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lowQualScore : 111 22 2222 111 1111111 1 6666666666666666666666 2222222 3333333333333333333333 1111111 444444444444 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 1 22 1111 11 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 1111 444444444444444444444444444444444 11 11111 1111 111 4444444444 1 111 11 11
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Reference ( gi|3 ) : GTATGA-AATAC-TTAAGTA-AAAC-ATGTTTAGCAAATCGTTTCGC-ATGAAT----ATGTTT-AAA---ATAGAAATAC---A----T------A----AA---T-G---ATCTC--GTGTATTTTAAAATGCGCCAATACCCA--A-GA-AAT----GA----TTTCAAGT--TTTTG-TT-TCA----AGT-T---TT-TGCATTCTC--GCTCTAAACAGTCATTGCCCCT------------GTGTT---CTGTGACTGAAGAGA-AC---T---T--ACA---AC-GAA--TGA-GAAT-----GCCGC-A-AA-AATCACTCC--AGAAA--TACATTACAGTTCGTGCATTA---AAT-AT-TA-AAAGTTCGCAATGTCAGAAAATGA---CGTC-ATT-T---GGTTTTAAACTTAAA---AA--CAT--GTT--------TTGA---A----GT---------TT---------AA-T-----------ACATTCTATTTGTTGCT--GACTTAA----ATTCAGTTTTAAGTGACGACT-TTG-ATAAGTTACATCG--C-T-AGTTAGGTATCCATG-GGGAAT-CGAATGT-CCCACT-TGT--TAT-TA---TGCGTGCACTTTTGTTGCGAAACCT-A-TTTT--ATTAAGCATAGTAAAATACTATGCATCAAATACGC
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gi|8 : tcagcaagtattaagtA-AAT----CA----TTTCTATT--TATTG-TT-TCT----TGA-T---TT---CATTGTC--AGGTTAAACAGCTATTGTCCCT------------tctctttaattaaatgtaaaacagtgttttgtgagataaaactgtttttatttccaatatttctttcatattgaataaatgttacgaatttttacaagaaaataaaagtccccaaagaatgttaaaagcattacctcacagttcatacatctttaaaattcgcttctcagtaaattatctccctttacattaaaattaaaagacgtttggaagtcgctttttattagtttttctttgttatattcagtttgtggctgactaaaataaggttttaagtaatgctgttcctaatatacatgattagctatgtatccataggggattgaaagtcccaaatgtaatattatatgcattttcgatgctaatcttactttattcagtgtattttgtaatgttaccaaataagc
gi|4 : --TTTTG-TC-CCA------TAT---TT-TGTATTCTC--ATTCTAAACAGTAATTTCCCCT---------------TT---ATGTAA---AACAGT-GT---TTTGT--ACA---GCTAAA--TTACGAAT-----GC--C-A-AA-Attatgcaagatatcattttgtgagatacaattatttattgttaaacaattattttaaattgcatgaatgcagagatctttaacaatgaaatacaagaccgcagggtatgtttaaaaaaggatatcgtttgatgtattagaaatttcatccccttggttgaaaatgaaaatgtattttgaggtcgctttaaaattgtttttattgagtttaaatcaattttgtttgttgccgaatcaatggaaaaatttaggcaatagcctccgtgatttaccggacttgctacatatctaagaggcttgaatgtccccatttatattctttgctaaacctatttttatt
gi|5 : gagtaaaaaatgataagcaactcttttcatatgaatatactaacaatataaatacattcacgtagttcggtatttgctaataattttgtcccatattttgtattctcgcactaaacagtaattttccctttatgtaaaacagtgttttgtgagatatagtgtttgctgttaatatatagttttcatattgtataacctgtaacgaacgtttgcaaggaaataaaaggccacacagaatttctcctgacaaacgtatatcacagttcatgcattaggtttatgaagttcgtatgtcagttgtttttttttaaatccgaactcaagccatattgatatttattgatagtattaatctattctgtttgttgctgattcaaaatcagT------------GTGTT---GTATAACTGCAGAGA-AC---C---T--GTGTAGAT-AAA---GT-AAAG-----GCCGC-A-AAGAATGTGTCC--GGAAC--TTCATCACAGTTTATTCATTA---GAT-ATATG-AAGATT-GC-ATATCAGTAAATTA---CCAC-ACTAT---ATATTTAAAATT-AA---AA--TAT--GCT--------TTGA---T----GT---------gtattagcaaat
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gi|9 : tattttttttatctaaagcagtgttttttttgtgcgatagcattgtttgttgtttagatatttatttctTT---GTATAATTGCAGAGA-AC---T---TTTGCA---AG-AAA--ATA-AAAG-----GTCAT-A-AAGAATATCTCT--GAAAA--TACATGACCTTTCATGCATTAGGTAGT-AT-TA-Acattcttttaaaaggtgatacagtcttaaa
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gi|8 : tcagcaagtattaagttaaatatctcgtgtaattcgatatctgcaaatacttaaggaattatttcatttctttgtttcatttttttttttgcattctcgcccttaatctctttaattaaatgtaaaacagtgttttgtgagataaaactgtttttatttccaatatttctttcatattgaataaatgttacgaatttttacaagaaaataaaagtccccaaagaatgttaaaagcatGAAAATGAAAATGT--ATT-TTGAGGTC----GCTTTAA---AA--T-T--GTT--------TTTATTGA----GT---------TT---------AAAT-----------CAATTTTGTTTGTTGCC--GAATCAATGGAA---AAATTTAGGCAATAGCC-TCC-GTGATTTAC--CGGAC-T-TGCTACATATCTAAG-AGGC-T-TGAATGTCCCCATT-TA---TAT-T------------CT----TTGCTAAACCT-ATTTTT--ATTttttgtaatgttaccaaataagc
gi|5 : aaatcatttctatttattgtttcttgatttcattgtcaggttaaacagctattgtccctttatgcaagatatcattttgtgagatacaattatttattgttaaacaattattttaaattgcatgaatgcagagatctttaacaatgaaatacaagaccgcagggtatgtttaaaaaaggatatcgtttgatgtattagaaatttcatccccttggttTT--------TTGA--------------------T---------AA-T-----------AAATTATGTTTGTTGCTCTGACCTAA----ATTCAGTTGTACGCAATGGCA-TTC-GTAATTAACA-CG--C-CAAGCCAGGTACCAGTA-AGAGAC-TGAATGT-CCCGTT-TGT--AAT-T
gi|20 : aataaatatgtttaaaccgatataaatacattacaaaaataatctcatgtatttttatgtttgtcagtacctaaagaatcatttcaaatctttgttttaagttttaaattctcgctttaacagccattgcgcctccttaaactgtgaatcagagatatttaaaatggtgtgttgtataactgcagagaacctgtgtagataaagtaaaggccgcaaagaatgtgtccggaacttcatcacagtttattcattagatatatgaagattgcatatcagtaaattaccacactatatatttaaaattaaaatatgctttgatgtcgcttcaaaatcagaattcaatccacttttatttatgttT---------TC---------AA-T-----------AAATTCTGTTTTTTGCT--GACTAAA----AATCAGTT-------ACGACA-TTATATGATTTATATGA--C-T-TGTTAGATGCCAATATAGGACTATGGATGC-CCTCTT-TGT--AATGTAGTTTTCGTACATTTTCATGGCTGAACTTAA-TTTTGCATTAAtac
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gi|28 : -TTG-A-ATGTAACA-CG--CCT-AGCCAGGTACCTGTA-GGAAAT-TGAATGT-CCCGTT-TGT--AAT-TT---CACGTTCATTTTTGTTACTAAAGTT-A-TTTT--
9 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|1 ): TTAAAAGGACACGTTTATCCTTGAAACTTTAAATGGATATTCACATAAATTAAAAAAACTACTCAAAAAGTAAATTTTCTCATATATTTTGATATCTTTCAGAACCTCATTTCATTCAAATCATTTCAAATTATCGCTTTATTTTATTTCGTATTCTCAGACTGAAATGTTATTATTGCACCCCTCACCCCCTACTTTATACTTTTATGTAAAATGCATTTCCGTATGATACTGTTTACGCATAAAACAAAATTCAAAATGCATGTTTGCTGATATATTTGTTAGAGAAATAAAAGACCACAAAGACCGTTTCCAAAAATGCACTTCATATGTCGATAAATAACCTCTCTTTATATTCAAGCAAGAATGTATTTTGAAGTTACATAGTACTGAAATGAACACATTTTGTTTATTATGCAATGTTAGTTGGCGACTCAAATTGTCAGTGATGACGTCAGTTTTGACGTTTGTTATGACGTTTGTTATTCACATAACTACCTATGATCTTTGAATGACCCATTCGTAGTTATTCATGTTTTGTCCCTGCTAAA
Unaligned ( gi|12 ): GCATGTATTTTCGTATGATATGTTAACAAAATGCATACACTTCAAAATTACTCTAATGTATTTTGTATTTGATGATAATTATTTATGTATACTCATTTTAAACTATGTTTTCCATTTGTTTTTATTCTCAGGTTAACTAGTTTTAACATCTTTATGTTAACTATTTGCTAAATGAAATTGTTTATTGTTAAAACACTGGTTTCAATTTCAGTCAAGCAGATAAATATTTCAAGAACACGAAAGGCGGCAAATATTTTATTTGAAGACGCATCGCTTCTCATACATTCGGTATACTTAATTGTTA
Unaligned ( gi|16 ): TGCATGGCTGCCAGATAACTTCTGTAGAAAGGAAATAAAGTGTTTCTAAGAATGTGTTTTTCGAAAATGCATCACAGTTTTTGTTTAGGTATCCGAAATTTTGTCGTTATAAAGATAATACCCCCTTAATTCAATATTGATGTCTCATAATATTGGAACCAATCTCGTTAATATTGATTGTCTAACAAGTTATGTTTGTTTCCAACTGATGACATTCGTAATTGGCATG
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Unaligned ( gi|30 ): GTTAAGCAAGACTCTCATATCAATATTTTTACAATATAAGTATATTACAAAATTAAACTTGTATTTTGTTAATTGTTAAAGCTGA
Unaligned ( gi|31 ): GTACAAAACATTGTTTTACATAAAGGGGCAATAACTGTTCTTAGCATTAAA
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3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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gi|3 : GTATGA-AATAC----T---TAA-GT-AAAACATGTT--------TAGCAAATC-GTTTCG-CATGAAT----ATGTTT-A---AA----ATAGAA-----ATA---CAT---------A----AA-----T-GATCTC--G-TGTATTTTAAAATGCGCCAATACCC-A-------A-------GA---AATGATTTCAAGTT----------TT--TG------TT-TCA----AG----T--TTTTGCATTCTC--GCTCTAAACAGTCATTGCCCCTGT----G---------TTC-----TGT--G--AC-TGA-AG-AGA-AC---T---------------------T-----A-C--AAC-GA-A---------TGAGA----A--------TG--CCGCAAA-AATCA---CTCC-AG-AAA----T-A--CATTAC------A-GTTC-GTGCATTAAA-TATTAAAAGTTCG--CAAT--GTC---A--GA---AA--ATGA--------CG----TCATTTG------G-----TT-T----------TAAA----CTTAAA-----AAC--A----TGTT--------T--TG---------A----------------A----GT-------TT---------AA-T-ACATTCTATTT--------------GTTGCT--GACTTA----AAT--------------TCAGTTTTAAGTG------ACGACTTT-GATAAGTTACATCG--CTA-GTTAGGTATCCATGGGGAAT--CGA-ATGTCCCACTTGTT--AT-TA----TG-CGTGCAC-TTTTGT---TGCGAAACCT-A-TTTT--ATTAAGCATA
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gi|4 : gagtaaaaaatgataagcaactcttttcatatgaatatactaacaatataaatacattcacgtagttcggtatttgctaataattttgtcccatattttgtattctcgcactaaacagtaattttccctttatgtaaaacagtgttttgtgagatatagtgtttgctgttaatatatagttttcaACT----------TT--TG------TC-CCA----TA----T--TTT-GTATTCTC--ATTCTAAACAGTAATTTCCCCT-T----T---------ATG-----TAgctgtacaaaacactgttttacataaaggggaaattactgtttagaatgagaatacaaaatatgggacaaaagtattagcaaat
gi|5 : gagtaaaaaatgataagcaactcttttcatatgaatatactaacaatataaatacattcacgtagttcggtatttgctaataattttgtcccatattttgtattctcgcactaaacagtaattttccctttatgtaaaacagtgttttgtgagatatagtgtttgctgttaatatatagttttcatattgtataacctgtaacgaacgtttgcaaggaaataaaaggccacacagaatttctcctgacaaacgtatatcacagttcatgcattaggtttatgaagttcgtatgtcagttgtttttttttaaatccgaactcaagccatattgatatttattgatagtattaatctattctgtttgttgctgattcaaaatcagttttggcattcgtaatttagctgtacaaaacactgtttATAAAT----ATGTTT-AAACCG----ATATAA-----ATA---CAT----T----ACAAAAA-----T-AATCTC--A-TGTATTTTTATGTTTGTCAGTACCT-A-------A-------AG---AATCATTTCAAATC----------TT--TG------TT-TTA-----A----G--TTTTAAATTCTC--GCTTT-AACAGCCATTGCGCCT-C----C---------TTAAAC--TGT--G--AA-T-C-AG-AGATAT---TTAAAATGGTGTGTTGTATAACT-----G-C--AGA-GA-ACCTGTGTAGATAAAGTAAA--------GG--CCGCAAAGAATGT---GTCC-GG-AAC----T-T--CATCAC------A-GTTT-ATTCATTAGA-TATATGAAGATTG--CA-T--ATC---A--GT---AA--ATTA--------CC----ACACTAT------A-----TATT----------TAAA----ATTAAA-----A-T--A----TGCT--------T--TG---------A-------------T--attagcaaat
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gi|6 : aataaatatgtttaaaccgatataaatacattacaaaaataatctcatgtatttttatgtttgtcagtacctaaagaatcatttcaaatctttgttttaagttttaaattctcgctttaacagccattgcgcctccttaaactgtgaatcagagatatttaaaatggtgtgttgtataactgcagagaacctgtgtagataaagtaaaggccgcaaagaatgtgtccggaacttcatcacagtttattcattagatatatgaagattgcatatcagtaaattaccacactatatatttaaaattaaaatatgctttgatgtcgcttcaaaatcagaattcaatccacttttatttatgttA-AATATA---T---TAA-TA-AAAATAAGTT--------TAGCAAGTC-CTTATA-TATGAAC----ATTTTT-A---CA----ATATAA-----ATA---AAT----T----A----AAAATATT-AATTTT--A-TGTATTTTGATATTTGTCAATACTT-A-------A-------GG---AATTATTTCAAATTATGATAACTCTT--TGATTAATTT-TTT----TT----T--TTTTATGTTCAG--GCTATAAG-AGTTATTGTCCTT-TTACCG---------GTA-----TAT--GAAAC-TGC-Atac
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gi|7 : acaaagactggcctaaaatgttttatttgtctggacagtgtaaatatattaataaaaataagtttagcaagtccttatatatgaacatttttacaatataaataaattaaaaatattaattttatgtattttgatatttgtcaatacttaaggaattatttcaaattatgataactctttgattaatttttttttttttatgttcaggctataagagttattgtccttttaccggtatatgaaactgcactatttgatataaaactgttaactttaGA-AATAAA---T---TAA-GC-AAGATCT-TT--------T---------TTTTCA-TATGAAT----ATTTTTTA---CA----ATATAA-----ATG---AAT----TTCA-A----AAC----T-GATCTCTCG-TATATTTTGATATTTACCAATACAT-A-------G-------TG---AATCAAATTAAAAT----------AT--TG------TT-TTA----AT----TGAGTTCACATTCTCTAGCTC--AACAGTTATT-CCCCT-T----T---------Tag
gi|7 : ttatatatatttattttgcaaATCAT------A-GTGT-AAACATAAGG-TATCCGAAGTTTGTATA-T--GTA---G--GT---AT--AGTA--------CGTACATCTCTTT------G-----GA-T----------TAAA-------AAA-----A-C--A----TATT--------T--TGTAGTAGATAA-------------T--A----TT-------TT---------AA-TCAAACT-TGTTaaaacagcgtttaattagataaaactgttaattgttaaaaattactatcaaaatgcttgactgcagttaacgctacaatgaattacgtatcatagtgtaaacataaggtatccgaagtttgtatatgtaggtatagtacgtacatctctttggattaaaaaaacatattttgtagtagataatattttaatcaaacttgttatacatcccgtttgatgccgcat
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blockSeqs : T . . T T GTC . . G G . . . ATCACAAT . . . A AAGA C . . . . TTC . TT T . AT . G . . . . TTTAA . . . . . . . C CG . TA ACA . . ATG CG . . A . . CG AGGTCGCTTTAAAATTGTTTTTATTGAGTTT . . T C . T T . T T . A . C
blockSeqs : T . . A A ATC . . G A . . . TACAAAAT . . . C AAAG C . . . . AGT . CT G . TA . A . . . . TTTTG . . . . . . . C CG . TT ACA . . ATG CG . . A . . TT . . A A . T C . . . . T
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blockSeqs : . . . T GTC . . T A . . . TTCAAAA . . . T AAGG C . . . . TTG . GG C . TT . G . . . . TTA . . . . . . . T . . A ACC . . CC G . . A . .
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blockSeqs : . C . . G A . . . TACAAA . . . C A . . . . . AG . . . TT . . . . .
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2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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