lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11111 2222222 11111 11111 1 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 222 1111 1
lowQualScore : 7 77777 77 44 7777777 4 5 5 00000 99999 0 6 0 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 22 3 888888 777 4444 1 44 3 3 66
lowQualScore : . ..... .. .. ....... . . . ..... ..... . . . ................................................................................................................... .. . ...... ... .... . .. . . ..
lowQualScore : 5 00000 77 88 7777777 6 0 0 00000 66666 1 1 7 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 88 1 888888 222 1111 6 66 0 0 22
consensus : TAGACTTAGTCCAG--NATGGGTGTCGCATT-GGNT--TTTCCCCCAT-AA-TAAG--ATGT----AGGTACAAACAACTTGTA----N----CA---CTA---CA---GTTT----TGACACGGTCATCT-------TCTA-TTA----TCNGCACAAG----TNATTTTC------AGTA--AGC--AGT-GT---GACCCATC-ATG------TTTGTACCT-CATG-GAAAAAAC--CTGGCCAGACCAGTTCCGGATAGT
Reference ( gi|2 ) : TAGACTTGGTCCGG--TATGGCTGTCACATT-GCTT--TTTTCCTCAT-AA-TAAG--ATGC----AGGTACATACAACTTGTA----T----CA---CTA---CA---TTTT----TGTCACGATCATCT-------TCTAGTTA----TCGGTACAAG----TAATTTTC------AGTA--AGT--AGT-GC---TACCCATC-ATG------TTTGTACCAGCATG-GAAAAAAC--CTTGTTAGACTAGTTCCAGATAATG
gi|4 : TAGATTTAGTCTAG--TATGGCTGTTGCACT-GA-A--TTATCCCGAT-AA-TCAG--ATGT----GAGTACAAACTACTTTTAGTTTT----AA---TTAATTTAAGCTTTT----TGGCAAACTTATTT-------TCTA------------CACAAGTACCTAATTTTC------AAAA--GAA--AGT-GT---GACACTTC-ATA------TTTGTAC
gi|3 : gtctgcaacaataTAGACTTTATCCA---CATGAGTGTTGCATT-GGGT--TTTCCCCCAT-AA-TATC--ATGCATGTAGGTAAA-ACAACTTGTA----A----TA---CTA---TA---------------------GTCT-------GCT--TGA----ACAATATAAT----TTGTTTTC------TGTT--TG---AGT------------TC-ATGTGAATGTTTGTACCTAAATG-G-AAAAAC--CTGGTCAGAGGAGTTCTGGATAGT
gi|1 : TAGACTTACTCTGGAATATG--CATTACATTTGGTT--TAACCCT-A--AA-TAAA--ATGTG---AGG-----ACAA-----A----A----CA---CT----TA---CTTT----TGAAGCAGTTA-CT-------TACA---------CAATACAAT----TTATTTTC------TGCACAAGC--AAT-GT---GGCTTATA-GTG------TTTGTACCTTTATA-GAAAAA-C--CCAGTCAAACTAGTTCCAat
gi|17 : TAGATTTAGTCCAG--AATTGGTGCC---TC-CCTTGGTTTTCCTCAT-AG-TTAC--ATGT----ATGT---TACAAactattatttattcattaatatcatcatttatgtaattaggtgtccctaaaagttctgtagt
gi|6 : caaGACTTAGTTCAG--GATGGCTGTCATATT-GGGT--TTTCCC-CAC-AACTAAATTATGT----AGATACAAACAACTTGTG----C----CA---CTA---CA---GTTC----TGACACGGTC--------------AGT------TTGG----------------CC------AATA--AG-------------ACCTATC-ATA------TTTGT-----CATG---AAAAAC--CTGGTCAGAACAGCTtcaac
gi|15 : TTAGTTCAG--AATGGGTATTACATT-GGAT--TTTCCTTCAT-AA-TTAA--ATGT----AGATACAAACAACTCGTA---------CACCTCTA---GC---TTTTCATCTGTTATGATCA
gi|9 : atatactTTTGCCCATCAA-TA-G--TTGT----GGGTACAAACGACATTTA----T----AA---CTG---CT---GTTT----TGACACAATC--CA-------TCTA--------------------------------------TA--AGC--CGT-GT---GACCCATC-ATA------CTGGTATCTACAT----AAAAAC--C
gi|7 : agattaagttcagatgcgtttcatatagggCCCAT-TA-TAAG--ACGT----AGGTACAG-----TTGTT----TTTGACA---CGGT--CA---GCCT----TGACACTA-CATTT-------TCT--TT-----TCTGCACGAA----TGATTTTC------AGTA--AGC--AGT-GT---GATCAATC-ATG------TTTGCACC--TATGTGAAAAATC--ATGGCCAGGATAGTTCCAGA
gi|5 : gtTTGTA----C----CA---CCA---TA---GTTC----TGCCATGGTCAGCTACGACTATATAATTAACTTTCTGCTTAAG----TTATTTTC------AATA--AGTCCAGT-G-----ACCCTTC-ATG------CTTGTACCTTCATG-GAAAAATC--TTTACTA-ACCAGTTGCAGATA
gi|12 : gatgccacattggctTT----TGACAAAATCATTT-------ATT--TTA----T--GCATAAG----TAATTTTC------AATA--AAC--GAT-GT---CGCTCATC-ATT------TTTGTACACGCATA-G-AAAAAC--CTGGTCAGATCTGTTCCGGtcatctattct
gi|11 : gatatgatcagcT-------TCT--TTA----ACAATACAAT----TAATTTTCTGCACGAGTA--AGCC-AGTTGT---GACCAATT-CTG------TTTGTA-----AT---AAAAGATGGCTGGCCAGACCATTTCCAGATAATgattatatatt
gi|16 : TAGTTG----TCTGCACGTG----TACCTTTC------AATA--AGC--AAT-G----TGTGTATCTACG------CTCGTAT----ATG-GAAAAAAT--Caatctgtttattataatataagtttgtgt
gi|8 : actttggcaatatagtATTTTC------AATA--A-T--AAA-GCAATTACCCATC-ATG------TTTGTACCTACATG-G-AATTAC--CTAGCTAGATCAGTTTCAAAagatcagggcagctcc
gi|18 : acttcagaactcaactccttattttaaaatggtcagctttgacaatgcaatgtttatatttttcagcttcatagC------AGTA--ATT--AG------------ATC-ATA------TTTGTACATGCGT--GAAAAATC--CTGGCCGTGTCAGTTCCGGAT
gi|19 : gatccc--AAT-GT---TATCTTTT-ATG------TTTGTGCCATCATG-GAAAAAAC--TCGATCAGGCCAGTTCTGGA
4 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): ACATGTACTTTGTACTTTGATAATTATTATTTTGATACGATAAGCCTTTGGCAATACAATTAACTTTCTGCTCGAGACATTTTTAATATTTTAATAACCAACGTTATCTTTGCGCCTACGTGGGAAA
Unaligned ( gi|13 ): AGTCCGGATTGGTTGTCACATTCAATTTTCTCATTTTCCCAATAGTTTGCTGTATATATAAATAAATTTCACCATAACAGTATTAACATGTTCAGTTTTTCAATAAG
Unaligned ( gi|14 ): TTTTGCAAGAGAAATTTTTATTGGGCAGTGTGGCATATTATGTGTGTATCTACATAGAAAACCGCGGCCATGTTTGTTCAAGATATGAATCTATTAGATCTATGT
Unaligned ( gi|20 ): TACATGATAATTAATTGTTAAATATGTCCATAACAGTTACTATACTC
Alignments
lowQualScore : 11111111 111111 1111 66666666666666666666666666666666666666 222222 111111
lowQualScore : 5 88 1 3 99 4 4 44444444 4 3 333333 1111 777777 666 55 22222222222222222222222222222222222222 888888 1 44 9999999 2 1 2 0 1 2 777777 444444 0 33 2 2 0
lowQualScore : . .. . . .. . . ........ . . ...... .... ...... ... .. ...................................... ...... . .. ....... . . . . . . ...... ...... . .. . . .
lowQualScore : 9 11 0 4 33 4 4 66666666 4 9 999999 4444 888888 555 55 00000000000000000000000000000000000000 888888 2 22 0000000 9 1 9 7 1 7 777777 000000 1 99 9 6 7
consensus : TAGACTTAGTCCAGNATGGGTGTC-GCATTGGGTTTTCCCCCAT-AA-TA----AG--ATGTA-GGTACAAACGACTTGTANC----ACTA----CAG--T---TTTGACACGGTCATCTTC-TA-TTAT------------CNGCA-CA-AG----TAATTTTC------AGTA--A----G--C-AGT-GTGACCCATC-ATGTTTGTAC-C-T-CATG---GAAAAAAC--C-TGGCCAGACCAGTTCCGGATAAT
Reference ( family-323 ) : TAGACTTAGTCCAGNATGGGTGTC-GCATTGGNTTTTCCCCCAT-AA-TA----AG--ATGTA-GGTACAAACAACTTGTANC----ACTA----CAG--T---TTTGACACGGTCATCTTC-TA-TTAT------------CNGCA-CA-AG----TNATTTTC------AGTA--A----G--C-AGT-GTGACCCATC-ATGTTTGTAC-C-T-CATG---GAAAAAAC--C-TGGCCAGACCAGTTCCGGATAGT
gi|1 : TAGACTTACTCTGGAATATGCATT-ACATTTGGTTTAACCCTA--AA-TA----AA--ATGTG-AGGACAAAACACTT------------A----C----T---TTTGAAGCAGTTA-CTTA-CA-----------------CAATA-CA-AT----TTATTTTC------TGCACAA----G--C-AAT-GTGGCTTATA-GTGTTTGTAC-CTT-TATA---G-AAAAAC--C-CAGTCAAACTAGTTCC
gi|11 : TTC-T--TTAA------------CAATA-CA-AT----TAATTTTCTGCACGAGTA--A----G--CCAGTTGTGACCAATT-CTGTTTGTA-------AT-----AAAAGATGGC-TGGCCAGACCATTTCCAGATAATaactattatttattcattaatatcatcatttatgtaattaggtgtccctaaaagttctgtagt
gi|12 : ----CAG--C---TTTGACAAAATCAT-TTA-TT-TTAT--------------GCA-TA-AG----TAATTTTC------AATA--A----A--C-GAT-GTCGCTCATC-ATTTTTGTACAC-G-CATA---GAAAAA-C--C-TGGTCAGATCTGTTCCGGaatctgtttattataatataagtttgtgt
gi|14 : gatatgatT------------TTGCA-AG-AG----AAATTTTT------ATTG--G----G--C-AGT-GTGGCATATT-ATGTGTGTAT-C-TACATA---G--AAAAC--CGCGGCCATGTTTGTTCAAGATAgattatatatt
gi|15 : tTTAGTTCAGAATGGGTATT-ACATTGGATTTTCCTTCAT-AA-TT----AA--ATGTA-GATACAAACAACTCGTACA----CCTC----TAG--C---TTT-------TCATCTGT-TA-TGAT------------Ctgaatctattagatctatgt
gi|16 : atatact-TTGT------------CTGCA-CG-TG----TACCTTTC------AATA--A----G--C-AAT-GTG-TGTATCTACGCTCGTAT------ATG---GAAAAAAT--C-AGATCAGGGCAGCTCCa
gi|17 : actttggcaatatagttagTAGATTTAGTCCAGAATTGGTGCCTCCCTTGGTTTT--CCTCAT-AG-TT----AC--ATGTATGTTACAATCAAC
gi|18 : caaATC-ATATTTGTAC------ATGCGTGAAAAATC--C-TGGCCGTGTCAGTTCCGGAT
gi|19 : gatccccagtaattag-AAT-GTTATCTTTT-ATGTTTGTGC-CAT-CATG---GAAAAAAC--T-CGATCAGGCCAGTTCTGGA
gi|2 : TAGACTTGGTCCGGTATGGCTGTC-ACATTGCTTTTTTCCTCAT-AA-TA----AG--ATGCA-GGTACATACAACTTGTATC----ACTA----CAT--T---TTTGTCACGATCATCTTC-TAGTTAT------------CGGTA-CA-AG----TAATTTTC------AGTA--A----G--T-AGT-GCTACCCATC-ATGTTTGTAC-CAG-CATG---GAAAAAAC--C-TTGTTAGACTAGTTCCAGATAAT
gi|3 : TAGACTTTATCCA-CATGAGTGTT-GCATTGGGTTTTCCCCCAT-AA-TATCATGC--ATGTA-GGTA-AAACAACTTGTAAT----ACTA----TAG--TCTGCTTGA-ACAAT-ATAATT-TG-TTTT------------CTG----------------TTTG------AGT--------T--C-A-T-GTGA-------ATGTTTGTAC-C-TAAATG---G-AAAAAC--C-TGGTCAGAGGAGTTCTGGATAGTg
gi|4 : TAGATTTAGTCTAGTATGGCTGTT-GCACTGAATTATCCCG-AT-AA-TC----AG--ATGTG-AGTACAAACTACTTTTAGTTTTAATTAATTTAAGCTT---TTTGGCAAACTTATTTTC-TA--------------------CA-CA-AGTACCTAATTTTC------AAAA--G----A--A-AGT-GTGACACTTC-ATATTTGTAC-at
gi|5 : gtctgcaacaataTTGTACC----ACCA----TAG--T---TCTGCCATGGTCAGCTAC-GA-CTATATAATTAACTTTCTGCT-TA-AG----TTATTTTC------AATA--A----GTCC-AGT-G--ACCCTTC-ATGCTTGTAC-CTT-CATG---GAAAAATC--T-TTACTA-ACCAGTTGCAGATA
gi|6 : gatgccacattggctGACTTAGTTCAGGATGGCTGTC-ATATTGGGTTTTCCCC-AC-AACTA----AATTATGTA-GATACAAACAACTTGTGCC----ACTA----CAG--T---TCTGACACGGTCAGTTT----------------------GGC------------------C------AATA--A---------------GACCTATC-ATATTTG------T-CATG-----AAAAAC--C-TGGTCAGAACAGCTtcatctattct
gi|7 : CCCAT-TA-TA----AG--ACGTA-GGTACAGTTG-TTTTTGAC----ACGGT---CAG--C---CTTGACACTA-CATTTTC-T--TT-T------------CTGCA-CG-AA----TGATTTTC------AGTA--A----G--C-AGT-GTGATCAATC-ATGTTTGCAC-C-T--ATGT--GAAAAATC--A-TGGCCAGGATAGTTCCAGA
gi|8 : gt----CAG--C---TTTGACAATGCAATGTTTATA-TTTTT-----------CAGCTTCATAG------ATTTTC------AATA--ATAAAG--C-AAT--T-ACCCATC-ATGTTTGTAC-C-TACATG---G-AATTAC--C-TAGCTAGATCAGTTTC
gi|9 : acttcagaactcaactccttattttaaaatggtAGATTAAGTTCAG-ATGCGTTTC-ATATAGGGTTTGCCC--ATCAA-TA-----G--TTGTG-GGTACAAACGACATTTATA----ACTG----CTG--T---TTTGACACAATC--CATC-TA------------------------------------------------TA--A----G--C-CGT-GTGACCCATC-ATACTGGTAT-C-TACAT------AAAAAC--C-aaa
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): ACATGTACTTTGTACTTTGATAATTATTATTTTGATACGATAAGCCTTTGGCAATACAATTAACTTTCTGCTCGAGACATTTTTAATATTTTAATAACCAACGTTATCTTTGCGCCTACGTGGGAAA
Unaligned ( gi|13 ): AGTCCGGATTGGTTGTCACATTCAATTTTCTCATTTTCCCAATAGTTTGCTGTATATATAAATAAATTTCACCATAACAGTATTAACATGTTCAGTTTTTCAATAAG
Unaligned ( gi|20 ): TACATGATAATTAATTGTTAAATATGTCCATAACAGTTACTATACTC
Alignments
lowQualScore : 11111111 111111 1111 66666666666666666666666666666666666666 2222222 111111
lowQualScore : 5 3 1 99 4 4 44444444 4 4 3 333333 1111 777777 666 55 00000000000000000000000000000000000000 888888 1 44 9999999 2 1 2 0 1 2 5555555 777777 33 2 2
lowQualScore : . . . .. . . ........ . . . ...... .... ...... ... .. ...................................... ...... . .. ....... . . . . . . ....... ...... .. . .
lowQualScore : 9 1 4 33 4 4 66666666 4 4 9 999999 4444 888888 555 55 22222222222222222222222222222222222222 888888 2 22 0000000 9 1 9 7 1 7 7777777 555555 99 9 6
consensus : TAGACTTAGTCCAGNATGGGTGTCGCATTGGGTTTTCCCCCAT-AA-TA----AG--ATGTA-GGTACAAACGACTTGTANC----ACTA----CAG--T---TTTGACACGGTCATCTTC-TA-TTAT------------CNGCA-CA-AG----TAATTTTC------AGTA--A----G--C-AGT-GTGACCCATC-ATGTTTGTAC-C-T-CATG---GAAAAAAC--C-TGGCCAGACCAGTTCCGGATAAT
Reference ( family-323 ) : TAGACTTAGTCCAGNATGGGTGTCGCATTGGGTTTTCCCCCAT-AA-TA----AG--ATGTA-GGTACAAACGACTTGTANC----ACTA----CAG--T---TTTGACACGGTCATCTTC-TA-TTAT------------CNGCA-CA-AG----TAATTTTC------AGTA--A----G--C-AGT-GTGACCCATC-ATGTTTGTAC-C-T-CATG---GAAAAAAC--C-TGGCCAGACCAGTTCCGGATAAT
gi|1 : TAGACTTACTCTGGAATATGCATTACATTTGGTTTAACCCTA--AA-TA----AA--ATGTG-AGGACAAAACACTT------------A----C----T---TTTGAAGCAGTTA-CTTA-CA-----------------CAATA-CA-AT----TTATTTTC------TGCACAA----G--C-AAT-GTGGCTTATA-GTGTTTGTAC-CTT-TATA---G-AAAAAC--C-CAGTCAAACTAGTTCC
gi|11 : TTC-T--TTAA------------CAATA-CA-AT----TAATTTTCTGCACGAGTA--A----G--CCAGTTGTGACCAATT-CTGTTTGTA-------AT-----AAAAGATGGC-TGGCCAGACCATTTCCAGATAATaactattatttattcattaatatcatcatttatgtaattaggtgtccctaaaagttctgtagt
gi|12 : ----CAG--C---TTTGACAAAATCAT-TTA-TT-TTAT--------------GCA-TA-AG----TAATTTTC------AATA--A----A--C-GAT-GTCGCTCATC-ATTTTTGTACAC-G-CATA---G-AAAAAC--C-TGGTCAGATCTGTTCCGGaatctgtttattataatataagtttgtgt
gi|14 : gatatgatT------------TTGCA-AG-AG----AAATTTTT------ATTG--G----G--C-AGT-GTGGCATATT-ATGTGTGTAT-C-TACATA---G--AAAAC--CGCGGCCATGTTTGTTCAAGATAgattatatatt
gi|15 : tTTAGTTCAGAATGGGTATTACATTGGATTTTCCTTCAT-AA-TT----AA--ATGTA-GATACAAACAACTCGTACA----CCTC----TAG--C---TTT-------TCATCTGT-TA-TGAT------------Ctgaatctattagatctatgt
gi|16 : atatact-TTGT------------CTGCA-CG-TG----TACCTTTC------AATA--A----G--C-AAT-GTG-TGTATCTACGCTCGTA------TATG---GAAAAAAT--C-AGATCAGGGCAGCTCCa
gi|17 : actttggcaatatagttagTAGATTTAGTCCAGAATTGGTGCCTCCCTTGGTTTT-CCTCAT-AG-TT----AC--ATGTATGTTACAATCAAC
gi|18 : caaATC-ATATTTGTAC------ATGCGTGAAAAATC--C-TGGCCGTGTCAGTTCCGGAT
gi|19 : gatccccagtaattag-AAT-GTTATCTTTT-ATGTTTGTGC-CAT-CATG---GAAAAAAC--T-CGATCAGGCCAGTTCTGGA
gi|2 : TAGACTTGGTCCGGTATGGCTGTCACATTGCTTTTTTCCTCAT-AA-TA----AG--ATGCA-GGTACATACAACTTGTATC----ACTA----CAT--T---TTTGTCACGATCATCTTC-TAGTTAT------------CGGTA-CA-AG----TAATTTTC------AGTA--A----G--T-AGT-GCTACCCATC-ATGTTTGTAC-CAG-CATG---GAAAAAAC--C-TTGTTAGACTAGTTCCAGATAAT
gi|3 : TAGACTTTATCCA-CATGAGTGTTGCATTGGGTTTTCCCCCAT-AA-TATCATGC--ATGTA-GGTA-AAACAACTTGTAAT----ACTA----TAG--TCTGCTTGA-ACAAT-ATAATT-TG-TTTT------------CTG----------------TTTG------AGT--------T--C-A-T-GTGA-------ATGTTTGTAC-C-TAAATG---G-AAAAAC--C-TGGTCAGAGGAGTTCTGGATAGTg
gi|4 : TAGATTTAGTCTAGTATGGCTGTTGCACTGAATTATCCCG-AT-AA-TC----AG--ATGTG-AGTACAAACTACTTTTAGTTTTAATTAATTTAAGCTT---TTTGGCAAACTTATTTTC-TA--------------------CA-CA-AGTACCTAATTTTC------AAAA--G----A--A-AGT-GTGACACTTC-ATATTTGTAC-at
gi|5 : gtctgcaacaataTTGTACC----ACCA----TAG--T---TCTGCCATGGTCAGCTAC-GA-CTATATAATTAACTTTCTGCT-TA-AG----TTATTTTC------AATA--A----GTCC-AGT-G--ACCCTTC-ATGCTTGTAC-CTT-CATG---GAAAAATC--T-TTACTA-ACCAGTTGCAGATA
gi|6 : gatgccacattggctGACTTAGTTCAGGATGGCTGTCATATTGGGTTTTCCCC-AC-AACTA----AATTATGTA-GATACAAACAACTTGTGCC----ACTA----CAG--T---TCTGACACGGTCAGTTT----------------------GGC------------------C------AATA--A---------------GACCTATC-ATATTTG------T-CATG-----AAAAAC--C-TGGTCAGAACAGCTtcatctattct
gi|7 : CCCAT-TA-TA----AG--ACGTA-GGTACAGTTG-TTTTTGAC----ACGGT---CAG--C---CTTGACACTA-CATTTTC-T--TT-T------------CTGCA-CG-AA----TGATTTTC------AGTA--A----G--C-AGT-GTGATCAATC-ATGTTTGCAC-C-T--ATGT--GAAAAATC--A-TGGCCAGGATAGTTCCAGA
gi|8 : gt----CAG--C---TTTGACAATGCAATGTTTATA-TTTTT-----------CAGCTTCATAG------ATTTTC------AATA--ATAAAG--C-AAT--T-ACCCATC-ATGTTTGTAC-C-TACATG---G-AATTAC--C-TAGCTAGATCAGTTTC
gi|9 : acttcagaactcaactccttattttaaaatggtAGATTAAGTTCAG-ATGCGTTTCATATAGGGTTTGCCC--ATCAA-TA-----G--TTGTG-GGTACAAACGACATTTATA----ACTG----CTG--T---TTTGACACAATC--CATC-TA------------------------------------------------TA--A----G--C-CGT-GTGACCCATC-ATACTGGTAT-C-TACAT------AAAAAC--C-aaa
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): ACATGTACTTTGTACTTTGATAATTATTATTTTGATACGATAAGCCTTTGGCAATACAATTAACTTTCTGCTCGAGACATTTTTAATATTTTAATAACCAACGTTATCTTTGCGCCTACGTGGGAAA
Unaligned ( gi|13 ): AGTCCGGATTGGTTGTCACATTCAATTTTCTCATTTTCCCAATAGTTTGCTGTATATATAAATAAATTTCACCATAACAGTATTAACATGTTCAGTTTTTCAATAAG
Unaligned ( gi|20 ): TACATGATAATTAATTGTTAAATATGTCCATAACAGTTACTATACTC
Alignments
lowQualScore : 11111111 111111 1111 66666666666666666666666666666666666666 2222222 111111
lowQualScore : 5 3 1 99 4 4 44444444 4 4 3 333333 1111 777777 666 55 00000000000000000000000000000000000000 888888 1 44 9999999 2 1 2 0 1 2 5555555 777777 33 2 2
lowQualScore : . . . .. . . ........ . . . ...... .... ...... ... .. ...................................... ...... . .. ....... . . . . . . ....... ...... .. . .
lowQualScore : 9 1 4 33 4 4 66666666 4 4 9 999999 4444 888888 555 55 22222222222222222222222222222222222222 888888 2 22 0000000 9 1 9 7 1 7 7777777 555555 99 9 6
consensus : TAGACTTAGTCCAGNATGGGTGTCGCATTGGGTTTTCCCCCAT-AA-TA----AG--ATGTA-GGTACAAACGACTTGTANC----ACTA----CAG--T---TTTGACACGGTCATCTTC-TA-TTAT------------CNGCA-CA-AG----TAATTTTC------AGTA--A----G--C-AGT-GTGACCCATC-ATGTTTGTAC-C-T-CATG---GAAAAAAC--C-TGGCCAGACCAGTTCCGGATAAT
Reference ( family-323 ) : TAGACTTAGTCCAGNATGGGTGTCGCATTGGGTTTTCCCCCAT-AA-TA----AG--ATGTA-GGTACAAACGACTTGTANC----ACTA----CAG--T---TTTGACACGGTCATCTTC-TA-TTAT------------CNGCA-CA-AG----TAATTTTC------AGTA--A----G--C-AGT-GTGACCCATC-ATGTTTGTAC-C-T-CATG---GAAAAAAC--C-TGGCCAGACCAGTTCCGGATAAT
gi|1 : TAGACTTACTCTGGAATATGCATTACATTTGGTTTAACCCTA--AA-TA----AA--ATGTG-AGGACAAAACACTT------------A----C----T---TTTGAAGCAGTTA-CTTA-CA-----------------CAATA-CA-AT----TTATTTTC------TGCACAA----G--C-AAT-GTGGCTTATA-GTGTTTGTAC-CTT-TATA---G-AAAAAC--C-CAGTCAAACTAGTTCC
gi|11 : TTC-T--TTAA------------CAATA-CA-AT----TAATTTTCTGCACGAGTA--A----G--CCAGTTGTGACCAATT-CTGTTTGTA-------AT-----AAAAGATGGC-TGGCCAGACCATTTCCAGATAATaactattatttattcattaatatcatcatttatgtaattaggtgtccctaaaagttctgtagt
gi|12 : ----CAG--C---TTTGACAAAATCAT-TTA-TT-TTAT--------------GCA-TA-AG----TAATTTTC------AATA--A----A--C-GAT-GTCGCTCATC-ATTTTTGTACAC-G-CATA---G-AAAAAC--C-TGGTCAGATCTGTTCCGGaatctgtttattataatataagtttgtgt
gi|14 : gatatgatT------------TTGCA-AG-AG----AAATTTTT------ATTG--G----G--C-AGT-GTGGCATATT-ATGTGTGTAT-C-TACATA---G--AAAAC--CGCGGCCATGTTTGTTCAAGATAgattatatatt
gi|15 : tTTAGTTCAGAATGGGTATTACATTGGATTTTCCTTCAT-AA-TT----AA--ATGTA-GATACAAACAACTCGTACA----CCTC----TAG--C---TTT-------TCATCTGT-TA-TGAT------------Ctgaatctattagatctatgt
gi|16 : atatact-TTGT------------CTGCA-CG-TG----TACCTTTC------AATA--A----G--C-AAT-GTG-TGTATCTACGCTCGTA------TATG---GAAAAAAT--C-AGATCAGGGCAGCTCCa
gi|17 : actttggcaatatagttagTAGATTTAGTCCAGAATTGGTGCCTCCCTTGGTTTT-CCTCAT-AG-TT----AC--ATGTATGTTACAATCAAC
gi|18 : caaATC-ATATTTGTAC------ATGCGTGAAAAATC--C-TGGCCGTGTCAGTTCCGGAT
gi|19 : gatccccagtaattag-AAT-GTTATCTTTT-ATGTTTGTGC-CAT-CATG---GAAAAAAC--T-CGATCAGGCCAGTTCTGGA
gi|2 : TAGACTTGGTCCGGTATGGCTGTCACATTGCTTTTTTCCTCAT-AA-TA----AG--ATGCA-GGTACATACAACTTGTATC----ACTA----CAT--T---TTTGTCACGATCATCTTC-TAGTTAT------------CGGTA-CA-AG----TAATTTTC------AGTA--A----G--T-AGT-GCTACCCATC-ATGTTTGTAC-CAG-CATG---GAAAAAAC--C-TTGTTAGACTAGTTCCAGATAAT
gi|3 : TAGACTTTATCCA-CATGAGTGTTGCATTGGGTTTTCCCCCAT-AA-TATCATGC--ATGTA-GGTA-AAACAACTTGTAAT----ACTA----TAG--TCTGCTTGA-ACAAT-ATAATT-TG-TTTT------------CTG----------------TTTG------AGT--------T--C-A-T-GTGA-------ATGTTTGTAC-C-TAAATG---G-AAAAAC--C-TGGTCAGAGGAGTTCTGGATAGTg
gi|4 : TAGATTTAGTCTAGTATGGCTGTTGCACTGAATTATCCCG-AT-AA-TC----AG--ATGTG-AGTACAAACTACTTTTAGTTTTAATTAATTTAAGCTT---TTTGGCAAACTTATTTTC-TA--------------------CA-CA-AGTACCTAATTTTC------AAAA--G----A--A-AGT-GTGACACTTC-ATATTTGTAC-at
gi|5 : gtctgcaacaataTTGTACC----ACCA----TAG--T---TCTGCCATGGTCAGCTAC-GA-CTATATAATTAACTTTCTGCT-TA-AG----TTATTTTC------AATA--A----GTCC-AGT-G--ACCCTTC-ATGCTTGTAC-CTT-CATG---GAAAAATC--T-TTACTA-ACCAGTTGCAGATA
gi|6 : gatgccacattggctGACTTAGTTCAGGATGGCTGTCATATTGGGTTTTCCCC-AC-AACTA----AATTATGTA-GATACAAACAACTTGTGCC----ACTA----CAG--T---TCTGACACGGTCAGTTT----------------------GGC------------------C------AATA--A---------------GACCTATC-ATATTTG------T-CATG-----AAAAAC--C-TGGTCAGAACAGCTtcatctattct
gi|7 : CCCAT-TA-TA----AG--ACGTA-GGTACAGTTG-TTTTTGAC----ACGGT---CAG--C---CTTGACACTA-CATTTTC-T--TT-T------------CTGCA-CG-AA----TGATTTTC------AGTA--A----G--C-AGT-GTGATCAATC-ATGTTTGCAC-C-T--ATGT--GAAAAATC--A-TGGCCAGGATAGTTCCAGA
gi|8 : gt----CAG--C---TTTGACAATGCAATGTTTATA-TTTTT-----------CAGCTTCATAG------ATTTTC------AATA--ATAAAG--C-AAT--T-ACCCATC-ATGTTTGTAC-C-TACATG---G-AATTAC--C-TAGCTAGATCAGTTTC
gi|9 : acttcagaactcaactccttattttaaaatggtAGATTAAGTTCAG-ATGCGTTTCATATAGGGTTTGCCC--ATCAA-TA-----G--TTGTG-GGTACAAACGACATTTATA----ACTG----CTG--T---TTTGACACAATC--CATC-TA------------------------------------------------TA--A----G--C-CGT-GTGACCCATC-ATACTGGTAT-C-TACAT------AAAAAC--C-aaa
blockSeqs : A A C TC C C TCATGC T A G GTTTTA ATTT TCTG AAA TC CGACTATATAATTAACTTTCTGCTTAAGTT TGCACG G . TAAAG C G T A T CACGC GCGTGA GG G C
blockSeqs : A T T TC . . AATT . A G CA T CTT CGA TC TATATTTTTCAGCTTCATAG . A . GTC . A . C . TCTAC GTGA . . T
blockSeqs : T A C TC . . AA . A G TC . C CAA TA CTAGTTATCGGTACAAGTA . T . G . G . T . CCATC GGA . . T
blockSeqs : C G C CC . . AC . A T AT . C AAC TT CTTTAACAATACAATTA . A . A . A . T . CCAGC GGA . . G
blockSeqs : T G C CC . . AG . T G CC . T TGG GC ATTTTATGCATAAGTA . G . G . A . T . CCTAA GGA . . T
blockSeqs : G A C G . . AG . A G CC . T CGG GT CTTTTCTGCACGAATG . G . G . G . C . CCTTC GGA . . C
blockSeqs : . A . C . . AG . G T AC . T CTA TT CTACACAAGTACCTA . A . G . G . C . CCTAC AG . . C
blockSeqs : . . . G . G T TA . C ATG TG TTGTTTTCTG . A . T . G . C . TCTAC AG . . G
blockSeqs : . C CAA T GGC . A . A . G . T . CCT GG . . C
blockSeqs : . T . C CTA . G . G . A . A . TC GG . . A
blockSeqs : . A . G . G . C . T A . . A
blockSeqs : . . . . . . . C . C G . . T
blockSeqs : . . . . . . . . .
blockSeqs : .
blockSeqCons : CC**** TC CTTTTCGCACAAGTA*********************** **
originalCons : TAGACTTAGTCCAGNATGGGTGTCGCATTGGGTTTTCCCCCAT-AA-TA----AG--ATGTA-GGTACAAACGACTTGTANC----ACTA----CAG--T---TTTGACACGGTCATCTTC-TA-TTAT------------CNGCA-CA-AG----TAATTTTC------AGTA--A----G--C-AGT-GTGACCCATC-ATGTTTGTAC-C-T-CATG---GAAAAAAC--C-TGGCCAGACCAGTTCCGGATAAT
finalCons : TAGACTTAGTCCAGNATGGGTGTCGCATTGGGTTTTCCCCCAT-AA-TA----AG--ATGTA-GGTACAAACGACTTGTACC----ACTA----CAG--T---TTTGACACGGTCATCTTCTTTTCGCACAAGTA-----------------------ATTTTC------AGTA--A----G--C-AGT-GTGACCCATC-ATGTTTGTAC-C-T-CATG---GAAAAAAC--C-TGGCCAGACCAGTTCCGGATAAT
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): ACATGTACTTTGTACTTTGATAATTATTATTTTGATACGATAAGCCTTTGGCAATACAATTAACTTTCTGCTCGAGACATTTTTAATATTTTAATAACCAACGTTATCTTTGCGCCTACGTGGGAAA
Unaligned ( gi|13 ): AGTCCGGATTGGTTGTCACATTCAATTTTCTCATTTTCCCAATAGTTTGCTGTATATATAAATAAATTTCACCATAACAGTATTAACATGTTCAGTTTTTCAATAAG
Unaligned ( gi|20 ): TACATGATAATTAATTGTTAAATATGTCCATAACAGTTACTATACTC
Alignments
lowQualScore : 11111111 111111 1111 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 222222 111111
lowQualScore : 5 3 1 99 4 4 44444444 4 4 3 666666 1111 777777 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 888888 0 44 9999999 2 1 2 0 1 2 777777 777777 33 2 2
lowQualScore : . . . .. . . ........ . . . ...... .... ...... ............................................................ ...... . .. ....... . . . . . . ...... ...... .. . .
lowQualScore : 9 1 4 33 4 4 66666666 4 4 9 000000 4444 888888 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 888888 5 22 0000000 9 1 9 7 1 7 777777 555555 99 9 6
consensus : TAGACTTAGTCCAGNATGGGTGTCGCATTGGGTTTTCCCCCAT-AA-TA----AG--ATGTA-GGTACAAACGACTTGTA----CCACTA----CAG--T---TTTGACACGGT-CAT--CT-------------T--C----T--TT-TC-GCA---CA-AG----TAATTTTC------AGTA--A----G--C-AGT-GTGACCCATC-ATGTTTGTAC-C-T-CATG---GAAAAAAC--C-TGGCCAGACCAGTTCCGGATAAT
Reference ( family-323 ) : TAGACTTAGTCCAGNATGGGTGTCGCATTGGGTTTTCCCCCAT-AA-TA----AG--ATGTA-GGTACAAACGACTTGTA----CCACTA----CAG--T---TTTGACACGGT-CAT--CT-------------T--C----T--TT-TC-GCA---CA-AG----TAATTTTC------AGTA--A----G--C-AGT-GTGACCCATC-ATGTTTGTAC-C-T-CATG---GAAAAAAC--C-TGGCCAGACCAGTTCCGGATAAT
gi|1 : TAGACTTACTCTGGAATATGCATTACATTTGGTTTAACCCTA--AA-TA----AA--ATGTG-AGGACAAAACACTT------------A----C----T---TTTGAAGCAGT-TAC----------------------------TT-AC-ACAATACA-AT----TTATTTTC------TGCACAA----G--C-AAT-GTGGCTTATA-GTGTTTGTAC-CTT-TATA---G-AAAAAC--C-CAGTCAAACTAGTTCC
gi|11 : A---CA-AT----TAATTTTCTGCACGAGTA--A----G--CCAGTTGTGACCAATT-CTGTTTGTA-------AT-----AAAAGATGGC-TGGCCAGACCATTTCCAGATAATaactattatttattcattaatatcatcatttatgtaattaggtgtccctaaaagttctgtagt
gi|12 : ttctttaacaat----CAG--C---TTTGACAAAAT-CAT--TT-------------A--T----T--TT-AT-GCA---TA-AG----TAATTTTC------AATA--A----A--C-GAT-GTCGCTCATC-ATTTTTGTACAC-G-CATA---G-AAAAAC--C-TGGTCAGATCTGTTCCGGaatctgtttattataatataagtttgtgt
gi|14 : gatatgat--TT-TT-GCA---AG-AG----AAATTTTT------ATTG--G----G--C-AGT-GTGGCATATT-ATGTGTGTAT-C-TACATA---G--AAAAC--CGCGGCCATGTTTGTTCAAGATAgattatatatt
gi|15 : TTAGTTCAGAATGGGTATTACATTGGATTTTCCTTCAT-AA-TT----AA--ATGTA-GATACAAACAACTCGTA----CACCTC----TAG--C---TTT-------T-CAT--CT-------------tgaatctattagatctatgt
gi|16 : atatact-GCA---CG-TG----TACCTTTC------AATA--A----G--C-AAT-GTG-TGTATCTACGCTCGTAT------ATG---GAAAAAAT--C-AGATCAGGGCAGCTCCgttatgatca
gi|17 : actttggcaatatagttagttgtctTAGATTTAGTCCAGAATTGGTGCCTCCCTTGGTTTT-CCTCAT-AG-TT----AC--ATGTATGTTACAATCAAC
gi|18 : caaATC-ATATTTGTAC------ATGCGTGAAAAATC--C-TGGCCGTGTCAGTTCCGGAT
gi|19 : gatccccagtaattag-AAT-GTTATCTTTT-ATGTTTGTGC-CAT-CATG---GAAAAAAC--T-CGATCAGGCCAGTTCTGGA
gi|2 : TAGACTTGGTCCGGTATGGCTGTCACATTGCTTTTTTCCTCAT-AA-TA----AG--ATGCA-GGTACATACAACTTGTA----TCACTA----CAT--T---TTTGTCACGAT-CAT--CT-------------T--C----TAGTTATCGGTA---CA-AG----TAATTTTC------AGTA--A----G--T-AGT-GCTACCCATC-ATGTTTGTAC-CAG-CATG---GAAAAAAC--C-TTGTTAGACTAGTTCCAGATAAT
gi|3 : TAGACTTTATCCA-CATGAGTGTTGCATTGGGTTTTCCCCCAT-AA-TATCATGC--ATGTA-GGTA-AAACAACTTGTA----ATACTA----TAG--TCTGCTTGA-ACAAT--ATAATT-------------T--G----T--TT-TC----------------TG--TTTG------AGT--------T--C-A-T-GTGA-------ATGTTTGTAC-C-TAAATG---G-AAAAAC--C-TGGTCAGAGGAGTTCTGGATAGTg
gi|4 : TAGATTTAGTCTAGTATGGCTGTTGCACTGAATTATCCCG-AT-AA-TC----AG--ATGTG-AGTACAAACTACTTTTAGTTTTAATTAATTTAAGCTT---TTTGGCA------AA--CT-------------T--A----T--TT-TCTACA---CA-AGTACCTAATTTTC------AAAA--G----A--A-AGT-GTGACACTTC-ATATTTGTAC-at
gi|5 : gtctgcaacaataTTGTA----CCACCA----TAG--T---TCTGCCATGGT-CAG--CTACGACTATATAATTAAC----T--TT-CT-GCT---TA-AG----TTATTTTC------AATA--A----GTCC-AGT-G--ACCCTTC-ATGCTTGTAC-CTT-CATG---GAAAAATC--T-TTACTA-ACCAGTTGCAGATA
gi|6 : gatgccacattggctGACTTAGTTCAGGATGGCTGTCATATTGGGTTTTCCCC-AC-AACTA----AATTATGTA-GATACAAACAACTTGTG----CCACTA----CAG--T---TCTGACACGGT-CA--------------------------G--TT-TG-GC--------------------C------AATA--A---------------GACCTATC-ATATTTG------T-CATG-----AAAAAC--C-TGGTCAGAACAGCTtcatctattct
gi|7 : CCCAT-TA-TA----AG--ACGTA-GGTACAGTTG-TTTTTG----ACACGGT---CAG--C---CTTGACACTA--CAT--TT-------------T--C----T--TT-TCTGCA---CG-AA----TGATTTTC------AGTA--A----G--C-AGT-GTGATCAATC-ATGTTTGCAC-C-T--ATGT--GAAAAATC--A-TGGCCAGGATAGTTCCAGA
gi|8 : gt----CAG--C---TTTGACAATGC-AAT--GT-------------T--TATATT--TT-TCAGCTT--CATAG------ATTTTC------AATA--ATAAAG--C-AAT--T-ACCCATC-ATGTTTGTAC-C-TACATG---G-AATTAC--C-TAGCTAGATCAGTTTC
gi|9 : acttcagaactcaactccttattttaaaatggtAGATTAAGTTCAG-ATGCGTTTCATATAGGGTTTGCCC--ATCAA-TA-----G--TTGTG-GGTACAAACGACATTTA----TAACTG----CTG--T---TTTGACACAATCCAT--CT------------------------------------------------------------ATA--A----G--C-CGT-GTGACCCATC-ATACTGGTAT-C-TACAT------AAAAAC--C-aaa
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): ACATGTACTTTGTACTTTGATAATTATTATTTTGATACGATAAGCCTTTGGCAATACAATTAACTTTCTGCTCGAGACATTTTTAATATTTTAATAACCAACGTTATCTTTGCGCCTACGTGGGAAA
Unaligned ( gi|13 ): AGTCCGGATTGGTTGTCACATTCAATTTTCTCATTTTCCCAATAGTTTGCTGTATATATAAATAAATTTCACCATAACAGTATTAACATGTTCAGTTTTTCAATAAG
Unaligned ( gi|20 ): TACATGATAATTAATTGTTAAATATGTCCATAACAGTTACTATACTC