lowQualScore : 2222 2222 7777777777 1
lowQualScore : 0000 0000 3 4444444444 2 3 5 6
lowQualScore : .... .... . .......... . . . .
lowQualScore : 3333 5555 2 8888888888 5 7 0 5
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTAAATTNANAGTT---NCAGGTAGCAACGT----TTTGATACAATACTGATAATGCAAATCAAGAGTTGCAGGCAGCAACA
Reference ( gi|5 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTAAATTTAGAGTT---TCAGGTAGCAACATCA-TTCTGATACAATACTGATAGTGCAAATTAAGAGTTCCAGGTAGCAACA
gi|9 : TTAAATTCAT-GTTCGTTCAG-TAGCA--------TTTGATACAATACTGATAATGCAAGTCAAGAGTTGCATGCAGCAACA
gi|14 : AAATTAAAAGTT---GCAGGTAGCAACA
gi|1 : ctgatagtgcAGTT---GCAGGTAGTAA-GTAACTTTTGATATAATACTGATAGTGCAAATCAAAAGTTGCAGGCAGAAACA
gi|10 : nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnT---TCAGGCAA-AAC-------CT-ATACAAAACTGATAGTGCAAATCAAGAGTTGCAGGAAGCAACAg
gi|11 : GTAGCAATATT-----TGATACAATACTGAAAGTGCAAATCAAGAGTTGCAGGCTGCAACAa
gi|14 : CTGATAGTGCAAATTAAAAGTTGCAGGTAGCAACA
gi|2 : CTGATAATGCAAATCAAGAGTTGCAGGCAGCAACA
gi|3 : nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCTGATAATGCAAATCAAGAGTTGCAGGCAGCAAC
gi|12 : ttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCTGATAATGCAAATTAAGAGTTGTAGGCAGCAATA
gi|16 : nCTGATAATGTAGATCAAGAGTTGCAGGCAGCAAC
gi|4 : CTGACAATGTAAATCAAGAGTTGCA-GCAGCAACA
gi|15 : nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTGATAATGCAAATCAAGAGTTGCAGGCAGCAACA
gi|13 : TGATAGTGCAAATCAAGAGTTGCAAGAAGGAACA
gi|6 : TGATAATGCAAATCGAGAGTTGCTGGCAGCAACAgt
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|7 ): CNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
Unaligned ( gi|8 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
Alignments
lowQualScore : 1111 44444444444444
lowQualScore : 1 88 8888 3 77777777777777
lowQualScore : . .. .... . ..............
lowQualScore : 0 33 5555 2 44444444444444
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTAAATTCANAGTTT---CAGGTAGCAA----CAT---TTTGATACAATACTGATAGTGCAAATCAAGAGTTGCAGGCAGCAACA
Reference ( family-3366 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTAAATTNANAGTTN---CAGGTAGCAA----CGT---TTTGATACAATACTGATAATGCAAATCAAGAGTTGCAGGCAGCAACA
gi|1 : AGTTG---CAGGTAGTAAGTAAC-T---TTTGATATAATACTGATAGTGCAAATCAAAAGTTGCAGGCAGAAACA
gi|10 : nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTT---CAGGCAA-AA----CCT-------ATACAAAACTGATAGTGCAAATCAAGAGTTGCAGGAAGCAACAg
gi|11 : GTAGCAA----TAT---TT-GATACAATACTGAAAGTGCAAATCAAGAGTTGCAGGCTGCAACAa
gi|12 : CTGATAATGCAAATTAAGAGTTGTAGGCAGCAATA
gi|13 : nTGATAGTGCAAATCAAGAGTTGCAAGAAGGAACA
gi|14 : CTGATAGTGCAAATTAAAAGTTGCAGGTAGCAACAgt
gi|15 : TGATAATGCAAATCAAGAGTTGCAGGCAGCAACA
gi|16 : CTGATAATGTAGATCAAGAGTTGCAGGCAGCAAC
gi|2 : CTGATAATGCAAATCAAGAGTTGCAGGCAGCAACA
gi|3 : nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCTGATAATGCAAATCAAGAGTTGCAGGCAGCAAC
gi|4 : ttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCTGACAATGTAAATCAAGAGTTGCA-GCAGCAACA
gi|5 : nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTTAAATTTAGAGTTT---CAGGTAGCAA----CATCATTCTGATACAATACTGATAGTGCAAATTAAGAGTTCCAGGTAGCAACA
gi|6 : nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntTGATAATGCAAATCGAGAGTTGCTGGCAGCAACA
gi|9 : nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngTTAAATTCAT-GTTCGTTCAG-TAGCA-----------TTTGATACAATACTGATAATGCAAGTCAAGAGTTGCATGCAGCAACA
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|7 ): CNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
Unaligned ( gi|8 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
Alignments
lowQualScore : 111 3333333333333
lowQualScore : 88 777 3 6666666666666
lowQualScore : .. ... . .............
lowQualScore : 33 555 2 8888888888888
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTAAATTCANAGTT---TCAGGTAGCAA-CA--T---TTTGATACAATACTGATAGTGCAAATCAAGAGTTGCAGGCAGCAACA
Reference ( family-3366 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTAAATTCANAGTT---TCAGGTAGCAA-CA--T---TTTGATACAATACTGATAGTGCAAATCAAGAGTTGCAGGCAGCAACA
gi|1 : AGTT---GCAGGTAGTAAGTAACT---TTTGATATAATACTGATAGTGCAAATCAAAAGTTGCAGGCAGAAACA
gi|10 : nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnT---TCAGGCAA-AA-CC--T-------ATACAAAACTGATAGTGCAAATCAAGAGTTGCAGGAAGCAACAg
gi|11 : GTAGCAA-TA--T---TT-GATACAATACTGAAAGTGCAAATCAAGAGTTGCAGGCTGCAACAa
gi|12 : CTGATAATGCAAATTAAGAGTTGTAGGCAGCAATA
gi|13 : nTGATAGTGCAAATCAAGAGTTGCAAGAAGGAACA
gi|14 : CTGATAGTGCAAATTAAAAGTTGCAGGTAGCAACAgt
gi|15 : TGATAATGCAAATCAAGAGTTGCAGGCAGCAACA
gi|16 : CTGATAATGTAGATCAAGAGTTGCAGGCAGCAAC
gi|2 : CTGATAATGCAAATCAAGAGTTGCAGGCAGCAACA
gi|3 : nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCTGATAATGCAAATCAAGAGTTGCAGGCAGCAAC
gi|4 : ttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCTGACAATGTAAATCAAGAGTTGCA-GCAGCAACA
gi|5 : nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTTAAATTTAGAGTT---TCAGGTAGCAA-CA--TCATTCTGATACAATACTGATAGTGCAAATTAAGAGTTCCAGGTAGCAACA
gi|6 : nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntTGATAATGCAAATCGAGAGTTGCTGGCAGCAACA
gi|9 : nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngTTAAATTCAT-GTTCGTTCAG-TAGCA----------TTTGATACAATACTGATAATGCAAGTCAAGAGTTGCATGCAGCAACA
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|7 ): CNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
Unaligned ( gi|8 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
Alignments
lowQualScore : 111 3333333333333
lowQualScore : 88 777 3 6666666666666
lowQualScore : .. ... . .............
lowQualScore : 33 555 2 8888888888888
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTAAATTCANAGTT---TCAGGTAGCAA-CA--T---TTTGATACAATACTGATAGTGCAAATCAAGAGTTGCAGGCAGCAACA
Reference ( family-3366 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTAAATTCANAGTT---TCAGGTAGCAA-CA--T---TTTGATACAATACTGATAGTGCAAATCAAGAGTTGCAGGCAGCAACA
gi|1 : AGTT---GCAGGTAGTAAGTAACT---TTTGATATAATACTGATAGTGCAAATCAAAAGTTGCAGGCAGAAACA
gi|10 : nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnT---TCAGGCAA-AA-CC--T-------ATACAAAACTGATAGTGCAAATCAAGAGTTGCAGGAAGCAACAg
gi|11 : GTAGCAA-TA--T---TT-GATACAATACTGAAAGTGCAAATCAAGAGTTGCAGGCTGCAACAa
gi|12 : CTGATAATGCAAATTAAGAGTTGTAGGCAGCAATA
gi|13 : nTGATAGTGCAAATCAAGAGTTGCAAGAAGGAACA
gi|14 : CTGATAGTGCAAATTAAAAGTTGCAGGTAGCAACAgt
gi|15 : TGATAATGCAAATCAAGAGTTGCAGGCAGCAACA
gi|16 : CTGATAATGTAGATCAAGAGTTGCAGGCAGCAAC
gi|2 : CTGATAATGCAAATCAAGAGTTGCAGGCAGCAACA
gi|3 : nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCTGATAATGCAAATCAAGAGTTGCAGGCAGCAAC
gi|4 : ttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCTGACAATGTAAATCAAGAGTTGCA-GCAGCAACA
gi|5 : nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTTAAATTTAGAGTT---TCAGGTAGCAA-CA--TCATTCTGATACAATACTGATAGTGCAAATTAAGAGTTCCAGGTAGCAACA
gi|6 : nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntTGATAATGCAAATCGAGAGTTGCTGGCAGCAACA
gi|9 : nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngTTAAATTCAT-GTTCGTTCAG-TAGCA----------TTTGATACAATACTGATAATGCAAGTCAAGAGTTGCATGCAGCAACA
blockSeqs : T CGT C ACATCATTCT
blockSeqs : . C ATATTT
blockSeqs : . C ACCT
blockSeqs : . TTT
blockSeqCons : ACTCT********
originalCons : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTAAATTCANAGTT---TCAGGTAGCAA-CA--T---TTTGATACAATACTGATAGTGCAAATCAAGAGTTGCAGGCAGCAACA
finalCons : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTAAATTCANAGTT---TCAGGTAGCAACTCT--------GATACAATACTGATAGTGCAAATCAAGAGTTGCAGGCAGCAACA
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|7 ): CNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
Unaligned ( gi|8 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
Alignments
lowQualScore : 111 5555555555555
lowQualScore : 88 777 3 1111111111111
lowQualScore : .. ... . .............
lowQualScore : 33 555 2 0000000000000
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTAAATTCANAGTT---TCAGGTAGCAA-----CA----TTTGATACAATACTGATAGTGCAAATCAAGAGTTGCAGGCAGCAACA
Reference ( family-3366 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTAAATTCANAGTT---TCAGGTAGCAA-----C-----TCTGATACAATACTGATAGTGCAAATCAAGAGTTGCAGGCAGCAACA
gi|1 : AGTT---GCAGGTAGTAAGTAACT-----TTTGATATAATACTGATAGTGCAAATCAAAAGTTGCAGGCAGAAACA
gi|10 : nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnT---TCAGGCAA-AA-----C------CT-ATACAAAACTGATAGTGCAAATCAAGAGTTGCAGGAAGCAACAg
gi|11 : GTAGCAA-----TA----TTTGATACAATACTGAAAGTGCAAATCAAGAGTTGCAGGCTGCAACAa
gi|12 : CTGATAATGCAAATTAAGAGTTGTAGGCAGCAATA
gi|13 : nTGATAGTGCAAATCAAGAGTTGCAAGAAGGAACA
gi|14 : CTGATAGTGCAAATTAAAAGTTGCAGGTAGCAACAgt
gi|15 : TGATAATGCAAATCAAGAGTTGCAGGCAGCAACA
gi|16 : CTGATAATGTAGATCAAGAGTTGCAGGCAGCAAC
gi|2 : CTGATAATGCAAATCAAGAGTTGCAGGCAGCAACA
gi|3 : nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCTGATAATGCAAATCAAGAGTTGCAGGCAGCAAC
gi|4 : ttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCTGACAATGTAAATCAAGAGTTGCA-GCAGCAACA
gi|5 : nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTTAAATTTAGAGTT---TCAGGTAGCAA-----CATCATTCTGATACAATACTGATAGTGCAAATTAAGAGTTCCAGGTAGCAACA
gi|6 : nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntTGATAATGCAAATCGAGAGTTGCTGGCAGCAACA
gi|9 : nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngTTAAATTCAT-GTTCGTTCAG-TAGCA------------TTTGATACAATACTGATAATGCAAGTCAAGAGTTGCATGCAGCAACA
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|7 ): CNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
Unaligned ( gi|8 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN