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lowQualScore                  :                     ........     ......   ..   .     ....  ............        ................................................. .......   .          .  
lowQualScore                  :                     88888888     444444   44   9     9999  999999999999        1111111111111111111111111111111111111111111111111 3333333   1          4  
consensus                     :       ATGTTATTTGAATCT--T-AAATTTTT--G---ACA-NTTT-GAGTC--C-GA------------GTCTAAAT------C------TC-------A--------A---------A-------T-------ATT-GATGAATTTAGGT
Reference ( gi|24 )           :       ATGTTATTTGAATCC--G-AACTTTTT--T---ACA-TTTT-GAGTC--C-GA------------GTCTAAAT------C------TC-------A--------A---------A-------T-------ATT-GATGAATTTAAGTG
gi|4                          :       ATGTTATTTGAATCT--T-ATTTTTTT--G---ACA-TTGT-TAGTC--G-GA------------GTATAAAT------C------TCAAACTTAA--------A---------A-------T-------ATT-GACGAACTTAAGT
gi|7                          :     agATGTTATTTGAATGC--A-AAATTTTT--G---ACA-ATTT-GAGTC--A-AA------------GTCTGAAT------C------TCAGGTTCAA--------A---------A-------T-------ATTGGATTAATTTAGGTccag
gi|26                         :     ggATGTTATTTGAATCT--T-ACATTTTT--G---ACA-TTTT-G---C------------------ATCTAAAT------C------TCA------A--------A---------A-------T-------ATT-GATGAATTTAGGTc
gi|10                         :    tagATGATATTTGACTCCTTA-AA--TTTT--C---ACA-ATTT-GAGTC--G-GA------------ATCTAAATTTCTGGC------TC-------A--------A---------A-------T-------ATT-AATGAATTTAGGTcc
gi|11                         :     agATGTTATTTGAATGT--G-AAATTTTT--G---ACA-ATCT-GAGTC--C-GA------------GTTGAAATTTTAGAC------TT-------A--------A---------AT------T-------ATT-GATGAATATATGTcc
gi|22                         :    tatATGTTATTTGAATCT--T-ATTTTTTT--TC--AAA-TTTT-GAGTC--T-GC------------GTCTATAT------C---------------------------------------------------TT-GATGAATTTAGGT
gi|35                         :     aaATGTTATTTGAATCT--T-AAATTTTT--T---ACA-TTTT-GAGTC--T-GA------------Gccagat
gi|30                         :     agATGTTATTCAATTCT--T-AAATTTTT--G---ACA-TTT--GAGTC--C-GA------------GTCTAAAT------C------TC-------A--------G---------A-------C-------GTT-atttagggtgatttaagtactg
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gi|6                          :      tATGTTATTTGAATCT--T-AAATGTTT--G---AAA-GTTT-GAGTC--CTGA------------GTCTTAAT------T------TC-------A--------G---------A-------TTCAAGAGATT-GATGAATATAGGTc
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gi|52                         :      gATGTTATTTGAATCT--T-AAATTTTT--G---ATATTTTT-GAGTC--T-GA------------GTCct
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gi|50                         :  aaaagATGTTATTTAAATTT--T-AAATCTTC--G---CCA-GTTT-GAGTT--T-GT------------GTCTAAAT------C------TC-------A--------ggaccgaaa
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gi|15                         :       gTGTTA---GATTCT--T-AAATTTTT--G---ACA-TTTTTGAGTC--T-GA------------GTCCAAGT------C------TCAAATTAAA--------A---------A-------T-------ACT-AATGAATTTAAGTgtgt
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gi|38                         :         GTTATTTGAATCT--T-AA------------ATA-TTTT--AGTC--T-AA------------ATCTCAGA------C------TC-------A--------A---------A-------T-------ATT-AATAAATTTATGTt
gi|45                         :       gcGTTATTTGAATCT--T-AAATTTTT--T---ACA-T-----AAT-----GA------------GTCT--------------------------A--------A---------A-------T-------ATT-TATGAATTTAcc
gi|44                         :          TTATTTGAATAT--G-A--TTTTT--TG--ACA-ATTT-GAATC--T-GA------------GTCTAAAT------C------TC-------A--------G---------A-------gctcct
gi|2                          :   atagacaTTATTTGAATCT--T-AAATATTT--G---ACA-ATTT-GAGTC--T-AATTCTAAATCTAAGTCTAAAT------C------TC-------GGTCTC---A---------A-------T-------ATT-GATGAATTTGGGTccc
gi|32                         :          aTAATTGAATCT--T-AAATGTTT--G---ACA-TTTT-GAGTC--T-AA------------GACTAGAT------C------TG-------A--------A---------A-------T-------ATC-GATGAA-TTAAGTt
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gi|47                         :          acATTTGAATCT--T-AAATTTTT--T---ACA-TTTT-GAGTC--T-GA------------GTCTAA-----------------------------------------------------------ATT-GATGAATTTAgttc
gi|41                         :            ATTTGAATCT--TTAA--TTTT--G---ACA-TTTT-GAGTC--T-AA------------GTCTATAT------C------TC-------AG-------A---------A-------T-------AT----TGAATTTAgtt
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gi|46                         :           aATCTGGATGT--T-AAATTTTT--G---ACA-ATTT-GAGTT--G-TA------------GTCTAAAT------C------TC-------A--------G---------A-------T-------agatcc
gi|51                         :           nnnnTGAATCG--T-AACTTTTT--G---ACA-TTTT-GAGTC--C-GA------------GTCCAAAtcaa
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gi|29                         :                                TT--G---ACA-TTTT-GAGCC--C-GA------------GTCTAAAT------C------TC-------AGACTTACTA---------A-------T-------ATT-CATGAATTTAG
gi|28                         :                       tgaatcttaaaaaa---ACA-TTTT-GAGTC--A-CA------------GTCTAAAT------A------TCGGACACAA--------A---------A-------T-------GTT-GATGAATATAGGT
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10 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): AGATGTCATTTGGATTTCAAATGTACAATACTTTTAGTTGGGAGTCTCTCAGACTGAAACAATTGATGAATTTAGATCCA
Unaligned ( gi|21 ): AATAGATGTTAACTGAATCTTATATTTTTGACATTCCGAGTCTAAATTGGCTCTGGTATTTTATTCTAGGGGTGG
Unaligned ( gi|25 ): GGACGGTATTTGGATCTTATTTCAGTCCGAGCCCAATTTTCAGACTCGGAACTTTGATGAATTTAGGTCCAG
Unaligned ( gi|27 ): GACGGTATTTGGATCTTATTTCAGTCCGAGCCCAATTTTCAGACTCAGAACTTTGATGAATTTATGTCCAG
Unaligned ( gi|49 ): ATAATGTTATTTGAATCCTGAATTTTTGGCAAAAATATTGATGAATTTAGGTC
Unaligned ( gi|53 ): AGTCAGATTCTCAGACTTGGAATTTTGATGAATTTAGGTCCTAG
Unaligned ( gi|54 ): TCCGATTCTCAGACTCAAATCATTAATAAATTTAGGCCCAG
Unaligned ( gi|55 ): TCCAATTCTCGGACTCGAATTATTGATGAAATTAGGCCCT
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Unaligned ( gi|57 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATA






Alignments
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Reference ( family-401 )      :            ATGTTATTTGAATC-TTAAAT-TTTT---G-ACA-NTTT-GAGTC--C-G-A------------GTCT---AAAT------C------T-C-------A--------A---------A-------T-------A-TT-GATGAATTTAGGT
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gi|18                         :             TGTTATTTGAATG-TGAAAT-TTTT---G-ACA-ATCT-GAGTC--C-G-A------------GTTG---AAAT------T------T-C-------A--------G---------ACTTAAATT-------A-TT-GATGAATTTATGT
gi|19                         :            ATGTTATTTGAATC-TTAAAT-TTTT---G-ACA-ATT-----TC--A-G-A------------ATAT---AAACCCTGGAC------T-CA------A--------A---------A-------T-------A-TT-GATGGATTTA
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gi|20                         :           aATGATATTTGAATA-TCAAAT-TGTT---A-ACA-AGTT-GAGTC--T-G-A------------GTCT---TAAT------T------T-T-------A--------A---------A-------T-------A-TT-CATGAATTt
gi|21                         :        atagATGTTAACTGAATC-TTATAT-TTTT---G-ACA-T-------TC--C-G-A------------GTCT---AAATTGG---C------T-C-------T--------G---------G-------T-------A-TT-gatgtcc
gi|22                         :       aatagATGTTATTTGAATC-TTATTT-TTTT---TCAAA-TTTT-GAGTC--T-G-C------------GTCT---ATAT------C-----------------------------------------------------TT-GATGAATTTAGGTttattctaggggtgg
gi|23                         :          aaATGCTATCTGAATC-TTAAAT-TCTT---G-ACA-ATTT-GACTC--T-A-A------------ATCT---TAGA------C------TGA-------A--------A---------A-------T-------G-TT-CATGAACTTAGGccagat
gi|24                         :          agATGTTATTTGAATC-CGAACT-TTTT---T-ACA-TTTT-GAGTC--C-G-A------------GTCT---AAAT------C------T-C-------A--------A---------A-------T-------A-TT-GATGAATTTAAGT
gi|25                         :                TATTTGGATC-TTA------------------TTT-CAGTC--C-G-A------------GCCC---AATT------T------T-C-------AGACTCGG-A---------A-------C-------T-TT-GATGAATTTAGGTg
gi|26                         :      ggacggATGTTATTTGAATC-TTACAT-TTTT---G-ACA-TTTT-G---C-------------------ATCT---AAAT------C------T-CA------A--------A---------A-------T-------A-TT-GATGAATTTAGGTccag
gi|27                         :             tagTATTTGGATC-TTA------------------TTT-CAGTC--C-G-A------------GCCC---AATT------T------T-C-------AGACTCAG-A---------A-------C-------T-TT-GATGAATTTATGTcc
gi|28                         :              gacggTTGAATG-TTAAAT-GT-----G-ACA-TTTT-GAGTC--A-C-A------------GTCT---AAAT------A------T-CGGACACAA--------A---------A-------T-------G-TT-GATGAATATAGGTccag
gi|29                         :                    TGAATC-TTAAAA-AATT---G-ACA-TTTT-GAGCC--C-G-A------------GTCT---AAAT------C------T-C-------AGACTTACTA---------A-------T-------A-TT-CATGAATTTAGGc
gi|3                          :            ACGTTATTTGAATC-TTAAAC-TTTT---G-ATA-TTTT-GAATCTTT-G-A------------GTCT---AAAT------C------T-C-------A--------GGCTCATTACA-------T-------A-CT-GAAGAATTTAGGT
gi|30                         :           tATGTTATTCAATTC-TTAAAT-TTTT---G-ACA--TTT-GAGTC--C-G-A------------GTCT---AAAT------C------T-C-------A--------G---------A-------C-------G-TT-c
gi|31                         :         tagATGTTATTTGAATC-TTAATT-TTTT---T-TCA-TTTT-GAGTC--C-A-A-----------------------------C------T-CA------A--------A---------A-------T-------A-TT-GAT-AATATAGGTttactggtgg
gi|32                         :             aagTAATTGAATC-TTAAAT-GTTT---G-ACA-TTTT-GAGTC--T-A-A------------GACT---AGAT------C------T-G-------A--------A---------A-------T-------A-TC-GATGAATTAAGcct
gi|33                         :           ggTGTTAGTTGAATC-TTAAAC-TTTT---G-ACA-TTTT-GAGAC--A-G-A------------GTCT---AAAT------C------T-C--------------------------A-------T-------A-TT-GATGAGTt
gi|34                         :           gATGTTGCTTGAATT-TTATTT-TTCT---G-ACA-ATTT-GAGTC--T-A-A------------ATCT---CAGG------C------T-C-------A--------A---------A-------T-------G-TT-CATGAAgtgt
gi|35                         :          tgATGTTATTTGAATC-TTAAAT-TTTT---T-ACA-TTTT-GAGTC--T-G-A------------G
gi|36                         :              agTATTTGAAT--TTGAATATTTT---G-ACA-TTTT-GAGTC--T-C-G------------GACT---AA-------------------------A--------A---------A-------T-------A-TC-GATGAATTCAGatttagggtgatttaagtactg
gi|37                         :          acATGTTAATTGAATA-TGCAAG-TTTT---G-ACA-ATTT-GGGTC--T-G-A------------TTCT---AAAT------C------T-C-------ttc
gi|38                         :         aaaagGTTATTTGAATC-TTAAAT------------A-TTTT--AGTC--T-A-A------------ATCT---CAGA------C------T-C-------A--------A---------A-------T-------A-TT-AATAAATTTATGTggaccgaaa
gi|39                         :          gcATGTTATTTGAATT-TTAA-------------CA-TTTT-GGGTC--T-G-A------------GTCT---A--------------------------A--------A---------A-------T-------A-TT-TATGAATTAAGGTcc
gi|4                          :        aaagATGTTATTTGAATC-TTATTT-TTTT---G-ACA-TTGT-TAGTC--G-G-A------------GTAT---AAAT------C------T-CAAACTTAA--------A---------A-------T-------A-TT-GACGAACTTAAGTccta
gi|40                         :                agTTTGAGTC-CAAAAC-T------G-AGA-CTT--GAGTC--T-A-A------------ATCT---CAGA------C------T-C-------A--------AGC-------A-------T-------A-TT-GATGAATTTAccag
gi|41                         :             tgagATTTGAATC-TTTAAT-TTT----G-ACA-TTTT-GAGTC--T-A-A------------GTCT---ATAT------C------T-C-------AG-------A---------A-------T-------A-T----TGAATTTA
gi|42                         :                           acAAAT-TTTT---G-ATA-ATTC-CAGTC--T-A-A------------GTCC---AATT------C------T-CTGACTTAA--------A---------A-------T-------A-TT-GATGTATTTAGGTt
gi|43                         :            ATATTATTTTACTC-TTAC-T-TTTT---G-ATA-TTTT-CAATC--C-G-A------------GTCT---AAGT------T------T-T-------A--------G---------A-------T-------
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gi|45                         :       atagacaGTTATTTGAATC-TTAAAT-TTTT---T-ACA-T-----AAT-----G-A------------GTCT------------------------------A--------A---------A-------T-------A-TT-TATGAATTTAGccc
gi|46                         :                 ATCTGGATG-TTAAAT-TTTT---G-ACA-ATTT-GAGTT--G-T-A------------GTCT---AAAT------C------T-C-------A--------G---------A-------T-------ctcct
gi|47                         :             nnnnATTTGAATC-TTAAAT-TTTT---T-ACA-TTTT-GAGTC--T-G-A------------GTCT---AA------------------------------------------------------------A-TT-GATGAATTTAGtcaa
gi|48                         :            ATGTTATTTCAATC-TTAAAT-TTTT---G-ACA-ATTT-GATCC--T-G-A------------GTCT---AAAT------C------A-C-------A--------G---------A-------tt
gi|49                         :           gATGTTATTTGAATC-CTGAAT-TTTT---G-GCA-A--------------------------------------------------------------A--------A---------A-------T-------A-TT-GATGAATTTAGGTct
gi|5                          :         ataATGTAATTTGAATA-TTAAAT-ATTT---G-ATA-A-AT-AAGTC--T-G-A------------GTCT---AAAT------CTTATAGT-C-------A--------A---------AC------T-------A-TT-GATGAATCGAGGTc
gi|50                         :         tatATGTTATTTAAATT-TTAAAT-CTTC---G-CCA-GTTT-GAGTT--T-G-T------------GTCT---AAAT------C------T-C-------A--------tcag
gi|51                         :                   gTGAATC-GTAACT-TTTT---G-ACA-TTTT-GAGTC--C-G-A------------GTCC---AAA
gi|52                         : tatgccatcagATGTTATTTGAATC-TTAAAT-TTTT---G-ATATTTTT-GAGTC--T-G-A------------GTC
gi|54                         :                                                      gTC--C-G-A------------TTCT---CAGA------C------T-C-------A--------A---------A-------TC------A-TT-AATAAATTTAGG
gi|6                          :            ATGTTATTTGAATC-TTAAAT-GTTT---G-AAA-GTTT-GAGTC--CTG-A------------GTCT---TAAT------T------T-C-------A--------G---------A-------TTCAAGAGA-TT-GATGAATATAGGTcccag
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gi|8                          :          ggATGTAATTTGAATA-TTAAAT-ATTT---G-ATA-A-AT-AAGTC--T-G-A------------GTCT---AAAT------CTTATAGT-C-------A--------A---------AC------T-------A-TT-GATGAATCGAGGTc
gi|9                          :          agATGTTATTTGAATC-TTAAAT-TTTT---G-ACA-ATT-----TC--A-G-A--------------CT---AA-------------------------A--------A---------A-------T-------A-TT-GATGAATTTATGTcca
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|53 ): AGTCAGATTCTCAGACTTGGAATTTTGATGAATTTAGGTCCTAG
Unaligned ( gi|55 ): TCCAATTCTCGGACTCGAATTATTGATGAAATTAGGCCCT
Unaligned ( gi|56 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATA
Unaligned ( gi|57 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATA






Alignments
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consensus                     :            ATGTTATTTGAATC-TTAAAT-TTTT---G-ACA-NTTT-GAGTC--C-G-A------------GTCT---AAAT------C------T-C-------A--------A---------A-------T-------A-TT-GATGAATTTAGGT
Reference ( family-401 )      :            ATGTTATTTGAATC-TTAAAT-TTTT---G-ACA-NTTT-GAGTC--C-G-A------------GTCT---AAAT------C------T-C-------A--------A---------A-------T-------A-TT-GATGAATTTAGGT
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gi|13                         :          agATGTTATTTGAATC-TTAAAT-TCTT---G---A-TTTT-TATTC--T-G-A------------GTCT---AAATGCCAGAC------T-CT------A--------A---------A-------C-------T-TT-GATGACTTTAGGT
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gi|17                         :            aTGTTATTTGAATG-TGAAAT-TTTT---G-ACA-ATCT-GAGTC--C-G-A------------GTTG---AAAT------T------T-C-------A--------G---------ACTTAAATT-------A-TT-GATGAATTTATGTagatcc
gi|18                         :             TGTTATTTGAATG-TGAAAT-TTTT---G-ACA-ATCT-GAGTC--C-G-A------------GTTG---AAAT------T------T-C-------A--------G---------ACTTAAATT-------A-TT-GATGAATTTATGT
gi|19                         :            ATGTTATTTGAATC-TTAAAT-TTTT---G-ACA-ATT-----TC--A-G-A------------ATAT---AAACCCTGGAC------T-CA------A--------A---------A-------T-------A-TT-GATGGATTTA
gi|2                          :             agTTATTTGAATC-TTAAAT-ATTT---G-ACA-ATTT-GAGTC--T-A-ATTCTAAATCTAAGTCT---AAAT------C------T-C-------GGTCTC---A---------A-------T-------A-TT-GATGAATTTGGGTtgcc
gi|20                         :           aATGATATTTGAATA-TCAAAT-TGTT---A-ACA-AGTT-GAGTC--T-G-A------------GTCT---TAAT------T------T-T-------A--------A---------A-------T-------A-TT-CATGAATTt
gi|21                         :        atagATGTTAACTGAATC-TTATAT-TTTT---G-ACA-T-------TC--C-G-A------------GTCT---AAATTGG---C------T-C-------T--------G---------G-------T-------A-TT-gatgtcc
gi|22                         :       aatagATGTTATTTGAATC-TTATTT-TTTT---TCAAA-TTTT-GAGTC--T-G-C------------GTCT---ATAT------C-----------------------------------------------------TT-GATGAATTTAGGTttattctaggggtgg
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gi|26                         :      ggacggATGTTATTTGAATC-TTACAT-TTTT---G-ACA-TTTT-G---C-------------------ATCT---AAAT------C------T-CA------A--------A---------A-------T-------A-TT-GATGAATTTAGGTccag
gi|27                         :             tagTATTTGGATC-TTA------------------TTT-CAGTC--C-G-A------------GCCC---AATT------T------T-C-------AGACTCAG-A---------A-------C-------T-TT-GATGAATTTATGTcc
gi|28                         :              gacggTTGAATG-TTAAAT-GT-----G-ACA-TTTT-GAGTC--A-C-A------------GTCT---AAAT------A------T-CGGACACAA--------A---------A-------T-------G-TT-GATGAATATAGGTccag
gi|29                         :                    TGAATC-TTAAAA-AATT---G-ACA-TTTT-GAGCC--C-G-A------------GTCT---AAAT------C------T-C-------AGACTTACTA---------A-------T-------A-TT-CATGAATTTAGGc
gi|3                          :            ACGTTATTTGAATC-TTAAAC-TTTT---G-ATA-TTTT-GAATCTTT-G-A------------GTCT---AAAT------C------T-C-------A--------GGCTCATTACA-------T-------A-CT-GAAGAATTTAGGT
gi|30                         :           tATGTTATTCAATTC-TTAAAT-TTTT---G-ACA--TTT-GAGTC--C-G-A------------GTCT---AAAT------C------T-C-------A--------G---------A-------C-------G-TT-c
gi|31                         :         tagATGTTATTTGAATC-TTAATT-TTTT---T-TCA-TTTT-GAGTC--C-A-A-----------------------------C------T-CA------A--------A---------A-------T-------A-TT-GAT-AATATAGGTttactggtgg
gi|32                         :             aagTAATTGAATC-TTAAAT-GTTT---G-ACA-TTTT-GAGTC--T-A-A------------GACT---AGAT------C------T-G-------A--------A---------A-------T-------A-TC-GATGAATTAAGcct
gi|33                         :           ggTGTTAGTTGAATC-TTAAAC-TTTT---G-ACA-TTTT-GAGAC--A-G-A------------GTCT---AAAT------C------T-C--------------------------A-------T-------A-TT-GATGAGTt
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gi|36                         :              agTATTTGAAT--TTGAATATTTT---G-ACA-TTTT-GAGTC--T-C-G------------GACT---AA-------------------------A--------A---------A-------T-------A-TC-GATGAATTCAGatttagggtgatttaagtactg
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gi|40                         :                agTTTGAGTC-CAAAAC-T------G-AGA-CTT--GAGTC--T-A-A------------ATCT---CAGA------C------T-C-------A--------AGC-------A-------T-------A-TT-GATGAATTTAccag
gi|41                         :             tgagATTTGAATC-TTTAAT-TTT----G-ACA-TTTT-GAGTC--T-A-A------------GTCT---ATAT------C------T-C-------AG-------A---------A-------T-------A-T----TGAATTTA
gi|42                         :                           acAAAT-TTTT---G-ATA-ATTC-CAGTC--T-A-A------------GTCC---AATT------C------T-CTGACTTAA--------A---------A-------T-------A-TT-GATGTATTTAGGTt
gi|43                         :            ATATTATTTTACTC-TTAC-T-TTTT---G-ATA-TTTT-CAATC--C-G-A------------GTCT---AAGT------T------T-T-------A--------G---------A-------T-------
gi|44                         :         aaatagTTATTTGAATA-T-GATT-TTTT---G-ACA-ATTT-GAATC--T-G-A------------GTCT---AAAT------C------T-C-------A--------G---------A-------tc
gi|45                         :       atagacaGTTATTTGAATC-TTAAAT-TTTT---T-ACA-T-----AAT-----G-A------------GTCT------------------------------A--------A---------A-------T-------A-TT-TATGAATTTAGccc
gi|46                         :                 ATCTGGATG-TTAAAT-TTTT---G-ACA-ATTT-GAGTT--G-T-A------------GTCT---AAAT------C------T-C-------A--------G---------A-------T-------ctcct
gi|47                         :             nnnnATTTGAATC-TTAAAT-TTTT---T-ACA-TTTT-GAGTC--T-G-A------------GTCT---AA------------------------------------------------------------A-TT-GATGAATTTAGtcaa
gi|48                         :            ATGTTATTTCAATC-TTAAAT-TTTT---G-ACA-ATTT-GATCC--T-G-A------------GTCT---AAAT------C------A-C-------A--------G---------A-------tt
gi|49                         :           gATGTTATTTGAATC-CTGAAT-TTTT---G-GCA-A--------------------------------------------------------------A--------A---------A-------T-------A-TT-GATGAATTTAGGTct
gi|5                          :         ataATGTAATTTGAATA-TTAAAT-ATTT---G-ATA-A-AT-AAGTC--T-G-A------------GTCT---AAAT------CTTATAGT-C-------A--------A---------AC------T-------A-TT-GATGAATCGAGGTc
gi|50                         :         tatATGTTATTTAAATT-TTAAAT-CTTC---G-CCA-GTTT-GAGTT--T-G-T------------GTCT---AAAT------C------T-C-------A--------tcag
gi|51                         :                   gTGAATC-GTAACT-TTTT---G-ACA-TTTT-GAGTC--C-G-A------------GTCC---AAA
gi|52                         : tatgccatcagATGTTATTTGAATC-TTAAAT-TTTT---G-ATATTTTT-GAGTC--T-G-A------------GTC
gi|54                         :                                                      gTC--C-G-A------------TTCT---CAGA------C------T-C-------A--------A---------A-------TC------A-TT-AATAAATTTAGG
gi|6                          :            ATGTTATTTGAATC-TTAAAT-GTTT---G-AAA-GTTT-GAGTC--CTG-A------------GTCT---TAAT------T------T-C-------A--------G---------A-------TTCAAGAGA-TT-GATGAATATAGGTcccag
gi|7                          :          agATGTTATTTGAATG-CAAAAT-TTTT---G-ACA-ATTT-GAGTC--A-A-A------------GTCT---GAAT------C------T-CAGGTTCAA--------A---------A-------T-------A-TTGGATTAATTTAGGTcc
gi|8                          :          ggATGTAATTTGAATA-TTAAAT-ATTT---G-ATA-A-AT-AAGTC--T-G-A------------GTCT---AAAT------CTTATAGT-C-------A--------A---------AC------T-------A-TT-GATGAATCGAGGTc
gi|9                          :          agATGTTATTTGAATC-TTAAAT-TTTT---G-ACA-ATT-----TC--A-G-A--------------CT---AA-------------------------A--------A---------A-------T-------A-TT-GATGAATTTATGTcca


blockSeqs                     :                                      TTG     TT         TTT    TTCTAAATCTAA    CTC    CTCAGGCTCATTACA                                    TCAAGAG
blockSeqs                     :                                      .       A          CT     .               .      CTCAGACTTACTAA                                     C      
blockSeqs                     :                                      .       A          G      .               .      TTTAGACTTAAAT                                      .      
blockSeqs                     :                                      .       A          C      .               .      CCCGGTCTCAAAA                                      .      
blockSeqs                     :                                      .       T          C      .               .      GCCAGACTCTAAA                                      .      
blockSeqs                     :                                      .       C          T      .               .      CTCAAATTAAAAA                                      .      
blockSeqs                     :                                      .       T          G      .               .      CTCAGACTCGGAG                                      .      
blockSeqs                     :                                      .       T          T      .               .      TTCAGACTTAAAT                                      .      
blockSeqs                     :                                      .       A          G      .               .      TTCAGACTTAAAT                                      .      
blockSeqs                     :                                      .       A          C      .               .      CCTGGACTCAAAA                                      .      
blockSeqs                     :                                      .       A          C      .               .      TTCAGACTCGGAA                                      .      
blockSeqs                     :                                      .       A          A      .               .      TTCAGACTCAGAA                                      .      
blockSeqs                     :                                      .       A          T      .               .      ATCGGACACAAAA                                      .      
blockSeqs                     :                                      .       T          T      .               .      CTCAAACTTAAAA                                      .      
blockSeqs                     :                                      .       T          C      .               .      CTCTGACTTAAAA                                      .      
blockSeqs                     :                                      .       A          T      .               .      CTTATAGTCAAAC                                      .      
blockSeqs                     :                                      .       T          T      .               .      CTCAGGTTCAAAA                                      .      
blockSeqs                     :                                      .       T          C      .               .      CTTATAGTCAAAC                                      .      
blockSeqs                     :                                      .       T          C      .               .      TTCTGGCTCAAA                                       .      
blockSeqs                     :                                      .       T          C      .               .      CTCGGTCTCAA                                        .      
blockSeqs                     :                                      .       T          A      .               .      TGGCTCTGG                                          .      
blockSeqs                     :                                      .       T          C      .               .      CTCAAGCA                                           .      
blockSeqs                     :                                      .       T          C      .               .      CTGAAAA                                            .      
blockSeqs                     :                                      .       T          C      .               .      CTCAAAA                                            .      
blockSeqs                     :                                      .       A          T      .               .      CTCAAAA                                            .      
blockSeqs                     :                                      .       T          A      .               .      CTCAGAA                                            .      
blockSeqs                     :                                      .       T          T      .               .      CTGAAA                                             .      
blockSeqs                     :                                      .       A          T      .               .      TTTAAA                                             .      
blockSeqs                     :                                      .       T          T      .               .      CTCAAA                                             .      
blockSeqs                     :                                      .       T          T      .               .      CTCAGA                                             .      
blockSeqs                     :                                      .       T          T      .               .      CTGAAA                                             .      
blockSeqs                     :                                      .       C          T      .               .      CTCAAA                                             .      
blockSeqs                     :                                      .       T          G      .               .      CTCAAA                                             .      
blockSeqs                     :                                      .       A          T      .               .      TTTAGA                                             .      
blockSeqs                     :                                      .       T          T      .               .      CTCAGA                                             .      
blockSeqs                     :                                      .       A          T      .               .      CTCAGA                                             .      
blockSeqs                     :                                      .       T          C      .               .      CACAGA                                             .      
blockSeqs                     :                                      .       A          T      .               .      CTCAAA                                             .      
blockSeqs                     :                                      .       T          G      .               .      TTCAGA                                             .      
blockSeqs                     :                                      .       A          T      .               .      CTCA                                               .      
blockSeqs                     :                                      .       A          T      .               .      AAA                                                .      
blockSeqs                     :                                      .       A          T      .               .      AAA                                                .      
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blockSeqs                     :                                      .       A          C      .               .      C                                                         
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originalCons                  :            ATGTTATTTGAATC-TTAAAT-TTTT---G-ACA-NTTT-GAGTC--C-G-A------------GTCT---AAAT------C------T-C-------A--------A---------A-------T-------A-TT-GATGAATTTAGGT
finalCons                     :            ATGTTATTTGAATC-TTAAAT-TTTT---G-ACA-NTTT-GAGTC--C-G-A------------GTCT---AAATCTCAGACTAAA---------------------------------------T-------A-TT-GATGAATTTAGGT
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|53 ): AGTCAGATTCTCAGACTTGGAATTTTGATGAATTTAGGTCCTAG
Unaligned ( gi|55 ): TCCAATTCTCGGACTCGAATTATTGATGAAATTAGGCCCT
Unaligned ( gi|56 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATA
Unaligned ( gi|57 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATA






Alignments
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lowQualScore                  :                          8   8   8    444    88   8     3333333333333333 8 777777777777             7777777777777 22 22 4  9  9             
consensus                     :            ATGTTATTTGAATC-TTA-AAT-TTTT---GACA-NTTT-GAGTC--C-------------G-A------------GTCTAAATCTCAG--A--C----T--A--A--A-TA-TT-GATGAATTTAGGT
Reference ( family-401 )      :            ATGTTATTTGAATC-TTA-AAT-TTTT---GACA-NTTT-GAGTC--C-------------G-A------------GTCTAAATCTCAG--A--C----T--A--A--A-TA-TT-GATGAATTTAGGT
gi|1                          :             TATTATTTGAATC-TTA-AAT-ATTT---GACA-ATTT-GAGTC--T-------------A-ATTCTAAATCTAAGTCTAAATCTCGG--T--C----T--C--A--A-TA-TT-GATGAATTTGGGT
gi|10                         :            ATGATATTTGACTCCTTA-AAT-TTTC----ACA-ATTT-GAGTC--G-------------G-A------------ATCTAAATTTCTG--G--C----TC-A--A--A-TA-TT-AATGAATTTAGGTt
gi|11                         :          agATGTTATTTGAATG-TGA-AAT-TTTT---GACA-ATCT-GAGTC--C-------------G-A------------GTTGAAATTTTAG--A--CT---T--A--A--ATTA-TT-GATGAATATATGTcc
gi|12                         :         tatATGTTATTTGAATT-TTA-AAT-TTTT---GACC-ATTC-CAGTC--C-------------A-A------------ATCTAAATCCCGG--T--C----TCAA--A--A-TA-CT-GATAAATTTAGGT
gi|13                         :          agATGTTATTTGAATC-TTA-AAT-TCTT---G--A-TTTT-TATTC--T-------------G-A------------GTCTAAATGCCAG--ACTC----T--A--A--A-CT-TT-GATGACTTTAGGT
gi|14                         :          agATGTCATTTGGATT-TCA-AAT-GTAC---AATA-CTTT-TAGTT--G-------------GGA------------GTCT----CTCAG--A--C----TG-A--A--A-CAATT-GATGAATTTAGATcc
gi|15                         :           agTGTTA---GATTC-TTA-AAT-TTTT---GACA-TTTTTGAGTC--T-------------G-A------------GTCCAAGTCTCAA--A--T----TAAA--A--A-TA-CT-AATGAATTTAAGTcca
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gi|17                         :            aTGTTATTTGAATG-TGA-AAT-TTTT---GACA-ATCT-GAGTC--C-------------G-A------------GTTGAAATTTCAG--A--CT---T--A--A--ATTA-TT-GATGAATTTATGTagatcc
gi|18                         :             TGTTATTTGAATG-TGA-AAT-TTTT---GACA-ATCT-GAGTC--C-------------G-A------------GTTGAAATTTCAG--A--CT---T--A--A--ATTA-TT-GATGAATTTATGT
gi|19                         :            ATGTTATTTGAATC-TTA-AAT-TTTT---GACA-ATT-----TC--A-------------G-A------------ATATAAACCCTGG--A--C----TCAA--A--A-TA-TT-GATGGATTTA
gi|2                          :             agTTATTTGAATC-TTA-AAT-ATTT---GACA-ATTT-GAGTC--T-------------A-ATTCTAAATCTAAGTCTAAATCTCGG--T--C----T--C--A--A-TA-TT-GATGAATTTGGGTtgcc
gi|20                         :           aATGATATTTGAATA-TCA-AAT-TGTT---AACA-AGTT-GAGTC--T-------------G-A------------GTCTTAATTT-------------T--A--A--A-TA-TT-CATGAATTt
gi|21                         :        atagATGTTAACTGAATC-TTA-TAT-TTTT---GACA-T-------TC--C-------------G-A------------GTCTAAATgatgtcc
gi|22                         :       aatagATGTTATTTGAATC-TTATTTT-TTTT---CAAA-TTTT-GAGTC--T-------------G-C------------GTCTATATC----------------------------TT-GATGAATTTAGGTtggctctggtattttattctaggggtgg
gi|23                         :          aaATGCTATCTGAATC-TTA-AAT-TCTT---GACA-ATTT-GA--C--------------------------------TCTAAATCTTAG--A--C----TGAA--A--A-TG-TT-CATGAACTTAGGccagat
gi|24                         :          agATGTTATTTGAATC-CGA-ACT-TTTT---TACA-TTTT-GAGTC--C-------------G-A------------GTCTAAATCTC---------------A--A--A-TA-TT-GATGAATTTAAGT
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gi|27                         :             tagTATTTGGATC-TTA------------------TTT-CAGTC--C-------------G-A------------GCCCAATTTTCAG--A--C----TCAG--A--A-CT-TT-GATGAATTTATGTcc
gi|28                         :              gacggTTGAATG-TTA-AAT-GT-----GACA-TTTT-GAGTC--A-------------C-A------------GTCTAAATATCGGACA--C----A--A--A--A-TG-TT-GATGAATATAGGTccag
gi|29                         :                    TGAATC-TTA-AAA-AATT---GACA-TTTT-GAGCC--C-------------G-A------------GTCTAAATCTCAG--A--CT---T--ACTA--A-TA-TT-CATGAATTTAGGc
gi|3                          :            ACGTTATTTGAATC-TTA-AAC-TTTT---GATA-TTTT-GAATCTTT-------------G-A------------GTCTAAATCTCAG--G--CTCATT--A--C--A-TA-CT-GAAGAATTTAGGT
gi|30                         :           tATGTTATTCAATTC-TTA-AAT-TTTT---GACA--TTT-GAGTC--C-------------G-A------------GTCTAAATCTCAG--A--C----c
gi|31                         :         tagATGTTATTTGAATC-TTA-ATT-TTTT---TTCA-TTTT-GAGTC--C-------------A-A--------------------CTCA--------------A--A--A-TA-TT-GAT-AATATAGGTgttttactggtgg
gi|32                         :             aagTAATTGAATC-TTA-AAT-GTTT---GACA-TTTT-GAGTC--T-------------A-A------------GACTAGATCT--G-------------A--A--A-TA-TC-GATGAATTAAGcct
gi|33                         :           ggTGTTAGTTGAATC-TTA-AAC-TTTT---GACA-TTTT-GAGAC--A-------------G-A------------GTCTAAATCTC---------------------A-TA-TT-GATGAGTt
gi|34                         :           gATGTTGCTTGAATT-TTA-TTT-TTCT---GACA-ATTT-GA----------------------------------GTCTAAATCTCAG--G--C----TC-A--A--A-TG-TT-CATGAAgtgt
gi|35                         :          tgATGTTATTTGAATC-TTA-AAT-TTTT---TACA-TTTT-GAGTC--T-------------G-A------------G
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gi|37                         :          acATGTTAATTGAATA-TGC-AAG-TTTT---GACA-ATTT-GGGTC--T-------------G-A------------TTCTAAATCTCGG--A--C----C--G--A--A-ttc
gi|38                         :         aaaagGTTATTTGAATC-TTA-AAT-----------A-TTTT------------------------A------------GTCTAAATCTCAG--A--C----TC-A--A--A-TA-TT-AATAAATTTATGTa
gi|39                         :          gcATGTTATTTGAATT-TTA-A------------CA-TTTT-GGGTC--T-------------G-A------------GTCTA---------------------A--A--A-TA-TT-TATGAATTAAGGTcc
gi|4                          :        aaagATGTTATTTGAATC-TTA-TTT-TTTT---GACA-TTGT-TAGTC--G-------------G-A------------GTATAAATCTCAA--A--C----TTAA--A--A-TA-TT-GACGAACTTAAGTccta
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gi|41                         :               tgATTTGAATC-TTT-AAT-TTT----GACA-TTTT-GAGTC--T-------------A-A------------GTCTATATCTCAG----------------A--A-TA-T----TGAATTTA
gi|42                         :                           acA-AAT-TTTT---GATA-ATTC-CAGTC--T-------------A-A------------GTCCAATTCTCTG--A--C----TTAA--A--A-TA-TT-GATGTATTTAGGTt
gi|43                         :            ATATTATTTTACTC-TTA-C-T-TTTT---GATA-TTTT-CAATC--C-------------G-A------------GTCTAAGTTTTAG--A--T----T--
gi|44                         :         aaatagTTATTTGAATA-T-G-ATT-TTTT---GACA-ATTT-GAATC--T-------------G-A------------GTCTAAATCTCAG--A--C----c
gi|45                         :       atagacaGTTATTTGAATC-TTA-AAT-TTTT---TACA-T-----AAT-----------------G-A------------GTCT----------------------A--A--A-TA-TT-TATGAATTTAGcc
gi|46                         :                 ATCTGGATG-TTA-AAT-TTTT---GACA-ATTT-GAGTT--G-------------T-A------------GTCTAAATCTCAG--A--T----T--C--A--A-ctcct
gi|47                         :             nnnnATTTGAATC-TTA-AAT-TTTT---TACA-TTTT-GAGTC--T-------------G-A------------GTCTAA-----------------------------A-TT-GATGAATTTAG
gi|48                         :            ATGTTATTTCAATC-TTA-AAT-TTTT---GACA-ATTT-GATCC--T-------------G-A------------GTCTAAATCACAG--A--C----T--tt
gi|49                         :           gATGTTATTTGAATC-CTG-AAT-TTTT---GGCA----------------------------------------------AAA-------------------------A-TA-TT-GATGAATTTAGGT
gi|5                          :         ataATGTAATTTGAATA-TTA-AAT-ATTT---GATA-A-AT-AAGTC--T-------------G-A------------GTCTAAATCTTAT--A--G----TC-A--A--ACTA-TT-GATGAATCGAGGTc
gi|50                         :         tatATGTTATTTAAATT-TTA-AAT-CTTC---GCCA-GTTT-GAGTT--T-------------G-T------------GTCTAAATCTCAtcag
gi|51                         :                   gTGAATC-GTA-ACT-TTTT---GACA-TTTT-GAGTC--C-------------G-A------------GTCCAAA
gi|52                         : tatgccatcagATGTTATTTGAATC-TTA-AAT-TTTT---GATATTTTT-GAGTC--T-------------G-A------------GTC
gi|53                         :                                                                         g-A------------GTCAGATTCTCAG--A--C----TTGG--A--A-TT-TT-GATGAATTTAGGT
gi|55                         :                                                                                         TCCAATTCTCGG--A--C----TCGA--A--T-TA-TT-GATGAAATTAGGcctag
gi|6                          :            ATGTTATTTGAATC-TTA-AAT-GTTT---GAAA-GTTT-GAGTC--CT------------G-A------------GTCTTAATTTCAG--A--T----TCAA--G--A-GA-TT-GATGAATATAGGTccct
gi|7                          :          agATGTTATTTGAATG-CAA-AAT-TTTT---GACA-ATTT-GAGTC--A-------------A-A------------GTCTGAATCTCAG--G--T----TCAA--A--A-TA-TTGGATTAATTTAGGTcc
gi|8                          :          ggATGTAATTTGAATA-TTA-AAT-ATTT---GATA-A-AT-AAGTC--T-------------G-A------------GTCTAAATCTTAT--A--G----TC-A--A--ACTA-TT-GATGAATCGAGGTc
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