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1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
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Reference ( family-4346 )     :                                                                                                                                                                                                                              TCAGATAGATTATGCCAATAAATCTCCATTC-TGTTGGCATTGCAGTCCTGCTCGAAAATATACAACAGTGCTCAATATTTTTCTTTAACATACTCCTCAAAC-----NCA-----TC-T-TTAANCAAA--ATAGACGACTATTAATCATTGAATA
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gi|5                          :                                                                                                                                                                     acccgtcggttgtccaacacaccaaacatgacatgcttcttccacccattactaagctCAGATGGATTATGCCAATATATAACCATTA-CGTTGGCGTTGCAGTCCTGGTCGAAAATATACAATAGTGCTCAATCTATTTCTTTAACATACTCCTCAAAC-----TGAATATCTC-T-TTAACCAAT--ATTGACAATTATTAACTATTGAATA
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Reference ( family-4346 )     :                                                                                                                                                                                                                              TCAGATAGATTATGCCAATAAATCTCCATTC-TGTTGGCATTGCAGTCCTGCTCGAAAATATACAACAGTGCTCAATATTTTTCTTTAACATACTCCTCAAAC-----NCA-----TC-T-TTAANCAAA--ATAGACGACTATTAATCATTGAATA
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                  ATATACTACACAAATAA--CTCCATACATGTTAGCACTGCAGTCCTG-TC-AGAATATATA-CAGT-----ATACTT--CTTTAACATACTCCTCAAACTGT--AAA-----TCGC-TTAAACTAATCTTAG-TGACTTTTAATCATAGAATA
gi|10                         : ttattaattgcttggatattttgacaatttcacctagactagaaaatacagagaggaaaaagagagataatcatgtttatataatcaggcggagagaaagaatgacccttttaaatatatttgcagcaaatactcacttattacgctatataagttgtgattgcaacccgattacccgtctgttgtaatactccatatatgatgtgcaccttgttccttctTCAGATTGATTATGCCAATAAATCACCATTC-TGTTGGCATTGCAGTCATGGTCGAAAATATAAAACAGTGCCCAATATTTTTCTTTAACATACTCATCAAAC-----ACC-----TC-T-TTAACCAAA--ATAGGCAACTATAAATCATTGAAT
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                AGATTGATTATGCCAATAAATCTCCATTA-TGTTGGCAATGCAGTCCTGCTCGAAAATATACAACAGTGCTCAATATTTTTCTTTAACATACTACTCAAAA-----TCC-----TC-T-TTAACCAAA--ATGAACGACTATTAATTATTAAATA
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                               CAGATTGATTATGCCAATAAATCTCCAATC-CGTTGGCATTGCAGCCCTGCTC-AAAATATACAATAGTACTCAATATTTTTCTTTAACATACTCCTTAATC-----TCC-----TG-T-TTAATCAAA--ATAGACGACTATTAATCATTGAATA
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                       TTATGCCAATAAATCTCCATTC-TGTTGGCATTGCAGTCCTGCTCGAAAATATACAACAGTACTCAATATTTTTCTTTAACATACTCCTTAAAC-----TCC-----TC-T-TGAATCAAA--ATAGACGACTATTAATCATTGAATA
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                  attgtTTATGCCAATAAATCTCCATTC-TGTTGGCATTGCAGTCCTGCTCGAAAATATACAACAGTACTCAATATTTTTCTTTAACATACTCCTTAAAC-----TCC-----TC-T-TTAATCAAA--ATAAACGACTACAAATCATTGAAT
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              ttgtAAC-----TCC-----TC-T-TTAATCAAA--ATAGACGACTATTAATCATTGAA
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                  ATATACTACACAAATAA--CTCCATACATGTTAGCACTGCAGTCCTG-TC-AGAATATATA-CAGT-----ATACTT--CTTTAACATACTCCTCAAACTGT--AAA-----TCGC-TTAAACTAATCTTAG-TGACTTTTAATCATAGAATA
gi|3                          :                       tattaattgcttggatattttgacaatttcacctagactagaaaatacagagaggaaaaagagagataatcatgtttatataatcaggcggagagaaagaatgacccttttaaatatatttgcagcaaatactcacttattacgctatataagttgtgattgcaacccgattacccgtctgttgtaatactccatatatgatgtgcaccttgttccttctACCTCCCTTC-TGTTGGCATTGCTGTCCTGTTCGAAAATATATAACAGTGTTCAATATATTTCTTTAACATACTCCTAAAACGATATATA-----TC---TTAAACAAAT-ATTGTTGAT--TTAATCGTAGAATA
gi|4                          :                                                                                                                   cggacagaaaagtagcattttcatgtgttattaataatactcacttataaggctatccaggttactatcgcaccggttggttgctaacacaccgaacatgacatacttcttccatctattactacgttACCTCCATTC-TGTTGGCATTGCAGTCCTGGTCGAAAATAAACAACAGTGTTCAATATATTTCTTTAACATTCTCCTCAAACGGT--ATA-----TC-TCTCAAACAAAT-ATTTATGAC--TTAATCGTAGAATAt
gi|5                          :                                                                                                                                                                     acccgtcggttgtccaacacaccaaacatgacatgcttcttccacccattactaagctCAGATGGATTATGCCAATATATAACCATTA-CGTTGGCGTTGCAGTCCTGGTCGAAAATATACAATAGTGCTCAATCTATTTCTTTAACATACTCCTCAAAC-----TGAATATCTC-T-TTAACCAAT--ATTGACAATTATTAACTATTGAATA
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                              TCAGATAGATTATGCCAATAAATCTCCATTC-AGTTGGCATTACAGTCCTGCTCGAAAATATACAACAGTACTCACTATTTTTCTTTAACATACTCGTCACAC-----TTA-----TT-T-TTTACGAAA--GTAGTCGACTATTAATTATTGAATA
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                              TCAGATAGATTATGCCAATAAATCTCCATTC-TGTTGGCATTGCAGTCCTGGTCGAAAAAATACAACAGTGCCCAATATTTTTCTTTAACATACTCCTCAAAC-----ACA-----TC-T-TTAAGCAAA--ATAAACGACTGTTAATCATCGAATA
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                               CAGATAGATTATGCCAATAAATCTCCATTC-TGTTGGCATTGCAGTCCTGGTCGAAAAAATACAACAGTGCCCAATATTTTTCTTTAACATACTCCTCAAAC-----ACA-----TC-T-TTAAGCAAA--ATAAACGACTGTTAATCATCGAATA
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                              TCAGATAGATTATGCCAATAAATCTCCATTC-AGTTGGCATTACAGTCCTGCTCGAAAATATACAACAGTACTCACTATTTTTCTTTAACATACTCGTCACAC-----TTA-----TT-T-TTTACGAAA--GTAGTCGACTATTAATTATTGAAT


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1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                  attgtTTATGCCAATAAATCTCCATTC-TGTTGGCATTGCAGTCCTGCTCGAAAATATACAACAGTACTCAATATTTTTCTTTAACATACTCCTTAAAC----T-----CC---TC-TTTAATCAAA--ATAAACGACTACAAATCATTGAAT
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              ttgtAAC----T-----CC---TC-TTTAATCAAA--ATAGACGACTATTAATCATTGAA
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                  ATATACTACACAAATAA--CTCCATACATGTTAGCACTGCAGTCCTG-TC-AGAATATATA-CAGT-----ATACTT--CTTTAACATACTCCTCAAAC----T-----GTAAATCGCTTAAACTAATCTTAG-TGACTTTTAATCATAGAATA
gi|3                          :                       tattaattgcttggatattttgacaatttcacctagactagaaaatacagagaggaaaaagagagataatcatgtttatataatcaggcggagagaaagaatgacccttttaaatatatttgcagcaaatactcacttattacgctatataagttgtgattgcaacccgattacccgtctgttgtaatactccatatatgatgtgcaccttgttccttctACCTCCCTTC-TGTTGGCATTGCTGTCCTGTTCGAAAATATATAACAGTGTTCAATATATTTCTTTAACATACTCCTAAAACGATAT-----AT---AT-CTTAAACAAAT-ATTGTTGAT--TTAATCGTAGAATA
gi|4                          :                                                                                                                   cggacagaaaagtagcattttcatgtgttattaataatactcacttataaggctatccaggttactatcgcaccggttggttgctaacacaccgaacatgacatacttcttccatctattactacgttACCTCCATTC-TGTTGGCATTGCAGTCCTGGTCGAAAATAAACAACAGTGTTCAATATATTTCTTTAACATTCTCCTCAAACGG--TATA--TC---TC--TCAAACAAAT-ATTTATGAC--TTAATCGTAGAATAt
gi|5                          :                                                                                                                                                                     acccgtcggttgtccaacacaccaaacatgacatgcttcttccacccattactaagctCAGATGGATTATGCCAATATATAACCATTA-CGTTGGCGTTGCAGTCCTGGTCGAAAATATACAATAGTGCTCAATCTATTTCTTTAACATACTCCTCAAAC----TGAATATC---TC-TTTAACCAAT--ATTGACAATTATTAACTATTGAATA
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                              TCAGATAGATTATGCCAATAAATCTCCATTC-AGTTGGCATTACAGTCCTGCTCGAAAATATACAACAGTACTCACTATTTTTCTTTAACATACTCGTCACAC----T-----TA---TT-TTTTACGAAA--GTAGTCGACTATTAATTATTGAATA
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                              TCAGATAGATTATGCCAATAAATCTCCATTC-TGTTGGCATTGCAGTCCTGGTCGAAAAAATACAACAGTGCCCAATATTTTTCTTTAACATACTCCTCAAAC----A-----CA---TC-TTTAAGCAAA--ATAAACGACTGTTAATCATCGAATA
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                               CAGATAGATTATGCCAATAAATCTCCATTC-TGTTGGCATTGCAGTCCTGGTCGAAAAAATACAACAGTGCCCAATATTTTTCTTTAACATACTCCTCAAAC----A-----CA---TC-TTTAAGCAAA--ATAAACGACTGTTAATCATCGAATA
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                              TCAGATAGATTATGCCAATAAATCTCCATTC-AGTTGGCATTACAGTCCTGCTCGAAAATATACAACAGTACTCACTATTTTTCTTTAACATACTCGTCACAC----T-----TA---TT-TTTTACGAAA--GTAGTCGACTATTAATTATTGAAT
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Unaligned ( gi|15 ): ATTAATTTGTTGGATTGTTTGACAACTTCACTTAGACTAGAAAATA