lowQualScore : 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 1111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 33333333333333333333 11 222222222 22 1 11 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 1 111111111111111 222 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444 33333333333 222222222222 222222 11 33333333 111 11111111 0000000000000000000000000000000000000000
lowQualScore : 11 99999999999999999999 6 66 2 9 4 5 999999999 8888 3 3 55 6 5 4 99 6 55 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 55555 8888 55555 5 3 33 555555555555555 4 2 5555 444 2 99999999999 999 333 88888888888 3 1 000 1 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333 7777 666666 4444 00000000000 77 5 222222222222 5 555555 22 2 777 2 3 99999999 1 444 11 88888 00000000 666 4 1 0 7777777777777777777777777777777777777777
lowQualScore : .. .................... . .. . . . . ......... .... . . .. . . . .. . .. ..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... ..... .... ..... . . .. ............... . . .... ... . ........... ... ... ........... . . ... . ........................................................ .... ...... .... ........... .. . ............ . ...... .. . ... . . ........ . ... .. ..... ........ ... . . . ........................................
lowQualScore : 77 88888888888888888888 7 00 9 4 4 3 333333333 5555 3 6 11 8 5 4 44 4 00 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 99999 7777 99999 1 9 22 666666666666666 7 4 0000 111 4 66666666666 444 777 11111111111 6 5 999 3 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000 3333 999999 0000 33333333333 66 2 999999999999 7 555555 55 9 999 9 1 22222222 4 111 55 33333 55555555 444 0 4 2 7777777777777777777777777777777777777777
consensus : ACCTATGACTGCTATGATAAATCTACATA-CTTTGGA---GTATGCCATANTTTACAATAACCGAAAATT-ATACCAT-GAATA--GA----CCA-TGGTATAATTTTCAT-GATCAGGTGATGCACTTTCCGCCAATCAAAATGATTGCTC--TTTT---A------------AAA-----A-----------AT--G-T-T---------------T-----------G----------GAG-AA--TA-T----------GGAT------TC----AA---GAAAAA-N---TGAAAACACGG-GTAAAACA-----CA-CAAAA-A--TAC-TAA----CA-AGAA--A-CTGA---C---GT--TT-TTA-----CAT-AT--GTA----CT-----A--------AAG------TGTA-ATN-NG-T---TA-A----A--AC----A-------G-----ATA-----TAT---CAT-----TGATAT--TCTC---------------GTGTTTT-TA-TG----T---GTAGCGTA-AAT------T----ATACCAT--GGT---T---------TGGTGACATTCCTCTCTG----CT--AA-C---C---C-CAC-----N---CG--AC--T-GC-GT---CTC--GTGCAGTTAGG-----CAGA----GAGGAATGTCA---C------CAAACC-ATGGTAT--A----ATTT-ACGCTAC----A-CAT--AA-A---A-CACGAG-AAT----ATCGAT-ATATATA-----T----A---TCTA---TAA-CATACTACATTTA--AA---TTG--ATTAT--ATCATGCCTGTATNTAAAA
Reference ( gi|4 ) : ACCTATGACTGTCATGATAAAACTAAATA-TTTAAGA---ATATGGCATAATTTACAATAACCGAAAAGT-ATATCAT-TAAT---GA----CCA-TGGTATAATTTTCAT-GATCTCGTGATACACTTTCCGCCATTCAAAACCATTGTTC--TTTT---A------------GAA-----A-----------AT--G-T-T---------------T-----------G----------GAA-AA--TA-T----------GGAT------TT----AC---GAAAAA-T---TGAAAACACAG-GTAAAACA-----CA-CAAAA-A--TAC-TAAAA--CA-AGAA--A-CTAA---C---AT--TT-TTA-----CAT-AT--GTA----CT-----A--------AAG------TGTG-ATT-TG-T---TA-A----A--AC----T-------G-----ATA-----TAT---TAT-----TAAAAT--TCTC---------------GTGTTTT-TA-TG----T---GTAGCGTA-AAT------T----ATACCAT--AGT---T---------TTGTAACATGCTTCTTTG----CT--GA-C---C---C-TAC-----A---TG--AC--T-GC-GT---TTC--GTGCAATTAGG-----CAGA----GAGGAATGTCAC--C------CAAACT-ATGGTGT--G----ATTG-ATGCTAC----C-CAT--AA-A---A-CACGAG-ATT----A-CGAT-ATATATA-----T----A---TCTA---TAA-CATACTGCATTTAGCAA---TTG--ATTA---AGCATACCGGTATTTAAAA
gi|1 : ACCTATGACAGCTATGATAAATCTACATA-TTTTGGA---GTATGGTATAATTTACAATAACCCAAAATT-ATACCAT-AAAT---GA----CCA-TGGTGTGATTTTCAT-GATCAGGTGCTGCACCTTC
gi|3 : aaactaagacaataataatctaaactcattggttaatatatacgggtgctgtgtgaagaataactaagatacagatatataatgatatcagttttatgtgtagtgtaaattataccatcgtttgttaacatttgtctctgcctatctgtaccaggtatgcagccgagtattgttagccacaaggaatgtcgcaactttgaacaaaccatgttattatttaagccacacataaagacacaagaatatcaatggtatatctattttaaccataatccataattattctttagtatgtatgtaaaattattagttccctgttggttttttttttgccttttatacatgtaACCCTTGACTGTTATTATAAATCTACATA-GTTTATA---GCAAGCCATG-TTTGCAATAACCGTGGATA-ATACCAT-GGTG---GA----CCG-TGGTATAGTTTTCATTGATCTGACGATGC----TC-----TTCTAAAGAA--G--C--TGGG---A------------GAA-----T-----------AT--G-T-TATA------------T-----------GCTTTATCGATGAA-AA--TA-A----------GGAT------TC----AA---TAACAA-TCG-TGAAAACACGG-TTAGAAT------CATCAAAT-A--TTC--------CA-AAGA--A-CTGA--------T--TT-TTA-----TAC-AC-------------------------AAG------TTTA-ATA-GA-T---TA-A----A--AC----A-------G-----ATA-----TAT---CGT-----TGATAT--TCTC---------------GGATTTTGTA-TG----T---GCAGAGTC-AAT------T----ATATTAT--GGT---T---------TGATGGCATTCATCCTTG----TT--TA-C---G---C-AAT-----T---AG--AG--T-GC-GT------------AGTTAGA-----CAGA----GGAGATTGTCA---C------AAAACC-GTGGTcaactccctgtaaacaagggcaataactcatacagtatttgagcaataccaaagcattgtagatacttaacaataatgtaaata
gi|11 : aagttatattttgcaataagttattaatgtatagcgtatagtttACCTGTAACTGCTATGACAAATC-----A-TT--GGA---ATATGGTGTAATTTAAAATTACCAAACACT-AAACTAA-GAAT---GA----CCA-TGGTACAATATTTAT-TATCACGTGATGCACTTACCGTAAATCCAAAGCATTGCTC--TTTT---A------------AAA-----taaatcttgctgtactacgtaggctcggtatatattaagtaaaatcattgtatgtgtatgcatctataacatatttgcaaatcttacattaatta
gi|8 : tgACCTATCACTGCCATGATAA--CTATATACTTTG-------TATGCCATATTTTACAATAACC-AAAAGTGATACCATATGATA--GG----CCA-AGGTTCAGTTGTAGT-GGTCAGGTGATGCAATTTCCTCTAATCAAAATGATTGTTC--TTTtaaccaacatggaactgatttagtatactaaagtatataggttaaaacaggtttaaaataatagataaagatttggttat
gi|14 : gtacgctgtgtaataaacttcggtaCCTATGGCTGCTATGATAAATTTATATA-CTTTGAA---GTATGCCAT--------ATAATTGTAACTT-ATGTCAT-GAATATAGA----CCAGTTGTATGAccaccaattgcacgtttcttcaatcaaaatgataactcttttcaaagaaaagtttgggagaacttgcatgttaaatgattcatcgattggaagaatatggaatcaagaaaaaagtgtaaagggtaaaacacaaaaaaaaaactgtcgtttttttacaaatgtgtattaggttaaaacatatacagcgttgatatgtttgtattttatgtgtagcgaacgatggctggcgtgacgcgtctcgtgcagttaggcagaaa
gi|6 : tatttacatttagcaatgttctatgatgtaggtattgtttcattatttactgatttttactgaataaatagtttgCCATGGCTGTTATGACAAATCTATATA-CTTTGAT---ATATGCCATAGTTTACAATAACCGAAAATT-ATAGCA--TGATA--GA----CAA-TTGTATAATGTTTTT-GCTCAAGTGATGTACTTTCCACCAATCAAAATGATTTCTC--TTTTCA-A------------AAA-----A-----------AA--A-T-T---------------A-----------G----------GAG-AA--TAGT----------GGAT------TCAATAAA---AAAAAA-G---TGAAAACTAGG-GTTAA--A-----CA-CAAAA-A--TAa
gi|5 : tATGATTCTCAT-ATGAAAGGACATA-C---AGATTCATATGG--TTCTCTTCAATAAA-GTAAATT-ATACCGC--AATA--GA----CCA-TGGTATACTTTTCAT-GATTAGGTGATGTATTTTCCACCAATCAAAATGATT-CAC--TTTT---AAAATAGTTGTGAGAA-----A-----------AT--A-T-T---------------CTTTATGGATTGG----------GAG-AA--TA-TCATCATCAGTGGAT------TC----AA---GAAATA-G---TGAAAACACGG-GTAAAAAA------A-CAAA-------C-C------CA-AGAA----CT----------T--TT-GTAAGT--CAT-ATCAG-------------A--------AAG------TGTA-ATA-GG-T---TA-A----A--AC----A-------G-----ATA-----CAC---TATAACGTTGATAT--TCAT---------------ATGTTTT-TA-TG----T---GTAGCGTA-AAC-------------ACCAT--GGT---T---------TGGTGACATTCCTCTCTA----CT--AT-T---C---C-CAC-----T---TG--GC--T-GT-GA---CCT--GTGTAGTCTGA-----CAGA----GAG----GTCA---C------CAAACC-ATGGTAT--A----ATGT-ACACTACACAAT-CAT--AACA---A-CATGAG-ATA----T-CAGT-A---ATA-----T----A---TCTA---TAA-CATAactgatttgtttattcaaataggttaaaattaaattaattgtaccaggtttggtgacattcctctgcgtattgtgcttttaggcagataagaacgtcaccaattcatggtatgtataattaacgctgaacataaaaacacgaggatatcagtaatatatctaaaattacttttaaaaaattttgtagttatatcatgcctgttaaaatcacgcctttggtatctatgttttttatgtattt
gi|2 : TGACTACTATGACAATTCTATATA-CCTTGAA---GTATGCCATTTTTTACTCTAACCGAAAAGT-ATTCCAT-GATT---GA----CCA-TGATATACTTTTCAT-GATCAGGTGATCAACTTTCAACCAATCAAAATGATTGTTC--TTTTAAAA------------AAA-----AGTTGGTAGACTAT--G-T-TACTTGCTTTATGGATT-----------G----------GGA-AAAGTA-T----------GGAT------TC----AA---TAAAAA-CG--TGAAACTAT-G-GTTAAACG-----TA-CAAAACACCCAC-TG------A-AGA---------------------C-TTA-----TAT-AA--GTC----CT-----AACAAAAAGAAG------TGTA-AAA-GG-T---AA-A----A--AC------------------ATG-----TAC---TA------TGATAT--TATC---------------TTG--TT-TA-CC----T---GTTACGTA-AATTACTAGT----ATACGAT--GGT---T---------TGATGACATTCTTCTCTG----CTTACA-C---C---C-AAC-----T---CG--AA--T-GC-AT---CTC--GCGCAGTTAGA-----CAAA----GAGGAAGAACA---C------CAAACC-ATCGTAT-------ATTGTATGCTTC----T-TAT--AA-A---A--ACAAT-ATCA---A-TGAT-ATATTTATGACTT----A---ACTA----AA-CATACAAAATGTA-CAA---TTG--ATAA---ATC-TACCtgagatgcgtg
gi|7 : ttaatgacaacagtacatATTGCCATGATTTATCTG--CA-TTGAAG-----TATGCCATATTTTACAATAACCTAAA-TT-ATACCAC--GATA--GA----CAA-TGGCATAATGTTTAT-AATCACGTGATGCACTTTCCACCAATCAATATGTTTGCTCTATTTT---A------------AAAC----G-----------GTTGG-T-T---------------G-----------G----------GAG-AA--TA-T----------GGATTAAATGTT----ATAAAGAAAAA-CACACGAAAA-GCGG-GTTAAATA-----CA-CAAAA-A--T-----------A-AGAA--A-CTGA-------GT--TT-TTA-----AA--A-----------------A--------AAA------T----ATT----T---TA-A----A--ACAGAAT-------G-----ATG-----TAT---CAT-----TGATGT--TCTCGTCATTGCTGTTTTGGTGCTTT-TA-TA----T---ATAGCGTA-TAT------T----ATACCAT--GGC---T---------TGTTGGTAT--TCCT-------CT--AATC---C---T-TAC-----T---AG--AC--T-GT-GT---TTC--TTGCAGTTAGA-----TAGA----GAGGAATATCA---C------CAAACC-A
gi|13 : ttttattcattatgtacgattgtttagtagaatggaatttac-TAAT---GATTTACCA-TGGTATAATTTTCAT-GATCAGGGGATGCTCTTTCTTCCAATCAAAATGATTGCTC--TTTT---A------------CACGCTTTA-----------TT--GAT-T---------------T-----------G----------GAG-AA--TA-T----------GGAT------Tatcatcaaaccatg
gi|10 : catggtataatgactaaccataattgcccatggtataatgattgaccatggtataatgactaaccatgattgcccatggta-TGGTATATTTTTTAT-GATCAGGTGATGTACTTAACACCAATCATATTTATTGCTA--ATTT---A------------AAG-----T-----------AA--G-T-T--------------------------------------GGA-AA--CA-A----------GGAC------TT----c
gi|15 : atagtgtagacat-TGGTATAATGGTCAT-GCTCAGATGATGCCTTTTCCGCCAATCAAAATAGTTGCTC---TTT---A------------AAA-----A-----------AT--A-TAT---------------T-----------T----------GAG-AA--TA-T----------Ggaatatattagtcctaaccaaaagtgtaattatacatgtgccctggtgaccttcctctatgtaaaccccacttgaatgcgctcgtgcagttatacagggagaaaagtcaccaaaccatggcatgatttacgctacaatacacataaaacaccagaatatcaactatatatcctatgactcttgaatggccatactt
gi|16 : ggtataatgactgcaatgataaacctatatacagtgttctttagaaaataagaccatgataaacaatgcttttC--TTTA---A------------GAA-----------------------T-T---------------T-----------T----------GAG-AA--TA-T----------GG-T------TC----AA---GAAAAA-TG--TGAAAACACAA-GTAAAACACCCCCCC-CAAA----------AAAA--CA-A-----------------------T-TTA-----TA--AT--GTAAGTCCTAACAAA--------AAA------TGTA-ATA-GG-T---TA-A----C--AC----A-------G-----ATA-----TAT---TAT-----TGAAAT--Tt
gi|12 : tttg-T-T---------------A-----------G----------GAG-TA--TA-T----------AGTT------AT----AA---GAAAAA-G---TGAAAACA-AGTGTAAAACA-----CA-CACAC-A--CAC---AAA--CA-AAAA--A-AAAA---CCTGGT--TT-TTA--------------TA----CC-----A--------AA-------TGTA-ATT-Taaaa
gi|8 : -T---------------T-----------G----------GAAGAA--TA-T----------GGAA------TC----AA---GAAAAAAG---TGTAAA---GG-GTAAAACA-----CA-AAAAA-A------------------AA--A-CTGT---C---GT--TT-TT--------T------TA----CA-----A--------ATG------TGT--ATTAGG-T---TA-A----A--AC----A-------T-----ATA-----CAG---CGT-----TGATAT--GTTT---------------GTA-TTT-TA-TG----T---GTAGCGtactgaccccactcgaccgtgcatttcgtgcagttaggcagagaggaatgtaaccaaaccatggtatactttacataaaaacacgagaatatcaacggtacatctataacttttgcaacat
gi|9 : gtacgctgtgtaataaacttcggtaacctatcactgccatgataactatatactttgtatgccatattttacaataaccaaaagtgataccatatgataggccaaggttcagttgtagtggtcaggtgatgcaatttcctctaatcaaaatgattgttctttccaccaattgcacgtttcttcaatcaaaatgataactcttttcaaagaaaagtttgggagaacttgcatgttaaatgattcatcga-----------G----------AAA-AA--TA-T----------GGAT------TC----AT---GAAAAA------------------------------CG-TGAAA-A--TAT-TGG----TA-AAAA--A-CTGA------------T-TT--------T-GT--ATA----CA-----G--------AAG------T-----TT-TA-TAGGTA-A----A--GT----T-------ATATATATA-----TAT---CAT-----TGATAT--CCTC---------------ATGTTTA--A-TG----T---GT----------------------CACTAT--TGT---T---------TTGTGACATTCCTTTCTGC---CT--AA-C---T---G-CAC-----G---AG--AC----GCAGT---CGG--GTGGGGTTCAG-----TAGACAATGAGGAATGACA---C------TAAACC-ATGGT-T--T----ACTT-ACGCTAC----aacgatggctggcgtgacgcgtctcgtgcagttaggcagaaa
gi|1 : atacagtaaaaaaggcttaaactgatacaatgtatagcattgattttcacgagtccttgtatAG-GCAAAA-----------AAAA-A---AC-CAA----CA-GGGA--A-CTAA---T---AA--TT-TTA-----CAT-AC--ATA----CT-----A--------AAGAATAATTATGGATTATGGT---TA-A----A--AT----A-------G-----ATA-----TAC---CAT-----TGATAT--TCTT---------------GTGTCTT-TA-TG----T---GTGGCTTA-AAT------A----ATAACAT--GGT---TTGTTCAAAGTTGCGACATTCCTTGTGG----CT--AA-C---A---A-TAC-----T---CG--GC--T-GC-ATAC-CTG--GTACAGATAGG-----CAGA----GACAAATGTTA---A------CAAACG-ATGGTAT--A----ATTT-ACACTAC----A-CAT--AA-A---A-C-TGAT-ATC----A-TTAT-ATATCTG-----T----A---TCTccatcaataacagatgtaac
gi|6 : aaactaagacaataataatctaaactcattggttaatatatacgggtgctgtgtgaagaataactaAA-A--TACATAAAAAACATAGAT--A-CCAAAGGC---GTGATT-TTAACAGGCATGAT--ATAA---CT-----A--------CAA---------A-ATT-TT-T---TA-A----A--AG----TAATTTTAG-----ATA-----TAT---TAC-----TGATAT--CCTC---------------GTGTTTT-TA-TG----T---TCAGCGTT-AAT------TATACATACCAT--GAA---T---------TGGTGACGTTCTTATCTG---------------C---C-TAA-----A-------A------------------GCACAA-TACG-----C--A----GAGGAATGTCA---C------CAAACC--TGGTAC--A----ATTA-ATtttatacatgtagaaggtgcagcacctgatcatgaaaatcacaccatggtcatttatggtataattttgggttattgtaaattataccatactccaaaatatgtagatttatcatagctgtcataggtcaactccctgtaaacaagggcaataactcatacagtatttgagcaataccaaagcattgtagatacttaacaataatgtaaata
gi|1 : tccatggctgttatgacaaatctatatactttgatatatgccatagtttacaataaccgaaaattatagcatgatagacaattgtataatgtttttgctcaagtgatgtactttccaccaatcaaaatgatttctcttttcaaaaaaaaattaggagaatagtggattcaataaaaaaaaagtgaaaactagggttaaacacaaaaataactgatttgtttattcaaataggttaaaattaaAC-TAAGA--CA-ATAATAATCTAAACTC---AT--TGGTTA------AT-AT--ATA----C-----------------G------GGTG-CTG-TG-T---GA-AGAATA--AC----T-------A-----AGA-----TACAGATAT------ATAATGATATC---------------A-GTTTT--A-TG----T---GTAGTGTA-AAT------T----ATACCAT--CGT---T---------TGTTAACATTTGTCTCTG----CC--TA-T---C---TGTACCAGGTA---TGCAGC--C-GA-GT---ATT--G-----TTAGC-----CACA-----AGGAATGTCGCAACTTTGAACAAACC-ATGTTAT--T----ATTT-AAGCCAC----A-CAT--AA-AG--A-CACAAG-AAT----ATCAATGGTATATC-----T----A---TTT----TAACCATAATCCAT-----AA---TT---ATTCTTTAGTAT----GTATGTAAAA
gi|2 : aaG------TATG-TTT-AG-T---TA-A----GTCAT----A-------A-----ATA-----TAT---CAT-----TGATAT--T--------------------GTTTT-TA-TA----A---GAAGCATA-CAA------T----ATACGAT--GGT---T---------TGGTGTTCTTCCTCTTTGT---CT--AA-C---TGCGC-GAG-----A---TGC-AT--TCGA-GT---TGG--GTG----TAAG-----CAGA----GAAGAATGTCA---T------CAAACC-ATCGTAT--ttattagttccctgttggttttttttttgccttttatacatgtagaaggtgcagcacctgatcatgaaaatcacaccatggtcatttatggtataattttgggttattgtaaattataccatactccaaaatatgtagatttatcatagctgtcataggtcaactccctgtaaacaagggcaataactcatacagtatttgagcaataccaaagcattgtagatacttaacaataatgtaaata
gi|5 : ttaatgacaacagtacattgactactatgacaattctatataccttgaagtatgccattttttactctaaccgaaaagtattccatgattgaccatgatatacttttcatgatcaggtgatcaactttcaaccaatcaaaatgattgttcttttaaaaaaaagttggtagactatgttacttgctttatggattgggaaaagtatggattcaataaaaacgtgaaactatggttaaacgtacaaaacacccactgaagacttatataagtcctaacaaaaagaagtgtaaaaggtaaaaacatgtactatgatattatcttgtttacctgttacgtaaattactagt-ATA-TG-T---TA-T----A----------------G-----ATA-----TAT---TAC-----TGATAT---CTC---------------ATGTTGT-TA-TGATTGT---GTAGTGTA-CAT------T----ATACCAT--GGT---T---------TGGTGAC----CTCTCTGT---CA--GA-C---T---A-CAC-----A---GGTCAC--A-GC--------CAAGTGGGAATAG------TAGA----GAGGAATGTCA---C------CAAACC-ATGGTGT--------TT--ACGCTAC----A-CAT--AA-AAACA-TATGAATATCA---A-CGTT-ATA-GTG-----T----A---TCTGTTTTAA-CCTATTACACTTaaaatgtacaattgataaatctacc
gi|18 : atgattctcatatgaaaggacatacagattcatatggttctcttcaataaagtaaattataccgcaatagaccatggtatacttttcatgattaggtgatgtattttccaccaatcaaaatgattcacttttaaaatagttgtgagaaaatattctttatggattgggagaatatcatcatcagtggattcaagaaatagtgaaaacacgggtaaaaaaacaaacccaagaacttttgtaagtcatatcaga-TG-C---TACA----G--AC----A-------G-----ATA-----TAT---CAT-----TGATAT--CCTC---------------GTGTTTT-TA-TG----C---GTAGCGTA-AGT------T----ATACCAT--GGT---T---------TGGTGACATTCTTCTTTG----CT--AA-C---C---C-TTC-----T---CG--AC--T-GC-GT---gagatgcgtg
gi|9 : -A----A--AC----T-------G-----ATACAATGTATAG-CAT-----TGATTT--TCAC---------------GAGTCCT-TG-TA----T---GTAGCGTA-AGT------A----A-ACCAT--GGT---T---------TAGTGTCATTCCTCATTGTCTACT--GAAC---C---C-CAC-----C---CG--AC--T-GC-GT---CTC--GTGCAGTTAGG-----CAGA----AAGGAATGTCAC--A-------AAACA-ATAGTG------------------AC----A-CAT--TA-A---A-CATGAG-GAT----ATCAAT-G-ATATA-----T----A---TATA---TAA-C
gi|12 : atacagtaaaaaaggctt-------G-----ATG-----TAC---CGT-----TGATAT--TCTC---------------GTGTTTT-TA-TG----T----------A-AAG------T----ATACCAT--GGT---T---------TGGTTACATTCCTCTCTGC---CT--AA---------C-TGC-----A---CG--Atttacctataaaacttctgtatacaaaatcagttttttaccaatattttcacgtttttcatgaatccatatttttcccatcaataacagatgtaac
gi|10 : ttaggagtatatagttataagaaaaagtgaaaacaagtgtaaaacacacacacacacaaacaaaaaaaaaacctggtttttataccaaatgtaattttactgaccccactcgaccgtgcatt-------G-----ATA-----TAT---AGT-----TGATAT--TCTG---------------GTGTTTTATG-TG----TATTGTAGCGTA-AAT------C----ATGCCAT--GGT---T---------TGGTGAC-------TTTT----CT-----C---C---C-TGT-----A---TA--AC--T-GC-ACGAGCGC--ATTCAAGTGGGGTTTACATA----GAGGAAGGTCAC--C------tataacttttgcaacat
gi|19 : atagtgtagacattggtatattttttatgatcaggtgatgtacttaacaccaatcatatttattgctaatttaaagtaagttggaaacaaggacttgaatatattagtcctaaccaaaagtgtaattatacatgtgccct-------G-----ACA-----TGT---CAT-----TGATAT--TCTT---------------ATGTTTT-TG-TG----T---GTAGCATA-AAA------T----ATAC-----AG--------------TGGTGACATTCCTCTctatgactcttgaatggccatactt
gi|3 : ttataGTTAT-TAATG----T---ATAGCGTATAGT------T-----TACCAC--GGT---T---------TTGTGACAATCTCCTCTGT---CT--AA-C---T---A-CGC-----ACTCTA--AT--T-GC-G----------------TAAA-----CAAG----GATGAATGCCA---T------CAAACC-ATAATAT--A----ATTG-ACTCTGC----A-CATACAA-A---A-TCCGAG-AATATCAA-CGAT-ATATCTG-----TTTTAA---TCTA---Tc
gi|10 : aagttatattttgcaataaAGTGTA-A-T------T----ATA-CAT---GTGCCC---------TGGTGACCTTCCTCTATG----TA--AA-C---C---C-CAC-----T---TG--AA--T-GC-G----CTC--GTGCAGTTATA-----CAGG----GAGAAAAGTCA---C------CAAACC-ATGGCAT--G----ATTT-ACGCTACAATACACAT--AA-A---A-CACCAG-AAT----ATCAAC--TATATA-----T--------CCTA---TGA-Ctaaacttgtgtataaaaatcagttctttggaatatttgatgattctaaccgtgttttcacgattgttattgaatccttattttcatcgataaagcatataacatattctcccagcttctttagaagagcatcgtcagatcaatgaaaactataccacggtccaccatggtattatccacggttattgcaaacatggcttgctataaactatgtagatttataataacagtcaagggttaaatcttgctgtactacgtaggctcggtatatattaagtaaaatcattgtatgtgtatgcatctataacatatttgcaaatcttacattaatta
gi|12 : atagtgtagacattggtatattttttatgatcaggtgatgtacttaacaccaatcatatttattgctaatttaaagtaagttggaaacaaggacttgaatatattagtcctaaccaaaT------T----ATACCAA--A----------------TGTAAT-------TTTA----CT--GA-C---C---C-CAC-----T---CG--ACCGT-GC-AT---TTC--GTGCAGTTAGG-----CAGA----GAGGAATGT-AA--C------CAAACC-ATGGTAT--A----CTT------TAC----A-TA---AA-A---A-CACGAG-AATATCAA-CGGT-ACATCTA-----T----AACTTTTG---CAA-CATtcttgaatggccatactt
gi|17 : ttaggagtatatagttataagaaaaagtgaaaacaagtgtaaaacacacacacacacaaacaaaaaaaaaacctggttt----ATACCTTGGAGT---T---------TTGTAATAT---TCCTCA----CT-----C---CAAAC-TA-----------G--AC--T-GC-GT---CTC--GTGATGTTGGG-----TAAC----GCGGAA-GTCA---C------CAAACC-A--GTGTACA----AGTA-AAGCGAC----T-TGT--AA-C---A-CACGAG-A
gi|6 : ---------TTGTACCAGG----TTTG----GT--GA-CATTC---C-T----------------C--T-GC-GT---ATT--GTGCTTTTAGG-----CAGA----TAAGAACGTCAC--C--------AATTCATGGTAT--GTATAATTA-ACGCTGA----A-CATA-AA-A---A-CACGAG-GAT----ATCAGT-A---ATA-----T----A---TCTA---AAA-T-TACT---TTTAAAAAATTTTGTAGTTAT--ATCATGCCTG---TTAAAAacatcaatcat
gi|8 : tccatggctgttatgacaaatctatatactttgatatatgccatagtttacaataaccgaaaattatagcatgatagacaattgtataatgtttttgctcaagtgatgtactttccaccaatcaaaatgatttctcttttcaaaaaaaaattaggagaatagtggattcaataaaaaaaaagtgaaaactagggttaaacacaaaaataactgatttgtttattcaaataggttaaaattaaattaaC-----G---TG--AC----GC-GT---CTC--GTGCAGTTAGG-----CAGA----AAtcacgcctttggtatctatgttttttatgtattt
gi|18 : gtacgctgtgtaataaacttcggtaacctatcactgccatgataactatatactttgtatgccatattttacaataaccaaaagtgataccatatgataggccaaggttcagttgtagtggtcaggtgatgcaatttcctctaatcaaaatgattgttctttccaccaattgcacgtttcttcaatcaaaatgataactcttttcaaagaaaagtttgggagaacttgcatgttaaatgattcatcgattggaagaatatggaatcaagaaaaaagtgtaaagggtaaaacacaaaaaaaaaactgtcgtttttttacaaatgtgtattaggttaaaacatatacagcgttgatatgtttgtattttatgtgtagcgaacgatggctggTTAG------CAAA----GAAGAATGTCAC--C-------AAACC-ATGGTAT--A----ACTT-ACGCTAC----G-CATA-AA-A---A-CACGAG-GAT----ATCAATGATATATC-----T----G---TCTG---TAG-CA
gi|19 : GA----GAGGAATGTCAC--C---------ACT----GTAT--A----TTTT-ATGCTAC----A-CACA-AA-A---A-CATAAG-AAT----ATCAAT-G---ACA-----T----G---TCTA---TAA-cccttctcgactgcgt
gi|7 : A----GAGGAATACCA---A------CAAGCC-ATGGTAT--A----ATAT-ACGCTAT----A-TAT--AA-A---AGCAC
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): GTGCGTCTTGTACAAATAGACAAAGAGGACGGTCACCAAACCACGGAATAGTTTACGCT
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11111 1111111 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 1111111111 111111111 222222 1111111111 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 11111111 11111111111 22222222222222222222222222 111111111 11111111111111111111 33333 1111111 333333333 11 1 222
lowQualScore : 3 55 6 99 33333 8 3 0000000 3 5 88888 3 44 99 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 33 8888 555 3 3333333333 333333333 7777 4 555555 2 1 5555555555 3 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 22222222 1 77777777777 6666 555 44 66666666666666666666666666 1 3 0 2 888888 33 444 111111111 00000000000000000000 44 33 2 33 6666 3 3 7777 0 3 88888 77777 3 7 0 1 7 22222 6666666 3 1 11 3 3 000000000 88 5 3 3 666
lowQualScore : . .. . .. ..... . . ....... . . ..... . .. .. .......................................................... .. .... ... . .......... ......... .... . ...... . . .......... . .................................................................. ........ . ........... .... ... .. .......................... . . . . ...... .. ... ......... .................... .. .. . .. .... . . .... . . ..... ..... . . . . . ..... ....... . . .. . . ......... .. . . . ...
lowQualScore : 0 44 4 66 55555 6 1 0000000 3 0 33333 1 22 22 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 99 9999 000 1 5555555555 333333333 7777 0 555555 0 2 6666666666 6 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 11111111 0 88888888888 5555 000 22 22222222222222222222222222 7 3 8 5 222222 44 111 444444444 55555555555555555555 44 77 7 77 1111 5 1 1111 4 3 33333 88888 6 3 9 3 8 44444 2222222 2 0 00 5 5 888888888 33 5 0 0 555
consensus : ACCTATGACTGCTATGATAAATCTATATACTTTGGAGTATGCCATANTTTACAATAACCGAAAATTATACCATG-A--ATAGACCA-TG-------GTATAATTTTCAT-GATCAGGTGATGCACTTTCCGCCAATCAAAATG-----AT-TGCTC--TTTT--AAAA------------A--------------AT--G-T-T----------T-----------G--GA----GAA---TA-T----------GGAT---------TC----AAG-AAAAA---G--TGAAAACACGGGTAAAA--CA-----CA-CAAAAATA-CCAA--CAAGAAA-----CTGA---GTT--TT---TA---CATAC--GTA----CT-----AA--------AGTGTAATAG---------GTTAAAACA----GATA---TAT--CGTTGATATTC---------TC---------------GTGTTTT-TATGTGTAGCGTAAATTA------TAC-CATGG--TTTG---------GTGACATTCCTC----TCTG-CT-A-A-CCCCACTCGAC--TGC-GT--CTCGTGCAGTTAGGCAGA----GAGGAATGTCA-CCAAACCATG----GTATAATT-TACGC-----TACA----CAT-AA-AACACGAGAATATCAAT-G-TATATATAT-------CTATAACATACTACNTNTA--AA-----TTG--ATTATANCATGCCNGTATTTAAAA
Reference ( family-368 ) : ACCTATGACTGCTATGATAAATCTACATACTTTGGAGTATGCCATANTTTACAATAACCGAAAATTATACCATG-A--ATAGACCA-TG-------GTATAATTTTCAT-GATCAGGTGATGCACTTTCCGCCAATCAAAATG-----AT-TGCTC--TTTT--AAAA------------A--------------AT--G-T-T----------T-----------G--GA----GAA---TA-T----------GGAT---------TC----AAG-AAAAA---N--TGAAAACACGGGTAAAA--CA-----CA-CAAAAATA-CTAA--CAAGAAA-----CTGA--CGTT--TT---TA---CATAT--GTA----CT-----AA--------AGTGTAATNN---------GTTAAAACA----GATA---TAT--CATTGATATTC---------TC---------------GTGTTTT-TATGTGTAGCGTAAATTA------TAC-CATGG--TTTG---------GTGACATTCCTC----TCTG-CT-A-A-CCCCACNCGAC--TGC-GT--CTCGTGCAGTTAGGCAGA----GAGGAATGTCA-CCAAACCATG----GTATAATT-TACGC-----TACA----CAT-AA-AACACGAGAATATCGAT-A-TATATATAT-------CTATAACATACTACATTTA--AA-----TTG--ATTATATCATGCCTGTATNTAAAA
gi|1 : ACATGTATAAAAGGCA-----AA-AAAAAA-A-CCAA--CAGGGAA-----CTAA--TAAT--TT---TA---CATAC--ATA----CT-----AA--------AGAATAATTATGGATTATGGTTAAAATA----GATA---TAC--CATTGATATTC---------TT---------------GTGTCTT-TATGTGTGGCTTAAATAA------TAA-CATGG--TTTGTTCAAAGTTGCGACATTCCTT----GTGG-CT-A-A-CAATACTCGGC--TGC-ATACCTGGTACAGATAGGCAGA----GACAAATGTTA-ACAAACGATG----GTATAATT-TACAC-----TACA----CAT-AA-AAC-TG---ATATC-AT-----TATATAT-------CTGTA
gi|1 : aaactaagacaataataatctaaactcattggttaatatatacgggtgctgtgtgaagaataactaagaACCTATGACAGCTATGATAAATCTACATATTTTGGAGTATGGTATAATTTACAATAACCCAAAATTATACCATA-A--AT-GACCA-TG-------GTGTGATTTTCAT-GATCAGGTGCTGCACCTTCagaaggtgcagcacctgatcatgaaaatcacaccatggtcatttatggtataattttgggttattgtaaattataccatactccaaaatatgtagatttatcatagctgtcataggtcaactccctgtaaacaagggcaataactcatacagtatttgagcaataccaaagcattgtagatacttaacaataatgtaaata
gi|10 : aaactaagacaataataatctaaactcattggttaatatatacgggtgctgtgtgaagaataactaagatacagatatataatgatatcagttttatgtgtagtgtaaattataccatcgtttgttaacatttgtctctgcctatctgtaccaggtatgcagccgagtattgttagccacaaggaatgtcgcaactttgaacaaaccatgttattatttaagccacacataaagacacaagaatatcaatggtatatctattttaaccataatccataattattctttagtatgtatgtaaaattattagttccctgttggttttttttttgccttttatacatgtaTAGACAT-TG-------GTATATTTTTTAT-GATCAGGTGATGTACTTAACACCAATCATATTT-----AT-TGCTA--ATTT--AAAG------------T--------------AA--G---T----------T-----------G--GA-----AA---CA-A----------GGAC---------Tcaactccctgtaaacaagggcaataactcatacagtatttgagcaataccaaagcattgtagatacttaacaataatgtaaata
gi|10 : atagtgAGTGTAA-TTA------TACATGTGC--CCTG---------GTGACCTTCCTC----TATG-TA-A-A-CCCCACTTGAA--TGC-G---CTCGTGCAGTTATACAGG----GAGAAAAGTCA-CCAAACCATG----GCATGATT-TACGCTACAATACA----CAT-AA-AACACCAGAATATCAAC---TATATAT-C-------CTATGACtgaatatattagtcctaaccaaaagtgtaattatacatgtgccctggtgaccttcctctatgtaaaccccacttgaatgcgctcgtgcagttatacagggagaaaagtcaccaaaccatggcatgatttacgctacaatacacataaaacaccagaatatcaactatatatcctatgactcttgaatggccatactt
gi|11 : atagtgtagacattggtatattttttatgatcaggtgatgtacttaacaccaatcatatttattgctaatttaaagtaagttggaaacaaggacttgaatatattagtcctaaccaaaACCTGTAACTGCTATGACAAATC-----A--TTGGAATATGGTGTAATTTAAAATTACCAAACACTAAACTAAG-A--AT-GACCA-TG-------GTACAATATTTAT-TATCACGTGATGCACTTACCGTAAATCCAAAGC-----AT-TGCTC--TTTT--AAAA------------tcttgaatggccatactt
gi|11 : tgAAAATAACCAA--CATGGAA-----CTGA--------TT---TA------GT--ATA----CT-----AA--------AGTAT-ATAG---------GTTAAAACA----GGTT---TAtaaccaacatggaactgatttagtatactaaagtatataggttaaaacaggtttaaaataatagataaagatttggttat
gi|12 : tgacctgtaactgctatgacaaatcattggaatatggtgtaatttaaaattaccaaacactaaactaagaatgaccatggtacaatatttattatcacgtgatgcacttaccgtaaatccaaagcattgctctttt-T-T----------A-----------G--GA----GTA---TA-T----------AGTT---------AT----AAG-AAAAA---G--TGAAAACAAGTGTAAAA--CA-----CA-CACACACA-CAAA--CAAAAAAAAAACCTG----GTT--TT---TA-----------TA----CC-----AA--------A-TGTAATaaataatagataaagatttggttat
gi|12 : ----TTTA-CT-G-A-CCCCACTCGACCGTGC-AT--TTCGTGCAGTTAGGCAGA----GAGGAATGTAA-CCAAACCATG----GTATACTT-TACA------TA----------AA-AACACGAGAATATCAAC-G----GTACAT-------CTATAACtttactgaccccactcgaccgtgcatttcgtgcagttaggcagagaggaatgtaaccaaaccatggtatactttacataaaaacacgagaatatcaacggtacatctataacttttgcaacat
gi|13 : ttaggagtatatagttataagaaaaagtgaaaacaagtgtaaaacacacacacacacaaacaaaaaaaaaacctggtttttataccaaatgtaatACCA-TG-------GTATAATTTTCAT-GATCAGGGGATGCTCTTTCTTCCAATCAAAATG-----AT-TGCTC--TTTT--ACACGCTTT-------A--------------TT--GAT-T----------T-----------G--GA----GAA---TA-T----------GGAT---------TC----ttttgcaacat
gi|14 : catggtataatgactaaccataattgcccatggtataatgattgaccatggtataatgactaaccatgattgcccatggtataatgatttCCTATGGCTGCTATGATAAATTTATATACTTTGAAGTATGCCAT--------ATAATTGTAACTTATGTCATG-AATATAGACCAGTT-------GTATGA
gi|15 : tatttacatttagcaatgttctatgatgtaggtattgtttcattatttactgatttttactgaataaatagtttgATGACTGCAATGATAAACCTATATAC-----AGTGTTC-----TTTA--------GAAAATAAGACCATG-A---TAAACAA-TGCTTTTTGGTATAATGGTCAT-GCTCAGATGATGCCTTTTCCGCCAATCAAAATA-----GT-TGCTC---TTT--AAAA------------A--------------AT--A-TAT----------T-----------T--GA----GAA---TA-T----------Ga
gi|16 : ggtataT-TGCT-----TT--AAGA------------A--------------------T-T----------T-----------T--GA----GAA---TA-T----------GG-T---------TC----AAG-AAAAAT--G--TGAAAACACAAGTAAAA--CACCCCCCC-CAAAAA-----AA--CAA---------------------TT---TA---TA-AT--GTAAGTCCTAACAAAA--------AATGTAATAG---------GTTAACACA----GATA---TAT--TATTGAAATTt
gi|17 : tA------TAC-CTTGGAGTTTT---------GTAATATTCCTC----ACT--CC-A-A-----ACTAGAC--TGC-GT--CTCGTGATGTTGGGTAAC----GCGGAA-GTCA-CCAAACCAGT----GTACAAGT-AAAGC-----GACT----TGT-AA-CACACGAGAACATCAAT-aaaa
gi|18 : AGACA----GATA---TAT--CATTGATATCC---------TC---------------GTGTTTT-TATGCGTAGCGTAAGTTA------TAC-CATGG--TTTG---------GTGACATTCTTC----TTTG-CT-A-A-CCCTTCTCGAC--TGC-GT--cat
gi|19 : tgctacATA----GACA---TGT--CATTGATATTC---------TT---------------ATGTTTT-TGTGTGTAGCATAAAATA------TAC----AG----TG---------GTGACATTCCTC----TC
gi|2 : ttTGACTACTATGACAATTCTATATACCTTGAAGTATGCCATTTTTTACTCTAACCGAAAAGTATTCCATG-A--TT-GACCA-TG-------ATATACTTTTCAT-GATCAGGTGATCAACTTTCAACCAATCAAAATG-----AT-TGTTC--TTTT--AAAA------------AAAAGTTGGTAGACTAT--G-T-TACTTGCTTTAT-----------G--GATTGGGAAAAGTA-T----------GGAT---------TC----AAT-AAAAA---CG-TGAAACTATGGTTAAA---CG-----TA-CAAAA-CA-CCCA--CT-GAA--------GA--C------T---TA---TATAA--GTC----CT-----AACAAAAAGAAGTGTAAAAG---------GTAAAAACA------TG---TAC--TAT-GATATTA---------TC---------------TTGTTT---ACCTGTTACGTAAATTACTAGTATAC-GATGG--TTTG---------ATGACATTCTTC----TCTG-CTTACA-CCCAACTCGAA--TGC-AT--CTCGCGCAGTTAGACAAA----GAGGAAGAACA-CCAAACCATC----GTATATTG-TATGC-----TTCT----TAT-AA-AA-AC---AATATCAATGA-TATATTTATGACTTAACTA-AACATACAAAATGTAC-AA-----TTG--AT
gi|20 : ttaatgacaacagtacat--TGC-GT--CTTGTACAAATAGACAAA----GAGGACGGTCA-CCAAACCACG----GAATAGTT-TACGC-----Taaatctacc
gi|3 : gACCCTTGACTGTTATTATAAATCTACATAGTTTATAGCAAGCCAT-GTTTGCAATAACCGTGGATAATACCATG-G---TGGACCG-TG-------GTATAGTTTTCATTGATCTGACGATGCTCTT----CTAAAGAAGCTGGGAGAATATGTTA--T------------------------------------AT--G-C-T----------TTATC-------GATGA----AAA---TA-A----------GGAT---------TC----AAT-AACAA---TCGTGAAAACACGGTTAGAA--T------CATCAAATATT-C-----CAAAGAA-----CTGA----TT--TT---TA---TACAC-----------------A--------AGTTTAATAG---------ATTAAAACA----GATA---TAT--CGTTGATATTC---------TC---------------GGATTTTGTATGTGCAGAGTCAATTA------TAT-TATGG--TTTG---------ATGGCATTCATC----CTTG-TT-T-A-CGCAATTAGAG--TGC-GT---------AGTTAGACAGA----GGAGATTGTCA-CAAAACCGTG----GTA-AACTATACGC-----TATA----CAT-TA-A
gi|4 : aagttatattttgcaataagttaACCTATGACTGTCATGATAAAACTAAATATTTAAGAATATGGCATAATTTACAATAACCGAAAAGTATATCATT-A--AT-GACCA-TG-------GTATAATTTTCAT-GATCTCGTGATACACTTTCCGCCATTCAAAACC-----AT-TGTTC--TTTT--AGAA------------A--------------AT--G-T-T----------T-----------G--GA----AAA---TA-T----------GGAT---------TT----ACG-AAAAA---T--TGAAAACACAGGTAAAA--CA-----CA-CAAAAATA-CTAAAACAAGAAA-----CTAA--CATT--TT---TA---CATAT--GTA----CT-----AA--------AGTGTGATTT---------GTTAAAACT----GATA---TAT--TATTAAAATTC---------TC---------------GTGTTTT-TATGTGTAGCGTAAATTA------TAC-CATAG--TTTT---------GTAACATGCTTC----TTTG-CT-G-A-CCCTACATGAC--TGC-GT--TTCGTGCAATTAGGCAGA----GAGGAATGTCACCCAAACTATG----GTGTGATT-GATGC-----TACC----CAT-AA-AACACGAGATTA-CGAT-A-TATATATAT-------CTATAACATACTGCATTTAGCAA-----TTG--ATTA-AGCATACCGGTATTTAAAAtaaatcttgctgtactacgtaggctcggtatatattaagtaaaatcattgtatgtgtatgcatctataacatatttgcaaatcttacattaatta
gi|5 : CAATAAA-GTAAATTATACCGC--A--ATAGACCA-TG-------GTATACTTTTCAT-GATTAGGTGATGTATTTTCCACCAATCAAAATG-----AT-T-CAC--TTTT--AAAATAGTTGTGAGAAA--------------AT--A-T-T----------CTTTATGGATTGG--GA----GAA---TA-TCATCATCAGTGGAT---------TC----AAG-AAATA---G--TGAAAACACGGGTAAAA--AA------A-CAAA-----CC----CAAGAA------CT------TT--TG---TAAGTCATATCAG-------------AA--------AGTGTAATAG---------GTTAAAACA----GATACACTATAACGTTGATATTC---------AT---------------ATGTTTT-TATGTGTAGCGTAAAC---------AC-CATGG--TTTG---------GTGACATTCCTC----TCTA-CT-A-T-TCCCACTTGGC--TGT-GA--CCTGTGTAGTCTGACAGA----GAG----GTCA-CCAAACCATG----GTATAATG-TACAC-----TACACAATCAT-AACAACATGAG-ATATCAGT-A----ATATAT-------CTATAACATA
gi|6 : atgattctcatatgaaaggacatacagattcatatggttctcttCCATGGCTGTTATGACAAATCTATATACTTTGATATATGCCATAGTTTACAATAACCGAAAATTATAGCATG----ATAGACAA-TT-------GTATAATGTTTTT-GCTCAAGTGATGTACTTTCCACCAATCAAAATG-----AT-TTCTC--TTTTCAAAAA------------A--------------AA--A-T-T----------A-----------G--GA----GAA---TAGT----------GGAT---------TCAATAAAA-AAAAA---G--TGAAAACTAGGGTTAA----A-----CA-CAAAAAT-------------AA-----CTGATTTGTTTATT---CA---AATAG--GT------T-----AA--------AATTAAATTA---------ATTGTACCA----GGT------T--TGGTGACATTCCTCTGCGTATT---------------GTGCTTT-TAtgagatgcgtg
gi|6 : tAATTG------TAC-CA-GG--TTTG---------GTGACATTCCTC----T-------------------------GC-GT--ATTGTGCTTTTAGGCAGA----TAAGAACGTCA-CCAATTCATGGTATGTATAATT-AACGC-----TGAA----CATAAA-AACACGAGGATATCAGT-A----ATATAT-------CTA-AA---ATTACTTTTA--AAAAATTTTGTAGTTATATCATGCCTGT---TAAAAggcagataagaacgtcaccaattcatggtatgtataattaacgctgaacataaaaacacgaggatatcagtaatatatctaaaattacttttaaaaaattttgtagttatatcatgcctgttaaaatcacgcctttggtatctatgttttttatgtattt
gi|7 : tccatggctgttatgacaaatctatatactttgatatatgccatagtttacaataaccgaaaattatagcatgatagacaattgtataatgtttttgctcaagtgatgtactttccaccaatcaaaatgatttctcttttcaaaaaaaaattaggagaatagtggattcaataaaaaaaaagtgaaaactagggttaaacacaaaaataactgatttgtttattcaaataggttaaaattaaattATTGCCATGATTTATCTGCAT----TGAAGTATGCCATATTTTACAATAACCTAAA-TTATACCACG-A---TAGACAA-TG-------GCATAATGTTTAT-AATCACGTGATGCACTTTCCACCAATCAATATG-----TT-TGCTCTATTTT--AAAAC-----------G--------------GTTGG-T-T----------G-----------G--GA----GAA---TA-T----------GGATTAAATGTTATA----AAG-AAAAACACA--CGAAAA-GCGGGTTAAA--TA-----CA-CAAAAAT---------AAGAAA-----CTGA---GTT--TT---TA---AA-------------------AA--------A----AATAT---------TTTAAAACAGAATGATG---TAT--CATTGATGTTC---------TCGTCATTGCTGTTTTGGTGCTTT-TATATATAGCGTATATTA------TAC-CATGG--CTTG---------TTGGTATTCCT----------CT-A-ATCCTTACTAGAC--TGT-GT--TTCTTGCAGTTAGATAGA----GAGGAATATCA-CCAAACCAtcacgcctttggtatctatgttttttatgtattt
gi|8 : ttttattcattatgtacgattgtttagtagaatggaatttacACCTATCACTGCCATGATAA--CTATATACTTTG---TATGCCATATTTTACAATAACCAAAAGTGATACCATATG--ATAGGCCA-AG-------GTTCAGTTGTAGT-GGTCAGGTGATGCAATTTCCTCTAATCAAAATG-----AT-TGTTC--TTTatcatcaaaccatg
gi|8 : gtacgctgtgtaataaacttcggtaTGCACGTTTCTTCAATCAAAATG-----AT-AACTC--TTTTCAAAGA------------A--------------AA--G-T-T----------TG----------G--GA----GAA---ccaccaattgcacgtttcttcaatcaaaatgataactcttttcaaagaaaagtttgggagaacttgcatgttaaatgattcatcgattggaagaatatggaatcaagaaaaaagtgtaaagggtaaaacacaaaaaaaaaactgtcgtttttttacaaatgtgtattaggttaaaacatatacagcgttgatatgtttgtattttatgtgtagcgaacgatggctggcgtgacgcgtctcgtgcagttaggcagaaa
gi|8 : gtacgctgtgtaataaacttcggtaacctatcactgccatgataactatatactttgtatgccatattttacaataaccaaaagtgataccatatgataggccaaggttcagttgtagtggtcaggtgatgcaatttcctctaatcaaaatgattgttctttccaccaat-T----------T-----------G--GAA---GAA---TA-T----------GGAA---------TC----AAGAAAAAA---G--TGTAAA---GGGTAAAA--CA-----CA-AAAAAA-------------AAA-----CTGT--CGTT--TT---T------T-----TA----CA-----AA--------TGTGTATTAG---------GTTAAAACA----TATA---CAG--CGTTGATATGT---------TT---------------GTA-TTT-TATGTGTAGCG-A------------AC-GATGG---CTG---------GCG---------------TG------------ACGCG---------T--CTCGTGCAGTTAGGCAGA----AActtgcatgttaaatgattcatcgattggaagaatatggaatcaagaaaaaagtgtaaagggtaaaacacaaaaaaaaaactgtcgtttttttacaaatgtgtattaggttaaaacatatacagcgttgatatgtttgtattttatgtgtagcgaacgatggctggcgtgacgcgtctcgtgcagttaggcagaaa
gi|9 : gtacgctgtgtaataaacttcggtaacctatcactgccatgataactatatactttgtatgccatattttacaataaccaaaagtgataccatatgataggccaaggttcagttgtagtggtcaggtgatgcaatttcctctaatcaaaatgattgttctttccaccaattgcacgtttcttcaatcaaaatgataactcttttcaaagaaaagtttgggagaacttgcatgttaaatgattcatcga-----------G--AA----AAA---TA-T----------GGAT---------TC----ATG-AAAAA---CG-TGAAAATATTGGTAAAA--------------------------------AA-----CTGA----TT--TTGTATA---CAGAA--GTT----TT-----AT--------AG-GTAA--A---------GTTATA-TA----TATA---TAT--CATTGATATCC---------TC---------------ATG-TTT-AATGTGT-----------------CAC-TATTG--TTTT---------GTGACATTCCTT----TCTGCCT-A-A-CTGCACGAGAC---GCAGT--CGGGTGGGGTTCAGTAGACAATGAGGAATGACA-CTAAACCATG----GT-TTACT-TACGC-----TACA----TAC-AAGGACTCGTGAAAATCAAT-GCTATACAT
gi|9 : atacagtaaaaaaggcttaaactgatacaTA---TAG--CATTGATTTTC---------AC---------------GAGTCCT-TGTATGTAGCGTAAGTAA-------AC-CATGG--TTTA---------GTGTCATTCCTCATTGTCTA-CTGA-A-CCCCACCCGAC--TGC-GT--CTCGTGCAGTTAGGCAGA----AAGGAATGTCA-CAAAACAATA----GTG-----------------ACA----CAT-TA-AACATGAGGATATCAAT-G--ATATATAT-------ATATAACTT--TACCTATA--AA-----ccatcaataacagatgtaac
Alignments
lowQualScore : 11111 1111111 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 1111111111 111111111 222 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 11111111 11111 222222222222222 111111111 11111 1111111 333333333 11 1 222
lowQualScore : 0 33 6 99 33333 8 3 0000000 3 5 88888 3 44 99 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 33 8888 555 3 3333333333 333333333 7777 4 444 2 1 777 0 3 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 0 1 11111111 3 77777 6666 66666 99 2 222222222222222 3 1 888888 3 44 222222222 666666 1 3 666 3 2 3 33 2 33 6666 3 3 7777 0 3 88888 77777 3 7 0 1 0 77777 6666666 3 1 11 1 1 000000000 88 5 1 1 111
lowQualScore : . .. . .. ..... . . ....... . . ..... . .. .. .......................................................... .. .... ... . .......... ......... .... . ... . . ... . . ................................................................. . . ........ . ..... .... ..... .. . ............... . . ...... . .. ......... ...... . . ... . . . .. . .. .... . . .... . . ..... ..... . . . . . ..... ....... . . .. . . ......... .. . . . ...
lowQualScore : 9 11 4 66 55555 6 1 0000000 3 0 33333 1 22 22 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 99 9999 000 1 5555555555 333333333 7777 0 555 0 2 000 5 6 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 8 4 22222222 3 11111 5555 22222 22 8 777777777777777 6 4 888888 1 22 333333333 333333 4 1 444 1 6 3 77 7 77 1111 5 1 1111 4 3 33333 88888 6 3 9 3 8 22222 2222222 2 0 00 0 0 888888888 33 5 0 0 555
consensus : ACCTATGACTGCTATGATAAATCTATATACTTTGGAGTATGCCATANTTTACAATAACCGAAAATTATACCATG-A--ATAGACCA-TG-------GTATAATTTTCAT-GATCAGGTGATGCACTTTCCGCCAATCAAAATG-----AT-TGCTC--TTTT--AAAA------------A--------------AT--G-T-T----------T-----------G--GA----GAA---TA-T----------GGAT---------TC----AAG-AAAAAC--GTGAAAACACGGGTAAAA--CACA-CAAAAATA-CCAA--CAAGAAA-----CTG-A--T--TTTTA-ATACGTACT-----A--A--------AGTGTAAT--------A-GGTTAAA-----ACA----GATA-----TAT--CATTGATATTCTC---------------GTGTTTT-TATGTGTAGCGTAAATTA------TAC-CATGG--TTTG---------GTGACATTCCTC----TCTGC-T-A-A-CCCCACTCGAC--TGC-GT--CTCGTGCAGTTAGGCAGA----GAGGAATGTCA-CCAAACCATG----GTATAATT-TACGC-----TACA----CAT-AA-AACACGAGAATATCAATG-TATATATAT-------CTATAACATACTACNTNTA--AA-----TTG--ATTATANCATGCCNGTATTTAAAA
Reference ( family-368 ) : ACCTATGACTGCTATGATAAATCTATATACTTTGGAGTATGCCATANTTTACAATAACCGAAAATTATACCATG-A--ATAGACCA-TG-------GTATAATTTTCAT-GATCAGGTGATGCACTTTCCGCCAATCAAAATG-----AT-TGCTC--TTTT--AAAA------------A--------------AT--G-T-T----------T-----------G--GA----GAA---TA-T----------GGAT---------TC----AAG-AAAAA---GTGAAAACACGGGTAAAA--CACA-CAAAAATA-CCAA--CAAGAAA-----CTG-A-GT--TTTTACATACGTACT-----A--A--------AGTGTAAT--------A-GGTTAAA-----ACA----GATA-----TAT--CGTTGATATTCTC---------------GTGTTTT-TATGTGTAGCGTAAATTA------TAC-CATGG--TTTG---------GTGACATTCCTC----TCTGC-T-A-A-CCCCACTCGAC--TGC-GT--CTCGTGCAGTTAGGCAGA----GAGGAATGTCA-CCAAACCATG----GTATAATT-TACGC-----TACA----CAT-AA-AACACGAGAATATCAATG-TATATATAT-------CTATAACATACTACNTNTA--AA-----TTG--ATTATANCATGCCNGTATTTAAAA
gi|1 : ACATGTATAAAAGGCAAA-AAAAAA-A-CCAA--CAGGGAA-----CTA-A--TAATTTTACATACATACT-----A--A--------AGAATAATTATGGATTATGGTTAAA-----ATA----GATA-----TAC--CATTGATATTCTT---------------GTGTCTT-TATGTGTGGCTTAAATAA------TAA-CATGG--TTTGTTCAAAGTTGCGACATTCCTT----GTGGC-T-A-A-CAATACTCGGC--TGC-ATACCTGGTACAGATAGGCAGA----GACAAATGTTA-ACAAACGATG----GTATAATT-TACAC-----TACA----CAT-AA-AAC-TG---ATATC-AT----TATATAT-------CTGTA
gi|1 : aaactaagacaataataatctaaactcattggttaatatatacgggtgctgtgtgaagaataactaagaACCTATGACAGCTATGATAAATCTACATATTTTGGAGTATGGTATAATTTACAATAACCCAAAATTATACCATA-A--AT-GACCA-TG-------GTGTGATTTTCAT-GATCAGGTGCTGCACCTTCagaaggtgcagcacctgatcatgaaaatcacaccatggtcatttatggtataattttgggttattgtaaattataccatactccaaaatatgtagatttatcatagctgtcataggtcaactccctgtaaacaagggcaataactcatacagtatttgagcaataccaaagcattgtagatacttaacaataatgtaaata
gi|10 : aaactaagacaataataatctaaactcattggttaatatatacgggtgctgtgtgaagaataactaagatacagatatataatgatatcagttttatgtgtagtgtaaattataccatcgtttgttaacatttgtctctgcctatctgtaccaggtatgcagccgagtattgttagccacaaggaatgtcgcaactttgaacaaaccatgttattatttaagccacacataaagacacaagaatatcaatggtatatctattttaaccataatccataattattctttagtatgtatgtaaaattattagttccctgttggttttttttttgccttttatacatgtaTAGACAT-TG-------GTATATTTTTTAT-GATCAGGTGATGTACTTAACACCAATCATATTT-----AT-TGCTA--ATTT--AAAG------------T--------------AA--G---T----------T-----------G--GA-----AA---CA-A----------GGAC---------Tcaactccctgtaaacaagggcaataactcatacagtatttgagcaataccaaagcattgtagatacttaacaataatgtaaata
gi|10 : atagtgAGTGTAA-TTA------TACATGTGC--CCTG---------GTGACCTTCCTC----TATGT-A-A-A-CCCCACTTGAA--TGC-G---CTCGTGCAGTTATACAGG----GAGAAAAGTCA-CCAAACCATG----GCATGATT-TACGCTACAATACA----CAT-AA-AACACCAGAATATCAAC--TATATAT-C-------CTATGACtgaatatattagtcctaaccaaaagtgtaattatacatgtgccctggtgaccttcctctatgtaaaccccacttgaatgcgctcgtgcagttatacagggagaaaagtcaccaaaccatggcatgatttacgctacaatacacataaaacaccagaatatcaactatatatcctatgactcttgaatggccatactt
gi|11 : atagtgtagacattggtatattttttatgatcaggtgatgtacttaacaccaatcatatttattgctaatttaaagtaagttggaaacaaggacttgaatatattagtcctaaccaaaACCTGTAACTGCTATGACAAATC-----A--TTGGAATATGGTGTAATTTAAAATTACCAAACACTAAACTAAG-A--AT-GACCA-TG-------GTACAATATTTAT-TATCACGTGATGCACTTACCGTAAATCCAAAGC-----AT-TGCTC--TTTT--AAAA------------tcttgaatggccatactt
gi|11 : tgAAAATAACCAA--CATGGAA-----CTG-A------TTTA-GTA--TACT-----A--A--------AGTATA-T--------A-GGTTAAA-----ACA----GGTT-----TAtaaccaacatggaactgatttagtatactaaagtatataggttaaaacaggtttaaaataatagataaagatttggttat
gi|12 : tgacctgtaactgctatgacaaatcattggaatatggtgtaatttaaaattaccaaacactaaactaagaatgaccatggtacaatatttattatcacgtgatgcacttaccgtaaatccaaagcattgctctttt-T-T----------A-----------G--GA----GTA---TA-T----------AGTT---------AT----AAG-AAAAA---GTGAAAACAAGTGTAAAA--CACA-CACACACA-CAAA--CAAAAAAAAAACCTG---GT--TTTTA------TACC-----A--A--------A-TGTAAT--------aaataatagataaagatttggttat
gi|12 : ----TTTAC-T-G-A-CCCCACTCGACCGTGC-AT--TTCGTGCAGTTAGGCAGA----GAGGAATGTAA-CCAAACCATG----GTATACTT-TACA------TA----------AA-AACACGAGAATATCAACG----GTACAT-------CTATAACtttactgaccccactcgaccgtgcatttcgtgcagttaggcagagaggaatgtaaccaaaccatggtatactttacataaaaacacgagaatatcaacggtacatctataacttttgcaacat
gi|13 : ttaggagtatatagttataagaaaaagtgaaaacaagtgtaaaacacacacacacacaaacaaaaaaaaaacctggtttttataccaaatgtaatACCA-TG-------GTATAATTTTCAT-GATCAGGGGATGCTCTTTCTTCCAATCAAAATG-----AT-TGCTC--TTTT--ACACGCTTT-------A--------------TT--GAT-T----------T-----------G--GA----GAA---TA-T----------GGAT---------TC----ttttgcaacat
gi|14 : catggtataatgactaaccataattgcccatggtataatgattgaccatggtataatgactaaccatgattgcccatggtataatgatttCCTATGGCTGCTATGATAAATTTATATACTTTGAAGTATGCCAT--------ATAATTGTAACTTATGTCATG-AATATAGACCAGTT-------GTATGA
gi|15 : tatttacatttagcaatgttctatgatgtaggtattgtttcattatttactgatttttactgaataaatagtttgATGACTGCAATGATAAACCTATATAC-----AGTGTTC-----TTTA--------GAAAATAAGACCATG-A---TAAACAA-TGCTTTTTGGTATAATGGTCAT-GCTCAGATGATGCCTTTTCCGCCAATCAAAATA-----GT-TGCTC---TTT--AAAA------------A--------------AT--A-TAT----------T-----------T--GA----GAA---TA-T----------Ga
gi|16 : ggtataT-TGCT-----TT--AAGA------------A--------------------T-T----------T-----------T--GA----GAA---TA-T----------GG-T---------TC----AAG-AAAAAT--GTGAAAACACAAGTAAAA--CACC-C--------CCCC--CAAAAAA-----ACA-A-TT--TATAATGTAAGTCCTAACAAA--A--------AATGTAAT--------A-GGTTAAC-----ACA----GATA-----TAT--TATTGAAATTt
gi|17 : tA------TAC-CTTGGAGTTTT---------GTAATATTCCTC----ACT-C-C-A-A-----ACTAGAC--TGC-GT--CTCGTGATGTTGGGTAAC----GCGGAA-GTCA-CCAAACCAGT----GTACAAGT-AAAGC-----GACT----TGT-AA-CACACGAGAACATCAATaaaa
gi|18 : AG-----ACA----GATA-----TAT--CATTGATATCCTC---------------GTGTTTT-TATGCGTAGCGTAAGTTA------TAC-CATGG--TTTG---------GTGACATTCTTC----TTTGC-T-A-A-CCCTTCTCGAC--TGC-GT--cat
gi|19 : tgctac-----ATA----GACA-----TGT--CATTGATATTCTT---------------ATGTTTT-TGTGTGTAGCATAAAATA------TAC----AG----TG---------GTGACATTCCTC----TC
gi|2 : ttTGACTACTATGACAATTCTATATACCTTGAAGTATGCCATTTTTTACTCTAACCGAAAAGTATTCCATG-A--TT-GACCA-TG-------ATATACTTTTCAT-GATCAGGTGATCAACTTTCAACCAATCAAAATG-----AT-TGTTC--TTTT--AAAA------------AAAAGTTGGTAGACTAT--G-T-TACTTGCTTTAT-----------G--GATTGGGAAAAGTA-T----------GGAT---------TC----AAT-AAAAAC--GTGAAACTATGGTTAAA---CGTA-CAAAA-CA-CCCA--CTGAAGA-----CT-----------TATATAAGTCCT-----A--ACAAAAAGAAGTGTAAA--------A-GGTAAAA-----ACA----TGTAC----TAT------GATATTATC---------------TTGTTT---ACCTGTTACGTAAATTACTAGTATAC-GATGG--TTTG---------ATGACATTCTTC----TCTGC-TTACA-CCCAACTCGAA--TGC-AT--CTCGCGCAGTTAGACAAA----GAGGAAGAACA-CCAAACCATC----GTATATTG-TATGC-----TTCT----TAT-AA-AA-AC---AATATCAATGATATATTTATGACTTAACTA-AACATACAAAATGTAC-AA-----TTG--AT
gi|20 : ttaatgacaacagtacat--TGC-GT--CTTGTACAAATAGACAAA----GAGGACGGTCA-CCAAACCACG----GAATAGTT-TACGC-----Taaatctacc
gi|3 : gACCCTTGACTGTTATTATAAATCTACATAGTTTATAGCAAGCCAT-GTTTGCAATAACCGTGGATAATACCATG-G---TGGACCG-TG-------GTATAGTTTTCATTGATCTGACGATGCTCTT----CTAAAGAAGCTGGGAGAATATGTTA--T------------------------------------AT--G-C-T----------TTATC-------GATGA----AAA---TA-A----------GGAT---------TC----AAT-AACAATC-GTGAAAACACGGTTAGAA--T-CATCAAATATT-CCAA----AGAA------CTG-A--T--TTTTATACAC-------------A--------AGTTTAAT--------A-GATTAAA-----ACA----GATA-----TAT--CGTTGATATTCTC---------------GGATTTTGTATGTGCAGAGTCAATTA------TAT-TATGG--TTTG---------ATGGCATTCATC----CTTGT-T-T-A-CGCAATTAGAG--TGC-GT---------AGTTAGACAGA----GGAGATTGTCA-CAAAACCGTG----GTA-AACTATACGC-----TATA----CAT-TA-A
gi|4 : aagttatattttgcaataagttaACCTATGACTGTCATGATAAAACTAAATATTTAAGAATATGGCATAATTTACAATAACCGAAAAGTATATCATT-A--AT-GACCA-TG-------GTATAATTTTCAT-GATCTCGTGATACACTTTCCGCCATTCAAAACC-----AT-TGTTC--TTTT--AGAA------------A--------------AT--G-T-T----------T-----------G--GA----AAA---TA-T----------GGAT---------TT----ACG-AAAAA---TTGAAAACACAGGTAAAA--CACA-CAAAAATA-CTAAAACAAGAAA-----CTA-ACAT--TTTTACATATGTACT-----A--A--------AGTGTGAT--------T-TGTTAAA-----ACT----GATA-----TAT--TATTAAAATTCTC---------------GTGTTTT-TATGTGTAGCGTAAATTA------TAC-CATAG--TTTT---------GTAACATGCTTC----TTTGC-T-G-A-CCCTACATGAC--TGC-GT--TTCGTGCAATTAGGCAGA----GAGGAATGTCACCCAAACTATG----GTGTGATT-GATGC-----TACC----CAT-AA-AACACGAGATTA-CGATA-TATATATAT-------CTATAACATACTGCATTTAGCAA-----TTG--ATTA-AGCATACCGGTATTTAAAAtaaatcttgctgtactacgtaggctcggtatatattaagtaaaatcattgtatgtgtatgcatctataacatatttgcaaatcttacattaatta
gi|5 : CAATAAA-GTAAATTATACCGC--A--ATAGACCA-TG-------GTATACTTTTCAT-GATTAGGTGATGTATTTTCCACCAATCAAAATG-----AT-T-CAC--TTTT--AAAATAGTTGTGAGAAA--------------AT--A-T-T----------CTTTATGGATTGG--GA----GAA---TA-TCATCATCAGTGGAT---------TC----AAG-AAATA---GTGAAAACACGGGTAAAA--AA-A-CAAA-----CC----CAAGAA------CT-----T--TTGTAAGT-CATATC-----AGAA--------AGTGTAAT--------A-GGTTAAA-----ACA----GATACAC--TATAACGTTGATATTCAT---------------ATGTTTT-TATGTGTAGCGTAAAC---------AC-CATGG--TTTG---------GTGACATTCCTC----TCTAC-T-A-T-TCCCACTTGGC--TGT-GA--CCTGTGTAGTCTGACAGA----GAG----GTCA-CCAAACCATG----GTATAATG-TACAC-----TACACAATCAT-AACAACATGAG-ATATCA--G-TA-ATATAT-------CTATAACATA
gi|6 : atgattctcatatgaaaggacatacagattcatatggttctcttCCATGGCTGTTATGACAAATCTATATACTTTGATATATGCCATAGTTTACAATAACCGAAAATTATAGCATG----ATAGACAA-TT-------GTATAATGTTTTT-GCTCAAGTGATGTACTTTCCACCAATCAAAATG-----AT-TTCTC--TTTTCAAAAA------------A--------------AA--A-T-T----------A-----------G--GA----GAA---TAGT----------GGAT---------TCAATAAAA-AAAAA---GTGAAAACTAGGGTTAA----ACA-CAAAAAT-------------AA-----CTG-A-TT--TGTT-------TATT-----C--A-------------AAT--------A-GGTTAAA-----Atgagatgcgtg
gi|6 : tAATTG------TAC-CA-GG--TTTG---------GTGACATTCCTC----T-------------------------GC-GT--ATTGTGCTTTTAGGCAGA----TAAGAACGTCA-CCAATTCATGGTATGTATAATT-AACGC-----TGAA----CATAAA-AACACGAGGATATCA--G-TA-ATATAT-------CTA-AA---ATTACTTTTA--AAAAATTTTGTAGTTATATCATGCCTG---TTAAAAttaaattaattgtaccaggtttggtgacattcctctgcgtattgtgcttttaggcagataagaacgtcaccaattcatggtatgtataattaacgctgaacataaaaacacgaggatatcagtaatatatctaaaattacttttaaaaaattttgtagttatatcatgcctgttaaaatcacgcctttggtatctatgttttttatgtattt
gi|7 : tccatggctgttatgacaaatctatatactttgatatatgccatagtttacaataaccgaaaattatagcatgatagacaattgtataatgtttttgctcaagtgatgtactttccaccaatcaaaatgatttctcttttcaaaaaaaaattaggagaatagtggattcaataaaaaaaaagtgaaaactagggttaaacacaaaaataactgatttgtttattcaaataggttaaaattaaattATTGCCATGAT----TTATCTGCATTGAAGTATGCCATATTTTACAATAACCTAAA-TTATACCACG-A---TAGACAA-TG-------GCATAATGTTTAT-AATCACGTGATGCACTTTCCACCAATCAATATG-----TT-TGCTCTATTTT--AAAAC-----------G--------------GTTGG-T-T----------G-----------G--GA----GAA---TA-T----------GGATTAAATGTTATA----AAG-AAAAACACACGAAAA-GCGGGTTAAA--TACA-CAAAAAT---------AAGAAA-----CTG-A-GT--TTTTAAA-------------A--A--------A----AAT--------A-TTTTAAA-----ACAGAATGATG-----TAT--CATTGATGTTCTCGTCATTGCTGTTTTGGTGCTTT-TATATATAGCGTATATTA------TAC-CATGG--CTTG---------TTGGTATTCCT---------C-T-A-ATCCTTACTAGAC--TGT-GT--TTCTTGCAGTTAGATAGA----GAGGAATATCA-CCAAACCAtcacgcctttggtatctatgttttttatgtattt
gi|8 : ttttattcattatgtacgattgtttagtagaatggaatttacACCTATCACTGCCATGATAA--CTATATACTTTG---TATGCCATATTTTACAATAACCAAAAGTGATACCATATG--ATAGGCCA-AG-------GTTCAGTTGTAGT-GGTCAGGTGATGCAATTTCCTCTAATCAAAATG-----AT-TGTTC--TTTatcatcaaaccatg
gi|8 : gtacgctgtgtaataaacttcggtaTGCACGTTTCTTCAATCAAAATG-----AT-AACTC--TTTTCAAAGA------------A--------------AA--G-T-T----------TG----------G--GA----GAA---ccaccaattgcacgtttcttcaatcaaaatgataactcttttcaaagaaaagtttgggagaacttgcatgttaaatgattcatcgattggaagaatatggaatcaagaaaaaagtgtaaagggtaaaacacaaaaaaaaaactgtcgtttttttacaaatgtgtattaggttaaaacatatacagcgttgatatgtttgtattttatgtgtagcgaacgatggctggcgtgacgcgtctcgtgcagttaggcagaaa
gi|8 : gtacgctgtgtaataaacttcggtaacctatcactgccatgataactatatactttgtatgccatattttacaataaccaaaagtgataccatatgataggccaaggttcagttgtagtggtcaggtgatgcaatttcctctaatcaaaatgattgttctttccaccaat-T----------T-----------G--GAA---GAA---TA-T----------GGAA---------TC----AAGAAAAAA---GTGTAAA---GGGTAAAA--CACA-AAAAAA-------------AAA-----CTGTC-GT--TTTT---T---TACA-----A--A--------TGTGTATT--------A-GGTTAAA-----ACA----TATA-----CAG--CGTTGATATGTTT---------------GTA-TTT-TATGTGTAGCGcttgcatgttaaatgattcatcgattggaagaatatggaatcaagaaaaaagtgtaaagggtaaaacacaaaaaaaaaactgtcgtttttttacaaatgtgtattaggttaaaacatatacagcgttgatatgtttgtattttatgtgtagcgaacgatggctggcgtgacgcgtctcgtgcagttaggcagaaa
gi|8 : gtacgctgtgtaataaacttcggtaacctatcactgccatgataactatatactttgtatgccatattttacaataaccaaaagtgataccatatgataggccaaggttcagttgtagtggtcaggtgatgcaatttcctctaatcaaaatgattgttctttccaccaattgcacgtttcttcaatcaaaatgataactcttttcaaagaaaagtttgggagaacttgcatgttaaatgattcatcgaGAC---GC-GT--CTCGTGCAGTTAGGCAGA----AAaacgatggctggcgtgacgcgtctcgtgcagttaggcagaaa
gi|9 : gtacgctgtgtaataaacttcggtaacctatcactgccatgataactatatactttgtatgccatattttacaataaccaaaagtgataccatatgataggccaaggttcagttgtagtggtcaggtgatgcaatttcctctaatcaaaatgattgttctttccaccaattgcacgtttcttcaatcaaaatgataactcttttcaaagaaaagtttgggagaacttgcatgttaaatgattcatcgattggaagaatatggaatcaagaaaaaagtgtaaagggtaaaacacaaaaaaaaaactgtcgtttttttacaaatgtgtattaggttaaaacatatacagcgttgatatgtttgtattttatgtgtagcgaacgatggctggcgtT-----A--C--------AGTAAAAA--------A-GGCTTAA-----ACT----GATACAATGTATAGCATTGATTTTCAC---------------GAGTCCT-TGTATGTAGCGTAAGTAA-------AC-CATGG--TTTA---------GTGTCATTCCTCATTGTCTAC-TGA-A-CCCCACCCGAC--TGC-GT--CTCGTGCAGTTAGGCAGA----AAGGAATGTCA-CAAAACAATA----GTG-----------------ACA----CAT-TA-AACATGAGGATATCAATG--ATATATAT-------ATATAACTT--TACCTATA--AA-----
gi|9 : a-----------G--AA----AAA---TA-T----------GGAT---------TC----ATG-AAAAAC--GTGAAAATATTGGTAAAA---------------------------AA-----CTG-A-----TTTTGTATACA---------G--A--------AGTTTTAT--------A-GGT-AAAGTTATATA----TATA-----TAT--CATTGATATCCTC---------------ATGTTTA--ATGTGT-----------------CAC-TATTG--TTTT---------GTGACATTCCTT----TCTGCCT-A-A-CTGCACGAGAC---GCAGT--CGGGTGGGGTTCAGTAGACAATGAGGAATGACA-CTAAACCATG----GT-TTACT-TACGC-----TACA----TAC-AAGGACTCGTGAAAATCAATGCTATACATacttctgtatacaaaatcagttttttaccaatattttcacgtttttcatgaatccatatttttcccatcaataacagatgtaac
Alignments
lowQualScore : 11111 1111111 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 1111111111 111111111 11 666666666666666666666666666666666666666666666666 11111111 11111111 11111 222222222222222 111111 111111111 11111 1111111 333333333 11 1 222
lowQualScore : 0 33 6 99 33333 8 3 0000000 3 4 99999 3 44 55 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 44 9999 555 3 3333333333 333333333 666 55 22 2 1 777 0 3 888888888888888888888888888888888888888888888888 2 33 77777777 0 33 00000000 3 3 99999 6666 22222 88 000000000000000 6666666 44 1 555555 3 44 222222222 666666 1 3 666 3 2 3 33 2 33 6666 3 3 7777 0 3 88888 77777 3 7 0 1 0 77777 6666666 3 1 11 1 1 000000000 88 5 1 1 111
lowQualScore : . .. . .. ..... . . ....... . . ..... . .. .. .......................................................... .. .... ... . .......... ......... ... .. .. . . ... . . ................................................ . .. ........ . .. ........ . . ..... .... ..... .. ............... ....... .. . ...... . .. ......... ...... . . ... . . . .. . .. .... . . .... . . ..... ..... . . . . . ..... ....... . . .. . . ......... .. . . . ...
lowQualScore : 9 11 4 66 55555 6 1 0000000 3 1 11111 3 66 00 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 22 6666 444 1 5555555555 333333333 444 55 22 0 2 000 5 6 111111111111111111111111111111111111111111111111 9 99 55555555 6 99 44444444 1 1 33333 1111 11111 55 888888888888888 8888888 22 4 444444 1 22 333333333 333333 4 1 444 1 6 3 77 7 77 1111 5 1 1111 4 3 33333 88888 6 3 9 3 8 22222 2222222 2 0 00 0 0 888888888 33 5 0 0 555
consensus : ACCTATGACTGCTATGATAAATCTATATACTTTGGAGTATGCCATANTTTACAATAACCGAAAATTATACCATG-A--ATAGACCA-TG-------GTATAATTTTCAT-GATCAGGTGATGCACTTTCCGCCAATCAAAATG-----AT-TGCTC--TTTT--AAAA------------A--------------AT--G-T-T----------T-----------G--GA----GAA---TA-T----------GGAT---------TC---AAGAAAA--A-CGTGAAAACACGGGTAAAA--CACA-CAAAAATA-CCAA--CAAGAAA-----CTG--A--T--TT-TTA-AT--A--TACTA--A--------AGTGTAA--T--------A-GG-TTAAA-----ACA----GATA-----TAT--CATTGATATTCTC---------------GTGTTT-T-T---ATGTGT--AGCGTAAATTA------TAC-CATGG--TTTG---------GTGACATTCCTC----TCTGC-T-A-A-CCCCACTCGAC--TGC-GT--CTCGTGCAGTTAGGCAGA----GAGGAATGTCA-CCAAACCATG----GTATAATT-TACGC-----TACA----CAT-AA-AACACGAGAATATCAATG-TATATATAT-------CTATAACATACTACNTNTA--AA-----TTG--ATTATANCATGCCNGTATTTAAAA
Reference ( family-368 ) : ACCTATGACTGCTATGATAAATCTATATACTTTGGAGTATGCCATANTTTACAATAACCGAAAATTATACCATG-A--ATAGACCA-TG-------GTATAATTTTCAT-GATCAGGTGATGCACTTTCCGCCAATCAAAATG-----AT-TGCTC--TTTT--AAAA------------A--------------AT--G-T-T----------T-----------G--GA----GAA---TA-T----------GGAT---------TC---AAGAAAA--A-CGTGAAAACACGGGTAAAA--CACA-CAAAAATA-CCAA--CAAGAAA-----CTG--A--T--TT-TTA-AT--ACGTACTA--A--------AGTGTAA--T--------A-GG-TTAAA-----ACA----GATA-----TAT--CATTGATATTCTC---------------GTGTTT-T-T---ATGTGT--AGCGTAAATTA------TAC-CATGG--TTTG---------GTGACATTCCTC----TCTGC-T-A-A-CCCCACTCGAC--TGC-GT--CTCGTGCAGTTAGGCAGA----GAGGAATGTCA-CCAAACCATG----GTATAATT-TACGC-----TACA----CAT-AA-AACACGAGAATATCAATG-TATATATAT-------CTATAACATACTACNTNTA--AA-----TTG--ATTATANCATGCCNGTATTTAAAA
gi|1 : ACATGTATAAAAGGCAAA-AAAAAA-A-CCAA--CAGGGAA-----CTA--A--TAATT-TTACAT--ACATACTA--A--------AGAATAA--TTATGGATTATGG-TTAAA-----ATA----GATA-----TAC--CATTGATATTCTT---------------GTGTCT-T-T---ATGTGT--GGCTTAAATAA------TAA-CATGG--TTTGTTCAAAGTTGCGACATTCCTT----GTGGC-T-A-A-CAATACTCGGC--TGC-ATACCTGGTACAGATAGGCAGA----GACAAATGTTA-ACAAACGATG----GTATAATT-TACAC-----TACA----CAT-AA-AAC-TG---ATATC-AT----TATATAT-------CTGTA
gi|1 : aaactaagacaataataatctaaactcattggttaatatatacgggtgctgtgtgaagaataactaagaACCTATGACAGCTATGATAAATCTACATATTTTGGAGTATGGTATAATTTACAATAACCCAAAATTATACCATA-A--AT-GACCA-TG-------GTGTGATTTTCAT-GATCAGGTGCTGCACCTTCagaaggtgcagcacctgatcatgaaaatcacaccatggtcatttatggtataattttgggttattgtaaattataccatactccaaaatatgtagatttatcatagctgtcataggtcaactccctgtaaacaagggcaataactcatacagtatttgagcaataccaaagcattgtagatacttaacaataatgtaaata
gi|10 : aaactaagacaataataatctaaactcattggttaatatatacgggtgctgtgtgaagaataactaagatacagatatataatgatatcagttttatgtgtagtgtaaattataccatcgtttgttaacatttgtctctgcctatctgtaccaggtatgcagccgagtattgttagccacaaggaatgtcgcaactttgaacaaaccatgttattatttaagccacacataaagacacaagaatatcaatggtatatctattttaaccataatccataattattctttagtatgtatgtaaaattattagttccctgttggttttttttttgccttttatacatgtaTAGACAT-TG-------GTATATTTTTTAT-GATCAGGTGATGTACTTAACACCAATCATATTT-----AT-TGCTA--ATTT--AAAG------------T--------------AA--G---T----------T-----------G--GA-----AA---CA-A----------GGAC---------Tcaactccctgtaaacaagggcaataactcatacagtatttgagcaataccaaagcattgtagatacttaacaataatgtaaata
gi|10 : atagtg--AGTGTAA-TTA------TACATGTGC--CCTG---------GTGACCTTCCTC----TATGT-A-A-A-CCCCACTTGAA--TGC-G---CTCGTGCAGTTATACAGG----GAGAAAAGTCA-CCAAACCATG----GCATGATT-TACGCTACAATACA----CAT-AA-AACACCAGAATATCAAC--TATATAT-C-------CTATGACtgaatatattagtcctaaccaaaagtgtaattatacatgtgccctggtgaccttcctctatgtaaaccccacttgaatgcgctcgtgcagttatacagggagaaaagtcaccaaaccatggcatgatttacgctacaatacacataaaacaccagaatatcaactatatatcctatgactcttgaatggccatactt
gi|11 : atagtgtagacattggtatattttttatgatcaggtgatgtacttaacaccaatcatatttattgctaatttaaagtaagttggaaacaaggacttgaatatattagtcctaaccaaaACCTGTAACTGCTATGACAAATC-----A--TTGGAATATGGTGTAATTTAAAATTACCAAACACTAAACTAAG-A--AT-GACCA-TG-------GTACAATATTTAT-TATCACGTGATGCACTTACCGTAAATCCAAAGC-----AT-TGCTC--TTTT--AAAA------------tcttgaatggccatactt
gi|11 : tgAAAATAACCAA--CATGGAA-----CTG--A------T-TTA-GT--A--TACTA--A--------AGTAT-A--T--------A-GG-TTAAA-----ACA----GGTT-----TAtaaccaacatggaactgatttagtatactaaagtatataggttaaaacaggtttaaaataatagataaagatttggttat
gi|12 : tgacctgtaactgctatgacaaatcattggaatatggtgtaatttaaaattaccaaacactaaactaagaatgaccatggtacaatatttattatcacgtgatgcacttaccgtaaatccaaagcattgctctttt-T-T----------A-----------G--GA----GTA---TA-T----------AGTT---------AT---AAGAAAA--A--GTGAAAACAAGTGTAAAA--CACA-CACACACA-CAAA--CAAAAAAAAAACCTG--G--T--TT-TTA--------TACCA--A--------A-TGTAA--T--------aaataatagataaagatttggttat
gi|12 : ----TTTAC-T-G-A-CCCCACTCGACCGTGC-AT--TTCGTGCAGTTAGGCAGA----GAGGAATGTAA-CCAAACCATG----GTATACTT-TACA------TA----------AA-AACACGAGAATATCAACG----GTACAT-------CTATAACtttactgaccccactcgaccgtgcatttcgtgcagttaggcagagaggaatgtaaccaaaccatggtatactttacataaaaacacgagaatatcaacggtacatctataacttttgcaacat
gi|13 : ttaggagtatatagttataagaaaaagtgaaaacaagtgtaaaacacacacacacacaaacaaaaaaaaaacctggtttttataccaaatgtaatACCA-TG-------GTATAATTTTCAT-GATCAGGGGATGCTCTTTCTTCCAATCAAAATG-----AT-TGCTC--TTTT--ACACGCTTT-------A--------------TT--GAT-T----------T-----------G--GA----GAA---TA-T----------GGAT---------TC---ttttgcaacat
gi|14 : catggtataatgactaaccataattgcccatggtataatgattgaccatggtataatgactaaccatgattgcccatggtataatgatttCCTATGGCTGCTATGATAAATTTATATACTTTGAAGTATGCCAT--------ATAATTGTAACTTATGTCATG-AATATAGACCAGTT-------GTATGA
gi|15 : tatttacatttagcaatgttctatgatgtaggtattgtttcattatttactgatttttactgaataaatagtttgATGACTGCAATGATAAACCTATATAC-----AGTGTTC-----TTTA--------GAAAATAAGACCATG-A---TAAACAA-TGCTTTTTGGTATAATGGTCAT-GCTCAGATGATGCCTTTTCCGCCAATCAAAATA-----GT-TGCTC---TTT--AAAA------------A--------------AT--A-TAT----------T-----------T--GA----GAA---TA-T----------Ga
gi|16 : ggtataT-TGCT-----TT--AAGA------------A--------------------T-T----------T-----------T--GA----GAA---TA-T----------GG-T---------TC---AAGAAAA--A-TGTGAAAACACAAGTAAAA--CACC-C--------CCCC--CAAAAAA-----ACA--A--T--TT-ATA-ATGTAAGTCCTA--ACAAAA---AATGTAA--T--------A-GG-TTAAC-----ACA----GATA-----TAT--TATTGAAATTt
gi|17 : tA------TAC-CTTGGAGTTTT---------GTAATATTCCTC----ACT-C-C-A-A-----ACTAGAC--TGC-GT--CTCGTGATGTTGGGTAAC----GCGGAA-GTCA-CCAAACCAGT----GTACAAGT-AAAGC-----GACT----TGT-AA-CACACGAGAACATCAATaaaa
gi|18 : AG-----ACA----GATA-----TAT--CATTGATATCCTC---------------GTGTTT-T-T---ATGCGT--AGCGTAAGTTA------TAC-CATGG--TTTG---------GTGACATTCTTC----TTTGC-T-A-A-CCCTTCTCGAC--TGC-GT--cat
gi|19 : tgctac-----ATA----GACA-----TGT--CATTGATATTCTT---------------ATGTTT-T-T---GTGTGT--AGCATAAAATA------TAC----AG----TG---------GTGACATTCCTC----TC
gi|2 : ttTGACTACTATGACAATTCTATATACCTTGAAGTATGCCATTTTTTACTCTAACCGAAAAGTATTCCATG-A--TT-GACCA-TG-------ATATACTTTTCAT-GATCAGGTGATCAACTTTCAACCAATCAAAATG-----AT-TGTTC--TTTT--AAAA------------AAAAGTTGGTAGACTAT--G-T-TACTTGCTTTAT-----------G--GATTGGGAAAAGTA-T----------GGAT---------TC---AATAAAA--A-CGTGAAACTATGGTTAAA---CGTA-CAAAA-CA-CCCA--CTGAAGA-----CTT--A--T---------AT--AAGTCCTA--ACAAAAAGAAGTGTAA--A--------A-GG-TAAAA-----ACA------TG-----TAC--TAT-GATATTATC---------------TTGTTT-------ACCTGT--TACGTAAATTACTAGTATAC-GATGG--TTTG---------ATGACATTCTTC----TCTGC-TTACA-CCCAACTCGAA--TGC-AT--CTCGCGCAGTTAGACAAA----GAGGAAGAACA-CCAAACCATC----GTATATTG-TATGC-----TTCT----TAT-AA-AA-AC---AATATCAATGATATATTTATGACTTAACTA-AACATACAAAATGTAC-AA-----TTG--AT
gi|20 : ttaatgacaacagtacat--TGC-GT--CTTGTACAAATAGACAAA----GAGGACGGTCA-CCAAACCACG----GAATAGTT-TACGC-----Taaatctacc
gi|3 : gACCCTTGACTGTTATTATAAATCTACATAGTTTATAGCAAGCCAT-GTTTGCAATAACCGTGGATAATACCATG-G---TGGACCG-TG-------GTATAGTTTTCATTGATCTGACGATGCTCTT----CTAAAGAAGCTGGGAGAATATGTTA--T------------------------------------AT--G-C-T----------TTATC-------GATGA----AAA---TA-A----------GGAT---------TC---AATAACA--ATCGTGAAAACACGGTTAGAA--T-CATCAAATATT-CCAA----AGAA------CTG--A--T--TT-TTA--T--AC--AC----A--------AGTTTAA--T--------A-GA-TTAAA-----ACA----GATA-----TAT--CGTTGATATTCTC---------------GGATTT-TGT---ATGTGC--AGAGTCAATTA------TAT-TATGG--TTTG---------ATGGCATTCATC----CTTGT-T-T-A-CGCAATTAGAG--TGC-GT---------AGTTAGACAGA----GGAGATTGTCA-CAAAACCGTG----GTA-AACTATACGC-----TATA----CAT-TA-A
gi|4 : aagttatattttgcaataagttaACCTATGACTGTCATGATAAAACTAAATATTTAAGAATATGGCATAATTTACAATAACCGAAAAGTATATCATT-A--AT-GACCA-TG-------GTATAATTTTCAT-GATCTCGTGATACACTTTCCGCCATTCAAAACC-----AT-TGTTC--TTTT--AGAA------------A--------------AT--G-T-T----------T-----------G--GA----AAA---TA-T----------GGAT---------TT---ACGAAAA--A-T-TGAAAACACAGGTAAAA--CACA-CAAAAATA-CTAAAACAAGAAA-----CTA--ACAT--TT-TTACAT--ATGTACTA--A--------AGTGTGA--T--------T-TG-TTAAA-----ACT----GATA-----TAT--TATTAAAATTCTC---------------GTGTTT-T-T---ATGTGT--AGCGTAAATTA------TAC-CATAG--TTTT---------GTAACATGCTTC----TTTGC-T-G-A-CCCTACATGAC--TGC-GT--TTCGTGCAATTAGGCAGA----GAGGAATGTCACCCAAACTATG----GTGTGATT-GATGC-----TACC----CAT-AA-AACACGAGATTA-CGATA-TATATATAT-------CTATAACATACTGCATTTAGCAA-----TTG--ATTA-AGCATACCGGTATTTAAAAtaaatcttgctgtactacgtaggctcggtatatattaagtaaaatcattgtatgtgtatgcatctataacatatttgcaaatcttacattaatta
gi|5 : CAATAAA-GTAAATTATACCGC--A--ATAGACCA-TG-------GTATACTTTTCAT-GATTAGGTGATGTATTTTCCACCAATCAAAATG-----AT-T-CAC--TTTT--AAAATAGTTGTGAGAAA--------------AT--A-T-T----------CTTTATGGATTGG--GA----GAA---TA-TCATCATCAGTGGAT---------TC---AAGAAAT--A--GTGAAAACACGGGTAAAA--AA-A-CAAA-----CC----CAAGAA------CT------T--TT-GTA-AG--TCATATCAGAA--------AGTGTAA--T--------A-GG-TTAAA-----ACA----GATACAC--TATAACGTTGATATTCAT---------------ATGTTT-T-T---ATGTGT--AGCGTAAAC---------AC-CATGG--TTTG---------GTGACATTCCTC----TCTAC-T-A-T-TCCCACTTGGC--TGT-GA--CCTGTGTAGTCTGACAGA----GAG----GTCA-CCAAACCATG----GTATAATG-TACAC-----TACACAATCAT-AACAACATGAG-ATATCA--G-TA-ATATAT-------CTATAACATA
gi|6 : atgattctcatatgaaaggacatacagattcatatggttctcttCCATGGCTGTTATGACAAATCTATATACTTTGATATATGCCATAGTTTACAATAACCGAAAATTATAGCATG----ATAGACAA-TT-------GTATAATGTTTTT-GCTCAAGTGATGTACTTTCCACCAATCAAAATG-----AT-TTCTC--TTTTCAAAAA------------A--------------AA--A-T-T----------A-----------G--GA----GAA---TAGT----------GGAT---------TCAATAAAAAAA--A-AGTGAAAACTAGGGTTAA----ACA-CAAAAAT-------------AA-----CTG--A--T--TTGTT---------TATTC--A-------------AA--T--------A-GG-TTAAA-----Atgagatgcgtg
gi|6 : tA--A--------AGTGAAAACT--------A-GGGTTAAAC----ACA----AAAA-----TA----ACTGAT----T-----------------TGTTTAT-TCAAATAGGTTAAAATTAAATTAATTG--TAC-CA-GG--TTTG---------GTGACATTCCTC----T-------------------------GC-GT--ATTGTGCTTTTAGGCAGA----TAAGAACGTCA-CCAATTCATGGTATGTATAATT-AACGC-----TGAA----CATAAA-AACACGAGGATATCA--G-TA-ATATAT-------CTA-AA---ATTACTTTTA--AAAAATTTTGTAGTTATATCATGCCTG---TTAAAAttaaattaattgtaccaggtttggtgacattcctctgcgtattgtgcttttaggcagataagaacgtcaccaattcatggtatgtataattaacgctgaacataaaaacacgaggatatcagtaatatatctaaaattacttttaaaaaattttgtagttatatcatgcctgttaaaatcacgcctttggtatctatgttttttatgtattt
gi|7 : tccatggctgttatgacaaatctatatactttgatatatgccatagtttacaataaccgaaaattatagcatgatagacaattgtataatgtttttgctcaagtgatgtactttccaccaatcaaaatgatttctcttttcaaaaaaaaattaggagaatagtggattcaataaaaaaATTGCCATGAT----TTATCTGCATTGAAGTATGCCATATTTTACAATAACCTAAA-TTATACCACG-A---TAGACAA-TG-------GCATAATGTTTAT-AATCACGTGATGCACTTTCCACCAATCAATATG-----TT-TGCTCTATTTT--AAAAC-----------G--------------GTTGG-T-T----------G-----------G--GA----GAA---TA-T----------GGATTAAATGTTATA---AAGAAAAACA-CACGAAAA-GCGGGTTAAA--TACA-CAAAAAT---------AAGAAA-----CTG--AG-T--TT-TTA-A----------A--A--------AA---AA--T--------A-TT-TTAAA-----ACAGAATGATG-----TAT--CATTGATGTTCTCGTCATTGCTGTTTTGGTGCTT-T-T---ATATAT--AGCGTATATTA------TAC-CATGG--CTTG---------TTGGTATTCCT---------C-T-A-ATCCTTACTAGAC--TGT-GT--TTCTTGCAGTTAGATAGA----GAGGAATATCA-CCAAACCAtcacgcctttggtatctatgttttttatgtattt
gi|8 : ttttattcattatgtacgattgtttagtagaatggaatttacACCTATCACTGCCATGATAA--CTATATACTTTG---TATGCCATATTTTACAATAACCAAAAGTGATACCATATG--ATAGGCCA-AG-------GTTCAGTTGTAGT-GGTCAGGTGATGCAATTTCCTCTAATCAAAATG-----AT-TGTTC--TTTatcatcaaaccatg
gi|8 : gtacgctgtgtaataaacttcggta-T----------T-----------G--GAA---GAA---TA-T----------GGAA---------TC---AAGAAAA--A-AGTGTAAA---GGGTAAAA--CACA-AAAAAA-------------AAA-----CTGTCG--T--TT-TT---T-----TACAA--A--------TGTGTAT--T--------A-GG-TTAAA-----ACA----TATA-----CAG--CGTTGATATGTTT---------------GTA-TT-T-T---ATGTGT--AGCGccaccaattgcacgtttcttcaatcaaaatgataactcttttcaaagaaaagtttgggagaacttgcatgttaaatgattcatcgattggaagaatatggaatcaagaaaaaagtgtaaagggtaaaacacaaaaaaaaaactgtcgtttttttacaaatgtgtattaggttaaaacatatacagcgttgatatgtttgtattttatgtgtagcgaacgatggctggcgtgacgcgtctcgtgcagttaggcagaaa
gi|8 : gtacgctgtgtaataaacttcggtaacctatcactgccatgataactatatactttgtatgccatattttacaataaccaaaagtgataccatatgataggccaaggttcagttgtagtggtcaggtgatgcaatttcctctaatcaaaatgattgttctttccaccaattgcacgtttcttcaatcaaaatgataactcttttcaaagaaaagtttgggagaacttgcatgttaaatgattcatcgaGAC---GC-GT--CTCGTGCAGTTAGGCAGA----AAaacgatggctggcgtgacgcgtctcgtgcagttaggcagaaa
gi|9 : gtacgctgtgtaataaacttcggtaacctatcactgccatgataactatatactttgtatgccatattttacaataaccaaaagtgataccatatgataggccaaggttcagttgtagtggtcaggtgatgcaatttcctctaatcaaaatgattgttctttccaccaattgcacgtttcttcaatcaaaatgataactcttttcaaagaaaagtttgggagaacttgcatgttaaatgattcatcgattggaagaatatggaatcaagaaaaaagtgtaaagggtaaaacacaaaaaaaaaactgtcgtttttttacaaatgtgtattaggttaaaacatatacagcgttgatatgtttgtattttatgtgtagcgaacgatggctggcgtTA--C--------AGTAAAA--A--------A-GG-CTTAA-----ACT----GATACAATGTATAGCATTGATTTTCAC---------------GAGTCC-T-T---GTATGT--AGCGTAAGTAA-------AC-CATGG--TTTA---------GTGTCATTCCTCATTGTCTAC-TGA-A-CCCCACCCGAC--TGC-GT--CTCGTGCAGTTAGGCAGA----AAGGAATGTCA-CAAAACAATA----GTG-----------------ACA----CAT-TA-AACATGAGGATATCAATG--ATATATAT-------ATATAACTT--TACCTATA--AA-----
gi|9 : a-----------G--AA----AAA---TA-T----------GGAT---------TC---ATGAAAA--A-CGTGAAAATATTGGTAAAA---------------------------AA-----CTG--A--T--TT-T---GT--A--TACAG--A--------AGTTTTA--T--------A-GG-T-AAAGTTATATA----TATA-----TAT--CATTGATATCCTC---------------ATGTTT-A-----ATGTGT-------------------CAC-TATTG--TTTT---------GTGACATTCCTT----TCTGCCT-A-A-CTGCACGAGAC---GCAGT--CGGGTGGGGTTCAGTAGACAATGAGGAATGACA-CTAAACCATG----GT-TTACT-TACGC-----TACA----TAC-AAGGACTCGTGAAAATCAATGCTATACATacttctgtatacaaaatcagttttttaccaatattttcacgtttttcatgaatccatatttttcccatcaataacagatgtaac
Alignments
lowQualScore : 11111 1111111 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 1111111111 111111111 11 555555555555555555555555555555555555555555555555555 11111111 11111 222222222222222 111111 111111111 11111 1111111 333333333 11 1 222
lowQualScore : 0 33 6 99 33333 8 3 0000000 3 4 99999 3 44 55 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 44 9999 555 3 3333333333 333333333 666 55 22 2 1 777 0 3 222222222222222222222222222222222222222222222222222 999999999 77777 0 33 00000000 3 3 99999 6666 22222 88 000000000000000 0 3 3 555 44 1 555555 3 44 222222222 777777777 666 3 2 3 33 2 33 6666 3 3 7777 0 3 88888 77777 3 7 0 1 0 77777 6666666 3 1 11 1 1 000000000 88 5 1 1 111
lowQualScore : . .. . .. ..... . . ....... . . ..... . .. .. .......................................................... .. .... ... . .......... ......... ... .. .. . . ... . . ................................................... ......... ..... . .. ........ . . ..... .... ..... .. ............... . . . ... .. . ...... . .. ......... ......... ... . . . .. . .. .... . . .... . . ..... ..... . . . . . ..... ....... . . .. . . ......... .. . . . ...
lowQualScore : 9 11 4 66 55555 6 1 0000000 3 1 11111 3 66 00 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 22 6666 444 1 5555555555 333333333 444 55 22 0 2 000 5 6 444444444444444444444444444444444444444444444444444 333333333 11111 6 99 44444444 1 1 33333 1111 11111 55 888888888888888 4 3 3 888 22 4 444444 1 22 333333333 333333333 444 1 6 3 77 7 77 1111 5 1 1111 4 3 33333 88888 6 3 9 3 8 22222 2222222 2 0 00 0 0 888888888 33 5 0 0 555
consensus : ACCTATGACTGCTATGATAAATCTATATACTTTGGAGTATGCCATANTTTACAATAACCGAAAATTATACCATG-A--ATAGACCA-TG-------GTATAATTTTCAT-GATCAGGTGATGCACTTTCCGCCAATCAAAATG-----AT-TGCTC--TTTT--AAAA------------A--------------AT--G-T-T----------T-----------G--GA----GAA---TA-T----------GGAT---------TC---AAGAAAA--A-CGTGAAAACACGGGTAAAA--CACA-CAAAAATA-CCAA--CAAGAAA-----CTG--A--T-----TT-TTA---A--TATA----CTA--A-----AGTGTAA--T--------A-GG-TTAAA-----ACA----GATA-----TAT--CATTGATATTCTC---------------GTGTTT-T-T---ATGTGT--AGCGTAAATTA------TAC-CATGG--TTTG---------GTGACATTCCTC----TCTG-CT-A-A-CCCCACTCGAC--TGC-GT--CTCGTGCAGTTAGGCAGA----GAGGAATGTCA-CCAAACCATG----GTATAATT-TACGC-----TACA----CAT-AA-AACACGAGAATATCAATG-TATATATAT-------CTATAACATACTACNTNTA--AA-----TTG--ATTATANCATGCCNGTATTTAAAA
Reference ( family-368 ) : ACCTATGACTGCTATGATAAATCTATATACTTTGGAGTATGCCATANTTTACAATAACCGAAAATTATACCATG-A--ATAGACCA-TG-------GTATAATTTTCAT-GATCAGGTGATGCACTTTCCGCCAATCAAAATG-----AT-TGCTC--TTTT--AAAA------------A--------------AT--G-T-T----------T-----------G--GA----GAA---TA-T----------GGAT---------TC---AAGAAAA--A-CGTGAAAACACGGGTAAAA--CACA-CAAAAATA-CCAA--CAAGAAA-----CTG--A--T-----TT-TTA---A--TATA----CTA--A-----AGTGTAA--T--------A-GG-TTAAA-----ACA----GATA-----TAT--CATTGATATTCTC---------------GTGTTT-T-T---ATGTGT--AGCGTAAATTA------TAC-CATGG--TTTG---------GTGACATTCCTC----TCTG-CT-A-A-CCCCACTCGAC--TGC-GT--CTCGTGCAGTTAGGCAGA----GAGGAATGTCA-CCAAACCATG----GTATAATT-TACGC-----TACA----CAT-AA-AACACGAGAATATCAATG-TATATATAT-------CTATAACATACTACNTNTA--AA-----TTG--ATTATANCATGCCNGTATTTAAAA
gi|1 : ACATGTATAAAAGGCAAA-AAAAAA-A-CCAA--CAGGGAA-----CTA--A--TAA---TT-TTACATA--CATA----CTA--A-----AGAATAA--TTATGGATTATGG-TTAAA-----ATA----GATA-----TAC--CATTGATATTCTT---------------GTGTCT-T-T---ATGTGT--GGCTTAAATAA------TAA-CATGG--TTTGTTCAAAGTTGCGACATTCCTT----GTGG-CT-A-A-CAATACTCGGC--TGC-ATACCTGGTACAGATAGGCAGA----GACAAATGTTA-ACAAACGATG----GTATAATT-TACAC-----TACA----CAT-AA-AAC-TG---ATATC-AT----TATATAT-------CTGTA
gi|1 : aaactaagacaataataatctaaactcattggttaatatatacgggtgctgtgtgaagaataactaagaACCTATGACAGCTATGATAAATCTACATATTTTGGAGTATGGTATAATTTACAATAACCCAAAATTATACCATA-A--AT-GACCA-TG-------GTGTGATTTTCAT-GATCAGGTGCTGCACCTTCagaaggtgcagcacctgatcatgaaaatcacaccatggtcatttatggtataattttgggttattgtaaattataccatactccaaaatatgtagatttatcatagctgtcataggtcaactccctgtaaacaagggcaataactcatacagtatttgagcaataccaaagcattgtagatacttaacaataatgtaaata
gi|10 : aaactaagacaataataatctaaactcattggttaatatatacgggtgctgtgtgaagaataactaagatacagatatataatgatatcagttttatgtgtagtgtaaattataccatcgtttgttaacatttgtctctgcctatctgtaccaggtatgcagccgagtattgttagccacaaggaatgtcgcaactttgaacaaaccatgttattatttaagccacacataaagacacaagaatatcaatggtatatctattttaaccataatccataattattctttagtatgtatgtaaaattattagttccctgttggttttttttttgccttttatacatgtaTAGACAT-TG-------GTATATTTTTTAT-GATCAGGTGATGTACTTAACACCAATCATATTT-----AT-TGCTA--ATTT--AAAG------------T--------------AA--G---T----------T-----------G--GA-----AA---CA-A----------GGAC---------Tcaactccctgtaaacaagggcaataactcatacagtatttgagcaataccaaagcattgtagatacttaacaataatgtaaata
gi|10 : atagtg--AGTGTAA-TTA------TACATGTGC--CCTG---------GTGACCTTCCTC----TATG-TA-A-A-CCCCACTTGAA--TGC-G---CTCGTGCAGTTATACAGG----GAGAAAAGTCA-CCAAACCATG----GCATGATT-TACGCTACAATACA----CAT-AA-AACACCAGAATATCAAC--TATATAT-C-------CTATGACtgaatatattagtcctaaccaaaagtgtaattatacatgtgccctggtgaccttcctctatgtaaaccccacttgaatgcgctcgtgcagttatacagggagaaaagtcaccaaaccatggcatgatttacgctacaatacacataaaacaccagaatatcaactatatatcctatgactcttgaatggccatactt
gi|11 : atagtgtagacattggtatattttttatgatcaggtgatgtacttaacaccaatcatatttattgctaatttaaagtaagttggaaacaaggacttgaatatattagtcctaaccaaaACCTGTAACTGCTATGACAAATC-----A--TTGGAATATGGTGTAATTTAAAATTACCAAACACTAAACTAAG-A--AT-GACCA-TG-------GTACAATATTTAT-TATCACGTGATGCACTTACCGTAAATCCAAAGC-----AT-TGCTC--TTTT--AAAA------------tcttgaatggccatactt
gi|11 : tgAAAATAACCAA--CATGGAA-----CTG--A--T-----TT---A---G--TATA----CTA--A-----AGTAT-A--T--------A-GG-TTAAA-----ACA----GGTT-----TAtaaccaacatggaactgatttagtatactaaagtatataggttaaaacaggtttaaaataatagataaagatttggttat
gi|12 : tgacctgtaactgctatgacaaatcattggaatatggtgtaatttaaaattaccaaacactaaactaagaatgaccatggtacaatatttattatcacgtgatgcacttaccgtaaatccaaagcattgctctttt-T-T----------A-----------G--GA----GTA---TA-T----------AGTT---------AT---AAGAAAA--A--GTGAAAACAAGTGTAAAA--CACA-CACACACA-CAAA--CAAAAAAAAAACCTG--G--T-----TT-T--------TATA----CCA--A-----A-TGTAA--T--------aaataatagataaagatttggttat
gi|12 : ----TTTA-CT-G-A-CCCCACTCGACCGTGC-AT--TTCGTGCAGTTAGGCAGA----GAGGAATGTAA-CCAAACCATG----GTATACTT-TACA------TA----------AA-AACACGAGAATATCAACG----GTACAT-------CTATAACtttactgaccccactcgaccgtgcatttcgtgcagttaggcagagaggaatgtaaccaaaccatggtatactttacataaaaacacgagaatatcaacggtacatctataacttttgcaacat
gi|13 : ttaggagtatatagttataagaaaaagtgaaaacaagtgtaaaacacacacacacacaaacaaaaaaaaaacctggtttttataccaaatgtaatACCA-TG-------GTATAATTTTCAT-GATCAGGGGATGCTCTTTCTTCCAATCAAAATG-----AT-TGCTC--TTTT--ACACGCTTT-------A--------------TT--GAT-T----------T-----------G--GA----GAA---TA-T----------GGAT---------TC---ttttgcaacat
gi|14 : catggtataatgactaaccataattgcccatggtataatgattgaccatggtataatgactaaccatgattgcccatggtataatgatttCCTATGGCTGCTATGATAAATTTATATACTTTGAAGTATGCCAT--------ATAATTGTAACTTATGTCATG-AATATAGACCAGTT-------GTATGA
gi|15 : tatttacatttagcaatgttctatgatgtaggtattgtttcattatttactgatttttactgaataaatagtttgATGACTGCAATGATAAACCTATATAC-----AGTGTTC-----TTTA--------GAAAATAAGACCATG-A---TAAACAA-TGCTTTTTGGTATAATGGTCAT-GCTCAGATGATGCCTTTTCCGCCAATCAAAATA-----GT-TGCTC---TTT--AAAA------------A--------------AT--A-TAT----------T-----------T--GA----GAA---TA-T----------Ga
gi|16 : ggtataT-TGCT-----TT--AAGA------------A--------------------T-T----------T-----------T--GA----GAA---TA-T----------GG-T---------TC---AAGAAAA--A-TGTGAAAACACAAGTAAAA--CACC-C--------CCCC--CAAAAAA-----ACA--A--T-----TT-ATA---A--TGTAAGTCCTA--ACAAAAAATGTAA--T--------A-GG-TTAAC-----ACA----GATA-----TAT--TATTGAAATTt
gi|17 : tA------TAC-CTTGGAGTTTT---------GTAATATTCCTC----ACT--CC-A-A-----ACTAGAC--TGC-GT--CTCGTGATGTTGGGTAAC----GCGGAA-GTCA-CCAAACCAGT----GTACAAGT-AAAGC-----GACT----TGT-AA-CACACGAGAACATCAATaaaa
gi|18 : AG-----ACA----GATA-----TAT--CATTGATATCCTC---------------GTGTTT-T-T---ATGCGT--AGCGTAAGTTA------TAC-CATGG--TTTG---------GTGACATTCTTC----TTTG-CT-A-A-CCCTTCTCGAC--TGC-GT--cat
gi|19 : tgctac-----ATA----GACA-----TGT--CATTGATATTCTT---------------ATGTTT-T-T---GTGTGT--AGCATAAAATA------TAC----AG----TG---------GTGACATTCCTC----TC
gi|2 : ttTGACTACTATGACAATTCTATATACCTTGAAGTATGCCATTTTTTACTCTAACCGAAAAGTATTCCATG-A--TT-GACCA-TG-------ATATACTTTTCAT-GATCAGGTGATCAACTTTCAACCAATCAAAATG-----AT-TGTTC--TTTT--AAAA------------AAAAGTTGGTAGACTAT--G-T-TACTTGCTTTAT-----------G--GATTGGGAAAAGTA-T----------GGAT---------TC---AATAAAA--A-CGTGAAACTATGGTTAAA---CGTA-CAAAA-CA-CCCA--CTGAAGA-----CTT--A--TATAAGTC-CTA---A--CAAA----AAG--A-----AGTGTAA--A--------A-GG-TAAAA-----ACA------TG-----TAC--TAT-GATATTATC---------------TTGTTT-------ACCTGT--TACGTAAATTACTAGTATAC-GATGG--TTTG---------ATGACATTCTTC----TCTG-CTTACA-CCCAACTCGAA--TGC-AT--CTCGCGCAGTTAGACAAA----GAGGAAGAACA-CCAAACCATC----GTATATTG-TATGC-----TTCT----TAT-AA-AA-AC---AATATCAATGATATATTTATGACTTAACTA-AACATACAAAATGTAC-AA-----TTG--AT
gi|20 : ttaatgacaacagtacat--TGC-GT--CTTGTACAAATAGACAAA----GAGGACGGTCA-CCAAACCACG----GAATAGTT-TACGC-----Taaatctacc
gi|3 : gACCCTTGACTGTTATTATAAATCTACATAGTTTATAGCAAGCCAT-GTTTGCAATAACCGTGGATAATACCATG-G---TGGACCG-TG-------GTATAGTTTTCATTGATCTGACGATGCTCTT----CTAAAGAAGCTGGGAGAATATGTTA--T------------------------------------AT--G-C-T----------TTATC-------GATGA----AAA---TA-A----------GGAT---------TC---AATAACA--ATCGTGAAAACACGGTTAGAA--T-CATCAAATATT-CCAA----AGAA------CTG--A--T-----TT-TTA------TACA----C----A-----AGTTTAA--T--------A-GA-TTAAA-----ACA----GATA-----TAT--CGTTGATATTCTC---------------GGATTT-TGT---ATGTGC--AGAGTCAATTA------TAT-TATGG--TTTG---------ATGGCATTCATC----CTTG-TT-T-A-CGCAATTAGAG--TGC-GT---------AGTTAGACAGA----GGAGATTGTCA-CAAAACCGTG----GTA-AACTATACGC-----TATA----CAT-TA-A
gi|4 : aagttatattttgcaataagttaACCTATGACTGTCATGATAAAACTAAATATTTAAGAATATGGCATAATTTACAATAACCGAAAAGTATATCATT-A--AT-GACCA-TG-------GTATAATTTTCAT-GATCTCGTGATACACTTTCCGCCATTCAAAACC-----AT-TGTTC--TTTT--AGAA------------A--------------AT--G-T-T----------T-----------G--GA----AAA---TA-T----------GGAT---------TT---ACGAAAA--A-T-TGAAAACACAGGTAAAA--CACA-CAAAAATA-CTAAAACAAGAAA-----CTA--ACAT-----TT-TTACATA--TGTA----CTA--A-----AGTGTGA--T--------T-TG-TTAAA-----ACT----GATA-----TAT--TATTAAAATTCTC---------------GTGTTT-T-T---ATGTGT--AGCGTAAATTA------TAC-CATAG--TTTT---------GTAACATGCTTC----TTTG-CT-G-A-CCCTACATGAC--TGC-GT--TTCGTGCAATTAGGCAGA----GAGGAATGTCACCCAAACTATG----GTGTGATT-GATGC-----TACC----CAT-AA-AACACGAGATTA-CGATA-TATATATAT-------CTATAACATACTGCATTTAGCAA-----TTG--ATTA-AGCATACCGGTATTTAAAAtaaatcttgctgtactacgtaggctcggtatatattaagtaaaatcattgtatgtgtatgcatctataacatatttgcaaatcttacattaatta
gi|5 : CAATAAA-GTAAATTATACCGC--A--ATAGACCA-TG-------GTATACTTTTCAT-GATTAGGTGATGTATTTTCCACCAATCAAAATG-----AT-T-CAC--TTTT--AAAATAGTTGTGAGAAA--------------AT--A-T-T----------CTTTATGGATTGG--GA----GAA---TA-TCATCATCAGTGGAT---------TC---AAGAAAT--A--GTGAAAACACGGGTAAAA--AA-A-CAAA-----CC----CAAGAA------CT------T-----TT-GTA---AGTCATA----TCAGAA-----AGTGTAA--T--------A-GG-TTAAA-----ACA----GATACAC--TATAACGTTGATATTCAT---------------ATGTTT-T-T---ATGTGT--AGCGTAAAC---------AC-CATGG--TTTG---------GTGACATTCCTC----TCTA-CT-A-T-TCCCACTTGGC--TGT-GA--CCTGTGTAGTCTGACAGA----GAG----GTCA-CCAAACCATG----GTATAATG-TACAC-----TACACAATCAT-AACAACATGAG-ATATCA--G-TA-ATATAT-------CTATAACATA
gi|6 : atgattctcatatgaaaggacatacagattcatatggttctcttCCATGGCTGTTATGACAAATCTATATACTTTGATATATGCCATAGTTTACAATAACCGAAAATTATAGCATG----ATAGACAA-TT-------GTATAATGTTTTT-GCTCAAGTGATGTACTTTCCACCAATCAAAATG-----AT-TTCTC--TTTTCAAAAA------------A--------------AA--A-T-T----------A-----------G--GA----GAA---TAGT----------GGAT---------TCAATAAAAAAA--A-AGTGAAAACTAGGGTTAA----ACA-CAAAAAT-------------AA-----CTG--A--T-----TTGTT---------TA----TTC--A----------AA--T--------A-GG-TTAAA-----Atgagatgcgtg
gi|6 : tA--A-----AGTGAAAACT--------A-GGGTTAAAC----ACA----AAAA-----TA----ACTGAT----T-----------------TGTTTAT-TCAAATAGGTTAAAATTAAATTAATTG--TAC-CA-GG--TTTG---------GTGACATTCCTC----T-------------------------GC-GT--ATTGTGCTTTTAGGCAGA----TAAGAACGTCA-CCAATTCATGGTATGTATAATT-AACGC-----TGAA----CATAAA-AACACGAGGATATCA--G-TA-ATATAT-------CTA-AA---ATTACTTTTA--AAAAATTTTGTAGTTATATCATGCCTG---TTAAAAttaaattaattgtaccaggtttggtgacattcctctgcgtattgtgcttttaggcagataagaacgtcaccaattcatggtatgtataattaacgctgaacataaaaacacgaggatatcagtaatatatctaaaattacttttaaaaaattttgtagttatatcatgcctgttaaaatcacgcctttggtatctatgttttttatgtattt
gi|7 : tccatggctgttatgacaaatctatatactttgatatatgccatagtttacaataaccgaaaattatagcatgatagacaattgtataatgtttttgctcaagtgatgtactttccaccaatcaaaatgatttctcttttcaaaaaaaaattaggagaatagtggattcaataaaaaaATTGCCATGAT----TTATCTGCATTGAAGTATGCCATATTTTACAATAACCTAAA-TTATACCACG-A---TAGACAA-TG-------GCATAATGTTTAT-AATCACGTGATGCACTTTCCACCAATCAATATG-----TT-TGCTCTATTTT--AAAAC-----------G--------------GTTGG-T-T----------G-----------G--GA----GAA---TA-T----------GGATTAAATGTTATA---AAGAAAAACA-CACGAAAA-GCGGGTTAAA--TACA-CAAAAAT---------AAGAAA-----CTG--AG-T-----TT-TTA---A------------A--A-----AA---AA--T--------A-TT-TTAAA-----ACAGAATGATG-----TAT--CATTGATGTTCTCGTCATTGCTGTTTTGGTGCTT-T-T---ATATAT--AGCGTATATTA------TAC-CATGG--CTTG---------TTGGTATTCCT----------CT-A-ATCCTTACTAGAC--TGT-GT--TTCTTGCAGTTAGATAGA----GAGGAATATCA-CCAAACCAtcacgcctttggtatctatgttttttatgtattt
gi|8 : ttttattcattatgtacgattgtttagtagaatggaatttacACCTATCACTGCCATGATAA--CTATATACTTTG---TATGCCATATTTTACAATAACCAAAAGTGATACCATATG--ATAGGCCA-AG-------GTTCAGTTGTAGT-GGTCAGGTGATGCAATTTCCTCTAATCAAAATG-----AT-TGTTC--TTTatcatcaaaccatg
gi|8 : gtacgctgtgtaataaacttcggta-T----------T-----------G--GAA---GAA---TA-T----------GGAA---------TC---AAGAAAA--A-AGTGTAAA---GGGTAAAA--CACA-AAAAAA-------------AAA-----CTGTCG--T-----TT-TT-------T-TA----CAA--A-----TGTGTAT--T--------A-GG-TTAAA-----ACA----TATA-----CAG--CGTTGATATGTTT---------------GTA-TT-T-T---ATGTGT--AGCGccaccaattgcacgtttcttcaatcaaaatgataactcttttcaaagaaaagtttgggagaacttgcatgttaaatgattcatcgattggaagaatatggaatcaagaaaaaagtgtaaagggtaaaacacaaaaaaaaaactgtcgtttttttacaaatgtgtattaggttaaaacatatacagcgttgatatgtttgtattttatgtgtagcgaacgatggctggcgtgacgcgtctcgtgcagttaggcagaaa
gi|8 : gtacgctgtgtaataaacttcggtaacctatcactgccatgataactatatactttgtatgccatattttacaataaccaaaagtgataccatatgataggccaaggttcagttgtagtggtcaggtgatgcaatttcctctaatcaaaatgattgttctttccaccaattgcacgtttcttcaatcaaaatgataactcttttcaaagaaaagtttgggagaacttgcatgttaaatgattcatcgaGAC---GC-GT--CTCGTGCAGTTAGGCAGA----AAaacgatggctggcgtgacgcgtctcgtgcagttaggcagaaa
gi|9 : gtacgctgtgtaataaacttcggtaacctatcactgccatgataactatatactttgtatgccatattttacaataaccaaaagtgataccatatgataggccaaggttcagttgtagtggtcaggtgatgcaatttcctctaatcaaaatgattgttctttccaccaattgcacgtttcttcaatcaaaatgataactcttttcaaagaaaagtttgggagaacttgcatgttaaatgattcatcgattggaagaatatggaatcaagaaaaaagtgtaaagggtaaaacacaaaaaaaaaactgtcgtttttttacaaatgtgtattaggttaaaacatatacagcgttgatatgtttgtattttatgtgtagcgaacgatggctggcgtTA--C-----AGTAAAA--A--------A-GG-CTTAA-----ACT----GATACAATGTATAGCATTGATTTTCAC---------------GAGTCC-T-T---GTATGT--AGCGTAAGTAA-------AC-CATGG--TTTA---------GTGTCATTCCTCATTGTCTA-CTGA-A-CCCCACCCGAC--TGC-GT--CTCGTGCAGTTAGGCAGA----AAGGAATGTCA-CAAAACAATA----GTG-----------------ACA----CAT-TA-AACATGAGGATATCAATG--ATATATAT-------ATATAACTT--TACCTATA--AA-----
gi|9 : a-----------G--AA----AAA---TA-T----------GGAT---------TC---ATGAAAA--A-CGTGAAAATATTGGTAAAA---------------------------AA-----CTG--A--T-----TT-T-----G--TATA----CAG--A-----AGTTTTA--T--------A-GG-T-AAAGTTATATA----TATA-----TAT--CATTGATATCCTC---------------ATG-TT-T-A---ATGTGT-------------------CAC-TATTG--TTTT---------GTGACATTCCTT----TCTGCCT-A-A-CTGCACGAGAC---GCAGT--CGGGTGGGGTTCAGTAGACAATGAGGAATGACA-CTAAACCATG----GT-TTACT-TACGC-----TACA----TAC-AAGGACTCGTGAAAATCAATGCTATACATacttctgtatacaaaatcagttttttaccaatattttcacgtttttcatgaatccatatttttcccatcaataacagatgtaac
Alignments
lowQualScore : 11111 1111111 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 1111111111 111111111 11 555555555555555555555555555555555555555555555555555 11111111 11111 222222222222222 111111 111111111 11111 1111111 333333333 11 1 222
lowQualScore : 0 33 6 99 33333 8 3 0000000 3 4 99999 3 44 55 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 44 9999 555 3 3333333333 333333333 666 55 22 2 1 777 0 3 222222222222222222222222222222222222222222222222222 999999999 77777 0 33 00000000 3 3 99999 6666 22222 88 000000000000000 0 3 3 555 44 1 555555 3 44 222222222 777777777 666 3 2 3 33 2 33 6666 3 3 7777 0 3 88888 77777 3 7 0 1 0 77777 6666666 3 1 11 1 1 000000000 88 5 1 1 111
lowQualScore : . .. . .. ..... . . ....... . . ..... . .. .. .......................................................... .. .... ... . .......... ......... ... .. .. . . ... . . ................................................... ......... ..... . .. ........ . . ..... .... ..... .. ............... . . . ... .. . ...... . .. ......... ......... ... . . . .. . .. .... . . .... . . ..... ..... . . . . . ..... ....... . . .. . . ......... .. . . . ...
lowQualScore : 9 11 4 66 55555 6 1 0000000 3 1 11111 3 66 00 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 22 6666 444 1 5555555555 333333333 444 55 22 0 2 000 5 6 444444444444444444444444444444444444444444444444444 333333333 11111 6 99 44444444 1 1 33333 1111 11111 55 888888888888888 4 3 3 888 22 4 444444 1 22 333333333 333333333 444 1 6 3 77 7 77 1111 5 1 1111 4 3 33333 88888 6 3 9 3 8 22222 2222222 2 0 00 0 0 888888888 33 5 0 0 555
consensus : ACCTATGACTGCTATGATAAATCTATATACTTTGGAGTATGCCATANTTTACAATAACCGAAAATTATACCATG-A--ATAGACCA-TG-------GTATAATTTTCAT-GATCAGGTGATGCACTTTCCGCCAATCAAAATG-----AT-TGCTC--TTTT--AAAA------------A--------------AT--G-T-T----------T-----------G--GA----GAA---TA-T----------GGAT---------TC---AAGAAAA--A-CGTGAAAACACGGGTAAAA--CACA-CAAAAATA-CCAA--CAAGAAA-----CTG--A--T-----TT-TTA---A--TATA----CTA--A-----AGTGTAA--T--------A-GG-TTAAA-----ACA----GATA-----TAT--CATTGATATTCTC---------------GTGTTT-T-T---ATGTGT--AGCGTAAATTA------TAC-CATGG--TTTG---------GTGACATTCCTC----TCTG-CT-A-A-CCCCACTCGAC--TGC-GT--CTCGTGCAGTTAGGCAGA----GAGGAATGTCA-CCAAACCATG----GTATAATT-TACGC-----TACA----CAT-AA-AACACGAGAATATCAATG-TATATATAT-------CTATAACATACTACNTNTA--AA-----TTG--ATTATANCATGCCNGTATTTAAAA
Reference ( family-368 ) : ACCTATGACTGCTATGATAAATCTATATACTTTGGAGTATGCCATANTTTACAATAACCGAAAATTATACCATG-A--ATAGACCA-TG-------GTATAATTTTCAT-GATCAGGTGATGCACTTTCCGCCAATCAAAATG-----AT-TGCTC--TTTT--AAAA------------A--------------AT--G-T-T----------T-----------G--GA----GAA---TA-T----------GGAT---------TC---AAGAAAA--A-CGTGAAAACACGGGTAAAA--CACA-CAAAAATA-CCAA--CAAGAAA-----CTG--A--T-----TT-TTA---A--TATA----CTA--A-----AGTGTAA--T--------A-GG-TTAAA-----ACA----GATA-----TAT--CATTGATATTCTC---------------GTGTTT-T-T---ATGTGT--AGCGTAAATTA------TAC-CATGG--TTTG---------GTGACATTCCTC----TCTG-CT-A-A-CCCCACTCGAC--TGC-GT--CTCGTGCAGTTAGGCAGA----GAGGAATGTCA-CCAAACCATG----GTATAATT-TACGC-----TACA----CAT-AA-AACACGAGAATATCAATG-TATATATAT-------CTATAACATACTACNTNTA--AA-----TTG--ATTATANCATGCCNGTATTTAAAA
gi|1 : ACATGTATAAAAGGCAAA-AAAAAA-A-CCAA--CAGGGAA-----CTA--A--TAA---TT-TTACATA--CATA----CTA--A-----AGAATAA--TTATGGATTATGG-TTAAA-----ATA----GATA-----TAC--CATTGATATTCTT---------------GTGTCT-T-T---ATGTGT--GGCTTAAATAA------TAA-CATGG--TTTGTTCAAAGTTGCGACATTCCTT----GTGG-CT-A-A-CAATACTCGGC--TGC-ATACCTGGTACAGATAGGCAGA----GACAAATGTTA-ACAAACGATG----GTATAATT-TACAC-----TACA----CAT-AA-AAC-TG---ATATC-AT----TATATAT-------CTGTA
gi|1 : aaactaagacaataataatctaaactcattggttaatatatacgggtgctgtgtgaagaataactaagaACCTATGACAGCTATGATAAATCTACATATTTTGGAGTATGGTATAATTTACAATAACCCAAAATTATACCATA-A--AT-GACCA-TG-------GTGTGATTTTCAT-GATCAGGTGCTGCACCTTCagaaggtgcagcacctgatcatgaaaatcacaccatggtcatttatggtataattttgggttattgtaaattataccatactccaaaatatgtagatttatcatagctgtcataggtcaactccctgtaaacaagggcaataactcatacagtatttgagcaataccaaagcattgtagatacttaacaataatgtaaata
gi|10 : aaactaagacaataataatctaaactcattggttaatatatacgggtgctgtgtgaagaataactaagatacagatatataatgatatcagttttatgtgtagtgtaaattataccatcgtttgttaacatttgtctctgcctatctgtaccaggtatgcagccgagtattgttagccacaaggaatgtcgcaactttgaacaaaccatgttattatttaagccacacataaagacacaagaatatcaatggtatatctattttaaccataatccataattattctttagtatgtatgtaaaattattagttccctgttggttttttttttgccttttatacatgtaTAGACAT-TG-------GTATATTTTTTAT-GATCAGGTGATGTACTTAACACCAATCATATTT-----AT-TGCTA--ATTT--AAAG------------T--------------AA--G---T----------T-----------G--GA-----AA---CA-A----------GGAC---------Tcaactccctgtaaacaagggcaataactcatacagtatttgagcaataccaaagcattgtagatacttaacaataatgtaaata
gi|10 : atagtg--AGTGTAA-TTA------TACATGTGC--CCTG---------GTGACCTTCCTC----TATG-TA-A-A-CCCCACTTGAA--TGC-G---CTCGTGCAGTTATACAGG----GAGAAAAGTCA-CCAAACCATG----GCATGATT-TACGCTACAATACA----CAT-AA-AACACCAGAATATCAAC--TATATAT-C-------CTATGACtgaatatattagtcctaaccaaaagtgtaattatacatgtgccctggtgaccttcctctatgtaaaccccacttgaatgcgctcgtgcagttatacagggagaaaagtcaccaaaccatggcatgatttacgctacaatacacataaaacaccagaatatcaactatatatcctatgactcttgaatggccatactt
gi|11 : atagtgtagacattggtatattttttatgatcaggtgatgtacttaacaccaatcatatttattgctaatttaaagtaagttggaaacaaggacttgaatatattagtcctaaccaaaACCTGTAACTGCTATGACAAATC-----A--TTGGAATATGGTGTAATTTAAAATTACCAAACACTAAACTAAG-A--AT-GACCA-TG-------GTACAATATTTAT-TATCACGTGATGCACTTACCGTAAATCCAAAGC-----AT-TGCTC--TTTT--AAAA------------tcttgaatggccatactt
gi|11 : tgAAAATAACCAA--CATGGAA-----CTG--A--T-----TT---A---G--TATA----CTA--A-----AGTAT-A--T--------A-GG-TTAAA-----ACA----GGTT-----TAtaaccaacatggaactgatttagtatactaaagtatataggttaaaacaggtttaaaataatagataaagatttggttat
gi|12 : tgacctgtaactgctatgacaaatcattggaatatggtgtaatttaaaattaccaaacactaaactaagaatgaccatggtacaatatttattatcacgtgatgcacttaccgtaaatccaaagcattgctctttt-T-T----------A-----------G--GA----GTA---TA-T----------AGTT---------AT---AAGAAAA--A--GTGAAAACAAGTGTAAAA--CACA-CACACACA-CAAA--CAAAAAAAAAACCTG--G--T-----TT-T--------TATA----CCA--A-----A-TGTAA--T--------aaataatagataaagatttggttat
gi|12 : ----TTTA-CT-G-A-CCCCACTCGACCGTGC-AT--TTCGTGCAGTTAGGCAGA----GAGGAATGTAA-CCAAACCATG----GTATACTT-TACA------TA----------AA-AACACGAGAATATCAACG----GTACAT-------CTATAACtttactgaccccactcgaccgtgcatttcgtgcagttaggcagagaggaatgtaaccaaaccatggtatactttacataaaaacacgagaatatcaacggtacatctataacttttgcaacat
gi|13 : ttaggagtatatagttataagaaaaagtgaaaacaagtgtaaaacacacacacacacaaacaaaaaaaaaacctggtttttataccaaatgtaatACCA-TG-------GTATAATTTTCAT-GATCAGGGGATGCTCTTTCTTCCAATCAAAATG-----AT-TGCTC--TTTT--ACACGCTTT-------A--------------TT--GAT-T----------T-----------G--GA----GAA---TA-T----------GGAT---------TC---ttttgcaacat
gi|14 : catggtataatgactaaccataattgcccatggtataatgattgaccatggtataatgactaaccatgattgcccatggtataatgatttCCTATGGCTGCTATGATAAATTTATATACTTTGAAGTATGCCAT--------ATAATTGTAACTTATGTCATG-AATATAGACCAGTT-------GTATGA
gi|15 : tatttacatttagcaatgttctatgatgtaggtattgtttcattatttactgatttttactgaataaatagtttgATGACTGCAATGATAAACCTATATAC-----AGTGTTC-----TTTA--------GAAAATAAGACCATG-A---TAAACAA-TGCTTTTTGGTATAATGGTCAT-GCTCAGATGATGCCTTTTCCGCCAATCAAAATA-----GT-TGCTC---TTT--AAAA------------A--------------AT--A-TAT----------T-----------T--GA----GAA---TA-T----------Ga
gi|16 : ggtataT-TGCT-----TT--AAGA------------A--------------------T-T----------T-----------T--GA----GAA---TA-T----------GG-T---------TC---AAGAAAA--A-TGTGAAAACACAAGTAAAA--CACC-C--------CCCC--CAAAAAA-----ACA--A--T-----TT-ATA---A--TGTAAGTCCTA--ACAAAAAATGTAA--T--------A-GG-TTAAC-----ACA----GATA-----TAT--TATTGAAATTt
gi|17 : tA------TAC-CTTGGAGTTTT---------GTAATATTCCTC----ACT--CC-A-A-----ACTAGAC--TGC-GT--CTCGTGATGTTGGGTAAC----GCGGAA-GTCA-CCAAACCAGT----GTACAAGT-AAAGC-----GACT----TGT-AA-CACACGAGAACATCAATaaaa
gi|18 : AG-----ACA----GATA-----TAT--CATTGATATCCTC---------------GTGTTT-T-T---ATGCGT--AGCGTAAGTTA------TAC-CATGG--TTTG---------GTGACATTCTTC----TTTG-CT-A-A-CCCTTCTCGAC--TGC-GT--cat
gi|19 : tgctac-----ATA----GACA-----TGT--CATTGATATTCTT---------------ATGTTT-T-T---GTGTGT--AGCATAAAATA------TAC----AG----TG---------GTGACATTCCTC----TC
gi|2 : ttTGACTACTATGACAATTCTATATACCTTGAAGTATGCCATTTTTTACTCTAACCGAAAAGTATTCCATG-A--TT-GACCA-TG-------ATATACTTTTCAT-GATCAGGTGATCAACTTTCAACCAATCAAAATG-----AT-TGTTC--TTTT--AAAA------------AAAAGTTGGTAGACTAT--G-T-TACTTGCTTTAT-----------G--GATTGGGAAAAGTA-T----------GGAT---------TC---AATAAAA--A-CGTGAAACTATGGTTAAA---CGTA-CAAAA-CA-CCCA--CTGAAGA-----CTT--A--TATAAGTC-CTA---A--CAAA----AAG--A-----AGTGTAA--A--------A-GG-TAAAA-----ACA------TG-----TAC--TAT-GATATTATC---------------TTGTTT-------ACCTGT--TACGTAAATTACTAGTATAC-GATGG--TTTG---------ATGACATTCTTC----TCTG-CTTACA-CCCAACTCGAA--TGC-AT--CTCGCGCAGTTAGACAAA----GAGGAAGAACA-CCAAACCATC----GTATATTG-TATGC-----TTCT----TAT-AA-AA-AC---AATATCAATGATATATTTATGACTTAACTA-AACATACAAAATGTAC-AA-----TTG--AT
gi|20 : ttaatgacaacagtacat--TGC-GT--CTTGTACAAATAGACAAA----GAGGACGGTCA-CCAAACCACG----GAATAGTT-TACGC-----Taaatctacc
gi|3 : gACCCTTGACTGTTATTATAAATCTACATAGTTTATAGCAAGCCAT-GTTTGCAATAACCGTGGATAATACCATG-G---TGGACCG-TG-------GTATAGTTTTCATTGATCTGACGATGCTCTT----CTAAAGAAGCTGGGAGAATATGTTA--T------------------------------------AT--G-C-T----------TTATC-------GATGA----AAA---TA-A----------GGAT---------TC---AATAACA--ATCGTGAAAACACGGTTAGAA--T-CATCAAATATT-CCAA----AGAA------CTG--A--T-----TT-TTA------TACA----C----A-----AGTTTAA--T--------A-GA-TTAAA-----ACA----GATA-----TAT--CGTTGATATTCTC---------------GGATTT-TGT---ATGTGC--AGAGTCAATTA------TAT-TATGG--TTTG---------ATGGCATTCATC----CTTG-TT-T-A-CGCAATTAGAG--TGC-GT---------AGTTAGACAGA----GGAGATTGTCA-CAAAACCGTG----GTA-AACTATACGC-----TATA----CAT-TA-A
gi|4 : aagttatattttgcaataagttaACCTATGACTGTCATGATAAAACTAAATATTTAAGAATATGGCATAATTTACAATAACCGAAAAGTATATCATT-A--AT-GACCA-TG-------GTATAATTTTCAT-GATCTCGTGATACACTTTCCGCCATTCAAAACC-----AT-TGTTC--TTTT--AGAA------------A--------------AT--G-T-T----------T-----------G--GA----AAA---TA-T----------GGAT---------TT---ACGAAAA--A-T-TGAAAACACAGGTAAAA--CACA-CAAAAATA-CTAAAACAAGAAA-----CTA--ACAT-----TT-TTACATA--TGTA----CTA--A-----AGTGTGA--T--------T-TG-TTAAA-----ACT----GATA-----TAT--TATTAAAATTCTC---------------GTGTTT-T-T---ATGTGT--AGCGTAAATTA------TAC-CATAG--TTTT---------GTAACATGCTTC----TTTG-CT-G-A-CCCTACATGAC--TGC-GT--TTCGTGCAATTAGGCAGA----GAGGAATGTCACCCAAACTATG----GTGTGATT-GATGC-----TACC----CAT-AA-AACACGAGATTA-CGATA-TATATATAT-------CTATAACATACTGCATTTAGCAA-----TTG--ATTA-AGCATACCGGTATTTAAAAtaaatcttgctgtactacgtaggctcggtatatattaagtaaaatcattgtatgtgtatgcatctataacatatttgcaaatcttacattaatta
gi|5 : CAATAAA-GTAAATTATACCGC--A--ATAGACCA-TG-------GTATACTTTTCAT-GATTAGGTGATGTATTTTCCACCAATCAAAATG-----AT-T-CAC--TTTT--AAAATAGTTGTGAGAAA--------------AT--A-T-T----------CTTTATGGATTGG--GA----GAA---TA-TCATCATCAGTGGAT---------TC---AAGAAAT--A--GTGAAAACACGGGTAAAA--AA-A-CAAA-----CC----CAAGAA------CT------T-----TT-GTA---AGTCATA----TCAGAA-----AGTGTAA--T--------A-GG-TTAAA-----ACA----GATACAC--TATAACGTTGATATTCAT---------------ATGTTT-T-T---ATGTGT--AGCGTAAAC---------AC-CATGG--TTTG---------GTGACATTCCTC----TCTA-CT-A-T-TCCCACTTGGC--TGT-GA--CCTGTGTAGTCTGACAGA----GAG----GTCA-CCAAACCATG----GTATAATG-TACAC-----TACACAATCAT-AACAACATGAG-ATATCA--G-TA-ATATAT-------CTATAACATA
gi|6 : atgattctcatatgaaaggacatacagattcatatggttctcttCCATGGCTGTTATGACAAATCTATATACTTTGATATATGCCATAGTTTACAATAACCGAAAATTATAGCATG----ATAGACAA-TT-------GTATAATGTTTTT-GCTCAAGTGATGTACTTTCCACCAATCAAAATG-----AT-TTCTC--TTTTCAAAAA------------A--------------AA--A-T-T----------A-----------G--GA----GAA---TAGT----------GGAT---------TCAATAAAAAAA--A-AGTGAAAACTAGGGTTAA----ACA-CAAAAAT-------------AA-----CTG--A--T-----TTGTT---------TA----TTC--A----------AA--T--------A-GG-TTAAA-----Atgagatgcgtg
gi|6 : tA--A-----AGTGAAAACT--------A-GGGTTAAAC----ACA----AAAA-----TA----ACTGAT----T-----------------TGTTTAT-TCAAATAGGTTAAAATTAAATTAATTG--TAC-CA-GG--TTTG---------GTGACATTCCTC----T-------------------------GC-GT--ATTGTGCTTTTAGGCAGA----TAAGAACGTCA-CCAATTCATGGTATGTATAATT-AACGC-----TGAA----CATAAA-AACACGAGGATATCA--G-TA-ATATAT-------CTA-AA---ATTACTTTTA--AAAAATTTTGTAGTTATATCATGCCTG---TTAAAAttaaattaattgtaccaggtttggtgacattcctctgcgtattgtgcttttaggcagataagaacgtcaccaattcatggtatgtataattaacgctgaacataaaaacacgaggatatcagtaatatatctaaaattacttttaaaaaattttgtagttatatcatgcctgttaaaatcacgcctttggtatctatgttttttatgtattt
gi|7 : tccatggctgttatgacaaatctatatactttgatatatgccatagtttacaataaccgaaaattatagcatgatagacaattgtataatgtttttgctcaagtgatgtactttccaccaatcaaaatgatttctcttttcaaaaaaaaattaggagaatagtggattcaataaaaaaATTGCCATGAT----TTATCTGCATTGAAGTATGCCATATTTTACAATAACCTAAA-TTATACCACG-A---TAGACAA-TG-------GCATAATGTTTAT-AATCACGTGATGCACTTTCCACCAATCAATATG-----TT-TGCTCTATTTT--AAAAC-----------G--------------GTTGG-T-T----------G-----------G--GA----GAA---TA-T----------GGATTAAATGTTATA---AAGAAAAACA-CACGAAAA-GCGGGTTAAA--TACA-CAAAAAT---------AAGAAA-----CTG--AG-T-----TT-TTA---A------------A--A-----AA---AA--T--------A-TT-TTAAA-----ACAGAATGATG-----TAT--CATTGATGTTCTCGTCATTGCTGTTTTGGTGCTT-T-T---ATATAT--AGCGTATATTA------TAC-CATGG--CTTG---------TTGGTATTCCT----------CT-A-ATCCTTACTAGAC--TGT-GT--TTCTTGCAGTTAGATAGA----GAGGAATATCA-CCAAACCAtcacgcctttggtatctatgttttttatgtattt
gi|8 : ttttattcattatgtacgattgtttagtagaatggaatttacACCTATCACTGCCATGATAA--CTATATACTTTG---TATGCCATATTTTACAATAACCAAAAGTGATACCATATG--ATAGGCCA-AG-------GTTCAGTTGTAGT-GGTCAGGTGATGCAATTTCCTCTAATCAAAATG-----AT-TGTTC--TTTatcatcaaaccatg
gi|8 : gtacgctgtgtaataaacttcggta-T----------T-----------G--GAA---GAA---TA-T----------GGAA---------TC---AAGAAAA--A-AGTGTAAA---GGGTAAAA--CACA-AAAAAA-------------AAA-----CTGTCG--T-----TT-TT-------T-TA----CAA--A-----TGTGTAT--T--------A-GG-TTAAA-----ACA----TATA-----CAG--CGTTGATATGTTT---------------GTA-TT-T-T---ATGTGT--AGCGccaccaattgcacgtttcttcaatcaaaatgataactcttttcaaagaaaagtttgggagaacttgcatgttaaatgattcatcgattggaagaatatggaatcaagaaaaaagtgtaaagggtaaaacacaaaaaaaaaactgtcgtttttttacaaatgtgtattaggttaaaacatatacagcgttgatatgtttgtattttatgtgtagcgaacgatggctggcgtgacgcgtctcgtgcagttaggcagaaa
gi|8 : gtacgctgtgtaataaacttcggtaacctatcactgccatgataactatatactttgtatgccatattttacaataaccaaaagtgataccatatgataggccaaggttcagttgtagtggtcaggtgatgcaatttcctctaatcaaaatgattgttctttccaccaattgcacgtttcttcaatcaaaatgataactcttttcaaagaaaagtttgggagaacttgcatgttaaatgattcatcgaGAC---GC-GT--CTCGTGCAGTTAGGCAGA----AAaacgatggctggcgtgacgcgtctcgtgcagttaggcagaaa
gi|9 : gtacgctgtgtaataaacttcggtaacctatcactgccatgataactatatactttgtatgccatattttacaataaccaaaagtgataccatatgataggccaaggttcagttgtagtggtcaggtgatgcaatttcctctaatcaaaatgattgttctttccaccaattgcacgtttcttcaatcaaaatgataactcttttcaaagaaaagtttgggagaacttgcatgttaaatgattcatcgattggaagaatatggaatcaagaaaaaagtgtaaagggtaaaacacaaaaaaaaaactgtcgtttttttacaaatgtgtattaggttaaaacatatacagcgttgatatgtttgtattttatgtgtagcgaacgatggctggcgtTA--C-----AGTAAAA--A--------A-GG-CTTAA-----ACT----GATACAATGTATAGCATTGATTTTCAC---------------GAGTCC-T-T---GTATGT--AGCGTAAGTAA-------AC-CATGG--TTTA---------GTGTCATTCCTCATTGTCTA-CTGA-A-CCCCACCCGAC--TGC-GT--CTCGTGCAGTTAGGCAGA----AAGGAATGTCA-CAAAACAATA----GTG-----------------ACA----CAT-TA-AACATGAGGATATCAATG--ATATATAT-------ATATAACTT--TACCTATA--AA-----
gi|9 : a-----------G--AA----AAA---TA-T----------GGAT---------TC---ATGAAAA--A-CGTGAAAATATTGGTAAAA---------------------------AA-----CTG--A--T-----TT-T-----G--TATA----CAG--A-----AGTTTTA--T--------A-GG-T-AAAGTTATATA----TATA-----TAT--CATTGATATCCTC---------------ATG-TT-T-A---ATGTGT-------------------CAC-TATTG--TTTT---------GTGACATTCCTT----TCTGCCT-A-A-CTGCACGAGAC---GCAGT--CGGGTGGGGTTCAGTAGACAATGAGGAATGACA-CTAAACCATG----GT-TTACT-TACGC-----TACA----TAC-AAGGACTCGTGAAAATCAATGCTATACATacttctgtatacaaaatcagttttttaccaatattttcacgtttttcatgaatccatatttttcccatcaataacagatgtaac
blockSeqs : CT G AA AATA A G CTTTTTG T G GGAGA A TA CA AAAAGTTGGTAGACTATGTTACTTGCTTTAT AT TTGG AAG G CATCATCAGT TAAATGTTA AAT AC TC C A C T AATACTAAAACAAGAAACTAACATTTTTACATATG AGTCCTA CAAAA AC . . G GTTAT GAAT CAATG AA GTCATTGCTGTTTTG A G CAA TA T CTAGTA A AG . ATTGTCTA TAC T C T CG A . CAAT A C GTAT A TACAA ACAAT A C A GATAT GACTTAA T A AC A T AAAAATT TA T T T .
blockSeqs : CC A TT TGA A . . . T . . . . TAGTTGTGAGAAAATATTCTTTATGGATTG . A . . . . . . T C C C . ACACCCACTGAAGACTTATATAAGTCCTAACA TCAGA . . . . . C . CAC AG . . . . . T ATTG . . . TCTGC GA . C C . . . . T . . . . A . G A GCTAT . T A AT T T GCAA .
blockSeqs : GT A AA AA A . . . G . . . . GCTTTATTGATTT . . . . . . . . C T T C . CACACAAACAAAAAAAAAACCTGGTTTTTA CTA . . . . . . . . . . . . . . T . . . . TATG A . T A . . . . G . . . . T . . A ATAT . T T . C A AA
blockSeqs : TT T AG AT G . . . A . . . . ATGCTTTATC . . . . . . . . T C C T . AATAACCAACATGGAACTGATTTAGTA CCA . . . . . . . . . . . . . . T . . . . TTTA G . A C . . . . G . . . . T . . A TAT . T .
blockSeqs : CT G AT AA A . . . G . . . . CGGTTGGTTG . . . . . . . . A C C C . CCCCCAAAAAAACAATTTATAATG AAG . . . . . . . . . . . . . . T . . . . TTTG A . A C . . . . T . . . . A . . A GTA . T
blockSeqs : CA A AT AA A . . . A . . . . AATATATT . . . . . . . . C C C A . TATTCCAAAGAACTGATTTTTATA CTA . . . . . . . . . . . . . . T . . . . TCTG A . T A . . . . T . . . . C . . G GTA . .
blockSeqs : CT A G A A . . . A . . . . AATGTTT . . . . . . . . A C A T . CCCAAGAACTTTTGTAAGTCA TTC . . . . . . . . . . . . . . T . . . . CTTG T . C T . . . . C . . . . A . . G GAT . .
blockSeqs : C . . G A . . . A . . . . AAAATTA . . . . . . . . C T C C . AATAAGAAACTGAGTTTTTAA CAA . . . . . . . . . . . . . . T . . . . TTTG G . T T . . . . T . . . . A . . A G
blockSeqs : . . . A . . . . T . . . . ATTT . . . . . . . . . . T . . AAAAACTGTCGTTTTTT CAG . . . . . . . . . . . . . . A . . . . TCTA A . C A . . . . T . . . . A . . .
blockSeqs : A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AATAACTGATTTGTT C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ACT A . C C . . . . T . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . AACTGATTTTGTA A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T A . . A . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqCons : C* C** ******** ********* ** GTAT*
originalCons : ACCTATGACTGCTATGATAAATCTATATACTTTGGAGTATGCCATANTTTACAATAACCGAAAATTATACCATG-A--ATAGACCA-TG-------GTATAATTTTCAT-GATCAGGTGATGCACTTTCCGCCAATCAAAATG-----AT-TGCTC--TTTT--AAAA------------A--------------AT--G-T-T----------T-----------G--GA----GAA---TA-T----------GGAT---------TC---AAGAAAA--A-CGTGAAAACACGGGTAAAA--CACA-CAAAAATA-CCAA--CAAGAAA-----CTG--A--T-----TT-TTA---A--TATA----CTA--A-----AGTGTAA--T--------A-GG-TTAAA-----ACA----GATA-----TAT--CATTGATATTCTC---------------GTGTTT-T-T---ATGTGT--AGCGTAAATTA------TAC-CATGG--TTTG---------GTGACATTCCTC----TCTG-CT-A-A-CCCCACTCGAC--TGC-GT--CTCGTGCAGTTAGGCAGA----GAGGAATGTCA-CCAAACCATG----GTATAATT-TACGC-----TACA----CAT-AA-AACACGAGAATATCAATG-TATATATAT-------CTATAACATACTACNTNTA--AA-----TTG--ATTATANCATGCCNGTATTTAAAA
finalCons : ACCTATGACTGCTATGATAAATCTATATACTTTGGAGTATGCCATANTTTACAATAACCGAAAATTATACCATG-A--ATAGACCA-TG-------GTATAATTTTCAT-GATCAGGTGATGCACTTTCCGCCAATCAAAATG-----AT-TGCTC--TTTT--AAAA------------A--------------AT--G-T-T----------T-----------G--GA----GAA---TA-T----------GGAT---------TC---AAGAAAA--AC-GTGAAAACACGGGTAAAAC--ACA-CAAAAATA-CCAA--CAAGAAA-----CTG--A--T-----TT-TTA---A--TATA----CTA--A-----AGTGTAA--T--------A-GG-TTAAA-----ACA----GATA-----TAT--CATTGATATTCTC---------------GTGTTT-T-T---ATGTGT--AGCGTAAATTA------TAC-CATGG--TTTG---------GTGACATTCCTC----TCTG-CT-A-A-CCCCACTCGAC--TGC-GT--CTCGTGCAGTTAGGCAGA----GAGGAATGTCA-CCAAACCATG----GTATAATT-TACGC-----TACA----CAT-AA-AACACGAGAATATCAATGTAT-ATATAT-------CTATAACATACTACNTNTA--AA-----TTG--ATTATANCATGCCNGTATTTAAAA
Alignments
lowQualScore : 11111 1111111 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 1111111111 111111111 11 555555555555555555555555555555555555555555555555555 11111111 11111 222222222222222 111111 111111111 11111 1111111 333333333 11 1 222
lowQualScore : 0 33 6 99 33333 8 3 0000000 3 4 99999 3 44 55 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 44 9999 555 3 3333333333 333333333 666 55 22 2 1 777 0 3 222222222222222222222222222222222222222222222222222 999999999 77777 0 33 00000000 3 3 99999 6666 22222 88 000000000000000 0 3 3 555 44 1 555555 3 44 222222222 777777777 666 3 2 3 33 2 33 6666 3 3 7777 0 3 88888 77777 3 7 0 1 0 77777 6666666 3 1 11 1 1 000000000 88 5 1 1 111
lowQualScore : . .. . .. ..... . . ....... . . ..... . .. .. .......................................................... .. .... ... . .......... ......... ... .. .. . . ... . . ................................................... ......... ..... . .. ........ . . ..... .... ..... .. ............... . . . ... .. . ...... . .. ......... ......... ... . . . .. . .. .... . . .... . . ..... ..... . . . . . ..... ....... . . .. . . ......... .. . . . ...
lowQualScore : 9 11 4 66 55555 6 1 0000000 3 1 11111 3 66 00 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 22 6666 444 1 5555555555 333333333 444 55 22 0 2 000 5 6 444444444444444444444444444444444444444444444444444 333333333 11111 6 99 44444444 1 1 33333 1111 11111 55 888888888888888 4 3 3 888 22 4 444444 1 22 333333333 333333333 444 1 6 3 77 7 77 1111 5 1 1111 4 3 33333 88888 6 3 9 3 8 22222 2222222 2 0 00 0 0 888888888 33 5 0 0 555
consensus : ACCTATGACTGCTATGATAAATCTATATACTTTGGAGTATGCCATANTTTACAATAACCGAAAATTATACCATG-A--ATAGACCA-TG-------GTATAATTTTCAT-GATCAGGTGATGCACTTTCCGCCAATCAAAATG-----AT-TGCTC--TTTT--AAAA------------A--------------AT--G-T-T----------T-----------G--GA----GAA---TA-T----------GGAT---------TC---AAGAAAA--A-CGTGAAAACACGGGTAAAA--CACA-CAAAAATA-CCAA--CAAGAAA-----CTG--A--T-----TT-TTA---A--TATA----CTA--A-----AGTGTAA--T--------A-GG-TTAAA-----ACA----GATA-----TAT--CATTGATATTCTC---------------GTGTTT-T-T---ATGTGT--AGCGTAAATTA------TAC-CATGG--TTTG---------GTGACATTCCTC----TCTG-CT-A-A-CCCCACTCGAC--TGC-GT--CTCGTGCAGTTAGGCAGA----GAGGAATGTCA-CCAAACCATG----GTATAATT-TACGC-----TACA----CAT-AA-AACACGAGAATATCAATG-TATATATAT-------CTATAACATACTACNTNTA--AA-----TTG--ATTATANCATGCCNGTATTTAAAA
Reference ( family-368 ) : ACCTATGACTGCTATGATAAATCTATATACTTTGGAGTATGCCATANTTTACAATAACCGAAAATTATACCATG-A--ATAGACCA-TG-------GTATAATTTTCAT-GATCAGGTGATGCACTTTCCGCCAATCAAAATG-----AT-TGCTC--TTTT--AAAA------------A--------------AT--G-T-T----------T-----------G--GA----GAA---TA-T----------GGAT---------TC---AAGAAAA--A-CGTGAAAACACGGGTAAAA--CACA-CAAAAATA-CCAA--CAAGAAA-----CTG--A--T-----TT-TTA---A--TATA----CTA--A-----AGTGTAA--T--------A-GG-TTAAA-----ACA----GATA-----TAT--CATTGATATTCTC---------------GTGTTT-T-T---ATGTGT--AGCGTAAATTA------TAC-CATGG--TTTG---------GTGACATTCCTC----TCTG-CT-A-A-CCCCACTCGAC--TGC-GT--CTCGTGCAGTTAGGCAGA----GAGGAATGTCA-CCAAACCATG----GTATAATT-TACGC-----TACA----CAT-AA-AACACGAGAATATCAATG-TATATATAT-------CTATAACATACTACNTNTA--AA-----TTG--ATTATANCATGCCNGTATTTAAAA
gi|1 : ACATGTATAAAAGGCAAA-AAAAAA-A-CCAA--CAGGGAA-----CTA--A--TAA---TT-TTACATA--CATA----CTA--A-----AGAATAA--TTATGGATTATGG-TTAAA-----ATA----GATA-----TAC--CATTGATATTCTT---------------GTGTCT-T-T---ATGTGT--GGCTTAAATAA------TAA-CATGG--TTTGTTCAAAGTTGCGACATTCCTT----GTGG-CT-A-A-CAATACTCGGC--TGC-ATACCTGGTACAGATAGGCAGA----GACAAATGTTA-ACAAACGATG----GTATAATT-TACAC-----TACA----CAT-AA-AAC-TG---ATATC-AT----TATATAT-------CTGTA
gi|1 : aaactaagacaataataatctaaactcattggttaatatatacgggtgctgtgtgaagaataactaagaACCTATGACAGCTATGATAAATCTACATATTTTGGAGTATGGTATAATTTACAATAACCCAAAATTATACCATA-A--AT-GACCA-TG-------GTGTGATTTTCAT-GATCAGGTGCTGCACCTTCagaaggtgcagcacctgatcatgaaaatcacaccatggtcatttatggtataattttgggttattgtaaattataccatactccaaaatatgtagatttatcatagctgtcataggtcaactccctgtaaacaagggcaataactcatacagtatttgagcaataccaaagcattgtagatacttaacaataatgtaaata
gi|10 : aaactaagacaataataatctaaactcattggttaatatatacgggtgctgtgtgaagaataactaagatacagatatataatgatatcagttttatgtgtagtgtaaattataccatcgtttgttaacatttgtctctgcctatctgtaccaggtatgcagccgagtattgttagccacaaggaatgtcgcaactttgaacaaaccatgttattatttaagccacacataaagacacaagaatatcaatggtatatctattttaaccataatccataattattctttagtatgtatgtaaaattattagttccctgttggttttttttttgccttttatacatgtaTAGACAT-TG-------GTATATTTTTTAT-GATCAGGTGATGTACTTAACACCAATCATATTT-----AT-TGCTA--ATTT--AAAG------------T--------------AA--G---T----------T-----------G--GA-----AA---CA-A----------GGAC---------Tcaactccctgtaaacaagggcaataactcatacagtatttgagcaataccaaagcattgtagatacttaacaataatgtaaata
gi|10 : atagtg--AGTGTAA-TTA------TACATGTGC--CCTG---------GTGACCTTCCTC----TATG-TA-A-A-CCCCACTTGAA--TGC-G---CTCGTGCAGTTATACAGG----GAGAAAAGTCA-CCAAACCATG----GCATGATT-TACGCTACAATACA----CAT-AA-AACACCAGAATATCAAC--TATATAT-C-------CTATGACtgaatatattagtcctaaccaaaagtgtaattatacatgtgccctggtgaccttcctctatgtaaaccccacttgaatgcgctcgtgcagttatacagggagaaaagtcaccaaaccatggcatgatttacgctacaatacacataaaacaccagaatatcaactatatatcctatgactcttgaatggccatactt
gi|11 : atagtgtagacattggtatattttttatgatcaggtgatgtacttaacaccaatcatatttattgctaatttaaagtaagttggaaacaaggacttgaatatattagtcctaaccaaaACCTGTAACTGCTATGACAAATC-----A--TTGGAATATGGTGTAATTTAAAATTACCAAACACTAAACTAAG-A--AT-GACCA-TG-------GTACAATATTTAT-TATCACGTGATGCACTTACCGTAAATCCAAAGC-----AT-TGCTC--TTTT--AAAA------------tcttgaatggccatactt
gi|11 : tgAAAATAACCAA--CATGGAA-----CTG--A--T-----TT---A---G--TATA----CTA--A-----AGTAT-A--T--------A-GG-TTAAA-----ACA----GGTT-----TAtaaccaacatggaactgatttagtatactaaagtatataggttaaaacaggtttaaaataatagataaagatttggttat
gi|12 : tgacctgtaactgctatgacaaatcattggaatatggtgtaatttaaaattaccaaacactaaactaagaatgaccatggtacaatatttattatcacgtgatgcacttaccgtaaatccaaagcattgctctttt-T-T----------A-----------G--GA----GTA---TA-T----------AGTT---------AT---AAGAAAA--A--GTGAAAACAAGTGTAAAA--CACA-CACACACA-CAAA--CAAAAAAAAAACCTG--G--T-----TT-T--------TATA----CCA--A-----A-TGTAA--T--------aaataatagataaagatttggttat
gi|12 : ----TTTA-CT-G-A-CCCCACTCGACCGTGC-AT--TTCGTGCAGTTAGGCAGA----GAGGAATGTAA-CCAAACCATG----GTATACTT-TACA------TA----------AA-AACACGAGAATATCAACG----GTACAT-------CTATAACtttactgaccccactcgaccgtgcatttcgtgcagttaggcagagaggaatgtaaccaaaccatggtatactttacataaaaacacgagaatatcaacggtacatctataacttttgcaacat
gi|13 : ttaggagtatatagttataagaaaaagtgaaaacaagtgtaaaacacacacacacacaaacaaaaaaaaaacctggtttttataccaaatgtaatACCA-TG-------GTATAATTTTCAT-GATCAGGGGATGCTCTTTCTTCCAATCAAAATG-----AT-TGCTC--TTTT--ACACGCTTT-------A--------------TT--GAT-T----------T-----------G--GA----GAA---TA-T----------GGAT---------TC---ttttgcaacat
gi|14 : catggtataatgactaaccataattgcccatggtataatgattgaccatggtataatgactaaccatgattgcccatggtataatgatttCCTATGGCTGCTATGATAAATTTATATACTTTGAAGTATGCCAT--------ATAATTGTAACTTATGTCATG-AATATAGACCAGTT-------GTATGA
gi|15 : tatttacatttagcaatgttctatgatgtaggtattgtttcattatttactgatttttactgaataaatagtttgATGACTGCAATGATAAACCTATATAC-----AGTGTTC-----TTTA--------GAAAATAAGACCATG-A---TAAACAA-TGCTTTTTGGTATAATGGTCAT-GCTCAGATGATGCCTTTTCCGCCAATCAAAATA-----GT-TGCTC---TTT--AAAA------------A--------------AT--A-TAT----------T-----------T--GA----GAA---TA-T----------Ga
gi|16 : ggtataT-TGCT-----TT--AAGA------------A--------------------T-T----------T-----------T--GA----GAA---TA-T----------GG-T---------TC---AAGAAAA--A-TGTGAAAACACAAGTAAAA--CACC-C--------CCCC--CAAAAAA-----ACA--A--T-----TT-ATA---A--TGTAAGTCCTA--ACAAAAAATGTAA--T--------A-GG-TTAAC-----ACA----GATA-----TAT--TATTGAAATTt
gi|17 : tA------TAC-CTTGGAGTTTT---------GTAATATTCCTC----ACT--CC-A-A-----ACTAGAC--TGC-GT--CTCGTGATGTTGGGTAAC----GCGGAA-GTCA-CCAAACCAGT----GTACAAGT-AAAGC-----GACT----TGT-AA-CACACGAGAACATCAATaaaa
gi|18 : AG-----ACA----GATA-----TAT--CATTGATATCCTC---------------GTGTTT-T-T---ATGCGT--AGCGTAAGTTA------TAC-CATGG--TTTG---------GTGACATTCTTC----TTTG-CT-A-A-CCCTTCTCGAC--TGC-GT--cat
gi|19 : tgctac-----ATA----GACA-----TGT--CATTGATATTCTT---------------ATGTTT-T-T---GTGTGT--AGCATAAAATA------TAC----AG----TG---------GTGACATTCCTC----TC
gi|2 : ttTGACTACTATGACAATTCTATATACCTTGAAGTATGCCATTTTTTACTCTAACCGAAAAGTATTCCATG-A--TT-GACCA-TG-------ATATACTTTTCAT-GATCAGGTGATCAACTTTCAACCAATCAAAATG-----AT-TGTTC--TTTT--AAAA------------AAAAGTTGGTAGACTAT--G-T-TACTTGCTTTAT-----------G--GATTGGGAAAAGTA-T----------GGAT---------TC---AATAAAA--A-CGTGAAACTATGGTTAAA---CGTA-CAAAA-CA-CCCA--CTGAAGA-----CTT--A--TATAAGTC-CTA---A--CAAA----AAG--A-----AGTGTAA--A--------A-GG-TAAAA-----ACA------TG-----TAC--TAT-GATATTATC---------------TTGTTT-------ACCTGT--TACGTAAATTACTAGTATAC-GATGG--TTTG---------ATGACATTCTTC----TCTG-CTTACA-CCCAACTCGAA--TGC-AT--CTCGCGCAGTTAGACAAA----GAGGAAGAACA-CCAAACCATC----GTATATTG-TATGC-----TTCT----TAT-AA-AA-AC---AATATCAATGATATATTTATGACTTAACTA-AACATACAAAATGTAC-AA-----TTG--AT
gi|20 : ttaatgacaacagtacat--TGC-GT--CTTGTACAAATAGACAAA----GAGGACGGTCA-CCAAACCACG----GAATAGTT-TACGC-----Taaatctacc
gi|3 : gACCCTTGACTGTTATTATAAATCTACATAGTTTATAGCAAGCCAT-GTTTGCAATAACCGTGGATAATACCATG-G---TGGACCG-TG-------GTATAGTTTTCATTGATCTGACGATGCTCTT----CTAAAGAAGCTGGGAGAATATGTTA--T------------------------------------AT--G-C-T----------TTATC-------GATGA----AAA---TA-A----------GGAT---------TC---AATAACA--ATCGTGAAAACACGGTTAGAA--T-CATCAAATATT-CCAA----AGAA------CTG--A--T-----TT-TTA------TACA----C----A-----AGTTTAA--T--------A-GA-TTAAA-----ACA----GATA-----TAT--CGTTGATATTCTC---------------GGATTT-TGT---ATGTGC--AGAGTCAATTA------TAT-TATGG--TTTG---------ATGGCATTCATC----CTTG-TT-T-A-CGCAATTAGAG--TGC-GT---------AGTTAGACAGA----GGAGATTGTCA-CAAAACCGTG----GTA-AACTATACGC-----TATA----CAT-TA-A
gi|4 : aagttatattttgcaataagttaACCTATGACTGTCATGATAAAACTAAATATTTAAGAATATGGCATAATTTACAATAACCGAAAAGTATATCATT-A--AT-GACCA-TG-------GTATAATTTTCAT-GATCTCGTGATACACTTTCCGCCATTCAAAACC-----AT-TGTTC--TTTT--AGAA------------A--------------AT--G-T-T----------T-----------G--GA----AAA---TA-T----------GGAT---------TT---ACGAAAA--A-T-TGAAAACACAGGTAAAA--CACA-CAAAAATA-CTAAAACAAGAAA-----CTA--ACAT-----TT-TTACATA--TGTA----CTA--A-----AGTGTGA--T--------T-TG-TTAAA-----ACT----GATA-----TAT--TATTAAAATTCTC---------------GTGTTT-T-T---ATGTGT--AGCGTAAATTA------TAC-CATAG--TTTT---------GTAACATGCTTC----TTTG-CT-G-A-CCCTACATGAC--TGC-GT--TTCGTGCAATTAGGCAGA----GAGGAATGTCACCCAAACTATG----GTGTGATT-GATGC-----TACC----CAT-AA-AACACGAGATTA-CGATA-TATATATAT-------CTATAACATACTGCATTTAGCAA-----TTG--ATTA-AGCATACCGGTATTTAAAAtaaatcttgctgtactacgtaggctcggtatatattaagtaaaatcattgtatgtgtatgcatctataacatatttgcaaatcttacattaatta
gi|5 : CAATAAA-GTAAATTATACCGC--A--ATAGACCA-TG-------GTATACTTTTCAT-GATTAGGTGATGTATTTTCCACCAATCAAAATG-----AT-T-CAC--TTTT--AAAATAGTTGTGAGAAA--------------AT--A-T-T----------CTTTATGGATTGG--GA----GAA---TA-TCATCATCAGTGGAT---------TC---AAGAAAT--A--GTGAAAACACGGGTAAAA--AA-A-CAAA-----CC----CAAGAA------CT------T-----TT-GTA---AGTCATA----TCAGAA-----AGTGTAA--T--------A-GG-TTAAA-----ACA----GATACAC--TATAACGTTGATATTCAT---------------ATGTTT-T-T---ATGTGT--AGCGTAAAC---------AC-CATGG--TTTG---------GTGACATTCCTC----TCTA-CT-A-T-TCCCACTTGGC--TGT-GA--CCTGTGTAGTCTGACAGA----GAG----GTCA-CCAAACCATG----GTATAATG-TACAC-----TACACAATCAT-AACAACATGAG-ATATCA--G-TA-ATATAT-------CTATAACATA
gi|6 : atgattctcatatgaaaggacatacagattcatatggttctcttCCATGGCTGTTATGACAAATCTATATACTTTGATATATGCCATAGTTTACAATAACCGAAAATTATAGCATG----ATAGACAA-TT-------GTATAATGTTTTT-GCTCAAGTGATGTACTTTCCACCAATCAAAATG-----AT-TTCTC--TTTTCAAAAA------------A--------------AA--A-T-T----------A-----------G--GA----GAA---TAGT----------GGAT---------TCAATAAAAAAA--A-AGTGAAAACTAGGGTTAA----ACA-CAAAAAT-------------AA-----CTG--A--T-----TTGTT---------TA----TTC--A----------AA--T--------A-GG-TTAAA-----Atgagatgcgtg
gi|6 : tA--A-----AGTGAAAACT--------A-GGGTTAAAC----ACA----AAAA-----TA----ACTGAT----T-----------------TGTTTAT-TCAAATAGGTTAAAATTAAATTAATTG--TAC-CA-GG--TTTG---------GTGACATTCCTC----T-------------------------GC-GT--ATTGTGCTTTTAGGCAGA----TAAGAACGTCA-CCAATTCATGGTATGTATAATT-AACGC-----TGAA----CATAAA-AACACGAGGATATCA--G-TA-ATATAT-------CTA-AA---ATTACTTTTA--AAAAATTTTGTAGTTATATCATGCCTG---TTAAAAttaaattaattgtaccaggtttggtgacattcctctgcgtattgtgcttttaggcagataagaacgtcaccaattcatggtatgtataattaacgctgaacataaaaacacgaggatatcagtaatatatctaaaattacttttaaaaaattttgtagttatatcatgcctgttaaaatcacgcctttggtatctatgttttttatgtattt
gi|7 : tccatggctgttatgacaaatctatatactttgatatatgccatagtttacaataaccgaaaattatagcatgatagacaattgtataatgtttttgctcaagtgatgtactttccaccaatcaaaatgatttctcttttcaaaaaaaaattaggagaatagtggattcaataaaaaaATTGCCATGAT----TTATCTGCATTGAAGTATGCCATATTTTACAATAACCTAAA-TTATACCACG-A---TAGACAA-TG-------GCATAATGTTTAT-AATCACGTGATGCACTTTCCACCAATCAATATG-----TT-TGCTCTATTTT--AAAAC-----------G--------------GTTGG-T-T----------G-----------G--GA----GAA---TA-T----------GGATTAAATGTTATA---AAGAAAAACA-CACGAAAA-GCGGGTTAAA--TACA-CAAAAAT---------AAGAAA-----CTG--AG-T-----TT-TTA---A------------A--A-----AA---AA--T--------A-TT-TTAAA-----ACAGAATGATG-----TAT--CATTGATGTTCTCGTCATTGCTGTTTTGGTGCTT-T-T---ATATAT--AGCGTATATTA------TAC-CATGG--CTTG---------TTGGTATTCCT----------CT-A-ATCCTTACTAGAC--TGT-GT--TTCTTGCAGTTAGATAGA----GAGGAATATCA-CCAAACCAtcacgcctttggtatctatgttttttatgtattt
gi|8 : ttttattcattatgtacgattgtttagtagaatggaatttacACCTATCACTGCCATGATAA--CTATATACTTTG---TATGCCATATTTTACAATAACCAAAAGTGATACCATATG--ATAGGCCA-AG-------GTTCAGTTGTAGT-GGTCAGGTGATGCAATTTCCTCTAATCAAAATG-----AT-TGTTC--TTTatcatcaaaccatg
gi|8 : gtacgctgtgtaataaacttcggta-T----------T-----------G--GAA---GAA---TA-T----------GGAA---------TC---AAGAAAA--A-AGTGTAAA---GGGTAAAA--CACA-AAAAAA-------------AAA-----CTGTCG--T-----TT-TT-------T-TA----CAA--A-----TGTGTAT--T--------A-GG-TTAAA-----ACA----TATA-----CAG--CGTTGATATGTTT---------------GTA-TT-T-T---ATGTGT--AGCGccaccaattgcacgtttcttcaatcaaaatgataactcttttcaaagaaaagtttgggagaacttgcatgttaaatgattcatcgattggaagaatatggaatcaagaaaaaagtgtaaagggtaaaacacaaaaaaaaaactgtcgtttttttacaaatgtgtattaggttaaaacatatacagcgttgatatgtttgtattttatgtgtagcgaacgatggctggcgtgacgcgtctcgtgcagttaggcagaaa
gi|8 : gtacgctgtgtaataaacttcggtaacctatcactgccatgataactatatactttgtatgccatattttacaataaccaaaagtgataccatatgataggccaaggttcagttgtagtggtcaggtgatgcaatttcctctaatcaaaatgattgttctttccaccaattgcacgtttcttcaatcaaaatgataactcttttcaaagaaaagtttgggagaacttgcatgttaaatgattcatcgaGAC---GC-GT--CTCGTGCAGTTAGGCAGA----AAaacgatggctggcgtgacgcgtctcgtgcagttaggcagaaa
gi|9 : gtacgctgtgtaataaacttcggtaacctatcactgccatgataactatatactttgtatgccatattttacaataaccaaaagtgataccatatgataggccaaggttcagttgtagtggtcaggtgatgcaatttcctctaatcaaaatgattgttctttccaccaattgcacgtttcttcaatcaaaatgataactcttttcaaagaaaagtttgggagaacttgcatgttaaatgattcatcgattggaagaatatggaatcaagaaaaaagtgtaaagggtaaaacacaaaaaaaaaactgtcgtttttttacaaatgtgtattaggttaaaacatatacagcgttgatatgtttgtattttatgtgtagcgaacgatggctggcgtTA--C-----AGTAAAA--A--------A-GG-CTTAA-----ACT----GATACAATGTATAGCATTGATTTTCAC---------------GAGTCC-T-T---GTATGT--AGCGTAAGTAA-------AC-CATGG--TTTA---------GTGTCATTCCTCATTGTCTA-CTGA-A-CCCCACCCGAC--TGC-GT--CTCGTGCAGTTAGGCAGA----AAGGAATGTCA-CAAAACAATA----GTG-----------------ACA----CAT-TA-AACATGAGGATATCAATG--ATATATAT-------ATATAACTT--TACCTATA--AA-----
gi|9 : a-----------G--AA----AAA---TA-T----------GGAT---------TC---ATGAAAA--A-CGTGAAAATATTGGTAAAA---------------------------AA-----CTG--A--T-----TT-T-----G--TATA----CAG--A-----AGTTTTA--T--------A-GG-T-AAAGTTATATA----TATA-----TAT--CATTGATATCCTC---------------ATG-TT-T-A---ATGTGT-------------------CAC-TATTG--TTTT---------GTGACATTCCTT----TCTGCCT-A-A-CTGCACGAGAC---GCAGT--CGGGTGGGGTTCAGTAGACAATGAGGAATGACA-CTAAACCATG----GT-TTACT-TACGC-----TACA----TAC-AAGGACTCGTGAAAATCAATGCTATACATacttctgtatacaaaatcagttttttaccaatattttcacgtttttcatgaatccatatttttcccatcaataacagatgtaac