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Reference ( gi|2 ) : ACTACGTATGGGGGGAACCTGGAGTGGAATAATAGAACAAGAAATTAGTTTATCAAATCTTAGCAATTTTGGAAATGCTTACACAGCAAAAAAGATAAATAAAATTAGCAATACATTCTGGCGAGATGTTCTTAAATCACACAATAGCAT--AATTCAATTAAACAAA-ATTA-CAACCTT-AGAATATCTA---------CTTCAGACACCAATATTTCAAAATAATAATTTG-CTA-TAGGTGGAAAACCCATAATAAATAAGCTATGGAATGAAAAGGGTATATATTTTATTAATGATATCGTGTCAGAAAAAGGGGAGCTTTTGACAGAAAATGAATTTAAAACAATATACAACATAAAAAAAAACTATCTACAGTTCCATGGAATAATACAAGCAAT-AAAAAAATTAGCAAAGAAATATGGCATAACCATCAACAAT-AAAAAGATGCCAAATCCACTTTTACCCACCAA-TATAAATGTATACTTTAAATCTATAAAAGGATGCCAACATTTTTACA----------ATATTTTAAATAATAATGATGAAGTACCCACTTCAAA--ATTTAAATGGGAGCAAATCTATAATATCTCTGAGGAAACATGGAAAGACATA-----TTCTTATCACCTTTCAAATATAACTATAGCTCAATTTTACAATGGTTT-CAAGTCAAG-ATCAACCATAGAATTTTACCAACAAAGAAATATTT-AAAAATAATTAAAGCTGTCC-----CAAGCTCACTATGTTCTTATTGTAATCAAGAGGAAAGCATTATTCATTTACTCTGGACATGCCCCTCAACAAGATCATTTCTTCAAAAAA-TACAAACATGGTTTATAAGGAACAGTATAACTTTACCATTTATAGAAGAATTATTTATAT---TTAATATAGGAGAACATTATATAATGGCTGATATGCAGATCATATTAGAGATTAAATACTATATATTCTCAGCCAAAAAATTGACTT-CTCCATTATCTATAACTGCACTTCATAACAGACTTAAACATTCCTTTAGGGCAAACAAATATATAGCAGTTAAAAATAATACCATAAAAACTTTTG--AAAAAAAATGGAATAAATTCAAAACTTTACTTCAAGATTAATTTGATAAATACTGGTTTTAACTTCCTTCCATACAACTTGTGTTTTATCCAGGTTCTGGTAAAA-A-AATGTTTAAAA-TGTTAATATAGACACAATTAATAAGTAAGAAATGTTTTATTAAAACAAATGAAACAAGTAAGTAGACCCTGAAAATAACACCAACCATAATGTAACATATTATTTTTATTATTATTTCTGTATCGTAAGTAACCGTGCACACAGAGTTGTTCT---TTTTTATTC---TGTATTGTGAGGTCCATTATTTAAAATAAATGC-AA--AAAACATAAGATTGACAGCTG-----------AAA-AATGAGTGAAAGAGGATGAT-CGAGAAAGTGTTTTTATGGAAATACGGAATACTTGTATTGATATTGCTCAGATTTGTTTAT---TCTCGCTCAAACATATA--AT--TATCCATGTTGTTAATT-GGAAAATAAATGGGCCAC------TACAGTG----T---AGAATGGCTG-----AAAAAAAAAAAGAAAAAAAAAAAAAAAAA
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gi|7 : TTCTTCAAAAAA-TACAAACATGGTTTATAAGGAACAGTATAATATTACCATTTGTAGAAAGATTATATATATATATCAATATAGGAGAACAATATATAATGGCTGATATGTAGATCATACTAGAAAT-AAATACTATATATTCTCAGCCAAAAAATTAACTT-CACCATTATCAATTACGTCATTTCACAACAGACTTAAGTATTCCTTTTGGGAAAATAAATAAATAGCATTTAAAAATAATACCATAAAACTTTTT----AAAAAAATGGAAATAATTCAAAACTTTGCTTCAAGATTAATTTGATAAATACTGGTTATAATTTCCTTCCATACATCTTGTGTTTTATCCAGGCTCTGGTAAAA-A-AAAGGTTAAAAAGGTTATTATAAACAGGGCTAATAAGTAAGAAACGTACTATTAAAACAAATGAAACAAGTAAGTAGACCCTGACAACAACACCAACCATAATGTAACGTATTATTTTTATTATTATTTATGTATCGTATGTTATCG-GCACACAGAGTAGTTTT---TTTTTCTCT---TCTATTGTGAGGTCCATTATTTAAACTAAATGC-TT--ATAACATAAGATTGACAGCTG-----------TAA-AATGAGTGAAATAGTATGAT-TGAGGGAGTGTGTATATGGAAATATGGAATACGAGTATTGTTATTGCTAAAACTTGTTTATTACTCTCGCTCAAACATATA--AT--TACCCATGTTGTAAATTAGAAAAATAAATGGGACAC------TACAATG----T---AAAATGGCTG-----AAAAA
gi|9 : TTATTTATAT---CTAATATAGGAGAACAT-ATATTATGGCTGATATGCAGATCATATTAGAAATTAAATACTATATATTCTCAGCCAAAACATTAACTTCCCCCATTATCTATTACTGCACTTCACAACAGACTTAAACATTCCCTTAGGGCAAACAAATATATAGCAGTT--AAATAATACCATAAAAACGTTTG--AAAAAAAAAGGAATAAATTAAAAACTTTACTTCAAGAATAATTTTATAAATACTGTTTTTAATTTCCTTCCATATAACTTGTGTTTCATCCAGGCTTTAGTAAAACA-AATGTTAAAAA-CATTACTATATACACGACTAATAAGTAAGAGATGTATTATTAAAAGAAATGAAACAAGTAAGCAGACCCTGAAAATAACAACAGCCATAATATAACATATTATTTTTATCATTATTTGTGTATCGTATGTAACCGTGCAGACAGAGTTGTTTTTAGTTTTTTTTCTCTTCTATTGTGAGGCCCATTATTTAAACTAAATTC-TT--AAAACATAAGGTTGAAAGCTG-----------AAA-AATGAGTGAAAGAGTATGAT-CGAGAGAGTGTTTATATGGAAATATGGAATACATGTATTGTTAATGCTAAAATTTGTTTATTACTCTCGCTCAAAAATATA--AT--TATCCATGTTGTTAATT-GGAAAATAAATGGGCCAC------TACAATG----T---GGAATGGCTGGGGGTAAAACAAAAA
gi|12 : AAATATATAGCAGTTAAAAATAATACCATAAAAACTTTTG--AAAAAAAATGGAATAAATTCAAAACTTTACTTCAAGATTAATTTGATAAATACTGGTTTTAATTTCCTTCCATACAACTTGTGTTTTATCCAGGTTCTGGTAAAA-A-AATGTTTAAAA-TGTTAATATAGATACAATTAATAAGTAAGAAATGTTTT
gi|12 : TTATTAAAACAAATGAAACAAGTAAGTAGACCCTGAAAATAACACCAACCATAATGTAACATATTATTTTTATTATTATTTCTGTATCGTAAGTAACCGTGCACACAGAGTTGTTCT---TTTTTATTC---TCTATTGTGAGGTCCATTATTTAAACTAAATGC-AA--AAAACATAAGATTGACAGCTG-----------AAA-AATGAGTGAAAGAGTATGAT-CGAGAAAGTGTTTTTATGGAAATACGGAATACTTGTGTTGATATTGCTCAGATTTGTTTAT---TCTCACTCAAACATATA--AT--TATCCATGTCGTTAATT-GGAAAATAAATGGGCCAC------TACAGTG----A---AGAATGGCTG-----AAAAAAAAAAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttattaaaacaaatgaaacaagtaagtagaccctgaaaataacaccaaccataatgtaacatattatttttattattatttctgtatcgtaagtaaccgtgcacacagagttgttcttttttattctctattgtgaggtccattatttaaactaaatgcaaaaaacataagattgacagctgaaaaatgagtgaaagagtatgatcgagaaagtgtttttatggaaatacggaatacttgtgttgatattgctcagatttgtttattctcactcaaacatataattatccatgtcgttaattggaaaataaatgggccactacagtgaagaatggctgaaaaaaaaaat
gi|19 : aaatatatagcagttaaaaataataccataaaaacttttgaaaaaaaatggaataaattcaaaactttacttcaagattaatttgataaatactggttttaatttccttccatacaacttgtgttttatccaggttctggtaaaaaaatgtttaaaatgttaatatagatacaattaataagtaagaaatgttttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTATTATAACAAATGAGACATGTAATTATACTCTGACTATAACACAGTCCATAATGTAACATATCA---TTATAAT------TGTATTGTATGTAACCCTGCACACAG---TGAACT---TTTTt
gi|17 : TTGT---TTTCTCTTC---T-T-TTATGAGGTCCATT---TAATA-AAATGC-TTT-AACACATAAGATTGACAGCTG-----------AGA-AATGATTGAAAGAGTATGA---GGGAA--TG--TTTAT-GAAATACA-------TGTATTGATATTGTTAAAACTTGTTTATAACTGTCATCCAAACATATA--AT--TATCCATGTTGTTAATT-GGggtgttttttttaaattttttgt
gi|15 : cTTGTGGGTTCCAATATTTAAACTTAATGC-TT--AAAACATAAGATTGACAGCAG-----------AAA-AATGAGTGAAAGAATATGAT-CGAGGGAGTGTTTATATGGAAATATGGAATACATGTTTTGTTATTGCTAAAACTTGTTTCTTAATCTTACTCAAACATGTA--AT--TATTCATGTTGTTAATT-GGGAAAT-AATG---TACTTTTTTTACAATG----T---AGAATGGTTGGTT--AAAAAAAAAAA
gi|16 : AAATGC-GATTAAGGCAAAAGATTGTCAGCTGTTTTTACAA--AAACAATGCATGAAAAAGAGT-ATACGAGA--GTGTTT--------ATACAAAGTAGGTGTATTTATATT------ATTTATT-AC---TCTCATACATACATATATAATAGTATATATATTTCTAATT-GTCAAATAAATGGGCCAC------TATAATATTGTT---AAAATGGCTA-----AAGAAAA
gi|18 : ttaTGACAGCTGTTTTTTCACCAAAA-AATGAATGAAAGAATATGA-----GAGAGC------ATCGA--TA--GAATTCATGTTTTGTTATTGTTTA-------TTAC---TCTCACACAAACATATATAAT--TATTAATGTAAGTAATT-GTCAAATAAATGGGCCAT------TACAATC----TTGAAGAATGGCAG-----ACAAAAAA
gi|21 : ATT-GGAAAATAAATGGGCCAC------TACAGTG----T---AGAATGGCTG-----AAAAAAAAAAAg
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): TAAAATGCTTTAAAGCTTGAGAATGGCAGTTGAGGAATGTGTGAATGAGTCTGAGGGATGGTTTATATGTAATACATGTATTTCTATTGTTAAAAAGTATTTATTACTCTCACACAAA
Alignments
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lowQualScore : . . . . . . .. . . . . .. ......... . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .. . .. .......... . . .. . . ..... . . . . ..... . . . . . ... . . . . . . . . .... . . . . . . . . . . ...... ... . . ... . ..... ........... . .. . . . . . . . . .... .. .. . ...... ........ .....
lowQualScore : 5 2 2 0 5 2 88 5 0 0 0 22 000000000 2 5 0 0 2 8 8 0 5 0 1 2 5 4 9 0 1 8 0 7 6 66 0 77 0000000000 8 0 00 8 2 00000 0 2 7 9 22222 9 7 4 0 0 222 7 7 4 0 6 8 8 1 5555 0 0 0 5 2 1 0 0 0 9 888888 000 0 0 888 0 66666 99999999999 1 22 2 1 3 0 0 0 2 2 2222 00 00 3 555555 11111111 00000
consensus : ACTACGTATGGGGGGAACCTGGAGTGGAATAATAGAACAAGAAATTAGTTTATCAAATCTTAGCAATTTTGGAAATGCTTACACAGCAAAAAAGATAAATAAAATTAGCAATACATTCTGGCGAGATGTTCTTAAATCACACAATAGCAT--AATTCAATTAAACAAA-ATTA-CAACCTT-AGAACGTCTA---------CTTCAGACGCCAATATTTCAAAATAATAATTTGCTAGTAGGTGGAAAACCCATAATAAATAAGCTTTGGAATGAAAAGGGTATATATTTTATTAATGATATCGTGTCAGAAAAAGGGGAGCTTTTGACAGAAAATGAATTTAAAACAATATACAACATAAAAAACAACTATCTACAGTTCCATGGAATAACACAAGCAAT-AAAAAAATTAGCAAAGAAATATGGCATAACCATCAACAAT-AAAAAGATGCCAAATCCNCTTTTACCCACCAA-TATAAATGTATACTTTAAATCTNTAAAAGGATGCCAACATTTTTACA----------ATGTTTTAAATAATAATGATGAAGTACCCACTTCAAA--ATTTAAATGGGAGCAAATCTATAATATTTCTGAGGAAACGTGGAAAGACATA-----TTCTTATCACCTTTCAAATATAAATATAGCTCAATTTTACAATGGTTTCAAGCCAGAATCAACCATAGAATTTTACCGACAAAGAAATATTT-AAAAATAATTAAAGCTGTCC-----CAAGCTCACTATGTTCTTATTGTAATCAAGAGGAAAGCATTATTCATTTATTCTGGACACGTCCTTCAACAAGATCATTTCTTCAAAAAA-TACAAACATGGTTTATAAGGAACAGTATAACTTTACCATTTATAGAAGAATTATTTATAT---TTAATATAGGAGAACAATATATAATGGCTGATATGCAGATCATATTAGAGATTAAATACTATATATTCTCAGCCAAAAAATTAACTT-CTCCATTATCNATNACTGCACTTCACAACAGACTTAAACATTCCTTTAGGGCAAACAAATATATAGCAGTTAAAAATAATACCATAAAAACTTTTG--AAAAAAAATGGAATAAATTCAAAACTTTACTTCAAGATTAATTTGATAAATACTGGTTTTAATTTCCTTCCATACAACTTGTGTTTTATCCAGGCTCTGGTAAAA-A-AATGTTTAAAA-TGTTAATATAGACACGACTAATAAGTAAGAAATGTTTTATTAAAACAAATGAAACAAGTAAGTAGACCCTGAAAATAACACCAACCATAATGTAACATATTATTTTTATTATTATTTCTGTATCGTANGTAACCGTGCACACAGAG------TTGTTCT---T-TTTTNTTC---TCTATTGTGAGGTCCATTATTTAA-ACTAAATGC-NN--AAAACATAAGATTGACAGCTG-----------AAA-AATGAGTGAAA--GAGTATGATCGAGAGAGTGTTTNTATGGAAATACGGAATACNTGTATTGNTATTGCTNAGATTTGTTTA-T-ACTCTCGCTCAAACATATA--AT--TATCCATGTTGTTAATT-GGAAAATAAATGGGCCAC------TACAGTG----T---AGAATGGCTG-----AAAAAAAAAAA
Reference ( family-3368 ) : ACTACGTATGGGGGGAACCTGGAGTGGAATAATAGAACATGAAATTAATTTATCAAATCTTANCAATTTTGGAAATGCTTACACAGCAAAAAAGATAAATAAAATTAGCAATACATTCTGGCGAGATGTTCTTAAATCACACAATAGCAT--AATTCAATTAAACAAA-ATTA-CAACCTT-AGAACGTCTA---------CTTCAGACGCCAATATTTCAAAATAATAANTTGCTAGTAGGTGGAAAACCCATAATAAATAAGCTTTGGAATGAAAAGGGTATATATTTTATTAATGATATCGTGTCAGAAAAAGGGGAGCTTTTGACAGAAAACGAATTTAAAACAATATACGACATAAAAAACAACTATCTACAGTTCCATGGAATAACACAAGCAAT-AAAAAAATTAGCAAAGAAATATGGCATAACCATCAACAAT-AAAAAGATGCCAAATCCNCTTTTACCCACCAA-TATAAATGTATACTTTAAATCTNTAAAAGGATGCCAACATTTTTACA----------ATGTTTTAAATAATAATGATGAAGTACCCANTTCAAA--ATTTAAATGGGAGCAAATCTATAATATTTCTGAGGAAACGTGGAAAGACATA-----TTCTTATCACCTTTCAAATATAAATATAGCTCAACTTTACAATGGTTTCAAGTCAGGATTAACCATAGAATTTTACCGACAAAGAAATATTT-AAAAATAATTAAAGCTGTCC-----CAAGCTCACTATGTTCTTATTGTAATCAAGAGGAAAGCATTATTCATTTATTCTGGACACGTCCTTCAACAAGATCATTTCTTCAAAAAA-TACAAACATGGTTTATAAGGAACAGTATAACNTTACCATTTATAGAANAATTATTTATAT---TTAATATAGGAGAACAATATATAATGGCTGATATGCAGATCATATTAGAAATTAAATACTATATATTCTCAGCCAAAAAATTAACTT-CTCCATTATCNATTACTGCACTTCACAACAGACTTAAACATTCCTTTAGGGCAAACAAATATATAGCAGTTAAAAATAATACCATAAAAACTTTTG--AAAAAAAATGGAATAAATTCAAAACTTTACTTCAAGATTAATTTGATAAATACTGGTTTTAATTTCCTTCCATACAACTTGTGTTTTATCCAGGCTCTGGTAAAA-A-AATGTTTAAAA-TGTTAATATAGACACGACTAATAAGTAAGAAACGTNTTATTAAAACAAATGAAACAAGTAAGTAGACCCTGAAAATAACACCAACCATAATGTAACATATTATTTTTATTATTATTTCTGTATCGTANGTAACCGTGCACACAGAG------TTGTTCT---T-TTTTNTTC---TCTATTGTGAGGTCCATTATTTAA-ACTAAATGC-NN--AAAACATAAGATTGACAGCTG-----------AAA-AATGAGTGAAA--GAGTATGATCGAGAGAGTGTTTNTATGGAAATACGGAATACNTGTATTGNTATTGCTNAGATTTGTTTA-T-ACTCTCGCTCAAACATATA--AT--TATCCATGTTGTTAATT-GGAAAATAAATGGGCCAC------TACAATG----T---AGAATGGCTG-----AAAAAAAAAAA
gi|1 : ACTACGTATGGGGGGAACCTGGAGTGGAGTATTAGAACATGAAATTAAT--ATCAAATCTTAACAATTTTGGAAATGCTTACACAGCAAAGAAGATAAATAAAATGAGCAATACATTCTGGCGAGATGTTCTTGAATCACACAATATCAT--AATTCAATTAAACAAA-ATTA-CAACCTT-AGAACATCTA---------CTTCAGACACCAATATTTCAAAATAATAATTTGCTAGTAGGTGGCAAACCCATAATCAATAAGCTTTGGAATGAAAAGGGTATATATTTTATTAATGATATTGTGTCAGAAAAAGGGGAGCTTTTGACAGAAAATGAATTTAAAACAATATACAACATAAAAAACAACTATCTATAGTTCCATGGAATAATACAAGCAATGAAAAAAAATAGCAAAAAAATATGGCATAACCATCAACAAT-ATAAAGATGCCAAATCCACTTTTACCCACCAA-TATAAATGTATACTTTAAATCTTTAAAAGGATGCCAACATTTTTACA----------ATATTTTAAATAATAATGATGAAGTACCCACTTCAAA--ATTTAAATGGGAGCAAATCTATAATATTTCTGAGGAAACTTGGAAAGACATA-----TTCTTATCACCTTTCAAATATAAATATAGCTCAATTTTAGATTGGTTTCAAGTCAGAATCAACCATAGAATTTTACCAACAAAGAAATATTT-AAAAATATATAAAGCTGTCC-----CAAGCTCACTATGTTCTTATTGTAATCAAGAGGAAAGCATTATTCATTTATTCTGGACATGTCCTTCAACAAGATCATTTCTTCAAAAAA-TACAAACATGGTTTATAAGGAACAGTATAACATTATCATTTATAGAAGAATTATTTATAT---TTAATATAGAAGAACA--ATATAATGGCTGATATGCAGATCATATCAGAGATTAAATACTATATATTCTCAGCCAGAAAATTAACTT-CTCCATTATCTATAACTGCACTTCACAACAGACTTAAACATTCCTTTAGTGCAAACCAATATATAGCAGTT-AAAATTATACCATAAAAACTTTTGAAAAAAAAAATGGAATAAATTCAAAACTTTACTTCAAGATTAATTTGATAAATACTGCTTTTAATTTCCGGCCATACAACATGTGTTTTATCTAGGCTCTGGTAAAA-AGAATGTTTAAAA-TGTTAATATAGACTCAATTAATGAGTAAGAAACGTTTTATTAAAACAAATGAAACAAGTAAGTAGACCCTGAAAATAAAACCAACCATAATATAACATATTATTTTTATTATTATTTCTGTATCGTTAGTAACCGTGCACACACAG------TTGTTCT---T-TTTTATTC---TCTATTGTGAGGTCCATTA-TTAA-ACTAAATGCTAA--AAAACATAAGATTGACAGCTG-----------AAA-AATGAGTGAAA--GAGTATGATCGAGAGAGTGTTTTTATGGAAATATGGAATACTTGTACTGATATTGCTCAGATTTGTTTA-T---TCTCGCTCAAGCATATT--AT--TATCCGTGTTGTTTATT-GGAAAATAAATGGGCCAC------TACAGTG----T---AGAATGGCTG-----AAAAAAAAA
gi|10 : aatacaaacaatacattgaagggggattaaaaatgatcaacattttagcatttattttagcacttaaggcaaaatggattataagactAATCACA-AATATTAT--AATGCAATTAAACAAA-ATTA-CAACCTT-AGAACAGTAA---------C---AGACACCAATATTTCAAAATAATAACTTACTAGTAGTTGAAAAACCCATAATAAATA----TTG-AATTAAAAGGTTATATATTTTATTAATGATATTGTGTCAGAAAAAGTGGAGCTTTTGACAGAAAATGAATTTAAAACAATATACGATATTAAAAACAACTATCAACAGTTTCATGGAATAACACAAGCAAA-GAAAAAAATAGCAAAGAAATATAGCATAACCATCAACAAT-AAAAAGATGCCAAATCCCCTATTACCCACCAG-TATAAATGTATACTTTAAATC--TAAAATTTTG-------TTTTACA----------ATGTTTTA---AATAATGATGAAGTACCCAATTCAAA--ATTTAAATGGGAGCAAATCTATAATA-TTCTGAGGAAACGTGGAAAGACATA-----TTCTTATCACCTTTCAAATATAAATATAGCTCAACCTTATCATGGTTTCAAGTCAGAATTAACCATAGAATTTTACCAACAAAGAAATATTTGAAAAATAATTAAAGCTGTTA-----CAAGCTCACTATGTTCTTATTGTAATCAAGAGGAAAGCATTATACATTTATTCTGGACACGTCTTTCAACAAGATCATTTCTTC
gi|11 : ATCACA-AATATTAT--AATGCAATTAAACAAA-ATTA-CAACCTT-AGGACAGTAA---------C---AGTCACCAATATTTCAAAATAATAACTTACTAGTAGTTGAAAAACCCATAATAAATA----TTG-AATTAAAAGGGTATATATTTTATTAATGATATTGTGTCAGAAAAAGGGGAGCTTTTGACAGAAAATGAATTTAAAACAATATACGATATTAAAAACAACTATCAACAGTTTCATGGAATAACACAAGCAAA-GAAAAAAATAGCAAAGAAATATAGCATAACCATCAACAAT-AAAAAGATGCCAAATCCCCTATTACCCACCAG-TATAAATGTATACTTTAAATC--TAAAATTTTG-------TTTTACA----------ATGTTTTA---AATAATGATGAAGTACCCAATTCAAA--ATTTAAATGGGAGCAAATCTATAATA-TTCTGAGGAAACGTGGAAAGACGTA-----TTCTTATCACCTTTCAAATATAAATATAGCTCAACCTTATCATGGTTTTAAGACAGAATTAACCATAGAATTTTACCAACAAAGAAATATTTGAAAAATAAATAAAGCTGTTA-----CAAGCTCACTATGTTCTTATTGTAATCAAGAGGAAAGCATTATACATTTATTCTGGACACGTCTTTCAAAAAGATCATTTCTT
gi|12 : AAATATATAGCAGTTAAAAATAATACCATAAAAACTTTTG--AAAAAAAATGGAATAAATTCAAAACTTTACTTCAAGATTAATTTGATAAATACTGGTTTTAATTTCCTTCCATACAACTTGTGTTTTATCCAGGTTCTGGTAAAA-A-AATGTTTAAAA-TGTTAATATAGATACAATTAATAAGTAAGAAATGTTTT
gi|12 : TTATTAAAACAAATGAAACAAGTAAGTAGACCCTGAAAATAACACCAACCATAATGTAACATATTATTTTTATTATTATTTCTGTATCGTAAGTAACCGTGCACACAGAG------TTGTTCT---T-TTTTATTC---TCTATTGTGAGGTCCATTATTTAA-ACTAAATGC-AA--AAAACATAAGATTGACAGCTG-----------AAA-AATGAGTGAAA--GAGTATGATCGAGAAAGTGTTTTTATGGAAATACGGAATACTTGTGTTGATATTGCTCAGATTTGTTTA-T---TCTCACTCAAACATATA--AT--TATCCATGTCGTTAATT-GGAAAATAAATGGGCCAC------TACAGTG----A---AGAATGGCTG-----AAAAAAAAAAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttattaaaacaaatgaaacaagtaagtagaccctgaaaataacaccaaccataatgtaacatattatttttattattatttctgtatcgtaagtaaccgtgcacacagagttgttcttttttattctctattgtgaggtccattatttaaactaaatgcaaaaaacataagattgacagctgaaaaatgagtgaaagagtatgatcgagaaagtgtttttatggaaatacggaatacttgtgttgatattgctcagatttgtttattctcactcaaacatataattatccatgtcgttaattggaaaataaatgggccactacagtgaagaatggctgaaaaaaaaaat
gi|13 : aaatatatagcagttaaaaataataccataaaaacttttgaaaaaaaatggaataaattcaaaactttacttcaagattaatttgataaatactggttttaatttccttccatacaacttgtgttttatccaggttctggtaaaaaaatgtttaaaatgttaatatagatacaattaataagtaagaaatgttttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAATAACACAAGTTAT-AAAAACATTAGCAAA------TGGCATAACCATCAACAAT-AAAAAAATGCAAAATCCAATTTTACCCACTAA-TATA------TACTTTAAATCTTTAAAAGAATGCCAACATTTTTATA----------ATATTTTAAATAATAGTGAGGAAGTGCCCGTTTCAGA--ATTTAAATGGGAGAAAATCTATAATATTTCAGGGGAAACATGTAA--ACATGGAACCCTCTTATCACCGTTCAAATATAAATAAAGTTCAATCTTACAATGGTTTCAAACCAGAATTAATCATAGGATTTTACCGACAAAGAAATATTT-AAAATTAATt
gi|14 : CAACTATAAAGATATGTATTAAATGTATTAATTAATGCCAAAATTGATATA----------ATGTTCTAAATGATGATGACAAAGTACTCACGCAAAA--AC--AAATTGGAACAAACCTATACTATTT---AAGTAATG--------CATG-----TTCTCATCACTTTTGAAATGTAAACACAGTTCAACATTACAATGGCTTCAAACCAGAA
gi|14 : -----CAAGCCCAGTATGTTCTTGTT-TAAATAA------------ATTGAATTATCCTCGACTAATCCTTCAGCAAAATTATTT-TTTAAAAAA--AAAAA---GATTTATAatggaacaagcccagtatgttcttgtttaaataaattgaattatcctcgactaatccttcagcaaaattattttttaaaaaaaaaaagatttata
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gi|16 : AAATGC-GATTAAGGCAAAAGATTGTCAGCTGTTTTTACAA--AAACAATGCATGAAAAAGAGTATA--CGAGAG--TGTTT--------ATACAAAGTAGGTGTATTTATATT------ATTTATT-----ACTCTCATACATACATATATAATAGTATATATATTTCTAATT-GTCAAATAAATGGGCCAC------TATAATATTGTT---AAAATGGCTA-----AAGAAAA
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Reference ( family-3368 ) : ACTACGTATGGGGGGAACCTGGAGTGGAATAATAGAACAAGAAATTAGTTTATCAAATCTTAGCAATTTTGGAAATGCTTACACAGCAAAAAAGATAAATAAAATTAGCAATACATTCTGGCGAGATGTTCTTAAATCACACAATAGCAT--AATTCAATTAAACAAA-ATTA-CAACCTT-AGAACGTCTA---------CTTCAGACGCCAATATTTCAAAATAATAATTTGCTAGTAGGTGGAAAACCCATAATAAATAAGCTTTGGAATGAAAAGGGTATATATTTTATTAATGATATCGTGTCAGAAAAAGGGGAGCTTTTGACAGAAAATGAATTTAAAACAATATACAACATAAAAAACAACTATCTACAGTTCCATGGAATAACACAAGCAAT-AAAAAAATTAGCAAAGAAATATGGCATAACCATCAACAAT-AAAAAGATGCCAAATCCNCTTTTACCCACCAA-TATAAATGTATACTTTAAATCTNTAAAAGGATGCCAACATTTTTACA----------ATGTTTTAAATAATAATGATGAAGTACCCACTTCAAA--ATTTAAATGGGAGCAAATCTATAATATTTCTGAGGAAACGTGGAAAGACATA-----TTCTTATCACCTTTCAAATATAAATATAGCTCAATTTTACAATGGTTTCAAGCCAGAATCAACCATAGAATTTTACCGACAAAGAAATATTT-AAAAATAATTAAAGCTGTCC-----CAAGCTCACTATGTTCTTATTGTAATCAAGAGGAAAGCATTATTCATTTATTCTGGACACGTCCTTCAACAAGATCATTTCTTCAAAAAA-TACAAACATGGTTTATAAGGAACAGTATAACTTTACCATTTATAGAAGAATTATTTATAT---TTAATATAGGAGAACAATATATAATGGCTGATATGCAGATCATATTAGAGATTAAATACTATATATTCTCAGCCAAAAAATTAACTT-CTCCATTATCNATNACTGCACTTCACAACAGACTTAAACATTCCTTTAGGGCAAACAAATATATAGCAGTTAAAAATAATACCATAAAAACTTTTG--AAAAAAAATGGAATAAATTCAAAACTTTACTTCAAGATTAATTTGATAAATACTGGTTTTAATTTCCTTCCATACAACTTGTGTTTTATCCAGGCTCTGGTAAAA-A-AATGTTTAAAA-TGTTAATATAGACACGACTAATAAGTAAGAAATGTTTTATTAAAACAAATGAAACAAGTAAGTAGACCCTGAAAATAACACCAACCATAATGTAACATATTATTTTTATTATTATTTCTGTATCGTANGTAACCGTGCACACAGAG------TTGTTCT---T-TTTTNTTC---TCTATTGTGAGGTCCATTATTTAA-ACTAAATGC-NN--AAAACATAAGATTGACAGCTG-----------AAA-AATGAGTGAAA--GAGTATGATCGAGAGAGTGTTTNTATGGAAATACGGAATACNTGTATTGNTATTGCTNAGATTTGTTTA-T-ACTCTCGCTCAAACATATA--AT--TATCCATGTTGTTAATT-GGAAAATAAATGGGCCAC------TACAGTG----T---AGAATGGCTG-----AAAAAAAAAAA
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Alignments
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Reference ( family-3368 ) : ACTACGTATGGGGGGAACCTGGAGTGGAATAATAGAACAAGAAATTAGTTTATCAAATCTTAGCAATTTTGGAAATGCTTACACAGCAAAAAAGATAAATAAAATTAGCAATACATTCTGGCGAGATGTTCTTAAATCACACAATAGCAT--AATTCAATTAAACAAA-ATTA-CAACCTT-AGAACGTCTA---------CTTCAGACGCCAATATTTCAAAATAATAATTTGCTAGTAGGTGGAAAACCCATAATAAATAAGCTTTGGAATGAAAAGGGTATATATTTTATTAATGATATCGTGTCAGAAAAAGGGGAGCTTTTGACAGAAAATGAATTTAAAACAATATACAACATAAAAAACAACTATCTACAGTTCCATGGAATAACACAAGCAAT-AAAAAAATTAGCAAAGAAATATGGCATAACCATCAACAAT-AAAAAGATGCCAAATCCNCTTTTACCCACCAA-TATAAATGTATACTTTAAATCTNTAAAAGGATGCCAACATTTTTACA----------ATGTTTTAAATAATAATGATGAAGTACCCACTTCAAA--ATTTAAATGGGAGCAAATCTATAATATTTCTGAGGAAACGTGGAAAGACATA-----TTCTTATCACCTTTCAAATATAAATATAGCTCAATTTTACAATGGTTTCAAGCCAGAATCAACCATAGAATTTTACCGACAAAGAAATATTT-AAAAATAATTAAAGCTGTCC-----CAAGCTCACTATGTTCTTATTGTAATCAAGAGGAAAGCATTATTCATTTATTCTGGACACGTCCTTCAACAAGATCATTTCTTCAAAAAA-TACAAACATGGTTTATAAGGAACAGTATAACTTTACCATTTATAGAAGAATTATTTATAT---TTAATATAGGAGAACAATATATAATGGCTGATATGCAGATCATATTAGAGATTAAATACTATATATTCTCAGCCAAAAAATTAACTTCTCC-ATTATCNATNACTGCACTTCACAACAGACTTAAACATTCCTTTAGGGCAAACAAATATATAGCAGTTAAAAATAATACCATAAAAACTTTTG--AAAAAAAATGGAATAAATTCAAAACTTTACTTCAAGATTAATTTGATAAATACTGGTTTTAATTTCCTTCCATACAACTTGTGTTTTATCCAGGCTCTGGTAAAA-A-AATGTTTAAAA-TGTTAATATAGACACGACTAATAAGTAAGAAATGTTTTATTAAAACAAATGAAACAAGTAAGTAGACCCTGAAAATAACACCAACCATAATGTAACATATTATTTTTATTATTATTTCTGTATCGTANGTAACCGTGCACACAGAG------TTGTTCTT---TTTTNTTCTCT---ATTGTGAGGTCCATTATTTAA-ACTAAATGC-NN--AAAACATAAGATTGACAGCTG-----------AAA-AATGAGTGAAA--GAGTATGATCGAGAGAGTGTTTNTATGGAAATACGGAATACNTGTATTGNTATTGCTNAGATTTGTTTATTACTCTCGCTCAAACATATA--AT--TATCCATGTTGTTAATT-GGAAAATAAATGGGCCAC------TACAGTG----T---AGAATGGCTG-----AAAAAAAAAAA
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gi|12 : TTATTAAAACAAATGAAACAAGTAAGTAGACCCTGAAAATAACACCAACCATAATGTAACATATTATTTTTATTATTATTTCTGTATCGTAAGTAACCGTGCACACAGAG------TTGTTCTT---TTTTATTCTCT---ATTGTGAGGTCCATTATTTAA-ACTAAATGC-AA--AAAACATAAGATTGACAGCTG-----------AAA-AATGAGTGAAA--GAGTATGATCGAGAAAGTGTTTTTATGGAAATACGGAATACTTGTGTTGATATTGCTCAGATTTGTTTAT---TCTCACTCAAACATATA--AT--TATCCATGTCGTTAATT-GGAAAATAAATGGGCCAC------TACAGTG----A---AGAATGGCTG-----AAAAAAAAAAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttattaaaacaaatgaaacaagtaagtagaccctgaaaataacaccaaccataatgtaacatattatttttattattatttctgtatcgtaagtaaccgtgcacacagagttgttcttttttattctctattgtgaggtccattatttaaactaaatgcaaaaaacataagattgacagctgaaaaatgagtgaaagagtatgatcgagaaagtgtttttatggaaatacggaatacttgtgttgatattgctcagatttgtttattctcactcaaacatataattatccatgtcgttaattggaaaataaatgggccactacagtgaagaatggctgaaaaaaaaaat
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gi|6 : aagtcatatattgcatgaaactaatttatcaaatattatcaattttcaaaatgctaacacagtttcttaagatgccaatatttcaaaacaataaattgtctgtaagtggaaaacccatgataaataagctttgcagtgaaatttgggaacttttaacagaaaccgaatttaaaaatatacaacctaaaaaccaactgtctttcaataacagaagcaataaagaatttaaaaaggatatatggcataaccatcaacaataaaaaaaatgcaaaatcctttcttacccacttatataaatccttaaaaggatggcaattcttttatataatatatttatgttttaaataataatgagtaagtacccaattaaaaatatttaaatgtgagcaaatctttaatatttcatacgaaacatggaaagacatattcttgtcacccttcaaatataaatataattcaatttacaatggtttccaacaagaattaatcataggattttaccgacatagaaatatctaaaattaattaaatcgAGTCATATATT-GCATGAAACT-AATTTATCAAATATTATCAATTTTCAAAATG-CTAACACAGTTTCTTAAGATGCCAATATTTCAAAACAATAAATTGTCTGTAAGTGGAAAACCCATGATAAATAAGCTTTGCAGTGAAAaaac
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gi|6 : agtcatatattgcatgaaactaatttatcaaatattatcaattttcaaaatgctaacacagtttcttaagatgccaatatttcaaaacaataaattgtctgtaagtggaaaacccatgataaataagctttgcagtgaaatttGTCCTTCAACAAGATCATTTATTCAAATAA-TTCAATCATGGTTTATTAGGAGTACTATTACTTTGCCTTTTATAAAACAACTATTTATGT---TTAATATAGGAGAACAAAATAAAATGGCAAATATGCACATCATATTAGAAATAAAATACTTTATATTCTCCGCGAAAAAATAAAATCCTCC-ATTATCAATTACTACACTTCACAACATACTTAAACATTCCTTTAGCACAAACAAAAATATAGCAG-TAAAAAAAATGCaaataattcaatcatggtttattaggagtactattactttgccttttataaaacaactatttatgtttaatataggagaacaaaataaaatggcaaatatgcacatcatattagaaataaaatactttatattctccgcgaaaaaataaaatcctccattatcaattactacacttcacaacatacttaaacattcctttagcacaaacaaaaatatagcagtaaaaaaaatgcaaa
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Alignments
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Reference ( family-3368 ) : ACTACGTATGGGGGGAACCTGGAGTGGAATAATAGAACAAGAAATTAGTTTATCAAATCTTAGCAATTTTGGAAATGCTTACACAGCAAAAAAGATAAATAAAATTAGCAATACATTCTGGCGAGATGTTCTTAAATCACACAATAGCAT--AATTCAATTAAACAAA-ATTA-CAACCTT-AGAACGTCTA---------CTTCAGACGCCAATATTTCAAAATAATAATTTGCTAGTAGGTGGAAAACCCATAATAAATAAGCTTTGGAATGAAAAGGGTATATATTTTATTAATGATATCGTGTCAGAAAAAGGGGAGCTTTTGACAGAAAATGAATTTAAAACAATATACAACATAAAAAACAACTATCTACAGTTCCATGGAATAACACAAGCAAT-AAAAAAATTAGCAAAGAAATATGGCATAACCATCAACAAT-AAAAAGATGCCAAATCCNCTTTTACCCACCAA-TATAAATGTATACTTTAAATCTNTAAAAGGATGCCAACATTTTTACA----------ATGTTTTAAATAATAATGATGAAGTACCCACTTCAAA--ATTTAAATGGGAGCAAATCTATAATATTTCTGAGGAAACGTGGAAAGACATA-----TTCTTATCACCTTTCAAATATAAATATAGCTCAATTTTACAATGGTTTCAAGCCAGAATCAACCATAGAATTTTACCGACAAAGAAATATTT-AAAAATAATTAAAGCTGTCC-----CAAGCTCACTATGTTCTTATTGTAATCAAGAGGAAAGCATTATTCATTTATTCTGGACACGTCCTTCAACAAGATCATTTCTTCAAAAAA-TACAAACATGGTTTATAAGGAACAGTATAACTTTACCATTTATAGAAGAATTATTTATAT---TTAATATAGGAGAACAATATATAATGGCTGATATGCAGATCATATTAGAGATTAAATACTATATATTCTCAGCCAAAAAATTAACTTCTCC-ATTATCNATNACTGCACTTCACAACAGACTTAAACATTCCTTTAGGGCAAACAAATATATAGCAGTTAAAAATAATACCATAAAAACTTTTG--AAAAAAAATGGAATAAATTCAAAACTTTACTTCAAGATTAATTTGATAAATACTGGTTTTAATTTCCTTCCATACAACTTGTGTTTTATCCAGGCTCTGGTAAAA-A-AATGTTTAAAA-TGTTAATATAGACACGACTAATAAGTAAGAAATGTTTTATTAAAACAAATGAAACAAGTAAGTAGACCCTGAAAATAACACCAACCATAATGTAACATATTATTTTTATTATTATTTCTGTATCGTANGTAACCGTGCACACAGAG------TTGTTCTT---TTTTNTTCTCT---ATTGTGAGGTCCATTATTTAA-ACTAAATGC-NN--AAAACATAAGATTGACAGCTG-----------AAA-AATGAGTGAAA--GAGTATGATCGAGAGAGTGTTTNTATGGAAATACGGAATACNTGTATTGNTATTGCTNAGATTTGTTTATTACTCTCGCTCAAACATATA--AT--TATCCATGTTGTTAATT-GGAAAATAAATGGGCCAC------TACAGTG----T---AGAATGGCTG-----AAAAAAAAAAA
gi|1 : ACTACGTATGGGGGGAACCTGGAGTGGAGTATTAGAACATGAAATTAAT--ATCAAATCTTAACAATTTTGGAAATGCTTACACAGCAAAGAAGATAAATAAAATGAGCAATACATTCTGGCGAGATGTTCTTGAATCACACAATATCAT--AATTCAATTAAACAAA-ATTA-CAACCTT-AGAACATCTA---------CTTCAGACACCAATATTTCAAAATAATAATTTGCTAGTAGGTGGCAAACCCATAATCAATAAGCTTTGGAATGAAAAGGGTATATATTTTATTAATGATATTGTGTCAGAAAAAGGGGAGCTTTTGACAGAAAATGAATTTAAAACAATATACAACATAAAAAACAACTATCTATAGTTCCATGGAATAATACAAGCAATGAAAAAAAATAGCAAAAAAATATGGCATAACCATCAACAAT-ATAAAGATGCCAAATCCACTTTTACCCACCAA-TATAAATGTATACTTTAAATCTTTAAAAGGATGCCAACATTTTTACA----------ATATTTTAAATAATAATGATGAAGTACCCACTTCAAA--ATTTAAATGGGAGCAAATCTATAATATTTCTGAGGAAACTTGGAAAGACATA-----TTCTTATCACCTTTCAAATATAAATATAGCTCAATTTTAGATTGGTTTCAAGTCAGAATCAACCATAGAATTTTACCAACAAAGAAATATTT-AAAAATATATAAAGCTGTCC-----CAAGCTCACTATGTTCTTATTGTAATCAAGAGGAAAGCATTATTCATTTATTCTGGACATGTCCTTCAACAAGATCATTTCTTCAAAAAA-TACAAACATGGTTTATAAGGAACAGTATAACATTATCATTTATAGAAGAATTATTTATAT---TTAATATAGAAGAACA--ATATAATGGCTGATATGCAGATCATATCAGAGATTAAATACTATATATTCTCAGCCAGAAAATTAACTTCTCC-ATTATCTATAACTGCACTTCACAACAGACTTAAACATTCCTTTAGTGCAAACCAATATATAGCAGTT-AAAATTATACCATAAAAACTTTTGAAAAAAAAAATGGAATAAATTCAAAACTTTACTTCAAGATTAATTTGATAAATACTGCTTTTAATTTCCGGCCATACAACATGTGTTTTATCTAGGCTCTGGTAAAA-AGAATGTTTAAAA-TGTTAATATAGACTCAATTAATGAGTAAGAAACGTTTTATTAAAACAAATGAAACAAGTAAGTAGACCCTGAAAATAAAACCAACCATAATATAACATATTATTTTTATTATTATTTCTGTATCGTTAGTAACCGTGCACACACAG------TTGTTCTT---TTTTATTCTCT---ATTGTGAGGTCCATTA-TTAA-ACTAAATGCTAA--AAAACATAAGATTGACAGCTG-----------AAA-AATGAGTGAAA--GAGTATGATCGAGAGAGTGTTTTTATGGAAATATGGAATACTTGTACTGATATTGCTCAGATTTGTTTAT---TCTCGCTCAAGCATATT--AT--TATCCGTGTTGTTTATT-GGAAAATAAATGGGCCAC------TACAGTG----T---AGAATGGCTG-----AAAAAAAAA
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gi|11 : ATCACA-AATATTAT--AATGCAATTAAACAAA-ATTA-CAACCTT-AGGACAGTAA---------C---AGTCACCAATATTTCAAAATAATAACTTACTAGTAGTTGAAAAACCCATAATAAATA----TTG-AATTAAAAGGGTATATATTTTATTAATGATATTGTGTCAGAAAAAGGGGAGCTTTTGACAGAAAATGAATTTAAAACAATATACGATATTAAAAACAACTATCAACAGTTTCATGGAATAACACAAGCAAA-GAAAAAAATAGCAAAGAAATATAGCATAACCATCAACAAT-AAAAAGATGCCAAATCCCCTATTACCCACCAG-TATAAATGTATACTTTAAATCT--AAAATTTTG-------TTTTACA----------ATGTTTTAAATAAT---GATGAAGTACCCAATTCAAA--ATTTAAATGGGAGCAAATCTATAATATT-CTGAGGAAACGTGGAAAGACGTA-----TTCTTATCACCTTTCAAATATAAATATAGCTCAACCTTATCATGGTTTTAAGACAGAATTAACCATAGAATTTTACCAACAAAGAAATATTTGAAAAATAAATAAAGCTGTTA-----CAAGCTCACTATGTTCTTATTGTAATCAAGAGGAAAGCATTATACATTTATTCTGGACACGTCTTTCAAAAAGATCATTTCTT
gi|12 : AAATATATAGCAGTTAAAAATAATACCATAAAAACTTTTG--AAAAAAAATGGAATAAATTCAAAACTTTACTTCAAGATTAATTTGATAAATACTGGTTTTAATTTCCTTCCATACAACTTGTGTTTTATCCAGGTTCTGGTAAAA-A-AATGTTTAAAA-TGTTAATATAGATACAATTAATAAGTAAGAAATGTTTT
gi|12 : TTATTAAAACAAATGAAACAAGTAAGTAGACCCTGAAAATAACACCAACCATAATGTAACATATTATTTTTATTATTATTTCTGTATCGTAAGTAACCGTGCACACAGAG------TTGTTCTT---TTTTATTCTCT---ATTGTGAGGTCCATTATTTAA-ACTAAATGC-AA--AAAACATAAGATTGACAGCTG-----------AAA-AATGAGTGAAA--GAGTATGATCGAGAAAGTGTTTTTATGGAAATACGGAATACTTGTGTTGATATTGCTCAGATTTGTTTAT---TCTCACTCAAACATATA--AT--TATCCATGTCGTTAATT-GGAAAATAAATGGGCCAC------TACAGTG----A---AGAATGGCTG-----AAAAAAAAAAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttattaaaacaaatgaaacaagtaagtagaccctgaaaataacaccaaccataatgtaacatattatttttattattatttctgtatcgtaagtaaccgtgcacacagagttgttcttttttattctctattgtgaggtccattatttaaactaaatgcaaaaaacataagattgacagctgaaaaatgagtgaaagagtatgatcgagaaagtgtttttatggaaatacggaatacttgtgttgatattgctcagatttgtttattctcactcaaacatataattatccatgtcgttaattggaaaataaatgggccactacagtgaagaatggctgaaaaaaaaaat
gi|13 : aaatatatagcagttaaaaataataccataaaaacttttgaaaaaaaatggaataaattcaaaactttacttcaagattaatttgataaatactggttttaatttccttccatacaacttgtgttttatccaggttctggtaaaaaaatgtttaaaatgttaatatagatacaattaataagtaagaaatgttttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAATAACACAAGTTAT-AAAAACATTAGCAAA------TGGCATAACCATCAACAAT-AAAAAAATGCAAAATCCAATTTTACCCACTAA-TATA------TACTTTAAATCTTTAAAAGAATGCCAACATTTTTATA----------ATATTTTAAATAATAGTGAGGAAGTGCCCGTTTCAGA--ATTTAAATGGGAGAAAATCTATAATATTTCAGGGGAAACATGTAA--ACATGGAACCCTCTTATCACCGTTCAAATATAAATAAAGTTCAATCTTACAATGGTTTCAAACCAGAATTAATCATAGGATTTTACCGACAAAGAAATATTT-AAAATTAATt
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consensus : ACTACGTATGGGGGGAACCTGGAGTGGAATAATAGAACAAGAAATTAGTTTATCAAATCTTAGCAATTTTGGAAATGCTTACACAGCAAAAAAGATAAATAAAATTAGCAATACATTCTGGCGAGATGTTCTTAAATCACACAATAGCAT--AATTCAATTAAACAAA-ATTA-CAACCTT-AGAACGTCTA---------CTTCAGACGCCAATATTTCAAAATAATAATTTGCTAGTAGGTGGAAAACCCATAATAAATAAGCTTTGGAATGAAAAGGGTATATATTTTATTAATGATATCGTGTCAGAAAAAGGGGAGCTTTTGACAGAAAATGAATTTAAAACAATATACAACATAAAAAACAACTATCTACAGTTCCATGGAATAACACAAGCAAT-AAAAAAATTAGCAAAGAAATATGGCATAACCATCAACAAT-AAAAAGATGCCAAATCCNCTTTTACCCACCAA-TATAAATGTATACTTTAAATCTNTAAAAGGATGCCAACATTTTTACA----------ATGTTTTAAATAATAATGATGAAGTACCCACTTCAAA--ATTTAAATGGGAGCAAATCTATAATATTTCTGAGGAAACGTGGAAAGACATA-----TTCTTATCACCTTTCAAATATAAATATAGCTCAATTTTACAATGGTTTCAAGCCAGAATCAACCATAGAATTTTACCGACAAAGAAATATTT-AAAAATAATTAAAGCTGTCC-----CAAGCTCACTATGTTCTTATTGTAATCAAGAGGAAAGCATTATTCATTTATTCTGGACACGTCCTTCAACAAGATCATTTCTTCAAAAAA-TACAAACATGGTTTATAAGGAACAGTATAACTTTACCATTTATAGAAGAATTATTTATAT---TTAATATAGGAGAACAATATATAATGGCTGATATGCAGATCATATTAGAGATTAAATACTATATATTCTCAGCCAAAAAATTAACTTCTCC-ATTATCNATNACTGCACTTCACAACAGACTTAAACATTCCTTTAGGGCAAACAAATATATAGCAGTTAAAAATAATACCATAAAAACTTTTG--AAAAAAAATGGAATAAATTCAAAACTTTACTTCAAGATTAATTTGATAAATACTGGTTTTAATTTCCTTCCATACAACTTGTGTTTTATCCAGGCTCTGGTAAAA-A-AATGTTTAAAA-TGTTAATATAGACACGACTAATAAGTAAGAAATGTTTTATTAAAACAAATGAAACAAGTAAGTAGACCCTGAAAATAACACCAACCATAATGTAACATATTATTTTTATTATTATTTCTGTATCGTANGTAACCGTGCACACAGAG------TTGTTCTT---TTTTNTTCTCT---ATTGTGAGGTCCATTATTTAA-ACTAAATGC-NN--AAAACATAAGATTGACAGCTG-----------AAA-AATGAGTGAAA--GAGTATGATCGAGAGAGTGTTTNTATGGAAATACGGAATACNTGTATTGNTATTGCTNAGATTTGTTTATTACTCTCGCTCAAACATATA--AT--TATCCATGTTGTTAATT-GGAAAATAAATGGGCCAC------TACAGTG----T---AGAATGGCTG-----AAAAAAAAAAA
Reference ( family-3368 ) : ACTACGTATGGGGGGAACCTGGAGTGGAATAATAGAACAAGAAATTAGTTTATCAAATCTTAGCAATTTTGGAAATGCTTACACAGCAAAAAAGATAAATAAAATTAGCAATACATTCTGGCGAGATGTTCTTAAATCACACAATAGCAT--AATTCAATTAAACAAA-ATTA-CAACCTT-AGAACGTCTA---------CTTCAGACGCCAATATTTCAAAATAATAATTTGCTAGTAGGTGGAAAACCCATAATAAATAAGCTTTGGAATGAAAAGGGTATATATTTTATTAATGATATCGTGTCAGAAAAAGGGGAGCTTTTGACAGAAAATGAATTTAAAACAATATACAACATAAAAAACAACTATCTACAGTTCCATGGAATAACACAAGCAAT-AAAAAAATTAGCAAAGAAATATGGCATAACCATCAACAAT-AAAAAGATGCCAAATCCNCTTTTACCCACCAA-TATAAATGTATACTTTAAATCTNTAAAAGGATGCCAACATTTTTACA----------ATGTTTTAAATAATAATGATGAAGTACCCACTTCAAA--ATTTAAATGGGAGCAAATCTATAATATTTCTGAGGAAACGTGGAAAGACATA-----TTCTTATCACCTTTCAAATATAAATATAGCTCAATTTTACAATGGTTTCAAGCCAGAATCAACCATAGAATTTTACCGACAAAGAAATATTT-AAAAATAATTAAAGCTGTCC-----CAAGCTCACTATGTTCTTATTGTAATCAAGAGGAAAGCATTATTCATTTATTCTGGACACGTCCTTCAACAAGATCATTTCTTCAAAAAA-TACAAACATGGTTTATAAGGAACAGTATAACTTTACCATTTATAGAAGAATTATTTATAT---TTAATATAGGAGAACAATATATAATGGCTGATATGCAGATCATATTAGAGATTAAATACTATATATTCTCAGCCAAAAAATTAACTTCTCC-ATTATCNATNACTGCACTTCACAACAGACTTAAACATTCCTTTAGGGCAAACAAATATATAGCAGTTAAAAATAATACCATAAAAACTTTTG--AAAAAAAATGGAATAAATTCAAAACTTTACTTCAAGATTAATTTGATAAATACTGGTTTTAATTTCCTTCCATACAACTTGTGTTTTATCCAGGCTCTGGTAAAA-A-AATGTTTAAAA-TGTTAATATAGACACGACTAATAAGTAAGAAATGTTTTATTAAAACAAATGAAACAAGTAAGTAGACCCTGAAAATAACACCAACCATAATGTAACATATTATTTTTATTATTATTTCTGTATCGTANGTAACCGTGCACACAGAG------TTGTTCTT---TTTTNTTCTCT---ATTGTGAGGTCCATTATTTAA-ACTAAATGC-NN--AAAACATAAGATTGACAGCTG-----------AAA-AATGAGTGAAA--GAGTATGATCGAGAGAGTGTTTNTATGGAAATACGGAATACNTGTATTGNTATTGCTNAGATTTGTTTATTACTCTCGCTCAAACATATA--AT--TATCCATGTTGTTAATT-GGAAAATAAATGGGCCAC------TACAGTG----T---AGAATGGCTG-----AAAAAAAAAAA
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