lowQualScore                  :                                                                1       11111              222222222                                                                                                                                                1                    
lowQualScore                  :                                                                0 6 6   00000       3  2   777777777 2           2         3            777777   5  3333  5555 99      33   2   33                4             2  33                             0 3     44  4    4     
lowQualScore                  :                                                                . . .   .....       .  .   ......... .           .         .            ......   .  ....  .... ..      ..   .   ..                .             .  ..                             . .     ..  .    .     
lowQualScore                  :                                                                0 5 7   99999       1  9   000000000 9           7         6            777777   0  9999  6666 00      77   9   99                6             9  99                             4 5     66  3    0     
consensus                     :                                                         TTAAATC-TNTCAATAA---CAACGAC-AA-TGACA-------A-ATAGTTTATTT-GCTTTAAGGCCACCAGCCCATG------CAACAT-G--TT---TT--TATACA--AAT-AAA--TGTTAACAAAACAGTACGTGAGTTTTCAAG-AT--TACACGAAGTATTACTTCATTTATACACAGTTATACA--TGCATAANACAGA
Reference ( gi|6 )            :                                                         TTAAATC-TGTCAATGA---CAATGAC-AA-TGATC-------A-ATAGTTTATTT-GCTTTAAGGTCACCAGCCCATG------CAATAT-G--TT---TT--TATACA--AAT-AAA--TGTTAACAAAACAGTATGTGAGTTTTCAAG-AT--TACACGAAGTATTACTTCATTTATACACAGTGATACA--TGTATAAAACAGA
gi|7                          :                                                         TTAAATCGTTTCCATAA----AATGAC-AA-TGACA-------A-ATAGTTTATTT-GCCTTAAGACCATCAGCCCATG------CAACAT-A--GT---TT--TATAAA--AAT-ACA--TGTTAACGCAACAGAACGTGAATCTT-AAT-AT--CATGCGAAGTAATACTACATTTAAACATA--AGTATA--TATTTAAA
gi|14                         :                                                         atAAATT-TCTAAATAAGCACAATAACGAA-TGACA-------A-ATAGTGTGTTT-GCTTAAATGTCATCAGACAATG------CAACAT-A--GA---TT--TATGCG--AAT-AAA--TGTTAGCACAAAAGTACGt
gi|8                          :                                              accgttagatctcccATT-TATAAAT-A---CAATGAC-AA-CGA-C-------ATATTATTTATTT-GCTTTAAGGCCACGAGCTCATA------CAACAT-G--TT--------------------AA--TGTTGA---AACAGTACGTCAGTTTTCATG-AA--TATACGACGTGTTACCTCATTTATACACATTTATACA--TGCACAATACAGA
gi|9                          :                                                        ttcaatcC-TGT-AATGG---CAATGAC-AA-T-ATCAATAAAAA-ATAGTTTATAT-GCTTTAAGGTCACTAGCACATG------CAACAT----TT---GT--TATATA--TAT-AGAGTTGTTAACAAAATCGCACGTGAGTTTTCATGAATAATACA-GAATTATTa
gi|2                          :                                                              agacaaCAATAC---CAACAAC-AA-TGACA-------A-ATAGTTCATTTTGCTATGAGGCCAC-AGCCTGTG------CAACATAG--TT---AT--TATACA--AAT-AAA--TGTTAACTAAACAATATGCAAGTTTTCAAA-AT--TATACAAAGTAGTACATCATTCAT--ACAGTTATAAA--TGCATAATACAGAttagcaaagtatatgt
gi|15                         :                                                tcaacttctgctatgtatagCAATAA---CATTGTC-AG-TGACA-------A-ATACTTTATTT-GCATTAATGTCACCAGCACATA------CAACAT-GGTTT---TT--TACACA--AAT-AAA--TGTCAACAAAATAGTa
gi|3                          :                                                tatatgtataatacaatgactataaA---TAATGAC-AAATGACA-------A-ATTATTTATTT-GCTTTAAGGCCATCAGCCCATG------CAACAT-G--TT---TT--TATACA--AAT-AAA--TGTTAACAAAATAGTATGTGAGTTTTCAAG-AT--TACA-----TATTGCTTCATTTATATGCAGTTATATA--TGCATAAAACAGA
gi|5                          :                                                aattacatttcaatatcaaaactatA---TAACGAC-AA-TGACA-------A-ATAGTTTATTT-GCTTTAAGGACACCAGCCCATG------CAACAT-G--TT---TTT-TATACA--AAT-AAA--TGTTAACAAAACAGTACCTGCGTTTTCAAG-AT--TACACGAAGTATTACTTCAGTTATACA
gi|4                          :                                              ttacagataacgttatgacaaatacaaA---TAACGAC-AA-TGACA-------A-ATAGTTTATTT-GCTTTAAGGACACCAGCCCATG------CAACAT-G--TT---TTT-TATACA--AAT-AAA--TGTTAACAAAACAGTACCTGCGTTTTCAAG-AT--TACACGAAGTATTACTTCAGTTATACAtgcatgaaagggaaac
gi|1                          :                                              ttacagataacgttatgacaaatacaaA---CTATGAC-AA-TGACA-------A-ATAATGTGTTA-GATTTAAGACCACAAGCCCATA------CAACAT-A--TT---GT---GTACATTAATTAAA--TGTTAACAAAACAATACGTGAGTTTTCATG-AA--TATGCGAAATATCACTTCATTTATACACAGTTATGTA--TGTATAATACAGtgcatgaaagggaaac
gi|10                         : catcagacacagctggtatgtatgatcttatctctttttcgaaacacttcttaaacgtttttgataaaataaaacaggaTGAC-AA-TGACA-------A-ATAGTTTATTT-GCTTTAAGGCCACCAGCCTATG------CAACAT-G--TT---TT--TATACA--AAT-AAA--TGTTAACAAAACAGTACGTGATTTTTCAAG-AT--TACACGAAGTATAATATCATTTATATACAGTCATACA--TGCATAAAACAGA
gi|12                         :                                                                                   C-AA-TGACA-------A-ATAGTTAATT--GCTTTAAGGCCATTAGCTCATG------CAACAT-G--TT---TTTTTATACA--AAT-GAA--TGTTAACAAAACAGTAAGCAAGTTTTCTAG-AT--AACATGAAGTATTACTTCATTTATACACAGTTACAAA--TGCATa
gi|19                         :                                                                                   C-AA-TGACA-------A-ATAGTTTATTT-GTTTAAAGACCATCAG
gi|11                         :                                                                                    tat-TGATA-------A-ATAGTTTATTT-GCTTTAAGGCCACCAGCCCATG------AAACAT-G--TT---TT--TATACA--AAT-AAA--TGTTAACAAAACAGTACGTGAGTTTTCAAG-AT--TACACGAATTATTTTATCAGTGAAACACAGTTATACA--TGCATAAAACAGA
gi|16                         :                                                                                                            TATTT-GCTTTAAGGTAACCAGGCCATGACATACCAGTAC-G--TTAAAAT--TATACA--AAaa
gi|13                         :                                                                                                               cggcgTTTAAGGCCACAAGCC-ACG------CAGCAT-A--TT---TA--TTTACA--AAT-TAA--TGTTATCAAAACAAAACATGAGATTTTGAG-AT--AACATTAAGTATTACTTAATTTAAACACA--AATACACGTGCATAATACAgtattatttcatataaacacagctgtgcatgaataatacagaaat
gi|16                         :                                                                                                                                                                                     TGACATACCAGTACGT-------TAAA-AT--TATACAAAGTATTATTTCATATAAACACAGCTGTGCA--TGAATAATACAGAta
gi|17                         :                                                                                                                                                                                cggcgtatttgctttaaggtaaccaggccaAG-AT--TAAACGAAGTATTACATCATTTATACACAGTTATACA--TGCATAAAACAGAaat
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                               ttaagttataacaacattTACTTTATTTATACACAGTTATACA--TGaatat





Alignments
lowQualScore                  :                                                          8 1    888  77777   1   2  2                 2                            4444  0 5555     33   2   33                              2  33                       1                 77777   1     
lowQualScore                  :                                                          . .    ...  .....   .   .  .                 .                            ....  . ....     ..   .   ..                              .  ..                       .                 .....   .     
lowQualScore                  :                                                          0 0    888  66666   6   9  7                 5                            6666  2 5555     44   5   44                              7  77                       1                 11111   0     
consensus                     :                                                   TTAAATC-TNTCAA---TA-A---CAATGAC-AA-TGACAAATAGTTTATTT-GCTTTAAGGCCACCAGCCCATGCAACAT-G--TTTT--T-ATACA--AAT-AAA--TGTTAACAAAACAGTACGTGAGTTTTCAAG-AT--TACACGAAGTATTACTTCATTTATACACAGTTATACATGCA-----TAANACAGA
Reference ( family-4296 )     :                                                   TTAAATC-TNTCAA---TA-A---CAACGAC-AA-TGACAAATAGTTTATTT-GCTTTAAGGCCACCAGCCCATGCAACAT-G--TTTT--T-ATACA--AAT-AAA--TGTTAACAAAACAGTACGTGAGTTTTCAAG-AT--TACACGAAGTATTACTTCATTTATACACAGTTATACATGCA-----TAANACAGA
gi|1                          :                                                                     A-A---CTATGAC-AA-TGACAAATAATGTGTTA-GATTTAAGACCACAAGCCCATACAACAT-A--TTGT----GTACATTAATTAAA--TGTTAACAAAACAATACGTGAGTTTTCATG-AA--TATGCGAAATATCACTTCATTTATACACAGTTATGTATGTA-----TAATACAG
gi|10                         : catcagacacagctggtatgtatgatcttatctctttttcgaaacacttcttaaacgtttttgataaaataaaacaggGAC-AA-TGACAAATAGTTTATTT-GCTTTAAGGCCACCAGCCTATGCAACAT-G--TTTT--T-ATACA--AAT-AAA--TGTTAACAAAACAGTACGTGATTTTTCAAG-AT--TACACGAAGTATAATATCATTTATATACAGTCATACATGCA-----TAAAACAGA
gi|11                         :                                                                                    t-TGATAAATAGTTTATTT-GCTTTAAGGCCACCAGCCCATGAAACAT-G--TTTT--T-ATACA--AAT-AAA--TGTTAACAAAACAGTACGTGAGTTTTCAAG-AT--TACACGAATTATTTTATCAGTGAAACACAGTTATACATGCA-----TAAAACAGAa
gi|12                         :                                                                                 C-AA-TGACAAATAGTTAATT--GCTTTAAGGCCATTAGCTCATGCAACAT-G--TTTTTTT-ATACA--AAT-GAA--TGTTAACAAAACAGTAAGCAAGTTTTCTAG-AT--AACATGAAGTATTACTTCATTTATACACAGTTACAAATGCA-----Taa
gi|13                         :                                                                                                          TTTAAGGCCACAAGCC-ACGCAGCAT-A--TTTA--T-TTACA--AAT-TAA--TGTTATCAAAACAAAACATGAGATTTTGAG-AT--AACATTAAGTATTACTTAATTTAAACACAAATACACGTGCA-----TAATACA
gi|14                         :                                                     AAATT-TCTAAA---TA-AGCACAATAACGAA-TGACAAATAGTGTGTTT-GCTTAAATGTCATCAGACAATGCAACAT-A--GATT--T-ATGCG--AAT-AAA--TGTTAGCACAAAAGTACGta
gi|15                         :                                               accgttagatctcccCAA---TA-A---CATTGTC-AG-TGACAAATACTTTATTT-GCATTAATGTCACCAGCACATACAACAT-GGTTTTT--T-ACACA--AAT-AAA--TGTCAACAAAATAGT
gi|16                         :                                                                         tatatgtataatacaatgactataaTATTT-GCTTTAAGGTAACCAGGCCATG--ACA--------------TAC-----------------------CAGTACGT-------TAAA-AT--TATACAAAGTATTATTTCATATAAACACAGCTGTGCATGAA-----TAATACAGA
gi|17                         :                                                                                                                                                                                       cggcgAG-AT--TAAACGAAGTATTACATCATTTATACACAGTTATACATGCA-----TAAAACAGAaat
gi|18                         :                                                                                                                                                                                             ttaagttataacaacattTACTTTATTTATACACAGTTATACATGAACTAATTAATATAGAaatat
gi|19                         :                                                                                 C-AA-TGACAAATAGTTTATTT-GTTTAAAGACCATCAGaatg
gi|2                          :                                                           tatCAA---TA-C---CAACAAC-AA-TGACAAATAGTTCATTTTGCTATGAGGCCAC-AGCCTGTGCAACATAG--TTAT--T-ATACA--AAT-AAA--TGTTAACTAAACAATATGCAAGTTTTCAAA-AT--TATACAAAGTAGTACATCATTCAT--ACAGTTATAAATGCA-----TAATACAGA
gi|3                          :                                      tcaacttctgctatgtatag-TATCAAAACTATA---TAATGAC-AAATGACAAATTATTTATTT-GCTTTAAGGCCATCAGCCCATGCAACAT-G--TTTT--T-ATACA--AAT-AAA--TGTTAACAAAATAGTATGTGAGTTTTCAAG-AT--TACA-----TATTGCTTCATTTATATGCAGTTATATATGCA-----TAAAACAGAa
gi|4                          :                                                        aattacatttcaaA-A---TAACGAC-AA-TGACAAATAGTTTATTT-GCTTTAAGGACACCAGCCCATGCAACAT-G--TTTT--TTATACA--AAT-AAA--TGTTAACAAAACAGTACCTGCGTTTTCAAG-AT--TACACGAAGTATTACTTCA----------GTTATACATGCA-----TGAA
gi|5                          :                                           ttacagataacgttatgacaaatacaA-A---TAACGAC-AA-TGACAAATAGTTTATTT-GCTTTAAGGACACCAGCCCATGCAACAT-G--TTTT--TTATACA--AAT-AAA--TGTTAACAAAACAGTACCTGCGTTTTCAAG-AT--TACACGAAGTATTACTTCA----------GTTATACATGCA-----TGAAgggaaac
gi|6                          :                         ttacagataacgttatgacaaatacaTTAAATC-TGTCAA---TG-A---CAATGAC-AA-TGATCAATAGTTTATTT-GCTTTAAGGTCACCAGCCCATGCAATAT-G--TTTT--T-ATACA--AAT-AAA--TGTTAACAAAACAGTATGTGAGTTTTCAAG-AT--TACACGAAGTATTACTTCATTTATACACAGTGATACATGTA-----TAAAACAGAgggaaac
gi|7                          :                                                   TTAAATCGTTTCCA---TA-A----AATGAC-AA-TGACAAATAGTTTATTT-GCCTTAAGACCATCAGCCCATGCAACAT-A--GTTT--T-ATAAA--AAT-ACA--TGTTAACGCAACAGAACGTGAATCTT-AAT-AT--CATGCGAAGTAATACTACATTTAAACATAAGTATATAT
gi|8                          :                                                     atATT-TATAAA---TA-----CAATGAC-AA-CGACATATTATTTATTT-GCTTTAAGGCCACGAGCTCATACAACAT-G--TT------------------AA--TGTTGA---AACAGTACGTCAGTTTTCATG-AA--TATACGACGTGTTACCTCATTTATACACATTTATACATGCA-----CAATACAGAttaaaat
gi|9                          :                                                       ttcaatcCAA---TG-A---CAATATC-AA-TAAAAAATAGTTTATAT-GCTTTAAGGTCACTAGCACATGCAACAT----TTGT--T-ATATA--TAT-AGAGTTGTTAACAAAATCGCACGTGAGTTTTCATGAATAATACA-GAATTATTa





Alignments
lowQualScore                  :                                                           8 1    888  77777       2  2                 2                            4444  0 5555     33   2   33                              2  33                       1                 77777   1     
lowQualScore                  :                                                           . .    ...  .....       .  .                 .                            ....  . ....     ..   .   ..                              .  ..                       .                 .....   .     
lowQualScore                  :                                                           0 0    888  66666       9  7                 5                            6666  2 5555     44   5   44                              7  77                       1                 11111   0     
consensus                     :                                                    TTAAATC-TNTCAA---TA-A---CAATGAC-AA-TGACAAATAGTTTATTT-GCTTTAAGGCCACCAGCCCATGCAACAT-G--TTTT--T-ATACA--AAT-AAA--TGTTAACAAAACAGTACGTGAGTTTTCAAG-AT--TACACGAAGTATTACTTCATTTATACACAGTTATACATGCA-----TAANACAGA
Reference ( family-4296 )     :                                                    TTAAATC-TNTCAA---TA-A---CAATGAC-AA-TGACAAATAGTTTATTT-GCTTTAAGGCCACCAGCCCATGCAACAT-G--TTTT--T-ATACA--AAT-AAA--TGTTAACAAAACAGTACGTGAGTTTTCAAG-AT--TACACGAAGTATTACTTCATTTATACACAGTTATACATGCA-----TAANACAGA
gi|1                          :                                                                      A-A---CTATGAC-AA-TGACAAATAATGTGTTA-GATTTAAGACCACAAGCCCATACAACAT-A--TTGT----GTACATTAATTAAA--TGTTAACAAAACAATACGTGAGTTTTCATG-AA--TATGCGAAATATCACTTCATTTATACACAGTTATGTATGTA-----TAATACAG
gi|10                         : catcagacacagctggtatgtatgatcttatctctttttcgaaacacttcttaaacgtttttgataaaataaaacaggTGAC-AA-TGACAAATAGTTTATTT-GCTTTAAGGCCACCAGCCTATGCAACAT-G--TTTT--T-ATACA--AAT-AAA--TGTTAACAAAACAGTACGTGATTTTTCAAG-AT--TACACGAAGTATAATATCATTTATATACAGTCATACATGCA-----TAAAACAGA
gi|11                         :                                                                                      -TGATAAATAGTTTATTT-GCTTTAAGGCCACCAGCCCATGAAACAT-G--TTTT--T-ATACA--AAT-AAA--TGTTAACAAAACAGTACGTGAGTTTTCAAG-AT--TACACGAATTATTTTATCAGTGAAACACAGTTATACATGCA-----TAAAACAGAa
gi|12                         :                                                                                  C-AA-TGACAAATAGTTAATT--GCTTTAAGGCCATTAGCTCATGCAACAT-G--TTTTTTT-ATACA--AAT-GAA--TGTTAACAAAACAGTAAGCAAGTTTTCTAG-AT--AACATGAAGTATTACTTCATTTATACACAGTTACAAATGCA-----Taa
gi|13                         :                                                                                                           TTTAAGGCCACAAGCC-ACGCAGCAT-A--TTTA--T-TTACA--AAT-TAA--TGTTATCAAAACAAAACATGAGATTTTGAG-AT--AACATTAAGTATTACTTAATTTAAACACAAATACACGTGCA-----TAATACA
gi|14                         :                                                      AAATT-TCTAAA---TA-AGCACAATAACGAA-TGACAAATAGTGTGTTT-GCTTAAATGTCATCAGACAATGCAACAT-A--GATT--T-ATGCG--AAT-AAA--TGTTAGCACAAAAGTACGta
gi|15                         :                                                accgttagatctcccCAA---TA-A---CATTGTC-AG-TGACAAATACTTTATTT-GCATTAATGTCACCAGCACATACAACAT-GGTTTTT--T-ACACA--AAT-AAA--TGTCAACAAAATAGT
gi|16                         :                                                                          tatatgtataatacaatgactataaTATTT-GCTTTAAGGTAACCAGGCCATG--ACA--------------TAC-----------------------CAGTACGT-------TAAA-AT--TATACAAAGTATTATTTCATATAAACACAGCTGTGCATGAA-----TAATACAGA
gi|17                         :                                                                                                                                                                                        cggcgAG-AT--TAAACGAAGTATTACATCATTTATACACAGTTATACATGCA-----TAAAACAGAaat
gi|18                         :                                                                                                                                                                                              ttaagttataacaacattTACTTTATTTATACACAGTTATACATGAACTAATTAATATAGAaatat
gi|19                         :                                                                                  C-AA-TGACAAATAGTTTATTT-GTTTAAAGACCATCAGaatg
gi|2                          :                                                            tatCAA---TA-C---CAACAAC-AA-TGACAAATAGTTCATTTTGCTATGAGGCCAC-AGCCTGTGCAACATAG--TTAT--T-ATACA--AAT-AAA--TGTTAACTAAACAATATGCAAGTTTTCAAA-AT--TATACAAAGTAGTACATCATTCAT--ACAGTTATAAATGCA-----TAATACAGA
gi|3                          :                                       tcaacttctgctatgtatag-TATCAAAACTATA---TAATGAC-AAATGACAAATTATTTATTT-GCTTTAAGGCCATCAGCCCATGCAACAT-G--TTTT--T-ATACA--AAT-AAA--TGTTAACAAAATAGTATGTGAGTTTTCAAG-AT--TACA-----TATTGCTTCATTTATATGCAGTTATATATGCA-----TAAAACAGAa
gi|4                          :                                                         aattacatttcaaA-A---TAACGAC-AA-TGACAAATAGTTTATTT-GCTTTAAGGACACCAGCCCATGCAACAT-G--TTTT--TTATACA--AAT-AAA--TGTTAACAAAACAGTACCTGCGTTTTCAAG-AT--TACACGAAGTATTACTTCA----------GTTATACATGCA-----TGAA
gi|5                          :                                            ttacagataacgttatgacaaatacaA-A---TAACGAC-AA-TGACAAATAGTTTATTT-GCTTTAAGGACACCAGCCCATGCAACAT-G--TTTT--TTATACA--AAT-AAA--TGTTAACAAAACAGTACCTGCGTTTTCAAG-AT--TACACGAAGTATTACTTCA----------GTTATACATGCA-----TGAAgggaaac
gi|6                          :                          ttacagataacgttatgacaaatacaTTAAATC-TGTCAA---TG-A---CAATGAC-AA-TGATCAATAGTTTATTT-GCTTTAAGGTCACCAGCCCATGCAATAT-G--TTTT--T-ATACA--AAT-AAA--TGTTAACAAAACAGTATGTGAGTTTTCAAG-AT--TACACGAAGTATTACTTCATTTATACACAGTGATACATGTA-----TAAAACAGAgggaaac
gi|7                          :                                                    TTAAATCGTTTCCA---TA-A----AATGAC-AA-TGACAAATAGTTTATTT-GCCTTAAGACCATCAGCCCATGCAACAT-A--GTTT--T-ATAAA--AAT-ACA--TGTTAACGCAACAGAACGTGAATCTT-AAT-AT--CATGCGAAGTAATACTACATTTAAACATAAGTATATAT
gi|8                          :                                                      atATT-TATAAA---TA-----CAATGAC-AA-CGACATATTATTTATTT-GCTTTAAGGCCACGAGCTCATACAACAT-G--TT------------------AA--TGTTGA---AACAGTACGTCAGTTTTCATG-AA--TATACGACGTGTTACCTCATTTATACACATTTATACATGCA-----CAATACAGAttaaaat
gi|9                          :                                                        ttcaatcCAA---TG-A---CAATATC-AA-TAAAAAATAGTTTATAT-GCTTTAAGGTCACTAGCACATGCAACAT----TTGT--T-ATATA--TAT-AGAGTTGTTAACAAAATCGCACGTGAGTTTTCATGAATAATACA-GAATTATTa


blockSeqs                     :                                                           G A    AAC  AGCA        G  A                 T                            GGT     TTT      .    .   GT                              A  AA                       T                 CTAAT   A
blockSeqs                     :                                                           . G    .    TA          .  .                 .                            AG      TT       .    .   .                               .  .                        A                 .       A
blockSeqs                     :                                                           . T    .    A           .  .                 .                            G       TT       .    .   .                               .  .                        T                 .       T
blockSeqs                     :                                                           . A    .    C           .  .                 .                            G       T        .    .   .                               .  .                        A                 .       T
blockSeqs                     :                                                                  .    A           .  .                 .                            G       T        .    .   .                               .  .                        A                 .       A
blockSeqs                     :                                                                  .    A           .  .                 .                            A       T        .    .   .                               .  .                        T                 .       T
blockSeqs                     :                                                                  .    A           .  .                 .                            A       T        .    .   .                               .  .                        T                 .       T
blockSeqs                     :                                                                       A           .  .                 .                            G       T        .    .   .                               .  .                        T                 .       A
blockSeqs                     :                                                                       A           .  .                 .                            G       T        .    .   .                               .  .                        T                 .       A
blockSeqs                     :                                                                       .           .  .                 .                            G       T        .    .   .                               .  .                        T                 .       A
blockSeqs                     :                                                                                   .  .                 .                            G       T        .    .   .                               .  .                        A                 .       A
blockSeqs                     :                                                                                   .  .                 .                            A       T        .    .   .                               .  .                        T                 .       T
blockSeqs                     :                                                                                   .  .                 .                            G       T        .    .   .                               .  .                        .                 .        
blockSeqs                     :                                                                                      .                 .                            .       .        .    .   .                               .  .                        .                          
blockSeqs                     :                                                                                                        .                            .       .        .    .   .                                                                                      


blockSeqCons                  :                                                                                                                                             T***     **
originalCons                  :                                                    TTAAATC-TNTCAA---TA-A---CAATGAC-AA-TGACAAATAGTTTATTT-GCTTTAAGGCCACCAGCCCATGCAACAT-G--TTTT--T-ATACA--AAT-AAA--TGTTAACAAAACAGTACGTGAGTTTTCAAG-AT--TACACGAAGTATTACTTCATTTATACACAGTTATACATGCA-----TAANACAGA
finalCons                     :                                                    TTAAATC-TNTCAA---TA-A---CAATGAC-AA-TGACAAATAGTTTATTT-GCTTTAAGGCCACCAGCCCATGCAACAT-G--TTTTT---ATACA--AAT-AAA--TGTTAACAAAACAGTACGTGAGTTTTCAAG-AT--TACACGAAGTATTACTTCATTTATACACAGTTATACATGCA-----TAANACAGA





Alignments
lowQualScore                  :                                                           8 1    888  77777       2  2                 2                            4444  0 5555     33   2   33                              2  33                       1                 77777   1     
lowQualScore                  :                                                           . .    ...  .....       .  .                 .                            ....  . ....     ..   .   ..                              .  ..                       .                 .....   .     
lowQualScore                  :                                                           0 0    888  66666       9  7                 5                            6666  2 5555     44   5   44                              7  77                       1                 11111   0     
consensus                     :                                                    TTAAATC-TNTCAA---TA-A---CAATGAC-AA-TGACAAATAGTTTATTT-GCTTTAAGGCCACCAGCCCATGCAACAT-G--TTTT--T-ATACA--AAT-AAA--TGTTAACAAAACAGTACGTGAGTTTTCAAG-AT--TACACGAAGTATTACTTCATTTATACACAGTTATACATGCA-----TAANACAGA
Reference ( family-4296 )     :                                                    TTAAATC-TNTCAA---TA-A---CAATGAC-AA-TGACAAATAGTTTATTT-GCTTTAAGGCCACCAGCCCATGCAACAT-G--TTTT--T-ATACA--AAT-AAA--TGTTAACAAAACAGTACGTGAGTTTTCAAG-AT--TACACGAAGTATTACTTCATTTATACACAGTTATACATGCA-----TAANACAGA
gi|1                          :                                                                      A-A---CTATGAC-AA-TGACAAATAATGTGTTA-GATTTAAGACCACAAGCCCATACAACAT-A--TTGT----GTACATTAATTAAA--TGTTAACAAAACAATACGTGAGTTTTCATG-AA--TATGCGAAATATCACTTCATTTATACACAGTTATGTATGTA-----TAATACAG
gi|10                         : catcagacacagctggtatgtatgatcttatctctttttcgaaacacttcttaaacgtttttgataaaataaaacaggTGAC-AA-TGACAAATAGTTTATTT-GCTTTAAGGCCACCAGCCTATGCAACAT-G--TTTT--T-ATACA--AAT-AAA--TGTTAACAAAACAGTACGTGATTTTTCAAG-AT--TACACGAAGTATAATATCATTTATATACAGTCATACATGCA-----TAAAACAGA
gi|11                         :                                                                                      -TGATAAATAGTTTATTT-GCTTTAAGGCCACCAGCCCATGAAACAT-G--TTTT--T-ATACA--AAT-AAA--TGTTAACAAAACAGTACGTGAGTTTTCAAG-AT--TACACGAATTATTTTATCAGTGAAACACAGTTATACATGCA-----TAAAACAGAa
gi|12                         :                                                                                  C-AA-TGACAAATAGTTAATT--GCTTTAAGGCCATTAGCTCATGCAACAT-G--TTTTTTT-ATACA--AAT-GAA--TGTTAACAAAACAGTAAGCAAGTTTTCTAG-AT--AACATGAAGTATTACTTCATTTATACACAGTTACAAATGCA-----Taa
gi|13                         :                                                                                                           TTTAAGGCCACAAGCC-ACGCAGCAT-A--TTTA--T-TTACA--AAT-TAA--TGTTATCAAAACAAAACATGAGATTTTGAG-AT--AACATTAAGTATTACTTAATTTAAACACAAATACACGTGCA-----TAATACA
gi|14                         :                                                      AAATT-TCTAAA---TA-AGCACAATAACGAA-TGACAAATAGTGTGTTT-GCTTAAATGTCATCAGACAATGCAACAT-A--GATT--T-ATGCG--AAT-AAA--TGTTAGCACAAAAGTACGta
gi|15                         :                                                accgttagatctcccCAA---TA-A---CATTGTC-AG-TGACAAATACTTTATTT-GCATTAATGTCACCAGCACATACAACAT-GGTTTTT--T-ACACA--AAT-AAA--TGTCAACAAAATAGT
gi|16                         :                                                                          tatatgtataatacaatgactataaTATTT-GCTTTAAGGTAACCAGGCCATG--ACA--------------TAC-----------------------CAGTACGT-------TAAA-AT--TATACAAAGTATTATTTCATATAAACACAGCTGTGCATGAA-----TAATACAGA
gi|17                         :                                                                                                                                                                                        cggcgAG-AT--TAAACGAAGTATTACATCATTTATACACAGTTATACATGCA-----TAAAACAGAaat
gi|18                         :                                                                                                                                                                                              ttaagttataacaacattTACTTTATTTATACACAGTTATACATGAACTAATTAATATAGAaatat
gi|19                         :                                                                                  C-AA-TGACAAATAGTTTATTT-GTTTAAAGACCATCAGaatg
gi|2                          :                                                            tatCAA---TA-C---CAACAAC-AA-TGACAAATAGTTCATTTTGCTATGAGGCCAC-AGCCTGTGCAACATAG--TTAT--T-ATACA--AAT-AAA--TGTTAACTAAACAATATGCAAGTTTTCAAA-AT--TATACAAAGTAGTACATCATTCAT--ACAGTTATAAATGCA-----TAATACAGA
gi|3                          :                                       tcaacttctgctatgtatag-TATCAAAACTATA---TAATGAC-AAATGACAAATTATTTATTT-GCTTTAAGGCCATCAGCCCATGCAACAT-G--TTTT--T-ATACA--AAT-AAA--TGTTAACAAAATAGTATGTGAGTTTTCAAG-AT--TACA-----TATTGCTTCATTTATATGCAGTTATATATGCA-----TAAAACAGAa
gi|4                          :                                                         aattacatttcaaA-A---TAACGAC-AA-TGACAAATAGTTTATTT-GCTTTAAGGACACCAGCCCATGCAACAT-G--TTTT--TTATACA--AAT-AAA--TGTTAACAAAACAGTACCTGCGTTTTCAAG-AT--TACACGAAGTATTACTTCA----------GTTATACATGCA-----TGAA
gi|5                          :                                            ttacagataacgttatgacaaatacaA-A---TAACGAC-AA-TGACAAATAGTTTATTT-GCTTTAAGGACACCAGCCCATGCAACAT-G--TTTT--TTATACA--AAT-AAA--TGTTAACAAAACAGTACCTGCGTTTTCAAG-AT--TACACGAAGTATTACTTCA----------GTTATACATGCA-----TGAAgggaaac
gi|6                          :                          ttacagataacgttatgacaaatacaTTAAATC-TGTCAA---TG-A---CAATGAC-AA-TGATCAATAGTTTATTT-GCTTTAAGGTCACCAGCCCATGCAATAT-G--TTTT--T-ATACA--AAT-AAA--TGTTAACAAAACAGTATGTGAGTTTTCAAG-AT--TACACGAAGTATTACTTCATTTATACACAGTGATACATGTA-----TAAAACAGAgggaaac
gi|7                          :                                                    TTAAATCGTTTCCA---TA-A----AATGAC-AA-TGACAAATAGTTTATTT-GCCTTAAGACCATCAGCCCATGCAACAT-A--GTTT--T-ATAAA--AAT-ACA--TGTTAACGCAACAGAACGTGAATCTT-AAT-AT--CATGCGAAGTAATACTACATTTAAACATAAGTATATAT
gi|8                          :                                                      atATT-TATAAA---TA-----CAATGAC-AA-CGACATATTATTTATTT-GCTTTAAGGCCACGAGCTCATACAACAT-G--TT------------------AA--TGTTGA---AACAGTACGTCAGTTTTCATG-AA--TATACGACGTGTTACCTCATTTATACACATTTATACATGCA-----CAATACAGAttaaaat
gi|9                          :                                                        ttcaatcCAA---TG-A---CAATATC-AA-TAAAAAATAGTTTATAT-GCTTTAAGGTCACTAGCACATGCAACAT----TTGT--T-ATATA--TAT-AGAGTTGTTAACAAAATCGCACGTGAGTTTTCATGAATAATACA-GAATTATTa