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lowQualScore : .. . .. .. ...... .. . . . . . . ...... ... . . . . . . ......... .. . . ..... . . . . .. .. . . ....... ..... .. . . ..... . .. ...... .. . . . .. . . .... .. ....... ............ ... .. . .. . ........... . ............... . .. . . . . . .. . ... . ..... . . ....................... . ..................... . ... . .. . ..... . .... ........... ............. . .... . . ............................... . . . . ...... . . .. .. .. . . ......... . .. . ... .
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Reference ( gi|1 ) : CAGAGTAAA-ATGGGGGAATATCGGACA-CC--CAGTGT------TTTCTAAACGATTTAAAAATGTGCCATTTGCAACTTCCTGCATGTACCACAT--TTGTTTTC-A-A-CCCTATCAAATCAGCCAATAC---------ATTAACACATCC-TGGTTAACATACAGGTGTTTATGCAACATGACGATATGTGACGACAATTTTGATTGGAAGAGAGCGATTCATGTAAACAAGTTT--CCTCTCAAATGTTCGCTCAGACTGGGA-TGGCGATA-A-TTTT--TATA-TCGCATTTACAACACGAAACAGAACTGTCAAACTGGTTTTCCAGTTAT-CACTATTGCA-TTTATTTGACGAAAT-AAATT--GTATTGAAT-AAGAA----AT--TGAAACA-------AAT---ATA-TT---CTTTA-CATTATTATA--AACAATAATTTAAACGATAA-----TAAAAG-TGTCAGATAAACC--CCTAATGAATA-TTTCAACAAGCTGTCAGAT-AAACCACACATGAGAT--TTCAA-----TGTCCGATAAACTCC---------A-----TTT--T--GTTGTCCGATAAACCC--C--AAATAATGT----CCAATA---CTCCAAATGCAGTGG-----TGTACTTAGAAAAATAC-TTGACTGGAACCTG-----TTGTTCTAGTTTTAT--C---------CCAT----TTGACCCCCACAACTTCT----C-----C--G-ACA-AAAT----AA--TATCTATCGTAAATACTAGAATTTATCCTAATTTT-GTACCATTTGGCGAAGCAAGATAGACCTAAATCCTTAGG--TATCTG-----AC--ATTC-CCACATGTTACTCTA--CATACGTAT
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gi|14 : aAAATATGGGGGAATATCAGACA-CC--CAc
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1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
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Reference ( family-3558 ) : NAGAGTAATATGGGGGAATATCGGACACC------CAGNGTTTTCCGGACGATTTGAAAATGTACTATTTACAGCGTTCTGCATGTACTACAC--TTGTTTTCAGACCCTATCAAAGCAGCCGATAC---------ATTAACACATCC-CGGGTAACATACGGGTGTTTATGTACCGTGACGATATGTGACGACAATTTTGATTGGAAGAGAGCGATTCGTGTAAACAAGTTTCCTCTCGCGTTTTCGCCCAGATNGAGCTGGCGACA-A-TTTT--TATA-TCGCATTTTCAACACGAAACAGAAAGGTTAAACTAGTTTTACAGTTATCGATTTTGCA-TTTATTTGATGAAAT-AAATT-GTGTTGAAT-AAGAA----AT--TGAAACA-------AAT---AT-A----TGCTTTA-TTTTATTATAAACAA--CAATTTAAACG-AAA---ATAAAAGTGTCCGATAAACC--CCTGATGAATANTTCAATAAGCTGTCCGATGAACCCCACATGAGATTTCAATGTCCGATAAACCCCATTTTGTTGTCCGATAAACCCCAC-A-AA-CGTCCGATACTCCCNATGCAGTGG-----TGTACTTAGAA------AAACAGTTGAC----TGGTACGTG-----TTGTTCTA-----------GTTTTAC-----GCC-AT----TTGACCACCACAACTTCTCGGACATAAACA-A----TATCTATCGGAAATACAAGAGTTTATCCGAATTTCATAACACTTGGCCAAGCAAGACAGACACAAATCCTGGGG--TGTCCG--AT-----ATTCCCCCATATTACTCTA--NATACAT
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