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Reference ( gi|2 )            :                          GTTGTTAG-TTGTTTCGTACCACTACAATGTCATACCAGGTG--GTTTCATACC---ACTTG--AGGAGGTTTC---GTACCATAT---TATGAAAT---GTAT--AGTGATTAAAATTTTACTAAAG-TTTAATACTTTAATACATGTTTCCCGTTCATTTCCTGTACAAGGATATAAATTAGAT--T-----------GTAATATTAATATAAA-TGATGAAAATAAATGAAATAT-ATAGCGTTTA-AACATTTA---CTTTGTTTA-TCAC-T-TAATGCAC--ATTTCCCATTCAATTCTTGTACATGGATTGAA----ATTAGAT-ATAAATTTGA---AAATAA
gi|10                         :                          GTTGTTGG-ATGTTTCATACCACTACAATTTCGTACCGGGTG--GTTTCATACC---ATTTT--AGGAGATTTC---GTACCATA----TATTAAAT---GTAC--AGTGAT----ATTT-------GTTTTACTACTTTAAT
gi|16                         : ttacttaatcaaacatatttgcagcgTTGATGG-CAGTTTCATACCACTATAATTTTGTACCGGGTT--GTTTCATACC---ATTTG--AGGAGGT--------------T---TATGAAAT---GTAT--AGTGATTAAATATTTACT
gi|3                          :                            TGTTGGGTTGTTTCGTATCACTACAATTTCGTACCAGGTG--GTATCGTACC---ATTTC--AGAAGGTTTC---GTACCATATATATATGAAAT---GTAT--AGTGAT---ATTTTTTTTTTTT-TTTAATACTTTAATACA---------TTTATTTCATGTACAAGTATAGAAATTAGAT--C-----------ATAATATCGATATAAG-TTATGAAAG----------AT-ATACTGTTTA-AAACTTTA---TTTTGTTTA-ATAC-TGTAATACAT--GTTTCCTAATCA---TTTGTAt
gi|6                          :    taatcaatgacctgtgttgatacaagaaatggaGTTTCGTACCAATACAATTTCGTACCGGGTG--GTTTCGTACCATTACTTT--AATACATTT----GTTCCATG----TACAAA------TAT--AGAAATTAGA
gi|18                         :          tgcaatgttaaaacggataccgtttggagTTTATACCACTATAATTTCGTATT--GTGCTGTTTAATACA---ATTTATCAGGAGGTTTtcataatatcgatataaattatgaaattaaatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtgtttaaaactttattttgtttaatactgtaataaatatttcctattcttttcaggtac
gi|6                          :                                                                           ATACC---GTTTG----GAGGTTTC---GTACCA-------ATACAATTTCGTACCGGGTGGTT----TCGTACCA------T--TACTTTAATACAT--TT---GTTC----CATGTACAAATATAGAAATTAGAT--C-----------ATAATATCGATATAAA-TTATGAAATTAAATG
gi|4                          :                                                                              tgcaatgttaaaacggGGTCTCCTTGTACCATGT----ATGAAAT-----AT--AGTGTTTAAAATT--AATAACA-TTACATTTTTTAATA---GTTTA------ATTTCCGGTACA-TAATAGAAATTAGAC--C-----------GTAATAATAATATAAA-TGTTGAAAATAAATTATATAT-ATAGCGATT--AACATTCA---CTTTGTTAA-ATACGT-TAA-ACACTTGTTTTCCGTTCATTTCATGAACATGAATAGAACTGGATTAGAT-nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtgtttaaaactttattttgtttaatactgtaataaatatttcctattcttttcaggtac
gi|5                          :                                                                                                                  actggatgtttgtaaaggttgttTTAAAACTGTACTTT-G-TTTAATACTTTAAAACATGTTTCCTATTGATtgtattattga
gi|12                         :                                                                        ttcctattcatttcatgtacatggatagaaattagatcgtaattttgatataaatgatgaagataaatcaaatattgttttG-TTTAATAATGTAATACAAGTTTCCTATTCATTTCCTGAACATGGATAGAAATTTGATAAT-----------GATATATTGATATAAA-TGATGGAAAT-AATGCAATAT-ATTGTGTTTAGAAC-CTTA---ATTTGTTT--TTAC-T-Tgaaatattgataaaacaattaaagtaacttatcaatgcacatgctttcaacaacacgtgttataaacaaaacaaaaaagttcgataacaagcactcgcaattataaggatagttaata
gi|7                          :                                                                                                                                                                   TTTGAAACATGTTTCCCATCCATTTCATATACAAGTATAGACATTATGT--TTACAAAATAGAGTAACA-TATTATAAACTGATCAA
gi|5                          :                                                                                                                                       acgaagcattttatcaacacacaatatatcatgtattttgTTCCTATTCATTTCATGTACATGGATAGAAATTAGAT--C-----------GTAATTTTGATATAAA-TGATGAAGATAAATCAAATAT--TGTTTTTTA-AAACTGTA---CTTTGTTTA-ATACTT-TAAAACAT--GTTTCCTATTtgcacttgaacaataggttataattaacagtgtttgataattaaggtacaaacatgcaccctcaatttaaa
gi|1                          :                                                                                                                                                                                          TTCATGTACAAGTATAGAAATTAGAT--C-----------ATAATATCCATATAAA-TTATGAAAATAAATGAAATATTATA---TATA-AATATATAAAACTTTATTT--TGGT-T-CAATACAT--GTTTCCCATTCATTTCATGTTCAgatgaaatattgataaaacaattaaagtaacttatcaatgcacatgctttcaacaacacgtgttataaacaaaacaaaaaagttcgataacaagcactcgcaattataaggatagttaata
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                             taATGAAATGT-ATAGTGATTA-AATATTTA---CTTagtaccagtaatatattatagactgatcaatgcacttactttcaacaaaaggtgataattaacaatgtttgatagattttatataagtaaggtacaaacacatgctttcaatttaaagacagttcactcaattagtaggcacgcgcaaacatgaaatacttgtgatcataataca
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gi|12                         :                                                                                                           tgcaatgttaaaacggataccgtttggaggtttcgtaccaatacaatttcgtaccgggtggtttcgtaccattactttaatacatttgttccatgtacaaatatagaaattagatcataatatcgatataaattatgaaattaaatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGTTTAATAAT-G-TAATACAA--GTTTCCTATTCATTTCCTGAACATGGATAGAA----ATTTGAT-Attttcaggtac
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            TTCCTATTCATTTCATGTACATGGATAGAA----ATTAGATCGTAATTTTGATATAAATGatgatatattgatataaatgatggaaataatgcaatatattgtgtttagaaccttaatttgtttttactt
7 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|8 ): CTGACCAATGCACTTACTTTCAACAATAGTGTTATAAACAAAAAAACAATGTTTGATAATTAAGGTACAAACAAGCACAAGCAATTATAATCAATTAATGTGCATATGCAAACATTGAATACGTCGGATAAAAATACATGGGAATAACAAAGGGATGCATGTTCCACAGGTCACAGCATGTGTATTGTGTGGC
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Alignments
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Reference ( family-3114 )     :   GTTGTTGGNT-GTTTCGTACCACTACAATTTCGTACCGGGTGGTTTCGTACCATT--TNAGGAGGTTTC---GTACCATGT---TATGAAAT---GTAT--AGTGATTAAAATT-------TTACTNT-GTTTAATACTTTAATACATGTTTCCTATTCATTTCATGTACA-AGTATAGAAATTA-GATCGTA--ATATCGATATAA---ATGATGAA--AATAAATG-----AAATA-TAT-----AGTGTT-TAAA--------------------NNTTT---ACTTT-----GTTTANTAC-T-TAA--TACA--TGTTTCCTATTCATTTCATGTACATGGATAGA--A----ATTAGA-TGTAATTTTGATATAAATGA
gi|1                          :                                                                                                                                                                    TTCATGTACA-AGTATAGAAATTA-GATCATA--ATATCCATATAA---ATTATGAA--AATAAATG-----AAATATTATATATAAATATA-TAAA--------------------ACTTT---ATTTT-----GGT-------T-CAA--TACA--TGTTTCCCATTCATTTCATGTTCA
gi|10                         : taGTTGTTGGAT-GTTTCATACCACTACAATTTCGTACCGGGTGGTTTCATACCATT--TTAGGAGATTTC---GTACCATA----TATTAAAT---GTAC--AGTGAT----ATT-----------TGT--TTTACTACTTTAATagtaccagtaatatattatagactgatcaatgcacttactttcaacaaaaggtgataattaacaatgtttgatagattttatataagtaaggtacaaacacatgctttcaatttaaagacagttcactcaattagtaggcacgcgcaaacatgaaatacttgtgatcataataca
gi|12                         :                                                                                                         ttacttaatcaaacatatttgcagcg-GTTTAATAATGTAATACAAGTTTCCTATTCATTTCCTGAACA-TGGATAGAAATTT-GATAATGATATATTGATATAA---ATGATGGA--AAT-AATG-----CAATA-TAT-----TGTGTT-TAGA--------------------ACCTT---AATTT-----GTTT-TTAC-T-T
gi|13                         :                                                                                                                                                              ATTCATTTCATGTACA-AGTATAGAAA
gi|16                         :    TTGATGGCA-GTTTCATACCACTATAATTTTGTACCGGGTTGTTTCATACCATT--TGAGGAGGT--------------T---TATGAAAT---GTAT--AGTGATTAAATAT-------TTACTtttaaaaaaatacagtcacatattataaactgatcaatgcacttaatttcaacagtaggtgataattaacagtgtttgataattaaggtacaaacacgc
gi|18                         :                TTTATACCACTATAATTTCGTATTGTGCTGTTTAATACAATTTATCAGGAGGTTTt
gi|2                          :   GTTGTTAGTT-GTTTCGTACCACTACAATGTCATACCAGGTGGTTTCATACCACT--TGAGGAGGTTTC---GTACCATAT---TATGAAAT---GTAT--AGTGATTAAAATT-------TTACTAAAGTTTAATACTTTAATACATGTTTCCCGTTCATTTCCTGTACA-AGGATATAAATTA-GATTGTA--ATATTAATATAA---ATGATGAA--AATAAATG-----AAATA-TAT-----AGCGTT-TAAA--------------------CATTT---ACTTT-----GTTTATCAC-T-TAA--TGCA--CATTTCCCATTCAATTCTTGTACATGGATTGA--A----ATTAGA-TATAAATTTGA---AAATA
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gi|4                          :                                 taatcaatgacctgtgttgatacaagaaatggaGGTCTCCTTGTACCATGT----ATGAAAT-----AT--AGTGTTTAAAATTAATAACATTACATT-TTTTAATAGTTTAAT------TTCCG-----------GTACATA--ATAGAAATTA-GACCGTA--ATAATAATATAA---ATGTTGAA--AATAAATT-----ATATA-TAT-----AGCGAT-T-AA--------------------CATTC---ACTTT-----GTTAAATACGT-TAA---ACACTTGTTTTCCGTTCATTTCATGAACATGAATAGA--ACTGGATTAGATTGTATTATTGAgta
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gi|6                          :                                                   TACCGTT--T--GGAGGTTTC---GTACCA-------ATACAATTTCGTACCGGGTGGTT----TC-------GTACCAT-------TACTTTAATACAT---------TTGTTCCATGTACA-AATATAGAAATTA-GATCATA--ATATCGATATAA---ATTATGAA--ATTAAATG-----NNNNN-NNN-----NNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTGTTTAAAACTTTATTTTGTTTAATAC-TGTAA--TAAA--TATTTCCTATTCTTTTCAGGTACatcaatgcacatgctttcaacaacacgtgttataaacaaaacaaaaaagttcgataacaagcactcgcaattataaggatagttaata
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                            tgcaatgttaaaacggaT---ATTTT-----GTTTG--------AA---ACA--TGTTTCCCATCCATTTCATATACAAGTATAGA--C----ATTA
gi|7                          :                                                                                                            acgaagcattttatcaacacacaatatatcatgTTTGAAACATGTTTCCCATCCATTTCATATACA-AGTATAGACATTATGTTTACA--AAATAGA-GTAACATATTATAAACTGATCAATGCACTTGAACA--AT-----AG-GTTATAA-----------------------TTA---ACAGT-----GTTTGATAA-T-TAAGGTACA--tgtttacaaaatagagtaacatattataaactgatcaatgcacttgaacaataggttataattaacagtgtttgataattaaggtacaaacatgcaccctcaatttaaa
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Reference ( family-3114 )     :   GTTGTTGGNT-GTTTCGTACCACTACAATTTCGTACCGGGTGGTTTCATACCATT--TNAGGAGGTTTC---GTACCATAT---TATGAAAT---GTAT--AGTGATTAAAA---TT-------TTAC-TN--TTTTAATACTTTAATACATGTTTCCCATTCATTTCATGTACA-AGTATAGAAATTA-GATCGTA--ATATCGATATAA---ATNATGAA--AATAAATG-----AAATA-TAT-----AGCGTT-TAAAAC--------------------TTT---ACTTT-----GTTTAATAC-T-TAA--TACA--TGTTTCCCATTCATTTCATGTACATGGATAGA--A----ATTAGA-TGTAANTTTGAAAATAA
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gi|12                         :                                                                                                               ttacttaatcaaacatatttgcagcgTTTAATAATGTAATACAAGTTTCCTATTCATTTCCTGAACA-TGGATAGAAATTT-GATAATGATATATTGATATAA---ATGATGGA--AAT-AATG-----CAATA-TAT-----TGTGTT-TAGAAC--------------------CTT---AATTT-----GTTT-TTAC-T-T
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gi|18                         :                TTTATACCACTATAATTTCGTATTGTGCTGTTTAATACAATTTATCAGGAGGTTTt
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gi|7                          :                                                                                                                                 tgcaatgttaaaacggTTTGAAACATGTTTCCCATCCATTTCATATACA-AGTATAGACATTATGTTTACA--AAATAGA-GTAACATATTATAAACTGATCAATGCACTTGAACA--AT-----AG-GTTATAA-----------------------TTA---ACAGT-----GTTTGATAA-T-TAAGGTACA--
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Reference ( family-3114 )     :   GTTGTTGGNT-GTTTCGTACCACTACAATTTCGTACCGGGTGGTTTCATACCATT--TNAGGAGGTTTC---GTACCATAT---TATGAAAT---GTAT--AGTGATTAAAA---TT-------TTAC-TN--TTTTAATACTTTAATACATGTTTCCCATTCATTTCATGTACA-AGTATAGAAATTA-GATCGTA--ATATCGATATAA---ATNATGAA--AATAAATG-----AAATA-TAT-----AGCGTT-TAAAAC--------------------TTT---ACTTT-----GTTTAATAC-T-TAA--TACA--TGTTTCCCATTCATTTCATGTACATGGATAGA--A----ATTAGA-TGTAANTTTGAAAATAA
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