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Reference ( gi|2 ) : ATATTACATGGTTCCCAG-T----AGC-CAAA-T----AATC-GACTCACAATATAGACTGAA--AC-AAATTATAAAC-ATCG------TGA---CTAT---GGAAAGTC-CCACATGTGAAATGAGATATAATAC-G-T-TGAT-CTTTA-TAC--AAACATCTTT----CT---T---G---GTTTCTTTCAATATACA-TG-AATA---GT-GTAATT--TATCTTGAAATGATTATTAGTACTTGCATT--GTTT-C-TA---T---T-T-----T--G--TA-----A-----T----A----TTT--CTATTG-TG-T--ATA---CT---G-ATAA--TTTGGA--CA-AAAATACCTA-TGTTTTAAA-------ATAAAAACATTCTTTGTCGGCCATCAGTTAA-ACAA-GCTTTACATCACGTGATT---GAT-AGGTGATTC-TGCCTGGTA-GGCCACC--T-AGC-TAGAAG---TCT------TTAT--TTAGC--CTC-CGATTGGC--------A---------GCTAT-----G-T-ATC-C-A--TA--A-------AGTGTAAACAATTGGGACAATGGCTT
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13 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
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2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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gi|5 : tctatacG---GTGCCAAAC----AATTGAACTGTGATAAAG-TGTGAG-CCGCGTGATAA--AC-ATTGT------GG---CTAT-------AG--TT-C--CAG-A-TCTG-GAA-TGAT--A-TGT--CGTCTG-TGGA-C-------CA------------------------G---TTT---TTA------AATA-T--A-----A-----A--GCATAACT--T-ATA-TTAAA-ATGATTG-------CATGCA--TT--GTTTCTATT---------C------T-C----T-A-----A-TCAT-A----TTTTA-CTTTTG-T--A-T--A-T-A-T--T-G-GTAA--TTTG------------ACTT---TT-G-TTT----TGA-GACAAAAACAT-T--CTTTGTCAGCCATC-TT-TA-A--T---GCGC--TTTGCATCAC--CATTGA-CACATGATTC----TACCCAGT-A-AGCCACCT-TGG-GATAAGTTTA------AAT-TAA-------CAGCTCA--TGATTAGC---------------------AT-----T-TATC-CA--TAAA------GTGTat
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blockSeqs : C . . T A ACAA C TGT TTCA . . C GG . . . C A T . . . C . . CT . A TTT . . . AATAC T . . . A GAT TTA C . G A CTGTAATTATA . . . . . . . . CA . . CT . . . . . . . G A . . . . G . T G T . . C TA . . . C . . . . ATTGA . G .
blockSeqs : T . . G A GTGA T ACG GCCG . . G GA . . . T A G . . . C . . AT . T CTT . . . TATTT T . . . A GAT TTA T . G A CTGGTATTATA . . . . . . . . TG . . CA . . . . . . . G C . . . . A . T G A . . C TG . . . T . . . . ATT . . .
blockSeqs : C . . T A GCTA T ATG ACTG . . T AG . . . A G T . . . C . . AT . G CTT . . . TATA T . . . A GTC GTA T . G A CTGGTATTATA . . . . . . . . CA . . GT . . . . . . . T G . . . . A . A G T . . C AG . . . T . . . . ATT . . .
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blockSeqs : . . C G ATGA A AC ACTA . . G GG . . . C C G . . . C . . AT . A CAT . . . TATA C . . . A GAT TTA T . G A CTCTAATCATA . . . . . . . . CA . . GT . . . . . . . T C . . . . A . T A T . . C AG . . . T . . . .
blockSeqs : . . G A . T . CTG . . T CA . . . C A T . . . C . . CC . A TTT . . . TATA G . . . A AT TTA T . G A CTGTTAGTA . . . . . . . . TG . . CG . . . . . . . G G . . . . G . G G T . . C AG . . . T . . . .
blockSeqs : . G A . . . . . . T CA . . . C A T . . . T . . TG . A TTT . . . TACA T . . . A AT TTA C . G A ATTATATT . . . . . . . . AT . . GA . . . . . . . T A . . . . A . G G C . . C A . . . G . . . .
blockSeqs : G . . . . . . . T A . . . C A C . . . A . . CT . A CT . . . TATT C . . . A AG TT A . T C TTGTAATA . . . . . . . . CA . . CA . . . . . . . T T . . . . G . G G T . . . A . . . C . . .
blockSeqs : . . . T G . . . C A C . . . C . . CA . G CT . . . TATA A . . . A GA TT T . T A TTATTATT . . . . . . . . TG . . CA . . . . . . . T G . . . . G . T . G . . . A . . . G . .
blockSeqs : G . . . C A . . . . T . . CA . G CT . . . CAGT T . . . A AT TG T . G A CTGTAAT . . . . . . . . TG . . CA . . . . . . . T G . . . . G . T . C . . . . . . . G . .
blockSeqs : . . . . . . . . . C . . CT . G CT . . . TATA C . . . A AT TG A . G A CTCTCA . . . . . . . . TG . . C . . . . . . . T G . . . . G . G . C . . . . . . . C
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blockSeqs : . . . . . . . . T . . . TATA T . . . A AT T T . A . CTGT . . . . . . . . CG . . . . . . . . . . . . . . . . C
blockSeqs : . . . . . T . . . . C . . . . G . . . . . CTGT . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . .
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blockSeqs : . . . . . . . . .
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blockSeqs : . . .
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finalCons : ATATAACGCGGTTCCC----GG---GAGCCAAAN----AACCGGACCGCGATATAGACG-GAA-CCGCGTTATAA--AC-ATCGCGG---------CTAT---GGAAAG--TC-C--CAC-A-TGTG-GAA-TGAG--A-CAT--CATCTG-TGGAACTTTA-TGCAAACGTCTTT---C---T---T---G---TTT-CTTTC------AATA-T--A-----AT----A--GTGTAACT--T-ATC-GTGAA-ATGATTATTA----CTTACA--TTG--TTTCTATT---------C------T-G----T-A-----A-T----A----TTT---CTATCG-T--A-T--A-T-A-TCG----ATAA--TTTG--GACA-AAAATACCT---TT-G-TTT----TGA-AACAAAAACAT-T--CTTTGTCGGCCATC-TT-T--A--CG---CGC--TTTGCATCACGTGATCGA-CACGTGATTC----TACCTAGT-A-AGCCACCT-AGC-GAGAAGTCTA------TAT-T---------TAGCTCC--CGATTGGCATTGCTCGA---------------------TATC-CAG-TAAA------GTGTAAACAATT---AC--TGGCTT
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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gi|29 : ggtacactgcggcccca-T-A-T--T-G-ATAA--TTTG--GACA-AAAAAATCT---TT-G-TTactttattgataatttggacaaaaaaatctttgtt
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gi|9 : tgttttctggaagccaaagaatcagaccatgatagatgggactacatcataaacattgccactttagcaagtcccaaatgcagaatgagacA-TGAG--A-CAT--CATCTG---GAACTTTA-TTCAAACATTTTT---C---TGCCT---G---TTT-CTTTC------AATG-TTCA-----ATGAAAA--GTGTAACT--T-ATC-GTAAA-ATGATTA-------CTTACA--TT--ATTTTTATT---------C------T----------------------------T---TTACTG-T--A-T--T-T-A-C--C-G-ATGA--TATG--GACA-AAAATACTT---TT-G-TTT----TGA-AACAAAAACAT-T--CTGTGTCGACCATC-TT-T--A--C---CCGC--TTTGCATCACGTGATTGA-CATATGATCC----TA--TA-C-A-AGCCACCT-AGC-GAGCAGTCTA------TAT-t
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Unaligned ( gi|40 ): GCAAATGCATTCGTTAGAATAATGATGATTTTTCTGCTGTCTTCCATACACTTTGTTATGTTATCATGAATATATACACCCAGTCTAAAATTCCTAT
Unaligned ( gi|42 ): AAAGTACACTCCAGTCCTGCTATAACACAGTTGGAGGGAAACAAAGAGCCAGACCATATATAAATGAAACCACAATATAAATAAAACTGC