 1 0 0 9 6 99 99 9 3333 88 1 000000000 44 5 7 77 0 99 22 5
consensus : CAGAGGCGTAGCTGCC-TTA--------AGGCC---GT--G------------TA------------CA--CCT-----T--TCTCCGA-----AAANT--G-AAAAAA---C---C-AACAA-C-GCCAA-AAA-TGCAATAAAAAGTGA---TT---G-G--G--ATAGGCCTAAGGGGTAA-AATG---AGGCGAGAAGTTGTGTTTATTGTGTTTGA-----TAATGCTGTAAAATAA--GTTTC-----T------GTGTAT-TTTTGCACGTG-AACGTACATTTTGCTCA-ATC-ATCAT----ATGACCCATGAGTAATAGCT---------G--T-AAATATGTCTTGAAATG--CACCAGAAGCCACCATTT--CA--AGTTCATATTTAA
Reference ( gi|5 ) : CAGAGGCGTGGCTGCT-TTA--------AGGCC---GT--G------------TA------------CA--CCT-----T--TCTCCGA-----AAATT--ACAAAAAA---C---CCAACAA-C-AACAA-AAA-TGCAATAAAATGTGA---AT---A-G--A--ATAGGCCTAAGTGGTTA-AATA---GGGCGAGAAGTTGCATTTATTGTGTTTGA-----TAATGCTGTAAAATAA--GTTTC-----T------GTTTAT-TTGTGTATGTG-ACCGTAC-TTTTGCTCA-TTC-ATCAT----ATGCCCCATGAGTAATAGCT---------G--T-AAATATGTCTTGAAATG--CATCAGAAGCCACCATTT--CA--AGTTCATATATAA
gi|17 : CAGAAACGTGACTGCCCTTAGGTCGTACAGGCCCGGGC--A------------TA------------GA--CCT-----G--TCTCCGA-----AAAT--------AAA---CG--CCAA---------GA-AAA-TGCATTAAAAGGTGATTGCT---A-G--G--ATAGG
gi|1 : gtattgtAGAGGCGTA-CTGCC-TTA--------AGGCA---GG--GCC----------TA------------CA--CCT-----T--TCTCCGA-----AAAAT--G-AAAAAA---T-----AACGC-C-GAAAA-AAG-TGCAATAAGATAT-------------------TCG---TAAGAGGTAA-AATG---TAGAGAGAAGTTGTGTTTATTGTAATTGA-----TAATGCTGTTAAATAA--GTGTC-----T------GTGTAT-GTTTGCACGTG-AACGTTCATTTTGTTCA-ATT-ATCAT----ATGACCCATGAGTAAAAGCT---------G--T-AAATATGTCTTGAAACG--CACCAGAAGTCACAATTT--CA--CGTTCATATAtttt
gi|6 : AGAGGCGTAGCTGCT-TTT--------AGGCC---GTAGG------------CC------------CAGTCCTACAGCT--TCTCCGA-----AAATG--AAAACAAA---T-----AA-AA-C-GTCAA-AAA-TGCAATAAAAAGTGA---TTTG-G-G--G--ATAGGCTTA-GAGGTAA-AACG---AGGCAAGAAGTTGTGCTTATTGTGTTAGA-----TACTGCTGTAAAATAA--ATTTC-----T------GCGTAC-TTTTACACGTG-AACGTACTTTTTGCTCA-ATC-ATCAT----ATGACCCATAAGTGATAGCT---------G--CAAAATATGTCTTGAAGTA--CACCAGAAGCCACcgcaccagaagtcaccatttcacgttcatattaaaaaatgtatgggggaaca
gi|8 : AGAGGCGTAGCTGCC-ATA--------AGGCC---GT--A------------TA------------GG--CC-----------------------------CAGG----------CCTACAT-TGAAAAA-AAA-CGTGAT----TG------GT---A-G-----ATAGGTCTCAG-GGTAA-AATG---AGGCG---------ATTTG------TTGA-----TAATGCTGTAAACTAAATGTCTT-----T------GTTT-T-TTTTGCACGTG-AACGTACATTTTGCTTA-ATG-AACAT----ATG-----------ATAGCT---------G--C-AAATGTGTCTTAAAATG--CATCAGAAGCCACAATTT--CA--AGTTCATA
gi|10 : GAGGCGTAGCTGTT-GTGT-------GGGCC----T--G------------GG------------CA--CCT-----T--TCTCCGA-----AAAAT--G-AAAAAA---T-----AAAAA-C-GACAA-AAA-TGCAATAAAAAGTGA---AT---G-G--GG-ATATGCCTAAGGGATAA-AATG---AGACGAGAAGTTGTGTTTGTTGTGTTTGT-----TGATGCTGTATC-TAC--GTTTC-----T------TAGTAT-TTTTGCATGTTTAACATAC-ATTTGCTCA-GCC-GTCAT----ATGCGCCATGAGTAATAGCT---------G--T-Aattaaaaaatgtatgg
gi|7 : GAGACGTACTTACC-ATA--------ATGCC---GT--GAAGACATCGGCCTA------------CA--CCT-----T--TCTCTAAGTGAAAAATG--ACAATAAA------------AA-C-GCCAA-AAA-TGCCATAAAAAGTGA---TT---G-GTGG--ATAGGCCTTAGGGGTCA-AATG---AGACGGGAAGCTG-----A----GTTTGA-----TAATGCTGTAAAATAC--TTTTC-----TAAAACTGTTAAC-TTTTG---------CATACATTTTGCTCA-GAT-ATCAT----ATGACTCATGAGAAAAAGCT---------G--T-AACTATATCTTGAAATG--CACCGGAAGCCACCTTTT--
gi|4 : AGGCGTTGCTGCC-TTA--------AGGGT---GT--G------------TATGCCCGGGCATACA--CCT-----T--TCTCCGA-----AAAATGAAAAAAAAA---C---ATAAAAA-C-A-CAA-AAAGTGCAATAAAAAATTA---TT---CCG--G--ATATGCCTAAGGAGTAA-AACA---AGGCGAGAAGTTGTGTTTGTTGTCTTAGA-----TAATACTGCAAAATAA--GTTTC-----T------GTGTAT-T-----------ACC-TAC-ATTTGCTCA-ATC-ATCAT----ACGCACCATGAGTAATAGCT---------G--T-AAATATGTCTTGGAATGCCCCCCAGAAGCCA-TATTC--CA--TGTTCGTAT
gi|2 : TAGCTAGC-TTG--------AGGCC---GT--G------------TA------------GG--CCC-----GGACCTAC-------AAATG--AAAAAAAAAATC---AAAACGC-C-AAAAATAAA-TGCAATGAAACGT-A---ATTGGA-G--G--ATAGGCTTAAGAGAAAA-AATG---TAGTGAGAAGTTGTGTTTAATGTGCTTGA-----TAATGCTGTAAAATAA--GTTTC-----T------GTGTAT-TTTTGCATGTG-AACGTACATTTTGCTCT-TTC-ACCAT----ATGACCCATGAGTAAAAGCT---------G--T-AAATATGTCTTGAAATG--CATTAGAAAACTCCATTT--CA--AGTTCATATTTAAta
gi|3 : ggaata------------TA------------CA--CCT-----T--TCTCCGA-----AAAGT--G-AAAAAA---------AACAA-C-ACCAA-AAA-TGCAATAAAAAGTGA---TT---G-G--GG-ATAGGCCTAA-TGGTTACAATG---AGCTGAGAAGCTGTGTTCATTGAGTTTGA-----TAATGCTCTAAATTAA--GTTTC-----T------GTGTAT-TTTTGCATGTG-AACG-------TGCTCA-ATC-ATCGTATGAATGATCCAGGAGTAATAGCT---------G--T-AAAGATGTCTTGAAATG--CACTGGAAGCCACCCTTTTCTG--GGTTTATATTTAAaaaaaaatgtatgagggagca
gi|15 : cccagccAAAAAA---CAAACAAACAAAC-ACCAA-AAA-TGCAATGAAACGTGA---TT---G-GTGG--ATAAGCCCAAGGAATAA-AATG---AGGCAAGAAGCTATGTTTATTGAGTTTGA-----TTATGCTGTAAAATAA--GTTTC-----T------GTGTAT-TTTTGCATGTG-ATCGTAC-ATTatttttatataggggtgcatgctcccaagac
gi|16 : aAA---T---CTAA-AA-C-GCCAA-AAC-TGCAGTCAAAAGTGA---TT---G-G--GGGATAGACCTAAGGGGTAA-AATA---AG-TGAGAAGTCGTGTTTGTTGCGTTTTATAGCCTAATGATGTAAAATAT--GT
gi|9 : acAA-C-GCCAA-AAC-TACAATAAAAAGCGA---TT---G-G--GCGATAGGCCTAAGAGGTCA-AAT----------GAGGTTGTGCTGATTATATTTGA-----TAATACTGTAAAATAA--GTTGA-----T------GTTTGT-TTTTGCATGTG-AACGTAT-ATTTGGTCA-ATC-GTTAT----TTGACCGATGAGTAATAGCG---------G--T-AAATATGTCTTTAAATG--CACTA-AAGTGACAATTT--CA--AGTACGTATg
gi|21 : aaCAA-ATG-TGCAATAAAAAGTGAT--ATG--G-G--G--ATAGGCCTAAAGGGTAA-AATGAACAGGCGACAAtttaacgaaatgatgtggaagtatg
gi|13 : A-AAA-TGTAATAA---GTGA---TTT--G-G--G--ATAGGCTTAAGTGGTAA-AATG---AGACAAGAAGTTGTGTGTATT-TTTTATA-----TAAAGCTGTAAAATAA--G--TC-----T------GTGTAC-TTTCGTATCTG-AAAGTACATTTTGCTCA-ATC-TTTAT----ATT-----TGAAT------------------------CATCTCTTGAAATG--CATCAGAAGCCACCATTT--CA--AGTTCATAT
gi|12 : tgtcA-AAA-TGTAATAA---GTGA---TTT--G-G--G--ATAGGCTTAAGTGGTAA-AATG---AGACAAGAAGTTGTGTGTATT-TTTTATA-----TAAAGCTGTAAAATAA--G--TC-----T------GTGTAC-TTTCGTATCTG-AAAGTACATTTTGCTCA-ATC-TTTAT----ATT-----TGAAT------------------------CATCTCTTGAAATG--CATCAGAAGCCACCATTT--CA--AGTTCATATtttaaacatgtatggtggagcatgacccc
gi|14 : tgtcGTTTGA-----TAATGCTGTTAAATAC---TTTCAGAATT------GTGTATGTTTTGCACGTG-AACTTACATTTTGCTCT-ATC-ATCAT----ATGATCCATGAACAAAAGCT---------G--T-TCCTATGTCTTGAAATG--TATCGGAATCCACCTTTT--CAACAGTTCATAtttaaacatgtatggtggagcatgacccc
gi|11 : ATTTG-AACGTCCATTTTGCTAAATTCTATAAT--------CCCA-GAGCAATAGCTCGATTTCTTGCTT-AAAT--GTCTTGAAATG--CACCAGAAGTCACCATTT--CA--AGTctaatatttttaaaaaaatgtatggggggtatgccg
gi|19 : atgtgtttgcctctttgaaagcgagaTTGCTTA-ATT-ATC-T----ATGACCCATGAGTAAAAGCT---------G--T-AAATATGTCTTGAAAGG--CACCAAAAGCCACCATTT--CA--AGctctattttaaaaaaatcgggtgagggagaccgaagcacgacccaataaccatagacgacccgggcctacacacaaaactttagtcagctacgcctct
gi|20 : CAT----TTGATCCATGAGTAATAGCT---------G--T-CA-----------------CACCAGAAGCCACCATTT--
gi|18 : ctgtgtgttgttacatgtgaacgtg----ATGCTCCATGAGTAATAGCT---------G--C-AAATATGTCTTGAAATG--CACAGGAAGCCACCTTTT--CAAGAGTTCATATTTAatg
Alignments
lowQualScore : 22222222 33333333333333333333333333 11111111 1111 22222222222 111111111 1111111111
lowQualScore : 0 4 00000000 777 66 66666666666666666666666666 55 66666666 8888 7777 3 55 99999999999 3 0 5555 444 0 2 2 2 888888888 88 444 1 66666 66666 5555 2 33 2 4 2 1 5555 888 1 2 0000000000 2 3 33 33 77
lowQualScore : . . ........ ... .. .......................... .. ........ .... .... . .. ........... . . .... ... . . . . ......... .. ... . ..... ..... .... . .. . . . . .... ... . . .......... . . .. .. ..
lowQualScore : 1 4 66666666 888 11 33333333333333333333333333 55 22222222 5555 8888 6 00 33333333333 1 8 3333 444 2 6 5 5 222222222 44 777 9 77777 77777 7777 7 77 7 6 5 7 0000 888 5 4 3333333333 4 1 22 44 99
consensus : CAGAGGCGTAGCTGCC-TTA--------AGGCC---GT--G------------TA------------CA--CCT-----T--TCTCC----GAAAAATG-AAAA-A--A---C--C-AACAA-CGCCAA----AAA---TGCAATAAAAAGTG-AT-T--G---G--G--ATAGGCCTAAGGGGTAAAATG---AGGCGAGAAGTTGTGTTTATTGTGTTTGA-----TAATGCTGTAAAATAAGTTTC-----TG----TG-T--AT-TTTTGCACG-TGAACGTACATTTTGCTCAATCATCAT----ATGA-CCCATGAGTAATAGCT-G----------T-AAATATGTCTTGAAATG--CACCAGAAGCCACCATTT--CA--AGTTCATATTTAA
Reference ( family-4549 ) : CAGAGGCGTAGCTGCC-TTA--------AGGCC---GT--G------------TA------------CA--CCT-----T--TCTCC----GAAAANTG-AAAA-A--A---C--C-AACAA-CGCCAA----AAA---TGCAATAAAAAGTG-AT-T--G---G--G--ATAGGCCTAAGGGGTAAAATG---AGGCGAGAAGTTGTGTTTATTGTGTTTGA-----TAATGCTGTAAAATAAGTTTC-----TG----TG-T--AT-TTTTGCACG-TGAACGTACATTTTGCTCAATCATCAT----ATGA-CCCATGAGTAATAGCT-G----------T-AAATATGTCTTGAAATG--CACCAGAAGCCACCATTT--CA--AGTTCATATTTAA
gi|1 : AGAGGCGTA-CTGCC-TTA--------AGGCA---GG--GCC----------TA------------CA--CCT-----T--TCTCC----GAAAAATG-AAAA-A--A---T-------AA-CGCCGA----AAAAAGTGCAATAA--------------------G--ATATTCGTAAGAGGTAAAATG---TAGAGAGAAGTTGTGTTTATTGTAATTGA-----TAATGCTGTTAAATAAGTGTC-----TG----TG-T--AT-GTTTGCACG-TGAACGTTCATTTTGTTCAATTATCAT----ATGA-CCCATGAGTAAAAGCT-G----------T-AAATATGTCTTGAAACG--CACCAGAAGTCACAATTT--CA--CGTTCATAT
gi|1 : ACG--CACCAGAAGTCACCATTT--CA--CGTTCATATTAAAacgcaccagaagtcaccatttcacgttcatattaaaaaatgtatgggggaaca
gi|10 : agaggcgtactgccttaaggcagggcctacacctttctccgaaaaatgaaaaaataacgccgaaaaaagtgcaataagatattcgtaagaggtaaaatgtagagagaagttgtgtttattgtaattgataatgctgttaaataagtgtctgtgtatgtttgcacgtgaacgttcattttgttcaattatcatatgacccatgagtaaaagctgtaaatatgtcttgaaacgcaccagaagtcacaatttcacgttcatatGAGGCGTAGCTGTT-GTGT-------GGGCC----T--G------------GG------------CA--CCT-----T--TCTCC----GAAAAATG-AAAA-A--A------T-AAAAA-CGACAA----AAA---TGCAATAAAAAGTGAAT-G--G---G--G--ATATGCCTAAGGGATAAAATG---AGACGAGAAGTTGTGTTTGTTGTGTTTGT-----TGATGCTGT-ATCTACGTTTC-----TT----AG-T--AT-TTTTGCATGTTTAACATACA-TTTGCTCAGCCGTCAT----ATGC-GCCATGAGTAATAGCT-G----------T-Aaaatgtatgggggaaca
gi|11 : -TGAACGTCCATTTTGCTAAAT--TC-T----ATAATCCCA-GAGCAATAGCTCGATTTCTTGCTT-AA--ATGTCTTGAAATG--CACCAGAAGTCACCATTT--CA--AGTCTCTATTT
gi|12 : atgtgtttgcctctttgaaagcgagaattA----AAA---TGTAATAA---GTG-AT-TT-G---G--G--ATAGGCTTAAGTGGTAAAATG---AGACAAGAAGTTGTGTGTATT-TTTTATA-----TAAAGCTGTAAAATAAG--TC-----TG----TG-T--AC-TTTCGTATC-TGAAAGTACATTTTGCTCAATCTTTAT----ATT------TGAAT------------------------CATCTCTTGAAATG--CATCAGAAGCCACCATTT--CA--AGTTCATATTTtaaaaaaatcgggtgagggagaccgaagcacgacccaataaccatagacgacccgggcctacacacaaaactttagtcagctacgcctct
gi|13 : tgtcA----AAA---TGTAATAA---GTG-AT-TT-G---G--G--ATAGGCTTAAGTGGTAAAATG---AGACAAGAAGTTGTGTGTATT-TTTTATA-----TAAAGCTGTAAAATAAG--TC-----TG----TG-T--AC-TTTCGTATC-TGAAAGTACATTTTGCTCAATCTTTAT----ATT------TGAAT------------------------CATCTCTTGAAATG--CATCAGAAGCCACCATTT--CA--AGTTCATATTTtaaacatgtatggtggagcatgacccc
gi|14 : tgtcGTTTGA-----TAATGCTGTTAAATAC-TTTCAGAATTG----TG-T--ATGTTTTGCACG-TGAACTTACATTTTGCTCTATCATCAT----ATGA-TCCATGAACAAAAGCT-G----------T-TCCTATGTCTTGAAATG--TATCGGAATCCACCTTTT--CAACAGTTCATACTtaaacatgtatggtggagcatgacccc
gi|15 : AAAAA---AACA-A--A---C--A-AACAAACACCAA----AAA---TGCAATGAAACGTG-AT-T--G---GTGG--ATAAGCCCAAGGAATAAAATG---AGGCAAGAAGCTATGTTTATTGAGTTTGA-----TTATGCTGTAAAATAAGTTTC-----TG----TG-T--AT-TTTTGCATG-TGATCGTACATTaatatttttaaaaaaatgtatggggggtatgccg
gi|16 : AA-CGCCAA----AAC---TGCAGTCAAAAGTG-AT-TGGG---G--G--ATAGACCTAAGGGGTAAAAT----AAGTGAGAAGTCGTGTTTGTTGCGTTTTATAGCCTAATGATGTAAAATATGT
gi|17 : acaatctaaCAGAAACGTGACTGCCCTTAGGTCGTACAGGCCCGGGC--A------------TA------------GA--CCT-----G--TCTCC----GAAAAT----AAA-C--G---C--C-AA--------GA----AAA---TGCATTAAAAGGTG-AT-T--GCTAG--G--ATAGGg
gi|18 : gtattgt----ATGC-TCCATGAGTAATAGCT-G----------C-AAATATGTCTTGAAATG--CACAGGAAGCCACCTTTT--CAAGAGTTCATATTTAtttt
gi|19 : TTGCTTAATTATC-T----ATGA-CCCATGAGTAAAAGCT-G----------T-AAATATGTCTTGAAAGG--CACCAAAAGCCACCATTT--CA--AGcatttttttttggagagcatgcccaaa
gi|2 : TAGCTAGC-TTG--------AGGCC---GT--G------------TA------------GG--CCC-----GGACCTACAAATGAAAA----AAAA-A--A---T--C-AA-AA-CGCCAAAAATAAA---TGCAATGAAACGTA-AT-T--GGA-G--G--ATAGGCTTAAGAGAAAAAATG---TAGTGAGAAGTTGTGTTTAATGTGCTTGA-----TAATGCTGTAAAATAAGTTTC-----TG----TG-T--AT-TTTTGCATG-TGAACGTACATTTTGCTCTTTCACCAT----ATGA-CCCATGAGTAAAAGCT-G----------T-AAATATGTCTTGAAATG--CATTAGAAAACTCCATTT--CA--AGTTCATATTTAA
gi|20 : ggaataC-----TG----TG-T--GT-TGTTACATG-TGAACGTGCATT--------------------TGA-TCCATGAGTAATAGCT-G----------T-CA-----------------CACCAGAAGCCACCATTT--aaaaaaatgtatgagggagca
gi|21 : CAA----ATG---TGCAATAAAAAGTG-ATAT--G---G--GG-ATAGGCCTAAAGGGTAAAATGAACAGGCGACAAatg
gi|3 : ------------TA------------CA--CCT-----T--TCTCC----GAAAAGTG-AAAA-A--A--------AACAA-CACCAA----AAA---TGCAATAAAAAGTG-AT-T--G---G--GG-ATAGGCCTAATGGTTACAATG---AGCTGAGAAGCTGTGTTCATTGAGTTTGA-----TAATGCTCTAAATTAAGTTTC-----TG----TG-T--AT-TTTTGCATG-TGAACG-------TGCTCAATCATCGTATGAATGA-TCCAGGAGTAATAGCT-G----------T-AAAGATGTCTTGAAATG--CACTGGAAGCCACCCTTTTCTG--GGTTTATATTTAA
gi|4 : cccagccAGGCGTTGCTGCC-TTA--------AGGGT---GT--G------------TATGCCCGGGCATACA--CCT-----T--TCTCC----GAAAAATG-AAAA-A--AAAACA-T-AAAAA-CACAAA----AAG---TGCAATAAAAAATT-AT-T--CC--G--G--ATATGCCTAAGGAGTAAAACA---AGGCGAGAAGTTGTGTTTGTTGTCTTAGA-----TAATACTGCAAAATAAGTTTC-----TG----TG-T--AT-T------------ACCTACA-TTTGCTCAATCATCAT----ACGC-ACCATGAGTAATAGCT-G----------T-AAATATGTCTTGGAATGCCCCCCAGAAGCCA-TATTC--CA--TGTTCGTATTatttttatataggggtgcatgctcccaagac
gi|5 : CAGAGGCGTGGCTGCT-TTA--------AGGCC---GT--G------------TA------------CA--CCT-----T--TCTCC----GAAAATTACAAAA-A--A---C--CCAACAA-CAACAA----AAA---TGCAATAAAATGTG-AA-T--A---G--A--ATAGGCCTAAGTGGTTAAATA---GGGCGAGAAGTTGCATTTATTGTGTTTGA-----TAATGCTGTAAAATAAGTTTC-----TG----TT-T--AT-TTGTGTATG-TGACCGTAC-TTTTGCTCATTCATCAT----ATGC-CCCATGAGTAATAGCT-G----------T-AAATATGTCTTGAAATG--CATCAGAAGCCACCATTT--CA--AGTTCATATATAAa
gi|6 : AGAGGCGTAGCTGCT-TTT--------AGGCC---GTAGG------------CC------------CAGTCCTACAGCT--TCTCC----GAAAA-TG-AAAACA--A---A--T-AA-AA-CGTCAA----AAA---TGCAATAAAAAGTG-AT-TTGG---G--G--ATAGGCTT-AGAGGTAAAACG---AGGCAAGAAGTTGTGCTTATTGTGTTAGA-----TACTGCTGTAAAATAAATTTC-----TG----CG-T--AC-TTTTACACG-TGAACGTACTTTTTGCTCAATCATCAT----ATGA-CCCATAAGTGATAGCT-G----------CAAAATATGTCTTGAAGTA--CACCAGAAGCCAC
gi|7 : GAGACGTACTTACC-ATA--------ATGCC---GT--GAAGACATCGGCCTA------------CA--CCT-----T--TCTCT-------AAGTG-AAAA-ATGA---CAAT-AAAAA-CGCCAA----AAA---TGCCATAAAAAGTG-AT-T--G---GTGG--ATAGGCCTTAGGGGTCAAATG---AGACGGGAAGCTG-----A----GTTTGA-----TAATGCTGTAAAATACTTTTC-----TAAAACTG-TTAAC-TTTTGCA---------TACATTTTGCTCAGATATCAT----ATGA-CTCATGAGAAAAAGCT-G----------T-AACTATATCTTGAAATG--CACCGGAAGCCACCTTTT--
gi|8 : AGAGGCGTAGCTGCC-ATA--------AGGCC---GT--A------------TA------------GG--CCC-----------------------------A-G--G---C--C-TACAT-TG--AA----AA----------AAAACGTG-AT-T--G---GTAG--ATAGGTCTCA-GGGTAAAATG---AGGCGA---------TTTG------TTGA-----TAATGCTGTAAACTAAATGTC-----TT----TGTT--TT-TTTTGCACG-TGAACGTACATTTTGCTTAATGAACAT----ATG------------ATAGCT-G----------C-AAATGTGTCTTAAAATG--CATCAGAAGCCACAATTT--CA--AGTTCATAATTAA
gi|9 : AA-CGCCAA----AAC---TACAATAAAAAGCG-AT-T--G---G--GCGATAGGCCTAAGAGGTCAAATG---AGG-------TTGTGCTGATTATATTTGA-----TAATACTGTAAAATAAGTTGA-----TG----TT-T--GT-TTTTGCATG-TGAACGTATA-TTTGGTCAATCGTTAT----TTGA-CCGATGAGTAATAGCG-G----------T-AAATATGTCTTTAAATG--CACTA-AAGTGACAATTT--CA--AGTACGTATTTaaaatgtatgg
Alignments
lowQualScore : 22222222 33333333333333333333333333 11111111 222222222222 111111111 1111111111
lowQualScore : 0 4 00000000 777 66 66666666666666666666666666 55 66666666 8888 55 9999 888888888888 3 8888 444 0 2 2 2 888888888 88 444 1 66666 66666 5555 2 33 2 4 2 1 5555 888 1 2 0000000000 2 3 33 33 77
lowQualScore : . . ........ ... .. .......................... .. ........ .... .. .... ............ . .... ... . . . . ......... .. ... . ..... ..... .... . .. . . . . .... ... . . .......... . . .. .. ..
lowQualScore : 1 4 66666666 888 11 33333333333333333333333333 55 22222222 5555 00 6666 222222222222 1 8888 444 2 6 5 5 222222222 44 777 9 77777 77777 7777 7 77 7 6 5 7 0000 888 5 4 3333333333 4 1 22 44 99
consensus : CAGAGGCGTAGCTGCC-TTA--------AGGCC---GT--G------------TA------------CA--CCT-----T--TCTCC----GAA--AA--ATGAAAA-AA---C-TAACAA-CGCCAA----AAA---TGCAATAAAAAGTG-AT-T--G---G--G--ATAGGCCTAAGGGGTAAAATG---AGGCGAGAAGTTGTGTTTATTGTGTTTGA-----TAATGCTGTAAAATAAGTTTC-----TG----TG-T--AT-TTTTGCACG-TGAACGTACATTTTGCTCAATCATCAT----ATGA-CCCATGAGTAATAGCT-G----------T-AAATATGTCTTGAAATG--CACCAGAAGCCACCATTT--CA--AGTTCATATTTAA
Reference ( family-4549 ) : CAGAGGCGTAGCTGCC-TTA--------AGGCC---GT--G------------TA------------CA--CCT-----T--TCTCC----GAA--AA--ATGAAAA-AA---C-CAACAA-CGCCAA----AAA---TGCAATAAAAAGTG-AT-T--G---G--G--ATAGGCCTAAGGGGTAAAATG---AGGCGAGAAGTTGTGTTTATTGTGTTTGA-----TAATGCTGTAAAATAAGTTTC-----TG----TG-T--AT-TTTTGCACG-TGAACGTACATTTTGCTCAATCATCAT----ATGA-CCCATGAGTAATAGCT-G----------T-AAATATGTCTTGAAATG--CACCAGAAGCCACCATTT--CA--AGTTCATATTTAA
gi|1 : AGAGGCGTA-CTGCC-TTA--------AGGCA---GG--GCC----------TA------------CA--CCT-----T--TCTCC----GAA--AA--ATGAAAA-AA---T-----AA-CGCCGA----AAAAAGTGCAATAA--------------------G--ATATTCGTAAGAGGTAAAATG---TAGAGAGAAGTTGTGTTTATTGTAATTGA-----TAATGCTGTTAAATAAGTGTC-----TG----TG-T--AT-GTTTGCACG-TGAACGTTCATTTTGTTCAATTATCAT----ATGA-CCCATGAGTAAAAGCT-G----------T-AAATATGTCTTGAAACG--CACCAGAAGTCACAATTT--CA--CGTTCATAT
gi|1 : ACG--CACCAGAAGTCACCATTT--CA--CGTTCATATTAAAacgcaccagaagtcaccatttcacgttcatattaaaaaatgtatgggggaaca
gi|10 : agaggcgtactgccttaaggcagggcctacacctttctccgaaaaatgaaaaaataacgccgaaaaaagtgcaataagatattcgtaagaggtaaaatgtagagagaagttgtgtttattgtaattgataatgctgttaaataagtgtctgtgtatgtttgcacgtgaacgttcattttgttcaattatcatatgacccatgagtaaaagctgtaaatatgtcttgaaacgcaccagaagtcacaatttcacgttcatatGAGGCGTAGCTGTT-GTGT-------GGGCC----T--G------------GG------------CA--CCT-----T--TCTCC----GAA--AA--ATGAAAA-AA-----TAAAAA-CGACAA----AAA---TGCAATAAAAAGTGAAT-G--G---G--G--ATATGCCTAAGGGATAAAATG---AGACGAGAAGTTGTGTTTGTTGTGTTTGT-----TGATGCTGT-ATCTACGTTTC-----TT----AG-T--AT-TTTTGCATGTTTAACATACA-TTTGCTCAGCCGTCAT----ATGC-GCCATGAGTAATAGCT-G----------T-Aaaatgtatgggggaaca
gi|11 : -TGAACGTCCATTTTGCTAAAT--TC-T----ATAATCCCA-GAGCAATAGCTCGATTTCTTGCTT-AA--ATGTCTTGAAATG--CACCAGAAGTCACCATTT--CA--AGTCTCTATTT
gi|12 : atgtgtttgcctctttgaaagcgagaattA----AAA---TGTAATAA---GTG-AT-TT-G---G--G--ATAGGCTTAAGTGGTAAAATG---AGACAAGAAGTTGTGTGTATT-TTTTATA-----TAAAGCTGTAAAATAAG--TC-----TG----TG-T--AC-TTTCGTATC-TGAAAGTACATTTTGCTCAATCTTTAT----ATT------TGAAT------------------------CATCTCTTGAAATG--CATCAGAAGCCACCATTT--CA--AGTTCATATTTtaaaaaaatcgggtgagggagaccgaagcacgacccaataaccatagacgacccgggcctacacacaaaactttagtcagctacgcctct
gi|13 : tgtcA----AAA---TGTAATAA---GTG-AT-TT-G---G--G--ATAGGCTTAAGTGGTAAAATG---AGACAAGAAGTTGTGTGTATT-TTTTATA-----TAAAGCTGTAAAATAAG--TC-----TG----TG-T--AC-TTTCGTATC-TGAAAGTACATTTTGCTCAATCTTTAT----ATT------TGAAT------------------------CATCTCTTGAAATG--CATCAGAAGCCACCATTT--CA--AGTTCATATTTtaaacatgtatggtggagcatgacccc
gi|14 : tgtcGTTTGA-----TAATGCTGTTAAATAC-TTTCAGAATTG----TG-T--ATGTTTTGCACG-TGAACTTACATTTTGCTCTATCATCAT----ATGA-TCCATGAACAAAAGCT-G----------T-TCCTATGTCTTGAAATG--TATCGGAATCCACCTTTT--CAACAGTTCATACTtaaacatgtatggtggagcatgacccc
gi|15 : AA--AA--A--AACA-AA---C-AAACAAACACCAA----AAA---TGCAATGAAACGTG-AT-T--G---GTGG--ATAAGCCCAAGGAATAAAATG---AGGCAAGAAGCTATGTTTATTGAGTTTGA-----TTATGCTGTAAAATAAGTTTC-----TG----TG-T--AT-TTTTGCATG-TGATCGTACATTaatatttttaaaaaaatgtatggggggtatgccg
gi|16 : AA-CGCCAA----AAC---TGCAGTCAAAAGTG-AT-TGGG---G--G--ATAGACCTAAGGGGTAAAAT----AAGTGAGAAGTCGTGTTTGTTGCGTTTTATAGCCTAATGATGTAAAATATGT
gi|17 : acaatctaaCAGAAACGTGACTGCCCTTAGGTCGTACAGGCCCGGGC--A------------TA------------GA--CCT-----G--TCTCC----GAA--AA-----------------TAA--A-CGCCAAGA--AAA---TGCATTAAAAGGTG-AT-T--GCTAG--G--ATAGGg
gi|18 : gtattgt----ATGC-TCCATGAGTAATAGCT-G----------C-AAATATGTCTTGAAATG--CACAGGAAGCCACCTTTT--CAAGAGTTCATATTTAtttt
gi|19 : TTGCTTAATTATC-T----ATGA-CCCATGAGTAAAAGCT-G----------T-AAATATGTCTTGAAAGG--CACCAAAAGCCACCATTT--CA--AGcatttttttttggagagcatgcccaaa
gi|2 : TAGCTAGC-TTG--------AGGCC---GT--G------------TA------------GG--CCC-----GGACCTAC----AAATGAA--A-AAAAA-AA---T-CAA-AA-CGCCAAAAATAAA---TGCAATGAAACGTA-AT-T--GGA-G--G--ATAGGCTTAAGAGAAAAAATG---TAGTGAGAAGTTGTGTTTAATGTGCTTGA-----TAATGCTGTAAAATAAGTTTC-----TG----TG-T--AT-TTTTGCATG-TGAACGTACATTTTGCTCTTTCACCAT----ATGA-CCCATGAGTAAAAGCT-G----------T-AAATATGTCTTGAAATG--CATTAGAAAACTCCATTT--CA--AGTTCATATTTAA
gi|20 : ggaataC-----TG----TG-T--GT-TGTTACATG-TGAACGTGCATT--------------------TGA-TCCATGAGTAATAGCT-G----------T-CA-----------------CACCAGAAGCCACCATTT--aaaaaaatgtatgagggagca
gi|21 : CAA----ATG---TGCAATAAAAAGTG-ATAT--G---G--GG-ATAGGCCTAAAGGGTAAAATGAACAGGCGACAAatg
gi|3 : ------------TA------------CA--CCT-----T--TCTCC----GAA--AA--GTGAAAA-AA------AACAA-CACCAA----AAA---TGCAATAAAAAGTG-AT-T--G---G--GG-ATAGGCCTAATGGTTACAATG---AGCTGAGAAGCTGTGTTCATTGAGTTTGA-----TAATGCTCTAAATTAAGTTTC-----TG----TG-T--AT-TTTTGCATG-TGAACG-------TGCTCAATCATCGTATGAATGA-TCCAGGAGTAATAGCT-G----------T-AAAGATGTCTTGAAATG--CACTGGAAGCCACCCTTTTCTG--GGTTTATATTTAA
gi|4 : cccagccAGGCGTTGCTGCC-TTA--------AGGGT---GT--G------------TATGCCCGGGCATACA--CCT-----T--TCTCC----GAA--AA--ATGAAAA-AAAAACATAAAAA-CACAAA----AAG---TGCAATAAAAAATT-AT-T--CC--G--G--ATATGCCTAAGGAGTAAAACA---AGGCGAGAAGTTGTGTTTGTTGTCTTAGA-----TAATACTGCAAAATAAGTTTC-----TG----TG-T--AT-T------------ACCTACA-TTTGCTCAATCATCAT----ACGC-ACCATGAGTAATAGCT-G----------T-AAATATGTCTTGGAATGCCCCCCAGAAGCCA-TATTC--CA--TGTTCGTATTatttttatataggggtgcatgctcccaagac
gi|5 : CAGAGGCGTGGCTGCT-TTA--------AGGCC---GT--G------------TA------------CA--CCT-----T--TCTCC----GAA--AATTACAAAAA-AC---C-CAACAA-CAACAA----AAA---TGCAATAAAATGTG-AA-T--A---G--A--ATAGGCCTAAGTGGTTAAATA---GGGCGAGAAGTTGCATTTATTGTGTTTGA-----TAATGCTGTAAAATAAGTTTC-----TG----TT-T--AT-TTGTGTATG-TGACCGTAC-TTTTGCTCATTCATCAT----ATGC-CCCATGAGTAATAGCT-G----------T-AAATATGTCTTGAAATG--CATCAGAAGCCACCATTT--CA--AGTTCATATATAAa
gi|6 : AGAGGCGTAGCTGCT-TTT--------AGGCC---GTAGG------------CC------------CAGTCCTACAGCT--TCTCC----G-A--AA--ATGAAAACAA---A-TAA-AA-CGTCAA----AAA---TGCAATAAAAAGTG-AT-TTGG---G--G--ATAGGCTT-AGAGGTAAAACG---AGGCAAGAAGTTGTGCTTATTGTGTTAGA-----TACTGCTGTAAAATAAATTTC-----TG----CG-T--AC-TTTTACACG-TGAACGTACTTTTTGCTCAATCATCAT----ATGA-CCCATAAGTGATAGCT-G----------CAAAATATGTCTTGAAGTA--CACCAGAAGCCAC
gi|7 : GAGACGTACTTACC-ATA--------ATGCC---GT--GAAGACATCGGCCTA------------CA--CCT-----T--TCTCTAAGTGAA--AA--ATGACAA--------TAAAAA-CGCCAA----AAA---TGCCATAAAAAGTG-AT-T--G---GTGG--ATAGGCCTTAGGGGTCAAATG---AGACGGGAAGCTG-----A----GTTTGA-----TAATGCTGTAAAATACTTTTC-----TAAAACTG-TTAAC-TTTTGCA---------TACATTTTGCTCAGATATCAT----ATGA-CTCATGAGAAAAAGCT-G----------T-AACTATATCTTGAAATG--CACCGGAAGCCACCTTTT--
gi|8 : AGAGGCGTAGCTGCC-ATA--------AGGCC---GT--A------------TA------------GG--CCC--------------------------------A-GG---C-CTACAT-TG--AA----AA----------AAAACGTG-AT-T--G---GTAG--ATAGGTCTCA-GGGTAAAATG---AGGCGA---------TTTG------TTGA-----TAATGCTGTAAACTAAATGTC-----TT----TGTT--TT-TTTTGCACG-TGAACGTACATTTTGCTTAATGAACAT----ATG------------ATAGCT-G----------C-AAATGTGTCTTAAAATG--CATCAGAAGCCACAATTT--CA--AGTTCATAATTAA
gi|9 : AA-CGCCAA----AAC---TACAATAAAAAGCG-AT-T--G---G--GCGATAGGCCTAAGAGGTCAAATG---AGG-------TTGTGCTGATTATATTTGA-----TAATACTGTAAAATAAGTTGA-----TG----TT-T--GT-TTTTGCATG-TGAACGTATA-TTTGGTCAATCGTTAT----TTGA-CCGATGAGTAATAGCG-G----------T-AAATATGTCTTTAAATG--CACTA-AAGTGACAATTT--CA--AGTACGTATTTaaaatgtatgg
Alignments
lowQualScore : 22222222 33333333333333333333333333 11111 222222222222 111111111 1111111111
lowQualScore : 0 4 00000000 777 66 66666666666666666666666666 55 55555 55 8888 55 3 888888888888 3 0 33 5555 1 2 2 2 888888888 88 444 1 66666 66666 5555 2 33 2 4 2 1 5555 888 1 2 0000000000 2 3 33 33 77
lowQualScore : . . ........ ... .. .......................... .. ..... .. .... .. . ............ . . .. .... . . . . ......... .. ... . ..... ..... .... . .. . . . . .... ... . . .......... . . .. .. ..
lowQualScore : 1 4 66666666 888 11 33333333333333333333333333 55 55555 55 5555 00 3 333333333333 1 8 44 3333 7 6 5 5 222222222 44 777 9 77777 77777 7777 7 77 7 6 5 7 0000 888 5 4 3333333333 4 1 22 44 99
consensus : CAGAGGCGTAGCTGCC-TTA--------AGGCC---GT--G------------TA------------CA--CCT-----TTCT--CC----GAAAA--ATGAAAA-AA-----TAAC---AA-CGCCAA--AAAT----GCAATAAAAAGTG-AT-T--G---G--G--ATAGGCCTAAGGGGTAAAATG---AGGCGAGAAGTTGTGTTTATTGTGTTTGA-----TAATGCTGTAAAATAAGTTTC-----TG----TG-T--AT-TTTTGCACG-TGAACGTACATTTTGCTCAATCATCAT----ATGA-CCCATGAGTAATAGCT-G----------T-AAATATGTCTTGAAATG--CACCAGAAGCCACCATTT--CA--AGTTCATATTTAA
Reference ( family-4549 ) : CAGAGGCGTAGCTGCC-TTA--------AGGCC---GT--G------------TA------------CA--CCT-----TTCT--CC----GAAAA--ATGAAAA-AA---C-TAAC---AA-CGCCAA--AAAT----GCAATAAAAAGTG-AT-T--G---G--G--ATAGGCCTAAGGGGTAAAATG---AGGCGAGAAGTTGTGTTTATTGTGTTTGA-----TAATGCTGTAAAATAAGTTTC-----TG----TG-T--AT-TTTTGCACG-TGAACGTACATTTTGCTCAATCATCAT----ATGA-CCCATGAGTAATAGCT-G----------T-AAATATGTCTTGAAATG--CACCAGAAGCCACCATTT--CA--AGTTCATATTTAA
gi|1 : AGAGGCGTA-CTGCC-TTA--------AGGCA---GG--GCC----------TA------------CA--CCT-----TTCT--CC----GAAAA--ATGAAAA-AA-----TAAC---GC-CGAAAA--AAGT----GCAATAA--------------------G--ATATTCGTAAGAGGTAAAATG---TAGAGAGAAGTTGTGTTTATTGTAATTGA-----TAATGCTGTTAAATAAGTGTC-----TG----TG-T--AT-GTTTGCACG-TGAACGTTCATTTTGTTCAATTATCAT----ATGA-CCCATGAGTAAAAGCT-G----------T-AAATATGTCTTGAAACG--CACCAGAAGTCACAATTT--CA--CGTTCATAT
gi|1 : ACG--CACCAGAAGTCACCATTT--CA--CGTTCATATTAAAacgcaccagaagtcaccatttcacgttcatattaaaaaatgtatgggggaaca
gi|10 : agaggcgtactgccttaaggcagggcctacacctttctccgaaaaatgaaaaaataacgccgaaaaaagtgcaataagatattcgtaagaggtaaaatgtagagagaagttgtgtttattgtaattgataatgctgttaaataagtgtctgtgtatgtttgcacgtgaacgttcattttgttcaattatcatatgacccatgagtaaaagctgtaaatatgtcttgaaacgcaccagaagtcacaatttcacgttcatatGAGGCGTAGCTGTT-GTGT-------GGGCC----T--G------------GG------------CA--CCT-----TTCT--CC----GAAAA--ATGAAAA-AA-----TAAA---AA-CGACAA--AAAT----GCAATAAAAAGTGAAT-G--G---G--G--ATATGCCTAAGGGATAAAATG---AGACGAGAAGTTGTGTTTGTTGTGTTTGT-----TGATGCTGT-ATCTACGTTTC-----TT----AG-T--AT-TTTTGCATGTTTAACATACA-TTTGCTCAGCCGTCAT----ATGC-GCCATGAGTAATAGCT-G----------T-Aaaatgtatgggggaaca
gi|11 : -TGAACGTCCATTTTGCTAAAT--TC-T----ATAATCCCA-GAGCAATAGCTCGATTTCTTGCTT-AA--ATGTCTTGAAATG--CACCAGAAGTCACCATTT--CA--AGTCTCTATTT
gi|12 : atgtgtttgcctctttgaaagcgagaattA--AAAT----GTAATAA---GTG-AT-TT-G---G--G--ATAGGCTTAAGTGGTAAAATG---AGACAAGAAGTTGTGTGTATT-TTTTATA-----TAAAGCTGTAAAATAAG--TC-----TG----TG-T--AC-TTTCGTATC-TGAAAGTACATTTTGCTCAATCTTTAT----ATT------TGAAT------------------------CATCTCTTGAAATG--CATCAGAAGCCACCATTT--CA--AGTTCATATTTtaaaaaaatcgggtgagggagaccgaagcacgacccaataaccatagacgacccgggcctacacacaaaactttagtcagctacgcctct
gi|13 : tgtcA--AAAT----GTAATAA---GTG-AT-TT-G---G--G--ATAGGCTTAAGTGGTAAAATG---AGACAAGAAGTTGTGTGTATT-TTTTATA-----TAAAGCTGTAAAATAAG--TC-----TG----TG-T--AC-TTTCGTATC-TGAAAGTACATTTTGCTCAATCTTTAT----ATT------TGAAT------------------------CATCTCTTGAAATG--CATCAGAAGCCACCATTT--CA--AGTTCATATTTtaaacatgtatggtggagcatgacccc
gi|14 : tgtcGTTTGA-----TAATGCTGTTAAATAC-TTTCAGAATTG----TG-T--ATGTTTTGCACG-TGAACTTACATTTTGCTCTATCATCAT----ATGA-TCCATGAACAAAAGCT-G----------T-TCCTATGTCTTGAAATG--TATCGGAATCCACCTTTT--CAACAGTTCATACTtaaacatgtatggtggagcatgacccc
gi|15 : AAAA--A--AACA-AA---C-AAAC---AAACACCAA--AAAT----GCAATGAAACGTG-AT-T--G---GTGG--ATAAGCCCAAGGAATAAAATG---AGGCAAGAAGCTATGTTTATTGAGTTTGA-----TTATGCTGTAAAATAAGTTTC-----TG----TG-T--AT-TTTTGCATG-TGATCGTACATTaatatttttaaaaaaatgtatggggggtatgccg
gi|16 : A-AT---C-TAA----AA-CGCCAA--AACT----GCAGTCAAAAGTG-AT-TGGG---G--G--ATAGACCTAAGGGGTAAAAT----AAGTGAGAAGTCGTGTTTGTTGCGTTTTATAGCCTAATGATGTAAAATATGT
gi|17 : acCAGAAACGTGACTGCCCTTAGGTCGTACAGGCCCGGGC--A------------TA------------GA--CCT-----GTCT--CC----GAAAA-----------------TAA-----A-CGCCAAGAAAAT----GCATTAAAAGGTG-AT-T--GCTAG--G--ATAGGg
gi|18 : gtattgt----ATGC-TCCATGAGTAATAGCT-G----------C-AAATATGTCTTGAAATG--CACAGGAAGCCACCTTTT--CAAGAGTTCATATTTAtttt
gi|19 : TTGCTTAATTATC-T----ATGA-CCCATGAGTAAAAGCT-G----------T-AAATATGTCTTGAAAGG--CACCAAAAGCCACCATTT--CA--AGcatttttttttggagagcatgcccaaa
gi|2 : TAGCTAGC-TTG--------AGGCC---GT--G------------TA------------GG--CC--------CGGACC----TACAA--ATGAAAA-AA---A-AAATCAAAA-CGCCAA--AAATAAATGCAATGAAACGTA-AT-T--G---GAGG--ATAGGCTTAAGAGAAAAAATG---TAGTGAGAAGTTGTGTTTAATGTGCTTGA-----TAATGCTGTAAAATAAGTTTC-----TG----TG-T--AT-TTTTGCATG-TGAACGTACATTTTGCTCTTTCACCAT----ATGA-CCCATGAGTAAAAGCT-G----------T-AAATATGTCTTGAAATG--CATTAGAAAACTCCATTT--CA--AGTTCATATTTAA
gi|20 : ggaataC-----TG----TG-T--GT-TGTTACATG-TGAACGTGCATT--------------------TGA-TCCATGAGTAATAGCT-G----------T-CA-----------------CACCAGAAGCCACCATTT--aaaaaaatgtatgagggagca
gi|21 : CAA--ATGT----GCAATAAAAAGTG-ATAT--G---G--GG-ATAGGCCTAAAGGGTAAAATGAACAGGCGACAAatg
gi|3 : ------------TA------------CA--CCT-----TTCT--CC----GAAAA--GTGAAAA-AA------AAC---AA-CACCAA--AAAT----GCAATAAAAAGTG-AT-T--G---G--GG-ATAGGCCTAATGGTTACAATG---AGCTGAGAAGCTGTGTTCATTGAGTTTGA-----TAATGCTCTAAATTAAGTTTC-----TG----TG-T--AT-TTTTGCATG-TGAACG-------TGCTCAATCATCGTATGAATGA-TCCAGGAGTAATAGCT-G----------T-AAAGATGTCTTGAAATG--CACTGGAAGCCACCCTTTTCTG--GGTTTATATTTAA
gi|4 : cccagccAGGCGTTGCTGCC-TTA--------AGGGT---GT--G------------TATGCCCGGGCATACA--CCT-----TTCT--CC----GAAAA--ATGAAAA-AAAAACATAAA---AA-CACAAA--AAGT----GCAATAAAAAATT-AT-T--CC--G--G--ATATGCCTAAGGAGTAAAACA---AGGCGAGAAGTTGTGTTTGTTGTCTTAGA-----TAATACTGCAAAATAAGTTTC-----TG----TG-T--AT-T------------ACCTACA-TTTGCTCAATCATCAT----ACGC-ACCATGAGTAATAGCT-G----------T-AAATATGTCTTGGAATGCCCCCCAGAAGCCA-TATTC--CA--TGTTCGTATTatttttatataggggtgcatgctcccaagac
gi|5 : CAGAGGCGTGGCTGCT-TTA--------AGGCC---GT--G------------TA------------CA--CCT-----TTCT--CC----GAAAATTACAAAAA-AC---C-CAAC---AA-CAACAA--AAAT----GCAATAAAATGTG-AA-T--A---G--A--ATAGGCCTAAGTGGTTAAATA---GGGCGAGAAGTTGCATTTATTGTGTTTGA-----TAATGCTGTAAAATAAGTTTC-----TG----TT-T--AT-TTGTGTATG-TGACCGTAC-TTTTGCTCATTCATCAT----ATGC-CCCATGAGTAATAGCT-G----------T-AAATATGTCTTGAAATG--CATCAGAAGCCACCATTT--CA--AGTTCATATATAAa
gi|6 : AGAGGCGTAGCTGCT-TTT--------AGGCC---GTAGG------------CC------------CAGTCCTACAGCTTCT--CC----G-AAA--ATGAAAACAA---A-TAA----AA-CGTCAA--AAAT----GCAATAAAAAGTG-AT-TTGG---G--G--ATAGGCTT-AGAGGTAAAACG---AGGCAAGAAGTTGTGCTTATTGTGTTAGA-----TACTGCTGTAAAATAAATTTC-----TG----CG-T--AC-TTTTACACG-TGAACGTACTTTTTGCTCAATCATCAT----ATGA-CCCATAAGTGATAGCT-G----------CAAAATATGTCTTGAAGTA--CACCAGAAGCCAC
gi|7 : GAGACGTACTTACC-ATA--------ATGCC---GT--GAAGACATCGGCCTA------------CA--CCT-----TTCT--CTAAGTGAAAA--ATGACAA--------TAAA---AA-CGCCAA--AAAT----GCCATAAAAAGTG-AT-T--G---GTGG--ATAGGCCTTAGGGGTCAAATG---AGACGGGAAGCTG-----A----GTTTGA-----TAATGCTGTAAAATACTTTTC-----TAAAACTG-TTAAC-TTTTGCA---------TACATTTTGCTCAGATATCAT----ATGA-CTCATGAGAAAAAGCT-G----------T-AACTATATCTTGAAATG--CACCGGAAGCCACCTTTT--
gi|8 : AGAGGCGTAGCTGCC-ATA--------AGGCC---GT--A------------TA------------GG--CCCAG---GCCT--AC--------A--TTGAAAA-AA------------AA-CG-------------------------TG-AT-T--G---GTAG--ATAGGTCTCA-GGGTAAAATG---AGGCGA---------TTTG------TTGA-----TAATGCTGTAAACTAAATGTC-----TT----TGTT--TT-TTTTGCACG-TGAACGTACATTTTGCTTAATGAACAT----ATG------------ATAGCT-G----------C-AAATGTGTCTTAAAATG--CATCAGAAGCCACAATTT--CA--AGTTCATAATTAA
gi|9 : ---AA-CGCCAA--AACT----ACAATAAAAAGCG-AT-T--G---G--GCGATAGGCCTAAGAGGTCAAATG---AGG-------TTGTGCTGATTATATTTGA-----TAATACTGTAAAATAAGTTGA-----TG----TT-T--GT-TTTTGCATG-TGAACGTATA-TTTGGTCAATCGTTAT----TTGA-CCGATGAGTAATAGCG-G----------T-AAATATGTCTTTAAATG--CACTA-AAGTGACAATTT--CA--AGTACGTATTTaaaatgtatgg
Alignments
lowQualScore : 22222222 33333333333333333333333333 11111 11111111 111 222222222 1111111111
lowQualScore : 0 4 00000000 777 66 66666666666666666666666666 55 55555 55 8888 6 3 55 66666666 777 44 33 5555 1 2 2 2 000000000 55 444 1 66666 66666 5555 2 33 2 4 2 1 5555 888 1 2 0000000000 2 3 33 33 77
lowQualScore : . . ........ ... .. .......................... .. ..... .. .... . . .. ........ ... .. .. .... . . . . ......... .. ... . ..... ..... .... . .. . . . . .... ... . . .......... . . .. .. ..
lowQualScore : 1 4 66666666 888 11 33333333333333333333333333 55 55555 55 5555 0 6 00 88888888 555 22 44 3333 7 6 5 5 777777777 99 777 9 77777 77777 7777 7 77 7 6 5 7 0000 888 5 4 3333333333 4 1 22 44 99
consensus : CAGAGGCGTAGCTGCC-TTA--------AGGCC---GT--G------------TA------------CA--CCT-----TTCT--CC----GAAAAATG-AAAA--AA-----T--AA--CAA--CGCCAA--AAAT----GCAATAAAAAGTG-AT-T--G---G--G--ATAGGCCTAAGGGGTAAAATG---AGGCGAGAAGTTGTGTTTATTGTGTTTGA-----TAATGCTGTAAAATAAGTTTC-----TG----TG-T--AT-TTTTGCACG-TGAACGTACATTTTGCTCAATCATCAT----ATGA-CCCATGAGTAATAGCT-G----------T-AAATATGTCTTGAAATG--CACCAGAAGCCACCATTT--CA--AGTTCATATTTAA
Reference ( family-4549 ) : CAGAGGCGTAGCTGCC-TTA--------AGGCC---GT--G------------TA------------CA--CCT-----TTCT--CC----GAAAAATG-AAAA--AA-----T--AA--CAA--CGCCAA--AAAT----GCAATAAAAAGTG-AT-T--G---G--G--ATAGGCCTAAGGGGTAAAATG---AGGCGAGAAGTTGTGTTTATTGTGTTTGA-----TAATGCTGTAAAATAAGTTTC-----TG----TG-T--AT-TTTTGCACG-TGAACGTACATTTTGCTCAATCATCAT----ATGA-CCCATGAGTAATAGCT-G----------T-AAATATGTCTTGAAATG--CACCAGAAGCCACCATTT--CA--AGTTCATATTTAA
gi|1 : AGAGGCGTA-CTGCC-TTA--------AGGCA---GG--GCC----------TA------------CA--CCT-----TTCT--CC----GAAAAATG-AAAA--AA-----T--AA--CGC--CGAAAA--AAGT----GCAATAA--------------------G--ATATTCGTAAGAGGTAAAATG---TAGAGAGAAGTTGTGTTTATTGTAATTGA-----TAATGCTGTTAAATAAGTGTC-----TG----TG-T--AT-GTTTGCACG-TGAACGTTCATTTTGTTCAATTATCAT----ATGA-CCCATGAGTAAAAGCT-G----------T-AAATATGTCTTGAAACG--CACCAGAAGTCACAATTT--CA--CGTTCATAT
gi|1 : ACG--CACCAGAAGTCACCATTT--CA--CGTTCATATTAAAacgcaccagaagtcaccatttcacgttcatattaaaaaatgtatgggggaaca
gi|10 : agaggcgtactgccttaaggcagggcctacacctttctccgaaaaatgaaaaaataacgccgaaaaaagtgcaataagatattcgtaagaggtaaaatgtagagagaagttgtgtttattgtaattgataatgctgttaaataagtgtctgtgtatgtttgcacgtgaacgttcattttgttcaattatcatatgacccatgagtaaaagctgtaaatatgtcttgaaacgcaccagaagtcacaatttcacgttcatatGAGGCGTAGCTGTT-GTGT-------GGGCC----T--G------------GG------------CA--CCT-----TTCT--CC----GAAAAATG-AAAA--AA-----T--AA--AAA--CGACAA--AAAT----GCAATAAAAAGTGAAT-G--G---G--G--ATATGCCTAAGGGATAAAATG---AGACGAGAAGTTGTGTTTGTTGTGTTTGT-----TGATGCTGT-ATCTACGTTTC-----TT----AG-T--AT-TTTTGCATGTTTAACATACA-TTTGCTCAGCCGTCAT----ATGC-GCCATGAGTAATAGCT-G----------T-Aaaatgtatgggggaaca
gi|11 : -TGAACGTCCATTTTGCTAAAT--TC-T----ATAATCCCA-GAGCAATAGCTCGATTTCTTGCTT-AA--ATGTCTTGAAATG--CACCAGAAGTCACCATTT--CA--AGTCTCTATTT
gi|12 : atgtgtttgcctctttgaaagcgagaattA--AAAT----GTAATAA---GTG-AT-TT-G---G--G--ATAGGCTTAAGTGGTAAAATG---AGACAAGAAGTTGTGTGTATT-TTTTATA-----TAAAGCTGTAAAATAAG--TC-----TG----TG-T--AC-TTTCGTATC-TGAAAGTACATTTTGCTCAATCTTTAT----ATT------TGAAT------------------------CATCTCTTGAAATG--CATCAGAAGCCACCATTT--CA--AGTTCATATTTtaaaaaaatcgggtgagggagaccgaagcacgacccaataaccatagacgacccgggcctacacacaaaactttagtcagctacgcctct
gi|13 : tgtcA--AAAT----GTAATAA---GTG-AT-TT-G---G--G--ATAGGCTTAAGTGGTAAAATG---AGACAAGAAGTTGTGTGTATT-TTTTATA-----TAAAGCTGTAAAATAAG--TC-----TG----TG-T--AC-TTTCGTATC-TGAAAGTACATTTTGCTCAATCTTTAT----ATT------TGAAT------------------------CATCTCTTGAAATG--CATCAGAAGCCACCATTT--CA--AGTTCATATTTtaaacatgtatggtggagcatgacccc
gi|14 : tgtcGTTTGA-----TAATGCTGTTAAATAC-TTTCAGAATTG----TG-T--ATGTTTTGCACG-TGAACTTACATTTTGCTCTATCATCAT----ATGA-TCCATGAACAAAAGCT-G----------T-TCCTATGTCTTGAAATG--TATCGGAATCCACCTTTT--CAACAGTTCATACTtaaacatgtatggtggagcatgacccc
gi|15 : AAAAACA-AACA--AA-----C--AA----A--CACCAA--AAAT----GCAATGAAACGTG-AT-T--G---GTGG--ATAAGCCCAAGGAATAAAATG---AGGCAAGAAGCTATGTTTATTGAGTTTGA-----TTATGCTGTAAAATAAGTTTC-----TG----TG-T--AT-TTTTGCATG-TGATCGTACATTaatatttttaaaaaaatgtatggggggtatgccg
gi|16 : aa-----T--AA---AA--CGCCAA--AACT----GCAGTCAAAAGTG-AT-TGGG---G--G--ATAGACCTAAGGGGTAAAAT----AAGTGAGAAGTCGTGTTTGTTGCGTTTTATAGCCTAATGATGTAAAATATGT
gi|17 : acaatcCAGAAACGTGACTGCCCTTAGGTCGTACAGGCCCGGGC--A------------TA------------GA--CCT-----GTCT--CC----GAAAA-----------------T--AA----A--CGCCAAGAAAAT----GCATTAAAAGGTG-AT-T--GCTAG--G--ATAGGg
gi|18 : gtattgt----ATGC-TCCATGAGTAATAGCT-G----------C-AAATATGTCTTGAAATG--CACAGGAAGCCACCTTTT--CAAGAGTTCATATTTAtttt
gi|19 : TTGCTTAATTATC-T----ATGA-CCCATGAGTAAAAGCT-G----------T-AAATATGTCTTGAAAGG--CACCAAAAGCCACCATTT--CA--AGcatttttttttggagagcatgcccaaa
gi|2 : TAGCTAGC-TTG--------AGGCC---GT--G------------TA------------GG--CC--------CGGACC----TACAAATG-AAAA--AA-----A--AAATCAAAACGCCAA--AAATAAATGCAATGAAACGTA-AT-T--G---GAGG--ATAGGCTTAAGAGAAAAAATG---TAGTGAGAAGTTGTGTTTAATGTGCTTGA-----TAATGCTGTAAAATAAGTTTC-----TG----TG-T--AT-TTTTGCATG-TGAACGTACATTTTGCTCTTTCACCAT----ATGA-CCCATGAGTAAAAGCT-G----------T-AAATATGTCTTGAAATG--CATTAGAAAACTCCATTT--CA--AGTTCATATTTAA
gi|20 : ggaataC-----TG----TG-T--GT-TGTTACATG-TGAACGTGCATT--------------------TGA-TCCATGAGTAATAGCT-G----------T-CA-----------------CACCAGAAGCCACCATTT--aaaaaaatgtatgagggagca
gi|21 : CAA--ATGT----GCAATAAAAAGTG-ATAT--G---G--GG-ATAGGCCTAAAGGGTAAAATGAACAGGCGACAAatg
gi|3 : ------------TA------------CA--CCT-----TTCT--CC----GAAAAGTG-AAAA--AA--------AA--CAA--CACCAA--AAAT----GCAATAAAAAGTG-AT-TG-G---G--G--ATAGGCCTAATGGTTACAATG---AGCTGAGAAGCTGTGTTCATTGAGTTTGA-----TAATGCTCTAAATTAAGTTTC-----TG----TG-T--AT-TTTTGCATG-TGAACG-------TGCTCAATCATCGTATGAATGA-TCCAGGAGTAATAGCT-G----------T-AAAGATGTCTTGAAATG--CACTGGAAGCCACCCTTTTCTG--GGTTTATATTTAA
gi|4 : cccagccAGGCGTTGCTGCC-TTA--------AGGGT---GT--G------------TATGCCCGGGCATACA--CCT-----TTCT--CC----GAAAAATG-AAAA--AAAAACAT--AA--AAA--CACAAA--AAGT----GCAATAAAAAATT-AT-T--CC--G--G--ATATGCCTAAGGAGTAAAACA---AGGCGAGAAGTTGTGTTTGTTGTCTTAGA-----TAATACTGCAAAATAAGTTTC-----TG----TG-T--AT-T------------ACCTACA-TTTGCTCAATCATCAT----ACGC-ACCATGAGTAATAGCT-G----------T-AAATATGTCTTGGAATGCCCCCCAGAAGCCA-TATTC--CA--TGTTCGTATTatttttatataggggtgcatgctcccaagac
gi|5 : CAGAGGCGTGGCTGCT-TTA--------AGGCC---GT--G------------TA------------CA--CCT-----TTCT--CC----GAAAATTACAAAA--AA-----CCCAA--CAA--CAACAA--AAAT----GCAATAAAATGTG-AA-T--A---G--A--ATAGGCCTAAGTGGTTAAATA---GGGCGAGAAGTTGCATTTATTGTGTTTGA-----TAATGCTGTAAAATAAGTTTC-----TG----TT-T--AT-TTGTGTATG-TGACCGTAC-TTTTGCTCATTCATCAT----ATGC-CCCATGAGTAATAGCT-G----------T-AAATATGTCTTGAAATG--CATCAGAAGCCACCATTT--CA--AGTTCATATATAAa
gi|6 : AGAGGCGTAGCTGCT-TTT--------AGGCC---GTAGG------------CC------------CAGTCCTACAGCTTCT--CC----GAAAA-TG-AAAACAAA-----T--AA---AA--CGTCAA--AAAT----GCAATAAAAAGTG-AT-TTGG---G--G--ATAGGCTTA-GAGGTAAAACG---AGGCAAGAAGTTGTGCTTATTGTGTTAGA-----TACTGCTGTAAAATAAATTTC-----TG----CG-T--AC-TTTTACACG-TGAACGTACTTTTTGCTCAATCATCAT----ATGA-CCCATAAGTGATAGCT-G----------CAAAATATGTCTTGAAGTA--CACCAGAAGCCAC
gi|7 : GAGACGTACTTACC-ATA--------ATGCC---GT--GAAGACATCGGCCTA------------CA--CCT-----TTCT--CTAAGTGAAAAATG-ACAA---------T--AA--AAA--CGCCAA--AAAT----GCCATAAAAAGTG-AT-T--G---GTGG--ATAGGCCTTAGGGGTCAAATG---AGACGGGAAGCTG-----A----GTTTGA-----TAATGCTGTAAAATACTTTTC-----TAAAACTG-TTAAC-TTTTGCA---------TACATTTTGCTCAGATATCAT----ATGA-CTCATGAGAAAAAGCT-G----------T-AACTATATCTTGAAATG--CACCGGAAGCCACCTTTT--
gi|8 : AGAGGCGTAGCTGCC-ATA--------AGGCC---GT--A------------TA------------GG--CCCAG---GCCT--AC--------ATTG-AAAA--AA--------AA--C------------------------------GTG-AT-T--G---GTAG--ATAGGTCTCA-GGGTAAAATG---AGGCGA---------TTTG------TTGA-----TAATGCTGTAAACTAAATGTC-----TT----TGTT--TT-TTTTGCACG-TGAACGTACATTTTGCTTAATGAACAT----ATG------------ATAGCT-G----------C-AAATGTGTCTTAAAATG--CATCAGAAGCCACAATTT--CA--AGTTCATAATTAA
gi|9 : AA--CGCCAA--AACT----ACAATAAAAAGCG-AT-T--G---G--GCGATAGGCCTAAGAGGTCAAATG---AGG-------TTGTGCTGATTATATTTGA-----TAATACTGTAAAATAAGTTGA-----TG----TT-T--GT-TTTTGCATG-TGAACGTATA-TTTGGTCAATCGTTAT----TTGA-CCGATGAGTAATAGCG-G----------T-AAATATGTCTTTAAATG--CACTA-AAGTGACAATTT--CA--AGTACGTATTTaaaatgtatgg
Alignments
lowQualScore : 22222222 33333333333333333333333333 11111 11111111 111 222222222 1111111111
lowQualScore : 0 4 00000000 777 66 66666666666666666666666666 55 55555 55 8888 6 3 55 66666666 777 44 33 5555 1 2 2 2 000000000 55 444 1 66666 66666 5555 2 33 2 4 2 1 5555 888 1 2 0000000000 2 3 33 33 77
lowQualScore : . . ........ ... .. .......................... .. ..... .. .... . . .. ........ ... .. .. .... . . . . ......... .. ... . ..... ..... .... . .. . . . . .... ... . . .......... . . .. .. ..
lowQualScore : 1 4 66666666 888 11 33333333333333333333333333 55 55555 55 5555 0 6 00 88888888 555 22 44 3333 7 6 5 5 777777777 99 777 9 77777 77777 7777 7 77 7 6 5 7 0000 888 5 4 3333333333 4 1 22 44 99
consensus : CAGAGGCGTAGCTGCC-TTA--------AGGCC---GT--G------------TA------------CA--CCT-----TTCT--CC----GAAAAATG-AAAA--AA-----T--AA--CAA--CGCCAA--AAAT----GCAATAAAAAGTG-AT-T--G---G--G--ATAGGCCTAAGGGGTAAAATG---AGGCGAGAAGTTGTGTTTATTGTGTTTGA-----TAATGCTGTAAAATAAGTTTC-----TG----TG-T--AT-TTTTGCACG-TGAACGTACATTTTGCTCAATCATCAT----ATGA-CCCATGAGTAATAGCT-G----------T-AAATATGTCTTGAAATG--CACCAGAAGCCACCATTT--CA--AGTTCATATTTAA
Reference ( family-4549 ) : CAGAGGCGTAGCTGCC-TTA--------AGGCC---GT--G------------TA------------CA--CCT-----TTCT--CC----GAAAAATG-AAAA--AA-----T--AA--CAA--CGCCAA--AAAT----GCAATAAAAAGTG-AT-T--G---G--G--ATAGGCCTAAGGGGTAAAATG---AGGCGAGAAGTTGTGTTTATTGTGTTTGA-----TAATGCTGTAAAATAAGTTTC-----TG----TG-T--AT-TTTTGCACG-TGAACGTACATTTTGCTCAATCATCAT----ATGA-CCCATGAGTAATAGCT-G----------T-AAATATGTCTTGAAATG--CACCAGAAGCCACCATTT--CA--AGTTCATATTTAA
gi|1 : AGAGGCGTA-CTGCC-TTA--------AGGCA---GG--GCC----------TA------------CA--CCT-----TTCT--CC----GAAAAATG-AAAA--AA-----T--AA--CGC--CGAAAA--AAGT----GCAATAA--------------------G--ATATTCGTAAGAGGTAAAATG---TAGAGAGAAGTTGTGTTTATTGTAATTGA-----TAATGCTGTTAAATAAGTGTC-----TG----TG-T--AT-GTTTGCACG-TGAACGTTCATTTTGTTCAATTATCAT----ATGA-CCCATGAGTAAAAGCT-G----------T-AAATATGTCTTGAAACG--CACCAGAAGTCACAATTT--CA--CGTTCATAT
gi|1 : ACG--CACCAGAAGTCACCATTT--CA--CGTTCATATTAAAacgcaccagaagtcaccatttcacgttcatattaaaaaatgtatgggggaaca
gi|10 : agaggcgtactgccttaaggcagggcctacacctttctccgaaaaatgaaaaaataacgccgaaaaaagtgcaataagatattcgtaagaggtaaaatgtagagagaagttgtgtttattgtaattgataatgctgttaaataagtgtctgtgtatgtttgcacgtgaacgttcattttgttcaattatcatatgacccatgagtaaaagctgtaaatatgtcttgaaacgcaccagaagtcacaatttcacgttcatatGAGGCGTAGCTGTT-GTGT-------GGGCC----T--G------------GG------------CA--CCT-----TTCT--CC----GAAAAATG-AAAA--AA-----T--AA--AAA--CGACAA--AAAT----GCAATAAAAAGTGAAT-G--G---G--G--ATATGCCTAAGGGATAAAATG---AGACGAGAAGTTGTGTTTGTTGTGTTTGT-----TGATGCTGT-ATCTACGTTTC-----TT----AG-T--AT-TTTTGCATGTTTAACATACA-TTTGCTCAGCCGTCAT----ATGC-GCCATGAGTAATAGCT-G----------T-Aaaatgtatgggggaaca
gi|11 : -TGAACGTCCATTTTGCTAAAT--TC-T----ATAATCCCA-GAGCAATAGCTCGATTTCTTGCTT-AA--ATGTCTTGAAATG--CACCAGAAGTCACCATTT--CA--AGTCTCTATTT
gi|12 : atgtgtttgcctctttgaaagcgagaattA--AAAT----GTAATAA---GTG-AT-TT-G---G--G--ATAGGCTTAAGTGGTAAAATG---AGACAAGAAGTTGTGTGTATT-TTTTATA-----TAAAGCTGTAAAATAAG--TC-----TG----TG-T--AC-TTTCGTATC-TGAAAGTACATTTTGCTCAATCTTTAT----ATT------TGAAT------------------------CATCTCTTGAAATG--CATCAGAAGCCACCATTT--CA--AGTTCATATTTtaaaaaaatcgggtgagggagaccgaagcacgacccaataaccatagacgacccgggcctacacacaaaactttagtcagctacgcctct
gi|13 : tgtcA--AAAT----GTAATAA---GTG-AT-TT-G---G--G--ATAGGCTTAAGTGGTAAAATG---AGACAAGAAGTTGTGTGTATT-TTTTATA-----TAAAGCTGTAAAATAAG--TC-----TG----TG-T--AC-TTTCGTATC-TGAAAGTACATTTTGCTCAATCTTTAT----ATT------TGAAT------------------------CATCTCTTGAAATG--CATCAGAAGCCACCATTT--CA--AGTTCATATTTtaaacatgtatggtggagcatgacccc
gi|14 : tgtcGTTTGA-----TAATGCTGTTAAATAC-TTTCAGAATTG----TG-T--ATGTTTTGCACG-TGAACTTACATTTTGCTCTATCATCAT----ATGA-TCCATGAACAAAAGCT-G----------T-TCCTATGTCTTGAAATG--TATCGGAATCCACCTTTT--CAACAGTTCATACTtaaacatgtatggtggagcatgacccc
gi|15 : AAAAACA-AACA--AA-----C--AA----A--CACCAA--AAAT----GCAATGAAACGTG-AT-T--G---GTGG--ATAAGCCCAAGGAATAAAATG---AGGCAAGAAGCTATGTTTATTGAGTTTGA-----TTATGCTGTAAAATAAGTTTC-----TG----TG-T--AT-TTTTGCATG-TGATCGTACATTaatatttttaaaaaaatgtatggggggtatgccg
gi|16 : aa-----T--AA---AA--CGCCAA--AACT----GCAGTCAAAAGTG-AT-TGGG---G--G--ATAGACCTAAGGGGTAAAAT----AAGTGAGAAGTCGTGTTTGTTGCGTTTTATAGCCTAATGATGTAAAATATGT
gi|17 : acaatcCAGAAACGTGACTGCCCTTAGGTCGTACAGGCCCGGGC--A------------TA------------GA--CCT-----GTCT--CC----GAAAA-----------------T--AA----A--CGCCAAGAAAAT----GCATTAAAAGGTG-AT-T--GCTAG--G--ATAGGg
gi|18 : gtattgt----ATGC-TCCATGAGTAATAGCT-G----------C-AAATATGTCTTGAAATG--CACAGGAAGCCACCTTTT--CAAGAGTTCATATTTAtttt
gi|19 : TTGCTTAATTATC-T----ATGA-CCCATGAGTAAAAGCT-G----------T-AAATATGTCTTGAAAGG--CACCAAAAGCCACCATTT--CA--AGcatttttttttggagagcatgcccaaa
gi|2 : TAGCTAGC-TTG--------AGGCC---GT--G------------TA------------GG--CC--------CGGACC----TACAAATG-AAAA--AA-----A--AAATCAAAACGCCAA--AAATAAATGCAATGAAACGTA-AT-T--G---GAGG--ATAGGCTTAAGAGAAAAAATG---TAGTGAGAAGTTGTGTTTAATGTGCTTGA-----TAATGCTGTAAAATAAGTTTC-----TG----TG-T--AT-TTTTGCATG-TGAACGTACATTTTGCTCTTTCACCAT----ATGA-CCCATGAGTAAAAGCT-G----------T-AAATATGTCTTGAAATG--CATTAGAAAACTCCATTT--CA--AGTTCATATTTAA
gi|20 : ggaataC-----TG----TG-T--GT-TGTTACATG-TGAACGTGCATT--------------------TGA-TCCATGAGTAATAGCT-G----------T-CA-----------------CACCAGAAGCCACCATTT--aaaaaaatgtatgagggagca
gi|21 : CAA--ATGT----GCAATAAAAAGTG-ATAT--G---G--GG-ATAGGCCTAAAGGGTAAAATGAACAGGCGACAAatg
gi|3 : ------------TA------------CA--CCT-----TTCT--CC----GAAAAGTG-AAAA--AA--------AA--CAA--CACCAA--AAAT----GCAATAAAAAGTG-AT-TG-G---G--G--ATAGGCCTAATGGTTACAATG---AGCTGAGAAGCTGTGTTCATTGAGTTTGA-----TAATGCTCTAAATTAAGTTTC-----TG----TG-T--AT-TTTTGCATG-TGAACG-------TGCTCAATCATCGTATGAATGA-TCCAGGAGTAATAGCT-G----------T-AAAGATGTCTTGAAATG--CACTGGAAGCCACCCTTTTCTG--GGTTTATATTTAA
gi|4 : cccagccAGGCGTTGCTGCC-TTA--------AGGGT---GT--G------------TATGCCCGGGCATACA--CCT-----TTCT--CC----GAAAAATG-AAAA--AAAAACAT--AA--AAA--CACAAA--AAGT----GCAATAAAAAATT-AT-T--CC--G--G--ATATGCCTAAGGAGTAAAACA---AGGCGAGAAGTTGTGTTTGTTGTCTTAGA-----TAATACTGCAAAATAAGTTTC-----TG----TG-T--AT-T------------ACCTACA-TTTGCTCAATCATCAT----ACGC-ACCATGAGTAATAGCT-G----------T-AAATATGTCTTGGAATGCCCCCCAGAAGCCA-TATTC--CA--TGTTCGTATTatttttatataggggtgcatgctcccaagac
gi|5 : CAGAGGCGTGGCTGCT-TTA--------AGGCC---GT--G------------TA------------CA--CCT-----TTCT--CC----GAAAATTACAAAA--AA-----CCCAA--CAA--CAACAA--AAAT----GCAATAAAATGTG-AA-T--A---G--A--ATAGGCCTAAGTGGTTAAATA---GGGCGAGAAGTTGCATTTATTGTGTTTGA-----TAATGCTGTAAAATAAGTTTC-----TG----TT-T--AT-TTGTGTATG-TGACCGTAC-TTTTGCTCATTCATCAT----ATGC-CCCATGAGTAATAGCT-G----------T-AAATATGTCTTGAAATG--CATCAGAAGCCACCATTT--CA--AGTTCATATATAAa
gi|6 : AGAGGCGTAGCTGCT-TTT--------AGGCC---GTAGG------------CC------------CAGTCCTACAGCTTCT--CC----GAAAA-TG-AAAACAAA-----T--AA---AA--CGTCAA--AAAT----GCAATAAAAAGTG-AT-TTGG---G--G--ATAGGCTTA-GAGGTAAAACG---AGGCAAGAAGTTGTGCTTATTGTGTTAGA-----TACTGCTGTAAAATAAATTTC-----TG----CG-T--AC-TTTTACACG-TGAACGTACTTTTTGCTCAATCATCAT----ATGA-CCCATAAGTGATAGCT-G----------CAAAATATGTCTTGAAGTA--CACCAGAAGCCAC
gi|7 : GAGACGTACTTACC-ATA--------ATGCC---GT--GAAGACATCGGCCTA------------CA--CCT-----TTCT--CTAAGTGAAAAATG-ACAA---------T--AA--AAA--CGCCAA--AAAT----GCCATAAAAAGTG-AT-T--G---GTGG--ATAGGCCTTAGGGGTCAAATG---AGACGGGAAGCTG-----A----GTTTGA-----TAATGCTGTAAAATACTTTTC-----TAAAACTG-TTAAC-TTTTGCA---------TACATTTTGCTCAGATATCAT----ATGA-CTCATGAGAAAAAGCT-G----------T-AACTATATCTTGAAATG--CACCGGAAGCCACCTTTT--
gi|8 : AGAGGCGTAGCTGCC-ATA--------AGGCC---GT--A------------TA------------GG--CCCAG---GCCT--AC--------ATTG-AAAA--AA--------AA--C------------------------------GTG-AT-T--G---GTAG--ATAGGTCTCA-GGGTAAAATG---AGGCGA---------TTTG------TTGA-----TAATGCTGTAAACTAAATGTC-----TT----TGTT--TT-TTTTGCACG-TGAACGTACATTTTGCTTAATGAACAT----ATG------------ATAGCT-G----------C-AAATGTGTCTTAAAATG--CATCAGAAGCCACAATTT--CA--AGTTCATAATTAA
gi|9 : AA--CGCCAA--AACT----ACAATAAAAAGCG-AT-T--G---G--GCGATAGGCCTAAGAGGTCAAATG---AGG-------TTGTGCTGATTATATTTGA-----TAATACTGTAAAATAAGTTGA-----TG----TT-T--GT-TTTTGCATG-TGAACGTATA-TTTGGTCAATCGTTAT----TTGA-CCGATGAGTAATAGCG-G----------T-AAATATGTCTTTAAATG--CACTA-AAGTGACAATTT--CA--AGTACGTATTTaaaatgtatgg
blockSeqs : C GGTCGTAC CGG AG TATGCCCGGGCATA GT ACAGC GA AAGT A C CA AAACAT ATC AA GA AAAT A A A A GCTAG CG AAC G TAGCC AGAAT AAAC T TA G T T T ATGA ATC T C ATTTCTTGCT A C CC TC AC
blockSeqs : . T . . AAGACATCGGCCTA . AG . . A . . CCC A . . . A C . . GGTG G . G . . . . . . T . T . CG T . . . A . . AG
blockSeqs : . . . . GG . . . . A . . T C . . . A A . . GGGG . . G . . . . . . T . T . AT A . . . A . . .
blockSeqs : . . . . TA . . . . G . . C A . . . A G . . GGAG . . G . . . . . . C . T . CT T . . . A . . .
blockSeqs : . . . . TA . . . . A . . T C . . . A C . . TGGG . . G . . . . . . T . T . AC A . . . A . . .
blockSeqs : . . . . TA . . . . T . . T A . . . A A . . GGTG . . G . . . . . . T . T . AC A . . . A . . .
blockSeqs : . . . . TA . . . . A . . A C . . . A A . . GGTA . . G . . . . . . T . T . AT T . . . A . . .
blockSeqs : . . . . CC . . . . T . . T . . . . A A . . TGG . . G . . . . . . T . T . AT T . . . A . . .
blockSeqs : TA . . . . . . . T . . . . A T . . TGG . . A . . . . . . T . T . CA T . . . C . . .
blockSeqs : . . . . . . . . A A . . GGG . . . . . . . . . C . T . CC T . . . A . . .
blockSeqs : . . . . . A A . . CCG . . . . . . . . . C . T . AC T . . . A . . .
blockSeqs : . . . A A . . GG . . . . . . . . . T . . . AC A . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . GG . . . . . . . . . . . . . AC T . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . AG . . . . . . . . . . . . . T . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . GG . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . .
blockSeqCons : TA************************ GGG******
originalCons : CAGAGGCGTAGCTGCC-TTA--------AGGCC---GT--G------------TA------------CA--CCT-----TTCT--CC----GAAAAATG-AAAA--AA-----T--AA--CAA--CGCCAA--AAAT----GCAATAAAAAGTG-AT-T--G---G--G--ATAGGCCTAAGGGGTAAAATG---AGGCGAGAAGTTGTGTTTATTGTGTTTGA-----TAATGCTGTAAAATAAGTTTC-----TG----TG-T--AT-TTTTGCACG-TGAACGTACATTTTGCTCAATCATCAT----ATGA-CCCATGAGTAATAGCT-G----------T-AAATATGTCTTGAAATG--CACCAGAAGCCACCATTT--CA--AGTTCATATTTAA
finalCons : CAGAGGCGTAGCTGCC-TTA--------AGGCC---GT--GTA------------------------CA--CCT-----TTCT--CC----GAAAAATG-AAAA--AA-----T--AA--CAA--CGCCAA--AAAT----GCAATAAAAAGTG-AT-TGGG------G--ATAGGCCTAAGGGGTAAAATG---AGGCGAGAAGTTGTGTTTATTGTGTTTGA-----TAATGCTGTAAAATAAGTTTC-----TG----TG-T--AT-TTTTGCACG-TGAACGTACATTTTGCTCAATCATCAT----ATGA-CCCATGAGTAATAGCT-G----------T-AAATATGTCTTGAAATG--CACCAGAAGCCACCATTT--CA--AGTTCATATTTAA
Alignments
lowQualScore : 22222222 33333333333333333333333333 11111 11111111 111 1 1111111111
lowQualScore : 0 4 00000000 777 66 66666666666666666666666666 55 55555 55 8888 1 3 55 66666666 777 44 33 5555 1 2 2 2 2 33 0 2 444 1 66666 66666 5555 2 33 2 4 2 1 5555 888 1 2 0000000000 2 3 33 33 77
lowQualScore : . . ........ ... .. .......................... .. ..... .. .... . . .. ........ ... .. .. .... . . . . . .. . . ... . ..... ..... .... . .. . . . . .... ... . . .......... . . .. .. ..
lowQualScore : 1 4 66666666 888 11 33333333333333333333333333 55 55555 55 5555 5 6 00 88888888 555 22 44 3333 7 6 5 5 5 44 0 5 777 9 77777 77777 7777 7 77 7 6 5 7 0000 888 5 4 3333333333 4 1 22 44 99
consensus : CAGAGGCGTAGCTGCC-TTA--------AGGCC---GT--G------------TA------------CA--CCT-----TTCT--CC----GAAAAATG-AAA--AAA-----T--AA--CAA--CGCCAA--AAAT----GCAATAAAAAGTGA-T-T-G--G-G-GATAGGCCTAAGGGGTAAAATG---AGGCGAGAAGTTGTGTTTATTGTGTTTGA-----TAATGCTGTAAAATAAGTTTC-----TG----TG-T--AT-TTTTGCACG-TGAACGTACATTTTGCTCAATCATCAT----ATGA-CCCATGAGTAATAGCT-G----------T-AAATATGTCTTGAAATG--CACCAGAAGCCACCATTT--CA--AGTTCATATTTAA
Reference ( family-4549 ) : CAGAGGCGTAGCTGCC-TTA--------AGGCC---GT--G------------TA------------CA--CCT-----TTCT--CC----GAAAAATG-AAA--AAA-----T--AA--CAA--CGCCAA--AAAT----GCAATAAAAAGTGA-T-T-G--G-G-GATAGGCCTAAGGGGTAAAATG---AGGCGAGAAGTTGTGTTTATTGTGTTTGA-----TAATGCTGTAAAATAAGTTTC-----TG----TG-T--AT-TTTTGCACG-TGAACGTACATTTTGCTCAATCATCAT----ATGA-CCCATGAGTAATAGCT-G----------T-AAATATGTCTTGAAATG--CACCAGAAGCCACCATTT--CA--AGTTCATATTTAA
gi|1 : AGAGGCGTA-CTGCC-TTA--------AGGCA---GG--GCC----------TA------------CA--CCT-----TTCT--CC----GAAAAATG-AAA--AAA-----T--AA--CGC--CGAAAA--AAGT----GCAATAA-------------------GATATTCGTAAGAGGTAAAATG---TAGAGAGAAGTTGTGTTTATTGTAATTGA-----TAATGCTGTTAAATAAGTGTC-----TG----TG-T--AT-GTTTGCACG-TGAACGTTCATTTTGTTCAATTATCAT----ATGA-CCCATGAGTAAAAGCT-G----------T-AAATATGTCTTGAAACG--CACCAGAAGTCACAATTT--CA--CGTTCATAT
gi|1 : ACG--CACCAGAAGTCACCATTT--CA--CGTTCATATTAAAacgcaccagaagtcaccatttcacgttcatattaaaaaatgtatgggggaaca
gi|10 : agaggcgtactgccttaaggcagggcctacacctttctccgaaaaatgaaaaaataacgccgaaaaaagtgcaataagatattcgtaagaggtaaaatgtagagagaagttgtgtttattgtaattgataatgctgttaaataagtgtctgtgtatgtttgcacgtgaacgttcattttgttcaattatcatatgacccatgagtaaaagctgtaaatatgtcttgaaacgcaccagaagtcacaatttcacgttcatatGAGGCGTAGCTGTT-GTGT-------GGGCC----T--G------------GG------------CA--CCT-----TTCT--CC----GAAAAATG-AAA--AAA-----T--AA--AAA--CGACAA--AAAT----GCAATAAAAAGTGA-A-T-G--G-G-GATATGCCTAAGGGATAAAATG---AGACGAGAAGTTGTGTTTGTTGTGTTTGT-----TGATGCTGT-ATCTACGTTTC-----TT----AG-T--AT-TTTTGCATGTTTAACATACA-TTTGCTCAGCCGTCAT----ATGC-GCCATGAGTAATAGCT-G----------T-Aaaatgtatgggggaaca
gi|11 : -TGAACGTCCATTTTGCTAAAT--TC-T----ATAATCCCA-GAGCAATAGCTCGATTTCTTGCTT-AA--ATGTCTTGAAATG--CACCAGAAGTCACCATTT--CA--AGTCTCTATTT
gi|12 : atgtgtttgcctctttgaaagcgagaattA--AAAT----GTAATAA---GTGA-T-T-T--G-G-GATAGGCTTAAGTGGTAAAATG---AGACAAGAAGTTGTGTGTATT-TTTTATA-----TAAAGCTGTAAAATAAG--TC-----TG----TG-T--AC-TTTCGTATC-TGAAAGTACATTTTGCTCAATCTTTAT----ATT------TGAAT------------------------CATCTCTTGAAATG--CATCAGAAGCCACCATTT--CA--AGTTCATATTTtaaaaaaatcgggtgagggagaccgaagcacgacccaataaccatagacgacccgggcctacacacaaaactttagtcagctacgcctct
gi|13 : tgtcA--AAAT----GTAATAA---GTGA-T-T-T--G-G-GATAGGCTTAAGTGGTAAAATG---AGACAAGAAGTTGTGTGTATT-TTTTATA-----TAAAGCTGTAAAATAAG--TC-----TG----TG-T--AC-TTTCGTATC-TGAAAGTACATTTTGCTCAATCTTTAT----ATT------TGAAT------------------------CATCTCTTGAAATG--CATCAGAAGCCACCATTT--CA--AGTTCATATTTtaaacatgtatggtggagcatgacccc
gi|14 : tgtcGTTTGA-----TAATGCTGTTAAATAC-TTTCAGAATTG----TG-T--ATGTTTTGCACG-TGAACTTACATTTTGCTCTATCATCAT----ATGA-TCCATGAACAAAAGCT-G----------T-TCCTATGTCTTGAAATG--TATCGGAATCCACCTTTT--CAACAGTTCATACTtaaacatgtatggtggagcatgacccc
gi|15 : AAAAACA-AAC--AAA-----C--AA----A--CACCAA--AAAT----GCAATGAAACGTGA-T-T-G--GTG-GATAAGCCCAAGGAATAAAATG---AGGCAAGAAGCTATGTTTATTGAGTTTGA-----TTATGCTGTAAAATAAGTTTC-----TG----TG-T--AT-TTTTGCATG-TGATCGTACATTaatatttttaaaaaaatgtatggggggtatgccg
gi|16 : aa-----T--AA---AA--CGCCAA--AACT----GCAGTCAAAAGTGA-T-TGG--G-G-GATAGACCTAAGGGGTAAAAT----AAGTGAGAAGTCGTGTTTGTTGCGTTTTATAGCCTAATGATGTAAAATATGT
gi|17 : acaatcCAGAAACGTGACTGCCCTTAGGTCGTACAGGCCCGGGC--A------------TA------------GA--CCT-----GTCT--CC----GAAAA-----------------T--AA----A--CGCCAAGAAAAT----GCATTAAAAGGTGA-T-T-GCTA-G-GATAGGg
gi|18 : gtattgt----ATGC-TCCATGAGTAATAGCT-G----------C-AAATATGTCTTGAAATG--CACAGGAAGCCACCTTTT--CAAGAGTTCATATTTAtttt
gi|19 : TTGCTTAATTATC-T----ATGA-CCCATGAGTAAAAGCT-G----------T-AAATATGTCTTGAAAGG--CACCAAAAGCCACCATTT--CA--AGcatttttttttggagagcatgcccaaa
gi|2 : TAGCTAGC-TTG--------AGGCC---GT--G------------TA------------GG--CC--------CGGACC----TACAAATG-AAA--AAA-----A--AAATCAAAACGCCAA--AAATAAATGCAATGAAACGTAA-T-T-G--GAG-GATAGGCTTAAGAGAAAAAATG---TAGTGAGAAGTTGTGTTTAATGTGCTTGA-----TAATGCTGTAAAATAAGTTTC-----TG----TG-T--AT-TTTTGCATG-TGAACGTACATTTTGCTCTTTCACCAT----ATGA-CCCATGAGTAAAAGCT-G----------T-AAATATGTCTTGAAATG--CATTAGAAAACTCCATTT--CA--AGTTCATATTTAA
gi|20 : ggaataC-----TG----TG-T--GT-TGTTACATG-TGAACGTGCATT--------------------TGA-TCCATGAGTAATAGCT-G----------T-CA-----------------CACCAGAAGCCACCATTT--aaaaaaatgtatgagggagca
gi|21 : CAA--ATGT----GCAATAAAAAGTGA-TAT-G--G-G-GATAGGCCTAAAGGGTAAAATGAACAGGCGACAAatg
gi|3 : ------------TA------------CA--CCT-----TTCT--CC----GAAAAGTG-AAA--AAA--------AA--CAA--CACCAA--AAAT----GCAATAAAAAGTGA-T-T-G--G-G-GATAGGCCTAATGGTTACAATG---AGCTGAGAAGCTGTGTTCATTGAGTTTGA-----TAATGCTCTAAATTAAGTTTC-----TG----TG-T--AT-TTTTGCATG-TGAACG-------TGCTCAATCATCGTATGAATGA-TCCAGGAGTAATAGCT-G----------T-AAAGATGTCTTGAAATG--CACTGGAAGCCACCCTTTTCTG--GGTTTATATTTAA
gi|4 : cccagccAGGCGTTGCTGCC-TTA--------AGGGT---GT--G------------TATGCCCGGGCATACA--CCT-----TTCT--CC----GAAAAATG-AAA--AAAAAACAT--AA--AAA--CACAAA--AAGT----GCAATAAAAAATTA-T-T-C--C-G-GATATGCCTAAGGAGTAAAACA---AGGCGAGAAGTTGTGTTTGTTGTCTTAGA-----TAATACTGCAAAATAAGTTTC-----TG----TG-T--AT-T------------ACCTACA-TTTGCTCAATCATCAT----ACGC-ACCATGAGTAATAGCT-G----------T-AAATATGTCTTGGAATGCCCCCCAGAAGCCA-TATTC--CA--TGTTCGTATTatttttatataggggtgcatgctcccaagac
gi|5 : CAGAGGCGTGGCTGCT-TTA--------AGGCC---GT--G------------TA------------CA--CCT-----TTCT--CC----GAAAATTACAAA--AAA-----CCCAA--CAA--CAACAA--AAAT----GCAATAAAATGTGA-A-T-A--G-A--ATAGGCCTAAGTGGTTAAATA---GGGCGAGAAGTTGCATTTATTGTGTTTGA-----TAATGCTGTAAAATAAGTTTC-----TG----TT-T--AT-TTGTGTATG-TGACCGTAC-TTTTGCTCATTCATCAT----ATGC-CCCATGAGTAATAGCT-G----------T-AAATATGTCTTGAAATG--CATCAGAAGCCACCATTT--CA--AGTTCATATATAAa
gi|6 : AGAGGCGTAGCTGCT-TTT--------AGGCC---GTAGG------------CC------------CAGTCCTACAGCTTCT--CC----G-AAAATG-AAAACAAA-----T--AA---AA--CGTCAA--AAAT----GCAATAAAAAGTGATT-T-G--G-G-GATAGGCTT-AGAGGTAAAACG---AGGCAAGAAGTTGTGCTTATTGTGTTAGA-----TACTGCTGTAAAATAAATTTC-----TG----CG-T--AC-TTTTACACG-TGAACGTACTTTTTGCTCAATCATCAT----ATGA-CCCATAAGTGATAGCT-G----------CAAAATATGTCTTGAAGTA--CACCAGAAGCCAC
gi|7 : GAGACGTACTTACC-ATA--------ATGCC---GT--GAAGACATCGGCCTA------------CA--CCT-----TTCT--CTAAGTGAAAAATG-ACA--A-------T--AA--AAA--CGCCAA--AAAT----GCCATAAAAAGTGA-T-T-G--GTG-GATAGGCCTTAGGGGTCAAATG---AGACGGGAAGCTG-----A----GTTTGA-----TAATGCTGTAAAATACTTTTC-----TAAAACTG-TTAAC-TTTTGCA---------TACATTTTGCTCAGATATCAT----ATGA-CTCATGAGAAAAAGCT-G----------T-AACTATATCTTGAAATG--CACCGGAAGCCACCTTTT--
gi|8 : AGAGGCGTAGCTGCC-ATA--------AGGCC---GT--A------------TA------------GG--CCCAG---GCCT--AC--------ATTG-AAA--AAA--------AA--C------------------------------GTGA-T-T-G--GTA-GATAGGTCTCA-GGGTAAAATG---AGGCGA---------TTTG------TTGA-----TAATGCTGTAAACTAAATGTC-----TT----TGTT--TT-TTTTGCACG-TGAACGTACATTTTGCTTAATGAACAT----ATG------------ATAGCT-G----------C-AAATGTGTCTTAAAATG--CATCAGAAGCCACAATTT--CA--AGTTCATAATTAA
gi|9 : AA--CGCCAA--AACT----ACAATAAAAAGCGA-T-T-G--G-GCGATAGGCCTAAGAGGTCAAATG---AGG-------TTGTGCTGATTATATTTGA-----TAATACTGTAAAATAAGTTGA-----TG----TT-T--GT-TTTTGCATG-TGAACGTATA-TTTGGTCAATCGTTAT----TTGA-CCGATGAGTAATAGCG-G----------T-AAATATGTCTTTAAATG--CACTA-AAGTGACAATTT--CA--AGTACGTATTTaaaatgtatgg