lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                             555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555                                                                                                             111111111111111111111111111111111111                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      11111111111111111111111111111111111111111111                                                                                                                                                                                                                             
lowQualScore                  :                                                                                                                          1     1   1                 444444                       2          1       1         333          555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555      333                1  1  1    4444         555           11111                       11    1           000000000000000000000000000000000000                 33333       33333333                 1                                                   111  111         22222    2222              1                   888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888        3333333333333333333333                    2222      222                 1           2222222     333333333333333333333333333333333333         222222222     1                   00000000000000000000000000000000000000000000     11111    33333333       111     1                  33333333333333         111111           555555555555                 2222222                              1                          22222                           
lowQualScore                  :                                                                                           6 6                          6 7     5   5        3   2    111111             4         0          7  6    7  6 6    666          444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444    4 888      6 3       5  0  0    2222     444 000    2      66666   6     6   55  8     33    3 3      6  999999999999999999999999999999999999        8 77     11111 0     77777777       1    1    1       8     11   4  44     6 6  6  9       4      111  333         33333    0000     88  77   4   0 3    5      4 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666        5555555555555555555555        4 5         6666      000  4  2     4   4 2       99  3333333     666666666666666666666666666666666666 66      111111111     5         5         55555555555555555555555555555555555555555555     22222    66666666    9  888     5    55   7777     66666666666666     0   555555         3 888888888888         4       0000000    9  999 1 0  0 0 4      5  0                     0  1 33333   5   5                1  
lowQualScore                  :                                                                                           . .                          . .     .   .        .   .    ......             .         .          .  .    .  . .    ...          .................................................................................................................................................................................    . ...      . .       .  .  .    ....     ... ...    .      .....   .     .   ..  .     ..    . .      .  ....................................        . ..     ..... .     ........       .    .    .       .     ..   .  ..     . .  .  .       .      ...  ...         .....    ....     ..  ..   .   . .    .      . .....................................................................        ......................        . .         ....      ...  .  .     .   . .       ..  .......     .................................... ..      .........     .         .         ............................................     .....    ........    .  ...     .    ..   ....     ..............     .   ......         . ............         .       .......    .  ... . .  . . .      .  .                     .  . .....   .   .                .  
lowQualScore                  :                                                                                           0 0                          0 0     0   0        0   5    555555             0         0          0  0    0  0 0    000          000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000    0 000      0 0       0  5  5    5555     000 555    5      00000   7     0   55  8     88    3 7      0  333333333333333333333333333333333333        3 77     22222 8     44444444       0    0    3       0     00   8  22     7 7  7  6       0      777  333         33333    6666     99  99   0   3 0    0      4 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222        5555555555555555555555        1 7         4444      111  0  5     0   4 2       88  8888888     666666666666666666666666666666666666 11      333333333     0         5         66666666666666666666666666666666666666666666     55555    66666666    6  000     0    44   6666     99999999999999     1   111111         2 555555555555         0       6666666    5  666 4 1  2 2 0      1  0                     4  2 88888   0   0                2  
consensus                     :                                                                                          AATCCATAGCATCAAAATATTGGAAATATCTAAGTATGTTTAGATTTATTGNATTNATCACTTCTNAAAATGAAACCGANGTAAAGAAAACTGGGCATGTATGATTATAAAACCTTTTGATTGAGAAATGA-T-----------ATTAATATATGTGTATGGTGTTTTAAATGTA-----AAAATGGTACATGTGTAAACGTTT----------ATATGTAT--GCTA-GA---ATAAG-AAGCATTTTAT-TAAAAAAAAT-ATTAGAAATGTGTGAAT--GAAAAGTTATTCTAAAAGTTACTA-CTACTNAGCTGTAAACGTNACAACGGCATNTGNAAATTTACACTTCGGNAATGGTTANCGGTATG-AACATGCCAACCTTGTGTTTCGTTTC--GATA-ANGTGGTATTT----ACAT---TT-TAT------TTT-TATA-ATT-TATATTCCTGCGAATTATTTTCATATGAAT-----AACCAAATTGTTGACCTTTCAGTGAGGNAAGGTCGACATATACTTCGG-A-AA-TATTCTATCANTTGCAA---AAT--AATAAAATA-----TATC---TTTTGACNTT--CAGGTAATGNAATGNTGGTGACAT--TACCA-AA-AA--TTATC---ATACGCAATNATNTNCATGCTTN-----AAGTACG----CA--A-AATAACATCTGTCT----GAC--------TTAACGATGNGNTAAAACAGTCTAATTGTTGTTGTT-TTGTACTT-TTC-AAATTCGATACATA------TATTTGANATA------TTGTAAAAATC----AAA-TN--CT--GTGCATT--------ATACTATTGTGATACCTTCTCCAAAT------AT----------TATA----------T----------GTGTA-----GCTA--GT----TTTGGGT-N-TATATATATGAATTA--G-ATATATA--CTCGTATAT-AATCAAACANTA-TATGGAAATTGTAGGTG--T-----ATATACAAAATTGTTACT----TTTACTGTTC--GTCATGAAATATGCTTGTAT-ATGTATCCCTATGGGCTTTTAGCCTAAT---GGA-TTT-GAAATAAACTACTACTATA
Reference ( gi|1 )            :                                                                                          AGTTCATAGCATCAAAATATTGGAAATATCCATGTATGGTTAGATTTATTGAATTGATCAATTCTGAAAATGAAATCGAAATAAAGAAA-TTGGGCATGTTTGGTTATTAAGCTTTTTTGGTGAGAAATGAGTATATGTTTCAAATTAATATGTGCTTGTGGTGTGCGCAATGTAAAATGAAAACGTTAAA-ATGTAAATATTTTGTTATAGTGACATGTATAAATTATGATATATATGTAAAC-TTATATGTGTATAATATAATTAGTAGCAC-CGAATAAGAAAATTGGTGTTTATAGTTTCTGTTTACTTAG-TGTAAACATAATAATGGAATATGCAAAT----ACTTTTGAA-TTGTTACCGGTATGAAACATGCCAACCCTGTATTTCGTTTC--GATA-AGGTGGTACTTA---ACAT---TTACAT------TTT-TAT---TT-TATATTCCAGCAAATTAATTT-ATATGAAC-----TGCCAAATTGTTGATCTTTAAGTGAGGAAAGGTTGACACATACTTTGG-A-AA-TACTCTATCAATTGCAA---AAT--AATAAAATA-----TATC---CTTTGACATT--CAGTTAATGGAATGATGGTGATATTCTACCA-AA-AC--TTATA---ATATGAAATGATATACATGCCTT-----AAGTTCG----CA-GA-AATAACATTTGTAT----GAC--------TTAACGATGCGCTAAAACAGTGTAGTTGTTGATGTT-TTGTACTT-TTC-ACATTCAATGTATG------TATTTAACATA------TTGTAAAGATC----AAA-TA--CT--GTGCATC--------ATACTCTTGTGATACTTTCTCCAAA-------AT----------TATG----------T----------GTGTA-----ACTA--GC----TTTGCGT-T-TATATCTATGAATTA--G-ATATATT--CTCATATATCAATCAAACATTA-TGTGGAAATTGTACTTG--T-----ATATACAAAGTTGTTACT----TTTACTATTT--GCCATGAAATGTGCTTGCAT-ATGTATCCCTATGGGCTTTTAACCTACT---GGA-TTT-GAAATAAACTACTACTATA
gi|10                         :                                                                                          AATCCATAGCATCAAAATATTGGAAATATCTAAGTATGTTTAGATTTATTGAATTGATCA-----GAAAATGAAATCGAAATAAAGAAA-TTGGGCATGT
gi|2                          : aaaacagttatttaaacatatactttaaataggtgtacgttcaatatcttcaatattcaaaattttcaagtacaatgatttatagaagaagaatattttgctatgattaccaataaattgctaccatgTTA-ATTTATTACATTTATTACTTCTTAAAATGAAACCGATGTAAAAAAAACTGAGCATGTATGATTATAAAACCTTTTGATTGAGAAATGA-T-----------ATTAATATATGTGTATGGTGTTTTAAATGTA-----AAAATGGTACATGTGTAAACGTTT----------ATATGTAT--GCTA-GA---ATAAG-AAGCATTTTAT-TAAAAAAAAT-ATTAGAAATGTGTGAAT--GAAAAGTTATTCTAAAAGTTACTA-CTACTAA---GTAAATGTAATAACGACATGTGAAAAT----ACTTCGGCA---ATTAATGATTT------TG-CAACATTTTGTTTCATTTT--GACA-AGGTGATATTT-------T---T---AT------TCC-TATAAATT-TGTCTTTAAGTGAAGCAA--T-A-ATGACCCATTTTGCCAAAT
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              tgttTAGCTGTAAACGTCACAATAGCATCTGTAAATTTACACTTTTAAAATGGTTACCGGTATGAAATATACCAATCTTGTG-TTCGTTTC--attctatagtttacaattcgatgaaatagaatatatagttcgacttccaggcaattcaaagctgatgacatagcatacagttgtctgtatatttgatatgcatgtaaaattatatgtctgttttaacgatgagataaaataatttaattgctgcttttcgagaaatatatttgaaaaaataaaaatgctgtgcattattctgttgtgaaaccttattcaaagatgcatatgtaaacatatatatttacatatgtagatatgtatcggtatgtgtcacatggaagtggtaggttatatacaatattgttacgtttactgtccgtcataaaatatacttgtatatgtatcctatgggtttttagtctaacggaattggaaataaactactactttataaaccagaaactgaatcaagccactgtcgttcgta
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     gtgGGCATGTAACATGCCAACCTTGTGTTTAGTTTC--GATA-AATTGGTATTTT---ACAT---TT-TAT------TTTATAT---CT-TATATTCCTGAAAATTATTTTCATATGAAT-----AAACAAATGGTTCATCTTTCAGTGAGGAAAGGTTGACA
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        attgTGTATCT-GTTTCTTAATACATGTAGTATTCATGTACATGTATTATATCCTTTTTTT-TATACATTATATATTCCTGCCAATTATTCTCATATGAAT-----AACCAAATTGTTGACCTTATAGTAAGATAAGGTCGATATATACTCTGG-A-AA-TA
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  TC-ATGCGAAT-----AACCAAAGTGTAGACCTTTCAGTAAGGAATGGTCCACATATACTTCAG-A-AA-TAGTCTATCAATTGCAA---AAT--AATAAAATC-----TATC---CTTTGACTTT--CAGGTAACGGAATAATGGTGATA---TA-TA-AA-ACA-TTATC---ATACAAAATGAT---CACG-CTT-----A----------CATGA-AATGACATCTGTCT----GAC--------TTAACGATGCGCTAAAACAGTCTAATTGTTGTCGTT-TGGTACTT-TTC-AAATTCAAGACAT-------CATTTAATATA------TTGT-AATATC----AAA-GT--TT--GTGCATT--------AAACTATTGTGATACCTTCTCTAAAT------ACTAGTA-----TATGTGTATACACAT----------GTGTA-----GCTA--GT----TTTGGGT-G-TATATCTATGAATTA--G-ATATATA--CGCGTATATAAATCAAACACGA-TCTGGAAATTGTA---GAAT-----ACATACAAAATTGTTACTCAAGTTTTCTGCTC--GTCATGAAATATGCTTGTAT-GTGTATCCCTATGGGCTTTTAACCTGAT---GGA-ATT-AAAATAAACTAC
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  attgTATGAAT-----AACCAATTTGTTGACCTTTCCATGAGCTAAGGTAGACATATATTCTGG-ATAA-CATTCTATTATTTTCAA---AAC--AACCCAATAG----TATTTTATTCTGATATT--CATATAATATAATGATGGTAACAgttataacaaagacattcagcgtgcattcgtatttcgtttatcgtcatgtttctacttcctgttaagcaaaaacaatgttaaattgtgtattaaaaccgattattat
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    CCAAATCATTGACCTCTCCGCTAGGTTAGGTT----------TCGG-A-AAATATTCTTTCATTTGCCA---AAC--AATAAAATAGTAGCTGTCTA-TTTTGA-ATT--CAGGTAAGGTAATGCTAATGA---TCTA-TA-AA-ACAATTATC---ATACGCAATCGTATTTTTGCTTA-----AAATACG----CA-T--TATGAC--TTGTCT----GTT--------TTAACGAGGTGATTAAACAATTTA-TTATTGTTTCT-TTGTAC-----C-AAATTGGGCACACA------TATTTGA------------G-AAAG-TC----AAA--A------GTA-------------------TGTGAAACCTATGCCAAAT------ATATAAGTG---TATG----------T----------GTGTA-----TGTA----------TGGGTATGTGTATATGTGGTTTA--T-ATATACTAGTTTATATAT--------GGTTACTGTTAAAG--GTAGAT---T-----ATACACAAAG-TGTTCAT----TATACTGTTC--GTCATGCGCTATGCTT---T--TATATCCCTGTCGAATTTTAGCAAATT---TGC-TTTGGAAATACGCTACTACTGcaacaccttctctatgcttaaaataccaacaccagagtgtgtattttaacaataagagtaaactttttttttgtcgtatttttg
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  ataaAAATT--TG-TCTTTAAGTGAAGCAATAATGACCCAT--TTTGCCA-AA-TATTCTATAGTTTACAATTCGATGAAATAGAATA-----TATA---GTTCGACTTC--CAGGCAATTCAAAGCTGATGACAT---AGCATAC-AG--TTGTCTGTATATT---TGATATGCATG---T-----AA---------------AATTATAT--GTCT----GTT--------TTAACGATGAGATAAAATAATTTAATTGCTG-----------CTT-TTCGAGA---AATATAT------------------------TTGAAAAAATA----AAAATG--CT--GTGCATT--------ATTCTGTTGTGAAACCTTATTCAAA-------GA----------TGCA----------T----------ATGTA-----AACA--------TATATAT-T-TACAT--ATG---TA--G-ATATGTA--TCGGTATGT--GTCA--CAT------GGAAGTGGTAGGT---T-----ATATACAATATTGTTACG----TTTACTGTCC--GTCATAAAATATACTTGTAT-ATGTATCC-TATGGGTTTTTAGTCTAAC---GGAATTG-GAAATAAACTACTACTTTA
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                        tgttttaatttattacatttattacttcttaaaatgaaaccgatgtaaaaaaaactgagcatgtatgattataaaaccttttgattgagaaatgatattaatatatgtgtatggtgttttaaatgtaaaaatggtacatgtgtaaacgtttatatgtatgctagaataagaagcattttattaaaaaaaatattagaaatgtgtgaatgaaaagttattctaaaagttactactactaagtaaatgtaataacgacatgtgaaaatacttcggcaattaatgattttgcaacattttgtttcattttgacaaggtgatatttttattcctatGGCATATACTTTGG-A-AC-TAGTCTGTCAATTGCAA---AG---AATAAAATA-----TATC---TGTTGACTTT--CAGGTAATGGAATATTGGTGATAT---ACAA-AATAA--TTATC---ATACGCCTTCATTTTCATGCTTA-----AAGTACGTTTACA-TACAACAACATCTGACT----GAC--------TTAACGATGCGCTACAACAGTCTTATAGTTG---TT-TTGTACTT-TTC-AAATTCGATACATT------TATTTGAGATA------ATGTAAAGATC----AAAATT--CT--GTACATT--------ATACTATTGTGATACCTTCTCCAAAT------AT----------C-TA----------T----------GTGTA-----AATATTGT----TTTGTGT------AT---TAAATTA--G-ATACA--------------GATCAAACATT--TATGGAAATTG-----G--T-----ATATACAAAATTGGTAGA----TGTACT-TTT--ACT------TATGCATGTAT-ATGTAtaaaccagaaactgaatcaagccactgtcgttcgta
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          aaCTATCAATTGCAA---AAT--AATAAAATA-----TATT---CTTTG--ATTGACAGCTAATGAAATTATGGTGATATTCTACCA-AA-AA--TTATA---ATATGAAATGATCGACATGCTTA-----AAGTTCG----TT-GA-AACAACATCTGT-----------------------ATGCGGTAAAACAGTCAAACTGTTGTTGTT-TTGTACTT-TTC-AAATTCAATGCATG------TATGTAATATA------TTG------TC----AAA-TA--CT--GTACATC--------ATACTATTGCGATACATTCTCCAAA-------ATGGTGTGTGTACATA----------T----------GTGTA-----ACTA--GC----TTTGCGT-T-TATATCTATGAATTG--G-GTAT
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 TC---TTTTGACTTT--CAGGTAAAGGAAAGCTTGTGACAT---ATCA-AACAA--TTATT---TTGCACAATTGTCTAT-TGCCTTCAAATAAGTAC-----------AATAACATCT--AC----GACACTCTGTTTTAACGATGAGATAAAACAGC---GTTATTGTCGTT-TT-TATTT-ATT-AAATCCGATAAATA------TATTTGAAAAA------TTA-AAAAATTTAAAAAA-TA---T--GTGCATT--------ATACTGTTATGAAACctattgggtataaa
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  caatgatattt-AATAATATT-GTATAGAAGAC----------AAT-ATAAGGTATAACAGTCTTATTGTCGTTGTT-TTGTACTT-TTC-AAATTCGATACATG------CATTTGATATA------caannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggcatgtgtgttaatgggttatatataacaaataacgtacatcaaacagtacatgaaaat
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               tgattttcatcttttaaatc--------TTAACGACAAGTTAAAGCA-------TGTT-AT-TT-TTG--CTT-TTC-AAATTCAAGACATA------TATTT--CATA---------------------AAA-T---CTTAGTGAATT--------ACACTATTGTGATACTTTTTCC--A-------AT----------TATA----------T----------GCGTATACACACAAG-GCGTTACTTGGGT-G-GATATATATG---TG--T-GTGTAT------ATATATCAATgtcaggaactatagaataagtctctctcaaattccttgatatagcgtaagaatcaaaattctgtgcattatgctatgtgataccgtctccaagtatgtgtatacatatgtgtagctagtttggatctataaatatgaatcagatatattctcgcatataaattaaacattatatggaaattgtagagtacatgcaaaattgtcactttaattgttttcgtcatgaaatatgcttgtgtatgtatctctatgttttatcaaaaataaaaaaaatactactaaaacatcgctcattaaaataa
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           acaaCGTTGAACTAAAGCAGTTTAACTGTTGAT----TT-TACTTATCC-AC-TTCGATACATACTCGTATATTTGAGATACTAGTATTGTAAAAATC----AAA--AGCCT--GTGCATTGAAAAAAAATA------TGATACCTTCTCTAAA-------TA----------TATG----------TGTATACATGTGTGTA-----GCTA--TT----TTTGAGT-G-TATAGATATGAATTATTGTATATAAA--CTCGTA----AATCAAACAGTC-AATTGAAATTGTACATA--TAGGTCATATACAAAATTGTAAC-------TACTAg
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   tCGTTAAAACAGAGT-GTCGTAGATGTTATTGTACTT-
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            caatgatattttcttttgactttcaggtaaaggaaagcttgtgacatatcaaacaattattttgcacaattgtctattgccttcaaatTTGATATA------GCGTAAGAATC----AAAATT--CT--GTGCATT--------ATGCTAT-GTGATACCGTCTCCAAGTATGTGTATA---------CATA----------T----------GTGTA-----GCTA--G-----TTTGGAT-C-TATAAATATGAATCA--G-ATATATT--CTCGCATATAAATTAAACATTA-TATGGAAATTGTA-GAG--T-----ACATGCAAAATTGTCACT----TTAATTGTTTTCGTCATGAAATATGCTTGTGT-ATGTATCTCTATG---TTTT-ATCAA-----AAA-T----AAAAAAAATACTACTAatgagataaaacagcgttattgtcgtttttatttattaaatccgataaatatatttgaaaaattaaaaaatttaaaaaatatgtgcattatactgttatgaaaccaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggcatgtgtgttaatgggttatatataacaaataacgtacatcaaacagtacatgaaaat
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   tgattttcatcttttaaatcaataatattgtatagaagacaatataaggtataacagtcttattgtcgttgttttgtacttttcaaattcgatacatgcatttgatatagtcaggaactatagaataagtctctctcaaattcc-ATATACA--CTCGTA----AATCAAATTGTA-AATGGAAATTGTAGAT---T-----ATATACAGAATTGTTACT----ATTGCTGTTC--GCCGTGAAATATGGTTGCGT-ATATATCCCTTTGGGCTTTTAGCCTAAT---GGG-TTT-GAAATAAACTACTAaaacatcgctcattaaaataa
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     tttaactgttgactttacttatccaattcgatcgtATA--CTCGTATATAAATCAAACAATA-TGTGGAAATTA-AAGAG--T-----ACATACAAAAT-----CT--------CTCTTC--GTCATAAATTATGCTTGTATTATGTATCCCTAAAAGCTTTTAATCCAAA---GTA-TTC-GAAATAAACTACTA
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   TGTAATGTGCTTGTATTATGTATCCCCACGGGCTTTTAGCACAAT---GGA-TTT-GAAATATACTACTAacatctttgtttaa
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           CCTATAGGCTTTTAGCCTATTAATGAA-TTT-GAAATAAACTACCATTAgtcagtattta
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): ATATTGAGAGGGCCCAAAGTATATGGAGACCCCTCCAAATCTAACATAAGTGTTTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT
Unaligned ( gi|21 ): AGTTAAAGTTTGAAAAATATGTACAATTAACCCTTTCATAAA






Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                    1111111111111                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  
lowQualScore                  :                                                             1                         2                                            0000000000000                               55555           1            8888888888        444444444444     2    1      2          2           1     22                        2        2                            4444    1111   1           33                          11    1       8888888888888888888888888888888      444444         111                                                                                         111  111         22222    111111                                333333333   1                                       2222222222222       11111  1111111111111                         1111                                   1111111           2222222222       1111   1111                           2222222222222         11111  666666666666666666666666            222222222222222222222            11111            111111                  2222222                     333333333333333                  11111                                                                                                   
lowQualScore                  :                                 4                  1   1    5    1         0   11     3   0         4       4         444          6666666666666            2        7777      00000      2  2 5            7777777777        111111111111   4 0    5  4   0  4 4  4  0     4     5     77     2 3  3  4 4    4   0     1  3         1 0  0     1  1    4444    6666   5    1      22  0    2         0  5     11    0 1     5555555555555555555555555555555      222222         555     1 3 5        1          1               1     7       1   1  5 5  5  1       1      000  000         00000    555555     11           1    1        666666666   5      1    99   2  5 2     4  5 4 4  2 4444444444444       11111  3333333333333 5          1 44         4444      2      5              0 1    4444444       4   3333333333    2  2222   5555 4       55 2              2222222222222         00000  999999999999999999999999  8888      000000000000000000000   1  1     00000 55   4  4  000000     2  888888    1111111       3 0           222222222222222  4      4     4  11111    99999     1  66                     8                       1  777 1   4   4                   
lowQualScore                  :                                 .                  .   .    .    .         .   ..     .   .         .       .         ...          .............            .        ....      .....      .  . .            ..........        ............   . .    .  .   .  . .  .  .     .     .     ..     . .  .  . .    .   .     .  .         . .  .     .  .    ....    ....   .    .      ..  .    .         .  .     ..    . .     ...............................      ......         ...     . . .        .          .               .     .       .   .  . .  .  .       .      ...  ...         .....    ......     ..           .    .        .........   .      .    ..   .  . .     .  . . .  . .............       .....  ............. .          . ..         ....      .      .              . .    .......       .   ..........    .  ....   .... .       .. .              .............         .....  ........................  ....      .....................   .  .     ..... ..   .  .  ......     .  ......    .......       . .           ...............  .      .     .  .....    .....     .  ..                     .                       .  ... .   .   .                   
lowQualScore                  :                                 0                  0   0    0    0         7   77     7   7         0       0         000          0000000000000            5        5555      00000      5  5 5            5555555555        555555555555   0 0    5  0   0  0 0  0  0     0     0     55     5 0  0  0 0    0   0     0  3         0 7  7     0  0    3333    7777   0    0      55  2    5         8  0     00    0 0     2222222222222222222222222222222      888888         555     0 6 0        7          7               0     6       4   4  7 7  7  5       0      000  111         00000    222222     22           0    0        111111111   0      4    00   6  3 6     4  3 4 4  2 3333333333333       33333  7777777777777 2          0 66         7777      3      9              4 1    5555555       5   0000000000    2  5555   8888 0       55 6              0000000000000         22222  999999999999999999999999  5555      999999999999999999999   6  0     66666 55   9  0  555555     6  111111    3333333       8 7           000000000000000  4      4     4  11111    88888     4  99                     9                       1  888 0   4   4                   
consensus                     : AGTCCATAGCATCAAAATATTGGAAATATCCANGTATGTTTAGATTTATTGAATTGATCA-TTCTGAAAATGAAATCGAAATAAAG-AAATTGGGCATGTNTGGTTATNAAGCCTTTTNGNTGAGAAATGAGTATATGTTTCAAATTAATATGTGCGTGTGGTGTNCGNAATGTAAAATGAAAACGNTANATGTGTAAACGTTTTGTTATAGTGACATGTATAAGCTATGATATATANGTAAGCATTNTATGTGNANAANATAATTAGNAGCGCGCGAATAAGAAAANTNGTNCTNANAGTTNCTGTCTACTNAG-TGTAAACGTAATAACGGCATNTGNAAAT----ACTTTTG-AAT-GTTACCGGTATGAAACATGCCAACCTTGTGTTTCGTTTC--GATA-AGGTGGTA-TT----T-ACAT-----------TT-TATTTTTATA--TT-TATATTCCTGCAAATTATTTTCATATGAATAACCAAATTGTTGACCTTTCAGTGAGGNAAGGTCGACATATACTTCGG-A-AA-TATTCTATCANTTGCAA---AAT--AATAAAATA-----TATC---C--TTTGACTTTCAGGTAATGGAATGNTGGTGATAT--T--ACCAAA-AATTATCATACGNAATCGTCTNCATGC-TTNA-A-GTACG------T-A-AAATAACATC----TG------TCT----GNCTTAACGATGNG-NTAAAACAGTCTAATTGTTGTTGTTTTGTACTTTTCAAATTCGATACATA------TATTTGANATA------TTGTAAAAATC----AAA-TNCT-GTGCATT--ATACTATTGTGATACC-------------TTCTCCAAA----TATGT-----CA---------------TA----TGTGTA----------GCTA--GTT--TTGGGTGTATAT----AT--ATGAAT-TA--G---ATATATAC---T--CGTATAT-AA-TCAAACANTATATGGAAATTG------T---AGGTGTA-TATACA-AAATT-GT-----TACT----TTTACTGTT--CGTCATGAAATATGCTTGTAT-ATGTATCCCTATGGGCTTTTAGCCTA---ATGGA-TTT-GAAATAAACTACTACTATA
Reference ( family-400 )      : AATCCATAGCATCAAAATATTGGAAATATCTAAGTATGTTTAGATTTATTGNATTNATCACTTCTNAAAATGAAACCGANGTAAAGAAAACTGGGCATGTATGATTATAAAACCTTTTGATTGAGAAATGA-T-----------ATTAATATATGTGTATGGTGTTTTAAATGTA-----AAAATGGTACATGTGTAAACGTTT----------ATATGTAT--GCTA-GA---ATAAG-AAGCATTTTAT-TAAAAAAAAT-ATTAGAAATGTGTGAAT--GAAAAGTTATTCTAAAAGTTACTA-CTACTNAGCTGTAAACGTNACAACGGCATNTGNAAATTTACACTTCGGNAATGGTTANCGGTATG-AACATGCCAACCTTGTGTTTCGTTTC--GATA-ANGTGGTA-TT----T-ACAT-----------TT-TATTTTTATA-ATT-TATATTCCTGCGAATTATTTTCATATGAATAACCAAATTGTTGACCTTTCAGTGAGGNAAGGTCGACATATACTTCGG-A-AA-TATTCTATCANTTGCAA---AAT--AATAAAATA-----TATC---T--TTTGACNTTCAGGTAATGNAATGNTGGTGACAT--T--ACCAAA-AATTATCATACGCAATNATNTNCATGC-TTNA-A-GTACG------C-A-AAATAACATC----TG------TCT----GACTTAACGATGNG-NTAAAACAGTCTAATTGTTGTTGTTTTGTACTTTTCAAATTCGATACATA------TATTTGANATA------TTGTAAAAATC----AAA-TNCT-GTGCATT--ATACTATTGTGATACC-------------TTCTCCAAA----TAT-------TA---------------TA----TGTGTA----------GCTA--GTT--TTGGGTNTATAT----AT--ATGAAT-TA--G---ATATATAC---T--CGTATAT-AA-TCAAACANTATATGGAAATTG------T---AGGTGTA-TATACA-AAATT-GT-----TACT----TTTACTGTT--CGTCATGAAATATGCTTGTAT-ATGTATCCCTATGGGCTTTTAGCCTA---ATGGA-TTT-GAAATAAACTACTACTATA
gi|1                          : AGTTCATAGCATCAAAATATTGGAAATATCCATGTATGGTTAGATTTATTGAATTGATCAATTCTGAAAATGAAATCGAAATAAAG-AAATTGGGCATGTTTGGTTATTAAGCTTTTTTGGTGAGAAATGAGTATATGTTTCAAATTAATATGTGCTTGTGGTGTGCGCAATGTAAAATGAAAACGTTAAA-ATGTAAATATTTTGTTATAGTGACATGTATAAATTATGATATATATGTAAAC-TTATATGTGTATAATATAATTAGTAGCAC-CGAATAAGAAAATTGGTGTTTATAGTTTCTGTTTACTTAG-TGTAAACATAATAATGGAATATGCAAAT----ACTTTTG-AATTGTTACCGGTATGAAACATGCCAACCCTGTATTTCGTTTC--GATA-AGGTGGTA-CT----TAACAT-----------TTACATTTTTAT---TT-TATATTCCAGCAAATTAATTT-ATATGAACTGCCAAATTGTTGATCTTTAAGTGAGGAAAGGTTGACACATACTTTGG-A-AA-TACTCTATCAATTGCAA---AAT--AATAAAATA-----TATC---C--TTTGACATTCAGTTAATGGAATGATGGTGATATTCT--ACCAAA-ACTTATAATATGAAATGATATACATGC-CTTA-A-GTTCG------C-AGAAATAACATT----TG------TAT----GACTTAACGATGCG-CTAAAACAGTGTAGTTGTTGATGTTTTGTACTTTTCACATTCAATGTATG------TATTTAACATA------TTGTAAAGATC----AAA-TACT-GTGCATC--ATACTCTTGTGATACT-------------TTCTCCAAA-----AT-------TA---------------TG----TGTGTA----------ACTA--GCT--TTGCGTTTATAT----CT--ATGAAT-TA--G---ATATATTC---T--CATATATCAA-TCAAACATTATGTGGAAATTG------T---ACTTGTA-TATACA-AAGTT-GT-----TACT----TTTACTATT--TGCCATGAAATGTGCTTGCAT-ATGTATCCCTATGGGCTTTTAACCTA---CTGGA-TTT-GAAATAAACTACTACTATA
gi|10                         : AATCCATAGCATCAAAATATTGGAAATATCTAAGTATGTTTAGATTTATTGAATTGATCA-----GAAAATGAAATCGAAATAAAG-AAATTGGGCATGT
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                aaaacagttatttaaacatatactttaaataggtgtacgttcaatatcttcaatattcaaaattttcaagtacaatgatttatagaagaagaatattttgctatgattaccaataaattgctaccatgTATGAATAACCAATTTGTTGACCTTTCCATGAGCTAAGGTAGACATATATTCTGG-ATAA-CATTCTATTATTTTCAA---AAC--AACCCAATAG----TATTTTAT--TCTGATATTCATATAATATAATGATGGTAACA--------CAAC-ACCT--------------TCTCTATGC-TTAA-A-ATAC--------------CAACACCAGAGTG------TGT----ATTTTAACAATAAGAGTAAA-----CT--TTTTTTTTG--TCGTATTTTT
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         ---ATATACAC---T--CGTA----AA-TCAAATTGTAAATGGAAATTG------T---AGAT-TA-TATACA-GAATT-GT-----TACT----ATTGCTGTT--CGCCGTGAAATATGGTTGCGT-ATATATCCCTTTGGGCTTTTAGCCTA---ATGGG-TTT-GAAATAAACTACTAg
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          tttaactgttgactttacttatccaattcgatcgtTTAACGACAAG-TTAAAGCA----------TGTTATTTT-TGCTTTTCAAATTCAAGACATA------TATTT--CATA---------------------AAA-TCTTAGTGAATT--ACACTATTGTGATACT-------------TTTTCCAA-------T-------TA---------------TA----TGCGTATACACACAAGGC----GTTACTTGGGTGGATAT----AT--ATGTGTGTG--T---ATATATA
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               acaaTGTATCT-GTTTCTTAATACATGTAGTA-TTCATGT-ACATGTATTATATCCTT-T-TTTTTATACATTATATATTCCTGCCAATTATTCTCATATGAATAACCAAATTGTTGACCTTATAGTAAGATAAGGTCGATATATACTCTGG-A-AA-TAtcaatg
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                ATAC---T--CGTATAT-AAATCAAACAATATGTGGAAATTA------A---AGA-GTA-CATACA-AAAT-----------CT--------CTCTT--CGTCATAAATTATGCTTGTATTATGTATCCCTAAAAGCTTTTAATCCA---AAGTA-TTC-GAAATAAACTACTA
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               GGCATGTAACATGCCAACCTTGTGTTTAGTTTC--GATA-AATTGGTATTT----T-ACAT-----------TT-TA-TTTTATA-TCT-TATATTCCTGAAAATTATTTTCATATGAATAAACAAATGGTTCATCTTTCAGTGAGGAAAGGTTGACAacatctttgtttaa
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      attgAGCTGTAAACGTCACAATAGCATCTGTAAATTTACACTTTTAAAATGGTTACCGGTATGAAATATACCAATCTTGTG-TTCGTTTC--
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    gtgtTGTAATGTGCTTGTATTATGTATCCCCACGGGCTTTTAGCACA---ATGGA-TTT-GAAATATACTACTA
gi|2                          :                                     TGTTTTAATTTATTACATTTATTACTTCTTAAAATGAAACCGATGTAAAAAAAACTGAGCATGTATGATTATAAAACCTTTTGATTGAGAAATGA-T-----------ATTAATATATGTGTATGGTGTTTTAAATGTA-----AAAATGGTACATGTGTAAACGTTT----------ATATGTAT--GCTA-GA---ATAAG-AAGCATTTTAT-TAAAAAAAAT-ATTAGAAATGTGTGAAT--GAAAAGTTATTCTAAAAGTTACTA-CTACTAAG---TAAATGTAATAACGACATGTGAAAAT----ACTTCGGCAAT---TAATGATTT------TGC-AACATTTTGTTTCATTTT--GACA-AGGTGAT-----------------------------ATTTTTAT-----------TCCT---------------ATAAAT-------TTGT----CTTTAAGTGAAGCAATAATGACCCAT--TTTGCCA-AA-TATTCTATAGTTTACAATTCGATGAAATAGAATA-----TATA---G--TTCGACTTCCAGGCAATTCAAAGCTGATGACAT----------------AGCATAC--AGTTGTCTGTATAT-TTGATATGCATG------T-A-AAAT--TATA----TG------TCT----GTTTTAACGATGAG-ATAAAATAATTTAATTGCTG----------CTTTTC------GAGAAATA------TATTTGA--------------AAAAATA----AAAATGCT-GTGCATT--ATTCTGTTGTGAAACC-------------TTATTCAAA----GATG------CA---------------TA----TGTA-A----------AC-------------ATATATATTTACAT--ATG----TA--G---ATATGTAT---C--GGTATGT-G--TCA-------CATGGAAGTGG------T---AGGT-TA-TATACA-ATATT-GT-----TACG----TTTACTGTC--CGTCATAAAATATACTTGTAT-ATGTATCC-TATGGGTTTTTAGTCTA---ACGGAATTG-GAAATAAACTACTACTTTAgtcagtattta
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                CCTATAGGCTTTTAGCCTATTAATGAA-TTT-GAAATAAACTACCATTAtaaaccagaaactgaatcaagccactgtcgttcgta
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         ATTGTCATGCGAATAACCAAAGTGTAGACCTTTCAGTAAGGAATGGTCCACATATACTTCAG-A-AA-TAGTCTATCAATTGCAA---AAT--AATAAAATC-----TATC---C--TTTGACTTTCAGGTAACGGAATAATGGTGATATA-T--A--AAA-CATTATCATACAAAATGAT---CACGC-TT-------ACA------T-G-AAATGACATC----TG------TCT----GACTTAACGATGCG-CTAAAACAGTCTAATTGTTGTCGTTTGGTACTTTTCAAATTCAAGACAT-------CATTTAATATA------TTGTAATA-TC----AAA-GTTT-GTGCATT--AAACTATTGTGATACC-------------TTCTCTAAA----TAC-------TAGTATATGTGTATACACA----TGTGTA----------GCTA--GTT--TTGGGTGTATAT----CT--ATGAAT-TA--G---ATATATAC---G--CGTATAT-AAATCAAACACGATCTGGAAATTG------T---AGA-ATA-CATACA-AAATT-GT-----TACTCAAGTTTTCTGCT--CGTCATGAAATATGCTTGTAT-GTGTATCCCTATGGGCTTTTAACCTG---ATGGA-ATT-AAAATAAACTACctactataa
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     ATAACCAAATCATTGACCTCTCCGCTAGGTTAGGT----------TTCGG-A-AAATATTCTTTCATTTGCCA---AAC--AATAAAATAGTAGCTGTC---TATTTTGA-ATTCAGGTAAGGTAATGCTAATGAT-C--T--ATAAAACAATTATCATACGCAATCGTATTTTTGC-TTAA-A-ATACG------C-A-TTATGAC--T----TG------TCT----GTTTTAACGAGGTG-ATTAAACAATTT-ATTATTGTTTCTTTGTAC----CAAATTGGGCACACA------TATTTGAG--------------AAAGTC----AAA----------AGT--A------TGTGAAACC-------------TATGCCAAA----TATATAAGTGTA---------------TG----TGTGTA----------TGTA--------TGGGTATGTGT----AT--ATG----TG--GTTTATATATAC---T--AGTTTA-------------TATATGGTTACTG------TTAAAGGTAGATTATACACAAAGT-GT-----TCAT----TATACTGTT--CGTCATGCGCTATGCTTTTA-----TATCCCTGTCGAATTTTAGCAAA---TTTGC-TTTGGAAATACGCTACTACTGTgttataacaaagacattcagcgtgcattcgtatttcgtttatcgtcatgtttctacttcctgttaagcaaaaacaatgttaaattgtgtattaaaaccgattattat
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          TGATTTTCATCT-TTTA-A-AT---------C-A-A--TAATAT-----TG------TATAGAAGAC--AAT-ATAAG-GTATAACAGTCTTATTGTCGTTGTTTTGTACTTTTCAAATTCGATACATG------CATTTGATATA------
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         TCTCAAATTC----------------CTTGATATA------GCGTAAGAATC----AAAATTCT-GTGCATT--ATGCTAT-GTGATACC-------------GTCTCCAAG----TATGTGTATACA---------------TA----TGTGTA----------GCTA--GTT--T-GGATCTATAA----AT--ATGAAT-CA--G---ATATATTC---T--CGCATAT-AAATTAAACATTATATGGAAATTG------T---AGA-GTA-CATGCA-AAATT-GT-----CACT----TTAATTGTTTTCGTCATGAAATATGCTTGTGT-ATGTATCTCTATG---TTTTATC--A---A-AAA-T----AAAAAAAATACTACTAgtcaggaactatagaataagtctctctcaaattccttgatatagcgtaagaatcaaaattctgtgcattatgctatgtgataccgtctccaagtatgtgtatacatatgtgtagctagtttggatctataaatatgaatcagatatattctcgcatataaattaaacattatatggaaattgtagagtacatgcaaaattgtcactttaattgttttcgtcatgaaatatgcttgtgtatgtatctctatgttttatcaaaaataaaaaaaatactactaaaacatcgctcattaaaataa
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    tgattttcatcttttaaatcaataatattgtatagaagacaatataaggtataacagtcttattgtcgttgttttgtacttttcaaattcgatacatgcatttgatatagtcaggaactatagaataagtctcGGCATATACTTTGG-A-AC-TAGTCTGTCAATTGCAA---AG---AATAAAATA-----TATC---T--GTTGACTTTCAGGTAATGGAATATTGGTGATA---T--ACAAAATAATTATCATACGCCTTCATTTTCATGC-TTAA-A-GTACGTTTACAT-A-CAACAACATC----TG------ACT----GACTTAACGATGCG-CTACAACAGTC---TTATAGTTGTTTTGTACTTTTCAAATTCGATACATT------TATTTGAGATA------ATGTAAAGATCA---AAA-TTCT-GTACATT--ATACTATTGTGATACC-------------TTCTCCAAA----TAT-------C----------------TA----TGTGTA----------AATATTGTT--TT--GTGTAT-----------TAAAT-TA--G---ATACA-----------------GA-TCAAACATT-TATGGAAATTG--------------GTA-TATACA-AAATTGGTAGATGTACT----TTTACT---------------TATGCATGTAT-ATGTAaaacatcgctcattaaaataa
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    aaTC---T--TTTGACTTTCAGGTAAAGGAAAGCTTGTGACAT-----ATCAAACAATTATTTTGCACAATTGTCTAT-TGCCTTCA-A-ATAAG------T-A-CAATAACATC----TACGACACTCT----GTTTTAACGATGAG-ATAAAACAGC---GTTATTGTCGTTTT-TATTTATTAAATCCGATAAATA------TATTTGAAAAA------TTA-AAAAATTTAAAAAA-TA-T-GTGCATT--ATACTGTTATGAAACCAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----NNN-------NN---------------NN----NNNNNN----------NNNN--NNN--NNNGGCATGTGT----GTTAATGGGT-TA--T---ATATA-ACAAATAACGTAC----A-TCAAACAGTACATGAAAAT
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      caatgatatttCTATCAATTGCAA---AAT--AATAAAATA-----TATT---C--TTTGATTGACAGCTAATGAAATTATGGTGATAT--TCTACCAAA-AATTATAATATGAAATGATCGACATGC-TTAA-A-GTTCG------TTG-AAACAACATC----TG------T---------------ATGCG-GTAAAACAGTCAAACTGTTGTTGTTTTGTACTTTTCAAATTCAATGCATG------TATGTAATATA------TTG------TC----AAA-TACT-GTACATC--ATACTATTGCGATACA-------------TTCTCCAAAATGGTGTGTGTA--CA---------------TA----TGTGTA----------ACTA--GCT--TTGCGTTTATAT----CT--ATGAAT-TG--G---GTATCTA----T--TGGGTAT-AA-
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 CGTTGAA-CTAAAGCAGTTTAACTGTTG--ATTTT--ACTTATCCACTTCGATACATACTCGTATATTTGAGATACTAGTATTGTAAAAATC----AAAAGCCT-GTGCATTGAAAAAAAATATGATACC-------------TTCTCTAAA----TATATGTG--TA---------------TACATGTGTGTA----------GCTA--TTT--TTGAGTGTATAG----AT--ATGAAT-TATTGT--ATATAAAC---T--CGTA----AA-TCAAACAGTCAATTGAAATTGTACATAT---AGGT-CA-TATACA-AAATT-GT-----AACT----a
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): ATATTGAGAGGGCCCAAAGTATATGGAGACCCCTCCAAATCTAACATAAGTGTTTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT
Unaligned ( gi|21 ): AGTTAAAGTTTGAAAAATATGTACAATTAACCCTTTCATAAA






Alignments
lowQualScore                  :                                                             33                           1                                         5555555555555                                  22222        1            4444444444        11    1  222     1    1      1           1          1     11                        1                                    2222         44444                                                    44444444444444        111                                                                                                     111  111         22222    111111                                3333333333333                                        22222222222         1111  111111                            1111                                   1111111           2222222222       1111   1111                           11111111111           5555555555555555555555555555555        1111111111                   11111                                  2222222                     333333333333333                  11111                                                                                                   
lowQualScore                  :                                 1                           44                           3          1       1         1 1          0000000000000            2        1 33         77777   1  1 5            1111111111        88    5  111   1 5    5  1   5  1 1  1   5    1     5     88     1 1  1  1 1    1   5     1   6            0     1  1    8888         22222          66  0    2         3                 2  0 77777777777777  3   3 111          0     11 3 5                   1               1     7       1   1  5 5  5  1       1      000  000         00000    666666        2         1    1        9999999999999       0   77   44  4444  5   5 5 5     33333333333   0     0000  444444 2  33         1 44         4444      2      5              0 1    4444444       4   3333333333    2  2222   5555 4       55 2              99999999999        55 8888888888888888888888888888888        1111111111   55   1 55 0     00000 55   1  4  6666     2  888888    1111111       3 0           222222222222222  4      4     4  11111    99999     1  66                     8                       1  777 1   4   4                   
lowQualScore                  :                                 .                           ..                           .          .       .         . .          .............            .        . ..         .....   .  . .            ..........        ..    .  ...   . .    .  .   .  . .  .   .    .     .     ..     . .  .  . .    .   .     .   .            .     .  .    ....         .....          ..  .    .         .                 .  . ..............  .   . ...          .     .. . .                   .               .     .       .   .  . .  .  .       .      ...  ...         .....    ......        .         .    .        .............       .   ..   ..  ....  .   . . .     ...........   .     ....  ...... .  ..         . ..         ....      .      .              . .    .......       .   ..........    .  ....   .... .       .. .              ...........        .. ...............................        ..........   ..   . .. .     ..... ..   .  .  ....     .  ......    .......       . .           ...............  .      .     .  .....    .....     .  ..                     .                       .  ... .   .   .                   
lowQualScore                  :                                 0                           00                           3          0       0         0 0          5555555555555            5        0 55         00000   0  0 5            0000000000        55    5  555   0 5    5  0   0  0 0  0   5    0     0     55     0 0  0  0 0    0   5     0   7            7     0  0    3333         77777          00  2    5         2                 5  8 88888888888888  5   2 000          2     88 6 0                   7               0     6       4   4  7 7  7  5       0      000  111         00000    888888        2         4    0        2222222222222       4   99   55  4444  0   9 0 0     11111111111   9     6666  444444 5  99         0 66         7777      3      9              4 1    5555555       5   0000000000    2  5555   8888 0       55 6              00000000000        55 3333333333333333333333333333333        2222222222   55   6 55 7     66666 55   5  0  6666     6  111111    3333333       8 7           000000000000000  4      4     4  11111    88888     4  99                     9                       1  888 0   4   4                   
consensus                     : AGTCCATAGCATCAAAATATTGGAAATATCCANGTATGTTTAGATTTATTGAATTGATCA-TTCTGAAAATGAAATCGAAATAAAGAAA-TTGGGCATGTNTGGTTATNAAGCCTTTTNGNTGAGAAATGAGTATATGTTTCAAATTAATATGTGCGTGTGGTGTNCGNAATGTAAAATGAAAACGNTANATGTGTAAACGTTTTGTTATAGTGACATGTATAAGCTATGATATATANGTAAGCATTNTATGTGNANAANATAATTAGNAGCGCGCGAATAAGAAAANTNGTNCTNANAGTTNCTGTCTACTNAGTGTAAACGTAATAACGGCATNTGNAAAT----ACTTTTGAA-T-G-TTACCGGTATGAAACATGCCAACCTTGTGTTTCGTTTCGATAAGGTGGTATT-T-A-CATTT-TATTTTTATAT-T-TATATTCCTGCAAATTATTTTCATATGAATAACCAAATTGTTGACCTTTCAGTGAGGNAAGGTCGACATATACTTCGG-A-AA-TATTCTATCANTTGCAA---AAT--AATAAAATA-----TATC---C--TTTGACTTTCAGGTAATGGAATGNTGGTGATAT--T--ACCAAA-AATTATCATACGNAATCGTCTNCATG-CTTAA-A-GTACG------T-A-AAATAACATC----TG------TCTGNCTTAACGATGNG-NTAAAACAGTCTAATTGTTGTTGTTTTGTACTTTTCAAATTCGATACATA------TATTTGANATA------TTGTAAAAATC----AAA-TNCT-GTGCATT--ATACTATTGTGATACC-----------TTCTCCAA--A----TA----------TGT-T-----CA---TATGTGTA----GCTA--GTT--TTGGG--TGTATAT----AT--ATGAAT-TA--G-ATATATAC---T--CGTATAT-AA-TCAAACANTATATGGAAATTG------T---AGGTGTA-TATACA-AAATT-GT-----TACT----TTTACTGTT--CGTCATGAAATATGCTTGTAT-ATGTATCCCTATGGGCTTTTAGCCTA---ATGGA-TTT-GAAATAAACTACTACTATA
Reference ( family-400 )      : AGTCCATAGCATCAAAATATTGGAAATATCCANGTATGTTTAGATTTATTGAATTGATCA-TTCTGAAAATGAAATCGAAATAAAGAAA-TTGGGCATGTNTGGTTATNAAGCCTTTTNGNTGAGAAATGAGTATATGTTTCAAATTAATATGTGCGTGTGGTGTNCGNAATGTAAAATGAAAACGNTANATGTGTAAACGTTTTGTTATAGTGACATGTATAAGCTATGATATATANGTAAGCATTNTATGTGNANAANATAATTAGNAGCGCGCGAATAAGAAAANTNGTNCTNANAGTTNCTGTCTACTNAGTGTAAACGTAATAACGGCATNTGNAAAT----ACTTTTGAA-T-G-TTACCGGTATGAAACATGCCAACCTTGTGTTTCGTTTCGATAAGGTGGTATT-T-A-CATTT-TATTTTTATAT-T-TATATTCCTGCAAATTATTTTCATATGAATAACCAAATTGTTGACCTTTCAGTGAGGNAAGGTCGACATATACTTCGG-A-AA-TATTCTATCANTTGCAA---AAT--AATAAAATA-----TATC---C--TTTGACTTTCAGGTAATGGAATGNTGGTGATAT--T--ACCAAA-AATTATCATACGNAATCGTCTNCATG-CTTNA-A-GTACG------T-A-AAATAACATC----TG------TCTGNCTTAACGATGNG-NTAAAACAGTCTAATTGTTGTTGTTTTGTACTTTTCAAATTCGATACATA------TATTTGANATA------TTGTAAAAATC----AAA-TNCT-GTGCATT--ATACTATTGTGATACC-----------TTCTCCAA--A----TA----------TGT-------CA---TATGTGTA----GCTA--GTT--TTGGG--TGTATAT----AT--ATGAAT-TA--G-ATATATAC---T--CGTATAT-AA-TCAAACANTATATGGAAATTG------T---AGGTGTA-TATACA-AAATT-GT-----TACT----TTTACTGTT--CGTCATGAAATATGCTTGTAT-ATGTATCCCTATGGGCTTTTAGCCTA---ATGGA-TTT-GAAATAAACTACTACTATA
gi|1                          : AGTTCATAGCATCAAAATATTGGAAATATCCATGTATGGTTAGATTTATTGAATTGATCAATTCTGAAAATGAAATCGAAATAAAGAAA-TTGGGCATGTTTGGTTATTAAGCTTTTTTGGTGAGAAATGAGTATATGTTTCAAATTAATATGTGCTTGTGGTGTGCGCAATGTAAAATGAAAACGTTAAA-ATGTAAATATTTTGTTATAGTGACATGTATAAATTATGATATATATGTAAAC-TTATATGTGTATAATATAATTAGTAGCAC-CGAATAAGAAAATTGGTGTTTATAGTTTCTGTTTACTTAGTGTAAACATAATAATGGAATATGCAAAT----ACTTTTGAA-TTG-TTACCGGTATGAAACATGCCAACCCTGTATTTCGTTTCGATAAGGTGGTACT-TAA-CATTTACATTTTTAT-T-T-TATATTCCAGCAAATTAATTT-ATATGAACTGCCAAATTGTTGATCTTTAAGTGAGGAAAGGTTGACACATACTTTGG-A-AA-TACTCTATCAATTGCAA---AAT--AATAAAATA-----TATC---C--TTTGACATTCAGTTAATGGAATGATGGTGATATTCT--ACCAAA-ACTTATAATATGAAATGATATACATG-CCTTA-A-GTTCG------C-AGAAATAACATT----TG------TATGACTTAACGATGCG-CTAAAACAGTGTAGTTGTTGATGTTTTGTACTTTTCACATTCAATGTATG------TATTTAACATA------TTGTAAAGATC----AAA-TACT-GTGCATC--ATACTCTTGTGATACT-----------TTCTCCAA--A-----------------AT-------TA---TGTGTGTA----ACTA--GCT--TTGCG--TTTATAT----CT--ATGAAT-TA--G-ATATATTC---T--CATATATCAA-TCAAACATTATGTGGAAATTG------T---ACTTGTA-TATACA-AAGTT-GT-----TACT----TTTACTATT--TGCCATGAAATGTGCTTGCAT-ATGTATCCCTATGGGCTTTTAACCTA---CTGGA-TTT-GAAATAAACTACTACTATA
gi|10                         : AATCCATAGCATCAAAATATTGGAAATATCTAAGTATGTTTAGATTTATTGAATTGATCA-----GAAAATGAAATCGAAATAAAGAAA-TTGGGCATGT
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              aaaacagttatttaaacatatactttaaataggtgtacgttcaatatcttcaatattcaaaattttcaagtacaatgatttatagaagaagaatattttgctatgattaccaataaattgctaccatgTATGAATAACCAATTTGTTGACCTTTCCATGAGCTAAGGTAGACATATATTCTGG-ATAA-CATTCTATTATTTTCAA---AAC--AACCCAATAG----TATTTTAT--TCTGATATTCATATAATATAATGATGGTAACA--------CAA--------C-------ACCTTCTCTATG-CTTAA-A-ATAC--------------CAACACCAGAGTG------TGTATTTTAACAATAAGAGTAAA-----CT--TTTTTTTTG--TCGTATTTTT
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           -ATATACAC---T--CGTA----AA-TCAAATTGTAAATGGAAATTG------T---AGAT-TA-TATACA-GAATT-GT-----TACT----ATTGCTGTT--CGCCGTGAAATATGGTTGCGT-ATATATCCCTTTGGGCTTTTAGCCTA---ATGGG-TTT-GAAATAAACTACTAg
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    tttaactgttgactttacttatccaattcgatcgtTTAACGACAAG-TTAAAGCA----------TGTTATTTT-TGCTTTTCAAATTCAAGACATA------TATTT--CATA---------------------AAA-TCTTAGTGAATT--ACACTATTGTGATACT-----------TTTTCCAATTA----TA----------TG--------CG---TATACACACAAGGC----GTTACTTGGG--TGGATAT----AT--ATGTGTGTG--T-ATATATA
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     acaaGTATTAT-ATCCTTT-TTTTTATACAT-TATATATTCCTGCCAATTATTCTCATATGAATAACCAAATTGTTGACCTTATAGTAAGATAAGGTCGATATATACTCTGG-A-AA-TAtcaatg
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          tgtatctgtttcttaatacatgtagtattcatgtacatATAC---T--CGTATAT-AAATCAAACAATATGTGGAAATTA------A---AGA-GTA-CATACA-AAAT-----------CT--------CTCTT--CGTCATAAATTATGCTTGTATTATGTATCCCTAAAAGCTTTTAATCCA---AAGTA-TTC-GAAATAAACTACTA
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               GGCATGTAACATGCCAACCTTGTGTTTAGTTTCGATAAATTGGTATT-TTA-CATTT-TA-TTTTATATCT-TATATTCCTGAAAATTATTTTCATATGAATAAACAAATGGTTCATCTTTCAGTGAGGAAAGGTTGACAacatctttgtttaa
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        attgTGTAAACGTCACAATAGCATCTGTAAATTTACACTTTTAAAAT-GGTTACCGGTATGAAATATACCAATCTTGTG-TTCGTTTC
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 gtgtagcTGTAATGTGCTTGTATTATGTATCCCCACGGGCTTTTAGCACA---ATGGA-TTT-GAAATATACTACTA
gi|2                          :                                     TGTTTTAATTTATTACATTTATTACTTCTTAAAATGAAACCGATGTAAAAAAAACTGAGCATGTATGATTATAAAACCTTTTGATTGAGAAATGA---------T---ATTAATATATGTGTATGGTGTTTTAAATGTAAAA-----ATGGTACATGTGTAAACGTTT----------ATATGTAT--GCTA-GA---ATAAG-AAGCATTTTAT-TAAAAAAAATA-TTAGAAATGTGTGAAT--GAAAAGTTATTCTAAAAGTTACTA-CTACTAAGT--AAATGTAATAACGACATGTGAAAAT----ACTTCGGCA---A-TTAATGATTT------TGC-AACATTTTGTTTCATTTTGACAAGGTG-----------------------ATAT-T-TTTATTCCTATAAATT----------------------TGT----CTTTAAGTGAAGCAATAATGACCCAT--TTTGCCA-AA-TATTCTATAGTTTACAATTCGATGAAATAGAATA-----TATA---G--TTCGACTTCCAGGCAATTCAAAGCTGATGACAT----------------AGCATAC--AGTTGTCTGTATA-TTTGATATGCATG------T-A-AAAT--TATA----TG------TCTGTTTTAACGATGAG-ATAAAATAATTTAATTGCTG----------CTTTTC------GAGAAATA------TATTTGA--------------AAAAATA----AAAATGCT-GTGCATT--ATTCTGTTGTGAAACC-----------TTATTCAA--A----GA----------TG--------CA---TATGTA-A----AC-------------A--TATATATTTACAT--ATG----TA--G-ATATGTAT---C--GGTATGT-G--TCA-------CATGGAAGTGG------T---AGGT-TA-TATACA-ATATT-GT-----TACG----TTTACTGTC--CGTCATAAAATATACTTGTAT-ATGTATCC-TATGGGTTTTTAGTCTA---ACGGAATTG-GAAATAAACTACTACTTTAgtcagtattta
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                CCTATAGGCTTTTAGCCTATTAATGAA-TTT-GAAATAAACTACCATTAtaaaccagaaactgaatcaagccactgtcgttcgta
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       ATTGTCATGCGAATAACCAAAGTGTAGACCTTTCAGTAAGGAATGGTCCACATATACTTCAG-A-AA-TAGTCTATCAATTGCAA---AAT--AATAAAATC-----TATC---C--TTTGACTTTCAGGTAACGGAATAATGGTGATATA-T--A--AAA-CATTATCATACAAAATGATC---ACG-CTT-------ACA------T-G-AAATGACATC----TG------TCTGACTTAACGATGCG-CTAAAACAGTCTAATTGTTGTCGTTTGGTACTTTTCAAATTCAAGACAT-------CATTTAATATA------TTGTAATA-TC----AAA-GTTT-GTGCATT--AAACTATTGTGATACC-----------TTCTCTAA--A----TACTAGTATATGTGTATA----CA---CATGTGTA----GCTA--GTT--TTGGG--TGTATAT----CT--ATGAAT-TA--G-ATATATAC---G--CGTATAT-AAATCAAACACGATCTGGAAATTG------T---AGA-ATA-CATACA-AAATT-GT-----TACTCAAGTTTTCTGCT--CGTCATGAAATATGCTTGTAT-GTGTATCCCTATGGGCTTTTAACCTG---ATGGA-ATT-AAAATAAACTACctactataa
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   ATAACCAAATCATTGACCTCTCCGCTAGGTTAGGT----------TTCGG-A-AAATATTCTTTCATTTGCCA---AAC--AATAAAATAGTAGCTGTC---TATTTTGAATT-CAGGTAAGGTAATGCTAATGAT-C--T--ATAAAACAATTATCATACGCAATCGTATTTTTG-CTTAA-A-ATACG------C-A-TTATGAC--T----TG------TCTGTTTTAACGAGGTG-ATTAAACAATTT-ATTATTGTTTCTTTGTAC----CAAATTGGGCACACA------TATTTGAG--------------AAAGTC----AAA----------AGT--A------TGTGAAACC-----------TATGCCAA--A----TA----------TAT-------AAGTGTATGTGTG------TA--TGT--ATGGGTATGTGTAT----AT--GTGGTT-T-----ATATATAC---T--AGTTTA-------------TATATGGTTACTG------TTAAAGGTAGATTATACACAAAGT-GT-----TCAT----TATACTGTT--CGTCATGCGCTATGCTTTTA-----TATCCCTGTCGAATTTTAGCAAA---TTTGC-TTTGGAAATACGCTACTACTGTgttataacaaagacattcagcgtgcattcgtatttcgtttatcgtcatgtttctacttcctgttaagcaaaaacaatgttaaattgtgtattaaaaccgattattat
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             ATAAG-GTATAACAGTCTTATTGTCGTTGTTTTGTACTTTTCAAATTCGATACATG------CATTTGATATA------
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        tgattttcatcttttaaatcaataatattgtatagaagacaatTCTCAAATTC----------------CTTGATATA------GCGTAAGAATC----AAAATTCT-GTGCATT--ATGCTAT-GTGATACC-----------GTCTCCAA--G----TA----------TGTGTATA--CA---TATGTGTA----GCTA--GTT--T-GGA--TCTATAA----AT--ATGAAT-CA--G-ATATATTC---T--CGCATAT-AAATTAAACATTATATGGAAATTG------T---AGA-GTA-CATGCA-AAATT-GT-----CACT----TTAATTGTTTTCGTCATGAAATATGCTTGTGT-ATGTATCTCTATG---TTTTATC--A---A-AAA-T----AAAAAAAATACTACTAgtcaggaactatagaataagtctctctcaaattccttgatatagcgtaagaatcaaaattctgtgcattatgctatgtgataccgtctccaagtatgtgtatacatatgtgtagctagtttggatctataaatatgaatcagatatattctcgcatataaattaaacattatatggaaattgtagagtacatgcaaaattgtcactttaattgttttcgtcatgaaatatgcttgtgtatgtatctctatgttttatcaaaaataaaaaaaatactactaaaacatcgctcattaaaataa
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  tgattttcatcttttaaatcaataatattgtatagaagacaatataaggtataacagtcttattgtcgttgttttgtacttttcaaattcgatacatgcatttgatatagtcaggaactatagaataagtctcGGCATATACTTTGG-A-AC-TAGTCTGTCAATTGCAA---AG---AATAAAATA-----TATC---T--GTTGACTTTCAGGTAATGGAATATTGGTGATA---T--ACAAAATAATTATCATACGCCTTCATTTTCATG-CTTAA-A-GTACGTTTACAT-A-CAACAACATC----TG------ACTGACTTAACGATGCG-CTACAACAGTC---TTATAGTTGTTTTGTACTTTTCAAATTCGATACATT------TATTTGAGATA------ATGTAAAGATCA---AAA-TTCT-GTACATT--ATACTATTGTGATACC-----------TTCTCCAA--A----TA------------T-------C----TATGTGTA----AATATTGTT--TT--G--TGTAT-----------TAAAT-TA--G-ATACA-----------------GA-TCAAACATT-TATGGAAATTG--------------GTA-TATACA-AAATTGGTAGATGTACT----TTTACT---------------TATGCATGTAT-ATGTAaaacatcgctcattaaaataa
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  aaTC---T--TTTGACTTTCAGGTAAAGGAAAGCTTGTGACA---T--ATCAAACAATTATTTTGCACAATTGTCTAT-TGCCTTCA-A-ATAAG------T-A-CAATAACATC----TACGACACTCTGTTTTAACGATGAG-ATAAAACAGC---GTTATTGTCGTTTT-TATTTATTAAATCCGATAAATA------TATTTGAAAAA------TTA-AAAAATTTAAAAAA-TA-T-GTGCATT--ATACTGTTATGAAACCAANNNNNNNNNNNNNNNNN--N----NN----------NNN-------NN---NNNNNNNN----NNNN--NNN--NNNGG--CATGTGT----GTTAATGGGT-TA--T-ATATA-ACAAATAACGTAC----A-TCAAACAGTACATGAAAAT
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    caatgatatttCTATCAATTGCAA---AAT--AATAAAATA-----TATT---C--TTTGATTGACAGCTAATGAAATTATGGTGATAT--TCTACCAAA-AATTATAATATGAAATGATCGACATG-CTTAA-A-GTTCG------TTG-AAACAACATC----TG------T-----------ATGCG-GTAAAACAGTCAAACTGTTGTTGTTTTGTACTTTTCAAATTCAATGCATG------TATGTAATATA------TTG------TC----AAA-TACT-GTACATC--ATACTATTGCGATACA-----------TTCTCCAA--AATGGTG----------TGTGTA----CA---TATGTGTA----ACTA--GCT--TTGCG--TTTATAT----CT--ATGAAT-TG--G-GTATCTA----T--TGGGTAT-AA-
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           CGTTGAA-CTAAAGCAGTTTAACTGTTG--ATTTT--ACTTATCCACTTCGATACATACTCGTATATTTGAGATACTAGTATTGTAAAAATC----AAAAGCCT-GTGCATTGAAAAAAAATATGATACC-----------TTCTCTAA--A----TA----------TATGTGTATACA---TGTGTGTA----GCTA--TTT--TTGAG--TGTATAG----AT--ATGAAT-TATTGTATATAAAC---T--CGTA----AA-TCAAACAGTCAATTGAAATTGTACATAT---AGGT-CA-TATACA-AAATT-GT-----AACT----a
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): ATATTGAGAGGGCCCAAAGTATATGGAGACCCCTCCAAATCTAACATAAGTGTTTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT
Unaligned ( gi|21 ): AGTTAAAGTTTGAAAAATATGTACAATTAACCCTTTCATAAA






Alignments
lowQualScore                  :                                                             33                           1                                         5555555555555                                  22222        1            4444444444        11    1  222     1    1      1           1          1     11                        1                                    2222         44444                                                    44444444444444        111                                                                                                     111  111         22222    111111                                3333333333333                                        22222222222         1111  111111                            1111                                   1111111           22222222222      1111   1111                           1111111111        666666666666666666666666666666666          111111111111111              11111                                  2222222                     333333333333333                  11111                                                                                                   
lowQualScore                  :                                 1                           44                           3          1       1         1 1          0000000000000            2        1 33         77777   1  1 5            1111111111        88    5  111   1 5    5  1   5  1 1  1   5    1     5     88     1 1  1  1 1    1   5     1   6            0     1  1    8888         22222          66  0    2         3                 2  0 77777777777777  3   3 111          0     11 3 5                   1               1     7       1   1  5 5  5  1       1      000  000         00000    666666        2         1    1        6666666666666       0   77   44 4 2 0  5   2 5 5     33333333333   0     0000  444444 2  33         1 44         4444      2      5              0 1    4444444       4   66666666666  1   2222   5555 4       55 2              7777777777        444444444444444444444444444444444          111111111111111   1 55 0     00000 55   1  4  6666     2  888888    1111111       3 0           222222222222222  4      4     4  11111    99999     1  66                     8                       1  777 1   4   4                   
lowQualScore                  :                                 .                           ..                           .          .       .         . .          .............            .        . ..         .....   .  . .            ..........        ..    .  ...   . .    .  .   .  . .  .   .    .     .     ..     . .  .  . .    .   .     .   .            .     .  .    ....         .....          ..  .    .         .                 .  . ..............  .   . ...          .     .. . .                   .               .     .       .   .  . .  .  .       .      ...  ...         .....    ......        .         .    .        .............       .   ..   .. . . .  .   . . .     ...........   .     ....  ...... .  ..         . ..         ....      .      .              . .    .......       .   ...........  .   ....   .... .       .. .              ..........        .................................          ...............   . .. .     ..... ..   .  .  ....     .  ......    .......       . .           ...............  .      .     .  .....    .....     .  ..                     .                       .  ... .   .   .                   
lowQualScore                  :                                 0                           00                           3          0       0         0 0          5555555555555            5        0 55         00000   0  0 5            0000000000        55    5  555   0 5    5  0   0  0 0  0   5    0     0     55     0 0  0  0 0    0   5     0   7            7     0  0    3333         77777          00  2    5         2                 5  8 88888888888888  5   2 000          2     88 6 0                   7               0     6       4   4  7 7  7  5       0      000  111         00000    888888        2         4    0        1111111111111       4   99   55 5 8 4  0   1 0 0     11111111111   9     6666  444444 5  99         0 66         7777      3      9              4 1    5555555       5   11111111111  4   5555   8888 0       55 6              5555555555        000000000000000000000000000000000          999999999999999   6 55 7     66666 55   5  0  6666     6  111111    3333333       8 7           000000000000000  4      4     4  11111    88888     4  99                     9                       1  888 0   4   4                   
consensus                     : AGTCCATAGCATCAAAATATTGGAAATATCCANGTATGTTTAGATTTATTGAATTGATCA-TTCTGAAAATGAAATCGAAATAAAGAAA-TTGGGCATGTNTGGTTATNAAGCCTTTTNGNTGAGAAATGAGTATATGTTTCAAATTAATATGTGCGTGTGGTGTNCGNAATGTAAAATGAAAACGNTANATGTGTAAACGTTTTGTTATAGTGACATGTATAAGCTATGATATATANGTAAGCATTNTATGTGNANAANATAATTAGNAGCGCGCGAATAAGAAAANTNGTNCTNANAGTTNCTGTCTACTNAGTGTAAACGTAATAACGGCATNTGNAAAT----ACTTTTGAA-T-G-TTACCGGTATGAAACATGCCAACCTTGTGTTTCGTTTCGATAAGGTGGTATT-T-A-CATTT-TATTTTTATAT-T-TATATTCCTGCAAATTATTTTCATATGAATAACCAAATTGTTGACCTTTCAGTGAGGNAAGGTCGACATATACTTCGG-A-AA-TATTCTATCANTTGCAA---AAT--AATAAAATA-----TATC---C--TTTGACTTTCAGGTAATGGAATGNTGGTGATAT--T--ACCAAA-AATTATCATACGNAATCGTCTNCATG-CTTAA-A-GTACG------T-A-AAATAACATC----TG------TCTGNCTTAACGATGNG-NTAAAACAGTCTAATTGTTGTTGTTTTGTACTTTTCAAATTCGATACATA------TATTTGANATA------TTGTAAAAATC----AAA-TNCT-GTGCATT--ATACTATTGTGATACC----------TTCTCCAA--------A------TAT----GT-----T---CATATGTGTA----GCTA--GTT--TTGGG--TGTATAT----AT--ATGAAT-TA--G-ATATATAC---T--CGTATAT-AA-TCAAACANTATATGGAAATTG------T---AGGTGTA-TATACA-AAATT-GT-----TACT----TTTACTGTT--CGTCATGAAATATGCTTGTAT-ATGTATCCCTATGGGCTTTTAGCCTA---ATGGA-TTT-GAAATAAACTACTACTATA
Reference ( family-400 )      : AGTCCATAGCATCAAAATATTGGAAATATCCANGTATGTTTAGATTTATTGAATTGATCA-TTCTGAAAATGAAATCGAAATAAAGAAA-TTGGGCATGTNTGGTTATNAAGCCTTTTNGNTGAGAAATGAGTATATGTTTCAAATTAATATGTGCGTGTGGTGTNCGNAATGTAAAATGAAAACGNTANATGTGTAAACGTTTTGTTATAGTGACATGTATAAGCTATGATATATANGTAAGCATTNTATGTGNANAANATAATTAGNAGCGCGCGAATAAGAAAANTNGTNCTNANAGTTNCTGTCTACTNAGTGTAAACGTAATAACGGCATNTGNAAAT----ACTTTTGAA-T-G-TTACCGGTATGAAACATGCCAACCTTGTGTTTCGTTTCGATAAGGTGGTATT-T-A-CATTT-TATTTTTATAT-T-TATATTCCTGCAAATTATTTTCATATGAATAACCAAATTGTTGACCTTTCAGTGAGGNAAGGTCGACATATACTTCGG-A-AA-TATTCTATCANTTGCAA---AAT--AATAAAATA-----TATC---C--TTTGACTTTCAGGTAATGGAATGNTGGTGATAT--T--ACCAAA-AATTATCATACGNAATCGTCTNCATG-CTTAA-A-GTACG------T-A-AAATAACATC----TG------TCTGNCTTAACGATGNG-NTAAAACAGTCTAATTGTTGTTGTTTTGTACTTTTCAAATTCGATACATA------TATTTGANATA------TTGTAAAAATC----AAA-TNCT-GTGCATT--ATACTATTGTGATACC----------TTCTCCAA--------A------TAT----GT-----T---CATATGTGTA----GCTA--GTT--TTGGG--TGTATAT----AT--ATGAAT-TA--G-ATATATAC---T--CGTATAT-AA-TCAAACANTATATGGAAATTG------T---AGGTGTA-TATACA-AAATT-GT-----TACT----TTTACTGTT--CGTCATGAAATATGCTTGTAT-ATGTATCCCTATGGGCTTTTAGCCTA---ATGGA-TTT-GAAATAAACTACTACTATA
gi|1                          : AGTTCATAGCATCAAAATATTGGAAATATCCATGTATGGTTAGATTTATTGAATTGATCAATTCTGAAAATGAAATCGAAATAAAGAAA-TTGGGCATGTTTGGTTATTAAGCTTTTTTGGTGAGAAATGAGTATATGTTTCAAATTAATATGTGCTTGTGGTGTGCGCAATGTAAAATGAAAACGTTAAA-ATGTAAATATTTTGTTATAGTGACATGTATAAATTATGATATATATGTAAAC-TTATATGTGTATAATATAATTAGTAGCAC-CGAATAAGAAAATTGGTGTTTATAGTTTCTGTTTACTTAGTGTAAACATAATAATGGAATATGCAAAT----ACTTTTGAA-TTG-TTACCGGTATGAAACATGCCAACCCTGTATTTCGTTTCGATAAGGTGGTACT-TAA-CATTTACATTTTTAT-T-T-TATATTCCAGCAAATTAATTT-ATATGAACTGCCAAATTGTTGATCTTTAAGTGAGGAAAGGTTGACACATACTTTGG-A-AA-TACTCTATCAATTGCAA---AAT--AATAAAATA-----TATC---C--TTTGACATTCAGTTAATGGAATGATGGTGATATTCT--ACCAAA-ACTTATAATATGAAATGATATACATG-CCTTA-A-GTTCG------C-AGAAATAACATT----TG------TATGACTTAACGATGCG-CTAAAACAGTGTAGTTGTTGATGTTTTGTACTTTTCACATTCAATGTATG------TATTTAACATA------TTGTAAAGATC----AAA-TACT-GTGCATC--ATACTCTTGTGATACT----------TTCTCCAA--------A-------A------------T---TATGTGTGTA----ACTA--GCT--TTGCG--TTTATAT----CT--ATGAAT-TA--G-ATATATTC---T--CATATATCAA-TCAAACATTATGTGGAAATTG------T---ACTTGTA-TATACA-AAGTT-GT-----TACT----TTTACTATT--TGCCATGAAATGTGCTTGCAT-ATGTATCCCTATGGGCTTTTAACCTA---CTGGA-TTT-GAAATAAACTACTACTATA
gi|10                         : AATCCATAGCATCAAAATATTGGAAATATCTAAGTATGTTTAGATTTATTGAATTGATCA-----GAAAATGAAATCGAAATAAAGAAA-TTGGGCATGT
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              aaaacagttatttaaacatatactttaaataggtgtacgttcaatatcttcaatattcaaaattttcaagtacaatgatttatagaagaagaatattttgctatgattaccaataaattgctaccatgTATGAATAACCAATTTGTTGACCTTTCCATGAGCTAAGGTAGACATATATTCTGG-ATAA-CATTCTATTATTTTCAA---AAC--AACCCAATAG----TATTTTAT--TCTGATATTCATATAATATAATGATGGTAACA--------CAA--------C-------ACCTTCTCTATG-CTTAA-A-ATAC--------------CAACACCAGAGTG------TGTATTTTAACAATAAGAGTAAA-----CT--TTTTTTTTG--TCGTATTTTT
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           -ATATACAC---T--CGTA----AA-TCAAATTGTAAATGGAAATTG------T---AGAT-TA-TATACA-GAATT-GT-----TACT----ATTGCTGTT--CGCCGTGAAATATGGTTGCGT-ATATATCCCTTTGGGCTTTTAGCCTA---ATGGG-TTT-GAAATAAACTACTAg
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    tttaactgttgactttacttatccaattcgatcgtTTAACGACAAG-TTAAAGCA----------TGTTATTTT-TGCTTTTCAAATTCAAGACATA------TATTT--CATA---------------------AAA-TCTTAGTGAATT--ACACTATTGTGATACT----------TTTTCCAA--------T------TAT----AT-----G---CGTATACACACAAGGC----GTTACTTGGG--TGGATAT----AT--ATGTGTGTG--T-ATATATA
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     acaaGTATTAT-ATCCTTT-TTTTTATACAT-TATATATTCCTGCCAATTATTCTCATATGAATAACCAAATTGTTGACCTTATAGTAAGATAAGGTCGATATATACTCTGG-A-AA-TAtcaatg
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          tgtatctgtttcttaatacatgtagtattcatgtacatATAC---T--CGTATAT-AAATCAAACAATATGTGGAAATTA------A---AGA-GTA-CATACA-AAAT-----------CT--------CTCTT--CGTCATAAATTATGCTTGTATTATGTATCCCTAAAAGCTTTTAATCCA---AAGTA-TTC-GAAATAAACTACTA
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               GGCATGTAACATGCCAACCTTGTGTTTAGTTTCGATAAATTGGTATT-TTA-CATTT-TA-TTTTATATCT-TATATTCCTGAAAATTATTTTCATATGAATAAACAAATGGTTCATCTTTCAGTGAGGAAAGGTTGACAacatctttgtttaa
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        attgTGTAAACGTCACAATAGCATCTGTAAATTTACACTTTTAAAAT-GGTTACCGGTATGAAATATACCAATCTTGTG-TTCGTTTC
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 gtgtagcTGTAATGTGCTTGTATTATGTATCCCCACGGGCTTTTAGCACA---ATGGA-TTT-GAAATATACTACTA
gi|2                          :                                     TGTTTTAATTTATTACATTTATTACTTCTTAAAATGAAACCGATGTAAAAAAAACTGAGCATGTATGATTATAAAACCTTTTGATTGAGAAATGA---------T---ATTAATATATGTGTATGGTGTTTTAAATGTAAAA-----ATGGTACATGTGTAAACGTTT----------ATATGTAT--GCTA-GA---ATAAG-AAGCATTTTAT-TAAAAAAAATA-TTAGAAATGTGTGAAT--GAAAAGTTATTCTAAAAGTTACTA-CTACTAAGT--AAATGTAATAACGACATGTGAAAAT----ACTTCGGCA---A-TTAATGATTT------TGC-AACATTTTGTTTCATTTTGACAAGGTG-----------------------ATAT-T-TTTATTCCTATAAATT----------------------TGT----CTTTAAGTGAAGCAATAATGACCCAT--TTTGCCA-AA-TATTCTATAGTTTACAATTCGATGAAATAGAATA-----TATA---G--TTCGACTTCCAGGCAATTCAAAGCTGATGACAT----------------AGCATAC--AGTTGTCTGTATA-TTTGATATGCATG------T-A-AAAT--TATA----TG------TCTGTTTTAACGATGAG-ATAAAATAATTTAATTGCTG----------CTTTTC------GAGAAATA------TATTTGA--------------AAAAATA----AAAATGCT-GTGCATT--ATTCTGTTGTGAAACC----------TTATTCAA--------A------GAT----G----------CATATGTA-A----AC-------------A--TATATATTTACAT--ATG----TA--G-ATATGTAT---C--GGTATGT-G--TCA-------CATGGAAGTGG------T---AGGT-TA-TATACA-ATATT-GT-----TACG----TTTACTGTC--CGTCATAAAATATACTTGTAT-ATGTATCC-TATGGGTTTTTAGTCTA---ACGGAATTG-GAAATAAACTACTACTTTAgtcagtattta
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                CCTATAGGCTTTTAGCCTATTAATGAA-TTT-GAAATAAACTACCATTAtaaaccagaaactgaatcaagccactgtcgttcgta
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       ATTGTCATGCGAATAACCAAAGTGTAGACCTTTCAGTAAGGAATGGTCCACATATACTTCAG-A-AA-TAGTCTATCAATTGCAA---AAT--AATAAAATC-----TATC---C--TTTGACTTTCAGGTAACGGAATAATGGTGATA---T--ATAAAA-CATTATCATACAAAATGAT---CACG-CT-------TACA------T-G-AAATGACATC----TG------TCTGACTTAACGATGCG-CTAAAACAGTCTAATTGTTGTCGTTTGGTACTTTTCAAATTCAAGACAT-------CATTTAATATA------TTGT-AATATC----AAA-GTTT-GTGCATT--AAACTATTGTGATACC----------TTCTCTAAATACTAGTA------TAT----GTG----TATACACATGTGTA----GCTA--GTT--TTGGG--TGTATAT----CT--ATGAAT-TA--G-ATATATAC---G--CGTATATAAA-TCAAACACGATCTGGAAATTG------T---AGA-ATA-CATACA-AAATT-GT-----TACTCAAGTTTTCTGCT--CGTCATGAAATATGCTTGTAT-GTGTATCCCTATGGGCTTTTAACCTG---ATGGA-ATT-AAAATAAACTACctactataa
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   ATAACCAAATCATTGACCTCTCCGCTAGGTTAGGT----------TTCGG-A-AAATATTCTTTCATTTGCCA---AAC--AATAAAATAGTAGCTGTC---TATTTTGAATT-CAGGTAAGGTAATGCTAATGAT-C--T--ATAAAACAATTATCATACGCAATCGTATTTTTG-CTTAA-A-ATACG------C-A-TTATGAC--T----TG------TCTGTTTTAACGAGGTG-ATTAAACAATTT-ATTATTGTTTCTTTGTAC----CAAATTGGGCACACA------TATTTGAG--------------AAAGTC----AAA----------AGT--A------TGTGAAACC----------TATGCCAA--------A------TATATAAGT-----G---TATGTGTGTA----TGTA--------TGGGTATGTGTAT----AT--GTGGTT-T-----ATATATAC---T--AGTTTA-------------TATATGGTTACTG------TTAAAGGTAGATTATACACAAAGT-GT-----TCAT----TATACTGTT--CGTCATGCGCTATGCTTTTA-----TATCCCTGTCGAATTTTAGCAAA---TTTGC-TTTGGAAATACGCTACTACTGTgttataacaaagacattcagcgtgcattcgtatttcgtttatcgtcatgtttctacttcctgttaagcaaaaacaatgttaaattgtgtattaaaaccgattattat
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             ATAAG-GTATAACAGTCTTATTGTCGTTGTTTTGTACTTTTCAAATTCGATACATG------CATTTGATATA------
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        tgattttcatcttttaaatcaataatattgtatagaagacaatTCTCAAATTC----------------CTTGATATA------GCGTAAGAATC----AAAATTCT-GTGCATT--ATGCTAT-GTGATACC----------GTCTCCAA--------G------TAT----GTGTA--TA--CATATGTGTA----GCTA--GTT--T-GGA--TCTATAA----AT--ATGAAT-CA--G-ATATATTC---T--CGCATAT-AAATTAAACATTATATGGAAATTG------T---AGA-GTA-CATGCA-AAATT-GT-----CACT----TTAATTGTTTTCGTCATGAAATATGCTTGTGT-ATGTATCTCTATG---TTTTATC--A---A-AAA-T----AAAAAAAATACTACTAgtcaggaactatagaataagtctctctcaaattccttgatatagcgtaagaatcaaaattctgtgcattatgctatgtgataccgtctccaagtatgtgtatacatatgtgtagctagtttggatctataaatatgaatcagatatattctcgcatataaattaaacattatatggaaattgtagagtacatgcaaaattgtcactttaattgttttcgtcatgaaatatgcttgtgtatgtatctctatgttttatcaaaaataaaaaaaatactactaaaacatcgctcattaaaataa
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  tgattttcatcttttaaatcaataatattgtatagaagacaatataaggtataacagtcttattgtcgttgttttgtacttttcaaattcgatacatgcatttgatatagtcaggaactatagaataagtctcGGCATATACTTTGG-A-AC-TAGTCTGTCAATTGCAA---AG---AATAAAATA-----TATC---T--GTTGACTTTCAGGTAATGGAATATTGGTGATA---T--ACAAAATAATTATCATACGCCTTCATTTTCATG-CTTAA-A-GTACGTTTACAT-A-CAACAACATC----TG------ACTGACTTAACGATGCG-CTACAACAGTC---TTATAGTTGTTTTGTACTTTTCAAATTCGATACATT------TATTTGAGATA------ATGTAAAGATCA---AAA-TTCT-GTACATT--ATACTATTGTGATACC----------TTCTCCAA--------A------TA------------T---C-TATGTGTA----AATATTGTT--TT--G--TGTAT-----------TAAAT-TA--G-ATACA-----------------GA-TCAAACATT-TATGGAAATTG--------------GTA-TATACA-AAATTGGTAGATGTACT----TTTACT---------------TATGCATGTAT-ATGTAaaacatcgctcattaaaataa
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  aaTC---T--TTTGACTTTCAGGTAAAGGAAAGCTTGTGACA---T--ATCAAACAATTATTTTGCACAATTGTCTAT-TGCCTTCA-A-ATAAG------T-A-CAATAACATC----TACGACACTCTGTTTTAACGATGAG-ATAAAACAGC---GTTATTGTCGTTTT-TATTTATTAAATCCGATAAATA------TATTTGAAAAA------TTA-AAAAATTTAAAAAA-TA-T-GTGCATT--ATACTGTTATGAAACCAANNNNNNNNNNNNNNNN--------N------NNN----NN-----N---NNNNNNNNNN----NNNN--NNN--NNNGG--CATGTGT----GTTAATGGGT-TA--T-ATATA-ACAAATAACGTAC----A-TCAAACAGTACATGAAAAT
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    caatgatatttCTATCAATTGCAA---AAT--AATAAAATA-----TATT---C--TTTGATTGACAGCTAATGAAATTATGGTGATAT--TCTACCAAA-AATTATAATATGAAATGATCGACATG-CTTAA-A-GTTCG------TTG-AAACAACATC----TG------T-----------ATGCG-GTAAAACAGTCAAACTGTTGTTGTTTTGTACTTTTCAAATTCAATGCATG------TATGTAATATA------TTG------TC----AAA-TACT-GTACATC--ATACTATTGCGATACA----------TTCTCCAA--------AATGGTGTGT----GT-----A---CATATGTGTA----ACTA--GCT--TTGCG--TTTATAT----CT--ATGAAT-TG--G-GTATCTA----T--TGGGTAT-AA-
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           CGTTGAA-CTAAAGCAGTTTAACTGTTG--ATTTT--ACTTATCCACTTCGATACATACTCGTATATTTGAGATACTAGTATTGTAAAAATC----AAAAGCCT-GTGCATTGAAAAAAAATATGATACC----------TTCTCTAA--------A------TAT----ATGTGTATA--CATGTGTGTA----GCTA--TTT--TTGAG--TGTATAG----AT--ATGAAT-TATTGTATATAAAC---T--CGTA----AA-TCAAACAGTCAATTGAAATTGTACATAT---AGGT-CA-TATACA-AAATT-GT-----AACT----a
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): ATATTGAGAGGGCCCAAAGTATATGGAGACCCCTCCAAATCTAACATAAGTGTTTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT
Unaligned ( gi|21 ): AGTTAAAGTTTGAAAAATATGTACAATTAACCCTTTCATAAA






Alignments
lowQualScore                  :                                                             33                           1                                         5555555555555                                  22222        1            4444444444        11    1  222     1    1      1           1          1     11                        1                                    2222         44444                                                    44444444444444        111                                                                                                     111  111         22222    111111                                3333333333333                                        22222222222         1111  111111                            1111                                   1111111           22222222222      1111   1111                           1111111111        666666666666666666666666666666666          111111111111111              11111                                  2222222                     333333333333333                  11111                                                                                                   
lowQualScore                  :                                 1                           44                           3          1       1         1 1          0000000000000            2        1 33         77777   1  1 5            1111111111        88    5  111   1 5    5  1   5  1 1  1   5    1     5     88     1 1  1  1 1    1   5     1   6            0     1  1    8888         22222          66  0    2         3                 2  0 77777777777777  3   3 111          0     11 3 5                   1               1     7       1   1  5 5  5  1       1      000  000         00000    666666        2         1    1        6666666666666       0   77   44 4 2 0  5   2 5 5     33333333333   0     0000  444444 2  33         1 44         4444      2      5              0 1    4444444       4   66666666666  1   2222   5555 4       55 2              7777777777        444444444444444444444444444444444          111111111111111   1 55 0     00000 55   1  4  6666     2  888888    1111111       3 0           222222222222222  4      4     4  11111    99999     1  66                     8                       1  777 1   4   4                   
lowQualScore                  :                                 .                           ..                           .          .       .         . .          .............            .        . ..         .....   .  . .            ..........        ..    .  ...   . .    .  .   .  . .  .   .    .     .     ..     . .  .  . .    .   .     .   .            .     .  .    ....         .....          ..  .    .         .                 .  . ..............  .   . ...          .     .. . .                   .               .     .       .   .  . .  .  .       .      ...  ...         .....    ......        .         .    .        .............       .   ..   .. . . .  .   . . .     ...........   .     ....  ...... .  ..         . ..         ....      .      .              . .    .......       .   ...........  .   ....   .... .       .. .              ..........        .................................          ...............   . .. .     ..... ..   .  .  ....     .  ......    .......       . .           ...............  .      .     .  .....    .....     .  ..                     .                       .  ... .   .   .                   
lowQualScore                  :                                 0                           00                           3          0       0         0 0          5555555555555            5        0 55         00000   0  0 5            0000000000        55    5  555   0 5    5  0   0  0 0  0   5    0     0     55     0 0  0  0 0    0   5     0   7            7     0  0    3333         77777          00  2    5         2                 5  8 88888888888888  5   2 000          2     88 6 0                   7               0     6       4   4  7 7  7  5       0      000  111         00000    888888        2         4    0        1111111111111       4   99   55 5 8 4  0   1 0 0     11111111111   9     6666  444444 5  99         0 66         7777      3      9              4 1    5555555       5   11111111111  4   5555   8888 0       55 6              5555555555        000000000000000000000000000000000          999999999999999   6 55 7     66666 55   5  0  6666     6  111111    3333333       8 7           000000000000000  4      4     4  11111    88888     4  99                     9                       1  888 0   4   4                   
consensus                     : AGTCCATAGCATCAAAATATTGGAAATATCCANGTATGTTTAGATTTATTGAATTGATCA-TTCTGAAAATGAAATCGAAATAAAGAAA-TTGGGCATGTNTGGTTATNAAGCCTTTTNGNTGAGAAATGAGTATATGTTTCAAATTAATATGTGCGTGTGGTGTNCGNAATGTAAAATGAAAACGNTANATGTGTAAACGTTTTGTTATAGTGACATGTATAAGCTATGATATATANGTAAGCATTNTATGTGNANAANATAATTAGNAGCGCGCGAATAAGAAAANTNGTNCTNANAGTTNCTGTCTACTNAGTGTAAACGTAATAACGGCATNTGNAAAT----ACTTTTGAA-T-G-TTACCGGTATGAAACATGCCAACCTTGTGTTTCGTTTCGATAAGGTGGTATT-T-A-CATTT-TATTTTTATAT-T-TATATTCCTGCAAATTATTTTCATATGAATAACCAAATTGTTGACCTTTCAGTGAGGNAAGGTCGACATATACTTCGG-A-AA-TATTCTATCANTTGCAA---AAT--AATAAAATA-----TATC---C--TTTGACTTTCAGGTAATGGAATGNTGGTGATAT--T--ACCAAA-AATTATCATACGNAATCGTCTNCATG-CTTAA-A-GTACG------T-A-AAATAACATC----TG------TCTGNCTTAACGATGNG-NTAAAACAGTCTAATTGTTGTTGTTTTGTACTTTTCAAATTCGATACATA------TATTTGANATA------TTGTAAAAATC----AAA-TNCT-GTGCATT--ATACTATTGTGATACC----------TTCTCCAA--------A------TAT----GT-----T---CATATGTGTA----GCTA--GTT--TTGGG--TGTATAT----AT--ATGAAT-TA--G-ATATATAC---T--CGTATAT-AA-TCAAACANTATATGGAAATTG------T---AGGTGTA-TATACA-AAATT-GT-----TACT----TTTACTGTT--CGTCATGAAATATGCTTGTAT-ATGTATCCCTATGGGCTTTTAGCCTA---ATGGA-TTT-GAAATAAACTACTACTATA
Reference ( family-400 )      : AGTCCATAGCATCAAAATATTGGAAATATCCANGTATGTTTAGATTTATTGAATTGATCA-TTCTGAAAATGAAATCGAAATAAAGAAA-TTGGGCATGTNTGGTTATNAAGCCTTTTNGNTGAGAAATGAGTATATGTTTCAAATTAATATGTGCGTGTGGTGTNCGNAATGTAAAATGAAAACGNTANATGTGTAAACGTTTTGTTATAGTGACATGTATAAGCTATGATATATANGTAAGCATTNTATGTGNANAANATAATTAGNAGCGCGCGAATAAGAAAANTNGTNCTNANAGTTNCTGTCTACTNAGTGTAAACGTAATAACGGCATNTGNAAAT----ACTTTTGAA-T-G-TTACCGGTATGAAACATGCCAACCTTGTGTTTCGTTTCGATAAGGTGGTATT-T-A-CATTT-TATTTTTATAT-T-TATATTCCTGCAAATTATTTTCATATGAATAACCAAATTGTTGACCTTTCAGTGAGGNAAGGTCGACATATACTTCGG-A-AA-TATTCTATCANTTGCAA---AAT--AATAAAATA-----TATC---C--TTTGACTTTCAGGTAATGGAATGNTGGTGATAT--T--ACCAAA-AATTATCATACGNAATCGTCTNCATG-CTTAA-A-GTACG------T-A-AAATAACATC----TG------TCTGNCTTAACGATGNG-NTAAAACAGTCTAATTGTTGTTGTTTTGTACTTTTCAAATTCGATACATA------TATTTGANATA------TTGTAAAAATC----AAA-TNCT-GTGCATT--ATACTATTGTGATACC----------TTCTCCAA--------A------TAT----GT-----T---CATATGTGTA----GCTA--GTT--TTGGG--TGTATAT----AT--ATGAAT-TA--G-ATATATAC---T--CGTATAT-AA-TCAAACANTATATGGAAATTG------T---AGGTGTA-TATACA-AAATT-GT-----TACT----TTTACTGTT--CGTCATGAAATATGCTTGTAT-ATGTATCCCTATGGGCTTTTAGCCTA---ATGGA-TTT-GAAATAAACTACTACTATA
gi|1                          : AGTTCATAGCATCAAAATATTGGAAATATCCATGTATGGTTAGATTTATTGAATTGATCAATTCTGAAAATGAAATCGAAATAAAGAAA-TTGGGCATGTTTGGTTATTAAGCTTTTTTGGTGAGAAATGAGTATATGTTTCAAATTAATATGTGCTTGTGGTGTGCGCAATGTAAAATGAAAACGTTAAA-ATGTAAATATTTTGTTATAGTGACATGTATAAATTATGATATATATGTAAAC-TTATATGTGTATAATATAATTAGTAGCAC-CGAATAAGAAAATTGGTGTTTATAGTTTCTGTTTACTTAGTGTAAACATAATAATGGAATATGCAAAT----ACTTTTGAA-TTG-TTACCGGTATGAAACATGCCAACCCTGTATTTCGTTTCGATAAGGTGGTACT-TAA-CATTTACATTTTTAT-T-T-TATATTCCAGCAAATTAATTT-ATATGAACTGCCAAATTGTTGATCTTTAAGTGAGGAAAGGTTGACACATACTTTGG-A-AA-TACTCTATCAATTGCAA---AAT--AATAAAATA-----TATC---C--TTTGACATTCAGTTAATGGAATGATGGTGATATTCT--ACCAAA-ACTTATAATATGAAATGATATACATG-CCTTA-A-GTTCG------C-AGAAATAACATT----TG------TATGACTTAACGATGCG-CTAAAACAGTGTAGTTGTTGATGTTTTGTACTTTTCACATTCAATGTATG------TATTTAACATA------TTGTAAAGATC----AAA-TACT-GTGCATC--ATACTCTTGTGATACT----------TTCTCCAA--------A-------A------------T---TATGTGTGTA----ACTA--GCT--TTGCG--TTTATAT----CT--ATGAAT-TA--G-ATATATTC---T--CATATATCAA-TCAAACATTATGTGGAAATTG------T---ACTTGTA-TATACA-AAGTT-GT-----TACT----TTTACTATT--TGCCATGAAATGTGCTTGCAT-ATGTATCCCTATGGGCTTTTAACCTA---CTGGA-TTT-GAAATAAACTACTACTATA
gi|10                         : AATCCATAGCATCAAAATATTGGAAATATCTAAGTATGTTTAGATTTATTGAATTGATCA-----GAAAATGAAATCGAAATAAAGAAA-TTGGGCATGT
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              aaaacagttatttaaacatatactttaaataggtgtacgttcaatatcttcaatattcaaaattttcaagtacaatgatttatagaagaagaatattttgctatgattaccaataaattgctaccatgTATGAATAACCAATTTGTTGACCTTTCCATGAGCTAAGGTAGACATATATTCTGG-ATAA-CATTCTATTATTTTCAA---AAC--AACCCAATAG----TATTTTAT--TCTGATATTCATATAATATAATGATGGTAACA--------CAA--------C-------ACCTTCTCTATG-CTTAA-A-ATAC--------------CAACACCAGAGTG------TGTATTTTAACAATAAGAGTAAA-----CT--TTTTTTTTG--TCGTATTTTT
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           -ATATACAC---T--CGTA----AA-TCAAATTGTAAATGGAAATTG------T---AGAT-TA-TATACA-GAATT-GT-----TACT----ATTGCTGTT--CGCCGTGAAATATGGTTGCGT-ATATATCCCTTTGGGCTTTTAGCCTA---ATGGG-TTT-GAAATAAACTACTAg
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    tttaactgttgactttacttatccaattcgatcgtTTAACGACAAG-TTAAAGCA----------TGTTATTTT-TGCTTTTCAAATTCAAGACATA------TATTT--CATA---------------------AAA-TCTTAGTGAATT--ACACTATTGTGATACT----------TTTTCCAA--------T------TAT----AT-----G---CGTATACACACAAGGC----GTTACTTGGG--TGGATAT----AT--ATGTGTGTG--T-ATATATA
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     acaaGTATTAT-ATCCTTT-TTTTTATACAT-TATATATTCCTGCCAATTATTCTCATATGAATAACCAAATTGTTGACCTTATAGTAAGATAAGGTCGATATATACTCTGG-A-AA-TAtcaatg
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          tgtatctgtttcttaatacatgtagtattcatgtacatATAC---T--CGTATAT-AAATCAAACAATATGTGGAAATTA------A---AGA-GTA-CATACA-AAAT-----------CT--------CTCTT--CGTCATAAATTATGCTTGTATTATGTATCCCTAAAAGCTTTTAATCCA---AAGTA-TTC-GAAATAAACTACTA
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               GGCATGTAACATGCCAACCTTGTGTTTAGTTTCGATAAATTGGTATT-TTA-CATTT-TA-TTTTATATCT-TATATTCCTGAAAATTATTTTCATATGAATAAACAAATGGTTCATCTTTCAGTGAGGAAAGGTTGACAacatctttgtttaa
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        attgTGTAAACGTCACAATAGCATCTGTAAATTTACACTTTTAAAAT-GGTTACCGGTATGAAATATACCAATCTTGTG-TTCGTTTC
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 gtgtagcTGTAATGTGCTTGTATTATGTATCCCCACGGGCTTTTAGCACA---ATGGA-TTT-GAAATATACTACTA
gi|2                          :                                     TGTTTTAATTTATTACATTTATTACTTCTTAAAATGAAACCGATGTAAAAAAAACTGAGCATGTATGATTATAAAACCTTTTGATTGAGAAATGA---------T---ATTAATATATGTGTATGGTGTTTTAAATGTAAAA-----ATGGTACATGTGTAAACGTTT----------ATATGTAT--GCTA-GA---ATAAG-AAGCATTTTAT-TAAAAAAAATA-TTAGAAATGTGTGAAT--GAAAAGTTATTCTAAAAGTTACTA-CTACTAAGT--AAATGTAATAACGACATGTGAAAAT----ACTTCGGCA---A-TTAATGATTT------TGC-AACATTTTGTTTCATTTTGACAAGGTG-----------------------ATAT-T-TTTATTCCTATAAATT----------------------TGT----CTTTAAGTGAAGCAATAATGACCCAT--TTTGCCA-AA-TATTCTATAGTTTACAATTCGATGAAATAGAATA-----TATA---G--TTCGACTTCCAGGCAATTCAAAGCTGATGACAT----------------AGCATAC--AGTTGTCTGTATA-TTTGATATGCATG------T-A-AAAT--TATA----TG------TCTGTTTTAACGATGAG-ATAAAATAATTTAATTGCTG----------CTTTTC------GAGAAATA------TATTTGA--------------AAAAATA----AAAATGCT-GTGCATT--ATTCTGTTGTGAAACC----------TTATTCAA--------A------GAT----G----------CATATGTA-A----AC-------------A--TATATATTTACAT--ATG----TA--G-ATATGTAT---C--GGTATGT-G--TCA-------CATGGAAGTGG------T---AGGT-TA-TATACA-ATATT-GT-----TACG----TTTACTGTC--CGTCATAAAATATACTTGTAT-ATGTATCC-TATGGGTTTTTAGTCTA---ACGGAATTG-GAAATAAACTACTACTTTAgtcagtattta
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                CCTATAGGCTTTTAGCCTATTAATGAA-TTT-GAAATAAACTACCATTAtaaaccagaaactgaatcaagccactgtcgttcgta
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       ATTGTCATGCGAATAACCAAAGTGTAGACCTTTCAGTAAGGAATGGTCCACATATACTTCAG-A-AA-TAGTCTATCAATTGCAA---AAT--AATAAAATC-----TATC---C--TTTGACTTTCAGGTAACGGAATAATGGTGATA---T--ATAAAA-CATTATCATACAAAATGAT---CACG-CT-------TACA------T-G-AAATGACATC----TG------TCTGACTTAACGATGCG-CTAAAACAGTCTAATTGTTGTCGTTTGGTACTTTTCAAATTCAAGACAT-------CATTTAATATA------TTGT-AATATC----AAA-GTTT-GTGCATT--AAACTATTGTGATACC----------TTCTCTAAATACTAGTA------TAT----GTG----TATACACATGTGTA----GCTA--GTT--TTGGG--TGTATAT----CT--ATGAAT-TA--G-ATATATAC---G--CGTATATAAA-TCAAACACGATCTGGAAATTG------T---AGA-ATA-CATACA-AAATT-GT-----TACTCAAGTTTTCTGCT--CGTCATGAAATATGCTTGTAT-GTGTATCCCTATGGGCTTTTAACCTG---ATGGA-ATT-AAAATAAACTACctactataa
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   ATAACCAAATCATTGACCTCTCCGCTAGGTTAGGT----------TTCGG-A-AAATATTCTTTCATTTGCCA---AAC--AATAAAATAGTAGCTGTC---TATTTTGAATT-CAGGTAAGGTAATGCTAATGAT-C--T--ATAAAACAATTATCATACGCAATCGTATTTTTG-CTTAA-A-ATACG------C-A-TTATGAC--T----TG------TCTGTTTTAACGAGGTG-ATTAAACAATTT-ATTATTGTTTCTTTGTAC----CAAATTGGGCACACA------TATTTGAG--------------AAAGTC----AAA----------AGT--A------TGTGAAACC----------TATGCCAA--------A------TATATAAGT-----G---TATGTGTGTA----TGTA--------TGGGTATGTGTAT----AT--GTGGTT-T-----ATATATAC---T--AGTTTA-------------TATATGGTTACTG------TTAAAGGTAGATTATACACAAAGT-GT-----TCAT----TATACTGTT--CGTCATGCGCTATGCTTTTA-----TATCCCTGTCGAATTTTAGCAAA---TTTGC-TTTGGAAATACGCTACTACTGTgttataacaaagacattcagcgtgcattcgtatttcgtttatcgtcatgtttctacttcctgttaagcaaaaacaatgttaaattgtgtattaaaaccgattattat
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             ATAAG-GTATAACAGTCTTATTGTCGTTGTTTTGTACTTTTCAAATTCGATACATG------CATTTGATATA------
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        tgattttcatcttttaaatcaataatattgtatagaagacaatTCTCAAATTC----------------CTTGATATA------GCGTAAGAATC----AAAATTCT-GTGCATT--ATGCTAT-GTGATACC----------GTCTCCAA--------G------TAT----GTGTA--TA--CATATGTGTA----GCTA--GTT--T-GGA--TCTATAA----AT--ATGAAT-CA--G-ATATATTC---T--CGCATAT-AAATTAAACATTATATGGAAATTG------T---AGA-GTA-CATGCA-AAATT-GT-----CACT----TTAATTGTTTTCGTCATGAAATATGCTTGTGT-ATGTATCTCTATG---TTTTATC--A---A-AAA-T----AAAAAAAATACTACTAgtcaggaactatagaataagtctctctcaaattccttgatatagcgtaagaatcaaaattctgtgcattatgctatgtgataccgtctccaagtatgtgtatacatatgtgtagctagtttggatctataaatatgaatcagatatattctcgcatataaattaaacattatatggaaattgtagagtacatgcaaaattgtcactttaattgttttcgtcatgaaatatgcttgtgtatgtatctctatgttttatcaaaaataaaaaaaatactactaaaacatcgctcattaaaataa
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  tgattttcatcttttaaatcaataatattgtatagaagacaatataaggtataacagtcttattgtcgttgttttgtacttttcaaattcgatacatgcatttgatatagtcaggaactatagaataagtctcGGCATATACTTTGG-A-AC-TAGTCTGTCAATTGCAA---AG---AATAAAATA-----TATC---T--GTTGACTTTCAGGTAATGGAATATTGGTGATA---T--ACAAAATAATTATCATACGCCTTCATTTTCATG-CTTAA-A-GTACGTTTACAT-A-CAACAACATC----TG------ACTGACTTAACGATGCG-CTACAACAGTC---TTATAGTTGTTTTGTACTTTTCAAATTCGATACATT------TATTTGAGATA------ATGTAAAGATCA---AAA-TTCT-GTACATT--ATACTATTGTGATACC----------TTCTCCAA--------A------TA------------T---C-TATGTGTA----AATATTGTT--TT--G--TGTAT-----------TAAAT-TA--G-ATACA-----------------GA-TCAAACATT-TATGGAAATTG--------------GTA-TATACA-AAATTGGTAGATGTACT----TTTACT---------------TATGCATGTAT-ATGTAaaacatcgctcattaaaataa
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  aaTC---T--TTTGACTTTCAGGTAAAGGAAAGCTTGTGACA---T--ATCAAACAATTATTTTGCACAATTGTCTAT-TGCCTTCA-A-ATAAG------T-A-CAATAACATC----TACGACACTCTGTTTTAACGATGAG-ATAAAACAGC---GTTATTGTCGTTTT-TATTTATTAAATCCGATAAATA------TATTTGAAAAA------TTA-AAAAATTTAAAAAA-TA-T-GTGCATT--ATACTGTTATGAAACCAANNNNNNNNNNNNNNNN--------N------NNN----NN-----N---NNNNNNNNNN----NNNN--NNN--NNNGG--CATGTGT----GTTAATGGGT-TA--T-ATATA-ACAAATAACGTAC----A-TCAAACAGTACATGAAAAT
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    caatgatatttCTATCAATTGCAA---AAT--AATAAAATA-----TATT---C--TTTGATTGACAGCTAATGAAATTATGGTGATAT--TCTACCAAA-AATTATAATATGAAATGATCGACATG-CTTAA-A-GTTCG------TTG-AAACAACATC----TG------T-----------ATGCG-GTAAAACAGTCAAACTGTTGTTGTTTTGTACTTTTCAAATTCAATGCATG------TATGTAATATA------TTG------TC----AAA-TACT-GTACATC--ATACTATTGCGATACA----------TTCTCCAA--------AATGGTGTGT----GT-----A---CATATGTGTA----ACTA--GCT--TTGCG--TTTATAT----CT--ATGAAT-TG--G-GTATCTA----T--TGGGTAT-AA-
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           CGTTGAA-CTAAAGCAGTTTAACTGTTG--ATTTT--ACTTATCCACTTCGATACATACTCGTATATTTGAGATACTAGTATTGTAAAAATC----AAAAGCCT-GTGCATTGAAAAAAAATATGATACC----------TTCTCTAA--------A------TAT----ATGTGTATA--CATGTGTGTA----GCTA--TTT--TTGAG--TGTATAG----AT--ATGAAT-TATTGTATATAAAC---T--CGTA----AA-TCAAACAGTCAATTGAAATTGTACATAT---AGGT-CA-TATACA-AAATT-GT-----AACT----a


blockSeqs                     :                                 A                           CT                           A          A       A         G T          T                        G        T TA         .       G  C T            .                 .     .  .     A .    A  T   .  A A  A   .    A     G     .      G T  T  A A    A   .     A   G                  C  T    TTAC         ATGG           GT       C         T                 G    ATATCCTTTTTT    A   A TA                 AT C C                   T               T     A       A   T  C T  A  T       T      TTC  TGA         GTAGC    TTAT          T         T    A        TTCTACCAAA              AA   CT C C    C   A T T     TTTACATAC           AGAG  CGACAC G  TT         A AG         TTAA      T      G                G    ACTCGTA       C   CTAGTATTGTA  A   TAAA   ATGC A       GA C              AANNNNNNNN        ATACTAGTATATGTGTATA                        CAAGGCGTTAC       G TA       TTACA TA   T  G  TTGT     C  AAATAA    TATAAA        G             TACATATAGGT      T      C     G  AGATG    CAAGT     G  TT                     T                       C  TTA T   A   G
blockSeqs                     :                                                             .                            .                                                                                                                                                                                                                                  .                  G  A    .            A              GA       C         T                 G    TTACATTTTA      T   A CT                 AT T C                   T               T     C       A   T  . .  .  T       T      .    C           G        TAT           C         C    C        CTATAAAAC               GC   TG C G    .   G . .     TTGA                .     .      C  TT         A T          CTAA      T      G                G    A             T   GCGTA        T   A      ATTC .       .  T              .                 AATGGTGTGTGTA                              AATATTGTT         G .        A     .    A  .  T        T  T         TATAAA        A             TTAAAGGTA        .      .     .  .        A         C  .                      T                       C  .   A   .   .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    .        .         .                 .    .               .   A T                  AT G C                   T               A     T       A   T  . .  .  G       A      .    T           .        G             T         G    A        TACAAAAT                GC   GA A T    .   A . .     TAA                 .     .      C  AC         A A          CTTA      T      G                G    A             G   ATGTA        A   .      AGCC .       .  A              .                 ATATATGTGTATA                              GCTAGTT           G .        C     .    G  .  G        T  T         TATAAA        C             TAGAT            .      .     .  .        T         G  .                      .                       A  .   T   .   .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       .  . .                   A               C     T       A   C  . .  .  T       T      .    C           .        C             T         T    C        TATCAAAC                AC   CG T T    .   A . .     TGA                 .     .      C  TT         C C          CAAA      T      G                C    A             T   TTGT         A   .      TCT  .       .  T              .                 ATATATAAGTG                                GCTAGTT           G .        A     .    A  .  G        T  C         TATAA         T             AAGAG            .      .     .  .        T         G  .                      .                       C  .   C   .   .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                T               A     C       .   C  . .  .  G       A      .    T           .        T             T         G    T        TATAAAA                 GA   CA C A    .   C . .     CAT                 .     .      C  AC         T A          TTAA      T      G                T    G             T   TTAA         G   .      GTT  .       .  T              .                 GTATGTGTATA                                NNNNNNN           G .        A     .    A  .  G        T  G         TGTG          T             TAGGT            .      .     .  .        T         G  .                      .                       C  .   T   .   .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                .               T     .       .   T  . .  .          A      .    .           .        T             A         G    C        CAA                     .    TG C A    .   A . .     TAC                 .     .      C  TT         A G          TTA       T      G                T    T             G   TTG          A   .      TTC  .       .  T              .                 TTATATG                                    ACTAGCT           C .        G     .    G  .  G        T  T         AA            G             TAGAA            .      .     .  .        T         G  .                      .                       C  .   T   .   .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      C             .         A    A        T                       .    GA . .    .   . . .     .                   .     .      .  .          C C          CT        T      .                T    A             A   A            A   .      TAC  .       .  T              .                 NNNNNNN                                    GCTATTT           A .        C     .    A  .  T        T  T         TA            G             TAGAG            .      .     .  .        .         .  .                      .                       A  .   T   .   .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                A A          C         T      .                T    G             T   .            .   .      TA   .       .  A              .                 AGATG                                      TGTA              . .        A     .    A  .  G        T  T         GA            .             G                .      .     .  .                                            .                       .  .   .   .   .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                C G          G         .      .                T    .             G   .            .   .      .    .       .  .              .                 ATAT                                       AC                . .        .     .    .  .  .        A  T         CA            .                                                                                                                                   
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                A C          .         .      .                .    .             .                                                                                                                                                                              .  .         AA                                                                                                                                                
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 .                                                                                                                                                              


blockSeqCons                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            TACAAAA******                                        TAN********                                                                                                          TGTA*******                                                              ATATATGGTATA*********************                                                                              TTAA***                     TAGAN**********
originalCons                  : AGTCCATAGCATCAAAATATTGGAAATATCCANGTATGTTTAGATTTATTGAATTGATCA-TTCTGAAAATGAAATCGAAATAAAGAAA-TTGGGCATGTNTGGTTATNAAGCCTTTTNGNTGAGAAATGAGTATATGTTTCAAATTAATATGTGCGTGTGGTGTNCGNAATGTAAAATGAAAACGNTANATGTGTAAACGTTTTGTTATAGTGACATGTATAAGCTATGATATATANGTAAGCATTNTATGTGNANAANATAATTAGNAGCGCGCGAATAAGAAAANTNGTNCTNANAGTTNCTGTCTACTNAGTGTAAACGTAATAACGGCATNTGNAAAT----ACTTTTGAA-T-G-TTACCGGTATGAAACATGCCAACCTTGTGTTTCGTTTCGATAAGGTGGTATT-T-A-CATTT-TATTTTTATAT-T-TATATTCCTGCAAATTATTTTCATATGAATAACCAAATTGTTGACCTTTCAGTGAGGNAAGGTCGACATATACTTCGG-A-AA-TATTCTATCANTTGCAA---AAT--AATAAAATA-----TATC---C--TTTGACTTTCAGGTAATGGAATGNTGGTGATAT--T--ACCAAA-AATTATCATACGNAATCGTCTNCATG-CTTAA-A-GTACG------T-A-AAATAACATC----TG------TCTGNCTTAACGATGNG-NTAAAACAGTCTAATTGTTGTTGTTTTGTACTTTTCAAATTCGATACATA------TATTTGANATA------TTGTAAAAATC----AAA-TNCT-GTGCATT--ATACTATTGTGATACC----------TTCTCCAA--------A------TAT----GT-----T---CATATGTGTA----GCTA--GTT--TTGGG--TGTATAT----AT--ATGAAT-TA--G-ATATATAC---T--CGTATAT-AA-TCAAACANTATATGGAAATTG------T---AGGTGTA-TATACA-AAATT-GT-----TACT----TTTACTGTT--CGTCATGAAATATGCTTGTAT-ATGTATCCCTATGGGCTTTTAGCCTA---ATGGA-TTT-GAAATAAACTACTACTATA
finalCons                     : AGTCCATAGCATCAAAATATTGGAAATATCCANGTATGTTTAGATTTATTGAATTGATCA-TTCTGAAAATGAAATCGAAATAAAGAAA-TTGGGCATGTNTGGTTATNAAGCCTTTTNGNTGAGAAATGAGTATATGTTTCAAATTAATATGTGCGTGTGGTGTNCGNAATGTAAAATGAAAACGNTANATGTGTAAACGTTTTGTTATAGTGACATGTATAAGCTATGATATATANGTAAGCATTNTATGTGNANAANATAATTAGNAGCGCGCGAATAAGAAAANTNGTNCTNANAGTTNCTGTCTACTNAGTGTAAACGTAATAACGGCATNTGNAAAT----ACTTTTGAA-T-G-TTACCGGTATGAAACATGCCAACCTTGTGTTTCGTTTCGATAAGGTGGTATT-T-A-CATTT-TATTTTTATAT-T-TATATTCCTGCAAATTATTTTCATATGAATAACCAAATTGTTGACCTTTCAGTGAGGNAAGGTCGACATATACTTCGG-A-AA-TATTCTATCANTTGCAA---AAT--AATAAAATA-----TATC---C--TTTGACTTTCAGGTAATGGAATGNTGGTGATATACAAAA------AATTATCATACGNAATCGTCTNCATG-CTTAA-A-GTACGTAN--------AATAACATC----TG------TCTGNCTTAACGATGNG-NTAAAACAGTCTAATTGTTGTTGTTTTGTACTTTTCAAATTCGATACATA------TATTTGANATATGTA-------AAAATC----AAA-TNCT-GTGCATT--ATACTATTGTGATACC----------TTCTCCAAATATATGGTATA---------------------CATATGTGTA----GCTA--GTT--TTGGG--TGTATAT----AT--ATGAAT-TA--G-ATATATAC---T--CGTATTAA---TCAAACANTATATGGAAATTGTAGAN----------TA-TATACA-AAATT-GT-----TACT----TTTACTGTT--CGTCATGAAATATGCTTGTAT-ATGTATCCCTATGGGCTTTTAGCCTA---ATGGA-TTT-GAAATAAACTACTACTATA
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): ATATTGAGAGGGCCCAAAGTATATGGAGACCCCTCCAAATCTAACATAAGTGTTTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT
Unaligned ( gi|21 ): AGTTAAAGTTTGAAAAATATGTACAATTAACCCTTTCATAAA






Alignments
lowQualScore                  :                                                             33                           1                                         5555555555555                                  22222        1            4444444444        11    1  222     1    1      1           1          1     11                        1                                    2222         44444                                                    44444444444444        111                                                                                                     111  111         22222    111111                                111111111111111           11                            222222222         1111  111111                            1111                                   1111111           44444444444             1111                           11111         3333333333333333                                                                222222222222222222                  11111111      11111111111                   11111                                                                                                   
lowQualScore                  :                                 1                           44                           3          1       1         1 1          0000000000000            2        1 33         77777   1  1 5            1111111111        88    5  111   1 5    5  1   5  1 1  1   5    1     5     88     1 1  1  1 1    1   5     1   6            0     1  1    8888         22222          66  0    2         3                 2  0 77777777777777  3   3 111          0     11 3 5                   1               1     7       1   1  5 5  5  1       1      000  000         00000    666666        2         1    1        999999999999999      1    11   44 4 2 0   5  2 5 5      444444444   0     0000  444444 2  33         1 44         2222      2      5              0 1    4444444       4   00000000000  1   8888   9999 4       55 2              00000         6666666666666666   1          0   8888888   6666 1     2 55   1  4  6666     2  888888888888888888  4       3 0     44444444      33333333333 55             4  11111    99999     888                       8                       1  777 1   4   4                   
lowQualScore                  :                                 .                           ..                           .          .       .         . .          .............            .        . ..         .....   .  . .            ..........        ..    .  ...   . .    .  .   .  . .  .   .    .     .     ..     . .  .  . .    .   .     .   .            .     .  .    ....         .....          ..  .    .         .                 .  . ..............  .   . ...          .     .. . .                   .               .     .       .   .  . .  .  .       .      ...  ...         .....    ......        .         .    .        ...............      .    ..   .. . . .   .  . . .      .........   .     ....  ...... .  ..         . ..         ....      .      .              . .    .......       .   ...........  .   ....   .... .       .. .              .....         ................   .          .   .......   .... .     . ..   .  .  ....     .  ..................  .       . .     ........      ........... ..             .  .....    .....     ...                       .                       .  ... .   .   .                   
lowQualScore                  :                                 0                           00                           3          0       0         0 0          5555555555555            5        0 55         00000   0  0 5            0000000000        55    5  555   0 5    5  0   0  0 0  0   5    0     0     55     0 0  0  0 0    0   5     0   7            7     0  0    3333         77777          00  2    5         2                 5  8 88888888888888  5   2 000          2     88 6 0                   7               0     6       4   4  7 7  7  5       0      000  111         00000    888888        2         4    0        999999999999999      4    00   55 5 8 4   0  1 0 0      999999999   9     6666  444444 5  99         0 66         5555      3      9              4 1    5555555       5   00000000000  4   5555   8888 0       55 6              00000         7777777777777777   7          9   7777777   2222 6     1 55   5  0  6666     6  777777777777777777  0       8 7     55555555      66666666666 00             4  11111    88888     222                       9                       1  888 0   4   4                   
consensus                     : AGTCCATAGCATCAAAATATTGGAAATATCCANGTATGTTTAGATTTATTGAATTGATCA-TTCTGAAAATGAAATCGAAATAAAGAAA-TTGGGCATGTNTGGTTATNAAGCCTTTTNGNTGAGAAATGAGTATATGTTTCAAATTAATATGTGCGTGTGGTGTNCGNAATGTAAAATGAAAACGNTANATGTGTAAACGTTTTGTTATAGTGACATGTATAAGCTATGATATATANGTAAGCATTNTATGTGNANAANATAATTAGNAGCGCGCGAATAAGAAAANTNGTNCTNANAGTTNCTGTCTACTNAGTGTAAACGTAATAACGGCATNTGNAAAT----ACTTTTGAA-T-G-TTACCGGTATGAAACATGCCAACCTTGTGTTTCGTTTCGATAAGGTGGTATT-T-A-CATTT-TATTTTTATAT-T-TATATTCCTGCAAATTATTTTCATATGAATAACCAAATTGTTGACCTTTCAGTGAGGNAAGGTCGACATATACTTCGG-A-AA-TATTCTATCANTTGCAA---AAT--AATAAAATA-----TATC---C--TTTGACTTTCAGGTAATGGAATGNTGGTGATA---T---A-CAAAA-AATTATCATACGNAATCGTCTNCATGC-TTAA-A-GTACGT------A-AAATAACATC----TG------TCTGNCTTAACGATGNG-NTAAAACAGTCTAATTGTTGTTGTTTTGTACTTTTCAAATTCGATACATA------TATTTGANATA-------TGTAAAAATC----AAAATNCT-GTGCATT--ATACTATTGTGATACC-----TTCTCCAAA------TAT-AT-G-GTATACATATGTGTAGCTA--GTT--TTGGG--TGTATATAT--ATGAAT-TA--G-ATATATAC---T--C--G--TAT---AA-TCAAACANTATATGG--------AAATTG------TA---GANTATATACAAAATT-GT-----TACT----TTTACTG--TTCGTCATGAAATATGCTTGTAT-ATGTATCCCTATGGGCTTTTAGCCTA---ATGGA-TTT-GAAATAAACTACTACTATA
Reference ( family-400 )      : AGTCCATAGCATCAAAATATTGGAAATATCCANGTATGTTTAGATTTATTGAATTGATCA-TTCTGAAAATGAAATCGAAATAAAGAAA-TTGGGCATGTNTGGTTATNAAGCCTTTTNGNTGAGAAATGAGTATATGTTTCAAATTAATATGTGCGTGTGGTGTNCGNAATGTAAAATGAAAACGNTANATGTGTAAACGTTTTGTTATAGTGACATGTATAAGCTATGATATATANGTAAGCATTNTATGTGNANAANATAATTAGNAGCGCGCGAATAAGAAAANTNGTNCTNANAGTTNCTGTCTACTNAGTGTAAACGTAATAACGGCATNTGNAAAT----ACTTTTGAA-T-G-TTACCGGTATGAAACATGCCAACCTTGTGTTTCGTTTCGATAAGGTGGTATT-T-A-CATTT-TATTTTTATAT-T-TATATTCCTGCAAATTATTTTCATATGAATAACCAAATTGTTGACCTTTCAGTGAGGNAAGGTCGACATATACTTCGG-A-AA-TATTCTATCANTTGCAA---AAT--AATAAAATA-----TATC---C--TTTGACTTTCAGGTAATGGAATGNTGGTGATA---T---A-CAAAA-AATTATCATACGNAATCGTCTNCATGC-TTAA-A-GTACGT------A-NAATAACATC----TG------TCTGNCTTAACGATGNG-NTAAAACAGTCTAATTGTTGTTGTTTTGTACTTTTCAAATTCGATACATA------TATTTGANATA-------TGTAAAAATC----AAA-TNCT-GTGCATT--ATACTATTGTGATACC-----TTCTCCAAA------TAT-AT-G-GTATACATATGTGTAGCTA--GTT--TTGGG--TGTATATAT--ATGAAT-TA--G-ATATATAC---T--C--G--TAT-T-AA-TCAAACANTATATGG--------AAATTG------TA---GANTATATACAAAATT-GT-----TACT----TTTACTG--TTCGTCATGAAATATGCTTGTAT-ATGTATCCCTATGGGCTTTTAGCCTA---ATGGA-TTT-GAAATAAACTACTACTATA
gi|1                          : AGTTCATAGCATCAAAATATTGGAAATATCCATGTATGGTTAGATTTATTGAATTGATCAATTCTGAAAATGAAATCGAAATAAAGAAA-TTGGGCATGTTTGGTTATTAAGCTTTTTTGGTGAGAAATGAGTATATGTTTCAAATTAATATGTGCTTGTGGTGTGCGCAATGTAAAATGAAAACGTTAAA-ATGTAAATATTTTGTTATAGTGACATGTATAAATTATGATATATATGTAAAC-TTATATGTGTATAATATAATTAGTAGCAC-CGAATAAGAAAATTGGTGTTTATAGTTTCTGTTTACTTAGTGTAAACATAATAATGGAATATGCAAAT----ACTTTTGAA-TTG-TTACCGGTATGAAACATGCCAACCCTGTATTTCGTTTCGATAAGGTGGTACT-TAA-CATTTACATTTTTAT-T-T-TATATTCCAGCAAATTAATTT-ATATGAACTGCCAAATTGTTGATCTTTAAGTGAGGAAAGGTTGACACATACTTTGG-A-AA-TACTCTATCAATTGCAA---AAT--AATAAAATA-----TATC---C--TTTGACATTCAGTTAATGGAATGATGGTGATATTCT---A-CCAAA-ACTTATAATATGAAATGATATACATGC-CTTA-A-GTTCGC------AGAAATAACATT----TG------TATGACTTAACGATGCG-CTAAAACAGTGTAGTTGTTGATGTTTTGTACTTTTCACATTCAATGTATG------TATTTAACATAT------TGTAAAGATC----AAA-TACT-GTGCATC--ATACTCTTGTGATACT-----TTCTCCAAA-------AT-----------TATGTGTGTAACTA--GCT--TTGCG--TTTATATCT--ATGAAT-TA--G-ATATATTC---T--CATA--TAT-C-AA-TCAAACATTATGTGG--------AAATTG------TACTTG--TATATACAAAGTT-GT-----TACT----TTTACTA--TTTGCCATGAAATGTGCTTGCAT-ATGTATCCCTATGGGCTTTTAACCTA---CTGGA-TTT-GAAATAAACTACTACTATA
gi|10                         : AATCCATAGCATCAAAATATTGGAAATATCTAAGTATGTTTAGATTTATTGAATTGATCA-----GAAAATGAAATCGAAATAAAGAAA-TTGGGCATGT
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              aaaacagttatttaaacatatactttaaataggtgtacgttcaatatcttcaatattcaaaattttcaagtacaatgatttatagaagaagaatattttgctatgattaccaataaattgctaccatgTATGAATAACCAATTTGTTGACCTTTCCATGAGCTAAGGTAGACATATATTCTGG-ATAA-CATTCTATTATTTTCAA---AAC--AACCCAATAG----TATTTTAT--TCTGATATTCATATAATATAATGATGGTAACA---C---A----------------AC---ACCTTCTCTATGC-TTAA-A-ATAC-------------CAACACCAGAGTG------TGTATTTTAACAATAAGAGTAAA-----CT--TTTTTTTTG--TCGTATTTTT
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   -ATATACAC---T--C--G--TA----AA-TCAAATTGTAAATGG--------AAATTG------TA---GATTATATACAGAATT-GT-----TACT----ATTGCTG--TTCGCCGTGAAATATGGTTGCGT-ATATATCCCTTTGGGCTTTTAGCCTA---ATGGG-TTT-GAAATAAACTACTAg
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     tttaactgttgactttacttatccaattcgatcgtTTAACGACAAG-TTAAAGCA----------TGTTATTTT-TGCTTTTCAAATTCAAGACATA------TATTT--CATA---------------------AAA-TCTTAGTGAATT--ACACTATTGTGATACT-----TTTTCCAAT------TAT-AT-GCGTATACACACAAG--GC----GTTACTTGGG--TGGATATAT--ATGTGTGTG--T-ATATATA
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     acaaGTATTAT-ATCCTTT-TTTTTATACAT-TATATATTCCTGCCAATTATTCTCATATGAATAACCAAATTGTTGACCTTATAGTAAGATAAGGTCGATATATACTCTGG-A-AA-TAtcaatg
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  tgtatctgtttcttaatacatgtagtattcatgtacatATAC---T--C--G--TATAT-AAATCAAACAATATGTGG--------AAATTA------AA---GAGTACATACAAAAT-----------CT--------CTC--TTCGTCATAAATTATGCTTGTATTATGTATCCCTAAAAGCTTTTAATCCA---AAGTA-TTC-GAAATAAACTACTA
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               GGCATGTAACATGCCAACCTTGTGTTTAGTTTCGATAAATTGGTATT-TTA-CATTT-TA-TTTTATATCT-TATATTCCTGAAAATTATTTTCATATGAATAAACAAATGGTTCATCTTTCAGTGAGGAAAGGTTGACAacatctttgtttaa
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        attgTGTAAACGTCACAATAGCATCTGTAAATTTACACTTTTAAAAT-GGTTACCGGTATGAAATATACCAATCTTGTG-TTCGTTTC
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  gtgtagcTGTAATGTGCTTGTATTATGTATCCCCACGGGCTTTTAGCACA---ATGGA-TTT-GAAATATACTACTA
gi|2                          :                                     TGTTTTAATTTATTACATTTATTACTTCTTAAAATGAAACCGATGTAAAAAAAACTGAGCATGTATGATTATAAAACCTTTTGATTGAGAAATGA---------T---ATTAATATATGTGTATGGTGTTTTAAATGTAAAA-----ATGGTACATGTGTAAACGTTT----------ATATGTAT--GCTA-GA---ATAAG-AAGCATTTTAT-TAAAAAAAATA-TTAGAAATGTGTGAAT--GAAAAGTTATTCTAAAAGTTACTA-CTACTAAGT--AAATGTAATAACGACATGTGAAAAT----ACTTCGGCA---A-TTAATGATTT------TGC-AACATTTTGTTTCATTTTGACAAGGTG-----------------------ATAT-T-TTTATTCCTATAAATT----------------------TGT----CTTTAAGTGAAGCAATAATGACCCAT--TTTGCCA-AA-TATTCTATAGTTTACAATTCGATGAAATAGAATA-----TATA---G--TTCGACTTCCAGGCAATTCAAAGCTGATGACA---T---A-G-----------CATAC--AGTTGTCTGTATAT-TTGATATGCATGT------A-AAAT--TATA----TG------TCTGTTTTAACGATGAG-ATAAAATAATTTAATTGCTG----------CTTTTC------GAGAAATA------TATTTGA--------------AAAAATA----AAAATGCT-GTGCATT--ATTCTGTTGTGAAACC-----TTATTCAAAGATG--CAT-AT-G--TAAACATATATAT---------------------T-TACAT--ATG----TA--G-ATATGTAT---C--G--G--TAT-G-TG-TCA-------CATGG--------AAGTGG------TA---GGTTATATACAATATT-GT-----TACG----TTTACTG--TCCGTCATAAAATATACTTGTAT-ATGTATCC-TATGGGTTTTTAGTCTA---ACGGAATTG-GAAATAAACTACTACTTTAgtcagtattta
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 CCTATAGGCTTTTAGCCTATTAATGAA-TTT-GAAATAAACTACCATTAtaaaccagaaactgaatcaagccactgtcgttcgta
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       ATTGTCATGCGAATAACCAAAGTGTAGACCTTTCAGTAAGGAATGGTCCACATATACTTCAG-A-AA-TAGTCTATCAATTGCAA---AAT--AATAAAATC-----TATC---C--TTTGACTTTCAGGTAACGGAATAATGGTGATA---T---A-TAAAA-CATTATCATACAAAATGAT---CACGC-T-------TACAT------G-AAATGACATC----TG------TCTGACTTAACGATGCG-CTAAAACAGTCTAATTGTTGTCGTTTGGTACTTTTCAAATTCAAGACAT-------CATTTAATATAT------TGT-AATATC----AAA-GTTT-GTGCATT--AAACTATTGTGATACC-----TTCTCTAAATACTAGTAT-AT-GTGTATACACATGTGTAGCTA--GTT--TTGGG--TGTATATCT--ATGAAT-TA--G-ATATATAC---G--C--G--TATATAAA-TCAAACACGATCTGG--------AAATTG------TA---GAATACATACAAAATT-GT-----TACTCAAGTTTTCTG--CTCGTCATGAAATATGCTTGTAT-GTGTATCCCTATGGGCTTTTAACCTG---ATGGA-ATT-AAAATAAACTACctactataa
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   ATAACCAAATCATTGACCTCTCCGCTAGGTTAGGT----------TTCGG-A-AAATATTCTTTCATTTGCCA---AAC--AATAAAATAGTAGCTGTC---TATTTTGAATT-CAGGTAAGGTAATGCTAATGATC---T---A-TAAAACAATTATCATACGCAATCGTATTTTTGC-TTAA-A-ATACGC------A-TTATGAC--T----TG------TCTGTTTTAACGAGGTG-ATTAAACAATTT-ATTATTGTTTCTTTGTAC----CAAATTGGGCACACA------TATTTGAG--------------AAAGTC----AAA----------AGT--A------TGTGAAACC-----TATGCCAAA------TAT-ATAA-GTGT--ATGTGTGTATGTA--------TGGGTATGTGTATAT--GTGGTT-T-----ATATATAC---T--A--G--T-T-T-A----------TATATGGTTACTGTTAAA-GG------TA---GATTATACACAAAG-T-GT-----TCAT----TATACTG--TTCGTCATGCGCTATGCTTTTA-----TATCCCTGTCGAATTTTAGCAAA---TTTGC-TTTGGAAATACGCTACTACTGTgttataacaaagacattcagcgtgcattcgtatttcgtttatcgtcatgtttctacttcctgttaagcaaaaacaatgttaaattgtgtattaaaaccgattattat
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              ATAAG-GTATAACAGTCTTATTGTCGTTGTTTTGTACTTTTCAAATTCGATACATG------CATTTGATATA-------
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         tgattttcatcttttaaatcaataatattgtatagaagacaatTCTCAAATTC----------------CTTGATATAG------CGTAAGAATC----AAAATTCT-GTGCATT--ATGCTAT-GTGATACC-----GTCTCCAAG------TAT-GT-G--TATACATATGTGTAGCTA--GTT--T-GGA--TCTATAAAT--ATGAAT-CA--G-ATATATTC---T--C--GCATAT-A-AA-TTAAACATTATATGG--------AAATTG------TA---GAGTACATGCAAAATT-GT-----CACT----TTAATTGTTTTCGTCATGAAATATGCTTGTGT-ATGTATCTCTATG---TTTTATC--A---A-AAA-T----AAAAAAAATACTACTAgtcaggaactatagaataagtctctctcaaattccttgatatagcgtaagaatcaaaattctgtgcattatgctatgtgataccgtctccaagtatgtgtatacatatgtgtagctagtttggatctataaatatgaatcagatatattctcgcatataaattaaacattatatggaaattgtagagtacatgcaaaattgtcactttaattgttttcgtcatgaaatatgcttgtgtatgtatctctatgttttatcaaaaataaaaaaaatactactaaaacatcgctcattaaaataa
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  tgattttcatcttttaaatcaataatattgtatagaagacaatataaggtataacagtcttattgtcgttgttttgtacttttcaaattcgatacatgcatttgatatagtcaggaactatagaataagtctcGGCATATACTTTGG-A-AC-TAGTCTGTCAATTGCAA---AG---AATAAAATA-----TATC---T--GTTGACTTTCAGGTAATGGAATATTGGTGATA---T---A-CAAAATAATTATCATACGCCTTCATTTTCATGC-TTAA-A-GTACGTTTACATA-CAACAACATC----TG------ACTGACTTAACGATGCG-CTACAACAGTCT---TATAGTTGTTTTGTACTTTTCAAATTCGATACATT------TATTTGAGATAA------TGTAAAGATC----AAAATTCT-GTACATT--ATACTATTGTGATACC-----TTCTCCAAA------TAT-----------C-TATGTGTAAATATTGTT--TTG----TGTAT-------TAAAT-TA--G-ATACA---------------------GA-TCAAACATT-TATGG--------AAATTG-------------GTATATACAAAATTGGTAGATGTACT----TTTACT---------------TATGCATGTAT-ATGTAaaacatcgctcattaaaataa
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  aaTC---T--TTTGACTTTCAGGTAAAGGAAAGCTTGTGACA---T---ATCAAAC-AATTATTTTGCACAATTGTCTAT-TGCCTTCA-A-ATAAGT------A-CAATAACATC----TACGACACTCTGTTTTAACGATGAG-ATAAAACAGC---GTTATTGTCGTTTT-TATTTATTAAATCCGATAAATA------TATTTGAAAAA-------TTAAAAAATTTAAAAAA-TA-T-GTGCATT--ATACTGTTATGAAACCAANNNNNNNNNNNN------NNN-NN-N-NNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNN--NNNGG--CATGTGTGTTAATGGGT-TA--T-ATATA-ACAAATAAC--G--TAC----A-TCAAACAGTACATGA--------AAAT
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    caatgatatttCTATCAATTGCAA---AAT--AATAAAATA-----TATT---C--TTTGATTGACAGCTAATGAAATTATGGTGATA---TTCTA-CCAAA-AATTATAATATGAAATGATCGACATGC-TTAA-A-GTTCGTT-----G-AAACAACATC----TG------T-----------ATGCG-GTAAAACAGTCAAACTGTTGTTGTTTTGTACTTTTCAAATTCAATGCATG------TATGTAATATA-------T-T----GTC----AAA-TACT-GTACATC--ATACTATTGCGATACA-----TTCTCCAAA-------ATGGT-GTGTGTACATATGTGTAACTA--GCT--TTGCG--TTTATATCT--ATGAAT-TG--G-GTATCTAT---T--
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            CGTTGAA-CTAAAGCAGTTTAACTGTTG--ATTTT--ACTTATCCACTTCGATACATACTCGTATATTTGAGATACTAGTATTGTAAAAATC----AAAAGCCT-GTGCATTGAAAAAAAATATGATACC-----TTCTCTAAA------TAT-AT-GTGTATACATGTGTGTAGCTA--TTT--TTGAG--TGTATAGAT--ATGAAT-TATTGTATATAAAC---T--C--G--TA----AA-TCAAACAGTCAATTG--------AAATTGTACATATA---GGTCATATACAAAATT-GT-----AACT----gggtataaa
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): ATATTGAGAGGGCCCAAAGTATATGGAGACCCCTCCAAATCTAACATAAGTGTTTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT
Unaligned ( gi|21 ): AGTTAAAGTTTGAAAAATATGTACAATTAACCCTTTCATAAA