lowQualScore : 1 2222 111111111111 11111 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666 33333333333333333333333333 1 22222222222222 1 11 33 1 1
lowQualScore : 33 7 33 77777777 555 7777 2 333 2 55555 4 000000000000 3 22222 333 8888 22 2 4444 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222 22 4 4 0 77777777777777777777777777 2 55 0 88888888 55555555555555 55 2 2 6 33 99999999 1 2 3 2 2 6 33 2 33 2 11 8 555 3 888 3 3 44 4 4 5 3 33 2 5 4 555 555 888888 44 99999 6
lowQualScore : .. . .. ........ ... .... . ... . ..... . ............ . ..... ... .... .. . .... ....................................................... .. . . . .......................... . .. . ........ .............. .. . . . .. ........ . . . . . . .. . .. . .. . ... . ... . . .. . . . . .. . . . ... ... ...... .. ..... .
lowQualScore : 11 0 11 66666666 444 6666 1 555 0 33333 4 222222222222 8 55555 333 0000 88 0 2222 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222 88 2 5 9 77777777777777777777777777 2 11 4 11111111 22222222222222 33 1 1 1 44 11111111 9 7 2 5 5 7 66 9 99 7 44 3 444 3 555 1 1 55 2 7 5 1 99 9 9 1 000 000 222222 11 11111 7
consensus : TTTATTT--ATAGAAGGTAA--CACATTATGACAT--------AATACA--ATTGA--A-TTCAAGGTA---CACA-TC-----ATATTTTCAATAT------------GGCCTTCTGCAACAACATTTAA-AACATTACAATATAATAT-T-A-CAAA---TTA---NAATGTA--T-A----A-----------A------------------TA--------C--------T-----TGTGACAAACACTCA--ATTTAGTAANGCATGC-A---AAT--AT---T----------AG-C-NTTTATAC-------AT--T-----TG---TACATTTATACTATTTT--ATTCA-AACAA-CAACAAANATCATTTAT--TAGGTGAT--------TGGAGAAG-GTAATTTCTATA-TTGACAT-TTAAATGAGTGAATATTT-TGA-A--AG-ATGTCTTATAGA---TACTGGTATA---GC-ATTCCATATT-AG-TGTACTANTATAACTAAAGCTA-TTTTTTAAA--TAATTGGTGCAAGCC-TTTTGAGNAACGAGATCTTT---TCT---ATC------AATAGATCGTAAGTTATATGATGTATTATT-----TGAAAATGTCAAAAGGTTTGATATA
Reference ( gi|4 ) : TTTATTT--ATAGTAGGTAA--CACATTATGACAT--------AATACA--ATTTT--A-TTCAAGGTA---CACA-TC-----ATACTTTCAATAT------------GGCCTTCTGCAACAACATTTAA-AACATTACAATATAATAT-T-A-CAAA---TTA---CAATGTA--T-A----A-----------A------------------TA--------C--------C-----TGTGACAAACACTCA--ATTTAGCAAAGCATGC-A---AAT--AT---T----------AG-C-CTTAATAT-------AT--T-----TG---AACATTTATACTATTTT--ATTCA-AACAA-TAACAAAAATCATTTAT--TAGGTGAT--------TGGATAAG-GTAATTTCTATA-TTGACAT-TTAAATGAGTGAATATTT-TGA-A--AG-ATGTC--ATATA---TACTTGTATA---GC-ATTCCATATT-AA-TCTACTAGTATAACCAAAGCTA-TTTTTTAAA--TAATTGGTGCAAGCC-TTTTGAGTAACAAGATCTTT---TCT---ATC------AATAGATCGTAAGTTATATGATGTATTATT-----TGAAAATGTCAAAAGGTTTCATATA
gi|3 : TTTATTT--ATAGAAAGTAA--CACATTATGACAT--------AATACA--ATTTT--A-TTCAAGGTG---CACA-TC-----ATACTTTCAATATTATTATTATCCAGGCCTTCTGCAACAACATTTAA-AACATTACAATATAATAT-T-G-CAAA---TTA---CAATGTA--T-A----A-----------A------------------TA--------C--------T-----TGTGACAAACACTCA--ATTTAGCAAAGCATGC-A---AAT--AT---T----------AG-C-CTTAATAT-------AT--T-----TG---AACATTTATACTGTTTT--ATTCA-AACAA-TAACAAAAATCATTTAT--TAGGTGAT--------TGGATAAG-GTAATTTCTATA-TTGACAT-TTAAATGAGTGAATA-TT-TGA-A--AG-ATGTC--ATATA---TACTTGTATA---GC-ATTCCATATT-AA-TGTACTAGTATAACCAAAGCTA-TTTTTTAAA--TAATTGGTGCAAGCC-TTTTGAGTAACAAGATCTTT---TCT---ATC------AATAGATCGTAAGTTATATGATGTATTATT-----TGAAAATGTCAAAAGGTTTCATATA
gi|2 : TTTATTTTTATAGAAGGTAA--CACATTATGACATTGTCACATAATACA--ACTGA--A-TTTAAGGTA---CACA-TC-----ATCTTTTCAATAT------------GGCCTTCTGCAACAACATT-AA-AACATTACAATATAATAT-T-A-CAAA---TTA---CAATGTA--T-A----A-----------A------------------TA--------C--------T-----TGTGACAAACACTCA--ATTTAGCAAAGCATGC-A---AATT-ACCGGT----------AG-C-CTTTATAT-------AT--T-----TG---TACATTTATACTATTTT--ATTCA-AACAA-TAACAAAAATCATTTAT--TAGGTGAT--------TGGAGAAA-GTAATTTCTATA-TTGACAT-TAAAAAGAGTGAAT-TTT-TGA-A--AG-ATGTCTTATAGA---TACTAGTATA---GC-ATTCCATATT-AG-TGTACTAGTATAACTTAAACTATTTTTTTAAA--TAATTGGTGCAAGCC-TTTTGAGAAACGAGATCTTT---TCT---ATC------AATAGATCATAAGTTATATGATGTATTATT-----TGAATATGTCAAAAGGTTTGATATA
gi|5 : tTTTATTT--ATAGAAGGTAA--CACATTATGACAT--------AATACA--ATTTG--AATTCAAGGTA---CACA-TC-----ATATTTTCAATAT------------GGCCTTT--CAACAACATTTAA-AATATTACAATATTATAT-T-A-CAAA---TTA---CAATGTA--T-A----A-----------A------------------TA--------C--------T-----TGTGACTAACACTCA--ATTTAGCAAAGCTTAC-A---AAT-------T----------AG-C-CTTTATAT-------AT--T-----TG---TACATTTATACTATTTTT-ATCCA-AACAA-TAACAAAAATCATTTAT--TAGGTGAT--------TGGAGAAG-GTAATTTCTATA-CTGACAT-TTAAATGAGTGAATATTT--GA-A--AG-ATGTCTTATAGA---TACTGGTATA---GC-ATTCCATATT-AG-TGTACTAGTATATCTAAAGTTT-TTTTTTAGA--TAATAAGTGCAAGCC-TTTTGAGTAACGAGATCTTT---TCT---ATC------AATAGATCGTAAGTTATATGATGTATT------------------AAAAGGTTTGATATAtagggtg
gi|9 : TTTATTG--ATAGAAGGTTA--CACATTATGACAT--------AATACA--ATTGA--A-TTCAAGGTA---CACA-TC-----ATATTTTCAATAT------------GGCCTTGTGCAACAACATTTAA-AACATTACAATATAATAT-T-A-CAAA---CTA---CAATGTA--T-A----A-----------A------------------TA--------C--------T-----TGTGACAAACACTCA--ATTTAA-AAAGCATGCAA---AAA--AT---T----------AG-C-TATTATAT-------AT--T-----TT---AACATTTATACTATTTT--AATAA-AACAA-TAAAAAAAATCATTTAT--TAGGTGAT--------TGGAGAAG-GTAATTTCTATA-TTGACAT-TTAAATGAGTGAA---TT-TGA-A--AG-ATGTC--TTAT
gi|6 : ataatatcTTTATTT--TTAGAAGGTAA--CACATTATGACAT--------AATACT--ATTTG--A-TTCAAGGTA---C----TT-----ATGTTTTCAATAT------------GGCATTCTGCAACAACATTTAA-AGCATTACAATATAGCAT-T-AACAAA---TGA---AAATATA--T-A----A-----------AAAAAACAATCATTTACTATA--------C--------T-----TGTGACAAACACTTT--ATTTAGTAATGCAT---A---TAT--CT---T----------AG-CATTTATTA--------AT--A-----TG---CACATTTATAC-ATTT---ATTAA-AACAA-AAACAAA------------------------------GAAAAGAGTAATTT-TATA-TTGACGT-TTAAATGAGTGAATATTT--GA-A--AT-ATGTC--TTATAGATTACTGGTATA---GG-AT-----ATT-AG-TATACTATTATAACTAAAACTA-TTTT-TAAA--TAATTGGTGCAATCC-TGTTGAGAAACAAGATCTTT---TCC---TTC------AAAAGATTTTGAGTTATATGACGAAT
gi|15 : atcTTTATTT--ATTGAAGGTAA--CACATTATGACAT--------AATACA--ATTGA--A-TTCAAGGTA---CACA-TC-----ATATTTTCAATAT------------GGCCTTCTGCAACAACATTTAA-AACATTACGATATAATAT-T-A-CAAA---TTA---CAATGTA--T-A----A-----------A------------------TA--------C--------T-----TGTGACAAACACTCA--ATTTAGCAAAGCATGC-A---AAT--A
gi|20 : ataatatcTTTATTT--ATAGAAGGTAA--CACAATATGAC------------TA-----TTGA--A-TTCAAGGTA---CATA-TC-----ATATTTTCAATAT------------GGGCTTCTGCAACAACATTTGA-AACATAACAATATAATAT-TAA-CAAA---TTA---AAATGTA--T-A----AATACAACT---A------------------TA--------C--------T-----TGTGACAAACACTCA--ATTTAGTTAAGCATGT------AT--CT---T----------AG-C-ATTTATAT-------AT--A-----TG---TACATTTATACT-TTTTCAATTGA-AACAATTAACAAacgagatcttttctatcagtaaatagttatatgatgtattattttaaaatgtcaaaaggtttgatatata
gi|22 : ttatcTTTATTT--ATAGAAGGTAA--CACATTATGGCAT--------TATACG--ATT--------CAAGATA---CACG-TC-----ATATCTTCAATAT------------GGCCTTCTGCAACAACAATTAA-AACATTACAATATAATAT-----CAAACATTTA---AAATGTA--T-T----A-----------A------------------TA--------CAACTATATT-----TATGACAAACACTCA--ATTT---AATGCGTG------AAT--CT---T----------AG-T-ATAAAAGT-------AT--G-----T-----ACATTTATACTATTTT--ATTCA-AAAAG-AAACAAttatt
gi|11 : taTTTATTT--ATAGAAGGTAA--CAG--TATGACAT--------AATACT--ATTAA--A-TTCAAAGTA---TACA-TC-----ATATTTTCAATAT------------GGCCTTCTGCAACAACATTTAA-AACATTACAATATAATAT-TAA-CAAA---TTA----AATA------A----ACT---------A------------------TA--------C--------T-----TCTGACAAGCACTTA---------AAAG-ATGC-T---GAT--A----T----------AG-C-ATT-CCAT-------AT-------------AAAGTT--TACTATT--------------A-CAACTAAAGCTATTT-T--TAAATAAT--------Tct
gi|16 : aatatcTCTATTT--ATAGAAGGTAA--CACATTATGATAT--------AATACT--ATTAA--A-ATCAAGGTAACATACA-TTTTGTAATATTTTCAATAT------------GGCCTTCTGCAGCAATATTTAA-AACAATGCAATACAATATAA-A-CAAA---TTA---AAATGTA--TCA----ACAAATACAACTA------------------TA--------C--------T-----TGTGACAAACACTCA--GTTTAATAATACATGT------AT--CT---T----------AG-C-ATTTATAC-------ATG-TACACATG---TACATTTATAGAATTTcgtgcaagccttttgagaaacgagatcttttctatcaatagaaatagatagtaagttacatgatgtaatatttgaaaatgtca
gi|21 : TTCATTT--ATAGAAGGTAA--CACAT---GA-AT--------A-TACA--GTTGA--A-TTCAACGTA---CACA-TA-----ATATTTTCAATAT------------GGCCTTCTGCAACAACATTTAA-AACATTACAATATAATAT-T-A-TTAA---TTA---CAAT-----T-A----A-----------A------------------TA--------aaaaca
gi|17 : taataatattTTTATTT--ATAGAAGGTAA--CACATTATGAC----------AATACA--ATTTTGAA-ATCAAGGTA---CACAGTC-----AT--TTTCAAAGT------------GGCCTTATAC-------------AACATTGCGATATAATAT-C-ATCAAA---TTA---AAATGTATTT-AGTACA-----------ACTT---------------TA--------C--------T-----TTTGACAAATACTCA--A-TTAATACTGCATGC-A---TCTTAAG---T----------AG-C-ATTTATAC-------ATAATGA---TG---TATAATTATACTGTTTT--ATACA-AACAA-CAACAAATATCattggtgcaagccttttgagtaacgggatcttttctatcaatagatatatgatgttttataagaaaatgtcaaaaggtttgatatatagggtgg
gi|14 : atatcTTTATTT--GTAGAAGGTAA--CACCTTACCATAT--------AATACATTATTGA--A-ATCAGCATA---CACA-TT-----ATATTTCCATTGT------------GGTCTTCTACGACAACATTTAACAACATTGCAATATAATAT-CAA-CATA---TTA---CAATGTA--T-G----G-----------A------------------TA--------CAGCTTAT-T-----TATGACAAACACTCA--A-TTAGTGATCCATTC-ATCCAATGAAT---TATATAACACAAGTC-CTTGATGC-------ATC-T-----TGAGTAGCATTTATAC
gi|28 : ataacagtaagatcTTTATTT--ATAGACGGTAA--CACATTACGACAT--------AATACA--ACATTGAA-ATCAAGGTA---CACA-TC-----TTATTTTCAATGT------------GGCTTTCTACAGCAACATTAAA-AATAacatatgtatatt
gi|31 : ataatatcTTTATTT--ATAGAAGGTAAAACCCATTATAACAT--------AATACA--ATTTTGAA-ATCAAGGTA---CACA-T
gi|10 : aatcatataTTATTT--ATAAAAGGTAA--CATATTATGACAT--------AATAC-------T--A-T-CAAGGT----TACA-TC-----ATAAGTTCAATGT------------GACCTTCTGCAACTGTATT-------A--ACAATAT----T-C-G-CAAA---TTA---AAATGCA--T-A----A-----------A------------------TAAAACTATAC--------T-----TATGACAAACACTCG--ATTAAGTAATGTGTGC-A-----T--GT---T----------TG-C-ATTTATTC-------AT--A-----TG---TACATTTGTACTATTTT--ATTCT-AACAG-CAACAAATATCATCTAT--TAATTAAC--------AGGAGAAG-GTAATTT-TATA-TTGACAT-TTAAATGAGTGAATATTTGTGC-ACTAG-ATG
gi|27 : catattaTAATT--GTAGACGGTAA--CACATCATGACGT--------AATACT--ATTGA--A-TTCAAGGTA---CACA-TC-----ATATTTTCAATAA------------GGCCTTCCGCAACAACATTTAA-AACATTTCATTATAATATAA-A-CAAA---Tatactagcctatggac
gi|1 : TCT--ATAGAAGGCAA--CCTATTATGACAT--------AATACT--ATTAA--A-TTCAAGGCA---CACA-TC-----ATACTTTCAATGT------------TGCCCTCTACAAAAACATTTAA-AGCATTACAATATAATAT-TAA-TAAA---TTA---AAATGTA--T-A----G-----------ATACAACTT----------TA--------C--------T-----TGTGACAATCAATCA--ATTTAGTAAaaaa
gi|8 : ataataattatatcttaattaatCATTATTACAT--------AATACA--ATTGA--A-TTCAACGTA---CACA-TA-----GTATTTCCAATAT------------GGCCT---GCAACAACATTTGA-AACATTAAAATATAATAT-T-A-CAAA---TAA---CAATGTA--T-A----T-----------G------------------TA--------T--------T-----TGTGACAAACATTCA--ATTTAGCAAAGCATGC-A---A----AT---T----------AG-C-CTTTATAT-------AT--T-----TG---TACATTTATA------------CA-AACAA-TAACAAAACTCATTTAT--TAGGTGAT--------TGGAGAAG-GTAACTTCTATA-TAAACAT-TTAAATAAGTGAATA-TT-TGA-A--AG-ATGTCTTATAGA---TACTGGTATA---GA-ATTCCATATT-TG-TGTACAACTATAACTTAAGCTC-TTTTTTAAA--TAATTGGTGCAAGCC-TTTTGAGTAACAAGATCTTT---TCT---ATC------AAtacagttaaacctgcatagtatgctgtcaccttgaggcttggggttttagttaggcagataaggctgtatatgtatctcaccatttatacacatgtgtatttatactattgtatcaaacaacggcaaatgcaattcattcggtgattggagaaggtaatttctatattgagtcttagataaaaaatgttttaaagatgtcttatagatactgatatagtcttcaatttagtgtactattataattaaagctattctttaaataatttgtgcaagccttttcagaaacagttttttttctctataaacag
gi|7 : aatatAGGTT---CACA-TC-----ATACTTTCATTAT------------GGCCTTCTGCAACA---TTTAA-GACATTATAATATAATAT-T-AACAAA---TTA---AAATGAA--T-A----A-----------A------------------TA--------C--------TATACTTATGACAAACACTCATCAT---------CAT-------------T---T----------AT-C-CTTA---T--------T--T-----TG---TACATTTATATTATTTT--ATTCA-AACAA-TAACAAAAATAATTTAT--TAGGTGAT--------TGGAGAAA-TTCTTTTCTATT-TTGACTT-TTAAATGAGTGAATATTTGTAA-A--AG-GTCTT--ATAGA---TACTGGTATA---GC-CTTCCATATC-AG-TGTACTAATATAGCTAACGCTA-TTTTTTAAA--TAATTGGTGCAAGCCTTTTTGAGAAACAAGATATTT---TCT---ATC------AATCTATAGTATATTATATGATGTATTATA-----TGAACATGTCAAAAGGTTTCAGATA
gi|18 : TTTCTATAT------------TGCCTTTTGCAACAACATTAAC-AACAATACAATATACTAT-T-AATAAT---TTAATTTAATGTA--T-A----A-----------ACACATCTATTAT------TA--------C--------T-----TATGACATACACTCA--ATTTAGTAATTCATAC-A-----T--TC---T----------AG-C-ATTTATAC-------AT--A-----TG---TACATTTATACTATTGT--ATTC--AACAA-CAATAAATATCATTTATAAGAGGTGGTAAAATATATAGATATG-AAAAT---TATATTTAATAT-ATAAAttgggtgg
gi|25 : aTTAACAACATTGCAATAGAATAT-T-AGCAAA---ACA---AAATGAA--T-A----A-----------A------------------T-----------------------------TAAAC--TCA--ATTTAGTAACGCATGC-A---TCT--A---------------AG-C-ATTTATACGTAAAAAAT--A-----TG---TACATTTATACTATTTT--ATTGA-AGCAa
gi|19 : T-T-A-CAAA---TTA---CAATGTA--T--------------------------------------------------------------------AAATACT-----TGTGACAAA-----C-A-----------------------------CTCAGT----------T--T-----TG---TACATTTATACTTTTTT--ATTCA-AACAA-TAACAAAAATCATTTAT--AAGTTGAT--------TATAGAAG-GTAATTTATATA-TTGACAT-TTAAATGAGTGAATA-TT-TGA-A--AG-ATGTCTTATAGA---TACTGGTATA---GC-ATTCCATATT-AG-TGTACTAGTATAACAAAAGCTA-TTTTTTAAA--TAATTGGTGCAAGCC-TTgaatatttcaagtatattt
gi|23 : tt-----TATGGCAAACACTTT---TTTAGTAATGTATTC-A-----T--CA---T----------AG-C-CTCTATAC-------AT-------------AATTTTTTTA-TGTATA--ATGTACAACAA-CAACACATATCATTTGT--CTTGTGAT--------TGGTGAAA-GTA--TTTTATA-TTGACAT-GTAAGTGAG-GGGTA-TC-TAA-A--CG-ATGTCTTATAAA---TACTGGCATA---GC-ATTCCACATA-AA-
gi|13 : tCATTTATACTATTTT--ATTCA-AACAA-TAACAAATATCATTTAT--TAGGTGAT--------TGGAGAAG-GTAATTTCTATA-TTGACAT-TTAAATGAGTGAATATTT--GA-A--AG-ATGTC--ATATT---TACTGGTATA---GC-ATTCCATATT-AG-TGTACTAGTATAACTAAAACTA-TTTATTAAA--TAATTGGTGCAAGAC-TTCTGAGTAACGAGATCTTT---TCT---ATC------AATAGATCATAAATTATATGATGTATTATT-----TGAAAATATCAAAAGGTTTGATATA
gi|1 : ATTTATACTATTGT--AT-CA-AACAA-CGGCAAATGCAATTCAT--TCGGTGAT--------TGGAGAAG-GTAATTTCTATA-TTGAGTC-TTAGATAAA-AAATGTTT-T-A-A--AG-ATGTCTTATAGA---TACTGATATA---GT-CTTCAAT-TT-AG-TGTACTATTATAATTAAAGCTA-TTCTTTAAA--TAATTTGTGCAAGCC-TTTTCAGAAAC-AGTTTTTTTTCTCT---ATA------AACAGtgg
gi|12 : ataataattatatcttaattaattctatagaaggcaacctattatgacataatactattaaattcaaggcacacatcatactttcaatgttgccctctacaaaaacatttaaagcattacaatataatattaataaattaaaatgtatagatacaactttacttgtgacaatcaatcaatttagtaatacagttaaacctgcatagtatgctgtcaccttgaggcttggggttttagttaggcagataaggctgtatatgtatctcaccatttatacacatgtgt-AAAAA-TAACAACTATATTTTGT--CTGGTGAT--------TGGAGAAG-GTTATGTTTATA-TCGACAT-TTAAACGAATGGATATTT--GA-A--AG-GTGTCTAATAGA---TGCAGGTATAT--GCCATTCCATACT-AA-TGTACTGTTATAGTTAAACCT--TTTTTTAAAAATATTTAGTGCAAGCC-TTTCGAAAAACGAGATCTTT---CCT---ATC------GATAGATCGTAATTTATATGATGTTTTATT-----TGAAAATGACAAAACCTTTGATATA
gi|29 : ATAA-CAACAAATATCATTTGT--CTGGTGAT--------TGGTGAAG-GTA-TTTTTATA-CTGGCAT-TTAAATGAGCGGATATtatgagagagttgtatta
gi|11 : ATA-TTAACAAATTAAATAAACTA-TACTTCTGACA--AGCACTTA--AAAGA---TGCTGATATA---GC-ATTCCATATA-AAGTTTACTATTACAACTAAAGCTA--TTTTTAAA--TAATTCGTGCAAGCC-TTTTGAGAAACGAGATCTTT---TCT---ATCAATAGAAATAGATAGTAAGTTACATGATGTAATATT-----TGAAAATGTCAgctgttgattgataggaccaacctatatt
gi|24 : aatatctttatttatagaaggtaacagtatgacataatactattaaattcaaagtatacatcatattttcaatatggccttctgcaacaacatttaaaacattacaatata-ATGTCTTATAGA---TACCGGTATAATAGC-ATTCCATATTTAG-TGTACTGTTATGACTAAAACTG-TTTTTTGAA--TAATTGATGCAGGCC-TATTGAGAAACGAGATATTT---T-T---AAC------AATATATCGTAAATTGTAC-AT---TTATT-----TAAAGAT
gi|26 : atatCTATTATAATTATACCTA-TTTTACAAA--TAATGGGTGAAATCC-TTATGAAAAACGAGATATTT---T-TAAAAAA------AATAGATAATAAATTGTATGATGTATTATTCAAAGTGCAAATATCAAAAGGTGTCATAa
gi|21 : tTTAAA--TAATTGGTGCAAGCC-TTTTGAGTAACGGGATCTTT---TCT---ATC------AATAGA--------TATATGATGTTTTATA-----AGAAAATGTCAAAAGGTTTGATATAgatacggggagt
gi|15 : taataatattttcatttatagaaggtaacacatgaatatacagttgaattcaacgtacacataatattttcaatatggccttctgcaacaacatttaaaacattacaatataatattattaattacaaAATAACGAGATCTTT---TCT---ATC------AGTAAAT----AGTTATATGATGTATTATT-----TTAAAATGTCAAAAGGTTTGATATAtagggtgg
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|30 ): TCGTATAGATACTGGTATAGTATTCCATATCAGTGACATATTAGTGCGATGTATCAAAAGCGCTTACAATTGTGGTAAAAAGTAGCAAACATTT
Alignments
lowQualScore : 11111 444444444444444444444444444444 11111111111111111 33333333333333333333333333 11111111 11
lowQualScore : 22 22 77777777 333 88 2 333 1 55555 999999999999 3 11111 333 4444 22 1 4444 555555555555555555555555555555 22222222222222222 44444 1 0 1 0 22222222222222222222222222 2 2 6666666 22 77777777 333 1 55 22 3 33 2 1 2 88 2 33 2 2 1 2 2 777 2 2 2 2 1 2 33 2 1 444 444 777777 2 88888 55
lowQualScore : .. .. ........ ... .. . ... . ..... ............ . ..... ... .... .. . .... .............................. ................. ..... . . . . .......................... . . ....... .. ........ ... . .. .. . .. . . . .. . .. . . . . . ... . . . . . . .. . . ... ... ...... . ..... ..
lowQualScore : 99 99 22222222 555 22 0 333 9 00000 888888888888 6 11111 222 2222 66 9 0000 000000000000000000000000000000 55555555555555555 55555 8 1 6 4 66666666666666666666666666 0 4 5555555 88 33333333 555 9 00 55 2 22 7 5 5 66 7 77 7 5 7 7 7 333 7 7 9 7 0 7 77 7 0 777 777 777777 8 33333 55
consensus : TTTATTT--ATAGAAGGTAA--CACATTATGACAT--------AATACA--A--TT-GAATTCAAGGTA---CACA-TC-----ATATTTTCAATAT------------GGCCTTCTGCAACAACATTTAA-AACATTACAATATAATAT-T-A-CAAA---TTAA---AATGTA--T-A----A-----------A------------------TA--------C--------T-----T-GTGACAAACACTCAATTTAGTAANGCATGC-A---AAT--AT---T----------AG-CNTTTATAC-------A--T--T-----T---GTA-CATTTATACTATTTT--ATTCAAACAA-CAACAAANATCATTTAT--TAGGTGATTGGAGAAG-GTAATTTCTATATTGACAT-TTAAATGAGTGAATATTT-TGA-A--A-G-ATGTCTTATA-GAT-ACTGGTATA---GC-ATTCCATAT-T-AGTGTAC-TANTATAACTAAAGCTATTTT-TTAAA--TAATTGGTGCAAGCC-TTTTGAGNAACGAGATCTTT---TCT---ATC------AATAGATCGTAAGTTATATGATGTATTATT-----TGAAAATGTCAAAAGGTTT--GATATA
Reference ( family-3741 ) : TTTATTT--ATAGAAGGTAA--CACATTATGACAT--------AATACA--A--TT-GAATTCAAGGTA---CACA-TC-----ATATTTTCAATAT------------GGCCTTCTGCAACAACATTTAA-AACATTACAATATAATAT-T-A-CAAA---TTAN---AATGTA--T-A----A-----------A------------------TA--------C--------T-----T-GTGACAAACACTCAATTTAGTAANGCATGC-A---AAT--AT---T----------AG-CNTTTATAC-------A--T--T-----T---GTA-CATTTATACTATTTT--ATTCAAACAA-CAACAAANATCATTTAT--TAGGTGATTGGAGAAG-GTAATTTCTATATTGACAT-TTAAATGAGTGAATATTT-TGA-A--A-G-ATGTCTTATA-GAT-ACTGGTATA---GC-ATTCCATAT-T-AGTGTAC-TANTATAACTAAAGCTATTTT-TTAAA--TAATTGGTGCAAGCC-TTTTGAGNAACGAGATCTTT---TCT---ATC------AATAGATCGTAAGTTATATGATGTATTATT-----TGAAAATGTCAAAAGGTTT--GATATA
gi|1 : TCT--ATAGAAGGCAA--CCTATTATGACAT--------AATACT--A--TT-AAATTCAAGGCA---CACA-TC-----ATACTTTCAATGT------------TGCCCTCTACAAAAACATTTAA-AGCATTACAATATAATAT-TAA-TAAA---TTAA---AATGTA--T-A----G-----------ATACAACTT----------TA--------C--------T-----T-GTGACAATCAATCAATTTAGTAATACA
gi|1 : ataataattatatcttaattaat-CATTTATAC-------A--C--A-----T---GTG-TATTTATACTATTGT--AT-CAAACAA-CGGCAAATGCAATTCAT--TCGGTGATTGGAGAAG-GTAATTTCTATATTGAGTC-TTAGATAAA-AAATGTTT-T-A-A--A-G-ATGTCTTATA-GAT-ACTGATATA---GT-CTTCAAT-T-T-AGTGTAC-TATTATAATTAAAGCTATTCT-TTAAA--TAATTTGTGCAAGCC-TTTTCAGAAAC-AGTTTTTTTTCTCT---ATA------AACAGgttaaacctgcatagtatgctgtcaccttgaggcttggggttttagttaggcagataaggctgtatatgtatctcaccatttatacacatgtgtatttatactattgtatcaaacaacggcaaatgcaattcattcggtgattggagaaggtaatttctatattgagtcttagataaaaaatgttttaaagatgtcttatagatactgatatagtcttcaatttagtgtactattataattaaagctattctttaaataatttgtgcaagccttttcagaaacagttttttttctctataaacag
gi|10 : ataataattatatcttaattaattctatagaaggcaacctattatgacataatactattaaattcaaggcacacatcatactttcaatgttgccctctacaaaaacatttaaagcattacaatataatattaataaattaaaatgtatagatacaactttacttgtgacaatcaatcaatttagtaatacagttaaacctgcatagtatgctgtcaccttgaggcttggggttttagttaggcagataaggctgtatatgtatctcacTTATTT--ATAAAAGGTAA--CATATTATGACAT--------AATACT--A--T-------CAAGGT----TACA-TC-----ATAAGTTCAATGT------------GACCTTCTGCAACTGTATT-------A--ACAATAT----T-C-G-CAAA---TTAA---AATGCA--T-A----A-----------A------------------TAAAACTATAC--------T-----T-ATGACAAACACTCGATTAAGTAATGTGTGC-A-----T--GT---T----------TG-CATTTATTC-------A--T--A-----T---GTA-CATTTGTACTATTTT--ATTCTAACAG-CAACAAATATCATCTAT--TAATTAACAGGAGAAG-GTAATTT-TATATTGACAT-TTAAATGAGTGAATATTTGTGC-ACTA-G-ATG
gi|11 : catattaTTTATTT--ATAGAAGGTAA--CAG--TATGACAT--------AATACT--A--TT-AAATTCAAAGTA---TACA-TC-----ATATTTTCAATAT------------GGCCTTCTGCAACAACATTTAA-AACATTACAATATAATAT-TAA-CAAA---TTAA--------A--T-A----AACT--------A------------------TA--------C--------T-----T-CTGACAAGCACTTA-------AAAG-ATGC-T---GAT--A----T----------AG-CATTC---C-------A-----------T---ATA-AAGTT-TACTATT-------------A-CAACTAAAGCTATTT-T--TAAATAATTatactagcctatggac
gi|11 : aatatcATATTAACAAATTAAATAAACTA-TACTTCTGACA--A-GCA---CTTAAAAGAT-GCTGATATA---GC-ATTCCATATAA-AGTTTAC-TATTACAACTAAAGCTA-TTT-TTAAA--TAATTCGTGCAAGCC-TTTTGAGAAACGAGATCTTT---TCT---ATCAATAGAAATAGATAGTAAGTTACATGATGTAATATT-----TGAAAATGTCAcgtgcaagccttttgagaaacgagatcttttctatcaatagaaatagatagtaagttacatgatgtaatatttgaaaatgtca
gi|12 : aatatctttatttatagaaggtaacagtatgacataatactattaaattcaaagtatacatcatattttcaatatggccttctgcaacaacatttaaaacattacaatataAAATAA-CAACTA-TAT--TTTGT--CTGGTGATTGGAGAAG-GTTATGTTTATATCGACAT-TTAAACGAATGGATATTT--GA-A--A-G-GTGTCTAATA-GAT-GCAGGTATAT--GCCATTCCATAC-T-AATGTAC-TGTTATAGTTAAACCT-TTTT-TTAAAAATATTTAGTGCAAGCC-TTTCGAAAAACGAGATCTTT---CCT---ATC------GATAGATCGTAATTTATATGATGTTTTATT-----TGAAAATGACAAAACCTTT--GATATA
gi|13 : aa-CATTTATACTATTTT--ATTCAAACAA-TAACAAATATCATTTAT--TAGGTGATTGGAGAAG-GTAATTTCTATATTGACAT-TTAAATGAGTGAATATTT--GA-A--A-G-ATGTC--ATA-TTT-ACTGGTATA---GC-ATTCCATAT-T-AGTGTAC-TAGTATAACTAAAACTATTTA-TTAAA--TAATTGGTGCAAGAC-TTCTGAGTAACGAGATCTTT---TCT---ATC------AATAGATCATAAATTATATGATGTATTATT-----TGAAAATATCAAAAGGTTT--GATATAtatgagagagttgtatta
gi|14 : TTTATTT--GTAGAAGGTAA--CACCTTACCATAT--------AATACATTA--TT-GAAATCAGCATA---CACA-TT-----ATATTTCCATTGT------------GGTCTTCTACGACAACATTTAACAACATTGCAATATAATAT-CAA-CATA---TTAC---AATGTA--T-G----G-----------A------------------TA--------CAGCTTAT-T-----T-ATGACAAACACTCAA-TTAGTGATCCATTC-ATCCAATGAAT---TATATAACACAAGTCCTTGATGC-------A--T--C-----TTGAGTAGCATTTATACtgg
gi|15 : ataacagtaagatcTTTATTT--ATTGAAGGTAA--CACATTATGACAT--------AATACA--A--TT-GAATTCAAGGTA---CACA-TC-----ATATTTTCAATAT------------GGCCTTCTGCAACAACATTTAA-AACATTACGATATAATAT-T-A-CAAA---TTAC---AATGTA--T-A----A-----------A------------------TA--------C--------T-----T-GTGACAAACACTCAATTTAGCAAAGCATGC-A---AAT--Aacatatgtatatt
gi|15 : ataatatcAATAACGAGATCTTT---TCT---ATC------AGTAAAT----AGTTATATGATGTATTATT-----TTAAAATGTCAAAAGGTTT--GATATAacgagatcttttctatcagtaaatagttatatgatgtattattttaaaatgtcaaaaggtttgatatata
gi|16 : ataatatctttatttattgaaggtaacacattatgacataatacaattgaattcaaggtacacatcatattttcaatatggccttctgcaacaacatttaaaacattacgatataatattacaaattacaatgtataaatacttgtgacaaacactcaatttagcaaagcatgcaTCTATTT--ATAGAAGGTAA--CACATTATGATAT--------AATACT--A--TT-AAAATCAAGGTAACATACA-TTTTGTAATATTTTCAATAT------------GGCCTTCTGCAGCAATATTTAA-AACAATGCAATACAATATAA-A-CAAA---TTAA---AATGTA--TCA----ACAAATACAACTA------------------TA--------C--------T-----T-GTGACAAACACTCAGTTTAATAATACATGT------AT--CT---T----------AG-CATTTATAC-------A--TG-TACACAT---GTA-CATTTATAGAATTTta
gi|17 : TTTATTT--ATAGAAGGTAA--CACATTATGAC----------AATACA--ATTTT-GAAATCAAGGTA---CACAGTC-------ATTTTCAAAGT------------GGCCTTATAC-------------AACATTGCGATATAATAT-C-ATCAAA---TTAA---AATGTATTT-AGTACA-----------ACTT---------------TA--------C--------T-----T-TTGACAAATACTCAA-TTAATACTGCATGC-A---TCTTAAG---T----------AG-CATTTATAC-------A--TAATGA---T---GTA-TAATTATACTGTTTT--ATACAAACAA-CAACAAATATCaaaaca
gi|18 : atatcTTTCTATAT------------TGCCTTTTGCAACAACATTAAC-AACAATACAATATACTAT-T-AATAAT---TTAATTTAATGTA--T-A----A-----------ACACATCTATTAT------TA--------C--------T-----T-ATGACATACACTCAATTTAGTAATTCATAC-A-----T--TC---T----------AG-CATTTATAC-------A--T--A-----T---GTA-CATTTATACTATTGT--ATTC-AACAA-CAATAAATATCATTTATAAGAGGTGGT
gi|19 : aT-T-A-CAAA---TTAC---AATGTA--T-A----A-----------A------------------TA--------C--------T-----T-GTGACAAACACTCAGT---------------------------------------------TTTGTAC-------A--T--T-----T------------ATACTTTTTT--ATTCAAACAA-TAACAAAAATCATTTAT--AAGTTGATTATAGAAG-GTAATTTATATATTGACAT-TTAAATGAGTGAATA-TT-TGA-A--A-G-ATGTCTTATA-GAT-ACTGGTATA---GC-ATTCCATAT-T-AGTGTAC-TAGTATAACAAAAGCTATTTT-TTAAA--TAATTGGTGCAAGCC-TTaaaatatatagatatgaaaattatatttaatatataaaa
gi|2 : ttTTTATTTTTATAGAAGGTAA--CACATTATGACATTGTCACATAATACA--A--CT-GAATTTAAGGTA---CACA-TC-----ATCTTTTCAATAT------------GGCCTTCTGCAACAACATT-AA-AACATTACAATATAATAT-T-A-CAAA---TTAC---AATGTA--T-A----A-----------A------------------TA--------C--------T-----T-GTGACAAACACTCAATTTAGCAAAGCATGC-A---AATT-ACCGGT----------AG-CCTTTATAT-------A--T--T-----T---GTA-CATTTATACTATTTT--ATTCAAACAA-TAACAAAAATCATTTAT--TAGGTGATTGGAGAAA-GTAATTTCTATATTGACAT-TAAAAAGAGTGAAT-TTT-TGA-A--A-G-ATGTCTTATA-GAT-ACTAGTATA---GC-ATTCCATAT-T-AGTGTAC-TAGTATAACTTAAACTATTTTTTTAAA--TAATTGGTGCAAGCC-TTTTGAGAAACGAGATCTTT---TCT---ATC------AATAGATCATAAGTTATATGATGTATTATT-----TGAATATGTCAAAAGGTTT--GATATA
gi|20 : tTTTATTT--ATAGAAGGTAA--CACAATATGAC------------TA-------TT-GAATTCAAGGTA---CATA-TC-----ATATTTTCAATAT------------GGGCTTCTGCAACAACATTTGA-AACATAACAATATAATAT-TAA-CAAA---TTAA---AATGTA--T-A----AATACAACT---A------------------TA--------C--------T-----T-GTGACAAACACTCAATTTAGTTAAGCATGT------AT--CT---T----------AG-CATTTATAT-------A--T--A-----T---GTA-CATTTATACT-TTTTCAATTGAAACAATTAACAAtagggtg
gi|21 : ttatcTTCATTT--ATAGAAGGTAA--CACAT---GA-AT--------A-TACA--G--TT-GAATTCAACGTA---CACA-TA-----ATATTTTCAATAT------------GGCCTTCTGCAACAACATTTAA-AACATTACAATATAATAT-T-A-TTAA---TTAC---AAT-----T-A----A-----------A------------------TA--------A--------T-----TGGTG-CAAGC-CTT--TTGAGTAACGttatt
gi|21 : taataatatt-TTAAA--TAATTGGTGCAAGCC-TTTTGAGTAACGGGATCTTT---TCT---ATC------AATAGA--------TATATGATGTTTTATA-----AGAAAATGTCAAAAGGTTT--GATATAggatcttttctatcaatagatatatgatgttttataagaaaatgtcaaaaggtttgatatatagggtgg
gi|22 : taataatattttcatttatagaaggtaacacatgaatatacagttgaattcaacgtacacataatattttcaatatggccttctgcaacaacatttaaaacattacaatataatattattaattacaaTTTATTT--ATAGAAGGTAA--CACATTATGGCAT--------TATACG--A--TT------CAAGATA---CACG-TC-----ATATCTTCAATAT------------GGCCTTCTGCAACAACAATTAA-AACATTACAATATAATAT-----CAAACATTTAA---AATGTA--T-T----A-----------A------------------TA--------CAACTATATT-----T-ATGACAAACACTCAATT---TAATGCGTG------AAT--CT---T----------AG-----TATAA-------AAGT--A-----T---GTA-CATTTATACTATTTT--ATTCAAAAAG-AAACAAtagggtgg
gi|23 : ta--------T-----T-ATGGCAAACACTTT-TTTAGTAATGTATTC-A-----T--CA---T----------AG-CCTCTATAC-------A--TAAT-----T---TT----TTTATG-TATAAT--GTACAA-CAA-CAACACATATCATTTGT--CTTGTGATTGGTGAAA-GTA--TTTTATATTGACAT-GTAAGTGAG-GGGTATCT---A-A--ACG-ATGTCTTATA-AAT-ACTGGCATA---GC-ATTCCACAT-ct
gi|24 : -ATGTCTTATA-GAT-ACCGGTATAATAGC-ATTCCATAT-TTAGTGTAC-TGTTATGACTAAAACTGTTTT-TTGAA--TAATTGATGCAGGCC-TATTGAGAAACGAGATATTT---T-T---AAC------AATATATCGTAAATTGTAC-AT---TTATT-----TAAAGATaaa
gi|25 : atatTTAACAACATTGCAATAGAATAT-T-AGCAAA---ACAA---AATGAA--T-A----A-----------A------------------T------------------------------TAAAC--TCAATTTAGTAACGCATGC-A---TCT--A---------------AG-CATTTATACGTAAAAAA--T--A-----T---GTA-CATTTATACTATTTT--ATTGAAGCAa
gi|26 : C-TATTATAATTATACCTATTTT-ACAAA--TAATGGGTGAAATCC-TTATGAAAAACGAGATATTT---T-TAAAAAA------AATAGATAATAAATTGTATGATGTATTATTCAAAGTGCAAATATCAAAAGGTGT--CATAgaatatttcaagtatattt
gi|27 : tTAATT--GTAGACGGTAA--CACATCATGACGT--------AATACT--A--TT-GAATTCAAGGTA---CACA-TC-----ATATTTTCAATAA------------GGCCTTCCGCAACAACATTTAA-AACATTTCATTATAATATAA-A-CAAA----TAA---AAgatacggggagt
gi|28 : TTTATTT--ATAGACGGTAA--CACATTACGACAT--------AATACA--ACATT-GAAATCAAGGTA---CACA-TC-----TTATTTTCAATGT------------GGCTTTCTACAGCAACATTAAA-AATA
gi|29 : ataatatcATAA-CAACAAATATCATTTGT--CTGGTGATTGGTGAAG-GT-ATTTTTATACTGGCAT-TTAAATGAGCGGATAT
gi|3 : TTTATTT--ATAGAAAGTAA--CACATTATGACAT--------AATACA--A--TT-TTATTCAAGGTG---CACA-TC-----ATACTTTCAATATTATTATTATCCAGGCCTTCTGCAACAACATTTAA-AACATTACAATATAATAT-T-G-CAAA---TTAC---AATGTA--T-A----A-----------A------------------TA--------C--------T-----T-GTGACAAACACTCAATTTAGCAAAGCATGC-A---AAT--AT---T----------AG-CCTTAATAT-------A--T--T-----T---GAA-CATTTATACTGTTTT--ATTCAAACAA-TAACAAAAATCATTTAT--TAGGTGATTGGATAAG-GTAATTTCTATATTGACAT-TTAAATGAGTGAATA-TT-TGA-A--A-G-ATGTC--ATA-TAT-ACTTGTATA---GC-ATTCCATAT-T-AATGTAC-TAGTATAACCAAAGCTATTTT-TTAAA--TAATTGGTGCAAGCC-TTTTGAGTAACAAGATCTTT---TCT---ATC------AATAGATCGTAAGTTATATGATGTATTATT-----TGAAAATGTCAAAAGGTTT--CATATAgctgttgattgataggaccaacctatatt
gi|30 : TCGTATA-GAT-ACTGGTATA---GT-ATTCCATAT-C-AGTG-ACATATTA
gi|31 : TTTATTT--ATAGAAGGTAAAACCCATTATAACAT--------AATACA--ATTTT-GAAATCAAGGTA---CACA-Tgtgcgatgtatcaaaagcgcttacaattgtggtaaaaagtagcaaacattt
gi|4 : aatcatataTTTATTT--ATAGTAGGTAA--CACATTATGACAT--------AATACA--A--TT-TTATTCAAGGTA---CACA-TC-----ATACTTTCAATAT------------GGCCTTCTGCAACAACATTTAA-AACATTACAATATAATAT-T-A-CAAA---TTAC---AATGTA--T-A----A-----------A------------------TA--------C--------C-----T-GTGACAAACACTCAATTTAGCAAAGCATGC-A---AAT--AT---T----------AG-CCTTAATAT-------A--T--T-----T---GAA-CATTTATACTATTTT--ATTCAAACAA-TAACAAAAATCATTTAT--TAGGTGATTGGATAAG-GTAATTTCTATATTGACAT-TTAAATGAGTGAATATTT-TGA-A--A-G-ATGTC--ATA-TAT-ACTTGTATA---GC-ATTCCATAT-T-AATCTAC-TAGTATAACCAAAGCTATTTT-TTAAA--TAATTGGTGCAAGCC-TTTTGAGTAACAAGATCTTT---TCT---ATC------AATAGATCGTAAGTTATATGATGTATTATT-----TGAAAATGTCAAAAGGTTT--CATATA
gi|5 : TTTATTT--ATAGAAGGTAA--CACATTATGACAT--------AATACA--A--TTTGAATTCAAGGTA---CACA-TC-----ATATTTTCAATAT------------GGCCTTT--CAACAACATTTAA-AATATTACAATATTATAT-T-A-CAAA---TTAC---AATGTA--T-A----A-----------A------------------TA--------C--------T-----T-GTGACTAACACTCAATTTAGCAAAGCTTAC-A---AAT-------T----------AG-CCTTTATAT-------A--T--T-----T---GTA-CATTTATACTATTTTT-ATCCAAACAA-TAACAAAAATCATTTAT--TAGGTGATTGGAGAAG-GTAATTTCTATACTGACAT-TTAAATGAGTGAATATTT--GA-A--A-G-ATGTCTTATA-GAT-ACTGGTATA---GC-ATTCCATAT-T-AGTGTAC-TAGTATATCTAAAGTTTTTTT-TTAGA--TAATAAGTGCAAGCC-TTTTGAGTAACGAGATCTTT---TCT---ATC------AATAGATCGTAAGTTATATGATGTATT------------------AAAAGGTTT--GATATA
gi|6 : TTTATTT--TTAGAAGGTAA--CACATTATGACAT--------AATACT--A--TT-TGATTCAAGGTA---C----TT-----ATGTTTTCAATAT------------GGCATTCTGCAACAACATTTAA-AGCATTACAATATAGCAT-T-AACAAA---TGAA---AATATA--T-A----A-----------AAAAAACAATCATTTACTATA--------C--------T-----T-GTGACAAACACTTTATTTAGTAATGCAT---A---TAT--CT---T----------AG-CATTTATTA-------A--T--A-----T---GCA-CATTTATAC-ATTT---ATTAAAACAA-AAACAAA----------------------GAAAAGAGTAATTT-TATATTGACGT-TTAAATGAGTGAATATTT--GA-A--A-T-ATGTCTTATA-GATTACTGGTATA---GG-AT-----AT-T-AGTATAC-TATTATAACTAAAACTATTTT--TAAA--TAATTGGTGCAATCC-TGTTGAGAAACAAGATCTTT---TCC---TTC------AAAAGATTTTGAGTTATATGACGAAT
gi|7 : atcAGGTT---CACA-TC-----ATACTTTCATTAT------------GGCCTTCTGCAACA---TTTAA-GACATTATAATATAATAT-T-AACAAA---TTAA---AATGAA--T-A----A-----------A------------------TA--------C--------TATACTT-ATGACAAACACTCA------TCAT-CAT-------------T---T----------AT-CCTT-AT------------T--T-----T---GTA-CATTTATATTATTTT--ATTCAAACAA-TAACAAAAATAATTTAT--TAGGTGATTGGAGAAA-TTCTTTTCTATTTTGACTT-TTAAATGAGTGAATATTTGTAA-A--A-G---GTCTTATA-GAT-ACTGGTATA---GC-CTTCCATAT-C-AGTGTAC-TAATATAGCTAACGCTATTTT-TTAAA--TAATTGGTGCAAGCCTTTTTGAGAAACAAGATATTT---TCT---ATC------AATCTATAGTATATTATATGATGTATTATA-----TGAACATGTCAAAAGGTTTCAGATAT
gi|8 : CATTATTACAT--------AATACA--A--TT-GAATTCAACGTA---CACA-TA-----GTATTTCCAATAT------------GGCCT---GCAACAACATTTGA-AACATTAAAATATAATAT-T-A-CAAA---TAAC---AATGTA--T-A----T-----------G------------------TA--------T--------T-----T-GTGACAAACATTCAATTTAGCAAAGCATGC-A---AAT-------T----------AG-CCTTTATAT-------A--T--T-----T---GTA-CATTTATAC------------AAACAA-TAACAAAACTCATTTAT--TAGGTGATTGGAGAAG-GTAACTTCTATATAAACAT-TTAAATAAGTGAATATTT--GA-A--A-G-ATGTCTTATA-GAT-ACTGGTATA---GA-ATTCCATAT-T-TGTGTAC-AACTATAACTTAAGCTCTTTT-TTAAA--TAATTGGTGCAAGCC-TTTTGAGTAACAAGATCTTT---TCT---ATC------AAtgggtgg
gi|9 : aatatTTTATTG--ATAGAAGGTTA--CACATTATGACAT--------AATACA--A--TT-GAATTCAAGGTA---CACA-TC-----ATATTTTCAATAT------------GGCCTTGTGCAACAACATTTAA-AACATTACAATATAATAT-T-A-CAAA---CTAC---AATGTA--T-A----A-----------A------------------TA--------C--------T-----T-GTGACAAACACTCAATTTAA-AAAGCATGCAA---AAA--AT---T----------AG-CTATTATAT-------A--T--T-----T---TAA-CATTTATACTATTTT--AATAAAACAA-TAAAAAAAATCATTTAT--TAGGTGATTGGAGAAG-GTAATTTCTATATTGACAT-TTAAATGAGTGAA---TT-TGA-A--A-G-ATGTCTTAT
Alignments
lowQualScore : 11111 444444444444444444444444444444 11111111111111111 33333333333333333333333333 11111111 11
lowQualScore : 22 22 77777777 333 88 2 333 1 55555 999999999999 3 11111 333 5555 22 1 4444 555555555555555555555555555555 22222222222222222 44444 1 0 1 0 22222222222222222222222222 2 2 6666666 22 77777777 333 1 55 22 3 33 2 1 2 88 2 33 2 2 1 2 2 777 2 2 2 2 1 2 33 2 1 444 444 777777 2 88888 55
lowQualScore : .. .. ........ ... .. . ... . ..... ............ . ..... ... .... .. . .... .............................. ................. ..... . . . . .......................... . . ....... .. ........ ... . .. .. . .. . . . .. . .. . . . . . ... . . . . . . .. . . ... ... ...... . ..... ..
lowQualScore : 99 99 22222222 555 22 0 333 9 00000 888888888888 6 11111 222 1111 66 9 0000 000000000000000000000000000000 55555555555555555 55555 8 1 6 4 66666666666666666666666666 0 4 5555555 88 33333333 555 9 00 55 2 22 7 5 5 66 7 77 7 5 7 7 7 333 7 7 9 7 0 7 77 7 0 777 777 777777 8 33333 55
consensus : TTTATTT--ATAGAAGGTAA--CACATTATGACAT--------AATACA--A--TT-GAATTCAAGGTA---CACA-TC-----ATATTTTCAATAT------------GGCCTTCTGCAACAACATTTAA-AACATTACAATATAATAT-T-A-CAAA---TTAA---AATGTA--T-A----A-----------A------------------TA--------C--------T-----T-GTGACAAACACTCAATTTAGTAANGCATGC-A---AAT--AT---T----------AG-CNTTTATAC-------A--T--T-----T---GTA-CATTTATACTATTTT--ATTCAAACAA-CAACAAANATCATTTAT--TAGGTGATTGGAGAAG-GTAATTTCTATATTGACAT-TTAAATGAGTGAATATTT-TGA-A--A-G-ATGTCTTATA-GAT-ACTGGTATA---GC-ATTCCATAT-T-AGTGTAC-TANTATAACTAAAGCTATTTT-TTAAA--TAATTGGTGCAAGCC-TTTTGAGNAACGAGATCTTT---TCT---ATC------AATAGATCGTAAGTTATATGATGTATTATT-----TGAAAATGTCAAAAGGTTT--GATATA
Reference ( family-3741 ) : TTTATTT--ATAGAAGGTAA--CACATTATGACAT--------AATACA--A--TT-GAATTCAAGGTA---CACA-TC-----ATATTTTCAATAT------------GGCCTTCTGCAACAACATTTAA-AACATTACAATATAATAT-T-A-CAAA---TTAA---AATGTA--T-A----A-----------A------------------TA--------C--------T-----T-GTGACAAACACTCAATTTAGTAANGCATGC-A---AAT--AT---T----------AG-CNTTTATAC-------A--T--T-----T---GTA-CATTTATACTATTTT--ATTCAAACAA-CAACAAANATCATTTAT--TAGGTGATTGGAGAAG-GTAATTTCTATATTGACAT-TTAAATGAGTGAATATTT-TGA-A--A-G-ATGTCTTATA-GAT-ACTGGTATA---GC-ATTCCATAT-T-AGTGTAC-TANTATAACTAAAGCTATTTT-TTAAA--TAATTGGTGCAAGCC-TTTTGAGNAACGAGATCTTT---TCT---ATC------AATAGATCGTAAGTTATATGATGTATTATT-----TGAAAATGTCAAAAGGTTT--GATATA
gi|1 : TCT--ATAGAAGGCAA--CCTATTATGACAT--------AATACT--A--TT-AAATTCAAGGCA---CACA-TC-----ATACTTTCAATGT------------TGCCCTCTACAAAAACATTTAA-AGCATTACAATATAATAT-TAA-TAAA---TTAA---AATGTA--T-A----G-----------ATACAACTT----------TA--------C--------T-----T-GTGACAATCAATCAATTTAGTAATACA
gi|1 : ataataattatatcttaattaat-CATTTATAC-------A--C--A-----T---GTG-TATTTATACTATTGT--AT-CAAACAA-CGGCAAATGCAATTCAT--TCGGTGATTGGAGAAG-GTAATTTCTATATTGAGTC-TTAGATAAA-AAATGTTT-T-A-A--A-G-ATGTCTTATA-GAT-ACTGATATA---GT-CTTCAAT-T-T-AGTGTAC-TATTATAATTAAAGCTATTCT-TTAAA--TAATTTGTGCAAGCC-TTTTCAGAAAC-AGTTTTTTTTCTCT---ATA------AACAGgttaaacctgcatagtatgctgtcaccttgaggcttggggttttagttaggcagataaggctgtatatgtatctcaccatttatacacatgtgtatttatactattgtatcaaacaacggcaaatgcaattcattcggtgattggagaaggtaatttctatattgagtcttagataaaaaatgttttaaagatgtcttatagatactgatatagtcttcaatttagtgtactattataattaaagctattctttaaataatttgtgcaagccttttcagaaacagttttttttctctataaacag
gi|10 : ataataattatatcttaattaattctatagaaggcaacctattatgacataatactattaaattcaaggcacacatcatactttcaatgttgccctctacaaaaacatttaaagcattacaatataatattaataaattaaaatgtatagatacaactttacttgtgacaatcaatcaatttagtaatacagttaaacctgcatagtatgctgtcaccttgaggcttggggttttagttaggcagataaggctgtatatgtatctcacTTATTT--ATAAAAGGTAA--CATATTATGACAT--------AATACT--A--T-------CAAGGT----TACA-TC-----ATAAGTTCAATGT------------GACCTTCTGCAACTGTATT-------A--ACAATAT----T-C-G-CAAA---TTAA---AATGCA--T-A----A-----------A------------------TAAAACTATAC--------T-----T-ATGACAAACACTCGATTAAGTAATGTGTGC-A-----T--GT---T----------TG-CATTTATTC-------A--T--A-----T---GTA-CATTTGTACTATTTT--ATTCTAACAG-CAACAAATATCATCTAT--TAATTAACAGGAGAAG-GTAATTT-TATATTGACAT-TTAAATGAGTGAATATTTGTGC-ACTA-G-ATG
gi|11 : catattaTTTATTT--ATAGAAGGTAA--CAG--TATGACAT--------AATACT--A--TT-AAATTCAAAGTA---TACA-TC-----ATATTTTCAATAT------------GGCCTTCTGCAACAACATTTAA-AACATTACAATATAATAT-TAA-CAAA---TTAA--------A--T-A----AACT--------A------------------TA--------C--------T-----T-CTGACAAGCACTTA-------AAAG-ATGC-T---GAT--A----T----------AG-CATTC---C-------A-----------T---ATA-AAGTT-TACTATT-------------A-CAACTAAAGCTATTT-T--TAAATAATTatactagcctatggac
gi|11 : aatatcATATTAACAAATTAAATAAACTA-TACTTCTGACA--A-GCA---CTTAAAAGAT-GCTGATATA---GC-ATTCCATATAA-AGTTTAC-TATTACAACTAAAGCTA-TTT-TTAAA--TAATTCGTGCAAGCC-TTTTGAGAAACGAGATCTTT---TCT---ATCAATAGAAATAGATAGTAAGTTACATGATGTAATATT-----TGAAAATGTCAcgtgcaagccttttgagaaacgagatcttttctatcaatagaaatagatagtaagttacatgatgtaatatttgaaaatgtca
gi|12 : aatatctttatttatagaaggtaacagtatgacataatactattaaattcaaagtatacatcatattttcaatatggccttctgcaacaacatttaaaacattacaatataAAATAA-CAACTA-TAT--TTTGT--CTGGTGATTGGAGAAG-GTTATGTTTATATCGACAT-TTAAACGAATGGATATTT--GA-A--A-G-GTGTCTAATA-GAT-GCAGGTATAT--GCCATTCCATAC-T-AATGTAC-TGTTATAGTTAAACCT-TTTT-TTAAAAATATTTAGTGCAAGCC-TTTCGAAAAACGAGATCTTT---CCT---ATC------GATAGATCGTAATTTATATGATGTTTTATT-----TGAAAATGACAAAACCTTT--GATATA
gi|13 : aa-CATTTATACTATTTT--ATTCAAACAA-TAACAAATATCATTTAT--TAGGTGATTGGAGAAG-GTAATTTCTATATTGACAT-TTAAATGAGTGAATATTT--GA-A--A-G-ATGTC--ATA-TTT-ACTGGTATA---GC-ATTCCATAT-T-AGTGTAC-TAGTATAACTAAAACTATTTA-TTAAA--TAATTGGTGCAAGAC-TTCTGAGTAACGAGATCTTT---TCT---ATC------AATAGATCATAAATTATATGATGTATTATT-----TGAAAATATCAAAAGGTTT--GATATAtatgagagagttgtatta
gi|14 : TTTATTT--GTAGAAGGTAA--CACCTTACCATAT--------AATACATTA--TT-GAAATCAGCATA---CACA-TT-----ATATTTCCATTGT------------GGTCTTCTACGACAACATTTAACAACATTGCAATATAATAT-CAA-CATA---TTAC---AATGTA--T-G----G-----------A------------------TA--------CAGCTTAT-T-----T-ATGACAAACACTCAA-TTAGTGATCCATTC-ATCCAATGAAT---TATATAACACAAGTCCTTGATGC-------A--T--C-----TTGAGTAGCATTTATACtgg
gi|15 : ataacagtaagatcTTTATTT--ATTGAAGGTAA--CACATTATGACAT--------AATACA--A--TT-GAATTCAAGGTA---CACA-TC-----ATATTTTCAATAT------------GGCCTTCTGCAACAACATTTAA-AACATTACGATATAATAT-T-A-CAAA---TTAC---AATGTA--T-A----A-----------A------------------TA--------C--------T-----T-GTGACAAACACTCAATTTAGCAAAGCATGC-A---AAT--Aacatatgtatatt
gi|15 : ataatatcAATAACGAGATCTTT---TCT---ATC------AGTAAAT----AGTTATATGATGTATTATT-----TTAAAATGTCAAAAGGTTT--GATATAacgagatcttttctatcagtaaatagttatatgatgtattattttaaaatgtcaaaaggtttgatatata
gi|16 : ataatatctttatttattgaaggtaacacattatgacataatacaattgaattcaaggtacacatcatattttcaatatggccttctgcaacaacatttaaaacattacgatataatattacaaattacaatgtataaatacttgtgacaaacactcaatttagcaaagcatgcaTCTATTT--ATAGAAGGTAA--CACATTATGATAT--------AATACT--A--TT-AAAATCAAGGTAACATACA-TTTTGTAATATTTTCAATAT------------GGCCTTCTGCAGCAATATTTAA-AACAATGCAATACAATATAA-A-CAAA---TTAA---AATGTA--TCA----ACAAATACAACTA------------------TA--------C--------T-----T-GTGACAAACACTCAGTTTAATAATACATGT------AT--CT---T----------AG-CATTTATAC-------A--TG-TACACAT---GTA-CATTTATAGAATTTta
gi|17 : TTTATTT--ATAGAAGGTAA--CACATTATGAC----------AATACA--ATTTT-GAAATCAAGGTA---CACAGTC-------ATTTTCAAAGT------------GGCCTTATAC-------------AACATTGCGATATAATAT-C-ATCAAA---TTAA---AATGTATTT-AGTACA-----------ACTT---------------TA--------C--------T-----T-TTGACAAATACTCAA-TTAATACTGCATGC-A---TCTTAAG---T----------AG-CATTTATAC-------A--TAATGA---T---GTA-TAATTATACTGTTTT--ATACAAACAA-CAACAAATATCaaaaca
gi|18 : atatcTTTCTATAT------------TGCCTTTTGCAACAACATTAAC-AACAATACAATATACTAT-T-AATAAT---TTAATTTAATGTA--T-A----A-----------ACACATCTATTAT------TA--------C--------T-----T-ATGACATACACTCAATTTAGTAATTCATAC-A-----T--TC---T----------AG-CATTTATAC-------A--T--A-----T---GTA-CATTTATACTATTGT--ATTC-AACAA-CAATAAATATCATTTATAAGAGGTGGT
gi|19 : aT-T-A-CAAA---TTAC---AATGTA--T-A----A-----------A------------------TA--------C--------T-----T-GTGACAAACACTCAGT---------------------------------------------TTTGTAC-------A--T--T-----T------------ATACTTTTTT--ATTCAAACAA-TAACAAAAATCATTTAT--AAGTTGATTATAGAAG-GTAATTTATATATTGACAT-TTAAATGAGTGAATA-TT-TGA-A--A-G-ATGTCTTATA-GAT-ACTGGTATA---GC-ATTCCATAT-T-AGTGTAC-TAGTATAACAAAAGCTATTTT-TTAAA--TAATTGGTGCAAGCC-TTaaaatatatagatatgaaaattatatttaatatataaaa
gi|2 : ttTTTATTTTTATAGAAGGTAA--CACATTATGACATTGTCACATAATACA--A--CT-GAATTTAAGGTA---CACA-TC-----ATCTTTTCAATAT------------GGCCTTCTGCAACAACATT-AA-AACATTACAATATAATAT-T-A-CAAA---TTAC---AATGTA--T-A----A-----------A------------------TA--------C--------T-----T-GTGACAAACACTCAATTTAGCAAAGCATGC-A---AATT-ACCGGT----------AG-CCTTTATAT-------A--T--T-----T---GTA-CATTTATACTATTTT--ATTCAAACAA-TAACAAAAATCATTTAT--TAGGTGATTGGAGAAA-GTAATTTCTATATTGACAT-TAAAAAGAGTGAAT-TTT-TGA-A--A-G-ATGTCTTATA-GAT-ACTAGTATA---GC-ATTCCATAT-T-AGTGTAC-TAGTATAACTTAAACTATTTTTTTAAA--TAATTGGTGCAAGCC-TTTTGAGAAACGAGATCTTT---TCT---ATC------AATAGATCATAAGTTATATGATGTATTATT-----TGAATATGTCAAAAGGTTT--GATATA
gi|20 : tTTTATTT--ATAGAAGGTAA--CACAATATGAC------------TA-------TT-GAATTCAAGGTA---CATA-TC-----ATATTTTCAATAT------------GGGCTTCTGCAACAACATTTGA-AACATAACAATATAATAT-TAA-CAAA---TTAA---AATGTA--T-A----AATACAACT---A------------------TA--------C--------T-----T-GTGACAAACACTCAATTTAGTTAAGCATGT------AT--CT---T----------AG-CATTTATAT-------A--T--A-----T---GTA-CATTTATACT-TTTTCAATTGAAACAATTAACAAtagggtg
gi|21 : ttatcTTCATTT--ATAGAAGGTAA--CACAT---GA-AT--------A-TACA--G--TT-GAATTCAACGTA---CACA-TA-----ATATTTTCAATAT------------GGCCTTCTGCAACAACATTTAA-AACATTACAATATAATAT-T-A-TTAA---TTAC---AAT-----T-A----A-----------A------------------TA--------A--------T-----TGGTG-CAAGC-CTT--TTGAGTAACGttatt
gi|21 : taataatatt-TTAAA--TAATTGGTGCAAGCC-TTTTGAGTAACGGGATCTTT---TCT---ATC------AATAGA--------TATATGATGTTTTATA-----AGAAAATGTCAAAAGGTTT--GATATAggatcttttctatcaatagatatatgatgttttataagaaaatgtcaaaaggtttgatatatagggtgg
gi|22 : taataatattttcatttatagaaggtaacacatgaatatacagttgaattcaacgtacacataatattttcaatatggccttctgcaacaacatttaaaacattacaatataatattattaattacaaTTTATTT--ATAGAAGGTAA--CACATTATGGCAT--------TATACG--A--TT------CAAGATA---CACG-TC-----ATATCTTCAATAT------------GGCCTTCTGCAACAACAATTAA-AACATTACAATATAATAT-----CAAACATTTAA---AATGTA--T-T----A-----------A------------------TA--------CAACTATATT-----T-ATGACAAACACTCAATT---TAATGCGTG------AAT--CT---T----------AG-----TATAA-------AAGT--A-----T---GTA-CATTTATACTATTTT--ATTCAAAAAG-AAACAAtagggtgg
gi|23 : ta--------T-----T-ATGGCAAACACTTT-TTTAGTAATGTATTC-A-----T--CA---T----------AG-CCTCTATAC-------A--TAAT-----T---TT----TTTATG-TATAAT--GTACAA-CAA-CAACACATATCATTTGT--CTTGTGATTGGTGAAA-GTA--TTTTATATTGACAT-GTAAGTGAG-GGGTATCT---A-A--ACG-ATGTCTTATA-AAT-ACTGGCATA---GC-ATTCCACAT-ct
gi|24 : -ATGTCTTATA-GAT-ACCGGTATAATAGC-ATTCCATAT-TTAGTGTAC-TGTTATGACTAAAACTGTTTT-TTGAA--TAATTGATGCAGGCC-TATTGAGAAACGAGATATTT---T-T---AAC------AATATATCGTAAATTGTAC-AT---TTATT-----TAAAGATaaa
gi|25 : atatTTAACAACATTGCAATAGAATAT-T-AGCAAA---ACAA---AATGAA--T-A----A-----------A------------------T------------------------------TAAAC--TCAATTTAGTAACGCATGC-A---TCT--A---------------AG-CATTTATACGTAAAAAA--T--A-----T---GTA-CATTTATACTATTTT--ATTGAAGCAa
gi|26 : C-TATTATAATTATACCTATTTT-ACAAA--TAATGGGTGAAATCC-TTATGAAAAACGAGATATTT---T-TAAAAAA------AATAGATAATAAATTGTATGATGTATTATTCAAAGTGCAAATATCAAAAGGTGT--CATAgaatatttcaagtatattt
gi|27 : tTAATT--GTAGACGGTAA--CACATCATGACGT--------AATACT--A--TT-GAATTCAAGGTA---CACA-TC-----ATATTTTCAATAA------------GGCCTTCCGCAACAACATTTAA-AACATTTCATTATAATATAA-A-CAAA----TAA---AAgatacggggagt
gi|28 : TTTATTT--ATAGACGGTAA--CACATTACGACAT--------AATACA--ACATT-GAAATCAAGGTA---CACA-TC-----TTATTTTCAATGT------------GGCTTTCTACAGCAACATTAAA-AATA
gi|29 : ataatatcATAA-CAACAAATATCATTTGT--CTGGTGATTGGTGAAG-GT-ATTTTTATACTGGCAT-TTAAATGAGCGGATAT
gi|3 : TTTATTT--ATAGAAAGTAA--CACATTATGACAT--------AATACA--A--TT-TTATTCAAGGTG---CACA-TC-----ATACTTTCAATATTATTATTATCCAGGCCTTCTGCAACAACATTTAA-AACATTACAATATAATAT-T-G-CAAA---TTAC---AATGTA--T-A----A-----------A------------------TA--------C--------T-----T-GTGACAAACACTCAATTTAGCAAAGCATGC-A---AAT--AT---T----------AG-CCTTAATAT-------A--T--T-----T---GAA-CATTTATACTGTTTT--ATTCAAACAA-TAACAAAAATCATTTAT--TAGGTGATTGGATAAG-GTAATTTCTATATTGACAT-TTAAATGAGTGAATA-TT-TGA-A--A-G-ATGTC--ATA-TAT-ACTTGTATA---GC-ATTCCATAT-T-AATGTAC-TAGTATAACCAAAGCTATTTT-TTAAA--TAATTGGTGCAAGCC-TTTTGAGTAACAAGATCTTT---TCT---ATC------AATAGATCGTAAGTTATATGATGTATTATT-----TGAAAATGTCAAAAGGTTT--CATATAgctgttgattgataggaccaacctatatt
gi|30 : TCGTATA-GAT-ACTGGTATA---GT-ATTCCATAT-C-AGTG-ACATATTA
gi|31 : TTTATTT--ATAGAAGGTAAAACCCATTATAACAT--------AATACA--ATTTT-GAAATCAAGGTA---CACA-Tgtgcgatgtatcaaaagcgcttacaattgtggtaaaaagtagcaaacattt
gi|4 : aatcatataTTTATTT--ATAGTAGGTAA--CACATTATGACAT--------AATACA--A--TT-TTATTCAAGGTA---CACA-TC-----ATACTTTCAATAT------------GGCCTTCTGCAACAACATTTAA-AACATTACAATATAATAT-T-A-CAAA---TTAC---AATGTA--T-A----A-----------A------------------TA--------C--------C-----T-GTGACAAACACTCAATTTAGCAAAGCATGC-A---AAT--AT---T----------AG-CCTTAATAT-------A--T--T-----T---GAA-CATTTATACTATTTT--ATTCAAACAA-TAACAAAAATCATTTAT--TAGGTGATTGGATAAG-GTAATTTCTATATTGACAT-TTAAATGAGTGAATATTT-TGA-A--A-G-ATGTC--ATA-TAT-ACTTGTATA---GC-ATTCCATAT-T-AATCTAC-TAGTATAACCAAAGCTATTTT-TTAAA--TAATTGGTGCAAGCC-TTTTGAGTAACAAGATCTTT---TCT---ATC------AATAGATCGTAAGTTATATGATGTATTATT-----TGAAAATGTCAAAAGGTTT--CATATA
gi|5 : TTTATTT--ATAGAAGGTAA--CACATTATGACAT--------AATACA--A--TTTGAATTCAAGGTA---CACA-TC-----ATATTTTCAATAT------------GGCCTTT--CAACAACATTTAA-AATATTACAATATTATAT-T-A-CAAA---TTAC---AATGTA--T-A----A-----------A------------------TA--------C--------T-----T-GTGACTAACACTCAATTTAGCAAAGCTTAC-A---AAT-------T----------AG-CCTTTATAT-------A--T--T-----T---GTA-CATTTATACTATTTTT-ATCCAAACAA-TAACAAAAATCATTTAT--TAGGTGATTGGAGAAG-GTAATTTCTATACTGACAT-TTAAATGAGTGAATATTT--GA-A--A-G-ATGTCTTATA-GAT-ACTGGTATA---GC-ATTCCATAT-T-AGTGTAC-TAGTATATCTAAAGTTTTTTT-TTAGA--TAATAAGTGCAAGCC-TTTTGAGTAACGAGATCTTT---TCT---ATC------AATAGATCGTAAGTTATATGATGTATT------------------AAAAGGTTT--GATATA
gi|6 : TTTATTT--TTAGAAGGTAA--CACATTATGACAT--------AATACT--A--TT-TGATTCAAGGTA---C----TT-----ATGTTTTCAATAT------------GGCATTCTGCAACAACATTTAA-AGCATTACAATATAGCAT-T-AACAAA---TGAA---AATATA--T-A----A-----------AAAAAACAATCATTTACTATA--------C--------T-----T-GTGACAAACACTTTATTTAGTAATGCAT---A---TAT--CT---T----------AG-CATTTATTA-------A--T--A-----T---GCA-CATTTATAC-ATTT---ATTAAAACAA-AAACAAA----------------------GAAAAGAGTAATTT-TATATTGACGT-TTAAATGAGTGAATATTT--GA-A--A-T-ATGTCTTATA-GATTACTGGTATA---GG-AT-----AT-T-AGTATAC-TATTATAACTAAAACTATTTT--TAAA--TAATTGGTGCAATCC-TGTTGAGAAACAAGATCTTT---TCC---TTC------AAAAGATTTTGAGTTATATGACGAAT
gi|7 : atcAGGTT---CACA-TC-----ATACTTTCATTAT------------GGCCTTCTGCAACA---TTTAA-GACATTATAATATAATAT-T-AACAAA---TTAA---AATGAA--T-A----A-----------A------------------TA--------C--------TATACTT-ATGACAAACACTCA------TCAT-CAT-------------T---T----------AT-CCTT-AT------------T--T-----T---GTA-CATTTATATTATTTT--ATTCAAACAA-TAACAAAAATAATTTAT--TAGGTGATTGGAGAAA-TTCTTTTCTATTTTGACTT-TTAAATGAGTGAATATTTGTAA-A--A-G---GTCTTATA-GAT-ACTGGTATA---GC-CTTCCATAT-C-AGTGTAC-TAATATAGCTAACGCTATTTT-TTAAA--TAATTGGTGCAAGCCTTTTTGAGAAACAAGATATTT---TCT---ATC------AATCTATAGTATATTATATGATGTATTATA-----TGAACATGTCAAAAGGTTTCAGATAT
gi|8 : CATTATTACAT--------AATACA--A--TT-GAATTCAACGTA---CACA-TA-----GTATTTCCAATAT------------GGCCT---GCAACAACATTTGA-AACATTAAAATATAATAT-T-A-CAAA---TAAC---AATGTA--T-A----T-----------G------------------TA--------T--------T-----T-GTGACAAACATTCAATTTAGCAAAGCATGC-A---AAT-------T----------AG-CCTTTATAT-------A--T--T-----T---GTA-CATTTATAC------------AAACAA-TAACAAAACTCATTTAT--TAGGTGATTGGAGAAG-GTAACTTCTATATAAACAT-TTAAATAAGTGAATATTT--GA-A--A-G-ATGTCTTATA-GAT-ACTGGTATA---GA-ATTCCATAT-T-TGTGTAC-AACTATAACTTAAGCTCTTTT-TTAAA--TAATTGGTGCAAGCC-TTTTGAGTAACAAGATCTTT---TCT---ATC------AAtgggtgg
gi|9 : aatatTTTATTG--ATAGAAGGTTA--CACATTATGACAT--------AATACA--A--TT-GAATTCAAGGTA---CACA-TC-----ATATTTTCAATAT------------GGCCTTGTGCAACAACATTTAA-AACATTACAATATAATAT-T-A-CAAA---CTAC---AATGTA--T-A----A-----------A------------------TA--------C--------T-----T-GTGACAAACACTCAATTTAA-AAAGCATGCAA---AAA--AT---T----------AG-CTATTATAT-------A--T--T-----T---TAA-CATTTATACTATTTT--AATAAAACAA-TAAAAAAAATCATTTAT--TAGGTGATTGGAGAAG-GTAATTTCTATATTGACAT-TTAAATGAGTGAA---TT-TGA-A--A-G-ATGTCTTAT
blockSeqs : TT AA TGTCACAT ATT TT T ACA G TTGTA TATTATTATCCA C TAA CAT ATTT TT C GTAC AAAAAACAATCATTTACTA AAACTATAC ATACT G T ATCCAATGAATTATATAACACA T A GTAAAAA AG GTACACA TGA G CA TT T AA A T A GT C CT C C T A T ATA C A T A T T AA T A . AAA AATAGA C CAAAG CA
blockSeqs : . . . T CA . . . . . C CAA . A . . . ACACATCTATTAT CAACTATAT . . A AAATTACCGGT . A . . AATGA . . T C A . . C . CT . . . . T . . T . . . . T . . . A . . . C . .
blockSeqs : . . . T TT . . . . . . AAA . A . . . CAAATACAACTA CAGCTTAT . . T ATCTTAAGT . C . . AAT . . . C T . . A . GT . . . . T . . . . . . . G . . . T . . . C . .
blockSeqs : . . . A . . . . . . . CAT . C . . . ATACAACTA C . . A AAAAAATT . A . . A . . . C T . . C . T . . . . T . . . . . . . G . . . T . . . C . .
blockSeqs : . . . T . . . . . . . TAA . C . . . ACTA C . . T AAATATT . A . . C . . . T T . . T . T . . . . T . . . . . . . G . . . A . . . A . .
blockSeqs : . . . A . . . . . . . TAA . A . . . ACTT C . . T AAATATT . A . . A . . . C T . . T . T . . . . T . . . . . . . T . . . T . . . C . .
blockSeqs : . . . A . . . . . . . TAG . A . . . A C . . T ATATCTT . C . . T . . . C A . . C . T . . . . G . . . . . . . T . . . A . . . C . .
blockSeqs : . . . A . . . . . . . AAA . C . . . A C . . A TGATAT . A . . T . . . T A . . C . T . . . . T . . . . . . . G . . . A . . . C . .
blockSeqs : . . . G . . . . . . . TAA . C . . . A C . . A AATCTT . C . . A . . . T T . . C . . . . . . T . . . . . . . T . . . T . . . T . .
blockSeqs : . . . T . . . . . . . TAA . A . . . A C . . C ATCTT . A . . A . . . A T . . C . . . . . . T . . . . . . . G . . . T . . . A .
blockSeqs : . . . A . . . . . . . CG . C . . . A C . . T ATTCT . C . . A . . . C A . . C . . . . . . T . . . . . . . G . . . T . . . . .
blockSeqs : . . . A . . . . . . . TA . A . . . A A . . T ATCTT . C . . T . . . C A . . C . . . . . . T . . . . . . . T . . . A . . . .
blockSeqs : . . . A . . . . . . . TA . A . . . A C . . C ATCAT . C . . T . . . T A . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . A . . .
blockSeqs : . . . A . . . . . . . TA . A . . . A C . . A ATCTA . A . . T . . . T A . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . T . . .
blockSeqs : . . . A . . . . . . . TA . C . . . A C . . A AAATT . C . . A . . . T A . . . .
blockSeqs : . . . T . . . . . . . TG . C . . . A C . . A AAATT . C . . T . . . A A .
blockSeqs : . . . A . . . . . . . TA . C . . . A C . . T TT . T . . T . . . T .
blockSeqs : . . . A . . . . . . . TA . A . . . A T . . T . . . . . T . . . T
blockSeqs : . . . . . . . . . TA . A . . . G C . . A . . . . . . . T
blockSeqs : . . . . TA . C . . . A . . . A .
blockSeqs : . . . C . . .
blockSeqCons : A***************************** T* ***
originalCons : TTTATTT--ATAGAAGGTAA--CACATTATGACAT--------AATACA--A--TT-GAATTCAAGGTA---CACA-TC-----ATATTTTCAATAT------------GGCCTTCTGCAACAACATTTAA-AACATTACAATATAATAT-T-A-CAAA---TTAA---AATGTA--T-A----A-----------A------------------TA--------C--------T-----T-GTGACAAACACTCAATTTAGTAANGCATGC-A---AAT--AT---T----------AG-CNTTTATAC-------A--T--T-----T---GTA-CATTTATACTATTTT--ATTCAAACAA-CAACAAANATCATTTAT--TAGGTGATTGGAGAAG-GTAATTTCTATATTGACAT-TTAAATGAGTGAATATTT-TGA-A--A-G-ATGTCTTATA-GAT-ACTGGTATA---GC-ATTCCATAT-T-AGTGTAC-TANTATAACTAAAGCTATTTT-TTAAA--TAATTGGTGCAAGCC-TTTTGAGNAACGAGATCTTT---TCT---ATC------AATAGATCGTAAGTTATATGATGTATTATT-----TGAAAATGTCAAAAGGTTT--GATATA
finalCons : TTTATTT--ATAGAAGGTAA--CACATTATGACAT--------AATACA--A--TT-GAATTCAAGGTA---CACA-TC-----ATATTTTCAATAT------------GGCCTTCTGCAACAACATTTAA-AACATTACAATATAATAT-T-A-CAAA---TTAA---AATGTA--T-A----AA-----------------------------TA--------C--------T-----T-GTGACAAACACTCAATTTAGTAANGCATGC-A---AAT--AT---T----------AG-CNTTTATAC-------A--T--T-----T---GTA-CATTTATACTATTTT--ATTCAAACAA-CAACAAANATCATTTAT--TAGGTGATTGGAGAAG-GTAATTTCTATATTGACAT-TTAAATGAGTGAATATTTT-GA-A--A-G-ATGTCTTATA-GAT-ACTGGTATA---GC-ATTCCATAT-T-AGTGTAC-TANTATAACTAAAGCTATTTT-TTAAA--TAATTGGTGCAAGCC-TTTTGAGNAACGAGATCTTT---TCT---ATC------AATAGATCGTAAGTTATATGATGTATTATT-----TGAAAATGTCAAAAGGTTT--GATATA
Alignments
lowQualScore : 11111 444444444444444444444444444444 11111111111111111 33333333333333333333333333 11111111 11
lowQualScore : 22 22 77777777 333 88 2 333 1 55555 999999999999 3 11111 333 5555 22 1 4444 555555555555555555555555555555 22222222222222222 44444 1 0 1 0 22222222222222222222222222 2 2 6666666 22 77777777 333 1 55 22 3 33 2 1 2 88 2 33 2 2 1 2 2 777 2 2 2 2 1 2 33 2 1 444 444 777777 2 88888 55
lowQualScore : .. .. ........ ... .. . ... . ..... ............ . ..... ... .... .. . .... .............................. ................. ..... . . . . .......................... . . ....... .. ........ ... . .. .. . .. . . . .. . .. . . . . . ... . . . . . . .. . . ... ... ...... . ..... ..
lowQualScore : 99 99 22222222 555 22 0 333 9 00000 888888888888 6 11111 222 1111 66 9 0000 000000000000000000000000000000 55555555555555555 55555 8 1 6 4 66666666666666666666666666 0 4 5555555 88 33333333 555 9 00 55 2 22 7 5 5 66 7 77 7 5 7 7 7 333 7 7 9 7 0 7 77 7 0 777 777 777777 8 33333 55
consensus : TTTATTT--ATAGAAGGTAA--CACATTATGACAT--------AATACA--A--TT-GAATTCAAGGTA---CACA-TC-----ATATTTTCAATAT------------GGCCTTCTGCAACAACATTTAA-AACATTACAATATAATAT-T-A-CAAA---TTAA---AATGTA--T-A----A-----------A------------------TA--------C--------T-----T-GTGACAAACACTCAATTTAGTAANGCATGC-A---AAT--AT---T----------AG-CNTTTATAC-------A--T--T-----T---GTA-CATTTATACTATTTT--ATTCAAACAA-CAACAAANATCATTTAT--TAGGTGATTGGAGAAG-GTAATTTCTATATTGACAT-TTAAATGAGTGAATATTT-TGA-A--A-G-ATGTCTTATA-GAT-ACTGGTATA---GC-ATTCCATAT-T-AGTGTAC-TANTATAACTAAAGCTATTTT-TTAAA--TAATTGGTGCAAGCC-TTTTGAGNAACGAGATCTTT---TCT---ATC------AATAGATCGTAAGTTATATGATGTATTATT-----TGAAAATGTCAAAAGGTTT--GATATA
Reference ( family-3741 ) : TTTATTT--ATAGAAGGTAA--CACATTATGACAT--------AATACA--A--TT-GAATTCAAGGTA---CACA-TC-----ATATTTTCAATAT------------GGCCTTCTGCAACAACATTTAA-AACATTACAATATAATAT-T-A-CAAA---TTAA---AATGTA--T-A----A-----------A------------------TA--------C--------T-----T-GTGACAAACACTCAATTTAGTAANGCATGC-A---AAT--AT---T----------AG-CNTTTATAC-------A--T--T-----T---GTA-CATTTATACTATTTT--ATTCAAACAA-CAACAAANATCATTTAT--TAGGTGATTGGAGAAG-GTAATTTCTATATTGACAT-TTAAATGAGTGAATATTT-TGA-A--A-G-ATGTCTTATA-GAT-ACTGGTATA---GC-ATTCCATAT-T-AGTGTAC-TANTATAACTAAAGCTATTTT-TTAAA--TAATTGGTGCAAGCC-TTTTGAGNAACGAGATCTTT---TCT---ATC------AATAGATCGTAAGTTATATGATGTATTATT-----TGAAAATGTCAAAAGGTTT--GATATA
gi|1 : TCT--ATAGAAGGCAA--CCTATTATGACAT--------AATACT--A--TT-AAATTCAAGGCA---CACA-TC-----ATACTTTCAATGT------------TGCCCTCTACAAAAACATTTAA-AGCATTACAATATAATAT-TAA-TAAA---TTAA---AATGTA--T-A----G-----------ATACAACTT----------TA--------C--------T-----T-GTGACAATCAATCAATTTAGTAATACA
gi|1 : ataataattatatcttaattaat-CATTTATAC-------A--C--A-----T---GTG-TATTTATACTATTGT--AT-CAAACAA-CGGCAAATGCAATTCAT--TCGGTGATTGGAGAAG-GTAATTTCTATATTGAGTC-TTAGATAAA-AAATGTTT-T-A-A--A-G-ATGTCTTATA-GAT-ACTGATATA---GT-CTTCAAT-T-T-AGTGTAC-TATTATAATTAAAGCTATTCT-TTAAA--TAATTTGTGCAAGCC-TTTTCAGAAAC-AGTTTTTTTTCTCT---ATA------AACAGgttaaacctgcatagtatgctgtcaccttgaggcttggggttttagttaggcagataaggctgtatatgtatctcaccatttatacacatgtgtatttatactattgtatcaaacaacggcaaatgcaattcattcggtgattggagaaggtaatttctatattgagtcttagataaaaaatgttttaaagatgtcttatagatactgatatagtcttcaatttagtgtactattataattaaagctattctttaaataatttgtgcaagccttttcagaaacagttttttttctctataaacag
gi|10 : ataataattatatcttaattaattctatagaaggcaacctattatgacataatactattaaattcaaggcacacatcatactttcaatgttgccctctacaaaaacatttaaagcattacaatataatattaataaattaaaatgtatagatacaactttacttgtgacaatcaatcaatttagtaatacagttaaacctgcatagtatgctgtcaccttgaggcttggggttttagttaggcagataaggctgtatatgtatctcacTTATTT--ATAAAAGGTAA--CATATTATGACAT--------AATACT--A--T-------CAAGGT----TACA-TC-----ATAAGTTCAATGT------------GACCTTCTGCAACTGTATT-------A--ACAATAT----T-C-G-CAAA---TTAA---AATGCA--T-A----A-----------A------------------TAAAACTATAC--------T-----T-ATGACAAACACTCGATTAAGTAATGTGTGC-A-----T--GT---T----------TG-CATTTATTC-------A--T--A-----T---GTA-CATTTGTACTATTTT--ATTCTAACAG-CAACAAATATCATCTAT--TAATTAACAGGAGAAG-GTAATTT-TATATTGACAT-TTAAATGAGTGAATATTTGTGC-ACTA-G-ATG
gi|11 : catattaTTTATTT--ATAGAAGGTAA--CAG--TATGACAT--------AATACT--A--TT-AAATTCAAAGTA---TACA-TC-----ATATTTTCAATAT------------GGCCTTCTGCAACAACATTTAA-AACATTACAATATAATAT-TAA-CAAA---TTAA--------A--T-A----AACT--------A------------------TA--------C--------T-----T-CTGACAAGCACTTA-------AAAG-ATGC-T---GAT--A----T----------AG-CATTC---C-------A-----------T---ATA-AAGTT-TACTATT-------------A-CAACTAAAGCTATTT-T--TAAATAATTatactagcctatggac
gi|11 : aatatcATATTAACAAATTAAATAAACTA-TACTTCTGACA--A-GCA---CTTAAAAGAT-GCTGATATA---GC-ATTCCATATAA-AGTTTAC-TATTACAACTAAAGCTA-TTT-TTAAA--TAATTCGTGCAAGCC-TTTTGAGAAACGAGATCTTT---TCT---ATCAATAGAAATAGATAGTAAGTTACATGATGTAATATT-----TGAAAATGTCAcgtgcaagccttttgagaaacgagatcttttctatcaatagaaatagatagtaagttacatgatgtaatatttgaaaatgtca
gi|12 : aatatctttatttatagaaggtaacagtatgacataatactattaaattcaaagtatacatcatattttcaatatggccttctgcaacaacatttaaaacattacaatataAAATAA-CAACTA-TAT--TTTGT--CTGGTGATTGGAGAAG-GTTATGTTTATATCGACAT-TTAAACGAATGGATATTT--GA-A--A-G-GTGTCTAATA-GAT-GCAGGTATAT--GCCATTCCATAC-T-AATGTAC-TGTTATAGTTAAACCT-TTTT-TTAAAAATATTTAGTGCAAGCC-TTTCGAAAAACGAGATCTTT---CCT---ATC------GATAGATCGTAATTTATATGATGTTTTATT-----TGAAAATGACAAAACCTTT--GATATA
gi|13 : aa-CATTTATACTATTTT--ATTCAAACAA-TAACAAATATCATTTAT--TAGGTGATTGGAGAAG-GTAATTTCTATATTGACAT-TTAAATGAGTGAATATTT--GA-A--A-G-ATGTC--ATA-TTT-ACTGGTATA---GC-ATTCCATAT-T-AGTGTAC-TAGTATAACTAAAACTATTTA-TTAAA--TAATTGGTGCAAGAC-TTCTGAGTAACGAGATCTTT---TCT---ATC------AATAGATCATAAATTATATGATGTATTATT-----TGAAAATATCAAAAGGTTT--GATATAtatgagagagttgtatta
gi|14 : TTTATTT--GTAGAAGGTAA--CACCTTACCATAT--------AATACATTA--TT-GAAATCAGCATA---CACA-TT-----ATATTTCCATTGT------------GGTCTTCTACGACAACATTTAACAACATTGCAATATAATAT-CAA-CATA---TTAC---AATGTA--T-G----G-----------A------------------TA--------CAGCTTAT-T-----T-ATGACAAACACTCAA-TTAGTGATCCATTC-ATCCAATGAAT---TATATAACACAAGTCCTTGATGC-------A--T--C-----TTGAGTAGCATTTATACtgg
gi|15 : ataacagtaagatcTTTATTT--ATTGAAGGTAA--CACATTATGACAT--------AATACA--A--TT-GAATTCAAGGTA---CACA-TC-----ATATTTTCAATAT------------GGCCTTCTGCAACAACATTTAA-AACATTACGATATAATAT-T-A-CAAA---TTAC---AATGTA--T-A----A-----------A------------------TA--------C--------T-----T-GTGACAAACACTCAATTTAGCAAAGCATGC-A---AAT--Aacatatgtatatt
gi|15 : ataatatcAATAACGAGATCTTT---TCT---ATC------AGTAAAT----AGTTATATGATGTATTATT-----TTAAAATGTCAAAAGGTTT--GATATAacgagatcttttctatcagtaaatagttatatgatgtattattttaaaatgtcaaaaggtttgatatata
gi|16 : ataatatctttatttattgaaggtaacacattatgacataatacaattgaattcaaggtacacatcatattttcaatatggccttctgcaacaacatttaaaacattacgatataatattacaaattacaatgtataaatacttgtgacaaacactcaatttagcaaagcatgcaTCTATTT--ATAGAAGGTAA--CACATTATGATAT--------AATACT--A--TT-AAAATCAAGGTAACATACA-TTTTGTAATATTTTCAATAT------------GGCCTTCTGCAGCAATATTTAA-AACAATGCAATACAATATAA-A-CAAA---TTAA---AATGTA--TCA----ACAAATACAACTA------------------TA--------C--------T-----T-GTGACAAACACTCAGTTTAATAATACATGT------AT--CT---T----------AG-CATTTATAC-------A--TG-TACACAT---GTA-CATTTATAGAATTTta
gi|17 : TTTATTT--ATAGAAGGTAA--CACATTATGAC----------AATACA--ATTTT-GAAATCAAGGTA---CACAGTC-------ATTTTCAAAGT------------GGCCTTATAC-------------AACATTGCGATATAATAT-C-ATCAAA---TTAA---AATGTATTT-AGTACA-----------ACTT---------------TA--------C--------T-----T-TTGACAAATACTCAA-TTAATACTGCATGC-A---TCTTAAG---T----------AG-CATTTATAC-------A--TAATGA---T---GTA-TAATTATACTGTTTT--ATACAAACAA-CAACAAATATCaaaaca
gi|18 : atatcTTTCTATAT------------TGCCTTTTGCAACAACATTAAC-AACAATACAATATACTAT-T-AATAAT---TTAATTTAATGTA--T-A----A-----------ACACATCTATTAT------TA--------C--------T-----T-ATGACATACACTCAATTTAGTAATTCATAC-A-----T--TC---T----------AG-CATTTATAC-------A--T--A-----T---GTA-CATTTATACTATTGT--ATTC-AACAA-CAATAAATATCATTTATAAGAGGTGGT
gi|19 : aT-T-A-CAAA---TTAC---AATGTA--T-A----A-----------A------------------TA--------C--------T-----T-GTGACAAACACTCAGT---------------------------------------------TTTGTAC-------A--T--T-----T------------ATACTTTTTT--ATTCAAACAA-TAACAAAAATCATTTAT--AAGTTGATTATAGAAG-GTAATTTATATATTGACAT-TTAAATGAGTGAATA-TT-TGA-A--A-G-ATGTCTTATA-GAT-ACTGGTATA---GC-ATTCCATAT-T-AGTGTAC-TAGTATAACAAAAGCTATTTT-TTAAA--TAATTGGTGCAAGCC-TTaaaatatatagatatgaaaattatatttaatatataaaa
gi|2 : ttTTTATTTTTATAGAAGGTAA--CACATTATGACATTGTCACATAATACA--A--CT-GAATTTAAGGTA---CACA-TC-----ATCTTTTCAATAT------------GGCCTTCTGCAACAACATT-AA-AACATTACAATATAATAT-T-A-CAAA---TTAC---AATGTA--T-A----A-----------A------------------TA--------C--------T-----T-GTGACAAACACTCAATTTAGCAAAGCATGC-A---AATT-ACCGGT----------AG-CCTTTATAT-------A--T--T-----T---GTA-CATTTATACTATTTT--ATTCAAACAA-TAACAAAAATCATTTAT--TAGGTGATTGGAGAAA-GTAATTTCTATATTGACAT-TAAAAAGAGTGAAT-TTT-TGA-A--A-G-ATGTCTTATA-GAT-ACTAGTATA---GC-ATTCCATAT-T-AGTGTAC-TAGTATAACTTAAACTATTTTTTTAAA--TAATTGGTGCAAGCC-TTTTGAGAAACGAGATCTTT---TCT---ATC------AATAGATCATAAGTTATATGATGTATTATT-----TGAATATGTCAAAAGGTTT--GATATA
gi|20 : tTTTATTT--ATAGAAGGTAA--CACAATATGAC------------TA-------TT-GAATTCAAGGTA---CATA-TC-----ATATTTTCAATAT------------GGGCTTCTGCAACAACATTTGA-AACATAACAATATAATAT-TAA-CAAA---TTAA---AATGTA--T-A----AATACAACT---A------------------TA--------C--------T-----T-GTGACAAACACTCAATTTAGTTAAGCATGT------AT--CT---T----------AG-CATTTATAT-------A--T--A-----T---GTA-CATTTATACT-TTTTCAATTGAAACAATTAACAAtagggtg
gi|21 : ttatcTTCATTT--ATAGAAGGTAA--CACAT---GA-AT--------A-TACA--G--TT-GAATTCAACGTA---CACA-TA-----ATATTTTCAATAT------------GGCCTTCTGCAACAACATTTAA-AACATTACAATATAATAT-T-A-TTAA---TTAC---AAT-----T-A----A-----------A------------------TA--------A--------T-----TGGTG-CAAGC-CTT--TTGAGTAACGttatt
gi|21 : taataatatt-TTAAA--TAATTGGTGCAAGCC-TTTTGAGTAACGGGATCTTT---TCT---ATC------AATAGA--------TATATGATGTTTTATA-----AGAAAATGTCAAAAGGTTT--GATATAggatcttttctatcaatagatatatgatgttttataagaaaatgtcaaaaggtttgatatatagggtgg
gi|22 : taataatattttcatttatagaaggtaacacatgaatatacagttgaattcaacgtacacataatattttcaatatggccttctgcaacaacatttaaaacattacaatataatattattaattacaaTTTATTT--ATAGAAGGTAA--CACATTATGGCAT--------TATACG--A--TT------CAAGATA---CACG-TC-----ATATCTTCAATAT------------GGCCTTCTGCAACAACAATTAA-AACATTACAATATAATAT-----CAAACATTTAA---AATGTA--T-T----A-----------A------------------TA--------CAACTATATT-----T-ATGACAAACACTCAATT---TAATGCGTG------AAT--CT---T----------AG-----TATAA-------AAGT--A-----T---GTA-CATTTATACTATTTT--ATTCAAAAAG-AAACAAtagggtgg
gi|23 : ta--------T-----T-ATGGCAAACACTTT-TTTAGTAATGTATTC-A-----T--CA---T----------AG-CCTCTATAC-------A--TAAT-----T---TT----TTTATG-TATAAT--GTACAA-CAA-CAACACATATCATTTGT--CTTGTGATTGGTGAAA-GTA--TTTTATATTGACAT-GTAAGTGAG-GGGTATCT---A-A--ACG-ATGTCTTATA-AAT-ACTGGCATA---GC-ATTCCACAT-ct
gi|24 : -ATGTCTTATA-GAT-ACCGGTATAATAGC-ATTCCATAT-TTAGTGTAC-TGTTATGACTAAAACTGTTTT-TTGAA--TAATTGATGCAGGCC-TATTGAGAAACGAGATATTT---T-T---AAC------AATATATCGTAAATTGTAC-AT---TTATT-----TAAAGATaaa
gi|25 : atatTTAACAACATTGCAATAGAATAT-T-AGCAAA---ACAA---AATGAA--T-A----A-----------A------------------T------------------------------TAAAC--TCAATTTAGTAACGCATGC-A---TCT--A---------------AG-CATTTATACGTAAAAAA--T--A-----T---GTA-CATTTATACTATTTT--ATTGAAGCAa
gi|26 : C-TATTATAATTATACCTATTTT-ACAAA--TAATGGGTGAAATCC-TTATGAAAAACGAGATATTT---T-TAAAAAA------AATAGATAATAAATTGTATGATGTATTATTCAAAGTGCAAATATCAAAAGGTGT--CATAgaatatttcaagtatattt
gi|27 : tTAATT--GTAGACGGTAA--CACATCATGACGT--------AATACT--A--TT-GAATTCAAGGTA---CACA-TC-----ATATTTTCAATAA------------GGCCTTCCGCAACAACATTTAA-AACATTTCATTATAATATAA-A-CAAA----TAA---AAgatacggggagt
gi|28 : TTTATTT--ATAGACGGTAA--CACATTACGACAT--------AATACA--ACATT-GAAATCAAGGTA---CACA-TC-----TTATTTTCAATGT------------GGCTTTCTACAGCAACATTAAA-AATA
gi|29 : ataatatcATAA-CAACAAATATCATTTGT--CTGGTGATTGGTGAAG-GT-ATTTTTATACTGGCAT-TTAAATGAGCGGATAT
gi|3 : TTTATTT--ATAGAAAGTAA--CACATTATGACAT--------AATACA--A--TT-TTATTCAAGGTG---CACA-TC-----ATACTTTCAATATTATTATTATCCAGGCCTTCTGCAACAACATTTAA-AACATTACAATATAATAT-T-G-CAAA---TTAC---AATGTA--T-A----A-----------A------------------TA--------C--------T-----T-GTGACAAACACTCAATTTAGCAAAGCATGC-A---AAT--AT---T----------AG-CCTTAATAT-------A--T--T-----T---GAA-CATTTATACTGTTTT--ATTCAAACAA-TAACAAAAATCATTTAT--TAGGTGATTGGATAAG-GTAATTTCTATATTGACAT-TTAAATGAGTGAATA-TT-TGA-A--A-G-ATGTC--ATA-TAT-ACTTGTATA---GC-ATTCCATAT-T-AATGTAC-TAGTATAACCAAAGCTATTTT-TTAAA--TAATTGGTGCAAGCC-TTTTGAGTAACAAGATCTTT---TCT---ATC------AATAGATCGTAAGTTATATGATGTATTATT-----TGAAAATGTCAAAAGGTTT--CATATAgctgttgattgataggaccaacctatatt
gi|30 : TCGTATA-GAT-ACTGGTATA---GT-ATTCCATAT-C-AGTG-ACATATTA
gi|31 : TTTATTT--ATAGAAGGTAAAACCCATTATAACAT--------AATACA--ATTTT-GAAATCAAGGTA---CACA-Tgtgcgatgtatcaaaagcgcttacaattgtggtaaaaagtagcaaacattt
gi|4 : aatcatataTTTATTT--ATAGTAGGTAA--CACATTATGACAT--------AATACA--A--TT-TTATTCAAGGTA---CACA-TC-----ATACTTTCAATAT------------GGCCTTCTGCAACAACATTTAA-AACATTACAATATAATAT-T-A-CAAA---TTAC---AATGTA--T-A----A-----------A------------------TA--------C--------C-----T-GTGACAAACACTCAATTTAGCAAAGCATGC-A---AAT--AT---T----------AG-CCTTAATAT-------A--T--T-----T---GAA-CATTTATACTATTTT--ATTCAAACAA-TAACAAAAATCATTTAT--TAGGTGATTGGATAAG-GTAATTTCTATATTGACAT-TTAAATGAGTGAATATTT-TGA-A--A-G-ATGTC--ATA-TAT-ACTTGTATA---GC-ATTCCATAT-T-AATCTAC-TAGTATAACCAAAGCTATTTT-TTAAA--TAATTGGTGCAAGCC-TTTTGAGTAACAAGATCTTT---TCT---ATC------AATAGATCGTAAGTTATATGATGTATTATT-----TGAAAATGTCAAAAGGTTT--CATATA
gi|5 : TTTATTT--ATAGAAGGTAA--CACATTATGACAT--------AATACA--A--TTTGAATTCAAGGTA---CACA-TC-----ATATTTTCAATAT------------GGCCTTT--CAACAACATTTAA-AATATTACAATATTATAT-T-A-CAAA---TTAC---AATGTA--T-A----A-----------A------------------TA--------C--------T-----T-GTGACTAACACTCAATTTAGCAAAGCTTAC-A---AAT-------T----------AG-CCTTTATAT-------A--T--T-----T---GTA-CATTTATACTATTTTT-ATCCAAACAA-TAACAAAAATCATTTAT--TAGGTGATTGGAGAAG-GTAATTTCTATACTGACAT-TTAAATGAGTGAATATTT--GA-A--A-G-ATGTCTTATA-GAT-ACTGGTATA---GC-ATTCCATAT-T-AGTGTAC-TAGTATATCTAAAGTTTTTTT-TTAGA--TAATAAGTGCAAGCC-TTTTGAGTAACGAGATCTTT---TCT---ATC------AATAGATCGTAAGTTATATGATGTATT------------------AAAAGGTTT--GATATA
gi|6 : TTTATTT--TTAGAAGGTAA--CACATTATGACAT--------AATACT--A--TT-TGATTCAAGGTA---C----TT-----ATGTTTTCAATAT------------GGCATTCTGCAACAACATTTAA-AGCATTACAATATAGCAT-T-AACAAA---TGAA---AATATA--T-A----A-----------AAAAAACAATCATTTACTATA--------C--------T-----T-GTGACAAACACTTTATTTAGTAATGCAT---A---TAT--CT---T----------AG-CATTTATTA-------A--T--A-----T---GCA-CATTTATAC-ATTT---ATTAAAACAA-AAACAAA----------------------GAAAAGAGTAATTT-TATATTGACGT-TTAAATGAGTGAATATTT--GA-A--A-T-ATGTCTTATA-GATTACTGGTATA---GG-AT-----AT-T-AGTATAC-TATTATAACTAAAACTATTTT--TAAA--TAATTGGTGCAATCC-TGTTGAGAAACAAGATCTTT---TCC---TTC------AAAAGATTTTGAGTTATATGACGAAT
gi|7 : atcAGGTT---CACA-TC-----ATACTTTCATTAT------------GGCCTTCTGCAACA---TTTAA-GACATTATAATATAATAT-T-AACAAA---TTAA---AATGAA--T-A----A-----------A------------------TA--------C--------TATACTT-ATGACAAACACTCA------TCAT-CAT-------------T---T----------AT-CCTT-AT------------T--T-----T---GTA-CATTTATATTATTTT--ATTCAAACAA-TAACAAAAATAATTTAT--TAGGTGATTGGAGAAA-TTCTTTTCTATTTTGACTT-TTAAATGAGTGAATATTTGTAA-A--A-G---GTCTTATA-GAT-ACTGGTATA---GC-CTTCCATAT-C-AGTGTAC-TAATATAGCTAACGCTATTTT-TTAAA--TAATTGGTGCAAGCCTTTTTGAGAAACAAGATATTT---TCT---ATC------AATCTATAGTATATTATATGATGTATTATA-----TGAACATGTCAAAAGGTTTCAGATAT
gi|8 : CATTATTACAT--------AATACA--A--TT-GAATTCAACGTA---CACA-TA-----GTATTTCCAATAT------------GGCCT---GCAACAACATTTGA-AACATTAAAATATAATAT-T-A-CAAA---TAAC---AATGTA--T-A----T-----------G------------------TA--------T--------T-----T-GTGACAAACATTCAATTTAGCAAAGCATGC-A---AAT-------T----------AG-CCTTTATAT-------A--T--T-----T---GTA-CATTTATAC------------AAACAA-TAACAAAACTCATTTAT--TAGGTGATTGGAGAAG-GTAACTTCTATATAAACAT-TTAAATAAGTGAATATTT--GA-A--A-G-ATGTCTTATA-GAT-ACTGGTATA---GA-ATTCCATAT-T-TGTGTAC-AACTATAACTTAAGCTCTTTT-TTAAA--TAATTGGTGCAAGCC-TTTTGAGTAACAAGATCTTT---TCT---ATC------AAtgggtgg
gi|9 : aatatTTTATTG--ATAGAAGGTTA--CACATTATGACAT--------AATACA--A--TT-GAATTCAAGGTA---CACA-TC-----ATATTTTCAATAT------------GGCCTTGTGCAACAACATTTAA-AACATTACAATATAATAT-T-A-CAAA---CTAC---AATGTA--T-A----A-----------A------------------TA--------C--------T-----T-GTGACAAACACTCAATTTAA-AAAGCATGCAA---AAA--AT---T----------AG-CTATTATAT-------A--T--T-----T---TAA-CATTTATACTATTTT--AATAAAACAA-TAAAAAAAATCATTTAT--TAGGTGATTGGAGAAG-GTAATTTCTATATTGACAT-TTAAATGAGTGAA---TT-TGA-A--A-G-ATGTCTTAT