lowQualScore                  :                                        2       1111111                                        22222                   11                 11                                                                                                        
lowQualScore                  :                                 1 1    6       7777777    66666             7777 1     2 1 77 77777 4444444   33333 1 22    1 1  1 33 22 44 1  3333         4  3333  444444 9 3333 88888888 1 8    3 3333          1                    1      2   
lowQualScore                  :                                 . .    .       .......    .....             .... .     . . .. ..... .......   ..... . ..    . .  . .. .. .. .  ....         .  ....  ...... . .... ........ . .    . ....          .                    .      .   
lowQualScore                  :                                 6 4    9       9999999    00000             7777 5     9 4 33 77777 6666666   66666 4 77    5 5  5 55 00 33 2  1111         1  3333  000000 1 6666 77777777 7 0    2 9999          6                    0      2   
consensus                     :                            GAACTGTTACTGCTATGTAAAAC---ATAGTN----TGGTTCCCCGACCTAT-A-CCGAT-A-A--A--G--T-------CGA-----C-TG-TTTA-T-CG-G--T--A--GGTC----GGGGAACCANAC----TA---A-CTATA---T--------A-CAATAANA----GTTATTTCCCGTAGATCATTGTCACTGAGACGCACATGGGAA
Reference ( gi|4 )            :                            GAACTGTTACTGATATGTAAAAC---ATAGTC----TGGTTCCCTGACCTAT-A-CCGAT-A-A--A--A--T-------CGA-----C-TG-TTTA-T-TG-G--T--A--GATC----AGGGAACCACAC----TA---A-CTATA---T--------A-CAATAAGA----GTTATTTCCCGTAGATCATTGTCACTGAGACACACATGAGAA
gi|1                          :                            GAACTGTTACTGCTATGTAAAAC---ATAGTC----TGGTTCCCTAACCTAT-A-CCGAT-A-A--A--AA-T-------GGA-----C-TG-TTTA-T-TG-G--T--A--GATC----GGGGAACCACAC----TA---A-CTATA---T--------A-CAATAATA----GTTATTTCCCGTAGATCATTGTCACTGAGACGCACATGGGAA
gi|5                          :                        cagcGAACTGTTACAGCTATGTAAAAC---ATAGTC----TGGTTCCCTGACCTAT-A-CCGAT-A-A--A--A--T-------TGA-----C-TG-TTTA-T-TG-G--T--A--GATC----GGGGAACCACAC----TA---A-CTTTA---T--------A-CAATAATA----GTTATTTCCCATAGATCATTGTCACTGAGATGCAC
gi|1                          :                         cagcAACTATTATTG-TATATAGT------TAGTG----TGGTTCCCCGATC--T-A-CCAAT-A-AACA--G--T-------CCA-----T-T--TTTA-T-CG-GTAT--A--GGTT----AGGGAACCAGAC----TATGTT-TTACA---T--------AGCAGTAACA----GTT
gi|2                          :                        cagcgAACTCTTATTG-TATATAAT------TAGTG----TGGTTCTCCGATCTA----CCAAT-A-A--ACAG--T-------CGA-----T-T--TTTA-T-CG-G--T--ATAGGTC----AGGGAACCAGAT----TA---T-GT-TT---T--------A-C-ATAGCA----GTTACTTCCCTTAatttcccgtagatcattgtcactgagacgcacatgggaa
gi|5                          :                             AACTATTATTG---TATAAAGT----TAGTG----TGGTTCCCCGATCTA----CCAAT-A-A--ACAG--T-------CAA-----T-T---TTA-T-CG-G--T--ATAGGTC----AGGGAACCAGAC----TA---atttcccgtagatcattgtcactgagacgcacatgggaa
gi|3                          : cagcgaactgttacagctatgtaaaacaAACTCTTATTG-TATATAGT------TGGTG----TGGTTCCC---CATCT-A-CCAAT-A-A--ACAG--T-------TGA-----T-T--TTTA-T-CG-G--T--ATAGGTC----AGGGAACCAGAC----TA---T-GT-TT---T--------A-C-ATAGCA----GTTACTTCCCTTAatttcccatagatcattgtcactgagatgcac
gi|9                          :                             AACTCTTATTG-TATATAGT------TAGTG----TGATTCCCCGATCTA----CCAAT-A-A--ACAG--T-------CGA-----T-T--TTTA-T-CG-G--T--ATAGGTC----AGGGAACCAGAC----TA---T-GT-TT---T--------A-C-ATAGCA----GTTACTTCCCTTAatttcccgtagatcattgtcactgagatgcacatgaga
gi|8                          :                             AACTCTTATTG-TATATAGT------TAGTG----TGGTTCCCGGATCTA----CCAAT-A-A--ACAG--T-------CAA-----T-TT-TTTA-T-CG-G--T--ATAGGTC----AGGGAACCATAC----TA---T-GT-TT---T--------A-C-ATAGCA----GTTACTTCCCTTAatttcccatagatcattgtcactga
gi|6                          :                             AACTCTTACTG-TATATAGT------TAGTG----TTGTTCCCCGAACTA----CCAAT-A-A--ACAG--T-------CTA-----T-T--TTTA-T-CG-G--T--ATAGGTC----AGGGAATCAGAC----TA---T-GT-TT---T--------A-C-ATAGCA----GTTACTTCCCTTAatttcccgtaaatcattgtcactga
gi|7                          :                             AACTCTTATTG-TATATAGT------TAGTG----TGGTTCCCCGATC--T-A-CCGAT-A-ATCA--G--T-------CGA-----T-T--TTTA-T-CG-G--TAAA--GGTC----AGGGAACCAGAC----TG---T-TT------T--------A-C-ATAGCA----GTTACTTCCCTTAGatttcccgtagatcattgtcactgag
gi|10                         :                             AACTCTTATTG-TATATAGT------TAGTG----TTGTTCCCCG-----T-A-TCAAT-A-A--ACAG--T-------CTA-----T-T--TTTA-T-CG-G--T--ATAGGTC----AGGGAACCA--------A---A-ATATGTTTT--------A-C-ATAGCA----GTTACTTCCCTTAatttcccgtagaccattgtcactgagc
gi|13                         :                             AACTCTTATTG---TGTAATACTATATAGTTAGTGTGGTTCCCCGATC--T-A-CCAAT-A-AACA--G--T-------CGA-----T-Tatttcccgtagatcattgtcactga
gi|2                          :          taagggaagtaactgctatgtaaGTAACTGCTATGTAAAAC---ATAATC----TGGTTCCCTGACCTAT-A-CCGAT-A-A--A--AA-T-------CGA-----C-TG-TTTA-T-TG-G--T--A--GATC----GGAGAACCACAC----TA---A-TTATA---T--------A-CAATAAGA----GTTATTTCCCGTAGATCATTGTCACTGAGACGCACATGGGAAatttcccgtagatcattgtcactgagaca
gi|3                          :                         taagggaaGTAACTGCTATGTAAAAC---ATAGTC----TGGTTCCCTGACCTAT-A-CCGATAA-A--A--A--T-------CAA-----C-TG-TTTA-T-TG-G--T--A--GAT-----GGGGAACCACAC----CA---A-CTATA---T--------A-CAATAAGA----GTTATTTCCCGTAGATCATTGTCACTGAGATGCACATGAGA
gi|9                          :                         taagggaaGTAACTGCTATGTAAAAC---ATAGTC----TGGTTCCCTGACCTAT-A-CCGAT-A-A--A--AA-T-------CGA-----C-TG-TTTA-T-TG-G--T--A--GATC----GGGGAATCACAC----TA---A-CTATA---T--------A-CAATAAGA----GTTATTTCCCATAGATCATTGTCACTGA
gi|8                          :                         taagggaaGTAACTGCTATGTAAAAC---ATAGTA----TGGTTCCCTGACCTAT-A-CCGAT-A-A--A--AAAT-------TGA-----C-TG-TTTA-T-TG-G--T--A--GATC----CGGGAACCACAC----TA---A-CTATA---T--------A-CAATAAGA----GTTATTTCCCGTAAATCATTGTCACTGA
gi|6                          :                         taagggaaGTAACTGCTATGTAAAAC---ATAGTC----TGATTCCCTGACCTAT-A-CCGAT-A-A--A--AA-T-------AGA-----C-TG-TTTA-T-TG-G--T--A--GTTC----GGGGAACAACAC----TA---A-CTATA---T--------A-CAGTAAGA----GTTATTTCCCGTAGATCATTGTCACTGAG
gi|7                          :                         taagggaaGTAACTGCTATGTAAAAC---A--GTC----TGGTTCCCTGACCTTT-A-CCGAT-A-A--A--AA-T-------CGA-----C-TG-ATTA-T-CG-G--T--A--GATC----GGGGAACCACAC----TA---A-CTATA---T--------A-CAATAAGA----GTTATTTCCCGTAGACCATTGTCACTGAG
gi|10                         :                        ctaagggaaGTAACTGCTATGTAAAAC---ATATTT----TGGTTCCCTGACCTAT-A-CCGAT-A-A--A--AA-T-------AGA-----C-TG-TTTA-T-TG-A--T--A-----C----GGGGAACAACAC----TA---A-CTATA---T--------A-CAATAAGA----GTTATTTCCCGTAGATCATTGTCACTGAc
gi|17                         :                         taagggaaGTAACTGCTATGTAAAAC---ATAGTC----TG
gi|11                         :                            taagggaaACTGCTATGTAAAAC---TTAGTC----TGGTTCCCTGACCTAT-A-CAGATAA-A--A--A--T-------CAA-----C-TG-TTTA-T-TG-G--T--A--GATC----GGGGAACCACAC----TA---A-C----------------A-CAATACAA----GTTATTTCCTGTAGATCATTGTCACTGA
gi|14                         :                              ctaagggaattaATATAAATT---ATAGTG----TCGTTCTCTTACCTATTA-CTGAT----------------------------------TTA-T-TG-G--T--G--GGCC----AGGGAACCAGAC----TA---
gi|12                         :                                          tgacttaAT---ATGGTC----TGGTTCAATGACCTA----CCAAT-ACAT-A--G--T-------TGAGGACCCATA-TTTA-T-CG-G-----A--AATTGGCTAGGGAACCAAAC----TA---AGCTCCA---T--------A--AATGA
gi|11                         :                                                       TAGTG----TGGTTCCCCGATCTA----CCAAT-A-A--ACAG--T-------TGA-----T-T--TTTA-TCTGTA--T--A--GGTC----AGGGAACCAGAC----TA---A-GT-TT---T--------A-C-ATAGCA----GTTAATTCCCTTAGgaatatatccccaataagaccctgttat
gi|15                         :                                                       TAGTC----TGATTCTCTGCCCTA--A-CCAAA-T-A--A--A--T-------CAG-----C-TA-TTTA-A-TG-G--T--A--GGGC----AGGGAACCacacaatacaagttatttcctgtagatcattgtcactga
gi|12                         :                                                       TAGTT----TGGTTCCCTAGCCAAT-TTCCGAT-A-A--AT-A--TGGGTCCTCAA-----C-TA-TGTA-T-TG-G--T--A--GGTC----ATTGAACCAGACCATATG---A-ATATA---TCC------C-CAATAAGACCCTGTTAT
gi|14                         :                                         tcatttatggagctTAGTC----TGGTTCCCTGGCC--C-A-CCAAT-A-A--A---------------------------TCA-G-TA-A--T--A--GGTA----AGAGAACGACAC----TA---
gi|15                         :                                                tgacttaatataaattaGGTTCCCTGCCC--T-A-CC-AT-T-A--A--A--T-------AG------C-TGATTTATT-TG-GT-T--A--GGGC----AGAGAATCAGAC----TA---
gi|13                         :                                                                                       T-A-A--A--A--T-------CGA-----C-TG-TTTA-T-TG-G--T--A--GATC----GGGGAACCACAC----TA---A-CTATA---TAGTATTACA-CAATAAGA----GTTATTTCCCGTAGATCATTGTCACTGAGACA
gi|16                         :                                                                                                                                                 taagggaagtaactgctatgA---A-CTATA---T--------A-CAATAAGA----GTTATTTCCCGTTGATCATTGTCACTGAGACACACATGGGA





Alignments
lowQualScore                  :                                                                   33333333                                                 11111111                                                       
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lowQualScore                  :                .                    .        .       . .    . .   ........  ...          .     .           .  ....         ........       . ....                                          
lowQualScore                  :                9                    0        0       9 9    7 3   11111111  777          9     0           0  1111         33333333       0 1111                                          
consensus                     :         GAACTGTAACTGCTATGTAAAACATAGTCTGGTTCCCTGACCTAT-A-CCGA-T-AAA-----AA-TC---GACTGTTTATTGGTAGATCGGGGAACCACAC----TAACTATAT--------ACAATAAGA----GTTATTTCCCGTAGATCATTGTCACTGAGACGCACATGGGAA
Reference ( family-3067 )     :         GAACTGTTACTGCTATGTAAAACATAGTNTGGTTCCCCGACCTAT-A-CCGA-T-AAA-----G--TC---GACTGTTTATCGGTAGGTCGGGGAACCANAC----TAACTATAT--------ACAATAANA----GTTATTTCCCGTAGATCATTGTCACTGAGACGCACATGGGAA
gi|1                          :         GAACTGTTACTGCTATGTAAAACATAGTCTGGTTCCCTAACCTAT-A-CCGA-T-AAA-----AA-TG---GACTGTTTATTGGTAGATCGGGGAACCACAC----TAACTATAT--------ACAATAATA----GTTATTTCCCGTAGATCATTGTCACTGAGACGCACATGGGAA
gi|10                         :          cagcGTAACTGCTATGTAAAACATATTTTGGTTCCCTGACCTAT-A-CCGA-T-AAA-----AA-TA---GACTGTTTATTGATA---CGGGGAACAACAC----TAACTATAT--------ACAATAAGA----GTTATTTCCCGTAGATCATTGTCACTGA
gi|11                         :         taagggaaACTGCTATGTAAAACTTAGTCTGGTTCCCTGACCTAT-A-CAGA-TAAAA-----A--TC---AACTGTTTATTGGTAGATCGGGGAACCACAC----TAAC-------------ACAATACAA----GTTATTTCCTGTAGATCATTGTCACTGA
gi|12                         :                     ctaagggaattaTAGTTTGGTTCCCTAGCCAAT-TTCCGA-T-AAATATGGG--TCCTCAACTATGTATTGGTAGGTCATTGAACCAGACCATATGAATATATCC------CCAATAAGACCCTGTTAT
gi|13                         :                                               tcatttatggagct-T-AAA-----A--TC---GACTGTTTATTGGTAGATCGGGGAACCACAC----TAACTATATAGTATTACACAATAAGA----GTTATTTCCCGTAGATCATTGTCACTGAGAC
gi|14                         :   taagggaagtaactgctatgATATAAATTATAGTGTCGTTCTCTTACCTATTA-CTGA-T-----------------------TTATTGGTGGGCCAGGGAACCAGAC----TAa
gi|15                         :                          tgacttaTAGTCTGATTCTCTGCCCTA--A-CCAAAT-AAA--------TC---AGCTATTTAATGGTAGGGCAGGGAACC
gi|16                         :                                                                                                                    AACTATAT--------ACAATAAGA----GTTATTTCCCGTTGATCATTGTCACTGAGACACACATGGGA
gi|17                         :              GTAACTGCTATGTAAAACATAGTCTG
gi|2                          :      taagggaaGTAACTGCTATGTAAAACATAATCTGGTTCCCTGACCTAT-A-CCGA-T-AAA-----AA-TC---GACTGTTTATTGGTAGATCGGAGAACCACAC----TAATTATAT--------ACAATAAGA----GTTATTTCCCGTAGATCATTGTCACTGAGACGCACATGGGAA
gi|3                          :      taagggaaGTAACTGCTATGTAAAACATAGTCTGGTTCCCTGACCTAT-A-CCGA-TAAAA-----A--TC---AACTGTTTATTGGTAGAT-GGGGAACCACAC----CAACTATAT--------ACAATAAGA----GTTATTTCCCGTAGATCATTGTCACTGAGATGCACATGAGA
gi|4                          : taagggaaGAACTGTTACTGATATGTAAAACATAGTCTGGTTCCCTGACCTAT-A-CCGA-T-AAA-----A--TC---GACTGTTTATTGGTAGATCAGGGAACCACAC----TAACTATAT--------ACAATAAGA----GTTATTTCCCGTAGATCATTGTCACTGAGACACACATGAGAA
gi|5                          :         GAACTGTTACAGCTATGTAAAACATAGTCTGGTTCCCTGACCTAT-A-CCGA-T-AAA-----A--TT---GACTGTTTATTGGTAGATCGGGGAACCACAC----TAACTTTAT--------ACAATAATA----GTTATTTCCCATAGATCATTGTCACTGAGATGCAC
gi|6                          :          cagcGTAACTGCTATGTAAAACATAGTCTGATTCCCTGACCTAT-A-CCGA-T-AAA-----AA-TA---GACTGTTTATTGGTAGTTCGGGGAACAACAC----TAACTATAT--------ACAGTAAGA----GTTATTTCCCGTAGATCATTGTCACTGAG
gi|7                          :      taagggaaGTAACTGCTATGTAAAACA--GTCTGGTTCCCTGACCTTT-A-CCGA-T-AAA-----AA-TC---GACTGATTATCGGTAGATCGGGGAACCACAC----TAACTATAT--------ACAATAAGA----GTTATTTCCCGTAGACCATTGTCACTGAG
gi|8                          :     ctaagggaaGTAACTGCTATGTAAAACATAGTATGGTTCCCTGACCTAT-A-CCGA-T-AAA-----AAATT---GACTGTTTATTGGTAGATCCGGGAACCACAC----TAACTATAT--------ACAATAAGA----GTTATTTCCCGTAAATCATTGTCACTGAc
gi|9                          :      taagggaaGTAACTGCTATGTAAAACATAGTCTGGTTCCCTGACCTAT-A-CCGA-T-AAA-----AA-TC---GACTGTTTATTGGTAGATCGGGGAATCACAC----TAACTATAT--------ACAATAAGA----GTTATTTCCCATAGATCATTGTCACTGA





Alignments
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consensus                     :         GAACTGTAACTGCTATGTAAAACATAGTCTGGTTCCCTGACCTAT-A-CCGATAAAAA-T-------CGACTGTTTATTGGTAGATCGGGGAACCACAC----TAACTATAT--------ACAATAAGA----GTTATTTCCCGTAGATCATTGTCACTGAGACGCACATGGGAA
Reference ( family-3067 )     :         GAACTGTAACTGCTATGTAAAACATAGTCTGGTTCCCTGACCTAT-A-CCGATAAAAA-T-------CGACTGTTTATTGGTAGATCGGGGAACCACAC----TAACTATAT--------ACAATAAGA----GTTATTTCCCGTAGATCATTGTCACTGAGACGCACATGGGAA
gi|1                          :         GAACTGTTACTGCTATGTAAAACATAGTCTGGTTCCCTAACCTAT-A-CCGATAAAAA-T-------GGACTGTTTATTGGTAGATCGGGGAACCACAC----TAACTATAT--------ACAATAATA----GTTATTTCCCGTAGATCATTGTCACTGAGACGCACATGGGAA
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gi|11                         :       taagggaaTAACTGCTATGTAAAACTTAGTCTGGTTCCCTGACCTAT-A-CAGATAAAAA-T-------CAACTGTTTATTGGTAGATCGGGGAACCACAC----TAAC-------------ACAATACAA----GTTATTTCCTGTAGATCATTGTCACTGA
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gi|14                         :  taagggaagtaactgctatgtATATAAATTATAGTGTCGTTCTCTTACCTATTA-CTGAT---------------------TTATTGGTGGGCCAGGGAACCAGAC----TAa
gi|15                         :                          tgacttaTAGTCTGATTCTCTGCCCTA--A-CCAA-ATAAA-T-------CAGCTATTTAATGGTAGGGCAGGGAACC
gi|16                         :                                                                                                                 AACTATAT--------ACAATAAGA----GTTATTTCCCGTTGATCATTGTCACTGAGACACACATGGGA
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gi|2                          :      taagggaaGTAACTGCTATGTAAAACATAATCTGGTTCCCTGACCTAT-A-CCGATAAAAA-T-------CGACTGTTTATTGGTAGATCGGAGAACCACAC----TAATTATAT--------ACAATAAGA----GTTATTTCCCGTAGATCATTGTCACTGAGACGCACATGGGAA
gi|3                          :      taagggaaGTAACTGCTATGTAAAACATAGTCTGGTTCCCTGACCTAT-A-CCGATAAAAA-T-------CAACTGTTTATTGGTAGAT-GGGGAACCACAC----CAACTATAT--------ACAATAAGA----GTTATTTCCCGTAGATCATTGTCACTGAGATGCACATGAGA
gi|4                          : taagggaaGAACTGTTACTGATATGTAAAACATAGTCTGGTTCCCTGACCTAT-A-CCGATAAAA--T-------CGACTGTTTATTGGTAGATCAGGGAACCACAC----TAACTATAT--------ACAATAAGA----GTTATTTCCCGTAGATCATTGTCACTGAGACACACATGAGAA
gi|5                          :         GAACTGTTACAGCTATGTAAAACATAGTCTGGTTCCCTGACCTAT-A-CCGATAAAA--T-------TGACTGTTTATTGGTAGATCGGGGAACCACAC----TAACTTTAT--------ACAATAATA----GTTATTTCCCATAGATCATTGTCACTGAGATGCAC
gi|6                          :          cagcGTAACTGCTATGTAAAACATAGTCTGATTCCCTGACCTAT-A-CCGATAAAAA-T-------AGACTGTTTATTGGTAGTTCGGGGAACAACAC----TAACTATAT--------ACAGTAAGA----GTTATTTCCCGTAGATCATTGTCACTGAG
gi|7                          :      taagggaaGTAACTGCTATGTAAAACA--GTCTGGTTCCCTGACCTTT-A-CCGATAAAAA-T-------CGACTGATTATCGGTAGATCGGGGAACCACAC----TAACTATAT--------ACAATAAGA----GTTATTTCCCGTAGACCATTGTCACTGAG
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gi|9                          :      taagggaaGTAACTGCTATGTAAAACATAGTCTGGTTCCCTGACCTAT-A-CCGATAAAAA-T-------CGACTGTTTATTGGTAGATCGGGGAATCACAC----TAACTATAT--------ACAATAAGA----GTTATTTCCCATAGATCATTGTCACTGA





Alignments
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Reference ( family-3067 )     :         GAACTGTAACTGCTATGTAAAACATAGTCTGGTTCCCTGACCTAT-A-CCGATAAAAA-T-------CGACTGTTTATTGGTAGATCGGGGAACCACAC----TAACTATAT--------ACAATAAGA----GTTATTTCCCGTAGATCATTGTCACTGAGACGCACATGGGAA
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lowQualScore                  :                                                      2 2          2 8888888                                6666         44444444         6666                                          
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lowQualScore                  :                                                      9 9          7 7777777                                1111         33333333         1111                                          
consensus                     :         GAACTGTAACTGCTATGTAAAACATAGTCTGGTTCCCTGACCTAT-A-CCGATAAAAA-T-------CGACTGTTTATTGGTAGATCGGGGAACCACAC----TAACTATAT--------ACAATAAGA----GTTATTTCCCGTAGATCATTGTCACTGAGACGCACATGGGAA
Reference ( family-3067 )     :         GAACTGTAACTGCTATGTAAAACATAGTCTGGTTCCCTGACCTAT-A-CCGATAAAAA-T-------CGACTGTTTATTGGTAGATCGGGGAACCACAC----TAACTATAT--------ACAATAAGA----GTTATTTCCCGTAGATCATTGTCACTGAGACGCACATGGGAA
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