lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111111 444444 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 11 11111111111111 111 88888888 11 11111 1 111 11
lowQualScore : 4 4444444 000000 6 3 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 333 3 22 00000000000000 000 22 6 55 22 33333333 55 1 0 3 555555 11111 6 333 55555 99999999999 555555 333 333 44 0 3 5 3 44
lowQualScore : . ....... ...... . . ............................................................................................... ... . .. .............. ... .. . .. .. ........ .. . . . ...... ..... . ... ..... ........... ...... ... ... .. . . . . ..
lowQualScore : 0 9999999 555555 0 4 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 333 8 99 77777777777777 111 55 2 22 66 99999999 11 9 8 8 222222 00000 7 222 00000 11111111111 888888 555 000 88 4 8 7 7 55
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATGTGAAATA-AG------GTAT-GG---TGAAATTTACCAGTCAAACTCAGCCGGANTTTGNATTTTACTTGCGGCCAGAGTCTCGGCGAGTTTAAGTGTAANNNNNNNCCCCC----------AC-C-----------C-----------AT---ATTTT-GCCTC-GAA--------------AAGA--AA--GCGTCTATAA--ACTGACATGTGATTGTCAACAAA--TA-------AACTG-TAAACATG-ACGC-AA------AAAA--C-AAAAAA-C---AAAC-----T------A----A------ATTAA---GTTCGTTTTT-CACC-AAA-AAA--GATGATGTTTCTGCTGAGGTCATGGT
Reference ( gi|5 ) : AATTAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATGTGAAATA-AG------ATAT------TGAAATTTACCAGTCAAACTCAACTGGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCCCC----------AC-C-----------C-----------AT---ATTTT-GCCTC-TAA--------------AAGA--GA--GTGTCTGTAA--ACTGACATGTGATTGTCAACAAA--TACTAACA-AACTG-AAAACATG-ATGC-AA------AAAA--C-AAAAAATC---AAAC-----T------A----A------ATTAA---GTCCATTTTT-AACC-AAA-AGA--GATGATGTTTCTGCTGAGGTCATGGT
gi|9 : TATGTGAAATA-AG------ATATAGGTA-TTAAATTTACCAATCAAACGCAGCTGGANNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCC----------ACAT-----------C-----------AT---ATTTG-GCCTC-GAC--------------AAGA--AA--CTGTCTATAA--ACTGACATGTGATTGTCAACAAA--TAC-------ACTG-TAAACATG-AATC-AA------AAAA--T-AAAAAG-C---AAAC-----T------A----A------ATTAA---GTTC-TTTTT-CACT-AAA-AAA--GATGAT
gi|10 : ataaaaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncTATGTGAAGAA-AGCTGTATGTAT------TGAAATTTACTAGTCGCACTCAGCCAGAATTTGTATTTTACTTGCGGCCAGAGTCTCGGCGAGTTTAAGTGTAA--------CCCC----------AT-C-----------------------AG---ATTTT-GCTTG-GAA--------------AAGA--AA--GCATCT------ACTGG-------------ACAAA--TA-------GACTG-TTAATATG-ACGC-AA------A-AA--C-TAAAAAGC----AAC-----C------A----A------AGTAA---GT------------T-AAA-AAA--TATGGTGTTTCTGCTGAGGTCAAGGT
gi|24 : gnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTATGTGAAATA-GG------ATATAGGTATTGGAATTTACCAGTCAAACTCAGTCGGAc
gi|30 : nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaaATGTGAAATA-AG------ATATAGGTGTTGAAATCTACCAGTCAAACTGAGCCGGAatttttctttt
gi|16 : GTGGAAGA-AG------ATATAGGTTCTGAA-TTTACCAGTCAATCTTAGCTGGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----------NN-NNNNNNNNNCATC-----------AT---ATTTT-----C-GAA--------------AAGA---A--TTGTCGATAA--ACTGACGTGTGATTGTCTACAAA--TA-------AACTG-TAAACATG-ACAC-AA------AAAAATT-AGAAA--C---AAAC-----T------A----A------ATTAA---GGTCATTTTT----C-AAA-AAA--AATGA
gi|27 : gggtaGATATA-AG-------TAT------TGAAGTTTACCGTTCAAACTTAGCTGGAa
gi|4 : tgggggtgggggagaataaAAATATAG------GTAT------TGAAATTTACCAGTCAAatttgtcttttccttgcagccagaacatataagagttttagtatcaccccgtaatgttttgcct
gi|8 : tannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggggtgggggtgagggggcatt-AG------GTAT------TGAAATTTAAAAGTCAAACTAAGCAGGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----------NN-N-----------NNNNNNNCTGTGAT---ATTTT-GCCTC-TAT--------------AAGA--AA--GTGTCTATAA--ACTGACATGTGATTGTCAACAAAGTTGTAAACATCACTA-AAAAAACT-AT-------------AA--T-AAAAAA-----AAA------T------A----A------ATTAA---GTTAGTTTTT-CA-T-AAA-AAA--GATGATGTTTCTGCTAAcatggccaagttttagtatctaaccctttatgttttgcctcgaaatgaagcatctgtaaactgacatatgattatcaacaactaaactgtaaatgtgtcgcaaaaaaaaaaaagttttcacaaaaaatatgatttttggtcatggtcaggattatgtcacagtacaatgtctcttgttcctatttttctagagcattggtatgcaattnnnnnnnnnnatttgtacacattctt
gi|19 : gggggatggataagacatgcattgt-AG------GTAT------TGAAATTTACCAGTCAAACTCAGCAGGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAC-C-----------C-----------ATCATATTTT--CCTC-GAA--------------AAGA--AA--GCGTCTGTAA--ACTGACATGTGATTtataactactcagcaatgatctgtaagaaatccaaagatagatatccaagaataccaatatgatataca
gi|29 : attt-AG------GTAC------TGAAATTTACCAGTCAaagttcgttttttaaccaaaaaaaagatgatatttctgctaat
gi|1 : tgtataggttgt------TGAAATTAACCAGTCAAACTCAGCCAGACTTTGGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----------NN-N-----------N-----------NN---NNNNN-NNNNN-NAAATCATATTTCTGAAAAGA--AA--GTGTCGATAA--ACTGACATGTGATTGTCAACAAA--T------A-AACTG-TAAACATGAATAA-AA------AAAA--T-AAAAAA-C---AAAC-----T------A----A------ATTAA---GTTCATTTTT-CACC-AAA-AAA--AA-GATATTTCTGCTAATGTAATtaatccagtcataatttgacttttc
gi|21 : gggggggaagacgttataggttcCCCCC----------AT-T-----------------------AT---AAGTT-GCCTC-GAA--------------AAGA--AA--GCATCTATGA--ACTGACATGTTATTGTCAACAAA------AATT-TACTG-TAAACGTG-ATGC-AA------AAAA--C-TAAAAG-C---AAAG-----T-----------G------ATTAA---GTTTGTTTTT-CACCAAAA-AAA--GATGATGTTTCTGCTGAAGTCATGGTtactcagcaatggtctgtaagaaatttacagattgagcagcaaaatatatgatataagataaaaggaaaatttgaacatttgaacagccaaacacaaaaatactcaatttaaaaggagtttg
gi|14 : tttaagtatcaCCCCC----------AT-T-----------------------AT---AAGTT-GCCTC-GAA--------------AAGA--AA--GCATCTATGA--ACTGACATGTTATTGTCAACAAA------AATT-TACTG-TAAACGTG-ATGC-AA------AAAA--C-TAAAAG-C---AAAG-----T-----------G------ATTAA---GTTTGTTTTT-CACCAAAA-AAA--GATGATGTTTCTGCTGAAGTCATGGT
gi|13 : aatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtttaagtatcaCCCC----------ACAT-----------C-----------AT---ATTTT-GCTTT-GAA--------------AAGA--AA--TCCTCTATAA--ACTGACATATGGTTATCAACAAA--TA-------AACTG-TAAACATG-ACGC-AA------AATA--CTAAAAAAGT---AAAC-----T------A----A------TTTAA---GTTTGTTTTT-CACC-AAA-AAA--GATAATGTTTCTGCTGAGGTCACGGTcag
gi|12 : atnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggccgagttttagtatcgCCCC----------ACAT-----------C-----------AT---ATTTT-GCTTT-GAA--------------AAGA--AA--TCCTCTATAA--ACTGACATATAGTTATCAACAAA--TA-------AACTG-TAAACATG-ACGC-AA------AATA--CTAAAAAAGT---AAAC-----T------A----A------TTTAA---GTTTGTTTTT-CACC-AAA-AAA--GATAATGTTTCTGCTGAGGTCACGGTc
gi|17 : atnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggccaagttttagtatcaCTCC----------AT-C-----------------------AT---ATTTT-GCCTCGTAA--------------AAAT--AA--ATGTCTc
gi|11 : aatagctgaatggtttcagttcaacttgCCC----------AT-C-----------------------AT---ATTTT-GCCTC-AAA--------------AAGA--AA--TTGTCTAAAA--ACTGATGTGTGATTGTCCACAAA--T------A-AACTG-TAAACATG-ATGCAAA------AAAA--CAAAAAAAAC---AAACGAAATT------AATTTA------ATTAA---GTTAATTTTT-CACC-AAA-AAAT-GATGATGTTTCTGCTAATGTannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacatgtgactatcaacagataaactgcaaacatgacacaaaaaactaaaaaacaaactaaattaggtttgtttttcacaaaaaagatgttttttctgctgagttcatggccag
gi|4 : gttttagtatcaa----------AC-C-----------CTTT--------AT---GTTTT-GCCTC-GAA--------------ATGA---A--GCATCTGTAA--ACTGACATATGATTATCAACA-----ACT---A-AACTG-TAAATGTG-TCGC-AA------AAAA----AAAAAA---------------------------------------------GTTTTC-A--C-AAA-AAA--TATGATTTTT-------GGTCATGGTaaatactgacagcaacacaataattgatatacaataaaaggcaaaatggaagatagatgtccatttgaacagcttaacacaaaatatcccagcaatttcagagga
gi|20 : tannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggggtgggggtgagggggcattaaatataggtattgaaatttaccagtcaacatggccaagttttagtatcta-C-----------C-----------AT---ATTTT-GCCTC-TAA--------------AAGA--GA--GTGTCTGTAA--ACTGACATGTGATTGTCAACAAA--TACTAACA-AACTG-AAAACATG-ATGC-AA------AAAA--C-AAAAAATC---AAAC-----T------A----A------ATTAA---GTCCATTTTT-AACC-AAA-AGA--GATGATGTTTCTGCTGAGGTCATGGTcaggattatgtcacagtacaatgtctcttgttcctatttttctagagcattggtatgcaattnnnnnnnnnnatttgtacacattctt
gi|18 : -----------C-----------AT---ATTTT-GCCTC-GAA--------------AAAA--GAAAGCATCTATAA--ACTGATTTGTGATTGTCAACAAA--TG-------AACTG-TAAATATG-ACGC-AA------AAAA--C-TAAAAAGC---AAAC-----T------A----A------ATTAA---GTTTGTTTTT-CATC-ATA-AAA--GATGATGTTGCTGCTGAGGTCATGGTcaggagtnnnnnnnnnnn
gi|2 : nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttttttaagtatcactcccgt-----------C-----------AT---AGTTT-ACCTC-GAA--------------AAGG--AA--GTGTCTATAC--ACTGACATGTGATTGTCAACAAA--T------A-AACTG-TAAACATA-ATGC---------------------AATT------C-----TTTTTCAA----A------ATTAA---GTTCATTTTT-CACC-AAATAAA--GATTATGTTTCTGCTAAAGTc
gi|3 : gtgagggggtgaataagataaaggtattgaaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncat-----------C-----------AT---AGTTT-ACCTC-GAA--------------AAGA--AA--GTGTCTATAC--ACTGACATGTGAATGTCAACAAA--T------A-AACTG-TAAACATA-ACGC-AATTTTTT--------------TC---A---------------A----A------ATTAA---GTTCATTTTT-CACC-AAATAAA--GATGATGTTTCTGCTAATGTTAaactactcagcaatggtctgtatgaattgaaagattgagcaacaaaataactgatataagataaaaggcaaaatggaaagtctgatcaatgttcatttacccaagcaattaaagagg
gi|7 : tggggtgaataagataaaagtattgaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncat-----------C-----------AT---ATTTTTG------AA--------------AAGA--AA--TTGT---TGATTACTGACATGTGATATTCAACAAA--TA-------AATTA-TAAACATG-ATGC-AA------AAA-----AAAAAATT---AActactcagcaatggtctgtaagaattgaaagattgagcagcaaaataactgatataagataaaaggcaaaatgaaaagtctgatcgatgttcatttaccctagcaattaaagaggag
gi|6 : caggggagggggtaaataagatataccggtaggtattgaagttcaagcttagctggannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaat-----------C-----------AT---ATTTTTG------AA--------------AAGA--AA--TTGT---TGATTACTGACATGTGAAATTCAACAAA--TA-------AACTA-TAAACATG-ACGC-AA------AA------AAAAAATT---AAgatgtttctgctaatgtaatgaaatccaaagattgagtagcataataaatcatatatgataaaaggcaaaatggaaagtttgatgtccatttaaacagctaaactcaaaatacccttgcaattta
gi|15 : gaggggataaataagatataccggtaggtattgaagttcaagctcagctggannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncat-----------AT---ATTTT-GCCTT-GAA--------------AAGA--AA--GTGTCTATAA--A------------TGTCAACAAA--TA-------AACTG-TAAACATG-ACGCTAA------AAAA--T-AAAAA--C---AAAC-----T------T----A------ATGAA---GTTAATTTTT-CACC-AAGGAAA--GATGATGTTTCTGgatgtttctgctaatgtaaccactgagcaatggtctgtacgaaatccaaagattgagtagcaaaataactgatatatgataaaaggcaaaatggaaagtttaaacagctaaactcaaaatatcctagcaatttaaa
gi|23 : T---ATTTT-GCCTA-GAA--------------AAGA--AA--GCGTCTATAA--ACCGACATGTGATTGTCAACAAA--T------A-AATTG-TAAACATT-ACGC-AA------AAAA--C-TCGAAA-C---AAAC-----T------A----A------ATAAAGTTGTTC-TTTTT-TGTC-AAG-CAA--GATAATATAACCGATGAGGTCATGGTtggtctgtaagaaatccaaagattttgcagcaaaataactgatataagataaaaaggcaaaatggagagtttgatgtccatttgaacagcttaacacaaaataccttagcaatttaagaggag
gi|26 : AA--------------AAGACAAA--GCATATATAA--ATTGATAAGTGATTGTCAACAAA--TAC-------ACTGTAAAAAATG-ACAC-AA------AAAC--C-TGAAAAAC---AAAC-----T------A----A------ACTAA---GTTCGTTTTT-CACT-TAA-AGA--CA--ACGTTTCTGCCGAGGTCATGt
gi|17 : catggACATGTGACTATCAACAGA--TA-------AACTG-CAAACATG-ACAC-AA------AAAA--C-TAAAAAAC---AAAC-----T------A----A------ATTAG---GTTTGTTTTT-CA-C-AAA-AAA--GATGTTTTTTCTGCTGAGTTCATGG
gi|19 : aatagctgaatggtttcagttcaacttgctccatcatattttgcctcgtaaaaataaatgtctannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn------AAAA--G-AAAGCGTCTGTAAAC-----T------G----ACATGTGATTAA---GTTCGTTTTTTAACC-AAA-AAAAAGATGATATTTCTGCTAAccag
gi|31 : atttaggtattgaaatttaccagtcaaactcagcaggannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacccatcatattttcctcg-AAA-AGA--GATGATGTTACTGCTGAGGTCATGGTt
3 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|22 ): GGAATATATCGAGGCGATTGGTAAATTATCATGTAACTTGTATTAAAACAAATAAATGACCCTATATGATTAAAAAATAAATGACAAAATCAATAACAAATGGCAGTTTCCCTGGCTTACTGTTAACAATAATACCCTAGCAATTTAACA
Unaligned ( gi|25 ): AAAAGGCAAAATGGAAAGTTTGATGTCCATTTAAACAGCTAAACTCAAAATACCCTTGCAATTTAAGAGCCAAACTTGGTCTGTATTCAACAACAATAAGCTCTATATTACCTCCCCACTGTATGATGCAGCCTAACA
Unaligned ( gi|28 ): TTATGTCACAATACAATGCCATGTTCCTATTTTTCTAGAGCATTGGTATGCCATTTATATTTTAACATTTCTTAACTGTCATTTAA
Alignments
lowQualScore : 555555555 99999999999999999999999999999999999999999999999999999 11111111111111 1111111 1111111
lowQualScore : 3 44 999999999 3 44 3 3 4 3333 0 0 44444444 1 00000000000000000000000000000000000000000000000000000 333 0 1 00000000000000 22 22 555555 555555 666 1 1 3 9999999 1 4 55555 2222222 4444 88888 1 22 1 3 5
lowQualScore : . .. ......... . .. . . . .... . . ........ . ..................................................... ... . . .............. .. .. ...... ...... ... . . . ....... . . ..... ....... .... ..... . .. . . .
lowQualScore : 3 66 666666666 1 22 1 1 2 9999 4 3 11111111 4 77777777777777777777777777777777777777777777777777777 000 6 7 22222222222222 44 44 222222 222222 444 8 8 6 1111111 8 0 00000 2222222 2222 33333 9 55 8 6 5
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATGTGAAATA-AG--ATAT---GG-T--T-G--AAATTTACCAGT-CA-AACTCAGCCGGAATTT-GTNTTTTACTTGCGGCCAGAGCNTNNGCGAGTTTNAGTATAA-----CNCCCCC----------AC-C-----------C-----------AT---ATTTTGCCTCG-A--------------AAA--GA--AAGCGTCTATAAACTGACATGTGATTGTCAACAAAT------A------A---ACTGT-AAACATG-ACGC-AAAAAAC---A--A-AAAG-CAAAC-----T-------A----AATTAAGTTCG---TTTTTC-ACC--AA-A-AAA-GATGATGTTTCTGCTGAGGTCATGGT
Reference ( family-4379 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATGTGAAATA-AG--GTAT---GG----T-G--AAATTTACCAGT-CA-AACTCAGCCGGANTTT-GNATTTTACTTGCGGCCAGAGTCTCGGCGAGTTTAAGTGTAANNNNNNNCCCCC----------AC-C-----------C-----------AT---ATTTTGCCTCG-A--------------AAA--GA--AAGCGTCTATAAACTGACATGTGATTGTCAACAAAT------A------A---ACTGT-AAACATG-ACGC-AAAAAAC---A--A-AAAA-CAAAC-----T-------A----AATTAAGTTCG---TTTTTC-ACC--AA-A-AAA-GATGATGTTTCTGCTGAGGTCATGGT
gi|1 : ----T-G--AAATTAACCAGT-CA-AACTCAGCCAGACTTT-GGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----------NN-N-----------N-----------NN---NNNNNNNNNNN-AAATCATATTTCTGAAAA--GA--AAGTGTCGATAAACTGACATGTGATTGTCAACAAAT------A------A---ACTGT-AAACATGAATAA-AAAAAAT---A--A-AAAA-CAAAC-----T-------A----AATTAAGTTCA---TTTTTC-ACC--AA-A-AAA-AA-GATATTTCTGCTAATGTAAT
gi|10 : gggggggaagacgttataggttcTATGTGAAGAA-AGCTGTAT---GTAT--T-G--AAATTTACTAGT-CG-CACTCAGCCAGAATTT-GTATTTTACTTGCGGCCAGAGTCTCGGCGAGTTTAAGTGTAA--------CCCC----------A--T-----------C-----------AG---ATTTTGCTTGG-A--------------AAA--GA--AAGCATCT----ACTG-------------GACAAAT------A------G---ACTGT-TAATATG-ACGC-AAAAACT---A--A-AAAG-C-AAC-----C-------A----AAGTAAGTT-----------------AA-A-AAA-TATGGTGTTTCTGCTGAGGTCAAGGTtactcagcaatggtctgtaagaaatttacagattgagcagcaaaatatatgatataagataaaaggaaaatttgaacatttgaacagccaaacacaaaaatactcaatttaaaaggagtttg
gi|11 : gnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCCC----------AT-C-----------------------AT---ATTTTGCCTCA-A--------------AAA--GA--AATTGTCTAAAAACTGATGTGTGATTGTCCACAAAT------A------A---ACTGT-AAACATG-ATGCAAAAAAACAA-A--A-AAAA-CAAACGAAATT-------AATTTAATTAAGTTAA---TTTTTC-ACC--AA-A-AAATGATGATGTTTCTGCTAATGTc
gi|12 : gttttagtatcaaCCCC----------ACAT-----------C-----------AT---ATTTTGCTTTG-A--------------AAA--GA--AATCCTCTATAAACTGACATATAGTTATCAACAAAT------A------A---ACTGT-AAACATG-ACGC-AAAATACTA-A--A-AAAG-TAAAC-----T-------A----ATTTAAGTTTG---TTTTTC-ACC--AA-A-AAA-GATAATGTTTCTGCTGAGGTCACGGTaaatactgacagcaacacaataattgatatacaataaaaggcaaaatggaagatagatgtccatttgaacagcttaacacaaaatatcccagcaatttcagagga
gi|13 : atnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggccaagttttagtatcaCGAGTTTTAGTAT--------CGCCCC----------ACAT-----------C-----------AT---ATTTTGCTTTG-A--------------AAA--GA--AATCCTCTATAAACTGACATATGGTTATCAACAAAT------A------A---ACTGT-AAACATG-ACGC-AAAATACTA-A--A-AAAG-TAAAC-----T-------A----ATTTAAGTTTG---TTTTTC-ACC--AA-A-AAA-GATAATGTTTCTGCTGAGGTCACGGTc
gi|14 : atnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggcGTTTAAGTAT-------CACCCCC----------AT-T-----------------------AT---AAGTTGCCTCG-A--------------AAA--GA--AAGCATCTATGAACTGACATGTTATTGTCAACAAA-------A------ATTTACTGT-AAACGTG-ATGC-AAAAAAC---T--A-AAAG-CAAAG-----T-------G----A-TTAAGTTTG---TTTTTC-ACC--AA-A-AAAAGATGATGTTTCTGCTGAAGTCATGGTc
gi|15 : aatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn-----------AT---ATTTTGCCTTG-A--------------AAA--GA--AAGTGTCTATAAA------------TGTCAACAAAT------A------A---ACTGT-AAACATG-ACGCTAAAAAAT------A-AAAA-CAAAC-----T-------T----AATGAAGTTAA---TTTTTC-ACC--AAGG-AAA-GATGATGTTTCTGcag
gi|16 : GTGGAAGA-AG--ATAT---AGGTTCT-G--AA-TTTACCAGT-CA-ATCTTAGCTGGANNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----------NN-NNNNNNNNNCATC-----------AT---ATTTT----CG-A--------------AAA--GA--A-TTGTCGATAAACTGACGTGTGATTGTCTACAAAT------A------A---ACTGT-AAACATG-ACAC-AAAAAA----ATTA-GAAA-CAAAC-----T-------A----AATTAAGGTCA---TTTTT----C--AA-A-AAA-AATGAtggtctgtaagaaatccaaagattttgcagcaaaataactgatataagataaaaaggcaaaatggagagtttgatgtccatttgaacagcttaacacaaaataccttagcaatttaagaggag
gi|17 : gggtaGTTTCAGTTCAACTTG----CTCC----------AT-C-----------------------AT---ATTTTGCCTCGTA--------------AAA--AT--AAATGTCTAa
gi|17 : aatagctgaatgACATGTGACTATCAACAGAT------A------A---ACTGC-AAACATG-ACAC-AAAAAACT--A--A-AAAA-CAAAC-----T-------A----AATTAGGTTTG---TTTTTC-AC---AA-A-AAA-GATGTTTTTTCTGCTGAGTTCATGGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacatgtgactatcaacagataaactgcaaacatgacacaaaaaactaaaaaacaaactaaattaggtttgtttttcacaaaaaagatgttttttctgctgagttcatggccag
gi|18 : aatagctgaatggtttcagttcaacttgctccatcatattttgcctcgtaaaaataaatgtctannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTTTAAGTAT-------CACTCCC----------GT-C-----------------------AT---ATTTTGCCTCG-A--------------AAAAAGA--AAGCATCTATAAACTGATTTGTGATTGTCAACAAAT------G------A---ACTGT-AAATATG-ACGC-AAAAAACT--A--A-AAAG-CAAAC-----T-------A----AATTAAGTTTG---TTTTTC-ATC--AT-A-AAA-GATGATGTTGCTGCTGAGGTCATGGTccag
gi|19 : nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttt-AG--GTAT---------T-G--AAATTTACCAGT-CA-AACTCAGCAGGANNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAC-C-----------C-----------ATCATATTTT-CCTCG-A--------------AAA--GA--AAGCGTCTGTAAACTGACATGTGATTc
gi|19 : atttATTAAGTTCG---TTTTTTAACCAAAA-A-AAA-GATGATATTTCTGCTAAaagttcgttttttaaccaaaaaaaagatgatatttctgctaat
gi|2 : atttaggtattgaaatttaccagtcaaactcagcaggannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacccatcatattttcctcgaaaagaaagcgtctgtaaactgacatgtg-----------C-----------AT---AGTTTACCTCG-A--------------AAA--GG--AAGTGTCTATACACTGACATGTGATTGTCAACAAAT------A------A---ACTGT-AAACATA-ATGC-A--------------------ATTC-----TTTTTCA-A----AATTAAGTTCA---TTTTTC-ACC--AA-ATAAA-GATTATGTTTCTGCTAAAGTt
gi|20 : gtgagggggtgaataagataaaggtattgaaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncat-C-----------C-----------AT---ATTTTGCCTCT-A--------------AAA--GA--GAGTGTCTGTAAACTGACATGTGATTGTCAACAAAT------ACTAACAA---ACTGA-AAACATG-ATGC-AAAAAAC---A--A-AAAATCAAAC-----T-------A----AATTAAGTCCA---TTTTTA-ACC--AA-A-AGA-GATGATGTTTCTGCTGAGGTCATGGTaactactcagcaatggtctgtatgaattgaaagattgagcaacaaaataactgatataagataaaaggcaaaatggaaagtctgatcaatgttcatttacccaagcaattaaagagg
gi|21 : TTTAAGTAT-------CACCCCC----------AT-T-----------------------AT---AAGTTGCCTCG-A--------------AAA--GA--AAGCATCTATGAACTGACATGTTATTGTCAACAAA-------A------ATTTACTGT-AAACGTG-ATGC-AAAAAAC---T--A-AAAG-CAAAG-----T-------G----A-TTAAGTTTG---TTTTTC-ACC--AA-A-AAAAGATGATGTTTCTGCTGAAGTCATGGTcaggagtnnnnnnnnnnn
gi|23 : T---ATTTTGCCTAG-A--------------AAA--GA--AAGCGTCTATAAACCGACATGTGATTGTCAACAAAT------A------A---ATTGT-AAACATT-ACGC-AAAAAAC---T--C-GAAA-CAAAC-----T-------A----AATAAAGTT-GTTCTTTTTT-GTC--AA-G-CAA-GATAATATAACCGATGAGGTCATGGT
gi|24 : TATGTGAAATA-GG--ATAT---AGGTATT-G--GAATTTACCAGT-CA-AACTCAGTCGGAATTT-TTCTTTTt
gi|26 : nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaaG-A--------------AAA--GACAAAGCATATATAAATTGATAAGTGATTGTCAACAAAT------A------C---ACTGTAAAAAATG-ACAC-AAAAACCT--G--A-AAAA-CAAAC-----T-------A----AACTAAGTTCG---TTTTTC-ACT-----T-AAA-GACAACGTTTCTGCCGAGGTCATG
gi|27 : catgAATA-AG--ATAT---AAGTATT-G--AAGTTTACCGTT-CA-AACTTAGCTGGAATTT-GTCTTTTCCTTGCAGCCAGAACATATAAGAGTTTTAGTAT------CACCCCGT----------A--------------------------AT---GTTTTGCCT
gi|29 : tgggggtgggggag-AG--GTAC---------T-G--AAATTTACCAGT-CATAATCCAGTCATAATTT-GACTTTT
gi|3 : tgtataggttgt-----------C-----------AT---AGTTTACCTCG-A--------------AAA--GA--AAGTGTCTATACACTGACATGTGAATGTCAACAAAT------A------A---ACTGT-AAACATA-ACGC-----------------------AAT-----TTTTTTCAA----AATTAAGTTCA---TTTTTC-ACC--AA-ATAAA-GATGATGTTTCTGCTAATGTTAc
gi|30 : tggggtgaataagataaaagtattgaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncatATGTGAAATA-AG--ATAT---AGGTGTT-G--AAATCTACCAGT-CA-AACTGAGCCGGActactcagcaatggtctgtaagaattgaaagattgagcagcaaaataactgatataagataaaaggcaaaatgaaaagtctgatcgatgttcatttaccctagcaattaaagaggag
gi|31 : --AA-A-AGA-GATGATGTTACTGCTGAGGTCATGGT
gi|4 : AAATATAG--GTAT---------T-G--AAATTTACCAGT-C--AACATGGCCAAGTTTTAGTATCTAACca
gi|4 : tannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggggtgggggtgagggggcatt----------AC-C-----------CTTT--------AT---GTTTTGCCTCG-A--------------AAT--GA--A-GCATCTGTAAACTGACATATGATTATCAACAACT------A------A---ACTGT-AAATGTG-TCGC-AAAAAAA---A--A-AAAG---------------------------------------TTTTC-AC---AA-A-AAA-TATGATTTTT-------GGTCATGGTcctttatgttttgcctcgaaatgaagcatctgtaaactgacatatgattatcaacaactaaactgtaaatgtgtcgcaaaaaaaaaaaagttttcacaaaaaatatgatttttggtcatggtcaggattatgtcacagtacaatgtctcttgttcctatttttctagagcattggtatgcaattnnnnnnnnnnatttgtacacattctt
gi|5 : tannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggggtgggggtgagggggcattaaatataggtattgaaatttaccagtcaacatggccaagttttagtatctaTATGTGAAATA-AG--ATAT---------T-G--AAATTTACCAGT-CA-AACTCAACTGGANNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCCCC----------AC-C-----------C-----------AT---ATTTTGCCTCT-A--------------AAA--GA--GAGTGTCTGTAAACTGACATGTGATTGTCAACAAATACTAACA------A---ACTGA-AAACATG-ATGC-AAAAAAC---A--A-AAAATCAAAC-----T-------A----AATTAAGTCCA---TTTTTA-ACC--AA-A-AGA-GATGATGTTTCTGCTGAGGTCATGGTcaggattatgtcacagtacaatgtctcttgttcctatttttctagagcattggtatgcaattnnnnnnnnnnatttgtacacattctt
gi|6 : aattaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAAATA-AG--ATATACCGG----TAG--GTATTGA--AGTTCA-AGCTCAGCTGGANNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----------NN-NNNNNNNNNCATC-----------AT---ATTTT----TG-A--------------AAA--GA--AATTGTTGATTA-CTGACATGTGAAATTCAACAAAT------A------A---ACTAT-AAACATG-ACGC-AAAAAAA---A--A-A
gi|7 : gaggggat-----------C-----------AT---ATTTT----TG-A--------------AAA--GA--AATTGTTGATTA-CTGACATGTGATATTCAACAAAT------A------A---ATTAT-AAACATG-ATGC-AAAAAAA---A--A-AAttaagatgtttctgctaatgtaaccactgagcaatggtctgtacgaaatccaaagattgagtagcaaaataactgatatatgataaaaggcaaaatggaaagtttaaacagctaaactcaaaatatcctagcaatttaaa
gi|8 : caggggagggggtaaataagatataccggtaggtattgaagttcaagcttagctggannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaat-AG--GTAT---------T-G--AAATTTAAAAGT-CA-AACTAAGCAGGANNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----------NN-N-----------NNNNNNNCTGTGAT---ATTTTGCCTCT-A--------------TAA--GA--AAGTGTCTATAAACTGACATGTGATTGTCAACA---------A------A---GTTGT-AAACATC-ACTA-AAAAAACTATA--ATAAAA-AAAAA-----T-------A----AATTAAGTTAG---TTTTTC-A-T--AA-A-AAA-GATGATGTTTCTGCTAAttaagatgtttctgctaatgtaatgaaatccaaagattgagtagcataataaatcatatatgataaaaggcaaaatggaaagtttgatgtccatttaaacagctaaactcaaaatacccttgcaattta
gi|9 : gggggatggataagacatgcattgtTATGTGAAATA-AG--ATATA--GG----T-ATTAAATTTACCAAT-CA-AACGCAGCTGGA---N-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCC----------ACAT-----------C-----------AT---ATTTGGCCTCG-A--------------CAA--GA--AACTGTCTATAAACTGACATGTGATTGTCAACAAAT------A------C---ACTGT-AAACATG-AATC-AAAAAAT---A--A-AAAG-CAAAC-----T-------A----AATTAAGTTC----TTTTTC-ACT--AA-A-AAA-GATGATtataactactcagcaatgatctgtaagaaatccaaagatagatatccaagaataccaatatgatataca
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|22 ): GGAATATATCGAGGCGATTGGTAAATTATCATGTAACTTGTATTAAAACAAATAAATGACCCTATATGATTAAAAAATAAATGACAAAATCAATAACAAATGGCAGTTTCCCTGGCTTACTGTTAACAATAATACCCTAGCAATTTAACA
Unaligned ( gi|25 ): AAAAGGCAAAATGGAAAGTTTGATGTCCATTTAAACAGCTAAACTCAAAATACCCTTGCAATTTAAGAGCCAAACTTGGTCTGTATTCAACAACAATAAGCTCTATATTACCTCCCCACTGTATGATGCAGCCTAACA
Unaligned ( gi|28 ): TTATGTCACAATACAATGCCATGTTCCTATTTTTCTAGAGCATTGGTATGCCATTTATATTTTAACATTTCTTAACTGTCATTTAA
Alignments
lowQualScore : 44444444444444 222222222222222 33333333333333333333333333 1111111 1111111
lowQualScore : 4 55 777 66666666666666 3 3 777777777777777 1 1 77 0 1 444 1 99999999999999999999999999 888888888888 1 22 22 555555 555555 666 1 1 3 9999999 22 77 44444 1111111 4444 555555 88888 1 22 1 3 5
lowQualScore : . .. ... .............. . . ............... . . .. . . ... . .......................... ............ . .. .. ...... ...... ... . . . ....... .. .. ..... ....... .... ...... ..... . .. . . .
lowQualScore : 0 55 000 11111111111111 3 3 777777777777777 0 7 99 9 0 111 0 88888888888888888888888888 999999999999 7 44 44 222222 222222 444 8 8 6 0000000 55 00 88888 7777777 0000 555555 33333 9 55 8 6 5
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATGTGAAATA-AG--A---TATA--G-G---T-T--GAAATTTACCAG-TCA-AACTCAGCCGGA---------------ATTTGTCTTTTNCTTGCGGCCAG--AACATNGNCGAGTTTNAGTAT--AACN-----C-CCC-CAC-CC---ATATTTTGCC------------TCG-AAAA--GA--AAGCGTCTATAAACTGACATGTGATTGTCAACAAAT------A------A---ACTGT-AAACATG-ACGC-AAAAAAC------A--AAAAG-CAAAC-----T-------A----A------ATTAAGTTCG---TTTTTC-ACC--AA-A-AAA-GATGATGTTTCTGCTGAGGTCATGGT
Reference ( family-4379 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATGTGAAATA-AG--A---TAT---G-G---T-T--GAAATTTACCAG-TCA-AACTCAGCCGGA---------------ATTTGTNTTTTACTTGCGGCCAG--AGCNTNNGCGAGTTTNAGTAT--AACN-----C-CCC-CAC-CC---ATATTTTGCC------------TCG-AAAA--GA--AAGCGTCTATAAACTGACATGTGATTGTCAACAAAT------A------A---ACTGT-AAACATG-ACGC-AAAAAAC------A--AAAAG-CAAAC-----T-------A----A------ATTAAGTTCG---TTTTTC-ACC--AA-A-AAA-GATGATGTTTCTGCTGAGGTCATGGT
gi|1 : A-AG--ACGTTATA--G-G---T-TCTGAAATTAACCAG-TCA-AACTCAGCCAGA---------------CTTTG
gi|1 : gggggggC---ATATTT---C------------T-G-AAAA--GA--AAGTGTCGATAAACTGACATGTGATTGTCAACAAAT------A------A---ACTGT-AAACATGAATAA-AAAAAAT------A--AAAAA-CAAAC-----T-------A----A------ATTAAGTTCA---TTTTTC-ACC--AA-A-AAA-AA-GATATTTCTGCTAATGTAATgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaatcatatttctgaaaagaaagtgtcgataaactgacatgtgattgtcaacaaataaactgtaaacatgaataaaaaaaataaaaaacaaactaaattaagttcatttttcaccaaaaaaaagatatttctgctaatgtaattactcagcaatggtctgtaagaaatttacagattgagcagcaaaatatatgatataagataaaaggaaaatttgaacatttgaacagccaaacacaaaaatactcaatttaaaaggagtttg
gi|10 : gggggggaagacgttataggttctgaaattaaccagtcaaactcagccagactttggannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaatTATGTGAAGAA-AGCTG---TAT---GTA---T-T--GAAATTTACTAG-TCG-CACTCAGCCAGA---------------ATTTGTATTTTACTTGCGGCCAG--AGTCTCGGCGAGTTTAAGTGT--AA---------CCC-CA--TC---AGATTTTGCT------------TGG-AAAA--GA--AAGCATCT----ACTG-------------GACAAAT------A------G---ACTGT-TAATATG-ACGC-AAAAACT------A--AAAAG-C-AAC-----C-------A----A------AGTAAGTT-----------------AA-A-AAA-TATGGTGTTTCTGCTGAGGTCAAGGTtactcagcaatggtctgtaagaaatttacagattgagcagcaaaatatatgatataagataaaaggaaaatttgaacatttgaacagccaaacacaaaaatactcaatttaaaaggagtttg
gi|11 : gnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGTTTTAGTATC-AAC----------C-CAT-C----ATATTTTGCC------------TCA-AAAA--GA--AATTGTCTAAAAACTGATGTGTGATTGTCCACAAAT------A------A---ACTGT-AAACATG-ATGCAAAAAAACAA----A--AAAAA-CAAACGAAATT-------AATTTA------ATTAAGTTAA---TTTTTC-ACC--AA-A-AAATGATGATGTTTCTGCTAATGTc
gi|12 : CAAGTTTTAGTAT--CAC---------CC-CACATC---ATATTTTGCT------------TTG-AAAA--GA--AATCCTCTATAAACTGACATATAGTTATCAACAAAT------A------A---ACTGT-AAACATG-ACGC-AAAATACTA----A--AAAAG-TAAAC-----T-------A----A------TTTAAGTTTG---TTTTTC-ACC--AA-A-AAA-GATAATGTTTCTGCTGAGGTCACGGTaaatactgacagcaacacaataattgatatacaataaaaggcaaaatggaagatagatgtccatttgaacagcttaacacaaaatatcccagcaatttcagagga
gi|13 : atnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggcCGAGTTTTAGTAT----CG-----C-CCCACAT-C----ATATTTTGCT------------TTG-AAAA--GA--AATCCTCTATAAACTGACATATGGTTATCAACAAAT------A------A---ACTGT-AAACATG-ACGC-AAAATACTA----A--AAAAG-TAAAC-----T-------A----A------TTTAAGTTTG---TTTTTC-ACC--AA-A-AAA-GATAATGTTTCTGCTGAGGTCACGGTc
gi|14 : atnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggcGTTTAAGTAT----CA-----C-CCC-CAT-T----ATAAGTTGCC------------TCG-AAAA--GA--AAGCATCTATGAACTGACATGTTATTGTCAACAAA-------A------ATTTACTGT-AAACGTG-ATGC-AAAAAAC------T--AAAAG-CAAAG-----T-------G----A-------TTAAGTTTG---TTTTTC-ACC--AA-A-AAAAGATGATGTTTCTGCTGAAGTCATGGTc
gi|15 : aatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn---ATATTTTGCC------------TTG-AAAA--GA--AAGTGTCTATAAA------------TGTCAACAAAT------A------A---ACTGT-AAACATG-ACGCTAAAAAAT------A--AAAA--CAAAC-----T-------T----A------ATGAAGTTAA---TTTTTC-ACC--AAGG-AAA-GATGATGTTTCTGcag
gi|16 : GTGGAAGA-AG--A---TATA--G-G---T-TCTGAA-TTTACCAG-TCA-ATCTTAGCTGGA---------------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNN-----N-NNN-NNN-NN---NNNNNNNNNNNNCATCATATTTTCG-AAAA--G---AATTGTCGATAAACTGACGTGTGATTGTCTACAAAT------A------A---ACTGT-AAACATG-ACAC-AAAAAA-------ATTAGAAA-CAAAC-----T-------A----A------ATTAAGGTCA---TTTTT----C--AA-A-AAA-AATGAtggtctgtaagaaatccaaagattttgcagcaaaataactgatataagataaaaaggcaaaatggagagtttgatgtccatttgaacagcttaacacaaaataccttagcaatttaagaggag
gi|17 : gggtaGTTTCAGTTC--AACT-----TGCTC-CAT-C----ATATTTTGCC------------TCGTAAAA--AT--AAATGTCTAa
gi|17 : aatagctgaatgACATGTGACTATCAACAGAT------A------A---ACTGC-AAACATG-ACAC-AAAAAACT-----A--AAAAA-CAAAC-----T-------A----A------ATTAGGTTTG---TTTTTC-AC---AA-A-AAA-GATGTTTTTTCTGCTGAGTTCATGGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacatgtgactatcaacagataaactgcaaacatgacacaaaaaactaaaaaacaaactaaattaggtttgtttttcacaaaaaagatgttttttctgctgagttcatggccag
gi|18 : aatagctgaatggtttcagttcaacttgctccatcatattttgcctcgtaaaaataaatgtctannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTTTAAGTAT--CACT-----C-CCG-T----C---ATATTTTGCC------------TCG-AAAAAAGA--AAGCATCTATAAACTGATTTGTGATTGTCAACAAAT------G------A---ACTGT-AAATATG-ACGC-AAAAAACT-----A--AAAAG-CAAAC-----T-------A----A------ATTAAGTTTG---TTTTTC-ATC--AT-A-AAA-GATGATGTTGCTGCTGAGGTCATGGTccag
gi|19 : nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttt---T-T--GAAATTTACCAG-TCA-AACTCAGCAGGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNN-----N-NNN-NAC-CCATCATATTTT-CC------------TCG-AAAA--GA--AAGCGTCTGTAAACTGACATGTGATTc
gi|19 : atttaggtaG-TAAAC-----T-------G----ACATGTGATTAAGTTCG---TTTTTTAACCAAAA-A-AAA-GATGATATTTCTGCTAAaagttcgttttttaaccaaaaaaaagatgatatttctgctaat
gi|2 : atttaggtattgaaatttaccagtcaaactcagcaggannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacccatcatattttcctcgaaaagaaagcgtctC---ATAGTTTACC------------TCG-AAAA--GG--AAGTGTCTATACACTGACATGTGATTGTCAACAAAT------A------A---ACTGT-AAACATA-ATGC-A----------------------ATTC-----TTTTTCA-A----A------ATTAAGTTCA---TTTTTC-ACC--AA-ATAAA-GATTATGTTTCTGCTAAAGTt
gi|20 : gtgagggggtgaataagataaaggtattgaaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncat-CC---ATATTTTGCC------------TCT-AAAA--GA--GAGTGTCTGTAAACTGACATGTGATTGTCAACAAAT------ACTAACAA---ACTGA-AAACATG-ATGC-AAAAAAC------A--AAAAATCAAAC-----T-------A----A------ATTAAGTCCA---TTTTTA-ACC--AA-A-AGA-GATGATGTTTCTGCTGAGGTCATGGTaactactcagcaatggtctgtatgaattgaaagattgagcaacaaaataactgatataagataaaaggcaaaatggaaagtctgatcaatgttcatttacccaagcaattaaagagg
gi|21 : TTTAAGTAT----CA-----C-CCC-CAT-T----ATAAGTTGCC------------TCG-AAAA--GA--AAGCATCTATGAACTGACATGTTATTGTCAACAAA-------A------ATTTACTGT-AAACGTG-ATGC-AAAAAAC------T--AAAAG-CAAAG-----T-------G----A-------TTAAGTTTG---TTTTTC-ACC--AA-A-AAAAGATGATGTTTCTGCTGAAGTCATGGTcaggagtnnnnnnnnnnn
gi|23 : TATTTTGCC------------TAG-AAAA--GA--AAGCGTCTATAAACCGACATGTGATTGTCAACAAAT------A------A---ATTGT-AAACATT-ACGC-AAAAAAC------T--CGAAA-CAAAC-----T-------A----A------ATAAAGTT-GTTCTTTTTT-GTC--AA-G-CAA-GATAATATAACCGATGAGGTCATGGT
gi|24 : TATGTGAAATA-GG--A---TAT---A-GGTAT-T--GGAATTTACCAG-TCA-AACTCAGTCGGA---------------ATTTTTCTTTTt
gi|26 : nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaaG-AAAA--GACAAAGCATATATAAATTGATAAGTGATTGTCAACAAAT------A------C---ACTGTAAAAAATG-ACAC-AAAAACCT-----G--AAAAA-CAAAC-----T-------A----A------ACTAAGTTCG---TTTTTC-ACT-----T-AAA-GACAACGTTTCTGCCGAGGTCATG
gi|27 : catgAATA-AG--A---TAT---A-AGTAT-T--GAAGTTTACCGT-TCA-AACTTAGCTGGA---------------ATTTGTCTTTTCCTTGCAGCCAG--AACATATAAGAGTTTTAGTAT--CAC------C-CCG-TA-------ATGTTTTGCC------------T
gi|29 : tgggggtgggggag-T--GAAATTTACCAG-TCATAATCCAGTCATA---------------ATTTGACTTTT
gi|3 : tgtataggttgtaggtacC---ATAGTTTACC------------TCG-AAAA--GA--AAGTGTCTATACACTGACATGTGAATGTCAACAAAT------A------A---ACTGT-AAACATA-ACGC-AA------------------------T-----TTTTTTCAA----A------ATTAAGTTCA---TTTTTC-ACC--AA-ATAAA-GATGATGTTTCTGCTAATGTTAc
gi|30 : tggggtgaataagataaaagtattgaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncatATGTGAAATA-AG--A---TAT---A-GGTGT-T--GAAATCTACCAG-TCA-AACTGAGCCGGA---------------ctactcagcaatggtctgtaagaattgaaagattgagcagcaaaataactgatataagataaaaggcaaaatgaaaagtctgatcgatgttcatttaccctagcaattaaagaggag
gi|31 : --AA-A-AGA-GATGATGTTACTGCTGAGGTCATGGT
gi|4 : AAATATAG--G---TAT-----------T--GAAATTTACCAG-TCA-Aca
gi|4 : tannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggggtgggggtgagggggcattCCAGTCAACATGGCCAAGTTTTAGTATCTAACC-----C-TTT----------ATGTTTTGCC------------TCG-AAAT--GA--A-GCATCTGTAAACTGACATATGATTATCAACAACT------A------A---ACTGT-AAATGTG-TCGC-AAAAAAA------A--AAAAG---------------------------------------------TTTTC-AC---AA-A-AAA-TATGATTTTT-------GGTCATGGTcatggccaagttttagtatctaaccctttatgttttgcctcgaaatgaagcatctgtaaactgacatatgattatcaacaactaaactgtaaatgtgtcgcaaaaaaaaaaaagttttcacaaaaaatatgatttttggtcatggtcaggattatgtcacagtacaatgtctcttgttcctatttttctagagcattggtatgcaattnnnnnnnnnnatttgtacacattctt
gi|5 : tannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggggtgggggtgagggggcattaaatataggtattgaaatttaTATGTGAAATA-AG--A---TAT-----------T--GAAATTTACCAG-TCA-AACTCAACTGGA---------------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNC-CCC-CAC-CC---ATATTTTGCC------------TCT-AAAA--GA--GAGTGTCTGTAAACTGACATGTGATTGTCAACAAATACTAACA------A---ACTGA-AAACATG-ATGC-AAAAAAC------A--AAAAATCAAAC-----T-------A----A------ATTAAGTCCA---TTTTTA-ACC--AA-A-AGA-GATGATGTTTCTGCTGAGGTCATGGTcaggattatgtcacagtacaatgtctcttgttcctatttttctagagcattggtatgcaattnnnnnnnnnnatttgtacacattctt
gi|6 : aattaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAAATA-AG--A---TATACCG-G---T-A--GGTATTGA--AGTTCA-AGCTCAGCTGGA---------------
gi|6 : gaggggatC---ATATTTT----------------TG-AAAA--GA--AATTGTTGATTA-CTGACATGTGAAATTCAACAAAT------A------A---ACTAT-AAACATG-ACGC-AAAAAAA------A--AAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncatcatatttttgaaaagaaattgttgattactgacatgtgaaattcaacaaataaactataaacatgacgcaaaaaaaaaattaagatgtttctgctaatgtaaccactgagcaatggtctgtacgaaatccaaagattgagtagcaaaataactgatatatgataaaaggcaaaatggaaagtttaaacagctaaactcaaaatatcctagcaatttaaa
gi|7 : gaggggataaataagatataccggtaggtattgaagttcaagctcagctggannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncatC---ATATTTT----------------TG-AAAA--GA--AATTGTTGATTA-CTGACATGTGATATTCAACAAAT------A------A---ATTAT-AAACATG-ATGC-AAAAAAA------A--AAAttaagatgtttctgctaatgtaaccactgagcaatggtctgtacgaaatccaaagattgagtagcaaaataactgatatatgataaaaggcaaaatggaaagtttaaacagctaaactcaaaatatcctagcaatttaaa
gi|8 : caggggagggggtaaataagatataccggtaggtattgaagttcaagcttagctggannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaat---ATATTTTGCC------------TCT-ATAA--GA--AAGTGTCTATAAACTGACATGTGATTGTCAACA---------A------A---GTTGT-AAACATC-ACTA-AAAAAACTATAATA--AAAA---AAAA-----T-------A----A------ATTAAGTTAG---TTTTTC-A-T--AA-A-AAA-GATGATGTTTCTGCTAAttaagatgtttctgctaatgtaatgaaatccaaagattgagtagcataataaatcatatatgataaaaggcaaaatggaaagtttgatgtccatttaaacagctaaactcaaaatacccttgcaattta
gi|9 : gggggatggataagacatgcattgtaggtattgaaatttaaaagtcaaactaagcaggannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctgtgTATGTGAAATA-AG--A---TATA--G-G---TAT--TAAATTTACCAA-TCA-AACGCAGCTGGANN-------------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNN-----N-NCC-CACATC---ATATTTGGCC------------TCG-ACAA--GA--AACTGTCTATAAACTGACATGTGATTGTCAACAAAT------A------C---ACTGT-AAACATG-AATC-AAAAAAT------A--AAAAG-CAAAC-----T-------A----A------ATTAAGTTC----TTTTTC-ACT--AA-A-AAA-GATGATtataactactcagcaatgatctgtaagaaatccaaagatagatatccaagaataccaatatgatataca
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|22 ): GGAATATATCGAGGCGATTGGTAAATTATCATGTAACTTGTATTAAAACAAATAAATGACCCTATATGATTAAAAAATAAATGACAAAATCAATAACAAATGGCAGTTTCCCTGGCTTACTGTTAACAATAATACCCTAGCAATTTAACA
Unaligned ( gi|25 ): AAAAGGCAAAATGGAAAGTTTGATGTCCATTTAAACAGCTAAACTCAAAATACCCTTGCAATTTAAGAGCCAAACTTGGTCTGTATTCAACAACAATAAGCTCTATATTACCTCCCCACTGTATGATGCAGCCTAACA
Unaligned ( gi|28 ): TTATGTCACAATACAATGCCATGTTCCTATTTTTCTAGAGCATTGGTATGCCATTTATATTTTAACATTTCTTAACTGTCATTTAA
Alignments
lowQualScore : 33333 222222222222222 33333333333333333333333333 1111111 1111111
lowQualScore : 555 77 66666 5 2 1 333333333333333 1 77 1 1 555 1 99999999999999999999999999 888888888888 1 22 22 555555 555555 666 1 1 3 9999999 22 77 44444 1111111 4444 555555 88888 1 22 1 3 5
lowQualScore : ... .. ..... . . . ............... . .. . . ... . .......................... ............ . .. .. ...... ...... ... . . . ....... .. .. ..... ....... .... ...... ..... . .. . . .
lowQualScore : 000 99 99999 7 9 2 555555555555555 0 99 0 0 888 0 88888888888888888888888888 999999999999 7 44 44 222222 222222 444 8 8 6 0000000 55 00 88888 7777777 0000 555555 33333 9 55 8 6 5
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATGTGAAATAAGA---TATA--GGTATT--GAAATTTACCAG-TCA-AACTCAGCCGGA---------------ATTTGTCTTTTNCTTGCGGCCAG--AACATGGCCGA---GTTTNAGTAT--AACN-----C-CCC-CAC-CC---ATATTTTGCC------------TCG-AAAA--GA--AAGCGTCTATAAACTGACATGTGATTGTCAACAAAT------A------A---ACTGT-AAACATG-ACGC-AAAAAAC------A--AAAAG-CAAAC-----T-------A----A------ATTAAGTTCG---TTTTTC-ACC--AA-A-AAA-GATGATGTTTCTGCTGAGGTCATGGT
Reference ( family-4379 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATGTGAAATAAGA---TATA--GGT--T--GAAATTTACCAG-TCA-AACTCAGCCGGA---------------ATTTGTCTTTTNCTTGCGGCCAG--AACATNGNCGA---GTTTNAGTAT--AACN-----C-CCC-CAC-CC---ATATTTTGCC------------TCG-AAAA--GA--AAGCGTCTATAAACTGACATGTGATTGTCAACAAAT------A------A---ACTGT-AAACATG-ACGC-AAAAAAC------A--AAAAG-CAAAC-----T-------A----A------ATTAAGTTCG---TTTTTC-ACC--AA-A-AAA-GATGATGTTTCTGCTGAGGTCATGGT
gi|1 : AAGACGTTATA--GGT--TCTGAAATTAACCAG-TCA-AACTCAGCCAGA---------------CTTTG
gi|1 : gggggggC---ATATTT---C------------T-G-AAAA--GA--AAGTGTCGATAAACTGACATGTGATTGTCAACAAAT------A------A---ACTGT-AAACATGAATAA-AAAAAAT------A--AAAAA-CAAAC-----T-------A----A------ATTAAGTTCA---TTTTTC-ACC--AA-A-AAA-AA-GATATTTCTGCTAATGTAATgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaatcatatttctgaaaagaaagtgtcgataaactgacatgtgattgtcaacaaataaactgtaaacatgaataaaaaaaataaaaaacaaactaaattaagttcatttttcaccaaaaaaaagatatttctgctaatgtaattactcagcaatggtctgtaagaaatttacagattgagcagcaaaatatatgatataagataaaaggaaaatttgaacatttgaacagccaaacacaaaaatactcaatttaaaaggagtttg
gi|10 : gggggggaagacgttataggttctgaaattaaccagtcaaactcagccagactttggannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaatTATGTGAAGAAAGC---TGTA--TGTATT--GAAATTTACTAG-TCG-CACTCAGCCAGA---------------ATTTGTATTTTACTTGCGGCCAG--AGTCTCGGCGA---GTTTAAGTGT--AA---------CCC-CA--TC---AGATTTTGCT------------TGG-AAAA--GA--AAGCATCT----ACTG-------------GACAAAT------A------G---ACTGT-TAATATG-ACGC-AAAAACT------A--AAAAG-C-AAC-----C-------A----A------AGTAAGTT-----------------AA-A-AAA-TATGGTGTTTCTGCTGAGGTCAAGGTtactcagcaatggtctgtaagaaatttacagattgagcagcaaaatatatgatataagataaaaggaaaatttgaacatttgaacagccaaacacaaaaatactcaatttaaaaggagtttg
gi|11 : gnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn---GTTTTAGTATC-AAC----------C-CAT-C----ATATTTTGCC------------TCA-AAAA--GA--AATTGTCTAAAAACTGATGTGTGATTGTCCACAAAT------A------A---ACTGT-AAACATG-ATGCAAAAAAACAA----A--AAAAA-CAAACGAAATT-------AATTTA------ATTAAGTTAA---TTTTTC-ACC--AA-A-AAATGATGATGTTTCTGCTAATGTc
gi|12 : TGGCCAA---GTTTTAGTAT--CAC---------CC-CACATC---ATATTTTGCT------------TTG-AAAA--GA--AATCCTCTATAAACTGACATATAGTTATCAACAAAT------A------A---ACTGT-AAACATG-ACGC-AAAATACTA----A--AAAAG-TAAAC-----T-------A----A------TTTAAGTTTG---TTTTTC-ACC--AA-A-AAA-GATAATGTTTCTGCTGAGGTCACGGTaaatactgacagcaacacaataattgatatacaataaaaggcaaaatggaagatagatgtccatttgaacagcttaacacaaaatatcccagcaatttcagagga
gi|13 : atnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTGGCCGA---GTTTTAGTAT----CG-----C-CCCACAT-C----ATATTTTGCT------------TTG-AAAA--GA--AATCCTCTATAAACTGACATATGGTTATCAACAAAT------A------A---ACTGT-AAACATG-ACGC-AAAATACTA----A--AAAAG-TAAAC-----T-------A----A------TTTAAGTTTG---TTTTTC-ACC--AA-A-AAA-GATAATGTTTCTGCTGAGGTCACGGTc
gi|14 : atnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn---GTTTAAGTAT----CA-----C-CCC-CAT-T----ATAAGTTGCC------------TCG-AAAA--GA--AAGCATCTATGAACTGACATGTTATTGTCAACAAA-------A------ATTTACTGT-AAACGTG-ATGC-AAAAAAC------T--AAAAG-CAAAG-----T-------G----A-------TTAAGTTTG---TTTTTC-ACC--AA-A-AAAAGATGATGTTTCTGCTGAAGTCATGGTc
gi|15 : aatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn---ATATTTTGCC------------TTG-AAAA--GA--AAGTGTCTATAAA------------TGTCAACAAAT------A------A---ACTGT-AAACATG-ACGCTAAAAAAT------A--AAAA--CAAAC-----T-------T----A------ATGAAGTTAA---TTTTTC-ACC--AAGG-AAA-GATGATGTTTCTGcag
gi|16 : GTGGAAGAAGA---TATA--GGT--TCTGAA-TTTACCAG-TCA-ATCTTAGCTGGA---------------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNN--NNNN-----N-NNN-NNN-NN---NNNNNNNNNNNNCATCATATTTTCG-AAAA--G---AATTGTCGATAAACTGACGTGTGATTGTCTACAAAT------A------A---ACTGT-AAACATG-ACAC-AAAAAA-------ATTAGAAA-CAAAC-----T-------A----A------ATTAAGGTCA---TTTTT----C--AA-A-AAA-AATGAtggtctgtaagaaatccaaagattttgcagcaaaataactgatataagataaaaaggcaaaatggagagtttgatgtccatttgaacagcttaacacaaaataccttagcaatttaagaggag
gi|17 : gggtaATAGCTGAATGGTTTCAGTTC--AACT-----TGCTC-CAT-C----ATATTTTGCC------------TCGTAAAA--AT--AAATGTCTAa
gi|17 : aACATGTGACTATCAACAGAT------A------A---ACTGC-AAACATG-ACAC-AAAAAACT-----A--AAAAA-CAAAC-----T-------A----A------ATTAGGTTTG---TTTTTC-AC---AA-A-AAA-GATGTTTTTTCTGCTGAGTTCATGGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacatgtgactatcaacagataaactgcaaacatgacacaaaaaactaaaaaacaaactaaattaggtttgtttttcacaaaaaagatgttttttctgctgagttcatggccag
gi|18 : aatagctgaatggtttcagttcaacttgctccatcatattttgcctcgtaaaaataaatgtctannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTTTAAGTAT--CACT-----C-CCG-T----C---ATATTTTGCC------------TCG-AAAAAAGA--AAGCATCTATAAACTGATTTGTGATTGTCAACAAAT------G------A---ACTGT-AAATATG-ACGC-AAAAAACT-----A--AAAAG-CAAAC-----T-------A----A------ATTAAGTTTG---TTTTTC-ATC--AT-A-AAA-GATGATGTTGCTGCTGAGGTCATGGTccag
gi|19 : nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttttA---TTTA--GGTATT--GAAATTTACCAG-TCA-AACTCAGCAGGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNN--NNNN-----N-NNN-NAC-CCATCATATTTT-CC------------TCG-AAAA--GA--AAGCGTCTGTAAACTGACATGTGATTc
gi|19 : G-TAAAC-----T-------G----ACATGTGATTAAGTTCG---TTTTTTAACCAAAA-A-AAA-GATGATATTTCTGCTAAaagttcgttttttaaccaaaaaaaagatgatatttctgctaat
gi|2 : atttaggtattgaaatttaccagtcaaactcagcaggannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacccatcatattttcctcgaaaagaaagcgtctC---ATAGTTTACC------------TCG-AAAA--GG--AAGTGTCTATACACTGACATGTGATTGTCAACAAAT------A------A---ACTGT-AAACATA-ATGC-A----------------------ATTC-----TTTTTCA-A----A------ATTAAGTTCA---TTTTTC-ACC--AA-ATAAA-GATTATGTTTCTGCTAAAGTt
gi|20 : gtgagggggtgaataagataaaggtattgaaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncat-CC---ATATTTTGCC------------TCT-AAAA--GA--GAGTGTCTGTAAACTGACATGTGATTGTCAACAAAT------ACTAACAA---ACTGA-AAACATG-ATGC-AAAAAAC------A--AAAAATCAAAC-----T-------A----A------ATTAAGTCCA---TTTTTA-ACC--AA-A-AGA-GATGATGTTTCTGCTGAGGTCATGGTaactactcagcaatggtctgtatgaattgaaagattgagcaacaaaataactgatataagataaaaggcaaaatggaaagtctgatcaatgttcatttacccaagcaattaaagagg
gi|21 : TTTAAGTAT----CA-----C-CCC-CAT-T----ATAAGTTGCC------------TCG-AAAA--GA--AAGCATCTATGAACTGACATGTTATTGTCAACAAA-------A------ATTTACTGT-AAACGTG-ATGC-AAAAAAC------T--AAAAG-CAAAG-----T-------G----A-------TTAAGTTTG---TTTTTC-ACC--AA-A-AAAAGATGATGTTTCTGCTGAAGTCATGGTcaggagtnnnnnnnnnnn
gi|23 : TATTTTGCC------------TAG-AAAA--GA--AAGCGTCTATAAACCGACATGTGATTGTCAACAAAT------A------A---ATTGT-AAACATT-ACGC-AAAAAAC------T--CGAAA-CAAAC-----T-------A----A------ATAAAGTT-GTTCTTTTTT-GTC--AA-G-CAA-GATAATATAACCGATGAGGTCATGGT
gi|24 : TATGTGAAATAGGA---TATA--GGTATT--GGAATTTACCAG-TCA-AACTCAGTCGGA---------------ATTTTTCTTTTt
gi|26 : nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaaG-AAAA--GACAAAGCATATATAAATTGATAAGTGATTGTCAACAAAT------A------C---ACTGTAAAAAATG-ACAC-AAAAACCT-----G--AAAAA-CAAAC-----T-------A----A------ACTAAGTTCG---TTTTTC-ACT-----T-AAA-GACAACGTTTCTGCCGAGGTCATG
gi|27 : catgAATAAGA---TATA--AGTATT--GAAGTTTACCGT-TCA-AACTTAGCTGGA---------------ATTTGTCTTTTCCTTGCAGCCAG--AACATATAAGA---GTTTTAGTAT--CAC------C-CCG-TA-------ATGTTTTGCC------------T
gi|29 : tgggggtgggggagATAGGT---TGTA--GGTACT--GAAATTTACCAG-TCATAATCCAGTCATA---------------ATTTGACTTTT
gi|3 : tgtC---ATAGTTTACC------------TCG-AAAA--GA--AAGTGTCTATACACTGACATGTGAATGTCAACAAAT------A------A---ACTGT-AAACATA-ACGC-AA------------------------T-----TTTTTTCAA----A------ATTAAGTTCA---TTTTTC-ACC--AA-ATAAA-GATGATGTTTCTGCTAATGTTAc
gi|30 : tggggtgaataagataaaagtattgaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncatATGTGAAATAAGA---TATA--GGTGTT--GAAATCTACCAG-TCA-AACTGAGCCGGA---------------ctactcagcaatggtctgtaagaattgaaagattgagcagcaaaataactgatataagataaaaggcaaaatgaaaagtctgatcgatgttcatttaccctagcaattaaagaggag
gi|31 : --AA-A-AGA-GATGATGTTACTGCTGAGGTCATGGT
gi|4 : ATTAAA---TATA--GGTATT--GAAATTTACCAG-TCA-Aca
gi|4 : tannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggggtgggggtgagggggcCCAGTCAACATGGCCAA---GTTTTAGTATCTAACC-----C-TTT----------ATGTTTTGCC------------TCG-AAAT--GA--A-GCATCTGTAAACTGACATATGATTATCAACAACT------A------A---ACTGT-AAATGTG-TCGC-AAAAAAA------A--AAAAG---------------------------------------------TTTTC-AC---AA-A-AAA-TATGATTTTT-------GGTCATGGTcatggccaagttttagtatctaaccctttatgttttgcctcgaaatgaagcatctgtaaactgacatatgattatcaacaactaaactgtaaatgtgtcgcaaaaaaaaaaaagttttcacaaaaaatatgatttttggtcatggtcaggattatgtcacagtacaatgtctcttgttcctatttttctagagcattggtatgcaattnnnnnnnnnnatttgtacacattctt
gi|5 : tannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggggtgggggtgagggggcattaaatataggtattgaaatttaTATGTGAAATAAGA---TAT--------T--GAAATTTACCAG-TCA-AACTCAACTGGA---------------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNN--NNNNNNNNNC-CCC-CAC-CC---ATATTTTGCC------------TCT-AAAA--GA--GAGTGTCTGTAAACTGACATGTGATTGTCAACAAATACTAACA------A---ACTGA-AAACATG-ATGC-AAAAAAC------A--AAAAATCAAAC-----T-------A----A------ATTAAGTCCA---TTTTTA-ACC--AA-A-AGA-GATGATGTTTCTGCTGAGGTCATGGTcaggattatgtcacagtacaatgtctcttgttcctatttttctagagcattggtatgcaattnnnnnnnnnnatttgtacacattctt
gi|6 : aattaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAAATAAGA---TATACCGGT--A--GGTATTGA--AGTTCA-AGCTCAGCTGGA---------------
gi|6 : gaggggatC---ATATTTT----------------TG-AAAA--GA--AATTGTTGATTA-CTGACATGTGAAATTCAACAAAT------A------A---ACTAT-AAACATG-ACGC-AAAAAAA------A--AAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncatcatatttttgaaaagaaattgttgattactgacatgtgaaattcaacaaataaactataaacatgacgcaaaaaaaaaattaagatgtttctgctaatgtaaccactgagcaatggtctgtacgaaatccaaagattgagtagcaaaataactgatatatgataaaaggcaaaatggaaagtttaaacagctaaactcaaaatatcctagcaatttaaa
gi|7 : gaggggataaataagatataccggtaggtattgaagttcaagctcagctggannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncatAAATAAGA---TATACCGGT--A--GGTATTGA--AGTTCA-AGCTTAGCTGGA---------------ttaagatgtttctgctaatgtaaccactgagcaatggtctgtacgaaatccaaagattgagtagcaaaataactgatatatgataaaaggcaaaatggaaagtttaaacagctaaactcaaaatatcctagcaatttaaa
gi|7 : caggggagggggtC---ATATTTT----------------TG-AAAA--GA--AATTGTTGATTA-CTGACATGTGATATTCAACAAAT------A------A---ATTAT-AAACATG-ATGC-AAAAAAA------A--AAAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaatcatatttttgaaaagaaattgttgattactgacatgtgatattcaacaaataaattataaacatgatgcaaaaaaaaaaattaagatgtttctgctaatgtaatgaaatccaaagattgagtagcataataaatcatatatgataaaaggcaaaatggaaagtttgatgtccatttaaacagctaaactcaaaatacccttgcaattta
gi|8 : caggggagggggtaaataagatataccggtaggtattgaagttcaagcttagctggannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaat---TGTA--GGTATT--GAAATTTAAAAG-TCA-AACTAAGCAGGA---------------ttaagatgtttctgctaatgtaatgaaatccaaagattgagtagcataataaatcatatatgataaaaggcaaaatggaaagtttgatgtccatttaaacagctaaactcaaaatacccttgcaattta
gi|8 : gggggatggataagacatgcat---ATATTTTGCC------------TCT-ATAA--GA--AAGTGTCTATAAACTGACATGTGATTGTCAACA---------A------A---GTTGT-AAACATC-ACTA-AAAAAACTATAATA--AAAA---AAAA-----T-------A----A------ATTAAGTTAG---TTTTTC-A-T--AA-A-AAA-GATGATGTTTCTGCTAAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctgtgatattttgcctctataagaaagtgtctataaactgacatgtgattgtcaacaaagttgtaaacatcactaaaaaaactataataaaaaaaaataaattaagttagtttttcataaaaaagatgatgtttctgctaatataactactcagcaatgatctgtaagaaatccaaagatagatatccaagaataccaatatgatataca
gi|9 : gggggatggataagacatgcattgtaggtattgaaatttaaaagtcaaactaagcaggannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctgtgTATGTGAAATAAGA---TATA--GGTA-T--TAAATTTACCAA-TCA-AACGCAGCTGGANN-------------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNN--NNNN-----N-NCC-CACATC---ATATTTGGCC------------TCG-ACAA--GA--AACTGTCTATAAACTGACATGTGATTGTCAACAAAT------A------C---ACTGT-AAACATG-AATC-AAAAAAT------A--AAAAG-CAAAC-----T-------A----A------ATTAAGTTC----TTTTTC-ACT--AA-A-AAA-GATGATtataactactcagcaatgatctgtaagaaatccaaagatagatatccaagaataccaatatgatataca
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|22 ): GGAATATATCGAGGCGATTGGTAAATTATCATGTAACTTGTATTAAAACAAATAAATGACCCTATATGATTAAAAAATAAATGACAAAATCAATAACAAATGGCAGTTTCCCTGGCTTACTGTTAACAATAATACCCTAGCAATTTAACA
Unaligned ( gi|25 ): AAAAGGCAAAATGGAAAGTTTGATGTCCATTTAAACAGCTAAACTCAAAATACCCTTGCAATTTAAGAGCCAAACTTGGTCTGTATTCAACAACAATAAGCTCTATATTACCTCCCCACTGTATGATGCAGCCTAACA
Unaligned ( gi|28 ): TTATGTCACAATACAATGCCATGTTCCTATTTTTCTAGAGCATTGGTATGCCATTTATATTTTAACATTTCTTAACTGTCATTTAA
Alignments
lowQualScore : 111111 222222222222222 44444444444444444444444444444444 1111111 1111111
lowQualScore : 555 666666 888888 555 555 2 0 333333333333333 1 0 66 0 555 1 33333333333333333333333333333333 888888888888 1 22 22 555555 555555 666 1 1 3 9999999 22 77 44444 1111111 4444 555555 88888 1 22 1 3 5
lowQualScore : ... ...... ...... ... ... . . ............... . . .. . ... . ................................ ............ . .. .. ...... ...... ... . . . ....... .. .. ..... ....... .... ...... ..... . .. . . .
lowQualScore : 000 444444 222222 000 000 9 5 555555555555555 0 2 11 2 000 0 77777777777777777777777777777777 999999999999 7 44 44 222222 222222 444 8 8 6 0000000 55 00 88888 7777777 0000 555555 33333 9 55 8 6 5
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATGTGAAATAAGA---TATA------GGTATTGAAATT------TA---CC---AGTCA-AACTCAGCCGGA---------------ATTTGTCTTTTNCTTGCGGCCAG--AACATGGCCGA---GTTTNAGTAT--NACN-----C-CCC-CAC-C------C---ATATTTTGCC------------TCG-AAAA--GA--AAGCGTCTATAAACTGACATGTGATTGTCAACAAAT------A------A---ACTGT-AAACATG-ACGC-AAAAAAC------A--AAAAG-CAAAC-----T-------A----A------ATTAAGTTCG---TTTTTC-ACC--AA-A-AAA-GATGATGTTTCTGCTGAGGTCATGGT
Reference ( family-4379 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATGTGAAATAAGA---TATA------GGTATTGAAATT------TA---CC---AGTCA-AACTCAGCCGGA---------------ATTTGTCTTTTNCTTGCGGCCAG--AACATGGCCGA---GTTTNAGTAT--AACN-----C-CCC-CAC-C------C---ATATTTTGCC------------TCG-AAAA--GA--AAGCGTCTATAAACTGACATGTGATTGTCAACAAAT------A------A---ACTGT-AAACATG-ACGC-AAAAAAC------A--AAAAG-CAAAC-----T-------A----A------ATTAAGTTCG---TTTTTC-ACC--AA-A-AAA-GATGATGTTTCTGCTGAGGTCATGGT
gi|1 : AAGACGTTATA------GGTTCTGAAATT------AA---CC---AGTCA-AACTCAGCCAGA---------------CTTTG
gi|1 : ggggggg------C---ATATTT---C------------T-G-AAAA--GA--AAGTGTCGATAAACTGACATGTGATTGTCAACAAAT------A------A---ACTGT-AAACATGAATAA-AAAAAAT------A--AAAAA-CAAAC-----T-------A----A------ATTAAGTTCA---TTTTTC-ACC--AA-A-AAA-AA-GATATTTCTGCTAATGTAATgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaatcatatttctgaaaagaaagtgtcgataaactgacatgtgattgtcaacaaataaactgtaaacatgaataaaaaaaataaaaaacaaactaaattaagttcatttttcaccaaaaaaaagatatttctgctaatgtaattactcagcaatggtctgtaagaaatttacagattgagcagcaaaatatatgatataagataaaaggaaaatttgaacatttgaacagccaaacacaaaaatactcaatttaaaaggagtttg
gi|10 : gggggggaagacgttataggttctgaaattaaccagtcaaactcagccagactttggannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaatTATGTGAAGAAAGC---TGTA------TGTATTGAAATT------TA---CT---AGTCG-CACTCAGCCAGA---------------ATTTGTATTTTACTTGCGGCCAG--AGTCTCGGCGA---GTTTAAGTGT--AA---------CCC-CA--T------C---AGATTTTGCT------------TGG-AAAA--GA--AAGCATCT----ACTG-------------GACAAAT------A------G---ACTGT-TAATATG-ACGC-AAAAACT------A--AAAAG-C-AAC-----C-------A----A------AGTAAGTT-----------------AA-A-AAA-TATGGTGTTTCTGCTGAGGTCAAGGTtactcagcaatggtctgtaagaaatttacagattgagcagcaaaatatatgatataagataaaaggaaaatttgaacatttgaacagccaaacacaaaaatactcaatttaaaaggagtttg
gi|11 : gnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn---GTTTTAGTATC-AAC----------C-CAT-C----------ATATTTTGCC------------TCA-AAAA--GA--AATTGTCTAAAAACTGATGTGTGATTGTCCACAAAT------A------A---ACTGT-AAACATG-ATGCAAAAAAACAA----A--AAAAA-CAAACGAAATT-------AATTTA------ATTAAGTTAA---TTTTTC-ACC--AA-A-AAATGATGATGTTTCTGCTAATGTc
gi|12 : TGGCCAA---GTTTTAGTAT--CAC---------CC-CACAT------C---ATATTTTGCT------------TTG-AAAA--GA--AATCCTCTATAAACTGACATATAGTTATCAACAAAT------A------A---ACTGT-AAACATG-ACGC-AAAATACTA----A--AAAAG-TAAAC-----T-------A----A------TTTAAGTTTG---TTTTTC-ACC--AA-A-AAA-GATAATGTTTCTGCTGAGGTCACGGTaaatactgacagcaacacaataattgatatacaataaaaggcaaaatggaagatagatgtccatttgaacagcttaacacaaaatatcccagcaatttcagagga
gi|13 : atnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTGGCCGA---GTTTTAGTAT----CG-----C-CCCACAT-C----------ATATTTTGCT------------TTG-AAAA--GA--AATCCTCTATAAACTGACATATGGTTATCAACAAAT------A------A---ACTGT-AAACATG-ACGC-AAAATACTA----A--AAAAG-TAAAC-----T-------A----A------TTTAAGTTTG---TTTTTC-ACC--AA-A-AAA-GATAATGTTTCTGCTGAGGTCACGGTc
gi|14 : atnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn---GTTTAAGTAT----CA-----C-CCC-CAT-T----------ATAAGTTGCC------------TCG-AAAA--GA--AAGCATCTATGAACTGACATGTTATTGTCAACAAA-------A------ATTTACTGT-AAACGTG-ATGC-AAAAAAC------T--AAAAG-CAAAG-----T-------G----A-------TTAAGTTTG---TTTTTC-ACC--AA-A-AAAAGATGATGTTTCTGCTGAAGTCATGGTc
gi|15 : aatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn---ATATTTTGCC------------TTG-AAAA--GA--AAGTGTCTATAAA------------TGTCAACAAAT------A------A---ACTGT-AAACATG-ACGCTAAAAAAT------A--AAAA--CAAAC-----T-------T----A------ATGAAGTTAA---TTTTTC-ACC--AAGG-AAA-GATGATGTTTCTGcag
gi|16 : GTGGAAGAAGA---TATA------GGTTCTGAA-TT------TA---CC---AGTCA-ATCTTAGCTGGA---------------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNN--NNNN-----N-NNN-NNN-N------N---NNNNNNNNNNNNCATCATATTTTCG-AAAA--G---AATTGTCGATAAACTGACGTGTGATTGTCTACAAAT------A------A---ACTGT-AAACATG-ACAC-AAAAAA-------ATTAGAAA-CAAAC-----T-------A----A------ATTAAGGTCA---TTTTT----C--AA-A-AAA-AATGAtggtctgtaagaaatccaaagattttgcagcaaaataactgatataagataaaaaggcaaaatggagagtttgatgtccatttgaacagcttaacacaaaataccttagcaatttaagaggag
gi|17 : gggtaATAGCTGAATGGTTTCAGTTC--AACT-----TGCTC-CAT-C----------ATATTTTGCC------------TCGTAAAA--AT--AAATGTCTAa
gi|17 : aACATGTGACTATCAACAGAT------A------A---ACTGC-AAACATG-ACAC-AAAAAACT-----A--AAAAA-CAAAC-----T-------A----A------ATTAGGTTTG---TTTTTC-AC---AA-A-AAA-GATGTTTTTTCTGCTGAGTTCATGGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacatgtgactatcaacagataaactgcaaacatgacacaaaaaactaaaaaacaaactaaattaggtttgtttttcacaaaaaagatgttttttctgctgagttcatggccag
gi|18 : aatagctgaatggtttcagttcaacttgctccatcatattttgcctcgtaaaaataaatgtctannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTTTAAGTAT--CACT-----C-CCG-T----------C---ATATTTTGCC------------TCG-AAAAAAGA--AAGCATCTATAAACTGATTTGTGATTGTCAACAAAT------G------A---ACTGT-AAATATG-ACGC-AAAAAACT-----A--AAAAG-CAAAC-----T-------A----A------ATTAAGTTTG---TTTTTC-ATC--AT-A-AAA-GATGATGTTGCTGCTGAGGTCATGGTccag
gi|19 : nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttttA---TTTA------GGTATTGAAATT------TA---CC---AGTCA-AACTCAGCAGGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNN--NNNN-----N-NNN-NAC-C------CATCATATTTT-CC------------TCG-AAAA--GA--AAGCGTCTGTAAACTGACATGTGATTc
gi|19 : G-TAAAC-----T-------G----ACATGTGATTAAGTTCG---TTTTTTAACCAAAA-A-AAA-GATGATATTTCTGCTAAaagttcgttttttaaccaaaaaaaagatgatatttctgctaat
gi|2 : atttaggtattgaaatttaccagtcaaactcagcaggannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacccatcatattttcctcgaaaagaaagcgtct------C---ATAGTTTACC------------TCG-AAAA--GG--AAGTGTCTATACACTGACATGTGATTGTCAACAAAT------A------A---ACTGT-AAACATA-ATGC-A----------------------ATTC-----TTTTTCA-A----A------ATTAAGTTCA---TTTTTC-ACC--AA-ATAAA-GATTATGTTTCTGCTAAAGTt
gi|20 : gtgagggggtgaataagataaaggtattgaaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncat-C------C---ATATTTTGCC------------TCT-AAAA--GA--GAGTGTCTGTAAACTGACATGTGATTGTCAACAAAT------ACTAACAA---ACTGA-AAACATG-ATGC-AAAAAAC------A--AAAAATCAAAC-----T-------A----A------ATTAAGTCCA---TTTTTA-ACC--AA-A-AGA-GATGATGTTTCTGCTGAGGTCATGGTaactactcagcaatggtctgtatgaattgaaagattgagcaacaaaataactgatataagataaaaggcaaaatggaaagtctgatcaatgttcatttacccaagcaattaaagagg
gi|21 : TTTAAGTAT----CA-----C-CCC-CAT-T----------ATAAGTTGCC------------TCG-AAAA--GA--AAGCATCTATGAACTGACATGTTATTGTCAACAAA-------A------ATTTACTGT-AAACGTG-ATGC-AAAAAAC------T--AAAAG-CAAAG-----T-------G----A-------TTAAGTTTG---TTTTTC-ACC--AA-A-AAAAGATGATGTTTCTGCTGAAGTCATGGTcaggagtnnnnnnnnnnn
gi|23 : TATTTTGCC------------TAG-AAAA--GA--AAGCGTCTATAAACCGACATGTGATTGTCAACAAAT------A------A---ATTGT-AAACATT-ACGC-AAAAAAC------T--CGAAA-CAAAC-----T-------A----A------ATAAAGTT-GTTCTTTTTT-GTC--AA-G-CAA-GATAATATAACCGATGAGGTCATGGT
gi|24 : TATGTGAAATAGGA---TATA------GGTATTGGAATT------TA---CC---AGTCA-AACTCAGTCGGA---------------ATTTTTCTTTTt
gi|26 : nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaaG-AAAA--GACAAAGCATATATAAATTGATAAGTGATTGTCAACAAAT------A------C---ACTGTAAAAAATG-ACAC-AAAAACCT-----G--AAAAA-CAAAC-----T-------A----A------ACTAAGTTCG---TTTTTC-ACT-----T-AAA-GACAACGTTTCTGCCGAGGTCATG
gi|27 : catgAATAAGA---TATA------AGTATTGAAGTT------TA---CC---GTTCA-AACTTAGCTGGA---------------ATTTGTCTTTTCCTTGCAGCCAG--AACATATAAGA---GTTTTAGTAT--CAC------C-CCG-TA-------------ATGTTTTGCC------------T
gi|29 : tgggggtgggggagATAGGT---TGTA------GGTACTGAAATT------TA---CC---AGTCATAATCCAGTCATA---------------ATTTGACTTTT
gi|3 : tgt------C---ATAGTTTACC------------TCG-AAAA--GA--AAGTGTCTATACACTGACATGTGAATGTCAACAAAT------A------A---ACTGT-AAACATA-ACGC-AA------------------------T-----TTTTTTCAA----A------ATTAAGTTCA---TTTTTC-ACC--AA-ATAAA-GATGATGTTTCTGCTAATGTTAc
gi|30 : tggggtgaataagataaaagtattgaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncatATGTGAAATAAGA---TATA------GGTGTTGAAATC------TA---CC---AGTCA-AACTGAGCCGGA---------------ctactcagcaatggtctgtaagaattgaaagattgagcagcaaaataactgatataagataaaaggcaaaatgaaaagtctgatcgatgttcatttaccctagcaattaaagaggag
gi|31 : --AA-A-AGA-GATGATGTTACTGCTGAGGTCATGGT
gi|4 : ATTAAA---TATA------GGTATTGAAATT------TA---CC---AGTCA-Aca
gi|4 : tannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggggtgggggtgagggggcCCAGTCAACATGGCCAA---GTTTTAGTATCTAACC-----C-TTT----------------ATGTTTTGCC------------TCG-AAAT--GA--A-GCATCTGTAAACTGACATATGATTATCAACAACT------A------A---ACTGT-AAATGTG-TCGC-AAAAAAA------A--AAAAG---------------------------------------------TTTTC-AC---AA-A-AAA-TATGATTTTT-------GGTCATGGTcatggccaagttttagtatctaaccctttatgttttgcctcgaaatgaagcatctgtaaactgacatatgattatcaacaactaaactgtaaatgtgtcgcaaaaaaaaaaaagttttcacaaaaaatatgatttttggtcatggtcaggattatgtcacagtacaatgtctcttgttcctatttttctagagcattggtatgcaattnnnnnnnnnnatttgtacacattctt
gi|5 : tannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggggtgggggtgagggggcattaaatataggtattgaaatttaTATGTGAAATAAGA---TAT------------TGAAATT------TA---CC---AGTCA-AACTCAACTGGA---------------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNN--NNNNNNNNNC-CCC-CAC-C------C---ATATTTTGCC------------TCT-AAAA--GA--GAGTGTCTGTAAACTGACATGTGATTGTCAACAAATACTAACA------A---ACTGA-AAACATG-ATGC-AAAAAAC------A--AAAAATCAAAC-----T-------A----A------ATTAAGTCCA---TTTTTA-ACC--AA-A-AGA-GATGATGTTTCTGCTGAGGTCATGGTcaggattatgtcacagtacaatgtctcttgttcctatttttctagagcattggtatgcaattnnnnnnnnnnatttgtacacattctt
gi|6 : aattaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAAATAAGA---TATACCGGTAGGTATTGAAGTT------CAAGCTC---AGCTG-GANNNNNNNNNN---------------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNN--NNNN-----N-NNN-NNN-NNNNCATC---ATATTTT----------------TG-AAAA--GA--AATTGTTGATTA-CTGACATGTGAAATTCAACAAAT------A------A---ACTAT-AAACATG-ACGC-AAAAAAA------A--AA
gi|7 : gaggggatAAATAAGA---TATACCGGTAGGTATTGAAGTTCAAGCTTA---GCTGGANNNN-NNNNNNNNNNNN---------------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNN--NNNN-----N-NNN-NAA-T------C---ATATTTT----------------TG-AAAA--GA--AATTGTTGATTA-CTGACATGTGATATTCAACAAAT------A------A---ATTAT-AAACATG-ATGC-AAAAAAA------A--AAAttaagatgtttctgctaatgtaaccactgagcaatggtctgtacgaaatccaaagattgagtagcaaaataactgatatatgataaaaggcaaaatggaaagtttaaacagctaaactcaaaatatcctagcaatttaaa
gi|8 : caggggagggggt---TGTA------GGTATTGAAATT------TA---AA---AGTCA-AACTAAGCAGGA---------------ttaagatgtttctgctaatgtaatgaaatccaaagattgagtagcataataaatcatatatgataaaaggcaaaatggaaagtttgatgtccatttaaacagctaaactcaaaatacccttgcaattta
gi|8 : gggggatggataagacatgcat---ATATTTTGCC------------TCT-ATAA--GA--AAGTGTCTATAAACTGACATGTGATTGTCAACA---------A------A---GTTGT-AAACATC-ACTA-AAAAAACTATAATA--AAAA---AAAA-----T-------A----A------ATTAAGTTAG---TTTTTC-A-T--AA-A-AAA-GATGATGTTTCTGCTAAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctgtgatattttgcctctataagaaagtgtctataaactgacatgtgattgtcaacaaagttgtaaacatcactaaaaaaactataataaaaaaaaataaattaagttagtttttcataaaaaagatgatgtttctgctaatataactactcagcaatgatctgtaagaaatccaaagatagatatccaagaataccaatatgatataca
gi|9 : gggggatggataagacatgcattgtaggtattgaaatttaaaagtcaaactaagcaggannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctgtgTATGTGAAATAAGA---TATA------GGTATT-AAATT------TA---CC---AATCA-AACGCAGCTGGANN-------------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNN--NNNN-----N-NCC-CACAT------C---ATATTTGGCC------------TCG-ACAA--GA--AACTGTCTATAAACTGACATGTGATTGTCAACAAAT------A------C---ACTGT-AAACATG-AATC-AAAAAAT------A--AAAAG-CAAAC-----T-------A----A------ATTAAGTTC----TTTTTC-ACT--AA-A-AAA-GATGATtataactactcagcaatgatctgtaagaaatccaaagatagatatccaagaataccaatatgatataca
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|22 ): GGAATATATCGAGGCGATTGGTAAATTATCATGTAACTTGTATTAAAACAAATAAATGACCCTATATGATTAAAAAATAAATGACAAAATCAATAACAAATGGCAGTTTCCCTGGCTTACTGTTAACAATAATACCCTAGCAATTTAACA
Unaligned ( gi|25 ): AAAAGGCAAAATGGAAAGTTTGATGTCCATTTAAACAGCTAAACTCAAAATACCCTTGCAATTTAAGAGCCAAACTTGGTCTGTATTCAACAACAATAAGCTCTATATTACCTCCCCACTGTATGATGCAGCCTAACA
Unaligned ( gi|28 ): TTATGTCACAATACAATGCCATGTTCCTATTTTTCTAGAGCATTGGTATGCCATTTATATTTTAACATTTCTTAACTGTCATTTAA
Alignments
lowQualScore : 111111 222222222222222 33333333333333333333333333333 1111111 1111111
lowQualScore : 555 666666 888888 555 555 2 0 333333333333333 1 0 66 0 555 1 77777777777777777777777777777 888888888888 1 22 22 555555 555555 666 1 1 3 9999999 22 77 44444 1111111 4444 555555 88888 1 22 1 3 5
lowQualScore : ... ...... ...... ... ... . . ............... . . .. . ... . ............................. ............ . .. .. ...... ...... ... . . . ....... .. .. ..... ....... .... ...... ..... . .. . . .
lowQualScore : 000 444444 222222 000 000 9 5 555555555555555 0 2 11 2 000 0 77777777777777777777777777777 999999999999 7 44 44 222222 222222 444 8 8 6 0000000 55 00 88888 7777777 0000 555555 33333 9 55 8 6 5
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATGTGAAATAAGA---TATA------GGTATTGAAATT------TA---CC---AGTCA-AACTCAGCCGGA---------------ATTTGTCTTTTNCTTGCGGCCAG--AACATGGCCGA---GTTTNAGTATCACN-----C-CCCCAC-T------C---ATATTTTGCC------------TCG-AAAA--GA--AAGCGTCTATAAACTGACATGTGATTGTCAACAAAT------A------A---ACTGT-AAACATG-ACGC-AAAAAAC------A--AAAAG-CAAAC-----T-------A----A------ATTAAGTTCG---TTTTTC-ACC--AA-A-AAA-GATGATGTTTCTGCTGAGGTCATGGT
Reference ( family-4379 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATGTGAAATAAGA---TATA------GGTATTGAAATT------TA---CC---AGTCA-AACTCAGCCGGA---------------ATTTGTCTTTTNCTTGCGGCCAG--AACATGGCCGA---GTTTNAGTATNACN-----C-CCCCAC-C------C---ATATTTTGCC------------TCG-AAAA--GA--AAGCGTCTATAAACTGACATGTGATTGTCAACAAAT------A------A---ACTGT-AAACATG-ACGC-AAAAAAC------A--AAAAG-CAAAC-----T-------A----A------ATTAAGTTCG---TTTTTC-ACC--AA-A-AAA-GATGATGTTTCTGCTGAGGTCATGGT
gi|1 : AAGACGTTATA------GGTTCTGAAATT------AA---CC---AGTCA-AACTCAGCCAGA---------------CTTTG
gi|1 : ggggggg------C---ATATTT---C------------T-G-AAAA--GA--AAGTGTCGATAAACTGACATGTGATTGTCAACAAAT------A------A---ACTGT-AAACATGAATAA-AAAAAAT------A--AAAAA-CAAAC-----T-------A----A------ATTAAGTTCA---TTTTTC-ACC--AA-A-AAA-AA-GATATTTCTGCTAATGTAATgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaatcatatttctgaaaagaaagtgtcgataaactgacatgtgattgtcaacaaataaactgtaaacatgaataaaaaaaataaaaaacaaactaaattaagttcatttttcaccaaaaaaaagatatttctgctaatgtaattactcagcaatggtctgtaagaaatttacagattgagcagcaaaatatatgatataagataaaaggaaaatttgaacatttgaacagccaaacacaaaaatactcaatttaaaaggagtttg
gi|10 : gggggggaagacgttataggttctgaaattaaccagtcaaactcagccagactttggannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaatTATGTGAAGAAAGC---TGTA------TGTATTGAAATT------TA---CT---AGTCG-CACTCAGCCAGA---------------ATTTGTATTTTACTTGCGGCCAG--AGTCTCGGCGA---GTTTAAGTGTAA---------CCCCA--T------C---AGATTTTGCT------------TGG-AAAA--GA--AAGCATCT----ACTG-------------GACAAAT------A------G---ACTGT-TAATATG-ACGC-AAAAACT------A--AAAAG-C-AAC-----C-------A----A------AGTAAGTT-----------------AA-A-AAA-TATGGTGTTTCTGCTGAGGTCAAGGTtactcagcaatggtctgtaagaaatttacagattgagcagcaaaatatatgatataagataaaaggaaaatttgaacatttgaacagccaaacacaaaaatactcaatttaaaaggagtttg
gi|11 : gnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn---GTTTTAGTATCAA---------CCCAT-C----------ATATTTTGCC------------TCA-AAAA--GA--AATTGTCTAAAAACTGATGTGTGATTGTCCACAAAT------A------A---ACTGT-AAACATG-ATGCAAAAAAACAA----A--AAAAA-CAAACGAAATT-------AATTTA------ATTAAGTTAA---TTTTTC-ACC--AA-A-AAATGATGATGTTTCTGCTAATGTc
gi|12 : TGGCCAA---GTTTTAGTATCAC---------CCCACAT------C---ATATTTTGCT------------TTG-AAAA--GA--AATCCTCTATAAACTGACATATAGTTATCAACAAAT------A------A---ACTGT-AAACATG-ACGC-AAAATACTA----A--AAAAG-TAAAC-----T-------A----A------TTTAAGTTTG---TTTTTC-ACC--AA-A-AAA-GATAATGTTTCTGCTGAGGTCACGGTaaatactgacagcaacacaataattgatatacaataaaaggcaaaatggaagatagatgtccatttgaacagcttaacacaaaatatcccagcaatttcagagga
gi|13 : atnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTGGCCGA---GTTTTAGTATCGC---------CCCACAT------C---ATATTTTGCT------------TTG-AAAA--GA--AATCCTCTATAAACTGACATATGGTTATCAACAAAT------A------A---ACTGT-AAACATG-ACGC-AAAATACTA----A--AAAAG-TAAAC-----T-------A----A------TTTAAGTTTG---TTTTTC-ACC--AA-A-AAA-GATAATGTTTCTGCTGAGGTCACGGTc
gi|14 : atnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn---GTTTAAGTAT--CA-----C-CCCCAT-T----------ATAAGTTGCC------------TCG-AAAA--GA--AAGCATCTATGAACTGACATGTTATTGTCAACAAA-------A------ATTTACTGT-AAACGTG-ATGC-AAAAAAC------T--AAAAG-CAAAG-----T-------G----A-------TTAAGTTTG---TTTTTC-ACC--AA-A-AAAAGATGATGTTTCTGCTGAAGTCATGGTc
gi|15 : aatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn---ATATTTTGCC------------TTG-AAAA--GA--AAGTGTCTATAAA------------TGTCAACAAAT------A------A---ACTGT-AAACATG-ACGCTAAAAAAT------A--AAAA--CAAAC-----T-------T----A------ATGAAGTTAA---TTTTTC-ACC--AAGG-AAA-GATGATGTTTCTGcag
gi|16 : GTGGAAGAAGA---TATA------GGTTCTGAA-TT------TA---CC---AGTCA-ATCTTAGCTGGA---------------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNNN-----N-NNNNNN-N------N---NNNNNNNNNNNNCATCATATTTTCG-AAAA--G---AATTGTCGATAAACTGACGTGTGATTGTCTACAAAT------A------A---ACTGT-AAACATG-ACAC-AAAAAA-------ATTAGAAA-CAAAC-----T-------A----A------ATTAAGGTCA---TTTTT----C--AA-A-AAA-AATGAtggtctgtaagaaatccaaagattttgcagcaaaataactgatataagataaaaaggcaaaatggagagtttgatgtccatttgaacagcttaacacaaaataccttagcaatttaagaggag
gi|17 : gggtaATAGCTGAATGGTTTCAGTTCAACT-----TGCTCCAT-C----------ATATTTTGCC------------TCGTAAAA--AT--AAATGTCTAa
gi|17 : aACATGTGACTATCAACAGAT------A------A---ACTGC-AAACATG-ACAC-AAAAAACT-----A--AAAAA-CAAAC-----T-------A----A------ATTAGGTTTG---TTTTTC-AC---AA-A-AAA-GATGTTTTTTCTGCTGAGTTCATGGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacatgtgactatcaacagataaactgcaaacatgacacaaaaaactaaaaaacaaactaaattaggtttgtttttcacaaaaaagatgttttttctgctgagttcatggccag
gi|18 : aatagctgaatggtttcagttcaacttgctccatcatattttgcctcgtaaaaataaatgtctannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTTTAAGTATCACT-----C-CCGT----------C---ATATTTTGCC------------TCG-AAAAAAGA--AAGCATCTATAAACTGATTTGTGATTGTCAACAAAT------G------A---ACTGT-AAATATG-ACGC-AAAAAACT-----A--AAAAG-CAAAC-----T-------A----A------ATTAAGTTTG---TTTTTC-ATC--AT-A-AAA-GATGATGTTGCTGCTGAGGTCATGGTccag
gi|19 : nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttttA---TTTA------GGTATTGAAATT------TA---CC---AGTCA-AACTCAGCAGGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNNN-----N-NNNNAC-C------CATCATATTTT-CC------------TCG-AAAA--GA--AAGCGTCTGTAAACTGACATGTGATTc
gi|19 : G-TAAAC-----T-------G----ACATGTGATTAAGTTCG---TTTTTTAACCAAAA-A-AAA-GATGATATTTCTGCTAAaagttcgttttttaaccaaaaaaaagatgatatttctgctaat
gi|2 : atttaggtattgaaatttaccagtcaaactcagcaggannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacccatcatattttcctcgaaaagaaagcgtct------C---ATAGTTTACC------------TCG-AAAA--GG--AAGTGTCTATACACTGACATGTGATTGTCAACAAAT------A------A---ACTGT-AAACATA-ATGC-A----------------------ATTC-----TTTTTCA-A----A------ATTAAGTTCA---TTTTTC-ACC--AA-ATAAA-GATTATGTTTCTGCTAAAGTt
gi|20 : gtgagggggtgaataagataaaggtattgaaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncat-C------C---ATATTTTGCC------------TCT-AAAA--GA--GAGTGTCTGTAAACTGACATGTGATTGTCAACAAAT------ACTAACAA---ACTGA-AAACATG-ATGC-AAAAAAC------A--AAAAATCAAAC-----T-------A----A------ATTAAGTCCA---TTTTTA-ACC--AA-A-AGA-GATGATGTTTCTGCTGAGGTCATGGTaactactcagcaatggtctgtatgaattgaaagattgagcaacaaaataactgatataagataaaaggcaaaatggaaagtctgatcaatgttcatttacccaagcaattaaagagg
gi|21 : TTTAAGTAT--CA-----C-CCCCAT-T----------ATAAGTTGCC------------TCG-AAAA--GA--AAGCATCTATGAACTGACATGTTATTGTCAACAAA-------A------ATTTACTGT-AAACGTG-ATGC-AAAAAAC------T--AAAAG-CAAAG-----T-------G----A-------TTAAGTTTG---TTTTTC-ACC--AA-A-AAAAGATGATGTTTCTGCTGAAGTCATGGTcaggagtnnnnnnnnnnn
gi|23 : TATTTTGCC------------TAG-AAAA--GA--AAGCGTCTATAAACCGACATGTGATTGTCAACAAAT------A------A---ATTGT-AAACATT-ACGC-AAAAAAC------T--CGAAA-CAAAC-----T-------A----A------ATAAAGTT-GTTCTTTTTT-GTC--AA-G-CAA-GATAATATAACCGATGAGGTCATGGT
gi|24 : TATGTGAAATAGGA---TATA------GGTATTGGAATT------TA---CC---AGTCA-AACTCAGTCGGA---------------ATTTTTCTTTTt
gi|26 : nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaaG-AAAA--GACAAAGCATATATAAATTGATAAGTGATTGTCAACAAAT------A------C---ACTGTAAAAAATG-ACAC-AAAAACCT-----G--AAAAA-CAAAC-----T-------A----A------ACTAAGTTCG---TTTTTC-ACT-----T-AAA-GACAACGTTTCTGCCGAGGTCATG
gi|27 : catgAATAAGA---TATA------AGTATTGAAGTT------TA---CC---GTTCA-AACTTAGCTGGA---------------ATTTGTCTTTTCCTTGCAGCCAG--AACATATAAGA---GTTTTAGTATCAC------C-CCGTA-------------ATGTTTTGCC------------T
gi|29 : tgggggtgggggagATAGGT---TGTA------GGTACTGAAATT------TA---CC---AGTCATAATCCAGTCATA---------------ATTTGACTTTT
gi|3 : tgt------C---ATAGTTTACC------------TCG-AAAA--GA--AAGTGTCTATACACTGACATGTGAATGTCAACAAAT------A------A---ACTGT-AAACATA-ACGC-AA------------------------T-----TTTTTTCAA----A------ATTAAGTTCA---TTTTTC-ACC--AA-ATAAA-GATGATGTTTCTGCTAATGTTAc
gi|30 : tggggtgaataagataaaagtattgaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncatATGTGAAATAAGA---TATA------GGTGTTGAAATC------TA---CC---AGTCA-AACTGAGCCGGA---------------ctactcagcaatggtctgtaagaattgaaagattgagcagcaaaataactgatataagataaaaggcaaaatgaaaagtctgatcgatgttcatttaccctagcaattaaagaggag
gi|31 : --AA-A-AGA-GATGATGTTACTGCTGAGGTCATGGT
gi|4 : ATTAAA---TATA------GGTATTGAAATT------TA---CC---AGTCA-Aca
gi|4 : tannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggggtgggggtgagggggcCCAGTCAACATGGCCAA---GTTTTAGTATCTAA-----C-CCTT----------T---ATGTTTTGCC------------TCG-AAAT--GA--A-GCATCTGTAAACTGACATATGATTATCAACAACT------A------A---ACTGT-AAATGTG-TCGC-AAAAAAA------A--AAAAG---------------------------------------------TTTTC-AC---AA-A-AAA-TATGATTTTT-------GGTCATGGTcatggccaagttttagtatctaaccctttatgttttgcctcgaaatgaagcatctgtaaactgacatatgattatcaacaactaaactgtaaatgtgtcgcaaaaaaaaaaaagttttcacaaaaaatatgatttttggtcatggtcaggattatgtcacagtacaatgtctcttgttcctatttttctagagcattggtatgcaattnnnnnnnnnnatttgtacacattctt
gi|5 : tannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggggtgggggtgagggggcattaaatataggtattgaaatttaTATGTGAAATAAGA---TAT------------TGAAATT------TA---CC---AGTCA-AACTCAACTGGA---------------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNC-CCCCAC-C------C---ATATTTTGCC------------TCT-AAAA--GA--GAGTGTCTGTAAACTGACATGTGATTGTCAACAAATACTAACA------A---ACTGA-AAACATG-ATGC-AAAAAAC------A--AAAAATCAAAC-----T-------A----A------ATTAAGTCCA---TTTTTA-ACC--AA-A-AGA-GATGATGTTTCTGCTGAGGTCATGGTcaggattatgtcacagtacaatgtctcttgttcctatttttctagagcattggtatgcaattnnnnnnnnnnatttgtacacattctt
gi|6 : aattaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAAATAAGA---TATACCGGTAGGTATTGAAGTT------CAAGCTC---AGCTG-GANNNNNNNNNN---------------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNNN-----N-NNNNNN-NNNNCATC---ATATTTT----------------TG-AAAA--GA--AATTGTTGATTA-CTGACATGTGAAATTCAACAAAT------A------A---ACTAT-AAACATG-ACGC-AAAAAAA------A--AA
gi|7 : gaggggatAAATAAGA---TATACCGGTAGGTATTGAAGTTCAAGCTTA---GCTGGANNNN-NNNNNNNNNNNN---------------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNNN-----N-NNNNAA-T------C---ATATTTT----------------TG-AAAA--GA--AATTGTTGATTA-CTGACATGTGATATTCAACAAAT------A------A---ATTAT-AAACATG-ATGC-AAAAAAA------A--AAAttaagatgtttctgctaatgtaaccactgagcaatggtctgtacgaaatccaaagattgagtagcaaaataactgatatatgataaaaggcaaaatggaaagtttaaacagctaaactcaaaatatcctagcaatttaaa
gi|8 : caggggagggggt---TGTA------GGTATTGAAATT------TA---AA---AGTCA-AACTAAGCAGGA---------------ttaagatgtttctgctaatgtaatgaaatccaaagattgagtagcataataaatcatatatgataaaaggcaaaatggaaagtttgatgtccatttaaacagctaaactcaaaatacccttgcaattta
gi|8 : gggggatggataagacatgcat---ATATTTTGCC------------TCT-ATAA--GA--AAGTGTCTATAAACTGACATGTGATTGTCAACA---------A------A---GTTGT-AAACATC-ACTA-AAAAAACTATAATA--AAAA---AAAA-----T-------A----A------ATTAAGTTAG---TTTTTC-A-T--AA-A-AAA-GATGATGTTTCTGCTAAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctgtgatattttgcctctataagaaagtgtctataaactgacatgtgattgtcaacaaagttgtaaacatcactaaaaaaactataataaaaaaaaataaattaagttagtttttcataaaaaagatgatgtttctgctaatataactactcagcaatgatctgtaagaaatccaaagatagatatccaagaataccaatatgatataca
gi|9 : gggggatggataagacatgcattgtaggtattgaaatttaaaagtcaaactaagcaggannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctgtgTATGTGAAATAAGA---TATA------GGTATT-AAATT------TA---CC---AATCA-AACGCAGCTGGANN-------------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNNN-----N-NCCCACAT------C---ATATTTGGCC------------TCG-ACAA--GA--AACTGTCTATAAACTGACATGTGATTGTCAACAAAT------A------C---ACTGT-AAACATG-AATC-AAAAAAT------A--AAAAG-CAAAC-----T-------A----A------ATTAAGTTC----TTTTTC-ACT--AA-A-AAA-GATGATtataactactcagcaatgatctgtaagaaatccaaagatagatatccaagaataccaatatgatataca
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|22 ): GGAATATATCGAGGCGATTGGTAAATTATCATGTAACTTGTATTAAAACAAATAAATGACCCTATATGATTAAAAAATAAATGACAAAATCAATAACAAATGGCAGTTTCCCTGGCTTACTGTTAACAATAATACCCTAGCAATTTAACA
Unaligned ( gi|25 ): AAAAGGCAAAATGGAAAGTTTGATGTCCATTTAAACAGCTAAACTCAAAATACCCTTGCAATTTAAGAGCCAAACTTGGTCTGTATTCAACAACAATAAGCTCTATATTACCTCCCCACTGTATGATGCAGCCTAACA
Unaligned ( gi|28 ): TTATGTCACAATACAATGCCATGTTCCTATTTTTCTAGAGCATTGGTATGCCATTTATATTTTAACATTTCTTAACTGTCATTTAA
Alignments
lowQualScore : 111111 222222222222222 33333333333333333 1111111111 1111111 1111111
lowQualScore : 555 666666 888888 555 555 9999999 2 0 333333333333333 1 0 66 0 555 1 55555555555555555 333 888888888888 1 22 22 0000000000 1 1 3 9999999 22 77 44444 1111111 4444 555555 88888 1 22 1 3 5
lowQualScore : ... ...... ...... ... ... ....... . . ............... . . .. . ... . ................. ... ............ . .. .. .......... . . . ....... .. .. ..... ....... .... ...... ..... . .. . . .
lowQualScore : 000 444444 222222 000 000 3333333 9 5 555555555555555 0 2 11 2 000 0 11111111111111111 000 999999999999 7 44 44 7777777777 8 8 6 0000000 55 00 88888 7777777 0000 555555 33333 9 55 8 6 5
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATGTGAAATAAGA---TATA------GGTATTGAAATT------TA---CC---AG-------TCA-AACTCAGCCGGA---------------ATTTGTCTTTTNCTTGCGGCCAG--AACATGGCCGA---GTTTNAGTATCA-C------C-CCCCAC-TCAT---ATTTTGCC------------TCG-AAAA--GA--AAGCGTCTATAAACTGACATGTGATTGTCAACAAATA------A---ACTGT-AAACATG-ACGC-AAAAAAC------A--AAAAG-CAAAC-----T-------A----A------ATTAAGTTCG---TTTTTC-ACC--AA-A-AAA-GATGATGTTTCTGCTGAGGTCATGGT
Reference ( family-4379 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATGTGAAATAAGA---TATA------GGTATTGAAATT------TA---CC---AG-------TCA-AACTCAGCCGGA---------------ATTTGTCTTTTNCTTGCGGCCAG--AACATGGCCGA---GTTTNAGTATCA-CN-----C-CCCCAC-TCAT---ATTTTGCC------------TCG-AAAA--GA--AAGCGTCTATAAACTGACATGTGATTGTCAACAAATA------A---ACTGT-AAACATG-ACGC-AAAAAAC------A--AAAAG-CAAAC-----T-------A----A------ATTAAGTTCG---TTTTTC-ACC--AA-A-AAA-GATGATGTTTCTGCTGAGGTCATGGT
gi|1 : AAGACGTTATA------GGTTCTGAAATT------AA---CC---AG-------TCA-AACTCAGCCAGA---------------CTTTG
gi|1 : ggggggg-TCAT---ATTT---C------------T-G-AAAA--GA--AAGTGTCGATAAACTGACATGTGATTGTCAACAAATA------A---ACTGT-AAACATGAATAA-AAAAAAT------A--AAAAA-CAAAC-----T-------A----A------ATTAAGTTCA---TTTTTC-ACC--AA-A-AAA-AA-GATATTTCTGCTAATGTAATgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaatcatatttctgaaaagaaagtgtcgataaactgacatgtgattgtcaacaaataaactgtaaacatgaataaaaaaaataaaaaacaaactaaattaagttcatttttcaccaaaaaaaagatatttctgctaatgtaattactcagcaatggtctgtaagaaatttacagattgagcagcaaaatatatgatataagataaaaggaaaatttgaacatttgaacagccaaacacaaaaatactcaatttaaaaggagtttg
gi|10 : gggggggaagacgttataggttctgaaattaaccagtcaaactcagccagactttggannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaaTATGTGAAGAAAGC---TGTA------TGTATTGAAATT------TA---CT---AG-------TCG-CACTCAGCCAGA---------------ATTTGTATTTTACTTGCGGCCAG--AGTCTCGGCGA---GTTTAAGTGTAA----------CCCCA--TCAG---ATTTTGCT------------TGG-AAAA--GA--AAGCATCT----ACTG-------------GACAAATA------G---ACTGT-TAATATG-ACGC-AAAAACT------A--AAAAG-C-AAC-----C-------A----A------AGTAAGTT-----------------AA-A-AAA-TATGGTGTTTCTGCTGAGGTCAAGGTtactcagcaatggtctgtaagaaatttacagattgagcagcaaaatatatgatataagataaaaggaaaatttgaacatttgaacagccaaacacaaaaatactcaatttaaaaggagtttg
gi|11 : gnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn---GTTTTAGTATCA-A---------CCCA--TCAT---ATTTTGCC------------TCA-AAAA--GA--AATTGTCTAAAAACTGATGTGTGATTGTCCACAAATA------A---ACTGT-AAACATG-ATGCAAAAAAACAA----A--AAAAA-CAAACGAAATT-------AATTTA------ATTAAGTTAA---TTTTTC-ACC--AA-A-AAATGATGATGTTTCTGCTAATGTc
gi|12 : TGGCCAA---GTTTTAGTATCA-C---------CCCACATCAT---ATTTTGCT------------TTG-AAAA--GA--AATCCTCTATAAACTGACATATAGTTATCAACAAATA------A---ACTGT-AAACATG-ACGC-AAAATACTA----A--AAAAG-TAAAC-----T-------A----A------TTTAAGTTTG---TTTTTC-ACC--AA-A-AAA-GATAATGTTTCTGCTGAGGTCACGGTaaatactgacagcaacacaataattgatatacaataaaaggcaaaatggaagatagatgtccatttgaacagcttaacacaaaatatcccagcaatttcagagga
gi|13 : atnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTGGCCGA---GTTTTAGTATCG-C---------CCCACATCAT---ATTTTGCT------------TTG-AAAA--GA--AATCCTCTATAAACTGACATATGGTTATCAACAAATA------A---ACTGT-AAACATG-ACGC-AAAATACTA----A--AAAAG-TAAAC-----T-------A----A------TTTAAGTTTG---TTTTTC-ACC--AA-A-AAA-GATAATGTTTCTGCTGAGGTCACGGTc
gi|14 : atnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn---GTTTAAGTATCA-C--------CCCCAT-T-AT---AAGTTGCC------------TCG-AAAA--GA--AAGCATCTATGAACTGACATGTTATTGTCAACAAA-A------ATTTACTGT-AAACGTG-ATGC-AAAAAAC------T--AAAAG-CAAAG-----T-------G----A-------TTAAGTTTG---TTTTTC-ACC--AA-A-AAAAGATGATGTTTCTGCTGAAGTCATGGTc
gi|15 : aatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAT---ATTTTGCC------------TTG-AAAA--GA--AAGTGTCTATAAA------------TGTCAACAAATA------A---ACTGT-AAACATG-ACGCTAAAAAAT------A--AAAA--CAAAC-----T-------T----A------ATGAAGTTAA---TTTTTC-ACC--AAGG-AAA-GATGATGTTTCTGcag
gi|16 : GTGGAAGAAGA---TATA------GGTTCTGAA-TT------TA---CC---AG-------TCA-ATCTTAGCTGGA---------------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNN-NN-----N-NNNNNN-NNNN---NNNNNNNNNNCATCATATTTTCG-AAAA--G---AATTGTCGATAAACTGACGTGTGATTGTCTACAAATA------A---ACTGT-AAACATG-ACAC-AAAAAA-------ATTAGAAA-CAAAC-----T-------A----A------ATTAAGGTCA---TTTTT----C--AA-A-AAA-AATGAtggtctgtaagaaatccaaagattttgcagcaaaataactgatataagataaaaaggcaaaatggagagtttgatgtccatttgaacagcttaacacaaaataccttagcaatttaagaggag
gi|17 : gggtaATAGCTGAATGGTTTCAGT-TCAACT-----TGCTCCA--TCAT---ATTTTGCC------------TCGTAAAA--AT--AAATGTCTAa
gi|17 : aACATGTGACTATCAACAGATA------A---ACTGC-AAACATG-ACAC-AAAAAACT-----A--AAAAA-CAAAC-----T-------A----A------ATTAGGTTTG---TTTTTC-AC---AA-A-AAA-GATGTTTTTTCTGCTGAGTTCATGGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacatgtgactatcaacagataaactgcaaacatgacacaaaaaactaaaaaacaaactaaattaggtttgtttttcacaaaaaagatgttttttctgctgagttcatggccag
gi|18 : aatagctgaatggtttcagttcaacttgctccatcatattttgcctcgtaaaaataaatgtctannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTTTAAGTATCA-CT-----C-CCG----TCAT---ATTTTGCC------------TCG-AAAAAAGA--AAGCATCTATAAACTGATTTGTGATTGTCAACAAATG------A---ACTGT-AAATATG-ACGC-AAAAAACT-----A--AAAAG-CAAAC-----T-------A----A------ATTAAGTTTG---TTTTTC-ATC--AT-A-AAA-GATGATGTTGCTGCTGAGGTCATGGTccag
gi|19 : nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttttA---TTTA------GGTATTGAAATT------TA---CC---AG-------TCA-AACTCAGCAGGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNN-NN-----N-NNNNAC-CCATCATATTTT-CC------------TCG-AAAA--GA--AAGCGTCTGTAAACTGACATGTGATTc
gi|19 : G-TAAAC-----T-------G----ACATGTGATTAAGTTCG---TTTTTTAACCAAAA-A-AAA-GATGATATTTCTGCTAAaagttcgttttttaaccaaaaaaaagatgatatttctgctaat
gi|2 : atttaggtattgaaatttaccagtcaaactcagcaggannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacccatcatattttcctcgaaaagaaagcgtct-TCAT---AGTTTACC------------TCG-AAAA--GG--AAGTGTCTATACACTGACATGTGATTGTCAACAAATA------A---ACTGT-AAACATA-ATGC-A----------------------ATTC-----TTTTTCA-A----A------ATTAAGTTCA---TTTTTC-ACC--AA-ATAAA-GATTATGTTTCTGCTAAAGTt
gi|20 : gtgagggggtgaataagataaaggtattgaaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncaCAT---ATTTTGCC------------TCT-AAAA--GA--GAGTGTCTGTAAACTGACATGTGATTGTCAACAAATACTAACAA---ACTGA-AAACATG-ATGC-AAAAAAC------A--AAAAATCAAAC-----T-------A----A------ATTAAGTCCA---TTTTTA-ACC--AA-A-AGA-GATGATGTTTCTGCTGAGGTCATGGTaactactcagcaatggtctgtatgaattgaaagattgagcaacaaaataactgatataagataaaaggcaaaatggaaagtctgatcaatgttcatttacccaagcaattaaagagg
gi|21 : cTTTAAGTATCA-C--------CCCCAT-T-AT---AAGTTGCC------------TCG-AAAA--GA--AAGCATCTATGAACTGACATGTTATTGTCAACAAA-A------ATTTACTGT-AAACGTG-ATGC-AAAAAAC------T--AAAAG-CAAAG-----T-------G----A-------TTAAGTTTG---TTTTTC-ACC--AA-A-AAAAGATGATGTTTCTGCTGAAGTCATGGTcaggagtnnnnnnnnnnn
gi|23 : T---ATTTTGCC------------TAG-AAAA--GA--AAGCGTCTATAAACCGACATGTGATTGTCAACAAATA------A---ATTGT-AAACATT-ACGC-AAAAAAC------T--CGAAA-CAAAC-----T-------A----A------ATAAAGTT-GTTCTTTTTT-GTC--AA-G-CAA-GATAATATAACCGATGAGGTCATGGT
gi|24 : TATGTGAAATAGGA---TATA------GGTATTGGAATT------TA---CC---AG-------TCA-AACTCAGTCGGA---------------ATTTTTCTTTTt
gi|26 : nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaaG-AAAA--GACAAAGCATATATAAATTGATAAGTGATTGTCAACAAATA------C---ACTGTAAAAAATG-ACAC-AAAAACCT-----G--AAAAA-CAAAC-----T-------A----A------ACTAAGTTCG---TTTTTC-ACT-----T-AAA-GACAACGTTTCTGCCGAGGTCATG
gi|27 : catgAATAAGA---TATA------AGTATTGAAGTT------TA---CC---GT-------TCA-AACTTAGCTGGA---------------ATTTGTCTTTTCCTTGCAGCCAG--AACATATAAGA---GTTTTAGTATCA-CC-----C-C----G-TAAT---GTTTTGCC------------T
gi|29 : tgggggtgggggagATAGGT---TGTA------GGTACTGAAATT------TA---CC---AG-------TCATAATCCAGTCATA---------------ATTTGACTTTT
gi|3 : tgt-TCAT---AGTTTACC------------TCG-AAAA--GA--AAGTGTCTATACACTGACATGTGAATGTCAACAAATA------A---ACTGT-AAACATA-ACGC-AA------------------------T-----TTTTTTCAA----A------ATTAAGTTCA---TTTTTC-ACC--AA-ATAAA-GATGATGTTTCTGCTAATGTTAc
gi|30 : tggggtgaataagataaaagtattgaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncaATGTGAAATAAGA---TATA------GGTGTTGAAATC------TA---CC---AG-------TCA-AACTGAGCCGGA---------------ctactcagcaatggtctgtaagaattgaaagattgagcagcaaaataactgatataagataaaaggcaaaatgaaaagtctgatcgatgttcatttaccctagcaattaaagaggag
gi|31 : --AA-A-AGA-GATGATGTTACTGCTGAGGTCATGGT
gi|4 : ATTAAA---TATA------GGTATTGAAATT------TA---CC---AG-------TCA-Aca
gi|4 : tannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggggtgggggtgagggggcCCAGTCAACATGGCCAA---GTTTTAGTATCT-AA-----C-CCT----TTAT---GTTTTGCC------------TCG-AAAT--GA--A-GCATCTGTAAACTGACATATGATTATCAACAACTA------A---ACTGT-AAATGTG-TCGC-AAAAAAA------A--AAAAG---------------------------------------------TTTTC-AC---AA-A-AAA-TATGATTTTT-------GGTCATGGTcatggccaagttttagtatctaaccctttatgttttgcctcgaaatgaagcatctgtaaactgacatatgattatcaacaactaaactgtaaatgtgtcgcaaaaaaaaaaaagttttcacaaaaaatatgatttttggtcatggtcaggattatgtcacagtacaatgtctcttgttcctatttttctagagcattggtatgcaattnnnnnnnnnnatttgtacacattctt
gi|5 : tannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggggtgggggtgagggggcattaaatataggtattgaaatttaTATGTGAAATAAGA---TAT------------TGAAATT------TA---CC---AG-------TCA-AACTCAACTGGA---------------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNN-NNNNNNNC-CCCCAC-CCAT---ATTTTGCC------------TCT-AAAA--GA--GAGTGTCTGTAAACTGACATGTGATTGTCAACAAATACTAACAA---ACTGA-AAACATG-ATGC-AAAAAAC------A--AAAAATCAAAC-----T-------A----A------ATTAAGTCCA---TTTTTA-ACC--AA-A-AGA-GATGATGTTTCTGCTGAGGTCATGGTcaggattatgtcacagtacaatgtctcttgttcctatttttctagagcattggtatgcaattnnnnnnnnnnatttgtacacattctt
gi|6 : aattaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAAATAAGA---TATACCGGTAGGTATTGAAGTT------CAAGCTC---AGCTGGANNNNN-NNNNNNNNNNNN---------------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNN-NN-----N-NNNCA--TCAT---ATTTT----------------TG-AAAA--GA--AATTGTTGATTA-CTGACATGTGAAATTCAACAAATA------A---ACTAT-AAACATG-ACGC-AAAAAAA------A--AA
gi|7 : gaggggatAAATAAGA---TATACCGGTAGGTATTGAAGTTCAAGCTTA---GCTGGAN-------NNN-NNNNNNNNNNNN---------------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNN-NN-----N-NNNNAA-TCAT---ATTTT----------------TG-AAAA--GA--AATTGTTGATTA-CTGACATGTGATATTCAACAAATA------A---ATTAT-AAACATG-ATGC-AAAAAAA------A--AAAttaagatgtttctgctaatgtaaccactgagcaatggtctgtacgaaatccaaagattgagtagcaaaataactgatatatgataaaaggcaaaatggaaagtttaaacagctaaactcaaaatatcctagcaatttaaa
gi|8 : caggggagggggt---TGTA------GGTATTGAAATT------TA---AA---AG-------TCA-AACTAAGCAGGA---------------ttaagatgtttctgctaatgtaatgaaatccaaagattgagtagcataataaatcatatatgataaaaggcaaaatggaaagtttgatgtccatttaaacagctaaactcaaaatacccttgcaattta
gi|8 : gggggatggataagacatgcatAT---ATTTTGCC------------TCT-ATAA--GA--AAGTGTCTATAAACTGACATGTGATTGTCAACA---A------A---GTTGT-AAACATC-ACTA-AAAAAACTATAATA--AAAA---AAAA-----T-------A----A------ATTAAGTTAG---TTTTTC-A-T--AA-A-AAA-GATGATGTTTCTGCTAAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctgtgatattttgcctctataagaaagtgtctataaactgacatgtgattgtcaacaaagttgtaaacatcactaaaaaaactataataaaaaaaaataaattaagttagtttttcataaaaaagatgatgtttctgctaatataactactcagcaatgatctgtaagaaatccaaagatagatatccaagaataccaatatgatataca
gi|9 : gggggatggataagacatgcattgtaggtattgaaatttaaaagtcaaactaagcaggannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctgtgTATGTGAAATAAGA---TATA------GGTATT-AAATT------TA---CC---AA-------TCA-AACGCAGCTGGANN-------------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNN-NN-----N-NCCCACATCAT---ATTTGGCC------------TCG-ACAA--GA--AACTGTCTATAAACTGACATGTGATTGTCAACAAATA------C---ACTGT-AAACATG-AATC-AAAAAAT------A--AAAAG-CAAAC-----T-------A----A------ATTAAGTTC----TTTTTC-ACT--AA-A-AAA-GATGATtataactactcagcaatgatctgtaagaaatccaaagatagatatccaagaataccaatatgatataca
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|22 ): GGAATATATCGAGGCGATTGGTAAATTATCATGTAACTTGTATTAAAACAAATAAATGACCCTATATGATTAAAAAATAAATGACAAAATCAATAACAAATGGCAGTTTCCCTGGCTTACTGTTAACAATAATACCCTAGCAATTTAACA
Unaligned ( gi|25 ): AAAAGGCAAAATGGAAAGTTTGATGTCCATTTAAACAGCTAAACTCAAAATACCCTTGCAATTTAAGAGCCAAACTTGGTCTGTATTCAACAACAATAAGCTCTATATTACCTCCCCACTGTATGATGCAGCCTAACA
Unaligned ( gi|28 ): TTATGTCACAATACAATGCCATGTTCCTATTTTTCTAGAGCATTGGTATGCCATTTATATTTTAACATTTCTTAACTGTCATTTAA
Alignments
lowQualScore : 111111 11111111 22222 1111111111 1111111 1111111
lowQualScore : 555 666666 888888 555 6666 00000000 2 0 1 77 0 555 1 33 88888888888 444 88888 1 1 22 22 0000000000 1 1 3 9999999 22 77 44444 1111111 4444 555555 88888 1 22 1 3 5
lowQualScore : ... ...... ...... ... .... ........ . . . .. . ... . .. ........... ... ..... . . .. .. .......... . . . ....... .. .. ..... ....... .... ...... ..... . .. . . .
lowQualScore : 000 444444 222222 000 1111 44444444 9 5 0 99 1 888 0 99 88888888888 777 44444 2 7 44 44 7777777777 8 8 6 0000000 55 00 88888 7777777 0000 555555 33333 9 55 8 6 5
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATGTGAAATAAGA---TATA------GGTATTGAAAT------TTA---CC----AG--------TCA-AACTCAGCCGGAATTTGTCTTTTNCTTGCGGCCAG--AACATGGCCGA---GTTTNAGTATC--AC------C---C---CCCA--TCATATTTTGCCTCG-AAAA--GA--AAGCGTCTATAAACTGACATGTGATTGTCAACAAATA------A---ACTGT-AAACATG-ACGC-AAAAAAC------A--AAAAG-CAAAC-----T-------A----A------ATTAAGTTCG---TTTTTC-ACC--AA-A-AAA-GATGATGTTTCTGCTGAGGTCATGGT
Reference ( family-4379 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATGTGAAATAAGA---TATA------GGTATTGAAAT------TTA---CC----AG--------TCA-AACTCAGCCGGAATTTGTCTTTTNCTTGCGGCCAG--AACATGGCCGA---GTTTNAGTATC--AC------C---C---CCCAC-TCATATTTTGCCTCG-AAAA--GA--AAGCGTCTATAAACTGACATGTGATTGTCAACAAATA------A---ACTGT-AAACATG-ACGC-AAAAAAC------A--AAAAG-CAAAC-----T-------A----A------ATTAAGTTCG---TTTTTC-ACC--AA-A-AAA-GATGATGTTTCTGCTGAGGTCATGGT
gi|1 : AAGACGTTATA------GGTTCTGAAAT------TAA---CC----AG--------TCA-AACTCAGCCAGACTTTG
gi|1 : ggggggg-TCATATTT---CT-G-AAAA--GA--AAGTGTCGATAAACTGACATGTGATTGTCAACAAATA------A---ACTGT-AAACATGAATAA-AAAAAAT------A--AAAAA-CAAAC-----T-------A----A------ATTAAGTTCA---TTTTTC-ACC--AA-A-AAA-AA-GATATTTCTGCTAATGTAATgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaatcatatttctgaaaagaaagtgtcgataaactgacatgtgattgtcaacaaataaactgtaaacatgaataaaaaaaataaaaaacaaactaaattaagttcatttttcaccaaaaaaaagatatttctgctaatgtaattactcagcaatggtctgtaagaaatttacagattgagcagcaaaatatatgatataagataaaaggaaaatttgaacatttgaacagccaaacacaaaaatactcaatttaaaaggagtttg
gi|10 : gggggggaagacgttataggttctgaaattaaccagtcaaactcagccagactttggannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaaTATGTGAAGAAAGC---TGTA------TGTATTGAAAT------TTA---CT----AG--------TCG-CACTCAGCCAGAATTTGTATTTTACTTGCGGCCAG--AGTCTCGGCGA---GTTTAAGTGTA--A-----------C---CCCA--TCAGATTTTGCTTGG-AAAA--GA--AAGCATCT----ACTG-------------GACAAATA------G---ACTGT-TAATATG-ACGC-AAAAACT------A--AAAAG-C-AAC-----C-------A----A------AGTAAGTT-----------------AA-A-AAA-TATGGTGTTTCTGCTGAGGTCAAGGTtactcagcaatggtctgtaagaaatttacagattgagcagcaaaatatatgatataagataaaaggaaaatttgaacatttgaacagccaaacacaaaaatactcaatttaaaaggagtttg
gi|11 : gnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn---GTTTTAGTATC--AA------C---C---C--A--TCATATTTTGCCTCA-AAAA--GA--AATTGTCTAAAAACTGATGTGTGATTGTCCACAAATA------A---ACTGT-AAACATG-ATGCAAAAAAACAA----A--AAAAA-CAAACGAAATT-------AATTTA------ATTAAGTTAA---TTTTTC-ACC--AA-A-AAATGATGATGTTTCTGCTAATGTc
gi|12 : TGGCCAA---GTTTTAGTATC--AC------C---C---CACA--TCATATTTTGCTTTG-AAAA--GA--AATCCTCTATAAACTGACATATAGTTATCAACAAATA------A---ACTGT-AAACATG-ACGC-AAAATACTA----A--AAAAG-TAAAC-----T-------A----A------TTTAAGTTTG---TTTTTC-ACC--AA-A-AAA-GATAATGTTTCTGCTGAGGTCACGGTaaatactgacagcaacacaataattgatatacaataaaaggcaaaatggaagatagatgtccatttgaacagcttaacacaaaatatcccagcaatttcagagga
gi|13 : atnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTGGCCGA---GTTTTAGTATC--GC------C---C---CACA--TCATATTTTGCTTTG-AAAA--GA--AATCCTCTATAAACTGACATATGGTTATCAACAAATA------A---ACTGT-AAACATG-ACGC-AAAATACTA----A--AAAAG-TAAAC-----T-------A----A------TTTAAGTTTG---TTTTTC-ACC--AA-A-AAA-GATAATGTTTCTGCTGAGGTCACGGTc
gi|14 : atnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn---GTTTAAGTATC--AC------C---C---CC-AT-T-ATAAGTTGCCTCG-AAAA--GA--AAGCATCTATGAACTGACATGTTATTGTCAACAAA-A------ATTTACTGT-AAACGTG-ATGC-AAAAAAC------T--AAAAG-CAAAG-----T-------G----A-------TTAAGTTTG---TTTTTC-ACC--AA-A-AAAAGATGATGTTTCTGCTGAAGTCATGGTc
gi|15 : aatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnATATTTTGCCTTG-AAAA--GA--AAGTGTCTATAAA------------TGTCAACAAATA------A---ACTGT-AAACATG-ACGCTAAAAAAT------A--AAAA--CAAAC-----T-------T----A------ATGAAGTTAA---TTTTTC-ACC--AAGG-AAA-GATGATGTTTCTGcag
gi|16 : GTGGAAGAAGA---TATA------GGTTCTGAA-T------TTA---CC----AG--------TCA-ATCTTAGCTGGAtggtctgtaagaaatccaaagattttgcagcaaaataactgatataagataaaaaggcaaaatggagagtttgatgtccatttgaacagcttaacacaaaataccttagcaatttaagaggag
gi|16 : gggta-TCATATTTT----CG-AAAA--GA--A-TTGTCGATAAACTGACGTGTGATTGTCTACAAATA------A---ACTGT-AAACATG-ACAC-AAAAAA-------ATTAGAAA-CAAAC-----T-------A----A------ATTAAGGTCA---TTTTT----C--AA-A-AAA-AATGAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncatcatattttcgaaaagaattgtcgataaactgacgtgtgattgtctacaaataaactgtaaacatgacacaaaaaaattagaaacaaactaaattaaggtcatttttcaaaaaaaatgaa
gi|17 : gggtagtggaagaagatataggttctgaatttaccagtcaatcttagctggannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncaATAGCTGAATGGTTTCAGT-TC--AA------CTTGC---TCCA--TCATATTTTGCCTCGTAAAA--AT--AAATGTCTAa
gi|17 : aACATGTGACTATCAACAGATA------A---ACTGC-AAACATG-ACAC-AAAAAACT-----A--AAAAA-CAAAC-----T-------A----A------ATTAGGTTTG---TTTTTC-AC---AA-A-AAA-GATGTTTTTTCTGCTGAGTTCATGGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacatgtgactatcaacagataaactgcaaacatgacacaaaaaactaaaaaacaaactaaattaggtttgtttttcacaaaaaagatgttttttctgctgagttcatggccag
gi|18 : aatagctgaatggtttcagttcaacttgctccatcatattttgcctcgtaaaaataaatgtctannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTTTAAGTATC--AC------T---C---CCG---TCATATTTTGCCTCG-AAAAAAGA--AAGCATCTATAAACTGATTTGTGATTGTCAACAAATG------A---ACTGT-AAATATG-ACGC-AAAAAACT-----A--AAAAG-CAAAC-----T-------A----A------ATTAAGTTTG---TTTTTC-ATC--AT-A-AAA-GATGATGTTGCTGCTGAGGTCATGGTccag
gi|19 : nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttttA---TTTA------GGTATTGAAAT------TTA---CC----AG--------TCA-AACTCAGCAGGAc
gi|19 : ---CCCA--TCATATTTT-CCTCG-AAAA--GA--AAGCGTCTGTAAACTGACATGTGATTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacccatcatattttcctcgaaaagaaagcgtctgtaaactgacatgtgattaagttcgttttttaaccaaaaaaaagatgatatttctgctaat
gi|19 : atttaggtattgaaatttaccagtcaaactcagcaggannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaG-TAAAC-----T-------G----ACATGTGATTAAGTTCG---TTTTTTAACCAAAA-A-AAA-GATGATATTTCTGCTAAaagttcgttttttaaccaaaaaaaagatgatatttctgctaat
gi|2 : atttaggtattgaaatttaccagtcaaactcagcaggannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacccatcatattttcctcgaaaagaaagcgtct-TCATAGTTTACCTCG-AAAA--GG--AAGTGTCTATACACTGACATGTGATTGTCAACAAATA------A---ACTGT-AAACATA-ATGC-A----------------------ATTC-----TTTTTCA-A----A------ATTAAGTTCA---TTTTTC-ACC--AA-ATAAA-GATTATGTTTCTGCTAAAGTt
gi|20 : gtgagggggtgaataagataaaggtattgaaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncaCATATTTTGCCTCT-AAAA--GA--GAGTGTCTGTAAACTGACATGTGATTGTCAACAAATACTAACAA---ACTGA-AAACATG-ATGC-AAAAAAC------A--AAAAATCAAAC-----T-------A----A------ATTAAGTCCA---TTTTTA-ACC--AA-A-AGA-GATGATGTTTCTGCTGAGGTCATGGTaactactcagcaatggtctgtatgaattgaaagattgagcaacaaaataactgatataagataaaaggcaaaatggaaagtctgatcaatgttcatttacccaagcaattaaagagg
gi|21 : cTTTAAGTATC--AC------C---C---CC-AT-T-ATAAGTTGCCTCG-AAAA--GA--AAGCATCTATGAACTGACATGTTATTGTCAACAAA-A------ATTTACTGT-AAACGTG-ATGC-AAAAAAC------T--AAAAG-CAAAG-----T-------G----A-------TTAAGTTTG---TTTTTC-ACC--AA-A-AAAAGATGATGTTTCTGCTGAAGTCATGGTcaggagtnnnnnnnnnnn
gi|23 : TATTTTGCCTAG-AAAA--GA--AAGCGTCTATAAACCGACATGTGATTGTCAACAAATA------A---ATTGT-AAACATT-ACGC-AAAAAAC------T--CGAAA-CAAAC-----T-------A----A------ATAAAGTT-GTTCTTTTTT-GTC--AA-G-CAA-GATAATATAACCGATGAGGTCATGGT
gi|24 : TATGTGAAATAGGA---TATA------GGTATTGGAAT------TTA---CC----AG--------TCA-AACTCAGTCGGAATTTTTCTTTTt
gi|26 : nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaaG-AAAA--GACAAAGCATATATAAATTGATAAGTGATTGTCAACAAATA------C---ACTGTAAAAAATG-ACAC-AAAAACCT-----G--AAAAA-CAAAC-----T-------A----A------ACTAAGTTCG---TTTTTC-ACT-----T-AAA-GACAACGTTTCTGCCGAGGTCATG
gi|27 : catgAATAAGA---TATA------AGTATTGAAGT------TTA---CC----GT--------TCA-AACTTAGCTGGAATTTGTCTTTTCCTTGCAGCCAG--AACATATAAGA---GTTTTAGTATC--AC------C---C---CGTA----ATGTTTTGCCT
gi|29 : tgggggtgggggagATAGGT---TGTA------GGTACTGAAAT------TTA---CC----AG--------TCATAATCCAGTCATAATTTGACTTTT
gi|3 : tgt-TCATAGTTTACCTCG-AAAA--GA--AAGTGTCTATACACTGACATGTGAATGTCAACAAATA------A---ACTGT-AAACATA-ACGC-AA------------------------T-----TTTTTTCAA----A------ATTAAGTTCA---TTTTTC-ACC--AA-ATAAA-GATGATGTTTCTGCTAATGTTAc
gi|30 : tggggtgaataagataaaagtattgaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncaATGTGAAATAAGA---TATA------GGTGTTGAAAT------CTA---CC----AG--------TCA-AACTGAGCCGGActactcagcaatggtctgtaagaattgaaagattgagcagcaaaataactgatataagataaaaggcaaaatgaaaagtctgatcgatgttcatttaccctagcaattaaagaggag
gi|31 : --AA-A-AGA-GATGATGTTACTGCTGAGGTCATGGT
gi|4 : ATTAAA---TATA------GGTATTGAAAT------TTA---CC----AG--------TCA-Aca
gi|4 : tannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggggtgggggtgagggggcCCAGTCAACATGGCCAA---GTTTTAGTATCTAAC------C---C---T-----TTATGTTTTGCCTCG-AAAT--GA--A-GCATCTGTAAACTGACATATGATTATCAACAACTA------A---ACTGT-AAATGTG-TCGC-AAAAAAA------A--AAAAG---------------------------------------------TTTTC-AC---AA-A-AAA-TATGATTTTT-------GGTCATGGTcatggccaagttttagtatctaaccctttatgttttgcctcgaaatgaagcatctgtaaactgacatatgattatcaacaactaaactgtaaatgtgtcgcaaaaaaaaaaaagttttcacaaaaaatatgatttttggtcatggtcaggattatgtcacagtacaatgtctcttgttcctatttttctagagcattggtatgcaattnnnnnnnnnnatttgtacacattctt
gi|5 : tannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggggtgggggtgagggggcattaaatataggtattgaaatttaTATGTGAAATAAGA---TAT------------TGAAAT------TTA---CC----AG--------TCA-AACTCAACTGGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNN--NNNNNNNNC---C---CCCAC-CCATATTTTGCCTCT-AAAA--GA--GAGTGTCTGTAAACTGACATGTGATTGTCAACAAATACTAACAA---ACTGA-AAACATG-ATGC-AAAAAAC------A--AAAAATCAAAC-----T-------A----A------ATTAAGTCCA---TTTTTA-ACC--AA-A-AGA-GATGATGTTTCTGCTGAGGTCATGGTcaggattatgtcacagtacaatgtctcttgttcctatttttctagagcattggtatgcaattnnnnnnnnnnatttgtacacattctt
gi|6 : aattaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAAATAAGA---TATACCGGTAGGTATTGAAGT------TCAAGCTC----AGCTGGANNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNN--NN------N---N---NNCA--TCATATTTT----TG-AAAA--GA--AATTGTTGATTA-CTGACATGTGAAATTCAACAAATA------A---ACTAT-AAACATG-ACGC-AAAAAAA------A--AA
gi|7 : gaggggatAAATAAGA---TATACCGGTAGGTATTGAAGTTCAAGCTTA---GCTGGANN--------NNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNN--NN------N---N---NNNAA-TCATATTTT----TG-AAAA--GA--AATTGTTGATTA-CTGACATGTGATATTCAACAAATA------A---ATTAT-AAACATG-ATGC-AAAAAAA------A--AAAttaagatgtttctgctaatgtaaccactgagcaatggtctgtacgaaatccaaagattgagtagcaaaataactgatatatgataaaaggcaaaatggaaagtttaaacagctaaactcaaaatatcctagcaatttaaa
gi|8 : caggggagggggt---TGTA------GGTATTGAAAT------TTA---AA----AG--------TCA-AACTAAGCAGGAttaagatgtttctgctaatgtaatgaaatccaaagattgagtagcataataaatcatatatgataaaaggcaaaatggaaagtttgatgtccatttaaacagctaaactcaaaatacccttgcaattta
gi|8 : gggggatggataagacatgcatATATTTTGCCTCT-ATAA--GA--AAGTGTCTATAAACTGACATGTGATTGTCAACA---A------A---GTTGT-AAACATC-ACTA-AAAAAACTATAATA--AAAA---AAAA-----T-------A----A------ATTAAGTTAG---TTTTTC-A-T--AA-A-AAA-GATGATGTTTCTGCTAAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctgtgatattttgcctctataagaaagtgtctataaactgacatgtgattgtcaacaaagttgtaaacatcactaaaaaaactataataaaaaaaaataaattaagttagtttttcataaaaaagatgatgtttctgctaatataactactcagcaatgatctgtaagaaatccaaagatagatatccaagaataccaatatgatataca
gi|9 : gggggatggataagacatgcattgtaggtattgaaatttaaaagtcaaactaagcaggannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctgtgTATGTGAAATAAGA---TATA------GGTATT-AAAT------TTA---CC----AA--------TCA-AACGCAGCTGGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNN--NN------N---NNNNCCCACATCATATTTGGCCTCG-ACAA--GA--AACTGTCTATAAACTGACATGTGATTGTCAACAAATA------C---ACTGT-AAACATG-AATC-AAAAAAT------A--AAAAG-CAAAC-----T-------A----A------ATTAAGTTC----TTTTTC-ACT--AA-A-AAA-GATGATtataactactcagcaatgatctgtaagaaatccaaagatagatatccaagaataccaatatgatataca
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|22 ): GGAATATATCGAGGCGATTGGTAAATTATCATGTAACTTGTATTAAAACAAATAAATGACCCTATATGATTAAAAAATAAATGACAAAATCAATAACAAATGGCAGTTTCCCTGGCTTACTGTTAACAATAATACCCTAGCAATTTAACA
Unaligned ( gi|25 ): AAAAGGCAAAATGGAAAGTTTGATGTCCATTTAAACAGCTAAACTCAAAATACCCTTGCAATTTAAGAGCCAAACTTGGTCTGTATTCAACAACAATAAGCTCTATATTACCTCCCCACTGTATGATGCAGCCTAACA
Unaligned ( gi|28 ): TTATGTCACAATACAATGCCATGTTCCTATTTTTCTAGAGCATTGGTATGCCATTTATATTTTAACATTTCTTAACTGTCATTTAA
Alignments
lowQualScore : 111111 11111111 22222222222 1111111111 1111111 1111111
lowQualScore : 555 666666 555 00000000 2 0 1 99 666 1 44 11111111111 55 1 1 1 22 22 0000000000 1 1 3 9999999 22 77 44444 1111111 4444 555555 88888 1 22 1 3 5
lowQualScore : ... ...... ... ........ . . . .. ... . .. ........... .. . . . .. .. .......... . . . ....... .. .. ..... ....... .... ...... ..... . .. . . .
lowQualScore : 000 444444 000 44444444 9 8 0 22 444 0 22 99999999999 11 8 2 7 44 44 7777777777 8 8 6 0000000 55 00 88888 7777777 0000 555555 33333 9 55 8 6 5
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATGTGAAATAAGA---TATA------GGTATTGAAATTTA---CCAG--------TCA-AACTCAGCCGGAATTTGTCTTTTNCTTGCGGCCAG--AACATGGCCGA---GTTTNAGTATC--AC------C---CCCCATC-ATATTTTGCCTCG-AAAA--GA--AAGCGTCTATAAACTGACATGTGATTGTCAACAAATA------A---ACTGT-AAACATG-ACGC-AAAAAAC------A--AAAAG-CAAAC-----T-------A----A------ATTAAGTTCG---TTTTTC-ACC--AA-A-AAA-GATGATGTTTCTGCTGAGGTCATGGT
Reference ( family-4379 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATGTGAAATAAGA---TATA------GGTATTGAAATTTA---CCAG--------TCA-AACTCAGCCGGAATTTGTCTTTTNCTTGCGGCCAG--AACATGGCCGA---GTTTNAGTATC--AC------C---CCCCATC-ATATTTTGCCTCG-AAAA--GA--AAGCGTCTATAAACTGACATGTGATTGTCAACAAATA------A---ACTGT-AAACATG-ACGC-AAAAAAC------A--AAAAG-CAAAC-----T-------A----A------ATTAAGTTCG---TTTTTC-ACC--AA-A-AAA-GATGATGTTTCTGCTGAGGTCATGGT
gi|1 : AAGACGTTATA------GGTTCTGAAATTAA---CCAG--------TCA-AACTCAGCCAGACTTTG
gi|1 : gggggggATC-ATATTT---CT-G-AAAA--GA--AAGTGTCGATAAACTGACATGTGATTGTCAACAAATA------A---ACTGT-AAACATGAATAA-AAAAAAT------A--AAAAA-CAAAC-----T-------A----A------ATTAAGTTCA---TTTTTC-ACC--AA-A-AAA-AA-GATATTTCTGCTAATGTAATgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaatcatatttctgaaaagaaagtgtcgataaactgacatgtgattgtcaacaaataaactgtaaacatgaataaaaaaaataaaaaacaaactaaattaagttcatttttcaccaaaaaaaagatatttctgctaatgtaattactcagcaatggtctgtaagaaatttacagattgagcagcaaaatatatgatataagataaaaggaaaatttgaacatttgaacagccaaacacaaaaatactcaatttaaaaggagtttg
gi|10 : gggggggaagacgttataggttctgaaattaaccagtcaaactcagccagactttggannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaTATGTGAAGAAAGC---TGTA------TGTATTGAAATTTA---CTAG--------TCG-CACTCAGCCAGAATTTGTATTTTACTTGCGGCCAG--AGTCTCGGCGA---GTTTAAGTGTA--A-----------CCCCATC-AGATTTTGCTTGG-AAAA--GA--AAGCATCT----ACTG-------------GACAAATA------G---ACTGT-TAATATG-ACGC-AAAAACT------A--AAAAG-C-AAC-----C-------A----A------AGTAAGTT-----------------AA-A-AAA-TATGGTGTTTCTGCTGAGGTCAAGGTtactcagcaatggtctgtaagaaatttacagattgagcagcaaaatatatgatataagataaaaggaaaatttgaacatttgaacagccaaacacaaaaatactcaatttaaaaggagtttg
gi|11 : gnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn---GTTTTAGTATC--AA------C---CC--ATC-ATATTTTGCCTCA-AAAA--GA--AATTGTCTAAAAACTGATGTGTGATTGTCCACAAATA------A---ACTGT-AAACATG-ATGCAAAAAAACAA----A--AAAAA-CAAACGAAATT-------AATTTA------ATTAAGTTAA---TTTTTC-ACC--AA-A-AAATGATGATGTTTCTGCTAATGTc
gi|12 : TGGCCAA---GTTTTAGTATC--AC------C---CCACATC-ATATTTTGCTTTG-AAAA--GA--AATCCTCTATAAACTGACATATAGTTATCAACAAATA------A---ACTGT-AAACATG-ACGC-AAAATACTA----A--AAAAG-TAAAC-----T-------A----A------TTTAAGTTTG---TTTTTC-ACC--AA-A-AAA-GATAATGTTTCTGCTGAGGTCACGGTaaatactgacagcaacacaataattgatatacaataaaaggcaaaatggaagatagatgtccatttgaacagcttaacacaaaatatcccagcaatttcagagga
gi|13 : atnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTGGCCGA---GTTTTAGTATC--GC------C---CCACATC-ATATTTTGCTTTG-AAAA--GA--AATCCTCTATAAACTGACATATGGTTATCAACAAATA------A---ACTGT-AAACATG-ACGC-AAAATACTA----A--AAAAG-TAAAC-----T-------A----A------TTTAAGTTTG---TTTTTC-ACC--AA-A-AAA-GATAATGTTTCTGCTGAGGTCACGGTc
gi|14 : atnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn---GTTTAAGTATC--AC------C---CCC-ATT-ATAAGTTGCCTCG-AAAA--GA--AAGCATCTATGAACTGACATGTTATTGTCAACAAA-A------ATTTACTGT-AAACGTG-ATGC-AAAAAAC------T--AAAAG-CAAAG-----T-------G----A-------TTAAGTTTG---TTTTTC-ACC--AA-A-AAAAGATGATGTTTCTGCTGAAGTCATGGTc
gi|15 : aatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn-ATATTTTGCCTTG-AAAA--GA--AAGTGTCTATAAA------------TGTCAACAAATA------A---ACTGT-AAACATG-ACGCTAAAAAAT------A--AAAA--CAAAC-----T-------T----A------ATGAAGTTAA---TTTTTC-ACC--AAGG-AAA-GATGATGTTTCTGcag
gi|16 : GTGGAAGAAGA---TATA------GGTTCTGAA-TTTA---CCAG--------TCA-ATCTTAGCTGGAtggtctgtaagaaatccaaagattttgcagcaaaataactgatataagataaaaaggcaaaatggagagtttgatgtccatttgaacagcttaacacaaaataccttagcaatttaagaggag
gi|16 : gggtaCATC-ATATTTT----CG-AAAA--GA--A-TTGTCGATAAACTGACGTGTGATTGTCTACAAATA------A---ACTGT-AAACATG-ACAC-AAAAAA-------ATTAGAAA-CAAAC-----T-------A----A------ATTAAGGTCA---TTTTT----C--AA-A-AAA-AATGAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncatcatattttcgaaaagaattgtcgataaactgacgtgtgattgtctacaaataaactgtaaacatgacacaaaaaaattagaaacaaactaaattaaggtcatttttcaaaaaaaatgaa
gi|17 : gggtagtggaagaagatataggttctgaatttaccagtcaatcttagctggannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnATAGCTGAATGGTTTCAGT-TC--AA------CTTGCTCCATC-ATATTTTGCCTCGTAAAA--AT--AAATGTCTAa
gi|17 : aACATGTGACTATCAACAGATA------A---ACTGC-AAACATG-ACAC-AAAAAACT-----A--AAAAA-CAAAC-----T-------A----A------ATTAGGTTTG---TTTTTC-AC---AA-A-AAA-GATGTTTTTTCTGCTGAGTTCATGGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacatgtgactatcaacagataaactgcaaacatgacacaaaaaactaaaaaacaaactaaattaggtttgtttttcacaaaaaagatgttttttctgctgagttcatggccag
gi|18 : aatagctgaatggtttcagttcaacttgctccatcatattttgcctcgtaaaaataaatgtctannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTTTAAGTATC--AC------T---CCC-GTC-ATATTTTGCCTCG-AAAAAAGA--AAGCATCTATAAACTGATTTGTGATTGTCAACAAATG------A---ACTGT-AAATATG-ACGC-AAAAAACT-----A--AAAAG-CAAAC-----T-------A----A------ATTAAGTTTG---TTTTTC-ATC--AT-A-AAA-GATGATGTTGCTGCTGAGGTCATGGTccag
gi|19 : nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttttA---TTTA------GGTATTGAAATTTA---CCAG--------TCA-AACTCAGCAGGAc
gi|19 : CCCATC-ATATTTT-CCTCG-AAAA--GA--AAGCGTCTGTAAACTGACATGTGATTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacccatcatattttcctcgaaaagaaagcgtctgtaaactgacatgtgattaagttcgttttttaaccaaaaaaaagatgatatttctgctaat
gi|19 : atttaggtattgaaatttaccagtcaaactcagcaggannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaG-TAAAC-----T-------G----ACATGTGATTAAGTTCG---TTTTTTAACCAAAA-A-AAA-GATGATATTTCTGCTAAaagttcgttttttaaccaaaaaaaagatgatatttctgctaat
gi|2 : atttaggtattgaaatttaccagtcaaactcagcaggannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacccatcatattttcctcgaaaagaaagcgtctCATC-ATAGTTTACCTCG-AAAA--GG--AAGTGTCTATACACTGACATGTGATTGTCAACAAATA------A---ACTGT-AAACATA-ATGC-A----------------------ATTC-----TTTTTCA-A----A------ATTAAGTTCA---TTTTTC-ACC--AA-ATAAA-GATTATGTTTCTGCTAAAGTt
gi|20 : gtgagggggtgaataagataaaggtattgaaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnC-ATATTTTGCCTCT-AAAA--GA--GAGTGTCTGTAAACTGACATGTGATTGTCAACAAATACTAACAA---ACTGA-AAACATG-ATGC-AAAAAAC------A--AAAAATCAAAC-----T-------A----A------ATTAAGTCCA---TTTTTA-ACC--AA-A-AGA-GATGATGTTTCTGCTGAGGTCATGGTaactactcagcaatggtctgtatgaattgaaagattgagcaacaaaataactgatataagataaaaggcaaaatggaaagtctgatcaatgttcatttacccaagcaattaaagagg
gi|21 : cTTTAAGTATC--AC------C---CCC-ATT-ATAAGTTGCCTCG-AAAA--GA--AAGCATCTATGAACTGACATGTTATTGTCAACAAA-A------ATTTACTGT-AAACGTG-ATGC-AAAAAAC------T--AAAAG-CAAAG-----T-------G----A-------TTAAGTTTG---TTTTTC-ACC--AA-A-AAAAGATGATGTTTCTGCTGAAGTCATGGTcaggagtnnnnnnnnnnn
gi|23 : TATTTTGCCTAG-AAAA--GA--AAGCGTCTATAAACCGACATGTGATTGTCAACAAATA------A---ATTGT-AAACATT-ACGC-AAAAAAC------T--CGAAA-CAAAC-----T-------A----A------ATAAAGTT-GTTCTTTTTT-GTC--AA-G-CAA-GATAATATAACCGATGAGGTCATGGT
gi|24 : TATGTGAAATAGGA---TATA------GGTATTGGAATTTA---CCAG--------TCA-AACTCAGTCGGAATTTTTCTTTTt
gi|26 : nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaaG-AAAA--GACAAAGCATATATAAATTGATAAGTGATTGTCAACAAATA------C---ACTGTAAAAAATG-ACAC-AAAAACCT-----G--AAAAA-CAAAC-----T-------A----A------ACTAAGTTCG---TTTTTC-ACT-----T-AAA-GACAACGTTTCTGCCGAGGTCATG
gi|27 : catgAATAAGA---TATA------AGTATTGAAGTTTA---CCGT--------TCA-AACTTAGCTGGAATTTGTCTTTTCCTTGCAGCCAG--AACATATAAGA---GTTTTAGTATC--A-----------CCCCGTA-ATGTTTTGCCT
gi|29 : tgggggtgggggagATAGGT---TGTA------GGTACTGAAATTTA---CCAG--------TCATAATCCAGTCATAATTTGACTTTT
gi|3 : tgtCATC-ATAGTTTACCTCG-AAAA--GA--AAGTGTCTATACACTGACATGTGAATGTCAACAAATA------A---ACTGT-AAACATA-ACGC-AA------------------------T-----TTTTTTCAA----A------ATTAAGTTCA---TTTTTC-ACC--AA-ATAAA-GATGATGTTTCTGCTAATGTTAc
gi|30 : tggggtgaataagataaaagtattgaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnATGTGAAATAAGA---TATA------GGTGTTGAAATCTA---CCAG--------TCA-AACTGAGCCGGActactcagcaatggtctgtaagaattgaaagattgagcagcaaaataactgatataagataaaaggcaaaatgaaaagtctgatcgatgttcatttaccctagcaattaaagaggag
gi|31 : --AA-A-AGA-GATGATGTTACTGCTGAGGTCATGGT
gi|4 : ATTAAA---TATA------GGTATTGAAATTTA---CCAG--------TCA-Aca
gi|4 : tannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggggtgggggtgagggggcCCAGTCAACATGGCCAA---GTTTTAGTATCTAAC------C---CT---TT-ATGTTTTGCCTCG-AAAT--GA--A-GCATCTGTAAACTGACATATGATTATCAACAACTA------A---ACTGT-AAATGTG-TCGC-AAAAAAA------A--AAAAG---------------------------------------------TTTTC-AC---AA-A-AAA-TATGATTTTT-------GGTCATGGTcatggccaagttttagtatctaaccctttatgttttgcctcgaaatgaagcatctgtaaactgacatatgattatcaacaactaaactgtaaatgtgtcgcaaaaaaaaaaaagttttcacaaaaaatatgatttttggtcatggtcaggattatgtcacagtacaatgtctcttgttcctatttttctagagcattggtatgcaattnnnnnnnnnnatttgtacacattctt
gi|5 : tannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggggtgggggtgagggggcattaaatataggtattgaaatttaTATGTGAAATAAGA---TAT------------TGAAATTTA---CCAG--------TCA-AACTCAACTGGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNN--NNNNNNNNC---CCCCACCCATATTTTGCCTCT-AAAA--GA--GAGTGTCTGTAAACTGACATGTGATTGTCAACAAATACTAACAA---ACTGA-AAACATG-ATGC-AAAAAAC------A--AAAAATCAAAC-----T-------A----A------ATTAAGTCCA---TTTTTA-ACC--AA-A-AGA-GATGATGTTTCTGCTGAGGTCATGGTcaggattatgtcacagtacaatgtctcttgttcctatttttctagagcattggtatgcaattnnnnnnnnnnatttgtacacattctt
gi|6 : aattaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAAATAAGA---TATACCGGTAGGTATTGAAGTTCAAGCTCAGCTGGANNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNN--NN------N---NNNCATC-ATATTTT----TG-AAAA--GA--AATTGTTGATTA-CTGACATGTGAAATTCAACAAATA------A---ACTAT-AAACATG-ACGC-AAAAAAA------A--AA
gi|7 : gaggggatAAATAAGA---TATACCGGTAGGTATTGAAGT------------------TCA-AGCTTAGCTGGAttaagatgtttctgctaatgtaaccactgagcaatggtctgtacgaaatccaaagattgagtagcaaaataactgatatatgataaaaggcaaaatggaaagtttaaacagctaaactcaaaatatcctagcaatttaaa
gi|7 : caggggagggggtATC-ATATTTT----TG-AAAA--GA--AATTGTTGATTA-CTGACATGTGATATTCAACAAATA------A---ATTAT-AAACATG-ATGC-AAAAAAA------A--AAAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaatcatatttttgaaaagaaattgttgattactgacatgtgatattcaacaaataaattataaacatgatgcaaaaaaaaaaattaagatgtttctgctaatgtaatgaaatccaaagattgagtagcataataaatcatatatgataaaaggcaaaatggaaagtttgatgtccatttaaacagctaaactcaaaatacccttgcaattta
gi|8 : caggggagggggtaaataagatataccggtaggtattgaagttcaagcttagctggannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnna---TGTA------GGTATTGAAATTTA---AAAG--------TCA-AACTAAGCAGGAttaagatgtttctgctaatgtaatgaaatccaaagattgagtagcataataaatcatatatgataaaaggcaaaatggaaagtttgatgtccatttaaacagctaaactcaaaatacccttgcaattta
gi|8 : gggggatggataagacatgcat-ATATTTTGCCTCT-ATAA--GA--AAGTGTCTATAAACTGACATGTGATTGTCAACA---A------A---GTTGT-AAACATC-ACTA-AAAAAACTATAATA--AAAA---AAAA-----T-------A----A------ATTAAGTTAG---TTTTTC-A-T--AA-A-AAA-GATGATGTTTCTGCTAAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctgtgatattttgcctctataagaaagtgtctataaactgacatgtgattgtcaacaaagttgtaaacatcactaaaaaaactataataaaaaaaaataaattaagttagtttttcataaaaaagatgatgtttctgctaatataactactcagcaatgatctgtaagaaatccaaagatagatatccaagaataccaatatgatataca
gi|9 : gggggatggataagacatgcattgtaggtattgaaatttaaaagtcaaactaagcaggannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctgtgTATGTGAAATAAGA---TATA------GGTATT-AAATTTA---CCAA--------TCA-AACGCAGCTGGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNN--NNNNNNN-C---CCACATC-ATATTTGGCCTCG-ACAA--GA--AACTGTCTATAAACTGACATGTGATTGTCAACAAATA------C---ACTGT-AAACATG-AATC-AAAAAAT------A--AAAAG-CAAAC-----T-------A----A------ATTAAGTTC----TTTTTC-ACT--AA-A-AAA-GATGATtataactactcagcaatgatctgtaagaaatccaaagatagatatccaagaataccaatatgatataca
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|22 ): GGAATATATCGAGGCGATTGGTAAATTATCATGTAACTTGTATTAAAACAAATAAATGACCCTATATGATTAAAAAATAAATGACAAAATCAATAACAAATGGCAGTTTCCCTGGCTTACTGTTAACAATAATACCCTAGCAATTTAACA
Unaligned ( gi|25 ): AAAAGGCAAAATGGAAAGTTTGATGTCCATTTAAACAGCTAAACTCAAAATACCCTTGCAATTTAAGAGCCAAACTTGGTCTGTATTCAACAACAATAAGCTCTATATTACCTCCCCACTGTATGATGCAGCCTAACA
Unaligned ( gi|28 ): TTATGTCACAATACAATGCCATGTTCCTATTTTTCTAGAGCATTGGTATGCCATTTATATTTTAACATTTCTTAACTGTCATTTAA
Alignments
lowQualScore : 111111 11111111 22222222222 1111111111 1111111 1111111
lowQualScore : 555 666666 555 00000000 2 0 1 99 666 1 44 11111111111 55 1 1 1 22 22 0000000000 1 1 3 9999999 22 77 44444 1111111 4444 555555 88888 1 22 1 3 5
lowQualScore : ... ...... ... ........ . . . .. ... . .. ........... .. . . . .. .. .......... . . . ....... .. .. ..... ....... .... ...... ..... . .. . . .
lowQualScore : 000 444444 000 44444444 9 8 0 22 444 0 22 99999999999 11 8 2 7 44 44 7777777777 8 8 6 0000000 55 00 88888 7777777 0000 555555 33333 9 55 8 6 5
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATGTGAAATAAGA---TATA------GGTATTGAAATTTA---CCAG--------TCA-AACTCAGCCGGAATTTGTCTTTTNCTTGCGGCCAG--AACATGGCCGA---GTTTNAGTATC--AC------C---CCCCATC-ATATTTTGCCTCG-AAAA--GA--AAGCGTCTATAAACTGACATGTGATTGTCAACAAATA------A---ACTGT-AAACATG-ACGC-AAAAAAC------A--AAAAG-CAAAC-----T-------A----A------ATTAAGTTCG---TTTTTC-ACC--AA-A-AAA-GATGATGTTTCTGCTGAGGTCATGGT
Reference ( family-4379 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATGTGAAATAAGA---TATA------GGTATTGAAATTTA---CCAG--------TCA-AACTCAGCCGGAATTTGTCTTTTNCTTGCGGCCAG--AACATGGCCGA---GTTTNAGTATC--AC------C---CCCCATC-ATATTTTGCCTCG-AAAA--GA--AAGCGTCTATAAACTGACATGTGATTGTCAACAAATA------A---ACTGT-AAACATG-ACGC-AAAAAAC------A--AAAAG-CAAAC-----T-------A----A------ATTAAGTTCG---TTTTTC-ACC--AA-A-AAA-GATGATGTTTCTGCTGAGGTCATGGT
gi|1 : AAGACGTTATA------GGTTCTGAAATTAA---CCAG--------TCA-AACTCAGCCAGACTTTG
gi|1 : gggggggATC-ATATTT---CT-G-AAAA--GA--AAGTGTCGATAAACTGACATGTGATTGTCAACAAATA------A---ACTGT-AAACATGAATAA-AAAAAAT------A--AAAAA-CAAAC-----T-------A----A------ATTAAGTTCA---TTTTTC-ACC--AA-A-AAA-AA-GATATTTCTGCTAATGTAATgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaatcatatttctgaaaagaaagtgtcgataaactgacatgtgattgtcaacaaataaactgtaaacatgaataaaaaaaataaaaaacaaactaaattaagttcatttttcaccaaaaaaaagatatttctgctaatgtaattactcagcaatggtctgtaagaaatttacagattgagcagcaaaatatatgatataagataaaaggaaaatttgaacatttgaacagccaaacacaaaaatactcaatttaaaaggagtttg
gi|10 : gggggggaagacgttataggttctgaaattaaccagtcaaactcagccagactttggannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaTATGTGAAGAAAGC---TGTA------TGTATTGAAATTTA---CTAG--------TCG-CACTCAGCCAGAATTTGTATTTTACTTGCGGCCAG--AGTCTCGGCGA---GTTTAAGTGTA--A-----------CCCCATC-AGATTTTGCTTGG-AAAA--GA--AAGCATCT----ACTG-------------GACAAATA------G---ACTGT-TAATATG-ACGC-AAAAACT------A--AAAAG-C-AAC-----C-------A----A------AGTAAGTT-----------------AA-A-AAA-TATGGTGTTTCTGCTGAGGTCAAGGTtactcagcaatggtctgtaagaaatttacagattgagcagcaaaatatatgatataagataaaaggaaaatttgaacatttgaacagccaaacacaaaaatactcaatttaaaaggagtttg
gi|11 : gnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn---GTTTTAGTATC--AA------C---CC--ATC-ATATTTTGCCTCA-AAAA--GA--AATTGTCTAAAAACTGATGTGTGATTGTCCACAAATA------A---ACTGT-AAACATG-ATGCAAAAAAACAA----A--AAAAA-CAAACGAAATT-------AATTTA------ATTAAGTTAA---TTTTTC-ACC--AA-A-AAATGATGATGTTTCTGCTAATGTc
gi|12 : TGGCCAA---GTTTTAGTATC--AC------C---CCACATC-ATATTTTGCTTTG-AAAA--GA--AATCCTCTATAAACTGACATATAGTTATCAACAAATA------A---ACTGT-AAACATG-ACGC-AAAATACTA----A--AAAAG-TAAAC-----T-------A----A------TTTAAGTTTG---TTTTTC-ACC--AA-A-AAA-GATAATGTTTCTGCTGAGGTCACGGTaaatactgacagcaacacaataattgatatacaataaaaggcaaaatggaagatagatgtccatttgaacagcttaacacaaaatatcccagcaatttcagagga
gi|13 : atnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTGGCCGA---GTTTTAGTATC--GC------C---CCACATC-ATATTTTGCTTTG-AAAA--GA--AATCCTCTATAAACTGACATATGGTTATCAACAAATA------A---ACTGT-AAACATG-ACGC-AAAATACTA----A--AAAAG-TAAAC-----T-------A----A------TTTAAGTTTG---TTTTTC-ACC--AA-A-AAA-GATAATGTTTCTGCTGAGGTCACGGTc
gi|14 : atnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn---GTTTAAGTATC--AC------C---CCC-ATT-ATAAGTTGCCTCG-AAAA--GA--AAGCATCTATGAACTGACATGTTATTGTCAACAAA-A------ATTTACTGT-AAACGTG-ATGC-AAAAAAC------T--AAAAG-CAAAG-----T-------G----A-------TTAAGTTTG---TTTTTC-ACC--AA-A-AAAAGATGATGTTTCTGCTGAAGTCATGGTc
gi|15 : aatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn-ATATTTTGCCTTG-AAAA--GA--AAGTGTCTATAAA------------TGTCAACAAATA------A---ACTGT-AAACATG-ACGCTAAAAAAT------A--AAAA--CAAAC-----T-------T----A------ATGAAGTTAA---TTTTTC-ACC--AAGG-AAA-GATGATGTTTCTGcag
gi|16 : GTGGAAGAAGA---TATA------GGTTCTGAA-TTTA---CCAG--------TCA-ATCTTAGCTGGAtggtctgtaagaaatccaaagattttgcagcaaaataactgatataagataaaaaggcaaaatggagagtttgatgtccatttgaacagcttaacacaaaataccttagcaatttaagaggag
gi|16 : gggtaCATC-ATATTTT----CG-AAAA--GA--A-TTGTCGATAAACTGACGTGTGATTGTCTACAAATA------A---ACTGT-AAACATG-ACAC-AAAAAA-------ATTAGAAA-CAAAC-----T-------A----A------ATTAAGGTCA---TTTTT----C--AA-A-AAA-AATGAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncatcatattttcgaaaagaattgtcgataaactgacgtgtgattgtctacaaataaactgtaaacatgacacaaaaaaattagaaacaaactaaattaaggtcatttttcaaaaaaaatgaa
gi|17 : gggtagtggaagaagatataggttctgaatttaccagtcaatcttagctggannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnATAGCTGAATGGTTTCAGT-TC--AA------CTTGCTCCATC-ATATTTTGCCTCGTAAAA--AT--AAATGTCTAa
gi|17 : aACATGTGACTATCAACAGATA------A---ACTGC-AAACATG-ACAC-AAAAAACT-----A--AAAAA-CAAAC-----T-------A----A------ATTAGGTTTG---TTTTTC-AC---AA-A-AAA-GATGTTTTTTCTGCTGAGTTCATGGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacatgtgactatcaacagataaactgcaaacatgacacaaaaaactaaaaaacaaactaaattaggtttgtttttcacaaaaaagatgttttttctgctgagttcatggccag
gi|18 : aatagctgaatggtttcagttcaacttgctccatcatattttgcctcgtaaaaataaatgtctannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTTTAAGTATC--AC------T---CCC-GTC-ATATTTTGCCTCG-AAAAAAGA--AAGCATCTATAAACTGATTTGTGATTGTCAACAAATG------A---ACTGT-AAATATG-ACGC-AAAAAACT-----A--AAAAG-CAAAC-----T-------A----A------ATTAAGTTTG---TTTTTC-ATC--AT-A-AAA-GATGATGTTGCTGCTGAGGTCATGGTccag
gi|19 : nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttttA---TTTA------GGTATTGAAATTTA---CCAG--------TCA-AACTCAGCAGGAc
gi|19 : CCCATC-ATATTTT-CCTCG-AAAA--GA--AAGCGTCTGTAAACTGACATGTGATTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacccatcatattttcctcgaaaagaaagcgtctgtaaactgacatgtgattaagttcgttttttaaccaaaaaaaagatgatatttctgctaat
gi|19 : atttaggtattgaaatttaccagtcaaactcagcaggannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaG-TAAAC-----T-------G----ACATGTGATTAAGTTCG---TTTTTTAACCAAAA-A-AAA-GATGATATTTCTGCTAAaagttcgttttttaaccaaaaaaaagatgatatttctgctaat
gi|2 : atttaggtattgaaatttaccagtcaaactcagcaggannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacccatcatattttcctcgaaaagaaagcgtctCATC-ATAGTTTACCTCG-AAAA--GG--AAGTGTCTATACACTGACATGTGATTGTCAACAAATA------A---ACTGT-AAACATA-ATGC-A----------------------ATTC-----TTTTTCA-A----A------ATTAAGTTCA---TTTTTC-ACC--AA-ATAAA-GATTATGTTTCTGCTAAAGTt
gi|20 : gtgagggggtgaataagataaaggtattgaaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnC-ATATTTTGCCTCT-AAAA--GA--GAGTGTCTGTAAACTGACATGTGATTGTCAACAAATACTAACAA---ACTGA-AAACATG-ATGC-AAAAAAC------A--AAAAATCAAAC-----T-------A----A------ATTAAGTCCA---TTTTTA-ACC--AA-A-AGA-GATGATGTTTCTGCTGAGGTCATGGTaactactcagcaatggtctgtatgaattgaaagattgagcaacaaaataactgatataagataaaaggcaaaatggaaagtctgatcaatgttcatttacccaagcaattaaagagg
gi|21 : cTTTAAGTATC--AC------C---CCC-ATT-ATAAGTTGCCTCG-AAAA--GA--AAGCATCTATGAACTGACATGTTATTGTCAACAAA-A------ATTTACTGT-AAACGTG-ATGC-AAAAAAC------T--AAAAG-CAAAG-----T-------G----A-------TTAAGTTTG---TTTTTC-ACC--AA-A-AAAAGATGATGTTTCTGCTGAAGTCATGGTcaggagtnnnnnnnnnnn
gi|23 : TATTTTGCCTAG-AAAA--GA--AAGCGTCTATAAACCGACATGTGATTGTCAACAAATA------A---ATTGT-AAACATT-ACGC-AAAAAAC------T--CGAAA-CAAAC-----T-------A----A------ATAAAGTT-GTTCTTTTTT-GTC--AA-G-CAA-GATAATATAACCGATGAGGTCATGGT
gi|24 : TATGTGAAATAGGA---TATA------GGTATTGGAATTTA---CCAG--------TCA-AACTCAGTCGGAATTTTTCTTTTt
gi|26 : nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaaG-AAAA--GACAAAGCATATATAAATTGATAAGTGATTGTCAACAAATA------C---ACTGTAAAAAATG-ACAC-AAAAACCT-----G--AAAAA-CAAAC-----T-------A----A------ACTAAGTTCG---TTTTTC-ACT-----T-AAA-GACAACGTTTCTGCCGAGGTCATG
gi|27 : catgAATAAGA---TATA------AGTATTGAAGTTTA---CCGT--------TCA-AACTTAGCTGGAATTTGTCTTTTCCTTGCAGCCAG--AACATATAAGA---GTTTTAGTATC--A-----------CCCCGTA-ATGTTTTGCCT
gi|29 : tgggggtgggggagATAGGT---TGTA------GGTACTGAAATTTA---CCAG--------TCATAATCCAGTCATAATTTGACTTTT
gi|3 : tgtCATC-ATAGTTTACCTCG-AAAA--GA--AAGTGTCTATACACTGACATGTGAATGTCAACAAATA------A---ACTGT-AAACATA-ACGC-AA------------------------T-----TTTTTTCAA----A------ATTAAGTTCA---TTTTTC-ACC--AA-ATAAA-GATGATGTTTCTGCTAATGTTAc
gi|30 : tggggtgaataagataaaagtattgaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnATGTGAAATAAGA---TATA------GGTGTTGAAATCTA---CCAG--------TCA-AACTGAGCCGGActactcagcaatggtctgtaagaattgaaagattgagcagcaaaataactgatataagataaaaggcaaaatgaaaagtctgatcgatgttcatttaccctagcaattaaagaggag
gi|31 : --AA-A-AGA-GATGATGTTACTGCTGAGGTCATGGT
gi|4 : ATTAAA---TATA------GGTATTGAAATTTA---CCAG--------TCA-Aca
gi|4 : tannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggggtgggggtgagggggcCCAGTCAACATGGCCAA---GTTTTAGTATCTAAC------C---CT---TT-ATGTTTTGCCTCG-AAAT--GA--A-GCATCTGTAAACTGACATATGATTATCAACAACTA------A---ACTGT-AAATGTG-TCGC-AAAAAAA------A--AAAAG---------------------------------------------TTTTC-AC---AA-A-AAA-TATGATTTTT-------GGTCATGGTcatggccaagttttagtatctaaccctttatgttttgcctcgaaatgaagcatctgtaaactgacatatgattatcaacaactaaactgtaaatgtgtcgcaaaaaaaaaaaagttttcacaaaaaatatgatttttggtcatggtcaggattatgtcacagtacaatgtctcttgttcctatttttctagagcattggtatgcaattnnnnnnnnnnatttgtacacattctt
gi|5 : tannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggggtgggggtgagggggcattaaatataggtattgaaatttaTATGTGAAATAAGA---TAT------------TGAAATTTA---CCAG--------TCA-AACTCAACTGGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNN--NNNNNNNNC---CCCCACCCATATTTTGCCTCT-AAAA--GA--GAGTGTCTGTAAACTGACATGTGATTGTCAACAAATACTAACAA---ACTGA-AAACATG-ATGC-AAAAAAC------A--AAAAATCAAAC-----T-------A----A------ATTAAGTCCA---TTTTTA-ACC--AA-A-AGA-GATGATGTTTCTGCTGAGGTCATGGTcaggattatgtcacagtacaatgtctcttgttcctatttttctagagcattggtatgcaattnnnnnnnnnnatttgtacacattctt
gi|6 : aattaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAAATAAGA---TATACCGGTAGGTATTGAAGTTCAAGCTCAGCTGGANNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNN--NN------N---NNNCATC-ATATTTT----TG-AAAA--GA--AATTGTTGATTA-CTGACATGTGAAATTCAACAAATA------A---ACTAT-AAACATG-ACGC-AAAAAAA------A--AA
gi|7 : gaggggatAAATAAGA---TATACCGGTAGGTATTGAAGT------------------TCA-AGCTTAGCTGGAttaagatgtttctgctaatgtaaccactgagcaatggtctgtacgaaatccaaagattgagtagcaaaataactgatatatgataaaaggcaaaatggaaagtttaaacagctaaactcaaaatatcctagcaatttaaa
gi|7 : caggggagggggtATC-ATATTTT----TG-AAAA--GA--AATTGTTGATTA-CTGACATGTGATATTCAACAAATA------A---ATTAT-AAACATG-ATGC-AAAAAAA------A--AAAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaatcatatttttgaaaagaaattgttgattactgacatgtgatattcaacaaataaattataaacatgatgcaaaaaaaaaaattaagatgtttctgctaatgtaatgaaatccaaagattgagtagcataataaatcatatatgataaaaggcaaaatggaaagtttgatgtccatttaaacagctaaactcaaaatacccttgcaattta
gi|8 : caggggagggggtaaataagatataccggtaggtattgaagttcaagcttagctggannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnna---TGTA------GGTATTGAAATTTA---AAAG--------TCA-AACTAAGCAGGAttaagatgtttctgctaatgtaatgaaatccaaagattgagtagcataataaatcatatatgataaaaggcaaaatggaaagtttgatgtccatttaaacagctaaactcaaaatacccttgcaattta
gi|8 : gggggatggataagacatgcat-ATATTTTGCCTCT-ATAA--GA--AAGTGTCTATAAACTGACATGTGATTGTCAACA---A------A---GTTGT-AAACATC-ACTA-AAAAAACTATAATA--AAAA---AAAA-----T-------A----A------ATTAAGTTAG---TTTTTC-A-T--AA-A-AAA-GATGATGTTTCTGCTAAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctgtgatattttgcctctataagaaagtgtctataaactgacatgtgattgtcaacaaagttgtaaacatcactaaaaaaactataataaaaaaaaataaattaagttagtttttcataaaaaagatgatgtttctgctaatataactactcagcaatgatctgtaagaaatccaaagatagatatccaagaataccaatatgatataca
gi|9 : gggggatggataagacatgcattgtaggtattgaaatttaaaagtcaaactaagcaggannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctgtgTATGTGAAATAAGA---TATA------GGTATT-AAATTTA---CCAA--------TCA-AACGCAGCTGGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNN--NNNNNNN-C---CCACATC-ATATTTGGCCTCG-ACAA--GA--AACTGTCTATAAACTGACATGTGATTGTCAACAAATA------C---ACTGT-AAACATG-AATC-AAAAAAT------A--AAAAG-CAAAC-----T-------A----A------ATTAAGTTC----TTTTTC-ACT--AA-A-AAA-GATGATtataactactcagcaatgatctgtaagaaatccaaagatagatatccaagaataccaatatgatataca
blockSeqs : . CCGGTA AGC CTGGANNN T C TC ATG T TA NNNNNNNC AC C G T AA CA CTAACAA A . A CTATAAT TT AT GAAAT TTTTTCA ATTT CATGTG GTTC A AA G T T
blockSeqs : . CCGGTA . . . N . . T . NNNNNNC AC . G . . . CTAACAA . . T CAA . AT . TTTTCA . . AA . . . T A
blockSeqs : . . . . . N . . T . ACTTG CC . G . . . ATTT . . . CTA . G . . . . TG . . . . A
blockSeqs : . . . . . N . . A . AC CC . G . . . ATTT . . . CTA . A . . . . TG . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . C . CC CC . G . . . G . . . CT . G . . . . TG . . . . .
blockSeqs : . . . . . . A . CC CC . G . . . A . . . CT . G . . . . AA . . . . .
blockSeqs : . . . . . . A . CC NC . G . . . A . . . CT . G . . . . CA . . . . .
blockSeqs : . . . . . . T . CT AC . G . . . A . . . T . A . . . . TG . . . . .
blockSeqs : . . . . . . T . CC C . A . . . A . . . C . A . . . . TG . . . . .
blockSeqs : . . . . . . N . CC C . G . . . A . . . T . G . . . . CG . . . . .
blockSeqs : . . . . . N . NN C . G . . . A . . . C . G . . . . CA . . . . .
blockSeqs : . . . . . N . . . . G . . . A . . . C . G . . . . CA . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . G . . . A . . . C . A . . . . TG . . . . .
blockSeqs : . A . . . A . . . A . A . . . . CG . . . . .
blockSeqs : . G . . . C . . . C . G . . . . CA . . . . .
blockSeqs : . G . . . A . . . A . G . . . . CA . . . . .
blockSeqs : . G . . . A . . . A . . . . . . AG . . . . .
blockSeqs : . G . . . A . . . T . . . . . . C . . . . .
blockSeqs : . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . C . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqCons : *** CC*********
originalCons : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATGTGAAATAAGA---TATA------GGTATTGAAATTTA---CCAG--------TCA-AACTCAGCCGGAATTTGTCTTTTNCTTGCGGCCAG--AACATGGCCGA---GTTTNAGTATC--AC------C---CCCCATC-ATATTTTGCCTCG-AAAA--GA--AAGCGTCTATAAACTGACATGTGATTGTCAACAAATA------A---ACTGT-AAACATG-ACGC-AAAAAAC------A--AAAAG-CAAAC-----T-------A----A------ATTAAGTTCG---TTTTTC-ACC--AA-A-AAA-GATGATGTTTCTGCTGAGGTCATGGT
finalCons : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATGTGAAATAAGA---TATA------GGTATTGAAATTTA---CCAG--------TCA-AACTCAGCCGGAATTTGTCTTTTNCTTGCGGCCAG--AACATGGCCGA---GTTTNAGTATC--ACC---------CCCCATC-ATATTTTGCCTCG-AAAA--GA--AAGCGTCTATAAACTGACATGTGATTGTCAACAAATA------A---ACTGT-AAACATG-ACGC-AAAAAAC------A--AAAAG-CAAAC-----T-------A----A------ATTAAGTTCG---TTTTTC-ACC--AA-A-AAA-GATGATGTTTCTGCTGAGGTCATGGT
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|22 ): GGAATATATCGAGGCGATTGGTAAATTATCATGTAACTTGTATTAAAACAAATAAATGACCCTATATGATTAAAAAATAAATGACAAAATCAATAACAAATGGCAGTTTCCCTGGCTTACTGTTAACAATAATACCCTAGCAATTTAACA
Unaligned ( gi|25 ): AAAAGGCAAAATGGAAAGTTTGATGTCCATTTAAACAGCTAAACTCAAAATACCCTTGCAATTTAAGAGCCAAACTTGGTCTGTATTCAACAACAATAAGCTCTATATTACCTCCCCACTGTATGATGCAGCCTAACA
Unaligned ( gi|28 ): TTATGTCACAATACAATGCCATGTTCCTATTTTTCTAGAGCATTGGTATGCCATTTATATTTTAACATTTCTTAACTGTCATTTAA
Alignments
lowQualScore : 111111 11111111 22222222222 1111111111 1111111 1111111
lowQualScore : 555 666666 555 00000000 2 0 1 99 666 1 44 11111111111 55 1 1 1 22 22 0000000000 1 1 3 9999999 22 77 44444 1111111 4444 555555 88888 1 22 1 3 5
lowQualScore : ... ...... ... ........ . . . .. ... . .. ........... .. . . . .. .. .......... . . . ....... .. .. ..... ....... .... ...... ..... . .. . . .
lowQualScore : 000 444444 000 44444444 9 8 0 22 444 0 22 99999999999 11 8 2 7 44 44 7777777777 8 8 6 0000000 55 00 88888 7777777 0000 555555 33333 9 55 8 6 5
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATGTGAAATAAGA---TATA------GGTATTGAAATTTA---CCAG--------TCA-AACTCAGCCGGAATTTGTCTTTTNCTTGCGGCCAG--AACATGGCCGA---GTTTNAGTATC--AC------C---CCCCATC-ATATTTTGCCTCG-AAAA--GA--AAGCGTCTATAAACTGACATGTGATTGTCAACAAATA------A---ACTGT-AAACATG-ACGC-AAAAAAC------A--AAAAG-CAAAC-----T-------A----A------ATTAAGTTCG---TTTTTC-ACC--AA-A-AAA-GATGATGTTTCTGCTGAGGTCATGGT
Reference ( family-4379 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATGTGAAATAAGA---TATA------GGTATTGAAATTTA---CCAG--------TCA-AACTCAGCCGGAATTTGTCTTTTNCTTGCGGCCAG--AACATGGCCGA---GTTTNAGTATC--AC------C---CCCCATC-ATATTTTGCCTCG-AAAA--GA--AAGCGTCTATAAACTGACATGTGATTGTCAACAAATA------A---ACTGT-AAACATG-ACGC-AAAAAAC------A--AAAAG-CAAAC-----T-------A----A------ATTAAGTTCG---TTTTTC-ACC--AA-A-AAA-GATGATGTTTCTGCTGAGGTCATGGT
gi|1 : AAGACGTTATA------GGTTCTGAAATTAA---CCAG--------TCA-AACTCAGCCAGACTTTG
gi|1 : gggggggATC-ATATTT---CT-G-AAAA--GA--AAGTGTCGATAAACTGACATGTGATTGTCAACAAATA------A---ACTGT-AAACATGAATAA-AAAAAAT------A--AAAAA-CAAAC-----T-------A----A------ATTAAGTTCA---TTTTTC-ACC--AA-A-AAA-AA-GATATTTCTGCTAATGTAATgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaatcatatttctgaaaagaaagtgtcgataaactgacatgtgattgtcaacaaataaactgtaaacatgaataaaaaaaataaaaaacaaactaaattaagttcatttttcaccaaaaaaaagatatttctgctaatgtaattactcagcaatggtctgtaagaaatttacagattgagcagcaaaatatatgatataagataaaaggaaaatttgaacatttgaacagccaaacacaaaaatactcaatttaaaaggagtttg
gi|10 : gggggggaagacgttataggttctgaaattaaccagtcaaactcagccagactttggannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaTATGTGAAGAAAGC---TGTA------TGTATTGAAATTTA---CTAG--------TCG-CACTCAGCCAGAATTTGTATTTTACTTGCGGCCAG--AGTCTCGGCGA---GTTTAAGTGTA--A-----------CCCCATC-AGATTTTGCTTGG-AAAA--GA--AAGCATCT----ACTG-------------GACAAATA------G---ACTGT-TAATATG-ACGC-AAAAACT------A--AAAAG-C-AAC-----C-------A----A------AGTAAGTT-----------------AA-A-AAA-TATGGTGTTTCTGCTGAGGTCAAGGTtactcagcaatggtctgtaagaaatttacagattgagcagcaaaatatatgatataagataaaaggaaaatttgaacatttgaacagccaaacacaaaaatactcaatttaaaaggagtttg
gi|11 : gnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn---GTTTTAGTATC--AA------C---CC--ATC-ATATTTTGCCTCA-AAAA--GA--AATTGTCTAAAAACTGATGTGTGATTGTCCACAAATA------A---ACTGT-AAACATG-ATGCAAAAAAACAA----A--AAAAA-CAAACGAAATT-------AATTTA------ATTAAGTTAA---TTTTTC-ACC--AA-A-AAATGATGATGTTTCTGCTAATGTc
gi|12 : TGGCCAA---GTTTTAGTATC--AC------C---CCACATC-ATATTTTGCTTTG-AAAA--GA--AATCCTCTATAAACTGACATATAGTTATCAACAAATA------A---ACTGT-AAACATG-ACGC-AAAATACTA----A--AAAAG-TAAAC-----T-------A----A------TTTAAGTTTG---TTTTTC-ACC--AA-A-AAA-GATAATGTTTCTGCTGAGGTCACGGTaaatactgacagcaacacaataattgatatacaataaaaggcaaaatggaagatagatgtccatttgaacagcttaacacaaaatatcccagcaatttcagagga
gi|13 : atnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTGGCCGA---GTTTTAGTATC--GC------C---CCACATC-ATATTTTGCTTTG-AAAA--GA--AATCCTCTATAAACTGACATATGGTTATCAACAAATA------A---ACTGT-AAACATG-ACGC-AAAATACTA----A--AAAAG-TAAAC-----T-------A----A------TTTAAGTTTG---TTTTTC-ACC--AA-A-AAA-GATAATGTTTCTGCTGAGGTCACGGTc
gi|14 : atnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn---GTTTAAGTATC--AC------C---CCC-ATT-ATAAGTTGCCTCG-AAAA--GA--AAGCATCTATGAACTGACATGTTATTGTCAACAAA-A------ATTTACTGT-AAACGTG-ATGC-AAAAAAC------T--AAAAG-CAAAG-----T-------G----A-------TTAAGTTTG---TTTTTC-ACC--AA-A-AAAAGATGATGTTTCTGCTGAAGTCATGGTc
gi|15 : aatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn-ATATTTTGCCTTG-AAAA--GA--AAGTGTCTATAAA------------TGTCAACAAATA------A---ACTGT-AAACATG-ACGCTAAAAAAT------A--AAAA--CAAAC-----T-------T----A------ATGAAGTTAA---TTTTTC-ACC--AAGG-AAA-GATGATGTTTCTGcag
gi|16 : GTGGAAGAAGA---TATA------GGTTCTGAA-TTTA---CCAG--------TCA-ATCTTAGCTGGAtggtctgtaagaaatccaaagattttgcagcaaaataactgatataagataaaaaggcaaaatggagagtttgatgtccatttgaacagcttaacacaaaataccttagcaatttaagaggag
gi|16 : gggtaCATC-ATATTTT----CG-AAAA--GA--A-TTGTCGATAAACTGACGTGTGATTGTCTACAAATA------A---ACTGT-AAACATG-ACAC-AAAAAA-------ATTAGAAA-CAAAC-----T-------A----A------ATTAAGGTCA---TTTTT----C--AA-A-AAA-AATGAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncatcatattttcgaaaagaattgtcgataaactgacgtgtgattgtctacaaataaactgtaaacatgacacaaaaaaattagaaacaaactaaattaaggtcatttttcaaaaaaaatgaa
gi|17 : gggtagtggaagaagatataggttctgaatttaccagtcaatcttagctggannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnATAGCTGAATGGTTTCAGT-TC--AA------CTTGCTCCATC-ATATTTTGCCTCGTAAAA--AT--AAATGTCTAa
gi|17 : aACATGTGACTATCAACAGATA------A---ACTGC-AAACATG-ACAC-AAAAAACT-----A--AAAAA-CAAAC-----T-------A----A------ATTAGGTTTG---TTTTTC-AC---AA-A-AAA-GATGTTTTTTCTGCTGAGTTCATGGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacatgtgactatcaacagataaactgcaaacatgacacaaaaaactaaaaaacaaactaaattaggtttgtttttcacaaaaaagatgttttttctgctgagttcatggccag
gi|18 : aatagctgaatggtttcagttcaacttgctccatcatattttgcctcgtaaaaataaatgtctannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTTTAAGTATC--AC------T---CCC-GTC-ATATTTTGCCTCG-AAAAAAGA--AAGCATCTATAAACTGATTTGTGATTGTCAACAAATG------A---ACTGT-AAATATG-ACGC-AAAAAACT-----A--AAAAG-CAAAC-----T-------A----A------ATTAAGTTTG---TTTTTC-ATC--AT-A-AAA-GATGATGTTGCTGCTGAGGTCATGGTccag
gi|19 : nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttttA---TTTA------GGTATTGAAATTTA---CCAG--------TCA-AACTCAGCAGGAc
gi|19 : CCCATC-ATATTTT-CCTCG-AAAA--GA--AAGCGTCTGTAAACTGACATGTGATTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacccatcatattttcctcgaaaagaaagcgtctgtaaactgacatgtgattaagttcgttttttaaccaaaaaaaagatgatatttctgctaat
gi|19 : atttaggtattgaaatttaccagtcaaactcagcaggannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaG-TAAAC-----T-------G----ACATGTGATTAAGTTCG---TTTTTTAACCAAAA-A-AAA-GATGATATTTCTGCTAAaagttcgttttttaaccaaaaaaaagatgatatttctgctaat
gi|2 : atttaggtattgaaatttaccagtcaaactcagcaggannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacccatcatattttcctcgaaaagaaagcgtctCATC-ATAGTTTACCTCG-AAAA--GG--AAGTGTCTATACACTGACATGTGATTGTCAACAAATA------A---ACTGT-AAACATA-ATGC-A----------------------ATTC-----TTTTTCA-A----A------ATTAAGTTCA---TTTTTC-ACC--AA-ATAAA-GATTATGTTTCTGCTAAAGTt
gi|20 : gtgagggggtgaataagataaaggtattgaaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnC-ATATTTTGCCTCT-AAAA--GA--GAGTGTCTGTAAACTGACATGTGATTGTCAACAAATACTAACAA---ACTGA-AAACATG-ATGC-AAAAAAC------A--AAAAATCAAAC-----T-------A----A------ATTAAGTCCA---TTTTTA-ACC--AA-A-AGA-GATGATGTTTCTGCTGAGGTCATGGTaactactcagcaatggtctgtatgaattgaaagattgagcaacaaaataactgatataagataaaaggcaaaatggaaagtctgatcaatgttcatttacccaagcaattaaagagg
gi|21 : cTTTAAGTATC--AC------C---CCC-ATT-ATAAGTTGCCTCG-AAAA--GA--AAGCATCTATGAACTGACATGTTATTGTCAACAAA-A------ATTTACTGT-AAACGTG-ATGC-AAAAAAC------T--AAAAG-CAAAG-----T-------G----A-------TTAAGTTTG---TTTTTC-ACC--AA-A-AAAAGATGATGTTTCTGCTGAAGTCATGGTcaggagtnnnnnnnnnnn
gi|23 : TATTTTGCCTAG-AAAA--GA--AAGCGTCTATAAACCGACATGTGATTGTCAACAAATA------A---ATTGT-AAACATT-ACGC-AAAAAAC------T--CGAAA-CAAAC-----T-------A----A------ATAAAGTT-GTTCTTTTTT-GTC--AA-G-CAA-GATAATATAACCGATGAGGTCATGGT
gi|24 : TATGTGAAATAGGA---TATA------GGTATTGGAATTTA---CCAG--------TCA-AACTCAGTCGGAATTTTTCTTTTt
gi|26 : nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaaG-AAAA--GACAAAGCATATATAAATTGATAAGTGATTGTCAACAAATA------C---ACTGTAAAAAATG-ACAC-AAAAACCT-----G--AAAAA-CAAAC-----T-------A----A------ACTAAGTTCG---TTTTTC-ACT-----T-AAA-GACAACGTTTCTGCCGAGGTCATG
gi|27 : catgAATAAGA---TATA------AGTATTGAAGTTTA---CCGT--------TCA-AACTTAGCTGGAATTTGTCTTTTCCTTGCAGCCAG--AACATATAAGA---GTTTTAGTATC--A-----------CCCCGTA-ATGTTTTGCCT
gi|29 : tgggggtgggggagATAGGT---TGTA------GGTACTGAAATTTA---CCAG--------TCATAATCCAGTCATAATTTGACTTTT
gi|3 : tgtCATC-ATAGTTTACCTCG-AAAA--GA--AAGTGTCTATACACTGACATGTGAATGTCAACAAATA------A---ACTGT-AAACATA-ACGC-AA------------------------T-----TTTTTTCAA----A------ATTAAGTTCA---TTTTTC-ACC--AA-ATAAA-GATGATGTTTCTGCTAATGTTAc
gi|30 : tggggtgaataagataaaagtattgaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnATGTGAAATAAGA---TATA------GGTGTTGAAATCTA---CCAG--------TCA-AACTGAGCCGGActactcagcaatggtctgtaagaattgaaagattgagcagcaaaataactgatataagataaaaggcaaaatgaaaagtctgatcgatgttcatttaccctagcaattaaagaggag
gi|31 : --AA-A-AGA-GATGATGTTACTGCTGAGGTCATGGT
gi|4 : ATTAAA---TATA------GGTATTGAAATTTA---CCAG--------TCA-Aca
gi|4 : tannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggggtgggggtgagggggcCCAGTCAACATGGCCAA---GTTTTAGTATCTAAC------C---CT---TT-ATGTTTTGCCTCG-AAAT--GA--A-GCATCTGTAAACTGACATATGATTATCAACAACTA------A---ACTGT-AAATGTG-TCGC-AAAAAAA------A--AAAAG---------------------------------------------TTTTC-AC---AA-A-AAA-TATGATTTTT-------GGTCATGGTcatggccaagttttagtatctaaccctttatgttttgcctcgaaatgaagcatctgtaaactgacatatgattatcaacaactaaactgtaaatgtgtcgcaaaaaaaaaaaagttttcacaaaaaatatgatttttggtcatggtcaggattatgtcacagtacaatgtctcttgttcctatttttctagagcattggtatgcaattnnnnnnnnnnatttgtacacattctt
gi|5 : tannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggggtgggggtgagggggcattaaatataggtattgaaatttaTATGTGAAATAAGA---TAT------------TGAAATTTA---CCAG--------TCA-AACTCAACTGGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNN--NNNNNNNNC---CCCCACCCATATTTTGCCTCT-AAAA--GA--GAGTGTCTGTAAACTGACATGTGATTGTCAACAAATACTAACAA---ACTGA-AAACATG-ATGC-AAAAAAC------A--AAAAATCAAAC-----T-------A----A------ATTAAGTCCA---TTTTTA-ACC--AA-A-AGA-GATGATGTTTCTGCTGAGGTCATGGTcaggattatgtcacagtacaatgtctcttgttcctatttttctagagcattggtatgcaattnnnnnnnnnnatttgtacacattctt
gi|6 : aattaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAAATAAGA---TATACCGGTAGGTATTGAAGTTCAAGCTCAGCTGGANNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNN--NN------N---NNNCATC-ATATTTT----TG-AAAA--GA--AATTGTTGATTA-CTGACATGTGAAATTCAACAAATA------A---ACTAT-AAACATG-ACGC-AAAAAAA------A--AA
gi|7 : gaggggatAAATAAGA---TATACCGGTAGGTATTGAAGT------------------TCA-AGCTTAGCTGGAttaagatgtttctgctaatgtaaccactgagcaatggtctgtacgaaatccaaagattgagtagcaaaataactgatatatgataaaaggcaaaatggaaagtttaaacagctaaactcaaaatatcctagcaatttaaa
gi|7 : caggggagggggtATC-ATATTTT----TG-AAAA--GA--AATTGTTGATTA-CTGACATGTGATATTCAACAAATA------A---ATTAT-AAACATG-ATGC-AAAAAAA------A--AAAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaatcatatttttgaaaagaaattgttgattactgacatgtgatattcaacaaataaattataaacatgatgcaaaaaaaaaaattaagatgtttctgctaatgtaatgaaatccaaagattgagtagcataataaatcatatatgataaaaggcaaaatggaaagtttgatgtccatttaaacagctaaactcaaaatacccttgcaattta
gi|8 : caggggagggggtaaataagatataccggtaggtattgaagttcaagcttagctggannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnna---TGTA------GGTATTGAAATTTA---AAAG--------TCA-AACTAAGCAGGAttaagatgtttctgctaatgtaatgaaatccaaagattgagtagcataataaatcatatatgataaaaggcaaaatggaaagtttgatgtccatttaaacagctaaactcaaaatacccttgcaattta
gi|8 : gggggatggataagacatgcat-ATATTTTGCCTCT-ATAA--GA--AAGTGTCTATAAACTGACATGTGATTGTCAACA---A------A---GTTGT-AAACATC-ACTA-AAAAAACTATAATA--AAAA---AAAA-----T-------A----A------ATTAAGTTAG---TTTTTC-A-T--AA-A-AAA-GATGATGTTTCTGCTAAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctgtgatattttgcctctataagaaagtgtctataaactgacatgtgattgtcaacaaagttgtaaacatcactaaaaaaactataataaaaaaaaataaattaagttagtttttcataaaaaagatgatgtttctgctaatataactactcagcaatgatctgtaagaaatccaaagatagatatccaagaataccaatatgatataca
gi|9 : gggggatggataagacatgcattgtaggtattgaaatttaaaagtcaaactaagcaggannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctgtgTATGTGAAATAAGA---TATA------GGTATT-AAATTTA---CCAA--------TCA-AACGCAGCTGGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNN--NNNNNNN-C---CCACATC-ATATTTGGCCTCG-ACAA--GA--AACTGTCTATAAACTGACATGTGATTGTCAACAAATA------C---ACTGT-AAACATG-AATC-AAAAAAT------A--AAAAG-CAAAC-----T-------A----A------ATTAAGTTC----TTTTTC-ACT--AA-A-AAA-GATGATtataactactcagcaatgatctgtaagaaatccaaagatagatatccaagaataccaatatgatataca
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|22 ): GGAATATATCGAGGCGATTGGTAAATTATCATGTAACTTGTATTAAAACAAATAAATGACCCTATATGATTAAAAAATAAATGACAAAATCAATAACAAATGGCAGTTTCCCTGGCTTACTGTTAACAATAATACCCTAGCAATTTAACA
Unaligned ( gi|25 ): AAAAGGCAAAATGGAAAGTTTGATGTCCATTTAAACAGCTAAACTCAAAATACCCTTGCAATTTAAGAGCCAAACTTGGTCTGTATTCAACAACAATAAGCTCTATATTACCTCCCCACTGTATGATGCAGCCTAACA
Unaligned ( gi|28 ): TTATGTCACAATACAATGCCATGTTCCTATTTTTCTAGAGCATTGGTATGCCATTTATATTTTAACATTTCTTAACTGTCATTTAA