lowQualScore : 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333
lowQualScore : 1 22 1 22 4 1 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 3333333333 1 111111111111 1 11 11111 11111111 44444444444444 88888888888888888888888888888 444444444444444444 11 99999999999999999999999999999 1 2222222222222222222222222222222222222222222 555555555555555 1111111111111111111 3 22222222 111 1
lowQualScore : 5 11 5 33 0 5 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 99 1 7777 9999999999 555 4 33 7777777 2 9999 22 777 2 88888 2 222222222222 444 1 1 222 11 22 22 3 0 66 2 888888 1 33 2 2 2 33 00000 00000000 0 66666666666666 11 9 6 6666 44 66666666666666666666666666666 3 0 777777777777777777 7 33 33 444 2 2 2 99999999999999999999999999999 3 777777 33 4444444444444444444444444444444444444444444 222222222222222 44 77 3 6666 6666666666666666666 1 2 4 44444444 5 2 4 4 222 77777 5 222 333 22 9999999 0
lowQualScore : . .. . .. . . ...................................................................................... .. . .... .......... ... . .. ....... . .... .. ... . ..... . ............ ... . . ... .. .. .. . . .. . ...... . .. . . . .. ..... ........ . .............. .. . . .... .. ............................. . . .................. . .. .. ... . . . ............................. . ...... .. ........................................... ............... .. .. . .... ................... . . . ........ . . . . ... ..... . ... ... .. ....... .
lowQualScore : 0 00 0 00 0 0 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 00 3 1111 3333333333 444 5 44 6666666 2 8888 88 111 0 11111 0 000000000000 888 7 6 777 88 22 33 0 6 44 1 444444 9 44 9 9 9 99 00000 77777777 8 22222222222222 66 7 7 5555 22 55555555555555555555555555555 1 3 888888888888888888 5 22 11 111 4 4 7 00000000000000000000000000000 9 777777 77 1111111111111111111111111111111111111111111 444444444444444 22 55 1 5555 2222222222222222222 5 9 5 22222222 7 4 7 7 999 00000 3 999 777 99 3333333 2
consensus : NNATGGTAGGTTAGAGATTTTACTCTACATTAAAGGGACTCA---AAGTAA---TCTAATA--AATTTTCAGCTATGTAATACGT--------TATCGGAATGACAGAA---GTGG-CGAAAT-CAATTGTCCGAGTTGTC--C-GTAT-CGTA---CATTTTCAA--A-------T-A---NGG--ACAAGT-G-A-A-T---T-TTT-----------AA-G-T-TT-ACTTGT---CCGT--GGAC--AAGTGAA-NT-TT-C-C--AGTT--CAG-T-T-T--A-----AAAAA----A-G-AAAGATGAAA-AT-----AA-AAGTCATGCGAGAATGGCTCATTTTAT----AAAC--ANGTGTTCA---G-T---TG----------T-TTATGTTTCAAAT----TA-NGTAAG-N---TATTTGA--AA-TCATT---TCA-A-TTCATGG-CATTGAAAA--AT-A----TACTT---TTCA---CNGAGTGGCTTCTGTAA------GC--T---N---TA-A--GTCA-A-A-GG-TT-CTTN-GTC-ATTTGTTTTG---TT--AA-GTG-AA--AT-T-GTC----TTAT--------ACG--------GACAAGTAGA-T-TTCATCTACG---GACAAGT-A-A-AA---TT--A--AAATTCACTTGTCCAC--GG---AC--AAGT--AAGT-TTTTGCCAGATT
Reference ( gi|1 ) : TTATGTTAATTTATAGATTCAACT-TAAATTAAA----CTCATAGAAATAAATATCAAATAGTAA----CATTTATGTA-TGCGTGTTTTGTGTACCGG--TAACAGAA---GTGG-AGGAAC-CAATTGTCCGGGTTGTC--T-TTAT-TGTA---CATTTACAA--A-------T-A---GGG--ACAAGT-G-A-A-T---T-TTT-----------AA-G-T-TT-ACTTGT---CCAT--GGAC--ATGTGAA-AT-TT-C-T--AGTT--CAG-T-T-T--A-----AAAAA----A-G-AAAGATGAAATAT-----AA-AAGTCATGAGAGAATGGCTCACTTTAT----AAAC--ATGTGCTCA---AAT--TTC----------T-TTATGTTTCAAAT----TA-TGCAAA-A---TATTTTA--AT-TCATT---TCA-A-TTCATGG-CATTGAAAAC-AT-ACTTGTACTT---TTCA---CAAAGTGTCTTCTGTAA------GC--T---T---TA-A--GTCA-A-A-AG-TT-CTTT-GTC-CTTTGGTTTG---TTG-GA-GTA-AA--AC-T-GTC----TTAT--------ACA--------GACAAGTAGA-TATTCATCAAAA---GACAGGT-A-A-AA---TT--A--AAATTCTCTTGTCCAT--GG---AC--AAGT--AAGC-TTTTGCCAGATT
gi|2 : ATGGTAGGTTAGAGATTTTACTCTACATTAAAGGGACTCA---AAGTAA---TCTAATA--AATTTTCAGCTATGTAATACGT--------TATCAAAATGACACAA-----------AATTCAAT-GTCTGAGTTGTA--T-TAGT-CGTA---CGTTTTCAA--A-------TCA---GAGTTCTAAGT-G-C-A-T---T-TTTTTTTTATTTCTAA-G-T-----CTTGT---CCAT--GGAC--AAGTTAA-TT-TT-C-A--AGTTGCTAG-TGT-T--A-----AAAAACAACA-G-AAAGATAAAAT----------------TGTGAAAACAACTCATTTTAA----AAGC--A-GTGCATATGCAGTG-TTCAGTCGAGGTGT-TAAGGTTTTAAAT----TA-AGTCAT-T---GGTTTGA--AA-TCATT---TCA-A-TTCATGG-TATTG---------------ACTT---TTCA---ATGAGTGGATTCTCTAAAAGGATGC--T---T---T-----GTCA-------------TT-GACACTTTATTTT--------AA-ATG-AA--AT-T-GTC----TTTT--------GCT--------GACAAATATA-T-TTCATCTACG---GGC-GAT-C-A-GG---AC--G--GAATTATATT--------------------T--AAGT-TTTTGCCAGATT
gi|18 : GG--TAACAAAA------------AC-TA-TTGTCCGAGTTGTC--C-ATAG-CATT---CACTTTCAA--A-------T-A---TGG-----AGTAA-A-A-T---T-CAG-----------AA-A-T-TT-AC-TGT---CTGT---GAC--AAGAG-A-AT----------GTTA-CAG-T-T-TCCA-----AAAAA----A-T-GAAGATGAAAAAT-----tg
gi|19 : caggCAGGG---GTGG-CGAAAT-CCATTGTCAGAATTATC--C---AT-GGTG---CATTTATTA--A-------T-A---TGT--ATAAGT-G-ATA-T---T-TTT-----------AA-G-T-TT-ACTTGT---C--T--GTATCAAAGTGAA-TT-TT-C-C--AGTT--CAG-T-T-T---------AAGA----T-G-AAAGATAAAtatgc
gi|24 : acCAGGG---GTAG-CGAAAT-CAATT-T-----TTGTT--T-T-----GTA---CATTTTTGA--A-------A-A---CGG--ACAAG----A-A-TATTT-TTT-----------AA-G-T-TT-ATTTGT---CCAA--GGAC--
gi|29 : atCAGAAACTGTGTCAGAAAT-CCATTGTTCAAGTTGTC--A-GTAC--ATA---CATTTTCAA--A-------T-ttctttagtgaatat
gi|9 : cAAT-CCATTGTCCAAGTTGCCAATGTCATACGTA---CATCTTCAA--A-------T-A---CAT--ACAA----------------------------------T-TT-A-----------T--GGAC--AAG--AG-AC-TT--------TC--CAG-T-T-C--A-----AAAAT----A-G-AAAGATG------------A-AAATCATGATAGATTGGCCCATTTAAT----AAAT--AAGCATT-----AAT--AT-----------T-TTA-AATTCACAT----CATTGAAAA-AG--GACTT-----T-TCATTAAGTCA-A-T
gi|12 : c-CAATCG---GAATTGTC--T-GT----GTAAATCATTTTCAA--A-------T-A---CAG--ACAAGC---A-A-T---T-TTTTG---------AA-G-C-CT-ACTTGTCAGCCGT--GAAC--AAATGAA-TT-TT-C-A--AG------G-T-TAT--A-----AAAGA----A-G-AAAGACA-----------AA-AAGT--------AAT------TTTTAT----AAAC--AAGTGTTC----AAT--GTT----------T-TAAAGTTTCAAAT----T------AA-A---TAAGTTAACAT-GTATT---TCATA-TTggttgtctgtcacttgttttacttttagagaacttgtctcatatggacaagtacatttaatctatggacaggtaagaattaaaat
gi|6 : acagggatgacaaaatccaTTGTCCAAGTTGTC--C-GTTT-CGTA---CATTTACAA--A-------T-A---GGG--GCAAGT-G-A-T-T---TGTTT-----------GA-G-T-TC-ACTTAT---CCGT--GGAC--A-----A-AT-GT-A-T--ATTT--CAG-T-T-T--A-----AAAAA----GCA-AAAGATGATAGAC-----AA-AGGTCATGAGAGCATGGTTCATTTTAT----AAAC--AAGTGTTCA---G-----TT----------T-TTATGTTTCAAAT-----------AA-G---TACTTGA--AA-TCATT---TCA-A-TTGATGG-CATTGAAAAC-A-------CACTT---TTCG---CAGAGTGACTTCTTTAA------GC--T---A---TA-A--GCAA-A-A-AG-GTAATTG-GTC-ATTT-GTTT----------------A--AC-T-TTC----TTGG--------GCA--------GAGAAGTAGA-T-TTCATg
gi|10 : ggggtggcaaaatttgTTGTCCAAGATGTC--C-GTGT-CGCA---CAATTTCAA--A-------A-A---GGG--ACAAGT-GAA-A-A---T-TTT-----------AC-A-A-TT-GCTTTT---CCGT--GGAC--AAGTGAT-TT-TT-C-C--A----------------A-----AATAA----A-G-A---ATG----AT-----AACAAGTCGTGCTATAAAGGCTCATTTTAT----AAAC--A-GTGTTCA---G-----TG----------C-TTATGCTTCAGAT----AA-AATAAA-T---TGTTTGA--AT-TCTCC---ACA-A-TTCTTGG-CATTGAA-------ACTTTT-CTT---T--------GAGTGGCTTCTGTAA------GCTAT---T---TATAATGTTA-A-A-GT-TT-CT
gi|4 : gctaaaattcgTTGT---T-CTAT-TGTA---CATTTTCAAGAA-------T-A---G----ACAAGT-G-A-AAT---T-TTT-----------AA-G-T-TT-ATTTGT---CCAT--GGAC--AAGTGAATAT-TT-T-TTCAGTTC-CAG-T-T-T--A-----AAAAA----A-G-AAAGATGACA--------AA-AAG-CATGCGAGAATGGCCCTTTTGAT----AAGG--GTA-G-------------------------T-TTATA----AAAT----AA-TT---------TATTTGA--AA-TCATT---TCA-A-TTGA-GG-TATTGAAAA-------TGGTA-TT---TTCA---TGTAATGGCTTCTATAA------GC--T---A---AA-A--GTTA-A-A-GG-TT-AAAT-GTA-A-TTGTTTTA---T------GTT-AA--AT-T-GTC----TTAT--------ACA--------GACAAAAAGA-T-TTCATCTACA---GACATGT-A-A-AAG--TTA-A--AAATTCACT
gi|17 : aagggtagtaaaatcaaGTA---GATTT-CAT--A-------T-A---AAG--ACAAGT---A-A-T---A-ATT-----------AA-AAT-TC-ACTTGT---CCAT--AGAC-----TGAA-A
gi|13 : aagtgacttctgtaagctataagcaaacggttcctagtcatttggtttgaagtgaaactgccttatatggacaaTA---CATTTACAA--AAGTTTGAT-A---TGG--ATAAGC-A-A-AAT---T-TTC-----------AA-G-T-TT-ACTTCT---CCGT--GGAC--AAGTG-A-AT-TT-CAC--AGTT--CAGTT-T-T--AAAAATAAAAA----A-T-AAAAATGAAAGAC-----AG-AAGTCATGAGAGAA-----------AC----AA----ATGTTCTT------T--TTA----------T-TT-TGTTTCAAAT----TA-AGTAAcattttgccagattttgc
gi|26 : ccaagcagaggttgcaaaatccattgtcccaTA---AATTT-CAA--A-------T------GA--ACAAGT-G-A-A-T---T-TCG-----------AT-T-T-TTAACGTGT---C--T--GTAT--ATG---A-AT-TT-C-T--Agtt
gi|5 : gAA--A-------C-A---TGG--ACAAGT-G-A-A-T---C-TTA-----------AA-T-T-TT-ACTTGT---C--T--GG------GTGAA-ATATA-C-T--TGTT--Caagtttttggaagcttctgcttc
gi|7 : tgaaattcattgtccgagttgtcgtgtccattaacaagtgaactatccagtctgtgaaaaagtcgagatgaaaagtcatgtgaaaatgtctcattttataaacatgtgtttagtgtttatgatgagaaaagatatttgaaatcttgtcaattcatgggattaaaagatgacttgtcattgagtggcttctgtaagctctaagtcagtcatttagtcattttttcgttttaagtgaaagttttgtatacacatgtagAA--A-------T-ATATGGA--AAAATT-A-A-A-T---T-TTT-----------AAAG-T-TT-GACTGT---------GAAC--AAGTTAA-TT-TT-C-C--ATTT--CA------T--A-----A-----------------TAAAATAT----------GT-------GAATGGCTCATTTTATTTATAAAC--AAGCTTTCA---G-----------------TGTTATATTTCAATT----TG-AATAAG-T---TATTTTG--AA-TCATT---T---A----ATGG-CATTAAAGA--AT-G-----AATT---TTCA---TTGAATGGCTTCTATTA------AC--T---A---TA------CATA-A-AG-T--ATTT-GT--------TTTG---TTACAA-GTG-AT--AT-T-GTC----TGAT--------AT---------GA-AAGTAGA-T-TTCATCTATG---GACAAGTGA-A-AA---TT--A--AAATTCACTTGT--A---AG---AC-----T--TAGC-TTTTGCCAGATTtttcccagattatg
gi|21 : tt--A-------T-A---TGG--ACAAGT-A-A-A-C---T-TTT-----------AG-G-T-TT-GGTTGT---CCGT--GGAC--AAGTAAG-AT-TT-T-T--ttat
gi|17 : tttgtttattttagtataaatatgtccaaattatacggacaagtggaattttt-------T-A---TGG--ACAAGT-G-A-A-----T-TTT-----------AA-T-TATT-ACTTGT---CTTT--------ATATGAA-AT-CTAC-T--TGTC--CAgcagatttcg
gi|11 : aagtgacttctgtaagctataagcaaacggttcctagtcatttggtttgaagtgaaactgccttata-A---GTG--ACAAGC-A-A-A-A---T-GTA-----------AAAG-T-TT-ATTTAT---CTGT--GGCC--AGATAGA-TT-TT-T-C--AGTTC-CAG-T-T-T--A-----AGAAgactgaaacattttgccagattttgc
gi|22 : caaaatccattgtttgGG--ACATGT-A-A-A-A---A-TTA-----------AA-A-T-TC-ACTTGT---CCACCAGGAC--ATGT-AA-GT-TT-T-T--Atggctcattttatcaattgatgtaaataagtgttaaagttcaaaacaaagtaagttatttgaaatcatttcgattcatagcactgaaagaggaatcttctgtaagctataagcaaatcgtttttttttgttatat
gi|22 : ttgttttgtttttagtgaaaacagtcaaaatttatagagttcttttgcGG--ACAAGT-G-A-A-T---T-TTA-----------AT-T-T-TT-ACATGT---CCccagattttgcc
gi|5 : ttgttttgtttttagtgaaaacagtcaaaatttatagagttcttttgcG--ACAAGT-A-A-A-A---T-TTA-----------AG-A-T-TC-ACTTGT---CCAT--Gaccaggacatgtaagtttttaccagattttgcc
gi|3 : tgaaattcattgtccgagttgtcgtgtccattaacaagtgaactatccagtctgtgaaaaagtcgagatgaaaagtcatgtgaaaatgtctcattttataaacatgtgtttagtgtttatgatgagaaaagatatttgaaatcttgtcaattcatgggattaaaagatgacttgtcattgagtggcttctgtaagctctaagtcagtcatttagtcattttttcgttttaagtgaaagttttgtatacacatgtaggaacaagtatatttcacccaTT-----------AA-G-T-TT-ACTTGC---CCAT--GGAT--AAGTGAA-TT-TT-T-C--AGTT--CCA-A-T-T--A-----AAAAA----A-A-GGAGA--AAATATCTAGGAA-AAA-CATGCGAGAATAGCTTGTATTAT----ATAC--AAGTATTCA---G-----TG----------T-TCATGTTTCAAACAAAATA-TGTTACTA---TATTTGA--AA-TCATT---TAC-A-TTCATGGTCAT-GAATAC-AT-A----TA--T---TTCA---TTTATTGGCTTCTGTCA------GT--C---A---TA-A--GTAA-A-T-GG-TT-CTT--ACC-ATTTGTTTTG---TTTTAA-GTG-AA---T-T-GTT----GTATGTGGACAAATA--------GACAAGT-------------------------T-A-A-AG---TT--A--CAATTCACATGTCCAT--GG---AC--AAGT--TAGT-TTTTGCAAGATTttttttcccagattatg
gi|8 : aaatttgaaaaaaa-----------AA-G-T-TT-ACTTGT---CCAC--AGAC--AAGTtt
gi|2 : -----------AA-A-T-TA-ACTTGT---CCAT--GGAC--Atccaattacaatctaaaaagtcatgtgaaaatggctcatttcataaacaaatgtttgatggttatatgtcaaattaaaaaagttatttgaaatcatttcaattcatggcatttaaaaaagacttttcattgcaagacttttgtatgcttttgtaattcaaagtttcttggtcatttgtttagttttatgtgaattatgtcttatagagacaagtagattttatctatagccaactacaaataaaaataattttgtccatgaacaagtagatttttgccagagtt
gi|8 : atggtaggttagagattttactctacattaaagggactcaaagtaatctaataaattttcagctatgtaatacgttatcaaaatgacacaaaattcaatgtctgagttgtattagtcgtacgttttcaaatcagagttctaagtgcattttttttttatttctaagtct-ACTTGT---CTGT--GGAC--AAGTAAA-CT-TT-C-C--AATTA-CAA-T-C-T--A-----AAA--------------------------------AGTCATGTGAAAATGGCTCATTTCAT----AAAC--AAATGTTTG---A-----TG----------G-TTATATGTCAAAT----TA----AAA-AAGTTATTTGA--AA-TCATT---TCA-A-TTCATGG-CATTTAAAAA-A------G-ACTT---TTCATTGCAA---GACTTTTGTAT------GC--T---TTTGTA-A--TTCA-A-A-GT-TT-CTTG-GTC-ATTTGTTTAG---TTT-TATGTG-AATTA--T-GTC----TTAT--------AGA--------GACAAGTAGA-T-TTTATCTATA---GCCAACT-ACA-AA---TA--A--AAATAATTTTGTCCAT--GA---AC--AAGT--AGAT-TTTTGCCAGAtcaagttgctagtgttaaaaaacaacagaaagataaaattgtgaaaacaactcattttaaaagcagtgcatatgcagtgttcagtcgaggtgttaaggttttaaattaagtcattggtttgaaatcatttcaattcatggtattgacttttcaatgagtggattctctaaaaggatgctttgtcattgacactttattttaaatgaaattgtcttttgctgacaaatatatttcatctacgggcgatcaggacggaattatatttaagtttttgccagatttg
gi|3 : -ACTTGT---CCAT--GGAC--ATGTGAA-gtt
gi|5 : aaatttgaaaaaaattaagtttacttgcccatggataagtgaatttttcagttccaattaaaaaaaaggagaaaatatctaggaaaaacatgcgagaatagcttgtattatatacaagtattcagtgttcatgtttcaaacaaaatatgttactatatttgaaatcatttacattcatggtcatgaatacatatatttcatttattggcttctgtcagtcataagtaaatggttcttaccatttgttttgttttaagtgaattgttgtatgtggacaaatagacaagttaaagttacaaTGT---CCAT--TAAC--AAGTGAA-------C-T--A-TC--CAG-T-C-T--GT----GAAAA----A-GTCGAGATGAAA------------AGTCATGTGAAAATGTCTCATTTTAT----AAAC--ATGTGTTTA---G-----TG----------T-TTATG------AT----GA-GAAAAG-A---TATTTGA--AA-TCTTG---TCA-A-TTCATGG-GATT-AAAAG-ATGACTTGT---------CA---TTGAGTGGCTTCTGTAA------GC--T---C---TA-A--GTCA------G-TC-ATTTAGTC-ATTTT-TTCG---TTTTAA-GTG-AA--AG-T-TTT----GTAT--------ACACATGTAGGAACAAGTATA-T-TTCACCCA-----GACAAGT-A-A-AA---TTT-A--AGATTCACTTGTCCAT--G-----------T-----T-TTTTCCCAGATTtagtttttgcaagatttt
gi|20 : tgaaattcattgtccgagttgtcg-AAGTCATGTAATATTGATGCATTATAC----GAAC--ACGTGTTCA---G-----TG----------T-TTATGTTTCGAAT----TA--GAGAA-G---TTCTTTG--ATATCATT---TTG-A-TCCATGA-CATTTAAAAA-AT-ACTTTTTTTTTAATTAA---CTAAGTGatg
gi|11 : AGAATGGCTCATTTTAT----CAATTGATGT----A---AATAAGTG----------T-TAAAGTTCAAAAC----AA-AGTAAG-T---TATTTGA--AA-TCATT---TCG-A-TTCATAG-CACTGAAA---------------------------GAGGAATCTTCTGTAA------GC--T---A---TA-A--G-CA-A-A---------TC-GTT-TTTT--TTTG---TT
gi|15 : caaaatccattgtttgagtgacaagcaaaatgtaaaagtttatttatctgtggccagatagatttttcagttccagtttaTATGTT---AAG----TA-AACAAG-T---TATTTCA--AA-ACAGT---TCA-A-TTCATGT-CAatat
gi|16 : TGTTTCAAAT----T--T-CAAG-T---TGTTTGA--A----AT-----CA-A-TTTATGG-TAGGGAGA----T-A---ATGCTT---TTCA---TTCAGTGGCTGCTGTAA------GC--T---A---CA-A--GTTG-ATG-TG-TT-TTTT--TT-ATTTGTTTTA---T------GTG-GA--AT-T-GTC----TGAT--------ATG--------GA-AAGTTGA-gagtggattctgtaagcataactaaaaggttctttgttgttttgttttaaattgtcttacacagaaaagtagatttcatctacatacaagtacaaattaaattacacttgtactaagtttctatcagat
gi|14 : agtacttgttattatt---TATTTTA--AA-TTATT---TCA-A-TTTATGG-TATTGAAAA--AT-G-----ACTT---CTCA---CAGAGTGGATTCTGTAA------GC--TACATGTATA-A--GCAA-A-A-GG-CT-CCCA-GTC-TTTTGTTTT--------AA-GCG-AA--AC-T-GTT----TTAA--------ACG--------TACAAGTAGA-T-TTGATTTACA---AACAAG-----------TT--A--AAATTTGCTTGTCCAC--GG---AT--AAATTCAAA---TTTGCCggccatctacagca
gi|25 : tTTTTA--AA-TCATT---TTA-A-TTCATGG-CATTGAAAAAGAT-A-------TT---TTCA---CAGAGTTACTTCTGTAA------GC--T---A---TA-A--GT-A-A-A-TGCTT-CTTA-GTT-ATTTGTTTTG---
gi|9 : ttTTA--AT---ATT---TTA-AATTCACAT-CATTGAAAA-----A---GGACTT---TTCA----------------------------------T---TA-A--GTCA-A-T-GG-TT-GTCT-GTC-ACTTGTTTTACTTTTA-GA-G----A--AC-TTGTC----TCAT--------ATG--------GACAAGTACA-T-TTAATCTATG---GACAGGT-A-AGAA---TT--A--AAAT
gi|15 : caatccattgtccaagttgccaatgtcatacgtacatcttcaaatacatacaatttatggacaagagactttccagttcaaaaatagaaagatgaaaatcatgatagattggcccatttaataaataagca---TTCATGTCAGAGTGGATTCTGTAA------GC--A---T----A-A--CTAA-A-A-GG-TT-CTTT-GT-----TGTTTTG---TT------TT-AA--AT-T-GTC----TTAC--------ACA--------GAAAAGTAGA-T-TTCATCTACA---TACAAGT-ACA-AA---TT--A--AATTACACTTGT-----------AC-----T--AAGT-TTCTATCAGAT
gi|17 : tatgttaagtaaacaagttatttcaaaacagttcaaAAGTGACTTCTGTAA------GC--T---A---TA-A--G-CA-A-ACGG-TT-CCTA-GTC-ATTTGGTTTG-------AA-GTG-AA--AC-T-GCC----TTAT--------ATG--------GACAAGTAGA-T-TTCATATAAA---GACAAGT-A-ATAA---TT--A--AAATTCACTTGTCCAT--AG---ACTGAAAC--A----TTTTGCCAGATT
gi|21 : TTTGTTTA---TTT-TA-GTATAA--ATAT-GTCCAAATTAT--------ACG--------GACAAGTGGAATTTTTAT--ATG---GACAAGT-A-A-AC---TT--TT-AGGTTTGGTTGTCCGT--GG---AC--AAGT--AAGA-TTTTTGCAGATTttgc
gi|4 : GTACA-TTTTCAAGAATA---GACAAGT-G-A-AA---TT--TTTAAGTTTATTTGTCCAT--GG---AC--AAGT--GAATATTTTTTCAGtcg
gi|10 : aagggtagtaaaatcaattgttctattTCAAAAAGGGACAAGT-G-A-AAATTTT--A--CAATTG-CTTTTCCGT--GG---AC--AAGT--GA---TTTTTCCAAAttccagtttaaaaaaagaaagatgacaaaaagcatgcgagaatggcccttttgataagggtagtttataaaataatttatttgaaatcatttcaattgaggtattgaaaatggtattttcatgtaatggcttctataagctaaaagttaaaggttaaatgtaattgttttatgttaaattgtcttatacagacaaaaagatttcatctacagacatgtaaaagttaaaaattcact
gi|13 : gctaaaattcgttgtccaagatgtccgtgtcgcacaatt---GATAAGC-A-A-AA---TTTTC--AAGTTTACTTCTCCGT--GG---AC--AAGT--GAAT-TTataaagaatgataacaagtcgtgctataaaggctcattttataaacagtgttcagtgcttatgcttcagataaaataaattgtttgaattctccacaattcttggcattgaaacttttctttgagtggcttctgtaagctatttataatgttaaagtttct
gi|22 : ccaagcagaggttgcaaaatccattgtcccatacatttacaaaagtttgatatg---GACATGT-A-A-AAA--TT--A--AAATTCACTTGTCCACCAGG---AC--ATGT--AAGT-TTTTACCAGATTcacagttcagttttaaaaataaaaaataaaaatgaaagacagaagtcatgagagaaacaaatgttctttttattttgtttcaaattaagtaagtt
gi|28 : ttgttttgtttttagtgaaaacagtcaaaatttatagagttcttttgcgACAAGT-A-A-AAACTTT--A--A--TTCACTTGTCTAC--AG---AC--AAGC--TAGT-TTTTGCCAGATTttgcc
gi|4 : -A-A-AA-------A--ATATTCACTTGTCCAT--GG---AC--AAAT--AAAC-TTtt
gi|13 : aagggtagtaaaatcaattgttctattgtacattttcaagaatagacaagtgaaatttttT--G--AAATTCACTTGTCCAC--GG---AG--AAGT--AAAC-TTcagttccagtttaaaaaaagaaagatgacaaaaagcatgcgagaatggcccttttgataagggtagtttataaaataatttatttgaaatcatttcaattgaggtattgaaaatggtattttcatgtaatggcttctataagctaaaagttaaaggttaaatgtaattgttttatgttaaattgtcttatacagacaaaaagatttcatctacagacatgtaaaagttaaaaattcact
gi|3 : ccaagcagaggttgcaaaatccattgtcccatacatttacaaaagtttgatatggataagcaaaattttc--A--AAATTCACTTATCCAT--GG---GC--AAGT--AAAC-TTcagttcagttttaaaaataaaaaataaaaatgaaagacagaagtcatgagagaaacaaatgttctttttattttgtttcaaattaagtaagtt
gi|2 : aaatttgaaaaaaatt--A--AAATTAACTTGTCCAT--GG---AC--AAGtcagttccaattaaaaaaaaggagaaaatatctaggaaaaacatgcgagaatagcttgtattatatacaagtattcagtgttcatgtttcaaacaaaatatgttactatatttgaaatcatttacattcatggtcatgaatacatatatttcatttattggcttctgtcagtcataagtaaatggttcttaccatttgttttgttttaagtgaattgttgtatgtggacaaatagacaagttaaagttacaattcacatgtccatggacaagttagtttttgcaagatttt
gi|12 : atggtaggttagagattttactctacattaaagggactcaaagtaatctaataaattttcagctatgtaatacgttatcaaaatgacacaaaattcaatgtctgagttgtattagtcgtacgttttcaaatcagagttctaagtgcattttttttttatttctaagt--A--AAATTCATTTGTTCAC--GGCTGAC--AAGT--AGGC-TTcaagttgctagtgttaaaaaacaacagaaagataaaattgtgaaaacaactcattttaaaagcagtgcatatgcagtgttcagtcgaggtgttaaggttttaaattaagtcattggtttgaaatcatttcaattcatggtattgacttttcaatgagtggattctctaaaaggatgctttgtcattgacactttattttaaatgaaattgtcttttgctgacaaatatatttcatctacgggcgatcaggacggaattatatttaagtttttgccagatttg
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|23 ): GTTTAGTTAATTTAGGATTTGCTTTAAAAAAAATTGAAAATGAATAATGTCATCATCATTTGGATAAAATTTCTAGATTTCTTTTAACCAGGGTAAGAGGT
Unaligned ( gi|27 ): TTAAAATTCTCAGTTTGCTTAAAAAGAATAAATAAATGACCCCCGATTTCAAAGTGTGAGGG
Alignments
lowQualScore : 1 2222 333 333 33333333 1 77777777 11 222222222222 11111111111 11111111111111 111111111 22222222222222222 11111111111 2222222222 111111 111111 3333333 111111111111 22222222222222 111 1111111111111111111111
lowQualScore : 2 2 2 4 5 2 3333 555 555 4 44444444 2 5 22222222 88 7777 3 7 4 666666666666 555 0 9999999 2 6666 00000000000 2 44444444444444 5 2 444 5555 777777777 0 999999 55555555555555555 2 5 2 6666 66666666666 555 2222222222 5555 444 111111 000000 2 1 2222 1111111 4 77 33 555555555555 2 8888 2 333 33 4 5 33 77777777777777 2 88888 5555 66666 66666 5 1 2 66 2 5 555 2 2 0 6666666666666666666666 2
lowQualScore : . . . . . . .... ... ... . ........ . . ........ .. .... . . . ............ ... . ....... . .... ........... . .............. . . ... .... ......... . ...... ................. . . . .... ........... ... .......... .... ... ...... ...... . . .... ....... . .. .. ............ . .... . ... .. . . .. .............. . ..... .... ..... ..... . . . .. . . ... . . . ...................... .
lowQualScore : 5 5 5 0 0 5 0000 000 000 0 00000000 5 5 55555555 55 4444 6 9 5 222222222222 444 8 3333333 1 1111 44444444444 9 99999999999999 7 7 444 7777 111111111 2 222222 99999999999999999 5 8 4 1111 33333333333 000 9999999999 8888 444 555555 666666 5 1 8888 3333333 1 11 44 222222222222 5 4444 5 222 66 5 5 22 00000000000000 7 33333 7777 77777 22222 0 3 7 33 7 3 333 5 7 1 2222222222222222222222 9
consensus : NNATGNTAGNTTANAGATTCNACTCTANATTAAAGGGACTCATAGAAGTAAATATCNAATAGTAATTTTCANCTATGTAATGCGTGTTTTGTGTACCGGAATGACAGGG---GTGGC-GAAATCCATTGTCCGAGTTGTC-----CGTA-TCGTA---CATTTTCAAA-------TACGGA----CAAGT-G-A-A-T---T-TT-----------T--AA-GTTT-ACTTGT---CCGTGGACAAGTGAA---TTTTCCAGTT--CAGT-T-TAAAAAA----A-GAAAGATGA-AA-ATA------A-AAGTCATGCGAGAATGGCTCATTTTAT----AAACA----------AGTGT---TCAG--T-----TGTT-T--AT---GTTTCAAATTAAATAAG-----TTATTTGAAATCATTTCAATTCATGG-CATTGAA-AA-ATA----TACTTTTCATTGAGTGGCTTCTGTAA--GC----TA------TAA-GTC--A-AA-G-GTT-CTTNGTCATT--TGTTT--TG--TT--A--AGTG-AAA---T-TGTC----T-----TATACGGACAAG-----TAGAT-TTCATCTACGGACAAG-T--A-A-AA---TT-AAAATTCA-CTTGTCCA-C--GGAC--AAGT--A-----AG-TTTTTGCCAGATT
Reference ( family-2983 ) : NNATGGTAGGTTAGAGATTTTACTCTACATTAAAGGGACTCA---AAGTAA---TCTAATA--AATTTTCAGCTATGTAATACGT--------TATCGGAATGACAGAA---GTGGC-GAAATCAATTGTCCGAGTTGTC-----CGTA-TCGTA---CATTTTCAAA-------TANGGA----CAAGT-G-A-A-T---T-TT-----------T--AA-GTTT-ACTTGT---CCGTGGACAAGTGAA---NTTTCCAGTT--CAGT-T-TAAAAAA----A-GAAAGATGA-AA-ATA------A-AAGTCATGCGAGAATGGCTCATTTTAT----AAACA----------NGTGT---TCAG--T-----TGTT-T--AT---GTTTCAAATTANGTAAG-----NTATTTGAAATCATTTCAATTCATGG-CATTGAA-AA-ATA----TACTTTTCACNGAGTGGCTTCTGTAA--GC----TN------TAA-GTC--A-AA-G-GTT-CTTNGTCATT--TGTTT--TG--TT--A--AGTG-AAA---T-TGTC----T-----TATACGGACAAG-----TAGAT-TTCATCTACGGACAAG-T--A-A-AA---TT-AAAATTCA-CTTGTCCA-C--GGAC--AAGT--A-----AG-TTTTTGCCAGATT
gi|1 : ATGTTAATTTATAGATTCAACT-TAAATTAAA----CTCATAGAAATAAATATCAAATAGTAA----CATTTATGTA-TGCGTGTTTTGTGTACCGG--TAACAGAA---GTGGA-GGAACCAATTGTCCGGGTTGTC-----TTTA-TTGTA---CATTTACAAA-------TAGGGA----CAAGT-G-A-A-T---T-TT-----------T--AA-GTTT-ACTTGT---CCATGGACATGTGAA---ATTTCTAGTT--CAGT-T-TAAAAAA----A-GAAAGATGA-AATATA------A-AAGTCATGAGAGAATGGCTCACTTTAT----AAACA----------TGTGC---TCAAATT-----TCTT-T--AT---GTTTCAAATTATGCAAA-----ATATTTTAATTCATTTCAATTCATGG-CATTGAA-AACATACTTGTACTTTTCACAAAGTGTCTTCTGTAA--GC----TT------TAA-GTC--A-AA-A-GTT-CTTTGTCCTT--TGGTT--TG--TTG-G--AGTA-AAA---C-TGTC----T-----TATACAGACAAG-----TAGATATTCATCAAAAGACAGG-T--A-A-AA---TT-AAAATTCT-CTTGTCCA-T--GGAC--AAGT--A-----AG-CTTTTGCCAGATT
gi|10 : ttAAATTCGTTGTCCAAGATGTC-----CGTG-TCGCA---CAATTTCAAA-------AAGGGA----CAAGT-GAA-A-A---T-TT-----------T--AC-AATT-GCTTTT---CCGTGGACAAGTGAT---TTTTCCA-------------AAATAA----A-GA---ATG-----ATA------ACAAGTCGTGCTATAAAGGCTCATTTTAT----AAACA-----------GTGT---TCAG--------TGCT-T--AT---GCTTCAGATAAAATAAA-----TTGTTTGAATTCTCCACAATTCTTGG-CATTGAA------------ACTTTTCTTTGAGTGGCTTCTGTAA--GCTATTTA------TAATGTT--A-AA-G-TTT-CT
gi|11 : gctaGA----CAAGC-A-A-A-A---T-GT-----------A--AAAGTTT-ATTTAT---CTGTGGCCAGATAGA---TTTTTCAGTTC-CAGT-T-TAAGAA
gi|11 : caaaatccattgtttgagtAGAATGGCTCATTTTAT----CAATT----------GATGTAAATAAG--T------GTT-A--AA---GTTCAAAACAAAGTAAG-----TTATTTGAAATCATTTCGATTCATAG-CACTGAA-AG-A----------------GGAAT--CTTCTGTAA--GC----TA------TAA-G-C--A-AA---------TCGT--TT--TTTTT--TG--TT--A--tggctcattttatcaattgatgtaaataagtgttaaagttcaaaacaaagtaagttatttgaaatcatttcgattcatagcactgaaagaggaatcttctgtaagctataagcaaatcgtttttttttgttatat
gi|12 : caaaatccattgtttgagtgacaagcaaaatgtaaaagtttatttatctgtggccagatagatttttcagttccagtttaACAGGG---ATGAC-AAAATCCACAATCGGAATTGTC-----TGT----GTAAATCATTTTCAAA-------TACAGA----CAAGC---A-A-T---T-TT-----------TTGAA-GCCT-ACTTGTCAGCCGTGAACAAATGAA---TTTTCAAG------GT-TATAAAAGA----A-GAAAGACA-------A------A-AAGT--------AAT------TTTTAT----AAACA----------AGTGT---TCAA--------TGTT-TTAAA---GTTTCAAATTAAATAAG-----TTAtat
gi|13 : CAGAG---GTTGC-AAAATCCATTGTCC-------------------CATA---CATTTACAAAAGTTTGATATGGA----TAAGC-A-A-AAT---T-TT-----------C--AA-GTTT-ACTTCT---CCGTGGACAAGTGAA---TTTCACAGTT--CAGT-T-TTAAAAA----T-AAAAAATAA-AA-ATG------A-AAGACA-----GAA--G-TCATGAGAG----AAACA----------AATGT---TC----T-----T-TT-T--ATTTTGTTTCAAATTAAGTAAG-----TTacatgtatttcatattg
gi|14 : ccaagTATTTTAAATTATTTCAATTTATGG-TATTGAA-AA-ATG-----ACTTCTCACAGAGTGGATTCTGTAA--GC----TACATGTATAA-GCA--A-AA-G-GCT-CCCAGTCTTT--TGTTT--T-------A--AGCG-AAA---C-TGTT----T-----TAAACGTACAAG-----TAGAT-TTGATTTACAAACAAG-------------TT-AAAATTTG-CTTGTCCA-C--GGAT--AAATTCA-----AA-TTT
gi|15 : t-T--AT---GTT---AAGTAAACAAG-----TTATTTCAAAACAGTTCAATTCATG--------------------------TCA--GAGTGGATTCTGTAA--GC-----A------TAA-CTA--A-AA-G-GTT-CTTTGT------TGTTT--TG--TT-------TT-AAA---T-TGTC----T-----TACACAGAAAAG-----TAGAT-TTCATCTACATACAAG-T--ACA-AA---TT-AAATTACA-CTTGT--A-C-----------T--A-----AG-TTTCTATCAGATgcc
gi|16 : G--T-----TATTAT--TT---GTTTCAAATTTC--AAG-----TTGTTTGAAATCA-----ATTTATGG-TA--GGG-AG-ATAA---TGCTTTTCATTCAGTGGCTGCTGTAA--GC----TA------CAA-GTT--G-AT-GTGTT-TTTT-TTATT--TGTTT--TA--T-------GTG-GAA---T-TGTC----T-----GATATGGA-AAG-----TTGAG-GCCATCTACAG
gi|17 : agtacttAGTGACTTCTGTAA--GC----TA------TAA-G-C--A-AACG-GTT-CCTAGTCATT--TGGTT--TG------A--AGTG-AAA---C-TGCC----T-----TATATGGACAAG-----TAGAT-TTCATATAAAGACAAG-T--A-ATAA---TT-AAAATTCA-CTTGTCCA-T--AGACTGAAAC--A---------TTTTGCCAGATTca
gi|18 : aCAGGG---GTAAC-AAAAACTATTGTCCGAGTTGTC-----CATA-GCATT---CACTTTCAAA-------TATGG-------AGTAA-A-A-T---T-CA-----------G--AA-ATTT-AC-TGT---CTGT-GACAAGAGAA---TGTTACAGTT-----T-C-CAAAAAA----A-TGAAGATGA-AA-Attgc
gi|19 : CAGGG---GTGGC-GAAATCCATTGTCAGAATTATC-----C--A-TGGTG---CATTTATTAA-------TATGTA----TAAGT-G-ATA-T---T-TT-----------T--AA-GTTT-ACTTGT---CTGTATCAAAGTGAA---TTTTCCAGTT--CAGT-T-T--AAGA----T-GAAAGATAA-Aattatgc
gi|2 : acATGGTAGGTTAGAGATTTTACTCTACATTAAAGGGACTCA---AAGTAA---TCTAATA--AATTTTCAGCTATGTAATACGT--------TATCAAAATGACACAA----------AATTCAA-TGTCTGAGTTGTA-----T-TAGTCGTA---CGTTTTCAAA-------T-CAGAGTTCTAAGT-G-C-A-T---T-TTTTTTTTATTTCT--AA-GT----CTTGT---CCATGGACAAGTTAA---TTTTCAAGTTGCTAGTGT-TAAAAAACAACA-GAAAGAT-A-AA-AT---------------TGTGAAAACAACTCATTTTAA----AAGCAGTGCATATGCAGTGT---TCAG--TCGAGGTGTT-A--AG---GTTTTAAATTAAGTCAT-----TGGTTTGAAATCATTTCAATTCATGG-TATTG--------------ACTTTTCAATGAGTGGATTCTCTAA-------------------------A-AG-G-ATG-CTTTGTCATTGACACTT--TATTTT--A--AATG-AAA---T-TGTC----T-----TTTGCTGACAAA-----TATAT-TTCATCTACGGGCGAT-C--A-G-GA----C-GGAATT-----------------AT--ATTT--A-----AG-TTTTTGCCAGATT
gi|20 : -AAGTCATGTAATATTGATGCATTATAC----GAACA----------CGTGT---TCAG--T------GTT-T--AT---GTTTCGAATTAGAGAAG-----TTCTTTGATATCATTTTGATCCATGA-CATTTAA-AA-A-A----TACTTTTtg
gi|21 : TT--TGTTT--AT--TT--T--AGTATAAA---TATGTCCAAAT-----TATACGGACAAG-----TGGAA-TTTTTATATGGACAAG-T--A-A-ACT--TT-TAGGTTTG-GTTGTCCG-T--GGAC--AAGT--A-----AGATTTTTG-CAGATTtttttaattaactaagtg
gi|22 : T--TGTTT--TG--TT--TTTAGTG-AAA----------------------ACAGTCAAAATTTATAGAG-TTCTTTTGCGGACATG-T--A-A-AAA--TT-AAAATTCA-CTTGTCCA-CCAGGAC--ATGT--A-----AG-TTTTTACCAGATTtcg
gi|24 : CAGGG---GTAGC-GAAATCAATT-T-----TTGTT----------TTGTA---CATTTTTGAA-------AACGGA----CAAG----A-A-TATTT-TT-----------T--AA-GTTT-ATTTGT---CCAAGGACttgcc
gi|25 : atTTTTAAATCATTTTAATTCATGG-CATTGAA-AA-AGA----TA-TTTTCACAGAGTTACTTCTGTAA--GC----TA------TAA-GTA--A-AT-G-CTT-CTTAGTTATT--TGTTT--TG--ttctttagtgaatat
gi|26 : ttG-----TAGAAATTCATATACAGACACG-TTAA-A-AA---TC-GAAATTCA-CTTGTTCATT--TGA---AATTTAA-----AG-TTTTTG
gi|28 : ACAAG-T--A-A-AAACTTT-AA--TTCA-CTTGTCTA-C--AGAC--AAGC--T-----AG-TTTTTGCCAGATTgaagcttctgcttc
gi|29 : CAGAAACTGTGTCAGAAATCCATTGTTCAAGTTGTC-----AGTA--CATA---CATTTTCAAA-------Ttt
gi|3 : c-AAAATTCA-CTTATCCA-T--GGGC--AAGT--AAACTTAA-TTTTTTTCAAATT
gi|3 : aT-----------T--AA-GTTT-ACTTGC---CCATGGATAAGTGAA---TTTTTCAGTTC-CAAT-T-AAAAAAA----A-GGA----GA-AA-ATATCTAGGA-AAAACATGCGAGAATAGCTTGTATTAT----ATACA----------AGTAT---TCAG--------TGTT-C--AT---GTTTCAAACAAAATATGTTACTATATTTGAAATCATTTACATTCATGGTCA-TGAATAC-ATA----TA--TTTCATTTATTGGCTTCTGTCA--GT----CA------TAA-GTA--A-AT-G-GTT-CTTA-CCATT--TGTTT--TGTTTT--A--AGTG--AA---T-TGTT----G-----TATGTGGACAAA-----TA--------------GACAAGTT--A-A-AG---TT-ACAATTCA-CATGTCCA-T--GGAC--AAGT--T-----AG-TTTTTGCAAGATTtcagttccaattaaaaaaaaggagaaaatatctaggaaaaacatgcgagaatagcttgtattatatacaagtattcagtgttcatgtttcaaacaaaatatgttactatatttgaaatcatttacattcatggtcatgaatacatatatttcatttattggcttctgtcagtcataagtaaatggttcttaccatttgttttgttttaagtgaattgttgtatgtggacaaatagacaagttaaagttacaattcacatgtccatggacaagttagtttttgcaagatttt
gi|4 : aaatttgaaaaaaa---GTAGT-AAAATCAATTGTTC---------------TA-TTGTA---CATTTTCAAG-------AATAGA----CAAGT-G-A-AAT---T-TT-----------T--AA-GTTT-ATTTGT---CCATGGACAAGTGAATATTTTTTCAGTTC-CAGT-T-TAAAAAA----A-GAAAGATGA-CA---A------A-AAG-CATGCGAGAATGGCCCTTTTGAT----A---A----------GG---------G--T-----AGTT-T--AT--------AAA----ATAAT-----TTATTTGAAATCATTTCAATTGA-GG-TATTGAA-AA-TGG----TA-TTTTCATGTAATGGCTTCTATAA--GC----TA------AAA-GTT--A-AA-G-GTT-AAATGTAA-T--TGTTT--TA--T-------GTT-AAA---T-TGTC----T-----TATACAGACAAA-----AAGAT-TTCATCTACAGACATG-T--A-A-AAG--TTAAAAATTCA-CTtt
gi|5 : aagg-GAAATTCATTGTCCGAGTTGT------CGTG-TC------CATT-----------------AA----CAAGT-G-A-A-C---T-
gi|5 : tTGT---CCATTAACAAGTGAA---CTATCCAGTC-----T-G-TGAAAAA----G-TCGAGATGA-AA-A------------GTCATGTGAAAATGTCTCATTTTAT----AAACA----------TGTGT---TTAG--------TGTT-T--AT---G------ATGAGAAAAG-----ATATTTGAAATCTTGTCAATTCATGG-GATTAAA-AG-ATG-----ACTTGTCATTGAGTGGCTTCTGTAA--GC----TC------TAA-GTC--A------GTCATTTAGTCATT--T-TTT--CGTTTT--A--AGTG-AAAGTTT-TGTA----TACACATGTAGGAACAAG-----TATAT-TTCACC--CAGACAAG-T--A-A-AAT--TT-AAGATTCA-CTTGTCCA-T----------GT-----------TTTTTCCCAGATTatccagtctgtgaaaaagtcgagatgaaaagtcatgtgaaaatgtctcattttataaacatgtgtttagtgtttatgatgagaaaagatatttgaaatcttgtcaattcatgggattaaaagatgacttgtcattgagtggcttctgtaagctctaagtcagtcatttagtcattttttcgttttaagtgaaagttttgtatacacatgtaggaacaagtatatttcacccagacaagtaaaatttaagattcacttgtccatgttttttcccagattatg
gi|6 : tgaaattcattgtccgagttgtcg---GTGGC-AAAATTTGTTGTCCAAGTTGTC-----CGTT-TCGTA---CATTTACAAA-------TAGGGG----CAAGT-G-A-T-T---TGTT-----------T--GA-GTTC-ACTTAT---CCGTGGACAAATGTA---T-----ATTT--CAGT-T-TAAAAAA----GCAAAAGATGATAG-ACA------A-AGGTCATGAGAGCATGGTTCATTTTAT----AAACA----------AGTGT---TCAG--T-----T-TT-T--AT---GTTTCAAA-----TAAG------TACTTGAAATCATTTCAATTGATGG-CATTG-A-AA-ACA----CACTTTTCGCAGAGTGACTTCTTTAA--GC----TA------TAA-G-CAAA-AA-G-GTA-ATTGGTCATT--TGTTT-------------------AA---C-TTTC----T-----TGGGCAGAGAAG-----TAGAT-TTCATatg
gi|7 : gggA-------TATGGA----AAAATTA-A-A-T---T-TT-----------T--AAAGTTTGACT--------GTGAACAAGTTAA---TTTTCCATTT--CA------------------------T----A-ATA------A-AA--TATGTGA--ATGGCTCATTTTATTTATAAACA----------AGCTT---TCAG--T------GTT----AT---ATTTCAATTTGAATAAG-----TTATTTTGAATCATTT--A---ATGG-CATTAAA-GA-ATG-----AATTTTCATTGAATGGCTTCTATTA--AC----TA------TA----C--ATAA-A-GT---------ATT--TGTTT--TG--TTACA--AGTG-ATA---T-TGTC----T-----GATATGA--AAG-----TAGAT-TTCATCTATGGACAAG-TG-A-A-AA---TT-AAAATTCA-CTTGT--A----AGAC-----T--T-----AG-CTTTTGCCAGATT
gi|8 : ttaaat-ACTTGT---CTGTGGACAAGTAAA---CTTTCCAATTA-CAAT-C-TAAAAA---------------------------------GTCATGTGAAAATGGCTCATTTCAT----AAACA----------AATGT---TT-G--A-----TGGT-T--AT---ATGTCAAATTAAAAAAG-----TTATTTGAAATCATTTCAATTCATGG-CATTTAA-AA-A-A----GACTTTTCATTGCAAGACTTTTGTAT--GCTTT-TG------TAA-TTC--A-AA-G-TTT-CTTGGTCATT--TGTTTAGTT--TT--A--TGTG-AAT---TATGTC----T-----TATAGAGACAAG-----TAGAT-TTTATCTATAGCCAAC-T--A-C-AA---AT-AAAAATAATTTTGTCCA-T--GAAC--AAGT--A-----GA-TTTTTGCCAGAttat
gi|9 : AATCCATTGTCCAAGTTGCCAATGTCATA--CGTA---CATCTTCAAA-------TACATA----CAA-----------------------------------TTT-A-----------TGGACAAGAGA----CTTTCCAGTT--CA-------AAAAT----A-GAAAGATGA-AA-A-------------TCATGATAGATTGGCCCATTTAAT----AAATA----------AG-------CA-----------TT-A--AT---ATTTTAAAT-----------------------TCA---CA--TCAT------TGAA-AA-A-G----GACTTTTCATTAAGT--------CAATGGT----TG------TCT-GTC--A----------CTT-GT--TT--TACTT------TT--A---GAG-AAC---T-TGTC----T-----CATATGGACAAG-----TACAT-TTAATCTATGGACAGG-T--A-AGAA---TT-AAAATgtt
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|23 ): GTTTAGTTAATTTAGGATTTGCTTTAAAAAAAATTGAAAATGAATAATGTCATCATCATTTGGATAAAATTTCTAGATTTCTTTTAACCAGGGTAAGAGGT
Unaligned ( gi|27 ): TTAAAATTCTCAGTTTGCTTAAAAAGAATAAATAAATGACCCCCGATTTCAAAGTGTGAGGG
Alignments
lowQualScore : 1 2222 222 222 11 2222 1 33333333 11 222222222222 111111111 11111111111111 111111111 22222222222222222 1111111111 2222222222 3333333 111111111111 2222222222 111 1111111111111111111111
lowQualScore : 1 1 1 1 5 1 3333 111 111 1 88 4444 1 5 55555555 88 0 4 666666666666 555 0 9999999 3 6666 111111111 2 44444444444444 5 2 444 66666 444 777777777 0 999999 55555555555555555 2 5 2 6666 2222222222 555 0 2222222222 5555 444 1 0 2 55555 2 2222 1111111 4 77 222222222222 2 8888 2 2 2 2 1 2 33 33 6666666666 2 88888 5555 66666 66666 5 1 2 66 2 5 555 2 2 0 6666666666666666666666 2
lowQualScore : . . . . . . .... ... ... . .. .... . . ........ .. . . ............ ... . ....... . .... ......... . .............. . . ... ..... ... ......... . ...... ................. . . . .... .......... ... . .......... .... ... . . . ..... . .... ....... . .. ............ . .... . . . . . . .. .. .......... . ..... .... ..... ..... . . . .. . . ... . . . ...................... .
lowQualScore : 0 0 0 0 0 0 0000 000 555 0 00 5555 0 5 00000000 55 9 5 222222222222 444 8 3333333 8 1111 111111111 9 99999999999999 7 7 444 22222 444 111111111 2 222222 99999999999999999 5 8 4 1111 5555555555 000 8 9999999999 7777 444 0 4 5 99999 5 8888 3333333 1 66 999999999999 5 4444 5 5 5 5 9 1 22 22 5555555555 7 33333 7777 77777 22222 0 3 7 33 7 3 333 5 7 1 2222222222222222222222 9
consensus : NNATGNTAGNTTANAGATTCNACTCTANATTAAAGGGACTCATAGAAGTAAATATCNAATAGTAATTTTCANCTATGTAATGCGTGTTTTGTGTACCGGAATGACAGGGGTGGCGAAATCCATTGTCCGAGTTGTC-----CGTA-TCGTA---CATTTTCAAA-------TACGGA----CAAGT-G-A-A---TT-TT-----------T--AA-GTTT-ACTTGT---CCGTGGAC-----AAGTGAA---TTTTCCAGTT--CAGT-T-TAAAAAA----A-GAAAGATGA-AA-ATA------A-AAGTCATGCGAGAATGGCTCATTTTAT----AAACA----------AGTGT---TCAG--T-----TGTT-T--AT---GTTTCAAATTAAAT-AAGT-----TATTTGAAATCATTTCAATTCATGG-CATTGAA-AA-ATA----TACTTTTCATNGAGTGGCTTCTGTAAGC----TA------TAA-GTC--A-AA-G-GTT-CTTNGTCATT--TGTTT--TG--TT--A--AGTG-AAA---T-TGTC----T-----TATACGGACAAG-----TAGAT-TTCATCTACGGACAAG-T--A-A-AA---TT-AAAATTCA-CTTGTCCA-C--GGAC--AAGT--A-----AG-TTTTTGCCAGATT
Reference ( family-2983 ) : NNATGNTAGNTTANAGATTCNACTCTANATTAAAGGGACTCATAGAAGTAAATATCNAATAGTAATTTTCANCTATGTAATGCGTGTTTTGTGTACCGGAATGACAGGGGTGGCGAAATCCATTGTCCGAGTTGTC-----CGTA-TCGTA---CATTTTCAAA-------TACGGA----CAAGT-G-A-A---TT-TT-----------T--AA-GTTT-ACTTGT---CCGTGGAC-----AAGTGAA---TTTTCCAGTT--CAGT-T-TAAAAAA----A-GAAAGATGA-AA-ATA------A-AAGTCATGCGAGAATGGCTCATTTTAT----AAACA----------AGTGT---TCAG--T-----TGTT-T--AT---GTTTCAAATTAAAT-AAGT-----TATTTGAAATCATTTCAATTCATGG-CATTGAA-AA-ATA----TACTTTTCATTGAGTGGCTTCTGTAAGC----TA------TAA-GTC--A-AA-G-GTT-CTTNGTCATT--TGTTT--TG--TT--A--AGTG-AAA---T-TGTC----T-----TATACGGACAAG-----TAGAT-TTCATCTACGGACAAG-T--A-A-AA---TT-AAAATTCA-CTTGTCCA-C--GGAC--AAGT--A-----AG-TTTTTGCCAGATT
gi|1 : ATGTTAATTTATAGATTCAACT-TAAATTAAA----CTCATAGAAATAAATATCAAATAGTAA----CATTTATGTA-TGCGTGTTTTGTGTACCGG--TAACAGAAGTGGAGGAACCAATTGTCCGGGTTGTC-----TTTA-TTGTA---CATTTACAAA-------TAGGGA----CAAGT-G-A-A---TT-TT-----------T--AA-GTTT-ACTTGT---CCATGGAC-----ATGTGAA---ATTTCTAGTT--CAGT-T-TAAAAAA----A-GAAAGATGA-AATATA------A-AAGTCATGAGAGAATGGCTCACTTTAT----AAACA----------TGTGC---TCAAATT-----TCTT-T--AT---GTTTCAAATTATGC-AAAA-----TATTTTAATTCATTTCAATTCATGG-CATTGAA-AACATACTTGTACTTTTCACAAAGTGTCTTCTGTAAGC----TT------TAA-GTC--A-AA-A-GTT-CTTTGTCCTT--TGGTT--TG--TTG-G--AGTA-AAA---C-TGTC----T-----TATACAGACAAG-----TAGATATTCATCAAAAGACAGG-T--A-A-AA---TT-AAAATTCT-CTTGTCCA-T--GGAC--AAGT--A-----AG-CTTTTGCCAGATT
gi|10 : ttAAATTCGTTGTCCAAGATGTC-----CGTG-TCGCA---CAATTTCAAA-------AAGGGA----CAAGT-GAA-A---AT-TT-----------T--AC-AATT-GCTTTT---CCGTGGAC-----AAGTGAT---TTTTCCA-------------AAATAA----A-GA---ATG-----ATA------ACAAGTCGTGCTATAAAGGCTCATTTTAT----AAAC-----------AGTGT---TCAG--------TGCT-T--AT---GCTTCAGATAAAAT-AAAT-----TGTTTGAATTCTCCACAATTCTTGG-CATTGAA------------ACTTTTCTTTGAGTGGCTTCTGTAAGCTATTTA------TAATGTT--A-AA-G-TTT-CT
gi|11 : gctaGA----CAAGC-A-A-A---AT-GT-----------A--AAAGTTT-ATTTAT---CTGTGGCC-----AGATAGA---TTTTTCAGTTC-CAGT-T-TAAGAA
gi|11 : caaaatccattgtttgagtAGAATGGCTCATTTTAT----CAATT----------GATGTAAATAAG--T------GTT-A--AA---GTTCAAAACAAAGT-AAGT-----TATTTGAAATCATTTCGATTCATAG-CACTGAA-AG-A----------------GGAAT--CTTCTGTAAGC----TA------TAA-G-C--A-AA---------TCGT--TT--TTTTT--TG--TT--A--tggctcattttatcaattgatgtaaataagtgttaaagttcaaaacaaagtaagttatttgaaatcatttcgattcatagcactgaaagaggaatcttctgtaagctataagcaaatcgtttttttttgttatat
gi|12 : caaaatccattgtttgagtgacaagcaaaatgtaaaagtttatttatctgtggccagatagatttttcagttccagtttaACAGGGATGACAAAATCCACAATCGGAATTGTC-----TGT----GTAAATCATTTTCAAA-------TACAGA----CAAGC---A-A---TT-TT-----------TTGAA-GCCT-ACTTGTCAGCCGTGAAC-----AAATGAA---TTTTCAAG------GT-TATAAAAGA----A-GAAAGACA-------A------A-AAGT--------AAT------TTTTAT----AAACA----------AGTGT---TCAA--------TGTT-TTAAA---GTTTCAAATTAAAT-AAGT-----TAtat
gi|13 : CAGAGGTTGCAAAATCCATTGTCC-------------------CATA---CATTTACAAAAGTTTGATATGGA----TAAGC-A-A-AA--TT-TT-----------C--AA-GTTT-ACTTCT---CCGTGGAC-----AAGTGAA---TTTCACAGTT--CAGT-T-TTAAAAA----T-AAAAAATAA-AA-ATG------A-AAGACA-----GAA--G-TCATGAGAG----AAACA----------AATGT---TC----T-----T-TT-T--ATTTTGTTTCAAATTAAGT-AAGT-----Tacatgtatttcatattg
gi|14 : ccaagT-----TATTTTAAATTATTTCAATTTATGG-TATTGAA-AA-ATG-----ACTTCTCACAGAGTGGATTCTGTAAGC----TACATGTATAA-GCA--A-AA-G-GCT-CCCAGTCTTT--TGTTT--T-------A--AGCG-AAA---C-TGTT----T-----TAAACGTACAAG-----TAGAT-TTGATTTACAAACAAG-------------TT-AAAATTTG-CTTGTCCA-C--GGAT--AAATTCA-----AA-TTT
gi|15 : -T--AT---GTT---AAGTAAAC-AAGT-----TATTTCAAAACAGTTCAATTCATG--------------------------TCA--GAGTGGATTCTGTAAGC-----A------TAA-CTA--A-AA-G-GTT-CTTTGT------TGTTT--TG--TT-------TT-AAA---T-TGTC----T-----TACACAGAAAAG-----TAGAT-TTCATCTACATACAAG-T--ACA-AA---TT-AAATTACA-CTTGT--A-C-----------T--A-----AG-TTTCTATCAGATgcc
gi|16 : G--T-----TATTAT--TT---GTTTCAAATT---TCAAGT-----TGTTTGAAATCA-----ATTTATGG-TA--GGG-AG-ATAA---TGCTTTTCATTCAGTGGCTGCTGTAAGC----TA------CAA-GTT--G-AT-GTGTT-TTTT-TTATT--TGTTT--TA--T-------GTG-GAA---T-TGTC----T-----GATATGGA-AAG-----TTGAG-GCCATCTACAG
gi|17 : agtacttAGTGACTTCTGTAAGC----TA------TAA-G-C--A-AACG-GTT-CCTAGTCATT--TGGTT--TG------A--AGTG-AAA---C-TGCC----T-----TATATGGACAAG-----TAGAT-TTCATATAAAGACAAG-T--A-ATAA---TT-AAAATTCA-CTTGTCCA-T--AGACTGAAAC--A---------TTTTGCCAGATTca
gi|18 : aCAGGGGTAACAAAAACTATTGTCCGAGTTGTC-----CATA-GCATT---CACTTTCAAA-------TATGG-------AGTAA-A-A---TT-CA-----------G--AA-ATTT-AC-TGT---CTGT-GAC-----AAGAGAA---TGTTACAGTT-----T-C-CAAAAAA----A-TGAAGATGA-AA-Attgc
gi|19 : CAGGGGTGGCGAAATCCATTGTCAGAATTATC-----C--A-TGGTG---CATTTATTAA-------TATGTA----TAAGT-G-ATA---TT-TT-----------T--AA-GTTT-ACTTGT---CTGTATCA-----AAGTGAA---TTTTCCAGTT--CAGT-T-T--AAGA----T-GAAAGATAA-Aattatgc
gi|2 : acATGGTAGGTTAGAGATTTTACTCTACATTAAAGGGACTCA---AAGTA---ATCTAATA--AATTTTCAGCTATGTAATACGT--------TATCAAAATGACA-------CAAAATTCAATGTCTGAGTTGTA-----T-TAGTCGTA---CGTTTTCAAA-------T-CAGAGTTCTAAGT-G-C-A---TT-TTTTTTTTATTTCT--AA-GT----CTTGT---CCATGGAC-----AAGTTAA---TTTTCAAGTTGCTAGTGT-TAAAAAACAACA-GAAAGAT-A-AA-AT---------------TGTGAAAACAACTCATTTTAA----AAGCAGTGCATATGCAGTGT---TCAG--TCGAGGTGTT-A--AG---GTTTTAAATTAAGT-CATT-----GGTTTGAAATCATTTCAATTCATGG-TATTG--------------ACTTTTCAATGAGTGGATTCTCTAA-----------------------A-AG-G-ATG-CTTTGTCATTGACACTT--TATTTT--A--AATG-AAA---T-TGTC----T-----TTTGCTGACAAA-----TATAT-TTCATCTACGGGCGAT-C--A-G-GA----C-GGAATT-----------------AT--ATTT--A-----AG-TTTTTGCCAGATT
gi|20 : -AAGTCATGTAATATTGATGCATTATAC----GAACA----------CGTGT---TCAG--T------GTT-T--AT---GTTTCGAATTAGAG-AAGT-----TCTTTGATATCATTTTGATCCATGA-CATTTAA-AA-A-A----TACTTTTtg
gi|21 : TT--TGTTT--AT--TT--T--AGTATAAA---TATGTCCAAAT-----TATACGGACAAG-----TGGAA-TTTTTATATGGACAAG-T--A-A-ACT--TT-TAGGTTTG-GTTGTCCG-T--GGAC--AAGT--A-----AGATTTTTG-CAGATTtttttaattaactaagtg
gi|22 : T--TGTTT--TG--TT--TTTAGTG-AAA----------------------ACAGTCAAAATTTATAGAG-TTCTTTTGCGGACATG-T--A-A-AAA--TT-AAAATTCA-CTTGTCCA-CCAGGAC--ATGT--A-----AG-TTTTTACCAGATTtcg
gi|24 : CAGGGGTAGCGAAATCAATT-T-----TTGTT----------TTGTA---CATTTTTGAA-------AACGGA----CAA---G-A-ATATTT-TT-----------T--AA-GTTT-ATTTGT---CCAAGGACTTCTTTAGTGAA---Tttgcc
gi|25 : atTTTTAAATCATTTTAATTCATGG-CATTGAA-AA-AGA----TA-TTTTCACAGAGTTACTTCTGTAAGC----TA------TAA-GTA--A-AT-G-CTT-CTTAGTTATT--TGTTT--TG--at
gi|26 : ttG-----TAGAAATTCATATACAGACACG-TTAA-A-AA---TC-GAAATTCA-CTTGTTCATT--TGA---AATTTAA-----AG-TTTTTG
gi|28 : ACAAG-T--A-A-AAACTTT-AA--TTCA-CTTGTCTA-C--AGAC--AAGC--T-----AG-TTTTTGCCAGATTgaagcttctgcttc
gi|29 : GAAATCCATTGTTCAAGTTGTC-----AGTA--CATA---CATTTTCAAA-------Ttt
gi|3 : ccagaaactgtgtca-AAAATTCA-CTTATCCA-T--GGGC--AAGT--AAACTTAA-TTTTTTTCAAATT
gi|3 : aT-----------T--AA-GTTT-ACTTGC---CCATGGAT-----AAGTGAA---TTTTTCAGTTC-CAAT-T-AAAAAAA----A-GGA----GA-AA-ATATCTAGGA-AAAACATGCGAGAATAGCTTGTATTAT----ATACA----------AGTAT---TCAG--------TGTT-C--AT---GTTTCAAACAAAAT-ATGTTACTATATTTGAAATCATTTACATTCATGGTCA-TGAATAC-ATA----TA--TTTCATTTATTGGCTTCTGTCAGT----CA------TAA-GTA--A-AT-G-GTT-CTTA-CCATT--TGTTT--TGTTTT--A--AGTG--AA---T-TGTT----G-----TATGTGGACAAA-----TA--------------GACAAGTT--A-A-AG---TT-ACAATTCA-CATGTCCA-T--GGAC--AAGT--T-----AG-TTTTTGCAAGATTtcagttccaattaaaaaaaaggagaaaatatctaggaaaaacatgcgagaatagcttgtattatatacaagtattcagtgttcatgtttcaaacaaaatatgttactatatttgaaatcatttacattcatggtcatgaatacatatatttcatttattggcttctgtcagtcataagtaaatggttcttaccatttgttttgttttaagtgaattgttgtatgtggacaaatagacaagttaaagttacaattcacatgtccatggacaagttagtttttgcaagatttt
gi|4 : aaatttgaaaaaaaAAGGGTAGTAAAATCAATTGTTC---------------TA-TTGTA---CATTTTCAAG-------AATAGA----CAAGT-G-A-AA--TT-TT-----------T--AA-GTTT-ATTTGT---CCATGGAC-----AAGTGAATATTTTTTCAGTTC-CAGT-T-TAAAAAA----A-GAAAGATGA-CA---A------A-AAG-CATGCGAGAATGGCCCTTTTGAT----AAG----------------------GG--T-----AGTT-T--AT---A---------AAAT-AATT-----TATTTGAAATCATTTCAATTGA-GG-TATTGAA-AA-TGG----TA-TTTTCATGTAATGGCTTCTATAAGC----TA------AAA-GTT--A-AA-G-GTT-AAATGTAA-T--TGTTT--TA--T-------GTT-AAA---T-TGTC----T-----TATACAGACAAA-----AAGAT-TTCATCTACAGACATG-T--A-A-AAG--TTAAAAATTCA-CTtt
gi|5 : GAAATTCATTGTCCGAGTTGT------CGTG-TC------CATT-----------------AA----CAAGT-G-A-A---CT-
gi|5 : tTGT---CCATTAAC-----AAGTGAA---CTATCCAGTC-----T-G-TGAAAAA----G-TCGAGATGA-AA-A------------GTCATGTGAAAATGTCTCATTTTAT----AAACA----------TGTGT---TTAG--------TGTT-T--AT---G------ATGAGAA-AAGA-----TATTTGAAATCTTGTCAATTCATGG-GATTAAA-AG-ATG-----ACTTGTCATTGAGTGGCTTCTGTAAGC----TC------TAA-GTC--A------GTCATTTAGTCATT--T-TTT--CGTTTT--A--AGTG-AAAGTTT-TGTA----TACACATGTAGGAACAAG-----TATAT-TTCACC--CAGACAAG-T--A-A-AAT--TT-AAGATTCA-CTTGTCCA-T----------GT-----------TTTTTCCCAGATTatccagtctgtgaaaaagtcgagatgaaaagtcatgtgaaaatgtctcattttataaacatgtgtttagtgtttatgatgagaaaagatatttgaaatcttgtcaattcatgggattaaaagatgacttgtcattgagtggcttctgtaagctctaagtcagtcatttagtcattttttcgttttaagtgaaagttttgtatacacatgtaggaacaagtatatttcacccagacaagtaaaatttaagattcacttgtccatgttttttcccagattatg
gi|6 : tgaaattcattgtccgagttgtcgGGGGTGGCAAAATTTGTTGTCCAAGTTGTC-----CGTT-TCGTA---CATTTACAAA-------TAGGGG----CAAGT-G-A-T---TTGTT-----------T--GA-GTTC-ACTTAT---CCGTGGAC-----AAATGTA---T-----ATTT--CAGT-T-TAAAAAA----GCAAAAGATGATAG-ACA------A-AGGTCATGAGAGCATGGTTCATTTTAT----AAACA----------AGTGT---TCAG--T-----T-TT-T--AT---GTTTC-----AAAT-AAG------TACTTGAAATCATTTCAATTGATGG-CATTG-A-AA-ACA----CACTTTTCGCAGAGTGACTTCTTTAAGC----TA------TAA-G-CAAA-AA-G-GTA-ATTGGTCATT--TGTTT-------------------AA---C-TTTC----T-----TGGGCAGAGAAG-----TAGAT-TTCATatg
gi|7 : A-------TATGGA----AAAATTA-A-A---TT-TT-----------T--AAAGTTTGACT--------GTGAAC-----AAGTTAA---TTTTCCATTT--CA------------------------T----A-ATA------A-AA--TATGTGA--ATGGCTCATTTTATTTATAAACA----------AGCTT---TCAG--T------GTT----AT---ATTTCAATTTGAAT-AAGT-----TATTTTGAATCATTT-A----ATGG-CATTAAA-GA-ATG-----AATTTTCATTGAATGGCTTCTATTAAC----TA------TA----C--ATAA-A-GT---------ATT--TGTTT--TG--TTACA--AGTG-ATA---T-TGTC----T-----GATATGA--AAG-----TAGAT-TTCATCTATGGACAAG-TG-A-A-AA---TT-AAAATTCA-CTTGT--A----AGAC-----T--T-----AG-CTTTTGCCAGATT
gi|8 : ttaaat-ACTTGT---CTGTGGAC-----AAGTAAA---CTTTCCAATTA-CAAT-C-TAAAAA---------------------------------GTCATGTGAAAATGGCTCATTTCAT----AAACA----------AATGT---TT-G--A-----TGGT-T--AT---ATGTCAAATTAAAA-AAGT-----TATTTGAAATCATTTCAATTCATGG-CATTTAA-AA-A-A----GACTTTTCATTGCAAGACTTTTGTATGCTTT-TG------TAA-TTC--A-AA-G-TTT-CTTGGTCATT--TGTTTAGTT--TT--A--TGTG-AAT---TATGTC----T-----TATAGAGACAAG-----TAGAT-TTTATCTATAGCCAAC-T--A-C-AA---AT-AAAAATAATTTTGTCCA-T--GAAC--AAGT--A-----GA-TTTTTGCCAGAttat
gi|9 : AATCCATTGTCCAAGTTGCCAATGTCATA--CGTA---CATCTTCAAA-------TACATA----CAA----------------------------------TTT-A-----------TGGAC-----AAGAGA----CTTTCCAGTT--CA-------AAAAT----A-GAAAGATGA-AA-A-------------TCATGATAGATTGGCCCATTTAAT----AAATA----------AGC-------------------------------------ATTAA------------TATTTTAAA----TTCA---CAT---CATTGAA-AA-A-G----GACTTTTCAT------------------------------TAA-GTC--A-AT-G-GTT-GTCTGTCACT--TGTTT--TACTTT--T--AGAG-AAC---T-TGTC----T-----CATATGGACAAG-----TACAT-TTAATCTATGGACAGG-T--A-AGAA---TT-AAAATgtt
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|23 ): GTTTAGTTAATTTAGGATTTGCTTTAAAAAAAATTGAAAATGAATAATGTCATCATCATTTGGATAAAATTTCTAGATTTCTTTTAACCAGGGTAAGAGGT
Unaligned ( gi|27 ): TTAAAATTCTCAGTTTGCTTAAAAAGAATAAATAAATGACCCCCGATTTCAAAGTGTGAGGG
Alignments
lowQualScore : 1 2222 222 222 11 2222 1 33333333 11 222222222222 111111111 11111111111111 111111111 22222222222222222 1111111111 2222222222 3333333 111111111111 2222222222 111 1111111111111111111111
lowQualScore : 1 1 1 1 5 1 3333 111 111 1 88 4444 1 5 55555555 88 0 4 666666666666 555 0 9999999 3 6666 111111111 2 44444444444444 5 2 444 66666 444 777777777 0 999999 55555555555555555 2 5 2 6666 2222222222 555 0 2222222222 5555 444 1 0 2 55555 2 2222 1111111 4 66 222222222222 2 8888 2 2 2 2 1 2 33 33 6666666666 2 88888 5555 66666 66666 5 1 2 66 2 5 555 2 2 0 6666666666666666666666 2
lowQualScore : . . . . . . .... ... ... . .. .... . . ........ .. . . ............ ... . ....... . .... ......... . .............. . . ... ..... ... ......... . ...... ................. . . . .... .......... ... . .......... .... ... . . . ..... . .... ....... . .. ............ . .... . . . . . . .. .. .......... . ..... .... ..... ..... . . . .. . . ... . . . ...................... .
lowQualScore : 0 0 0 0 0 0 0000 000 555 0 00 5555 0 5 00000000 55 9 5 222222222222 444 8 3333333 8 1111 111111111 9 99999999999999 7 7 444 22222 444 111111111 2 222222 99999999999999999 5 8 4 1111 5555555555 000 8 9999999999 7777 444 0 4 5 99999 5 8888 3333333 1 11 999999999999 5 4444 5 5 5 5 9 1 22 22 5555555555 7 33333 7777 77777 22222 0 3 7 33 7 3 333 5 7 1 2222222222222222222222 9
consensus : NNATGNTAGNTTANAGATTCNACTCTANATTAAAGGGACTCATAGAAGTAAATATCNAATAGTAATTTTCANCTATGTAATGCGTGTTTTGTGTACCGGAATGACAGGGGTGGCGAAATCCATTGTCCGAGTTGTC-----CGTA-TCGTA---CATTTTCAAA-------TACGGA----CAAGT-G-A-A---TT-TT-----------T--AA-GTTT-ACTTGT---CCGTGGAC-----AAGTGAA---TTTTCCAGTT--CAGT-T-TAAAAAA----A-GAAAGATGA-AA-ATA------A-AAGTCATGCGAGAATGGCTCATTTTAT----AAACA----------AGTGT---TCAG--T-----TGTT-T--AT---GTTTCAAATTAAAT-AAGT-----TATTTGAAATCATTTCAATTCATGG-CATTGAA-AA-ATA----TACTTTTCATNGAGTGGCTTCTGTAAGC----TA------TAA-GTC--A-AA-G-GTT-CTTNGTCATT--TGTTT--TG--TT--A--AGTG-AAA---T-TGTC----T-----TATACGGACAAG-----TAGAT-TTCATCTACGGACAAG-T--A-A-AA---TT-AAAATTCA-CTTGTCCA-C--GGAC--AAGT--A-----AG-TTTTTGCCAGATT
Reference ( family-2983 ) : NNATGNTAGNTTANAGATTCNACTCTANATTAAAGGGACTCATAGAAGTAAATATCNAATAGTAATTTTCANCTATGTAATGCGTGTTTTGTGTACCGGAATGACAGGGGTGGCGAAATCCATTGTCCGAGTTGTC-----CGTA-TCGTA---CATTTTCAAA-------TACGGA----CAAGT-G-A-A---TT-TT-----------T--AA-GTTT-ACTTGT---CCGTGGAC-----AAGTGAA---TTTTCCAGTT--CAGT-T-TAAAAAA----A-GAAAGATGA-AA-ATA------A-AAGTCATGCGAGAATGGCTCATTTTAT----AAACA----------AGTGT---TCAG--T-----TGTT-T--AT---GTTTCAAATTAAAT-AAGT-----TATTTGAAATCATTTCAATTCATGG-CATTGAA-AA-ATA----TACTTTTCATNGAGTGGCTTCTGTAAGC----TA------TAA-GTC--A-AA-G-GTT-CTTNGTCATT--TGTTT--TG--TT--A--AGTG-AAA---T-TGTC----T-----TATACGGACAAG-----TAGAT-TTCATCTACGGACAAG-T--A-A-AA---TT-AAAATTCA-CTTGTCCA-C--GGAC--AAGT--A-----AG-TTTTTGCCAGATT
gi|1 : ATGTTAATTTATAGATTCAACT-TAAATTAAA----CTCATAGAAATAAATATCAAATAGTAA----CATTTATGTA-TGCGTGTTTTGTGTACCGG--TAACAGAAGTGGAGGAACCAATTGTCCGGGTTGTC-----TTTA-TTGTA---CATTTACAAA-------TAGGGA----CAAGT-G-A-A---TT-TT-----------T--AA-GTTT-ACTTGT---CCATGGAC-----ATGTGAA---ATTTCTAGTT--CAGT-T-TAAAAAA----A-GAAAGATGA-AATATA------A-AAGTCATGAGAGAATGGCTCACTTTAT----AAACA----------TGTGC---TCAAATT-----TCTT-T--AT---GTTTCAAATTATGC-AAAA-----TATTTTAATTCATTTCAATTCATGG-CATTGAA-AACATACTTGTACTTTTCACAAAGTGTCTTCTGTAAGC----TT------TAA-GTC--A-AA-A-GTT-CTTTGTCCTT--TGGTT--TG--TTG-G--AGTA-AAA---C-TGTC----T-----TATACAGACAAG-----TAGATATTCATCAAAAGACAGG-T--A-A-AA---TT-AAAATTCT-CTTGTCCA-T--GGAC--AAGT--A-----AG-CTTTTGCCAGATT
gi|10 : ttAAATTCGTTGTCCAAGATGTC-----CGTG-TCGCA---CAATTTCAAA-------AAGGGA----CAAGT-GAA-A---AT-TT-----------T--AC-AATT-GCTTTT---CCGTGGAC-----AAGTGAT---TTTTCCA-------------AAATAA----A-GA---ATG-----ATA------ACAAGTCGTGCTATAAAGGCTCATTTTAT----AAAC-----------AGTGT---TCAG--------TGCT-T--AT---GCTTCAGATAAAAT-AAAT-----TGTTTGAATTCTCCACAATTCTTGG-CATTGAA------------ACTTTTCTTTGAGTGGCTTCTGTAAGCTATTTA------TAATGTT--A-AA-G-TTT-CT
gi|11 : gctaGA----CAAGC-A-A-A---AT-GT-----------A--AAAGTTT-ATTTAT---CTGTGGCC-----AGATAGA---TTTTTCAGTTC-CAGT-T-TAAGAA
gi|11 : caaaatccattgtttgagtAGAATGGCTCATTTTAT----CAATT----------GATGTAAATAAG--T------GTT-A--AA---GTTCAAAACAAAGT-AAGT-----TATTTGAAATCATTTCGATTCATAG-CACTGAA-AG-A----------------GGAAT--CTTCTGTAAGC----TA------TAA-G-C--A-AA---------TCGT--TT--TTTTT--TG--TT--A--tggctcattttatcaattgatgtaaataagtgttaaagttcaaaacaaagtaagttatttgaaatcatttcgattcatagcactgaaagaggaatcttctgtaagctataagcaaatcgtttttttttgttatat
gi|12 : caaaatccattgtttgagtgacaagcaaaatgtaaaagtttatttatctgtggccagatagatttttcagttccagtttaACAGGGATGACAAAATCCACAATCGGAATTGTC-----TGT----GTAAATCATTTTCAAA-------TACAGA----CAAGC---A-A---TT-TT-----------TTGAA-GCCT-ACTTGTCAGCCGTGAAC-----AAATGAA---TTTTCAAG------GT-TATAAAAGA----A-GAAAGACA-------A------A-AAGT--------AAT------TTTTAT----AAACA----------AGTGT---TCAA--------TGTT-TTAAA---GTTTCAAATTAAAT-AAGT-----TAtat
gi|13 : CAGAGGTTGCAAAATCCATTGTCC-------------------CATA---CATTTACAAAAGTTTGATATGGA----TAAGC-A-A-AA--TT-TT-----------C--AA-GTTT-ACTTCT---CCGTGGAC-----AAGTGAA---TTTCACAGTT--CAGT-T-TTAAAAA----T-AAAAAATAA-AA-ATG------A-AAGACA-----GAA--G-TCATGAGAG----AAACA----------AATGT---TC----T-----T-TT-T--ATTTTGTTTCAAATTAAGT-AAGT-----Tacatgtatttcatattg
gi|14 : ccaagT-----TATTTTAAATTATTTCAATTTATGG-TATTGAA-AA-ATG-----ACTTCTCACAGAGTGGATTCTGTAAGC----TACATGTATAA-GCA--A-AA-G-GCT-CCCAGTCTTT--TGTTT--T-------A--AGCG-AAA---C-TGTT----T-----TAAACGTACAAG-----TAGAT-TTGATTTACAAACAAG-------------TT-AAAATTTG-CTTGTCCA-C--GGAT--AAATTCA-----AA-TTT
gi|15 : -T--AT---GTT---AAGTAAAC-AAGT-----TATTTCAAAACAGTTCAATTCATG--------------------------TCA--GAGTGGATTCTGTAAGC-----A------TAA-CTA--A-AA-G-GTT-CTTTGT------TGTTT--TG--TT-------TT-AAA---T-TGTC----T-----TACACAGAAAAG-----TAGAT-TTCATCTACATACAAG-T--ACA-AA---TT-AAATTACA-CTTGT--A-C-----------T--A-----AG-TTTCTATCAGATgcc
gi|16 : G--T-----TATTAT--TT---GTTTCAAATT---TCAAGT-----TGTTTGAAATCA-----ATTTATGG-TA--GGG-AG-ATAA---TGCTTTTCATTCAGTGGCTGCTGTAAGC----TA------CAA-GTT--G-AT-GTGTT-TTTT-TTATT--TGTTT--TA--T-------GTG-GAA---T-TGTC----T-----GATATGGA-AAG-----TTGAG-GCCATCTACAG
gi|17 : agtacttAGTGACTTCTGTAAGC----TA------TAA-G-C--A-AACG-GTT-CCTAGTCATT--TGGTT--TG------A--AGTG-AAA---C-TGCC----T-----TATATGGACAAG-----TAGAT-TTCATATAAAGACAAG-T--A-ATAA---TT-AAAATTCA-CTTGTCCA-T--AGACTGAAAC--A---------TTTTGCCAGATTca
gi|18 : aCAGGGGTAACAAAAACTATTGTCCGAGTTGTC-----CATA-GCATT---CACTTTCAAA-------TATGG-------AGTAA-A-A---TT-CA-----------G--AA-ATTT-AC-TGT---CTGT-GAC-----AAGAGAA---TGTTACAGTT-----T-C-CAAAAAA----A-TGAAGATGA-AA-Attgc
gi|19 : CAGGGGTGGCGAAATCCATTGTCAGAATTATC-----C--A-TGGTG---CATTTATTAA-------TATGTA----TAAGT-G-ATA---TT-TT-----------T--AA-GTTT-ACTTGT---CTGTATCA-----AAGTGAA---TTTTCCAGTT--CAGT-T-T--AAGA----T-GAAAGATAA-Aattatgc
gi|2 : acATGGTAGGTTAGAGATTTTACTCTACATTAAAGGGACTCA---AAGTA---ATCTAATA--AATTTTCAGCTATGTAATACGT--------TATCAAAATGACA-------CAAAATTCAATGTCTGAGTTGTA-----T-TAGTCGTA---CGTTTTCAAA-------T-CAGAGTTCTAAGT-G-C-A---TT-TTTTTTTTATTTCT--AA-GT----CTTGT---CCATGGAC-----AAGTTAA---TTTTCAAGTTGCTAGTGT-TAAAAAACAACA-GAAAGAT-A-AA-AT---------------TGTGAAAACAACTCATTTTAA----AAGCAGTGCATATGCAGTGT---TCAG--TCGAGGTGTT-A--AG---GTTTTAAATTAAGT-CATT-----GGTTTGAAATCATTTCAATTCATGG-TATTG--------------ACTTTTCAATGAGTGGATTCTCTAA-----------------------A-AG-G-ATG-CTTTGTCATTGACACTT--TATTTT--A--AATG-AAA---T-TGTC----T-----TTTGCTGACAAA-----TATAT-TTCATCTACGGGCGAT-C--A-G-GA----C-GGAATT-----------------AT--ATTT--A-----AG-TTTTTGCCAGATT
gi|20 : -AAGTCATGTAATATTGATGCATTATAC----GAACA----------CGTGT---TCAG--T------GTT-T--AT---GTTTCGAATTAGAG-AAGT-----TCTTTGATATCATTTTGATCCATGA-CATTTAA-AA-A-A----TACTTTTtg
gi|21 : TT--TGTTT--AT--TT--T--AGTATAAA---TATGTCCAAAT-----TATACGGACAAG-----TGGAA-TTTTTATATGGACAAG-T--A-A-ACT--TT-TAGGTTTG-GTTGTCCG-T--GGAC--AAGT--A-----AGATTTTTG-CAGATTtttttaattaactaagtg
gi|22 : T--TGTTT--TG--TT--TTTAGTG-AAA----------------------ACAGTCAAAATTTATAGAG-TTCTTTTGCGGACATG-T--A-A-AAA--TT-AAAATTCA-CTTGTCCA-CCAGGAC--ATGT--A-----AG-TTTTTACCAGATTtcg
gi|24 : CAGGGGTAGCGAAATCAATT-T-----TTGTT----------TTGTA---CATTTTTGAA-------AACGGA----CAA---G-A-ATATTT-TT-----------T--AA-GTTT-ATTTGT---CCAAGGACTTCTTTAGTGAA---Tttgcc
gi|25 : atTTTTAAATCATTTTAATTCATGG-CATTGAA-AA-AGA----TA-TTTTCACAGAGTTACTTCTGTAAGC----TA------TAA-GTA--A-AT-G-CTT-CTTAGTTATT--TGTTT--TG--at
gi|26 : ttG-----TAGAAATTCATATACAGACACG-TTAA-A-AA---TC-GAAATTCA-CTTGTTCATT--TGA---AATTTAA-----AG-TTTTTG
gi|28 : ACAAG-T--A-A-AAACTTT-AA--TTCA-CTTGTCTA-C--AGAC--AAGC--T-----AG-TTTTTGCCAGATTgaagcttctgcttc
gi|29 : GAAATCCATTGTTCAAGTTGTC-----AGTA--CATA---CATTTTCAAA-------Ttt
gi|3 : ccagaaactgtgtca-AAAATTCA-CTTATCCA-T--GGGC--AAGT--AAACTTAA-TTTTTTTCAAATT
gi|3 : aT-----------T--AA-GTTT-ACTTGC---CCATGGAT-----AAGTGAA---TTTTTCAGTTC-CAAT-T-AAAAAAA----A-GGA----GA-AA-ATATCTAGGA-AAAACATGCGAGAATAGCTTGTATTAT----ATACA----------AGTAT---TCAG--------TGTT-C--AT---GTTTCAAACAAAAT-ATGTTACTATATTTGAAATCATTTACATTCATGGTCA-TGAATAC-ATA----TA--TTTCATTTATTGGCTTCTGTCAGT----CA------TAA-GTA--A-AT-G-GTT-CTTA-CCATT--TGTTT--TGTTTT--A--AGTG--AA---T-TGTT----G-----TATGTGGACAAA-----TA--------------GACAAGTT--A-A-AG---TT-ACAATTCA-CATGTCCA-T--GGAC--AAGT--T-----AG-TTTTTGCAAGATTtcagttccaattaaaaaaaaggagaaaatatctaggaaaaacatgcgagaatagcttgtattatatacaagtattcagtgttcatgtttcaaacaaaatatgttactatatttgaaatcatttacattcatggtcatgaatacatatatttcatttattggcttctgtcagtcataagtaaatggttcttaccatttgttttgttttaagtgaattgttgtatgtggacaaatagacaagttaaagttacaattcacatgtccatggacaagttagtttttgcaagatttt
gi|4 : aaatttgaaaaaaaAAGGGTAGTAAAATCAATTGTTC---------------TA-TTGTA---CATTTTCAAG-------AATAGA----CAAGT-G-A-AA--TT-TT-----------T--AA-GTTT-ATTTGT---CCATGGAC-----AAGTGAATATTTTTTCAGTTC-CAGT-T-TAAAAAA----A-GAAAGATGA-CA---A------A-AAG-CATGCGAGAATGGCCCTTTTGAT----AAG----------------------GG--T-----AGTT-T--AT---A---------AAAT-AATT-----TATTTGAAATCATTTCAATTGA-GG-TATTGAA-AA-TGG----TA-TTTTCATGTAATGGCTTCTATAAGC----TA------AAA-GTT--A-AA-G-GTT-AAATGTAA-T--TGTTT--TA--T-------GTT-AAA---T-TGTC----T-----TATACAGACAAA-----AAGAT-TTCATCTACAGACATG-T--A-A-AAG--TTAAAAATTCA-CTtt
gi|5 : GAAATTCATTGTCCGAGTTGT------CGTG-TC------CATT-----------------AA----CAAGT-G-A-A---CT-
gi|5 : tTGT---CCATTAAC-----AAGTGAA---CTATCCAGTC-----T-G-TGAAAAA----G-TCGAGATGA-AA-A------------GTCATGTGAAAATGTCTCATTTTAT----AAACA----------TGTGT---TTAG--------TGTT-T--AT---G------ATGAGAA-AAGA-----TATTTGAAATCTTGTCAATTCATGG-GATTAAA-AG-ATG-----ACTTGTCATTGAGTGGCTTCTGTAAGC----TC------TAA-GTC--A------GTCATTTAGTCATT--T-TTT--CGTTTT--A--AGTG-AAAGTTT-TGTA----TACACATGTAGGAACAAG-----TATAT-TTCACC--CAGACAAG-T--A-A-AAT--TT-AAGATTCA-CTTGTCCA-T----------GT-----------TTTTTCCCAGATTatccagtctgtgaaaaagtcgagatgaaaagtcatgtgaaaatgtctcattttataaacatgtgtttagtgtttatgatgagaaaagatatttgaaatcttgtcaattcatgggattaaaagatgacttgtcattgagtggcttctgtaagctctaagtcagtcatttagtcattttttcgttttaagtgaaagttttgtatacacatgtaggaacaagtatatttcacccagacaagtaaaatttaagattcacttgtccatgttttttcccagattatg
gi|6 : tgaaattcattgtccgagttgtcgGGGGTGGCAAAATTTGTTGTCCAAGTTGTC-----CGTT-TCGTA---CATTTACAAA-------TAGGGG----CAAGT-G-A-T---TTGTT-----------T--GA-GTTC-ACTTAT---CCGTGGAC-----AAATGTA---T-----ATTT--CAGT-T-TAAAAAA----GCAAAAGATGATAG-ACA------A-AGGTCATGAGAGCATGGTTCATTTTAT----AAACA----------AGTGT---TCAG--T-----T-TT-T--AT---GTTTC-----AAAT-AAG------TACTTGAAATCATTTCAATTGATGG-CATTG-A-AA-ACA----CACTTTTCGCAGAGTGACTTCTTTAAGC----TA------TAA-G-CAAA-AA-G-GTA-ATTGGTCATT--TGTTT-------------------AA---C-TTTC----T-----TGGGCAGAGAAG-----TAGAT-TTCATatg
gi|7 : A-------TATGGA----AAAATTA-A-A---TT-TT-----------T--AAAGTTTGACT--------GTGAAC-----AAGTTAA---TTTTCCATTT--CA------------------------T----A-ATA------A-AA--TATGTGA--ATGGCTCATTTTATTTATAAACA----------AGCTT---TCAG--T------GTT----AT---ATTTCAATTTGAAT-AAGT-----TATTTTGAATCATTT-A----ATGG-CATTAAA-GA-ATG-----AATTTTCATTGAATGGCTTCTATTAAC----TA------TA----C--ATAA-A-GT---------ATT--TGTTT--TG--TTACA--AGTG-ATA---T-TGTC----T-----GATATGA--AAG-----TAGAT-TTCATCTATGGACAAG-TG-A-A-AA---TT-AAAATTCA-CTTGT--A----AGAC-----T--T-----AG-CTTTTGCCAGATT
gi|8 : ttaaat-ACTTGT---CTGTGGAC-----AAGTAAA---CTTTCCAATTA-CAAT-C-TAAAAA---------------------------------GTCATGTGAAAATGGCTCATTTCAT----AAACA----------AATGT---TT-G--A-----TGGT-T--AT---ATGTCAAATTAAAA-AAGT-----TATTTGAAATCATTTCAATTCATGG-CATTTAA-AA-A-A----GACTTTTCATTGCAAGACTTTTGTATGCTTT-TG------TAA-TTC--A-AA-G-TTT-CTTGGTCATT--TGTTTAGTT--TT--A--TGTG-AAT---TATGTC----T-----TATAGAGACAAG-----TAGAT-TTTATCTATAGCCAAC-T--A-C-AA---AT-AAAAATAATTTTGTCCA-T--GAAC--AAGT--A-----GA-TTTTTGCCAGAttat
gi|9 : AATCCATTGTCCAAGTTGCCAATGTCATA--CGTA---CATCTTCAAA-------TACATA----CAA----------------------------------TTT-A-----------TGGAC-----AAGAGA----CTTTCCAGTT--CA-------AAAAT----A-GAAAGATGA-AA-A-------------TCATGATAGATTGGCCCATTTAAT----AAATA----------AGC-------------------------------------ATTAA------------TATTTTAAA----TTCA---CAT---CATTGAA-AA-A-G----GACTTTTCAT------------------------------TAA-GTC--A-AT-G-GTT-GTCTGTCACT--TGTTT--TACTTT--T--AGAG-AAC---T-TGTC----T-----CATATGGACAAG-----TACAT-TTAATCTATGGACAGG-T--A-AGAA---TT-AAAATgtt
blockSeqs : G G G T C C GGGA . . T . TTTT G A . AA A CAATGTCATA AAT AGTTTGA G GTTC GAATAT G TTTTTTATTTCT A G CAG TTCTT TAT GCTAGTGT CAACA GAAAATATCTAGGA T C T TTAT GTGCATATGC AAA TCGAGGTG TTA TTT A C TACTA T TAC TAAT C TT TACATGTA T CAA T C T A C C GA AG ATTTTA T GTTT CAAA ACACA ATTTA A A T TA C T ACT A T TGGGCAAGTAAACTT A
blockSeqs : G CCGTGT . . C . GAAA . TTG A . . . . CCAGTT GC GATAGACAA T T G . . . TTA AT . A . . . AG GAT C CA TATTTA . TT . . . . A T . . GTTTTT . TA . . . . A . G . G T . . CGGATAAATTCA .
blockSeqs : G CCATAG . . T . AAAA . T . . . . . CCAATT A AAAAATGA A T G . . . TAG T . A . . . AA TAT C TT TTTTG . CA . . . . T C . . GTTTTA . TA . . . . A . . . . A . . TAGACTGAAACA .
blockSeqs : G ATTAGT . . T . AAAA . A . . . . . CCAGTT A GATAAC T C A . . . ATG A . A . . . AG GGT C AT TA . TA . . . . T C . . GTTTTA . C . . . . A . . . . G . . CCAGGACATGTA .
blockSeqs : G CCGTTT . . T . GATA . C . . . . . ACAATC T GACAAA A C T . . . TG T . A . . . AA CAC C CA TA . TT . . . . A T . . GTTACA . T . . . . G . . . . T . . TTTGAAATTTAA .
blockSeqs : A CAGTA . . C . GAAA . G . . . . . CAGTT A AAAAT T T G . . . TG T . A . . . AA TG C TT TA . TA . . . . T C . . ACTTTT . T . . . . G . . . . . . . TGGACAAGTA .
blockSeqs : G CGTGT . . C . TAAA . T . . . . . CAGTT T GAAAA T A G . . . TG A . G . . . AA AT C TG TA . TA . . . . A A . . GTTA . C . . . . G . . . . . . . CAGACAAGCT .
blockSeqs : A CTGT . . T . AAA . T . . . . . CAGTT A AATAA T T A . . . TT T . A . . . AG TG A TT CA . TT . . . . A C . . TTTT . T . . . . A . . . . . . . TGGACAAGTT .
blockSeqs : A CCAT . . G . GCA . T . . . . . GTTA A GAAAA T T G . . . TG C . A . . . AA TG C CA TA . TC . . . . T C . . TTTA . T . . . . A . . . . . . . TGAACAAGTA .
blockSeqs : . TAT . . T . GAA . T . . . . . TC G AAA . A A . . . TG T . A . . . GA AG C TT TC . TC . . . . A C . . GTT . T . . . . A . . . . . . . ATATTTA .
blockSeqs : . TT . . C . GAT . T . . . . . TG A . . . G . . . TG T . . . . . AA GG . TT TA . TC . . . . G C . . AT . C . . . . G . . . . . . . AGACTT .
blockSeqs : . . . . . . AA . T . . . . . CA . . . . . . . TT T . . . . . AA . . G TA . C . . . . G . . . GA . T . . . . A . . . . . . . CTA .
blockSeqs : . . . . . . . . . . CA . . . . . TG T . . . . . . . . T A . C . . . . T . . . AT . T . . . . G . . . . . . . TGT .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqCons : GAAA***** CAGTT**** GAAAA************ TG******** AA** G****** GTTTTA****
originalCons : NNATGNTAGNTTANAGATTCNACTCTANATTAAAGGGACTCATAGAAGTAAATATCNAATAGTAATTTTCANCTATGTAATGCGTGTTTTGTGTACCGGAATGACAGGGGTGGCGAAATCCATTGTCCGAGTTGTC-----CGTA-TCGTA---CATTTTCAAA-------TACGGA----CAAGT-G-A-A---TT-TT-----------T--AA-GTTT-ACTTGT---CCGTGGAC-----AAGTGAA---TTTTCCAGTT--CAGT-T-TAAAAAA----A-GAAAGATGA-AA-ATA------A-AAGTCATGCGAGAATGGCTCATTTTAT----AAACA----------AGTGT---TCAG--T-----TGTT-T--AT---GTTTCAAATTAAAT-AAGT-----TATTTGAAATCATTTCAATTCATGG-CATTGAA-AA-ATA----TACTTTTCATNGAGTGGCTTCTGTAAGC----TA------TAA-GTC--A-AA-G-GTT-CTTNGTCATT--TGTTT--TG--TT--A--AGTG-AAA---T-TGTC----T-----TATACGGACAAG-----TAGAT-TTCATCTACGGACAAG-T--A-A-AA---TT-AAAATTCA-CTTGTCCA-C--GGAC--AAGT--A-----AG-TTTTTGCCAGATT
finalCons : NNATGNTAGNTTANAGATTCNACTCTANATTAAAGGGACTCATAGAAGTAAATATCNAATAGTAATTTTCANCTATGTAATGCGTGTTTTGTGTACCGGAATGACAGGGGTGGCGAAATCCATTGTCCGAGTTGTC-----CGTA-TCGTA---CATTTTCAAA-------TACGGA----CAAGTGAAA-----TT-TT-----------T--AA-GTTT-ACTTGT---CCGTGGAC-----AAGTGAA---TTTTCCAGTTCAGTT----TAAAAAA----A-GAAAGATGAAAA------------AAGTCATGCGAGAATGGCTCATTTTAT----AAACA----------AGTGT---TCAGTG--------TT-T--AT---GTTTCAAATTAAAT-AAGT-----TATTTGAAATCATTTCAATTCATGG-CATTGAAAA--AG------ACTTTTCATNGAGTGGCTTCTGTAAGC----TA------TAA-GTC--A-AA-G-GTT-CTTNGTCATT--TGTTT--TGTTTTA----AGTG-AAA---T-TGTC----T-----TATACGGACAAG-----TAGAT-TTCATCTACGGACAAG-T--A-A-AA---TT-AAAATTCA-CTTGTCCA-C--GGAC--AAGT--A-----AG-TTTTTGCCAGATT
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|23 ): GTTTAGTTAATTTAGGATTTGCTTTAAAAAAAATTGAAAATGAATAATGTCATCATCATTTGGATAAAATTTCTAGATTTCTTTTAACCAGGGTAAGAGGT
Unaligned ( gi|27 ): TTAAAATTCTCAGTTTGCTTAAAAAGAATAAATAAATGACCCCCGATTTCAAAGTGTGAGGG
Alignments
lowQualScore : 1 2222 222 222 11 2222 1 33333333 11 33333333333 1111111 1111111111 2222222222222222 11111111111 22222222222222222222222 1111111111 1111111111 222222222222222222 111111111111 111 1111111111111111111111
lowQualScore : 1 1 1 1 5 1 3333 111 111 1 88 4444 1 5 55555555 88 0 5 00000000000 555 0000000 2 6666 1 2222222222 77777 33 2 2 444 66666 444 0000000000000000 2 33333333333 77777777777777777777777 4 2 6666 2222222222 555 3333333333 444 444 1 333 55555 2 5 111111111111111111 77 222222222222 2 44 2 55 2 2 1 2 33 0 0 2 88888 5555 66666 66666 5 1 2 66 2 5 555 2 2 0 6666666666666666666666 2
lowQualScore : . . . . . . .... ... ... . .. .... . . ........ .. . . ........... ... ....... . .... . .......... ..... .. . . ... ..... ... ................ . ........... ....................... . . .... .......... ... .......... ... ... . ... ..... . . .................. .. ............ . .. . .. . . . . .. . . . ..... .... ..... ..... . . . .. . . ... . . . ...................... .
lowQualScore : 0 0 0 0 0 0 0000 000 555 0 00 5555 0 5 00000000 55 9 8 11111111111 888 0000000 9 5555 7 5555555555 11111 77 7 5 444 22222 444 7777777777777777 7 66666666666 00000000000000000000000 6 4 1111 5555555555 000 8888888888 000 444 9 999 99999 5 0 666666666666666666 11 999999999999 5 99 5 99 5 5 9 1 22 2 9 7 33333 7777 77777 22222 0 3 7 33 7 3 333 5 7 1 2222222222222222222222 9
consensus : NNATGNTAGNTTANAGATTCNACTCTANATTAAAGGGACTCATAGAAGTAAATATCNAATAGTAATTTTCANCTATGTAATGCGTGTTTTGTGTACCGGAATGACAGGGGTGGCGAAATCCATTGTCCGAGTTGTC-----CGTA-TCGTA---CATTTTCAAA-------TACGGA----CAAGCGAA----------ATT-----TTT--AA-GTTT-ACTTGT---CCGTGGAC-----AAGTGAA---TTTTCCAGTT--C-AGT-T-T-----A-AAAAA----A-G----AAAGAT---GA---A-A----AA----AGTCATGCGAGAATGGCTCATTTTAT----AAACA----------AGTGT---TCA------G---TGTTT--AT---GTTTCAAATTAAAT-AAGT-----TATTTGAAATCATTTCAATTCATGG-CA-TTGAA-A-A-A-G-------AC-TTTTCATTGAGTGGCTTCTGTAAGC----TA------TAA-GTCA-AA--G-GTT-CTTNGTCATT--TGTTTTGTTTTAAGTG-AAA---T-TGTC----T-----TATACGGACAAG-----TAGAT-TTCATCTACGGACAAG-T--A-A-AA---TT-AAAATTCA-CTTGTCCA-C--GGAC--AAGT--A-----AG-TTTTTGCCAGATT
Reference ( family-2983 ) : NNATGNTAGNTTANAGATTCNACTCTANATTAAAGGGACTCATAGAAGTAAATATCNAATAGTAATTTTCANCTATGTAATGCGTGTTTTGTGTACCGGAATGACAGGGGTGGCGAAATCCATTGTCCGAGTTGTC-----CGTA-TCGTA---CATTTTCAAA-------TACGGA----CAAGTGAA----------ATT-----TTT--AA-GTTT-ACTTGT---CCGTGGAC-----AAGTGAA---TTTTCCAGTT--C-AGT-T-T-----A-AAAAA----A-G----AAAGAT---GA---A-A----AA----AGTCATGCGAGAATGGCTCATTTTAT----AAACA----------AGTGT---TCA------G---TGTTT--AT---GTTTCAAATTAAAT-AAGT-----TATTTGAAATCATTTCAATTCATGG-CA-TTGAA-A-A-A-G-------AC-TTTTCATNGAGTGGCTTCTGTAAGC----TA------TAA-GTCA-AA--G-GTT-CTTNGTCATT--TGTTTTGTTTTAAGTG-AAA---T-TGTC----T-----TATACGGACAAG-----TAGAT-TTCATCTACGGACAAG-T--A-A-AA---TT-AAAATTCA-CTTGTCCA-C--GGAC--AAGT--A-----AG-TTTTTGCCAGATT
gi|1 : ATGTTAATTTATAGATTCAACT-TAAATTAAA----CTCATAGAAATAAATATCAAATAGTAA----CATTTATGTA-TGCGTGTTTTGTGTACCGG--TAACAGAAGTGGAGGAACCAATTGTCCGGGTTGTC-----TTTA-TTGTA---CATTTACAAA-------TAGGGA----CAAGTGAA-----------TT-----TTT--AA-GTTT-ACTTGT---CCATGGAC-----ATGTGAA---ATTTCTAGTT--C-AGT-T-T-----A-AAAAA----A-G----AAAGAT---GA---A-ATATAAA----AGTCATGAGAGAATGGCTCACTTTAT----AAACA----------TGTGC---TCA------AATTTCTTT--AT---GTTTCAAATTATGC-AAAA-----TATTTTAATTCATTTCAATTCATGG-CA-TTGAA-A-A-C-ATACTTGTAC-TTTTCACAAAGTGTCTTCTGTAAGC----TT------TAA-GTCA-AA--A-GTT-CTTTGTCCTT--TGGTTTGTTG-GAGTA-AAA---C-TGTC----T-----TATACAGACAAG-----TAGATATTCATCAAAAGACAGG-T--A-A-AA---TT-AAAATTCT-CTTGTCCA-T--GGAC--AAGT--A-----AG-CTTTTGCCAGATT
gi|10 : ttAAATTCGTTGTCCAAGATGTC-----CGTG-TCGCA---CAATTTCAAA-------AAGGGA----CAAGTGAA----------AAT-----TTT--AC-AATT-GCTTTT---CCGTGGAC-----AAGTGAT---TTTTCCA-------------------A-AATAA----A-G----AATGAT--------A-A----CA----AGTCGTGCTATAAAGGCTCATTTTAT----AAAC-----------AGTGT---TCA------G---TGCTT--AT---GCTTCAGATAAAAT-AAAT-----TGTTTGAATTCTCCACAATTCTTGG-CA-TTGAA---------------AC-TTTTCTTTGAGTGGCTTCTGTAAGCTATTTA------TAATGTTA-AA--G-TTT-CT
gi|11 : gctaGA----CAAGCAAA----------ATG-----TAA--AA-GTTT-ATTTAT---CTGTGGCC-----AGATAGA---TTTTTCAGTTC-C-AGT-T-T-----A-AGAA
gi|11 : caaaatccattgtttgagtAGAATGGCTCATTTTAT----CAATT----------GATGTAAATAA------G---TGTTA--AA---GTTCAAAACAAAGT-AAGT-----TATTTGAAATCATTTCGATTCATAG-CA-CTGAA-A-G-A-G------------------GAAT--CTTCTGTAAGC----TA------TAA-G-CA-AA----------TCGT--TT--TTTTTTGTTATAtggctcattttatcaattgatgtaaataagtgttaaagttcaaaacaaagtaagttatttgaaatcatttcgattcatagcactgaaagaggaatcttctgtaagctataagcaaatcgtttttttttgttatat
gi|12 : caaaatccattgtttgagtgacaagcaaaatgtaaaagtttatttatctgtggccagatagatttttcagttccagtttaACAGGGATGACAAAATCCACAATCGGAATTGTC-----TGT----GTAAATCATTTTCAAA-------TACAGA----CAAGC--A----------ATT-----TTTTGAA-GCCT-ACTTGTCAGCCGTGAAC-----AAATGAA---TTTTCAAG-------GT-TAT-----A-AAAGA----A-G----AAAGAC--------A-A----AA----AGT--------AAT------TTTTAT----AAACA----------AGTGT---TCA------A---TGTTTTAAA---GTTTCAAATTAAAT-AAGT-----TAt
gi|13 : CAGAGGTTGCAAAATCCATTGTCC-------------------CATA---CATTTACAAAAGTTTGATATGGA----TAAGCAAA----------ATT-----TTC--AA-GTTT-ACTTCT---CCGTGGAC-----AAGTGAA---TTTCACAGTT--C-AGT-T-TTAAAAATAAAAA----A-T----AAAAAT---GA---A-A----GACAGAAGTCATGAGAGAA-------------------ACA----------AATGT---TC-----------TTTTT--ATTTTGTTTCAAATTAAGT-AAGT-----Tacatgtatttcatattg
gi|14 : ccaagT-----TATTTTAAATTATTTCAATTTATGG-TA-TTGAA-A-A-ATG-------AC-TTCTCACAGAGTGGATTCTGTAAGC----TACATGTATAA-GCAA-AA--G-GCT-CCCAGTC-------TTTTGTTTTAAGCG-AAA---C-TGTT----T-----TAAACGTACAAG-----TAGAT-TTGATTTACAAACAAG-------------TT-AAAATTTG-CTTGTCCA-C--GGAT--AAATTCA-----AA-TTT
gi|15 : T--AT---GTT---AAGTAAAC-AAGT-----TATTTCAAAACAGTTCAATTCATG-------------------------------TCA--GAGTGGATTCTGTAAGC-----A------TAA-CTAA-AA--G-GTT-CTTTGT------TGTTTTGTTTTAA------A---T-TGTC----T-----TACACAGAAAAG-----TAGAT-TTCATCTACATACAAG-T--ACA-AA---TT-AAATTACA-CTTGT--A-C-----------T--A-----AG-TTTCTATCAGATgcc
gi|16 : T---GTTTCAAATT---TCAAGT-----TGTTTGAAATCA-----ATTTATGG-TA-GGGAG-ATA-A-T-------GC-TTTTCATTCAGTGGCTGCTGTAAGC----TA------CAA-GTTG-AT--GTGTT-TTTT-TTATT--TGTTTTAT-----GTG-GAA---T-TGTC----T-----GATATGGA-AAG-----TTGAG-GCCATCTACAG
gi|17 : agtacttgttattattAGTGACTTCTGTAAGC----TA------TAA-G-CA-AAC-G-GTT-CCTAGTCATT--TGGTTTG----AAGTG-AAA---C-TGCC----T-----TATATGGACAAG-----TAGAT-TTCATATAAAGACAAG-T--A-ATAA---TT-AAAATTCA-CTTGTCCA-T--AGACTGAAAC--A---------TTTTGCCAGATTca
gi|18 : aCAGGGGTAACAAAAACTATTGTCCGAGTTGTC-----CATA-GCATT---CACTTTCAAA-------TATGG-------AGTAAA----------ATT-----CAG--AA-ATTT-AC-TGT---CTGT-GAC-----AAGAGAA---TGTTACAGTT------T-C-C-----A-AAAAA----A-T----GAAGAT---GA---A-A----AA------TTATGCttgc
gi|19 : CAGGGGTGGCGAAATCCATTGTCAGAATTATC-----C--A-TGGTG---CATTTATTAA-------TATGTA----TAAGTGAT----------ATT-----TTT--AA-GTTT-ACTTGT---CTGTATCA-----AAGTGAA---TTTTCCAGTT--C-AGT-T-T--------AAGA----T-G----AAAGAT---AA---A-
gi|2 : acATGGTAGGTTAGAGATTTTACTCTACATTAAAGGGACTCA---AAGTA---ATCTAATA--AATTTTCAGCTATGTAATACGT--------TATCAAAATGACA-------CAAAATTCAATGTCTGAGTTGTA-----T-TAGTCGTA---CGTTTTCAAA-------T-CAGAGTTCTAAGTGCATTTTTTTTTTATT-----TCT--AA-GT----CTTGT---CCATGGAC-----AAGTTAA---TTTTCAAGTTGCT-AGTGT-T-----A-AAAAACAACA-G----AAAGAT---------------AA----AAT--TGTGAAAACAACTCATTTTAA----AAGCAGTGCATATGCAGTGT---TCAGTCGAGG---TGTTA--AG---GTTTTAAATTAAGT-CATT-----GGTTTGAAATCATTTCAATTCATGG-TA-TT----------G-------AC-TTTTCAATGAGTGGATTCTCTAA---------------------A-AG--G-ATG-CTTTGTCATTGACACTTTATTTTAAATG-AAA---T-TGTC----T-----TTTGCTGACAAA-----TATAT-TTCATCTACGGGCGAT-C--A-G-GA----C-GGAATT-----------------AT--ATTT--A-----AG-TTTTTGCCAGATT
gi|20 : A----AGTCATGTAATATTGATGCATTATAC----GAACA----------CGTGT---TCA------G---TGTTT--AT---GTTTCGAATTAGAG-AAGT-----TCTTTGATATCATTTTGATCCATGA-CATTTAAA-A-A-A-T-------AC-TTTTtg
gi|21 : TT--TGTTT-ATTTTA-GTATAAA---TATGTCCAAAT-----TATACGGACAAG-----TGGAA-TTTTTATATGGACAAG-T--A-A-ACT--TT-TAGGTTTG-GTTGTCCG-T--GGAC--AAGT--A-----AGATTTTTG-CAGATTtttttaattaactaagtg
gi|22 : T--TGTTTTGTTTTTAGTG-AAA----------------------ACAGTCAAAATTTATAGAG-TTCTTTTGCGGACATG-T--A-A-AAA--TT-AAAATTCA-CTTGTCCA-CCAGGAC--ATGT--A-----AG-TTTTTACCAGATTtcg
gi|24 : CAGGGGTAGCGAAATCAATT-T-----TTGTT----------TTGTA---CATTTTTGAA-------AACGGA----CAAGAATA----------TTT-----TTT--AA-GTTT-ATTTGT---CCAAGGACTTCTTTAGTGAA---Tttgcc
gi|25 : atTTTTAAATCATTTTAATTCATGG-CA-TTGAA-A-A-A-G-------ATATTTTCACAGAGTTACTTCTGTAAGC----TA------TAA-GTAA-AT--G-CTT-CTTAGTTATT--TGTTTTGat
gi|26 : ttG-----TAGAAATTCATATACAGACACG-TTAA-A-AA---TC-GAAATTCA-CTTGTTCATT--TGA---AATTTAA-----AG-TTTTTG
gi|28 : ACAAG-T--A-A-AAACTTT-AA--TTCA-CTTGTCTA-C--AGAC--AAGC--T-----AG-TTTTTGCCAGATTgaagcttctgcttc
gi|29 : GAAATCCATTGTTCAAGTTGTC-----AGTA--CATA---CATTTTCAAA-------Ttt
gi|3 : ccagaaactgtgtca-AAAATTCA-CTTATCCA-T--GGGC--AAGT--AAACTTAA-TTTTTTTCAAATT
gi|3 : aTT--AA-GTTT-ACTTGC---CCATGGAT-----AAGTGAA---TTTTTCAGTT--CCAAT-T-A-----A-AAAAA----A-GGAGAAAATATCTAGG---A-A----AA----A--CATGCGAGAATAGCTTGTATTAT----ATACA----------AGTAT---TCA------G---TGTTC--AT---GTTTCAAACAAAAT-ATGTTACTATATTTGAAATCATTTACATTCATGGTCA--TGAATA-C-A-T-------AT-ATTTCATTTATTGGCTTCTGTCAGT----CA------TAA-GTAA-AT--G-GTT-CTTA-CCATT--TGTTTTGTTTTAAGTG--AA---T-TGTT----G-----TATGTGGACAAA-----TA--------------GACAAGTT--A-A-AG---TT-ACAATTCA-CATGTCCA-T--GGAC--AAGT--T-----AG-TTTTTGCAAGATTtcagttccaattaaaaaaaaggagaaaatatctaggaaaaacatgcgagaatagcttgtattatatacaagtattcagtgttcatgtttcaaacaaaatatgttactatatttgaaatcatttacattcatggtcatgaatacatatatttcatttattggcttctgtcagtcataagtaaatggttcttaccatttgttttgttttaagtgaattgttgtatgtggacaaatagacaagttaaagttacaattcacatgtccatggacaagttagtttttgcaagatttt
gi|4 : aaatttgaaaaaaaAAGGGTAGTAAAATCAATTGTTC---------------TA-TTGTA---CATTTTCAAG-------AATAGA----CAAGTGAA----------ATT-----TTT--AA-GTTT-ATTTGT---CCATGGAC-----AAGTGAATATTTTTTCAGTTC-C-AGT-T-T-----A-AAAAA----A-G----AAAGAT---GAC--A-A----AA----AG-CATGCGAGAATGGCCC-TTTT-------GATA----------AGGGT-----A-----------GTTT--AT---A---------AAAT-AATT-----TATTTGAAATCATTTCAATTGA-GG-TA-TTGAA-A-A-T-G-------GTATTTTCATGTAATGGCTTCTATAAGC----TA------AAA-GTTA-AA--G-GTT-AAATGTAA--------TTGTTTTATGTT-AAA---T-TGTC----T-----TATACAGACAAA-----AAGAT-TTCATCTACAGACATG-T--A-A-AAG--TTAAAAATTCA-CTtt
gi|5 : TGAA----------ATTCATTGTCC--GA-GTTG-TCGTGT---CCATTAAC-----AAGTGAA---CTATCCAGTC------T-G-T-----G-AAAAA----G-T----CGAGAT---GA---A-A----A------GTCATGTGAAAATGTCTCATTTTAT----AAACA----------TGTGT---TTA------G---TGTTT--AT---G------ATGAGAA-AAGA-----TATTTGAAATCTTGTCAATTCATGG-GA-TTAAA-A-G-ATG-------AC-TTGTCATTGAGTGGCTTCTGTAAGC----TC------TAA-GTCA-------GTCATTTAGTCATT--T-TTTCGTTTTAAGTG-AAAGTTT-TGTA----TACACATGTAGGAACAAG-----TATAT-TTCACC--CAGACAAG-T--A-A-AAT--TT-AAGATTCA-CTTGTCCA-T----------GT-----------TTTTTCCCAGATT
gi|6 : GGGGTGGCAAAATTTGTTGTCCAAGTTGTC-----CGTT-TCGTA---CATTTACAAA-------TAGGGG----CAAGTGAT----------TTG-----TTT--GA-GTTC-ACTTAT---CCGTGGAC-----AAATGTA---T-----ATTT--C-AGT-T-T-----A-AAAAA----GCA----AAAGAT---GATAGACA----AA----GGTCATGAGAGCATGGTTCATTTTAT----AAACA----------AGTGT---TCA------G---TTTTT--AT---GTTTCAAAT------AAGT------ACTTGAAATCATTTCAATTGATGG-CA-TTGAA-A-ACA-C-------AC-TTTTCGCAGAGTGACTTCTTTAAGC----TA------TAA-G-CA-AAAAG-GTA-ATTGGTCATT--TGTTT-------------AA---C-TTTC----T-----TGGGCAGAGAAG-----TAGAT-TTCATatg
gi|7 : A-------TATGGA----AAAATTAA----------ATT-----TTT--AAAGTTTGACT--------GTGAAC-----AAGTTAA---TTTTCCATTT--C-A-----T-----A-ATAAA----A------------------------------------TATGTGA--ATGGCTCATTTTATTTATAAACA----------AGCTT---TCA------G---TGTT---AT---ATTTCAATTTGAAT-AAGT-----TATTTTGAATCATTT-A----ATGG-CA-TTAAA-G-A-ATG-------AA-TTTTCATTGAATGGCTTCTATTAAC----TA------TA----CATAA--A-GT---------ATT--TGTTTTGTTACAAGTG-ATA---T-TGTC----T-----GATATGA--AAG-----TAGAT-TTCATCTATGGACAAG-TG-A-A-AA---TT-AAAATTCA-CTTGT--A----AGAC-----T--T-----AG-CTTTTGCCAGATT
gi|8 : ttaaat-ACTTGT---CTGTGGAC-----AAGTAAA---CTTTCCAATTA-C-AAT-C-T-----A-AAA----------------------------------------AGTCATGTGAAAATGGCTCATTTCAT----AAACA----------AATGT---TTG------A---TGGTT--AT---ATGTCAAATTAAAA-AAGT-----TATTTGAAATCATTTCAATTCATGG-CATTTAAA-A-A-A-G-------AC-TTTTCATTGCAAGACTTTTGTATGCTTT-TG------TAA-TTCA-AA--G-TTT-CTTGGTCATT--TGTTTAGTTTTATGTG-AAT---TATGTC----T-----TATAGAGACAAG-----TAGAT-TTTATCTATAGCCAAC-T--A-C-AA---AT-AAAAATAATTTTGTCCA-T--GAAC--AAGT--A-----GA-TTTTTGCCAGAttat
gi|9 : AATCCATTGTCCAAGTTGCCAATGTCATA--CGTA---CATCTTCAAA-------TACATA----CAA--------------------------------TTT-A-----------TGGAC-----AAGAGA----CTTTCCAGTT--C-A-------------AAAAT----A-G----AAAGAT---GA---A-A----A-------TCATGATAGATTGGCCCATTTAAT----AAATA----------AGC-------------------------------------ATTAA------------TATTTTAAA----TTCA---CAT---CA-TTGAA-A-A-AGG-------AC-TTTTCAT------------------------------TAA-GTCA-AT--G-GTT-GTCTGTCACT--TGTTTTACTTTTAGAG-AAC---T-TGTC----T-----CATATGGACAAG-----TACAT-TTAATCTATGGACAGG-T--A-AGAA---TT-AAAATgtt
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|23 ): GTTTAGTTAATTTAGGATTTGCTTTAAAAAAAATTGAAAATGAATAATGTCATCATCATTTGGATAAAATTTCTAGATTTCTTTTAACCAGGGTAAGAGGT
Unaligned ( gi|27 ): TTAAAATTCTCAGTTTGCTTAAAAAGAATAAATAAATGACCCCCGATTTCAAAGTGTGAGGG