lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 6666666 444444444444 11 1111 5555555555555555555555555555 11111111111 33333333333 1111 11 1 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 1 4
lowQualScore : 1111111 0 0 33 999999999999 9 99 99 44 888 5 8888888 888 0000 7777777777777777777777777777 3 2 2 66666666666 0 2 7 1 88888888888 66 0000 33 99 88 3 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 5 0
lowQualScore : ....... . . .. ............ . .. .. .. ... . ....... ... .... ............................ . . . ........... . . . . ........... .. .... .. .. .. . .............................................................................. . .
lowQualScore : 0000000 7 2 55 555555555555 2 22 22 99 888 0 9999999 222 6666 8888888888888888888888888888 3 3 9 88888888888 2 1 0 6 00000000000 11 8888 66 22 22 3 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 0 0
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAGTTTAAAATAA-T-NA-TTTATTTTGATTGTGAAACAAGTTATTACGA---TTTANACAAAT--CACGCT--CGAN-GTC---TTCC-TTGGCA--GAACCAGTACTAAG--C----ATACGC--G--A---A-----AAA-------AGTGTCTTG-CTCAAGGACACAACACA-TG--G-T---CCTGGCGGAGGATCGAACCCACGACCCNCC----N--A--TCCTG-GGTTCN-ATGCTCTGCCACT--GGACCACGCGCT-CGCNCCGTCTANGAAGATGTGNATGATGTTTTATATT-ATGAAA-ATAGCAGATTGAGAATACCAAATTTAACATCAAA-TTAAACTAGTTAAATT
Reference ( gi|1 ) : CAACAGTGCCAACTATACTGTCATACAAGTTCTTTGTAGTATCAATATAGCAATATTGATGCTGTTTTATACACTTTATTTCCCTTTTTTAGTTTAAAATAATTTT--TTTACTTTGATTGTGAAACAAGTTATTACAA---TTTATACAAAT--CACGCT--TGAA-GTC---TTCC-TTGGCA--GAACCAGTACTAAG--C----ATATGC--G--A---A-----AAA-------AGTGTCTTG-CTCAAGGACACAACACA-TA--G-T---CTTGGCAGAGGATCAAACCCATGACCAACC----T--A--TCATG-GGTTCT-ATGCTCTATCACT--GGACCGTGCGCT-CG-TTTG-TTACCAAGATATACATAATTTATTGGATTGACAAAACATA-TACATTG---TTATTAAAATAAACATGGGATTTAAAGTA-TTAAATTGA
gi|2 : TAGTTTAAATTA----T--TTTACTTTGATTGTCAACAAAGTT----------CTTAGGCAAAT--CACGCT--CGAA-GTC---TTCC-TGGATA--GAACCAGTACTAAG--C----ATATGC--G--G---A-----AAA-------AGTATCTTG-CTCAAGGACAC-ACACA-TA--A-C---CATGACGGAGGATCGAATCCATGACCCTCC----G--A--TCATT-GGTTCG-ATGCTCTACCACT--GGACCACGTGCTACGCTCTG-CTAAGAAGATGTGC
gi|3 : TAAAATTATTAGA-TTTATTTTTGTTGCGAAATAAGCTCTTTTGA---CTCAAACAAGT--CATGCTCATGAATGTC---TTCG-TGGGCA--GAACCGGTACCTGG--C----ATACGC---------A-----GAC-------AGCTTCTTA--TTATGAA--------A-TG--GAT---CTAAGTAGGGAATTGAACCCGTAACTCTTC----A--A--TCCTG-GGTCCC-ATGCTTCATCACT--TAACCATGCttg
gi|5 : TAAAATAAATTAAATTTATAGTGACTGTGAAACAAG--A--ACAT---TTTACACAAAT--CACGCT--CAAT-TTC---TTAC-T--GC-----ACTA--AATAAAATC----AAATGA--A--A---A-----AGAAACATACAGTGTCTAA-TTCAAGGGCACAAAACA-Tctgccacacctg
gi|12 : TAAAAC--GTGATTAAAAATATTCATACAAAT--AACTCT--CGAT-GTC---TTCC-ATTGCA--TAACCAATATTTAT--C----ATATTCT-G--A---A-----AAtg
gi|6 : ACAA---TCTAAACAAAT--CACATT--TGA--------TGCCATTAGAA--GAATAAGTACTGAG--CAACAATACAG--GGTA---ATT---AAATATTATTATTGTCTTGTCTTAA-GACACAACATA-TG--T-T---CCTGCCAG-GGATcgttcct
gi|7 : CAAGTGGCACACT--TGAT-ATC---TTCC-TTTTCA--GATCCGGTACCAAT--C----ATATATAGG--ATAGA-----CAA-------AGTTTCTTC-ATCAAGG-------ACG-TG--G-T---CCTG--AG-GAATGAAACTACTGATCAACtga
gi|14 : A-GTCAATTTTC-TTGAGAAAGAACCAGTTTTAAG--C----TTA-AC--A--A---ATGTATAAA-------TGCATATTG-CTCAAGCACACAACACC-TG--G-T---CCTGG
gi|8 : C---TTCT-TGGGTA--GACCCAGTACTAAT--C----ATATAC--T--G---A-----TAA-------AGTGCCTTG-CTCAAAGACACTACACA-T-----T-------GCGGAGGATCAAACTCACAACC--CC----CAGA--TCCCG-AGTTC
gi|4 : A-------AGTATGTTG-CTCAAGGACGCCACACA-TG--G-C---CATGGTGGATGATTGAACCCAGGACC--TC----TG-G--TCCT--AGCTCTGATGCTTTACCAGTCAGAACCAC-CACT-TG-ATCATTTAT--AGAT-TGAATGATGTTTTATATT-ATGAAA-ATAGCAGATTGAGAATACCAAATTTAACATCAAA-TTAAACTAGTTAAATTga
gi|15 : GTGTCTTG-CTCAAGGACGCAACATA-AAAGG-G---CT--GCCGGGGATCAAACCAATGGCCCA-C----T--AGCTC-TGCAG--CC-ATGTTCTGTCAa
gi|9 : GTATTA-CTCGGGGACAAAACACT-TG--A-T---CCTGAC-GAAGATTGAACAAACGACCCACC----A--A--TCATG-GATTCt
gi|17 : GCCTTT-CTAAAGAACACAACACA-TG--G-C---TCTGGTA-AGGTTCAAACTCAGGACCAgaccgcccatccatcaatcagaacatgtg
gi|11 : TG-CTCATGCATACAACACAATC--G-TGACCTTGTTGG-GAATCAAACCC----CCAACTGTCAT--A--TCCTG-GGTTCT-ATCCCCTGCTGCT--AGAC
gi|13 : gtacCAATGACACAACACA-TG--T-T---GCTAGTAGGGGATGAAGCCCATGAC--GCC----TGGA--TCCT--GGCTCTGATACTTTGTCACC--AGGTCATG
gi|10 : acCA-TA--G-C---CGTAGCAGAGGATCGAATCCACGACCCTCC----G--A--TCATG-GGTTCG-GTGCTTGATCACT--GGACTAAGCGCT-Ctt
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): AGAGAATCTAACCCACAGCCCTCCAAACCTGGATCTGACGCTCTACCAGTGGACCACGT
Alignments
lowQualScore : 44444444 1 22222222 111 555555555555555555555555555555 333333333333333 1 2 2 1 2222 2 1
lowQualScore : 66666666 0 0 99999999 1 77 000 1 5 77 0 9999 4 000000000000000000000000000000 3 1 444 2 5555 0 3 1 1 1 3 1 0 66 0 444444444444444 2 1 2 4 3 0 0 5 2 5555 4 4 2 0 2 5
lowQualScore : ........ . . ........ . .. ... . . .. . .... . .............................. . . ... . .... . . . . . . . . .. . ............... . . . . . . . . . .... . . . . . .
lowQualScore : 00000000 0 2 33333333 0 99 000 0 0 55 1 4444 4 111111111111111111111111111111 1 5 777 7 6666 6 8 2 0 0 6 0 7 99 4 555555555555555 0 0 5 0 0 0 0 0 5 0000 0 0 5 0 5 0
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAGTTTAAAATAA--TTAG-TTT-ACTTTGATTGTGAAACAAGTTATTACGATTTANACAAAT--CACGCTC---GATGTCTTCC-TTGGCAGAACCAGTACTAAGCA----T-ATAC--G--A---A-----AAA---------AGTGTCTTG-CTCAAGGACACAACAC---A-TGG-T--CCTGGCGGAGGATCGAACCCACGACCCTCCGATCCTG-GGTTCGATGCTCTACCACT--GGACCACGCGCT-CGCNCTGTTTACGAAGATGTGCATGATNTNTTGNATTGACGAAACATAGCANATTGAGANTACCAAANTNAACATCGGATTTAAANTAGTTAAATT
Reference ( family-3411 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAGTTTAAAATAA--TNA--TTT-ATTTTGATTGTGAAACAAGTTATTACGATTTANACAAAT--CACGCTC---GANGTCTTCC-TTGGCAGAACCAGTACTAAGCA----T-ACGC--G--A---A-----AAA---------AGTGTCTTG-CTCAAGGACACAACAC---A-TGG-T--CCTGGCGGAGGATCGAACCCACGACCCNCCNATCCTG-GGTTCNATGCTCTGCCACT--GGACCACGCGCT-CGCNCCGTCTANGAAGATGTGNATGATGTTTTATATT-ATGAAA-ATAGCAGATTGAGAATACCAAATTTAACATCAAA-TTAAACTAGTTAAATT
gi|1 : TAGTTTAAAATAA--TTT--TTTTACTTTGATTGTGAAACAAGTTATTACAATTTATACAAAT--CACGCTT---GAAGTCTTCC-TTGGCAGAACCAGTACTAAGCA----T-ATGC--G--A---A-----AAA---------AGTGTCTTG-CTCAAGGACACAACAC---A-TAG-T--CTTGGCAGAGGATCAAACCCATGACCAACCTATCATG-GGTTCTATGCTCTATCACT--GGACCGTGCGCT-CG-TTTGT-TACCAAGATATACATAATTTATTGGATTGACAAAACATA-TACATTG---TTATTAAAATAAACATGGGATTTAAAGTA-TTAAATT
gi|10 : caacagtgccaactatactgtcatacaagttctttgtagtatcaatatagcaatattgatgctgttttatacactttatttccctttttC---A-TAG-C--CGTAGCAGAGGATCGAATCCACGACCCTCCGATCATG-GGTTCGGTGCTTGATCACT--GGACTAAGCGCT-C-CACTATTCACAGAGAga
gi|11 : TG-CTCATGCATACAACAC---AATCG-TGACCTTGTTGGGAATCAAACCCCCAACTGTCATATCCTG-GGTTCTATCCCCTGCTGCT--AGACatagtgc
gi|12 : gtacATTCATACAAAT--AACTCTC---GATGTCTTCC-ATTGCATAACCAATATTTATCA----T-ATTCT-G--A---A-----AA
gi|13 : taaaacgtgattaaaaatCAATGACACAACAC---A-TGT-T--GCTAGTAGGGGATGAAGCCCATGACGCCTGGATCCTG-GCTCTGATACTTTGTCACC--AGGTCATGcgttcct
gi|14 : acAGAACCAGTTTTAAGCT----T-A-AC--A--A---ATGTATAAA---------TGCATATTG-CTCAAGCACACAACAC---C-TGG-T--CCTGGtt
gi|15 : agtcaattttcttgagaaGTGTCTTG-CTCAAGGACGCAACATAAAA-GGG-----CTGCCGG-GGATCAAACCAATGGCCCACTAGCTCTGCAG--CCATGTTCTGTCA
gi|16 : GAGAATCTAACCCACAGCCCTCCAAACCTG-GATCTGACGCTCTACCAGT--GGACCACGt
gi|17 : aGCCTTT-CTAAAGAACACAACAC---A-TGG-C--TCTGGT-AAGGTTCAAACTCAGGACCt
gi|2 : TAGTTTAAATTA---T----TTT-ACTTTGATTGTCAACAAAGTT-------CTTAGGCAAAT--CACGCTC---GAAGTCTTCC-TGGATAGAACCAGTACTAAGCA----T-ATGC--G--G---A-----AAA---------AGTATCTTG-CTCAAGGACAC-ACAC---A-TAA-C--CATGACGGAGGATCGAATCCATGACCCTCCGATCATT-GGTTCGATGCTCTACCACT--GGACCACGTGCTACGCTCTG-CTAAGAAGATGTGCTTGa
gi|3 : TAAAATTA--TTAGATTT-ATTTTTGTTGCGAAATAAGCTCTTTTGACTCAAACAAGT--CATGCTCATGAATGTCTTCG-TGGGCAGAACCGGTACCTGGCA----T-ACGC---------A-----GAC---------AGCTTCTTA--TTATGAA-----------A-TGGAT--CTAAGTAGGGAATTGAACCCGTAACTCTTCAATCCTG-GGTCCCATGCTTCATCACT--TAACCATGC
gi|4 : A---------AGTATGTTG-CTCAAGGACGCCACAC---A-TGG-C--CATGGTGGATGATTGAACCCAGGACC-TCTGGTCCTA-GCTCTGATGCTTTACCAGTCAGAACCAC-CACT-TG-ATCATTTAT--AGAT-TGAATGATGTTTTATATT-ATGAAA-ATAGCAGATTGAGAATACCAAATTTAACATCAAA-TTAAACTAGTTAAATTctgccacacctg
gi|5 : TAAAATAAATTAAA-TTT-ATAGTGACTGTGAAACAAG--A--ACATTTTACACAAAT--CACGCTC---AATTTCTTAC-T--GC---ACTA--AATAAA-A----TCAAAT--G--A---A-----AAAGAAACATACAGTGTCTAA-TTCAAGGGCACAAAAC---A-Ta
gi|6 : ACAATCTAAACAAAT--CACATTT---GATG----CCATTAGAAGAATAAGTACTGAGCAACAAT-ACAG--GGTA---ATT---AAATATTATT--ATTGTCTTGTCTTAAG-ACACAACAT---A-TGT-T--CCTGCCAG-GGATTGAtg
gi|7 : CAAGTGGCACACTT---GATATCTTCC-TTTTCAGATCCGGTACCAATCA----T-ATATAGG--ATAGA-----CAA---------AGTTTCTTC-ATCAAGG-------AC---G-TGG-T--CCT----GAGGAATGAAACTAC
gi|8 : CTTCT-TGGGTAGACCCAGTACTAATCA----T-ATAC--T--G---A-----TAA---------AGTGCCTTG-CTCAAAGACACTACAC---A-T---T------GCGGAGGATCAAACTCACAACCCCCAGATCCCG-AGTTCGAtgatcaac
gi|9 : GTATTA-CTCGGGGACAAAACAC---T-TGA-T--CCTGACGAAG-ATTGAACAAACGACCCACCAATCATG-GATTCGA
Alignments
lowQualScore : 11111 22 22222222 111 333333333333333333333333333 222222222 111 1 1 1 1 2222 1 1
lowQualScore : 00000 66 0 99999999 1 77 000 5 77 0 9999 4 1 999999999999999999999999999 3 1 444 2 5555 0 3 1 66 0 777777777 333 2 1 1 1 5 5 5 1 2222 1 1 2 5 1 5
lowQualScore : ..... .. . ........ . .. ... . .. . .... . . ........................... . . ... . .... . . . .. . ......... ... . . . . . . . . .... . . . . . .
lowQualScore : 88888 55 2 33333333 0 99 000 0 55 1 4444 4 0 333333333333333333333333333 1 5 777 7 6666 6 8 2 99 4 000000000 888 0 0 0 0 0 0 0 0 0000 0 0 5 5 0 0
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAGTTTAAAATAA-TTANATTTACTTTGATTGTGAAACAAGTTATTACGATTTANACAAAT--CACGCTCG---ATGTCTTCC-TTGGCAGAACCAGTACTAAGC----AT-ATAC--G--A---A-----AAA---------AGTGTCTTG-CTCAAGGACACAACAC---A-TGG-T--CCTGGCGGAGGATCGAACCCACGACCCTCCGATCCTGGGTTCGATGCTCTACCACT--GGACCACGCGCT-CGCTCTGTTTACGAAGATGTGCATGATNTNTTGNATTGACGAAACATAGCANATTGAGANTACCAAANTNAACATCGGATTTAAANTAGTTAAATT
Reference ( family-3411 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAGTTTAAAATAA-TTAG-TTTACTTTGATTGTGAAACAAGTTATTACGATTTANACAAAT--CACGCTCG---ATGTCTTCC-TTGGCAGAACCAGTACTAAGC----AT-ATAC--G--A---A-----AAA---------AGTGTCTTG-CTCAAGGACACAACAC---A-TGG-T--CCTGGCGGAGGATCGAACCCACGACCCTCCGATCCTGGGTTCGATGCTCTACCACT--GGACCACGCGCT-CGCNCTGTTTACGAAGATGTGCATGATNTNTTGNATTGACGAAACATAGCANATTGAGANTACCAAANTNAACATCGGATTTAAANTAGTTAAATT
gi|1 : TAGTTTAAAATAA-TTTT-TTTACTTTGATTGTGAAACAAGTTATTACAATTTATACAAAT--CACGCTTG---AAGTCTTCC-TTGGCAGAACCAGTACTAAGC----AT-ATGC--G--A---A-----AAA---------AGTGTCTTG-CTCAAGGACACAACAC---A-TAG-T--CTTGGCAGAGGATCAAACCCATGACCAACCTATCATGGGTTCTATGCTCTATCACT--GGACCGTGCGCT-CG-TTTG-TTACCAAGATATACATAATTTATTGGATTGACAAAACATA-TACATTG---TTATTAAAATAAACATGGGATTTAAAGTA-TTAAATT
gi|10 : caacagtgccaactatactgtcatacaagttctttgtagtatcaatatagcaatattgatgctgttttatacactttatttccctttttC---A-TAG-C--CGTAGCAGAGGATCGAATCCACGACCCTCCGATCATGGGTTCGGTGCTTGATCACT--GGACTAAGCGCT-C-CACTATTCACAGAGAga
gi|11 : TG-CTCATGCATACAACAC---AATCG-TGACCTTGTTGGGAATCAAACCCCCAACTGTCATATCCTGGGTTCTATCCCCTGCTGCT--AGACatagtgc
gi|12 : gtacATTCATACAAAT--AACTCTCG---ATGTCTTCC-ATTGCATAACCAATATTTATC----AT-ATTCT-G--A---A-----AA
gi|13 : taaaacgtgattaaaaatCAATGACACAACAC---A-TGT-T--GCTAGTAGGGGATGAAGCCCATGACGCCTGGATCCTGGCTCTGATACTTTGTCACC--AGGTCATGcgttcct
gi|14 : acAGAACCAGTTTTAAGC----TT-A-AC--A--A---ATGTATAAA---------TGCATATTG-CTCAAGCACACAACAC---C-TGG-T--CCTGGtt
gi|15 : agtcaattttcttgagaaGTGTCTTG-CTCAAGGACGCAACATAAAA-GGG-----CTGCCGG-GGATCAAACCAATGGCCC
gi|16 : GAGAATCTAACCCACAGCCCTCCAAACCTGGATCTGACGCTCTACCAGT--GGACCACGactagctctgcagccatgttctgtcat
gi|17 : aGCCTTT-CTAAAGAACACAACAC---A-TGG-C--TCTGGT-AAGGTTCAAACTCAGGACCt
gi|2 : TAGTTTAAA-----TTAT-TTTACTTTGATTGTCAACAAAGTT-------CTTAGGCAAAT--CACGCTCG---AAGTCTTCC-TGGATAGAACCAGTACTAAGC----AT-ATGC--G--G---A-----AAA---------AGTATCTTG-CTCAAGGACAC-ACAC---A-TAA-C--CATGACGGAGGATCGAATCCATGACCCTCCGATCATTGGTTCGATGCTCTACCACT--GGACCACGTGCTACGCTCTG-CTAAGAAGATGTGCTTGa
gi|3 : TAAAATTA-TTAGATTTATTTTTGTTGCGAAATAAGCTCTTTTGACTCAAACAAGT--CATGCTCATGAATGTCTTCG-TGGGCAGAACCGGTACCTGGC-------ATAC--G--C---A-----GAC---------AGCTTCTTA--TTATGAA-----------A-TGGAT--CTAAGTAGGGAATTGAACCCGTAACTCTTCAATCCTGGGTCCCATGCTTCATCACT--TAACCATGC
gi|4 : A---------AGTATGTTG-CTCAAGGACGCCACAC---A-TGG-C--CATGGTGGATGATTGAACCCAGGA-CCTCTGGTCCTAGCTCTGATGCTTTACCAGTCAGAACCAC-CACT-TGATC-ATTTAT--AGAT-TGAATGATGTTTTATATT-ATGAAA-ATAGCAGATTGAGAATACCAAATTTAACATCAAA-TTAAACTAGTTAAATTctgccacacctg
gi|5 : TAAAATAAATTAAATTTATAGTGACTGTGAAACAAG--A--ACATTTTACACAAAT--CACGCTCA---ATTTCTTAC-T--GC---ACTA--AATAAA-----ATCAAAT--G--A---A-----AAAGAAACATACAGTGTCTAA-TTCAAGGGCACAAAAC---A-Ta
gi|6 : ACAATCTAAACAAAT--CACATTTG---ATG----CCATTAGAAGAATAAGTACTGAGCAACAAT-ACAG--GGTA---ATT---AAATATTATT--ATTGTCTTGTCTTAA-GACACAACAT---A-TGT-T--CCTGCCAG-GGATTGAtg
gi|7 : CAAGTGGCACACTTG---ATATCTTCC-TTTTCAGATCCGGTACCAATC----AT-ATATAGG--ATAGA-----CAA---------AGTTTCTTC-ATCAAGG-------AC---G-TGG-T--CCT----GAGGAATGAAACTAC
gi|8 : CTTCT-TGGGTAGACCCAGTACTAATC----AT-ATAC--T--G---A-----TAA---------AGTGCCTTG-CTCAAAGACACTACAC---A-T---T------GCGGAGGATCAAACTCACAACCCCCAGATCCCGAGTTCGAtgatcaac
gi|9 : GTATTA-CTCGGGGACAAAACAC---T-TGA-T--CCTGACGAAG-ATTGAACAAACGACCCACCAATCATGGATTCGA
Alignments
lowQualScore : 11111 11 22222222 111 333333333333333333333333333 222222222 111 1 1 1 1 2222 1 1
lowQualScore : 00000 66 0 99999999 1 77 000 5 77 0 9999 4 1 999999999999999999999999999 3 1 444 2 5555 0 3 1 66 0 333333333 333 2 1 1 1 5 5 5 1 2222 1 1 2 5 1 5
lowQualScore : ..... .. . ........ . .. ... . .. . .... . . ........................... . . ... . .... . . . .. . ......... ... . . . . . . . . .... . . . . . .
lowQualScore : 88888 55 2 33333333 0 99 000 0 55 1 4444 4 0 333333333333333333333333333 1 5 777 7 6666 6 8 2 99 4 555555555 888 0 0 0 0 0 0 0 0 0000 0 0 5 5 0 0
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAGTTTAAAATAA-TTANATTTACTTTGATTGTGAAACAAGTTATTACGATTTANACAAAT--CACGCTCG---ATGTCTTCC-TTGGCAGAACCAGTACTAAGC----AT-ATAC--G--A---A-----AAA---------AGTGTCTTG-CTCAAGGACACAACAC---A-TGG-T--CCTGGCGGAGGATCGAACCCACGACCCTCCGATCCTGGGTTCGATGCTCTACCACT--GGACCACGCGCT-CGCTCTGTTTACGAAGATGTGCATGATNTNTTGNATTGACGAAACATAGCANATTGAGANTACCAAANTNAACATCGGATTTAAANTAGTTAAATT
Reference ( family-3411 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAGTTTAAAATAA-TTANATTTACTTTGATTGTGAAACAAGTTATTACGATTTANACAAAT--CACGCTCG---ATGTCTTCC-TTGGCAGAACCAGTACTAAGC----AT-ATAC--G--A---A-----AAA---------AGTGTCTTG-CTCAAGGACACAACAC---A-TGG-T--CCTGGCGGAGGATCGAACCCACGACCCTCCGATCCTGGGTTCGATGCTCTACCACT--GGACCACGCGCT-CGCTCTGTTTACGAAGATGTGCATGATNTNTTGNATTGACGAAACATAGCANATTGAGANTACCAAANTNAACATCGGATTTAAANTAGTTAAATT
gi|1 : TAGTTTAAAATAA-TTTT-TTTACTTTGATTGTGAAACAAGTTATTACAATTTATACAAAT--CACGCTTG---AAGTCTTCC-TTGGCAGAACCAGTACTAAGC----AT-ATGC--G--A---A-----AAA---------AGTGTCTTG-CTCAAGGACACAACAC---A-TAG-T--CTTGGCAGAGGATCAAACCCATGACCAACCTATCATGGGTTCTATGCTCTATCACT--GGACCGTGCGCT-CG-TTTG-TTACCAAGATATACATAATTTATTGGATTGACAAAACATA-TACATTG---TTATTAAAATAAACATGGGATTTAAAGTA-TTAAATT
gi|10 : caacagtgccaactatactgtcatacaagttctttgtagtatcaatatagcaatattgatgctgttttatacactttatttccctttttC---A-TAG-C--CGTAGCAGAGGATCGAATCCACGACCCTCCGATCATGGGTTCGGTGCTTGATCACT--GGACTAAGCGCT-C-CACTATTCACAGAGAga
gi|11 : TG-CTCATGCATACAACAC---AATCG-TGACCTTGTTGGGAATCAAACCCCCAACTGTCATATCCTGGGTTCTATCCCCTGCTGCT--AGACatagtgc
gi|12 : gtacATTCATACAAAT--AACTCTCG---ATGTCTTCC-ATTGCATAACCAATATTTATC----AT-ATTCT-G--A---A-----AA
gi|13 : taaaacgtgattaaaaatCAATGACACAACAC---A-TGT-T--GCTAGTAGGGGATGAAGCCCATGACGCCTGGATCCTGGCTCTGATACTTTGTCACC--AGGTCATGcgttcct
gi|14 : acAGAACCAGTTTTAAGC----TT-A-AC--A--A---ATGTATAAA---------TGCATATTG-CTCAAGCACACAACAC---C-TGG-T--CCTGGtt
gi|15 : agtcaattttcttgagaaGTGTCTTG-CTCAAGGACGCAACATAAAA-GGG-----CTGCCGG-GGATCAAACCAATGGCCC
gi|16 : GAGAATCTAACCCACAGCCCTCCAAACCTGGATCTGACGCTCTACCAGT--GGACCACGactagctctgcagccatgttctgtcat
gi|17 : aGCCTTT-CTAAAGAACACAACAC---A-TGG-C--TCTGGT-AAGGTTCAAACTCAGGACCt
gi|2 : TAGTTTAAA-----TTAT-TTTACTTTGATTGTCAACAAAGTT-------CTTAGGCAAAT--CACGCTCG---AAGTCTTCC-TGGATAGAACCAGTACTAAGC----AT-ATGC--G--G---A-----AAA---------AGTATCTTG-CTCAAGGACAC-ACAC---A-TAA-C--CATGACGGAGGATCGAATCCATGACCCTCCGATCATTGGTTCGATGCTCTACCACT--GGACCACGTGCTACGCTCTG-CTAAGAAGATGTGCTTGa
gi|3 : TAAAATTA-TTAGATTTATTTTTGTTGCGAAATAAGCTCTTTTGACTCAAACAAGT--CATGCTCATGAATGTCTTCG-TGGGCAGAACCGGTACCTGGC-------ATAC--G--C---A-----GAC---------AGCTTCTTA--TTATGAA-----------A-TGGAT--CTAAGTAGGGAATTGAACCCGTAACTCTTCAATCCTGGGTCCCATGCTTCATCACT--TAACCATGC
gi|4 : A---------AGTATGTTG-CTCAAGGACGCCACAC---A-TGG-C--CATGGTGGATGATTGAACCCAGGA-CCTCTGGTCCTAGCTCTGATGCTTTACCAGTCAGAACCAC-CACT-TGATC-ATTTAT--AGAT-TGAATGATGTTTTATATT-ATGAAA-ATAGCAGATTGAGAATACCAAATTTAACATCAAA-TTAAACTAGTTAAATTctgccacacctg
gi|5 : TAAAATAAATTAAATTTATAGTGACTGTGAAACAAG--A--ACATTTTACACAAAT--CACGCTCA---ATTTCTTAC-T--GC---ACTA--AATAAA-----ATCAAAT--G--A---A-----AAAGAAACATACAGTGTCTAA-TTCAAGGGCACAAAAC---A-Ta
gi|6 : ACAATCTAAACAAAT--CACATTTG---ATG----CCATTAGAAGAATAAGTACTGAGCAACAAT-ACAG--GGTA---ATT---AAATATTATT--ATTGTCTTGTCTTAA-GACACAACAT---A-TGT-T--CCTGCCAG-GGATTGAtg
gi|7 : CAAGTGGCACACTTG---ATATCTTCC-TTTTCAGATCCGGTACCAATC----AT-ATATAGG--ATAGA-----CAA---------AGTTTCTTC-ATCAAGG-------AC---G-TGG-T--CCT----GAGGAATGAAACTAC
gi|8 : CTTCT-TGGGTAGACCCAGTACTAATC----AT-ATAC--T--G---A-----TAA---------AGTGCCTTG-CTCAAAGACACTACAC---A-T---T------GCGGAGGATCAAACTCACAACCCCCAGATCCCGAGTTCGAtgatcaac
gi|9 : GTATTA-CTCGGGGACAAAACAC---T-TGA-T--CCTGACGAAG-ATTGAACAAACGACCCACCAATCATGGATTCGA
blockSeqs : ATAAA GA CTCTTTTG T GG TGA A TT AACA C T GGTAATTAAATATTATT T A AAA A TGA A A CA ACGCTCTG CAG G G T T . . G G AGAA T T C . C G
blockSeqs : ATTA AA AACA G . . . GG . . T GAAAAAGAAACATAC . A . . AT T G . CCACTAT AGA .
blockSeqs : . T TT A . . . GG . . T AAATGTATAAA . A . . C A G . TGATCAT T
blockSeqs : C . . . TA . . A AGGATAGACAA . A . . T G A .
blockSeqs : A . . . TT . . C GGAAAA . A . . T G A .
blockSeqs : . . . GG . . T GCAGAC . C . . C A A .
blockSeqs : . . . . T TGATAA . A . . C G G .
blockSeqs : . . . . A . . C A A
blockSeqs : . T . . T G A
blockSeqs : . A . . T G A
blockSeqs : . . . . T . A
blockSeqs : . . . . T . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqs : . .
blockSeqCons :
originalCons : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAGTTTAAAATAA-TTANATTTACTTTGATTGTGAAACAAGTTATTACGATTTANACAAAT--CACGCTCG---ATGTCTTCC-TTGGCAGAACCAGTACTAAGC----AT-ATAC--G--A---A-----AAA---------AGTGTCTTG-CTCAAGGACACAACAC---A-TGG-T--CCTGGCGGAGGATCGAACCCACGACCCTCCGATCCTGGGTTCGATGCTCTACCACT--GGACCACGCGCT-CGCTCTGTTTACGAAGATGTGCATGATNTNTTGNATTGACGAAACATAGCANATTGAGANTACCAAANTNAACATCGGATTTAAANTAGTTAAATT
finalCons : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAGTTTAAAATAA-TTANATTTACTTTGATTGTGAAACAAGTTATTACGATTTANACAAAT--CACGCTCG---ATGTCTTCC-TTGGCAGAACCAGTACTAAGC----AT-ATAC--G--A---A-----AAA---------AGTGTCTTG-CTCAAGGACACAACAC---A-TGG-T--CCTGGCGGAGGATCGAACCCACGACCCTCCGATCCTGGGTTCGATGCTCTACCACT--GGACCACGCGCT-CGCTCTGTTTACGAAGATGTGCATGATNTNTTGNATTGACGAAACATAGCANATTGAGANTACCAAANTNAACATCGGATTTAAANTAGTTAAATT
Alignments
lowQualScore : 11111 11 22222222 111 333333333333333333333333333 222222222 111 1 1 1 1 2222 1 1
lowQualScore : 00000 66 0 99999999 1 77 000 5 77 0 9999 4 1 999999999999999999999999999 3 1 444 2 5555 0 3 1 66 0 333333333 333 2 1 1 1 5 5 5 1 2222 1 1 2 5 1 5
lowQualScore : ..... .. . ........ . .. ... . .. . .... . . ........................... . . ... . .... . . . .. . ......... ... . . . . . . . . .... . . . . . .
lowQualScore : 88888 55 2 33333333 0 99 000 0 55 1 4444 4 0 333333333333333333333333333 1 5 777 7 6666 6 8 2 99 4 555555555 888 0 0 0 0 0 0 0 0 0000 0 0 5 5 0 0
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAGTTTAAAATAA-TTANATTTACTTTGATTGTGAAACAAGTTATTACGATTTANACAAAT--CACGCTCG---ATGTCTTCC-TTGGCAGAACCAGTACTAAGC----AT-ATAC--G--A---A-----AAA---------AGTGTCTTG-CTCAAGGACACAACAC---A-TGG-T--CCTGGCGGAGGATCGAACCCACGACCCTCCGATCCTGGGTTCGATGCTCTACCACT--GGACCACGCGCT-CGCTCTGTTTACGAAGATGTGCATGATNTNTTGNATTGACGAAACATAGCANATTGAGANTACCAAANTNAACATCGGATTTAAANTAGTTAAATT
Reference ( family-3411 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAGTTTAAAATAA-TTANATTTACTTTGATTGTGAAACAAGTTATTACGATTTANACAAAT--CACGCTCG---ATGTCTTCC-TTGGCAGAACCAGTACTAAGC----AT-ATAC--G--A---A-----AAA---------AGTGTCTTG-CTCAAGGACACAACAC---A-TGG-T--CCTGGCGGAGGATCGAACCCACGACCCTCCGATCCTGGGTTCGATGCTCTACCACT--GGACCACGCGCT-CGCTCTGTTTACGAAGATGTGCATGATNTNTTGNATTGACGAAACATAGCANATTGAGANTACCAAANTNAACATCGGATTTAAANTAGTTAAATT
gi|1 : TAGTTTAAAATAA-TTTT-TTTACTTTGATTGTGAAACAAGTTATTACAATTTATACAAAT--CACGCTTG---AAGTCTTCC-TTGGCAGAACCAGTACTAAGC----AT-ATGC--G--A---A-----AAA---------AGTGTCTTG-CTCAAGGACACAACAC---A-TAG-T--CTTGGCAGAGGATCAAACCCATGACCAACCTATCATGGGTTCTATGCTCTATCACT--GGACCGTGCGCT-CG-TTTG-TTACCAAGATATACATAATTTATTGGATTGACAAAACATA-TACATTG---TTATTAAAATAAACATGGGATTTAAAGTA-TTAAATT
gi|10 : caacagtgccaactatactgtcatacaagttctttgtagtatcaatatagcaatattgatgctgttttatacactttatttccctttttC---A-TAG-C--CGTAGCAGAGGATCGAATCCACGACCCTCCGATCATGGGTTCGGTGCTTGATCACT--GGACTAAGCGCT-C-CACTATTCACAGAGAga
gi|11 : TG-CTCATGCATACAACAC---AATCG-TGACCTTGTTGGGAATCAAACCCCCAACTGTCATATCCTGGGTTCTATCCCCTGCTGCT--AGACatagtgc
gi|12 : gtacATTCATACAAAT--AACTCTCG---ATGTCTTCC-ATTGCATAACCAATATTTATC----AT-ATTCT-G--A---A-----AA
gi|13 : taaaacgtgattaaaaatCAATGACACAACAC---A-TGT-T--GCTAGTAGGGGATGAAGCCCATGACGCCTGGATCCTGGCTCTGATACTTTGTCACC--AGGTCATGcgttcct
gi|14 : acAGAACCAGTTTTAAGC----TT-A-AC--A--A---ATGTATAAA---------TGCATATTG-CTCAAGCACACAACAC---C-TGG-T--CCTGGtt
gi|15 : agtcaattttcttgagaaGTGTCTTG-CTCAAGGACGCAACATAAAA-GGG-----CTGCCGG-GGATCAAACCAATGGCCC
gi|16 : GAGAATCTAACCCACAGCCCTCCAAACCTGGATCTGACGCTCTACCAGT--GGACCACGactagctctgcagccatgttctgtcat
gi|17 : aGCCTTT-CTAAAGAACACAACAC---A-TGG-C--TCTGGT-AAGGTTCAAACTCAGGACCt
gi|2 : TAGTTTAAA-----TTAT-TTTACTTTGATTGTCAACAAAGTT-------CTTAGGCAAAT--CACGCTCG---AAGTCTTCC-TGGATAGAACCAGTACTAAGC----AT-ATGC--G--G---A-----AAA---------AGTATCTTG-CTCAAGGACAC-ACAC---A-TAA-C--CATGACGGAGGATCGAATCCATGACCCTCCGATCATTGGTTCGATGCTCTACCACT--GGACCACGTGCTACGCTCTG-CTAAGAAGATGTGCTTGa
gi|3 : TAAAATTA-TTAGATTTATTTTTGTTGCGAAATAAGCTCTTTTGACTCAAACAAGT--CATGCTCATGAATGTCTTCG-TGGGCAGAACCGGTACCTGGC-------ATAC--G--C---A-----GAC---------AGCTTCTTA--TTATGAA-----------A-TGGAT--CTAAGTAGGGAATTGAACCCGTAACTCTTCAATCCTGGGTCCCATGCTTCATCACT--TAACCATGC
gi|4 : A---------AGTATGTTG-CTCAAGGACGCCACAC---A-TGG-C--CATGGTGGATGATTGAACCCAGGA-CCTCTGGTCCTAGCTCTGATGCTTTACCAGTCAGAACCAC-CACT-TGATC-ATTTAT--AGAT-TGAATGATGTTTTATATT-ATGAAA-ATAGCAGATTGAGAATACCAAATTTAACATCAAA-TTAAACTAGTTAAATTctgccacacctg
gi|5 : TAAAATAAATTAAATTTATAGTGACTGTGAAACAAG--A--ACATTTTACACAAAT--CACGCTCA---ATTTCTTAC-T--GC---ACTA--AATAAA-----ATCAAAT--G--A---A-----AAAGAAACATACAGTGTCTAA-TTCAAGGGCACAAAAC---A-Ta
gi|6 : ACAATCTAAACAAAT--CACATTTG---ATG----CCATTAGAAGAATAAGTACTGAGCAACAAT-ACAG--GGTA---ATT---AAATATTATT--ATTGTCTTGTCTTAA-GACACAACAT---A-TGT-T--CCTGCCAG-GGATTGAtg
gi|7 : CAAGTGGCACACTTG---ATATCTTCC-TTTTCAGATCCGGTACCAATC----AT-ATATAGG--ATAGA-----CAA---------AGTTTCTTC-ATCAAGG-------AC---G-TGG-T--CCT----GAGGAATGAAACTAC
gi|8 : CTTCT-TGGGTAGACCCAGTACTAATC----AT-ATAC--T--G---A-----TAA---------AGTGCCTTG-CTCAAAGACACTACAC---A-T---T------GCGGAGGATCAAACTCACAACCCCCAGATCCCGAGTTCGAtgatcaac
gi|9 : GTATTA-CTCGGGGACAAAACAC---T-TGA-T--CCTGACGAAG-ATTGAACAAACGACCCACCAATCATGGATTCGA