lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111111111111111111111111 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 222222222222222222 44444444444444444444 111 8888888888888888888888888888888888888888888888888 444444444444444444444444444 55555 1 11111 1 11 111 2222222222 2222222 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 111 111 2 00000000000000000000000000 22 1111 11 5555555555555555555555555555555555555555555 1 11 33 333 888888 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 222222 222 222 1 222222
lowQualScore : 6 44 4 333333333333333333 2 55555555555555555555 4 111 1 2 8888888888888888888888888888888888888888888888888 7 999 777777777777777777777777777 6 66 22222 1 11111 6 7 3 00 1 000 444 3333333333 99 7777777 1 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 0 444 222 1 66666666666666666666666666 11 9999 33 33 2 0000000000000000000000000000000000000000000 1 0 00 0 44 999 777777 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 888888 333 888 1 7 888888 6
lowQualScore : . .. . .................. . .................... . ... . . ................................................. . ... ........................... . .. ..... . ..... . . . .. . ... ... .......... .. ....... . .......................................................................... . ... ... . .......................... .. .... .. .. . ........................................... . . .. . .. ... ...... .............................................................................................................. ...... ... ... . . ...... .
lowQualScore : 0 88 4 444444444444444444 4 55555555555555555555 4 444 4 5 9999999999999999999999999999999999999999999999999 1 666 999999999999999999999999999 2 99 00000 8 11111 8 8 0 99 7 000 777 8888888888 22 0000000 7 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 8 000 888 2 55555555555555555555555555 55 8888 22 88 2 8888888888888888888888888888888888888888888 8 8 88 2 00 000 000000 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 777777 000 777 0 0 777777 0
consensus : NGTCAGAACTCCGTTACAC-GG-TGAGCCG-TTTCT--CG-A-----CAGAGTCACA----ACGGNT--------ACAGTTA-AC--GTTCCACCACGA-A------AA--GTT---T----------CT-CTT------T--G---GTGGTGAATTTAAACGGATTAAGAACNTAAAATGGCA-------------T-TTTTCT--CATTTCATT--ATATAGTTT-----CTTGATCAGATTTTGTATCTCCGCTAGTTTGAATACTTTAAC---ACGAGTTTATTGTCAAATATTTGC--AAACT---T---TATCATATATTCGATATTTTAT-TTAT-----ATAA--NCT-TNNTGAAATTGCTTTTAATTCTGCTAAA----ATTNTNTTCCGATACAT---TGCTGC--TTATATTCTTCTGATCAGAGAGCCGTCTAAAAGAC--A--AAC-AATAACCTT-CATACCGCGGAA-AATAATAATTTTGATGTTTTCN----AGTGTNAACGTTTCACCCAAAAGGTGTTACGGTTCCCTACCGATTACATATTTAATGTATCAGATTCTCATCGACATATTATTCAATTTCAGGAGAGAAAACCAA---AAGTGCAGCAGTTGCAATTCA--GTGCTCGGAACAG-------GGN-AGTACG----T--C-GT----------GTTGAGGCTCATAGAAA---------T---------GTATA----------TT---CCGTTGNAGA-TGGTTTAAATCCN--AATAAACACAGGTCACGTGTTAAATACGATTGGGCTTGCTTAGTT
Reference ( gi|1 ) : AGTCGGAACTCCGTTACAT-GG-TGAGCCG-GTTCC--CG-A-----CAAAGTCATA----ACGGTT--------ACAGTTA-AC--GTTCCACCACGA-A------AA--GTT---T----------CT-CTT------T--G---GTGGTGAGTTTAAACAGATTAAGAACCTTAAATTGCA-------------T-TTTTCT--CATTTCATTGAATATATTTT-----CTTGATCAAAGTTTGTATCTCCGCTAGTTTGAATACTTTAAC---ACGAGTTTATTGACAAGTTTTTGC--AAACT---T---TATCATATATTT----TTTTAT-TTAT-----CTAA--TCT-TAATGAAATTGCATTTAATTCTGCTAAA----ATC--------ATACAT---TGCTGT--TTATATTCTTTTGATCAAATAGCCTTCAAAAAGATTGATTAATTAATAATCTTCCATACTGCGGAA-AATAATAATTTTAATGTTATCT----GGTGTAAATGTGTCTCCCAGACGGTATTGCGGGTGCCAACCGACTACATATTTAATGCATCAGATTCCCATCGACATATTATTCAATAACAGGTTGGAAAACTAACTGAAGTGCAGCAGTTGCAATTC---GTGTTTGAAATAG-------GGT-AGTAAG----T----GT----------GTTGAGACTCATAGAAA---------T---------GTACA----------TT---CTGTTGTTGG-TGGTTTAAATCCT--AATAAACACCATTCACATGTTTAATATTATCAGGTTTGCTTAATT
gi|14 : GTCAGAACTCCGTTACAC-GG-TGAGCCG-TTTCA--GGTAT----CAGAATAATA----ATGAAT--------ACAATTA-
gi|16 : cGTCAGAACTCCGTTACAC-GT-TGAGCCG-gaacca
gi|15 : tctTCAGAACTCC-TTACTTTGG-TGAGCCA-TGTCT--CG-A-----CAAAGCCACA----ACCAAT--------ACAGT
gi|4 : tcctCAGAACTCTGTTATAC-GA-TGAACCGTGTCTCAACG-ATGTACCAGAGTCACA----ACGAAT--------ACAGTTA-AC----TCCACCAAGTTA------AATTGTT---C----------CTGCAT------T--G----TGGTGAATTTAAATGGGTTATGAACCTAAAATGAAA-------------T-GTT------ATTTCATT---TATAATTT-----CC--ATCATATTTTATATCACCACTAGTTTGAACACTTTAGT---ACAAGTTTATTGCCGAATATTTGC--AAACT---A---TATCATGCATTCGATATTTTA--TAATAAAAACAAACTTCT-TGA--AAATTGCTTTTATTTCTAC-ATA----ATTTTGTTTCGATACATAACTGCTCTCATTATATTTTTCTGATCAAAGAGCCGTCTAAAAG-------AATAAATAACCTT--ATA-----GA-------------TAACGTT-TCTCCCAGG---GA--GTGTC------ACGG--TTGC-----CTAGC-GACTACATGTTTAATGTATCTGACTCTCATTGATATATTGTTCAATTTCAGGAAAGAAAATCA----AAGTGCACCAATTGCAACTC---
gi|3 : GAAATCCGTTACAC-GA-TGAGCCC-TTTCT--CG-G-----CGAAG---------ACAGGT--------A---TCA-GA--GTT--ACCACGA-A------A-----------------------C---------------GTGGTAAATTTAGACGAATTAAGAGC--------ACA-------------T-TTATCT--CATCTCATC--AT-TAGTTT-----CTTGATCAGATTTTGTACCTCCGCTAGTATGAATACTTTAAC---ACGAGTTTATAATCAAAGAATTGT--TAAGT---A---TATCATATACTC----GAT-ATATTAT-----ATAA--ACT-TA-------------TA-TTCCGATACA----ATG--------ATAC-------------TTATATTCTTTTGATGAAAGAGTCATTGAAAAGA---A--AACCAATAATCTTCCATACCGCGGAA-AATAATAATGCTGATGTTTTCA----AGTGTTAACAT-TCACCCAAAATGTGTTACGGTTGCCTACCCACTTCATATTTAATTCATCAGGTT--CATCGACATAagtatgtcaat
gi|7 : GAACTCCATTACAT-GG-TGAGCCG-TTTCT--CA-A-----AAAAGTCAT--------GTC--------TCAATCAGAC----TCC-CTAAGA-ATGTTAAAA--CAT---T----------GT-CTT------TATG---GTGGTGAACTAAAATGTAGGGAGAGCATAAAATGGCA-------------CCTTTTCC--CATTTCATTAA---TAGTTT-----CTTGATCTGATTTTGTATCTACG---ATT--AATGATTAAAC---AC-AGTTCA-TGTCAAATATTTTC--AAACTACATGTATATTATATA-TT----CAATATGTTAT-----ATAA--ACG-TTTTG-GATTAC-TTTTATTCTGCTAAATTATATTATATTCCAATACAT---TGCTGT--TTATATgaaggaacaaacaaaatgtaagggggtggggggggggggggtcagtacgtcaccatattgaggcatagaaataaaaataatgtttatttgtccgttgcagatagtttaaatcccccaaaaaacactgatcacgtgtcaaatacatttgggtttgcttagttt
gi|8 : aCTCTGTTACAT-GG-TGAACCT-TGTCT--CG-A-----CCAAGTCATGTATCAGAGTCGCTACAAAACAGTTA-ACAAGTTCCA-----A-A------AA--ATT---TGTTGACATATTT-CTA------T--G---GTGGTGAATTTAAATGAATTAAGAACCTAAAATGGCAGTTTTTTGTTTTGT-TTTTTT--CTTTTCATTTTAT-TACTTT-----CTTGATCAGATTTTGTATCTTCTATAGTTTGGATACCTTGAA---ATGCATTTA-TGAC
gi|10 : GTTACAG-GA-AGAGCCG--TTCC--CG-A-----CAA---CGTA-------GTTGGAAG---ACAGTTT-GC--GTTTCACCACG----------A--GTT---TGGTTA-----CT-TTTTATCCAT--G---TTAGTGAATTTAAA-----TGAGAA-GTTAA-------------------------TT--CGTTTTATTA---ATAGTTT-----CTTGATCAGATTTTATtaaatatcatattatattcagtattttc
gi|13 : tcagaataGTTACAT-GGACGAA------------G-A-----TAGAGACACC----ATGATT--------ACAGTTA-AC--ATTCCACCACGA-G------GT--GTT---T----------AT-TTT------T--A---G
gi|9 : tccgttaaaatgtt-----CAGAGTCACA----ACG-------------AATTC-A---GTTCAACCACGA-A------AC--GTTAAAT----------TG-CCC------T--GTATGTGGTAAATTATAACGGATTAAAAGTGTAAAGTGGCT-------------T-TTTTCTTTCATTTCATC-AATATTTTCTTGATCCTTGATCAGATTTTGTA
gi|5 : tctccacgaagacaggactAGTCA------ACGTTT--------ACAGTTA-AC--GTTCCAC--------------A--ATT---T----------CT-CTCCA----T--G---GTCACGATTTTAAACGGATTAAGAAGTGTAAAAAACG-------------T-TTTTCT--CATTTCATTAA---TAGTTT-----CATAAT--AA-----TAT---------TTTGTATACTTAAAT---A-GGGTTTATTTTCAAATATTTAC--AAACT---T---TACCATATATTCGATCTTTTAT-ATA--------AA--TTTATAA--AAATAGCTTTTAAATCTGCTAAA----TTCTATTTCG-ATACAT---TGCTGC--TTGTATTCTTCTAATCAGA--GTCGTTTAAAAGACAGGTTGA--------CCTGTATACCGCGGAA-AATAATAATTTTGATGTTTTCA----AGTGTTAAAGTTTCTCCCAAAAGGTGCTACCGTTCCCTATCGATTACATATTTAATGTAT
gi|2 : g---GTGGTGAAGTTAAACGGATTTAAAACCAAAAATGGCA-------------T-TTT-CT--GTTTTCATT---TATAATTT-----CCTGATCATATTTTGTATTTCCGCTACTTTGAATACTTTAACTCGTCGAGTTTATTTCCAAATATTTGT--AAACT---T---AATCATAAATTCGATATTTTAG-TTA--------AA---CT-TCTTGAAATTGCTTTAAATTCTGC-AAA----ATTATTTTGCAATAGAT---TGCTGC--TTATATTCTTTAGATCAGAGAGCCGTC-------TTTA--AAC--ATA--CTT-CATATCG-GGAACAATAATAATTTTGCTGTATTCT----AGTGTAATTGTTACATCAATA-GGTGTTACGGTTCCCTACCGATTACATATTCAATGCATTAGATTCTCATAGACATATCATTCAGTTTCAGGAGAGAAAAC-AA---AAGTTCAGCAGTTGTAGTTCATTGTACT---AATAACCATCACGTC-AGTACGTCACT----TT----------GTTAAGGCTCATAGAAATGATAAAAGT---------GTATT----------TT---CTGTT-TCGGATGGTTTAAATCTA--AATAAGCACAGGTCACGTGTTAAACATAAT
gi|11 : aagtgtctctgtatagtcatcTATAGTTT-----CTTGATCAGATTTTGTATCTACTACAACTTGAATACTTTAAC---ATG-------TG------TTTTGCCTAA----------TATCATATATTCAGTATTTTAT-GTAt
gi|12 : tcttatCCTACCAGTCACACATTGAATTTATCAGCTTCTCATCGACATATTATTCAATa
gi|6 : ctagtgacgattgttactcggatttttacatactgttcTGCAGCAGTTGCAATTGAA-G-GTTCGG--CAG-------GGG-AGTCAG----TACTAGTACATCGCTGGGTTGAGGCTCATAAAAA---------T---------GAATAAAAGTGTATTTT---CTGTTGAAGA-TGGTTTAAATCCT--AATAAACACAAGTCACATGTTAAATACGAATGGGCTTGTTTAGTT
gi|3 : aG-------GGTCAGTACG----TCACCAT----------ATTGAGGC--ATAGAAA---------TAAAAATAATGTTTA----------TTTGTCCGTTGCAGA-TAGTTTAAATCCCCCAAAAAACACTGATCACGTGTCAAATACATTTGGGTTTGCTTAGTTgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcggataaacggcatattataacaaagcagtttgatttgatttgaaattttga
Alignments
lowQualScore : 3333333333333333333333 666666666666666666666666666666666666666666666666666 2222222222222 22222 1111111 2222222 222222222 111111 2222222222222 11111 333333333333 11 1 1111111 111 333333333333 111 66666666666666666666666666 8888888888888888888888888888888888888888 11
lowQualScore : 4 2 4 4444444444444444444444 666 77 55 4 999 0 1 333333333333333333333333333333333333333333333333333 1 4 1 11 4444444444444 4 7777 33333 4 0 3333333 1 77 0 0 0 888 22 0 0 1 0 1111111 2 0 333333333 1 222222 3 7 6666666666666 2 66666 0 1 0 888888888888 22 99 2 0 1 1 1 0 6 2 0 0 77 0 8888888 2 5 3 666 111111111111 444 33333333333333333333333333 2 2222222222222222222222222222222222222222 2 22 33 1 3 0 4 0
lowQualScore : . . . ...................... ... .. .. . ... . . ................................................... . . . .. ............. . .... ..... . . ....... . .. . . . ... .. . . . . ....... . . ......... . ...... . . ............. . ..... . . . ............ .. .. . . . . . . . . . . .. . ....... . . . ... ............ ... .......................... . ........................................ . .. .. . . . . .
lowQualScore : 4 2 4 6666666666666666666666 444 88 55 0 000 1 1 777777777777777777777777777777777777777777777777777 9 4 0 99 4444444444444 4 0000 55555 0 7 0000000 4 00 2 1 2 888 00 1 1 4 1 0000000 2 1 222222222 0 222222 2 3 3333333333333 5 77777 8 0 8 444444444444 22 22 5 0 0 0 4 8 6 5 8 8 00 2 5555555 5 0 2 666 222222222222 888 88888888888888888888888888 5 5555555555555555555555555555555555555555 0 22 88 0 5 2 2 7
consensus : NGTCAGAACTCCGTTAC-ACGGTGAGCCGTTTCTCG-A-------------C--------AG---AGTCACAACGANTACAGTTA-AC--GTTCCACCACGA-A------AA--GTT----------T-----CT-CTT------T--G---GTGGTGAATTTAAACGGATTAAGAA-CNTAAAATGGCA-------------T-TTTTC--TCATTTCATT--AT-A-TAGTTT-------CTTGATCAGATTTTGTATCTCCGCTAGTTTGAATACTTTAACACG---AGTTTATTGCCAAATATTTGCAAACT---T---TATCATATATTCGATATTTTATTTAT----ATAAACTTNTTG-AAATTGCTTTTAATTCTGCTAAA----ATT-T-TTTCGATACATTGCTGC-----TTATATTCTTTTGATCAAAGAGCCGTCTAAAAGA-----TAANCAATAACCTTCCATACCGCGGAA-AATAATAATTTTGATGTTTTCNAGTGTNAACGTTTCTCCCAAAAGGTGTTACGGTTNCCTACCGACTACATATTTAATGCATCAGATTCTCATCGACATATTATTCAATTTCAGGAGGGAAAACCAA---AAGTGCAGCAGTTGCAATTCA--GTGTTNGGAAC----AGGG--CAGT----------ACGT---CG---T---GTTGAGGCTCATAGA---------AATG---------TATA----------T---TCTGTTGCGGATGGTTTAAAT--CCTAATAAACACCGGTCACGTGTTAAATACGATTGGGTTTGCTTAGTT
Reference ( family-4036 ) : NGTCAGAACTCCGTTAC-ACGGTGAGCCGTTTCTCG-A-------------C--------AG---AGTCACAACGGNTACAGTTA-AC--GTTCCACCACGA-A------AA--GTT----------T-----CT-CTT------T--G---GTGGTGAATTTAAACGGATTAAGAA-CNTAAAATGGCA-------------T-TTTTC--TCATTTCATT--AT-A-TAGTTT-------CTTGATCAGATTTTGTATCTCCGCTAGTTTGAATACTTTAACACG---AGTTTATTGTCAAATATTTGCAAACT---T---TATCATATATTCGATATTTTATTTAT----ATAANCTTNNTG-AAATTGCTTTTAATTCTGCTAAA----ATTNTNTTCCGATACATTGCTGC-----TTATATTCTTCTGATCAGAGAGCCGTCTAAAAGA-----CAAACAATAACCTT-CATACCGCGGAA-AATAATAATTTTGATGTTTTCNAGTGTNAACGTTTCACCCAAAAGGTGTTACGGTTCCCTACCGATTACATATTTAATGTATCAGATTCTCATCGACATATTATTCAATTTCAGGAGAGAAAACCAA---AAGTGCAGCAGTTGCAATTCA--GTGCTCGGAAC----AGGG--NAGT----------ACGT---CG---T---GTTGAGGCTCATAGA---------AATG---------TATA----------T---TCCGTTGNAGATGGTTTAAAT--CCNAATAAACACAGGTCACGTGTTAAATACGATTGGGCTTGCTTAGTT
gi|1 : GTCGGAACTCCGTTAC-ATGGTGAGCCGGTTCCCG-A-------------C--------AA---AGTCATAACGGTTACAGTTA-AC--GTTCCACCACGA-A------AA--GTT----------T-----CT-CTT------T--G---GTGGTGAGTTTAAACAGATTAAGAA-CCTTAAATTGCA-------------T-TTTTC--TCATTTCATTGAAT-A-TATTTT-------CTTGATCAAAGTTTGTATCTCCGCTAGTTTGAATACTTTAACACG---AGTTTATTGACAAGTTTTTGCAAACT---T---TATCATATATTT----TTTTATTTAT----CTAATCTTAATG-AAATTGCATTTAATTCTGCTAAA----ATC--------ATACATTGCTGT-----TTATATTCTTTTGATCAAATAGCCTTCAAAAAGATTGATTAATTAATAATCTTCCATACTGCGGAA-AATAATAATTTTAATGTTATCTGGTGTAAATGTGTCTCCCAGACGGTATTGCGGGTGCCAACCGACTACATATTTAATGCATCAGATTCCCATCGACATATTATTCAATAACAGGTTGGAAAACTAACTGAAGTGCAGCAGTTGCAATTC---GTGTTTGAAAT----AGGG--TAGT----------AAGT----G---T---GTTGAGACTCATAGA---------AATG---------TACA----------T---TCTGTTGTTGGTGGTTTAAAT--CCTAATAAACACCATTCACATGTTTAATATTATCAGGTTTGCTTAATT
gi|10 : aTCAGAAT--AGTTAC-AGGAAGAGCCGTTCC-CG-A-------------C--------AACGTAGTTGGAA--G--ACAGTTT-GC--GTTTCACCACG----------A--GTT----------TGGTTACT-TTTTATCCAT--G---TTAGTGAATTTAAATG-----AGAA-GTTAA--------------------------T--TCGTTTTATT--A--A-TAGTTT-------CTTGATCAGATTTTAT
gi|11 : TT--ATTA-TAGTTT-------CTTGATCAGATTTTGTATCTACTACAACTTGAATACTTTAACATG---TGTT--TTGCCTAA-------------------TATCATATATTCAGTATTTTATGTA
gi|12 : tcTACTGTTCCCTACCAGTCACACATTGAATTTATCAGCTTCTCATCGACATATTATTCAATa
gi|13 : ctagtgacgattgttactcggatttttacaG-A-------------T--------AG---AGACACCATGATTACAGTTA-AC--ATTCCACCACGA-G------GT--GTT----------T-----AT-TTT------T--A---G
gi|14 : tccgttaaaatgttgttacatggacgaaGTCAGAACTCCGTTAC-ACGGTGAGCCGTTTCAGGTAT------------C--------AG---AATAATAATGAATACAATTA-
gi|15 : cTCAGAACTCC-TTACTTTGGTGAGCCATGTCTCG-A-------------C--------AA---AGCCACAACCAATACAGTgaacca
gi|16 : tcctGTCAGAACTCCGTTAC-ACGTTGAGCCG
gi|2 : tct---GTGGTGAAGTTAAACGGATTTAAAA-CCAAAAATGGCA-------------T-TTT-C--TGTTTTCATT---T-A-TAATTT-------CCTGATCATATTTTGTATTTCCGCTACTTTGAATACTTTAACTCGTCGAGTTTATTTCCAAATATTTGTAAACT---T---AATCATAAATTCGATATTTTAGTTA--------AACTTCTTG-AAATTGCTTTAAATTCTGC-AAA----ATTATTTTGCAATAGATTGCTGC-----TTATATTCTTTAGATCAGAGAGCCGTCTT----------TAAACA-TA--CTT-CATATCG-GGAACAATAATAATTTTGCTGTATTCTAGTGTAATTGTTACATC-AATAGGTGTTACGGTTCCCTACCGATTACATATTCAATGCATTAGATTCTCATAGACATATCATTCAGTTTCAGGAGAGAAAAC-AA---AAGTTCAGCAGTTGTAGTTCATTGTACTAATAACCATCACGT--CAGT----------ACGT---CACTTT---GTTAAGGCTCATAGA---------AATGATAAAAGTGTATT----------T---TCTGTTTCGGATGGTTTAAAT--CTAAATAAGCACAGGTCACGTGTTAAACATAATT
gi|3 : aagtgtctctgtatagtcatcGAAATCCGTTAC-ACGATGAGCCCTTTCTCG-G-------------C--------GA---AG-----ACAGGTA---TCA-GA--GTT--ACCACGA-A------A----------------------C------------------GTGGTAAATTTAGACGAATTAAGAG-CA--------CA-------------T-TTATC--TCATCTCATC--AT---TAGTTT-------CTTGATCAGATTTTGTACCTCCGCTAGTATGAATACTTTAACACG---AGTTTATAATCAAAGAATTGTTAAGT---A---TATCATATACTCGATA---TA-TTAT----ATAAACTTAT---------------ATTCCGATACA----AT--------GATA--------C-----TTATATTCTTTTGATGAAAGAGTCATTGAAAAGA-----AAACCAATAATCTTCCATACCGCGGAA-AATAATAATGCTGATGTTTTCAAGTGTTAACA-TTCACCCAAAATGTGTTACGGTTGCCTACCCACTTCATATTTAATTCATCAGGT--TCATCGACAT-------------AGAAGGAACAAACAA---AA-TGTA--AGGGG---------GTGGGGGGGGG----GGGGGTCAGT----------ACGTCACCA---T---ATTGAGG--CATAGAAATAAAAATAATG---------TTTA----------TTTGTCCGTTGCAGATAGTTTAAATCCCCCAAAAAACACTGATCACGTGTCAAATACATTTGGGTTTGCTTAGTT
gi|4 : CAGAACTCTGTTAT-ACGATGAACCGTGTCTCA-A-------------CGATGTACCAG---AGTCACAACGAATACAGTTA-AC----TCCACCAAGTTA------AATTGTT----------C-----CTGCAT------T--G----TGGTGAATTTAAATGGGTTATGAA-CCTAAAATGAAA-------------T-GTT------ATTTCATT---T-A-TAATTT-------CC--ATCATATTTTATATCACCACTAGTTTGAACACTTTAGTACA---AGTTTATTGCCGAATATTTGCAAACT---A---TATCATGCATTCGATATTTTA-TAATAAAAACAAACTTCTTGAAAATTGCTTTTATTTCTAC-ATA----ATTTTGTTTCGATACATAACTGCTCTCATTATATTTTTCTGATCAAAGAGCCGTCTAAAAGA------ATA-AATAACCTT--ATAt
gi|4 : AACGTTTCTCCCAGGGAGTGTCACGGTTGCCTAGCGACTACATGTTTAATGTATCTGACTCTCATTGATATATTGTTCAATTTCAGGAAAGAAAATC-A---AAGTGCACCAATTGCAACTCA--GTgataacgtttctcccagggagtgtcacggttgcctagcgactacatgtttaatgtatctgactctcattgatatattgttcaatttcaggaaagaaaatcaaagtgcaccaattgcaactcagtatgtcaat
gi|5 : cagaactctgttatacgatgaaccgtgtctcaacgatgtaccagagtcacaacgaatacagttaactccaccaagttaaattgttcctgcattgtggtgaatttaaatgggttatgaacctaaaatgaaatgttatttcatttataatttccatcatattttatatcaccactagtttgaacactttagtacaagtttattgccgaatatttgcaaactatatcatgcattcgatattttataataaaaacaaacttcttgaaaattgcttttatttctacataattttgtttcgatacataactgctctcattatatttttctgatcaaagagccgtctaaaagaataaataaccttatagatG---AGTCA--ACGTTTACAGTTA-AC--GTTCCAC--------------A--ATT----------T-----CT-CTCCA----T--G---GTCACGATTTTAAACGGATTAAGAAGTGTAAAA-AACG-------------T-TTTTC--TCATTTCATT--A--A-TAGTTT-------CATAATAATATTTTGTAT----------------ACTTAAATA-G---GGTTTATTTTCAAATATTTACAAACT---T---TACCATATATTCGATCTTTTAT--------ATAAATTTATAA-AAATAGCTTTTAAATCTGCTAAA-----TTCTATTTCGATACATTGCTGC-----TTGTATTCTTCTAATCAGAG--TCGTTTAAAAGA-----CAGGT--TGACCTG-TATACCGCGGAA-AATAATAATTTTGATGTTTTCAAGTGTTAAAGTTTCTCCCAAAAGGTGCTACCGTTCCCTATCGATTACATATTTAATGTATatgtcaat
gi|6 : TGCAGCAGTTGCAATTGA--AGGTTCGG--C----AGGG--GAGTCAGTACTAGTACAT---CG---CTGGGTTGAGGCTCATAAA---------AATG---------AATAAAAGTGTATTT---TCTGTTGAAGATGGTTTAAAT--CCTAATAAACACAAGTCACATGTTAAATACGAATGGGCTTGTTTAGTT
gi|7 : aAGAACTCCATTAC-ATGGTGAGCCGTTTCTCA-A-------------A--------AA---AGTCAT----GTCTCAATCAGAC----TCC-CTAAGA-ATGTTAAAA--CAT----------T-----GT-CTT------TATG---GTGGTGAACTAAAATGTAGGGAGAG-CATAAAATGGCA-------------CCTTTTC--CCATTTCATT--A--A-TAGTTT-------CTTGATCTGATTTTGTATCTACG---ATT--AATGATTAAACAC----AGTTCA-TGTCAAATATTTTCAAACTACATGTATATTATATATTCAATAT----GTTAT----ATAAACGTTTTG--GATTACTTTT-ATTCTGCTAAATTATATTATATTCCAATACATTGCTGT-----TTATATgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcggataaacggcatattataacaaagcagtttgatttgatttgaaattttga
gi|8 : CTCTGTTAC-ATGGTGAACCTTGTCTCG-ACCAAGTCATGTATC--------AG---AGTCGCTACAAA-ACAGTTA-ACAAGTTCCA-----A-A------AA--ATTTGTTGACATAT-----TT-CTA------T--G---GTGGTGAATTTAAATGAATTAAGAA-CCTAAAATGGCAGTTTTTTGTTTTGT-TTTTT--TCTTTTCATT--TT-ATTACTTT-------CTTGATCAGATTTTGTATCTTCTATAGTTTGGATACCTTGAAATG---CATTTATGACTAAATAT---CA-----------TAT--TATATTCAGTATTTT
gi|9 : -------------C--------AG---AGTCACAACGAATTCA---------GTTCAACCACGA-A------AC--GTTAAA-------T-----TG-CCC------T--GTATGTGGTAAATTATAACGGATTAAAAG-TGTAAAGTGGCT-------------T-TTTTCTTTCATTTCATC--A--A-TATTTTCTTGATCCTTGATCAGATTTTGTAc
Alignments
lowQualScore : 3333333333333 111111 1111111 555555555555555555555555555555555 2222222222222 22222 1111111 2222222 222222222 444444444444444 11111 2222222 1 1 1111111 666666666666666666666666666 444444444444 8888888888888888888888888888888888888888 11
lowQualScore : 4 2 4 4 6666666666666 666 111111 55 1 666 0 666 0 111 0000000 111111111111111111111111111111111 1 4 1 11 4444444444444 4 7777 33333 4 0 3333333 1 77 0 0 0 888 0 0 0 1 0 1111111 2 3 333333333 3 3 6 3 888888888888888 6 66666 3 1 0 9999999 8888 22 5 2 0 1 1 1 0 8 1 0 0 77 0 8888888 2 5 3 5 777777777777777777777777777 777777777777 2 2222222222222222222222222222222222222222 44 33 1 6 0 4
lowQualScore : . . . . ............. ... ...... .. . ... . ... . ... ....... ................................. . . . .. ............. . .... ..... . . ....... . .. . . . ... . . . . . ....... . . ......... . . . . ............... . ..... . . . ....... .... .. . . . . . . . . . . . .. . ....... . . . . ........................... ............ . ........................................ .. .. . . . .
lowQualScore : 4 2 4 0 5555555555555 444 111111 00 0 444 8 222 1 222 6666666 000000000000000000000000000000000 9 4 0 99 4444444444444 4 0000 55555 0 7 0000000 4 00 2 1 2 888 2 1 1 4 1 0000000 2 2 222222222 2 3 7 5 222222222222222 7 77777 8 0 8 6666666 8888 22 0 5 0 0 0 4 8 0 0 8 8 00 2 5555555 5 0 2 6 222222222222222222222222222 888888888888 5 5555555555555555555555555555555555555555 55 88 2 5 2 2
consensus : NGTCAGAACTCCGTTAC-ACGGTGAGCCGTTTCTCG-A-C-------------AG---AGTCA-----CAAC--GANTAC---AGTTAAC--GTTCCACCACGA-AAA--GTT---T----------CT-CTT------T--G---GTGGTGAATTTAAACGGATTAAGAA-CNTAAAATGGCA-------------T-TTTTC--TCATTTCATT--AT-AT-AGTTT-------CTTGATCAGATTTTGTATCTCCGCTAGTTTGAATACTTTAACACG---AGTTTATTGCCAAATATTTGCAAACT---T---TATCATATATTCGATATTTTATTTAT----ATAAACTTNTTG-AAATTGCTTTTAATTCTGCTAAA--AT-T-T---TTT-CGATACATTGCTGC-----TTATATTCTTTTGATCAAAGAGCCGTCTAAAAGA-----TAANCAATAACCTTCCATACCGCGGAA-AATAATAATTTTGATGTTTTCNAGTGTNAACGTTTC-TCCCAAAAGGTGTTACGGTTNCCTACCGACTACATATTTAATGCATCAGATTCTCATCGACATATTATTCAATTTCAGGAGGGAAAANCAA---AAGTGCAGCAGTTGCAATTCAGTGT--TNGGAA----CAGGGG---------CAGTACGT---CG---T---GTTGAGGCTCATAGA---------AA---------TGTATA----------T---TCTGTTGCGGATGGTTTAAAT--CCTAATAAACACCGGTCACGTGTTAAATACGATTGGGTTTGCTTAGTT
Reference ( family-4036 ) : NGTCAGAACTCCGTTAC-ACGGTGAGCCGTTTCTCG-A-C-------------AG---AGTCA-----CAAC--GANTAC---AGTTAAC--GTTCCACCACGA-AAA--GTT---T----------CT-CTT------T--G---GTGGTGAATTTAAACGGATTAAGAA-CNTAAAATGGCA-------------T-TTTTC--TCATTTCATT--AT-AT-AGTTT-------CTTGATCAGATTTTGTATCTCCGCTAGTTTGAATACTTTAACACG---AGTTTATTGCCAAATATTTGCAAACT---T---TATCATATATTCGATATTTTATTTAT----ATAAACTTNTTG-AAATTGCTTTTAATTCTGCTAAA--AT-T-T---TTT-CGATACATTGCTGC-----TTATATTCTTTTGATCAAAGAGCCGTCTAAAAGA-----TAANCAATAACCTTCCATACCGCGGAA-AATAATAATTTTGATGTTTTCNAGTGTNAACGTTTC-TCCCAAAAGGTGTTACGGTTNCCTACCGACTACATATTTAATGCATCAGATTCTCATCGACATATTATTCAATTTCAGGAGGGAAAACCAA---AAGTGCAGCAGTTGCAATTCAGTGT--TNGGAA----CAGGG----------CAGTACGT---CG---T---GTTGAGGCTCATAGA---------AA---------TGTATA----------T---TCTGTTGCGGATGGTTTAAAT--CCTAATAAACACCGGTCACGTGTTAAATACGATTGGGTTTGCTTAGTT
gi|1 : GTCGGAACTCCGTTAC-ATGGTGAGCCGGTTCCCG-A-C-------------AA---AGTCA-----TAAC--GGTTAC---AGTTAAC--GTTCCACCACGA-AAA--GTT---T----------CT-CTT------T--G---GTGGTGAGTTTAAACAGATTAAGAA-CCTTAAATTGCA-------------T-TTTTC--TCATTTCATTGAAT-AT-ATTTT-------CTTGATCAAAGTTTGTATCTCCGCTAGTTTGAATACTTTAACACG---AGTTTATTGACAAGTTTTTGCAAACT---T---TATCATATATTT----TTTTATTTAT----CTAATCTTAATG-AAATTGCATTTAATTCTGCTAAA--AT-C-----------ATACATTGCTGT-----TTATATTCTTTTGATCAAATAGCCTTCAAAAAGATTGATTAATTAATAATCTTCCATACTGCGGAA-AATAATAATTTTAATGTTATCTGGTGTAAATGTGTC-TCCCAGACGGTATTGCGGGTGCCAACCGACTACATATTTAATGCATCAGATTCCCATCGACATATTATTCAATAACAGGTTGGAAAACTAACTGAAGTGCAGCAGTTGCAATTC-GTGT--TTGAAA----TAGGG----------TAGTAAGT----G---T---GTTGAGACTCATAGA---------AA---------TGTACA----------T---TCTGTTGTTGGTGGTTTAAAT--CCTAATAAACACCATTCACATGTTTAATATTATCAGGTTTGCTTAATT
gi|10 : aTCAGAAT--AGTTAC-AGGAAGAGCCGTTCC-CG-A-C-------------AACGTAGTTG-----------GAAGAC---AGTTTGC--GTTTCACCACG----A--GTT---TGGTTA-----CT-TTTTATCCAT--G---TTAGTGAATTTAAATG-----AGAA-GTTAA--------------------------T--TCGTTTTATT--A--AT-AGTTT-------CTTGATCAGATTTTAT
gi|11 : TT--ATTAT-AGTTT-------CTTGATCAGATTTTGTATCTACTACAACTTGAATACTTTAACATG---TGTT--TTGCCTAA-------------------TATCATATATTCAGTATTTTATGTA
gi|12 : tcTACTGTTCCCTACCAGTCACACATTGAATTTATCAGCTTCTCATCGACATATTATTCAATa
gi|13 : ctagtgacgattgttactcggatttttacaG-A-T-------------AG---AGACA-----CCAT--GATTAC---AGTTAAC--ATTCCACCACGA-GGT--GTT---T----------AT-TTT------T--A---G
gi|14 : tccgttaaaatgttgttacatggacgaaGTCAGAACTCCGTTAC-ACGGTGAGCCGTTTCAGGTATC-------------AG---AATAA-----TAAT--GAATAC---AATTA
gi|15 : cTCAGAACTCC-TTACTTTGGTGAGCCATGTCTCG-A-C-------------AA---AGCCA-----CAAC--CAATAC---AGTgaacca
gi|16 : tcctGTCAGAACTCCGTTAC-ACGTTGAGCCG
gi|2 : tct---GTGGTGAAGTTAAACGGATTTAAAA-CCAAAAATGGCA-------------T-TTT-C--TGTTTTCATT---T-AT-AATTT-------CCTGATCATATTTTGTATTTCCGCTACTTTGAATACTTTAACTCGTCGAGTTTATTTCCAAATATTTGTAAACT---T---AATCATAAATTCGATATTTTAGTTA--------AACTTCTTG-AAATTGCTTTAAATTCTGC-AAA--AT-TAT---TTTGCAATAGATTGCTGC-----TTATATTCTTTAGATCAGAGAGCCGTCTT----------TAAACA-TA--CTTC-ATATCG-GGAACAATAATAATTTTGCTGTATTCTAGTGTAATTGTTACATC--AATAGGTGTTACGGTTCCCTACCGATTACATATTCAATGCATTAGATTCTCATAGACATATCATTCAGTTTCAGGAGAGAAAA-CAA---AAGTTCAGCAGTTGTAGTTCATTGTACTAATAACCATCACGT----------CAGTACGT---CACTTT---GTTAAGGCTCATAGA---------AATGATAAAAGTGTATT----------T---TCTGTTTCGGATGGTTTAAAT--CTAAATAAGCACAGGTCACGTGTTAAACATAATT
gi|3 : aagtgtctctgtatagtcatcGAAATCCGTTAC-ACGATGAGCCCTTTCTCG-G-C-------------GA---AG--A-----CAGG--TATCAG---AGTTA----------CCACGA-AA-----------------------C---------------GTGGTAAATTTAGACGAATTAAGAG-CA--------CA-------------T-TTATC--TCATCTCATC--AT--T-AGTTT-------CTTGATCAGATTTTGTACCTCCGCTAGTATGAATACTTTAACACG---AGTTTATAATCAAAGAATTGTTAAGT---A---TATCATATACTCGATAT---ATT-AT----AT-----------AAA---CTTATA----------------------TTC-CGATACAATGATAC-----TTATATTCTTTTGATGAAAGAGTCATTGAAAAGA-----AAACCAATAATCTTCCATACCGCGGAA-AATAATAATGCTGATGTTTTCAAGTGTTAACA-TTC-ACCCAAAATGTGTTACGGTTGCCTACCCACTTCATATTTAATTCATCAGGT--TCATCGACAT-------------AGAAGGAACAAACAA---AA-TGTA--AGGGG-------GTGG--GGGGGG----GGGGGGT--------CAGTACGTCACCA---T---ATTGAGG--CATAGAAATAAAAATAA---------TGTTTA----------TTTGTCCGTTGCAGATAGTTTAAATCCCCCAAAAAACACTGATCACGTGTCAAATACATTTGGGTTTGCTTAGTT
gi|4 : CAGAACTCTGTTAT-ACGATGAACCGTGTCTCA-A-CGATGTACC-----AG---AGTCA-----CAAC--GAATAC---AGTTAAC----TCCACCAAGTTAAATTGTT---C----------CTGCAT------T--G----TGGTGAATTTAAATGGGTTATGAA-CCTAAAATGAAA-------------T-GTT------ATTTCATT---T-AT-AATTT-------CC--ATCATATTTTATATCACCACTAGTTTGAACACTTTAGTACA---AGTTTATTGCCGAATATTTGCAAACT---A---TATCATGCATTCGATATTTTA-TAATAAAAACAAACTTCTTGAAAATTGCTTTTATTTCTAC-ATA--AT-T-TTG-TTT-CGATACATAACTGCTCTCATTATATTTTTCTGATCAAAGAGCCGTCTAAAAG-------AATAAATAACCTTt
gi|4 : AACGTTTC-TCCCAGGGAGTGTCACGGTTGCCTAGCGACTACATGTTTAATGTATCTGACTCTCATTGATATATTGTTCAATTTCAGGAAAGAAAATC-A---AAGTGCACCAATTGCAACTCAGTAT--atagataacgtttctcccagggagtgtcacggttgcctagcgactacatgtttaatgtatctgactctcattgatatattgttcaatttcaggaaagaaaatcaaagtgcaccaattgcaactcagtatgtcaat
gi|5 : cagaactctgttatacgatgaaccgtgtctcaacgatgtaccagagtcacaacgaatacagttaactccaccaagttaaattgttcctgcattgtggtgaatttaaatgggttatgaacctaaaatgaaatgttatttcatttataatttccatcatattttatatcaccactagtttgaacactttagtacaagtttattgccgaatatttgcaaactatatcatgcattcgatattttataataaaaacaaacttcttgaaaattgcttttatttctacataattttgtttcgatacataactgctctcattatatttttctgatcaaagagccgtctaaaagaataaataaccttatagatG---AGTCA-------AC--GTTTAC---AGTTAAC--GTTCCAC--------A--ATT---T----------CT-CTCCA----T--G---GTCACGATTTTAAACGGATTAAGAAGTGTAAAA-AACG-------------T-TTTTC--TCATTTCATT--A--AT-AGTTT-------CATAATAATATTTTGTAT----------------ACTTAAATA-G---GGTTTATTTTCAAATATTTACAAACT---T---TACCATATATTCGATCTTTTAT--------ATAAATTTATAA-AAATAGCTTTTAAATCTGCTAAA--TT-C-TA--TTT-CGATACATTGCTGC-----TTGTATTCTTCTAATCA--GAGTCGTTTAAAAGA-----CAGGT--TGACCTGT-ATACCGCGGAA-AATAATAATTTTGATGTTTTCAAGTGTTAAAGTTTC-TCCCAAAAGGTGCTACCGTTCCCTATCGATTACATATTTAATGTATgtcaat
gi|6 : TGCAGCAGTTGCAATTGAAGGT--TCGG------CAGGGGAGTCAGTACTAGTACAT---CG---CTGGGTTGAGGCTCATAAA---------AA---------TGAATAAAAGTGTATTT---TCTGTTGAAGATGGTTTAAAT--CCTAATAAACACAAGTCACATGTTAAATACGAATGGGCTTGTTTAGTT
gi|7 : aAGAACTCCATTAC-ATGGTGAGCCGTTTCTCA-A-A-------------AA---AGTCATGTCTCAATCAGACTCCCTAAG--AAT--GTT--------A-AAA--CAT---T----------GT-CTT------TATG---GTGGTGAACTAAAATGTAGGGAGAG-CATAAAATGGCA-------------CCTTTTC--CCATTTCATT--A--AT-AGTTT-------CTTGATCTGATTTTGTATCTACG---ATT--AATGATTAAACAC----AGTTCA-TGTCAAATATTTTCAAACTACATGTATATTATATATTCAATAT----GTTAT----ATAAACGTTTTG--GATTACTTTT-ATTCTGCTAAATTATAT-TATATTC-CAATACATTGCTGT-----TTATATgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcggataaacggcatattataacaaagcagtttgatttgatttgaaattttga
gi|8 : CTCTGTTAC-ATGGTGAACCTTGTCTCG-A-CCAAGTCATGTATCAG---AGTCG-----CTAC--AAA-AC---AGTTAACAAGTTCCA-----A-AAA--ATT---TGTTGACATATTT-CTA------T--G---GTGGTGAATTTAAATGAATTAAGAA-CCTAAAATGGCAGTTTTTTGTTTTGT-TTTTT--TCTTTTCATT--TT-ATTACTTT-------CTTGATCAGATTTTGTATCTTCTATAGTTTGGATACCTTGAAATG---CATTTATGACTAAATAT---CA-----------TAT--TATATTCAGTATTTT
gi|9 : -C-------------AG---AGTCA-----CAAC--GAATTC---A--------GTTCAACCACGA-AAC--GTTAAAT----------TG-CCC------T--GTATGTGGTAAATTATAACGGATTAAAAG-TGTAAAGTGGCT-------------T-TTTTCTTTCATTTCATC--A--AT-ATTTTCTTGATCCTTGATCAGATTTTGTAc
Alignments
lowQualScore : 3333333333333333333333 111111 1111111 55555555555555555555555555555555555 2222222222222 22222 1111111 2222222 222222222 444444444444444 11111 2222222 1 1 1 111 66666666666666666666666666 444444444444 8888888888888888888888888888888888888888 11
lowQualScore : 4 2 4 4444444444444444444444 666 111111 55 1 666 0 666 0 111 0000000 11111111111111111111111111111111111 1 4 1 11 4444444444444 4 7777 33333 4 0 3333333 1 77 0 0 0 888 0 0 0 1 0 1111111 2 3 333333333 3 3 6 3 888888888888888 6 66666 3 1 0 9999999 8888 22 5 2 0 1 1 1 0 8 1 0 0 77 0 0 3 777 2 5 3 5 88888888888888888888888888 777777777777 2 2222222222222222222222222222222222222222 44 33 1 6 0 4
lowQualScore : . . . ...................... ... ...... .. . ... . ... . ... ....... ................................... . . . .. ............. . .... ..... . . ....... . .. . . . ... . . . . . ....... . . ......... . . . . ............... . ..... . . . ....... .... .. . . . . . . . . . . . .. . . . ... . . . . .......................... ............ . ........................................ .. .. . . . .
lowQualScore : 4 2 4 6666666666666666666666 444 111111 00 0 444 8 222 1 222 6666666 00000000000000000000000000000000000 9 4 0 99 4444444444444 4 0000 55555 0 7 0000000 4 00 2 1 2 888 2 1 1 4 1 0000000 2 2 222222222 2 3 7 5 222222222222222 7 77777 8 0 8 6666666 8888 22 0 5 0 0 0 4 8 0 0 8 8 00 2 8 2 555 5 0 2 6 88888888888888888888888888 888888888888 5 5555555555555555555555555555555555555555 55 88 2 5 2 2
consensus : NGTCAGAACTCCGTTAC-ACGGTGAGCCGTTTCTCG-A-------------C--------AG---AGTCA-----CAAC--GANTAC---AGTTAAC--GTTCCACCACGA-AAA--GTT----------T-----CT-CTT------T--G---GTGGTGAATTTAAACGGATTAAGAA-CNTAAAATGGCA-------------T-TTTTC--TCATTTCATT--AT-A-TAGTTT-------CTTGATCAGATTTTGTATCTCCGCTAGTTTGAATACTTTAACACG---AGTTTATTGCCAAATATTTGCAAACT---T---TATCATATATTCGATATTTTATTTAT----ATAAACTTNTTG-AAATTGCTTTTAATTCTGCTAAA--AT-T-T---TTT-CGATACATTGCTGC-----TTATATTCTTTTGATCAAAGAGCCGTCTAAAAGA-----TAANCAATAACCTTCCATACCGCGGAA-AATAATAATTTTGATGTTTTCNAGTGTNAACGTTTC-TCCCAAAAGGTGTTACGGTTNCCTACCGACTACATATTTAATGCATCAGATTCTCATCGACATATTATTCAATTTCAGGAGGGAAAANCAA---AAGTGCAGCAGTTGCAATTCAGTGT--TNGGAA-CA--GGGG---------CAGTACGT---CG---T---GTTGAGGCTCATAGA---------AA---------TGTATA----------T---TCTGTTGCGGATGGTTTAAAT--CCTAATAAACACCGGTCACGTGTTAAATACGATTGGGTTTGCTTAGTT
Reference ( family-4036 ) : NGTCAGAACTCCGTTAC-ACGGTGAGCCGTTTCTCG-A-------------C--------AG---AGTCA-----CAAC--GANTAC---AGTTAAC--GTTCCACCACGA-AAA--GTT----------T-----CT-CTT------T--G---GTGGTGAATTTAAACGGATTAAGAA-CNTAAAATGGCA-------------T-TTTTC--TCATTTCATT--AT-A-TAGTTT-------CTTGATCAGATTTTGTATCTCCGCTAGTTTGAATACTTTAACACG---AGTTTATTGCCAAATATTTGCAAACT---T---TATCATATATTCGATATTTTATTTAT----ATAAACTTNTTG-AAATTGCTTTTAATTCTGCTAAA--AT-T-T---TTT-CGATACATTGCTGC-----TTATATTCTTTTGATCAAAGAGCCGTCTAAAAGA-----TAANCAATAACCTTCCATACCGCGGAA-AATAATAATTTTGATGTTTTCNAGTGTNAACGTTTC-TCCCAAAAGGTGTTACGGTTNCCTACCGACTACATATTTAATGCATCAGATTCTCATCGACATATTATTCAATTTCAGGAGGGAAAANCAA---AAGTGCAGCAGTTGCAATTCAGTGT--TNGGAA-CA--GGGG---------CAGTACGT---CG---T---GTTGAGGCTCATAGA---------AA---------TGTATA----------T---TCTGTTGCGGATGGTTTAAAT--CCTAATAAACACCGGTCACGTGTTAAATACGATTGGGTTTGCTTAGTT
gi|1 : GTCGGAACTCCGTTAC-ATGGTGAGCCGGTTCCCG-A-------------C--------AA---AGTCA-----TAAC--GGTTAC---AGTTAAC--GTTCCACCACGA-AAA--GTT----------T-----CT-CTT------T--G---GTGGTGAGTTTAAACAGATTAAGAA-CCTTAAATTGCA-------------T-TTTTC--TCATTTCATTGAAT-A-TATTTT-------CTTGATCAAAGTTTGTATCTCCGCTAGTTTGAATACTTTAACACG---AGTTTATTGACAAGTTTTTGCAAACT---T---TATCATATATTT----TTTTATTTAT----CTAATCTTAATG-AAATTGCATTTAATTCTGCTAAA--AT-C-----------ATACATTGCTGT-----TTATATTCTTTTGATCAAATAGCCTTCAAAAAGATTGATTAATTAATAATCTTCCATACTGCGGAA-AATAATAATTTTAATGTTATCTGGTGTAAATGTGTC-TCCCAGACGGTATTGCGGGTGCCAACCGACTACATATTTAATGCATCAGATTCCCATCGACATATTATTCAATAACAGGTTGGAAAACTAACTGAAGTGCAGCAGTTGCAATTC-GTGT--TTGAAA-TA---GGG---------TAGTAAGT----G---T---GTTGAGACTCATAGA---------AA---------TGTACA----------T---TCTGTTGTTGGTGGTTTAAAT--CCTAATAAACACCATTCACATGTTTAATATTATCAGGTTTGCTTAATT
gi|10 : aTCAGAAT--AGTTAC-AGGAAGAGCCGTTCC-CG-A-------------C--------AACGTAGTTG-----------GAAGAC---AGTTTGC--GTTTCACCACG----A--GTT----------TGGTTACT-TTTTATCCAT--G---TTAGTGAATTTAAATG-----AGAA-GTTAA--------------------------T--TCGTTTTATT--A--A-TAGTTT-------CTTGATCAGATTTTAT
gi|11 : TT--ATTA-TAGTTT-------CTTGATCAGATTTTGTATCTACTACAACTTGAATACTTTAACATG---TGTT--TTGCCTAA-------------------TATCATATATTCAGTATTTTATGTA
gi|12 : tcTACTGTTCCCTACCAGTCACACATTGAATTTATCAGCTTCTCATCGACATATTATTCAATa
gi|13 : ctagtgacgattgttactcggatttttacaG-A-------------T--------AG---AGACA-----CCAT--GATTAC---AGTTAAC--ATTCCACCACGA-GGT--GTT----------T-----AT-TTT------T--A---G
gi|14 : tccgttaaaatgttgttacatggacgaaGTCAGAACTCCGTTAC-ACGGTGAGCCGTTTCAGGTAT------------C--------AG---AATAA-----TAAT--GAATAC---AATTA
gi|15 : cTCAGAACTCC-TTACTTTGGTGAGCCATGTCTCG-A-------------C--------AA---AGCCA-----CAAC--CAATAC---AGTgaacca
gi|16 : tcctGTCAGAACTCCGTTAC-ACGTTGAGCCG
gi|2 : tct---GTGGTGAAGTTAAACGGATTTAAAA-CCAAAAATGGCA-------------T-TTT-C--TGTTTTCATT---T-A-TAATTT-------CCTGATCATATTTTGTATTTCCGCTACTTTGAATACTTTAACTCGTCGAGTTTATTTCCAAATATTTGTAAACT---T---AATCATAAATTCGATATTTTAGTTA--------AACTTCTTG-AAATTGCTTTAAATTCTGC-AAA--AT-TAT---TTTGCAATAGATTGCTGC-----TTATATTCTTTAGATCAGAGAGCCGTCTT----------TAAACA-TA--CTTC-ATATCG-GGAACAATAATAATTTTGCTGTATTCTAGTGTAATTGTTACATC--AATAGGTGTTACGGTTCCCTACCGATTACATATTCAATGCATTAGATTCTCATAGACATATCATTCAGTTTCAGGAGAGAAAA-CAA---AAGTTCAGCAGTTGTAGTTCATTGTACTAATAACCATCACGT---------CAGTACGT---CACTTT---GTTAAGGCTCATAGA---------AATGATAAAAGTGTATT----------T---TCTGTTTCGGATGGTTTAAAT--CTAAATAAGCACAGGTCACGTGTTAAACATAATT
gi|3 : aagtgtctctgtatagtcatcGAAATCCGTTAC-ACGATGAGCCCTTTCTCG-G-------------C--------GA---AG--A-----CAGG--TATCAG---AGTTA----------CCACGA-AA-------------------------C---------------GTGGTAAATTTAGACGAATTAAGAG-CA--------CA-------------T-TTATC--TCATCTCATC--AT---TAGTTT-------CTTGATCAGATTTTGTACCTCCGCTAGTATGAATACTTTAACACG---AGTTTATAATCAAAGAATTGTTAAGT---A---TATCATATACTCGATAT---ATT-AT----AT-----------AAA---CTTATA----------------------TTC-CGATACAATGATAC-----TTATATTCTTTTGATGAAAGAGTCATTGAAAAGA-----AAACCAATAATCTTCCATACCGCGGAA-AATAATAATGCTGATGTTTTCAAGTGTTAACA-TTC-ACCCAAAATGTGTTACGGTTGCCTACCCACTTCATATTTAATTCATCAGGT--TCATCGACAT-------------AGAAGGAACAAACAA---AA-TGTA--AGGGG-------GTGG--GGGGGG-GG--GGGGT--------CAGTACGTCACCA---T---ATTGAGG--CATAGAAATAAAAATAA---------TGTTTA----------TTTGTCCGTTGCAGATAGTTTAAATCCCCCAAAAAACACTGATCACGTGTCAAATACATTTGGGTTTGCTTAGTT
gi|4 : CAGAACTCTGTTAT-ACGATGAACCGTGTCTCA-A-------------CGATGTACCAG---AGTCA-----CAAC--GAATAC---AGTTAAC----TCCACCAAGTTAAATTGTT----------C-----CTGCAT------T--G----TGGTGAATTTAAATGGGTTATGAA-CCTAAAATGAAA-------------T-GTT------ATTTCATT---T-A-TAATTT-------CC--ATCATATTTTATATCACCACTAGTTTGAACACTTTAGTACA---AGTTTATTGCCGAATATTTGCAAACT---A---TATCATGCATTCGATATTTTA-TAATAAAAACAAACTTCTTGAAAATTGCTTTTATTTCTAC-ATA--AT-T-TTG-TTT-CGATACATAACTGCTCTCATTATATTTTTCTGATCAAAGAGCCGTCTAAAAG-------AATAAATAACCTTt
gi|4 : AACGTTTC-TCCCAGGGAGTGTCACGGTTGCCTAGCGACTACATGTTTAATGTATCTGACTCTCATTGATATATTGTTCAATTTCAGGAAAGAAAATC-A---AAGTGCACCAATTGCAACTCAGTAT--atagataacgtttctcccagggagtgtcacggttgcctagcgactacatgtttaatgtatctgactctcattgatatattgttcaatttcaggaaagaaaatcaaagtgcaccaattgcaactcagtatgtcaat
gi|5 : cagaactctgttatacgatgaaccgtgtctcaacgatgtaccagagtcacaacgaatacagttaactccaccaagttaaattgttcctgcattgtggtgaatttaaatgggttatgaacctaaaatgaaatgttatttcatttataatttccatcatattttatatcaccactagtttgaacactttagtacaagtttattgccgaatatttgcaaactatatcatgcattcgatattttataataaaaacaaacttcttgaaaattgcttttatttctacataattttgtttcgatacataactgctctcattatatttttctgatcaaagagccgtctaaaagaataaataaccttatagatG---AGTCA-------AC--GTTTAC---AGTTAAC--GTTCCAC--------A--ATT----------T-----CT-CTCCA----T--G---GTCACGATTTTAAACGGATTAAGAAGTGTAAAA-AACG-------------T-TTTTC--TCATTTCATT--A--A-TAGTTT-------CATAATAATATTTTGTAT----------------ACTTAAATA-G---GGTTTATTTTCAAATATTTACAAACT---T---TACCATATATTCGATCTTTTAT--------ATAAATTTATAA-AAATAGCTTTTAAATCTGCTAAA--TT-C-TA--TTT-CGATACATTGCTGC-----TTGTATTCTTCTAATCA--GAGTCGTTTAAAAGA-----CAGGT--TGACCTGT-ATACCGCGGAA-AATAATAATTTTGATGTTTTCAAGTGTTAAAGTTTC-TCCCAAAAGGTGCTACCGTTCCCTATCGATTACATATTTAATGTATgtcaat
gi|6 : TGCAGCAGTTGCAATTGAAGGT--TCGG---CA--GGGGAGTCAGTACTAGTACAT---CG---CTGGGTTGAGGCTCATAAA---------AA---------TGAATAAAAGTGTATTT---TCTGTTGAAGATGGTTTAAAT--CCTAATAAACACAAGTCACATGTTAAATACGAATGGGCTTGTTTAGTT
gi|7 : aAGAACTCCATTAC-ATGGTGAGCCGTTTCTCA-A-------------A--------AA---AGTCATGTCTCAATCAGACTCCCTAAG--AAT--GTT--------A-AAA--CAT----------T-----GT-CTT------TATG---GTGGTGAACTAAAATGTAGGGAGAG-CATAAAATGGCA-------------CCTTTTC--CCATTTCATT--A--A-TAGTTT-------CTTGATCTGATTTTGTATCTACG---ATT--AATGATTAAACAC----AGTTCA-TGTCAAATATTTTCAAACTACATGTATATTATATATTCAATAT----GTTAT----ATAAACGTTTTG--GATTACTTTT-ATTCTGCTAAATTATAT-TATATTC-CAATACATTGCTGT-----TTATATgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcggataaacggcatattataacaaagcagtttgatttgatttgaaattttga
gi|8 : CTCTGTTAC-ATGGTGAACCTTGTCTCG-ACCAAGTCATGTATC--------AG---AGTCG-----CTAC--AAA-AC---AGTTAACAAGTTCCA-----A-AAA--ATTTGTTGACATAT-----TT-CTA------T--G---GTGGTGAATTTAAATGAATTAAGAA-CCTAAAATGGCAGTTTTTTGTTTTGT-TTTTT--TCTTTTCATT--TT-ATTACTTT-------CTTGATCAGATTTTGTATCTTCTATAGTTTGGATACCTTGAAATG---CATTTATGACTAAATAT---CA-----------TAT--TATATTCAGTATTTT
gi|9 : -------------C--------AG---AGTCA-----CAAC--GAATTC---A--------GTTCAACCACGA-AAC--GTTAAA-------T-----TG-CCC------T--GTATGTGGTAAATTATAACGGATTAAAAG-TGTAAAGTGGCT-------------T-TTTTCTTTCATTTCATC--A--A-TATTTTCTTGATCCTTGATCAGATTTTGTAc
Alignments
lowQualScore : 3333333333333333333333 111111 1111111 55555555555555555555555555555555555 2222222222222 22222 1111111 2222222 222222222 444444444444444 11111 2222222 1 1 1 111 66666666666666666666666666 444444444444 8888888888888888888888888888888888888888 11
lowQualScore : 4 2 4 4444444444444444444444 666 111111 55 1 666 0 666 0 111 0000000 11111111111111111111111111111111111 1 4 1 11 4444444444444 4 7777 33333 4 0 3333333 1 77 0 0 0 888 0 0 0 1 0 1111111 2 3 333333333 3 3 6 3 888888888888888 6 66666 3 1 0 9999999 8888 22 5 2 0 1 1 1 0 8 1 0 0 77 0 0 3 777 2 5 3 5 88888888888888888888888888 777777777777 2 2222222222222222222222222222222222222222 44 33 1 6 0 4
lowQualScore : . . . ...................... ... ...... .. . ... . ... . ... ....... ................................... . . . .. ............. . .... ..... . . ....... . .. . . . ... . . . . . ....... . . ......... . . . . ............... . ..... . . . ....... .... .. . . . . . . . . . . . .. . . . ... . . . . .......................... ............ . ........................................ .. .. . . . .
lowQualScore : 4 2 4 6666666666666666666666 444 111111 00 0 444 8 222 1 222 6666666 00000000000000000000000000000000000 9 4 0 99 4444444444444 4 0000 55555 0 7 0000000 4 00 2 1 2 888 2 1 1 4 1 0000000 2 2 222222222 2 3 7 5 222222222222222 7 77777 8 0 8 6666666 8888 22 0 5 0 0 0 4 8 0 0 8 8 00 2 8 2 555 5 0 2 6 88888888888888888888888888 888888888888 5 5555555555555555555555555555555555555555 55 88 2 5 2 2
consensus : NGTCAGAACTCCGTTAC-ACGGTGAGCCGTTTCTCG-A-------------C--------AG---AGTCA-----CAAC--GANTAC---AGTTAAC--GTTCCACCACGA-AAA--GTT----------T-----CT-CTT------T--G---GTGGTGAATTTAAACGGATTAAGAA-CNTAAAATGGCA-------------T-TTTTC--TCATTTCATT--AT-A-TAGTTT-------CTTGATCAGATTTTGTATCTCCGCTAGTTTGAATACTTTAACACG---AGTTTATTGCCAAATATTTGCAAACT---T---TATCATATATTCGATATTTTATTTAT----ATAAACTTNTTG-AAATTGCTTTTAATTCTGCTAAA--AT-T-T---TTT-CGATACATTGCTGC-----TTATATTCTTTTGATCAAAGAGCCGTCTAAAAGA-----TAANCAATAACCTTCCATACCGCGGAA-AATAATAATTTTGATGTTTTCNAGTGTNAACGTTTC-TCCCAAAAGGTGTTACGGTTNCCTACCGACTACATATTTAATGCATCAGATTCTCATCGACATATTATTCAATTTCAGGAGGGAAAANCAA---AAGTGCAGCAGTTGCAATTCAGTGT--TNGGAA-CA--GGGG---------CAGTACGT---CG---T---GTTGAGGCTCATAGA---------AA---------TGTATA----------T---TCTGTTGCGGATGGTTTAAAT--CCTAATAAACACCGGTCACGTGTTAAATACGATTGGGTTTGCTTAGTT
Reference ( family-4036 ) : NGTCAGAACTCCGTTAC-ACGGTGAGCCGTTTCTCG-A-------------C--------AG---AGTCA-----CAAC--GANTAC---AGTTAAC--GTTCCACCACGA-AAA--GTT----------T-----CT-CTT------T--G---GTGGTGAATTTAAACGGATTAAGAA-CNTAAAATGGCA-------------T-TTTTC--TCATTTCATT--AT-A-TAGTTT-------CTTGATCAGATTTTGTATCTCCGCTAGTTTGAATACTTTAACACG---AGTTTATTGCCAAATATTTGCAAACT---T---TATCATATATTCGATATTTTATTTAT----ATAAACTTNTTG-AAATTGCTTTTAATTCTGCTAAA--AT-T-T---TTT-CGATACATTGCTGC-----TTATATTCTTTTGATCAAAGAGCCGTCTAAAAGA-----TAANCAATAACCTTCCATACCGCGGAA-AATAATAATTTTGATGTTTTCNAGTGTNAACGTTTC-TCCCAAAAGGTGTTACGGTTNCCTACCGACTACATATTTAATGCATCAGATTCTCATCGACATATTATTCAATTTCAGGAGGGAAAANCAA---AAGTGCAGCAGTTGCAATTCAGTGT--TNGGAA-CA--GGGG---------CAGTACGT---CG---T---GTTGAGGCTCATAGA---------AA---------TGTATA----------T---TCTGTTGCGGATGGTTTAAAT--CCTAATAAACACCGGTCACGTGTTAAATACGATTGGGTTTGCTTAGTT
gi|1 : GTCGGAACTCCGTTAC-ATGGTGAGCCGGTTCCCG-A-------------C--------AA---AGTCA-----TAAC--GGTTAC---AGTTAAC--GTTCCACCACGA-AAA--GTT----------T-----CT-CTT------T--G---GTGGTGAGTTTAAACAGATTAAGAA-CCTTAAATTGCA-------------T-TTTTC--TCATTTCATTGAAT-A-TATTTT-------CTTGATCAAAGTTTGTATCTCCGCTAGTTTGAATACTTTAACACG---AGTTTATTGACAAGTTTTTGCAAACT---T---TATCATATATTT----TTTTATTTAT----CTAATCTTAATG-AAATTGCATTTAATTCTGCTAAA--AT-C-----------ATACATTGCTGT-----TTATATTCTTTTGATCAAATAGCCTTCAAAAAGATTGATTAATTAATAATCTTCCATACTGCGGAA-AATAATAATTTTAATGTTATCTGGTGTAAATGTGTC-TCCCAGACGGTATTGCGGGTGCCAACCGACTACATATTTAATGCATCAGATTCCCATCGACATATTATTCAATAACAGGTTGGAAAACTAACTGAAGTGCAGCAGTTGCAATTC-GTGT--TTGAAA-TA---GGG---------TAGTAAGT----G---T---GTTGAGACTCATAGA---------AA---------TGTACA----------T---TCTGTTGTTGGTGGTTTAAAT--CCTAATAAACACCATTCACATGTTTAATATTATCAGGTTTGCTTAATT
gi|10 : aTCAGAAT--AGTTAC-AGGAAGAGCCGTTCC-CG-A-------------C--------AACGTAGTTG-----------GAAGAC---AGTTTGC--GTTTCACCACG----A--GTT----------TGGTTACT-TTTTATCCAT--G---TTAGTGAATTTAAATG-----AGAA-GTTAA--------------------------T--TCGTTTTATT--A--A-TAGTTT-------CTTGATCAGATTTTAT
gi|11 : TT--ATTA-TAGTTT-------CTTGATCAGATTTTGTATCTACTACAACTTGAATACTTTAACATG---TGTT--TTGCCTAA-------------------TATCATATATTCAGTATTTTATGTA
gi|12 : tcTACTGTTCCCTACCAGTCACACATTGAATTTATCAGCTTCTCATCGACATATTATTCAATa
gi|13 : ctagtgacgattgttactcggatttttacaG-A-------------T--------AG---AGACA-----CCAT--GATTAC---AGTTAAC--ATTCCACCACGA-GGT--GTT----------T-----AT-TTT------T--A---G
gi|14 : tccgttaaaatgttgttacatggacgaaGTCAGAACTCCGTTAC-ACGGTGAGCCGTTTCAGGTAT------------C--------AG---AATAA-----TAAT--GAATAC---AATTA
gi|15 : cTCAGAACTCC-TTACTTTGGTGAGCCATGTCTCG-A-------------C--------AA---AGCCA-----CAAC--CAATAC---AGTgaacca
gi|16 : tcctGTCAGAACTCCGTTAC-ACGTTGAGCCG
gi|2 : tct---GTGGTGAAGTTAAACGGATTTAAAA-CCAAAAATGGCA-------------T-TTT-C--TGTTTTCATT---T-A-TAATTT-------CCTGATCATATTTTGTATTTCCGCTACTTTGAATACTTTAACTCGTCGAGTTTATTTCCAAATATTTGTAAACT---T---AATCATAAATTCGATATTTTAGTTA--------AACTTCTTG-AAATTGCTTTAAATTCTGC-AAA--AT-TAT---TTTGCAATAGATTGCTGC-----TTATATTCTTTAGATCAGAGAGCCGTCTT----------TAAACA-TA--CTTC-ATATCG-GGAACAATAATAATTTTGCTGTATTCTAGTGTAATTGTTACATC--AATAGGTGTTACGGTTCCCTACCGATTACATATTCAATGCATTAGATTCTCATAGACATATCATTCAGTTTCAGGAGAGAAAA-CAA---AAGTTCAGCAGTTGTAGTTCATTGTACTAATAACCATCACGT---------CAGTACGT---CACTTT---GTTAAGGCTCATAGA---------AATGATAAAAGTGTATT----------T---TCTGTTTCGGATGGTTTAAAT--CTAAATAAGCACAGGTCACGTGTTAAACATAATT
gi|3 : aagtgtctctgtatagtcatcGAAATCCGTTAC-ACGATGAGCCCTTTCTCG-G-------------C--------GA---AG--A-----CAGG--TATCAG---AGTTA----------CCACGA-AA-------------------------C---------------GTGGTAAATTTAGACGAATTAAGAG-CA--------CA-------------T-TTATC--TCATCTCATC--AT---TAGTTT-------CTTGATCAGATTTTGTACCTCCGCTAGTATGAATACTTTAACACG---AGTTTATAATCAAAGAATTGTTAAGT---A---TATCATATACTCGATAT---ATT-AT----AT-----------AAA---CTTATA----------------------TTC-CGATACAATGATAC-----TTATATTCTTTTGATGAAAGAGTCATTGAAAAGA-----AAACCAATAATCTTCCATACCGCGGAA-AATAATAATGCTGATGTTTTCAAGTGTTAACA-TTC-ACCCAAAATGTGTTACGGTTGCCTACCCACTTCATATTTAATTCATCAGGT--TCATCGACAT-------------AGAAGGAACAAACAA---AA-TGTA--AGGGG-------GTGG--GGGGGG-GG--GGGGT--------CAGTACGTCACCA---T---ATTGAGG--CATAGAAATAAAAATAA---------TGTTTA----------TTTGTCCGTTGCAGATAGTTTAAATCCCCCAAAAAACACTGATCACGTGTCAAATACATTTGGGTTTGCTTAGTT
gi|4 : CAGAACTCTGTTAT-ACGATGAACCGTGTCTCA-A-------------CGATGTACCAG---AGTCA-----CAAC--GAATAC---AGTTAAC----TCCACCAAGTTAAATTGTT----------C-----CTGCAT------T--G----TGGTGAATTTAAATGGGTTATGAA-CCTAAAATGAAA-------------T-GTT------ATTTCATT---T-A-TAATTT-------CC--ATCATATTTTATATCACCACTAGTTTGAACACTTTAGTACA---AGTTTATTGCCGAATATTTGCAAACT---A---TATCATGCATTCGATATTTTA-TAATAAAAACAAACTTCTTGAAAATTGCTTTTATTTCTAC-ATA--AT-T-TTG-TTT-CGATACATAACTGCTCTCATTATATTTTTCTGATCAAAGAGCCGTCTAAAAG-------AATAAATAACCTTt
gi|4 : AACGTTTC-TCCCAGGGAGTGTCACGGTTGCCTAGCGACTACATGTTTAATGTATCTGACTCTCATTGATATATTGTTCAATTTCAGGAAAGAAAATC-A---AAGTGCACCAATTGCAACTCAGTAT--atagataacgtttctcccagggagtgtcacggttgcctagcgactacatgtttaatgtatctgactctcattgatatattgttcaatttcaggaaagaaaatcaaagtgcaccaattgcaactcagtatgtcaat
gi|5 : cagaactctgttatacgatgaaccgtgtctcaacgatgtaccagagtcacaacgaatacagttaactccaccaagttaaattgttcctgcattgtggtgaatttaaatgggttatgaacctaaaatgaaatgttatttcatttataatttccatcatattttatatcaccactagtttgaacactttagtacaagtttattgccgaatatttgcaaactatatcatgcattcgatattttataataaaaacaaacttcttgaaaattgcttttatttctacataattttgtttcgatacataactgctctcattatatttttctgatcaaagagccgtctaaaagaataaataaccttatagatG---AGTCA-------AC--GTTTAC---AGTTAAC--GTTCCAC--------A--ATT----------T-----CT-CTCCA----T--G---GTCACGATTTTAAACGGATTAAGAAGTGTAAAA-AACG-------------T-TTTTC--TCATTTCATT--A--A-TAGTTT-------CATAATAATATTTTGTAT----------------ACTTAAATA-G---GGTTTATTTTCAAATATTTACAAACT---T---TACCATATATTCGATCTTTTAT--------ATAAATTTATAA-AAATAGCTTTTAAATCTGCTAAA--TT-C-TA--TTT-CGATACATTGCTGC-----TTGTATTCTTCTAATCA--GAGTCGTTTAAAAGA-----CAGGT--TGACCTGT-ATACCGCGGAA-AATAATAATTTTGATGTTTTCAAGTGTTAAAGTTTC-TCCCAAAAGGTGCTACCGTTCCCTATCGATTACATATTTAATGTATgtcaat
gi|6 : TGCAGCAGTTGCAATTGAAGGT--TCGG---CA--GGGGAGTCAGTACTAGTACAT---CG---CTGGGTTGAGGCTCATAAA---------AA---------TGAATAAAAGTGTATTT---TCTGTTGAAGATGGTTTAAAT--CCTAATAAACACAAGTCACATGTTAAATACGAATGGGCTTGTTTAGTT
gi|7 : aAGAACTCCATTAC-ATGGTGAGCCGTTTCTCA-A-------------A--------AA---AGTCATGTCTCAATCAGACTCCCTAAG--AAT--GTT--------A-AAA--CAT----------T-----GT-CTT------TATG---GTGGTGAACTAAAATGTAGGGAGAG-CATAAAATGGCA-------------CCTTTTC--CCATTTCATT--A--A-TAGTTT-------CTTGATCTGATTTTGTATCTACG---ATT--AATGATTAAACAC----AGTTCA-TGTCAAATATTTTCAAACTACATGTATATTATATATTCAATAT----GTTAT----ATAAACGTTTTG--GATTACTTTT-ATTCTGCTAAATTATAT-TATATTC-CAATACATTGCTGT-----TTATATgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcggataaacggcatattataacaaagcagtttgatttgatttgaaattttga
gi|8 : CTCTGTTAC-ATGGTGAACCTTGTCTCG-ACCAAGTCATGTATC--------AG---AGTCG-----CTAC--AAA-AC---AGTTAACAAGTTCCA-----A-AAA--ATTTGTTGACATAT-----TT-CTA------T--G---GTGGTGAATTTAAATGAATTAAGAA-CCTAAAATGGCAGTTTTTTGTTTTGT-TTTTT--TCTTTTCATT--TT-ATTACTTT-------CTTGATCAGATTTTGTATCTTCTATAGTTTGGATACCTTGAAATG---CATTTATGACTAAATAT---CA-----------TAT--TATATTCAGTATTTT
gi|9 : -------------C--------AG---AGTCA-----CAAC--GAATTC---A--------GTTCAACCACGA-AAC--GTTAAA-------T-----TG-CCC------T--GTATGTGGTAAATTATAACGGATTAAAAG-TGTAAAGTGGCT-------------T-TTTTCTTTCATTTCATC--A--A-TATTTTCTTGATCCTTGATCAGATTTTGTAc
blockSeqs : T A T CCAAGTCATGTATC CGT TGTCTC CA A CTA AAG CAC TTAAATT TGGTTACTTTTTATCCATG G G T TG GTTTTTTGTTTTG C TCTT ATT T CTTGATC A TA TCG G ACATGTA A T TAATAAAA A C A A TAAATTATATTATA G TCTCA G T AA CCAA AT C C C T A T A C TT A A . G G T A TCGGCAGGGGAGTCAGTAC CACTTT C AATAAAAATAATGTTTATTTG CG CC A A A
blockSeqs : . T . CGATGTACC . C . T . G CAC AGGT TGTTGACATATTTCTATG A . C TG . . TC AT . . C GC . G T G T GTTAT A C . T ATAATTTTG . . A G AC TAAA AC . C . A T C . C TT T A . G C C A ACTAATAACCATCACGT CACCAT C AATGAATAAAAGTGTATTT CA . C T A
blockSeqs : . T . TC . T . A . A CAC AAAA AAATTGCCCTGTAT G . A TG . . TC TT . . C GC . G A G T GTTA A A . A TAAATTCTA . . A T T ACA AC . . . A T C . G . . . . . G C A GGGGGGGGGGGGT CGCTGG . AATGATAAAAGTGTATTT AA . T A G
blockSeqs : . T . C . C . A . G CAA AAAA TCTCTCCATG G . C TG . . TC A . . C AC . A A G T TTAT . T . A AAAATTAT . . . T . GT . A . G . . .
blockSeqs : . T . T . C . T . G CAC AAAC TGTCTTTATG T . G TG . . TT T . . A TA . T T G T T . . . . . . . C
blockSeqs : . T . C . C . A . G . AAA CCTGCATTG A . A A . . T T . . T G . . . A .
blockSeqs : . . . C . C . T . . . A TATTTTTA G . C . . . C A . . . . . . . A .
blockSeqs : . . A . C . C . . . A C . . G . . . . A . .
blockSeqs : C . . . A . A . .
blockSeqs : . . . A .
blockSeqCons : TGTCTTTATG************************* A**** TTAT***** AAAATTATG****** *******
originalCons : NGTCAGAACTCCGTTAC-ACGGTGAGCCGTTTCTCG-A-------------C--------AG---AGTCA-----CAAC--GANTAC---AGTTAAC--GTTCCACCACGA-AAA--GTT----------T-----CT-CTT------T--G---GTGGTGAATTTAAACGGATTAAGAA-CNTAAAATGGCA-------------T-TTTTC--TCATTTCATT--AT-A-TAGTTT-------CTTGATCAGATTTTGTATCTCCGCTAGTTTGAATACTTTAACACG---AGTTTATTGCCAAATATTTGCAAACT---T---TATCATATATTCGATATTTTATTTAT----ATAAACTTNTTG-AAATTGCTTTTAATTCTGCTAAA--AT-T-T---TTT-CGATACATTGCTGC-----TTATATTCTTTTGATCAAAGAGCCGTCTAAAAGA-----TAANCAATAACCTTCCATACCGCGGAA-AATAATAATTTTGATGTTTTCNAGTGTNAACGTTTC-TCCCAAAAGGTGTTACGGTTNCCTACCGACTACATATTTAATGCATCAGATTCTCATCGACATATTATTCAATTTCAGGAGGGAAAANCAA---AAGTGCAGCAGTTGCAATTCAGTGT--TNGGAA-CA--GGGG---------CAGTACGT---CG---T---GTTGAGGCTCATAGA---------AA---------TGTATA----------T---TCTGTTGCGGATGGTTTAAAT--CCTAATAAACACCGGTCACGTGTTAAATACGATTGGGTTTGCTTAGTT
finalCons : NGTCAGAACTCCGTTAC-ACGGTGAGCCGTTTCTCG-A-------------C--------AG---AGTCA-----CAAC--GANTAC---AGTTAAC--GTTCCACCACGA-AAA--GTTTGTCTTTATG-------------------------GTGGTGAATTTAAACGGATTAAGAA-CNTAAAATGGCA-------------T-TTTTC--TCATTTCATTA----A-TAGTTT-------CTTGATCAGATTTTGTATCTCCGCTAGTTTGAATACTTTAACACG---AGTTTATTGCCAAATATTTGCAAACT---T---TATCATATATTCGATATTTTATTAT-----ATAAACTTNTTG-AAATTGCTTTTAATTCTGCAAAATTATG------TTT-CGATACATTGCTGC-----TTATATTCTTTTGATCAAAGAGCCGTCTAAAAG-------AANCAATAACCTTCCATACCGCGGAA-AATAATAATTTTGATGTTTTCNAGTGTNAACGTTTC-TCCCAAAAGGTGTTACGGTTNCCTACCGACTACATATTTAATGCATCAGATTCTCATCGACATATTATTCAATTTCAGGAGGGAAAANCAA---AAGTGCAGCAGTTGCAATTCAGTGT--TNGGAA-CA--GGGG---------CAGTACGT---CG---T---GTTGAGGCTCATAGA---------AA---------TGTATA----------T---TCTGTTGCGGATGGTTTAAAT--CCTAATAAACACCGGTCACGTGTTAAATACGATTGGGTTTGCTTAGTT
Alignments
lowQualScore : 3333333333333 111111 3333333333333333333333333333333333333333 2222222222222 1111111 22222222222 222222222 1 1111 11111 111 44444444444444444 1 1 1 111 66666666666666666666666666 444444444444 8888888888888888888888888888888888888888 11
lowQualScore : 4 2 4 4 6666666666666 666 111111 55 1 666 0 999 0 111 8888888888888888888888888888888888888888 1 4 1 11 4444444444444 4 7777 55 8888 0 3333333 1 77 0 0 0 888 0 0 0 22 00000000000 1 66 0 222222222 1 6 3 3 3 4444 888 4 66666 3 222 0 99999999999999999 22 5 2 0 1 1 1 0 8 1 0 0 77 0 0 3 777 2 5 3 5 88888888888888888888888888 777777777777 2 2222222222222222222222222222222222222222 44 33 1 6 0 4
lowQualScore : . . . . ............. ... ...... .. . ... . ... . ... ........................................ . . . .. ............. . .... .. .... . ....... . .. . . . ... . . . .. ........... . .. . ......... . . . . . .... ... . ..... . ... . ................. .. . . . . . . . . . . . .. . . . ... . . . . .......................... ............ . ........................................ .. .. . . . .
lowQualScore : 4 2 4 0 5555555555555 444 111111 00 0 444 8 000 1 222 0000000000000000000000000000000000000000 9 4 0 99 4444444444444 4 0000 55 1111 7 0000000 4 00 2 1 2 888 2 1 1 88 22222222222 4 11 1 555555555 0 7 5 2 3 2222 888 0 77777 8 000 8 00000000000000000 22 0 5 0 0 0 4 8 0 0 8 8 00 2 8 2 555 5 0 2 6 88888888888888888888888888 888888888888 5 5555555555555555555555555555555555555555 55 88 2 5 2 2
consensus : NGTCAGAACTCCGTTAC-ACGGTGAGCCGTTTCTCG-A-C-------------AG---AGTCA-----CAAC--GANTAC---AGTTAAC--GTTCCACCACG--AAAAGTT----TG-----T--C--------TT-T----ATGGTGGTGAATTTAAACGGATTAAGAA-CNTAAAATGGCA-------------T-TTTTC--TCATTTCA--TTA---ATAGTTT-------CTTGATCAGATTTTGTATCTCCGCTAGTTTGAATACTTTAACACG---AGTTTATTGCCAAATATTTGCAAACT---T---TATCATATATTCGATATTTTA-TTAT----ATAAACTTCTTG-AAATTGCTTTTAATTCTGC-AAA----ATTATATTCCGATACATTGCTGC-----TTATATTCTTTTGATCAAAGAGCCGTCT--AAAAG-------AAT--CAA--TAACCTTCCATACCGCGGAA-AATAATAATTTTGATGTTTTCNAGTGTNAACGTTTC-TCCCAAAAGGTGTTACGGTTNCCTACCGACTACATATTTAATGCATCAGATTCTCATCGACATATTATTCAATTTCAGGAGGGAAAANCAA---AAGTGCAGCAGTTGCAATTCAGTGT--TNGGAA-CA--GGGG---------CAGTACGT---CG---T---GTTGAGGCTCATAGA---------AA---------TGTATA----------T---TCTGTTGCGGATGGTTTAAAT--CCTAATAAACACCGGTCACGTGTTAAATACGATTGGGTTTGCTTAGTT
Reference ( family-4036 ) : NGTCAGAACTCCGTTAC-ACGGTGAGCCGTTTCTCG-A-C-------------AG---AGTCA-----CAAC--GANTAC---AGTTAAC--GTTCCACCACG--AAAAGTT----TG-----T--C--------TT-T----ATGGTGGTGAATTTAAACGGATTAAGAA-CNTAAAATGGCA-------------T-TTTTC--TCATTTCA--TTA---ATAGTTT-------CTTGATCAGATTTTGTATCTCCGCTAGTTTGAATACTTTAACACG---AGTTTATTGCCAAATATTTGCAAACT---T---TATCATATATTCGATATTTTA-TTAT----ATAAACTTNTTG-AAATTGCTTTTAATTCTGC-AAA----ATTATGTTTCGATACATTGCTGC-----TTATATTCTTTTGATCAAAGAGCCGTCT--AAAAG-------AAN--CAA--TAACCTTCCATACCGCGGAA-AATAATAATTTTGATGTTTTCNAGTGTNAACGTTTC-TCCCAAAAGGTGTTACGGTTNCCTACCGACTACATATTTAATGCATCAGATTCTCATCGACATATTATTCAATTTCAGGAGGGAAAANCAA---AAGTGCAGCAGTTGCAATTCAGTGT--TNGGAA-CA--GGGG---------CAGTACGT---CG---T---GTTGAGGCTCATAGA---------AA---------TGTATA----------T---TCTGTTGCGGATGGTTTAAAT--CCTAATAAACACCGGTCACGTGTTAAATACGATTGGGTTTGCTTAGTT
gi|1 : GTCGGAACTCCGTTAC-ATGGTGAGCCGGTTCCCG-A-C-------------AA---AGTCA-----TAAC--GGTTAC---AGTTAAC--GTTCCACCACG--AAAAGTT----TC-----T--C--------TT-T------GGTGGTGAGTTTAAACAGATTAAGAA-CCTTAAATTGCA-------------T-TTTTC--TCATTTCA--TTGAATATATTTT-------CTTGATCAAAGTTTGTATCTCCGCTAGTTTGAATACTTTAACACG---AGTTTATTGACAAGTTTTTGCAAACT---T---TATCATATATTT----TTTTATTTAT----CTAATCTTAATG-AAATTGCATTTAATTCTGCTAAA----ATC--------ATACATTGCTGT-----TTATATTCTTTTGATCAAATAGCCTTCA--AAAAGATTGATTAAT--TAA--TAATCTTCCATACTGCGGAA-AATAATAATTTTAATGTTATCTGGTGTAAATGTGTC-TCCCAGACGGTATTGCGGGTGCCAACCGACTACATATTTAATGCATCAGATTCCCATCGACATATTATTCAATAACAGGTTGGAAAACTAACTGAAGTGCAGCAGTTGCAATTC-GTGT--TTGAAA-TA---GGG---------TAGTAAGT----G---T---GTTGAGACTCATAGA---------AA---------TGTACA----------T---TCTGTTGTTGGTGGTTTAAAT--CCTAATAAACACCATTCACATGTTTAATATTATCAGGTTTGCTTAATT
gi|10 : aTCAGAAT--AGTTAC-AGGAAGAGCCGTTCC-CG-A-C-------------AACGTAGTTG-----------GAAGAC---AGTTTGC--GTTTCACCACG-----AGTT----TGGTTACT--T--------TT-TATCCATGTTAGTGAATTTAAATG-----AGAA-GTTAA--------------------------T--TCGTTTTA--TTA---ATAGTTT-------CTTGATCAGATTTTAT
gi|11 : TCTTA--TTA----TAGTTT-------CTTGATCAGATTTTGTATCTACTACAACTTGAATACTTTAACATG---TGTT--TTGCCTAA-------------------TATCATATATTCAGTATTTTA-T
gi|12 : TACTGTTCCCTACCAGTCACACATTGAATTTATCAGCTTCTCATCGACATATTATTCAATgtaa
gi|13 : ctagtgacgattgttactcggatttttacaG-A-T-------------AG---AGACA-----CCAT--GATTAC---AGTTAAC--ATTCCACCACG--AGGTGTT----TA-----T--T--------TT-T----A
gi|14 : tccgttaaaatgttgttacatggacgaaGTCAGAACTCCGTTAC-ACGGTGAGCCGTTTCAGGTATC-------------AG---AATAA-----TAAT--GAATAC---AATTAg
gi|15 : cTCAGAACTCC-TTACTTTGGTGAGCCATGTCTCG-A-C-------------AA---AGCCA-----CAAC--CAATAC---AGTgaacca
gi|16 : tcctGTCAGAACTCCGTTAC-ACGTTGAGCCG
gi|2 : tctT-C----ATCGTGGTGAAGTTAAACGGATTTAAAA-CCAAAAATGGCA-------------T-TTT-C--TGTTTTCA--TTT---ATAATTT-------CCTGATCATATTTTGTATTTCCGCTACTTTGAATACTTTAACTCGTCGAGTTTATTTCCAAATATTTGTAAACT---T---AATCATAAATTCGATATTTTA-GT-------TAAACTTCTTG-AAATTGCTTTAAATTCTGC-AAA----ATTATTTTGCAATAGATTGCTGC-----TTATATTCTTTAGATCAGAGAGCCGTCTTTAAA--------------CA---TA--CTTC-ATATCG-GGAACAATAATAATTTTGCTGTATTCTAGTGTAATTGTTACATC--AATAGGTGTTACGGTTCCCTACCGATTACATATTCAATGCATTAGATTCTCATAGACATATCATTCAGTTTCAGGAGAGAAAA-CAA---AAGTTCAGCAGTTGTAGTTCATTGTACTAATAACCATCACGT---------CAGTACGT---CACTTT---GTTAAGGCTCATAGA---------AATGATAAAAGTGTATT----------T---TCTGTTTCGGATGGTTTAAAT--CTAAATAAGCACAGGTCACGTGTTAAACATAATT
gi|3 : aagtgtctctgtatagGAAATCCGTTAC-ACGATGAGCCCTTTCTCG-G-C-------------GA---AG--A-----CAGG--TATCAG---AGTTA----------CCACG--AAA------------------C-------------------GTGGTAAATTTAGACGAATTAAGAG-CA--------CA-------------T-TTATC--TCATCTCA--TCA---TTAGTTT-------CTTGATCAGATTTTGTACCTCCGCTAGTATGAATACTTTAACACG---AGTTTATAATCAAAGAATTG---------T---TA-------------AGTATA-TCAT----ATA-----CTCG-ATAT--------ATTATAT-AAA----CTTATATTCCGATACAATGATAC-----TTATATTCTTTTGATGAAAGAGTCATTG--AAAAG-------AAAACCAA--TAATCTTCCATACCGCGGAA-AATAATAATGCTGATGTTTTCAAGTGTTAACA-TTC-ACCCAAAATGTGTTACGGTTGCCTACCCACTTCATATTTAATTCATCAGGT--TCATCGACAT-------------AGAAGGAACAAACAA---AA-TGTA--AGGGG-------GTGG--GGGGGG-GG--GGGGT--------CAGTACGTCACCA---T---ATTGAGG--CATAGAAATAAAAATAA---------TGTTTA----------TTTGTCCGTTGCAGATAGTTTAAATCCCCCAAAAAACACTGATCACGTGTCAAATACATTTGGGTTTGCTTAGTT
gi|4 : CAGAACTCTGTTAT-ACGATGAACCGTGTCTCA-A-CGATGTACC-----AG---AGTCA-----CAAC--GAATAC---AGTTAAC----TCCACCAAGTTAAA---T----TG-----TTCC--------TG-C----ATTGTGGTGAATTTAAATGGGTTATGAA-CCTAAAATGAAA-------------T-GTT------ATTTCA--TTT---ATAATTT-------CC--ATCATATTTTATATCACCACTAGTTTGAACACTTTAGTACA---AGTTTATTGCCGAATATTTGCAAACT---A---TATCATGCATTCGATATTTTA-TAATAAAAACAAACTTCTTGAAAATTGCTTTTATTTCTAC-ATA----ATTTTGTTTCGATACATAACTGCTCTCATTATATTTTTCTGATCAAAGAGCCGTCT--AAAAG-------AAT--AAA--TAACCTTt
gi|4 : AACGTTTC-TCCCAGGGAGTGTCACGGTTGCCTAGCGACTACATGTTTAATGTATCTGACTCTCATTGATATATTGTTCAATTTCAGGAAAGAAAATC-A---AAGTGCACCAATTGCAACTCAGTAT--atagataacgtttctcccagggagtgtcacggttgcctagcgactacatgtttaatgtatctgactctcattgatatattgttcaatttcaggaaagaaaatcaaagtgcaccaattgcaactcagtatgtcaat
gi|5 : cagaactctgttatacgatgaaccgtgtctcaacgatgtaccagagtcacaacgaatacagttaactccaccaagttaaattgttcctgcattgtggtgaatttaaatgggttatgaacctaaaatgaaatgttatttcatttataatttccatcatattttatatcaccactagtttgaacactttagtacaagtttattgccgaatatttgcaaactatatcatgcattcgatattttataataaaaacaaacttcttgaaaattgcttttatttctacataattttgtttcgatacataactgctctcattatatttttctgatcaaagagccgtctaaaagaataaataaccttatagatG---AGTCA-------AC--GTTTAC---AGTTAAC--GTTCCAC---------AATT----TC-----T--C--------TC-C----ATGGTCACGATTTTAAACGGATTAAGAAGTGTAAAA-AACG-------------T-TTTTC--TCATTTCA--TTA---ATAGTTT-------CATAATAATATTTTGTAT----------------ACTTAAATA-G---GGTTTATTTTCAAATATTTACAAACT---T---TACCATATATTCGATCTTTTA-T-------ATAAATTTATAA-AAATAGCTTTTAAATCTGC-TAA----ATTCTATTTCGATACATTGCTGC-----TTGTATTCTTCTAATCA--GAGTCGTTT--AAAAG-------A----CAGGTTGACCTGT-ATACCGCGGAA-AATAATAATTTTGATGTTTTCAAGTGTTAAAGTTTC-TCCCAAAAGGTGCTACCGTTCCCTATCGATTACATATTTAATGTATgtcaat
gi|6 : TGCAGCAGTTGCAATTGAAGGT--TCGG---CA--GGGGAGTCAGTACTAGTACAT---CG---CTGGGTTGAGGCTCATAAA---------AA---------TGAATAAAAGTGTATTT---TCTGTTGAAGATGGTTTAAAT--CCTAATAAACACAAGTCACATGTTAAATACGAATGGGCTTGTTTAGTT
gi|7 : aAGAACTCCATTAC-ATGGTGAGCCGTTTCTCA-A-A-------------AA---AGTCATGTCTCAATCAGACTCCCTAAG--AAT--GTT----------AAAACAT----TG-----T--C--------TT-T----ATGGTGGTGAACTAAAATGTAGGGAGAG-CATAAAATGGCA-------------CCTTTTC--CCATTTCA--TTA---ATAGTTT-------CTTGATCTGATTTTGTATCTACG---ATT--AATGATTAAACAC----AGTTCA-TGTCAAATATTTTCAAACTACATGTATATTATATATTCAATA---TG-TTAT----ATAAACGTTTTG--GATTACTTTT-ATTCTGCTAAATTATATTATATTCCAATACATTGCTGT-----TTATATgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcggataaacggcatattataacaaagcagtttgatttgatttgaaattttga
gi|8 : CTCTGTTAC-ATGGTGAACCTTGTCTCG-A-CCAAGTCATGTATCAG---AGTCG-----CTAC--AAA-AC---AGTTAACAAGTTCCA-------AAAAATT----TG-----T--TGACATATTTC-T----ATGGTGGTGAATTTAAATGAATTAAGAA-CCTAAAATGGCAGTTTTTTGTTTTGT-TTTTT--TCTTTTCATTTTA---TTACTTT-------CTTGATCAGATTTTGTATCTTCTATAGTTTGGATACCTTGAAATG---CATTTATGACTAAATAT---CA-----------TAT--TATATTCAGTATTTT
gi|9 : -C-------------AG---AGTCA-----CAAC--GAATTC---AGTT--------CAACCACG--AAACGTTAAATTG-----C--C--------CTGT----ATG-TGGTAAATTATAACGGATTAAAAG-TGTAAAGTGGCT-------------T-TTTTCTTTCATTTCA--TCA---ATATTTTCTTGATCCTTGATCAGATTTTGTAc