lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1 2 11111111 111 333333333333 22222222222 44444444 222222 2222 1111111 777777777777777777777 1 111111111 666666666666666 11 77777777777777777777777777777777 22
lowQualScore : 0 5 2 0 6666 3 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 4 4 5 66 5 88888888 3 0 444 1 999999 666666666666 55 11111111111 0 00000000 6 000000 8888 3333333 444444444444444444444 55 9 666 3 3 7 3 88888 333333333 99999 4 111111111111111 2 9 2 4 6 33 66666666666666666666666666666666 11 6
lowQualScore : . . . . .... . ....................................................................... . . . .. . ........ . . ... . ...... ............ .. ........... . ........ . ...... .... ....... ..................... .. . ... . . . . ..... ......... ..... . ............... . . . . . .. ................................ .. .
lowQualScore : 3 1 9 7 1111 6 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 3 0 6 99 0 11111111 2 8 444 5 666666 555555555555 00 22222222222 5 11111111 0 999999 0000 0000000 555555555555555555555 55 3 444 6 6 3 0 33333 333333333 33333 9 222222222222222 0 0 0 0 0 88 77777777777777777777777777777777 00 0
consensus : TCGTCCCAATACATAGGTTAAATACGG-TAATGTTGGTAT----GTCTATGCACCGTAT----NANNNNNNCGTNTTTNNNANAANNTNCNNTTTTTNANCNNCCCNANANNTAGGGTGAATACGGTA--TAGTTTCGTCACAATACAAAAGAAAAC--ATA-AA--------AAAACTATGTTAAATTAATCATACCGCAATTAGGTAGGTACA------GTAC-----A-----TTAAA--T--AA-TA----AAAAAT-CAA---CCAAACC------CATGTT--CGTG-------TTGT---------G-----------CCGTTG--TTTTTT---AATCC-A-TT-GAAACAA-----ACAAT---------AACC----GTTTGTTTTTTAATTACATAAATATAAA-AAACACC--TAATCTGTAAATTGTATTGTNATTTC--TCTA--------AAC--ACTTTA----CG-------ATGTAGCGTGCCCACGT
Reference ( gi|2 ) : TCGTCCCAATACATAGGTTAAATATTG-TAATGTTGGTAT----GTCTATGCACCATAT---TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--TAGTTTCATCACACTACAAATGAAAAC--ATA-AA--------AAAACTATGTTAAATTAATCATACCACGATTAGGTAGGTACA------GTA------A-----TTAAA--T--AA-TA----AAAAAT--AA----CAGACC------CATG----CATG-------TTGT---------G-----------CTGTTG--TATTTT---AATCC-A-TT-GAAACAA-----ACAAT---------AACT----GTTTGTTTTTTAATTATATAAATATAAAGAAACAAC--TATTCCGTAAATTTTGTTGTTATCTC--TCTA--------AAC--ACTTTA----CA-------ATGTAGCGTGTGCGCGT
gi|5 : TTGTCCCAAAACATGAGTTGAATACAG-TAATGTTGGTAT----GTCTATGCACCATATA--CAGTATCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--TAGTTTCGTCACAATACAAA--AAAAC--CCATAA--------AAAACTATGTTTAATTAATCATACCGCAATTAGGTATGTACA------GTACCGGTAA-----TTAAA--TTTAA--A----AAAAAT--AA----CAAACC------CATG----CATG-------TTGT---------G-----------CTGTTG--TTTTTTTTTAATCC-A-TT-GAAACAA-----ACAAT---------AACT----GTTGGTATTTTAATTA
gi|7 : TCATCCCAAAACATAAGTTAAATACAG-TAATGTTGGTAT----ATCTATGCACAGTAT------------CGTATTTTTTAAAAATTACTATTTTTAAACTGTCCCAAAAATAGGGTAAATACAGTA--TAGTTTCGTCACAATACAAA-------------AG--------AAAACTATGTTAAATGAATCATACCACAATTAGATAGGTACA------GTACTGGTAA-----TTAAA--T-----TA----AAAAAC--AAAA--CAAACC------CATG----CGTG-------TTGT---------G-----------CTGTTG--ATTTTT---AATCC-A-TT-GAAACAA-----ACAAT---------AACT----GTTTGTTTTTTAATTA
gi|6 : TCGTCCCAAAACAGAGGTTAAACATGG-TAATGTTGGTAT----GTCTATGCAACGTAT---ACACTGTATCGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--TGGTTTTGTCAAAATACAAAAGAAAAC--ATA-GA--------AAA-CTATGTTAAATTAATCATACCGCAATTAGGTAGGTACA------GTACT----AGTAACTTAAT--T--AA-AA----AAAAAA--AA----AAAACC------CATG----CGTG-------TTGT---------G-----------CTGTTG--TTTTTT---A---------------AA-----ACAAT---------AACA----GTTTGTTTTTTAAT
gi|12 : TCATCCCAATACATAGGTTAAATATGG-TAATTTTGGTAT----TTCTATGCACCGTAT---ACAGTAGCATATTTTTAGAATAACATTTATTTTTTTACTGTCCCAATACTTAGGATGAATATGGTA--TAGTTTCGTCAGAATACAAAAGAAAAC--CTT-AA--------AAAATTATGTTAAACTAACCATACTGCAATTAGATAGGTACA------G
gi|11 : TCGTCCAATTACATAGGTTAAATATAG-TTATTTTGGTAT----GTTAATGCACCGTAA---TCAGTATCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAGTTTCATCACAATACAAAAGAAAAC--ATA-AA--------AATACTATGTTAAACGAATCATAACGCAATAAGTTAGGT
gi|19 : TCGTCCCAAAACATAGGTTAAATATGG-TAATGTTGGTAT----GTCTATGCACCGTAT---ct
gi|16 : TCATCCCACTACATAGGTTAAATATGG-TGATGTTGGTAT----GTATGTGCACCGTAT-----ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--TAGTTTCGTCACATTACAacggtatcgt
gi|20 : TCGTCCCAATGCACAGGTTAAATACGG-TAATGTTGGTAT----GTCTATGCACTGTAT---
gi|23 : TCGTTCCAATACATAGATTAAATATGG-TAATTTTGGTAT----GCCTATGCACCTTAT---acaat
gi|24 : CGTCCAAATACATAGGTTAAATACGG-TAAATTTTGTAT----GTCTATGCACCATAT---acagt
gi|4 : GTCCCAAAACATGGGTTGAATACAG-TAATGTTGGTAT----GTCTATGCACCATAT----ACAGTATCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--TAGTTTCGTAACAATACAAA-AAAAACCCATA-AAAAACATAAAAAACTATGTTTAATTAATCATACCGCAATTAGGTATGTACAGTACCGGTA------A-----TTAAATTT--AA--A----AAAAAT--AA----CAAACC------CATG----CATG-------TTGT---------G-----------CTGTTGTTTTTTTT---AATCC-A-TT-GAAACAA-----ACAAT---------AACT----GTTGGTTTTTTAATTAacagt
gi|21 : GTCCCAGTATATAGGTTAAATACAG-TAATTTTGGTAT----GTCTATGCACCGTAT---
gi|3 : tTCCCAATACATAGGGTGAATACGG-TAATTTTGGTAT----TTCTATGTTCCGTAT---ataaag
gi|1 : CAATACATAGGTTAAAT-TCGATAATGTTGGTATACATGTCTATGCCCCGTATACAGAATAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--TAGTTTCGTCACAATACAAAAGAAATC--ATA-AA--------AAAACGATGTTAAACTAATCATACCGCAATTAGGTAGGTAGA------GTA------A-----TTAAA--T--AA-TAATAGAAAAAT--AA----CAAATC------CATG----CGTG-------TTGT---------G-----------CTGTTG--T-TTTT---AATCC-A-TT-GAAACGA-----ACAAT---------AACT----GTTTGTTTTTGAATTATATAAATATAAA-AAACAAC--TAATCTGTAAATTGTGTTGTTATTTC--agatagcggtaagcgtacttttaatgtagcattcaataaaatatcacagatataactacaaacagttacatagcaattaggtatgtacactaattacataaataaataattcaattaccaaatctacgttcgtgttttcatttgttttctttaatccattgttttttaatccaattgacacaaaccataatcgtttgttttcaatttgtataaatacaaaacacccttatccgtaaattgtattgtaatttccttttatactttgcaaaacttcagtctcgatgtagcgtgcccacgtgc
gi|13 : tatTTTCGTCACAATACAAAAGAAAAC--ATA-AA--------AAG-CTATGTTTAATTAATCATACCGCAATTAGGCAGGTACA------GTACCGGTAA-----TTAAA--TT-AA-AA----AAAAAT--AA----CAAACC------CATG----CATG-------TTGT---------G-----------CTGTTG--TTTTTT---AAACC-A-TT-GAAACAA-----ACAAT---------AAC------TTTGTTTTTTAATTcaacatcattaaattttgcactatttctacagg
gi|17 : aAATTATACAGCAATTAGGTAGGTGCA------GTA------A-----TTAAA--T--AATTT----GAAAAT--AC----CAAACC------
gi|3 : ttacagtatttctatgcactgtaatataatatagtatcatactattcaacaataaattttagatacaaccacaaacCATAGCA--ATTAGGTATGTACA------CTA------A-----TTACA--T--AAATA----AATAATTCAATTACCAAATC------TACGTT--CGTG-------TTTTCATTT----GTTTTCTTTAATCCATTG--TTTTTT---AATCC-AATT-GACACAA-----ACCAT---------AATC----GTTTGTTTTCAATTTGTATAAATACA---AAACACCCTTA-TCCGTAAATTGTATTGTAATTTCCTTTTATACTTTGCAAA--ACTTCAGTCTCG-------ATGTAGCGTGCCCACGTt
gi|8 : tcccaatacatagggtgaatacggtaattttggtatttctatgttccgtatagatagcggtaagcgtacttttaatgtagcattcaataaaatatcacagatataactacaaacagttaCATAGCA--ATTAGGTATGTACA------CTA------A-----TTACA--TA-AA-TA----AATAATTCAATTACCAAACC------TACGTT--CGTGTTTTCATTTGTTTTCTTTAAT-----------CCATTG--TTTTTT---AATCCAA-TT-GACACAA-----ACCAT---------AATC----GTTTGTTTTgc
gi|10 : tcggtatttctatgttccgtatagatagcggtaagcgtacttttaatgtagcattcaataaaatatcacagatataactacaaacagttaCATAGCA--ATTAGGTATGTACA------CTA------A-----TTACA--T--AAATA----AATAATTCAATTACCAAACCTTCGTTCGTGTTTTCAT--------TTGT---------TTTCTTTAAT--CCATTG--TTTTTT---AATCC-A-TTTGACACAA-----ACCAT---------AATC----GTTTGTTTTcaat
gi|9 : tcggtaattctatgttccgtatagatagcggtaagcgtacttttaatgtagcattcaataaaatatcacagatataactacaaacagttaCATAGCA--ATTAGGTATGTACA------CTA------A-----TTACA--T--AAATA----AATAATTCAATTACCAAACCTTCGTTCGTGTTTTCAT--------TTGT---------TTTCTTTAAT--CCATTG--TTTTTT---AATCC-A-TTTGACACAA-----ACCAT---------AATC----GTTTGTTTTcaat
gi|14 : tcggtaattctatgttccgtatagatagcggtaagcgtacttttaatgtagcattcaataaaatatcacagatataactacaaacagttaTTTT---AATCA-A-AT-GACACAA-----ACAATGCCTTCGATAAGT----GTTTGTTTTA-AATTACATGAACATAAAA------------TCTGTAAATTGTATTGTAATTTC--TCCA--------AACAAAAATTA----CAAGTCTCCATGTAGCATGcaat
gi|15 : tttgttacaattgatttaataatgtctatttAAACAATTCCTACAAT---------AACTTTCCATTTGTTTTTAAATTACATAAATATAAA--AATACC--TAATCTGTAAATTTTATTGATATTTC--TCTT--------AAC--ACTTTG----CA-------Acctacaca
3 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): TGTTACATAAATATAAAAATCCCTAATCCGTTCATTGTAATTATTATTTCTCCAAACACCATGCAAAATTACACGTATCCATGTAGCTTGCCCACA
Unaligned ( gi|22 ): TTGTAATGTTATTTCTCAAACACTTTGCAAAATTATAAGTCTGGATGTAGCTTACCTAC
Unaligned ( gi|25 ): TATTATTTAAAAAATAATTATTTTTTTTACTG
Alignments
lowQualScore : 444444444444 1111111111 555555 11 11 44444444444 22 66666666666666666666666666666666 111 1 111111111 11 22222222 555555555555555555555555
lowQualScore : 5555 2 777777777777 1 44444444444444 1 33333 1 1 22 0 0 11 99 4 7777777777 0 4 666 0 66 0 555555 88888 22 6 33 7777 6 44444444444 88 77777777777777777777777777777777 0 000 3 0 2 77777 222222222 99999 3 6 3 33 5 1 77 4 44444444 99 555555555555555555555555 0
lowQualScore : .... . ............ . .............. . ..... . . .. . . .. .. . .......... . . ... . .. . ...... ..... .. . .. .... . ........... .. ................................ . ... . . . ..... ......... ..... . . . .. . . .. . ........ .. ........................ .
lowQualScore : 7777 7 444444444444 0 44444444444444 0 77777 0 0 00 3 3 88 55 0 5555555555 9 0 333 7 11 7 888888 33333 55 7 55 1111 7 00000000000 55 55555555555555555555555555555555 2 444 3 0 1 77777 333333333 77777 5 7 2 88 7 0 99 2 22222222 22 555555555555555555555555 2
consensus : TCGTCCCAATACATAGGTTAAATACGGTAATGTTGGTAT----GTCTATGCACCGTA-TAC---ANNNNNNCGTNTTTNNNANAANNTNCNNTTTTTNANCNNCCCNANANNTAGGGTGAATATAGTA--TAGTTTCGTCACAATACAA-AAGAAA----------ACATAAA-AAAACTATGTTAAATTAATCATACCGCAATTAGGTAGGTACAGTAC-----A-----TTAAA--T-AA-TAA----A-AAAT--A---A---CCAAACCCACG--CGTG-------TTGT---------G-----------CCGTTG---TTTTTTAATCC-A-TTGAAACAA-----ACAAT---------AAC----CGTTTGTTTTTTAATTACATAAATATAAA-AAACACCTAATCCGTAAATTGT-ATTGTTATTTC--TCTA--------AAC--ACT--------TTA----CA-------ATGTAGCGTGCCCACGT
Reference ( family-364 ) : TCGTCCCAATACATAGGTTAAATACGGTAATGTTGGTAT----GTCTATGCACCGTA-TN----ANNNNNNCGTNTTTNNNANAANNTNCNNTTTTTNANCNNCCCNANANNTAGGGTGAATACGGTA--TAGTTTCGTCACAATACAA-AAGAAA----------ACATAAA-AAAACTATGTTAAATTAATCATACCGCAATTAGGTAGGTACAGTAC-----A-----TTAAA--T-AA-TAA----A-AAAT-CA---A---CCAAACCCATGTTCGTG-------TTGT---------G-----------CCGTTG---TTTTTTAATCC-A-TTGAAACAA-----ACAAT---------AAC----CGTTTGTTTTTTAATTACATAAATATAAA-AAACACCTAATCTGTAAATTGT-ATTGTNATTTC--TCTA--------AAC--ACT--------TTA----CG-------ATGTAGCGTGCCCACGT
gi|1 : CAATACATAGGTTAAATTCGATAATGTTGGTATACATGTCTATGCCCCGTA-TACAGAATAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--TAGTTTCGTCACAATACAA-AAGAAA----------TCATAAA-AAAACGATGTTAAACTAATCATACCGCAATTAGGTAGGTAGAGTA------A-----TTAAA--T-AA-TAATAGAA-AAAT--A---A---C-AAATCCATG--CGTG-------TTGT---------G-----------CTGTTG---TTTT-TAATCC-A-TTGAAACGA-----ACAAT---------AAC----TGTTTGTTTTTGAATTATATAAATATAAA-AAACAACTAATCTGTAAATTGT-GTTGTTATTTC--
gi|10 : tatCATA--GCAATTAGGTATGTACACTA------A-----TTACA--TAAA-TAA----ATAATT-CAATTA---CCAAACCTTCGTTCGTGTTTTCATTTGTTTTCTTTAAT-----------CCATTG---TTTTTTAATCC-ATTTGACACAA-----ACCAT---------AAT----CGTTTGTTTTcaacatcattaaattttgcactatttctacagg
gi|11 : tcggtaattctatgttccgtatagatagcggtaagcgtacttttaatgtagcattcaataaaatatcacagatataactacaaacagttaTCGTCCAATTACATAGGTTAAATATAGTTATTTTGGTAT----GTTAATGCACCGTAATC----AGTATCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAGTTTCATCACAATACAA-AAGAAA----------ACATAAA-AATACTATGTTAAACGAATCATAACGCAATAAGTTAGGTcaat
gi|12 : TCATCCCAATACATAGGTTAAATATGGTAATTTTGGTAT----TTCTATGCACCGTA-TAC---AGTAGCATATTTTTAGAATAACATTTATTTTTTTACTGTCCCAATACTTAGGATGAATATGGTA--TAGTTTCGTCAGAATACAA-AAGAAA----------ACCTTAA-AAAATTATGTTAAACTAACCATACTGCAATTAGATAGGTACAGct
gi|13 : TTTCGTCACAATACAA-AAGAAA----------ACATAAA-AAG-CTATGTTTAATTAATCATACCGCAATTAGGCAGGTACAGTACCGGTAA-----TTAAAT-T-AA-AAA----A-AAAT--A---A----CAAACCCATG--CATG-------TTGT---------G-----------CTGTTG---TTTTTTAAACC-A-TTGAAACAA-----ACAAT---------AAC------TTTGTTTTTTAATT
gi|14 : a---TTTTTTAATCA-A-ATGACACAA-----ACAATGCCTTCGATAAG----TGTTTGTTTTA-AATTACATGAACATAAA-A---------TCTGTAAATTGT-ATTGTAATTTC--TCCA--------AACAAAAA--------TTA----CAAGTCTCCATGTAGCATGCCTAC
gi|15 : tttgttacaattgatttaataatgtctatAAACAATTCCTACAAT---------AACTTTCCATTTGTTTTTAAATTACATAAATAT-AA-AAATACCTAATCTGTAAATTTT-ATTGATATTTC--TCTT--------AAC--ACT--------TTG----CA-------aca
gi|16 : tgacacTCATCCCACTACATAGGTTAAATATGGTGATGTTGGTAT----GTATGTGCACCGTA-T-----ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--TAGTTTCGTCACATTACAaattacaagtgacaatgaagcctatatgct
gi|17 : AATATAATA--TAGTATCAT-ACTATTCAACAATAAA----------TTTTAGATACAACCAC---AAAC-AATTATACAGCAATTAGGTAGGTGCAGTA------A-----TTAAA--T-AATTTG----A-AAAT------A---CCAAACC
gi|18 : ttacagtatttctatgcactgtTTACATAAATATAAA-AATC-CCTAATCCGTTCATTGTAATTATTATTTC--TCCA--------AAC--ACCATGCAAAATTA----CACGTATCCATGTAGCTTGCCCACt
gi|19 : tgTCGTCCCAAAACATAGGTTAAATATGGTAATGTTGGTAT----GTCTATGCACCGTA-T-----ACGGTATCGTa
gi|2 : TCGTCCCAATACATAGGTTAAATATTGTAATGTTGGTAT----GTCTATGCACCATA-TT----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-TAGTTTCATCACACTACAA-ATGAAA----------ACATAAA-AAAACTATGTTAAATTAATCATACCACGATTAGGTAGGTACAGTA------A-----TTAAA--T-AA-TAA----A-AAAT--A---A----CAGACCCATG--CATG-------TTGT---------G-----------CTGTTG---TATTTTAATCC-A-TTGAAACAA-----ACAAT---------AAC----TGTTTGTTTTTTAATTATATAAATATAAAGAAACAACTATTCCGTAAATTTT-GTTGTTATCTC--TCTA--------AAC--ACT--------TTA----CA-------ATGTAGCGTGTGCGCGT
gi|20 : TCGTCCCAATGCACAGGTTAAATACGGTAATGTTGGTAT----GTCTATGCACTGTA-T
gi|21 : GTCCCAGTATATAGGTTAAATACAGTAATTTTGGTAT----GTCTATGCACCGTA-Tacaat
gi|22 : tTTGT-AATGTTATTTC--TC-A--------AAC--ACT--------TTG----CA-------ataaag
gi|23 : TCGTTCCAATACATAGATTAAATATGGTAATTTTGGTAT----GCCTATGCACCTTA-Taattataagtctggatgtagcttacctac
gi|24 : CGTCCAAATACATAGGTTAAATACGGTAAATTTTGTAT----GTCTATGCACCATA-Tacagt
gi|3 : TCCCAATACATAGGGTGAATACGGTAATTTTGGTAT----TTCTATGTTCCGTA-Tacagt
gi|3 : CATA--GCAATTAGGTATGTACACTA------A-----TTACA--T-AAATAA----A-TAATTCA---ATTACCAAATCTACGTTCGTG-------TTTTCATTT----GTTTTCTTTAATCCATTG---TTTTTTAATCC-AATTGACACAA-----ACCAT---------AAT----CGTTTGTTTTCAATTTGTATAAATACAAA-ACAC-CCTTATCCGTAAATTGT-ATTGTAATTTCCTTTTATACTTTGCAAA--ACT--------TCAGTCTCG-------ATGTAGCGTGCCCACGTagatagcggtaagcgtacttttaatgtagcattcaataaaatatcacagatataactacaaacagttacatagcaattaggtatgtacactaattacataaataaataattcaattaccaaatctacgttcgtgttttcatttgttttctttaatccattgttttttaatccaattgacacaaaccataatcgtttgttttcaatttgtataaatacaaaacacccttatccgtaaattgtattgtaatttccttttatactttgcaaaacttcagtctcgatgtagcgtgcccacgtgc
gi|4 : tcccaatacatagggtgaatacggtaattttggtatttctatgttccgtatagatagcggtaagcgtacttttaatgtagcattcaataaaatatcacagatataactacaaacagttaGTCCCAAAACATGGGTTGAATACAGTAATGTTGGTAT----GTCTATGCACCATA-TA----CAGTATCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--TAGTTTCGTAACAATACAA-AAAAAACCCATAAAAAACATAAA-A-AACTATGTTTAATTAATCATACCGCAATTAGGTATGTACAGTACCGGTAA-----TTAAATTT-AA--AA----A-AAAT--A---A----CAAACCCATG--CATG-------TTGT---------G-----------CTGTTGTT-TTTTTTAATCC-A-TTGAAACAA-----ACAAT---------AAC----TGTTGGTTTTTTAATTAgc
gi|5 : TTGTCCCAAAACATGAGTTGAATACAGTAATGTTGGTAT----GTCTATGCACCATA-TACA--GTATCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--TAGTTTCGTCACAATACAA-AAAAAC----------CCATAAA-A-AACTATGTTTAATTAATCATACCGCAATTAGGTATGTACAGTACCGGTAA-----TTAAATTT-AA--AA----A-AAAT--A---A----CAAACCCATG--CATG-------TTGT---------G-----------CTGTTGTTTTTTTTTAATCC-A-TTGAAACAA-----ACAAT---------AAC----TGTTGGTATTTTAATTA
gi|6 : TCGTCCCAAAACAGAGGTTAAACATGGTAATGTTGGTAT----GTCTATGCAACGTA-TAC---ACTGTATCGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--TGGTTTTGTCAAAATACAA-AAGAAA----------ACATAGA-AAA-CTATGTTAAATTAATCATACCGCAATTAGGTAGGTACAGTACT----AGTAACTTAAT--T-AA-AAA----A-AAA---A---A---AAAAACCCATG--CGTG-------TTGT---------G-----------CTGTTG---TTTTTTA--------------AA-----ACAAT---------AAC----AGTTTGTTTTTTAAT
gi|7 : TCATCCCAAAACATAAGTTAAATACAGTAATGTTGGTAT----ATCTATGCACAGTA-T------------CGTATTTTTTAAAAATTACTATTTTTAAACTGTCCCAAAAATAGGGTAAATACAGTA--TAGTTTCGTCACAATACAA-AAGAAA----------AC-----------TATGTTAAATGAATCATACCACAATTAGATAGGTACAGTACTGGTAA-----TTAAA--T----TAA----A-AAAC-AA---A---ACAAACCCATG--CGTG-------TTGT---------G-----------CTGTTG---ATTTTTAATCC-A-TTGAAACAA-----ACAAT---------AAC----TGTTTGTTTTTTAATTA
gi|8 : CATA--GCAATTAGGTATGTACACTA------A-----TTACA--T-AAATAA----A-TAATTCA---ATTACCAAACCTACGTTCGTGTTTTCATTTGTTTTCTTTAAT-----------CCATTG---TTTTTTAATCCAA-TTGACACAA-----ACCAT---------AAT----CGTTTGTTTT
gi|9 : tcggtatttctatgttccgtatagatagcggtaagcgtacttttaatgtagcattcaataaaatatcacagatataactacaaacagttaCATA--GCAATTAGGTATGTACACTA------A-----TTACA--TAAA-TAA----ATAATT-CAATTA---CCAAACCTTCGTTCGTGTTTTCATTTGTTTTCTTTAAT-----------CCATTG---TTTTTTAATCC-ATTTGACACAA-----ACCAT---------AAT----CGTTTGTTTTcaat
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|25 ): TATTATTTAAAAAATAATTATTTTTTTTACTG
Alignments
lowQualScore : 111111 1111 1111111111 555555 2222222222222222222 1111111111 22 66666666666666666666666666666666 1 111111111 22222 22222222 444444444444444444444444
lowQualScore : 5555 1 555555 1 44444444444444 1 33333 1 1 22 0 0 8888 4 7777777777 0 4 0 8 0 66 0 555555 88888 44 6666666666666666666 3333333333 0 00 77777777777777777777777777777777 0 44 555 3 0 2 77777 222222222 99999 3 6 11111 5 77 4 44444444 99 555555555555555555555555 0
lowQualScore : .... . ...... . .............. . ..... . . .. . . .... . .......... . . . . . .. . ...... ..... .. ................... .......... . .. ................................ . .. ... . . . ..... ......... ..... . . ..... . .. . ........ .. ........................ .
lowQualScore : 7777 0 333333 0 44444444444444 0 77777 0 0 00 3 3 4444 0 5555555555 9 0 7 1 7 11 7 888888 33333 66 0000000000000000000 4444444444 2 00 55555555555555555555555555555555 2 66 888 3 0 1 77777 333333333 77777 5 7 33333 7 99 2 22222222 22 777777777777777777777777 2
consensus : TCGTCCCAATACATAGGTTAAATACGGTAATGTTGGTAT----GTCTATGCACCGTATACAGTATCACGTNTTTNNNANAANNTNCNNTTTTTNANCNNCCCNANANNTAGGGTGAATATAGTA---TAGTTTCGTCACAATACAA-AAGAAA----------ACATAAA-AAAACTATGTTAAATTAATCATACCGCAATTAGGTAGGTACAGTAC-----A-----TTAAA--T--AA-TAA----A-A----AAT---A--AC-CAAACCCACG--CGTG-------TTGT---------G-----------CCGTTG--TTTT---TTAATCC-A-TTGAAACAA-----ACAAT---------AAC----CGTTTGTTTTTTAATTACATAAATATAAA-AAACACCTAATCCGTAAATTGT-ATTGTTATTTC--TCTA--------AAC--ACT--------TTA----CA-------ATGTAGCGTGCCCACGT
Reference ( family-364 ) : TCGTCCCAATACATAGGTTAAATACGGTAATGTTGGTAT----GTCTATGCACCGTATACANNNNNNCGTNTTTNNNANAANNTNCNNTTTTTNANCNNCCCNANANNTAGGGTGAATATAGTA---TAGTTTCGTCACAATACAA-AAGAAA----------ACATAAA-AAAACTATGTTAAATTAATCATACCGCAATTAGGTAGGTACAGTAC-----A-----TTAAA--T--AA-TAA----A-A----AAT---A--AC-CAAACCCACG--CGTG-------TTGT---------G-----------CCGTTG--TTTT---TTAATCC-A-TTGAAACAA-----ACAAT---------AAC----CGTTTGTTTTTTAATTACATAAATATAAA-AAACACCTAATCCGTAAATTGT-ATTGTTATTTC--TCTA--------AAC--ACT--------TTA----CA-------ATGTAGCGTGCCCACGT
gi|1 : CAATACATAGGTTAAATTCGATAATGTTGGTATACATGTCTATGCCCCGTATACAGAATAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAGTTTCGTCACAATACAA-AAGAAA----------TCATAAA-AAAACGATGTTAAACTAATCATACCGCAATTAGGTAGGTAGAGTA------A-----TTAAA--T--AA-TAATAGAA-A----AAT---A--AC--AAATCCATG--CGTG-------TTGT---------G-----------CTGTTG--TTTT----TAATCC-A-TTGAAACGA-----ACAAT---------AAC----TGTTTGTTTTTGAATTATATAAATATAAA-AAACAACTAATCTGTAAATTGT-GTTGTTATTTC--
gi|10 : tatCATA--GCAATTAGGTATGTACACTA------A-----TTACA--TA-AA-TAA----ATAATTCAAT---T--AC-CAAACCTTCGTTCGTGTTTTCATTTGTTTTCTTTAAT-----------CCATTG--TTTT---TTAATCC-ATTTGACACAA-----ACCAT---------AAT----CGTTTGTTTTcaacatcattaaattttgcactatttctacagg
gi|11 : tcggtaattctatgttccgtatagatagcggtaagcgtacttttaatgtagcattcaataaaatatcacagatataactacaaacagttaTCGTCCAATTACATAGGTTAAATATAGTTATTTTGGTAT----GTTAATGCACCGTAATCAGTATCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-TAGTTTCATCACAATACAA-AAGAAA----------ACATAAA-AATACTATGTTAAACGAATCATAACGCAATAAGTTAGGTcaat
gi|12 : TCATCCCAATACATAGGTTAAATATGGTAATTTTGGTAT----TTCTATGCACCGTATACAGTAGCATATTTTTAGAATAACATTTATTTTTTTACTGTCCCAATACTTAGGATGAATATGGTA---TAGTTTCGTCAGAATACAA-AAGAAA----------ACCTTAA-AAAATTATGTTAAACTAACCATACTGCAATTAGATAGGTACAGct
gi|13 : TTTCGTCACAATACAA-AAGAAA----------ACATAAA-AAG-CTATGTTTAATTAATCATACCGCAATTAGGCAGGTACAGTACCGGTAA-----TTAAA--TT-AA-AAA----A-A----AAT---A--AC--AAACCCATG--CATG-------TTGT---------G-----------CTGTTG--TTTT---TTAAACC-A-TTGAAACAA-----ACAAT---------AAC------TTTGTTTTTTAATT
gi|14 : a--TTTT---TTAATCA-A-ATGACACAA-----ACAATGCCTTCGATAAG----TGTTTGTTTTA-AATTACATGAACATAAA-A---------TCTGTAAATTGT-ATTGTAATTTC--TCCA--------AACAAAAA--------TTA----CAAGTCTCCATGTAGCATGCCTAC
gi|15 : tttgttacaattgatttaataatgtctatAAACAATTCCTACAAT---------AACTTTCCATTTGTTTTTAAATTACATAAATATAAA-AA-TACCTAATCTGTAAATTTT-ATTGATATTTC--TCTT--------AAC--ACT--------TTG----CA-------aca
gi|16 : tgacacTCATCCCACTACATAGGTTAAATATGGTGATGTTGGTAT----GTATGTGCACCGTAT--ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---TAGTTTCGTCACATTACAaattacaagtgacaatgaagcctatatgct
gi|17 : AATATAATA---TAGTATCAT-ACTATTCAACAATAAA----------TTTTAGATACAACCAC---AAAC-AATTATACAGCAATTAGGTAGGTGCAGTA------A-----TTAAA--T--AATTTG----A-A----AAT------AC-CAAACC
gi|18 : ttacagtatttctatgcactgtTTACATAAATATAAA-AATC-CCTAATCCGTTCATTGTAATTATTATTTC--TCCA--------AAC--ACCATGCAAAATTA----CACGTATCCATGTAGCTTGCCCACt
gi|19 : tgTCGTCCCAAAACATAGGTTAAATATGGTAATGTTGGTAT----GTCTATGCACCGTATACa
gi|2 : TCGTCCCAATACATAGGTTAAATATTGTAATGTTGGTAT----GTCTATGCACCATATTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---TAGTTTCATCACACTACAA-ATGAAA----------ACATAAA-AAAACTATGTTAAATTAATCATACCACGATTAGGTAGGTACAGTA------A-----TTAAA--T--AA-TAA----A-A----AAT---A--AC--AGACCCATG--CATG-------TTGT---------G-----------CTGTTG--TATT---TTAATCC-A-TTGAAACAA-----ACAAT---------AAC----TGTTTGTTTTTTAATTATATAAATATAAAGAAACAACTATTCCGTAAATTTT-GTTGTTATCTC--TCTA--------AAC--ACT--------TTA----CA-------ATGTAGCGTGTGCGCGTggtatcgt
gi|20 : TCGTCCCAATGCACAGGTTAAATACGGTAATGTTGGTAT----GTCTATGCACTGTATACA
gi|21 : GTCCCAGTATATAGGTTAAATACAGTAATTTTGGTAT----GTCTATGCACCGTATATAat
gi|22 : tTTGT-AATGTTATTTC--TC-A--------AAC--ACT--------TTG----CA-------aag
gi|23 : TCGTTCCAATACATAGATTAAATATGGTAATTTTGGTAT----GCCTATGCACCTTATACAaattataagtctggatgtagcttacctac
gi|24 : CGTCCAAATACATAGGTTAAATACGGTAAATTTTGTAT----GTCTATGCACCATATACAgt
gi|3 : TCCCAATACATAGGGTGAATACGGTAATTTTGGTAT----TTCTATGTTCCGTATAgt
gi|3 : CATA--GCAATTAGGTATGTACACTA------A-----TTACA--T--AAATAA----A-T----AATTCAATTAC-CAAATCTACGTTCGTG-------TTTTCATTT----GTTTTCTTTAATCCATTG--TTTT---TTAATCC-AATTGACACAA-----ACCAT---------AAT----CGTTTGTTTTCAATTTGTATAAATACAAA-ACAC-CCTTATCCGTAAATTGT-ATTGTAATTTCCTTTTATACTTTGCAAA--ACT--------TCAGTCTCG-------ATGTAGCGTGCCCACGTgatagcggtaagcgtacttttaatgtagcattcaataaaatatcacagatataactacaaacagttacatagcaattaggtatgtacactaattacataaataaataattcaattaccaaatctacgttcgtgttttcatttgttttctttaatccattgttttttaatccaattgacacaaaccataatcgtttgttttcaatttgtataaatacaaaacacccttatccgtaaattgtattgtaatttccttttatactttgcaaaacttcagtctcgatgtagcgtgcccacgtgc
gi|4 : tcccaatacatagggtgaatacggtaattttggtatttctatgttccgtatagatagcggtaagcgtacttttaatgtagcattcaataaaatatcacagatataactacaaacagttaGTCCCAAAACATGGGTTGAATACAGTAATGTTGGTAT----GTCTATGCACCATATACAGTATCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----TAGTTTCGTAACAATACAA-AAAAAACCCATAAAAAACATAAA-A-AACTATGTTTAATTAATCATACCGCAATTAGGTATGTACAGTACCGGTAA-----TTAAATTT--AA--AA----A-A----AAT---A--A--CAAACCCATG--CATG-------TTGT---------G-----------CTGTTGTTTTTT---TTAATCC-A-TTGAAACAA-----ACAAT---------AAC----TGTTGGTTTTTTAATTAgc
gi|5 : TTGTCCCAAAACATGAGTTGAATACAGTAATGTTGGTAT----GTCTATGCACCATATACAGTATCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--TAGTTTCGTCACAATACAA-AAAAAC----------CCATAAA-AAA-CTATGTTTAATTAATCATACCGCAATTAGGTATGTACAGTACCGGTAA-----TTAAA--TTTAA--AA----A-A----AAT---A--AC--AAACCCATG--CATG-------TTGT---------G-----------CTGTTG--TTTTTTTTTAATCC-A-TTGAAACAA-----ACAAT---------AAC----TGTTGGTATTTTAATTA
gi|6 : TCGTCCCAAAACAGAGGTTAAACATGGTAATGTTGGTAT----GTCTATGCAACGTATACACTGTATCGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---TGGTTTTGTCAAAATACAA-AAGAAA----------ACATAGA-AAA-CTATGTTAAATTAATCATACCGCAATTAGGTAGGTACAGTACT----AGTAACTTAAT--T--AA--AA----A-A----AAA---A--AA-AAAACCCATG--CGTG-------TTGT---------G-----------CTGTTG--TTTT---TTA--------------AA-----ACAAT---------AAC----AGTTTGTTTTTTAAT
gi|7 : TCATCCCAAAACATAAGTTAAATACAGTAATGTTGGTAT----ATCTATGCACAGTAT---------CGTATTTTTTAAAAATTACTATTTTTAAACTGTCCCAAAAATAGGGTAAATACAGTA---TAGTTTCGTCACAATACAA-AAGAAA----------AC-----------TATGTTAAATGAATCATACCACAATTAGATAGGTACAGTACTGGTAA-----TTAAA--T-----TAA----A-A----AAC---A--AAACAAACCCATG--CGTG-------TTGT---------G-----------CTGTTG--ATTT---TTAATCC-A-TTGAAACAA-----ACAAT---------AAC----TGTTTGTTTTTTAATTA
gi|8 : CATA--GCAATTAGGTATGTACACTA------A-----TTACA--TA-AA-TAA----ATAATTCAAT---T--AC-CAAACCTACGTTCGTGTTTTCATTTGTTTTCTTTAAT-----------CCATTG--TTTT---TTAATCCAA-TTGACACAA-----ACCAT---------AAT----CGTTTGTTTT
gi|9 : tcggtatttctatgttccgtatagatagcggtaagcgtacttttaatgtagcattcaataaaatatcacagatataactacaaacagttaCATA--GCAATTAGGTATGTACACTA------A-----TTACA--TA-AA-TAA----ATAATTCAAT---T--AC-CAAACCTTCGTTCGTGTTTTCATTTGTTTTCTTTAAT-----------CCATTG--TTTT---TTAATCC-ATTTGACACAA-----ACCAT---------AAT----CGTTTGTTTTcaat
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|25 ): TATTATTTAAAAAATAATTATTTTTTTTACTG
Alignments
lowQualScore : 111 1111111111 555555 2222222222222222222 1111111111 22 66666666666666666666666666666666 1 111111111 22222 22222222 444444444444444444444444
lowQualScore : 5555 33 999999 1 44444444444444 1 33333 1 1 22 0 0 111 4 7777777777 0 0 4 0 3 0 66 0 555555 88888 44 6666666666666666666 3333333333 0 00 77777777777777777777777777777777 0 44 555 3 0 2 77777 222222222 99999 3 6 11111 5 77 4 44444444 99 555555555555555555555555 0
lowQualScore : .... .. ...... . .............. . ..... . . .. . . ... . .......... . . . . . . .. . ...... ..... .. ................... .......... . .. ................................ . .. ... . . . ..... ......... ..... . . ..... . .. . ........ .. ........................ .
lowQualScore : 7777 99 666666 0 44444444444444 0 77777 0 0 00 3 3 444 0 5555555555 9 9 0 7 2 7 11 7 888888 33333 66 0000000000000000000 4444444444 2 00 55555555555555555555555555555555 2 66 888 3 0 1 77777 333333333 77777 5 7 33333 7 99 2 22222222 22 777777777777777777777777 2
consensus : TCGTCCCAATACATAGGTTAAATACGGTAATGTTGGTAT----GTCTATGCACCGTATACA--GTAT---CACGTNTTTNNNANAANNTNCNNTTTTTNANCNNCCCNANANNTAGGGTGAATATAGTA--TAGTTTCGTCACAATACAA-AAGAAA----------ACATAAA-AAAACTATGTTAAATTAATCATACCGCAATTAGGTAGGTACAGTAC-----A-----TTAAA--T--AA-TAA----A-A----AAT---A--AC-CAAACCCACG--CGTG-------TTGT---------G-----------CCGTTG--TTTT---TTAATCC-A-TTGAAACAA-----ACAAT---------AAC----CGTTTGTTTTTTAATTACATAAATATAAA-AAACACCTAATCCGTAAATTGT-ATTGTTATTTC--TCTA--------AAC--ACT--------TTA----CA-------ATGTAGCGTGCCCACGT
Reference ( family-364 ) : TCGTCCCAATACATAGGTTAAATACGGTAATGTTGGTAT----GTCTATGCACCGTATACA--GTAT---CACGTNTTTNNNANAANNTNCNNTTTTTNANCNNCCCNANANNTAGGGTGAATATAGTA--TAGTTTCGTCACAATACAA-AAGAAA----------ACATAAA-AAAACTATGTTAAATTAATCATACCGCAATTAGGTAGGTACAGTAC-----A-----TTAAA--T--AA-TAA----A-A----AAT---A--AC-CAAACCCACG--CGTG-------TTGT---------G-----------CCGTTG--TTTT---TTAATCC-A-TTGAAACAA-----ACAAT---------AAC----CGTTTGTTTTTTAATTACATAAATATAAA-AAACACCTAATCCGTAAATTGT-ATTGTTATTTC--TCTA--------AAC--ACT--------TTA----CA-------ATGTAGCGTGCCCACGT
gi|1 : CAATACATAGGTTAAATTCGATAATGTTGGTATACATGTCTATGCCCCGTATACA--GAATAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--TAGTTTCGTCACAATACAA-AAGAAA----------TCATAAA-AAAACGATGTTAAACTAATCATACCGCAATTAGGTAGGTAGAGTA------A-----TTAAA--T--AA-TAATAGAA-A----AAT---A--AC--AAATCCATG--CGTG-------TTGT---------G-----------CTGTTG--TTTT----TAATCC-A-TTGAAACGA-----ACAAT---------AAC----TGTTTGTTTTTGAATTATATAAATATAAA-AAACAACTAATCTGTAAATTGT-GTTGTTATTTC--
gi|10 : tatCATA--GCAATTAGGTATGTACACTA------A-----TTACA--TA-AA-TAA----ATAATTCAAT---T--AC-CAAACCTTCGTTCGTGTTTTCATTTGTTTTCTTTAAT-----------CCATTG--TTTT---TTAATCC-ATTTGACACAA-----ACCAT---------AAT----CGTTTGTTTTcaacatcattaaattttgcactatttctacagg
gi|11 : tcggtaattctatgttccgtatagatagcggtaagcgtacttttaatgtagcattcaataaaatatcacagatataactacaaacagttaTCGTCCAATTACATAGGTTAAATATAGTTATTTTGGTAT----GTTAATGCACCGTAATCA--GTAT---CANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAGTTTCATCACAATACAA-AAGAAA----------ACATAAA-AATACTATGTTAAACGAATCATAACGCAATAAGTTAGGTcaat
gi|12 : TCATCCCAATACATAGGTTAAATATGGTAATTTTGGTAT----TTCTATGCACCGTATACA--GTAG---CATATTTTTAGAATAACATTTATTTTTTTACTGTCCCAATACTTAGGATGAATATGGTA--TAGTTTCGTCAGAATACAA-AAGAAA----------ACCTTAA-AAAATTATGTTAAACTAACCATACTGCAATTAGATAGGTACAGct
gi|13 : TTTCGTCACAATACAA-AAGAAA----------ACATAAA-AAG-CTATGTTTAATTAATCATACCGCAATTAGGCAGGTACAGTACCGGTAA-----TTAAA--TT-AA-AAA----A-A----AAT---A--AC--AAACCCATG--CATG-------TTGT---------G-----------CTGTTG--TTTT---TTAAACC-A-TTGAAACAA-----ACAAT---------AAC------TTTGTTTTTTAATT
gi|14 : a--TTTT---TTAATCA-A-ATGACACAA-----ACAATGCCTTCGATAAG----TGTTTGTTTTA-AATTACATGAACATAAA-A---------TCTGTAAATTGT-ATTGTAATTTC--TCCA--------AACAAAAA--------TTA----CAAGTCTCCATGTAGCATGCCTAC
gi|15 : tttgttacaattgatttaataatgtctatAAACAATTCCTACAAT---------AACTTTCCATTTGTTTTTAAATTACATAAATATAAA-AA-TACCTAATCTGTAAATTTT-ATTGATATTTC--TCTT--------AAC--ACT--------TTG----CA-------aca
gi|16 : tgacacTCATCCCACTACATAGGTTAAATATGGTGATGTTGGTAT----GTATGTGCACCGTAT--A--NNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--TAGTTTCGTCACATTACAaattacaagtgacaatgaagcctatatgct
gi|17 : AATATAATA--TAGTATCAT-ACTATTCAACAATAAA----------TTTTAGATACAACCAC---AAAC-AATTATACAGCAATTAGGTAGGTGCAGTA------A-----TTAAA--T--AATTTG----A-A----AAT------AC-CAAACC
gi|18 : ttacagtatttctatgcactgtTTACATAAATATAAA-AATC-CCTAATCCGTTCATTGTAATTATTATTTC--TCCA--------AAC--ACCATGCAAAATTA----CACGTATCCATGTAGCTTGCCCACt
gi|19 : tgTCGTCCCAAAACATAGGTTAAATATGGTAATGTTGGTAT----GTCTATGCACCGTATACG--GTAT---Ca
gi|2 : TCGTCCCAATACATAGGTTAAATATTGTAATGTTGGTAT----GTCTATGCACCATATTNN--NNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--TAGTTTCATCACACTACAA-ATGAAA----------ACATAAA-AAAACTATGTTAAATTAATCATACCACGATTAGGTAGGTACAGTA------A-----TTAAA--T--AA-TAA----A-A----AAT---A--AC--AGACCCATG--CATG-------TTGT---------G-----------CTGTTG--TATT---TTAATCC-A-TTGAAACAA-----ACAAT---------AAC----TGTTTGTTTTTTAATTATATAAATATAAAGAAACAACTATTCCGTAAATTTT-GTTGTTATCTC--TCTA--------AAC--ACT--------TTA----CA-------ATGTAGCGTGTGCGCGTgt
gi|20 : TCGTCCCAATGCACAGGTTAAATACGGTAATGTTGGTAT----GTCTATGCACTGTATACA--AT
gi|21 : GTCCCAGTATATAGGTTAAATACAGTAATTTTGGTAT----GTCTATGCACCGTATATA--
gi|22 : tTTGT-AATGTTATTTC--TC-A--------AAC--ACT--------TTG----CA-------aag
gi|23 : TCGTTCCAATACATAGATTAAATATGGTAATTTTGGTAT----GCCTATGCACCTTATACA--GTaattataagtctggatgtagcttacctac
gi|24 : CGTCCAAATACATAGGTTAAATACGGTAAATTTTGTAT----GTCTATGCACCATATACA--GT
gi|3 : TCCCAATACATAGGGTGAATACGGTAATTTTGGTAT----TTCTATGTTCCGTATA
gi|3 : CATA--GCAATTAGGTATGTACACTA------A-----TTACA--T--AAATAA----A-T----AATTCAATTAC-CAAATCTACGTTCGTG-------TTTTCATTT----GTTTTCTTTAATCCATTG--TTTT---TTAATCC-AATTGACACAA-----ACCAT---------AAT----CGTTTGTTTTCAATTTGTATAAATACAAA-ACAC-CCTTATCCGTAAATTGT-ATTGTAATTTCCTTTTATACTTTGCAAA--ACT--------TCAGTCTCG-------ATGTAGCGTGCCCACGTgatagcggtaagcgtacttttaatgtagcattcaataaaatatcacagatataactacaaacagttacatagcaattaggtatgtacactaattacataaataaataattcaattaccaaatctacgttcgtgttttcatttgttttctttaatccattgttttttaatccaattgacacaaaccataatcgtttgttttcaatttgtataaatacaaaacacccttatccgtaaattgtattgtaatttccttttatactttgcaaaacttcagtctcgatgtagcgtgcccacgtgc
gi|4 : tcccaatacatagggtgaatacggtaattttggtatttctatgttccgtatagatagcggtaagcgtacttttaatgtagcattcaataaaatatcacagatataactacaaacagttaGTCCCAAAACATGGGTTGAATACAGTAATGTTGGTAT----GTCTATGCACCATATACA--GTAT---CANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---TAGTTTCGTAACAATACAA-AAAAAACCCATAAAAAACATAAA-A-AACTATGTTTAATTAATCATACCGCAATTAGGTATGTACAGTACCGGTAA-----TTAAATTT--AA--AA----A-A----AAT---A--A--CAAACCCATG--CATG-------TTGT---------G-----------CTGTTGTTTTTT---TTAATCC-A-TTGAAACAA-----ACAAT---------AAC----TGTTGGTTTTTTAATTAgc
gi|5 : TTGTCCCAAAACATGAGTTGAATACAGTAATGTTGGTAT----GTCTATGCACCATATACA--GTAT---CANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-TAGTTTCGTCACAATACAA-AAAAAC----------CCATAAA-AAA-CTATGTTTAATTAATCATACCGCAATTAGGTATGTACAGTACCGGTAA-----TTAAA--TTTAA--AA----A-A----AAT---A--AC--AAACCCATG--CATG-------TTGT---------G-----------CTGTTG--TTTTTTTTTAATCC-A-TTGAAACAA-----ACAAT---------AAC----TGTTGGTATTTTAATTA
gi|6 : TCGTCCCAAAACAGAGGTTAAACATGGTAATGTTGGTAT----GTCTATGCAACGTATACACTGTAT-----CGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--TGGTTTTGTCAAAATACAA-AAGAAA----------ACAT-AG-AAAACTATGTTAAATTAATCATACCGCAATTAGGTAGGTACAGTACT----AGTAACTTAAT--T--AA--AA----A-A----AAA---A--AA-AAAACCCATG--CGTG-------TTGT---------G-----------CTGTTG--TTTT---TTA--------------AA-----ACAAT---------AAC----AGTTTGTTTTTTAAT
gi|7 : TCATCCCAAAACATAAGTTAAATACAGTAATGTTGGTAT----ATCTATGCAC-------A--GTAT---C--GTATTTTTTAAAAATTACTATTTTTAAACTGTCCCAAAAATAGGGTAAATACAGTA--TAGTTTCGTCACAATACAA-AAGAAA----------AC-----------TATGTTAAATGAATCATACCACAATTAGATAGGTACAGTACTGGTAA-----TTAAA--T-----TAA----A-A----AAC---A--AAACAAACCCATG--CGTG-------TTGT---------G-----------CTGTTG--ATTT---TTAATCC-A-TTGAAACAA-----ACAAT---------AAC----TGTTTGTTTTTTAATTA
gi|8 : CATA--GCAATTAGGTATGTACACTA------A-----TTACA--TA-AA-TAA----ATAATTCAAT---T--AC-CAAACCTACGTTCGTGTTTTCATTTGTTTTCTTTAAT-----------CCATTG--TTTT---TTAATCCAA-TTGACACAA-----ACCAT---------AAT----CGTTTGTTTT
gi|9 : tcggtatttctatgttccgtatagatagcggtaagcgtacttttaatgtagcattcaataaaatatcacagatataactacaaacagttaCATA--GCAATTAGGTATGTACACTA------A-----TTACA--TA-AA-TAA----ATAATTCAAT---T--AC-CAAACCTTCGTTCGTGTTTTCATTTGTTTTCTTTAAT-----------CCATTG--TTTT---TTAATCC-ATTTGACACAA-----ACCAT---------AAT----CGTTTGTTTTcaat
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|25 ): TATTATTTAAAAAATAATTATTTTTTTTACTG
Alignments
lowQualScore : 111 1111111111 555555 2222222222222222222 1111111111 22 66666666666666666666666666666666 1 111111111 22222 22222222 444444444444444444444444
lowQualScore : 5555 33 999999 1 44444444444444 1 33333 1 1 22 0 0 111 4 7777777777 0 0 4 0 3 0 66 0 555555 88888 44 6666666666666666666 3333333333 0 00 77777777777777777777777777777777 0 44 555 3 0 2 77777 222222222 99999 3 6 11111 5 77 4 44444444 99 555555555555555555555555 0
lowQualScore : .... .. ...... . .............. . ..... . . .. . . ... . .......... . . . . . . .. . ...... ..... .. ................... .......... . .. ................................ . .. ... . . . ..... ......... ..... . . ..... . .. . ........ .. ........................ .
lowQualScore : 7777 99 666666 0 44444444444444 0 77777 0 0 00 3 3 444 0 5555555555 9 9 0 7 2 7 11 7 888888 33333 66 0000000000000000000 4444444444 2 00 55555555555555555555555555555555 2 66 888 3 0 1 77777 333333333 77777 5 7 33333 7 99 2 22222222 22 777777777777777777777777 2
consensus : TCGTCCCAATACATAGGTTAAATACGGTAATGTTGGTAT----GTCTATGCACCGTATACA--GTAT---CACGTNTTTNNNANAANNTNCNNTTTTTNANCNNCCCNANANNTAGGGTGAATATAGTA--TAGTTTCGTCACAATACAA-AAGAAA----------ACATAAA-AAAACTATGTTAAATTAATCATACCGCAATTAGGTAGGTACAGTAC-----A-----TTAAA--T--AA-TAA----A-A----AAT---A--AC-CAAACCCACG--CGTG-------TTGT---------G-----------CCGTTG--TTTT---TTAATCC-A-TTGAAACAA-----ACAAT---------AAC----CGTTTGTTTTTTAATTACATAAATATAAA-AAACACCTAATCCGTAAATTGT-ATTGTTATTTC--TCTA--------AAC--ACT--------TTA----CA-------ATGTAGCGTGCCCACGT
Reference ( family-364 ) : TCGTCCCAATACATAGGTTAAATACGGTAATGTTGGTAT----GTCTATGCACCGTATACA--GTAT---CACGTNTTTNNNANAANNTNCNNTTTTTNANCNNCCCNANANNTAGGGTGAATATAGTA--TAGTTTCGTCACAATACAA-AAGAAA----------ACATAAA-AAAACTATGTTAAATTAATCATACCGCAATTAGGTAGGTACAGTAC-----A-----TTAAA--T--AA-TAA----A-A----AAT---A--AC-CAAACCCACG--CGTG-------TTGT---------G-----------CCGTTG--TTTT---TTAATCC-A-TTGAAACAA-----ACAAT---------AAC----CGTTTGTTTTTTAATTACATAAATATAAA-AAACACCTAATCCGTAAATTGT-ATTGTTATTTC--TCTA--------AAC--ACT--------TTA----CA-------ATGTAGCGTGCCCACGT
gi|1 : CAATACATAGGTTAAATTCGATAATGTTGGTATACATGTCTATGCCCCGTATACA--GAATAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--TAGTTTCGTCACAATACAA-AAGAAA----------TCATAAA-AAAACGATGTTAAACTAATCATACCGCAATTAGGTAGGTAGAGTA------A-----TTAAA--T--AA-TAATAGAA-A----AAT---A--AC--AAATCCATG--CGTG-------TTGT---------G-----------CTGTTG--TTTT----TAATCC-A-TTGAAACGA-----ACAAT---------AAC----TGTTTGTTTTTGAATTATATAAATATAAA-AAACAACTAATCTGTAAATTGT-GTTGTTATTTC--
gi|10 : tatCATA--GCAATTAGGTATGTACACTA------A-----TTACA--TA-AA-TAA----ATAATTCAAT---T--AC-CAAACCTTCGTTCGTGTTTTCATTTGTTTTCTTTAAT-----------CCATTG--TTTT---TTAATCC-ATTTGACACAA-----ACCAT---------AAT----CGTTTGTTTTcaacatcattaaattttgcactatttctacagg
gi|11 : tcggtaattctatgttccgtatagatagcggtaagcgtacttttaatgtagcattcaataaaatatcacagatataactacaaacagttaTCGTCCAATTACATAGGTTAAATATAGTTATTTTGGTAT----GTTAATGCACCGTAATCA--GTAT---CANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAGTTTCATCACAATACAA-AAGAAA----------ACATAAA-AATACTATGTTAAACGAATCATAACGCAATAAGTTAGGTcaat
gi|12 : TCATCCCAATACATAGGTTAAATATGGTAATTTTGGTAT----TTCTATGCACCGTATACA--GTAG---CATATTTTTAGAATAACATTTATTTTTTTACTGTCCCAATACTTAGGATGAATATGGTA--TAGTTTCGTCAGAATACAA-AAGAAA----------ACCTTAA-AAAATTATGTTAAACTAACCATACTGCAATTAGATAGGTACAGct
gi|13 : TTTCGTCACAATACAA-AAGAAA----------ACATAAA-AAG-CTATGTTTAATTAATCATACCGCAATTAGGCAGGTACAGTACCGGTAA-----TTAAA--TT-AA-AAA----A-A----AAT---A--AC--AAACCCATG--CATG-------TTGT---------G-----------CTGTTG--TTTT---TTAAACC-A-TTGAAACAA-----ACAAT---------AAC------TTTGTTTTTTAATT
gi|14 : a--TTTT---TTAATCA-A-ATGACACAA-----ACAATGCCTTCGATAAG----TGTTTGTTTTA-AATTACATGAACATAAA-A---------TCTGTAAATTGT-ATTGTAATTTC--TCCA--------AACAAAAA--------TTA----CAAGTCTCCATGTAGCATGCCTAC
gi|15 : tttgttacaattgatttaataatgtctatAAACAATTCCTACAAT---------AACTTTCCATTTGTTTTTAAATTACATAAATATAAA-AA-TACCTAATCTGTAAATTTT-ATTGATATTTC--TCTT--------AAC--ACT--------TTG----CA-------aca
gi|16 : tgacacTCATCCCACTACATAGGTTAAATATGGTGATGTTGGTAT----GTATGTGCACCGTAT--A--NNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--TAGTTTCGTCACATTACAaattacaagtgacaatgaagcctatatgct
gi|17 : AATATAATA--TAGTATCAT-ACTATTCAACAATAAA----------TTTTAGATACAACCAC---AAAC-AATTATACAGCAATTAGGTAGGTGCAGTA------A-----TTAAA--T--AATTTG----A-A----AAT------AC-CAAACC
gi|18 : ttacagtatttctatgcactgtTTACATAAATATAAA-AATC-CCTAATCCGTTCATTGTAATTATTATTTC--TCCA--------AAC--ACCATGCAAAATTA----CACGTATCCATGTAGCTTGCCCACt
gi|19 : tgTCGTCCCAAAACATAGGTTAAATATGGTAATGTTGGTAT----GTCTATGCACCGTATACG--GTAT---Ca
gi|2 : TCGTCCCAATACATAGGTTAAATATTGTAATGTTGGTAT----GTCTATGCACCATATTNN--NNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--TAGTTTCATCACACTACAA-ATGAAA----------ACATAAA-AAAACTATGTTAAATTAATCATACCACGATTAGGTAGGTACAGTA------A-----TTAAA--T--AA-TAA----A-A----AAT---A--AC--AGACCCATG--CATG-------TTGT---------G-----------CTGTTG--TATT---TTAATCC-A-TTGAAACAA-----ACAAT---------AAC----TGTTTGTTTTTTAATTATATAAATATAAAGAAACAACTATTCCGTAAATTTT-GTTGTTATCTC--TCTA--------AAC--ACT--------TTA----CA-------ATGTAGCGTGTGCGCGTgt
gi|20 : TCGTCCCAATGCACAGGTTAAATACGGTAATGTTGGTAT----GTCTATGCACTGTATACA--AT
gi|21 : GTCCCAGTATATAGGTTAAATACAGTAATTTTGGTAT----GTCTATGCACCGTATATA--
gi|22 : tTTGT-AATGTTATTTC--TC-A--------AAC--ACT--------TTG----CA-------aag
gi|23 : TCGTTCCAATACATAGATTAAATATGGTAATTTTGGTAT----GCCTATGCACCTTATACA--GTaattataagtctggatgtagcttacctac
gi|24 : CGTCCAAATACATAGGTTAAATACGGTAAATTTTGTAT----GTCTATGCACCATATACA--GT
gi|3 : TCCCAATACATAGGGTGAATACGGTAATTTTGGTAT----TTCTATGTTCCGTATA
gi|3 : CATA--GCAATTAGGTATGTACACTA------A-----TTACA--T--AAATAA----A-T----AATTCAATTAC-CAAATCTACGTTCGTG-------TTTTCATTT----GTTTTCTTTAATCCATTG--TTTT---TTAATCC-AATTGACACAA-----ACCAT---------AAT----CGTTTGTTTTCAATTTGTATAAATACAAA-ACAC-CCTTATCCGTAAATTGT-ATTGTAATTTCCTTTTATACTTTGCAAA--ACT--------TCAGTCTCG-------ATGTAGCGTGCCCACGTgatagcggtaagcgtacttttaatgtagcattcaataaaatatcacagatataactacaaacagttacatagcaattaggtatgtacactaattacataaataaataattcaattaccaaatctacgttcgtgttttcatttgttttctttaatccattgttttttaatccaattgacacaaaccataatcgtttgttttcaatttgtataaatacaaaacacccttatccgtaaattgtattgtaatttccttttatactttgcaaaacttcagtctcgatgtagcgtgcccacgtgc
gi|4 : tcccaatacatagggtgaatacggtaattttggtatttctatgttccgtatagatagcggtaagcgtacttttaatgtagcattcaataaaatatcacagatataactacaaacagttaGTCCCAAAACATGGGTTGAATACAGTAATGTTGGTAT----GTCTATGCACCATATACA--GTAT---CANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---TAGTTTCGTAACAATACAA-AAAAAACCCATAAAAAACATAAA-A-AACTATGTTTAATTAATCATACCGCAATTAGGTATGTACAGTACCGGTAA-----TTAAATTT--AA--AA----A-A----AAT---A--A--CAAACCCATG--CATG-------TTGT---------G-----------CTGTTGTTTTTT---TTAATCC-A-TTGAAACAA-----ACAAT---------AAC----TGTTGGTTTTTTAATTAgc
gi|5 : TTGTCCCAAAACATGAGTTGAATACAGTAATGTTGGTAT----GTCTATGCACCATATACA--GTAT---CANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-TAGTTTCGTCACAATACAA-AAAAAC----------CCATAAA-AAA-CTATGTTTAATTAATCATACCGCAATTAGGTATGTACAGTACCGGTAA-----TTAAA--TTTAA--AA----A-A----AAT---A--AC--AAACCCATG--CATG-------TTGT---------G-----------CTGTTG--TTTTTTTTTAATCC-A-TTGAAACAA-----ACAAT---------AAC----TGTTGGTATTTTAATTA
gi|6 : TCGTCCCAAAACAGAGGTTAAACATGGTAATGTTGGTAT----GTCTATGCAACGTATACACTGTAT-----CGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--TGGTTTTGTCAAAATACAA-AAGAAA----------ACAT-AG-AAAACTATGTTAAATTAATCATACCGCAATTAGGTAGGTACAGTACT----AGTAACTTAAT--T--AA--AA----A-A----AAA---A--AA-AAAACCCATG--CGTG-------TTGT---------G-----------CTGTTG--TTTT---TTA--------------AA-----ACAAT---------AAC----AGTTTGTTTTTTAAT
gi|7 : TCATCCCAAAACATAAGTTAAATACAGTAATGTTGGTAT----ATCTATGCAC-------A--GTAT---C--GTATTTTTTAAAAATTACTATTTTTAAACTGTCCCAAAAATAGGGTAAATACAGTA--TAGTTTCGTCACAATACAA-AAGAAA----------AC-----------TATGTTAAATGAATCATACCACAATTAGATAGGTACAGTACTGGTAA-----TTAAA--T-----TAA----A-A----AAC---A--AAACAAACCCATG--CGTG-------TTGT---------G-----------CTGTTG--ATTT---TTAATCC-A-TTGAAACAA-----ACAAT---------AAC----TGTTTGTTTTTTAATTA
gi|8 : CATA--GCAATTAGGTATGTACACTA------A-----TTACA--TA-AA-TAA----ATAATTCAAT---T--AC-CAAACCTACGTTCGTGTTTTCATTTGTTTTCTTTAAT-----------CCATTG--TTTT---TTAATCCAA-TTGACACAA-----ACCAT---------AAT----CGTTTGTTTT
gi|9 : tcggtatttctatgttccgtatagatagcggtaagcgtacttttaatgtagcattcaataaaatatcacagatataactacaaacagttaCATA--GCAATTAGGTATGTACACTA------A-----TTACA--TA-AA-TAA----ATAATTCAAT---T--AC-CAAACCTTCGTTCGTGTTTTCATTTGTTTTCTTTAAT-----------CCATTG--TTTT---TTAATCC-ATTTGACACAA-----ACCAT---------AAT----CGTTTGTTTTcaat
blockSeqs : . CT CAN N NNNNNNNNNNNNNN N NNNNN N N NN NNN C CCCATAAAAA T A AC CCGGTA GTAAC TT AAATAAATAATTC TCAATTACC TT TTTTCATTTGTTTTCTTTAAT TT TTT A T C TTCCT GCCTTCGAT TTTCC T G AACAA A CT T TACTTTGC . ATGCAAAATTACACGTATCC
blockSeqs : . . CAT T AGAATAACATTTAT T CTGTC A T CT NN . . . A CT CCGGTA . . AAATAAATAATTC AAAAC TT TTTTCATTTGTTTTCTTTAAT . . . A A . . C A . ATAC . . C . . TCAGTCTCG
blockSeqs : . . NNN N NNNNNNNNNNNNNN N NNNNN N N NN A . . . A CC CCGGTA . . AAATAAATAATTC TACC TT TTTTCATTTGTTTTCTTTAAT . . . T C . . T T . ATCC . . T . . TTGCA
blockSeqs : . . NNN N NNNNNNNNNNNNNN N NNNNN N N NN N . . . A CA CTGGTA . . TAAAAAAA AAAA TT TTTTCATTTGTTTTCTTTAAT . . . . A . . T A . CACC . . T . . TTACA
blockSeqs : . . CAN N NNNNNNNNNNNNNN N NNNNN N N NN A . . . A CC CT . . AATTTGAA TACC . TTGTG . . . . A . . C T . . . . . . . TTGCA
blockSeqs : . . CAN N NNNNNNNNNNNNNN N NNNNN N N NN N . . . A CC . . . AAATAAAT TACC . TTGTG . . . . C . . T T . .
blockSeqs : . . C N NNNNNNNNNNNNNN N NNNNN N N NN N . . . . CC . . . TTAAAAAA AAC . TTGTG . . . . A . . T T
blockSeqs : . . C A TTTAAAAATTACTA A ACTGT C A AA A . . . . CC . . . AATAAAA ACC . TTGTG . . . . A . . A T
blockSeqs : . . . . . . . CC . . . AAAAAA AAC . TTGTG . . . . A . . T .
blockSeqs : . . . . . . AAAAAA AAC . TTGTG . . . . C . . C
blockSeqs : . . . . . . TAAAA AAC . . . . C . . C
blockSeqs : . . . . . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqs : .
blockSeqCons : **** CAT*** AAATAAAT*********** ATCC* ** TTGCA*******************
originalCons : TCGTCCCAATACATAGGTTAAATACGGTAATGTTGGTAT----GTCTATGCACCGTATACA--GTAT---CACGTNTTTNNNANAANNTNCNNTTTTTNANCNNCCCNANANNTAGGGTGAATATAGTA--TAGTTTCGTCACAATACAA-AAGAAA----------ACATAAA-AAAACTATGTTAAATTAATCATACCGCAATTAGGTAGGTACAGTAC-----A-----TTAAA--T--AA-TAA----A-A----AAT---A--AC-CAAACCCACG--CGTG-------TTGT---------G-----------CCGTTG--TTTT---TTAATCC-A-TTGAAACAA-----ACAAT---------AAC----CGTTTGTTTTTTAATTACATAAATATAAA-AAACACCTAATCCGTAAATTGT-ATTGTTATTTC--TCTA--------AAC--ACT--------TTA----CA-------ATGTAGCGTGCCCACGT
finalCons : TCGTCCCAATACATAGGTTAAATACGGTAATGTTGGTAT----GTCTATGCACCGTATACA--GTATCAT---GTNTTTNNNANAANNTNCNNTTTTTNANCNNCCCNANANNTAGGGTGAATATAGTA--TAGTTTCGTCACAATACAA-AAGAAA----------ACATAAA-AAAACTATGTTAAATTAATCATACCGCAATTAGGTAGGTACAGTAC-----A-----TTAAA--TAAATAAAT-----------AAT---A--AC-CAAACCCACG--CGTG-------TTGT---------G-----------CCGTTG--TTTT---TTAATCC-A-TTGAAACAA-----ACAAT---------AAC----CGTTTGTTTTTTAATTACATAAATATAAA-AATCC-CTAATCCGTAAATTGT-ATTGTTATTTC--TCTA--------AAC--ACTTTGCA-------------------ATGTAGCGTGCCCACGT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|25 ): TATTATTTAAAAAATAATTATTTTTTTTACTG
Alignments
lowQualScore : 111111111111111
lowQualScore : 111 1111111111 555555 1 3333333333 22 66666666666666666666666666666666 1 111111111 22222 000000000000000
lowQualScore : 5555 33 777777 1 44444444444444 1 33333 1 1 22 0 0 111 4 7777777777 0 0 4 0 3 0 66 0 555555 88888 44 44 44 5 3 1 9999999999 0 00 77777777777777777777777777777777 0 44 555 3 0 2 77777 222222222 99999 3 99 11111 5 4 99 222222222222222 0
lowQualScore : .... .. ...... . .............. . ..... . . .. . . ... . .......... . . . . . . .. . ...... ..... .. .. .. . . . .......... . .. ................................ . .. ... . . . ..... ......... ..... . .. ..... . . .. ............... .
lowQualScore : 7777 99 444444 0 44444444444444 0 77777 0 0 00 3 3 444 0 5555555555 9 9 0 7 2 7 11 7 888888 33333 66 66 66 7 3 2 0000000000 2 00 55555555555555555555555555555555 2 66 888 3 0 1 77777 333333333 77777 5 22 00000 7 2 22 555555555555555 2
consensus : TCGTCCCAATACATAGGTTAAATACGGTAATGTTGGTAT----GTCTATGCACCGTATACA--GTAT---CATGTNTTTNNNANAANNTNCNNTTTTTNANCNNCCCNANANNTAGGGTGAATATAGTA--TAGTTTCGTCACAATACAA-AAGAAA----------ACATAAA-AAAACTATGTTAAATTAATCATACCGCAATTAGGTAGGTACAGTAC-----A-----TTAAA--T--A--AATA-AANAAT---A---ACCAAACCCACG--CGTG-------TTGT---------G-----------CCGTTG--TTTT---TTAATCC-A-TTGAAACAA-----ACAAT---------AAC----CGTTTGTTTTTTAATTACATAAATATAA--AAANC-CCTAATCCGTAAATTGT-ATTGTTATTTCTCTAAAC--ACTTTGCAAA-CT-C--------ATGTAGCGTGCCCACGT
Reference ( family-364 ) : TCGTCCCAATACATAGGTTAAATACGGTAATGTTGGTAT----GTCTATGCACCGTATACA--GTAT---CATGTNTTTNNNANAANNTNCNNTTTTTNANCNNCCCNANANNTAGGGTGAATATAGTA--TAGTTTCGTCACAATACAA-AAGAAA----------ACATAAA-AAAACTATGTTAAATTAATCATACCGCAATTAGGTAGGTACAGTAC-----A-----TTAAA--T--A--AATA-AATAAT---A---ACCAAACCCACG--CGTG-------TTGT---------G-----------CCGTTG--TTTT---TTAATCC-A-TTGAAACAA-----ACAAT---------AAC----CGTTTGTTTTTTAATTACATAAATATAA--AAATC-CCTAATCCGTAAATTGT-ATTGTTATTTCTCTAAAC--ACTTTGCA---------------ATGTAGCGTGCCCACGT
gi|1 : CAATACATAGGTTAAATTCGATAATGTTGGTATACATGTCTATGCCCCGTATACA--GAATAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--TAGTTTCGTCACAATACAA-AAGAAA----------TCATAAA-AAAACGATGTTAAACTAATCATACCGCAATTAGGTAGGTAGAGTA------A-----TTAAA--T--AATAATAGAAAAAT---A---A-CAAATCCATG--CGTG-------TTGT---------G-----------CTGTTG---TTT---TTAATCC-A-TTGAAACGA-----ACAAT---------AAC----TGTTTGTTTTTGAATTATATAAATATAA--AAAACAACTAATCTGTAAATTGT-GTTGTTATTTC
gi|10 : tatCATA--GCAATTAGGTATGTACACTA------A-----TTACA--T--A--AATA-AATAATTC-AATTACCAAACCTTCGTTCGTGTTTTCATTTGTTTTCTTTAAT-----------CCATTG--TTTT---TTAATCC-ATTTGACACAA-----ACCAT---------AAT----CGTTTGTTTTcaacatcattaaattttgcactatttctacagg
gi|11 : tcggtaattctatgttccgtatagatagcggtaagcgtacttttaatgtagcattcaataaaatatcacagatataactacaaacagttaTCGTCCAATTACATAGGTTAAATATAGTTATTTTGGTAT----GTTAATGCACCGTAATCA--GTAT---CANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAGTTTCATCACAATACAA-AAGAAA----------ACATAAA-AATACTATGTTAAACGAATCATAACGCAATAAGTTAGGTcaat
gi|12 : TCATCCCAATACATAGGTTAAATATGGTAATTTTGGTAT----TTCTATGCACCGTATACA--GTAG---CATATTTTTAGAATAACATTTATTTTTTTACTGTCCCAATACTTAGGATGAATATGGTA--TAGTTTCGTCAGAATACAA-AAGAAA----------ACCTTAA-AAAATTATGTTAAACTAACCATACTGCAATTAGATAGGTACAGct
gi|13 : TTTCGTCACAATACAA-AAGAAA----------ACATAAA-AAG-CTATGTTTAATTAATCATACCGCAATTAGGCAGGTACAGTACCGGTAA-----TTAAA--T--T--AAAA-AAAAAT---A---AC-AAACCCATG--CATG-------TTGT---------G-----------CTGTTG--TTTT---TTAAACC-A-TTGAAACAA-----ACAAT---------AAC------TTTGTTTTTTAATT
gi|14 : a--TTTT---TTAATCA-A-ATGACACAA-----ACAATGCCTTCGATAAG----TGTTTGTTTTA-AATTACATGAACATAA--AA---------TCTGTAAATTGT-ATTGTAATTTCTCCAAACAAAAATTACAAGTCTCC--------ATGTAGCATGCCTAC
gi|15 : tttgttacaattgatttaataatgtctatAAACAATTCCTACAAT---------AACTTTCCATTTGTTTTTAAATTACATAAATATAA--AAATA-CCTAATCTGTAAATTTT-ATTGATATTTCTCTTAAC--ACTTTGCA---------------aca
gi|16 : tgacacTCATCCCACTACATAGGTTAAATATGGTGATGTTGGTAT----GTATGTGCACCGTAT--A--NNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--TAGTTTCGTCACATTACAaattacaagtgacaatgaagcctatatgct
gi|17 : AATATAATA--TAGTATCAT-ACTATTCAACAATAAA----------TTTTAGATACAACCAC---AAAC-AATTATACAGCAATTAGGTAGGTGCAGTA------A-----TTAAA--T--A--ATTT-GAAAAT-------ACCAAACC
gi|18 : ttacagtatttctatgcactgtTTACATAAATATAA--AAATC-CCTAATCCGTTCATTGTAATTATTATTTCTCCAAAC--ACCATGCAAAATTACACGTATCCATGTAGCTTGCCCACt
gi|19 : tgTCGTCCCAAAACATAGGTTAAATATGGTAATGTTGGTAT----GTCTATGCACCGTATACG--GTAT---CGTa
gi|2 : TCGTCCCAATACATAGGTTAAATATTGTAATGTTGGTAT----GTCTATGCACCATATTNN--NNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--TAGTTTCATCACACTACAA-ATGAAA----------ACATAAA-AAAACTATGTTAAATTAATCATACCACGATTAGGTAGGTACAGTA------A-----TTAAA--T--A--A-TA-AAAAAT---A---AC-AGACCCATG--CATG-------TTGT---------G-----------CTGTTG--TATT---TTAATCC-A-TTGAAACAA-----ACAAT---------AAC----TGTTTGTTTTTTAATTATATAAATATAAAGAAACA-ACTATTCCGTAAATTTT-GTTGTTATCTCTCTAAAC--ACTTTACA---------------ATGTAGCGTGTGCGCGT
gi|20 : TCGTCCCAATGCACAGGTTAAATACGGTAATGTTGGTAT----GTCTATGCACTGTATACA--AT
gi|21 : GTCCCAGTATATAGGTTAAATACAGTAATTTTGGTAT----GTCTATGCACCGTATATA--
gi|22 : tTTGT-AATGTTATTTCTC-AAAC--ACTTTGCA---------------aag
gi|23 : TCGTTCCAATACATAGATTAAATATGGTAATTTTGGTAT----GCCTATGCACCTTATACA--GTaattataagtctggatgtagcttacctac
gi|24 : CGTCCAAATACATAGGTTAAATACGGTAAATTTTGTAT----GTCTATGCACCATATACA--GT
gi|3 : TCCCAATACATAGGGTGAATACGGTAATTTTGGTAT----TTCTATGTTCCGTATA
gi|3 : CATA--GCAATTAGGTATGTACACTA------A-----TTACA--T--A--AATA-AATAATTCAATT-ACCAAATCTACGTTCGTG-------TTTTCATTT----GTTTTCTTTAATCCATTG--TTTT---TTAATCC-AATTGACACAA-----ACCAT---------AAT----CGTTTGTTTTCAATTTGTATAAATACAA--AACAC-CCTTATCCGTAAATTGT-ATTGTAATTTCCTTTTAT--ACTTTGCAAAACTTCAGTCTCG-ATGTAGCGTGCCCACGTgatagcggtaagcgtacttttaatgtagcattcaataaaatatcacagatataactacaaacagttacatagcaattaggtatgtacactaattacataaataaataattcaattaccaaatctacgttcgtgttttcatttgttttctttaatccattgttttttaatccaattgacacaaaccataatcgtttgttttcaatttgtataaatacaaaacacccttatccgtaaattgtattgtaatttccttttatactttgcaaaacttcagtctcgatgtagcgtgcccacgtgc
gi|4 : tcccaatacatagggtgaatacggtaattttggtatttctatgttccgtatagatagcggtaagcgtacttttaatgtagcattcaataaaatatcacagatataactacaaacagttaGTCCCAAAACATGGGTTGAATACAGTAATGTTGGTAT----GTCTATGCACCATATACA--GTAT---CANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---TAGTTTCGTAACAATACAA-AAAAAACCCATAAAAAACATAAA-A-AACTATGTTTAATTAATCATACCGCAATTAGGTATGTACAGTACCGGTAA-----TTAAATTT--A--AA-A-AA-AAT---A---A-CAAACCCATG--CATG-------TTGT---------G-----------CTGTTGTTTTTT---TTAATCC-A-TTGAAACAA-----ACAAT---------AAC----TGTTGGTTTTTTAATTAgc
gi|5 : TTGTCCCAAAACATGAGTTGAATACAGTAATGTTGGTAT----GTCTATGCACCATATACA--GTAT---CANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-TAGTTTCGTCACAATACAA-AAAAAC----------CCATAAA-AAA-CTATGTTTAATTAATCATACCGCAATTAGGTATGTACAGTACCGGTAA-----TTAAA--TTTA--AA-A-AA-AAT---A---AC-AAACCCATG--CATG-------TTGT---------G-----------CTGTTG--TTTTTTTTTAATCC-A-TTGAAACAA-----ACAAT---------AAC----TGTTGGTATTTTAATTA
gi|6 : TCGTCCCAAAACAGAGGTTAAACATGGTAATGTTGGTAT----GTCTATGCAACGTATACACTGTAT---C--GNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--TGGTTTTGTCAAAATACAA-AAGAAA----------ACAT-AG-AAAACTATGTTAAATTAATCATACCGCAATTAGGTAGGTACAGTACT----AGTAACTTAAT--T--A--AAAA-AAAAAA---A---A--AAACCCATG--CGTG-------TTGT---------G-----------CTGTTG--TTTT---TTA--------------AA-----ACAAT---------AAC----AGTTTGTTTTTTAAT
gi|7 : TCATCCCAAAACATAAGTTAAATACAGTAATGTTGGTAT----ATCTATGCAC-------A--GTAT---C--GTATTTTTTAAAAATTACTATTTTTAAACTGTCCCAAAAATAGGGTAAATACAGTA--TAGTTTCGTCACAATACAA-AAGAAA----------AC-----------TATGTTAAATGAATCATACCACAATTAGATAGGTACAGTACTGGTAA-----TTAAA--T--T--AAAA-AACAA----A---AC-AAACCCATG--CGTG-------TTGT---------G-----------CTGTTG--ATTT---TTAATCC-A-TTGAAACAA-----ACAAT---------AAC----TGTTTGTTTTTTAATTA
gi|8 : CATA--GCAATTAGGTATGTACACTA------A-----TTACA--T--A--AATA-AATAATTC-AATTACCAAACCTACGTTCGTGTTTTCATTTGTTTTCTTTAAT-----------CCATTG--TTTT---TTAATCCAA-TTGACACAA-----ACCAT---------AAT----CGTTTGTTTT
gi|9 : tcggtatttctatgttccgtatagatagcggtaagcgtacttttaatgtagcattcaataaaatatcacagatataactacaaacagttaCATA--GCAATTAGGTATGTACACTA------A-----TTACA--T--A--AATA-AATAATTC-AATTACCAAACCTTCGTTCGTGTTTTCATTTGTTTTCTTTAAT-----------CCATTG--TTTT---TTAATCC-ATTTGACACAA-----ACCAT---------AAT----CGTTTGTTTTcaat
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|25 ): TATTATTTAAAAAATAATTATTTTTTTTACTG