lowQualScore : 1 1 2222 1 111 444444444444444444444444444444 1111 222222
lowQualScore : 6 1 1 5 99999 3 2 8888 3 3 77 3 555 666666666666666666666666666666 6 4444 888888
lowQualScore : . . . . ..... . . .... . . .. . ... .............................. . .... ......
lowQualScore : 0 0 9 0 11111 6 3 9999 6 8 44 6 555 333333333333333333333333333333 7 2222 888888
consensus : AACTAGACCTATCACTGAAG-----G-TGATTAATACCCCCG-CATT-AATTAAGTCAGCATCACAAA-NTTT-GTGTCAT-GCACAT----C--TAC--GT--T-----T---N---ATG-TTG----CAAA------GTATCAAGTCA
Reference ( gi|5 ) : AATTAGATCTAGCATTGAAA-----G-TGATAAATACCCCCT-TATT-AATTAAGTCAGCTTCACAAA-GTTT-GTGTCAA-ACACAT----C--TAC--GT--T-----T---C---ATG-TTG----CAAA------GTATCAAGTCA
gi|6 : AACTAGATCTAGCATTGAAA-----G-TGATAAATACCCC--------------GTCAGCGTCACAAA-GTTT-GTGTCAA-ACACAT----C--TAC--AT--T-----T---G---ATG-TTG----CAAA------GTATCAAGTCA
gi|10 : tAACTAGACCTACCACTGAAG-----G-TGATAAATACCCCAA-CCTT-AATTAAGGCAGCTTTATGAA-
gi|16 : tagaAACTAGACTTATCATTGAAA-----G-TGATTAATACCCCt
gi|8 : aaTAGACCTATCACTGAAA-----G-TGATTAATACCCCCCACATT-AATTAAATCAGCATCACAAATGTT---TGTCAT-GCACAC----C--Ta
gi|13 : cTAGACCCATCACTGAAG-----G-TGGTTAATAGCCCCG-CATT-AATTAGGTCAGCATCA
gi|4 : atcTCTATTAATGAAG-----G-TGATTAATACCCCAT-CATT-AATTAAGTCAG--TCACAAA-GTTT-GTGTCAA-ACACATAGATC--TAC--GT--T-----T---G---ATG-TTG----CAAA------GTATCAAGTCA
gi|9 : taaatcCTATCACTGAAGTGACTG-TGATTAATACCCCAG-CATT-CATT--GTCAACATCACAAA-ATTT-GTGTCAT-ATACAT----
gi|1 : CTATCAGGGAAA-----GATAATTAATTCCCCTA-CACT-TATTAAGCCAGCATCACAAA-TTTT-GTGACAT-GCACAT----T--CATTAGT--T-----TGAACTTGATC-TTGAATACAAA------TTATCATGTCA
gi|2 : tgcCACTGAAG-----G-TAATTAAAACTACCA-CATT-AATTAAGTCAGCATCACAAA-ATGT-GTGTCAATGTGCAT----TGGTAC--GTGATGATGAT---C---ATGTTTA----CAAAGCACTGGTATAAAGTCAaaagtctgaaatg
gi|7 : actacagccatCACTGAAG-----G-TGATTAGTATCCCCA-CAAT-AATTAAAACAGCCTCACAAA-ATTG-TTGGCAT-GCACAT----
gi|12 : agacctatcagt-----G-CGATTAATACCCCTG-CATTGAATTAAGTCAGCAACACAAA-TTTTGGTGTCAT-GCACAT----
gi|14 : gAATATCCCTG-CATC-AATTAAGTCAGCATCACAAA-ATCA-ATGGCAT-GCATAT----
gi|11 : ttTTAAGCCAGCATCACAAA-TTTT-GCATCAT-GT-CAT-------TA-------------T---C---ATG-TTG----
gi|15 : ctacactctaacatTCAGCATCACAAA-AGTT-GTGTCAT-GCATTG----C--TAC--AC--T-----T---G---ATG-ATG----aac
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|3 ): CAACCTAATGCCTTATAATCTATGTGTAATATTGGAGCTGCATCATTAATATTGAGGTAAACATGATAATGTTCTGAACATGAAATCTTACATACTGATTATCGCGAGTCCTGAAAGGT
Unaligned ( gi|17 ): AAACTAGACCTATCACTGAAGGTGATTAATAAC
Alignments
lowQualScore : 111111111111 111 111 1111 222222
lowQualScore : 7777 77777 3 2 77 3 1 3 3 7777 777 999999999999 1 000 555 2222 333333
lowQualScore : .... ..... . . .. . . . . .... ... ............ . ... ... .... ......
lowQualScore : 1111 77777 1 9 33 3 0 3 3 1111 111 111111111111 0 000 777 1111 000000
consensus : AACTAGACCTATCA----CTGAAG-----G-TGATTAATA-CCCCCGCATT-AATTAAGTCAGCATCACAAANTTT-GTGTC-ATGCAC----ATC--TAC--GT--T-----TGA---TG---TTG----CAAA------GTATCAAGTCA
Reference ( family-3871 ) : AACTAGACCTATCA----CTGAAG-----G-TGATTAATA-CCCCCGCATT-AATTAAGTCAGCATCACAAANTTT-GTGTC-ATGCAC----ATC--TAC--GT--T-----TNA---TG---TTG----CAAA------GTATCAAGTCA
gi|1 : CCTATCA----GGGAAA-----GATAATTAATT-CCCCTACACT-TATTAAGCCAGCATCACAAATTTT-GTGAC-ATGCAC----ATT--CATTAGT--T-----TGAACTTGATCTTGAATACAAA------TTATCATGTCA
gi|10 : tgAACTAGACCTACCA----CTGAAG-----G-TGATAAATA-CCCCAACCTT-AATTAAGGCAGCTTTATGAAaaagtctgaaatg
gi|11 : tagaTTAAGCCAGCATCACAAATTTT-GCATC-ATGT-C----AT---TA-------------TCA---TG---TTG----t
gi|12 : ctacactctaacatG-----G-CGATTAATA-CCCCTGCATTGAATTAAGTCAGCAACACAAATTTTGGTGTC-ATGCAC----ATaac
gi|13 : CTAGACCCATCA----CTGAAG-----G-TGGTTAATA-GCCCCGCATT-AATTAGGTCAGCATCA
gi|14 : atTTAATA-TCCCTGCATC-AATTAAGTCAGCATCACAAAATCA-ATGGC-ATGCAT----AT
gi|15 : TCAGCATCACAAAAGTT-GTGTC-ATGCAT----TGC--TAC--AC--T-----TGA---TG---ATG----
gi|16 : AACTAGACTTATCA----TTGAAA-----G-TGATTAATA-CCCC
gi|17 : aaAACTAGACCTATCA----CTGAAG-----G-TGATTAATA-a
gi|2 : aACTACAGCCATCA----CTGAAG-----G-TAATTAAAA-CTACCACATT-AATTAAGTCAGCATCACAAAATGT-GTGTCAATGTGC----ATTGGTAC--GTGATGATGATCA---TGT--TTA----CAAAGCACTGGTATAAAGTCAac
gi|4 : CTATTA----ATGAAG-----G-TGATTAATA-CCCCATCATT-AATTAAGTCAG--TCACAAAGTTT-GTGTC-AAACACATAGATC--TAC--GT--T-----TGA---TG---TTG----CAAA------GTATCAAGTCA
gi|5 : taaatctAATTAGATCTAGCA----TTGAAA-----G-TGATAAATA-CCCCCTTATT-AATTAAGTCAGCTTCACAAAGTTT-GTGTC-AAACAC----ATC--TAC--GT--T-----TCA---TG---TTG----CAAA------GTATCAAGTCA
gi|6 : AACTAGATCTAGCA----TTGAAA-----G-TGATAAATA-CCCC-------------GTCAGCGTCACAAAGTTT-GTGTC-AAACAC----ATC--TAC--AT--T-----TGA---TG---TTG----CAAA------GTATCAAGTCA
gi|7 : tAGACCTATCAGTCACTGAAG-----G-TGATTAGTA-TCCCCACAAT-AATTAAAACAGCCTCACAAAATTG-TTGGC-ATGCAC----AT
gi|8 : CTAGACCTATCA----CTGAAA-----G-TGATTAATACCCCCCACATT-AATTAAATCAGCATCACAAATGTT--TGTC-ATGCAC----ACC--T
gi|9 : CTATCA----CTGAAGTGACTG-TGATTAATA-CCCCAGCATT-CATT--GTCAACATCACAAAATTT-GTGTC-ATATAC----AT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|3 ): CAACCTAATGCCTTATAATCTATGTGTAATATTGGAGCTGCATCATTAATATTGAGGTAAACATGATAATGTTCTGAACATGAAATCTTACATACTGATTATCGCGAGTCCTGAAAGGT
Alignments
lowQualScore : 111 3333333 1111 222222
lowQualScore : 7777 77777 3 2 77 3 1 3 3 7777 77 99 6 111 3333333 4444 333333
lowQualScore : .... ..... . . .. . . . . .... .. .. . ... ....... .... ......
lowQualScore : 1111 77777 1 9 33 3 0 3 3 7777 99 22 7 777 3333333 2222 000000
consensus : AACTAGACCTATCA----CTGAAG-----G-TGATTAATA-CCCCCGCATT-AATTAAGTCAGCATCACAAANTTT-GTGTC-ATGCAC----ATC--TAC--GTT-TGA---TG-------TTG----CAAA------GTATCAAGTCA
Reference ( family-3871 ) : AACTAGACCTATCA----CTGAAG-----G-TGATTAATA-CCCCCGCATT-AATTAAGTCAGCATCACAAANTTT-GTGTC-ATGCAC----ATC--TAC--GTT-TGA---TG-------TTG----CAAA------GTATCAAGTCA
gi|1 : CCTATCA----GGGAAA-----GATAATTAATT-CCCCTACACT-TATTAAGCCAGCATCACAAATTTT-GTGAC-ATGCAC----ATT--CATTAGTT-TGAACTTGATC----TTGAATACAAA------TTATCATGTCA
gi|10 : tgAACTAGACCTACCA----CTGAAG-----G-TGATAAATA-CCCCAACCTT-AATTAAGGCAGCTTTATGAAaaagtctgaaatg
gi|11 : tagaTTAAGCCAGCATCACAAATTTT-GCATC-ATGt
gi|12 : ctacactctaacatG-----G-CGATTAATA-CCCCTGCATTGAATTAAGTCAGCAACACAAATTTTGGTGTC-ATGCAC----ATtcattatcatgttgaac
gi|13 : CTAGACCCATCA----CTGAAG-----G-TGGTTAATA-GCCCCGCATT-AATTAGGTCAGCATCA
gi|14 : atTTAATA-TCCCTGCATC-AATTAAGTCAGCATCACAAAATCA-ATGGC-ATGCAT----AT
gi|15 : TCAGCATCACAAAAGTT-GTGTC-ATGCAT----TGC--TAC--ACT-TGA---TG-------ATG----
gi|16 : AACTAGACTTATCA----TTGAAA-----G-TGATTAATA-CCCC
gi|17 : aaAACTAGACCTATCA----CTGAAG-----G-TGATTAATA-a
gi|2 : aACTACAGCCATCA----CTGAAG-----G-TAATTAAAA-CTACCACATT-AATTAAGTCAGCATCACAAAATGT-GTGTCAATGTGC----ATTGGTAC--GTGATGA---TGATCATGTTTA----CAAAGCACTGGTATAAAGTCAac
gi|4 : CTATTA----ATGAAG-----G-TGATTAATA-CCCCATCATT-AATTAAGTCAG--TCACAAAGTTT-GTGTC-AAACACATAGATC--TAC--GTT-TGA---TG-------TTG----CAAA------GTATCAAGTCA
gi|5 : taaatctAATTAGATCTAGCA----TTGAAA-----G-TGATAAATA-CCCCCTTATT-AATTAAGTCAGCTTCACAAAGTTT-GTGTC-AAACAC----ATC--TAC--GTT-TCA---TG-------TTG----CAAA------GTATCAAGTCA
gi|6 : AACTAGATCTAGCA----TTGAAA-----G-TGATAAATA-CCCC-------------GTCAGCGTCACAAAGTTT-GTGTC-AAACAC----ATC--TAC--ATT-TGA---TG-------TTG----CAAA------GTATCAAGTCA
gi|7 : tAGACCTATCAGTCACTGAAG-----G-TGATTAGTA-TCCCCACAAT-AATTAAAACAGCCTCACAAAATTG-TTGGC-ATGCAC----AT
gi|8 : CTAGACCTATCA----CTGAAA-----G-TGATTAATACCCCCCACATT-AATTAAATCAGCATCACAAATGTT--TGTC-ATGCAC----ACC--T
gi|9 : CTATCA----CTGAAGTGACTG-TGATTAATA-CCCCAGCATT-CATT--GTCAACATCACAAAATTT-GTGTC-ATATAC----AT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|3 ): CAACCTAATGCCTTATAATCTATGTGTAATATTGGAGCTGCATCATTAATATTGAGGTAAACATGATAATGTTCTGAACATGAAATCTTACATACTGATTATCGCGAGTCCTGAAAGGT
Alignments
lowQualScore : 111 3333333 1111 222222
lowQualScore : 7777 77777 3 2 77 3 1 3 3 7777 77 99 6 111 3333333 4444 333333
lowQualScore : .... ..... . . .. . . . . .... .. .. . ... ....... .... ......
lowQualScore : 1111 77777 1 9 33 3 0 3 3 7777 99 22 7 777 3333333 2222 000000
consensus : AACTAGACCTATCA----CTGAAG-----G-TGATTAATA-CCCCCGCATT-AATTAAGTCAGCATCACAAANTTT-GTGTC-ATGCAC----ATC--TAC--GTT-TGA---TG-------TTG----CAAA------GTATCAAGTCA
Reference ( family-3871 ) : AACTAGACCTATCA----CTGAAG-----G-TGATTAATA-CCCCCGCATT-AATTAAGTCAGCATCACAAANTTT-GTGTC-ATGCAC----ATC--TAC--GTT-TGA---TG-------TTG----CAAA------GTATCAAGTCA
gi|1 : CCTATCA----GGGAAA-----GATAATTAATT-CCCCTACACT-TATTAAGCCAGCATCACAAATTTT-GTGAC-ATGCAC----ATT--CATTAGTT-TGAACTTGATC----TTGAATACAAA------TTATCATGTCA
gi|10 : tgAACTAGACCTACCA----CTGAAG-----G-TGATAAATA-CCCCAACCTT-AATTAAGGCAGCTTTATGAAaaagtctgaaatg
gi|11 : tagaTTAAGCCAGCATCACAAATTTT-GCATC-ATGt
gi|12 : ctacactctaacatG-----G-CGATTAATA-CCCCTGCATTGAATTAAGTCAGCAACACAAATTTTGGTGTC-ATGCAC----ATtcattatcatgttgaac
gi|13 : CTAGACCCATCA----CTGAAG-----G-TGGTTAATA-GCCCCGCATT-AATTAGGTCAGCATCA
gi|14 : atTTAATA-TCCCTGCATC-AATTAAGTCAGCATCACAAAATCA-ATGGC-ATGCAT----AT
gi|15 : TCAGCATCACAAAAGTT-GTGTC-ATGCAT----TGC--TAC--ACT-TGA---TG-------ATG----
gi|16 : AACTAGACTTATCA----TTGAAA-----G-TGATTAATA-CCCC
gi|17 : aaAACTAGACCTATCA----CTGAAG-----G-TGATTAATA-a
gi|2 : aACTACAGCCATCA----CTGAAG-----G-TAATTAAAA-CTACCACATT-AATTAAGTCAGCATCACAAAATGT-GTGTCAATGTGC----ATTGGTAC--GTGATGA---TGATCATGTTTA----CAAAGCACTGGTATAAAGTCAac
gi|4 : CTATTA----ATGAAG-----G-TGATTAATA-CCCCATCATT-AATTAAGTCAG--TCACAAAGTTT-GTGTC-AAACACATAGATC--TAC--GTT-TGA---TG-------TTG----CAAA------GTATCAAGTCA
gi|5 : taaatctAATTAGATCTAGCA----TTGAAA-----G-TGATAAATA-CCCCCTTATT-AATTAAGTCAGCTTCACAAAGTTT-GTGTC-AAACAC----ATC--TAC--GTT-TCA---TG-------TTG----CAAA------GTATCAAGTCA
gi|6 : AACTAGATCTAGCA----TTGAAA-----G-TGATAAATA-CCCC-------------GTCAGCGTCACAAAGTTT-GTGTC-AAACAC----ATC--TAC--ATT-TGA---TG-------TTG----CAAA------GTATCAAGTCA
gi|7 : tAGACCTATCAGTCACTGAAG-----G-TGATTAGTA-TCCCCACAAT-AATTAAAACAGCCTCACAAAATTG-TTGGC-ATGCAC----AT
gi|8 : CTAGACCTATCA----CTGAAA-----G-TGATTAATACCCCCCACATT-AATTAAATCAGCATCACAAATGTT--TGTC-ATGCAC----ACC--T
gi|9 : CTATCA----CTGAAGTGACTG-TGATTAATA-CCCCAGCATT-CATT--GTCAACATCACAAAATTT-GTGTC-ATATAC----AT
blockSeqs : GTCA TGACT . C AA G T G A ATAG GG . A . ATCATGT . GCACTG
blockSeqs : . . . . TG . T . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . CG . A . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . TG . A . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . CA . A . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . AT . G . . . .
blockSeqs : . . . . CT . G . . .
blockSeqs : . . . . CA . G . . .
blockSeqs : . . . . CA . A . . .
blockSeqs : . . . . AG . T . . .
blockSeqs : . . . . . . A . .
blockSeqs : . . .
blockSeqs : .
blockSeqCons : ** *** ******* ****
originalCons : AACTAGACCTATCA----CTGAAG-----G-TGATTAATA-CCCCCGCATT-AATTAAGTCAGCATCACAAANTTT-GTGTC-ATGCAC----ATC--TAC--GTT-TGA---TG-------TTG----CAAA------GTATCAAGTCA
finalCons : AACTAGACCTATCA----CTGAAG-----G-TGATTAATA-CCCCCGCATT-AATTAAGTCAGCATCACAAANTTT-GTGTC-ATGCAC----ATC--TAC--GTT-TGA---TG-------TTG----CAAA------GTATCAAGTCA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|3 ): CAACCTAATGCCTTATAATCTATGTGTAATATTGGAGCTGCATCATTAATATTGAGGTAAACATGATAATGTTCTGAACATGAAATCTTACATACTGATTATCGCGAGTCCTGAAAGGT
Alignments
lowQualScore : 111 3333333 1111 222222
lowQualScore : 7777 77777 3 2 77 3 1 3 3 7777 77 99 6 111 3333333 4444 333333
lowQualScore : .... ..... . . .. . . . . .... .. .. . ... ....... .... ......
lowQualScore : 1111 77777 1 9 33 3 0 3 3 7777 99 22 7 777 3333333 2222 000000
consensus : AACTAGACCTATCA----CTGAAG-----G-TGATTAATA-CCCCCGCATT-AATTAAGTCAGCATCACAAANTTT-GTGTC-ATGCAC----ATC--TAC--GTT-TGA---TG-------TTG----CAAA------GTATCAAGTCA
Reference ( family-3871 ) : AACTAGACCTATCA----CTGAAG-----G-TGATTAATA-CCCCCGCATT-AATTAAGTCAGCATCACAAANTTT-GTGTC-ATGCAC----ATC--TAC--GTT-TGA---TG-------TTG----CAAA------GTATCAAGTCA
gi|1 : CCTATCA----GGGAAA-----GATAATTAATT-CCCCTACACT-TATTAAGCCAGCATCACAAATTTT-GTGAC-ATGCAC----ATT--CATTAGTT-TGAACTTGATC----TTGAATACAAA------TTATCATGTCA
gi|10 : tgAACTAGACCTACCA----CTGAAG-----G-TGATAAATA-CCCCAACCTT-AATTAAGGCAGCTTTATGAAaaagtctgaaatg
gi|11 : tagaTTAAGCCAGCATCACAAATTTT-GCATC-ATGt
gi|12 : ctacactctaacatG-----G-CGATTAATA-CCCCTGCATTGAATTAAGTCAGCAACACAAATTTTGGTGTC-ATGCAC----ATtcattatcatgttgaac
gi|13 : CTAGACCCATCA----CTGAAG-----G-TGGTTAATA-GCCCCGCATT-AATTAGGTCAGCATCA
gi|14 : atTTAATA-TCCCTGCATC-AATTAAGTCAGCATCACAAAATCA-ATGGC-ATGCAT----AT
gi|15 : TCAGCATCACAAAAGTT-GTGTC-ATGCAT----TGC--TAC--ACT-TGA---TG-------ATG----
gi|16 : AACTAGACTTATCA----TTGAAA-----G-TGATTAATA-CCCC
gi|17 : aaAACTAGACCTATCA----CTGAAG-----G-TGATTAATA-a
gi|2 : aACTACAGCCATCA----CTGAAG-----G-TAATTAAAA-CTACCACATT-AATTAAGTCAGCATCACAAAATGT-GTGTCAATGTGC----ATTGGTAC--GTGATGA---TGATCATGTTTA----CAAAGCACTGGTATAAAGTCAac
gi|4 : CTATTA----ATGAAG-----G-TGATTAATA-CCCCATCATT-AATTAAGTCAG--TCACAAAGTTT-GTGTC-AAACACATAGATC--TAC--GTT-TGA---TG-------TTG----CAAA------GTATCAAGTCA
gi|5 : taaatctAATTAGATCTAGCA----TTGAAA-----G-TGATAAATA-CCCCCTTATT-AATTAAGTCAGCTTCACAAAGTTT-GTGTC-AAACAC----ATC--TAC--GTT-TCA---TG-------TTG----CAAA------GTATCAAGTCA
gi|6 : AACTAGATCTAGCA----TTGAAA-----G-TGATAAATA-CCCC-------------GTCAGCGTCACAAAGTTT-GTGTC-AAACAC----ATC--TAC--ATT-TGA---TG-------TTG----CAAA------GTATCAAGTCA
gi|7 : tAGACCTATCAGTCACTGAAG-----G-TGATTAGTA-TCCCCACAAT-AATTAAAACAGCCTCACAAAATTG-TTGGC-ATGCAC----AT
gi|8 : CTAGACCTATCA----CTGAAA-----G-TGATTAATACCCCCCACATT-AATTAAATCAGCATCACAAATGTT--TGTC-ATGCAC----ACC--T
gi|9 : CTATCA----CTGAAGTGACTG-TGATTAATA-CCCCAGCATT-CATT--GTCAACATCACAAAATTT-GTGTC-ATATAC----AT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|3 ): CAACCTAATGCCTTATAATCTATGTGTAATATTGGAGCTGCATCATTAATATTGAGGTAAACATGATAATGTTCTGAACATGAAATCTTACATACTGATTATCGCGAGTCCTGAAAGGT