lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 666666666666666666666666 222222222222222222222222 11111 22222222222222222 1111111 222 1 1111111111111111 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 1 11 1 333
lowQualScore : 6 0 111111111111111111111111 333333333333333333333333 00000 33 66666666666666666 22 6666 22 2 0000000 2 222 2 55555 2 5 0000000000000000 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 8 8 1 66 0 7 333
lowQualScore : . . ........................ ........................ ..... .. ................. .. .... .. . ....... . ... . ..... . . ................ .............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. . . . .. . . ...
lowQualScore : 6 8 222222222222222222222222 000000000000000000000000 00000 77 11111111111111111 88 2222 66 2 6666666 2 666 1 33333 1 1 0000000000000000 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 0 0 5 22 0 8 000
consensus : AAAATACATGT-----A----TGTA-A-GG-GAC-ATTCAA-N-N-NCCTA----CG--------GGTA-----CCT--A----G---NT----AGTCGTGTAAA--TCA----CGA--ATGT-CGT-----AAC-T-TNA-A-A---CTGAA-TTTGAGTCGGCAA------CA------AACAGAA----T--TTA----TT-----A--AA--A--A-----T-CAA-T----N-NAA-------A--T---N-AGTTT--G-A--TTCCGA---TATT---A--TGCGACT----TC-GA-ATA-------CG--TT-CT-----TATTTTA---AT--GC--A-------------TA-----C-TAATGC--ACG------------A--ACT--------TTG--------ATGCA--TTT-CGGAA---NC----AT-TC--TTTT------CGTT----C----TN------TT-ATTTC--CTGG---CAAAANTTCTCTGCAGCC--ATGCGAT---AAGNGAAA--ATT-TTTA-AACANTAAACATTTTT-TNTCTCG-GAAACG
Reference ( gi|9 ) : AAATTACATGT-----G----TGTA-A-GG-GAA-ATTCAA-A-A-CCCTA----CA--------GGTA-----CCT--A----G---GT----AGGCATGTAAA--TCA----CAA--ATGT-CCT-----AAC-T-GTA-A-A---CTGAA-TTTGATTCGGCAA------TA------AGCAGAA----T--GCA----TT-----A--AC--C--A-----T-CAA-T----T-CAA-------A--T---C-AGTTT--G-C--TTCCAA---TATT---A--TGCAACT----T--GA-ATA-------CG--TT-CT-----TATTTTA---AT--GC--A-------------CA-----C-TAATGC--ACG------------A--ACT--------TTG--------ATGCA--TTT-CGGAA---TT----AT-TC--TTTT------CATT----C----TG------TT-ATTTC--CCGG---AAGAAGTTCTCTACAATC--AGGTGAT---AAGAGAAA-CATT-TTTA-AACATTAAACATTTTT-TTTCTCGCAAAACGGTG
gi|16 : AAAATACATGTCAACTA----TATA-A-AG-TAT-ATGCAA-T-A-CCCTA----------------TA-----TCT--A----G----T-------CGTGTAAA--TCAATGTCAA---TGT-CGT-----AAC-T-TAA-A-A---TTGAA-TTTAAGTTAGCTA------TA------AATAAAA--------AA----TT-----A--AAGGC--A-----G-TAA---------AA-------A--T-----AATTT--G-A--TTACGA---TATT---A--TGAGACT----TCTAA-ATG-------CG--TT-CT-----TATTTTA---AT--GA--A-------------AA-----T-CGACTT--ACA------------A--ACT--------T
gi|27 : AAATTACA----------------A-ACGG-GAC-ATTCAA-T-C-TCCTA----CA--------GGTA-----CCT--A----G---CT----AGGCGTGTAAA--TTA----CAA--Acctattcataatgcatgaacta
gi|19 : tgtAAAATACATGT-----AATT-TACA-T-GGTGGA-ATTCAA-A-T-TCCTATGGTCA--------GCTG-----CCT--A----G---CT----GGTCCTGTAAA--TTA----CAA--ACTT-TGT-----AAC-T--TA-A-AAATTTGAA-TTTGTGCCAGCAA----------------CAGAA----T--TTA----TT-----A--Ac
gi|20 : ttatacaaaagtatatattgagagaaaaaagagtttagcaaatAAAATACATGT-----AAAACTGCATA-GG-ACC-ATTCAA-AGA-ATTT---------------GGTAG----CC--------G---GT-------TATGTAAA--TCA----CGA--A------------AAA-T-GCA-A-----TTAAA-TTTGAGTTGGCAG------TG------AACATAA----T--TAA----TTAA---A--AT--C--------T-CGA-T----G-AAA-------A--C---A-AAATT--G-A--TTCCGA---TACT---A--TACAACaaagtcaataaaaacat
gi|18 : tgacaaaaataagttcaacaaggAATCACATGT-----G----GGTC-A---------TTCAA-A-G-ACATG----TG--------GGTAGTCGACAT--A----AC--GT-----GTCGTGTAAA--TCA----GAA--ATGT-CTTCTTAAAAT-T-A-A-A-A---CTGAA-TTTAAGTTGTCAA------CA------GACGGGA----T--TCA----TT-----A--A------AATT--T-CAA-T----TACAATACATGTA--T---C-AGTTT--
gi|29 : tgaaagtagttcgttcagcaaagacaatacgcgtaaac-----G----TGTA-A-C------ATTCAA-T-C-TCCTA----CA--------GGTG-----CCT--A----C---TT----AGGCATGTAAA--TTA----CAA--ACGtgtaatt
gi|2 : c----TGTA-A-----AC-ATTCAA-T-T-ACATA----TA--------CGTA-----CCT--A----T---AC----AGTCATGTAAA--TTA----TGA--ATGT-CAT-----TAT-T-TCA-A-A---CTAAA-TTTGAGTCAGCAA------CA------AATAAAT----T--GTA----AT-----A--AA--CATA-----T-CAA-T----A-ACA-------A--T---A-AGTCG--A-A--TTCTGC---TTTT---T--TGAGATT----TCAAA-ACA-------CG--TT-TT-----AATTTTA---AT--AC--A-------------
gi|15 : tttcatatttatctatgtaaactattttgatatgtcctacatgtaatgaataaaataagtttagcaacacaagtacaTA-C-GG-GAC-ATTCAATC-A-CTATA----TG--------GGTC-----CTT--A----ACATGT-------CATGTATA--TTA----CGA--ATTA-CAT-----TAC-T-TCA-A-A---CTGAA-TTTGAGTCAACAA------CA------AACTGAAT---T--TTATTTTTT-----A--AA--A--A-----T-CAA-T----A-AAA-------A--T---A-AATTG--A-A--TTCGGAT--TTTT---A--TGGGACT----TCAAA-ATT-------CG--TT-TC-----TAaagctaggtaatttaccaacaaaatatgcgaatttcaaatacgtaataaatgacttgtattgtatttcctgagaccttctttgtggccttttatttctctgcagtcatacaatatgaaagtaaaccatttaaaaacattttttatctcatgatacatatgtattggtagatatcaaaatatatgatattgatattgtaatatattaattttgcaaacat
gi|6 : aataaagtaagtttagcaacacacaaaaacagatgtaaaattcca-GG-GAACATTCAA-G-G-ACTTA----CG--------GGT------TCT--AAGCCG---GTCATGAGCCATGTATA--TTA----TAA--ATAT-CAT-----AAC-T-GTA--------------TTAAGTTGGCAA------CA------AACTGAAAAATT--GAA----TT-----T--AT--T--A-----T-AAA-TTAAAT-CAA-------A--T---C--GTTTTGG-A--TTCTAA---TAGA---AGTTG--ATT----TCAGA-ATA-------CG--TT-CT-----TATCTTT---AT--G-----------------TG-----G-TAA-G---AGG------------T--AAT--------TTA--------ACTCAT-TTT-CGGAA---AC----GT-TC--TTTT------gactgtttatg
gi|24 : agttatcattttatattttttttatgttttcggtaccttggttaccgaaattaagctgtatttattatgatataaaattgtctacaccatcttcttatctataaaacattatctggaatagatcaattcagcaagttttatacatataaactactttAA-TTTTAA-A-G-CCCCA----CGTCACCTTTGGTA-----CCTGAA----G---CT----AGACATATTA---TCA----CGA--ATGT-CAA-----AAC-T-TCA-A-A---CTGAA-TTTGAGTAGGTAA------TA------AACAGAA----T--TTA----TT-----A--A
gi|31 : acatgtaacgcatgcagggaacattTTCAA-T-C-TCCTA----CA--------GGTG-----CCT--A----G---TT----AGGCGTGTAAA--TTA----CAA--ACGac
gi|1 : TCAA-A-AGCCCTA----TG--------TCTA-----TCT--T----G---CT----AGTTGTGTAAA--TCA----CAG--AAAT-TGT-----AAC-T--TAGA-A---CTGAA--TTGAGTTGGCAA------CA------TACAGAA----T--TTG----TT-----A--AT--A--AT----T-CAA-T----T--AA-------C--T---CTAGTTT--A-G--TTCCAG---TATT---A--TGTAATT----TC-AA-AGA-------TG--TT-CT-----ATTTTTA---AT--G
gi|10 : ggttgttattttatttctttttaatgtatttcgtttgtgatgttttgaagtgaaagagtgtgtaaggttttatttgtatatgtatgtcatatatcactcagttttaatatctgttaataagatgtattttgaaagatataagtttagcaaggacaatacatttaaactacattgagacaA-A-A-CATTA----TG--------GGTA-----CCT--A----G---CT----AGTTATGCAAA--TCA----CCA--TTGC-AAT-----CAC-T-TAA-A-A---TTGCG-TTTGAGTCGGCAA------CA------GACAAAA----aaaaggggaggtatgttactgacatgcacatatcagatatgttttcatgaactgtgttgcacttttggaaacattcattgtagcatttctttcctggcaaaaataactgtttagactgacaattcaaaattgattcactgtatattgatacttattaaaatatatctgttttattgttaaaattgtcatatcaga
gi|4 : aatgcttaatcggtatataccttatatatactggaaaaatgttcaccgtacaaaatgcatgtacaactgcattTA-----CAT--A----G---GT----G---ATTTAAAAGTGA----TAT--GTGTTCCT-----AGC-TAGTC-A------T--A-TTTGAGTTGTCAG------CA------AACAGAA----T--TTA----TTT----A--A---------------AA-T----T-CAATAAA---A--T---C-AATTT--T-TA-TTTTAA---TAAT---AA-TGCAACT----T--TA-ACA-------TGAGTT-CC-----TATTTTA---AT--AT--AAAGAGAAGTTATTTA-----C-GGATACATATA------------A--ACT--------TTGGATATCTAATGCA--T-----GAA---CTCTTAATATC--TTTTAAGAAACATT----CATTATGGCATATTT-ATTTTTACTGT---CAAATATTCTCTGCAGCC--ATGCAATTTGAAG-GAAA----T-CTTG-AACAATAAACA-GTTT-TATCTCACGAAcctatctaaaaaaaataaaaataataaaatttgatttgatgcaactttcaatgtatagggggtaatttttgtgaatacgaatttcggatatcaaatgaaaggtaatgtactttcggttacgttcttcgtgg
gi|26 : actagaaaaaaataaatttggcaagaaaaaaacatgctaacCT--A----G---CT----AGTCATGTAAA--GAAG---GAA--ATAT-CAT-----AAC-T-TAA-A-A---CCGAA-TTTAAGTCCGAAA------CA------AACCGAA----T--TTA----TTTTTTAA--AA--A--A-----T-CAA-T----A-AAA-------A--C---T-AGTTttgcaattttcccaaaagaggctttaagtatgtttagccggagaatacaa
gi|7 : T----AGTCATATA----TTA----CAAGGATGT-CAT-----AAC-T--TA-ATA---CCGAA-TAAGAGCTGTCAA------TA------AACAGAT----T--TTA----T------A--AC--A--AATGAGT-CAA-T----A-TAA-------A--C---A-AGAAT--G-A--TTTCGA---TAGT---A--TACGGCT-----------------------------------ATTTCG---G---AC--A-------------CA-----T-TA-TGC--ATG------------G--ACT--------GTG--------ATGCA--TTTATGGAA---AC----CG-TC--TTTG------CATT----C----TC------TT-ATTTC--CTGG---CA-AAATTGTATAAAGCC--A--TGA----AATTGA----ACT-CTTATAACACTAAACA-CGTT-TATCTCA-GAAACGga
gi|3 : aaacattaaaagtccATGTAAA--TCA----CGA--ATGC-AAT-----AAC-A-TCA-A-A---CTAAG-CTTGAATCGGCAA------TA------ACCAGAA--------AA----TT-----A--A---T--A-----TGCGGTT----T-CAA-------A--A---T-A-----------TTC--G---TATTTTAA--TGCGAAG----G--GAGATA-------AT--TT-ATTGCCATATATTAGACAT--TCAAA-------------TA-----CTTGGTGC--ATG------------A--ACT--------TAG--------TGGCA--TTT-CCGGA---CA----AT-TC--TTTG------CGGT----T----TT------TA-ATTGT--CTGG---CAAAACTTTTCtaattacataaaggggcagtgaactgtaaagccggagaatgtaagaaattttaaatgcattctctatatataaacaattatcgaaa
gi|11 : atattgaaagaaataagttgagcaagaacaatagatgtaaactttcataggagatattccaaagagccagttTAAA--TCA----CGA--ATAT-CTT-----A-C-T-TTA-A-A---CTAAA-TTGAGGTCTGCAACCAAATTACAATGTAATAGAA----T--ATA----TT-----ACAAA--A--A-----T-CAA-T----A-AAA-------A--C---A-AGTTT--G-A--TTTTGA---TATT---A--AGCAACT----TTGAA-ATA-------TG--TTGTT-----TTTTTTA---Aggcatccatgcaagccgaaataaatcgtataacaagaagtttaccttacaataagctgttttacataaaattcaaaattcaaaacttgaaaccataattttaaacgattcctttggtcttttcaaaagcagaatgcatgagattacttttgtaatctttatacaaaaaaacataagacttac
gi|8 : cagttgcaA--CCG----CAA--ATGT-CGA-----AACAT-A-A-A-A---CTGAT-TTTGAGTTGGCAG------GA------AGCAGGA----T--TTA----TT-----A--AA--A--AT----T-CAA--------CAA-------AATT---A-AGTTT--C-CAATTCAAA---TTTT---A--CGCAATT----TCAAA-ATA-------TG--TT-CT-----CATTGTA---AT--Ggtaaagggaggtaattcatttaaattatatggatacctaatgtaaatattggtaacattctttgcagtcttttattttatggattagctttgtagccagaaaatacaaa
gi|25 : --TCA----CAA--TTGT-TCT-----AAC-T--TA-A-A---CTGAA-TTTGAGTTGACAA------CA------AACAAGA----TTAGAA----AT-----A--A------A--------AA---------AA-------A--T---C-ACTTT--A-A---TCCAA---TATT---A--TATGACT----T--CA-ATATATATTCCG--TT-CT-----TATTTTaaatgtactgacatgtacacactaggtatacttcagatacctatcacacgatatgtgatggattttagaaaacagttttgcgccattttctctggtgccattgaataaattactcaactataaacacttttacttcacaaaatgatgttttccataaagggaactgttttgcccgattaagcaaatatttaaatcataaaac
gi|21 : A--ATCC-CCT-----ATA-T-GAA-ACA---CAGAA-TTTGGGTCAGCAA------CA------AACAGAA----T--CCA----TA-----A--A------A-----T--AA---------AA-------A--T---G-AGTTG--A-A--TTCTGAT--TGTT---A--TGTGATT----T--CA-AAA-------CA--TG-TT-----TACT
gi|12 : acaataaagatatatgtaatattacatacgtggtattcA-A-A---CTGAAATTTGAGTTTGAAA------CA------AACAGAA----C--TTA----TT-----A--AA--A--A-----TTCAA-T------AAA-------A--TTTCC-AATGT--GAC--TTCAAAATATGTT---A--TGTTACTATTTT--GATGTAAGGAAG-CA--AT--T-----TATTGAA---ATTCGT--A-------------TA-----CCTAATGC--ATG------------A--ACC--------ATG--------ATAAAACTTT-CGGAA---AC----AT-TC--TTTCTA----CATT----T----Tgatatgt
gi|13 : cattcaa--A-----T-CAA-T----T-AAA-------A--T---G-AGTTT--G-A--TTTGAA---CAAT---G--TGCAACT----TCAAA-ATA-------TA--TT-CT-----TGTTTTA---AT--GT--A-------------AAGGGAGA-TAATTT--ACGGATAAATTTATAA--ACTTCCGATAATTA--------ATGCA--T-----GAACTGTC----AT-GCAGTTTT------CTTTGCAGC----CA------TTGATTTC--CTGGCATAAGAAA--ATCTGCAGTC--A--TG-T---AAAAGG----ATTGTTTA-ATTACTAACAATTTTA-TCTCCCaacaataagctattttatctctcaaaacaatgttttacatgcaggggcaactactt
gi|22 : ttaagaa--TTTCAA---TTTT---A--TGCAACT----T-------------------TT-CT-----TATTTTA---AT--GT--A-----------------------AATGG--AAG------------ATCACT--------Ttgaatgctgttt
gi|17 : aattaaaacattaaagaaaatttgatttta-----C-TAATGC--AAG------------A--ACT--------GTG--------GTGTA--TTT-C---C---TTACACAT-TT--TTTT------AAGC----G----TT------TT-AGTTT--CTGT---CAAAAGTTCTCTACATTCCTAAATATT---AAACAAAATCATT-TTCA-actgacatacaaagttaacaaacctaggagaccaaatgcatacactgtggtgcattc
gi|5 : aatcaataaaatgtgattatgatttttatgcgatttggaaacatgttttaattttgatataaaggggtgtaatttagtgacatattcaaacttcagttac--TTT-CGGAT---AC----AT-TA--TTTT------CGTT----T----T--------T-ATCTC--CTGG---CAAAATATCCCTGCAGCC--ATGCAAT---ATGACAGA-AATA-TTTG-AACAAAAAACATTTTTATTTTTCG--AAACtcccacaaa
5 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): TAAATCATGCAATCCTGTGGGTACTTAGCAAGTCATTTACATTCAAAAAGTCATTCTTAAAAAATAAATTTGTGTCGGCAGCCGTACGAAATGTATTTAAGACACAAATAAGAAATATCTTGATTCCGATGTCACGCAAATTGTGTCTTAATTCTTATGAAAAGGGAGGTAATTTACCTACATATACGAACTTCTGATACCTCATGCTTGAACAACGTTGCATATTTTGAAA
Unaligned ( gi|23 ): CTATGTGAACTGAATAAAAATGTTTAGCAATAAAAAAATACATATAGTTTTACAAAGCGACATTAAATCCCGTATGAGTGCCTAGCTAGTCATATAAATGAATGTCATTATTTAAAACAGAATTTAAGTCGGTAC
Unaligned ( gi|28 ): ATAAATAGACCAACTAATTGCACCAAACTGATTCAAACGTTGTTGTTTGCTACAGT
Unaligned ( gi|30 ): ACAACTTCGATATACATTCTTGTTTTAGTGTAAATGCAGATAATCTAACGG
Unaligned ( gi|32 ): CGAAACAAACTTTTGAAACCATATACATGTACGTAGAAGGGCCA
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 666666666666666666666 111 111 11111 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 111111111 222222222222222 333333333333333333 444444444444444444444 111 11
lowQualScore : 4 555555555555555555555 4 44 66666 666 2 2 999999999999 2 33 33 1 4444 1 1 1 33333 1 5 4444 2 3 2 22 1 1 777777777 333 1 555555 22 1 1 7777 44 44444 22 3 44 111 33 88888 2 000 2 666666 2 333 333 333 99999 99999999999999 3 66666 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 3 6 6666 44 444444444 111111111111111 4 8888 4 66 222222222222222222 000000000000000000000 6 6 1 111 7 6 1 00
lowQualScore : . ..................... . .. ..... ... . . ............ . .. .. . .... . . . ..... . . .... . . . .. . . ......... ... . ...... .. . . .... .. ..... .. . .. ... .. ..... . ... . ...... . ... ... ... ..... .............. . ..... .................................................................................................................................................. . . .... .. ......... ............... . .... . .. .................. ..................... . . . ... . . . ..
lowQualScore : 0 333333333333333333333 0 22 22222 333 5 1 111111111111 5 44 11 0 2222 7 8 8 44444 8 0 5555 1 1 0 66 9 8 666666666 333 9 555555 66 9 9 5555 33 55555 55 6 33 888 99 00000 1 000 2 444444 2 999 999 999 44444 55555555555555 2 22222 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 1 2 8888 66 222222222 666666666666666 0 5555 9 11 888888888888888888 777777777777777777777 7 7 0 777 3 7 0 22
consensus : AAAAT-ACATGT-----AA-----TGT------A-AGG--GACATT-----CAANNNCC-TACG--------G---G-TA-CCT--AGCTA----GTCGTGTAAAT-CA-C--G--AA-TGTCGT----AACT-TAA-AA--C-TGAA-TTTGAGTCGGCAAC---------A---A-AC------A--GAA-TT-TA----T--T-----A--A-A--A-A-TCAATAAAAAT----NAG-TTT---GAT-TCCG----A-T-ATT---ATG---CGAC---TTC-G-A-ATA-----CG-------TTCTT-----ATTT---------------TA---AT--GNAA-------------TA-----CT-G--A--TGC--AC------G------------A---AC----T--------TTG--------ATG----------C--A----------------TT-T-CGGAA---ACAT--T------C--TTTT---CGT-T----CTNTT-ATTTCCTGGCA----AAANTT--CTCTG------------------CAGCCATGCAAT---AAGNGA-AA-ATT-TTTA-AA-CANT---AAACATTTTT-TNTCTCG-GAAACG
Reference ( family-449 ) : AAAAT-ACATGT-----A------TGT------A-AGG--GACATT-----CAANNNCC-TACG--------G---G-TA-CCT--AGNTA----GTCGTGTAAAT-CA-C--G--AA-TGTCGT----AACT-TNA-AA--C-TGAA-TTTGAGTCGGCAAC---------A---A-AC------A--GAA-TT-TA----T--T-----A--A-A--A-A-TCAATNNAAAT----NAG-TTT---GAT-TCCG----A-T-ATT---ATG---CGAC---TTC-G-A-ATA-----CG-------TTCTT-----ATTT---------------TA---AT--GCA--------------TA-----CT-A--A--TGC--AC------G------------A---AC----T--------TTG--------ATG----------C--A----------------TT-T-CGGAA---NCAT--T------C--TTTT---CGT-T----CTNTT-ATTTCCTGGCA----AAANTT--CTCTG------------------CAGCCATGCGAT---AAGNGA-AA-ATT-TTTA-AA-CANT---AAACATTTTT-TNTCTCG-GAAACG
gi|1 : GA--GACATC-----AAAAGCCC-TATG--------T---C-TA-TCT--TGCTA----GTTGTGTAAAT-CA-C--A--GA-AATTGT----AACT-TAG-AA--C-TGAA--TTGAGTTGGCAAC---------A---T-AC------A--GAA-TT-TG----T--T-----A--ATA--A-T-TCAATTAACTC----TAG-TTT---AGT-TCCA----G-T-ATT---ATG---TAAT---TTC-A-A-AGA-----TG-------TTCTA-----TTTT---------------TA---AT--GAAAAGGGGAGGTATGTTA-----CT-GACA--TGC--ACATATCAG------------ATATGT----T--------TTC--------ATGAACTGTGTTGC--A----------------CTTT-TGGAA---ACAT--T------CA-TTGT---AG-------CATTT-CTTTCCTGGCA----AAAAT
gi|10 : ggttgttattttatttctttttaatgtatttcgtttgtgatgttttgaagtgaaagagtgtgtaaggttttatttgtatatgtatgtcatatatcactcagttttaatatctgttaataagatgtattttgaaagatataagtttagcaaggacaatacatttaaactacattAAAAT-GCATGT-----A------C--------A-ACT--G-CATT-----AAACAT---TATG--------G---G-TA-CCT--AGCTA----GTTATGCAAAT-CA-C--C--AT-TGCAAT----CACT-TAA-AA--T-TGCG-TTTGAGTCGGCAAC---------A---G-AC------A--AAA-CC-TA----TC-T-----A--A-A--A-A--AAATAAAAATAATAAAA-TTT---GAT-T------------TG---ATG---CAAC---TTT-C-A-ATaactgtttagactgacaattcaaaattgattcactgtatattgatacttattaaaatatatctgttttattgttaaaattgtcatatcaga
gi|11 : aatgcttaatcggtatataccttatatatactggaaaaatgttcaccgtacA----GTTGCATAAAT-CA-C--G--AA-TATCTT----A-CT-TTA-AA--C-TAAA-TTGAGGTCTGCAACCAAATTACAATGTA-AT------A--GAA-TA-TA----T--T-----ACAA-A--A-A-TCAATAAAAAC----AAG-TTT---GAT-TTTG----A-T-ATT---AAG---CAAC---TTT-GAA-ATA-----TG-------TTGTT-----TTTTTTAAGTAAAGGGAGGTA---AT--TCA--------------T------TT-A--AATTAT--AT------G------------G---ATA---C--------CTA--------ATG----------TAAA----------------TA-T-TGGTA---ACAT--T------C--TTTG---CAG-T----CTTTT-ATTTTATGG---------ATTAGCTTTG------------------TAGCCAgtatagggggtaatttttgtgaatacgaatttcggatatcaaatgaaaggtaatgtactttcggttacgttcttcgtgg
gi|12 : cA-AA--C-TGAAATTTGAGTTTGAAAC---------A---A-AC------A--GAA-CT-TA----T--T-----A--A-A--A-ATTCAATAAAATTTC--CAA-TGT---GAC-TTCAAAATA-T-GTT---ATGTTACTAT---TTT-G-ATGTA-----AGGAAGCAATT--T-----ATTG---------------AA---ATTCGTA--------------TAC----CT-A--A--TGC--AT------G------------A---AC----C--------ATG--------ATA----------A--AAC--------------TT-T-CGGAA---ACAT--T------C--TTTgaaaatacaaa
gi|13 : cattcaa----T--T-----A--AGA--A-A-TCAATTAAAAT----GAG-TTT---GAT-TTGA----A-C-AAT---GTG---CAAC---TTCAA-A-ATA-----TA-------TTCTT-----GTTT---------------TA---AT--GTA--------------AAGGGAGAT-A--A--TTT--AC------GGATAAATTTATAA---AC----TTCCGATAATTA--------ATG----------C--A----------------T------GAACTGTCAT--G------CAGTTTT---CTT-TGCAGCCATTGATTTCCTGGCATAAGAAAA-----TCTG------------------CAGTCATG---T---AAAAG---G-ATTGTTTA-AT-TACT---AACAATTTTA-TCTCCCT-GAActacattttaacaataagctattttatctctcaaaacaatgttttacatgcaggggcaactactt
gi|14 : CATG-----CAAT--CC-TGTG--------G---G-TA-CTT--AGCAA----GTCATTTACATTCA-A--A--AA--GTCAT----T-CT-TAA-AA--AATAAA-TTTGTGTCGGCAGC---------C---GTAC------G--AAA-TG-TAT---T--T-----A--A-G--ACA-CAAATAAGAAA----TAT-CTT---GAT-TCCG----A-T-GTC---ACG---CAAA---TTtgctgttt
gi|15 : taaatAAAAC-AGATGT-----AAAATTCCAT------A-CGG--GACATT-----CAATCACTATATG--------G---G-TC-CTT--AACAT----GTCATGTATAT-TA-C--G--AA-TTACAT----TACT-TCA-AA--C-TGAA-TTTGAGTCAACAAC---------A---A-AC------T--GAATTT-TATTTTT--T-----A--A-A--A-A-TCAATAAAAAT----AAA-TTG---AAT-TCGG----ATT-TTT---ATG---GGAC---TTCAA-A-ATT-----CG-------TTTCT-----Agtgtcttaattcttatgaaaagggaggtaatttacctacatatacgaacttctgatacctcatgcttgaacaacgttgcatattttgaaa
gi|16 : aataaagtaagtttagcaacacacaAAAAT-ACATGTCAACTA------TAT------A-AAG--TATATG-----CAATACCC-TA---------------------T--ATCTA----GTCGTGTAAAT-CAAT--GTCAA-TGTCGT----AACT-TAA-AA--T-TGAA-TTTAAGTTAGCTAT---------A---A-AT------A--AAA----AA----T--T-----A--A-A--G-G--CAGTAAAAAT----AA--TTT---GAT-TACG----A-T-ATT---ATG---AGAC---TTCTA-A-ATG-----CG-------TTCTT-----ATTT---------------TA---AT--GAA--------------AA-----TC-G--A--CTT--AC------A------------A---AC----T--------Tgactgtttatg
gi|17 : -----CT-A--A--TGC--AA------G------------A---AC----T--------GTG--------GTG----------T--A----------------TT-TCCTTAC---ACAT--T------T--TTTTAAGCGT-T-------TT-AGTTTCTGTCA----AAAGTT--CTCTA------------------CAcctattcataatgcatgaacta
gi|18 : aatcaataaaatgtgattatgatttttatgcgatttggaaacatgttttaattttgatataaaggggtgtaatttagtgacatattcaaacttcagttacAATCACATGT------------------------GG--GTCATT-----CAAAGACA-TGTG--------G---G-TAGTCG--ACATAACGTGTCGTGTAAAT-CA-G--A--AA-TGTCTTCTTAAAAT-TAA-AA--C-TGAA-TTTAAGTTGTCAAC---------A---G-AC------G--GGA-TT-CA----T--T-----A--A-A--ATT-TCAATTACAAT----ttcctaaatattaaacaaaatcattttcatcccacaaa
gi|19 : tgaaagtagttcgttcagcaaagacaatacgcgtaaacAAAAT-ACATGT-----AATT---TAC------A-TGGTGGA-ATT-----CAAATTCC-TATG--------GTCAGCTG-CCT--AGCTG----GTCCTGTAAAT-TA-C--A--AA-CTTTGT----AACT-TAA-AAATT-TGAA-TTTGTGCCAGC----------------A-AC------A--GAA-TT-TA----T--T-----A--A-A--A-AGTCAATAAAAAacatgtatcagttttgtaatt
gi|2 : ttatacaaaagtatatattgagagaaaaaagagtttagcaaatAAC-ACAAGT-----ACA----TGT------A-A-----ACATT-----CAATTACA-TATA--------C---G-TA-CCT--ATACA----GTCATGTAAAT-TA-T--G--AA-TGTCAT----TATT-TCA-AA--C-TAAA-TTTGAGTCAGCAAC---------A---A-AT------A---AA-TTGTA----A--T-----A--A-AC-ATA-TCAATAACAAT----AAG-TCG---AAT-TCTG----C-T-TTT---TTG---AGAT---TTCAA-A-ACA-----CG-------TTTTA-----ATTT---------------TA---AT--ACAAAGC----------TAG----GT-A--A--TTT--AC------C------------A---ACAAAAT-------------------ATG----------CGAA----------------TT-T-CAAAT---ACGTAATAAATGAC--TT------GT-A----TTG-T-ATTTCCTG--A----GACCTT--CTTTGTGGCCTTTTATTTCTCTGCAGTCATACAAT---A--TGA-AA-G-----TA-AACCATTTAAAAACATTTTT-TATCTCcat
gi|20 : tttcatatttatctatgtaaactattttgatatgtcctacatgtaatgaataaaataagtttagcAAAAT-ACATGT-----AAAAC--TGC------ATAGG--ACCATT-----CAAAGAAT-T-TG--------G----------T--AGCCG----GTTATGTAAAT-CA-C--G--AA-----------AAA--TGC-AA--T-TAAA-TTTGAGTTGGCAGT---------G---A-AC------A--TAA-TT-AA----T--T-----A--A-A--ATC-TCGATGAAAAC----AAA-ATT---GAT-TCCG----A-T-ACT---ATA---CAAC---atgatacatatgtattggtagatatcaaaatatatgatattgatattgtaatatattaattttgcaaacat
gi|21 : tgacaaaaataagttcaacaaggA--C-AGAA-TTTGGGTCAGCAAC---------A---A-AC------A--GAA-TC-CA-------T-----A--A----------AATAAAAAT----GAG-TTG---AAT-TCTG----ATT-GTT---ATG---TGAT---TTC-A-A-A-A-----CA-------TGTTT-----ACT
gi|23 : acaataaagatatatgtaatattacatacgtggtattcaatcccctatatgaaacAAAAT-ACATAT-----A-------GTTTTACAA-AGC--GACATT-----AAATCCCG-TATG--------A---G-TG-CCT--AGCTA----GTCATATAAAT-------G--AA-TGTCAT----TATT-TAA-AA--C-AGAA-TTTAAGTCGGTAgatatgt
gi|24 : ctatgtgaactgaataaaaatgtttagcaataaa-ACATGT-----AACGCA-TGC------A-GGG--AACATTAATTTTAAAGCCC-CACGTCACCTTTG---G-TA-CCTGAAGCTA----GACATATTA-T-CA-C--G--AA-TGTCAA----AACT-TCA-AA--C-TGAA-TTTGAGTAGGTAAT---------A---A-AC------A--GAA-TT-TA----T--T-----A--A-A--c
gi|25 : T-CA-C--A--AT-TGTTCT----AACT-T-A-AA--C-TGAA-TTTGAGTTGACAAC---------A---A-AC------A--AG------A----T--T-----A--G-A--A-A-TAAA-AAAAAT----CAC-TTT---AA--TCCA----A-T-ATT---ATA---TGAC---TTC-A-ATATATATTCCG-------TTCTT-----ATTT---------------Tc
gi|26 : CT--AGCTA----GTCATGTAAAG-AA-G--G--AAATATCAT----AACT-TAA-AA--C-CGAA-TTTAAGTCCGAAAC---------A---A-AC------C--GAA-TT-TA----T--TTTTTAA--A-A--A-A-TCAATAAAAAC----TAG-TT
gi|27 : GG--GACATT-----CAATCTCC-TACA--------G---G-TA-CCT--AGCTA----GGCGTGTAAAT-TA-C--A--AA-ga
gi|29 : tgtaaattacaaacACATT-----CAATCTCC-TACA--------G---G-TG-CCT--ACTTA----GGCATGTAAAT-TA-C--A--AA-CGc
gi|3 : cgtgta--AGCCA----GTTATGTAAAT-CA-C--G--AA-TGCAAT----AACA-TCA-AA--C-TAAG-CTTGAATCGGCAAT---------A---A-CC------A--GAA---------------------------A-A-TTAATATG-------CGG-TTTCAAAATATTCG------T-ATTTTAATG---CGAA---GGG-A-G-ATA-----AT-------TTATTGCCATATAT---------------TAGACAT--TCAAA------------TA-----CTTG--G--TGC--AT------G------------A---AC----T--------TAG--------TGG----------C--A----------------TT-T-CCGGA---CAAT--T------C--TTTG---CGG-T----TTTTA-ATTGTCTGGCA----AAACTT--TTCGG------------------CATCCATGC------AAGCCG-AA-AT
gi|31 : atattgaaagaaataagttgagcaagaacaatagatgtaaactttcataggagatattccaaagTT-----CAATCTCC-TACA--------G---G-TG-CCT--AGTTA----GGCGTGTAAAT-TA-C--A--AA-CGaaatcgtataacaagaagtttaccttacaataagctgttttacataaaattcaaaattcaaaacttgaaaccataattttaaacgattcctttggtcttttcaaaagcagaatgcatgagattacttttgtaatctttatacaaaaaaacataagacttac
gi|4 : A-TTTGAGTTGTCAGC---------A---A-AC------A--GAA-TT-TAT---T--T-----A--A-A--A-T-TCAAT-AAAAT----CAATTTT---TAT-TTTA----A-TAATA---ATG---CAAC---TTT-A-ACATG-----AG-------TTCCT-----ATTT---------------TA---AT--ATAAAGAGAAGTTATT-TA-----CG-G--A--TACATAT------A------------A---AC----T--------TTGGATATCTAATG----------C--ATGAACTCTTAATATCTTT-T-AAGAA---ACAT--T------CA-TTATGG-CATAT----TTATT--TTTACTGTCA----AATATT--CTCTG------------------CAGCCATGCAATTTGAAG-GA-AA---T-CTTG-AA-CAAT---AAACA-GTTT-TATCTC
gi|5 : actagaaaaaaataaatttggcaagaaaaaaacatgctaactacataggtgatttaaaagtgatatgtgttcctagctagtcat-----ATTT---------------T--------GGA--------------TAT----CT-T--A--TGC--AT------G------------A----C----T--------GTG--------AGGAC--------T--AAAGT------------TT-T-CGGAT---ACAT--T------A--TTTT---CGT-T------TTT-ATCTCCTGGCA----AAATAT--CCCTG------------------CAGCCATGCAAT---ATGACAGAA-ATA-TTTG-AA-CAAA---AAACATTTTTATTTTTCG-AAAacgaattgcaattttcccaaaagaggctttaagtatgtttagccggagaatacaa
gi|6 : gttcttattttgacagaaaagttgatagtttacaatttacgaGG--AACATT-----CAAGGACT-TACG--------G---G-TT-CTA--AGCCG----GTCATG--AGC-CA-T--G--TA-TATTAT----AAATATCATAA--C-TGTA-TT-AAGTTGGCAAC---------A---A-ACTGAAAAATTGAA-TT-TA----T--T-----A--T-A--A-A-TTAAATCAAAT----C-G-TTTTG-GAT-TCTA----A-T-AGA---AGT---TGAT---TTCAG-A-ATA-----CG-------TTCTT-----ATCT---------------TT---AT--G----------------TG-----GT-A--A---G---AG------G------------T---AA----T--------TTA--------ACT----------C--AT---------------TT-T-CGGAA---ACGT--T------C--TTTT---caaatgagctgtttaactgtttaacctaaaaatgtaaaaatgaaaccatagtttaaaatgattcgctatgtagtggcaagtaccaaaattaataaaatcaattttgaaatgtatttatattgtaaaaatattcatataaaagacttgctcaacttctattctcaatccatttagagactttgacaatggtttatattgttttcgccacaat
gi|7 : agttatcattttatattttttttatgttttcggtaccttggttaccgaaattaagctgtatttattatgatataaaattgtctacaccatcttcttatctataaaacattatctggaatagatcaattcagcaagttttatacatataaactactttgTA----GTCATATA--T-TA-CAAG--GA-TGTCAT----AACT-TAA-TA--C-CGAA-TAAGAGCTGTCAAT---------A---A-AC------A--GAT-TT-TA----TAAC-----A--A-ATGA-G-TCAATATAAAC----AAG-AAT---GAT-TTCG----A-T-AGT---ATA---CGGCTATTTC-G-G-ACA-----CA-------TT------------------------------------------------------------------A--TGC--AT------G------------G---AC----T--------GTG--------ATG----------C--A----------------TT-TATGGAA---ACCG--T------C--TTTG---CAT-T----CTCTT-ATTTCCTGGCA----AAA-TT--GTATA------------------AAGCCATGAAAT------TG---A-ACT-CTTATAA-CACT---AAACA-CGTT-TATCTCA-GAAACG
gi|8 : aaacattaaaagtccAC-CG-C--A--AA-TGTCGA----AACA-TAA-AA--C-TGAT-TTTGAGTTGGCAGG---------A---A-GC------A--GGA-TT-TA----T--T-----A--A-A--A-ATTCAACAAAATT----AAG-TTTCC-AAT-TCAA----A-T-TTT---ACG---CAAT---TTCAA-A-ATA-----TG-------TTCTC-----ATTG---------------TA---AT--GAAATG-----------TA-----CT-GACA--TGT--AC------A------------C---AC-------------TAG--------GTA----------T--A----------------CT-T-CAGAtaattacataaaggggcagtgaactgtaaagccggagaatgtaagaaattttaaatgcattctctatatataaacaattatcgaaa
gi|9 : AAATT-ACATGT-----G------TGT------A-AGG--GAAATT-----CAAAACCC-TACA--------G---G-TA-CCT--AGGTA----GGCATGTAAAT-CA-C--A--AA-TGTCCT----AACT-GTA-AA--C-TGAA-TTTGATTCGGCAAT---------A---A-GC------A--GAA-TG-CA----T--T-----A--A-C--C-A-TCAATTCAAAT----CAG-TTT---GCT-TCCA----A-T-ATT---ATG---CAAC---TT--G-A-ATA-----CG-------TTCTT-----ATTT---------------TA---AT--GCA--------------CA-----CT-A--A--TGC--AC------G------------A---AC----T--------TTG--------ATG----------C--A----------------TT-T-CGGAA---TTAT--T------C--TTTT---CAT-T----CTGTT-ATTTCCCGGAA----GAAGTT--CTCTA------------------CAATCAGGTGAT---AAGAGA-AACATT-TTTA-AA-CATT---AAACATTTTT-TTTCTCGCAAAACGtacctatcacacgatatgtgatggattttagaaaacagttttgcgccattttctctggtgccattgaataaattactcaactataaacacttttacttcacaaaatgatgttttccataaagggaactgttttgcccgattaagcaaatatttaaatcataaaac
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|22 ): AATTAAAACATTAAAGAAAATTTGATTTTATTTCAATTTTATGCAACTTTTCTTATTTTAATGTAAATGGAAGATCACTTACTGACATACAAAGTTAACAAACCTAGGAGACCAAATGCATACACTGTGGTGCATTC
Unaligned ( gi|28 ): ATAAATAGACCAACTAATTGCACCAAACTGATTCAAACGTTGTTGTTTGCTACAGT
Unaligned ( gi|30 ): ACAACTTCGATATACATTCTTGTTTTAGTGTAAATGCAGATAATCTAACGG
Unaligned ( gi|32 ): CGAAACAAACTTTTGAAACCATATACATGTACGTAGAAGGGCCA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 5555555555555555555555555 11111111 2222 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 111111111 1111111111111 333333333333333333 55555555555555555 111 11
lowQualScore : 44 3333333333333333333333333 66666 666 2 2 999999999999 2 777777 33 1 1 1 33333 1 5 4444 22 22 1 1 777777777 333 1 555555 22 1 1 7777 1 44444 22 3 1 22222222 7777777777 77777 1 6666 0 4 22 444 1111 4 9999999999999 2 55 2 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 6 555 55 555555555 4444444444444 1 4 1 9999 5 66 666666666666666666 00000000000000000 6 6 1 111 7 6 1 00
lowQualScore : .. ......................... ..... ... . . ............ . ...... .. . . . ..... . . .... .. .. . . ......... ... . ...... .. . . .... . ..... .. . . ........ .......... ..... . .... . . .. ... .... . ............. . .. . ................................................................................................................................................. . ... .. ......... ............. . . . .... . .. .................. ................. . . . ... . . . ..
lowQualScore : 66 8888888888888888888888888 22222 333 5 1 111111111111 5 111111 11 7 8 8 44444 8 0 5555 99 66 9 8 666666666 333 9 555555 66 9 9 5555 8 55555 55 6 8 66666666 9999999999 33333 7 4444 9 4 77 111 9999 7 1111111111111 5 99 5 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 7 888 00 000000000 7777777777777 0 4 1 4444 3 99 999999999999999999 55555555555555555 7 7 0 777 3 7 0 22
consensus : AAAATACATGT--A--A-----TGT----A----A--G-GGACATT-----CAANNNCC-TACG--------G---G-TA-----CCT--AGCTAGTCGTGTAAAT-CA-C--G--AA-TGTCGT----AACT--TAAAA--C-TGAA-TTTGAGTCGGCAAC---------A---A-AC------A--GAA-TT-TA----T-T-----A--A-A-A-A-T----CAATA---------AAAAT----AAGTTT--G-ATTCCGA-T-ATTATGCGACT---TC-G-A-A------TA-----CGT-T--CTT-ATTTTAA----T--------GNAA-------------T--A---------------C----TG--A---TG----C--AC-------------------GAAC----T--------TTG--------ATG--C--A----------------TTT-CGGAAA---CAT--T------C--TTTT--CGT-T----CTNTT-ATTTCCTGGCA----AAANTT--CTCT------------------GCAGCCATGCAAT---AAGNGA-AA-ATT-TTTA-AA-CANT---AAACATTTTT-TNTCTCG-GAAACG
Reference ( family-449 ) : AAAATACATGT--A--A-----TGT----A----A--G-GGACATT-----CAANNNCC-TACG--------G---G-TA-----CCT--AGCTAGTCGTGTAAAT-CA-C--G--AA-TGTCGT----AACT--TAAAA--C-TGAA-TTTGAGTCGGCAAC---------A---A-AC------A--GAA-TT-TA----T-T-----A--A-A-A-A-T----CAATA---------AAAAT----NAGTTT--G-ATTCCGA-T-ATTATGCGACT---TC-G-A-A------TA-----CGT-T--CTT-ATTTTAA----T--------GNAA-------------T--A---------------C----TG--A---TG----C--AC-------------------GAAC----T--------TTG--------ATG--C--A----------------TTT-CGGAAA---CAT--T------C--TTTT--CGT-T----CTNTT-ATTTCCTGGCA----AAANTT--CTCT------------------GCAGCCATGCAAT---AAGNGA-AA-ATT-TTTA-AA-CANT---AAACATTTTT-TNTCTCG-GAAACG
gi|1 : AATACATTT--A--A-----ACT----AC---ATTG-AGACATC-----AAAAGCCC-TATG--------T---C-TA-----TCT--TGCTAGTTGTGTAAAT-CA-C--A--GA-AATTGT----AACT--TAGAA--C-TGAA--TTGAGTTGGCAAC---------A---T-AC------A--GAA-TT-TG----T-T-----A--ATA-A-T-T----CAATT---------AACTC----TAGTTT--A-GTTCCAG-T-ATTATGTAATT---TC-A-A-A------GA-----TGT-T--CTA-TTTTTAA----T--------GAAAAGGGGAGGTATGTT--A---------------C----TGACA---TG----C--ACATATCAGATATGTTTTCATGAAC----T--------GTG--------TTG--C--AC---------------TTT-TGGAAA---CAT--T------CA-TTGT--AG-------CATTT-CTTTCCTGGCA----AAAAT
gi|10 : ggttgttattttatttctttttaatgtatttcgtttgtgatgttttgaagtgaaagagtgtgtaaggttttatttgtatatgtatgtcatatatcactcagttttaatatctgttaataagatgtattttgaaagatataagtttagcaaggacAAAATGCATGT--A----------C----A----A--C-TG-CATT-----AAACAT---TATG--------G---G-TA-----CCT--AGCTAGTTATGCAAAT-CA-C--C--AT-TGCAAT----CACT--TAAAA--T-TGCG-TTTGAGTCGGCAAC---------A---G-AC------A--AAA-CC-TA----TCT-----A--A-A-A-A------AAATA---------AAAATAATAAAATTT--G-ATT--------TGATGCAACT---TT-C-A-A------Taactgtttagactgacaattcaaaattgattcactgtatattgatacttattaaaatatatctgttttattgttaaaattgtcatatcaga
gi|11 : aatgcttaatcggtatataccttatatatactggaaaaatgttcaccgtacAGTTGCATAAAT-CA-C--G--AA-TATCTT----A-CT--TTAAA--C-TAAA-TTGAGGTCTGCAACCAAATTACAATGTA-AT------A--GAA-TA-TA----T-T-----ACAA-A-A-A-T----CAATA---------AAAAC----AAGTTT--G-ATTTTGA-T-ATTAAGCAACT---TT-GAA-A------TA-----TGT-TG-TTT-TTTTTAAG---TAAAGGGAGGTAA-------------TTCA---------------T----TT--AAATTA----T--AT-------------------GGATA---C--------CTA--------ATG--TAAA----------------TAT-TGGTAA---CAT--T------C--TTTG--CAG-T----CTTTT-ATTTTATGG---------ATTAGCTTT------------------GTAGCCAgtatagggggtaatttttgtgaatacgaatttcggatatcaaatgaaaggtaatgtactttcggttacgttcttcgtgg
gi|12 : cAAAA--C-TGAAATTTGAGTTTGAAAC---------A---A-AC------A--GAA-CT-TA----T-T-----A--A-A-A-ATT----CAAT----------AAAAT---------------TTCCA-------ATGTGACT---TC-A-A-AATATGTTA-----TGT-T--ACT-ATTTTGA----T--------GTAAGGAAGCAATT---T--ATTGAAATTCGTATACC----TA--A---TG----C--AT-------------------GAAC----C--------ATG--------ATA--A--AAC--------------TTT-CGGAAA---CAT--T------C--TTTgaaaatacaaa
gi|13 : cattca----T-T-----A--AGA-A-A-T----CAATT---------AAAAT----GAGTTT--G-ATTTGAA-C-AATGTGCAACT---TCAA-A-A------TA-----TAT-T--CTT-GTTTTAA----T--------GTAAAGGGAGATAATT-T--A---------------C----GG--A---TAAATTT--AT-------------------AAAC----TTCCGATAATTA--------ATG--C--A----------------T-----GAACTGTCAT--G------CAGTTTT--CTT-TGCAGCCATTGATTTCCTGGCATAAGAAAA-----TCT------------------GCAGTCATGTAA----AAGG------ATTGTTTA-AT-TACT---AACAATTTTA-TCTCCCT-GAActacattttaacaataagctattttatctctcaaaacaatgttttacatgcaggggcaactactt
gi|14 : CATG-----CAAT--CC-TGTG--------G---G-TA-----CTT--AGCAAGTCATTTACATTCA-A--A--AA--GTCAT----T-CT--TAAAA--AATAAA-TTTGTGTCGGCAGC---------C---GTAC------G--AAA-TG-TAT---T-T-----A--A-G-ACA-C----AAATA---------AGAAA----TATCTT--G-ATTCCGA-T-GTCACGCAAAT---T---------------------GTGT--CTTAATTCTTA----T--------GAAA-------------tgctgttt
gi|15 : taaatAAAACAGATGT--A--AAATTCCAT----A----C--G-GGACATT-----CAATCACTATATG--------G---G-TC-----CTT--AACATGTCATGTATAT-TA-C--G--AA-TTACAT----TACT--TCAAA--C-TGAA-TTTGAGTCAACAAC---------A---A-AC------T--GAATTT-TATTTTT-T-----A--A-A-A-A-T----CAATA---------AAAAT----AAATTG--A-ATTCGGATT-TTTATGGGACT---TCAA-A-A------TT-----CGT-T--TCT-Aagggaggtaatttacctacatatacgaacttctgatacctcatgcttgaacaacgttgcatattttgaaa
gi|16 : aataaagtaagtttagcaacacacaAAAATACATGTCAACTA-----TAT----A----A--A-GTATATG-----CAATACCC-TA-------------------------T--ATCTAGTCGTGTAAAT-CAAT--GTCAA-TGTCGT----AACT--TAAAA--T-TGAA-TTTAAGTTAGCTAT---------A---A-AT------A--AAA----AA----T-T-----A--A-A-G-G------CAGTA---------AAAAT----AA-TTT--G-ATTACGA-T-ATTATGAGACT---TCTA-A-A------TG-----CGT-T--CTT-ATTTTAA----T--------GAAA----------------A---------------T----CG--A---CT----T--AC-------------------AAAC----T--------Tgactgtttatg
gi|18 : --A-----TGT------------G-GGTCATT-----CAAAGACA-TGTG--------G---G-TAGTCGACAT--AACGTGTCGTGTAAAT-CA-G--A--AA-TGTCTTCTTAAAAT--TAAAA--C-TGAA-TTTAAGTTGTCAAC---------A---G-AC------G--GGA-TT-CA----T-T-----A--A-A-ATT-T----CAATT---------ACAAT----cctattcataatgcatgaacta
gi|19 : tgaaagtagttcgttcagcaaagacaatacgcgtaaacaatcacAAAATACATGT--A--A-----TTT----ACAT-G--GTGGA-ATT-----CAAATTCC-TATG--------GTCAGCTG-----CCT--AGCTGGTCCTGTAAAT-TA-C--A--AA-CTTTGT----AACT--TAAAAATT-TGAA-TTTGTGCCAGC----------------A-AC------A--GAA-TT-TA----T-T-----A--A-A-A-AGT----CAATA---------AAAAacatgtatcagttttgtaatt
gi|2 : ttatacaaaagtatatattgagagaaaaaagagtttagcaaatAACACAAGT--AC-A-----TGT----A----A------ACATT-----CAATTACA-TATA--------C---G-TA-----CCT--ATACAGTCATGTAAAT-TA-T--G--AA-TGTCAT----TATT--TCAAA--C-TAAA-TTTGAGTCAGCAAC---------A---A-AT------A---AA-TTGTA----A-T-----A--A-ACATA-T----CAATA---------ACAAT----AAGTCG--A-ATTCTGC-T-TTTTTGAGATT---TCAA-A-A------CA-----CGT-T--TTA-ATTTTAA----T--------ACAA-------------A--G---------------CTAGGTA--A---TT----T--AC-------------------CAACAAAAT-------------------ATG--CGAA----------------TTT-CAAATA---CGTAATAAATGAC--TT-----GT-A----TTG-T-ATTTCCTG--A----GACCTT--CTTTGTGGCCTTTTATTTCTCTGCAGTCATACAAT---A--TGA-AA-G-----TA-AACCATTTAAAAACATTTTT-TATCTCcat
gi|20 : tttcatatttatctatgtaaactattttgatatgtcctacatgtaatgaataaaataagtttagcAAAATACATGT--A--AAAC--TGC----AT---A--G-GACCATT-----CAAAGAAT-T-TG--------G--------------T--AGCCGGTTATGTAAAT-CA-C--G--AA-----------AAA---TGCAA--T-TAAA-TTTGAGTTGGCAGT---------G---A-AC------A--TAA-TT-AA----T-T-----A--A-A-ATC-T----CGATG---------AAAAC----AAAATT--G-ATTCCGA-T-ACTATACAACatgatacatatgtattggtagatatcaaaatatatgatattgatattgtaatatattaattttgcaaacat
gi|21 : tgacaaaaataagttcaacaaggAACA--C-AGAA-TTTGGGTCAGCAAC---------A---A-AC------A--GAA-TC-CA------T-----A--A-------------AATA---------AAAAT----GAGTTG--A-ATTCTGATT-GTTATGTGATT---TC-A-A-A-------A-----CAT-G--TTT-ACT
gi|23 : acaataaagatatatgtaatattacatacgtggtattcaatcccctatatgaAAAATACATAT--A--G-----TTTTACAA----A--G-CGACATT-----AAATCCCG-TATG--------A---G-TG-----CCT--AGCTAGTCATATAAAT-------G--AA-TGTCAT----TATT--TAAAA--C-AGAA-TTTAAGTCGGTAgatatgt
gi|24 : ctatgtgaactgaataaaaatgtttagcaataaaACATGT--A--ACGCA-TGC----A----G--G-GAACATTAATTTTAAAGCCC-CACGTCACCTTTG---G-TA-----CCTGAAGCTAGACATATTA-T-CA-C--G--AA-TGTCAA----AACT--TCAAA--C-TGAA-TTTGAGTAGGTAAT---------A---A-AC------A--GAA-TT-TA----T-T-----A--A-A-c
gi|25 : T-CA-C--A--AT-TGTTCT----AACT--TAAA---C-TGAA-TTTGAGTTGACAAC---------A---A-AC------A--AG------A----T-T-----A--G-A-A-A-T----AAA-A---------AAAAT----CACTTT--A-A-TCCAA-T-ATTATATGACT---TC-A-ATA------TATATTCCGT-T--CTT-ATTTTc
gi|26 : CT--AGCTAGTCATGTAAAG-AA-G--G--AAATATCAT----AACT--TAAAA--C-CGAA-TTTAAGTCCGAAAC---------A---A-AC------C--GAA-TT-TA----T-TTTTTAA--A-A-A-A-T----CAATA---------AAAAC----TAGTT
gi|27 : TGT--A--AAT---TAC----A----AACG-GGACATT-----CAATCTCC-TACA--------G---G-TA-----CCT--AGCTAGGCGTGTAAAT-TA-C--A--AA-ga
gi|29 : ACATT-----CAATCTCC-TACA--------G---G-TG-----CCT--ACTTAGGCATGTAAAT-TA-C--A--AA-CGc
gi|3 : cgtgta--AGCCAGTTATGTAAAT-CA-C--G--AA-TGCAAT----AACA--TCAAA--C-TAAG-CTTGAATCGGCAAT---------A---A-CC------A--G-----------------------A-A-A-A-T----TAATATGCGGTTTCAAAAT----A--TTC--GTATTTTAA-T-GCGAAGGGAGA---T----A-A------TT-----TAT-TGCCAT-ATATTAGACATT--------CAAA-------------T--A---------------CT---TG--G---TG----C--AT-------------------GAAC----T--------TAG--------TGG--C--A----------------TTTCCGGACA----AT--T------C--TTTG--CGG-T----TTTTA-ATTGTCTGGCA----AAACTT--TTCG------------------GCATCCATGCAA
gi|31 : atattgaaagaaataagttgagcaagaacaatagatgtaaactttcataggagatattccaaagTT-----CAATCTCC-TACA--------G---G-TG-----CCT--AGTTAGGCGTGTAAAT-TA-C--A--AA-CGgccgaaataaatcgtataacaagaagtttaccttacaataagctgttttacataaaattcaaaattcaaaacttgaaaccataattttaaacgattcctttggtcttttcaaaagcagaatgcatgagattacttttgtaatctttatacaaaaaaacataagacttac
gi|4 : A-TTTGAGTTGTCAGC---------A---A-AC------A--GAA-TT-TAT---T-T-----A--A-A-A-T-T----CAATA---------AAATC----AATTTT--T-ATTTTAA-TAATAATGCAACT---TT-A-ACA------TG-----AGT-T--CCT-ATTTTAA----T--------ATAAAGAGAAGTTATT-T--A---------------C----GG--A---TA----CATAT-------------------AAAC----T--------TTGGATATCTAATG--C--ATGAACTCTTAATATCTTTT-AAGAAA---CAT--T------CA-TTATGGCATAT----TTATT--TTTACTGTCA----AATATT--CTCT------------------GCAGCCATGCAATTTGAAG-GA-AA---T-CTTG-AA-CAAT---AAACA-GTTT-TATCTC
gi|5 : actagaaaaaaataaatttggcaagaaaaaaacatgctaactacataggtgatttaaaagtgatatgtgttcctagctagtcatA-------------T--AT--------------C----TT--A---TG----C--AT-------------------GA-C----T--------GTG--------AGGACT--AAAGT------------TTT-CGGATA---CAT--T------A--TTTT--CGT-T------TTT-ATCTCCTGGCA----AAATAT--CCCT------------------GCAGCCATGCAAT---ATGACAGAA-ATA-TTTG-AA-CAAA---AAACATTTTTATTTTTCG-AAAacgaattgcaattttcccaaaagaggctttaagtatgtttagccggagaatacaa
gi|6 : gttcttattttgacagaaaagttgatagtttacaatttacgaattttggATACATAT--A--A-----ACT----ACTTTG--G-GAACATT-----CAAGGACT-TACG--------G---G-TT-----CTA--AGCCGGTCATG--AGC-CA-T--G--TA-TATTAT----AAATATCATAA--C-TGTA-TT-AAGTTGGCAAC---------A---A-ACTGAAAAATTGAA-TT-TA----T-T-----A--T-A-A-A-T----TAAAT---------CAAAT----C-GTTTTGG-ATTCTAA-T-AGAAGTTGATT---TCAG-A-A------TA-----CGT-T--CTT-ATCTTTA----T--------GTGG-------------T--A---------------A-----G--A---GG----T--A---------------------A------T--------TTA--------ACT--C--AT---------------TTT-CGGAAA---CGT--T------C--TTTT--caaatgagctgtttaactgtttaacctaaaaatgtaaaaatgaaaccatagtttaaaatgattcgctatgtagtggcaagtaccaaaattaataaaatcaattttgaaatgtatttatattgtaaaaatattcatataaaagacttgctcaacttctattctcaatccatttagagactttgacaatggtttatattgttttcgccacaat
gi|7 : agttatcattttatattttttttatgttttcggtaccttggttaccgaaattaagctgtatttattatgatataaaattgtctacaccatcttcttatctataaaacattatctggaatagatcaattcagcaagttttCTAGTCATATA--T-TA-CAAG--GA-TGTCAT----AACT--TAATA--C-CGAA-TAAGAGCTGTCAAT---------A---A-AC------A--GAT-TT-TA----T-A-----A--C-A-A-A-TGAGTCAATA---------TAAAC----AAGAAT--G-ATTTCGA-T-AGTATACGGCTATTTC-G-G-A------CA-----CAT-T-----------------------------------------------------------------------A---TG----C--AT-------------------GGAC----T--------GTG--------ATG--C--A----------------TTTATGGAAA---CCG--T------C--TTTG--CAT-T----CTCTT-ATTTCCTGGCA----AAA-TT--GTAT------------------AAAGCCATGAAAT------TG---A-ACT-CTTATAA-CACT---AAACA-CGTT-TATCTCA-GAAACG
gi|8 : aaacattaaaagtcAC-CG-C--A--AA-TGTCGA----AACA--TAAAA--C-TGAT-TTTGAGTTGGCAGG---------A---A-GC------A--GGA-TT-TA----T-T-----A--A-A-A-ATT----CAACA---------AAATT----AAGTTTCCA-ATTCAAA-T-TTTACGCAATT---TCAA-A-A------TA-----TGT-T--CTC-ATTGTAA----T--------GAAATG-----------T--A---------------C----TGACA---TG----T--AC-------------------ACAC-------------TAG--------GTA--T--A----------------CTT-CAGATA---Ctaattacataaaggggcagtgaactgtaaagccggagaatgtaagaaattttaaatgcattctctatatataaacaattatcgaaa
gi|9 : AAATTACATGT--G--------TGT----A----A--G-GGAAATT-----CAAAACCC-TACA--------G---G-TA-----CCT--AGGTAGGCATGTAAAT-CA-C--A--AA-TGTCCT----AACT--GTAAA--C-TGAA-TTTGATTCGGCAAT---------A---A-GC------A--GAA-TG-CA----T-T-----A--A-C-C-A-T----CAATT---------CAAAT----CAGTTT--G-CTTCCAA-T-ATTATGCAACT---T--G-A-A------TA-----CGT-T--CTT-ATTTTAA----T--------GC-A-------------C--A---------------C----TA--A---TG----C--AC-------------------GAAC----T--------TTG--------ATG--C--A----------------TTT-CGGAAT---TAT--T------C--TTTT--CAT-T----CTGTT-ATTTCCCGGAA----GAAGTT--CTCT------------------ACAATCAGGTGAT---AAGAGA-AACATT-TTTA-AA-CATT---AAACATTTTT-TTTCTCGCAAAACGctatcacacgatatgtgatggattttagaaaacagttttgcgccattttctctggtgccattgaataaattactcaactataaacacttttacttcacaaaatgatgttttccataaagggaactgttttgcccgattaagcaaatatttaaatcataaaac
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): AATCAATAAAATGTGATTATGATTTTTATGCGATTTGGAAACATGTTTTAATTTTGATATAAAGGGGTGTAATTTAGTGACATATTCAAACTTCAGTTACCTAATGCAAGAACTGTGGTGTATTTCCTTACACATTTTTTTAAGCGTTTTAGTTTCTGTCAAAAGTTCTCTACATTCCTAAATATTAAACAAAATCATTTTCATCCCACAAA
Unaligned ( gi|22 ): AATTAAAACATTAAAGAAAATTTGATTTTATTTCAATTTTATGCAACTTTTCTTATTTTAATGTAAATGGAAGATCACTTACTGACATACAAAGTTAACAAACCTAGGAGACCAAATGCATACACTGTGGTGCATTC
Unaligned ( gi|28 ): ATAAATAGACCAACTAATTGCACCAAACTGATTCAAACGTTGTTGTTTGCTACAGT
Unaligned ( gi|30 ): ACAACTTCGATATACATTCTTGTTTTAGTGTAAATGCAGATAATCTAACGG
Unaligned ( gi|32 ): CGAAACAAACTTTTGAAACCATATACATGTACGTAGAAGGGCCA
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 5555555555555555555555555 11111111 2222 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 111111111 1111111111111 333333333333333333 55555555555555555 111 11
lowQualScore : 44 3333333333333333333333333 66666 666 2 2 999999999999 2 777777 33 1 1 1 33333 1 5 4444 22 22 1 1 777777777 333 1 555555 22 1 1 7777 1 44444 22 3 1 22222222 7777777777 1 77777 1 6666 0 4 22 444 1111 4 9999999999999 2 55 2 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 444 555 55 555555555 4444444444444 1 4 1 9999 5 66 666666666666666666 00000000000000000 6 6 1 111 7 6 1 00
lowQualScore : .. ......................... ..... ... . . ............ . ...... .. . . . ..... . . .... .. .. . . ......... ... . ...... .. . . .... . ..... .. . . ........ .......... . ..... . .... . . .. ... .... . ............. . .. . .................................................................................................................................................. ... ... .. ......... ............. . . . .... . .. .................. ................. . . . ... . . . ..
lowQualScore : 66 8888888888888888888888888 22222 333 5 1 111111111111 5 111111 11 7 8 8 44444 8 0 5555 99 66 9 8 666666666 333 9 555555 66 9 9 5555 8 55555 55 6 8 66666666 9999999999 9 00000 7 4444 9 4 77 111 9999 7 1111111111111 5 99 5 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 888 888 00 000000000 7777777777777 0 4 1 4444 3 99 999999999999999999 55555555555555555 7 7 0 777 3 7 0 22
consensus : AAAATACATGT--A--A-----TGT----A----A--G-GGACATT-----CAANNNCC-TACG--------G---G-TA-----CCT--AGCTAGTCGTGTAAAT-CA-C--G--AA-TGTCGT----AACT--TAAAA--C-TGAA-TTTGAGTCGGCAAC---------A---A-AC------A--GAA-TT-TA----T-T-----A--A-A-A-A-T----CAATA---------A-AAAT----AAGTTT--G-ATTCCGA-T-ATTATGCGACT---TC-G-A-A------TA-----CGT-T--CTT-ATTTTAA----T--------GNAA-------------T--A---------------C----T-G--A---TG----C--AC-------------------GAAC----T--------TTG--------ATG--C--A----------------TTT-C-GGAAA---CAT--T------C--TTTT--CGT-T----CTNTT-ATTTCCTGGCA----AAANTT--CTCT------------------GCAGCCATGCAAT---AAGNGA-AA-ATT-TTTA-AA-CANT---AAACATTTTT-TNTCTCG-GAAACG
Reference ( family-449 ) : AAAATACATGT--A--A-----TGT----A----A--G-GGACATT-----CAANNNCC-TACG--------G---G-TA-----CCT--AGCTAGTCGTGTAAAT-CA-C--G--AA-TGTCGT----AACT--TAAAA--C-TGAA-TTTGAGTCGGCAAC---------A---A-AC------A--GAA-TT-TA----T-T-----A--A-A-A-A-T----CAATA---------A-AAAT----AAGTTT--G-ATTCCGA-T-ATTATGCGACT---TC-G-A-A------TA-----CGT-T--CTT-ATTTTAA----T--------GNAA-------------T--A---------------C----T-G--A---TG----C--AC-------------------GAAC----T--------TTG--------ATG--C--A----------------TTT-C-GGAAA---CAT--T------C--TTTT--CGT-T----CTNTT-ATTTCCTGGCA----AAANTT--CTCT------------------GCAGCCATGCAAT---AAGNGA-AA-ATT-TTTA-AA-CANT---AAACATTTTT-TNTCTCG-GAAACG
gi|1 : AATACATTT--A--A-----ACT----AC---ATTG-AGACATC-----AAAAGCCC-TATG--------T---C-TA-----TCT--TGCTAGTTGTGTAAAT-CA-C--A--GA-AATTGT----AACT--TAGAA--C-TGAA--TTGAGTTGGCAAC---------A---T-AC------A--GAA-TT-TG----T-T-----A--ATA-A-T-T----CAATT---------A-ACTC----TAGTTT--A-GTTCCAG-T-ATTATGTAATT---TC-A-A-A------GA-----TGT-T--CTA-TTTTTAA----T--------GAAAAGGGGAGGTATGTT--A---------------C----T-GACA---TG----C--ACATATCAGATATGTTTTCATGAAC----T--------GTG--------TTG--C--AC---------------TTT-T-GGAAA---CAT--T------CA-TTGT--AG-------CATTT-CTTTCCTGGCA----AAAAT
gi|10 : ggttgttattttatttctttttaatgtatttcgtttgtgatgttttgaagtgaaagagtgtgtaaggttttatttgtatatgtatgtcatatatcactcagttttaatatctgttaataagatgtattttgaaagatataagtttagcaaggacAAAATGCATGT--A----------C----A----A--C-TG-CATT-----AAACAT---TATG--------G---G-TA-----CCT--AGCTAGTTATGCAAAT-CA-C--C--AT-TGCAAT----CACT--TAAAA--T-TGCG-TTTGAGTCGGCAAC---------A---G-AC------A--AAA-CC-TA----TCT-----A--A-A-A-A------AAATA---------A-AAATAATAAAATTT--G-ATT--------TGATGCAACT---TT-C-A-A------Taactgtttagactgacaattcaaaattgattcactgtatattgatacttattaaaatatatctgttttattgttaaaattgtcatatcaga
gi|11 : aatgcttaatcggtatataccttatatatactggaaaaatgttcaccgtacAGTTGCATAAAT-CA-C--G--AA-TATCTT----A-CT--TTAAA--C-TAAA-TTGAGGTCTGCAACCAAATTACAATGTA-AT------A--GAA-TA-TA----T-T-----ACAA-A-A-A-T----CAATA---------A-AAAC----AAGTTT--G-ATTTTGA-T-ATTAAGCAACT---TT-GAA-A------TA-----TGT-TG-TTT-TTTTTAAG---TAAAGGGAGGTAA-------------TTCA---------------T----T-T--AAATTA----T--AT-------------------GGATA---C--------CTA--------ATG--TAAA----------------TAT-T-GGTAA---CAT--T------C--TTTG--CAG-T----CTTTT-ATTTTATGG---------ATTAGCTTT------------------GTAGCCAgtatagggggtaatttttgtgaatacgaatttcggatatcaaatgaaaggtaatgtactttcggttacgttcttcgtgg
gi|12 : cAAAA--C-TGAAATTTGAGTTTGAAAC---------A---A-AC------A--GAA-CT-TA----T-T-----A--A-A-A-ATT----CAAT----------A-AAAT---------------TTCCA-------ATGTGACT---TC-A-A-AATATGTTA-----TGT-T--ACT-ATTTTGA----T--------GTAAGGAAGCAATT---T--ATTGAAATTCGTATACC----T-A--A---TG----C--AT-------------------GAAC----C--------ATG--------ATA--A--AAC--------------TTT-C-GGAAA---CAT--T------C--TTTgaaaatacaaa
gi|13 : cattca----T-T-----A--AGA-A-A-T----CAATT---------A-AAAT----GAGTTT--G-ATTTGAA-C-AATGTGCAACT---TCAA-A-A------TA-----TAT-T--CTT-GTTTTAA----T--------GTAAAGGGAGATAATT-T--A---------------C----G-G--A---TAAATTT--AT-------------------AAAC----TTCCGATAATTA--------ATG--C--A----------------T------GAACTGTCAT--G------CAGTTTT--CTT-TGCAGCCATTGATTTCCTGGCATAAGAAAA-----TCT------------------GCAGTCATGTAA----AAGG------ATTGTTTA-AT-TACT---AACAATTTTA-TCTCCCT-GAActacattttaacaataagctattttatctctcaaaacaatgttttacatgcaggggcaactactt
gi|14 : CATG-----CAAT--CC-TGTG--------G---G-TA-----CTT--AGCAAGTCATTTACATTCA-A--A--AA--GTCAT----T-CT--TAAAA--AATAAA-TTTGTGTCGGCAGC---------C---GTAC------G--AAA-TG-TAT---T-T-----A--A-G-ACA-C----AAATA---------AGAAAT-----ATCTT--G-ATTCCGA-T-GTCACGCAAAT---T---------------------GTGT--CTTAATTCTTA----T--------GAAA-------------tgctgttt
gi|15 : taaatAAAACAGATGT--A--AAATTCCAT----A----C--G-GGACATT-----CAATCACTATATG--------G---G-TC-----CTT--AACATGTCATGTATAT-TA-C--G--AA-TTACAT----TACT--TCAAA--C-TGAA-TTTGAGTCAACAAC---------A---A-AC------T--GAATTT-TATTTTT-T-----A--A-A-A-A-T----CAATA---------A-AAAT----AAATTG--A-ATTCGGATT-TTTATGGGACT---TCAA-A-A------TT-----CGT-T--TCT-Aagggaggtaatttacctacatatacgaacttctgatacctcatgcttgaacaacgttgcatattttgaaa
gi|16 : aataaagtaagtttagcaacacacaAAAATACATGTCAACTA-----TAT----A----A--A-GTATATG-----CAATACCC-TA-------------------------T--ATCTAGTCGTGTAAAT-CAAT--GTCAA-TGTCGT----AACT--TAAAA--T-TGAA-TTTAAGTTAGCTAT---------A---A-AT------A--AAA----AA----T-T-----A--A-A-G-G------CAGTA---------A-AAAT----AA-TTT--G-ATTACGA-T-ATTATGAGACT---TCTA-A-A------TG-----CGT-T--CTT-ATTTTAA----T--------GAAA----------------A---------------T----C-G--A---CT----T--AC-------------------AAAC----T--------Tgactgtttatg
gi|18 : --A-----TGT------------G-GGTCATT-----CAAAGACA-TGTG--------G---G-TAGTCGACAT--AACGTGTCGTGTAAAT-CA-G--A--AA-TGTCTTCTTAAAAT--TAAAA--C-TGAA-TTTAAGTTGTCAAC---------A---G-AC------G--GGA-TT-CA----T-T-----A--A-A-ATT-T----CAATT---------A-CAAT----Acctattcataatgcatgaacta
gi|19 : tgaaagtagttcgttcagcaaagacaatacgcgtaaacaatcacAAAATACATGT--A--A-----TTT----ACAT-G--GTGGA-ATT-----CAAATTCC-TATG--------GTCAGCTG-----CCT--AGCTGGTCCTGTAAAT-TA-C--A--AA-CTTTGT----AACT--TAAAAATT-TGAA-TTTGTGCCAGC----------------A-AC------A--GAA-TT-TA----T-T-----A--A-A-A-AGT----CAATA---------A-AAAC----Acatgtatcagttttgtaatt
gi|2 : ttatacaaaagtatatattgagagaaaaaagagtttagcaaatAACACAAGT--AC-A-----TGT----A----A------ACATT-----CAATTACA-TATA--------C---G-TA-----CCT--ATACAGTCATGTAAAT-TA-T--G--AA-TGTCAT----TATT--TCAAA--C-TAAA-TTTGAGTCAGCAAC---------A---A-AT------A---AA-TTGTA----A-T-----A--A-ACATA-T----CAATA---------A-CAAT----AAGTCG--A-ATTCTGC-T-TTTTTGAGATT---TCAA-A-A------CA-----CGT-T--TTA-ATTTTAA----T--------ACAA-------------A--G---------------CTAGGT-A--A---TT----T--AC-------------------CAACAAAAT-------------------ATG--CGAA----------------TTT-C-AAATA---CGTAATAAATGAC--TT-----GT-A----TTG-T-ATTTCCTG--A----GACCTT--CTTTGTGGCCTTTTATTTCTCTGCAGTCATACAAT---A--TGA-AA-G-----TA-AACCATTTAAAAACATTTTT-TATCTCt
gi|20 : tttcatatttatctatgtaaactattttgatatgtcctacatgtaatgaataaaataagtttagcAAAATACATGT--A--AAAC--TGC----AT---A--G-GACCATT-----CAAAGAAT-T-TG--------G--------------T--AGCCGGTTATGTAAAT-CA-C--G--AA-----------AAA---TGCAA--T-TAAA-TTTGAGTTGGCAGT---------G---A-AC------A--TAA-TT-AA----T-T-----A--A-A-ATC-T----CGATG---------A-AAAC----AAAATT--G-ATTCCGA-T-ACTATACAACatgatacatatgtattggtagatatcaaaatatatgatattgatattgtaatatattaattttgcaaacat
gi|21 : tgacaaaaataagttcaacaaggAACA--C-AGAA-TTTGGGTCAGCAAC---------A---A-AC------A--GAA-TC-CA------T-----A--A-------------AATA---------A-AAAT----GAGTTG--A-ATTCTGATT-GTTATGTGATT---TC-A-A-A-------A-----CAT-G--TTT-ACT
gi|23 : acaataaagatatatgtaatattacatacgtggtattcaatcccctatatgaAAAATACATAT--A--G-----TTTTACAA----A--G-CGACATT-----AAATCCCG-TATG--------A---G-TG-----CCT--AGCTAGTCATATAAAT-------G--AA-TGTCAT----TATT--TAAAA--C-AGAA-TTTAAGTCGGTAgatatgt
gi|24 : ctatgtgaactgaataaaaatgtttagcaataaaACATGT--A--ACGCA-TGC----A----G--G-GAACATTAATTTTAAAGCCC-CACGTCACCTTTG---G-TA-----CCTGAAGCTAGACATATTA-T-CA-C--G--AA-TGTCAA----AACT--TCAAA--C-TGAA-TTTGAGTAGGTAAT---------A---A-AC------A--GAA-TT-TA----T-T-----A--A-A-c
gi|25 : T-CA-C--A--AT-TGTTCT----AACT--TAAA---C-TGAA-TTTGAGTTGACAAC---------A---A-AC------A--AG------A----T-T-----A--G-A-A-A-T----AAA-A---------A-AAAT----CACTTT--A-A-TCCAA-T-ATTATATGACT---TC-A-ATA------TATATTCCGT-T--CTT-ATTTTc
gi|26 : CT--AGCTAGTCATGTAAAG-AA-G--G--AAATATCAT----AACT--TAAAA--C-CGAA-TTTAAGTCCGAAAC---------A---A-AC------C--GAA-TT-TA----T-TTTTTAA--A-A-A-A-T----CAATA---------A-AAAC----TAGTT
gi|27 : TGT--A--AAT---TAC----A----AACG-GGACATT-----CAATCTCC-TACA--------G---G-TA-----CCT--AGCTAGGCGTGTAAAT-TA-C--A--AA-ga
gi|29 : ACATT-----CAATCTCC-TACA--------G---G-TG-----CCT--ACTTAGGCATGTAAAT-TA-C--A--AA-CGc
gi|3 : cgtgta--AGCCAGTTATGTAAAT-CA-C--G--AA-TGCAAT----AACA--TCAAA--C-TAAG-CTTGAATCGGCAAT---------A---A-CC------A--GAA-------------------------A-A-T----TAATATGCGGTTTCA-AAAT----A--TTC--GTATTTTAA-T-GCGAAGGGAGA---T----A-A------TT-----TAT-TGCCAT-ATATTAGACATT--------CAAA-------------T--A---------------C----TTG--G---TG----C--AT-------------------GAAC----T--------TAG--------TGG--C--A----------------TTT-CCGGACA----AT--T------C--TTTG--CGG-T----TTTTA-ATTGTCTGGCA----AAACTT--TTCG------------------GCATCCATGCAA
gi|31 : atattgaaagaaataagttgagcaagaacaatagatgtaaactttcataggagatattccaaagTT-----CAATCTCC-TACA--------G---G-TG-----CCT--AGTTAGGCGTGTAAAT-TA-C--A--AA-CGgccgaaataaatcgtataacaagaagtttaccttacaataagctgttttacataaaattcaaaattcaaaacttgaaaccataattttaaacgattcctttggtcttttcaaaagcagaatgcatgagattacttttgtaatctttatacaaaaaaacataagacttac
gi|4 : A-TTTGAGTTGTCAGC---------A---A-AC------A--GAA-TT-TAT---T-T-----A--A-A-A-T-T----CAATA---------A-AATC----AATTTT--T-ATTTTAA-TAATAATGCAACT---TT-A-ACA------TG-----AGT-T--CCT-ATTTTAA----T--------ATAAAGAGAAGTTATT-T--A---------------C----G-G--A---TA----CATAT-------------------AAAC----T--------TTGGATATCTAATG--C--ATGAACTCTTAATATCTTTT-A-AGAAA---CAT--T------CA-TTATGGCATAT----TTATT--TTTACTGTCA----AATATT--CTCT------------------GCAGCCATGCAATTTGAAG-GA-AA---T-CTTG-AA-CAAT---AAACA-GTTT-TATCTC
gi|5 : actagaaaaaaataaatttggcaagaaaaaaacatgctaactacataggtgatttaaaagtgatatgtgttcctagctagtcatA-------------T--AT--------------C----T-T--A---TG----C--AT-------------------GA-C----T--------GTG--------AGGACT--AAAGT------------TTT-C-GGATA---CAT--T------A--TTTT--CGT-T------TTT-ATCTCCTGGCA----AAATAT--CCCT------------------GCAGCCATGCAAT---ATGACAGAA-ATA-TTTG-AA-CAAA---AAACATTTTTATTTTTCG-AAAacgaattgcaattttcccaaaagaggctttaagtatgtttagccggagaatacaa
gi|6 : gttcttattttgacagaaaagttgatagtttacaatttacgaattttggATACATAT--A--A-----ACT----ACTTTG--G-GAACATT-----CAAGGACT-TACG--------G---G-TT-----CTA--AGCCGGTCATG--AGC-CA-T--G--TA-TATTAT----AAATATCATAA--C-TGTA-TT-AAGTTGGCAAC---------A---A-ACTGAAAAATTGAA-TT-TA----T-T-----A--T-A-A-A-T----TAAAT---------C-AAAT----C-GTTTTGG-ATTCTAA-T-AGAAGTTGATT---TCAG-A-A------TA-----CGT-T--CTT-ATCTTTA----T--------GTGG-------------T--A---------------A------G--A---GG----T--A---------------------A------T--------TTA--------ACT--C--AT---------------TTT-C-GGAAA---CGT--T------C--TTTT--caaatgagctgtttaactgtttaacctaaaaatgtaaaaatgaaaccatagtttaaaatgattcgctatgtagtggcaagtaccaaaattaataaaatcaattttgaaatgtatttatattgtaaaaatattcatataaaagacttgctcaacttctattctcaatccatttagagactttgacaatggtttatattgttttcgccacaat
gi|7 : agttatcattttatattttttttatgttttcggtaccttggttaccgaaattaagctgtatttattatgatataaaattgtctacaccatcttcttatctataaaacattatctggaatagatcaattcagcaagttttCTAGTCATATA--T-TA-CAAG--GA-TGTCAT----AACT--TAATA--C-CGAA-TAAGAGCTGTCAAT---------A---A-AC------A--GAT-TT-TA----T-A-----A--C-A-A-A-TGAGTCAATA---------T-AAAC----AAGAAT--G-ATTTCGA-T-AGTATACGGCTATTTC-G-G-A------CA-----CAT-T------------------------------------------------------------------------A---TG----C--AT-------------------GGAC----T--------GTG--------ATG--C--A----------------TTTAT-GGAAA---CCG--T------C--TTTG--CAT-T----CTCTT-ATTTCCTGGCA----AAA-TT--GTAT------------------AAAGCCATGAAAT------TG---A-ACT-CTTATAA-CACT---AAACA-CGTT-TATCTCA-GAAACG
gi|8 : aaacattaaaagtcAC-CG-C--A--AA-TGTCGA----AACA--TAAAA--C-TGAT-TTTGAGTTGGCAGG---------A---A-GC------A--GGA-TT-TA----T-T-----A--A-A-A-ATT----CAACA---------A-AATT----AAGTTTCCA-ATTCAAA-T-TTTACGCAATT---TCAA-A-A------TA-----TGT-T--CTC-ATTGTAA----T--------GAAATG-----------T--A---------------C----T-GACA---TG----T--AC-------------------ACAC-------------TAG--------GTA--T--A----------------CTT-C-AGATA---Ctaattacataaaggggcagtgaactgtaaagccggagaatgtaagaaattttaaatgcattctctatatataaacaattatcgaaa
gi|9 : AAATTACATGT--G--------TGT----A----A--G-GGAAATT-----CAAAACCC-TACA--------G---G-TA-----CCT--AGGTAGGCATGTAAAT-CA-C--A--AA-TGTCCT----AACT--GTAAA--C-TGAA-TTTGATTCGGCAAT---------A---A-GC------A--GAA-TG-CA----T-T-----A--A-C-C-A-T----CAATT---------C-AAAT----CAGTTT--G-CTTCCAA-T-ATTATGCAACT---T--G-A-A------TA-----CGT-T--CTT-ATTTTAA----T--------GC-A-------------C--A---------------C----T-A--A---TG----C--AC-------------------GAAC----T--------TTG--------ATG--C--A----------------TTT-C-GGAAT---TAT--T------C--TTTT--CAT-T----CTGTT-ATTTCCCGGAA----GAAGTT--CTCT------------------ACAATCAGGTGAT---AAGAGA-AACATT-TTTA-AA-CATT---AAACATTTTT-TTTCTCGCAAAACGctatcacacgatatgtgatggattttagaaaacagttttgcgccattttctctggtgccattgaataaattactcaactataaacacttttacttcacaaaatgatgttttccataaagggaactgttttgcccgattaagcaaatatttaaatcataaaac
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): AATCAATAAAATGTGATTATGATTTTTATGCGATTTGGAAACATGTTTTAATTTTGATATAAAGGGGTGTAATTTAGTGACATATTCAAACTTCAGTTACCTAATGCAAGAACTGTGGTGTATTTCCTTACACATTTTTTTAAGCGTTTTAGTTTCTGTCAAAAGTTCTCTACATTCCTAAATATTAAACAAAATCATTTTCATCCCACAAA
Unaligned ( gi|22 ): AATTAAAACATTAAAGAAAATTTGATTTTATTTCAATTTTATGCAACTTTTCTTATTTTAATGTAAATGGAAGATCACTTACTGACATACAAAGTTAACAAACCTAGGAGACCAAATGCATACACTGTGGTGCATTC
Unaligned ( gi|28 ): ATAAATAGACCAACTAATTGCACCAAACTGATTCAAACGTTGTTGTTTGCTACAGT
Unaligned ( gi|30 ): ACAACTTCGATATACATTCTTGTTTTAGTGTAAATGCAGATAATCTAACGG
Unaligned ( gi|32 ): CGAAACAAACTTTTGAAACCATATACATGTACGTAGAAGGGCCA
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 5555555555555555555555555 11111111 2222 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 111111111 1111111111111 333333333333333333 55555555555555555 111 11
lowQualScore : 44 3333333333333333333333333 66666 666 2 2 999999999999 2 777777 33 1 1 1 33333 1 5 4444 22 22 1 1 777777777 333 1 555555 22 1 1 7777 1 44444 22 3 1 22222222 7777777777 1 77777 1 6666 0 4 22 444 1111 4 9999999999999 2 55 2 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 444 555 55 555555555 4444444444444 1 4 1 9999 5 66 666666666666666666 00000000000000000 6 6 1 111 7 6 1 00
lowQualScore : .. ......................... ..... ... . . ............ . ...... .. . . . ..... . . .... .. .. . . ......... ... . ...... .. . . .... . ..... .. . . ........ .......... . ..... . .... . . .. ... .... . ............. . .. . .................................................................................................................................................. ... ... .. ......... ............. . . . .... . .. .................. ................. . . . ... . . . ..
lowQualScore : 66 8888888888888888888888888 22222 333 5 1 111111111111 5 111111 11 7 8 8 44444 8 0 5555 99 66 9 8 666666666 333 9 555555 66 9 9 5555 8 55555 55 6 8 66666666 9999999999 9 00000 7 4444 9 4 77 111 9999 7 1111111111111 5 99 5 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 888 888 00 000000000 7777777777777 0 4 1 4444 3 99 999999999999999999 55555555555555555 7 7 0 777 3 7 0 22
consensus : AAAATACATGT--A--A-----TGT----A----A--G-GGACATT-----CAANNNCC-TACG--------G---G-TA-----CCT--AGCTAGTCGTGTAAAT-CA-C--G--AA-TGTCGT----AACT--TAAAA--C-TGAA-TTTGAGTCGGCAAC---------A---A-AC------A--GAA-TT-TA----T-T-----A--A-A-A-A-T----CAATA---------A-AAAT----AAGTTT--G-ATTCCGA-T-ATTATGCGACT---TC-G-A-A------TA-----CGT-T--CTT-ATTTTAA----T--------GNAA-------------T--A---------------C----T-G--A---TG----C--AC-------------------GAAC----T--------TTG--------ATG--C--A----------------TTT-C-GGAAA---CAT--T------C--TTTT--CGT-T----CTNTT-ATTTCCTGGCA----AAANTT--CTCT------------------GCAGCCATGCAAT---AAGNGA-AA-ATT-TTTA-AA-CANT---AAACATTTTT-TNTCTCG-GAAACG
Reference ( family-449 ) : AAAATACATGT--A--A-----TGT----A----A--G-GGACATT-----CAANNNCC-TACG--------G---G-TA-----CCT--AGCTAGTCGTGTAAAT-CA-C--G--AA-TGTCGT----AACT--TAAAA--C-TGAA-TTTGAGTCGGCAAC---------A---A-AC------A--GAA-TT-TA----T-T-----A--A-A-A-A-T----CAATA---------A-AAAT----AAGTTT--G-ATTCCGA-T-ATTATGCGACT---TC-G-A-A------TA-----CGT-T--CTT-ATTTTAA----T--------GNAA-------------T--A---------------C----T-G--A---TG----C--AC-------------------GAAC----T--------TTG--------ATG--C--A----------------TTT-C-GGAAA---CAT--T------C--TTTT--CGT-T----CTNTT-ATTTCCTGGCA----AAANTT--CTCT------------------GCAGCCATGCAAT---AAGNGA-AA-ATT-TTTA-AA-CANT---AAACATTTTT-TNTCTCG-GAAACG
gi|1 : AATACATTT--A--A-----ACT----AC---ATTG-AGACATC-----AAAAGCCC-TATG--------T---C-TA-----TCT--TGCTAGTTGTGTAAAT-CA-C--A--GA-AATTGT----AACT--TAGAA--C-TGAA--TTGAGTTGGCAAC---------A---T-AC------A--GAA-TT-TG----T-T-----A--ATA-A-T-T----CAATT---------A-ACTC----TAGTTT--A-GTTCCAG-T-ATTATGTAATT---TC-A-A-A------GA-----TGT-T--CTA-TTTTTAA----T--------GAAAAGGGGAGGTATGTT--A---------------C----T-GACA---TG----C--ACATATCAGATATGTTTTCATGAAC----T--------GTG--------TTG--C--AC---------------TTT-T-GGAAA---CAT--T------CA-TTGT--AG-------CATTT-CTTTCCTGGCA----AAAAT
gi|10 : ggttgttattttatttctttttaatgtatttcgtttgtgatgttttgaagtgaaagagtgtgtaaggttttatttgtatatgtatgtcatatatcactcagttttaatatctgttaataagatgtattttgaaagatataagtttagcaaggacAAAATGCATGT--A----------C----A----A--C-TG-CATT-----AAACAT---TATG--------G---G-TA-----CCT--AGCTAGTTATGCAAAT-CA-C--C--AT-TGCAAT----CACT--TAAAA--T-TGCG-TTTGAGTCGGCAAC---------A---G-AC------A--AAA-CC-TA----TCT-----A--A-A-A-A------AAATA---------A-AAATAATAAAATTT--G-ATT--------TGATGCAACT---TT-C-A-A------Taactgtttagactgacaattcaaaattgattcactgtatattgatacttattaaaatatatctgttttattgttaaaattgtcatatcaga
gi|11 : aatgcttaatcggtatataccttatatatactggaaaaatgttcaccgtacAGTTGCATAAAT-CA-C--G--AA-TATCTT----A-CT--TTAAA--C-TAAA-TTGAGGTCTGCAACCAAATTACAATGTA-AT------A--GAA-TA-TA----T-T-----ACAA-A-A-A-T----CAATA---------A-AAAC----AAGTTT--G-ATTTTGA-T-ATTAAGCAACT---TT-GAA-A------TA-----TGT-TG-TTT-TTTTTAAG---TAAAGGGAGGTAA-------------TTCA---------------T----T-T--AAATTA----T--AT-------------------GGATA---C--------CTA--------ATG--TAAA----------------TAT-T-GGTAA---CAT--T------C--TTTG--CAG-T----CTTTT-ATTTTATGG---------ATTAGCTTT------------------GTAGCCAgtatagggggtaatttttgtgaatacgaatttcggatatcaaatgaaaggtaatgtactttcggttacgttcttcgtgg
gi|12 : cAAAA--C-TGAAATTTGAGTTTGAAAC---------A---A-AC------A--GAA-CT-TA----T-T-----A--A-A-A-ATT----CAAT----------A-AAAT---------------TTCCA-------ATGTGACT---TC-A-A-AATATGTTA-----TGT-T--ACT-ATTTTGA----T--------GTAAGGAAGCAATT---T--ATTGAAATTCGTATACC----T-A--A---TG----C--AT-------------------GAAC----C--------ATG--------ATA--A--AAC--------------TTT-C-GGAAA---CAT--T------C--TTTgaaaatacaaa
gi|13 : cattca----T-T-----A--AGA-A-A-T----CAATT---------A-AAAT----GAGTTT--G-ATTTGAA-C-AATGTGCAACT---TCAA-A-A------TA-----TAT-T--CTT-GTTTTAA----T--------GTAAAGGGAGATAATT-T--A---------------C----G-G--A---TAAATTT--AT-------------------AAAC----TTCCGATAATTA--------ATG--C--A----------------T------GAACTGTCAT--G------CAGTTTT--CTT-TGCAGCCATTGATTTCCTGGCATAAGAAAA-----TCT------------------GCAGTCATGTAA----AAGG------ATTGTTTA-AT-TACT---AACAATTTTA-TCTCCCT-GAActacattttaacaataagctattttatctctcaaaacaatgttttacatgcaggggcaactactt
gi|14 : CATG-----CAAT--CC-TGTG--------G---G-TA-----CTT--AGCAAGTCATTTACATTCA-A--A--AA--GTCAT----T-CT--TAAAA--AATAAA-TTTGTGTCGGCAGC---------C---GTAC------G--AAA-TG-TAT---T-T-----A--A-G-ACA-C----AAATA---------AGAAAT-----ATCTT--G-ATTCCGA-T-GTCACGCAAAT---T---------------------GTGT--CTTAATTCTTA----T--------GAAA-------------tgctgttt
gi|15 : taaatAAAACAGATGT--A--AAATTCCAT----A----C--G-GGACATT-----CAATCACTATATG--------G---G-TC-----CTT--AACATGTCATGTATAT-TA-C--G--AA-TTACAT----TACT--TCAAA--C-TGAA-TTTGAGTCAACAAC---------A---A-AC------T--GAATTT-TATTTTT-T-----A--A-A-A-A-T----CAATA---------A-AAAT----AAATTG--A-ATTCGGATT-TTTATGGGACT---TCAA-A-A------TT-----CGT-T--TCT-Aagggaggtaatttacctacatatacgaacttctgatacctcatgcttgaacaacgttgcatattttgaaa
gi|16 : aataaagtaagtttagcaacacacaAAAATACATGTCAACTA-----TAT----A----A--A-GTATATG-----CAATACCC-TA-------------------------T--ATCTAGTCGTGTAAAT-CAAT--GTCAA-TGTCGT----AACT--TAAAA--T-TGAA-TTTAAGTTAGCTAT---------A---A-AT------A--AAA----AA----T-T-----A--A-A-G-G------CAGTA---------A-AAAT----AA-TTT--G-ATTACGA-T-ATTATGAGACT---TCTA-A-A------TG-----CGT-T--CTT-ATTTTAA----T--------GAAA----------------A---------------T----C-G--A---CT----T--AC-------------------AAAC----T--------Tgactgtttatg
gi|18 : --A-----TGT------------G-GGTCATT-----CAAAGACA-TGTG--------G---G-TAGTCGACAT--AACGTGTCGTGTAAAT-CA-G--A--AA-TGTCTTCTTAAAAT--TAAAA--C-TGAA-TTTAAGTTGTCAAC---------A---G-AC------G--GGA-TT-CA----T-T-----A--A-A-ATT-T----CAATT---------A-CAAT----Acctattcataatgcatgaacta
gi|19 : tgaaagtagttcgttcagcaaagacaatacgcgtaaacaatcacAAAATACATGT--A--A-----TTT----ACAT-G--GTGGA-ATT-----CAAATTCC-TATG--------GTCAGCTG-----CCT--AGCTGGTCCTGTAAAT-TA-C--A--AA-CTTTGT----AACT--TAAAAATT-TGAA-TTTGTGCCAGC----------------A-AC------A--GAA-TT-TA----T-T-----A--A-A-A-AGT----CAATA---------A-AAAC----Acatgtatcagttttgtaatt
gi|2 : ttatacaaaagtatatattgagagaaaaaagagtttagcaaatAACACAAGT--AC-A-----TGT----A----A------ACATT-----CAATTACA-TATA--------C---G-TA-----CCT--ATACAGTCATGTAAAT-TA-T--G--AA-TGTCAT----TATT--TCAAA--C-TAAA-TTTGAGTCAGCAAC---------A---A-AT------A---AA-TTGTA----A-T-----A--A-ACATA-T----CAATA---------A-CAAT----AAGTCG--A-ATTCTGC-T-TTTTTGAGATT---TCAA-A-A------CA-----CGT-T--TTA-ATTTTAA----T--------ACAA-------------A--G---------------CTAGGT-A--A---TT----T--AC-------------------CAACAAAAT-------------------ATG--CGAA----------------TTT-C-AAATA---CGTAATAAATGAC--TT-----GT-A----TTG-T-ATTTCCTG--A----GACCTT--CTTTGTGGCCTTTTATTTCTCTGCAGTCATACAAT---A--TGA-AA-G-----TA-AACCATTTAAAAACATTTTT-TATCTCt
gi|20 : tttcatatttatctatgtaaactattttgatatgtcctacatgtaatgaataaaataagtttagcAAAATACATGT--A--AAAC--TGC----AT---A--G-GACCATT-----CAAAGAAT-T-TG--------G--------------T--AGCCGGTTATGTAAAT-CA-C--G--AA-----------AAA---TGCAA--T-TAAA-TTTGAGTTGGCAGT---------G---A-AC------A--TAA-TT-AA----T-T-----A--A-A-ATC-T----CGATG---------A-AAAC----AAAATT--G-ATTCCGA-T-ACTATACAACatgatacatatgtattggtagatatcaaaatatatgatattgatattgtaatatattaattttgcaaacat
gi|21 : tgacaaaaataagttcaacaaggAACA--C-AGAA-TTTGGGTCAGCAAC---------A---A-AC------A--GAA-TC-CA------T-----A--A-------------AATA---------A-AAAT----GAGTTG--A-ATTCTGATT-GTTATGTGATT---TC-A-A-A-------A-----CAT-G--TTT-ACT
gi|23 : acaataaagatatatgtaatattacatacgtggtattcaatcccctatatgaAAAATACATAT--A--G-----TTTTACAA----A--G-CGACATT-----AAATCCCG-TATG--------A---G-TG-----CCT--AGCTAGTCATATAAAT-------G--AA-TGTCAT----TATT--TAAAA--C-AGAA-TTTAAGTCGGTAgatatgt
gi|24 : ctatgtgaactgaataaaaatgtttagcaataaaACATGT--A--ACGCA-TGC----A----G--G-GAACATTAATTTTAAAGCCC-CACGTCACCTTTG---G-TA-----CCTGAAGCTAGACATATTA-T-CA-C--G--AA-TGTCAA----AACT--TCAAA--C-TGAA-TTTGAGTAGGTAAT---------A---A-AC------A--GAA-TT-TA----T-T-----A--A-A-c
gi|25 : T-CA-C--A--AT-TGTTCT----AACT--TAAA---C-TGAA-TTTGAGTTGACAAC---------A---A-AC------A--AG------A----T-T-----A--G-A-A-A-T----AAA-A---------A-AAAT----CACTTT--A-A-TCCAA-T-ATTATATGACT---TC-A-ATA------TATATTCCGT-T--CTT-ATTTTc
gi|26 : CT--AGCTAGTCATGTAAAG-AA-G--G--AAATATCAT----AACT--TAAAA--C-CGAA-TTTAAGTCCGAAAC---------A---A-AC------C--GAA-TT-TA----T-TTTTTAA--A-A-A-A-T----CAATA---------A-AAAC----TAGTT
gi|27 : TGT--A--AAT---TAC----A----AACG-GGACATT-----CAATCTCC-TACA--------G---G-TA-----CCT--AGCTAGGCGTGTAAAT-TA-C--A--AA-ga
gi|29 : ACATT-----CAATCTCC-TACA--------G---G-TG-----CCT--ACTTAGGCATGTAAAT-TA-C--A--AA-CGc
gi|3 : cgtgta--AGCCAGTTATGTAAAT-CA-C--G--AA-TGCAAT----AACA--TCAAA--C-TAAG-CTTGAATCGGCAAT---------A---A-CC------A--GAA-------------------------A-A-T----TAATATGCGGTTTCA-AAAT----A--TTC--GTATTTTAA-T-GCGAAGGGAGA---T----A-A------TT-----TAT-TGCCAT-ATATTAGACATT--------CAAA-------------T--A---------------C----TTG--G---TG----C--AT-------------------GAAC----T--------TAG--------TGG--C--A----------------TTT-CCGGACA----AT--T------C--TTTG--CGG-T----TTTTA-ATTGTCTGGCA----AAACTT--TTCG------------------GCATCCATGCAA
gi|31 : atattgaaagaaataagttgagcaagaacaatagatgtaaactttcataggagatattccaaagTT-----CAATCTCC-TACA--------G---G-TG-----CCT--AGTTAGGCGTGTAAAT-TA-C--A--AA-CGgccgaaataaatcgtataacaagaagtttaccttacaataagctgttttacataaaattcaaaattcaaaacttgaaaccataattttaaacgattcctttggtcttttcaaaagcagaatgcatgagattacttttgtaatctttatacaaaaaaacataagacttac
gi|4 : A-TTTGAGTTGTCAGC---------A---A-AC------A--GAA-TT-TAT---T-T-----A--A-A-A-T-T----CAATA---------A-AATC----AATTTT--T-ATTTTAA-TAATAATGCAACT---TT-A-ACA------TG-----AGT-T--CCT-ATTTTAA----T--------ATAAAGAGAAGTTATT-T--A---------------C----G-G--A---TA----CATAT-------------------AAAC----T--------TTGGATATCTAATG--C--ATGAACTCTTAATATCTTTT-A-AGAAA---CAT--T------CA-TTATGGCATAT----TTATT--TTTACTGTCA----AATATT--CTCT------------------GCAGCCATGCAATTTGAAG-GA-AA---T-CTTG-AA-CAAT---AAACA-GTTT-TATCTC
gi|5 : actagaaaaaaataaatttggcaagaaaaaaacatgctaactacataggtgatttaaaagtgatatgtgttcctagctagtcatA-------------T--AT--------------C----T-T--A---TG----C--AT-------------------GA-C----T--------GTG--------AGGACT--AAAGT------------TTT-C-GGATA---CAT--T------A--TTTT--CGT-T------TTT-ATCTCCTGGCA----AAATAT--CCCT------------------GCAGCCATGCAAT---ATGACAGAA-ATA-TTTG-AA-CAAA---AAACATTTTTATTTTTCG-AAAacgaattgcaattttcccaaaagaggctttaagtatgtttagccggagaatacaa
gi|6 : gttcttattttgacagaaaagttgatagtttacaatttacgaattttggATACATAT--A--A-----ACT----ACTTTG--G-GAACATT-----CAAGGACT-TACG--------G---G-TT-----CTA--AGCCGGTCATG--AGC-CA-T--G--TA-TATTAT----AAATATCATAA--C-TGTA-TT-AAGTTGGCAAC---------A---A-ACTGAAAAATTGAA-TT-TA----T-T-----A--T-A-A-A-T----TAAAT---------C-AAAT----C-GTTTTGG-ATTCTAA-T-AGAAGTTGATT---TCAG-A-A------TA-----CGT-T--CTT-ATCTTTA----T--------GTGG-------------T--A---------------A------G--A---GG----T--A---------------------A------T--------TTA--------ACT--C--AT---------------TTT-C-GGAAA---CGT--T------C--TTTT--caaatgagctgtttaactgtttaacctaaaaatgtaaaaatgaaaccatagtttaaaatgattcgctatgtagtggcaagtaccaaaattaataaaatcaattttgaaatgtatttatattgtaaaaatattcatataaaagacttgctcaacttctattctcaatccatttagagactttgacaatggtttatattgttttcgccacaat
gi|7 : agttatcattttatattttttttatgttttcggtaccttggttaccgaaattaagctgtatttattatgatataaaattgtctacaccatcttcttatctataaaacattatctggaatagatcaattcagcaagttttCTAGTCATATA--T-TA-CAAG--GA-TGTCAT----AACT--TAATA--C-CGAA-TAAGAGCTGTCAAT---------A---A-AC------A--GAT-TT-TA----T-A-----A--C-A-A-A-TGAGTCAATA---------T-AAAC----AAGAAT--G-ATTTCGA-T-AGTATACGGCTATTTC-G-G-A------CA-----CAT-T------------------------------------------------------------------------A---TG----C--AT-------------------GGAC----T--------GTG--------ATG--C--A----------------TTTAT-GGAAA---CCG--T------C--TTTG--CAT-T----CTCTT-ATTTCCTGGCA----AAA-TT--GTAT------------------AAAGCCATGAAAT------TG---A-ACT-CTTATAA-CACT---AAACA-CGTT-TATCTCA-GAAACG
gi|8 : aaacattaaaagtcAC-CG-C--A--AA-TGTCGA----AACA--TAAAA--C-TGAT-TTTGAGTTGGCAGG---------A---A-GC------A--GGA-TT-TA----T-T-----A--A-A-A-ATT----CAACA---------A-AATT----AAGTTTCCA-ATTCAAA-T-TTTACGCAATT---TCAA-A-A------TA-----TGT-T--CTC-ATTGTAA----T--------GAAATG-----------T--A---------------C----T-GACA---TG----T--AC-------------------ACAC-------------TAG--------GTA--T--A----------------CTT-C-AGATA---Ctaattacataaaggggcagtgaactgtaaagccggagaatgtaagaaattttaaatgcattctctatatataaacaattatcgaaa
gi|9 : AAATTACATGT--G--------TGT----A----A--G-GGAAATT-----CAAAACCC-TACA--------G---G-TA-----CCT--AGGTAGGCATGTAAAT-CA-C--A--AA-TGTCCT----AACT--GTAAA--C-TGAA-TTTGATTCGGCAAT---------A---A-GC------A--GAA-TG-CA----T-T-----A--A-C-C-A-T----CAATT---------C-AAAT----CAGTTT--G-CTTCCAA-T-ATTATGCAACT---T--G-A-A------TA-----CGT-T--CTT-ATTTTAA----T--------GC-A-------------C--A---------------C----T-A--A---TG----C--AC-------------------GAAC----T--------TTG--------ATG--C--A----------------TTT-C-GGAAT---TAT--T------C--TTTT--CAT-T----CTGTT-ATTTCCCGGAA----GAAGTT--CTCT------------------ACAATCAGGTGAT---AAGAGA-AACATT-TTTA-AA-CATT---AAACATTTTT-TTTCTCGCAAAACGctatcacacgatatgtgatggattttagaaaacagttttgcgccattttctctggtgccattgaataaattactcaactataaacacttttacttcacaaaatgatgttttccataaagggaactgttttgcccgattaagcaaatatttaaatcataaaac
blockSeqs : CA AAATTCCATACG AATTT CAT A T TCACCTTTG C AGTCGA GA A T A GTC A A CTTA AT AT A A CAAATTACA TGT T TGAAAA TT T G TTTT C TTTTA CA G C ATGAGT ATGCGGTTTC G AATAA A TGG T AA ATT TGA T ATATGTTA G GC A TATAAAGAGAAGTTATTTACGGATACATATAAACTTTGGATATCTAATGCATGAACTCTTAATATCT CC TGT AA AAATGAC TCTTTGCAGC T G C TAAG A . GTGGCCTTTTATTTCTCT ATGACAGAAATA T C T TAA T A A GC
blockSeqs : . ATTTACATGGT . TCA . T GTCA . A . G . . AAG . T . . . . . . . . . . . . T . . . . . ATT A . A G CCA T A . CAA C TATATTC . G . TGTAAGGAAGCAATTTATTGAAATTCGTATACCTAATGCATGAACCATGATAAAAC AT . . CAG TGGCATATT A . C . A . . AAGAGAAACATT . . A . T . A G
blockSeqs : . AAACTGCATAG . TAC . T G . A . A . . C . A . . . . . . . . . . . . T . . . . . CAC A . G G GT . A . CAA . TA . . . TGTAAAGGGAGATAATTTACGGATAAATTTATAAACTTCCGATAATTAATGCA T . . CA GCAGTC G . C . C . . TTGAAGGAAAT . . A . T . T A
blockSeqs : . GTTTTACAAAG . AGA . T G . C . A . . G . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . TTT T . A T G . G . CTA . TA . . . GTAAAGGGAGGTAATTCATTTAAATTATATGGATACCTAATGTAAA C . . C GCGGTT T . C . C . . ATGAAAG . . C . . . A
blockSeqs : . ACGCATGCAGG . ATT . T G . G . G . . A . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . AGT A . A A G . T . CAA . TT . . . TACAAAGCTAGGTAATTTACCAACAAAATATGCGAA C . . C GCATTC A . C . A . . TGAACT . . T . . . T
blockSeqs : . AATTACAAACG . TTA . T G . A . G . . G . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . TAT A . A G G . A . CAG . TG . . . ACATTCAAATACTTGGTGCATGAACTTAGTGGCA A . . C TCATTC T . A . T . .
blockSeqs : . AACTACTTTGG . AGA . T C . G . C . . A . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . TCT A . A A G . T . CAA . CA . . . TGAAATGTACTGACATGTACACACTAGGTATA C . . A TCGTT C . . . G . .
blockSeqs : . CTATATAAA . TCC . T G . A . A . . A . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . ATT T . A G A . A . TC . TT . . . TGCACACTAATGCACGAACTTTGATGCA C . . C GTAT G . . . .
blockSeqs : . CATGTAA . AGC . C A . A . A . . G . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . AT A . A C G . G . CA . TG . . . TGTGGTAAGAGGTAATTTAACTCAT C . . C
blockSeqs : . TGTAAG . TCT . C G . G . A . . G . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . AT A . G G A . A . CA . TA . . . ATGCATGGACTGTGATGCA C . . C
blockSeqs : . ATGTG . TCT . C G . G . A . . G . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . AT G . C T G . G . CA . CA . . . . .
blockSeqs : CAAC . TCT . C G . T . A . . G . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . AT A . T G A . A . TA . TA . . .
blockSeqs : . GGA . C G . A . G . . A . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . AT A . A G A . A . CG . TA . . .
blockSeqs : . AAC . C G . . . A . . G . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . AT A . A G T . T . G . A . . .
blockSeqs : . T . . . . . . A . . A . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . TT A . C G G . A . . . . . . .
blockSeqs : . G . . A . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . AT T . A . G . . . . .
blockSeqs : . A . . G . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . AT A . A . . . .
blockSeqs : A . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A A . C .
blockSeqs : A . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . G T . .
blockSeqs : . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . A . . . . . . . .
blockSeqCons : AACTGCATAG*************** CA** C******** GCGTTC******* ** ATGAAAGAAAT******
originalCons : AAAATACATGT--A--A-----TGT----A----A--G-GGACATT-----CAANNNCC-TACG--------G---G-TA-----CCT--AGCTAGTCGTGTAAAT-CA-C--G--AA-TGTCGT----AACT--TAAAA--C-TGAA-TTTGAGTCGGCAAC---------A---A-AC------A--GAA-TT-TA----T-T-----A--A-A-A-A-T----CAATA---------A-AAAT----AAGTTT--G-ATTCCGA-T-ATTATGCGACT---TC-G-A-A------TA-----CGT-T--CTT-ATTTTAA----T--------GNAA-------------T--A---------------C----T-G--A---TG----C--AC-------------------GAAC----T--------TTG--------ATG--C--A----------------TTT-C-GGAAA---CAT--T------C--TTTT--CGT-T----CTNTT-ATTTCCTGGCA----AAANTT--CTCT------------------GCAGCCATGCAAT---AAGNGA-AA-ATT-TTTA-AA-CANT---AAACATTTTT-TNTCTCG-GAAACG
finalCons : AAAATACATGT--AAACTGCATAG---------------GGACATT-----CAANNNCC-TACG--------G---G-TA-----CCT--AGCTAGTCGTGTAAAT-CA-C--G--AA-TGTCGT----AACT--TAAAA--C-TGAA-TTTGAGTCGGCAAC---------A---A-AC------A--GAA-TT-TA----T-T-----A--A-A-A-A-T----CAATA---------A-AAAT----AAGTTT--G-ATTCCGA-T-ATTATGCGACT---TCA--A-A------TA-----CGT-T--CTT-ATTTTAA----T--------GNAA-------------T--A---------------C----T-G--A---TG----C--AC-------------------GAAC----T--------TTG--------ATG--C--A----------------TTT-C-GGAAA---CAT--TC--------TTTGCGTTC-------TNTT-ATTTCCTGGCA----AAANTT--CTCT------------------GCAGCCATGCAATATGAAAGAAAT------TTTA-AA-CANT---AAACATTTTT-TNTCTCG-GAAACG
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): AATCAATAAAATGTGATTATGATTTTTATGCGATTTGGAAACATGTTTTAATTTTGATATAAAGGGGTGTAATTTAGTGACATATTCAAACTTCAGTTACCTAATGCAAGAACTGTGGTGTATTTCCTTACACATTTTTTTAAGCGTTTTAGTTTCTGTCAAAAGTTCTCTACATTCCTAAATATTAAACAAAATCATTTTCATCCCACAAA
Unaligned ( gi|22 ): AATTAAAACATTAAAGAAAATTTGATTTTATTTCAATTTTATGCAACTTTTCTTATTTTAATGTAAATGGAAGATCACTTACTGACATACAAAGTTAACAAACCTAGGAGACCAAATGCATACACTGTGGTGCATTC
Unaligned ( gi|28 ): ATAAATAGACCAACTAATTGCACCAAACTGATTCAAACGTTGTTGTTTGCTACAGT
Unaligned ( gi|30 ): ACAACTTCGATATACATTCTTGTTTTAGTGTAAATGCAGATAATCTAACGG
Unaligned ( gi|32 ): CGAAACAAACTTTTGAAACCATATACATGTACGTAGAAGGGCCA
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11111111111111111111 11111111111111111111111 111 1 11111111111111 1111111111111 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 11111111 1111111111111 333333333333333333 222222 1 11
lowQualScore : 2 33333333333333333333 2 4 55555 888888 22222222222222222222222 22 1 1 1 33333 1 5 4444 22 22 1 1 777777777 333 1 22 555555 1 1 7777 44 44444 22 3 44 111 7777777777 1 88888 1 6666 5555 2 1 4 2 4 00000000000000 2 2 88888 3333333333333 1 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 333 3 00000000 555 44 6666666666666 55 8888 4 66 222222222222222222 8 999 5 111111 1 1 44 7 6 1 00
lowQualScore : . .................... . . ..... ...... ....................... .. . . . ..... . . .... .. .. . . ......... ... . .. ...... . . .... .. ..... .. . .. ... .......... . ..... . .... .... . . . . . .............. . . ..... ............. . ................................................................................................................................. ... . ........ ... .. ............. .. .... . .. .................. . ... . ...... . . .. . . . ..
lowQualScore : 7 22222222222222222222 5 7 66666 444444 33333333333333333333333 99 9 8 8 44444 8 0 5555 99 66 9 8 666666666 333 9 66 555555 9 9 5555 33 55555 55 6 33 888 9999999999 9 22222 7 4444 7777 2 4 1 4 7 44444444444444 5 5 88888 6666666666666 0 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 777 1 77777777 888 66 4444444444444 55 5555 9 11 888888888888888888 4 111 0 222222 4 7 66 3 7 0 22
consensus : AAAATACATGTA-AA-C---T-A-CAT--A-G-G-G-A-CATT-----CAANNNCC-TACG--------G---G-TA-----CCT--AGCTAGTCGTGTAAAT-CA-C--G--AA-TGTCGT----AA--CTTAAAA--C-TGAA-TTTGAGTCGGCAAC---------A---A-AC--A------GAA-TT-TA----T--T-----A--A-A--A-A-TCAATA---------A-AAAT----AAGTTT--G-ATTCCGA-T-ATTATGCGACTTC-A-A-A------TA-----CGT-T-CTT-----ATTTTAA----T--------GNAA-------------T--A---------------C----T-G--A---TG----C--AC-------------------GAAC----T--------TTG--------ATG--C--A----------------TTT-C-GG-AA-------ACA---T--TCTTT---GC-GT-TCTTT--TATTTCCTGGCA----AAANTT--CT------------------CTGCAGCCATGCAATATGAAAG-AAA---T--CTTA-AACANTAAACATTTTT-TNTCTCG-GAAACG
Reference ( family-449 ) : AAAATACATGTA-AA-C---T-G-CAT--A-G-G-G-A-CATT-----CAANNNCC-TACG--------G---G-TA-----CCT--AGCTAGTCGTGTAAAT-CA-C--G--AA-TGTCGT----AA--CTTAAAA--C-TGAA-TTTGAGTCGGCAAC---------A---A-AC--A------GAA-TT-TA----T--T-----A--A-A--A-A-TCAATA---------A-AAAT----AAGTTT--G-ATTCCGA-T-ATTATGCGACTTC-A-A-A------TA-----CGT-T-CTT-----ATTTTAA----T--------GNAA-------------T--A---------------C----T-G--A---TG----C--AC-------------------GAAC----T--------TTG--------ATG--C--A----------------TTT-C-GG-AA-------ACA---T--TCTTT---GC-GT-TCTNT--TATTTCCTGGCA----AAANTT--CT------------------CTGCAGCCATGCAATATGAAAG-AAA---T--TTTA-AACANTAAACATTTTT-TNTCTCG-GAAACG
gi|1 : AATACATTTA-AA-C---T-A-CAT--T-G-A-G-A-CATC-----AAAAGCCC-TATG--------T---C-TA-----TCT--TGCTAGTTGTGTAAAT-CA-C--A--GA-AATTGT----AA--CTTAGAA--C-TGAA--TTGAGTTGGCAAC---------A---T-AC--A------GAA-TT-TG----T--T-----A--ATA--A-T-TCAATT---------A-ACTC----TAGTTT--A-GTTCCAG-T-ATTATGTAATTTC-A-A-A------GA-----TGT-T-CTA-----TTTTTAA----T--------GAAAAGGGGAGGTATGTT--A---------------C----T-GACA---TG----C--ACATATCAGATATGTTTTCATGAAC----T--------GTG--------TTG--C--AC---------------TTT-T-GG-AA-------ACA---T--TCATT---GTAG---CATT--TCTTTCCTGGCA----AAAAT
gi|10 : ggttgttattttatttctttttaatgtatttcgtttgtgatgttttgaagtgaaagagtgtgtaaggttttatttgtatatgtatgtcatatatcactcagttttaatatctgttaataagatgtattttgaaagatataagtttagcaaggacAAAATGCATGTACAA-C---T-G-CATT-A-A-----A-CATT---------------ATG--------G---G-TA-----CCT--AGCTAGTTATGCAAAT-CA-C--C--AT-TGCAAT----CA--CTTAAAA--T-TGCG-TTTGAGTCGGCAAC---------A---G-AC--A------AAA-CC-TA----TC-T-----A--A-A--A-A--AAATA---------A-AAATAATAAAATTT--G-ATT--------TGATGCAACTTT-C-A-A------Taactgtttagactgacaattcaaaattgattcactgtatattgatacttattaaaatatatctgttttattgttaaaattgtcatatcaga
gi|11 : aatgcttaatcggtatataccttatatatactggaaaaatgttcaccgtacAGTTGCATAAAT-CA-C--G--AA-TATCTT----A---CTTTAAA--C-TAAA-TTGAGGTCTGCAACCAAATTACAATGTA-AT--A------GAA-TA-TA----T--T-----ACAA-A--A-A-TCAATA---------A-AAAC----AAGTTT--G-ATTTTGA-T-ATTAAGCAACTTTGA-A-A------TA-----TGT-TGTTT-----TTTTTAAG---TAAAGGGAGGTAA-------------TTCA---------------T----T-T--AAATTA----T--AT-------------------GGATA---C--------CTA--------ATG--TAAA----------------TAT-T-GG-TA-------ACA---T--TCTTT---GC-AG-TCTTT--TATTTTATGG---------ATTAGCT------------------TTGTAGCCAGAAAATACAAAgtatagggggtaatttttgtgaatacgaatttcggatatcaaatgaaaggtaatgtactttcggttacgttcttcgtgg
gi|12 : cAAAA--C-TGAAATTTGAGTTTGAAAC---------A---A-AC--A------GAA-CT-TA----T--T-----A--A-A--A-ATTCAAT----------A-AAAT---------------TTCCA-------ATGTGACTTC-A-A-AATATGTTA-----TGT-T-ACT-----ATTTTGA----T--------GTAAGGAAGCAATT---T--ATTGAAATTCGTATACC----T-A--A---TG----C--AT-------------------GAAC----C--------ATG--------ATA--A--AAC--------------TTT-C-GG-AA-------ACA---T--TCTTT---
gi|13 : cattca----T--T-----A--AGA--A-A-TCAATT---------A-AAAT----GAGTTT--G-ATTTGAA-C-AATGTGCAACTTCAA-A-A------TA-----TAT-T-CTT-----GTTTTAA----T--------GTAAAGGGAGATAATT-T--A---------------C----G-G--A---TAAATTT--AT-------------------AAAC----TTCCGATAATTA--------ATG--C--A----------------T------G-AACTGTCATGCAGTTT--TCTTT---GC-AG-CCATT--GATTTCCTGGCATAAGAAAA-----T------------------CTGCAGTCATG-----TAAAAG-GAT---TG-TTTA-ATTACTAACAATTTTA-TCTCCCT-GAActacattttaacaataagctattttatctctcaaaacaatgttttacatgcaggggcaactactt
gi|14 : -CATG-----CAAT--CC-TGTG--------G---G-TA-----CTT--AGCAAGTCATTTACATTCA-A--A--AA--GTCAT----T---CTTAAAA--AATAAA-TTTGTGTCGGCAGC---------C---GTAC--G------AAA-TG-TAT---T--T-----A--A-G--ACA-CAAATA---------AGAAAT-----ATCTT--G-ATTCCGA-T-GTCACG------C-A-A-A------T------TGTGT-CTTA----ATTCTTA----T--------GAAA-------------tgctgttt
gi|15 : taaatAAAACAGATGTA-AAAT---T-C-CAT--ACG-G-G-A-CATT-----CAATCACTATATG--------G---G-TC-----CTT--AACATGTCATGTATAT-TA-C--G--AA-TTACAT----TA--CTTCAAA--C-TGAA-TTTGAGTCAACAAC---------A---A-AC--T------GAATTT-TATTTTT--T-----A--A-A--A-A-TCAATA---------A-AAAT----AAATTG--A-ATTCGGATT-TTTATGGGACTTCAA-A-A------TT-----CGT-T-TCT-----Aagggaggtaatttacctacatatacgaacttctgatacctcatgcttgaacaacgttgcatattttgaaa
gi|16 : aataaagtaagtttagcaacacacaAAAATACATGTC-AA-C---T-A-TAT--A-A-A-GTA-TATG-----CAATACCC-TA-------------------------T--ATCTAGTCGTGTAAAT-CAAT--GTCAA-TGTCGT----AA--CTTAAAA--T-TGAA-TTTAAGTTAGCTAT---------A---A-AT--A------AAA----AA----T--T-----A--A-A--G-G--CAGTA---------A-AAAT----AA-TTT--G-ATTACGA-T-ATTATGAGACTTCTA-A-A------TG-----CGT-T-CTT-----ATTTTAA----T--------GAAA----------------A---------------T----C-G--A---CT----T--AC-------------------AAAC----T--------Tgactgtttatg
gi|17 : ---------------C----T-A--A---TG----C--AA-------------------GAAC----T--------GTG--------GTG--T--A----------------TTT-C-CTTAC-------ACA---T--TTTTTTAAGC-GT-T---T--TAGTTTCTGTCA----AAAGTT--CT------------------CTACATTCCTA-AATATTAAAC-AAA---cctattcataatgcatgaacta
gi|18 : aatcaataaaatgtgattatgatttttatgcgatttggaaacatgttttaattttgatataaaggggtgtaatttagtgacatattcaaacttcagttacAATACGCGTA-AA-CAATC-A-CAT--GTG-G-G-T-CATT-----CAAAGACA-TGTG--------G---G-TAGTCGACAT--AACGTGTCGTGTAAAT-CA-G--A--AA-TGTCTTCTTAAA--ATTAAAA--C-TGAA-TTTAAGTTGTCAAC---------A---G-AC--G------GGA-TT-CA----T--T-----A--A-A--ATT-TCAATT---------A-CAAT----Aatcattttcatcccacaaa
gi|19 : tgaaagtagttcgttcagcaaagacAAAATACATGTA-AT-T---T-A-CAT--G-GTG-G-A--ATT-----CAAATTCC-TATG--------GTCAGCTG-----CCT--AGCTGGTCCTGTAAAT-TA-C--A--AA-CTTTGT----AA--CTTAAAAATT-TGAA-TTTGTGCCAGC----------------A-AC--A------GAA-TT-TA----T--T-----A--A-A--A-AGTCAATA---------A-AAAC----Acatgtatcagttttgtaatt
gi|2 : ttatacaaaagtatatattgagagaaaaaagagtttagcaaatAAGTACATGTA-AA-C-----------------------ATT-----CAATTACA-TATA--------C---G-TA-----CCT--ATACAGTCATGTAAAT-TA-T--G--AA-TGTCAT----TA--TTTCAAA--C-TAAA-TTTGAGTCAGCAAC---------A---A-AT--A-------AA-TTGTA----A--T-----A--A-AC-ATA-TCAATA---------A-CAAT----AAGTCG--A-ATTCTGC-T-TTTTTGAGATTTCAA-A-A------CA-----CGT-T-TTA-----ATTTTAA----T--------ACAA-------------A--G---------------CTAGGT-A--A---TT----T--AC-------------------CAACAAAAT-------------------ATG--CGAA----------------TTT-C-AA-AT-------ACG---TAATAAAT---GA-CT-TGTATTGTATTTCCTG--A----GACCTT--CTTTGTGGCCTTTTATTTCTCTGCAGTCATACAATATGAAAGTAAA---CCATTTA-A-----AAACATTTTT-TATCTCt
gi|20 : tttcatatttatctatgtaaactattttgatatgtcctacatgtaatgaataaaataagtttagcaacacAAAATACATGTA-AAAC---T-G-CAT--A-G-G-A-C-CATT-----CAAAGAAT-T-TG--------G--------------T--AGCCGGTTATGTAAAT-CA-C--G--AA-----------AA--A-TGCAA--T-TAAA-TTTGAGTTGGCAGT---------G---A-AC--A------TAA-TT-AA----T--T-----A--A-A--ATC-TCGATG---------A-AAAC----AAAATT--G-ATTCCGA-T-ACTATACAACatgatacatatgtattggtagatatcaaaatatatgatattgatattgtaatatattaattttgcaaacat
gi|21 : tgacaaaaataagttcaacaaggAACA--C-AGAA-TTTGGGTCAGCAAC---------A---A-AC--A------GAA-TC-CA-------T-----A--A----------AATA---------A-AAAT----GAGTTG--A-ATTCTGATT-GTTATGTGATTTC-A-A-A-------A-----CAT-G-TTT-----ACT
gi|23 : acaataaagatatatgtaatattacatacgtggtattcaatcccctatatgaAAAATACATATA-GT-T---TTA-CAA--A-G-C-G-A-CATT-----AAATCCCG-TATG--------A---G-TG-----CCT--AGCTAGTCATATAAAT-------G--AA-TGTCAT----TA--TTTAAAA--C-AGAA-TTTAAGTCGGTAgatatgt
gi|24 : ctatgtgaactgaataaaaatgtttagcaataaaACATGTA-A------C-G-CATGCA-G-G-G-AACATTAATTTTAAAGCCC-CACGTCACCTTTG---G-TA-----CCTGAAGCTAGACATATTA-T-CA-C--G--AA-TGTCAA----AA--CTTCAAA--C-TGAA-TTTGAGTAGGTAAT---------A---A-AC--A------GAA-TT-TA----T--T-----A--A-A--c
gi|25 : T-CA-C--A--AT-TGTTCT----AA--CTTAAA---C-TGAA-TTTGAGTTGACAAC---------A---A-AC--A------AG------A----T--T-----A--G-A--A-A-TAAA-A---------A-AAAT----CACTTT--A-A-TCCAA-T-ATTATATGACTTC-A-ATA------TATATTCCGT-T-CTT-----ATTTTc
gi|26 : CT--AGCTAGTCATGTAAAG-AA-G--G--AAATATCAT----AA--CTTAAAA--C-CGAA-TTTAAGTCCGAAAC---------A---A-AC--C------GAA-TT-TA----T--TTTTTAA--A-A--A-A-TCAATA---------A-AAAC----TAGTT
gi|27 : TGTA-AA-T---T-A-CAA--ACG-G-G-A-CATT-----CAATCTCC-TACA--------G---G-TA-----CCT--AGCTAGGCGTGTAAAT-TA-C--A--AA-ga
gi|29 : -A-CATT-----CAATCTCC-TACA--------G---G-TG-----CCT--ACTTAGGCATGTAAAT-TA-C--A--AA-CGc
gi|3 : cgtgtaAATAGATGTA-AA-C---T-TTCAT--A-G-GAG-A-TATT-----CCAAAG---------------------------------AGCCAGTTATGTAAAT-CA-C--G--AA-TGCAAT----AA--CATCAAA--C-TAAG-CTTGAATCGGCAAT---------A---A-CC--A------GAA---------------------------A-A-TTAATATGCGGTTTCA-AAAT----A--TTC--GTATTT----T-A--ATGCGAAGGG-A-G-A------TA-----ATT-T-ATTGCCATATATTAGACATT--------CAAA-------------T--A---------------C----TTG--G---TG----C--AT-------------------GAAC----T--------TAG--------TGG--C--A----------------TTT-CCGG-AC-------A-A---T--TCTTT---GC-GG-TTTTT--AATTGTCTGGCA----AAACTT--TT------------------CGGCATCCATGCAAGCCGAAAT-AAA---T--CGTATAACAAGAA
gi|31 : atattgaaagaaataagttgagcaagaacTT-----CAATCTCC-TACA--------G---G-TG-----CCT--AGTTAGGCGTGTAAAT-TA-C--A--AA-CGgtttaccttacaataagctgttttacataaaattcaaaattcaaaacttgaaaccataattttaaacgattcctttggtcttttcaaaagcagaatgcatgagattacttttgtaatctttatacaaaaaaacataagacttac
gi|4 : AAAAAACATGCT-AA-C---T-A-CAT--A-G-GTG-A-T-TT-----AAAAGTGA-TATG--------T---G-TT-----CCT--AGCTAGTCATAT
gi|4 : actagaaaaaaataaatttggcaagaA-TTTGAGTTGTCAGC---------A---A-AC--A------GAA-TT-TAT---T--T-----A--A-A--A-T-TCAATA---------A-AATC----AATTTT--T-ATTTTAA-TAATAATGCAACTTT-A-ACA------TG-----AGT-T-CCT-----ATTTTAA----T--------ATAAAGAGAAGTTATT-T--A---------------C----G-G--A---TA----CATAT-------------------AAAC----T--------TTGGATATCTAATG--C--ATGAACTCTTAATATCTTTT-A-AG-AA-------ACA---T--TCATTATGGC-ATATTTAT--T-TTTACTGTCA----AATATT--CT------------------CTGCAGCCATGCAATTTGAAGG-AAA---T--CTTG-AACAATAAACA-GTTT-TATCTCttgagttgtcagcaaacagaatttatttaaaattcaataaaatcaatttttattttaataataatgcaactttaacatgagttcctattttaatataaagagaagttatttacggatacatataaactttggatatctaatgcatgaactcttaatatcttttaagaaacattcattatggcatatttatttttactgtcaaatattctctgcagccatgcaatttgaaggaaatcttgaacaataaacagttttatctcacgaattgcaattttcccaaaagaggctttaagtatgtttagccggagaatacaa
gi|5 : actagaaaaaaataaatttggcaagaaaaaaacatgctaactacataggtgatttaaaagtgatatgtgttcctagctagtcatA-------------T--AT--------------C----T-T--A---TG----C--AT-------------------GA-C----T--------GTG--------AGGACT--AAAGT------------TTT-C-GG-AT-------ACA---T--TATTT---TC-GT-T--TT--TATCTCCTGGCA----AAATAT--CC------------------CTGCAGCCATGCAATATGACAG-AAA---TA-TTTG-AACAAAAAACATTTTTATTTTTCG-AAAacgaattgcaattttcccaaaagaggctttaagtatgtttagccggagaatacaa
gi|6 : gttcttattttgacagaaaagttgatagtttacaatttacgaattttggATACATATA-AA-C---T-A-CTT--T-G-G-G-AACATT-----CAAGGACT-TACG--------G---G-TT-----CTA--AGCCGGTCATG--AGC-CA-T--G--TA-TATTAT----AAATATCATAA--C-TGTA--TTAAGTTGGCAAC---------A---A-ACTGAAAAATTGAA-TT-TA----T--T-----A--T-A--A-A-TTAAAT---------C-AAAT-----CGTTTTGG-ATTCTAA-T-AGAAGTTGATTTC-AGA-A------TA-----CGT-T-CTT-----ATCTTTA----T--------GTGG-------------T--A---------------A------G--A---GG----T--A---------------------A------T--------TTA--------ACT--C--AT---------------TTT-C-GG-AA-------ACG---T--TCTTT---caaatgagctgtttaactgtttaacctaaaaatgtaaaaatgaaaccatagtttaaaatgattcgctatgtagtggcaagtaccaaaattaataaaatcaattttgaaatgtatttatattgtaaaaatattcatataaaagacttgctcaacttctattctcaatccatttagagactttgacaatggtttatattgttttcgccacaat
gi|7 : agttatcattttatattttttttatgttttcggtaccttggttaccgaaattaagctgtatttattatgatataaaattgtctacaccatcttcttatctataaaacattatctggaatagatcaattcagcaagttttCTAGTCATATA--T-TA-CAAG--GA-TGTCAT----AA--CTTAATA--C-CGAA-TAAGAGCTGTCAAT---------A---A-AC--A------GAT-TT-TA----TAAC-----A--A-ATGA-G-TCAATA---------T-AAAC----AAGAAT--G-ATTTCGA-T-AGTATACGGC------------------------------T-----ATTTCG--------------GACA-------------C--A---------------T----T----A---TG----C--AT-------------------GGAC----T--------GTG--------ATG--C--A----------------TTTAT-GG-AA-------ACC---G--TCTTT---GC-AT-TCTCT--TATTTCCTGGCA----AAA-TT--GT------------------ATAAAGCCATGAAAT-T----G-AAC---T--CTTATAACACTAAACA-CGTT-TATCTCA-GAAACGt
gi|8 : aaacattaaaagtcAC-CG-C--A--AA-TGTCGA----AA--CATAAAA--C-TGAT-TTTGAGTTGGCAGG---------A---A-GC--A------GGA-TT-TA----T--T-----A--A-A--A-ATTCAACA---------A-AATT----AAGTTTCCA-ATTCAAA-T-TTTACGCAATTTCAA-A-A------TA-----TGT-T-CTC-----ATTGTAA----T--------GAAATG-----------T--A---------------C----T-GACA---TG----T--AC-------------------ACAC-------------TAG--------GTA--T--A----------------CTT-C-AG-AT-------ACtaattacataaaggggcagtgaactgtaaagccggagaatgtaagaaattttaaatgcattctctatatataaacaattatcgaaa
gi|9 : AAATTACATGTG--------T-G-TA---A-G-G-G-A-AATT-----CAAAACCC-TACA--------G---G-TA-----CCT--AGGTAGGCATGTAAAT-CA-C--A--AA-TGTCCT----AA--CTGTAAA--C-TGAA-TTTGATTCGGCAAT---------A---A-GC--A------GAA-TG-CA----T--T-----A--A-C--C-A-TCAATT---------C-AAAT----CAGTTT--G-CTTCCAA-T-ATTATGCAACTT--G-A-A------TA-----CGT-T-CTT-----ATTTTAA----T--------GC-A-------------C--A---------------C----T-A--A---TG----C--AC-------------------GAAC----T--------TTG--------ATG--C--A----------------TTT-C-GG-AA-------TTA---T--TCTTT---TC-AT-TCTGT--TATTTCCCGGAA----GAAGTT--CT------------------CTACAATCAGGTGATA--AGAG-AAACATT--TTTA-AACATTAAACATTTTT-TTTCTCGCAAAACGctatcacacgatatgtgatggattttagaaaacagttttgcgccattttctctggtgccattgaataaattactcaactataaacacttttacttcacaaaatgatgttttccataaagggaactgttttgcccgattaagcaaatatttaaatcataaaac
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|22 ): AATTAAAACATTAAAGAAAATTTGATTTTATTTCAATTTTATGCAACTTTTCTTATTTTAATGTAAATGGAAGATCACTTACTGACATACAAAGTTAACAAACCTAGGAGACCAAATGCATACACTGTGGTGCATTC
Unaligned ( gi|28 ): ATAAATAGACCAACTAATTGCACCAAACTGATTCAAACGTTGTTGTTTGCTACAGT
Unaligned ( gi|30 ): ACAACTTCGATATACATTCTTGTTTTAGTGTAAATGCAGATAATCTAACGG
Unaligned ( gi|32 ): CGAAACAAACTTTTGAAACCATATACATGTACGTAGAAGGGCCA