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lowQualScore                  :      22    1111111111111111111111111111111111111111111111   11                  11                                                                                                   111111111   888888888888888888888888888888888    11111111          222        22222222                      111111111111  1         555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555     
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lowQualScore                  :      ..    ..............................................   ..      .   . .     ..   .    .     .  .  ..   .        .. ... ..         ...    ...  .  . . . .     .. .. .       ..    .........   ................................. .  ........          ... .      ........     .. . . . ..      ............  .     . . ..........................................................................................................................................     
lowQualScore                  :      00    0000000000000000000000000000000000000000000000   44      2   9 8     99   9    7     1  0  66   6        66 222 66         444    888  5  5 6 6 3     00 00 6       00    555555555   333333333333333333333333333333333 6  11111111          999 0      77777777     11 9 7 4 88      000000000000  8     0 4 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222     
consensus                     : NNAATAACGTC---TACANGAATGATAACA--TTT-G--AC-GTTAA---TTC----ATTCAGTTTATACTAATTTATTTTAGCTCGATTNCGAAGNAA-GC--TCAGAGCTTATA--T---G--AACCGCTCTC-GAGTCCGCTTCCCGG-G-T-AGAAC--C--A-GTACTGA--GTGT---------TGT--N-TTN-TGAGAGG-C-ATCGG---C--GTNGAGCT-GG----GGATCGAACCCG-CA-ACCTCC----G-GCGTGAG--CGGCC-AACGCTCTA--TCCAC-----TACACCGC-CGC----C---CT--GC-TTA--A-A--ATTTTTGGC---A-ACGTT-A---ATACATNTCTTCATCACTATANTNTATTTCATCTTATTTTTC-AATTAATTTTG-TAAGC---CTATTAGTCATCT-TTTACAAAA--CTATTT
Reference ( gi|1 )            : CTAATGTCGTCATTTACATGGTTGATAACA-ATTTAG--ACTCTTAG---TTT----ATTTAGTTTATGCTAATTTATTTTTGCTCGATTGCGAAGAAA-GC--TCAGAGCTTATA--T---G--AACCGCTCTT-AAGTCTGCTTTCTTG-G-T-AGAAC--C--A-GTACTGA--GTGT---------TGT--T-TTA-TGAGAGG-C-ATCGGTTACATGTAGAGCT-GG----AGATCGAACCCG-GA-ACCTCT----G-CCGTGAG--CGGCC-AATACTCTA--CCCAT-----TAGACTAC-CGC----C---CT--GC-TTA--A-A--ACTCTTGGT---A-ACATA-A---ATACATTTTTTCG-CA----AGTTTATTTCATCTCATTGCTCAAATCAGTTTTGATATACATGCTATTAAT-ATGTGTTTACACAAGTTTATTT
gi|5                          :   AATAACGTC---TACAAG--TGATAA----TTTTG--GC-ATTAGATCTTC----ATT--GTTTA--CTA-CTTATTTCAGCTCCATTTCGATAAAA-GG--TCGAAGTTTATT--A---G--AATCATTATC-GAATCAG-TTTCCTG-T-TTAGAAC--C--A-GTACTAT--GTGT---------TGC--A-TTT-TGGGAGG-C-ATCG------TGTGGAGCT-AG----GGATCAAACCCG-CA-ACATCT----G-GCGTGAG--CCATA-AATGTTCAA--TCCGC-----TACACTAC-CAC----A---AT--GC-TT
gi|4                          :               TACATGAATGATCACA--TTTAGGTATACTGAA---TTTTGGCAGTCA-TCTATTCTAATGTCTGTTAGCTTGCTTACAAAGCCA-GT--TTAAAGTTTTCA--T---T--AATCACTCTT-AAGACAGTTTATTGG-G-T-AGAAC--T--A-ATACTGG--GTGA---------TGT--T-TTT-TAAAAGA-C-AT-GGT-----GTTGAACT-TT----GGATGGAACCAT-TG-ACCTGT----G---ATGAG--GGGCTTGACACCCTA--C--AT-----CA--CTGT-CCC----C---C----A-TTA--A-A--G----TGATTCAA-ACATTTC---ATACATT-----A-CA----AGTTTA--TCATCgt
gi|6                          :                        GATAACAGATCT-G--A-TGTTAA---TT-----ATTT-GTTTATATTAAT--ATCT--GCT-GGTTCCCAGGAGA-GC--ACAGAGCTTATATTT---GCTGACTGCTATA-ATGTTCATTTATTGG-G-T-AGTACAGC--ACATACTAA--ATGT---------TGT--T-TTG-----------ATCAGT-----------CT--G----AGAATGCACCCA-CA-ACCTCC----A-GTGTGAA--CAACC-AACATTTTA--GCAAC-----TACACCAC-TGT----CACACT---T-TTATTA-A--ATATTAGGA---A-ACATA-A---A
gi|2                          :                                                           TTCAGTTTATAT--ATCTATTTTAGCTCAATTGTGAATAAACAC--TCATTGCTGATA--T---G--AACCGCTCTT-GCATCCAC-TTCTAG-GTT-TGAAC--C--A-GTAATGG--ATGT---------TAT--A-TTT-TGAGAGG-C-ATGGGGGAC---CA-AGCT-GG----GGATCAACCTCA-CA-ACCTTC----G-GGGTGAG--CAGCC-AGCATTTAA--CATATTTTTCTAAATTGT-C-C----T---CT--GG-TTC--A-A-------TAGC---AGATGTT-AGGTGTACATGTCTTCATCACTATATTATATTT--TTTTATTTTTC-AATTAATTTTG-TAAGC---CTATTAGTCATCT-TTTACAAAA--CTATTT
gi|7                          :                                          ccagtcataatcacatcacTAGTTTACACTTATTTATTTTTGT--------GAAACAA-GTAATTACATCTTAGT--C---A--AATCACTCCCGAAGTCT----TCCTG-G-TTAGAAT--C--A-GTACTAA--GCATATGCGGAAGTGT--C-TTGCTCAAGGA-T-ACC----ACACATAGACGT-GGCGCAGGATCGAACACACGA-CCCTCC----GATCATGGGTTCGG-----TGCTGTA---CCAC-----TGGACCACGCGC----T---CTACAC-TTA--A-T--ACTa
gi|12                         :                                                               GTTTTTACTA-TTGAATTTAGCTCGATTTCGAAAAAA-GC--TCGAAGGTTATA--TTAAA--AATCACTCTC-GAATTTGCTTCCTGG-G-T-AGAAA--C--A-GTACTGA--GTGT---------tactaga
gi|9                          :                                                                    TACTAATTT-TTTTAGCTCGATTGCAGTGAAA-AC--TCAGAGCTTATA--T---G--AATAGCTGTC-AAGTCCGATTC-------T-GGAGC--C--A-GTCCTGA--GTGC---------TGA--A-TTG-TGAGAGG-C-ATC------ATGTCGAGCT-GT----GGATCGAAGCCA-CA-ACTTTT----G-GCGTGAG--CGGTC-AACACTCTA--TCCAT-----TACACTGC-CGC----C---CC--GC-TTA--
gi|20                         :                                                                   tTACTTATTTATTTTAGCTCGATTGCAAAATAA-GC--TCAGAGTTTATA--T---G--AAt
gi|8                          :                                                                        AACTTATTTAAGCTTGATTTCAAAGTAA-AC--TCAGAGCTTATA--T---G--AACCGCTCTT-GAGTCCGCTTCCTTC-G-T-AAAAC--C--A-GTACTTT--GTGT---------TGT--T-TTA--GAGAGACC-AACGGCT-CA-----AGCT-CA----AGA---AACCC-----ACCACTTAAAG--TGTAAG--CAGTC-A--ACTTTATTTTCAC-----TGGACTAC-CGT----C---CT--GCATTA--A-ac
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gi|11                         :                                                                                                      C--TCAAAGCTTACA--T---G--TACTGCTTTT-AAATC-GCTTCTTGG-G-T-AAAAT--C--A-ATGCTTA--GTAC---------TAT--CAGTA-CTAAAGG-CTATCAG------ATCGAGCT-GG----GGATCGAACCTGCGACACCT
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8 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): CGTGTTGAGTTAATGATAGATACCACGACGCTTGACATGGGCGGTCATCTCTCTATCAACTATACTACTGCGACTATACA
Unaligned ( gi|14 ): CTTGATTGTGAAGTTCTCATCGTGTCAAGCAAGTGATAATGAACCCAATACTTCCAGCATGAGCAGTCAACACTCTAT
Unaligned ( gi|15 ): TAAACTCAAAGCTCTTGTGGATTGCTCTTGAGTCTGTTTCCTCTATAAAGGCAGTTTTTGAGAGACCATCTACCCAA
Unaligned ( gi|17 ): AGTACTAAGCATATGGATAAGCATTGTCTTACTCATAGATACCGCATACAAACGTG
Unaligned ( gi|18 ): GCAGTCCCGGTAATTAAATACCGTCTTTATGTAATAATATTGACACTTGTTCTT
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gi|2                          :                                                                                                                                                                                                             T----CACTTCAGTTTATAT--ATCTATTTTAGCTCAATTGTGAATAAACAC--TCATTGCTGATAT---G--AACCGCTCTTGC-ATCCACTTCTAGG-TTTGAAC--C--A-GTAATGG--ATGT---------TATA-TTTTGAGAGG--------C-ATGGG-----GGACCAAGCT-G----GGGATCAACCTCACAA-CCTTCGG-GG-TGAG--CAGC-CAGCATTTAACATATTTTTCTAAATTGT-C-C----T---CT--GG-TTC--A-A-------TAGCAGATGTTAGGTGTACATGTCTTCAT-CACTAT-ATTATATTT--TTTTATTTTTC-AATTAATTTTG-TAAGC---CTATTAGTCATCT-TTTACAAAA--CTATTT
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gi|4                          : atgacaatggtatcatttgttatcaatccaacatgtttttttggttttcactattttagtattgttcagtcatgtgatcaaatgttattctacatttctttctgtattcccctttcgactccactacctcaatgagactgattttgtttatactgatttat---TACATGAATGATCACA--TTT-AGGTATAC--TGAA---TTTTGGCA-GTCA-TCTATTCTAATGTCTGTTAGCTTGCTTACAAAGCCA-GT--TTAAAGTTTTCAT---T--AATCACTCTTAA-GACAGTTTATTGG-GTAGAAC--T--A-ATACTGG--GTGA---------TGTT-TTTTAAAAGA--------C-AT-GG-----TG-TTGAACT-T----TGGATGGAACCATTGA-CCT---G-TGATGAG--GGGCTTGACACCC----TA---CAT--CACTGT-CCC----C---C----A-TTA--A-A--GTGATT--CA-A----------ACAT---TTCATACATTACAAGTTTA--TCATCgcagtagtgc
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gi|6                          :                                                                                                                                                                              GATAACAGATCT-G-----ATG-TTAA---TT-----A-TTT-GTTTATATTAAT--ATCT--GCT-GGTTCCCAGGAGA-GC--ACAGAGCTTATATTT-GCTGACTGCTATAAT-GTTCATTTATTGG-GTAGTACAGC--ACATACTAA--ATGT---------TGTT-TTG-----------------ATCAG-----T-------CT-G----AGAAT-GCACCCACAA-CCTCCAG-TG-TGAA--CAAC-CAACATTT----TA-GCAACTACACCAC-TGT----CACACT---T-TTATTA-A--ATATTAGGAA-ACATAA---Agt
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gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                             aTACTAATTT-TTTTAGCTCGATTGCAGTGAAA-AC--TCAGAGCTTATAT---G--AATAGCTGTCAA-GTCCGATTC------TGGAGC--C--A-GTCCTGA--GTGC---------TGAA-TTGTGAGAGG--------C-ATCA------TG-TCGAGCT-G----TGGATCGAAGCCACAA-CTTTTGG-CG-TGAG--CGGT-CAACACTC----TA-TCCATTACACTGC-CGC----C---CC--GC-TTA--
7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Reference ( family-4 )        :                                                                                                                   NNAATGNCGTC---TACATGGT-GATAACAG-TTT-GACG-TTAG---TTCA-TTCAGTTTATACTAATTTATTTTAGCTCGATTGCGAAGAAA-GC--TCAGAGCTTATAT---G--AACCGCTCTCGA-GTCCGCTT-CCTGGGTAGAAC--C--A-GTACTGA--GTGT---------TGTN-TTNTGAGAGG--------C-ATCGG-----TG-TC-GAGCT-GGGGATCGAACCCGCGA-CCTCCGG-CG-TGAG--CGGC-CAACGCTC----TA-TCCACTACACTAC-CGC----C---CT--GC-TTA--A-A--ATTTTTGGCA-ACGTNA---ATACAT-TCTTCGT-CACTAC-AGTTTATTTCATCTCATTNCTCAAATCAGTTTTGATANGCATGCTATTAGTCATNTGTTTACANAAGTCTATTT
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gi|4                          : atgacaatggtatcatttgttatcaatccaacatgtttttttggttttcactattttagtattgttcagtcatgtgatcaaatgttattctacatttctttctgtattcccctttcgactccactacctcaatgagactgattttgtttatactgatttatttaCA-GTCA-TCTATTCTAATGTCTGTTAGCTTGCTTACAAAGCCA-GT--TTAAAGTTTTCAT---T--AATCACTCTTAA-GACAGTTT-ATTGGGTAGAAC--T--A-ATACTGG--GTGA---------TGTT-TTTTAAAAGA--------C-AT-GG-----TG-TT-GAACT-TTGGATGGAACCATTGA-CCT---G-TGATGAG--GGGCTTGACACCC----TA---CAT--CACTGT-CCC----C---C----A-TTA--A-A--GTGATT--CA-A----------ACAT---TTCATACATTACAAGTTTA--TCATCtgcagtagtgc
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gi|6                          :                                                                                                                                         -GATAACAGATCT-GATG-TTAA---TT-A-TTT-GTTTATATTAAT--ATCT--GCT-GGTTCCCAGGAGA-GC--ACAGAGCTTATATTT-GCTGACTGCTATAAT-GTTCATTT-ATTGGGTAGTACAGC--ACATACTAA--ATGT---------TGTT-TTG-----------------ATCAG-----T--------CT-GAGAAT-GCACCCACAA-CCTCCAG-TG-TGAA--CAAC-CAACATTT----TA-GCAACTACACCAC-TGT----CACACT---T-TTATTA-A--ATATTAGGAA-ACATAA---Agt
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7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Unaligned ( gi|22 ): GTTTGGTGCTCTACCAATGGACCACGCACTCCACATCTAA






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Reference ( family-4 )        :                                                                                                                   NNAATGNCGTCATTTACATGGT-GATAACAG-TTT-GACG-TTAG---TTCA-TTCAGTTTATACTAATTTATTTTAGCTCGATTGCGAAGAAA-GC--TCAGAGCTTATAT---G--AACCGCTCTCGA-GTCCGCTT-CCTGGGTAGAAC--C--A-GTACTGA--GTGT---------TGTN-TTNTGAGAGG--------C-ATCGG-----TG-TC-GAGCT-GGGGATCGAACCCGCGA-CCTCCGG-CG-TGAG--CGGC-CAACGCTC----TA-TCCACTACACTAC-CGC----C---CT--GC-TTA--A-A--ATTTTTGGCA-ACGTAA---ATACAT-TCTTCAT-CGCTAC-AGTTTATTTCATCTCATTNCTCAAATCAGTTTTGATANGCATGCTATTAGTCATNTGTTTACANAAGTCTATTT
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blockSeqs                     :                                                                                                                                         .      .     .   G     .    C .  CA                            G     A  .  .              TT  .             .   T C  .            .  .  .       .     .           A   TTG     CCCGGTTATCT                    G      C      G G .   TT  .  .    .    T     T   .     T       A     .   CACACTT           .  AGTGA     G   . CATAAA        TTCATACATTACA         .  .                                                          
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                     C .  T                             G     T  .  .              T   .             .   T C  .            .  .  .       .     .           G   TTA     CATGGGGGACC                    A      A      A G .   TC  .  .    .    T     A   .     T       C     .   TCTACAC           .  AATAT     G   . .                                                                                                 
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originalCons                  :                                                                                                                   NNAATGNCGTCATTTACATGGT-GATAACAG-TTT-GACG-TTAG---TTCA-TTCAGTTTATACTAATTTATTTTAGCTCGATTGCGAAGAAA-GC--TCAGAGCTTATAT---G--AACCGCTCTCGA-GTCCGCTT-CCTGGGTAGAAC--C--A-GTACTGA--GTGT---------TGTN-TTNTGAGAGG--------C-ATCGG-----TG-TC-GAGCT-GGGGATCGAACCCGCGA-CCTCCGG-CG-TGAG--CGGC-CAACGCTC----TA-TCCACTACACTAC-CGC----C---CT--GC-TTA--A-A--ATTTTTGGCA-ACGTAA---ATACAT-TCTTCAT-CGCTAC-AGTTTATTTCATCTCATTNCTCAAATCAGTTTTGATANGCATGCTATTAGTCATNTGTTTACANAAGTCTATTT
finalCons                     :                                                                                                                   NNAATGNCGTCATTTACATGGT-GATAACAG-TTT-GACG-TTAG---TTCA-TTCAGTTTATACTAATTTATTTTAGCTCGATTGCGAAGAAA-GC--TCAGAGCTTATAT---G--AACCGCTCTCGA-GTCCGCTT-CCTGGGTAGAAC--C--A-GTACTGA--GTGT---------TGTN-TTNTGAGAGGCATCGTGTC-----------------GAGCT-GGGGATCGAACCCGCGA-CCTCCGG-CG-TGAG--CGGC-CAACGCTC----TA-TCCACTACACTAC-CGC----C---CT--GC-TTA--A-A--ATTTTTGGCA-ACGTAA---ATACAT-TCTTCAT-CGCTAC-AGTTTATTTCATCTCATTNCTCAAATCAGTTTTGATANGCATGCTATTAGTCATNTGTTTACANAAGTCTATTT
7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): CTTGATTGTGAAGTTCTCATCGTGTCAAGCAAGTGATAATGAACCCAATACTTCCAGCATGAGCAGTCAACACTCTAT
Unaligned ( gi|15 ): TAAACTCAAAGCTCTTGTGGATTGCTCTTGAGTCTGTTTCCTCTATAAAGGCAGTTTTTGAGAGACCATCTACCCAA
Unaligned ( gi|17 ): AGTACTAAGCATATGGATAAGCATTGTCTTACTCATAGATACCGCATACAAACGTG
Unaligned ( gi|18 ): GCAGTCCCGGTAATTAAATACCGTCTTTATGTAATAATATTGACACTTGTTCTT
Unaligned ( gi|19 ): CGAACACACGACTCTCCGATCCCGGGGTGCAGTACTCGACCATGTGTTCTACA
Unaligned ( gi|21 ): CACATGCCCTCCGGTCATGGGACCGATGTTCTACCACTGGGCCACAC
Unaligned ( gi|22 ): GTTTGGTGCTCTACCAATGGACCACGCACTCCACATCTAA






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Reference ( family-4 )        :                                                                                                                   NNAATGNCGTCATTTACATGGT-GATAACAG-TTT-GACG-TTAG---TTCA-TTCAGTTTATACTAATTTATTTTAGCTCGATTGCGAAGAAA-GC--TCAGAGCTTATAT---G--AACCGCTCTCGA-GTCCGCTT-CCTGGGTAGAAC--C--A-GTACTGA--GTGT---------TGTN-TTNTGAGAGG--------C-AT---CG------TG--TC-GAGCT-GGGGAT--CGAACCCGCGA-CCTCCGG-CG-TGAG--CGGC-CAACGCTC----TA-TCCACTACACTAC-CGC----C---CT--GC-TTA--A-A--ATTTTTGGCA-ACGTAA---ATACAT-TCTTCAT-CGCTAC-AGTTTATTTCATCTCATTNCTCAAATCAGTTTTGATANGCATGCTATTAGTCATNTGTTTACANAAGTCTATTT
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6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Unaligned ( gi|17 ): AGTACTAAGCATATGGATAAGCATTGTCTTACTCATAGATACCGCATACAAACGTG
Unaligned ( gi|18 ): GCAGTCCCGGTAATTAAATACCGTCTTTATGTAATAATATTGACACTTGTTCTT
Unaligned ( gi|19 ): CGAACACACGACTCTCCGATCCCGGGGTGCAGTACTCGACCATGTGTTCTACA
Unaligned ( gi|21 ): CACATGCCCTCCGGTCATGGGACCGATGTTCTACCACTGGGCCACAC
Unaligned ( gi|22 ): GTTTGGTGCTCTACCAATGGACCACGCACTCCACATCTAA