lowQualScore : 1 2 11 1 11 1111111111 5555555555555555555555555555555555555555555555555555 1 11 1 1 222
lowQualScore : 1 5555 6 6 9 6 888 2 6666 333 2 77777 2 6 7 3 3 88 0 2 1 555 33 3 3333333333 8888888888888888888888888888888888888888888888888888 44 2 555 6 8 555 0 5 00 3 6 7 999
lowQualScore : . .... . . . . ... . .... ... . ..... . . . . . .. . . . ... .. . .......... .................................................... .. . ... . . ... . . .. . . . ...
lowQualScore : 5 7777 0 6 4 0 777 9 1111 111 9 77777 5 2 7 1 7 44 5 5 3 444 44 1 5555555555 8888888888888888888888888888888888888888888888888888 22 9 000 0 6 000 8 7 99 1 2 9 999
consensus : TGTAAAATGTAGAACGTGGTGGAACTTTACTTCTCTTGTGGTTACACAAGGACACACAACAATAGTCAT----CCGACGGCATTTTAATTGAACTGAAATAAAATTCATATAACAATAAACTTAAGTCACTAATAAATAGTTGATGAGTAAAA-AAATAAAATAAAA-A----AA-A-TATTATGAAACATGTACAGTATAATTA-CACGGGAATGTTCGTTTCTGTGTTGAAACTAGGCTACTACAACTGGTACAAAACA-----GCCTCAGAGAC-GGAGTTTT-AAACTTCTAACTCGTCTTTATATATCTATAATAAATTATGTTCTTGAAACAA---ATTAATTAATTTCTTCTGCAAGAAT-AACTTT----------TCTTAATAATTTACACTTATN----------------------TAC------------C--A----------CACAC--ACACCA-TTTTACA---TTATGCTAACACCACCCACTTACAACAGTAATAAAAGTCACAATAAAAAGGTAATCATGGTCAACAACCGCATCATTTC-TT---ANGTTCATCATTGATA-CTAGCATACTCTCTAAAATTAAACTTTATTAAACTGCTTTAATAAATATTTGTGTTGTTAATGTATGAAAATTCAATTTACTT-ACGTGAAATCTACATTGTTTCAGCAGCGAC
Reference ( gi|9 ) : TGTAAAATGTAGAACGTGGTGGAACTTTACTTCTCTTGTGGTTTCACAAGGACACACAACAATAGTCAT----CCGACGGCATTTTAATCGGACTGAAATAAAATTCATATAACAATAATCTTAAGTCACTAATAAATAGTTGATGGGTAAAA-AGATAAAATAAAA-A----AA-A-TATTATGAAACATGTACAGTATAATTA-CACGGGAATGTTCGTTTCTGTGTTGAAACTAGGTTACTACAACTGGTACAAAACA-----GTCTCAGAGAC-GG-GTTTT-AAACTTCTAACTCATCTTTATATAATTATAATGAATTATTTTCTTGAAACAA---ATTAAGTAATTTCTTCTGCAAGAAT-AACTTT----------TCTTAATAATTTACACTTATA----------------------TAC------------C--A----------CACAC--ACACCA-TTTTACA---TTACGCTAACACCACCCACTTACAACAGTAATAAAAGTCACAATAAAAAGGTAATCATGGTCAACAACCGCATCATTTC-TT---ATGTTCATCATTGATA-CTAGCATACTCTCCCAAATTAAACTTTATTAAACTGCTTTTATAAATATATGTGTTGTTAATGTATGAAAATTCAGTTTACTT-A-GTGAAATCTACATTGTTTCAGCAGCGAC
gi|6 : TGTAAAATGTAGAACGTGGTGGAACTTTACTTCTC----------------ACACACATCAATAGTCAT----CCGACGGCATTTTAATTGAACTGAAATAAAATTCATATAACAATAATCTTAAGTCACTAATAAATAGTTGATGAGTAAAA-AAATAAAATAAAA-T----AA-A-TATTATGAAACAGGTACAGTACAATTA-CACGGGAATGTTCGTTTCTGTGTTGAAACTAGATTACTACAACTGGTACAAAACA-----GTCTCAGAGAC-GGAGTTTT-AAATTTCTAACGCGTCTTTATATATCTATAATGAATTATGTTCTTGAAACAAATTATTAAGTAATTTCTTCTGCAAGAATAAATTTT----------TCTTAATAATTTACACTTATA----------------------TACCACA--------C--A----------CACAC--ACACCA-TTTTACA---TTATGCTAATACCACCCACTTACAACAGTAATAAAAGTCACAATAAAAAGGTAATCATGATCAACAACCGCATCATTTC-TT---ATGTTCATCATTGATA-CTAGCATACTCTCTCAAATTAAACTTTATTAAACTGCTTTTATAAATATTTGTGTTGTTAATGTATGAAAATTCAATTTACTT-ACGTGAAATCTACATTGTTTCAGCAGCGAC
gi|2 : TGTAAAATGTAGAACGTGGTGGAACTTTACTTCACTTGCGGTTACACTAGGACACACAACAATAGTCAT----CCGGCGGTATTTTAATTGAACTGAAATAAAATTCATATAACAATAAACTTAAGTCACTAATAAATAGTTGATGAGTAAAA-AAATAAAATTAAA-A----AATA-TATTGTGAAACATGTACAGTTTAATTA-CACGGGAACGTTCGTTTCTGTGTTGAAACTAGGCTACTACAACTGGTACAAAACACTGCGGCCTCAGAGAC-GG-ATTTTTAAACTTCTAACTCATCTTTATATATCTATAATAAATTATGTTCTTAAAACAA---ATTAATTAATTTCTTCTGCAAGAAT-AACTTT----------TCTTAATAATTTACACTTATA----------------------TAC------------C--A----------CACAC--ACACCA-TTTTACAACATTATGCTAACACCATCCACTTACAACAGTAATAAAAGTCAAAATAAAAAGGTAATCATGGTCAACAACCGCATCATTTC-TT---AAGTTCATCATTGATA-CTAGCATACTCTCTAAAATTAAACTTTATTAAACTGCTTTAATAAATATTTGTGTTGTTAATGTATGAAAATTCAATATTCTT-ACGTGAAATCTACATTGTTTCAGCAGCGACcgcagtgaaacaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaagaggtcaa
gi|10 : TGTAAAATGTAGAACGTGGTGGAACTTTACTTCTCTTGTGGTTTCACAAGGACACGCAACAATAGTCAC----CCGACGGCATTTTAATTGAACTGAAATAAAATTCATATAACAATAATCTTAAGTCACTAATAAATAGTTGATGAGTAAAA-AAATAAAATAAAA-A----AA-A-TATTATGAAACATGTACAGTACAATAA-CACGGAAATGTTCGTTTCTGTGTTGAAACTAAATTACTACAACTGGTACAACACA-----GTCTCAGAGAC-GGAGTTTT-AAATTTCTTACTCGTCTTTATATATCTATAATGAATTATGTTCTTGAAACAA---ATTAAGTAATTTCTTTTGC------------------------------AATTCACAC--ACA-------------------------------------C--A----------CACAC--ACACCA-TTTTACA---TTATGCTAACACCACCCACTTACAACAGTAATAAAAGTCACAATAAAAAGGTAATCATGATCAACAACCGCATCATTTC-TT---ATGTTCATCATTGATA-CTAGCATACTCTCTCAAATTAAACTTTATTAAACTGTTTTAATAAATATTTGTGTTGTAAATGTATGAATATTCAATTTAATT-ACGTGAAATCTACATTGTTTCAGCAGCGACcgcggtaaaacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaggtcaata
gi|1 : TGTAAAATGTAGAACGTGGTGGAACTTTACTTCTCTTGTGGTTACACAAGGACACACAACAATAGTCAT----CCGACGGCATTTTAATTGAACTGAAATAAATTTCATTTAACAATAAACTTAAGTCACTAATAAATAGTTGATGAGTACAA-AAATAAAATAAAA-ATGAAAA-A-TATCATGAAACATGTACAGTATAATTA-CACGTGAATGTTCTTTTCTGTGTTGAAACTAGGCTACTACAACTGATACAAAATA-----GCCTCAGAGAC-GGAGTTTT-AAACTTCTAATTCGTCTATATATATCTATAATAAATTATGTTCTTGAAACAA---ATTAATTAATTTCTTCTGCAAGAAT-AACTTTATAAGTCTCTTCTTAATACTTTACACTTATT----------------------TAC------------T--AGACACATATACACAC--ACACCA-TTTTACA---TTATGCTAACACTACCCACTTACAACAGTAATAAAAGTCACAATAAAAAGGTAATCATGGTCAACAACCGCATCATTTC-TT---ATGTTCATCATTGATA-CTAGCATACTCTCTAAAATTAAATTTTATTAAAGTGCTTTAATAAATATTTGTGTTGTTAATGTATGACAATTCATCTTATTT-ACGTGAAATCTACATTGTTTCAGCAGCGACc
gi|3 : TGTAAAATGTAGAACATGGTGTAACTTTACTTCTCTTGTGGTTACGAAAGGACACACAACAA--GTCAT----CCGGCGGCATTTTAATTGAACTGAAAAAAAA---ACA-AACAATAAACTTAAGTCACTAATAAATATTTGATGAGTAAAA-AAATAAAATAAAA-----------TATTATGAAACATGTACAGTATAATTA-CACGGGAATGTTCGTTTCTGTGTTCAAACCAGGCTACTACAACTGGTACAAAACG-----GCCTCAGAGAC-GGAGTTTT-AAACTTCCAACTCGTCTTTATATATCTATAATAAATTATGTTCTTGAAACAA---ATTAATTAATTTCTTCTGCAAGAAT-AACTTT----------TCTTAATAGTTTACACTTATA----------------------TACCACACTCTCACAC--A----------CACAC--ACACCA-TTTTACA---TTATGCTATCACCACCCACTTACAACAGTAATAAAAGTCACAATAAAAAGGTAATCATGGTCAACAACCGCATCATTTC-TTAAGAAGTTCATCATTGATA-CTAGCATACTCTCTAAAATTAAACTTTATTAAACTGCTTTGATAAACATTTGTGTTGTTAATGTATGAAAATTCAATTTACTT-ACGTGAAATCTGCATTGTTTCAGCAGCGACtgcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaggtcaat
gi|7 : TGTAAAATGTAGAACGTGGTGGAACTTTACTTCACTTGTGGTTACACAAGGACACACAACAATAGTCAC----CCGACGACATTTTAATTGTACTGAAATAAAATTCATATAACAATAAATTTAAATCACTAATAAATAGTTGACGAGTAAAA-AAATTAAACAAGA-A----AA-T-TATTATGAAACATATACAGTATAATTA-CACGGGAATGTTCGTTTCTGTGTTGAAACTAGGCTACTACAACTGGTACAAAATA-----GCCTCAGAGACAGA-GTTTT-AAACTTCTAACTCGTC--TATAT--CTACAATTAATTATGTTCTTGAAACAA---ATTACTTAATAACTTCTGCAAGAAT-AACTTT----------TCTTAATAATTTACACTTACG----------------------TAC------------CAGA----------CACAC--ACACCA-TTTTACA---TTATGCTAAC--------------ACAGTGATAAAAGTCACAATAAAAATGTAATCACGGTCAACAACCGCATCATTTC-TC---AAGTTCATCATTGATA-CTAGCATACTCTCTAAAATTAAACTTTATTAAACTGCTTTAATAAATATTTGTGTTGTTAATGTATGAAAATTCAATTTACTT-ACGTGAAATCTACATTGTTTCAGCAGCGACcgcggcgaaactannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagaggtcaatt
gi|8 : TGTAAACTGTAGAACGTGATGGAACTTTACTTCTCTTGTGGTAACACAAGGACACACAACAATAGTCAC----CCGACAGCATTTTAATTGAACTGAAATAAAATTCATATAACAATAAACTTAAGTCACTAATAATAAATTAATGACTATAA-AAATAAAATAAAA-A----AA-G-TATTATGAAACATATACAGTATAATTA-CACGGGAATGTTTGTTTCTGCGTTGAAACTAAGCTACTACAACTGGTACAAAACA-----GCCTTAGAGACAGA-GTTTT-AAACTTCTAACTCGTCTTTAT----TT----TGAATC---------AAATAA---ATTAA-----TTCTTCTCCAAGAAT-AA-TTT----------TCTTAATAATTTACACTTATT----------------------TAC------------CAGA----------CACAC--ACACCA-TTTTACA---TTATGCTAAAACCGCCCACTTACAACAGTAATGAAAGTCACAATAAAAAGGTAATCATGGTCAACAACCGCATCATTTC-TT---AAGTTCATCATTGATA-CTAGCATACTCTCTAAAATTAAACTTTATTAAACTGCTTTAATAAATATTTGTGTTGTTAATGTATGAGAATTCAGTTTACTT-ACGTGAAATCTACATTGTTTCAGCAGCGACcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaggtca
gi|13 : TGTAAAATGTAGAACGTGGTGGAACTTTACTTCTTTTGTGGTTGCACAAGGACACATAACAATAGTCACTCACCCGACGGCATTTAAATTGAACTGGAATAAAATTCATATAACAATAAACTTAAATCACTAATAAATAGTTGATGAGTAAAA-AAATAAAATAAAA-A----AA-AATATTTTGAAATATATACAGTATAATTA-CATTGGAATGTTTGTTTCTGTGTTGAAACTAAGCTACTATAACTGGTACAAAATA-----GCCTCAGAGAC-GGAGTTTT-AAACTTCTAACTCGTATTTATATATCTTTAATAAATTATGTTCTTGAAACAA---ATTAATTCATTTCTTCTGCAAGAAT-AACTTT----------TCTTAATAATTTACACTTATT----------------------TAC------------C--A----------AACAC--ACACCA-TTTTACA---TTATGCTAACACCGCCCAcgcggtgaaacaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggatttagaagaggtcaatta
gi|12 : TGTAAAATGTAGAACGTGGTGGAACTTTACTTCTCTTGTGGTTTCACAAGGACACACAACAATAGTCAT----CCGACGGCATTTTAATTGAACTGAAA-AAA-----------AATAATCTTAAGTCACTAATAAATAGTTGATGAGT----------------AA-A----AA-A-TTTTATGAAAAATGTACAGTATAATTA-CACGGCAATGTCCGTTTCTGTGTTGAAACTACGTTACTACAACTGGTACAAAATA-----GTCTCAGAGAC-GGAGTTTT-AAACTTCTAACTCGTCTTTATATATCTATAATGAATAATGTTCTTGAA---------TA------------TGCAAGAAT-AACTTT----------TCTTAATAATTTACACTTATAAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------------N--N----------NNNNN--NNNNCA-TTTTACA---TTATGCTTACACCACTTACTTACAACAGTAATTAAAGTCATAATAAAAAGGTAATCATGGTCAACAA
gi|14 : TGTAAAATGTAGAACGTGGTGGAACTT-ACTTCTCTTGTGGTTACACAAGGACACAGAACAATAGTCAT----CCGAAGGCATTTTAATTGAACTAAAATAAAATTCACATAACAATAAACTTAAGTCACTAATAAATCGTTGATGAG---------TAAAATTAAA-A----AA-A-TATTTAGAAACATGTACAGTATAATTA-CACGGAAATGTTTGTTTCTGTGTTGAAACTAGGTTACTACAACTGGTACAAAACA-----GCCTCAGAGAC-GGAGTTTT-AAACTTCTAACTCGTCTTTATATATCTATAATAAATT--------------A---AT----TAATTTCTTCTGCAAGAAT-AACTTT----------GCTTAATAATTTACACTT
gi|20 : TGTAAAATGTAGAACATGGTGGACCTTTACTTGTCTTGTTGTTACACAAGGGCACACAACAATAGTCAT----CCGGCAGCATTTTAATTGAAATGAAATCAAATTCATGTAA
gi|4 : GTAAAATGTAGAACGTGGTGGAACTTTACTTTTCCTGTCATTACACAAGAACACACAACAATAGTCAT----CCGACGGCATTTCAATTGAACTGAAATAAAATTCATATAACAATAATCTTAAGTCACTAATAAATAGTTGATGAGTAAAACAAATA----AAAA-A----AA-A-TATTATGAAACATGTACAGTATAATTA-CACGGGAATGTTCGTTTCGGTGTTGAAACTAGGTTACTATAACTGGTACAAAACA-----GCCTCAGAGAC-GGAGTTTT-AAACTTCTAACTCGTCTTTATATATCTATAATAAATTATTTTCTTGAAACAA---ATTAATTAATTTCTTCTGCAAGAAT-AACTTT----------TCTTAATAATTTACACTTATT----------------------TAC------------C--A----------GACACGTACACCA-TTTTACA---TTATGCTAACACCACCCACTTACAACACTAATAAAAGTAACAATAAAAACGTAATCATGGTCAACAACAGCATCATTTCATT---A-GTTCATCATTGATAGTTAGCATACTCTCTAACAGTAAACTTTATTAAACTGCTTTAATAAATATTTGTGTTGTTAATGTATGAAAATTCAATTTACTT-ATGTAAAATCTACATTGTTTCTGCAGCGAC
gi|5 : GTAAAATGTAGAACGTGGTGGAACTTTACTTCTCTTGTGGTTACACAAGGACACACAACAATGGTCAC----CCGACGGCATTTTAATTGAACTGAAATAAAATTCATATAAAAATAAACTTAAGTCACTAATAAATCGTTGATGAGTAAAA-AA--AAAATAAAA-A----A-----ATTATGAAACATGTACAGTATAATTA-CACGGGTATGTTCGTTTCGGTTTTGAAACTAGGTTACTACAACTGGTACAAAACA-----GCCTCAGAGAC-GGAGTTTT-AAACTTCTAACTCGTCTTTATATATCTATAATAAATTATGATCTTGAAACAA---ATAAATTAATTTCTTCTGCAAGAAT-AACTTT----------TCTTAATAATTTACACTTATT----------------------TAC------------CAGA----------CACAC--ATACCATTTTTACA---TTATGCTAACACCACCCACTTACAACAGTAATAAGA--CACAATAAAAAGGTAATCATGGTGAACAACAGCATCATTTCATT---A-GTTCAACATTGATAGTTAGCATATTCTCTAAAATCAAACTTTATTAAACTGCTTTAATAAATATTTGTGTTGTTCATGTATGAAAATTCAATTTACTTAA-GTGAAATATACATAGTTTCAGTATCGACcgcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaggtcaat
gi|11 : GTAAAATGTAGAACGTGAGGGAACTTTACTTCTTTTGTGGTTACACAAGGACAAACAACAATAGTCAT----CCGACGGCATTTTAATTGAACTGAAATAAGATTCATATAACAATAAACTTAAGTCACTAATAAATAGTTGATGAGCAAAA-AAAT-------AA-A----AA-A-TAATATGAAACATGTACAGTATAATTA-CACGGGGTTGTTCGTTTCTGTGTTGAAACTAGGTTACTACAACTGGTACAAAACA-----GCCTAAGAAAC-GG-AGTTT-ATGTTTTTGAAACA---------AATT------AATTATTTTTT-------------------------TCTGCAAGAAT-AACTTT----------TCTTAATAATTAAAACTTATT----------------------TAC------------CAGA----------CACAC--ACAACA-TTTTACA---TTATGCCAGCGCTACCCACTTACAACAGTAATAAAAGTCACAATAAAAGGGTAATCATGGTCAACAAACATATCATTTCATT---A-GTTCATCGTTGATA-CTAGCATACTTTCTAAAATTAAACTTTATTAAACTGCTTTAGTAAATATTTGTGTTGTTAATGTTTGAAAATTCAATTTACTT-ACGTGAAATCTACATTGTTTCAGCcgcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaggtca
gi|19 : GTAGAACGTGGTGGAACTTTACTTCTCTTGTGGTTTCACAAGGACGCACAACAATAGTCAT----CCGACGGCATTTTAACTGAACTGAAATAAAATTCATATAACAA------TAAGTCACTTATAAATAGTTGATGAGTAAAA-----AAAATAAAATA----AA-A-TATTATGAAACATGTACAGTATAATTATCAATGACAT-TTC-TTTCTGTGT
gi|15 : AC--ACACCA-TTTTACA---TTATGCTAACACCGCCCACTTACAACAGTAATAAG-GTCACAATAAAAAGGTAATCATGGTCAACAACCACATCATTTC-TC---AAGTTCATCATTGATA-CTAGCATACTCTCTAAAATCAAACTTTATTAAACTGCTTTAATAAATATTTATGTTGTTAATGTATGAAAATTCAATTTACTT-ACGTGAAATCTACATTGTTTCAGCAGCGAC
gi|16 : A-TTTTACA---TTATGCTAACACCACCCACTTACAACAGTAATAAAAGTCACAATAAAAAGGTAATCATGGTCAACAACCGCATCATTTC-TT---ATGTTCATCATTGATA-CTAGCATACTCTCCCAAACTAAACTTTATTAAACTGCTTTTATAAATATGTGTGTTGTTAATGTATGAAAATTCA----AC-----GTGAAATCTACATTGTTTTAGCAGCGACcgcagtgaaataaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaggtcag
gi|17 : GCTAACACCACCCACTTACAACAGTAATAAAAGTCACAATAAAAAGGTAATCATGGTCAACAACCGCATCATTTC-TT---ATGTTCATCATTGATA-CTAGCATACTCTCTCAAATTAAACTTTATTAAACTTCTTAAATAAATATTTGTGTTGTTAATGTATGAAAATTCAATTTACTTAA-GTGAAATCTACATTGTTTCAGCAGCGACcgcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaggtcaattg
gi|18 : ACCACCCACTTACAACAGTAATAAAAGTCACAATAAAAAGGTAATCATGGTCAACAACCGCATCATTTC-TT---ATGTTCATCATTGATA-CTAGCATACTCTCTCAAATTAAACTTAATTAAACTGCTTTAATAAATATTTGTGTTGTTAATGTATGAAAATTCAATTTATTTAA-GTGAAATCTACATTGTTTCAGCAGCGACcgcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaagaggtcaa
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): ATCAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGGATTTAGAAGAGGTCAATACAC
Alignments
lowQualScore : 1111111111 44444444444444444444444444444444444444444
lowQualScore : 5555 1 2 0 777777 2 2 77777 2 4 33 555 2 0 2222222222 99999999999999999999999999999999999999999 44 33 2 444 8 444 8 5 0
lowQualScore : .... . . . ...... . . ..... . . .. ... . . .......... ......................................... .. .. . ... . ... . . .
lowQualScore : 3333 3 7 8 000000 7 7 11111 9 2 99 000 9 1 5555555555 22222222222222222222222222222222222222222 22 99 7 777 0 777 8 3 6
consensus : TGTAAAATGTAGAACGTGGTGGAACTTTACTTCTCTTGTGGTTACACAAGGACACACAACAATAGTCAT----CCGACGGCATTTTAATTGAACTGAAATAAAATTCATATAACAATAAACTTAAGTCACTAATAAATAGTTGATGAGTAAAA-AAATAAAATAAAA-A----AA-ATATTATGAAACATGTACAGTATAATTA-CACGGGAATGTTCGTTTCTGTGTTGAAACTAGGCTACTACAACTGGTACAAAACA-----GCCTCAGAGACGGAGTTTTAAACTTCTAACTCGTCTTT-ATATATCTATAATAAATTATGTTCT--TGAAACAA---ATTAATTAATTTCTTCTGCAAGAAT-AACTT----------TTCTTAATAATTTACACTTAT----------------------NTAC------------C--A--CACAC--ACACCA-TTTTACA---TTATGCTAACACCACCCACTTACAACAGTAATAAAAGTCACAATAAAAAGGTAATCATGGTCAACAACCGCATCATTTC-TT---ATGTTCATCATTGATA-CTAGCATACTCTCTAAAATTAAACTTTATTAAACTGCTTTAATAAATATTTGTGTTGTTAATGTATGAAAATTCAATTTACTTACGTGAAATCTACATTGTTTCAGCAGCGAC
Reference ( family-412 ) : TGTAAAATGTAGAACGTGGTGGAACTTTACTTCTCTTGTGGTTACACAAGGACACACAACAATAGTCAT----CCGACGGCATTTTAATTGAACTGAAATAAAATTCATATAACAATAAACTTAAGTCACTAATAAATAGTTGATGAGTAAAA-AAATAAAATAAAA-A----AA-ATATTATGAAACATGTACAGTATAATTA-CACGGGAATGTTCGTTTCTGTGTTGAAACTAGGCTACTACAACTGGTACAAAACA-----GCCTCAGAGACGGAGTTTTAAACTTCTAACTCGTCTTT-ATATATCTATAATAAATTATGTTCT--TGAAACAA---ATTAATTAATTTCTTCTGCAAGAAT-AACTT----------TTCTTAATAATTTACACTTAT----------------------NTAC------------C--A--CACAC--ACACCA-TTTTACA---TTATGCTAACACCACCCACTTACAACAGTAATAAAAGTCACAATAAAAAGGTAATCATGGTCAACAACCGCATCATTTC-TT---ANGTTCATCATTGATA-CTAGCATACTCTCTAAAATTAAACTTTATTAAACTGCTTTAATAAATATTTGTGTTGTTAATGTATGAAAATTCAATTTACTTACGTGAAATCTACATTGTTTCAGCAGCGAC
gi|1 : TGTAAAATGTAGAACGTGGTGGAACTTTACTTCTCTTGTGGTTACACAAGGACACACAACAATAGTCAT----CCGACGGCATTTTAATTGAACTGAAATAAATTTCATTTAACAATAAACTTAAGTCACTAATAAATAGTTGATGAGTACAA-AAATAAAATAAAA-ATGAAAA-ATATCATGAAACATGTACAGTATAATTA-CACGTGAATGTTCTTTTCTGTGTTGAAACTAGGCTACTACAACTGATACAAAATA-----GCCTCAGAGACGGAGTTTTAAACTTCTAATTCGTCTAT-ATATATCTATAATAAATTATGTTCT--TGAAACAA---ATTAATTAATTTCTTCTGCAAGAAT-AACTTTATAAGTCTCTTCTTAATACTTTACACTTAT----------------------TTACTAGACACATA--T--A--CACAC--ACACCA-TTTTACA---TTATGCTAACACTACCCACTTACAACAGTAATAAAAGTCACAATAAAAAGGTAATCATGGTCAACAACCGCATCATTTC-TT---ATGTTCATCATTGATA-CTAGCATACTCTCTAAAATTAAATTTTATTAAAGTGCTTTAATAAATATTTGTGTTGTTAATGTATGACAATTCATCTTATTTACGTGAAATCTACATTGTTTCAGCAGCGAC
gi|10 : TGTAAAATGTAGAACGTGGTGGAACTTTACTTCTCTTGTGGTTTCACAAGGACACGCAACAATAGTCAC----CCGACGGCATTTTAATTGAACTGAAATAAAATTCATATAACAATAATCTTAAGTCACTAATAAATAGTTGATGAGTAAAA-AAATAAAATAAAA-A----AA-ATATTATGAAACATGTACAGTACAATAA-CACGGAAATGTTCGTTTCTGTGTTGAAACTAAATTACTACAACTGGTACAACACA-----GTCTCAGAGACGGAGTTTTAAATTTCTTACTCGTCTTT-ATATATCTATAATGAATTATGTTCT--TGAAACAA---ATTAAGTAATTTCTTTTGC------------------------------AATTCACAC----------------------------ACA-----------C--A--CACAC--ACACCA-TTTTACA---TTATGCTAACACCACCCACTTACAACAGTAATAAAAGTCACAATAAAAAGGTAATCATGATCAACAACCGCATCATTTC-TT---ATGTTCATCATTGATA-CTAGCATACTCTCTCAAATTAAACTTTATTAAACTGTTTTAATAAATATTTGTGTTGTAAATGTATGAATATTCAATTTAATTACGTGAAATCTACATTGTTTCAGCAGCGACtgcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaggtcaat
gi|11 : GTAAAATGTAGAACGTGAGGGAACTTTACTTCTTTTGTGGTTACACAAGGACAAACAACAATAGTCAT----CCGACGGCATTTTAATTGAACTGAAATAAGATTCATATAACAATAAACTTAAGTCACTAATAAATAGTTGATGAGCAAAA-AAAT-------AA-A----AA-ATAATATGAAACATGTACAGTATAATTA-CACGGGGTTGTTCGTTTCTGTGTTGAAACTAGGTTACTACAACTGGTACAAAACA-----GCCTAAGAAACGGAG-TTTA-----------TGTTTTTGAAACA-----AATTAATTATTTTTTTCTGCAAGAA-----TAACT--TTTCTT-------AAT-AA----------------TTAA-A------ACTTAT----------------------TTAC------------CAGA--CACAC--ACAACA-TTTTACA---TTATGCCAGCGCTACCCACTTACAACAGTAATAAAAGTCACAATAAAAGGGTAATCATGGTCAACAAACATATCATTTCATT---A-GTTCATCGTTGATA-CTAGCATACTTTCTAAAATTAAACTTTATTAAACTGCTTTAGTAAATATTTGTGTTGTTAATGTTTGAAAATTCAATTTACTTACGTGAAATCTACATTGTTTCAGCc
gi|12 : TGTAAAATGTAGAACGTGGTGGAACTTTACTTCTCTTGTGGTTTCACAAGGACACACAACAATAGTCAT----CCGACGGCATTTTAATTGAACTGAAA-AAA-----------AATAATCTTAAGTCACTAATAAATAGTTGATGAGT----------------AA-A----AA-ATTTTATGAAAAATGTACAGTATAATTA-CACGGCAATGTCCGTTTCTGTGTTGAAACTACGTTACTACAACTGGTACAAAATA-----GTCTCAGAGACGGAGTTTTAAACTTCTAACTCGTCTTT-ATATATCTATAATGAATAATGTTCT--TGAA---------TA------------TGCAAGAAT-AACTT----------TTCTTAATAATTTACACTTATAAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------------N--N--NNNNN--NNNNCA-TTTTACA---TTATGCTTACACCACTTACTTACAACAGTAATTAAAGTCATAATAAAAAGGTAATCATGGTCAACAA
gi|13 : TGTAAAATGTAGAACGTGGTGGAACTTTACTTCTTTTGTGGTTGCACAAGGACACATAACAATAGTCACTCACCCGACGGCATTTAAATTGAACTGGAATAAAATTCATATAACAATAAACTTAAATCACTAATAAATAGTTGATGAGTAAAA-AAATAAAATAAAAAA----AA-ATATTTTGAAATATATACAGTATAATTA-CATTGGAATGTTTGTTTCTGTGTTGAAACTAAGCTACTATAACTGGTACAAAATA-----GCCTCAGAGACGGAGTTTTAAACTTCTAACTCGTATTT-ATATATCTTTAATAAATTATGTTCT--TGAAACAA---ATTAATTCATTTCTTCTGCAAGAAT-AACTT----------TTCTTAATAATTTACACTTAT----------------------TTAC------------C--A--AACAC--ACACCA-TTTTACA---TTATGCTAACACCGCCCA
gi|14 : TGTAAAATGTAGAACGTGGTGGAACTT-ACTTCTCTTGTGGTTACACAAGGACACAGAACAATAGTCAT----CCGAAGGCATTTTAATTGAACTAAAATAAAATTCACATAACAATAAACTTAAGTCACTAATAAATCGTTGATGAGTAAAA---------TTAAA-A----AA-ATATTTAGAAACATGTACAGTATAATTA-CACGGAAATGTTTGTTTCTGTGTTGAAACTAGGTTACTACAACTGGTACAAAACA-----GCCTCAGAGACGGAGTTTTAAACTTCTAACTCGTCTTT-ATATATCTATAAT--------------------AA---ATTAATTAATTTCTTCTGCAAGAAT-AACTT----------TGCTTAATAATTTACACTT
gi|15 : AC--ACACCA-TTTTACA---TTATGCTAACACCGCCCACTTACAACAGTAATAAG-GTCACAATAAAAAGGTAATCATGGTCAACAACCACATCATTTC-TC---AAGTTCATCATTGATA-CTAGCATACTCTCTAAAATCAAACTTTATTAAACTGCTTTAATAAATATTTATGTTGTTAATGTATGAAAATTCAATTTACTTACGTGAAATCTACATTGTTTCAGCAGCGAC
gi|16 : A-TTTTACA---TTATGCTAACACCACCCACTTACAACAGTAATAAAAGTCACAATAAAAAGGTAATCATGGTCAACAACCGCATCATTTC-TT---ATGTTCATCATTGATA-CTAGCATACTCTCCCAAACTAAACTTTATTAAACTGCTTTTATAAATATGTGTGTTGTTAATGTATGAAAATTCA--------ACGTGAAATCTACATTGTTTTAGCAGCGACcgcagtgaaataaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaggtcag
gi|17 : GCTAACACCACCCACTTACAACAGTAATAAAAGTCACAATAAAAAGGTAATCATGGTCAACAACCGCATCATTTC-TT---ATGTTCATCATTGATA-CTAGCATACTCTCTCAAATTAAACTTTATTAAACTTCTTAAATAAATATTTGTGTTGTTAATGTATGAAAATTCAATTTACTTAAGTGAAATCTACATTGTTTCAGCAGCGACcgcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaggtcaattg
gi|18 : ACCACCCACTTACAACAGTAATAAAAGTCACAATAAAAAGGTAATCATGGTCAACAACCGCATCATTTC-TT---ATGTTCATCATTGATA-CTAGCATACTCTCTCAAATTAAACTTAATTAAACTGCTTTAATAAATATTTGTGTTGTTAATGTATGAAAATTCAATTTATTTAAGTGAAATCTACATTGTTTCAGCAGCGACcgcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaagaggtcaa
gi|19 : tGTAGAACGTGGTGGAACTTTACTTCTCTTGTGGTTTCACAAGGACGCACAACAATAGTCAT----CCGACGGCATTTTAACTGAACTGAAATAAAATTCATATAACAA------TAAGTCACTTATAAATAGTTGATGAGTAAAA-----AAAATAAAATA----AA-ATATTATGAAACATGTACAGTATAATTATCAATGACAT-TTC-TTTCTGTGTcgcgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaagaggtcaa
gi|2 : TGTAAAATGTAGAACGTGGTGGAACTTTACTTCACTTGCGGTTACACTAGGACACACAACAATAGTCAT----CCGGCGGTATTTTAATTGAACTGAAATAAAATTCATATAACAATAAACTTAAGTCACTAATAAATAGTTGATGAGTAAAA-AAATAAAATTAAA-A----AATATATTGTGAAACATGTACAGTTTAATTA-CACGGGAACGTTCGTTTCTGTGTTGAAACTAGGCTACTACAACTGGTACAAAACACTGCGGCCTCAGAGACGGATTTTTAAACTTCTAACTCATCTTT-ATATATCTATAATAAATTATGTTCT--TAAAACAA---ATTAATTAATTTCTTCTGCAAGAAT-AACTT----------TTCTTAATAATTTACACTTAT----------------------ATAC------------C--A--CACAC--ACACCA-TTTTACAACATTATGCTAACACCATCCACTTACAACAGTAATAAAAGTCAAAATAAAAAGGTAATCATGGTCAACAACCGCATCATTTC-TT---AAGTTCATCATTGATA-CTAGCATACTCTCTAAAATTAAACTTTATTAAACTGCTTTAATAAATATTTGTGTTGTTAATGTATGAAAATTCAATATTCTTACGTGAAATCTACATTGTTTCAGCAGCGAC
gi|20 : TGTAAAATGTAGAACATGGTGGACCTTTACTTGTCTTGTTGTTACACAAGGGCACACAACAATAGTCAT----CCGGCAGCATTTTAATTGAAATGAAATCAAATTCATGTAAcgcggtaaaacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaggtcaata
gi|3 : TGTAAAATGTAGAACATGGTGTAACTTTACTTCTCTTGTGGTTACGAAAGGACACACAACAA--GTCAT----CCGGCGGCATTTTAATTGAACTGAAAAAAAA---ACA-AACAATAAACTTAAGTCACTAATAAATATTTGATGAGTAAAA-AAATAAAATAAAA----------TATTATGAAACATGTACAGTATAATTA-CACGGGAATGTTCGTTTCTGTGTTCAAACCAGGCTACTACAACTGGTACAAAACG-----GCCTCAGAGACGGAGTTTTAAACTTCCAACTCGTCTTT-ATATATCTATAATAAATTATGTTCT--TGAAACAA---ATTAATTAATTTCTTCTGCAAGAAT-AACTT----------TTCTTAATAGTTTACACTTAT----------------------ATACCACACTCTCACAC--A--CACAC--ACACCA-TTTTACA---TTATGCTATCACCACCCACTTACAACAGTAATAAAAGTCACAATAAAAAGGTAATCATGGTCAACAACCGCATCATTTC-TTAAGAAGTTCATCATTGATA-CTAGCATACTCTCTAAAATTAAACTTTATTAAACTGCTTTGATAAACATTTGTGTTGTTAATGTATGAAAATTCAATTTACTTACGTGAAATCTGCATTGTTTCAGCAGCGAC
gi|4 : GTAAAATGTAGAACGTGGTGGAACTTTACTTTTCCTGTCATTACACAAGAACACACAACAATAGTCAT----CCGACGGCATTTCAATTGAACTGAAATAAAATTCATATAACAATAATCTTAAGTCACTAATAAATAGTTGATGAGTAAAACAAATAAAA----A-A----AA-ATATTATGAAACATGTACAGTATAATTA-CACGGGAATGTTCGTTTCGGTGTTGAAACTAGGTTACTATAACTGGTACAAAACA-----GCCTCAGAGACGGAGTTTTAAACTTCTAACTCGTCTTT-ATATATCTATAATAAATTATTTTCT--TGAAACAA---ATTAATTAATTTCTTCTGCAAGAAT-AACTT----------TTCTTAATAATTTACACTTAT----------------------TTAC------------C--A--GACACGTACACCA-TTTTACA---TTATGCTAACACCACCCACTTACAACACTAATAAAAGTAACAATAAAAACGTAATCATGGTCAACAACAGCATCATTTCATT---A-GTTCATCATTGATAGTTAGCATACTCTCTAACAGTAAACTTTATTAAACTGCTTTAATAAATATTTGTGTTGTTAATGTATGAAAATTCAATTTACTTATGTAAAATCTACATTGTTTCTGCAGCGACcgcggcgaaactannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagaggtcaatt
gi|5 : GTAAAATGTAGAACGTGGTGGAACTTTACTTCTCTTGTGGTTACACAAGGACACACAACAATGGTCAC----CCGACGGCATTTTAATTGAACTGAAATAAAATTCATATAAAAATAAACTTAAGTCACTAATAAATCGTTGATGAGTAAAA-AAA--AAATAAAA-A----AA----TTATGAAACATGTACAGTATAATTA-CACGGGTATGTTCGTTTCGGTTTTGAAACTAGGTTACTACAACTGGTACAAAACA-----GCCTCAGAGACGGAGTTTTAAACTTCTAACTCGTCTTT-ATATATCTATAATAAATTATGATCT--TGAAACAA---ATAAATTAATTTCTTCTGCAAGAAT-AACTT----------TTCTTAATAATTTACACTTAT----------------------TTAC------------CAGA--CACAC--ATACCATTTTTACA---TTATGCTAACACCACCCACTTACAACAGTAATAAGA--CACAATAAAAAGGTAATCATGGTGAACAACAGCATCATTTCATT---A-GTTCAACATTGATAGTTAGCATATTCTCTAAAATCAAACTTTATTAAACTGCTTTAATAAATATTTGTGTTGTTCATGTATGAAAATTCAATTTACTTAAGTGAAATATACATAGTTTCAGTATCGACcgcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaggtcaat
gi|6 : TGTAAAATGTAGAACGTGGTGGAACTTTACTTCTC----------------ACACACATCAATAGTCAT----CCGACGGCATTTTAATTGAACTGAAATAAAATTCATATAACAATAATCTTAAGTCACTAATAAATAGTTGATGAGTAAAA-AAATAAAATAAAA-T----AA-ATATTATGAAACAGGTACAGTACAATTA-CACGGGAATGTTCGTTTCTGTGTTGAAACTAGATTACTACAACTGGTACAAAACA-----GTCTCAGAGACGGAGTTTTAAATTTCTAACGCGTCTTT-ATATATCTATAATGAATTATGTTCT--TGAAACAAATTATTAAGTAATTTCTTCTGCAAGAATAAATTT----------TTCTTAATAATTTACACTTAT----------------------ATACCACA--------C--A--CACAC--ACACCA-TTTTACA---TTATGCTAATACCACCCACTTACAACAGTAATAAAAGTCACAATAAAAAGGTAATCATGATCAACAACCGCATCATTTC-TT---ATGTTCATCATTGATA-CTAGCATACTCTCTCAAATTAAACTTTATTAAACTGCTTTTATAAATATTTGTGTTGTTAATGTATGAAAATTCAATTTACTTACGTGAAATCTACATTGTTTCAGCAGCGACcgcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaggtca
gi|7 : TGTAAAATGTAGAACGTGGTGGAACTTTACTTCACTTGTGGTTACACAAGGACACACAACAATAGTCAC----CCGACGACATTTTAATTGTACTGAAATAAAATTCATATAACAATAAATTTAAATCACTAATAAATAGTTGACGAGTAAAA-AAATTAAACAAGA-A----AA-TTATTATGAAACATATACAGTATAATTA-CACGGGAATGTTCGTTTCTGTGTTGAAACTAGGCTACTACAACTGGTACAAAATA-----GCCTCAGAGACAGAGTTTTAAACTTCTAACTCGTC-----TATATCTACAATTAATTATGTTCT--TGAAACAA---ATTACTTAATAACTTCTGCAAGAAT-AACTT----------TTCTTAATAATTTACACTTAC----------------------GTAC------------CAGA--CACAC--ACACCA-TTTTACA---TTATGCTAAC--------------ACAGTGATAAAAGTCACAATAAAAATGTAATCACGGTCAACAACCGCATCATTTC-TC---AAGTTCATCATTGATA-CTAGCATACTCTCTAAAATTAAACTTTATTAAACTGCTTTAATAAATATTTGTGTTGTTAATGTATGAAAATTCAATTTACTTACGTGAAATCTACATTGTTTCAGCAGCGACcgcagtgaaacaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaagaggtcaa
gi|8 : TGTAAACTGTAGAACGTGATGGAACTTTACTTCTCTTGTGGTAACACAAGGACACACAACAATAGTCAC----CCGACAGCATTTTAATTGAACTGAAATAAAATTCATATAACAATAAACTTAAGTCACTAATAATAAATTAATGACTATAA-AAATAAAATAAAA-A----AA-GTATTATGAAACATATACAGTATAATTA-CACGGGAATGTTTGTTTCTGCGTTGAAACTAAGCTACTACAACTGGTACAAAACA-----GCCTTAGAGACAGAGTTTTAAACTTCTAACTCGTCTTT-AT---------------------TT--TGAATCAA---ATAAATTAATT-CTTCTCCAAGAAT-AA-TT----------TTCTTAATAATTTACACTTAT----------------------TTAC------------C--AGACACAC--ACACCA-TTTTACA---TTATGCTAAAACCGCCCACTTACAACAGTAATGAAAGTCACAATAAAAAGGTAATCATGGTCAACAACCGCATCATTTC-TT---AAGTTCATCATTGATA-CTAGCATACTCTCTAAAATTAAACTTTATTAAACTGCTTTAATAAATATTTGTGTTGTTAATGTATGAGAATTCAGTTTACTTACGTGAAATCTACATTGTTTCAGCAGCGACcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaggtca
gi|9 : TGTAAAATGTAGAACGTGGTGGAACTTTACTTCTCTTGTGGTTTCACAAGGACACACAACAATAGTCAT----CCGACGGCATTTTAATCGGACTGAAATAAAATTCATATAACAATAATCTTAAGTCACTAATAAATAGTTGATGGGTAAAA-AGATAAAATAAAA-A----AA-ATATTATGAAACATGTACAGTATAATTA-CACGGGAATGTTCGTTTCTGTGTTGAAACTAGGTTACTACAACTGGTACAAAACA-----GTCTCAGAGACGG-GTTTTAAACTTCTAACTCATCTTT-ATATAATTATAATGAATTATTTTCT--TGAAACAA---ATTAAGTAATTTCTTCTGCAAGAAT-AACTT----------TTCTTAATAATTTACACTTAT----------------------ATAC------------C--A--CACAC--ACACCA-TTTTACA---TTACGCTAACACCACCCACTTACAACAGTAATAAAAGTCACAATAAAAAGGTAATCATGGTCAACAACCGCATCATTTC-TT---ATGTTCATCATTGATA-CTAGCATACTCTCCCAAATTAAACTTTATTAAACTGCTTTTATAAATATATGTGTTGTTAATGTATGAAAATTCAGTTTACTTA-GTGAAATCTACATTGTTTCAGCAGCGACcgcggtgaaacaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggatttagaagaggtcaatta
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): ATCAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGGATTTAGAAGAGGTCAATACAC
Alignments
lowQualScore : 1111111111 44444444444444444444444444444444444444444
lowQualScore : 5555 1 2 0 777777 2 2 77777 2 4 33 555 2 0 2222222222 99999999999999999999999999999999999999999 44 33 2 444 8 444 9 5 0
lowQualScore : .... . . . ...... . . ..... . . .. ... . . .......... ......................................... .. .. . ... . ... . . .
lowQualScore : 3333 3 7 8 000000 7 7 11111 9 2 99 000 9 1 5555555555 22222222222222222222222222222222222222222 22 99 7 777 0 777 5 3 6
consensus : TGTAAAATGTAGAACGTGGTGGAACTTTACTTCTCTTGTGGTTACACAAGGACACACAACAATAGTCAT----CCGACGGCATTTTAATTGAACTGAAATAAAATTCATATAACAATAAACTTAAGTCACTAATAAATAGTTGATGAGTAAAA-AAATAAAATAAAA-A----AA-ATATTATGAAACATGTACAGTATAATTA-CACGGGAATGTTCGTTTCTGTGTTGAAACTAGGCTACTACAACTGGTACAAAACA-----GCCTCAGAGACGGAGTTTTAAACTTCTAACTCGTCTTT-ATATATCTATAATAAATTATGTTCT--TGAAACAA---ATTAATTAATTTCTTCTGCAAGAAT-AACTT----------TTCTTAATAATTTACACTTAT----------------------NTAC------------C--A--CACAC--ACACCA-TTTTACA---TTATGCTAACACCACCCACTTACAACAGTAATAAAAGTCACAATAAAAAGGTAATCATGGTCAACAACCGCATCATTTC-TT---ATGTTCATCATTGATA-CTAGCATACTCTCTAAAATTAAACTTTATTAAACTGCTTTAATAAATATTTGTGTTGTTAATGTATGAAAATTCAATTTACTTACGTGAAATCTACATTGTTTCAGCAGCGAC
Reference ( family-412 ) : TGTAAAATGTAGAACGTGGTGGAACTTTACTTCTCTTGTGGTTACACAAGGACACACAACAATAGTCAT----CCGACGGCATTTTAATTGAACTGAAATAAAATTCATATAACAATAAACTTAAGTCACTAATAAATAGTTGATGAGTAAAA-AAATAAAATAAAA-A----AA-ATATTATGAAACATGTACAGTATAATTA-CACGGGAATGTTCGTTTCTGTGTTGAAACTAGGCTACTACAACTGGTACAAAACA-----GCCTCAGAGACGGAGTTTTAAACTTCTAACTCGTCTTT-ATATATCTATAATAAATTATGTTCT--TGAAACAA---ATTAATTAATTTCTTCTGCAAGAAT-AACTT----------TTCTTAATAATTTACACTTAT----------------------NTAC------------C--A--CACAC--ACACCA-TTTTACA---TTATGCTAACACCACCCACTTACAACAGTAATAAAAGTCACAATAAAAAGGTAATCATGGTCAACAACCGCATCATTTC-TT---ATGTTCATCATTGATA-CTAGCATACTCTCTAAAATTAAACTTTATTAAACTGCTTTAATAAATATTTGTGTTGTTAATGTATGAAAATTCAATTTACTTACGTGAAATCTACATTGTTTCAGCAGCGAC
gi|1 : TGTAAAATGTAGAACGTGGTGGAACTTTACTTCTCTTGTGGTTACACAAGGACACACAACAATAGTCAT----CCGACGGCATTTTAATTGAACTGAAATAAATTTCATTTAACAATAAACTTAAGTCACTAATAAATAGTTGATGAGTACAA-AAATAAAATAAAA-ATGAAAA-ATATCATGAAACATGTACAGTATAATTA-CACGTGAATGTTCTTTTCTGTGTTGAAACTAGGCTACTACAACTGATACAAAATA-----GCCTCAGAGACGGAGTTTTAAACTTCTAATTCGTCTAT-ATATATCTATAATAAATTATGTTCT--TGAAACAA---ATTAATTAATTTCTTCTGCAAGAAT-AACTTTATAAGTCTCTTCTTAATACTTTACACTTAT----------------------TTACTAGACACATA--T--A--CACAC--ACACCA-TTTTACA---TTATGCTAACACTACCCACTTACAACAGTAATAAAAGTCACAATAAAAAGGTAATCATGGTCAACAACCGCATCATTTC-TT---ATGTTCATCATTGATA-CTAGCATACTCTCTAAAATTAAATTTTATTAAAGTGCTTTAATAAATATTTGTGTTGTTAATGTATGACAATTCATCTTATTTACGTGAAATCTACATTGTTTCAGCAGCGAC
gi|10 : TGTAAAATGTAGAACGTGGTGGAACTTTACTTCTCTTGTGGTTTCACAAGGACACGCAACAATAGTCAC----CCGACGGCATTTTAATTGAACTGAAATAAAATTCATATAACAATAATCTTAAGTCACTAATAAATAGTTGATGAGTAAAA-AAATAAAATAAAA-A----AA-ATATTATGAAACATGTACAGTACAATAA-CACGGAAATGTTCGTTTCTGTGTTGAAACTAAATTACTACAACTGGTACAACACA-----GTCTCAGAGACGGAGTTTTAAATTTCTTACTCGTCTTT-ATATATCTATAATGAATTATGTTCT--TGAAACAA---ATTAAGTAATTTCTTTTGC------------------------------AATTCACAC----------------------------ACA-----------C--A--CACAC--ACACCA-TTTTACA---TTATGCTAACACCACCCACTTACAACAGTAATAAAAGTCACAATAAAAAGGTAATCATGATCAACAACCGCATCATTTC-TT---ATGTTCATCATTGATA-CTAGCATACTCTCTCAAATTAAACTTTATTAAACTGTTTTAATAAATATTTGTGTTGTAAATGTATGAATATTCAATTTAATTACGTGAAATCTACATTGTTTCAGCAGCGACtgcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaggtcaat
gi|11 : GTAAAATGTAGAACGTGAGGGAACTTTACTTCTTTTGTGGTTACACAAGGACAAACAACAATAGTCAT----CCGACGGCATTTTAATTGAACTGAAATAAGATTCATATAACAATAAACTTAAGTCACTAATAAATAGTTGATGAGCAAAA-AAAT-------AA-A----AA-ATAATATGAAACATGTACAGTATAATTA-CACGGGGTTGTTCGTTTCTGTGTTGAAACTAGGTTACTACAACTGGTACAAAACA-----GCCTAAGAAACGGAG-TTTA-----------TGTTTTTGAAACA-----AATTAATTATTTTTTTCTGCAAGAA-----TAACT--TTTCTT-------AAT-AA----------------TTAA-A------ACTTAT----------------------TTAC------------CAGA--CACAC--ACAACA-TTTTACA---TTATGCCAGCGCTACCCACTTACAACAGTAATAAAAGTCACAATAAAAGGGTAATCATGGTCAACAAACATATCATTTCATT---A-GTTCATCGTTGATA-CTAGCATACTTTCTAAAATTAAACTTTATTAAACTGCTTTAGTAAATATTTGTGTTGTTAATGTTTGAAAATTCAATTTACTTACGTGAAATCTACATTGTTTCAGCc
gi|12 : TGTAAAATGTAGAACGTGGTGGAACTTTACTTCTCTTGTGGTTTCACAAGGACACACAACAATAGTCAT----CCGACGGCATTTTAATTGAACTGAAA-AAA-----------AATAATCTTAAGTCACTAATAAATAGTTGATGAGT----------------AA-A----AA-ATTTTATGAAAAATGTACAGTATAATTA-CACGGCAATGTCCGTTTCTGTGTTGAAACTACGTTACTACAACTGGTACAAAATA-----GTCTCAGAGACGGAGTTTTAAACTTCTAACTCGTCTTT-ATATATCTATAATGAATAATGTTCT--TGAA---------TA------------TGCAAGAAT-AACTT----------TTCTTAATAATTTACACTTATAAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------------N--N--NNNNN--NNNNCA-TTTTACA---TTATGCTTACACCACTTACTTACAACAGTAATTAAAGTCATAATAAAAAGGTAATCATGGTCAACAA
gi|13 : TGTAAAATGTAGAACGTGGTGGAACTTTACTTCTTTTGTGGTTGCACAAGGACACATAACAATAGTCACTCACCCGACGGCATTTAAATTGAACTGGAATAAAATTCATATAACAATAAACTTAAATCACTAATAAATAGTTGATGAGTAAAA-AAATAAAATAAAAAA----AA-ATATTTTGAAATATATACAGTATAATTA-CATTGGAATGTTTGTTTCTGTGTTGAAACTAAGCTACTATAACTGGTACAAAATA-----GCCTCAGAGACGGAGTTTTAAACTTCTAACTCGTATTT-ATATATCTTTAATAAATTATGTTCT--TGAAACAA---ATTAATTCATTTCTTCTGCAAGAAT-AACTT----------TTCTTAATAATTTACACTTAT----------------------TTAC------------C--A--AACAC--ACACCA-TTTTACA---TTATGCTAACACCGCCCA
gi|14 : TGTAAAATGTAGAACGTGGTGGAACTT-ACTTCTCTTGTGGTTACACAAGGACACAGAACAATAGTCAT----CCGAAGGCATTTTAATTGAACTAAAATAAAATTCACATAACAATAAACTTAAGTCACTAATAAATCGTTGATGAGTAAAA---------TTAAA-A----AA-ATATTTAGAAACATGTACAGTATAATTA-CACGGAAATGTTTGTTTCTGTGTTGAAACTAGGTTACTACAACTGGTACAAAACA-----GCCTCAGAGACGGAGTTTTAAACTTCTAACTCGTCTTT-ATATATCTATAAT--------------------AA---ATTAATTAATTTCTTCTGCAAGAAT-AACTT----------TGCTTAATAATTTACACTT
gi|15 : AC--ACACCA-TTTTACA---TTATGCTAACACCGCCCACTTACAACAGTAATAAG-GTCACAATAAAAAGGTAATCATGGTCAACAACCACATCATTTC-TC---AAGTTCATCATTGATA-CTAGCATACTCTCTAAAATCAAACTTTATTAAACTGCTTTAATAAATATTTATGTTGTTAATGTATGAAAATTCAATTTACTTACGTGAAATCTACATTGTTTCAGCAGCGAC
gi|16 : A-TTTTACA---TTATGCTAACACCACCCACTTACAACAGTAATAAAAGTCACAATAAAAAGGTAATCATGGTCAACAACCGCATCATTTC-TT---ATGTTCATCATTGATA-CTAGCATACTCTCCCAAACTAAACTTTATTAAACTGCTTTTATAAATATGTGTGTTGTTAATGTATGAAAATTCA--------ACGTGAAATCTACATTGTTTTAGCAGCGACcgcagtgaaataaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaggtcag
gi|17 : GCTAACACCACCCACTTACAACAGTAATAAAAGTCACAATAAAAAGGTAATCATGGTCAACAACCGCATCATTTC-TT---ATGTTCATCATTGATA-CTAGCATACTCTCTCAAATTAAACTTTATTAAACTTCTTAAATAAATATTTGTGTTGTTAATGTATGAAAATTCAATTTACTTAAGTGAAATCTACATTGTTTCAGCAGCGACcgcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaggtcaattg
gi|18 : ACCACCCACTTACAACAGTAATAAAAGTCACAATAAAAAGGTAATCATGGTCAACAACCGCATCATTTC-TT---ATGTTCATCATTGATA-CTAGCATACTCTCTCAAATTAAACTTAATTAAACTGCTTTAATAAATATTTGTGTTGTTAATGTATGAAAATTCAATTTATTTAAGTGAAATCTACATTGTTTCAGCAGCGACcgcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaagaggtcaa
gi|19 : tGTAGAACGTGGTGGAACTTTACTTCTCTTGTGGTTTCACAAGGACGCACAACAATAGTCAT----CCGACGGCATTTTAACTGAACTGAAATAAAATTCATATAACAA------TAAGTCACTTATAAATAGTTGATGAGTAAAA-----AAAATAAAATA----AA-ATATTATGAAACATGTACAGTATAATTATCAATGACAT-TTC-TTTCTGTGTcgcgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaagaggtcaa
gi|2 : TGTAAAATGTAGAACGTGGTGGAACTTTACTTCACTTGCGGTTACACTAGGACACACAACAATAGTCAT----CCGGCGGTATTTTAATTGAACTGAAATAAAATTCATATAACAATAAACTTAAGTCACTAATAAATAGTTGATGAGTAAAA-AAATAAAATTAAA-A----AATATATTGTGAAACATGTACAGTTTAATTA-CACGGGAACGTTCGTTTCTGTGTTGAAACTAGGCTACTACAACTGGTACAAAACACTGCGGCCTCAGAGACGGATTTTTAAACTTCTAACTCATCTTT-ATATATCTATAATAAATTATGTTCT--TAAAACAA---ATTAATTAATTTCTTCTGCAAGAAT-AACTT----------TTCTTAATAATTTACACTTAT----------------------ATAC------------C--A--CACAC--ACACCA-TTTTACAACATTATGCTAACACCATCCACTTACAACAGTAATAAAAGTCAAAATAAAAAGGTAATCATGGTCAACAACCGCATCATTTC-TT---AAGTTCATCATTGATA-CTAGCATACTCTCTAAAATTAAACTTTATTAAACTGCTTTAATAAATATTTGTGTTGTTAATGTATGAAAATTCAATATTCTTACGTGAAATCTACATTGTTTCAGCAGCGAC
gi|20 : TGTAAAATGTAGAACATGGTGGACCTTTACTTGTCTTGTTGTTACACAAGGGCACACAACAATAGTCAT----CCGGCAGCATTTTAATTGAAATGAAATCAAATTCATGTAAcgcggtaaaacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaggtcaata
gi|3 : TGTAAAATGTAGAACATGGTGTAACTTTACTTCTCTTGTGGTTACGAAAGGACACACAACAA--GTCAT----CCGGCGGCATTTTAATTGAACTGAAAAAAAA---ACA-AACAATAAACTTAAGTCACTAATAAATATTTGATGAGTAAAA-AAATAAAATAAAA----------TATTATGAAACATGTACAGTATAATTA-CACGGGAATGTTCGTTTCTGTGTTCAAACCAGGCTACTACAACTGGTACAAAACG-----GCCTCAGAGACGGAGTTTTAAACTTCCAACTCGTCTTT-ATATATCTATAATAAATTATGTTCT--TGAAACAA---ATTAATTAATTTCTTCTGCAAGAAT-AACTT----------TTCTTAATAGTTTACACTTAT----------------------ATACCACACTCTCACAC--A--CACAC--ACACCA-TTTTACA---TTATGCTATCACCACCCACTTACAACAGTAATAAAAGTCACAATAAAAAGGTAATCATGGTCAACAACCGCATCATTTC-TTAAGAAGTTCATCATTGATA-CTAGCATACTCTCTAAAATTAAACTTTATTAAACTGCTTTGATAAACATTTGTGTTGTTAATGTATGAAAATTCAATTTACTTACGTGAAATCTGCATTGTTTCAGCAGCGAC
gi|4 : GTAAAATGTAGAACGTGGTGGAACTTTACTTTTCCTGTCATTACACAAGAACACACAACAATAGTCAT----CCGACGGCATTTCAATTGAACTGAAATAAAATTCATATAACAATAATCTTAAGTCACTAATAAATAGTTGATGAGTAAAACAAATAAAA----A-A----AA-ATATTATGAAACATGTACAGTATAATTA-CACGGGAATGTTCGTTTCGGTGTTGAAACTAGGTTACTATAACTGGTACAAAACA-----GCCTCAGAGACGGAGTTTTAAACTTCTAACTCGTCTTT-ATATATCTATAATAAATTATTTTCT--TGAAACAA---ATTAATTAATTTCTTCTGCAAGAAT-AACTT----------TTCTTAATAATTTACACTTAT----------------------TTAC------------C--A--GACACGTACACCA-TTTTACA---TTATGCTAACACCACCCACTTACAACACTAATAAAAGTAACAATAAAAACGTAATCATGGTCAACAACAGCATCATTTCATT---A-GTTCATCATTGATAGTTAGCATACTCTCTAACAGTAAACTTTATTAAACTGCTTTAATAAATATTTGTGTTGTTAATGTATGAAAATTCAATTTACTTATGTAAAATCTACATTGTTTCTGCAGCGACcgcggcgaaactannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagaggtcaatt
gi|5 : GTAAAATGTAGAACGTGGTGGAACTTTACTTCTCTTGTGGTTACACAAGGACACACAACAATGGTCAC----CCGACGGCATTTTAATTGAACTGAAATAAAATTCATATAAAAATAAACTTAAGTCACTAATAAATCGTTGATGAGTAAAA-AAA--AAATAAAA-A----AA----TTATGAAACATGTACAGTATAATTA-CACGGGTATGTTCGTTTCGGTTTTGAAACTAGGTTACTACAACTGGTACAAAACA-----GCCTCAGAGACGGAGTTTTAAACTTCTAACTCGTCTTT-ATATATCTATAATAAATTATGATCT--TGAAACAA---ATAAATTAATTTCTTCTGCAAGAAT-AACTT----------TTCTTAATAATTTACACTTAT----------------------TTAC------------CAGA--CACAC--ATACCATTTTTACA---TTATGCTAACACCACCCACTTACAACAGTAATAAGA--CACAATAAAAAGGTAATCATGGTGAACAACAGCATCATTTCATT---A-GTTCAACATTGATAGTTAGCATATTCTCTAAAATCAAACTTTATTAAACTGCTTTAATAAATATTTGTGTTGTTCATGTATGAAAATTCAATTTACTTAAGTGAAATATACATAGTTTCAGTATCGACcgcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaggtcaat
gi|6 : TGTAAAATGTAGAACGTGGTGGAACTTTACTTCTC----------------ACACACATCAATAGTCAT----CCGACGGCATTTTAATTGAACTGAAATAAAATTCATATAACAATAATCTTAAGTCACTAATAAATAGTTGATGAGTAAAA-AAATAAAATAAAA-T----AA-ATATTATGAAACAGGTACAGTACAATTA-CACGGGAATGTTCGTTTCTGTGTTGAAACTAGATTACTACAACTGGTACAAAACA-----GTCTCAGAGACGGAGTTTTAAATTTCTAACGCGTCTTT-ATATATCTATAATGAATTATGTTCT--TGAAACAAATTATTAAGTAATTTCTTCTGCAAGAATAAATTT----------TTCTTAATAATTTACACTTAT----------------------ATACCACA--------C--A--CACAC--ACACCA-TTTTACA---TTATGCTAATACCACCCACTTACAACAGTAATAAAAGTCACAATAAAAAGGTAATCATGATCAACAACCGCATCATTTC-TT---ATGTTCATCATTGATA-CTAGCATACTCTCTCAAATTAAACTTTATTAAACTGCTTTTATAAATATTTGTGTTGTTAATGTATGAAAATTCAATTTACTTACGTGAAATCTACATTGTTTCAGCAGCGACcgcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaggtca
gi|7 : TGTAAAATGTAGAACGTGGTGGAACTTTACTTCACTTGTGGTTACACAAGGACACACAACAATAGTCAC----CCGACGACATTTTAATTGTACTGAAATAAAATTCATATAACAATAAATTTAAATCACTAATAAATAGTTGACGAGTAAAA-AAATTAAACAAGA-A----AA-TTATTATGAAACATATACAGTATAATTA-CACGGGAATGTTCGTTTCTGTGTTGAAACTAGGCTACTACAACTGGTACAAAATA-----GCCTCAGAGACAGAGTTTTAAACTTCTAACTCGTC-----TATATCTACAATTAATTATGTTCT--TGAAACAA---ATTACTTAATAACTTCTGCAAGAAT-AACTT----------TTCTTAATAATTTACACTTAC----------------------GTAC------------CAGA--CACAC--ACACCA-TTTTACA---TTATGCTAAC--------------ACAGTGATAAAAGTCACAATAAAAATGTAATCACGGTCAACAACCGCATCATTTC-TC---AAGTTCATCATTGATA-CTAGCATACTCTCTAAAATTAAACTTTATTAAACTGCTTTAATAAATATTTGTGTTGTTAATGTATGAAAATTCAATTTACTTACGTGAAATCTACATTGTTTCAGCAGCGACcgcagtgaaacaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaagaggtcaa
gi|8 : TGTAAACTGTAGAACGTGATGGAACTTTACTTCTCTTGTGGTAACACAAGGACACACAACAATAGTCAC----CCGACAGCATTTTAATTGAACTGAAATAAAATTCATATAACAATAAACTTAAGTCACTAATAATAAATTAATGACTATAA-AAATAAAATAAAA-A----AA-GTATTATGAAACATATACAGTATAATTA-CACGGGAATGTTTGTTTCTGCGTTGAAACTAAGCTACTACAACTGGTACAAAACA-----GCCTTAGAGACAGAGTTTTAAACTTCTAACTCGTCTTT-AT---------------------TT--TGAATCAA---ATAAATTAATT-CTTCTCCAAGAAT-AA-TT----------TTCTTAATAATTTACACTTAT----------------------TTAC------------C--AGACACAC--ACACCA-TTTTACA---TTATGCTAAAACCGCCCACTTACAACAGTAATGAAAGTCACAATAAAAAGGTAATCATGGTCAACAACCGCATCATTTC-TT---AAGTTCATCATTGATA-CTAGCATACTCTCTAAAATTAAACTTTATTAAACTGCTTTAATAAATATTTGTGTTGTTAATGTATGAGAATTCAGTTTACTTACGTGAAATCTACATTGTTTCAGCAGCGACcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaggtca
gi|9 : TGTAAAATGTAGAACGTGGTGGAACTTTACTTCTCTTGTGGTTTCACAAGGACACACAACAATAGTCAT----CCGACGGCATTTTAATCGGACTGAAATAAAATTCATATAACAATAATCTTAAGTCACTAATAAATAGTTGATGGGTAAAA-AGATAAAATAAAA-A----AA-ATATTATGAAACATGTACAGTATAATTA-CACGGGAATGTTCGTTTCTGTGTTGAAACTAGGTTACTACAACTGGTACAAAACA-----GTCTCAGAGACGG-GTTTTAAACTTCTAACTCATCTTT-ATATAATTATAATGAATTATTTTCT--TGAAACAA---ATTAAGTAATTTCTTCTGCAAGAAT-AACTT----------TTCTTAATAATTTACACTTAT----------------------ATAC------------C--A--CACAC--ACACCA-TTTTACA---TTACGCTAACACCACCCACTTACAACAGTAATAAAAGTCACAATAAAAAGGTAATCATGGTCAACAACCGCATCATTTC-TT---ATGTTCATCATTGATA-CTAGCATACTCTCCCAAATTAAACTTTATTAAACTGCTTTTATAAATATATGTGTTGTTAATGTATGAAAATTCAGTTTACTTA-GTGAAATCTACATTGTTTCAGCAGCGACcgcggtgaaacaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggatttagaagaggtcaatta
blockSeqs : TCAC T C AA T T CTGCG G G TC ATT A . AAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN GA GT T ACA A AAG T G
blockSeqs : . A . TA . . . . T . . . . ATACCACACTCTCACAC . . . . A . A G
blockSeqs : . T . A . . . . G . . . . ATACCACAC . . . . A . T .
blockSeqs : . A . A . . . . A . . . . TTACCAG . . . . . . T .
blockSeqs : . A . A . . . . A . . . . TTACCAG . . . . . . T .
blockSeqs : . A . A . . . . A . . . . GTACCAG . . . . . . A .
blockSeqs : . A . A . . . . A . . . . TTACC . . . . . . A .
blockSeqs : . T . A . . . . A . . . . ATACC . . . . . . T .
blockSeqs : . A . A . . . . G . . . . TTACC . . . . . . A .
blockSeqs : . T . T . . . . T . . . . TTACC . . . . . . A .
blockSeqs : . A . A . . . . G . . . . ATACC . . . . . . T .
blockSeqs : . A . A . . . . . . . . . ACAC . . . . . . . .
blockSeqs : . T . A . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : .
blockSeqCons : A***** ********** NTACC************************************
originalCons : TGTAAAATGTAGAACGTGGTGGAACTTTACTTCTCTTGTGGTTACACAAGGACACACAACAATAGTCAT----CCGACGGCATTTTAATTGAACTGAAATAAAATTCATATAACAATAAACTTAAGTCACTAATAAATAGTTGATGAGTAAAA-AAATAAAATAAAA-A----AA-ATATTATGAAACATGTACAGTATAATTA-CACGGGAATGTTCGTTTCTGTGTTGAAACTAGGCTACTACAACTGGTACAAAACA-----GCCTCAGAGACGGAGTTTTAAACTTCTAACTCGTCTTT-ATATATCTATAATAAATTATGTTCT--TGAAACAA---ATTAATTAATTTCTTCTGCAAGAAT-AACTT----------TTCTTAATAATTTACACTTAT----------------------NTAC------------C--A--CACAC--ACACCA-TTTTACA---TTATGCTAACACCACCCACTTACAACAGTAATAAAAGTCACAATAAAAAGGTAATCATGGTCAACAACCGCATCATTTC-TT---ATGTTCATCATTGATA-CTAGCATACTCTCTAAAATTAAACTTTATTAAACTGCTTTAATAAATATTTGTGTTGTTAATGTATGAAAATTCAATTTACTTACGTGAAATCTACATTGTTTCAGCAGCGAC
finalCons : TGTAAAATGTAGAACGTGGTGGAACTTTACTTCTCTTGTGGTTACACAAGGACACACAACAATAGTCAT----CCGACGGCATTTTAATTGAACTGAAATAAAATTCATATAACAATAAACTTAAGTCACTAATAAATAGTTGATGAGTAAAA-AAATAAAATAAAAA-----AA-ATATTATGAAACATGTACAGTATAATTA-CACGGGAATGTTCGTTTCTGTGTTGAAACTAGGCTACTACAACTGGTACAAAACA-----GCCTCAGAGACGGAGTTTTAAACTTCTAACTCGTCTTT-ATATATCTATAATAAATTATGTTCT--TGAAACAA---ATTAATTAATTTCTTCTGCAAGAAT-AACTT----------TTCTTAATAATTTACACTTATNTACC------------------------------------A--CACAC--ACACCA-TTTTACA---TTATGCTAACACCACCCACTTACAACAGTAATAAAAGTCACAATAAAAAGGTAATCATGGTCAACAACCGCATCATTTC-TT---ATGTTCATCATTGATA-CTAGCATACTCTCTAAAATTAAACTTTATTAAACTGCTTTAATAAATATTTGTGTTGTTAATGTATGAAAATTCAATTTACTTACGTGAAATCTACATTGTTTCAGCAGCGAC
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): ATCAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGGATTTAGAAGAGGTCAATACAC
Alignments
lowQualScore : 1111111111 44444444444444444444444444444444444444444
lowQualScore : 5555 1 2 0 777777 2 2 77777 2 4 33 555 2 0 2222222222 99999999999999999999999999999999999999999 44 33 2 444 8 444 9 5 0
lowQualScore : .... . . . ...... . . ..... . . .. ... . . .......... ......................................... .. .. . ... . ... . . .
lowQualScore : 3333 3 7 8 000000 7 7 11111 9 2 99 000 9 1 5555555555 22222222222222222222222222222222222222222 22 99 7 777 0 777 5 3 6
consensus : TGTAAAATGTAGAACGTGGTGGAACTTTACTTCTCTTGTGGTTACACAAGGACACACAACAATAGTCAT----CCGACGGCATTTTAATTGAACTGAAATAAAATTCATATAACAATAAACTTAAGTCACTAATAAATAGTTGATGAGTAAAA-AAATAAAATAAAA-A----AA-ATATTATGAAACATGTACAGTATAATTA-CACGGGAATGTTCGTTTCTGTGTTGAAACTAGGCTACTACAACTGGTACAAAACA-----GCCTCAGAGACGGAGTTTTAAACTTCTAACTCGTCTTT-ATATATCTATAATAAATTATGTTCT--TGAAACAA---ATTAATTAATTTCTTCTGCAAGAAT-AACTT----------TTCTTAATAATTTACACTTAT----------------------NTAC------------C--A--CACAC--ACACCA-TTTTACA---TTATGCTAACACCACCCACTTACAACAGTAATAAAAGTCACAATAAAAAGGTAATCATGGTCAACAACCGCATCATTTC-TT---ATGTTCATCATTGATA-CTAGCATACTCTCTAAAATTAAACTTTATTAAACTGCTTTAATAAATATTTGTGTTGTTAATGTATGAAAATTCAATTTACTTACGTGAAATCTACATTGTTTCAGCAGCGAC
Reference ( family-412 ) : TGTAAAATGTAGAACGTGGTGGAACTTTACTTCTCTTGTGGTTACACAAGGACACACAACAATAGTCAT----CCGACGGCATTTTAATTGAACTGAAATAAAATTCATATAACAATAAACTTAAGTCACTAATAAATAGTTGATGAGTAAAA-AAATAAAATAAAA-A----AA-ATATTATGAAACATGTACAGTATAATTA-CACGGGAATGTTCGTTTCTGTGTTGAAACTAGGCTACTACAACTGGTACAAAACA-----GCCTCAGAGACGGAGTTTTAAACTTCTAACTCGTCTTT-ATATATCTATAATAAATTATGTTCT--TGAAACAA---ATTAATTAATTTCTTCTGCAAGAAT-AACTT----------TTCTTAATAATTTACACTTAT----------------------NTAC------------C--A--CACAC--ACACCA-TTTTACA---TTATGCTAACACCACCCACTTACAACAGTAATAAAAGTCACAATAAAAAGGTAATCATGGTCAACAACCGCATCATTTC-TT---ATGTTCATCATTGATA-CTAGCATACTCTCTAAAATTAAACTTTATTAAACTGCTTTAATAAATATTTGTGTTGTTAATGTATGAAAATTCAATTTACTTACGTGAAATCTACATTGTTTCAGCAGCGAC
gi|1 : TGTAAAATGTAGAACGTGGTGGAACTTTACTTCTCTTGTGGTTACACAAGGACACACAACAATAGTCAT----CCGACGGCATTTTAATTGAACTGAAATAAATTTCATTTAACAATAAACTTAAGTCACTAATAAATAGTTGATGAGTACAA-AAATAAAATAAAA-ATGAAAA-ATATCATGAAACATGTACAGTATAATTA-CACGTGAATGTTCTTTTCTGTGTTGAAACTAGGCTACTACAACTGATACAAAATA-----GCCTCAGAGACGGAGTTTTAAACTTCTAATTCGTCTAT-ATATATCTATAATAAATTATGTTCT--TGAAACAA---ATTAATTAATTTCTTCTGCAAGAAT-AACTTTATAAGTCTCTTCTTAATACTTTACACTTAT----------------------TTACTAGACACATA--T--A--CACAC--ACACCA-TTTTACA---TTATGCTAACACTACCCACTTACAACAGTAATAAAAGTCACAATAAAAAGGTAATCATGGTCAACAACCGCATCATTTC-TT---ATGTTCATCATTGATA-CTAGCATACTCTCTAAAATTAAATTTTATTAAAGTGCTTTAATAAATATTTGTGTTGTTAATGTATGACAATTCATCTTATTTACGTGAAATCTACATTGTTTCAGCAGCGAC
gi|10 : TGTAAAATGTAGAACGTGGTGGAACTTTACTTCTCTTGTGGTTTCACAAGGACACGCAACAATAGTCAC----CCGACGGCATTTTAATTGAACTGAAATAAAATTCATATAACAATAATCTTAAGTCACTAATAAATAGTTGATGAGTAAAA-AAATAAAATAAAA-A----AA-ATATTATGAAACATGTACAGTACAATAA-CACGGAAATGTTCGTTTCTGTGTTGAAACTAAATTACTACAACTGGTACAACACA-----GTCTCAGAGACGGAGTTTTAAATTTCTTACTCGTCTTT-ATATATCTATAATGAATTATGTTCT--TGAAACAA---ATTAAGTAATTTCTTTTGC------------------------------AATTCACAC----------------------------ACA-----------C--A--CACAC--ACACCA-TTTTACA---TTATGCTAACACCACCCACTTACAACAGTAATAAAAGTCACAATAAAAAGGTAATCATGATCAACAACCGCATCATTTC-TT---ATGTTCATCATTGATA-CTAGCATACTCTCTCAAATTAAACTTTATTAAACTGTTTTAATAAATATTTGTGTTGTAAATGTATGAATATTCAATTTAATTACGTGAAATCTACATTGTTTCAGCAGCGACtgcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaggtcaat
gi|11 : GTAAAATGTAGAACGTGAGGGAACTTTACTTCTTTTGTGGTTACACAAGGACAAACAACAATAGTCAT----CCGACGGCATTTTAATTGAACTGAAATAAGATTCATATAACAATAAACTTAAGTCACTAATAAATAGTTGATGAGCAAAA-AAAT-------AA-A----AA-ATAATATGAAACATGTACAGTATAATTA-CACGGGGTTGTTCGTTTCTGTGTTGAAACTAGGTTACTACAACTGGTACAAAACA-----GCCTAAGAAACGGAG-TTTA-----------TGTTTTTGAAACA-----AATTAATTATTTTTTTCTGCAAGAA-----TAACT--TTTCTT-------AAT-AA----------------TTAA-A------ACTTAT----------------------TTAC------------CAGA--CACAC--ACAACA-TTTTACA---TTATGCCAGCGCTACCCACTTACAACAGTAATAAAAGTCACAATAAAAGGGTAATCATGGTCAACAAACATATCATTTCATT---A-GTTCATCGTTGATA-CTAGCATACTTTCTAAAATTAAACTTTATTAAACTGCTTTAGTAAATATTTGTGTTGTTAATGTTTGAAAATTCAATTTACTTACGTGAAATCTACATTGTTTCAGCc
gi|12 : TGTAAAATGTAGAACGTGGTGGAACTTTACTTCTCTTGTGGTTTCACAAGGACACACAACAATAGTCAT----CCGACGGCATTTTAATTGAACTGAAA-AAA-----------AATAATCTTAAGTCACTAATAAATAGTTGATGAGT----------------AA-A----AA-ATTTTATGAAAAATGTACAGTATAATTA-CACGGCAATGTCCGTTTCTGTGTTGAAACTACGTTACTACAACTGGTACAAAATA-----GTCTCAGAGACGGAGTTTTAAACTTCTAACTCGTCTTT-ATATATCTATAATGAATAATGTTCT--TGAA---------TA------------TGCAAGAAT-AACTT----------TTCTTAATAATTTACACTTATAAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------------N--N--NNNNN--NNNNCA-TTTTACA---TTATGCTTACACCACTTACTTACAACAGTAATTAAAGTCATAATAAAAAGGTAATCATGGTCAACAA
gi|13 : TGTAAAATGTAGAACGTGGTGGAACTTTACTTCTTTTGTGGTTGCACAAGGACACATAACAATAGTCACTCACCCGACGGCATTTAAATTGAACTGGAATAAAATTCATATAACAATAAACTTAAATCACTAATAAATAGTTGATGAGTAAAA-AAATAAAATAAAAAA----AA-ATATTTTGAAATATATACAGTATAATTA-CATTGGAATGTTTGTTTCTGTGTTGAAACTAAGCTACTATAACTGGTACAAAATA-----GCCTCAGAGACGGAGTTTTAAACTTCTAACTCGTATTT-ATATATCTTTAATAAATTATGTTCT--TGAAACAA---ATTAATTCATTTCTTCTGCAAGAAT-AACTT----------TTCTTAATAATTTACACTTAT----------------------TTAC------------C--A--AACAC--ACACCA-TTTTACA---TTATGCTAACACCGCCCA
gi|14 : TGTAAAATGTAGAACGTGGTGGAACTT-ACTTCTCTTGTGGTTACACAAGGACACAGAACAATAGTCAT----CCGAAGGCATTTTAATTGAACTAAAATAAAATTCACATAACAATAAACTTAAGTCACTAATAAATCGTTGATGAGTAAAA---------TTAAA-A----AA-ATATTTAGAAACATGTACAGTATAATTA-CACGGAAATGTTTGTTTCTGTGTTGAAACTAGGTTACTACAACTGGTACAAAACA-----GCCTCAGAGACGGAGTTTTAAACTTCTAACTCGTCTTT-ATATATCTATAAT--------------------AA---ATTAATTAATTTCTTCTGCAAGAAT-AACTT----------TGCTTAATAATTTACACTT
gi|15 : AC--ACACCA-TTTTACA---TTATGCTAACACCGCCCACTTACAACAGTAATAAG-GTCACAATAAAAAGGTAATCATGGTCAACAACCACATCATTTC-TC---AAGTTCATCATTGATA-CTAGCATACTCTCTAAAATCAAACTTTATTAAACTGCTTTAATAAATATTTATGTTGTTAATGTATGAAAATTCAATTTACTTACGTGAAATCTACATTGTTTCAGCAGCGAC
gi|16 : A-TTTTACA---TTATGCTAACACCACCCACTTACAACAGTAATAAAAGTCACAATAAAAAGGTAATCATGGTCAACAACCGCATCATTTC-TT---ATGTTCATCATTGATA-CTAGCATACTCTCCCAAACTAAACTTTATTAAACTGCTTTTATAAATATGTGTGTTGTTAATGTATGAAAATTCA--------ACGTGAAATCTACATTGTTTTAGCAGCGACcgcagtgaaataaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaggtcag
gi|17 : GCTAACACCACCCACTTACAACAGTAATAAAAGTCACAATAAAAAGGTAATCATGGTCAACAACCGCATCATTTC-TT---ATGTTCATCATTGATA-CTAGCATACTCTCTCAAATTAAACTTTATTAAACTTCTTAAATAAATATTTGTGTTGTTAATGTATGAAAATTCAATTTACTTAAGTGAAATCTACATTGTTTCAGCAGCGACcgcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaggtcaattg
gi|18 : ACCACCCACTTACAACAGTAATAAAAGTCACAATAAAAAGGTAATCATGGTCAACAACCGCATCATTTC-TT---ATGTTCATCATTGATA-CTAGCATACTCTCTCAAATTAAACTTAATTAAACTGCTTTAATAAATATTTGTGTTGTTAATGTATGAAAATTCAATTTATTTAAGTGAAATCTACATTGTTTCAGCAGCGACcgcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaagaggtcaa
gi|19 : tGTAGAACGTGGTGGAACTTTACTTCTCTTGTGGTTTCACAAGGACGCACAACAATAGTCAT----CCGACGGCATTTTAACTGAACTGAAATAAAATTCATATAACAA------TAAGTCACTTATAAATAGTTGATGAGTAAAA-----AAAATAAAATA----AA-ATATTATGAAACATGTACAGTATAATTATCAATGACAT-TTC-TTTCTGTGTcgcgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaagaggtcaa
gi|2 : TGTAAAATGTAGAACGTGGTGGAACTTTACTTCACTTGCGGTTACACTAGGACACACAACAATAGTCAT----CCGGCGGTATTTTAATTGAACTGAAATAAAATTCATATAACAATAAACTTAAGTCACTAATAAATAGTTGATGAGTAAAA-AAATAAAATTAAA-A----AATATATTGTGAAACATGTACAGTTTAATTA-CACGGGAACGTTCGTTTCTGTGTTGAAACTAGGCTACTACAACTGGTACAAAACACTGCGGCCTCAGAGACGGATTTTTAAACTTCTAACTCATCTTT-ATATATCTATAATAAATTATGTTCT--TAAAACAA---ATTAATTAATTTCTTCTGCAAGAAT-AACTT----------TTCTTAATAATTTACACTTAT----------------------ATAC------------C--A--CACAC--ACACCA-TTTTACAACATTATGCTAACACCATCCACTTACAACAGTAATAAAAGTCAAAATAAAAAGGTAATCATGGTCAACAACCGCATCATTTC-TT---AAGTTCATCATTGATA-CTAGCATACTCTCTAAAATTAAACTTTATTAAACTGCTTTAATAAATATTTGTGTTGTTAATGTATGAAAATTCAATATTCTTACGTGAAATCTACATTGTTTCAGCAGCGAC
gi|20 : TGTAAAATGTAGAACATGGTGGACCTTTACTTGTCTTGTTGTTACACAAGGGCACACAACAATAGTCAT----CCGGCAGCATTTTAATTGAAATGAAATCAAATTCATGTAAcgcggtaaaacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaggtcaata
gi|3 : TGTAAAATGTAGAACATGGTGTAACTTTACTTCTCTTGTGGTTACGAAAGGACACACAACAA--GTCAT----CCGGCGGCATTTTAATTGAACTGAAAAAAAA---ACA-AACAATAAACTTAAGTCACTAATAAATATTTGATGAGTAAAA-AAATAAAATAAAA----------TATTATGAAACATGTACAGTATAATTA-CACGGGAATGTTCGTTTCTGTGTTCAAACCAGGCTACTACAACTGGTACAAAACG-----GCCTCAGAGACGGAGTTTTAAACTTCCAACTCGTCTTT-ATATATCTATAATAAATTATGTTCT--TGAAACAA---ATTAATTAATTTCTTCTGCAAGAAT-AACTT----------TTCTTAATAGTTTACACTTAT----------------------ATACCACACTCTCACAC--A--CACAC--ACACCA-TTTTACA---TTATGCTATCACCACCCACTTACAACAGTAATAAAAGTCACAATAAAAAGGTAATCATGGTCAACAACCGCATCATTTC-TTAAGAAGTTCATCATTGATA-CTAGCATACTCTCTAAAATTAAACTTTATTAAACTGCTTTGATAAACATTTGTGTTGTTAATGTATGAAAATTCAATTTACTTACGTGAAATCTGCATTGTTTCAGCAGCGAC
gi|4 : GTAAAATGTAGAACGTGGTGGAACTTTACTTTTCCTGTCATTACACAAGAACACACAACAATAGTCAT----CCGACGGCATTTCAATTGAACTGAAATAAAATTCATATAACAATAATCTTAAGTCACTAATAAATAGTTGATGAGTAAAACAAATAAAA----A-A----AA-ATATTATGAAACATGTACAGTATAATTA-CACGGGAATGTTCGTTTCGGTGTTGAAACTAGGTTACTATAACTGGTACAAAACA-----GCCTCAGAGACGGAGTTTTAAACTTCTAACTCGTCTTT-ATATATCTATAATAAATTATTTTCT--TGAAACAA---ATTAATTAATTTCTTCTGCAAGAAT-AACTT----------TTCTTAATAATTTACACTTAT----------------------TTAC------------C--A--GACACGTACACCA-TTTTACA---TTATGCTAACACCACCCACTTACAACACTAATAAAAGTAACAATAAAAACGTAATCATGGTCAACAACAGCATCATTTCATT---A-GTTCATCATTGATAGTTAGCATACTCTCTAACAGTAAACTTTATTAAACTGCTTTAATAAATATTTGTGTTGTTAATGTATGAAAATTCAATTTACTTATGTAAAATCTACATTGTTTCTGCAGCGACcgcggcgaaactannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagaggtcaatt
gi|5 : GTAAAATGTAGAACGTGGTGGAACTTTACTTCTCTTGTGGTTACACAAGGACACACAACAATGGTCAC----CCGACGGCATTTTAATTGAACTGAAATAAAATTCATATAAAAATAAACTTAAGTCACTAATAAATCGTTGATGAGTAAAA-AAA--AAATAAAA-A----AA----TTATGAAACATGTACAGTATAATTA-CACGGGTATGTTCGTTTCGGTTTTGAAACTAGGTTACTACAACTGGTACAAAACA-----GCCTCAGAGACGGAGTTTTAAACTTCTAACTCGTCTTT-ATATATCTATAATAAATTATGATCT--TGAAACAA---ATAAATTAATTTCTTCTGCAAGAAT-AACTT----------TTCTTAATAATTTACACTTAT----------------------TTAC------------CAGA--CACAC--ATACCATTTTTACA---TTATGCTAACACCACCCACTTACAACAGTAATAAGA--CACAATAAAAAGGTAATCATGGTGAACAACAGCATCATTTCATT---A-GTTCAACATTGATAGTTAGCATATTCTCTAAAATCAAACTTTATTAAACTGCTTTAATAAATATTTGTGTTGTTCATGTATGAAAATTCAATTTACTTAAGTGAAATATACATAGTTTCAGTATCGACcgcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaggtcaat
gi|6 : TGTAAAATGTAGAACGTGGTGGAACTTTACTTCTC----------------ACACACATCAATAGTCAT----CCGACGGCATTTTAATTGAACTGAAATAAAATTCATATAACAATAATCTTAAGTCACTAATAAATAGTTGATGAGTAAAA-AAATAAAATAAAA-T----AA-ATATTATGAAACAGGTACAGTACAATTA-CACGGGAATGTTCGTTTCTGTGTTGAAACTAGATTACTACAACTGGTACAAAACA-----GTCTCAGAGACGGAGTTTTAAATTTCTAACGCGTCTTT-ATATATCTATAATGAATTATGTTCT--TGAAACAAATTATTAAGTAATTTCTTCTGCAAGAATAAATTT----------TTCTTAATAATTTACACTTAT----------------------ATACCACA--------C--A--CACAC--ACACCA-TTTTACA---TTATGCTAATACCACCCACTTACAACAGTAATAAAAGTCACAATAAAAAGGTAATCATGATCAACAACCGCATCATTTC-TT---ATGTTCATCATTGATA-CTAGCATACTCTCTCAAATTAAACTTTATTAAACTGCTTTTATAAATATTTGTGTTGTTAATGTATGAAAATTCAATTTACTTACGTGAAATCTACATTGTTTCAGCAGCGACcgcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaggtca
gi|7 : TGTAAAATGTAGAACGTGGTGGAACTTTACTTCACTTGTGGTTACACAAGGACACACAACAATAGTCAC----CCGACGACATTTTAATTGTACTGAAATAAAATTCATATAACAATAAATTTAAATCACTAATAAATAGTTGACGAGTAAAA-AAATTAAACAAGA-A----AA-TTATTATGAAACATATACAGTATAATTA-CACGGGAATGTTCGTTTCTGTGTTGAAACTAGGCTACTACAACTGGTACAAAATA-----GCCTCAGAGACAGAGTTTTAAACTTCTAACTCGTC-----TATATCTACAATTAATTATGTTCT--TGAAACAA---ATTACTTAATAACTTCTGCAAGAAT-AACTT----------TTCTTAATAATTTACACTTAC----------------------GTAC------------CAGA--CACAC--ACACCA-TTTTACA---TTATGCTAAC--------------ACAGTGATAAAAGTCACAATAAAAATGTAATCACGGTCAACAACCGCATCATTTC-TC---AAGTTCATCATTGATA-CTAGCATACTCTCTAAAATTAAACTTTATTAAACTGCTTTAATAAATATTTGTGTTGTTAATGTATGAAAATTCAATTTACTTACGTGAAATCTACATTGTTTCAGCAGCGACcgcagtgaaacaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaagaggtcaa
gi|8 : TGTAAACTGTAGAACGTGATGGAACTTTACTTCTCTTGTGGTAACACAAGGACACACAACAATAGTCAC----CCGACAGCATTTTAATTGAACTGAAATAAAATTCATATAACAATAAACTTAAGTCACTAATAATAAATTAATGACTATAA-AAATAAAATAAAA-A----AA-GTATTATGAAACATATACAGTATAATTA-CACGGGAATGTTTGTTTCTGCGTTGAAACTAAGCTACTACAACTGGTACAAAACA-----GCCTTAGAGACAGAGTTTTAAACTTCTAACTCGTCTTT-AT---------------------TT--TGAATCAA---ATAAATTAATT-CTTCTCCAAGAAT-AA-TT----------TTCTTAATAATTTACACTTAT----------------------TTAC------------C--AGACACAC--ACACCA-TTTTACA---TTATGCTAAAACCGCCCACTTACAACAGTAATGAAAGTCACAATAAAAAGGTAATCATGGTCAACAACCGCATCATTTC-TT---AAGTTCATCATTGATA-CTAGCATACTCTCTAAAATTAAACTTTATTAAACTGCTTTAATAAATATTTGTGTTGTTAATGTATGAGAATTCAGTTTACTTACGTGAAATCTACATTGTTTCAGCAGCGACcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaggtca
gi|9 : TGTAAAATGTAGAACGTGGTGGAACTTTACTTCTCTTGTGGTTTCACAAGGACACACAACAATAGTCAT----CCGACGGCATTTTAATCGGACTGAAATAAAATTCATATAACAATAATCTTAAGTCACTAATAAATAGTTGATGGGTAAAA-AGATAAAATAAAA-A----AA-ATATTATGAAACATGTACAGTATAATTA-CACGGGAATGTTCGTTTCTGTGTTGAAACTAGGTTACTACAACTGGTACAAAACA-----GTCTCAGAGACGG-GTTTTAAACTTCTAACTCATCTTT-ATATAATTATAATGAATTATTTTCT--TGAAACAA---ATTAAGTAATTTCTTCTGCAAGAAT-AACTT----------TTCTTAATAATTTACACTTAT----------------------ATAC------------C--A--CACAC--ACACCA-TTTTACA---TTACGCTAACACCACCCACTTACAACAGTAATAAAAGTCACAATAAAAAGGTAATCATGGTCAACAACCGCATCATTTC-TT---ATGTTCATCATTGATA-CTAGCATACTCTCCCAAATTAAACTTTATTAAACTGCTTTTATAAATATATGTGTTGTTAATGTATGAAAATTCAGTTTACTTA-GTGAAATCTACATTGTTTCAGCAGCGACcgcggtgaaacaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggatttagaagaggtcaatta
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): ATCAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGGATTTAGAAGAGGTCAATACAC