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lowQualScore : . ...................... . . . . . .. ......... ......... . ... . ..................................... ... . .................... . . .... ..... .................................. ..... .................. ...... . .. .... ... . .. ... .. . ..... . .............. .. ................... ...... . ............... . ... ............................ ... ..... . .. .. ......... .. ................... . ..... . ... .. ... ........... . .. .. . . . ..... . .............................................................. . .. .... ... .................. . .. ...... ..... . ... ........... .... .......................... . . ............ .. .............. . ... .... . .............................. . ........ .......... .. .... . .. . ................................................................................ . .. .. . .. ....... . . .... ... . ............................................................................................ .... ... .. .. .................................................... ...... . . ........ .......... . . . ........... . .
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Reference ( gi|2 ) : TTGGCTTGCCCTGACA-T-A--TG-T---G---GGTCGT-AT-AA-C-ATTGTGATGGC-TT--------ATC-C--TG--ACGTTGT---G-TT-TCG--TCGTATAAACA----------------AAC-ATTGTGTT-TAGTCGTC-C--TA---G----------CATT-GTCTT-T--G-----GTCGT----AT--------AA---A-TGAA--C---ATTGC----GTTTG-CTC---GTCCA-AG-CATTG------TGTTTG-ATC---GT---AT-A--A-T-CAT--TAT-----G-TTAG-----------CTTGT--C----C-T-AG---------CATTG------TG-TT---G----G-TC---G-T---ATA----------------A--A-----T--ATTG---T-----GTT-GGC-T--TGTCCC--GA--CATTGTGTTTAGTT-TTATA-A--ACA--A--AC-ATTGT-----G-TTGGC--TC-G---TCC--TG---A--CAT-TGT-AT--T-GAG-TC----GTATA------------AA----CA-A--A-CAT--AATG-CTAGCT---CG---TCCCA--GCAAT-GTGT--TT---GG---T--CA------T-AT-AA-C-ATTAT--G------TT-AGC-TT-G---T----CT--TAGCA---ATGTGTT---G-G-TCGT-ATA--A--A---T-ATTGTG-TTGG-----------ATT--GT----TCTG--AT--A-TTGT---GTT--GAGTCGTACAAAC--A-A-----------A-----C-ATTGTGTTTGC-------TTGTC-C--TGG---CAT--T-TG-GTTGAGTCATATAAACATTG-----AAT-T-AG----C-------T-ATT-------------T--T------T---A-----T---------------CATTGTGTTTGGTC-GTCC-TA-G--CATTGTGT---GT--G-G-TC----GT---ATAAACA--A-ACTT-TGT-T----TTGCC---------TT--GTG--C--------TGA-C----ATTG-TG-GT--GATTCGT-T-T--ATA----CA----TTGTGTT---TGGT--T--G--T-A-AT-AA-A--A-----TTGT-----G-----T-----T---G-----TATAA-----GCACTGTGC----TGTGTTG--T--TA-G-CAATGTACTGGGTTAT------AA-T-GT-TTAAGGTGGG
gi|1 : TTGGCTTGTACCAGCATT-G--TGTT---G---GGTCAT-ATAAA-C-ATTGTTTTG---TT--------GTC-A--TA--GCACTAT---G-TT-TGG--TCATGT----T----------------AAT-ATTACGTT-TAGTAGTC-A--TA---T----------CGTT-ATGCT-G--G-----GTTGT----AT---------A---A-T-----C---ATTGT----ATTGG-GTT---GTACA-AT-CGTTG------TATTGG-GTT---GT---AT-A--A-T-CAT--TAT-----G-TTGG-----------GTTAG--CAAAGC-TCAG---------TATTA------TG-TT---GT---G-TT---G-T---CTC----------------ATTA-----T--GTTA---T-----GTTGGGT-T--TG---C--AAATCATTATGTTGAGTTATTAT----------G--GT-ATTAT-----G-TTTGG--TT-G---TCT--TT---G--TAT-TGTGAT--C-G-G-TT----ATATACTTATTGTATTCGATTGTCA-T--T-CAT--TGTG-TTTGGT---TG---TCTCAT-GC-TT-GTGT--TA---AG---T--TG------T-AT-AATC-ATTAT--GT-----TT-GGG-TT-G---C----CA--TTGCA---TTATGTT---G-G-TTGT-CTT--A--T---C-ATTATG-TGGG-----------GTT--GG----TATT--GT--A-TTGT---GTT--TGGT--TACATACTTATT-----------A-----T-ATTG-GATTGCCATTGAATTGTC-T--------CATAGT-CGTGTTAAGTTGTATAATCATTA-----TGT-TAAG----T-------T-GTC-------------A--T------T---G---------------------CATTAAGTTGGATT-GCCA-TT-G--CATTATGT---TG--G-G-TT----GT---
gi|7 : acgccagagctgtcttatgttcagcattggtatcttaatgggtcattgtattattatcttgggttgtcgtgtcattgtctttggtttggtggtcattgtgTTGGCTTGTCCTATCA-T-G--TT-TTTTG---GGTCGT-AT-AAAC-ATTGTGTTTGG-TT--------GTC-A--TA--GCATTAT---G-TT-GGA--TCGTATA--------------------AAC-ATTGTGTT-GAGTAGTC-A--TG---T----------CGTT-ATGTT-G--A-----GTTGT----AG--------A--------AA--C---ATTGT----ATTcattgcattattatctcttggattcact
gi|5 : ggaacgccggagctgttttatgttcagcattgacatcttaattggtcaatgtattatcaccttgggttatcgtgtctttatcttcggttaggaggttattgtgTTGGATTGTCT---CA-T-AATCG-T---GTTAAGTTGT-AT-AA-CCATTATGTTGGG-TT--------GTCAC--TG---CATTAT---G-TT-TTG--TTGTTTTATCATTATGTTCGGTTGTTTAACCGTTATGTT-TAGTTGTC-T--TA---G----------CATT-GTACT-T--G-----GTCGT----gggttt
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gi|10 : aagctgtcttatgttcagcattgaaatcttgataggtcaatgtattattatcttgggttgtcgtgtcattgtctttggtttagaggttattgtgTTGGCTTGTCTTAGCATT-G--TGTT---G---GGTCAT-ATAAA-C-AATGTGttca
gi|8 : gcaggagctgccttgttttcaacatttgcattttaatgtgtcattgtattatcatcttgggttattgtgtcagtgtctttggttagaagatcattgtgTTGGCTTGTCCTATCG-TTA--TG-TT--G---GGTCGT-ATAAA-C-ATTGT----GT-TT--------ATC-T--CA--ATGTttttgttaccatagcatt
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gi|15 : atcattttatgttggtcgtattaacattatgtttagtaaccatatcaatatgttannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagaataccattgcattgtgttcggttgtctcatagtat---G---GGTTGT-AT-AATC-ATTGTG-TGGTGTT--------GCA-A--TG--ACATTGT---G-CT-GGG--TTGTA---AC-------------------C-ATTGTGTT-CGACTGTA-A--TA---G----------CATCAGTTTG-T--GAT---GTATT----AT--------CA---A-TGTGTTC---AATGT----GTTTG-gttgcataa
gi|6 : g-C-ATTTTGTTGGC-TT--------GTC-C--TA--GCATTAT---G-TT-GGG--TCGTATGAACA----------------A-----TATGT---AGTCATA-T--TA----------------TT-ATGTT-G--G-----TTTGT----A-----------------GAA--CC--ATTGT----GTTGG-ATA---ATCAA-AG-CATTG------TGTCGG-GTT---GT---AT-A--A-C-CAT--TAT-----G-TTTG-----------GTTGG--C----T-T-GG---------TGTTA------TT-TT---G----GGTT---G-T---ATA----------------gtt
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gi|10 : gttatgtaattattgtatttggtagccattg-C-ATTGTGTTGGC-TT--------GTC-T--TA--GCATTGT---G-TT-GGG--TCATATAAACA----------------A-----TGTGTT-TTGTTACC-A--TA---G----------CATT-ctcatcattatcggttatgtttactttctgttctgttcacacgtaattaagatctgtctacatgactttatgtaaggttcacatgccattatgttcggttgacttgacgttatgttgttgtgctagaaccgaggagaccgaatgaatgaaatgta
gi|7 : gcaggagctgccttgttttcaacatttgcattttaatgtgtcattgtattatcatcttgggttattgtgtcagtgtctttggttagaagat-ATTGTGTTGGC-TT--------GTC-C--TA--TCAT-GT---T-TT-TTGGGTCGTATAAAC---------------------ATTGTGTT-TGGTTGTC-A--TA---G----------CATT-ATGTT-G--G-----ATCGT----AT--------A--------AA--C---ATTGT----GTTGA-GTA---GT-CA-TGTCGTTA------TGTTGA-GTT---GT---AG-A--A-A-CAT--TGT-----A-TTGG-----------GTT
gi|14 : ggaacgccggagctgttttatgttcagcattgacatcttaattggtcaatgtattatcaccttgggttatcgtgtctttatcttcggttaggaggtt-ATTGTGTTGGC-TT--------GTC-C--TA--TCATTGT---G-TT-TTA--TCGTATA--------------------AAC-ATTGTGTT-CAt
gi|12 : aagctgtcttatgttcagcattgaaatcttgataggtcaatgtattattatcttgggttgtcgtgtcattgtctttggtttagaggtt-ATTGTAAT--------------ATC-A--TC--AGGTTGT---G-TT--------GTATAATCA----------------A-----TGTGTT-----------------------------CAAT-GTGTT-T--G-----GTT-------T--------CC---A-TGG---C---ATTGT----GTTTG-CTT---GTATA-AT-CACTA------TGCTCA-GTT---GT---AT-A--A-T-CAT--TGT-----G-TTGG-----------GTTGT--C----A-T-AG---------CA
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gi|23 : acgcaggagctgtcttgtgtttagcattgacatcttaattggtcaatgtattatcatcttgtgttattgtgtctttatctttggttaggaggtt-ATTATGTTGGG-TT--------ATC-A--TA--GCATTGT---G-TT-CGG--TTATATAATCA----------------tctcaatgtctaacgatatgtaaaactaggtgaagatattcattcagt
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gi|10 : gC-ATTGTATT---ATCATC-T--TG---GGTTATTGTGTCAGT-GTCTT-T--G-----GT--------T--------AG---A-AGAT--C---ATTGT----GTTGG-CTT---GTCTT-AG-CATTG------TGTTGG-GTC---AT---AT-A--A-A-CAA--TGT-----G-TT--------------TTGTTAC----CAT-AG---------CATT
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gi|7 : atcattttatgttggtcgtattaacattatgtttagtaaccatatcaatatgttannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagaataccattg-ATTGTGTT-GGCTTGTC-C--TA---T----------CAT--GTTTT-TTGG-----GTCGT----AT--------AA---A-------C---ATTGT----GTTTG-GTT---GTCAT-AG-CATTA------TGTTGG-ATC---GT---AT-A--A-A-CAT--TGT-----G-TTGA-----------GTAGT--C----A-T-GT---------CGTTA------TG-TT---GA---G-TT---G-T---AGA----------------A--A-----C--ATTG---T-----ATT-GGG-T--Tgtcccttcattaggtttggttgtcaatgcattgttttctcttatacaattgttgttgccattgcactgtgtttaattgttgcataa
gi|14 : ggaacgccggagctgttttatgttcagcattgacatcttaattggtcaatgtattatcaccttgggttatcgtgtctttatcttcggttaggaggtt-ATTATCTT-GGGTTGTC-G--TG---T----------CATT-GTCTT-T--G-----GTT-T----AG--------AG---G-T-----T---ATTGT----GTTGG-CTT---GTCCT-AT-CATTG------TGTTTT-ATC---GT---AT-A--A-A-CAT--TGT-----G-TTt
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gi|8 : -ATTGTGTT-GGCTTGTC-C--TA---T----------CGTT-ATGTT-G--G-----GTCGT----AT--------A--------AA--C---ATTGT----GTTTATCTCAATGTCTA-At
gi|23 : acgcaggagctgtcttgtgtttagcattgacatcttaattggtcaatgtattatcatcttgtgttattgtgtctttatctttggttaggaggtt-ATTATGTT-GGGTTATC-A--TA---G----------CATT-GTGTT-C--G-----GTTAT----AT--------AATC-ATTGA-------ATTGG----GTTcgatatgtaaaactaggtgaagatattcattcagt
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gi|7 : -T-TAT--TGT-----G-TTGG-----------CTTGT--C----C-T-AT---------CAT-G------TT-TTTTGG----G-TC---G-T---ATA----------------A--A-----C--ATTG---T-----GTT-TGG-T--TGTCAT--AG--CATTATGTTGGATC-GTAT-------A--A--AC-ATTGT-----G-TTGAG--TA-G---TCA--TG---T--CGT-TAT-GT--T-GAG-TT----GTAGA------------AA----CA-ctcatcactatcggttatgtttacattctgttctgttcacatgtaattatgatcgatctacatgacattatgtaaggttcacgtgtcattatattcggtttacatgacgttatgttgttgtgctccg
gi|23 : ggaacgccggagctgttttatgttcagcattgacatcttaattggtcaatgtattatcaccttgggttatcgtgtctttatcttcggttaggagg-T-TAT--TAT-----G-TTGG-----------GTTAT--C----A-T-AG---------CATTG------TG-TTC--G----G-TT---A-T---ATA----------------A--T-----C--ATTG---A-----ATT-GGG-T--TGCCttgtattgggttt
gi|12 : tgtttatgtaacgttgtttctT--TGT-----G-TCCG-----------ATTGT--A----A-T-AT---------CATCA------GG-TT---GT---G-TT---G-T---ATA----------------A--T-----C--AATG---T-----GTT--------------------CAATGTGTTTGGTT-TC--------CAT-G--GC-ATTGT-----G-TTTGC--TT-G---T-A--TA---AT-CAC-TAT-GC--T-CAG-TT----GTAT--------------------A-A--T-CAT--TGTG-TTGGGT---TG---TCATA--GCAAT-AT
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gi|14 : acgcaggagctgtTGT--T----C---AG---------CATTGAAA---TC-TT---GATAGG-TCAATG-T---AT--------------------------T--ATTA---T-----CTT-GGG-T--TGTCGT--GT--CATTGTCTTTGGTT-T-AGA-G--GT-------T-ATTGT-----G-TTGGC--TT-G---TCC--TA---T--CAT-TGT-GT--T-TTA-TC----GTATA------------AA----CA-ttgtgtttatctcaatgtctaacgatatgtaaaactaggtgaagatattcattcagt
gi|26 : aagctgtcttaGT--C----C-T-AG---------CATTG------TA-TT---G----GGCC---G-T---ATA----------------A--A-----C--ATTG---T-----GTT-ttgtgttca
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gi|6 : gcaggagctgccttgttttcaacatttgcattttaa---G----G-TCA--G-T---GTA----------------C--------T--ATTA---T-----CTT-GGG-T--TTTCGT--TT--CATTGTCTTT--TA-TTATG-G--A----G--TC-ATTTT-----G-TTGGC--TT-G---TCC--TA---G--CAT-TAT-GT--T-GGG-TC----GTATG------------AA----CA-A------T--A-TG--TAG-T---CA---T---A--TTATT-ATGT--TG---GT---T--TG------T-AG-AA-CCATTGT--G------TT-GGA-TA-A---T----CA--AAGCA---TTGTGTC---G-GGTTGT-ATA--A--C---C-ATTATG-TTTG-----------GTT--GG----CTTG--GT--G-TTAT---TTT--GGGTTGTATA--C--T-------------------C-ACTGTGTTTGG-------TTGTC-G--TAG---C-T--T-Ttgtgttttgttaccatagcatt
gi|15 : tggaacgccagagctgttccgtatttacg---G----G-TT---G-T---ATA----------------A--T-----C--ATTG---T-----GTG-GTG-T--TGCAAT--GA--CATTGTGCTGGGTT-GT----A--AC-------C-ATTGT-----G-TTatgcatgatttacccatccttat
gi|23 : gg-----T--ATTA---T-----GTT-GGG-T--TATCAT--AG--CATTGTGTTCGGTT-ATATA-A--TCATTG--A--ATTGG-----G-TTGcgactgtaatagcatcagtttgtgatgtattatcaatgtgttcaatgtgtttggtt
gi|3 : tgtttatgtaacgttgtttctt--ATTG---T-----GTT-CGG-T--TGTCTCATAG--TATTATGTTGGGTT-ATAT-------A--A--TT-ATTGT-----A-CTGGG--TT-GCTATC-----------CAA-TGT-GT--T-GGG-------ATTT-------------------CA-A--ATCAT--TATG-TAGGGT---TG---TCAAG--GCATA-GTGT--TC---GG---T--TA------T-AT-A----ATTAT--T------TT-A----------------T--TGG---------GTT---G-G-TCTT-A-------------ATTGTG-TTGG-----------GTT--GT----CCCT--TC--A-TTAG---GTT--TGGTTGT-----C--A-AT----------G-----C-ATTGTTTTCTC-------TTATcc
gi|16 : atcattttatgttggtcgtattaacattatgtttagtaaccatatcaatatgttannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagaataccattgc--ATTG---T-----GTT-GGT-TCATATAC----A--CATTGTCTTTGGTT-----A-A--GTG--G--TT-ATTGT-----G-TAGGC--CT-G---TCC--AA---G--CAT-TGT-GT--T-G-G-TT----ATATA------------CA----CA-acaattgttgttgccattgcactgtgtttaattgttgcataa
gi|5 : ATTGTATTTGGT--------A--GCC--ATTGC-ATTGT-----G-TTGGA--TT-G---TCT--CA---T--AAT-CGT-GT--T-AAG-TT----GTAT-------------AA----C-------CAT--TATG-TTGGGT---TG---TCACT--GCATT-ATGT--TT---TG---T--TGT-----T-TT-AT-C-ATTAT--G------TT-CGG-TT-G---T-----T--TAACCGTTATGT-TT---A-G-TTGT-CTT--A--G---C-ATTGTA-CTTG-----------GTC--G-----TCTC--ATC-A-TTAT---ttgtttttggttaggtggtcattgtgttgt
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gi|3 : gcaggagctgccttgttttcaacatttgcattttaatgtgtC-ATTGT-----G-TTCGG--TT-G---TCTCATA---G--TAT-TAT-GT--T-GGG-TT----ATATA------------AT----TA--------T--TGTA-CTGGGT---TGCTATCC------AAT-GTGT--TG---GGATTT--CA------A-AT----C-ATTAT--G------TA-GGG-TT-G---T----CA--AGGCA---TAGTGTTC--G-G-TTAT-ATA--A--T---T-ATTTTA-TTGG-----------GTT--G-------------------------------GTCTTA-----------------------------ATTGTGTTGGG-------TTGTC-C--CTT---CAT--T-AG-GTTTGGTTGT-----CAATG-----CAT-T-GT----T-------T-TCT-------------C--T------T---A-----TA--------------CAAT-TGTT--GTT-GCCA-TT-G--CACTGTGTTTAAT--T-G-TT----GC---ATAAtt
gi|9 : atcattttatgttggtcgtattaacattatgtttagtaaccatatcaatatgttannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagaataccattgC-ATTAT-----G-CTGGG--TT-G---TA---TA---AT-CAT-TGT-AT--T-GGG-TT----GT---------------------CA-CT-G-CAT--TATG-CTGAGT---TG---TCTCA--TCATT-ATGC--TG---GG---T--TG------T-AT-AA-
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gi|10 : ttgtgtccgattgtaatatcatcaggttgtgttgtataatcaatgtgttCAGT-GTCT--TT---GG---T--TA------G-AA-GATC-ATTGT--G------TT-GGC-TT-G---T----CT--TAGCA---TTGTGTTG--G-G-TCAT-ATA--A--A---C-AATGTG-TT--------------TT--GT----Tcatagcaatatttaactcatttcac
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6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Alignments
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Reference ( family-2931 ) : TTGGCTTGTCCTANCGTTATGTTGGGTCGTATAAACATTGTG-TTGGCT---TGTCATAACGTTATGTTTCGTCGTATAAACAA---TTGTGTTTAGTAGTCATATCATTATGTTNGGT-TGTATAA-------------TG--CATTGTATTNGNTTGTACAATCGTTGTGTTCGGTTGTATAATCATTGTGTTGGGTT-GTCA----TTG-CA-TCTTAATGGGTCAATGTATTA-TCAT------TATCTTGGGTTG--TCGTGT---CATTGTCTTTGGTT----AGGN-----GGT-CATTGTGTTGGCTTGTCC--TAGCAT-TGTGTTGGGT------CGTAT--------AA--ACA----TTGTGTTTGGTT--GTCATAGC--ATTG-TGT-----TGGG---TCGT-AT-AA-CATTATGTTGGGTTGTCNTATCATTGTGTTCGGTTGT-ATAATCATTGTG-TTGGGTT-GTCNTAGCATTGTGT-TGGGTCGTCTACAT---CATTATGTTCGGTTGTCNTNGCATTNTGTTCGGTT---ATGTAATTATTACG-TTGG---T--TTATCA-T--CA--TTGTGTTGGGTTGTCGTAG-CATTGTGTTCGG-TTGT---A--TAATCG----TTGTGT--T--G--TTGTNATGA-CATTGTGTTGGGTTG-------TCATTGCATTGTGTTCGGTTGTCATAGCATTA---T-----GT--TGTAT----------AATCATTGTGCTGGGTTGT-TA-----T-GCA--ATGTG-TTGG-TTGTAATGTTTAAGGTG
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gi|10 : acgccagagctgtcttatgttcagcattggtatcttaatgggtcattgtattattatcttgggttgtcgtgtcattgtctttggtttggtggtcattgtgGTT-TTCAACATTTG-CA-TTTTAATGTGTCATTGTATTA-TCAT---------CTTGGGTTA--TTGTGT---CAGTGTCTTTGGTT----AGAA-----GAT-CATTGTGTTGGCTTGTCT--TAGCAT-TGTGTTGGGT------CATAT--------AA--ACA----ATGTGTTTTGTT--ACCATAGC--ATTtatctcttggattcact
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gi|17 : aGGTC-AGCA----TTGACA-TCTTACTTGGTCATCGTATTA-TCAT---------CTTGGGTTA--TCCTGT---CTTTGTCTTCGGTT----AGGA-----GGT-TATTGt
gi|18 : ggagctgtcttatTGTCTTATGTTCACCA----TTGACA-TCTTAATTGGTCAATGTATTA-TCAT---------CTTGGATTA--TCGTGT---CTTTGTCTTCGGTT----AGG
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gi|2 : atcgccggagctTTGGCTTGCCCTGACAT-ATGT-GGGTCGTATAA-CATTGTG-ATGGCT---TATCCTGACGTTGTGTTTCGTCGTATAAACAAACATTGTGTTTAGTCGTCCTAGCATTGTCTTTGGT-CGTATAAA------------TGAACATTGCGTTTGCTCGTCCAAGCATTGTGTTTGATCGTATAATCATTATGTTAGCTT-GTCC----TAG-CA-TTGTG-TTGGTC---GTATAA-ATAT------TGTGTTGGCTTG--TCCCGA---CATTGTGTTTAGTTTTATAAAC-----AAA-CATTGTGTTGGCTCGTCC--TGACAT-TGTATTGAGT------CGTAT--------AA--ACAAACATAATGCTAGCTC--GTCCCAGC--AATG-TGT-----TTGG---TCAT-AT-AA-CATTATGTTAGCTTGTCTTAGCAATGTGTT-GGTCGT-ATAAATATTGTG-TTGGATT-GTTCTGATATTGTGT-TGAGTCGTACAAACAAACATTGTGTTTGCTTGTCCTGGCATTTGGTTGAGTC---ATATAAACATTGAA-TTAGCTAT--TT-TTA-T--CA--TTGTGTTTGGTCGTCCTAG-CATTGTGTGTGG-TCGT---A--TAAACAAACTTTGTTT--T--GCCTTGTGCTGA-CATTGTGGTGATTCG-------TTTATACATTGTGTTTGGTTGTAATAAAATTG---T-----GT--TGTAT----------AAGCACTGTGCTGTGTTGT-TA-------GCA--ATGTA-CTGGGTTATAATGTTTAAGGTGa
gi|20 : ATC-TTATGTTCAG-----CA----TTGACA-TCTTAATGGGTCAATGTATTA-T---------TATCTCGGGTTT--TCGTGC---CAATTTCTTTGGTT----AGGA-----GGgg
gi|21 : gccggagctG-CA-TCTTAATGGGTCAATGTACTAATTAT------TATCTTGGGGTG--TCGTGT---CATTGTCTTTGGTT----AGAT-----GGT-CAT
gi|22 : agctttatgttcagcatcgCA----TTGGCA-TCTTAATGGGTCAATGTACTAATTAT------TATCTTGGGGTG--TCGTGT---CATTGTCTTTGGTT----AGAT-----GGT-CA
gi|23 : gctttatgttcagTT---ATGTAA------CG-TTG----T--TTCT---T--TA--TTATGTTGGGTTATCATAG-CATTGTGTTCGG-TTAT---A--TAATCA----TTGAAT--T--G--
gi|23 : tgtATTATGTTGGGTTATCATAGCATTGTGTTCGGTTAT-ATAATCATTGAA-TTGGGTT-GCCggttgcc
gi|24 : tgtttatgtaacgttgtttctttGGTTGT-ATTATCACTGTG-TTTGGTT-GTCGTAGCTTTATGCATGATTTACC--CAT---CCTTATGTTCGGTAGT
gi|25 : gTAGCATTGTGTTGGGTT---ATATAATTATTGCG-CTG----T--GTA-CACT--CT--TTGTGTTGGGTTGTCGTAG-CTTTATGTATGG-Tataatca
gi|26 : aGTCC--TAGCAT-TGTATTGGGC------CGTAT--------AA--ACA----TTGTGTTTCGTT--GT
gi|3 : TTATGTTG-GTCGTATTAACA----TTATGTTTAGTAACCATATCAATATGTT
gi|3 : atcattTTATGTTGG-TCGTATTAACATTATGTTTAGTAACCATA-TCAATATG-TTANNNN-NNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNNN-NNNN---N--NNNNNN-N--NN--NNNNNNNAGAATACCATTG-CATTGTGTTCGG-TTGTCTCA--TAGT-A----TTATGT--TGGG--TTAT-ATAATTATTGTACTGGGTTG-------CTATC-CAATGTGTTGGGATTTCAAATCATTA---TGTAGGGT--TGTCA----------AGGCATAGTGTTCGGTTATATAATTATT-TTA--TTGGG-TTGG-TCTTAATannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagaataccattgcattgtgttcggttgtctcatagtattatgttgggttatataattattgtactgggttgctatccaatgtgttgggatttcaaatcattatgtagggttgtcaaggcatagtgttcggttatataattattttattgggttggtcttaattgtgttgggttgtcccttcattaggtttggttgtcaatgcattgttttctcttatacaattgttgttgccattgcactgtgtttaattgttgcataa
gi|3 : atcatt-CATTGTGTTCGGTTGTCTCATAGTAT-TATGTTGGGT------TATAT--------AA--TTA----TTGTACTGGGTT--GCTATC-C--AATG-TGT-----TGGGATTTCAA-AT----CATTATGTAGGGTTGTCAAGGCATAGTGTTCGGTTAT-ATAATTATTTTA-TTGGGTTGGTCTTA--ATTGTGT-TGGGTTGTCC-CTT---CATTAGGTTTGGTTGTCAATGCATTGTTTTCTCTT---ATACAATT-----G-TTG-------TTGCCA-TTGCA--CTGTGTTTAATTGTTGCAtgtgttgggttgtcccttcattaggtttggttgtcaatgcattgttttctcttatacaattgttgttgccattgcactgtgtttaattgttgcataa
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gi|6 : gttatgtaa----TTC-CG-TATTTACGGGTCAGTGTACTA-T---------TATCTTGGGTTT--TCGTTT---CATTGTCTTTTATT----ATGG-----AGT-CATTTTGTTGGCTTGTCC--TAGCAT-TATGTTGGGT------CGTAT--------GA--ACA----ATAT-----GTA--GTCATATT--ATTA-TGT-----TGGT---TTGT-AG-AACCATTGTGTTGGATAATCAAAGCATTGTGTCGGGTTGT-ATAACCATTATG-TTTGGTT-GGCTTGGTGTTATTT-TGGGTTGTATAC-T---CACTGTGTTTGGTTGTCGTAGCTTTATGgctagaaccgaggagaccgaatgaatgaaatgta
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gi|8 : ggaacgccggagctgttttatgttcagTTGTGTTTAG-----CA----TTGACA-TCTTAATTGGTCAATGTATTA-TCAT---------CTTGTGTTA--TTGTGT---CTTTATCTTTGGTT----AGGA-----GGT-TATTGTGTTGGCTTGTCC--TATCGT-TATGTTGGGT------CGTAT--------AA--ACA----TTGTGTTTt
gi|8 : acgcaggagctgtcTTGGCTTGTCCTATCGTTATGTTGGGTCGTATAAACATTGTGTTTATCTCAATGTC-TAACGATATGTatctcaatgtctaacgatatgtaaaactaggtgaagatattcattcagt
gi|9 : acgcaggagctgtcttgtgtttagcattgacatcttaattggtcaatgtattatcatcttgtgttattgtgtctttatctttggttaggaggttattgtgCAA---CTTTATTTG--AGTCACA-CATTATGTTAGAAATGTTTAAGTCAACCAACTGTTG--CTCTGTATT---TTATGTCATCATTATGCTGGGTTGTATAATCATTGTATTGGGTT-GTCA----CTG-CA-TTATGCTGAGT---TGTCTCA-TCAT------TATGCTGGGTTG--Taaaactaggtgaagatattcattcagt
gi|9 : tgttttTGTC--ATCATTATGCTGGGTTGT-ATAATCATTGTA-TTGGGTT-GTCACTGCATTATGC-TGAGTTGTCT-CAT---CATTATGCTGGGTTGTataa
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blockSeqs : T . . . TCCGAT C A TC A A TA GTA G G . A ATGAA T G G T A TTTT . A . T ATTATT . . . T . . . A . . . . TA . T . . . G A AGAAC TT G C . . . C . G NNNN T T C G T GA CAC A NNNNNNNNNNNNNNNNNN . G C . . . . TCA . GG . A G . C TTTATA C AG GTTT . . G C C GTGTTGTTAGCA A . T
blockSeqs : ATGGCT . A G T A TT A T T . A GG A T C T A TTGT . A . T ATTATT . . . A . . . T . . . . TG . G . . . T G ATAAA AT G T . . . G . N TAT T C N A G GG . T ATTGCGCTGTGTACACT . A A . . . . TCA . . . G G . G CTATC T AA T . . G T T CA G .
blockSeqs : . G . . A . T T T . . G A TTGT . A . A ATTATT . . . T . . . G . . . . AG . G . . . G G CATT TT A C . . . N . G CAT N N A N N NN . N ATGATCGATCTACATGA . G G . . . . TCA . . . . A . C TAAC G AT T
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blockSeqs : . TTGT . A . A TAATC . . . C . . . G . . . . GG . G . . . G A AT TC T C . . . A . T CAT T C T T C CT . T AAGATCTGTCTACAT . G G . . . . CG . . .
blockSeqs : . TTGC . A . A TCATT . . . A . . . A . . . . GG . . . . . G . . TT T G . . . T . G CAT T C G T C CT . T GTTGTTGCCATTG . C G . . . . CG . . .
blockSeqs : TTGT . . . A TCAT . . . T . . . A . . . . TG . . . . . . AA G G . . . T . G ACT . T A A . . CGTTGTTTCTT . C A .
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blockSeqs : . . . . A TCAT . . . C . . . G . . . . . . . . . T . . . .
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blockSeqs : . . . A TCAT . . . A . . . . . . . .
blockSeqs : . . . A TT . . . A .
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blockSeqs : . . . . .
blockSeqCons : A*** GTG************** TTGT* TCATT******* N***** ***** ATTGNATGCCGTTTACAT********* ** CTATN******** AG
originalCons : TTGGCTTGTCCTANCGTTATGTTGGGTCGTATAAACATTGTG-TTGGCT---TGTCATAACGTTATGTTNCGTCGTATNAACAA---TTGTGTTTAGTAGTCATATCATTATGTTNGGT-TGTATAA-------------TG--CATTGTATTNGNTTGTACAATCGTTGTGTTCGGTTGTATAATCATTGTGTTGGGTT-GTCA----TTG-CA-TCTTAATGGGTCAATGTATTA-TCAT------TATCTTGGGTTG--TCGTGT---CATTGTCTTTGGTT----AGGN-----GGT-CATTGTGTTGGCTTGTCC--TAGCAT-TGTGTTGGGT------CGTAT--------AA--ACA----TTGTGTTTGGTT--GTCATAGC--ATTG-TGT-----TGGG---TCGT-AT-AA-CATTATGTTGGGTTGTCNTANCATTGTGTTCGGTTGT-ATAATCATTGTG-TTGGGTT-GTCNTAGCATTGTGC-TGGGTCGTCT-CAT---CATTATGTTCGGTTGTCNTNGCATTNTGTTCGGTT---ATGTAATTATTACG-TTGG---T--TTATCA-T--CA--TTGTGTTGGGTTGTCGTAG-CATTGTGTTCGG-TTGT---A--TAATCG----TTGTGT--T--G--TTGT-ATGATCATTGTGCTGGGTTG-------TCATCGCATTGTGTTGGGTTGTCATAGCATTA---T-----GT--TGTAT----------AANCATTGTGTTGNGTTAT-TA-----T-GCA--ATGTG-TTGG-TTNTAATGTTTAAGGTG
finalCons : TTGGCTTGTCCTANCGTTATGTTGGGTCGTATAAACATTGTG-TTGGCT---TGTCATAACGTTATGTTNCGTCGTATNAACAA---TTGTGTTTAGTAGTCATATCATTATGTTNGGT-TGTATAAGTG--------------CATTGTATTNGNTTGTACAATCGTTGTGTTCGGTTGTATAATCATTGTGTTGGGTTGT-CA----TTG-CA-TCTTAATGGGTCAATGTATTATCATT-------ATCTTGGGTTG--TCGTGT---CATTGTCTTTGGTT----AGGN-----GGT-CATTGTGTTGGCTTGTCC--TAGCAT-TGTGTTGGGT------CGTAT--------AA--ACA----TTGTGTTTGGTT--GTCATAGC--ATTG-TGT-----TGGG---TCGT-AT-AA-CATTATGTTGGGTTGTCNTANCATTGTGTTCGGTTGT-ATAATCATTGTG-TTGGGTT-GTCNTAGCATTGTGC-TGGGTCGTCT-CAT---CATTATGTTCGGTTGTCNTNGCATTNTGTTCGGTT---ATGTAATTATTGNATGCCGTTTACAT---------CA--TTGTGTTGGGTTGTCGTAG-CATTGTGTTCGG-TTGT---A--TAATCG----TTGTGT--T--G--TTGT-ATGATCATTGTGCTGGGTTGCTATN--------CATTGTGTTGGGTTGTCATAGCATTA---T-----GT--TGTAT----------AANCATTGTGTTGNGTTAT-TA-----T-GCA--ATGTG-TTGG-TTNTAATGTTTAAGGTG
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