lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 222222222222 11111 1111 1111111111 11111111111111 1111111111 11 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 111 1 333333333333333333 444444444444 11 111 11111111 11111 4444444 1111 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 1 2 111111111 111 1 1111111 1 111111
lowQualScore : 4 888888888888 44444 77777 77 1111 2 77 33 6666666666 77777777777777 3 6666666666 333 0 1 44444 1 4444 33 555 22 22 666 1 444444 44 5 444444 2 3333 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 33 2 9999 2 333 44 4 4444 4444 4 44 111 33 5 1 33 444 000000000000000000 33 555555555555 0 44 7 222 8888888 77777777 4 99999 5555 8 2 2 2 4 6 2 2 6666666 3 2 99 33 2222 2 6 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 4 666 88888888 6 1 2 222222222 777 3 5 77 99 6666666 5 88 1 7 555555
lowQualScore : . ............ ..... ..... .. .... . .. .. .......... .............. . .......... ... . . ..... . .... .. ... .. .. ... . ...... .. . ...... . .... ............................................................................................................... .. . .... . ... .. . .... .... . .. ... .. . . .. ... .................. .. ............ . .. . ... ....... ........ . ..... .... . . . . . . . . ....... . . .. .. .... . . .................................................................................................................... . ... ........ . . . ......... ... . . .. .. ....... . .. . . ......
lowQualScore : 6 666666666666 55555 11111 55 0000 2 55 11 0000000000 00000000000000 8 1111111111 333 3 9 88888 9 0000 00 222 66 66 111 9 888888 55 6 222222 4 5555 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11 1 4444 2 777 88 4 5555 5555 8 99 777 22 9 2 22 111 888888888888888888 22 777777777777 4 44 1 444 1111111 22222222 9 11111 1111 3 2 2 2 4 2 5 5 3333333 8 7 66 99 0000 2 7 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 3 444 99999999 8 8 3 333333333 333 6 0 00 00 2222222 0 55 9 0 333333
consensus : TTTAGTGCGATCTTT------G---NATTC----GAGTA-----TTTCTATTACATAACGCG--TTTTAA-TTAC--T--GAC-------CTGTACCA-----------G--TAT-T-------AAGT---CGCTG-CCTGCAC-----C-TA----CACACG-CGGTA---AT--AAAT--GCTCT--TC-GCAACATGG------GGT-AATCGTGGG-----GAGAGAT----GTCAATTAGT-C------G----------GC-------------TG-----TT-----TG--AT-CAA---------A---------A--AACAAC-AAT-TG-TA----T-----G-G--AG--AG-GACGTGTCACAA----G-TTG---AAG-GTGTAAGT----A----GGTCGAGAC-CAA-CGCAAA--TTCACTCGTTAGAA--ATA---TTTATT---CC-TCGTCGA----CAAAAAGAAATAAAAACACA--ATAGC---CT-A-AT-AGGCTA-CTTTTT--AA---T-TNAA--------TACTAGAAATCT----GTATC---GTATTTATTCGCAC-GCATA-T-TTTCTCTTTT-AAAAATAG-C-TACTTTG--AAACAATGCTGG-AA-AAAT--A--CGTCACGCTG-ACNGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-GTGACACGCATAT---TTTATGTAATGAAACGGAT------G-GAATATTAATACAGTTACCGTA---------TTTTAACTTAATCAGTGCACTAAATT-AAAGATTTCGAATTTAAATTTAACTTTCAATAGATCTAATAGCTAAATGCGCACACTAAAT-----AGAAACTATCA
Reference ( gi|1 ) : TTTAGTGCGACCTTT------G---TGTTA----GAGTA-----TTTCTACTACATAACGCA--TTTTAA-TTAC--T--GAC-------CCATACCA-----------A--TAT-T-------AACT---CACTG-CCTGCAC-----C-TA----CACACA-CGGTA---AT--AAAT--GCTCC--TC-GCAACATGG------GGT-TATCCTGGG-----GAGAGGT----GTCAATTAGT-A------G----------GC-------------TA-----TT-----TG--AT-CAA---------A---------A--AACAAC-AGT-TGCTA----T-----G-G--AG--AG-GATGTGTCACAA----G-TTG---AAG-GTGCAAGT----A----GGTTGAGAT-CAA-TGCAAA--TTCAGTTGTTAGAA--ATA---TTTATT---CC-TAGTCGA----AAAAAAGAAATAAAAACACA--ATAGC---AT-C-GT-AGGCTT-CTCTTT--CA---T-TCAA--------TACTAAAAATCT----TTATC---ATATTTATTCACAT-GCATA-T-TTTCTCTTTT-AAAAACAG-C-TACTTTAT-AAACAATGCTGG-AG-AAAT--A--CCTCATGCTG-ACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-GTGACATGCATAT---TTTATGTAATGAAACGGAT------G-GAATTTTAATACAGATACCATA---------TTTTAACCTTATCAGTGCACTAAATT-ACAGATTTTGAATTTAAATTTAACTTTCATTAGATCTAATATCTGAATGCACACACTGAAC-----AGAAACTATCA
gi|17 : TTTAGTGCAATCTTT------G---AATTC----GAGTAGGCTATTTCTATTACATAACACG--ATTTAA-TCAC--T--GAA-------CTGTACCA-----------G--TAT-T-------AAGT---CACTG-CCTGTAC-----C-TA----CACACA-GAGTA---AT--AAAT--GCTCT--TC-GTAACATGG------GGT-AATCGTGAA-----GAGAGGT----GTCAATTAATCA------GT---------GC--------------------TT-----TGGTGT-CAAATTGTTATGA---------A--AACAAC-AAT----------T-----G-G--AG--AG-GACGTGTCATAA----G-TTG---ATA-GTGTAAGT----A----GGTCGAGAC-CAA-CACAAA--CTCACTTGTTAGAA--ATA---TTTAT--------------------------------AGCACA--ATAGC---CT-A-AC-AGACTA-CTTATT--AA---T-TAAAAAAG----TACTAGAAATCT----GTATA---GTATTTATTCGCAC-GCATATT-TTTCTCTTTT-AAAAA
gi|30 : TTTAATGCGAATTTTCAGCACA---TTTTAATTCGAATA-----TTTCTATTACACAGCATG--TTTTAA-TTAC--T--GAC-------CTTTACCA-----------G--TAT-T-------TATT---TACTG-TCTGTAC-----A-TA----CACACGGTGGTA---AT--AAA------------------ATGG------AGT-AATCGTGGG-----TACAGAT----ATCAATTAGT-C------G----------GC-------------TC-----TT-----TG--GT-t
gi|2 : atAGTGCAATCTTT------GAACT-TTA-------TA-----TTTCTATTACATAACAT---TTTTAA-TTAC--T--GAC-------CTGTACCA-----------G--TGT-T-------AAGT---CGCTG-CCTGCAA-----C-TA----CACATG-CGGTA---AT--AAAT--GTTCC--TT-GCAACATGG------GTT-AATCATGGG-----GAGAGAT----GTCTATTAGTCACACTTCG----------G--------------TG-----TT-----TG--AT-CGAACTTTATG-A---------A--AACTAC-AGT----------C-----G-G--AG--AG-GATGTGTCACAA----G-TTG---AAG-GTGTAAGT----A----GGTCGAGAC-TAA-TGAAAA--TTCACTCGTAAGAA--ATA---TTTATA---CC-TTGTTG-----ACAAATGAAACTAAAATACA--ATAGC---CT-A-AT-AGGCTA-CTTTTT--AAAAGT-ATAA---------ACTAGAAATATGTAACTATC---ATATTTATTTGCAC-GCATA-T-TTTCTCTTTT-AAAAATAG-C-TACTT--G-AGACAATGCTGG-AA-AAAT--A--TCTCATGCTT-ACtctatttgatactgttaacaactaaat
gi|8 : AGTGCGACCTTG------G---AATTC----GAGTA-----TT-CTATTTCATACCGCG--TTTTAA-TTAC--T--GACTTGTAGGCC-TACCA-----------T--TATAT-------AG-T---CGTTG-CCTGCAC-----C-TA----CACACG-CGGTA---AT--AAAT--GCTCC--TC-GCAACATGA------GGT-TATCCTGGT-----TATCGG-----ATC--TT--T-------------------GA-------------TG-----TT-----TG--AA-CAA---------ACTGTTAT--G--AA-AAC-ACT-TGATT----T-----G-C--AG--AG-GATGTGTCAC--------TCG-------GTGCAAGT----A----GGTCGAGAC-CAAACGCAAA--TTCACTTGTTAGAA--ATA---TTTATT---CC-TCGTCGA----CAAAAAGAAATAAAAACACA--ATAGC---CT-T-AC-AGGCTA-CTTTTT--CA---T-TCAA--------TAATAGAAATCT----TTATC---GTATTTATTCACAT-GCATA-T-TTTCTC--TT-AAAAAATG-G-TAC-TTA--AAACAATGCTGG-AT-AAAT--A--nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngatacacaaatttcatgtaataaaactgatggaatattgacacagtgaccatatttgacttaatcagtgcaccaacttaaagttttccgatttaaattaaactttcaacagatccagtagctaaatgcgcacactaaatagaaactattg
gi|7 : GCGATCTTT------G---TATTT----GAGAA-----TTTCTTTTACATAAAGCA--TTTTTA-TTAC--T--GAC-------CTGTAGCA-----------AG-TAT-T-------TAGT---CTATG-CCTGCAC-----C-TA----GCGACG-CGGTA---AT--TAAT--GCTCT--TT-GCAACATTG------GGT-AATCATGGG-----GAGAGGCTTTAGTGATTTATC-A------A----------AC-------------TG-----TT---------AT---G---------A---------A--AACAAC-AAT-TG---------------G--AG--AG-GACGTGTCATAA----A-TTG---AAG-GTGTAAGT----A----GGTCAAGAT-CAA-AGCAAA--TTCACTTGTTAGAA--ATA---TTTACT---CC-TCATCAA----CAAAAAGAAATAAAAACATA--ATAGC---CA-A-AT-ATGATA-CTTTTT--AA---T-TAAATACACATGTACTAGAAATCT----GTATC---ATATTTATTCGCAC-ACATA-T-TTTCTCTTTT-AAAAATAG-C-TACTT--G-AAACAATGCTGG-AA-AAAT--A--agt
gi|14 : TTT------G---AATTT----GAGTA-----TTTCTATTACATAATG----TTTCAA-TTCC--T--GAT-------TGGTACTA-----------G--TAT-TT------GAGT---CGCCA-CCTATAC-----T-AG----CAAACG-TGACA---ATTTAAGC--TCTCT--TC-GCCACATGG------GGT-AATCCTGTG-----GAGAGAT----GCCAATCAGT-C------A----------GCGCTTCAG------TG-----TTACGACTG--AT-CA--------------------------AAC-TGTGTG-TA----T-----G-A--AAACAG-GCTGTGTCATA-------TTGCCAAAA-GT--AATT----A----GGCAGAGTTGCA----CAAA--TTTATTCACTAGAACTATATATTTTTTT---CC-TCGAAGA----AAGAAAGAAATGAAAATACA--ATA----------AT-AGGCTA-CTTTTT--TA---T-TTAA--------TACTAGAAAGCT----tgtc
gi|33 : TTT------G---AATTC----GAGTC-----TTTCTGCTACATAATGCA--TTTTAA-TTGC--T--GAG-------CTGTACAA-----------A--TAT-T----------T---TAGT----------------TA----C---------TAG--AT--AAATTAGCTCTGTTT-GCAACATGG------GGT-AATCCTGTG-----GAGAGGT----GTTAATTAGT-T------G----------GC-------------TG-----TT-----TG--GT-gtgttttaaaaattatttgattgaaagactgctggaaaaatacgtcgcgcc
gi|22 : ttttagtgtgtactttaggctcaTTT------G---AATTC----GAATA-----TTGCTATTACATAACGTG--TATTAA-TTAC--T--GAC-------CAGTAACA-----------G--TAC-T-------G------CACTG-CCTGCgt
gi|16 : attataggtgatatactgtagaaacattcattttccttgggcttaattttcgtttttattttgtaaaagttgaattcgagggacttaatttcatcaaatactaattacaggaatacaaaatgttttaatgagatctttcggctca---TGTTA----AAATA-----GTT----TAAATAA------TATTAA-TTAAAATAAGAT-------CTGTACCA-----------G--TAT-T-------AAGT---CGCTG-CCAGTAC-----C-TA----CACACG-CGACA---CT--AAAT--GTCCT--TC-GCACCATGG------GGT-AATCCTGTG-----TAAAGAT----ATCAATTAGT-C------GGT--------GC-------------T------TT-----TG---T----------------------------------GT-TGCTAGTTTT-----G-ATCAA--AG-GATGTGTCATAAGAATG-TCA---AAATGTGTTAAT----T----GGTGGAGAC-CAG-CGCAAA--GACACCCATTAGAG--ATA---TTAATTACGCT-T---------------AGAAATGAAAACACA--ATAA----A-------AGGCTA-TTTTTT--TA---A-ACAAT-------TTCTATAAATCT----GTACC---GTGTTTAGTC-CAT-GC--------------TT-AAAAATAACC-TAC-TTGT-AAG-AATGAAGA-AA-AAGT--A--CGTCtgcac
gi|12 : gattTTT----GAGTA-----TTTCTGTTACCCAACATG--TTTTAA-TTAC--T--GAC-------CTGTACCA-----------G--TAT-G-------AAGT---TGCTG-TCTGTAC-----C-TAGCTACAAATG-CATTA---AT--AAAT--GCTCT--TC-TCAACATGG------GGT-TATCATCGG-----TAGAGAT----GTCGATTAGT-C------GGTGCTTTTGTGT-------------TATGAGTTT-----TG--AT-AAA---------ACTGTTACAGA--AACAAC-AAT----------T-----G-G--AA--AG-GACGTGTCACAA----GTTTA---AAG-TTGTAAAT----A----GGTCGAGAC-CCA-CCCAAA--GTCA---------------------------CC-AGGTAGA----CAGAAAGAAATAAAAATACA--ATAAT---ATACAAT-A--------TTTT--AA---T-TGAA--------TACTAAAA---------TAT----ATA--TATTTGCAT-GCACA-G-TTTTTCTTCTAAAAAATAC-C-TATTT--T-AAATAATGCTTG-AA-AAAT--A--TGTCTCGCTgcg
gi|26 : gaaTA----GAGTA-----TTTCTATTACACAACGCA--CTCTAA-TTAT--T--G-C-------CTGTACCA-----------G--CAT-A-------AAGT---CAC----ATGCA-----------------------GTA---AT--AAAT--CCTCT--TC-ACAACATGG------GGT-AATCAGGGG-----TAGAGAT----GTCAATTAGT-
gi|11 : ttcggcacatttgaaAGTA-----TTTCTTTTACATAACACT--CTTTAA-TTAC--T--GAC-------CTTTATCA-----------GAGTAT-T-------AATT---CACTG-CCAGCACAATGTCATA----CACACA-CAGTT---AT--TAAT--GCTCT--TT-GTACCATAG------GGT-AATTGTGGA-----GATAGAT----GTTAATTAGT-T------G----------GCACTTTGG------TG-----TT-----TT--AT-CAA---------ATTGTTACGAA--AACAAC-AAT-TG---------------G--AG--AG---------ACG--------TG---AAG-GTGTAATT----AAGAAGGTTAAGAT-CAA-CGCAAA--TTCACTCGTTAGAA--ATA---TTTATT---CT-TCGTTAA----CACAAAGAAATAAAA-CACA--AAAGC---CT-A-AT-AGGCTA-CTTTAT--AA---T-TAAA--------TACTAGAAATCT----GTAGC---ATATTTATTCACAC-GCATA-T-TTTTTCTTTT-AGTAATAG-C-TA-TCTG--AAACAATGCTGA-GA-AAAT--A--tgtgaaaacaggttgagaccagcgcatattcacttgttataaatattaattccgtagacagataaaaata
gi|4 : AATA-----TTTC-----CATAACACAAGTCTTAG-TT-C-------C-------CTATACCA-----------A--TAT-T-------AAGT---CACTG-CCTGTAC-----C-TA----CACACA-CAGTA---AT--ACAT--GCTCT--TC-GCAACATGG------GGT-AATTGTGGG-----TTGAGAT----GTCATTTAGT-C------T----------GC-------------GC-----TT-----TG---------------------------A--GATTACTAAT-TCTTA----TCAAACT-G--AG--AG-GATGTGTCACAA----G-AGT---AAG-ATGTAAAC----A----GGTCAAGGT-CAG-TACAtgt
gi|9 : atttcA-----TTTCTGTTACATAAAG----TTTTAAATTAC--T--GAT-------CTGTACAA-----------G--TAT-T-------AAGT---CGCTG-CCTGTAC-----C-AA----CACACG-CGACA---CT--AAAT--GCCCT--TC-GCACTATGC------GGT-AATCCTGTG-----TAATGAT----GTCAGTTAGT-C------GGT--------GC-------------TT-----TTG----TG--TT-C--------------------------CG-------TGTTT----T-----G-ATCAA--AG-TATGTGTCATAAGAATG-TCA---AAATGTGTTAAT----T----GGTCGAGAC-CAG-CGCAAA--GTCACCCATTAGAT--ATA---TTGATTACGCT-T------------AAATG---TGAAAACACA--ATAA----A-------AGGCTA-TTTTTT--TA---A-ACAAT-------TTCTAGAAATCT----GTACC---GTGTTTAGTC-CAT-GC-------------TTT-AAAAATAA-CATAC-TTGT-AAG-AATGAAGG-AA-AAAT--A--CGTCACGggtcaaggccagtgcaatattggcaactttttaattaaatactagaaaactgattatttgtacgtgtatttgcatgcatactttttcttttcaaagaatgcttgaaaagtatgccacgctggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtcacgaataatttatgtaatgaaatggattgtatgttaagccgttaccatattttaacttaaacattgcactaaattaaagattaaaaatttaataatagcaaaatgcgctcacctgatagaaaatattgg
gi|32 : gttaaagtgcgaacttacagctgatttaattccgcgaATAACATG--TTCTAA-TTAT--T--AAC-------CTCTGCCAGAGAGGCAGAGA--CATGT-------AATTGAGTATTG-CCTCTAC-----C-TG----CACTCA-CA--A---GT--CAAT--G-TCC--ACTGCAACATGG------GGT-AGTCC-GAGAGAGTGAGAGAT----GTCATTTAGT-C------G----------GC-------------
gi|19 : aaTAATGTA--TTTTAA-TTAC--T--CAT-------CTATACCA-----------G--TAT-T-------AAGT---CATTG-CCTGTAC-----C-TA----CATGCA-CAGTA---AT--AGAT--GCTCT--TT-TTAACATGG------AGT-CATTCTGGG-----TAAAGAT----GTCAATTAGT-C------GGTGCTTTGGTGT-------------TACGAGTTT-----TG--AT-CAAACTGTTATGA---------A--AACATC-AAT----------T-----G-G--AG--AG-GGTGTGTCACAA----G-TTT---AAG-GTGCAAAC----A----GGGTGAGAC-CAG-CACATA--TTCACTTGTTAGAA--ATA---TTTATC---CTGTAGTC-------AGAAACAAATAAAAGCACA--ATAAC---Agcttttgtattacaagtttttattaaa
gi|21 : tggagA--TTATAA-TTACA-T--GAC---------ATGT------------------T-T-------AAAT---TATTGGTCTCTAT-----C-TG----CACACA-CGATA---AT--AAAT--GCCCA--GT-GCAACATGGGGTACCGGT-CATTGTGGG-----AAGAGAT----GTCGAATAGT-atttttttttaatattttatttacagatcattttactataaatttagat
gi|24 : ataaaatttcaaatttatttcttatgaatagattttcgtaaggattaatttgccttgatttttggttcaaggacatattcatgggtaatgagtttattgaaacactaattgaactccggcctcgaatA--TTTCAT-TTACA-T--AAC-------GTGTTCTA-----------A--TAT-TC------AACT----GCTA-CATGCAC--------------ACACA-AGACA---AT--GCAT--ATATG--TT-GCGACATAG------GGT-AATTGTTGG-----GAGGAAT----GCCAA-TAGT-tagcactttagttttacgagttttgattagaatgccacat
gi|5 : aaaaaaacctaaaaacatcggcagtatttcgaacatctggccgatttaaattcaaatTACCA-----------G--TAT-TTTATATAAAGT---C---G-CCTGCAC-----C-TA----CACACG-CAGCA---AT--AAAT--GCTCC--TT-GCAACATGG------GGT-AATCCTG---------GACGT----GTCAtgacacttaaaattgcgttacaagtttgattaaaacattacagga
gi|20 : CCA-----------G--TAT-T-------AAGT---TACTA-CATGTAC-----C-TA----CCTACA-CAGCAGATAT--ATAT--GTTCT--TC-GCAACATGG------GGT-AATCATGGG-----GAAAGAT----GTCAcaagttgaaggtgtaagtagggtgagaccaatgcaaattcattcgttaaaaatatttattcctcctcgacaaatagaaataaaaacacaataggctactttttcattcaatactagaaatcttgatcatgtttattcgcacacatcttttctcttttaaaaacagctgcttgaaataatgcttgagaaatatgttgcaccgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtaacacgcatattttatgtaatgaaatggataaaatatcaatacagttactgtatttgaacataatcagtgcacaaaattaaagatttcgaatttaaatttaactttcattagttccaatagcttaatgcgcacactaaatagaaactatcgg
gi|3 : A-----------G--TAT-T-------AAGT---CGCTG-TCTGCAC-----C-TA----CACATG-CGGTA---AT--AAAT--GCTTT--TC-GCAATTTGG------GGT-AATCGTGGG-----GAGAGGT----GTCAATTAGA-C------G----------GCGCGTGTG------TG-----TT-----TG--GT-CAA---------ACTGTTATGAA--AACAAC-AAT-TG---------------G--AG--AG-GACCTGTCACAA----G-TTG---AAA-GTGCAAGT----A----GGTCGAGAC-CAA-CGCTAA--ATCGATCGTTAGAA--CTA---TTAATC---CC-TCGTCGA----CAAATAGAAATAAAATCAAAATATAGCTTAATAT-GTCAGGATTACTTTTT--AA---T-TAAA--------TATTAGAAATCTGTA-TGATC---ATATTTATTCGCAC-GCAGG-T-TTTCTCTTTT-AAAAATAG-C-TAC---ATGAAACAATACCGG-Acaagttgcaggtgtatattataaggtgaatactaacgcagatttactcgttagaaatatgtagtctagtccataacaagaaaaaaaacataactgtctaaaaggcatttttttaaaaataaatactagaaatctgtatcgtaattattaccgctcatattgtttctttttaaaatagctgcataaaagaaggctggaaaatacac
gi|38 : CTGCAC-----C-TA----CACATG-TGGCA---AT--AAAT--GCTCC--TC-GCAATATGG------GGTATA---TGCA-----GAGATAT----GTCAGTTAGT-C------GGCTCTTT---GC-------------TG-----TT-----TG--AT-CA------------------------------AGT-TGTTA----T-----G-A--AA--AG-AAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntacacgtatattttatgtaacgaaaggaatgaaaatattaatacattaccatattttaacaaaatcagtgcaataaattaaagattttaaattttaactttcaacagatctaatagccaaatatgcacactaagctaagtagaaacta
gi|25 : AACGTGG------AGT-AATCATGGG-----GAGAGAT----TTAAATTAGT-C------G----------GC-------------GC-----TT-----TG--GT-GTG---------A---------CCTATCCAC-A---TGTTA----T-----T-A--A-----------GCCAC---------TG-------GTGTAAGT----A----G-----GAC-CAA---CAAAATTTCACTCGTAAATA--ATA---TTTATT---CC-CCGTCGA----CAAAAAGAAATAAAAACACA--ATAGC---caat
gi|36 : AACGTGG------AGT-AATCATGGG-----GAGAGAT----GTCAATTAGT-C------G----------GCGCTTTGG------TG-----CT-----TG--AT-CAAACTGTTATGA---------A--AACAAC-CAT----------T-----G-A--AG--GG-GACATGTCACAA----G-CTG---AA--GCGTAAGC----A----Gctaatatgtaaaagaaaatttgagtatattaaacagtatctaatgg
gi|28 : TGG------GGT-AATCCTGAG-----GAGAATT----GTCAATTAGT-T------T----------GCGCTTTTGTGTTACTAGT---TT-----TC--ATTCAACTATTATG-A---------A--AACAAC-A------T-----T-----G-G--AG--AG-GATGTGTCACAA----G-TTG---AAT-GTtgacctatccacatgttattatgtcactgg
gi|6 : tgtgttactatgcaaaatgggataatcc---------A---------A--AACAAC-AAT-AATTA----T-----TTG--AG--GG-GATGTGTCACAA----G-TTG---AAG-GTGTAAGT----A----GGTCAAGAC-CAA--GCAAA--TTCACTCGTTAGAA--ATA---TTTATT---CC-TCGTCAA----CAAAAAGAAATAAAAACACA--ATAGC---CT-A-AT-AAGCTA-CTTTTT--AA---T-TAAA--------CACTAGAAATCT----GTATC---CTATTTATTTGCAC-ACATA-T-TTTCTCTATT-AAAAAttattgtcaaagctgtaaatagaccgagaaagactaattccacttggacagaaataa
gi|20 : gagatttctatgacataaagcgcgttggtgtttggtaaaactgttacgA----T-----G-G--GG--AAAGATGT--CACAA----G-TTG---CAG-GTGTATATTATAA----GGTGAATAC-TAA-CGCAGA--TTTACTCGTTAGAA--ATA---TGTAGT----C-TAGTCCA----TAACAAGAAA-AAAAACATA--ACTGT---CT-A-AA-AGGCAT-TTTTTTAAAA---A-TAAA--------TACTAGAAATCT----GTATC---GTAATTATTACCGC-TCATA-T-TGTTTCTTTT-TAAAATAG-C-TGC---ATAAAAGAAGGCTGG-A--AAAT--A--Caaatgctgggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngacacgcatattttatgtaatgaaacagttggaatattaaaacagttaccatattttaacttgatagctaaatgcgcacacaaaatagaaacta
gi|5 : ccagtattaagttactacatgtacctacctacacagcagatatatatgttcttcgcaacatggggtaatcG-GACGTGTCACAA----G-TTG---AAG-GTGTAAGT----A----GGGTGAGAC-CAA-TGCAAA--TTCATTCGTTAAAA--ATA---TTTATT---CC-TCCTCGA----CAAATAGAAATAAAAACACA--ATAG--------------GCTA-CTTTTT--CA---T-TCAA--------TACTAGAAATCT----TGATC---ATGTTTATTCGCAC-ACATC-T-TTTCTCTTTT-AAAAACAG-C-TGCTTGA---AATAATGCTTG-AG-AAAT---------ATGTTGCACCGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTAACACGCATAT---TTTATGTAATGAAATGGAT------A-AAATATCAATACAGTTACTGTA---------TTTGAACATAATCAGTGCACAAAATT-AAAGATTTCGAATTTAAATTTAACTTTCATTAGTTCCAATAGCTTAATGCGCACACTAAAT-----AGAAACTATCac
gi|23 : taccagtattttatataaagtcgcctgcacctacacacgcagcaataaatgctccttgcaacatggggtaatcct---AAG-ATGTGAAT----A----TGTCAGGAC-CA----CAAA--TTCATTTATCAAAA--CTA---GTTATT---C----GTTGATCTCTGGAAATAAATAAAAATAT------GT---A--C-AT-A---TT-C-CTTT---A---C-TAAA--------TATTAGAAG-CT----GTATC---TTATTTCTTTGTAT-ACATG-T-GTTGTTGTTG-AAAGAGAG-C-Tgg
gi|26 : gatgtgtcgtaagttgaatgcttaagttattgtcaa-GTGAAAAC----A----GGTTGAGAC-CAG-CGCATA--TTCACTTGTTATAA--ATA---TTAATT---CC---GTAGA----CAGATAAAAATAtgaaaaatatgtgacactg
gi|13 : ttcggcacatttgaatagagtatttctattacacaacgcactctaattattgcctgtaccagcataaagtcacatgcagtaataaatcctcttcacaacatggggtaatcaggggtagagatgtcaattagttTAAAAACACA--ATAAC---CT-A-AT-AGGCTA-CATTAT--CA---C-GTAA--------TACTAAAAATCT----TTATC---GTATTTATTTGCAC-GCATA-T-TTTCTCTATT-AAAAACAG-C-TACTT--G-AAACAATACTGG-AG-AAAA--A--CATCACGCTG-ACANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-GTGGCACGCATAT---TTTATATAATGAAAC--AT------G-GAATATTA--ACAG----------------------------TCATTGCACTAAATTAAAAGATTTCGAATTTAAATTTAACTTTCATCAGATCTAACAGCTCATTGTGCACACTAAAT-----AGAAATTATC
gi|10 : T-AGACTA-CT-TTT--AA---T-TAAA--------TACTAGAAATCT----GTATC---GTATTTATTCGCAC-GCATA-T-TTTCTCCTTT--AAAATAG-C-CA-TTTG--AAACAATGCTGG-AATAAAT--A--CGTCACGCTG-AC
gi|4 : aa-CTTTTT--AA---T-TAAA--------TACTAGAAAACTGA--TTATTTGTACGTGTATTTGCAT-GCATA-C-TTTTTCTTTT-------------------C-AAAGAATGCTTG-AA-AAGT--A--TGCCACGCTG-nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggcacgcatctgtttttaaatgaacggattgaatattaatacagttcaacttggtcagtgcactaagttaaagatttcaaatttaaatttgactttcaatagatctaatagctaagtgcgcacactaaatagaaactatcgg
gi|15 : atttcaatatttccataacacaagtcttagttccctataccaatattaagtcactgcctgtacctacacacacagtaatacatgctcttcgcaacatggggtaattgtgggttgagatgtcatttagtctgcgctttgagattactaattcttatcaaactgagaggatgtgtcacaagagtaagatgtaaacaggtcaaggtcagtacaggtcaaggccagtgcaatattggcaaTTT--CA---CCTTAA--------TACTAGAAATCT----GTATC---GTATTTTTTCCCAT-GCATA-TCTTTTTCTC---------------ACTTGA---AAGAGTGCTGG-AA-AAAT--ATGTCTCAgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtcacgaataatttatgtaatgaaatggattgtatgttaagccgttaccatattttaacttaaacattgcactaaattaaagattaaaaatttaataatagcaaaatgcgctcacctgatagaaaatattgg
gi|18 : actTGTTTACATAGCATA-T-TTTTTCTGTTAAAAAATAG-T-TA-TTTG--AAACGATGCTGATAA-AAATAAA--CGTCACGCTG-ACctggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngacatgcatattttatgtaatgaaacggatggaataataatacggttaccatattttaatctaatctatgcagtaaattaaaaactttaaattttaattttcaataatagcaaaatgcacactcctataaataacaaatagtggataaaatat
gi|27 : TAACACGCATAT---TTTATGTAATGAATTGAAT------G-TTATAGTAATATAGTCGCCGCA---------TTTTAGCCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngacacgtatgaaacgtgtcctgtcatgaaacggatggaatatgaatacagttaccgtattttaacttaatcagtgcactaaattaaagacttcaatttcaaattaaactttcaatagaccttacagctaaatgcgcatactaaatagaaactatctg
gi|2 : ctgcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacgaaccttGATACACAAAT---TTCATGTAATAAAACTGAT------G-GAATATTGACACAGTGACCATA---------TTT-GACTTAATCAGTGCACCAACTT-AAAGTTTTCCGATTTAAATTAAACTTTCAACAGATCCAGTAGCTAAATGCGCACACTAAAT-----AGAAACTATaggacaaagttaaagcacaaaaagaagaaaatatatatatttaaataattgtaaaatgcgcacaataagtagaaaa
gi|6 : agtgcaatctttgaactttatatttctattacataacatttttaattactgacctgtaccagtgttaagtcgctgcctgcaactacacatgcggtaataaatgttccttgcaacatgggttaatcatggggagagatgtctattagtcacacttcggtgtttgatcgaactttatgaaaactacagtcggagaggatgtgtcacaagttgaaggtgtaagtaggtcgagactaatgaaaattcactcgtaagaaatatttataccttgttgacaaatgaaactaaaatacaatagcctaataggctactttttaaaagtataaactagaaatatgtaactatcatatttatttgcacgcatattttctcttttaaaaatagctacttgagacaatgctggaaaaatatctcatgcttacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGACACGCATAT---TTTATGTAATGAAACAGTT------G-GAATATTAAAACAGTTACCATA---------TTTTAACTTGAT-AG----CTAAATtg
gi|10 : gagatttctatgacataaagcgcgttggtgtttggtaaaactgttacgaaaacaacaataattatttgaggggatgtgtcacaagttgaaggtgtaagtaggtcaagaccaagcaaattcactcgttagaaatatttattcctcgtcaacaaaaagaaataaaaacacaatagcctaataagctactttttaattaaacactagaaatctgtatcctatttatttgcacacatattttctctattaaaaaaaatgctgggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGGCACGCATCTGTTTTTA---AATGAA-CGGAT------T-GAATATTAATACAG------------------TTCAACTTGGTCAGTGCACTAAGTT-AAAGATTTCAAATTTAAATTTGACTTTCAATAGATCTAATAGCTAAGTGCGCACACTAAAT-----AGAAACTATCgcgcacacaaaatagaaacta
gi|15 : aatagactacttttaattaaatactagaaatctgtatcgtatttattcgcacgcatattttctcctttaaaatagccatttgaaacaatgctggaataaatacgtcacgctgacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGACATGCATAT---TTTATGTAATGAAACGGAT------G-GAATAATAATACGGTTACCATA---------TTTTAATCTAATCTATGCAGTAAATT-AAAAACTTTAAAT-----TTTAATTTTCA--A----TAATAGCAAAATGCACACgg
gi|3 : acttttcaccttaatactagaaatctgtatcgtattttttcccatgcatatctttttctcacttgaaagagtgctggaaaaatatgtctcactggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnACACGTATAT---TTTATGTAACGAAAGGAAT------GAAAATATTAATACAT-TACCATA---------TTTTAACAAAATCAGTGCAATAAATT-AAAGATTTTAAAT-----TTTAACTTTCAACAGATCTAATAGCCAAATATGCACACTAAGCTAAGTAGAAACTAtcctataaataacaaatagtggataaaatat
gi|4 : agtattaagtcgctgtctgcacctacacatgcggtaataaatgcttttcgcaatttggggtaatcgtggggagaggtgtcaattagacggcgcgtgtgtgtttggtcaaactgttatgaaaacaacaattggagaggacctgtcacaagttgaaagtgcaagtaggtcgagaccaacgctaaatcgatcgttagaactattaatccctcgtcgacaaatagaaataaaatcaaaatatagcttaatatgtcaggattactttttaattaaatattagaaatctgtatgatcatatttattcgcacgcaggttttctcttttaaaaatagctacatgaaacaataccggannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntCACGAATAA---TTTATGTAATGAAATGGAT------T-GTATGTTAA-GCCGTTACCATA---------TTTTAACTTAAACATTGCACTAAATT-AAAGATT---AA---AAATTTAA-------------TAATAGCAAAATGCGCTCACCTGAT-----AGAAAATAT
gi|35 : atttcaatatttccataacacaagtcttagttccctataccaatattaagtcactgcctgtacctacacacacagtaatacatgctcttcgcaacatggggtaattgtgggttgagatgtcatttagtctgcgctttgagattactaattcttatcaaactgagaggatgtgtcacaagagtaagatgtaaacaggtcaaggtcagtacaggtcaaggccagtgcaatattggcaactttttaattaaatactagaaaactgattatttgtacgtgtatttgcatgcatactttttcttttcaaagaatgcttgaaaagtatgccacgctggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtGCGTAT---TTTATATAATGATACAGAT------G-GAGTACTAAAACAGTTACCGTA---------TATTAACTTAATCAGTGCACTAAATT-AAAGGTTTCAAATTTAAATTTAACTTTCAATAAATCTAATAGCTAAATGTGCACACTAAAT-----AGAAACTAtgg
gi|34 : gATAT---TTCATGTAATGAAACGGAA------C-GAATATAAATACAGTTACCATATTTAACATATTTTAACTTAATCAGTGCACTTTATT-AAAGATTTAAAATTCAAATTTAATTTTCA--A----TAATAGCAAAATGCACACACAAAAT-----AGAAACTATCAc
gi|18 : aagaTGTCATGAAACGGAT------G-GAATATGAATACAGTTACCGTA---------TTTTAACTTAATCAGTGCACTAAATT-AAAGACTTCAATTTCAAATTAAACTTTCAATAGACCTTACAGCTAAATGCGCATACTAAAT-----AGAAACTATC
gi|37 : tgtttacatagcatattttttctgttaaaaaatagttatttgaaacgatgctgataaaaataaacgtcacgctgacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngacacgtatgaaacgtgtccGAAATGAATACTTCAG-GAATATCAATACAGTTTCCAAA---------TCTTAACTTAATAAATGCACTAAA----------TTGAAT-----TTTA----TTATT-GAT-TAAAAGCCAAATGCACACAtg
9 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|29 ): TAATGAATTGACTGTAATAGTAATAAAGTTGCCGCATTTTAGCCAGGACAAAGTGAAAGCACAAAAAGAAGAAAAAATATATTTTTCAATAATTGTAAAATGCGCACACCAAATAGAAAAAATTGGATAACAAACAGCTCAGAAAGGTATGTCAACGTTCTAGGTATAGATATAACACAATTTGAATACGAT
Unaligned ( gi|31 ): TTCTTAAGTTAATTTTCATTGTTTTTTGTTCAAGGTTATATTCATGGAAAAAAAACAATAAAAAAACAAAAGAATATTTGAACTCATAGCTCTGTCATTCAAATCTGAGTATTTTGATTAAATAATGTGTTCCAAATATTGTTCTCTACTCAAACAGGCGAAAATCAATGATTGCCTCAACATGGGCGT
Unaligned ( gi|39 ): CTGCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACGACCTTTGACATGCATTTTTCATGTA
Unaligned ( gi|40 ): ATCTTTTTCATTGGTATTAATTTTCTTTGTTTTTTGGCTTAAGGACATATTTAGAAAAAAAAT
Unaligned ( gi|41 ): ATATAGATCTATGTTTTGGGTACAGGATGTAACACAATTTTGCATTCGAC
Unaligned ( gi|42 ): AGCAGTGACCTATCCACATATGTTATTAAGTCACTGGTTTC
Unaligned ( gi|43 ): AGTGACCAATTCGCATGTTATTAAGTCACTGACTTTAGTA
Unaligned ( gi|44 ): TCGAAAGTAATAGTAATAAAGATGGCCGCTTTTCCAGG
Unaligned ( gi|45 ): AGTGACCTATTCACATGTTATTAAGTCACTGGTTACAA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111111 1111111111111111111111 111111111111111 11111111111 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 11111111111111 11111111 22222 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 111111111 111111111111
lowQualScore : 9999 222222 5555555555555555555555 2 66666 55 2 333 1 333333333333333 1 11111111111 2 8888888 3 666 22 22 22 444444 6666 1 222 5555555 5555555 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 2 22 2 1 2 8888 2 77777777777777 999999 4444 4444 2 2 2 4444 2 0 2 4 33 666 2 888888 44444 333 1 22222222 8888 7777 333 2 0 22 1 2 2 1 4 333 66666 2 1 2 2 33 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 555 3 88888888 0 1 000000000 88888 5555 2 2 1 444444444444 999 444 55555 777777 1 66666 444
lowQualScore : .... ...... ...................... . ..... .. . ... . ............... . ........... . ....... . ... .. .. .. ...... .... . ... ....... ....... ............................................................................................................. . .. . . . .... . .............. ...... .... .... . . . .... . . . . .. ... . ...... ..... ... . ........ .... .... ... . . .. . . . . . ... ..... . . . . .. ................................................................................................................... ... . ........ . . ......... ..... .... . . . ............ ... ... ..... ...... . ..... ...
lowQualScore : 4444 999999 0000000000000000000000 7 22222 44 2 333 8 999999999999999 8 55555555555 2 9999999 6 888 55 55 55 666666 9999 7 999 7777777 7777777 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 5 99 1 5 1 9999 1 22222222222222 333333 0000 0000 0 1 1 5555 2 1 2 3 11 999 0 555555 55555 555 0 11111111 9999 4444 777 1 3 99 7 0 0 0 0 222 33333 2 5 2 4 22 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 444 1 11111111 3 9 777777777 00000 7777 7 7 1 666666666666 444 777 44444 555555 4 77777 777
consensus : TTTAGTGCGA----TC------TT-----T----------GA----ATTC-GAGTA-----TTTCTATTACATAACGCGTTTTAA-TTACTGACCTGTA---CCA-G---------------TA-TT-------A---AGTCGCTGCCTGCAC-----C-TACACACG-CGGTA---AT--AAAT--GCTCT--TCGCAACATGGGGTA------ATC---GTGGG-GAGAGATGTCA---ATTAG-------TCG-------G------------C-------TG-----------T-T--------TG--AT-C----AA----T----A---------AAAC---------AAC-AAT-TG-T-------TGGAGA--G-GACGTGT-CACAA----G-TTG--------------AAG------GTGTAAGT----A----GGTCGAGACCAA-CGCAAATT-CACTCGT-TAGAA----ATATTTATT-CCTCG-TCGACAAAAAGAAATAAAAACACA--ATAGCCTA-ATA------GGCTACTTTTT---AA---TTAAA--------TA----CTAGAAATCTG----T---A-TCGTA--TTTATTCGCACGCATA-T-TTTCTCTTTT-AAAAATAG-C-TACT---TTG-AAACAATGCTGG-AA-AAAT--ACGTCGCGCTGACANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGACACGTANNGTGACACGCATAT---T-TTATGTAATGAAACGGAT------G-GAATATTAATACAGTTACCGTATT---------TTAACT----TAATCAGTG----CACTAAATT-A-AAGATTTC----------GAAT-TTAAA---TTTAAC---TTTCAATAGATCTAATAGCTAAATGCGCACA-----C---TAAATAGAAACTATCA
Reference ( family-363 ) : TTTAGTGCGA----TC------TT-----T----------GN----ATTC-GAGTA-----TTTCTATTACATAACGCGTTTTAA-TTACTGACCTGTA---CCA-G---------------TA-TT-------A---AGTCGCTGCCTGCAC-----C-TACACACG-CGGTA---AT--AAAT--GCTCT--TCGCAACATGGGGTA------ATC---GTGGG-GAGAGATGTCA---ATTAG-------TCG-------G------------C-------TG-----------T-T--------TG--AT-C----AA---------A---------AAAC---------AAC-AAT-TG-T------ATGGAGA--G-GACGTGT-CACAA----G-TTG--------------AAG------GTGTAAGT----A----GGTCGAGACCAA-CGCAAATT-CACTCGT-TAGAA----ATATTTATT-CCTCG-TCGACAAAAAGAAATAAAAACACA--ATAGCCTA-ATA------GGCTACTTTTT---AA---TTNAA--------TA----CTAGAAATCTG----T---A-TCGTA--TTTATTCGCACGCATA-T-TTTCTCTTTT-AAAAATAG-C-TACT---TTG-AAACAATGCTGG-AA-AAAT--ACGTCACGCTGACNGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTGACACGCATAT---T-TTATGTAATGAAACGGAT------G-GAATATTAATACAGTTACCGTATT---------TTAACT----TAATCAGTG----CACTAAATT-A-AAGATTTC----------GAAT-TTAAA---TTTAAC---TTTCAATAGATCTAATAGCTAAATGCGCACA-----C---TAAATAGAAACTATCA
gi|1 : TTTAGTGCGA----CC------TT-----T----------GT----GTTA-GAGTA-----TTTCTACTACATAACGCATTTTAA-TTACTGACCCATA---CCA-A---------------TA-TT-------A---ACTCACTGCCTGCAC-----C-TACACACA-CGGTA---AT--AAAT--GCTCC--TCGCAACATGGGGTT------ATC---CTGGG-GAGAGGTGTCA---ATTAG-------TAG-------G------------C-------TA-----------T-T--------TG--AT-C----AA---------A---------AAAC---------AAC-AGT-TGCT------ATGGAGA--G-GATGTGT-CACAA----G-TTG--------------AAG------GTGCAAGT----A----GGTTGAGATCAA-TGCAAATT-CAGTTGT-TAGAA----ATATTTATT-CCTAG-TCGAAAAAAAGAAATAAAAACACA--ATAGCATC-GTA------GGCTTCTCTTT---CA---TTCAA--------TA----CTAAAAATCTT----T---A-TCATA--TTTATTCACATGCATA-T-TTTCTCTTTT-AAAAACAG-C-TACT---TTATAAACAATGCTGG-AG-AAAT--ACCTCATGCTGACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTGACATGCATAT---T-TTATGTAATGAAACGGAT------G-GAATTTTAATACAGATACCATATT---------TTAACC----TTATCAGTG----CACTAAATT-A-CAGATTTT----------GAAT-TTAAA---TTTAAC---TTTCATTAGATCTAATATCTGAATGCACACA-----C---TGAACAGAAACTATCA
gi|10 : A-ATA------GACTACTTTT----AA---TTAAA--------TA----CTAGAAATCTG----T---A-TCGTA--TTTATTCGCACGCATA-T-TTTCTCCTTT--AAAATAG-C-CA-T---TTG-AAACAATGCTGG-AATAAAT--ACGTCACGCTGAC
gi|10 : GGCACGCATCTGTTT-TTA---AATGAA-CGGAT------T-GAATATTAATACAGTT------------------CAACT----TGGTCAGTG----CACTAAGTT-A-AAGATTTC----------AAAT-TTAAA---TTTGAC---TTTCAATAGATCTAATAGCTAAGTGCGCACA-----C---TAAATAGAAACTATCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggcacgcatctgtttttaaatgaacggattgaatattaatacagttcaacttggtcagtgcactaagttaaagatttcaaatttaaatttgactttcaatagatctaatagctaagtgcgcacactaaatagaaactatcgg
gi|11 : aatagactacttttaattaaatactagaaatctgtatcgtatttattcgcacgcatattttctcctttaaaatagccatttgaaacaatgctggaataaatacgtcacgctgacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAGTA-----TTTCTTTTACATAACACTCTTTAA-TTACTGACCTTTA---TCA-GAG-------------TA-TT-------A---ATTCACTGCCAGCACAATGTCATACACACA-CAGTT---AT--TAAT--GCTCT--TTGTACCATAGGGTA------ATT---GTGGA-GATAGATGTTA---ATTAG-------TTG-------G------------CACTTTGGTG-----------T-T--------TT--AT-C----AA---------ATTGTTACGAAAAC---------AAC-AAT-TG-----------GAGA--G--ACGTG------------------------------AAG------GTGTAATT----AAGAAGGTTAAGATCAA-CGCAAATT-CACTCGT-TAGAA----ATATTTATT-CTTCG-TTAACACAAAGAAATAAAA-CACA--AAAGCCTA-ATA------GGCTACTTTAT---AA---TTAAA--------TA----CTAGAAATCTG----T---A-GCATA--TTTATTCACACGCATA-T-TTTTTCTTTT-AGTAATAG-C-TA-T---CTG-AAACAATGCTGA-GA-AAAT--ATGTgg
gi|12 : ----------GA----ATTT-GAGTA-----TTTCTGTTACCCAACATGTTTTAA-TTACTGACCTGTA---CCA-G---------------TA-TG-------A---AGTTGCTGTCTGTACCTAG-C-TACAAATG-CATTA---AT--AAAT--GCTCT--TCTCAACATGGGGTT------ATC---ATCGG-TAGAGATGTCG---ATTAG-------TCG-------GTGCTT-------T-------TGTGTTATGAGT-T-T--------TG--AT-A----AA---------ACTGTTACAGAAAC---------AAC-AAT------------TGGAAA--G-GACGTGT-CACAA----GTTTA--------------AAG------TTGTAAAT----A----GGTCGAGACCCA-CCCAAAGT-CAC-----CAG--------------------G-TAGACAGAAAGAAATAAAAATACA--A-----TA-ATA------TACAATATTTT---AA---TTGAA--------TA----CTA-AAATATA----T---A----------TATTTGCATGCACA-G-TTTTTCTTCTAAAAAATAC-C-TATT---TT--AAATAATGCTTG-AA-AAAT--ATGTCTCGCT
gi|13 : TAAAAACACA--ATAACCTA-ATA------GGCTACATTAT---CA---CGTAA--------TA----CTAAAAATCTT----T---A-TCGTA--TTTATTTGCACGCATA-T-TTTCTCTATT-AAAAACAG-C-TAC----TTG-AAACAATACTGG-AG-AAAA--ACATCACGCTGACANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTGGCACGCATAT---T-TTATATAATGAAAC--AT------G-GAATATTA--ACAG--------------------------------TCATTG----CACTAAATTAA-AAGATTTC----------GAAT-TTAAA---TTTAAC---TTTCATCAGATCTAACAGCTCATTGTGCACA-----C---TAAATAGAAATTATC
gi|14 : ------TT-----T----------GA----ATTT-GAGTA-----TTTCTATTACATAATG--TTTCAA-TTCCTGATTGGTA---CTA-G---------------TA-TTT------G---AGTCGCCACCTATAC-----T-AGCAAACG-TGACA---ATTTAAGC--TCTCT--TCGCCACATGGGGTA------ATC---CTGTG-GAGAGATGCCA---ATCAG-------TCA-------G------------CGCTTCAGTG-----------T-TACGAC---TG--AT-C----AA---------A------------------------C-TGTGTG-T------ATGAAAACAG-GCTGTGT-CATA-------TTGCC------------AAA------A-GTAATT----A----GGCAGAGTT--G-CACAAATT-TATTCAC-TAGAACTATATATTTTTTTCCTCG-AAGAAAGAAAGAAATGAAAATACA--ATA------ATA------GGCTACTTTTT---TA---TTTAA--------TA----CTAGAAAGCTG----T---G-T------TTTA---------------------------AAAAT-----TATTTGATTG-AAAGACTGCTGG-AA-AAAT--ACGTCGCGC
gi|15 : ACTTTTC---AC---CTTAA--------TA----CTAGAAATCTG----T---A-TCGTA--TTTTTTCCCATGCATA-TCTTTTTCTC---------------ACT---T-G-AAAGAGTGCTGG-AA-AAAT--ATGTCTCACTGc
gi|15 : GACATGCATAT---T-TTATGTAATGAAACGGAT------G-GAATAATAATACGGTTACCATATT---------TTAATC----TAATCTATG----CAGTAAATT-A-AAAACTTT----------AAAT---------TTTAAT---TTTCAA------TAATAGCAAAATGCACACT-----CCTATAAATAgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngacatgcatattttatgtaatgaaacggatggaataataatacggttaccatattttaatctaatctatgcagtaaattaaaaactttaaattttaattttcaataatagcaaaatgcacactcctataaataacaaatagtggataaaatat
gi|16 : acttttcaccttaatactagaaatctgtatcgtattttttcccatgcatatctttttctcacttgaaagagtgctggaaaaatatgtctcactggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGATCTGTA---CCA-G---------------TA-TT-------A---AGTCGCTGCCAGTAC-----C-TACACACG-CGACA---CT--AAAT--GTCCT--TCGCACCATGGGGTA------ATC---CTGTG-TAAAGATATCA---ATTAG-------TCG-------GTGCTT-------T-------TG-----------TGT--------TG--CT--------------------------------------------AGT-TT-TG-----AT-CAAA--G-GATGTGT-CATAAGAATG-TCA--------------AAAT-----GTGTTAAT----T----GGTGGAGACCAG-CGCAAAGA-CACCCAT-TAGAG----ATATTAATT-ACGCT-T--------AGAAATGAAAACACA--ATA----A-A-A------GGCTATTTTT---------TTAAA--------CAATTTCTATAAATCTG----T---A-CCGTG--TTTAGTC-CATGC--------------TT-AAAAATAACC-TAC----TTG-TAAGAATGAAGA-AA-AAGT--ACGTCGCGacaaatagtggataaaatat
gi|17 : gatttgttaaaatagtttaaataatattaattaaaataaTTTAGTGCAA----TC------TT-----T----------GA----ATTC-GAGTAGGCTATTTCTATTACATAACACGATTTAA-TCACTGAACTGTA---CCA-G---------------TA-TT-------A---AGTCACTGCCTGTAC-----C-TACACACA-GAGTA---AT--AAAT--GCTCT--TCGTAACATGGGGTA------ATC---GTGAA-GAGAGGTGTCA---ATTAA-------TCA-------G--------------------TGC----------T-T--------TGGTGT-C----AAATTGTTATGA---------AAAC---------AAC-AAT------------TGGAGA--G-GACGTGT-CATAA----G-TTG--------------ATA------GTGTAAGT----A----GGTCGAGACCAA-CACAAACT-CACTTGT-TAGAA----ATATTTAT--------------------------AGCACA--ATAGCCTA-ACA------GACTACTTATT---AA---TTAAAAAAG----TA----CTAGAAATCTG----T---A-TAGTA--TTTATTCGCACGCATATT-TTTCTCTTTT-AAAAAT
gi|18 : GCATA-T-TTTTTCTGTTAAAAAATAG-T-TA-T---TTG-AAACGATGCTGATAA-AAATAAACGTCACGCTGACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGACACGTA---TGAAACGTGTCC---TGTCATGAAACG-GATGGA-----------ATATGAATACAGTTACCGTATT---------TTAACT----TAATCAGTG----CACTAAATT-A-AAGACTTC----------AATT-TCAAA---TTAAAC---TTTCAATAGACCTTACAGCTAAATGCGCATA-----C---TAAATAGAAACTATC
gi|19 : tgtttacataTAATGTATTTTAA-TTACTCATCTATA---CCA-G---------------TA-TT-------A---AGTCATTGCCTGTAC-----C-TACATGCA-CAGTA---AT--AGAT--GCTCT--TTTTAACATGGAGTC------ATT---CTGGG-TAAAGATGTCA---ATTAG-------TCG-------GTGCT--------T-------TGGTGTTACGAGTT-T--------TG--AT-C----AAACTGTTATGA---------AAAC---------ATC-AAT------------TGGAGA--G-GGTGTGT-CACAA----G-TTT--------------AAG------GTGCAAAC----A----GGGTGAGACCAG-CACATATT-CACTTGT-TAGAA----ATATTTA-T-CCT-G-TAGTCAGAAACAAATAAAAGCACA--ATAAC--A-AT----------TTTTTTTT---AA---Ttg
gi|2 : tggagAGTGCAA----TC------TT-----T----------GA----ACTT-TA-TA-----TTTCTATTACATAACAT-TTTTAA-TTACTGACCTGTA---CCA-G---------------TG-TT-------A---AGTCGCTGCCTGCAA-----C-TACACATG-CGGTA---AT--AAAT--GTTCC--TTGCAACATGGGTTA------ATC---ATGGG-GAGAGATGTCT---ATTAGTCACACTTCG-------G--------------------TG-----------T-T--------TG--AT-C----GAACTTTATG-A---------AAAC---------TAC-AGT------------CGGAGA--G-GATGTGT-CACAA----G-TTG--------------AAG------GTGTAAGT----A----GGTCGAGACTAA-TGAAAATT-CACTCGT-AAGAA----ATATTTATA-CCTTG-TTGAC-AAATGAAACTAAAATACA--ATAGCCTA-ATA------GGCTACTTTTT---AAAAGTATAA---------A----CTAGAAATATGTAACT---A-TCATA--TTTATTTGCACGCATA-T-TTTCTCTTTT-AAAAATAG-C-TAC----TTG-AGACAATGCTGG-AA-AAAT--ATCTCATGCTTACattttatttacagatcattttactataaatttagat
gi|2 : GATACACAAAT---T-TCATGTAATAAAACTGAT------G-GAATATTGACACAGTGACCATATT---------T-GACT----TAATCAGTG----CACCAACTT-A-AAGTTTTC----------CGAT-TTAAA---TTAAAC---TTTCAACAGATCCAGTAGCTAAATGCGCACA-----C---TAAATAGAAACTATnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngatacacaaatttcatgtaataaaactgatggaatattgacacagtgaccatatttgacttaatcagtgcaccaacttaaagttttccgatttaaattaaactttcaacagatccagtagctaaatgcgcacactaaatagaaactattg
gi|20 : agtgcaatctttgaactttatatttctattacataacatttttaattactgacctgtaccagtgttaagtcgctgcctgcaactacacatgcggtaataaatgttccttgcaacatgggttaatcatggggagagatgtctattagtcacacttcggtgtttgatcgaactttatgaaaactacagtcggagaggatgtgtcacaagttgaaggtgtaagtaggtcgagactaatgaaaattcactcgtaagaaatatttataccttgttgacaaatgaaactaaaatacaatagcctaataggctactttttaaaagtataaactagaaatatgtaactatcatatttatttgcacgcatattttctcttttaaaaatagctacttgagacaatgctggaaaaatatctcatgcttacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn---CCA-G---------------TA-TT-------A---AGTTACTACATGTAC-----C-TACCTACA-CAGCAGATAT--ATAT--GTTCT--TCGCAACATGGGGTA------ATC---ATGGG-GAAAGATGTCA---tg
gi|20 : ------ATGGGGA--AAGA--TGT-CACAA----G-TTG--------------CAG------GTGTATATTATAA----GGTGAATACTAA-CGCAGATT-TACTCGT-TAGAA----ATATGTAGT--CTAG-TCCATAACAAGAAA-AAAAACATA--ACTGTCTA-AAA------GGC-ATTTTTTTAAAA---ATAAA--------TA----CTAGAAATCTG----T---A-TCGTA--ATTATTACCGCTCATA-T-TGTTTCTTTT-TAAAATAG-C-TGC----ATA-AAAGAAGGCTGG--A-AAAT--ACcaagttgcaggtgtatattataaggtgaatactaacgcagatttactcgttagaaatatgtagtctagtccataacaagaaaaaaaacataactgtctaaaaggcatttttttaaaaataaatactagaaatctgtatcgtaattattaccgctcatattgtttctttttaaaatagctgcataaaagaaggctggaaaatacac
gi|21 : ccagtattaagttactacatgtacctacctacacagcagatatatatgttcttcgcaacatggggtaatcTC-GAATA-----TTATAATTACATGACATGTTTAAA-TTATTG-----------------------------------------------GTCTCTATCTGCAC------------ACA-CGATA---AT--AAAT--GCCCA--GTGCAACATGGGGTACCGGTCATT---GTGGG-AAGAGATGTCG---AATAG-------TTA-------G------------C-------ac
gi|22 : ataaaatttcaaatttatttcttatgaatagattttcgtaaggattaatttgccttgatttttggttcaaggacatattcatgggtaatgagtttattgaaacactaattgaactccggccTTTAATGAGA----TC------TT-----TCGGCTCATTTGA----ATTC-GAATA-----TTGCTATTACATAACGTGTATTAA-TTACTGACCAGTA---ACA-G---------------TA-CT-------G------CACTGCCTGCactttagttttacgagttttgattagaatgccacat
gi|23 : attataggtgatatactgtagaaacattcattttccttgggcttaattttcgtttttattttgtaaaagttgaattcgagggacttaatttcatcaaatactaattacaggaatacaaaatgt--------------AAG------ATGTGAAT----A----TGTCAGGACCA----CAAATT-CATTTAT-CAAAA----CTAGTTATT-CGTTGATCTCTGGAAATAAATAAAAATATG--------TACATA--------TTCCTTT------A---CTAAA--------TA----TTAGAAG-CTG----T---A-TCTTA--TTTCTTTGTATACATG-T-GTT---------------G-T-TG-----TTG-AAAGAGAGCTTG-AA-AAAT--ATGTGACACTGtgcac
gi|24 : gatgtgtcgtaagttgaatgcttaagttattgtcaa------TT-----T----------AA----ATTC-AAATA-----TTTCATTTACATAACGTGTTCTAA-T------------------------------------A-TT-------C---AACTGCTACATGCAC--------ACACAAGACAATGC--AT--ATAT--GTT------GCGACATAGGGTA------ATT---GTTGG-GAGGAATGCCA---A-TAG-------TTG-------A------------C-------
gi|25 : aaaaaaacctaaaaacatcggcagtatttcgaacatctggccgaAACGTGGAGTA------ATC---ATGGG-GAGAGATTTAA---ATTAG-------TCG-------G------------C-------GC-----------T-T--------TG--G-------------------------------------------------TG-T-----------------GACCTATCCACAT----G-TTATT------------AAGCCACTGGTGTAAGT----A----G-----GACCAA-CAAAATTT-CACTCGT-AAATA----ATATTTATT-CCCCG-TCGACAAAAAGAAATAAAAACACA--ATAGCCTA-ATA------acttaaaattgcgttacaagtttgattaaaacattacagga
gi|26 : ------TT-----T----------GA----AT-A-GAGTA-----TTTCTATTACACAACGCACTCTAA-TTATTG-CCTGTA---CCA-G---------------CA-TA-------A---AGTC---------------------ACATG-CAGTA---AT--AAAT--CCTCT--TCACAACATGGGGTA------ATC---AGGGG-TAGAGATGTCA---ATTAG-------TTG-------tgtaaaagaaaatttgagtatattaaacagtatctaatgg
gi|26 : ttcggcaca------GTGAAAAC----A----GGTTGAGACCAG-CGCATATT-CACTTGT-TATAA----ATATTAATT-C--CG-TAGACAGATAAAAATAtgaaaacaggttgagaccagcgcatattcacttgttataaatattaattccgtagacagataaaaata
gi|27 : ttcggcacatttgaatagagtatttctattacacaacgcactctaattattgcctgtaccagcataaagtcacatgcagtaataaatcctcttcacaacatggggtaatcaggggtagagatgtcaattagttTAACACGCATAT---T-TTATGTAATGAATTGAAT------G-TTATAGTAATATAGTCGCCGCATT---------TTAGC---------CAGGA----CA--AAGTT-A-AAG----CACAAAAAGAAGAAA-ATATA---TATA-----TTTAAATAATTGTA------AAATGCGCACA-----A---TAAGTAGAAA
gi|28 : ctgcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacgaaccttTGGGGTA------ATC---CTGAG-GAGAATTGTCA---ATTAG-------TTT-------G------------CGCTTTTGTG-----------T-TACTAGTTTTC--ATTC----AACTATTATG-A---------AAAC---------AAC-A------T-------TGGAGA--G-GATGTGT-CACAA----G-TTGAATGTTTATTGTCAAAG------CTGTAAAT----A----GACCGAGA--AA-GACTAATTCCACTTGGACAGAA----ATAa
gi|29 : tgtgttactatgcaaaatgggataatccTAATGAATTGACT------G-TAATAGTAATAAAGTTGCCGCATT---------TTAGCCAGGACAA--AGTGAAAGCACAAAA---AGAAGA---------------AA----AAA---TATATT---TTTCAATAATTGTAA------AATGCGCACA-----C---CAAATAGAAAa
gi|3 : A-G---------------TA-TT-------A---AGTCGCTGTCTGCAC-----C-TACACATG-CGGTA---AT--AAAT--GCTTT--TCGCAATTTGGGGTA------ATC---GTGGG-GAGAGGTGTCA---ATTAG-------ACG-------G------------CGCGTGTGTG-----------T-T--------TG--GT-C----AAACTGTTATGA---------AAAC---------AAC-AAT------------TGGAGA--G-GACCTGT-CACAA----G-TTG--------------AAA------GTGCAAGT----A----GGTCGAGACCAA-CGCTAAAT-CGATCGT-TAGAA----CTATTAATC-CCTCG-TCGACAAATAGAAATAAAATCAAAATATAGCTTA-ATATGTCAGGATTACTTTTT---AA---TTAAA--------TA----TTAGAAATCTG----TATGA-TCATA--TTTATTCGCACGCAGG-T-TTTCTCTTTT-AAAAATAG-C-TAC----ATG-AAACAATACCGG-Aaaattggataacaaacagctcagaaaggtatgtcaacgttctaggtatagatataacacaatttgaatacgat
gi|3 : ACACGTATAT---T-TTATGTAACGAAAGGAAT------GAAAATATTAATACA-TTACCATATT---------TTAACA----AAATCAGTG----CAATAAATT-A-AAGATTTT----------AAAT---------TTTAAC---TTTCAACAGATCTAATAGCCAAATATGCACACTAAGC---TAAGTAGAAACTAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntacacgtatattttatgtaacgaaaggaatgaaaatattaatacattaccatattttaacaaaatcagtgcaataaattaaagattttaaattttaactttcaacagatctaatagccaaatatgcacactaagctaagtagaaacta
gi|30 : agtattaagtcgctgtctgcacctacacatgcggtaataaatgcttttcgcaatttggggtaatcgtggggagaggtgtcaattagacggcgcgtgtgtgtttggtcaaactgttatgaaaacaacaattggagaggacctgtcacaagttgaaagtgcaagtaggtcgagaccaacgctaaatcgatcgttagaactattaatccctcgtcgacaaatagaaataaaatcaaaatatagcttaatatgtcaggattactttttaattaaatattagaaatctgtatgatcatatttattcgcacgcaggttttctcttttaaaaatagctacatgaaacaataccggannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntTTTAATGCGAATTTTCAGCACATT-----T----------TA----ATTC-GAATA-----TTTCTATTACACAGCATGTTTTAA-TTACTGACCTTTA---CCA-G---------------TA-TT-------T---ATTTACTGTCTGTAC-----A-TACACACGGTGGTA---AT--AAA-----------------ATGGAGTA------ATC---GTGGG-TACAGATATCA---ATTAG-------TCG-------G------------C-------TC-----------T-T--------TG--GT-
gi|32 : atATAACATGTTCTAA-TTATTAACCTCTG---CCA-GAGAGGCAGAGACATGTAATT-------G---AGT-ATTGCCTCTAC-----C-TGCACTCA-CA--A---GT--CAAT--GTCCA--CTGCAACATGGGGTA------GTCCGAGAGAGTGAGAGATGTCA---TTTAG-------TCG-------G------------C-------tctatttgatactgttaacaactaaat
gi|33 : aaTTTAG-GC------TCA-----TT-----T----------GA----ATTC-GAGTC-----TTTCTGCTACATAATGCATTTTAA-TTGCTGAGCTGTA---CAA-A---------------TA-TT-------TT--AGT-------------------TAC---------TAG--AT--AAATTAGCTCTGTTTGCAACATGGGGTA------ATC---CTGTG-GAGAGGTGTTA---ATTAG-------TTG-------G------------C-------TG-----------T-T--------TG--GT-gcttttgtattacaagtttttattaaa
gi|34 : ttttagtgtgtacATAT---T-TCATGTAATGAAACGGAA------C-GAATATAAATACAGTTACCATATTTAACATATTTTAACT----TAATCAGTG----CACTTTATT-A-AAGATTTA----------AAAT-TCAAA---TTTAAT---TTTCAA------TAATAGCAAAATGCACACA-----C---AAAATAGAAACTATCAgt
gi|35 : aagaGCGTAT---T-TTATATAATGATACAGAT------G-GAGTACTAAAACAGTTACCGTATA---------TTAACT----TAATCAGTG----CACTAAATT-A-AAGGTTTC----------AAAT-TTAAA---TTTAAC---TTTCAATAAATCTAATAGCTAAATGTGCACA-----C---TAAATAGAAACTA
gi|36 : gAACGTGGAGTA------ATC---ATGGG-GAGAGATGTCA---ATTAG-------TCG-------G------------CGCTTTGGTG-----------C-T--------TG--AT-C----AAACTGTTATGA---------AAAC---------AAC-CAT------------TGAAGG--G-GACATGT-CACAA----G-CTG--------------AA-------GCGTAAGC----A----Gc
gi|37 : GAAATGAATACTTCAG-GAATATCAATACAGTTTCCAAATC---------TTAACT----TAATAAATG----CACTAAATT---------------------GAAT---------TTTA-----TT---ATTGAT-TAAAAGCCAAATGCACACA-----G---AAAATAtgacctatccacatgttattatgtcactgg
gi|38 : CTGCAC-----C-TACACATG-TGGCA---AT--AAAT--GCTCC--TCGCAATATGGGGTA--------T---ATGCA-GAGATATGTCA---GTTAG-------TCGGCTCTTTG------------C-------TG-----------T-T--------TG--AT-C----AAGTTGTTATGA---------AAAG---------AAC-AAT-ttggataacatagatatagct
gi|4 : ----ATTT-CAATA-----TTTCCATAACACAA---GTCTTAG-TT-C---CCTATA---CCA-A---------------TA-TT-------A---AGTCACTGCCTGTAC-----C-TACACACA-CAGTA---AT--ACAT--GCTCT--TCGCAACATGGGGTA------ATT---GTGGG-TTGAGATGTCA---TTTAG-------TCT-------G------------C-------GC-----------T-T--------TG-------------------------------AGAT---------TACTAAT-TC-TTATCAAACTGAGA--G-GATGTGT-CACAA----G-AGT--------------AAG------ATGTAAAC----A----GGTCAAGGTCAG-TACA
gi|4 : A-ATATT----GGCAACTTTTT---AA---TTAAA--------TA----CTAGAAAACTGAT--T---ATTTGTACGTGTATTTGCATGCATA-C-TTTTTCTTTT-CAAAG---------------------AATGCTTG-AA-AAGT--ATGCCACGCTGggtcaaggccagtgcaatattggcaactttttaattaaatactagaaaactgattatttgtacgtgtatttgcatgcatactttttcttttcaaagaatgcttgaaaagtatgccacgctggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtcacgaataatttatgtaatgaaatggattgtatgttaagccgttaccatattttaacttaaacattgcactaaattaaagattaaaaatttaataatagcaaaatgcgctcacctgatagaaaatattgg
gi|4 : atttcaatatttccataacacaagtcttagttccctataccaatattaagtcactgcctgtacctacacacacagtaatacatgctcttcgcaacatggggtaattgtgggttgagatgtcatttagtctgcgctttgagattactaattcttatcaaactgagaggatgtgtcacaagagtaagatgtaaacaggtcaaggtcagtacaggtcaaggccagtgcCACGAATAA---T-TTATGTAATGAAATGGAT------T-GTATGTTAA-GCCGTTACCATATT---------TTAACT----TAAACATTG----CACTAAATT-A-AAGATT-------------AA----AAA---TTTAA----------------TAATAGCAAAATGCGCTCA-----C---CTGATAGAAAATATgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtcacgaataatttatgtaatgaaatggattgtatgttaagccgttaccatattttaacttaaacattgcactaaattaaagattaaaaatttaataatagcaaaatgcgctcacctgatagaaaatattgg
gi|5 : atttcaatatttccataacacaagtcttagttccctataccaatattaagtcactgcctgtacctacacacacagtaatacatgctcttcgcaacatggggtaattgtgggttgagatgtcatttagtctgcgctttgagattactaattcttatcaaactgagaggatgtgtcacaagagtaagatgtaaacaggtcaaggtcagtacaggtcaaggccagtgcaatattggcaactttttaattaaatactagaaaactgattatttgtacgtgtatttgcatgcatactttttcttttcaaagaatgcttgaaaagtatgccacgctggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtTA---CCA-G---------------TA-TTTTATATAA---AGTCGC---CTGCAC-----C-TACACACG-CAGCA---AT--AAAT--GCTCC--TTGCAACATGGGGTA------ATC---CTGGtgg
gi|5 : --G-GACGTGT-CACAA----G-TTG--------------AAG------GTGTAAGT----A----GGGTGAGACCAA-TGCAAATT-CATTCGT-TAAAA----ATATTTATT-CCTCC-TCGACAAATAGAAATAAAAACAC----------A-ATA------GGCTACTTTTT---CA---TTCAA--------TA----CTAGAAATCTT----G---A-TCATG--TTTATTCGCACACATC-T-TTTCTCTTTT-AAAAACAG-C-TGC----TTG-AAATAATGCTTG-AG-AAAT--ATGTTGCACCGA---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTAACACGCATAT---T-TTATGTAATGAAATGGAT------A-AAATATCAATACAGTTACTGTATT---------TGAACA----TAATCAGTG----CACAAAATT-A-AAGATTTC----------GAAT-TTAAA---TTTAAC---TTTCATTAGTTCCAATAGCTTAATGCGCACA-----C---TAAATAGAAACTATCacgtgtcacaagttgaaggtgtaagtagggtgagaccaatgcaaattcattcgttaaaaatatttattcctcctcgacaaatagaaataaaaacacaataggctactttttcattcaatactagaaatcttgatcatgtttattcgcacacatcttttctcttttaaaaacagctgcttgaaataatgcttgagaaatatgttgcaccgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtaacacgcatattttatgtaatgaaatggataaaatatcaatacagttactgtatttgaacataatcagtgcacaaaattaaagatttcgaatttaaatttaactttcattagttccaatagcttaatgcgcacactaaatagaaactatcgg
gi|6 : taccagtattttatataaagtcgcctgcacctacacacgcagcaataaatgctccttgcaacatggggtaatcct------------C-------TG-----------T-TA-------CG--A-------AA---------A---------CAAC---------AAT-AAT-TA-T-------TTGAGG--G-GATGTGT-CACAA----G-TTG--------------AAG------GTGTAAGT----A----GGTCAAGACCAA--GCAAATT-CACTCGT-TAGAA----ATATTTATT-CCTCG-TCAACAAAAAGAAATAAAAACACA--ATAGCCTA-ATA------AGCTACTTTTT---AA---TTAAA--------CA----CTAGAAATCTG----T---A-TCCTA--TTTATTTGCACACATA-T-TTTCTCTATT-AAAAAgg
gi|6 : gagatttctatgacataaagcgcgttggtgtttggtaaaaGACACGCATAT---T-TTATGTAATGAAACAGTT------G-GAATATTAAAACAGTTACCATATT---------TTAACT----TGAT-AG--------CTAAATaaatgctgggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngacacgcatattttatgtaatgaaacagttggaatattaaaacagttaccatattttaacttgatagctaaatgcgcacacaaaatagaaacta
gi|6 : gagatttctatgacataaagcgcgttggtgtttggtaaaactgttacgaaaacaacaataattatttgaggggatgtgtcacaagttgaaggtgtaagtaggtcaagaccaagcaaattcactcgttagaaatatttattcctcgtcaacaaaaagaaataaaaacacaatagcctaataagctactttttaattaaacactagaaatctgtatcctatttatttgcacacatattttctctattaaaaaaaatgctgggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAATG-A-AACAGTTG----------GAATATTAAAACAGTTACCATATTTTAAC----TTGATAGCTAAATGCGCACA-----C---AAAATAGAAACTAgcgcacacaaaatagaaacta
gi|7 : gagatttctatgacataaagcgcgttggtgtttggtaaaactgttacgaaaacaacaataattatttgaggggatgtgtcacaagttgaaggtgtaagtaggtcaagaccaagcaaattcactcgttagaaatatttattcctcgtcaacaaaaagaaataaaaacacaatagcctaataagctactttttaattaaacactagaaatctgtatcctatttatttgcacacatattttctctattaaaaaaaatgctgggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngacacgcatattttatgtGCGA----TC------TT-----T----------GT----ATTT-GAGAA-----TTTCTTTTACATAAAGCATTTTTA-TTACTGACCTGTA---GCAAG---------------TA-TT-------T---AGTCTATGCCTGCAC-----C-TAGCGACG-CGGTA---AT--TAAT--GCTCT--TTGCAACATTGGGTA------ATC---ATGGG-GAGAGGCTTTAGTGATTTA-------TCA-------AA-----------C-------TG-----------T-T------------AT-------G---------A---------AAAC---------AAC-AAT-TG-----------GAGA--G-GACGTGT-CATAA----A-TTG--------------AAG------GTGTAAGT----A----GGTCAAGATCAA-AGCAAATT-CACTTGT-TAGAA----ATATTTACT-CCTCA-TCAACAAAAAGAAATAAAAACATA--ATAGCCAA-ATA------TGATACTTTTT---AA---TTAAATACACATGTA----CTAGAAATCTG----T---A-TCATA--TTTATTCGCACACATA-T-TTTCTCTTTT-AAAAATAG-C-TAC----TTG-AAACAATGCTGG-AA-AAAT--ATGTC
gi|8 : AGTGCGA----CC------TT-----G----------GA----ATTC-GAGTA-----TT-CTATTTCATACCGCGTTTTAA-TTACTGACTTGTAGGCCTA-C---------------CA-TT-------ATATAGTCGTTGCCTGCAC-----C-TACACACG-CGGTA---AT--AAAT--GCTCC--TCGCAACATGAGGTT------ATC---CTGG-----------------TTA--------TCG-------G------------A-------TC-----------T-T--------TG--AT-GTTTGAA---------C---------AAACTGTTATGAAAAC-ACT-TGAT------TTGCAGA--G-GATGTGT-CAC--------TCG-----------------------GTGCAAGT----A----GGTCGAGACCAAACGCAAATT-CACTTGT-TAGAA----ATATTTATT-CCTCG-TCGACAAAAAGAAATAAAAACACA--ATAGCCTT-ACA------GGCTACTTTTT---CA---TTCAA--------TA----ATAGAAATCTT----T---A-TCGTA--TTTATTCACATGCATA-T-TTTCTC-TTA-AAAAATGG---TAC----TTA-AAACAATGCTGG-AT-AAAT--AAGT
gi|9 : AGTGCGA----AC------TTACAGCT----------GATTTAATTCCGCGAA-----TTTCTGTTACATAAAG--TTTTAAATTACTGATCTGTA---CAA-G---------------TA-TT-------A---AGTCGCTGCCTGTAC-----C-AACACACG-CGACA---CT--AAAT--GCCCT--TCGCACTATGCGGTA------ATC---CTGTG-TAATGATGTCA---GTTAG-------TCG-------GTGCTTTTGTGTTC-------CGTGT--------T-T--------TG--AT-C----AA---------A-------------------------------G-T------AT------------GTGT-CATAAGAATG-TCA--------------AAAT-----GTGTTAAT----T----GGTCGAGACCAG-CGCAAAGT-CACCCAT-TAGAT----ATATTGATT-ACGCT-T-----AAATG---TGAAAACACA--ATA----A-A-A------GGCTATTTTT---------TTAAA--------CAATTTCTAGAAATCTG----T---A-CCGTG--TTTAGTC-CATGC-------------TTT-AAAAATAA-CATAC----TTG-TAAGAATGAAGG-AA-AAAT--ACGTCACG
8 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|31 ): TTCTTAAGTTAATTTTCATTGTTTTTTGTTCAAGGTTATATTCATGGAAAAAAAACAATAAAAAAACAAAAGAATATTTGAACTCATAGCTCTGTCATTCAAATCTGAGTATTTTGATTAAATAATGTGTTCCAAATATTGTTCTCTACTCAAACAGGCGAAAATCAATGATTGCCTCAACATGGGCGT
Unaligned ( gi|39 ): CTGCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACGACCTTTGACATGCATTTTTCATGTA
Unaligned ( gi|40 ): ATCTTTTTCATTGGTATTAATTTTCTTTGTTTTTTGGCTTAAGGACATATTTAGAAAAAAAAT
Unaligned ( gi|41 ): ATATAGATCTATGTTTTGGGTACAGGATGTAACACAATTTTGCATTCGAC
Unaligned ( gi|42 ): AGCAGTGACCTATCCACATATGTTATTAAGTCACTGGTTTC
Unaligned ( gi|43 ): AGTGACCAATTCGCATGTTATTAAGTCACTGACTTTAGTA
Unaligned ( gi|44 ): TCGAAAGTAATAGTAATAAAGATGGCCGCTTTTCCAGG
Unaligned ( gi|45 ): AGTGACCTATTCACATGTTATTAAGTCACTGGTTACAA
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111111 1111111111111111 111111111111111 11111111111 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 11111111111111 11111111 22222 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111 111111111111
lowQualScore : 9999 222222 4444444444444444 6666 2 66666 55 2 333 1 333333333333333 1 11111111111 2 8888888 3 666 22 22 22 444444 6666 11 444 5555555 8888888 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 66 33 2 8888 2 44444444444444 3 4444 4444 2 2 2 22 333 0 2 4 33 1 555 2 888888 55555 333 22222222 4444 8888 7777 333 2 0 22 1 2 2 2 2 222 44444 2 2 2 2 33 3 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 555 777777 2 0 1 000000000 88888 5555 2 2 1 444444444444 999 444 55555 777777 1 66666 444
lowQualScore : .... ...... ................ .... . ..... .. . ... . ............... . ........... . ....... . ... .. .. .. ...... .... .. ... ....... ....... ......................................................................................................... .. .. . .... . .............. . .... .... . . . .. ... . . . .. . ... . ...... ..... ... ........ .... .... .... ... . . .. . . . . . ... ..... . . . . .. . ................................................................................................................... ... ...... . . . ......... ..... .... . . . ............ ... ... ..... ...... . ..... ...
lowQualScore : 4444 999999 8888888888888888 1111 7 22222 44 2 333 8 999999999999999 8 55555555555 2 9999999 6 888 55 55 55 666666 9999 77 666 7777777 0000000 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 11 11 4 9999 1 55555555555555 8 0000 0000 0 1 1 99 777 1 2 3 11 4 555 0 555555 77777 777 11111111 5555 9999 4444 777 1 3 99 7 0 0 0 0 333 99999 2 9 4 5 44 5 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 444 777777 7 3 9 777777777 00000 7777 7 7 1 666666666666 444 777 44444 555555 4 77777 777
consensus : TTTAGTGCGA----TC------TT-----T----------GA----ATTC-GAGTA-----TTTCTATTACATAACGCGTTTTAA-TTACTGACCTGTA---CCA-G---------------TA-TT-------A---AGTCGCTGCCTGCAC-----C-TACACACG-CGGTA---AT--AAAT--GCTCT--TCGCAACATGGGGTA------ATC---GTGGG-GAGAGATGTCA---ATTAG-------TCG-------G----C-------TG-----------TT--------T--G--A---T-C-AA-------T-------A---A-----AAC---------AACA-AT-TG--T-T--GG--AG--AGGACGTGTCACAA----G-TTG--------------AAG-GTGTAAGT----A----GGTCGAGACCAA-CGCAAATT-CACTCGT-TAGAA--ATA---TTTATTCCTCG-TCGACAAAAAGAAATAAAAACACA--ATAGCCTA-ATA------GGCTACTTTTT---AATTA---AA--------T----A----CTAGAAATCTG----T---A-TCGTA--TTTATTCGCACGCATA-T-TTTCTCTTTT-AAAAA-TAG-C-TACT---TTG-AAACAATGCTGG-AA-AAATA--CGTCGCGCTGACANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGACACGTANNGTGACACGCATAT---TTTATGTAATGAAACGGAT------G-GAATATTAATACAGTTACCGTATT---------TTAACT----TAATCAGTG----CACTAAATT-A-AAGATTTC----------GAAT-TTAAA---TTTAAC---TTTCAATAGATCTAATAGCTAAATGCGCACA-----C---TAAATAGAAACTATCA
Reference ( family-363 ) : TTTAGTGCGA----TC------TT-----T----------GA----ATTC-GAGTA-----TTTCTATTACATAACGCGTTTTAA-TTACTGACCTGTA---CCA-G---------------TA-TT-------A---AGTCGCTGCCTGCAC-----C-TACACACG-CGGTA---AT--AAAT--GCTCT--TCGCAACATGGGGTA------ATC---GTGGG-GAGAGATGTCA---ATTAG-------TCG-------G----C-------TG-----------TT--------T--G--A---T-C-AA-------T-------A---A-----AAC---------AACA-AT-TG--T-T--GG--AG--AGGACGTGTCACAA----G-TTG--------------AAG-GTGTAAGT----A----GGTCGAGACCAA-CGCAAATT-CACTCGT-TAGAA--ATA---TTTATTCCTCG-TCGACAAAAAGAAATAAAAACACA--ATAGCCTA-ATA------GGCTACTTTTT---AATTA---AA--------T----A----CTAGAAATCTG----T---A-TCGTA--TTTATTCGCACGCATA-T-TTTCTCTTTT-AAAAA-TAG-C-TACT---TTG-AAACAATGCTGG-AA-AAATA--CGTCGCGCTGACANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGACACGTANNGTGACACGCATAT---TTTATGTAATGAAACGGAT------G-GAATATTAATACAGTTACCGTATT---------TTAACT----TAATCAGTG----CACTAAATT-A-AAGATTTC----------GAAT-TTAAA---TTTAAC---TTTCAATAGATCTAATAGCTAAATGCGCACA-----C---TAAATAGAAACTATCA
gi|1 : TTTAGTGCGA----CC------TT-----T----------GT----GTTA-GAGTA-----TTTCTACTACATAACGCATTTTAA-TTACTGACCCATA---CCA-A---------------TA-TT-------A---ACTCACTGCCTGCAC-----C-TACACACA-CGGTA---AT--AAAT--GCTCC--TCGCAACATGGGGTT------ATC---CTGGG-GAGAGGTGTCA---ATTAG-------TAG-------G----C-------TA-----------TT--------T--G--A---T-C-AA---------------A---A-----AAC---------AACA-GT-TG--C-TATGG--AG--AGGATGTGTCACAA----G-TTG--------------AAG-GTGCAAGT----A----GGTTGAGATCAA-TGCAAATT-CAGTTGT-TAGAA--ATA---TTTATTCCTAG-TCGAAAAAAAGAAATAAAAACACA--ATAGCATC-GTA------GGCTTCTCTTT---CATTC---AA--------T----A----CTAAAAATCTT----T---A-TCATA--TTTATTCACATGCATA-T-TTTCTCTTTT-AAAAA-CAG-C-TACT---TTATAAACAATGCTGG-AG-AAATA--CCTCATGCTGACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTGACATGCATAT---TTTATGTAATGAAACGGAT------G-GAATTTTAATACAGATACCATATT---------TTAACC----TTATCAGTG----CACTAAATT-A-CAGATTTT----------GAAT-TTAAA---TTTAAC---TTTCATTAGATCTAATATCTGAATGCACACA-----C---TGAACAGAAACTATCA
gi|10 : A-ATA------GACTACTTTT----AATTA---AA--------T----A----CTAGAAATCTG----T---A-TCGTA--TTTATTCGCACGCATA-T-TTTCTCCTTT--AAAA-TAG-C-CA-T---TTG-AAACAATGCTGG-AATAAATA--CGTCACGCTGAC
gi|10 : GGCACGCATCTGTTTTTA---AATGAA-CGGAT------T-GAATATTAATACAGTT------------------CAACT----TGGTCAGTG----CACTAAGTT-A-AAGATTTC----------AAAT-TTAAA---TTTGAC---TTTCAATAGATCTAATAGCTAAGTGCGCACA-----C---TAAATAGAAACTATCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggcacgcatctgtttttaaatgaacggattgaatattaatacagttcaacttggtcagtgcactaagttaaagatttcaaatttaaatttgactttcaatagatctaatagctaagtgcgcacactaaatagaaactatcgg
gi|11 : aatagactacttttaattaaatactagaaatctgtatcgtatttattcgcacgcatattttctcctttaaaatagccatttgaaacaatgctggaataaatacgtcacgctgacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAGTA-----TTTCTTTTACATAACACTCTTTAA-TTACTGACCTTTA---TCA-GAG-------------TA-TT-------A---ATTCACTGCCAGCACAATGTCATACACACA-CAGTT---AT--TAAT--GCTCT--TTGTACCATAGGGTA------ATT---GTGGA-GATAGATGTTA---ATTAG-------TTG-------G----CACTTTGGTG-----------TT--------T--T--A---T-C-AAATTGT--T-------ACGAA-----AAC---------AACA-AT-TG--------G--AG--AG-ACGTG-----------------------------AAG-GTGTAATT----AAGAAGGTTAAGATCAA-CGCAAATT-CACTCGT-TAGAA--ATA---TTTATTCTTCG-TTAACACAAAGAAATAAAA-CACA--AAAGCCTA-ATA------GGCTACTTTAT---AATTA---AA--------T----A----CTAGAAATCTG----T---A-GCATA--TTTATTCACACGCATA-T-TTTTTCTTTT-AGTAA-TAG-C-TA-T---CTG-AAACAATGCTGA-GA-AAATA--TGTgg
gi|12 : ----------GA----ATTT-GAGTA-----TTTCTGTTACCCAACATGTTTTAA-TTACTGACCTGTA---CCA-G---------------TA-TG-------A---AGTTGCTGTCTGTACCTAG-C-TACAAATG-CATTA---AT--AAAT--GCTCT--TCTCAACATGGGGTT------ATC---ATCGG-TAGAGATGTCG---ATTAG-------TCG-------G----TGCTTTTGTG-----------TTA-------T--G--AGTTT-T-GA-------T-------A---A-----AACTGTTACAGAAACA-AC-AA--T-T--GG--AA--AGGACGTGTCACAA----GTTTA--------------AAG-TTGTAAAT----A----GGTCGAGACCCA-CCCAAAGT-CAC-----CAG--------------------G-TAGACAGAAAGAAATAAAAATACA--A-----TA-ATA------TACAATATTTT---AATTG---AA--------T----A----CTA-AAATATA----T---A----------TATTTGCATGCACA-G-TTTTTCTTCTAAAAAA-TAC-C-TATT---TT--AAATAATGCTTG-AA-AAATA--TGTCTCGCT
gi|13 : TAAAAACACA--ATAACCTA-ATA------GGCTACATT------ATCACGTAA--------T----A----CTAAAAATCTT----T---A-TCGTA--TTTATTTGCACGCATA-T-TTTCTCTATT-AAAAA-CAG-C-TAC----TTG-AAACAATACTGG-AG-AAAAA--CATCACGCTGACANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTGGCACGCATAT---TTTATATAATGAAAC--AT------G-GAATATTA--ACAG--------------------------------TCATTG----CACTAAATTAA-AAGATTTC----------GAAT-TTAAA---TTTAAC---TTTCATCAGATCTAACAGCTCATTGTGCACA-----C---TAAATAGAAATTATC
gi|14 : ------TT-----T----------GA----ATTT-GAGTA-----TTTCTATTACATAATG--TTTCAA-TTCCTGATTGGTA---CTA-G---------------TA-TTT------G---AGTCGCCACCTATAC-----T-AGCAAACG-TGACA---ATTTAAGC--TCTCT--TCGCCACATGGGGTA------ATC---CTGTG-GAGAGATGCCA---ATCAG-------TCA-------G----CGCTTCAGTG-----------TTACGAC---T--G--A---T-C-A--------------------------------------AACT-GTGTG--TAT--GA--AAACAGGCTGTGTCATA-------TTGCC------------AAA-A-GTAATT----A----GGCAGAG--TTG-CACAAATT-TATTCAC-TAGAACTATATATTTTTTTCCTCG-AAGAAAGAAAGAAATGAAAATACA--A-----TA-ATA------GGCTACTTTTT---TATTT---AA--------T----A----CTAGAAAGCTG----T---G-T------TTTA---------------------------AAAA-T-----TATTTGATTG-AAAGACTGCTGG-AA-AAATA--CGTCGCGC
gi|15 : ACTTTTC---ACCTT---AA--------T----A----CTAGAAATCTG----T---A-TCGTA--TTTTTTCCCATGCATA-TCTTTTTCTC----------------ACT---T-G-AAAGAGTGCTGG-AA-AAATA--TGTCTCACTGc
gi|15 : GACATGCATAT---TTTATGTAATGAAACGGAT------G-GAATAATAATACGGTTACCATATT---------TTAATC----TAATCTATG----CAGTAAATT-A-AAAACTTT----------AAAT---------TTTAAT---TTTCAA------TAATAGCAAAATGCACACT-----CCTATAAATAgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngacatgcatattttatgtaatgaaacggatggaataataatacggttaccatattttaatctaatctatgcagtaaattaaaaactttaaattttaattttcaataatagcaaaatgcacactcctataaataacaaatagtggataaaatat
gi|16 : acttttcaccttaatactagaaatctgtatcgtattttttcccatgcatatctttttctcacttgaaagagtgctggaaaaatatgtctcactggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGATCTGTA---CCA-G---------------TA-TT-------A---AGTCGCTGCCAGTAC-----C-TACACACG-CGACA---CT--AAAT--GTCCT--TCGCACCATGGGGTA------ATC---CTGTG-TAAAGATATCA---ATTAG-------TCG-------G------------TGCT---------TT--------T--GT-G---T-T-GC-------T--------------------------------A-GT-T---T-T--GATCAA--AGGATGTGTCATAAGAATG-TCA--------------AAATGTGTTAAT----T----GGTGGAGACCAG-CGCAAAGA-CACCCAT-TAGAG--ATA---TTAATTACGCT-T--------AGAAATGAAAACACA--ATA----A-A-A------GGCTATTTTT------TTA---AA--------C----AATTTCTATAAATCTG----T---A-CCGTG--TTTAGTC-CATGC--------------TT-AAAAA-TAACC-TAC----TTG-TAAGAATGAAGA-AA-AAGTA--CGTCGCGacaaatagtggataaaatat
gi|17 : gatttgttaaaatagtttaaataatattaattaaaataaTTTAGTGCAA----TC------TT-----T----------GA----ATTC-GAGTAGGCTATTTCTATTACATAACACGATTTAA-TCACTGAACTGTA---CCA-G---------------TA-TT-------A---AGTCACTGCCTGTAC-----C-TACACACA-GAGTA---AT--AAAT--GCTCT--TCGTAACATGGGGTA------ATC---GTGAA-GAGAGGTGTCA---ATTAA-------TCA-------G------------TGC----------TT--------T--GGTG---T-CAAA-------TTGTTATGA---A-----AAC---------AACA-A------T-T--GG--AG--AGGACGTGTCATAA----G-TTG--------------ATA-GTGTAAGT----A----GGTCGAGACCAA-CACAAACT-CACTTGT-TAGAA--ATA---TTTAT-------------------------AGCACA--ATAGCCTA-ACA------GACTACTTATT---AATTA---AAAAAG----T----A----CTAGAAATCTG----T---A-TAGTA--TTTATTCGCACGCATATT-TTTCTCTTTT-AAAAA-T
gi|18 : GCATA-T-TTTTTCTGTT-AAAAAATAG-T-TA-T---TTG-AAACGATGCTGATAA-AAATAAACGTCACGCTGACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGACACGTA---TGAAACG----T---GTCCTGTCATGAAACGGAT------G-GAATATGAATACAGTTACCGTATT---------TTAACT----TAATCAGTG----CACTAAATT-A-AAGACTTC----------AATT-TCAAA---TTAAAC---TTTCAATAGACCTTACAGCTAAATGCGCATA-----C---TAAATAGAAACTATC
gi|19 : tgtttacataTAATGTATTTTAA-TTACTCATCTATA---CCA-G---------------TA-TT-------A---AGTCATTGCCTGTAC-----C-TACATGCA-CAGTA---AT--AGAT--GCTCT--TTTTAACATGGAGTC------ATT---CTGGG-TAAAGATGTCA---ATTAG-------TCG-------GTGCTT-------TGGTGTTACGAGTTT--------T--G--A---T-C-AAAC-----TGTTATG-A---A-----AAC---------ATCA-A------T-T--GG--AG--AGGGTGTGTCACAA----G-TTT--------------AAG-GTGCAAAC----A----GGGTGAGACCAG-CACATATT-CACTTGT-TAGAA--ATA---TTTA-TCCT-G-TAGTCAGAAACAAATAAAAGCACA--ATAAC--A-AT----------TTTTTTTT---AATtg
gi|2 : tggagAGTGCAA----TC------TT-----T----------GA----ACTT-TA-TA-----TTTCTATTACATAACAT-TTTTAA-TTACTGACCTGTA---CCA-G---------------TG-TT-------A---AGTCGCTGCCTGCAA-----C-TACACATG-CGGTA---AT--AAAT--GTTCC--TTGCAACATGGGTTA------ATC---ATGGG-GAGAGATGTCT---ATTAGTCACACTTCG-------G------------TG-----------TT--------T--G--A---T-CGAA-------CTTTATG-A---A-----AAC---------TACA-----G--T-C--GG--AG--AGGATGTGTCACAA----G-TTG--------------AAG-GTGTAAGT----A----GGTCGAGACTAA-TGAAAATT-CACTCGT-AAGAA--ATA---TTTATACCTTG-TTGAC-AAATGAAACTAAAATACA--ATAGCCTA-ATA------GGCTACTTTTT---AA--A---AG--------TATAAA----CTAGAAATATGTAACT---A-TCATA--TTTATTTGCACGCATA-T-TTTCTCTTTT-AAAAA-TAG-C-TAC----TTG-AGACAATGCTGG-AA-AAATA--TCTCATGCTTACattttatttacagatcattttactataaatttagat
gi|2 : GATACACAAAT---TTCATGTAATAAAACTGAT------G-GAATATTGACACAGTGACCATATT---------T-GACT----TAATCAGTG----CACCAACTT-A-AAGTTTTC----------CGAT-TTAAA---TTAAAC---TTTCAACAGATCCAGTAGCTAAATGCGCACA-----C---TAAATAGAAACTATnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngatacacaaatttcatgtaataaaactgatggaatattgacacagtgaccatatttgacttaatcagtgcaccaacttaaagttttccgatttaaattaaactttcaacagatccagtagctaaatgcgcacactaaatagaaactattg
gi|20 : agtgcaatctttgaactttatatttctattacataacatttttaattactgacctgtaccagtgttaagtcgctgcctgcaactacacatgcggtaataaatgttccttgcaacatgggttaatcatggggagagatgtctattagtcacacttcggtgtttgatcgaactttatgaaaactacagtcggagaggatgtgtcacaagttgaaggtgtaagtaggtcgagactaatgaaaattcactcgtaagaaatatttataccttgttgacaaatgaaactaaaatacaatagcctaataggctactttttaaaagtataaactagaaatatgtaactatcatatttatttgcacgcatattttctcttttaaaaatagctacttgagacaatgctggaaaaatatctcatgcttacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn---CCA-G---------------TA-TT-------A---AGTTACTACATGTAC-----C-TACCTACA-CAGCAGATAT--ATAT--GTTCT--TCGCAACATGGGGTA------ATC---ATGGG-GAAAGATGTCA---tg
gi|20 : A-AT-CA--T-G--GG--GA--AAGA--TGTCACAA----G-TTG--------------CAG-GTGTATATTATAA----GGTGAATACTAA-CGCAGATT-TACTCGT-TAGAA--ATA---TGTAGT-CTAG-TCCATAACAAGAAA-AAAAACATA--ACTGTCTA-AAA------GGC-ATTTTTTTAAAAATA---AA--------T----A----CTAGAAATCTG----T---A-TCGTA--ATTATTACCGCTCATA-T-TGTTTCTTTT-TAAAA-TAG-C-TGC----ATA-AAAGAAGGCTGG--A-AAATA--Ccaagttgcaggtgtatattataaggtgaatactaacgcagatttactcgttagaaatatgtagtctagtccataacaagaaaaaaaacataactgtctaaaaggcatttttttaaaaataaatactagaaatctgtatcgtaattattaccgctcatattgtttctttttaaaatagctgcataaaagaaggctggaaaatacac
gi|21 : ccagtattaagttactacatgtacctacctacacagcagatatatatgttcttcgcaacatggggtTC-GAATA-----TTATAATTACATGACATGTTTAAA-TTATTG-----------------------------------------------GTCTCTATCTGCAC------------ACA-CGATA---AT--AAAT--GCCCA--GTGCAACATGGGGTACCGGTCATT---GTGGG-AAGAGATGTCG---AATAG-------TTA-------G----C-------ac
gi|22 : ataaaatttcaaatttatttcttatgaatagattttcgtaaggattaatttgccttgatttttggttcaaggacatattcatgggtaatgagtttattgaaacactaattgaactccggccTTTAATGAGA----TC------TT-----TCGGCTCATTTGA----ATTC-GAATA-----TTGCTATTACATAACGTGTATTAA-TTACTGACCAGTA---ACA-G---------------TA-CT-------G------CACTGCCTGCactttagttttacgagttttgattagaatgccacat
gi|23 : attataggtgatatactgtagaaacattcattttccttgggcttaattttcgtttttattttgtaaaagttgaattcgagggacttaatttcatcaaatactaattacaggaatacaaaatgt--------------AAG-ATGTGAAT----A----TGTCAGGACCA----CAAATT-CATTTAT-CAAAA--CTA---GTTATTCGTTGATCTCTGGAAATAAATAAAAATATG--------TACATA--------TTCCTTT------ACTA---AA--------T----A----TTAGAAG-CTG----T---A-TCTTA--TTTCTTTGTATACATG-T-GTTGTTGTTG-AAAGA-GAG-C--------TTG-AAA-AATtgcac
gi|24 : gatgtgtcgtaagttgaatgcttaagttattgtcaa------TT-----T----------AA----ATTC-AAATA-----TTTCATTTACATAACGTGTTCTAA-T------------------------------------A-TT-------C---AACTGCTACATGCAC--------ACACAAGACAATGC--AT--ATAT--GTT------GCGACATAGGGTA------ATT---GTTGG-GAGGAATGCCA---A-TAG-------TTG-------A----C-------atgtgacactg
gi|25 : aaaaaaacctaaaaacatcggcagtatttcgaacatctggccgaAACGTGGAGTA------ATC---ATGGG-GAGAGATTTAA---ATTAG-------TCG-------G----CGCTT---TG-----------GTG-------T--G--A---C-C-TA-------T-------------------C---------CACATGT-TA--T-T--AA-------------GCCAC---------TG------------------GTGTAAGT----A----GG-----ACCAA-CAAAATTT-CACTCGT-AAATA--ATA---TTTATTCCCCG-TCGACAAAAAGAAATAAAAACACA--ATAGCCTA-ATA------acttaaaattgcgttacaagtttgattaaaacattacagga
gi|26 : ------TT-----T----------GA----AT-A-GAGTA-----TTTCTATTACACAACGCACTCTAA-TTATTG-CCTGTA---CCA-G---------------CA-TA-------A---AGTC---------------------ACATG-CAGTA---AT--AAAT--CCTCT--TCACAACATGGGGTA------ATC---AGGGG-TAGAGATGTCA---ATTAG-------TTG-------tgtaaaagaaaatttgagtatattaaacagtatctaatgg
gi|26 : ttcggcaca-GTGAAAAC----A----GGTTGAGACCAG-CGCATATT-CACTTGT-TATAA--ATA---TTAATTC--CG-TAGACAGATAAAAATAtgaaaacaggttgagaccagcgcatattcacttgttataaatattaattccgtagacagataaaaata
gi|27 : ttcggcacatttgaatagagtatttctattacacaacgcactctaattattgcctgtaccagcataaagtcacatgcagtaataaatcctcttcacaacatggggtaatcaggggtagagatgtcaattagttTAACACGCATAT---TTTATGTAATGAATTGAAT------G-TTATAGTAATATAGTCGCCGCATT---------TTAGC---------CAGGA----CA--AAGTT-A-AAG----CACAAAAAGAAGAAA-ATATA---TATA-----TTTAAATAATTGTA------AAATGCGCACA-----A---TAAGTAGAAA
gi|28 : ctgcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacgaaccttTGGGGTA------ATC---CTGAG-GAGAATTGTCA---ATTAG-------TTT-------G----CGCTTTTGTG-----------TTACTAGTTTT--C--A---TTC-AA-------CTATTATGA---A-----AAC---------AACA--------T-T--GG--AG--AGGATGTGTCACAA----G-TTGAATGTTTATTGTCAAAG-CTGTAAAT----A----GACCGAGA--AA-GACTAATTCCACTTGGACAGAA--ATA---a
gi|29 : tgtgttactatgcaaaatgggataatccTAATGAATTGACT------G-TAATAGTAATAAAGTTGCCGCATT---------TTAGCCAGGACAA--AGTGAAAGCACAAAA---AGAAGA---------------AA----AAA---TATATT---TTTCAATAATTGTAA------AATGCGCACA-----C---CAAATAGAAAa
gi|3 : A-G---------------TA-TT-------A---AGTCGCTGTCTGCAC-----C-TACACATG-CGGTA---AT--AAAT--GCTTT--TCGCAATTTGGGGTA------ATC---GTGGG-GAGAGGTGTCA---ATTAG-------ACG-------G----CGCGTGTGTG-----------TT--------T--G--G---T-C-AAACTGTTATG------A---A-----AAC---------AACA-AT-TG--------G--AG--AGGACCTGTCACAA----G-TTG--------------AAA-GTGCAAGT----A----GGTCGAGACCAA-CGCTAAAT-CGATCGT-TAGAA--CTA---TTAATCCCTCG-TCGACAAATAGAAATAAAATCAAAATATAGCTTA-ATATGTCAGGATTACTTTTT---AATTA---AA--------T----A----TTAGAAATCTG----TATGA-TCATA--TTTATTCGCACGCAGG-T-TTTCTCTTTT-AAAAA-TAG-C-TAC----ATG-AAACAATACCGG-Aaaattggataacaaacagctcagaaaggtatgtcaacgttctaggtatagatataacacaatttgaatacgat
gi|3 : ACACGTATAT---TTTATGTAACGAAAGGAAT------GAAAATATTAATACA-TTACCATATT---------TTAACA----AAATCAGTG----CAATAAATT-A-AAGATTTT----------AAAT---------TTTAAC---TTTCAACAGATCTAATAGCCAAATATGCACACTAAGC---TAAGTAGAAACTAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntacacgtatattttatgtaacgaaaggaatgaaaatattaatacattaccatattttaacaaaatcagtgcaataaattaaagattttaaattttaactttcaacagatctaatagccaaatatgcacactaagctaagtagaaacta
gi|30 : agtattaagtcgctgtctgcacctacacatgcggtaataaatgcttttcgcaatttggggtaatcgtggggagaggtgtcaattagacggcgcgtgtgtgtttggtcaaactgttatgaaaacaacaattggagaggacctgtcacaagttgaaagtgcaagtaggtcgagaccaacgctaaatcgatcgttagaactattaatccctcgtcgacaaatagaaataaaatcaaaatatagcttaatatgtcaggattactttttaattaaatattagaaatctgtatgatcatatttattcgcacgcaggttttctcttttaaaaatagctacatgaaacaataccggannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntTTTAATGCGAATTTTCAGCACATT-----T----------TA----ATTC-GAATA-----TTTCTATTACACAGCATGTTTTAA-TTACTGACCTTTA---CCA-G---------------TA-TT-------T---ATTTACTGTCTGTAC-----A-TACACACGGTGGTA---AT--AAA-----------------ATGGAGTA------ATC---GTGGG-TACAGATATCA---ATTAG-------TCG-------G----C-------TC-----------TT--------T--G--G---T-
gi|32 : atATAACATGTTCTAA-TTATTAACCTCTG---CCA-GAGAGGCAGAGACATGTAATT-------G---AGT-ATTGCCTCTAC-----C-TGCACTCA-CA--A---GT--CAAT--GTCCA--CTGCAACATGGGGTA------GTCCGAGAGAGTGAGAGATGTCA---TTTAG-------TCG-------G----C-------tctatttgatactgttaacaactaaat
gi|33 : aaTTTAG-GC------TCA-----TT-----T----------GA----ATTC-GAGTC-----TTTCTGCTACATAATGCATTTTAA-TTGCTGAGCTGTA---CAA-A---------------TA-TT-------TT--AGT-------------------TAC---------TAG--AT--AAATTAGCTCTGTTTGCAACATGGGGTA------ATC---CTGTG-GAGAGGTGTTA---ATTAG-------TTG-------G----C-------TG-----------TT--------T--G--G---T-gcttttgtattacaagtttttattaaa
gi|34 : ttttagtgtgtacATAT---TTCATGTAATGAAACGGAA------C-GAATATAAATACAGTTACCATATTTAACATATTTTAACT----TAATCAGTG----CACTTTATT-A-AAGATTTA----------AAAT-TCAAA---TTTAAT---TTTCAA------TAATAGCAAAATGCACACA-----C---AAAATAGAAACTATCAgt
gi|35 : aagaGCGTAT---TTTATATAATGATACAGAT------G-GAGTACTAAAACAGTTACCGTATA---------TTAACT----TAATCAGTG----CACTAAATT-A-AAGGTTTC----------AAAT-TTAAA---TTTAAC---TTTCAATAAATCTAATAGCTAAATGTGCACA-----C---TAAATAGAAACTA
gi|36 : gAACGTGGAGTA------ATC---ATGGG-GAGAGATGTCA---ATTAG-------TCG-------G----CGCTTTGGTG-----------CT--------T--G--A---T-C-AAACTGT--T-------A---T-----GAA---------AACA-AC-CA--T-T--GA--AG--GGGACATGTCACAA----G-CTG--------------AA--GCGTAAGC----A----Gc
gi|37 : GAAATGAATACTTCAG-GAATATCAATACAGTTTCCAAATC---------TTAACT----TAATAAATG----CACTAAATT---------------------GAAT---------TTTA-----TT---ATTGAT-TAAAAGCCAAATGCACACA-----G---AAAATAtgacctatccacatgttattatgtcactgg
gi|38 : CTGCAC-----C-TACACATG-TGGCA---AT--AAAT--GCTCC--TCGCAATATGGGGTA--------T---ATGCA-GAGATATGTCA---GTTAG-------TCGGCTCTTTG----C-------TG-----------TT--------T--G--A---T-C-AAG------TTGTTATGA---A-----AAG---------AACA-AT-ttggataacatagatatagct
gi|4 : ----ATTT-CAATA-----TTTCCATAACACAA---GTCTTAG-TT-C---CCTATA---CCA-A---------------TA-TT-------A---AGTCACTGCCTGTAC-----C-TACACACA-CAGTA---AT--ACAT--GCTCT--TCGCAACATGGGGTA------ATT---GTGGG-TTGAGATGTCA---TTTAG-------TCT-------G----C-------GC-----------TT--------TGAG--A---T-T-AC-------T-------A---ATTCTTATC---------A--A-AC-T---------G--AG--AGGATGTGTCACAA----G-AGT--------------AAG-ATGTAAAC----A----GGTCAAGGTCAG-TACA
gi|4 : A-ATATT----GGCAACTTTTT---AATTA---AA--------T----A----CTAGAAAACTGAT--T---ATTTGTACGTGTATTTGCATGCATA-C-TTTTTCTTTT-CAAAG----------------------AATGCTTG-AA-AAGTA--TGCCACGCTGggtcaaggccagtgcaatattggcaactttttaattaaatactagaaaactgattatttgtacgtgtatttgcatgcatactttttcttttcaaagaatgcttgaaaagtatgccacgctggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtcacgaataatttatgtaatgaaatggattgtatgttaagccgttaccatattttaacttaaacattgcactaaattaaagattaaaaatttaataatagcaaaatgcgctcacctgatagaaaatattgg
gi|4 : atttcaatatttccataacacaagtcttagttccctataccaatattaagtcactgcctgtacctacacacacagtaatacatgctcttcgcaacatggggtaattgtgggttgagatgtcatttagtctgcgctttgagattactaattcttatcaaactgagaggatgtgtcacaagagtaagatgtaaacaggtcaaggtcagtacaggtcaaggccagtgcCACGAATAA---TTTATGTAATGAAATGGAT------T-GTATGTTAA-GCCGTTACCATATT---------TTAACT----TAAACATTG----CACTAAATT-A-AAGATT-------------AA----AAA---TTTAA----------------TAATAGCAAAATGCGCTCA-----C---CTGATAGAAAATATgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtcacgaataatttatgtaatgaaatggattgtatgttaagccgttaccatattttaacttaaacattgcactaaattaaagattaaaaatttaataatagcaaaatgcgctcacctgatagaaaatattgg
gi|5 : atttcaatatttccataacacaagtcttagttccctataccaatattaagtcactgcctgtacctacacacacagtaatacatgctcttcgcaacatggggtaattgtgggttgagatgtcatttagtctgcgctttgagattactaattcttatcaaactgagaggatgtgtcacaagagtaagatgtaaacaggtcaaggtcagtacaggtcaaggccagtgcaatattggcaactttttaattaaatactagaaaactgattatttgtacgtgtatttgcatgcatactttttcttttcaaagaatgcttgaaaagtatgccacgctggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtTA---CCA-G---------------TA-TTTTATATAA---AGTCGC---CTGCAC-----C-TACACACG-CAGCA---AT--AAAT--GCTCC--TTGCAACATGGGGTA------ATC---CTGGtgg
gi|5 : GGACGTGTCACAA----G-TTG--------------AAG-GTGTAAGT----A----GGGTGAGACCAA-TGCAAATT-CATTCGT-TAAAA--ATA---TTTATTCCTCC-TCGACAAATAGAAATAAAAACAC----------A-ATA------GGCTACTTTTT---CATTC---AA--------T----A----CTAGAAATCTT----G---A-TCATG--TTTATTCGCACACATC-T-TTTCTCTTTT-AAAAA-CAG-C-TGC----TTG-AAATAATGCTTG-AG-AAATA--TGTTGCACCGA---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTAACACGCATAT---TTTATGTAATGAAATGGAT------A-AAATATCAATACAGTTACTGTATT---------TGAACA----TAATCAGTG----CACAAAATT-A-AAGATTTC----------GAAT-TTAAA---TTTAAC---TTTCATTAGTTCCAATAGCTTAATGCGCACA-----C---TAAATAGAAACTATCacgtgtcacaagttgaaggtgtaagtagggtgagaccaatgcaaattcattcgttaaaaatatttattcctcctcgacaaatagaaataaaaacacaataggctactttttcattcaatactagaaatcttgatcatgtttattcgcacacatcttttctcttttaaaaacagctgcttgaaataatgcttgagaaatatgttgcaccgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtaacacgcatattttatgtaatgaaatggataaaatatcaatacagttactgtatttgaacataatcagtgcacaaaattaaagatttcgaatttaaatttaactttcattagttccaatagcttaatgcgcacactaaatagaaactatcgg
gi|6 : taccagtattttatataaagtcgcctgcacctacacacgcagcaataaatgctccttgcaacatggggtaatcct-----AAC---------AATA-AT-TA--T-T--TG--AG--GGGATGTGTCACAA----G-TTG--------------AAG-GTGTAAGT----A----GGTCAAGACCAA--GCAAATT-CACTCGT-TAGAA--ATA---TTTATTCCTCG-TCAACAAAAAGAAATAAAAACACA--ATAGCCTA-ATA------AGCTACTTTTT---AATTA---AA--------C----A----CTAGAAATCTG----T---A-TCCTA--TTTATTTGCACACATA-T-TTTCTCTATT-AAAAA-gg
gi|6 : gagatttctatgacataaagcgcgttggtgtttggtaaaactgttacgaaaacGACACGCATAT---TTTATGTAATGAAACAGTT------G-GAATATTAAAACAGTTACCATATT---------TTAACT----TGAT-AG--------CTAAATaaatgctgggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngacacgcatattttatgtaatgaaacagttggaatattaaaacagttaccatattttaacttgatagctaaatgcgcacacaaaatagaaacta
gi|6 : gagatttctatgacataaagcgcgttggtgtttggtaaaactgttacgaaaacaacaataattatttgaggggatgtgtcacaagttgaaggtgtaagtaggtcaagaccaagcaaattcactcgttagaaatatttattcctcgtcaacaaaaagaaataaaaacacaatagcctaataagctactttttaattaaacactagaaatctgtatcctatttatttgcacacatattttctctattaaaaaaaatgctgggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAATG-A-AACAGTTG----------GAATATTAAAACAGTTACCATATTTTAAC----TTGATAGCTAAATGCGCACA-----C---AAAATAGAAACTAgcgcacacaaaatagaaacta
gi|7 : gagatttctatgacataaagcgcgttggtgtttggtaaaactgttacgaaaacaacaataattatttgaggggatgtgtcacaagttgaaggtgtaagtaggtcaagaccaagcaaattcactcgttagaaatatttattcctcgtcaacaaaaagaaataaaaacacaatagcctaataagctactttttaattaaacactagaaatctgtatcctatttatttgcacacatattttctctattaaaaaaaatgctgggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngacacgcatattttatgtGCGA----TC------TT-----T----------GT----ATTT-GAGAA-----TTTCTTTTACATAAAGCATTTTTA-TTACTGACCTGTA---GCAAG---------------TA-TT-------T---AGTCTATGCCTGCAC-----C-TAGCGACG-CGGTA---AT--TAAT--GCTCT--TTGCAACATTGGGTA------ATC---ATGGG-GAGAGGCTTTAGTGATTTA-------TCA-------AA---C-------TG-----------TTA-------T--G--A----------------------------A-----AAC---------AACA-AT-TG--------G--AG--AGGACGTGTCATAA----A-TTG--------------AAG-GTGTAAGT----A----GGTCAAGATCAA-AGCAAATT-CACTTGT-TAGAA--ATA---TTTACTCCTCA-TCAACAAAAAGAAATAAAAACATA--ATAGCCAA-ATA------TGATACTTTTT---AATTA---AATACACATGT----A----CTAGAAATCTG----T---A-TCATA--TTTATTCGCACACATA-T-TTTCTCTTTT-AAAAA-TAG-C-TAC----TTG-AAACAATGCTGG-AA-AAATA--TGTC
gi|8 : AGTGCGA----CC------TT-----G----------GA----ATTC-GAGTA-----TT-CTATTTCATACCGCGTTTTAA-TTACTGACTTGTAGGCCTA-C---------------CA-TT-------ATATAGTCGTTGCCTGCAC-----C-TACACACG-CGGTA---AT--AAAT--GCTCC--TCGCAACATGAGGTT------ATC---CTGGT-------TATCGG--ATC---------TTT-------G----A-------TG-----------TT--------T--G--A---A-C-AAACTGT--T-------A---T-----GAA---------AACA-CT-TGATT-T--GC--AG--AGGATGTGTCAC--------TCG------------------GTGCAAGT----A----GGTCGAGACCAAACGCAAATT-CACTTGT-TAGAA--ATA---TTTATTCCTCG-TCGACAAAAAGAAATAAAAACACA--ATAGCCTT-ACA------GGCTACTTTTT---CATTC---AA--------T----A----ATAGAAATCTT----T---A-TCGTA--TTTATTCACATGCATA-T-TTTCTC-TTA-AAAAA-TGG---TAC----TTA-AAACAATGCTGG-AT-AAATA--AGT
gi|9 : AGTGCGA----AC------TTACAGCT----------GATTTAATTCCGCGAA-----TTTCTGTTACATAAAG--TTTTAAATTACTGATCTGTA---CAA-G---------------TA-TT-------A---AGTCGCTGCCTGTAC-----C-AACACACG-CGACA---CT--AAAT--GCCCT--TCGCACTATGCGGTA------ATC---CTGTG-TAATGATGTCA---GTTAG-------TCGGT-----G----C-------TT-----------TTG-------T--G--T---T-C-CG-------T----------------------------------GT-T---T-T--GATCAA--AGTATGTGTCATAAGAATG-TCA--------------AAATGTGTTAAT----T----GGTCGAGACCAG-CGCAAAGT-CACCCAT-TAGAT--ATA---TTGATTACGCT-T-----AAATG---TGAAAACACA--ATA----A-A-A------GGCTATTTTT------TTA---AA--------C----AATTTCTAGAAATCTG----T---A-CCGTG--TTTAGTC-CATGC-------------TTT-AAAAA-TAA-CATAC----TTG-TAAGAATGAAGG-AA-AAATA--CGTCACG
8 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|31 ): TTCTTAAGTTAATTTTCATTGTTTTTTGTTCAAGGTTATATTCATGGAAAAAAAACAATAAAAAAACAAAAGAATATTTGAACTCATAGCTCTGTCATTCAAATCTGAGTATTTTGATTAAATAATGTGTTCCAAATATTGTTCTCTACTCAAACAGGCGAAAATCAATGATTGCCTCAACATGGGCGT
Unaligned ( gi|39 ): CTGCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACGACCTTTGACATGCATTTTTCATGTA
Unaligned ( gi|40 ): ATCTTTTTCATTGGTATTAATTTTCTTTGTTTTTTGGCTTAAGGACATATTTAGAAAAAAAAT
Unaligned ( gi|41 ): ATATAGATCTATGTTTTGGGTACAGGATGTAACACAATTTTGCATTCGAC
Unaligned ( gi|42 ): AGCAGTGACCTATCCACATATGTTATTAAGTCACTGGTTTC
Unaligned ( gi|43 ): AGTGACCAATTCGCATGTTATTAAGTCACTGACTTTAGTA
Unaligned ( gi|44 ): TCGAAAGTAATAGTAATAAAGATGGCCGCTTTTCCAGG
Unaligned ( gi|45 ): AGTGACCTATTCACATGTTATTAAGTCACTGGTTACAA
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111111 1111111111111111 111111111111111 11111111111 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 11111111111111 11111111 22222 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111 111111111111
lowQualScore : 9999 222222 4444444444444444 6666 2 66666 55 2 333 1 333333333333333 1 11111111111 2 8888888 3 666 22 22 22 444444 6666 11 444 5555555 8888888 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 66 33 2 8888 2 44444444444444 3 4444 4444 2 2 2 22 333 0 2 4 33 1 555 2 888888 55555 333 22222222 4444 8888 7777 333 2 0 22 1 2 2 2 2 222 44444 2 2 2 2 33 3 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 555 777777 2 0 1 000000000 88888 5555 2 2 1 444444444444 999 444 55555 777777 1 66666 444
lowQualScore : .... ...... ................ .... . ..... .. . ... . ............... . ........... . ....... . ... .. .. .. ...... .... .. ... ....... ....... ......................................................................................................... .. .. . .... . .............. . .... .... . . . .. ... . . . .. . ... . ...... ..... ... ........ .... .... .... ... . . .. . . . . . ... ..... . . . . .. . ................................................................................................................... ... ...... . . . ......... ..... .... . . . ............ ... ... ..... ...... . ..... ...
lowQualScore : 4444 999999 8888888888888888 1111 7 22222 44 2 333 8 999999999999999 8 55555555555 2 9999999 6 888 55 55 55 666666 9999 77 666 7777777 0000000 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 11 11 4 9999 1 55555555555555 8 0000 0000 0 1 1 99 777 1 2 3 11 4 555 0 555555 77777 777 11111111 5555 9999 4444 777 1 3 99 7 0 0 0 0 333 99999 2 9 4 5 44 5 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 444 777777 7 3 9 777777777 00000 7777 7 7 1 666666666666 444 777 44444 555555 4 77777 777
consensus : TTTAGTGCGA----TC------TT-----T----------GA----ATTC-GAGTA-----TTTCTATTACATAACGCGTTTTAA-TTACTGACCTGTA---CCA-G---------------TA-TT-------A---AGTCGCTGCCTGCAC-----C-TACACACG-CGGTA---AT--AAAT--GCTCT--TCGCAACATGGGGTA------ATC---GTGGG-GAGAGATGTCA---ATTAG-------TCG-------G----C-------TG-----------TT--------T--G--A---T-C-AA-------T-------A---A-----AAC---------AACA-AT-TG--T-T--GG--AG--AGGACGTGTCACAA----G-TTG--------------AAG-GTGTAAGT----A----GGTCGAGACCAA-CGCAAATT-CACTCGT-TAGAA--ATA---TTTATTCCTCG-TCGACAAAAAGAAATAAAAACACA--ATAGCCTA-ATA------GGCTACTTTTT---AATTA---AA--------T----A----CTAGAAATCTG----T---A-TCGTA--TTTATTCGCACGCATA-T-TTTCTCTTTT-AAAAA-TAG-C-TACT---TTG-AAACAATGCTGG-AA-AAATA--CGTCGCGCTGACANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGACACGTANNGTGACACGCATAT---TTTATGTAATGAAACGGAT------G-GAATATTAATACAGTTACCGTATT---------TTAACT----TAATCAGTG----CACTAAATT-A-AAGATTTC----------GAAT-TTAAA---TTTAAC---TTTCAATAGATCTAATAGCTAAATGCGCACA-----C---TAAATAGAAACTATCA
Reference ( family-363 ) : TTTAGTGCGA----TC------TT-----T----------GA----ATTC-GAGTA-----TTTCTATTACATAACGCGTTTTAA-TTACTGACCTGTA---CCA-G---------------TA-TT-------A---AGTCGCTGCCTGCAC-----C-TACACACG-CGGTA---AT--AAAT--GCTCT--TCGCAACATGGGGTA------ATC---GTGGG-GAGAGATGTCA---ATTAG-------TCG-------G----C-------TG-----------TT--------T--G--A---T-C-AA-------T-------A---A-----AAC---------AACA-AT-TG--T-T--GG--AG--AGGACGTGTCACAA----G-TTG--------------AAG-GTGTAAGT----A----GGTCGAGACCAA-CGCAAATT-CACTCGT-TAGAA--ATA---TTTATTCCTCG-TCGACAAAAAGAAATAAAAACACA--ATAGCCTA-ATA------GGCTACTTTTT---AATTA---AA--------T----A----CTAGAAATCTG----T---A-TCGTA--TTTATTCGCACGCATA-T-TTTCTCTTTT-AAAAA-TAG-C-TACT---TTG-AAACAATGCTGG-AA-AAATA--CGTCGCGCTGACANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGACACGTANNGTGACACGCATAT---TTTATGTAATGAAACGGAT------G-GAATATTAATACAGTTACCGTATT---------TTAACT----TAATCAGTG----CACTAAATT-A-AAGATTTC----------GAAT-TTAAA---TTTAAC---TTTCAATAGATCTAATAGCTAAATGCGCACA-----C---TAAATAGAAACTATCA
gi|1 : TTTAGTGCGA----CC------TT-----T----------GT----GTTA-GAGTA-----TTTCTACTACATAACGCATTTTAA-TTACTGACCCATA---CCA-A---------------TA-TT-------A---ACTCACTGCCTGCAC-----C-TACACACA-CGGTA---AT--AAAT--GCTCC--TCGCAACATGGGGTT------ATC---CTGGG-GAGAGGTGTCA---ATTAG-------TAG-------G----C-------TA-----------TT--------T--G--A---T-C-AA---------------A---A-----AAC---------AACA-GT-TG--C-TATGG--AG--AGGATGTGTCACAA----G-TTG--------------AAG-GTGCAAGT----A----GGTTGAGATCAA-TGCAAATT-CAGTTGT-TAGAA--ATA---TTTATTCCTAG-TCGAAAAAAAGAAATAAAAACACA--ATAGCATC-GTA------GGCTTCTCTTT---CATTC---AA--------T----A----CTAAAAATCTT----T---A-TCATA--TTTATTCACATGCATA-T-TTTCTCTTTT-AAAAA-CAG-C-TACT---TTATAAACAATGCTGG-AG-AAATA--CCTCATGCTGACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTGACATGCATAT---TTTATGTAATGAAACGGAT------G-GAATTTTAATACAGATACCATATT---------TTAACC----TTATCAGTG----CACTAAATT-A-CAGATTTT----------GAAT-TTAAA---TTTAAC---TTTCATTAGATCTAATATCTGAATGCACACA-----C---TGAACAGAAACTATCA
gi|10 : A-ATA------GACTACTTTT----AATTA---AA--------T----A----CTAGAAATCTG----T---A-TCGTA--TTTATTCGCACGCATA-T-TTTCTCCTTT--AAAA-TAG-C-CA-T---TTG-AAACAATGCTGG-AATAAATA--CGTCACGCTGAC
gi|10 : GGCACGCATCTGTTTTTA---AATGAA-CGGAT------T-GAATATTAATACAGTT------------------CAACT----TGGTCAGTG----CACTAAGTT-A-AAGATTTC----------AAAT-TTAAA---TTTGAC---TTTCAATAGATCTAATAGCTAAGTGCGCACA-----C---TAAATAGAAACTATCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggcacgcatctgtttttaaatgaacggattgaatattaatacagttcaacttggtcagtgcactaagttaaagatttcaaatttaaatttgactttcaatagatctaatagctaagtgcgcacactaaatagaaactatcgg
gi|11 : aatagactacttttaattaaatactagaaatctgtatcgtatttattcgcacgcatattttctcctttaaaatagccatttgaaacaatgctggaataaatacgtcacgctgacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAGTA-----TTTCTTTTACATAACACTCTTTAA-TTACTGACCTTTA---TCA-GAG-------------TA-TT-------A---ATTCACTGCCAGCACAATGTCATACACACA-CAGTT---AT--TAAT--GCTCT--TTGTACCATAGGGTA------ATT---GTGGA-GATAGATGTTA---ATTAG-------TTG-------G----CACTTTGGTG-----------TT--------T--T--A---T-C-AAATTGT--T-------ACGAA-----AAC---------AACA-AT-TG--------G--AG--AG-ACGTG-----------------------------AAG-GTGTAATT----AAGAAGGTTAAGATCAA-CGCAAATT-CACTCGT-TAGAA--ATA---TTTATTCTTCG-TTAACACAAAGAAATAAAA-CACA--AAAGCCTA-ATA------GGCTACTTTAT---AATTA---AA--------T----A----CTAGAAATCTG----T---A-GCATA--TTTATTCACACGCATA-T-TTTTTCTTTT-AGTAA-TAG-C-TA-T---CTG-AAACAATGCTGA-GA-AAATA--TGTgg
gi|12 : ----------GA----ATTT-GAGTA-----TTTCTGTTACCCAACATGTTTTAA-TTACTGACCTGTA---CCA-G---------------TA-TG-------A---AGTTGCTGTCTGTACCTAG-C-TACAAATG-CATTA---AT--AAAT--GCTCT--TCTCAACATGGGGTT------ATC---ATCGG-TAGAGATGTCG---ATTAG-------TCG-------G----TGCTTTTGTG-----------TTA-------T--G--AGTTT-T-GA-------T-------A---A-----AACTGTTACAGAAACA-AC-AA--T-T--GG--AA--AGGACGTGTCACAA----GTTTA--------------AAG-TTGTAAAT----A----GGTCGAGACCCA-CCCAAAGT-CAC-----CAG--------------------G-TAGACAGAAAGAAATAAAAATACA--A-----TA-ATA------TACAATATTTT---AATTG---AA--------T----A----CTA-AAATATA----T---A----------TATTTGCATGCACA-G-TTTTTCTTCTAAAAAA-TAC-C-TATT---TT--AAATAATGCTTG-AA-AAATA--TGTCTCGCT
gi|13 : TAAAAACACA--ATAACCTA-ATA------GGCTACATT------ATCACGTAA--------T----A----CTAAAAATCTT----T---A-TCGTA--TTTATTTGCACGCATA-T-TTTCTCTATT-AAAAA-CAG-C-TAC----TTG-AAACAATACTGG-AG-AAAAA--CATCACGCTGACANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTGGCACGCATAT---TTTATATAATGAAAC--AT------G-GAATATTA--ACAG--------------------------------TCATTG----CACTAAATTAA-AAGATTTC----------GAAT-TTAAA---TTTAAC---TTTCATCAGATCTAACAGCTCATTGTGCACA-----C---TAAATAGAAATTATC
gi|14 : ------TT-----T----------GA----ATTT-GAGTA-----TTTCTATTACATAATG--TTTCAA-TTCCTGATTGGTA---CTA-G---------------TA-TTT------G---AGTCGCCACCTATAC-----T-AGCAAACG-TGACA---ATTTAAGC--TCTCT--TCGCCACATGGGGTA------ATC---CTGTG-GAGAGATGCCA---ATCAG-------TCA-------G----CGCTTCAGTG-----------TTACGAC---T--G--A---T-C-A--------------------------------------AACT-GTGTG--TAT--GA--AAACAGGCTGTGTCATA-------TTGCC------------AAA-A-GTAATT----A----GGCAGAG--TTG-CACAAATT-TATTCAC-TAGAACTATATATTTTTTTCCTCG-AAGAAAGAAAGAAATGAAAATACA--A-----TA-ATA------GGCTACTTTTT---TATTT---AA--------T----A----CTAGAAAGCTG----T---G-T------TTTA---------------------------AAAA-T-----TATTTGATTG-AAAGACTGCTGG-AA-AAATA--CGTCGCGC
gi|15 : ACTTTTC---ACCTT---AA--------T----A----CTAGAAATCTG----T---A-TCGTA--TTTTTTCCCATGCATA-TCTTTTTCTC----------------ACT---T-G-AAAGAGTGCTGG-AA-AAATA--TGTCTCACTGc
gi|15 : GACATGCATAT---TTTATGTAATGAAACGGAT------G-GAATAATAATACGGTTACCATATT---------TTAATC----TAATCTATG----CAGTAAATT-A-AAAACTTT----------AAAT---------TTTAAT---TTTCAA------TAATAGCAAAATGCACACT-----CCTATAAATAgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngacatgcatattttatgtaatgaaacggatggaataataatacggttaccatattttaatctaatctatgcagtaaattaaaaactttaaattttaattttcaataatagcaaaatgcacactcctataaataacaaatagtggataaaatat
gi|16 : acttttcaccttaatactagaaatctgtatcgtattttttcccatgcatatctttttctcacttgaaagagtgctggaaaaatatgtctcactggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGATCTGTA---CCA-G---------------TA-TT-------A---AGTCGCTGCCAGTAC-----C-TACACACG-CGACA---CT--AAAT--GTCCT--TCGCACCATGGGGTA------ATC---CTGTG-TAAAGATATCA---ATTAG-------TCG-------G------------TGCT---------TT--------T--GT-G---T-T-GC-------T--------------------------------A-GT-T---T-T--GATCAA--AGGATGTGTCATAAGAATG-TCA--------------AAATGTGTTAAT----T----GGTGGAGACCAG-CGCAAAGA-CACCCAT-TAGAG--ATA---TTAATTACGCT-T--------AGAAATGAAAACACA--ATA----A-A-A------GGCTATTTTT------TTA---AA--------C----AATTTCTATAAATCTG----T---A-CCGTG--TTTAGTC-CATGC--------------TT-AAAAA-TAACC-TAC----TTG-TAAGAATGAAGA-AA-AAGTA--CGTCGCGacaaatagtggataaaatat
gi|17 : gatttgttaaaatagtttaaataatattaattaaaataaTTTAGTGCAA----TC------TT-----T----------GA----ATTC-GAGTAGGCTATTTCTATTACATAACACGATTTAA-TCACTGAACTGTA---CCA-G---------------TA-TT-------A---AGTCACTGCCTGTAC-----C-TACACACA-GAGTA---AT--AAAT--GCTCT--TCGTAACATGGGGTA------ATC---GTGAA-GAGAGGTGTCA---ATTAA-------TCA-------G------------TGC----------TT--------T--GGTG---T-CAAA-------TTGTTATGA---A-----AAC---------AACA-A------T-T--GG--AG--AGGACGTGTCATAA----G-TTG--------------ATA-GTGTAAGT----A----GGTCGAGACCAA-CACAAACT-CACTTGT-TAGAA--ATA---TTTAT-------------------------AGCACA--ATAGCCTA-ACA------GACTACTTATT---AATTA---AAAAAG----T----A----CTAGAAATCTG----T---A-TAGTA--TTTATTCGCACGCATATT-TTTCTCTTTT-AAAAA-T
gi|18 : GCATA-T-TTTTTCTGTT-AAAAAATAG-T-TA-T---TTG-AAACGATGCTGATAA-AAATAAACGTCACGCTGACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGACACGTA---TGAAACG----T---GTCCTGTCATGAAACGGAT------G-GAATATGAATACAGTTACCGTATT---------TTAACT----TAATCAGTG----CACTAAATT-A-AAGACTTC----------AATT-TCAAA---TTAAAC---TTTCAATAGACCTTACAGCTAAATGCGCATA-----C---TAAATAGAAACTATC
gi|19 : tgtttacataTAATGTATTTTAA-TTACTCATCTATA---CCA-G---------------TA-TT-------A---AGTCATTGCCTGTAC-----C-TACATGCA-CAGTA---AT--AGAT--GCTCT--TTTTAACATGGAGTC------ATT---CTGGG-TAAAGATGTCA---ATTAG-------TCG-------GTGCTT-------TGGTGTTACGAGTTT--------T--G--A---T-C-AAAC-----TGTTATG-A---A-----AAC---------ATCA-A------T-T--GG--AG--AGGGTGTGTCACAA----G-TTT--------------AAG-GTGCAAAC----A----GGGTGAGACCAG-CACATATT-CACTTGT-TAGAA--ATA---TTTA-TCCT-G-TAGTCAGAAACAAATAAAAGCACA--ATAAC--A-AT----------TTTTTTTT---AATtg
gi|2 : tggagAGTGCAA----TC------TT-----T----------GA----ACTT-TA-TA-----TTTCTATTACATAACAT-TTTTAA-TTACTGACCTGTA---CCA-G---------------TG-TT-------A---AGTCGCTGCCTGCAA-----C-TACACATG-CGGTA---AT--AAAT--GTTCC--TTGCAACATGGGTTA------ATC---ATGGG-GAGAGATGTCT---ATTAGTCACACTTCG-------G------------TG-----------TT--------T--G--A---T-CGAA-------CTTTATG-A---A-----AAC---------TACA-----G--T-C--GG--AG--AGGATGTGTCACAA----G-TTG--------------AAG-GTGTAAGT----A----GGTCGAGACTAA-TGAAAATT-CACTCGT-AAGAA--ATA---TTTATACCTTG-TTGAC-AAATGAAACTAAAATACA--ATAGCCTA-ATA------GGCTACTTTTT---AA--A---AG--------TATAAA----CTAGAAATATGTAACT---A-TCATA--TTTATTTGCACGCATA-T-TTTCTCTTTT-AAAAA-TAG-C-TAC----TTG-AGACAATGCTGG-AA-AAATA--TCTCATGCTTACattttatttacagatcattttactataaatttagat
gi|2 : GATACACAAAT---TTCATGTAATAAAACTGAT------G-GAATATTGACACAGTGACCATATT---------T-GACT----TAATCAGTG----CACCAACTT-A-AAGTTTTC----------CGAT-TTAAA---TTAAAC---TTTCAACAGATCCAGTAGCTAAATGCGCACA-----C---TAAATAGAAACTATnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngatacacaaatttcatgtaataaaactgatggaatattgacacagtgaccatatttgacttaatcagtgcaccaacttaaagttttccgatttaaattaaactttcaacagatccagtagctaaatgcgcacactaaatagaaactattg
gi|20 : agtgcaatctttgaactttatatttctattacataacatttttaattactgacctgtaccagtgttaagtcgctgcctgcaactacacatgcggtaataaatgttccttgcaacatgggttaatcatggggagagatgtctattagtcacacttcggtgtttgatcgaactttatgaaaactacagtcggagaggatgtgtcacaagttgaaggtgtaagtaggtcgagactaatgaaaattcactcgtaagaaatatttataccttgttgacaaatgaaactaaaatacaatagcctaataggctactttttaaaagtataaactagaaatatgtaactatcatatttatttgcacgcatattttctcttttaaaaatagctacttgagacaatgctggaaaaatatctcatgcttacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn---CCA-G---------------TA-TT-------A---AGTTACTACATGTAC-----C-TACCTACA-CAGCAGATAT--ATAT--GTTCT--TCGCAACATGGGGTA------ATC---ATGGG-GAAAGATGTCA---tg
gi|20 : A-AT-CA--T-G--GG--GA--AAGA--TGTCACAA----G-TTG--------------CAG-GTGTATATTATAA----GGTGAATACTAA-CGCAGATT-TACTCGT-TAGAA--ATA---TGTAGT-CTAG-TCCATAACAAGAAA-AAAAACATA--ACTGTCTA-AAA------GGC-ATTTTTTTAAAAATA---AA--------T----A----CTAGAAATCTG----T---A-TCGTA--ATTATTACCGCTCATA-T-TGTTTCTTTT-TAAAA-TAG-C-TGC----ATA-AAAGAAGGCTGG--A-AAATA--Ccaagttgcaggtgtatattataaggtgaatactaacgcagatttactcgttagaaatatgtagtctagtccataacaagaaaaaaaacataactgtctaaaaggcatttttttaaaaataaatactagaaatctgtatcgtaattattaccgctcatattgtttctttttaaaatagctgcataaaagaaggctggaaaatacac
gi|21 : ccagtattaagttactacatgtacctacctacacagcagatatatatgttcttcgcaacatggggtTC-GAATA-----TTATAATTACATGACATGTTTAAA-TTATTG-----------------------------------------------GTCTCTATCTGCAC------------ACA-CGATA---AT--AAAT--GCCCA--GTGCAACATGGGGTACCGGTCATT---GTGGG-AAGAGATGTCG---AATAG-------TTA-------G----C-------ac
gi|22 : ataaaatttcaaatttatttcttatgaatagattttcgtaaggattaatttgccttgatttttggttcaaggacatattcatgggtaatgagtttattgaaacactaattgaactccggccTTTAATGAGA----TC------TT-----TCGGCTCATTTGA----ATTC-GAATA-----TTGCTATTACATAACGTGTATTAA-TTACTGACCAGTA---ACA-G---------------TA-CT-------G------CACTGCCTGCactttagttttacgagttttgattagaatgccacat
gi|23 : attataggtgatatactgtagaaacattcattttccttgggcttaattttcgtttttattttgtaaaagttgaattcgagggacttaatttcatcaaatactaattacaggaatacaaaatgt--------------AAG-ATGTGAAT----A----TGTCAGGACCA----CAAATT-CATTTAT-CAAAA--CTA---GTTATTCGTTGATCTCTGGAAATAAATAAAAATATG--------TACATA--------TTCCTTT------ACTA---AA--------T----A----TTAGAAG-CTG----T---A-TCTTA--TTTCTTTGTATACATG-T-GTTGTTGTTG-AAAGA-GAG-C--------TTG-AAA-AATtgcac
gi|24 : gatgtgtcgtaagttgaatgcttaagttattgtcaa------TT-----T----------AA----ATTC-AAATA-----TTTCATTTACATAACGTGTTCTAA-T------------------------------------A-TT-------C---AACTGCTACATGCAC--------ACACAAGACAATGC--AT--ATAT--GTT------GCGACATAGGGTA------ATT---GTTGG-GAGGAATGCCA---A-TAG-------TTG-------A----C-------atgtgacactg
gi|25 : aaaaaaacctaaaaacatcggcagtatttcgaacatctggccgaAACGTGGAGTA------ATC---ATGGG-GAGAGATTTAA---ATTAG-------TCG-------G----CGCTT---TG-----------GTG-------T--G--A---C-C-TA-------T-------------------C---------CACATGT-TA--T-T--AA-------------GCCAC---------TG------------------GTGTAAGT----A----GG-----ACCAA-CAAAATTT-CACTCGT-AAATA--ATA---TTTATTCCCCG-TCGACAAAAAGAAATAAAAACACA--ATAGCCTA-ATA------acttaaaattgcgttacaagtttgattaaaacattacagga
gi|26 : ------TT-----T----------GA----AT-A-GAGTA-----TTTCTATTACACAACGCACTCTAA-TTATTG-CCTGTA---CCA-G---------------CA-TA-------A---AGTC---------------------ACATG-CAGTA---AT--AAAT--CCTCT--TCACAACATGGGGTA------ATC---AGGGG-TAGAGATGTCA---ATTAG-------TTG-------tgtaaaagaaaatttgagtatattaaacagtatctaatgg
gi|26 : ttcggcaca-GTGAAAAC----A----GGTTGAGACCAG-CGCATATT-CACTTGT-TATAA--ATA---TTAATTC--CG-TAGACAGATAAAAATAtgaaaacaggttgagaccagcgcatattcacttgttataaatattaattccgtagacagataaaaata
gi|27 : ttcggcacatttgaatagagtatttctattacacaacgcactctaattattgcctgtaccagcataaagtcacatgcagtaataaatcctcttcacaacatggggtaatcaggggtagagatgtcaattagttTAACACGCATAT---TTTATGTAATGAATTGAAT------G-TTATAGTAATATAGTCGCCGCATT---------TTAGC---------CAGGA----CA--AAGTT-A-AAG----CACAAAAAGAAGAAA-ATATA---TATA-----TTTAAATAATTGTA------AAATGCGCACA-----A---TAAGTAGAAA
gi|28 : ctgcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacgaaccttTGGGGTA------ATC---CTGAG-GAGAATTGTCA---ATTAG-------TTT-------G----CGCTTTTGTG-----------TTACTAGTTTT--C--A---TTC-AA-------CTATTATGA---A-----AAC---------AACA--------T-T--GG--AG--AGGATGTGTCACAA----G-TTGAATGTTTATTGTCAAAG-CTGTAAAT----A----GACCGAGA--AA-GACTAATTCCACTTGGACAGAA--ATA---a
gi|29 : tgtgttactatgcaaaatgggataatccTAATGAATTGACT------G-TAATAGTAATAAAGTTGCCGCATT---------TTAGCCAGGACAA--AGTGAAAGCACAAAA---AGAAGA---------------AA----AAA---TATATT---TTTCAATAATTGTAA------AATGCGCACA-----C---CAAATAGAAAa
gi|3 : A-G---------------TA-TT-------A---AGTCGCTGTCTGCAC-----C-TACACATG-CGGTA---AT--AAAT--GCTTT--TCGCAATTTGGGGTA------ATC---GTGGG-GAGAGGTGTCA---ATTAG-------ACG-------G----CGCGTGTGTG-----------TT--------T--G--G---T-C-AAACTGTTATG------A---A-----AAC---------AACA-AT-TG--------G--AG--AGGACCTGTCACAA----G-TTG--------------AAA-GTGCAAGT----A----GGTCGAGACCAA-CGCTAAAT-CGATCGT-TAGAA--CTA---TTAATCCCTCG-TCGACAAATAGAAATAAAATCAAAATATAGCTTA-ATATGTCAGGATTACTTTTT---AATTA---AA--------T----A----TTAGAAATCTG----TATGA-TCATA--TTTATTCGCACGCAGG-T-TTTCTCTTTT-AAAAA-TAG-C-TAC----ATG-AAACAATACCGG-Aaaattggataacaaacagctcagaaaggtatgtcaacgttctaggtatagatataacacaatttgaatacgat
gi|3 : ACACGTATAT---TTTATGTAACGAAAGGAAT------GAAAATATTAATACA-TTACCATATT---------TTAACA----AAATCAGTG----CAATAAATT-A-AAGATTTT----------AAAT---------TTTAAC---TTTCAACAGATCTAATAGCCAAATATGCACACTAAGC---TAAGTAGAAACTAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntacacgtatattttatgtaacgaaaggaatgaaaatattaatacattaccatattttaacaaaatcagtgcaataaattaaagattttaaattttaactttcaacagatctaatagccaaatatgcacactaagctaagtagaaacta
gi|30 : agtattaagtcgctgtctgcacctacacatgcggtaataaatgcttttcgcaatttggggtaatcgtggggagaggtgtcaattagacggcgcgtgtgtgtttggtcaaactgttatgaaaacaacaattggagaggacctgtcacaagttgaaagtgcaagtaggtcgagaccaacgctaaatcgatcgttagaactattaatccctcgtcgacaaatagaaataaaatcaaaatatagcttaatatgtcaggattactttttaattaaatattagaaatctgtatgatcatatttattcgcacgcaggttttctcttttaaaaatagctacatgaaacaataccggannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntTTTAATGCGAATTTTCAGCACATT-----T----------TA----ATTC-GAATA-----TTTCTATTACACAGCATGTTTTAA-TTACTGACCTTTA---CCA-G---------------TA-TT-------T---ATTTACTGTCTGTAC-----A-TACACACGGTGGTA---AT--AAA-----------------ATGGAGTA------ATC---GTGGG-TACAGATATCA---ATTAG-------TCG-------G----C-------TC-----------TT--------T--G--G---T-
gi|32 : atATAACATGTTCTAA-TTATTAACCTCTG---CCA-GAGAGGCAGAGACATGTAATT-------G---AGT-ATTGCCTCTAC-----C-TGCACTCA-CA--A---GT--CAAT--GTCCA--CTGCAACATGGGGTA------GTCCGAGAGAGTGAGAGATGTCA---TTTAG-------TCG-------G----C-------tctatttgatactgttaacaactaaat
gi|33 : aaTTTAG-GC------TCA-----TT-----T----------GA----ATTC-GAGTC-----TTTCTGCTACATAATGCATTTTAA-TTGCTGAGCTGTA---CAA-A---------------TA-TT-------TT--AGT-------------------TAC---------TAG--AT--AAATTAGCTCTGTTTGCAACATGGGGTA------ATC---CTGTG-GAGAGGTGTTA---ATTAG-------TTG-------G----C-------TG-----------TT--------T--G--G---T-gcttttgtattacaagtttttattaaa
gi|34 : ttttagtgtgtacATAT---TTCATGTAATGAAACGGAA------C-GAATATAAATACAGTTACCATATTTAACATATTTTAACT----TAATCAGTG----CACTTTATT-A-AAGATTTA----------AAAT-TCAAA---TTTAAT---TTTCAA------TAATAGCAAAATGCACACA-----C---AAAATAGAAACTATCAgt
gi|35 : aagaGCGTAT---TTTATATAATGATACAGAT------G-GAGTACTAAAACAGTTACCGTATA---------TTAACT----TAATCAGTG----CACTAAATT-A-AAGGTTTC----------AAAT-TTAAA---TTTAAC---TTTCAATAAATCTAATAGCTAAATGTGCACA-----C---TAAATAGAAACTA
gi|36 : gAACGTGGAGTA------ATC---ATGGG-GAGAGATGTCA---ATTAG-------TCG-------G----CGCTTTGGTG-----------CT--------T--G--A---T-C-AAACTGT--T-------A---T-----GAA---------AACA-AC-CA--T-T--GA--AG--GGGACATGTCACAA----G-CTG--------------AA--GCGTAAGC----A----Gc
gi|37 : GAAATGAATACTTCAG-GAATATCAATACAGTTTCCAAATC---------TTAACT----TAATAAATG----CACTAAATT---------------------GAAT---------TTTA-----TT---ATTGAT-TAAAAGCCAAATGCACACA-----G---AAAATAtgacctatccacatgttattatgtcactgg
gi|38 : CTGCAC-----C-TACACATG-TGGCA---AT--AAAT--GCTCC--TCGCAATATGGGGTA--------T---ATGCA-GAGATATGTCA---GTTAG-------TCGGCTCTTTG----C-------TG-----------TT--------T--G--A---T-C-AAG------TTGTTATGA---A-----AAG---------AACA-AT-ttggataacatagatatagct
gi|4 : ----ATTT-CAATA-----TTTCCATAACACAA---GTCTTAG-TT-C---CCTATA---CCA-A---------------TA-TT-------A---AGTCACTGCCTGTAC-----C-TACACACA-CAGTA---AT--ACAT--GCTCT--TCGCAACATGGGGTA------ATT---GTGGG-TTGAGATGTCA---TTTAG-------TCT-------G----C-------GC-----------TT--------TGAG--A---T-T-AC-------T-------A---ATTCTTATC---------A--A-AC-T---------G--AG--AGGATGTGTCACAA----G-AGT--------------AAG-ATGTAAAC----A----GGTCAAGGTCAG-TACA
gi|4 : A-ATATT----GGCAACTTTTT---AATTA---AA--------T----A----CTAGAAAACTGAT--T---ATTTGTACGTGTATTTGCATGCATA-C-TTTTTCTTTT-CAAAG----------------------AATGCTTG-AA-AAGTA--TGCCACGCTGggtcaaggccagtgcaatattggcaactttttaattaaatactagaaaactgattatttgtacgtgtatttgcatgcatactttttcttttcaaagaatgcttgaaaagtatgccacgctggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtcacgaataatttatgtaatgaaatggattgtatgttaagccgttaccatattttaacttaaacattgcactaaattaaagattaaaaatttaataatagcaaaatgcgctcacctgatagaaaatattgg
gi|4 : atttcaatatttccataacacaagtcttagttccctataccaatattaagtcactgcctgtacctacacacacagtaatacatgctcttcgcaacatggggtaattgtgggttgagatgtcatttagtctgcgctttgagattactaattcttatcaaactgagaggatgtgtcacaagagtaagatgtaaacaggtcaaggtcagtacaggtcaaggccagtgcCACGAATAA---TTTATGTAATGAAATGGAT------T-GTATGTTAA-GCCGTTACCATATT---------TTAACT----TAAACATTG----CACTAAATT-A-AAGATT-------------AA----AAA---TTTAA----------------TAATAGCAAAATGCGCTCA-----C---CTGATAGAAAATATgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtcacgaataatttatgtaatgaaatggattgtatgttaagccgttaccatattttaacttaaacattgcactaaattaaagattaaaaatttaataatagcaaaatgcgctcacctgatagaaaatattgg
gi|5 : atttcaatatttccataacacaagtcttagttccctataccaatattaagtcactgcctgtacctacacacacagtaatacatgctcttcgcaacatggggtaattgtgggttgagatgtcatttagtctgcgctttgagattactaattcttatcaaactgagaggatgtgtcacaagagtaagatgtaaacaggtcaaggtcagtacaggtcaaggccagtgcaatattggcaactttttaattaaatactagaaaactgattatttgtacgtgtatttgcatgcatactttttcttttcaaagaatgcttgaaaagtatgccacgctggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtTA---CCA-G---------------TA-TTTTATATAA---AGTCGC---CTGCAC-----C-TACACACG-CAGCA---AT--AAAT--GCTCC--TTGCAACATGGGGTA------ATC---CTGGtgg
gi|5 : GGACGTGTCACAA----G-TTG--------------AAG-GTGTAAGT----A----GGGTGAGACCAA-TGCAAATT-CATTCGT-TAAAA--ATA---TTTATTCCTCC-TCGACAAATAGAAATAAAAACAC----------A-ATA------GGCTACTTTTT---CATTC---AA--------T----A----CTAGAAATCTT----G---A-TCATG--TTTATTCGCACACATC-T-TTTCTCTTTT-AAAAA-CAG-C-TGC----TTG-AAATAATGCTTG-AG-AAATA--TGTTGCACCGA---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTAACACGCATAT---TTTATGTAATGAAATGGAT------A-AAATATCAATACAGTTACTGTATT---------TGAACA----TAATCAGTG----CACAAAATT-A-AAGATTTC----------GAAT-TTAAA---TTTAAC---TTTCATTAGTTCCAATAGCTTAATGCGCACA-----C---TAAATAGAAACTATCacgtgtcacaagttgaaggtgtaagtagggtgagaccaatgcaaattcattcgttaaaaatatttattcctcctcgacaaatagaaataaaaacacaataggctactttttcattcaatactagaaatcttgatcatgtttattcgcacacatcttttctcttttaaaaacagctgcttgaaataatgcttgagaaatatgttgcaccgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtaacacgcatattttatgtaatgaaatggataaaatatcaatacagttactgtatttgaacataatcagtgcacaaaattaaagatttcgaatttaaatttaactttcattagttccaatagcttaatgcgcacactaaatagaaactatcgg
gi|6 : taccagtattttatataaagtcgcctgcacctacacacgcagcaataaatgctccttgcaacatggggtaatcct-----AAC---------AATA-AT-TA--T-T--TG--AG--GGGATGTGTCACAA----G-TTG--------------AAG-GTGTAAGT----A----GGTCAAGACCAA--GCAAATT-CACTCGT-TAGAA--ATA---TTTATTCCTCG-TCAACAAAAAGAAATAAAAACACA--ATAGCCTA-ATA------AGCTACTTTTT---AATTA---AA--------C----A----CTAGAAATCTG----T---A-TCCTA--TTTATTTGCACACATA-T-TTTCTCTATT-AAAAA-gg
gi|6 : gagatttctatgacataaagcgcgttggtgtttggtaaaactgttacgaaaacGACACGCATAT---TTTATGTAATGAAACAGTT------G-GAATATTAAAACAGTTACCATATT---------TTAACT----TGAT-AG--------CTAAATaaatgctgggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngacacgcatattttatgtaatgaaacagttggaatattaaaacagttaccatattttaacttgatagctaaatgcgcacacaaaatagaaacta
gi|6 : gagatttctatgacataaagcgcgttggtgtttggtaaaactgttacgaaaacaacaataattatttgaggggatgtgtcacaagttgaaggtgtaagtaggtcaagaccaagcaaattcactcgttagaaatatttattcctcgtcaacaaaaagaaataaaaacacaatagcctaataagctactttttaattaaacactagaaatctgtatcctatttatttgcacacatattttctctattaaaaaaaatgctgggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAATG-A-AACAGTTG----------GAATATTAAAACAGTTACCATATTTTAAC----TTGATAGCTAAATGCGCACA-----C---AAAATAGAAACTAgcgcacacaaaatagaaacta
gi|7 : gagatttctatgacataaagcgcgttggtgtttggtaaaactgttacgaaaacaacaataattatttgaggggatgtgtcacaagttgaaggtgtaagtaggtcaagaccaagcaaattcactcgttagaaatatttattcctcgtcaacaaaaagaaataaaaacacaatagcctaataagctactttttaattaaacactagaaatctgtatcctatttatttgcacacatattttctctattaaaaaaaatgctgggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngacacgcatattttatgtGCGA----TC------TT-----T----------GT----ATTT-GAGAA-----TTTCTTTTACATAAAGCATTTTTA-TTACTGACCTGTA---GCAAG---------------TA-TT-------T---AGTCTATGCCTGCAC-----C-TAGCGACG-CGGTA---AT--TAAT--GCTCT--TTGCAACATTGGGTA------ATC---ATGGG-GAGAGGCTTTAGTGATTTA-------TCA-------AA---C-------TG-----------TTA-------T--G--A----------------------------A-----AAC---------AACA-AT-TG--------G--AG--AGGACGTGTCATAA----A-TTG--------------AAG-GTGTAAGT----A----GGTCAAGATCAA-AGCAAATT-CACTTGT-TAGAA--ATA---TTTACTCCTCA-TCAACAAAAAGAAATAAAAACATA--ATAGCCAA-ATA------TGATACTTTTT---AATTA---AATACACATGT----A----CTAGAAATCTG----T---A-TCATA--TTTATTCGCACACATA-T-TTTCTCTTTT-AAAAA-TAG-C-TAC----TTG-AAACAATGCTGG-AA-AAATA--TGTC
gi|8 : AGTGCGA----CC------TT-----G----------GA----ATTC-GAGTA-----TT-CTATTTCATACCGCGTTTTAA-TTACTGACTTGTAGGCCTA-C---------------CA-TT-------ATATAGTCGTTGCCTGCAC-----C-TACACACG-CGGTA---AT--AAAT--GCTCC--TCGCAACATGAGGTT------ATC---CTGGT-------TATCGG--ATC---------TTT-------G----A-------TG-----------TT--------T--G--A---A-C-AAACTGT--T-------A---T-----GAA---------AACA-CT-TGATT-T--GC--AG--AGGATGTGTCAC--------TCG------------------GTGCAAGT----A----GGTCGAGACCAAACGCAAATT-CACTTGT-TAGAA--ATA---TTTATTCCTCG-TCGACAAAAAGAAATAAAAACACA--ATAGCCTT-ACA------GGCTACTTTTT---CATTC---AA--------T----A----ATAGAAATCTT----T---A-TCGTA--TTTATTCACATGCATA-T-TTTCTC-TTA-AAAAA-TGG---TAC----TTA-AAACAATGCTGG-AT-AAATA--AGT
gi|9 : AGTGCGA----AC------TTACAGCT----------GATTTAATTCCGCGAA-----TTTCTGTTACATAAAG--TTTTAAATTACTGATCTGTA---CAA-G---------------TA-TT-------A---AGTCGCTGCCTGTAC-----C-AACACACG-CGACA---CT--AAAT--GCCCT--TCGCACTATGCGGTA------ATC---CTGTG-TAATGATGTCA---GTTAG-------TCGGT-----G----C-------TT-----------TTG-------T--G--T---T-C-CG-------T----------------------------------GT-T---T-T--GATCAA--AGTATGTGTCATAAGAATG-TCA--------------AAATGTGTTAAT----T----GGTCGAGACCAG-CGCAAAGT-CACCCAT-TAGAT--ATA---TTGATTACGCT-T-----AAATG---TGAAAACACA--ATA----A-A-A------GGCTATTTTT------TTA---AA--------C----AATTTCTAGAAATCTG----T---A-CCGTG--TTTAGTC-CATGC-------------TTT-AAAAA-TAA-CATAC----TTG-TAAGAATGAAGG-AA-AAATA--CGTCACG
blockSeqs : ATTT AGCACA TCGGCTCATTT TTTA C GGCTA CT A GGC A AGAGGCAGAGACATG A TTATATAA A AATGTCA A GAT TT TA GT CCGGTC CGAG TG GTG TCACACT GCTCTTT TGCTTTTGTGTTATGAGTTTTGATAAAACTGTTACAGAAACAACAATT TC AC C GAAT T AATGTTTATTGTCA T TATA AGAA A C A CT TAT A T AT A GCC C TGTCAG TTAAA CGT TACACATG ATAA ATTT TAAC ATG T CG G T C A A CC TTTGA . C T T AA A ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN GTT ACTTCA A A TAACATATT CAGGA AAAG A G T CACAAAAAGAAG ATT ACA CCATA TAGATC T CTAAG CTA
blockSeqs : . A ACAGCT . . . TG . . . AG . ATAT G CTAGC G C . . . . G G G . GT TGCTTTGGTGTTACGAGTTTTGATCAAACTGTTATGAAAACATCAATT TC . C GAAT . CC T . . . . . . . . A . T ACC . TT TA . AAAG . ATTT AT . . . A . . . . CA TT . C . . . T NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGACACGTA . . . G . T . . . T CA TT . AC CAGATC T . .
blockSeqs : . . T . . . CG . . . . . TG G T . G . . . . A T . . . CGCTTTTGTGTTACTAGTTTTCATTCAACTATTATGAAAACAACATT . . T . . . . . . . . . . . . A . T GCC . . TA . . . . . . . . G . . . . C CT . T . . . A NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . . . A . C . . . C CG TT . AC TAGACC A . .
blockSeqs : . . T . . . TA . . . . . TT G C . . . . . . C G . . . CACTTTGGTGTTTTATCAAATTGTTACGAAAACAACAATTG . . T . . . . . . . . . . . . A . T GCC . . TT . . . . . . . . G . . . . C T . C . . . G . . . G . T . . . C TA TC . AT CAGATC T . .
blockSeqs : . . T . . . TG . . . . . A A C . . . . . . C T . . . CGCGTGTGTGTTTGGTCAAACTGTTATGAAAACAACAATTG . . C . . . . . . . . . . . . T . T GTC . . CA . . . . . . . . C . . . . C T . G . . . T . . . G . T . . . T CA TT . AC TAATTG T . .
blockSeqs : . . T . . . TG . . . . . A A C . . . . . . G G . . . CGCTTTGGTGCTTGATCAAACTGTTATGAAAACAACCATT . . T . . . . . . . . . . . . C . T GCC . . TA . . . . . . . . G . . . . C C . G . . . G . . . A . A . . . T CC AT . AC TAATTG C . .
blockSeqs : . . T . . . TG . . . . . A G C . . . . . . C T . . . CGCTTCAGTGTTACGACTGATCAAACTGTGTGTAT . . T . . . . . . . . . . . . C . C GCT . . TA . . . . . . . . G . . . . T C . G . . . A . . . A . T . . . T TA TC . TT CAGATC A . .
blockSeqs : . . T . . . CA . . . . . A A C . . . . . . A G . . . TGCTTTGGTGTCAAATTGTTATGAAAACAACAATT . . T . . . . . . . . . . . . C . T GCC . . TA . . . . . . . . C . . . . C T . C . . . A . . . G . T . . . T AA TT . AC TAAATC T . .
blockSeqs : . T . . . TG . . . . . A T C . . . . . . A G . . . ATGTTTGAACAAACTGTTATGAAAACACTTGATTT . . C . . . . . . . . . . . . A . T GCC . . TA . . . . . . . . G . . . . C C . C . . . A . . . A . T . . . T CA TT . AT TAGTTC C . .
blockSeqs : . T . . . TG . . . . . A A A . . . . . . G A . . . TGTTTGATCGAACTTTATGAAAACTACAGTC . . C . . . . . . . . . . . . C . T GCC . . TA . . . . . . . . G . . . . C C . G . . . G . . . A . T . . . T CG . . AC TTGAT A . .
blockSeqs : . G . . . CA . . . . . A G C . . . . . . G G . . . CGCTTTGGTGTGACCTATCCACATGTTATT . . T . . . . . . . . . . . . C . T AC . . TC . . . . . . . . G . . . . C C . C . . . A . . . G . A . . . G GG . . AC CT T . .
blockSeqs : . . . CA . . . . . G G C . . . . . . A G . . . CGCTTTGAGATTACTAATTCTTATCAAACT . . C . . . . . . . . . . . . C . T . . . TA . . . . . . . . G . . . . C C . T . . . . . . A . T . . . . G . . A . T . .
blockSeqs : . . . CG . . . . . C A C . . . . . . A T . . . ACTGTTATGAAAACAACAATTG . . T . . . . . . . . . . . . C . T . . . TA . . . . . . . . G . . . . C C . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . T . . . . . A A C . . . . . . C G . . . TGCTTTTGTGTTGCTAGTTTT . . C . . . . . . . . . . . . C . . . . . TC . . . . . . . . G . . . . . C . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . G . . . . . A A C . . . . . . G G . . . CTTTTGTGTTCCGTGTTTT . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . A . . . . . C . G . . .
blockSeqs : . . . . . . T G C . . . . . . G T . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . G T C . . . . . . C G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . A G . . . . . . . A G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . T G . . . . . . . A G . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . A . . . . . . . . G T . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . C G . . .
blockSeqs : . A T . . .
blockSeqs : . C . .
blockSeqs : . C
blockSeqCons : C****
originalCons : TTTAGTGCGA----TC------TT-----T----------GA----ATTC-GAGTA-----TTTCTATTACATAACGCGTTTTAA-TTACTGACCTGTA---CCA-G---------------TA-TT-------A---AGTCGCTGCCTGCAC-----C-TACACACG-CGGTA---AT--AAAT--GCTCT--TCGCAACATGGGGTA------ATC---GTGGG-GAGAGATGTCA---ATTAG-------TCG-------G----C-------TG-----------TT--------T--G--A---T-C-AA-------T-------A---A-----AAC---------AACA-AT-TG--T-T--GG--AG--AGGACGTGTCACAA----G-TTG--------------AAG-GTGTAAGT----A----GGTCGAGACCAA-CGCAAATT-CACTCGT-TAGAA--ATA---TTTATTCCTCG-TCGACAAAAAGAAATAAAAACACA--ATAGCCTA-ATA------GGCTACTTTTT---AATTA---AA--------T----A----CTAGAAATCTG----T---A-TCGTA--TTTATTCGCACGCATA-T-TTTCTCTTTT-AAAAA-TAG-C-TACT---TTG-AAACAATGCTGG-AA-AAATA--CGTCGCGCTGACANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGACACGTANNGTGACACGCATAT---TTTATGTAATGAAACGGAT------G-GAATATTAATACAGTTACCGTATT---------TTAACT----TAATCAGTG----CACTAAATT-A-AAGATTTC----------GAAT-TTAAA---TTTAAC---TTTCAATAGATCTAATAGCTAAATGCGCACA-----C---TAAATAGAAACTATCA
finalCons : TTTAGTGCGA----TC------TT-----T----------GA----ATTC-GAGTA-----TTTCTATTACATAACGCGTTTTAA-TTACTGACCTGTA---CCA-G---------------TA-TT-------A---AGTCGCTGCCTGCAC-----C-TACACACG-CGGTA---AT--AAAT--GCTCT--TCGCAACATGGGGTA------ATC---GTGGG-GAGAGATGTCA---ATTAG-------TCG-------G----C-------TG-----------TT--------T--G--A---T-C-AA-------T-------A---A-----AAC---------AACA-AT-TG--T-T--GG--AG--AGGACGTGTCACAA----G-TTG--------------AAG-GTGTAAGT----A----GGTCGAGACCAA-CGCAAATT-CACTCGT-TAGAA--ATA---TTTATTCCTCG-TCGACAAAAAGAAATAAAAACACA--ATAGCCTA-ATA------GGCTACTTTTT---AATTA---AA--------T----A----CTAGAAATCTG----T---A-TCGTA--TTTATTCGCACGCATA-T-TTTCTCTTTT-AAAAA-TAG-C-TAC----TTG-AAACAATGCTGG-AA-AAATA--CGTCGCGCTGACANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGACACGTANNGTGACACGCATAT---TTTATGTAATGAAACGGAT------G-GAATATTAATACAGTTACCGTATT---------TTAACT----TAATCAGTG----CACTAAATT-A-AAGATTTC----------GAAT-TTAAA---TTTAAC---TTTCAATAGATCTAATAGCTAAATGCGCACA-----C---TAAATAGAAACTATCA
8 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|31 ): TTCTTAAGTTAATTTTCATTGTTTTTTGTTCAAGGTTATATTCATGGAAAAAAAACAATAAAAAAACAAAAGAATATTTGAACTCATAGCTCTGTCATTCAAATCTGAGTATTTTGATTAAATAATGTGTTCCAAATATTGTTCTCTACTCAAACAGGCGAAAATCAATGATTGCCTCAACATGGGCGT
Unaligned ( gi|39 ): CTGCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACGACCTTTGACATGCATTTTTCATGTA
Unaligned ( gi|40 ): ATCTTTTTCATTGGTATTAATTTTCTTTGTTTTTTGGCTTAAGGACATATTTAGAAAAAAAAT
Unaligned ( gi|41 ): ATATAGATCTATGTTTTGGGTACAGGATGTAACACAATTTTGCATTCGAC
Unaligned ( gi|42 ): AGCAGTGACCTATCCACATATGTTATTAAGTCACTGGTTTC
Unaligned ( gi|43 ): AGTGACCAATTCGCATGTTATTAAGTCACTGACTTTAGTA
Unaligned ( gi|44 ): TCGAAAGTAATAGTAATAAAGATGGCCGCTTTTCCAGG
Unaligned ( gi|45 ): AGTGACCTATTCACATGTTATTAAGTCACTGGTTACAA
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111111 1111111111111111 111111111111111 11111111111 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 11111111111111 11111111 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111 111111111111
lowQualScore : 9999 222222 4444444444444444 6666 2 66666 55 2 333 1 333333333333333 1 11111111111 2 8888888 3 666 22 22 22 444444 6666 11 444 5555555 8888888 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 66 33 2 8888 2 44444444444444 3 4444 4444 2 2 2 22 333 0 2 4 33 1 555 2 888888 55555 333 22222222 4444 8888 7777 333 2 0 22 1 2 2 2 2 444 33 2 2 2 33 3 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 555 777777 2 0 1 000000000 88888 5555 2 2 1 444444444444 999 444 55555 777777 1 66666 444
lowQualScore : .... ...... ................ .... . ..... .. . ... . ............... . ........... . ....... . ... .. .. .. ...... .... .. ... ....... ....... ......................................................................................................... .. .. . .... . .............. . .... .... . . . .. ... . . . .. . ... . ...... ..... ... ........ .... .... .... ... . . .. . . . . . ... .. . . . .. . ................................................................................................................... ... ...... . . . ......... ..... .... . . . ............ ... ... ..... ...... . ..... ...
lowQualScore : 4444 999999 8888888888888888 1111 7 22222 44 2 333 8 999999999999999 8 55555555555 2 9999999 6 888 55 55 55 666666 9999 77 666 7777777 0000000 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 11 11 4 9999 1 55555555555555 8 0000 0000 0 1 1 99 777 1 2 3 11 4 555 0 555555 77777 777 11111111 5555 9999 4444 777 1 3 99 7 0 0 0 0 666 11 9 4 5 44 5 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 444 777777 7 3 9 777777777 00000 7777 7 7 1 666666666666 444 777 44444 555555 4 77777 777
consensus : TTTAGTGCGA----TC------TT-----T----------GA----ATTC-GAGTA-----TTTCTATTACATAACGCGTTTTAA-TTACTGACCTGTA---CCA-G---------------TA-TT-------A---AGTCGCTGCCTGCAC-----C-TACACACG-CGGTA---AT--AAAT--GCTCT--TCGCAACATGGGGTA------ATC---GTGGG-GAGAGATGTCA---ATTAG-------TCG-------G----C-------TG-----------TT--------T--G--A---T-C-AA-------T-------A---A-----AAC---------AACA-AT-TG--T-T--GG--AG--AGGACGTGTCACAA----G-TTG--------------AAG-GTGTAAGT----A----GGTCGAGACCAA-CGCAAATT-CACTCGT-TAGAA--ATA---TTTATTCCTCG-TCGACAAAAAGAAATAAAAACACA--ATAGCCTA-ATA------GGCTACTTTTT---AATTA---AA--------T----A----CTAGAAATCTG----T---A-TCGTA--TTTATTCGCACGCATA-T-TTTCTCTTTT-AAAAA-TAG-C-TACTT--GAAACAATGCTGG-AA-AAATA--CGTCGCGCTGACANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGACACGTANNGTGACACGCATAT---TTTATGTAATGAAACGGAT------G-GAATATTAATACAGTTACCGTATT---------TTAACT----TAATCAGTG----CACTAAATT-A-AAGATTTC----------GAAT-TTAAA---TTTAAC---TTTCAATAGATCTAATAGCTAAATGCGCACA-----C---TAAATAGAAACTATCA
Reference ( family-363 ) : TTTAGTGCGA----TC------TT-----T----------GA----ATTC-GAGTA-----TTTCTATTACATAACGCGTTTTAA-TTACTGACCTGTA---CCA-G---------------TA-TT-------A---AGTCGCTGCCTGCAC-----C-TACACACG-CGGTA---AT--AAAT--GCTCT--TCGCAACATGGGGTA------ATC---GTGGG-GAGAGATGTCA---ATTAG-------TCG-------G----C-------TG-----------TT--------T--G--A---T-C-AA-------T-------A---A-----AAC---------AACA-AT-TG--T-T--GG--AG--AGGACGTGTCACAA----G-TTG--------------AAG-GTGTAAGT----A----GGTCGAGACCAA-CGCAAATT-CACTCGT-TAGAA--ATA---TTTATTCCTCG-TCGACAAAAAGAAATAAAAACACA--ATAGCCTA-ATA------GGCTACTTTTT---AATTA---AA--------T----A----CTAGAAATCTG----T---A-TCGTA--TTTATTCGCACGCATA-T-TTTCTCTTTT-AAAAA-TAG-C-TACTT--GAAACAATGCTGG-AA-AAATA--CGTCGCGCTGACANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGACACGTANNGTGACACGCATAT---TTTATGTAATGAAACGGAT------G-GAATATTAATACAGTTACCGTATT---------TTAACT----TAATCAGTG----CACTAAATT-A-AAGATTTC----------GAAT-TTAAA---TTTAAC---TTTCAATAGATCTAATAGCTAAATGCGCACA-----C---TAAATAGAAACTATCA
gi|1 : TTTAGTGCGA----CC------TT-----T----------GT----GTTA-GAGTA-----TTTCTACTACATAACGCATTTTAA-TTACTGACCCATA---CCA-A---------------TA-TT-------A---ACTCACTGCCTGCAC-----C-TACACACA-CGGTA---AT--AAAT--GCTCC--TCGCAACATGGGGTT------ATC---CTGGG-GAGAGGTGTCA---ATTAG-------TAG-------G----C-------TA-----------TT--------T--G--A---T-C-AA---------------A---A-----AAC---------AACA-GT-TG--C-TATGG--AG--AGGATGTGTCACAA----G-TTG--------------AAG-GTGCAAGT----A----GGTTGAGATCAA-TGCAAATT-CAGTTGT-TAGAA--ATA---TTTATTCCTAG-TCGAAAAAAAGAAATAAAAACACA--ATAGCATC-GTA------GGCTTCTCTTT---CATTC---AA--------T----A----CTAAAAATCTT----T---A-TCATA--TTTATTCACATGCATA-T-TTTCTCTTTT-AAAAA-CAG-C-TACTTTATAAACAATGCTGG-AG-AAATA--CCTCATGCTGACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTGACATGCATAT---TTTATGTAATGAAACGGAT------G-GAATTTTAATACAGATACCATATT---------TTAACC----TTATCAGTG----CACTAAATT-A-CAGATTTT----------GAAT-TTAAA---TTTAAC---TTTCATTAGATCTAATATCTGAATGCACACA-----C---TGAACAGAAACTATCA
gi|10 : A-ATA------GACTACTTTT----AATTA---AA--------T----A----CTAGAAATCTG----T---A-TCGTA--TTTATTCGCACGCATA-T-TTTCTCCTTT--AAAA-TAG-C-CATTT--GAAACAATGCTGG-AATAAATA--CGTCACGCTGAC
gi|10 : GGCACGCATCTGTTTTTA---AATGAA-CGGAT------T-GAATATTAATACAGTT------------------CAACT----TGGTCAGTG----CACTAAGTT-A-AAGATTTC----------AAAT-TTAAA---TTTGAC---TTTCAATAGATCTAATAGCTAAGTGCGCACA-----C---TAAATAGAAACTATCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggcacgcatctgtttttaaatgaacggattgaatattaatacagttcaacttggtcagtgcactaagttaaagatttcaaatttaaatttgactttcaatagatctaatagctaagtgcgcacactaaatagaaactatcgg
gi|11 : aatagactacttttaattaaatactagaaatctgtatcgtatttattcgcacgcatattttctcctttaaaatagccatttgaaacaatgctggaataaatacgtcacgctgacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAGTA-----TTTCTTTTACATAACACTCTTTAA-TTACTGACCTTTA---TCA-GAG-------------TA-TT-------A---ATTCACTGCCAGCACAATGTCATACACACA-CAGTT---AT--TAAT--GCTCT--TTGTACCATAGGGTA------ATT---GTGGA-GATAGATGTTA---ATTAG-------TTG-------G----CACTTTGGTG-----------TT--------T--T--A---T-C-AAATTGT--T-------ACGAA-----AAC---------AACA-AT-TG--------G--AG--AG-ACGTG-----------------------------AAG-GTGTAATT----AAGAAGGTTAAGATCAA-CGCAAATT-CACTCGT-TAGAA--ATA---TTTATTCTTCG-TTAACACAAAGAAATAAAA-CACA--AAAGCCTA-ATA------GGCTACTTTAT---AATTA---AA--------T----A----CTAGAAATCTG----T---A-GCATA--TTTATTCACACGCATA-T-TTTTTCTTTT-AGTAA-TAG-C-TATCT--GAAACAATGCTGA-GA-AAATA--TGTgg
gi|12 : ----------GA----ATTT-GAGTA-----TTTCTGTTACCCAACATGTTTTAA-TTACTGACCTGTA---CCA-G---------------TA-TG-------A---AGTTGCTGTCTGTACCTAG-C-TACAAATG-CATTA---AT--AAAT--GCTCT--TCTCAACATGGGGTT------ATC---ATCGG-TAGAGATGTCG---ATTAG-------TCG-------G----TGCTTTTGTG-----------TTA-------T--G--AGTTT-T-GA-------T-------A---A-----AACTGTTACAGAAACA-AC-AA--T-T--GG--AA--AGGACGTGTCACAA----GTTTA--------------AAG-TTGTAAAT----A----GGTCGAGACCCA-CCCAAAGT-CAC-----CAG--------------------G-TAGACAGAAAGAAATAAAAATACA--A-----TA-ATA------TACAATATTTT---AATTG---AA--------T----A----CTA-AAATATA----T---A----------TATTTGCATGCACA-G-TTTTTCTTCTAAAAAA-TAC-C-TATTT--TAAATAATGCTTG-AA-AAATA--TGTCTCGCT
gi|13 : TAAAAACACA--ATAACCTA-ATA------GGCTACATT------ATCACGTAA--------T----A----CTAAAAATCTT----T---A-TCGTA--TTTATTTGCACGCATA-T-TTTCTCTATT-AAAAA-CAG-C-TACTT--GAAACAATACTGG-AG-AAAAA--CATCACGCTGACANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTGGCACGCATAT---TTTATATAATGAAAC--AT------G-GAATATTA--ACAG--------------------------------TCATTG----CACTAAATTAA-AAGATTTC----------GAAT-TTAAA---TTTAAC---TTTCATCAGATCTAACAGCTCATTGTGCACA-----C---TAAATAGAAATTATC
gi|14 : ------TT-----T----------GA----ATTT-GAGTA-----TTTCTATTACATAATG--TTTCAA-TTCCTGATTGGTA---CTA-G---------------TA-TTT------G---AGTCGCCACCTATAC-----T-AGCAAACG-TGACA---ATTTAAGC--TCTCT--TCGCCACATGGGGTA------ATC---CTGTG-GAGAGATGCCA---ATCAG-------TCA-------G----CGCTTCAGTG-----------TTACGAC---T--G--A---T-C-A--------------------------------------AACT-GTGTG--TAT--GA--AAACAGGCTGTGTCATA-------TTGCC------------AAA-A-GTAATT----A----GGCAGAG--TTG-CACAAATT-TATTCAC-TAGAACTATATATTTTTTTCCTCG-AAGAAAGAAAGAAATGAAAATACA--A-----TA-ATA------GGCTACTTTTT---TATTT---AA--------T----A----CTAGAAAGCTG----T---G-T------TTTA--------------------------AAAAT-TAT-T-TGATT--GAAAGACTGCTGG-AA-AAATA--CGTCGCGC
gi|15 : ACTTTTC---ACCTT---AA--------T----A----CTAGAAATCTG----T---A-TCGTA--TTTTTTCCCATGCATA-TCTTTTTCTC----------------ACTT--GAAAGAGTGCTGG-AA-AAATA--TGTCTCACTGc
gi|15 : GACATGCATAT---TTTATGTAATGAAACGGAT------G-GAATAATAATACGGTTACCATATT---------TTAATC----TAATCTATG----CAGTAAATT-A-AAAACTTT----------AAAT---------TTTAAT---TTTCAA------TAATAGCAAAATGCACACT-----CCTATAAATAgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngacatgcatattttatgtaatgaaacggatggaataataatacggttaccatattttaatctaatctatgcagtaaattaaaaactttaaattttaattttcaataatagcaaaatgcacactcctataaataacaaatagtggataaaatat
gi|16 : acttttcaccttaatactagaaatctgtatcgtattttttcccatgcatatctttttctcacttgaaagagtgctggaaaaatatgtctcactggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGATCTGTA---CCA-G---------------TA-TT-------A---AGTCGCTGCCAGTAC-----C-TACACACG-CGACA---CT--AAAT--GTCCT--TCGCACCATGGGGTA------ATC---CTGTG-TAAAGATATCA---ATTAG-------TCG-------G------------TGCT---------TT--------T--GT-G---T-T-GC-------T--------------------------------A-GT-T---T-T--GATCAA--AGGATGTGTCATAAGAATG-TCA--------------AAATGTGTTAAT----T----GGTGGAGACCAG-CGCAAAGA-CACCCAT-TAGAG--ATA---TTAATTACGCT-T--------AGAAATGAAAACACA--ATA----A-A-A------GGCTATTTTT------TTA---AA--------C----AATTTCTATAAATCTG----T---A-CCGTG--TTTAGTC-CATGC--------------TT-AAAAA-TAACC-TACTT--GTAAGAATGAAGA-AA-AAGTA--CGTCGCGacaaatagtggataaaatat
gi|17 : gatttgttaaaatagtttaaataatattaattaaaataaTTTAGTGCAA----TC------TT-----T----------GA----ATTC-GAGTAGGCTATTTCTATTACATAACACGATTTAA-TCACTGAACTGTA---CCA-G---------------TA-TT-------A---AGTCACTGCCTGTAC-----C-TACACACA-GAGTA---AT--AAAT--GCTCT--TCGTAACATGGGGTA------ATC---GTGAA-GAGAGGTGTCA---ATTAA-------TCA-------G------------TGC----------TT--------T--GGTG---T-CAAA-------TTGTTATGA---A-----AAC---------AACA-A------T-T--GG--AG--AGGACGTGTCATAA----G-TTG--------------ATA-GTGTAAGT----A----GGTCGAGACCAA-CACAAACT-CACTTGT-TAGAA--ATA---TTTAT-------------------------AGCACA--ATAGCCTA-ACA------GACTACTTATT---AATTA---AAAAAG----T----A----CTAGAAATCTG----T---A-TAGTA--TTTATTCGCACGCATATT-TTTCTCTTTT-AAAAA-T
gi|18 : GCATA-T-TTTTTCTGTT-AAAAAATAG-T-TATTT--GAAACGATGCTGATAA-AAATAAACGTCACGCTGACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGACACGTA---TGAAACG----T---GTCCTGTCATGAAACGGAT------G-GAATATGAATACAGTTACCGTATT---------TTAACT----TAATCAGTG----CACTAAATT-A-AAGACTTC----------AATT-TCAAA---TTAAAC---TTTCAATAGACCTTACAGCTAAATGCGCATA-----C---TAAATAGAAACTATC
gi|19 : tgtttacataTAATGTATTTTAA-TTACTCATCTATA---CCA-G---------------TA-TT-------A---AGTCATTGCCTGTAC-----C-TACATGCA-CAGTA---AT--AGAT--GCTCT--TTTTAACATGGAGTC------ATT---CTGGG-TAAAGATGTCA---ATTAG-------TCG-------GTGCTT-------TGGTGTTACGAGTTT--------T--G--A---T-C-AAAC-----TGTTATG-A---A-----AAC---------ATCA-A------T-T--GG--AG--AGGGTGTGTCACAA----G-TTT--------------AAG-GTGCAAAC----A----GGGTGAGACCAG-CACATATT-CACTTGT-TAGAA--ATA---TTTA-TCCT-G-TAGTCAGAAACAAATAAAAGCACA--ATAAC--A-AT----------TTTTTTTT---AATtg
gi|2 : tggagAGTGCAA----TC------TT-----T----------GA----ACTT-TA-TA-----TTTCTATTACATAACAT-TTTTAA-TTACTGACCTGTA---CCA-G---------------TG-TT-------A---AGTCGCTGCCTGCAA-----C-TACACATG-CGGTA---AT--AAAT--GTTCC--TTGCAACATGGGTTA------ATC---ATGGG-GAGAGATGTCT---ATTAGTCACACTTCG-------G------------TG-----------TT--------T--G--A---T-CGAA-------CTTTATG-A---A-----AAC---------TACA-----G--T-C--GG--AG--AGGATGTGTCACAA----G-TTG--------------AAG-GTGTAAGT----A----GGTCGAGACTAA-TGAAAATT-CACTCGT-AAGAA--ATA---TTTATACCTTG-TTGAC-AAATGAAACTAAAATACA--ATAGCCTA-ATA------GGCTACTTTTT---AA--A---AG--------TATAAA----CTAGAAATATGTAACT---A-TCATA--TTTATTTGCACGCATA-T-TTTCTCTTTT-AAAAA-TAG-C-TACTT--GAGACAATGCTGG-AA-AAATA--TCTCATGCTTACattttatttacagatcattttactataaatttagat
gi|2 : GATACACAAAT---TTCATGTAATAAAACTGAT------G-GAATATTGACACAGTGACCATATT---------T-GACT----TAATCAGTG----CACCAACTT-A-AAGTTTTC----------CGAT-TTAAA---TTAAAC---TTTCAACAGATCCAGTAGCTAAATGCGCACA-----C---TAAATAGAAACTATnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngatacacaaatttcatgtaataaaactgatggaatattgacacagtgaccatatttgacttaatcagtgcaccaacttaaagttttccgatttaaattaaactttcaacagatccagtagctaaatgcgcacactaaatagaaactattg
gi|20 : agtgcaatctttgaactttatatttctattacataacatttttaattactgacctgtaccagtgttaagtcgctgcctgcaactacacatgcggtaataaatgttccttgcaacatgggttaatcatggggagagatgtctattagtcacacttcggtgtttgatcgaactttatgaaaactacagtcggagaggatgtgtcacaagttgaaggtgtaagtaggtcgagactaatgaaaattcactcgtaagaaatatttataccttgttgacaaatgaaactaaaatacaatagcctaataggctactttttaaaagtataaactagaaatatgtaactatcatatttatttgcacgcatattttctcttttaaaaatagctacttgagacaatgctggaaaaatatctcatgcttacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn---CCA-G---------------TA-TT-------A---AGTTACTACATGTAC-----C-TACCTACA-CAGCAGATAT--ATAT--GTTCT--TCGCAACATGGGGTA------ATC---ATGGG-GAAAGATGTCA---tg
gi|20 : A-AT-CA--T-G--GG--GA--AAGA--TGTCACAA----G-TTG--------------CAG-GTGTATATTATAA----GGTGAATACTAA-CGCAGATT-TACTCGT-TAGAA--ATA---TGTAGT-CTAG-TCCATAACAAGAAA-AAAAACATA--ACTGTCTA-AAA------GGC-ATTTTTTTAAAAATA---AA--------T----A----CTAGAAATCTG----T---A-TCGTA--ATTATTACCGCTCATA-T-TGTTTCTTTT-TAAAA-TAG-C-TGCAT--AAAAGAAGGCTGG--A-AAATA--Ccaagttgcaggtgtatattataaggtgaatactaacgcagatttactcgttagaaatatgtagtctagtccataacaagaaaaaaaacataactgtctaaaaggcatttttttaaaaataaatactagaaatctgtatcgtaattattaccgctcatattgtttctttttaaaatagctgcataaaagaaggctggaaaatacac
gi|21 : ccagtattaagttactacatgtacctacctacacagcagatatatatgttcttcgcaacatggggtTC-GAATA-----TTATAATTACATGACATGTTTAAA-TTATTG-----------------------------------------------GTCTCTATCTGCAC------------ACA-CGATA---AT--AAAT--GCCCA--GTGCAACATGGGGTACCGGTCATT---GTGGG-AAGAGATGTCG---AATAG-------TTA-------G----C-------ac
gi|22 : ataaaatttcaaatttatttcttatgaatagattttcgtaaggattaatttgccttgatttttggttcaaggacatattcatgggtaatgagtttattgaaacactaattgaactccggccTTTAATGAGA----TC------TT-----TCGGCTCATTTGA----ATTC-GAATA-----TTGCTATTACATAACGTGTATTAA-TTACTGACCAGTA---ACA-G---------------TA-CT-------G------CACTGCCTGCactttagttttacgagttttgattagaatgccacat
gi|23 : attataggtgatatactgtagaaacattcattttccttgggcttaattttcgtttttattttgtaaaagttgaattcgagggacttaatttcatcaaatactaattacaggaatacaaaatgt--------------AAG-ATGTGAAT----A----TGTCAGGACCA----CAAATT-CATTTAT-CAAAA--CTA---GTTATTCGTTGATCTCTGGAAATAAATAAAAATATG--------TACATA--------TTCCTTT------ACTA---AA--------T----A----TTAGAAG-CTG----T---A-TCTTA--TTTCTTTGTATACATG-T-GTTGTTGTTG-AAAGA-GAG-----CTT--GAAA-AATtgcac
gi|24 : gatgtgtcgtaagttgaatgcttaagttattgtcaa------TT-----T----------AA----ATTC-AAATA-----TTTCATTTACATAACGTGTTCTAA-T------------------------------------A-TT-------C---AACTGCTACATGCAC--------ACACAAGACAATGC--AT--ATAT--GTT------GCGACATAGGGTA------ATT---GTTGG-GAGGAATGCCA---A-TAG-------TTG-------A----C-------atgtgacactg
gi|25 : aaaaaaacctaaaaacatcggcagtatttcgaacatctggccgaAACGTGGAGTA------ATC---ATGGG-GAGAGATTTAA---ATTAG-------TCG-------G----CGCTT---TG-----------GTG-------T--G--A---C-C-TA-------T-------------------C---------CACATGT-TA--T-T--AA-------------GCCAC---------TG------------------GTGTAAGT----A----GG-----ACCAA-CAAAATTT-CACTCGT-AAATA--ATA---TTTATTCCCCG-TCGACAAAAAGAAATAAAAACACA--ATAGCCTA-ATA------acttaaaattgcgttacaagtttgattaaaacattacagga
gi|26 : ------TT-----T----------GA----AT-A-GAGTA-----TTTCTATTACACAACGCACTCTAA-TTATTG-CCTGTA---CCA-G---------------CA-TA-------A---AGTC---------------------ACATG-CAGTA---AT--AAAT--CCTCT--TCACAACATGGGGTA------ATC---AGGGG-TAGAGATGTCA---ATTAG-------TTG-------tgtaaaagaaaatttgagtatattaaacagtatctaatgg
gi|26 : ttcggcaca-GTGAAAAC----A----GGTTGAGACCAG-CGCATATT-CACTTGT-TATAA--ATA---TTAATTC--CG-TAGACAGATAAAAATAtgaaaacaggttgagaccagcgcatattcacttgttataaatattaattccgtagacagataaaaata
gi|27 : ttcggcacatttgaatagagtatttctattacacaacgcactctaattattgcctgtaccagcataaagtcacatgcagtaataaatcctcttcacaacatggggtaatcaggggtagagatgtcaattagttTAACACGCATAT---TTTATGTAATGAATTGAAT------G-TTATAGTAATATAGTCGCCGCATT---------TTAGC---------CAGGA----CA--AAGTT-A-AAG----CACAAAAAGAAGAAA-ATATA---TATA-----TTTAAATAATTGTA------AAATGCGCACA-----A---TAAGTAGAAA
gi|28 : ctgcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacgaaccttTGGGGTA------ATC---CTGAG-GAGAATTGTCA---ATTAG-------TTT-------G----CGCTTTTGTG-----------TTACTAGTTTT--C--A---TTC-AA-------CTATTATGA---A-----AAC---------AACA--------T-T--GG--AG--AGGATGTGTCACAA----G-TTGAATGTTTATTGTCAAAG-CTGTAAAT----A----GACCGAGA--AA-GACTAATTCCACTTGGACAGAA--ATA---a
gi|29 : tgtgttactatgcaaaatgggataatccTAATGAATTGACT------G-TAATAGTAATAAAGTTGCCGCATT---------TTAGCCAGGACAA--AGTGAAAGCACAAAA---AGAAGA---------------AA----AAA---TATATT---TTTCAATAATTGTAA------AATGCGCACA-----C---CAAATAGAAAa
gi|3 : A-G---------------TA-TT-------A---AGTCGCTGTCTGCAC-----C-TACACATG-CGGTA---AT--AAAT--GCTTT--TCGCAATTTGGGGTA------ATC---GTGGG-GAGAGGTGTCA---ATTAG-------ACG-------G----CGCGTGTGTG-----------TT--------T--G--G---T-C-AAACTGTTATG------A---A-----AAC---------AACA-AT-TG--------G--AG--AGGACCTGTCACAA----G-TTG--------------AAA-GTGCAAGT----A----GGTCGAGACCAA-CGCTAAAT-CGATCGT-TAGAA--CTA---TTAATCCCTCG-TCGACAAATAGAAATAAAATCAAAATATAGCTTA-ATATGTCAGGATTACTTTTT---AATTA---AA--------T----A----TTAGAAATCTG----TATGA-TCATA--TTTATTCGCACGCAGG-T-TTTCTCTTTT-AAAAA-TAG-C-TACAT--GAAACAATACCGG-Aaaattggataacaaacagctcagaaaggtatgtcaacgttctaggtatagatataacacaatttgaatacgat
gi|3 : ACACGTATAT---TTTATGTAACGAAAGGAAT------GAAAATATTAATACA-TTACCATATT---------TTAACA----AAATCAGTG----CAATAAATT-A-AAGATTTT----------AAAT---------TTTAAC---TTTCAACAGATCTAATAGCCAAATATGCACACTAAGC---TAAGTAGAAACTAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntacacgtatattttatgtaacgaaaggaatgaaaatattaatacattaccatattttaacaaaatcagtgcaataaattaaagattttaaattttaactttcaacagatctaatagccaaatatgcacactaagctaagtagaaacta
gi|30 : agtattaagtcgctgtctgcacctacacatgcggtaataaatgcttttcgcaatttggggtaatcgtggggagaggtgtcaattagacggcgcgtgtgtgtttggtcaaactgttatgaaaacaacaattggagaggacctgtcacaagttgaaagtgcaagtaggtcgagaccaacgctaaatcgatcgttagaactattaatccctcgtcgacaaatagaaataaaatcaaaatatagcttaatatgtcaggattactttttaattaaatattagaaatctgtatgatcatatttattcgcacgcaggttttctcttttaaaaatagctacatgaaacaataccggannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntTTTAATGCGAATTTTCAGCACATT-----T----------TA----ATTC-GAATA-----TTTCTATTACACAGCATGTTTTAA-TTACTGACCTTTA---CCA-G---------------TA-TT-------T---ATTTACTGTCTGTAC-----A-TACACACGGTGGTA---AT--AAA-----------------ATGGAGTA------ATC---GTGGG-TACAGATATCA---ATTAG-------TCG-------G----C-------TC-----------TT--------T--G--G---T-
gi|32 : atATAACATGTTCTAA-TTATTAACCTCTG---CCA-GAGAGGCAGAGACATGTAATT-------G---AGT-ATTGCCTCTAC-----C-TGCACTCA-CA--A---GT--CAAT--GTCCA--CTGCAACATGGGGTA------GTCCGAGAGAGTGAGAGATGTCA---TTTAG-------TCG-------G----C-------tctatttgatactgttaacaactaaat
gi|33 : aaTTTAG-GC------TCA-----TT-----T----------GA----ATTC-GAGTC-----TTTCTGCTACATAATGCATTTTAA-TTGCTGAGCTGTA---CAA-A---------------TA-TT-------TT--AGT-------------------TAC---------TAG--AT--AAATTAGCTCTGTTTGCAACATGGGGTA------ATC---CTGTG-GAGAGGTGTTA---ATTAG-------TTG-------G----C-------TG-----------TT--------T--G--G---T-gcttttgtattacaagtttttattaaa
gi|34 : ttttagtgtgtacATAT---TTCATGTAATGAAACGGAA------C-GAATATAAATACAGTTACCATATTTAACATATTTTAACT----TAATCAGTG----CACTTTATT-A-AAGATTTA----------AAAT-TCAAA---TTTAAT---TTTCAA------TAATAGCAAAATGCACACA-----C---AAAATAGAAACTATCAgt
gi|35 : aagaGCGTAT---TTTATATAATGATACAGAT------G-GAGTACTAAAACAGTTACCGTATA---------TTAACT----TAATCAGTG----CACTAAATT-A-AAGGTTTC----------AAAT-TTAAA---TTTAAC---TTTCAATAAATCTAATAGCTAAATGTGCACA-----C---TAAATAGAAACTA
gi|36 : gAACGTGGAGTA------ATC---ATGGG-GAGAGATGTCA---ATTAG-------TCG-------G----CGCTTTGGTG-----------CT--------T--G--A---T-C-AAACTGT--T-------A---T-----GAA---------AACA-AC-CA--T-T--GA--AG--GGGACATGTCACAA----G-CTG--------------AA--GCGTAAGC----A----Gc
gi|37 : GAAATGAATACTTCAG-GAATATCAATACAGTTTCCAAATC---------TTAACT----TAATAAATG----CACTAAATT---------------------GAAT---------TTTA-----TT---ATTGAT-TAAAAGCCAAATGCACACA-----G---AAAATAtgacctatccacatgttattatgtcactgg
gi|38 : CTGCAC-----C-TACACATG-TGGCA---AT--AAAT--GCTCC--TCGCAATATGGGGTA--------T---ATGCA-GAGATATGTCA---GTTAG-------TCGGCTCTTTG----C-------TG-----------TT--------T--G--A---T-C-AAG------TTGTTATGA---A-----AAG---------AACA-AT-ttggataacatagatatagct
gi|4 : ----ATTT-CAATA-----TTTCCATAACACAA---GTCTTAG-TT-C---CCTATA---CCA-A---------------TA-TT-------A---AGTCACTGCCTGTAC-----C-TACACACA-CAGTA---AT--ACAT--GCTCT--TCGCAACATGGGGTA------ATT---GTGGG-TTGAGATGTCA---TTTAG-------TCT-------G----C-------GC-----------TT--------TGAG--A---T-T-AC-------T-------A---ATTCTTATC---------A--A-AC-T---------G--AG--AGGATGTGTCACAA----G-AGT--------------AAG-ATGTAAAC----A----GGTCAAGGTCAG-TACA
gi|4 : A-ATATT----GGCAACTTTTT---AATTA---AA--------T----A----CTAGAAAACTGAT--T---ATTTGTACGTGTATTTGCATGCATA-C-TTTTTCTTTT-CAAAG-------------------AATGCTTG-AA-AAGTA--TGCCACGCTGggtcaaggccagtgcaatattggcaactttttaattaaatactagaaaactgattatttgtacgtgtatttgcatgcatactttttcttttcaaagaatgcttgaaaagtatgccacgctggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtcacgaataatttatgtaatgaaatggattgtatgttaagccgttaccatattttaacttaaacattgcactaaattaaagattaaaaatttaataatagcaaaatgcgctcacctgatagaaaatattgg
gi|4 : atttcaatatttccataacacaagtcttagttccctataccaatattaagtcactgcctgtacctacacacacagtaatacatgctcttcgcaacatggggtaattgtgggttgagatgtcatttagtctgcgctttgagattactaattcttatcaaactgagaggatgtgtcacaagagtaagatgtaaacaggtcaaggtcagtacaggtcaaggccagtgcCACGAATAA---TTTATGTAATGAAATGGAT------T-GTATGTTAA-GCCGTTACCATATT---------TTAACT----TAAACATTG----CACTAAATT-A-AAGATT-------------AA----AAA---TTTAA----------------TAATAGCAAAATGCGCTCA-----C---CTGATAGAAAATATgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtcacgaataatttatgtaatgaaatggattgtatgttaagccgttaccatattttaacttaaacattgcactaaattaaagattaaaaatttaataatagcaaaatgcgctcacctgatagaaaatattgg
gi|5 : atttcaatatttccataacacaagtcttagttccctataccaatattaagtcactgcctgtacctacacacacagtaatacatgctcttcgcaacatggggtaattgtgggttgagatgtcatttagtctgcgctttgagattactaattcttatcaaactgagaggatgtgtcacaagagtaagatgtaaacaggtcaaggtcagtacaggtcaaggccagtgcaatattggcaactttttaattaaatactagaaaactgattatttgtacgtgtatttgcatgcatactttttcttttcaaagaatgcttgaaaagtatgccacgctggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtTA---CCA-G---------------TA-TTTTATATAA---AGTCGC---CTGCAC-----C-TACACACG-CAGCA---AT--AAAT--GCTCC--TTGCAACATGGGGTA------ATC---CTGGtgg
gi|5 : GGACGTGTCACAA----G-TTG--------------AAG-GTGTAAGT----A----GGGTGAGACCAA-TGCAAATT-CATTCGT-TAAAA--ATA---TTTATTCCTCC-TCGACAAATAGAAATAAAAACAC----------A-ATA------GGCTACTTTTT---CATTC---AA--------T----A----CTAGAAATCTT----G---A-TCATG--TTTATTCGCACACATC-T-TTTCTCTTTT-AAAAA-CAG-C-TGCTT--GAAATAATGCTTG-AG-AAATA--TGTTGCACCGA---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTAACACGCATAT---TTTATGTAATGAAATGGAT------A-AAATATCAATACAGTTACTGTATT---------TGAACA----TAATCAGTG----CACAAAATT-A-AAGATTTC----------GAAT-TTAAA---TTTAAC---TTTCATTAGTTCCAATAGCTTAATGCGCACA-----C---TAAATAGAAACTATCacgtgtcacaagttgaaggtgtaagtagggtgagaccaatgcaaattcattcgttaaaaatatttattcctcctcgacaaatagaaataaaaacacaataggctactttttcattcaatactagaaatcttgatcatgtttattcgcacacatcttttctcttttaaaaacagctgcttgaaataatgcttgagaaatatgttgcaccgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtaacacgcatattttatgtaatgaaatggataaaatatcaatacagttactgtatttgaacataatcagtgcacaaaattaaagatttcgaatttaaatttaactttcattagttccaatagcttaatgcgcacactaaatagaaactatcgg
gi|6 : taccagtattttatataaagtcgcctgcacctacacacgcagcaataaatgctccttgcaacatggggtaatcct-----AAC---------AATA-AT-TA--T-T--TG--AG--GGGATGTGTCACAA----G-TTG--------------AAG-GTGTAAGT----A----GGTCAAGACCAA--GCAAATT-CACTCGT-TAGAA--ATA---TTTATTCCTCG-TCAACAAAAAGAAATAAAAACACA--ATAGCCTA-ATA------AGCTACTTTTT---AATTA---AA--------C----A----CTAGAAATCTG----T---A-TCCTA--TTTATTTGCACACATA-T-TTTCTCTATT-AAAAA-gg
gi|6 : gagatttctatgacataaagcgcgttggtgtttggtaaaactgttacgaaaacGACACGCATAT---TTTATGTAATGAAACAGTT------G-GAATATTAAAACAGTTACCATATT---------TTAACT----TGAT-AG--------CTAAATaaatgctgggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngacacgcatattttatgtaatgaaacagttggaatattaaaacagttaccatattttaacttgatagctaaatgcgcacacaaaatagaaacta
gi|6 : gagatttctatgacataaagcgcgttggtgtttggtaaaactgttacgaaaacaacaataattatttgaggggatgtgtcacaagttgaaggtgtaagtaggtcaagaccaagcaaattcactcgttagaaatatttattcctcgtcaacaaaaagaaataaaaacacaatagcctaataagctactttttaattaaacactagaaatctgtatcctatttatttgcacacatattttctctattaaaaaaaatgctgggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAATG-A-AACAGTTG----------GAATATTAAAACAGTTACCATATTTTAAC----TTGATAGCTAAATGCGCACA-----C---AAAATAGAAACTAgcgcacacaaaatagaaacta
gi|7 : gagatttctatgacataaagcgcgttggtgtttggtaaaactgttacgaaaacaacaataattatttgaggggatgtgtcacaagttgaaggtgtaagtaggtcaagaccaagcaaattcactcgttagaaatatttattcctcgtcaacaaaaagaaataaaaacacaatagcctaataagctactttttaattaaacactagaaatctgtatcctatttatttgcacacatattttctctattaaaaaaaatgctgggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngacacgcatattttatgtGCGA----TC------TT-----T----------GT----ATTT-GAGAA-----TTTCTTTTACATAAAGCATTTTTA-TTACTGACCTGTA---GCAAG---------------TA-TT-------T---AGTCTATGCCTGCAC-----C-TAGCGACG-CGGTA---AT--TAAT--GCTCT--TTGCAACATTGGGTA------ATC---ATGGG-GAGAGGCTTTAGTGATTTA-------TCA-------AA---C-------TG-----------TTA-------T--G--A----------------------------A-----AAC---------AACA-AT-TG--------G--AG--AGGACGTGTCATAA----A-TTG--------------AAG-GTGTAAGT----A----GGTCAAGATCAA-AGCAAATT-CACTTGT-TAGAA--ATA---TTTACTCCTCA-TCAACAAAAAGAAATAAAAACATA--ATAGCCAA-ATA------TGATACTTTTT---AATTA---AATACACATGT----A----CTAGAAATCTG----T---A-TCATA--TTTATTCGCACACATA-T-TTTCTCTTTT-AAAAA-TAG-C-TACTT--GAAACAATGCTGG-AA-AAATA--TGTC
gi|8 : AGTGCGA----CC------TT-----G----------GA----ATTC-GAGTA-----TT-CTATTTCATACCGCGTTTTAA-TTACTGACTTGTAGGCCTA-C---------------CA-TT-------ATATAGTCGTTGCCTGCAC-----C-TACACACG-CGGTA---AT--AAAT--GCTCC--TCGCAACATGAGGTT------ATC---CTGGT-------TATCGG--ATC---------TTT-------G----A-------TG-----------TT--------T--G--A---A-C-AAACTGT--T-------A---T-----GAA---------AACA-CT-TGATT-T--GC--AG--AGGATGTGTCAC--------TCG------------------GTGCAAGT----A----GGTCGAGACCAAACGCAAATT-CACTTGT-TAGAA--ATA---TTTATTCCTCG-TCGACAAAAAGAAATAAAAACACA--ATAGCCTT-ACA------GGCTACTTTTT---CATTC---AA--------T----A----ATAGAAATCTT----T---A-TCGTA--TTTATTCACATGCATA-T-TTTCTC-TTA-AAAAA-TGG---TACTT--AAAACAATGCTGG-AT-AAATA--AGT
gi|9 : AGTGCGA----AC------TTACAGCT----------GATTTAATTCCGCGAA-----TTTCTGTTACATAAAG--TTTTAAATTACTGATCTGTA---CAA-G---------------TA-TT-------A---AGTCGCTGCCTGTAC-----C-AACACACG-CGACA---CT--AAAT--GCCCT--TCGCACTATGCGGTA------ATC---CTGTG-TAATGATGTCA---GTTAG-------TCGGT-----G----C-------TT-----------TTG-------T--G--T---T-C-CG-------T----------------------------------GT-T---T-T--GATCAA--AGTATGTGTCATAAGAATG-TCA--------------AAATGTGTTAAT----T----GGTCGAGACCAG-CGCAAAGT-CACCCAT-TAGAT--ATA---TTGATTACGCT-T-----AAATG---TGAAAACACA--ATA----A-A-A------GGCTATTTTT------TTA---AA--------C----AATTTCTAGAAATCTG----T---A-CCGTG--TTTAGTC-CATGC-------------TTT-AAAAA-TAA-CATACTT--GTAAGAATGAAGG-AA-AAATA--CGTCACG
8 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|31 ): TTCTTAAGTTAATTTTCATTGTTTTTTGTTCAAGGTTATATTCATGGAAAAAAAACAATAAAAAAACAAAAGAATATTTGAACTCATAGCTCTGTCATTCAAATCTGAGTATTTTGATTAAATAATGTGTTCCAAATATTGTTCTCTACTCAAACAGGCGAAAATCAATGATTGCCTCAACATGGGCGT
Unaligned ( gi|39 ): CTGCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACGACCTTTGACATGCATTTTTCATGTA
Unaligned ( gi|40 ): ATCTTTTTCATTGGTATTAATTTTCTTTGTTTTTTGGCTTAAGGACATATTTAGAAAAAAAAT
Unaligned ( gi|41 ): ATATAGATCTATGTTTTGGGTACAGGATGTAACACAATTTTGCATTCGAC
Unaligned ( gi|42 ): AGCAGTGACCTATCCACATATGTTATTAAGTCACTGGTTTC
Unaligned ( gi|43 ): AGTGACCAATTCGCATGTTATTAAGTCACTGACTTTAGTA
Unaligned ( gi|44 ): TCGAAAGTAATAGTAATAAAGATGGCCGCTTTTCCAGG
Unaligned ( gi|45 ): AGTGACCTATTCACATGTTATTAAGTCACTGGTTACAA