lowQualScore : 4 33 1 11 1 11 111 1111 111 444444444444444 3333333333 5555555555555 2222222222222222 111111 88888888888888888888 1 1 111111111 1111
lowQualScore : 0 22 6 7 22 6 66 3 6 6 3 77 666 4444 99 111 555555555555555 77 3 6 0000000000 1 66 3 1 0000000000000 5 1111111111111111 3 3 111111 5 1 4 88888888888888888888 55 8 4 4 3 0 777 999 7 9 2 1 5 55 888888888 4 1111 4 4 4 55 4
lowQualScore : . .. . . .. . .. . . . . .. ... .... .. ... ............... .. . . .......... . .. . . ............. . ................ . . ...... . . . .................... .. . . . . . ... ... . . . . . .. ......... . .... . . . .. .
lowQualScore : 0 00 0 0 00 0 33 5 0 7 3 66 777 2222 22 777 888888888888888 00 7 7 3333333333 4 77 6 4 3333333333333 0 8888888888888888 6 6 999999 1 8 0 88888888888888888888 55 0 0 0 7 7 888 000 4 6 0 8 0 55 666666666 0 2222 0 0 0 55 0
consensus : NAAATGGTTTCTTAAAACATTTT-AATAATCACTTATATAGACATCCTGGTGCAGTTTTCAAAAT-CTCAGTGTTTTAACATGTTTC-T-TTTAAGTNCACTTTTAGAGCA--TTAA----GTATG--TATTN--TTATAGGTA-GTCTCGCTCGANATTAACGATTGTGGCTCAAATTTTATCATGT-ATATATAT--TTTATTAGTATATATT-------TATATATATACAATGT-----------AAATC-AATTT-CATG---G--AAAATCGGTACATGTTTTNTTT-GT-AA----ANA---ACAAAAACGA--AA-TATTT-AA-TGTAAACTTCGTATGATT---TTATGAGAGAAATTATACCTCTCAGTCTCTTGCAACTCTTCAAAGAGTGACATAGTGTATG--ATTT---T-G---TTTTATTATTGCATGTGATTAT-A--T-T-GT-AT-ATA--CTATGATGAGA-CTTTAATAAAAGATTA
Reference ( gi|1 ) : TAAATGGTTTCTTAAAACATTTTTAATATGCACTTGTTTAGACATCCTGGTGCAGTTTTCAAGAT-TTCAGTGTTTTAACATATTTC-T-TTTAGGTACACTTTTAGAGCA--CTAA----GTATG--TATTG--TTATAGGTACGTCTTGCTCGAGATTAACGATTGTAGCTCAAATTTTATCATGT-ATATATAT--TTTATTAGTATATATTG-----CTATATATATATAAGGT-----------AAATC-AATTT-CATG---G--AAAATCGGTACATGTTTTATTT-GT-AA----AAAGAAACAAAAACGA--AA-TATTT-AA-TGTAAACTTCGTATGATT---TTATGAGAGAAATTATACCTTTCAGACTCTTGTAACTCTTCAAACAGTGACATAGTGTATG--ATTT---T-G---TTTTATTATTGCATGTGATTAT-A--T-T-GT-AT-ATA--CTATGATGAGA-CTTTAATAAAAGATTA
gi|10 : AAATGGTTTCTTAAAACATTTT-AATAATCACTTATATAGAGATCCTGGTGCAGTTTTCAAAAT-ATCAGTGTTTC-ACATGTTTCTT-TTTAGG-ACACTTTTAGAGCATTTTAAATACGTATG--TATTT--TAATAGG------------------AACGATTGTGACACAAAGTTATTCATAT-ATATAAA----CTA--AGTGTATA
gi|18 : TTATATAGGCATCTTGGT-----TTTTAAAAT-CTCAGTGTTTTAACAAGTTCC-T-TTTAaat
gi|3 : TAGACATTCTTGTGAAGTTTTTAAAAT-ATCAGTGTTTTAACATGTTTC-T-CTTAAGTTCACGTAAAGAGCA--TTAA----GTAT------TG--TTATAGGTACGACTTGCTTGATTTTAACAATTGTAGCTCA--TTTTTTTTTTTCAAATGTAT--TT-ATTAGTATATATTGGTATACTATA-ATATACAATGT-----------AAATC-AATTC-TATG---T--AAAATTGGTACATGTTTTATTT-GT-AC----AAA----CA-----GA--AA-TATTT-AA-TGTAAACTTCGTTTGCTT---TTATGAGAGAAATTTTACCTCTCAGTCACTTGCAACTATTCAAAGAGTGACATATTGTATT--ATTT---T-GCAATTTTATTATTGCATGTGAa
gi|2 : taACATCCCGGTGCAATTTTTAAAAAACTCAGTGTTTTAACATGTTTC-TATTTAAGCCCACTTTTAGAGCA--TTAA----ATACGAATATTTATTTATAAGTATATCACGCTCACGATTGACGACCATAGCTCAATTTTTATCATAG-ACATACGT---------GTATATAT---------AGA-GTGTGTAA------------------------------------AAAA---GTACATGTTTTTTTT-AT-TA----TTGAAAAAAAAAATGA--AA--------A-TG----CTTTGCAGCAAT---CTATGTGTGA--TT-TAACT--CAGTCTCTTGCACCTCTTCAATGAGTGACATAGTGTATGATATTC---T-G---TTTTGTTATTTTATGTGATTATAA--TGT-GT-AT-ATA--CTATGATGAGG-CTTAAGTAAAAGTTTA
gi|9 : CATCCTGGTACAGTTGTCAAATT-CTCAGTGGTTTAACATGTTTC-TGTTTAGTT-CACTTTTAGAGCA--TAAA----GTATG--TATTG--TTATAG---------------GATGAACGATTGTGGCTCAAATTTGAGCACGT-A---------TTTATAAG-----------------TGTATATACAATGT-----------AAATC-GATTT-CATG---G--AAAATAGGTACATGTTTTATTT-GT-AC----AAAtatataat
gi|15 : CATCCTGGTGTAGTTTTCAAAAT-CTTAGTGTTTTTACATGTTTC-T-TTTTAATGCACTTTCACAGCA--ATTA----GAATG--TATAT--CTATAGGatataatctcta
gi|13 : TTTTTGAGCG--TTAA----ATATG--TATGG--TTATAGGTAAGTCTTGCTCGATATTAACGATTGTGGCTCAAATT--------T-ATATATATCATTTATAAGT-T-TATT-------TAGA-ATATAT---GT-----------A-----AATTT-CGTA---GAAAAAAT-GGTAC
gi|14 : GAAATTAACGATAGTAGCTCAAATTTTATCATGT-AT---------TTATTAGTATATAT-----------------ACAATGT-----------CAATC-AATTT-CATG------AAAATCGGAACATGTTTTATTT-GT-------------AC-AAAACGA--AACTATTT-AA-GGTAAACTTC
gi|4 : ATATAT--ATTATTAGTATATATTG-------ATATATATACAATGT-----------AAATC-AATTTTCAGG---G--AAAATCGGTACATGTTTTATTT-GT-AA----AAAACAACAACAACGA--AA-TATTT-AA-TATAAACTTCGTATGATT---TTATGAGAGAAATTATACCTCTCAGTCTCTTGTAACTCTTCAAAGAGTGACATAGTGTATG--ATTT---T-G---TTTTATTATTGCATGTGATTAT-A--T-T-GT-AT-ATA--GTATGATGAGACCTTTAATAAAa
gi|5 : TTA-----TTATATGTATA-AAGGTCCATTCAACTTGAATT-AATTG-CTTG---A--ACAATAAGTTTATGTTTGGTT--GT-TA----ATG----------CGGTGAA-TATTT-AA-TGTTAACT----ATGCTTCCTTTATAAGAGAAAG-ATACCTTTCAGTCTCTTGTAATTCTTCAAAAAGTGACATAGTGTATG--ATTTGC-T-G---CGTTATAATTGTATGTGATTAT-A--A-T-AT-AT-ATATGCTATGATGAGA-CTTTAATAAAGGAtaaaaag
gi|12 : gtTAAATGTATATA---C-----------ATATCGAATTA-CATACTTG--AAAAAAAGTACGT-TTTTGTTT-GT-TATTTTATA-------AAATGA--AGGTTTTT-AAATGTAAACTATGTCTGCTT---TTATGAGAGAAA-TGTACCTCTCAGTCTCGTGCAACTCTTCAAAat
gi|8 : TATATATACAATGT-----------TGATC-AATTT-CATG---G--AAAATCGGTACATGTTTTTTTT-GTTAA----AAAAAAACAA---CGA--AA-TATTT-AA-TGTAAACTACGTATAGTT---TTATGATAGAAATTATATCTTTCAG---C------CTCTTCAAAGAGTGACATAGTGTATG--ATTT---T-G---ATTTATTATTGCATGTGATTAT-A--T-T-GT-AT-ATA--CTATGATGAGA-CTTTAATATAATATTg
gi|6 : TGTATATACAATGT-----------AAATC-AATTT-CATA---G--AAAATCGGTACTTGTTTTTTTTTGT-A------------CAAAA-CGA--AA-TATTT-AA-TGTTAACTTCGTATGATT---TTATGAGAGAAATTATTCCTCTCAGTTTTTTGCAACTCTTTAAAGAGTGACATAATGTATG--GTTTTGCT-G---TTATATTATTGCATGTGATTAT-A--T-T-GT-AT-ATA--CTATGATGAAA-CTTTAATAAAAGATTtat
gi|7 : tattagTGTATATACAATGT-----------AAATT-AATTT-CATG---G--AAAATCGGTACATGTTTTATTT-GT-A------------CAAAA-CGA--AA-TATTT-AA-TGAAAACTTCGTATGATT---TTATGA---AAATCATACTTCTCAGTCTCTTGCAACTCTTCAAAGTTTGACATATTGTATG--GTTC---T-GCTGTTTTATTATTGTATGTGAGTAT-A--T-T-GT-AT-ATA--CTATGATGAAT-CTTTAATAAAAGATTAgatat
gi|11 : ttagGG--AA-TATTTGAA-AGTAAAATACTTATGAAT---GTATGAGAGAAA----ACC---CAGTATCTT-TA---TTTTAAAGAGTGACACAGTGTATG--GTTTAT-T-G---TTTTATTATTAAATATGATTAT-A--A-T-ATGATAATA--CT-TAATAACA-GTTTAAT-TAAGGTTAat
gi|17 : tTG--ATGT---TAG---TTTTATGATTGCATGTGATCAT-A--T-TTGT-AT-TTA--CTATGATGGGA-CTATAACAAACGATtgtata
gi|16 : G--ATTT---T-A---TT--ATTATTGTATGTGATTAT-AATT-T-GT-TT-ATA--ATATGCTAAGA-CTTTAATAAAAGATataatagt
gi|19 : aggtatttttggccATTGCATGTGATTAT-AATT-T-GT-AG-ATA--TTATGATGAGA-CTTT
Alignments
lowQualScore : 2 1111 444444444444444 33333333333333 1111111111111 555555555555555555555 1111111 11
lowQualScore : 0 77 5 1 5 2 1 77 2222 77 888 777777777777777 33 00000000000000 8888888888888 7777 22 3 3 555 44 3 1 3 555555555555555555555 0 55 7 3 3 2 777 77 0 55 6666666 3 666 3 00 3 3 3 3 55 3
lowQualScore : . .. . . . . . .. .... .. ... ............... .. .............. ............. .... .. . . ... .. . . . ..................... . .. . . . . ... .. . .. ....... . ... . .. . . . . .. .
lowQualScore : 0 00 7 7 7 1 0 99 1111 99 999 777777777777777 44 66666666666666 4444444444444 1111 99 3 3 888 66 8 0 6 444444444444444444444 7 00 3 6 6 5 000 11 7 00 5555555 6 444 6 00 6 6 6 6 00 6
consensus : NAAATGGTTTCTTAAAACATTTTTAATANNCACTTATATAGACATCCTGGTGCAGTTTTCAAAAT-CTCAGTGTTTTAACATGTTTCT-TTTNAGTNCACTTTTAGAGCA--TTAA----GTATG--TATT--GTTATAGGTACGTCTTGCTCGANATTAACGATTGTGGCTCAAATTTTATCATGT-ATATATAT--TTTATTAGTATATATT--TA-TAT----ATATACAATGTAAATC-AATTT-CATG---G--AAAATCGGTACATGTTTTATTT-GT-AA----AAA---ACAA--A-AACGA--AA-TATTT-AA-TGTAAACTTCGTATGATT---TTATGAGAGAAATTATACCTCTCAGTCTCTTGCAACTCTTCAAAGAGTGACATAGTGTATG--ATT---T---T-G---TTTTATTATTGCATGTGATTAT-A--T-T-GT-AT-ATA--CTATGATGAGA-CTTTAATAAAAGATTA
Reference ( family-3164 ) : NAAATGGTTTCTTAAAACATTTT-AATAATCACTTATATAGACATCCTGGTGCAGTTTTCAAAAT-CTCAGTGTTTTAACATGTTTCT-TTTAAGTNCACTTTTAGAGCA--TTAA----GTATG--TATT--NTTATAGGTA-GTCTCGCTCGANATTAACGATTGTGGCTCAAATTTTATCATGT-ATATATAT--TTTATTAGTATATATT--TA-TAT----ATATACAATGTAAATC-AATTT-CATG---G--AAAATCGGTACATGTTTTNTTT-GT-AA----ANA---ACAA--A-AACGA--AA-TATTT-AA-TGTAAACTTCGTATGATT---TTATGAGAGAAATTATACCTCTCAGTCTCTTGCAACTCTTCAAAGAGTGACATAGTGTATG--ATT---T---T-G---TTTTATTATTGCATGTGATTAT-A--T-T-GT-AT-ATA--CTATGATGAGA-CTTTAATAAAAGATTA
gi|1 : AAATGGTTTCTTAAAACATTTTTAATATGCACTTGTTTAGACATCCTGGTGCAGTTTTCAAGAT-TTCAGTGTTTTAACATATTTCT-TTTAGGTACACTTTTAGAGCA--CTAA----GTATG--TATT--GTTATAGGTACGTCTTGCTCGAGATTAACGATTGTAGCTCAAATTTTATCATGT-ATATATAT--TTTATTAGTATATATTGCTA-TAT----ATATATAAGGTAAATC-AATTT-CATG---G--AAAATCGGTACATGTTTTATTT-GT-AA----AAAGAAACAA--A-AACGA--AA-TATTT-AA-TGTAAACTTCGTATGATT---TTATGAGAGAAATTATACCTTTCAGACTCTTGTAACTCTTCAAACAGTGACATAGTGTATG--ATT---T---T-G---TTTTATTATTGCATGTGATTAT-A--T-T-GT-AT-ATA--CTATGATGAGA-CTTTAATAAAAGATTA
gi|10 : tAAATGGTTTCTTAAAACATTTT-AATAATCACTTATATAGAGATCCTGGTGCAGTTTTCAAAAT-ATCAGTGTTTC-ACATGTTTCT-TTTTAGGACACTTTTAGAGCATTTTAAATACGTATG--TATT--TTAATAGG------------------AACGATTGTGACACAAAGTTATTCATAT-ATATAAA----CTA--AGTGTATA
gi|11 : GG--AA-TATTTGAA-AGTAAAATACTTATGAAT---GTATGAGAGAAA----ACC---CAGTATCTT-TA---TTTTAAAGAGTGACACAGTGTATG--GTTTA-T---T-G---TTTTATTATTAAATATGATTAT-A--A-T-ATGATAATA--CT-TAATAACA-GTTTAAT-TAAGGTTAaat
gi|12 : tA-TGT----ATATACA---TA--TCGAATTA-CATACTTG--AAAAAAAGTACGT-TTTTGTTT-GT-TATTTTATA---A-------AATGA--AGGTTTTT-AAATGTAAACTATGTCTGCTT---TTATGAGAGAAAT-GTACCTCTCAGTCTCGTGCAACTCTTCAAAGtgtata
gi|13 : taaTTTTTGAGCG--TTAA----ATATG--TATG--GTTATAGGTAAGTCTTGCTCGATATTAACGATTGTGGCTCAAATT--------T-ATATATATCATTTATAAGT-T-TATT--TA-GA-----ATAT---ATGTA-----AATTT-CGTA---GAAAAAAT-GGTAC
gi|14 : GAAATTAACGATAGTAGCTCAAATTTTATCATGT-A---------TTTATTAG-------------TAT----ATATACAATGTCAATC-AATTT-CAT----G--AAAATCGGAACATGTTTTATTT-GT-------------AC-A--A-AACGA--AACTATTT-AA-GGTAAACTTC
gi|15 : CATCCTGGTGTAGTTTTCAAAAT-CTTAGTGTTTTTACATGTTTCT-TTTTAATGCACTTTCACAGCA--ATTA----GAATG--TATA--TCTATAGGa
gi|16 : G--ATT---T---T-A---TT--ATTATTGTATGTGATTAT-AATT-T-GT-TT-ATA--ATATGCTAAGA-CTTTAATAAAAGAT
gi|17 : aggtatttttggccTG--ATG---T---TAG---TTTTATGATTGCATGTGATCAT-A--T-TTGT-AT-TTA--CTATGATGGGA-CTATAACAAACGAT
gi|18 : TTATATAGGCATCTTGGT-----TTTTAAAAT-CTCAGTGTTTTAACAAGTTCCT-TTTAAataatagt
gi|19 : ATTGCATGTGATTAT-AATT-T-GT-AG-ATA--TTATGATGAGA-CTTT
gi|2 : ACATCCCGGTGCAATTTTTAAAAAACTCAGTGTTTTAACATGTTTCTATTTAAGCCCACTTTTAGAGCA--TTAA----ATACGAATATTTATTTATAAGTATATCACGCTCACGATTGACGACCATAGCTCAATTTTTATCA-------------------TAG-ACATACG--TG-TAT----ATATAGAGTGT-------------GTA---A--AAAA---GTACATGTTTTTTTT-AT-TATTG-AAA---AAAA--A-AATGA--A--------AA-TG----CTTTGCAGCAAT---CTATGTGTG--ATT-TAA--CTCAGTCTCTTGCACCTCTTCAATGAGTGACATAGTGTATGATATT---C---T-G---TTTTGTTATTTTATGTGATTATAA--TGT-GT-AT-ATA--CTATGATGAGG-CTTAAGTAAAAGTTTA
gi|3 : TATAGACATTCTTGTGAAGTTTTTAAAAT-ATCAGTGTTTTAACATGTTTCT-CTTAAGTTCACGTAAAGAGCA--TTAA----GTAT------T--GTTATAGGTACGACTTGCTTGATTTTAACAATTGTAGCTCA--TTTTTTTTTTTCAAATGTAT--TT-ATTAGTATATATTGGTA-TACTATAATATACAATGTAAATC-AATTC-TATG---T--AAAATTGGTACATGTTTTATTT-GT-AC----A-A---ACA--------GA--AA-TATTT-AA-TGTAAACTTCGTTTGCTT---TTATGAGAGAAATTTTACCTCTCAGTCACTTGCAACTATTCAAAGAGTGACATATTGTATT--ATT---T---T-GCAATTTTATTATTGCATGTGAtatataat
gi|4 : ATATAT--ATTATTAGTATATATT--GA-TAT----ATATACAATGTAAATC-AATTTTCAGG---G--AAAATCGGTACATGTTTTATTT-GT-AA----AAA---ACAACAACAACGA--AA-TATTT-AA-TATAAACTTCGTATGATT---TTATGAGAGAAATTATACCTCTCAGTCTCTTGTAACTCTTCAAAGAGTGACATAGTGTATG--ATT---T---T-G---TTTTATTATTGCATGTGATTAT-A--T-T-GT-AT-ATA--GTATGATGAGACCTTTAATAAA
gi|5 : --TTTATTA-TATGTATA--AA-GGT----CCATTCAACTTGAATT-AATTG-CTTG---A--ACAATAAGTTTATGTTTGGTT--GT-TA----ATG-------------CGGTGAA-TATTT-AA-TGTTAACT----ATGCTTCCTTTATAAGAGAAAG-ATACCTTTCAGTCTCTTGTAATTCTTCAAAAAGTGACATAGTGTATG--ATT---TGC-T-G---CGTTATAATTGTATGTGATTAT-A--A-T-AT-AT-ATATGCTATGATGAGA-CTTTAATAAAGGAtaaaaag
gi|6 : gTATT--AG-TGT----ATATACAATGTAAATC-AATTT-CATA---G--AAAATCGGTACTTGTTTTTTTTTGT-A------------CAA--A-A-CGA--AA-TATTT-AA-TGTTAACTTCGTATGATT---TTATGAGAGAAATTATTCCTCTCAGTTTTTTGCAACTCTTTAAAGAGTGACATAATGTATG--GTT---TTGCT-G---TTATATTATTGCATGTGATTAT-A--T-T-GT-AT-ATA--CTATGATGAAA-CTTTAATAAAAGATTat
gi|7 : T--TAGTGT----ATATACAATGTAAATT-AATTT-CATG---G--AAAATCGGTACATGTTTTATTT-GT-------------AC-A--A-AACGA--AA-TATTT-AA-TGAAAACTTCGTATGATT---TTATGA---AAATCATACTTCTCAGTCTCTTGCAACTCTTCAAAGTTTGACATATTGTATG--GTTCTGC---T-G---TTTTATTATTGTATGTGAGTAT-A--T-T-GT-AT-ATA--CTATGATGAAT-CTTTAATAAAAGATTAgatat
gi|8 : -TAT----ATATACAATGTTGATC-AATTT-CATG---G--AAAATCGGTACATGTTTTTTTT-GTTAA----AAA---AAAA--C-AACGA--AA-TATTT-AA-TGTAAACTACGTATAGTT---TTATGATAGAAATTATATCTTTCAGCCTCT---------TCAAAGAGTGACATAGTGTATG--ATT---T---T-G---ATTTATTATTGCATGTGATTAT-A--T-T-GT-AT-ATA--CTATGATGAGA-CTTTAATATAATATTat
gi|9 : CATCCTGGTACAGTTGTCAAATT-CTCAGTGGTTTAACATGTTTCT-GTTTAGTTCACTTTTAGAGCA--TAAA----GTATG--TATT--GTTATAGG---------------ATGAACGATTGTGGCTCAAATTTGAGCACGT-A---------TTTATAAG-------------TGT----ATATACAATGTAAATC-GATTT-CATG---G--AAAATAGGTACATGTTTTATTT-GT-AC----AAA---ATAT--A-Atat
Alignments
lowQualScore : 1 1111 222222222222222 33333333333333 1111111111111 555555555555555555555 1111111 11
lowQualScore : 5 22 5 1 5 1 1 77 2222 77 888 111111111111111 33 00000000000000 8888888888888 7777 22 3 3 555 44 3 0 3 333333333333333333333 0 55 7 3 3 2 777 77 0 55 6666666 3 666 3 00 3 3 3 3 55 3
lowQualScore : . .. . . . . . .. .... .. ... ............... .. .............. ............. .... .. . . ... .. . . . ..................... . .. . . . . ... .. . .. ....... . ... . .. . . . . .. .
lowQualScore : 5 00 7 7 7 0 0 99 1111 99 666 444444444444444 44 66666666666666 4444444444444 1111 99 3 3 888 66 8 8 6 777777777777777777777 7 00 3 6 6 5 000 11 7 00 5555555 6 444 6 00 6 6 6 6 00 6
consensus : NAAATGGTTTCTTAAAACATTTTTAATANNCACTTATATAGACATCCTGGTGCAGTTTTCAAAAT-CTCAGTGTTTTAACATGTTTCT-TTTNAGTNCACTTTTAGAGCA--TTAA----GTATG--TATT--GTTATAGGTACGTCTTGCTCGANATTAACGATTGTGGCTCAAATTTTATCATGT-ATATATAT--TTTATTAGTATATATT--TA-TAT----ATATACAATGTAAATC-AATTT-CATG---G--AAAATCGGTACATGTTTTATTT-GT-AA----A---AAACAA--A-AACGA--AA-TATTT-AA-TGTAAACTTCGTATGATT---TTATGAGAGAAATTATACCTCTCAGTCTCTTGCAACTCTTCAAAGAGTGACATAGTGTATG--ATT---T---T-G---TTTTATTATTGCATGTGATTAT-A--T-T-GT-AT-ATA--CTATGATGAGA-CTTTAATAAAAGATTA
Reference ( family-3164 ) : NAAATGGTTTCTTAAAACATTTTTAATANNCACTTATATAGACATCCTGGTGCAGTTTTCAAAAT-CTCAGTGTTTTAACATGTTTCT-TTTNAGTNCACTTTTAGAGCA--TTAA----GTATG--TATT--GTTATAGGTACGTCTTGCTCGANATTAACGATTGTGGCTCAAATTTTATCATGT-ATATATAT--TTTATTAGTATATATT--TA-TAT----ATATACAATGTAAATC-AATTT-CATG---G--AAAATCGGTACATGTTTTATTT-GT-AA----A---AAACAA--A-AACGA--AA-TATTT-AA-TGTAAACTTCGTATGATT---TTATGAGAGAAATTATACCTCTCAGTCTCTTGCAACTCTTCAAAGAGTGACATAGTGTATG--ATT---T---T-G---TTTTATTATTGCATGTGATTAT-A--T-T-GT-AT-ATA--CTATGATGAGA-CTTTAATAAAAGATTA
gi|1 : AAATGGTTTCTTAAAACATTTTTAATATGCACTTGTTTAGACATCCTGGTGCAGTTTTCAAGAT-TTCAGTGTTTTAACATATTTCT-TTTAGGTACACTTTTAGAGCA--CTAA----GTATG--TATT--GTTATAGGTACGTCTTGCTCGAGATTAACGATTGTAGCTCAAATTTTATCATGT-ATATATAT--TTTATTAGTATATATTGCTA-TAT----ATATATAAGGTAAATC-AATTT-CATG---G--AAAATCGGTACATGTTTTATTT-GT-AA----AAAGAAACAA--A-AACGA--AA-TATTT-AA-TGTAAACTTCGTATGATT---TTATGAGAGAAATTATACCTTTCAGACTCTTGTAACTCTTCAAACAGTGACATAGTGTATG--ATT---T---T-G---TTTTATTATTGCATGTGATTAT-A--T-T-GT-AT-ATA--CTATGATGAGA-CTTTAATAAAAGATTA
gi|10 : tAAATGGTTTCTTAAAACATTTT-AATAATCACTTATATAGAGATCCTGGTGCAGTTTTCAAAAT-ATCAGTGTTTC-ACATGTTTCT-TTTTAGGACACTTTTAGAGCATTTTAAATACGTATG--TATT--TTAATAGG------------------AACGATTGTGACACAAAGTTATTCATAT-ATATAAA----CTA--AGTGTATA
gi|11 : GG--AA-TATTTGAA-AGTAAAATACTTATGAAT---GTATGAGAGAAA----ACC---CAGTATCTT-TA---TTTTAAAGAGTGACACAGTGTATG--GTTTA-T---T-G---TTTTATTATTAAATATGATTAT-A--A-T-ATGATAATA--CT-TAATAACA-GTTTAAT-TAAGGTTAaat
gi|12 : tA-TGT----ATATACA---TA--TCGAATTA-CATACTTG--AAAAAAAGTACGT-TTTTGTTT-GT-TATTTTA---TAA-------AATGA--AGGTTTTT-AAATGTAAACTATGTCTGCTT---TTATGAGAGAAAT-GTACCTCTCAGTCTCGTGCAACTCTTCAAAGtgtata
gi|13 : taaTTTTTGAGCG--TTAA----ATATG--TATG--GTTATAGGTAAGTCTTGCTCGATATTAACGATTGTGGCTCAAATT--------T-ATATATATCATTTATAAGT-T-TATT--TA-GA-----ATAT---ATGTA-----AATTT-CGTA---GAAAAAAT-GGTAC
gi|14 : GAAATTAACGATAGTAGCTCAAATTTTATCATGT-A---------TTTATTAG-------------TAT----ATATACAATGTCAATC-AATTT-CAT----G--AAAATCGGAACATGTTTTATTT-GT-------------AC-A--A-AACGA--AACTATTT-AA-GGTAAACTTC
gi|15 : CATCCTGGTGTAGTTTTCAAAAT-CTTAGTGTTTTTACATGTTTCT-TTTTAATGCACTTTCACAGCA--ATTA----GAATG--TATA--TCTATAGGa
gi|16 : G--ATT---T---T-A---TT--ATTATTGTATGTGATTAT-AATT-T-GT-TT-ATA--ATATGCTAAGA-CTTTAATAAAAGAT
gi|17 : aggtatttttggccTG--ATG---T---TAG---TTTTATGATTGCATGTGATCAT-A--T-TTGT-AT-TTA--CTATGATGGGA-CTATAACAAACGAT
gi|18 : TTATATAGGCATCTTGGT-----TTTTAAAAT-CTCAGTGTTTTAACAAGTTCCT-TTTAAataatagt
gi|19 : ATTGCATGTGATTAT-AATT-T-GT-AG-ATA--TTATGATGAGA-CTTT
gi|2 : ACATCCCGGTGCAATTTTTAAAAAACTCAGTGTTTTAACATGTTTCTATTTAAGCCCACTTTTAGAGCA--TTAA----ATACGAATATTTATTTATAAGTATATCACGCTCACGATTGACGACCATAGCTCAATTTTTATCA-------------------TAG-ACATACG--TG-TAT----ATATAGAGTGT-------------GTA---A--AAAA---GTACATGTTTTTTTT-AT-TATTG-A---AAAAAA--A-AATGA--A--------AA-TG----CTTTGCAGCAAT---CTATGTGTG--ATT-TAA--CTCAGTCTCTTGCACCTCTTCAATGAGTGACATAGTGTATGATATT---C---T-G---TTTTGTTATTTTATGTGATTATAA--TGT-GT-AT-ATA--CTATGATGAGG-CTTAAGTAAAAGTTTA
gi|3 : TATAGACATTCTTGTGAAGTTTTTAAAAT-ATCAGTGTTTTAACATGTTTCT-CTTAAGTTCACGTAAAGAGCA--TTAA----GTAT------T--GTTATAGGTACGACTTGCTTGATTTTAACAATTGTAGCTCA--TTTTTTTTTTTCAAATGTAT--TT-ATTAGTATATATTGGTA-TACTATAATATACAATGTAAATC-AATTC-TATG---T--AAAATTGGTACATGTTTTATTT-GT-AC----A---AA-CA--------GA--AA-TATTT-AA-TGTAAACTTCGTTTGCTT---TTATGAGAGAAATTTTACCTCTCAGTCACTTGCAACTATTCAAAGAGTGACATATTGTATT--ATT---T---T-GCAATTTTATTATTGCATGTGAtatataat
gi|4 : ATATAT--ATTATTAGTATATATT--GA-TAT----ATATACAATGTAAATC-AATTTTCAGG---G--AAAATCGGTACATGTTTTATTT-GT-AA----A---AAACAACAACAACGA--AA-TATTT-AA-TATAAACTTCGTATGATT---TTATGAGAGAAATTATACCTCTCAGTCTCTTGTAACTCTTCAAAGAGTGACATAGTGTATG--ATT---T---T-G---TTTTATTATTGCATGTGATTAT-A--T-T-GT-AT-ATA--GTATGATGAGACCTTTAATAAA
gi|5 : --TTTATTA-TATGTATA--AA-GGT----CCATTCAACTTGAATT-AATTG-CTTG---A--ACAATAAGTTTATGTTTGGTT--GT-TA----A---TG----------CGGTGAA-TATTT-AA-TGTTAACT----ATGCTTCCTTTATAAGAGAAAG-ATACCTTTCAGTCTCTTGTAATTCTTCAAAAAGTGACATAGTGTATG--ATT---TGC-T-G---CGTTATAATTGTATGTGATTAT-A--A-T-AT-AT-ATATGCTATGATGAGA-CTTTAATAAAGGAtaaaaag
gi|6 : gTATT--AG-TGT----ATATACAATGTAAATC-AATTT-CATA---G--AAAATCGGTACTTGTTTTTTTTTGT-A------------CAA--A-A-CGA--AA-TATTT-AA-TGTTAACTTCGTATGATT---TTATGAGAGAAATTATTCCTCTCAGTTTTTTGCAACTCTTTAAAGAGTGACATAATGTATG--GTT---TTGCT-G---TTATATTATTGCATGTGATTAT-A--T-T-GT-AT-ATA--CTATGATGAAA-CTTTAATAAAAGATTat
gi|7 : T--TAGTGT----ATATACAATGTAAATT-AATTT-CATG---G--AAAATCGGTACATGTTTTATTT-GT-------------AC-A--A-AACGA--AA-TATTT-AA-TGAAAACTTCGTATGATT---TTATGA---AAATCATACTTCTCAGTCTCTTGCAACTCTTCAAAGTTTGACATATTGTATG--GTTCTGC---T-G---TTTTATTATTGTATGTGAGTAT-A--T-T-GT-AT-ATA--CTATGATGAAT-CTTTAATAAAAGATTAgatat
gi|8 : -TAT----ATATACAATGTTGATC-AATTT-CATG---G--AAAATCGGTACATGTTTTTTTT-GTTAA----A---AAAAAA--C-AACGA--AA-TATTT-AA-TGTAAACTACGTATAGTT---TTATGATAGAAATTATATCTTTCAGCCTCT---------TCAAAGAGTGACATAGTGTATG--ATT---T---T-G---ATTTATTATTGCATGTGATTAT-A--T-T-GT-AT-ATA--CTATGATGAGA-CTTTAATATAATATTat
gi|9 : CATCCTGGTACAGTTGTCAAATT-CTCAGTGGTTTAACATGTTTCT-GTTTAGTTCACTTTTAGAGCA--TAAA----GTATG--TATT--GTTATAGG---------------ATGAACGATTGTGGCTCAAATTTGAGCACGT-A---------TTTATAAG-------------TGT----ATATACAATGTAAATC-GATTT-CATG---G--AAAATAGGTACATGTTTTATTT-GT-AC----A---AAATAT--A-Atat
Alignments
lowQualScore : 1 1111 222222222222222 33333333333333 1111111111111 555555555555555555555 1111111 11
lowQualScore : 5 22 5 1 5 1 1 77 2222 77 888 111111111111111 33 00000000000000 8888888888888 7777 22 3 3 555 44 3 0 3 333333333333333333333 0 55 7 3 3 2 777 77 0 55 6666666 3 666 3 00 3 3 3 3 55 3
lowQualScore : . .. . . . . . .. .... .. ... ............... .. .............. ............. .... .. . . ... .. . . . ..................... . .. . . . . ... .. . .. ....... . ... . .. . . . . .. .
lowQualScore : 5 00 7 7 7 0 0 99 1111 99 666 444444444444444 44 66666666666666 4444444444444 1111 99 3 3 888 66 8 8 6 777777777777777777777 7 00 3 6 6 5 000 11 7 00 5555555 6 444 6 00 6 6 6 6 00 6
consensus : NAAATGGTTTCTTAAAACATTTTTAATANNCACTTATATAGACATCCTGGTGCAGTTTTCAAAAT-CTCAGTGTTTTAACATGTTTCT-TTTNAGTNCACTTTTAGAGCA--TTAA----GTATG--TATT--GTTATAGGTACGTCTTGCTCGANATTAACGATTGTGGCTCAAATTTTATCATGT-ATATATAT--TTTATTAGTATATATT--TA-TAT----ATATACAATGTAAATC-AATTT-CATG---G--AAAATCGGTACATGTTTTATTT-GT-AA----A---AAACAA--A-AACGA--AA-TATTT-AA-TGTAAACTTCGTATGATT---TTATGAGAGAAATTATACCTCTCAGTCTCTTGCAACTCTTCAAAGAGTGACATAGTGTATG--ATT---T---T-G---TTTTATTATTGCATGTGATTAT-A--T-T-GT-AT-ATA--CTATGATGAGA-CTTTAATAAAAGATTA
Reference ( family-3164 ) : NAAATGGTTTCTTAAAACATTTTTAATANNCACTTATATAGACATCCTGGTGCAGTTTTCAAAAT-CTCAGTGTTTTAACATGTTTCT-TTTNAGTNCACTTTTAGAGCA--TTAA----GTATG--TATT--GTTATAGGTACGTCTTGCTCGANATTAACGATTGTGGCTCAAATTTTATCATGT-ATATATAT--TTTATTAGTATATATT--TA-TAT----ATATACAATGTAAATC-AATTT-CATG---G--AAAATCGGTACATGTTTTATTT-GT-AA----A---AAACAA--A-AACGA--AA-TATTT-AA-TGTAAACTTCGTATGATT---TTATGAGAGAAATTATACCTCTCAGTCTCTTGCAACTCTTCAAAGAGTGACATAGTGTATG--ATT---T---T-G---TTTTATTATTGCATGTGATTAT-A--T-T-GT-AT-ATA--CTATGATGAGA-CTTTAATAAAAGATTA
gi|1 : AAATGGTTTCTTAAAACATTTTTAATATGCACTTGTTTAGACATCCTGGTGCAGTTTTCAAGAT-TTCAGTGTTTTAACATATTTCT-TTTAGGTACACTTTTAGAGCA--CTAA----GTATG--TATT--GTTATAGGTACGTCTTGCTCGAGATTAACGATTGTAGCTCAAATTTTATCATGT-ATATATAT--TTTATTAGTATATATTGCTA-TAT----ATATATAAGGTAAATC-AATTT-CATG---G--AAAATCGGTACATGTTTTATTT-GT-AA----AAAGAAACAA--A-AACGA--AA-TATTT-AA-TGTAAACTTCGTATGATT---TTATGAGAGAAATTATACCTTTCAGACTCTTGTAACTCTTCAAACAGTGACATAGTGTATG--ATT---T---T-G---TTTTATTATTGCATGTGATTAT-A--T-T-GT-AT-ATA--CTATGATGAGA-CTTTAATAAAAGATTA
gi|10 : tAAATGGTTTCTTAAAACATTTT-AATAATCACTTATATAGAGATCCTGGTGCAGTTTTCAAAAT-ATCAGTGTTTC-ACATGTTTCT-TTTTAGGACACTTTTAGAGCATTTTAAATACGTATG--TATT--TTAATAGG------------------AACGATTGTGACACAAAGTTATTCATAT-ATATAAA----CTA--AGTGTATA
gi|11 : GG--AA-TATTTGAA-AGTAAAATACTTATGAAT---GTATGAGAGAAA----ACC---CAGTATCTT-TA---TTTTAAAGAGTGACACAGTGTATG--GTTTA-T---T-G---TTTTATTATTAAATATGATTAT-A--A-T-ATGATAATA--CT-TAATAACA-GTTTAAT-TAAGGTTAaat
gi|12 : tA-TGT----ATATACA---TA--TCGAATTA-CATACTTG--AAAAAAAGTACGT-TTTTGTTT-GT-TATTTTA---TAA-------AATGA--AGGTTTTT-AAATGTAAACTATGTCTGCTT---TTATGAGAGAAAT-GTACCTCTCAGTCTCGTGCAACTCTTCAAAGtgtata
gi|13 : taaTTTTTGAGCG--TTAA----ATATG--TATG--GTTATAGGTAAGTCTTGCTCGATATTAACGATTGTGGCTCAAATT--------T-ATATATATCATTTATAAGT-T-TATT--TA-GA-----ATAT---ATGTA-----AATTT-CGTA---GAAAAAAT-GGTAC
gi|14 : GAAATTAACGATAGTAGCTCAAATTTTATCATGT-A---------TTTATTAG-------------TAT----ATATACAATGTCAATC-AATTT-CAT----G--AAAATCGGAACATGTTTTATTT-GT-------------AC-A--A-AACGA--AACTATTT-AA-GGTAAACTTC
gi|15 : CATCCTGGTGTAGTTTTCAAAAT-CTTAGTGTTTTTACATGTTTCT-TTTTAATGCACTTTCACAGCA--ATTA----GAATG--TATA--TCTATAGGa
gi|16 : G--ATT---T---T-A---TT--ATTATTGTATGTGATTAT-AATT-T-GT-TT-ATA--ATATGCTAAGA-CTTTAATAAAAGAT
gi|17 : aggtatttttggccTG--ATG---T---TAG---TTTTATGATTGCATGTGATCAT-A--T-TTGT-AT-TTA--CTATGATGGGA-CTATAACAAACGAT
gi|18 : TTATATAGGCATCTTGGT-----TTTTAAAAT-CTCAGTGTTTTAACAAGTTCCT-TTTAAataatagt
gi|19 : ATTGCATGTGATTAT-AATT-T-GT-AG-ATA--TTATGATGAGA-CTTT
gi|2 : ACATCCCGGTGCAATTTTTAAAAAACTCAGTGTTTTAACATGTTTCTATTTAAGCCCACTTTTAGAGCA--TTAA----ATACGAATATTTATTTATAAGTATATCACGCTCACGATTGACGACCATAGCTCAATTTTTATCA-------------------TAG-ACATACG--TG-TAT----ATATAGAGTGT-------------GTA---A--AAAA---GTACATGTTTTTTTT-AT-TATTG-A---AAAAAA--A-AATGA--A--------AA-TG----CTTTGCAGCAAT---CTATGTGTG--ATT-TAA--CTCAGTCTCTTGCACCTCTTCAATGAGTGACATAGTGTATGATATT---C---T-G---TTTTGTTATTTTATGTGATTATAA--TGT-GT-AT-ATA--CTATGATGAGG-CTTAAGTAAAAGTTTA
gi|3 : TATAGACATTCTTGTGAAGTTTTTAAAAT-ATCAGTGTTTTAACATGTTTCT-CTTAAGTTCACGTAAAGAGCA--TTAA----GTAT------T--GTTATAGGTACGACTTGCTTGATTTTAACAATTGTAGCTCA--TTTTTTTTTTTCAAATGTAT--TT-ATTAGTATATATTGGTA-TACTATAATATACAATGTAAATC-AATTC-TATG---T--AAAATTGGTACATGTTTTATTT-GT-AC----A---AA-CA--------GA--AA-TATTT-AA-TGTAAACTTCGTTTGCTT---TTATGAGAGAAATTTTACCTCTCAGTCACTTGCAACTATTCAAAGAGTGACATATTGTATT--ATT---T---T-GCAATTTTATTATTGCATGTGAtatataat
gi|4 : ATATAT--ATTATTAGTATATATT--GA-TAT----ATATACAATGTAAATC-AATTTTCAGG---G--AAAATCGGTACATGTTTTATTT-GT-AA----A---AAACAACAACAACGA--AA-TATTT-AA-TATAAACTTCGTATGATT---TTATGAGAGAAATTATACCTCTCAGTCTCTTGTAACTCTTCAAAGAGTGACATAGTGTATG--ATT---T---T-G---TTTTATTATTGCATGTGATTAT-A--T-T-GT-AT-ATA--GTATGATGAGACCTTTAATAAA
gi|5 : --TTTATTA-TATGTATA--AA-GGT----CCATTCAACTTGAATT-AATTG-CTTG---A--ACAATAAGTTTATGTTTGGTT--GT-TA----A---TG----------CGGTGAA-TATTT-AA-TGTTAACT----ATGCTTCCTTTATAAGAGAAAG-ATACCTTTCAGTCTCTTGTAATTCTTCAAAAAGTGACATAGTGTATG--ATT---TGC-T-G---CGTTATAATTGTATGTGATTAT-A--A-T-AT-AT-ATATGCTATGATGAGA-CTTTAATAAAGGAtaaaaag
gi|6 : gTATT--AG-TGT----ATATACAATGTAAATC-AATTT-CATA---G--AAAATCGGTACTTGTTTTTTTTTGT-A------------CAA--A-A-CGA--AA-TATTT-AA-TGTTAACTTCGTATGATT---TTATGAGAGAAATTATTCCTCTCAGTTTTTTGCAACTCTTTAAAGAGTGACATAATGTATG--GTT---TTGCT-G---TTATATTATTGCATGTGATTAT-A--T-T-GT-AT-ATA--CTATGATGAAA-CTTTAATAAAAGATTat
gi|7 : T--TAGTGT----ATATACAATGTAAATT-AATTT-CATG---G--AAAATCGGTACATGTTTTATTT-GT-------------AC-A--A-AACGA--AA-TATTT-AA-TGAAAACTTCGTATGATT---TTATGA---AAATCATACTTCTCAGTCTCTTGCAACTCTTCAAAGTTTGACATATTGTATG--GTTCTGC---T-G---TTTTATTATTGTATGTGAGTAT-A--T-T-GT-AT-ATA--CTATGATGAAT-CTTTAATAAAAGATTAgatat
gi|8 : -TAT----ATATACAATGTTGATC-AATTT-CATG---G--AAAATCGGTACATGTTTTTTTT-GTTAA----A---AAAAAA--C-AACGA--AA-TATTT-AA-TGTAAACTACGTATAGTT---TTATGATAGAAATTATATCTTTCAGCCTCT---------TCAAAGAGTGACATAGTGTATG--ATT---T---T-G---ATTTATTATTGCATGTGATTAT-A--T-T-GT-AT-ATA--CTATGATGAGA-CTTTAATATAATATTat
gi|9 : CATCCTGGTACAGTTGTCAAATT-CTCAGTGGTTTAACATGTTTCT-GTTTAGTTCACTTTTAGAGCA--TAAA----GTATG--TATT--GTTATAGG---------------ATGAACGATTGTGGCTCAAATTTGAGCACGT-A---------TTTATAAG-------------TGT----ATATACAATGTAAATC-GATTT-CATG---G--AAAATAGGTACATGTTTTATTT-GT-AC----A---AAATAT--A-Atat
blockSeqs : . AT A T A T A TT ATAC AA TAT TAAGTCTTGCTCGAT AT TTTCAAATGTAT TATATATTGGTA TATA CA G T CTT AA A T TATTGAAAAAAAA TG G G A A CCT TT AT TTGC A CAA A AT G T G A TG C
blockSeqs : . A . T G . . . T TATATCACGCTCACG TA TATATATATCA TATATATTGA . AA . . . . C . AAAAAACAACAAC . C . . A . TA . CTGC . . . AT . . . . . .
blockSeqs : . A . A C . . . G TACGACTTGCTTGAT TA TATATATAAA TATGTATAAA . AA . . . . T . TAAAAAAAAAC . . . . T . TA . TAT . . . . . . . . . .
blockSeqs : . A . A T . . . T . TT TGTA ACATACGTG . GA . . . . C . TATTTTATAA . . . . T . CA . TGC . . . . . . . . . .
blockSeqs : . A . A T . . . G . GA CGTA TTTATTTA . AA . . . . A . ACAAAATATA . . . . T . TA . T . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . T . . . G . . . . AA . . . . C . ACAAACA . . . . T . G . T . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . TG . . . . C . TAATG . . . . T . T . C . . . . . . . . . .
blockSeqs : . AA . . . . C . ACAAA . . . . T . A . T . . . . . . . . . .
blockSeqs : . A . . . . A . ACAA . . . . A . . . T . . . . . . . . . .
blockSeqs : . A . . . . . . ACAA . . . . . . T . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . .
blockSeqCons : TGTTATA******* TATATATTGA*** ACAAAA***************
originalCons : NAAATGGTTTCTTAAAACATTTTTAATANNCACTTATATAGACATCCTGGTGCAGTTTTCAAAAT-CTCAGTGTTTTAACATGTTTCT-TTTNAGTNCACTTTTAGAGCA--TTAA----GTATG--TATT--GTTATAGGTACGTCTTGCTCGANATTAACGATTGTGGCTCAAATTTTATCATGT-ATATATAT--TTTATTAGTATATATT--TA-TAT----ATATACAATGTAAATC-AATTT-CATG---G--AAAATCGGTACATGTTTTATTT-GT-AA----A---AAACAA--A-AACGA--AA-TATTT-AA-TGTAAACTTCGTATGATT---TTATGAGAGAAATTATACCTCTCAGTCTCTTGCAACTCTTCAAAGAGTGACATAGTGTATG--ATT---T---T-G---TTTTATTATTGCATGTGATTAT-A--T-T-GT-AT-ATA--CTATGATGAGA-CTTTAATAAAAGATTA
finalCons : NAAATGGTTTCTTAAAACATTTTTAATANNCACTTATATAGACATCCTGGTGCAGTTTTCAAAAT-CTCAGTGTTTTAACATGTTTCT-TTTNAGTNCACTTTTAGAGCA--TTAA----GTATG--TATT--GTTATAGGTACGTCTTGCTCGANATTAACGATTGTGGCTCAAATTTTATCATGTTATA-------TTTATTAGTATATATTGA---TAT----ATATACAATGTAAATC-AATTT-CATG---G--AAAATCGGTACATGTTTTATTT-GTACAAAA---------------AACGA--AA-TATTT-AA-TGTAAACTTCGTATGATT---TTATGAGAGAAATTATACCTCTCAGTCTCTTGCAACTCTTCAAAGAGTGACATAGTGTATG--ATT---T---T-G---TTTTATTATTGCATGTGATTAT-A--T-T-GT-AT-ATA--CTATGATGAGA-CTTTAATAAAAGATTA
Alignments
lowQualScore : 1 1111 222222222222222 444444444 111111 44444444444444444444 1111111 1111111 11
lowQualScore : 5 22 5 1 5 1 1 77 2222 77 888 111111111111111 5 777777777 777 4 4 88 333333 999999 4 3 3 555 44 3 0 3 11111111111111111111 5555555 55 7 3 3 2 777 77 0 55 6666666 3 666 3 00 3 3 3 3 55 3
lowQualScore : . .. . . . . . .. .... .. ... ............... . ......... ... . . .. ...... ...... . . . ... .. . . . .................... ....... .. . . . . ... .. . .. ....... . ... . .. . . . . .. .
lowQualScore : 5 00 7 7 7 0 0 99 1111 99 666 444444444444444 7 333333333 888 4 4 22 777777 666666 5 3 3 888 66 8 8 6 99999999999999999999 5555555 00 3 6 6 5 000 11 7 00 5555555 6 444 6 00 6 6 6 6 00 6
consensus : NAAATGGTTTCTTAAAACATTTTTAATANNCACTTATATAGACATCCTGGTGCAGTTTTCAAAAT-CTCAGTGTTTTAACATGTTTCT-TTTNAGTNCACTTTTAGAGCA--TTAA----GTATG--TATTG--TTATAGGTACGTCTTGCTCGANATTAACGATTGTGGCTCAAATTT-TATCATGT-TA----TA---T-TTATT-AGTATATAT-TG--ATATA------TATACAATGTAAATC-AATTT-CATG---G--AAAATCGGTACATGTTTTATTT-GT-------AC---A-------AAA-------AACGA--AA-TATTT-AA-TGTAAACTTCGTATGATT---TTATGAGAGAAATTATACCTCTCAGTCTCTTGCAACTCTTCAAAGAGTGACATAGTGTATG--ATT---T---T-G---TTTTATTATTGCATGTGATTAT-A--T-T-GT-AT-ATA--CTATGATGAGA-CTTTAATAAAAGATTA
Reference ( family-3164 ) : NAAATGGTTTCTTAAAACATTTTTAATANNCACTTATATAGACATCCTGGTGCAGTTTTCAAAAT-CTCAGTGTTTTAACATGTTTCT-TTTNAGTNCACTTTTAGAGCA--TTAA----GTATG--TATTG--TTATAGGTACGTCTTGCTCGANATTAACGATTGTGGCTCAAATTT-TATCATGT-TA----TA---T-TTATT-AGTATATAT-TG--ATATA------TATACAATGTAAATC-AATTT-CATG---G--AAAATCGGTACATGTTTTATTT-GT-------AC---A-------AAA-------AACGA--AA-TATTT-AA-TGTAAACTTCGTATGATT---TTATGAGAGAAATTATACCTCTCAGTCTCTTGCAACTCTTCAAAGAGTGACATAGTGTATG--ATT---T---T-G---TTTTATTATTGCATGTGATTAT-A--T-T-GT-AT-ATA--CTATGATGAGA-CTTTAATAAAAGATTA
gi|1 : AAATGGTTTCTTAAAACATTTTTAATATGCACTTGTTTAGACATCCTGGTGCAGTTTTCAAGAT-TTCAGTGTTTTAACATATTTCT-TTTAGGTACACTTTTAGAGCA--CTAA----GTATG--TATTG--TTATAGGTACGTCTTGCTCGAGATTAACGATTGTAGCTCAAATTT-TATCATGTATA----TATATT-TTATT-AGTATATAT-TGCTATATA------TATATAAGGTAAATC-AATTT-CATG---G--AAAATCGGTACATGTTTTATTT-GT-------AA---AAAGAAACAAA-------AACGA--AA-TATTT-AA-TGTAAACTTCGTATGATT---TTATGAGAGAAATTATACCTTTCAGACTCTTGTAACTCTTCAAACAGTGACATAGTGTATG--ATT---T---T-G---TTTTATTATTGCATGTGATTAT-A--T-T-GT-AT-ATA--CTATGATGAGA-CTTTAATAAAAGATTA
gi|10 : tAAATGGTTTCTTAAAACATTTT-AATAATCACTTATATAGAGATCCTGGTGCAGTTTTCAAAAT-ATCAGTGTTTC-ACATGTTTCT-TTTTAGGACACTTTTAGAGCATTTTAAATACGTATG--TATTT--TAATAGG------------------AACGATTGTGACACAAAGTT-ATTCATA--TA----TA---T-AAACTAAGTGTATA
gi|11 : GG--AA-TATTTGAA-AGTAAAATACTTATGAAT---GTATGAGAGAAA----ACC---CAGTATCTT-TA---TTTTAAAGAGTGACACAGTGTATG--GTTTA-T---T-G---TTTTATTATTAAATATGATTAT-A--A-T-ATGATAATA--CT-TAATAACA-GTTTAAT-TAAGGTTAaat
gi|12 : t--ATGTA------TATACA---TA--TCGAATTA-CATACTTG--AAAAAAAGTACGT-TTTTGTTT-GTT------ATTTTA-------TAA-------AATGA--AGGTTTTT-AAATGTAAACTATGTCTGCTT---TTATGAGAGAAAT-GTACCTCTCAGTCTCGTGCAACTCTTCAAAGtgtata
gi|13 : taaTTTTTGAGCG--TTAA----ATATG--TATGG--TTATAGGTAAGTCTTGCTCGATATTAACGATTGTGGCTCAAATTTATAT-ATAT-------CA---T-TTATA-AGTTTATTT-AG--A-ATA------T-----ATGTA-----AATTT-CGTA---GAAAAAAT-GGTAC
gi|14 : GAAATTAACGATAGTAGCTCAAATTT-TATCATG--------TA---T-TTATT-AG-------------TATA------TATACAATGTCAATC-AATTT-CAT----G--AAAATCGGAACATGTTTTATTT-GT-------AC------------AA-------AACGA--AACTATTT-AA-GGTAAACTTC
gi|15 : CATCCTGGTGTAGTTTTCAAAAT-CTTAGTGTTTTTACATGTTTCT-TTTTAATGCACTTTCACAGCA--ATTA----GAATG--TATAT--CTATAGGa
gi|16 : G--ATT---T---T-A---TT--ATTATTGTATGTGATTAT-AATT-T-GT-TT-ATA--ATATGCTAAGA-CTTTAATAAAAGAT
gi|17 : aggtatttttggccTG--ATG---T---TAG---TTTTATGATTGCATGTGATCAT-A--T-TTGT-AT-TTA--CTATGATGGGA-CTATAACAAACGAT
gi|18 : TTATATAGGCATCTTGGT-----TTTTAAAAT-CTCAGTGTTTTAACAAGTTCCT-TTTAAataatagt
gi|19 : ATTGCATGTGATTAT-AATT-T-GT-AG-ATA--TTATGATGAGA-CTTT
gi|2 : ACATCCCGGTGCAATTTTTAAAAAACTCAGTGTTTTAACATGTTTCTATTTAAGCCCACTTTTAGAGCA--TTAA----ATACGAATATTTATTTATAAGTATATCACGCTCACGATTGACGACCATAGCTCAATTTT-TATCAT----------------------AG-ACATACGTG---TATA------TATAGAGTGTG-------------TA---A--AAAA---GTACATGTTTTTTTT-ATTATTGAAAA---A-------AAA-------AATGA--AA--------A-TG----CTTTGCAGCAAT---CTATGTGTGA--TT-TAACTC--AGTCTCTTGCACCTCTTCAATGAGTGACATAGTGTATGATATT---C---T-G---TTTTGTTATTTTATGTGATTATAA--TGT-GT-AT-ATA--CTATGATGAGG-CTTAAGTAAAAGTTTA
gi|3 : TATAGACATTCTTGTGAAGTTTTTAAAAT-ATCAGTGTTTTAACATGTTTCT-CTTAAGTTCACGTAAAGAGCA--TTAA----GTAT------TG--TTATAGGTACGACTTGCTTGATTTTAACAATTGTAGCTCA--TTT-TTTTTTTT-CAAATGTA---T-TTATT-AGTATATAT-TG--GTATACTATAATATACAATGTAAATC-AATTC-TATG---T--AAAATTGGTACATGTTTTATTT-GT-------AC---A-------AAC-------A--GA--AA-TATTT-AA-TGTAAACTTCGTTTGCTT---TTATGAGAGAAATTTTACCTCTCAGTCACTTGCAACTATTCAAAGAGTGACATATTGTATT--ATT---T---T-GCAATTTTATTATTGCATGTGAtatataat
gi|4 : -TA----TA---TATTATT-AGTATATAT-TG--ATATA------TATACAATGTAAATC-AATTTTCAGG---G--AAAATCGGTACATGTTTTATTT-GT-------AA---A-------AAACAACAACAACGA--AA-TATTT-AA-TATAAACTTCGTATGATT---TTATGAGAGAAATTATACCTCTCAGTCTCTTGTAACTCTTCAAAGAGTGACATAGTGTATG--ATT---T---T-G---TTTTATTATTGCATGTGATTAT-A--T-T-GT-AT-ATA--GTATGATGAGACCTTTAATAAA
gi|5 : a---T-TTATT-A-TATGTAT-AA--AGGTC------CATTCAACTTGAATT-AATTG-CTTG---A--ACAATAAGTTTATGTTTGGTT--GT-------T-------------AA-------TGCGGTGAA-TATTT-AA-TGTTAACT----ATGCTTCCTTTATAAGAGAAAG-ATACCTTTCAGTCTCTTGTAATTCTTCAAAAAGTGACATAGTGTATG--ATT---TGC-T-G---CGTTATAATTGTATGTGATTAT-A--A-T-AT-AT-ATATGCTATGATGAGA-CTTTAATAAAGGAtaaaaag
gi|6 : gTAT-TA--GTGTA------TATACAATGTAAATC-AATTT-CATA---G--AAAATCGGTACTTGTTTTTTTTTGT-------AC---A-------AAA---------CGA--AA-TATTT-AA-TGTTAACTTCGTATGATT---TTATGAGAGAAATTATTCCTCTCAGTTTTTTGCAACTCTTTAAAGAGTGACATAATGTATG--GTT---TTGCT-G---TTATATTATTGCATGTGATTAT-A--T-T-GT-AT-ATA--CTATGATGAAA-CTTTAATAAAAGATTat
gi|7 : T-TA--GTGTA------TATACAATGTAAATT-AATTT-CATG---G--AAAATCGGTACATGTTTTATTT-GT-------AC------------AA-------AACGA--AA-TATTT-AA-TGAAAACTTCGTATGATT---TTATGA---AAATCATACTTCTCAGTCTCTTGCAACTCTTCAAAGTTTGACATATTGTATG--GTTCTGC---T-G---TTTTATTATTGTATGTGAGTAT-A--T-T-GT-AT-ATA--CTATGATGAAT-CTTTAATAAAAGATTAgatat
gi|8 : TATA------TATACAATGTTGATC-AATTT-CATG---G--AAAATCGGTACATGTTTTTTTT-GTTAAA---AA---A-------AAAC------AACGA--AA-TATTT-AA-TGTAAACTACGTATAGTT---TTATGATAGAAATTATATCTTTCAGCCTCT---------TCAAAGAGTGACATAGTGTATG--ATT---T---T-G---ATTTATTATTGCATGTGATTAT-A--T-T-GT-AT-ATA--CTATGATGAGA-CTTTAATATAATATTat
gi|9 : CATCCTGGTACAGTTGTCAAATT-CTCAGTGGTTTAACATGTTTCT-GTTTAGTTCACTTTTAGAGCA--TAAA----GTATG--TATTG--TTATAGG---------------ATGAACGATTGTGGCTCAAATTT-GAGCACG--------TA---T-TTATA-AG-------------TGTA------TATACAATGTAAATC-GATTT-CATG---G--AAAATAGGTACATGTTTTATTT-GT-------AC---A-------AAA-------tat