lowQualScore : 11 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 111111111111111111111111111111111 11 11111111111111111111 1111111111111 44444444444444444444444444444444444444444444 11 1111 222222222222222222222222222222222 44444444444444444444444444444444444444444444 1111111111111111 11 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 1111111111 11
lowQualScore : 3 22 4444 22 0 333 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 111111111111111111111111111111111 1 55 4444 7 1 11 1 99999999 22 22 33333333333333333333 0000000000000 1 00000000000000000000000000000000000000000000 22 22 55555555 222 222 8888 1 3 00 3333 333 22 3333 777777777777777777777777777777777 1 333 44444444444444444444444444444444444444444444 1 3333333333333333 77777777777 99999999999 8 11 1 2 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 77777 1 22 0000000000 3333 33 77 2 4
lowQualScore : . .. .... .. . ... ............................................................... ................................. . .. .... . . .. . ........ .. .. .................... ............. . ............................................ .. .. ........ ... ... .... . . .. .... ... .. .... ................................. . ... ............................................ . ................ ........... ........... . .. . . ................................................................................... ..... . .. .......... .... .. .. . .
lowQualScore : 6 99 5555 33 9 777 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 000000000000000000000000000000000 4 22 5555 1 4 77 5 99999999 00 11 55555555555555555555 8888888888888 5 88888888888888888888888888888888888888888888 11 11 44444444 666 666 3333 5 0 44 7777 444 22 5555 000000000000000000000000000000000 9 333 33333333333333333333333333333333333333333333 8 0000000000000000 99999999999 99999999999 7 88 9 0 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 00000 8 55 5555555555 9999 55 66 1 4
consensus : NTAT-AAAATATA--TGTCCA----ACAGGAGACG-TAGCA---TTCAAAGGACACAGTCA--T-TC----------------A-A-A------GGACACANTCAC--------CA---C-A---AT-AT-A------A----------A-ATA--T----ATGTCCAAC-AGGAGACG-TAGC-ATTCAAAGGACA-------C--A--G------------------C-CACC--------A----C-AA---C-------GT---A----A-AN-T-----------------A--T--A--------T---G---TCCA----AC-A-GGAGACG-TAGCAT---T-C-AAA--GG----ACG-C--A-------G------------------T-CACCA---CAAT--A-------T-------AT--------------A---------AT-A--------------T-ATGT-----------CCAAC--------A-GGAGACG-TAGC-ATTCAAA-GGAC---ACAG-----------NC-AT---CNC--AA----A-GGACACA---GTCACC-N--CAAT---------A----T-----AA-----A-AT--A----------T----ATGTCCAACAGGAGACG-TAG-C-ATTCAAAGGACACAGT
Reference ( gi|3 ) : ATAT-AAAATATA--TGTCCA----ACAGGAGACT-TAGCA---TTCAAAGAACGCAGTCA--TGTC----------------A-A-A------GGACACATTCAC--------CA---C-A---AT-AT-A------A----------A-ATA--T----ATGTCCGAC-AGGAGACT-TAGC-ATTCAAAGGACG-------C--A--G------------------T-CACC--------A----C-AA---T-------GT---A----A-AC-T-----------------A--T--A--------T---G---TCCA----AC-A-GGAGACT-TAGCAG---T-T-AAA--GG----AAG-C--A-------G------------------T-CACCA---CAAT--A-------T-------AT--------------A---------AT-A--------------T-ATGT-----------CCAAT--------A-GGAAACT-TAGC-ATTCAAA-GGAC---GCAG-----------GC-AT---CTC--AA----A-GGACGCA---GTCACC-T--CAAT---------A----T-----AA-----A-AT--A----------T----ATGTCCAACAGGAGACT-TAA-C-ATTCAAAGGACGCAGT
gi|18 : TATGAAAACATA--TGTCCA----ATAAAAGACGATATCA---TTCAAAAGACGCA
gi|2 : AT-AAGATATA--TGTCCA----ATA------T-T-GCA------------CGCAGTCAAATGTC----------------A-A-A------A-------TCAC--------CA---C-GGCGAC-AC-AGAGGGCA----------A-ATAATTG---ATGTCGAAC-AGTGGCCG-TAGC-TTTCACATGACATTGACCAC--A--G--------------------CAGC--------A----C-AAA--T-------GG---AGGAAA-ACAT-----------------A--T--A--------T---G---TCCA----AC-A-GTAGACG-AAG-AT---TGT-AAA--GG------G-C--A-------C------------------T-T-CCA---C-------------T-------AC--------------G---------AC-A------------------GT-----------ACAATGG------A-GAAAACA-TAGT-ATCCAAACGGAT---ACGA-----------AG-AT---TTC--AA----A-GAGCTCT---GCCACC-A--CGAC---------G----C-----AA-----A-AT--GGAATTGAAATT----ATGTCCAACAGAAGACC-AAG-T-TTTCAAATGAtaatacatcacaataatc
gi|22 : AT-AAAACATG--CGTTCA----ATAGGAGACG-TAGCA---TTCAGAGGACACAGCTA--Ttaaagccactatacagcacaaatggagctatataaatgtctatatgcgagatcatttcaactgacgaggcttaatc
gi|4 : T-AAAATAT----GTCCA----ACTAGAGATT-TAGAA---TTCAAAGGAGACAGTCA--TCTC----------------A-ACATCAC--GAACATAAT-AC--------CA-----A---AT-AC-G------A----------A-A-A--A----ATGTCCAAC-CAGAGACG-TACA-ATTCAAAGGAGA-------C--A--G------------------T-CATC--------A----C-AA---C-------ATCACG----A-ACATAATACCAAATACGAAAAA--T--A--------T---G---TCAA----AC-C-AGAGACG-TGGAAT---T-C-AAA--GG----A---C--A-------G------------------T-CATCA---CAAC--A-------TCACGAACATAATACCAAATACGAA---------AT-A--------------T-ATGT-----------CCAAC--------C-AGATACG-TAGA-ATTCAAA-GGAaca
gi|15 : caacacatgtT-AAAGTATA--TGTCCT----ACAAGAGGC---AGCA---TTTAAAG------GTCA-----C----------------A------------AC-CA-TCAG--------CA---C-------------------------------ATA--T----ATGCCCTAC-AGGAGACA-TAaacaaaccattatgga
gi|12 : -AAAATATA--TGTCCA----ACAGAAGAGG-TATCA---TTCAAAGGACACTGTCA--C---------------------------------CACA-ACAT--------CA---TAA---AC-AT-A------ATC--------A-ATA--T----AT-----------AGACT-TATCAATTTAA
gi|6 : gaatacg-AAATTATA--TAACCA----GCAGGCGATT-TTGCA---TTTAAA--------------------------------------------GGACACATCCAC--------CAAATC-A---GT-AT-A------ATATTATACACA-ATC--T----ATAT---AC-ATAATACT-AAGC-ATTTAAAGGACA-------C--A---------------------T-CCTC--------AAAATC-AG---T-------AT---A----ATAT-T-----------------A--T--A--------CACAA---TCTATAT-AC-A-TAGTACT-AAGCAT---T-C-AAA--GG----Attaa
gi|7 : -AAAACATA--TGATAA----ACAGGAGACA-TAACA---TTCAAAGGACACAGC----TGTCCCAGTAGCATAAGCATA-A-G------GGACACAGTCATCCCAGTAGCA---T-A---ATCAT-A------A----------A-GTA--CACAGACATCC--C-AGTAGCAT-AAGC-AT--AAAGGACA-------C--A--G------------------C-CATC--------C----C-Acaca
gi|11 : aca-AAAGCATA--TAACCAGACTACAGGAG-TT-CATCAGATTTCAAATAA------------------------------A-A-A------G---ACATTCAC--------AA---A-A---AT-TA-A------A----------A-ATA--T----ATATCCAAC-TAGAGACG-TAGC-ATTCCAAGAAAT-------C--A--G------------------T-TGCC--------A----C-
gi|5 : -AAAATATA--TGAAAA----ACAGGGGGTG-TAGCG---TTTAAATTACACAGCCA---G-C----------------A-A-A------------AT--AG--------CA---C-A---G--GC-A------A----------A-ATA-------ATGT--GACGAAGAGGTG-TAGC-GTTTAAATTACA-------C--A--G------------------C-CAGC--------A----A-AA---TAGCACAGGC---A----A-AG-T-----------------A-----A--------T---G---T--G----AC-GTGGAGGCG-TAGCGT---T-T-AAA--TG----ACA-C--A-------G------------------C-CAGCA---AAAT--
gi|21 : ttcaaaaatagg-AATATATA--TGTACA----GCAGAAGACG-TATCA---TTCAGGGGACACAGACA--CTTC----------------A-A-
gi|10 : gaataagAAATATA--TGTCCA----ACAGGAGACT-TAGCA---TTCAAAGGACGCAGTCA--TGTC----------------A-A-A------GGACACATTCAC--------CA---C-A---AT-AT-A------A----------A-ATA--T----ATGTCCGAC-AGGAGACT-TA
gi|20 : AAATATA--TGTCTA----ACGGCAGACG-CAACA---CTCAAAGAGCagccaagcttagaccta
gi|1 : aaacaaggAATATAAATGTCCA----ACA-----------------TCAGAG---GT-GTGA--T-TT----------------A-A-A------TGACAAAGCTAC--------CA---A-A---AC-G--------------------A-ATA--T----ATGTCCAAC-ATTAGACG-TAGG-GTTCAAAGGACA-------A--A--A------------------C-TACC--------A----C-AA-----------AA---A----G-AA-T-----------------A--TAAA--------T---G---CCCA----AC-A-G-------TAGTTG---T----AA--GA----AAG-A--ATATATATG------------------T-C-------CAAT--A-------TTAGAC--GT--------------AAGAAAGAATAT-A--------------T-ATGT-----------CCAAC--------A-TTAGACG-TAGG-GTTCAAA-GGACA--ACA-------------CTAC---CACAAAA----A-GAATATATATGTC-CA-A--CAGT---------AGTTGT-----AAGAAAGA-ATAAA----------T----ATGTCCAACATTAGACG-TAG-C-GTTCAAAGGACattgccaccacaaca
gi|13 : aaaatataggtgcatctggagaattaaccttcaaaggtaaacatcattaaaagaaagaaaaatataccaaattttagacgtatttgtcaaatgacatagctaccaaaacgATA--TGTC-A----ACAGGAGACG-TTCCA---TTTAAAGGTTACAGTCA----CC----------------ATA-ATAGCACGAACACAATCAG--------C----------AT-AT-A------G----------A-ATA--aacactaccaca
gi|16 : tacaatgtaggacaaTG--TGTTCA----GCGGAAGTTA-TACCA---TTCAAAAGACACAGTCA-----C----------------A-A-A------ATAT-CATT-A----------A---C-A---AT-AT--------C----------A-ATA--T----ATgacg
gi|8 : --TGTCCA----ACAGGAGATG-TAGCA---TTTAAAGA--------------------------------------------ACACAGCTGC--------CA---C-A---AC-AC-A------A----------G--TA--T----AAG-CCAAC-AGGAGATG-TAGC-ATTTAAAGAACA-------C--tag
gi|24 : --TGTTCA----GCAGTGGACG-TAGCA---TTGAAAGAACACAGtgcaatatgttaagcatgttatctaccattaaaagatattgtc
gi|23 : --TGTCCA----ATTGGAGATG-TAGCA---TTTACAGAACACActaccaca
gi|9 : ACAGTCAC--------CATAAC-A---AC-GT-A------A----------A--TA--T----GTGTTCTAC-AGGATGCG-GAGT-AGTCAAAGGTTA-------C--A--G------------------T-AACC--------AAAG-C-AA---C-------GG---A----A-A--T-----------------A--T--G--------T---G---ATCT----AC-A-TGATGCG-AAGTAG---T-C-AAA--GG----acttccaacagcata
gi|4 : CAA--------CA---C-A----T-GT-T------A----------A-A-A--T----ATGTCCAAC-TAGAGATT-TAGA-ATTCAAAGGAGA-------C--A--G------------------T-CATCTCAACATCA----CGAA---C-------AT---A----ATAC-C-----------------AAAT--ACGAAAAAAT---G---TCCA----AC-C-AGAGACG-TA-CAA---T-TCAAA--GG----AGA-C--A-------G------------------T-CATCA---CAAC--A-------TCACGAACAT--------------A---------AT-ACCAAATACGAAAAAT-ATGT-----------CAAAC--------C-AGAGACG-TGGA-ATTCAAA-GGAC-----AG-----------TC-AT---CAC--AACATCACGAACATA---AT-ACC----AAAT---------A----C-----GA-----A-AT--A----------T----ATGTCCAACCAGATACG-TAG-A-ATTCAAAGGAttacagtaa
gi|13 : A---C-A---AT-GT-A------G----------G-ACAAAT----ATGTC-AAC-AGGAGACG-TTCC-ATTTAAAGGTTA-------C--A--G------------------T-CACC--------A----T-AA---T-------aacaaaccattatgga
gi|12 : t-A---AT-ACGA------A----------A-ATA--T----ATGTCCAAC-AGAAGAGG-TATC-ATTCAAAGGACA-------C--T--G------------------T-CACC--------A----C-AACATC-------AT---A----A-AC-------------------A--T--A------------A---T-CA----AT-ATATAGACT-TATCAA---T-T-TAA--agcacgaacacaatcagcatatagaatagacg
gi|14 : g-A---AT--T-A------A----------A-ACAA-T----GTGTCCGAC-GGGTGATG-TCGC-AACCAAAGGACA-------C--A--G------------------C-TACC--------A----C-AA---ttaa
gi|21 : -A---AT-AA-G------A----------ATATA--T----ATGTACAGC-AGAAGACG-TATC-ATTCAGGGGACA-------C--A--G------------------A-CACT--------T----C-AA---cagcacaatcataatcaata
gi|17 : g-A---AT-AT-A------A----------A--CA--T----TTACACAAC-AGGAGACA-TAGC-ATACAATGGGCA-------C--ATCG------------------T-C-CC--------A----C-
gi|18 : T-ATGA------A----------A-ACA--T----ATGTCCAAT-AAAAGACGATATC-ATTCAAAAGACG-------CATA--A------------------TACATC--------A----C-AA---T-------tggcataagca
gi|22 : -AT-A------A----------A-ACA--T----GCGTTCAAT-AGGAGACG-TAGC-ATTCAGAGGACA-------C--A--G------------------aatc
gi|15 : T-A------A----------A-GTA--T----ATGTCCTAC-AAGAGGC---AGC-ATTTAAAGGTCA-------C--A--A------------------C-CATC--------A-------------------GC---A----C-A--T-----------------A--T--A--------T---G---CCCT----AC-A-GGAGACA-TActataca
gi|6 : -A------A----------A-TTA--T----ATAACCAGC-AGGCGATT-TTGC-ATTTAAAGGACA-------C--A--T------------------C-CACC--------AAAT-C-AG---T-------AT---A----ATAT-T-----------------A--T--A--------C---ACAATCTATAT-AC-A-TAATACT-AAGCAT---T-T-AAA--GG----ACA-C--A--------------------------T-CCTCA---AAATCAG-------T-------AT--------------A---------AT-A--------------TTATAC-----------ACAAT---------------CT---AT-ATACATA-GTAC----TAA-----------GC-AT----TC--AA----A-GGACACA---
gi|7 : -A------A----------A-ACA--T----ATGATAAAC-AGGAGACA-TAAC-ATTCAAAGGACA-------C--A--G------------------C---------------------------------------------------------------------------------T---G---TCC------C-A-GTAGCAT-AAGCA------T-AAG--GG----ACA-C--A-------G------------------T-CATCC---CAGT--AG------C-------AT--------------A---------ATCA--------------TAAAGTACACAGACATCCCAGT--------A-GCA---T-AAGC-AT--AAA-GGAC---ACAG-----------CC-AT---CCC--A
gi|5 : aca-A------A----------A-ATA--T----ATGAAAAAC-AGGGGGTG-TAGC-GTTTAAATTACA-------C--A--G------------------C-CAGC--------A----A-AA---TAGCACAGGC---A----A-AA-T-----------------A-----A--------T---G---T--G----ACGA-AGAGGTG-TAGCGT---T-T-AAA--TT----ACA-C--A-------G------------------C-CAGCA---AAAT--AGCACAGGC-------AA--------------A---------GT-A----------------ATGT-------------GAC--------GTGGAGGCG-TAGC-GTTTAAA-TGAC---ACAG-----------CC-A
gi|10 : ttcaaaaatagg------A----------A-ATA--T----ATGTCCAAC-AGGAGACT-TAGC-ATTCAAAGGACG-------C--A--GTCATGTCAAAGGACACATT-CACC--------A----C-AA---T-------AT---A----A-AA-T-----------------A--T--A--------T---G---TCCG----AC-A-GGAGACT-TAgcaaaat
gi|20 : ------A----------A-ATA--T----ATGTCTAAC-GGCAGACG-CAAC-ACTCAAAGAGCA-------T--T--G------------------C-CACC--------A----C-AA---agccaagcttagaccta
gi|16 : aaacaagg--T----GTGTTCAGC-GGAAGTTA-TACC-ATTCAAAAGACA-------C--A--G------------------T-CACca
gi|8 : TGTCCAAC-AGGAGATG-TAGC-ATTTAAAGAACA-------C--A--G------------------C-TGCC--------A----C-AA---C-------AC---A----A-G--T-----------------A--T--A--------A---G----CCA----AC-A-GGAGATG-TAGCAT---T-T-AAA--GA----A-----------------------------------CACTG---CAAT--A-------T-------GT--------------aaaatatcattaacaatatcaatatattag
gi|24 : TGTTCAGC-AGTGGACG-TAGC-ATTGAAAGAACA-------C--A--G------------------C-TACC--------A----C-Ataagcatgttatctaccattaaaagatattgtc
gi|9 : -------C--A--G------------------T-CACCATA-----A----C-AA---C-------GT---A----A-A--T-----------------A--T--G--------T---G---TTCT----AC-A-GGATGCG-GAGTAG---T-C-AAA--GG----TTA-C--A-------G------------------T-AACCAAAGCAAC--G-------G-------A---------------A---------AT-A--------------T-GTGA-----------TCTAC--------A-TGATGCG-AAGT-AGTCAAA-GG
gi|13 : a--------A----C-AA---T-------GT---AGGACA-A--------------------A--T--A--------T---G---TC-A----AC-A-GGAGACG-TTCCAT---T-T-AAA--GG----TTA-C--A-------G------------------T-CACCA---TAAT--A-------ttacagtaa
gi|20 : t--------A----C-AA---G-------G----A----A-A--T-----------------A--T--A--------T---G---TCTA----AC-G-GCAGACG-CAACAC---T-C-AAA--G------AG-C--ATT-----G------------------C-CACCA---CAAC--A-------gcacgaacacaatcagcatatagaatagacg
gi|18 : aaA---T-------GA---A----A-AC-------------------A--T--A--------T---G---TCCA----AT-A-AAAGACGATATCAT---T-C-AAA--AG----ACG-CATA-------A------------------TACATCA---CAAT--A-------
gi|15 : tT---A----A-AG-T-----------------A--T--A--------T---G---TCCT----AC-A-AGAGGC---AGCAT---T-T-AAA--GGTCACAAC-C--A--------------------------T-CAGCA---CA-----------------------------------------------T-A--------------T-ATGC-----------CCTAC--------A-GGAGACA-TAatc
gi|22 : T---A----A-AA-C-----------------A--T--G--------C---G---TTCA----AT-A-GGAGACG-TAGCAT---T-C-AGA--GG----ACA-C--A-------G------------------
gi|12 : a---A----A-AA-T-----------------A--T--A--------T---G---TCCA----AC-A-GAAGAGG-TATCAT---T-C-AAA--GG----ACA-C--T-------G------------------T-CACCA---CAAC--A-------TC------AT--------------A---------A--A--------------C-ATAA-----------TCAAT--------ATATAGACT-TATCAATTTAActataca
gi|6 : gaatacg---A----A-AT-T-----------------A--T--A--------T---A---ACCA----GC-A-GGCGATT-TTGCAT---T-T-AAA--GG----ACA-C--A-------T------------------C-CACCA----AATCAG-------T-------AT--------------A---------AT-AT-------------T-ATAC-----------ACAATCTATATACA-TAATACT-AAGC-ATTTAAA-GGAC---ACAT---------------C---CTC--AA----A---AT-CA---GT-A------TAAT---------A----TTATACAC-----A-AT--C----------T----ATAT---ACATAGTACT-AAG-C-ATTCAAAGGACACAttaa
gi|11 : ---A----A-AG-C-----------------A--T--A--------T---A---ACCAGACTAC-A-GGAG-TT-CATCAGATTT-C-AAATAAA----AAGAC--A-------T------------------T-CACAA---AAAT--T-------A-------AA--------------A---------AT-A--------------T-ATAT-----------CCAAC--------T-AGAGACG-TAGC-ATTCCAA-GAA
gi|14 : ---A----A-AC-A-----------------A--T--G--------T---G---TCCG----AC-G-GGTGATG-TCGCAA---C-C-AAA--GG----ACA-C--A-------G------------------C-TACCA---CAAC--AG------C-------AC--------------A---------AT----------------C-ATAA-----------TCAAT--------A-atcagttgccac
gi|10 : aatta----A-AA-T-----------------A--T--A--------T---G---TCCA----AC-A-GGAGACT-TAGCAT---T-C-AAA--GG----ACG-C--A-------GTCATGTCAAAGGACACATT-CACCA---CAAT--A-------T-------AA--------------A---------AT-A--------------T-ATGT-----------CCGAC--------A-GGAGACT-TA
gi|21 : -T-----------------A--T--A--------T---G---TACA----GC-A-GAAGACG-TATCAT---T-C-AGG--GG----ACA-C--A-------G------------------A-CACTT---CAAagccaagcttagaccta
gi|8 : gaataagaata--------T---G---TCCA----AC-A-GGAGATG-TAGCAT---T-T-AAA--GA----ACA-C--A-------G------------------C-TGCCA---CAAC--A-------C-------A---------------A---------GT-A--------------T-AAG------------CCAAC--------A-GGAGATG-TAGC-ATTTAAA-GAACACTGCA------------AT-AT---GTT--AA----------GCAT--GTTATC-TACCATT---------A----A-----AA-----G-AT--A----------T-----TGTC
gi|22 : --A-------T-------AA--------------A---------AC-A--------------T-GCGT-----------TCAAT--------A-GGAGACG-TAGC-ATTCAGA-GGAC---ACAG-----------
gi|15 : -------T-------AA--------------A---------GT-A--------------T-ATGT-----------CCTAC--------A-AGAGGC---AGC-ATTTAAA-GGTC---ACAA-----------CC-AT---C------------------A---G-CAC--------------------------------------AT--A----------T----ATGCCCTACAGGAGACA-TActataca
gi|10 : --------------A---------AT-A--------------T-ATGT-----------CCAAC--------A-GGAGACT-TAGC-ATTCAAA-GGAC---GCAG-----------TC-AT---GTC--AA----A-GGACACA---TTCACC-A--CAAT---------A----T-----AA-----A-AT--A----------T----ATGTCCGACAGGAGACT-TAA-
gi|12 : a--------------A---------AT-A--------------T-ATGT-----------CCAAC--------A-GAAGAGG-TATC-ATTCAAA-GGAC---ACTG-----------TC-AC---CAC--AA-----------CA----TCA---T--AAAC---------A----T-----AATC---A-AT--A----------T----AT----------AGACT-TAT-CAATTTAAgccaagcttagaccta
gi|7 : gaatacgaa--------------A---------AC-A--------------T-ATGA-----------TAAAC--------A-GGAGACA-TAAC-ATTCAAA-GGAC---ACAGCTGTCCCAGTAGC-ATAAGCAT--AA----G-GGACACA---GTCATC-C--CAGTAGCATAATCA----T-----AA-----A-GT--A----------CACAGACATCC--CAGTAG-CA-TAAGC-AT--AAAGGACACAGttaa
gi|18 : acaaa--------------A---------AC-A--------------T-ATGT-----------CCAAT--------A-AAAGACGATATC-ATTCAAA-AGAC---GCAccatccca
gi|21 : tatgaa---------AT-A--------------T-ATGT-----------ACAGC--------A-GAAGACG-TATC-ATTCAGG-GGAC---ACAG-----------AC-AC---TTC--AA----taatacatcacaataatc
gi|8 : gaataagaatTGT-----------CCAAC--------A-GGAGATG-TAGC-ATTTAA-------------------------------------------A-GAACACA---GCTGCC-A--CAAC---------A----C-----AA-----G--T--A----------T----AAG-CCAACAGGAGATG-TAG-C-ATTTAAAGAACA
gi|23 : TGT-----------CCAAT--------T-GGAGATG-TAGC-ATTTACA-GAAC---ACAtgcaatatgttaagcatgttatctaccattaaaagatattgtc
gi|9 : CA---GTCACCATAACAAC---------G----T-----AA-----A--T--A----------T----GTGTTCTACAGGATGCG-GAG-T-AGTCAAAGGTTACAGTacttccaacagcata
gi|13 : a--CAAT---------G----T-----AG-----G-AC--AAA--------T----ATGTC-AACAGGAGACG-TTC-C-ATTTAAAGGTTACAGTaaccaaagcaacggaaatatgtgatctacatgatgcgaagtagtcaaaggttacagtaa
gi|12 : taAAT---------A----CG----AA-----A-AT--A----------T----ATGTCCAACAGAAGAGG-TAT-C-ATTCAAAGGACACTGTcaccataatagcacgaacacaatcagcatatagaatagacg
gi|21 : gAAT---------A----A-----GA-----ATAT--A----------T----ATGTACAGCAGAAGACG-TAT-C-ATTCAGGGGACACAGcaccacaacatcataaacataatcaatatatagacttatcaatttaattaa
gi|17 : gAAT---------A----T-----AA-----A--C--A----------T----TTACACAACAGGAGACA-TAG-C-ATACAATGGGCACAacacttcaa
gi|18 : T---------A----TG----AA-----A-AC--A----------T----ATGTCCAATAAAAGACGATAT-C-ATTCAAAAGACGCAtcgtcccactggcataagca
gi|22 : ---------A----T-----AA-----A-AC--A----------T----GCGTTCAATAGGAGACG-TAG-C-ATTCAGAGGACACAGtaatacatcacaataatc
gi|15 : ----T-----AA-----A-GT--A----------T----ATGTCCTACAAGAGGC---AG-C-ATTTAAAGGTCACActataca
gi|7 : -----AA-----A-AC--A----------T----ATGATAAACAGGAGACA-TAA-C-ATTCAAAGGACACAGaccatcagcacatatatgccctacaggagacata
gi|11 : aca-----AA-----A-AT--A----------T----ATATCCAACTAGAGACG-TAG-C-ATTCCAAGAAATCAGTctgtcccagtagcataagcataagggacacagtcatcccagtagcataatcataaagtacacagacatcccagtagcataagcataaaggacacagccatccca
gi|10 : aaagcatataaccagactacaggagttcatcagatttcaaataaaaagacattcacaaaaattaA-----A-AT--A----------T----ATGTCCAACAGGAGACT-TAG-C-ATTCAAAGGACGCAGTtgccac
gi|20 : A-----A-AT--A----------T----ATGTCTAACGGCAGACG-CAA-C-ACTCAAAGcatgtcaaaggacacattcaccacaatataaaatatatgtccgacaggagacttaagccaagcttagaccta
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): CAAGGGATACAGTCACCACAACAACATAAACATAATCAACATGAAATACACTCACAATATA
Alignments
lowQualScore : 2222 111 111111 111111111111 333333333333333333333333333333 555555555555555555555555555555555555555555555555555 111111111 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666
lowQualScore : 77 0 888 44 5 0 1111 000 1 666666 1 9999 2 4444 2 22 2 2 333 2 000000000000 2 555555555555555555555555555555 888888888 33 444 444 2 2 2 333 44 777777777 2 444 33 666666666666666666666666666666666666666666666666666 22 3 666 3 333333333 3 3 44 1 66 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 66 11 0
lowQualScore : .. . ... .. . . .... ... . ...... . .... . .... . .. . . ... . ............ . .............................. ......... .. ... ... . . . ... .. ......... . ... .. ................................................... .. . ... . ......... . . .. . .. .................................................................. .. .. .
lowQualScore : 99 7 666 11 7 7 6666 999 4 555555 1 0000 2 2222 0 88 0 0 777 0 222222222222 1 999999999999999999999999999999 888888888 44 777 777 7 7 7 555 44 444444444 9 777 77 000000000000000000000000000000000000000000000000000 99 3 777 3 111111111 6 6 22 0 11 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 44 55 2
consensus : NTATAAAATATA--TGTCCAACAGGAGACNTAGCATTCAAAGG-ACGCAGTCAT-TCAAAG-GACACANTCACCACAATAT-AAAATA-TATGTCCA----AC-AGG--AGA-CGT-AGCATTCAAA---GGACACAG-CCACC--------A---C-AAC-------GTA-A-----AA-----------TA--T------A--TG---TCCA---ACA-GGAGACG-T-A-GCATT-TAAAGGACAC--A---GT-CACCA---CAAT--A-T-------ATAA---------T-A--------------T-----------ATGTCCAA-CA-GNAGACGT-AG-------C-ATTCAAA-GGACA-CAGNCACCNC--AA----A----GAACACA---GTCACC--ACAATA----TAA-----A-------ATA----------TATGTCCAACANNAGACGTAGCGTTCAAAGGACACAGT
Reference ( family-353 ) : NTATAAAATATA--TGTCCAACAGGAGACGTAGCATTCAAAGG-ACACAGTCAT-TCAAAG-GACACANTCACCACAATAT-AAAATA-TATGTCCA----AC-AGG--AGA-CGT-AGCATTCAAA---GGACACAG-CCACC--------A---C-AAC-------GTA-A-----AN-----------TA--T------A--TG---TCCA---ACA-GGAGACG-T-A-GCATT-CAAAGGACGC--A---GT-CACCA---CAAT--A-T-------ATAA---------T-A--------------T-----------ATGTCCAA-CA-GGAGACGT-AG-------C-ATTCAAA-GGACA-CAGNCATCNC--AA----A----GGACACA---GTCACC--NCAATA----TAA-----A-------ATA----------TATGTCCAACAGGAGACGTAGCATTCAAAGGACACAGT
gi|1 : AAAATATA--GGTGCATCTGGAGAATTAACCTTCAAAGGTAAACA-TCAT-T-AAAA-GA------------AAGA--AAAATA-TA---CCA----A--ATTTTAGA-CGT-ATTTGTCAAA---TGACATAG-CTACC--------A---A-AAC-------G-A-A-----TA-----------TA--A------A--TG---TCCA---ACA-TCAGAGG-T-G-TGATT-TAAATGACAA--A---GC-TACCA---AAAC--G-----------AA---------T-A--------------T-----------ATGTCCAA-CA-TTAGACGT-AG-------G-GTTCAAA-GGACA-AAACTACCACAAAA----A----GAATATA---AATGCCCAACAGTAGTTGTAA-----GAAAGAATATA----------TATGTCCAATATTAGACGTA
gi|1 : AATATAAATGTCCAACA-------------TCAGAGG-T----GTGAT-TTAAAT-GACAAAGCTACCAAAACG----AATA-TATGTCCA----AC-ATT--AGA-CGT-AGGGTTCAAA---GGACAAAA-CTACC--------A---C-AAA-------A-A-G-----AA-----------TA--T------AAATG---CCCA---ACA-GTAGTTG-T-AAG------AAAGAATAT--ATATGT-C-------CAAT--A-TTAGAC--GTAAGAAAGAATAT-A--------------T-----------ATGTCCAA-CA-TTAGACGT-AG-------G-GTTCAAA-GGACAACA-CTACCAC--AA----AAA--GAATATATATGTC-CA--ACAGTAGTTGTAAGAAAGA-------ATAAA--------TATGTCCAACATTAGACGTAGCGTTCAAAGGACAagaaagaatatatatgtccaacattagacgtagggttcaaaggacaacactaccacaaaaagaatatatatgtccaacagtagttgtaagaaagaataaatatgtccaacattagacgtagcgttcaaaggacaacactaccaca
gi|10 : aaaatataggtgcatctggagaattaaccttcaaaggtaaacatcattaaaagaaagaaaaatataccaaattttagacgtatttgtcaaatgacatagctaccaaaacgAAATATA--TGTCCAACAGGAGACTTAGCATTCAAAGG-ACGCAGTCATGTCAAAG-GACACATTCACCACAATAT-AAAATA-TATGTCCG----AC-AGG--AGA-CTT-Aacactaccaca
gi|11 : -AAAGCA-TATAACCAGACTAC-AGG--AGTTCATCAGATTTCAAATAAAAAGACAT-TCACA--------A---A-AAT-------TAA-A-----AA-----------TA--T------A--TA---TCCA---ACT-AGAGACG-T-A-GCATT-CCAAGAAATC--A---GT-TGCCA---Cagccaagcttagaccta
gi|11 : AAAG----ACATTCACAAAAATTA-AAAATA-TATATCCA----AC-TAG--AGA-CGT-AGCATTCCAA---GAAATCAG-TTGCC--------A---C-
gi|12 : aaagcatataaccagactacaggagttcatcagatttcaaataaAATACGAAAATA-TATGTCCA----AC-AGA--AGA-GGT-ATCATTCAAA---GGACACTG-TCACC--------A---C-AAC-------AT
gi|12 : gAC-------G-A-A-----AA-----------TA--T------A--TG---TCCA---ACA-GAAGAGG-T-A-TCATT-CAAAGGACAC--T---GT-CACCA---CAAC--A-TC------ATAA-----------A--------------C-----------ATAATCAA-TATATAGACTT-AT-------CAATTTAAcataaacataatcaatatatagacttatcaatttaattaa
gi|13 : gaat--------A---C-AAT-------GTA-G-----GA-----------CAAAT------A--TG---TC-A---ACA-GGAGACG-T-T-CCATT-TAAAGGTTAC--A---GT-CACCA---TAAT--A-ttaa
gi|13 : tA---CAAT--G-T-------AGGA---------C-AAA------------T-----------ATGTC-AA-CA-GGAGACGT-TC-------C-ATTTAAA-GGTTA-CAGTCACCAT--AAT---AGCACGAACACA---ATCAGC-----ATA----TAG-----A-------ATA----------gcacgaacacaatcagcatatagaatagacg
gi|14 : tAAT-T-AAAACAATGTGTCCG----AC-GGG--TGA-TGT-CGCAACCAAA---GGACACAG-CTACC--------A---C-AACA------GCACA-----AT-----------CA--T------A--gacg
gi|15 : T-AAAGTA-TATGTCCT----AC-AAG--AG---GC-AGCATTTAAA---GGTCACAA-CCATC--------A---G-CAC------------------A-----------TA--T------A--TG---CCCT---ACA-GGAGACA-T-A-atcaata
gi|16 : -TGTGTTCA----GC-GGA--AGT-TAT-ACCATTCAAA---AGACACAG-TCAC
gi|16 : TG--TGTTCAGCGGAAGTTATACCATTCAAAAG-ACACAGTCA---CAAA---ATATCATTA--ACAATAT--CAATA-TATaaaatatcattaacaatatcaatatattag
gi|17 : AAT--A-T-------A-AA---------C-A--------------T-----------TTACACAA-CA-GGAGACAT-AG-------C-ATACAAT-GGGCA-CA-TCGTCCC--Atag
gi|18 : A-A-----AA-----------CA--T------A--TG---TCCA---ATA-AAAGACGAT-A-TCATT-CAAAAGACGCATA---ATACATCA---CAAT--A-ctggcataagca
gi|2 : tatgATAAGATATA--TGTCCAATATTGCACGCAG---TCAAATG-TCAAAATCAC--CACGGCGACACAG--AGGGCAA-AT-AA--TT-GATGTCGA----AC-AGT--GGC-CGT-AGCTTTCACA---TGACATTGACCACA--------G---C-AGC-------ACA-A-----ATGGAGGAAAACATA--T------A--TG---TCCA---ACA-GTAGACG-A-A-G-ATTGTAAAGGGCAC--T---TC-CACTA---CGAC--AGT-------ACAA---------T-G----------------------------G-------A-GAAAACAT-AG-------T-ATCCAAACGGATA-CGAAGATTTC--AA----A----GAGCTCT---GCCACC--ACGACG----CAA-----A-------ATGGAATTGAAATTATGTCCAACAGAAGACCAAGTTTTCAAATGATAAAGatc
gi|20 : AAATA-TATGTCTA----AC-GGC--AGA-CGC-AACACTCAAA---GAGCATTG-CCACC--------A---C-AAC-------ccactatacagcacaaatggagctatataaatgtctatatgcgagatcatttcaactgacgaggcttaatc
gi|21 : aaacaaggA---------T-A--------------T-----------ATGTACAG-CA-GAAGACGT-AT-------C-ATTCAGG-GGACA-CAGACACTTC--AA----a
gi|22 : gaataagaatAT-AAAACA-TGCGTTCA----AT-AGG--AGA-CGT-AGCATTCAGA---GGACACAG-CTA
gi|23 : TGTCCA----AT-TGG--AGA-TGT-AGCATTTACA---GAACACAA-CTTCCA-------A---C-AGC-------ATA-taca
gi|24 : TGTTCA----GC-AGT--GGA-CGT-AGCATTGAAA---GAACACAG-CTACC--------A---C-A
gi|3 : TATAAAATATA--TGTCCAACAGGAGACTTAGCATTCAAAGA-ACGCAGTCATGTCAAAG-GACACATTCACCACAATAT-AAAATA-TATGTCCG----AC-AGG--AGA-CTT-AGCATTCAAA---GGACGCAG-TCACC--------A---C-AAT-------GTA-A-----AC-----------TA--T------A--TG---TCCA---ACA-GGAGACT-T-A-GCAGT-TAAAGGAAGC--A---GT-CACCA---CAAT--A-T-------ATAA---------T-A--------------T-----------ATGTCCAA-TA-GGAAACTT-AG-------C-ATTCAAA-GGACG-CAGGCATCTC--AA----A----GGACGCA---GTCACC--TCAATA----TAA-----A-------ATA----------TATGTCCAACAGGAGACTTAACATTCAAAGGACGCAGT
gi|4 : aCAACACA-TGT-TAAA-A-TATGTCCA----AC-TAG--AGA-TTT-AGAATTCAAA---GGAGACAG-TCATCTCAACATCA---CGAAC-------ATA-ATACCAAA-----------TA--CGAAAAAA--TG---TCCA---ACC-AGAGACG-T-A-CAATT-CAAAGGAGAC--A---GT-CATCA---CAAC--A-TCACGAACATAA---------T-ACCAAATACGAAAAAT-----------ATGTCAAA-CC-AGAGACGT-GG-------A-ATTCAAA-GGACA---GTCATCAC--AACATCAC---GAACATA---AT-ACC--A-AATA----CGA-----A-------ATA----------TATGTCCAACCAGATACGTAGAATTCAAAGGAAACA
gi|5 : AAAATATA--TGAAAAACAGGGGGTGTAGCGTTTAAATT-ACACAGCCAG-CAAAAT-AGCACAGGC-----------AAAATA--ATGT--G----ACGAAG--AGG-TGT-AGCGTTTAAA---TTACACAG-CCAGC--------A---A-AATAGCACAGGCA-A-----AG-----------TA---------A--TG---T--G---ACGTGGAGGCG-T-A-GCGTT-TAAATGACAC--A---GC-CAGCA---AAAT--aaccattatgga
gi|6 : ttcaaaaatagg-AAATTA-TATAACCA----GC-AGG--CGA-TTT-TGCATTTAAA---GGACACAT-CCACC--------AAATC-AGT-------ATA-AT----AT-----------TA--T------A--CACAATCTATATACA-TAATACT-A-A-GCATT-TAAAGGACAC--A----T-CCTCA---AAATCAG-T-------ATAA---------T-A--------------TT----------ATACACAATCT-ATATACAT-AGTACTAAGC-ATTCAAA-GGACA-CA
gi|7 : -AAAACA-TATGATAA----AC-AGG--AGA-CAT-AACATTCAAA---GGACACAG-C-----------------------------------------------------------------TG---TCC-----CA-GTAG-CA-TAA-GCAT---AAGGGACAC--A---GT-CATCC---CAGT--AGC-------ATAA---------TCA--------------TAAAGTACACAGACATCC---CA-GTAG-CATAAG-------C-AT--AAA-GGACA-CAGCCATCCC--A
gi|8 : acaTGTCCA----AC-AGG--AGA-TGT-AGCATTTAAA---GAACACAG-CTGCC--------A---C-AAC-------AC--A-----AG-----------TA--T------A--AG----CCA---ACA-GGAGATG-T-A-GCATT-TAAAGAA------------CACTG---CAAT--A-T-------GT
gi|9 : ACAG-TCACC--------ATAAC-AAC-------GTA-A-----A------------TA--T------G--TG---TTCT---ACA-GGATGCG-G-A-GTAGT-CAAAGGTTAC--A---GT-AACCAAAGCAAC--G-G-------A-AA---------T-A--------------T-----------GTGATCTA-CA-TGATGCGA-AG-------T-AGTCAAA-GGTTA-CAGtaagcatgttatctaccattaaaagatattgtc
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): CAAGGGATACAGTCACCACAACAACATAAACATAATCAACATGAAATACACTCACAATATA
Alignments
lowQualScore : 11 22222222222 1 111 11111111 3333333333333333333333333333 111111111 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 111111111 11 111111 111111111111111 55555555555555555555555555555555555
lowQualScore : 11 33333333333 0 999 0 6 3 1 2 0 3 777 555 666666 2 2 2 33 4444 22 1 1 1 333 2 1 00000000 44444 6666666666666666666666666666 2 111111111 33 66666 444 2 2 2 333 2 555555 2 0 44 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 33 3 6 1 3 111111111 3 3 1 444 11 999999 666666666666666 00000000000000000000000000000000000 22 44 0
lowQualScore : .. ........... . ... . . . . . . . ... ... ...... . . . .. .... .. . . . ... . . ........ ..... ............................ . ......... .. ..... ... . . . ... . ...... . . .. ......................................................... .. . . . . ......... . . . ... .. ...... ............... ................................... .. .. .
lowQualScore : 00 22222222222 6 222 8 0 2 0 5 7 0 555 000 444444 2 2 2 11 0000 66 9 9 9 555 2 3 33333333 44444 5555555555555555555555555555 5 222222222 44 77777 777 7 7 7 555 9 555555 9 7 22 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 55 3 7 0 3 888888888 6 6 0 555 00 999999 777777777777777 33333333333333333333333333333333333 00 55 2
consensus : NTATAAAATATA--TGTCCAACAGGAGACTTAGCATTCAAAGG-ACGCAGTCATGTCAAAGGACACANTCACCA---CAATAT-A------AA-AT-A-T--ATGTCCA----ACAGG--AGA-CG-T-AGCATTCAAA---GGACACAG-CCACC--------A---C-AAC-------GCAA-----A-----------AT-A--T------A--TG-----TCCA---AC-AGGAGACG-T-A-GCATT-TAAAGGACAC--A---GT-CACCACAAT--A-------T-------ATAA---------T-A--------------T-----------ATGTCCAA-CA-GNAGACGT-AG-------C-ATTCAAA-GGAC-ACAGCCACCNC--AA----A-GAACACA---GTCACC--ACAATA----TAA-----A-------AT--A----------TATGTCCAACANNAGACGTAGCGTTCAAAGGACACAGT
Reference ( family-353 ) : NTATAAAATATA--TGTCCAACAGGAGACNTAGCATTCAAAGG-ACGCAGTCAT-TCAAAGGACACANTCACCA---CAATAT-A------AA-AT-A-T--ATGTCCA----ACAGG--AGA-CG-T-AGCATTCAAA---GGACACAG-CCACC--------A---C-AAC-------GTAA-----A-----------AT-A--T------A--TG-----TCCA---AC-AGGAGACG-T-A-GCATT-TAAAGGACAC--A---GT-CACCACAAT--A-------T-------ATAA---------T-A--------------T-----------ATGTCCAA-CA-GNAGACGT-AG-------C-ATTCAAA-GGAC-ACAGNCACCNC--AA----A-GAACACA---GTCACC--ACAATA----TAA-----A-------AT--A----------TATGTCCAACANNAGACGTAGCGTTCAAAGGACACAGT
gi|1 : AAAATATA--GGTGCATCTGGAGAATTAACCTTCAAAGGTAAACA-TCAT-T-AAAAGA---------------AAGA--A------AA-AT-A-T--A---CCA----A-ATTTTAGA-CG-T-ATTTGTCAAA---TGACATAG-CTACC--------A---A-AAC-------G-AA-----T-----------AT-A--A------A--TG-----TCCA---AC-ATCAGAGG-T-G-TGATT-TAAATGACAA--A---GC-TACCAAAAC--G-----------------AA---------T-A--------------T-----------ATGTCCAA-CA-TTAGACGT-AG-------G-GTTCAAA-GGAC-AAAACTACCACAAAA----A-GAATATA---AATGCCCAACAGTAGTTGTAA-----GAAAGAATAT--A----------TATGTCCAATATTAGACGTA
gi|1 : AATATAAATGTCCAACA-------------TCAGAGG-T----GTGAT-TTAAATGACAAAGCTACCA---AAACG----------A-AT-A-T--ATGTCCA----ACATT--AGA-CG-T-AGGGTTCAAA---GGACAAAA-CTACC--------A---C-AAA-------A-AG-----A-----------AT-A--T------AAATG-----CCCA---AC-AGTAGTTG-T-AAG------AAAGAATAT--ATATGT-C----CAAT--A-------TTAGAC--GTAAGAAAGAATAT-A--------------T-----------ATGTCCAA-CA-TTAGACGT-AG-------G-GTTCAAA-GGACAACA-CTACCACAAAA----A-GAATATATATGTC-CA--ACAGTAGTTGTAAGAAAGA-------ATAAA----------TATGTCCAACATTAGACGTAGCGTTCAAAGGACAagaaagaatatatatgtccaacattagacgtagggttcaaaggacaacactaccacaaaaagaatatatatgtccaacagtagttgtaagaaagaataaatatgtccaacattagacgtagcgttcaaaggacaacactaccaca
gi|10 : aaaatataggtgcatctggagaattaaccttcaaaggtaaacatcattaaaagaaagaaaaatataccaaattttagacgtatttgtcaaatgacatagctaccaaaacgAAATATA--TGTCCAACAGGAGACTTAGCATTCAAAGG-ACGCAGTCATGTCAAAGGACACATTCACCA---CAATAT-A------AA-AT-A-T--ATGTCCG----ACAGG--AGA-CT-T-Aacactaccaca
gi|11 : -A------AA-GC-A-T--ATAACCAGACTACAGG--AGTTCA-TCAGATTTCAAATAAAAAGACAT-TCACA--------A---A-AAT-------TAAA-----A-----------AT-A--T------A--TA-----TCCA---AC-TAGAGACG-T-A-GCATT-CCAAGAAATC--A---GT-TGCCACagccaagcttagaccta
gi|11 : AAAG---ACATTCACAA---AAATTA-A------AA-AT-A-T--ATATCCA----ACTAG--AGA-CG-T-AGCATTCCAA---GAAATCAG-TTGCC--------A---C-
gi|12 : aaagcatataaccagactacaggagttcatcagatttcaaataaAC-------G-AA-----A-----------AT-A--T------A--TG-----TCCA---AC-AGAAGAGG-T-A-TCATT-CAAAGGACAC--T---GT-CACCACAAC--A-------TC------ATAA-----------A--------------C-----------ATAATCAA-TATATAGACTT-AT-------CAATTTAA
gi|13 : gaat--------A---C-AAT-------GTAG-----G-----------AC-AAAT------A--TG-----TC-A---AC-AGGAGACG-T-T-CCATT-TAAAGGTTAC--A---GT-CACCATAAT--A-------ttaa
gi|13 : tACAAT--G-------T-------AGGA---------C-AAA------------T-----------ATGTC-AA-CA-GGAGACGT-TC-------C-ATTTAAA-GGTT-ACAGTCACCAT--AATAGCACGAACACA---ATCAGC-----ATA----TAG-----A-------AT--A----------gcacgaacacaatcagcatatagaatagacg
gi|14 : tAAT-T-A------AA-AC-AAT--GTGTCCG----ACGGG--TGA-TG-T-CGCAACCAAA---GGACACAG-CTACC--------A---C-AACA------GCAC-----A-----------ATCA--T------A--gacg
gi|15 : T-A------AA-GT-A-T--ATGTCCT----ACAAG--AG---G-C-AGCATTTAAA---GGTCACAA-CCATC--------A---G-CAC----------------------------AT-A--T------A--TG-----CCCT---AC-AGGAGACA-T-A-atcaata
gi|16 : --------------T-----------GTGTTCAG-CG-GAAGTTAT-AC-------C-ATTCAAA-AGAC-ACAGTCAC-----------A-AAATA------TCATTA-ACAATA----T-C-----A-------AT--A----------TAT
gi|17 : AATAT-A------AACAT-T-T--ACA--CA----ACAGG--AGA-CA-T-AGCATACAAT---GGGCACAtag
gi|18 : TATGA------AA-AC-A-T--ATGTCCA----ATAAA--AGA-CGAT-ATCATTCAAA---AGACGCAtcgtcccactggcataagca
gi|18 : AA-----A-----------AC-A--T------A--TG-----TCCA---AT-AAAAGACGAT-A-TCATT-CAAAAGACGCATA---ATACATCACAAT--A-------taatacatcacaataatc
gi|2 : tatgATAAGATATA--TGTCCAA------------TATT----GC-ACGCAG-----TCAAATGTCAAAATCACCACGGCGACAC-AGAGGGCAA-ATAA-TTGATGTCGA----ACAGT--GGC-CG-T-AGCTTTCACA---TGACATTGACCACA--------G---C-AGC-------ACAA-----ATGGAGGAAAACAT-A--T------A--TG-----TCCA---AC-AGTAGACG-A-A-G-ATTGTAAAGGGCAC--T---TC-CACTACGAC--AG------T-------ACAA---------T-G----------------------------G-------A-GAAAACAT-AG-------T-ATCCAAACGGAT-ACGAAGATTTC--AA----A-GAGCTCT---GCCACC--ACGACG----CAA-----A-------AT--GGAATTGAAATTATGTCCAACAGAAGACCAAGTTTTCAAATGATAAAGatc
gi|20 : ------AA-AT-A-T--ATGTCTA----ACGGC--AGA-CG-C-AACACTCAAA---GAGCATTG-CCACC--------A---C-AAC-------ccactatacagcacaaatggagctatataaatgtctatatgcgagatcatttcaactgacgaggcttaatc
gi|21 : aaacaaggA---------T-A--------------T-----------ATGTACAG-CA-GAAGACGT-AT-------C-ATTCAGG-GGAC-ACAGACACTTC--AA----a
gi|22 : gaataagaatAT-A------AA-AC-A-T--GCGTTCA----ATAGG--AGA-CG-T-AGCATTCAGA---GGACACAG-CTA
gi|23 : TGTCCA----ATTGG--AGA-TG-T-AGCATTTACA---GAACACAA-CTTCCA-------A---C-AGC-------ATAtaca
gi|24 : TGTTCA----GCAGT--GGA-CG-T-AGCATTGAAA---GAACACAG-CTACC--------A---C-A
gi|3 : TATAAAATATA--TGTCCAACAGGAGACTTAGCATTCAAAGA-ACGCAGTCATGTCAAAGGACACATTCACCA---CAATAT-A------AA-AT-A-T--ATGTCCG----ACAGG--AGA-CT-T-AGCATTCAAA---GGACGCAG-TCACC--------A---C-AAT-------GTAA-----A-----------CT-A--T------A--TG-----TCCA---AC-AGGAGACT-T-A-GCAGT-TAAAGGAAGC--A---GT-CACCACAAT--A-------T-------ATAA---------T-A--------------T-----------ATGTCCAA-TA-GGAAACTT-AG-------C-ATTCAAA-GGAC-GCAGGCATCTC--AA----A-GGACGCA---GTCACC--TCAATA----TAA-----A-------AT--A----------TATGTCCAACAGGAGACTTAACATTCAAAGGACGCAGT
gi|4 : aCAACA---CA-TGT-T------AA-A--A-T--ATGTCCA----ACTAG--AGA-TT-T-AGAATTCAAA---GGAGACAG-TCATCTCAACATCA---CGAAC-------ATAATACCAA-----------AT-A--CGAAAAAA--TG-----TCCA---AC-CAGAGACG-T-A-CAATT-CAAAGGAGAC--A---GT-CATCACAAC--A-------TCACGAACATAA---------T-ACCAAATACGAAAAAT-----------ATGTCAAA-CC-AGAGACGT-GG-------A-ATTCAAA-GGAC-A--GTCATCAC--AACATCACGAACATA---AT-ACC--A-AATA----CGA-----A-------AT--A----------TATGTCCAACCAGATACGTAGAATTCAAAGGAAACA
gi|5 : -A------AA-AT-A-T--ATGAAAA----ACAGG--GGG-TG-T-AGCGTTTAAA---TTACACAG-CCAGC--------A---A-AATAGCACAGGCAA-----A-----------AT-A---------A--TG-----T--G---ACGAAGAGGTG-T-A-GCGTT-TAAATTACAC--A---GC-CAGCAAAAT--AGCACAGGC-------AAAG---------T-A--------------------------ATGT--GA-CGTGGAGGCGT-AG-------C-GTTTAAA-TGAC-ACAGCCA--GC--AA----A-aaccattatgga
gi|6 : ttcaaaaatagg-A------AA-TT-A-T--ATAACCA----GCAGG--CGA-TT-T-TGCATTTAAA---GGACACAT-CCACC--------A---A-ATCA------GTAT-----A-----------AT-A--TT-----A--TACACAATCTATATAC-ATAATACT-A-A-GCATT-TAAAGGACAC--A----T-CCTCAAAATCAG-------T-------ATAA---------T-A--------------TT----------ATACACAATCT-ATATACAT-AGTACTAAGC-ATTCAAA-GGAC-ACAat
gi|7 : -A------AA-AC-A-T--ATGATAA----ACAGG--AGA-CA-T-AACATTCAAA---GGACACAG-C-----------------------------------------------------------------TG-----TCC-----C-AGTAG-CA-TAA-GCA---TAAGGGACAC--A---GT-CATCCCAGT--AG------C-------ATAA---------TCA--------------TAAAGTACACAGACATCC---CA-GTAG-CATAAG-------C-AT--AAA-GGAC-ACAGCCATCCC--A
gi|8 : acaTGTCCA----ACAGG--AGA-TG-T-AGCATTTAAA---GAACACAG-CTGCC--------A---C-AAC-------AC-A-----A-----------GT-A--T------A--AG------CCA---AC-AGGAGATG-T-A-GCATT-TAAAGAACAC--T---G-------CAAT--A-------T-------GT
gi|9 : ACAGTCACCATAACAACGT-A------AA--T-A-T--GTGTTCT----ACAGG--ATG-CG-G-AGTAGTCAAA---GGTTACAG-TAACC--------AAAGC-AAC-------G-GA-----A-----------AT-A--T------G--TG-----ATCT---AC-ATGATGCG-A-A-GTAGT-CAAAGGTTAC--A---GT-taagcatgttatctaccattaaaagatattgtc
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): CAAGGGATACAGTCACCACAACAACATAAACATAATCAACATGAAATACACTCACAATATA
Alignments
lowQualScore : 222222 1111 33333333333333333333333333333333 111111111 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1111111 333333333 111 1111 555555555555555555555555555555555
lowQualScore : 99 6 5 3 3 000000 1 2 99 6 5555 333 777 666 777 666666 2 55 2 2 4444 22 2 2 2 333 2 0 444 5555 33 66666666666666666666666666666666 2 000000000 33 55555 444 2 2 2 2 0 2 33 444 2 22 2 33 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 33 3 6 1 4444444 3 3 5555 3 1 1 55 222222222 111 22 5555 777777777777777777777777777777777 22 44 0
lowQualScore : .. . . . . ...... . . .. . .... ... ... ... ... ...... . .. . . .... .. . . . ... . . ... .... .. ................................ . ......... .. ..... ... . . . . . . .. ... . .. . .. ......................................................... .. . . . ....... . . .... . . . .. ......... ... .. .... ................................. .. .. .
lowQualScore : 22 7 2 2 2 222222 0 5 22 7 1111 000 888 444 222 111111 1 00 1 0 5555 99 1 1 1 999 5 7 444 3333 44 88888888888888888888888888888888 5 111111111 11 99999 111 4 4 4 4 4 5 44 444 5 88 5 77 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 55 3 7 0 2222222 3 6 5555 2 4 0 55 333333333 777 77 2222 000000000000000000000000000000000 00 55 2
consensus : NTATAAAATATA--TGTCCAACAGGAGACTTAGCATTCAAAGG-AC---GCAGTCA--TGTCAAAGGACACATTCACCA---CA---ATAT-A------AA-ATA--T-A-TGTCCA----ACAGG--AGA-CG-T-AGCATTCAAA---GGACACAG-CCACC---A---CA--AC-------G--CA-------AA-----------AT-A--T------A--T-----GTCCA---AC-AGGAGACG-T-A-GCATT-TAAAGGACAC--A---GT-CACC-ACAAT--A-------T-------ATAA---------T-A--------------T-----------ATGTCCAA-CA-GNAGACGT-------AGC-ATTCAAA-GGACA-C--AGCCACCNC--AA----A----GAACACA---GTCACC--ACAATA----TAA-----A-------ATA----------TATGTCCAACANNAGACGTAGCGTTCAAAGGACACAGT
Reference ( family-353 ) : NTATAAAATATA--TGTCCAACAGGAGACTTAGCATTCAAAGG-AC---GCAGTCA--TGTCAAAGGACACANTCACCA---CA---ATAT-A------AA-ATA--T-A-TGTCCA----ACAGG--AGA-CG-T-AGCATTCAAA---GGACACAG-CCACC---A---CA--AC-------G--CA-------AA-----------AT-A--T------A--T-----GTCCA---AC-AGGAGACG-T-A-GCATT-TAAAGGACAC--A---GT-CACC-ACAAT--A-------T-------ATAA---------T-A--------------T-----------ATGTCCAA-CA-GNAGACGT-------AGC-ATTCAAA-GGACA-C--AGCCACCNC--AA----A----GAACACA---GTCACC--ACAATA----TAA-----A-------ATA----------TATGTCCAACANNAGACGTAGCGTTCAAAGGACACAGT
gi|1 : AAAATATA--GGTGCATCTGGAGAATTAACCTTCAAAGGTAA---ACA-TCA--T--TAAAAGA---------------A---AGA--A------AA-ATA--T-A----CCA----A-ATTTTAGA-CG-T-ATTTGTCAAA---TGACATAG-CTACC---A---AA--AC-------G---A-------AT-----------AT-A--A------A--T-----GTCCA---AC-ATCAGAGG-T-G-TGATT-TAAATGACAA--A---GC-TACC-AAAAC--G-----------------AA---------T-A--------------T-----------ATGTCCAA-CA-TTAGACGT-------AGG-GTTCAAA-GGACA-A--AACTACCACAAAA----A----GAATATA---AATGCCCAACAGTAGTTGTAA-----GAAAGAATATA----------TATGTCCAATATTAGACGTA
gi|1 : AATATAAATGTCCAACA-------------TCAGAGG-T-------GTGA--T-TTAAATGACAAAGCTACCA---AA---ACG----------A-ATA--T-A-TGTCCA----ACATT--AGA-CG-T-AGGGTTCAAA---GGACAAAA-CTACC---A---CA--AA-------A---A-------GA-----------AT-A--T------AAAT-----GCCCA---AC-AGTAGTTG-T-AAG------AAAGAATAT--ATATGT-C-----CAAT--A-------TTAGAC--GTAAGAAAGAATAT-A--------------T-----------ATGTCCAA-CA-TTAGACGT-------AGG-GTTCAAA-GGACAAC--A-CTACCAC--AA----AAA--GAATATATATGTC-CA--ACAGTAGTTGTAAGAAAGA-------ATAAA--------TATGTCCAACATTAGACGTAGCGTTCAAAGGACAagaaagaatatatatgtccaacattagacgtagggttcaaaggacaacactaccacaaaaagaatatatatgtccaacagtagttgtaagaaagaataaatatgtccaacattagacgtagcgttcaaaggacaacactaccaca
gi|10 : aaaatataggtgcatctggagaattaaccttcaaaggtaaacatcattaaaagaaagaaaaatataccaaattttagacgtatttgtcaaatgacatagctaccaaaacgAAATATA--TGTCCAACAGGAGACTTAGCATTCAAAGG-AC---GCAGTCA--TGTCAAAGGACACATTCACCA---CA---ATAT-A------AA-ATA--T-A-TGTCCG----ACAGG--AGA-CT-T-Aacactaccaca
gi|11 : -A------AA-GCA--T-A-TAACCAGACTACAGG--AGTTCA-TCAGATTTCAAATAAAAAGACAT-TCACA---A---AA--AT-------T--AA-------AA-----------AT-A--T------A--T-----ATCCA---AC-TAGAGACG-T-A-GCATT-CCAAGAAATC--A---GT-TGCC-ACagccaagcttagaccta
gi|11 : AAAG---ACATTCACAA---AA---ATTA-A------AA-ATA--T-A-TATCCA----ACTAG--AGA-CG-T-AGCATTCCAA---GAAATCAG-TTGCC---A---C
gi|12 : aaagcatataaccagactacaggagttcatcagatttcaaataa--AC-------G---A-------AA-----------AT-A--T------A--T-----GTCCA---AC-AGAAGAGG-T-A-TCATT-CAAAGGACAC--T---GT-CACC-ACAAC--A-------TC------ATAA-----------A--------------C-----------ATAATCAA-TATATAGACTT-------ATCAATTTAA
gi|13 : gaat---A---CA--AT-------G--TA-------GG-----------AC-AAAT------A--T-----GTC-A---AC-AGGAGACG-T-T-CCATT-TAAAGGTTAC--A---GT-CACC-ATAAT--A-------ttaa
gi|13 : t-ACAAT--G-------T-------AGGA---------C-AAA------------T-----------ATGTC-AA-CA-GGAGACGT-------TCC-ATTTAAA-GGTTA-C--AGTCACCAT--AAT---AGCACGAACACA---ATCAGC-----ATA----TAG-----A-------ATA----------gcacgaacacaatcagcatatagaatagacg
gi|14 : tA---AT-T-A------AA-ACAA-T-G-TGTCCG----ACGGG--TGA-TG-T-CGCAACCAAA---GGACACAG-CTACC---A---CA--ACA------G--CA-------CA-----------ATCA--T------A--gacg
gi|15 : T-A------AA-GTA--T-A-TGTCCT----ACAAG--AG---G-C-AGCATTTAAA---GGTCACAA-CCATC---A----------------G--C--------AC-----------AT-A--T------A--T-----GCCCT---AC-AGGAGACA-T-A-atcaata
gi|16 : --T------G--T-----GTTCA---GC-GGAAGTTA-T-A-CCATT-CAAAAGACAC--A---GT-CA-C-AAAAT--A-------TCATTA--ACAA---------T-A--------------T-----------
gi|17 : A---ATAT-A------AACATT--T-A-CA--CA----ACAGG--AGA-CA-T-AGCATACAAT---GGGCACAcaatatattag
gi|18 : TATGA------AA-ACA--T-A-TGTCCA----ATAAA--AGA-CGAT-ATCATTCAAA---AGACGCAtcgtcccactggcataagca
gi|18 : A-------AA-----------AC-A--T------A--T-----GTCCA---AT-AAAAGACGAT-A-TCATT-CAAAAGACGCATA---ATACATC-ACAAT--A-------taatacatcacaataatc
gi|2 : tatgATAAGATATA--TGTCCAATA------TT-GCA----------C---GCAGTCAAATGTCAAA-------ATCACCA---CGGCGACAC-AGAGGGCAA-ATAATTGA-TGTCGA----ACAGT--GGC-CG-T-AGCTTTCACA---TGACATTGACCACA---G---CA--GC-------A--CA-------AATGGAGGAAAACAT-A--T------A--T-----GTCCA---AC-AGTAGACG-A-A-G-ATTGTAAAGGGCAC--T---TC-CACT-ACGAC--AG------T-------ACAA---------T-G----------------------------G-------A-GAAAACAT-------AGT-ATCCAAACGGATA-CGAAG--ATTTC--AA----A----GAGCTCT---GCCACC--ACGACG----CAA-----A-------ATGGAATTGAAATTATGTCCAACAGAAGACCAAGTTTTCAAATGATAAAGatc
gi|20 : ------AA-ATA--T-A-TGTCTA----ACGGC--AGA-CG-C-AACACTCAAA---GAGCATTG-CCACC---A---CA--AC-------ccactatacagcacaaatggagctatataaatgtctatatgcgagatcatttcaactgacgaggcttaatc
gi|21 : aaacaaggA---------T-A--------------T-----------ATGTACAG-CA-GAAGACGT-------ATC-ATTCAGG-GGACA-C--AGACACTTC--AA----a
gi|22 : gaataagaatAT-A------AA-ACA--T-G-CGTTCA----ATAGG--AGA-CG-T-AGCATTCAGA---GGACACAG-CTA
gi|23 : --T-----GTCCA---AT-TGGAGATG-T-A-GCATT-TACAGAACAC--A---AC-TTCCAACAGC--A-------T-------Ataca
gi|24 : TGTTCAG-CA-GTGGACGT-------AGC-ATTGAAA-GAACA-C--AGCTACCAC--A
gi|3 : TATAAAATATA--TGTCCAACAGGAGACTTAGCATTCAAAGA-AC---GCAGTCA--TGTCAAAGGACACATTCACCA---CA---ATAT-A------AA-ATA--T-A-TGTCCG----ACAGG--AGA-CT-T-AGCATTCAAA---GGACGCAG-TCACC---A---CA--AT-------G--TA-------AA-----------CT-A--T------A--T-----GTCCA---AC-AGGAGACT-T-A-GCAGT-TAAAGGAAGC--A---GT-CACC-ACAAT--A-------T-------ATAA---------T-A--------------T-----------ATGTCCAA-TA-GGAAACTT-------AGC-ATTCAAA-GGACG-C--AGGCATCTC--AA----A----GGACGCA---GTCACC--TCAATA----TAA-----A-------ATA----------TATGTCCAACAGGAGACTTAACATTCAAAGGACGCAGT
gi|4 : aCAACA---CA----TGT-T------AA-A-A--T-A-TGTCCA----ACTAG--AGA-TT-T-AGAATTCAAA---GGAGACAG-TCATCTCAA---CATCAC-------GAACATAATACCAA-----------AT-A--CGAAAAAA--T-----GTCCA---AC-CAGAGACG-T-A-CAATT-CAAAGGAGAC--A---GT-CATC-ACAAC--A-------TCACGAACATAA---------T-ACCAAATACGAAAAAT-----------ATGTCAAA-CC-AGAGACGT-------GGA-ATTCAAA-GGACA-----GTCATCAC--AACATCAC---GAACATA---AT-ACC--A-AATA----CGA-----A-------ATA----------TATGTCCAACCAGATACGTAGAATTCAAAGGAAACA
gi|5 : -A------AA-ATA--T-A-TGAAAA----ACAGG--GGG-TG-T-AGCGTTTAAA---TTACACAG-CCAGC---A---AA--ATAGCACAGG--CA-------AA-----------AT-A---------A--T-----GT--G---ACGAAGAGGTG-T-A-GCGTT-TAAATTACAC--A---GC-CAGC-AAAAT--AGCACAGGC-------AAAG---------T-A--------------------------ATGT--GA-CGTGGAGGCGT-------AGC-GTTTAAA-TGACA-C--AGCCA--GC--AA----A----aaccattatgga
gi|6 : ttcaaaaatagg-A------AA-TTA--T-A-TAACCA----GCAGG--CGA-TT-T-TGCATTTAAA---GGACACAT-CCACC---A---AA--TCA------G--TA-------TA-----------AT-AT-T------A--TACACAATCTATATAC-ATAATACT-A-A-GCATT-TAAAGGACAC--A----T-CCTC-AAAATCAG-------T-------ATAA---------T-AT-------------T-----------ATACACAATCT-ATATACATAGTACTAAGC-ATTCAAA-GGACA-C--Aat
gi|7 : -A------AA-ACA--T-A-TGATAA----ACAGG--AGA-CA-T-AACATTCAAA---GGACACAG-C-----------------------------------------------------------------T-----GTCC-----C-AGTAG-CA-TAA-GCA---TAAGGGACAC--A---GT-CATC-CCAGT--AG------C-------ATAA---------TCA--------------TAAAGTACACAGACATCC---CA-GTAG-CATA------AGC-AT--AAA-GGACA-C--AGCCATCCC--A
gi|8 : aca-TGTCCA----ACAGG--AGA-TG-T-AGCATTTAAA---GAACACAG-CTGCC---A---CA--AC-------A--C--------AA-----------GT-A--T------A--A-----G-CCA---AC-AGGAGATG-T-A-GCATT-TAAAGAACAC--T---G--------CAAT--A-------T-------GT
gi|8 : AAGTATA--AG-CCAACAGGAGATGTAGCATTTAAAGA-ACACTGCAAT-A--TGTTAA---GCATGTTATCTA---CC---AT-T-A------AA-AGA--T-ATTGTCtaagcatgttatctaccattaaaagatattgtc
gi|9 : tgtccaacaggagatgtagcatttaaagaacacagctgccacaacacACAGTCACCATAACA---ACGT-A------AA--TA--T-G-TGTTCT----ACAGG--ATG-CG-G-AGTAGTCAAA---GGTTACAG-TAACC---AAAGCA--AC-------G---G-------AA-----------AT-A--T------G--T-----GATCT---AC-ATGATGCG-A-A-GTAGT-CAAAGGTTAC--A---GT-
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): CAAGGGATACAGTCACCACAACAACATAAACATAATCAACATGAAATACACTCACAATATA
Alignments
lowQualScore : 222222 11111111 33333333333333333333333333333333 111111111 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 111111111 3333333 111 1111 555555555555555555555555555555555
lowQualScore : 99 6 5 3 3 000000 1 2 99 6 44444444 777 666 777 666666 2 55 2 2 4444 22 2 2 2 333 2 0 444 5555 33 66666666666666666666666666666666 2 000000000 33 55555 444 2 2 2 2 0 2 33 444 2 22 2 33 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 33 3 6 1 3 111111111 3 5555 3 1 1 55 1111111 111 22 5555 777777777777777777777777777777777 22 44 0
lowQualScore : .. . . . . ...... . . .. . ........ ... ... ... ...... . .. . . .... .. . . . ... . . ... .... .. ................................ . ......... .. ..... ... . . . . . . .. ... . .. . .. ......................................................... .. . . . . ......... . .... . . . .. ....... ... .. .... ................................. .. .. .
lowQualScore : 22 7 2 2 2 222222 0 5 22 7 11111111 888 444 222 111111 1 00 1 0 5555 99 1 1 1 999 5 7 444 3333 44 88888888888888888888888888888888 5 111111111 11 99999 111 4 4 4 4 4 5 44 444 5 88 5 77 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 55 3 7 0 3 888888888 6 5555 2 4 0 55 5555555 777 77 2222 000000000000000000000000000000000 00 55 2
consensus : NTATAAAATATA--TGTCCAACAGGAGACTTAGCATTCAAAGG-AC---GCAGTCA--TGTCAAAGGACACATTCACCA---CA---ATAT-A------AA-ATA--T-A-TGTCCA----ACAGG--AGA-CG-T-AGCATTCAAA---GGACACAG-CCACC---A---CA--AC-------G--CA-------AA-----------AT-A--T------A--TG-----TCCA---AC-AGGAGACG-T-A-GCATT-TAAAGGACAC--A---GT-CACC-ACAAT--A-------T-------ATAA---------T-A--------------T-----------ATGTCCAA-CA-GNAGACGT-AG-------C-ATTCAAA-GGACA-C--AGCCACCNC--AA----A--GAACACA---GTCACC--ACAATA----TAA-----A-------ATA----------TATGTCCAACANNAGACGTAGCGTTCAAAGGACACAGT
Reference ( family-353 ) : NTATAAAATATA--TGTCCAACAGGAGACTTAGCATTCAAAGG-AC---GCAGTCA--TGTCAAAGGACACATTCACCA---CA---ATAT-A------AA-ATA--T-A-TGTCCA----ACAGG--AGA-CG-T-AGCATTCAAA---GGACACAG-CCACC---A---CA--AC-------G--CA-------AA-----------AT-A--T------A--TG-----TCCA---AC-AGGAGACG-T-A-GCATT-TAAAGGACAC--A---GT-CACC-ACAAT--A-------T-------ATAA---------T-A--------------T-----------ATGTCCAA-CA-GNAGACGT-AG-------C-ATTCAAA-GGACA-C--AGCCACCNC--AA----A--GAACACA---GTCACC--ACAATA----TAA-----A-------ATA----------TATGTCCAACANNAGACGTAGCGTTCAAAGGACACAGT
gi|1 : AAAATATA--GGTGCATCTGGAGAATTAACCTTCAAAGGTAA---ACA-TCA--T--TAAAAGA---------------A---AGA--A------AA-ATA--T-A----CCA----A-ATTTTAGA-CG-T-ATTTGTCAAA---TGACATAG-CTACC---A---AA--AC-------G---A-------AT-----------AT-A--A------A--TG-----TCCA---AC-ATCAGAGG-T-G-TGATT-TAAATGACAA--A---GC-TACC-AAAAC--G-----------------AA---------T-A--------------T-----------ATGTCCAA-CA-TTAGACGT-AG-------G-GTTCAAA-GGACA-A--AACTACCACAAAA----A--GAATATA---AATGCCCAACAGTAGTTGTAA-----GAAAGAATATA----------TATGTCCAATATTAGACGTA
gi|1 : AATATAAATGTCCAACA-------------TCAGAGG-T-------GTGA--T-TTAAATGACAAAGCTACCA---AA---ACG----------A-ATA--T-A-TGTCCA----ACATT--AGA-CG-T-AGGGTTCAAA---GGACAAAA-CTACC---A---CA--AA-------A---A-------GA-----------AT-A--T------AAATG-----CCCA---AC-AGTAGTTG-T-AAG------AAAGAATAT--ATATGT-C-----CAAT--A-------TTAGAC--GTAAGAAAGAATAT-A--------------T-----------ATGTCCAA-CA-TTAGACGT-AG-------G-GTTCAAA-GGACAAC--A-CTACCAC--AA----AAAGAATATATATGTC-CA--ACAGTAGTTGTAAGAAAGA-------ATAAA--------TATGTCCAACATTAGACGTAGCGTTCAAAGGACAagaaagaatatatatgtccaacattagacgtagggttcaaaggacaacactaccacaaaaagaatatatatgtccaacagtagttgtaagaaagaataaatatgtccaacattagacgtagcgttcaaaggacaacactaccaca
gi|10 : aaaatataggtgcatctggagaattaaccttcaaaggtaaacatcattaaaagaaagaaaaatataccaaattttagacgtatttgtcaaatgacatagctaccaaaacgAAATATA--TGTCCAACAGGAGACTTAGCATTCAAAGG-AC---GCAGTCA--TGTCAAAGGACACATTCACCA---CA---ATAT-A------AA-ATA--T-A-TGTCCG----ACAGG--AGA-CT-T-Aacactaccaca
gi|11 : -A------AA-GCA--T-A-TAACCAGACTACAGG--AGTTCA-TCAGATTTCAAATAAAAAGACAT-TCACA---A---AA--AT-------T--AA-------AA-----------AT-A--T------A--TA-----TCCA---AC-TAGAGACG-T-A-GCATT-CCAAGAAATC--A---GT-TGCC-ACagccaagcttagaccta
gi|11 : AAAG---ACATTCACAA---AA---ATTA-A------AA-ATA--T-A-TATCCA----ACTAG--AGA-CG-T-AGCATTCCAA---GAAATCAG-TTGCC---A---C
gi|12 : aaagcatataaccagactacaggagttcatcagatttcaaataa--AC-------G---A-------AA-----------AT-A--T------A--TG-----TCCA---AC-AGAAGAGG-T-A-TCATT-CAAAGGACAC--T---GT-CACC-ACAAC--A-------TC------ATAA-----------A--------------C-----------ATAATCAA-TATATAGACTT-AT-------CAATTTAA
gi|13 : gaat---A---CA--AT-------G--TA-------GG-----------AC-AAAT------A--TG-----TC-A---AC-AGGAGACG-T-T-CCATT-TAAAGGTTAC--A---GT-CACC-ATAAT--A-------ttaa
gi|13 : t-ACAAT--G-------T-------AGGA---------C-AAA------------T-----------ATGTC-AA-CA-GGAGACGT-TC-------C-ATTTAAA-GGTTA-C--AGTCACCAT--AATAGCAC-GAACACA---ATCAGC-----ATA----TAG-----A-------ATA----------gcacgaacacaatcagcatatagaatagacg
gi|14 : tA---AT-T-A------AA-ACAA-T-G-TGTCCG----ACGGG--TGA-TG-T-CGCAACCAAA---GGACACAG-CTACC---A---CA--ACA------G--CA-------CA-----------ATCA--T------A--gacg
gi|15 : T-A------AA-GTA--T-A-TGTCCT----ACAAG--AG---G-C-AGCATTTAAA---GGTCACAA-CCATC---A----------------G--C--------AC-----------AT-A--T------A--TG-----CCCT---AC-AGGAGACA-T-A-atcaata
gi|16 : --T------G--TG-----TTCA---GC-GGAAGTTA-T-A-CCATT-CAAAAGACAC--A---GT-CA-C-AAAAT--A-------TCATTA--ACAA---------T-A--------------T-----------
gi|17 : A---ATAT-A------AACATT--T-A-CA--CA----ACAGG--AGA-CA-T-AGCATACAAT---GGGCACAcaatatattag
gi|18 : TATGA------AA-ACA--T-A-TGTCCA----ATAAA--AGA-CGAT-ATCATTCAAA---AGACGCAtcgtcccactggcataagca
gi|18 : A-------AA-----------AC-A--T------A--TG-----TCCA---AT-AAAAGACGAT-A-TCATT-CAAAAGACGCATA---ATACATC-ACAAT--A-------taatacatcacaataatc
gi|2 : tatgATAAGATATA--TGTCCAATA------TT-GCA----------C---GCAGTCAAATGTCAAAA-------TCACCA---CGGCGACAC-AGAGGGCAA-ATAATTGA-TGTCGA----ACAGT--GGC-CG-T-AGCTTTCACA---TGACATTGACCACA---G---CA--GC-------A--CA-------AATGGAGGAAAACAT-A--T------A--TG-----TCCA---AC-AGTAGACG-A-A-G-ATTGTAAAGGGCAC--T---TC-CACT-ACGAC--AG------T-------ACAA---------T-G----------------------------G-------A-GAAAACAT-AG-------T-ATCCAAACGGATA-CGAAG--ATTTC--AA----A--GAGCTCT---GCCACC--ACGACG----CAA-----A-------ATGGAATTGAAATTATGTCCAACAGAAGACCAAGTTTTCAAATGATAAAGatc
gi|20 : ------AA-ATA--T-A-TGTCTA----ACGGC--AGA-CG-C-AACACTCAAA---GAGCATTG-CCACC---A---CA--AC-------ccactatacagcacaaatggagctatataaatgtctatatgcgagatcatttcaactgacgaggcttaatc
gi|21 : aaacaaggA---------T-A--------------T-----------ATGTACAG-CA-GAAGACGT-AT-------C-ATTCAGG-GGACA-C--AGACACTTC--AA----a
gi|22 : gaataagaatAT-A------AA-ACA--T-G-CGTTCA----ATAGG--AGA-CG-T-AGCATTCAGA---GGACACAG-CTA
gi|23 : --TG-----TCCA---AT-TGGAGATG-T-A-GCATT-TACAGAACAC--A---AC-TTCCAACAGC--A-------T-------Ataca
gi|24 : TGTTCAG-CA-GTGGACGT-AG-------C-ATTGAAA-GAACA-C--AGCTACCAC--A
gi|3 : TATAAAATATA--TGTCCAACAGGAGACTTAGCATTCAAAGA-AC---GCAGTCA--TGTCAAAGGACACATTCACCA---CA---ATAT-A------AA-ATA--T-A-TGTCCG----ACAGG--AGA-CT-T-AGCATTCAAA---GGACGCAG-TCACC---A---CA--AT-------G--TA-------AA-----------CT-A--T------A--TG-----TCCA---AC-AGGAGACT-T-A-GCAGT-TAAAGGAAGC--A---GT-CACC-ACAAT--A-------T-------ATAA---------T-A--------------T-----------ATGTCCAA-TA-GGAAACTT-AG-------C-ATTCAAA-GGACG-C--AGGCATCTC--AA----A--GGACGCA---GTCACC--TCAATA----TAA-----A-------ATA----------TATGTCCAACAGGAGACTTAACATTCAAAGGACGCAGT
gi|4 : aCAACA---CA----TGT-T------AA-A-A--T-A-TGTCCA----ACTAG--AGA-TT-T-AGAATTCAAA---GGAGACAG-TCATCTCAA---CATCAC-------GAACATAATACCAA-----------AT-A--CGAAAAAA--TG-----TCCA---AC-CAGAGACG-T-A-CAATT-CAAAGGAGAC--A---GT-CATC-ACAAC--A-------TCACGAACATAA---------T-ACCAAATACGAAAAAT-----------ATGTCAAA-CC-AGAGACGT-GG-------A-ATTCAAA-GGACA-----GTCATCAC--AACATCAC-GAACATA---AT-ACC--A-AATA----CGA-----A-------ATA----------TATGTCCAACCAGATACGTAGAATTCAAAGGAAACA
gi|5 : -A------AA-ATA--T-A-TGAAAA----ACAGG--GGG-TG-T-AGCGTTTAAA---TTACACAG-CCAGC---A---AA--ATAGCACAGG--CA-------AA-----------AT-A---------A--TG-----T--G---ACGAAGAGGTG-T-A-GCGTT-TAAATTACAC--A---GC-CAGC-AAAAT--AGCACAGGC-------AAAG---------T-A--------------------------ATGT--GA-CGTGGAGGCGT-AG-------C-GTTTAAA-TGACA-C--AGCCA--GC--AA----A--aaccattatgga
gi|6 : ttcaaaaatagg-A------AA-TTA--T-A-TAACCA----GCAGG--CGA-TT-T-TGCATTTAAA---GGACACAT-CCACC---A---AA--TCA------G--TA-------TA-----------AT-A--TT-----A--TACACAATCTATATAC-ATAATACT-A-A-GCATT-TAAAGGACAC--A----T-CCTC-AAAATCAG-------T-------ATAA---------T-A--------------TT----------ATACACAATCT-ATATACAT-AGTACTAAGC-ATTCAAA-GGACA-C--Aat
gi|7 : -A------AA-ACA--T-A-TGATAA----ACAGG--AGA-CA-T-AACATTCAAA---GGACACAG-C-----------------------------------------------------------------TG-----TCC-----C-AGTAG-CA-TAA-GCA---TAAGGGACAC--A---GT-CATC-CCAGT--AG------C-------ATAA---------TCA--------------TAAAGTACACAGACATCC---CA-GTAG-CATAAG-------C-AT--AAA-GGACA-C--AGCCATCCC--A
gi|8 : aca-TGTCCA----ACAGG--AGA-TG-T-AGCATTTAAA---GAACACAG-CTGCC---A---CA--AC-------A--C--------AA-----------GT-A--T------A--AG------CCA---AC-AGGAGATG-T-A-GCATT-TAAAGAACAC--T---G--------CAAT--A-------T-------GT
gi|8 : AAGTATA--AG-CCAACAGGAGATGTAGCATTTAAAGA-ACACTGCAAT-A--TGTTAA---GCATGTTATCTA---CC---AT-T-A------AA-AGA--T-ATTGTCtaagcatgttatctaccattaaaagatattgtc
gi|9 : tgtccaacaggagatgtagcatttaaagaacacagctgccacaacacACAGTCACCATAACA---ACGT-A------AA--TA--T-G-TGTTCT----ACAGG--ATG-CG-G-AGTAGTCAAA---GGTTACAG-TAACC---AAAGCA--AC-------G---G-------AA-----------AT-A--T------G--TG-----ATCT---AC-ATGATGCG-A-A-GTAGT-CAAAGGTTAC--A---GT-
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): CAAGGGATACAGTCACCACAACAACATAAACATAATCAACATGAAATACACTCACAATATA
Alignments
lowQualScore : 222222 11111111 33333333333333333333333333333333 111111111 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 111111111 3333333 111 1111 555555555555555555555555555555555
lowQualScore : 99 6 5 3 3 000000 1 2 99 6 44444444 777 666 777 666666 2 55 2 2 4444 22 2 2 2 333 2 0 444 5555 33 66666666666666666666666666666666 2 000000000 33 55555 444 2 2 2 2 0 2 33 444 2 22 2 33 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 33 3 6 1 3 111111111 3 5555 3 1 1 55 1111111 111 22 5555 777777777777777777777777777777777 22 44 0
lowQualScore : .. . . . . ...... . . .. . ........ ... ... ... ...... . .. . . .... .. . . . ... . . ... .... .. ................................ . ......... .. ..... ... . . . . . . .. ... . .. . .. ......................................................... .. . . . . ......... . .... . . . .. ....... ... .. .... ................................. .. .. .
lowQualScore : 22 7 2 2 2 222222 0 5 22 7 11111111 888 444 222 111111 1 00 1 0 5555 99 1 1 1 999 5 7 444 3333 44 88888888888888888888888888888888 5 111111111 11 99999 111 4 4 4 4 4 5 44 444 5 88 5 77 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 55 3 7 0 3 888888888 6 5555 2 4 0 55 5555555 777 77 2222 000000000000000000000000000000000 00 55 2
consensus : NTATAAAATATA--TGTCCAACAGGAGACTTAGCATTCAAAGG-AC---GCAGTCA--TGTCAAAGGACACATTCACCA---CA---ATAT-A------AA-ATA--T-A-TGTCCA----ACAGG--AGA-CG-T-AGCATTCAAA---GGACACAG-CCACC---A---CA--AC-------G--CA-------AA-----------AT-A--T------A--TG-----TCCA---AC-AGGAGACG-T-A-GCATT-TAAAGGACAC--A---GT-CACC-ACAAT--A-------T-------ATAA---------T-A--------------T-----------ATGTCCAA-CA-GNAGACGT-AG-------C-ATTCAAA-GGACA-C--AGCCACCNC--AA----A--GAACACA---GTCACC--ACAATA----TAA-----A-------ATA----------TATGTCCAACANNAGACGTAGCGTTCAAAGGACACAGT
Reference ( family-353 ) : NTATAAAATATA--TGTCCAACAGGAGACTTAGCATTCAAAGG-AC---GCAGTCA--TGTCAAAGGACACATTCACCA---CA---ATAT-A------AA-ATA--T-A-TGTCCA----ACAGG--AGA-CG-T-AGCATTCAAA---GGACACAG-CCACC---A---CA--AC-------G--CA-------AA-----------AT-A--T------A--TG-----TCCA---AC-AGGAGACG-T-A-GCATT-TAAAGGACAC--A---GT-CACC-ACAAT--A-------T-------ATAA---------T-A--------------T-----------ATGTCCAA-CA-GNAGACGT-AG-------C-ATTCAAA-GGACA-C--AGCCACCNC--AA----A--GAACACA---GTCACC--ACAATA----TAA-----A-------ATA----------TATGTCCAACANNAGACGTAGCGTTCAAAGGACACAGT
gi|1 : AAAATATA--GGTGCATCTGGAGAATTAACCTTCAAAGGTAA---ACA-TCA--T--TAAAAGA---------------A---AGA--A------AA-ATA--T-A----CCA----A-ATTTTAGA-CG-T-ATTTGTCAAA---TGACATAG-CTACC---A---AA--AC-------G---A-------AT-----------AT-A--A------A--TG-----TCCA---AC-ATCAGAGG-T-G-TGATT-TAAATGACAA--A---GC-TACC-AAAAC--G-----------------AA---------T-A--------------T-----------ATGTCCAA-CA-TTAGACGT-AG-------G-GTTCAAA-GGACA-A--AACTACCACAAAA----A--GAATATA---AATGCCCAACAGTAGTTGTAA-----GAAAGAATATA----------TATGTCCAATATTAGACGTA
gi|1 : AATATAAATGTCCAACA-------------TCAGAGG-T-------GTGA--T-TTAAATGACAAAGCTACCA---AA---ACG----------A-ATA--T-A-TGTCCA----ACATT--AGA-CG-T-AGGGTTCAAA---GGACAAAA-CTACC---A---CA--AA-------A---A-------GA-----------AT-A--T------AAATG-----CCCA---AC-AGTAGTTG-T-AAG------AAAGAATAT--ATATGT-C-----CAAT--A-------TTAGAC--GTAAGAAAGAATAT-A--------------T-----------ATGTCCAA-CA-TTAGACGT-AG-------G-GTTCAAA-GGACAAC--A-CTACCAC--AA----AAAGAATATATATGTC-CA--ACAGTAGTTGTAAGAAAGA-------ATAAA--------TATGTCCAACATTAGACGTAGCGTTCAAAGGACAagaaagaatatatatgtccaacattagacgtagggttcaaaggacaacactaccacaaaaagaatatatatgtccaacagtagttgtaagaaagaataaatatgtccaacattagacgtagcgttcaaaggacaacactaccaca
gi|10 : aaaatataggtgcatctggagaattaaccttcaaaggtaaacatcattaaaagaaagaaaaatataccaaattttagacgtatttgtcaaatgacatagctaccaaaacgAAATATA--TGTCCAACAGGAGACTTAGCATTCAAAGG-AC---GCAGTCA--TGTCAAAGGACACATTCACCA---CA---ATAT-A------AA-ATA--T-A-TGTCCG----ACAGG--AGA-CT-T-Aacactaccaca
gi|11 : -A------AA-GCA--T-A-TAACCAGACTACAGG--AGTTCA-TCAGATTTCAAATAAAAAGACAT-TCACA---A---AA--AT-------T--AA-------AA-----------AT-A--T------A--TA-----TCCA---AC-TAGAGACG-T-A-GCATT-CCAAGAAATC--A---GT-TGCC-ACagccaagcttagaccta
gi|11 : AAAG---ACATTCACAA---AA---ATTA-A------AA-ATA--T-A-TATCCA----ACTAG--AGA-CG-T-AGCATTCCAA---GAAATCAG-TTGCC---A---C
gi|12 : aaagcatataaccagactacaggagttcatcagatttcaaataa--AC-------G---A-------AA-----------AT-A--T------A--TG-----TCCA---AC-AGAAGAGG-T-A-TCATT-CAAAGGACAC--T---GT-CACC-ACAAC--A-------TC------ATAA-----------A--------------C-----------ATAATCAA-TATATAGACTT-AT-------CAATTTAA
gi|13 : gaat---A---CA--AT-------G--TA-------GG-----------AC-AAAT------A--TG-----TC-A---AC-AGGAGACG-T-T-CCATT-TAAAGGTTAC--A---GT-CACC-ATAAT--A-------ttaa
gi|13 : t-ACAAT--G-------T-------AGGA---------C-AAA------------T-----------ATGTC-AA-CA-GGAGACGT-TC-------C-ATTTAAA-GGTTA-C--AGTCACCAT--AATAGCAC-GAACACA---ATCAGC-----ATA----TAG-----A-------ATA----------gcacgaacacaatcagcatatagaatagacg
gi|14 : tA---AT-T-A------AA-ACAA-T-G-TGTCCG----ACGGG--TGA-TG-T-CGCAACCAAA---GGACACAG-CTACC---A---CA--ACA------G--CA-------CA-----------ATCA--T------A--gacg
gi|15 : T-A------AA-GTA--T-A-TGTCCT----ACAAG--AG---G-C-AGCATTTAAA---GGTCACAA-CCATC---A----------------G--C--------AC-----------AT-A--T------A--TG-----CCCT---AC-AGGAGACA-T-A-atcaata
gi|16 : --T------G--TG-----TTCA---GC-GGAAGTTA-T-A-CCATT-CAAAAGACAC--A---GT-CA-C-AAAAT--A-------TCATTA--ACAA---------T-A--------------T-----------
gi|17 : A---ATAT-A------AACATT--T-A-CA--CA----ACAGG--AGA-CA-T-AGCATACAAT---GGGCACAcaatatattag
gi|18 : TATGA------AA-ACA--T-A-TGTCCA----ATAAA--AGA-CGAT-ATCATTCAAA---AGACGCAtcgtcccactggcataagca
gi|18 : A-------AA-----------AC-A--T------A--TG-----TCCA---AT-AAAAGACGAT-A-TCATT-CAAAAGACGCATA---ATACATC-ACAAT--A-------taatacatcacaataatc
gi|2 : tatgATAAGATATA--TGTCCAATA------TT-GCA----------C---GCAGTCAAATGTCAAAA-------TCACCA---CGGCGACAC-AGAGGGCAA-ATAATTGA-TGTCGA----ACAGT--GGC-CG-T-AGCTTTCACA---TGACATTGACCACA---G---CA--GC-------A--CA-------AATGGAGGAAAACAT-A--T------A--TG-----TCCA---AC-AGTAGACG-A-A-G-ATTGTAAAGGGCAC--T---TC-CACT-ACGAC--AG------T-------ACAA---------T-G----------------------------G-------A-GAAAACAT-AG-------T-ATCCAAACGGATA-CGAAG--ATTTC--AA----A--GAGCTCT---GCCACC--ACGACG----CAA-----A-------ATGGAATTGAAATTATGTCCAACAGAAGACCAAGTTTTCAAATGATAAAGatc
gi|20 : ------AA-ATA--T-A-TGTCTA----ACGGC--AGA-CG-C-AACACTCAAA---GAGCATTG-CCACC---A---CA--AC-------ccactatacagcacaaatggagctatataaatgtctatatgcgagatcatttcaactgacgaggcttaatc
gi|21 : aaacaaggA---------T-A--------------T-----------ATGTACAG-CA-GAAGACGT-AT-------C-ATTCAGG-GGACA-C--AGACACTTC--AA----a
gi|22 : gaataagaatAT-A------AA-ACA--T-G-CGTTCA----ATAGG--AGA-CG-T-AGCATTCAGA---GGACACAG-CTA
gi|23 : --TG-----TCCA---AT-TGGAGATG-T-A-GCATT-TACAGAACAC--A---AC-TTCCAACAGC--A-------T-------Ataca
gi|24 : TGTTCAG-CA-GTGGACGT-AG-------C-ATTGAAA-GAACA-C--AGCTACCAC--A
gi|3 : TATAAAATATA--TGTCCAACAGGAGACTTAGCATTCAAAGA-AC---GCAGTCA--TGTCAAAGGACACATTCACCA---CA---ATAT-A------AA-ATA--T-A-TGTCCG----ACAGG--AGA-CT-T-AGCATTCAAA---GGACGCAG-TCACC---A---CA--AT-------G--TA-------AA-----------CT-A--T------A--TG-----TCCA---AC-AGGAGACT-T-A-GCAGT-TAAAGGAAGC--A---GT-CACC-ACAAT--A-------T-------ATAA---------T-A--------------T-----------ATGTCCAA-TA-GGAAACTT-AG-------C-ATTCAAA-GGACG-C--AGGCATCTC--AA----A--GGACGCA---GTCACC--TCAATA----TAA-----A-------ATA----------TATGTCCAACAGGAGACTTAACATTCAAAGGACGCAGT
gi|4 : aCAACA---CA----TGT-T------AA-A-A--T-A-TGTCCA----ACTAG--AGA-TT-T-AGAATTCAAA---GGAGACAG-TCATCTCAA---CATCAC-------GAACATAATACCAA-----------AT-A--CGAAAAAA--TG-----TCCA---AC-CAGAGACG-T-A-CAATT-CAAAGGAGAC--A---GT-CATC-ACAAC--A-------TCACGAACATAA---------T-ACCAAATACGAAAAAT-----------ATGTCAAA-CC-AGAGACGT-GG-------A-ATTCAAA-GGACA-----GTCATCAC--AACATCAC-GAACATA---AT-ACC--A-AATA----CGA-----A-------ATA----------TATGTCCAACCAGATACGTAGAATTCAAAGGAAACA
gi|5 : -A------AA-ATA--T-A-TGAAAA----ACAGG--GGG-TG-T-AGCGTTTAAA---TTACACAG-CCAGC---A---AA--ATAGCACAGG--CA-------AA-----------AT-A---------A--TG-----T--G---ACGAAGAGGTG-T-A-GCGTT-TAAATTACAC--A---GC-CAGC-AAAAT--AGCACAGGC-------AAAG---------T-A--------------------------ATGT--GA-CGTGGAGGCGT-AG-------C-GTTTAAA-TGACA-C--AGCCA--GC--AA----A--aaccattatgga
gi|6 : ttcaaaaatagg-A------AA-TTA--T-A-TAACCA----GCAGG--CGA-TT-T-TGCATTTAAA---GGACACAT-CCACC---A---AA--TCA------G--TA-------TA-----------AT-A--TT-----A--TACACAATCTATATAC-ATAATACT-A-A-GCATT-TAAAGGACAC--A----T-CCTC-AAAATCAG-------T-------ATAA---------T-A--------------TT----------ATACACAATCT-ATATACAT-AGTACTAAGC-ATTCAAA-GGACA-C--Aat
gi|7 : -A------AA-ACA--T-A-TGATAA----ACAGG--AGA-CA-T-AACATTCAAA---GGACACAG-C-----------------------------------------------------------------TG-----TCC-----C-AGTAG-CA-TAA-GCA---TAAGGGACAC--A---GT-CATC-CCAGT--AG------C-------ATAA---------TCA--------------TAAAGTACACAGACATCC---CA-GTAG-CATAAG-------C-AT--AAA-GGACA-C--AGCCATCCC--A
gi|8 : aca-TGTCCA----ACAGG--AGA-TG-T-AGCATTTAAA---GAACACAG-CTGCC---A---CA--AC-------A--C--------AA-----------GT-A--T------A--AG------CCA---AC-AGGAGATG-T-A-GCATT-TAAAGAACAC--T---G--------CAAT--A-------T-------GT
gi|8 : AAGTATA--AG-CCAACAGGAGATGTAGCATTTAAAGA-ACACTGCAAT-A--TGTTAA---GCATGTTATCTA---CC---AT-T-A------AA-AGA--T-ATTGTCtaagcatgttatctaccattaaaagatattgtc
gi|9 : tgtccaacaggagatgtagcatttaaagaacacagctgccacaacacACAGTCACCATAACA---ACGT-A------AA--TA--T-G-TGTTCT----ACAGG--ATG-CG-G-AGTAGTCAAA---GGTTACAG-TAACC---AAAGCA--AC-------G---G-------AA-----------AT-A--T------G--TG-----ATCT---AC-ATGATGCG-A-A-GTAGT-CAAAGGTTAC--A---GT-
blockSeqs : AA G C A T ACACT G G AA G TGACAAAG TAA GCG ATG GAGGGC C AT G T GACT . T A C TAA A TCA AAGC TC ACAAATGGAGGAAAAC C CGAAAAA AA CACAA TAT G A A A G AT TAT A GC A CA TCACGAACATAATACCAAATACGAAAAAT CC T T T A TACTAAGC C CGA C C A . TAGCAC TAT CA AC GTTGTAAGAAAGAATAAA TT TT
blockSeqs : . G C A T AC G C . G GGACACAT . . AT . . A . . . . . . . . . . C . GAACATAATACCAA . AAT . . . . . . . . . . . AC . . TTAGACGTAAGAAAGAATATAT TC . T T . CA . AC T C A . CATCAC . CA AC CAAAATGGAATTGAAAT GA CA
blockSeqs : . G T A T AC G C . G GGACACAT . . TA . . . . . . . . . . . . . A . AGCACAGGCAAA . TT . . . . . . . . . . . AC . . GCATAATCATAAAGTACACAG AC . . G . G . C A T T . AAA . CA TC TAGAATA GG AA
blockSeqs : . . . . . T G C . G GCATGT . . AT . . . . . . . . . . . . . C . AGCACA . T . . . . . . . . . . . AT . . GCACAGGCAAAGTA TC . . A . C . C C C T . A . C A TAAAATA AG
blockSeqs : . . . . . C A . . . GACAT . . AC . . . . . . . . . . . . . C . AGTATA . T . . . . . . . . . . . AC . . TCATTAACAATAT CC . . A . T . C G C A . A . A . CGAAATA
blockSeqs : A . . AT . . . . . . . . . . . . . C . TAAAA . T . . . . . . . . . . . TC . . TAGGACAAAT CA . . T . C . C T T T . A
blockSeqs : . . AT . . . . . . . . . . . . . C . GTAGG . T . . . . . . . . . . . AC . . TATAATATT AC . . G . C . C C T A .
blockSeqs : . . GT . . . . . . . . . . . . . C . GTAAA . T . . . . . . . . . . . AT . . TCATAAAC CC . . G . C . C C T G .
blockSeqs : . GT . . . . . . . . . . . . . C . AAGA . T . . . . . . . . . . . AG . . GTACAATG C . . G . A . C . . C .
blockSeqs : . G . . . . . . . . . . . . . C . GAAA . T . . . . . . . . . . . CT . . TATAATAT . . . T . C . .
blockSeqs : T . . . . . . . . . . . . . A . GCAC . T . . . . . . . . . . . AT . . . . . T . C
blockSeqs : T . . . . . . . . . . . . . A . ACAA . T . . . . . . . . . . . A . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . C . GGAA . T . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . .
blockSeqs : .
blockSeqCons : AC**** GGACACGT AT* ** ** AC** TAAAATA**************************
originalCons : NTATAAAATATA--TGTCCAACAGGAGACTTAGCATTCAAAGG-AC---GCAGTCA--TGTCAAAGGACACATTCACCA---CA---ATAT-A------AA-ATA--T-A-TGTCCA----ACAGG--AGA-CG-T-AGCATTCAAA---GGACACAG-CCACC---A---CA--AC-------G--CA-------AA-----------AT-A--T------A--TG-----TCCA---AC-AGGAGACG-T-A-GCATT-TAAAGGACAC--A---GT-CACC-ACAAT--A-------T-------ATAA---------T-A--------------T-----------ATGTCCAA-CA-GNAGACGT-AG-------C-ATTCAAA-GGACA-C--AGCCACCNC--AA----A--GAACACA---GTCACC--ACAATA----TAA-----A-------ATA----------TATGTCCAACANNAGACGTAGCGTTCAAAGGACACAGT
finalCons : NTATAAAATATA--TGTCCAACAGGAGACTTAGCATTCAAAGGAC----GCAGTCA--TGTCAAAGGACACGTTCACCA---CA---ATAT-A------AA-ATA--T-A-TGTCCA----ACAGG--AGA-CG-T-AGCATTCAAA---GGACACAG-CCACC---A---CA--AC-------G--CA-------AA-----------AT-A--T------A--TG-----TCCA---AC-AGGAGACG-T-A-GCATT-TAAAGGACAC--A---GT-CACC-ACAAT--A-------T-------ATAA---------T-A--------------T-----------ATGTCCAA-CA-GNAGACGT-AG-------C-ATTCAAA-GGACA-C--AGCCACCNC--AA----A--GAACACA---GTCACCAC--AATATAAAATA--------------------------TATGTCCAACANNAGACGTAGCGTTCAAAGGACACAGT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): CAAGGGATACAGTCACCACAACAACATAAACATAATCAACATGAAATACACTCACAATATA
Alignments
lowQualScore : 222222 111 33333333333333333333333333333333 111111111 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 111111111 3333333 111 1111 555555555555555555555555555555555
lowQualScore : 99 6 5 3 3 000000 1 2 99 6 44 0 999 777 666 777 666666 2 55 2 2 4444 22 2 2 2 333 2 0 444 5555 33 66666666666666666666666666666666 2 000000000 33 55555 444 2 2 2 2 0 2 33 444 2 22 2 33 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 33 3 6 1 3 111111111 3 5555 3 1 1 55 1111111 111 22 5555 777777777777777777777777777777777 22 44 0
lowQualScore : .. . . . . ...... . . .. . .. . ... ... ... ... ...... . .. . . .... .. . . . ... . . ... .... .. ................................ . ......... .. ..... ... . . . . . . .. ... . .. . .. ......................................................... .. . . . . ......... . .... . . . .. ....... ... .. .... ................................. .. .. .
lowQualScore : 22 7 2 2 2 222222 0 5 22 7 77 7 000 888 444 222 111111 1 00 1 0 5555 99 1 1 1 999 5 7 444 3333 44 88888888888888888888888888888888 5 111111111 11 99999 111 4 4 4 4 4 5 44 444 5 88 5 77 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 55 3 7 0 3 888888888 6 5555 2 4 0 55 5555555 777 77 2222 000000000000000000000000000000000 00 55 2
consensus : NTATAAAATATA--TGTCCAACAGGAGACTTAGCATTCAAAGG-AC---GCAGTCA--TGTCAAAAGACA-ATTCACCA---CA---ATAT-A------AA-ATA--T-A-TGTCCA----ACAGG--AGA-CG-T-AGCATTCAAA---GGACACAG-CCACC---A---CA--AC-------G--CA-------AA-----------AT-A--T------A--TG-----TCCA---AC-AGGAGACG-T-A-GCATT-TAAAGGACAC--A---GT-CACC-ACAAT--A-------T-------ATAA---------T-A--------------T-----------ATGTCCAA-CA-GNAGACGT-AG-------C-ATTCAAA-GGACA-C--AGCCACCNC--AA----A--GAACACA---GTCACC--ACAATA----TAA-----A-------ATA----------TATGTCCAACANNAGACGTAGCGTTCAAAGGACACAGT
Reference ( family-353 ) : NTATAAAATATA--TGTCCAACAGGAGACTTAGCATTCAAAGG-AC---GCAGTCA--TGTCAAAGGACACGTTCACCA---CA---ATAT-A------AA-ATA--T-A-TGTCCA----ACAGG--AGA-CG-T-AGCATTCAAA---GGACACAG-CCACC---A---CA--AC-------G--CA-------AA-----------AT-A--T------A--TG-----TCCA---AC-AGGAGACG-T-A-GCATT-TAAAGGACAC--A---GT-CACC-ACAAT--A-------T-------ATAA---------T-A--------------T-----------ATGTCCAA-CA-GNAGACGT-AG-------C-ATTCAAA-GGACA-C--AGCCACCNC--AA----A--GAACACA---GTCACC--ACAATA----TAA-----A-------ATA----------TATGTCCAACANNAGACGTAGCGTTCAAAGGACACAGT
gi|1 : AAAATATA--GGTGCATCTGGAGAATTAACCTTCAAAGGTAA---ACA-TCA--T--TAAAAGA---------------A---AGA--A------AA-ATA--T-A----CCA----A-ATTTTAGA-CG-T-ATTTGTCAAA---TGACATAG-CTACC---A---AA--AC-------G---A-------AT-----------AT-A--A------A--TG-----TCCA---AC-ATCAGAGG-T-G-TGATT-TAAATGACAA--A---GC-TACC-AAAAC--G-----------------AA---------T-A--------------T-----------ATGTCCAA-CA-TTAGACGT-AG-------G-GTTCAAA-GGACA-A--AACTACCACAAAA----A--GAATATA---AATGCCCAACAGTAGTTGTAA-----GAAAGAATATA----------TATGTCCAATATTAGACGTA
gi|1 : AATATAAATGTCCAACA-------------TCAGAGG-T-------GTGA--T-TTAAATGACAAAGCTACCA---AA---ACG----------A-ATA--T-A-TGTCCA----ACATT--AGA-CG-T-AGGGTTCAAA---GGACAAAA-CTACC---A---CA--AA-------A---A-------GA-----------AT-A--T------AAATG-----CCCA---AC-AGTAGTTG-T-AAG------AAAGAATAT--ATATGT-C-----CAAT--A-------TTAGAC--GTAAGAAAGAATAT-A--------------T-----------ATGTCCAA-CA-TTAGACGT-AG-------G-GTTCAAA-GGACAAC--A-CTACCAC--AA----AAAGAATATATATGTC-CA--ACAGTAGTTGTAAGAAAGA-------ATAAA--------TATGTCCAACATTAGACGTAGCGTTCAAAGGACAagaaagaatatatatgtccaacattagacgtagggttcaaaggacaacactaccacaaaaagaatatatatgtccaacagtagttgtaagaaagaataaatatgtccaacattagacgtagcgttcaaaggacaacactaccaca
gi|10 : aaaatataggtgcatctggagaattaaccttcaaaggtaaacatcattaaaagaaagaaaaatataccaaattttagacgtatttgtcaaatgacatagctaccaaaacgAAATATA--TGTCCAACAGGAGACTTAGCATTCAAAGG-AC---GCAGTCA--TGTCAAAGGACACATTCACCA---CA---ATAT-A------AA-ATA--T-A-TGTCCG----ACAGG--AGA-CT-T-Aacactaccaca
gi|11 : -A------AA-GCA--T-A-TAACCAGACTACAGG--AGTTCA-TCAGATTTCAAATAAAAAGACAT-TCACA---A---AA--AT-------T--AA-------AA-----------AT-A--T------A--TA-----TCCA---AC-TAGAGACG-T-A-GCATT-CCAAGAAATC--A---GT-TGCC-ACagccaagcttagaccta
gi|11 : AAAAGACA--TTCACAA---AA---ATTA-A------AA-ATA--T-A-TATCCA----ACTAG--AGA-CG-T-AGCATTCCAA---GAAATCAG-TTGCC---A---C
gi|12 : aaagcatataaccagactacaggagttcatcagatttcaaata--AC-------G---A-------AA-----------AT-A--T------A--TG-----TCCA---AC-AGAAGAGG-T-A-TCATT-CAAAGGACAC--T---GT-CACC-ACAAC--A-------TC------ATAA-----------A--------------C-----------ATAATCAA-TATATAGACTT-AT-------CAATTTAA
gi|13 : gaat---A---CA--AT-------G--TA-------GG-----------AC-AAAT------A--TG-----TC-A---AC-AGGAGACG-T-T-CCATT-TAAAGGTTAC--A---GT-CACC-ATAAT--A-------ttaa
gi|13 : t-ACAAT--G-------T-------AGGA---------C-AAA------------T-----------ATGTC-AA-CA-GGAGACGT-TC-------C-ATTTAAA-GGTTA-C--AGTCACCAT--AATAGCAC-GAACACA---ATCAGC-----ATA----TAG-----A-------ATA----------gcacgaacacaatcagcatatagaatagacg
gi|14 : tA---AT-T-A------AA-ACAA-T-G-TGTCCG----ACGGG--TGA-TG-T-CGCAACCAAA---GGACACAG-CTACC---A---CA--ACA------G--CA-------CA-----------ATCA--T------A--gacg
gi|15 : T-A------AA-GTA--T-A-TGTCCT----ACAAG--AG---G-C-AGCATTTAAA---GGTCACAA-CCATC---A----------------G--C--------AC-----------AT-A--T------A--TG-----CCCT---AC-AGGAGACA-T-A-atcaata
gi|16 : --T------G--TG-----TTCA---GC-GGAAGTTA-T-A-CCATT-CAAAAGACAC--A---GT-CA-C-AAAAT--A-------TCATTA--ACAA---------T-A--------------T-----------
gi|17 : A---ATAT-A------AACATT--T-A-CA--CA----ACAGG--AGA-CA-T-AGCATACAAT---GGGCACAcaatatattag
gi|18 : TATGA------AA-ACA--T-A-TGTCCA----ATAAA--AGA-CGAT-ATCATTCAAA---AGACGCAtcgtcccactggcataagca
gi|18 : A-------AA-----------AC-A--T------A--TG-----TCCA---AT-AAAAGACGAT-A-TCATT-CAAAAGACGCATA---ATACATC-ACAAT--A-------taatacatcacaataatc
gi|2 : tatgATAAGATATA--TGTCCAATA------TT-GCA----------C---GCAGTCAAATGTCAAAA-------TCACCA---CGGCGACAC-AGAGGGCAA-ATAATTGA-TGTCGA----ACAGT--GGC-CG-T-AGCTTTCACA---TGACATTGACCACA---G---CA--GC-------A--CA-------AATGGAGGAAAACAT-A--T------A--TG-----TCCA---AC-AGTAGACG-A-A-G-ATTGTAAAGGGCAC--T---TC-CACT-ACGAC--AG------T-------ACAA---------T-G----------------------------G-------A-GAAAACAT-AG-------T-ATCCAAACGGATA-CGAAG--ATTTC--AA----A--GAGCTCT---GCCACC--ACGACG----CAA-----A-------ATGGAATTGAAATTATGTCCAACAGAAGACCAAGTTTTCAAATGATAAAGatc
gi|20 : ------AA-ATA--T-A-TGTCTA----ACGGC--AGA-CG-C-AACACTCAAA---GAGCATTG-CCACC---A---CA--AC-------ccactatacagcacaaatggagctatataaatgtctatatgcgagatcatttcaactgacgaggcttaatc
gi|21 : aaacaaggA---------T-A--------------T-----------ATGTACAG-CA-GAAGACGT-AT-------C-ATTCAGG-GGACA-C--AGACACTTC--AA----a
gi|22 : gaataagaatAT-A------AA-ACA--T-G-CGTTCA----ATAGG--AGA-CG-T-AGCATTCAGA---GGACACAG-CTA
gi|23 : --TG-----TCCA---AT-TGGAGATG-T-A-GCATT-TACAGAACAC--A---AC-TTCCAACAGC--A-------T-------Ataca
gi|24 : TGTTCAG-CA-GTGGACGT-AG-------C-ATTGAAA-GAACA-C--AGCTACCAC--A
gi|3 : TATAAAATATA--TGTCCAACAGGAGACTTAGCATTCAAAGA-AC---GCAGTCA--TGTCAAAGGACACATTCACCA---CA---ATAT-A------AA-ATA--T-A-TGTCCG----ACAGG--AGA-CT-T-AGCATTCAAA---GGACGCAG-TCACC---A---CA--AT-------G--TA-------AA-----------CT-A--T------A--TG-----TCCA---AC-AGGAGACT-T-A-GCAGT-TAAAGGAAGC--A---GT-CACC-ACAAT--A-------T-------ATAA---------T-A--------------T-----------ATGTCCAA-TA-GGAAACTT-AG-------C-ATTCAAA-GGACG-C--AGGCATCTC--AA----A--GGACGCA---GTCACC--TCAATA----TAA-----A-------ATA----------TATGTCCAACAGGAGACTTAACATTCAAAGGACGCAGT
gi|4 : aCAACA---CA----TGT-T------AA-A-A--T-A-TGTCCA----ACTAG--AGA-TT-T-AGAATTCAAA---GGAGACAG-TCATCTCAA---CATCAC-------GAACATAATACCAA-----------AT-A--CGAAAAAA--TG-----TCCA---AC-CAGAGACG-T-A-CAATT-CAAAGGAGAC--A---GT-CATC-ACAAC--A-------TCACGAACATAA---------T-ACCAAATACGAAAAAT-----------ATGTCAAA-CC-AGAGACGT-GG-------A-ATTCAAA-GGACA-----GTCATCAC--AACATCAC-GAACATA---AT-ACC--A-AATA----CGA-----A-------ATA----------TATGTCCAACCAGATACGTAGAATTCAAAGGAAACA
gi|5 : -A------AA-ATA--T-A-TGAAAA----ACAGG--GGG-TG-T-AGCGTTTAAA---TTACACAG-CCAGC---A---AA--ATAGCACAGG--CA-------AA-----------AT-A---------A--TG-----T--G---ACGAAGAGGTG-T-A-GCGTT-TAAATTACAC--A---GC-CAGC-AAAAT--AGCACAGGC-------AAAG---------T-A--------------------------ATGT--GA-CGTGGAGGCGT-AG-------C-GTTTAAA-TGACA-C--AGCCA--GC--AA----A--aaccattatgga
gi|6 : ttcaaaaatagg-A------AA-TTA--T-A-TAACCA----GCAGG--CGA-TT-T-TGCATTTAAA---GGACACAT-CCACC---A---AA--TCA------G--TA-------TA-----------AT-A--TT-----A--TACACAATCTATATAC-ATAATACT-A-A-GCATT-TAAAGGACAC--A----T-CCTC-AAAATCAG-------T-------ATAA---------T-A--------------TT----------ATACACAATCT-ATATACAT-AGTACTAAGC-ATTCAAA-GGACA-C--Aat
gi|7 : -A------AA-ACA--T-A-TGATAA----ACAGG--AGA-CA-T-AACATTCAAA---GGACACAG-C-----------------------------------------------------------------TG-----TCC-----C-AGTAG-CA-TAA-GCA---TAAGGGACAC--A---GT-CATC-CCAGT--AG------C-------ATAA---------TCA--------------TAAAGTACACAGACATCC---CA-GTAG-CATAAG-------C-AT--AAA-GGACA-C--AGCCATCCC--A
gi|8 : aca-TGTCCA----ACAGG--AGA-TG-T-AGCATTTAAA---GAACACAG-CTGCC---A---CA--AC-------A--C--------AA-----------GT-A--T------A--AG------CCA---AC-AGGAGATG-T-A-GCATT-TAAAGAACAC--T---G--------CAAT--A-------T-------GT
gi|8 : AAGTATA--AG-CCAACAGGAGATGTAGCATTTAAAGA-ACACTGCAAT-A--TGTTAA---GCATGTTATCTA---CC---AT-T-A------AA-AGA--T-ATTGTCtaagcatgttatctaccattaaaagatattgtc
gi|9 : tgtccaacaggagatgtagcatttaaagaacacagctgccacaacacTCACCATAACA---ACGT-A------AA--TA--T-G-TGTTCT----ACAGG--ATG-CG-G-AGTAGTCAAA---GGTTACAG-TAACC---AAAGCA--AC-------G---G-------AA-----------AT-A--T------G--TG-----ATCT---AC-ATGATGCG-A-A-GTAGT-CAAAGGTTAC--A---GT-
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): CAAGGGATACAGTCACCACAACAACATAAACATAATCAACATGAAATACACTCACAATATA