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lowQualScore                  :    2          33         9999999     6          1  0    1    7777777777    1         22     3       
lowQualScore                  :    .          ..         .......     .          .  .    .    ..........    .         ..     .       
lowQualScore                  :    8          88         9999999     4          3  1    3    4444444444    4         00     1       
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Reference ( gi|8 )            :  GTAATTGACGCGT--CTTGAACAC-----T-CGACGCTCAGATTGAT-AAAATGT-AATA----------TGAC-GTGCACGTT--AACCA-ACTGAGC
gi|7                          :  GTCATTGACGCGT--CTTGAACAC-----A-CAATGTTCAGATTGAT-AAAATGT-AATA----------TGAC-GTGCATGTT--AACCA-ACTGA
gi|10                         : cGTCATTGAAGCGT--CTTAAACAC-----A-CGACGTTTAGATTGAT-AAAATGT-AATA----------TGAC-GTGCACGTT--AACCA-a
gi|1                          : tGTCATTGACGCGT--CTTGAACAC-----A-CGACGTTCAGATTGAT-AAAATAT-AATAAAATATAATACGAC-GTGCAAGTT--AACCA-ACTGAGCacaa
gi|6                          :  GTCATTGACATGT--CTTGAACAC-----A-CCACATTCAGATTGAT-AAAATGT-AATA----------TGAC-ATACACGCT--GACCA-ACTGAGC
gi|4                          :  GTCATTGACGCGTGTCTTGGACTC-----A-TGACGTTCAGATTGAT-AAAATGT-TATA----------TGAC-GTGCACGTT--TACCA-ACTGAG
gi|5                          : cGTCATTGACGCGA--CTTGAACAG-----A-TGACGTTTAGATTGAT-AAAATGT-AATA----------TGAC-GCACATGTT--AACAA-ACCGAGC
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gi|14                         : cGTCATGGACACGT--CTTGAACAG-----A-CGACGTCCAGATTGAT-AAAATGT-GATA----------TGAT-TTGCACGTT--ATCCA-a
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gi|9                          :    cATTGACGCGT--CTTGAACAC-----A-CGACGTTCAGATTGAT-AAGATGA-TATA----------TGAC-GTGCACGTT--AAATT-ACTGAGC
gi|11                         :  atcATTGACGCGT--TTTGAACAC-----A-TGACGTTCAGATTGAT-AACCTGA-AATA----------TGAC-GTGCACGTT--AACCA-ACCAAGC
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gi|15                         :   tcATTGACGCAT--TTTGAATAC-----A-CGACGTCCAGATTAAT-AAAATGT-GACA----------TGAC-GTGCACGTT--AACCA-ATCAAG
gi|3                          :    cATTGACGCGTGTCTTGGACTC-----A-TGACGTTTATTTTGAT-AAAATAT-AATA----------TGAC-GCGCACGTT--TACCA-ACTGAGC
gi|17                         :  attATTGACGCGT--CTTGAACAC-----A-CGACGTACACATTGAT-AAAATGT-GATGT---------TGAC-ATCCACTTT--AACCA-GTCGA
gi|16                         :    cATTTACACAT--CTTAAATAC-----A-CGTCGTTCAGACTGAT-AAAATGT-GATA----------TGAC-GTGC-TGTTGAAAACACACTG
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gi|21                         :     ATTGACGCGT--TTTGAACAC-----A-CGGCGTTCAGATTGAT-------------------------AC-ATGCACCTT--AACCA-AATAAGC
gi|12                         : cgccACTGACGGAT--GTTGAACAC-----A-CGACATTCAGATTGAC-AAAATG----------------TGAC-GTGCA
gi|31                         :     ACTGGTGCGT--TTTAAACAT-----A-CGACGTTCAGATTGAT-AACATGT-GAaagttgcgcatcctatttaaacc
gi|24                         :       TGACGCGT--CTTGAA------------------AG--TGAT-AAAATGT-AATA----------CGCC-GTGTACGTT--TACCA-ACTGAGC
gi|26                         :   cgtcaaACACGT--CTTGAACAC-----A-CGCCGTTCAGATTGAT-------T-AAT--------------CAGTGCACGTT--AACCA-ACCGAGC
gi|25                         :         ACGCGT--CATGAACAC-----A-CGATCTTCAGATTAATAAAAATGT-A--A----------TGAC--TACACTTT--AA
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gi|27                         :         tagtGT--CTTCAACAC-----A-GGACATTCAGATTGAT-AAAATGT--------------------GCACATGCT--AACCT-ATCAAGCc
gi|29                         :                                 tGACATTCATATTAAT-AAAATGT-GACA----------TGAC-GTGCACGTT--TATCA-ATCGAGt
gi|30                         :                            agcagatACGTTCAGATTGAT-AAAATGT-GATA----------TGAC-GTGCACGTT--AACCA-ATTGGGC





Alignments
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lowQualScore                  :                  ..         ......                 .       .    ..........    .                .    
lowQualScore                  :                  77         777777                 2       3    2222222222    3                2    
consensus                     :     GTCATTGACGCGT--CTTGAACAC------ACGACGTTCAGATTGAT-AAAATGT-AATA----------TGAC-GTGCACGTTAACCAACCGAGC
Reference ( family-3568 )     :     GTCATTGACGCGT--CTTGAACAC------ACGACGTTCAGATTGAT-AAAATGT-AATA----------TGAC-GTGCACGTTAACCAACCGAGC
gi|1                          :     GTCATTGACGCGT--CTTGAACAC------ACGACGTTCAGATTGAT-AAAATAT-AATAAAATATAATACGAC-GTGCAAGTTAACCAACTGAGC
gi|10                         :     GTCATTGAAGCGT--CTTAAACAC------ACGACGTTTAGATTGAT-AAAATGT-AATA----------TGAC-GTGCACGTTAACCAA
gi|11                         :     tTCATTGACGCGT--TTTGAACAC------ATGACGTTCAGATTGAT-AACCTGA-AATA----------TGAC-GTGCACGTTAACCAACCAAGCacaa
gi|12                         :        ACTGACGGAT--GTTGAACAC------ACGACATTCAGATTGAC-AAAATG----------------TGAC-GTGCA
gi|13                         :      TCATGGATGCGT--CTTGAAAAC------ACGACGTTCAGATTGAT-AAAATGT-AATA----------TGAC-GTGCACGTTAACCAACTGAGaagttgcgcatcctatttaaacc
gi|14                         :     GTCATGGACACGT--CTTGAACAG------ACGACGTCCAGATTGAT-AAAATGT-GATA----------TGAT-TTGCACGTTATCCAATCG
gi|15                         :       CATTGACGCAT--TTTGAATAC------ACGACGTCCAGATTAAT-AAAATGT-GACA----------TGAC-GTGCACGTTAACCAATCAAG
gi|16                         :       CATTTACACAT--CTTAAATAC------ACGTCGTTCAGACTGAT-AAAATGT-GATA----------TGAC-GTGC
gi|17                         :       CATTGACGCGT--CTTGAACAC------ACGACGTACACATTGAT-AAAATGT-GATGT---------TGAC-ATCCACTTTAACCAGTCGAtgttgaaaacacactg
gi|18                         :     GTCATTGATGCAT--CTTGGACAC------ACGATGTTCAGATTG------ATGT-AATA----------TGAT-GTGCACGTTAACCAAC
gi|19                         :      cCATTGATGCGT--CTTGAACAC------ACGACGTTCAGATTGAT--AAATGT-AATA----------CGAC-GTGCACGTTAATCAACtaaa
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gi|20                         :     GTCATTGACGCGT--TTT----AT------CC------CAG-TTAAT-AGCCTCTTAATA----------TGAC-GTGCACGTAAACCAACTAAAC
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gi|22                         :             cGCAC--CTTGAATAC------ACGATATTCAGATTGAT-AA------AATA----------TGAC-CTGC
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gi|24                         :    cGTCAATGACGCGT--CTTGAA------------------AG--TGAT-AAAATGT-AATA----------CGCC-GTGTACGTTTACCAACTGAGC
gi|25                         :           cACGCGT--CATGAACAC------ACGATCTTCAGATTAATAAAAATGT-A--A----------TGAC--TACACTTTAA
gi|26                         :          tcACACGT--CTTGAACAC------ACGCCGTTCAGATTGAT-------T-AAT--------------CAGTGCACGTTAACCAACCGAGCtaga
gi|27                         :                GT--CTTCAACAC------AGGACATTCAGATTGAT-AAAATGT--------------------GCACATGCTAACCTATCAAGC
gi|28                         :       tATTAACGCGT--CTTGAACAC------ATGGCGCTCAGATTGAT-GA------AATA----------CGAC-ATTTATGTTAACt
gi|29                         :                        AGCAG------ATGACATTCATATTAAT-AAAATGT-GACA----------TGAC-GTGCACGTTTATCAATCGAG
gi|3                          :      TTATTGACGCGTGTCTTGGACTC------ATGACGTTTATTTTGAT-AAAATAT-AATA----------TGAC-GCGCACGTTTACCAACTGAGC
gi|30                         :                                     aACGTTCAGATTGAT-AAAATGT-GATA----------TGAC-GTGCACGTTAACCAATTGGGC
gi|31                         :        ACTGGTGCGT--TTTAAACAT------ACGACGTTCAGATTGAT-AACATGT-GA
gi|32                         :     GTAATTGACTCGT--CTTGAACAC------ACGATGTTCAGATTGAT-AAAAT
gi|4                          :     GTCATTGACGCGTGTCTTGGACTC------ATGACGTTCAGATTGAT-AAAATGT-TATA----------TGAC-GTGCACGTTTACCAACTGAG
gi|5                          :    cGTCATTGACGCGA--CTTGAACAG------ATGACGTTTAGATTGAT-AAAATGT-AATA----------TGAC-GCACATGTTAACAAACCGAGC
gi|6                          :    cGTCATTGACATGT--CTTGAACAC------ACCACATTCAGATTGAT-AAAATGT-AATA----------TGAC-ATACACGCTGACCAACTGAGC
gi|7                          :     GTCATTGACGCGT--CTTGAACAC------ACAATGTTCAGATTGAT-AAAATGT-AATA----------TGAC-GTGCATGTTAACCAACTGA
gi|8                          :    cGTAATTGACGCGT--CTTGAACAC------TCGACGCTCAGATTGAT-AAAATGT-AATA----------TGAC-GTGCACGTTAACCAACTGAGCa
gi|9                          :      TCATTGACGCGT--CTTGAACAC------ACGACGTTCAGATTGAT-AAGATGA-TATA----------TGAC-GTGCACGTTAAATTACTGAGC





Alignments
lowQualScore                  :                  33         333333                 1       1    7777777777    1                0    
lowQualScore                  :                  ..         ......                 .       .    ..........    .                .    
lowQualScore                  :                  77         777777                 2       3    2222222222    3                2    
consensus                     :     GTCATTGACGCGT--CTTGAACAC------ACGACGTTCAGATTGAT-AAAATGT-AATA----------TGAC-GTGCACGTTAACCAACCGAGC
Reference ( family-3568 )     :     GTCATTGACGCGT--CTTGAACAC------ACGACGTTCAGATTGAT-AAAATGT-AATA----------TGAC-GTGCACGTTAACCAACCGAGC
gi|1                          :     GTCATTGACGCGT--CTTGAACAC------ACGACGTTCAGATTGAT-AAAATAT-AATAAAATATAATACGAC-GTGCAAGTTAACCAACTGAGC
gi|10                         :     GTCATTGAAGCGT--CTTAAACAC------ACGACGTTTAGATTGAT-AAAATGT-AATA----------TGAC-GTGCACGTTAACCAA
gi|11                         :     tTCATTGACGCGT--TTTGAACAC------ATGACGTTCAGATTGAT-AACCTGA-AATA----------TGAC-GTGCACGTTAACCAACCAAGCacaa
gi|12                         :        ACTGACGGAT--GTTGAACAC------ACGACATTCAGATTGAC-AAAATG----------------TGAC-GTGCA
gi|13                         :      TCATGGATGCGT--CTTGAAAAC------ACGACGTTCAGATTGAT-AAAATGT-AATA----------TGAC-GTGCACGTTAACCAACTGAGaagttgcgcatcctatttaaacc
gi|14                         :     GTCATGGACACGT--CTTGAACAG------ACGACGTCCAGATTGAT-AAAATGT-GATA----------TGAT-TTGCACGTTATCCAATCG
gi|15                         :       CATTGACGCAT--TTTGAATAC------ACGACGTCCAGATTAAT-AAAATGT-GACA----------TGAC-GTGCACGTTAACCAATCAAG
gi|16                         :       CATTTACACAT--CTTAAATAC------ACGTCGTTCAGACTGAT-AAAATGT-GATA----------TGAC-GTGC
gi|17                         :       CATTGACGCGT--CTTGAACAC------ACGACGTACACATTGAT-AAAATGT-GATGT---------TGAC-ATCCACTTTAACCAGTCGAtgttgaaaacacactg
gi|18                         :     GTCATTGATGCAT--CTTGGACAC------ACGATGTTCAGATTG------ATGT-AATA----------TGAT-GTGCACGTTAACCAAC
gi|19                         :      cCATTGATGCGT--CTTGAACAC------ACGACGTTCAGATTGAT--AAATGT-AATA----------CGAC-GTGCACGTTAATCAACtaaa
gi|2                          :      TCATTGACGCGT--TTTCAACACGTCGTTACGACGTTCAGATTGAT-AATATGT-AATA----------TGAC-ATGCACATTAACCAACTGAGCt
gi|20                         :     GTCATTGACGCGT--TTT----AT------CC------CAG-TTAAT-AGCCTCTTAATA----------TGAC-GTGCACGTAAACCAACTAAAC
gi|21                         :    cGCCATTGACGCGT--TTTGAACAC------ACGGCGTTCAGATTGAT-------------------------AC-ATGCACCTTAACCAAATAAGC
gi|22                         :             cGCAC--CTTGAATAC------ACGATATTCAGATTGAT-AA------AATA----------TGAC-CTGC
gi|23                         : tagtGTCATTGACGCGT--CTTGAA------------------AG--TGAT-AAAATGT-AATA----------CGCC-GTACACGTTTACCAACTGAGCggattatcatactgc
gi|24                         :    cGTCAATGACGCGT--CTTGAA------------------AG--TGAT-AAAATGT-AATA----------CGCC-GTGTACGTTTACCAACTGAGC
gi|25                         :           cACGCGT--CATGAACAC------ACGATCTTCAGATTAATAAAAATGT-A--A----------TGAC--TACACTTTAA
gi|26                         :          tcACACGT--CTTGAACAC------ACGCCGTTCAGATTGAT-------T-AAT--------------CAGTGCACGTTAACCAACCGAGCtaga
gi|27                         :                GT--CTTCAACAC------AGGACATTCAGATTGAT-AAAATGT--------------------GCACATGCTAACCTATCAAGC
gi|28                         :       tATTAACGCGT--CTTGAACAC------ATGGCGCTCAGATTGAT-GA------AATA----------CGAC-ATTTATGTTAACt
gi|29                         :                        AGCAG------ATGACATTCATATTAAT-AAAATGT-GACA----------TGAC-GTGCACGTTTATCAATCGAG
gi|3                          :      TTATTGACGCGTGTCTTGGACTC------ATGACGTTTATTTTGAT-AAAATAT-AATA----------TGAC-GCGCACGTTTACCAACTGAGC
gi|30                         :                                     aACGTTCAGATTGAT-AAAATGT-GATA----------TGAC-GTGCACGTTAACCAATTGGGC
gi|31                         :        ACTGGTGCGT--TTTAAACAT------ACGACGTTCAGATTGAT-AACATGT-GA
gi|32                         :     GTAATTGACTCGT--CTTGAACAC------ACGATGTTCAGATTGAT-AAAAT
gi|4                          :     GTCATTGACGCGTGTCTTGGACTC------ATGACGTTCAGATTGAT-AAAATGT-TATA----------TGAC-GTGCACGTTTACCAACTGAG
gi|5                          :    cGTCATTGACGCGA--CTTGAACAG------ATGACGTTTAGATTGAT-AAAATGT-AATA----------TGAC-GCACATGTTAACAAACCGAGC
gi|6                          :    cGTCATTGACATGT--CTTGAACAC------ACCACATTCAGATTGAT-AAAATGT-AATA----------TGAC-ATACACGCTGACCAACTGAGC
gi|7                          :     GTCATTGACGCGT--CTTGAACAC------ACAATGTTCAGATTGAT-AAAATGT-AATA----------TGAC-GTGCATGTTAACCAACTGA
gi|8                          :    cGTAATTGACGCGT--CTTGAACAC------TCGACGCTCAGATTGAT-AAAATGT-AATA----------TGAC-GTGCACGTTAACCAACTGAGCa
gi|9                          :      TCATTGACGCGT--CTTGAACAC------ACGACGTTCAGATTGAT-AAGATGA-TATA----------TGAC-GTGCACGTTAAATTACTGAGC


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blockSeqs                     :                  .          .                      .       .    .             .
blockSeqs                     :                  .          .                      .       .    .             .
blockSeqs                     :                  .          .                      .       .    .             .
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blockSeqs                     :                  .          .                      .       .    .             .
blockSeqs                     :                  .          .                      .       .    .             .
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blockSeqs                     :                  .          .                      .       .    .             .
blockSeqs                     :                  .          .                      .       .    .             .
blockSeqs                     :                  .          .                      .       .    .             .
blockSeqs                     :                  .          .                      .       .    .             .
blockSeqs                     :                  .          .                      .       .    .             .
blockSeqs                     :                             .                      .       .                   
blockSeqs                     :                                                    .                           


blockSeqCons                  :                                                                 **********
originalCons                  :     GTCATTGACGCGT--CTTGAACAC------ACGACGTTCAGATTGAT-AAAATGT-AATA----------TGAC-GTGCACGTTAACCAACCGAGC
finalCons                     :     GTCATTGACGCGT--CTTGAACAC------ACGACGTTCAGATTGAT-AAAATGT-AATA----------TGAC-GTGCACGTTAACCAACCGAGC





Alignments
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lowQualScore                  :                  77         777777                 2       3    2222222222    3                2    
consensus                     :     GTCATTGACGCGT--CTTGAACAC------ACGACGTTCAGATTGAT-AAAATGT-AATA----------TGAC-GTGCACGTTAACCAACCGAGC
Reference ( family-3568 )     :     GTCATTGACGCGT--CTTGAACAC------ACGACGTTCAGATTGAT-AAAATGT-AATA----------TGAC-GTGCACGTTAACCAACCGAGC
gi|1                          :     GTCATTGACGCGT--CTTGAACAC------ACGACGTTCAGATTGAT-AAAATAT-AATAAAATATAATACGAC-GTGCAAGTTAACCAACTGAGC
gi|10                         :     GTCATTGAAGCGT--CTTAAACAC------ACGACGTTTAGATTGAT-AAAATGT-AATA----------TGAC-GTGCACGTTAACCAA
gi|11                         :     tTCATTGACGCGT--TTTGAACAC------ATGACGTTCAGATTGAT-AACCTGA-AATA----------TGAC-GTGCACGTTAACCAACCAAGCacaa
gi|12                         :        ACTGACGGAT--GTTGAACAC------ACGACATTCAGATTGAC-AAAATG----------------TGAC-GTGCA
gi|13                         :      TCATGGATGCGT--CTTGAAAAC------ACGACGTTCAGATTGAT-AAAATGT-AATA----------TGAC-GTGCACGTTAACCAACTGAGaagttgcgcatcctatttaaacc
gi|14                         :     GTCATGGACACGT--CTTGAACAG------ACGACGTCCAGATTGAT-AAAATGT-GATA----------TGAT-TTGCACGTTATCCAATCG
gi|15                         :       CATTGACGCAT--TTTGAATAC------ACGACGTCCAGATTAAT-AAAATGT-GACA----------TGAC-GTGCACGTTAACCAATCAAG
gi|16                         :       CATTTACACAT--CTTAAATAC------ACGTCGTTCAGACTGAT-AAAATGT-GATA----------TGAC-GTGC
gi|17                         :       CATTGACGCGT--CTTGAACAC------ACGACGTACACATTGAT-AAAATGT-GATGT---------TGAC-ATCCACTTTAACCAGTCGAtgttgaaaacacactg
gi|18                         :     GTCATTGATGCAT--CTTGGACAC------ACGATGTTCAGATTG------ATGT-AATA----------TGAT-GTGCACGTTAACCAAC
gi|19                         :      cCATTGATGCGT--CTTGAACAC------ACGACGTTCAGATTGAT--AAATGT-AATA----------CGAC-GTGCACGTTAATCAACtaaa
gi|2                          :      TCATTGACGCGT--TTTCAACACGTCGTTACGACGTTCAGATTGAT-AATATGT-AATA----------TGAC-ATGCACATTAACCAACTGAGCt
gi|20                         :     GTCATTGACGCGT--TTT----AT------CC------CAG-TTAAT-AGCCTCTTAATA----------TGAC-GTGCACGTAAACCAACTAAAC
gi|21                         :    cGCCATTGACGCGT--TTTGAACAC------ACGGCGTTCAGATTGAT-------------------------AC-ATGCACCTTAACCAAATAAGC
gi|22                         :             cGCAC--CTTGAATAC------ACGATATTCAGATTGAT-AA------AATA----------TGAC-CTGC
gi|23                         : tagtGTCATTGACGCGT--CTTGAA------------------AG--TGAT-AAAATGT-AATA----------CGCC-GTACACGTTTACCAACTGAGCggattatcatactgc
gi|24                         :    cGTCAATGACGCGT--CTTGAA------------------AG--TGAT-AAAATGT-AATA----------CGCC-GTGTACGTTTACCAACTGAGC
gi|25                         :           cACGCGT--CATGAACAC------ACGATCTTCAGATTAATAAAAATGT-A--A----------TGAC--TACACTTTAA
gi|26                         :          tcACACGT--CTTGAACAC------ACGCCGTTCAGATTGAT-------T-AAT--------------CAGTGCACGTTAACCAACCGAGCtaga
gi|27                         :                GT--CTTCAACAC------AGGACATTCAGATTGAT-AAAATGT--------------------GCACATGCTAACCTATCAAGC
gi|28                         :       tATTAACGCGT--CTTGAACAC------ATGGCGCTCAGATTGAT-GA------AATA----------CGAC-ATTTATGTTAACt
gi|29                         :                        AGCAG------ATGACATTCATATTAAT-AAAATGT-GACA----------TGAC-GTGCACGTTTATCAATCGAG
gi|3                          :      TTATTGACGCGTGTCTTGGACTC------ATGACGTTTATTTTGAT-AAAATAT-AATA----------TGAC-GCGCACGTTTACCAACTGAGC
gi|30                         :                                     aACGTTCAGATTGAT-AAAATGT-GATA----------TGAC-GTGCACGTTAACCAATTGGGC
gi|31                         :        ACTGGTGCGT--TTTAAACAT------ACGACGTTCAGATTGAT-AACATGT-GA
gi|32                         :     GTAATTGACTCGT--CTTGAACAC------ACGATGTTCAGATTGAT-AAAAT
gi|4                          :     GTCATTGACGCGTGTCTTGGACTC------ATGACGTTCAGATTGAT-AAAATGT-TATA----------TGAC-GTGCACGTTTACCAACTGAG
gi|5                          :    cGTCATTGACGCGA--CTTGAACAG------ATGACGTTTAGATTGAT-AAAATGT-AATA----------TGAC-GCACATGTTAACAAACCGAGC
gi|6                          :    cGTCATTGACATGT--CTTGAACAC------ACCACATTCAGATTGAT-AAAATGT-AATA----------TGAC-ATACACGCTGACCAACTGAGC
gi|7                          :     GTCATTGACGCGT--CTTGAACAC------ACAATGTTCAGATTGAT-AAAATGT-AATA----------TGAC-GTGCATGTTAACCAACTGA
gi|8                          :    cGTAATTGACGCGT--CTTGAACAC------TCGACGCTCAGATTGAT-AAAATGT-AATA----------TGAC-GTGCACGTTAACCAACTGAGCa
gi|9                          :      TCATTGACGCGT--CTTGAACAC------ACGACGTTCAGATTGAT-AAGATGA-TATA----------TGAC-GTGCACGTTAAATTACTGAGC