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Reference ( gi|2 )            :                                                                                                                                                                                                                                                                                               ATGAATTTGCTATCAAAATAGATAAACCAAGATAGTATGAAAATATTCTTTAATGTAAATATATTA--T--CTTTGTTTGAATATTGTTGTATTATATGGGGTCGATGCTCTGCAAATAACAATTAACGTATATTAAAGCTACAG-AAAAAAGCACCAATGCTAATCCTGCATCATGGTCTACATATCAATAAATGATCAAGCACC-------AGAATATATAAATACTCTGTTGTCAAAATGTTCTTCAAAACAT-G--AG--AAAAACTTAAGATCGCCTACC----AATGATACATTACGTGTTCCTTGATCTTACACGATATCATATGACAAAGTCGTT-TTCTATATGGGGTCCTA-----CAAAATGGA-ACA------ATCTACCAACATCAATACGCCATTCAAAATCAC---TC-----CAA-AAGTTCATTTAAAGCTTCAATTA-AGTCACATCT--TATA--TCTGG---TATATCA-------TGAG------C-----------ACA---------------------T-A-------------T--------------------------AATT-AA-T-GTGCAATAAAA-CAT--ATTT-TAAATACTTTTGAATTAT-----------CA-A-----TTTT---ATAC-------------------ACT-TTTC-T-ATTATCTGAATTATCT-TTCTTTCACTCATTATATTTGAATT-C-----ATAAACGTAATTTTAAATTTGTTTTAT-ATAAGTGATCTTTAATA--CA-----TTGTA--------A-C--------AC---TTACTATTGATATTCAT-AAAA---ATACGTTTATACAAAT-----ACTTT-----T-AATTACATGTGAAATTAT-----TAAGATTCTAGGCCAAGTA---A--C-T-TT-------ATA--TATTTGATAT--GTTAATTT--TATGT---TTAA-ACGTGCTG----T-A----A----T----TGT----------------ATGT-TTTAGAGA-------AC-CATATG------TCAGAC----TGGCTT-----TATA-G-CC-AATATGTTATCCTCAGAAAATAAA
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                               ATGAATTTGCTATCAAAATAGATAAACCAAGATAGTATGAAAATATTCTTTAATGTAAATATATTA--T--CTTTGTTTGAATATTGTTGTATTATATGGGGTCGATGCTCTGCAAATAACAATTAACGTATATTAAAGCTACAG-AAAAAAGC
gi|13                         : tatataataaataacctaaatacatgttaaaacagttaaaagtagatacaaattaactcgactccaaactagcgtaaatggttttaaaatgattatatatgtcaataaaacattctcaataaccttagtatccaaatctaatatatcaaataacaacacactacacattaaattagacgtgtaattcaagcaactgaaggtttagatatacacattgatcaaacattgagttgggaaaaacaaatagatagtgtatgtcaaaatatcacaaagaaagataacacttATAAATT-GCTATAAAAA-AGC--AATCAGGTTAGTATGAAA-TATCCTT--AT----ATACATCA--C--TCTTGTTTGATTAAGGTTGTATTATATGAGAACGCCACTCTGTTAATAGCATTGGAAGAATACTCATACTACAATAAAGAACTGCCAG-GCTAATCC
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                          tataaATGAGATTGCTATCAAAATACACCAATCACGATAGTAC-AAAATGT--TTTAATcagtaattgtatggactgcaccctccaatcatattgtttaatgctctacaatgacttccttttcataaacaaaccaaacatcatacctgtactatggtcttcaaatcactagatgagtaggcactaga
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                cgtattaaagtctgaacaatgaacaaacaataggcattaaattagacgacaatgtaattcaagcatttgaagttcaaaggttcaatgggatacatatttgatcaaacgttaaaacaaatatatagtatatgacagatattgcaaaacaactcttTATATTAGATGACTTTGTTTAATTATGGATGTATTATATGTTGTCGGTGCTCTGCAAATAACAATGAACAAATATGAA--CTACAA-AAGAGAGC
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   gtCCTGTACTATGGTCTTCAAATCACTAGATGAGTAGGCACT-------AGAcaaaaggttgaattgactactccctccaagtaaatgttaaatgctcttcaatggcctccttttcataaacgaatcaaatatcatacatgcattatggtcaacaaattaataagtgatcaggcaccagaatatataaatactctgttgttaaaatgttcttcaaaacatgaaaaaaaaacttaagatcatcaaccaatgatacattacatgttcctagctctcagacaacatcatatggcagggcgttttctatatgcggtcctacagaatggaacaagttacatgtaccaacatcaatacccatttaaatctacacataggtcacaccttatgtctggtacatcatgagcacatataactaccgtagaaagtcatcaagtctaattaatcgtgcaataaaatacttttctaatatctgaattatctttctttttctcattatttttgaattactattgataaacataattttaaatttttttgtgtaattgatttttaatatccaatattttgtattattcctactttgtcagatttactatagatattcataaaatacgtttttacaaataatttaaattaaatgtgcaattattaagatgagagaccaaagaactttatatattcgttatatcacgtttatgtttaaatgtgctgtaaataatatatatgtttaggggacgatatgtcagactggtcttatagccaaatgtgttatcctcggaaaataa
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                     tataaataaattgctataaaaaagcaatcaggttagtatgaaatatccttatatacatcactcttgtttgattaaggttgtattatatgagaacgccactctgttaatagcattggaagaatactcatactacaataaagaactgccaggctaatcccagtaattgtatggactgcaccctccaatcatattgtttaatgctctacaatgacttccttttcataaacaaaccaaacatcataTGCATTATTGTCTACAAATCAATAAATGATTAAGCGCC-------AGAATATATAAATACTCTGTTGTCAAAATGTTCTTCAAAACAT-G--AGAAAAAAAATTAAGAACGTCTACC----AACGATACATTACAT----CTAAATCTCAAACGACATCATATGACATGG-CGTT-TTCTATATGCGGTC--------CAAA-----------------CTACCAACATCAATACGCCACTCAAAATCAC---T----------AAGTTCATTTAAAGCTTCACTGA-AGTCCCACCT--TATT--TCTGG---TACATCA-------TGAG------C-----------ACA---------------------T-A-------------T--------------------------AGTT-AA-TCGTGCAGTAAAA-CAT--ATTT-ACAATACTTTTGAACTAT-----------CA-AT----TTTT---ATAC-------------------AAT-TTTC-T-AATATCTGAATTATCT-TTCTTTTACTCATTATTTTTGAATT-T-----ATAAACATAATTTAAAATTTGTTTTAT-ATCAGTGATCTTTAATA--CA-----TTGAA--------A-C--------AT---TTACTATTGATATTCAT-AAAA---ATACGTTTATATAAAT-----AATTT-----T-AATTACATGTGCAATTAT-----TAAGATTCCAGACCAAAGA---A--C-T-TTTATATACATG--TATTTGATAT--GTTAATTT--TATGT---TTAA-ATGTGCTGT---T-A----A----TGATATGT----------------ATGT-TTAAGGGG-------AC-CATATG------TCAGAC----TGGCT
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gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                  gttatattagatgactttgtttaattatggatgtattatatgttgtcggtgctctgcaaataacaatgaacaaatatgaactacaaaagagagccaaaaggttgaattgactactccctccaagtaaatgttaaatgctcttcaatggcctccttttcataaacgaatcaaatatcatacaTGCATCATGGTCTACAAATCAGTAAATGATCAGTCACC-------AGAATATATAAATACTCTGTTGTCAAAATGTTCTTCAAAACAT-G--AG--AAAAACTTAAGGTCGTCTACC----AATGCTACATTACATGTTCCTAGATC---------ATCGCATGGCAG---CGTT-TTGTATATGCGGTCCTG-----CAGTATGGA-ACA------AGCTACTAACATCAATTTGCCATTCAAAATCAT---TCAAAATCAATAAGTTCATTTAAAGCTTCACTAA-AGTTACACCT--TATA--TCTGG---TACATCA-------TGAG------C-----------ACA---------------------T-G-------------TACCTAACGTAGAAAGACATTAAATCTAATT-AA-TCGTGCAGTAAAA-CAT--ATTT-TAAATACTTTTAAACTAT-----------CA-AT----TTTT---ATAC-------------------AAT-TTTC-T-AATATATGAATTATTT-TTCTTTTACTCA
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            aatattaaaacaacaaaaagagctgcaaggctaatcctaggagctgaattgactactccctccaatcaaatgtttaatgctcttcaatgacttccttttcataaacgaatcaaatatcatacaTGCATAATGGCTAACATATCAATAAATAATCGAGCACCTTGATCTAGA-TAAAAAAA-ACTTTGTTATTAAAATGTTCTGAAAAACACAG--AG--AAAA--TTTAGATCGTCTACC----AGTCACATATTACTTATTCCTTGATCTCAAACGACATCTTAT-ACGGAATGGGTATTTTACATGCATTTCCA-----CAGAATGGA-ACA------AACTTCCAAATTAAATACTTCATTCAAAATGAT---T----------AAGTTCTGTTAAGGCACCACTTA-AGTCACACCT--TGTG--TCTTG---TACAACA-------TAA
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         aagattcctttccacaaacaaaccaagtaacatgcaATGGTCTACAAGTCAATAAATGGTCAAGCACC-------ACAATATATAAATACTTTGTTGTTTAA-TGTTCTTCAAAACAT-G--GA--AAAAAATTAAGATTGTCTACC----AATGATGCATTACATGTTCCTAGATCTCACTCGAa
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          tgtttatgcccttcaatggcttccttttaaaaaacatatcaaatatccaatATAGTCTGAAAATCAATAAATAATCAAACACC-------AGACTATATAAACAAAATGTTATC-AAACATTTTTCATTGCAT-G--GA--AGAAACTTGAGGATGACTACTTATAAATGATATA--ATCTGAT-----ATCTCACACAACATTTCGTGATAGAA-AATT-CTTTATATG
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         ataatgaaattgttctttaatggctcccttttcaataagagatcaaatggcgtacatgtttgAGCACT-------ATACTATATGAACACTCTACTATCAAAATGCTCTGCAAAACATGG--AG--AGAA
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             TTAAGATCGTTTACC----AATGATACATTACAAGTTCCTAGATCTCACACGACCTCATATGACGGGG-AGTT-TTCTATTTGCGGTCCTA-----CAGAATGGA-ACA------AAATACCAACATCAATACGCAATTCAAAATCAC---TT---------AAGT-CATTTAAAGCTTCACTTA-AGTCCCACCT--TATT--TCTGG---TACATCA-------TGAG------T-----------ATA---------------------T-A-------------T--------------------------AGTT-AAGC-GTGCAATAAAA-CCT--ATTT-TAAACACTTTTGAATTATTAATTTTTATACA-A-----TTTTCTAATATCTGGCCCCGAGGTTATAAAACT-TTTT-TGAGT-TC-GAATTATTT-TTCTGTTACTCATTATATTTGAATT-T-----ATAAACATAATTTTAAATTTGTTTTAT-ATAAGTGATCTTTAATA--CA-----TTGTA--------A-C--------TT---TTGTT-TAGATATTCAT-TAAA---ATACGTTTATACAAAT-----AATTT-----T-AATTACATGTGCACTTAT-----TAAGATTCTGTACCAAAGA---A--CTT-TT-------ATA--TATTTGATA------AA---------T---TTAA-ATGTGCCG----TAA----A----TAATATGT----------------ATGT-TTTAGAGG-------AT-CATATG------TCAGAC----TGGCTA-----TATA-G-CCAAATATGTTATCCTCAGAAAATAAA
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   GATATATTACATATTTCTGTATCTCACACAATAGCTTATAATTGCG-CATG-TTCTATATGCGTTCCGA-----CTAAATGGATAAA------AACTTCCAAATTCAACACGTCATTCAAAGCCATTGGTC-----TGG-AA---CATTATAAGC----AT-------ACGTCT--TAAA-----------AAATCA-------T---------T-----------AAA---------------------T-C-------------T--------------------------AAGTAAA-T-GTGCAGAAGAA-CGT--TCTT-CAAGTACTTTTAAATTAT-----------CA-AATTGTTTTT---ATAC-------------------GATATTTC-T-AACATCTGAATCATga
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         TTACATGTTCCCAGATCTCACA-----TCATTTGACAGGG-CGTT-TTCTATATGCGGTCCTA-----CAGAATGGA-ACA------AACCACCAACATCAATACGCCATTCAAAATCAC---T----------AAGTTCTTTTAATACTTCA-TTACAGGCACACGC--TATG--TCTGG---CACATCG-------TAAG------C-----------ACATGTACCTAACTCGAAAGTCATT-AAGTC---------T--------------------------AATT-AA-TTGTGCAATAAAA-CAT--ATTT-TAAATACTTTTAAATAAT-----------CATT-----TTTT---ATAC-------------------AAT-ATTCAT-A-CATCTTGATTATC--TTCTTTTAGTCGTTTTAATAGAATT-G-----ATAAACAGAATTTTAAATTTGTTTTAT-GTAATTGATCTTT-ATA--CA-----TTGTA--------A-C--------AA---TTATTATAAATATTTATAAAAA---ATACGTTTTTACCAAT-----AATTT-----T-AA-TAC-----------T-----TAAGATTCTATACCAAATA---A--taacctgataaacagatttttaggggttttattatattctttattgttacaataataaaaaatagtttacaaataacgttccactgatctttaaacaagttagtttgtctatatagccaaatatgttatactcagaaataaatataa
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        taatACACTACAACATATGATAGGG-CGTT-TTCTATATGCGGTCCCA-----CAGAATTGA-ATA------AACTATCAACATCAAT---------------AC---TC-----CA---------TTCAAAATTGCGA----AGTGACAT-----ATAAGTC-AG---TAGGT---------TTAA------C-----------AAA---------------------TTG-------------T--------------------------GA---AA-T-G----ATAAAA-CA---ACTTATAAAAAAT---AAATTCT--------------------TTTT---AAAC-------------------ACTATTTC-T-AACATATGAGTTAT-T-AAGTTTTACTCAATATAATTTAATT-G-----ATAAACATAATTGTA----T-CTTTAT-GCAATTGATATTCAATA--CA-----TTATA--------GTC--------A----TTATTATAGATATTC-C-AAAA---ATACGTTTA-ACAAAT-----AGGTT-----C-AATCACACAGGAAGTTATCATATTAAGATTTTAGACCAAACA---G--C-TGTT-------ATT--TATTTGATGT--ATCAATT----GTTT---TTAA-ATTTGTTG----T-A----AAAAATA---TGT----------------ATGT-TTTAGAGA-------AC-CGTATG------TCAGAC----TGGCTT-----TCTAGG-CA-AATATGTTATCCTCAG
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      cTATGACAGGG-CATT-TTCTATATGCGGTCCTAAGTAACAGAACGCA-ACA------AGCTACCAATGTCAATATGCCATTTAAAATCAC------------G-AAGTTCATTTAAGGTTTCACTAA-AGTCACACCT--TATG--TCTGG---TACATCA-------TGAG------CACATCTGCCAAACG---------------------T-AGAAAGTCATTAAGTCA------------------------AATT-AACT-GTGCAATATAA--AT--ATTT-TAAATATTTTTAAACTAT-----------CA-AAAT--TTTT---ATAC-------------------AATATTTT-T-AG-ATCTGATTTATAAATTCTTTTACTCATTATATTTGAATT-G-----ATAAACATAATTTTAAATTTGTTTTTTTGTAATTGATTGTTAATA--CA-----TTGTA--------A-C--------AT---TTACTATAGATATTCAT-AAAA---ATTCGTTTTTACAAAT-----AATTT-----T-AATCACATGTGTAATAAT-----TAAGATTTTATACCATATATTTT--T-T-TT-------ATA--TATTTGATAT--GTTAATTT--TATGT---TTAA-ATGCGCTG----TAA----A----TAATATGA----------------ATGA-TTAAGAAG-------AC-CAT-------------AC----TGGCTA-----TATA-G-CCAAATATGCTATCCTCAGAAAATAAAttattatttttattatcgttatcattgttatttattatta
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        atGACAGGG-CGTT-T-----ATGCGGTCATG-----CAGAATGGA-ACA------CACTACCAACGTCAGTATGCCGTTCAAAATCAC---T----------AAGTTCATTAAAAGATGCA-CTA-AAACACGTCTGGTACA--TATGAACATATATAACTACCGCTGAAAGTCATT-----------ACG---------------------T-C-------------T--------------------------ATTT-AA-TCGTGCAATAAAA-CAT--ATTT-TAGATACTATAAAACTAT-----------CA-A-----TTTTT--ATAC-------------------AAT-TTTC-T-AAGATTTGAATTATTT-TTCTTTGACTGATTATATTTGAATT-G-----ATAAATATTATTTTAAGTTTGTTTTAT-GTAATTGATCTTAAATA--CA-----TTGTA--------A-C--------AT---TTACTATAAATATCCAT-AAAA---ATACGTCT-TG-AAAT-----AATTT-----T-AATTACATGTGCAATTAC-----TTAGATTCTAGACCAAAAA---AACT-T-TT-------ATA--TATTTGATAT--GTTAATTT--TATGT---TTAA-ATGTGCTG----T-A----A----C----TGTGCTGTAAAGAATATGTATGT-TTTTGAAG-------AC-CATATG------TCAGAC----TGGCTA-----T-TT-G-CCAAATATGTTATCTTCAGCAAATAAAgattcattattataataaatataaa
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          aaGAATT-G-----ATGAACA-AATTTTTTATTTTTTTGAT-GTAAATGACCTTTAATA--CG-----TTATA--------G-C--------AA---TTACTATAGATATTAAA-AAAA---ATACGTTTTTACAAAT-----ATTTT-----T-TATTACATGTGCACTTAT-----TAACATTTTATACCAAAGA---A--C-TGTT-------ATA--TATTTGATAT--GTTAATTT--TATGT---TTAA-ATGTGCTG----T-A----AG---TAATATGA----------------ATGT-TTTAGAGG-------AC-CATATG------TCAGAC----TGGCTT-----TATA-G-CCAAATATGTTATCTTCAGAAACTAAA
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         TGGTCTT-AACAA-CA-----TTTTA--------A-C--------ATATATTACAAATGGT-TTCA----AATTTATATTTTTAT-CAATTTTAAAACTTTAAAGTTGAATCACATGTGCAATTAT-----TAAGATTATAGATAAAAGA---A--C-T-TC-------ATA--TTTTTTTTAT------ATTTGATATGT---TTAATGTGTGTTGCAAAT-A----A----TATA-TGT----------------ATGTATATATATATGTATGTACATATATGTATCTCTTAGACGATATGACCTATCTATGTA-GACA-AATATAATAATCTCAGAAAATAAAg
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         taaacagtttaacgaattAATA---A--C-A-CT-------ATAAATATTTTATATATGTTAACTT--TGTATCTGTTAA----TACTA----T-----------------GT----------------AGCT-CTCGGAGA-------AG-CATATG------TTAGAC----TTGCTA-----TATA-G-TCAAATGTATTATCCTCAGAAGATgatt
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    TTAGTTT--TTTGT---TTAA-ATGTGCTG----T-ACATAA----TA---TGT----------------ATGT-TTTAGAGG-------AG-CAAATG------TCAGAC----TGGCTA-----TATA-G-CCAAATATCTTATCCTCAGAAAGTAttaattattggtattattatgtattattat
4 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): GATACACGGCAGAGTGACTCGACGCCAAACTTGCATAAATAGCTGTAAAAGGTGGTGTAACGATAACAAAATGATTATAAAACATTCTCAATGACTTGGGATCCAGATTAACATTTAAAATAACAACACTCTAGACATTAAATTAGATGTCAATGTAATTCAAGCAACTGAAGTTCAAAAAAGTTTAGGCATACGCATTGATCAAAAATTGTGTTTGGAAAAACAAATATATAGTGTTTGTCAAAATATCACAAGAAAAATAACACTTGTGAAAATTCTATCA
Unaligned ( gi|21 ): TTAGGATCCAAATTTAGAACGTAAAACACACTTTTTTAAACATAAAATTAGACGACATTGTAATTCAAGCAGTAGGAGTTCGAAAGCGTTTTGGCATAAGAACTAGCCAGAGACATAAACTATGTATCTGGAACTAGCGGATAT
Unaligned ( gi|23 ): GAGTTGAATTAACTACACCCTTCAATCTAACGTTTAATGCTCTTCAATGGCTTTATTTTCACAGATACATAAAATCAAATAGTATGTAAATAAATAAATGACCAAGCAGTAGTATGCAT
Unaligned ( gi|24 ): TTGGCATATGCAATGAATCACACGTTGAGTTGGGAAAAAACAAATAGATAGTTTATGTCAGAATGATATAAGAAAAATAACACTATAAATATT






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Reference ( family-3397 )     :                                                                                                                                                                                                        ATGAATTTGCTATCAAAATAGA-CAA-TCANGATAGTACGAAAATATCCTTTAATGTAAATATATTA--T--CTTTGTTTGATTATGGTTGTATTATATGNGGTCGNCGCTCTGCAAATAACAATGAACGAATATT-AA-GCTACAA-AAAAAAGCGCCAG-GCTAAT---CCTGCATTATGGTCTACAAATCAATAAATGATCAAGCACC-------AGAATATATAAATACTCTGTTGTCAAAATGTTCTTCAAAACAT-GAGAAAA--AC--TTAAGATCGTCTACCAATGATACATTACATGTTCCTAGATCTCACACGACATC--ATATGACAGGG-CGTTTTCTATATGCGGTCCTA-----CAGAATGGA-ACAA---AC---TACCAACGTCAATACGCCATTCAAAATCACTC---AA---------GTTCATTTAAAGCTTCACTTA-AGTCACACCTTAT--GTC-TGGTACATCATGAGC-----------ACA---------------------TA------------------------T--A----------------ATTAA----------TCGTGCAAT---AAAA-CAT--ATTT-TAAATACTT-----TTA--AACT---AT-CA-A-----TTTT---------------------ATACAA-T-TTTCTAACATCTGAATTATCT-TTCTTTTACTCATTATATTTGA------ATTGATAAACATAATTTTAAATTTGTTTTAT-GTA-ATTGATCTTTAATA--CA-----TTGTA--------A-C--------ATTTACTATAGATA--TTCAT-AAAAATACGTTTNTACAAAT-----AATTTTAA-------TTACATGTGCAATTAT-----TAAGATTCTAGACCAAAGA---A--C-T-TT-------A---------TATATTTGATAT--GTTAATT-TTATGTT-----TAA-ATGTGC-TG-T-A-A-T------------A-A-TATGTATG--------------TTTTAGAGGACCATATGTCAGACTGGCTNTATAGCCAAATATGTTATCCTCAGAAAATAAA
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gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           taaacaGA------ATTGATGAACA-AATTTTTTATTTTTTTGAT-GTA-AATGACCTTTAATA--CG-----TTATA--------G-C--------AATTACTATAGATA--TTAAA-AAAAATACGTTTTTACAAAT-----ATTTTTTA-------TTACATGTGCACTTAT-----TAACATTTTATACCAAAGA---A--C-TGTT-------A---------TATATTTGATAT--GTTAATT-TTATGTT-----TAA-ATGTGC-TG-T-A-AGT------------A-A-TATGAATG--------------TTTTAGAGGACCATATGTCAGACTGGCTTTATAGCCAAATATGTTATCTTCAGAAACTAAAgatt
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           ATAGTCTGAAAATCAATAAATAATCAAACACC-------AGACTATATAAACAAAATGTTATC-AAACATTTTTCATTGCAT-GGAAGAA--AC--TTGAGGATGACTAC---TTATAAATGATATAATCTGATATCTCACACAACATT--TCGTGATAGAA-AATTCTTTATATGg
gi|18                         :                                                                                                                                          ataatgaaattgttctttaatggctcccttttcaataagagatcaaatggcgtacatgtttgATGAGATTGCTATCAAAATACACCAA-TCACGATAGTAC-AAAATGT--TTTAAT
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                             cgtattaaagtctgaacaatgaacaaacaataggcattaaattagacgacaatgtaattcaagcatttgaagttcaaaggttcaatgggatacatatttgatcaaacgttaaaacaaatatatagtatatgacagatattgcaaaacaactcttCAATATGGTCTACAAGTCAATAAATGGTCAAGCACC-------ACAATATATAAATACTTTGTTGTTTAA-TGTTCTTCAAAACAT-GGAAAAA--AA--TTAAGATTGTCTACCAATGATGCATTACATGTTCCTAGATCTCACTCGA
gi|2                          :                                                                                                                                                         tgtttatgcccttcaatggcttccttttaaaaaacatatcaaatatcATGAATTTGCTATCAAAATAGA-TAAACCAAGATAGTATGAAAATATTCTTTAATGTAAATATATTA--T--CTTTGTTTGAATATTGTTGTATTATATGGGGTCGATGCTCTGCAAATAACAATTAACGTATATT-AAAGCTACAG-AAAAAAGCACCAATGCTAAT---CCTGCATCATGGTCTACATATCAATAAATGATCAAGCACC-------AGAATATATAAATACTCTGTTGTCAAAATGTTCTTCAAAACAT-GAGAAAA--AC--TTAAGATCGCCTACCAATGATACATTACGTGTTCCTTGATCTTACACGATATC--ATATGACAAAGTCGTTTTCTATATGGGGTCCTA-----CAAAATGGA-ACAA---TC---TACCAACATCAATACGCCATTCAAAATCACTCCAAAA---------GTTCATTTAAAGCTTCAATTA-AGTCACATCTTAT--ATC-TGGTATATCATGAGC-----------ACA---------------------TA------------------------T--A----------------ATTAA----------T-GTGCAAT---AAAA-CAT--ATTT-TAAATACTT-----TTG--AATT---AT-CA-A-----TTTT---------------------ATACAC-T-TTTCTATTATCTGAATTATCT-TTCTTTCACTCATTATATTTGA------ATTCATAAACGTAATTTTAAATTTGTTTTAT-ATA-AGTGATCTTTAATA--CA-----TTGTA--------A-C--------ACTTACTATTGATA--TTCAT-AAAAATACGTTTATACAAAT-----ACTTTTAA-------TTACATGTGAAATTAT-----TAAGATTCTAGGCCAAGTA---A--C-T-TT-------A---------TATATTTGATAT--GTTAATT-TTATGTT-----TAA-ACGTGC-TG-T-A-A-T------------------TGTATG--------------TTTTAGAGAACCATATGTCAGACTGGCTTTATAGCC-AATATGTTATCCTCAGAAAATAAA
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gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     TGCATTATTGTCTACAAATCAATAAATGATTAAGCGCC-------AGAATATATAAATACTCTGTTGTCAAAATGTTCTTCAAAACAT-GAGAAAA--AAAATTAAGAACGTCTACCAACGATACATTACAT----CTAAATCTCAAACGACATC--ATATGACATGG-CGTTTTCTATATGCGGTCC-------------------AA---AC---TACCAACATCAATACGCCACTCAAAATCACT----AA---------GTTCATTTAAAGCTTCACTGA-AGTCCCACCTTAT--TTC-TGGTACATCATGAGC-----------ACA---------------------TA------------------------T--A----------------GTTAA----------TCGTGCAGT---AAAA-CAT--ATTT-ACAATACTT-----TTG--AACT---AT-CA-A-----TTTTT--------------------ATACAA-T-TTTCTAATATCTGAATTATCT-TTCTTTTACTCATTATTTTTGA------ATTTATAAACATAATTTAAAATTTGTTTTAT-ATC-AGTGATCTTTAATA--CA-----TTGAA--------A-C--------ATTTACTATTGATA--TTCAT-AAAAATACGTTTATATAAAT-----AATTTTAA-------TTACATGTGCAATTAT-----TAAGATTCCAGACCAAAGA---A--C-T-TTTATATACA---------TGTATTTGATAT--GTTAATT-TTATGTT-----TAA-ATGTGC-TGTT-A-A-T------------G-A-TATGTATG--------------TTTAAGGGGACCATATGTCAGACTGGCT
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gi|9                          :                                                                                                                                                                                                        ATGAATTTGCTATCAAAATAGA-TAAACCAAGATAGTATGAAAATATTCTTTAATGTAAATATATTA--T--CTTTGTTTGAATATTGTTGTATTATATGGGGTCGATGCTCTGCAAATAACAATTAACGTATATTAAA-GCTACAG-AAAAAAGCttattatttttattatcgttatcattgttatttattatta
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Reference ( family-3397 )     :                                                                                                                                                                                                         ATGAATTTGCTATCAAAATAGACAAACCAAGATAGTATGAAAATATTCTTTAATGTAAATATATTA--T--CTTTGTTTGANTATNGTTGTATTATATGGGGTCGACGCTCTGCAAATAACAATNAACGNATATT-AA-GCTACAA-AAAAAAGCGCCAA-GC-TAAT---CCTGCATTATGGTCTACAAATCAATAAATGATCAAGCACC-------AGAATATATAAATACTCTGTTGTCAAAATGTTCTTCAAAACAT-GAG--AAAAA--CTTAAGATCGTCTACCAATGATACATTACATGTTCCTAGATCTCACACGACATC--ATATGACAGGG-CGTTTTCTATATGCGGTCCTA-----CAGAATGGA-ACAA---AC---TACCAACATCAATACGCCATT----------CAAAATCACT----AAGTTCATTTAAAGCTTCACTTA-AGTCACACCTTAT--GTC-TGGTACATCATGAGC-----------ACA---------------------TA------------------------T--A----------------ATTAA----------TCGTGCAAT---AAAA-CAT--ATTT-TAAATACTT-----TTA--AACT---AT-CA-A-----TTTT---------------------ATACAA-T-TTTCTAACATCTGAATTATCT-TTCTTTTACTCATTATATTTGA------ATTGATAAACATAATTTTAAATTTGTTTTAT-GTA-ATTGATCTTTAATA--CA-----TTGTA--------A-C--------ATTTACTATAGATA--TTCAT-AAAAATACGTTTTTACAAAT-----AATTTTAA-------TTACATGTGCAATTAT-----TAAGATTCTAGACCAAAGA---A--C-T-TT-------A---------TATATTTGATAT--GTTAATT-TTATGTT-----TAA-ATGTGC-TG-T-A-A-T------------A-A-TATGTATG--------------TTTTAGAGGACCATATGTCAGACTGGCTATATAGCCAAATATGTTATCCTCAGAAAATAAA
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gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     tataaA-AACAAA---CCAA-ACATCATA--CCTGTACTATGGTCTTCAAATCACTAGATGAGTAGGCACT-------AGAcagtaattgtatggactgcaccctccaatcatattgtttaatgctctacaatgacttccttttcataaacaaaccaaacatcatacctgtactatggtcttcaaatcactagatgagtaggcactaga
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gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             taaacaGA------ATTGATGAACA-AATTTTTTATTTTTTTGAT-GTA-AATGACCTTTAATA--CG-----TTATA--------G-C--------AATTACTATAGATA--TTAAA-AAAAATACGTTTTTACAAAT-----ATTTTTTA-------TTACATGTGCACTTAT-----TAACATTTTATACCAAAGA---A--C-TGTT-------A---------TATATTTGATAT--GTTAATT-TTATGTT-----TAA-ATGTGC-TG-T-A-AGT------------A-A-TATGAATG--------------TTTTAGAGGACCATATGTCAGACTGGCTTTATAGCCAAATATGTTATCTTCAGAAACTAAAgatt
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            ATAGTCTGAAAATCAATAAATAATCAAACACC-------AGACTATATAAACAAAATGTTATC-AAACATTTTTCATTGCAT-GGA--AGAAA--CTTGAGGATGACTAC---TTATAAATGATATAATCTGATATCTCACACAACATT--TCGTGATAGAA-AATTCTTTATATGg
gi|18                         :                                                                                                                                           ataatgaaattgttctttaatggctcccttttcaataagagatcaaatggcgtacatgtttgATGAGATTGCTATCAAAATACACCAATCACGATAGTAC-AAAATGT--TTTAAT
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                              cgtattaaagtctgaacaatgaacaaacaataggcattaaattagacgacaatgtaattcaagcatttgaagttcaaaggttcaatgggatacatatttgatcaaacgttaaaacaaatatatagtatatgacagatattgcaaaacaactcttCAATATGGTCTACAAGTCAATAAATGGTCAAGCACC-------ACAATATATAAATACTTTGTTGTTTAA-TGTTCTTCAAAACAT-GGA--AAAAA--ATTAAGATTGTCTACCAATGATGCATTACATGTTCCTAGATCTCACTCGA
gi|2                          :                                                                                                                                                          tgtttatgcccttcaatggcttccttttaaaaaacatatcaaatatcATGAATTTGCTATCAAAATAGATAAACCAAGATAGTATGAAAATATTCTTTAATGTAAATATATTA--T--CTTTGTTTGAATATTGTTGTATTATATGGGGTCGATGCTCTGCAAATAACAATTAACGTATATT-AAAGCTACAG-AAAAAAGCACCAATGC-TAAT---CCTGCATCATGGTCTACATATCAATAAATGATCAAGCACC-------AGAATATATAAATACTCTGTTGTCAAAATGTTCTTCAAAACAT-GAG--AAAAA--CTTAAGATCGCCTACCAATGATACATTACGTGTTCCTTGATCTTACACGATATC--ATATGACAAAGTCGTTTTCTATATGGGGTCCTA-----CAAAATGGA-ACAA---TC---TACCAACATCAATACGCCATT----------CAAAATCACTCCAAAAGTTCATTTAAAGCTTCAATTA-AGTCACATCTTAT--ATC-TGGTATATCATGAGC-----------ACA---------------------TA------------------------T--A----------------ATTAA----------T-GTGCAAT---AAAA-CAT--ATTT-TAAATACTT-----TTG--AATT---AT-CA-A-----TTTT---------------------ATACAC-T-TTTCTATTATCTGAATTATCT-TTCTTTCACTCATTATATTTGA------ATTCATAAACGTAATTTTAAATTTGTTTTAT-ATA-AGTGATCTTTAATA--CA-----TTGTA--------A-C--------ACTTACTATTGATA--TTCAT-AAAAATACGTTTATACAAAT-----ACTTTTAA-------TTACATGTGAAATTAT-----TAAGATTCTAGGCCAAGTA---A--C-T-TT-------A---------TATATTTGATAT--GTTAATT-TTATGTT-----TAA-ACGTGC-TG-T-A-A-T------------------TGTATG--------------TTTTAGAGAACCATATGTCAGACTGGCTTTATAGCC-AATATGTTATCCTCAGAAAATAAA
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gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      TGCATTATTGTCTACAAATCAATAAATGATTAAGCGCC-------AGAATATATAAATACTCTGTTGTCAAAATGTTCTTCAAAACAT-GAGAAAAAAA--ATTAAGAACGTCTACCAACGATACATTACAT----CTAAATCTCAAACGACATC--ATATGACATGG-CGTTTTCTATATGCGGTC-------------------CAA---AC---TACCAACATCAATACGCCACT----------CAAAATCACT----AAGTTCATTTAAAGCTTCACTGA-AGTCCCACCTTAT--TTC-TGGTACATCATGAGC-----------ACA---------------------TA------------------------T--A----------------GTTAA----------TCGTGCAGT---AAAA-CAT--ATTT-ACAATACTT-----TTG--AACT---AT-CA-AT----TTTT---------------------ATACAA-T-TTTCTAATATCTGAATTATCT-TTCTTTTACTCATTATTTTTGA------ATTTATAAACATAATTTAAAATTTGTTTTAT-ATC-AGTGATCTTTAATA--CA-----TTGAA--------A-C--------ATTTACTATTGATA--TTCAT-AAAAATACGTTTATATAAAT-----AATTTTAA-------TTACATGTGCAATTAT-----TAAGATTCCAGACCAAAGA---A--C-T-TTTATATACA---------TGTATTTGATAT--GTTAATT-TTATGTT-----TAA-ATGTGC-TGTT-A-A-T------------G-A-TATGTATG--------------TTTAAGGGGACCATATGTCAGACTGGCT
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gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    TATGACAGGG-CATTTTCTATATGCGGTCCTAAGTAACAGAACGCA-ACAA---GC---TACCAATGTCAATATGCCATT----------TAAAATCACG----AAGTTCATTTAAGGTTTCACTAA-AGTCACACCTTAT--GTC-TGGTACATCATGAGCACATCTGCCAAACG---------------------TAGAAAGTCATTAAG-----------TCAA----------------ATTAA----------CTGTGCAAT---ATAA--AT--ATTT-TAAATATTT-----TTA--AACT---AT-CA-AAAT--TTTT---------------------ATACAA-TATTTTTAG-ATCTGATTTATAAATTCTTTTACTCATTATATTTGA------ATTGATAAACATAATTTTAAATTTGTTTTTTTGTA-ATTGATTGTTAATA--CA-----TTGTA--------A-C--------ATTTACTATAGATA--TTCAT-AAAAATTCGTTTTTACAAAT-----AATTTTAA-------TCACATGTGTAATAAT-----TAAGATTTTATACCATATATTTT--T-T-TT-------A---------TATATTTGATAT--GTTAATT-TTATGTT-----TAA-ATGCGC-TG-TAA-A-T------------A-A-TATGAATG--------------ATTAAGAAGACCAT-------ACTGGCTATATAGCCAAATATGCTATCCTCAGAAAATAAAga
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gi|9                          :                                                                                                                                                                                                         ATGAATTTGCTATCAAAATAGATAAACCAAGATAGTATGAAAATATTCTTTAATGTAAATATATTA--T--CTTTGTTTGAATATTGTTGTATTATATGGGGTCGATGCTCTGCAAATAACAATTAACGTATATTAAA-GCTACAG-AAAAAAGCttattatttttattatcgttatcattgttatttattatta
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Reference ( family-3397 )     :                                                                                                                                                                                                         ATGAATTTGCTATCAAAATAGACAAACCAAGATAGTATGAAAATATTCTTTAATGTAAATATATTA--T--CTTTGTTTGANTATNGTTGTATTATATGGGGTCGACGCTCTGCAAATAACAATNAACGNATATT-AA-GCTACAA-AAAAAAGCGCCAA-GC-TAATA--CCTGC-AT--TATGGTCTACAAATCAATAAATGATCAAGCACC-------AGAATATATAAATACTCTGTTGTCAAAATGTTCTTCAAAACAT-GAG--AAAAA--CTTAAGATCGTCTACCAATGATACATTACATGTTCCTAGATCTCACACGACATC--ATATGACAGGG-CGTTTTCTATATGCGGTCCTA-----CAGAATGGA-ACAA---AC---TACCAACATCAATACGCCATT----------CAAAATCACT----AAGTTCATTTAAAGCTTCACTTA-AGTCACACCTTAT--GTC-TGGTACATCATGAGC-----------ACA---------------------TA------------------------T--A----------------ATTAA----------TCGTGCAAT---AAAA-CAT--ATTT-TAAATACTT-----TTA--AACT---AT-CA-A-----TTTT---------------------ATACAA-T-TTTCTAACATCTGAATTATCT-TTCTTTTACTCATTATATTTGA------ATTGATAAACATAATTTTAAATTTGTTTTAT-GTA-ATTGATCTTTAATA--CA-----TTGTA--------A-C--------ATTTACTATAGATA--TTCAT-AAAAATACGTTTTTACAAAT-----AATTTTAA-------TTACATGTGCAATTAT-----TAAGATTCTAGACCAAAGA---A--C-T-TT-------A---------TATATTTGATAT--GTTAATT-TTATGTT-----TAA-ATGTGC-TG-T-A-A-T------------A-A-TATGTATG--------------TTTTAGAGGACCATATGTCAGACTGGCTATATAGCCAAATATGTTATCCTCAGAAAATAAA
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gi|12                         : gatatattacatatttctgtatctcacacaatagcttataattgcgcatgttctatatgcgttccgactaaatggataaaaacttccaaattcaacacgtcattcaaagccattggtctggaacattataagcatacgtcttaaaaaatcattaaatctaagtaaatgtgcagaagaacgttcttcaagtacttttaaattatcaaattgtttttatacgatatttctaacatctgaatcattaacctgataaacagatttttaggggttttattatattctttattgttacaataataaaaaatagtttacaaataacgttccactgatctttaaacaaCCACAA-ACAAA----CCAA-G--TAACATGCATGC-AT--AATGGCTAACATATCAATAAATAATCGAGCACCTTGATCTAGA-TAAAAAAA-ACTTTGTTATTAAAATGTTCTGAAAAACACAGAG--AAAA----TTTAGATCGTCTACCAGTCACATATTACTTATTCCTTGATCTCAAACGACATCTTATACGGAATGG--GTATTTTACATGCATTTCCA-----CAGAATGGA-ACAA---AC---TTCCAAATTAAATACTTCATT----------CAAAATGATT----AAGTTCTGTTAAGGCACCACTTA-AGTCACACCTTGT--GTC-TTGTACAACATAAtataa
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gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     tataaA-AACAAA---CCAA-ACATCATA--CCTGT-AC--TATGGTCTTCAAATCACTAGATGAGTAGGCACT-------AGAccctccaatcatattgtttaatgctctacaatgacttccttttcataaacaaaccaaacatcatacctgtactatggtcttcaaatcactagatgagtaggcactaga
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       tataaataaattgctataaaaaagcaatcaggttagtatgaaatatccttatatacatcactcttgtttgattaaggttgtattatatgagaacgccactctgttaatagcattggaagaatactcatactacaataaagaactgccaggctaatcccagtaattgtatggactgcaccctccaatcatattgtttaatgctctacaatgacttccttttcatGTTTAAC-GAA-TTTGGTCTT-AACAA-CA-----TTTTA--------A-C--------ATATATTACAAATGGTTTCA---AATTTATATTTTTATCAATTTTAAAACTTTAAAGTTGAATCACATGTGCAATTAT-----TAAGATTATAGATAAAAGA---A--C-T-TC-------ATATTTTTTTTATATTTGATAT--GTTTAAT-GTGTGTTGCAAATAATATATGTATG-T-ATA-T------------ATA-TATGTATGTACATATATGTATCTCTTA---GACGATATGAC---CTATCTATGTAGACAAATATAATAATCTCAGAAAATAAA
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                taaacaGA------ATTGATGAACA-AATTTTTTATTTTTTTGAT-GTA-AATGACCTTTAATA--CG-----TTATA--------G-C--------AATTACTATAGATA--TTAAA-AAAAATACGTTTTTACAAAT-----ATTTTTTA-------TTACATGTGCACTTAT-----TAACATTTTATACCAAAGA---A--C-TGTT-------A---------TATATTTGATAT--GTTAATT-TTATGTT-----TAA-ATGTGC-TG-T-A-AGT------------A-A-TATGAATG--------------TTTTAGAGGACCATATGTCAGACTGGCTTTATAGCCAAATATGTTATCTTCAGAAACTAAAgatt
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                TA--CATGT-TT--GATAGTCTGAAAATCAATAAATAATCAAACACC-------AGACTATATAAACAAAATGTTATC-AAACATTTTTCATTGCAT-GGA--AGAAA--CTTGAGGATGACTAC---TTATAAATGATATAATCTGATATCTCACACAACATT--TCGTGATAGAA-AATTCTTTATATGg
gi|18                         :                                                                                                                                                     ataatgaaattgttctttaatggctcccttttcaataagagatcaaatggcgATGAGATTGCTATCAAAATACACCAATCACGATAGTAC-AAAATGT--TTTAAT
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                    cgtattaaagtctgaacaatgaacaaacaataggcattaaattagacgacaatgtaattcaagcatttgaagttcaaaggttcaatgggatacatatttgatcaaacgttaaaacaaatatatagtatatgacagatattgcaaaacaactcttAATA--TC--C-AA--TATGGTCTACAAGTCAATAAATGGTCAAGCACC-------ACAATATATAAATACTTTGTTGTTTAA-TGTTCTTCAAAACAT-GGA--AAAAA--ATTAAGATTGTCTACCAATGATGCATTACATGTTCCTAGATCTCACTCGA
gi|2                          :                                                                                                                                                                tgtttatgcccttcaatggcttccttttaaaaaacatatcaATGAATTTGCTATCAAAATAGATAAACCAAGATAGTATGAAAATATTCTTTAATGTAAATATATTA--T--CTTTGTTTGAATATTGTTGTATTATATGGGGTCGATGCTCTGCAAATAACAATTAACGTATATT-AAAGCTACAG-AAAAAAGCACCAATGC-TAAT---CCTGC-AT--CATGGTCTACATATCAATAAATGATCAAGCACC-------AGAATATATAAATACTCTGTTGTCAAAATGTTCTTCAAAACAT-GAG--AAAAA--CTTAAGATCGCCTACCAATGATACATTACGTGTTCCTTGATCTTACACGATATC--ATATGACAAAGTCGTTTTCTATATGGGGTCCTA-----CAAAATGGA-ACAA---TC---TACCAACATCAATACGCCATT----------CAAAATCACTCCAAAAGTTCATTTAAAGCTTCAATTA-AGTCACATCTTAT--ATC-TGGTATATCATGAGC-----------ACA---------------------TA------------------------T--A----------------ATTAA----------T-GTGCAAT---AAAA-CAT--ATTT-TAAATACTT-----TTG--AATT---AT-CA-A-----TTTT---------------------ATACAC-T-TTTCTATTATCTGAATTATCT-TTCTTTCACTCATTATATTTGA------ATTCATAAACGTAATTTTAAATTTGTTTTAT-ATA-AGTGATCTTTAATA--CA-----TTGTA--------A-C--------ACTTACTATTGATA--TTCAT-AAAAATACGTTTATACAAAT-----ACTTTTAA-------TTACATGTGAAATTAT-----TAAGATTCTAGGCCAAGTA---A--C-T-TT-------A---------TATATTTGATAT--GTTAATT-TTATGTT-----TAA-ACGTGC-TG-T-A-A-T------------------TGTATG--------------TTTTAGAGAACCATATGTCAGACTGGCTTTATAGCC-AATATGTTATCCTCAGAAAATAAA
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       ---A--C-T-AT-------A---------AATATTTTATATATGTTAACT-TTGTATC-----T-----GT------T-A-A-T------------A-C-TATGTAGC--------------TCTCGGAGAAGCATATGTTAGACTTGCTATATAGTCAAATGTATTATCCTCAGAAGAT
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             aataacTTAGTT-TTTTGTT-----TAA-ATGTGC-TG-T-ACA-T------------A-A-TATGTATG--------------TTTTAGAGGAGCAAATGTCAGACTGGCTATATAGCCAAATATCTTATCCTCAGAAAGTAttaattattggtattattatgtattattat
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gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      TGC-AT--TATTGTCTACAAATCAATAAATGATTAAGCGCC-------AGAATATATAAATACTCTGTTGTCAAAATGTTCTTCAAAACAT-GAGAAAAAAA--ATTAAGAACGTCTACCAACGATACATTACAT----CTAAATCTCAAACGACATC--ATATGACATGG-CGTTTTCTATATGCGGTC-------------------CAA---AC---TACCAACATCAATACGCCACT----------CAAAATCACT----AAGTTCATTTAAAGCTTCACTGA-AGTCCCACCTTAT--TTC-TGGTACATCATGAGC-----------ACA---------------------TA------------------------T--A----------------GTTAA----------TCGTGCAGT---AAAA-CAT--ATTT-ACAATACTT-----TTG--AACT---AT-CA-AT----TTTT---------------------ATACAA-T-TTTCTAATATCTGAATTATCT-TTCTTTTACTCATTATTTTTGA------ATTTATAAACATAATTTAAAATTTGTTTTAT-ATC-AGTGATCTTTAATA--CA-----TTGAA--------A-C--------ATTTACTATTGATA--TTCAT-AAAAATACGTTTATATAAAT-----AATTTTAA-------TTACATGTGCAATTAT-----TAAGATTCCAGACCAAAGA---A--C-T-TTTATATACA---------TGTATTTGATAT--GTTAATT-TTATGTT-----TAA-ATGTGC-TGTT-A-A-T------------G-A-TATGTATG--------------TTTAAGGGGACCATATGTCAGACTGGCT
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Reference ( family-3397 )     :                                                                                                                                                                                                         ATGAATTTGCTATCAAAATAGACAAACCAAGATAGTATGAAAATATTCTTTAATGTAAATATATTA--T--CTTTGTTTGANTATNGTTGTATTATATGGGGTCGACGCTCTGCAAATAACAATNAACGNATATT-AA-GCTACAA-AAAAAAGCGCCAA-GC-TAATA--CNTGC-AT--TATGGTCTACAAATCAATAAATGATCAAGCACC-------AGAATATATAAATACTCTGTTGTCAAAATGTTCTTCAAAACAT-GAG--AAAAA--CTTAAGATCGTCTACCAATGATACATTACATGTTCCTAGATCTCACACGACATC--ATATGACAGGG-CGTTTTCTATATGCGGTCCTA-----CAGAATGGA-ACAA---AC---TACCAACATCAATACGCCATT----------CAAAATCACT----AAGTTCATTTAAAGCTTCACTTA-AGTCACACCTTAT--GTC-TGGTACATCATGAGC-----------ACA---------------------TA------------------------T--A----------------ATTAA----------TCGTGCAAT---AAAA-CAT--ATTT-TAAATACTT-----TTA--AACT---AT-CA-A-----TTTT---------------------ATACAA-T-TTTCTAACATCTGAATTATCT-TTCTTTTACTCATTATATTTGA------ATTGATAAACATAATTTTAAATTTGTTTTAT-GTA-ATTGATCTTTAATA--CA-----TTGTA--------A-C--------ATTTACTATAGATA--TTCAT-AAAAATACGTTTTTACAAAT-----AATTTTAA-------TTACATGTGCAATTAT-----TAAGATTCTAGACCAAAGA---A--C-T-TT-------A---------TATATTTGATAT--GTTAATT-TTATGTT-----TAA-ATGTGC-TG-T-A-A-T------------A-A-TATGTATG--------------TTTTAGAGGACCATATGTCAGACTGGCTATATAGCCAAATATGTTATCCTCAGAAAATAAA
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gi|12                         : gatatattacatatttctgtatctcacacaatagcttataattgcgcatgttctatatgcgttccgactaaatggataaaaacttccaaattcaacacgtcattcaaagccattggtctggaacattataagcatacgtcttaaaaaatcattaaatctaagtaaatgtgcagaagaacgttcttcaagtacttttaaattatcaaattgtttttatacgatatttctaacatctgaatcattaacctgataaacagatttttaggggttttattatattctttattgttacaataataaaaaatagtttacaaataacgttccactgatctttaaacaaCCACAA-ACAAA----CCAA-G--TAACATGCATGC-AT--AATGGCTAACATATCAATAAATAATCGAGCACCTTGATCTAGA-TAAAAAAA-ACTTTGTTATTAAAATGTTCTGAAAAACACAGAG--AAAA----TTTAGATCGTCTACCAGTCACATATTACTTATTCCTTGATCTCAAACGACATCTTATACGGAATGG--GTATTTTACATGCATTTCCA-----CAGAATGGA-ACAA---AC---TTCCAAATTAAATACTTCATT----------CAAAATGATT----AAGTTCTGTTAAGGCACCACTTA-AGTCACACCTTGT--GTC-TTGTACAACATAAtataa
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gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     tataaA-AACAAA---CCAA-ACATCATA--CCTGT-AC--TATGGTCTTCAAATCACTAGATGAGTAGGCACT-------AGAccctccaatcatattgtttaatgctctacaatgacttccttttcataaacaaaccaaacatcatacctgtactatggtcttcaaatcactagatgagtaggcactaga
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       tataaataaattgctataaaaaagcaatcaggttagtatgaaatatccttatatacatcactcttgtttgattaaggttgtattatatgagaacgccactctgttaatagcattggaagaatactcatactacaataaagaactgccaggctaatcccagtaattgtatggactgcaccctccaatcatattgtttaatgctctacaatgacttccttttcatGTTTAAC-GAA-TTTGGTCTT-AACAA-CA-----TTTTA--------A-C--------ATATATTACAAATGGTTTCA---AATTTATATTTTTATCAATTTTAAAACTTTAAAGTTGAATCACATGTGCAATTAT-----TAAGATTATAGATAAAAGA---A--C-T-TC-------ATATTTTTTTTATATTTGATAT--GTTTAAT-GTGTGTTGCAAATAATATATGTATG-T-ATA-T------------ATA-TATGTATGTACATATATGTATCTCTTA---GACGATATGAC---CTATCTATGTAGACAAATATAATAATCTCAGAAAATAAA
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                taaacaGA------ATTGATGAACA-AATTTTTTATTTTTTTGAT-GTA-AATGACCTTTAATA--CG-----TTATA--------G-C--------AATTACTATAGATA--TTAAA-AAAAATACGTTTTTACAAAT-----ATTTTTTA-------TTACATGTGCACTTAT-----TAACATTTTATACCAAAGA---A--C-TGTT-------A---------TATATTTGATAT--GTTAATT-TTATGTT-----TAA-ATGTGC-TG-T-A-AGT------------A-A-TATGAATG--------------TTTTAGAGGACCATATGTCAGACTGGCTTTATAGCCAAATATGTTATCTTCAGAAACTAAAgatt
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                TA--CATGT-TT--GATAGTCTGAAAATCAATAAATAATCAAACACC-------AGACTATATAAACAAAATGTTATC-AAACATTTTTCATTGCAT-GGA--AGAAA--CTTGAGGATGACTAC---TTATAAATGATATAATCTGATATCTCACACAACATT--TCGTGATAGAA-AATTCTTTATATGg
gi|18                         :                                                                                                                                                     ataatgaaattgttctttaatggctcccttttcaataagagatcaaatggcgATGAGATTGCTATCAAAATACACCAATCACGATAGTAC-AAAATGT--TTTAAT
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                              cgtattaaagtctgaacaatgaacaaacaataggcattaaattagacgacaatgtaattcaagcatttgaagttcaaaggttcaatgggatacatatttgatcaaacgttaaaacaaatatatagtatatgacagatattgcaaaacaactcttC-AA--TATGGTCTACAAGTCAATAAATGGTCAAGCACC-------ACAATATATAAATACTTTGTTGTTTAA-TGTTCTTCAAAACAT-GGA--AAAAA--ATTAAGATTGTCTACCAATGATGCATTACATGTTCCTAGATCTCACTCGA
gi|2                          :                                                                                                                                                          tgtttatgcccttcaatggcttccttttaaaaaacatatcaaatatcATGAATTTGCTATCAAAATAGATAAACCAAGATAGTATGAAAATATTCTTTAATGTAAATATATTA--T--CTTTGTTTGAATATTGTTGTATTATATGGGGTCGATGCTCTGCAAATAACAATTAACGTATATT-AAAGCTACAG-AAAAAAGCACCAATGC-TAAT---CCTGC-AT--CATGGTCTACATATCAATAAATGATCAAGCACC-------AGAATATATAAATACTCTGTTGTCAAAATGTTCTTCAAAACAT-GAG--AAAAA--CTTAAGATCGCCTACCAATGATACATTACGTGTTCCTTGATCTTACACGATATC--ATATGACAAAGTCGTTTTCTATATGGGGTCCTA-----CAAAATGGA-ACAA---TC---TACCAACATCAATACGCCATT----------CAAAATCACTCCAAAAGTTCATTTAAAGCTTCAATTA-AGTCACATCTTAT--ATC-TGGTATATCATGAGC-----------ACA---------------------TA------------------------T--A----------------ATTAA----------T-GTGCAAT---AAAA-CAT--ATTT-TAAATACTT-----TTG--AATT---AT-CA-A-----TTTT---------------------ATACAC-T-TTTCTATTATCTGAATTATCT-TTCTTTCACTCATTATATTTGA------ATTCATAAACGTAATTTTAAATTTGTTTTAT-ATA-AGTGATCTTTAATA--CA-----TTGTA--------A-C--------ACTTACTATTGATA--TTCAT-AAAAATACGTTTATACAAAT-----ACTTTTAA-------TTACATGTGAAATTAT-----TAAGATTCTAGGCCAAGTA---A--C-T-TT-------A---------TATATTTGATAT--GTTAATT-TTATGTT-----TAA-ACGTGC-TG-T-A-A-T------------------TGTATG--------------TTTTAGAGAACCATATGTCAGACTGGCTTTATAGCC-AATATGTTATCCTCAGAAAATAAA
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       ---A--C-T-AT-------A---------AATATTTTATATATGTTAACT-TTGTATC-----T-----GT------T-A-A-T------------A-C-TATGTAGC--------------TCTCGGAGAAGCATATGTTAGACTTGCTATATAGTCAAATGTATTATCCTCAGAAGAT
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             aataacTTAGTT-TTTTGTT-----TAA-ATGTGC-TG-T-ACA-T------------A-A-TATGTATG--------------TTTTAGAGGAGCAAATGTCAGACTGGCTATATAGCCAAATATCTTATCCTCAGAAAGTAttaattattggtattattatgtattattat
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gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      TGC-AT--TATTGTCTACAAATCAATAAATGATTAAGCGCC-------AGAATATATAAATACTCTGTTGTCAAAATGTTCTTCAAAACAT-GAGAAAAAAA--ATTAAGAACGTCTACCAACGATACATTACAT----CTAAATCTCAAACGACATC--ATATGACATGG-CGTTTTCTATATGCGGTC-------------------CAA---AC---TACCAACATCAATACGCCACT----------CAAAATCACT----AAGTTCATTTAAAGCTTCACTGA-AGTCCCACCTTAT--TTC-TGGTACATCATGAGC-----------ACA---------------------TA------------------------T--A----------------GTTAA----------TCGTGCAGT---AAAA-CAT--ATTT-ACAATACTT-----TTG--AACT---AT-CA-AT----TTTT---------------------ATACAA-T-TTTCTAATATCTGAATTATCT-TTCTTTTACTCATTATTTTTGA------ATTTATAAACATAATTTAAAATTTGTTTTAT-ATC-AGTGATCTTTAATA--CA-----TTGAA--------A-C--------ATTTACTATTGATA--TTCAT-AAAAATACGTTTATATAAAT-----AATTTTAA-------TTACATGTGCAATTAT-----TAAGATTCCAGACCAAAGA---A--C-T-TTTATATACA---------TGTATTTGATAT--GTTAATT-TTATGTT-----TAA-ATGTGC-TGTT-A-A-T------------G-A-TATGTATG--------------TTTAAGGGGACCATATGTCAGACTGGCT
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Reference ( family-3397 )     :                                                                                                                                                                                                         ATGAATTTGCTATCAAAATAGACAAACCAAGATAGTATGAAAATATTCTTTAATGTAAATATATTA--T--CTTTGTTTGANTATNGTTGTATTATATGGGGTCGACGCTCTGCAAATAACAATNAACGNATATT-AA-GCTACAA-AAAAAAGCGCCAA-GC-TAATA--CATGCATTATGGTCTACAAATCAATAAATGATCAAGCACC-------AGAATATATAAATACTCTGTTGTCAAAATGTTCTTCAAAACAT-GAG--AAAAA--CTTAAGATCGTCTACCAATGATACATTACATGTTCCTAGATCTCACACGACATC--ATATGACAGGG-CGTTTTCTATATGCGGTCCTA-----CAGAATGGA-ACAA---AC---TACCAACATCAATACGCCATT----------CAAAATCACT----AAGTTCATTTAAAGCTTCACTTA-AGTCACACCTTAT--GTC-TGGTACATCATGAGC-----------ACA---------------------TA------------------------T--A----------------ATTAA----------TCGTGCAAT---AAAA-CAT--ATTT-TAAATACTT-----TTA--AACT---AT-CA-A-----TTTT---------------------ATACAA-T-TTTCTAACATCTGAATTATCT-TTCTTTTACTCATTATATTTGA------ATTGATAAACATAATTTTAAATTTGTTTTAT-GTA-ATTGATCTTTAATA--CA-----TTGTA--------A-C--------ATTTACTATAGATA--TTCAT-AAAAATACGTTTTTACAAAT-----AATTTTAA-------TTACATGTGCAATTAT-----TAAGATTCTAGACCAAAGA---A--C-T-TT-------A---------TATATTTGATAT--GTTAATT-TTATGTT-----TAA-ATGTGC-TG-T-A-A-T------------A-A-TATGTATG--------------TTTTAGAGGACCATATGTCAGACTGGCTATATAGCCAAATATGTTATCCTCAGAAAATAAA
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gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             gtATA--CATGCATTATGGTCAACAAATTAATAAGTGATCAGGCACC-------AGAATATATAAATACTCTGTTGTTAAAATGTTCTTCAAAACAT-GAA--AAAAAAACTTAAGATCATCAACCAATGATACATTACATGTTCCTAGCTCTCAGACAACATC--ATATGGCAGGG-CGTTTTCTATATGCGGTCCTA-----CAGAATGGA-ACAAGTTACATGTACCAACATCAATAC----------------------------------CCATTTAAATCTACACATA-GGTCACACCTTAT--GTC-TGGTACATCATGAGC-----------ACA---------------------TA------------------------T--A----------------ACT-A----------CCGT---AG---AAAGTCATCAAGTC-TAATTAATC-----GTG--CA-----AT-AA-A------------------------------ATAC---T-TTTCTAATATCTGAATTATCT-TTCTTTTTCTCATTATTTTTGAATTACTATTGATAAACATAATTTTAAATTT-TTTTGT-GTA-ATTGATTTTTAATATCCAATATTTTGTATTATTCCTA-CTTTGTCAGATTTACTATAGATA--TTCAT--AAAATACGTTTTTACAAAT-----AATTTAAA-------TTAAATGTGCAATTAT-----TAAGATGAGAGACCAAAGA---A--C-T-TT-------A---------TATATTCGTTAT--ATCACGT-TTATGTT-----TAA-ATGTGC-TG-TAA-A-T------------A-A-TATATATG---------------TTTAGGGGACGATATGTCAGACTGGTCTTATAGCCAAATGTGTTATCCTCGGAAAATAAcaaaaggttgaattgactactccctccaagtaaatgttaaatgctcttcaatggcctccttttcataaacgaatcaaatatcatacatgcattatggtcaacaaattaataagtgatcaggcaccagaatatataaatactctgttgttaaaatgttcttcaaaacatgaaaaaaaaacttaagatcatcaaccaatgatacattacatgttcctagctctcagacaacatcatatggcagggcgttttctatatgcggtcctacagaatggaacaagttacatgtaccaacatcaatacccatttaaatctacacataggtcacaccttatgtctggtacatcatgagcacatataactaccgtagaaagtcatcaagtctaattaatcgtgcaataaaatacttttctaatatctgaattatctttctttttctcattatttttgaattactattgataaacataattttaaatttttttgtgtaattgatttttaatatccaatattttgtattattcctactttgtcagatttactatagatattcataaaatacgtttttacaaataatttaaattaaatgtgcaattattaagatgagagaccaaagaactttatatattcgttatatcacgtttatgtttaaatgtgctgtaaataatatatatgtttaggggacgatatgtcagactggtcttatagccaaatgtgttatcctcggaaaataa
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gi|12                         : gatatattacatatttctgtatctcacacaatagcttataattgcgcatgttctatatgcgttccgactaaatggataaaaacttccaaattcaacacgtcattcaaagccattggtctggaacattataagcatacgtcttaaaaaatcattaaatctaagtaaatgtgcagaagaacgttcttcaagtacttttaaattatcaaattgtttttatacgatatttctaacatctgaatcattaacctgataaacagatttttaggggttttattatattctttattgttacaataataaaaaatagtttacaaataacgttccactgatctttaaacaaCCACAA-ACAAA----CCAA-G--TAACATGCATGCATAATGGCTAACATATCAATAAATAATCGAGCACCTTGATCTAGA-TAAAAAAA-ACTTTGTTATTAAAATGTTCTGAAAAACACAGAG--AAAA----TTTAGATCGTCTACCAGTCACATATTACTTATTCCTTGATCTCAAACGACATCTTATACGGAATGG--GTATTTTACATGCATTTCCA-----CAGAATGGA-ACAA---AC---TTCCAAATTAAATACTTCATT----------CAAAATGATT----AAGTTCTGTTAAGGCACCACTTA-AGTCACACCTTGT--GTC-TTGTACAACATAAtataa
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gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     tataaA-AACAAA---CCAA-ACATCATA--CCTGTACTATGGTCTTCAAATCACTAGATGAGTAGGCACT-------AGAcccagtaattgtatggactgcaccctccaatcatattgtttaatgctctacaatgacttccttttcataaacaaaccaaacatcatacctgtactatggtcttcaaatcactagatgagtaggcactaga
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    tataaataaattgctataaaaaagcaatcaggttagtatgaaatatccttatatacatcactcttgtttgattaaggttgtattatatgagaacgccactctgttaatagcattggaagaatactcatactacaataaagaactgccaggctaatcccagtaattgtatggactgcaccctccaatcatattgtttaatgctctacaatgacttccttttcatGTTTAAC-GAA-TTTGGTCTT-AACAA-CA-----TTTTA--------A-C--------ATATATTACAAATGGTTTCA---AATTTATATTTTTATCAATTTTAAAACTTTAAAGTTGAATCACATGTGCAATTAT-----TAAGATTATAGATAAAAGA---A--C-T-TC-------ATATTTTTTTTATATTTGATAT--GTTTAAT-GTGTGTTGCAAATAATATATGTATG-T-ATA-T------------ATA-TATGTATGTACATATATGTATCTCTTA---GACGATATGAC---CTATCTATGTAGACAAATATAATAATCTCAGAAAATAAA
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             taaacaGA------ATTGATGAACA-AATTTTTTATTTTTTTGAT-GTA-AATGACCTTTAATA--CG-----TTATA--------G-C--------AATTACTATAGATA--TTAAA-AAAAATACGTTTTTACAAAT-----ATTTTTTA-------TTACATGTGCACTTAT-----TAACATTTTATACCAAAGA---A--C-TGTT-------A---------TATATTTGATAT--GTTAATT-TTATGTT-----TAA-ATGTGC-TG-T-A-AGT------------A-A-TATGAATG--------------TTTTAGAGGACCATATGTCAGACTGGCTTTATAGCCAAATATGTTATCTTCAGAAACTAAAgatt
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                TA--CATGTTTGATAGTCTGAAAATCAATAAATAATCAAACACC-------AGACTATATAAACAAAATGTTATC-AAACATTTTTCATTGCAT-GGA--AGAAA--CTTGAGGATGACTAC---TTATAAATGATATAATCTGATATCTCACACAACATT--TCGTGATAGAA-AATTCTTTATATGg
gi|18                         :                                                                                                                                                     ataatgaaattgttctttaatggctcccttttcaataagagatcaaatggcgATGAGATTGCTATCAAAATACACCAATCACGATAGTAC-AAAATGT--TTTAAT
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                       cgtattaaagtctgaacaatgaacaaacaataggcattaaattagacgacaatgtaattcaagcatttgaagttcaaaggttcaatgggatacatatttgatcaaacgttaaaacaaatatatagtatatgacagatattgcaaaacaactcttA--TATCCAATATGGTCTACAAGTCAATAAATGGTCAAGCACC-------ACAATATATAAATACTTTGTTGTTTAA-TGTTCTTCAAAACAT-GGA--AAAAA--ATTAAGATTGTCTACCAATGATGCATTACATGTTCCTAGATCTCACTCGA
gi|2                          :                                                                                                                                                               tgtttatgcccttcaatggcttccttttaaaaaacatatcaaATGAATTTGCTATCAAAATAGATAAACCAAGATAGTATGAAAATATTCTTTAATGTAAATATATTA--T--CTTTGTTTGAATATTGTTGTATTATATGGGGTCGATGCTCTGCAAATAACAATTAACGTATATT-AAAGCTACAG-AAAAAAGCACCAATGC-TAATC--C-TGCATCATGGTCTACATATCAATAAATGATCAAGCACC-------AGAATATATAAATACTCTGTTGTCAAAATGTTCTTCAAAACAT-GAG--AAAAA--CTTAAGATCGCCTACCAATGATACATTACGTGTTCCTTGATCTTACACGATATC--ATATGACAAAGTCGTTTTCTATATGGGGTCCTA-----CAAAATGGA-ACAA---TC---TACCAACATCAATACGCCATT----------CAAAATCACTCCAAAAGTTCATTTAAAGCTTCAATTA-AGTCACATCTTAT--ATC-TGGTATATCATGAGC-----------ACA---------------------TA------------------------T--A----------------ATTAA----------T-GTGCAAT---AAAA-CAT--ATTT-TAAATACTT-----TTG--AATT---AT-CA-A-----TTTT---------------------ATACAC-T-TTTCTATTATCTGAATTATCT-TTCTTTCACTCATTATATTTGA------ATTCATAAACGTAATTTTAAATTTGTTTTAT-ATA-AGTGATCTTTAATA--CA-----TTGTA--------A-C--------ACTTACTATTGATA--TTCAT-AAAAATACGTTTATACAAAT-----ACTTTTAA-------TTACATGTGAAATTAT-----TAAGATTCTAGGCCAAGTA---A--C-T-TT-------A---------TATATTTGATAT--GTTAATT-TTATGTT-----TAA-ACGTGC-TG-T-A-A-T------------------TGTATG--------------TTTTAGAGAACCATATGTCAGACTGGCTTTATAGCC-AATATGTTATCCTCAGAAAATAAA
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    ---A--C-T-AT-------A---------AATATTTTATATATGTTAACT-TTGTATC-----T-----GT------T-A-A-T------------A-C-TATGTAGC--------------TCTCGGAGAAGCATATGTTAGACTTGCTATATAGTCAAATGTATTATCCTCAGAAGAT
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gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      TGCATTATTGTCTACAAATCAATAAATGATTAAGCGCC-------AGAATATATAAATACTCTGTTGTCAAAATGTTCTTCAAAACAT-GAGAAAAAAA--ATTAAGAACGTCTACCAACGATACATTACAT----CTAAATCTCAAACGACATC--ATATGACATGG-CGTTTTCTATATGCGGTC-------------------CAA---AC---TACCAACATCAATACGCCACT----------CAAAATCACT----AAGTTCATTTAAAGCTTCACTGA-AGTCCCACCTTAT--TTC-TGGTACATCATGAGC-----------ACA---------------------TA------------------------T--A----------------GTTAA----------TCGTGCAGT---AAAA-CAT--ATTT-ACAATACTT-----TTG--AACT---AT-CA-AT----TTTT---------------------ATACAA-T-TTTCTAATATCTGAATTATCT-TTCTTTTACTCATTATTTTTGA------ATTTATAAACATAATTTAAAATTTGTTTTAT-ATC-AGTGATCTTTAATA--CA-----TTGAA--------A-C--------ATTTACTATTGATA--TTCAT-AAAAATACGTTTATATAAAT-----AATTTTAA-------TTACATGTGCAATTAT-----TAAGATTCCAGACCAAAGA---A--C-T-TTTATATACA---------TGTATTTGATAT--GTTAATT-TTATGTT-----TAA-ATGTGC-TGTT-A-A-T------------G-A-TATGTATG--------------TTTAAGGGGACCATATGTCAGACTGGCT
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gi|9                          :                                                                                                                                                                                                         ATGAATTTGCTATCAAAATAGATAAACCAAGATAGTATGAAAATATTCTTTAATGTAAATATATTA--T--CTTTGTTTGAATATTGTTGTATTATATGGGGTCGATGCTCTGCAAATAACAATTAACGTATATTAAA-GCTACAG-AAAAAAGCttattatttttattatcgttatcattgttatttattatta
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Reference ( family-3397 )     :                                                                                                                                                                                                         ATGAATTTGCTATCAAAATAGACAAACCAAGATAGTATGAAAATATTCTTTAATGTAAATATATTA--T--CTTTGTTTGANTATNGTTGTATTATATGGGGTCGACGCTCTGCAAATAACAATNAACGNATATT-AA-GCTACAA-AAAAAAGCGCCAA-GC-TAATA--CATGCATTATGGTCTACAAATCAATAAATGATCAAGCACC-------AGAATATATAAATACTCTGTTGTCAAAATGTTCTTCAAAACAT-GAG--AAAAA--CTTAAGATCGTCTACCAATGATACATTACATGTTCCTAGATCTCACACGACATC--ATATGACAGGG-CGTTTTCTATATGCGGTCCTA-----CAGAATGGA-ACAA---AC---TACCAACATCAATACGCCATT----------CAAAATCACT----AAGTTCATTTAAAGCTTCACTTA-AGTCACACCTTAT--GTC-TGGTACATCATGAGC-----------ACA---------------------TA------------------------T--A----------------ATTAA----------TCGTGCAAT---AAAA-CAT--ATTT-TAAATACTT-----TTA--AACT---AT-CA-A-----TTTT---------------------ATACAA-T-TTTCTAACATCTGAATTATCT-TTCTTTTACTCATTATATTTGA------ATTGATAAACATAATTTTAAATTTGTTTTAT-GTA-ATTGATCTTTAATA--CA-----TTGTA--------A-C--------ATTTACTATAGATA--TTCAT-AAAAATACGTTTTTACAAAT-----AATTTTAA-------TTACATGTGCAATTAT-----TAAGATTCTAGACCAAAGA---A--C-T-TT-------A---------TATATTTGATAT--GTTAATT-TTATGTT-----TAA-ATGTGC-TG-T-A-A-T------------A-A-TATGTATG--------------TTTTAGAGGACCATATGTCAGACTGGCTATATAGCCAAATATGTTATCCTCAGAAAATAAA
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gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             gtATA--CATGCATTATGGTCAACAAATTAATAAGTGATCAGGCACC-------AGAATATATAAATACTCTGTTGTTAAAATGTTCTTCAAAACAT-GAA--AAAAAAACTTAAGATCATCAACCAATGATACATTACATGTTCCTAGCTCTCAGACAACATC--ATATGGCAGGG-CGTTTTCTATATGCGGTCCTA-----CAGAATGGA-ACAAGTTACATGTACCAACATCAATAC----------------------------------CCATTTAAATCTACACATA-GGTCACACCTTAT--GTC-TGGTACATCATGAGC-----------ACA---------------------TA------------------------T--A----------------ACT-A----------CCGT---AG---AAAGTCATCAAGTC-TAATTAATC-----GTG--CA-----AT-AA-A------------------------------ATAC---T-TTTCTAATATCTGAATTATCT-TTCTTTTTCTCATTATTTTTGAATTACTATTGATAAACATAATTTTAAATTT-TTTTGT-GTA-ATTGATTTTTAATATCCAATATTTTGTATTATTCCTA-CTTTGTCAGATTTACTATAGATA--TTCAT--AAAATACGTTTTTACAAAT-----AATTTAAA-------TTAAATGTGCAATTAT-----TAAGATGAGAGACCAAAGA---A--C-T-TT-------A---------TATATTCGTTAT--ATCACGT-TTATGTT-----TAA-ATGTGC-TG-TAA-A-T------------A-A-TATATATG---------------TTTAGGGGACGATATGTCAGACTGGTCTTATAGCCAAATGTGTTATCCTCGGAAAATAAcaaaaggttgaattgactactccctccaagtaaatgttaaatgctcttcaatggcctccttttcataaacgaatcaaatatcatacatgcattatggtcaacaaattaataagtgatcaggcaccagaatatataaatactctgttgttaaaatgttcttcaaaacatgaaaaaaaaacttaagatcatcaaccaatgatacattacatgttcctagctctcagacaacatcatatggcagggcgttttctatatgcggtcctacagaatggaacaagttacatgtaccaacatcaatacccatttaaatctacacataggtcacaccttatgtctggtacatcatgagcacatataactaccgtagaaagtcatcaagtctaattaatcgtgcaataaaatacttttctaatatctgaattatctttctttttctcattatttttgaattactattgataaacataattttaaatttttttgtgtaattgatttttaatatccaatattttgtattattcctactttgtcagatttactatagatattcataaaatacgtttttacaaataatttaaattaaatgtgcaattattaagatgagagaccaaagaactttatatattcgttatatcacgtttatgtttaaatgtgctgtaaataatatatatgtttaggggacgatatgtcagactggtcttatagccaaatgtgttatcctcggaaaataa
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gi|12                         : gatatattacatatttctgtatctcacacaatagcttataattgcgcatgttctatatgcgttccgactaaatggataaaaacttccaaattcaacacgtcattcaaagccattggtctggaacattataagcatacgtcttaaaaaatcattaaatctaagtaaatgtgcagaagaacgttcttcaagtacttttaaattatcaaattgtttttatacgatatttctaacatctgaatcattaacctgataaacagatttttaggggttttattatattctttattgttacaataataaaaaatagtttacaaataacgttccactgatctttaaacaaCCACAA-ACAAA----CCAA-G--TAACATGCATGCATAATGGCTAACATATCAATAAATAATCGAGCACCTTGATCTAGA-TAAAAAAA-ACTTTGTTATTAAAATGTTCTGAAAAACACAGAG--AAAA----TTTAGATCGTCTACCAGTCACATATTACTTATTCCTTGATCTCAAACGACATCTTATACGGAATGG--GTATTTTACATGCATTTCCA-----CAGAATGGA-ACAA---AC---TTCCAAATTAAATACTTCATT----------CAAAATGATT----AAGTTCTGTTAAGGCACCACTTA-AGTCACACCTTGT--GTC-TTGTACAACATAAtataa
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gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     tataaA-AACAAA---CCAA-ACATCATA--CCTGTACTATGGTCTTCAAATCACTAGATGAGTAGGCACT-------AGAcccagtaattgtatggactgcaccctccaatcatattgtttaatgctctacaatgacttccttttcataaacaaaccaaacatcatacctgtactatggtcttcaaatcactagatgagtaggcactaga
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    tataaataaattgctataaaaaagcaatcaggttagtatgaaatatccttatatacatcactcttgtttgattaaggttgtattatatgagaacgccactctgttaatagcattggaagaatactcatactacaataaagaactgccaggctaatcccagtaattgtatggactgcaccctccaatcatattgtttaatgctctacaatgacttccttttcatGTTTAAC-GAA-TTTGGTCTT-AACAA-CA-----TTTTA--------A-C--------ATATATTACAAATGGTTTCA---AATTTATATTTTTATCAATTTTAAAACTTTAAAGTTGAATCACATGTGCAATTAT-----TAAGATTATAGATAAAAGA---A--C-T-TC-------ATATTTTTTTTATATTTGATAT--GTTTAAT-GTGTGTTGCAAATAATATATGTATG-T-ATA-T------------ATA-TATGTATGTACATATATGTATCTCTTA---GACGATATGAC---CTATCTATGTAGACAAATATAATAATCTCAGAAAATAAA
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             taaacaGA------ATTGATGAACA-AATTTTTTATTTTTTTGAT-GTA-AATGACCTTTAATA--CG-----TTATA--------G-C--------AATTACTATAGATA--TTAAA-AAAAATACGTTTTTACAAAT-----ATTTTTTA-------TTACATGTGCACTTAT-----TAACATTTTATACCAAAGA---A--C-TGTT-------A---------TATATTTGATAT--GTTAATT-TTATGTT-----TAA-ATGTGC-TG-T-A-AGT------------A-A-TATGAATG--------------TTTTAGAGGACCATATGTCAGACTGGCTTTATAGCCAAATATGTTATCTTCAGAAACTAAAgatt
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                TA--CATGTTTGATAGTCTGAAAATCAATAAATAATCAAACACC-------AGACTATATAAACAAAATGTTATC-AAACATTTTTCATTGCAT-GGA--AGAAA--CTTGAGGATGACTAC---TTATAAATGATATAATCTGATATCTCACACAACATT--TCGTGATAGAA-AATTCTTTATATGg
gi|18                         :                                                                                                                                                     ataatgaaattgttctttaatggctcccttttcaataagagatcaaatggcgATGAGATTGCTATCAAAATACACCAATCACGATAGTAC-AAAATGT--TTTAAT
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                       cgtattaaagtctgaacaatgaacaaacaataggcattaaattagacgacaatgtaattcaagcatttgaagttcaaaggttcaatgggatacatatttgatcaaacgttaaaacaaatatatagtatatgacagatattgcaaaacaactcttA--TATCCAATATGGTCTACAAGTCAATAAATGGTCAAGCACC-------ACAATATATAAATACTTTGTTGTTTAA-TGTTCTTCAAAACAT-GGA--AAAAA--ATTAAGATTGTCTACCAATGATGCATTACATGTTCCTAGATCTCACTCGA
gi|2                          :                                                                                                                                                               tgtttatgcccttcaatggcttccttttaaaaaacatatcaaATGAATTTGCTATCAAAATAGATAAACCAAGATAGTATGAAAATATTCTTTAATGTAAATATATTA--T--CTTTGTTTGAATATTGTTGTATTATATGGGGTCGATGCTCTGCAAATAACAATTAACGTATATT-AAAGCTACAG-AAAAAAGCACCAATGC-TAATC--C-TGCATCATGGTCTACATATCAATAAATGATCAAGCACC-------AGAATATATAAATACTCTGTTGTCAAAATGTTCTTCAAAACAT-GAG--AAAAA--CTTAAGATCGCCTACCAATGATACATTACGTGTTCCTTGATCTTACACGATATC--ATATGACAAAGTCGTTTTCTATATGGGGTCCTA-----CAAAATGGA-ACAA---TC---TACCAACATCAATACGCCATT----------CAAAATCACTCCAAAAGTTCATTTAAAGCTTCAATTA-AGTCACATCTTAT--ATC-TGGTATATCATGAGC-----------ACA---------------------TA------------------------T--A----------------ATTAA----------T-GTGCAAT---AAAA-CAT--ATTT-TAAATACTT-----TTG--AATT---AT-CA-A-----TTTT---------------------ATACAC-T-TTTCTATTATCTGAATTATCT-TTCTTTCACTCATTATATTTGA------ATTCATAAACGTAATTTTAAATTTGTTTTAT-ATA-AGTGATCTTTAATA--CA-----TTGTA--------A-C--------ACTTACTATTGATA--TTCAT-AAAAATACGTTTATACAAAT-----ACTTTTAA-------TTACATGTGAAATTAT-----TAAGATTCTAGGCCAAGTA---A--C-T-TT-------A---------TATATTTGATAT--GTTAATT-TTATGTT-----TAA-ACGTGC-TG-T-A-A-T------------------TGTATG--------------TTTTAGAGAACCATATGTCAGACTGGCTTTATAGCC-AATATGTTATCCTCAGAAAATAAA
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    ---A--C-T-AT-------A---------AATATTTTATATATGTTAACT-TTGTATC-----T-----GT------T-A-A-T------------A-C-TATGTAGC--------------TCTCGGAGAAGCATATGTTAGACTTGCTATATAGTCAAATGTATTATCCTCAGAAGAT
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gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      TGCATTATTGTCTACAAATCAATAAATGATTAAGCGCC-------AGAATATATAAATACTCTGTTGTCAAAATGTTCTTCAAAACAT-GAGAAAAAAA--ATTAAGAACGTCTACCAACGATACATTACAT----CTAAATCTCAAACGACATC--ATATGACATGG-CGTTTTCTATATGCGGTC-------------------CAA---AC---TACCAACATCAATACGCCACT----------CAAAATCACT----AAGTTCATTTAAAGCTTCACTGA-AGTCCCACCTTAT--TTC-TGGTACATCATGAGC-----------ACA---------------------TA------------------------T--A----------------GTTAA----------TCGTGCAGT---AAAA-CAT--ATTT-ACAATACTT-----TTG--AACT---AT-CA-AT----TTTT---------------------ATACAA-T-TTTCTAATATCTGAATTATCT-TTCTTTTACTCATTATTTTTGA------ATTTATAAACATAATTTAAAATTTGTTTTAT-ATC-AGTGATCTTTAATA--CA-----TTGAA--------A-C--------ATTTACTATTGATA--TTCAT-AAAAATACGTTTATATAAAT-----AATTTTAA-------TTACATGTGCAATTAT-----TAAGATTCCAGACCAAAGA---A--C-T-TTTATATACA---------TGTATTTGATAT--GTTAATT-TTATGTT-----TAA-ATGTGC-TGTT-A-A-T------------G-A-TATGTATG--------------TTTAAGGGGACCATATGTCAGACTGGCT
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4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Unaligned ( gi|21 ): TTAGGATCCAAATTTAGAACGTAAAACACACTTTTTTAAACATAAAATTAGACGACATTGTAATTCAAGCAGTAGGAGTTCGAAAGCGTTTTGGCATAAGAACTAGCCAGAGACATAAACTATGTATCTGGAACTAGCGGATAT
Unaligned ( gi|23 ): GAGTTGAATTAACTACACCCTTCAATCTAACGTTTAATGCTCTTCAATGGCTTTATTTTCACAGATACATAAAATCAAATAGTATGTAAATAAATAAATGACCAAGCAGTAGTATGCAT
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Reference ( family-3397 )     :                                                                                                                                                                                                         ATGAATTTGCTATCAAAATAGACAAACCAAGATAGTATGAAAATATTCTTTAATGTAAATATATTA--T--CTTTGTTTGANTATNGTTGTATTATATGGGGTCGACGCTCTGCAAATAACAATNAACGNATATT-AA-GCTACAA-AAAAAAGCGCCAA-GC-TAATA--CATGCATTATGGTCTACAAATCAATAAATGATCAAGCACC-------AGAATATATAAATACTCTGTTGTCAAAATGTTCTTCAAAACAT-GAG--AAAAA--CTTAAGATCGTCTACCAATGATACATTACATGTTCCTAGATCTCACACGACATC--ATATGACAGGG-CGTTTTCTATATGCGGTCCTA-----CAGAATGGA-ACAA---AC---TACCAACATCAATACGCCATT----------CAAAATCACT----AAGTTCATTTAAAGCTTCACTTA-AGTCACACCTTAT--GTC-TGGTACATCATGAGC-----------ACA---------------------TA------------------------T--A----------------ATTAA----------TCGTGCAAT---AAAA-CAT--ATTTTAAATACTTTTAAACTAT-----------CAA----TT---TT--------------------TATACAA-T-TTTCTAACATCTGAATTATCT-TTCTTTTACTCATTATATTTGA------ATTGATAAACATAATTTTAAATTTGTTTTAT-GTA-ATTGATCTTTAATA--CA-----TTGTA--------A-C--------ATTTACTATAGATA--TTCAT-AAAAATACGTTTTTACAAAT-----AATTTTAA-------TTACATGTGCAATTAT-----TAAGATTCTAGACCAAAGA---A--C-T-TT-------A---------TATATTTGATAT--GTTAATT-TTATGTT-----TAA-ATGTGC-TG-T-A-A-T------------A-A-TATGTATG--------------TTTTAGAGGACCATATGTCAGACTGGCTATATAGCCAAATATGTTATCCTCAGAAAATAAA
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gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     tataaA-AACAAA---CCAA-ACATCATA--CCTGTACTATGGTCTTCAAATCACTAGATGAGTAGGCACT-------AGAcccagtaattgtatggactgcaccctccaatcatattgtttaatgctctacaatgacttccttttcataaacaaaccaaacatcatacctgtactatggtcttcaaatcactagatgagtaggcactaga
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    tataaataaattgctataaaaaagcaatcaggttagtatgaaatatccttatatacatcactcttgtttgattaaggttgtattatatgagaacgccactctgttaatagcattggaagaatactcatactacaataaagaactgccaggctaatcccagtaattgtatggactgcaccctccaatcatattgtttaatgctctacaatgacttccttttcatGTTTAAC-GAA-TTTGGTCTT-AACAA-CA-----TTTTA--------A-C--------ATATATTACAAATGGTTTCA---AATTTATATTTTTATCAATTTTAAAACTTTAAAGTTGAATCACATGTGCAATTAT-----TAAGATTATAGATAAAAGA---A--C-T-TC-------ATATTTTTTTTATATTTGATAT--GTTTAAT-GTGTGTTGCAAATAATATATGTATG-T-ATA-T------------ATA-TATGTATGTACATATATGTATCTCTTA---GACGATATGAC---CTATCTATGTAGACAAATATAATAATCTCAGAAAATAAA
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             taaacaGA------ATTGATGAACA-AATTTTTTATTTTTTTGAT-GTA-AATGACCTTTAATA--CG-----TTATA--------G-C--------AATTACTATAGATA--TTAAA-AAAAATACGTTTTTACAAAT-----ATTTTTTA-------TTACATGTGCACTTAT-----TAACATTTTATACCAAAGA---A--C-TGTT-------A---------TATATTTGATAT--GTTAATT-TTATGTT-----TAA-ATGTGC-TG-T-A-AGT------------A-A-TATGAATG--------------TTTTAGAGGACCATATGTCAGACTGGCTTTATAGCCAAATATGTTATCTTCAGAAACTAAAgatt
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                TA--CATGTTTGATAGTCTGAAAATCAATAAATAATCAAACACC-------AGACTATATAAACAAAATGTTATC-AAACATTTTTCATTGCAT-GGA--AGAAA--CTTGAGGATGACTAC---TTATAAATGATATAATCTGATATCTCACACAACATT--TCGTGATAGAA-AATTCTTTATATGg
gi|18                         :                                                                                                                                                     ataatgaaattgttctttaatggctcccttttcaataagagatcaaatggcgATGAGATTGCTATCAAAATACACCAATCACGATAGTAC-AAAATGT--TTTAAT
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                       cgtattaaagtctgaacaatgaacaaacaataggcattaaattagacgacaatgtaattcaagcatttgaagttcaaaggttcaatgggatacatatttgatcaaacgttaaaacaaatatatagtatatgacagatattgcaaaacaactcttA--TATCCAATATGGTCTACAAGTCAATAAATGGTCAAGCACC-------ACAATATATAAATACTTTGTTGTTTAA-TGTTCTTCAAAACAT-GGA--AAAAA--ATTAAGATTGTCTACCAATGATGCATTACATGTTCCTAGATCTCACTCGA
gi|2                          :                                                                                                                                                               tgtttatgcccttcaatggcttccttttaaaaaacatatcaaATGAATTTGCTATCAAAATAGATAAACCAAGATAGTATGAAAATATTCTTTAATGTAAATATATTA--T--CTTTGTTTGAATATTGTTGTATTATATGGGGTCGATGCTCTGCAAATAACAATTAACGTATATT-AAAGCTACAG-AAAAAAGCACCAATGC-TAATC--C-TGCATCATGGTCTACATATCAATAAATGATCAAGCACC-------AGAATATATAAATACTCTGTTGTCAAAATGTTCTTCAAAACAT-GAG--AAAAA--CTTAAGATCGCCTACCAATGATACATTACGTGTTCCTTGATCTTACACGATATC--ATATGACAAAGTCGTTTTCTATATGGGGTCCTA-----CAAAATGGA-ACAA---TC---TACCAACATCAATACGCCATT----------CAAAATCACTCCAAAAGTTCATTTAAAGCTTCAATTA-AGTCACATCTTAT--ATC-TGGTATATCATGAGC-----------ACA---------------------TA------------------------T--A----------------ATTAA----------T-GTGCAAT---AAAA-CAT--ATTTTAAATACTTTTGAATTAT-----------CAA----TT---TT---------------------ATACAC-T-TTTCTATTATCTGAATTATCT-TTCTTTCACTCATTATATTTGA------ATTCATAAACGTAATTTTAAATTTGTTTTAT-ATA-AGTGATCTTTAATA--CA-----TTGTA--------A-C--------ACTTACTATTGATA--TTCAT-AAAAATACGTTTATACAAAT-----ACTTTTAA-------TTACATGTGAAATTAT-----TAAGATTCTAGGCCAAGTA---A--C-T-TT-------A---------TATATTTGATAT--GTTAATT-TTATGTT-----TAA-ACGTGC-TG-T-A-A-T------------------TGTATG--------------TTTTAGAGAACCATATGTCAGACTGGCTTTATAGCC-AATATGTTATCCTCAGAAAATAAA
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gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       gtatgtccgtcaaaaAGCACT-------ATACTATATGAACACTCTACTATCAAAATGCTCTGCAAAACATGGAG--AGAAttattattatagaaaagtgttataaa
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      TGCATTATTGTCTACAAATCAATAAATGATTAAGCGCC-------AGAATATATAAATACTCTGTTGTCAAAATGTTCTTCAAAACAT-GAGAAAAAAA--ATTAAGAACGTCTACCAACGATACATTACAT----CTAAATCTCAAACGACATC--ATATGACATGG-CGTTTTCTATATGCGGTC-------------------CAA---AC---TACCAACATCAATACGCCACT----------CAAAATCACT----AAGTTCATTTAAAGCTTCACTGA-AGTCCCACCTTAT--TTC-TGGTACATCATGAGC-----------ACA---------------------TA------------------------T--A----------------GTTAA----------TCGTGCAGT---AAAA-CAT--ATTTACAATACTTTTGAACTAT-----------CAA----TT---TT--------------------TATACAA-T-TTTCTAATATCTGAATTATCT-TTCTTTTACTCATTATTTTTGA------ATTTATAAACATAATTTAAAATTTGTTTTAT-ATC-AGTGATCTTTAATA--CA-----TTGAA--------A-C--------ATTTACTATTGATA--TTCAT-AAAAATACGTTTATATAAAT-----AATTTTAA-------TTACATGTGCAATTAT-----TAAGATTCCAGACCAAAGA---A--C-T-TTTATATACA---------TGTATTTGATAT--GTTAATT-TTATGTT-----TAA-ATGTGC-TGTT-A-A-T------------G-A-TATGTATG--------------TTTAAGGGGACCATATGTCAGACTGGCT
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            agaagcatgcatcaagTTAAGATCGTTTACCAATGATACATTACAAGTTCCTAGATCTCACACGACCTC--ATATGACGGGG-AGTTTTCTATTTGCGGTCCTA-----CAGAATGGA-ACAA---AA---TACCAACATCAATACGCAATT----------CAAAATCACTT---AAGT-CATTTAAAGCTTCACTTA-AGTCCCACCTTAT--TTC-TGGTACATCATGAGT-----------ATA---------------------TA------------------------T--A----------------GTTAA----------GCGTGCAAT---AAAA-CCT--ATTTTAAACACTTTTGAATTATTAATTTTTATACAA----TT---TTCTAATATCTGGCCCCGAGGTTATAAAACT-TTTTTGA-GTTCGAATTATTT-TTCTGTTACTCATTATATTTGA------ATTTATAAACATAATTTTAAATTTGTTTTAT-ATA-AGTGATCTTTAATA--CA-----TTGTA--------A-C--------TTTTGTT-TAGATA--TTCAT-TAAAATACGTTTATACAAAT-----AATTTTAA-------TTACATGTGCACTTAT-----TAAGATTCTGTACCAAAGA---A--CTT-TT-------A---------TATATTTGATA------AA--------TT-----TAA-ATGTGC-CG-TAA-A-T------------A-A-TATGTATG--------------TTTTAGAGGATCATATGTCAGACTGGCTATATAGCCAAATATGTTATCCTCAGAAAATAAA
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    TATGACAGGG-CATTTTCTATATGCGGTCCTAAGTAACAGAACGCA-ACAA---GC---TACCAATGTCAATATGCCATT----------TAAAATCACG----AAGTTCATTTAAGGTTTCACTAA-AGTCACACCTTAT--GTC-TGGTACATCATGAGCACATCTGCCAAACG---------------------TAGAAAGTCATTAAG-----------TCAA----------------ATTAA----------CTGTGCAAT---ATAA--AT--ATTTTAAATATTTTTAAACTAT-----------CAAAA--TT---TT--------------------TATACAA-TATTTTTAG-ATCTGATTTATAAATTCTTTTACTCATTATATTTGA------ATTGATAAACATAATTTTAAATTTGTTTTTTTGTA-ATTGATTGTTAATA--CA-----TTGTA--------A-C--------ATTTACTATAGATA--TTCAT-AAAAATTCGTTTTTACAAAT-----AATTTTAA-------TCACATGTGTAATAAT-----TAAGATTTTATACCATATATTTT--T-T-TT-------A---------TATATTTGATAT--GTTAATT-TTATGTT-----TAA-ATGCGC-TG-TAA-A-T------------A-A-TATGAATG--------------ATTAAGAAGACCAT-------ACTGGCTATATAGCCAAATATGCTATCCTCAGAAAATAAAga
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             atATA--CATGCATCATGGTCTACAAATCAGTAAATGATCAGTCACC-------AGAATATATAAATACTCTGTTGTCAAAATGTTCTTCAAAACAT-GAG--AAAAA--CTTAAGGTCGTCTACCAATGCTACATTACATGTTCCTAGATC---------ATC--GCATGGCAG---CGTTTTGTATATGCGGTCCTG-----CAGTATGGA-ACAA---GC---TACTAACATCAATTTGCCATTCAAAATCATTCAAAATCAAT----AAGTTCATTTAAAGCTTCACTAA-AGTTACACCTTAT--ATC-TGGTACATCATGAGC-----------ACA---------------------TG------------------------T--ACCTAACGTAGAAAGACATTAAATCTAATTAATCGTGCAGT---AAAA-CAT--ATTTTAAATACTTTTAAACTAT-----------CAA----TT---TT--------------------TATACAA-T-TTTCTAATATATGAATTATTT-TTCTTTTACTCAgattcattattataataaatataaa
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 aatattaaaacaacaaaaagagctgcaaggctaatcctaggagctgaattgactactccctccaatcaaatgtttaatgctcttcaatgacttccttttcataaacgaatcaaatatcGACAGGG-CGTTT-----ATGCGGTCATG-----CAGAATGGA-ACAC---AC---TACCAACGTCAGTATGCCGTT----------CAAAATCACT----AAGTTCATTAAAAGATGCACTAA-A---ACAC-------GTC-TGGTACAT-ATGAACAT---------ATA---------------------TAACTACCGCTGAAAGTCATTACGTCT--A----------------TTTAA----------TCGTGCAAT---AAAA-CAT--ATTTTAGATACTATAAAACTAT-----------CAA----TT---TT--------------------TATACAA-T-TTTCTAAGATTTGAATTATTT-TTCTTTGACTGATTATATTTGA------ATTGATAAATATTATTTTAAGTTTGTTTTAT-GTA-ATTGATCTTAAATA--CA-----TTGTA--------A-C--------ATTTACTATAAATA--TCCAT-AAAAATACGTCTT--GAAAT-----AATTTTAA-------TTACATGTGCAATTAC-----TTAGATTCTAGACCAAAAA---AACT-T-TT-------A---------TATATTTGATAT--GTTAATT-TTATGTT-----TAA-ATGTGC-TG-T-A-A-CTGTGCTGTAAAGA-A-TATGTATG--------------TTTTTGAAGACCATATGTCAGACTGGCTAT-TTGCCAAATATGTTATCTTCAGCAAATAAA
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    aaCACACTACAAC--ATATGATAGGG-CGTTTTCTATATGCGGTCCCA-----CAGAATTGA-ATAA---AC---TATCAACATCAATAC---------------------------------TCCATTCAAAATTGCG---A-AGTGACA---TATAAGTC-------------AGT-----------AGG---------------------TT------------------------T--A----------------ACAAA----------TTGTGAAATGATAAAA-CA------------ACTTATAAAAAAT-----------AAA----TTCTTTT--------------------TAAACAC-TATTTCTAACATATGAGTTAT-T-AAGTTTTACTCAATATAATTTA------ATTGATAAACATAATTGTA----T-CTTTAT-GCA-ATTGATATTCAATA--CA-----TTATA--------GTC--------ATT-ATTATAGATA--TTC-C-AAAAATACGTTTA-ACAAAT-----AGGTTCAA-------TCACACAGGAAGTTATCATATTAAGATTTTAGACCAAACA---G--C-TGTT-------A---------TTTATTTGATGT--ATCAATTGTT---TT-----TAA-ATTTGT-TG-T-A-A-A------------A-AATATGTATG--------------TTTTAGAGAACCGTATGTCAGACTGGCTTTCTAGGCAAATATGTTATCCTCAG
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                         ATGAATTTGCTATCAAAATAGATAAACCAAGATAGTATGAAAATATTCTTTAATGTAAATATATTA--T--CTTTGTTTGAATATTGTTGTATTATATGGGGTCGATGCTCTGCAAATAACAATTAACGTATATTAAA-GCTACAG-AAAAAAGCttattatttttattatcgttatcattgttatttattatta
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): GATACACGGCAGAGTGACTCGACGCCAAACTTGCATAAATAGCTGTAAAAGGTGGTGTAACGATAACAAAATGATTATAAAACATTCTCAATGACTTGGGATCCAGATTAACATTTAAAATAACAACACTCTAGACATTAAATTAGATGTCAATGTAATTCAAGCAACTGAAGTTCAAAAAAGTTTAGGCATACGCATTGATCAAAAATTGTGTTTGGAAAAACAAATATATAGTGTTTGTCAAAATATCACAAGAAAAATAACACTTGTGAAAATTCTATCA
Unaligned ( gi|21 ): TTAGGATCCAAATTTAGAACGTAAAACACACTTTTTTAAACATAAAATTAGACGACATTGTAATTCAAGCAGTAGGAGTTCGAAAGCGTTTTGGCATAAGAACTAGCCAGAGACATAAACTATGTATCTGGAACTAGCGGATAT
Unaligned ( gi|23 ): GAGTTGAATTAACTACACCCTTCAATCTAACGTTTAATGCTCTTCAATGGCTTTATTTTCACAGATACATAAAATCAAATAGTATGTAAATAAATAAATGACCAAGCAGTAGTATGCAT
Unaligned ( gi|24 ): TTGGCATATGCAATGAATCACACGTTGAGTTGGGAAAAAACAAATAGATAGTTTATGTCAGAATGATATAAGAAAAATAACACTATAAATATT