lowQualScore : 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444
lowQualScore : 22 1 2222 111 5555555555 111111 3333333333333 11 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 11111 111111111
lowQualScore : 11 6 3 3 4444 77 1 7 777 88888 0000000000 2 555555 8888888888888 33 1 3 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 2 7 66 22222 1 999999999 1
lowQualScore : .. . . . .... .. . . ... ..... .......... . ...... ............. .. . . .......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... . . .. ..... . ......... .
lowQualScore : 00 0 8 2 5555 99 7 8 000 77777 7777777777 8 222222 7777777777777 33 4 3 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 0 9 11 22222 0 000000000 7
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTACCACTGCAGCGCCGTAGCTACACTGGGGCAGGAGGAGGCAGTTGCCTC--CTCGATANTTT--CAGAAG-TTAAAAAAA----A---TAAAGCA----T-TAAAGCATAA--------TTTTC-GCATAGTCACGTT-------GT----A-AG--A------A----A-A----A---GAAAGG--A---CTGNN--------TGAA---C------AACTTA---A-----------AT-----AA----GA---AG--C-T------GT---CAGTCTTCA---TA-T-GTNTCCAT--AANCCTC--TTAT------ATA-TATT--ATGGCA-ATTGTATTCTNATTGNGA-CCGCATTTTGCGCAAAA---CAAAA---A---AAAAGA-ATGNNAGT--AA--AC-GNC-GAAAATA-TG---GTC----T----CG---CA--------TTAAAATTNGTCT--GAAA------------------T-AACA--GG-AAA-CGC----AG---------AT---TTAAGGACCTAAAACATTT-----T--------GGGGA-G--G-------GC------ATG--TCCCNGGA--CCCCC-TAGTTCAG--AT-T--GGAAATAGCCT---CCTCGATTTTGAATATCTGGCTACAGCACT
Reference ( gi|1 ) : ATGGCACTATGAATTTAGATTGTATACCACTTTAGCACTGTAGCAACACTGGGACAGATGGAGGCAGTTGCCTC--CTCGATACTTT--TAGAAG-TTGAAAACG----A---TAAAACA----T-TAAAGTGTGA--------TTTTT-GCATAGTCATGTT-------GT----A-AG--A------A----A-AT---A---GAAA--------CTGAG--------TGAA---C------AACTCA---A-----------AT-----AA----GA---AG--C-T------GT---CAGTATTCA---TA-T-GTTTCCAC--AGCCCTC--TTAT------ATG-TATC--ATGACA-ATT-TATTCTTGTT-TGA-CTGCTTTTTGCACAAAAC--CAAAA---A---AAAAGACATGTCAGT--AA--AT-ACT-GAAAATT-TG---GTC----T----CA---CA--------TCAAAATTGGCCT--GAAA------------------T-AACA--GG-AAA-TGC----A----------AT---TTAAGGACCCAAAACATTT-----T--------GGAGA-G--A-------AC------ATG--CCCCCGGA--CCTCCGTAGTTTAG--AT-T--GGAAATAGCTT---TCACAGTTTTGAATGTCTGGCTACAGCACT
gi|17 : TACCACTGCAGCGCCGTAGTTACATTGGGGCAAGAGAAGACGGTTGCCCC--CTAGAT
gi|12 : CTGTATCCACACTGAGACAGCTGGAAGCAATTGCTTC--CTCGAT--TTTACCAAAAGTTTGAAAAAG---------AAAACATTATT-TAAAACACAG--------TTTTC-ACATAGTCACGTT-------CG----A-AG--A------A----AGAA---A---GAAATGAAATATCTGTC--------TGAA---C------AACTTA---A-----------AT-----AAACTTGA---A------------GT---CAGTCTTCA---TA-
gi|7 : TGTAGCTACA---GGA-----AGGGGCAATTACATC--CTTGATAATGT--CTGAAG-TTACACACA----AATATAAAGCA----T-TAAAA-----------------C-GCATGGTCACGTT-------GT----A-AGAAA------A----A-ATGAGA---GAAA----------GAGAATATACCTGAA---G------AACTAA---A-----------AT-----AA-----A---CGTTT-T------AT---AAG-----A---TA-TCGTGTCAAT--AAACCTCTGTTTT------A-A-TAAT--TTGACA-ATTGTATTCTTTTTGTGA-TTGC-AGTTGCACAAAA----AAAACATA---AAAA
gi|11 : GTAGTGACACTGGCAC---TG-AGAAAGTTGCCTC--CTGGATATATT--CAGATG-TTAAAAACAC---G---TAAATC-----T-TAAAGCATGA--------TTTTTCTCATAATAAAGTT-------GGACAAA-AG--A------A----A-A----A---AAAA----------GAA--------AGAAGATC------AACCTG---A-----------AC-----AA-------------CTT------GTAGGCAATCTTCA----A-A-GTGTCCAC--Atagagactatgg
gi|3 : cagtaccgtacACACTGAGGCTGGAGGATGCCGTTGCCTC--CTCGATAATGT--AAGAAG---------A----A---TAAAACA----A-TAAAGCATAA--------TTTTT------GTCACATT-------GT----A-AG--A------A----A-AC---A---AGAA--------AAGAA--------AGTA---C------AACTGA---ATAATCTTATTTAT-----AA----GATCTAG--C-------------CAGTCTTCA---TA---GCATCCAT--AATCATC--TTAC------TTA-TA------GGCA-ATTGTATTTTAATT-GGG-CCGCATTTTGTGCAAAA----AATA---C---GGAAGATAT---AGT--Aa
gi|9 : accagcgtcctaggtTGGGGCAGAAGGGGGCAGTTGCCCCTTTTCGGTATTTT--CAGAAG-TTACAAAAGAA--A---TATAGTA----TAAAAAGCATAA--------TATTC-ACATAGCTGTTTT-------GC----A-AG--ATCAAAGA----A-A----A---GAAAGGT-----CTACT--------TGAG---CAGCGTAAACTTATTTA-----------AT-----AA-----A---AG--T-CGTA---GT---CAGTCTTCA---TAGT-GTCTttcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcatatttgaaatagactcctcaattttgaatatctgacctcggcac
gi|2 : GAGGCAGTTGCCGC--GTTGATACTTT--CAGAAG-TTAAAAAAATAAAA---TAAAGCA----T-TTAAATTTAAAACATGTTTTTTT-GCA--GTGATGTTAAAAATTGT----ACAA--A------A----A-AT---AAAAGAAAGAAGAG--CTATC--------TGAA---C------AACTTA---C-----------ATTTTGTAA----GT---TG--C-G------GC---CAGT---CG---TA---GTTTTCAT---GACCTC--TAAT------TTA--ATC--ATGGCA-GTTGCATGCTTATTGTGG-TCGCATTT-GCACAAAAA--CACAA---A---AAAA---ATGTCATTAAAA--AA-ATTGGAAAATTGTGTTTGTT----TGTAGTG---CT--------TAAAAATTTATCT--TAAG------------------TAAACG--GA-AAA-TGCAGGAA----------ATTTGTTGAAGATCTTAAA-ATTTCCATGT--------GGAGAGG--G-------GC------ATG--TGTCGGAA--CCCTC-TAATTCAA--ATAT--GGAAATAGCTT---CCACAATGTTGAATATCTGGCTACAtacattacataggctgaggtgtatt
gi|4 : -TAAAGC-TGA--------TTGTC-ACATAGTCACGTG-------GT----T-AG--A------ATTTGA-AA---A---GAAAGAAGAT--CTACA--------TGAA---C------AACTTA---A-----------AT-----AC----TT---AT--T-TTTTATAGT---CAGTCTTTAAAGTG-T-ATTTGTATTTAATC-------AT------AAT-TATT--ATGACA-ACTGTATTCTAATTGTGA-TTGCATGTTGCA----AT---AAAA---A---CAATGGCAT-TAA----AA--AT-GGA-GAAAA----A---ATC----T----CG---TAGAAGTTCTTTAAAATTAATCT--GAAT------------------T-AACA--GG-AAAACAC----AGGAAATAC--AT---TTAAGGTCCTAAA-CATGT-----TAG------GGGGA-G--G-------G-------GTG--ACTTAGAA--TCCCC-TAGTTAAG--AC-T--AGAAATAGCCT---CCTCAATTTTGAATTTCTGGCTACa
gi|5 : a----A-AG--A------T----A-A----A---GAAAAT------CTACA--------TAAA---C------AACTTA---ATCTGATTT---AT-----AA----GATATAG--C-------------CAGTCTTCA---TA---GTGTAAAT--AACCCTC--TTAT-------TG-AATCCTATAGCA-ATTGTATTCGCATTGGGA-CAGA-ATTTGAGCAAAATAACAACA---A---CAAAGA-ATGACA-T---A--AC-AAT-GCAAATA-TA---GTCACCTT----TAATGCGTT------TTAGAATATGTCT--GAAA------------------T-AGCAGGGG-AAA--------A----------AT---C--AGGTCCTAGGAC------------------------------------------------CTCCTGGA--T-----TAGTC--G--AT-T-----AATACATT---ACTCGATTTTGAATATCTGGCTGCcata
gi|6 : aaaggCTC--TTATTTAATCATAATATT--AGGACATGTG-TTTTCCCATT-AGAACCACATTTTGCACAAAAG--CAAAA---ACATAAAAAA-ATGGAAGT--AATGGTCGCC-GAACA--------G-----------CG---CA--------TAAAAATTGAA----GAAAAAAAAAGAACTTACAGGCT-AACA--GG-AAA-TGT----G-----------C---CGAAGAACCTAAGAAATATACGGGT--------GGTGA-G--AGTGGGGTACGT----ATG--TCCGTGTA--TCCAC-TACTTTAG--GT-G--GAGAATAGCCT---CCTCGATTTTGAATGTCTTGCt
gi|14 : -GAAAATA-TG---GTC---------AA---CA--------T-----TTAGTCT--TAAA------------------C-AACA--GG-AAA-TG--------------------------AACCTAAAAC---------T------------A-A--A-------AA------AT----CCTTGGG--CC---GTGGCGTGGGCAT-TTGGGAAATAACCT---CCTTGATCTTGAATGTCTGGCTACAACATTg
gi|8 : aaaaatg--------TTAAAATAGGTCT--GAAA------------------C-AACA--GG-TGA-T-C----AGAGGGAAATTAT---TTAAGGACCTAGAACATTT-----TCAGGTGCGGGGGT-G--G-------GG------ATG--TTCACGGAACCCCCCTT--TTCAG--AT-G--AGAAAAAGCCT---GCTCGATTTCGAATATTTGACAACAGTAC
gi|13 : acaactgcattgttagtggggtcgcattttgtacaccaaaacgcaaattcatgatctgctttaagtgcAAAATTTGTCTTAAAAA------------------A-AACA--GGTAAG-CGC----AGCCAATGC--AT---TGAAGGACT-AACACATTT-----TAATTG---GGAGG-GTGC-------AC------ATG--TCCCCGGA--CA-CCATAGTTCAG--AT-T--GGAAATAGCTCTGGTCTCGACTTTGAATATCTGGCTAC
gi|10 : tAAATTGG---------------------------T-AGCA--AG-GAA-TGC----A-----------T---TTGAAGACCTATAAAACTC-----A--------GGGGAAG--A-------GTGGTGTGATGATCACCAGAA--TCCCCG--GTTCAT--AT-C--AGAAAAAGCCT---CCTTGATTTTGAATGTCTGGCCAGAGCACgactg
gi|3 : gatcacattttgtacaaatacaatgacataaaaaaaaatctcctttaagtagtt--AT-T--TGAAATAGACT---CCTCAATTTTGAATATCTGACCTCGGCAC
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): CAATTGCATGTTTTCCTATTGGTTTCGCATTTGCACAAGAACACAAAATATGACTCCCAAAATTGGAAGTTTGGTCTCCTTTTTAAAAGCGCTTGTCGAAACTTATCGCAAACGCAGGAAAT
Unaligned ( gi|16 ): TACAACTGAAACAAACGTAGCCGTATTTATAAGTTGTAGTCAGTTTCCATAGCGCCCATTGCACTCTTATTATTTAATCTTATGGCAACTGTACATTTATTGTG
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 222222222222222 3333333 111111 1111111 555555555555555555555555555555555555555555555 111111 7777777777777777777777777777777777777777 222 1111 444444444444444 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 11111111111
lowQualScore : 2 1 1 0 5 1 66 0 1 1 111111111111111 0 0 0000000 5 111111 5 0 6666666 9999 4 666666666666666666666666666666666666666666666 222222 4 8888888888888888888888888888888888888888 0 999 1 99 0000 222222222222222 0 8888 1 1 1 5 6 4 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 44444444444 55 0 777 99999 4 55
lowQualScore : . . . . . . .. . . . ............... . . ....... . ...... . . ....... .... . ............................................. ...... . ........................................ . ... . .. .... ............... . .... . . . . . . .................................................................................................................................................................................................................................... ........... .. . ... ..... . ..
lowQualScore : 5 8 0 4 1 4 99 2 0 6 444444444444444 3 4 7777777 0 666666 4 1 2222222 4444 4 888888888888888888888888888888888888888888888 888888 4 2222222222222222222222222222222222222222 8 666 0 44 6666 666666666666666 1 5555 0 0 5 7 2 0 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 77777777777 22 1 000 11111 0 55
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTACCACTNCAGCGCCGTAGCNACACTGGGGCAGGAGGAGGCAGTTGCCTC--CTCGATANTTTCAGAAGTT--AAA---A----A-AAATAAAGCA-------T-TAAAGCATG-A-TTTTCGCATAGTCACG-------TTGT----A-AGA-------A-----AA-A------GAAAG-GA-------CTACN--TGAAC------AA-CTTA---A--------A-----TAA----GA---AGC-------GTCAGTCTTCATA---GTGTCCATAACCCTCT----TATT-----AT---A--TATTATGGCAATTGTAT----TCTTATTGNGATCGCATTTTGCAC-AA---A-A-CAAAAA---AAAAGA-ATGNCA-TAAA-----CG-CGAAAA-T--ATG---GTCT--------C-------GCN--------TT--AAAA---TTNGTCT--GAA---A------------------T-AACAGG-AAA--CGCAG---------AT---TTAAGGACCTAAAACATT-T-----T--------G---GGGA-G-G---------G----CGTG----TC-C-CNGGACCCCC-TAGTTCA---GAT-T--GGAAATAGC-CT--CCTCGATTTTGAATGTCTGGCTACAGCACT
Reference ( family-3185 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTACCACTGCAGCGCCGTAGCTACACTGGGGCAGGAGGAGGCAGTTGCCTC--CTCGATANTTTCAGAAGTT--AAA---A----A-AAATAAAGCA-------T-TAAAGCATA-A-TTTTCGCATAGTCACG-------TTGT----A-AGA-------A-----AA-A------GAAAG-GA-------CTGNN--TGAAC------AA-CTTA---A--------A-----TAA----GA---AGCT------GTCAGTCTTCATA-T-GTNTCCATAANCCTCT----TAT------AT---A--TATTATGGCAATTGTAT----TCTNATTGNGACCGCATTTTGCGC-AA---A-A-CAAAAA---AAAAGA-ATGNNAGTAAA-----CGNCGAAAA-T--ATG---GTCT--------C-------GCA--------TT--AAAA---TTNGTCT--GAA---A------------------T-AACAGG-AAA--CGCAG---------AT---TTAAGGACCTAAAACATT-T-----T--------G---GGGA-G-G---------G----CATG----TC-C-CNGGACCCCC-TAGTTCA---GAT-T--GGAAATAGC-CT--CCTCGATTTTGAATATCTGGCTACAGCACT
gi|1 : TACCACTTTAGCACTGTAGCAACACTGGGACAGATGGAGGCAGTTGCCTC--CTCGATACTTTTAGAAGTT--GAA---A----A-CGATAAAACA-------T-TAAAGTGTG-A-TTTTTGCATAGTCATG-------TTGT----A-AGA-------A-----AATA------GAAA-----------CTGAG--TGAAC------AA-CTCA---A--------A-----TAA----GA---AGCT------GTCAGTATTCATA-T-GTTTCCACAGCCCTCT----TAT------AT---G--TATCATGACAATT-TAT----TCTTGTT-TGACTGCTTTTTGCAC-AA---A-ACCAAAAA---AAAAGACATGTCAGTAAA-----TACTGAAAA-T--TTG---GTCT--------C-------ACA--------TC--AAAA---TTGGCCT--GAA---A------------------T-AACAGG-AAA--TGCA----------AT---TTAAGGACCCAAAACATT-T-----T--------G---GAGA-G-A---------A----CATG----CC-C-CCGGACCTCCGTAGTTTA---GAT-T--GGAAATAGC-TT--TCACAGTTTTGAATGTCTGGCTACAGCACT
gi|10 : atggcactatgaatttagattgtaGATCACATTTTGTAC-AA---ATA-CAA--------------TGACA-TAAA----------AAAA-A--AT------CT--------C--------CT--------TT--AAG-----TAGT-T--AAATTGG------------------T-AGCAAG-GAA--TGCA-----------T---TTGAAGACCTATAAAACT-C-----A--------G---GGGA-A-GAGTG-----G----TGTGATGATCAC-CAGAATCCCC--GGTTCA---TAT-C--AGAAAAAGC-CT--CCTTGATTTTGAATGTCTGGCCAGAGCAC
gi|11 : CGTAGTGACACTGGCAC-TGAGAA---AGTTGCCTC--CTGGATATATTCAGATGTT--AAA---A----ACACGTAAATC--------T-TAAAGCATG-ATTTTTCTCATAATAAAG-------TTGGACAAA-AGA-------A-----AA-A------AAAAG-AAAGAAGATCAACC--TGAAC------AA-CTT-------------G-----TAG----G----------------CAATCTTCA-A-A-GTGTCCACAA
gi|12 : cagtaccgtaCTGTATCCACACTGAGACAGCTGGAAGCAATTGCTTC--CTCGATTTTACCAAAAGTT--TGA---A----A-AAG-AAAACATTAT---T-TAAAACACA-G-TTTTCACATAGTCACG-------TTCG----A-AGA-------AAG---AA-A------GAAAT-GAAATAT--CTGTC--TGAAC------AA-CTTA---A--------A-----TAAACTTGA---A---------GTCAGTCTTCATA-
gi|13 : T--AAAA---TTTGTCTTAAAA---A------------------A-AACAGGTAAG--CGCAGCCAATGC--AT---TGAAGGAC-TAACACATT-T-----T--------AATTGGGA-G-G---------GTGCACATG----TC-C-CCGGACACCA-TAGTTCA---GAT-T--GGAAATAGCTCTGGTCTCGACTTTGAATATCTGGCTAC
gi|14 : AAA-----TG--GAAAA-T--ATG---GTC---------A-------ACA--------TT----------TAGTCT--TAA---A------------------C-AACAGG-AAA--TG--A---------AC---CTAA--AACTAAAAAATCCT-----T--------G---GGCC-GTG---------G----CGTG------------GGC----------------AT-TTGGGAAATAAC-CT--CCTTGATCTTGAATGTCTGGCTACAACATTgactg
gi|15 : aaCAATTGCATGTTTTCCTATTGGTTTCGCATTT-GCAC-AAG--A-A-CACAAA---ATATGA-CTCCCA--AAA-------TTGGAAG-T--TTG---GTCT--------C--------CT--------TTTTAAAAGCGCTTGTC---GAA---ACT----------------T-ATC-GC-AAA--CGCAG---------
gi|16 : ------GTCAGTTTCCATA---GCGCCCATTGCACTCT----TATT-----ATTTAA--TCTTATGGCAACTGTAC----ATTTATTGTGgaaat
gi|17 : tacaactgaaacaaacgtagccgtatttataagttgtaTACCACTGCAGCGCCGTAGTTACATTGGGGCAAGAGAAGACGGTTGCCCC--CTAGAT
gi|2 : GAGGCAGTTGCCGC--GTTGATACTTTCAGAAGTT--AAA---AAAATA-AAATAAAGCATTTAAATT-TAAAACATGTT-TTTTTGC--AGTGATGTTAAAAATTGT----ACAAAAAAT---A-----AA-A------GAAAG-AAGAG----CTATC--TGAAC------AA-CTTA---C--------ATTTTGTAA----GT---TGCG------GCCAG---TCGTA---GTTTTCATGA-CCTCT----AAT------TT---A---ATCATGGCAGTTGCAT----GCTTATTGTGGTCGCA-TTTGCACAAA---A-A-CACAAA---AAA--A-ATGTCATTAAAAAAATTG--GAAAATT--GTGTTTGTTTGTAG----T-------GCT--------TA--AAAA---TTTATCT--TAA---G------------------TAAACGGA-AAA--TGCAGGAA------ATTTGTTGAAGATCTTAAA-ATT-TCCATGT--------G---GAGAGG-G---------G----CATG----TG-T-CGGAACCCTC-TAATTCA---AATAT--GGAAATAGC-TT--CCACAATGTTGAATATCTGGCTACA
gi|3 : CAGCGTCCTAGGTACACTGAGGCTGGAGGATGCCGTTGCCTC--CTCGATAATGTAAGAAG------------------AATAAAACA-------A-TAAAGCATA-A-TTTTT-----GTCACA-------TTGT----A-AGAAAACAAGA-----AA-A------GAAAG-TA-------C-AAC--TGAAT------AATCTTATT-T--------A-----TAA----GATCTAGC---------CAGTCTTCATA---GCATCCATAATCATCT----TAC------TT---A--TA----GGCAATTGTAT----TTTAATTGGG-CCGCATTTTGTGC-AA---A-A-a
gi|3 : acTCA---TAT-T--TGAAATAGA-CT--CCTCAATTTTGAATATCTGACCTCGGCACaatacggaagatatagtattcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcatatttgaaatagactcctcaattttgaatatctgacctcggcac
gi|4 : accagcgtcctaggtacactgaggctggaggatgccgttgcctcctcgataatgtaagaagaataaaacaataaagcataatttttgtcacattgtaagaaaacaagaaaagaaagtacaactgaataatcttatttataagatctagccagtcttcatagcatccataatcatcttacttataggcaattgtattttaattgggccgcattttgtgcaaaaaatacggaagatatagtattcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn-TAAAGC-TG-A-TTGTCACATAGTCACG-------TGGT----T-AGA-------ATTTGAAA-A------GAAAG-AAGAT----CTACA--TGAAC------AA-CTTA---A--------A-----TAC----TT---ATTTTTTATAGTCAGTCTTTAAAGT-GTATTTGTA----TTT----AATC-----AT---AATTATTATGACAACTGTAT----TCTAATTGTGATTGCATGTTGC--------------AATA---AAAACA-ATGGCATTAAAAA---TGGAGAAAA-A--AT------CT--------C-------GTAGAAGTTCTTT--AAAA---TTAATCT--GAA---T------------------T-AACAGG-AAAA-CACAGGAAATAC--AT---TTAAGGTCCTAAA-CATG-T-----TAG------G---GGGA-G-G---------G-----GTG----AC-T-TAGAATCCCC-TAGTTAA---GAC-T--AGAAATAGC-CT--CCTCAATTTTGAATTTCTGGCTAC
gi|5 : a----A-AGA-------T-----AA-A------GAAAA-T--------CTACA--TAAAC------AA-CTTA---ATCTGATTTA-----TAA----GATATAGC---------CAGTCTTCATA---GTGTAAATAACCCTCT----TATTG----A----A--TCCTATAGCAATTGTAT----TCGCATTGGGACAGAA-TTTGAGC-AAAATA-A-CAACAA---CAAAGA-ATGACA-T-AA-----CAATGCAAA-T--ATA---GTCA--------CCTTTAATGCGTT------TT--AGAA---TATGTCT--GAA---A------------------T-AGCAGG-----------------------------GGA---AAAA-----T-----C--------A---GG----------------------------TC-C-TAGGACCTCC-TGGATTAGTCGAT-T-----AATACA-TT--ACTCGATTTTGAATATCTGGCTGCcata
gi|6 : aaaggCTCT----TATTTAATCAT---AA-TATTAGGACATGTGTTT----TCCCATTAGAACCACATTTTGCAC-AA---A-AGCAAAAACATAAAAAA-ATGGAAGTAATGGT--CGCCGAACA----------G-----------C-------GCA--------TA--AAAA---TTGAA----GAA---AAAAAAAGAACTTACAGGCT-AACAGG-AAATGTGCCG----------------AAGAACCTAAGAAATA-TACGGGT--------G---GTGA-G-AGTGGGGTACG----TATG----TC-C-GTGTATCCAC-TACTTTA---GGT-G--GAGAATAGC-CT--CCTCGATTTTGAATGTCTTGCt
gi|7 : GTAGCTACA--------GGAAGGGGCAATTACATC--CTTGATAATGTCTGAAGTT--ACACACA----A-ATATAAAGCA-------T-TAAAAC-----------GCATGGTCACG-------TTGT----A-AGA-------A-----AA-AATGAGAGAAAGAGA-------ATATACCTGAAG------AA-CTAA---A--------A-----TAA-----A---CGTTTT----ATAAG-----ATA-TCGTGTCAATAAACCTCTGTTTTA-------AT---A---ATT-TGACAATTGTAT----TCTTTTTGTGATTGCA-GTTGCAC-AA---A-A--AAAAC---ATAAAA-ATg
gi|8 : tCAACTGCAT----TGTTAGTGGGGTCGCATTTTGTAC-AC-------CAAAA------------------------------CGCAAA-TTCATG---ATCTGCTTTAAGT-------GC---------TT--AAAA---TAGGTCT--GAA---A------------------C-AACAGG-TGA--T-CAGAGGGAAATTAT---TTAAGGACCTAGAACATT-T-----TCAGGTGCGG---GGGT-G-G---------G----GATG----TT-CACGGAACCCCC-CTTTTCA---GAT-G--AGAAAAAGC-CT--GCTCGATTTCGAATATTTGACAACAGTACagagactatgg
gi|9 : aTGGGGCAGAAGGGGGCAGTTGCCCCTTTTCGGTATTTTCAGAAGTTACAAA---A----G-AAATATAGTA-------TAAAAAGCATA-A-TATTCACATAGCTGTT-------TTGC----A-AGATCAAAG-A-----AA-A------GAAAG-GT-------CTACT--TGAGCAGCGTAAA-CTTATTTA--------A-----TAA-----A---AGTCGTA---GTCAGTCTTCATA---GTGTC
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11111111111111111 22222222222222 11 222222222222222222 44444444444444444444444444444444444444 111111 8888888888888888888888888888888888888888888888888 1111111 3333333333333 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 1 22 1 1 66 0 1 1 99999999999999999 0 22222222222222 5 5 00 0 111111111111111111 99999999999999999999999999999999999999 7777 222222 4 4444444444444444444444444444444444444444444444444 7777777 66 0 2 5 1111111111111 2 8888 1 1 0 4 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 55 0 777 99999 4 55 0
lowQualScore : . .. . . .. . . . ................. . .............. . . .. . .................. ...................................... .... ...... . ................................................. ....... .. . . . ............. . .... . . . . ......................................................................................................................................................................................................................................................... .. . ... ..... . .. .
lowQualScore : 0 44 7 4 99 2 0 6 66666666666666666 4 44444444444444 1 0 44 1 000000000000000000 11111111111111111111111111111111111111 8888 888888 4 7777777777777777777777777777777777777777777777777 0000000 11 9 5 0 5555555555555 2 5555 0 5 8 0 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 22 1 000 11111 0 55 5
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTACCACTNCAGCGCCGTAGCNACACTGGGGCAGGAGGAGGCAGTTGCCTC--CTCGATANTTTCAGAAGTT--AAA---AA-AA----ATAAAGCA----T-T-------AAAGCATGA-TTTTC-GCATAGTCACGTT-------GT----A----AGA-------A-----AA-A------GAAAG-GA-------CTA--CCTGAAC------AA-CTTA---A--------AT-----A----------A----GA---AGC----G-TCAGTCTTCATA-------GTGT--CCATAACCCTCT-TATT-----AT---A--TATTATGGCAATTGTAT----TCTTATTGNGATCGCATTTT-GCACAA-A-A-CAAAAA---AAAAGA-ATGNCA-T-----A--AATG-----C-GAAAAT--ATG---GT---CT------CG--------C--TTTAA--------AA---TTN-GTCT--GAA---A------------------TAA-CAGG-AAA--CGCAG---------ATTTA---AGGACCTAAAACATT-T-----T--------G---GGGAG-G----G-CG---------TG----TC-C-CNGGACCCCC-TAGTTCA---GAT-T--GGAAATAGC-CT--CCTCGATTTTGAATGTCTGGCTACAGCACT
Reference ( family-3185 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTACCACTNCAGCGCCGTAGCNACACTGGGGCAGGAGGAGGCAGTTGCCTC--CTCGATANTTTCAGAAGTT--AAA---AA-AA----ATAAAGCA----T-T-------AAAGCATGA-TTTTC-GCATAGTCACGTT-------GT----A----AGA-------A-----AA-A------GAAAG-GA-------CTA--CNTGAAC------AA-CTTA---A--------AT-----A----------A----GA---AGC----G-TCAGTCTTCATA-------GTGT--CCATAACCCTCT-TATT-----AT---A--TATTATGGCAATTGTAT----TCTTATTGNGATCGCATTTT-GCACAA-A-A-CAAAAA---AAAAGA-ATGNCA-T-----A--AACG-----C-GAAAAT--ATG---GT---CT------CG--------C--NTTAA--------AA---TTN-GTCT--GAA---A------------------TAA-CAGG-AAA--CGCAG---------ATTTA---AGGACCTAAAACATT-T-----T--------G---GGGAG-G----G-CG---------TG----TC-C-CNGGACCCCC-TAGTTCA---GAT-T--GGAAATAGC-CT--CCTCGATTTTGAATGTCTGGCTACAGCACT
gi|1 : TACCACTTTAGCACTGTAGCAACACTGGGACAGATGGAGGCAGTTGCCTC--CTCGATACTTTTAGAAGTT--GAA---AA-CG----ATAAAACA----T-T-------AAAGTGTGA-TTTTT-GCATAGTCATGTT-------GT----A----AGA-------A-----AATA------GAA----A-------CTG--AGTGAAC------AA-CTCA---A--------AT-----A----------A----GA---AGCT---G-TCAGTATTCATAT------GTTT--CCACAGCCCTCT-TA-T-----AT---G--TATCATGACAATT-TAT----TCTTGTT-TGACTGCTTTTT-GCACAA-A-ACCAAAAA---AAAAGACATGTCAGT-----A--AATA-----CTGAAAAT--TTG---GT---CT------CA--------C--ATCAA--------AA---TTG-GCCT--GAA---A------------------TAA-CAGG-AAA--TGCA----------ATTTA---AGGACCCAAAACATT-T-----T--------G---GAGAG-A----A-CA---------TG----CC-C-CCGGACCTCCGTAGTTTA---GAT-T--GGAAATAGC-TT--TCACAGTTTTGAATGTCTGGCTACAGCACT
gi|10 : atggcactatgaatttagattgtaGATCACATTTT-GTACAA-ATA-CAA--------------TGACA-T-----A--AA----------AAAAA--AT---------CT------C---------C--TTTAA--------G-----TA-GT-T--AAATTGG------------------TAG-CAAG-GAA--TGCA-----------TTTG---AAGACCTATAAAACT-C-----A--------G---GGGAA-GAGTGG-TG---------TGATGATCAC-CAGAATCCCC--GGTTCA---TAT-C--AGAAAAAGC-CT--CCTTGATTTTGAATGTCTGGCCAGAGCAC
gi|11 : CGTAGTGACACTGGCAC-TGAGAA---AGTTGCCTC--CTGGATATATTCAGATGTT--AAA---AACAC----GTAAATC-----T-T-------AAAGCATGATTTTTC-TCATAATAAAGTT-------GGACAAA----AGA-------A-----AA-A------AAAAG-AAAGAAGATCAA--CCTGAAC------AA-CTT-------------GT-----A----------G----G--------------CAATCTTCAAA-------GTGT--CCACAA
gi|12 : cagtaccgtaCTGTATCCACACTGAGACAGCTGGAAGCAATTGCTTC--CTCGATTTTACCAAAAGTT--TGA---AA-AA----G-AAAACATTATT-T-------AAAACACAG-TTTTC-ACATAGTCACGTT-------CG----A----AGA-------AAG---AA-A------GAAAT-GAAATAT--CTG--TCTGAAC------AA-CTTA---A--------AT-----A----------AACTTGA---A------G-TCAGTCTTCATA-------
gi|13 : TAA--------AA---TTT-GTCTTAAAA---A------------------AAA-CAGGTAAG--CGCAGCCAATGC--ATTGA---AGGAC-TAACACATT-T-----T--------AATTGGGAG-G----G-TGCACA-----TG----TC-C-CCGGACACCA-TAGTTCA---GAT-T--GGAAATAGCTCTGGTCTCGACTTTGAATATCTGGCTAC
gi|14 : -----A--AATG-------GAAAAT--ATG---GT---C-----------------------AA--------CA---TTTAGTCT--TAA---A------------------CAA-CAGG-AAA--TG--A---------ACCTA---A--AACTAAAAAATCCT-----T--------G---GGCCGTG----G-CG---------TG------------GGC----------------AT-TTGGGAAATAAC-CT--CCTTGATCTTGAATGTCTGGCTACAACATTgactg
gi|15 : aaCAATTGCATGTTTTCCTATTGGTTTCGCA-TTT-GCACAAGA-A-CACAAA---ATATGA-CTCCCA-------A--AAT------T-GGAAGT--TTG---GT---CT------C---------CTTTTTAA--------AAGCGCTT-GTC---GAA---ACT----------------TAT-C-GC-AAA--CGCAG---------
gi|16 : ----G-TCAGTTTCCATA-------GCGC--CCATTGCACTCT-TATT-----ATTTAA--TCTTATGGCAACTGTAC----ATTTATTGTGgaaat
gi|17 : tacaactgaaacaaacgtagccgtatttataagttgtaTACCACTGCAGCGCCGTAGTTACATTGGGGCAAGAGAAGACGGTTGCCCC--CTAGAT
gi|2 : GAGGCAGTTGCCGC--GTTGATACTTTCAGAAGTT--AAA---AA-AATAAAATAAAGCA----T-TTAAATTTAAAACATGT-TTTTTTGCA--GTGATGTTAAAAATTGT----ACAAAAAAT------A-----AA-A------GAAAG-AAGAG----CTA--TCTGAAC------AA-CTTA---C--------ATTTTGTA----------A----GT---TGC----GGCCAGTC---GTA-------GTTT--TCATGACC-TCT-AATT------T---A---ATCATGGCAGTTGCAT----GCTTATTGTGGTCGCATTT--GCACAA-A-AACACAAA---AAAA---ATGTCA-TTAAAAA--AATT-----G-GAAAATT-GTGTTTGT---TTGTAG--TG--------C--TTAAA--------AA---TTT-ATCT--TAA---G------------------TAAACGGA-AAA--TGCAGGAA------ATTTGTTGAAGATCTTAAA-ATT-TCCATGT--------G---GAGAG-G----GGCA---------TG----TG-T-CGGAACCCTC-TAATTCA---AATAT--GGAAATAGC-TT--CCACAATGTTGAATATCTGGCTACA
gi|3 : CAGCGTCCTAGGTACACTGAGGCTGGAGGATGCCGTTGCCTC--CTCGATAATGTAAGAAG--------------A----ATAAAACA----A-T-------AAAGCATAA-TTTTT------GTCACATT-------GT----A----AGAAAACAAGA-----AA-A------GAAAG-TA-------CAA--C-TGAAT------AATCTTATT-T--------AT-----A----------A----GATCTAGC-------CAGTCTTCATA-------GCAT--CCATAATCATCT-TACT------T---A--TA----GGCAATTGTAT----TTTAATTGGG-CCGCATTTT-GTGCAA-A-A-a
gi|3 : acTCA---TAT-T--TGAAATAGA-CT--CCTCAATTTTGAATATCTGACCTCGGCACaatacggaagatatagtattcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcatatttgaaatagactcctcaattttgaatatctgacctcggcac
gi|4 : accagcgtcctaggtacactgaggctggaggatgccgttgcctcctcgataatgtaagaagaataaaacaataaagcataatttttgtcacattgtaagaaaacaagaaaagaaagtacaactgaataatcttatttataagatctagccagtcttcatagcatccataatcatcttacttataggcaattgtattttaattgggccgcattttgtgcaaaaaatacggaagatatagtattcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn-T-------AAAGC-TGA-TTGTC-ACATAGTCACGTG-------GT----T----AGA-------ATTTGAAA-A------GAAAG-AAGAT----CTA--CATGAAC------AA-CTTA---A--------AT-----ACTTATTTTTTA----TA----------G-TCAGTCTTTAAA-------GTGTATTTGTA----TTT-AATC-----AT---AATTATTATGACAACTGTAT----TCTAATTGTGATTGCATGTT-GCA-----------ATA---AAAACA-ATGGCA-TTAA--A--AATG-----GAGAAAAA--AT---------CT------CGTAGAAGTTC--TTTAA--------AA---TTA-ATCT--GAA---T------------------TAA-CAGG-AAAA-CACAGGAAATAC--ATTTA---AGGTCCTAAA-CATG-T-----TAG------G---GGGAG-G----G--G---------TG----AC-T-TAGAATCCCC-TAGTTAA---GAC-T--AGAAATAGC-CT--CCTCAATTTTGAATTTCTGGCTAC
gi|5 : a----A----AGA-------T-----AA-A------GAAAA-T--------CTA--CATAAAC------AA-CTTA---ATCTGATTTAT-----A----------A----GATATAGC-------CAGTCTTCATA-------GTGT--AAATAACCCTCT-TATT-----GA---A--TCCTATAGCAATTGTAT----TCGCATTGGGACAGAATTTGAGCAAAATA-A-CAACAA---CAAAGA-ATGACA-T-----AACAATG-----C---AAAT--ATA---GTCACCTTTAATGCG--------T--TTTAG--------AA---TAT-GTCT--GAA---A------------------TAG-CAGG-----------------------------GGA---AAAA-----T-----C--------A---GG----------------------------TC-C-TAGGACCTCC-TGGATTAGTCGAT-T-----AATACA-TT--ACTCGATTTTGAATATCTGGCTGCcata
gi|6 : aaaggCTCT-TATTTAATCAT---AA-TATTAGGACATGTGTTT----TCCCATTAGAACCACATTTT-GCACAA-A-AGCAAAAACATAAAAAA-ATGGAA-G-----T--AATGGTCGCC-GAACA---------G------------CG--------C--ATAAA--------AA---TTG-AA----GAA---AAAAAAAGAACTTACAGGCTAA-CAGG-AAATGTGCCG-------------A---AGAACCTAAGAAATA-TACGGGT--------G---GTGAG-A----G-TGGGGTACGTATG----TC-C-GTGTATCCAC-TACTTTA---GGT-G--GAGAATAGC-CT--CCTCGATTTTGAATGTCTTGCt
gi|7 : CAGGAAGGGGCAATTACATC--CTTGATAATGTCTGAAGTT--ACACACAA-AT----ATAAAGCA----T-T-------AAAAC-----------GCATGGTCACGTT-------GT----A----AGA-------A-----AA-AATGAGAGAAAGAGA-------ATATACCTGAAG------AA-CTAA---A--------AT-----A----------A----A------C----G-T-----TTTATAAGATATCGTGT--CAATAAACCTCTGTTTT-----A----A--TAATTTGACAATTGTAT----TCTTTTTGTGATTGCA-GTT-GCACAA-A-A--AAAAC---ATAAAA-ATg
gi|8 : tgtagctaCAACTGCAT----TGTTAGTGGGGTCGCATTTT-GTACA-------------------------CCA-------A--AACG-----C---AAATTCATG---AT---CT-------G--------C--TTTAAGTGCTTAAAA---TAG-GTCT--GAA---A------------------CAA-CAGG-TGA--T-CAGAGGGAAATTATTTA---AGGACCTAGAACATT-T-----TCAGGTGCGG---GGGTG-G----G-GA---------TG----TT-CACGGAACCCCC-CTTTTCA---GAT-G--AGAAAAAGC-CT--GCTCGATTTCGAATATTTGACAACAGTACagagactatgg
gi|9 : aTGGGGCAGAAGGGGGCAGTTGCCCCTTTTCGGTATTTTCAGAAGTTACAAA---AG-AA----ATATAGTA----TAA-------AAAGCATAA-TATTC-ACATAGCTGTTTT-------GC----A----AGATCAAAG-A-----AA-A------GAAAG-GT-------CTA--CTTGAGCAGCGTAAA-CTTATTTA--------AT-----A----------A-----A---AGTCGTAG-TCAGTCTTCATA-------GTGT--C
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 222222222222222 3333333 1111111 333333333333 111111 555555555555 111111 888888888888888888888888888888888888888888888888 1111111 3333333333333 111111111111111111111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 22 1 1 66 0 1 1 111111111111111 0 0 0000000 5 999999 5 0 6666666 9999 4 333333333333 66 4 222222 111111111111 888888 222222 4 444444444444444444444444444444444444444444444444 7777777 66 77 5 1111111111111 2 8888 1 1 5 4 4 777777777777777777777 2 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 55 0 777 99999 4 55 0
lowQualScore : . .. . . .. . . . ............... . . ....... . ...... . . ....... .... . ............ .. . ...... ............ ...... ...... . ................................................ ....... .. .. . ............. . .... . . . . . ..................... . ............................................................................................................................................................................................................................. .. . ... ..... . .. .
lowQualScore : 0 44 7 4 99 2 0 6 444444444444444 3 4 7777777 0 222222 4 1 2222222 4444 4 333333333333 11 4 888888 999999999999 777777 888888 4 777777777777777777777777777777777777777777777777 0000000 11 44 0 5555555555555 2 5555 0 5 7 0 0 999999999999999999999 8 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 22 1 000 11111 0 55 5
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTACCACTNCAGCGCCGTAGCNACACTGGGGCAGGAGGAGGCAGTTGCCTC--CTCGATANTTTCAGAAGTT--AAA---A----A-AAATAAAGCA-------T-TAAAGCATG-A-TTTTCGCATAGTCACG-------TTGT----A-AGA------A-----A--A-A------GAAAG-G--A-------CTA--C--CTGAAC------AA-CTTA---A--------A-----TA----------A----GA---AGC----GTCAGTCTTCATA-------GTGT--CCATAACCCTCT-TATT-----AT---A--TATTATGGCAATTGTAT----TCTTATTGNGATCGCATTTT-GCAC-AA-A-A-CAAAAA---AAAAGA-ATGNCA-T-----A--AATG-----C-GAAAA-TATG---GT---CT------CG--------C--TTTAA--------AA---TTN-GTCT--GAA---A------------------T-AACAGG-AAA--CGCAG---------AT---TTAAGGACCTAAAACATT-T-----T--------G---GGGA-G-G----GCG---------TG----TC-C-CNGGACCCCC-TAGTTCA---GAT-T--GGAAATAGC-CT--CCTCGATTTTGAATGTCTGGCTACAGCACT
Reference ( family-3185 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTACCACTNCAGCGCCGTAGCNACACTGGGGCAGGAGGAGGCAGTTGCCTC--CTCGATANTTTCAGAAGTT--AAA---A----A-AAATAAAGCA-------T-TAAAGCATG-A-TTTTCGCATAGTCACG-------TTGT----A-AGA------A-----A--A-A------GAAAG-G--A-------CTA--C--CTGAAC------AA-CTTA---A--------A-----TA----------A----GA---AGC----GTCAGTCTTCATA-------GTGT--CCATAACCCTCT-TATT-----AT---A--TATTATGGCAATTGTAT----TCTTATTGNGATCGCATTTT-GCAC-AA-A-A-CAAAAA---AAAAGA-ATGNCA-T-----A--AATG-----C-GAAAA-TATG---GT---CT------CG--------C--TTTAA--------AA---TTN-GTCT--GAA---A------------------T-AACAGG-AAA--CGCAG---------AT---TTAAGGACCTAAAACATT-T-----T--------G---GGGA-G-G----GCG---------TG----TC-C-CNGGACCCCC-TAGTTCA---GAT-T--GGAAATAGC-CT--CCTCGATTTTGAATGTCTGGCTACAGCACT
gi|1 : TACCACTTTAGCACTGTAGCAACACTGGGACAGATGGAGGCAGTTGCCTC--CTCGATACTTTTAGAAGTT--GAA---A----A-CGATAAAACA-------T-TAAAGTGTG-A-TTTTTGCATAGTCATG-------TTGT----A-AGA------A-----A--ATA------GAA------A-------CTG--A--GTGAAC------AA-CTCA---A--------A-----TA----------A----GA---AGCT---GTCAGTATTCATAT------GTTT--CCACAGCCCTCT-TA-T-----AT---G--TATCATGACAATT-TAT----TCTTGTT-TGACTGCTTTTT-GCAC-AA-A-ACCAAAAA---AAAAGACATGTCAGT-----A--AATA-----CTGAAAA-TTTG---GT---CT------CA--------C--ATCAA--------AA---TTG-GCCT--GAA---A------------------T-AACAGG-AAA--TGCA----------AT---TTAAGGACCCAAAACATT-T-----T--------G---GAGA-G-A----ACA---------TG----CC-C-CCGGACCTCCGTAGTTTA---GAT-T--GGAAATAGC-TT--TCACAGTTTTGAATGTCTGGCTACAGCACT
gi|10 : atggcactatgaatttagattgtaGATCACATTTT-GTAC-AA-ATA-CAA--------------TGACA-T-----A--AA----------AAAA-AAT---------CT------C---------C--TTTAA--------G-----TA-GT-T--AAATTGG------------------T-AGCAAG-GAA--TGCA-----------T---TTGAAGACCTATAAAACT-C-----A--------G---GGGA-A-GAGTGGTG---------TGATGATCAC-CAGAATCCCC--GGTTCA---TAT-C--AGAAAAAGC-CT--CCTTGATTTTGAATGTCTGGCCAGAGCAC
gi|11 : CGTAGTGACACTGGCAC-TGAGAA---AGTTGCCTC--CTGGATATATTCAGATGTT--AAA---A----ACACGTAAATC--------T-TAAAGCATG-ATTTTTCTCATAATAAAG-------TTGGACAAA-AGA------A-----A--A-A------AAAAG-A--AAGAAGATCAA--C--CTGAAC------AA-CTT-------------G-----TA----------G----G-------------CAATCTTCAAA-------GTGT--CCACAA
gi|12 : cagtaccgtaCTGTATCCACACTGAGACAGCTGGAAGCAATTGCTTC--CTCGATTTTACCAAAAGTT--TGA---A----A-AAG-AAAACATTAT---T-TAAAACACA-G-TTTTCACATAGTCACG-------TTCG----A-AGA------AAG---A--A-A------GAAAT-G--AAATAT--CTG--T--CTGAAC------AA-CTTA---A--------A-----TA----------AACTTGA---A------GTCAGTCTTCATA-------
gi|13 : TAA--------AA---TTT-GTCTTAAAA---A------------------A-AACAGGTAAG--CGCAGCCAATGC--AT---TGAAGGAC-TAACACATT-T-----T--------AATTGGGA-G-G----GTGCACA-----TG----TC-C-CCGGACACCA-TAGTTCA---GAT-T--GGAAATAGCTCTGGTCTCGACTTTGAATATCTGGCTAC
gi|14 : -----A--AATG-------GAAAA-TATG---GT---C-----------------------AA--------CA---TTTAGTCT--TAA---A------------------C-AACAGG-AAA--TG--A---------AC---CTAA--AACTAAAAAATCCT-----T--------G---GGCC-GTG----GCG---------TG------------GGC----------------AT-TTGGGAAATAAC-CT--CCTTGATCTTGAATGTCTGGCTACAACATTgactg
gi|15 : aaCAATTGCATGTTTTCCTATTGGTTTCGCA-TTT-GCAC-AAGA-A-CACAAA---ATATGA-CTCCCA-------A--AAT------T-GGAAG-TTTG---GT---CT------C---------CTTTTTAA--------AAGCGCTT-GTC---GAA---ACT----------------T-ATC-GC-AAA--CGCAG---------
gi|16 : ----GTCAGTTTCCATA-------GCGC--CCATTGCACTCT-TATT-----ATTTAA--TCTTATGGCAACTGTAC----ATTTATTGTGgaaat
gi|17 : tacaactgaaacaaacgtagccgtatttataagttgtaTACCACTGCAGCGCCGTAGTTACATTGGGGCAAGAGAAGACGGTTGCCCC--CTAGAT
gi|2 : GAGGCAGTTGCCGC--GTTGATACTTTCAGAAGTT--AAA---AAAATA-AAATAAAGCATTTAAATT-TAAAACATGTT-TTTTTGC--AGTGATGTTAAAAATTGT----ACAAAAAAT--A-----A--A-A------GAAAG-A--AGAG----CTA--T--CTGAAC------AA-CTTA---C--------ATTTTGTA----------A----GT---TGCG---GCCAG---TCGTA-------GTTT--TCATGA-CCTCT-AATT------T---A---ATCATGGCAGTTGCAT----GCTTATTGTGGTCGCA-TTT-GCACAAA-A-A-CACAAA---AAA--A-ATGTCA-TTAAAAA--AATT-----G-GAAAATTGTGTTTGT---TTGTAG--TG--------C--TTAAA--------AA---TTT-ATCT--TAA---G------------------TAAACGGA-AAA--TGCAGGAA------ATTTGTTGAAGATCTTAAA-ATT-TCCATGT--------G---GAGAGG-G----GCA---------TG----TG-T-CGGAACCCTC-TAATTCA---AATAT--GGAAATAGC-TT--CCACAATGTTGAATATCTGGCTACA
gi|3 : CAGCGTCCTAGGTACACTGAGGCTGGAGGATGCCGTTGCCTC--CTCGATAATGTAAGAAG------------------AATAAAACA-------A-TAAAGCATA-A-TTTTT-----GTCACA-------TTGT----A-AGA------A-----AACA-A------GAAAA-GAAA-------GTA--CAACTGAAT------AATCTTATT-T--------A-----TA----------A----GATCTAGC------CAGTCTTCATA-------GCAT--CCATAATCATCT-TACT------T---A--TA----GGCAATTGTAT----TTTAATTGGG-CCGCATTTT-GTGC-AA-A-A-a
gi|3 : acTCA---TAT-T--TGAAATAGA-CT--CCTCAATTTTGAATATCTGACCTCGGCACaatacggaagatatagtattcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcatatttgaaatagactcctcaattttgaatatctgacctcggcac
gi|4 : accagcgtcctaggtacactgaggctggaggatgccgttgcctcctcgataatgtaagaagaataaaacaataaagcataatttttgtcacattgtaagaaaacaagaaaagaaagtacaactgaataatcttatttataagatctagccagtcttcatagcatccataatcatcttacttataggcaattgtattttaattgggccgcattttgtgcaaaaaatacggaagatatagtattcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn-TAAAGC-TG-A-TTGTCACATAGTCACG-------TGGT----T-AGA------ATTTGAA--A-A------GAAAG-A--AGAT----CTA--C--ATGAAC------AA-CTTA---A--------A-----TACTTATTTTTTA----TA----------GTCAGTCTTTAAA-------GTGTATTTGTA----TTT-AATC-----AT---AATTATTATGACAACTGTAT----TCTAATTGTGATTGCATGTT-GCA------------ATA---AAAACA-ATGGCA-TTAA--A--AATG-----GAGAAAA-AAT---------CT------CGTAGAAGTTC--TTTAA--------AA---TTA-ATCT--GAA---T------------------T-AACAGG-AAAA-CACAGGAAATAC--AT---TTAAGGTCCTAAA-CATG-T-----TAG------G---GGGA-G-G----G-G---------TG----AC-T-TAGAATCCCC-TAGTTAA---GAC-T--AGAAATAGC-CT--CCTCAATTTTGAATTTCTGGCTAC
gi|5 : a----A-AGA------T-----A--A-A------GAAAA-T----------CTA--C--ATAAAC------AA-CTTA---ATCTGATTTA-----TA----------A----GATATAGC------CAGTCTTCATA-------GTGT--AAATAACCCTCT-TATT-----GA---A--TCCTATAGCAATTGTAT----TCGCATTGGGACAGAATTTGAGCAA-AATA-A-CAACAA---CAAAGA-ATGACA-T-----AACAATG-----C---AAA-TATA---GTCACCTTTAATGCG--------T--TTTAG--------AA---TAT-GTCT--GAA---A------------------T-AGCAGG-----------------------------GGA---AAAA-----T-----C--------A---GG----------------------------TC-C-TAGGACCTCC-TGGATTAGTCGAT-T-----AATACA-TT--ACTCGATTTTGAATATCTGGCTGCcata
gi|6 : aaaggCTCT-TATTTAATCAT---AA-TATTAGGACATGTGTTT----TCCCATTAGAACCACATTTT-GCAC-AA-A-AGCAAAAACATAAAAAA-ATGGAA-G-----T--AATGGTCGCC-GAACA--------G------------CG--------C--ATAAA--------AA---TTG-AA----GAA---AAAAAAAGAACTTACAGGCT-AACAGG-AAATGTGCCG----------------AAGAACCTAAGAAATA-TACGGGT--------G---GTGA-G-A----GTGGGGTACGTATG----TC-C-GTGTATCCAC-TACTTTA---GGT-G--GAGAATAGC-CT--CCTCGATTTTGAATGTCTTGCt
gi|7 : CAGGAAGGGGCAATTACATC--CTTGATAATGTCTGAAGTT--ACACACA----A-ATATAAAGCA-------T-TAAAAC-----------GCATGGTCACG-------TTGT----A-AGA------A-----A--A-AATGAGAGAAAGAG--A-------ATATAC--CTGAAG------AA-CTAA---A--------A-----TA----------A----A------C----GT-----TTTATAAGATATCGTGT--CAATAAACCTCTGTTTT-----A----A--TAATTTGACAATTGTAT----TCTTTTTGTGATTGCA-GTT-GCAC-AA-A-A--AAAAC---ATAAAA-ATg
gi|8 : tgtagctaCAACTGCAT----TGTTAGTGGGGTCGCATTTT-GTAC-AC-----CAAAA---------------CG-C-----A--AATT-----C--------ATG---AT---CT-------G--------C--TTTAAGTGCTTAAAA---TAG-GTCT--GAA---A------------------C-AACAGG-TGA--T-CAGAGGGAAATTAT---TTAAGGACCTAGAACATT-T-----TCAGGTGCGG---GGGT-G-G----GGA---------TG----TT-CACGGAACCCCC-CTTTTCA---GAT-G--AGAAAAAGC-CT--GCTCGATTTCGAATATTTGACAACAGTACagagactatgg
gi|9 : aTGGGGCAGAAGGGGGCAGTTGCCCCTTTTCGGTATTTTCAGAAGTTACAAA---A----G-AAATATAGTA-------TAAAAAGCATA-A-TATTCACATAGCTGTT-------TTGC----A-AGATCAAAGA-----A--A-A------GAAAG-G--T-------CTA--C--TTGAGCAGCGTAAA-CTTATTTA--------A-----TA----------A-----A---AGTCGTAGTCAGTCTTCATA-------GTGT--C
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 222222222222222 3333333 1111111 333333333333 111111 555555555555 111111 888888888888888888888888888888888888888888888888 1111111 3333333333333 111111111111111111111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 22 1 1 66 0 1 1 111111111111111 0 0 0000000 5 999999 5 0 6666666 9999 4 333333333333 66 4 222222 111111111111 888888 222222 4 444444444444444444444444444444444444444444444444 7777777 66 77 5 1111111111111 2 8888 1 1 5 4 4 777777777777777777777 2 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 55 0 777 99999 4 55 0
lowQualScore : . .. . . .. . . . ............... . . ....... . ...... . . ....... .... . ............ .. . ...... ............ ...... ...... . ................................................ ....... .. .. . ............. . .... . . . . . ..................... . ............................................................................................................................................................................................................................. .. . ... ..... . .. .
lowQualScore : 0 44 7 4 99 2 0 6 444444444444444 3 4 7777777 0 222222 4 1 2222222 4444 4 333333333333 11 4 888888 999999999999 777777 888888 4 777777777777777777777777777777777777777777777777 0000000 11 44 0 5555555555555 2 5555 0 5 7 0 0 999999999999999999999 8 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 22 1 000 11111 0 55 5
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTACCACTNCAGCGCCGTAGCNACACTGGGGCAGGAGGAGGCAGTTGCCTC--CTCGATANTTTCAGAAGTT--AAA---A----A-AAATAAAGCA-------T-TAAAGCATG-A-TTTTCGCATAGTCACG-------TTGT----A-AGA------A-----A--A-A------GAAAG-G--A-------CTA--C--CTGAAC------AA-CTTA---A--------A-----TA----------A----GA---AGC----GTCAGTCTTCATA-------GTGT--CCATAACCCTCT-TATT-----AT---A--TATTATGGCAATTGTAT----TCTTATTGNGATCGCATTTT-GCAC-AA-A-A-CAAAAA---AAAAGA-ATGNCA-T-----A--AATG-----C-GAAAA-TATG---GT---CT------CG--------C--TTTAA--------AA---TTN-GTCT--GAA---A------------------T-AACAGG-AAA--CGCAG---------AT---TTAAGGACCTAAAACATT-T-----T--------G---GGGA-G-G----GCG---------TG----TC-C-CNGGACCCCC-TAGTTCA---GAT-T--GGAAATAGC-CT--CCTCGATTTTGAATGTCTGGCTACAGCACT
Reference ( family-3185 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTACCACTNCAGCGCCGTAGCNACACTGGGGCAGGAGGAGGCAGTTGCCTC--CTCGATANTTTCAGAAGTT--AAA---A----A-AAATAAAGCA-------T-TAAAGCATG-A-TTTTCGCATAGTCACG-------TTGT----A-AGA------A-----A--A-A------GAAAG-G--A-------CTA--C--CTGAAC------AA-CTTA---A--------A-----TA----------A----GA---AGC----GTCAGTCTTCATA-------GTGT--CCATAACCCTCT-TATT-----AT---A--TATTATGGCAATTGTAT----TCTTATTGNGATCGCATTTT-GCAC-AA-A-A-CAAAAA---AAAAGA-ATGNCA-T-----A--AATG-----C-GAAAA-TATG---GT---CT------CG--------C--TTTAA--------AA---TTN-GTCT--GAA---A------------------T-AACAGG-AAA--CGCAG---------AT---TTAAGGACCTAAAACATT-T-----T--------G---GGGA-G-G----GCG---------TG----TC-C-CNGGACCCCC-TAGTTCA---GAT-T--GGAAATAGC-CT--CCTCGATTTTGAATGTCTGGCTACAGCACT
gi|1 : TACCACTTTAGCACTGTAGCAACACTGGGACAGATGGAGGCAGTTGCCTC--CTCGATACTTTTAGAAGTT--GAA---A----A-CGATAAAACA-------T-TAAAGTGTG-A-TTTTTGCATAGTCATG-------TTGT----A-AGA------A-----A--ATA------GAA------A-------CTG--A--GTGAAC------AA-CTCA---A--------A-----TA----------A----GA---AGCT---GTCAGTATTCATAT------GTTT--CCACAGCCCTCT-TA-T-----AT---G--TATCATGACAATT-TAT----TCTTGTT-TGACTGCTTTTT-GCAC-AA-A-ACCAAAAA---AAAAGACATGTCAGT-----A--AATA-----CTGAAAA-TTTG---GT---CT------CA--------C--ATCAA--------AA---TTG-GCCT--GAA---A------------------T-AACAGG-AAA--TGCA----------AT---TTAAGGACCCAAAACATT-T-----T--------G---GAGA-G-A----ACA---------TG----CC-C-CCGGACCTCCGTAGTTTA---GAT-T--GGAAATAGC-TT--TCACAGTTTTGAATGTCTGGCTACAGCACT
gi|10 : atggcactatgaatttagattgtaGATCACATTTT-GTAC-AA-ATA-CAA--------------TGACA-T-----A--AA----------AAAA-AAT---------CT------C---------C--TTTAA--------G-----TA-GT-T--AAATTGG------------------T-AGCAAG-GAA--TGCA-----------T---TTGAAGACCTATAAAACT-C-----A--------G---GGGA-A-GAGTGGTG---------TGATGATCAC-CAGAATCCCC--GGTTCA---TAT-C--AGAAAAAGC-CT--CCTTGATTTTGAATGTCTGGCCAGAGCAC
gi|11 : CGTAGTGACACTGGCAC-TGAGAA---AGTTGCCTC--CTGGATATATTCAGATGTT--AAA---A----ACACGTAAATC--------T-TAAAGCATG-ATTTTTCTCATAATAAAG-------TTGGACAAA-AGA------A-----A--A-A------AAAAG-A--AAGAAGATCAA--C--CTGAAC------AA-CTT-------------G-----TA----------G----G-------------CAATCTTCAAA-------GTGT--CCACAA
gi|12 : cagtaccgtaCTGTATCCACACTGAGACAGCTGGAAGCAATTGCTTC--CTCGATTTTACCAAAAGTT--TGA---A----A-AAG-AAAACATTAT---T-TAAAACACA-G-TTTTCACATAGTCACG-------TTCG----A-AGA------AAG---A--A-A------GAAAT-G--AAATAT--CTG--T--CTGAAC------AA-CTTA---A--------A-----TA----------AACTTGA---A------GTCAGTCTTCATA-------
gi|13 : TAA--------AA---TTT-GTCTTAAAA---A------------------A-AACAGGTAAG--CGCAGCCAATGC--AT---TGAAGGAC-TAACACATT-T-----T--------AATTGGGA-G-G----GTGCACA-----TG----TC-C-CCGGACACCA-TAGTTCA---GAT-T--GGAAATAGCTCTGGTCTCGACTTTGAATATCTGGCTAC
gi|14 : -----A--AATG-------GAAAA-TATG---GT---C-----------------------AA--------CA---TTTAGTCT--TAA---A------------------C-AACAGG-AAA--TG--A---------AC---CTAA--AACTAAAAAATCCT-----T--------G---GGCC-GTG----GCG---------TG------------GGC----------------AT-TTGGGAAATAAC-CT--CCTTGATCTTGAATGTCTGGCTACAACATTgactg
gi|15 : aaCAATTGCATGTTTTCCTATTGGTTTCGCA-TTT-GCAC-AAGA-A-CACAAA---ATATGA-CTCCCA-------A--AAT------T-GGAAG-TTTG---GT---CT------C---------CTTTTTAA--------AAGCGCTT-GTC---GAA---ACT----------------T-ATC-GC-AAA--CGCAG---------
gi|16 : ----GTCAGTTTCCATA-------GCGC--CCATTGCACTCT-TATT-----ATTTAA--TCTTATGGCAACTGTAC----ATTTATTGTGgaaat
gi|17 : tacaactgaaacaaacgtagccgtatttataagttgtaTACCACTGCAGCGCCGTAGTTACATTGGGGCAAGAGAAGACGGTTGCCCC--CTAGAT
gi|2 : GAGGCAGTTGCCGC--GTTGATACTTTCAGAAGTT--AAA---AAAATA-AAATAAAGCATTTAAATT-TAAAACATGTT-TTTTTGC--AGTGATGTTAAAAATTGT----ACAAAAAAT--A-----A--A-A------GAAAG-A--AGAG----CTA--T--CTGAAC------AA-CTTA---C--------ATTTTGTA----------A----GT---TGCG---GCCAG---TCGTA-------GTTT--TCATGA-CCTCT-AATT------T---A---ATCATGGCAGTTGCAT----GCTTATTGTGGTCGCA-TTT-GCACAAA-A-A-CACAAA---AAA--A-ATGTCA-TTAAAAA--AATT-----G-GAAAATTGTGTTTGT---TTGTAG--TG--------C--TTAAA--------AA---TTT-ATCT--TAA---G------------------TAAACGGA-AAA--TGCAGGAA------ATTTGTTGAAGATCTTAAA-ATT-TCCATGT--------G---GAGAGG-G----GCA---------TG----TG-T-CGGAACCCTC-TAATTCA---AATAT--GGAAATAGC-TT--CCACAATGTTGAATATCTGGCTACA
gi|3 : CAGCGTCCTAGGTACACTGAGGCTGGAGGATGCCGTTGCCTC--CTCGATAATGTAAGAAG------------------AATAAAACA-------A-TAAAGCATA-A-TTTTT-----GTCACA-------TTGT----A-AGA------A-----AACA-A------GAAAA-GAAA-------GTA--CAACTGAAT------AATCTTATT-T--------A-----TA----------A----GATCTAGC------CAGTCTTCATA-------GCAT--CCATAATCATCT-TACT------T---A--TA----GGCAATTGTAT----TTTAATTGGG-CCGCATTTT-GTGC-AA-A-A-a
gi|3 : acTCA---TAT-T--TGAAATAGA-CT--CCTCAATTTTGAATATCTGACCTCGGCACaatacggaagatatagtattcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcatatttgaaatagactcctcaattttgaatatctgacctcggcac
gi|4 : accagcgtcctaggtacactgaggctggaggatgccgttgcctcctcgataatgtaagaagaataaaacaataaagcataatttttgtcacattgtaagaaaacaagaaaagaaagtacaactgaataatcttatttataagatctagccagtcttcatagcatccataatcatcttacttataggcaattgtattttaattgggccgcattttgtgcaaaaaatacggaagatatagtattcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn-TAAAGC-TG-A-TTGTCACATAGTCACG-------TGGT----T-AGA------ATTTGAA--A-A------GAAAG-A--AGAT----CTA--C--ATGAAC------AA-CTTA---A--------A-----TACTTATTTTTTA----TA----------GTCAGTCTTTAAA-------GTGTATTTGTA----TTT-AATC-----AT---AATTATTATGACAACTGTAT----TCTAATTGTGATTGCATGTT-GCA------------ATA---AAAACA-ATGGCA-TTAA--A--AATG-----GAGAAAA-AAT---------CT------CGTAGAAGTTC--TTTAA--------AA---TTA-ATCT--GAA---T------------------T-AACAGG-AAAA-CACAGGAAATAC--AT---TTAAGGTCCTAAA-CATG-T-----TAG------G---GGGA-G-G----G-G---------TG----AC-T-TAGAATCCCC-TAGTTAA---GAC-T--AGAAATAGC-CT--CCTCAATTTTGAATTTCTGGCTAC
gi|5 : a----A-AGA------T-----A--A-A------GAAAA-T----------CTA--C--ATAAAC------AA-CTTA---ATCTGATTTA-----TA----------A----GATATAGC------CAGTCTTCATA-------GTGT--AAATAACCCTCT-TATT-----GA---A--TCCTATAGCAATTGTAT----TCGCATTGGGACAGAATTTGAGCAA-AATA-A-CAACAA---CAAAGA-ATGACA-T-----AACAATG-----C---AAA-TATA---GTCACCTTTAATGCG--------T--TTTAG--------AA---TAT-GTCT--GAA---A------------------T-AGCAGG-----------------------------GGA---AAAA-----T-----C--------A---GG----------------------------TC-C-TAGGACCTCC-TGGATTAGTCGAT-T-----AATACA-TT--ACTCGATTTTGAATATCTGGCTGCcata
gi|6 : aaaggCTCT-TATTTAATCAT---AA-TATTAGGACATGTGTTT----TCCCATTAGAACCACATTTT-GCAC-AA-A-AGCAAAAACATAAAAAA-ATGGAA-G-----T--AATGGTCGCC-GAACA--------G------------CG--------C--ATAAA--------AA---TTG-AA----GAA---AAAAAAAGAACTTACAGGCT-AACAGG-AAATGTGCCG----------------AAGAACCTAAGAAATA-TACGGGT--------G---GTGA-G-A----GTGGGGTACGTATG----TC-C-GTGTATCCAC-TACTTTA---GGT-G--GAGAATAGC-CT--CCTCGATTTTGAATGTCTTGCt
gi|7 : CAGGAAGGGGCAATTACATC--CTTGATAATGTCTGAAGTT--ACACACA----A-ATATAAAGCA-------T-TAAAAC-----------GCATGGTCACG-------TTGT----A-AGA------A-----A--A-AATGAGAGAAAGAG--A-------ATATAC--CTGAAG------AA-CTAA---A--------A-----TA----------A----A------C----GT-----TTTATAAGATATCGTGT--CAATAAACCTCTGTTTT-----A----A--TAATTTGACAATTGTAT----TCTTTTTGTGATTGCA-GTT-GCAC-AA-A-A--AAAAC---ATAAAA-ATg
gi|8 : tgtagctaCAACTGCAT----TGTTAGTGGGGTCGCATTTT-GTAC-AC-----CAAAA---------------CG-C-----A--AATT-----C--------ATG---AT---CT-------G--------C--TTTAAGTGCTTAAAA---TAG-GTCT--GAA---A------------------C-AACAGG-TGA--T-CAGAGGGAAATTAT---TTAAGGACCTAGAACATT-T-----TCAGGTGCGG---GGGT-G-G----GGA---------TG----TT-CACGGAACCCCC-CTTTTCA---GAT-G--AGAAAAAGC-CT--GCTCGATTTCGAATATTTGACAACAGTACagagactatgg
gi|9 : aTGGGGCAGAAGGGGGCAGTTGCCCCTTTTCGGTATTTTCAGAAGTTACAAA---A----G-AAATATAGTA-------TAAAAAGCATA-A-TATTCACATAGCTGTT-------TTGC----A-AGATCAAAGA-----A--A-A------GAAAG-G--T-------CTA--C--TTGAGCAGCGTAAA-CTTATTTA--------A-----TA----------A-----A---AGTCGTAGTCAGTCTTCATA-------GTGT--C
blockSeqs : G TG A A TT T T AAAAAAATA TTTAAAT A ATGAT T TTAAAAA ACAA C TCAAAGA AC . ATGAGA AAAGAAGAT CAAC AGCGTA T ATCTGATTTATAAGATATAGC AGATATC AT GC G TAATCATAA T GTTT G A T A A AAGCAAAAACATAAAAAA A GTAATGGTCGCCGAACAGCGCATAAAAATTGAAGAAAAAAAAAGAACTTACAGGCTAACAGGAAATGTGCCGAAGAACCTAAGAAATATACGGGTGGTGAGAGTGGGGTACGTATGTCCGT T GTC TTGG T GG
blockSeqs : CC A G . T A ACACACAA TTAT . ATGTT A . . . ATTTGA . . . GAAATAT TACC . . AATACTTATTTTTTATAG . . AT . ATTTAA T . T T T . . GAACACAAAATATGA C TTAAAAAAATTGGAAAATTGTGTTTGTTTGTAGTGCTTAAAAATTTATCTTAAGTAAACGGAAAATGCAGGAAATTTGTTGAAGATCTTAAAATTTCCATGTGGAGAGGGGCATGTGTCG T . ATG . .
blockSeqs : TT T G . C T ACAAAAG . . ACAG G . . . AAATA . . . AAGAG CC . . CATTTTGTAAGTTGCGG . . AC . ATAAT T . T G T . . TAACAACAACAAAGA T CAAATTCATGATCTGCTTTAAGTGCTTAAAATAGGTCTGAAACAACAGGTGATCAGAGGGAAATTATTTAAGGACCTAGAACATTTTCAGGTGCGGGGGTGGGGATGTTCACG T . CA . .
blockSeqs : GT A T . A G AAAAAC . . ATAA A . . . AAG . . . AAGAT TC . . TTTAATAAAAGTCGTAG . . AA . GAA C . G A T . . AAAAAACATAAAA G TTAAAAATGGAGAAAAAATCTCGTAGAAGTTCTTTAAAATTAATCTGAATTAACAGGAAAACACAGGAAATACATTTAAGGTCCTAAACATGTTAGGGGGAGGGGTGACTTA T . TG . .
blockSeqs : A G . A G TGAAA . . ATAA G . . . A . . . GAAA TC . . TTTATAAGATCTAGC . . A . TA T . T A T . . AACACAAAAAAA A TAAAAAAAAATCTCCTTTAAGTAGTTAAATTGGTAGCAAGGAATGCATTTGAAGACCTATAAAACTCAGGGGAAGAGTGGTGTGATGATCACCA T . TT . .
blockSeqs : . G . T T . . . TGA A . . . A . . . AGA CA . . AATAAACTTGAAG . . . . TA A . G A T . . ATAAAAACA G TAACAATGCAAATATAGTCACCTTTAATGCGTTTTAGAATATGTCTGAAATAGCAGGGGAAAAATCAGGTCCTA C . TA . .
blockSeqs : . . . . . . . . T . . . GT CA . . AATAAACG . . . AA . . G A . . . ATACAA . . . GG . .
blockSeqs : . . A . . . T CT . . GTAGG . . . T G . . . CAAAA . . GA . .
blockSeqs : . . G . . . . . T . .
blockSeqCons : AAGAT******* AATAAANTCGAGG*********************************** ******* AA*********** AACACAAAAAAA********* T*
originalCons : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTACCACTNCAGCGCCGTAGCNACACTGGGGCAGGAGGAGGCAGTTGCCTC--CTCGATANTTTCAGAAGTT--AAA---A----A-AAATAAAGCA-------T-TAAAGCATG-A-TTTTCGCATAGTCACG-------TTGT----A-AGA------A-----A--A-A------GAAAG-G--A-------CTA--C--CTGAAC------AA-CTTA---A--------A-----TA----------A----GA---AGC----GTCAGTCTTCATA-------GTGT--CCATAACCCTCT-TATT-----AT---A--TATTATGGCAATTGTAT----TCTTATTGNGATCGCATTTT-GCAC-AA-A-A-CAAAAA---AAAAGA-ATGNCA-T-----A--AATG-----C-GAAAA-TATG---GT---CT------CG--------C--TTTAA--------AA---TTN-GTCT--GAA---A------------------T-AACAGG-AAA--CGCAG---------AT---TTAAGGACCTAAAACATT-T-----T--------G---GGGA-G-G----GCG---------TG----TC-C-CNGGACCCCC-TAGTTCA---GAT-T--GGAAATAGC-CT--CCTCGATTTTGAATGTCTGGCTACAGCACT
finalCons : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTACCACTNCAGCGCCGTAGCNACACTGGGGCAGGAGGAGGCAGTTGCCTC--CTCGATANTTTCAGAAGTT--AAA---A----A-AAATAAAGCA-------T-TAAAGCATG-A-TTTTCGCATAGTCACG-------TTGT----A-AGA------A-----A--A-A------GAAAGAAGAT-------CTA--C--CTGAAC------AA-CTTAAATAAANTCGAGG-----------------------------------TCAGTCTTCATA-------GTGT--CCATAACCCTCT-TATTAA-----------TATTATGGCAATTGTAT----TCTTATTGNGATCGCATTTT-GCAC-AAAACACAAAAAAA---------ATGNCA-T-----A--AATG-----C-GAAAA-TATG---GT---CT------CG--------C--TTTAA--------AA---TTN-GTCT--GAA---A------------------T-AACAGG-AAA--CGCAG---------AT---TTAAGGACCTAAAACATT-T-----T--------G---GGGA-G-G----GCG---------TG----TC-C-CNGGACCCCCT-AGTTCA---GAT-T--GGAAATAGC-CT--CCTCGATTTTGAATGTCTGGCTACAGCACT
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11111111111111111 111111111111 11 2222222222222222222222 11111111111111111111 111111 5555555555555555555555555555555555555 111111 2222222222222222 1111 1111111111111 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 1 22 1 1 777 1 1 99999999999999999 0 777777777777 5 5 5 00 0 7777777777777777777777 88888888888888888888 4 4 888 0 222222 4 9999999999999999999999999999999999999 111111 4 66 0 2 5 6666666666666666 5 2 8888 1 1 2222 5555555555555 4 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 55 0 0 777 99999 4 66
lowQualScore : . .. . . ... . . ................. . ............ . . . .. . ...................... .................... . . ... . ...... . ..................................... ...... . .. . . . ................ . . .... . . .... ............. . ....................................................................................................................................................................................................................................................... .. . . ... ..... . ..
lowQualScore : 0 44 7 4 111 0 6 66666666666666666 4 999999999999 0 1 0 44 1 7777777777777777777777 44444444444444444444 4 4 888 1 888888 4 9999999999999999999999999999999999999 555555 0 11 9 5 0 6666666666666666 0 2 5555 0 5 7777 7777777777777 0 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 22 1 9 888 44444 4 11
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTACCACTNCAGCGCCGTAGCNACACTGGGGCAGGAGGAGGCAGTTGCCTCCT--CGATANTTTCAGAAGTTA--AA---AA-AA----ATAAAGCATT-------A----AA-GCATGA-TTTTC-GCATAGTCACGTT-------GT--------A----AGA--A-----A--A-A------G-AAA-GAA-G-ATCTACCTGAACA------A-CTTA---A--------ATA----A--AN-TC---GNG--GTCAGTCTT------CATA-GTGT--CCATAACCCTCT-TA----T--T-------AAT-ATTATGGCAATTGTAT----TCTTATTGNGATCGCATTT--T-GCAC----AA-AA-C-ACAA-AAAA--A-----ATGNCA-T-----A--AATGC-GAAAA-T-------ATG---GT---CT------C--------G--------C--TTTAA--------AA---TTN-GTCT--GAA---A------------------T-AACAGG-AAA--CGCAG---------AT---TTAAGGACCTAAAACATT-T-----T--------G---GGGA-G-G----GCG---------TG----TC-C-CNGGACCCCC-TAGTTCA---GAT-T--GGAAATAGC-CT--CCTCGATTTTGAATGTCTGGCTACAGCACT
Reference ( family-3185 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTACCACTNCAGCGCCGTAGCNACACTGGGGCAGGAGGAGGCAGTTGCCTCCT--CGATANTTTCAGAAGTTA--AA---AA-AA----ATAAAGCATT-------A----AA-GCATGA-TTTTC-GCATAGTCACGTT-------GT--------A----AGA--A-----A--A-A------G-AAA-GAA-G-ATCTACCTGAACA------A-CTTA---A--------ATA----A--AN-TC---GAG--GTCAGTCTT------CATA-GTGT--CCATAACCCTCT-TA----T--T-------AAT-ATTATGGCAATTGTAT----TCTTATTGNGATCGCATTT--T-GCAC----AA-AA-C-ACAA-AAAA--A-----ATGNCA-T-----A--AATGC-GAAAA-T-------ATG---GT---CT------C--------G--------C--TTTAA--------AA---TTN-GTCT--GAA---A------------------T-AACAGG-AAA--CGCAG---------AT---TTAAGGACCTAAAACATT-T-----T--------G---GGGA-G-G----GCG---------TG----TC-C-CNGGACCCCC-TAGTTCA---GAT-T--GGAAATAGC-CT--CCTCGATTTTGAATGTCTGGCTACAGCACT
gi|1 : TACCACTTTAGCACTGTAGCAACACTGGGACAGATGGAGGCAGTTGCCTCCT--CGATACTTTTAGAAGTTG--AA---AA-CG----ATAAAACATT-------A----AA-GTGTGA-TTTTT-GCATAGTCATGTT-------GT--------A----AGA--A-----A--ATA------G-AAA---------CTGAGTGAACA------A-CTCA---A--------ATA----A--GA-------AGCTGTCAGTATT------CATATGTTT--CCACAGCCCTCT-TA----T--A-------TGT-ATCATGACAATT-TAT----TCTTGTT-TGACTGCTTTT--T-GCAC----AA-AA-C--CAA-AAAA--AAAGACATGTCAGT-----A--AATACTGAAAA-T-------TTG---GT---CT------C--------A--------C--ATCAA--------AA---TTG-GCCT--GAA---A------------------T-AACAGG-AAA--TGCA----------AT---TTAAGGACCCAAAACATT-T-----T--------G---GAGA-G-A----ACA---------TG----CC-C-CCGGACCTCCGTAGTTTA---GAT-T--GGAAATAGC-TT--TCACAGTTTTGAATGTCTGGCTACAGCACT
gi|10 : atggcactatgaatttagattgtaGATCACATTT--T-GTAC----AA-A--T-ACAA--------------TGACA-T-----A--AA-----AAAA-A-------AT---------CT------C-----------------C--TTTAA--------G-----TA-GT-T--AAATTGG------------------T-AGCAAG-GAA--TGCA-----------T---TTGAAGACCTATAAAACT-C-----A--------G---GGGA-A-GAGTGGTG---------TGATGATCAC-CAGAATCCCC--GGTTCA---TAT-C--AGAAAAAGC-CT--CCTTGATTTTGAATGTCTGGCCAGAGCAC
gi|11 : CGTAGTGACACTGGCAC-TGAGAA---AGTTGCCTCCT--GGATATATTCAGATGTTA--AA---AACAC----GTAAATC-TT-------A----AA-GCATGATTTTTC-TCATAATAAAGTT-------GGACAAAAGAA----AAA--A-----A--A-A------G-AAA-GAA-G-ATCAACCTGAACA------A-CTT------------------------G-T-----AG--G-CAATCTT------CAAA-GTGT--CCACAA
gi|12 : cagtaccgtaCTGTATCCACACTGAGACAGCTGGAAGCAATTGCTTCCT--CGATTTTACCAAAAGTTT--GA---AA-AA----G-AAAACATT-------ATTTAAA-ACACAG-TTTTC-ACATAGTCACGTT-------CG--------A----AGA--A-----AGAA-A------G-AAATGAA-ATATCTGTCTGAACA------A-CTTA---A--------ATA----A--AC-TT---GAA--GTCAGTCTT------CATA-
gi|13 : TAA--------AA---TTT-GTCTTAAAA---A------------------A-AACAGGTAAG--CGCAGCCAATGC--AT---TGAAGGAC-TAACACATT-T-----T--------AATTGGGA-G-G----GTGCACA-----TG----TC-C-CCGGACACCA-TAGTTCA---GAT-T--GGAAATAGCTCTGGTCTCGACTTTGAATATCTGGCTAC
gi|14 : -----A--AATG--GAAAA-T-------ATG---GT---C-------------------------------AA--------CA---TTTAGTCT--TAA---A------------------C-AACAGG-AAA--TG--A---------AC---CTAA--AACTAAAAAATCCT-----T--------G---GGCC-GTG----GCG---------TG------------GGC----------------AT-TTGGGAAATAAC-CT--CCTTGATCTTGAATGTCTGGCTACAACATTgactg
gi|15 : aaCAATTGCATGTTTTCCTATTGGTTTCGCATTT----GCAC----AAGAA-C-ACAA-AATATGA-----CTCCCA-------A--AAT-T-GGAAG-T-------TTG---GT---CT------C-----------------CTTTTTAA--------AAGCGCTT-GTC---GAA---ACT----------------T-ATC-GC-AAA--CGCAG---------
gi|16 : ----A--AG-TT---GTA--GTCAGTTTC------CATA-GCGC--CCATTGCACTCT-TATTATT--T-------AAT-CTTATGGCAACTGTAC----ATTTATTGTGgaaat
gi|17 : tacaactgaaacaaacgtagccgtatttatTACCACTGCAGCGCCGTAGTTACATTGGGGCAAGAGAAGACGGTTGCCCCCT--AGAT
gi|2 : GAGGCAGTTGCCGCGT--TGATACTTTCAGAAGTTA--AA---AA-AATAAAATAAAGCATTTAAATTTA----AA-ACATGT-TTTTTTGCA--GTGATGTTAAAAATTGT--------ACAAAAAAT-A-----A--A-A------G-AAA-GAA-G-AGCTATCTGAACA------A-CTTA---C--------ATTTTGTA--AG-TT---GCG--GCCAGTC---------GTA-GTTT--TCATGACC-TCT-AA----T--T-------TA--ATCATGGCAGTTGCAT----GCTTATTGTGGTCGCATTT----GCAC----AA-AAAC-ACAA-AAAA--A-----ATGTCA-TTAAAAA--AATTG-GAAAATT-------GTGTTTGT---TTGTAG--T--------G--------C--TTAAA--------AA---TTT-ATCT--TAA---G------------------TAAACGGA-AAA--TGCAGGAA------ATTTGTTGAAGATCTTAAA-ATT-TCCATGT--------G---GAGAGG-G----GCA---------TG----TG-T-CGGAACCCTC-TAATTCA---AATAT--GGAAATAGC-TT--CCACAATGTTGAATATCTGGCTACA
gi|3 : CAGCGTCCTAGGTACACTGAGGCTGGAGGATGCCGTTGCCTCCT--CGATAATGTAAGAAG--------------A----ATAAAACAAT-------A----AA-GCATAA-TTTTT------GTCACATT-------GT--------A----AGA--A-----AACA-A------GAAAA-GAA-A-GTACAACTGAATA------ATCTTATT-T--------ATA----A--GA-TC---TA---GCCAGTCTT------CATA-GCAT--CCATAATCATCT-TA----C--T-------TAT-A----GGCAATTGTAT----TTTAATTGGG-CCGCATTTTGT-GCAA----AA-AA-T-ACGG-AAGA--T-----ATAGTA-T-----a
gi|4 : acT-------A----AA-GC-TGA-TTGTC-ACATAGTCACGTG-------GT--------T----AGA--ATTTGAA--A-A------G-AAA-GAA-G-ATCTACATGAACA------A-CTTA---A--------ATA----CTTAT-TTTTTATA--GTCAGTCTT------TAAA-GTGTATTTGTA----TTT-AA----TCAT-------AATTATTATGACAACTGTAT----TCTAATTGTGATTGCATGT--T-GCA-------------ATAA-AAAC--A-----ATGGCA-TTAA--A--AATGGAGAAAA-A-------AT---------CT------C--------GTAGAAGTTC--TTTAA--------AA---TTA-ATCT--GAA---T------------------T-AACAGG-AAAA-CACAGGAAATAC--AT---TTAAGGTCCTAAA-CATG-T-----TAG------G---GGGA-G-G----G-G---------TG----AC-T-TAGAATCCCC-TAGTTAA---GAC-T--AGAAATAGC-CT--CCTCAATTTTGAATTTCTGGCTACtcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcatatttgaaatagactcctcaattttgaatatctgacctcggcac
gi|5 : a--------A----AGG--A-----A--G-A------T-AAA-GAA-A-ATCTACATAAACA------A-CTTA---ATCTGATTTATA----A--GA-TA---TAG---CCAGTCTT------CATA-GTGT--AAATAACCCTCT-TA----T--TG------AAT-CCTATAGCAATTGTAT----TCGCATTGGGACAGAATTT--GAGCAA----AATAA-CAACAACAAAG--A-----ATGACA-T-----AACAATGC---AAA-T-------ATA---GTCACCTTTAATGC--------G--------T--TTTAG--------AA---TAT-GTCT--GAA---A------------------T-AGCAGG-----------------------------GGA---AAAA-----T-----C--------A---GG----------------------------TC-C-TAGGACCTCC-TGGATTAGTCGAT-T-----AATACA-TT--ACTCGATTTTGAATATCTGGCTGCcata
gi|6 : aCTCT-TA----T--TTAATCATAAT-ATTAGGACATGTGTTT----TCCCATTAGAACCACATTT--T-GCAC----AA-AA---GCAA-AAA-------------CA-T-----A--AA-----AAAA-TGGAAGTAATG---GT---CG------CCGAACAGCG--------C--ATAAA--------AA---TTG-AA----GAA---AAAAAAAGAACTTACAGGCT-AACAGG-AAATGTGCCG----------------AAGAACCTAAGAAATA-TACGGGT--------G---GTGA-G-A----GTGGGGTACGTATG----TC-C-GTGTATCCAC-TACTTTA---GGT-G--GAGAATAGC-CT--CCTCGATTTTGAATGTCTTGCt
gi|7 : CAGGAAGGGGCAATTACATCCT--TGATAATGTCTGAAGTTA--CACACAA-AT----ATAAAGCATT-------A----AA-AC-----------GCATGGTCACGTT-------GT--------A----AGA--A-----A--A-AATGAGAG-AAA-GAG-A-ATATACCTGAAGA------A-CTAA---A--------ATA----A--AC---------------GTTTTATAAGATATC-GTGT--CAATAAACCTCTGTT----T--T-------AAT-AATTTGACAATTGTAT----TCTTTTTGTGATTGCA-GT--T-GCACAAAAAA-AA-C-ATAA-AAAg
gi|8 : tgtagctaCAACTGCAT----TGTTAGTGGGGTCGCATTT--T-GTAC----A-----C--CAA-AA--------------CG-C-----A--AATTC---------------ATG---AT---CT---------------G--------C--TTTAAGTGCTTAAAA---TAG-GTCT--GAA---A------------------C-AACAGG-TGA--T-CAGAGGGAAATTAT---TTAAGGACCTAGAACATT-T-----TCAGGTGCGG---GGGT-G-G----GGA---------TG----TT-CACGGAACCCCC-CTTTTCA---GAT-G--AGAAAAAGC-CT--GCTCGATTTCGAATATTTGACAACAGTACtagagactatgg
gi|9 : aTGGGGCAGAAGGGGGCAGTTGCCCCTTTTCGGTATTTTCAGAAGTTACAAA---AG-AA----ATATAGTATA-------A----AAAGCATAA-TATTC-ACATAGCTGTTTT-------GC--------A----AGATCA-----A--A-G------A-AAA-GAAAG-GTCTACTTGAGCAGCGTAAA-CTTATTTA--------ATA----A--AAGTC---GTA--GTCAGTCTT------CATA-GTGT--C