lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 666666 111 111 111 99999999999999999999999999999999999999999999999 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000 1111 2222 11111111 1111 33333333333 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 111111111111 111111111111 11111111111 1 11111111 11
lowQualScore : 55 44 111111 555 111 000 2 2 33 0 22222222222222222222222222222222222222222222222 5 6666 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777 44 55 555 6 3 6666 8 5555 55555555 444 7777 88 2 2 8888 88888888888 1 33 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 8 444444444444 6666 333333333333 66 0 11111111111 0 2 88888888 44 3 00 6 5
lowQualScore : .. .. ...... ... ... ... . . .. . ............................................... . .... ........................................................ .. .. ... . . .... . .... ........ ... .... .. . . .... ........... . .. ................................................................................................................................................ . ............ .... ............ .. . ........... . . ........ .. . .. . .
lowQualScore : 00 77 999999 333 444 999 5 7 99 8 55555555555555555555555555555555555555555555555 4 7777 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000 66 00 111 2 1 0000 5 0000 22222222 777 5555 88 8 4 0000 77777777777 8 77 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 0 666666666666 1111 666666666666 88 4 00000000000 4 3 88888888 22 3 00 7 6
consensus : TTATTT--TTTGCTT-GTCCGGA--AGTAT-N-TCTTC-AAANA-T-ATGAAAGGGAA--TCCGA---------G--------A-C---GAAC-TGG---A-------TAGGGGGCAATGTGTG--G-AAGTGCAGAGA--TN-AAAGNTCANAA---ANCCTG-----T-A--T--TG--------C----TA--ATC-TC--TC-CT-T---TTTGTACTTTATATTT-----T--GGT---TA-T-ATTTGCTT-GTCCNG-AGTATAT---CTTCA-AAA-GTA-TGGA--AGGGAATCCA-ACGNGACTTGGAACATTGATAGAGG--GCAA--TG---T---------C------ATAAC----TC----------------T----A-N-------CTTGA--ATAA----------TAAC----------A----------TCCCCT------------TTT----GT-------A--CCT--TATTTTCGG--------TTATTTTTGCTTGTCCGGAGT--ATATCT--TCAACAG-TAT-GAAAGGGAGG-TTAACTA
Reference ( gi|2 ) : TTATTT--TTTGCTT-ATCCAGACTAGTAT-T-TCTCC-AAACA-T-ATGAAAGGGAA--TCCAA---------G--------A-C---AAAC-TGG---A-------TAGCGGGCAGTGTGTG--G-AAGTGCAGAAA--TC-AAAGTTCACAA---ACCCTG-----T-A--T--TG--------C----TA--ATC-TC--TC-CT-T---GTTTTACTTAATATTT-----T--GGT---TA-C-ATTTGCTT-ATCCTG-AGTATAT---TTTCT-CAA-GTT-TGGA--AGGGAATCCA-GTGAGACATAGAACCTTTATAGAGG--GAAA--TG---C---------C------ACAAC----TC----------------C----A-A-------CTCCA--AT------------TAAC----------A----------TCCTCT------------TTT----GT-------A--TCT--TATTTTCAG--------TTATTTTTGCTTGTCAGGAGC--AGATAT--TCAACAG-TAT-CAAAGGGAGG-TTAACTA
gi|5 : TCATTTAATATGCTT-GTCCTGA---ATAT-A-TGTAC-AAATG-T-ATGGAAGGGAA--TCCGA---------G--------------------------------------GGCAATGTGCC--A-AAACGC-GATC--TT-GAA---TATAA-------TG-----T-A--A--GA--------A----TA--ATC-TC--CC-CT-T----TTGTAATTCAT-TTT-----C--AGT---TA-A-ATTTGCTT-GTCTGG-AGTATAT---
gi|12 : aaagcgcagcagagacaaaaaatcaaagaaatcttgaatataatgtcagaattatctctttgtactttatttTTATTT--TTTA-TT-ATCCGGA---GCAT-G-TCTTTTAAAGA-T-ATCAAATGATA--TCTGATGT------G--------A-CTTAGAACATGG---A-------TAGGGGGCAATGTATG--G-TAGAGCAAAA
gi|17 : cttgaataatgactggattatctccgcttttatactttttattgTTATTT--TTTA-TT-ATCCGGA---GCAT-G-TCTTTTAAAGA-T-ATCAAATGATA--TCTGATGT------G--------A-CTTAGAACATGG---A-------TAGGGGGCAATGTATG--G-TAG
gi|11 : cttttatactttttattgTAGTT--TTTGCTT-ACTCAGA---G-AT-TATCTTT-AAAAA-T-ACCGAAGGGAA--TCCAA---------C--------A-T---GACT-TGGAAAA-------TAGAGGACAAAGTGTG--G-AGATGCAG
gi|9 : ctataatgacctaatttatcctttttatgcttaaattttggtgggATTG--TTTGCTTCATCT-GAGT-GTATCT-TCT-----ACA-TTATGAAAGGGAA--TC---------------------------GAGC-TTG---A-------TAGAGAGCAATATGTG--A-ACGTGCAGAGA--TA-AAAAGTTGC-A---ACTCTG-----T-C--T--Tcacgaaataacccac
gi|20 : atacttgataatgtcattactagtgcccctcgtgtactctatatttggtaATTA--TTTGCTT-ATCCTG---AGTAT-A-TCTTC-AGAAT-T-GTGAA--GGAA--TCCtcaatattt
gi|4 : atctctctctttttttttttttttaagTT--TTTGCTT-GTCCAG---GGCAT-C-TCTTT-TAAAA-T-ATGACAAGGAC--TCCAG---------A--------A-T---GACA-TAG---A-------TAGGGGGCAATGTGTG--T-AAGTTCAG-AA--TG-AA--CTCAAAA---AACCTA-----T-T--T--Ttgcaagtcttacttggaa
gi|4 : tttttgcctgtccaatgcctttcagaacatattggtagcttccaaaagtataggaagaggtaatgtgcgaaaatgcagagcgaaagaattgattgaaatatctcccctattgtattttatttttggtcaTT--TTTGCCT-GTCCAA-----TGC-C-TTTCA-GAACA-T-ATT---GGTAGCTTCCAA---------A--------AGT---ATA---GG---A--------AG-AGGTAATGTGCG--A-AAATGCAGAG----CGAAAG------A---AT--TG-------A--T--TG--------A-----A--ATA-TC--TC-CCCT---ATTGTATTTTAT-TTT-----T--GGT---CA-T-TTTTGCTT-GTCCAG-GGCATCT---CTTTT-AAA-ATA-TGAC--AAGGACTCCA-GAATGACATAG-------ATAGGGG--GCAA--TG---
gi|6 : TT--TTTGCTT-GTCTG---TAATAT-A-TCTTC-AAGAG-T-ATGAAAGAGAtgtgtaagttcagaatgaactcaaaaaacctatttt
gi|14 : actttatttttgactattttgcttgcccagaacatatctannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggaaatgtaaaataactctatattgaataataacaatgattatctttcccatttgcacctaatattttgagta--TTTGCTT-GTCC-GA--AGTAT-A-TCTTC-AA-CAGT-GTGAAAGGGggttactactc
gi|3 : tgtcttggataaatggagaattatcccccttttgtaccttattttcggttata--TTTGCTT-CTCCTGA---GTAT-A-TCTTA-AAAAA-C-ATGGAAGTGAA--TCC-A---------C--------A-T---GAAT-TGG---AACATTGGTAGGGGGCAATGTgggtcagttaatttacttaatcaaacata
gi|7 : cttcaaatgaatgtaagggaatcgaacacgacttgcaggcaatgtgtgggaaatgcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggttataTTGCTT-CTCCGGG---GCAT-A-TCTTC-ATAAG-T-ATGTAAGGGAA--TTCAACGCGACTTGG--------A-C---AA---TTG---A-------AAGAAAGCAATGTGTG--A-AGGTGCGGAGA--GA-CAATTTCAAAAGTCATCTTGAATAAT-A--A--CA--------C----AA--ACC-CCCATC-CC-C---TTTGTACTTTAT-TTT-----T--AGT---TA-T-ATTTGATT-GTCCAG-AATAttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgcttatttttattgtccaaggtatatcttcagccgtatgaaaggga
gi|26 : aataTTGCTT-GTCC---TTAGTTT-G-TCTTC-AAAAAAC-ATAGATGGGAA--TCCAA---------
gi|19 : AATAT-A-TCTTC-CAATG-T-ATGAAAGGGAA--TCCcatgacttg
gi|21 : ttcataatgtcagtattattctcgtttttgtactttatattcggttaaatatgcgcttctaAT-T-TCTTC-AGGGA-T-ATGTAAGTGAA--TCCAAT--------GCCTCTTTTG-C---ACAT-AGA---A-------T-GAGGGCAGTGTGTG--A-AAGTATAGAtt
gi|3 : cCTTC-AAATG-A-ATGTAAGGGAA--TCGAA---------C--------A-C---GACT-TG---------------CAGGCAATGTGTG--GGAAATGCNNNNN--NN-NNNNNNNNNNN---NNNNNN-----N-N--N--NN--------N----NN--NNN-NN--NN-NN-N---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNT--GGT---TA-T-ATTTGCTT-CTCCTG-AGTATAT---CTTAA-AAA-ACA-TGGA--AGTGAATCCACATGA-AT-TGGAACATTGGTAGGGG--GCAA--TGTTTN---------N------NNNNN----NN----------------N----N-N-------NNNNN--NN------------NNNN----------N----------NNNNNN------------NNN----NN-------N--NNN--NNNNNNNNNNNNNNTGCTTATTTTTA-TTGTCCAAGGT--ATATCT--TCAGCCG-TAT-GAAAGGGAgtgagaat
gi|1 : -TGG---A-------GAGCGGGCATTTTATGTTG-AAAGGCAGAGA--AA-AAAAATCATA------CCTC-----T-ACTT--TGAAAAATGTCAGAATA--ATC-TC--GCATT-T---TTTTTACTT--TATTT-----TC-GGT---TA-T-ATTTGCTA-GTCCTG-GGTTTATCTATNNNN-NNN-NNN-NNNN--NNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNG--GAAA--TGTA-C---------C------ATAACGTTATC----------------TAGAAA-A-------CATCAAGAG------------TATC----------A----------TCCCCTATCCCTCCCCCATTT----GT-------A--CCTA-TACTTC--G--------TTATTTTTACTTGTCCGGGGT--ATATCT--ACAGCCG-CGT-GAAAGAGAGG-TT
gi|13 : ttaattttctagtctggagcacatttataaacatgtgttaattaaggttccaacgagacttggcacaTGTG--G-AAGTGCAGAGAGATA-AATGT---CTA---ACTCTA-----T-A--T--TAATGA----CAGAATA--ATC-TT--CC-CT-TTTAATTGTACTTTAT-TTT-----T--GGT---TA-T-ATTTGTTT-GTCAGG-AGAATAT---TT--T-CA------TGGATTAGGGAATCC
gi|5 : aAAAAA--TC-AAAG-----AA---ATCTTGAA---T-A--TAATG--------T----CAGAATTATC--TC-TT-T---GT---ACTT--TATTT-----T--CAT---TT-A-ATATGCTT-GTCCTG-AATATAT---GTACA-AAT-GTA-TGGA--AGGGAATCC-----------------------GAGG--GCAATGTG---C---------C------AAAAC----GC----------------G----A-T-------CTTGA--ATATAATGTAAGAATAAT----------C----------TCCCCT------------TTT----GT-------A--ATT--CATTTTCAG--------TTAAATTTGCTTGTCTGGAGT--ATAT
gi|19 : aaagcgcagcagagacaTTCATAA---TGTCAG-----T-A--T--T------------------AT--TC--TC-GT-T---TTTGTACTTTATATTC--------GGT---TA-A-ATATGCGC--TTCTA-AATATAT---CTTC--CAATGTA-TGAA--AGGGAATCC
gi|11 : CTA-----T-A--A--TGAC------C----TA--ATT-TA--TC-CT-T---TTTATGCTTAA-ATTT-----T--GGTGGGTAGT-TTTTGCTT-ACTCAG-AGATTAT---CTTTA-AAA-ATA-CCGA--AGGGAATCCA-ACATGACTTGGAAA----ATAGAGG--tt
gi|9 : TG-----TCA--T--TA--------C----TA--GTG-CC---C-CT-C---GTGT-ACTCTATATTT--------GGT---AA-TTGTTTGCTTCATC-TG-AGTGTAT---CTTCTACA---TTATGAA--AGGGAATC-----GAG---------CTTGATAGAGA--GCAA--Tacaaagtgtggagatgcagcacgaaataacccac
gi|6 : atacttgataa--ATC-TT--TC-CC-A---TTTGCACCTAATATTT-----T--GAG---TA-T-TTTTGCTT-GT-CTGTAATATAT---CTTCA-AGA-GTA-TGAA--AGAGAatgtgaacgtgcagagataaaaagttgcaactctgtctttcaatattt
gi|20 : actttatttttgactattttgcttgcccagaacatatctannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggaaatgtaaaataactctatattgaataataacaatgatt--ATC-TC--TCTCT-T---TTTTTTTTT----TTT-----TAAGAT---TA----TTTGCTT-ATCCTG-AGTATAT---CTTCA-GAA---T-TGTG--AAGGAATCCggttactactc
gi|14 : -TC--CC-CC-T---TTTGTACCT--TATTT-----TC-GGT---TA-T-ATTTGCTT-GTCCGA-AGTATAT---CTTCA-ACA-GTG-TGAA--AGGGGGGTCA-GTtgcaagtcttacttggaa
gi|6 : tgtcttggataaatggagaattaACTTTAT-TTT-----T--GAC---TA-T--TTTGCTT-GCCCAG-AACATAT---CTANN-NNN-NNN-NNNN--NNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNG--GAAA--TG---TAA-------A------ATAAC----TC----------------T----A-T-------ATTGA--ATAA----------TAAC----------AATGATTATCTTTCCCA------------TTT----GC-------A--CCTAATATTTTGAG---------TATTTTTGCTTGTCTGTAAT--ATATCT--TCAAGAG-TAT-GAAAGAGAGG-TT-ACTAtaatttacttaatcaaacata
gi|8 : --GGT---AA-T-AATTGTTT-GTCCTC-GGTATAT---CTTT---AA-ATGATCGA--GGTAAATCGA-TCTAGATTTGGAGCTTGGATAGAGGCCAAGG--TG---T---------C------ATAAC----TC----------------T----G-T-------CTTGA--GTAA----------TAACTAA-------A----------T-------------------------T-------A--TCT--TCTT---GA--------TTATTTTTG----TCCTGAGT--CTTTCT--TCAACAG-TAT-GAAAGGctc
gi|7 : TTGCTT-CTCCGG-GGCATAT---CTTCA-TAA-GTA-TGTA--AGGGAATTCA-ACGCGACTTGGACAATTGAAAGAAA--GCAA--TG---TGTGAAGGTGCGGAGAGACAAT----TT----------------C----A-AAAGTCATCTTGA--ATAA----------TAACACAAACCCCCA----------TCC-CC------------TTT----GT-------A--CTT--TATTTTTAG--------TTATATTTGATTGTCa
gi|10 : aataCTT-GTTCTG-CATAGAT---TGT----AA-ATA-TGCA--AGAAAATCCA-A-GAGACTTAGAACATATATAAAGA--GCAG--TGTG-C---------C------ATAAC----TCTTTATTTGAATAATGAC----A-A-----------A--AT------------TAGC----------G----------TCACCT------------TTT----GT-----------CC--TG-----AC--------TTATTTTTGCTTGTCCAGAGT--ATATCT--TCATCAG-CAT-GAAcagaata
gi|13 : AGAGA--TAAA--TG---T---------C-------TAAC----TC----------------T----ATA-------TT--A--ATGACAGAA-----TAAT----------C----------TTCCCT------------TTTAATTGT-------A--CTT--TATTTTTGG--------TTATATTTGTTTGTCAGGAGA--ATATTT--TCA
gi|15 : atgtggaagtgcagAGAGA--GCAA--TG---T---------C------TCAAC----TC----------------A----A-T-------TTTGA--ATAA----------TGAC----------AGAACTATC--TCCTCC------------CTT----TTTCCTTAAA--CTT--TATTTTCTG--------TTATTTTTGCTTTTTTGGAG------TAT--ACAACAG-TATGCAAAtggattagggaatcc
gi|14 : A--AT------------TATC----------------------CCCCT------------TTT----GT-------A--CCT--TATTTTCGG--------TTATATTTGCTTGTCCGAAGT--ATATCT--TCAACAG-TGT-GAAAGGGGGG-TCAGTTAtg
gi|12 : tgtcttggataaatggag--AT------------TATC---------------------TCCGCT------------TTT----AT-------ACTTTT--TATT----G--------TTATTTTTTATTATCCGGAGC--ATGTCT--TTTAAAGATAT-CAAAatttacttaatcaaacata
gi|4 : cttgaataatgactgg----------TCCCCT------------ATT----GT-------A--TTT--TATTTTTGG--------TCATTTTTGCTTGTCCAGGGC--Atgatatctgatgtgacttagaacatggatagggggcaatgtatggtagagcaaaa
gi|22 : tttttgcctgtccaatgcctttcagaacatattggtagcttccaaaagtataggaagaggtaatgtgcgaaaatgcagagcgaaagaattgattgaaatatc----------TCCACT------------TCT----GT-------A--AAT--CATTTTCAG--------T-ATTTTTCCTGGTCTGGAGT--ATAAGT--TCAACAG-TTT-CGAAGTGAGG-TTAACtctcttttaaaatatgacaaggactccagaatgacatagatagggggcaatgtgtgtaagttcagaatgaactcaaaaaacctatttt
gi|5 : CTCT------------TT-----GT-------A--CTT--TATTTTCAT--------TTA-ATATGCTTGTCCTGAAT--ATATGT--ACAAATG-TAT-GGAAGGGAcccattca
gi|24 : aaagcgcagcagagacaaaaaatcaaagaaatcttgaatataatgtcagaattatG--------TTAATTTTGCTTGTACGAAGCTTATCTATCTTCTACAG-TAT-CGAAGGGGGGATTCACTAatccgagggcaatgtgccaaaacgcgatcttgaatataatgtaagaataatctccccttttgtaattcattttcagttaaatttgcttgtctggagtatat
gi|25 : gTTTGCTTGTCA-GAGT--ATATCT--TCATCAG-TAT-GGAAAATAGT-TTAATTaacaatttgca
4 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): AACAATGTGTCGAAGTGAAAAGAAAAAAAAAAAAAATTATCTTGAATAATGACATAACTATCTCCTTTTTTCGATTTTGATTTTGGTTATTCTGCTTTGCCGGATTATA
Unaligned ( gi|18 ): TGTACTTTATTTTTGGTTATTTTTGCTGGTCTAAGGCATATCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGAGGCAATGTGCGCAAAT
Unaligned ( gi|23 ): ATATCTTACTTGTTCGGACCGAGTACATCTTCACAAATATGGAAGAGATTCCAATGAGACTTGGAACATTTATATAGGACAA
Unaligned ( gi|27 ): TCTTCATAAATATGGAAAGGAATCCAATGTGGCTTGGAGCATT
Alignments
lowQualScore : 333333 222222 333333333333333333333333 11111 1111 55555555555555555555555555555555555555555555 111 1 11111111 333333333333333333333333333333333 111 77777777777777777777777777777777777777777777777777777 222222222222222 1111
lowQualScore : 0 8 666666 1 1 6 1 000000 444444444444444444444444 3 33333 2222 5 999 88888888888888888888888888888888888888888888 55 3 000 888 3 555 555 3 22222222 444 55 99 2 1 1 4444 333 44 66 0 22 9999999999 2 0 1 4 33 555555555555555555555555555555555 777 000 11 11111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111 7777 0 77 3333 0 33 33 3 3 3
lowQualScore : . . ...... . . . . ...... ........................ . ..... .... . ... ............................................ .. . ... ... . ... ... . ........ ... .. .. . . . .... ... .. .. . .. .......... . . . . .. ................................. ... ... .. ..................................................... ............... .... . .. .... . .. .. . . .
lowQualScore : 8 0 666666 0 0 7 0 888888 555555555555555555555555 2 77777 1111 0 333 77777777777777777777777777777777777777777777 00 6 000 555 1 000 333 0 88888888 444 33 44 0 0 0 0000 222 33 22 8 55 7777777777 1 4 4 4 22 444444444444444444444444444444444 333 999 22 11111111111111111111111111111111111111111111111111111 888888888888888 1111 4 99 2222 4 99 99 3 3 2
consensus : TTATTTTTTGCTT-GTCCGGA--AGCGTNTCTTCA-AACATATG--AA--AGGG----AA--TCCAAGAC---GANC-TGGATAGNG---GGCA----ATGTGTGG-AAGTGCAGAGANA-AAAANTCANA--A--ACCCTG--T-A--T--TGA-------C----TA--A-T-C-TCTC-C-TTT-T---T--GTACTTTATATTT-----T--GGT---TA--T-AT-TTGCTTGTCCNGA----GTATATCT---TCAAAAG-TATGGA--AGGGAATCCAACGNG----AC-TTGGAACATNGATAGAGGGCAA--TG-----------------------T---------CA--TAACTCT--ATCTTGAA-----TA----------A---TAA----------C------A-----------TCCCC--T------------TTTGT----ACCT--TATTTTC--GGTTATTTTTGCTTGTCCGGAG--TA--TATCTTCAACAG-TAT-GAAAGGGAGGTTAACTA
Reference ( family-3873 ) : TTATTTTTTGCTT-GTCCGGA--AGTATNTCTTCA-AANATATG--AA--AGGG----AA--TCCGAGAC---GAAC-TGGATAGGG---GGCA----ATGTGTGG-AAGTGCAGAGATN-AAAGNTCANA--A--ANCCTG--T-A--T--TG--------C----TA--A-T-C-TCTC-C-TTT-T---T--GTACTTTATATTT-----T--GGT---TA--T-AT-TTGCTTGTCCNGA----GTATATCT---TCAAAAG-TATGGA--AGGGAATCCAACGNG----AC-TTGGAACATTGATAGAGGGCAA--TG-----------------------T---------CA--TAACTCT--ANCTTGAA-----TA----------A---TAA----------C------A-----------TCCCC--T------------TTTGT----ACCT--TATTTTC--GGTTATTTTTGCTTGTCCGGAG--TA--TATCTTCAACAG-TAT-GAAAGGGAGGTTAACTA
gi|1 : TTAATTTT--CTA-GTCTGGA---GCACATTTATA-AACATGTGTTAATTAAGGTTCCAA----CGAGACTTGGCACATGGAGAGCG---GGCATTTTATGT-TGA-AAG-GCAGAGAAA-AAAAATCATA-------CCTC--T-ACTT--TGAAAAATGTCAGAATA--A-T-C-TCGCAT-TTT-T---T--TTACTTTAT-TTT-----C--GGT---TA--T-AT-TTGCTAGTCCTGG----GTTTATCTATNNNNNNNN-NNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNN----NN-NNNNNNNNNNNNNNNNNGGAAA--TG-----------------------TAC-------CA--TAACGTT--ATCTAGAAAACATCA----------AGAGTAT----------C------A-----------TCCCC--TATCCCTCCCCCATTTGT----ACCTA-TACTTC----GTTATTTTTACTTGTCCGGGG--TA--TATCTACAGCCG-CGT-GAAAGAGAGGTT
gi|10 : CTTGTTCTGC----ATAGATTG---T---AAA-TATGCA--AGAAAATCCAA-GAG----AC-TTAGAACATATATAAAGAGCAG--TG-----------------------TGC-------CA--TAACTCTTTAT-TTGAA-----TA----------A---TGA----------C------AAAATTAGCG--TCACC--T------------TTTGT-----CCT--GACTT--------ATTTTTGCTTGTCCAGAG--TA--TATCTTCATCAG-CAT-GAA
gi|11 : CTA--T-A--A--TGAC------C----TA--A-T-T-TATC-C-TTT-T---T--ATGCTTAA-ATTT-----T--GGTGGGTAG-T-TT-TTGCTTACTCAGA----GATTATCT---TTAAAAA-TACCGA--AGGGAATCCAACATG----AC-TTGGAA----AATAGAGGACAA--AG-----------------------T---------
gi|12 : CTTGAA-----TA----------A---TGA----------CTGGATTA-----------TCTCCGCT------------TTTAT----ACTT--TTTATT----GTTATTTTTTATTATCCGGAG--CA--TGTCTTTTAAAGATAT-CAAAgtggagatgcagcacgaaataacccac
gi|12 : -TCTC-CGCTT-T---T--ATACTTTTTATT----------GT---TA--T-TT-TTTATTATCCGGA----GCATGTCT---TTTAAAGATATCAA--ATGATATCTGATGTG----AC-TTAGAACATGGATAGGGGGCAA--TG-----------------------T---------tgatatctgatgtgacttagaacatggatagggggcaatgtatggtagagcaaaa
gi|13 : cttgaataatgactggattaTGTGG-AAGTGCAGAGAGATAAATGTCT----A--ACTCTA--T-A--T--TAATGA----CAGAATA--A-T-C-TTCC-C-TTT-TAATT--GTACTTTAT-TTT-----T--GGT---TA--T-AT-TTGTTTGTCAGGA----GAATATTT---TC-------ATGGATTAGGGAATCCatggtagagcaaaa
gi|14 : aCCCC--T------------TTTGT----ACCT--TATTTTC--GGTTATATTTGCTTGTCCGAAG--TA--TATCTTCAACAG-TGT-GAAAGGGGGGTCAGTTA
gi|15 : tgtcttggataaatggagaattatcAGAGAGCAA--TG-----------------------T---------CT--CAACTCA--ATTTTGAA-----TA----------A---TGA----------C------AGAACTATCTCCTCCCT--T------------TTTCCTTAAACTT--TATTTTC--TGTTATTTTTGCTTTTTTGGAG--TA--TA----CAACAG-TAT-GCAAatttacttaatcaaacata
gi|16 : CA----ATGTGTCG-AAGTGAAAAGAAA-AAAAAAAAAA--ATTATCTTG--A-A--TAATGA-------CA---TA--ACT-A-TCTC-C-TTT-T---TTCG-ATTTTG-ATTT-----T--GGT---TA--T--T-CTGCTTTGCCGGA----TTATAatg
gi|17 : aaTT-T---T--ATACTTTTTATT----------GT---TA--T-TT-TTTATTATCCGGA----GCATGTCT---TTTAAAGATATCAA--ATGATATCTGATGTG----AC-TTAGAACATGGATAGGGGGCAA--TG-----------------------T---------
gi|18 : c---T--GTACTTTAT-TTT-----T--GGT---TA--T-TT-TTGCTGGTCTAAG----GCATATCN---NNNNNNN-NNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNN----NN-NNNNNNNNNNNNNNNGAGGCAA--TG-----------------------T---------atggtag
gi|19 : TCATA--A--TGTCAG--T-A--T--T------------------A-T---TCTC-G-TTT-T---T--GTACTTTATATTC--------GGT---TAAAT-AT-GCGCTT---CTAA----ATATATCT---TCCAATG-TATGAA--AGGGAATCCgcgcaaat
gi|2 : tTTATTTTTTGCTT-ATCCAGACTAGTATTTCTCCA-AACATATG--AA--AGGG----AA--TCCAAGAC---AAAC-TGGATAGCG---GGCA----GTGTGTGG-AAGTGCAGAAATC-AAAGTTCACA--A--ACCCTG--T-A--T--TG--------C----TA--A-T-C-TCTC-C-TTG-T---T--TTACTTAATATTT-----T--GGT---TA--C-AT-TTGCTTATCCTGA----GTATATTT---TCTCAAG-TTTGGA--AGGGAATCCAGTGAG----AC-ATAGAACCTTTATAGAGGGAAA--TG-----------------------C---------CA--CAACTCC--AACTCCAA-----T---------------TAA----------C------A-----------TCCTC--T------------TTTGT----ATCT--TATTTTC--AGTTATTTTTGCTTGTCAGGAG--CA--GATATTCAACAG-TAT-CAAAGGGAGGTTAACTAtt
gi|20 : --A-T-C-TCTCTC-TTT-T---T------TTTTTTTTT-----TAAGAT---TA--T----TTGCTTATCCTGA----GTATATCT---TCAGAAT-TGTG----AAGGAATCCTGCAAGTCTTAC-TTGGAA
gi|21 : ATTTCT---TCAGGGA-TATGTA--AGTGAATCCAATGCC----TCTTTTGCACATAGAATGAGGGCAG--TG-----------------------T---------
gi|22 : c-----------TCCAC--T------------TCTGT----AAAT--CATTTTC--AGT-ATTTTTCCTGGTCTGGAG--TA--TAAGTTCAACAG-TTT-CGAAGTGAGGTTAACgtgaaagtatagagtgagaat
gi|23 : A--T-ATCTTACTTGTTCGGACCGAGTACATCT---TCACAAA-TATGGA--AGAGATTCCAATGAG----AC-TTGGAACATTTATATAGGACAA--cccattca
gi|24 : --GGTTAATTTTGCTTGTACGAAGCTTATCTATCTTCTACAG-TATCGAAGGGGGGATTCACTA
gi|25 : T-TTGCTTGTC-AGA----GTATATCT---TCATCAG-TATGGA--Aaacaatttgca
gi|25 : TTTGCTTGTC-AGAG--TA--TATCTTCATCAG-TAT-GGAAAATAGTTTAATTaatagtttaattgctcaatcaa
gi|26 : -TTGCTTGTCCTTA----GTTTGTCT---TCAAAAAACATAGA--TGGGAATCCAACATG----AC-TTGgctcaatcaa
gi|27 : TCT---TCATAAA-TATGGA--AAGGAATCCAATGTG----GC-TTGGAGCATT
gi|3 : CTTCA-AATGAATG--TA--AGGG----AA--TCGAACAC---GACT-TGCA--------GGCA----ATGTGTGGGAAATGCNNNNNNN-NNNNNNNNNN--N--NNNNNN--N-N--N--NN--------N----NN--N-N-N-NNNN-N-NNN-N---N--NNNNNNNNNNNNNNNNNNT--GGT---TA--T-AT-TTGCTTCTCCTGA----GTATATCT---TAAAAAA-CATGGA--AGTGAATCC-ACATG----AA-TTGGAACATTGGTAGGGGGCAA--TG-----------------------TTTNNNNNNNNN--NNNNNNN--NNNNNNNN-----NN----------N---NNN----------N------N-----------NNNNN--N------------NNNNN----NNNN--NNNNNNT--GCTTATTTTTA-TTGTCCAAGG--TA--TATCTTCAGCCG-TAT-GAAAGGGA
gi|4 : TTTTTGCCT-GTCC-----AATGCCT-TTCAGAACATATT-------GGT----AGCTTCCAAAA----------GTATAGGAAGAGGTA----ATGTGCGA-AAATGCAGAG-CG-AAAG--------A--AT--TG----A--T--TG--------A-----A--A-T-A-TCTC-C-CCTAT---T--GTATTTTAT-TTT-----T--GGT---CA--T-TT-TTGCTTGTCCAGG----GCATCTCT---TTTAAAA-TATGAC--AAGGACTCCA----G----AA-T---GACATAGATAGGGGGCAA--TG-----------------------T---------
gi|4 : TTTTTGCTT-GTCCAGG---GCATCTCTTTT-AAAATATG--AC--AAGG----AC--TCCAGAAT---GACA-TAGATAGGG---GGCA----ATGTGTGT-AAGTTCAGA-ATG-AA--CTCAAA--A--AACCTA--T-T--T--Tgtgtaagttcagaatgaactcaaaaaacctatttt
gi|5 : tttttgcctgtccaatgcctttcagaacatattggtagcttccaaaagtataggaagaggtaatgtgcgaaaatgcagagcgaaagaattgattgaaatatctcccctattgtattttatttttggtcaGCAGAGACA-AAAAATCAAAGAA--ATCTTGAAT-A--TAATG--------T----CAGAA-T-TATCTC-----T-T---T--GTACTTTAT-TTT-----C--ATT---TA----AT-ATGCTTGTCCTGA----ATATATGT---ACAAATG-TATGGA--AGGGAATCC---------------------------GAGGGCAA--TG-----------------------TGC-------CA--AAACGCG--ATCTTGAA-----TATAATGTAAGAA---TAA----------T------C-----------TCCCC--T------------TTTGT----AATT--CATTTTC--AGTTAAATTTGCTTGTCTGGAG--TA--TAT
gi|6 : aaagcgcaACTTTAT-TTT-----T--GAC---TA--T--T-TTGCTTGCCCAGA----ACATATCT---ANNNNNN-NNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNN----NN-NNNNNNNNNNNNNNNNNGGAAA--TG-----------------------T---------AAAATAACTCT--ATATTGAA-----TA----------A---TAA----------C------AATGATTATCT-TTCCC--A------------TTTGC----ACCTAATATTTTG--AGT-ATTTTTGCTTGTCTGTAA--TA--TATCTTCAAGAG-TAT-GAAAGAGAGGTT-ACTA
gi|7 : A--T-AT-T-GCTTCTCCGGG----GCATATCT---TCATAAG-TATGTA--AGGGAATTCAACGCG----AC-TTGGACAATTGAAAGAAAGCAA--TGTGTGAAGGTGCGGAGAGACAATTT---------CA--AAAGTC---ATCTTGAA-----TA----------A---TAACACAAACCCCC------A-----------TCCCC---------------TTTGT----ACTT--TATTTTT--AGTTATATTTGATTGTCCAGAA--TA--ctc
gi|8 : a--GGT---AA--T-AA-TTGTTTGTCCTCG----GTATATCT---TTAAATG--ATCGA--GGTAAATCGATCTAG----AT-TTGGAGCTTGGATAGAGGCCAAGGTG-----------------------T---------CA--TAACTCT--GTCTTGAG-----TA----------A---TAA----------C------------------------------------------T----AAAT--TATCTTCTTGATTATTT----TTGTCCTGAG--TC--TTTCTTCAACAG-TAT-GAAAGG
gi|9 : TG--TCA--T--TA--------C----TA--G-TGC----C-C-CTC-G---T--GTACTCTATATTT--------GGT---AA--TTGT-TTGCTTCATCTGA----GTGTATCT---TCTACAT-TATGAA--AGGGAATC-----------------GAGC-TTGATAGAGAGCAA--TA-----------------------T---------a
gi|9 : atacttgataaATTGTTTGCTTCATCTG----AGTGTATCTTCT-ACATTATG--AA--AGGG----AA--TC---------GAGC-TTGATAGAG---AGCA----ATATGTGA-ACGTGCAGAGATA-AAAAGTTGC---A--ACTCTG--T-C--T--Tgtgaacgtgcagagataaaaagttgcaactctgtctttcaatattt
Alignments
lowQualScore : 333333 222222 111 222222222 1 1111 44444444444444444444444444444444444444444444 1 1111111 111111111 333333333333333333333333333333333 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777
lowQualScore : 0 8 666666 1 1 6 6 000000 444 2 777777777 777 1 3 2222 5 2 66666666666666666666666666666666666666666666 4 4 55 99999 3 6 3 3 555 555 3 1111111 444 55 99 2 1 1 4444 333 44 66 0 22 000000000 2 0 1 2 33 555555555555555555555555555555555 777 888 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 7777 0 77 8888 2 2 33 33 3 3
lowQualScore : . . ...... . . . . ...... ... . ......... ... . . .... . . ............................................ . . .. ..... . . . . ... ... . ....... ... .. .. . . . .... ... .. .. . .. ......... . . . . .. ................................. ... ... ............................................................................... .... . .. .... . . .. .. . .
lowQualScore : 8 0 666666 0 0 7 7 888888 888 5 222222222 222 3 3 1111 0 6 99999999999999999999999999999999999999999999 0 0 44 11111 3 7 3 1 000 333 0 8888888 444 33 44 0 0 0 0000 222 33 22 8 55 333333333 1 4 4 8 22 444444444444444444444444444444444 333 999 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 1111 4 99 5555 4 9 99 99 3 2
consensus : TTATTTTTTGCTT-GTCCGGA--AGCGTNTCTTCA-AACAT-ATG--AA--AGGGAA--TCCAA---GAC---GAAC-TGGATAGNGGGCA----ATGTGTGG-AAGTGCAGAGANAAAAAN-TCANA--A--ACCCTG--TATT-------------GAC----TA-A-TC-TC-----T-C-C-TTT-T---T--GTACTTTATATTT----T--GGT---TA--T-AT-TTGCTTGTCCNGA----GTATATCT---TCAAAAG-TATGGA--AGGGAATCCAACGNG----AC-TTGGAACATNGATAGAGGGCAA--TG-----------------------T---------CA--TAACTCT--ATCTTGAA-----T----------AA---T----AA----------C-A-----------T--------CCCC-T------------TTTGT----ACCT--TATTTTC--GGTTATT-TTTGCTTGTCCGGAG--TA--TATCTTCAACAGTAT-GAAAGGGAGGTTAACTA
Reference ( family-3873 ) : TTATTTTTTGCTT-GTCCGGA--AGCGTNTCTTCA-AACAT-ATG--AA--AGGGAA--TCCAA---GAC---GANC-TGGATAGNGGGCA----ATGTGTGG-AAGTGCAGAGANAAAAAN-TCANA--A--ACCCTG--TATT-------------GAC----TA-A-TC-TC-----T-C-C-TTT-T---T--GTACTTTATATTT----T--GGT---TA--T-AT-TTGCTTGTCCNGA----GTATATCT---TCAAAAG-TATGGA--AGGGAATCCAACGNG----AC-TTGGAACATNGATAGAGGGCAA--TG-----------------------T---------CA--TAACTCT--ATCTTGAA-----T----------AA---T----AA----------C-A-----------T--------CCCC-T------------TTTGT----ACCT--TATTTTC--GGTTATT-TTTGCTTGTCCGGAG--TA--TATCTTCAACAGTAT-GAAAGGGAGGTTAACTA
gi|1 : TTAATTTT--CTA-GTCTGGA---GCACATTTATA-AACAT-GTGTTAATTAAGGT---TCCAACGAGACTTGGCACATGGAGAGCGGGCATTTTATGT-TGA-AAG-GCAGAGAAAAAAAA-TCATA-------CCTC--TACTTTGAAAAATGTCAGAA----TA-A-TC-TC-----G-CAT-TTT-T---T--TTACTTTAT-TTT----C--GGT---TA--T-AT-TTGCTAGTCCTGG----GTTTATCTATNNNNNNNN-NNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNN----NN-NNNNNNNNNNNNNNNNNGGAAA--TG-----------------------TAC-------CA--TAACGTT--ATCTAGAAAACATC----------AAGAGT----AT----------C-A-----------T--------CCCC-TATCCCTCCCCCATTTGT----ACCTA-TACTTC----GTTATT-TTTACTTGTCCGGGG--TA--TATCTACAGCCGCGT-GAAAGAGAGGTT
gi|10 : CTTGTTCTGC----ATAGATTG---T---AAA-TATGCA--AGAAAATCCAA-GAG----AC-TTAGAACATATATAAAGAGCAG--TG-----------------------TGC-------CA--TAACTCTTTAT-TTGAA-----T----------AA---T----GA----------C-AAAATTAGCG--T--------CACC-T------------TTTGT-----CCT--GACTT--------ATT-TTTGCTTGTCCAGAG--TA--TATCTTCATCAGCAT-GAA
gi|11 : CTA--TAAT-------------GACC---TA-A-TT-TA-----T-C-C-TTT-T---T--ATGCTTAA-ATTT----T--GGTGGGTAG-T-TT-TTGCTTACTCAGA----GATTATCT---TTAAAAA-TACCGA--AGGGAATCCAACATG----AC-TTGGAA----AATAGAGGACAA--AG-----------------------T---------
gi|12 : --TAAT-------------GAC----TGGA-TTATC-----T-C-CGCTT-T---T--ATACTTTTTATT---------GT---TA--T-TT-TTTATTATCCGGA----GCATGTCT---TTTAAAGATATCAA--ATGATATCTGATGTG----AC-TTAGAACATGGATAGGGGGCAA--TG-----------------------T---------gtggagatgcagcacgaaataacccac
gi|13 : cttgaaTGTGG-AAGTGCAGAGAGATAAATGTCT----A--ACTCTA--TATTAAT----------GACAGAATA-A-TC-TT-----C-C-C-TTT-TAATT--GTACTTTAT-TTT----T--GGT---TA--T-AT-TTGTTTGTCAGGA----GAATATTT---TC-------ATGGATTAGGGAATCCatggtagagcaaaa
gi|14 : aT--GTCTTGGA-----T----------AAA--TGGAGAA----------TTA-----------T--------CCCCCT------------TTTGT----ACCT--TATTTTC--GGTTATA-TTTGCTTGTCCGAAG--TA--TATCTTCAACAGTGT-GAAAGGGGGGTCAGTTA
gi|15 : AGAGAGCAA--TG-----------------------T---------CT--CAACTCA--ATTTTGAA-----T----------AA---T----GA----------C-AGAACTATCTCCT--------CCCT-T------------TTTCCTTAAACTT--TATTTTC--TGTTATT-TTTGCTTTTTTGGAG--TA--TA----CAACAGTAT-GCAAatttacttaatcaaacata
gi|16 : CA----ATGTGTCG-AAGTGAAAAGAAAAAAAA-AAAAA--ATTATCTTGAATAAT-------------GACA---TA-ACTA-TC-----T-C-C-TTT-T---TTCG-ATTTTG-ATTT----T--GGT---TA--T--T-CTGCTTTGCCGGA----TTATAatg
gi|17 : aaTT-T---T--ATACTTTTTATT---------GT---TA--T-TT-TTTATTATCCGGA----GCATGTCT---TTTAAAGATATCAA--ATGATATCTGATGTG----AC-TTAGAACATGGATAGGGGGCAA--TG-----------------------T---------
gi|18 : c---T--GTACTTTAT-TTT----T--GGT---TA--T-TT-TTGCTGGTCTAAG----GCATATCN---NNNNNNN-NNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNN----NN-NNNNNNNNNNNNNNNGAGGCAA--TG-----------------------T---------atggtag
gi|19 : -TC-----T-C-G-TTT-T---T--GTACTTTATATTC-------GGT---TAAAT-AT-GCGCTT---CTAA----ATATATCT---TCCAATG-TATGAA--AGGGAATCCgcgcaaat
gi|2 : ttcataatgtcagtattatTTATTTTTTGCTT-ATCCAGACTAGTATTTCTCCA-AACAT-ATG--AA--AGGGAA--TCCAA---GAC---AAAC-TGGATAGCGGGCA----GTGTGTGG-AAGTGCAGAAATCAAAGT-TCACA--A--ACCCTG--TATT-------------G-C----TA-A-TC-TC-----T-C-C-TTG-T---T--TTACTTAATATTT----T--GGT---TA--C-AT-TTGCTTATCCTGA----GTATATTT---TCTCAAG-TTTGGA--AGGGAATCCAGTGAG----AC-ATAGAACCTTTATAGAGGGAAA--TG-----------------------C---------CA--CAACTCC--AACTCCAA-----T---------------T----AA----------C-A-----------T--------CCTC-T------------TTTGT----ATCT--TATTTTC--AGTTATT-TTTGCTTGTCAGGAG--CA--GATATTCAACAGTAT-CAAAGGGAGGTTAACTAtt
gi|20 : -A-TC-TC-----T-CTC-TTT-T---T------TTTTTTTTT----TAAGAT---TA--T----TTGCTTATCCTGA----GTATATCT---TCAGAAT-TGTG----AAGGAATCCTGCAAGTCTTAC-TTGGAA
gi|21 : ATTTCT---TCAGGGA-TATGTA--AGTGAATCCAATGCC----TCTTTTGCACATAGAATGAGGGCAG--TG-----------------------T---------
gi|22 : c-----------T--------CCAC-T------------TCTGT----AAAT--CATTTTC--AGT-ATT-TTTCCTGGTCTGGAG--TA--TAAGTTCAACAGTTT-CGAAGTGAGGTTAACgtgaaagtatagagtgagaat
gi|23 : A--T-ATCTTACTTGTTCGGACCGAGTACATCT---TCACAAA-TATGGA--AGAGATTCCAATGAG----AC-TTGGAACATTTATATAGGACAA--cccattca
gi|24 : --GGTTAAT-TTTGCTTGTACGAAGCTTATCTATCTTCTACAGTATCGAAGGGGGGATTCACTA
gi|25 : T-TTGCTTGTC-AGA----GTATATCT---TCATCAG-TATGGA--Aaacaatttgca
gi|25 : -TTTGCTTGTC-AGAG--TA--TATCTTCATCAGTAT-GGAAAATAGTTTAATTaatagtttaattgctcaatcaa
gi|26 : -TTGCTTGTCCTTA----GTTTGTCT---TCAAAAAACATAGA--TGGGAATCCAACATG----AC-TTGgctcaatcaa
gi|27 : TCT---TCATAAA-TATGGA--AAGGAATCCAATGTG----GC-TTGGAGCAT
gi|3 : CTTCA-AATGA-ATG--TA--AGGGAA--TCGAA---CAC---GACT-TGCA-----GGCA----ATGTGTGGGAAATGCNNNNNNNNNNNN-NNNNN--N--NNNNNN--NNNN-------------NNN----NN-N-NN-NN-----N-N-N-NNN-N---N--NNNNNNNNNNNNNNNNNT--GGT---TA--T-AT-TTGCTTCTCCTGA----GTATATCT---TAAAAAA-CATGGA--AGTGAATCCA-CATG----AA-TTGGAACATTGGTAGGGGGCAA--TG-----------------------TTTNNNNNNNNN--NNNNNNN--NNNNNNNN-----N----------NN---N----NN----------N-N-----------N--------NNNN-N------------NNNNN----NNNN--NNNNNNT--GCTTATT-TTTA-TTGTCCAAGG--TA--TATCTTCAGCCGTAT-GAAAGGGAt
gi|4 : TTTTTGCCT-GTCC-----AATGCCT-TTCAGAACAT-ATT-------GGTAGCTTCCAA---AA----GTAT-AGGA-AGAGG-TA----ATGTGCGA-AAATGCAGAGCGAAAGAA-T-------------TG---ATT-------------GA------A-A-TA-TC-----T-C-C-CCTAT---T--GTATTTTAT-TTT----T--GGT---CA--T-TT-TTGCTTGTCCAGG----GCATCTCT---TTTAAAA-TATGAC--AAGGACTCCA----G----AA-T---GACATAGATAGGGGGCAA--TG-----------------------T---------
gi|4 : TTTTTGCTT-GTCCAGG---GCATCTCTTTT-AAAAT-ATG--AC--AAGGAC--TCCAG---AAT---GACA-TAGATAGGGGGCA----ATGTGTGT-AAGTTCAGA---ATGAAC-TCAAA--A--AACCTA--TTTT-------------gtgtaagttcagaatgaactcaaaaaacctatttt
gi|5 : tttttgcctgtccaatgcctttcagaacatattggtagcttccaaaagtataggaagaggtaatgtgcgaaaatgcagagcgaaagaattgattgaaatatctcccctattgtattttatttttggtcaGCAGAGACAAAAAA-TCAAAGAA--ATCTTG--AAT---------------A-----TA-A-TG-TCAGAATTAT-C-TCT-T---T--GTACTTTAT-TTT----C--ATT---TA----AT-ATGCTTGTCCTGA----ATATATGT---ACAAATG-TATGGA--AGGGAATCC---------------------------GAGGGCAA--TG-----------------------TGC-------CA--AAACGCG--ATCTTGAA-----TATAATGTAAGAA---T----AA----------T-C-----------T--------CCCC-T------------TTTGT----AATT--CATTTTC--AGTTAAA-TTTGCTTGTCTGGAG--TA--TAT
gi|6 : aaagcgcaACTTTAT-TTT----T--GAC---TA--T--T-TTGCTTGCCCAGA----ACATATCT---ANNNNNN-NNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNN----NN-NNNNNNNNNNNNNNNNNGGAAA--TG-----------------------T---------AAAATAACTCT--ATATTGAA-----T----------AA---T----AA----------C-AATGATTATCT-T--------TCCC-A------------TTTGC----ACCTAATATTTTG--AGT-ATT-TTTGCTTGTCTGTAA--TA--TATCTTCAAGAGTAT-GAAAGAGAGGTT-ACTA
gi|7 : A--T-AT-T-GCTTCTCCGGG----GCATATCT---TCATAAG-TATGTA--AGGGAATTCAACGCG----AC-TTGGACAATTGAAAGAAAGCAA--TGTGTGAAGGTGCGGAGAGACAATTT---------CA--AAAGTC---ATCTTGAA-----T----------AA---T----AACACAAACCCCC-A-----------T--------CCCC--------------TTTGT----ACTT--TATTTTT--AGTTATA-TTTGATTGTCCAGAA--TA--ctc
gi|8 : a--GGT---AA--T-AA-TTGTTTGTCCTCG----GTATATCT---TTAAATG--ATCGA--GGTAAATCGATCTAG----AT-TTGGAGCTTGGATAGAGGCCAAGGTG-----------------------T---------CA--TAACTCT--GTCTTGAG-----T----------AA---T----AA----------C--------------------------------------------T----AAAT--TATCTTCTTGATTATT-T----TTGTCCTGAG--TC--TTTCTTCAACAGTAT-GAAAGG
gi|9 : CTTGA------T----------AA---T----GT----------C-A-----------TTACTAGTGCCCC-T------------CGTGT----ACTC--TATATTT--GGTAATTGTTTGCTTCATCTGAG--TG--TATCTTCTACATTAT-GAAAGGGAa
gi|9 : ata-C-C-CTC-G---T--GTACTCTATATTT-------GGT---AA--TTGT-TTGCTTCATCTGA----GTGTATCT---TCTACAT-TATGAA--AGGGAATC-----------------GAGC-TTGATAGAGAGCAA--TA-----------------------T---------atcgagcttgatagagagcaatatgtgaacgtgcagagataaaaagttgcaactctgtctttcaatattt
gi|9 : atacttgataatgtcattactagtgcATTGTTTGCTTCATCTG----AGTGTATCTTCT-A-CATTATG--AA--AGGGAA--TC------------GAGC-TTGATAGAGAGCA----ATATGTGA-ACGTGCAGAGATAAAAAG-TTGC---A--ACTCTG--TCTT-------------gtgaacgtgcagagataaaaagttgcaactctgtctttcaatattt
Alignments
lowQualScore : 333333 222222 111 222222222 1 1111 44444444444444444444444444444444444444444444 1 1111111 111111111 333333333333333333333333333333333 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777
lowQualScore : 0 8 666666 1 1 6 6 000000 444 2 777777777 777 1 55 2222 5 2 66666666666666666666666666666666666666666666 4 4 55 99999 3 6 3 3 555 555 3 1111111 444 55 99 2 1 1 4444 333 44 66 0 22 000000000 2 0 1 2 33 555555555555555555555555555555555 777 888 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 7777 0 77 8888 2 2 33 33 3 3
lowQualScore : . . ...... . . . . ...... ... . ......... ... . .. .... . . ............................................ . . .. ..... . . . . ... ... . ....... ... .. .. . . . .... ... .. .. . .. ......... . . . . .. ................................. ... ... ............................................................................... .... . .. .... . . .. .. . .
lowQualScore : 8 0 666666 0 0 7 7 888888 888 5 222222222 777 3 88 1111 0 6 99999999999999999999999999999999999999999999 0 0 44 11111 3 7 3 1 000 333 0 8888888 444 33 44 0 0 0 0000 222 33 22 8 55 333333333 1 4 4 8 22 444444444444444444444444444444444 333 999 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 1111 4 99 5555 4 9 99 99 3 2
consensus : TTATTTTTTGCTT-GTCCGGA--AGCGTNTCTTCA-AACAT-ATG--AA--AGGGAA--TCCAA---GAC---GAAC-TGGATAGNGGGCA----ATGTGTGG-AAGTGCAGAGANAAAAAN-TCANA--A--ACCCTG--TATT-------------GAC----TA-A-TC-TC-----T-C-C-TTT-T---T--GTACTTTATATTT----T--GGT---TA--T-AT-TTGCTTGTCCNGA----GTATATCT---TCAAAAG-TATGGA--AGGGAATCCAACGNG----AC-TTGGAACATNGATAGAGGGCAA--TG-----------------------T---------CA--TAACTCT--ATCTTGAA-----T----------AA---T----AA----------C-A-----------T--------CCCC-T------------TTTGT----ACCT--TATTTTC--GGTTATT-TTTGCTTGTCCGGAG--TA--TATCTTCAACAGTAT-GAAAGGGAGGTTAACTA
Reference ( family-3873 ) : TTATTTTTTGCTT-GTCCGGA--AGCGTNTCTTCA-AACAT-ATG--AA--AGGGAA--TCCAA---GAC---GAAC-TGGATAGNGGGCA----ATGTGTGG-AAGTGCAGAGANAAAAAN-TCANA--A--ACCCTG--TATT-------------GAC----TA-A-TC-TC-----T-C-C-TTT-T---T--GTACTTTATATTT----T--GGT---TA--T-AT-TTGCTTGTCCNGA----GTATATCT---TCAAAAG-TATGGA--AGGGAATCCAACGNG----AC-TTGGAACATNGATAGAGGGCAA--TG-----------------------T---------CA--TAACTCT--ATCTTGAA-----T----------AA---T----AA----------C-A-----------T--------CCCC-T------------TTTGT----ACCT--TATTTTC--GGTTATT-TTTGCTTGTCCGGAG--TA--TATCTTCAACAGTAT-GAAAGGGAGGTTAACTA
gi|1 : TTAATTTT--CTA-GTCTGGA---GCACATTTATA-AACAT-GTGTTAATTAAGGT---TCCAACGAGACTTGGCACATGGAGAGCGGGCATTTTATGT-TGA-AAG-GCAGAGAAAAAAAA-TCATA-------CCTC--TACTTTGAAAAATGTCAGAA----TA-A-TC-TC-----G-CAT-TTT-T---T--TTACTTTAT-TTT----C--GGT---TA--T-AT-TTGCTAGTCCTGG----GTTTATCTATNNNNNNNN-NNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNN----NN-NNNNNNNNNNNNNNNNNGGAAA--TG-----------------------TAC-------CA--TAACGTT--ATCTAGAAAACATC----------AAGAGT----AT----------C-A-----------T--------CCCC-TATCCCTCCCCCATTTGT----ACCTA-TACTTC----GTTATT-TTTACTTGTCCGGGG--TA--TATCTACAGCCGCGT-GAAAGAGAGGTT
gi|10 : CTTGTTCTGC----ATAGATTG---T---AAA-TATGCA--AGAAAATCCAA-GAG----AC-TTAGAACATATATAAAGAGCAG--TG-----------------------TGC-------CA--TAACTCTTTAT-TTGAA-----T----------AA---T----GA----------C-AAAATTAGCG--T--------CACC-T------------TTTGT-----CCT--GACTT--------ATT-TTTGCTTGTCCAGAG--TA--TATCTTCATCAGCAT-GAA
gi|11 : CTA--TAAT-------------GACC---TA-A-TT-TA-----T-C-C-TTT-T---T--ATGCTTAA-ATTT----T--GGTGGGTAG-T-TT-TTGCTTACTCAGA----GATTATCT---TTAAAAA-TACCGA--AGGGAATCCAACATG----AC-TTGGAA----AATAGAGGACAA--AG-----------------------T---------
gi|12 : --TAAT-------------GAC----TGGA-TTATC-----T-C-CGCTT-T---T--ATACTTTTTATT---------GT---TA--T-TT-TTTATTATCCGGA----GCATGTCT---TTTAAAGATATCAA--ATGATATCTGATGTG----AC-TTAGAACATGGATAGGGGGCAA--TG-----------------------T---------gtggagatgcagcacgaaataacccac
gi|13 : cttgaaTGTGG-AAGTGCAGAGAGATAAATGTCT----A--ACTCTA--TATTAAT----------GACAGAATA-A-TC-TT-----C-C-C-TTT-TAATT--GTACTTTAT-TTT----T--GGT---TA--T-AT-TTGTTTGTCAGGA----GAATATTT---TC-------ATGGATTAGGGAATCCatggtagagcaaaa
gi|14 : aT--GTCTTGGA-----T----------AAA--TGGAGAA----------TTA-----------T--------CCCCCT------------TTTGT----ACCT--TATTTTC--GGTTATA-TTTGCTTGTCCGAAG--TA--TATCTTCAACAGTGT-GAAAGGGGGGTCAGTTA
gi|15 : AGAGAGCAA--TG-----------------------T---------CT--CAACTCA--ATTTTGAA-----T----------AA---T----GA----------C-AGAACTATCTCCT--------CCCT-T------------TTTCCTTAAACTT--TATTTTC--TGTTATT-TTTGCTTTTTTGGAG--TA--TA----CAACAGTAT-GCAAatttacttaatcaaacata
gi|16 : CA----ATGTGTCG-AAGTGAAAAGAAAAAAAA-AAAAA--ATTATCTTGAATAAT-------------GACA---TA-ACTA-TC-----T-C-C-TTT-T---TTCG-ATTTTG-ATTT----T--GGT---TA--T--T-CTGCTTTGCCGGA----TTATAatg
gi|17 : aaTT-T---T--ATACTTTTTATT---------GT---TA--T-TT-TTTATTATCCGGA----GCATGTCT---TTTAAAGATATCAA--ATGATATCTGATGTG----AC-TTAGAACATGGATAGGGGGCAA--TG-----------------------T---------
gi|18 : c---T--GTACTTTAT-TTT----T--GGT---TA--T-TT-TTGCTGGTCTAAG----GCATATCN---NNNNNNN-NNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNN----NN-NNNNNNNNNNNNNNNGAGGCAA--TG-----------------------T---------atggtag
gi|19 : -TC-----T-C-G-TTT-T---T--GTACTTTATATTC-------GGT---TAAAT-AT-GCGCTT---CTAA----ATATATCT---TCCAATG-TATGAA--AGGGAATCCgcgcaaat
gi|2 : ttcataatgtcagtattatTTATTTTTTGCTT-ATCCAGACTAGTATTTCTCCA-AACAT-ATG--AA--AGGGAA--TCCAA---GAC---AAAC-TGGATAGCGGGCA----GTGTGTGG-AAGTGCAGAAATCAAAGT-TCACA--A--ACCCTG--TATT-------------G-C----TA-A-TC-TC-----T-C-C-TTG-T---T--TTACTTAATATTT----T--GGT---TA--C-AT-TTGCTTATCCTGA----GTATATTT---TCTCAAG-TTTGGA--AGGGAATCCAGTGAG----AC-ATAGAACCTTTATAGAGGGAAA--TG-----------------------C---------CA--CAACTCC--AACTCCAA-----T---------------T----AA----------C-A-----------T--------CCTC-T------------TTTGT----ATCT--TATTTTC--AGTTATT-TTTGCTTGTCAGGAG--CA--GATATTCAACAGTAT-CAAAGGGAGGTTAACTAtt
gi|20 : -A-TC-TC-----T-CTC-TTT-T---T------TTTTTTTTT----TAAGAT---TA--T----TTGCTTATCCTGA----GTATATCT---TCAGAAT-TGTG----AAGGAATCCTGCAAGTCTTAC-TTGGAA
gi|21 : ATTTCT---TCAGGGA-TATGTA--AGTGAATCCAATGCC----TCTTTTGCACATAGAATGAGGGCAG--TG-----------------------T---------
gi|22 : c-----------T--------CCAC-T------------TCTGT----AAAT--CATTTTC--AGT-ATT-TTTCCTGGTCTGGAG--TA--TAAGTTCAACAGTTT-CGAAGTGAGGTTAACgtgaaagtatagagtgagaat
gi|23 : A--T-ATCTTACTTGTTCGGACCGAGTACATCT---TCACAAA-TATGGA--AGAGATTCCAATGAG----AC-TTGGAACATTTATATAGGACAA--cccattca
gi|24 : --GGTTAAT-TTTGCTTGTACGAAGCTTATCTATCTTCTACAGTATCGAAGGGGGGATTCACTA
gi|25 : T-TTGCTTGTC-AGA----GTATATCT---TCATCAG-TATGGA--Aaacaatttgca
gi|25 : -TTTGCTTGTC-AGAG--TA--TATCTTCATCAGTAT-GGAAAATAGTTTAATTaatagtttaattgctcaatcaa
gi|26 : -TTGCTTGTCCTTA----GTTTGTCT---TCAAAAAACATAGA--TGGGAATCCAACATG----AC-TTGgctcaatcaa
gi|27 : TCT---TCATAAA-TATGGA--AAGGAATCCAATGTG----GC-TTGGAGCAT
gi|3 : CTTCA-AATGA-ATG--TA--AGGGAA--TCGAA---CAC---GACT-TGCA-----GGCA----ATGTGTGGGAAATGCNNNNNNNNNNNN-NNNNN--N--NNNNNN--NNNN-------------NNN----NN-N-NN-NN-----N-N-N-NNN-N---N--NNNNNNNNNNNNNNNNNT--GGT---TA--T-AT-TTGCTTCTCCTGA----GTATATCT---TAAAAAA-CATGGA--AGTGAATCCA-CATG----AA-TTGGAACATTGGTAGGGGGCAA--TG-----------------------TTTNNNNNNNNN--NNNNNNN--NNNNNNNN-----N----------NN---N----NN----------N-N-----------N--------NNNN-N------------NNNNN----NNNN--NNNNNNT--GCTTATT-TTTA-TTGTCCAAGG--TA--TATCTTCAGCCGTAT-GAAAGGGAt
gi|4 : TTTTTGCCT-GTCC-----AATGCCT-TTCAGAACAT-ATT-------GGTAGCTTCCAA---AA----GTAT-AGGA-AGA-GGTA----ATGTGCGA-AAATGCAGAGCGAAAGAA-T-------------TG---ATT-------------GA------A-A-TA-TC-----T-C-C-CCTAT---T--GTATTTTAT-TTT----T--GGT---CA--T-TT-TTGCTTGTCCAGG----GCATCTCT---TTTAAAA-TATGAC--AAGGACTCCA----G----AA-T---GACATAGATAGGGGGCAA--TG-----------------------T---------
gi|4 : TTTTTGCTT-GTCCAGG---GCATCTCTTTT-AAAAT-ATG--AC--AAGGAC--TCCAG---AAT---GACA-TAGATAGGGGGCA----ATGTGTGT-AAGTTCAGA---ATGAAC-TCAAA--A--AACCTA--TTTT-------------gtgtaagttcagaatgaactcaaaaaacctatttt
gi|5 : tttttgcctgtccaatgcctttcagaacatattggtagcttccaaaagtataggaagaggtaatgtgcgaaaatgcagagcgaaagaattgattgaaatatctcccctattgtattttatttttggtcaGCAGAGACAAAAAA-TCAAAGAA--ATCTTG--AAT---------------A-----TA-A-TG-TCAGAATTAT-C-TCT-T---T--GTACTTTAT-TTT----C--ATT---TA----AT-ATGCTTGTCCTGA----ATATATGT---ACAAATG-TATGGA--AGGGAATCC---------------------------GAGGGCAA--TG-----------------------TGC-------CA--AAACGCG--ATCTTGAA-----TATAATGTAAGAA---T----AA----------T-C-----------T--------CCCC-T------------TTTGT----AATT--CATTTTC--AGTTAAA-TTTGCTTGTCTGGAG--TA--TAT
gi|6 : aaagcgcaACTTTAT-TTT----T--GAC---TA--T--T-TTGCTTGCCCAGA----ACATATCT---ANNNNNN-NNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNN----NN-NNNNNNNNNNNNNNNNNGGAAA--TG-----------------------T---------AAAATAACTCT--ATATTGAA-----T----------AA---T----AA----------C-AATGATTATCT-T--------TCCC-A------------TTTGC----ACCTAATATTTTG--AGT-ATT-TTTGCTTGTCTGTAA--TA--TATCTTCAAGAGTAT-GAAAGAGAGGTT-ACTA
gi|7 : A--T-AT-T-GCTTCTCCGGG----GCATATCT---TCATAAG-TATGTA--AGGGAATTCAACGCG----AC-TTGGACAATTGAAAGAAAGCAA--TGTGTGAAGGTGCGGAGAGACAATTT---------CA--AAAGTC---ATCTTGAA-----T----------AA---T----AACACAAACCCCC-A-----------T--------CCCC--------------TTTGT----ACTT--TATTTTT--AGTTATA-TTTGATTGTCCAGAA--TA--ctc
gi|8 : a--GGT---AA--T-AA-TTGTTTGTCCTCG----GTATATCT---TTAAATG--ATCGA--GGTAAATCGATCTAG----AT-TTGGAGCTTGGATAGAGGCCAAGGTG-----------------------T---------CA--TAACTCT--GTCTTGAG-----T----------AA---T----AA----------C--------------------------------------------T----AAAT--TATCTTCTTGATTATT-T----TTGTCCTGAG--TC--TTTCTTCAACAGTAT-GAAAGG
gi|9 : CTTGA------T----------AA---T----GT----------C-A-----------TTACTAGTGCCCC-T------------CGTGT----ACTC--TATATTT--GGTAATTGTTTGCTTCATCTGAG--TG--TATCTTCTACATTAT-GAAAGGGAa
gi|9 : ata-C-C-CTC-G---T--GTACTCTATATTT-------GGT---AA--TTGT-TTGCTTCATCTGA----GTGTATCT---TCTACAT-TATGAA--AGGGAATC-----------------GAGC-TTGATAGAGAGCAA--TA-----------------------T---------atcgagcttgatagagagcaatatgtgaacgtgcagagataaaaagttgcaactctgtctttcaatattt
gi|9 : atacttgataatgtcattactagtgcATTGTTTGCTTCATCTG----AGTGTATCTTCT-A-CATTATG--AA--AGGGAA--TC------------GAGC-TTGATAGAGAGCA----ATATGTGA-ACGTGCAGAGATAAAAAG-TTGC---A--ACTCTG--TCTT-------------gtgaacgtgcagagataaaaagttgcaactctgtctttcaatattt
blockSeqs : C AGACTA T C G T AA GCT C GAC AC T CG . G G TGTCTAACTCTATATTAATGACAGAA G C TA AGAAT A T G A AAT TCG A NNNNT GGG AA TG C T CCGA . AA GA TT GCAAGTCTT T A A GG TGTGAAGGTGCGGAGAGACAATTT AAT TTT TAATGACAGAACTATCTCCTCCCTT TTAA AA CTTG T G CT TC C A
blockSeqs : . AGG C C . . TA A G CAC CT T GG . . A AAAAAAATTATCTTGAATAATGACA . . T . . . . . . A A TAA . G T . A . . TA GA . ACATG . A G . TTTNNNNNNN T T TATAATGTAAGAATAATCTCCCCT . . CG T . . . . A
blockSeqs : . GA C C . . AC A C AAT AT T AG . . T NNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . . C . . . . . . A A T . . T . G . . TA AA . ATGTG . A G . TGC C A TAATAACAATGATTATCTTTCCCA . . CT T . . . . C
blockSeqs : . A A C . . AA C C AA CA . A . . N TTCACAAACCCTGTATTGC . . A . . . . . . G A T . . A . G . . NN A . ATGTG . N N . TGC C C TAATGACAAAATTAGCGTCACCT . . CA T . . . . A
blockSeqs : . . . . A . . GC . . . . G ATCAAAGAAATCTTGAATA . . C . . . . . . A A T . . T . G . . CA A . NNNNN . C T . T N N TAATAACACAAACCCCCATCCCC . . CA T . . . . .
blockSeqs : . . C ATTGATTGA . . C . . . . . . G A T . . T . G . . TC N . GTGAG . A A . T A G TAATGTCATTACTAGTGCCCCT . . TG T . . . .
blockSeqs : . T . . N . . . . . . G T T . . A . A . . AG G . ATGCC . A T . T A T TAAATGGAGAATTATCCCCCT . . CA T . . . .
blockSeqs : . . . A . . . . . . T N T . . A . T . . AG G . ATGAG . A T . T T T NNNNNNNNNNNNNN . . GA T . . . .
blockSeqs : . . G . . . . . . N A C . . A . T . . AC T . ACATG . A A . T . TTAACATCCTCT . . TA A . . . .
blockSeqs : . . . . . . G . T . . A . T . . AT A . ATGTG . A N . C TAATAAC . . TG . . . . .
blockSeqs : . . . . . G . . . . T . G . . AA A . NNNNN . N T . T . . . . . . . .
blockSeqs : . . G . . . . A . A . . AT G . ACGCG . A G . T . . . .
blockSeqs : . . . . . . A . T . . AA A . TCTAG . T T . T . . .
blockSeqs : . . . . A . T . . TA A . AGAG . . . . T
blockSeqs : . . . . A . . AA A . CATG . . . . T
blockSeqs : . . . T . . NN G . G . . .
blockSeqs : . . . A . . AT N . . .
blockSeqs : . G . . AA G . . .
blockSeqs : . T . . TA G .
blockSeqs : T . . . T .
blockSeqs : . . . .
blockSeqCons : AGA*** AA**** A** NAC****** NC* **** NTCGANAAATCTTGAATNAA************************ *** T******************************** ** CG**
originalCons : TTATTTTTTGCTT-GTCCGGA--AGCGTNTCTTCA-AACAT-ATG--AA--AGGGAA--TCCAA---GAC---GAAC-TGGATAGNGGGCA----ATGTGTGG-AAGTGCAGAGANAAAAAN-TCANA--A--ACCCTG--TATT-------------GAC----TA-A-TC-TC-----T-C-C-TTT-T---T--GTACTTTATATTT----T--GGT---TA--T-AT-TTGCTTGTCCNGA----GTATATCT---TCAAAAG-TATGGA--AGGGAATCCAACGNG----AC-TTGGAACATNGATAGAGGGCAA--TG-----------------------T---------CA--TAACTCT--ATCTTGAA-----T----------AA---T----AA----------C-A-----------T--------CCCC-T------------TTTGT----ACCT--TATTTTC--GGTTATT-TTTGCTTGTCCGGAG--TA--TATCTTCAACAGTAT-GAAAGGGAGGTTAACTA
finalCons : TTATTTTTTGCTT-GTCCAGA---GCGTNTCTTCA-AACAT-ATGAA----AGGGAA--TCCAANAC------GANC-TGGATAGNGGGCA----ATGTGTGG-AAGTGCAGAGANAAAAANTCGANAAATCTTGAATNAA------------------------TA-A-TC-TC-----T-C-C-TTT-T---T--GTACTTTATATTT----T--GGT---TA--T-AT-TTGCTTGTCCNGA----GTATATCT---TCAAAAG-TATGGA--AGGGAATCCAACGNG----AC-TTGGAACATNGATAGAGGGCAA--TGT--------------------------------CA--TAACTCT--ATCTTGAA-----T----------AA---T----AA----------C-A-----------T--------CCCC-T------------TTTGT----ACCT--TATTTTCG--GTTATT-TTTGCTTGTCCGGAG--TA--TATCTTCAACAGTAT-GAAAGGGAGGTTAACTA
Alignments
lowQualScore : 1111 111111 111 333333333333 1111 55555555555555555555555555555555555555 111111 11111 1 1111111 111111111 222222222 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777
lowQualScore : 6 4 2222 4 7 5 5 999999 111 0 888 33 888888888888 3 0000 4 2 55 22222222222222222222222222222222222222 444444 44444 3 6 3 444 444 4 0000000 444 55 99 2 1 4444 333 44 77 0 22 333333333 2 0 2 2 33 111111111 66 66 0 8888 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 7777 88 8888 3 3 0 44 44 3 3
lowQualScore : . . .... . . . . ...... ... . ... .. ............ . .... . . .. ...................................... ...... ..... . . . ... ... . ....... ... .. .. . . .... ... .. .. . .. ......... . . . . .. ......... .. .. . .... ............................................................. .... .. .... . . . .. .. . .
lowQualScore : 7 2 0000 8 5 7 7 000000 444 7 333 77 999999999999 0 6666 4 4 00 22222222222222222222222222222222222222 111111 22222 1 2 1 777 333 7 5555555 111 33 44 0 0 0000 333 11 00 1 66 000000000 2 9 1 9 44 777777777 99 11 2 5555 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 7777 66 2222 3 1 7 22 22 3 2
consensus : TTATTTTTTGCTT-GTCCGGA---GCATATCTTCA-AACGT-ATG--AA--AGGGAA--TCCAACGCGACTTGG---AT-------AGAGGGCA----ATGTGTGG-AAGTGCAGAGANAAAAAN-TCGAN-AA---ATC----T---TG---AAT----GA----ATAA------TCTC-----T-C-C-TTTT---T--GTACTTTATATTT----T--GGT---TA--T-AT-TTGCTTGTCCNGA----GTATATCT---TCAAAAG-TATGGA--AGGGAATCCAACGNG----AC-TTGGAACATNGATAGAGGGCAA--TGT---------CA--TAACTCT--ATCTTGA----AT----------AA-T----AAC-A-----------T--------CCCC-T------------TTTGT----ACCT--TATTTTC--GGTTATT-TTTGCTTGTCCGGAG--TA--TATCTTCAACAGTAT-GAAAGGGAGGTTAACTA
Reference ( family-3873 ) : TTATTTTTTGCTT-GTCCAGA---GCGTNTCTTCA-AACAT-ATG--AA--AGGGAA--TCCAANACGANCTGG---AT-------AGNGGGCA----ATGTGTGG-AAGTGCAGAGANAAAAAN-TCGAN-AA---ATC----T---TG---AAT----NA----ATAA------TCTC-----T-C-C-TTTT---T--GTACTTTATATTT----T--GGT---TA--T-AT-TTGCTTGTCCNGA----GTATATCT---TCAAAAG-TATGGA--AGGGAATCCAACGNG----AC-TTGGAACATNGATAGAGGGCAA--TGT---------CA--TAACTCT--ATCTTGA----AT----------AA-T----AAC-A-----------T--------CCCC-T------------TTTGT----ACCT--TATTTTC--GGTTATT-TTTGCTTGTCCGGAG--TA--TATCTTCAACAGTAT-GAAAGGGAGGTTAACTA
gi|1 : TTAATTTT--CTA-GTCTGGA---GCACATTTATA-AACAT-GTGTTAATTAAGGT---TCCAACGAGACTTGGCACATGGAG---AGCGGGCATTTTATGT-TGA-AAG-GCAGAGAAAAAAAA-TC-AT-AC---CTCTACTT---TGAAAAATGTCAGA----ATAA------TCTC-----G-CAT-TTTT---T--TTACTTTAT-TTT----C--GGT---TA--T-AT-TTGCTAGTCCTGG----GTTTATCTATNNNNNNNN-NNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNN----NN-NNNNNNNNNNNNNNNNNGGAAA--TGTAC-------CA--TAACGTT--ATCTAGAAAACATCAAG------AG-T----ATC-A-----------T--------CCCC-TATCCCTCCCCCATTTGT----ACCTA-TACTTC----GTTATT-TTTACTTGTCCGGGG--TA--TATCTACAGCCGCGT-GAAAGAGAGGTT
gi|10 : CTTGTTCTGC----ATAGATTG---T---AAA-TATGCA--AGAAAATCCAA-GAG----AC-TTAGAACATATATAAAGAGCAG--TGTGC-------CA--TAACTCTTTAT-TTGA----AT----------AA-T----GAC-AAAATTAGCG--T--------CACC-T------------TTTGT-----CCT--GACTT--------ATT-TTTGCTTGTCCAGAG--TA--TATCTTCATCAGCAT-GAA
gi|11 : TAA------TTTA-----T-C-C-TTTT---T--ATGCTTAA-ATTT----T--GGTGGGTAG-T-TT-TTGCTTACTCAGA----GATTATCT---TTAAAAA-TACCGA--AGGGAATCCAACATG----AC-TTGGAA----AATAGAGGACAA--AGT---------
gi|12 : ctataatgaccC----T---TG---AAT-----A----ATGACTGGATTATC-----T-C-CGCTTT---T--ATACTTTTTATT---------GT---TA--T-TT-TTTATTATCCGGA----GCATGTCT---TTTAAAGATATCAA--ATGATATCTGATGTG----AC-TTAGAACATGGATAGGGGGCAA--TGT---------gtggagatgcagcacgaaataacccac
gi|13 : TGTGG-AAGTGCAGAGAGATAAATGTC--T-AA---CTC----TATATT---AAT----GACAGAATAA------TCTT-----C-C-C-TTTTAATT--GTACTTTAT-TTT----T--GGT---TA--T-AT-TTGTTTGTCAGGA----GAATATTT---TC-------ATGGATTAGGGAATCCatggtagagcaaaa
gi|14 : aT--GTCTTGG----AT----------AAATGGAGAATTA-----------T--------CCCCCT------------TTTGT----ACCT--TATTTTC--GGTTATA-TTTGCTTGTCCGAAG--TA--TATCTTCAACAGTGT-GAAAGGGGGGTCAGTTA
gi|15 : AGAGAGCAA--TGT---------CT--CAACTCA--ATTTTGA----AT----------AA-T----GAC-AGAACTATCTCCT--------CCCT-T------------TTTCCTTAAACTT--TATTTTC--TGTTATT-TTTGCTTTTTTGGAG--TA--TA----CAACAGTAT-GCAAatttacttaatcaaacata
gi|16 : CA----ATGTGTCG-AAGTGAAAAGAAAAAAAA---AAA-AAATTATC----T---TG---AAT----AATGACATAAC-----TATC-----T-C-C-TTTT---TTCG-ATTTTG-ATTT----T--GGT---TA--T--T-CTGCTTTGCCGGA----TTATAatg
gi|17 : aaTTT---T--ATACTTTTTATT---------GT---TA--T-TT-TTTATTATCCGGA----GCATGTCT---TTTAAAGATATCAA--ATGATATCTGATGTG----AC-TTAGAACATGGATAGGGGGCAA--TGT---------
gi|18 : c---T--GTACTTTAT-TTT----T--GGT---TA--T-TT-TTGCTGGTCTAAG----GCATATCN---NNNNNNN-NNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNN----NN-NNNNNNNNNNNNNNNGAGGCAA--TGT---------atggtag
gi|19 : TC-----T-C-G-TTTT---T--GTACTTTATATTC-------GGT---TAAAT-AT-GCGCTT---CTAA----ATATATCT---TCCAATG-TATGAA--AGGGAATCCgcgcaaat
gi|2 : ttcataatgtcagtattatTTATTTTTTGCTT-ATCCAGACTAGTATTTCTCCA-AACAT-ATG--AA--AGGGAA--TCCAAGACAAACTGG---AT-------AGCGGGCA----GTGTGTGG-AAGTGCAGAAATCAAAGT-TC-AC-AA---ACC----C---TG---TAT----TG----CTAA------TCTC-----T-C-C-TTGT---T--TTACTTAATATTT----T--GGT---TA--C-AT-TTGCTTATCCTGA----GTATATTT---TCTCAAG-TTTGGA--AGGGAATCCAGTGAG----AC-ATAGAACCTTTATAGAGGGAAA--TGC---------CA--CAACTCC--AACTCCA----AT-------------T----AAC-A-----------T--------CCTC-T------------TTTGT----ATCT--TATTTTC--AGTTATT-TTTGCTTGTCAGGAG--CA--GATATTCAACAGTAT-CAAAGGGAGGTTAACTAtt
gi|20 : A------TCTC-----T-CTC-TTTT---T------TTTTTTTTT----TAAGAT---TA--T----TTGCTTATCCTGA----GTATATCT---TCAGAAT-TGTG----AAGGAATCCTGCAAGTCTTAC-TTGGAA
gi|21 : ATTTCT---TCAGGGA-TATGTA--AGTGAATCCAATGCC----TCTTTTGCACATAGAATGAGGGCAG--TGT---------
gi|22 : c-----------T--------CCAC-T------------TCTGT----AAAT--CATTTTC--AGT-ATT-TTTCCTGGTCTGGAG--TA--TAAGTTCAACAGTTT-CGAAGTGAGGTTAACgtgaaagtatagagtgagaat
gi|23 : A--T-ATCTTACTTGTTCGGACCGAGTACATCT---TCACAAA-TATGGA--AGAGATTCCAATGAG----AC-TTGGAACATTTATATAGGACAA--cccattca
gi|24 : --GGTTAAT-TTTGCTTGTACGAAGCTTATCTATCTTCTACAGTATCGAAGGGGGGATTCACTA
gi|25 : T-TTGCTTGTC-AGA----GTATATCT---TCATCAG-TATGGA--Aaacaatttgca
gi|25 : -TTTGCTTGTC-AGAG--TA--TATCTTCATCAGTAT-GGAAAATAGTTTAATTaatagtttaattgctcaatcaa
gi|26 : -TTGCTTGTCCTTA----GTTTGTCT---TCAAAAAACATAGA--TGGGAATCCAACATG----AC-TTGgctcaatcaa
gi|27 : TCT---TCATAAA-TATGGA--AAGGAATCCAATGTG----GC-TTGGAGCAT
gi|3 : CTTCA-AATGA-ATG--TA--AGGGAA--TCGAACACGACTTGC---A------------GGCA----ATGTGTGGGAAATGCNNNNNNNNNNNN-NNNNN-NN---NNN----N---NN---NNN----NN----NNNN------NNNN-----N-N-N-NNNN---N--NNNNNNNNNNNNNNNNNT--GGT---TA--T-AT-TTGCTTCTCCTGA----GTATATCT---TAAAAAA-CATGGA--AGTGAATCCA-CATG----AA-TTGGAACATTGGTAGGGGGCAA--TGTTTNNNNNNNNN--NNNNNNN--NNNNNNN----NN----------NN-N----NNN-N-----------N--------NNNN-N------------NNNNN----NNNN--NNNNNNT--GCTTATT-TTTA-TTGTCCAAGG--TA--TATCTTCAGCCGTAT-GAAAGGGAt
gi|4 : TTTTTGCCT-GTCCAAT---GCCT---TTCAGAACAT-ATT-------GGTAGCTTCCAAAA-GTATAGG---A--------AGAGG-TA----ATGTGCGA-AAATGCAGAGCGAAAGAA-TTGA--------------T---TG---AA-----------ATA-------TCTC-----C-C-C-TATT------GTATTTTAT-TTT----T--GGT---CA--T-TT-TTGCTTGTCCAGG----GCATCTCT---TTTAAAA-TATGAC--AAGGACTCCA----G----AA-T---GACATAGATAGGGGGCAA--TGT---------
gi|4 : TTTTTGCTT-GTCCAGG---GCATCTCTTTT-AAAAT-ATG--AC--AAGGAC--TCCAGAATGACATAG---AT-------AGGGGGCA----ATGTGTGT-AAGTTCAGA---ATGAAC-TCAAA-AA---ACC----T---gtgtaagttcagaatgaactcaaaaaacctatttt
gi|5 : tttttgcctgtccaatgcctttcagaacatattggtagcttccaaaagtataggaagaggtaatgtgcgaaaatgcagagcgaaagaattgattgaaatatctcccctattgtattttatttttggtcaGCAGAGACAAAAAA-TCAAAGAA---ATC----T---TG---AAT----------ATAA------TGTCAGAATTAT-C-TCTT---T--GTACTTTAT-TTT----C--ATT---TA----AT-ATGCTTGTCCTGA----ATATATGT---ACAAATG-TATGGA--AGGGAATCC---------------------------GAGGGCAA--TGTGC-------CA--AAACGCG--ATCTTGA----ATATAATGTAAGAA-T----AAT-C-----------T--------CCCC-T------------TTTGT----AATT--CATTTTC--AGTTAAA-TTTGCTTGTCTGGAG--TA--TATatttt
gi|6 : aaagcgcaACTTTAT-TTT----T--GAC---TA--T--T-TTGCTTGCCCAGA----ACATATCT---ANNNNNN-NNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNN----NN-NNNNNNNNNNNNNNNNNGGAAA--TGT---------AAAATAACTCT--ATATTGA----AT----------AA-T----AAC-AATGATTATCT-T--------TCCC-A------------TTTGC----ACCTAATATTTTG--AGT-ATT-TTTGCTTGTCTGTAA--TA--TATCTTCAAGAGTAT-GAAAGAGAGGTT-ACTA
gi|7 : TTGCTT-CTCCGGG---GCATATCTTCA-TAAGT-ATG--TA--AGGGAA--TTCAACGCGACTTGG---ACAATTGAAAGAAAGCA----ATGTGTGA-AGGTGCGGAGAGACAATT-TCAAA-AGTC-ATC----T---TG---AAT----AATAACACAA------ACCCCCA--T-C-C-CCTT---T--GTACTTTAT-TTT----T--AGT---TA--T-AT-TTGATTGTCCAGA----ATActc
gi|8 : aata--GGT---AA--T-AA-TTGTTTGTCCTCG----GTATATCT---TTAAATG--ATCGA--GGTAAATCGATCTAG----AT-TTGGAGCTTGGATAGAGGCCAAGGTGT---------CA--TAACTCT--GTCTTGA----GT----------AA-T----AAC--------------------------------------------T----AAAT--TATCTTCTTGATTATT-T----TTGTCCTGAG--TC--TTTCTTCAACAGTAT-GAAAGG
gi|9 : CTTGA-----T----------AA-T----GTC-A-----------TTACTAGTGCCCC-T------------CGTGT----ACTC--TATATTT--GGTAATTGTTTGCTTCATCTGAG--TG--TATCTTCTACATTAT-GAAAGGGAa
gi|9 : ata-C-C-CTCG---T--GTACTCTATATTT-------GGT---AA--TTGT-TTGCTTCATCTGA----GTGTATCT---TCTACAT-TATGAA--AGGGAATC-----------------GAGC-TTGATAGAGAGCAA--TAT---------atcgagcttgatagagagcaatatgtgaacgtgcagagataaaaagttgcaactctgtctttcaatattt
gi|9 : atacttgataatgtcattactagtgcATTGTTTGCTTCATCT-GA---GTGTATCTTCT-A-CATTATG--AA--AGGGAA--TC------GAGCTTG---AT-------AGAGAGCA----ATATGTGA-ACGTGCAGAGATAAAAAG-TTG-C-AA---CTC----T---gtgaacgtgcagagataaaaagttgcaactctgtctttcaatattt