lowQualScore : 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333
lowQualScore : 111 1 111111111 1 2222222 22 1111 222 111111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111 11111111 1111111 1 1
lowQualScore : 0 7 444 1 666 7 555555555 6 5 5555555 11 4 4444 6 222 6 888888 77 3 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 111 4 88888888 7777777 7777 8 1 4 3 2 5 4
lowQualScore : . . ... . ... . ......... . . ....... .. . .... . ... . ...... .. . ........................................................................................................................................................................................................................................................................................................ ... . ........ ....... .... . . . . . . .
lowQualScore : 8 2 000 7 555 3 888888888 0 0 2222222 88 2 2222 5 888 7 111111 99 5 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 000 0 66666666 0000000 2222 4 6 0 2 3 0 2
consensus : TTTAATACTTGNAGTTG---CATAGCGCCTTCAGTGTCTCGGACC-TGATGGGCGGATT------AGGATAAGTCAACA----CTNATAATAAGTGACTG-GCTTATATTA----TAT--GGCTGCATAA-GG-T-AA----------A-----A-TA----AATA-AT-CTT-----TA----TCGATTAAGTCAGACAATT--TA-A---TCATCTA----GTTGGA--NCA-C--AT--A-A---------A--GTA---A----C-A-TAAC-AACAATGCAGTT-AAT---TTAN-----TAATCACCAAAT-TAN-AAT-TA---AAA-A---GT---------------TTG--AAA-ATA-T--CA--A--ACTA----CTT-AA--T--AAA-AA-----AT-------AA------TCA---TCCATC-ATCAC-------TCATC-------T--A-TCACTCATAC-ANATTTACAATAATCATCTTTT
Reference ( gi|4 ) : TTTAATATTTGAAGTTG---CATAACACCTTCAGTGTTCCAGAAC-TGGTGGGAGGATT------AGGATATATCAACA----CTAATAATATGTGATTG-GCTTATATTA----TGT--GGCTGTATAA-CG-T-AA----------A-----A-TA----AATACAT-CTT-----TA----TCAATT-AGTCATAC-ATT--TA-A---TCATCTA----GTTGGA--GCA-T--AT--A-A---------A--GTA---A----C-ATTAAC-AACAATGTGGTTCAAT---TTAT-----TAATCACCAAATCCAT-GAT-TA---AAA-A---GT---------------TTG--AAA-ATG-T--CA--A--ACTA----CTT-AA--T--AAG-AA-----AT-------AA------TCA---TCCATC-ATCAT-------TCATC-------T--A-TCAATCAGAC-ATATTTACAAGAATCACCTTTT
gi|2 : TTTAAGATTTGAAGTTG---CATAGCATCTTCAGTGTCTCAGACT-TGATGGGCGGATT------TGGGTAAGTCAACA----CTTATAATAAGTGACTG-GCTTATATTA----CAT--GGCTGCATAA-GGTT-AATTGATTCTTCA-----A-TATTTGAATA-AT-CT------------TCAATTAAGTTAGACAAAC--TA-A---TCTTC-----------A--TCA----AT--T-A---------A--ATA---T----C---TAAC---CAGT-------AA-----TAC-----CATTCACCGAATCCATCAAG-TATACACA-ACATGT---------------TT-----A-ATA-T--AATCA--ACTAGTATCTTAAA--T--AAA-AGGCATCAT-------AAATCCATTCA---TCCATC-TCCGA-------TCAT--------T--ACTCATTCATAC-AGACTTATAATAATTAC
gi|7 : aTTAATATATGGAGTTA---CATGGCGCCATTAGTGTCTCAGATC-TGATTGGCGGATT------GGGATA-AGCAACA----TTGAT-AT-----ATTC-GCTTATATTA----TAT--Gaattta
gi|1 : tcagcTTAACACTTGCAGTTG---CATG-CA---TCAG---------ACGTGATGGGCGGATT-------GAATCAGTCAGCA----CTAATAATAATTGACTG-GCTTATATTAATTACAT--GGCTGCAT------T-AA----------G-----T-TA----AAT-CATTCTTCAGAATA----T-GATT-AATC------TT--CA-G---TTGTA-A----GTTAGA---CA-A--ATTAA-A---------A--TTA---ATCTCC-ATCAATGAACAATGAAAT--AATGAATTAT------AATCACCGAAT--AG-AATGTA---GAATA---GTAACTATACAATATACTTGATAAA-AT--T------A--ACTAGTACCTTAAA--T--AAT-AA-----GTCACCGTAAA------TCAG--TTCATCTACCAT-------TCATCA------TTGA-TTATTCATAC-ATATTTACAATAAGCATtttgattctcattttataataagttaaaaataaaattactgtaagtatcgaatcaattaagtaaagtagtcatttacatatcatatttattataatcaact
gi|12 : ATACTTGTAGTTGTTACATAGCGCTTTCCG-GTTCTGAGACATGATGGGCGGATT------ATGATAAACCAACA----TTTATATTAGGTG-TTATACTTATATTA----TAT--GGCTGCATAA-GG-TAAA----------A-----A-TA----AAaattta
gi|3 : tcttTG---AATAGCACTTTCAGTGTCTCAGACC-TGATGGGCAGATT------AGGATAAGTCA--T----CTAATAATAAATGACTG-ACTTGTATTA-----AT--GGTTGCATAAGGG-T-AA----------ATG---ATTATTT-AATATAT-AAT-----TAATCTTCAATTAAATGAGACAAAT--TA-ATCTTCATC-A----ATTAAA--A-A-TGAAC--T-A---------A--GTAATCA----T-ATTAAC-AG-AA------TCCAT---TTTTAAGTATAATTGTCAA--CTAT-A---CA---ATA-T---GT---------------TTG--ATA-CAA-T--CA--ACTAGTA----CC---A--T--ATGTAA-----AT-------CAGT----TCA---TCAACC-ATCCA-------TCATT-------T--T-TCCTTCATAC-TGATTTACAGTAATCACatgtattatgtat
gi|5 : gaTAGCAACCTAAGTGTCTCCGACC-TGAGAGGCGGATTAGAACAAGGATAAGTCAGCAATTGCTTATAA---ATGATTG-ACTTGTAATA----TATACGGCTGCATAT-GG-T-AA----------G-----T-TA----AACG-AT-TTT-----------TTGATT-AGTCACA--ATTAATATA---TTATTTA----GT---A--ATATT--AT--A-ATATAGATCTA--GTA---C----CAAAAAAC-AACAATAT--TTTCAT---TTCT-------AT-ACTA--------GGT-T-------------T---------------TT-------ATG-TAATA--A--AC-A----TTT-------------------AT-------CA------TCA---T---TC-GTCCC-------TCATC-------T--G-TCAATCAAAT-ATATTTAAAATATTCAACTTTTaattaa
gi|15 : TTATATCG----TGT--GGCTGTACAA-GG-T-AA----------AGTAATA-TA----AACAAAT-CCT-----CA----TCAaagctttt
gi|10 : gTT--TA-A---TCATCTA----GTTAGA--TCA-C--AT--A-T---------A--G------------ATTA-C-AATAAT-----------------------AATCACCAAGT--GT-AAT----------A---GT---------------T----AAA-A-G-T--AAG-A--AATA----CTT-AAATTCAAAGTAA-----AT-------AA------TCATCATCCATC-ATTAT-------CCATC-------T--A-TTACTCCTAC-ATATTTGCAATAATCATCTTTTt
gi|9 : t--TA-A---TCATCTA----GTTGGACCGCA-T--AT--GTA---------ATCGTA---A----T-A--AAC-AA-AA-GCAGT-AAAT---CTAG-----TAATCACCAATTATAA-AAT--A---AAA-A---GT---------------TTG--AAATAC--T--CA--A--ACTA----CTA-AG--T--AAA-TA-----AT-------AA------TCA---TCCATC-ATCGT-------TCATC-------T--A-TCACTCATAC-AGATTTATAACAATCATCCTTTatgct
gi|11 : g--TA-G---TCATCAATTTTGTTGGA--CCA-C---------------------GTA---A----T-A--AAC-AATA--GCAGTTAAAT--------------ATCATGAAA-------AT-TA---AAA-C---GT---------------TTG--AAA--TACT--CA--A--ACTA----CTT-AA--T--AAA-TA-----AT-------AA------TCA---TCCATC-ATCAT-------TCAAC-------T--A-TCCCTCACGC-AGATTTAAAATAATTATCTCTat
gi|8 : ---TTATCTA----GATGGA---CA-C--AC--A-A-------------TA---A----------AC-AATA--GCGGCTAAAT---T-AG-----TAATCACCAA-TTTAC-AAT-TA---AAA-A---GT---------------TAA--AAA-A-A-T--AA--A--ACTT----CTG-AG--T--TTA-AC-----AT-------AA------TCC---TCCATC-ATTACTCACCTATCATC-------T--A-TCAATCATACAATATCTATAAg
gi|13 : cttttTAG-----TAATCACCAAATGTAC-AAT-CA---AAA-A---GT---------------TTG--AAA-CGT-T--CA--A--ACTA----CTT-AG--T--AGA-AA-----AT-------AA------TTA---TTCATC-GTCAC-------TCATCAATCATTT--A-TAAATCATAC-AAATTTACAATAATCtcttatattaataaacta
gi|14 : A-ATT-T--CC--A--ACTA----CTT-AA--T--AAG-AA-----TA-------AA------TCA---TCTATC-A--A--------TCATC-------T--T-TCACTCAGAC-CTATTTAGAATAATCAACTTTTtt
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|6 ): GACTACATCTATAAGATATATCAGTTTATTTAGTCTACAATTAAGTGAAATAACTAAAGAAAAAAAGGAATCTTCATCATTTAATATGAAAATGAATATATATAATCACCGAATCCATTAAGTTACTTAATAATCAATGAAATAGGTTGATATAATCAACTGTAAGTATAATTAATCACAAATCATTTATCATTCTCCGATCATACATACTTACAATATTCATCTATTTATTT
Unaligned ( gi|16 ): TGGCTTATATTATTTAGTTGCATAAGGTTAATAGATTC
Alignments
lowQualScore : 111 2222222 7777777777777777777777777 1111 3333 1 1 111 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 22222 11 222222222222222 1111 2222 222222222222222222 11111111 11111111
lowQualScore : 1 111 0 44 0 7 0000000 0 2 5 1 1 22 5 9999 66 5 5 5 5 3333333333333333333333333 0000 5 6 7777 0 0 22 0 2 555 0 4 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 3 88888 1 22 44 555555555555555 3 55 4444 6666 55 3333 99 3 3 0 99999 000000000000000000 3 3 88888888 3 5555 44444444 3 1 1 1
lowQualScore : . ... . .. . . ....... . . . . . .. . .... .. . . . . ......................... .... . . .... . . .. . . ... . . .................................................................. . ..... . .. .. ............... . .. .... .... .. .... .. . . . ..... .................. . . ........ . .... ........ . . . .
lowQualScore : 0 777 1 44 3 3 3333333 1 3 7 0 7 00 0 4444 11 0 0 0 0 5555555555555555555555555 6666 0 7 4444 8 6 22 8 2 666 1 4 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 2 00000 0 77 11 000000000000000 2 00 9999 3333 00 2222 66 6 6 8 11111 000000000000000000 6 6 22222222 6 7777 55555555 6 0 2 8
consensus : TTTAATATTTGNAGTTG---CATAGCGCCTTCAGTGTCTCAGACCTGATGGGCGGATT------AGGATAAGTCAAC-ACTNATAATAAGTGACTG-GCTTAT----ATTATAT--GGCTGCA-TAA-GG-T-AA----------A--------------ATA----A-ATA-ATCTT-A-TCGATTAAGTCAGACAAATTAA---TCAT-CTA----GTTGGA-CACATA----AA--GTAA-C-A-TAA-CAAT--AATGCGGTT-AATTTA---GTAATCACCAANT-T-ACAAT-TAAAA-AGT---------------TTGA-AAATA-TC-A--A--ACTA----CTT-A-GTA-AAAA-----AT-------A---A------TCA-TCCATC-ATCAT-------TCATC-T--A-TCAC-------TCATAC-ANATTTACAATAATCACCTTTT
Reference ( family-2938 ) : TTTAATACTTGNAGTTG---CATAGCGCCTTCAGTGTCTCGGACCTGATGGGCGGATT------AGGATAAGTCAAC-ACTNATAATAAGTGACTG-GCTTAT----ATTATAT--GGCTGCA-TAA-GG-T-AA----------A--------------ATA----A-ATA-ATCTTTA-TCGATTAAGTCAGACAATTTAA---TCAT-CTA----GTTGGANCACATA----AA--GTAA-C-A-TAA-CAAC--AATGCAGTT-AATTTA---NTAATCACCAAAT-T-ANAAT-TAAAA-AGT---------------TTGA-AAATA-TC-A--A--ACTA----CTT-A-ATA-AAAA-----AT-------A---A------TCA-TCCATC-ATCAC-------TCATC-T--A-TCAC-------TCATAC-ANATTTACAATAATCATCTTTT
gi|1 : TTAACACTTGCAGTTG---CAT-GCA-----------TCAGACGTGATGGGCGGATT-------GAATCAGTCAGC-ACTAATAATAATTGACTG-GCTTATATTAATTACAT--GGCTGCATTAA-GT-T-AA----------ATCATTCTTCAGAATATG----A-TTA-ATCTTCAGTTG--TAAGTTAGACAAATTAAAATTAAT-CT------------C-CATC----AA--TGAA-CAA-TGA--AAT--AATG------AATT-----ATAATCACCGAA--T-AGAATGTAGAATAGTAACTATACAATATACTTGA-TAAAA-TT----A--ACTAGTACCTTAA-ATA-ATAA-----GTCACCGTAA---A------TCAGTTCATCTACCAT-------TCATCATTGA-TTAT-------TCATAC-ATATTTACAATAAGCAT
gi|10 : TTTAA---TCAT-CTA----GTTAGATCACATA----TA--G------A-TTA-CAA-----------------TA---ATAATCACCAAGTGTAATAGT-TAAAA-G------------------TAAGAAATACTT-A--A--ATT-----CAA-A-GTA-AATA-----AT-------C---A------TCA-TCCATC-ATTAT-------CCATC-T--A-TTAC-------TCCTAC-ATATTTGCAATAATCATCTTTTaattta
gi|11 : tTAG---TCAT-CAATTTTGTTGGACCAC-----------GTAA-T-A--AA-CAAT--A--GCAGTT-AAAT--------ATCA-----T-G-AAAAT-TAAAA-CGT---------------TTGA-AA-TACTC-A--A--ACTA----CTT-A-ATA-AATA-----AT-------A---A------TCA-TCCATC-ATCAT-------TCAAC-T--A-TCCC-------TCACGC-AGATTTAAAATAATTATCTCTatgct
gi|12 : ATACTTGTAGTTGTTACATAGCGCTTTCCGGTTCTGAGACATGATGGGCGGATT------ATGATAAACCAAC-ATTTATATTAGGTG-TTATACTTAT----ATTATAT--GGCTGCA-TAA-GG-TAAA----------A--------------ATA----A-Ag
gi|13 : tcttTA---GTAATCACCAAATGT-ACAAT-CAAAA-AGT---------------TTGA-AACGT-TC-A--A--ACTA----CTT-A-GTA-GAAA-----AT-------A---A------TTA-TTCATC-GTCAC-------TCATC-A--A-TCATTTATAAATCATAC-AAATTTACAATAATCatgtattatgtat
gi|14 : AATT-TC-C--A--ACTA----CTT-A-ATA-AGAA-----TA-------A---A------TCA-TCTATC-A--A--------TCATC-T--T-TCAC-------TCAGAC-CTATTTAGAATAATCAACTTTTtt
gi|15 : TTAT----ATCGTGT--GGCTGTA-CAA-GG-T-AA----------A--------------GTA----ATATA-Atatgtttt
gi|16 : gTG-GCTTAT----ATTATTT--AGTTGCA-TAA-GG-T--T----------A--------------ATA----G-ATacaaatcctcatcat
gi|2 : TTTAAGATTTGAAGTTG---CATAGCATCTTCAGTGTCTCAGACTTGATGGGCGGATT------TGGGTAAGTCAAC-ACTTATAATAAGTGACTG-GCTTAT----ATTACAT--GGCTGCA-TAA-GGTT-AATTGATTCTTCA--------------ATATTTGA-ATA-ATCT----TCAATTAAGTTAGACAAACTAA---TCTT-C-----------ATCA-ATT----AA--ATAT-C---TAACCAGT--AATACCATT-CACCGA---AT--CCATCAAGTAT-ACA---CAACA-TGT---------------TT----AATA-TA-ATCA--ACTAGTATCTTAA-ATA-AAAGGCATCAT-------A---AATCCATTCA-TCCATC-TCCGA-------TCAT--T--ACTCAT-------TCATAC-AGACTTATAATAATTACtc
gi|3 : aTG---AATAGCACTTTCAGTGTCTCAGACCTGATGGGCAGATT------AGGATAAGTCA---TCTAATAATAAATGACTG-ACTTGT----ATTA-AT--GGTTGCA-TAAGGG-T-AA----------ATGATTATTTAATATATA----A-TTA-ATCT----TCAATTAAATGAGACAAATTAATCTTCAT-C-A----ATTAAAA---ATGAACTAA--GTAATC-A-TAT-TAACAGAATCCA-TT---TTTAAGTATAATTGTCAACTAT-ACAAT-----A-TGT---------------TTGA-TACAA-TC-A--ACTAGTA----CC----ATATGTAA-----AT-------C---AGT----TCA-TCAACC-ATCCA-------TCATT-T--T-TCCT-------TCATAC-TGATTTACAGTAATCACaattta
gi|4 : gaTTTAATATTTGAAGTTG---CATAACACCTTCAGTGTTCCAGAACTGGTGGGAGGATT------AGGATATATCAAC-ACTAATAATATGTGATTG-GCTTAT----ATTATGT--GGCTGTA-TAA-CG-T-AA----------A--------------ATA----A-ATACATCTTTA-TCAATT-AGTCATAC-ATTTAA---TCAT-CTA----GTTGGAGCATATA----AA--GTAA-C-ATTAA-CAAC--AATGTGGTTCAATTTA---TTAATCACCAAATCC-ATGAT-TAAAA-AGT---------------TTGA-AAATG-TC-A--A--ACTA----CTT-A-ATA-AGAA-----AT-------A---A------TCA-TCCATC-ATCAT-------TCATC-T--A-TCAA-------TCAGAC-ATATTTACAAGAATCACCTTTTaattaa
gi|5 : TAGCAACCTAAGTGTCTCCGACCTGAGAGGCGGATTAGAACAAGGATAAGTCAGCAATTGCTTATAAATGATTG-ACTTGT----AATATATACGGCTGCA-TAT-GG-T-AA----------G--------------TTA----A-ACG-ATTTT---TTGATT-AGTC--ACAA-TTAA---T-ATATTA----TTT---------------A--GTAA-T-A-T----TAT--AATATAG----ATCTA---GT----ACCAAAA-A-ACAAC---AAT-ATT---------------TT----CATT-TCTA--T--ACTAGGTTTTT-ATGTA-ATAA-----AC-------ATTTA------TCA-TCATTC-GTCCC-------TCATC-T--G-TCAA-------TCAAAT-ATATTTAAAATATTCAACTTTT
gi|7 : TTAATATATGGAGTTA---CATGGCGCCATTAGTGTCTCAGATCTGATTGGCGGATT------GGGATAAG-CAAC-ATTGAT-AT-----ATTC-GCTTAT----ATTATAT--Gaagctttt
gi|8 : tcagc---TTAT-CTA----GATGGA-CACACA----A----TAA-------A-CAAT--A--GCGGCT-AAATTA---GTAATCACCAATT-T-ACAAT-TAAAA-AG----------------TTAA-AAAAA-TA-A--A--ACTT----CTG-A-GTT-TAAC-----AT-------A---A------TCC-TCCATC-ATTACTCACCTATCATC-T--A-TCAA-------TCATACAATATCTATAATtttgattctcattttataataagttaaaaataaaattactgtaagtatcgaatcaattaagtaaagtagtcatttacatatcatatttattataatcaact
gi|9 : cttttTAA---TCAT-CTA----GTTGGACCGCATATGT-AATCGTAA-T-A--AA-CAA---AA-GCAGTA-AATCTA---GTAATCACCAATTAT-AAAAT--AAAA-AGT---------------TTGA-AA-TACTC-A--A--ACTA----CTA-A-GTA-AATA-----AT-------A---A------TCA-TCCATC-ATCGT-------TCATC-T--A-TCAC-------TCATAC-AGATTTATAACAATCATCCTTTcttatattaataaacta
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|6 ): GACTACATCTATAAGATATATCAGTTTATTTAGTCTACAATTAAGTGAAATAACTAAAGAAAAAAAGGAATCTTCATCATTTAATATGAAAATGAATATATATAATCACCGAATCCATTAAGTTACTTAATAATCAATGAAATAGGTTGATATAATCAACTGTAAGTATAATTAATCACAAATCATTTATCATTCTCCGATCATACATACTTACAATATTCATCTATTTATTT
Alignments
lowQualScore : 111 2222222 22222222222222 6666666666666666666666666 33333 1111 111 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 222 222222222222222 111111111 2222 111111111111111111 1111111 11111111
lowQualScore : 1 111 0 44 0 0000000 0 2 5 1 1 22 5 9999 66 00000000000000 4 4 4 8 4444444444444444444444444 9999 7777 5 6 88888 0 1111 222 7 444 4 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 3 999 44 77 44 555555555555555 222222222 6666 55 3333 888 7 33 99999 999999999999999999 3 3 1111111 3 5555 44444444 3 1 1 2
lowQualScore : . ... . .. . ....... . . . . . .. . .... .. .............. . . . . ......................... .... .... . . ..... . .... ... . ... . .................................................................... . ... .. .. .. ............... ......... .... .. .... ... . .. ..... .................. . . ....... . .... ........ . . . .
lowQualScore : 0 777 1 44 3 3333333 1 3 7 0 7 00 0 4444 11 88888888888888 4 4 4 9 3333333333333333333333333 4444 3333 7 7 33333 7 5555 333 3 000 0 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 2 888 77 88 11 000000000000000 555555555 3333 00 2222 888 3 99 11111 555555555555555555 6 6 8888888 6 7777 55555555 6 0 2 7
consensus : TTTAATATTTGNAGTTG---CATAGCGCCTTCAGTGTCTCAGACCTGATGGGCGGATT------AGGATAAGTCAAC-ACTNATAATAAGTGACTG-GCTTAT----ATTATAT--GGCTG---C----------A-TAA-GG-T-AA----------A--------------ATA----A-A--TA-ATC-T---T-TCGAT--TAAGTTAGACAAATTAA---TCAT-CTA----GTTGGA-C-AC--ATA---AA--GTAA-C-A---TAA-CAATAATGCGGTT-A-ATTTAG--TAATCACCAANT-TA-CAAT-TAAAA-AGT---------------TTGA-AAATA-TC-A--A--ACTA----CT-T-A-GTAAA-AA-----AT-------A---A------TCA-TCCATC-ATCAT-------TCATC-T--A-TCAC-------TCATAC-ANATTTACAATAATCACCTTTT
Reference ( family-2938 ) : TTTAATATTTGNAGTTG---CATAGCGCCTTCAGTGTCTCAGACCTGATGGGCGGATT------AGGATAAGTCAAC-ACTNATAATAAGTGACTG-GCTTAT----ATTATAT--GGCTG---C----------A-TAA-GG-T-AA----------A--------------ATA----A-A--TA-ATC-T---TATCGAT--TAAGTCAGACAAATTAA---TCAT-CTA----GTTGGA-C-AC--ATA---AA--GTAA-C-A---TAA-CAATAATGCGGTT-A-ATTTAG--TAATCACCAANT-TA-CAAT-TAAAA-AGT---------------TTGA-AAATA-TC-A--A--ACTA----CT-T-A-GTAAA-AA-----AT-------A---A------TCA-TCCATC-ATCAT-------TCATC-T--A-TCAC-------TCATAC-ANATTTACAATAATCACCTTTT
gi|1 : TTAACACTTGCAGTTG---CAT-GCA-----------TCAGACGTGATGGGCGGATT-------GAATCAGTCAGC-ACTAATAATAATTGACTG-GCTTATATTAATTACAT--GGCTG---C----------ATTAA-GT-T-AA----------ATCATTCTTCAGAATATG----A-T--TA-ATC-T-----TCAGTTGTAAGTTAGACAAATTAAAATTAAT-CT------------C--C--ATC---AA--TGAA-CAA---TGA--AATAATG------A-ATT--A--TAATCACCGAA--TA-GAATGTAGAATAGTAACTATACAATATACTTGA-TAAAA-TT----A--ACTAGTACCT-TAA-ATAAT-AA-----GTCACCGTAA---A------TCAGTTCATCTACCAT-------TCATCATTGA-TTAT-------TCATAC-ATATTTACAATAAGCAT
gi|10 : TTAA---TCAT-CTA----GTTAGATC-AC--ATA---TA--G------A---TTA-CAATAAT------------------AATCACCAAGTGTAATAGT-TAAAA-G------------------TAAGAAATACTT-A--A--ATT-----CA-A-A-GTAAA-TA-----AT-------C---A------TCA-TCCATC-ATTAT-------CCATC-T--A-TTAC-------TCCTAC-ATATTTGCAATAATCATCTTTTaattta
gi|11 : ttTAG---TCAT-CAATTTTGTTGGA-C--C--AC--------GTAA-T-A----AA-CAATA--GCAGTT-A-AAT-------ATCATGAA-------AAT-TAAAA-CGT---------------TTGA-AA-TACTC-A--A--ACTA----CT-T-A-ATAAA-TA-----AT-------A---A------TCA-TCCATC-ATCAT-------TCAAC-T--A-TCCC-------TCACGC-AGATTTAAAATAATTATCTCTatgct
gi|12 : ATACTTGTAGTTGTTACATAGCGCTTTCCGGTTCTGAGACATGATGGGCGGATT------ATGATAAACCAAC-ATTTATATTAGGTG-TTATACTTAT----ATTATAT--GGCTG---C----------A-TAA-GG-TAAA----------A--------------ATA----A-A--g
gi|13 : tcttTAG--TAATCACCAAATGTA-CAAT-CAAAA-AGT---------------TTGA-AACGT-TC-A--A--ACTA----CT-T-A-GTAGA-AA-----AT-------A---A------TTA-TTCATC-GTCAC-------TCATC-A--A-TCATTTATAAATCATAC-AAATTTACAATAATCatgtattatgtat
gi|14 : AATT-TC-C--A--ACTA----CT-T-A-ATAAG-AA-----TA-------A---A------TCA-TCTATC-A--AT--------CATC-T--T-TCAC-------TCAGAC-CTATTTAGAATAATCAACTTTTtt
gi|15 : TTAT----ATCGTGT--GGCTG---T----------A-CAA-GG-T-AA----------A--------------GTA----ATA--TA-Atatgtttt
gi|16 : gTG-GCTTAT----ATTATTT--AGTTG---C----------A-TAA-GG-T--T----------A--------------ATA----G-A--Tacaaatcctcatcat
gi|2 : TTTAAGATTTGAAGTTG---CATAGCATCTTCAGTGTCTCAGACTTGATGGGCGGATT------TGGGTAAGTCAAC-ACTTATAATAAGTGACTG-GCTTAT----ATTACAT--GGCTG---C----------A-TAA-GGTT-AATTGATTCTTCA--------------ATATTTGA-A--TA-ATC-T-----TCAAT--TAAGTTAGACAAACTAA---TCTT-C------AT-----C-A---ATT---AA--ATAT-C-----TAACCAGTAATACCATT-C-ACCGAA--T--CCATCAAGTATA-CA---CAACA-TGT---------------TT----AATA-TA-ATCA--ACTAGTATCT-TAA-ATAAA-AGGCATCAT-------A---AATCCATTCA-TCCATC-TCCGA-------TCAT--T--ACTCAT-------TCATAC-AGACTTATAATAATTACtc
gi|3 : aTG---AATAGCACTTTCAGTGTCTCAGACCTGATGGGCAGATT------AGGATAAGTCA---TCTAATAATAAATGACTG-ACTTGT----ATTA-AT--GGTTG---C----------A-TAAGGG-T-AA----------ATGATTATTTAATATATA----A-T--TA-ATC-T-----TCAAT--TAAATGAGACAAATTAATCTTCAT-C-A----ATTAAA-A-ATGAACT---AA--GTAATC-ATATTAA-CAG-AATCCATTT----TTAAGTATAATTGTCAACTATA-CAAT-----A-TGT---------------TTGA-TACAA-TC-A--ACTAGTA----CCAT-ATGTAAATCA-----GT------------------TCA-TCAACC-ATCCA-------TCATT-T--T-TCCT-------TCATAC-TGATTTACAGTAATCACaattta
gi|4 : gaTTTAATATTTGAAGTTG---CATAACACCTTCAGTGTTCCAGAACTGGTGGGAGGATT------AGGATATATCAAC-ACTAATAATATGTGATTG-GCTTAT----ATTATGT--GGCTG---T----------A-TAA-CG-T-AA----------A--------------ATA----A-A--TACATCTT---TATCAAT--T-AGTCATAC-ATTTAA---TCAT-CTA----GTTGGAGC-AT--ATA---AA--GTAA-C-AT--TAA-CAACAATGTGGTTCA-ATTTAT--TAATCACCAAATCCA-TGAT-TAAAA-AGT---------------TTGA-AAATG-TC-A--A--ACTA----CT-T-A-ATAAG-AA-----AT-------A---A------TCA-TCCATC-ATCAT-------TCATC-T--A-TCAA-------TCAGAC-ATATTTACAAGAATCACCTTTTaattaa
gi|5 : TAGCAACCTAAGTGTCTCCGACCTGAGAGGCGGATTAGAACAAGGATAAGTCAGCAATTGCTTATAAATGATTG-ACTTGT----AATATATACGGCTG---C----------A-TAT-GG-T-AA----------G--------------TTA----A-A--CG-ATT-T---T-TTGAT--T-AGTC--AC-AATTAA---T-ATATTA----TTT-----------------A--GTAA-T-A---TTA-TAATA-------T-AGATCTAG--T----ACCAAAA-AA-CAAC---AAT-ATT---------------TT----CATT-TCTA--T--ACTAGGTTTT-T-ATGTAAT-AA-----AC-------ATTTA------TCA-TCATTC-GTCCC-------TCATC-T--G-TCAA-------TCAAAT-ATATTTAAAATATTCAACTTTT
gi|7 : TTAATATATGGAGTTA---CATGGCGCCATTAGTGTCTCAGATCTGATTGGCGGATT------GGGATAAG-CAAC-ATTGAT-AT-----ATTC-GCTTAT----ATTATAT--GTTTGATTCTCATTTTATAA-TAA-GT-TAAA----------A--------------ATA----A-AATTA-CTG-TAAGTATCGAA--TCAATTAAGTAAAGTAG---TCAT-TTA----aagctttt
gi|8 : tcagc---TTAT-CTA----GATGGA-C-AC--ACA---A----TAA---------A-CAATA--GCGGCT-A-AATTAG--TAATCACCAATT-TA-CAAT-TAAAA-AG----------------TTAA-AAAAA-TA-A--A--ACTT----CT-G-A-GTTTA-AC-----AT-------A---A------TCC-TCCATC-ATTACTCACCTATCATC-T--A-TCAA-------TCATACAATATCTATAATcatatcatatttattataatcaact
gi|9 : cttttTAA---TCAT-CTA----GTTGGA-CCGC--ATATGTAATCGTAA-T-A----AA-CAA-AA-GCAGTA-A-ATCTAG--TAATCACCAATTATA-AAA--TAAAA-AGT---------------TTG--AAATACTC-A--A--ACTA----CT-A-A-GTAAA-TA-----AT-------A---A------TCA-TCCATC-ATCGT-------TCATC-T--A-TCAC-------TCATAC-AGATTTATAACAATCATCCTTTcttatattaataaacta
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|6 ): GACTACATCTATAAGATATATCAGTTTATTTAGTCTACAATTAAGTGAAATAACTAAAGAAAAAAAGGAATCTTCATCATTTAATATGAAAATGAATATATATAATCACCGAATCCATTAAGTTACTTAATAATCAATGAAATAGGTTGATATAATCAACTGTAAGTATAATTAATCACAAATCATTTATCATTCTCCGATCATACATACTTACAATATTCATCTATTTATTT
Alignments
lowQualScore : 111 2222222 22222222222222 6666666666666666666666666 2222222 1 111 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 222 222222222222222 111111111 2222 111111111111111111 1111111 11111111
lowQualScore : 1 111 0 44 0 0000000 0 2 5 1 1 22 5 9999 66 00000000000000 4 4 4 8 4444444444444444444444444 9999 7777 5 5555555 6 1 1 7 444 4 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 3 999 44 77 44 555555555555555 222222222 6666 55 3333 888 7 33 99999 999999999999999999 3 3 1111111 3 5555 44444444 3 1 1 2
lowQualScore : . ... . .. . ....... . . . . . .. . .... .. .............. . . . . ......................... .... .... . ....... . . . . ... . .................................................................... . ... .. .. .. ............... ......... .... .. .... ... . .. ..... .................. . . ....... . .... ........ . . . .
lowQualScore : 0 777 1 44 3 3333333 1 3 7 0 7 00 0 4444 11 88888888888888 4 4 4 9 3333333333333333333333333 4444 3333 7 8888888 7 3 0 3 000 0 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 2 888 77 88 11 000000000000000 555555555 3333 00 2222 888 3 99 11111 555555555555555555 6 6 8888888 6 7777 55555555 6 0 2 7
consensus : TTTAATATTTGNAGTTG---CATAGCGCCTTCAGTGTCTCAGACCTGATGGGCGGATT------AGGATAAGTCAAC-ACTNATAATAAGTGACTG-GCTTAT----ATTATAT--GGCTG---C----------A-TAA-GG-T-AA----------A--------------ATA----A-A--TA-ATCT---T--TCGAT-TAAGTTAGACAAATTAA---TCAT-CTA----GTTGGA-C-AC--ATA---AA--GTAA-C-A---TAA-CAATAATGCGGTT-A-ATTTAG--TAATCACCAANT-TA-CAAT-TAAAA-AGT---------------TTGA-AAATA-TC-A--A--ACTA----CT-T-A-GTAAA-AA-----AT-------A---A------TCA-TCCATC-ATCAT-------TCATC-T--A-TCAC-------TCATAC-ANATTTACAATAATCACCTTTT
Reference ( family-2938 ) : TTTAATATTTGNAGTTG---CATAGCGCCTTCAGTGTCTCAGACCTGATGGGCGGATT------AGGATAAGTCAAC-ACTNATAATAAGTGACTG-GCTTAT----ATTATAT--GGCTG---C----------A-TAA-GG-T-AA----------A--------------ATA----A-A--TA-ATCT---T--TCGAT-TAAGTTAGACAAATTAA---TCAT-CTA----GTTGGA-C-AC--ATA---AA--GTAA-C-A---TAA-CAATAATGCGGTT-A-ATTTAG--TAATCACCAANT-TA-CAAT-TAAAA-AGT---------------TTGA-AAATA-TC-A--A--ACTA----CT-T-A-GTAAA-AA-----AT-------A---A------TCA-TCCATC-ATCAT-------TCATC-T--A-TCAC-------TCATAC-ANATTTACAATAATCACCTTTT
gi|1 : TTAACACTTGCAGTTG---CAT-GCA-----------TCAGACGTGATGGGCGGATT-------GAATCAGTCAGC-ACTAATAATAATTGACTG-GCTTATATTAATTACAT--GGCTG---C----------ATTAA-GT-T-AA----------ATCATTCTTCAGAATATG----A-T--TA-ATCT---T--CAGTTGTAAGTTAGACAAATTAAAATTAAT-CT------------C--C--ATC---AA--TGAA-CAA---TGA--AATAATG------A-ATT--A--TAATCACCGAA--TA-GAATGTAGAATAGTAACTATACAATATACTTGA-TAAAA-TT----A--ACTAGTACCT-TAA-ATAAT-AA-----GTCACCGTAA---A------TCAGTTCATCTACCAT-------TCATCATTGA-TTAT-------TCATAC-ATATTTACAATAAGCAT
gi|10 : TTAA---TCAT-CTA----GTTAGATC-AC--ATA---TA--G------A---TTA-CAATAAT------------------AATCACCAAGTGTAATAGT-TAAAA-G------------------TAAGAAATACTT-A--A--ATT-----CA-A-A-GTAAA-TA-----AT-------C---A------TCA-TCCATC-ATTAT-------CCATC-T--A-TTAC-------TCCTAC-ATATTTGCAATAATCATCTTTTaattta
gi|11 : ttTAG---TCAT-CAATTTTGTTGGA-C--C--AC--------GTAA-T-A----AA-CAATA--GCAGTT-A-AAT-------ATCATGAA-------AAT-TAAAA-CGT---------------TTGA-AA-TACTC-A--A--ACTA----CT-T-A-ATAAA-TA-----AT-------A---A------TCA-TCCATC-ATCAT-------TCAAC-T--A-TCCC-------TCACGC-AGATTTAAAATAATTATCTCTatgct
gi|12 : ATACTTGTAGTTGTTACATAGCGCTTTCCGGTTCTGAGACATGATGGGCGGATT------ATGATAAACCAAC-ATTTATATTAGGTG-TTATACTTAT----ATTATAT--GGCTG---C----------A-TAA-GG-TAAA----------A--------------ATA----A-A--g
gi|13 : tcttTAG--TAATCACCAAATGTA-CAAT-CAAAA-AGT---------------TTGA-AACGT-TC-A--A--ACTA----CT-T-A-GTAGA-AA-----AT-------A---A------TTA-TTCATC-GTCAC-------TCATC-A--A-TCATTTATAAATCATAC-AAATTTACAATAATCatgtattatgtat
gi|14 : AATT-TC-C--A--ACTA----CT-T-A-ATAAG-AA-----TA-------A---A------TCA-TCTATC-A--AT--------CATC-T--T-TCAC-------TCAGAC-CTATTTAGAATAATCAACTTTTtt
gi|15 : TTAT----ATCGTGT--GGCTG---T----------A-CAA-GG-T-AA----------A--------------GTA----ATA--TA-Atatgtttt
gi|16 : gTG-GCTTAT----ATTATTT--AGTTG---C----------A-TAA-GG-T--T----------A--------------ATA----G-A--Tacaaatcctcatcat
gi|2 : TTTAAGATTTGAAGTTG---CATAGCATCTTCAGTGTCTCAGACTTGATGGGCGGATT------TGGGTAAGTCAAC-ACTTATAATAAGTGACTG-GCTTAT----ATTACAT--GGCTG---C----------A-TAA-GGTT-AATTGATTCTTCA--------------ATATTTGA-A--TA-ATC----T--TCAAT-TAAGTTAGACAAACTAA---TCTT-C------AT-----C-A---ATT---AA--ATAT-C-----TAACCAGTAATACCATT-C-ACCGAA--T--CCATCAAGTATA-CA---CAACA-TGT---------------TT----AATA-TA-ATCA--ACTAGTATCT-TAA-ATAAA-AGGCATCAT-------A---AATCCATTCA-TCCATC-TCCGA-------TCAT--T--ACTCAT-------TCATAC-AGACTTATAATAATTACtc
gi|3 : aTG---AATAGCACTTTCAGTGTCTCAGACCTGATGGGCAGATT------AGGATAAGTCA---TCTAATAATAAATGACTG-ACTTGT----ATTA-AT--GGTTG---C----------A-TAAGGG-T-AA----------ATGATTATTTAATATATA----A-T--TA-ATC----T--TCAAT-TAAATGAGACAAATTAATCTTCAT-C-A----ATTAAA-A-ATGAACT---AA--GTAATC-ATATTAA-CAG-AATCCATTT----TTAAGTATAATTGTCAACTATA-CAAT-----A-TGT---------------TTGA-TACAA-TC-A--ACTAGTA----CCAT-ATGTAAATCA-----GT------------------TCA-TCAACC-ATCCA-------TCATT-T--T-TCCT-------TCATAC-TGATTTACAGTAATCACaattta
gi|4 : gaTTTAATATTTGAAGTTG---CATAACACCTTCAGTGTTCCAGAACTGGTGGGAGGATT------AGGATATATCAAC-ACTAATAATATGTGATTG-GCTTAT----ATTATGT--GGCTG---T----------A-TAA-CG-T-AA----------A--------------ATA----A-A--TACATCT---TTATCAAT-T-AGTCATAC-ATTTAA---TCAT-CTA----GTTGGAGC-AT--ATA---AA--GTAA-C-AT--TAA-CAACAATGTGGTTCA-ATTTAT--TAATCACCAAATCCA-TGAT-TAAAA-AGT---------------TTGA-AAATG-TC-A--A--ACTA----CT-T-A-ATAAG-AA-----AT-------A---A------TCA-TCCATC-ATCAT-------TCATC-T--A-TCAA-------TCAGAC-ATATTTACAAGAATCACCTTTTaattaa
gi|5 : TAGCAACCTAAGTGTCTCCGACCTGAGAGGCGGATTAGAACAAGGATAAGTCAGCAATTGCTTATAAATGATTG-ACTTGT----AATATATACGGCTG---C----------A-TAT-GG-T-AA----------G--------------TTA----A-A--CG-ATTT---T--TTGAT-T-AGTC--AC-AATTAA---T-ATATTA----TTT-----------------A--GTAA-T-A---TTA-TAATA-------T-AGATCTAG--T----ACCAAAA-AA-CAAC---AAT-ATT---------------TT----CATT-TCTA--T--ACTAGGTTTT-T-ATGTAAT-AA-----AC-------ATTTA------TCA-TCATTC-GTCCC-------TCATC-T--G-TCAA-------TCAAAT-ATATTTAAAATATTCAACTTTT
gi|7 : TTAATATATGGAGTTA---CATGGCGCCATTAGTGTCTCAGATCTGATTGGCGGATT------GGGATAAG-CAAC-ATTGAT-AT-----ATTC-GCTTAT----ATTATAT--GTTTGATTCTCATTTTATAA-TAA-GT-TAAA----------A--------------ATA----A-AATTA-CTGTAAGTA-TCGAA-TCAATTAAGTAAAGTAG---TCAT-TTA----aagctttt
gi|8 : tcagc---TTAT-CTA----GATGGA-C-AC--ACA---A----TAA---------A-CAATA--GCGGCT-A-AATTAG--TAATCACCAATT-TA-CAAT-TAAAA-AG----------------TTAA-AAAAA-TA-A--A--ACTT----CT-G-A-GTTTA-AC-----AT-------A---A------TCC-TCCATC-ATTACTCACCTATCATC-T--A-TCAA-------TCATACAATATCTATAATcatatcatatttattataatcaact
gi|9 : cttttTAA---TCAT-CTA----GTTGGA-CCGC--ATATGTAATCGTAA-T-A----AA-CAA-AA-GCAGTA-A-ATCTAG--TAATCACCAATTATA-AAA--TAAAA-AGT---------------TTG--AAATACTC-A--A--ACTA----CT-A-A-GTAAA-TA-----AT-------A---A------TCA-TCCATC-ATCGT-------TCATC-T--A-TCAC-------TCATAC-AGATTTATAACAATCATCCTTTcttatattaataaacta
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|6 ): GACTACATCTATAAGATATATCAGTTTATTTAGTCTACAATTAAGTGAAATAACTAAAGAAAAAAAGGAATCTTCATCATTTAATATGAAAATGAATATATATAATCACCGAATCCATTAAGTTACTTAATAATCAATGAAATAGGTTGATATAATCAACTGTAAGTATAATTAATCACAAATCATTTATCATTCTCCGATCATACATACTTACAATATTCATCTATTTATTT
Alignments
lowQualScore : 111 2222222 22222222222222 6666666666666666666666666 2222222 1 111 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 222 222222222222222 111111111 2222 111111111111111111 1111111 11111111
lowQualScore : 1 111 0 44 0 0000000 0 2 5 1 1 22 5 9999 66 00000000000000 4 4 4 8 4444444444444444444444444 9999 7777 5 5555555 6 1 1 7 444 4 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 3 999 44 77 44 555555555555555 222222222 6666 55 3333 888 7 33 99999 999999999999999999 3 3 1111111 3 5555 44444444 3 1 1 2
lowQualScore : . ... . .. . ....... . . . . . .. . .... .. .............. . . . . ......................... .... .... . ....... . . . . ... . .................................................................... . ... .. .. .. ............... ......... .... .. .... ... . .. ..... .................. . . ....... . .... ........ . . . .
lowQualScore : 0 777 1 44 3 3333333 1 3 7 0 7 00 0 4444 11 88888888888888 4 4 4 9 3333333333333333333333333 4444 3333 7 8888888 7 3 0 3 000 0 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 2 888 77 88 11 000000000000000 555555555 3333 00 2222 888 3 99 11111 555555555555555555 6 6 8888888 6 7777 55555555 6 0 2 7
consensus : TTTAATATTTGNAGTTG---CATAGCGCCTTCAGTGTCTCAGACCTGATGGGCGGATT------AGGATAAGTCAAC-ACTNATAATAAGTGACTG-GCTTAT----ATTATAT--GGCTG---C----------A-TAA-GG-T-AA----------A--------------ATA----A-A--TA-ATCT---T--TCGAT-TAAGTTAGACAAATTAA---TCAT-CTA----GTTGGA-C-AC--ATA---AA--GTAA-C-A---TAA-CAATAATGCGGTT-A-ATTTAG--TAATCACCAANT-TA-CAAT-TAAAA-AGT---------------TTGA-AAATA-TC-A--A--ACTA----CT-T-A-GTAAA-AA-----AT-------A---A------TCA-TCCATC-ATCAT-------TCATC-T--A-TCAC-------TCATAC-ANATTTACAATAATCACCTTTT
Reference ( family-2938 ) : TTTAATATTTGNAGTTG---CATAGCGCCTTCAGTGTCTCAGACCTGATGGGCGGATT------AGGATAAGTCAAC-ACTNATAATAAGTGACTG-GCTTAT----ATTATAT--GGCTG---C----------A-TAA-GG-T-AA----------A--------------ATA----A-A--TA-ATCT---T--TCGAT-TAAGTTAGACAAATTAA---TCAT-CTA----GTTGGA-C-AC--ATA---AA--GTAA-C-A---TAA-CAATAATGCGGTT-A-ATTTAG--TAATCACCAANT-TA-CAAT-TAAAA-AGT---------------TTGA-AAATA-TC-A--A--ACTA----CT-T-A-GTAAA-AA-----AT-------A---A------TCA-TCCATC-ATCAT-------TCATC-T--A-TCAC-------TCATAC-ANATTTACAATAATCACCTTTT
gi|1 : TTAACACTTGCAGTTG---CAT-GCA-----------TCAGACGTGATGGGCGGATT-------GAATCAGTCAGC-ACTAATAATAATTGACTG-GCTTATATTAATTACAT--GGCTG---C----------ATTAA-GT-T-AA----------ATCATTCTTCAGAATATG----A-T--TA-ATCT---T--CAGTTGTAAGTTAGACAAATTAAAATTAAT-CT------------C--C--ATC---AA--TGAA-CAA---TGA--AATAATG------A-ATT--A--TAATCACCGAA--TA-GAATGTAGAATAGTAACTATACAATATACTTGA-TAAAA-TT----A--ACTAGTACCT-TAA-ATAAT-AA-----GTCACCGTAA---A------TCAGTTCATCTACCAT-------TCATCATTGA-TTAT-------TCATAC-ATATTTACAATAAGCAT
gi|10 : TTAA---TCAT-CTA----GTTAGATC-AC--ATA---TA--G------A---TTA-CAATAAT------------------AATCACCAAGTGTAATAGT-TAAAA-G------------------TAAGAAATACTT-A--A--ATT-----CA-A-A-GTAAA-TA-----AT-------C---A------TCA-TCCATC-ATTAT-------CCATC-T--A-TTAC-------TCCTAC-ATATTTGCAATAATCATCTTTTaattta
gi|11 : ttTAG---TCAT-CAATTTTGTTGGA-C--C--AC--------GTAA-T-A----AA-CAATA--GCAGTT-A-AAT-------ATCATGAA-------AAT-TAAAA-CGT---------------TTGA-AA-TACTC-A--A--ACTA----CT-T-A-ATAAA-TA-----AT-------A---A------TCA-TCCATC-ATCAT-------TCAAC-T--A-TCCC-------TCACGC-AGATTTAAAATAATTATCTCTatgct
gi|12 : ATACTTGTAGTTGTTACATAGCGCTTTCCGGTTCTGAGACATGATGGGCGGATT------ATGATAAACCAAC-ATTTATATTAGGTG-TTATACTTAT----ATTATAT--GGCTG---C----------A-TAA-GG-TAAA----------A--------------ATA----A-A--g
gi|13 : tcttTAG--TAATCACCAAATGTA-CAAT-CAAAA-AGT---------------TTGA-AACGT-TC-A--A--ACTA----CT-T-A-GTAGA-AA-----AT-------A---A------TTA-TTCATC-GTCAC-------TCATC-A--A-TCATTTATAAATCATAC-AAATTTACAATAATCatgtattatgtat
gi|14 : AATT-TC-C--A--ACTA----CT-T-A-ATAAG-AA-----TA-------A---A------TCA-TCTATC-A--AT--------CATC-T--T-TCAC-------TCAGAC-CTATTTAGAATAATCAACTTTTtt
gi|15 : TTAT----ATCGTGT--GGCTG---T----------A-CAA-GG-T-AA----------A--------------GTA----ATA--TA-Atatgtttt
gi|16 : gTG-GCTTAT----ATTATTT--AGTTG---C----------A-TAA-GG-T--T----------A--------------ATA----G-A--Tacaaatcctcatcat
gi|2 : TTTAAGATTTGAAGTTG---CATAGCATCTTCAGTGTCTCAGACTTGATGGGCGGATT------TGGGTAAGTCAAC-ACTTATAATAAGTGACTG-GCTTAT----ATTACAT--GGCTG---C----------A-TAA-GGTT-AATTGATTCTTCA--------------ATATTTGA-A--TA-ATC----T--TCAAT-TAAGTTAGACAAACTAA---TCTT-C------AT-----C-A---ATT---AA--ATAT-C-----TAACCAGTAATACCATT-C-ACCGAA--T--CCATCAAGTATA-CA---CAACA-TGT---------------TT----AATA-TA-ATCA--ACTAGTATCT-TAA-ATAAA-AGGCATCAT-------A---AATCCATTCA-TCCATC-TCCGA-------TCAT--T--ACTCAT-------TCATAC-AGACTTATAATAATTACtc
gi|3 : aTG---AATAGCACTTTCAGTGTCTCAGACCTGATGGGCAGATT------AGGATAAGTCA---TCTAATAATAAATGACTG-ACTTGT----ATTA-AT--GGTTG---C----------A-TAAGGG-T-AA----------ATGATTATTTAATATATA----A-T--TA-ATC----T--TCAAT-TAAATGAGACAAATTAATCTTCAT-C-A----ATTAAA-A-ATGAACT---AA--GTAATC-ATATTAA-CAG-AATCCATTT----TTAAGTATAATTGTCAACTATA-CAAT-----A-TGT---------------TTGA-TACAA-TC-A--ACTAGTA----CCAT-ATGTAAATCA-----GT------------------TCA-TCAACC-ATCCA-------TCATT-T--T-TCCT-------TCATAC-TGATTTACAGTAATCACaattta
gi|4 : gaTTTAATATTTGAAGTTG---CATAACACCTTCAGTGTTCCAGAACTGGTGGGAGGATT------AGGATATATCAAC-ACTAATAATATGTGATTG-GCTTAT----ATTATGT--GGCTG---T----------A-TAA-CG-T-AA----------A--------------ATA----A-A--TACATCT---TTATCAAT-T-AGTCATAC-ATTTAA---TCAT-CTA----GTTGGAGC-AT--ATA---AA--GTAA-C-AT--TAA-CAACAATGTGGTTCA-ATTTAT--TAATCACCAAATCCA-TGAT-TAAAA-AGT---------------TTGA-AAATG-TC-A--A--ACTA----CT-T-A-ATAAG-AA-----AT-------A---A------TCA-TCCATC-ATCAT-------TCATC-T--A-TCAA-------TCAGAC-ATATTTACAAGAATCACCTTTTaattaa
gi|5 : TAGCAACCTAAGTGTCTCCGACCTGAGAGGCGGATTAGAACAAGGATAAGTCAGCAATTGCTTATAAATGATTG-ACTTGT----AATATATACGGCTG---C----------A-TAT-GG-T-AA----------G--------------TTA----A-A--CG-ATTT---T--TTGAT-T-AGTC--AC-AATTAA---T-ATATTA----TTT-----------------A--GTAA-T-A---TTA-TAATA-------T-AGATCTAG--T----ACCAAAA-AA-CAAC---AAT-ATT---------------TT----CATT-TCTA--T--ACTAGGTTTT-T-ATGTAAT-AA-----AC-------ATTTA------TCA-TCATTC-GTCCC-------TCATC-T--G-TCAA-------TCAAAT-ATATTTAAAATATTCAACTTTT
gi|7 : TTAATATATGGAGTTA---CATGGCGCCATTAGTGTCTCAGATCTGATTGGCGGATT------GGGATAAG-CAAC-ATTGAT-AT-----ATTC-GCTTAT----ATTATAT--GTTTGATTCTCATTTTATAA-TAA-GT-TAAA----------A--------------ATA----A-AATTA-CTGTAAGTA-TCGAA-TCAATTAAGTAAAGTAG---TCAT-TTA----aagctttt
gi|8 : tcagc---TTAT-CTA----GATGGA-C-AC--ACA---A----TAA---------A-CAATA--GCGGCT-A-AATTAG--TAATCACCAATT-TA-CAAT-TAAAA-AG----------------TTAA-AAAAA-TA-A--A--ACTT----CT-G-A-GTTTA-AC-----AT-------A---A------TCC-TCCATC-ATTACTCACCTATCATC-T--A-TCAA-------TCATACAATATCTATAATcatatcatatttattataatcaact
gi|9 : cttttTAA---TCAT-CTA----GTTGGA-CCGC--ATATGTAATCGTAA-T-A----AA-CAA-AA-GCAGTA-A-ATCTAG--TAATCACCAATTATA-AAA--TAAAA-AGT---------------TTG--AAATACTC-A--A--ACTA----CT-A-A-GTAAA-TA-----AT-------A---A------TCA-TCCATC-ATCGT-------TCATC-T--A-TCAC-------TCATAC-AGATTTATAACAATCATCCTTTcttatattaataaacta
blockSeqs : T TTA GC AGAACAA A A T A GG T . AC ATTCTCATTTTATA . G T A ATGATTATTTAATAT TTTG AAT C TAAGTA . A G A TCT A AATTAAAAATGAACTAAGTAATCATATTAACAGAATCCATTTTTAAGTA A GTG AT T G . AAGAAATAC ATC CT GTAT TA T TC GCATC AAATCCAT . . TCACCTA . AC TTTATAAA A T C T
blockSeqs : A . AT A A . T A AG . . . C . . . A TTGATTCTTCA . TA . TTTA . A G A . . TAGTTGGAGCATATAAAGTAACATTAACAACAATGTGGTTCAATTTAT A ATG C T C . GAAATAC TA . GGTT AT T T . ATTTA . . . . A C . G A T
blockSeqs : A . AC T A . A A AA . . . T . . . . A . A . TT . C T A . . TAGTTGGACCGCATATGTAATCGTAATAAACAAAAGCAGTAAATCTAG A GTA C C A . GAAACGT A . . A . T . CA . . . . A C . A C A
blockSeqs : G . AC A G . A A TG . . . C . . . . A . A . T . . A . . . AATTTTGTTGGACCACGTAATAAACAATAGCAGTTAAAT A CTA C C T . GATACAA A . . T . A . AA . . . . A C . T G C
blockSeqs : . AA A A . G T AA . . . C . . . . A . A . T . . . . . . ATCAATTAAATATCTAACCAGTAATACCATTCACCGAA A ATC T T T . GAAAATG A . . T . A . AA . . . . T T . G T C
blockSeqs : GC G . . G . . . . . C . . . . A . T . . . TAGATGGACACACAATAAACAATAGCGGCTAAATTAG A TTA C T A . AAAAAAA C . . T . A . AA . . . . T T . G C C
blockSeqs : . . . T . . . . G . A . . TAGTTAGATCACATATAGATTACAATAAT . AA C T A . GAAATAC A . . T . A . AA . . . . A A . T C A
blockSeqs : . . C . . . . A . A . . TATTTAGTAATATTATAATATAGATCTAG . TT A . A . AATA A . . T . A . AA . . . . G A . T A T
blockSeqs : . . . . . . A . CATT A . . G . A . AA . . . . A A . T T
blockSeqs : A . . A . T . . . . . . A C . G T
blockSeqCons : AC A****** **** A************************ TG***** *** NTA T* A* *************** A*** **** T** AA**************** A***
originalCons : TTTAATATTTGNAGTTG---CATAGCGCCTTCAGTGTCTCAGACCTGATGGGCGGATT------AGGATAAGTCAAC-ACTNATAATAAGTGACTG-GCTTAT----ATTATAT--GGCTG---C----------A-TAA-GG-T-AA----------A--------------ATA----A-A--TA-ATCT---T--TCGAT-TAAGTTAGACAAATTAA---TCAT-CTA----GTTGGA-C-AC--ATA---AA--GTAA-C-A---TAA-CAATAATGCGGTT-A-ATTTAG--TAATCACCAANT-TA-CAAT-TAAAA-AGT---------------TTGA-AAATA-TC-A--A--ACTA----CT-T-A-GTAAA-AA-----AT-------A---A------TCA-TCCATC-ATCAT-------TCATC-T--A-TCAC-------TCATAC-ANATTTACAATAATCACCTTTT
finalCons : TTTAATATTTGNAGTTG---CATAGCACCTTCAGTGTCTCAGACCTGATGGGCGGATTA------GGATAAGTCAAC-ACTNATAATAAGTGACTG-GCTTAT----ATTATAT--GGCTG---C----------A-TAA-GG-T-AAA------------------------ATA----A-A--TA-ATCTG-----TCGAT-TAAGTTAGACAAATTAA---TCAT-CTA----GTTGGA-C-AC--ATA---AA--GTAA-C-A---TAA-CAATAATGCGGTT-A-ATTTAG--TAATCACCAANTATA-CAATT-AAAAA-GT---------------TTGA-AAATA-TCA---A--ACTA----CTT--A-GTAAA-AA-----ATAA----------------TCA-TCCATC-ATCAT-------TCATC-TA---TCAC-------TCATAC-ANATTTACAATAATCACCTTTT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|6 ): GACTACATCTATAAGATATATCAGTTTATTTAGTCTACAATTAAGTGAAATAACTAAAGAAAAAAAGGAATCTTCATCATTTAATATGAAAATGAATATATATAATCACCGAATCCATTAAGTTACTTAATAATCAATGAAATAGGTTGATATAATCAACTGTAAGTATAATTAATCACAAATCATTTATCATTCTCCGATCATACATACTTACAATATTCATCTATTTATTT
Alignments
lowQualScore : 111 2222222 22222222222222 77777777777777777777777777777777777777777777777777777 222222222 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 11 111111111 2222 111111111111111111 1111111 11111111
lowQualScore : 1 111 0 3 0 0000000 0 2 5 1 1 22 5 9999 66 00000000000000 4 4 4 8 22222222222222222222222222222222222222222222222222222 0 99 3 1 333333333 4 6 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 666 4 22 2 444444444 6666 55 3333 888 7 33 99999 999999999999999999 3 3 1111111 3 5555 44444444 3 1 1 2
lowQualScore : . ... . . . ....... . . . . . .. . .... .. .............. . . . . ..................................................... . .. . . ......... . . ....................................................................... ... . .. . ......... .... .. .... ... . .. ..... .................. . . ....... . .... ........ . . . .
lowQualScore : 0 777 1 0 3 3333333 1 3 7 0 7 00 0 4444 11 88888888888888 4 4 4 9 11111111111111111111111111111111111111111111111111111 7 22 2 0 000000000 0 0 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 999 0 77 5 666666666 3333 00 2222 888 3 99 11111 555555555555555555 6 6 8888888 6 7777 55555555 6 0 2 7
consensus : TTTAATATTTGNAGTTG---CATAGCGCCTTCAGTGTCTCAGACCTGATGGGCGGATT------AGGATAAGTCAAC-ACTNATAATAAGTGACTG-GCTTAT----ATTATAT--GGCTG---C----------A-TAA-GG-T-AA----------A--------------ATA----A-ATA-AT--CT---------TCGAT--TAAGTTAGACAAATTAA---------TCAT-CTA----GTTGGA-C-AC--ATA---AA--GTAA-CA---T-AA-CAATAAT--GCGGTT--A-ATCTAG--TAATCACCAANTATA-CAAT-TAAAAAGTTTGA-AAATA-TC-A--A--ACTA----CT-T-A-GTAAA-AA-----AT-------A---A------TCA-TCCATC-ATCAT-------TCATC-T--A-TCAC-------TCATAC-ANATTTACAATAATCACCTTTT
Reference ( family-2938 ) : TTTAATATTTGNAGTTG---CATAGCACCTTCAGTGTCTCAGACCTGATGGGCGGATT------AGGATAAGTCAAC-ACTNATAATAAGTGACTG-GCTTAT----ATTATAT--GGCTG---C----------A-TAA-GG-T-AA----------A--------------ATA----A-ATA-AT--CT--G------TCGAT--TAAGTTAGACAAATTAA---------TCAT-CTA----GTTGGA-C-AC--ATA---AA--GTAA-CA---T-AA-CAATAAT--GCGGTT--A-ATTTAG--TAATCACCAANTATA-CAAT-TAAAAAGTTTGA-AAATA-TC-A--A--ACTA----CT-T-A-GTAAA-AA-----AT-------A---A------TCA-TCCATC-ATCAT-------TCATC-T--A-TCAC-------TCATAC-ANATTTACAATAATCACCTTTT
gi|1 : TTAACACTTGCAGTTG---CAT-GCA-----------TCAGACGTGATGGGCGGATT-------GAATCAGTCAGC-ACTAATAATAATTGACTG-GCTTATATTAATTACAT--GGCTG---C----------ATTAA-GT-T-AA----------ATCATTCTTCAGAATATG----A-TTA-AT--CT---------TCAGTTGTAAGTTAGACAAATTAAAATTAATCTCCAT-CAA------TGAA-C-A---ATG---AA--ATAA-TG-----AA-TTATAATCACCGAATAGA-ATGTAG---AAT-AGTAACTATA-CAATATA-----CTTGA-TAAAA-TT----A--ACTAGTACCT-TAA-ATAAT-AA-----GTCACCGTAA---A------TCAGTTCATCTACCAT-------TCATCATTGA-TTAT-------TCATAC-ATATTTACAATAAGCAT
gi|10 : TTAA---------TCAT-CTA----GTTAGATC-AC--ATA---TA--G-----A---T-TA-CAATAAT---------------------AATCACCAAGTGTAATAGT-TAAAAG---TAAGAAATACTT-A--A--ATT-----CA-A-A-GTAAA-TA-----AT-------C---A------TCA-TCCATC-ATTAT-------CCATC-T--A-TTAC-------TCCTAC-ATATTTGCAATAATCATCTTTTaattta
gi|11 : ttTAG---------TCAT-CAATTTTGTTGGA-C--C--AC--------GTAA-TA-----AA-CAATA----GCAGTT--A-AAT-------ATCATGAA-------AAT-TAAAACGTTTGA-AA-TACTC-A--A--ACTA----CT-T-A-ATAAA-TA-----AT-------A---A------TCA-TCCATC-ATCAT-------TCAAC-T--A-TCCC-------TCACGC-AGATTTAAAATAATTATCTCTatgct
gi|12 : ATACTTGTAGTTGTTACATAGCGCTTTCCGGTTCTGAGACATGATGGGCGGATT------ATGATAAACCAAC-ATTTATATTAGGTG-TTATACTTAT----ATTATAT--GGCTG---C----------A-TAA-GG-TAAA----------A--------------ATA----A-Ag
gi|13 : tcttTAG--TAATCACCAAATGTA-CAAT-CAAAAAGTTTGA-AACGT-TC-A--A--ACTA----CT-T-A-GTAGA-AA-----AT-------A---A------TTA-TTCATC-GTCAC-------TCATC-A--A-TCATTTATAAATCATAC-AAATTTACAATAATCatgtattatgtat
gi|14 : AATT-TC-C--A--ACTA----CT-T-A-ATAAG-AA-----TA-------A---A------TCA-TCTATC-A--AT--------CATC-T--T-TCAC-------TCAGAC-CTATTTAGAATAATCAACTTTTtt
gi|15 : TTAT----ATCGTGT--GGCTG---T----------A-CAA-GG-T-AA----------A--------------GTA----ATATA-Atatgtttt
gi|16 : gTG-GCTTAT----ATTATTT--AGTTG---C----------A-TAA-GG-T--T----------A--------------ATA----G-ATacaaatcctcatcat
gi|2 : TTTAAGATTTGAAGTTG---CATAGCATCTTCAGTGTCTCAGACTTGATGGGCGGATT------TGGGTAAGTCAAC-ACTTATAATAAGTGACTG-GCTTAT----ATTACAT--GGCTG---C----------A-TAA-GGTT-AATTGATTCTTCA--------------ATATTTGA-ATA-AT--CT---------TCAAT--TAAGTTAGACAAACTAA---------TCTT-C------AT-----C-A---ATT---AA--ATAT-C----T-AACCAGTAAT--ACCATT--C-ACCGAA--T--CCATCAAGTATA-CA---CAACATGTTT----AATA-TA-ATCA--ACTAGTATCT-TAA-ATAAA-AGGCATCAT-------A---AATCCATTCA-TCCATC-TCCGA-------TCAT--T--ACTCAT-------TCATAC-AGACTTATAATAATTACtc
gi|3 : aTG---AATAGCACTTTCAGTGTCTCAGACCTGATGGGCAGATT------AGGATAAGTCA---TCTAATAATAAATGACTG-ACTTGT----ATTA-AT--GGTTG---C----------A-TAAGGG-T-AA----------ATGATTATTTAATATATA----A-TTA-AT--CT---------TCAAT--TAAATGAGACAAATTAATCT------TCAT-C-A----ATTAAA-A-ATGAACT---AA--GTAATCATATT-AA-CAG-AAT--CCATTT-----TTAAGTATAATTGTCAACTATA-CAAT-----ATGTTTGA-TACAA-TC-A--ACTAGTA----CCAT-ATGTAAATCA-----GT------------------TCA-TCAACC-ATCCA-------TCATT-T--T-TCCT-------TCATAC-TGATTTACAGTAATCACaattta
gi|4 : gaTTTAATATTTGAAGTTG---CATAACACCTTCAGTGTTCCAGAACTGGTGGGAGGATT------AGGATATATCAAC-ACTAATAATATGTGATTG-GCTTAT----ATTATGT--GGCTG---T----------A-TAA-CG-T-AA----------A--------------ATA----A-ATACAT--CTTTA------TCAAT--TA-GTCATACAT-TTAA---------TCAT-CTA----GTTGGAGC-AT--ATA---AA--GTAA-CA---TTAA-CAACAAT--GTGGTTC-A-ATTTAT--TAATCACCAAATCCA-TGAT-TAAAAAGTTTGA-AAATG-TC-A--A--ACTA----CT-T-A-ATAAG-AA-----AT-------A---A------TCA-TCCATC-ATCAT-------TCATC-T--A-TCAA-------TCAGAC-ATATTTACAAGAATCACCTTTTaattaa
gi|5 : TAGCAACCTAAGTGTCTCCGACCTGAGAGGCGGATTAGAACAAGGATAAGTCAGCAATTGCTTATAAATGATTG-ACTTGT----AATATATACGGCTG---C----------A-TAT-GG-T-AA----------G--------------TTA----A-ACG-AT--TT--T------TTGAT--T-AGTC--AC-AATTAA---------T-ATATTA----TTT-----------------A--GTAA-TA---T-TA-TAATA---------T--AGATCTAG--T----ACCAAA-AAA-CAAC---AATATTTT----CATT-TCTA--T--ACTAGGTTTT-T-ATGTAAT-AA-----AC-------ATTTA------TCA-TCATTC-GTCCC-------TCATC-T--G-TCAA-------TCAAAT-ATATTTAAAATATTCAACTTTT
gi|7 : TTAATATATGGAGTTA---CATGGCGCCATTAGTGTCTCAGATCTGATTGGCGGATT------GGGATAAG-CAAC-ATTGAT-AT-----ATTC-GCTTAT----ATTATAT--GTTTGATTCTCATTTTATAA-TAA-GT-TAAA----------A--------------ATA----A---A-ATTACT--GTAAGTATCGAA--TCAATTAAGTAAAGTAG---------TCAT-TTA----aagctttt
gi|8 : tcagc---------TTAT-CTA----GATGGA-C-AC--ACA---A----TAA---------A-CAATA----GCGGCT--A-AATTAG--TAATCACCAATT-TA-CAAT-TAAAAAGTTAAA-AAA-A-TA-A--A--ACTT----CT-G-A-GTTTA-AC-----AT-------A---A------TCC-TCCATC-ATTACTCACCTATCATC-T--A-TCAA-------TCATACAATATCTATAATcatatcatatttattataatcaact
gi|9 : cttttTAA---------TCAT-CTA----GTTGGA-CCGC--ATATGTAATCGTAA-TA-----AA-CAA-AA---GCAGTA--A-ATCTAG--TAATCACCAATTATA-AAAT--AAAAAGTTTG--AAATACTC-A--A--ACTA----CT-A-A-GTAAA-TA-----AT-------A---A------TCA-TCCATC-ATCGT-------TCATC-T--A-TCAC-------TCATAC-AGATTTATAACAATCATCCTTTcttatattaataaacta
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|6 ): GACTACATCTATAAGATATATCAGTTTATTTAGTCTACAATTAAGTGAAATAACTAAAGAAAAAAAGGAATCTTCATCATTTAATATGAAAATGAATATATATAATCACCGAATCCATTAAGTTACTTAATAATCAATGAAATAGGTTGATATAATCAACTGTAAGTATAATTAATCACAAATCATTTATCATTCTCCGATCATACATACTTACAATATTCATCTATTTATTT