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Reference ( family-322 ) : GAGAACATCCCAAGGGTGACATGGTGCCTTGATCCAGATAAATTCTTGTACACGCAAGCTTCGAGATTTGTTATGAGAAC-T--CC--A---GG-G--A----ATGGTGCCTTGATCCAGATAAATTNTTGTACACGCAAGCTTCGAGATTTGTTATGAG--------AACATCCCAAGGGTGACATGGTGCCTTGANC-----------C-----------AGA-TAAATTCTTGT----AC-A-C-GC-AA--GCTTCGAGATTTG-----TTA-----C-GAG--------AACATCCCAAGGGTGACATGGTGCCTTGNTCCAGA-TAAATTC-TTG--TACACGC-AAGNTNCGAGATTTGTTATGA------GAACATCCCAAGGGTGACA--TGGTGCCT-------TGNNCCAGATAAATTCTTGTATGTGATGTTAAG-AAAA-AA---C-TTGTGGAG------C--A--TGACAAAATTTGATTTT-TCTGCAAAANTA--------A--A-A---AT-CAT--GGTTT-A-TGTTCTTTGG-----A-----T--GTAAAAT-AT--A--AAT-----AAAA----AAAA-A-ACACGA-ATGGCTTAGGAC----------TTA--------------T--------T-----AA-AGTAAATTAAGTAA------AA-------------AC-----------ATTT--AAA--A-AAAATAAA----G--TGAAA-TTGTAATATCTACACTAACAAATGCTTGATTTTCACCTAGT-ATCAA-----TGTGCAAATCTT---AC-ATTGAAA-ATTTCGGTAAACATTCAAATCAATTCACTGAAAATTTATTGCAGGAGTTGTACA-TT-GTAAATTTT-GAACAGATGAAAAATTGCAATTAAGTNCTGCACTATGTTCAAATTGAGGAATACAGAAGTTCAA-AGCCAAATCATTCACCTA---AACTTGTACTGAGAGTAAACAATTATTACTCCAACGGCATATGTATAAGACTGGGTTACCACAAGCAGACTAATTTCCATGCACTTACCCAGATNGGCACAG---TAGAGCCATCAAGTTAGAACAAGAGATGGATCGA--TCATTGTCGCACTTCT-GATAGTTAACAACAGCTATGTGTCGCAATGTCGTCTAGAATCTGCAAACACAGTCACCCTCTTTTGCCTTTCTTTTAATTAATTTTTCCT-ATTTTTATTATTTTTATTAAAATGCTGTATTCTATAAT-CTTTTACAAA-----TGAATTAAC-TAAATTTTCTGATANAA---CAAAAT-ATTNG--------------GT--------------A----ATTTTAAAAA-GG-TTGAATNGATAAAAAT-A-TAATAAAAAAAAACCTGAATGAGAACTAAAATGCAAAATATGATAATTGA-T-TTTTTAAAGAACTGGAAAAA-A------AAC------AGACACATGGA-AAC-CA--TCANT-------GCTGT-ATT--T--------------C--TGC----CA--AAAACAACCGCTCTTGTAA------AATATTTTTCATCAACATTTCTTGTCCAC-GGATAATATATGGGCATCAGACAGACTATTTATTGTATTTATCTATATATATATAT-ATA-A--A-TA-T---ATATG-TATTCCNTACAATATACAAAATTACTCAATACTAAAGAATGAGAAAAATACTGCGGCTTGTGAGGAGAAAATATGACATACAATAAACTCAAATGAGAACAATATCAAGTCATGCGCAAAGCTAAACAATATGAACATACCCAAGCTTTTCAGAATTCTCACATAGAAGCAGACATCGCTGGACAAGCGAGAAATACAAAGTCGTGTTCACCTCTGTCATCACCATGTTCACAATGGAAGTCACATTGGAGCACNTGTATACATAGATTGATACTTCCAACCAGAAGTAATCCAGTATTTGCCAGCCATT--AGTTTACATCATCTTAAAAGCAGCAGAT-AACAATGCAACAGTTCACTTGGTTGTCTT-CATT-TT--CCCCTCT--TTTTANATATTGGA-CC-GGTTTTATTAAT-GGACGTTAGGCAAGTNACAGGTAACTCTCACATGAAGTCTTTGGACAGAGCCGAGCCCCAAAAACCCGCA
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Alignments
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gi|1 : gaaatacgttttagaatattgactaatattcagacaaattttgcgctatgttgtaggtgtatttgtaaatgctccatgtaaaatacttcacttaaaacaaagcaaagagtggagtcgcattataaatttgaatgtaaatttgttaagtttgtaatgtactttgttattagcagtaagacaggacatttttcatatcactatttcaaaatgaatgcttgtgtgtaaactacaggaactggactccattacataagcttcgatattggtactgagaacatcccaagggtgacatggtgcattgcactttataaattattgcacacacaagcttcaagatctgttatactaacatcccagggtgacatcttgccttgtactagataaattattgcacatacaagctctgagatctgttaaatgaacaccccagggcgacatcttgccttgtactagataaattattgcacatacaagctccgagatctgttatacaaacatctcagggtgacatggtgcctaataccagataaattcttgtgtgtgatgctaagaaaaaatattgcagagtaactgcatgataaatttgattttctccaaaaaaatataaatacaaaaatatattcggttttatattctttggaacaaatttaagatataaattaaaaaaaaacgtgaatggcttaagacttatg--TCATTGTCATGCTTTTTGATAGTTAACAACAGCCATGT--CGCAATGTCGTCTAGAATCTGCAAACACAGTCACCCTCTTTTGCCTTTCTTTTAGTTAATTTTTCCT-GTTTTTATCATTTA-ATTAAAATGTTGTATTCTTTAAT-CTTTTACAAAATTTATGAATTTACTAAATTTTCAGATACGACAAAAC-ATTGGGTCACAT----TATT----TATGTTATTTT-AAAAAAGATTATATTGATAAAAAT-AATAATAAAAA----------------CTAATATGCAAAATATGATAATTGAAT-TTTTTGAAGAACTTAAAA--------------AACA------AAC----AGACACA---TGAATAAGTATCTGCAGTTGTCAT----------------C--TGCATAACATCAAAACCATCATCATCGT---------------TTCATCAACATTTCTTGTCCACTGGACAATAT--GGGCATCAGACAGACTATTTATTGTGTTTATCTATATATGCATATATA-A-------T---ATATGATAT-CCTTACAATATACAAAAATACTCAATACTTAAGAATGAGAAAAATACTGAGGCCTGTGAGGAGAAAATATGGCATACAATAAACTCAAACGAGAACAATATCAAGTCATGAGCAAAGCTAAACAATATGAACATACTAAGCTTTTCCGAATTCTCACATAGAAGCAGACATCGCTGGACAAGCGAGAAATACAAAGTCATGTTCACCTCTGTTATCACCATGTTCACAATGGAAGTCACATTGGAGCACTTGTACACATAGATTGATACTTCCAACCAGAAGTAATCAAGTATTTACCAGCCATT--AGTTTACATCATC-TAAAAGCAGCAGCT-AACAATGCAACAGTTCACTTGGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattttcattgtcatgctttttgatagttaacaacagccatgtcgcaatgtcgtctagaatctgcaaacacagtcaccctcttttgcctttcttttagttaatttttcctgtttttatcatttaattaaaatgttgtattctttaatcttttacaaaatttatgaatttactaaattttcagatacgacaaaacattgggtcacattatttatgttattttaaaaaagattatattgataaaaataataataaaaactaatatgcaaaatatgataattgaattttttgaagaacttaaaaaacaaacagacacatgaataagtatctgcagttgtcatctgcataacatcaaaaccatcatcatcgtttcatcaacatttcttgtccactggacaatatgggcatcagacagactatttattgtgtttatctatatatgcatatataatatatgatatccttacaatatacaaaaatactcaatacttaagaatgagaaaaatactgaggcctgtgaggagaaaatatggcatacaataaactcaaacgagaacaatatcaagtcatgagcaaagctaaacaatatgaacatactaagcttttccgaattctcacatagaagcagacatcgctggacaagcgagaaatacaaagtcatgttcacctctgttatcaccatgttcacaatggaagtcacattggagcacttgtacacatagattgatacttccaaccagaagtaatcaagtatttaccagccattagtttacatcatctaaaagcagcagctaacaatgcaacagttcacttggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagacccttaaacacaaagtcatggatggtggtctttaatgttctattataaaatatgatatttaaatgttactgttttagtattcattattgtaaccatagaaacagatgggatatgtaaaatgacatgataaagaacttttgaactattgaaaacccgctccaccaccccac
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Reference ( family-322 ) : GAGAACATCCCAAGGGTGATATGGTGCCT--TGA---AAATAA-TT-CTNGTNAACGCAAGATTCGAGATTTGTTATGAGAACATCCNAANGGTGACATGGTGCCCTGATCCGGATAAATTATTGTACTCNCAAGCTTCGCGATTCGTTATGAG--------AACATCCCAAGNGTGACATGGTGCCTTGAAC-----------T-----------AGATAAATTCTTGT----AC-A-C-GCAA--GCTTCGAGATTTG-----TTA-----C-GAG--------AACATCCCAAGGGTGACATGGTGCCTTGCNCTAGA-TAAATTC-TTGTANACGC-AAGATTCGAGATTTGTTATGA------GAACATCCCAAGGGTGACA--TGGTGCCC-------TGNNCCAGATAAATTCTTGTATGTGATGTTAAG-AAAA-AA---C-TTGTGGAG------C--A--TGACAAAATTTGATTTT-TCTGCAAAANTA--------A--A-A---AT-CAT--GGTTT-A-TGTTCTTTGG-----A-----T--GTAAAAT-AT--A--AAT-----AAAA----AAAA-A-ACACGA-ATGGCTTAGGACTTATGAAAA--AA--A-----T-T-----AAAGTAAATTAAGTAAAA-------------AC-----------ATTTAAA--A--AAAATAAA----G--TGAAA-TTGTAATATCTACACTAACAAATGCTTNATTTTCACCTAGT-ATCAA-----TGTGCAAATCTT---ACA-TTGAAA-ATTTCGGTAAACATTCAAATCAATTCACTGAAAATTCATTGCAGGAGTTGTACA-TT-GTAAATTTT-GAACAGATGAAAAATTGCAATTAAGTGCTGCANTATGTTCAAATTGAGGAATACAGAAGTTCAA-AGCCAAATCATTCACCTA---AACTTGTACTGANAGTAAACAATTATTACTCCAACGGCATATGTATAAGACTGGGTTACCACAAGCAGACTAATTTCCATGCACTTACCCAGATNGGCACAG---TAGAGCCATCAAGTTAGAACAAGAGATGGATCGA--TCATTGTCGCACTTCT-GATAGTTAACAACAGCTATGTGTCGCAATGTCGTCTAGAATCTGCGAACACAGTCACCCTCTTTTGCCTTTCTTTTAATTAATTTTTCCT-ATTTTTATTATTTTTATTAAAATGCTGTATTCTATAAT-CTTTTACAAA-----TGAATTAACTAAATTTTCTGATANAACAAAAT-ATTGGGTCAC---ATT-ATT----TA----ATTTT-AAAAAGG-TTGAATGGATAAAAAT-A-TAATAAAAAAAAACCTGAATGAGAACTAAAATGCAAAATATGATAATTGA-T-TTTTTAAAGAACTGGAAA--------------AA-A------AAC----AGACACA---TGGA-AACCATC-ACTGCTGT-ATTT--------------C--TGC----CA--AAAACAACCGCTCTTGTAA------AATATTNTTCATCAACATTTCTTGTCCAC-GGATAATATATGGGCATCAGACAGACTATTTATTGNATTTATCTATATATATATATATA-A--A-TA-T---ATATG-TATTCCNTACAATATACAAAATTACTCAATACTAAAGAATGAGAAAAATACTGCGGCTTGTGAGGAGAAAATATGACATACAATAAACTCAAATGAGAACAATATCAAGTCATACGCAAAGCTAAACAATATGAACATACCAAGCTTTTCAGAATTCTCACATAGAAGCAGACATCGCTGGACAAGCGAGAAATACAAAGTCATGTTCACCTCTGTCATCACCATGTTCACAATGGAAGTCACATTGGAGCACNTGTATACATAGATTGATACTTCCAACCAGAAGTAATCCAGTATTTGCCAGCCATT--AGTTTACATCATCTTAAAAGCAGCAGAT-AACAATGCAACAGTTCACTTGGTTGTCTT-CATT-TT--CCCCTCT--TTTTANATATTGGA-CC-GGTTTTAT-TAAT-GGAGGTTCGGCAAGTAACAGGTAACTCTCACATGAAGTCTTTGGACNGAGCTGAGCCCCGAAAACCCGCA
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gi|9 : tgaggaatacagaagttcaaagccaaatcattcacctaaacttgtactgacagtaaacaattattactctaacgacaaatgcataagactgggttaccacaagcagactaatttccatgcacttacccagattggcacagcagagccatcaagttagaacaagagatggattgatcattgtTTATATATTGGA-TCTAGTTTTAT-TAAT-GGAGGTTTGGCAAGTAACAGGTTACTCTCACATGAAGTATTTGGACTGAGCTGAGatgaatttaaattgtggtacaacactttttcaaacaagttatatattggatctagttttattaatggaggtttggcaagtaacaggttactctcacatgaagtatttggactgagctgagtaacaca
10 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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gi|7 : TGCATTT---CTGATAGGCACAC---TAGAACTATCAAGTTAGAACAAGTGATGGATCAA--TCATTGTCGCACTTTT-GATAGTTAACAACAGCTAT--------ATGTCGTCAAGATTCTGCGAACA--GTCACCCTCTTTTGCCTTTCTATTAATTAATTTTTCCT-ATTTTTACTATTTTTATTAAAATACTGTATTCTATAAT-ATTTTACAAA-----TGAATTAACTAAATTTTCTGATAGAACAAAAT-ATTTAGT------------------A----ATTTT-AAAAAGA-TTGAATGGATAAAAAT-A-TAATAAAAAA---CCTGAATGAAAACTTAAATGCAAAATAT---AATTGA-T-TTTTTAAAGAACT---AA--------------AA-A------AA----------------------------ACTGCTGT-ATTT--------------C--TGC----CA--AAAACAACCGCTCTTGTAA------AATATTGTTCATCAACATTTCTTGTTCAC-AGAT-------GGGCATAAGACAGACTATTTATTGAATTTATCTATATATATATATATA-ATTA-TAAT---ATATG-TATTCCATACAATATACAAAATTAGTCA-------------------ATACTA---------AGGA-AAAATATGACATACAATAAACTCAAATGAGAACATTATCAAGTCATACACAAAGCTAAACGATATGGACATACCAAGCTTTTCAGAATTCTCCCATAGAAGCCAACATCGCTGAACAAGCGAGAAATATAAAGTCATGTTCACCTCTGTCATCACCATGTTCACAATGAAAGTCAAATTGGAGCACTTGTATACATAGATTGATACTTCCAACCATAAGTAATCCAGTATTTGCCAGCCATT--AGTTTACATCAGCTTAAAAGCAGCAGAT-AACAATTCAACAGTTCACTTGGTTGTTTT-CATT-TT--CCCCTCT--TTTTATATATTGCA-CC-AGTTTTAT-CAAT-GAAGGgcacactagaactatcaagttagaacaagtgatggatcaatcattgtcgcacttttgatagttaacaacagctatatgtcgtcaagattctgcgaacagtcaccctcttttgcctttctattaattaatttttcctatttttactatttttattaaaatactgtattctataatattttacaaatgaattaactaaattttctgatagaacaaaatatttagtaattttaaaaagattgaatggataaaaatataataaaaaacctgaatgaaaacttaaatgcaaaatataattgattttttaaagaactaaaaaaaactgctgtatttctgccaaaaacaaccgctcttgtaaaatattgttcatcaacatttcttgttcacagatgggcataagacagactatttattgaatttatctatatatatatatataattataatatatgtattccatacaatatacaaaattagtcaatactaaggaaaaatatgacatacaataaactcaaatgagaacattatcaagtcatacacaaagctaaacgatatggacataccaagcttttcagaattctcccatagaagccaacatcgctgaacaagcgagaaatataaagtcatgttcacctctgtcatcaccatgttcacaatgaaagtcaaattggagcacttgtatacatagattgatacttccaaccataagtaatccagtatttgccagccattagtttacatcagcttaaaagcagcagataacaattcaacagttcacttggttgttttcattttcccctctttttatatattgcaccagttttatcaatgaaggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagatc
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gi|9 : TGCATTT---CTGATAGGCATAC---TAGAACTATCAAGTTAGAACAAGAGATGGATCAA--TCATTGTCGCACTTTT-GATAGTTAACAACAGCTATGTGTCGCAATGTCGTCTAGATTCTGCGAACA--GTCACCCTCTTTTGCCTTTCTTTTAATTATTTTTTCCT-ATTTTTATTATTTTTATTAAAATACTGTATTCTA-----------CAAA-----TGAATTAACTAAATTTTCTGATAGAACAAAAA-ATTAAGT------------------A----ATTTT-AGAAAAG-TTGAATGGATAAAAAT-A-TAATAAAAAGAA-CCTGAATGAGAACTAAAATTCAAAATATGATAATTGA-T-TTTTTAAAGAACTA-AAA--------------AA-A------AAC----AGACACA---TGAA-AACCATC-ACTGCTGT-ATTT--------------C--TGC----CA--AAAACAACCGCTCTTGTAA------AATATTGTTCATCAACATTTCTTGTTCA---GATAACATATGGGCATCGGACATATTATTTATTGAATTTAT--ATATATATATATATT-A--T-AA-T---ATATG-TATTCCATACAATATACAAAATTACTCAATACTAAAGAATGAGAAAAATACTGTGGCTTGTGAGGAGAAAATATGACATACAATAAACTCAAATGAGAACAATATCAAGTCATACACAAAGCTAAACAATATGAACATATCAAGCTTTTCAGAATTCTCACATAGAAGCAGACATCGCTGAACAAGCGAGAAATACAAAGTCATGTTCATCTCTGTCATCACCATGATCACAATGGAAGTCACATTGGAGCACTTGTATACATAGATTGATACTTCCAACCAGAAGTAATCAAGTATTTGCCAGCCATT--AGTTTACATCATTTTAAAAGCAGCAGAT-AACAATGCAATAGTTCACTTGGTCATCTT-AATT-TT--TTCTTCT--TTATA-ATATgcatactagaactatcaagttagaacaagagatggatcaatcattgtcgcacttttgatagttaacaacagctatgtgtcgcaatgtcgtctagattctgcgaacagtcaccctcttttgcctttcttttaattattttttcctatttttattatttttattaaaatactgtattctacaaatgaattaactaaattttctgatagaacaaaaaattaagtaattttagaaaagttgaatggataaaaatataataaaaagaacctgaatgagaactaaaattcaaaatatgataattgattttttaaagaactaaaaaaaaacagacacatgaaaaccatcactgctgtatttctgccaaaaacaaccgctcttgtaaaatattgttcatcaacatttcttgttcagataacatatgggcatcggacatattatttattgaatttatatatatatatatattataatatatgtattccatacaatatacaaaattactcaatactaaagaatgagaaaaatactgtggcttgtgaggagaaaatatgacatacaataaactcaaatgagaacaatatcaagtcatacacaaagctaaacaatatgaacatatcaagcttttcagaattctcacatagaagcagacatcgctgaacaagcgagaaatacaaagtcatgttcatctctgtcatcaccatgatcacaatggaagtcacattggagcacttgtatacatagattgatacttccaaccagaagtaatcaagtatttgccagccattagtttacatcattttaaaagcagcagataacaatgcaatagttcacttggtcatcttaattttttcttctttataatatatgaatttaaattgtggtacaacactttttcaaacaagttatatattggatctagttttattaatggaggtttggcaagtaacaggttactctcacatgaagtatttggactgagctgagtaacaca
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blockSeqs : TA TTT AA T T A A T TA T C TG T T A A T TCAATGAG G C TTGGCTTGAAGT GTGT A A T AT T TATGAGTCAAT . AAC A A G C C C CAATGA AT GATACCT CA T AAGATC . TT CC . TA A . TT CATGT . . . A AATTAA CA T TGA TGTTC TTTC CAA T AAAATGTTTT A CAGGATCTTTCAAACCGTCTTATAAA GG AA TAACG . G G . ATGAA TTT A T A G TTTGT CA T C T . G A C GGAA CG A A T T C G A . GA AA T CACCTGATTTATGTA A . T T . A ACC . A GGAAAAAAAAAACACCCAAAAA CCAGAA AATTAGT . C C TTGGACTTCCTCTT CA . TC TTTGTT A T G AA T T CAATTATCAA . A A A T A TA T A A TCC GG T TGGATCCA GA . A GA
blockSeqs : . . . . G T T A TA A A AC T T G T A . C A TTGGCTTGAAGT GTGT . . T AT T TAACTTAC . AAC A A . C C C . AT . AT T CGAC . . . . TG A . . A . . . . AATGAA . . ATG . . ATA . AAAAGGTTTT A AT . T G . G C . . . . . C G TTTGT TA G A . . G A T G . T A C T . C . . GA GA . CACATTATTTATGTA . . G . . A AAA . . GGGAAAAAACCAAC CCAG TGAA . C . . . . . . A G A TA A T ATTATAAT . A A A T A . T . A T . A TGGATCCA T . T .
blockSeqs : . . . . G T T A TA A A AC G A A T T . T A T . . . . . G TAATTTAC . CTT . A . C . A . . . AT . AAAC . . . . TG T . . A . . . . AATGAA . . A . . AA . AAATGTTAA T AT . . G . G G . . . . . T G TTAGT A T C . . C A A C . T G C T . G . . GA AA . CACATTATTTGTGTA . . T . . A AAC . . GGAAAAAAACCAAC AG TGGA . C . . . . . . A T A TA T T CATAT . T A T T T . . . . T . A TGGATCCA T . A .
blockSeqs : . T A . . . . C A A T T . T A T . . . . . T ACT . ATC . A . A . A . . . CA . CAC . . . . TC A . . T . . . . A . . A . . AA . AAAGGTTTT A AC . . G . G C . . . . . T G TTAGT T G A . . G A T G . . A C T . T . . GA TT . CACATTATTTGTGTA . . G . . A AAC . . AAAAAAAA AG TAGA . A . . . . . . A G A CA A T ATAAT . A A T C A . . . . C . T TGGATCTA T . T
blockSeqs : . . . . . G ACT . CAT . G . C . C . . . AT . AAC . . . . TG C . . A . . . . A . . A . . AA . ATTGTTTA A TC . . G . G G . . . . . T G TTTGT T G A . . C A T G . . A C T . T . . GA TT . CACATTATTTATATA . . G . . C AA . . AAAAAAA AG TAGA . A . . . . . . A T A TA T . AAT . T . T C T . . . . T . A TGGATCC T .
blockSeqs : . . . . . T ACT . CTC . C . A . A . . . CA . AAT . . . . TG A . . A . . . . A . . A . . A . AATGATTT A AT . . G . G C . . . . . C G TGG T G A . . C A A C . . A C T . T . . G GA . TA . . G . . A AC . . AAAAAA A TGAA . C . . . . . . . G . . A . TAT . A . . T A . . . . C . A TGCACCA T .
blockSeqs : . . . . . G ACC . CGT . A . A . A . . . AT . CAC . . . . TG C . . A . . . . A . . A . . . . CAACT A AT . . G . G C . . . . . C . TG T A C . . C G T G . . G C . . T . . . GA . A . . T . . . C . . AAAAA . . . C . . . . T . . . . T . T TGCACCA . .
blockSeqs : . . . . T TAC . CTT . T . A . A . . . AT . A . . . . . C . . A . . . . A . . A . . . . TT A AC . . A . . C . . . . . T . . . . . G A A C . . T . . . . . . . . . A . . G . . . . . . AAAAA . . . . . . . . . . . . T G . .
blockSeqs : . . . . G AAT . A . T . . . . CA . . . . . . . C . . . . . . . A . . . . . . . TT . . . . . . . G . . . T . . C A T G . . G . . A G
blockSeqs : . T ACT . . . . . . . AT . A C . . T G
blockSeqs : . G ACT . . CA . T G . . T
blockSeqs : . A C . . .
blockSeqs : . T G . .
blockSeqs : . A C . .
blockSeqs : T G . .
blockSeqs : A C . .
blockSeqCons : T********************** ACT************* AAC***** ****** ******** ** A********** AAATGTTTT*********** G****** TTTGT* *** ***** AAC AAAAAAAA********************* TGGA**** **** ** A* TA CATAAT******* T** TGGATCCG*
originalCons : GAGAACATCCCAAGGGTGATATGGTGCCT--TGA---AAATAA-TT-CTNGTNAACGCAAGATTCGAGATTTGTTATGAGAACATCCNAANGGTGACATGGTGCCCTGATCCGGATAAATTATTGTACTCTCAAGCTTCGCGATTCGTTATGAG--------AACATCCCAAGNGTGACATGGTGCCTTGAAC-----------T-----------AGATAAATTCTTGT----AC-A-C-GCAA--GCTTCGANATTTGTTA-C-------T----GA-GAACATCCCAAGGGTGACATGGTGCCTTGCNCTAGA-TAAATTC-TTGTACACGC-AAGATTCGAGATTTGTTATGA------GAACATCCCAAGGGTGACA--TGGTGCCC-------TGNNCCAGATAAATTCTTGTATGTGATGTTAAG-AAAA-AA---C-TTGTGGAG------C--A--TGACAAAATTTGATTTT-TCTGCAAAANTA--------A--A-A---AT-CAT--GGTTT-A-TGTTCTTTGG-----A-----T--GTAAAAT-AT--A--AAT-----AAAA----AAAA-A-ACACGA-ATGGCTTAGGACTTATGAAAA--AA--A-----T-T-----AAAGTAAATTAAGTAAAA-------------AC-----------ATTTAAA--A--AAAATAAA----G--TGAAA-TTGTAATATCTACACTAACAAATGCTTNATTTTCACCTAGT-ATCAA-----TGTGCAAATCTT---ACA-TTGAAA-ATTTCGGTAAACATTCAAATCAATTCACTGAAAATTCATTGCAGGAGTTGTACA-TT-GTAAATTTT-GAACAGATGAAAAATTGCAATTAAGTGCTGCANTATGTTCAAATTGAGGAATACAGAAGTTCAA-AGCCAAATCATTCACCTA---AACTTGTACTGANAGTAAACAATTATTACTCCAACGGCATATGTATAAGACTGGGTTACCACAAGCAGACTAATTTCCATGCACTTACCCAGATNGGCACAG---TAGAGCCATCAAGTTAGAACAAGAGATGGATCGA--TCATTGTCGCACTTCT-GATAGTTAACAACAGCTATGTGTCGCAATGTCGTCTAGAATCTGCGAACACAGTCACCCTCTTTTGCCTTTCTTTTAATTAATTTTTCCT-ATTTTTATTATTTTTATTAAAATGCTGTATTCTATAAT-CTTTTACAAA-----TGAATTAACTAAATTTTCTGATANAACAAAAT-ATTGGGTCAC---ATT-ATT----TA----ATTTT-AAAAAGG-TTGAATGGATAAAAAT-A-TAATAAAAAAAAACCTGAATGAGAACTAAAATGCAAAATATGATAATTGA-T-TTTTTAAAGAACTGGAAA--------------AA-A------AAC----AGACACA---TGGA-AACCATC-ACTGCTGT-ATTT--------------C--TGC----CA--AAAACAACCGCTCTTGTAA------AATATTNTTCATCAACATTTCTTGTCCAC-GGATAATATATGGGCATCAGACAGACTATTTATTGNATTTATCTATATATATATATATA-A--A-TA-T---ATATG-TATTCCNTACAATATACAAAATTACTCAATACTAAAGAATGAGAAAAATACTGCGGCTTGTGAGGAGAAAATATGACATACAATAAACTCAAATGAGAACAATATCAAGTCATACGCAAAGCTAAACAATATGAACATACCAAGCTTTTCAGAATTCTCACATAGAAGCAGACATCGCTGGACAAGCGAGAAATACAAAGTCATGTTCACCTCTGTCATCACCATGTTCACAATGGAAGTCACATTGGAGCACNTGTATACATAGATTGATACTTCCAACCAGAAGTAATCCAGTATTTGCCAGCCATT--AGTTTACATCATCTTAAAAGCAGCAGAT-AACAATGCAACAGTTCACTTGGTTGTCTT-CATT-TT--CCCCTCT--TTTTANATATTGGA-CC-GGTTTTAT-TAAT-GGAGGTTCGGCAAGTAACAGGTAACTCTCACATGAAGTCTTTGGACNGAGCTGAGCCCCGAAAACCCGCA
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10 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Unaligned ( gi|25 ): TTTGAATGATTACGTCTAAAATAGAGAGTAATATCTAATATGATATATTGAAAATATT
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Unaligned ( gi|28 ): AACGGACAACATGTGATCAGAATTGCTCACCTTGAGCTTTGCTT
Alignments
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gi|1 : gaaatacgttttagaatattgactaatattcagacaaattttgcgctatgttgtaggtgtatttgtaaatgctccatgtaaaatacttcacttaaaacaaagcaaagagtggagtcgcattataaatttgaatgtaaatttgttaagtttgtaatgtactttgttattagcagtaagacaggacatttttcatatcactatttcaaaatgaatgcttgtgtgtaaactacaggaactggactccattAATCTT---ATA-TTGAAA-AACTTGGTAAACATTCAAATCAATTCACTGAAAATTTATTGGAGGAGCTGTACACA---AAATTTG-GAATA-ATGAAAAATTGTAATCAAGTTTTGTGCTATGTTCAAGTTGAGGAATACAAAGGTTCAA-AGCCAAATCATTCACCTACTTAACTTGTACTGAGAGTAAACAGTTATTACTTCAATGGCAT-TCTGTAAGAATGGGTTACCACAAACAGACTAATTTCCATGCACTTACCCAGATTGGCACAG---TCGAGCCATCAAGTTAGAACAAGAGATAGATCtcaattcactgaaaatttattggaggagctgtacacaaaatttggaataatgaaaaattgtaatcaagttttgtgctatgttcaagttgaggaatacaaaggttcaaagccaaatcattcacctacttaacttgtactgagagtaaacagttattacttcaatggcattctgtaagaatgggttaccacaaacagactaatttccatgcacttacccagattggcacagtcgagccatcaagttagaacaagagatagatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattttcattgtcatgctttttgatagttaacaacagccatgtcgcaatgtcgtctagaatctgcaaacacagtcaccctcttttgcctttcttttagttaatttttcctgtttttatcatttaattaaaatgttgtattctttaatcttttacaaaatttatgaatttactaaattttcagatacgacaaaacattgggtcacattatttatgttattttaaaaaagattatattgataaaaataataataaaaactaatatgcaaaatatgataattgaattttttgaagaacttaaaaaacaaacagacacatgaataagtatctgcagttgtcatctgcataacatcaaaaccatcatcatcgtttcatcaacatttcttgtccactggacaatatgggcatcagacagactatttattgtgtttatctatatatgcatatataatatatgatatccttacaatatacaaaaatactcaatacttaagaatgagaaaaatactgaggcctgtgaggagaaaatatggcatacaataaactcaaacgagaacaatatcaagtcatgagcaaagctaaacaatatgaacatactaagcttttccgaattctcacatagaagcagacatcgctggacaagcgagaaatacaaagtcatgttcacctctgttatcaccatgttcacaatggaagtcacattggagcacttgtacacatagattgatacttccaaccagaagtaatcaagtatttaccagccattagtttacatcatctaaaagcagcagctaacaatgcaacagttcacttggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagacccttaaacacaaagtcatggatggtggtctttaatgttctattataaaatatgatatttaaatgttactgttttagtattcattattgtaaccatagaaacagatgggatatgtaaaatgacatgataaagaacttttgaactattgaaaacccgctccaccaccccac
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gi|18 : TGTATAT-TGGATCCAGTT------AAT-GGACGTTCGGTAAGTAATAGGTGACTCCCTCAAGACGTC--TGGACCGAACTGAGCCCCAActatattaagcaagttatacaatgtatattggatccagttaatggacgttcggtaagtaataggtgactccctcaagacgtctggaccgaactgagccccaaacattattgctacacgatgttaaaatgattttgcaataaaacatgattgatgaaggagtacaatcgtggtaaataacaaatttatattgaataggacttaaatatgt
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