lowQualScore : 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 11 333 4444444 333333 111 1 11111111 111 2222 1 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 222222 1 11 111 333333 111111 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 2222222222 11 11 1 222 33333333 1 111111 1 111111 222 1111 222222222 1 666666666666666666666666666666 111 11 1 222222222222222222222222222 4444444444444 22 1
lowQualScore : 4 5 4 44 555 4 0 8 0 0000000 0 1 222222 4 444 55 6 33 0 4 99999999 4 88 2 888 5 5 5 5555 5 0 3 77 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 3 55 5 111111 0 5 5 5 66 8 5 77 1 333 222222 2 4 7 555555 3 2 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 2 0 7 0 1 888 66 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 99 0 0000000000 55 4 66 5 66 11 66 0 4 444 22222222 5 4 000000 66 2 4 3 0 8 666666 111 5 2222 444444444 1 9 4 777 4 999999999999999999999999999999 9 888888 3 9 3 6 3 6 222 66 0 0 555555555555555555555555555 555 2 7777 66 5 5555555555555 2 00 2 2 5 6 7777 5
lowQualScore : . . . .. ... . . . . ....... . . ...... . ... .. . .. . . ........ . .. . ... . . . .... . . . .. ............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ . .. . ...... . . . . .. . . .. . ... ...... . . . ...... . . ...................................................................................................... . . . . . ... .. .............................................................................. .. . .......... .. . .. . .. .. .. . . ... ........ . . ...... .. . . . . . ...... ... . .... ......... . . . ... . .............................. . ...... . . . . . . ... .. . . ........................... ... . .... .. . ............. . .. . . . . .... .
lowQualScore : 0 5 0 55 000 0 8 2 8 7777777 1 5 888888 0 222 55 6 22 7 4 77777777 0 99 2 777 0 1 0 9999 0 8 9 99 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 4 55 0 000000 2 0 0 2 88 2 4 55 9 999 222222 2 7 4 333333 9 9 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 0 4 6 1 4 888 99 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 66 5 4444444444 44 0 99 0 99 99 99 8 5 555 77777777 0 4 999999 11 3 4 3 2 8 444444 444 7 4444 444444444 9 9 6 888 4 111111111111111111111111111111 2 888888 1 8 1 2 1 2 222 55 3 4 333333333333333333333333333 000 9 6666 77 8 6666666666666 9 99 9 9 1 2 0000 0
consensus : NACAGTGNGTATATAACCCACANANNTGGCCATGNGTAATATTGTTAT---AT--TATTTCACCTCCAACAAGTATC----CT-GCCTTTTCATTGGA--TGAG--AGCGGTCACATGGTGACCNCCTATT-TT-TCTA-TAGTGGGTCA-GTAGA-TTTTCA-TGGAGGGCAGGCAAAACAAA--AT---GT--------------------TG-----------T------------NAT-----ACTA---A---------ACT-ATACT----CC---ACA--AAACTGA----A---AATT-TC---AATA-----------GT---TCACACCTT--------------T---GA----T--A---CG-------TATG---AC--TACTATTA-TTCCATTTA---T---AAAGTTCTATTTAAAAACTGGAAACGGGCCTCACAATAAAA---NTTGA----TCTA----------------------C--------------AAAACG-----AA----ATAGTGC-CATATT---------------CT------AGCGCCG--TT---ATTT-NTC--G-TT--GC---T-----------TATT--TT---------------TTGT-TGACAT---G-------AA-------------GTGAT-AC--T---T------------GA-ANAC------TNNAAAATT-NAC-ATTCGAAAGCGAG-AAA--TTGTGTTTT-TA-AAATCCAGATGCACATAAGAC-TTCAATACTGT--CATCCGCTTCAAAAATGAATTCAAGCAAAAC--CCTCTCAATA--A----A-T-----ANN--NAA-A----AGA-----A-GC--A-----TATGN--T---GTTATCT--AG-GGAAAC--ATA---A-ATA---AT-TA---TATCAATGCAACATAAATGACAT--AAAA--CA-------TACTTG-T--------------AT--CT-----G-AT--A-TA---------T-----AG-----------AGTGTCANGTAAA--------AAGTTG-TTTACTGATA-A-AA--A--A--TTAAAACCGCCCGCTTCGAAACTG---CTN--GTTTACATGCTTCCTA-GCGACGCACTGTG--TTATTA-T-AAACGTTAC------TCG---TAA-AAAA--GACCTACTC----T--AAATGAGGTCCGATGTTGTATTTTTA---T-T---GAAAAA-----ATG-TTAN--A--TGAAATAAATCA------GTTA-TTTGGTTTGTTACTG-A-C-CC-C-T-ACGGAA-ATATGTGGGGTCGGTTGGATAAATA-GGGGG-CGCGGC-TCACG---CCTCG---C-CCCCT-ATTTATCCAACCGAC-C-CCNC-----ATATT-TCCGTAGGGGG-T-CAGTAACAAACC-AAATAACT--G-ATA-ATGTT
Reference ( gi|1 ) : TACAGTGTATATATAATTCACAAACTTG---ATATATAATATTGTTATG--ATGGTATTTCACCTCCAACAAATAAA----CT-GCCTTTTCATTGGA--CGAG--AGCTGTCACATGGTGGCCACCTATG-TT-TCTA-TAGTGTGCCA-GCAGA-TATACA-TGGAGAGCAAACAAAACAAA--AT---GT--------------------TA-----------T------------AAT-----ACTA---A---------ACT-ATATT----CC---ACA--AAAATGA----A---AATT-TC---AAT------------GT---TCACAACAT--------------T---GG----T--A---CG-------TATG---AC--TCCTATTA-GTCCATTTA---T--AAAAGTTCTATATAAAAACTGGATATGGGCCTTACAATAAAA---GTTGA----TCTA----------------------C--------------AAAACG-----AA----ATAGTGC-TATATT---------------CT------AGTG--G--TT---ATTT-ATA--G-TT--AC---T-----------TATT--TT---------------TTGT-TGATAT---G-------AA-------------GTGAT-AC--T---T------------AA-AAAC------TAAAAAATT-TAC-AGTCAAAAGCGAG-ATA--TCGTGTTTT-TA-AAATCAAGATGCGGATGAGAC-TTCAATACTGT--TATCCGCTTCAATAATAAATTTAAGCACAAC--CCTCTCAATA--A----A-T---TCATC--TAA-A----AGA-----A-GC--A-----TATGC--T---GTTATCT--AG-GTTAAT--ATA---A-ATA--GATCTA---TACCAATGTAACATAAATGACA---AAAA--CA-------TAATTA----------------AT--CT-----G-AT--A-TA---------T-----AG-----------AGTATCAGGTAAA--------AAGTTG-TTTACTGGT--A-AA--A--A--TTAAACCCGCCGATTTCGAAACTG---ATG--GTTTACCTGCTTCCTA-GCGACACACTGTG--TTATTA-T-AAACGGTAC------TCG---TAA-AAGA--GACCTACTC----T--TAATTAGGTTCAATGTTTTATTTTTA---T-T--TGAAAAA-----ATGCTTAT--A--TGCAATAAAACA------GTTA-TTTGGGTTGTTACTG-A-C-CC-C-C-ACGGAC-ATATGTGGGGTAGGTTGGATAAACA-GTGGA-CACGGC-TCATG---CATCG---C-CCCAT-ATTTATTTAATCGAA-C-CGA------ATATT-TCCGTAATGGG-T-CAGTATCAAACC-AAATAACT--A-ATA-ATGTT
gi|2 : ACAGTGTATATATAATTCACAAAGTTG---ATATGTAAAATTTTTATA--ATGTTATTTCACTTCCAACAAATATC----CT-GCATTTTCATTAGAATAGAGCAAGCGGTCACTTGGTGACCCCCTATT-TC-TCAA-TAGTGAGTCA-GCAGA-TTTCAA-TGTAG-GCTGGCAAAACAAA--ATGTCGT--------------------TA-----------TGCAGCATTTTCGAAT-----ATTA---A---------ATT-ATACT----CA---ACA--AAACTGA----A---AATG-TCAGTAAT------------GT---TCACAACAT--------------T---GA----T--G---GG-------TATG---AC--AACTATTA-TTCCATTGATCTT--AAAA
gi|12 : CAGTGAGTATATA-CCCACATATATGGCCATGAATAAT-TTGTT-----------TTTCCCCTCCAGCAAGTATC----TT-GCCTTTTCATTGGA--TGAG--AGCGAACACATGGTGACCGCCTAT--TT-TCTATTAG-GGGTCA-GTAGA-TTTTCA-TGAAGGGTAAGCAAAACAAA--AT---GT--------------------CG-----------T------------TAT-----AC-----A---------GC----ATT----TTGGAACATCGAAATGATCGTATATAATTATC----AT------------AC---TCACAAAATTAAAAATTTCAATAT---GG----TTCA---CGCCTAGGATACA---ACATTACTATTA-TTTCATTTA---T-------T------TAAAAACTGGATATGGacaaaaaagtacctaattctaatgccgtttttcaccattttattgacattattgacattgtattgatatgtttgtttttgaaacagaaattgtgtttttaaaattcagatgcagataataatttaatactgtaatccgcttcaaaaatgaattgaagcaaactcctcttaatataaattcaatgaagagaaacatatgctgttataaagggaaaaataaatatagctttaccgatgtaacataaatgacataaaatatacttaatctgatatatacagtatcaggttaacagttgtttagttgtaaaaaattaaacccgccggcttcgaaagtgctggtttacctgcttcctagagacatactgtgttattataaacggtactcgtaaaagagacctactctaaataaggttcaatgttttatttttatttgaaaaaaagcttaaatgcaataaatcagttatttgggttgttactgacccccacggaaaaatgtggggtaggttggataaacggtggactcggctcacgcttcgccccatagttattcaatcaaaccgacatatttccgtatgagctgagtaacaaaccaaaaaactaataatgttt
gi|3 : AATACCGATATGCCATTTTATTTCACCTCAAAAAAAAAAATACCCT-TCCTGTTAATGGGA--TGAC--AGCGGATATATGGTGACC--CCGTGATT-TCTT-TATTTGGTCA-GTAGC-TTCTCAATGAAG-GTAAACAAAACAAA--AT---GC--------------------TG-----------T------------TATGTTCGACTATAAA---------GCTTATACT----CC---ATA--AAGCTGA----A---AATT-CC---AGTACG---------GT---TCATACTTT--------------T---GA----T--AAGTCG-------TATG---AC--T---ATTA-TTCCATTTG---T--TAAAGTTCTGTTTAAATACTGGAATTGGGC---ACAATAAAA---GTTAA----TCTA----------------------C--------------AAATCG-----AA----ACAGTGG-CATATT---------------CT------AGCGCCG--TT----TTC-ACC--G-TT--GC---T-----------TA-T--TT---------------TTAT-TGACCT--------------------------GTCATCAC-----------------------------------AGAATT-TGCTATTTAAAAGCGAG-AAC--TTGT-TTTT-TA-ACATCCAAATGGATATAAGA----CAA-----------CCGCTTCAAAAATAAACTCAA--ACAACATCCTCTCAATG--A----G-------------AG-A----AGC-----A-GC--A-----TATACGAT---GTTATGTACAG-AT---T--ATA---A-A--------CA---TACCAATGCAACATCAATGACAT--AAAAGTCA-------TACTTGTT--------------AT--TT-----A-ATGCA-TATCAAATAAGT-----AG-----------AGTGTCATGTTAA--------AAGTTGCTTTACTGATAAA-AA--A--A--TCAAA-CCGCTTGCTTCGAAACTG---CTT--GTTTACATGCTTCCTA-GCGACGCATTGTG--TTATTA-T-AAAaactc
gi|14 : tagaaatcATT-TTAT---AT--TATTTCGCCCCCAACAAGTA-------T-GCCTTTTCATTGGA--TGAC--AGCGGTCACATGGTGACCAATTATT-TT-TCTA-TAGTGGGACA-GTAGA-TTTTCA-TAGAGAGCAGGCAAATTGAA--AT---GTCGTTAAACAGCATTTTTGACTA-----------TTGAAAA------AAT-----CGTA---T---------ACT-ATACT----CC---ACA--AAATTGA----A---AATT-TCA--AATTG----------GT---TCACCCCTT--------------T---GA----T--A-------------ATGCTTAC--AACTATTC-TTCCATTT-----------GTTCTAacgttgtatttttattaaaataaattaaattgaaatatatcagttttttggtttgatactacacccctaaggaaatacaggggtcggtttatccacacagttccgtagggaatcagtaacaaattgaatgactaataacgttcgtcaatataaga
gi|9 : agaATTATTAT---ATAGT---TCACCTCCAGTAAGTGAC----CT-GTATTTTCTTTGGA--TGAG--AGC-----------GACCA------------TA-TAGTG---------GA-TGT------GAGGACAGGCAAAACAAA--AT---TT--------------------TG-----------T------------TTC-----AC-----A---------A-----GTT----CC---ACA--AAAGTGA----A---CATT-TC---AAT------------ATGGGTCACTTCTC--------------T---GA----T--AATGCG-------TATG---A-----CTATTA-TTCCATTTA---T-------TTATAAATGGAAACT-------GGCCTCACAATAAA-----TTGA----CCTatttaacttaaaattgtaaact
gi|20 : GTATTTTAATTTCA-CAAAGCAT----CCAGTGTTTTCATGAGT--TGAG--AACCGTTACATGGTGACTGATTATT-TT-TCTA--AAAGGGTCA-GTGGA-TTTGCA-TGGAGGCCGGGTAAACCAAA--AT---AC--------------------CA-----------T----------------------TA---A---------AC--ATATCCAGACT---ACT--AAAATgttaaccactttactccgtgcaggttccagtacgtaacgaaatagtgcagtattgtggacttgtttttaccattgttcattttattgagatataatatttgtttatgaatcaaaatcagaaagtgatacttaataacttaagttaacattcaatagcacgaaaatgtgtttttaaaattcagattaacataggacttcaagcaaaatcctctaataatgaatccataaaatgtagcagatatgatgttatctggagacaattaaatatatcactgcaacataaatgacctaggatacatatatgatgt
gi|6 : atggcagtgtcttTATTTTACCTCCAACAAGTATC----TT-GCCTTTACATTGGA--TAAG--AGCGGCGGAATGGTGATCCCCTA-A-TTATCTA--GGTGTa
gi|23 : ttTAATTCACCTCTAACTAGTATC----CT-GTCTTTTCATTTGA--TGAG--AGCGGTCACATGGTGACCCCCTATT-TT-TCTA-Tttactataccccacagaactacacattttaatattataccaggggttctcaccttgaataatacatataactattaatcgatttattaatgttatatttgaaaactggatattggtatcacaataaaacttcatctacaaaactaaaaagtgtcatattcttacgccgttggttattttaaatcgacctgttatgttttgtataaataaacacatgatactgtctgatacactttatatctaacactcaaaagcgagaatattttttgtttttaaaatccttatgcaaataaatcttcaatactttcatccacttccaaaatatattcaaacaagatcctctaaatacaatgaaagaaaaccagcaaaatgtatgatgttatctggataatgcatatctaataatataaagcatcaagtaaagtgactgataaaaagtttataccgcccgcttcgaaactgctagttggcatgcttcctggcggcacatggtgttgttataaaacgtttctcgttagcaaagacatacatgaggtccgatgttggtttgctataacgaaaaattgtgaatgaaataaatcacacgcccatatttatgcaaccgact
gi|5 : gtaattTTTCTCCTCCGACAAATATC----CT-GCCTTTTCATTGGA--CGAC--GGCGGTCACA---TGGCCA-TTATT-AT-TTTA-CAGAGGGTCAGGTAGATTATA-A-TGGAGGGCAAGCAAAACAAATCATC--GT--------------------TAAACAGCATTTCT------------AACA----ATTA---AAAAACGTATACT-TTACT----CC---ACA--AAACTGA----A---CATT-TC---AATATG---------GT---TCATTCCTT--------------TAAAAA----T--A---CA-------TATG---AC--TTTTATGATGTTTTTTTT---TTCAAAAA-TCTA---AAAATCTTGAAACGGGCCCCACAATAAAAATGATTAA----TTTACCACTATACTCAGTGCAGATTCC--------------AATACGAAACGAA----ATAGTGC-ATTATT---------------CT------AGCGACG--TTTACACCT-GTT--GATT--AC---TTTAATGAGATGTATT--AT---------------TTGT-T--TAT---GGATCGGAAA-------------GTGAT-AT--T---T------------AA-ACACT-----TAAAACATT-AAA-ATTCCAAAGCAAG-AAA--TTGTGTTTTACACAACTCCATTTGCATATTAGAG-TTCAATACTGT--TATCTGC----AT--TAAACTTAATCAAAAC--ACTCTCAA-A--A----A-T---GAATCAATGA-AAAACAGA-----A-AC--A------ATA-------GTTATCT--AG-----AG--A-A---A-ATA--AAT-TA----ATCAAAG--ACATAA-----A---AAAA--CA-------TACTTGATATTTAATGCCT---AT--CT-----A-AT--A-TATACG-----T-----AA-----------AGTGGCATGTATA--------AAGTTG-TTTACTGATA-A-AA--A--A--TTAAAACTGCCAGCTTCGAAA---------------AC--GTTTCCTG-GCGACGTACGATG--TTAATA-T-AAACCGTtgacaacaataaaccccac
gi|24 : actatagttatcctaatttaaactgaaaattattatatcaaacaaaatattcatatttcTCACCTCTATTAAGTATC----CT-GCCATTTCAATGGA-------------------AGTGACCTCCTATT-TT-TCTA-AAGTGGATCA-GTAGA-TTTTAA-TGGAGAGCA
gi|6 : ctgttttagg---------ACT-ATACC----CC---ACA--GAACTAC----A---CATT-TT---AATATTATACCAGGGGT---TCTCACC-T--------------T---GAATAAT--A---CA-------TATA---AC--T---ATTA-ATCGATTTA---T--TAATGTTATATTTGAAAACTGGATATTGGTATCACAATAAAA---CTTCA----TCTA----------------------C--------------AAAACT-----AA----AAAGTGT-CATATT---------------CTTACGCCGTTG--G--TT---ATTT--TA--A-ATCGACCTGT-----------TATG--TT---------------TTGTATAA-AT---A-------AACAC----------ATGAT-AC--TGTCT------------GATACAC------TTTATATCT-AAC-ACTCAAAAGCGAGAATATTTTTTGTTTT-TA-AAATCCTTATGCAAATAAATC-TTCAATACTTT--CATCCACTTCCAAAATATATTCAAACAAGAT--CCTCTAAATAC-A----A------------TGA-A----AGAAAACCA-GC--AAAATGTATGA--T---GTTATCT---G-GATAATGCATATCTA-ATA---ATATAAAGCATCAA-GTAAAGTGACTGATA---AAAA--
gi|4 : tttattttacctccaacaagtatcttgcctttacattggataagagcggcggaatggtgatcccctaattatctaggtgtttTCCATGTA---T--TCAAATTCTTTTTAAAAACTGGAAAAAGGCCTCACAATAAA----TTTGATATGTCTA----------------------CCATTTAACTCTGCCAATACGT----AACTGTATATTGC-AATGTTGTATCACTGTTTTAACC------ATTG--T--TT---ATTT-TTA--G-C---AG---TAA---------TATT--TG---------------TTTT-TGA-ATCAGA-------AA-------------GTGAT-AC--T---T------------AA-ATAT------TAG---------C-ATTCAAAATCAAG-AAA--TTGTGGTTT-TA-AAATCTAGATGCACATAAAAC-TTTAATACTAT--CATCCATTT------TGAATTCAAGCAAAAA--CCTCTCAAAA--ACAGAA-T---CAATG--AAA-A----AGC-----A-GCTGA-----TATGA--T---GTTATCT--AG-AGAAAC--ATA---CCGTA--AAT--A---TATCAATGGAACATAAATGACA---TAAA--CA-------TACTTG----------------ATATTT-----A-ATGCA-TA---------TCTACAAGTATTATATTATAGCATCACATATA--------AAGTTG-TTTATAGAT--A-AACAA--A--TTAAAACAGCCTGCTTCAAAACTG---GTAATGTTTACATGCTTCCTA-GCGA--------------------AAACTCTAC------TCGCATTAA-AAAT--GCCCTACTA----T--AAATGAGGTCCAATGTTGTATTTTTA---T-T------AAA-----ATGCTGAT--G---AAAATAAATCA------GTTA-TTTATTGTGTAACTG-A-CTCC-C-T-ACAGAA-ATATGTGGGGTTGATTGGATAAA--------------------G---CCTCG---C-CTCCT-ATCTATCCAGCCGAC-C-CCAC-----ATATA-TCCACAGGGGG-T-CAGTAACAAACC-AA--AACT--ATATACATGgtttataccgcccgcttcgaaactgctagttggcatgcttcctggcggcacatggtgttgttataaaacgtttctcgttagcaaagacatacatgaggtccgatgttggtttgctataacgaaaaattgtgaatgaaataaatcacacgcccatatttatgcaaccgact
gi|2 : TTGA----TCTT----------------------A--------------AAAACA-----AA----AAAGTACCTA-ATT---------------CT------AATGCCG--TT---TTTC-ACC--A-TT-------T-----------TATTGACA---------------TTAT-TGACATT--G-------TA-------------TTGAT-ATGTT---T------------G-------------------TT-T-----TTGAAA-C-AG-AAA--TTGTGTTTT-TA-AAATTCAGATGCAGATAATAA-TTTAATACTGT--AATCCGCTTCAAAAATGAATTGAAGCA-AACT-CCTCTTAATATAA----A-T---TCAAT--GAA-G----AGA-----A-AC--A-----TATGC--T---GTTATAA--AG-GGAAAA--ATA---A-ATA--TAGCTT---TACCGATGTAACATAAATGACAT--AAAA--TA-------TACTTA----------------AT--CT-----G-AT--A-TA---------T-----AC-----------AGTATCAGGTTAA--------CAGTTG-TTTAGTTGT--A-AA--AA-A--TTAAACCCGCCGGCTTCGAAAGTG---CTG--GTTTACCTGCTTCCTA-GAGACATACTGTG--TTATTA-T-AAACGGTAC------TCG---TAA-AAGA--GACCTACTC----T--AAATAAGGTTCAATGTTTTATTTTTA---T-T--TGAAAAA-----AAGCTTAA--A--TGCAATAAATCA------GTTA-TTTGGGTTGTTACTG-A-C-CC-C-C-ACGGAA-AAATGTGGGGTAGGTTGGATAAACG-GTGGA-CTCGGC-TCACG---CTTCG---C-CCCAT-AGTTATTCAATCAAA-C-CGAC-----ATATT-TCCGT-ATGAGCT-GAGTAACAAACC-AAAAAACT--A-ATA-ATGTTcaataatatatagacacatcttgtaatttatcaagtattatttcttatcagttccaaacaatgaacaaataaatggacacc
gi|9 : acagtgtatatataattcacaaagttgatatgtaaaatttttataatgttatttcacttccaacaaatatcctgcattttcattagaatagagcaagcggtcacttggtgaccccctatttctcaatagtgagtcagcagatttcaatgtaggctggcaaaacaaaatgtcgttatgcagcattttcgaatattaaattatactcaacaaaactgaaaatgtcagtaatgttcacaacattgatgggtatgacaactattattccaTA----------------------C--------------GTAACG-----AA----ATAGTGC-AGTATT------------------------GTG--GACTT---GTTT-TTACCA-TT--GT---T-----------CATT--TTATTGAGATATAATATTTGT-T--TAT---G-------AATCAAAATCAGAAAGTGAT-AC--T---T------------AA-TAAC------TTAAG--TT-AAC-ATTCAATAGCACG-AAA--ATGTGTTTT-TA-AAATTCAGATTAACATAGGAC-TTCAA----GCAAAATCCTCT--AATAATGAAT----------C--C------ATA--A----A-------ATG--TAG-C----AG------------A-----TATGA--T---GTTATCT--GGAGACAAT---TA---A-A--------TA---TATCACTGCAACATAAATGACt
gi|7 : attattatatagttcacctccagtaagtgacctgtattttctttggatgagagcgaccatatagtggatgtgaggacaggcaaaacaaaattttgtttcacaagttccacaaaagtgaacatttcaatatgggtcacttctctgataatgcgtatgactattattccatttatttataaatggaaactggcctcacaataaattgacctgttaaccactttactccgtgcaggttccagAACA-----AA----GTCATGC-CATATC---------------CT------AGCGCCG--T----ATTT-GCC--G-TT--GT---T-----------TACT--TT---------------T-AT-TAGCCT---G-------TA-------------ATG-T-GT--T---T------------AA-GAAT------CGTAAAGTGATAC---TTAAAAACG----TG--T-GTGGTTG-TA-AACTTCAGATGCATCTTA-ACATTCAATATTGC--CATCTATTT------TGAACTCAATCAAAGT--CCTCCAAATA--A----A-A---GAAAG--CAATA----AAA-----A-GC--A-----GTTGC--TATGGTTATCT--AG-GGAAGC--ACA---A-ATA-----------TATCAGTGCAGCATAAATGAAA---TAAA--AA-------TCA--A----------------AC--TT-----G-AT--A-TT---------T-----AACT---------CATATC---TAAATCTGGACCATACCG-ATTACTGACA-A-AA--A--A--ATAAAACCGCCCCCTTTGAAACTG---AAT--GTTAACATGCTTCCTG-GCGAC-TGCTGGGTTTTAATA-TAAAACGTTAC------TCA---TAA-A--A--TATCTAGTA----TACTAAATAAGATCGAAGTGATA-TTCTA---T-T-------------------------------ATAAAAAA------GTTATTTTGGATGGTTAACG-A-G-CC-C-C-TAGAATAATATGTGGAGTCGATTATATAAATACGGGAA-CTCGTC-TAACG---C-CCG---C-CCCCT-GTTTATctaggatacatatatgatgt
gi|16 : tatttatcatttcatacaggacaggttcaaataagcAACG-----AA----ATAATGC-CATTTT---------------CT------AGTG--C--AA---ATTTCATC--G-TT--GC---T-----------TA-T--TT---------------CTAC-TGA-AC------------A-------------GTTAT-AT--T---TCTTTTTGACTCAGA-AAACAATACTTAGAAAAGT-TAT-G--CGAAAACTAG-AAA--ATTTGATTT-TA-AAATCCAGATCTACACAAAAC-TGTGCTATTAT--CATCCGTTTccatcc
gi|11 : acaataaaataggcatccgctttacttcgtgcaaattccaatatgtAATACTGT--CATCCGCTTCAAAAATGAATTTAAACAAAAA--CGTCTCAATA--A----A------CAAT--GAA-G----AGC-----A-GCAGA-----TATGA--T---GCTATCC--AG-A-AAAC--GTA---A-ATATTGATATA---TAtgaattaa
gi|25 : ATCCGCCT------TTAATTCAAGCAAAAC--C-TCTAAATA--A----AATGAATCAAT--AAA-A----AGC-----A-GC--AGAT--TGTGT--TAT-GTTATCT--AG-AGAAAC--ATA---A-ATA--tagtgtgtcagttgtttactgacacaagatgaaaaccgtcctgttcgaaactgcttctttatatgtttcctagcaacgcactgtgtcatcataaaatgttactcgtaacaaaaaacctactctaaatgaggttcaatgttgtatttttgttaaacaatgttatcgttgaaattaattagttatttggtttgt
gi|8 : --TAA-C----AAA-----ACGC--A-----TGTGTGAT---GTTATTT--AG-AGAAAC--ATG---A-ATA-----------TATCAATGCAACATAAATGAGATAAAAAA--CATACTTGATATTTATTGCATATACCAGTATAT--CTTACATGTAT--A-TA---------T-----AG-----------AGTGTCGGGTAAA--------AAGTTG-TTTACAGAT--A-AA--AATA--TCAAATTGACCCGTTTCGAAACTGCTTAT---GTTTACATGCTTCCTA-GCA-------GTG--TTATCA-T-AAA----ACATTTTTTTGT--TAA-AAAAATGACTTGCTCTAAAT--TAATGAGATCTGATATTGTA--TTTA---T-T--AAAAAAAGTTACATG--TATCGA--TGAAATAAATCA------ATTA-TTTGGTTTGTTACTG-A-C-CC-C-C---------TATGT----TA------ATA---T-GTGGA-GTTGGC-TCATG---CCTCG---C-CCCCA-GTTTATCCAACCAAC-C-CCAC-----ATATT-TCCATACGGGG-T-CAGTAACAATTC-AAATAACT--A-ATA-ATGTT
gi|11 : gaat---AAAA--CG-------TAAATA--------------------TT-----G-AT--A-TA---------T-----AT-----------AGTGT---GTCA-----------GTTG-TTTACTGAC--ACAA--G--A--TGAAAACCGTCCTGTTCGAAACTG---CTT--CTTTATATGTTTCCTA-GCAACGCACTGTG--TCATCA-TAAAATGTTAC------TCG---TAACAAAA--AACCTACTC----T--AAATGAGGTTCAATGTTGTATTTTTG---T-T----AAACA-----ATG-TTAT--CGTTGAAATTAATTA------GTTA-TTTGGTTTGTgtattttatagccttgactattctgaatgtcaacttgtcatgtacttacgttatcctcaacagccaatatatggacaaaatatttaaaaaacac
gi|6 : aatactgtcatccgcttcaaaaatgaatttaaacaaaaacgtctcaataaacaatgaagagcagcagatatgatgctatccag----------------AT--CT-----A-AT--AATA---------T-----AA-----------AGCATCAAGTAAA--------G---TG----ACTGAT--A-AA--A--AGTTTATACC-GCCCGCTTCGAAACTG---CTA--GTTGGCATGCTTCCTG-GCGGCACATGGTG--TTGTTA-TAAAACGTTTC------TCGT--TAG-CAAA--GACATAC-----------ATGAGGTCCGATGTTGGTTTGCTA---TAA--CGAAAAA-----TTG--TGA--A--TGAAATAAATCA------
gi|15 : tttattttacctccaacaagtatcttgcctttacattggataagagcggcggaatggtgatcccctaattatctaggtgtttactataccccacagaactacacattttaatattataccaggggttctcaccttgaataatacatataactattaatcgatttattaatgttatatttgaaaactggatattggtatcacaataaaacttcatctacaaaactaaaaagtgtcatattcttacgccgttggttattttaaatcgacctgttatgttttgtataaataaacacatgatactgtctgatacactttatatctaacactcaaaagcgagaatattttttgtttttaaaatccttatgcaaataaatcttcaatactttcatccacttccaaaatatattcaaacaagatcctctaaatacaatgaaagaaaaccagcaaaatgtatgatgttatctggataatgcat--GCTTACATGCTTC-TACGCGATGCACGGTA--TCAATAGC-AAATGTTAT------TCG---TAA-AA-A--TACGTACTC----T--AAATGAGGTCTGATGTTGTAGTTTTACATT-T--TGcacgcccatatttatgcaaccgact
gi|3 : catttgttctaatttaacttaaaattgtaaactgctaatgcttacatAACGTTGTATTTTTA---T-T--AAAATAA-----A---TTAA--AT-TGAAATATATCA------GTTT-TTTGGTTTGATACTACA-C-CC-C-T-AAGGAA-ATACA-GGGGTCGGTTccgatgaatcactcatcactccctattcatcgaaccgaccacacatatttccgtaggggatcagtaacaaccaaataacttacaatataacgatgttcccaataa
gi|17 : tagaaatcaataccgatatgccattttatttcacctcaaaaaaaaaaatacccttcctgttaatgggatgacagcggatatatggtgaccccgtgatttctttatttggtcagtagcttctcaatgaaggtaaacaaaacaaaatgctgttatgttcgactataaagcttatactccataaagctgaaaattccagtacggttcatacttttgataagtcgtatgactattattccatttgttaaagttctgtttaaatactggaattgggcacaataaaagttaatctacaaatcgaaacagtggcatattctagcgccgttttcaccgttgcttatttttattgacctgtcatcacagaatttgctatttaaaagcgagaacttgttttttaacatccaaatggatataagacaaccgcttcaaaaataaactcaaacaacatcctctcaatgagagaagcagcatatacgatgttatgtacagattataaacataccaatgcaacatcaatgacataaaagtcatacttgttatttaatgcatatcaaataagtagagtgtcatgttaaaagttgctttactgataaaaaaatcaaaccgcttgcttcgaaactgcttgtttacatgcttcctagcgacgcattgtgttattataaTTTTTTTTTTG---C-TCATGAAAGG------TGGTCG---A--TGAAATAAATCA------GTTA-TTTGGTCTGTTACTG-A-C-CCAC-T-ACAGAA-AAATGGGGGGTCTGTGGAATTTATAGGGGGA-CTCGGC-TTACG---CCTCG---C-CCTCT-ATATATTtatccacacagttccgtagggaatcagtaacaaattgaatgactaataacgttcgtcaatataaga
gi|8 : ggggtctgtggT--A--TAAAATACAACATTATTAGTTA-TTTGAATTGTTACTG-A-C-CC-CGT-ATGGAA-ATATGTGGGGTTGGTTGGATAAACT-GGGGG-CGAGG---CATGAGCCAACT---C-CACAT-A-----TTAA-------------------------CATAGGGGG-T-CAGTAACAAACC-AAATAATT--G-ATtgatattgtttcatttcagtattaaagtggtgggtgggggtggagtcattttaaaaatatagttattttaattatca
gi|4 : gaattaacaaaacgcatgtgtgatgttatttagagaaacatgaatatatcaatgcaacataaatgagataaaaaacatacttgatatttattgcatataccagtatatcttacatgtatatatagagtgtcgggtaaaaagttgtttacagataaaaatatcaaattgacccgtttcgaaactgcttatgtttacatgcttcctagcagtgttatcataaaacatttttttgttaaaaaaatgacttgctctaaattaatgagatctgatattgtatttattaaaaaaagttacatgtatcgatgaaataaATA------GTT---TTGGTTTGTTACTG-A-C-CC-C-CTGTGGAT-ATATGTGGGGTCGGCTGGATAGATA-GGAGG-CGAGGC--------------------------TTTATCCAATCAAC-C-CCAC-----ATATT-TCTGTAGGGAG-T-CAGTTACACAAT-AAATAACT--G-ATgccttgactattctgaatgtcaacttgtcatgtacttacgttatcctcaacagccaatatatggacaaaatatttaaaaaacac
gi|2 : tccatgtattcaaattctttttaaaaactggaaaaaggcctcacaataaatttgatatgtctaccatttaactctgccaatacgtaactgtatattgcaatgttgtatcactgttttaaccattgtttatttttagcagtaatatttgtttttgaatcagaaagtgatacttaaatattagcattcaaaatcaagaaattgtggttttaaaatctagatgcacataaaactttaatactatcatccattttgaattcaagcaaaaacctctcaaaaacagaatcaatgaaaaagcagctgatatgatgttatctagagaaacataccgtaaatatatcaatggaacataaatgacataaacatacttgatatttaatgcatatctacaagtattatattatagcatcacatataaagttgtttatagataaacaaattaaaacagcctgcttcaaaactggtaatgtttacatgcttcctagcgaaaactctactcgcattaaaaatgccctactataaatgaggtccaatgttgtatttttattaaaatgctgatgaaaataaA------GTTT-TTTGGTTTGTTACTC-A-G-CT-CAT-ACGGAA-ATATGTCGGTTTGATTGAATAACTA--TGGG--GCGAA-GCGTG---AGCCG---AGTCCACCGTTTATCCAACCTAC-C-CCAC-----ATTTT-TCCGTGG-GGG-T-CAGTAACAACCC-AAATAACT--G-ATatacatgcaataatatatagacacatcttgtaatttatcaagtattatttcttatcagttccaaacaatgaacaaataaatggacacc
gi|3 : acagtgtatatataattcacaaagttgatatgtaaaatttttataatgttatttcacttccaacaaatatcctgcattttcattagaatagagcaagcggtcacttggtgaccccctatttctcaatagtgagtcagcagatttcaatgtaggctggcaaaacaaaatgtcgttatgcagcattttcgaatattaaattatactcaacaaaactgaaaatgtcagtaatgttcacaacattgatgggtatgacaactattattccattgatcttaaaaacaaaaaagtacctaattctaatgccgtttttcaccattttattgacattattgacattgtattgatatgtttgtttttgaaacagaaattgtgtttttaaaattcagatgcagataataatttaatactgtaatccgcttcaaaaatgaattgaagcaaactcctcttaatataaattcaatgaagagaaacatatgctgttataaagggaaaaataaatatagctttaccgatgtaacataaatgacataaaatatacttaatctgatatatacagtatcaggttaacagttgtttagttgtaaaaaattaaacccgccggcttcgaaagtgctggtttacctgcttcctagagacatactgtgttattataaacggtactcgtaaaagagacctactctaaataaggttcaatgttttatttttatttgaaaaaaagcttaaatgcaataaA------GTCA-TTCAATTTGTTACTG-ATT-CC-C-T-ACGGAA-CTGTGTGGaataatgttt
gi|15 : tagaaatcaataccgatatgccattttatttcacctcaaaaaaaaaaatacccttcctgttaatgggatgacagcggatatatggtgaccccgtgatttctttatttggtcagtagcttctcaatgaaggtaaacaaaacaaaatgctgttatgttcgactataaagcttatactccataaagctgaaaattccagtacggttcatacttttgataagtcgtatgactattattccatttgttaaagttctgtttaaatactggaattgggcacaataaaagttaatctacaaatcgaaacagtggcatattctagcgccgttttcaccgttgcttatttttattgacctgtcatcacagaatttgctatttaaaagcgagaacttgttttttaacatccaaatggatataagacaaccgcttcaaaaataaactcaaacaacatcctctcaatgagagaagcagcatatacgatgttatgtacagattataaacataccaatgcaacatcaatgacataaaagtcatacttgttatttaatgcatatcaaataagtagagtgtcatgttaaaagttgctttactgataaaaaaatcaaaccgcttgcttcgaaactgcttgtttacatgcttcctagcgacgcattgtgttattataaaacgttgtatttttattaaaataaattaaattgaaatatatcagttttttggtttgatactacacccctaaggaaatacaggggtcggtttatA------GTTA-TTT-GGTTGTTACTG-ATC-CC-C-T-ACGGAA-ATATGTGTGGTCGGTTCGATGAATA-G-GGA-aataacgttcgtcaatataaga
gi|19 : catttgttctaatttaacttaaaattgtaaactgctaatgcttacatgcttacatgcttctacgcgatgcacggtatcaatagcaaatgttattcgtaaaaatacgtactctaaatgaggtctgatgttgtagttttacattttgccgatgaatcactcatcac-TTTGGTTTGTAACAT-A-C-CC-C-CTCCCGAA-ATATGT-GGGTCAGTTGGATAGAtacaatataacgatgttcccaataa
gi|26 : aaatgttgtttactgataaatgagattttgtattttatttacatgcatttgaaggaaattggcggtgaaatatatcaaatagatggtttgtttctgaccctcacTGTTACAG-A-C-CAGC-T-ACGGAA-ATATGTGTGGTCGGTTGGACAAACA-GGGGG-CGAGGC-atataataatgt
gi|22 : ac-ATATGTTGGACAGGTTTGATAAAAG-GGGGAACTCGGC-TCATG---CCCTG---C-CACCT-ATTTATTTAACCG---------------TA------GTATGGGG-T-CAGGAACAAACC----TTACTAGA-ATA-ATCTT
gi|17 : GGGGTCTGTGGAATATATA-GAGGG-CGAGGC-GTAAG---C--CGAGTC-CCCCT-ATAAATTCCACAGAC-C-CCCC-----ATTTT-TCTGTAGTGGG-T-CAGTAACAGACC-AAATAACT--G-ATaaa
gi|7 : GGATGGATAAACA-GGGGG-CG-GGCGTTAGA---CGAGT---T-CCCGT-ATTTATATAATCGACTC-CAC------ATATTATTC-TAGGGGC-T-CGTTAACCATCCAAAATAACT--ttatttcatcgaccacctttcatgagcaaaaaaaaaatgatattgtttcatttcagtattaaagtggtgggtgggggtggagtcattttaaaaatatagttattttaattatca
gi|15 : tatttatcatttcatacaggacaggttcaaataagcaacaaagtcatgccatatcctagcgccgtatttgccgttgtttacttttattagcctgtaatgtgtttaagaatcgtaaagtgatacttaaaaacgtgtgtggttgtaaacttcagatgcatcttaacattcaatattgccatctattttgaactcaatcaaagtcctccaaataaaagaaagcaataaaaagcagttgctatggttatctagggaagcacaaatatatcagtgcagcataaatgaaataaaaatcaaacttgatatttaactcatatctaaatctggaccataccgattactgacaaaaaaataaaaccgccccctttgaaactgaatgttaacatgcttcctggcgactgctgggttttaatataaaacgttactcataaaatatctagtatactaaataagatcgaagtgatattctattataaaaa-TCACT---CATCA---C-TCCCT-ATTCAT-----CGAA-C-CGACCACACATATT-TCCGTAGGGGA-T-CAGTAAC-AACC-AAATAACT--T-ACA-ATAT
gi|26 : catttgttctaatttaacttaaaattgtaaactgctaatgcttacatgcttacatgcttctacgcgatgcacggtatcaatagcaaatgttattcgtaaaaatacgtactctaaatgaggtctgatgttgtagttttacattttgccgatgaaACG---CCTCG---C-CCCCT-GTTTGTCCAACCGAC-CACAC------ATATT-TCCGTAGCTGG-T-CTGTAACAaacgatgttcccaataa
gi|19 : ---C-CTCAC--TCTATCCAACTGAC-C-CAC------ATATT-TCGGGAGGGGG-T-ATGTTACAAACCAAAATA--T--A-ATA-ATGT
gi|3 : aaatgttgtttactgataaatgagattttgtattttatttacatgcatttgaaggaaattggcggtgaaatatatcaaatagatggtttgtttctgacAACCGAC-C-CCT------GTATT-TCCTTAG-GGG-TGTAGTATCAAACC-AAAAAACT--G-ATA-
gi|3 : tagaaatcaataccgatatgccattttatttcacctcaaaaaaaaaaatacccttcctgttaatgggatgacagcggatatatggtgaccccgtgatttctttatttggtcagtagcttctcaatgaaggtaaacaaaacaaaatgctgttatgttcgactataaagcttatactccataaagctgaaaattccagtacggttcatacttttgataagtcgtatgactattattccatttgttaaagttctgtttaaatactggaattgggcacaataaaagttaatctacaaatcgaaacagtggcatattctagcgccgttttcaccgttgcttatttttattgacctgtcatcacagaatttgctatttaaaagcgagaacttgttttttaacatccaaatggatataagacaaccgcttcaaaaataaactcaaacaacatcctctcaatgagagaagcagcatatacgatgttatgtacagattataaacataccaatgcaacatcaatgacataaaagtcatacttgttatttaatgcatatcaaataagtagagtgtcatgttaaaagttgctttactgataaaaaaatcaaaccgcttgcttcgaaactgcttgtttacatgcttcctagcgacgcattgtgttattataaaacgttgtatttttattaaaataaattaaattgaaataT-TCCGTAGGGAA-T-CAGTAACAAATT-GAATGACT--A-ATA-ACGTTtatccacacagttccgtagggaatcagtaacaaattgaatgactaataacgttcgtcaatataaga
4 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): GTTGAGACCGGTCACATGTTCACCCACTATTTGTCTATTATTGAAAGTCAGTATATTTTGATGGAGGATGGGGAAAATAAAATAATGTTATTCATCATTTTCGACTATTAAAAGAACTATGATTTCATTTATTCAACTCCTATTTAAAACTGAAAACAATAAAATTGTTATCCGCTTAACTTCGTGCAAGTTCCGATATGTAACGAAATGATGCCATTCTCTACTGCAAATTTCATCGTTGCTTTTTTCTATTGACCTGTTATATTTCTGTTTCTCTCAGAAAATGATTCTTAGAAAAGTCATGCGAAAACTAGAAATTGTGATTTTTAAAATCCACATCCACACAAAACTGCAGTATTGCCGCCCGTTTAAATTAA
Unaligned ( gi|13 ): TTCCATACACAAAAAAATAATCTCATCTTTCAGATCTGTTCGCCTCATTGTTTATTTTCATTGACCTGTAATATTTGTTTATGAATAAAAAAAGTCATACACTTAAAAATTCACCTTTAAAAATACAAATATTACATAGACTTCAGCATAGGCCGAGTCAACTGTTTTGATTTTAAACAAAAGTCTTTGACGTTAAAATGAAGGGGTAAAAAAAGCAGTAGACCTGTTGTTATATTCAGCAACATAGATTTATTAATGCAACATAAAT
Unaligned ( gi|18 ): ACCTCCAACTAGCATTCTGTCAATAAATTAGATTTTAATGGTCACAACGTGATCCAGTATTTATTTAGGGATGGTCAGTAGCTTTCTATATAGGACAGGCATGTCTTTCACAGCATTGTCAATTTTTAAAAGATTCGCAAAAAAAAAAAAAAAAATAATAATATGGTTGACCGTTTACTATTATTCCATTAA
Unaligned ( gi|21 ): AATCCTCATACCAATAGAATGGAACAATGAAAAACAATAGTTATAATGTCAAATAGAGAAATAGACATATCAATGAAATATAATAAACCTAAAAACATACTAAATATTTAATTTACATCTGCATGTTTTAT
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 333 11111 11111 44444444444444444444444444 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 55555555555 22222 44444444 111111 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 11111111111111111111 11111111111 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 111111 222222 555555555555555555555555555555555555 222222222222222222222222 33333333 111 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 11111 1 111111111 11111111111111111 2222222222222222222222222 1 333333333333
lowQualScore : 11 888 1 22 666 222 6 88888 55 7777 333 44 555 3 1 77 2 55 3 33 00000 66666666666666666666666666 444 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 4 0 66 88888888888 2 888 888 00000 888 8 66 2 44444444 4 8888 4 2 666666 77 88 5 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 3 7777 0 99999999999999999999 88 2 77777777777 55 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 333 000000 2 5 5 3 55 3 3 3 3 3 0 44 44 44 333333 4 0 2 4 777777777777777777777777777777777777 3 77 1 888888888888888888888888 0 3 3 88888888 2 55 3 55 777 3 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 5 2 2 4 4 4 4 777 4 77777 4 4 3 55 1 4 6 4 5 555555555 5 888 8888 4 0 555 88888888888888888 3 5555555555555555555555555 3 4 3 4 4 0 5 5 1 222222222222 4 1 2 0 5 7
lowQualScore : .. ... . .. ... ... . ..... .. .... ... .. ... . . .. . .. . .. ..... .......................... ... ................................................................... . . .. ........... . ... ... ..... ... . .. . ........ . .... . . ...... .. .. . ..................................................................... . .... . .................... .. . ........... .. ...................................................................................................... ... ...... . . . . .. . . . . . . .. .. .. ...... . . . . .................................... . .. . ........................ . . . ........ . .. . .. ... . ............................................................................... . . . . . . . ... . ..... . . . .. . . . . . ......... . ... .... . . ... ................. . ......................... . . . . . . . . . ............ . . . . . .
lowQualScore : 77 777 0 00 777 333 6 66666 55 1111 222 22 888 1 0 22 5 00 6 33 00000 11111111111111111111111111 888 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 4 1 99 11111111111 4 888 888 22222 888 4 11 4 77777777 0 5555 5 5 444444 99 00 0 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 6 7777 4 55555555555555555555 66 6 33333333333 00 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 888 222222 5 7 7 6 00 6 6 6 6 6 4 66 66 66 444444 4 4 6 9 333333333333333333333333333333333333 3 99 2 444444444444444444444444 7 3 3 77777777 0 00 6 55 333 9 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 3 1 0 4 0 0 0 888 0 33333 0 8 0 55 2 0 0 0 0 888888888 0 888 5555 8 5 888 44444444444444444 6 5555555555555555555555555 3 4 3 4 4 1 0 7 4 222222222222 0 1 6 1 0 5
consensus : NACAGTGTATATATAATTCACAAANTTG---ATATATAATATTGTTAT-A---T--TATTTCACCTCCAACAAG----TATCCTGCCTTTTCATTGGA-T-GAG--AGCGGTCACATGGTGACCNCCT-ATTTTTCTAT-AGTGG--GTCAG-TAGATTTTCATGGAGGGCAGG-----CAAAA--------------------------CAAAATG-TCGTTA---------------T-----AC---------------TA---A-----------A---------CT-ATACTCCACAAAACTGAAAATTTCAA--TATG---------GTTCACNCCTT---TGA---TA---CGTATG---ACTACTAT--TATTCCATTTAT--AAA-GTTCT-ATTTA----AAAACTGGAAACGGGCCTCAC------AATAA--AATT-T------------------GAT----C------------TAC--------------AA------------AACG-AA----ATAGTGCCATATTCTAGCGCC----GTT---ATTT---A-CCG--TTGCTT-----------ATT--TT---------------T------------TGTT----GA--------CNT-GAA---GTGATACT---T------------G------A-ANAC------TNGAAA-ATTNA--C-ATTCGAAAGCGAGAA-A--TTGTG-TTTT-TAAAA-TCCAGATGC-A-CATAAGACTTCA--ATA--CTG--TCATCCGCTTCAAAAATGAATTCAAGCAAAANCCTCT--C-----AA---TA--A----A------T--ANGNAA-AA--GAAGC--A-----TA----T--GN--T--GTTATCTAGAGAA-ACATAA-ATA--A--TATATCAATGCAACA--TAAA-TGAC--ATAAAA--CATACTTGA---------------------T-AT----CT-----G-AT---------A-TA--T-----A----G-----------AGTGTCANGTAAAAAGTTG-TTTACTGATAAA-AA-ATTA-AAACCGCC--CGCTTCGAAAC-TGCT--T--GTTTACATGCTTCCTA-GCGACGCACTGTG--TTATTA-TAAAA-CGTTACTC-G---T--AA-AAAA-GACCTACT---CTAAAT----GAGGTCCGATGTTGTATTTT---TA-------T--TG-----AAA-AAAT-G-TTAN--A--T-G--------AAATAAATCAGTTATTTGGTTTGTTACTG-A-C-CC-CTACGGA-AATATGTGGGGTCGGTTGGATAAATA-GGGGG--CTCGGCTCACGCCTCGCCCCCTATT-TATCCAACCGACCCCACATATTTCCGTAGGGGGTCAGTAACAAACC-AAATAACTAATAATGTT
Reference ( family-427 ) : NACAGTGNGTATATAACCCACANANNTGGCCATGNGTAATATTGTTAT-A---T--TATTTCACCTCCAACAAG----TATCCTGCCTTTTCATTGGA-T-GAG--AGCGGTCACATGGTGACCNCCT-ATTTTTCTAT-AGTGG--GTCAG-TAGATTTTCATGGAGGGCAGG-----CAAAA--------------------------CAAAATG-TTGTNA---------------T-----AC---------------TA---A-----------A---------CT-ATACTCCACAAAACTGAAAATTTCAA--TA-----------GTTCACACCTT---TGA---TA---CGTATG---ACTACTAT--TATTCCATTTAT--AAA-GTTCT-ATTTA----AAAACTGGAAACGGGCCTCAC------AATAA--AANT-T------------------GAT----C------------TAC--------------AA------------AACG-AA----ATAGTGCCATATTCTAGCGCC----GTT---ATTT---N-TCG--TTGCTT-----------ATT--TT---------------T------------TGTT----GA--------CAT-GAA---GTGATACT---T------------G------A-ANAC------TNNAAA-ATTNA--C-ATTCGAAAGCGAGAA-A--TTGTG-TTTT-TAAAA-TCCAGATGC-A-CATAAGACTTCA--ATA--CTG--TCATCCGCTTCAAAAATGAATTCAAGCAAAACCCTCT--C-----AA---TA--A----A------T--ANNNAA-AA--GAAGC--A-----TA----T--GN--T--GTTATCTAGGGAA-ACATAA-ATA--AT-TATATCAATGCAACA--TAAA-TGAC--ATAAAA--CATACTTG----------------------T-AT----CT-----G-AT---------A-TA--T-----A----G-----------AGTGTCANGTAAAAAGTTG-TTTACTGATAAA-AA-ATTA-AAACCGCC--CGCTTCGAAAC-TGCT--N--GTTTACATGCTTCCTA-GCGACGCACTGTG--TTATTA-T-AAA-CGTTACTC-G---T--AA-AAAA-GACCTACT---CTAAAT----GAGGTCCGATGTTGTATTTT---TA-------T--TG-----AAA-AAAT-G-TTAN--A--T-G--------AAATAAATCAGTTATTTGGTTTGTTACTG-A-C-CC-CTACGGA-AATATGTGGGGTCGGTTGGATAAATA-GGGGG--CGCGGCTCACGCCTCGCCCCCTATT-TATCCAACCGACCCCNCATATTTCCGTAGGGGGTCAGTAACAAACC-AAATAACTGATAATGTT
gi|1 : ACAGTGTATATATAATTCACAAACTTG---ATATATAATATTGTTATGA---TGGTATTTCACCTCCAACAAA----TAAACTGCCTTTTCATTGGA-C-GAG--AGCTGTCACATGGTGGCCACCT-ATGTTTCTAT-AGTGT--GCCAG-CAGATATACATGGAGAGCAAA-----CAAAA--------------------------CAAAATG-TTATAA---------------T-----AC---------------TA---A-----------A---------CT-ATATTCCACAAAAATGAAAATTTCAA--T------------GTTCACAACAT---TGG---TA---CGTATG---ACTCCTAT--TAGTCCATTTATA-AAA-GTTCT-ATATA----AAAACTGGATATGGGCCTTAC------AATAA--AAGT-T------------------GAT----C------------TAC--------------AA------------AACG-AA----ATAGTGCTATATTCTAGTG------GTT---ATTT---A-TAG--TTACTT-----------ATT--TT---------------T------------TGTT----GA--------TAT-GAA---GTGATACT---T------------A------A-AAAC------TAAAAA-ATTTA--C-AGTCAAAAGCGAGAT-A--TCGTG-TTTT-TAAAA-TCAAGATGC-G-GATGAGACTTCA--ATA--CTG--TTATCCGCTTCAATAATAAATTTAAGCACAACCCTCT--C-----AA---TA--A----A------TTCATCTAA-AA--GAAGC--A-----TA----T--GC--T--GTTATCTAGGTTA-ATATAA-ATAG-ATCTATACCAATGTAACA--TAAA-TGAC--A-AAAA--CATAATTA------------------------AT----CT-----G-AT---------A-TA--T-----A----G-----------AGTATCAGGTAAAAAGTTG-TTTACTGGT-AA-AA-ATTA-AACCCGCC--GATTTCGAAAC-TGAT--G--GTTTACCTGCTTCCTA-GCGACACACTGTG--TTATTA-T-AAA-CGGTACTC-G---T--AA-AAGA-GACCTACT---CTTAAT----TAGGTTCAATGTTTTATTTT---TAT------T--TG-----AAA-AAAT-GCTTAT--A--T-G--------CAATAAAACAGTTATTTGGGTTGTTACTG-A-C-CC-CCACGGA-CATATGTGGGGTAGGTTGGATAAACA-GTGGA--CACGGCTCATGCATCGCCCCATATT-TATTTAATCGA-ACCGAATATTTCCGTAATGGGTCAGTATCAAACC-AAATAACTAATAATGTT
gi|10 : t-T-GAG--ACCGGTCACATGTTCACCCACT-ATTTGTCTATTATTGAAAGTCAG-TATATTTTGATGGAGGATGGG-----GAAAA--------------------------TAAAATA-ATGTTA---------------T-----
gi|10 : gtACTAT--GATTTCATTTATT-CAA-CTCCT-ATTTA----AAA-CTGAAAAC---------------AATAA--AATTGT------------------TAT----CCGCTTAACTTCGTGC--------------AAGTTCCGATATGTAACG-AA----ATGATGCCATTCTCTACTGCA----A-----ATTT---CATCG--TTGCTT------------TT--TT---------------C------------TATT----GA--------CCT-G------TTATATT---TCTGTTTCTCTCAG------A-AAATGATTCTTAGAAA-AGT----C-ATGCGAAAACTAGAA-A--TTGTGATTTT-TAAAA-TCCACATCC-A-CACAAAACTGCA--GTA--TTG--CCGCCCGTTT---AAATTAAtcatcattttcgactattaaaagaactatgatttcatttattcaactcctatttaaaactgaaaacaataaaattgttatccgcttaacttcgtgcaagttccgatatgtaacgaaatgatgccattctctactgcaaatttcatcgttgcttttttctattgacctgttatatttctgtttctctcagaaaatgattcttagaaaagtcatgcgaaaactagaaattgtgatttttaaaatccacatccacacaaaactgcagtattgccgcccgtttaaattaa
gi|11 : gttgagaccggtcacatgttcacccactatttgtctattattgaaagtcagtatattttgatggaggatggggaaaataaaataatgttattcatcattttcgactattaaaagaA--ATA--CTG--TCATCCGCTTCAAAAATGAATTTAAACAAAAACGTCT--C-----AA---T------------------------------AAAC--A------A----T--GA------------AGAGCA-GCAGAT-ATG--AT-GCTATC-------CA--GAAA---AC--GTAAA-----TA-TTG------------------------AT-------------AT---------A-TA--T-----A----G-----------TGTGTCA--------GTTG-TTTACTGACACA-AG-ATGA-AAACCGTC--CTGTTCGAAAC-TGCT--T--CTTTATATGTTTCCTA-GCAACGCACTGTG--TCATCA-TAAAA-TGTTACTC-G---T--AACAAAA-AACCTACT---CTAAAT----GAGGTTCAATGTTGTATTTT---TG-------T--T------AAA-CAAT-G-TTAT--CGTT-G--------AAATTAATTAGTTATTTGGTTTGT
gi|12 : CAGTGAGTATATA-CCCACATATATGGCCATGAATAAT-TTGTT------------TTTCCCCTCCAGCAAG----TATCTTGCCTTTTCATTGGA-T-GAG--AGCGAACACATGGTGACCGCCT-ATTTT-CTATTAG-GG--GTCAG-TAGATTTTCATGAAGGGTAAGCAAAACAAAATGTCGTTATACAGCATTTTGGAACATCGAAATGATCGT-A---------------T-----A----------------TA---ATT---------A---------TC-ATACTC-ACAAAATTAAAAATTTCAA--TATG---------GTTCACGCCTA---GGA---TA---C--AAC---ATTACTAT--TATTTCATT-------------T-ATTTA----AAAACTGGATATGGAACTC
gi|13 : AC--------------AA------------AA---AA----ATAATCTCATCTTTCAGATCT----GTT----CGC---C-TCA--TTGTTT-----------ATT--TT---------------C-------------ATT----GA--------CCT-G------TAATATT---T------------GTTTATGA-ATA--------AAAAA-AGTCATAC-ACTTAAAA--------A--TTCAC-CTTT-AAAAA-TACAAATATTA-CATA-GACTTCAGCATAGGCCGAGTCAACTGTTT------TGATTTTAAACAAAAGTCTTTGACGTTAAAA---TG--A----A------G--GGGTAA-AA--AAAGC--AG----TAGACCT--GT--T--GTTATATTCAGCA-ACATAG-AT------T-TATTAATGCAACA--TAAA-T
gi|14 : ttccatacATT-TTAT-A---T--TATTTCGCCCCCAACAAG----TAT---GCCTTTTCATTGGA-T-GAC--AGCGGTCACATGGTGACCAATT-ATTTTTCTAT-AGTGG--GACAG-TAGATTTTCATAGAGAGCAGG-----CAAAT--------------------------TGAAATG-TCGTTAAACAGCATTTTTGACT-----AT---------------TG---AAAAAATCGTATA---------CT-ATACTCCACAAAATTGAAAATTTCAAATTG-----------GTTCACCCCTT---TGA---TA------ATGCTTACAACTAT--TCTTCCATTT--------GTTCTAATTTAACTTAAAATTGTAAAC
gi|15 : agaA-AA-ATTGTAAACTGCTAATGCTT----ACATGCT--------TACATGCTT-CTACGCGATGCACGGTA--TCAATAGC-AAA-TGTTATTC-G---T---A-AAAA-TACGTACT---CTAAAT----GAGGTCTGATGTTGTAGTTT---TA-------t
gi|15 : catttgttctaatttaacttTCACTCATCACTCCCTATT-CATCGAACCGACCACACATATTTCCGTAGGGGATCAGTAAC-AACC-AAATAACTTACAATATcattttgccgatgaatcactcatcactccctattcatcgaaccgaccacacatatttccgtaggggatcagtaacaaccaaataacttacaatataacgatgttcccaataa
gi|15 : catttgttctaatttaacttaaaattgtaaactgctaatgcttacatgcttacatgcttctacgcgatgcacggtatcaatagcaaatgttattcgtaaaaatacgtactctaaatgaggtctgatgttgtagttttacattttgccgatgaaT---TA-------T--TG-----GGA-ACATCG-TTAT--A--TTG-----------TAA----GTTATTTGG-TTGTTACTG-ATC-CC-CTACGGA-AATATGTGTGGTCGGTTCGATGAATA-GGGAG--TGaacgatgttcccaataa
gi|16 : catttgttctaatttaacttaaaattgtaaactgctaatgcttacatgcttacatgcttctacgcgatgcacggtatcaatagcaaatgttattcgtaaaaatacgtactctaaatgaggtctgatgttgtagttttacattttgccgatgaatcactcat------------AACG-AA----ATAATGCCATTTTCTAGTGCA----A-----ATTT---CATCG--TTGCTT-----------ATT--TC---------------T---------------------A--------C-T-GAACA-GTTATATT---TCTTTTTGACTCAG------A-AAACAATACTTAGAAA-AGTTA-----TGCGAAAACTAGAA-A--ATTTG-ATTT-TAAAA-TCCAGATCT-A-CACAAAACTGTG--CTA--TTA--TCATCCGTTTTGAA
gi|17 : acaataaaataggcatccgctttacttcgtgcaaattccaatatgtAAAT----GAAA--CAATATCATTTTTT---TT-------T--TGCTCATGAA-AGGT-G-GTCG--A--T-G--------AAATAAATCAGTTATTTGGTCTGTTACTG-A-C-CCACTACAGA-AAAATGGGGGGTCTGTGGAATTTATA-GGGGGA-CTCGGCTTACGCCTCGCCCTCTATA-TATTCCACAGACCCCttaa
gi|18 : ACCTCCAACTAG----CATTCTGTCAATAAATTAGA-T-TTT--AATGGTCACAACGTGATCCAGT-ATTTATTTAG-GGATG--GTCAG-TAGCTTTCTATATAGGACAGG-----CAcagtattaaagtggtgggtgggggtggagtcattttaaaaatatagttattttaattatca
gi|19 : TAAAT----GAG-----ATTTTGTATTTTATTTACATGCATT--TG-----AAG-GAA--A-TTGGCGG--T-G--------AAATATATCAAATAGATGGTTTGTTTCTG-A-C-CC-TCACtgtctttcacagcattgtcaatttttaaaagattcgcaaaaaaaaaaaaaaaaataataatatggttgaccgtttactattattccattaa
gi|19 : aaatgttgtttactgaCCCTCACTCTATCCAACTGACCC-ACATATTTCGGGAGGGGGTATGTTACAAACCAAAATA--TAATAATGTtctatccaactgacccacatatttcgggagggggtatgttacaaaccaaaatataataatgt
gi|2 : aaatgttgtttactgataaatgagattttgtattttatttacatgcatttgaaggaaattggcggtgaaatatatcaaatagatggtttgtttctgaACAGTGTATATATAATTCACAAAGTTG---ATATGTAAAATTTTTAT-AATGT--TATTTCACTTCCAACAAA----TATCCTGCATTTTCATTAGAATAGAGCAAGCGGTCACTTGGTGACCCCCT-ATTTCTCAAT-AGTGA--GTCAG-CAGATTTCAATGTA-GGCTGG-----CAAAA--------------------------CAAAATG-TCGTTA---------------T-----GCAGCATTTTCGAATATTA---A-----------A---------TT-ATACTCAACAAAACTGAAAATGTCAG--TAAT---------GTTCACAACAT---TGA---TG---GGTATG---ACAACTAT--TATTCCATTGAT-------------CTTA----AAAAC
gi|2 : T-T------------------GAT----C------------TTA--------------AA------------AACA-AA----AAAGTACCTAATTCTAATGCC----GTT---TTTC---A-CCA--TT--TT-----------ATTGACA---------------T------------TATT----GA--------CATTGTA---TTGATA-----T------------G--------------------------TTTG--T-TTTTGAAA-C-AGAA-A--TTGTG-TTTT-TAAAA-TTCAGATGC-A-GATAATAATTTA--ATA--CTG--TAATCCGCTTCAAAAATGAATTGAAGCAAACTCCTCT--T-----AA---TATAA----A------TTCAATGAA-GA--GAAAC--A-----TA----T--GC--T--GTTATAAAGGGAA-AAATAA-ATATAGC-TTTACCGATGTAACA--TAAA-TGAC--ATAAAA--TATACTTA------------------------AT----CT-----G-AT---------A-TA--T-----A----C-----------AGTATCAGGTTAACAGTTG-TTTAGTTGTAAA-AA-ATTA-AACCCGCC--GGCTTCGAAAG-TGCT--G--GTTTACCTGCTTCCTA-GAGACATACTGTG--TTATTA-T-AAA-CGGTACTC-G---T--AA-AAGA-GACCTACT---CTAAAT----AAGGTTCAATGTTTTATTTT---TAT------T--TG-----AAA-AAAA-GCTTAA--A--T-G--------CAATAAATCAGTTATTTGGGTTGTTACTG-A-C-CC-CCACGGA-AAAATGTGGGGTAGGTTGGATAAACG-GTGGA--CTCGGCTCACGCTTCGCCCCATAGT-TATTCAATCAAACCGACATATTTCCGTATGAGCTGAGTAACAAACC-AAAAAACTAATAATGTTaaaaaagtacctaattctaatgccgtttttcaccattttattgacattattgacattgtattgatatgtttgtttttgaaacagaaattgtgtttttaaaattcagatgcagataataatttaatactgtaatccgcttcaaaaatgaattgaagcaaactcctcttaatataaattcaatgaagagaaacatatgctgttataaagggaaaaataaatatagctttaccgatgtaacataaatgacataaaatatacttaatctgatatatacagtatcaggttaacagttgtttagttgtaaaaaattaaacccgccggcttcgaaagtgctggtttacctgcttcctagagacatactgtgttattataaacggtactcgtaaaagagacctactctaaataaggttcaatgttttatttttatttgaaaaaaagcttaaatgcaataaatcagttatttgggttgttactgacccccacggaaaaatgtggggtaggttggataaacggtggactcggctcacgcttcgccccatagttattcaatcaaaccgacatatttccgtatgagctgagtaacaaaccaaaaaactaataatgttt
gi|20 : acagtgtatatataattcacaaagttgatatgtaaaatttttataatgttatttcacttccaacaaatatcctgcattttcattagaatagagcaagcggtcacttggtgaccccctatttctcaatagtgagtcagcagatttcaatgtaggctggcaaaacaaaatgtcgttatgcagcattttcgaatattaaattatactcaacaaaactgaaaatgtcagtaatgttcacaacattgatgggtatgacaactattattcca--TATTTTAATTTCACAAAG----CATCCAGTGTTTTCATGAGT-T-GAG--AACCGTTACATGGTGACTGATT-ATTTTTCTA--AAAGG--GTCAG-TGGATTTGCATGGAGGCCGGG-----TAAAC--------------------------CAAAATA-C--------------------C-----AT---------------TA---A-----------A---------C--ATA-TCCAGACTACTAAAAt
gi|22 : atggcagtgtcttgATATGTTGGACAGGTTTGATAAA-A-GGGGGAACTCGGCTCATGCCCTGCCACCTATT-TATTTAACCG--------TA-----GTATGGGGTCAGGAACAAACC-ta
gi|23 : ---T--TAATTCACCTCTAACTAG----TATCCTGTCTTTTCATTTGA-T-GAG--AGCGGTCACATGGTGACCCCCT-ATTTTTCTAT-ttactagaataatcttaaa
gi|24 : gtaatTCACCTCTATTAAG----TATCCTGCCATTTCAATGGA-------------------AGTGACCTCCT-ATTTTTCTAA-AGTGG--ATCAG-TAGATTTTAATGGAGAGCAtgacaacaataaaccccac
gi|25 : ctgttttaggATCCGCCT------TTAATTCAAGCAAAACC-TCT--A-----AA---TA--A----AATGAATC--AATAAA-AA--GCAGC--AGAT--TG----T--GT--TATGTTATCTAGAGAA-ACATAA-ATA--
gi|26 : ACGCCTCGCCCCCTGTT-TGTCCAACCGACCACACATATTTCCGTAGCTGGTCTGTAACA
gi|3 : ATAT-GCCAT-T---T--TATTTCACCTCAAAAAAAAAAATACCCTTCCTGTTAATGGGA-T-GAC--AGCGGATATATGGTGACCCCGTGATTTCTTTAT---TTG--GTCAG-TAGCTTCTCAATGAAGGTAAA-----CAAAA--------------------------CAAAATG-CTGTTA---------------TGTTCGAC---------------TATAAA-----------G---------CTTATACTCCATAAAGCTGAAAATTCCAG--TACG---------GTTCATACTTT---TGA---TAAGTCGTATG---ACTA---T--TATTCCATTTGTT-AAA-GTTCT-GTTTA----AATACTGGAATTGGGC---AC------AATAA--AAGT-T------------------AAT----C------------TAC--------------AA------------ATCG-AA----ACAGTGGCATATTCTAGCGCC----GTT----TTC---A-CCG--TTGCTT-----------ATT--TT---------------T-------------ATT----GA--------CCT-G------TCAT-----------------------------CAC---------AGA-ATTTG--CTATTTAAAAGCGAGAA-C--TTGT--TTTT-TAACA-TCCAAATGG-A-TATAAGAC---A--A-------------CCGCTTCAAAAATAAACTCAAACAACATCCTCT--C-----AA---TG--A-----------------GAG-AA--GCAGC--A-----TA----TACGA--T--GTTATGTACAGAT--TATAA-ACA-------TACCAATGCAACA--TCAA-TGAC--ATAAAAGTCATACTTG----------------------TTAT----TT-----A-ATGCATATCAAA-TAAGT-----A----G-----------AGTGTCATGTTAAAAGTTGCTTTACTGATAAA-AA-AATC-AAACCGCT--TGCTTCGAAAC-TGCT--T--GTTTACATGCTTCCTA-GCGACGCATTGTG--TTATTA-TAAAA-CGTT
gi|3 : tagaaatcaataccgACGTTGTATTTT---TA-------T--TA-----AAATAAA----TTAA--AT-T-G--------AAATATATCAGTTTTTTGGTTTGATACTACA-C-CC-CTAAGGA-AATACA-GGGGTCGGTTgtatttttattaaaataaattaaattgaaatatatcagttttttggtttgatactacacccctaaggaaatacaggggtcggtttatccacacagttccgtagggaatcagtaacaaattgaatgactaataacgttcgtcaatataaga
gi|3 : tagaaatcaataccgatatgccattttatttcacctcaaaaaaaaaaatacccttcctgttaatgggatgacagcggatatatggtgaccccgtgatttctttatttggtcagtagcttctcaatgaaggtaaacaaaacaaaatgctgttatgttcgactataaagcttatactccataaagctgaaaattccagtacggttcatacttttgataagtcgtatgactattattccatttgttaaagttctgtttaaatactggaattgggcacaataaaagttaatctacaaatcgaaacagtggcatattctagcgccgttttcaccgttgcttatttttattgacctgtcatcacagaatttgctatttaaaagcgagaacttgttttttaacatccaaatggatataagacaaccgcttcaaaaataaactcaaacaacatcctctcaatgagagaagcagcatatacgatgttatgtacagattataaacataccaatgcaacatcaatgacataaaagtcatacttgttatttaatgcatatcaaataagtagagtgtcatgttaaaagttgctttactgataaaaaaatcaaaccgcttgcttcgaaactgcttgtttacatgcttcctagcgacgcattgtgttattataaaCCACACAGTTCCGTAGGGAATCAGTAACAAATT-GAATGACTAATAACGTTtatccacacagttccgtagggaatcagtaacaaattgaatgactaataacgttcgtcaatataaga
gi|4 : tagaaatcaataccgatatgccattttatttcacctcaaaaaaaaaaatacccttcctgttaatgggatgacagcggatatatggtgaccccgtgatttctttatttggtcagtagcttctcaatgaaggtaaacaaaacaaaatgctgttatgttcgactataaagcttatactccataaagctgaaaattccagtacggttcatacttttgataagtcgtatgactattattccatttgttaaagttctgtttaaatactggaattgggcacaataaaagttaatctacaaatcgaaacagtggcatattctagcgccgttttcaccgttgcttatttttattgacctgtcatcacagaatttgctatttaaaagcgagaacttgttttttaacatccaaatggatataagacaaccgcttcaaaaataaactcaaacaacatcctctcaatgagagaagcagcatatacgatgttatgtacagattataaacataccaatgcaacatcaatgacataaaagtcatacttgttatttaatgcatatcaaataagtagagtgtcatgttaaaagttgctttactgataaaaaaatcaaaccgcttgcttcgaaactgcttgtttacatgcttcctagcgacgcattgtgttattataaaacgttgtatttttattaaaataaattaaattgaaatatatcagttttttggtttgatactacacccctaaggaaatacaggggtcggtttatTCCATGTATTCAAA--TTCT-TTTTA----AAAACTGGAAAAAGGCCTCAC------AATAA--A-TT-T------------------GATATGTC------------TACCATTTAACTCTGCCAA------------TACGTAACTGTATATTGCAATGTTGTATCACT----GTT----TTA---A-CCA--TTGTTT-----------ATT--TT---------------TAGCAGTAATATTTGTTTTT-GAAT------CAG-AAA---GTGATACT---T------------A------A-ATA---------------TTAG--C-ATTCAAAATCAAGAA-A--TTGTG-GTTT-TAAAA-TCTAGATGC-A-CATAAAACTTTA--ATA--CTA--TCATCCATTT------TGAATTCAAGCAAAAACCTCT--C-----AA---AA--ACAGAA------TCAATGAAA-AA--GCAGCTGA-----TA----T--GA--T--GTTATCTAGAGAA-ACATACCGTA--AA-TATATCAATGGAACA--TAAA-TGAC--ATAAA---CATACTTGA---------------------T-AT----TT-----A-ATGC-------A-TA--TCTACAA----GTATTATATTATAGCATCACATATAAAGTTG-TTTATAGATAAACAA-ATTA-AAACAGCC--TGCTTCAAAAC-TGGTAAT--GTTTACATGCTTCCTA-GCGA--------------------AAA-CTCTACTC-GCATT--AA-AAAT-GCCCTACT---ATAAAT----GAGGTCCAATGTTGTATTTT---TA-------T--T--------A-AAAT-G-CT-G--A--T-GA-------AAATAAATCAGTTATTTATTGTGTAACTG-A-CTCC-CTACAGA-AATATGTGGGGTTGATTGGATAAA--------------------GCCTCGCCTCCTATC-TATCCAGCCGACCCCACATATATCCACAGGGGGTCAGTAACAAACC-AAAcgtcaatataaga
gi|5 : AATATTCATAT-----T--TCTTTCTCCTCCGACAAA----TATCCTGCCTTTTCATTGGA-C-GAC--GGCGGTCACATGG---CCAT-T-ATTATTTTAC-AGAGG--GTCAGGTAGATTATAATGGAGGGCAAG-----CAAAA--------------------------CAAATCA-TCGTTA---------------A-----ACAGCATTTCTAACAATTA---A-----------AAAACGTATACT-TTACTCCACAAAACTGAACATTTCAA--TATG---------GTTCATTCCTT---TAAAAATA---CATATG---ACTTTTATGATGTTTTTTTTTTC-AAA-AATCT-A---A----AAATCTTGAAACGGGCCCCACAATAAAAATGATTAATT-TACCACTATACTCAGTGCAGAT----TCCAA--------TAC--------------GA------------AACG-AA----ATAGTGCATTATTCTAGCGAC----GTTTACACCT---G-TTGA-TTACTTTAATGAGATGTATT--AT---------------T------------TGTTTATGGAT-------CGG-AAA---GTGATATT---T------------A------A-ACAC------TTAAAACATTAA--A-ATTCCAAAGCAAGAA-A--TTGTG-TTTTACACAACTCCATTTGC-A-TATTAGAGTTCA--ATA--CTG--TTATCTGCATTAAA------CTTAATCAAAACACTCT--C-----AAAAATG--A----A------TCAATGAAA-AACAGAAAC--A------A----T--A------GTTATCTAGAGAA-A-ATAA-AT------TA-ATCAAAG--ACA--TAAA---------AAAA--CATACTTGATATTTAATGCC----------T-AT----CT-----A-AT---------A-TA--T-----ACGTAA-----------AGTGGCATGTATAAAGTTG-TTTACTGATAAA-AA-ATTA-AAACTGCC--AGCTTCGAAA-----------------ACGTTTCCTG-GCGACGTACGATG--TTAATA-T-AAA-Cactatatacatgcaataatatatagacacatcttgtaatttatcaagtattatttcttatcagttccaaacaatgaacaaataaatggacacc
gi|6 : actatagttatcctaatttaaactgaaaattattatatcaaacaa---T--TATTTTACCTCCAACAAG----TATCTTGCCTTTACATTGGA-T-AAG--AGCGGCGGAATGGTGATCCCCT-AATTATCTAcgt
gi|6 : t-----------A---------CT-ATACCCCACAGAACTACACATTTTAA--TATTATACCAGGGGTTCTCACCTTGAATAA---TA---CATATA---ACTA---T--TAATCGATTTAT--TAATGTTAT-ATTTG----AAAACTGGATATTGGTATCAC------AATAA--AACT-T------------------CAT----C------------TAC--------------AA------------AACT-AA----AAAGTGTCATATTCTTACGCCGTTGGTT---ATTTTAAA-TCGACCTG-TT-----------ATG--TT---------------T------------TGTA----TA--------AAT-AAACACATGATACTGTCT------------G------ATACAC------TTTATA-TCTAA--C-ACTCAAAAGCGAGAATATTTTTTG-TTTT-TAAAA-TCCTTATGC-A-AATAAATCTTCA--ATA--CTT--TCATCCACTTCCAAAATATATTCAAACAAGATCCTCT--A-----AA---TAC-A----A------TG-AAAGAA-AA--CCAGC--AAAATGTA----T--GA--T--GTTATCTGGATAATGCATAT-CTA--AT-AATATAAA-GCATCAAGTAAAGTGACTGATAAAA--ggtgtttactataccccacagaactacacattttaatattataccaggggttctcaccttgaataatacatataactattaatcgatttattaatgttatatttgaaaactggatattggtatcacaataaaacttcatctacaaaactaaaaagtgtcatattcttacgccgttggttattttaaatcgacctgttatgttttgtataaataaacacatgatactgtctgatacactttatatctaacactcaaaagcgagaatattttttgtttttaaaatccttatgcaaataaatcttcaatactttcatccacttccaaaatatattcaaacaagatcctctaaatacaatgaaagaaaaccagcaaaatgtatgatgttatctggataatgcatatctaataatataaagcatcaagtaaagtgactgataaaaagtttataccgcccgcttcgaaactgctagttggcatgcttcctggcggcacatggtgttgttataaaacgtttctcgttagcaaagacatacatgaggtccgatgttggtttgctataacgaaaaattgtgaatgaaataaatcacacgcccatatttatgcaaccgact
gi|6 : tttattttacctccaacaagtatcttgcctttacattggataagagcggcggaatggtgatcccctaattatctaggtgttt----------------------T-AT----CT-----A-AT---------AATA--T-----A----A-----------AGCATCAAGTAAAG---TG----ACTGATAAA-AA-GTTT-ATACCGCC--CGCTTCGAAAC-TGCT--A--GTTGGCATGCTTCCTG-GCGGCACATGGTG--TTGTTA-TAAAA-CGTTTCTC-GT--T--AG-CAAA-GACATAC--------AT----GAGGTCCGATGTTGGTTTGC---TA-------TAACG-----AAA-AATT-G-TGA---A--T-G--------AAATAAATCAagtttataccgcccgcttcgaaactgctagttggcatgcttcctggcggcacatggtgttgttataaaacgtttctcgttagcaaagacatacatgaggtccgatgttggtttgctataacgaaaaattgtgaatgaaataaatcacacgcccatatttatgcaaccgact
gi|7 : tttattttacctccaacaagtatcttgcctttacattggataagagcggcggaatggtgatcccctaattatctaggtgtttactataccccacagaactacacattttaatattataccaggggttctcaccttgaataatacatataactattaatcgatttattaatgttatatttgaaaactggatattggtatcacaataaaacttcatctacaaaactaaaaagtgtcatattcttacgccgttggttattttaaatcgacctgttatgttttgtataaataaacacatgatactgtctgatacactttatatctaacactcaaaagcgagaatattttttgtttttaaaatccttatgcaaataaatcttcaatactttcatccacttccaaaatatattcaaacaagatcctctaaatacaatgaaagaaaaccagcaaaatgtatgatgttatctggataatgca------------AACA-AA----GTCATGCCATATCCTAGCGCC----GT----ATTT---G-CCG--TTGTTT-----------ACT--TT---------------T-------------ATT----AG--------CCT-GTA---ATG-TGTT---T-------------------A-AGAA------TCGTAA-AGTGA--T-ACTTAAAAACGTG-------TGTG-GTTG-TAAAC-TTCAGATGC-ATCTTAACA-TTCA--ATA--TTG--CCATCTATTT------TGAACTCAATCAAAGTCCTCC--A-----AA---TA--A----A------AGAAAGCAATAA--AAAGC--AGTTGCTA----T--G------GTTATCTAGGGAA-GCACAA-ATA-------TATCAGTGCAGCA--TAAA-TGAA--ATAAAAATCAAACTTGA---------------------T-ATTTAACT-----C-AT---------A-TC--T-----A----A-----------A---TC-TGGACCATACCG-ATTACTGACAAA-AA-AATA-AAACCGCC--CCCTTTGAAAC-TGAA--T--GTTAACATGCTTCCTG-GCGAC-TGCTGGGTTTTAATA-TAAAA-CGTTACTC-A---T-----AAAA-TATCTAGTATACTAAAT----AAGAT-CGAAGTGATA-TTC---TA-------T--TA-----TAA-AAAA-G-TTAT------------------------------TTTGGATGGTTAACG-AGC-CC-CTA-GAATAATATGTGGAGTCGATTATATAAATACGGGAA--CTCGTCTAACGCC-CGCCCCCTGTT-TATCCATCCcacgcccatatttatgcaaccgact
gi|8 : tatttatcatttcatacaggacaggttcaaataagc-AA--AACGC--A-----TG----T--GTGAT--GTTATTTAGAGAA-ACATGA-ATA-------TATCAATGCAACA--TAAA-TGAG--ATAAAAAACATACTTGATATTTATTGCATATACCAGTAT-AT----CTTACATGTAT---------A-TA--T-----A----G-----------AGTGTCGGGTAAAAAGTTG-TTTACAGATAAA-AATATCA-AATTGACC--CGTTTCGAAAC-TGCT--TATGTTTACATGCTTCCTA-GCA-------GTG--TTATCA-T-AAAACATTTTTTTG---TTAAA-AAAATGACTTGCT---CTAAATTAATGAGATCTGATATTGTATTT-----A-------T--TA-----AAA-AAA--G-TTAC--A--T-GTATCGATGAAATAAATCAATTATTTGGTTTGTTACTG-ACC-CC-CTATGTT-AATATGTGGAGT------------------------TGGCTCATGCCTCGCCCCCAGTT-TATCCAACCAACCCCACATATTTCCATACGGGGTCAGTAACAATTC-AAATAACTAATAATGTT
gi|9 : gaattaacATTATTAT-A---T---AGTTCACCTCCAGTAAG----TGACCTGTATTTTCTTTGGA-T-GAG--AGCG-----------ACCA-----------TAT-AGTGG--AT--G-T-----------GAGGACAGG-----CAAAA--------------------------CAAAATT-TTGTTT---------------C-----AC--------------------A-----------A---------GT-----TCCACAAAAGTGAACATTTCAA--TATG---------GGTCACTTCTC---TGA---TAATGCGTATG---ACTA---T--TATTCCATTTAT--------------TTA----TAAA-TGGAAACTGGCCTCAC------AATAA--A--T-T------------------GAC----C------------Tgtattttatagccttgactattctgaatgtcaacttgtcatgtacttacgttatcctcaacagccaatatatggacaaaatatttaaaaaacac
gi|9 : ------------TAC--------------GT------------AACG-AA----ATAGTGCAGTATTGTGGACTT----GTT----TTT---A-CCA--TTGTTC-----------ATT--TTATTGAGATATAATATT------------TGTTTAT-GAATCAAAATCAG-AAA---GTGATACT---T------------A------A-TAAC------TT--AA-GTTAA--C-ATTCAATAGCACGAA-A--ATGTG-TTTT-TAAAA-TTCAGATTA-A-CATAGGACTTCA--A---------------GC----AAAAT---------------CCTCTAAT-----AA---TG--A----A------T--CCATAA-AAT-GTAGCAGA-----TA----T--GA--T--GTTATCT--GGAG-AC--AA-TTA--AA-TATATCACTGCAACA--TAAA-TGAC--CTAGGA--TACA--------------------------T-AT----AT-----G-AT---------G-Tgttaaccactttactccgtgcaggttccagtacgtaacgaaatagtgcagtattgtggacttgtttttaccattgttcattttattgagatataatatttgtttatgaatcaaaatcagaaagtgatacttaataacttaagttaacattcaatagcacgaaaatgtgtttttaaaattcagattaacataggacttcaagcaaaatcctctaataatgaatccataaaatgtagcagatatgatgttatctggagacaattaaatatatcactgcaacataaatgacctaggatacatatatgatgt
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): AATCCTCATACCAATAGAATGGAACAATGAAAAACAATAGTTATAATGTCAAATAGAGAAATAGACATATCAATGAAATATAATAAACCTAAAAACATACTAAATATTTAATTTACATCTGCATGTTTTAT
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111 3333333 11111 11111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111 111111111 11111 444444444444 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 22222 111 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 222222 11111111 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555 333333333333333333 111 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 11111 1111111 111 1111111 1111 2222222222222222 11111 11111111111111111
lowQualScore : 7 1 777 2222222 6 88888 55 7777 333 44 555 3 1 77 2 55 3 33 00000 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 0 000000 0 777777777 55 777 777 55555 777 6 55 888888888888 4 8888 4 4 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 3 7777 0 1 33333 333 3 55 4 55 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 2 5 5 3 5555 3 3 3 3 0 3 44 44 6666666 333333 0 2 5 44444444 666 88 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1 3 3 555555555555555555 2 55 3 55 55 777 0 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 5 2 2 4 4 4 1 77777 3333333 4 2 4 3 55 1 5 333 66 5 55 888 9999 3 3 55 8888888 4 0000 4444444444444444 3 4 55555 4 66 2 4 1 1 99999999999999999 55 2 0 5 0 66 5 5
lowQualScore : . . ... ....... . ..... .. .... ... .. ... . . .. . .. . .. ..... ..................................................................................................................... . ...... . ......... .. ... ... ..... ... . .. ............ . .... . . ................................................................................... . .... . . ..... ... . .. . .. .................................................................................................................... . . . . .... . . . . . . .. .. ....... ...... . . . ........ ... .. ....................................................... . . . .................. . .. . .. .. ... . ................................................................................... . . . . . . . ..... ....... . . . . .. . . ... .. . .. ... .... . . .. ....... . .... ................ . . ..... . .. . . . . ................. .. . . . . .. . .
lowQualScore : 3 0 555 5555555 6 66666 55 1111 222 22 888 1 0 22 5 00 6 33 00000 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 7 000000 7 888888888 44 888 888 88888 888 6 55 444444444444 0 5555 5 5 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 6 7777 4 2 99999 666 6 00 9 00 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 5 7 7 6 5555 6 6 6 6 4 6 66 66 4444444 555555 2 6 8 66666666 444 66 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111 2 3 1 777777777777777777 0 00 6 55 55 333 1 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 3 1 0 4 4 4 9 33333 0000000 0 3 8 0 55 2 0 888 99 0 44 888 4444 7 6 55 8888888 0 5555 2222222222222222 3 4 66666 4 11 9 4 6 9 00000000000000000 55 5 1 0 1 99 0 0
consensus : NACAGTGTATATATAATTCACAAANTTG---ATATAT-------AATATTGTTAT-A---T--TATTTCACCTCCAACAAG----TATCCTGCCTTTTCATTGGA-T-GAG--AGCGGTCACATGGTGACCNCCT-ATTTTTCTAT-AGTGG--GTCAG-TAGATTTTCATGGAGGGCAGG-----CAAA------A--------------------------CAAAA-TG-TC-GTTA---------------T-----AC---------------TA---A-----------A---------CT-ATACTC-C----ACAAAACTGAAAATTTCAATAT---------GGTTCACNCCTT---TGA---TA---CGTATG---ACTACTAT--TATTCCATTTA-T--AAA-GTTCT-ATTTA----AAAACTGGAAACGGGCCTCACAATAA--------AATT-T------------------GAT----C------------TAC--------------AA------------AACG-AA----ATAGTGCCATATTCTAGCGCCGTT----ATTT---ACC-G--TTGCTTATT--TT---------------T------------TGTT----GA--------CNTGA--A---GTGATACT---T------------G------A-ANAC------TNGAAA-ANTNA--C-ATTCGAAAGCGAGAA-ATTGT--G-TTTT-TAAAA-TCCAGATGC-A-CATAAGACTTCA--ATA--CTG--TC---ATCCGCTTCAAAAATGAATTCAAGCAAAANCCTCT--C-----AA---TA--A----AT--ANGNA-------A-AA--GAAGC--A-----TA----T--GN--T--GTTATCTAGAGAA-ACATA----AATAA---TA----TATCAATGCAACA--TAAA-TGAC--ATA--AAA--CATACTTGAT---------------------AT-----------CT-----G-AT--A-TA---------T-----A----G-----------AGTGTCANGTAAAAAGTTG-TTTACTGATAAA-AA-ATTAAAACCGCCCGCTTCGAAACTGCT--T--GTTTACATGCTT-------CCTA-GCGACGCACTGTG--TTATTATAAAACGTTACTC-G---T--AA-AAAA-GACCTACT---CTAAAT----GAGGTCCGATGTTGTATTTTTA-T--T-G-----AAA-AAAT-G-TTANA--T-G--------AAATAAATCAGTTATTTGGTTTGTTACTG-A-C---CC-CT--ACGGA-AATATGTGGGGTCGGTTGGATA-----AATA-GGGGG--CTCGGCTC--ACGCCTCGCCCCCTATTTATCCAACCGACCCCACATATTTCCGTAGGGGGTCAGTAACAAACC-AAATAACT--A-ATA-ATGTT
Reference ( family-427 ) : NACAGTGTATATATAATTCACAAANTTG---ATATAT-------AATATTGTTAT-A---T--TATTTCACCTCCAACAAG----TATCCTGCCTTTTCATTGGA-T-GAG--AGCGGTCACATGGTGACCNCCT-ATTTTTCTAT-AGTGG--GTCAG-TAGATTTTCATGGAGGGCAGG-----CAAA------A--------------------------CAAAA-TG-TC-GTTA---------------T-----AC---------------TA---A-----------A---------CT-ATACTC-C----ACAAAACTGAAAATTTCAATAT---------GGTTCACNCCTT---TGA---TA---CGTATG---ACTACTAT--TATTCCATTTA-T--AAA-GTTCT-ATTTA----AAAACTGGAAACGGGCCTCACAATAA--------AATT-T------------------GAT----C------------TAC--------------AA------------AACG-AA----ATAGTGCCATATTCTAGCGCCGTT----ATTT---ACC-G--TTGCTTATT--TT---------------T------------TGTT----GA--------CNTGA--A---GTGATACT---T------------G------A-ANAC------TNGAAA-ATTNA--C-ATTCGAAAGCGAGAA-ATTGT--G-TTTT-TAAAA-TCCAGATGC-A-CATAAGACTTCA--ATA--CTG--TC---ATCCGCTTCAAAAATGAATTCAAGCAAAANCCTCT--C-----AA---TA--A----AT--ANGNA-------A-AA--GAAGC--A-----TA----T--GN--T--GTTATCTAGAGAA-ACATA----AATAA---TA----TATCAATGCAACA--TAAA-TGAC--ATA--AAA--CATACTTGAT---------------------AT-----------CT-----G-AT--A-TA---------T-----A----G-----------AGTGTCANGTAAAAAGTTG-TTTACTGATAAA-AA-ATTAAAACCGCCCGCTTCGAAACTGCT--T--GTTTACATGCTT-------CCTA-GCGACGCACTGTG--TTATTATAAAACGTTACTC-G---T--AA-AAAA-GACCTACT---CTAAAT----GAGGTCCGATGTTGTATTTTTA-T--T-G-----AAA-AAAT-G-TTANA--T-G--------AAATAAATCAGTTATTTGGTTTGTTACTG-A-C---CC-CT--ACGGA-AATATGTGGGGTCGGTTGGATA-----AATA-GGGGG--CTCGGCTC--ACGCCTCGCCCCCTATTTATCCAACCGACCCCACATATTTCCGTAGGGGGTCAGTAACAAACC-AAATAACT--A-ATA-ATGTT
gi|1 : ACAGTGTATATATAATTCACAAACTTG---ATATAT-------AATATTGTTATGA---TGGTATTTCACCTCCAACAAA----TAAACTGCCTTTTCATTGGA-C-GAG--AGCTGTCACATGGTGGCCACCT-ATGTTTCTAT-AGTGT--GCCAG-CAGATATACATGGAGAGCAAA-----CAAA------A--------------------------CAAAA-TG-TT-ATAA---------------T-----AC---------------TA---A-----------A---------CT-ATATTC-C----ACAAAAATGAAAATTTCAAT------------GTTCACAACAT---TGG---TA---CGTATG---ACTCCTAT--TAGTCCATTTA-T--AAAAGTTCT-ATATA----AAAACTGGATATGGGCCTTACAATAA--------AAGT-T------------------GAT----C------------TAC--------------AA------------AACG-AA----ATAGTGCTATATTCTAGTG--GTT----ATTT---ATA-G--TTACTTATT--TT---------------T------------TGTT----GA--------TATGA--A---GTGATACT---T------------A------A-AAAC------TAAAAA-ATTTA--C-AGTCAAAAGCGAGAT-ATCGT--G-TTTT-TAAAA-TCAAGATGC-G-GATGAGACTTCA--ATA--CTG--TT---ATCCGCTTCAATAATAAATTTAAGCACAACCCTCT--C-----AA---TA--A----ATTCATCTA-------A-AA--GAAGC--A-----TA----T--GC--T--GTTATCTAGGTTA-ATATA----AATAGATCTA----TACCAATGTAACA--TAAA-TGAC--A-A--AAA--CATAATTA-----------------------AT-----------CT-----G-AT--A-TA---------T-----A----G-----------AGTATCAGGTAAAAAGTTG-TTTACTGGT-AA-AA-ATTAAACCCGCCGATTTCGAAACTGAT--G--GTTTACCTGCTT-------CCTA-GCGACACACTGTG--TTATTAT-AAACGGTACTC-G---T--AA-AAGA-GACCTACT---CTTAAT----TAGGTTCAATGTTTTATTTTTATT--T-G-----AAA-AAAT-GCTTATA--T-G--------CAATAAAACAGTTATTTGGGTTGTTACTG-A-C---CC-CC--ACGGA-CATATGTGGGGTAGGTTGGATA-----AACA-GTGGA--CACGGCTC--ATGCATCGCCCCATATTTATTTAATCGAACCGA-ATATTTCCGTAATGGGTCAGTATCAAACC-AAATAACT--A-ATA-ATGTT
gi|10 : t-T-GAG--ACCGGTCACATGTTCACCCACT-ATTTGTCTATTATTGAAAGTCAG-TATATTTTGATGGAGGATGGG-----GAAA------A--------------------------TAAAA-TA-AT-GTTA---------------T-----
gi|10 : gtACTAT--GATTTCATTTA-TT-CAA-CTCCT-ATTTA----AAA-CTGAAAAC---------AATAA--------AATTGT------------------TAT----CCGCTTAACTTCGTGC--------------AAGTTCCGATATGTAACG-AA----ATGATGCCATTCTCTACTGCAA------ATTTC--ATC-G--TTGCTT-TT--TT---------------C------------TATT----GA--------CCTG--------TTATATT---TCTGTTTCTCTCAG------A-AAATGATTCTTAGAAA-AGT----C-ATGCGAAAACTAGAA-ATTGT--GATTTT-TAAAA-TCCACATCC-A-CACAAAACTGCA--GTA--TTG--CC---GCCCGTTT---AAATTAAtcatcattttcgactattaaaagaactatgatttcatttattcaactcctatttaaaactgaaaacaataaaattgttatccgcttaacttcgtgcaagttccgatatgtaacgaaatgatgccattctctactgcaaatttcatcgttgcttttttctattgacctgttatatttctgtttctctcagaaaatgattcttagaaaagtcatgcgaaaactagaaattgtgatttttaaaatccacatccacacaaaactgcagtattgccgcccgtttaaattaa
gi|11 : gttgagaccggtcacatgttcacccactatttgtctattattgaaagtcagtatattttgatggaggatggggaaaataaaataatgttattcatcattttcgactattaaaagaA--ATA--CTG--TC---ATCCGCTTCAAAAATGAATTTAAACAAAAACGTCT--C-----AA---TA--A----AC--A-------------------------------A----T--GA------------AGAGCA-GCAGA----TATGA---TGC---TATC-------CA--GAAA---AC--GTA--AA-----TA-TTGAT---------------------AT------------------------A-TA---------T-----A----G-----------TGTGTCA--------GTTG-TTTACTGACACA-AG-ATGAAAACCGTCCTGTTCGAAACTGCT--T--CTTTATATGTTT-------CCTA-GCAACGCACTGTG--TCATCATAAAATGTTACTC-G---T--AACAAAA-AACCTACT---CTAAAT----GAGGTTCAATGTTGTATTTTTG-T--T-------AAA-CAAT-G-TTATCGTT-G--------AAATTAATTAGTTATTTGGTTTGT
gi|12 : CAGTGAGTATATA-CCCACATATATGGCCATGAAT-------AAT-TTGTT------------TTTCCCCTCCAGCAAG----TATCTTGCCTTTTCATTGGA-T-GAG--AGCGAACACATGGTGACCGCCT-ATTTT-CTATTAG-GG--GTCAG-TAGATTTTCATGAAGGGTAAGCAAAACAAA------ATGTCGTTATACAGCATTTTGGAACATCGAAA-TGATC-GT-A---------------T-----A----------------TA---ATT---------A---------TC-ATACTC------ACAAAATTAAAAATTTCAATAT---------GGTTCACGCCTA---GGA---TA---C--AAC---ATTACTAT--TATTTCATT--------------T-ATTTA----AAAACTGGATATGGAACTC
gi|13 : AC--------------AA------------AA---AA----ATAATCTCATCTTTCAGATCTGTTC---GCCT-----C-A--TTGTTTATT--TT---------------C-------------ATT----GA--------CCTG--------TAATATT---T------------GTTTATGA-ATA--------AAAAA-AGTCATAC-ACTTAAAA--------ATTCA--C-CTTT-AAAAA-TACAAATATTA-CATA-GACTTCAGCATAGGCCGAGTC---AACTGTTT------TGATTTTAAACAAAAGTCTTTGACGTTAAAA---TG--A----AG--GGGTA-------A-AA--AAAGC--AG----TAGACCT--GT--T--GTTATATTCAGCA-ACATA----GAT-----T-----TATTAATGCAACA--TAAA-T
gi|14 : ttccatacATT-TTAT-A---T--TATTTCGCCCCCAACAAG----TAT---GCCTTTTCATTGGA-T-GAC--AGCGGTCACATGGTGACCAATT-ATTTTTCTAT-AGTGG--GACAG-TAGATTTTCATAGAGAGCAGG-----CAAA------T--------------------------TGAAA-TG-TC-GTTAAACAGCATTTTTGACT-----AT---------------TG---AAAAAATCGTATA---------CT-ATACTC-C----ACAAAATTGAAAATTTCAAATT---------GGTTCACCCCTT---TGA---TA------ATGCTTACAACTAT--TCTTCCATTT---------GTTCTAATTTAACTTAAAATTGTAAAC
gi|15 : agaAAACTGCTAAT--GCTTACATGCTTACATGCTTCTACGCGATGCACGGTA--TCAATAGCAAATGTTATTC-G---T--AA-AAA--TACGTACT---CTAAAT----GAGGTCTGATGTTGTAGTTTTA-t
gi|15 : catttgttctaatttaacttaaaattgtTC--ACTCATCACTCCCTATTCATCGAACCGACCACACATATTTCCGTAGGGGATCAGTAAC-AACC-AAATAACT--T-ACA-ATATcattttgccgatgaatcactcatcactccctattcatcgaaccgaccacacatatttccgtaggggatcagtaacaaccaaataacttacaatataacgatgttcccaataa
gi|15 : catttgttctaatttaacttaaaattgtaaactgctaatgcttacatgcttacatgcttctacgcgatgcacggtatcaatagcaaatgttattcgtaaaaatacgtactctaaatgaggtctgatgttgtagttttacattttgccgatgaaTTA-T--T-G-----GGA-ACATCG-TTATA--TTG-----------TAA----GTTATTTGG-TTGTTACTG-ATC---CC-CT--ACGGA-AATATGTGTGGTCGGTTCGATG-----AATA-GGGAG--aacgatgttcccaataa
gi|16 : catttgttctaatttaacttaaaattgtaaactgctaatgcttacatgcttacatgcttctacgcgatgcacggtatcaatagcaaatgttattcgtaaaaatacgtactctaaatgaggtctgatgttgtagttttacattttgccgatgaatcactcatca------------AACG-AA----ATAATGCCATTTTCTAGTGCAA------ATTTC--ATC-G--TTGCTTATT--TC---------------T---------------------A--------C-TGAACA---GTTATATT---TCTTTTTGACTCAG------A-AAACAATACTTAGAAA-AGTT-----ATGCGAAAACTAGAA-AATTT--G-ATTT-TAAAA-TCCAGATCT-A-CACAAAACTGTG--CTA--TTA--TC---ATCCGTTTTGAA
gi|17 : acaataaaataggcatccgctttacttcgtgcaaattccaatatgtAAAT----GAAA--CAATATCATTTTTTTT-T--T-GCTCATGAA-AGGT-G-GTCGA--T-G--------AAATAAATCAGTTATTTGGTCTGTTACTG-A-C---CCACT--ACAGA-AAAATGGGGGGTCTGTGGAATT-----TATA-GGGGGA-CTCGGCTT--ACGCCTCGCCCTCTATATATTCCACAGACCCCttaa
gi|18 : ACCTCCAACTAG----CATTCTGTCAATAAATTAGA-T-TTT--AATGGTCACAACGTGATCCAGT-ATTTATTTAG-GGATG--GTCAG-TAGCTTTCTATATAGGACAGG-----CATGTCTTTCA--------------------------CAGCATTG-TCAATTT---------------T----------------------TA---A-----------A------------AGATTCGCAAAAAAAAAAAAAAAAATAATAATAT---------GGTTGAC-------------------CGT-------TTACTAT--TATTCCATTcagtattaaagtggtgggtgggggtggagtcattttaaaaatatagttattttaattatca
gi|19 : ATAAATGAG--ATTTTGTATTTTATTT-A-CATGCA-TTTGAAGGA-AAT---TGG---CGGTGAAATATATCAAATA-GATGG--TTTGTTTCTGAC-CCTCACTC------TATCCAACTGACCC-ACATATTTCGGGAGGGGGTATGTTACAAACCAAAATA--T--A-ATA-ATGTaa
gi|2 : aaatgttgtttactgACAGTGTATATATAATTCACAAAGTTG---ATATGT-------AAAATTTTTAT-AATGT--TATTTCACTTCCAACAAA----TATCCTGCATTTTCATTAGAATAGAGCAAGCGGTCACTTGGTGACCCCCT-ATTTCTCAAT-AGTGA--GTCAG-CAGATTTCAATGTA-GGCTGG-----CAAA------A--------------------------CAAAA-TG-TC-GTTA---------------T-----GCAGCATTTTCGAATATTA---A-----------A---------TT-ATACTC-A----ACAAAACTGAAAATGTCAGTAA---------TGTTCACAACAT---TGA---TG---GGTATG---ACAACTAT--TATTCCATTGA-T-------------CTTA----AAAAC
gi|2 : T-T------------------GAT----C------------TTA--------------AA------------AACA-AA----AAAGTACCTAATTCTAATGCCGTT----TTTC---ACC-A--TT--TTATTGACA---------------T------------TATT----GA--------CAT---------TG-TA-T---T------------G------ATATGT------TTG-----TT-------TTTGAAA-C-AGAA-ATTGT--G-TTTT-TAAAA-TTCAGATGC-A-GATAATAATTTA--ATA--CTG--TA---ATCCGCTTCAAAAATGAATTGAAGCAAACTCCTCT--T-----AA---TATAA----ATTCAATGA-------A-GA--GAAAC--A-----TA----T--GC--T--GTTATAAAGGGAA-AAATA----AATA----TAGCTTTACCGATGTAACA--TAAA-TGAC--ATA--AAA--TATACTTAAT----------------------------------CT-----G-AT--A-TA---------T-----A----C-----------AGTATCAGGTTAACAGTTG-TTTAGTTGTAAA-AA-ATTAAACCCGCCGGCTTCGAAAGTGCT--G--GTTTACCTGCTT-------CCTA-GAGACATACTGTG--TTATTATAAA-CGGTACTC-G---T--AA-AAGA-GACCTACT---CTAAAT----AAGGTTCAATGTTTTATTTTTA-T--TTG-----AAA-AAAA-GCTTAAA--T-G--------CAATAAATCAGTTATTTGGGTTGTTACTG-A-C---CC-CC--ACGGA-AAAATGTGGGGTAGGTTGGATA-----AACG-GTGGA--CTCGGCTC--ACGCTTCGCCCCATAGTTATTCAATCAAACCGACATATTTCCGTATGAGCTGAGTAACAAACC-AAAAAACT--A-ATA-ATGTTaaaaaagtacctaattctaatgccgtttttcaccattttattgacattattgacattgtattgatatgtttgtttttgaaacagaaattgtgtttttaaaattcagatgcagataataatttaatactgtaatccgcttcaaaaatgaattgaagcaaactcctcttaatataaattcaatgaagagaaacatatgctgttataaagggaaaaataaatatagctttaccgatgtaacataaatgacataaaatatacttaatctgatatatacagtatcaggttaacagttgtttagttgtaaaaaattaaacccgccggcttcgaaagtgctggtttacctgcttcctagagacatactgtgttattataaacggtactcgtaaaagagacctactctaaataaggttcaatgttttatttttatttgaaaaaaagcttaaatgcaataaatcagttatttgggttgttactgacccccacggaaaaatgtggggtaggttggataaacggtggactcggctcacgcttcgccccatagttattcaatcaaaccgacatatttccgtatgagctgagtaacaaaccaaaaaactaataatgttt
gi|20 : acagtgtatatataattcacaaagttgatatgtaaaatttttataatgttatttcacttccaacaaatatcctgcattttcattagaatagagcaagcggtcacttggtgaccccctatttctcaatagtgagtcagcagatttcaatgtaggctggcaaaacaaaatgtcgttatgcagcattttcgaatattaaattatactcaacaaaactgaaaatgtcagtaatgttcacaacattgatgggtatgacaactattattcca--TATTTTAATTTCACAAAG----CATCCAGTGTTTTCATGAGT-T-GAG--AACCGTTACATGGTGACTGATT-ATTTTTCTA--AAAGG--GTCAG-TGGATTTGCATGGAGGCCGGG-----TAAA------C--------------------------CAAAA-TA-CC--------------------------AT---------------TA---A-----------A---------C--ATA-TC-C----AGACTACTAAAAt
gi|22 : atggcagtgtcttgATATGTTGGACAGGTTTGATA-----AA-A-GGGGGAACTCGGCTC--ATGCCCTGCCACCTATTTATTTAACCG--------TA-----GTATGGGGTCAGGAACAAACC----TTACTAGA-ATA-ATCTTta
gi|23 : ---T--TAATTCACCTCTAACTAG----TATCCTGTCTTTTCATTTGA-T-GAG--AGCGGTCACATGGTGACCCCCT-ATTTTTCTAT-aaa
gi|24 : gtaatTCACCTCTATTAAG----TATCCTGCCATTTCAATGGA-------------------AGTGACCTCCT-ATTTTTCTAA-AGTGG--ATCAG-TAGATTTTAATGGAGAGCAtgacaacaataaaccccac
gi|25 : ctgttttagg---ATCCGCCT------TTAATTCAAGCAAAA-CCTCT--A-----AA---TA--A----A---ATGAATCAATAAA-AA--GCAGC--AGAT--TG----T--GT--TATGTTATCTAGAGAA-ACATA----AATA
gi|26 : --ACGCCTCGCCCCCTGTTTGTCCAACCGACCACACATATTTCCGTAGCTGGTCTGTAACA
gi|3 : ATAT-GCCAT-T---T--TATTTCACCTCAAAAAAAAAAATACCCTTCCTGTTAATGGGA-T-GAC--AGCGGATATATGGTGACCCCGTGATTTCTTTAT---TTG--GTCAG-TAGCTTCTCAATGAAGGTAAA-----CAAA------A--------------------------CAAAA-TG-CT-GTTA---------------TGTTCGAC---------------TATAAA-----------G---------CTTATACTC-C----ATAAAGCTGAAAATTCCAGTAC---------GGTTCATACTTT---TGA---TAAGTCGTATG---ACTA---T--TATTCCATTTGTT--AAA-GTTCT-GTTTA----AATACTGGAATTGGG---CACAATAA--------AAGT-T------------------AAT----C------------TAC--------------AA------------ATCG-AA----ACAGTGGCATATTCTAGCGCCGTT-----TTC---ACC-G--TTGCTTA-T--TT---------------T------------TATT----GA--------CCT--------GTCAT-----------------------------CAC---------AGA-ATTTG--CTATTTAAAAGCGAGAA-CTTGT----TTTT-TAACA-TCCAAATGG-A-TATAAGA---CA--A----------------CCGCTTCAAAAATAAACTCAAACAACATCCTCT--C-----AA---TG--A-----------GA-------G-AA--GCAGC--A-----TA----TACGA--T--GTTATGTACAG-A-TTATA-------AA---CA----TACCAATGCAACA--TCAA-TGAC--ATA--AAAGTCATACTTGTT---------------------AT-----------TT-----A-ATGCA-TATCAAATAAGT-----A----G-----------AGTGTCATGTTAAAAGTTGCTTTACTGATAAA-AA-AATCAAACCGCTTGCTTCGAAACTGCT--T--GTTTACATGCTT-------CCTA-GCGACGCATTGTG--TTATTATAAAACGTT
gi|3 : tagaaatcaataccgACGTTGTATTTTTA-T--T-A-----AAATAAA----TTAAAT-T-G--------AAATATATCAGTTTTTTGGTTTGATACTACA-C---CC-CT--AAGGA-AATACA-GGGGTCGGTTgtatttttattaaaataaattaaattgaaatatatcagttttttggtttgatactacacccctaaggaaatacaggggtcggtttatccacacagttccgtagggaatcagtaacaaattgaatgactaataacgttcgtcaatataaga
gi|3 : tagaaatcaataccgatatgccattttatttcacctcaaaaaaaaaaatacccttcctgttaatgggatgacagcggatatatggtgaccccgtgatttctttatttggtcagtagcttctcaatgaaggtaaacaaaacaaaatgctgttatgttcgactataaagcttatactccataaagctgaaaattccagtacggttcatacttttgataagtcgtatgactattattccatttgttaaagttctgtttaaatactggaattgggcacaataaaagttaatctacaaatcgaaacagtggcatattctagcgccgttttcaccgttgcttatttttattgacctgtcatcacagaatttgctatttaaaagcgagaacttgttttttaacatccaaatggatataagacaaccgcttcaaaaataaactcaaacaacatcctctcaatgagagaagcagcatatacgatgttatgtacagattataaacataccaatgcaacatcaatgacataaaagtcatacttgttatttaatgcatatcaaataagtagagtgtcatgttaaaagttgctttactgataaaaaaatcaaaccgcttgcttcgaaactgcttgtttacatgcttcctagcgacgcattgtgttattataaaCCACACAGTTCCGTAGGGAATCAGTAACAAATT-GAATGACT--A-ATA-ACGTTtatccacacagttccgtagggaatcagtaacaaattgaatgactaataacgttcgtcaatataaga
gi|4 : tagaaatcaataccgatatgccattttatttcacctcaaaaaaaaaaatacccttcctgttaatgggatgacagcggatatatggtgaccccgtgatttctttatttggtcagtagcttctcaatgaaggtaaacaaaacaaaatgctgttatgttcgactataaagcttatactccataaagctgaaaattccagtacggttcatacttttgataagtcgtatgactattattccatttgttaaagttctgtttaaatactggaattgggcacaataaaagttaatctacaaatcgaaacagtggcatattctagcgccgttttcaccgttgcttatttttattgacctgtcatcacagaatttgctatttaaaagcgagaacttgttttttaacatccaaatggatataagacaaccgcttcaaaaataaactcaaacaacatcctctcaatgagagaagcagcatatacgatgttatgtacagattataaacataccaatgcaacatcaatgacataaaagtcatacttgttatttaatgcatatcaaataagtagagtgtcatgttaaaagttgctttactgataaaaaaatcaaaccgcttgcttcgaaactgcttgtttacatgcttcctagcgacgcattgtgttattataaaacgttgtatttttattaaaataaattaaattgaaatatatcagttttttggtttgatactacacccctaaggaaatacaggggtcggtttatTCCATGTA-TTCAAA--TTCT-TTTTA----AAAACTGGAAAAAGGCCTCACAATAA--------A-TT-T------------------GATATGTC------------TACCATTTAACTCTGCCAA------------TACGTAACTGTATATTGCAATGTTGTATCACTGTT-----TTA---ACC-A--TTGTTTATT--TT---------------TAGCAGTAATATTTGTTTTT-GAAT------CAGAA--A---GTGATACT---T------------A------A-ATAT------TAG-----------C-ATTCAAAATCAAGAA-ATTGT--G-GTTT-TAAAA-TCTAGATGC-A-CATAAAACTTTA--ATA--CTA--TC---ATCCATTT------TGAATTCAAGCAAAAACCTCT--C-----AA---AA--ACAGAATCAATGAA-------A-AA--GCAGCTGA-----TA----T--GA--T--GTTATCTAGAGAA-ACATACCGTAA--A---TA----TATCAATGGAACA--TAAA-TGAC--ATA--AA---CATACTTGAT---------------------AT-----------TT-----A-ATGCA-TA---------TCTACAA----GTATTATATTATAGCATCACATATAAAGTTG-TTTATAGATAAACAA-ATTAAAACAGCCTGCTTCAAAACTGGTAAT--GTTTACATGCTT-------CCTA-GCG-------------------AAAACTCTACTC-GCATT--AA-AAAT-GCCCTACT---ATAAAT----GAGGTCCAATGTTGTATTTTTA-T--T---------A-AAAT-G-CT-GA--T-GA-------AAATAAATCAGTTATTTATTGTGTAACTG-A-CT--CC-CT--ACAGA-AATATGTGGGGTTGATTGGATA-----AA----------------------GCCTCGCCTCCTATCTATCCAGCCGACCCCACATATATCCACAGGGGGTCAGTAACAAACC-AA--AACT--ATATACATGcgtcaatataaga
gi|5 : AAAATTA---TTATATCAAACAAAATATTCATAT-----T--TCTTTCTCCTCCGACAAA----TATCCTGCCTTTTCATTGGA-C-GAC--GGCGGTCACATGG---CCAT-T-ATTATTTTAC-AGAGG--GTCAGGTAGATTATAATGGAGGGCAAG-----CAAA------A--------------------------CAAAT-CA-TC-GTTA---------------A-----ACAGCATTTCTAACAATTA---A-----------AAAACGTATACT-TTACTC-C----ACAAAACTGAACATTTCAATAT---------GGTTCATTCCTT---TAAAAATA---CATATG---ACTTTTATGATGTTTTTTTTT-TC-AAA-AATCT-A---A----AAATCTTGAAACGGGCCCCACAATAAAAATGATTAATT-TACCACTATACTCAGTGCAGAT----TCCAA--------TAC--------------GA------------AACG-AA----ATAGTGCATTATTCTAGCGACGTT-----TAC---ACCTG--TTGATTACT--TTAATGAGATGTATTATT------------TGTTTATGGA--------TCGGA--AA--GTGATATT---T------------A------A-ACAC------TTAAAACATTAA--A-ATTCCAAAGCAAGAA-ATTGT--G-TTTTACACAACTCCATTTGC-A-TATTAGAGTTCA--ATA--CTG--TT---ATCTGCATTAAA------CTTAATCAAAACACTCT--C-----AAAAATG--A----ATCAATGAA-------A-AACAGAAAC--A------A----T--A------GTTATCTAGAGAA-A-ATA----AAT-----TA-----ATCAAAG--ACA--TAAA---------A--AAA--CATACTTGAT---------------------ATTTAATGCCTATCT-----A-AT--A-TA---------T-----ACGTAA-----------AGTGGCATGTATAAAGTTG-TTTACTGATAAA-AA-ATTAAAACTGCCAGCTTCGAAA----------------ACGTTT-------CCTG-GCGACGTACGATG--TTAATATAAACCGTcaataatatatagacacatcttgtaatttatcaagtattatttcttatcagttccaaacaatgaacaaataaatggacacc
gi|6 : actatagttatcctaatttaaactg---T--TATTTTACCTCCAACAAG----TATCTTGCCTTTACATTGGA-T-AAG--AGCGGCGGAATGGTGATCCCCT-AATTATCTA
gi|6 : t-----------A---------CT-ATACCC-C----ACAGAACTACACATTTTAATATTATACCAGGGGTTCTCACCTTGAATAA---TA---CATATA---ACTA---T--TAATCGATTTA-T--TAATGTTAT-ATTTG----AAAACTGGATATTGGTATCACAATAA--------AACT-T------------------CAT----C------------TAC--------------AA------------AACT-AA----AAAGTGTCATATTCTTACGCCGTTGGTTATTTTAAATC-GACCTG-TTATG--TT---------------T------------TGTA----TA--------AATAA--ACACATGATACTGTCT------------G------ATACAC------TTTATA-TCTAA--C-ACTCAAAAGCGAGAATATTTTTTG-TTTT-TAAAA-TCCTTATGC-A-AATAAATCTTCA--ATA--CTT--TC---ATCCACTTCCAAAATATATTCAAACAAGATCCTCT--A-----AA---TAC-A----ATG-AAAGA-------A-AA--CCAGC--AAAATGTA----T--GA--T--GTTATCTGGATAATGCATATCT-AATAA---TA----TA--AA-GCATCAAGTAAAGTGACTGATA--AAA--ggtgtttactataccccacagaactacacattttaatattataccaggggttctcaccttgaataatacatataactattaatcgatttattaatgttatatttgaaaactggatattggtatcacaataaaacttcatctacaaaactaaaaagtgtcatattcttacgccgttggttattttaaatcgacctgttatgttttgtataaataaacacatgatactgtctgatacactttatatctaacactcaaaagcgagaatattttttgtttttaaaatccttatgcaaataaatcttcaatactttcatccacttccaaaatatattcaaacaagatcctctaaatacaatgaaagaaaaccagcaaaatgtatgatgttatctggataatgcatatctaataatataaagcatcaagtaaagtgactgataaaaagtttataccgcccgcttcgaaactgctagttggcatgcttcctggcggcacatggtgttgttataaaacgtttctcgttagcaaagacatacatgaggtccgatgttggtttgctataacgaaaaattgtgaatgaaataaatcacacgcccatatttatgcaaccgact
gi|6 : tttattttacctccaacaagtatcttgcctttacattggataagagcggcggaatggtgatcccctaattatctaggtgtttAT---------------------AT-----------CT-----A-AT--AATA---------T-----A----A-----------AGCATCAAGTAAAG---TG----ACTGATAAA-AA-GTTTATACCGCCCGCTTCGAAACTGCT--A--GTTGGCATGCTT-------CCTG-GCGGCACATGGTG--TTGTTATAAAACGTTTCTC-GT--T--AG-CAAA-GACATAC--------AT----GAGGTCCGATGTTGGTTTGCTA-TAAC-G-----AAA-AATT-G-TGA-A--T-G--------AAATAAATCAagtttataccgcccgcttcgaaactgctagttggcatgcttcctggcggcacatggtgttgttataaaacgtttctcgttagcaaagacatacatgaggtccgatgttggtttgctataacgaaaaattgtgaatgaaataaatcacacgcccatatttatgcaaccgact
gi|7 : tttattttacctccaacaagtatcttgcctttacattggataagagcggcggaatggtgatcccctaattatctaggtgtttactataccccacagaactacacattttaatattataccaggggttctcaccttgaataatacatataactattaatcgatttattaatgttatatttgaaaactggatattggtatcacaataaaacttcatctacaaaactaaaaagtgtcatattcttacgccgttggttattttaaatcgacctgttatgttttgtataaataaacacatgatactgtctgatacactttatatctaacactcaaaagcgagaatattttttgtttttaaaatccttatgcaaataaatcttcaatactttcatccacttccaaaatatattcaaacaagatcctctaaatacaatgaaagaaaaccagcaaaatgtatgatgttatctggataatgc------------AACA-AA----GTCATGCCATATCCTAGCGCCGT-----ATTT---GCC-G--TTGTTTACT--TT---------------T-------------ATT----AG--------CCTGT--A---ATG-TGTT---T-------------------A-AGAA------TCGTAA-AGTGA--T-ACTTAAAAACGTG-----TGT--G-GTTG-TAAAC-TTCAGATGC-ATCTTAACA-TTCA--ATA--TTG--CC---ATCTATTT------TGAACTCAATCAAAGTCCTCC--A-----AA---TA--A----AAGAAAGCA-------ATAA--AAAGC--AGTTGCTA----T--G------GTTATCTAGGGAA-GCACA----AATA----------TATCAGTGCAGCA--TAAA-TGAA--ATA--AAAATCAAACTTGAT---------------------ATTTAA-------CT-----C-AT--A-TC---------T-----A----A-----------A---TC-TGGACCATACCG-ATTACTGACAAA-AA-AATAAAACCGCCCCCTTTGAAACTGAA--T--GTTAACATGCTT-------CCTG-GCGAC-TGCTGGGTTTTAATATAAAACGTTACTC-A---T-----AAAA-TATCTAGTATACTAAAT----AAGAT-CGAAGTGATA-TTCTA-T--T-A-----TAA-AAAA-G-TTAT----------------------------TTTGGATGGTTAACG-AGC---CC-CT--A-GAATAATATGTGGAGTCGATTATATA-----AATACGGGAA--CTCGTCTA--ACGCC-CGCCCCCTGTTTATCCATCCcacgcccatatttatgcaaccgact
gi|8 : tatttatcatttcatacaggacaggttcaaataagc-AA--AACGC--A-----TG----T--GTGAT--GTTATTTAGAGAA-ACATG----AATA----------TATCAATGCAACA--TAAA-TGAG--ATA--AAAAACATACTTGATATTTATTGCATATACCAGTATAT-----------CTTACATGTAT--A-TA---------T-----A----G-----------AGTGTCGGGTAAAAAGTTG-TTTACAGATAAA-AATATCAAATTGACCCGTTTCGAAACTGCT--TATGTTTACATGCTT-------CCTA-GCA-------GTG--TTATCATAAAACATTTTTTTG---TTAAA-AAAATGACTTGCT---CTAAATTAATGAGATCTGATATTGTATTT--A-T--T-A-----AAA-AAA--G-TTACA--T-GTATCGATGAAATAAATCAATTATTTGGTTTGTTACTG-ACC---CC-CT--ATGTT-AATATGTGGAG-----------------------------TTGGCTC--ATGCCTCGCCCCCAGTTTATCCAACCAACCCCACATATTTCCATACGGGGTCAGTAACAATTC-AAATAACT--A-ATA-ATGTT
gi|9 : gaattaacATTATTAT-A---T---AGTTCACCTCCAGTAAG----TGACCTGTATTTTCTTTGGA-T-GAG--AGCG-----------ACCA-----------TAT-AGTGG--AT--G-T-----------GAGGACAGG-----CAAA------A--------------------------CAAAA-TT-TT-GTTT---------------C-----AC--------------------A-----------A---------GT-----TC-C----ACAAAAGTGAACATTTCAATAT---------GGGTCACTTCTC---TGA---TAATGCGTATG---ACTA---T--TATTCCATT--------------T-ATTTA----TAAA-TGGAAACTGGCCTCACAATAA--------A--T-T------------------GAC----C------------Tgtattttatagccttgactattctgaatgtcaacttgtcatgtacttacgttatcctcaacagccaatatatggacaaaatatttaaaaaacac
gi|9 : ------------TAC--------------GT------------AACG-AA----ATAGTGCAGTATTGTGGACTTGTT-----TTT---ACC-A--TTGTTCATT--TTATTGAGATATAATATT------------TGTTTAT-GAATCAAAATCAGAA--A---GTGATACT---T------------A------A-TAAC------TT--AA-GTTAA--C-ATTCAATAGCACGAA-AATGT--G-TTTT-TAAAA-TTCAGATTA-A-CATAGGACTTCA--A------G---CAAAATCCTCT--AATAATGAATCC-----------------------A---TA--A----A---ATGTA-------G-CA--G------A-----TA----T--GA--T--GTTATCTGGAGAC-A-ATT----A--AA---TA----TATCACTGCAACA--TAAA-TGAC--CTAGGATA--CATATATGAT---------------------GT-----------gttaaccactttactccgtgcaggttccagtacgtaacgaaatagtgcagtattgtggacttgtttttaccattgttcattttattgagatataatatttgtttatgaatcaaaatcagaaagtgatacttaataacttaagttaacattcaatagcacgaaaatgtgtttttaaaattcagattaacataggacttcaagcaaaatcctctaataatgaatccataaaatgtagcagatatgatgttatctggagacaattaaatatatcactgcaacataaatgacctaggatacatatatgatgt
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): AATCCTCATACCAATAGAATGGAACAATGAAAAACAATAGTTATAATGTCAAATAGAGAAATAGACATATCAATGAAATATAATAAACCTAAAAACATACTAAATATTTAATTTACATCTGCATGTTTTAT
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111 3333333 11111 11111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111 111111111 11111 444444444444 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 1111111111 111 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 222222 11111111 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555 333333333333333333 111 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 11111 1111111 111 1111111 1111 2222222222222222 11111 11111111111111111
lowQualScore : 7 1 777 2222222 6 88888 55 7777 333 44 555 3 1 77 2 55 3 33 00000 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 0 000000 0 777777777 55 777 777 55555 777 6 55 888888888888 4 8888 4 4 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 3 7777 0 7777777777 333 3 55 4 55 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 2 5 5 3 55 3 3 3 3 3 0 3 44 44 6666666 333333 0 2 5 44444444 666 88 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1 3 3 555555555555555555 2 55 3 55 55 777 0 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 5 2 2 4 4 4 1 77777 3333333 4 2 4 3 55 1 5 333 66 5 55 888 9999 3 3 55 8888888 4 0000 4444444444444444 3 4 55555 4 66 2 4 1 1 99999999999999999 55 2 0 5 0 66 5 5
lowQualScore : . . ... ....... . ..... .. .... ... .. ... . . .. . .. . .. ..... ..................................................................................................................... . ...... . ......... .. ... ... ..... ... . .. ............ . .... . . ................................................................................... . .... . .......... ... . .. . .. .................................................................................................................... . . . . .. . . . . . . . .. .. ....... ...... . . . ........ ... .. ....................................................... . . . .................. . .. . .. .. ... . ................................................................................... . . . . . . . ..... ....... . . . . .. . . ... .. . .. ... .... . . .. ....... . .... ................ . . ..... . .. . . . . ................. .. . . . . .. . .
lowQualScore : 3 0 555 5555555 6 66666 55 1111 222 22 888 1 0 22 5 00 6 33 00000 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 7 000000 7 888888888 44 888 888 88888 888 6 55 444444444444 0 5555 5 5 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 6 7777 4 7777777777 666 6 00 9 00 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 5 7 7 6 00 6 6 6 6 6 4 6 66 66 4444444 555555 2 6 8 66666666 444 66 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111 2 3 1 777777777777777777 0 00 6 55 55 333 1 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 3 1 0 4 4 4 9 33333 0000000 0 3 8 0 55 2 0 888 99 0 44 888 4444 7 6 55 8888888 0 5555 2222222222222222 3 4 66666 4 11 9 4 6 9 00000000000000000 55 5 1 0 1 99 0 0
consensus : NACAGTGTATATATAATTCACAAANTTG---ATATAT-------AATATTGTTAT-A---T--TATTTCACCTCCAACAAG----TATCCTGCCTTTTCATTGGA-T-GAG--AGCGGTCACATGGTGACCNCCT-ATTTTTCTAT-AGTGG--GTCAG-TAGATTTTCATGGAGGGCAGG-----CAAA------A--------------------------CAAAA-TG-TC-GTTA---------------T-----AC---------------TA---A-----------A---------CT-ATACTC-C----ACAAAACTGAAAATTTCAATAT---------GGTTCACNCCTT---TGA---TA---CGTATG---ACTACTAT--TATTCCATTTA-T--AAA-GTTCT-ATTTA----AAAACTGGAAACGGGCCTCACAATAA--------AATT-T------------------GAT----C------------TAC--------------AA------------AACG-AA----ATAGTGCCATATTCTAGCGCC----GTT-ATTT---ACC-G--TTGCTTATT--TT---------------T------------TGTT----GA--------CNTGA--A---GTGATACT---T------------G------A-ANAC------TNGAAA-ANTNA--C-ATTCGAAAGCGAGAA-A--TTGTG-TTTT-TAAAA-TCCAGATGC-A-CATAAGACTTCA--ATA--CTG--TC---ATCCGCTTCAAAAATGAATTCAAGCAAAANCCTCT--C-----AA---TA--A----AT--ANGNA-------A-AA--GAAGC--A-----TA----T--GN--T--GTTATCTAGAGAA-ACATA----AATAA---TA----TATCAATGCAACA--TAAA-TGAC--ATA--AAA--CATACTTGAT---------------------AT-----------CT-----G-AT--A-TA---------T-----A----G-----------AGTGTCANGTAAAAAGTTG-TTTACTGATAAA-AA-ATTAAAACCGCCCGCTTCGAAACTGCT--T--GTTTACATGCTT-------CCTA-GCGACGCACTGTG--TTATTATAAAACGTTACTC-G---T--AA-AAAA-GACCTACT---CTAAAT----GAGGTCCGATGTTGTATTTTTA-T--T-G-----AAA-AAAT-G-TTANA--T-G--------AAATAAATCAGTTATTTGGTTTGTTACTG-A-C---CC-CT--ACGGA-AATATGTGGGGTCGGTTGGATA-----AATA-GGGGG--CTCGGCTC--ACGCCTCGCCCCCTATTTATCCAACCGACCCCACATATTTCCGTAGGGGGTCAGTAACAAACC-AAATAACT--A-ATA-ATGTT
Reference ( family-427 ) : NACAGTGTATATATAATTCACAAANTTG---ATATAT-------AATATTGTTAT-A---T--TATTTCACCTCCAACAAG----TATCCTGCCTTTTCATTGGA-T-GAG--AGCGGTCACATGGTGACCNCCT-ATTTTTCTAT-AGTGG--GTCAG-TAGATTTTCATGGAGGGCAGG-----CAAA------A--------------------------CAAAA-TG-TC-GTTA---------------T-----AC---------------TA---A-----------A---------CT-ATACTC-C----ACAAAACTGAAAATTTCAATAT---------GGTTCACNCCTT---TGA---TA---CGTATG---ACTACTAT--TATTCCATTTA-T--AAA-GTTCT-ATTTA----AAAACTGGAAACGGGCCTCACAATAA--------AATT-T------------------GAT----C------------TAC--------------AA------------AACG-AA----ATAGTGCCATATTCTAGCGCC----GTT-ATTT---ACC-G--TTGCTTATT--TT---------------T------------TGTT----GA--------CNTGA--A---GTGATACT---T------------G------A-ANAC------TNGAAA-ANTNA--C-ATTCGAAAGCGAGAA-A--TTGTG-TTTT-TAAAA-TCCAGATGC-A-CATAAGACTTCA--ATA--CTG--TC---ATCCGCTTCAAAAATGAATTCAAGCAAAANCCTCT--C-----AA---TA--A----AT--ANGNA-------A-AA--GAAGC--A-----TA----T--GN--T--GTTATCTAGAGAA-ACATA----AATAA---TA----TATCAATGCAACA--TAAA-TGAC--ATA--AAA--CATACTTGAT---------------------AT-----------CT-----G-AT--A-TA---------T-----A----G-----------AGTGTCANGTAAAAAGTTG-TTTACTGATAAA-AA-ATTAAAACCGCCCGCTTCGAAACTGCT--T--GTTTACATGCTT-------CCTA-GCGACGCACTGTG--TTATTATAAAACGTTACTC-G---T--AA-AAAA-GACCTACT---CTAAAT----GAGGTCCGATGTTGTATTTTTA-T--T-G-----AAA-AAAT-G-TTANA--T-G--------AAATAAATCAGTTATTTGGTTTGTTACTG-A-C---CC-CT--ACGGA-AATATGTGGGGTCGGTTGGATA-----AATA-GGGGG--CTCGGCTC--ACGCCTCGCCCCCTATTTATCCAACCGACCCCACATATTTCCGTAGGGGGTCAGTAACAAACC-AAATAACT--A-ATA-ATGTT
gi|1 : ACAGTGTATATATAATTCACAAACTTG---ATATAT-------AATATTGTTATGA---TGGTATTTCACCTCCAACAAA----TAAACTGCCTTTTCATTGGA-C-GAG--AGCTGTCACATGGTGGCCACCT-ATGTTTCTAT-AGTGT--GCCAG-CAGATATACATGGAGAGCAAA-----CAAA------A--------------------------CAAAA-TG-TT-ATAA---------------T-----AC---------------TA---A-----------A---------CT-ATATTC-C----ACAAAAATGAAAATTTCAAT------------GTTCACAACAT---TGG---TA---CGTATG---ACTCCTAT--TAGTCCATTTA-T--AAAAGTTCT-ATATA----AAAACTGGATATGGGCCTTACAATAA--------AAGT-T------------------GAT----C------------TAC--------------AA------------AACG-AA----ATAGTGCTATATTCTAGTG------GTT-ATTT---ATA-G--TTACTTATT--TT---------------T------------TGTT----GA--------TATGA--A---GTGATACT---T------------A------A-AAAC------TAAAAA-ATTTA--C-AGTCAAAAGCGAGAT-A--TCGTG-TTTT-TAAAA-TCAAGATGC-G-GATGAGACTTCA--ATA--CTG--TT---ATCCGCTTCAATAATAAATTTAAGCACAACCCTCT--C-----AA---TA--A----ATTCATCTA-------A-AA--GAAGC--A-----TA----T--GC--T--GTTATCTAGGTTA-ATATA----AATAGATCTA----TACCAATGTAACA--TAAA-TGAC--A-A--AAA--CATAATTA-----------------------AT-----------CT-----G-AT--A-TA---------T-----A----G-----------AGTATCAGGTAAAAAGTTG-TTTACTGGT-AA-AA-ATTAAACCCGCCGATTTCGAAACTGAT--G--GTTTACCTGCTT-------CCTA-GCGACACACTGTG--TTATTAT-AAACGGTACTC-G---T--AA-AAGA-GACCTACT---CTTAAT----TAGGTTCAATGTTTTATTTTTATT--T-G-----AAA-AAAT-GCTTATA--T-G--------CAATAAAACAGTTATTTGGGTTGTTACTG-A-C---CC-CC--ACGGA-CATATGTGGGGTAGGTTGGATA-----AACA-GTGGA--CACGGCTC--ATGCATCGCCCCATATTTATTTAATCGAACCGA-ATATTTCCGTAATGGGTCAGTATCAAACC-AAATAACT--A-ATA-ATGTT
gi|10 : t-T-GAG--ACCGGTCACATGTTCACCCACT-ATTTGTCTATTATTGAAAGTCAG-TATATTTTGATGGAGGATGGG-----GAAA------A--------------------------TAAAA-TA-AT-GTTA---------------T-----
gi|10 : gtACTAT--GATTTCATTTA-TT-CAA-CTCCT-ATTTA----AAA-CTGAAAAC---------AATAA--------AATTGT------------------TAT----CCGCTTAACTTCGTGC--------------AAGTTCCGATATGTAACG-AA----ATGATGCCATTCTCTACTGCA----A---ATTTC--ATC-G--TTGCTT-TT--TT---------------C------------TATT----GA--------CCTG--------TTATATT---TCTGTTTCTCTCAG------A-AAATGATTCTTAGAAA-AGT----C-ATGCGAAAACTAGAA-A--TTGTGATTTT-TAAAA-TCCACATCC-A-CACAAAACTGCA--GTA--TTG--CC---GCCCGTTT---AAATTAAtcatcattttcgactattaaaagaactatgatttcatttattcaactcctatttaaaactgaaaacaataaaattgttatccgcttaacttcgtgcaagttccgatatgtaacgaaatgatgccattctctactgcaaatttcatcgttgcttttttctattgacctgttatatttctgtttctctcagaaaatgattcttagaaaagtcatgcgaaaactagaaattgtgatttttaaaatccacatccacacaaaactgcagtattgccgcccgtttaaattaa
gi|11 : gttgagaccggtcacatgttcacccactatttgtctattattgaaagtcagtatattttgatggaggatggggaaaataaaataatgttattcatcattttcgactattaaaagaA--ATA--CTG--TC---ATCCGCTTCAAAAATGAATTTAAACAAAAACGTCT--C-----AA---TA--A----AC--A-------------------------------A----T--GA------------AGAGCA-GCAGA----TATGA---TGC---TATC-------CA--GAAA---AC--GTA--AA-----TA-TTGAT---------------------AT------------------------A-TA---------T-----A----G-----------TGTGTCA--------GTTG-TTTACTGACACA-AG-ATGAAAACCGTCCTGTTCGAAACTGCT--T--CTTTATATGTTT-------CCTA-GCAACGCACTGTG--TCATCATAAAATGTTACTC-G---T--AACAAAA-AACCTACT---CTAAAT----GAGGTTCAATGTTGTATTTTTG-T--T-------AAA-CAAT-G-TTATCGTT-G--------AAATTAATTAGTTATTTGGTTTGT
gi|12 : CAGTGAGTATATA-CCCACATATATGGCCATGAAT-------AAT-TTGTT------------TTTCCCCTCCAGCAAG----TATCTTGCCTTTTCATTGGA-T-GAG--AGCGAACACATGGTGACCGCCT-ATTTT-CTATTAG-GG--GTCAG-TAGATTTTCATGAAGGGTAAGCAAAACAAA------ATGTCGTTATACAGCATTTTGGAACATCGAAA-TGATC-GT-A---------------T-----A----------------TA---ATT---------A---------TC-ATACTC------ACAAAATTAAAAATTTCAATAT---------GGTTCACGCCTA---GGA---TA---C--AAC---ATTACTAT--TATTTCATT--------------T-ATTTA----AAAACTGGATATGGAACTC
gi|13 : AC--------------AA------------AA---AA----ATAATCTCATCTTTCAGATCT----GTTCGCCT-----C-A--TTGTTTATT--TT---------------C-------------ATT----GA--------CCTG--------TAATATT---T------------GTTTATGA-ATA--------AAAAA-AGTCATAC-ACTTAAAA--------A--TTCAC-CTTT-AAAAA-TACAAATATTA-CATA-GACTTCAGCATAGGCCGAGTC---AACTGTTT------TGATTTTAAACAAAAGTCTTTGACGTTAAAA---TG--A----AG--GGGTA-------A-AA--AAAGC--AG----TAGACCT--GT--T--GTTATATTCAGCA-ACATA----GAT-----T-----TATTAATGCAACA--TAAA-T
gi|14 : ttccatacATT-TTAT-A---T--TATTTCGCCCCCAACAAG----TAT---GCCTTTTCATTGGA-T-GAC--AGCGGTCACATGGTGACCAATT-ATTTTTCTAT-AGTGG--GACAG-TAGATTTTCATAGAGAGCAGG-----CAAA------T--------------------------TGAAA-TG-TC-GTTAAACAGCATTTTTGACT-----AT---------------TG---AAAAAATCGTATA---------CT-ATACTC-C----ACAAAATTGAAAATTTCAAATT---------GGTTCACCCCTT---TGA---TA------ATGCTTACAACTAT--TCTTCCATTT---------GTTCTAATTTAACTTAAAATTGTAAAC
gi|15 : agaAAACTGCTAAT--GCTTACATGCTTACATGCTTCTACGCGATGCACGGTA--TCAATAGCAAATGTTATTC-G---T--AA-AAA--TACGTACT---CTAAAT----GAGGTCTGATGTTGTAGTTTTA-t
gi|15 : catttgttctaatttaacttaaaattgtTC--ACTCATCACTCCCTATTCATCGAACCGACCACACATATTTCCGTAGGGGATCAGTAAC-AACC-AAATAACT--T-ACA-ATATcattttgccgatgaatcactcatcactccctattcatcgaaccgaccacacatatttccgtaggggatcagtaacaaccaaataacttacaatataacgatgttcccaataa
gi|15 : catttgttctaatttaacttaaaattgtaaactgctaatgcttacatgcttacatgcttctacgcgatgcacggtatcaatagcaaatgttattcgtaaaaatacgtactctaaatgaggtctgatgttgtagttttacattttgccgatgaaTTA-T--T-G-----GGA-ACATCG-TTATA--TTG-----------TAA----GTTATTTGG-TTGTTACTG-ATC---CC-CT--ACGGA-AATATGTGTGGTCGGTTCGATG-----AATA-GGGAG--aacgatgttcccaataa
gi|16 : catttgttctaatttaacttaaaattgtaaactgctaatgcttacatgcttacatgcttctacgcgatgcacggtatcaatagcaaatgttattcgtaaaaatacgtactctaaatgaggtctgatgttgtagttttacattttgccgatgaatcactcatca------------AACG-AA----ATAATGCCATTTTCTAGTGCA----A---ATTTC--ATC-G--TTGCTTATT--TC---------------T---------------------A--------C-TGAACA---GTTATATT---TCTTTTTGACTCAG------A-AAACAATACTTAGAAA-AGTT-----ATGCGAAAACTAGAA-A--ATTTG-ATTT-TAAAA-TCCAGATCT-A-CACAAAACTGTG--CTA--TTA--TC---ATCCGTTTTGAA
gi|17 : acaataaaataggcatccgctttacttcgtgcaaattccaatatgtAAAT----GAAA--CAATATCATTTTTTTT-T--T-GCTCATGAA-AGGT-G-GTCGA--T-G--------AAATAAATCAGTTATTTGGTCTGTTACTG-A-C---CCACT--ACAGA-AAAATGGGGGGTCTGTGGAATT-----TATA-GGGGGA-CTCGGCTT--ACGCCTCGCCCTCTATATATTCCACAGACCCCttaa
gi|18 : ACCTCCAACTAG----CATTCTGTCAATAAATTAGA-T-TTT--AATGGTCACAACGTGATCCAGT-ATTTATTTAG-GGATG--GTCAG-TAGCTTTCTATATAGGACAGG-----CATGTCTTTCA--------------------------CAGCATTG-TCAATTT---------------T----------------------TA---A-----------A------------AGATTCGCAAAAAAAAAAAAAAAAATAATAATAT---------GGTTGAC-------------------CGT-------TTACTAT--TATTCCATTcagtattaaagtggtgggtgggggtggagtcattttaaaaatatagttattttaattatca
gi|19 : ATAAATGAG--ATTTTGTATTTTATTT-A-CATGCA-TTTGAAGGA-AAT---TGG---CGGTGAAATATATCAAATA-GATGG--TTTGTTTCTGAC-CCTCACTC------TATCCAACTGACCC-ACATATTTCGGGAGGGGGTATGTTACAAACCAAAATA--T--A-ATA-ATGTaa
gi|2 : aaatgttgtttactgACAGTGTATATATAATTCACAAAGTTG---ATATGT-------AAAATTTTTAT-AATGT--TATTTCACTTCCAACAAA----TATCCTGCATTTTCATTAGAATAGAGCAAGCGGTCACTTGGTGACCCCCT-ATTTCTCAAT-AGTGA--GTCAG-CAGATTTCAATGTA-GGCTGG-----CAAA------A--------------------------CAAAA-TG-TC-GTTA---------------T-----GCAGCATTTTCGAATATTA---A-----------A---------TT-ATACTC-A----ACAAAACTGAAAATGTCAGTAA---------TGTTCACAACAT---TGA---TG---GGTATG---ACAACTAT--TATTCCATTGA-T-------------CTTA----AAAAC
gi|2 : T-T------------------GAT----C------------TTA--------------AA------------AACA-AA----AAAGTACCTAATTCTAATGCC----GTT-TTTC---ACC-A--TT--TTATTGACA---------------T------------TATT----GA--------CAT---------TG-TA-T---T------------G------ATATGT------TTG------TT------TTTGAAA-C-AGAA-A--TTGTG-TTTT-TAAAA-TTCAGATGC-A-GATAATAATTTA--ATA--CTG--TA---ATCCGCTTCAAAAATGAATTGAAGCAAACTCCTCT--T-----AA---TATAA----ATTCAATGA-------A-GA--GAAAC--A-----TA----T--GC--T--GTTATAAAGGGAA-AAATA----AATA----TAGCTTTACCGATGTAACA--TAAA-TGAC--ATA--AAA--TATACTTAAT----------------------------------CT-----G-AT--A-TA---------T-----A----C-----------AGTATCAGGTTAACAGTTG-TTTAGTTGTAAA-AA-ATTAAACCCGCCGGCTTCGAAAGTGCT--G--GTTTACCTGCTT-------CCTA-GAGACATACTGTG--TTATTATAAA-CGGTACTC-G---T--AA-AAGA-GACCTACT---CTAAAT----AAGGTTCAATGTTTTATTTTTA-T--TTG-----AAA-AAAA-GCTTAAA--T-G--------CAATAAATCAGTTATTTGGGTTGTTACTG-A-C---CC-CC--ACGGA-AAAATGTGGGGTAGGTTGGATA-----AACG-GTGGA--CTCGGCTC--ACGCTTCGCCCCATAGTTATTCAATCAAACCGACATATTTCCGTATGAGCTGAGTAACAAACC-AAAAAACT--A-ATA-ATGTTaaaaaagtacctaattctaatgccgtttttcaccattttattgacattattgacattgtattgatatgtttgtttttgaaacagaaattgtgtttttaaaattcagatgcagataataatttaatactgtaatccgcttcaaaaatgaattgaagcaaactcctcttaatataaattcaatgaagagaaacatatgctgttataaagggaaaaataaatatagctttaccgatgtaacataaatgacataaaatatacttaatctgatatatacagtatcaggttaacagttgtttagttgtaaaaaattaaacccgccggcttcgaaagtgctggtttacctgcttcctagagacatactgtgttattataaacggtactcgtaaaagagacctactctaaataaggttcaatgttttatttttatttgaaaaaaagcttaaatgcaataaatcagttatttgggttgttactgacccccacggaaaaatgtggggtaggttggataaacggtggactcggctcacgcttcgccccatagttattcaatcaaaccgacatatttccgtatgagctgagtaacaaaccaaaaaactaataatgttt
gi|20 : acagtgtatatataattcacaaagttgatatgtaaaatttttataatgttatttcacttccaacaaatatcctgcattttcattagaatagagcaagcggtcacttggtgaccccctatttctcaatagtgagtcagcagatttcaatgtaggctggcaaaacaaaatgtcgttatgcagcattttcgaatattaaattatactcaacaaaactgaaaatgtcagtaatgttcacaacattgatgggtatgacaactattattcca--TATTTTAATTTCACAAAG----CATCCAGTGTTTTCATGAGT-T-GAG--AACCGTTACATGGTGACTGATT-ATTTTTCTA--AAAGG--GTCAG-TGGATTTGCATGGAGGCCGGG-----TAAA------C--------------------------CAAAA-TA-CC--------------------------AT---------------TA---A-----------A---------C--ATA-TC-C----AGACTACTAAAAt
gi|22 : atggcagtgtcttgATATGTTGGACAGGTTTGATA-----AA-A-GGGGGAACTCGGCTC--ATGCCCTGCCACCTATTTATTTAACCG--------TA-----GTATGGGGTCAGGAACAAACC----TTACTAGA-ATA-ATCTTta
gi|23 : ---T--TAATTCACCTCTAACTAG----TATCCTGTCTTTTCATTTGA-T-GAG--AGCGGTCACATGGTGACCCCCT-ATTTTTCTAT-aaa
gi|24 : gtaatTCACCTCTATTAAG----TATCCTGCCATTTCAATGGA-------------------AGTGACCTCCT-ATTTTTCTAA-AGTGG--ATCAG-TAGATTTTAATGGAGAGCAtgacaacaataaaccccac
gi|25 : ctgttttagg---ATCCGCCT------TTAATTCAAGCAAAA-CCTCT--A-----AA---TA--A----A---ATGAATCAATAAA-AA--GCAGC--AGAT--TG----T--GT--TATGTTATCTAGAGAA-ACATA----AATA
gi|26 : --ACGCCTCGCCCCCTGTTTGTCCAACCGACCACACATATTTCCGTAGCTGGTCTGTAACA
gi|3 : ATAT-GCCAT-T---T--TATTTCACCTCAAAAAAAAAAATACCCTTCCTGTTAATGGGA-T-GAC--AGCGGATATATGGTGACCCCGTGATTTCTTTAT---TTG--GTCAG-TAGCTTCTCAATGAAGGTAAA-----CAAA------A--------------------------CAAAA-TG-CT-GTTA---------------TGTTCGAC---------------TATAAA-----------G---------CTTATACTC-C----ATAAAGCTGAAAATTCCAGTAC---------GGTTCATACTTT---TGA---TAAGTCGTATG---ACTA---T--TATTCCATTTGTT--AAA-GTTCT-GTTTA----AATACTGGAATTGGG---CACAATAA--------AAGT-T------------------AAT----C------------TAC--------------AA------------ATCG-AA----ACAGTGGCATATTCTAGCGCC----GTT--TTC---ACC-G--TTGCTTA-T--TT---------------T------------TATT----GA--------CCT--------GTCAT-----------------------------CAC---------AGA-ATTTG--CTATTTAAAAGCGAGAA-C--TTGT--TTTT-TAACA-TCCAAATGG-A-TATAAGA---CA--A----------------CCGCTTCAAAAATAAACTCAAACAACATCCTCT--C-----AA---TG--A-----------GA-------G-AA--GCAGC--A-----TA----TACGA--T--GTTATGTACAG-A-TTATA-------AA---CA----TACCAATGCAACA--TCAA-TGAC--ATA--AAAGTCATACTTGTT---------------------AT-----------TT-----A-ATGCA-TATCAAATAAGT-----A----G-----------AGTGTCATGTTAAAAGTTGCTTTACTGATAAA-AA-AATCAAACCGCTTGCTTCGAAACTGCT--T--GTTTACATGCTT-------CCTA-GCGACGCATTGTG--TTATTATAAAACGTT
gi|3 : tagaaatcaataccgACGTTGTATTTTTA-T--T-A-----AAATAAA----TTAAAT-T-G--------AAATATATCAGTTTTTTGGTTTGATACTACA-C---CC-CT--AAGGA-AATACA-GGGGTCGGTTgtatttttattaaaataaattaaattgaaatatatcagttttttggtttgatactacacccctaaggaaatacaggggtcggtttatccacacagttccgtagggaatcagtaacaaattgaatgactaataacgttcgtcaatataaga
gi|3 : tagaaatcaataccgatatgccattttatttcacctcaaaaaaaaaaatacccttcctgttaatgggatgacagcggatatatggtgaccccgtgatttctttatttggtcagtagcttctcaatgaaggtaaacaaaacaaaatgctgttatgttcgactataaagcttatactccataaagctgaaaattccagtacggttcatacttttgataagtcgtatgactattattccatttgttaaagttctgtttaaatactggaattgggcacaataaaagttaatctacaaatcgaaacagtggcatattctagcgccgttttcaccgttgcttatttttattgacctgtcatcacagaatttgctatttaaaagcgagaacttgttttttaacatccaaatggatataagacaaccgcttcaaaaataaactcaaacaacatcctctcaatgagagaagcagcatatacgatgttatgtacagattataaacataccaatgcaacatcaatgacataaaagtcatacttgttatttaatgcatatcaaataagtagagtgtcatgttaaaagttgctttactgataaaaaaatcaaaccgcttgcttcgaaactgcttgtttacatgcttcctagcgacgcattgtgttattataaaCCACACAGTTCCGTAGGGAATCAGTAACAAATT-GAATGACT--A-ATA-ACGTTtatccacacagttccgtagggaatcagtaacaaattgaatgactaataacgttcgtcaatataaga
gi|4 : tagaaatcaataccgatatgccattttatttcacctcaaaaaaaaaaatacccttcctgttaatgggatgacagcggatatatggtgaccccgtgatttctttatttggtcagtagcttctcaatgaaggtaaacaaaacaaaatgctgttatgttcgactataaagcttatactccataaagctgaaaattccagtacggttcatacttttgataagtcgtatgactattattccatttgttaaagttctgtttaaatactggaattgggcacaataaaagttaatctacaaatcgaaacagtggcatattctagcgccgttttcaccgttgcttatttttattgacctgtcatcacagaatttgctatttaaaagcgagaacttgttttttaacatccaaatggatataagacaaccgcttcaaaaataaactcaaacaacatcctctcaatgagagaagcagcatatacgatgttatgtacagattataaacataccaatgcaacatcaatgacataaaagtcatacttgttatttaatgcatatcaaataagtagagtgtcatgttaaaagttgctttactgataaaaaaatcaaaccgcttgcttcgaaactgcttgtttacatgcttcctagcgacgcattgtgttattataaaacgttgtatttttattaaaataaattaaattgaaatatatcagttttttggtttgatactacacccctaaggaaatacaggggtcggtttatTCCATGTA-TTCAAA--TTCT-TTTTA----AAAACTGGAAAAAGGCCTCACAATAA--------A-TT-T------------------GATATGTC------------TACCATTTAACTCTGCCAA------------TACGTAACTGTATATTGCAATGTTGTATCACT----GTT--TTA---ACC-A--TTGTTTATT--TT---------------TAGCAGTAATATTTGTTTTT-GAAT------CAGAA--A---GTGATACT---T------------A------A-ATAT------TAG-----------C-ATTCAAAATCAAGAA-A--TTGTG-GTTT-TAAAA-TCTAGATGC-A-CATAAAACTTTA--ATA--CTA--TC---ATCCATTT------TGAATTCAAGCAAAAACCTCT--C-----AA---AA--ACAGAATCAATGAA-------A-AA--GCAGCTGA-----TA----T--GA--T--GTTATCTAGAGAA-ACATACCGTAA--A---TA----TATCAATGGAACA--TAAA-TGAC--ATA--AA---CATACTTGAT---------------------AT-----------TT-----A-ATGCA-TA---------TCTACAA----GTATTATATTATAGCATCACATATAAAGTTG-TTTATAGATAAACAA-ATTAAAACAGCCTGCTTCAAAACTGGTAAT--GTTTACATGCTT-------CCTA-GCG-------------------AAAACTCTACTC-GCATT--AA-AAAT-GCCCTACT---ATAAAT----GAGGTCCAATGTTGTATTTTTA-T--T---------A-AAAT-G-CT-GA--T-GA-------AAATAAATCAGTTATTTATTGTGTAACTG-A-CT--CC-CT--ACAGA-AATATGTGGGGTTGATTGGATA-----AA----------------------GCCTCGCCTCCTATCTATCCAGCCGACCCCACATATATCCACAGGGGGTCAGTAACAAACC-AA--AACT--ATATACATGcgtcaatataaga
gi|5 : AAAATTA---TTATATCAAACAAAATATTCATAT-----T--TCTTTCTCCTCCGACAAA----TATCCTGCCTTTTCATTGGA-C-GAC--GGCGGTCACATGG---CCAT-T-ATTATTTTAC-AGAGG--GTCAGGTAGATTATAATGGAGGGCAAG-----CAAA------A--------------------------CAAAT-CA-TC-GTTA---------------A-----ACAGCATTTCTAACAATTA---A-----------AAAACGTATACT-TTACTC-C----ACAAAACTGAACATTTCAATAT---------GGTTCATTCCTT---TAAAAATA---CATATG---ACTTTTATGATGTTTTTTTTT-TC-AAA-AATCT-A---A----AAATCTTGAAACGGGCCCCACAATAAAAATGATTAATT-TACCACTATACTCAGTGCAGAT----TCCAA--------TAC--------------GA------------AACG-AA----ATAGTGCATTATTCTAGCGAC----GTT--TAC---ACCTG--TTGATTACT--TTAATGAGATGTATTATT------------TGTTTATGGA--------TCGGA--AA--GTGATATT---T------------A------A-ACAC------TTAAAACATTAA--A-ATTCCAAAGCAAGAA-A--TTGTG-TTTTACACAACTCCATTTGC-A-TATTAGAGTTCA--ATA--CTG--TT---ATCTGCATTAAA------CTTAATCAAAACACTCT--C-----AAAAATG--A----ATCAATGAA-------A-AACAGAAAC--A------A----T--A------GTTATCTAGAGAA-A-ATA----AAT-----TA-----ATCAAAG--ACA--TAAA---------A--AAA--CATACTTGAT---------------------ATTTAATGCCTATCT-----A-AT--A-TA---------T-----ACGTAA-----------AGTGGCATGTATAAAGTTG-TTTACTGATAAA-AA-ATTAAAACTGCCAGCTTCGAAA----------------ACGTTT-------CCTG-GCGACGTACGATG--TTAATATAAACCGTcaataatatatagacacatcttgtaatttatcaagtattatttcttatcagttccaaacaatgaacaaataaatggacacc
gi|6 : actatagttatcctaatttaaactg---T--TATTTTACCTCCAACAAG----TATCTTGCCTTTACATTGGA-T-AAG--AGCGGCGGAATGGTGATCCCCT-AATTATCTA
gi|6 : t-----------A---------CT-ATACCC-C----ACAGAACTACACATTTTAATATTATACCAGGGGTTCTCACCTTGAATAA---TA---CATATA---ACTA---T--TAATCGATTTA-T--TAATGTTAT-ATTTG----AAAACTGGATATTGGTATCACAATAA--------AACT-T------------------CAT----C------------TAC--------------AA------------AACT-AA----AAAGTGTCATATTCTTACGCCGTTGGTT-ATTTTAAATC-GACCTG-TTATG--TT---------------T------------TGTA----TA--------AATAA--ACACATGATACTGTCT------------G------ATACAC------TTTATA-TCTAA--C-ACTCAAAAGCGAGAATATTTTTTG-TTTT-TAAAA-TCCTTATGC-A-AATAAATCTTCA--ATA--CTT--TC---ATCCACTTCCAAAATATATTCAAACAAGATCCTCT--A-----AA---TAC-A----ATG-AAAGA-------A-AA--CCAGC--AAAATGTA----T--GA--T--GTTATCTGGATAATGCATATCT-AATAA---TA----TA--AA-GCATCAAGTAAAGTGACTGATA--AAA--ggtgtttactataccccacagaactacacattttaatattataccaggggttctcaccttgaataatacatataactattaatcgatttattaatgttatatttgaaaactggatattggtatcacaataaaacttcatctacaaaactaaaaagtgtcatattcttacgccgttggttattttaaatcgacctgttatgttttgtataaataaacacatgatactgtctgatacactttatatctaacactcaaaagcgagaatattttttgtttttaaaatccttatgcaaataaatcttcaatactttcatccacttccaaaatatattcaaacaagatcctctaaatacaatgaaagaaaaccagcaaaatgtatgatgttatctggataatgcatatctaataatataaagcatcaagtaaagtgactgataaaaagtttataccgcccgcttcgaaactgctagttggcatgcttcctggcggcacatggtgttgttataaaacgtttctcgttagcaaagacatacatgaggtccgatgttggtttgctataacgaaaaattgtgaatgaaataaatcacacgcccatatttatgcaaccgact
gi|6 : tttattttacctccaacaagtatcttgcctttacattggataagagcggcggaatggtgatcccctaattatctaggtgtttAT---------------------AT-----------CT-----A-AT--AATA---------T-----A----A-----------AGCATCAAGTAAAG---TG----ACTGATAAA-AA-GTTTATACCGCCCGCTTCGAAACTGCT--A--GTTGGCATGCTT-------CCTG-GCGGCACATGGTG--TTGTTATAAAACGTTTCTC-GT--T--AG-CAAA-GACATAC--------AT----GAGGTCCGATGTTGGTTTGCTA-TAAC-G-----AAA-AATT-G-TGA-A--T-G--------AAATAAATCAagtttataccgcccgcttcgaaactgctagttggcatgcttcctggcggcacatggtgttgttataaaacgtttctcgttagcaaagacatacatgaggtccgatgttggtttgctataacgaaaaattgtgaatgaaataaatcacacgcccatatttatgcaaccgact
gi|7 : tttattttacctccaacaagtatcttgcctttacattggataagagcggcggaatggtgatcccctaattatctaggtgtttactataccccacagaactacacattttaatattataccaggggttctcaccttgaataatacatataactattaatcgatttattaatgttatatttgaaaactggatattggtatcacaataaaacttcatctacaaaactaaaaagtgtcatattcttacgccgttggttattttaaatcgacctgttatgttttgtataaataaacacatgatactgtctgatacactttatatctaacactcaaaagcgagaatattttttgtttttaaaatccttatgcaaataaatcttcaatactttcatccacttccaaaatatattcaaacaagatcctctaaatacaatgaaagaaaaccagcaaaatgtatgatgttatctggataatgc------------AACA-AA----GTCATGCCATATCCTAGCGCC----GT--ATTT---GCC-G--TTGTTTACT--TT---------------T-------------ATT----AG--------CCTGT--A---ATG-TGTT---T-------------------A-AGAA------TCGTAA-AGTGA--T-ACTTAAAAACGTG-------TGTG-GTTG-TAAAC-TTCAGATGC-ATCTTAACA-TTCA--ATA--TTG--CC---ATCTATTT------TGAACTCAATCAAAGTCCTCC--A-----AA---TA--A----AAGAAAGCA-------ATAA--AAAGC--AGTTGCTA----T--G------GTTATCTAGGGAA-GCACA----AATA----------TATCAGTGCAGCA--TAAA-TGAA--ATA--AAAATCAAACTTGAT---------------------ATTTAA-------CT-----C-AT--A-TC---------T-----A----A-----------A---TC-TGGACCATACCG-ATTACTGACAAA-AA-AATAAAACCGCCCCCTTTGAAACTGAA--T--GTTAACATGCTT-------CCTG-GCGAC-TGCTGGGTTTTAATATAAAACGTTACTC-A---T-----AAAA-TATCTAGTATACTAAAT----AAGAT-CGAAGTGATA-TTCTA-T--T-A-----TAA-AAAA-G-TTAT----------------------------TTTGGATGGTTAACG-AGC---CC-CT--A-GAATAATATGTGGAGTCGATTATATA-----AATACGGGAA--CTCGTCTA--ACGCC-CGCCCCCTGTTTATCCATCCcacgcccatatttatgcaaccgact
gi|8 : tatttatcatttcatacaggacaggttcaaataagc-AA--AACGC--A-----TG----T--GTGAT--GTTATTTAGAGAA-ACATG----AATA----------TATCAATGCAACA--TAAA-TGAG--ATA--AAAAACATACTTGATATTTATTGCATATACCAGTATAT-----------CTTACATGTAT--A-TA---------T-----A----G-----------AGTGTCGGGTAAAAAGTTG-TTTACAGATAAA-AATATCAAATTGACCCGTTTCGAAACTGCT--TATGTTTACATGCTT-------CCTA-GCA-------GTG--TTATCATAAAACATTTTTTTG---TTAAA-AAAATGACTTGCT---CTAAATTAATGAGATCTGATATTGTATTT--A-T--T-A-----AAA-AAA--G-TTACA--T-GTATCGATGAAATAAATCAATTATTTGGTTTGTTACTG-ACC---CC-CT--ATGTT-AATATGTGGAG-----------------------------TTGGCTC--ATGCCTCGCCCCCAGTTTATCCAACCAACCCCACATATTTCCATACGGGGTCAGTAACAATTC-AAATAACT--A-ATA-ATGTT
gi|9 : gaattaacATTATTAT-A---T---AGTTCACCTCCAGTAAG----TGACCTGTATTTTCTTTGGA-T-GAG--AGCG-----------ACCA-----------TAT-AGTGG--AT--G-T-----------GAGGACAGG-----CAAA------A--------------------------CAAAA-TT-TT-GTTT---------------C-----AC--------------------A-----------A---------GT-----TC-C----ACAAAAGTGAACATTTCAATAT---------GGGTCACTTCTC---TGA---TAATGCGTATG---ACTA---T--TATTCCATT--------------T-ATTTA----TAAA-TGGAAACTGGCCTCACAATAA--------A--T-T------------------GAC----C------------Tgtattttatagccttgactattctgaatgtcaacttgtcatgtacttacgttatcctcaacagccaatatatggacaaaatatttaaaaaacac
gi|9 : ------------TAC--------------GT------------AACG-AA----ATAGTGCAGTATTGTGGACTT----GTT--TTT---ACC-A--TTGTTCATT--TTATTGAGATATAATATT------------TGTTTAT-GAATCAAAATCAGAA--A---GTGATACT---T------------A------A-TAAC------TT--AA-GTTAA--C-ATTCAATAGCACGAA-A--ATGTG-TTTT-TAAAA-TTCAGATTA-A-CATAGGACTTCA--A------G---CAAAATCCTCT--AATAATGAATCC-----------------------A---TA--A----A---ATGTA-------G-CA--G------A-----TA----T--GA--T--GTTATCTGGAGAC-A-ATT----A--AA---TA----TATCACTGCAACA--TAAA-TGAC--CTAGGATA--CATATATGAT---------------------GT-----------gttaaccactttactccgtgcaggttccagtacgtaacgaaatagtgcagtattgtggacttgtttttaccattgttcattttattgagatataatatttgtttatgaatcaaaatcagaaagtgatacttaataacttaagttaacattcaatagcacgaaaatgtgtttttaaaattcagattaacataggacttcaagcaaaatcctctaataatgaatccataaaatgtagcagatatgatgttatctggagacaattaaatatatcactgcaacataaatgacctaggatacatatatgatgt
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): AATCCTCATACCAATAGAATGGAACAATGAAAAACAATAGTTATAATGTCAAATAGAGAAATAGACATATCAATGAAATATAATAAACCTAAAAACATACTAAATATTTAATTTACATCTGCATGTTTTAT
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111 3333333 11111 11111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111 111111111 11111 444444444444 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 1111111111 111 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 222222 11111111 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555 333333333333333333 111 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 11111 1111111 111 1111111 1111 2222222222222222 11111 11111111111111111
lowQualScore : 7 1 777 2222222 6 88888 55 7777 333 44 555 3 1 77 2 55 3 33 00000 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 0 000000 0 777777777 55 777 777 55555 777 6 55 888888888888 4 8888 4 4 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 3 7777 0 7777777777 333 3 55 4 55 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 2 5 5 3 55 3 3 3 3 3 0 3 44 44 6666666 333333 0 2 5 44444444 666 88 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1 3 3 555555555555555555 2 55 3 55 55 777 0 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 5 2 2 4 4 4 1 77777 3333333 4 2 4 3 55 1 5 333 66 5 55 888 9999 3 3 55 8888888 4 0000 4444444444444444 3 4 55555 4 66 2 4 1 1 99999999999999999 55 2 0 5 0 66 5 5
lowQualScore : . . ... ....... . ..... .. .... ... .. ... . . .. . .. . .. ..... ..................................................................................................................... . ...... . ......... .. ... ... ..... ... . .. ............ . .... . . ................................................................................... . .... . .......... ... . .. . .. .................................................................................................................... . . . . .. . . . . . . . .. .. ....... ...... . . . ........ ... .. ....................................................... . . . .................. . .. . .. .. ... . ................................................................................... . . . . . . . ..... ....... . . . . .. . . ... .. . .. ... .... . . .. ....... . .... ................ . . ..... . .. . . . . ................. .. . . . . .. . .
lowQualScore : 3 0 555 5555555 6 66666 55 1111 222 22 888 1 0 22 5 00 6 33 00000 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 7 000000 7 888888888 44 888 888 88888 888 6 55 444444444444 0 5555 5 5 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 6 7777 4 7777777777 666 6 00 9 00 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 5 7 7 6 00 6 6 6 6 6 4 6 66 66 4444444 555555 2 6 8 66666666 444 66 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111 2 3 1 777777777777777777 0 00 6 55 55 333 1 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 3 1 0 4 4 4 9 33333 0000000 0 3 8 0 55 2 0 888 99 0 44 888 4444 7 6 55 8888888 0 5555 2222222222222222 3 4 66666 4 11 9 4 6 9 00000000000000000 55 5 1 0 1 99 0 0
consensus : NACAGTGTATATATAATTCACAAANTTG---ATATAT-------AATATTGTTAT-A---T--TATTTCACCTCCAACAAG----TATCCTGCCTTTTCATTGGA-T-GAG--AGCGGTCACATGGTGACCNCCT-ATTTTTCTAT-AGTGG--GTCAG-TAGATTTTCATGGAGGGCAGG-----CAAA------A--------------------------CAAAA-TG-TC-GTTA---------------T-----AC---------------TA---A-----------A---------CT-ATACTC-C----ACAAAACTGAAAATTTCAATAT---------GGTTCACNCCTT---TGA---TA---CGTATG---ACTACTAT--TATTCCATTTA-T--AAA-GTTCT-ATTTA----AAAACTGGAAACGGGCCTCACAATAA--------AATT-T------------------GAT----C------------TAC--------------AA------------AACG-AA----ATAGTGCCATATTCTAGCGCC----GTT-ATTT---ACC-G--TTGCTTATT--TT---------------T------------TGTT----GA--------CNTGA--A---GTGATACT---T------------G------A-ANAC------TNGAAA-ANTNA--C-ATTCGAAAGCGAGAA-A--TTGTG-TTTT-TAAAA-TCCAGATGC-A-CATAAGACTTCA--ATA--CTG--TC---ATCCGCTTCAAAAATGAATTCAAGCAAAANCCTCT--C-----AA---TA--A----AT--ANGNA-------A-AA--GAAGC--A-----TA----T--GN--T--GTTATCTAGAGAA-ACATA----AATAA---TA----TATCAATGCAACA--TAAA-TGAC--ATA--AAA--CATACTTGAT---------------------AT-----------CT-----G-AT--A-TA---------T-----A----G-----------AGTGTCANGTAAAAAGTTG-TTTACTGATAAA-AA-ATTAAAACCGCCCGCTTCGAAACTGCT--T--GTTTACATGCTT-------CCTA-GCGACGCACTGTG--TTATTATAAAACGTTACTC-G---T--AA-AAAA-GACCTACT---CTAAAT----GAGGTCCGATGTTGTATTTTTA-T--T-G-----AAA-AAAT-G-TTANA--T-G--------AAATAAATCAGTTATTTGGTTTGTTACTG-A-C---CC-CT--ACGGA-AATATGTGGGGTCGGTTGGATA-----AATA-GGGGG--CTCGGCTC--ACGCCTCGCCCCCTATTTATCCAACCGACCCCACATATTTCCGTAGGGGGTCAGTAACAAACC-AAATAACT--A-ATA-ATGTT
Reference ( family-427 ) : NACAGTGTATATATAATTCACAAANTTG---ATATAT-------AATATTGTTAT-A---T--TATTTCACCTCCAACAAG----TATCCTGCCTTTTCATTGGA-T-GAG--AGCGGTCACATGGTGACCNCCT-ATTTTTCTAT-AGTGG--GTCAG-TAGATTTTCATGGAGGGCAGG-----CAAA------A--------------------------CAAAA-TG-TC-GTTA---------------T-----AC---------------TA---A-----------A---------CT-ATACTC-C----ACAAAACTGAAAATTTCAATAT---------GGTTCACNCCTT---TGA---TA---CGTATG---ACTACTAT--TATTCCATTTA-T--AAA-GTTCT-ATTTA----AAAACTGGAAACGGGCCTCACAATAA--------AATT-T------------------GAT----C------------TAC--------------AA------------AACG-AA----ATAGTGCCATATTCTAGCGCC----GTT-ATTT---ACC-G--TTGCTTATT--TT---------------T------------TGTT----GA--------CNTGA--A---GTGATACT---T------------G------A-ANAC------TNGAAA-ANTNA--C-ATTCGAAAGCGAGAA-A--TTGTG-TTTT-TAAAA-TCCAGATGC-A-CATAAGACTTCA--ATA--CTG--TC---ATCCGCTTCAAAAATGAATTCAAGCAAAANCCTCT--C-----AA---TA--A----AT--ANGNA-------A-AA--GAAGC--A-----TA----T--GN--T--GTTATCTAGAGAA-ACATA----AATAA---TA----TATCAATGCAACA--TAAA-TGAC--ATA--AAA--CATACTTGAT---------------------AT-----------CT-----G-AT--A-TA---------T-----A----G-----------AGTGTCANGTAAAAAGTTG-TTTACTGATAAA-AA-ATTAAAACCGCCCGCTTCGAAACTGCT--T--GTTTACATGCTT-------CCTA-GCGACGCACTGTG--TTATTATAAAACGTTACTC-G---T--AA-AAAA-GACCTACT---CTAAAT----GAGGTCCGATGTTGTATTTTTA-T--T-G-----AAA-AAAT-G-TTANA--T-G--------AAATAAATCAGTTATTTGGTTTGTTACTG-A-C---CC-CT--ACGGA-AATATGTGGGGTCGGTTGGATA-----AATA-GGGGG--CTCGGCTC--ACGCCTCGCCCCCTATTTATCCAACCGACCCCACATATTTCCGTAGGGGGTCAGTAACAAACC-AAATAACT--A-ATA-ATGTT
gi|1 : ACAGTGTATATATAATTCACAAACTTG---ATATAT-------AATATTGTTATGA---TGGTATTTCACCTCCAACAAA----TAAACTGCCTTTTCATTGGA-C-GAG--AGCTGTCACATGGTGGCCACCT-ATGTTTCTAT-AGTGT--GCCAG-CAGATATACATGGAGAGCAAA-----CAAA------A--------------------------CAAAA-TG-TT-ATAA---------------T-----AC---------------TA---A-----------A---------CT-ATATTC-C----ACAAAAATGAAAATTTCAAT------------GTTCACAACAT---TGG---TA---CGTATG---ACTCCTAT--TAGTCCATTTA-T--AAAAGTTCT-ATATA----AAAACTGGATATGGGCCTTACAATAA--------AAGT-T------------------GAT----C------------TAC--------------AA------------AACG-AA----ATAGTGCTATATTCTAGTG------GTT-ATTT---ATA-G--TTACTTATT--TT---------------T------------TGTT----GA--------TATGA--A---GTGATACT---T------------A------A-AAAC------TAAAAA-ATTTA--C-AGTCAAAAGCGAGAT-A--TCGTG-TTTT-TAAAA-TCAAGATGC-G-GATGAGACTTCA--ATA--CTG--TT---ATCCGCTTCAATAATAAATTTAAGCACAACCCTCT--C-----AA---TA--A----ATTCATCTA-------A-AA--GAAGC--A-----TA----T--GC--T--GTTATCTAGGTTA-ATATA----AATAGATCTA----TACCAATGTAACA--TAAA-TGAC--A-A--AAA--CATAATTA-----------------------AT-----------CT-----G-AT--A-TA---------T-----A----G-----------AGTATCAGGTAAAAAGTTG-TTTACTGGT-AA-AA-ATTAAACCCGCCGATTTCGAAACTGAT--G--GTTTACCTGCTT-------CCTA-GCGACACACTGTG--TTATTAT-AAACGGTACTC-G---T--AA-AAGA-GACCTACT---CTTAAT----TAGGTTCAATGTTTTATTTTTATT--T-G-----AAA-AAAT-GCTTATA--T-G--------CAATAAAACAGTTATTTGGGTTGTTACTG-A-C---CC-CC--ACGGA-CATATGTGGGGTAGGTTGGATA-----AACA-GTGGA--CACGGCTC--ATGCATCGCCCCATATTTATTTAATCGAACCGA-ATATTTCCGTAATGGGTCAGTATCAAACC-AAATAACT--A-ATA-ATGTT
gi|10 : t-T-GAG--ACCGGTCACATGTTCACCCACT-ATTTGTCTATTATTGAAAGTCAG-TATATTTTGATGGAGGATGGG-----GAAA------A--------------------------TAAAA-TA-AT-GTTA---------------T-----
gi|10 : gtACTAT--GATTTCATTTA-TT-CAA-CTCCT-ATTTA----AAA-CTGAAAAC---------AATAA--------AATTGT------------------TAT----CCGCTTAACTTCGTGC--------------AAGTTCCGATATGTAACG-AA----ATGATGCCATTCTCTACTGCA----A---ATTTC--ATC-G--TTGCTT-TT--TT---------------C------------TATT----GA--------CCTG--------TTATATT---TCTGTTTCTCTCAG------A-AAATGATTCTTAGAAA-AGT----C-ATGCGAAAACTAGAA-A--TTGTGATTTT-TAAAA-TCCACATCC-A-CACAAAACTGCA--GTA--TTG--CC---GCCCGTTT---AAATTAAtcatcattttcgactattaaaagaactatgatttcatttattcaactcctatttaaaactgaaaacaataaaattgttatccgcttaacttcgtgcaagttccgatatgtaacgaaatgatgccattctctactgcaaatttcatcgttgcttttttctattgacctgttatatttctgtttctctcagaaaatgattcttagaaaagtcatgcgaaaactagaaattgtgatttttaaaatccacatccacacaaaactgcagtattgccgcccgtttaaattaa
gi|11 : gttgagaccggtcacatgttcacccactatttgtctattattgaaagtcagtatattttgatggaggatggggaaaataaaataatgttattcatcattttcgactattaaaagaA--ATA--CTG--TC---ATCCGCTTCAAAAATGAATTTAAACAAAAACGTCT--C-----AA---TA--A----AC--A-------------------------------A----T--GA------------AGAGCA-GCAGA----TATGA---TGC---TATC-------CA--GAAA---AC--GTA--AA-----TA-TTGAT---------------------AT------------------------A-TA---------T-----A----G-----------TGTGTCA--------GTTG-TTTACTGACACA-AG-ATGAAAACCGTCCTGTTCGAAACTGCT--T--CTTTATATGTTT-------CCTA-GCAACGCACTGTG--TCATCATAAAATGTTACTC-G---T--AACAAAA-AACCTACT---CTAAAT----GAGGTTCAATGTTGTATTTTTG-T--T-------AAA-CAAT-G-TTATCGTT-G--------AAATTAATTAGTTATTTGGTTTGT
gi|12 : CAGTGAGTATATA-CCCACATATATGGCCATGAAT-------AAT-TTGTT------------TTTCCCCTCCAGCAAG----TATCTTGCCTTTTCATTGGA-T-GAG--AGCGAACACATGGTGACCGCCT-ATTTT-CTATTAG-GG--GTCAG-TAGATTTTCATGAAGGGTAAGCAAAACAAA------ATGTCGTTATACAGCATTTTGGAACATCGAAA-TGATC-GT-A---------------T-----A----------------TA---ATT---------A---------TC-ATACTC------ACAAAATTAAAAATTTCAATAT---------GGTTCACGCCTA---GGA---TA---C--AAC---ATTACTAT--TATTTCATT--------------T-ATTTA----AAAACTGGATATGGAACTC
gi|13 : AC--------------AA------------AA---AA----ATAATCTCATCTTTCAGATCT----GTTCGCCT-----C-A--TTGTTTATT--TT---------------C-------------ATT----GA--------CCTG--------TAATATT---T------------GTTTATGA-ATA--------AAAAA-AGTCATAC-ACTTAAAA--------A--TTCAC-CTTT-AAAAA-TACAAATATTA-CATA-GACTTCAGCATAGGCCGAGTC---AACTGTTT------TGATTTTAAACAAAAGTCTTTGACGTTAAAA---TG--A----AG--GGGTA-------A-AA--AAAGC--AG----TAGACCT--GT--T--GTTATATTCAGCA-ACATA----GAT-----T-----TATTAATGCAACA--TAAA-T
gi|14 : ttccatacATT-TTAT-A---T--TATTTCGCCCCCAACAAG----TAT---GCCTTTTCATTGGA-T-GAC--AGCGGTCACATGGTGACCAATT-ATTTTTCTAT-AGTGG--GACAG-TAGATTTTCATAGAGAGCAGG-----CAAA------T--------------------------TGAAA-TG-TC-GTTAAACAGCATTTTTGACT-----AT---------------TG---AAAAAATCGTATA---------CT-ATACTC-C----ACAAAATTGAAAATTTCAAATT---------GGTTCACCCCTT---TGA---TA------ATGCTTACAACTAT--TCTTCCATTT---------GTTCTAATTTAACTTAAAATTGTAAAC
gi|15 : agaAAACTGCTAAT--GCTTACATGCTTACATGCTTCTACGCGATGCACGGTA--TCAATAGCAAATGTTATTC-G---T--AA-AAA--TACGTACT---CTAAAT----GAGGTCTGATGTTGTAGTTTTA-t
gi|15 : catttgttctaatttaacttaaaattgtTC--ACTCATCACTCCCTATTCATCGAACCGACCACACATATTTCCGTAGGGGATCAGTAAC-AACC-AAATAACT--T-ACA-ATATcattttgccgatgaatcactcatcactccctattcatcgaaccgaccacacatatttccgtaggggatcagtaacaaccaaataacttacaatataacgatgttcccaataa
gi|15 : catttgttctaatttaacttaaaattgtaaactgctaatgcttacatgcttacatgcttctacgcgatgcacggtatcaatagcaaatgttattcgtaaaaatacgtactctaaatgaggtctgatgttgtagttttacattttgccgatgaaTTA-T--T-G-----GGA-ACATCG-TTATA--TTG-----------TAA----GTTATTTGG-TTGTTACTG-ATC---CC-CT--ACGGA-AATATGTGTGGTCGGTTCGATG-----AATA-GGGAG--aacgatgttcccaataa
gi|16 : catttgttctaatttaacttaaaattgtaaactgctaatgcttacatgcttacatgcttctacgcgatgcacggtatcaatagcaaatgttattcgtaaaaatacgtactctaaatgaggtctgatgttgtagttttacattttgccgatgaatcactcatca------------AACG-AA----ATAATGCCATTTTCTAGTGCA----A---ATTTC--ATC-G--TTGCTTATT--TC---------------T---------------------A--------C-TGAACA---GTTATATT---TCTTTTTGACTCAG------A-AAACAATACTTAGAAA-AGTT-----ATGCGAAAACTAGAA-A--ATTTG-ATTT-TAAAA-TCCAGATCT-A-CACAAAACTGTG--CTA--TTA--TC---ATCCGTTTTGAA
gi|17 : acaataaaataggcatccgctttacttcgtgcaaattccaatatgtAAAT----GAAA--CAATATCATTTTTTTT-T--T-GCTCATGAA-AGGT-G-GTCGA--T-G--------AAATAAATCAGTTATTTGGTCTGTTACTG-A-C---CCACT--ACAGA-AAAATGGGGGGTCTGTGGAATT-----TATA-GGGGGA-CTCGGCTT--ACGCCTCGCCCTCTATATATTCCACAGACCCCttaa
gi|18 : ACCTCCAACTAG----CATTCTGTCAATAAATTAGA-T-TTT--AATGGTCACAACGTGATCCAGT-ATTTATTTAG-GGATG--GTCAG-TAGCTTTCTATATAGGACAGG-----CATGTCTTTCA--------------------------CAGCATTG-TCAATTT---------------T----------------------TA---A-----------A------------AGATTCGCAAAAAAAAAAAAAAAAATAATAATAT---------GGTTGAC-------------------CGT-------TTACTAT--TATTCCATTcagtattaaagtggtgggtgggggtggagtcattttaaaaatatagttattttaattatca
gi|19 : ATAAATGAG--ATTTTGTATTTTATTT-A-CATGCA-TTTGAAGGA-AAT---TGG---CGGTGAAATATATCAAATA-GATGG--TTTGTTTCTGAC-CCTCACTC------TATCCAACTGACCC-ACATATTTCGGGAGGGGGTATGTTACAAACCAAAATA--T--A-ATA-ATGTaa
gi|2 : aaatgttgtttactgACAGTGTATATATAATTCACAAAGTTG---ATATGT-------AAAATTTTTAT-AATGT--TATTTCACTTCCAACAAA----TATCCTGCATTTTCATTAGAATAGAGCAAGCGGTCACTTGGTGACCCCCT-ATTTCTCAAT-AGTGA--GTCAG-CAGATTTCAATGTA-GGCTGG-----CAAA------A--------------------------CAAAA-TG-TC-GTTA---------------T-----GCAGCATTTTCGAATATTA---A-----------A---------TT-ATACTC-A----ACAAAACTGAAAATGTCAGTAA---------TGTTCACAACAT---TGA---TG---GGTATG---ACAACTAT--TATTCCATTGA-T-------------CTTA----AAAAC
gi|2 : T-T------------------GAT----C------------TTA--------------AA------------AACA-AA----AAAGTACCTAATTCTAATGCC----GTT-TTTC---ACC-A--TT--TTATTGACA---------------T------------TATT----GA--------CAT---------TG-TA-T---T------------G------ATATGT------TTG------TT------TTTGAAA-C-AGAA-A--TTGTG-TTTT-TAAAA-TTCAGATGC-A-GATAATAATTTA--ATA--CTG--TA---ATCCGCTTCAAAAATGAATTGAAGCAAACTCCTCT--T-----AA---TATAA----ATTCAATGA-------A-GA--GAAAC--A-----TA----T--GC--T--GTTATAAAGGGAA-AAATA----AATA----TAGCTTTACCGATGTAACA--TAAA-TGAC--ATA--AAA--TATACTTAAT----------------------------------CT-----G-AT--A-TA---------T-----A----C-----------AGTATCAGGTTAACAGTTG-TTTAGTTGTAAA-AA-ATTAAACCCGCCGGCTTCGAAAGTGCT--G--GTTTACCTGCTT-------CCTA-GAGACATACTGTG--TTATTATAAA-CGGTACTC-G---T--AA-AAGA-GACCTACT---CTAAAT----AAGGTTCAATGTTTTATTTTTA-T--TTG-----AAA-AAAA-GCTTAAA--T-G--------CAATAAATCAGTTATTTGGGTTGTTACTG-A-C---CC-CC--ACGGA-AAAATGTGGGGTAGGTTGGATA-----AACG-GTGGA--CTCGGCTC--ACGCTTCGCCCCATAGTTATTCAATCAAACCGACATATTTCCGTATGAGCTGAGTAACAAACC-AAAAAACT--A-ATA-ATGTTaaaaaagtacctaattctaatgccgtttttcaccattttattgacattattgacattgtattgatatgtttgtttttgaaacagaaattgtgtttttaaaattcagatgcagataataatttaatactgtaatccgcttcaaaaatgaattgaagcaaactcctcttaatataaattcaatgaagagaaacatatgctgttataaagggaaaaataaatatagctttaccgatgtaacataaatgacataaaatatacttaatctgatatatacagtatcaggttaacagttgtttagttgtaaaaaattaaacccgccggcttcgaaagtgctggtttacctgcttcctagagacatactgtgttattataaacggtactcgtaaaagagacctactctaaataaggttcaatgttttatttttatttgaaaaaaagcttaaatgcaataaatcagttatttgggttgttactgacccccacggaaaaatgtggggtaggttggataaacggtggactcggctcacgcttcgccccatagttattcaatcaaaccgacatatttccgtatgagctgagtaacaaaccaaaaaactaataatgttt
gi|20 : acagtgtatatataattcacaaagttgatatgtaaaatttttataatgttatttcacttccaacaaatatcctgcattttcattagaatagagcaagcggtcacttggtgaccccctatttctcaatagtgagtcagcagatttcaatgtaggctggcaaaacaaaatgtcgttatgcagcattttcgaatattaaattatactcaacaaaactgaaaatgtcagtaatgttcacaacattgatgggtatgacaactattattcca--TATTTTAATTTCACAAAG----CATCCAGTGTTTTCATGAGT-T-GAG--AACCGTTACATGGTGACTGATT-ATTTTTCTA--AAAGG--GTCAG-TGGATTTGCATGGAGGCCGGG-----TAAA------C--------------------------CAAAA-TA-CC--------------------------AT---------------TA---A-----------A---------C--ATA-TC-C----AGACTACTAAAAt
gi|22 : atggcagtgtcttgATATGTTGGACAGGTTTGATA-----AA-A-GGGGGAACTCGGCTC--ATGCCCTGCCACCTATTTATTTAACCG--------TA-----GTATGGGGTCAGGAACAAACC----TTACTAGA-ATA-ATCTTta
gi|23 : ---T--TAATTCACCTCTAACTAG----TATCCTGTCTTTTCATTTGA-T-GAG--AGCGGTCACATGGTGACCCCCT-ATTTTTCTAT-aaa
gi|24 : gtaatTCACCTCTATTAAG----TATCCTGCCATTTCAATGGA-------------------AGTGACCTCCT-ATTTTTCTAA-AGTGG--ATCAG-TAGATTTTAATGGAGAGCAtgacaacaataaaccccac
gi|25 : ctgttttagg---ATCCGCCT------TTAATTCAAGCAAAA-CCTCT--A-----AA---TA--A----A---ATGAATCAATAAA-AA--GCAGC--AGAT--TG----T--GT--TATGTTATCTAGAGAA-ACATA----AATA
gi|26 : --ACGCCTCGCCCCCTGTTTGTCCAACCGACCACACATATTTCCGTAGCTGGTCTGTAACA
gi|3 : ATAT-GCCAT-T---T--TATTTCACCTCAAAAAAAAAAATACCCTTCCTGTTAATGGGA-T-GAC--AGCGGATATATGGTGACCCCGTGATTTCTTTAT---TTG--GTCAG-TAGCTTCTCAATGAAGGTAAA-----CAAA------A--------------------------CAAAA-TG-CT-GTTA---------------TGTTCGAC---------------TATAAA-----------G---------CTTATACTC-C----ATAAAGCTGAAAATTCCAGTAC---------GGTTCATACTTT---TGA---TAAGTCGTATG---ACTA---T--TATTCCATTTGTT--AAA-GTTCT-GTTTA----AATACTGGAATTGGG---CACAATAA--------AAGT-T------------------AAT----C------------TAC--------------AA------------ATCG-AA----ACAGTGGCATATTCTAGCGCC----GTT--TTC---ACC-G--TTGCTTA-T--TT---------------T------------TATT----GA--------CCT--------GTCAT-----------------------------CAC---------AGA-ATTTG--CTATTTAAAAGCGAGAA-C--TTGT--TTTT-TAACA-TCCAAATGG-A-TATAAGA---CA--A----------------CCGCTTCAAAAATAAACTCAAACAACATCCTCT--C-----AA---TG--A-----------GA-------G-AA--GCAGC--A-----TA----TACGA--T--GTTATGTACAG-A-TTATA-------AA---CA----TACCAATGCAACA--TCAA-TGAC--ATA--AAAGTCATACTTGTT---------------------AT-----------TT-----A-ATGCA-TATCAAATAAGT-----A----G-----------AGTGTCATGTTAAAAGTTGCTTTACTGATAAA-AA-AATCAAACCGCTTGCTTCGAAACTGCT--T--GTTTACATGCTT-------CCTA-GCGACGCATTGTG--TTATTATAAAACGTT
gi|3 : tagaaatcaataccgACGTTGTATTTTTA-T--T-A-----AAATAAA----TTAAAT-T-G--------AAATATATCAGTTTTTTGGTTTGATACTACA-C---CC-CT--AAGGA-AATACA-GGGGTCGGTTgtatttttattaaaataaattaaattgaaatatatcagttttttggtttgatactacacccctaaggaaatacaggggtcggtttatccacacagttccgtagggaatcagtaacaaattgaatgactaataacgttcgtcaatataaga
gi|3 : tagaaatcaataccgatatgccattttatttcacctcaaaaaaaaaaatacccttcctgttaatgggatgacagcggatatatggtgaccccgtgatttctttatttggtcagtagcttctcaatgaaggtaaacaaaacaaaatgctgttatgttcgactataaagcttatactccataaagctgaaaattccagtacggttcatacttttgataagtcgtatgactattattccatttgttaaagttctgtttaaatactggaattgggcacaataaaagttaatctacaaatcgaaacagtggcatattctagcgccgttttcaccgttgcttatttttattgacctgtcatcacagaatttgctatttaaaagcgagaacttgttttttaacatccaaatggatataagacaaccgcttcaaaaataaactcaaacaacatcctctcaatgagagaagcagcatatacgatgttatgtacagattataaacataccaatgcaacatcaatgacataaaagtcatacttgttatttaatgcatatcaaataagtagagtgtcatgttaaaagttgctttactgataaaaaaatcaaaccgcttgcttcgaaactgcttgtttacatgcttcctagcgacgcattgtgttattataaaCCACACAGTTCCGTAGGGAATCAGTAACAAATT-GAATGACT--A-ATA-ACGTTtatccacacagttccgtagggaatcagtaacaaattgaatgactaataacgttcgtcaatataaga
gi|4 : tagaaatcaataccgatatgccattttatttcacctcaaaaaaaaaaatacccttcctgttaatgggatgacagcggatatatggtgaccccgtgatttctttatttggtcagtagcttctcaatgaaggtaaacaaaacaaaatgctgttatgttcgactataaagcttatactccataaagctgaaaattccagtacggttcatacttttgataagtcgtatgactattattccatttgttaaagttctgtttaaatactggaattgggcacaataaaagttaatctacaaatcgaaacagtggcatattctagcgccgttttcaccgttgcttatttttattgacctgtcatcacagaatttgctatttaaaagcgagaacttgttttttaacatccaaatggatataagacaaccgcttcaaaaataaactcaaacaacatcctctcaatgagagaagcagcatatacgatgttatgtacagattataaacataccaatgcaacatcaatgacataaaagtcatacttgttatttaatgcatatcaaataagtagagtgtcatgttaaaagttgctttactgataaaaaaatcaaaccgcttgcttcgaaactgcttgtttacatgcttcctagcgacgcattgtgttattataaaacgttgtatttttattaaaataaattaaattgaaatatatcagttttttggtttgatactacacccctaaggaaatacaggggtcggtttatTCCATGTA-TTCAAA--TTCT-TTTTA----AAAACTGGAAAAAGGCCTCACAATAA--------A-TT-T------------------GATATGTC------------TACCATTTAACTCTGCCAA------------TACGTAACTGTATATTGCAATGTTGTATCACT----GTT--TTA---ACC-A--TTGTTTATT--TT---------------TAGCAGTAATATTTGTTTTT-GAAT------CAGAA--A---GTGATACT---T------------A------A-ATAT------TAG-----------C-ATTCAAAATCAAGAA-A--TTGTG-GTTT-TAAAA-TCTAGATGC-A-CATAAAACTTTA--ATA--CTA--TC---ATCCATTT------TGAATTCAAGCAAAAACCTCT--C-----AA---AA--ACAGAATCAATGAA-------A-AA--GCAGCTGA-----TA----T--GA--T--GTTATCTAGAGAA-ACATACCGTAA--A---TA----TATCAATGGAACA--TAAA-TGAC--ATA--AA---CATACTTGAT---------------------AT-----------TT-----A-ATGCA-TA---------TCTACAA----GTATTATATTATAGCATCACATATAAAGTTG-TTTATAGATAAACAA-ATTAAAACAGCCTGCTTCAAAACTGGTAAT--GTTTACATGCTT-------CCTA-GCG-------------------AAAACTCTACTC-GCATT--AA-AAAT-GCCCTACT---ATAAAT----GAGGTCCAATGTTGTATTTTTA-T--T---------A-AAAT-G-CT-GA--T-GA-------AAATAAATCAGTTATTTATTGTGTAACTG-A-CT--CC-CT--ACAGA-AATATGTGGGGTTGATTGGATA-----AA----------------------GCCTCGCCTCCTATCTATCCAGCCGACCCCACATATATCCACAGGGGGTCAGTAACAAACC-AA--AACT--ATATACATGcgtcaatataaga
gi|5 : AAAATTA---TTATATCAAACAAAATATTCATAT-----T--TCTTTCTCCTCCGACAAA----TATCCTGCCTTTTCATTGGA-C-GAC--GGCGGTCACATGG---CCAT-T-ATTATTTTAC-AGAGG--GTCAGGTAGATTATAATGGAGGGCAAG-----CAAA------A--------------------------CAAAT-CA-TC-GTTA---------------A-----ACAGCATTTCTAACAATTA---A-----------AAAACGTATACT-TTACTC-C----ACAAAACTGAACATTTCAATAT---------GGTTCATTCCTT---TAAAAATA---CATATG---ACTTTTATGATGTTTTTTTTT-TC-AAA-AATCT-A---A----AAATCTTGAAACGGGCCCCACAATAAAAATGATTAATT-TACCACTATACTCAGTGCAGAT----TCCAA--------TAC--------------GA------------AACG-AA----ATAGTGCATTATTCTAGCGAC----GTT--TAC---ACCTG--TTGATTACT--TTAATGAGATGTATTATT------------TGTTTATGGA--------TCGGA--AA--GTGATATT---T------------A------A-ACAC------TTAAAACATTAA--A-ATTCCAAAGCAAGAA-A--TTGTG-TTTTACACAACTCCATTTGC-A-TATTAGAGTTCA--ATA--CTG--TT---ATCTGCATTAAA------CTTAATCAAAACACTCT--C-----AAAAATG--A----ATCAATGAA-------A-AACAGAAAC--A------A----T--A------GTTATCTAGAGAA-A-ATA----AAT-----TA-----ATCAAAG--ACA--TAAA---------A--AAA--CATACTTGAT---------------------ATTTAATGCCTATCT-----A-AT--A-TA---------T-----ACGTAA-----------AGTGGCATGTATAAAGTTG-TTTACTGATAAA-AA-ATTAAAACTGCCAGCTTCGAAA----------------ACGTTT-------CCTG-GCGACGTACGATG--TTAATATAAACCGTcaataatatatagacacatcttgtaatttatcaagtattatttcttatcagttccaaacaatgaacaaataaatggacacc
gi|6 : actatagttatcctaatttaaactg---T--TATTTTACCTCCAACAAG----TATCTTGCCTTTACATTGGA-T-AAG--AGCGGCGGAATGGTGATCCCCT-AATTATCTA
gi|6 : t-----------A---------CT-ATACCC-C----ACAGAACTACACATTTTAATATTATACCAGGGGTTCTCACCTTGAATAA---TA---CATATA---ACTA---T--TAATCGATTTA-T--TAATGTTAT-ATTTG----AAAACTGGATATTGGTATCACAATAA--------AACT-T------------------CAT----C------------TAC--------------AA------------AACT-AA----AAAGTGTCATATTCTTACGCCGTTGGTT-ATTTTAAATC-GACCTG-TTATG--TT---------------T------------TGTA----TA--------AATAA--ACACATGATACTGTCT------------G------ATACAC------TTTATA-TCTAA--C-ACTCAAAAGCGAGAATATTTTTTG-TTTT-TAAAA-TCCTTATGC-A-AATAAATCTTCA--ATA--CTT--TC---ATCCACTTCCAAAATATATTCAAACAAGATCCTCT--A-----AA---TAC-A----ATG-AAAGA-------A-AA--CCAGC--AAAATGTA----T--GA--T--GTTATCTGGATAATGCATATCT-AATAA---TA----TA--AA-GCATCAAGTAAAGTGACTGATA--AAA--ggtgtttactataccccacagaactacacattttaatattataccaggggttctcaccttgaataatacatataactattaatcgatttattaatgttatatttgaaaactggatattggtatcacaataaaacttcatctacaaaactaaaaagtgtcatattcttacgccgttggttattttaaatcgacctgttatgttttgtataaataaacacatgatactgtctgatacactttatatctaacactcaaaagcgagaatattttttgtttttaaaatccttatgcaaataaatcttcaatactttcatccacttccaaaatatattcaaacaagatcctctaaatacaatgaaagaaaaccagcaaaatgtatgatgttatctggataatgcatatctaataatataaagcatcaagtaaagtgactgataaaaagtttataccgcccgcttcgaaactgctagttggcatgcttcctggcggcacatggtgttgttataaaacgtttctcgttagcaaagacatacatgaggtccgatgttggtttgctataacgaaaaattgtgaatgaaataaatcacacgcccatatttatgcaaccgact
gi|6 : tttattttacctccaacaagtatcttgcctttacattggataagagcggcggaatggtgatcccctaattatctaggtgtttAT---------------------AT-----------CT-----A-AT--AATA---------T-----A----A-----------AGCATCAAGTAAAG---TG----ACTGATAAA-AA-GTTTATACCGCCCGCTTCGAAACTGCT--A--GTTGGCATGCTT-------CCTG-GCGGCACATGGTG--TTGTTATAAAACGTTTCTC-GT--T--AG-CAAA-GACATAC--------AT----GAGGTCCGATGTTGGTTTGCTA-TAAC-G-----AAA-AATT-G-TGA-A--T-G--------AAATAAATCAagtttataccgcccgcttcgaaactgctagttggcatgcttcctggcggcacatggtgttgttataaaacgtttctcgttagcaaagacatacatgaggtccgatgttggtttgctataacgaaaaattgtgaatgaaataaatcacacgcccatatttatgcaaccgact
gi|7 : tttattttacctccaacaagtatcttgcctttacattggataagagcggcggaatggtgatcccctaattatctaggtgtttactataccccacagaactacacattttaatattataccaggggttctcaccttgaataatacatataactattaatcgatttattaatgttatatttgaaaactggatattggtatcacaataaaacttcatctacaaaactaaaaagtgtcatattcttacgccgttggttattttaaatcgacctgttatgttttgtataaataaacacatgatactgtctgatacactttatatctaacactcaaaagcgagaatattttttgtttttaaaatccttatgcaaataaatcttcaatactttcatccacttccaaaatatattcaaacaagatcctctaaatacaatgaaagaaaaccagcaaaatgtatgatgttatctggataatgc------------AACA-AA----GTCATGCCATATCCTAGCGCC----GT--ATTT---GCC-G--TTGTTTACT--TT---------------T-------------ATT----AG--------CCTGT--A---ATG-TGTT---T-------------------A-AGAA------TCGTAA-AGTGA--T-ACTTAAAAACGTG-------TGTG-GTTG-TAAAC-TTCAGATGC-ATCTTAACA-TTCA--ATA--TTG--CC---ATCTATTT------TGAACTCAATCAAAGTCCTCC--A-----AA---TA--A----AAGAAAGCA-------ATAA--AAAGC--AGTTGCTA----T--G------GTTATCTAGGGAA-GCACA----AATA----------TATCAGTGCAGCA--TAAA-TGAA--ATA--AAAATCAAACTTGAT---------------------ATTTAA-------CT-----C-AT--A-TC---------T-----A----A-----------A---TC-TGGACCATACCG-ATTACTGACAAA-AA-AATAAAACCGCCCCCTTTGAAACTGAA--T--GTTAACATGCTT-------CCTG-GCGAC-TGCTGGGTTTTAATATAAAACGTTACTC-A---T-----AAAA-TATCTAGTATACTAAAT----AAGAT-CGAAGTGATA-TTCTA-T--T-A-----TAA-AAAA-G-TTAT----------------------------TTTGGATGGTTAACG-AGC---CC-CT--A-GAATAATATGTGGAGTCGATTATATA-----AATACGGGAA--CTCGTCTA--ACGCC-CGCCCCCTGTTTATCCATCCcacgcccatatttatgcaaccgact
gi|8 : tatttatcatttcatacaggacaggttcaaataagc-AA--AACGC--A-----TG----T--GTGAT--GTTATTTAGAGAA-ACATG----AATA----------TATCAATGCAACA--TAAA-TGAG--ATA--AAAAACATACTTGATATTTATTGCATATACCAGTATAT-----------CTTACATGTAT--A-TA---------T-----A----G-----------AGTGTCGGGTAAAAAGTTG-TTTACAGATAAA-AATATCAAATTGACCCGTTTCGAAACTGCT--TATGTTTACATGCTT-------CCTA-GCA-------GTG--TTATCATAAAACATTTTTTTG---TTAAA-AAAATGACTTGCT---CTAAATTAATGAGATCTGATATTGTATTT--A-T--T-A-----AAA-AAA--G-TTACA--T-GTATCGATGAAATAAATCAATTATTTGGTTTGTTACTG-ACC---CC-CT--ATGTT-AATATGTGGAG-----------------------------TTGGCTC--ATGCCTCGCCCCCAGTTTATCCAACCAACCCCACATATTTCCATACGGGGTCAGTAACAATTC-AAATAACT--A-ATA-ATGTT
gi|9 : gaattaacATTATTAT-A---T---AGTTCACCTCCAGTAAG----TGACCTGTATTTTCTTTGGA-T-GAG--AGCG-----------ACCA-----------TAT-AGTGG--AT--G-T-----------GAGGACAGG-----CAAA------A--------------------------CAAAA-TT-TT-GTTT---------------C-----AC--------------------A-----------A---------GT-----TC-C----ACAAAAGTGAACATTTCAATAT---------GGGTCACTTCTC---TGA---TAATGCGTATG---ACTA---T--TATTCCATT--------------T-ATTTA----TAAA-TGGAAACTGGCCTCACAATAA--------A--T-T------------------GAC----C------------Tgtattttatagccttgactattctgaatgtcaacttgtcatgtacttacgttatcctcaacagccaatatatggacaaaatatttaaaaaacac
gi|9 : ------------TAC--------------GT------------AACG-AA----ATAGTGCAGTATTGTGGACTT----GTT--TTT---ACC-A--TTGTTCATT--TTATTGAGATATAATATT------------TGTTTAT-GAATCAAAATCAGAA--A---GTGATACT---T------------A------A-TAAC------TT--AA-GTTAA--C-ATTCAATAGCACGAA-A--ATGTG-TTTT-TAAAA-TTCAGATTA-A-CATAGGACTTCA--A------G---CAAAATCCTCT--AATAATGAATCC-----------------------A---TA--A----A---ATGTA-------G-CA--G------A-----TA----T--GA--T--GTTATCTGGAGAC-A-ATT----A--AA---TA----TATCACTGCAACA--TAAA-TGAC--CTAGGATA--CATATATGAT---------------------GT-----------gttaaccactttactccgtgcaggttccagtacgtaacgaaatagtgcagtattgtggacttgtttttaccattgttcattttattgagatataatatttgtttatgaatcaaaatcagaaagtgatacttaataacttaagttaacattcaatagcacgaaaatgtgtttttaaaattcagattaacataggacttcaagcaaaatcctctaataatgaatccataaaatgtagcagatatgatgttatctggagacaattaaatatatcactgcaacataaatgacctaggatacatatatgatgt
blockSeqs : A T GCC CAAACAA G AATG . AAAA ATA CA CAC G G TT T AA G TG CAAAA ATGTCGTTATACAGCATTTTGGAACATCGAAATGATCGTATATAATTATC GCAAAA TATACCAGG GC GAA AAA AGTCG CTT C GA TATTCAACT A ACTT G A AAATGATTAATTTACCACTATACTCAGTGCAGATTCCAATACGA T CTGT CGTTGGTTA TAA T AC C GA ATTGAGATATAATATTTGTTTATGAATCAAAATCAGAAAGTGATACTTAATAACTTAAGTTAAC G A T T TT A A C T T C GC GG AGTC CAAAAA A A GACGTTAA AAA TA AATGAATCAATAAAAAGCAGCAGATTGTGTTAT C T C AATATAGCTT C AG G TG GG AGT ATTTATTGCATATACCAGTATATCTTACATGTATATATAG G A A C C T C AAT ACATGCT C A G T TT T T CAT TA C AT ATA TAAT T . AA GCTCAT T TCG CATGTATCGATGA T C CATG A TG C T C C TATCAAATAGATGG TG C A AG T C
blockSeqs : . G . . T A . . T . GCC . T TT T . . TC . TTGAAATGTCGTTAAACAGCATTTTTGACTATTGAAAAAATCGTATACT C . CC . . ATGCG . C . TGTTAAAGT . . G C AATTGTTATCCGCTTAACTTCGTGCAAGTTCCGATATGT . . TGTTCG C . . T . AATGAGATGTATTATTTGTTTATGGATCGGAAAGTGATATTTAAACACTTAAAACATTAAA A A T . . . . . . . C . . CAAA CAAAAA A G C . C CAGAATCAATGAAAAAGCAGCTGATATGAT C . C TCTAATAATA T . . . . AAT ATTTAATGCATATCTACAAGTATTATATTAT T A A . . . G AAT . . A G G . A . T . . A . . C . . TG . AGC TCGTTGA T . TC . . C . C G TATAGGGGGA . C . . . .
blockSeqs : A . . G T . . T . AAT . T T A . . TC . ACAAATCATCGTTAAACAGCATTTCTAACAATTAAAAAACGTATACT A . AA . . CG . C . TATTCAAAT . . A C ATTTGATATGTCTACCATTTAACTCTGCCAA . . CGTTT C . . C . CTATTGACCTGTTATATTTCTGTTTCTCTCAGAAAATGATTCTTAGAAAAGTC G G G . . . . . . . C . . CC CAAAAA G T T . . ATGAAAGAAAACCAGCAAAATGTATGAT A . A CCGTAAATA C . . . . AAA ATTTAATGCCTATCTAATATATACGTAA C T A . . . T TAT . . A A T . T . . . . A . . T . . G . TG AATTGA T . CT . . A . C A AAAGGGGGAA . G . . . .
blockSeqs : C A . . T . CAG . A G T . . CT . ACAAAATGTCGTTATGCAGCATTTTCGAATATTAAATT C . AC . . GG . C . TTTCAAAAA . . G T AAGTTAATCTACAA . . CGTT . . . C . TACTGAACAGTTATATTTCTTTTTGACTCAGAAAACAATACTTAGAAAAGTT G T A . . . . . . . A . . TC CCAAAA G T A . . AAGAAAGCAATAAAAAGCAGTTGCTATG A . C TATGATGC G . . . . A ATTTAATGCATATCAAATAAGTAG T T A . . . T T . . A G T . T . . . . T . . C . . A . TG GATGAA G . GC . . C . A G AATACGGGAA . C . . . .
blockSeqs : A . . . T . CCC . C T A . . CA . ACAAAATGCTGTTATGTTCGACTATAAAGCTT C . TC . . CA . C . TATTAATGT . . T C AACTTCATCTACAA . . TGTT . . . T . TAGCAGTAATATTTGTTTTTGAATCAGAAAGTGATACTTAAATATTAGC A G A . . . . . . . C . . TC AATAA A A C . . AGGGGTAAAAAAAGCAGTAGACCTGTT A . T AATTA C . . . . A ATTTAACTCATATCTAA A A T . . . A G . . A G G . A . . . . A . . C . . G . TG TATTG T . CC . . A . A T AATAGGGAG . C . . . .
blockSeqs : . . . . T . GAT . T T T . . GC . TCTTTCACAGCATTGTCAATTTTTAAA C . AC . . CA . T . TGT . . T . . . CGTT . . . A . TTGTATAAATAAACACATGATACTGTCTGATACACTTTATATCTAAC A G G . . . . . . . G . . TA TAAA G C C . . ATTCAATGAAGAGAAACATATGCT A . C AAATA C . . . . A ATCTAATAATATAA T C A . . . C T . . G A G . T . . . . A . . C . . A . TG GATGA T . C . . C . C G AACGGTGGA . C . . . .
blockSeqs : . . T . CCC . T A T . . TA . ACAAAATTTTGTTTCACAAGT C . TT . . C . . . GAT . . . . . . CGTA . . . T . CATTGACCTGTAATATTTGTTTATGAATAAAAAAAGTCATAC C A G . . . . . . . C . . TC AAA T T C . . ATCAATGAAAAACAGAAACAATA A . C GATT C . . . . A CTGATATATAC G A . . . . C A . . A . T . A . . . . . . . . . . A . AG AATGC A . C . . T . T A AA . C . . . .
blockSeqs : . . T . TCC . T T A . . TC . CCAAAATACCATTAAAC C . . . . . . . . . . . . . TGTT . . . T . TATTAGCCTGTAATGTGTTTAAGAATCGTAAAGTGAT A G A . . . . . . . C . . TT . A T A . . GAGAAGCAGCATATACGAT A . C AACA C . . . . . ATATATAG . . . . . . C T . . . . . . T . . . . . . G ATGA T . C . . . . C . . . .
blockSeqs : . . C . CCG . C C T . . TA . . . . . . . . . AAA . . . . . TTATTGACATTGTATTGATATGTTTGTT A . . . . . . . . . . . . TC . T . A . . AATGTAGCAGATATGAT A . C AATA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . .
blockSeqs : . T . CCC . T T . . . . . . AAA . . . . . TTATTGACCTGTCATCACAGAATTTGCT A . . . . . . . . . . . . CC . . . . . . ACAATGA A . . AATA . . . .
blockSeqs : . T . AT . A . . . . . . . .
blockSeqs : . . A . .
blockSeqCons : A**** ** AATA************** TG** C**** AATAGGGGG********
originalCons : NACAGTGTATATATAATTCACAAANTTG---ATATAT-------AATATTGTTAT-A---T--TATTTCACCTCCAACAAG----TATCCTGCCTTTTCATTGGA-T-GAG--AGCGGTCACATGGTGACCNCCT-ATTTTTCTAT-AGTGG--GTCAG-TAGATTTTCATGGAGGGCAGG-----CAAA------A--------------------------CAAAA-TG-TC-GTTA---------------T-----AC---------------TA---A-----------A---------CT-ATACTC-C----ACAAAACTGAAAATTTCAATAT---------GGTTCACNCCTT---TGA---TA---CGTATG---ACTACTAT--TATTCCATTTA-T--AAA-GTTCT-ATTTA----AAAACTGGAAACGGGCCTCACAATAA--------AATT-T------------------GAT----C------------TAC--------------AA------------AACG-AA----ATAGTGCCATATTCTAGCGCC----GTT-ATTT---ACC-G--TTGCTTATT--TT---------------T------------TGTT----GA--------CNTGA--A---GTGATACT---T------------G------A-ANAC------TNGAAA-ANTNA--C-ATTCGAAAGCGAGAA-A--TTGTG-TTTT-TAAAA-TCCAGATGC-A-CATAAGACTTCA--ATA--CTG--TC---ATCCGCTTCAAAAATGAATTCAAGCAAAANCCTCT--C-----AA---TA--A----AT--ANGNA-------A-AA--GAAGC--A-----TA----T--GN--T--GTTATCTAGAGAA-ACATA----AATAA---TA----TATCAATGCAACA--TAAA-TGAC--ATA--AAA--CATACTTGAT---------------------AT-----------CT-----G-AT--A-TA---------T-----A----G-----------AGTGTCANGTAAAAAGTTG-TTTACTGATAAA-AA-ATTAAAACCGCCCGCTTCGAAACTGCT--T--GTTTACATGCTT-------CCTA-GCGACGCACTGTG--TTATTATAAAACGTTACTC-G---T--AA-AAAA-GACCTACT---CTAAAT----GAGGTCCGATGTTGTATTTTTA-T--T-G-----AAA-AAAT-G-TTANA--T-G--------AAATAAATCAGTTATTTGGTTTGTTACTG-A-C---CC-CT--ACGGA-AATATGTGGGGTCGGTTGGATA-----AATA-GGGGG--CTCGGCTC--ACGCCTCGCCCCCTATTTATCCAACCGACCCCACATATTTCCGTAGGGGGTCAGTAACAAACC-AAATAACT--A-ATA-ATGTT
finalCons : NACAGTGTATATATAATTCACAAANTTG---ATATAT-------AATATTGTTATA----T--TATTTCACCTCCAACAAG----TATCCTGCCTTTTCATTGGA-T-GAG--AGCGGTCACATGGTGACCNCCT-ATTTTTCTAT-AGTGG--GTCAG-TAGATTTTCATGGAGGGCAGG-----CAAA------A--------------------------CAAAA-TG-TC-GTTA---------------T-----AC---------------TA---A-----------A---------CT-ATACTC-C----ACAAAACTGAAAATTTCAATAT---------GGTTCACNCCTT---TGA---TA---CGTATG---ACTACTAT--TATTCCATTTA-T--AAA-GTTCT-ATTTA----AAAACTGGAAACGGGCCTCACAATAA--------AATT-T------------------GAT----C------------TAC--------------AA------------AACG-AA----ATAGTGCCATATTCTAGCGCC----GTT-ATTT---ACC-G--TTGCTTATT--TT---------------T------------TGTT----GA--------CNTGA--A---GTGATACT---T------------G------A-ANAC------TNGAAA-ANTNA--C-ATTCGAAAGCGAGAA-A--TTGTG-TTTT-TAAAA-TCCAGATGC-A-CATAAGACTTCA--ATA--CTG--TC---ATCCGCTTCAAAAATGAATTCAAGCAAAANCCTCT--C-----AA---TA--A----AT--ANGNA-------A-AA--GAAGC--A-----TA----T--GN--T--GTTATCTAGAGAA-ACATAAATA--------------TATCAATGCAACA--TAAA-TGAC--ATA--AAA--CATACTTGAT---------------------AT-----------CT-----G-AT--A-TA---------T-----A----G-----------AGTGTCANGTAAAAAGTTG-TTTACTGATAAA-AA-ATTAAAACCGCCCGCTTCGAAACTGCT--T--GTTTACATGCTT-------CCTA-GCGACGCACTGTG--TTATTATAAAACGTTACTC-G---T--AA-AAAA-GACCTACT---CTAAAT----GAGGTCCGATGTTGTATTTTTA-T--T-G-----AAA-AAATG--TTANA--T-G--------AAATAAATCAGTTATTTGGTTTGTTACTG-AC----CC-CT--ACGGA-AATATGTGGGGTCGGTTGGATAAATAGGGGG--------CTCGGCTC--ACGCCTCGCCCCCTATTTATCCAACCGACCCCACATATTTCCGTAGGGGGTCAGTAACAAACC-AAATAACT--A-ATA-ATGTT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): AATCCTCATACCAATAGAATGGAACAATGAAAAACAATAGTTATAATGTCAAATAGAGAAATAGACATATCAATGAAATATAATAAACCTAAAAACATACTAAATATTTAATTTACATCTGCATGTTTTAT
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111 3333333 11111 11111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111 111111111 11111 444444444444 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 22222 111 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 11111 222222 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 111111 111 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 11111 1111111 111 1111111 1111 2222222222222222 11111 11111111111111111
lowQualScore : 7 1 777 2222222 6 88888 55 7777 333 44 555 3 1 77 2 55 3 33 00000 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 0 000000 0 777777777 55 777 777 55555 777 6 55 888888888888 4 8888 4 4 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 3 7777 0 1 33333 333 3 55 4 55 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 1 5 4 77777 11111 666 3 3 4 3 3 3 8888888 44 44 555 555555 0 0 4 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 1 1 1 44 88888 999999 000000 1 55 2 55 888 0 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 5 2 2 4 4 4 1 77777 3333333 4 2 4 3 55 1 5 333 66 5 55 888 9999 3 3 55 8888888 4 0000 4444444444444444 3 4 55555 4 66 2 4 1 1 99999999999999999 55 2 0 5 0 66 5 5
lowQualScore : . . ... ....... . ..... .. .... ... .. ... . . .. . .. . .. ..... ..................................................................................................................... . ...... . ......... .. ... ... ..... ... . .. ............ . .... . . ................................................................................... . .... . . ..... ... . .. . .. .............................................................................................................. . . . ..... ..... ... . . . . . . ....... .. .. ... ...... . . . ......................................................................... . . . .. ..... ...... ...... . .. . .. ... . .................................................................................. . . . . . . . ..... ....... . . . . .. . . ... .. . .. ... .... . . .. ....... . .... ................ . . ..... . .. . . . . ................. .. . . . . .. . .
lowQualScore : 3 0 555 5555555 6 66666 55 1111 222 22 888 1 0 22 5 00 6 33 00000 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 7 000000 7 888888888 44 888 888 88888 888 6 55 444444444444 0 5555 5 5 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 6 7777 4 2 99999 666 6 00 9 00 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 0 7 3 77777 33333 444 6 6 3 6 6 6 9999999 66 66 666 666666 2 4 5 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 8 2 0 66 33333 666666 555555 2 00 5 55 888 7 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 3 1 0 4 4 4 9 33333 0000000 0 3 8 0 55 2 0 888 99 0 44 888 4444 7 6 55 8888888 0 5555 2222222222222222 3 4 66666 4 11 9 4 6 9 00000000000000000 55 5 1 0 1 99 0 0
consensus : NACAGTGTATATATAATTCACAAANTTG---ATATAT-------AATATTGTTAT-A---T--TATTTCACCTCCAACAAG----TATCCTGCCTTTTCATTGGA-T-GAG--AGCGGTCACATGGTGACCNCCT-ATTTTTCTAT-AGTGG--GTCAG-TAGATTTTCATGGAGGGCAGG-----CAAA------A--------------------------CAAAA-TG-TC-GTTA---------------T-----AC---------------TA---A-----------A---------CT-ATACTC-C----ACAAAACTGAAAATTTCAATAT---------GGTTCACNCCTT---TGA---TA---CGTATG---ACTACTAT--TATTCCATTTA-T--AAA-GTTCT-ATTTA----AAAACTGGAAACGGGCCTCACAATAA--------AATT-T------------------GAT----C------------TAC--------------AA------------AACG-AA----ATAGTGCCATATTCTAGCGCCGTT----ATTT---ACC-G--TTGCTTATT--TT---------------T------------TATT----GA--CCTGA--A---GTGATATT---T------------G------A-ANAC------TNGAAA-ANTNA--C-ATTCGAAAGCGAGA---A-ATTGT--G-TTT---T-TAAAA-TCCAGAT-GC-A-CATAA----GACTTCA--ATA--CTG--TCATCCGCTTCAAAAATGAATTCAAGCAAAANCCTCT--C-----AA---TA--A----AT--ACGNA-------A-AA--GAAGC--A-----TA----T--GN--T--GTTATCTAGAGAAACAT--A-----AA------TATA------TCAATGCAA--CATAAATGACATA--AAA--CATACTTGAT---------------------AT-----------CT-----G-AT--ATA---------T-----A----G-----------AGTGTCANGTAAAAAGTTG-TTTACTGATAAA-AA-ATTAAAACCGCCCGCTTCGAAACTGCT--T--GTTTACATGCTT-------CCTA-GCGACGCACTGTG--TTATTATAAAACGTTACTC-G---T--AA-AAAA-GACCTACT---CTAAAT----GAGGTCCGATGTTGTATTTTTA-T--T-G-----AAA-AAAT-G-TTANA--T-G--------AAATAAATCAGTTATTTGGTTTGTTACTG-A-C---CC-CT--ACGGA-AATATGTGGGGTCGGTTGGATA-----AATA-GGGGG--CTCGGCTC--ACGCCTCGCCCCCTATTTATCCAACCGACCCCACATATTTCCGTAGGGGGTCAGTAACAAACC-AAATAACT--A-ATA-ATGTT
Reference ( family-427 ) : NACAGTGTATATATAATTCACAAANTTG---ATATAT-------AATATTGTTAT-A---T--TATTTCACCTCCAACAAG----TATCCTGCCTTTTCATTGGA-T-GAG--AGCGGTCACATGGTGACCNCCT-ATTTTTCTAT-AGTGG--GTCAG-TAGATTTTCATGGAGGGCAGG-----CAAA------A--------------------------CAAAA-TG-TC-GTTA---------------T-----AC---------------TA---A-----------A---------CT-ATACTC-C----ACAAAACTGAAAATTTCAATAT---------GGTTCACNCCTT---TGA---TA---CGTATG---ACTACTAT--TATTCCATTTA-T--AAA-GTTCT-ATTTA----AAAACTGGAAACGGGCCTCACAATAA--------AATT-T------------------GAT----C------------TAC--------------AA------------AACG-AA----ATAGTGCCATATTCTAGCGCCGTT----ATTT---ACC-G--TTGCTTATT--TT---------------T------------TGTT----GA--CNTGA--A---GTGATACT---T------------G------A-ANAC------TNGAAA-ANTNA--C-ATTCGAAAGCGAGA---A-ATTGT--G-TTT---T-TAAAA-TCCAGAT-GC-A-CATAA----GACTTCA--ATA--CTG--TCATCCGCTTCAAAAATGAATTCAAGCAAAANCCTCT--C-----AA---TA--A----AT--ANGNA-------A-AA--GAAGC--A-----TA----T--GN--T--GTTATCTAGAGAAACAT--A-----AA------TATA------TCAATGCAA--CATAAATGACATA--AAA--CATACTTGAT---------------------AT-----------CT-----G-AT--ATA---------T-----A----G-----------AGTGTCANGTAAAAAGTTG-TTTACTGATAAA-AA-ATTAAAACCGCCCGCTTCGAAACTGCT--T--GTTTACATGCTT-------CCTA-GCGACGCACTGTG--TTATTATAAAACGTTACTC-G---T--AA-AAAA-GACCTACT---CTAAAT----GAGGTCCGATGTTGTATTTTTA-T--T-G-----AAA-AAAT-G-TTANA--T-G--------AAATAAATCAGTTATTTGGTTTGTTACTG-A-C---CC-CT--ACGGA-AATATGTGGGGTCGGTTGGATA-----AATA-GGGGG--CTCGGCTC--ACGCCTCGCCCCCTATTTATCCAACCGACCCCACATATTTCCGTAGGGGGTCAGTAACAAACC-AAATAACT--A-ATA-ATGTT
gi|1 : ACAGTGTATATATAATTCACAAACTTG---ATATAT-------AATATTGTTATGA---TGGTATTTCACCTCCAACAAA----TAAACTGCCTTTTCATTGGA-C-GAG--AGCTGTCACATGGTGGCCACCT-ATGTTTCTAT-AGTGT--GCCAG-CAGATATACATGGAGAGCAAA-----CAAA------A--------------------------CAAAA-TG-TT-ATAA---------------T-----AC---------------TA---A-----------A---------CT-ATATTC-C----ACAAAAATGAAAATTTCAAT------------GTTCACAACAT---TGG---TA---CGTATG---ACTCCTAT--TAGTCCATTTA-T--AAAAGTTCT-ATATA----AAAACTGGATATGGGCCTTACAATAA--------AAGT-T------------------GAT----C------------TAC--------------AA------------AACG-AA----ATAGTGCTATATTCTAGTG--GTT----ATTT---ATA-G--TTACTTATT--TT---------------T------------TGTT----GA--TATGA--A---GTGATACT---T------------A------A-AAAC------TAAAAA-ATTTA--C-AGTCAAAAGCGAGA---T-ATCGT--G-TTT---T-TAAAA-TCAAGAT-GC-G-GATGA----GACTTCA--ATA--CTG--TTATCCGCTTCAATAATAAATTTAAGCACAACCCTCT--C-----AA---TA--A----ATTCATCTA-------A-AA--GAAGC--A-----TA----T--GC--T--GTTATCTAGGTTAATAT--A-----AATAGATCTATA------CCAATGTAA--CATAAATGACA-A--AAA--CATAATTA-----------------------AT-----------CT-----G-AT--ATA---------T-----A----G-----------AGTATCAGGTAAAAAGTTG-TTTACTGGT-AA-AA-ATTAAACCCGCCGATTTCGAAACTGAT--G--GTTTACCTGCTT-------CCTA-GCGACACACTGTG--TTATTAT-AAACGGTACTC-G---T--AA-AAGA-GACCTACT---CTTAAT----TAGGTTCAATGTTTTATTTTTATT--T-G-----AAA-AAAT-GCTTATA--T-G--------CAATAAAACAGTTATTTGGGTTGTTACTG-A-C---CC-CC--ACGGA-CATATGTGGGGTAGGTTGGATA-----AACA-GTGGA--CACGGCTC--ATGCATCGCCCCATATTTATTTAATCGAACCGA-ATATTTCCGTAATGGGTCAGTATCAAACC-AAATAACT--A-ATA-ATGTT
gi|10 : t-T-GAG--ACCGGTCACATGTTCACCCACT-ATTTGTCTATTATTGAAAGTCAG-TATATTTTGATGGAGGATGGG-----GAAA------A--------------------------TAAAA-TA-AT-GTTA---------------T-----
gi|10 : gtACTAT--GATTTCATTTA-TT-CAA-CTCCT-ATTTA----AAA-CTGAAAAC---------AATAA--------AATTGT------------------TAT----CCGCTTAACTTCGTGC--------------AAGTTCCGATATGTAACG-AA----ATGATGCCATTCTCTACTGCAA------ATTTC--ATC-G--TTGCTT-TT--TT---------------C------------TATT----GA--CCTG--------TTATATT---TCTGTTTCTCTCAG------A-AAATGATTCTTAGAAA-AGT----C-ATGCGAAAACTAGA---A-ATTGT--GATTT---T-TAAAA-TCCACAT-CC-A-CACAA----AACTGCA--GTA--TTG--CCGCCCGTTT---AAATTAAtcatcattttcgactattaaaagaactatgatttcatttattcaactcctatttaaaactgaaaacaataaaattgttatccgcttaacttcgtgcaagttccgatatgtaacgaaatgatgccattctctactgcaaatttcatcgttgcttttttctattgacctgttatatttctgtttctctcagaaaatgattcttagaaaagtcatgcgaaaactagaaattgtgatttttaaaatccacatccacacaaaactgcagtattgccgcccgtttaaattaa
gi|11 : gttgagaccggtcacatgttcacccactatttgtctattattgaaagtcagtatattttgatggaggatggggaaaataaaataatgttattcatcattttcgactattaaaagaA--ATA--CTG--TCATCCGCTTCAAAAATGAATTTAAACAAAAACGTCT--C-----AA---TA--A----AC--A-------------------------------A----T--GA------------AGAGCAGCA---------GA------TATG---------ATGCTATCCAGAAA--ACGTA--AA-----TA-TTGAT---------------------AT------------------------ATA---------T-----A----G-----------TGTGTCA--------GTTG-TTTACTGACACA-AG-ATGAAAACCGTCCTGTTCGAAACTGCT--T--CTTTATATGTTT-------CCTA-GCAACGCACTGTG--TCATCATAAAATGTTACTC-G---T--AACAAAA-AACCTACT---CTAAAT----GAGGTTCAATGTTGTATTTTTG-T--T-------AAA-CAAT-G-TTATCGTT-G--------AAATTAATTAGTTATTTGGTTTGT
gi|12 : CAGTGAGTATATA-CCCACATATATGGCCATGAAT-------AAT-TTGTT------------TTTCCCCTCCAGCAAG----TATCTTGCCTTTTCATTGGA-T-GAG--AGCGAACACATGGTGACCGCCT-ATTTT-CTATTAG-GG--GTCAG-TAGATTTTCATGAAGGGTAAGCAAAACAAA------ATGTCGTTATACAGCATTTTGGAACATCGAAA-TGATC-GT-A---------------T-----A----------------TA---ATT---------A---------TC-ATACTC------ACAAAATTAAAAATTTCAATAT---------GGTTCACGCCTA---GGA---TA---C--AAC---ATTACTAT--TATTTCATT--------------T-ATTTA----AAAACTGGATATGGAACTC
gi|13 : AC--------------AA------------AA---AA----ATAATCTCATCTTTCAGATCTGTTC---GCCT-----C-A--TTGTTTATT--TT---------------C-------------ATT----GA--CCTG--------TAATATT---T------------GTTTATGA-ATA--------AAAAA-AGTCATAC-ACTTAAAA-----------ATTCA--C-CTT---T-AAAAA-TACAAAT-ATTA-CATA-----GACTTCAGCATAGGCCGAGTCAACTGTTT------TGATTTTAAACAAAAGTCTTTGACGTTAAAA---TG--A----AG--GGGTA-------A-AA--AAAGC--AG----TAGACCT--GT--T--GTTATATTCAGCAACAT--A-----GA------TTTA------TTAATGCAA--CATAAAT
gi|14 : ttccatacATT-TTAT-A---T--TATTTCGCCCCCAACAAG----TAT---GCCTTTTCATTGGA-T-GAC--AGCGGTCACATGGTGACCAATT-ATTTTTCTAT-AGTGG--GACAG-TAGATTTTCATAGAGAGCAGG-----CAAA------T--------------------------TGAAA-TG-TC-GTTAAACAGCATTTTTGACT-----AT---------------TG---AAAAAATCGTATA---------CT-ATACTC-C----ACAAAATTGAAAATTTCAAATT---------GGTTCACCCCTT---TGA---TA------ATGCTTACAACTAT--TCTTCCATTT---------GTTCTAATTTAACTTAAAATTGTAAAC
gi|15 : agaAAACTGCTAAT--GCTTACATGCTTACATGCTTCTACGCGATGCACGGTA--TCAATAGCAAATGTTATTC-G---T--AA-AAA--TACGTACT---CTAAAT----GAGGTCTGATGTTGTAGTTTTA-t
gi|15 : catttgttctaatttaacttaaaattgtTC--ACTCATCACTCCCTATTCATCGAACCGACCACACATATTTCCGTAGGGGATCAGTAAC-AACC-AAATAACT--T-ACA-ATATcattttgccgatgaatcactcatcactccctattcatcgaaccgaccacacatatttccgtaggggatcagtaacaaccaaataacttacaatataacgatgttcccaataa
gi|15 : catttgttctaatttaacttaaaattgtaaactgctaatgcttacatgcttacatgcttctacgcgatgcacggtatcaatagcaaatgttattcgtaaaaatacgtactctaaatgaggtctgatgttgtagttttacattttgccgatgaaTTA-T--T-G-----GGA-ACATCG-TTATA--TTG-----------TAA----GTTATTTGG-TTGTTACTG-ATC---CC-CT--ACGGA-AATATGTGTGGTCGGTTCGATG-----AATA-GGGAG--aacgatgttcccaataa
gi|16 : catttgttctaatttaacttaaaattgtaaactgctaatgcttacatgcttacatgcttctacgcgatgcacggtatcaatagcaaatgttattcgtaaaaatacgtactctaaatgaggtctgatgttgtagttttacattttgccgatgaatcactcatca------------AACG-AA----ATAATGCCATTTTCTAGTGCAA------ATTTC--ATC-G--TTGCTTATT--TC---------------T---------------------A--C-TGAACA---GTTATATT---TCTTTTTGACTCAG------A-AAACAATACTTAGAAA-AGTT-----ATGCGAAAACTAGA---A-AATTT--G-ATT---T-TAAAA-TCCAGAT-CT-A-CACAA----AACTGTG--CTA--TTA--TCATCCGTTTTGAA
gi|17 : acaataaaataggcatccgctttacttcgtgcaaattccaatatgtAAAT----GAAA--CAATATCATTTTTTTT-T--T-GCTCATGAA-AGGT-G-GTCGA--T-G--------AAATAAATCAGTTATTTGGTCTGTTACTG-A-C---CCACT--ACAGA-AAAATGGGGGGTCTGTGGAATT-----TATA-GGGGGA-CTCGGCTT--ACGCCTCGCCCTCTATATATTCCACAGACCCCttaa
gi|18 : ACCTCCAACTAG----CATTCTGTCAATAAATTAGA-T-TTT--AATGGTCACAACGTGATCCAGT-ATTTATTTAG-GGATG--GTCAG-TAGCTTTCTATATAGGACAGG-----CATGTCTTTCA--------------------------CAGCATTG-TCAATTT---------------T----------------------TA---A-----------A------------AGATTCGCAAAAAAAAAAAAAAAAATAATAATAT---------GGTTGAC-------------------CGT-------TTACTAT--TATTCCATTcagtattaaagtggtgggtgggggtggagtcattttaaaaatatagttattttaattatca
gi|19 : ATAAATGAG--ATTTTGTATTTTATTT-A-CATGCA-TTTGAAGGA-AAT---TGG---CGGTGAAATATATCAAATA-GATGG--TTTGTTTCTGAC-CCTCACTC------TATCCAACTGACCC-ACATATTTCGGGAGGGGGTATGTTACAAACCAAAATA--T--A-ATA-ATGTaa
gi|2 : aaatgttgtttactgACAGTGTATATATAATTCACAAAGTTG---ATATGT-------AAAATTTTTAT-AATGT--TATTTCACTTCCAACAAA----TATCCTGCATTTTCATTAGAATAGAGCAAGCGGTCACTTGGTGACCCCCT-ATTTCTCAAT-AGTGA--GTCAG-CAGATTTCAATGTA-GGCTGG-----CAAA------A--------------------------CAAAA-TG-TC-GTTA---------------T-----GCAGCATTTTCGAATATTA---A-----------A---------TT-ATACTC-A----ACAAAACTGAAAATGTCAGTAA---------TGTTCACAACAT---TGA---TG---GGTATG---ACAACTAT--TATTCCATTGA-T-------------CTTA----AAAAC
gi|2 : T-T------------------GAT----C------------TTA--------------AA------------AACA-AA----AAAGTACCTAATTCTAATGCCGTT----TTTC---ACC-A--TT--TTATTGACA---------------T------------TATT----GA--CAT---------TG-TA-T---T------------G------ATATGT------TTG------TT------TTTGAAA-C-AGA---A-ATTGT--G-TTT---T-TAAAA-TTCAGAT-GC-A-GATAA----TAATTTA--ATA--CTG--TAATCCGCTTCAAAAATGAATTGAAGCAAACTCCTCT--T-----AA---TATAA----ATTCAATGA-------A-GA--GAAAC--A-----TA----T--GC--T--GTTATAAAGGGAAAAAT--A-----AA------TATAGCTTTACCGATGTAA--CATAAATGACATA--AAA--TATACTTAAT----------------------------------CT-----G-AT--ATA---------T-----A----C-----------AGTATCAGGTTAACAGTTG-TTTAGTTGTAAA-AA-ATTAAACCCGCCGGCTTCGAAAGTGCT--G--GTTTACCTGCTT-------CCTA-GAGACATACTGTG--TTATTATAAA-CGGTACTC-G---T--AA-AAGA-GACCTACT---CTAAAT----AAGGTTCAATGTTTTATTTTTA-T--TTG-----AAA-AAAA-GCTTAAA--T-G--------CAATAAATCAGTTATTTGGGTTGTTACTG-A-C---CC-CC--ACGGA-AAAATGTGGGGTAGGTTGGATA-----AACG-GTGGA--CTCGGCTC--ACGCTTCGCCCCATAGTTATTCAATCAAACCGACATATTTCCGTATGAGCTGAGTAACAAACC-AAAAAACT--A-ATA-ATGTTaaaaaagtacctaattctaatgccgtttttcaccattttattgacattattgacattgtattgatatgtttgtttttgaaacagaaattgtgtttttaaaattcagatgcagataataatttaatactgtaatccgcttcaaaaatgaattgaagcaaactcctcttaatataaattcaatgaagagaaacatatgctgttataaagggaaaaataaatatagctttaccgatgtaacataaatgacataaaatatacttaatctgatatatacagtatcaggttaacagttgtttagttgtaaaaaattaaacccgccggcttcgaaagtgctggtttacctgcttcctagagacatactgtgttattataaacggtactcgtaaaagagacctactctaaataaggttcaatgttttatttttatttgaaaaaaagcttaaatgcaataaatcagttatttgggttgttactgacccccacggaaaaatgtggggtaggttggataaacggtggactcggctcacgcttcgccccatagttattcaatcaaaccgacatatttccgtatgagctgagtaacaaaccaaaaaactaataatgttt
gi|20 : acagtgtatatataattcacaaagttgatatgtaaaatttttataatgttatttcacttccaacaaatatcctgcattttcattagaatagagcaagcggtcacttggtgaccccctatttctcaatagtgagtcagcagatttcaatgtaggctggcaaaacaaaatgtcgttatgcagcattttcgaatattaaattatactcaacaaaactgaaaatgtcagtaatgttcacaacattgatgggtatgacaactattattcca--TATTTTAATTTCACAAAG----CATCCAGTGTTTTCATGAGT-T-GAG--AACCGTTACATGGTGACTGATT-ATTTTTCTA--AAAGG--GTCAG-TGGATTTGCATGGAGGCCGGG-----TAAA------C--------------------------CAAAA-TA-CC--------------------------AT---------------TA---A-----------A---------C--ATA-TC-C----AGACTACTAAAAt
gi|22 : atggcagtgtcttgATATGTTGGACAGGTTTGATA-----AA-A-GGGGGAACTCGGCTC--ATGCCCTGCCACCTATTTATTTAACCG--------TA-----GTATGGGGTCAGGAACAAACC----TTACTAGA-ATA-ATCTTta
gi|23 : ---T--TAATTCACCTCTAACTAG----TATCCTGTCTTTTCATTTGA-T-GAG--AGCGGTCACATGGTGACCCCCT-ATTTTTCTAT-aaa
gi|24 : gtaatTCACCTCTATTAAG----TATCCTGCCATTTCAATGGA-------------------AGTGACCTCCT-ATTTTTCTAA-AGTGG--ATCAG-TAGATTTTAATGGAGAGCAtgacaacaataaaccccac
gi|25 : ctgttttaggATCCGCCT------TTAATTCAAGCAAAA-CCTCT--A-----AA---TA--A----A---ATGAATCAATAAA-AA--GCAGC--AGAT--TG----T--GT--TATGTTATCTAGAGAAACAT--A-----AA------TA
gi|26 : --ACGCCTCGCCCCCTGTTTGTCCAACCGACCACACATATTTCCGTAGCTGGTCTGTAACA
gi|3 : ATAT-GCCAT-T---T--TATTTCACCTCAAAAAAAAAAATACCCTTCCTGTTAATGGGA-T-GAC--AGCGGATATATGGTGACCCCGTGATTTCTTTAT---TTG--GTCAG-TAGCTTCTCAATGAAGGTAAA-----CAAA------A--------------------------CAAAA-TG-CT-GTTA---------------TGTTCGAC---------------TATAAA-----------G---------CTTATACTC-C----ATAAAGCTGAAAATTCCAGTAC---------GGTTCATACTTT---TGA---TAAGTCGTATG---ACTA---T--TATTCCATTTGTT--AAA-GTTCT-GTTTA----AATACTGGAATTGGG---CACAATAA--------AAGT-T------------------AAT----C------------TAC--------------AA------------ATCG-AA----ACAGTGGCATATTCTAGCGCCGTT-----TTC---ACC-G--TTGCTTA-T--TT---------------T------------TATT----GA--CCT--------GTCAT-----------------------------CAC---------AGA-ATTTG--CTATTTAAAAGCGAGA---A-CTTGT----TTT---T-TAACA-TCCAAAT-GG-A-TATAA----GA---CA--A-------------CCGCTTCAAAAATAAACTCAAACAACATCCTCT--C-----AA---TG--A-----------GA-------G-AA--GCAGC--A-----TA----TACGA--T--GTTATGTACAG-ATTAT--A-----AA------CATA------CCAATGCAA--CATCAATGACATA--AAAGTCATACTTGTT---------------------AT-----------TT-----A-ATGCATATCAAATAAGT-----A----G-----------AGTGTCATGTTAAAAGTTGCTTTACTGATAAA-AA-AATCAAACCGCTTGCTTCGAAACTGCT--T--GTTTACATGCTT-------CCTA-GCGACGCATTGTG--TTATTATAAAACGTT
gi|3 : tagaaatcaataccgACGTTGTATTTTTA-T--T-A-----AAATAAA----TTAAAT-T-G--------AAATATATCAGTTTTTTGGTTTGATACTACA-C---CC-CT--AAGGA-AATACA-GGGGTCGGTTgtatttttattaaaataaattaaattgaaatatatcagttttttggtttgatactacacccctaaggaaatacaggggtcggtttatccacacagttccgtagggaatcagtaacaaattgaatgactaataacgttcgtcaatataaga
gi|3 : tagaaatcaataccgatatgccattttatttcacctcaaaaaaaaaaatacccttcctgttaatgggatgacagcggatatatggtgaccccgtgatttctttatttggtcagtagcttctcaatgaaggtaaacaaaacaaaatgctgttatgttcgactataaagcttatactccataaagctgaaaattccagtacggttcatacttttgataagtcgtatgactattattccatttgttaaagttctgtttaaatactggaattgggcacaataaaagttaatctacaaatcgaaacagtggcatattctagcgccgttttcaccgttgcttatttttattgacctgtcatcacagaatttgctatttaaaagcgagaacttgttttttaacatccaaatggatataagacaaccgcttcaaaaataaactcaaacaacatcctctcaatgagagaagcagcatatacgatgttatgtacagattataaacataccaatgcaacatcaatgacataaaagtcatacttgttatttaatgcatatcaaataagtagagtgtcatgttaaaagttgctttactgataaaaaaatcaaaccgcttgcttcgaaactgcttgtttacatgcttcctagcgacgcattgtgttattataaaCCACACAGTTCCGTAGGGAATCAGTAACAAATT-GAATGACT--A-ATA-ACGTTtatccacacagttccgtagggaatcagtaacaaattgaatgactaataacgttcgtcaatataaga
gi|4 : tagaaatcaataccgatatgccattttatttcacctcaaaaaaaaaaatacccttcctgttaatgggatgacagcggatatatggtgaccccgtgatttctttatttggtcagtagcttctcaatgaaggtaaacaaaacaaaatgctgttatgttcgactataaagcttatactccataaagctgaaaattccagtacggttcatacttttgataagtcgtatgactattattccatttgttaaagttctgtttaaatactggaattgggcacaataaaagttaatctacaaatcgaaacagtggcatattctagcgccgttttcaccgttgcttatttttattgacctgtcatcacagaatttgctatttaaaagcgagaacttgttttttaacatccaaatggatataagacaaccgcttcaaaaataaactcaaacaacatcctctcaatgagagaagcagcatatacgatgttatgtacagattataaacataccaatgcaacatcaatgacataaaagtcatacttgttatttaatgcatatcaaataagtagagtgtcatgttaaaagttgctttactgataaaaaaatcaaaccgcttgcttcgaaactgcttgtttacatgcttcctagcgacgcattgtgttattataaaacgttgtatttttattaaaataaattaaattgaaatatatcagttttttggtttgatactacacccctaaggaaatacaggggtcggtttatTCCATGTA-TTCAAA--TTCT-TTTTA----AAAACTGGAAAAAGGCCTCACAATAA--------A-TT-T------------------GATATGTC------------TACCATTTAACTCTGCCAA------------TACGTAACTGTATATTGCAATGTTGTATCACTGTT-----TTA---ACC-A--TTGTTTATT--TT---------------TAGCAGTAATATTTGTTTTT-GAATCAGAA--A---GTGATACT---T------------A------A-ATAT------TAG-----------C-ATTCAAAATCAAGA---A-ATTGT--G-GTT---T-TAAAA-TCTAGAT-GC-A-CATAA----AACTTTA--ATA--CTA--TCATCCATTT------TGAATTCAAGCAAAAACCTCT--C-----AA---AA--ACAGAATCAATGAA-------A-AA--GCAGCTGA-----TA----T--GA--T--GTTATCTAGAGAAACAT--ACCGTAAA------TATA------TCAATGGAA--CATAAATGACATA--AA---CATACTTGAT---------------------AT-----------TT-----A-ATGCATA---------TCTACAA----GTATTATATTATAGCATCACATATAAAGTTG-TTTATAGATAAACAA-ATTAAAACAGCCTGCTTCAAAACTGGTAAT--GTTTACATGCTT-------CCTA-GCG-------------------AAAACTCTACTC-GCATT--AA-AAAT-GCCCTACT---ATAAAT----GAGGTCCAATGTTGTATTTTTA-T--T---------A-AAAT-G-CT-GA--T-GA-------AAATAAATCAGTTATTTATTGTGTAACTG-A-CT--CC-CT--ACAGA-AATATGTGGGGTTGATTGGATA-----AA----------------------GCCTCGCCTCCTATCTATCCAGCCGACCCCACATATATCCACAGGGGGTCAGTAACAAACC-AA--AACT--ATATACATGcgtcaatataaga
gi|5 : AAAATTA---TTATATCAAACAAAATATTCATAT-----T--TCTTTCTCCTCCGACAAA----TATCCTGCCTTTTCATTGGA-C-GAC--GGCGGTCACATGG---CCAT-T-ATTATTTTAC-AGAGG--GTCAGGTAGATTATAATGGAGGGCAAG-----CAAA------A--------------------------CAAAT-CA-TC-GTTA---------------A-----ACAGCATTTCTAACAATTA---A-----------AAAACGTATACT-TTACTC-C----ACAAAACTGAACATTTCAATAT---------GGTTCATTCCTT---TAAAAATA---CATATG---ACTTTTATGATGTTTTTTTTT-TC-AAA-AATCT-A---A----AAATCTTGAAACGGGCCCCACAATAAAAATGATTAATT-TACCACTATACTCAGTGCAGAT----TCCAA--------TAC--------------GA------------AACG-AA----ATAGTGCATTATTCTAGCGACGTT-----TAC---ACCTG--TTGATTACT--TTAATGAGATGTATTATT------------TGTTTATGGA--TCGGA--AA--GTGATATT---T------------A------A-ACAC------TTAAAACATTAA--A-ATTCCAAAGCAAGA---A-ATTGT--G-TTT---TACACAACTCCATTT-GC-A-TATTA----GAGTTCA--ATA--CTG--TTATCTGCATTAAA------CTTAATCAAAACACTCT--C-----AAAAATG--A----ATCAATGAA-------A-AACAGAAAC--A------A----T--A------GTTATCTAGAGAAA-AT--A-----AA------TTAA------TCAAAG--A--CATAAA------A--AAA--CATACTTGAT---------------------ATTTAATGCCTATCT-----A-AT--ATA---------T-----ACGTAA-----------AGTGGCATGTATAAAGTTG-TTTACTGATAAA-AA-ATTAAAACTGCCAGCTTCGAAA----------------ACGTTT-------CCTG-GCGACGTACGATG--TTAATATAAACCGTcaataatatatagacacatcttgtaatttatcaagtattatttcttatcagttccaaacaatgaacaaataaatggacacc
gi|6 : actatagttatcctaatttaaactg---T--TATTTTACCTCCAACAAG----TATCTTGCCTTTACATTGGA-T-AAG--AGCGGCGGAATGGTGATCCCCT-AATTATCTA
gi|6 : t-----------A---------CT-ATACCC-C----ACAGAACTACACATTTTAATATTATACCAGGGGTTCTCACCTTGAATAA---TA---CATATA---ACTA---T--TAATCGATTTA-T--TAATGTTAT-ATTTG----AAAACTGGATATTGGTATCACAATAA--------AACT-T------------------CAT----C------------TAC--------------AA------------AACT-AA----AAAGTGTCATATTCTTACGCCGTTGGTTATTTTAAATC-GACCTG-TTATG--TT---------------T------------TGTA----TA--AATAA--ACACATGATACTGTCT------------G------ATACAC------TTTATA-TCTAA--C-ACTCAAAAGCGAGA---ATATTTTTTG-TTT---T-TAAAA-TCCTTAT-GC-A-AATAA----ATCTTCA--ATA--CTT--TCATCCACTTCCAAAATATATTCAAACAAGATCCTCT--------------A--A----AT--AC----------A-AT--GAA---------------------------------AGAAAACCAGCAA-----AA------TGTA------T-GATGT------TATCTGG-ATA--ATG--CATATCTAAT---------------------A-------------------------ATA---------T-----A----A-----------AGCATCAAGTAAAG---TG----ACTGATAAA-AA-GTTTATACCGCCCGCTTCGAAACTGCT--A--GTTGGCATGCTT-------CCTG-GCGGCACATGGTG--TTGTTATAAAACGTTTCTC-GT--T--AG-CAAA-GACATAC--------AT----GAGGTCCGATGTTGGTTTGCTA-TAAC-G-----AAA-AATT-G-TGA-A--T-G--------AAATAAATCAggtgtttactataccccacagaactacacattttaatattataccaggggttctcaccttgaataatacatataactattaatcgatttattaatgttatatttgaaaactggatattggtatcacaataaaacttcatctacaaaactaaaaagtgtcatattcttacgccgttggttattttaaatcgacctgttatgttttgtataaataaacacatgatactgtctgatacactttatatctaacactcaaaagcgagaatattttttgtttttaaaatccttatgcaaataaatcttcaatactttcatccacttccaaaatatattcaaacaagatcctctaaatacaatgaaagaaaaccagcaaaatgtatgatgttatctggataatgcatatctaataatataaagcatcaagtaaagtgactgataaaaagtttataccgcccgcttcgaaactgctagttggcatgcttcctggcggcacatggtgttgttataaaacgtttctcgttagcaaagacatacatgaggtccgatgttggtttgctataacgaaaaattgtgaatgaaataaatcacacgcccatatttatgcaaccgact
gi|7 : tttattttacctccaacaagtatcttgcctttacattggataagagcggcggaatggtgatcccctaattatctaggtgttt------------AACA-AA----GTCATGCCATATCCTAGCGCCGT-----ATTT---GCC-G--TTGTTTACT--TT---------------T-------------ATT----AG--CCTGT--A---ATG-TGTT---T-------------------A-AGAA------TCGTAA-AGTGA--T-ACTTAAAAACGTG--------TGT--G-GTT---G-TAAAC-TTCAGAT-GC-ATCTTAA----CA-TTCA--ATA--TTG--CCATCTATTT------TGAACTCAATCAAAGTCCTCC--A-----AA---TA--A----AAGAAAGCA-------ATAA--AAAGC--AGTTGCTA----T--G------GTTATCTAGGGAAGCAC--A-----AA------TATA------TCAGTGCAG--CATAAATGAAATA--AAAATCAAACTTGAT---------------------ATTTAA-------CT-----C-AT--ATC---------T-----A----A-----------A---TC-TGGACCATACCG-ATTACTGACAAA-AA-AATAAAACCGCCCCCTTTGAAACTGAA--T--GTTAACATGCTT-------CCTG-GCGAC-TGCTGGGTTTTAATATAAAACGTTACTC-A---T-----AAAA-TATCTAGTATACTAAAT----AAGAT-CGAAGTGATA-TTCTA-T--T-A-----TAA-AAAA-G-TTAT----------------------------TTTGGATGGTTAACG-AGC---CC-CT--A-GAATAATATGTGGAGTCGATTATATA-----AATACGGGAA--CTCGTCTA--ACGCC-CGCCCCCTGTTTATCCATCCcacgcccatatttatgcaaccgact
gi|8 : tatttatcatttcatacaggacaggttcaaataagc-AA--AACGC--A-----TG----T--GTGAT--GTTATTTAGAGAAACAT--G-----AA------TATA------TCAATGCAA--CATAAATGAGATA--AAAAACATACTTGATATTTATTGCATATACCAGTATAT-----------CTTACATGTAT--ATA---------T-----A----G-----------AGTGTCGGGTAAAAAGTTG-TTTACAGATAAA-AATATCAAATTGACCCGTTTCGAAACTGCT--TATGTTTACATGCTT-------CCTA-GCA-------GTG--TTATCATAAAACATTTTTTTG---TTAAA-AAAATGACTTGCT---CTAAATTAATGAGATCTGATATTGTATTT--A-T--T-A-----AAA-AAA--G-TTACA--T-GTATCGATGAAATAAATCAATTATTTGGTTTGTTACTG-ACC---CC-CT--ATGTT-AATATGTGGAG-----------------------------TTGGCTC--ATGCCTCGCCCCCAGTTTATCCAACCAACCCCACATATTTCCATACGGGGTCAGTAACAATTC-AAATAACT--A-ATA-ATGTT
gi|9 : gaattaacATTATTAT-A---T---AGTTCACCTCCAGTAAG----TGACCTGTATTTTCTTTGGA-T-GAG--AGCG-----------ACCA-----------TAT-AGTGG--AT--G-T-----------GAGGACAGG-----CAAA------A--------------------------CAAAA-TT-TT-GTTT---------------C-----AC--------------------A-----------A---------GT-----TC-C----ACAAAAGTGAACATTTCAATAT---------GGGTCACTTCTC---TGA---TAATGCGTATG---ACTA---T--TATTCCATT--------------T-ATTTA----TAAA-TGGAAACTGGCCTCACAATAA--------A--T-T------------------GAC----C------------Tgtattttatagccttgactattctgaatgtcaacttgtcatgtacttacgttatcctcaacagccaatatatggacaaaatatttaaaaaacac
gi|9 : ------------TAC--------------GT------------AACG-AA----ATAGTGCAGTATTGTGGACTTGTT-----TTT---ACC-A--TTGTTCATT--TT-----------------------------ATT----GA-----GA--T---ATAATATT---T------------G-----------T------TTATGA-ATCAA--A-ATCAGAAAGTGATACTTA-ATAAC-----TTAAGT-TAACA-TTCA-ATAGC-A-CGAAAATGTGTTTTTA--AAA--TT----CA---GATTAACATAGGACTTCAAGCAAAATCCTCTAAT-----AA---TG--A----AT--CCATA-------A-AAT-GTAGC--AGA---TA----T--GA--T--GTTATCTGGAGACAATT--A-----AA------TATA------TCACTGCAA--CATAAATGACCTAGGATA--CATATATGAT---------------------GT-----------gttaaccactttactccgtgcaggttccagtacgtaacgaaatagtgcagtattgtggacttgtttttaccattgttcattttattgagatataatatttgtttatgaatcaaaatcagaaagtgatacttaataacttaagttaacattcaatagcacgaaaatgtgtttttaaaattcagattaacataggacttcaagcaaaatcctctaataatgaatccataaaatgtagcagatatgatgttatctggagacaattaaatatatcactgcaacataaatgacctaggatacatatatgatgt
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): AATCCTCATACCAATAGAATGGAACAATGAAAAACAATAGTTATAATGTCAAATAGAGAAATAGACATATCAATGAAATATAATAAACCTAAAAACATACTAAATATTTAATTTACATCTGCATGTTTTAT