lowQualScore : 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 222222222222222 111111111111111111 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333
lowQualScore : 1 6666 1 1 444 22 11 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 1 11 111 1 11 22 1 44444 1 1 33 1 11 11 22222 000000000000000 111 1 1 777777777 11 1 1 000000000000000000 3333333 33333 1 222222 444444444444 1 1 3333 6666666666 1 1 1 1 11 66666666666666666666666666666666 1 11111 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 4444444444444
lowQualScore : 5 6 1111 6 5 6 5 6 6 777 0 1 11 88 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 2 11 1 0 000 5 77 4 55 5 4 3 55555 5 5 22 4 7 6 6 22 6 00 2 22222 111111111111111 6 3 4 444 6 5 1 666666666 4 55 88 3 6 5 6 7 000000000000000000 4444444 4 33333 7 0 0 0 999999 6 6 6 44 55 2 222222222222 0 3 5 0000 3 3 4444444444 6 0 6 3 0 0 4 6 77 2 33333333333333333333333333333333 3 6 4 4 0 99999 6 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 6 3 6 0 6 2222222222222
lowQualScore : . . .... . . . . . . ... . . .. .. ......................................................................................................................................................... . .. . . ... . .. . .. . . . ..... . . .. . . . . .. . .. . ..... ............... . . . ... . . . ......... . .. .. . . . . . .................. ....... . ..... . . . . ...... . . . .. .. . ............ . . . .... . . .......... . . . . . . . . .. . ................................ . . . . . ..... . ..................................................................... . . . . . .............
lowQualScore : 0 0 0000 0 0 0 0 0 7 000 7 0 00 33 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 0 00 0 7 333 7 33 0 33 0 0 0 55555 0 0 00 0 0 0 0 00 0 00 5 00000 555555555555555 0 0 0 000 0 0 5 000000000 0 55 55 0 0 0 0 0 777777777777777777 7777777 7 33333 0 7 7 7 777777 0 0 0 88 00 5 333333333333 5 5 5 8888 2 5 0000000000 3 0 5 5 2 0 5 0 55 0 55555555555555555555555555555555 0 0 0 0 5 55555 0 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 0 7 0 7 0 3333333333333
consensus : TATAAAACAATTCATCT--TTATATAATATTTACACCGTTGCTAGGGTGTGCAATTTCAAAATGGCCGATATTCAAGATGGCCGCTATTCC-CTAATTAATCCTTAACGCAAA--AC-G--GC-AA--A--AT-NAC-GTTTT-AT--ACGTTTAT--G---ATCG-----AACTAT--C---------------G-T-----------T-ANACCAT-TATTNAA-T-AC-AT--ACCGA-GC--TT-ATGC--G-A--AG----TGC-CGATCGTCCACGATACGTNAAGCCAATTTCGCATT-NCGAGCGAAGTTAAAAACAAGAGCAGTTTTNAANCTTTANTAGCGTCTGCAATAATTGTCCCNGTTCAAACTAACATGTATATTCCCCTTCGTCATAAGAGTAAANTTACTNTATTTTATCGCCAGAGAAATGTTGTA-----------TCCATATATAAATANATCAGTTGAAAGNAGTGCTGANNCGTCTGCTGAAACTNGTATATGTGTGCGTTCATTNTNNAANCTNTACTTACTACTCTTGAACGTTTTACATTTTCTT-A----------------ATTGTGAAATGAAGACATTTCTC-GGGCTAATNATAT-----CAATGCATATGCTGACTTCGGTTTCC--CTTATTGATTGCACCTGATCAACNTCTTANNTCTGCTCCCTGTTTATGCTCTC-GNAACANGTAAGTGNATNGATCAATCCGCATTT-TATTACTGCNTCAACTA-C------G-ATAGTC-TATTTGCAACAT-CTGGTTGACAAAAAGCTAAATAAATAAACTTCCC--CGTATCAGNAAGCA-TTCANTTTNANNACCGGCTTGNCCNGNTGTNCCTNTTGTCTCANANTTGAGCGTATATTCTNGGGCCACATCTTTCCATAATATTATGCCNTCNATTATACCATAACAGCTGTCACCGANTCTCTAAACTATAACGTTTCCCTTTATG---AC---TC---ATCAAG
Reference ( gi|2 ) : TATAAAACACTCCATATGTTTATATAACATTGATACCGTTGTTAGTGTATGTAATTTCAAAATGGCCGATATTCAAGATGGCCGCTATT-A-CTGATTAATTCTTAATGCAAA--AC-GACATAAA--A--AT-AAC-ATTCTGAT-CACCTTTGT--G---ATTG-----AACTATACC---------------AGT-----------TAAAACCAT-TATTGAACTGAATATTTACCGATACGGTT-ATGCTGGCA--AGTAGATGCATGCTTGTCCATGACATGTAAAGCCAATTTAGCATT-TCAAGCAAAGTTAAGTACAAGAGCAGTTTTAAAAC----ATAGCGTTTCCATGAATTGTCCTTGTTCAAATTTATATATACATTCCTTTTCGTCATGAGAGTAAATCTACTGTATTTTATCGATAG-AAAATGTTGTATAAACCGTAAATCCATATATAAACATATCAGTTGAAAGAAGTGTTGGTACGCCTGATGAAACTTGTA----T----GTTCATTATTAAAGTTTTATTTACTACTGTTGAACACTTAACATTTTCTT-A----------------ATTGTGAAATGAAGACATTTGAC-GGGCTAATTATAT-----CAATGCTTATGCTGGCTTCGGCTTCCAGCTTATCGATTACACCTGGTCAATCTCTTACGTCTGCTCCCTGTTTATGCTCAT-GTTATAGATAAGTGGATTGATAAATCCGCATTTGTATTACTGCTTCAACTA-T------GTATTGTC-TATTTGCAACAT-TTGATCGACAAAAAGGTAAATAGATAAACTTCCC-TCGTATCAGTAAGCGTTTCGTCTTTAAGTTCTGTTTGATCTGCTGTAGCTATCGTCTCACAG-----------TCCTAGAGCAACA-CT----------------CATC-------------CAGTT-TCGCCGACTCTTTGAACTATAACGTTTCCCTTCATG---AC---TC---ATCAAGAT
gi|3 : TATAAAACAATTCATCT--TTATATAATATTTACACCGTTGCTAGGGTATGCAATTTCAAAATGGCCGATATTCAAGATGGCCGTTATTCA-CTGATTAATTCTTAACGCAAA--AC-------AA--ATTAT-AGC-AGTTAAA---AC---TAT--T---ATTG-----AACT-------------------------------------GACTATCTACTGA--T---------CCGA-----TT-ATGCTGAGA--AG----TGCATGATTGTCCACGATATGTAAAGCCAATTTTGCATT-TTAGGCCAATTTAAAAACAAGAGCAGTTTTAAAAC----CTAGCGTCTGCAATAATTGTCCTTATTCAAATTAACATGTATATTCCCCTTCGTCATAAGAGTAAAATTACTGTATTTTATTGCCAG-GAAATGTTGTA-------------CATATATAAATATATCAGTTGAAAGAAGTGCTAAATCGTCTGCTGAAACTCGTA----TGTGCGTTCATTATCTAACCTGTACTTACTACTCATGAACATTTTACATTTCCTTCAATGTGAAATTTCCTTCATTGTGAAATAAAGACATATCTCAGGGCTAATTATAT-----CAAAGCATATGCTGACTTCAGTTTCC-----ATTGATTGCATCAGATTAATATTTTAGGTCTGAT--CTGTTTATGCT-ATCGAAATAGGTAAGTGCATTGATCAATCCGCATTT-TATTACTGCTTCAACTA-C------AAATAGTCTTATTTGCACAAT-CTGGTTGACAAAGAGCTAAATAAAT
gi|5 : gtcagttaaatgcattattcatcttaatggcttaagcgtgattttctgtaaatctaaaagaaaaaaaatatttcaaaataaatcgtctttattaacattgctgtagttgtaggcaaatgtttaatgggtttggtgtttttcatttcttatgatTTAGGATGTGCAATTTCAAAATGGCCTATATCCAAAATG-CCACTATT-CTCTAATGAATCAGTAA--CAAATAACAGTCACAAATGA--ATTGACTGTTTTCAT-AACATTTCT--G---ATCGTTTTAAACTAT--C---------------GTT-----------TTATACCAT---TTAAA---ACCATT-ATCGA-AC----------------------TGC-TGTTCG--CATTATGTGCCA--CCAATTTCGCACT-GCAAGCGAAGTTAAAAACAAGAG-AGTTTTTAACCTTTAATA-CGTTTGCAATAATTGTCTCAGTTCAAACTAATAT
gi|11 : acagtatatagatgtttgatatatcgtttggtttgctgaagtgcctaaactgtaacaacacaaacgcgtataataaaacgtcagtaagtacaatgttcgtataaatgtttatttttctaaggcacaatttgtacaataaaatttaatatattgtcactacaccacatctagttgtggactttatcgtgttttgttatctatgttttatattcgaaaattggaaaactaaaataaaatttaagcttttatGGCCGATATTCAAGATGGTCGCTGTTCC-CTAATTAATCCTTAACATAAG--AC-G--GTCAA--A--AT-TAC-ATTCT-ATGCATGTTTATTAGGCTATTT-----GACTATTCCTATTAGATTTGTAATAGTGTCATGCCATTTAAAATCAT-TATGTAACTGATGATATACTGTCGCGGTTGATGCGCGTACTAGTA---GC-CGACTGTTCACGACACGTGCAGCCAAGTTCGCATTGCCGACCAAGGTTATG-ACAAg
gi|10 : AGTAAATTTACTCTATTTTATCGCCAGAAAAATGTTG-------------TCCATATATAAATAGATCAGTTGAAAGTAGTGTTGATACGTCTGCTGAAACTAGTATATGT----GTTCATTTTAAAAGCTTTACTTACTACTCTTGAACATTTTACAGTTTCTT-C----------------ATTGTGAAATGAAGACA-TTACC-GGGCTAATAATAT-----AAATACATATGCTGACTTCAGTTTCCAGTTTATTGATTGCACCTGATCAACCTCTTAAGTCTGCTCCCTGTTTATGca
gi|4 : cTTACTATTCTTGAACGTTTTACATTTTCTT-A----------------ATTGTAAAATGAAGACATTCCTC-AGGATAATCAAATAACAACAGTGCATAAGCTGGTTTTGGCT-----CTTATTGATTGCACCTCATCAACATCTTACTTCTGCTCCCTGATTATGTTTTC-GTTTCATGTAAATGTATGAATCAATCCCCAT-----TTACTGCGTCAGCTA-TGAACCCGCATAATC-TATTTGCAACAC-CTGGTTGACATAAAGCTAAATAGATAAACTTCCCATTGTATCAGAAAGCA-TTCACTTTTATCATTTGCTTGTCCAGATGTTCTTTTTGTCTCATAC-----------TTCTAAAGCCACA-TT----------------CTTCTATTATACCATAACAGCTGTCACCGATTCTCTAAACTATAACGTGTCCCTTTATG---ACTCTTC---ATCAAG
gi|1 : cTGATCAACCGTTCACTTCTGCTCCTTGTCCATGCTCTT-AGAACAAGTAAGTGAATTGATCAATCCGCA--TGTAT---TGCATCAACGACT------G-ATGGCC-TATTT---ACATGTTG-TTGGCAAAAAGCTAAATAAATAAACTTCCC-GCATCTCAGttatggggcattcaaggtatgtttttccatcttgatatatacgagtgattttcagatgttttatgaataaaatgatgtctaatttttcagcctaaaatccactcaacttgtatgtatagaaggattgaaaca
gi|18 : gtttgcaataattgtctcagttcaaactaatatgTACGTGAATAGAGTAATCCGCATTT-TATTACTGCTTCAAaatattttagatgcaagattacaaactacttctccaacatccaggtttaaagtgtttcacattgaaaacttgatattggctcacagttctgcaaacatttttagagtcacttcctttcatataccattaaagctctctaaactataaagtttctctatatggtcgttcatcaagttttggggctgtgttatgcaggtatctcatctcctcaagaactgtaaccactgatttaacatatgtgtggttatcagactttgaataaataaactgattttcaccataaacatccatcactatgtatgtataaaagtgattaatcagtttatatatacgtgctaacatatattatcgatatgaaatccatctaattggtaagagttttgttatctgaacgggcctgattaaaatccttaactacttgttactatcggaacagacagacatctgcatatttgtaacacaattataagtctgacctgtgacgataatttgttattttctaaactgaacaaaaaagaaagaaatttccaaaaaatatgacttagtatattttaaagatgccataaaacgttaaagattaatccatgattcctgattcgattgttatgttacaaggtgtatatgcttcattagtaaaccgatcctgcaggtgcatattaatgatatagtggtcgtagacgcaagttatgacacatggacgcccactacgtggtatggtattcttaagtacaacaacattcctattagcagcaaacttct
gi|8 : tatg-TATTCACTATAT-TTGGTTAACCAAAA----AACAAACAAAGTTT-----GAAT---TAA----TTCAATTTAAAAACCGGCTTGATCTGTTGTACCTGTTGTTTCAGAGTTGAGCGTATATTCTTGGGCCACATCTTTCCATAATATTATGCCATTA------------CAGCTGTCATCGAATCTCTGAACTTTAGCATTTCCATTTAGG---AC---TCTTCATCAAG
gi|1 : CTCTCTAAACTATAAAGTTTCTCTATATGGTCGT---TC---ATCAAGccctgggtaaggcaggttcctggtatcttcaagatatgtaaccactgttttgacatgtgtgattttcagaggttgaataaataatttaatgtctaattttaaccccgaacagccactcggtgtataaaagaattgaaataatcctttcat
9 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|6 ): ACTGATCAAGAAAGAAACGTCGAATCAAAACAGCTGTGGATAAATATATCATAATTGATGATTCACGATAAAAAATATCATAGAACGATAGAGTGTAGTGTATGGTTACGTGTAAAACGTGTTTATGCAGCAATAATTGTCGCTGTCTGAAACCTGTCTTGCAGGTGGGTATTATTGAAACAGCGGTCTAGGAAGCGAGTTGTCAAACACAGACGTCCACTGTGTGACAGCTATTCAGTACTTTCTGTTCGCTGAAAATTCCTAACAGCACAACTAAAGGCACCAACAGCTCTCGAAACGTATTTCGTAGACATGCCTGCTTTCATAATATCAAATGCTTATTGCTTATTTGTTTGAAGAATTCTCGACATTGTTATGGTTTAGAAAATCAAATTAAATCACAAAGTTGAAACTTATTTCTTTGTATTAACATGATGCTCTGTGCCATTGAATATATAACTTGACAAGAACGCACGGGGATCTACCTGCACGTCCAAATCGGGATTC
Unaligned ( gi|7 ): TAATCGTTTCATACTTCCGTGCTGACATGACATCATCATTGATATTGAATGCATTTATCTGGTAAGAGTTCTGTTATCTGAACATGTCTGGTCAAAAATGTTTATTGCTGGTTTCTACTGGGACAAACTAACATCTGCATATTTGCAACACAATATCAAGTGTTGATCTGTGTTGTCAATTTCTTAACTGAACAAAAATAACGTCCGATAAATAGTTTAAAATGTCATAAACCTTGGAATTTCATCTATGGTACCTGTGGCCGGCCTTCATTACTTCCAGATTCATATTTGCTATCTATACCATGTGAATAAGCTCCAATATTATGCACACCTGTAGTTGGATATTGATAATATAGTGATCTTGGGCGCAAGTTGTGACACATTGACGCCCACAACGTGACAGGTCTTCAGTACTTCCAGGTTTCTATTTGTTATCTATAACATGTGAATAAGCTCCCGTAGTAGTCACACCTGTAGTTGGATATTGATAATAT
Unaligned ( gi|9 ): AGTAGTTGTGTAATAGCTGCAGTAGCAGCTGCTGTGGGAAACCAATGTTGCAGTCAGTGGGTGTTAATGATATAGTAGTGTTGGGAGAAAGTGTTGACACATGATTGTCTAATACGTGACAGGTCTTCAGTAACATATCCTTAGATTTCTTATAACATAGTAGAGACGTGCTCTTGCACTGTCTATGGTAATGCAAGCAATTTCAACATACCAATGGCACTTACCTTATATTTTTTGAAATTCTCAGCATTGTTATTGTTGAATAAGTTTAATATATCTAACTCAGCCAGGCATCCTTTGTATTGGCATGAGCGACTGTGGGACAGAATAAAAATCTGGTAAAAA
Unaligned ( gi|12 ): ATCTACTCAATGGCCCACAACTTGTACAAAAAAAACGGGCAATAAATTTGACTTGTGCTATTTAAGCATAGAAAGACACTCTATTGTTCCCATTTCCGTCCTTATATGTGCCAGTTGTATAAGCTGCAGGCGTAGCAGTGGTCAGAAACCGATCCTGCATGCGGGTATTATGGTGGTATTGGGCGAGTTGTGACACATGGATTTCCACTACGTGGCAGGTCTTCAGT
Unaligned ( gi|13 ): TCCGTGCTGACATGAAATTCATATTTCTGAGTTCTGTTATCTGAACAGTTCTGGTCAAAAATAATTATTGCTGGTTTCTATTTTGACAAATAAACATCTGCATGTTAGCAACACAATATAAAGTGCTGATCTATGTTGTCAACAGAAGAAAAAAAAACGTCCGATAAAATTTAAATGATGATATTCCAAAGATGTCATGAACC
Unaligned ( gi|14 ): AGTAGTGGCCGTGTTAAACCGATCCCGCAGTTGTATTCTATCGGCATTAGGCGCCATTTGCGACAAGGGAACTCTTACTACGTCACATGTCATCGATTT
Unaligned ( gi|15 ): GGGTATTAATGATATAGGGATTTTGGATGCAATTATTACATAGTGAAATCAACAACATCGCAGGTATTCAGTACTTGCTGGTCCATGTGTTCTC
Unaligned ( gi|16 ): AATCTACTCAATGGCCCACAACTTGTACAAAAAAAACGGGCAATAA
Unaligned ( gi|17 ): CTTCCATTTTACCATAACAGCTGTCACCGACTCTCTAAACTACA
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111111111111
lowQualScore : 22 1 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 11 11 44444 11 8888888888888 555555555 1 6666666666666666 1 22222 333 22222 555555555 333 33333333333333 111 2222 444444444444 1111 1 000000000000000000000000000 1111 44444444
lowQualScore : 3 2 77 4 3 0 3 0 2 22 0 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 3 2 33 2 1 3 0 11 2 4 33 0 6 1 1 55555 6 2 1 2 1 1 99 6666666666666 1 1 0 22 1 444444444 1 22 1 1 2 0 6666666666666666 1 9 0 1 55555 7 444 1 22 0 55 1 1 1 00000 1 666666666 1 8 3 1 1 2 444 99999999999999 11 1 22 4 8 1 444 1 444 1 1111 1 999999999999 5555 3 333333333333333333333333333 2222 3 9 3 55 3 11111111
lowQualScore : . . .. . . . . . . .. . .......................................................................................................................................... . . .. . . . . .. . . .. . . . . ..... . . . . . . .. ............. . . . .. . ......... . .. . . . . ................ . . . . ..... . ... . .. . .. . . . ..... . ......... . . . . . . ... .............. .. . .. . . . ... . ... . .... . ............ .... . ........................... .... . . . .. . ........
lowQualScore : 0 5 55 7 7 7 3 7 5 88 2 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 5 0 55 0 0 2 2 00 0 2 88 8 7 0 0 77777 7 0 0 0 0 0 33 0000000000000 0 0 7 00 0 333333333 0 00 0 0 0 0 2222222222222222 2 8 0 0 00000 0 000 0 00 2 00 0 0 0 44444 0 555555555 2 0 2 0 4 5 000 55555555555555 88 0 00 2 8 0 555 0 000 0 2222 0 777777777777 0000 3 777777777777777777777777777 5555 2 8 5 88 8 22222222
consensus : TATAAAACANTCCATNTGTTTATATAANATTTANACCGTTGTT-AGGGTATGCAATTTCAAAATGGCCGATATTCAAGATGGCCGCTATTCCCTGATTAATCCTTAACGCAAAACGGTCAC--AAATNA------CGTTCT-AT-AGC--GTTTATGATCG-----AACTAT--C-GTT--AAA-CC-ATTATTNAA-----T-----ATATAC---CGA---GGTT-ATGCTG-GC--A--AGTA---GCATGNTTGTCCACGACATGTAAAGCCAATTTCGCATT-TCAAGCGAAGTTA--AAAACAAGAGCAGTTTTAAAAC----ATAGCGTTTGCAATAATTGTCCCNGTTCAAACTAATATGTACATTCCCCTTCGTCATGAGAGTAAATTTACTGTATTTTATCGCCAGAGAAATGTTGTA------------CCATATATAAATATATCAGTTGAAAGAAGTGTTGATACGTCTGCTGAAACTCGTAT---TGT--GTTCATTATNAAAGCTTTACTTACTACTCTTGAACATTTTACATTTTCTT-AAT----------------TGTGAAATGAAGACATTTCTC-GGGCTAATTATAT-----CAATGCATATGCTGGCTTCGGTTTCCAGCTTATTGATTGCACCTGATCAACCTCTTACGTCTGCTCCCTGTTTATGCTCTCGNNACANGTAAGTGNATTGATCAATCCGCATTT-TATTACTGCTTCAACTAC-G-------ATAGTC-TATTTGCAACATCTGGTTGACAAAAAGCTAAATAAATAAACTTCCCG-CGTATCAGAA------AGCA-TTCANTTTTANAATCTGCTTGNCCNGNCGTNC--CTNT----TGTCTCACAGTTG--AGC-T-ATATTCT-GGGC-CACATCTCT-CA-AACA---TTA-------T-CCTTCCATTATACCATAACAGCTGTCACCGACTCTCTAAACTATAACGTTTCCCTTTATG---ACTCTTCATCAAG
Reference ( family-425 ) : TATAAAACAATTCATCT--TTATATAATATTTACACCGTTGCT-AGGGTGTGCAATTTCAAAATGGCCGATATTCAAGATGGCCGCTATTCCCTAATTAATCCTTAACGCAAAACGG-CA---AAATNA------CGTTTT-AT-A-C--GTTTATGATCG-----AACTAT--C-GTT--ANA-CC-ATTATTNAA-----T-----ACATAC---CGA---GCTT-ATGC---G---A--AGT----GC-CGATCGTCCACGATACGTNAAGCCAATTTCGCATT-NCGAGCGAAGTTA--AAAACAAGAGCAGTTTTNAANCTTTANTAGCGTCTGCAATAATTGTCCCNGTTCAAACTAACATGTATATTCCCCTTCGTCATAAGAGTAAANTTACTNTATTTTATCGCCAGAGAAATGTTGTAT-----------CCATATATAAATANATCAGTTGAAAGNAGTGCTGANNCGTCTGCTGAAACTNGTATATGTGTGCGTTCATTNTNNAANCTNTACTTACTACTCTTGAACGTTTTACATTTTCTT-AAT----------------TGTGAAATGAAGACATTTCTC-GGGCTAATNATAT-----CAATGCATATGCTGACTTCGGTTTCC--CTTATTGATTGCACCTGATCAACNTCTTANNTCTGCTCCCTGTTTATGCTCTCGNAACANGTAAGTGNATNGATCAATCCGCATTT-TATTACTGCNTCAACTAC-G-------ATAGTC-TATTTGCAACATCTGGTTGACAAAAAGCTAAATAAATAAACTTCCC--CGTATCAGNA------AGCA-TTCANTTTNANNACCGGCTTGNCCNGNTGTNC--CTNT----TGTCTCANANTTG--AGCGT-ATATTCTNGGGC-CACATCTTTCCATAATA---TTA-------TGCCNTCNATTATACCATAACAGCTGTCACCGANTCTCTAAACTATAACGTTTCCCTTTATG---AC---TCATCAAG
gi|1 : GTTTGCAATAATTGTCTCAGTTCAAACTAATATGT
gi|1 : TGATCAACCGTTCACTTCTGCTCCTTGTCCATGCTCTTAGAACAAGTAAGTGAATTGATCAATCCGCAT-----GTATTGCATCAACGACTG-------ATGGCC-TATTT---ACATGTTGTTGGCAAAAAGCTAAATAAATAAACTTCCCG-CATCTCAGAATATTTTAG-A-TGCAAGATTACAAACTACTTCTCCA-ACATCCAGGTTTAAAGTGTTTCACA-TTGAAAACTTGATATT----GGCTCACAGTTCTGCA-AACATTTTTAGAGTCACTTCCTTTCA-TATACCATTAAAGC----------TCTCTAAACTATAAAGTTTCTCTATATGGTCGT---TCATCAAGgatcaaccgttcacttctgctccttgtccatgctcttagaacaagtaagtgaattgatcaatccgcatgtattgcatcaacgactgatggcctatttacatgttgttggcaaaaagctaaataaataaacttcccgcatctcagaatattttagatgcaagattacaaactacttctccaacatccaggtttaaagtgtttcacattgaaaacttgatattggctcacagttctgcaaacatttttagagtcacttcctttcatataccattaaagctctctaaactataaagtttctctatatggtcgttcatcaagttttggggctgtgttatgcaggtatctcatctcctcaagaactgtaaccactgatttaacatatgtgtggttatcagactttgaataaataaactgattttcaccataaacatccatcactatgtatgtataaaagtgattaatcagtttatatatacgtgctaacatatattatcgatatgaaatccatctaattggtaagagttttgttatctgaacgggcctgattaaaatccttaactacttgttactatcggaacagacagacatctgcatatttgtaacacaattataagtctgacctgtgacgataatttgttattttctaaactgaacaaaaaagaaagaaatttccaaaaaatatgacttagtatattttaaagatgccataaaacgttaaagattaatccatgattcctgattcgattgttatgttacaaggtgtatatgcttcattagtaaaccgatcctgcaggtgcatattaatgatatagtggtcgtagacgcaagttatgacacatggacgcccactacgtggtatggtattcttaagtacaacaacattcctattagcagcaaacttct
gi|10 : gtttgcaataattgtctcagttcaaactaatatgAGTAAATTTACTCTATTTTATCGCCAGAAAAATGTTGT-------------CCATATATAAATAGATCAGTTGAAAGTAGTGTTGATACGTCTGCTGAAACTAGTATATGTGT----TCATTTTAAAAGCTTTACTTACTACTCTTGAACATTTTACAGTTTCTT-CAT----------------TGTGAAATGAAGACATTAC-C-GGGCTAATAATAT-----AAATACATATGCTGACTTCAGTTTCCAGTTTATTGATTGCACCTGATCAACCTCTTAAGTCTGCTCCCTGTTTATGttttggggctgtgttatgcaggtatctcatctcctcaagaactgtaaccactgatttaacatatgtgtggttatcagactttgaataaataaactgattttcaccataaacatccatcactatgtatgtataaaagtgattaatcagtttatatatacgtgctaacatatattatcgatatgaaatccatctaattggtaagagttttgttatctgaacgggcctgattaaaatccttaactacttgttactatcggaacagacagacatctgcatatttgtaacacaattataagtctgacctgtgacgataatttgttattttctaaactgaacaaaaaagaaagaaatttccaaaaaatatgacttagtatattttaaagatgccataaaacgttaaagattaatccatgattcctgattcgattgttatgttacaaggtgtatatgcttcattagtaaaccgatcctgcaggtgcatattaatgatatagtggtcgtagacgcaagttatgacacatggacgcccactacgtggtatggtattcttaagtacaacaacattcctattagcagcaaacttct
gi|11 : cGGCCGATATTCAAGATGGTCGCTGTTCCCTAATTAATCCTTAACATAAGACGGTCA---AAATTA------CATTCT-AT-G-CATGTTTAT
gi|11 : --AAA-TC-ATTATGTAA-----CTGATGATATACTGTCGC---GGTTGATGC---GCGTACTAGTA---GC-CGACTGTTCACGACACGTGCAGCCAAGTTCGCATTGCCGACCAAGGTTATGACAACAtaggctatttgactattcctattagatttgtaatagtgtcatgccatttaaaatcattatgtaactgatgatatactgtcgcggttgatgcgcgtactagtagccgactgttcacgacacgtgcagccaagttcgcattgccgaccaaggttatgacaaca
gi|17 : ggccgatattcaagatggtcgctgttccctaattaatccttaacataagacggtcaaaattacattctatgcatgtttattaggctatttgactattcctattagatttgtaatagtgtcatgccatttaCTTCCATTTTACCATAACAGCTGTCACCGACTCTCTAAACTACA
gi|18 : ATGTACGTGAATAGAGTAATCCGCATTT-TATTACTGCTTCAA
gi|2 : tTATAAAACACTCCATATGTTTATATAACATTGATACCGTTGTT-AGTGTATGTAATTTCAAAATGGCCGATATTCAAGATGGCCGCTATTAC-TGATTAATTCTTAATGCAAAACGA-CATAAAAATAA------CATTCTGATCA-C--CTTTGTGATTG-----AACTATACCAGTT--AAAACC-ATTATTGAACTGAAT-----ATTTAC---CGATACGGTT-ATGCTG-GC--A--AGTAGATGCATGCTTGTCCATGACATGTAAAGCCAATTTAGCATT-TCAAGCAAAGTTA--AGTACAAGAGCAGTTTTAAAAC----ATAGCGTTTCCATGAATTGTCCTTGTTCAAATTTATATATACATTCCTTTTCGTCATGAGAGTAAATCTACTGTATTTTATCGATAGA-AAATGTTGTATAAACCGTAAATCCATATATAAACATATCAGTTGAAAGAAGTGTTGGTACGCCTGATGAAACTTGTAT--------GTTCATTATTAAAGTTTTATTTACTACTGTTGAACACTTAACATTTTCTT-AAT----------------TGTGAAATGAAGACATTTGAC-GGGCTAATTATAT-----CAATGCTTATGCTGGCTTCGGCTTCCAGCTTATCGATTACACCTGGTCAATCTCTTACGTCTGCTCCCTGTTTATGCTCATGTTATAGATAAGTGGATTGATAAATCCGCATTTGTATTACTGCTTCAACTAT-GT------ATTGTC-TATTTGCAACATTTGATCGACAAAAAGGTAAATAGATAAACTTCCCT-CGTATCAGTA------AGCGTTTCGTCTTTAAGTTCTGTTTGATCTGCTGTAG--CTAT----CGTCTCACAGT
gi|2 : CAGTT-TCGCCGACTCTTTGAACTATAACGTTTCCCTTCATG---AC---TCATCAAGcctagagcaacactcatccagtttcgccgactctttgaactataacgtttcccttcatgactcatcaagat
gi|3 : tataaaacactccatatgtttatataacattgataccgttgttagtgtatgtaatttcaaaatggccgatattcaagatggccgctattactgattaattcttaatgcaaaacgacataaaaataacattctgatcacctttgtgattgaactataccagttaaaaccattattgaactgaatatttaccgatacggttatgctggcaagtagatgcatgcttgtccatgacatgtaaagccaatttagcatttcaagcaaagttaagtacaagagcagttttaaaacatagcgtttccatgaattgtccttgttcaaatttatatatacattccttttcgtcatgagagtaaatctactgtattttatcgatagaaaatgttgtataaaccgtaaatccatatataaacatatcagttgaaagaagtgttggtacgcctgatgaaacttgtatgttcattattaaagttttatttactactgttgaacacttaacattttcttaattgtgaaatgaagacatttgacgggctaattatatcaatgcttatgctggcttcggcttccagcttatcgattacacctggtcaatctcttacgtctgctccctgtttatgctcatgttatagataagtggattgataaatccgcatttgtattactgcttcaactatgtattgtctatttgcaacatttgatcgacaaaaaggtaaatagataaacttccctcgtatcagtaagcgtttcgtctttaagttctgtttgatctgctgtagctatcgtctcacagtcctagagcaacactcatcTATAAAACAATTCATCT--TTATATAATATTTACACCGTTGCT-AGGGTATGCAATTTCAAAATGGCCGATATTCAAGATGGCCGTTATTCACTGATTAATTCTTAACGCAAAAC--------AAAT-------------T-AT-AGC--AGTTA-----A-----AACTAT--T-ATT--GAA-CTGACTATCTAC-----T-----G-AT-C---CGA-----TT-ATGCTGAG---A--AGT----GCATGATTGTCCACGATATGTAAAGCCAATTTTGCATT-TTAGGCCAATTTA--AAAACAAGAGCAGTTTTAAAAC----CTAGCGTCTGCAATAATTGTCCTTATTCAAATTAACATGTATATTCCCCTTCGTCATAAGAGTAAAATTACTGTATTTTATTGCCAG-GAAATGTTGTA-------------CATATATAAATATATCAGTTGAAAGAAGTGCTAAATCGTCTGCTGAAACTCGTA----TGTGCGTTCATTATCTAACCTGTACTTACTACTCATGAACATTTTACATTTCCTTCAATGTGAAATTTCCTTCATTGTGAAATAAAGACATATCTCAGGGCTAATTATAT-----CAAAGCATATGCTGACTTCAGTTTCC-----ATTGATTGCATCAGATTAATATTTTAGGTCTGAT--CTGTTTATGCTATCGAAATAGGTAAGTGCATTGATCAATCCGCATTT-TATTACTGCTTCAACTACAA-------ATAGTCTTATTTGCACAATCTGGTTGACAAAGAGCTAAATAAATat
gi|4 : gtcagttaaatgcattattcatcttaatggcttaagcgtgattttctgtaaatctaaaagaaaaaaaatatttcaaaataaatcgtctttattaacattgctgtagttgtaggcaaatgtttaatgggtttggtgtttttcatttcttatgatCTTACTATTCTTGAACGTTTTACATTTTCTT-AAT----------------TGTAAAATGAAGACATTCCTC-AGGATAATCAAATAACAACAGTGCATAAGCTGGTTTTGG---CT--CTTATTGATTGCACCTCATCAACATCTTACTTCTGCTCCCTGATTATGTTTTCGTTTCATGTAAATGTATGAATCAATCCCCAT-----TTACTGCGTCAGCTAT-GAACCCGCATAATC-TATTTGCAACACCTGGTTGACATAAAGCTAAATAGATAAACTTCCCATTGTATCAGAA------AGCA-TTCACTTTTATCATTTGCTTGTCCAGATGTTC--TTTT----TGTCTCATAC--------------TTCTAAAGC-CACAT---------------------------TCTTCTATTATACCATAACAGCTGTCACCGATTCTCTAAACTATAACGTGTCCCTTTATG---ACTCTTCATCAAG
gi|5 : ATAAAATTTAAGCTTTTATTTAGGATGTGCAATTTCAAAATGGCCTATATCCAAAATG-CCACTATTCTCTAATGAATCAGTAACAAATAACAGTCAC--AAATGAATTGACTGTTTTCAT-AAC--ATTTCTGATCGTTTTAAACTAT--C-GTTTTATA-CC-ATT--TAAA---------------AC---CA------TT-AT-C---G---A--ACT----GC-TGTTCG--CATTATGTGCCA--CCAATTTCGCACT-GCAAGCGAAGTTA--AAAACAAGAG-AGTTTTTAACCTTTAATA-CGTTTGCAATAATTGTCTCAGTTCAAACTAATATGttatggggcattcaaggtatgtttttccatcttgatatatacgagtgattttcagatgttttatgaataaaatgatgtctaatttttcagcctaaaatccactcaacttgtatgtatagaaggattgaaaca
gi|8 : acagtatatagatgtttgatatatcgtttggtttgctgaagtgcctaaactgtaacaacacaaacgcgtataataaaacgtcagtaagtacaatgttcgtataaatgtttatttttctaaggcacaatttgtacaataaaatttaatatattgtcactacaccacatctagttgtggactttatcgtgttttgttatctatgttttatattcgaaaattggaaaactaaa-TATTCACTATATTTGGTTAACCAAAA----AACAAACAAAGTTT-----GAATTA------------A-TTCAATTTAAAAACCGGCTTGATCTGTTGTAC--CTGT----TGTTTCAGAGTTG--AGCGT-ATATTCTTGGGC-CACATCTTTCCATAATA---TTA-------TGCC----ATT--------ACAGCTGTCATCGAATCTCTGAACTTTAGCATTTCCATTTAGG---ACTCTTCATCAAG
8 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|6 ): ACTGATCAAGAAAGAAACGTCGAATCAAAACAGCTGTGGATAAATATATCATAATTGATGATTCACGATAAAAAATATCATAGAACGATAGAGTGTAGTGTATGGTTACGTGTAAAACGTGTTTATGCAGCAATAATTGTCGCTGTCTGAAACCTGTCTTGCAGGTGGGTATTATTGAAACAGCGGTCTAGGAAGCGAGTTGTCAAACACAGACGTCCACTGTGTGACAGCTATTCAGTACTTTCTGTTCGCTGAAAATTCCTAACAGCACAACTAAAGGCACCAACAGCTCTCGAAACGTATTTCGTAGACATGCCTGCTTTCATAATATCAAATGCTTATTGCTTATTTGTTTGAAGAATTCTCGACATTGTTATGGTTTAGAAAATCAAATTAAATCACAAAGTTGAAACTTATTTCTTTGTATTAACATGATGCTCTGTGCCATTGAATATATAACTTGACAAGAACGCACGGGGATCTACCTGCACGTCCAAATCGGGATTC
Unaligned ( gi|7 ): TAATCGTTTCATACTTCCGTGCTGACATGACATCATCATTGATATTGAATGCATTTATCTGGTAAGAGTTCTGTTATCTGAACATGTCTGGTCAAAAATGTTTATTGCTGGTTTCTACTGGGACAAACTAACATCTGCATATTTGCAACACAATATCAAGTGTTGATCTGTGTTGTCAATTTCTTAACTGAACAAAAATAACGTCCGATAAATAGTTTAAAATGTCATAAACCTTGGAATTTCATCTATGGTACCTGTGGCCGGCCTTCATTACTTCCAGATTCATATTTGCTATCTATACCATGTGAATAAGCTCCAATATTATGCACACCTGTAGTTGGATATTGATAATATAGTGATCTTGGGCGCAAGTTGTGACACATTGACGCCCACAACGTGACAGGTCTTCAGTACTTCCAGGTTTCTATTTGTTATCTATAACATGTGAATAAGCTCCCGTAGTAGTCACACCTGTAGTTGGATATTGATAATAT
Unaligned ( gi|9 ): AGTAGTTGTGTAATAGCTGCAGTAGCAGCTGCTGTGGGAAACCAATGTTGCAGTCAGTGGGTGTTAATGATATAGTAGTGTTGGGAGAAAGTGTTGACACATGATTGTCTAATACGTGACAGGTCTTCAGTAACATATCCTTAGATTTCTTATAACATAGTAGAGACGTGCTCTTGCACTGTCTATGGTAATGCAAGCAATTTCAACATACCAATGGCACTTACCTTATATTTTTTGAAATTCTCAGCATTGTTATTGTTGAATAAGTTTAATATATCTAACTCAGCCAGGCATCCTTTGTATTGGCATGAGCGACTGTGGGACAGAATAAAAATCTGGTAAAAA
Unaligned ( gi|12 ): ATCTACTCAATGGCCCACAACTTGTACAAAAAAAACGGGCAATAAATTTGACTTGTGCTATTTAAGCATAGAAAGACACTCTATTGTTCCCATTTCCGTCCTTATATGTGCCAGTTGTATAAGCTGCAGGCGTAGCAGTGGTCAGAAACCGATCCTGCATGCGGGTATTATGGTGGTATTGGGCGAGTTGTGACACATGGATTTCCACTACGTGGCAGGTCTTCAGT
Unaligned ( gi|13 ): TCCGTGCTGACATGAAATTCATATTTCTGAGTTCTGTTATCTGAACAGTTCTGGTCAAAAATAATTATTGCTGGTTTCTATTTTGACAAATAAACATCTGCATGTTAGCAACACAATATAAAGTGCTGATCTATGTTGTCAACAGAAGAAAAAAAAACGTCCGATAAAATTTAAATGATGATATTCCAAAGATGTCATGAACC
Unaligned ( gi|14 ): AGTAGTGGCCGTGTTAAACCGATCCCGCAGTTGTATTCTATCGGCATTAGGCGCCATTTGCGACAAGGGAACTCTTACTACGTCACATGTCATCGATTT
Unaligned ( gi|15 ): GGGTATTAATGATATAGGGATTTTGGATGCAATTATTACATAGTGAAATCAACAACATCGCAGGTATTCAGTACTTGCTGGTCCATGTGTTCTC
Unaligned ( gi|16 ): AATCTACTCAATGGCCCACAACTTGTACAAAAAAAACGGGCAATAA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 1 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1 1111111 222222222 11 11 2222 11 88888888888888 3333 1 6666666666666666 1 22222 111 22222 555555555 111 33333333333333 111 2222 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
lowQualScore : 1 1 88 1 1 3 2 22 0 3 999 6 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 0 2 4444444 9 555555555 3 0 00 4 33 0 6 8888 6 1 99 22222222222222 3 6666 1 0 6666666666666666 1 9 0 1 55555 3 222 0 22 1 1 1 00000 1 666666666 1 8 3 1 1 2 666 88888888888888 11 11 1 1 6666 1 444 1 1111 0 8 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 00 3 4 3 5 99
lowQualScore : . . .. . . . . .. . . ... . ................................................................................................. . . ....... . ......... . . .. . .. . . .... . . .. .............. . .... . . ................ . . . . ..... . ... . .. . . . ..... . ......... . . . . . . ... .............. .. .. . . .... . ... . .... . . .......................................................... .. . . . . ..
lowQualScore : 0 0 00 0 0 3 5 88 2 2 888 5 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 0 5 5555555 8 222222222 0 2 88 2 88 8 7 3333 7 0 33 33333333333333 7 3333 0 0 2222222222222222 2 8 0 2 00000 2 000 2 00 0 0 0 44444 0 555555555 2 0 2 0 4 5 888 55555555555555 88 88 2 0 5555 0 000 0 2222 2 8 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 55 2 0 2 0 55
consensus : TATAAAACANTCCATNTGTTTATATAANATTTANACCGTTGTT-AGGGTATGCAATTTCAAAATGGCCGATATTCAAGATGGCCGCTATTCCCTGATTAATCCTTAACGCAAAACGGTCACAAA--TNA------CGTTCT-ATAGC--GTTTATGATCG-----AACTAT--C-G--TTAAA-CCATTATTGAA-----T-----ATNTAC---CGAT-CGGTT-ATGCTGGCA--AGTAG---CACGATTGTCCACGACATGTGNAGCCAATTTCGCATT-TCAAGCGAAGTTA--AAAACAAGAGCAGTTTTAAAAC----ATAGCGTTTGCAATAATTGTCCCNGTTCAAACTAATATGTACATTCCCCTTCGTCATGAGAGTAAATTTACTGTATTTTATCGCCAGAGAAATGTTGTA------------CCATATATAAATATATCAGTTGAAAGAAGTGTTGATACGTCTGCTGAAACTCGTATGTGCGTTCATTATNAAAGCTTTACTTACTACTCTTGAACATTTTACATTTTCTT-AAT----------------TGTGAAATGAAGACATTTCTC-GGGCTAATTATAT-----CAATGCATATGCTGGCTTCGGCTTCCAGCTTATTGATTGCACCTGATCAACCTCTTACGTCTGCTCCCTGTTTATGCTCTCGNNACANGTAAGTGNATTGATCAATCCGCATTT-TATTACTGCTTCAACTAC-G-------ATAGTC-TATTTGCAACATCTGGTTGACAAAAAGCTAAATAAATAAACTTCCCG-CGTATCAGAA------AGCA-TTCANTTTTANAATCTGCTTGNCCNGNCGTNC--CTNT----TGTCTCACAGTT---G--AGC-T--ATATTC---GGC-CACA-CTCT-C---CA---T-A--------TCCTTCCATTATACCATNACAGCTGTCACCGACTCTCTAAACTATAACGTTTCCCTTTATGACTCTTCATCAAG
Reference ( family-425 ) : TATAAAACANTCCATNTGTTTATATAANATTTANACCGTTGTT-AGGGTATGCAATTTCAAAATGGCCGATATTCAAGATGGCCGCTATTCCCTGATTAATCCTTAACGCAAAACGGTCACAAA--TNA------CGTTCT-ATAGC--GTTTATGATCG-----AACTAT--C-G--TTAAA-CCATTATTNAA-----T-----ATATAC---CGA---GGTT-ATGCTGGCA--AGTAG---CATGNTTGTCCACGACATGTAAAGCCAATTTCGCATT-TCAAGCGAAGTTA--AAAACAAGAGCAGTTTTAAAAC----ATAGCGTTTGCAATAATTGTCCCNGTTCAAACTAATATGTACATTCCCCTTCGTCATGAGAGTAAATTTACTGTATTTTATCGCCAGAGAAATGTTGTA------------CCATATATAAATATATCAGTTGAAAGAAGTGTTGATACGTCTGCTGAAACTCGTAT-TGTGTTCATTATNAAAGCTTTACTTACTACTCTTGAACATTTTACATTTTCTT-AAT----------------TGTGAAATGAAGACATTTCTC-GGGCTAATTATAT-----CAATGCATATGCTGGCTTCGGTTTCCAGCTTATTGATTGCACCTGATCAACCTCTTACGTCTGCTCCCTGTTTATGCTCTCGNNACANGTAAGTGNATTGATCAATCCGCATTT-TATTACTGCTTCAACTAC-G-------ATAGTC-TATTTGCAACATCTGGTTGACAAAAAGCTAAATAAATAAACTTCCCG-CGTATCAGAA------AGCA-TTCANTTTTANAATCTGCTTGNCCNGNCGTNC--CTNT----TGTCTCACAGTT---G--AGC-T--ATATTCT-GGGC-CACATCTCT-CAAACA---TTA--------TCCTTCCATTATACCATAACAGCTGTCACCGACTCTCTAAACTATAACGTTTCCCTTTATGACTCTTCATCAAG
gi|1 : GTTTGCAATAATTGTCTCAGTTCAAACTAATATGT
gi|1 : TGATCAACCGTTCACTTCTGCTCCTTGTCCATGCTCTTAGAACAAGTAAGTGAATTGATCAATCCGCAT-----GTATTGCATCAACGACTG-------ATGGCC-TATTT---ACATGTTGTTGGCAAAAAGCTAAATAAATAAACTTCCCG-CATCTCAGAATATTTTAG-A-TGCAAGATTACAAACTACTTCTCCA-ACATCCAGGTTTAAAGTGTTTCACA-TT---GAAAAC-TTGATATT----GGCTCACAGTTCTGCAAACATTTTTAGAGTCACTTCCTTTCA-TATACCATTAAAG----------CTCTCTAAACTATAAAGTTTCTCTATATGGTCGTTCATCAAGgatcaaccgttcacttctgctccttgtccatgctcttagaacaagtaagtgaattgatcaatccgcatgtattgcatcaacgactgatggcctatttacatgttgttggcaaaaagctaaataaataaacttcccgcatctcagaatattttagatgcaagattacaaactacttctccaacatccaggtttaaagtgtttcacattgaaaacttgatattggctcacagttctgcaaacatttttagagtcacttcctttcatataccattaaagctctctaaactataaagtttctctatatggtcgttcatcaagttttggggctgtgttatgcaggtatctcatctcctcaagaactgtaaccactgatttaacatatgtgtggttatcagactttgaataaataaactgattttcaccataaacatccatcactatgtatgtataaaagtgattaatcagtttatatatacgtgctaacatatattatcgatatgaaatccatctaattggtaagagttttgttatctgaacgggcctgattaaaatccttaactacttgttactatcggaacagacagacatctgcatatttgtaacacaattataagtctgacctgtgacgataatttgttattttctaaactgaacaaaaaagaaagaaatttccaaaaaatatgacttagtatattttaaagatgccataaaacgttaaagattaatccatgattcctgattcgattgttatgttacaaggtgtatatgcttcattagtaaaccgatcctgcaggtgcatattaatgatatagtggtcgtagacgcaagttatgacacatggacgcccactacgtggtatggtattcttaagtacaacaacattcctattagcagcaaacttct
gi|10 : gtttgcaataattgtctcagttcaaactaatatgAGTAAATTTACTCTATTTTATCGCCAGAAAAATGTTGT-------------CCATATATAAATAGATCAGTTGAAAGTAGTGTTGATACGTCTGCTGAAACTAGTATATGTGTTCATTTTAAAAGCTTTACTTACTACTCTTGAACATTTTACAGTTTCTT-CAT----------------TGTGAAATGAAGACATTAC-C-GGGCTAATAATAT-----AAATACATATGCTGACTTCAGTTTCCAGTTTATTGATTGCACCTGATCAACCTCTTAAGTCTGCTCCCTGTTTATGttttggggctgtgttatgcaggtatctcatctcctcaagaactgtaaccactgatttaacatatgtgtggttatcagactttgaataaataaactgattttcaccataaacatccatcactatgtatgtataaaagtgattaatcagtttatatatacgtgctaacatatattatcgatatgaaatccatctaattggtaagagttttgttatctgaacgggcctgattaaaatccttaactacttgttactatcggaacagacagacatctgcatatttgtaacacaattataagtctgacctgtgacgataatttgttattttctaaactgaacaaaaaagaaagaaatttccaaaaaatatgacttagtatattttaaagatgccataaaacgttaaagattaatccatgattcctgattcgattgttatgttacaaggtgtatatgcttcattagtaaaccgatcctgcaggtgcatattaatgatatagtggtcgtagacgcaagttatgacacatggacgcccactacgtggtatggtattcttaagtacaacaacattcctattagcagcaaacttct
gi|11 : cGGCCGATATTCAAGATGGTCGCTGTTCCCTAATTAATCCTTAACATAAGACGGTCA-AAA--TTA------CATTCT-AT-GCATGTTTAT
gi|11 : AAA-TCATTATGTAA-----CTGATGATATACTGTCGC---GGTTGATGCGCGTACTAGTAG---C-CGACTGTTCACGACACGTGCAGCCAAGTTCGCATTGCCGACCAAGGTTATGACAACAtaggctatttgactattcctattagatttgtaatagtgtcatgccatttaaaatcattatgtaactgatgatatactgtcgcggttgatgcgcgtactagtagccgactgttcacgacacgtgcagccaagttcgcattgccgaccaaggttatgacaaca
gi|17 : ggccgatattcaagatggtcgctgttccctaattaatccttaacataagacggtcaaaattacattctatgcatgtttattaggctatttgactattcctattagatttgtaatagtgtcatgccatttaCTTCCATTTTACCATAACAGCTGTCACCGACTCTCTAAACTACA
gi|18 : ATGTACGTGAATAGAGTAATCCGCATTT-TATTACTGCTTCAA
gi|2 : tTATAAAACACTCCATATGTTTATATAACATTGATACCGTTGTT-AGTGTATGTAATTTCAAAATGGCCGATATTCAAGATGGCCGCTATTAC-TGATTAATTCTTAATGCAAAACGA-CATAAAAATAA------CATTCTGATCAC--CTTTGTGATTG-----AACTATACCAG--TTAAAACCATTATTGAACTGAAT-----ATTTAC---CGATACGGTT-ATGCTGGCA--AGTAGATGCATGCTTGTCCATGACATGTAAAGCCAATTTAGCATT-TCAAGCAAAGTTA--AGTACAAGAGCAGTTTTAAAAC----ATAGCGTTTCCATGAATTGTCCTTGTTCAAATTTATATATACATTCCTTTTCGTCATGAGAGTAAATCTACTGTATTTTATCGATAGA-AAATGTTGTATAAACCGTAAATCCATATATAAACATATCAGTTGAAAGAAGTGTTGGTACGCCTGATGAAACTTGTAT----GTTCATTATTAAAGTTTTATTTACTACTGTTGAACACTTAACATTTTCTT-AAT----------------TGTGAAATGAAGACATTTGAC-GGGCTAATTATAT-----CAATGCTTATGCTGGCTTCGGCTTCCAGCTTATCGATTACACCTGGTCAATCTCTTACGTCTGCTCCCTGTTTATGCTCATGTTATAGATAAGTGGATTGATAAATCCGCATTTGTATTACTGCTTCAACTAT-GT------ATTGTC-TATTTGCAACATTTGATCGACAAAAAGGTAAATAGATAAACTTCCCT-CGTATCAGTA------AGCGTTTCGTCTTTAAGTTCTGTTTGATCTGCTGTAG--CTAT----CGTCTCACAGTCCTAG--AGC-A--ACACTC
gi|2 : CAGTT-TCGCCGACTCTTTGAACTATAACGTTTCCCTTCATGAC---TCATCAAGatccagtttcgccgactctttgaactataacgtttcccttcatgactcatcaagat
gi|3 : tataaaacactccatatgtttatataacattgataccgttgttagtgtatgtaatttcaaaatggccgatattcaagatggccgctattactgattaattcttaatgcaaaacgacataaaaataacattctgatcacctttgtgattgaactataccagttaaaaccattattgaactgaatatttaccgatacggttatgctggcaagtagatgcatgcttgtccatgacatgtaaagccaatttagcatttcaagcaaagttaagtacaagagcagttttaaaacatagcgtttccatgaattgtccttgttcaaatttatatatacattccttttcgtcatgagagtaaatctactgtattttatcgatagaaaatgttgtataaaccgtaaatccatatataaacatatcagttgaaagaagtgttggtacgcctgatgaaacttgtatgttcattattaaagttttatttactactgttgaacacttaacattttcttaattgtgaaatgaagacatttgacgggctaattatatcaatgcttatgctggcttcggcttccagcttatcgattacacctggtcaatctcttacgtctgctccctgtttatgctcatgttatagataagtggattgataaatccgcatttgtattactgcttcaactatgtattgtctatttgcaacatttgatcgacaaaaaggtaaatagataaacttccctcgtatcagtaagcgtttcgtctttaagttctgtttgatctgctgtagctatcgtctcacagtcctagagcaacactcatcTATAAAACAATTCATCT--TTATATAATATTTACACCGTTGCT-AGGGTATGCAATTTCAAAATGGCCGATATTCAAGATGGCCGTTATTCACTGATTAATTCTTAACGCAAA------ACAAA--T-------------T-ATAGC--AGTTA-----A-----AACTAT--T-A--TTGAA-C------TGAC-----T-----ATCTAC---TGATCCGATT-ATGCTGAGA--AGT-G---CATGATTGTCCACGATATGTAAAGCCAATTTTGCATT-TTAGGCCAATTTA--AAAACAAGAGCAGTTTTAAAAC----CTAGCGTCTGCAATAATTGTCCTTATTCAAATTAACATGTATATTCCCCTTCGTCATAAGAGTAAAATTACTGTATTTTATTGCCAG-GAAATGTTGTA-------------CATATATAAATATATCAGTTGAAAGAAGTGCTAAATCGTCTGCTGAAACTCGTATGTGCGTTCATTATCTAACCTGTACTTACTACTCATGAACATTTTACATTTCCTTCAATGTGAAATTTCCTTCATTGTGAAATAAAGACATATCTCAGGGCTAATTATAT-----CAAAGCATATGCTGACTTCAGTTTCC-----ATTGATTGCATCAGATTAATATTTTAGGTCTGAT--CTGTTTATGCTATCGAAATAGGTAAGTGCATTGATCAATCCGCATTT-TATTACTGCTTCAACTACAA-------ATAGTCTTATTTGCACAATCTGGTTGACAAAGAGCTAAATAAATat
gi|4 : gtcagttaaatgcattattcatcttaatggcttaagcgtgattttctgtaaatctaaaagaaaaaaaatatttcaaaataaatcgtctttattaacattgctgtagttgtaggcaaatgtttaatgggtttggtgtttttcatttcttatgatCTTACTATTCTTGAACGTTTTACATTTTCTT-AAT----------------TGTAAAATGAAGACATTCCTC-AGGATAATCAAATAACAACAGTGCATAAGCTGGTTTTGGCT-----CTTATTGATTGCACCTCATCAACATCTTACTTCTGCTCCCTGATTATGTTTTCGTTTCATGTAAATGTATGAATCAATCCCCAT-----TTACTGCGTCAGCTAT-GAACCCGCATAATC-TATTTGCAACACCTGGTTGACATAAAGCTAAATAGATAAACTTCCCATTGTATCAGAA------AGCA-TTCACTTTTATCATTTGCTTGTCCAGATGTTC--TTTT----TGTCTCATACTT--------C-T--AAA-------GC-CAC------------------A--------TTCTTCTATTATACCATAACAGCTGTCACCGATTCTCTAAACTATAACGTGTCCCTTTATGACTCTTCATCAAG
gi|5 : ATAAAATTTAAGCTTTTATTTAGGATGTGCAATTTCAAAATGGCCTATATCCAAAAT-GCCACTATTCTCTAATGAATCAGTAACAAATAACAGTCACAAA--TGAATTGACTGTTTTCATAAC--ATTTCTGATCGTTTTAAACTAT--C-GTTTTATA-CCAT--TTAAA---------------AC---C------ATT-AT-----CG--AACTG---C-----TGTTCGCATTATGTGCCACCAATTTCGCACT-GCAAGCGAAGTTA--AAAACAAGAG-AGTTTTTAACCTTTAATA-CGTTTGCAATAATTGTCTCAGTTCAAACTAATATGttatggggcattcaaggtatgtttttccatcttgatatatacgagtgattttcagatgttttatgaataaaatgatgtctaatttttcagcctaaaatccactcaacttgtatgtatagaaggattgaaaca
gi|8 : acagtatatagatgtttgatatatcgtttggtttgctgaagtgcctaaactgtaacaacacaaacgcgtataataaaacgtcagtaagtacaatgttcgtataaatgtttatttttctaaggcacaatttgtacaataaaatttaatatattgtcactacaccacatctagttgtggactttatcgtgttttgttatctatgttttatattcgaaaattggaaaactaaa-TATTCACTATATTTGGTTAACCAAAA----AACAAACAAAGTTT-----GAATTA------------A-TTCAATTTAAAAACCGGCTTGATCTGTTGTAC--CTGT----TGTTTCAGAGTT---G--AGCGT--ATATTCTTGGGC-CACATCTTT-C---CA---TAA--------T------ATTATGCCATTACAGCTGTCATCGAATCTCTGAACTTTAGCATTTCCATTTAGGACTCTTCATCAAG
8 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|6 ): ACTGATCAAGAAAGAAACGTCGAATCAAAACAGCTGTGGATAAATATATCATAATTGATGATTCACGATAAAAAATATCATAGAACGATAGAGTGTAGTGTATGGTTACGTGTAAAACGTGTTTATGCAGCAATAATTGTCGCTGTCTGAAACCTGTCTTGCAGGTGGGTATTATTGAAACAGCGGTCTAGGAAGCGAGTTGTCAAACACAGACGTCCACTGTGTGACAGCTATTCAGTACTTTCTGTTCGCTGAAAATTCCTAACAGCACAACTAAAGGCACCAACAGCTCTCGAAACGTATTTCGTAGACATGCCTGCTTTCATAATATCAAATGCTTATTGCTTATTTGTTTGAAGAATTCTCGACATTGTTATGGTTTAGAAAATCAAATTAAATCACAAAGTTGAAACTTATTTCTTTGTATTAACATGATGCTCTGTGCCATTGAATATATAACTTGACAAGAACGCACGGGGATCTACCTGCACGTCCAAATCGGGATTC
Unaligned ( gi|7 ): TAATCGTTTCATACTTCCGTGCTGACATGACATCATCATTGATATTGAATGCATTTATCTGGTAAGAGTTCTGTTATCTGAACATGTCTGGTCAAAAATGTTTATTGCTGGTTTCTACTGGGACAAACTAACATCTGCATATTTGCAACACAATATCAAGTGTTGATCTGTGTTGTCAATTTCTTAACTGAACAAAAATAACGTCCGATAAATAGTTTAAAATGTCATAAACCTTGGAATTTCATCTATGGTACCTGTGGCCGGCCTTCATTACTTCCAGATTCATATTTGCTATCTATACCATGTGAATAAGCTCCAATATTATGCACACCTGTAGTTGGATATTGATAATATAGTGATCTTGGGCGCAAGTTGTGACACATTGACGCCCACAACGTGACAGGTCTTCAGTACTTCCAGGTTTCTATTTGTTATCTATAACATGTGAATAAGCTCCCGTAGTAGTCACACCTGTAGTTGGATATTGATAATAT
Unaligned ( gi|9 ): AGTAGTTGTGTAATAGCTGCAGTAGCAGCTGCTGTGGGAAACCAATGTTGCAGTCAGTGGGTGTTAATGATATAGTAGTGTTGGGAGAAAGTGTTGACACATGATTGTCTAATACGTGACAGGTCTTCAGTAACATATCCTTAGATTTCTTATAACATAGTAGAGACGTGCTCTTGCACTGTCTATGGTAATGCAAGCAATTTCAACATACCAATGGCACTTACCTTATATTTTTTGAAATTCTCAGCATTGTTATTGTTGAATAAGTTTAATATATCTAACTCAGCCAGGCATCCTTTGTATTGGCATGAGCGACTGTGGGACAGAATAAAAATCTGGTAAAAA
Unaligned ( gi|12 ): ATCTACTCAATGGCCCACAACTTGTACAAAAAAAACGGGCAATAAATTTGACTTGTGCTATTTAAGCATAGAAAGACACTCTATTGTTCCCATTTCCGTCCTTATATGTGCCAGTTGTATAAGCTGCAGGCGTAGCAGTGGTCAGAAACCGATCCTGCATGCGGGTATTATGGTGGTATTGGGCGAGTTGTGACACATGGATTTCCACTACGTGGCAGGTCTTCAGT
Unaligned ( gi|13 ): TCCGTGCTGACATGAAATTCATATTTCTGAGTTCTGTTATCTGAACAGTTCTGGTCAAAAATAATTATTGCTGGTTTCTATTTTGACAAATAAACATCTGCATGTTAGCAACACAATATAAAGTGCTGATCTATGTTGTCAACAGAAGAAAAAAAAACGTCCGATAAAATTTAAATGATGATATTCCAAAGATGTCATGAACC
Unaligned ( gi|14 ): AGTAGTGGCCGTGTTAAACCGATCCCGCAGTTGTATTCTATCGGCATTAGGCGCCATTTGCGACAAGGGAACTCTTACTACGTCACATGTCATCGATTT
Unaligned ( gi|15 ): GGGTATTAATGATATAGGGATTTTGGATGCAATTATTACATAGTGAAATCAACAACATCGCAGGTATTCAGTACTTGCTGGTCCATGTGTTCTC
Unaligned ( gi|16 ): AATCTACTCAATGGCCCACAACTTGTACAAAAAAAACGGGCAATAA
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 1 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 11 11 2222 11 88888888888888 11 1 6666666666666666 1 22222 111 22222 555555555 111 33333333333333 111 2222 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888
lowQualScore : 1 1 88 1 1 3 2 22 0 3 999 6 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 3 0 1 0 00 4 33 0 6 8888 6 1 99 22222222222222 3 00 1 0 6666666666666666 1 9 0 1 55555 3 222 0 22 1 1 1 00000 1 666666666 1 8 3 1 1 2 666 88888888888888 11 11 1 1 6666 1 444 1 1111 0 8 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1 3 3 5 99
lowQualScore : . . .. . . . . .. . . ... . ........................................................................................................................ . . . . .. . .. . . .... . . .. .............. . .. . . ................ . . . . ..... . ... . .. . . . ..... . ......... . . . . . . ... .............. .. .. . . .... . ... . .... . . .............................................................. . . . . ..
lowQualScore : 0 0 00 0 0 3 5 88 2 2 888 5 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 2 8 0 2 88 2 88 8 7 3333 7 0 33 33333333333333 7 33 0 0 2222222222222222 2 8 0 2 00000 2 000 2 00 0 0 0 44444 0 555555555 2 0 2 0 4 5 888 55555555555555 88 88 2 0 5555 0 000 0 2222 2 8 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 0 8 2 0 55
consensus : TATAAAACANTCCATNTGTTTATATAANATTTANACCGTTGTT-AGGGTATGCAATTTCAAAATGGCCGATATTCAAGATGGCCGCTATTCCCTGATTAATCCTTAACGCAAAACGGTCACAAA--TNA------CGTTCT-ATAGC--GTTTATGATCG-----AACTAT--C-GTT--AAA-CCATTAT-----TGAN-----TATNTACCGAT-CG--GTT-ATGCTGGCA--AGTAG---CACGACTGTCCACGACATGTGNAGCCAATTTCGCATT-TCAAGCGAAGTTA--AAAACAAGAGCAGTTTTAAAAC----ATAGCGTTTGCAATAATTGTCCCNGTTCAAACTAATATGTACATTCCCCTTCGTCATGAGAGTAAATTTACTGTATTTTATCGCCAGAGAAATGTTGTA------------CCATATATAAATATATCAGTTGAAAGAAGTGTTGATACGTCTGCTGAAACTCGTATGTGCGTTCATTATNAAAGCTTTACTTACTACTCTTGAACATTTTACATTTTCTT-AAT----------------TGTGAAATGAAGACATTTCTC-GGGCTAATTATAT-----CAATGCATATGCTGGCTTCGGCTTCCAGCTTATTGATTGCACCTGATCAACCTCTTACGTCTGCTCCCTGTTTATGCTCTCGNNACANGTAAGTGNATTGATCAATCCGCATTT-TATTACTGCTTCAACTAC-G-------ATAGTC-TATTTGCAACATCTGGTTGACAAAAAGCTAAATAAATAAACTTCCCG-CGTATCAGAA------AGCA-TTCANTTTTANAATCTGCTTGNCCNGNCGTNC--CTNT----TGTCTCACAGTTG--AGC-T--ANATT----GGC-CACA-CTCT-CA--------TAG-------TCCTTCCATTATACCATNACAGCTGTCACCGACTCTCTAAACTATAACGTTTCCCTTTATGACTCTTCATCAAG
Reference ( family-425 ) : TATAAAACANTCCATNTGTTTATATAANATTTANACCGTTGTT-AGGGTATGCAATTTCAAAATGGCCGATATTCAAGATGGCCGCTATTCCCTGATTAATCCTTAACGCAAAACGGTCACAAA--TNA------CGTTCT-ATAGC--GTTTATGATCG-----AACTAT--C-GTT--AAA-CCATTAT-----TGAA-----TATNTACCGAT-CG--GTT-ATGCTGGCA--AGTAG---CACGATTGTCCACGACATGTGNAGCCAATTTCGCATT-TCAAGCGAAGTTA--AAAACAAGAGCAGTTTTAAAAC----ATAGCGTTTGCAATAATTGTCCCNGTTCAAACTAATATGTACATTCCCCTTCGTCATGAGAGTAAATTTACTGTATTTTATCGCCAGAGAAATGTTGTA------------CCATATATAAATATATCAGTTGAAAGAAGTGTTGATACGTCTGCTGAAACTCGTATGTGCGTTCATTATNAAAGCTTTACTTACTACTCTTGAACATTTTACATTTTCTT-AAT----------------TGTGAAATGAAGACATTTCTC-GGGCTAATTATAT-----CAATGCATATGCTGGCTTCGGCTTCCAGCTTATTGATTGCACCTGATCAACCTCTTACGTCTGCTCCCTGTTTATGCTCTCGNNACANGTAAGTGNATTGATCAATCCGCATTT-TATTACTGCTTCAACTAC-G-------ATAGTC-TATTTGCAACATCTGGTTGACAAAAAGCTAAATAAATAAACTTCCCG-CGTATCAGAA------AGCA-TTCANTTTTANAATCTGCTTGNCCNGNCGTNC--CTNT----TGTCTCACAGTTG--AGC-T--ATATTC---GGC-CACA-CTCTCCA--------TA--------TCCTTCCATTATACCATNACAGCTGTCACCGACTCTCTAAACTATAACGTTTCCCTTTATGACTCTTCATCAAG
gi|1 : GTTTGCAATAATTGTCTCAGTTCAAACTAATATGT
gi|1 : TGATCAACCGTTCACTTCTGCTCCTTGTCCATGCTCTTAGAACAAGTAAGTGAATTGATCAATCCGCAT-----GTATTGCATCAACGACTG-------ATGGCC-TATTT---ACATGTTGTTGGCAAAAAGCTAAATAAATAAACTTCCCG-CATCTCAGAATATTTTAG-A-TGCAAGATTACAAACTACTTCTCCA-ACATCCAGGTTTAAAGTGTTTCACA-TTGAAAAC-TTGATATT----GGCTCACAGTTCTGCAAACATTTTTAGAGTCACTTCCTTTCA-TATACCATTAAAG----------CTCTCTAAACTATAAAGTTTCTCTATATGGTCGTTCATCAAGgatcaaccgttcacttctgctccttgtccatgctcttagaacaagtaagtgaattgatcaatccgcatgtattgcatcaacgactgatggcctatttacatgttgttggcaaaaagctaaataaataaacttcccgcatctcagaatattttagatgcaagattacaaactacttctccaacatccaggtttaaagtgtttcacattgaaaacttgatattggctcacagttctgcaaacatttttagagtcacttcctttcatataccattaaagctctctaaactataaagtttctctatatggtcgttcatcaagttttggggctgtgttatgcaggtatctcatctcctcaagaactgtaaccactgatttaacatatgtgtggttatcagactttgaataaataaactgattttcaccataaacatccatcactatgtatgtataaaagtgattaatcagtttatatatacgtgctaacatatattatcgatatgaaatccatctaattggtaagagttttgttatctgaacgggcctgattaaaatccttaactacttgttactatcggaacagacagacatctgcatatttgtaacacaattataagtctgacctgtgacgataatttgttattttctaaactgaacaaaaaagaaagaaatttccaaaaaatatgacttagtatattttaaagatgccataaaacgttaaagattaatccatgattcctgattcgattgttatgttacaaggtgtatatgcttcattagtaaaccgatcctgcaggtgcatattaatgatatagtggtcgtagacgcaagttatgacacatggacgcccactacgtggtatggtattcttaagtacaacaacattcctattagcagcaaacttct
gi|10 : gtttgcaataattgtctcagttcaaactaatatgAGTAAATTTACTCTATTTTATCGCCAGAAAAATGTTGT-------------CCATATATAAATAGATCAGTTGAAAGTAGTGTTGATACGTCTGCTGAAACTAGTATATGTGTTCATTTTAAAAGCTTTACTTACTACTCTTGAACATTTTACAGTTTCTT-CAT----------------TGTGAAATGAAGACATTAC-C-GGGCTAATAATAT-----AAATACATATGCTGACTTCAGTTTCCAGTTTATTGATTGCACCTGATCAACCTCTTAAGTCTGCTCCCTGTTTATGttttggggctgtgttatgcaggtatctcatctcctcaagaactgtaaccactgatttaacatatgtgtggttatcagactttgaataaataaactgattttcaccataaacatccatcactatgtatgtataaaagtgattaatcagtttatatatacgtgctaacatatattatcgatatgaaatccatctaattggtaagagttttgttatctgaacgggcctgattaaaatccttaactacttgttactatcggaacagacagacatctgcatatttgtaacacaattataagtctgacctgtgacgataatttgttattttctaaactgaacaaaaaagaaagaaatttccaaaaaatatgacttagtatattttaaagatgccataaaacgttaaagattaatccatgattcctgattcgattgttatgttacaaggtgtatatgcttcattagtaaaccgatcctgcaggtgcatattaatgatatagtggtcgtagacgcaagttatgacacatggacgcccactacgtggtatggtattcttaagtacaacaacattcctattagcagcaaacttct
gi|11 : cGGCCGATATTCAAGATGGTCGCTGTTCCCTAATTAATCCTTAACATAAGACGGTCA-AAA--TTA------CATTCT-AT-GCATGTTTAT
gi|11 : --AAA-TCATTATGTAACTGAT-----GATATACTG-T-CGCGGTTGATGCGCGTACTAGTAG---C-CGACTGTTCACGACACGTGCAGCCAAGTTCGCATTGCCGACCAAGGTTATGACAACAtaggctatttgactattcctattagatttgtaatagtgtcatgccatttaaaatcattatgtaactgatgatatactgtcgcggttgatgcgcgtactagtagccgactgttcacgacacgtgcagccaagttcgcattgccgaccaaggttatgacaaca
gi|17 : ggccgatattcaagatggtcgctgttccctaattaatccttaacataagacggtcaaaattacattctatgcatgtttattaggctatttgactattcctattagatttgtaatagtgtcatgccatttaCTTCCATTTTACCATAACAGCTGTCACCGACTCTCTAAACTACA
gi|18 : ATGTACGTGAATAGAGTAATCCGCATTT-TATTACTGCTTCAA
gi|2 : tTATAAAACACTCCATATGTTTATATAACATTGATACCGTTGTT-AGTGTATGTAATTTCAAAATGGCCGATATTCAAGATGGCCGCTATTAC-TGATTAATTCTTAATGCAAAACGA-CATAAAAATAA------CATTCTGATCAC--CTTTGTGATTG-----AACTATACCAGTT--AAAACCATTAT-----TGAACTGAATATTTACCGATACG--GTT-ATGCTGGCA--AGTAGATGCATGCTTGTCCATGACATGTAAAGCCAATTTAGCATT-TCAAGCAAAGTTA--AGTACAAGAGCAGTTTTAAAAC----ATAGCGTTTCCATGAATTGTCCTTGTTCAAATTTATATATACATTCCTTTTCGTCATGAGAGTAAATCTACTGTATTTTATCGATAGA-AAATGTTGTATAAACCGTAAATCCATATATAAACATATCAGTTGAAAGAAGTGTTGGTACGCCTGATGAAACTTGTATGT----TCATTATTAAAGTTTTATTTACTACTGTTGAACACTTAACATTTTCTT-AAT----------------TGTGAAATGAAGACATTTGAC-GGGCTAATTATAT-----CAATGCTTATGCTGGCTTCGGCTTCCAGCTTATCGATTACACCTGGTCAATCTCTTACGTCTGCTCCCTGTTTATGCTCATGTTATAGATAAGTGGATTGATAAATCCGCATTTGTATTACTGCTTCAACTAT-GT------ATTGTC-TATTTGCAACATTTGATCGACAAAAAGGTAAATAGATAAACTTCCCT-CGTATCAGTA------AGCGTTTCGTCTTTAAGTTCTGTTTGATCTGCTGTAG--CTAT----CGTCTCACAGTC-----C-T--AGA-------GC-AACA-CTC-------------A--------TC-----------------CAGTT-TCGCCGACTCTTTGAACTATAACGTTTCCCTTCATGAC---TCATCAAG
gi|3 : TATAAAACAATTCATCT--TTATATAATATTTACACCGTTGCT-AGGGTATGCAATTTCAAAATGGCCGATATTCAAGATGGCCGTTATTCACTGATTAATTCTTAACGCAAA------ACAAA--T-------------T-ATAGC--AGTTA-----A-----AACTAT--T-ATT--GAA-C-----------TGAC-----TATCTACTGATCCG--ATT-ATGCTGAGA--AGT-G---CATGATTGTCCACGATATGTAAAGCCAATTTTGCATT-TTAGGCCAATTTA--AAAACAAGAGCAGTTTTAAAAC----CTAGCGTCTGCAATAATTGTCCTTATTCAAATTAACATGTATATTCCCCTTCGTCATAAGAGTAAAATTACTGTATTTTATTGCCAG-GAAATGTTGTA-------------CATATATAAATATATCAGTTGAAAGAAGTGCTAAATCGTCTGCTGAAACTCGTATGTGCGTTCATTATCTAACCTGTACTTACTACTCATGAACATTTTACATTTCCTTCAATGTGAAATTTCCTTCATTGTGAAATAAAGACATATCTCAGGGCTAATTATAT-----CAAAGCATATGCTGACTTCAGTTTCC-----ATTGATTGCATCAGATTAATATTTTAGGTCTGAT--CTGTTTATGCTATCGAAATAGGTAAGTGCATTGATCAATCCGCATTT-TATTACTGCTTCAACTACAA-------ATAGTCTTATTTGCACAATCTGGTTGACAAAGAGCTAAATAAATat
gi|4 : gtcagttaaatgcattattcatcttaatggcttaagcgtgattttctgtaaatctaaaagaaaaaaaatatttcaaaataaatcgtctttattaacattgctgtagttgtaggcaaatgtttaatgggtttggtgtttttcatttcttatgatCTTACTATTCTTGAACGTTTTACATTTTCTT-AAT----------------TGTAAAATGAAGACATTCCTC-AGGATAATCAAATAACAACAGTGCATAAGCTGGTTTTGGCT-----CTTATTGATTGCACCTCATCAACATCTTACTTCTGCTCCCTGATTATGTTTTCGTTTCATGTAAATGTATGAATCAATCCCCAT-----TTACTGCGTCAGCTAT-GAACCCGCATAATC-TATTTGCAACACCTGGTTGACATAAAGCTAAATAGATAAACTTCCCATTGTATCAGAA------AGCA-TTCACTTTTATCATTTGCTTGTCCAGATGTTC--TTTT----TGTCTCATACTT-----C-T--AAA-------GC-CAC------------------A--------TTCTTCTATTATACCATAACAGCTGTCACCGATTCTCTAAACTATAACGTGTCCCTTTATGACTCTTCATCAAG
gi|5 : ATAAAATTTAAGCTTTTATTTAGGATGTGCAATTTCAAAATGGCCTATATCCAAAATG-CCACTATTCTCTAATGAATCAGTAACAAATAACAGTCACAAA--TGAATTGACTGTTTTCATAAC--ATTTCTGATCGTTTTAAACTAT--C-GTTTTATA-CCATT-------TAAA----------ACCA--------TT-AT-----CG--A--------ACTGCTGTTCGCATTATGTGCCACCAATTTCGCACT-GCAAGCGAAGTTA--AAAACAAGAG-AGTTTTTAACCTTTAATA-CGTTTGCAATAATTGTCTCAGTTCAAACTAATATGttatggggcattcaaggtatgtttttccatcttgatatatacgagtgattttcagatgttttatgaataaaatgatgtctaatttttcagcctaaaatccactcaacttgtatgtatagaaggattgaaaca
gi|8 : acagtatatagatgtttgatatatcgtttggtttgctgaagtgcctaaactgtaacaacacaaacgcgtataataaaacgtcagtaagtacaatgttcgtataaatgtttatttttctaaggcacaatttgtacaataaaatttaatatattgtcactacaccacatctagttgtggactttatcgtgttttgttatctatgttttatattcgaaaattggaaaactaaa-TATTCACTATATTTGGTTAACCAAAA----AACAAACAAAGTTT-----GAATTA------------A-TTCAATTTAAAAACCGGCTTGATCTGTTGTAC--CTGT----TGTTTCAGAGTTG--AGCGT--ATATTCTTGGGC-CACATCTTTCCA--------TAA-------T------ATTATGCCATTACAGCTGTCATCGAATCTCTGAACTTTAGCATTTCCATTTAGGACTCTTCATCAAG
8 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|6 ): ACTGATCAAGAAAGAAACGTCGAATCAAAACAGCTGTGGATAAATATATCATAATTGATGATTCACGATAAAAAATATCATAGAACGATAGAGTGTAGTGTATGGTTACGTGTAAAACGTGTTTATGCAGCAATAATTGTCGCTGTCTGAAACCTGTCTTGCAGGTGGGTATTATTGAAACAGCGGTCTAGGAAGCGAGTTGTCAAACACAGACGTCCACTGTGTGACAGCTATTCAGTACTTTCTGTTCGCTGAAAATTCCTAACAGCACAACTAAAGGCACCAACAGCTCTCGAAACGTATTTCGTAGACATGCCTGCTTTCATAATATCAAATGCTTATTGCTTATTTGTTTGAAGAATTCTCGACATTGTTATGGTTTAGAAAATCAAATTAAATCACAAAGTTGAAACTTATTTCTTTGTATTAACATGATGCTCTGTGCCATTGAATATATAACTTGACAAGAACGCACGGGGATCTACCTGCACGTCCAAATCGGGATTC
Unaligned ( gi|7 ): TAATCGTTTCATACTTCCGTGCTGACATGACATCATCATTGATATTGAATGCATTTATCTGGTAAGAGTTCTGTTATCTGAACATGTCTGGTCAAAAATGTTTATTGCTGGTTTCTACTGGGACAAACTAACATCTGCATATTTGCAACACAATATCAAGTGTTGATCTGTGTTGTCAATTTCTTAACTGAACAAAAATAACGTCCGATAAATAGTTTAAAATGTCATAAACCTTGGAATTTCATCTATGGTACCTGTGGCCGGCCTTCATTACTTCCAGATTCATATTTGCTATCTATACCATGTGAATAAGCTCCAATATTATGCACACCTGTAGTTGGATATTGATAATATAGTGATCTTGGGCGCAAGTTGTGACACATTGACGCCCACAACGTGACAGGTCTTCAGTACTTCCAGGTTTCTATTTGTTATCTATAACATGTGAATAAGCTCCCGTAGTAGTCACACCTGTAGTTGGATATTGATAATAT
Unaligned ( gi|9 ): AGTAGTTGTGTAATAGCTGCAGTAGCAGCTGCTGTGGGAAACCAATGTTGCAGTCAGTGGGTGTTAATGATATAGTAGTGTTGGGAGAAAGTGTTGACACATGATTGTCTAATACGTGACAGGTCTTCAGTAACATATCCTTAGATTTCTTATAACATAGTAGAGACGTGCTCTTGCACTGTCTATGGTAATGCAAGCAATTTCAACATACCAATGGCACTTACCTTATATTTTTTGAAATTCTCAGCATTGTTATTGTTGAATAAGTTTAATATATCTAACTCAGCCAGGCATCCTTTGTATTGGCATGAGCGACTGTGGGACAGAATAAAAATCTGGTAAAAA
Unaligned ( gi|12 ): ATCTACTCAATGGCCCACAACTTGTACAAAAAAAACGGGCAATAAATTTGACTTGTGCTATTTAAGCATAGAAAGACACTCTATTGTTCCCATTTCCGTCCTTATATGTGCCAGTTGTATAAGCTGCAGGCGTAGCAGTGGTCAGAAACCGATCCTGCATGCGGGTATTATGGTGGTATTGGGCGAGTTGTGACACATGGATTTCCACTACGTGGCAGGTCTTCAGT
Unaligned ( gi|13 ): TCCGTGCTGACATGAAATTCATATTTCTGAGTTCTGTTATCTGAACAGTTCTGGTCAAAAATAATTATTGCTGGTTTCTATTTTGACAAATAAACATCTGCATGTTAGCAACACAATATAAAGTGCTGATCTATGTTGTCAACAGAAGAAAAAAAAACGTCCGATAAAATTTAAATGATGATATTCCAAAGATGTCATGAACC
Unaligned ( gi|14 ): AGTAGTGGCCGTGTTAAACCGATCCCGCAGTTGTATTCTATCGGCATTAGGCGCCATTTGCGACAAGGGAACTCTTACTACGTCACATGTCATCGATTT
Unaligned ( gi|15 ): GGGTATTAATGATATAGGGATTTTGGATGCAATTATTACATAGTGAAATCAACAACATCGCAGGTATTCAGTACTTGCTGGTCCATGTGTTCTC
Unaligned ( gi|16 ): AATCTACTCAATGGCCCACAACTTGTACAAAAAAAACGGGCAATAA
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 1 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 222222 11 1 222222222222222 11 11 2222 11 88888888888888 11 1 6666666666666666 1 22222 111 22222 555555555 111 33333333333333 111 2222 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888
lowQualScore : 1 1 88 1 1 3 2 22 0 3 999 6 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 1 111111 33 0 2 888888888888888 3 0 1 0 00 4 33 0 6 8888 6 1 99 22222222222222 3 00 1 0 6666666666666666 1 9 0 1 55555 3 222 0 22 1 1 1 00000 1 666666666 1 8 3 1 1 2 666 88888888888888 11 11 1 1 6666 1 444 1 1111 0 8 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 1 11 3 5 99
lowQualScore : . . .. . . . . .. . . ... . ................................................................................ . ...... .. . . ............... . . . . .. . .. . . .... . . .. .............. . .. . . ................ . . . . ..... . ... . .. . . . ..... . ......... . . . . . . ... .............. .. .. . . .... . ... . .... . . .............................................................. . .. . . ..
lowQualScore : 0 0 00 0 0 3 5 88 2 2 888 5 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 0 555555 88 0 5 000000000000000 2 8 0 2 88 2 88 8 7 3333 7 0 33 33333333333333 7 33 0 0 2222222222222222 2 8 0 2 00000 2 000 2 00 0 0 0 44444 0 555555555 2 0 2 0 4 5 888 55555555555555 88 88 2 0 5555 0 000 0 2222 2 8 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 0 88 2 0 55
consensus : TATAAAACANTCCATNTGTTTATATAANATTTANACCGTTGTT-AGGGTATGCAATTTCAAAATGGCCGATATTCAAGATGGCCGCTATTCCCTGATTAATCCTTAACGCAAAACGGTCACAAA--TNA------CGTTCT-ATAGC--GTTTATGATCG-----AACTAT--C-GTTAAA-CCATTAT-----TGAC-----TATTTACCGAT-CG--GTT-ATGCTGGCA--AGTAG---CACGACTGTCCACGACATGTGNAGCCAATTTCGCATT-TCAAGCGAAGTTA--AAAACAAGAGCAGTTTTAAAAC----ATAGCGTTTGCAATAATTGTCCCNGTTCAAACTAATATGTACATTCCCCTTCGTCATGAGAGTAAATTTACTGTATTTTATCGCCAGAGAAATGTTGTA------------CCATATATAAATATATCAGTTGAAAGAAGTGTTGATACGTCTGCTGAAACTCGTATGTGCGTTCATTATNAAAGCTTTACTTACTACTCTTGAACATTTTACATTTTCTT-AAT----------------TGTGAAATGAAGACATTTCTC-GGGCTAATTATAT-----CAATGCATATGCTGGCTTCGGCTTCCAGCTTATTGATTGCACCTGATCAACCTCTTACGTCTGCTCCCTGTTTATGCTCTCGNNACANGTAAGTGNATTGATCAATCCGCATTT-TATTACTGCTTCAACTAC-G-------ATAGTC-TATTTGCAACATCTGGTTGACAAAAAGCTAAATAAATAAACTTCCCG-CGTATCAGAA------AGCA-TTCANTTTTANAATCTGCTTGNCCNGNCGTNC--CTNT----TGTCTCACAGTTG--AGC-T--ANATT----GGC-CACA-CTCT-----C-AT------AGTC-CTTCCAT---TATACCATNACAGCTGTCACCGACTCTCTAAACTATAACGTTTCCCTTTATGACTCTTCATCAAG
Reference ( family-425 ) : TATAAAACANTCCATNTGTTTATATAANATTTANACCGTTGTT-AGGGTATGCAATTTCAAAATGGCCGATATTCAAGATGGCCGCTATTCCCTGATTAATCCTTAACGCAAAACGGTCACAAA--TNA------CGTTCT-ATAGC--GTTTATGATCG-----AACTAT--C-GTTAAA-CCATTAT-----TGAN-----TATNTACCGAT-CG--GTT-ATGCTGGCA--AGTAG---CACGACTGTCCACGACATGTGNAGCCAATTTCGCATT-TCAAGCGAAGTTA--AAAACAAGAGCAGTTTTAAAAC----ATAGCGTTTGCAATAATTGTCCCNGTTCAAACTAATATGTACATTCCCCTTCGTCATGAGAGTAAATTTACTGTATTTTATCGCCAGAGAAATGTTGTA------------CCATATATAAATATATCAGTTGAAAGAAGTGTTGATACGTCTGCTGAAACTCGTATGTGCGTTCATTATNAAAGCTTTACTTACTACTCTTGAACATTTTACATTTTCTT-AAT----------------TGTGAAATGAAGACATTTCTC-GGGCTAATTATAT-----CAATGCATATGCTGGCTTCGGCTTCCAGCTTATTGATTGCACCTGATCAACCTCTTACGTCTGCTCCCTGTTTATGCTCTCGNNACANGTAAGTGNATTGATCAATCCGCATTT-TATTACTGCTTCAACTAC-G-------ATAGTC-TATTTGCAACATCTGGTTGACAAAAAGCTAAATAAATAAACTTCCCG-CGTATCAGAA------AGCA-TTCANTTTTANAATCTGCTTGNCCNGNCGTNC--CTNT----TGTCTCACAGTTG--AGC-T--ANATT----GGC-CACA-CTCT-----C-AT------AGTC-CTTCCAT---TATACCATNACAGCTGTCACCGACTCTCTAAACTATAACGTTTCCCTTTATGACTCTTCATCAAG
gi|1 : GTTTGCAATAATTGTCTCAGTTCAAACTAATATGT
gi|1 : TGATCAACCGTTCACTTCTGCTCCTTGTCCATGCTCTTAGAACAAGTAAGTGAATTGATCAATCCGCAT-----GTATTGCATCAACGACTG-------ATGGCC-TATTT---ACATGTTGTTGGCAAAAAGCTAAATAAATAAACTTCCCG-CATCTCAGAATATTTTAG-A-TGCAAGATTACAAACTACTTCTCCA-ACATCCAGGTTTAAAGTGTTTCACA-TTGAAAAC-TTGATATT----GGCTCACAGTTCTGCAAAC-ATTTTTAGAGTCACTTCCTTTCATATACCATTAAAG----------CTCTCTAAACTATAAAGTTTCTCTATATGGTCGTTCATCAAGgatcaaccgttcacttctgctccttgtccatgctcttagaacaagtaagtgaattgatcaatccgcatgtattgcatcaacgactgatggcctatttacatgttgttggcaaaaagctaaataaataaacttcccgcatctcagaatattttagatgcaagattacaaactacttctccaacatccaggtttaaagtgtttcacattgaaaacttgatattggctcacagttctgcaaacatttttagagtcacttcctttcatataccattaaagctctctaaactataaagtttctctatatggtcgttcatcaagttttggggctgtgttatgcaggtatctcatctcctcaagaactgtaaccactgatttaacatatgtgtggttatcagactttgaataaataaactgattttcaccataaacatccatcactatgtatgtataaaagtgattaatcagtttatatatacgtgctaacatatattatcgatatgaaatccatctaattggtaagagttttgttatctgaacgggcctgattaaaatccttaactacttgttactatcggaacagacagacatctgcatatttgtaacacaattataagtctgacctgtgacgataatttgttattttctaaactgaacaaaaaagaaagaaatttccaaaaaatatgacttagtatattttaaagatgccataaaacgttaaagattaatccatgattcctgattcgattgttatgttacaaggtgtatatgcttcattagtaaaccgatcctgcaggtgcatattaatgatatagtggtcgtagacgcaagttatgacacatggacgcccactacgtggtatggtattcttaagtacaacaacattcctattagcagcaaacttct
gi|10 : gtttgcaataattgtctcagttcaaactaatatgAGTAAATTTACTCTATTTTATCGCCAGAAAAATGTTGT-------------CCATATATAAATAGATCAGTTGAAAGTAGTGTTGATACGTCTGCTGAAACTAGTATATGTGTTCATTTTAAAAGCTTTACTTACTACTCTTGAACATTTTACAGTTTCTT-CAT----------------TGTGAAATGAAGACATTAC-C-GGGCTAATAATAT-----AAATACATATGCTGACTTCAGTTTCCAGTTTATTGATTGCACCTGATCAACCTCTTAAGTCTGCTCCCTGTTTATGttttggggctgtgttatgcaggtatctcatctcctcaagaactgtaaccactgatttaacatatgtgtggttatcagactttgaataaataaactgattttcaccataaacatccatcactatgtatgtataaaagtgattaatcagtttatatatacgtgctaacatatattatcgatatgaaatccatctaattggtaagagttttgttatctgaacgggcctgattaaaatccttaactacttgttactatcggaacagacagacatctgcatatttgtaacacaattataagtctgacctgtgacgataatttgttattttctaaactgaacaaaaaagaaagaaatttccaaaaaatatgacttagtatattttaaagatgccataaaacgttaaagattaatccatgattcctgattcgattgttatgttacaaggtgtatatgcttcattagtaaaccgatcctgcaggtgcatattaatgatatagtggtcgtagacgcaagttatgacacatggacgcccactacgtggtatggtattcttaagtacaacaacattcctattagcagcaaacttct
gi|11 : cGGCCGATATTCAAGATGGTCGCTGTTCCCTAATTAATCCTTAACATAAGACGGTCA-AAA--TTA------CATTCT-AT-GCATGTTTAT
gi|11 : AAA-TCATTATGTAACTGAT-----GATATACTG-T-CGCGGTTGATGCGCGTACTAGTAG---C-CGACTGTTCACGACACGTGCAGCCAAGTTCGCATTGCCGACCAAGGTTATGACAACAtaggctatttgactattcctattagatttgtaatagtgtcatgccatttaaaatcattatgtaactgatgatatactgtcgcggttgatgcgcgtactagtagccgactgttcacgacacgtgcagccaagttcgcattgccgaccaaggttatgacaaca
gi|17 : ggccgatattcaagatggtcgctgttccctaattaatccttaacataagacggtcaaaattacattctatgcatgtttattaggctatttgactattcctattagatttgtaatagtgtcatgccattta-CTTCCAT---TTTACCATAACAGCTGTCACCGACTCTCTAAACTACA
gi|18 : ATGTACGTGAATAGAGTAATCCGCATTT-TATTACTGCTTCAA
gi|2 : tTATAAAACACTCCATATGTTTATATAACATTGATACCGTTGTT-AGTGTATGTAATTTCAAAATGGCCGATATTCAAGATGGCCGCTATTAC-TGATTAATTCTTAATGCAAAACGA-CATAAAAATAA------CATTCTGATCAC--CTTTGTGATTG-----AACTATACCAGTTAAAACCATTAT-----TGAACTGAATATTTACCGATACG--GTT-ATGCTGGCA--AGTAGATGCATGCTTGTCCATGACATGTAAAGCCAATTTAGCATT-TCAAGCAAAGTTA--AGTACAAGAGCAGTTTTAAAAC----ATAGCGTTTCCATGAATTGTCCTTGTTCAAATTTATATATACATTCCTTTTCGTCATGAGAGTAAATCTACTGTATTTTATCGATAGA-AAATGTTGTATAAACCGTAAATCCATATATAAACATATCAGTTGAAAGAAGTGTTGGTACGCCTGATGAAACTTGTATGT----TCATTATTAAAGTTTTATTTACTACTGTTGAACACTTAACATTTTCTT-AAT----------------TGTGAAATGAAGACATTTGAC-GGGCTAATTATAT-----CAATGCTTATGCTGGCTTCGGCTTCCAGCTTATCGATTACACCTGGTCAATCTCTTACGTCTGCTCCCTGTTTATGCTCATGTTATAGATAAGTGGATTGATAAATCCGCATTTGTATTACTGCTTCAACTAT-GT------ATTGTC-TATTTGCAACATTTGATCGACAAAAAGGTAAATAGATAAACTTCCCT-CGTATCAGTA------AGCGTTTCGTCTTTAAGTTCTGTTTGATCTGCTGTAG--CTAT----CGTCTCACAGTC-----C-T--AGA-------GC-AACA-CT-------------------------------------CATC-CAGTT-TCGCCGACTCTTTGAACTATAACGTTTCCCTTCATGAC---TCATCAAG
gi|3 : TATAAAACAATTCATCT--TTATATAATATTTACACCGTTGCT-AGGGTATGCAATTTCAAAATGGCCGATATTCAAGATGGCCGTTATTCACTGATTAATTCTTAACGCAAA------ACAAA--T-------------T-ATAGC--AGTTA-----A-----AACTAT--T-ATTGAA-C-----------TGAC-----TATCTACTGATCCG--ATT-ATGCTGAGA--AGT-G---CATGATTGTCCACGATATGTAAAGCCAATTTTGCATT-TTAGGCCAATTTA--AAAACAAGAGCAGTTTTAAAAC----CTAGCGTCTGCAATAATTGTCCTTATTCAAATTAACATGTATATTCCCCTTCGTCATAAGAGTAAAATTACTGTATTTTATTGCCAG-GAAATGTTGTA-------------CATATATAAATATATCAGTTGAAAGAAGTGCTAAATCGTCTGCTGAAACTCGTATGTGCGTTCATTATCTAACCTGTACTTACTACTCATGAACATTTTACATTTCCTTCAATGTGAAATTTCCTTCATTGTGAAATAAAGACATATCTCAGGGCTAATTATAT-----CAAAGCATATGCTGACTTCAGTTTCC-----ATTGATTGCATCAGATTAATATTTTAGGTCTGAT--CTGTTTATGCTATCGAAATAGGTAAGTGCATTGATCAATCCGCATTT-TATTACTGCTTCAACTACAA-------ATAGTCTTATTTGCACAATCTGGTTGACAAAGAGCTAAATAAATat
gi|4 : gtcagttaaatgcattattcatcttaatggcttaagcgtgattttctgtaaatctaaaagaaaaaaaatatttcaaaataaatcgtctttattaacattgctgtagttgtaggcaaatgtttaatgggtttggtgtttttcatttcttatgatCTTACTATTCTTGAACGTTTTACATTTTCTT-AAT----------------TGTAAAATGAAGACATTCCTC-AGGATAATCAAATAACAACAGTGCATAAGCTGGTTTTGGCT-----CTTATTGATTGCACCTCATCAACATCTTACTTCTGCTCCCTGATTATGTTTTCGTTTCATGTAAATGTATGAATCAATCCCCAT-----TTACTGCGTCAGCTAT-GAACCCGCATAATC-TATTTGCAACACCTGGTTGACATAAAGCTAAATAGATAAACTTCCCATTGTATCAGAA------AGCA-TTCACTTTTATCATTTGCTTGTCCAGATGTTC--TTTT----TGTCTCATACTT-----C-T--AAA-------GC-CACA----------------------TT-CTTCTAT---TATACCATAACAGCTGTCACCGATTCTCTAAACTATAACGTGTCCCTTTATGACTCTTCATCAAG
gi|5 : ATAAAATTTAAGCTTTTATTTAGGATGTGCAATTTCAAAATGGCCTATATCCAAAATG-CCACTATTCTCTAATGAATCAGTAACAAATAACAGTCACAAA--TGAATTGACTGTTTTCATAAC--ATTTCTGATCGTTTTAAACTAT--C-GTT-------TTAT-------AC-----CATTTA--AAA-CC--ATT-AT-----CG--A--------ACTGCTGTTCGCATTATGTGCCACCAATTTCGCACT-GCAAGCGAAGTTA--AAAACAAGAG-AGTTTTTAACCTTTAATA-CGTTTGCAATAATTGTCTCAGTTCAAACTAATATGttatggggcattcaaggtatgtttttccatcttgatatatacgagtgattttcagatgttttatgaataaaatgatgtctaatttttcagcctaaaatccactcaacttgtatgtatagaaggattgaaaca
gi|8 : acagtatatagatgtttgatatatcgtttggtttgctgaagtgcctaaactgtaacaacacaaacgcgtataataaaacgtcagtaagtacaatgttcgtataaatgtttatttttctaaggcacaatttgtacaataaaatttaatatattgtcactacaccacatctagttgtggactttatcgtgttttgttatctatgttttatattcgaaaattggaaaactaaa-TATTCACTATATTTGGTTAACCAAAA----AACAAACAAAGTTT-----GAATTA------------A-TTCAATTTAAAAACCGGCTTGATCTGTTGTAC--CTGT----TGTTTCAGAGTTG--AGCGT--ATATTCTTGGGC-CACATCTTT-----CCAT------AAT-------AT---TATGCCATTACAGCTGTCATCGAATCTCTGAACTTTAGCATTTCCATTTAGGACTCTTCATCAAG
8 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|6 ): ACTGATCAAGAAAGAAACGTCGAATCAAAACAGCTGTGGATAAATATATCATAATTGATGATTCACGATAAAAAATATCATAGAACGATAGAGTGTAGTGTATGGTTACGTGTAAAACGTGTTTATGCAGCAATAATTGTCGCTGTCTGAAACCTGTCTTGCAGGTGGGTATTATTGAAACAGCGGTCTAGGAAGCGAGTTGTCAAACACAGACGTCCACTGTGTGACAGCTATTCAGTACTTTCTGTTCGCTGAAAATTCCTAACAGCACAACTAAAGGCACCAACAGCTCTCGAAACGTATTTCGTAGACATGCCTGCTTTCATAATATCAAATGCTTATTGCTTATTTGTTTGAAGAATTCTCGACATTGTTATGGTTTAGAAAATCAAATTAAATCACAAAGTTGAAACTTATTTCTTTGTATTAACATGATGCTCTGTGCCATTGAATATATAACTTGACAAGAACGCACGGGGATCTACCTGCACGTCCAAATCGGGATTC
Unaligned ( gi|7 ): TAATCGTTTCATACTTCCGTGCTGACATGACATCATCATTGATATTGAATGCATTTATCTGGTAAGAGTTCTGTTATCTGAACATGTCTGGTCAAAAATGTTTATTGCTGGTTTCTACTGGGACAAACTAACATCTGCATATTTGCAACACAATATCAAGTGTTGATCTGTGTTGTCAATTTCTTAACTGAACAAAAATAACGTCCGATAAATAGTTTAAAATGTCATAAACCTTGGAATTTCATCTATGGTACCTGTGGCCGGCCTTCATTACTTCCAGATTCATATTTGCTATCTATACCATGTGAATAAGCTCCAATATTATGCACACCTGTAGTTGGATATTGATAATATAGTGATCTTGGGCGCAAGTTGTGACACATTGACGCCCACAACGTGACAGGTCTTCAGTACTTCCAGGTTTCTATTTGTTATCTATAACATGTGAATAAGCTCCCGTAGTAGTCACACCTGTAGTTGGATATTGATAATAT
Unaligned ( gi|9 ): AGTAGTTGTGTAATAGCTGCAGTAGCAGCTGCTGTGGGAAACCAATGTTGCAGTCAGTGGGTGTTAATGATATAGTAGTGTTGGGAGAAAGTGTTGACACATGATTGTCTAATACGTGACAGGTCTTCAGTAACATATCCTTAGATTTCTTATAACATAGTAGAGACGTGCTCTTGCACTGTCTATGGTAATGCAAGCAATTTCAACATACCAATGGCACTTACCTTATATTTTTTGAAATTCTCAGCATTGTTATTGTTGAATAAGTTTAATATATCTAACTCAGCCAGGCATCCTTTGTATTGGCATGAGCGACTGTGGGACAGAATAAAAATCTGGTAAAAA
Unaligned ( gi|12 ): ATCTACTCAATGGCCCACAACTTGTACAAAAAAAACGGGCAATAAATTTGACTTGTGCTATTTAAGCATAGAAAGACACTCTATTGTTCCCATTTCCGTCCTTATATGTGCCAGTTGTATAAGCTGCAGGCGTAGCAGTGGTCAGAAACCGATCCTGCATGCGGGTATTATGGTGGTATTGGGCGAGTTGTGACACATGGATTTCCACTACGTGGCAGGTCTTCAGT
Unaligned ( gi|13 ): TCCGTGCTGACATGAAATTCATATTTCTGAGTTCTGTTATCTGAACAGTTCTGGTCAAAAATAATTATTGCTGGTTTCTATTTTGACAAATAAACATCTGCATGTTAGCAACACAATATAAAGTGCTGATCTATGTTGTCAACAGAAGAAAAAAAAACGTCCGATAAAATTTAAATGATGATATTCCAAAGATGTCATGAACC
Unaligned ( gi|14 ): AGTAGTGGCCGTGTTAAACCGATCCCGCAGTTGTATTCTATCGGCATTAGGCGCCATTTGCGACAAGGGAACTCTTACTACGTCACATGTCATCGATTT
Unaligned ( gi|15 ): GGGTATTAATGATATAGGGATTTTGGATGCAATTATTACATAGTGAAATCAACAACATCGCAGGTATTCAGTACTTGCTGGTCCATGTGTTCTC
Unaligned ( gi|16 ): AATCTACTCAATGGCCCACAACTTGTACAAAAAAAACGGGCAATAA
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 1 222222 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 22222222222 1 222222222222222 11 11 2222 11 88888888888888 11 1 6666666666666666 1 22222 111 22222 555555555 111 33333333333333 111 2222 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888
lowQualScore : 1 1 88 1 1 3 2 22 0 222222 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 1 11111111111 0 2 888888888888888 3 0 1 0 00 4 33 0 6 8888 6 1 99 22222222222222 3 00 1 0 6666666666666666 1 9 0 1 55555 3 222 0 22 1 1 1 00000 1 666666666 1 8 3 1 1 2 666 88888888888888 11 11 1 1 6666 1 444 1 1111 0 8 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 1 11 3 5 99
lowQualScore : . . .. . . . . .. . ...... ............................................................................ . ........... . . ............... . . . . .. . .. . . .... . . .. .............. . .. . . ................ . . . . ..... . ... . .. . . . ..... . ......... . . . . . . ... .............. .. .. . . .... . ... . .... . . .............................................................. . .. . . ..
lowQualScore : 0 0 00 0 0 3 5 88 2 000000 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 2 55555555555 0 5 000000000000000 2 8 0 2 88 2 88 8 7 3333 7 0 33 33333333333333 7 33 0 0 2222222222222222 2 8 0 2 00000 2 000 2 00 0 0 0 44444 0 555555555 2 0 2 0 4 5 888 55555555555555 88 88 2 0 5555 0 000 0 2222 2 8 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 0 88 2 0 55
consensus : TATAAAACANTCCATNTGTTTATATAANATTTANACCGTTGTT-AGGGTATGCAATTTCAAAATGGCCGATATTCAAGATGGCCGCTATTCCCTGATTAATCCTTAACGCAAAACGGTCACAAA--TNA------CGTTCT-ATAGC--GTTTATGATCG-----AACTAT--C-GTTAAA-CCATTAT-TGA-CTGA--ATTTACCGAT-C-G--GTT-ATGCTGGCA--AGTAG---CACGACTGTCCACGACATGTGNAGCCAATTTCGCATT-TCAAGCGAAGTTA--AAAACAAGAGCAGTTTTAAAAC----ATAGCGTTTGCAATAATTGTCCCNGTTCAAACTAATATGTACATTCCCCTTCGTCATGAGAGTAAATTTACTGTATTTTATCGCCAGAGAAATGTTGTA------------CCATATATAAATATATCAGTTGAAAGAAGTGTTGATACGTCTGCTGAAACTCGTATGTGCGTTCATTATNAAAGCTTTACTTACTACTCTTGAACATTTTACATTTTCTT-AAT----------------TGTGAAATGAAGACATTTCTC-GGGCTAATTATAT-----CAATGCATATGCTGGCTTCGGCTTCCAGCTTATTGATTGCACCTGATCAACCTCTTACGTCTGCTCCCTGTTTATGCTCTCGNNACANGTAAGTGNATTGATCAATCCGCATTT-TATTACTGCTTCAACTAC-G-------ATAGTC-TATTTGCAACATCTGGTTGACAAAAAGCTAAATAAATAAACTTCCCG-CGTATCAGAA------AGCA-TTCANTTTTANAATCTGCTTGNCCNGNCGTNC--CTNT----TGTCTCACAGTTG--AGC-T--ANATT----GGC-CACA-CTCT-----C-AT------AGTC-CTTCCAT---TATACCATNACAGCTGTCACCGACTCTCTAAACTATAACGTTTCCCTTTATGACTCTTCATCAAG
Reference ( family-425 ) : TATAAAACANTCCATNTGTTTATATAANATTTANACCGTTGTT-AGGGTATGCAATTTCAAAATGGCCGATATTCAAGATGGCCGCTATTCCCTGATTAATCCTTAACGCAAAACGGTCACAAA--TNA------CGTTCT-ATAGC--GTTTATGATCG-----AACTAT--C-GTTAAA-CCATTAT-TGA-CT----ATTTACCGAT-C-G--GTT-ATGCTGGCA--AGTAG---CACGACTGTCCACGACATGTGNAGCCAATTTCGCATT-TCAAGCGAAGTTA--AAAACAAGAGCAGTTTTAAAAC----ATAGCGTTTGCAATAATTGTCCCNGTTCAAACTAATATGTACATTCCCCTTCGTCATGAGAGTAAATTTACTGTATTTTATCGCCAGAGAAATGTTGTA------------CCATATATAAATATATCAGTTGAAAGAAGTGTTGATACGTCTGCTGAAACTCGTATGTGCGTTCATTATNAAAGCTTTACTTACTACTCTTGAACATTTTACATTTTCTT-AAT----------------TGTGAAATGAAGACATTTCTC-GGGCTAATTATAT-----CAATGCATATGCTGGCTTCGGCTTCCAGCTTATTGATTGCACCTGATCAACCTCTTACGTCTGCTCCCTGTTTATGCTCTCGNNACANGTAAGTGNATTGATCAATCCGCATTT-TATTACTGCTTCAACTAC-G-------ATAGTC-TATTTGCAACATCTGGTTGACAAAAAGCTAAATAAATAAACTTCCCG-CGTATCAGAA------AGCA-TTCANTTTTANAATCTGCTTGNCCNGNCGTNC--CTNT----TGTCTCACAGTTG--AGC-T--ANATT----GGC-CACA-CTCT-----C-AT------AGTC-CTTCCAT---TATACCATNACAGCTGTCACCGACTCTCTAAACTATAACGTTTCCCTTTATGACTCTTCATCAAG
gi|1 : GTTTGCAATAATTGTCTCAGTTCAAACTAATATGT
gi|1 : TGATCAACCGTTCACTTCTGCTCCTTGTCCATGCTCTTAGAACAAGTAAGTGAATTGATCAATCCGCAT-----GTATTGCATCAACGACTG-------ATGGCC-TATTT---ACATGTTGTTGGCAAAAAGCTAAATAAATAAACTTCCCG-CATCTCAGAATATTTTAG-A-TGCAAGATTACAAACTACTTCTCCA-ACATCCAGGTTTAAAGTGTTTCACA-TTGAAAAC-TTGATATT----GGCTCACAGTTCTGCAAAC-ATTTTTAGAGTCACTTCCTTTCATATACCATTAAAG----------CTCTCTAAACTATAAAGTTTCTCTATATGGTCGTTCATCAAGgatcaaccgttcacttctgctccttgtccatgctcttagaacaagtaagtgaattgatcaatccgcatgtattgcatcaacgactgatggcctatttacatgttgttggcaaaaagctaaataaataaacttcccgcatctcagaatattttagatgcaagattacaaactacttctccaacatccaggtttaaagtgtttcacattgaaaacttgatattggctcacagttctgcaaacatttttagagtcacttcctttcatataccattaaagctctctaaactataaagtttctctatatggtcgttcatcaagttttggggctgtgttatgcaggtatctcatctcctcaagaactgtaaccactgatttaacatatgtgtggttatcagactttgaataaataaactgattttcaccataaacatccatcactatgtatgtataaaagtgattaatcagtttatatatacgtgctaacatatattatcgatatgaaatccatctaattggtaagagttttgttatctgaacgggcctgattaaaatccttaactacttgttactatcggaacagacagacatctgcatatttgtaacacaattataagtctgacctgtgacgataatttgttattttctaaactgaacaaaaaagaaagaaatttccaaaaaatatgacttagtatattttaaagatgccataaaacgttaaagattaatccatgattcctgattcgattgttatgttacaaggtgtatatgcttcattagtaaaccgatcctgcaggtgcatattaatgatatagtggtcgtagacgcaagttatgacacatggacgcccactacgtggtatggtattcttaagtacaacaacattcctattagcagcaaacttct
gi|10 : gtttgcaataattgtctcagttcaaactaatatgAGTAAATTTACTCTATTTTATCGCCAGAAAAATGTTGT-------------CCATATATAAATAGATCAGTTGAAAGTAGTGTTGATACGTCTGCTGAAACTAGTATATGTGTTCATTTTAAAAGCTTTACTTACTACTCTTGAACATTTTACAGTTTCTT-CAT----------------TGTGAAATGAAGACATTAC-C-GGGCTAATAATAT-----AAATACATATGCTGACTTCAGTTTCCAGTTTATTGATTGCACCTGATCAACCTCTTAAGTCTGCTCCCTGTTTATGttttggggctgtgttatgcaggtatctcatctcctcaagaactgtaaccactgatttaacatatgtgtggttatcagactttgaataaataaactgattttcaccataaacatccatcactatgtatgtataaaagtgattaatcagtttatatatacgtgctaacatatattatcgatatgaaatccatctaattggtaagagttttgttatctgaacgggcctgattaaaatccttaactacttgttactatcggaacagacagacatctgcatatttgtaacacaattataagtctgacctgtgacgataatttgttattttctaaactgaacaaaaaagaaagaaatttccaaaaaatatgacttagtatattttaaagatgccataaaacgttaaagattaatccatgattcctgattcgattgttatgttacaaggtgtatatgcttcattagtaaaccgatcctgcaggtgcatattaatgatatagtggtcgtagacgcaagttatgacacatggacgcccactacgtggtatggtattcttaagtacaacaacattcctattagcagcaaacttct
gi|11 : cGGCCGATATTCAAGATGGTCGCTGTTCCCTAATTAATCCTTAACATAAGACGGTCA-AAA--TTA------CATTCT-AT-GCATGTTTAT
gi|11 : AAA-TCATTATGTAA-CTGATGATATACTG-T-C-GCGGTTGATGCGCGTACTAGTAG---C-CGACTGTTCACGACACGTGCAGCCAAGTTCGCATTGCCGACCAAGGTTATGACAACAtaggctatttgactattcctattagatttgtaatagtgtcatgccatttaaaatcattatgtaactgatgatatactgtcgcggttgatgcgcgtactagtagccgactgttcacgacacgtgcagccaagttcgcattgccgaccaaggttatgacaaca
gi|17 : ggccgatattcaagatggtcgctgttccctaattaatccttaacataagacggtcaaaattacattctatgcatgtttattaggctatttgactattcctattagatttgtaatagtgtcatgccattta-CTTCCAT---TTTACCATAACAGCTGTCACCGACTCTCTAAACTACA
gi|18 : ATGTACGTGAATAGAGTAATCCGCATTT-TATTACTGCTTCAA
gi|2 : tTATAAAACACTCCATATGTTTATATAACATTGATACCGTTGTT-AGTGTATGTAATTTCAAAATGGCCGATATTCAAGATGGCCGCTATTAC-TGATTAATTCTTAATGCAAAACGA-CATAAAAATAA------CATTCTGATCAC--CTTTGTGATTG-----AACTATACCAGTTAAAACCATTAT-TGAACTGAATATTTACCGATAC-G--GTT-ATGCTGGCA--AGTAGATGCATGCTTGTCCATGACATGTAAAGCCAATTTAGCATT-TCAAGCAAAGTTA--AGTACAAGAGCAGTTTTAAAAC----ATAGCGTTTCCATGAATTGTCCTTGTTCAAATTTATATATACATTCCTTTTCGTCATGAGAGTAAATCTACTGTATTTTATCGATAGA-AAATGTTGTATAAACCGTAAATCCATATATAAACATATCAGTTGAAAGAAGTGTTGGTACGCCTGATGAAACTTGTATGT----TCATTATTAAAGTTTTATTTACTACTGTTGAACACTTAACATTTTCTT-AAT----------------TGTGAAATGAAGACATTTGAC-GGGCTAATTATAT-----CAATGCTTATGCTGGCTTCGGCTTCCAGCTTATCGATTACACCTGGTCAATCTCTTACGTCTGCTCCCTGTTTATGCTCATGTTATAGATAAGTGGATTGATAAATCCGCATTTGTATTACTGCTTCAACTAT-GT------ATTGTC-TATTTGCAACATTTGATCGACAAAAAGGTAAATAGATAAACTTCCCT-CGTATCAGTA------AGCGTTTCGTCTTTAAGTTCTGTTTGATCTGCTGTAG--CTAT----CGTCTCACAGTC-----C-T--AGA-------GC-AACA-CT-------------------------------------CATC-CAGTT-TCGCCGACTCTTTGAACTATAACGTTTCCCTTCATGAC---TCATCAAG
gi|3 : TATAAAACAATTCATCT--TTATATAATATTTACACCGTTGCT-AGGGTATGCAATTTCAAAATGGCCGATATTCAAGATGGCCGTTATTCACTGATTAATTCTTAACGCAAAAC------AAA--T-------------T-ATAGC--AGTTA-----A-----AACTAT--T-ATTGAA-C-------TGA-CT----ATCTACTGAT-CCG--ATT-ATGCTGAGA--AGT-G---CATGATTGTCCACGATATGTAAAGCCAATTTTGCATT-TTAGGCCAATTTA--AAAACAAGAGCAGTTTTAAAAC----CTAGCGTCTGCAATAATTGTCCTTATTCAAATTAACATGTATATTCCCCTTCGTCATAAGAGTAAAATTACTGTATTTTATTGCCAG-GAAATGTTGTA-------------CATATATAAATATATCAGTTGAAAGAAGTGCTAAATCGTCTGCTGAAACTCGTATGTGCGTTCATTATCTAACCTGTACTTACTACTCATGAACATTTTACATTTCCTTCAATGTGAAATTTCCTTCATTGTGAAATAAAGACATATCTCAGGGCTAATTATAT-----CAAAGCATATGCTGACTTCAGTTTCC-----ATTGATTGCATCAGATTAATATTTTAGGTCTGAT--CTGTTTATGCTATCGAAATAGGTAAGTGCATTGATCAATCCGCATTT-TATTACTGCTTCAACTACAA-------ATAGTCTTATTTGCACAATCTGGTTGACAAAGAGCTAAATAAATat
gi|4 : gtcagttaaatgcattattcatcttaatggcttaagcgtgattttctgtaaatctaaaagaaaaaaaatatttcaaaataaatcgtctttattaacattgctgtagttgtaggcaaatgtttaatgggtttggtgtttttcatttcttatgatCTTACTATTCTTGAACGTTTTACATTTTCTT-AAT----------------TGTAAAATGAAGACATTCCTC-AGGATAATCAAATAACAACAGTGCATAAGCTGGTTTTGGCT-----CTTATTGATTGCACCTCATCAACATCTTACTTCTGCTCCCTGATTATGTTTTCGTTTCATGTAAATGTATGAATCAATCCCCAT-----TTACTGCGTCAGCTAT-GAACCCGCATAATC-TATTTGCAACACCTGGTTGACATAAAGCTAAATAGATAAACTTCCCATTGTATCAGAA------AGCA-TTCACTTTTATCATTTGCTTGTCCAGATGTTC--TTTT----TGTCTCATACTT-----C-T--AAA-------GC-CACA----------------------TT-CTTCTAT---TATACCATAACAGCTGTCACCGATTCTCTAAACTATAACGTGTCCCTTTATGACTCTTCATCAAG
gi|5 : ATAAAATTTAAGCTTTTATTTAGGATGTGCAATTTCAAAATGGCCTATATCCAAAATG-CCACTATTCTCTAATGAATCAGTAACAAATAACAGTCACAAA--TGAATTGACTGTTTTCATAAC--ATTTCTGATCGTTTTAAACTAT--C-GTT-------TTAT---A-CC----ATTTA--AAA-C-C--ATT-AT-----CG--A--------ACTGCTGTTCGCATTATGTGCCACCAATTTCGCACT-GCAAGCGAAGTTA--AAAACAAGAG-AGTTTTTAACCTTTAATA-CGTTTGCAATAATTGTCTCAGTTCAAACTAATATGttatggggcattcaaggtatgtttttccatcttgatatatacgagtgattttcagatgttttatgaataaaatgatgtctaatttttcagcctaaaatccactcaacttgtatgtatagaaggattgaaaca
gi|8 : acagtatatagatgtttgatatatcgtttggtttgctgaagtgcctaaactgtaacaacacaaacgcgtataataaaacgtcagtaagtacaatgttcgtataaatgtttatttttctaaggcacaatttgtacaataaaatttaatatattgtcactacaccacatctagttgtggactttatcgtgttttgttatctatgttttatattcgaaaattggaaaactaaa-TATTCACTATATTTGGTTAACCAAAA----AACAAACAAAGTTT-----GAATTA------------A-TTCAATTTAAAAACCGGCTTGATCTGTTGTAC--CTGT----TGTTTCAGAGTTG--AGCGT--ATATTCTTGGGC-CACATCTTT-----CCAT------AAT-------AT---TATGCCATTACAGCTGTCATCGAATCTCTGAACTTTAGCATTTCCATTTAGGACTCTTCATCAAG
8 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|6 ): ACTGATCAAGAAAGAAACGTCGAATCAAAACAGCTGTGGATAAATATATCATAATTGATGATTCACGATAAAAAATATCATAGAACGATAGAGTGTAGTGTATGGTTACGTGTAAAACGTGTTTATGCAGCAATAATTGTCGCTGTCTGAAACCTGTCTTGCAGGTGGGTATTATTGAAACAGCGGTCTAGGAAGCGAGTTGTCAAACACAGACGTCCACTGTGTGACAGCTATTCAGTACTTTCTGTTCGCTGAAAATTCCTAACAGCACAACTAAAGGCACCAACAGCTCTCGAAACGTATTTCGTAGACATGCCTGCTTTCATAATATCAAATGCTTATTGCTTATTTGTTTGAAGAATTCTCGACATTGTTATGGTTTAGAAAATCAAATTAAATCACAAAGTTGAAACTTATTTCTTTGTATTAACATGATGCTCTGTGCCATTGAATATATAACTTGACAAGAACGCACGGGGATCTACCTGCACGTCCAAATCGGGATTC
Unaligned ( gi|7 ): TAATCGTTTCATACTTCCGTGCTGACATGACATCATCATTGATATTGAATGCATTTATCTGGTAAGAGTTCTGTTATCTGAACATGTCTGGTCAAAAATGTTTATTGCTGGTTTCTACTGGGACAAACTAACATCTGCATATTTGCAACACAATATCAAGTGTTGATCTGTGTTGTCAATTTCTTAACTGAACAAAAATAACGTCCGATAAATAGTTTAAAATGTCATAAACCTTGGAATTTCATCTATGGTACCTGTGGCCGGCCTTCATTACTTCCAGATTCATATTTGCTATCTATACCATGTGAATAAGCTCCAATATTATGCACACCTGTAGTTGGATATTGATAATATAGTGATCTTGGGCGCAAGTTGTGACACATTGACGCCCACAACGTGACAGGTCTTCAGTACTTCCAGGTTTCTATTTGTTATCTATAACATGTGAATAAGCTCCCGTAGTAGTCACACCTGTAGTTGGATATTGATAATAT
Unaligned ( gi|9 ): AGTAGTTGTGTAATAGCTGCAGTAGCAGCTGCTGTGGGAAACCAATGTTGCAGTCAGTGGGTGTTAATGATATAGTAGTGTTGGGAGAAAGTGTTGACACATGATTGTCTAATACGTGACAGGTCTTCAGTAACATATCCTTAGATTTCTTATAACATAGTAGAGACGTGCTCTTGCACTGTCTATGGTAATGCAAGCAATTTCAACATACCAATGGCACTTACCTTATATTTTTTGAAATTCTCAGCATTGTTATTGTTGAATAAGTTTAATATATCTAACTCAGCCAGGCATCCTTTGTATTGGCATGAGCGACTGTGGGACAGAATAAAAATCTGGTAAAAA
Unaligned ( gi|12 ): ATCTACTCAATGGCCCACAACTTGTACAAAAAAAACGGGCAATAAATTTGACTTGTGCTATTTAAGCATAGAAAGACACTCTATTGTTCCCATTTCCGTCCTTATATGTGCCAGTTGTATAAGCTGCAGGCGTAGCAGTGGTCAGAAACCGATCCTGCATGCGGGTATTATGGTGGTATTGGGCGAGTTGTGACACATGGATTTCCACTACGTGGCAGGTCTTCAGT
Unaligned ( gi|13 ): TCCGTGCTGACATGAAATTCATATTTCTGAGTTCTGTTATCTGAACAGTTCTGGTCAAAAATAATTATTGCTGGTTTCTATTTTGACAAATAAACATCTGCATGTTAGCAACACAATATAAAGTGCTGATCTATGTTGTCAACAGAAGAAAAAAAAACGTCCGATAAAATTTAAATGATGATATTCCAAAGATGTCATGAACC
Unaligned ( gi|14 ): AGTAGTGGCCGTGTTAAACCGATCCCGCAGTTGTATTCTATCGGCATTAGGCGCCATTTGCGACAAGGGAACTCTTACTACGTCACATGTCATCGATTT
Unaligned ( gi|15 ): GGGTATTAATGATATAGGGATTTTGGATGCAATTATTACATAGTGAAATCAACAACATCGCAGGTATTCAGTACTTGCTGGTCCATGTGTTCTC
Unaligned ( gi|16 ): AATCTACTCAATGGCCCACAACTTGTACAAAAAAAACGGGCAATAA
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 1 55555555555555555555555555555555555555555 2222 11 1 55555555555555555555555555555555555555555555555555555 11 11 2222 11 88888888888888 11 1 6666666666666666 1 22222 111 1111 44444444444 111 33333333333333 111 2222 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777
lowQualScore : 1 1 88 1 1 3 2 22 0 3 999 6 99999999999999999999999999999999999999999 7777 33 0 2 66666666666666666666666666666666666666666666666666666 3 0 1 0 00 4 33 0 6 8888 6 1 99 22222222222222 3 00 1 0 6666666666666666 1 9 0 1 55555 3 222 0 22 1 1 1 0 4444 1 77777777777 1 8 3 1 1 2 666 88888888888888 11 11 1 1 6666 1 444 1 1111 0 8 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 1 11 3 5 99
lowQualScore : . . .. . . . . .. . . ... . ......................................... .... .. . . ..................................................... . . . . .. . .. . . .... . . .. .............. . .. . . ................ . . . . ..... . ... . .. . . . . .... . ........... . . . . . . ... .............. .. .. . . .... . ... . .... . . .............................................................. . .. . . ..
lowQualScore : 0 0 00 0 0 3 5 88 2 2 888 5 99999999999999999999999999999999999999999 0000 88 0 5 00000000000000000000000000000000000000000000000000000 2 8 0 2 88 2 88 8 7 3333 7 0 33 33333333333333 7 33 0 0 2222222222222222 2 8 0 2 00000 2 000 2 00 0 0 0 8 8888 0 55555555555 2 0 2 0 4 5 888 55555555555555 88 88 2 0 5555 0 000 0 2222 2 8 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 0 88 2 0 55
consensus : TATAAAACANTCCATNTGTTTATATAANATTTANACCGTTGTT-AGGGTATGCAATTTCAAAATGGCCGATATTCAAGATGGCCGCTATTCCCTGATTAATCCTTAACGCAAAACGGTCACAAA--TNA------CGTTCT-ATAGC--GTTTATGATCG-----AACTAT--C-GTT--AAA-CCATTAT-TGA-CTGA--AT--NTACCGAT-CG--GTT-ATGCTGGCA--AGTAG---CACGACTGTCCACGACATGTGNAGCCAATTTCGCATT-TCAAGCGAAGTTA--AAAACAAGAGCAGTTTTAAAAC----ATAGCGTTTGCAATAATTGTCCCNGTTCAAACTAATATGTACATTCCCCTTCGTCATGAGAGTAAATTTACTGTATTTTATCGCCAGAGAAATGTTGTA------------CCATATATAAATATATCAGTTGAAAGAAGTGTTGATACGTCTGCTGAAACTCGTATGTGCGTTCATTATNAAAGCTTTACTTACTACTCTTGAACATTTTACATTTTCTT-AAT----------------TGTGAAATGAAGACATTTCTC-GGGCTAATTATAT-----CAATGCATATGCTGGCTTCGGCTTCCAGCTTATTGATTGCACCTGATCAACCTCTTACGTCTGCTCCCTGTTTATGCTCTCGNNACANGTAAGTGNATTGATCAATCCGCATTT-TATTACTGCTTCAACTAC-G-A-------TAGTC-TATTTGCAACATCTGGTTGACAAAAAGCTAAATAAATAAACTTCCCGC-GTATCAGAA------AGCA-TTCANTTTTANAATCTGCTTGNCCNGNCGTNC--CTNT----TGTCTCACAGTTG--AGC-T--ANATT----GGC-CACA-CTCT-----C-AT------AGT--CTTCCAT---TATACCATNACAGCTGTCACCGACTCTCTAAACTATAACGTTTCCCTTTATGACTCTTCATCAAG
Reference ( family-425 ) : TATAAAACANTCCATNTGTTTATATAANATTTANACCGTTGTT-AGGGTATGCAATTTCAAAATGGCCGATATTCAAGATGGCCGCTATTCCCTGATTAATCCTTAACGCAAAACGGTCACAAA--TNA------CGTTCT-ATAGC--GTTTATGATCG-----AACTAT--C-GTT--AAA-CCATTAT-TGA-CTGA--AT--TTACCGAT-CG--GTT-ATGCTGGCA--AGTAG---CACGACTGTCCACGACATGTGNAGCCAATTTCGCATT-TCAAGCGAAGTTA--AAAACAAGAGCAGTTTTAAAAC----ATAGCGTTTGCAATAATTGTCCCNGTTCAAACTAATATGTACATTCCCCTTCGTCATGAGAGTAAATTTACTGTATTTTATCGCCAGAGAAATGTTGTA------------CCATATATAAATATATCAGTTGAAAGAAGTGTTGATACGTCTGCTGAAACTCGTATGTGCGTTCATTATNAAAGCTTTACTTACTACTCTTGAACATTTTACATTTTCTT-AAT----------------TGTGAAATGAAGACATTTCTC-GGGCTAATTATAT-----CAATGCATATGCTGGCTTCGGCTTCCAGCTTATTGATTGCACCTGATCAACCTCTTACGTCTGCTCCCTGTTTATGCTCTCGNNACANGTAAGTGNATTGATCAATCCGCATTT-TATTACTGCTTCAACTAC-G-A-------TAGTC-TATTTGCAACATCTGGTTGACAAAAAGCTAAATAAATAAACTTCCCGC-GTATCAGAA------AGCA-TTCANTTTTANAATCTGCTTGNCCNGNCGTNC--CTNT----TGTCTCACAGTTG--AGC-T--ANATT----GGC-CACA-CTCT-----C-AT------AGTC-CTTCCAT---TATACCATNACAGCTGTCACCGACTCTCTAAACTATAACGTTTCCCTTTATGACTCTTCATCAAG
gi|1 : GTTTGCAATAATTGTCTCAGTTCAAACTAATATGT
gi|1 : TGATCAACCGTTCACTTCTGCTCCTTGTCCATGCTCTTAGAACAAGTAAGTGAATTGATCAATCCGCAT-----GTATTGCATCAACGACTG-A-------TGGCC-TATTT---ACATGTTGTTGGCAAAAAGCTAAATAAATAAACTTCCCGC-ATCTCAGAATATTTTAG-A-TGCAAGATTACAAACTACTTCTCCA-ACATCCAGGTTTAAAGTGTTTCACA-TTGAAAAC-TTGATATT----GGCTCACAGTTCTGCAAAC-ATTTTTAGAGTCACTTCCTTTCATATACCATTAAAG----------CTCTCTAAACTATAAAGTTTCTCTATATGGTCGTTCATCAAGgatcaaccgttcacttctgctccttgtccatgctcttagaacaagtaagtgaattgatcaatccgcatgtattgcatcaacgactgatggcctatttacatgttgttggcaaaaagctaaataaataaacttcccgcatctcagaatattttagatgcaagattacaaactacttctccaacatccaggtttaaagtgtttcacattgaaaacttgatattggctcacagttctgcaaacatttttagagtcacttcctttcatataccattaaagctctctaaactataaagtttctctatatggtcgttcatcaagttttggggctgtgttatgcaggtatctcatctcctcaagaactgtaaccactgatttaacatatgtgtggttatcagactttgaataaataaactgattttcaccataaacatccatcactatgtatgtataaaagtgattaatcagtttatatatacgtgctaacatatattatcgatatgaaatccatctaattggtaagagttttgttatctgaacgggcctgattaaaatccttaactacttgttactatcggaacagacagacatctgcatatttgtaacacaattataagtctgacctgtgacgataatttgttattttctaaactgaacaaaaaagaaagaaatttccaaaaaatatgacttagtatattttaaagatgccataaaacgttaaagattaatccatgattcctgattcgattgttatgttacaaggtgtatatgcttcattagtaaaccgatcctgcaggtgcatattaatgatatagtggtcgtagacgcaagttatgacacatggacgcccactacgtggtatggtattcttaagtacaacaacattcctattagcagcaaacttct
gi|10 : gtttgcaataattgtctcagttcaaactaatatgAGTAAATTTACTCTATTTTATCGCCAGAAAAATGTTGT-------------CCATATATAAATAGATCAGTTGAAAGTAGTGTTGATACGTCTGCTGAAACTAGTATATGTGTTCATTTTAAAAGCTTTACTTACTACTCTTGAACATTTTACAGTTTCTT-CAT----------------TGTGAAATGAAGACATTAC-C-GGGCTAATAATAT-----AAATACATATGCTGACTTCAGTTTCCAGTTTATTGATTGCACCTGATCAACCTCTTAAGTCTGCTCCCTGTTTATGttttggggctgtgttatgcaggtatctcatctcctcaagaactgtaaccactgatttaacatatgtgtggttatcagactttgaataaataaactgattttcaccataaacatccatcactatgtatgtataaaagtgattaatcagtttatatatacgtgctaacatatattatcgatatgaaatccatctaattggtaagagttttgttatctgaacgggcctgattaaaatccttaactacttgttactatcggaacagacagacatctgcatatttgtaacacaattataagtctgacctgtgacgataatttgttattttctaaactgaacaaaaaagaaagaaatttccaaaaaatatgacttagtatattttaaagatgccataaaacgttaaagattaatccatgattcctgattcgattgttatgttacaaggtgtatatgcttcattagtaaaccgatcctgcaggtgcatattaatgatatagtggtcgtagacgcaagttatgacacatggacgcccactacgtggtatggtattcttaagtacaacaacattcctattagcagcaaacttct
gi|11 : cGGCCGATATTCAAGATGGTCGCTGTTCCCTAATTAATCCTTAACATAAGACGGTCA-AAA--TTA------CATTCT-AT-GCATGTTTAT
gi|11 : --AAA-TCATTATGTAA-CTGATGAT--ATACTG-T-CGCGGTTGATGCGCGTACTAGTAG---C-CGACTGTTCACGACACGTGCAGCCAAGTTCGCATTGCCGACCAAGGTTATGACAACAtaggctatttgactattcctattagatttgtaatagtgtcatgccatttaaaatcattatgtaactgatgatatactgtcgcggttgatgcgcgtactagtagccgactgttcacgacacgtgcagccaagttcgcattgccgaccaaggttatgacaaca
gi|17 : ggccgatattcaagatggtcgctgttccctaattaatccttaacataagacggtcaaaattacattctatgcatgtttattaggctatttgactattcctattagatttgtaatagtgtcatgccattta-CTTCCAT---TTTACCATAACAGCTGTCACCGACTCTCTAAACTACA
gi|18 : ATGTACGTGAATAGAGTAATCCGCATTT-TATTACTGCTTCAA
gi|2 : tTATAAAACACTCCATATGTTTATATAACATTGATACCGTTGTT-AGTGTATGTAATTTCAAAATGGCCGATATTCAAGATGGCCGCTATTAC-TGATTAATTCTTAATGCAAAACGA-CATAAAAATAA------CATTCTGATCAC--CTTTGTGATTG-----AACTATACCAGTT--AAAACCATTAT-TGAACTGA--ATATTTACCGATACG--GTT-ATGCTGGCA--AGTAGATGCATGCTTGTCCATGACATGTAAAGCCAATTTAGCATT-TCAAGCAAAGTTA--AGTACAAGAGCAGTTTTAAAAC----ATAGCGTTTCCATGAATTGTCCTTGTTCAAATTTATATATACATTCCTTTTCGTCATGAGAGTAAATCTACTGTATTTTATCGATAGA-AAATGTTGTATAAACCGTAAATCCATATATAAACATATCAGTTGAAAGAAGTGTTGGTACGCCTGATGAAACTTGTATGT----TCATTATTAAAGTTTTATTTACTACTGTTGAACACTTAACATTTTCTT-AAT----------------TGTGAAATGAAGACATTTGAC-GGGCTAATTATAT-----CAATGCTTATGCTGGCTTCGGCTTCCAGCTTATCGATTACACCTGGTCAATCTCTTACGTCTGCTCCCTGTTTATGCTCATGTTATAGATAAGTGGATTGATAAATCCGCATTTGTATTACTGCTTCAACTAT-GTA-------TTGTC-TATTTGCAACATTTGATCGACAAAAAGGTAAATAGATAAACTTCCCTC-GTATCAGTA------AGCGTTTCGTCTTTAAGTTCTGTTTGATCTGCTGTAG--CTAT----CGTCTCACAGTC-----C-T--AGA-------GC-AACA-CT-------------------------------------CATC-CAGTT-TCGCCGACTCTTTGAACTATAACGTTTCCCTTCATGAC---TCATCAAG
gi|3 : TATAAAACAATTCATCT--TTATATAATATTTACACCGTTGCT-AGGGTATGCAATTTCAAAATGGCCGATATTCAAGATGGCCGTTATTCACTGATTAATTCTTAACGCAAA------ACAAA--T-------------T-ATAGC--AGTTA-----A-----AACTAT--T-ATT--GAA-C-------TGA-CT----AT--CTACTGATCCG--ATT-ATGCTGAGA--AGT-G---CATGATTGTCCACGATATGTAAAGCCAATTTTGCATT-TTAGGCCAATTTA--AAAACAAGAGCAGTTTTAAAAC----CTAGCGTCTGCAATAATTGTCCTTATTCAAATTAACATGTATATTCCCCTTCGTCATAAGAGTAAAATTACTGTATTTTATTGCCAG-GAAATGTTGTA-------------CATATATAAATATATCAGTTGAAAGAAGTGCTAAATCGTCTGCTGAAACTCGTATGTGCGTTCATTATCTAACCTGTACTTACTACTCATGAACATTTTACATTTCCTTCAATGTGAAATTTCCTTCATTGTGAAATAAAGACATATCTCAGGGCTAATTATAT-----CAAAGCATATGCTGACTTCAGTTTCC-----ATTGATTGCATCAGATTAATATTTTAGGTCTGAT--CTGTTTATGCTATCGAAATAGGTAAGTGCATTGATCAATCCGCATTT-TATTACTGCTTCAACTACAA-A-------TAGTCTTATTTGCACAATCTGGTTGACAAAGAGCTAAATAAATat
gi|4 : gtcagttaaatgcattattcatcttaatggcttaagcgtgattttctgtaaatctaaaagaaaaaaaatatttcaaaataaatcgtctttattaacattgctgtagttgtaggcaaatgtttaatgggtttggtgtttttcatttcttatgatCTTACTATTCTTGAACGTTTTACATTTTCTT-AAT----------------TGTAAAATGAAGACATTCCTC-AGGATAATCAAATAACAACAGTGCATAAGCTGGTTTTGGCT-----CTTATTGATTGCACCTCATCAACATCTTACTTCTGCTCCCTGATTATGTTTTCGTTTCATGTAAATGTATGAATCAATCCCCATTT-----ACTGCGTCAGCTAT-G-AACCCGCATAATC-TATTTGCAACACCTGGTTGACATAAAGCTAAATAGATAAACTTCCCATTGTATCAGAA------AGCA-TTCACTTTTATCATTTGCTTGTCCAGATGTTC--TTTT----TGTCTCATACTT-----C-T--AAA-------GC-CACA-TTCT----------------------TCTAT---TATACCATAACAGCTGTCACCGATTCTCTAAACTATAACGTGTCCCTTTATGACTCTTCATCAAG
gi|5 : ATAAAATTTAAGCTTTTATTTAGGATGTGCAATTTCAAAATGGCCTATATCCAAAATG-CCACTATTCTCTAATGAATCAGTAACAAATAACAGTCACAAA--TGAATTGACTGTTTTCATAAC--ATTTCTGATCGTTTTAAACTAT--C-GTTTTATA-CCATT--------TAA--A-----ACCA--------TT-AT-----CG--A--------ACTGCTGTTCGCATTATGTGCCACCAATTTCGCACT-GCAAGCGAAGTTA--AAAACAAGAG-AGTTTTTAACCTTTAATA-CGTTTGCAATAATTGTCTCAGTTCAAACTAATATGttatggggcattcaaggtatgtttttccatcttgatatatacgagtgattttcagatgttttatgaataaaatgatgtctaatttttcagcctaaaatccactcaacttgtatgtatagaaggattgaaaca
gi|8 : acagtatatagatgtttgatatatcgtttggtttgctgaagtgcctaaactgtaacaacacaaacgcgtataataaaacgtcagtaagtacaatgttcgtataaatgtttatttttctaaggcacaatttgtacaataaaatttaatatattgtcactacaccacatctagttgtggactttatcgtgttttgttatctatgttttatattcgaaaattggaaaactaaa-TATTCACTATATTTGGTTAACCAAAA----AACAAACAAAGTTT-----GAATTA------------A-TTCAATTTAAAAACCGGCTTGATCTGTTGTAC--CTGT----TGTTTCAGAGTTG--AGCGT--ATATTCTTGGGC-CACATCTTT-----CCAT------AAT-------AT---TATGCCATTACAGCTGTCATCGAATCTCTGAACTTTAGCATTTCCATTTAGGACTCTTCATCAAG
8 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|6 ): ACTGATCAAGAAAGAAACGTCGAATCAAAACAGCTGTGGATAAATATATCATAATTGATGATTCACGATAAAAAATATCATAGAACGATAGAGTGTAGTGTATGGTTACGTGTAAAACGTGTTTATGCAGCAATAATTGTCGCTGTCTGAAACCTGTCTTGCAGGTGGGTATTATTGAAACAGCGGTCTAGGAAGCGAGTTGTCAAACACAGACGTCCACTGTGTGACAGCTATTCAGTACTTTCTGTTCGCTGAAAATTCCTAACAGCACAACTAAAGGCACCAACAGCTCTCGAAACGTATTTCGTAGACATGCCTGCTTTCATAATATCAAATGCTTATTGCTTATTTGTTTGAAGAATTCTCGACATTGTTATGGTTTAGAAAATCAAATTAAATCACAAAGTTGAAACTTATTTCTTTGTATTAACATGATGCTCTGTGCCATTGAATATATAACTTGACAAGAACGCACGGGGATCTACCTGCACGTCCAAATCGGGATTC
Unaligned ( gi|7 ): TAATCGTTTCATACTTCCGTGCTGACATGACATCATCATTGATATTGAATGCATTTATCTGGTAAGAGTTCTGTTATCTGAACATGTCTGGTCAAAAATGTTTATTGCTGGTTTCTACTGGGACAAACTAACATCTGCATATTTGCAACACAATATCAAGTGTTGATCTGTGTTGTCAATTTCTTAACTGAACAAAAATAACGTCCGATAAATAGTTTAAAATGTCATAAACCTTGGAATTTCATCTATGGTACCTGTGGCCGGCCTTCATTACTTCCAGATTCATATTTGCTATCTATACCATGTGAATAAGCTCCAATATTATGCACACCTGTAGTTGGATATTGATAATATAGTGATCTTGGGCGCAAGTTGTGACACATTGACGCCCACAACGTGACAGGTCTTCAGTACTTCCAGGTTTCTATTTGTTATCTATAACATGTGAATAAGCTCCCGTAGTAGTCACACCTGTAGTTGGATATTGATAATAT
Unaligned ( gi|9 ): AGTAGTTGTGTAATAGCTGCAGTAGCAGCTGCTGTGGGAAACCAATGTTGCAGTCAGTGGGTGTTAATGATATAGTAGTGTTGGGAGAAAGTGTTGACACATGATTGTCTAATACGTGACAGGTCTTCAGTAACATATCCTTAGATTTCTTATAACATAGTAGAGACGTGCTCTTGCACTGTCTATGGTAATGCAAGCAATTTCAACATACCAATGGCACTTACCTTATATTTTTTGAAATTCTCAGCATTGTTATTGTTGAATAAGTTTAATATATCTAACTCAGCCAGGCATCCTTTGTATTGGCATGAGCGACTGTGGGACAGAATAAAAATCTGGTAAAAA
Unaligned ( gi|12 ): ATCTACTCAATGGCCCACAACTTGTACAAAAAAAACGGGCAATAAATTTGACTTGTGCTATTTAAGCATAGAAAGACACTCTATTGTTCCCATTTCCGTCCTTATATGTGCCAGTTGTATAAGCTGCAGGCGTAGCAGTGGTCAGAAACCGATCCTGCATGCGGGTATTATGGTGGTATTGGGCGAGTTGTGACACATGGATTTCCACTACGTGGCAGGTCTTCAGT
Unaligned ( gi|13 ): TCCGTGCTGACATGAAATTCATATTTCTGAGTTCTGTTATCTGAACAGTTCTGGTCAAAAATAATTATTGCTGGTTTCTATTTTGACAAATAAACATCTGCATGTTAGCAACACAATATAAAGTGCTGATCTATGTTGTCAACAGAAGAAAAAAAAACGTCCGATAAAATTTAAATGATGATATTCCAAAGATGTCATGAACC
Unaligned ( gi|14 ): AGTAGTGGCCGTGTTAAACCGATCCCGCAGTTGTATTCTATCGGCATTAGGCGCCATTTGCGACAAGGGAACTCTTACTACGTCACATGTCATCGATTT
Unaligned ( gi|15 ): GGGTATTAATGATATAGGGATTTTGGATGCAATTATTACATAGTGAAATCAACAACATCGCAGGTATTCAGTACTTGCTGGTCCATGTGTTCTC
Unaligned ( gi|16 ): AATCTACTCAATGGCCCACAACTTGTACAAAAAAAACGGGCAATAA
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 1 55555555555555555555555555555555555555555 2222 11 1 55555555555555555555555555555555555555555555555555555 11 11 2222 11 88888888888888 11 1 6666666666666666 1 22222 111 22222 555555555 111 33333333333333 111 2222 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777
lowQualScore : 1 1 88 1 1 3 2 22 0 3 999 6 99999999999999999999999999999999999999999 7777 33 0 2 33333333333333333333333333333333333333333333333333333 3 0 1 0 00 4 33 0 6 8888 6 1 99 22222222222222 3 00 1 0 6666666666666666 1 9 0 1 55555 3 222 0 22 1 1 1 00000 1 666666666 1 8 3 1 1 2 666 88888888888888 11 11 1 1 6666 1 444 1 1111 0 8 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 1 11 3 5 99
lowQualScore : . . .. . . . . .. . . ... . ......................................... .... .. . . ..................................................... . . . . .. . .. . . .... . . .. .............. . .. . . ................ . . . . ..... . ... . .. . . . ..... . ......... . . . . . . ... .............. .. .. . . .... . ... . .... . . .............................................................. . .. . . ..
lowQualScore : 0 0 00 0 0 3 5 88 2 2 888 5 99999999999999999999999999999999999999999 0000 88 0 5 22222222222222222222222222222222222222222222222222222 2 8 0 2 88 2 88 8 7 3333 7 0 33 33333333333333 7 33 0 0 2222222222222222 2 8 0 2 00000 2 000 2 00 0 0 0 44444 0 555555555 2 0 2 0 4 5 888 55555555555555 88 88 2 0 5555 0 000 0 2222 2 8 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 0 88 2 0 55
consensus : TATAAAACANTCCATNTGTTTATATAANATTTANACCGTTGTT-AGGGTATGCAATTTCAAAATGGCCGATATTCAAGATGGCCGCTATTCCCTGATTAATCCTTAACGCAAAACGGTCACAAA--TNA------CGTTCT-ATAGC--GTTTATGATCG-----AACTAT--C-GTT--AAA-CCATTAT-TGA-CTGA--ATAT--ACCGAT-CG--GTT-ATGCTGGCA--AGTAG---CACGACTGTCCACGACATGTGNAGCCAATTTCGCATT-TCAAGCGAAGTTA--AAAACAAGAGCAGTTTTAAAAC----ATAGCGTTTGCAATAATTGTCCCNGTTCAAACTAATATGTACATTCCCCTTCGTCATGAGAGTAAATTTACTGTATTTTATCGCCAGAGAAATGTTGTA------------CCATATATAAATATATCAGTTGAAAGAAGTGTTGATACGTCTGCTGAAACTCGTATGTGCGTTCATTATNAAAGCTTTACTTACTACTCTTGAACATTTTACATTTTCTT-AAT----------------TGTGAAATGAAGACATTTCTC-GGGCTAATTATAT-----CAATGCATATGCTGGCTTCGGCTTCCAGCTTATTGATTGCACCTGATCAACCTCTTACGTCTGCTCCCTGTTTATGCTCTCGNNACANGTAAGTGNATTGATCAATCCGCATTT-TATTACTGCTTCAACTAC-G-------ATAGTC-TATTTGCAACATCTGGTTGACAAAAAGCTAAATAAATAAACTTCCCG-CGTATCAGAA------AGCA-TTCANTTTTANAATCTGCTTGNCCNGNCGTNC--CTNT----TGTCTCACAGTTG--AGC-T--ANATT----GGC-CACA-CTCT-----C-AT------AGT--CTTCCAT---TATACCATNACAGCTGTCACCGACTCTCTAAACTATAACGTTTCCCTTTATGACTCTTCATCAAG
Reference ( family-425 ) : TATAAAACANTCCATNTGTTTATATAANATTTANACCGTTGTT-AGGGTATGCAATTTCAAAATGGCCGATATTCAAGATGGCCGCTATTCCCTGATTAATCCTTAACGCAAAACGGTCACAAA--TNA------CGTTCT-ATAGC--GTTTATGATCG-----AACTAT--C-GTT--AAA-CCATTAT-TGA-CTGA--ATNT--ACCGAT-CG--GTT-ATGCTGGCA--AGTAG---CACGACTGTCCACGACATGTGNAGCCAATTTCGCATT-TCAAGCGAAGTTA--AAAACAAGAGCAGTTTTAAAAC----ATAGCGTTTGCAATAATTGTCCCNGTTCAAACTAATATGTACATTCCCCTTCGTCATGAGAGTAAATTTACTGTATTTTATCGCCAGAGAAATGTTGTA------------CCATATATAAATATATCAGTTGAAAGAAGTGTTGATACGTCTGCTGAAACTCGTATGTGCGTTCATTATNAAAGCTTTACTTACTACTCTTGAACATTTTACATTTTCTT-AAT----------------TGTGAAATGAAGACATTTCTC-GGGCTAATTATAT-----CAATGCATATGCTGGCTTCGGCTTCCAGCTTATTGATTGCACCTGATCAACCTCTTACGTCTGCTCCCTGTTTATGCTCTCGNNACANGTAAGTGNATTGATCAATCCGCATTT-TATTACTGCTTCAACTAC-G-------ATAGTC-TATTTGCAACATCTGGTTGACAAAAAGCTAAATAAATAAACTTCCCG-CGTATCAGAA------AGCA-TTCANTTTTANAATCTGCTTGNCCNGNCGTNC--CTNT----TGTCTCACAGTTG--AGC-T--ANATT----GGC-CACA-CTCT-----C-AT------AGT--CTTCCAT---TATACCATNACAGCTGTCACCGACTCTCTAAACTATAACGTTTCCCTTTATGACTCTTCATCAAG
gi|1 : GTTTGCAATAATTGTCTCAGTTCAAACTAATATGT
gi|1 : TGATCAACCGTTCACTTCTGCTCCTTGTCCATGCTCTTAGAACAAGTAAGTGAATTGATCAATCCGCAT-----GTATTGCATCAACGACTG-------ATGGCC-TATTT---ACATGTTGTTGGCAAAAAGCTAAATAAATAAACTTCCCG-CATCTCAGAATATTTTAG-A-TGCAAGATTACAAACTACTTCTCCA-ACATCCAGGTTTAAAGTGTTTCACA-TTGAAAAC-TTGATATT----GGCTCACAGTTCTGCAAAC-ATTTTTAGAGTCACTTCCTTTCATATACCATTAAAG----------CTCTCTAAACTATAAAGTTTCTCTATATGGTCGTTCATCAAGgatcaaccgttcacttctgctccttgtccatgctcttagaacaagtaagtgaattgatcaatccgcatgtattgcatcaacgactgatggcctatttacatgttgttggcaaaaagctaaataaataaacttcccgcatctcagaatattttagatgcaagattacaaactacttctccaacatccaggtttaaagtgtttcacattgaaaacttgatattggctcacagttctgcaaacatttttagagtcacttcctttcatataccattaaagctctctaaactataaagtttctctatatggtcgttcatcaagttttggggctgtgttatgcaggtatctcatctcctcaagaactgtaaccactgatttaacatatgtgtggttatcagactttgaataaataaactgattttcaccataaacatccatcactatgtatgtataaaagtgattaatcagtttatatatacgtgctaacatatattatcgatatgaaatccatctaattggtaagagttttgttatctgaacgggcctgattaaaatccttaactacttgttactatcggaacagacagacatctgcatatttgtaacacaattataagtctgacctgtgacgataatttgttattttctaaactgaacaaaaaagaaagaaatttccaaaaaatatgacttagtatattttaaagatgccataaaacgttaaagattaatccatgattcctgattcgattgttatgttacaaggtgtatatgcttcattagtaaaccgatcctgcaggtgcatattaatgatatagtggtcgtagacgcaagttatgacacatggacgcccactacgtggtatggtattcttaagtacaacaacattcctattagcagcaaacttct
gi|10 : gtttgcaataattgtctcagttcaaactaatatgAGTAAATTTACTCTATTTTATCGCCAGAAAAATGTTGT-------------CCATATATAAATAGATCAGTTGAAAGTAGTGTTGATACGTCTGCTGAAACTAGTATATGTGTTCATTTTAAAAGCTTTACTTACTACTCTTGAACATTTTACAGTTTCTT-CAT----------------TGTGAAATGAAGACATTAC-C-GGGCTAATAATAT-----AAATACATATGCTGACTTCAGTTTCCAGTTTATTGATTGCACCTGATCAACCTCTTAAGTCTGCTCCCTGTTTATGttttggggctgtgttatgcaggtatctcatctcctcaagaactgtaaccactgatttaacatatgtgtggttatcagactttgaataaataaactgattttcaccataaacatccatcactatgtatgtataaaagtgattaatcagtttatatatacgtgctaacatatattatcgatatgaaatccatctaattggtaagagttttgttatctgaacgggcctgattaaaatccttaactacttgttactatcggaacagacagacatctgcatatttgtaacacaattataagtctgacctgtgacgataatttgttattttctaaactgaacaaaaaagaaagaaatttccaaaaaatatgacttagtatattttaaagatgccataaaacgttaaagattaatccatgattcctgattcgattgttatgttacaaggtgtatatgcttcattagtaaaccgatcctgcaggtgcatattaatgatatagtggtcgtagacgcaagttatgacacatggacgcccactacgtggtatggtattcttaagtacaacaacattcctattagcagcaaacttct
gi|11 : cGGCCGATATTCAAGATGGTCGCTGTTCCCTAATTAATCCTTAACATAAGACGGTCA-AAA--TTA------CATTCT-AT-GCATGTTTAT
gi|11 : --AAA-TCATTATGTAA-CTGATGATAT--ACTG-T-CGCGGTTGATGCGCGTACTAGTAG---C-CGACTGTTCACGACACGTGCAGCCAAGTTCGCATTGCCGACCAAGGTTATGACAACAtaggctatttgactattcctattagatttgtaatagtgtcatgccatttaaaatcattatgtaactgatgatatactgtcgcggttgatgcgcgtactagtagccgactgttcacgacacgtgcagccaagttcgcattgccgaccaaggttatgacaaca
gi|17 : ggccgatattcaagatggtcgctgttccctaattaatccttaacataagacggtcaaaattacattctatgcatgtttattaggctatttgactattcctattagatttgtaatagtgtcatgccattta--CTTCCAT---TTTACCATAACAGCTGTCACCGACTCTCTAAACTACA
gi|18 : ATGTACGTGAATAGAGTAATCCGCATTT-TATTACTGCTTCAA
gi|2 : tTATAAAACACTCCATATGTTTATATAACATTGATACCGTTGTT-AGTGTATGTAATTTCAAAATGGCCGATATTCAAGATGGCCGCTATTAC-TGATTAATTCTTAATGCAAAACGA-CATAAAAATAA------CATTCTGATCAC--CTTTGTGATTG-----AACTATACCAGTT--AAAACCATTAT-TGAACTGA--ATATTTACCGATACG--GTT-ATGCTGGCA--AGTAGATGCATGCTTGTCCATGACATGTAAAGCCAATTTAGCATT-TCAAGCAAAGTTA--AGTACAAGAGCAGTTTTAAAAC----ATAGCGTTTCCATGAATTGTCCTTGTTCAAATTTATATATACATTCCTTTTCGTCATGAGAGTAAATCTACTGTATTTTATCGATAGA-AAATGTTGTATAAACCGTAAATCCATATATAAACATATCAGTTGAAAGAAGTGTTGGTACGCCTGATGAAACTTGTATGT----TCATTATTAAAGTTTTATTTACTACTGTTGAACACTTAACATTTTCTT-AAT----------------TGTGAAATGAAGACATTTGAC-GGGCTAATTATAT-----CAATGCTTATGCTGGCTTCGGCTTCCAGCTTATCGATTACACCTGGTCAATCTCTTACGTCTGCTCCCTGTTTATGCTCATGTTATAGATAAGTGGATTGATAAATCCGCATTTGTATTACTGCTTCAACTAT-GT------ATTGTC-TATTTGCAACATTTGATCGACAAAAAGGTAAATAGATAAACTTCCCT-CGTATCAGTA------AGCGTTTCGTCTTTAAGTTCTGTTTGATCTGCTGTAG--CTAT----CGTCTCACAGTC-----C-T--AGA-------GC-AACA-CT-------------------------------------CATC-CAGTT-TCGCCGACTCTTTGAACTATAACGTTTCCCTTCATGAC---TCATCAAG
gi|3 : TATAAAACAATTCATCT--TTATATAATATTTACACCGTTGCT-AGGGTATGCAATTTCAAAATGGCCGATATTCAAGATGGCCGTTATTCACTGATTAATTCTTAACGCAAA------ACAAA--T-------------T-ATAGC--AGTTA-----A-----AACTAT--T-ATT--GAA-C-------TGA-CT----ATCT--ACTGATCCG--ATT-ATGCTGAGA--AGT-G---CATGATTGTCCACGATATGTAAAGCCAATTTTGCATT-TTAGGCCAATTTA--AAAACAAGAGCAGTTTTAAAAC----CTAGCGTCTGCAATAATTGTCCTTATTCAAATTAACATGTATATTCCCCTTCGTCATAAGAGTAAAATTACTGTATTTTATTGCCAG-GAAATGTTGTA-------------CATATATAAATATATCAGTTGAAAGAAGTGCTAAATCGTCTGCTGAAACTCGTATGTGCGTTCATTATCTAACCTGTACTTACTACTCATGAACATTTTACATTTCCTTCAATGTGAAATTTCCTTCATTGTGAAATAAAGACATATCTCAGGGCTAATTATAT-----CAAAGCATATGCTGACTTCAGTTTCC-----ATTGATTGCATCAGATTAATATTTTAGGTCTGAT--CTGTTTATGCTATCGAAATAGGTAAGTGCATTGATCAATCCGCATTT-TATTACTGCTTCAACTACAA-------ATAGTCTTATTTGCACAATCTGGTTGACAAAGAGCTAAATAAATat
gi|4 : gtcagttaaatgcattattcatcttaatggcttaagcgtgattttctgtaaatctaaaagaaaaaaaatatttcaaaataaatcgtctttattaacattgctgtagttgtaggcaaatgtttaatgggtttggtgtttttcatttcttatgatCTTACTATTCTTGAACGTTTTACATTTTCTT-AAT----------------TGTAAAATGAAGACATTCCTC-AGGATAATCAAATAACAACAGTGCATAAGCTGGTTTTGGCT-----CTTATTGATTGCACCTCATCAACATCTTACTTCTGCTCCCTGATTATGTTTTCGTTTCATGTAAATGTATGAATCAATCCCCAT-----TTACTGCGTCAGCTAT-GAACCCGCATAATC-TATTTGCAACACCTGGTTGACATAAAGCTAAATAGATAAACTTCCCATTGTATCAGAA------AGCA-TTCACTTTTATCATTTGCTTGTCCAGATGTTC--TTTT----TGTCTCATACTT-----C-T--AAA-------GC-CACA-T--------------------T--CTTCTAT---TATACCATAACAGCTGTCACCGATTCTCTAAACTATAACGTGTCCCTTTATGACTCTTCATCAAG
gi|5 : ATAAAATTTAAGCTTTTATTTAGGATGTGCAATTTCAAAATGGCCTATATCCAAAATG-CCACTATTCTCTAATGAATCAGTAACAAATAACAGTCACAAA--TGAATTGACTGTTTTCATAAC--ATTTCTGATCGTTTTAAACTAT--C-GTTTTATA-CCATT--------TAA--A-----ACCA--------TT-AT-----CG--A--------ACTGCTGTTCGCATTATGTGCCACCAATTTCGCACT-GCAAGCGAAGTTA--AAAACAAGAG-AGTTTTTAACCTTTAATA-CGTTTGCAATAATTGTCTCAGTTCAAACTAATATGttatggggcattcaaggtatgtttttccatcttgatatatacgagtgattttcagatgttttatgaataaaatgatgtctaatttttcagcctaaaatccactcaacttgtatgtatagaaggattgaaaca
gi|8 : acagtatatagatgtttgatatatcgtttggtttgctgaagtgcctaaactgtaacaacacaaacgcgtataataaaacgtcagtaagtacaatgttcgtataaatgtttatttttctaaggcacaatttgtacaataaaatttaatatattgtcactacaccacatctagttgtggactttatcgtgttttgttatctatgttttatattcgaaaattggaaaactaaa-TATTCACTATATTTGGTTAACCAAAA----AACAAACAAAGTTT-----GAATTA------------A-TTCAATTTAAAAACCGGCTTGATCTGTTGTAC--CTGT----TGTTTCAGAGTTG--AGCGT--ATATTCTTGGGC-CACATCTTT-----CCAT------AAT-------AT---TATGCCATTACAGCTGTCATCGAATCTCTGAACTTTAGCATTTCCATTTAGGACTCTTCATCAAG
8 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|6 ): ACTGATCAAGAAAGAAACGTCGAATCAAAACAGCTGTGGATAAATATATCATAATTGATGATTCACGATAAAAAATATCATAGAACGATAGAGTGTAGTGTATGGTTACGTGTAAAACGTGTTTATGCAGCAATAATTGTCGCTGTCTGAAACCTGTCTTGCAGGTGGGTATTATTGAAACAGCGGTCTAGGAAGCGAGTTGTCAAACACAGACGTCCACTGTGTGACAGCTATTCAGTACTTTCTGTTCGCTGAAAATTCCTAACAGCACAACTAAAGGCACCAACAGCTCTCGAAACGTATTTCGTAGACATGCCTGCTTTCATAATATCAAATGCTTATTGCTTATTTGTTTGAAGAATTCTCGACATTGTTATGGTTTAGAAAATCAAATTAAATCACAAAGTTGAAACTTATTTCTTTGTATTAACATGATGCTCTGTGCCATTGAATATATAACTTGACAAGAACGCACGGGGATCTACCTGCACGTCCAAATCGGGATTC
Unaligned ( gi|7 ): TAATCGTTTCATACTTCCGTGCTGACATGACATCATCATTGATATTGAATGCATTTATCTGGTAAGAGTTCTGTTATCTGAACATGTCTGGTCAAAAATGTTTATTGCTGGTTTCTACTGGGACAAACTAACATCTGCATATTTGCAACACAATATCAAGTGTTGATCTGTGTTGTCAATTTCTTAACTGAACAAAAATAACGTCCGATAAATAGTTTAAAATGTCATAAACCTTGGAATTTCATCTATGGTACCTGTGGCCGGCCTTCATTACTTCCAGATTCATATTTGCTATCTATACCATGTGAATAAGCTCCAATATTATGCACACCTGTAGTTGGATATTGATAATATAGTGATCTTGGGCGCAAGTTGTGACACATTGACGCCCACAACGTGACAGGTCTTCAGTACTTCCAGGTTTCTATTTGTTATCTATAACATGTGAATAAGCTCCCGTAGTAGTCACACCTGTAGTTGGATATTGATAATAT
Unaligned ( gi|9 ): AGTAGTTGTGTAATAGCTGCAGTAGCAGCTGCTGTGGGAAACCAATGTTGCAGTCAGTGGGTGTTAATGATATAGTAGTGTTGGGAGAAAGTGTTGACACATGATTGTCTAATACGTGACAGGTCTTCAGTAACATATCCTTAGATTTCTTATAACATAGTAGAGACGTGCTCTTGCACTGTCTATGGTAATGCAAGCAATTTCAACATACCAATGGCACTTACCTTATATTTTTTGAAATTCTCAGCATTGTTATTGTTGAATAAGTTTAATATATCTAACTCAGCCAGGCATCCTTTGTATTGGCATGAGCGACTGTGGGACAGAATAAAAATCTGGTAAAAA
Unaligned ( gi|12 ): ATCTACTCAATGGCCCACAACTTGTACAAAAAAAACGGGCAATAAATTTGACTTGTGCTATTTAAGCATAGAAAGACACTCTATTGTTCCCATTTCCGTCCTTATATGTGCCAGTTGTATAAGCTGCAGGCGTAGCAGTGGTCAGAAACCGATCCTGCATGCGGGTATTATGGTGGTATTGGGCGAGTTGTGACACATGGATTTCCACTACGTGGCAGGTCTTCAGT
Unaligned ( gi|13 ): TCCGTGCTGACATGAAATTCATATTTCTGAGTTCTGTTATCTGAACAGTTCTGGTCAAAAATAATTATTGCTGGTTTCTATTTTGACAAATAAACATCTGCATGTTAGCAACACAATATAAAGTGCTGATCTATGTTGTCAACAGAAGAAAAAAAAACGTCCGATAAAATTTAAATGATGATATTCCAAAGATGTCATGAACC
Unaligned ( gi|14 ): AGTAGTGGCCGTGTTAAACCGATCCCGCAGTTGTATTCTATCGGCATTAGGCGCCATTTGCGACAAGGGAACTCTTACTACGTCACATGTCATCGATTT
Unaligned ( gi|15 ): GGGTATTAATGATATAGGGATTTTGGATGCAATTATTACATAGTGAAATCAACAACATCGCAGGTATTCAGTACTTGCTGGTCCATGTGTTCTC
Unaligned ( gi|16 ): AATCTACTCAATGGCCCACAACTTGTACAAAAAAAACGGGCAATAA
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 1 55555555555555555555555555555555555555555 2222 11 1 55555555555555555555555555555555555555555555555555555 11 11 2222 11 88888888888888 11 1 6666666666666666 1 22222 111 22222 555555555 111 33333333333333 111 2222 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777
lowQualScore : 1 1 88 1 1 3 2 22 0 3 999 6 99999999999999999999999999999999999999999 7777 33 0 2 11111111111111111111111111111111111111111111111111111 3 0 1 0 00 4 33 0 6 8888 6 1 99 22222222222222 3 00 1 0 6666666666666666 1 9 0 1 55555 3 222 0 22 1 1 1 00000 1 666666666 1 8 3 1 1 2 666 88888888888888 11 11 1 1 6666 1 444 1 1111 0 8 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 1 11 3 5 99
lowQualScore : . . .. . . . . .. . . ... . ......................................... .... .. . . ..................................................... . . . . .. . .. . . .... . . .. .............. . .. . . ................ . . . . ..... . ... . .. . . . ..... . ......... . . . . . . ... .............. .. .. . . .... . ... . .... . . .............................................................. . .. . . ..
lowQualScore : 0 0 00 0 0 3 5 88 2 2 888 5 99999999999999999999999999999999999999999 0000 88 0 5 88888888888888888888888888888888888888888888888888888 2 8 0 2 88 2 88 8 7 3333 7 0 33 33333333333333 7 33 0 0 2222222222222222 2 8 0 2 00000 2 000 2 00 0 0 0 44444 0 555555555 2 0 2 0 4 5 888 55555555555555 88 88 2 0 5555 0 000 0 2222 2 8 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 0 88 2 0 55
consensus : TATAAAACANTCCATNTGTTTATATAANATTTANACCGTTGTT-AGGGTATGCAATTTCAAAATGGCCGATATTCAAGATGGCCGCTATTCCCTGATTAATCCTTAACGCAAAACGGTCACAAA--TNA------CGTTCT-ATAGC--GTTTATGATCG-----AACTAT--C-GTT--AAA-CCATTAT-TGA-CTGA--ATAT--ACCGAT-CG--GTT-ATGCTGGCA--AGTAG---CACGACTGTCCACGACATGTGNAGCCAATTTCGCATT-TCAAGCGAAGTTA--AAAACAAGAGCAGTTTTAAAAC----ATAGCGTTTGCAATAATTGTCCCNGTTCAAACTAATATGTACATTCCCCTTCGTCATGAGAGTAAATTTACTGTATTTTATCGCCAGAGAAATGTTGTA------------CCATATATAAATATATCAGTTGAAAGAAGTGTTGATACGTCTGCTGAAACTCGTATGTGCGTTCATTATNAAAGCTTTACTTACTACTCTTGAACATTTTACATTTTCTT-AAT----------------TGTGAAATGAAGACATTTCTC-GGGCTAATTATAT-----CAATGCATATGCTGGCTTCGGCTTCCAGCTTATTGATTGCACCTGATCAACCTCTTACGTCTGCTCCCTGTTTATGCTCTCGNNACANGTAAGTGNATTGATCAATCCGCATTT-TATTACTGCTTCAACTAC-G-------ATAGTC-TATTTGCAACATCTGGTTGACAAAAAGCTAAATAAATAAACTTCCCG-CGTATCAGAA------AGCA-TTCANTTTTANAATCTGCTTGNCCNGNCGTNC--CTNT----TGTCTCACAGTTG--AGC-T--ANATT----GGC-CACA-CTCT-----C-AT------AGT--CTTCCAT---TATACCATNACAGCTGTCACCGACTCTCTAAACTATAACGTTTCCCTTTATGACTCTTCATCAAG
Reference ( family-425 ) : TATAAAACANTCCATNTGTTTATATAANATTTANACCGTTGTT-AGGGTATGCAATTTCAAAATGGCCGATATTCAAGATGGCCGCTATTCCCTGATTAATCCTTAACGCAAAACGGTCACAAA--TNA------CGTTCT-ATAGC--GTTTATGATCG-----AACTAT--C-GTT--AAA-CCATTAT-TGA-CTGA--ATAT--ACCGAT-CG--GTT-ATGCTGGCA--AGTAG---CACGACTGTCCACGACATGTGNAGCCAATTTCGCATT-TCAAGCGAAGTTA--AAAACAAGAGCAGTTTTAAAAC----ATAGCGTTTGCAATAATTGTCCCNGTTCAAACTAATATGTACATTCCCCTTCGTCATGAGAGTAAATTTACTGTATTTTATCGCCAGAGAAATGTTGTA------------CCATATATAAATATATCAGTTGAAAGAAGTGTTGATACGTCTGCTGAAACTCGTATGTGCGTTCATTATNAAAGCTTTACTTACTACTCTTGAACATTTTACATTTTCTT-AAT----------------TGTGAAATGAAGACATTTCTC-GGGCTAATTATAT-----CAATGCATATGCTGGCTTCGGCTTCCAGCTTATTGATTGCACCTGATCAACCTCTTACGTCTGCTCCCTGTTTATGCTCTCGNNACANGTAAGTGNATTGATCAATCCGCATTT-TATTACTGCTTCAACTAC-G-------ATAGTC-TATTTGCAACATCTGGTTGACAAAAAGCTAAATAAATAAACTTCCCG-CGTATCAGAA------AGCA-TTCANTTTTANAATCTGCTTGNCCNGNCGTNC--CTNT----TGTCTCACAGTTG--AGC-T--ANATT----GGC-CACA-CTCT-----C-AT------AGT--CTTCCAT---TATACCATNACAGCTGTCACCGACTCTCTAAACTATAACGTTTCCCTTTATGACTCTTCATCAAG
gi|1 : GTTTGCAATAATTGTCTCAGTTCAAACTAATATGT
gi|1 : TGATCAACCGTTCACTTCTGCTCCTTGTCCATGCTCTTAGAACAAGTAAGTGAATTGATCAATCCGCAT-----GTATTGCATCAACGACTG-------ATGGCC-TATTT---ACATGTTGTTGGCAAAAAGCTAAATAAATAAACTTCCCG-CATCTCAGAATATTTTAG-A-TGCAAGATTACAAACTACTTCTCCA-ACATCCAGGTTTAAAGTGTTTCACA-TTGAAAAC-TTGATATT----GGCTCACAGTTCTGCAAAC-ATTTTTAGAGTCACTTCCTTTCATATACCATTAAAG----------CTCTCTAAACTATAAAGTTTCTCTATATGGTCGTTCATCAAGgatcaaccgttcacttctgctccttgtccatgctcttagaacaagtaagtgaattgatcaatccgcatgtattgcatcaacgactgatggcctatttacatgttgttggcaaaaagctaaataaataaacttcccgcatctcagaatattttagatgcaagattacaaactacttctccaacatccaggtttaaagtgtttcacattgaaaacttgatattggctcacagttctgcaaacatttttagagtcacttcctttcatataccattaaagctctctaaactataaagtttctctatatggtcgttcatcaagttttggggctgtgttatgcaggtatctcatctcctcaagaactgtaaccactgatttaacatatgtgtggttatcagactttgaataaataaactgattttcaccataaacatccatcactatgtatgtataaaagtgattaatcagtttatatatacgtgctaacatatattatcgatatgaaatccatctaattggtaagagttttgttatctgaacgggcctgattaaaatccttaactacttgttactatcggaacagacagacatctgcatatttgtaacacaattataagtctgacctgtgacgataatttgttattttctaaactgaacaaaaaagaaagaaatttccaaaaaatatgacttagtatattttaaagatgccataaaacgttaaagattaatccatgattcctgattcgattgttatgttacaaggtgtatatgcttcattagtaaaccgatcctgcaggtgcatattaatgatatagtggtcgtagacgcaagttatgacacatggacgcccactacgtggtatggtattcttaagtacaacaacattcctattagcagcaaacttct
gi|10 : gtttgcaataattgtctcagttcaaactaatatgAGTAAATTTACTCTATTTTATCGCCAGAAAAATGTTGT-------------CCATATATAAATAGATCAGTTGAAAGTAGTGTTGATACGTCTGCTGAAACTAGTATATGTGTTCATTTTAAAAGCTTTACTTACTACTCTTGAACATTTTACAGTTTCTT-CAT----------------TGTGAAATGAAGACATTAC-C-GGGCTAATAATAT-----AAATACATATGCTGACTTCAGTTTCCAGTTTATTGATTGCACCTGATCAACCTCTTAAGTCTGCTCCCTGTTTATGttttggggctgtgttatgcaggtatctcatctcctcaagaactgtaaccactgatttaacatatgtgtggttatcagactttgaataaataaactgattttcaccataaacatccatcactatgtatgtataaaagtgattaatcagtttatatatacgtgctaacatatattatcgatatgaaatccatctaattggtaagagttttgttatctgaacgggcctgattaaaatccttaactacttgttactatcggaacagacagacatctgcatatttgtaacacaattataagtctgacctgtgacgataatttgttattttctaaactgaacaaaaaagaaagaaatttccaaaaaatatgacttagtatattttaaagatgccataaaacgttaaagattaatccatgattcctgattcgattgttatgttacaaggtgtatatgcttcattagtaaaccgatcctgcaggtgcatattaatgatatagtggtcgtagacgcaagttatgacacatggacgcccactacgtggtatggtattcttaagtacaacaacattcctattagcagcaaacttct
gi|11 : cGGCCGATATTCAAGATGGTCGCTGTTCCCTAATTAATCCTTAACATAAGACGGTCA-AAA--TTA------CATTCT-AT-GCATGTTTAT
gi|11 : --AAA-TCATTATGTAA-CTGATGATAT--ACTG-T-CGCGGTTGATGCGCGTACTAGTAG---C-CGACTGTTCACGACACGTGCAGCCAAGTTCGCATTGCCGACCAAGGTTATGACAACAtaggctatttgactattcctattagatttgtaatagtgtcatgccatttaaaatcattatgtaactgatgatatactgtcgcggttgatgcgcgtactagtagccgactgttcacgacacgtgcagccaagttcgcattgccgaccaaggttatgacaaca
gi|17 : ggccgatattcaagatggtcgctgttccctaattaatccttaacataagacggtcaaaattacattctatgcatgtttattaggctatttgactattcctattagatttgtaatagtgtcatgccattta--CTTCCAT---TTTACCATAACAGCTGTCACCGACTCTCTAAACTACA
gi|18 : ATGTACGTGAATAGAGTAATCCGCATTT-TATTACTGCTTCAA
gi|2 : tTATAAAACACTCCATATGTTTATATAACATTGATACCGTTGTT-AGTGTATGTAATTTCAAAATGGCCGATATTCAAGATGGCCGCTATTAC-TGATTAATTCTTAATGCAAAACGA-CATAAAAATAA------CATTCTGATCAC--CTTTGTGATTG-----AACTATACCAGTT--AAAACCATTAT-TGAACTGA--ATATTTACCGATACG--GTT-ATGCTGGCA--AGTAGATGCATGCTTGTCCATGACATGTAAAGCCAATTTAGCATT-TCAAGCAAAGTTA--AGTACAAGAGCAGTTTTAAAAC----ATAGCGTTTCCATGAATTGTCCTTGTTCAAATTTATATATACATTCCTTTTCGTCATGAGAGTAAATCTACTGTATTTTATCGATAGA-AAATGTTGTATAAACCGTAAATCCATATATAAACATATCAGTTGAAAGAAGTGTTGGTACGCCTGATGAAACTTGTATGT----TCATTATTAAAGTTTTATTTACTACTGTTGAACACTTAACATTTTCTT-AAT----------------TGTGAAATGAAGACATTTGAC-GGGCTAATTATAT-----CAATGCTTATGCTGGCTTCGGCTTCCAGCTTATCGATTACACCTGGTCAATCTCTTACGTCTGCTCCCTGTTTATGCTCATGTTATAGATAAGTGGATTGATAAATCCGCATTTGTATTACTGCTTCAACTAT-GT------ATTGTC-TATTTGCAACATTTGATCGACAAAAAGGTAAATAGATAAACTTCCCT-CGTATCAGTA------AGCGTTTCGTCTTTAAGTTCTGTTTGATCTGCTGTAG--CTAT----CGTCTCACAGTC-----C-T--AGA-------GC-AACA-CT-------------------------------------CATC-CAGTT-TCGCCGACTCTTTGAACTATAACGTTTCCCTTCATGAC---TCATCAAG
gi|3 : TATAAAACAATTCATCT--TTATATAATATTTACACCGTTGCT-AGGGTATGCAATTTCAAAATGGCCGATATTCAAGATGGCCGTTATTCACTGATTAATTCTTAACGCAAA------ACAAA--T-------------T-ATAGC--AGTTA-----A-----AACTAT--T-ATT--GAA-C-------TGA-CT----ATCT--ACTGATCCG--ATT-ATGCTGAGA--AGT-G---CATGATTGTCCACGATATGTAAAGCCAATTTTGCATT-TTAGGCCAATTTA--AAAACAAGAGCAGTTTTAAAAC----CTAGCGTCTGCAATAATTGTCCTTATTCAAATTAACATGTATATTCCCCTTCGTCATAAGAGTAAAATTACTGTATTTTATTGCCAG-GAAATGTTGTA-------------CATATATAAATATATCAGTTGAAAGAAGTGCTAAATCGTCTGCTGAAACTCGTATGTGCGTTCATTATCTAACCTGTACTTACTACTCATGAACATTTTACATTTCCTTCAATGTGAAATTTCCTTCATTGTGAAATAAAGACATATCTCAGGGCTAATTATAT-----CAAAGCATATGCTGACTTCAGTTTCC-----ATTGATTGCATCAGATTAATATTTTAGGTCTGAT--CTGTTTATGCTATCGAAATAGGTAAGTGCATTGATCAATCCGCATTT-TATTACTGCTTCAACTACAA-------ATAGTCTTATTTGCACAATCTGGTTGACAAAGAGCTAAATAAATat
gi|4 : gtcagttaaatgcattattcatcttaatggcttaagcgtgattttctgtaaatctaaaagaaaaaaaatatttcaaaataaatcgtctttattaacattgctgtagttgtaggcaaatgtttaatgggtttggtgtttttcatttcttatgatCTTACTATTCTTGAACGTTTTACATTTTCTT-AAT----------------TGTAAAATGAAGACATTCCTC-AGGATAATCAAATAACAACAGTGCATAAGCTGGTTTTGGCT-----CTTATTGATTGCACCTCATCAACATCTTACTTCTGCTCCCTGATTATGTTTTCGTTTCATGTAAATGTATGAATCAATCCCCAT-----TTACTGCGTCAGCTAT-GAACCCGCATAATC-TATTTGCAACACCTGGTTGACATAAAGCTAAATAGATAAACTTCCCATTGTATCAGAA------AGCA-TTCACTTTTATCATTTGCTTGTCCAGATGTTC--TTTT----TGTCTCATACTT-----C-T--AAA-------GC-CACA-T--------------------T--CTTCTAT---TATACCATAACAGCTGTCACCGATTCTCTAAACTATAACGTGTCCCTTTATGACTCTTCATCAAG
gi|5 : ATAAAATTTAAGCTTTTATTTAGGATGTGCAATTTCAAAATGGCCTATATCCAAAATG-CCACTATTCTCTAATGAATCAGTAACAAATAACAGTCACAAA--TGAATTGACTGTTTTCATAAC--ATTTCTGATCGTTTTAAACTAT--C-GTTTTATA-CCATT--------TAA--A-----ACCA--------TT-AT-----CG--A--------ACTGCTGTTCGCATTATGTGCCACCAATTTCGCACT-GCAAGCGAAGTTA--AAAACAAGAG-AGTTTTTAACCTTTAATA-CGTTTGCAATAATTGTCTCAGTTCAAACTAATATGttatggggcattcaaggtatgtttttccatcttgatatatacgagtgattttcagatgttttatgaataaaatgatgtctaatttttcagcctaaaatccactcaacttgtatgtatagaaggattgaaaca
gi|8 : acagtatatagatgtttgatatatcgtttggtttgctgaagtgcctaaactgtaacaacacaaacgcgtataataaaacgtcagtaagtacaatgttcgtataaatgtttatttttctaaggcacaatttgtacaataaaatttaatatattgtcactacaccacatctagttgtggactttatcgtgttttgttatctatgttttatattcgaaaattggaaaactaaa-TATTCACTATATTTGGTTAACCAAAA----AACAAACAAAGTTT-----GAATTA------------A-TTCAATTTAAAAACCGGCTTGATCTGTTGTAC--CTGT----TGTTTCAGAGTTG--AGCGT--ATATTCTTGGGC-CACATCTTT-----CCAT------AAT-------AT---TATGCCATTACAGCTGTCATCGAATCTCTGAACTTTAGCATTTCCATTTAGGACTCTTCATCAAG
blockSeqs : A C . T C T G AC A AGT T TGAATTGACTGTTTTCATAACATTTCTGATCGTTTTA T TT A C ATTGAACTGAATATTTACCGATACGGTTATGCTGGCAAGTAGATG A A T A . C TTTA G T A ATAAACCGTAAATC T GC T C GTGAAATTTCCTTCAT T A A T AACAA T AGC TT T A A TTGTA T GAACCCGC T T G A T C ATT GTAAGCGT TC AG T A TGCT A C A . G GAGCGTATATTCTTGGGCCACATCTTTCCATAATAT T AA C G TC
blockSeqs : A A . G TC A GA C TTATAGCAGTTAA C . . C TGACTATCTACTGATCCGATTATGCTGAGAAGTG A A T C . . . . T G A C . C . . T T . T . T C AA G G T TTTA T GT A . G A C C TC GAAAGCA CT TC T T AGAT T T T . C CTAAAGCCACATTCTTCTAT A AA T G TC
blockSeqs : . C . . C . . . TAAAACCATTATCGA A C G G . A . . C T . C . . . TT G C T TTTA T AA A . G A C . . A AT AA C A TGTT A C G . G CTAGAGCAACACT A TA C G .
blockSeqs : T T G . G . A T T . C C .
blockSeqCons : TTTA*
originalCons : TATAAAACANTCCATNTGTTTATATAANATTTANACCGTTGTT-AGGGTATGCAATTTCAAAATGGCCGATATTCAAGATGGCCGCTATTCCCTGATTAATCCTTAACGCAAAACGGTCACAAA--TNA------CGTTCT-ATAGC--GTTTATGATCG-----AACTAT--C-GTT--AAA-CCATTAT-TGA-CTGA--ATAT--ACCGAT-CG--GTT-ATGCTGGCA--AGTAG---CACGACTGTCCACGACATGTGNAGCCAATTTCGCATT-TCAAGCGAAGTTA--AAAACAAGAGCAGTTTTAAAAC----ATAGCGTTTGCAATAATTGTCCCNGTTCAAACTAATATGTACATTCCCCTTCGTCATGAGAGTAAATTTACTGTATTTTATCGCCAGAGAAATGTTGTA------------CCATATATAAATATATCAGTTGAAAGAAGTGTTGATACGTCTGCTGAAACTCGTATGTGCGTTCATTATNAAAGCTTTACTTACTACTCTTGAACATTTTACATTTTCTT-AAT----------------TGTGAAATGAAGACATTTCTC-GGGCTAATTATAT-----CAATGCATATGCTGGCTTCGGCTTCCAGCTTATTGATTGCACCTGATCAACCTCTTACGTCTGCTCCCTGTTTATGCTCTCGNNACANGTAAGTGNATTGATCAATCCGCATTT-TATTACTGCTTCAACTAC-G-------ATAGTC-TATTTGCAACATCTGGTTGACAAAAAGCTAAATAAATAAACTTCCCG-CGTATCAGAA------AGCA-TTCANTTTTANAATCTGCTTGNCCNGNCGTNC--CTNT----TGTCTCACAGTTG--AGC-T--ANATT----GGC-CACA-CTCT-----C-AT------AGT--CTTCCAT---TATACCATNACAGCTGTCACCGACTCTCTAAACTATAACGTTTCCCTTTATGACTCTTCATCAAG
finalCons : TATAAAACANTCCATNTGTTTATATAANATTTANACCGTTGTT-AGGGTATGCAATTTCAAAATGGCCGATATTCAAGATGGCCGCTATTCCCTGATTAATCCTTAACGCAAAACGGTCACAAA--TNA------CGTTCT-ATAGC--GTTTATGATCG-----AACTAT--C-GTT--AAA-CCATTAT-TGA-CTGA--ATAT--ACCGAT-CG--GTT-ATGCTGGCA--AGTAG---CACGACTGTCCACGACATGTGNAGCCAATTTCGCATT-TCAAGCGAAGTTA--AAAACAAGAGCAGTTTTAAAAC----ATAGCGTTTGCAATAATTGTCCCNGTTCAAACTAATATGTACATTCCCCTTCGTCATGAGAGTAAATTTACTGTATTTTATCGCCAGAGAAATGTTGTA------------CCATATATAAATATATCAGTTGAAAGAAGTGTTGATACGTCTGCTGAAACTCGTATGTGCGTTCATTATNAAAGCTTTACTTACTACTCTTGAACATTTTACATTTTCTT-AAT----------------TGTGAAATGAAGACATTTCTC-GGGCTAATTATAT-----CAATGCATATGCTGGCTTCGGCTTCCAGCTTATTGATTGCACCTGATCAACCTCTTACGTCTGCTCCCTGTTTATGCTCTCGNNACANGTAAGTGNATTGATCAATCCGCATTTTA-TTACTGCTTCAACTAC-G-------ATAGTC-TATTTGCAACATCTGGTTGACAAAAAGCTAAATAAATAAACTTCCCG-CGTATCAGAA------AGCA-TTCANTTTTANAATCTGCTTGNCCNGNCGTNC--CTNT----TGTCTCACAGTTG--AGC-T--ANATT----GGC-CACA-CTCT-----C-AT------AGT--CTTCCAT---TATACCATNACAGCTGTCACCGACTCTCTAAACTATAACGTTTCCCTTTATGACTCTTCATCAAG
8 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|6 ): ACTGATCAAGAAAGAAACGTCGAATCAAAACAGCTGTGGATAAATATATCATAATTGATGATTCACGATAAAAAATATCATAGAACGATAGAGTGTAGTGTATGGTTACGTGTAAAACGTGTTTATGCAGCAATAATTGTCGCTGTCTGAAACCTGTCTTGCAGGTGGGTATTATTGAAACAGCGGTCTAGGAAGCGAGTTGTCAAACACAGACGTCCACTGTGTGACAGCTATTCAGTACTTTCTGTTCGCTGAAAATTCCTAACAGCACAACTAAAGGCACCAACAGCTCTCGAAACGTATTTCGTAGACATGCCTGCTTTCATAATATCAAATGCTTATTGCTTATTTGTTTGAAGAATTCTCGACATTGTTATGGTTTAGAAAATCAAATTAAATCACAAAGTTGAAACTTATTTCTTTGTATTAACATGATGCTCTGTGCCATTGAATATATAACTTGACAAGAACGCACGGGGATCTACCTGCACGTCCAAATCGGGATTC
Unaligned ( gi|7 ): TAATCGTTTCATACTTCCGTGCTGACATGACATCATCATTGATATTGAATGCATTTATCTGGTAAGAGTTCTGTTATCTGAACATGTCTGGTCAAAAATGTTTATTGCTGGTTTCTACTGGGACAAACTAACATCTGCATATTTGCAACACAATATCAAGTGTTGATCTGTGTTGTCAATTTCTTAACTGAACAAAAATAACGTCCGATAAATAGTTTAAAATGTCATAAACCTTGGAATTTCATCTATGGTACCTGTGGCCGGCCTTCATTACTTCCAGATTCATATTTGCTATCTATACCATGTGAATAAGCTCCAATATTATGCACACCTGTAGTTGGATATTGATAATATAGTGATCTTGGGCGCAAGTTGTGACACATTGACGCCCACAACGTGACAGGTCTTCAGTACTTCCAGGTTTCTATTTGTTATCTATAACATGTGAATAAGCTCCCGTAGTAGTCACACCTGTAGTTGGATATTGATAATAT
Unaligned ( gi|9 ): AGTAGTTGTGTAATAGCTGCAGTAGCAGCTGCTGTGGGAAACCAATGTTGCAGTCAGTGGGTGTTAATGATATAGTAGTGTTGGGAGAAAGTGTTGACACATGATTGTCTAATACGTGACAGGTCTTCAGTAACATATCCTTAGATTTCTTATAACATAGTAGAGACGTGCTCTTGCACTGTCTATGGTAATGCAAGCAATTTCAACATACCAATGGCACTTACCTTATATTTTTTGAAATTCTCAGCATTGTTATTGTTGAATAAGTTTAATATATCTAACTCAGCCAGGCATCCTTTGTATTGGCATGAGCGACTGTGGGACAGAATAAAAATCTGGTAAAAA
Unaligned ( gi|12 ): ATCTACTCAATGGCCCACAACTTGTACAAAAAAAACGGGCAATAAATTTGACTTGTGCTATTTAAGCATAGAAAGACACTCTATTGTTCCCATTTCCGTCCTTATATGTGCCAGTTGTATAAGCTGCAGGCGTAGCAGTGGTCAGAAACCGATCCTGCATGCGGGTATTATGGTGGTATTGGGCGAGTTGTGACACATGGATTTCCACTACGTGGCAGGTCTTCAGT
Unaligned ( gi|13 ): TCCGTGCTGACATGAAATTCATATTTCTGAGTTCTGTTATCTGAACAGTTCTGGTCAAAAATAATTATTGCTGGTTTCTATTTTGACAAATAAACATCTGCATGTTAGCAACACAATATAAAGTGCTGATCTATGTTGTCAACAGAAGAAAAAAAAACGTCCGATAAAATTTAAATGATGATATTCCAAAGATGTCATGAACC
Unaligned ( gi|14 ): AGTAGTGGCCGTGTTAAACCGATCCCGCAGTTGTATTCTATCGGCATTAGGCGCCATTTGCGACAAGGGAACTCTTACTACGTCACATGTCATCGATTT
Unaligned ( gi|15 ): GGGTATTAATGATATAGGGATTTTGGATGCAATTATTACATAGTGAAATCAACAACATCGCAGGTATTCAGTACTTGCTGGTCCATGTGTTCTC
Unaligned ( gi|16 ): AATCTACTCAATGGCCCACAACTTGTACAAAAAAAACGGGCAATAA
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 1 55555555555555555555555555555555555555555 2222 11 1 55555555555555555555555555555555555555555555555555555 11 11 2222 11 88888888888888 11 1 6666666666666666 1 22222 111 22222 555555555 111 33333333333333 111 2222 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777
lowQualScore : 1 1 88 1 1 3 2 22 0 3 999 6 99999999999999999999999999999999999999999 7777 33 0 2 11111111111111111111111111111111111111111111111111111 3 0 1 0 00 4 33 0 6 8888 6 1 99 22222222222222 3 00 1 0 6666666666666666 1 9 0 1 55555 3 222 0 22 1 1 1 00000 1 666666666 1 8 3 1 1 2 666 88888888888888 11 11 1 1 6666 1 444 1 1111 0 8 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 1 11 3 5 99
lowQualScore : . . .. . . . . .. . . ... . ......................................... .... .. . . ..................................................... . . . . .. . .. . . .... . . .. .............. . .. . . ................ . . . . ..... . ... . .. . . . ..... . ......... . . . . . . ... .............. .. .. . . .... . ... . .... . . .............................................................. . .. . . ..
lowQualScore : 0 0 00 0 0 3 5 88 2 2 888 5 99999999999999999999999999999999999999999 0000 88 0 5 88888888888888888888888888888888888888888888888888888 2 8 0 2 88 2 88 8 7 3333 7 0 33 33333333333333 7 33 0 0 2222222222222222 2 8 0 2 00000 2 000 2 00 0 0 0 44444 0 555555555 2 0 2 0 4 5 888 55555555555555 88 88 2 0 5555 0 000 0 2222 2 8 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 0 88 2 0 55
consensus : TATAAAACANTCCATNTGTTTATATAANATTTANACCGTTGTT-AGGGTATGCAATTTCAAAATGGCCGATATTCAAGATGGCCGCTATTCCCTGATTAATCCTTAACGCAAAACGGTCACAAA--TNA------CGTTCT-ATAGC--GTTTATGATCG-----AACTAT--C-GTT--AAA-CCATTAT-TGA-CTGA--ATAT--ACCGAT-CG--GTT-ATGCTGGCA--AGTAG---CACGACTGTCCACGACATGTGNAGCCAATTTCGCATT-TCAAGCGAAGTTA--AAAACAAGAGCAGTTTTAAAAC----ATAGCGTTTGCAATAATTGTCCCNGTTCAAACTAATATGTACATTCCCCTTCGTCATGAGAGTAAATTTACTGTATTTTATCGCCAGAGAAATGTTGTA------------CCATATATAAATATATCAGTTGAAAGAAGTGTTGATACGTCTGCTGAAACTCGTATGTGCGTTCATTATNAAAGCTTTACTTACTACTCTTGAACATTTTACATTTTCTT-AAT----------------TGTGAAATGAAGACATTTCTC-GGGCTAATTATAT-----CAATGCATATGCTGGCTTCGGCTTCCAGCTTATTGATTGCACCTGATCAACCTCTTACGTCTGCTCCCTGTTTATGCTCTCGNNACANGTAAGTGNATTGATCAATCCGCATTT-TATTACTGCTTCAACTAC-G-------ATAGTC-TATTTGCAACATCTGGTTGACAAAAAGCTAAATAAATAAACTTCCCG-CGTATCAGAA------AGCA-TTCANTTTTANAATCTGCTTGNCCNGNCGTNC--CTNT----TGTCTCACAGTTG--AGC-T--ANATT----GGC-CACA-CTCT-----C-AT------AGT--CTTCCAT---TATACCATNACAGCTGTCACCGACTCTCTAAACTATAACGTTTCCCTTTATGACTCTTCATCAAG
Reference ( family-425 ) : TATAAAACANTCCATNTGTTTATATAANATTTANACCGTTGTT-AGGGTATGCAATTTCAAAATGGCCGATATTCAAGATGGCCGCTATTCCCTGATTAATCCTTAACGCAAAACGGTCACAAA--TNA------CGTTCT-ATAGC--GTTTATGATCG-----AACTAT--C-GTT--AAA-CCATTAT-TGA-CTGA--ATAT--ACCGAT-CG--GTT-ATGCTGGCA--AGTAG---CACGACTGTCCACGACATGTGNAGCCAATTTCGCATT-TCAAGCGAAGTTA--AAAACAAGAGCAGTTTTAAAAC----ATAGCGTTTGCAATAATTGTCCCNGTTCAAACTAATATGTACATTCCCCTTCGTCATGAGAGTAAATTTACTGTATTTTATCGCCAGAGAAATGTTGTA------------CCATATATAAATATATCAGTTGAAAGAAGTGTTGATACGTCTGCTGAAACTCGTATGTGCGTTCATTATNAAAGCTTTACTTACTACTCTTGAACATTTTACATTTTCTT-AAT----------------TGTGAAATGAAGACATTTCTC-GGGCTAATTATAT-----CAATGCATATGCTGGCTTCGGCTTCCAGCTTATTGATTGCACCTGATCAACCTCTTACGTCTGCTCCCTGTTTATGCTCTCGNNACANGTAAGTGNATTGATCAATCCGCATTT-TATTACTGCTTCAACTAC-G-------ATAGTC-TATTTGCAACATCTGGTTGACAAAAAGCTAAATAAATAAACTTCCCG-CGTATCAGAA------AGCA-TTCANTTTTANAATCTGCTTGNCCNGNCGTNC--CTNT----TGTCTCACAGTTG--AGC-T--ANATT----GGC-CACA-CTCT-----C-AT------AGT--CTTCCAT---TATACCATNACAGCTGTCACCGACTCTCTAAACTATAACGTTTCCCTTTATGACTCTTCATCAAG
gi|1 : GTTTGCAATAATTGTCTCAGTTCAAACTAATATGT
gi|1 : TGATCAACCGTTCACTTCTGCTCCTTGTCCATGCTCTTAGAACAAGTAAGTGAATTGATCAATCCGCAT-----GTATTGCATCAACGACTG-------ATGGCC-TATTT---ACATGTTGTTGGCAAAAAGCTAAATAAATAAACTTCCCG-CATCTCAGAATATTTTAG-A-TGCAAGATTACAAACTACTTCTCCA-ACATCCAGGTTTAAAGTGTTTCACA-TTGAAAAC-TTGATATT----GGCTCACAGTTCTGCAAAC-ATTTTTAGAGTCACTTCCTTTCATATACCATTAAAG----------CTCTCTAAACTATAAAGTTTCTCTATATGGTCGTTCATCAAGgatcaaccgttcacttctgctccttgtccatgctcttagaacaagtaagtgaattgatcaatccgcatgtattgcatcaacgactgatggcctatttacatgttgttggcaaaaagctaaataaataaacttcccgcatctcagaatattttagatgcaagattacaaactacttctccaacatccaggtttaaagtgtttcacattgaaaacttgatattggctcacagttctgcaaacatttttagagtcacttcctttcatataccattaaagctctctaaactataaagtttctctatatggtcgttcatcaagttttggggctgtgttatgcaggtatctcatctcctcaagaactgtaaccactgatttaacatatgtgtggttatcagactttgaataaataaactgattttcaccataaacatccatcactatgtatgtataaaagtgattaatcagtttatatatacgtgctaacatatattatcgatatgaaatccatctaattggtaagagttttgttatctgaacgggcctgattaaaatccttaactacttgttactatcggaacagacagacatctgcatatttgtaacacaattataagtctgacctgtgacgataatttgttattttctaaactgaacaaaaaagaaagaaatttccaaaaaatatgacttagtatattttaaagatgccataaaacgttaaagattaatccatgattcctgattcgattgttatgttacaaggtgtatatgcttcattagtaaaccgatcctgcaggtgcatattaatgatatagtggtcgtagacgcaagttatgacacatggacgcccactacgtggtatggtattcttaagtacaacaacattcctattagcagcaaacttct
gi|10 : gtttgcaataattgtctcagttcaaactaatatgAGTAAATTTACTCTATTTTATCGCCAGAAAAATGTTGT-------------CCATATATAAATAGATCAGTTGAAAGTAGTGTTGATACGTCTGCTGAAACTAGTATATGTGTTCATTTTAAAAGCTTTACTTACTACTCTTGAACATTTTACAGTTTCTT-CAT----------------TGTGAAATGAAGACATTAC-C-GGGCTAATAATAT-----AAATACATATGCTGACTTCAGTTTCCAGTTTATTGATTGCACCTGATCAACCTCTTAAGTCTGCTCCCTGTTTATGttttggggctgtgttatgcaggtatctcatctcctcaagaactgtaaccactgatttaacatatgtgtggttatcagactttgaataaataaactgattttcaccataaacatccatcactatgtatgtataaaagtgattaatcagtttatatatacgtgctaacatatattatcgatatgaaatccatctaattggtaagagttttgttatctgaacgggcctgattaaaatccttaactacttgttactatcggaacagacagacatctgcatatttgtaacacaattataagtctgacctgtgacgataatttgttattttctaaactgaacaaaaaagaaagaaatttccaaaaaatatgacttagtatattttaaagatgccataaaacgttaaagattaatccatgattcctgattcgattgttatgttacaaggtgtatatgcttcattagtaaaccgatcctgcaggtgcatattaatgatatagtggtcgtagacgcaagttatgacacatggacgcccactacgtggtatggtattcttaagtacaacaacattcctattagcagcaaacttct
gi|11 : cGGCCGATATTCAAGATGGTCGCTGTTCCCTAATTAATCCTTAACATAAGACGGTCA-AAA--TTA------CATTCT-AT-GCATGTTTAT
gi|11 : --AAA-TCATTATGTAA-CTGATGATAT--ACTG-T-CGCGGTTGATGCGCGTACTAGTAG---C-CGACTGTTCACGACACGTGCAGCCAAGTTCGCATTGCCGACCAAGGTTATGACAACAtaggctatttgactattcctattagatttgtaatagtgtcatgccatttaaaatcattatgtaactgatgatatactgtcgcggttgatgcgcgtactagtagccgactgttcacgacacgtgcagccaagttcgcattgccgaccaaggttatgacaaca
gi|17 : ggccgatattcaagatggtcgctgttccctaattaatccttaacataagacggtcaaaattacattctatgcatgtttattaggctatttgactattcctattagatttgtaatagtgtcatgccattta--CTTCCAT---TTTACCATAACAGCTGTCACCGACTCTCTAAACTACA
gi|18 : ATGTACGTGAATAGAGTAATCCGCATTT-TATTACTGCTTCAA
gi|2 : tTATAAAACACTCCATATGTTTATATAACATTGATACCGTTGTT-AGTGTATGTAATTTCAAAATGGCCGATATTCAAGATGGCCGCTATTAC-TGATTAATTCTTAATGCAAAACGA-CATAAAAATAA------CATTCTGATCAC--CTTTGTGATTG-----AACTATACCAGTT--AAAACCATTAT-TGAACTGA--ATATTTACCGATACG--GTT-ATGCTGGCA--AGTAGATGCATGCTTGTCCATGACATGTAAAGCCAATTTAGCATT-TCAAGCAAAGTTA--AGTACAAGAGCAGTTTTAAAAC----ATAGCGTTTCCATGAATTGTCCTTGTTCAAATTTATATATACATTCCTTTTCGTCATGAGAGTAAATCTACTGTATTTTATCGATAGA-AAATGTTGTATAAACCGTAAATCCATATATAAACATATCAGTTGAAAGAAGTGTTGGTACGCCTGATGAAACTTGTATGT----TCATTATTAAAGTTTTATTTACTACTGTTGAACACTTAACATTTTCTT-AAT----------------TGTGAAATGAAGACATTTGAC-GGGCTAATTATAT-----CAATGCTTATGCTGGCTTCGGCTTCCAGCTTATCGATTACACCTGGTCAATCTCTTACGTCTGCTCCCTGTTTATGCTCATGTTATAGATAAGTGGATTGATAAATCCGCATTTGTATTACTGCTTCAACTAT-GT------ATTGTC-TATTTGCAACATTTGATCGACAAAAAGGTAAATAGATAAACTTCCCT-CGTATCAGTA------AGCGTTTCGTCTTTAAGTTCTGTTTGATCTGCTGTAG--CTAT----CGTCTCACAGTC-----C-T--AGA-------GC-AACA-CT-------------------------------------CATC-CAGTT-TCGCCGACTCTTTGAACTATAACGTTTCCCTTCATGAC---TCATCAAG
gi|3 : TATAAAACAATTCATCT--TTATATAATATTTACACCGTTGCT-AGGGTATGCAATTTCAAAATGGCCGATATTCAAGATGGCCGTTATTCACTGATTAATTCTTAACGCAAA------ACAAA--T-------------T-ATAGC--AGTTA-----A-----AACTAT--T-ATT--GAA-C-------TGA-CT----ATCT--ACTGATCCG--ATT-ATGCTGAGA--AGT-G---CATGATTGTCCACGATATGTAAAGCCAATTTTGCATT-TTAGGCCAATTTA--AAAACAAGAGCAGTTTTAAAAC----CTAGCGTCTGCAATAATTGTCCTTATTCAAATTAACATGTATATTCCCCTTCGTCATAAGAGTAAAATTACTGTATTTTATTGCCAG-GAAATGTTGTA-------------CATATATAAATATATCAGTTGAAAGAAGTGCTAAATCGTCTGCTGAAACTCGTATGTGCGTTCATTATCTAACCTGTACTTACTACTCATGAACATTTTACATTTCCTTCAATGTGAAATTTCCTTCATTGTGAAATAAAGACATATCTCAGGGCTAATTATAT-----CAAAGCATATGCTGACTTCAGTTTCC-----ATTGATTGCATCAGATTAATATTTTAGGTCTGAT--CTGTTTATGCTATCGAAATAGGTAAGTGCATTGATCAATCCGCATTT-TATTACTGCTTCAACTACAA-------ATAGTCTTATTTGCACAATCTGGTTGACAAAGAGCTAAATAAATat
gi|4 : gtcagttaaatgcattattcatcttaatggcttaagcgtgattttctgtaaatctaaaagaaaaaaaatatttcaaaataaatcgtctttattaacattgctgtagttgtaggcaaatgtttaatgggtttggtgtttttcatttcttatgatCTTACTATTCTTGAACGTTTTACATTTTCTT-AAT----------------TGTAAAATGAAGACATTCCTC-AGGATAATCAAATAACAACAGTGCATAAGCTGGTTTTGGCT-----CTTATTGATTGCACCTCATCAACATCTTACTTCTGCTCCCTGATTATGTTTTCGTTTCATGTAAATGTATGAATCAATCCCCAT-----TTACTGCGTCAGCTAT-GAACCCGCATAATC-TATTTGCAACACCTGGTTGACATAAAGCTAAATAGATAAACTTCCCATTGTATCAGAA------AGCA-TTCACTTTTATCATTTGCTTGTCCAGATGTTC--TTTT----TGTCTCATACTT-----C-T--AAA-------GC-CACA-T--------------------T--CTTCTAT---TATACCATAACAGCTGTCACCGATTCTCTAAACTATAACGTGTCCCTTTATGACTCTTCATCAAG
gi|5 : ATAAAATTTAAGCTTTTATTTAGGATGTGCAATTTCAAAATGGCCTATATCCAAAATG-CCACTATTCTCTAATGAATCAGTAACAAATAACAGTCACAAA--TGAATTGACTGTTTTCATAAC--ATTTCTGATCGTTTTAAACTAT--C-GTTTTATA-CCATT--------TAA--A-----ACCA--------TT-AT-----CG--A--------ACTGCTGTTCGCATTATGTGCCACCAATTTCGCACT-GCAAGCGAAGTTA--AAAACAAGAG-AGTTTTTAACCTTTAATA-CGTTTGCAATAATTGTCTCAGTTCAAACTAATATGttatggggcattcaaggtatgtttttccatcttgatatatacgagtgattttcagatgttttatgaataaaatgatgtctaatttttcagcctaaaatccactcaacttgtatgtatagaaggattgaaaca
gi|8 : acagtatatagatgtttgatatatcgtttggtttgctgaagtgcctaaactgtaacaacacaaacgcgtataataaaacgtcagtaagtacaatgttcgtataaatgtttatttttctaaggcacaatttgtacaataaaatttaatatattgtcactacaccacatctagttgtggactttatcgtgttttgttatctatgttttatattcgaaaattggaaaactaaa-TATTCACTATATTTGGTTAACCAAAA----AACAAACAAAGTTT-----GAATTA------------A-TTCAATTTAAAAACCGGCTTGATCTGTTGTAC--CTGT----TGTTTCAGAGTTG--AGCGT--ATATTCTTGGGC-CACATCTTT-----CCAT------AAT-------AT---TATGCCATTACAGCTGTCATCGAATCTCTGAACTTTAGCATTTCCATTTAGGACTCTTCATCAAG
8 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|6 ): ACTGATCAAGAAAGAAACGTCGAATCAAAACAGCTGTGGATAAATATATCATAATTGATGATTCACGATAAAAAATATCATAGAACGATAGAGTGTAGTGTATGGTTACGTGTAAAACGTGTTTATGCAGCAATAATTGTCGCTGTCTGAAACCTGTCTTGCAGGTGGGTATTATTGAAACAGCGGTCTAGGAAGCGAGTTGTCAAACACAGACGTCCACTGTGTGACAGCTATTCAGTACTTTCTGTTCGCTGAAAATTCCTAACAGCACAACTAAAGGCACCAACAGCTCTCGAAACGTATTTCGTAGACATGCCTGCTTTCATAATATCAAATGCTTATTGCTTATTTGTTTGAAGAATTCTCGACATTGTTATGGTTTAGAAAATCAAATTAAATCACAAAGTTGAAACTTATTTCTTTGTATTAACATGATGCTCTGTGCCATTGAATATATAACTTGACAAGAACGCACGGGGATCTACCTGCACGTCCAAATCGGGATTC
Unaligned ( gi|7 ): TAATCGTTTCATACTTCCGTGCTGACATGACATCATCATTGATATTGAATGCATTTATCTGGTAAGAGTTCTGTTATCTGAACATGTCTGGTCAAAAATGTTTATTGCTGGTTTCTACTGGGACAAACTAACATCTGCATATTTGCAACACAATATCAAGTGTTGATCTGTGTTGTCAATTTCTTAACTGAACAAAAATAACGTCCGATAAATAGTTTAAAATGTCATAAACCTTGGAATTTCATCTATGGTACCTGTGGCCGGCCTTCATTACTTCCAGATTCATATTTGCTATCTATACCATGTGAATAAGCTCCAATATTATGCACACCTGTAGTTGGATATTGATAATATAGTGATCTTGGGCGCAAGTTGTGACACATTGACGCCCACAACGTGACAGGTCTTCAGTACTTCCAGGTTTCTATTTGTTATCTATAACATGTGAATAAGCTCCCGTAGTAGTCACACCTGTAGTTGGATATTGATAATAT
Unaligned ( gi|9 ): AGTAGTTGTGTAATAGCTGCAGTAGCAGCTGCTGTGGGAAACCAATGTTGCAGTCAGTGGGTGTTAATGATATAGTAGTGTTGGGAGAAAGTGTTGACACATGATTGTCTAATACGTGACAGGTCTTCAGTAACATATCCTTAGATTTCTTATAACATAGTAGAGACGTGCTCTTGCACTGTCTATGGTAATGCAAGCAATTTCAACATACCAATGGCACTTACCTTATATTTTTTGAAATTCTCAGCATTGTTATTGTTGAATAAGTTTAATATATCTAACTCAGCCAGGCATCCTTTGTATTGGCATGAGCGACTGTGGGACAGAATAAAAATCTGGTAAAAA
Unaligned ( gi|12 ): ATCTACTCAATGGCCCACAACTTGTACAAAAAAAACGGGCAATAAATTTGACTTGTGCTATTTAAGCATAGAAAGACACTCTATTGTTCCCATTTCCGTCCTTATATGTGCCAGTTGTATAAGCTGCAGGCGTAGCAGTGGTCAGAAACCGATCCTGCATGCGGGTATTATGGTGGTATTGGGCGAGTTGTGACACATGGATTTCCACTACGTGGCAGGTCTTCAGT
Unaligned ( gi|13 ): TCCGTGCTGACATGAAATTCATATTTCTGAGTTCTGTTATCTGAACAGTTCTGGTCAAAAATAATTATTGCTGGTTTCTATTTTGACAAATAAACATCTGCATGTTAGCAACACAATATAAAGTGCTGATCTATGTTGTCAACAGAAGAAAAAAAAACGTCCGATAAAATTTAAATGATGATATTCCAAAGATGTCATGAACC
Unaligned ( gi|14 ): AGTAGTGGCCGTGTTAAACCGATCCCGCAGTTGTATTCTATCGGCATTAGGCGCCATTTGCGACAAGGGAACTCTTACTACGTCACATGTCATCGATTT
Unaligned ( gi|15 ): GGGTATTAATGATATAGGGATTTTGGATGCAATTATTACATAGTGAAATCAACAACATCGCAGGTATTCAGTACTTGCTGGTCCATGTGTTCTC
Unaligned ( gi|16 ): AATCTACTCAATGGCCCACAACTTGTACAAAAAAAACGGGCAATAA