lowQualScore : 1 11 1 4444444444 2222 111
lowQualScore : 88 3 4 22 6 6666666666 6 6 66 5555 888
lowQualScore : .. . . .. . .......... . . .. .... ...
lowQualScore : 11 7 4 99 5 7777777777 0 0 00 2222 888
consensus : NNGGACGCACTTTTCAGAA-ATTCACAAC-TTTTTTAATTTTAAGTTTTGAAATTAA---GTGT---GGTGTAAGAAAATCATATGTCAACTAAAATATTGNGTATATATAGATAAGAAAATCTAGTGCCCAGTAATT-AAAATCTAGCGTTGAGTAA
Reference ( gi|1 ) : GGGGATTCACTTTTCATAA-ATTCACAAC-ATTTTTAATTTTAAGATTTGAAATTAA---TTTG---GGTGTGAGAAAATCATGTGTCAACTAAAATATTGAATATATATAGATAAGAAAATCTAGTGCCCAGTAA-T-AAAATCTAGCGTTCACTAA
gi|6 : GGACGCACTTTTC-TGATATTCACAAC-ATTTTTAATTTCAAGTTTTGAAATTA------TGCGTGGTGTAAGAAAATCACATGTCAACTAAAATATTGAATA
gi|10 : tgatgttGGATTCACTTTTCAGAA-ATTCACAAC-ATTTTTAATTCTATG-TTTGAAGTTAA---GTGT---GGTGTAAAAAAATCATATGTCAAATAAA
gi|7 : ggtGGATTCACTTTCCAGGA-ATTCACAAC-ATTCTCA-TTTTAAGCTTTAAAATTAA---GTGT---GGTGTAAGAAATTCATATGTCAACTAAA
gi|15 : tgatagtGGACACACTTTTCAGAA-TTTCACAAC-TTTTTTAATTTTAAGTTTTGAAATTAA---ct
gi|13 : gatggtGGACACACTTTTCAGAA-TTTCACAAC-TTTTTTAATTTTAAGTTTTGAAATTAA---gcgtg
gi|18 : gatggtGGATTTGCTTTTCAGAA-ATTTACAGC-TTTTTTAATTTTAAGTTTTGAgcgtgatgtt
gi|11 : taatggtGGACACACTTTTCAGAA-TTTCACAAC-TTTTTAAATTTTAAGTTTTGAAATTA
gi|21 : gatggtGGGTTCACTTTTCAGAA-ATTCACAAC-TTTTTTAATTTTggcgtggtgtt
gi|17 : gatggtGGACACACTTTTTCTGATATTCACAAT-ATTTTTAATTTTAAGCTTTGA
gi|19 : tgatggtGGATGCACTTTTCAGAA-GTTTACAACTTTTTTTAATTTTAAGTTTTg
gi|20 : tgatggtGGACCCACTTTTCAGAA-TTTCACAA--GTTTTTAATTTTAATTTTTGA
gi|12 : gatggtGGACACACTTTTCAGAT-TTTCACAAC-TTCTTTAGTTTTAATTTTTGAAATTAA---
gi|14 : gatggtGGACACACTTTTCA----GTTCT------TTTTTAATTTTAAGTTTTGAAATTAA---gcgtggtgtt
gi|2 : gattgtCACTTTTCAGAT-ATTCACAAC-TTTTTAAAATTTAAGATTTAAAATTAA---GTGT---GGTGTAAGAAAATCACAAGTCAACTAAAATATTGAGTATATACAGATTAGAAAACCTATTGTCCAAGA----AAAATCTAGTGTTgcgtggtgtttaaa
gi|8 : gacaACTTTTCAGAT-ATTCACAAC-TTTTTTAA-------------AATTAA---GTGT---GGTGTAAGAAATTCACATGCCATCTAAAATATTGAGTATATAg
gi|9 : ggtggacaaTTTCAGAA-ATTCACACT-TTTTTCAATTTTAAGTTTTGAAATTAA---GTGT---GGTGTAAGAAAATCATATGTCGACTAAAAAATTGAGTAT
gi|4 : TTCAGAA-ATTCAAAAC-TTTACTAATTTTAAGTTTTAAAATTAA---GTGT---GGTGCAAGAAAATCATATGTCAACTAAAATATTGTGTATATATAGATAAGAAAATCTAGTGCCCAGTCATT-GAAATCTAGCGTTGAGTAA
gi|3 : TTCAGAA-ATTCACAAC-TTTACTAATTTTAAGTTTTAAAATTAAGTGTTT------TGTAAGAAAATCATATGCCAACTAAAATATTGTGTATATATAAATAAGAAAATCTAGTGCCTAGTAATT-AAAATCTAGCGTTGAGTAAa
gi|5 : TTCAGAAC-TTTACTAACTTTAAGTTTTAAAATTAAGTGTTT------TGTAAGAAAATCATATGTCAGCTCAAATATTGTGTATATATAGATAAGAAAATCAAGTGCCCAGTAATT-AAAATATAGCGTTGATTAAa
gi|16 : ttTGTATATAGAAAAGGAAATCTAGTGCCCAGTAT-T-AAAATTTAa
gi|22 : AAATCTAGTGACCAGTAA-TAAAAATCTAGCATTGAGTAAtagtcaagtaaaga
Alignments
lowQualScore : 6 2 2 1 1 1
lowQualScore : . . . . . .
lowQualScore : 3 1 0 0 4 4
consensus : NNGGACGCACTTTT-CAGAAATTCACAAC-TTTTTTAATTTTAAGTTTTGAAATTAAGCGTGGTGTAAGAAAATCATATGTCAACTAAAATATTGAGTATATATAGATAAGAAAATCTAGTGCCCAGTAATTAAAATCTAGCGTTGAGTAA
Reference ( family-354 ) : NNGGACGCACTTTT-CAGAAATTCACAAC-TTTTTTAATTTTAAGTTTTGAAATTAAGTGTGGTGTAAGAAAATCATATGTCAACTAAAATATTGNGTATATATAGATAAGAAAATCTAGTGCCCAGTAATTAAAATCTAGCGTTGAGTAA
gi|1 : GGATTCACTTTT-CATAAATTCACAAC-ATTTTTAATTTTAAGATTTGAAATTAATTTGGGTGTGAGAAAATCATGTGTCAACTAAAATATTGAATATATATAGATAAGAAAATCTAGTGCCCAGTAA-TAAAATCTAGCGTTCACTAA
gi|10 : ggGGATTCACTTTT-CAGAAATTCACAAC-ATTTTTAATTCTATGTTT-GAAGTTAAGTGTGGTGTAAAAAAATCATATGTCAAATAAA
gi|11 : ggtGGACACACTTTT-CAGAATTTCACAAC-TTTTTAAATTTTAAGTTTTGAAATTAGGCGTGGTGT
gi|12 : gatggtGGACACACTTTT-CAGATTTTCACAAC-TTCTTTAGTTTTAATTTTTGAAATTAAGCGTGGTGTt
gi|13 : gatggtGGACACACTTTT-CAGAATTTCACAAC-TTTTTTAATTTTAAGTTTTGAAATTAAGCGTGATGTt
gi|14 : gatggtGGACACACTTTT-CAG---TTC------TTTTTTAATTTTAAGTTTTGAAATTAAGCGTGGTGTt
gi|15 : gattgtGGACACACTTTT-CAGAATTTCACAAC-TTTTTTAATTTTAAGTTTTGAAATTAAGCGTGttaaa
gi|16 : gatggtTGTATATAGAAAAGGAAATCTAGTGCCCAGT-ATTAAAATTTATAGTCAAGTAA
gi|17 : GGACACACTTTTTCTGATATTCACAAT-ATTTTTAATTTTAAGCTTTGAaga
gi|18 : tgatggtCTTTT-CAGAAATTTACAGC-TTTTTTAATTTTAAGTTTTGAg
gi|19 : taatggtggatttgGGATGCACTTTT-CAGAAGTTTACAACTTTTTTTAATTTTAAGTTTT
gi|2 : tgatggtGACACACTTTT-CAGATATTCACAAC-TTTTTAAAATTTAAGATTTAAAATTAAGTGTGGTGTAAGAAAATCACAAGTCAACTAAAATATTGAGTATATACAGATTAGAAAACCTATTGTCCAAGA---AAAATCTAGTGTTG
gi|20 : GGACCCACTTTT-CAGAATTTCACAA--GTTTTTAATTTTAATTTTTGA
gi|21 : gatggtCACTTTT-CAGAAATTCACAAC-TTTTTTAATTTT
gi|22 : gatggtgggttAAATCTAGTGACCAGTAATAAAAATCTAGCATTGAGTAA
gi|3 : TT-CAGAAATTCACAAC-TTTACTAATTTTAAGTTTTAAAATTAAGTGTTTTGTAAGAAAATCATATGCCAACTAAAATATTGTGTATATATAAATAAGAAAATCTAGTGCCTAGTAATTAAAATCTAGCGTTGAGTAAaga
gi|4 : TT-CAGAAATTCAAAAC-TTTACTAATTTTAAGTTTTAAAATTAAGTGTGGTGCAAGAAAATCATATGTCAACTAAAATATTGTGTATATATAGATAAGAAAATCTAGTGCCCAGTCATTGAAATCTAGCGTTGAGTAAa
gi|5 : TTCAGAAC-TTTACTAACTTTAAGTTTTAAAATTAAGTGTTTTGTAAGAAAATCATATGTCAGCTCAAATATTGTGTATATATAGATAAGAAAATCAAGTGCCCAGTAATTAAAATATAGCGTTGATTAAa
gi|6 : ttGGACGCACTTTT-CTGATATTCACAAC-ATTTTTAATTTCAAGTTTTGAAATTATGCGTGGTGTAAGAAAATCACATGTCAACTAAAATATTGAATAa
gi|7 : tgatgttGGATTCACTTTC-CAGGAATTCACAAC-ATTCTCA-TTTTAAGCTTTAAAATTAAGTGTGGTGTAAGAAATTCATATGTCAACTAAA
gi|8 : tgatagtGGACAAACTTTT-CAGATATTCACAAC-TTTTTTAA-------------AATTAAGTGTGGTGTAAGAAATTCACATGCCATCTAAAATATTGAGTATATAct
gi|9 : ggtTTT-CAGAAATTCACACT-TTTTTCAATTTTAAGTTTTGAAATTAAGTGTGGTGTAAGAAAATCATATGTCGACTAAAAAATTGAGTAT
Alignments
lowQualScore : 6 2 2 0 1 1
lowQualScore : . . . . . .
lowQualScore : 3 1 0 8 4 4
consensus : NNGGACGCACTTTT-CAGAAATTCACAAC-TTTTTTAATTTTAAGTTTTGAAATTAAGCGTGGTGTAAGAAAATCATATGTCAACTAAAATATTGAGTATATATAGATAAGAAAATCTAGTGCCCAGTAATTAAAATCTAGCGTTGAGTAA
Reference ( family-354 ) : NNGGACGCACTTTT-CAGAAATTCACAAC-TTTTTTAATTTTAAGTTTTGAAATTAAGCGTGGTGTAAGAAAATCATATGTCAACTAAAATATTGAGTATATATAGATAAGAAAATCTAGTGCCCAGTAATTAAAATCTAGCGTTGAGTAA
gi|1 : GGATTCACTTTT-CATAAATTCACAAC-ATTTTTAATTTTAAGATTTGAAATTAATTTGGGTGTGAGAAAATCATGTGTCAACTAAAATATTGAATATATATAGATAAGAAAATCTAGTGCCCAGTAA-TAAAATCTAGCGTTCACTAA
gi|10 : ggGGATTCACTTTT-CAGAAATTCACAAC-ATTTTTAATTCTATGTTT-GAAGTTAAGTGTGGTGTAAAAAAATCATATGTCAAATAAA
gi|11 : ggtGGACACACTTTT-CAGAATTTCACAAC-TTTTTAAATTTTAAGTTTTGAAATTAGGCGTGGTGT
gi|12 : gatggtGGACACACTTTT-CAGATTTTCACAAC-TTCTTTAGTTTTAATTTTTGAAATTAAGCGTGGTGTt
gi|13 : gatggtGGACACACTTTT-CAGAATTTCACAAC-TTTTTTAATTTTAAGTTTTGAAATTAAGCGTGATGTt
gi|14 : gatggtGGACACACTTTT-CAG---TTC------TTTTTTAATTTTAAGTTTTGAAATTAAGCGTGGTGTt
gi|15 : gattgtGGACACACTTTT-CAGAATTTCACAAC-TTTTTTAATTTTAAGTTTTGAAATTAAGCGTGttaaa
gi|16 : gatggtTGTATATAGAAAAGGAAATCTAGTGCCCAGT-ATTAAAATTTATAGTCAAGTAA
gi|17 : GGACACACTTTTTCTGATATTCACAAT-ATTTTTAATTTTAAGCTTTGAaga
gi|18 : tgatggtCTTTT-CAGAAATTTACAGC-TTTTTTAATTTTAAGTTTTGAg
gi|19 : taatggtggatttgGGATGCACTTTT-CAGAAGTTTACAACTTTTTTTAATTTTAAGTTTT
gi|2 : tgatggtGACACACTTTT-CAGATATTCACAAC-TTTTTAAAATTTAAGATTTAAAATTAAGTGTGGTGTAAGAAAATCACAAGTCAACTAAAATATTGAGTATATACAGATTAGAAAACCTATTGTCCAAGA---AAAATCTAGTGTTG
gi|20 : GGACCCACTTTT-CAGAATTTCACAA--GTTTTTAATTTTAATTTTTGA
gi|21 : gatggtCACTTTT-CAGAAATTCACAAC-TTTTTTAATTTT
gi|22 : gatggtgggttAAATCTAGTGACCAGTAATAAAAATCTAGCATTGAGTAA
gi|3 : TT-CAGAAATTCACAAC-TTTACTAATTTTAAGTTTTAAAATTAAGTGTTTTGTAAGAAAATCATATGCCAACTAAAATATTGTGTATATATAAATAAGAAAATCTAGTGCCTAGTAATTAAAATCTAGCGTTGAGTAAaga
gi|4 : TT-CAGAAATTCAAAAC-TTTACTAATTTTAAGTTTTAAAATTAAGTGTGGTGCAAGAAAATCATATGTCAACTAAAATATTGTGTATATATAGATAAGAAAATCTAGTGCCCAGTCATTGAAATCTAGCGTTGAGTAAa
gi|5 : TTCAGAAC-TTTACTAACTTTAAGTTTTAAAATTAAGTGTTTTGTAAGAAAATCATATGTCAGCTCAAATATTGTGTATATATAGATAAGAAAATCAAGTGCCCAGTAATTAAAATATAGCGTTGATTAAa
gi|6 : ttGGACGCACTTTT-CTGATATTCACAAC-ATTTTTAATTTCAAGTTTTGAAATTATGCGTGGTGTAAGAAAATCACATGTCAACTAAAATATTGAATAa
gi|7 : tgatgttGGATTCACTTTC-CAGGAATTCACAAC-ATTCTCA-TTTTAAGCTTTAAAATTAAGTGTGGTGTAAGAAATTCATATGTCAACTAAA
gi|8 : tgatagtGGACAAACTTTT-CAGATATTCACAAC-TTTTTTAA-------------AATTAAGTGTGGTGTAAGAAATTCACATGCCATCTAAAATATTGAGTATATAct
gi|9 : ggtTTT-CAGAAATTCACACT-TTTTTCAATTTTAAGTTTTGAAATTAAGTGTGGTGTAAGAAAATCATATGTCGACTAAAAAATTGAGTAT
blockSeqs : T T T A T
blockSeqs : A . . A T
blockSeqs : A . . A T
blockSeqs : A . . C T
blockSeqs : A . . A T
blockSeqs : A . . . .
blockSeqs : A . .
blockSeqs : G . .
blockSeqs : A . .
blockSeqs : C . .
blockSeqs : G . .
blockSeqs : T . .
blockSeqs : A . .
blockSeqs : . .
blockSeqs : . .
blockSeqs : . .
blockSeqs : . .
blockSeqs : . .
blockSeqs : .
blockSeqCons :
originalCons : NNGGACGCACTTTT-CAGAAATTCACAAC-TTTTTTAATTTTAAGTTTTGAAATTAAGCGTGGTGTAAGAAAATCATATGTCAACTAAAATATTGAGTATATATAGATAAGAAAATCTAGTGCCCAGTAATTAAAATCTAGCGTTGAGTAA
finalCons : NNGGACGCACTTTT-CAGAAATTCACAAC-TTTTTTAATTTTAAGTTTTGAAATTAAGCGTGGTGTAAGAAAATCATATGTCAACTAAAATATTGAGTATATATAGATAAGAAAATCTAGTGCCCAGTAATTAAAATCTAGCGTTGAGTAA
Alignments
lowQualScore : 6 2 2 0 1 1
lowQualScore : . . . . . .
lowQualScore : 3 1 0 8 4 4
consensus : NNGGACGCACTTTT-CAGAAATTCACAAC-TTTTTTAATTTTAAGTTTTGAAATTAAGCGTGGTGTAAGAAAATCATATGTCAACTAAAATATTGAGTATATATAGATAAGAAAATCTAGTGCCCAGTAATTAAAATCTAGCGTTGAGTAA
Reference ( family-354 ) : NNGGACGCACTTTT-CAGAAATTCACAAC-TTTTTTAATTTTAAGTTTTGAAATTAAGCGTGGTGTAAGAAAATCATATGTCAACTAAAATATTGAGTATATATAGATAAGAAAATCTAGTGCCCAGTAATTAAAATCTAGCGTTGAGTAA
gi|1 : GGATTCACTTTT-CATAAATTCACAAC-ATTTTTAATTTTAAGATTTGAAATTAATTTGGGTGTGAGAAAATCATGTGTCAACTAAAATATTGAATATATATAGATAAGAAAATCTAGTGCCCAGTAA-TAAAATCTAGCGTTCACTAA
gi|10 : ggGGATTCACTTTT-CAGAAATTCACAAC-ATTTTTAATTCTATGTTT-GAAGTTAAGTGTGGTGTAAAAAAATCATATGTCAAATAAA
gi|11 : ggtGGACACACTTTT-CAGAATTTCACAAC-TTTTTAAATTTTAAGTTTTGAAATTAGGCGTGGTGT
gi|12 : gatggtGGACACACTTTT-CAGATTTTCACAAC-TTCTTTAGTTTTAATTTTTGAAATTAAGCGTGGTGTt
gi|13 : gatggtGGACACACTTTT-CAGAATTTCACAAC-TTTTTTAATTTTAAGTTTTGAAATTAAGCGTGATGTt
gi|14 : gatggtGGACACACTTTT-CAG---TTC------TTTTTTAATTTTAAGTTTTGAAATTAAGCGTGGTGTt
gi|15 : gattgtGGACACACTTTT-CAGAATTTCACAAC-TTTTTTAATTTTAAGTTTTGAAATTAAGCGTGttaaa
gi|16 : gatggtTGTATATAGAAAAGGAAATCTAGTGCCCAGT-ATTAAAATTTATAGTCAAGTAA
gi|17 : GGACACACTTTTTCTGATATTCACAAT-ATTTTTAATTTTAAGCTTTGAaga
gi|18 : tgatggtCTTTT-CAGAAATTTACAGC-TTTTTTAATTTTAAGTTTTGAg
gi|19 : taatggtggatttgGGATGCACTTTT-CAGAAGTTTACAACTTTTTTTAATTTTAAGTTTT
gi|2 : tgatggtGACACACTTTT-CAGATATTCACAAC-TTTTTAAAATTTAAGATTTAAAATTAAGTGTGGTGTAAGAAAATCACAAGTCAACTAAAATATTGAGTATATACAGATTAGAAAACCTATTGTCCAAGA---AAAATCTAGTGTTG
gi|20 : GGACCCACTTTT-CAGAATTTCACAA--GTTTTTAATTTTAATTTTTGA
gi|21 : gatggtCACTTTT-CAGAAATTCACAAC-TTTTTTAATTTT
gi|22 : gatggtgggttAAATCTAGTGACCAGTAATAAAAATCTAGCATTGAGTAA
gi|3 : TT-CAGAAATTCACAAC-TTTACTAATTTTAAGTTTTAAAATTAAGTGTTTTGTAAGAAAATCATATGCCAACTAAAATATTGTGTATATATAAATAAGAAAATCTAGTGCCTAGTAATTAAAATCTAGCGTTGAGTAAaga
gi|4 : TT-CAGAAATTCAAAAC-TTTACTAATTTTAAGTTTTAAAATTAAGTGTGGTGCAAGAAAATCATATGTCAACTAAAATATTGTGTATATATAGATAAGAAAATCTAGTGCCCAGTCATTGAAATCTAGCGTTGAGTAAa
gi|5 : TTCAGAAC-TTTACTAACTTTAAGTTTTAAAATTAAGTGTTTTGTAAGAAAATCATATGTCAGCTCAAATATTGTGTATATATAGATAAGAAAATCAAGTGCCCAGTAATTAAAATATAGCGTTGATTAAa
gi|6 : ttGGACGCACTTTT-CTGATATTCACAAC-ATTTTTAATTTCAAGTTTTGAAATTATGCGTGGTGTAAGAAAATCACATGTCAACTAAAATATTGAATAa
gi|7 : tgatgttGGATTCACTTTC-CAGGAATTCACAAC-ATTCTCA-TTTTAAGCTTTAAAATTAAGTGTGGTGTAAGAAATTCATATGTCAACTAAA
gi|8 : tgatagtGGACAAACTTTT-CAGATATTCACAAC-TTTTTTAA-------------AATTAAGTGTGGTGTAAGAAATTCACATGCCATCTAAAATATTGAGTATATAct
gi|9 : ggtTTT-CAGAAATTCACACT-TTTTTCAATTTTAAGTTTTGAAATTAAGTGTGGTGTAAGAAAATCATATGTCGACTAAAAAATTGAGTAT