lowQualScore : 3333333333333 2 11111 1 333333333333333333333333333333333 333333333 7777777777777777777777777 11 1111 11111111111
lowQualScore : 4444444444444 0 66 55555 2 44 8 22 99 5 66 3 0 4 1 5 66 0 777777777777777777777777777777777 0 666 111111111 3 6 6666666666666666666666666 2 00 5 0 3 77777 2 2 0000 2 55 99999999999 4 666 66 99
lowQualScore : ............. . .. ..... . .. . .. .. . .. . . . . . .. . ................................. . ... ......... . . ......................... . .. . . . ..... . . .... . .. ........... . ... .. ..
lowQualScore : 5555555555555 4 33 44444 8 55 5 66 66 0 99 6 4 1 5 0 99 9 555555555555555555555555555555555 7 999 222222222 7 7 3333333333333333333333333 6 66 0 4 3 77777 5 5 9999 9 55 33333333333 0 222 11 66
consensus : NGGATCCTCCATGGCCG------AGTGGTCTAA-GACG--CTGTCGTCTAACGACCACTTACC-TC-T--CACCGCTGAGGTCGT-GGGT--TCGAGTC------CNA----CTCGGTCCANAAACTATTNTATGTGAAAAAGTT----TGN--CANTT-ACTT---GAGGAANGG--GNN---G----TTCTA-CTCAG-ATTCATTC-TGAG-----GTCTTCCTCCACCAA-TAAAAC-TGGATATGCCAT-ATATAA--C-N--T----GTAATG-TGTTG--AAA--ATGGCGTTAAACCCCATT
Reference ( gi|4 ) : GGGATCCTCCGTGACAA------AGTGTTCTAA-GATG--CTGTTGTTTAACGATTACTTACT-TC-T--CACTGCTAATGTTGT-AGGT--TCAAGTC------CCA----CTCGGTCCAAAAACTATTATATGTGAAAAAGTT----TGG--CAGTT-ACTT---GAAAAAAGG--GCC---G----TTTTA-CTCAG-ATTCATTC-TGAG-----GTCTTCCTCCACCAA-TAAAAC-TGGATATGCCAT-ATATAA--C-A--T----GAAATG-TGTTG--AAA--ATGGTTTTAAACCCCATT
gi|3 : GGATCCTACACGGTCG------ACTGATTTAACGAC---CTGTCGTCTCACGACCTCTGACC-TC-T--CATCGCTGAGGTCGT-GGAT--TCGAGCC------CAG----CTCG--------AC-ATTTTATGTAAGAAAGTG----TGA--CAGTT-ACTT---GTGGA--GG--GAC---GGTAATTCTA-CTCAG-TTTCATTC-TGAG-----G-CTTCCTCTATCAA-TATTAG-TTTACATGCCATGATATAA--C-C--T----GTAATG-TGTTG--AAA--ATGGCGCTAAACTC
gi|8 : acacattagtgttcttcttatgtcaGGGTTCTCCATCCTCA------AGTGGTCTAG-G-TGA-CTGTTGTCTAATGACCACTGACC-AT-T--CACTAATGAGGTTGT-GGGT--TCAA-TC------C
gi|10 : GATTTTCAATAACAATAGGAGAATGGTCCAA-GCAG--CTGTCGTCAAACAACTGCATATC-TC-T--AACCATTGAGGTTGT-GAGG--TCAAGTC------TAA----CTTGGTGC-AAAACTAtgaatgtttactatttgcgtgtggaagaataagtggcattatgtactaacaaggg
gi|20 : ttaaGATCCTCCATGGCTG------AGTGGTTTAT-GGTG--CTGTTATCTAATGACCACTTA
gi|11 : ------AGTG--CTAA-TATGTGCTATTGTTTAATTACTACTTTCTATC-TGTCACTGCTGAAGTCAT-GGGT--CTGAGCC------CGA----CTCGTGCCAGAAG--GTT-TAAGTGAAA
gi|2 : CTAT-GACG--CC--CGCTCAA-GATCACTTACC-TCCT--CACCGTTAAGGTCGT-AGGT--TCGAGTC------CCG----CTCG---CACCAACCACTTTATGT-------TT----C----CATAT-ACTT---GCGAATGGGTGGTG---G----TTCAA-CTCAG-ATTCATGC-TGAT-----GCCTTAATTTACCAA-TAAAAC-TGGATGTGCCAT-ATGTAA--C-A--T----GAAATG-CGTTG--AAAAGATGGCGTTAAACCCCATT
gi|1 : tattttgcgcattttttgtcatattaaaaataaaacgtattttattgtagattttttttatcgattatggtataaaaaatccaagagactattactatatattacacgatctcatattttcaaaaatgatcgataaaatatttaattgtcagaaagtaccatctggCTAA-GGTG--CAGT-GTC-AA-GATCATTCACC-TC-G--CACCACTAAGGTTGT-AGGT--TCGAG-C------CCAGA--CT-AGTCCAAAAA-TCTTA-ATGTGAAAAAGTT-----AG--CAATTTATTTTCTGAAAGACAG--TCC---T----CTCT---TCAG-ATTCATTC-TGAG-----GTCTTCTTCTACCAA-TAAAAC-TTAATG----AT-ACATAAATC----T----GTAATG-TGTTA--AAA--ATATTGTTAAAcataaaa
gi|5 : atcgtgtacagttttttttatcaagagcaactttcaaagttgacttttcttatcctaaattgatacacaatcaagaaaacggtatctctgttttctcacatatagtttgataattaatcaataaaaggaataattatcttgtggatatacaaagagaatccacaagtcgtcattggTGTCTAACGACTACTTGCC-TC-T--CACCGCTGAGGTCATGAGGTCATGAGGTCATGAGGTCAATTGCCCTGTCCATAA--TTTTGTTCTT--AAAAGTT----TGC--CAGTT--TTT---TATGGACGG--ACAATGG----TTGTA--TCAG-ATTCATTC-TAAA-----GTCTCTCTCAACCAA-TAAAAC--------ACCAT-TTATAA--T-C--T----GTTATG-TTTTG--TAA--ACGtattgaaaaaaa
gi|7 : -T--CACAACTAACA--GT-ACAT--CCAATTC------CAA----CATGGTCCAAA---CATAATATGTGATAAAGTTACAATGGTTCTACT-ACCC-------AGAGG----------------TATCTCAGCATGCA-GC-TGAG-----GTCTACCTTTATCAA-CAAAACATG---ATTCTAT-ATATA
gi|6 : taccatTCCAGAATCT-TTA-AT-TGAGAAAATG----TGC--CATTT-ACTT---GAGGA--GG--GAC---GGTGTTCTTA-CTCAT-TTTTATTC-TGAA-----GTCTTCATCCACTTA-TAAAAC-TATATATGTCAT-ATATAA--C-C--T----ACAATT-TGTTG--AAA--ATGGTGGTAAACCCC
gi|16 : acAAAGG--ATG---G----TCTTA--TCAT-ATTCATTT-GGAGATTAAGTCT-CATCCAC----TAAAAT-TGGATATGCCAT-At
gi|12 : TTTA-CTCAG-ATTGAACCTTGGG-----GT-TTTTTTCACCAA-TATATT-TGG--ATGCCAC-ACATTA--C-A--T----GTGCTG-TGTTGTTGAA--ATGaa
gi|22 : TC-TGAG-----GTCTTCCTCCACCAA-TAAAAC-TGGATATGCCGT-ATATA
gi|26 : gTC-TGAG-----GTCTTCCTCTACCAA-TAAAAC-T
gi|27 : C-TGAG-----GTCTGCCTCCACTAA-TAAAAC-TGGATGTtaattac
gi|18 : -TGGG-----GTCTAACTCCACCAT-TAGCAC-TGG--ATGCCAC-ATATAG--C-ATTT----GAAATGCTGT
gi|24 : GAG-----GTCTTCCTCCACCAA-TAAAAC-TGGATATGCCAT-ATAT
gi|15 : CCTCCTTCACCAA-TGTAAC-TGG-T-TTCCAG-AT-TAA--CCA--T----GTTATG-TGTT---AAA--ATGGTTTTAAACACC
gi|17 : CTTCCCCAATCAAATCAAAT-TGC---TGTCAT-AGTTCA--C-C--T----GTAATG-TGTTT--AAA--ATGGCACTGGACCCtt
gi|14 : TCCTCCACCAA-TAAAA----AGTA----A--ATATAA--C-T--TTTTTAAAATA-T--TG--AAA--ATGAATTTAAACCCCATT
6 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): TATACATGTATTCTTATTTGCCTCAGGGTTCTTCATTGGCTATGCAGTATAAAGCTATGCATCTAATGGTCCCTTACTTCTCCCCTCTGAGATCATGGATTCAAACCCAGC
Unaligned ( gi|13 ): GGGTTCTTCGTGGTCACGTGGTCTCGGCCGCTGTCGTCTAATGAACCAGGACCTTTCATTACTAAGGTCTGGTG
Unaligned ( gi|19 ): TGATCAAGGAGCTGTCATCTAATGACCTCTTACCTTTCACCACTAAGGTCATGGG
Unaligned ( gi|21 ): GTCTAAATACTATTCACCTCTCACCAATGAGGTCATGAGTATGAG
Unaligned ( gi|23 ): TTAACTGTCACTGTTGAAGTTATGGGTATGAGCCTAGCTCTGCCA
Unaligned ( gi|25 ): TGTGACATGTAATGTGTTGAAAATGACGTTAAATTCATT
Alignments
lowQualScore : 11111111 111111 1111111 11111 1111 22222222222222
lowQualScore : 1 44 77 0 7 3 0 4 44444444 777 222222 1 4 7777777 66 0 333 333 1 44444 1111 1 00000000000000 999 4 3 77777 2 2 88 2 2 3 555 44 55 0
lowQualScore : . .. .. . . . . . ........ ... ...... . . ....... .. . ... ... . ..... .... . .............. ... . . ..... . . .. . . . ... .. .. .
lowQualScore : 9 66 99 9 2 6 3 0 55555555 000 000000 7 3 5555555 00 7 666 444 0 33333 7777 0 22222222222222 222 4 1 11111 4 4 66 7 7 3 666 66 00 1
consensus : NGGATCCTCCGTGGTCGAGTGGTCTAA-GNCGCTGTCGTCTAACG-ACCACTTACCTC-TCACCGCTGAGG--------TCGTGGGTTC--GAGTCCA-A---CTCGGTCCA-AAACTATTNTATGTGAAAAAGTTTGCCANT-----TACTTGNGGAANG--G---GCGGT---TCT-ACTCAG-ATTCATTC-TGAG-----GTCTTCCTCCACCAA-TAAAAC-TGGATATGCCAT-ATAT-AA-C--NTGTAATGTGTTG--AAA--ATGGCGTTAAACCCCATT
Reference ( family-4162 ) : NGGATCCTCCATGGCCGAGTGGTCTAA-GACGCTGTCGTCTAACG-ACCACTTACCTC-TCACCGCTGAGG--------TCGTGGGTTC--GAGTCCN-A---CTCGGTCCANAAACTATTNTATGTGAAAAAGTTTGNCANT-----TACTTGAGGAANG--G---GNNGT---TCT-ACTCAG-ATTCATTC-TGAG-----GTCTTCCTCCACCAA-TAAAAC-TGGATATGCCAT-ATAT-AA-C--NTGTAATGTGTTG--AAA--ATGGCGTTAAACCCCATT
gi|1 : TGG-CTAA-GGTGCAGT-GTC-AA-G-ATCATTCACCTC-GCACCACTAAGG--------TTGTAGGTTC--GAGCCCAGA---CT-AGTCCAAAAA-TCTTA-ATGTGAAAAAGTTAGCAATT-----TATTTTCTGAAAG--A----CAGTCC-TCT-CTTCAG-ATTCATTC-TGAG-----GTCTTCTTCTACCAA-TAAAAC-TTAATG----AT-ACATAAA-T--CTGTAATGTGTTA--AAA--ATATTGTTAAA
gi|10 : atcgtgtacagttttttttatcaagagcaactttcaaagttgacttttcttatcctaaattgatacacaatcaagaaaacggtatctctgttttctcacatatagtttgataattaatcaataaaaggaataattatcttgtggatatacaaagagaatccacaagtcgtcatGAATGGTCCAA-GCAGCTGTCGTCAAACA-ACTGCATATCTC-TAACCATTGAGG--------TTGTGAGGTC--AAGTCTA-A---CTTGGTGCA-AAACTAtattgaaaaaaa
gi|12 : ttaagattttcaataacaatagga---TTT-ACTCAG-ATTGAACCTTGGG-----GT-TTTTTTCACCAA-TATATT-TGG--ATGCCAC-ACAT-TA-C--ATGTGCTGTGTTGTTGAA--ATG
gi|13 : GGGTTCTTCGTGGTCACGTGGTCTCG-GCCGCTGTCGTCTAATGAACCA-GGACCTT-TCATTACTAAGG--------TC-TGG
gi|14 : TCCTCCACCAA-TAAAA----AGTA----A--ATAT-AA-CTTTTTTAAAATATTG--AAA--ATGAATTTAAACCCCATTtg
gi|15 : CCTCCTTCACCAA-TGTAAC-TGG-T-TTCCAG-AT-T-AACC--ATGTTATGTGTT---AAA--ATGGTTTTAAACACCaaaaaa
gi|16 : AAAG--G---ATGGT---CTT-A-TCAT-ATTCATTT-GGAGATTAAGTCT-CATCCAC----TAAAAT-TGGATATGCCAT-Att
gi|17 : CTTCCCCAATCAAATCAAAT-TGC---TGTCAT-AGTT-CA-C--CTGTAATGTGTTT--AAA--ATGGCACTGGACCCaa
gi|18 : -TGGG-----GTCTAACTCCACCAT-TAGCAC-TGG--ATGCCAC-ATAT-AG-C--ATTTGAAATGCTG--
gi|19 : TGATC-AA-GGAGCTGTCATCTAATG-ACCTCTTACCTT-TCACCACTAAGG--------TCATGGGt
gi|2 : TGG-CTAT-GACGCC--CGCTCAA-G-ATCACTTACCTCCTCACCGTTAAGG--------TCGTAGGTTC--GAGTCCC-G---CTCG---CACCAACCACTTTATGT--------TT-CCATA-----TACTTGCG-AATG--G---GTGGTGGTTCA-ACTCAG-ATTCATGC-TGAT-----GCCTTAATTTACCAA-TAAAAC-TGGATGTGCCAT-ATGT-AA-C--ATGAAATGCGTTG--AAAAGATGGCGTTAAACCCCATT
gi|20 : tattttgcgcattttttgtcatattaaaaataaaacgtattttattgtagattttttttatcgattatggtataaaaaatccaagagactattactatatattacacgatctcatattttcaaaaatgatcgataaaatatttaattgtcagaaagtaccatcGATCCTCCATGGCTGAGTGGTTTAT-GGTGCTGTTATCTAATG-ACCACTTAcataaaa
gi|21 : GTCTAAAT-ACTATTCACCTC-TCACCAATGAGG--------TCATGAGTAT--GAG
gi|22 : TC-TGAG-----GTCTTCCTCCACCAA-TAAAAC-TGGATATGCCGT-ATAT-A
gi|24 : gGAG-----GTCTTCCTCCACCAA-TAAAAC-TGGATATGCCAT-ATAT-
gi|25 : TGT-GA-C--ATGTAATGTGTTG--AAA--ATGACGTTAAA
gi|26 : TC-TGAG-----GTCTTCCTCTACCAA-TAAAAC-Tttcatt
gi|27 : C-TGAG-----GTCTGCCTCCACTAA-TAAAAC-TGGATGTtaattac
gi|3 : GGATCCTACACGGTCGACTGATTTAACGAC-CTGTCGTCTCACG-ACCTCTGACCTC-TCATCGCTGAGG--------TCGTGGATTC--GAGCCCA-G---CTCG--------AC-ATTTTATGTAAGAAAGTGTGACAGT-----TACTTGTGGAGGGACG---GTAAT---TCT-ACTCAG-TTTCATTC-TGAG-----G-CTTCCTCTATCAA-TATTAG-TTTACATGCCATGATAT-AA-C--CTGTAATGTGTTG--AAA--ATGGCGCTAAACTC
gi|4 : acacattagtgttcttcttatgtcaGGATCCTCCGTGACAAAGTGTTCTAA-GATGCTGTTGTTTAACG-ATTACTTACTTC-TCACTGCTAATG--------TTGTAGGTTC--AAGTCCC-A---CTCGGTCCAAAAACTATTATATGTGAAAAAGTTTGGCAGT-----TACTTGAAAAAAG--G---GCCGT---TTT-ACTCAG-ATTCATTC-TGAG-----GTCTTCCTCCACCAA-TAAAAC-TGGATATGCCAT-ATAT-AA-C--ATGAAATGTGTTG--AAA--ATGGTTTTAAACCCCATT
gi|5 : gGTCTAACG-ACTACTTGCCTC-TCACCGCTGAGGTCATGAGGTCATGAGGTCATGAGGTCA-ATTGCCCTGTCCATA----ATTTTGTTCTTAAAAGTTTGCCAGT-----T-TTTTATGGACG--GACAATGGT---TGT-A-TCAG-ATTCATTC-TAAA-----GTCTCTCTCAACCAA-TAAAAC--------ACCAT-TTAT-AA-T--CTGTTATGTTTTG--TAA--ACG
gi|6 : tTCCAGAATCT-TTA-AT-TGAGAAAATGTGCCATT-----TACTTGAGGAGGG--AC--GGTGT---TCTTACTCAT-TTTTATTC-TGAA-----GTCTTCATCCACTTA-TAAAAC-TATATATGTCAT-ATAT-AA-C--CTACAATTTGTTG--AAA--ATGGTGGTAAACCCC
gi|7 : acTCC--AATTCCA-A---CATGGTCCA--AAC-ATAATATGTGATAAAGTT--ACAATGGTTCTACT-----ACCC--A---GAGGTA--TCT----CAGCATGCAG-C-TGAG-----GTCTACCTTTATCAA-CAAAACATG---ATTCTAT-ATAT-At
gi|8 : taccattcacaactaacagtacaGGGTTCTCCATCCTCAAGTGGTCTAG-GTGACTGTTGTCTAATG-ACCACTGACCAT-TCACTAATGAGG--------TTGTGGGTTC---AATCC
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): TATACATGTATTCTTATTTGCCTCAGGGTTCTTCATTGGCTATGCAGTATAAAGCTATGCATCTAATGGTCCCTTACTTCTCCCCTCTGAGATCATGGATTCAAACCCAGC
Unaligned ( gi|11 ): AGTGCTAATATGTGCTATTGTTTAATTACTACTTTCTATCTGTCACTGCTGAAGTCATGGGTCTGAGCCCGACTCGTGCCAGAAGGTTTAAGTGAAA
Unaligned ( gi|23 ): TTAACTGTCACTGTTGAAGTTATGGGTATGAGCCTAGCTCTGCCA
Alignments
lowQualScore : 22222222222 11111 111111 22222222222222 11111
lowQualScore : 77 1 44 44 0 7 3 0 4 00000000000 11111 1 0 333333 22 0 666 333 3 8888 1 77777777777777 4 2 777 11111 999999 3 77777 2 2 88 2 2 3 555 44 55 0
lowQualScore : .. . .. .. . . . . . ........... ..... . . ...... .. . ... ... . .... . .............. . . ... ..... ...... . ..... . . .. . . . ... .. .. .
lowQualScore : 99 9 66 77 9 2 6 3 0 33333333333 00000 7 7 888888 77 7 999 111 0 7777 0 55555555555555 4 9 888 11111 666666 1 11111 4 4 66 7 7 3 666 66 00 1
consensus : NGGATCCTCCGTGGTCG--AGTGGTCTAA-GNCGCTGTCGTCTAACG-ACCACTTACCTC-TCACCGCTGAGGTCGTGGGTTC----------GAGTCCA-A---CTCGGTCCAAAA-CTATTNTATGTGAAAAAGTTTGCCANTTACTTGCGGAANGGAC---GG---T---TCT-ACT---CAGA-----TTCATT------C-TGAG-----GTCTTCCTCCACCAA-TAAAAC-TGGATATGCCAT-ATAT-AA-C--NTGTAATGTGTTG--AAA--ATGGCGTTAAACCCCATT
Reference ( family-4162 ) : NGGATCCTCCGTGGTCG--AGTGGTCTAA-GNCGCTGTCGTCTAACG-ACCACTTACCTC-TCACCGCTGAGGTCGTGGGTTC----------GAGTCCA-A---CTCGGTCCAAAA-CTATTNTATGTGAAAAAGTTTGCCANTTACTTGNGGAANGGGC---GG---T---TCT-ACT---CAGA-----TTCATT------C-TGAG-----GTCTTCCTCCACCAA-TAAAAC-TGGATATGCCAT-ATAT-AA-C--NTGTAATGTGTTG--AAA--ATGGCGTTAAACCCCATT
gi|1 : GTCGTCATTGG-CTAA-GGTGCAGT-GTC-AA-G-ATCATTCACCTC-GCACCACTAAGGTTGTAGGTTC----------GAGCCCAGA---CT-AGTCCAAAA-ATCTTA-ATGTGAAAAAGTTAGCAATTTATTTTCTGAAAGA-C---AG---TCC-TCT-CTT---CAGA-----TTCATT------C-TGAG-----GTCTTCTTCTACCAA-TAAAAC-TTAATG----AT-ACATAAA-T--CTGTAATGTGTTA--AAA--ATATTGTTAAA
gi|10 : atcgtgtacagttttttttatcaagagcaactttcaaagttgacttttcttatcctaaattgatacacaatcaagaaaacggtatctctgttttctcacatatagtttgataattaatcaataaaaggaataattatcttgtggatatacaaagagaatccacaaG--AATGGTCCAA-GCAGCTGTCGTCAAACA-ACTGCATATCTC-TAACCATTGAGGTTGTGAGGTC----------AAGTCTA-A---CTTGGTGCAAAA-CTAtattgaaaaaaa
gi|12 : ttaagattttcaataacaatagga---TTT-ACT---CAGA-----TTGAAC------CTTGGG-----GT-TTTTTTCACCAA-TATATT-TGG--ATGCCAC-ACAT-TA-C--ATGTGCTGTGTTGTTGAA--ATG
gi|13 : GGGTTCTTCGTGGTCA--CGTGGTCTCG-GCCGCTGTCGTCTAATGAACCA-GGACCTT-TCATTACTAAGGTC-TGG
gi|14 : TCCTCCACCAA-TAAAA----AGTA----A--ATAT-AA-CTTTTTTAAAATATTG--AAA--ATGAATTTAAACCCCATTtg
gi|15 : CCTCCTTCACCAA-TGTAAC-TGG-T-TTCCAG-AT-T-AACC--ATGTTATGTGTT---AAA--ATGGTTTTAAACACCaaaaaa
gi|16 : AAAGGAT---GG---T---CTT-A-T---CATA-----TTCATT------T-GGAGATTAAGTCT-CATCCAC----TAAAAT-TGGATATGCCAT-Att
gi|17 : CTTCCCCAATCAAATCAAAT-TGC---TGTCAT-AGTT-CA-C--CTGTAATGTGTTT--AAA--ATGGCACTGGACCCaa
gi|18 : -TGGG-----GTCTAACTCCACCAT-TAGCAC-TGG--ATGCCAC-ATAT-AG-C--ATTTGAAATGCTG--
gi|19 : TGATC-AA-GGAGCTGTCATCTAATG-ACCTCTTACCTT-TCACCACTAAGGTCATGGGt
gi|2 : TGG-CTAT-GACGCC--CGCTCAA-G-ATCACTTACCTCCTCACCGTTAAGGTCGTAGGTTC----------GAGTCCC-G---CTCGCACCAA---CCACTTTATGT--------TT-CCATATACTTGCG-AATGGGT---GG---TGGTTCA-ACT---CAGA-----TTCATG------C-TGAT-----GCCTTAATTTACCAA-TAAAAC-TGGATGTGCCAT-ATGT-AA-C--ATGAAATGCGTTG--AAAAGATGGCGTTAAACCCCATT
gi|20 : tattttgcgcattttttgtcatattaaaaataaaacgtattttattgtagattttttttatcgattatggtataaaaaatccaagagactattactatatattacacgatctcatattttcaaaaatgatcgataaaatatttaattgtcagaaagtaccatcGATCCTCCATGGCTG--AGTGGTTTAT-GGTGCTGTTATCTAATG-ACCACTTAcataaaa
gi|21 : GTCTAAAT-ACTATTCACCTC-TCACCAATGAGGTCATGAGTAT----------GAG
gi|22 : T------C-TGAG-----GTCTTCCTCCACCAA-TAAAAC-TGGATATGCCGT-ATAT-A
gi|24 : gGAG-----GTCTTCCTCCACCAA-TAAAAC-TGGATATGCCAT-ATAT-
gi|25 : TGT-GA-C--ATGTAATGTGTTG--AAA--ATGACGTTAAA
gi|26 : T------C-TGAG-----GTCTTCCTCTACCAA-TAAAAC-Tttcatt
gi|27 : ------C-TGAG-----GTCTGCCTCCACTAA-TAAAAC-TGGATGTtaattac
gi|3 : GGATCCTACACGGTCG--ACTGATTTAACGAC-CTGTCGTCTCACG-ACCTCTGACCTC-TCATCGCTGAGGTCGTGGATTC----------GAGCCCA-G---CTCG-------A-C-ATTTTATGTAAGAAAGTGTGACAGTTACTTGTGG-AGGGAC---GGTAAT---TCT-ACT---CAGT-----TTCATT------C-TGAG-----G-CTTCCTCTATCAA-TATTAG-TTTACATGCCATGATAT-AA-C--CTGTAATGTGTTG--AAA--ATGGCGCTAAACTC
gi|4 : acacattagtgttcttcttatgtcaGGATCCTCCGTGACAA--AGTGTTCTAA-GATGCTGTTGTTTAACG-ATTACTTACTTC-TCACTGCTAATGTTGTAGGTTC----------AAGTCCC-A---CTCGGTCCAAAAACTATTATATGTGAAAAAGTTTGGCAGTTACTTGAAAAAAGGGC---CG---T---TTT-ACT---CAGA-----TTCATT------C-TGAG-----GTCTTCCTCCACCAA-TAAAAC-TGGATATGCCAT-ATAT-AA-C--ATGAAATGTGTTG--AAA--ATGGTTTTAAACCCCATT
gi|5 : gGTCTAACG-ACTACTTGCCTC-TCACCGCTGAGGTCATGAGGTCATGAGGTCATGAGGTCA-ATTGCCCTGTCCATAA-TT-TTGTTCTT--AAAAGTTTGCCAGTTTTTTATGG-ACGGACAATGG---T---TGT-A-T---CAGA-----TTCATT------C-TAAA-----GTCTCTCTCAACCAA-TAAAAC--------ACCAT-TTAT-AA-T--CTGTTATGTTTTG--TAA--ACG
gi|6 : tTCCAGAA--TCTTTAAT-TGAGAAAATGTGCCATTTACTTGAGGA-GGGAC---GG---TGT-TCTTACT---CATT-----TTTATT------C-TGAA-----GTCTTCATCCACTTA-TAAAAC-TATATATGTCAT-ATAT-AA-C--CTACAATTTGTTG--AAA--ATGGTGGTAAACCCC
gi|7 : acTCC----------AATTCCA-A---CATGGTCCAAA---CATAATATGTGATAAAGTT--------AC------AATGG----------T---TCT-ACTACCCAGAGGTATCTCAGCATGCAGC-TGAG-----GTCTACCTTTATCAA-CAAAACATG---ATTCTAT-ATAT-At
gi|8 : taccattcacaactaacagtacaGGGTTCTCCATCCTCA--AGTGGTCTAG-GTGACTGTTGTCTAATG-ACCACTGACCAT-TCACTAATGAGGTTGTGGGTTC-----------AATCC
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): TATACATGTATTCTTATTTGCCTCAGGGTTCTTCATTGGCTATGCAGTATAAAGCTATGCATCTAATGGTCCCTTACTTCTCCCCTCTGAGATCATGGATTCAAACCCAGC
Unaligned ( gi|11 ): AGTGCTAATATGTGCTATTGTTTAATTACTACTTTCTATCTGTCACTGCTGAAGTCATGGGTCTGAGCCCGACTCGTGCCAGAAGGTTTAAGTGAAA
Unaligned ( gi|23 ): TTAACTGTCACTGTTGAAGTTATGGGTATGAGCCTAGCTCTGCCA
Alignments
lowQualScore : 22222222222 11111 111111 11111 222222222222
lowQualScore : 77 1 44 44 0 7 3 0 4 00000000000 11111 1 0 333333 22 0 666 333 1 44444 7777 1 0 222222222222 0 4 77 4 3 77777 2 2 88 2 2 3 555 44 55 0
lowQualScore : .. . .. .. . . . . . ........... ..... . . ...... .. . ... ... . ..... .... . . ............ . . .. . . ..... . . .. . . . ... .. .. .
lowQualScore : 99 9 66 77 9 2 6 3 0 33333333333 00000 7 7 888888 77 7 999 111 0 33333 4444 0 9 999999999999 9 4 33 4 1 11111 4 4 66 7 7 3 666 66 00 1
consensus : NGGATCCTCCGTGGTCG--AGTGGTCTAA-GNCGCTGTCGTCTAACG-ACCACTTACCTC-TCACCGCTGAGGTCGTGGGTTC----------GAGTCCA-A---CTCGGTCCAAAA-CTATTNTATGTGAAAAAGTTTGCCANT-----TACTTGCGGAAAGGAC---GG---T---TCT-A-CTCAG-ATTCATTC-TGAG-----GTCTTCCTCCACCAA-TAAAAC-TGGATATGCCAT-ATAT-AA-C--NTGTAATGTGTTG--AAA--ATGGCGTTAAACCCCATT
Reference ( family-4162 ) : NGGATCCTCCGTGGTCG--AGTGGTCTAA-GNCGCTGTCGTCTAACG-ACCACTTACCTC-TCACCGCTGAGGTCGTGGGTTC----------GAGTCCA-A---CTCGGTCCAAAA-CTATTNTATGTGAAAAAGTTTGCCANT-----TACTTGCGGAANGGAC---GG---T---TCT-A-CTCAG-ATTCATTC-TGAG-----GTCTTCCTCCACCAA-TAAAAC-TGGATATGCCAT-ATAT-AA-C--NTGTAATGTGTTG--AAA--ATGGCGTTAAACCCCATT
gi|1 : GTCGTCATTGG-CTAA-GGTGCAGT-GTC-AA-G-ATCATTCACCTC-GCACCACTAAGGTTGTAGGTTC----------GAGCCCAGA---CT-AGTCCAAAA-ATCTTA-ATGTGAAAAAGTTAGCAATT-----TATTTTCTGAAAG-AC---AG---TCC-TCT-C-TTCAG-ATTCATTC-TGAG-----GTCTTCTTCTACCAA-TAAAAC-TTAATG----AT-ACATAAA-T--CTGTAATGTGTTA--AAA--ATATTGTTAAA
gi|10 : atcgtgtacagttttttttatcaagagcaactttcaaagttgacttttcttatcctaaattgatacacaatcaagaaaacggtatctctgttttctcacatatagtttgataattaatcaataaaaggaataattatcttgtggatatacaaagagaatccacaaG--AATGGTCCAA-GCAGCTGTCGTCAAACA-ACTGCATATCTC-TAACCATTGAGGTTGTGAGGTC----------AAGTCTA-A---CTTGGTGCAAAA-CTAtattgaaaaaaa
gi|12 : ttaagattttcaataacaatagga---TTT-A-CTCAG-ATTGAACCTTGGG-----GT-TTTTTTCACCAA-TATATT-TGG--ATGCCAC-ACAT-TA-C--ATGTGCTGTGTTGTTGAA--ATG
gi|13 : GGGTTCTTCGTGGTCA--CGTGGTCTCG-GCCGCTGTCGTCTAATGAACCA-GGACCTT-TCATTACTAAGGTC-TGG
gi|14 : TCCTCCACCAA-TAAAA----AGTA----A--ATAT-AA-CTTTTTTAAAATATTG--AAA--ATGAATTTAAACCCCATTtg
gi|15 : CCTCCTTCACCAA-TGTAAC-TGG-T-TTCCAG-AT-T-AACC--ATGTTATGTGTT---AAA--ATGGTTTTAAACACCaaaaaa
gi|16 : AAAGGAT---GG---T---CTT-A--TCAT-ATTCATTT-GGAGATTAAGTCT-CATCCAC----TAAAAT-TGGATATGCCAT-Att
gi|17 : CTTCCCCAATCAAATCAAAT-TGC---TGTCAT-AGTT-CA-C--CTGTAATGTGTTT--AAA--ATGGCACTGGACCCaa
gi|18 : -TGGG-----GTCTAACTCCACCAT-TAGCAC-TGG--ATGCCAC-ATAT-AG-C--ATTTGAAATGCTG--
gi|19 : TGATC-AA-GGAGCTGTCATCTAATG-ACCTCTTACCTT-TCACCACTAAGGTCATGGGt
gi|2 : TGG-CTAT-GACGCC--CGCTCAA-G-ATCACTTACCTCCTCACCGTTAAGGTCGTAGGTTC----------GAGTCCC-G---CTCGCACCAA---CCACTTTATGT--------TT-CCATA-----TACTTGCG-AATGGGT---GG---TGGTTCA-A-CTCAG-ATTCATGC-TGAT-----GCCTTAATTTACCAA-TAAAAC-TGGATGTGCCAT-ATGT-AA-C--ATGAAATGCGTTG--AAAAGATGGCGTTAAACCCCATT
gi|20 : tattttgcgcattttttgtcatattaaaaataaaacgtattttattgtagattttttttatcgattatggtataaaaaatccaagagactattactatatattacacgatctcatattttcaaaaatgatcgataaaatatttaattgtcagaaagtaccatcGATCCTCCATGGCTG--AGTGGTTTAT-GGTGCTGTTATCTAATG-ACCACTTAcataaaa
gi|21 : GTCTAAAT-ACTATTCACCTC-TCACCAATGAGGTCATGAGTAT----------GAG
gi|22 : TC-TGAG-----GTCTTCCTCCACCAA-TAAAAC-TGGATATGCCGT-ATAT-A
gi|24 : gGAG-----GTCTTCCTCCACCAA-TAAAAC-TGGATATGCCAT-ATAT-
gi|25 : TGT-GA-C--ATGTAATGTGTTG--AAA--ATGACGTTAAA
gi|26 : TC-TGAG-----GTCTTCCTCTACCAA-TAAAAC-Tttcatt
gi|27 : C-TGAG-----GTCTGCCTCCACTAA-TAAAAC-TGGATGTtaattac
gi|3 : GGATCCTACACGGTCG--ACTGATTTAACGAC-CTGTCGTCTCACG-ACCTCTGACCTC-TCATCGCTGAGGTCGTGGATTC----------GAGCCCA-G---CTCG-------A-C-ATTTTATGTAAGAAAGTGTGACAGT-----TACTTGTGG-AGGGAC---GGTAAT---TCT-A-CTCAG-TTTCATTC-TGAG-----G-CTTCCTCTATCAA-TATTAG-TTTACATGCCATGATAT-AA-C--CTGTAATGTGTTG--AAA--ATGGCGCTAAACTC
gi|4 : acacattagtgttcttcttatgtcaGGATCCTCCGTGACAA--AGTGTTCTAA-GATGCTGTTGTTTAACG-ATTACTTACTTC-TCACTGCTAATGTTGTAGGTTC----------AAGTCCC-A---CTCGGTCCAAAAACTATTATATGTGAAAAAGTTTGGCAGT-----TACTTGAAAAAAGGGC---CG---T---TTT-A-CTCAG-ATTCATTC-TGAG-----GTCTTCCTCCACCAA-TAAAAC-TGGATATGCCAT-ATAT-AA-C--ATGAAATGTGTTG--AAA--ATGGTTTTAAACCCCATT
gi|5 : gGTCTAACG-ACTACTTGCCTC-TCACCGCTGAGGTCATGAGGTCATGAGGTCATGAGGTCA-ATTGCCCTGTCCATAA-TT-TTGTTCTT--AAAAGTTTGCCAGT-----TTTTTATGG-ACGGACAATGG---T---TGT-A--TCAG-ATTCATTC-TAAA-----GTCTCTCTCAACCAA-TAAAAC--------ACCAT-TTAT-AA-T--CTGTTATGTTTTG--TAA--ACG
gi|6 : tTCCAGAA--TCTTTAAT-TGAGAAAATGTGCCATT-----TACTTGAGGA-GGGAC---GG---TGT-TCTTA-CTCAT-TTTTATTC-TGAA-----GTCTTCATCCACTTA-TAAAAC-TATATATGTCAT-ATAT-AA-C--CTACAATTTGTTG--AAA--ATGGTGGTAAACCCC
gi|7 : acTCC----------AATTCCA-A---CATGGTCCAAA---CATAATATGTGATAAAGTT--ACAATGGTTCTACT-ACCCAGAGG----------------T-ATCTCAGCATGCAG-C-TGAG-----GTCTACCTTTATCAA-CAAAACATG---ATTCTAT-ATAT-At
gi|8 : taccattcacaactaacagtacaGGGTTCTCCATCCTCA--AGTGGTCTAG-GTGACTGTTGTCTAATG-ACCACTGACCAT-TCACTAATGAGGTTGTGGGTTC-----------AATCC
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): TATACATGTATTCTTATTTGCCTCAGGGTTCTTCATTGGCTATGCAGTATAAAGCTATGCATCTAATGGTCCCTTACTTCTCCCCTCTGAGATCATGGATTCAAACCCAGC
Unaligned ( gi|11 ): AGTGCTAATATGTGCTATTGTTTAATTACTACTTTCTATCTGTCACTGCTGAAGTCATGGGTCTGAGCCCGACTCGTGCCAGAAGGTTTAAGTGAAA
Unaligned ( gi|23 ): TTAACTGTCACTGTTGAAGTTATGGGTATGAGCCTAGCTCTGCCA
Alignments
lowQualScore : 22222222222 11111 111111 11111 222222222222222
lowQualScore : 77 1 44 44 0 7 3 0 4 00000000000 11111 1 0 333333 22 0 666 333 1 44444 1 555 000000000000000 0 4 77 4 3 77777 2 2 88 2 2 3 555 44 55 0
lowQualScore : .. . .. .. . . . . . ........... ..... . . ...... .. . ... ... . ..... . ... ............... . . .. . . ..... . . .. . . . ... .. .. .
lowQualScore : 99 9 66 77 9 2 6 3 0 33333333333 00000 7 7 888888 77 7 999 111 0 33333 7 111 000000000000000 9 4 33 4 1 11111 4 4 66 7 7 3 666 66 00 1
consensus : NGGATCCTCCGTGGTCG--AGTGGTCTAA-GNCGCTGTCGTCTAACG-ACCACTTACCTC-TCACCGCTGAGGTCGTGGGTTC----------GAGTCCA-A---CTCGGTCCAAAA-CTATTNTATGTGAAAAAGTTTGCCANT-----TACTTGCGGAAAGG--AC---GG---T--TCT-A-CTCAG-ATTCATTC-TGAG-----GTCTTCCTCCACCAA-TAAAAC-TGGATATGCCAT-ATAT-AA-C--NTGTAATGTGTTG--AAA--ATGGCGTTAAACCCCATT
Reference ( family-4162 ) : NGGATCCTCCGTGGTCG--AGTGGTCTAA-GNCGCTGTCGTCTAACG-ACCACTTACCTC-TCACCGCTGAGGTCGTGGGTTC----------GAGTCCA-A---CTCGGTCCAAAA-CTATTNTATGTGAAAAAGTTTGCCANT-----TACTTGCGGAAAGG--AC---GG---T--TCT-A-CTCAG-ATTCATTC-TGAG-----GTCTTCCTCCACCAA-TAAAAC-TGGATATGCCAT-ATAT-AA-C--NTGTAATGTGTTG--AAA--ATGGCGTTAAACCCCATT
gi|1 : GTCGTCATTGG-CTAA-GGTGCAGT-GTC-AA-G-ATCATTCACCTC-GCACCACTAAGGTTGTAGGTTC----------GAGCCCAGA---CT-AGTCCAAAA-ATCTTA-ATGTGAAAAAGTTAGCAATT-----TATTTTCTGAAAG---AC---AG---TCCTCT-C-TTCAG-ATTCATTC-TGAG-----GTCTTCTTCTACCAA-TAAAAC-TTAATG----AT-ACATAAA-T--CTGTAATGTGTTA--AAA--ATATTGTTAAA
gi|10 : atcgtgtacagttttttttatcaagagcaactttcaaagttgacttttcttatcctaaattgatacacaatcaagaaaacggtatctctgttttctcacatatagtttgataattaatcaataaaaggaataattatcttgtggatatacaaagagaatccacaaG--AATGGTCCAA-GCAGCTGTCGTCAAACA-ACTGCATATCTC-TAACCATTGAGGTTGTGAGGTC----------AAGTCTA-A---CTTGGTGCAAAA-CTAtattgaaaaaaa
gi|12 : ttaagattttcaataacaatagga--TTT-A-CTCAG-ATTGAACCTTGGG-----GT-TTTTTTCACCAA-TATATT-TGG--ATGCCAC-ACAT-TA-C--ATGTGCTGTGTTGTTGAA--ATG
gi|13 : GGGTTCTTCGTGGTCA--CGTGGTCTCG-GCCGCTGTCGTCTAATGAACCA-GGACCTT-TCATTACTAAGGTC-TGG
gi|14 : TCCTCCACCAA-TAAAA----AGTA----A--ATAT-AA-CTTTTTTAAAATATTG--AAA--ATGAATTTAAACCCCATTtg
gi|15 : CCTCCTTCACCAA-TGTAAC-TGG-T-TTCCAG-AT-T-AACC--ATGTTATGTGTT---AAA--ATGGTTTTAAACACCaaaaaa
gi|16 : AAAGG--AT---GG---T--CTT-A--TCAT-ATTCATTT-GGAGATTAAGTCT-CATCCAC----TAAAAT-TGGATATGCCAT-Att
gi|17 : CTTCCCCAATCAAATCAAAT-TGC---TGTCAT-AGTT-CA-C--CTGTAATGTGTTT--AAA--ATGGCACTGGACCCaa
gi|18 : -TGGG-----GTCTAACTCCACCAT-TAGCAC-TGG--ATGCCAC-ATAT-AG-C--ATTTGAAATGCTG--
gi|19 : TGATC-AA-GGAGCTGTCATCTAATG-ACCTCTTACCTT-TCACCACTAAGGTCATGGGt
gi|2 : TGG-CTAT-GACGCC--CGCTCAA-G-ATCACTTACCTCCTCACCGTTAAGGTCGTAGGTTC----------GAGTCCC-G---CTCGCACCAA---CCACTTTATGT--------TT-CCATA-----TACTTGCGAATGGGTGGT---GG---T--TCA-A-CTCAG-ATTCATGC-TGAT-----GCCTTAATTTACCAA-TAAAAC-TGGATGTGCCAT-ATGT-AA-C--ATGAAATGCGTTG--AAAAGATGGCGTTAAACCCCATT
gi|20 : tattttgcgcattttttgtcatattaaaaataaaacgtattttattgtagattttttttatcgattatggtataaaaaatccaagagactattactatatattacacgatctcatattttcaaaaatgatcgataaaatatttaattgtcagaaagtaccatcGATCCTCCATGGCTG--AGTGGTTTAT-GGTGCTGTTATCTAATG-ACCACTTAcataaaa
gi|21 : GTCTAAAT-ACTATTCACCTC-TCACCAATGAGGTCATGAGTAT----------GAG
gi|22 : TC-TGAG-----GTCTTCCTCCACCAA-TAAAAC-TGGATATGCCGT-ATAT-A
gi|24 : gGAG-----GTCTTCCTCCACCAA-TAAAAC-TGGATATGCCAT-ATAT-
gi|25 : TGT-GA-C--ATGTAATGTGTTG--AAA--ATGACGTTAAA
gi|26 : TC-TGAG-----GTCTTCCTCTACCAA-TAAAAC-Tttcatt
gi|27 : C-TGAG-----GTCTGCCTCCACTAA-TAAAAC-TGGATGTtaattac
gi|3 : GGATCCTACACGGTCG--ACTGATTTAACGAC-CTGTCGTCTCACG-ACCTCTGACCTC-TCATCGCTGAGGTCGTGGATTC----------GAGCCCA-G---CTCG-------A-C-ATTTTATGTAAGAAAGTGTGACAGT-----TACTTGTGG-AGGG--AC---GGTAAT--TCT-A-CTCAG-TTTCATTC-TGAG-----G-CTTCCTCTATCAA-TATTAG-TTTACATGCCATGATAT-AA-C--CTGTAATGTGTTG--AAA--ATGGCGCTAAACTC
gi|4 : acacattagtgttcttcttatgtcaGGATCCTCCGTGACAA--AGTGTTCTAA-GATGCTGTTGTTTAACG-ATTACTTACTTC-TCACTGCTAATGTTGTAGGTTC----------AAGTCCC-A---CTCGGTCCAAAAACTATTATATGTGAAAAAGTTTGGCAGT-----TACTTGAAAAAAGG--GC---CG---T--TTT-A-CTCAG-ATTCATTC-TGAG-----GTCTTCCTCCACCAA-TAAAAC-TGGATATGCCAT-ATAT-AA-C--ATGAAATGTGTTG--AAA--ATGGTTTTAAACCCCATT
gi|5 : gGTCTAACG-ACTACTTGCCTC-TCACCGCTGAGGTCATGAGGTCATGAGGTCATGAGGTCA-ATTGCCCTGTCCATAA-TT-TTGTTCTT--AAAAGTTTGCCAGT-----TTTTTATGG-ACGG--ACAATGG---T--TGT-A--TCAG-ATTCATTC-TAAA-----GTCTCTCTCAACCAA-TAAAAC--------ACCAT-TTAT-AA-T--CTGTTATGTTTTG--TAA--ACG
gi|6 : tTCCAGAA--TCTTTAAT-TGAGAAAATGTGCCATT-----TACTTGAGGAG-GG--AC---GG---TGTTCTTA-CTCAT-TTTTATTC-TGAA-----GTCTTCATCCACTTA-TAAAAC-TATATATGTCAT-ATAT-AA-C--CTACAATTTGTTG--AAA--ATGGTGGTAAACCCC
gi|7 : acTCC----------AATTCCA-A---CATGGTCCAAA---CATAATATGTGATAAAGTT--ACAATGGTTCTACT-ACCCAGAGG-----------------T-ATCTCAGCATGCAG-C-TGAG-----GTCTACCTTTATCAA-CAAAACATG---ATTCTAT-ATAT-At
gi|8 : taccattcacaactaacagtacaGGGTTCTCCATCCTCA--AGTGGTCTAG-GTGACTGTTGTCTAATG-ACCACTGACCAT-TCACTAATGAGGTTGTGGGTTC-----------AATCC
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): TATACATGTATTCTTATTTGCCTCAGGGTTCTTCATTGGCTATGCAGTATAAAGCTATGCATCTAATGGTCCCTTACTTCTCCCCTCTGAGATCATGGATTCAAACCCAGC
Unaligned ( gi|11 ): AGTGCTAATATGTGCTATTGTTTAATTACTACTTTCTATCTGTCACTGCTGAAGTCATGGGTCTGAGCCCGACTCGTGCCAGAAGGTTTAAGTGAAA
Unaligned ( gi|23 ): TTAACTGTCACTGTTGAAGTTATGGGTATGAGCCTAGCTCTGCCA
Alignments
lowQualScore : 22222222222 11111 111111 11111 222222222222222
lowQualScore : 77 1 44 44 0 7 3 0 4 00000000000 11111 1 0 333333 22 0 666 333 1 44444 1 555 000000000000000 0 4 77 4 3 77777 2 2 88 2 2 3 555 44 55 0
lowQualScore : .. . .. .. . . . . . ........... ..... . . ...... .. . ... ... . ..... . ... ............... . . .. . . ..... . . .. . . . ... .. .. .
lowQualScore : 99 9 66 77 9 2 6 3 0 33333333333 00000 7 7 888888 77 7 999 111 0 33333 7 111 000000000000000 9 4 33 4 1 11111 4 4 66 7 7 3 666 66 00 1
consensus : NGGATCCTCCGTGGTCG--AGTGGTCTAA-GNCGCTGTCGTCTAACG-ACCACTTACCTC-TCACCGCTGAGGTCGTGGGTTC----------GAGTCCA-A---CTCGGTCCAAAA-CTATTNTATGTGAAAAAGTTTGCCANT-----TACTTGCGGAAAGG--AC---GG---T--TCT-A-CTCAG-ATTCATTC-TGAG-----GTCTTCCTCCACCAA-TAAAAC-TGGATATGCCAT-ATAT-AA-C--NTGTAATGTGTTG--AAA--ATGGCGTTAAACCCCATT
Reference ( family-4162 ) : NGGATCCTCCGTGGTCG--AGTGGTCTAA-GNCGCTGTCGTCTAACG-ACCACTTACCTC-TCACCGCTGAGGTCGTGGGTTC----------GAGTCCA-A---CTCGGTCCAAAA-CTATTNTATGTGAAAAAGTTTGCCANT-----TACTTGCGGAAAGG--AC---GG---T--TCT-A-CTCAG-ATTCATTC-TGAG-----GTCTTCCTCCACCAA-TAAAAC-TGGATATGCCAT-ATAT-AA-C--NTGTAATGTGTTG--AAA--ATGGCGTTAAACCCCATT
gi|1 : GTCGTCATTGG-CTAA-GGTGCAGT-GTC-AA-G-ATCATTCACCTC-GCACCACTAAGGTTGTAGGTTC----------GAGCCCAGA---CT-AGTCCAAAA-ATCTTA-ATGTGAAAAAGTTAGCAATT-----TATTTTCTGAAAG---AC---AG---TCCTCT-C-TTCAG-ATTCATTC-TGAG-----GTCTTCTTCTACCAA-TAAAAC-TTAATG----AT-ACATAAA-T--CTGTAATGTGTTA--AAA--ATATTGTTAAA
gi|10 : atcgtgtacagttttttttatcaagagcaactttcaaagttgacttttcttatcctaaattgatacacaatcaagaaaacggtatctctgttttctcacatatagtttgataattaatcaataaaaggaataattatcttgtggatatacaaagagaatccacaaG--AATGGTCCAA-GCAGCTGTCGTCAAACA-ACTGCATATCTC-TAACCATTGAGGTTGTGAGGTC----------AAGTCTA-A---CTTGGTGCAAAA-CTAtattgaaaaaaa
gi|12 : ttaagattttcaataacaatagga--TTT-A-CTCAG-ATTGAACCTTGGG-----GT-TTTTTTCACCAA-TATATT-TGG--ATGCCAC-ACAT-TA-C--ATGTGCTGTGTTGTTGAA--ATG
gi|13 : GGGTTCTTCGTGGTCA--CGTGGTCTCG-GCCGCTGTCGTCTAATGAACCA-GGACCTT-TCATTACTAAGGTC-TGG
gi|14 : TCCTCCACCAA-TAAAA----AGTA----A--ATAT-AA-CTTTTTTAAAATATTG--AAA--ATGAATTTAAACCCCATTtg
gi|15 : CCTCCTTCACCAA-TGTAAC-TGG-T-TTCCAG-AT-T-AACC--ATGTTATGTGTT---AAA--ATGGTTTTAAACACCaaaaaa
gi|16 : AAAGG--AT---GG---T--CTT-A--TCAT-ATTCATTT-GGAGATTAAGTCT-CATCCAC----TAAAAT-TGGATATGCCAT-Att
gi|17 : CTTCCCCAATCAAATCAAAT-TGC---TGTCAT-AGTT-CA-C--CTGTAATGTGTTT--AAA--ATGGCACTGGACCCaa
gi|18 : -TGGG-----GTCTAACTCCACCAT-TAGCAC-TGG--ATGCCAC-ATAT-AG-C--ATTTGAAATGCTG--
gi|19 : TGATC-AA-GGAGCTGTCATCTAATG-ACCTCTTACCTT-TCACCACTAAGGTCATGGGt
gi|2 : TGG-CTAT-GACGCC--CGCTCAA-G-ATCACTTACCTCCTCACCGTTAAGGTCGTAGGTTC----------GAGTCCC-G---CTCGCACCAA---CCACTTTATGT--------TT-CCATA-----TACTTGCGAATGGGTGGT---GG---T--TCA-A-CTCAG-ATTCATGC-TGAT-----GCCTTAATTTACCAA-TAAAAC-TGGATGTGCCAT-ATGT-AA-C--ATGAAATGCGTTG--AAAAGATGGCGTTAAACCCCATT
gi|20 : tattttgcgcattttttgtcatattaaaaataaaacgtattttattgtagattttttttatcgattatggtataaaaaatccaagagactattactatatattacacgatctcatattttcaaaaatgatcgataaaatatttaattgtcagaaagtaccatcGATCCTCCATGGCTG--AGTGGTTTAT-GGTGCTGTTATCTAATG-ACCACTTAcataaaa
gi|21 : GTCTAAAT-ACTATTCACCTC-TCACCAATGAGGTCATGAGTAT----------GAG
gi|22 : TC-TGAG-----GTCTTCCTCCACCAA-TAAAAC-TGGATATGCCGT-ATAT-A
gi|24 : gGAG-----GTCTTCCTCCACCAA-TAAAAC-TGGATATGCCAT-ATAT-
gi|25 : TGT-GA-C--ATGTAATGTGTTG--AAA--ATGACGTTAAA
gi|26 : TC-TGAG-----GTCTTCCTCTACCAA-TAAAAC-Tttcatt
gi|27 : C-TGAG-----GTCTGCCTCCACTAA-TAAAAC-TGGATGTtaattac
gi|3 : GGATCCTACACGGTCG--ACTGATTTAACGAC-CTGTCGTCTCACG-ACCTCTGACCTC-TCATCGCTGAGGTCGTGGATTC----------GAGCCCA-G---CTCG-------A-C-ATTTTATGTAAGAAAGTGTGACAGT-----TACTTGTGG-AGGG--AC---GGTAAT--TCT-A-CTCAG-TTTCATTC-TGAG-----G-CTTCCTCTATCAA-TATTAG-TTTACATGCCATGATAT-AA-C--CTGTAATGTGTTG--AAA--ATGGCGCTAAACTC
gi|4 : acacattagtgttcttcttatgtcaGGATCCTCCGTGACAA--AGTGTTCTAA-GATGCTGTTGTTTAACG-ATTACTTACTTC-TCACTGCTAATGTTGTAGGTTC----------AAGTCCC-A---CTCGGTCCAAAAACTATTATATGTGAAAAAGTTTGGCAGT-----TACTTGAAAAAAGG--GC---CG---T--TTT-A-CTCAG-ATTCATTC-TGAG-----GTCTTCCTCCACCAA-TAAAAC-TGGATATGCCAT-ATAT-AA-C--ATGAAATGTGTTG--AAA--ATGGTTTTAAACCCCATT
gi|5 : gGTCTAACG-ACTACTTGCCTC-TCACCGCTGAGGTCATGAGGTCATGAGGTCATGAGGTCA-ATTGCCCTGTCCATAA-TT-TTGTTCTT--AAAAGTTTGCCAGT-----TTTTTATGG-ACGG--ACAATGG---T--TGT-A--TCAG-ATTCATTC-TAAA-----GTCTCTCTCAACCAA-TAAAAC--------ACCAT-TTAT-AA-T--CTGTTATGTTTTG--TAA--ACG
gi|6 : tTCCAGAA--TCTTTAAT-TGAGAAAATGTGCCATT-----TACTTGAGGAG-GG--AC---GG---TGTTCTTA-CTCAT-TTTTATTC-TGAA-----GTCTTCATCCACTTA-TAAAAC-TATATATGTCAT-ATAT-AA-C--CTACAATTTGTTG--AAA--ATGGTGGTAAACCCC
gi|7 : acTCC----------AATTCCA-A---CATGGTCCAAA---CATAATATGTGATAAAGTT--ACAATGGTTCTACT-ACCCAGAGG-----------------T-ATCTCAGCATGCAG-C-TGAG-----GTCTACCTTTATCAA-CAAAACATG---ATTCTAT-ATAT-At
gi|8 : taccattcacaactaacagtacaGGGTTCTCCATCCTCA--AGTGGTCTAG-GTGACTGTTGTCTAATG-ACCACTGACCAT-TCACTAATGAGGTTGTGGGTTC-----------AATCC
blockSeqs : . T AC CA C A C ATGAGGTCATG ATTG T AAACTA TT AAG TGA T GGTTC C AAA ACGGTAAT T TC C T ATTAA A A AG G . C TTT TT AG
blockSeqs : . T A CC T . . A A C AACTA TT GAA TGG G . T ATG ACAATGGT . C . . . . . GA . . . A . .
blockSeqs : . T G GA T . . G G C AATT AT GAG TGC G . A AAA TGGTGGT . C . . . . . GA . . . A . .
blockSeqs : . T A AC T . . G G C AATC GT GAT TGC G . T AGA ACGGTGT . C . . . . . GA . . . C . .
blockSeqs : . T T GT A . . G A C CCA TA A TC T . A AG ATGGT . C . . . . . GA . . . A . .
blockSeqs : . T T AC C . . A A T ACA AT . A A . C AC GCCGT . C . . . . . GA . . . A . .
blockSeqs : T A AT C . . A ACA AG . . . . . . . . TA . . . A . .
blockSeqs : . G TG C . . . . . . . . . . GA . . . C . .
blockSeqs : T . . . . . . TA . . . A . .
blockSeqs : . . . . . . G . . . C . .
blockSeqs : . . . . G . . . C .
blockSeqs : . . . . C . .
blockSeqs : . . . G . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqs : . .
blockSeqCons : ** A**** AACCA* NT
originalCons : NGGATCCTCCGTGGTCG--AGTGGTCTAA-GNCGCTGTCGTCTAACG-ACCACTTACCTC-TCACCGCTGAGGTCGTGGGTTC----------GAGTCCA-A---CTCGGTCCAAAA-CTATTNTATGTGAAAAAGTTTGCCANT-----TACTTGCGGAAAGG--AC---GG---T--TCT-A-CTCAG-ATTCATTC-TGAG-----GTCTTCCTCCACCAA-TAAAAC-TGGATATGCCAT-ATAT-AA-C--NTGTAATGTGTTG--AAA--ATGGCGTTAAACCCCATT
finalCons : NGGATCCTCCGTGGTCG--AGTGGTCTAA-GNCGCTGTCGTCTAACG-ACCACTTACCTC-TCACCGCTGAGGTCGTGGGTTC----------GAGTCCAA----CTCGGTCCAAAACCA-TTNTATGTGAAAAAGTTTGCCANT-----TACTTGCGGAAAGG--AC---GG---T--TCT-A-CTCAG-ATTCATTC-TGAG-----GTCTTCCTCCACCAA-TAAAAC-TGGATATGCCAT-ATAT-AA-C--NTGTAATGTGTTG--AAA--ATGGCGTTAAACCCCATT
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): TATACATGTATTCTTATTTGCCTCAGGGTTCTTCATTGGCTATGCAGTATAAAGCTATGCATCTAATGGTCCCTTACTTCTCCCCTCTGAGATCATGGATTCAAACCCAGC
Unaligned ( gi|11 ): AGTGCTAATATGTGCTATTGTTTAATTACTACTTTCTATCTGTCACTGCTGAAGTCATGGGTCTGAGCCCGACTCGTGCCAGAAGGTTTAAGTGAAA
Unaligned ( gi|23 ): TTAACTGTCACTGTTGAAGTTATGGGTATGAGCCTAGCTCTGCCA
Alignments
lowQualScore : 22222222222 11111 22222 11111 222222222222222
lowQualScore : 77 1 44 44 0 7 3 0 4 00000000000 11111 1 0 22222 1 5 0 333 333 1 44444 1 555 000000000000000 0 4 77 4 3 77777 2 2 88 2 2 3 555 44 55 0
lowQualScore : .. . .. .. . . . . . ........... ..... . . ..... . . . ... ... . ..... . ... ............... . . .. . . ..... . . .. . . . ... .. .. .
lowQualScore : 99 9 66 77 9 2 6 3 0 33333333333 00000 7 4 22222 0 7 7 666 111 0 33333 7 111 000000000000000 9 4 33 4 1 11111 4 4 66 7 7 3 666 66 00 1
consensus : NGGATCCTCCGTGGTCG--AGTGGTCTAA-GNCGCTGTCGTCTAACG-ACCACTTACCTC-TCACCGCTGAGGTCGTGGGTTC----------GAGTCCA-A---CTCGGTCCAAAA-CCATTNTA-TGTGAAAAAGTTTGCCANT-----TACTTGCGGAAAGG--AC---GG---T--TCT-A-CTCAG-ATTCATTC-TGAG-----GTCTTCCTCCACCAA-TAAAAC-TGGATATGCCAT-ATAT-AA-C--NTGTAATGTGTTG--AAA--ATGGCGTTAAACCCCATT
Reference ( family-4162 ) : NGGATCCTCCGTGGTCG--AGTGGTCTAA-GNCGCTGTCGTCTAACG-ACCACTTACCTC-TCACCGCTGAGGTCGTGGGTTC----------GAGTCCA-A---CTCGGTCCAAAA-CCATTNTA-TGTGAAAAAGTTTGCCANT-----TACTTGCGGAAAGG--AC---GG---T--TCT-A-CTCAG-ATTCATTC-TGAG-----GTCTTCCTCCACCAA-TAAAAC-TGGATATGCCAT-ATAT-AA-C--NTGTAATGTGTTG--AAA--ATGGCGTTAAACCCCATT
gi|1 : GTCGTCATTGG-CTAA-GGTGCAGT-GTC-AA-G-ATCATTCACCTC-GCACCACTAAGGTTGTAGGTTC----------GAGCCCAGA---CT-AGTCCAAAA---ATCTTAATGTGAAAAAGTTAGCAATT-----TATTTTCTGAAAG---AC---AG---TCCTCT-C-TTCAG-ATTCATTC-TGAG-----GTCTTCTTCTACCAA-TAAAAC-TTAATG----AT-ACATAAA-T--CTGTAATGTGTTA--AAA--ATATTGTTAAA
gi|10 : atcgtgtacagttttttttatcaagagcaactttcaaagttgacttttcttatcctaaattgatacacaatcaagaaaacggtatctctgttttctcacatatagtttgataattaatcaataaaaggaataattatcttgtggatatacaaagagaatccacaaG--AATGGTCCAA-GCAGCTGTCGTCAAACA-ACTGCATATCTC-TAACCATTGAGGTTGTGAGGTC----------AAGTCTA-A---CTTGGTGCAAAA-CTAtattgaaaaaaa
gi|12 : ttaagattttcaataacaatagga--TTT-A-CTCAG-ATTGAACCTTGGG-----GT-TTTTTTCACCAA-TATATT-TGG--ATGCCAC-ACAT-TA-C--ATGTGCTGTGTTGTTGAA--ATG
gi|13 : GGGTTCTTCGTGGTCA--CGTGGTCTCG-GCCGCTGTCGTCTAATGAACCA-GGACCTT-TCATTACTAAGGTC-TGG
gi|14 : TCCTCCACCAA-TAAAA----AGTA----A--ATAT-AA-CTTTTTTAAAATATTG--AAA--ATGAATTTAAACCCCATTtg
gi|15 : CCTCCTTCACCAA-TGTAAC-TGG-T-TTCCAG-AT-T-AACC--ATGTTATGTGTT---AAA--ATGGTTTTAAACACCaaaaaa
gi|16 : AAAGG--AT---GG---T--CTT-A--TCAT-ATTCATTT-GGAGATTAAGTCT-CATCCAC----TAAAAT-TGGATATGCCAT-Att
gi|17 : CTTCCCCAATCAAATCAAAT-TGC---TGTCAT-AGTT-CA-C--CTGTAATGTGTTT--AAA--ATGGCACTGGACCCaa
gi|18 : -TGGG-----GTCTAACTCCACCAT-TAGCAC-TGG--ATGCCAC-ATAT-AG-C--ATTTGAAATGCTG--
gi|19 : TGATC-AA-GGAGCTGTCATCTAATG-ACCTCTTACCTT-TCACCACTAAGGTCATGGGt
gi|2 : TGG-CTAT-GACGCC--CGCTCAA-G-ATCACTTACCTCCTCACCGTTAAGGTCGTAGGTTC----------GAGTCCC-G---CTCGCACCAA---CCACTTTA-TGT--------TT-CCATA-----TACTTGCGAATGGGTGGT---GG---T--TCA-A-CTCAG-ATTCATGC-TGAT-----GCCTTAATTTACCAA-TAAAAC-TGGATGTGCCAT-ATGT-AA-C--ATGAAATGCGTTG--AAAAGATGGCGTTAAACCCCATT
gi|20 : tattttgcgcattttttgtcatattaaaaataaaacgtattttattgtagattttttttatcgattatggtataaaaaatccaagagactattactatatattacacgatctcatattttcaaaaatgatcgataaaatatttaattgtcagaaagtaccatcGATCCTCCATGGCTG--AGTGGTTTAT-GGTGCTGTTATCTAATG-ACCACTTAcataaaa
gi|21 : GTCTAAAT-ACTATTCACCTC-TCACCAATGAGGTCATGAGTAT----------GAG
gi|22 : TC-TGAG-----GTCTTCCTCCACCAA-TAAAAC-TGGATATGCCGT-ATAT-A
gi|24 : gGAG-----GTCTTCCTCCACCAA-TAAAAC-TGGATATGCCAT-ATAT-
gi|25 : TGT-GA-C--ATGTAATGTGTTG--AAA--ATGACGTTAAA
gi|26 : TC-TGAG-----GTCTTCCTCTACCAA-TAAAAC-Tttcatt
gi|27 : C-TGAG-----GTCTGCCTCCACTAA-TAAAAC-TGGATGTtaattac
gi|3 : GGATCCTACACGGTCG--ACTGATTTAACGAC-CTGTCGTCTCACG-ACCTCTGACCTC-TCATCGCTGAGGTCGTGGATTC----------GAGCCCA-G---CTCGA---------CATTTTA-TGTAAGAAAGTGTGACAGT-----TACTTGTGG-AGGG--AC---GGTAAT--TCT-A-CTCAG-TTTCATTC-TGAG-----G-CTTCCTCTATCAA-TATTAG-TTTACATGCCATGATAT-AA-C--CTGTAATGTGTTG--AAA--ATGGCGCTAAACTC
gi|4 : acacattagtgttcttcttatgtcaGGATCCTCCGTGACAA--AGTGTTCTAA-GATGCTGTTGTTTAACG-ATTACTTACTTC-TCACTGCTAATGTTGTAGGTTC----------AAGTCCC-A---CTCGGTCCAAAAACTATTATA-TGTGAAAAAGTTTGGCAGT-----TACTTGAAAAAAGG--GC---CG---T--TTT-A-CTCAG-ATTCATTC-TGAG-----GTCTTCCTCCACCAA-TAAAAC-TGGATATGCCAT-ATAT-AA-C--ATGAAATGTGTTG--AAA--ATGGTTTTAAACCCCATT
gi|5 : gGTCTAACG-ACTACTTGCCTC-TCACCGCTGAGGTCATGAGGTCATGAGGTCATGAGGTCA-ATTGCCCTGTCCATA----ATTTTG-TTCTTAAAAGTTTGCCAGT-----TTTTTATGG-ACGG--ACAATGG---T--TGT-A--TCAG-ATTCATTC-TAAA-----GTCTCTCTCAACCAA-TAAAAC--------ACCAT-TTAT-AA-T--CTGTTATGTTTTG--TAA--ACG
gi|6 : tTCCAGAA-TCTTTA-A-T-TGAGAAAATGTGCCATT-----TACTTGAGGAG-GG--AC---GG---TGTTCTTA-CTCAT-TTTTATTC-TGAA-----GTCTTCATCCACTTA-TAAAAC-TATATATGTCAT-ATAT-AA-C--CTACAATTTGTTG--AAA--ATGGTGGTAAACCCC
gi|7 : acTCC----------AATTCCA-A---CATGGTCCAAA---CATAATA-TGTGATAAAGTT--ACAATGGTTCTACT-ACCCAGAGG-----------------T-ATCTCAGCATGCAG-C-TGAG-----GTCTACCTTTATCAA-CAAAACATG---ATTCTAT-ATAT-At
gi|8 : taccattcacaactaacagtacaGGGTTCTCCATCCTCA--AGTGGTCTAG-GTGACTGTTGTCTAATG-ACCACTGACCAT-TCACTAATGAGGTTGTGGGTTC-----------AATCC
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): TATACATGTATTCTTATTTGCCTCAGGGTTCTTCATTGGCTATGCAGTATAAAGCTATGCATCTAATGGTCCCTTACTTCTCCCCTCTGAGATCATGGATTCAAACCCAGC
Unaligned ( gi|11 ): AGTGCTAATATGTGCTATTGTTTAATTACTACTTTCTATCTGTCACTGCTGAAGTCATGGGTCTGAGCCCGACTCGTGCCAGAAGGTTTAAGTGAAA
Unaligned ( gi|23 ): TTAACTGTCACTGTTGAAGTTATGGGTATGAGCCTAGCTCTGCCA